lowQualScore                  :                                                                                               11111                                                                                                                                      1111111111111111111111111   11                                                                                                                            
lowQualScore                  :       1 1 11 1 1  1 1  2 1    33 22 1 666 44 3333333  1  1 7777    222   0 222  555 22 555555 22222 3    11 0 3 222 3333  0  1 1 0  0 0 0 1 111 0 0 88888 11  0  0 11 888888888 11   11  3333 1 333 4 1 77777777  66666 1  4444 33 0   0 0000000000000000000000000 1 55 1 0 11  111  1  22 1  3333 666 222   11 11 333 33 33333   44 33333   22 1   22 33 1 11  11  4 22  44444 2222 11  2 2       
lowQualScore                  :       . . .. . .  . .  . .    .. .. . ... .. .......  .  . ....    ...   . ...  ... .. ...... ..... .    .. . . ... ....  .  . . .  . . . . ... . . ..... ..  .  . .. ......... ..   ..  .... . ... . . ........  ..... .  .... .. .   . ......................... . .. . . ..  ...  .  .. .  .... ... ...   .. .. ... .. .....   .. .....   .. .   .. .. . ..  ..  . ..  ..... .... ..  . .       
lowQualScore                  :       1 1 44 1 0  0 0  0 0    22 33 0 000 55 1111111  9  0 0000    555   9 888  888 33 444444 66666 0    33 9 7 666 3333  9  9 9 9  9 9 9 9 666 9 9 22222 33  9  9 33 666666666 33   33  0000 0 444 8 0 11111111  22222 9  0000 11 9   9 2222222222222222222222222 9 00 9 9 33  666  9  22 9  0000 333 777   44 44 999 66 77777   11 88888   66 1   66 00 1 55  55  3 66  22222 3333 55  2 2       
consensus                     :   TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-AT---TTCC---ACC-C---TG---A--T------G--TG-AATTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--CAA--AT----G-A-C-G-A-C--------CT-----G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-TT-G-G-A--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAAT
Reference ( gi|27 )           :   TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-AC---TTCC---ACC-C---TG---A--T------G--GA-AATTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------C--CAA--AT----G-A-T-G-A-C--------CT-----G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-TA-G-G-A--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAAT
gi|24                         :   TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------TG-CC-AC---TTC----ACC-C---TGGA-A--T------G--GA-AATTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------C--CAA--AT----G-A-T-G-A-C--------CT-----G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-TA-G-G-A--TT---GT-CA--GAAA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAAT
gi|9                          : agTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-AT---TTCC---ACC-C---TG---A--T------G--TG-AATTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--CCCAAATCAGC--CAA--AT----G-A-C-G-A-C--------CT-----G-GT----GA-A-CGA-G-------------------------T-T--G-G-A--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C------A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--AA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAAT
gi|10                         :   TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCAT--C--A-C---C--A-------CG-CC-AT---TTAC---ACC-C---TG---A--T------G--TG-AATTTT--A-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-C-T-A---A-C-A--C--A--GC-TT-G--C---------C--CAA--AT----G-A-C-G-A-C--------CT-----G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-TT-G-G-A--CT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----AATTTA--TG-G-AAATAATtgtgaa
gi|28                         : agTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA---TCGT--C--A-C---C--T-------CAACC-AT---TTCC---ACC-----TG---A--T------G--GA-A-TTTT--G-A-T---G----AC--T-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--G--A--GC-TC-G--C---------C--CAA--AT----G-A-T-G-A-C--------CT-----G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-TA-G-GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G--AATAATgtgaaa
gi|18                         :  gTTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-T-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-AT---TTCC---ACC-C---TG---A--T------G--TG-ATTTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--T---------C--CAA--AA----G-A-C-A-A-C--------CT-----G-AT----G--A-CGA-G-------------------------T-TT-G-G-A--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--G-----TTT--A-----TTT--G-AAATTT--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAAT
gi|20                         :  gTTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-C-TCAT--C--A-C---C--T-------CG-CC-AT---TTCC---ACC-C---TG---A--T------C--TA-AATTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-A--C---------C--AAA--AT----G-A-T-G-A-A--------CT-----G-GT----G--A-TGA-G-------------------------T-AT-G-G-A--TT---GT-CG--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--AA-A-AAATAATgtgaa
gi|22                         :  gTTCGGA-C--ACT-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-AC---TTCC---ACC-C---TG---A--T------G--GA-AATTTT--GCA-C---G----AC-CC-G-T-TT-G-T-T-A---A-CGA--C--A--GC-TT-G--C---------C--CAA--AT----G-A-T-G-A-C--------TG-----A-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T--G-G-A--TT---GT-CA--G-AA----A---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A------TT--G-AAA--T--A-A--GA--ATAA--AA-----A----A--TG-G-AAATAATgggaaa
gi|1                          : ggTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-AT---TCCC---ACC-C---TG---A--T------G--TG-AATTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------C--CAA--AT----G-A-C-A-A-C--------TT-----G-GT----G--A-CGA-GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TT-G-G-A--TT---GT-CA--G-AG----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--GAAAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAAT
gi|11                         :   TTCG-A-C--G-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------TG-CC-AT---TTCC---GCC-C---TG---A--A------G--TG-ATTTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-T-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--CAA--AT----G-A-C-A-A-C--------CT-----A-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-TT-G-G-A--TT---GT-CA--G-AATAATT---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAATgtgaa
gi|19                         : gaTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TTGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-AT---CTCC---ACC-C---TG---A--G------T--GA-A--TTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-TAT-A---C-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--CAA--AT----G-A-C-A-A-C--------CTT----G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-TT-T-G-A--TT---GT-CA--A-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----T--TG-G-AAATAATgtgaaa
gi|21                         :  gTTCG-A-C--A-C-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------TG-CC-TT---CTCC---ACC-C---TG---A--T------G--TG-ATTTTT--G-A-T---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--T--GC-TC-G--C---------C--CAA--AT----G-A-C-G-A-C--------CT-----G-AT----G--A-CGA-G-------------------------T-AT-G-G-A--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--C--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--T-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAATgtgaaa
gi|17                         :  gTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-CAATC--T--------G-CC-AT---TTCC---ACC-C---TG---A--T------G--TG-AATTTG--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-A-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--CAA--AT----G-A-C-A-A-C--------CT-----G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-TT-G-G-A--TT---GT-CA----AA----T---G---ATA--T--C---T--AT----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--ATCA--CA-----A----A--TG-G-AAATAATgtgaa
gi|29                         :  gTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TC-T--C--A-C---C--T-------C--CC-AC---TTCC---ACC-----TG---A--T------G--AA-AAGTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A-----CC-G--C---------C--CAA--AT----G-A-T-G-ATC--------CG-----G-GT----G--A-CGATG-------------------------T-TT-G-G-A--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTTA-A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-----A-----A----A--TG-G-AAATAAgtgaa
gi|26                         : ggTTCG-A-C--A-T-TC-A-CAAC-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-AT---TTCC---ACC-----TG---A--T------G--TT-AATTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A-----C-A--T--A--GC-TC-G--T---------C--CAA--AT----G-A-T-G-A-C--------TT-----G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-TT-G-G-A--TT----T-CA--G-AA----T---A---ATC--T--A---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AA-G--CA-----A----A--TG-G-AAAg
gi|8                          :   TTCG-A-C--A-T-TC-A-CAAC-TTGT--CCCA-C---CATT-------CG-CC-AT---TTCC---ACC-C---TG---A--T------G--TG-ATTTTT--G-AAC---G----AC-CC-A-T-T--G-T-T-C---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--CAA--AT----G-A-C-ACA-C--------CT-----G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-TT-G-G-A--TT---GT-CA--G-AAA---T---A---TTT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAAccatgg
gi|14                         :  gTTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-TC-AT---TTCC---ACC-C---TG---A--T------G--TG-ATTTCT--G-A-C---G----AC-CT-GTT-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--CAA--ATCAGAA-A-T-G-A-CAAT-----CT-----G-GT----A-----GA-G-------------------------T-TT-G-G-A--TT---GT-CG--A-AA----T---A---TTT--T--C---T--A-----TTA--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-G--CA-----A----A--CG-A-AAATAAcatgaaa
gi|23                         :  gTCCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TTGTGTC--A-C---T--T-------CG-CC-AT---TTCC---ACC-C---TG---AG-T------G--TG-AATTTT--G-A-C---A----ACGCTGG-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-A------------C--CAA--AT------A-C-A-A-C--------CT-----G-GT----G--A-CGA-A-------------------------T-TGTG-G-A--TT---GT-CA--G-AA----T---A---A-T--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G--AA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-ACAAATAcgtgaa
gi|13                         :  gTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---CA-T-------CG-CC-AT---TTCC---ACC-C---TGA--A--T------C--TA-AAATTT--G-A-C---C----AC-CT-G-T-GT-G---T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------A--CAA--AT----G-A-C-GAA-C--------CT-----G-GTGTCAG--A-CGA-G-------------------------T-TT-G-G-A---T---GT-CA--G-AA----T---G---ATT--T--C---T--A------TT--A-----TTT--G-AAA--TGAA-A--GA--AT-A--AC-----A----A--TG-A-GAATAATggt
gi|12                         : ggTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---CA-T-------CG-CC-AT---TTCC---ACC-C---TGA--A--T------C--TA-AAATTT--G-A-C---C----AC-CT-G-T-GT-G---T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------A--CAA--AT----G-A-C-GAA-C--------CT-----G-GTGTCAG--A-CGA-G-------------------------T-T--G-G-A---T---GT-CA--G-AA----TC--G---ATT--T--C---T--A------TT--A-----TTT--G-AAA--TGAA-A--GA--ATAA--CA-----A----A--T--G-AAATAATgtaa
gi|4                          :  gTTCG-A-C--A-T-TC-G-C--C-TCGTT-C--A-C---C--T-------CG-C--AT---TTCC---ACC-C---TG---A--T------GTGAA-AATTTT--G-A-CC--G----AC--T-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A-----A--GC-TC-G--CCCAAATCAGC--CAA--AT----G-A-C-G-A-C--------CT-----G-GT----GA-A-CGA-G-------------------------T-TG-G-A-A--TT---GTCCA--G-AA----T---A---ATT--C--T---C--A-----TTT--A-----TTCTGG-AAA--T--A-A--AA--AT-AC-CA-----A----A--TG-GAAAATAATgtgaa
gi|40                         :   TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-AT---TTCC---ACC-C---TG---A--T------G--TG-AATTCT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A--CC-TC-G--C---------C--CAC--A----------------------------------T----G--A-CGA-G-------------------------T-TT-G-G-A--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATgtgaaa
gi|3                          :  gTTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-A-CTGT--C--A-C------T-------CG-CC-A----TTCC---ACC-C----G---A--TCT----G--AA-ATTTTT--G-A-T---G----AC-CTTG-TATT-G-T-T-A---A-C-A--TTAA--GA-TC-G--C---------C--CAA--AT----G-A-C-G-A-C--------CT-----GAGT----GCAG-CGA-G-------------------------T-AA-TCG-A--TT---GT-CA--G-AA----TTT-A---ATT--T--C---T--A-----ATT--A-----TTTT-G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----AATTA-A-AAATAAT
gi|2                          : ggTTCG-A-TCAA-T-TC-G-CA-CCTCGT--CG-A-C---C--TGTTCAGTCG-CC-ACACTTTCC---ACC-CGT-TGCGAA--T------G--GA-AATTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-G-TT-G-T-TAA---A-C-A--CG-A--GC-TC-G------------C--CAA--AT----G-ACT-G-A-C--------CTG----G-GT----G--AGCG--G-------------------------TATA-G-G-A--TT----T-CAT-G-AA----T---ATATATTGAT--C---T--A-----TCT--A-----ATT--G-AAA--T--A-A--AA--TT-AATCA-----A----A--TG-G-AAATAAtttaaaaa
gi|36                         :   TTCG-A-C--A-T-TA-A-CA-T-TTGT--C--A-C---C--T-------CA-TC-AT---TTTC---ACC-C---TG---A--TTCTGATG--TG-ATTTTT--G-A-T---G----AC-CA-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-C--T--A--GA-TT-A--C---------C--CAA--AT----A-A-T-G-A-C--------CT-----G-GT----G--A-TGA-G-------------------------T-TT-G-A-T--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTc
gi|38                         :   TTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-AA---TGCC---ATG-C---TG---ATCT------G--G---ATTTT--G-A-T---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--G--A--GC-TC-G--C---------C--CAT--AT----G-A-C-A-A-C--------CT-----G-AT----G--A-CGA-G-------------------------T-TT-A-A-A--TT---G
gi|37                         : ggTTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-C-TTGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-AT---TTCC---ACA-C---TG---A--TCT----G--GA---TTTT--T-A-C---ATTGAAC-CT-G-T-AT-G-T-T-T---A-C-A--T--A--GA-TC-G--T---------C--CAA--AT----G-A-C-G-A-C--------TT-----G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-AT-C-G-A--TT---GT-CA--G-AA----T---T---ATT--T--
gi|39                         :   TTCG-A-C--A-T-TT-G-GC-C-TCGT--C--AAC---C--T-------CG-CC-AT---TTCC---ACC-----TG---A--T------G--TATAATTTT--G-A-C---G----A--CT-GTT-TT-G-T-GAA---A-A-A--C--A--GC-T--G--C---------C--CAA--CT--------T-G-A-C----------------------------CGA-GT------------------------T-TT-G-G-AATTT---GT-CA--
gi|47                         : ggTTCG-A-C--A-T-TC-G-CG-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CA-CC-AT---TTTC---ACC-C---
gi|48                         : ggTTCG-A-C--T-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---T--T-------CG-CC-AT---TTCC---ACC-C---
gi|7                          :  ggTCG-A-C--T-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CA-CC-AT---TTCC---ACC-C---TG---A--T------G--TG-ATTTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--CAA--AT----G-A-C-A-G-CCTAG----CT-----G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-TT-G-G-A--TT---GT-CA--A-AA----T---A---TTT--T--T---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CAAAATTA----A--TG-A-AAATAAT
gi|15                         : ggcTTG-A-C--A-T-TCCG-CA---TCGT-----A-C---C--T-------CGACC-AC---T--C---ACC-C---TG---A--T------G-----AATTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT---T-T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------C--C-A--AT----G-ATT-G-A-C--------TC-----G-CG----G--A-CG--G-------------------------TGTA-GAG-A--TT---GT-CA--G-AA----TTAAA---ACT--TGACA--T--AAATCCTTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-G--GG--A--A--CA-----A----A--TG-A-AAATAATgtgaa
gi|31                         :  ggTTG-A-C----T-TC---CA-T-TCG---C--A-C---C--T-------CG-CC-AT---TTCC----CC-C---T----A--T------G-----AATTTT----A-C---G----AC-C--G-T-T----T-T-A---A-C-A--T--A--AC-TC-GGTC---------C--CAA--AA----A-A-CAA-A-C--------CT-----GAAT----G--A-CGA---------------------------T-T----G-A--TT----T-CA--GAAA----T---A---ATT--T--CGTTT--A-----TTTAAA-----TTT--C-AAA--T--A-A--AA--AT-----------A----A--TGTG-AAAgtaa
gi|35                         :    TCG-AGC--A-T-TC-GGCA-C-TCGT--C--A-C------T-------CG-C--AG---TTC----ACC----------------------------TTTTAAG-A-T---G----AC---------T-G-T-T-G---A-T-A--------GC--C-G--C---------C---------------A-T-GCA-A--------CT-----G-G--------A-CGA-G-------------------------T-TT-G-G-G--AT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---TACA-----TTC--A-----TTT--G-AAA--T----A--GA--AT-A--CAAT---A----A--TGTG-AAAaga
gi|32                         :    gCG-A-T--A-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------AG-CC-AT---TTCC---ACC-C---TG---A--T------G--TG-ATTTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-C-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--CAA--AT----G-A-C-A-A----------CT-----G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-TT-G-G-A--TT---GT-CA--A-AA----T-------ATT--T--CG--T--A-----TTT--A-----TAC----AAA--T--G-A--AA--AT-A---A-----C----A--TG-A-AAA
gi|5                          :      G-A-A--A-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-AT---TTCCC--ACC-C---TGG--A--T------G--TG-AATTAT--G-A-C---G----AC-CA-G-T-TT-GAT-T-A---A-C-A--T--A--GC-TCTG--C---------C--CAATAATT---G-A-C-G-A-C--------CTC----G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-TT-G-G-A--TTTTTGT-CG--A-AT----T---A---ATT--G--C---T--A-----TTT--A-----TCT--G-AAA--T--A-G--CA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAA
gi|25                         : ggtcgG-A-C--A-TGTC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CA-CC-AT---T--C---ACC-----TG---A---------G--TG-AATTTT--G-A-T---G----AC-CC-G-T-TT-G-T-T-A---A---A--T--A--GC-TC-G------------C--CAA--AT----G-A-C-A-A-C--------TT-----C-GT----A--A-CGA-G-------------------------T-TT-T-G-G--TT----T-CA--G-AA----TA--A---ATT--T--C---TG-A-----TTT--AG----TTT--G-AAAT-T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAAcgtgga
gi|16                         :      t-A-C--A-A-TG-G-CA-C-TCGTG-T--A-C---CCAT-------CG-CA-AT---TTTCCAAACCGC---TG---A--T------T--GT-AATTTT--G-AAC---GGA--AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---G-C-AACT--A--GC-TC-G--CG--------C--CAA--AT----G-A-C-GAA-G--------CT-----G-GT----G--A--GA-G-------------------------T-TG-G-C-C--TT---GC-CA--G--A----T---A---TGT--T--C---G--A-----TTT--A-----TTT--T-AAA--T--ACA--GAAGATAA--CA-----A----A--TG-G-GAATcgttgaa
gi|43                         :         -C--A-T-TC-A-CA-C-TCGT--T--A-C---C--T-------CG-CCCAT---TTCC---ACC-C----G---A--T------G--GA-AATTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C----T--A--GC-TC-G--C---------C--CAA--AT----GTA-C-G------------CT-----G-AT----G--A-CGA-T-------------------------T-T--G-G-A--TT---GTACA--G-ca
gi|34                         :                -TC-G-CA---TCGT--C--A-CATTC--T-------CG-C--AT---TTCC---ACC-C---TG---A--T------G--GA-A--TTT--G-AAC---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A------------C-G--C---------T--GAG--AT--------T-G-A-C--------CT-----G-GT----G--A--GA-G-------------------------T-GA-G-G-A--TT---GT--A--G-AA----T---A-----T--T--C---T--A-----TTT--A-----TT-----GAA--T--A-A--G---AT-A--CG-----A----T--TG-G-AA
gi|33                         :        ggtttgtc-TC-G-CA---TCGT--C--A-CATTC--T-------CG-C--AT---TTCC---ACC-C---TG---A--T------G--GA-A--TTT--G-AAC---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A------------C-G--C---------T--GAG--AT--------T-G-A-C--------CT-----G-GT----G--A--GA-G-------------------------T-GA-G-G-A--TT---GT--A--G-AA----T---A-----T--T--C---T--A-----TTT--A-----TT-----GAA--T--A-A--G---AT-A--CG-----A----T--TG-G-AAta
gi|41                         :               ggtttgtcA-C-TTGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-AT---TTCC---ACC-C---TG---A--T------G--TG-AATTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--CAA--AT----G-A-C-G-A-C--------CT-----G-GT----G--A-CAA-G-------------------------T-TT-G-G-A--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATta
gi|30                         :                            CGT--T--A-CT--C--T-------CG-CC-AT---TTCC---ACT-CCCGTG---A--T------G--GA-AATTT---G-A-CCCGA----AC-CT-G-T-TTTG-T-T-A---AAC-A--C--A--GCCTC-G--C---------C--CAA--AT----G-A-T-G-A-C--------CTC----G-GT----G--A-CGG-A-------------------------G-TA-G-G-A--TT---GT-CAGTG-AA----TAA-A---ATT--T--C---TA-A-----TTT--A-----TT-----GAA--T--A-ACTGC--TG-A--CA-----A----C--TG-G-AAA
gi|50                         :                                                                 TCC---ACC-C---TG---A--T------G--TG-AATTTT--G-A-C---G----AC-C
gi|46                         :                                                                 atc---ACC-C---TG---A--T------G--TG-GTTTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-
gi|6                          :                                                                                                      TTTG--G-A-C--------AC-CT-G-T-TT-G-T-T-ATAAA-C-A--T--AAAGC-TT-G--C---------CTCCAA--AT----G---T-C-A-CACTGTCTCCTTTTTCG-GT-------A-CGA-G-------------------------T-TT-G-A-T--TT---GT-CA--G-AA----T---AC--ATC--C--T---T--A-----TTT--AATATCTTT--A-AGA-----A-A--AA--AT----CA-----A----A--
gi|42                         :                                                                                                          atttacacttgactgct-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--T---------C--CAA--AT----G-A-C-T-A-C--------CT-----G-GT----A--A-CGA-G-------------------------T-TT-G-G-A--TT---GT-TA--G-AA----G---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----AAT--G-AAA--T--A-A--GA--TT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAATcaatacaactacgtataaaataatgttttgaaaag
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                           T----G--A-CGA-G-------------------------T-TT-G-G-A--TT---GT-CA--G--A----T---A---A-G--T--C---T--A-----TTTAAA-----TTT----AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----T--AG-A-AAATAAgtgaaa
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                              attcgcactccctcatgtcgccaT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--C-----------A--TA-G-AAATAGTaaaatgttaaaag

Unaligned ( gi|49 ): TTGTCCGGGACAAATGAAAACCCAGTTACTTTTAAATA

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                     1111111111111111111111111                                                                                                                                 
lowQualScore                  :            1 1 11 1 1  1 1  1 1    33 22 0 555 44 3333333  1  0 111     222   0 222  555 0 333333 0 22  11    11 1 1 111 3333  0  1 1 0  0 0 0 1 111 0 0 33333 11  0  0 11 888888888 11 3333333  11  0 2222 0 1 3 0 2222  77777777 1  3333 33 1   0 0000000000000000000000000 1 1 11   11  111  1  22 2  3333 444 222   11 11 333 33 33333   33 44444   11 1   22 22 1 11  11  4 22  44444 2222 11  2 2       
lowQualScore                  :            . . .. . .  . .  . .    .. .. . ... .. .......  .  . ...     ...   . ...  ... . ...... . ..  ..    .. . . ... ....  .  . . .  . . . . ... . . ..... ..  .  . .. ......... .. .......  ..  . .... . . . . ....  ........ .  .... .. .   . ......................... . . ..   ..  ...  .  .. .  .... ... ...   .. .. ... .. .....   .. .....   .. .   .. .. . ..  ..  . ..  ..... .... ..  . .       
lowQualScore                  :            1 0 44 0 0  0 0  9 0    11 22 9 888 44 0000000  9  9 666     444   9 777  666 9 555555 4 22  22    22 8 8 666 2222  9  8 8 9  9 9 9 8 666 9 9 66666 22  9  9 33 444444444 33 0000000  33  9 9999 9 9 7 9 0000  11111111 9  9999 11 8   9 0000000000000000000000000 8 8 22   22  666  8  22 8  3333 999 666   44 44 888 55 66666   99 77777   44 1   55 99 1 44  44  2 55  11111 2222 44  2 2       
consensus                     :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAAT
Reference ( family-569 )      :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAAT
gi|1                          :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTCCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-A-A-C----TT--------G-GT----G--A-CGA-GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AG----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--GAAAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAAT
gi|10                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCAT--C--A-C---C--A-------CG-CC-A---TTTAC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTT--A-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-C-T-A---A-C-A--C--A--GC-TT-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--CT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----AATTTA--TG-G-AAATAATgtgaa
gi|11                         :      agTTCG-A-C--G-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------TG-CC-A---TTTCC---GCC-C---TG---A-A------GTG--AT--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-T-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-A-A-C----CT--------A-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AATAATT---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAATgtgaaa
gi|12                         :      gaTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---CA-T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TGA--A-T------CTA--AA--ATTT--G-A-C---C----AC-CT-G-T-GT-G---T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------A--C-------AA--AT-G----A-C-GAA-C----CT--------G-GTGTCAG--A-CGA-G---------------------------T-T--GGA---T---GT-CA--G-AA----TC--G---ATT--T--C---T--A------TT--A-----TTT--G-AAA--TGAA-A--GA--ATAA--CA-----A----A--T--G-AAATAATgtgaaa
gi|13                         :       gTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---CA-T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TGA--A-T------CTA--AA--ATTT--G-A-C---C----AC-CT-G-T-GT-G---T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------A--C-------AA--AT-G----A-C-GAA-C----CT--------G-GTGTCAG--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA---T---GT-CA--G-AA----T---G---ATT--T--C---T--A------TT--A-----TTT--G-AAA--TGAA-A--GA--AT-A--AC-----A----A--TG-A-GAATAATgtgaa
gi|14                         :      ggTTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-TC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AT--TTCT--G-A-C---G----AC-CT-GTT-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--CAAATCAGAA--AT-G----A-C-A-A-T----CT--------G-GT----A-----GA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CG--A-AA----T---A---TTT--T--C---T--A-----TTA--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-G--CA-----A----A--CG-A-AAATAAgtaa
gi|15                         :        gTTG-A-C--A-T-TCCG-CA---TCGT-----A-C---C--T-------CGACC-A---CT--C---ACC-C---TG---A-T------G----AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT---T-T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------C--C--------A--AT-G----ATT-G-A-C----TC--------G-CG----G--A-CG--G-------------------------T-G-TAGAGA--TT---GT-CA--G-AA----TTAAA---ACT--TGACA--T--AAATCCTTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-G--GG--A--A--CA-----A----A--TG-A-AAATAATcgtgaa
gi|16                         :          gg-A-C--A-A-TG-G-CA-C-TCGTG-T--A-C---CCAT-------CG-CA-A---TTTTCCAAACCGC---TG---A-TT-----GT---AA--TTTT--G-AAC---GGA--AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---G-C-AACT--A--GC-TC-G--CG--------C--C-------AA--AT-G----A-C-GAA-G----CT--------G-GT----G--A--GA-G-------------------------T-T-G--GCC--TT---GC-CA--G--A----T---A---TGT--T--C---G--A-----TTT--A-----TTT--T-AAA--T--ACA--GAAGATAA--CA-----A----A--TG-G-GAATgtaa
gi|17                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-CAATC--T--------G-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTG--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-A-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-A-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA----AA----T---G---ATA--T--C---T--AT----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--ATCA--CA-----A----A--TG-G-AAATAATca
gi|18                         :       gTTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-T-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AT--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--T---------C--C-------AA--AA-G----A-C-A-A-C----CT--------G-AT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--G-----TTT--A-----TTT--G-AAATTT--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAATgtgaa
gi|19                         :       gTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TTGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TCTCC---ACC-C---TG---A--------GTG--AA--TTT---G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-TAT-A---C-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-A-A-C----CTT-------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--TGA--TT---GT-CA--A-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----T--TG-G-AAATAATgtgaa
gi|2                          :       gTTCG-A-TCAA-T-TC-G-CA-CCTCGT--CG-A-C---C--TGTTCAGTCG-CC-ACACTTTCC---ACC-CGT-TGCGAA-T------GGA--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-G-TT-G-T-TAA---A-C-A--CG-A--GC-TC-G------------C--C-------AA--AT-G----A-CTG-A-C----CTG-------G-GT----G--AGCG--G-------------------------TAT-A--GGA--TT----T-CAT-G-AA----T---ATATATTGAT--C---T--A-----TCT--A-----ATT--G-AAA--T--A-A--AA--TT-AATCA-----A----A--TG-G-AAATAAgtgaaa
gi|20                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-C-TCAT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------CTA--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-A--C---------C--A-------AA--AT-G----A-T-G-A-A----CT--------G-GT----G--A-TGA-G-------------------------T-A-T--GGA--TT---GT-CG--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--AA-A-AAATAATc
gi|21                         :       gTTCG-A-C--A-C-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------TG-CC-T---TCTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AT--TTTT--G-A-T---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--T--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------G-AT----G--A-CGA-G-------------------------T-A-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--C--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--T-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAATgggaaa
gi|22                         :       gTTCGGA-C--ACT-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---CTTCC---ACC-C---TG---A-T------GGA--AA--TTTT--GCA-C---G----AC-CC-G-T-TT-G-T-T-A---A-CGA--C--A--GC-TT-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-T-G-A-C----TG--------A-GT----G--A-CGA-G---------------------------T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----A---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A------TT--G-AAA--T--A-A--GA--ATAA--AA-----A----A--TG-G-AAATAATgtgaa
gi|23                         :      ggTCCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TTGTGTC--A-C---T--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---AGT------GTG--AA--TTTT--G-A-C---A----ACGCTGG-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-A------------C--C-------AA--AT------A-C-A-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-A-------------------------T-TGT--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---A-T--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G--AA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-ACAAATA
gi|24                         :       gTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------TG-CC-A---CTTC----ACC-C---TGGA-A-T------GGA--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-T-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-A--GGA--TT---GT-CA--GAAA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAATggt
gi|25                         :         agG-A-C--A-TGTC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CA-CC-A---TT--C---ACC-----TG---A--------GTG--AA--TTTT--G-A-T---G----AC-CC-G-T-TT-G-T-T-A---A---A--T--A--GC-TC-G------------C--C-------AA--AT-G----A-C-A-A-C----TT--------C-GT----A--A-CGA-G-------------------------T-T-T--TGG--TT----T-CA--G-AA----TA--A---ATT--T--C---TG-A-----TTT--AG----TTT--G-AAAT-T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAA
gi|26                         :       tTTCG-A-C--A-T-TC-A-CAAC-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-----TG---A-T------GTT--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A-----C-A--T--A--GC-TC-G--T---------C--C-------AA--AT-G----A-T-G-A-C----TT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT----T-CA--G-AA----T---A---ATC--T--A---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AA-G--CA-----A----A--TG-G-AAAcgttgaa
gi|27                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---CTTCC---ACC-C---TG---A-T------GGA--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-T-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-A--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAATccatgg
gi|28                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA---TCGT--C--A-C---C--T-------CAACC-A---TTTCC---ACC-----TG---A-T------G-G--AA--TTTT--G-A-T---G----AC--T-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--G--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-T-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-TAG--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G--AATAAT
gi|29                         :       gTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TC-T--C--A-C---C--T-------C--CC-A---CTTCC---ACC-----TG---A-T------GAA--AA--GTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A-----CC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-T-G-ATC----CG--------G-GT----G--A-CGATG-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTTA-A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-----A-----A----A--TG-G-AAATAA
gi|3                          :      ggTTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-A-CTGT--C--A-C------T-------CG-CC-A---TT-CC---ACC-C----G---A-T------CTG--AAATTTTT--G-A-T---G----AC-CTTG-TATT-G-T-T-A---A-C-A--TTAA--GA-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------GAGT----GCAG-CGA-G-------------------------TAA-T--CGA--TT---GT-CA--G-AATT--T---A---ATT--T--C---T--A-----ATT--AT----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----AATTA-A-AAATAATg
gi|30                         :                               ggCGT--T--A-CT--C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACT-CCCGTG---A-T------G-G--AA--ATTT--G-A-CCCGA----AC-CT-G-T-TTTG-T-T-A---AAC-A--C--A--GCCTC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-T-G-A-C----CTC-------G-GT----G--A-CGG-A-------------------------G-T-A--GGA--TT---GT-CAGTG-AA----TAA-A---ATT--T--C---TA-A-----TTT--A-----TT-----GAA--T--A-ACTGC--TG-A--CA-----A----C--TG-G-AAAtttaaaaa
gi|31                         :         TTG-A-C----T-TC---CA-T-TCG---C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC----CC-C----------T------ATG--AA--TTTT----A-C---G----AC-C--G-T-T----T-T-A---A-C-A--T--A--AC-TC-GGTC---------C--C-------AA--AA-A----A-CAA-A-C----CT--------GAAT----G--A-CGA---------------------------T-T-----GA--TT----T-CA--GAAA----T---A---ATT--T--CGTTT--A-----TTTAAA-----TTT--C-AAA--T--A-A--AA--AT-----------A----A--TGTG-AAA
gi|32                         :          CG-A-T--A-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------AG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AT--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-C-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-A-A------CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--A-AA----T-------ATT--T--CG--T--A-----TTT--A-----TAC----AAA--T--G-A--AA--AT-A---A-----C----A--TG-A-AAAaga
gi|33                         :                     -TC-G-CA---TCGT--C--A-CATTC--T-------CG-C--A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------G-G--AA--TTTG--A-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A------------C-G--C---------T--G-------AG--AT--------T-G-A-C----CT--------G-GT----G--A--GA-G-------------------------T-G-A--GGA--TT---GT--A--G-AA----T---A-----T--T--C---T--A-----TTT--A-----TT-----GAA--T--A-A--G---AT-A--CG-----A----T--TG-G-AA
gi|34                         :             ggtttgtc-TC-G-CA---TCGT--C--A-CATTC--T-------CG-C--A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------G-G--AA--TTTG--A-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A------------C-G--C---------T--G-------AG--AT--------T-G-A-C----CT--------G-GT----G--A--GA-G-------------------------T-G-A--GGA--TT---GT--A--G-AA----T---A-----T--T--C---T--A-----TTT--A-----TT-----GAA--T--A-A--G---AT-A--CG-----A----T--TG-G-AAta
gi|35                         : ggtttgtcTCG-AGC--A-T-TC-GGCA-C-TCGT--C--A-C------T-------CG-CA-G---TT--C---ACC----------------------------TTTTAAG-A-T---G----AC---------T-G-T-T-G---A------T--A--GC--C-G--C---------C--------------AT-G------C-A-A-C-----T--------G-G--------A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGG--AT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---TACA-----TTC--A-----TTT--G-AAA--T----A--GA--AT-A--CAAT---A----A--TGTG-AAAta
gi|36                         :       gTTCG-A-C--A-T-TA-A-CA-T-TTGT--C--A-C---C--T-------CA-TC-A---TTTTC---ACC-C---TG---A-TTCTGATGTG--AT--TTTT--G-A-T---G----AC-CA-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-C--T--A--GA-TT-A--C---------C--C-------AA--AT-A----A-T-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-TGA-G-------------------------T-T-T--GAT--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TT
gi|37                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-C-TTGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACA-C---TG---A-T------CTG--GA--TTTT--T-A-C---ATTGAAC-CT-G-T-AT-G-T-T-T---A-C-A--T--A--GA-TC-G--T---------C--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----TT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-A-T--CGA--TT---GT-CA--G-AA----T---T---ATT--T--
gi|38                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---ATGCC---ATG-C---TG---A-T------CTG--GA--TTTT--G-A-T---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--G--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AT--AT-G----A-C-A-A-C----CT--------G-AT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--AAA--TT---G
gi|39                         :      ggTTCG-A-C--A-T-TT-G-GC-C-TCGT--C--AAC---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---A-C-C---TG---A-T------GTAT-AA--TTTT--G-A-C---G----A--CT-GTT-TT-G-T-GAA---A-A-A--C--A--GC-T--G--C---------C--C-------AA-----------------------CT-----------T----G--ACCGA-GT------------------------T-T-T--GGAATTT---GT-CA--
gi|4                          :      ggTTCG-A-C--A-T-TC-G-C--C-TCGTT-C--A-C---C--T-------CG-C--A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTGAAAA--TTTT--G-ACC---G----A--CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A-----A--GC-TC-G--CCCAAATCAGC--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------G-GT----GA-A-CGA-G-------------------------T-T-G--GAA--TT---GTCCA--G-AA----T---A---ATT--C--T---C--A-----TTT--A-----TTCTGG-AAA--T--A-A--AA--AT-AC-CA-----A----A--TG-GAAAATAAT
gi|40                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTCT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A--CC-TC-G--C---------C--C-------AC--A---------------------------------T----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATgtgaaa
gi|41                         :                           gA-C-TTGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-CAA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---AT
gi|42                         :                                                                                                                                -CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--T---------C--C-------AA--AT-G----A-C-T-A-C----CT--------G-GT----A--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-TA--G-AA----G---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----AAT--G-AAA--T--A-A--GA--TT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAAT
gi|43                         :              -C--A-T-TC-A-CA-C-TCGT--T--A-C---C--T-------CG-CCCA---TTTCC---ACC-C----G---A-T------GGA--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C----T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-GT---A-C-G--------CT--------G-AT----G--A-CGA---------------------------T-T-T--GGA--TT---GTACA--G-gtgaaa
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                      T----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G--A----T---A---A-G--T--C---T--A-----TTTAAA-----TTT----AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----T--AG-A-AAATAA
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         attcgcactccctcatgtcgccaT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--C-----------A--TA-G-AAATAGTaaaatgttaaaag
gi|46                         :                                                                         ---ACC-C---TG---A-T------GTG--GT--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-gtgaaaa
gi|47                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CG-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CA-CC-A---TTTTC---ACC-C---
gi|48                         :      ggTTCG-A-C--T-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---T--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---
gi|5                          :         ggG-A-A--A-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCCC--ACC-C---TGG--A-T------GTG--AA--TTAT--G-A-C---G----AC-CA-G-T-TT-GAT-T-A---A-C-A--T--A--GC-TCTG--C---------C--C-------AATAATTG----A-C-G-A-C----CTC-------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TTTTTGT-CG--A-AT----T---A---ATT--G--C---T--A-----TTT--A-----TCT--G-AAA--T--A-G--CA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAA
gi|50                         :                                                          ggtcg-A---TCTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-Ccgtgga
gi|6                          :                                                               -A---TTTAC---ACT-----TG---A-C-------TG--CT--TTTG--G-A-C--------AC-CT-G-T-TT-G-T-T-ATAAA-C-A--T--AAAGC-TT-G--C---------CTCC-------AA--AT-GTCACA-C-T-G-T----CTCCTTTTTCG-GT-------A-CGA-G-------------------------T-T-T--GAT--TT---GT-CA--G-AA----T---AC--ATC--C--T---T--A-----TTT--AATATCTTT--A-AGA-----A-A--AA--AT----CA-----A----A--
gi|7                          :         TCG-A-C--T-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CA-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AT--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-A-G-CCTAGCT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--A-AA----T---A---TTT--T--T---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CAAAATTA----A--TG-A-AAATAATcaatacaactacgtataaaataatgttttgaaaag
gi|8                          :     ggcTTCG-A-C--A-T-TC-A-CAAC-TTGT--CCCA-C---CATT-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AT--TTTT--GAA-C---G----AC-CC-A---TT-G-T-T-C---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-ACA-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--GAAA----T---A---TTT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAAgtgaa
gi|9                          :       gTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--CCCAAATCAGC--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------G-GT----GA-A-CGA-G---------------------------T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C------A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--AA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAATcatgaaa

Unaligned ( gi|49 ): TTGTCCGGGACAAATGAAAACCCAGTTACTTTTAAATA

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                     1111111111111111111111111                                                                                                                                 
lowQualScore                  :            1 1 11 1 1  1 1  1 1    33 22 0 555 44 3333333  1  0 111     222   0 222  555 0 333333 0 22  11    11 1 1 111 3333  0  1 1 0  0 0 0 1 111 0 0 33333 11  0  0 11 888888888 11 3333333  11  0 2222 0 1 3 0 2222  77777777 1  3333 33 1   0 0000000000000000000000000 1 1 11   11  111  1  22 2  3333 444 222   11 11 333 33 33333   33 44444   11 1   22 22 1 11  11  4 22  44444 2222 11  2 2       
lowQualScore                  :            . . .. . .  . .  . .    .. .. . ... .. .......  .  . ...     ...   . ...  ... . ...... . ..  ..    .. . . ... ....  .  . . .  . . . . ... . . ..... ..  .  . .. ......... .. .......  ..  . .... . . . . ....  ........ .  .... .. .   . ......................... . . ..   ..  ...  .  .. .  .... ... ...   .. .. ... .. .....   .. .....   .. .   .. .. . ..  ..  . ..  ..... .... ..  . .       
lowQualScore                  :            1 0 44 0 0  0 0  9 0    11 22 9 888 44 0000000  9  9 666     444   9 777  666 9 555555 4 22  22    22 8 8 666 2222  9  8 8 9  9 9 9 8 666 9 9 66666 22  9  9 33 444444444 33 0000000  33  9 9999 9 9 7 9 0000  11111111 9  9999 11 8   9 0000000000000000000000000 8 8 22   22  666  8  22 8  3333 999 666   44 44 888 55 66666   99 77777   44 1   55 99 1 44  44  2 55  11111 2222 44  2 2       
consensus                     :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAAT
Reference ( family-569 )      :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAAT
gi|1                          :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTCCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-A-A-C----TT--------G-GT----G--A-CGA-GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AG----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--GAAAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAAT
gi|10                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCAT--C--A-C---C--A-------CG-CC-A---TTTAC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTT--A-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-C-T-A---A-C-A--C--A--GC-TT-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--CT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----AATTTA--TG-G-AAATAATgtgaa
gi|11                         :      agTTCG-A-C--G-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------TG-CC-A---TTTCC---GCC-C---TG---A-A------GTG--AT--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-T-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-A-A-C----CT--------A-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AATAATT---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAATgtgaaa
gi|12                         :      gaTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---CA-T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TGA--A-T------CTA--AA--ATTT--G-A-C---C----AC-CT-G-T-GT-G---T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------A--C-------AA--AT-G----A-C-GAA-C----CT--------G-GTGTCAG--A-CGA-G---------------------------T-T--GGA---T---GT-CA--G-AA----TC--G---ATT--T--C---T--A------TT--A-----TTT--G-AAA--TGAA-A--GA--ATAA--CA-----A----A--T--G-AAATAATgtgaaa
gi|13                         :       gTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---CA-T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TGA--A-T------CTA--AA--ATTT--G-A-C---C----AC-CT-G-T-GT-G---T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------A--C-------AA--AT-G----A-C-GAA-C----CT--------G-GTGTCAG--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA---T---GT-CA--G-AA----T---G---ATT--T--C---T--A------TT--A-----TTT--G-AAA--TGAA-A--GA--AT-A--AC-----A----A--TG-A-GAATAATgtgaa
gi|14                         :      ggTTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-TC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AT--TTCT--G-A-C---G----AC-CT-GTT-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--CAAATCAGAA--AT-G----A-C-A-A-T----CT--------G-GT----A-----GA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CG--A-AA----T---A---TTT--T--C---T--A-----TTA--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-G--CA-----A----A--CG-A-AAATAAgtaa
gi|15                         :        gTTG-A-C--A-T-TCCG-CA---TCGT-----A-C---C--T-------CGACC-A---CT--C---ACC-C---TG---A-T------G----AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT---T-T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------C--C--------A--AT-G----ATT-G-A-C----TC--------G-CG----G--A-CG--G-------------------------T-G-TAGAGA--TT---GT-CA--G-AA----TTAAA---ACT--TGACA--T--AAATCCTTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-G--GG--A--A--CA-----A----A--TG-A-AAATAATcgtgaa
gi|16                         :          gg-A-C--A-A-TG-G-CA-C-TCGTG-T--A-C---CCAT-------CG-CA-A---TTTTCCAAACCGC---TG---A-TT-----GT---AA--TTTT--G-AAC---GGA--AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---G-C-AACT--A--GC-TC-G--CG--------C--C-------AA--AT-G----A-C-GAA-G----CT--------G-GT----G--A--GA-G-------------------------T-T-G--GCC--TT---GC-CA--G--A----T---A---TGT--T--C---G--A-----TTT--A-----TTT--T-AAA--T--ACA--GAAGATAA--CA-----A----A--TG-G-GAATgtaa
gi|17                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-CAATC--T--------G-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTG--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-A-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-A-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA----AA----T---G---ATA--T--C---T--AT----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--ATCA--CA-----A----A--TG-G-AAATAATca
gi|18                         :       gTTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-T-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AT--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--T---------C--C-------AA--AA-G----A-C-A-A-C----CT--------G-AT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--G-----TTT--A-----TTT--G-AAATTT--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAATgtgaa
gi|19                         :       gTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TTGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TCTCC---ACC-C---TG---A--------GTG--AA--TTT---G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-TAT-A---C-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-A-A-C----CTT-------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--TGA--TT---GT-CA--A-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----T--TG-G-AAATAATgtgaa
gi|2                          :       gTTCG-A-TCAA-T-TC-G-CA-CCTCGT--CG-A-C---C--TGTTCAGTCG-CC-ACACTTTCC---ACC-CGT-TGCGAA-T------GGA--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-G-TT-G-T-TAA---A-C-A--CG-A--GC-TC-G------------C--C-------AA--AT-G----A-CTG-A-C----CTG-------G-GT----G--AGCG--G-------------------------TAT-A--GGA--TT----T-CAT-G-AA----T---ATATATTGAT--C---T--A-----TCT--A-----ATT--G-AAA--T--A-A--AA--TT-AATCA-----A----A--TG-G-AAATAAgtgaaa
gi|20                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-C-TCAT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------CTA--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-A--C---------C--A-------AA--AT-G----A-T-G-A-A----CT--------G-GT----G--A-TGA-G-------------------------T-A-T--GGA--TT---GT-CG--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--AA-A-AAATAATc
gi|21                         :       gTTCG-A-C--A-C-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------TG-CC-T---TCTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AT--TTTT--G-A-T---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--T--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------G-AT----G--A-CGA-G-------------------------T-A-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--C--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--T-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAATgggaaa
gi|22                         :       gTTCGGA-C--ACT-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---CTTCC---ACC-C---TG---A-T------GGA--AA--TTTT--GCA-C---G----AC-CC-G-T-TT-G-T-T-A---A-CGA--C--A--GC-TT-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-T-G-A-C----TG--------A-GT----G--A-CGA-G---------------------------T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----A---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A------TT--G-AAA--T--A-A--GA--ATAA--AA-----A----A--TG-G-AAATAATgtgaa
gi|23                         :      ggTCCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TTGTGTC--A-C---T--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---AGT------GTG--AA--TTTT--G-A-C---A----ACGCTGG-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-A------------C--C-------AA--AT------A-C-A-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-A-------------------------T-TGT--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---A-T--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G--AA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-ACAAATA
gi|24                         :       gTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------TG-CC-A---CTTC----ACC-C---TGGA-A-T------GGA--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-T-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-A--GGA--TT---GT-CA--GAAA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAATggt
gi|25                         :         agG-A-C--A-TGTC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CA-CC-A---TT--C---ACC-----TG---A--------GTG--AA--TTTT--G-A-T---G----AC-CC-G-T-TT-G-T-T-A---A---A--T--A--GC-TC-G------------C--C-------AA--AT-G----A-C-A-A-C----TT--------C-GT----A--A-CGA-G-------------------------T-T-T--TGG--TT----T-CA--G-AA----TA--A---ATT--T--C---TG-A-----TTT--AG----TTT--G-AAAT-T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAA
gi|26                         :       tTTCG-A-C--A-T-TC-A-CAAC-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-----TG---A-T------GTT--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A-----C-A--T--A--GC-TC-G--T---------C--C-------AA--AT-G----A-T-G-A-C----TT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT----T-CA--G-AA----T---A---ATC--T--A---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AA-G--CA-----A----A--TG-G-AAAcgttgaa
gi|27                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---CTTCC---ACC-C---TG---A-T------GGA--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-T-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-A--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAATccatgg
gi|28                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA---TCGT--C--A-C---C--T-------CAACC-A---TTTCC---ACC-----TG---A-T------G-G--AA--TTTT--G-A-T---G----AC--T-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--G--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-T-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-TAG--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G--AATAAT
gi|29                         :       gTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TC-T--C--A-C---C--T-------C--CC-A---CTTCC---ACC-----TG---A-T------GAA--AA--GTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A-----CC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-T-G-ATC----CG--------G-GT----G--A-CGATG-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTTA-A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-----A-----A----A--TG-G-AAATAA
gi|3                          :      ggTTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-A-CTGT--C--A-C------T-------CG-CC-A---TT-CC---ACC-C----G---A-T------CTG--AAATTTTT--G-A-T---G----AC-CTTG-TATT-G-T-T-A---A-C-A--TTAA--GA-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------GAGT----GCAG-CGA-G-------------------------TAA-T--CGA--TT---GT-CA--G-AATT--T---A---ATT--T--C---T--A-----ATT--AT----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----AATTA-A-AAATAATg
gi|30                         :                               ggCGT--T--A-CT--C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACT-CCCGTG---A-T------G-G--AA--ATTT--G-A-CCCGA----AC-CT-G-T-TTTG-T-T-A---AAC-A--C--A--GCCTC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-T-G-A-C----CTC-------G-GT----G--A-CGG-A-------------------------G-T-A--GGA--TT---GT-CAGTG-AA----TAA-A---ATT--T--C---TA-A-----TTT--A-----TT-----GAA--T--A-ACTGC--TG-A--CA-----A----C--TG-G-AAAtttaaaaa
gi|31                         :         TTG-A-C----T-TC---CA-T-TCG---C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC----CC-C----------T------ATG--AA--TTTT----A-C---G----AC-C--G-T-T----T-T-A---A-C-A--T--A--AC-TC-GGTC---------C--C-------AA--AA-A----A-CAA-A-C----CT--------GAAT----G--A-CGA---------------------------T-T-----GA--TT----T-CA--GAAA----T---A---ATT--T--CGTTT--A-----TTTAAA-----TTT--C-AAA--T--A-A--AA--AT-----------A----A--TGTG-AAA
gi|32                         :          CG-A-T--A-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------AG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AT--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-C-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-A-A------CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--A-AA----T-------ATT--T--CG--T--A-----TTT--A-----TAC----AAA--T--G-A--AA--AT-A---A-----C----A--TG-A-AAAaga
gi|33                         :                     -TC-G-CA---TCGT--C--A-CATTC--T-------CG-C--A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------G-G--AA--TTTG--A-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A------------C-G--C---------T--G-------AG--AT--------T-G-A-C----CT--------G-GT----G--A--GA-G-------------------------T-G-A--GGA--TT---GT--A--G-AA----T---A-----T--T--C---T--A-----TTT--A-----TT-----GAA--T--A-A--G---AT-A--CG-----A----T--TG-G-AA
gi|34                         :             ggtttgtc-TC-G-CA---TCGT--C--A-CATTC--T-------CG-C--A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------G-G--AA--TTTG--A-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A------------C-G--C---------T--G-------AG--AT--------T-G-A-C----CT--------G-GT----G--A--GA-G-------------------------T-G-A--GGA--TT---GT--A--G-AA----T---A-----T--T--C---T--A-----TTT--A-----TT-----GAA--T--A-A--G---AT-A--CG-----A----T--TG-G-AAta
gi|35                         : ggtttgtcTCG-AGC--A-T-TC-GGCA-C-TCGT--C--A-C------T-------CG-CA-G---TT--C---ACC----------------------------TTTTAAG-A-T---G----AC---------T-G-T-T-G---A------T--A--GC--C-G--C---------C--------------AT-G------C-A-A-C-----T--------G-G--------A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGG--AT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---TACA-----TTC--A-----TTT--G-AAA--T----A--GA--AT-A--CAAT---A----A--TGTG-AAAta
gi|36                         :       gTTCG-A-C--A-T-TA-A-CA-T-TTGT--C--A-C---C--T-------CA-TC-A---TTTTC---ACC-C---TG---A-TTCTGATGTG--AT--TTTT--G-A-T---G----AC-CA-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-C--T--A--GA-TT-A--C---------C--C-------AA--AT-A----A-T-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-TGA-G-------------------------T-T-T--GAT--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TT
gi|37                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-C-TTGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACA-C---TG---A-T------CTG--GA--TTTT--T-A-C---ATTGAAC-CT-G-T-AT-G-T-T-T---A-C-A--T--A--GA-TC-G--T---------C--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----TT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-A-T--CGA--TT---GT-CA--G-AA----T---T---ATT--T--
gi|38                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---ATGCC---ATG-C---TG---A-T------CTG--GA--TTTT--G-A-T---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--G--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AT--AT-G----A-C-A-A-C----CT--------G-AT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--AAA--TT---G
gi|39                         :      ggTTCG-A-C--A-T-TT-G-GC-C-TCGT--C--AAC---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---A-C-C---TG---A-T------GTAT-AA--TTTT--G-A-C---G----A--CT-GTT-TT-G-T-GAA---A-A-A--C--A--GC-T--G--C---------C--C-------AA-----------------------CT-----------T----G--ACCGA-GT------------------------T-T-T--GGAATTT---GT-CA--
gi|4                          :      ggTTCG-A-C--A-T-TC-G-C--C-TCGTT-C--A-C---C--T-------CG-C--A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTGAAAA--TTTT--G-ACC---G----A--CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A-----A--GC-TC-G--CCCAAATCAGC--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------G-GT----GA-A-CGA-G-------------------------T-T-G--GAA--TT---GTCCA--G-AA----T---A---ATT--C--T---C--A-----TTT--A-----TTCTGG-AAA--T--A-A--AA--AT-AC-CA-----A----A--TG-GAAAATAAT
gi|40                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTCT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A--CC-TC-G--C---------C--C-------AC--A---------------------------------T----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATgtgaaa
gi|41                         :                           gA-C-TTGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-CAA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---AT
gi|42                         :                                                                                                                                -CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--T---------C--C-------AA--AT-G----A-C-T-A-C----CT--------G-GT----A--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-TA--G-AA----G---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----AAT--G-AAA--T--A-A--GA--TT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAAT
gi|43                         :              -C--A-T-TC-A-CA-C-TCGT--T--A-C---C--T-------CG-CCCA---TTTCC---ACC-C----G---A-T------GGA--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C----T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-GT---A-C-G--------CT--------G-AT----G--A-CGA---------------------------T-T-T--GGA--TT---GTACA--G-gtgaaa
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                      T----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G--A----T---A---A-G--T--C---T--A-----TTTAAA-----TTT----AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----T--AG-A-AAATAA
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         attcgcactccctcatgtcgccaT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--C-----------A--TA-G-AAATAGTaaaatgttaaaag
gi|46                         :                                                                         ---ACC-C---TG---A-T------GTG--GT--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-gtgaaaa
gi|47                         :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CG-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CA-CC-A---TTTTC---ACC-C---
gi|48                         :      ggTTCG-A-C--T-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---T--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---
gi|5                          :         ggG-A-A--A-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCCC--ACC-C---TGG--A-T------GTG--AA--TTAT--G-A-C---G----AC-CA-G-T-TT-GAT-T-A---A-C-A--T--A--GC-TCTG--C---------C--C-------AATAATTG----A-C-G-A-C----CTC-------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TTTTTGT-CG--A-AT----T---A---ATT--G--C---T--A-----TTT--A-----TCT--G-AAA--T--A-G--CA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAA
gi|50                         :                                                          ggtcg-A---TCTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-Ccgtgga
gi|6                          :                                                               -A---TTTAC---ACT-----TG---A-C-------TG--CT--TTTG--G-A-C--------AC-CT-G-T-TT-G-T-T-ATAAA-C-A--T--AAAGC-TT-G--C---------CTCC-------AA--AT-GTCACA-C-T-G-T----CTCCTTTTTCG-GT-------A-CGA-G-------------------------T-T-T--GAT--TT---GT-CA--G-AA----T---AC--ATC--C--T---T--A-----TTT--AATATCTTT--A-AGA-----A-A--AA--AT----CA-----A----A--
gi|7                          :         TCG-A-C--T-T-TC-A-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CA-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AT--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-A-G-CCTAGCT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--A-AA----T---A---TTT--T--T---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CAAAATTA----A--TG-A-AAATAATcaatacaactacgtataaaataatgttttgaaaag
gi|8                          :     ggcTTCG-A-C--A-T-TC-A-CAAC-TTGT--CCCA-C---CATT-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AT--TTTT--GAA-C---G----AC-CC-A---TT-G-T-T-C---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-ACA-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--GAAA----T---A---TTT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-A-AAATAAgtgaa
gi|9                          :       gTTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--C--A--GC-TC-G--CCCAAATCAGC--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------G-GT----GA-A-CGA-G---------------------------T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C------A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--AA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAATcatgaaa


blockSeqs                     :            G G CA C         A      GT CC   AAT CA GTTCAGT  A    CAC     CAA     CCG  CGA   TCTGAT   AA  AT    AA C A CCG TTGA     G T          A TAA     ACT   AA       GT CCAAATCAG TC AAATCAG  TA    TCAC   T A   CTAG  CCTTTTTC A  GTCA CA G     T                         A G AG   AT  TTT  C  GT A  TAAT TAA TAT   GA GA GTT AC AATCC   AA ATATC   TG .   TT GA C CT  AG  A AT  AAATT ATTT AT  T C
blockSeqs                     :            . . .  .         A      G  G    ATT AT .        A    .       C       GT   GA    T        T   .     .  A C .   GA       T T          A .       TTA   .        .  CCAAATCAG .  .        .     T      A A   .     T        A  GTCA A  C     .                         A A .    .   .    A  T  A  TT   AA  C     .  .  A   G  T       AA G       .  .   T  GA . .   .   A C   AT    .    .   T A
blockSeqs                     :            . . .  .         .      T  .    ATT A  .        .    .       .       .    A     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       CG    .        .  G         .  .        .     .      . A   .     G        .  .    A  .     .                         . . .    .   .    .  .  A  .    C   .     .  .  G   A  .       A  T       .  .   .  .  . .   .   C .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    T   A  .        .    .       .       .    A     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       C     .        .  .         .  .        .     .      . C   .     C        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    A   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   A .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    G     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     C        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       C     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       C     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       C     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       C     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       C     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       C     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       G     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       C     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       C     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       G     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       C     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       C     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .   . .
blockSeqs                     :            . . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .       .  .       .  .   .  .  . .   .   . .   .     .    .      
blockSeqs                     :              . .  .         .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .  .   .  .                                                                 
blockSeqs                     :                             .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       T     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .     .  .                                                                           
blockSeqs                     :                             .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       C     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .                                                                                    
blockSeqs                     :                             .      .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       .     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .  .    .   .                                                                                    
blockSeqs                     :                                    .  .    .   .  .        .    .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       .     .        .  .         .  .        .     .      . .   .     .        .  .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .  .                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                 .       .       .    .     .        .   .     .  . . .   .        . .          . .       .     .                                                                      .    .  .     .                         . . .    .   .    .  .                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                 .       .       .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                         .       .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                     *************************
originalCons                  :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAAT
finalCons                     :        TTCG-A-C--A-T-TC-G-CA-C-TCGT--C--A-C---C--T-------CG-CC-A---TTTCC---ACC-C---TG---A-T------GTG--AA--TTTT--G-A-C---G----AC-CT-G-T-TT-G-T-T-A---A-C-A--T--A--GC-TC-G--C---------C--C-------AA--AT-G----A-C-G-A-C----CT--------G-GT----G--A-CGA-G-------------------------T-T-T--GGA--TT---GT-CA--G-AA----T---A---ATT--T--C---T--A-----TTT--A-----TTT--G-AAA--T--A-A--GA--AT-A--CA-----A----A--TG-G-AAATAAT