lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 22
lowQualScore : 2 2 2 55 2 222 55 55 33 2 66 2 2 2 2 4 2 55 2 2 55 33 2 77 55 2 4 2 33 4444 2 4 2 6666666 2 2 55 888888 2 55 666 2 2 777777 5555 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 66 444 77777 66 0 00000 444 2 2 2 2 5 55 55 9
lowQualScore : . . . .. . ... .. .. .. . .. . . . . . . .. . . .. .. . .. .. . . . .. .... . . . ....... . . .. ...... . .. ... . . ...... .... ................................................................................... .. .. ... ..... .. . ..... ... . . . . . .. .. .
lowQualScore : 4 4 4 66 4 555 66 66 22 4 55 4 4 4 2 4 2 33 2 2 33 11 2 55 22 2 4 2 11 3333 1 2 1 8888888 1 1 00 666666 1 33 111 2 2 777777 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 77 88 777 11111 33 8 33333 777 9 9 9 9 7 77 00 1
consensus : AACCTA-TG-AA-CA--C-T-G-T--G--CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A-TT--AA-AA-C-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A-A--T----A-T-G--A---TT-GA-CT--A---C---AAAAAA-AAAA------CAA---AAAACAAAACA--A-AAAACCAA--AAAAAAAC-CAAA-AAAAA-A-----CAA----AA----CCAGCATTT--TA---TA-----TCATA--CATA-----TC---CCCTAA-G-AAGAC-A-A-A-TTTTTAGGTT--TTATGGATTTTTTGGAT
Reference ( gi|3 ) : AACCTA-TG-AA-CA--C-T-A-T--G--CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A-TT--AA-TA-C-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A-A--T----A-T-G--A---TT-GA-CT--A---C---AAAAAACAAAAG-----CAA---AAAACAAAACA--A-AAAACCAACTAAAAAAAC-CAAA-AAAAG-A-----CAA---CAA---CCCAGCATTT--TA---TA-----TCATA--CATA-----TC---CCCTAA-G-AAGAC-A-A-ATTTTTTAGGTT--TTGTGGATTTTTTGGATTG
gi|10 : AACCTAGTG-AA-CA--C-T-G-TCAG--CT--GAA-TTT--G-AGC-TCT-TTAT-AT--A-A-TGTT--A-TT--AAATA-C-T-A--AC--TATTTTA-TCTA-TC-------AT-A-A--TTGGTA-T-A--T---TT-GA-CT--A---C---AAAAA-TAAAA-------AA---ATAAAAAAA-A--A-AAAACCATATAAAAAAA----AA-AACAGCA-----TAA----AT---TTTAG-ATTT--TA---T
gi|1 : AACATA-TG-AAACAA-C-T-G-T--G--CCTGGAA-ATT--G-A-C-TCTAT-AT-AT--A-A-T--T--AATT--TA-TAAC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TATTC-------AT-A-AT-T----A-TGG--G---TT-GA-AT--AG--C---AAAAAA------------AA---AAAAC--------------CCACCCAAAAA----CAAA--------------------AA---CCCAGCATTT--T----TA-----TAAT---TATA-----TT---Cg
gi|2 : tttcggtttagaaaaaccactttcaattctgtagttttaaaagaaatttaaaaggacctacctttttaaaaacatgattttAACCTA-TG-AA-CA--T-G-G-TC-G--CT--GAA-ATTTGA-A-C-TCT-T-AT-AC--A-A-T--T--A-TA--AA-CA-C-T-AACAC--T-GCTTA-TGTA-GCGATAGGAAT-A-G--TG---A-T-C--A---TC-GACCT--A---CCAAAAAAAAAAAAAC-----CAACTTAAGACAaataccattatcttcctataagagtaaggaccaaaatttta
gi|11 : tgtggtgaagaatcaatcctggtgtttgattataataaccaatttaaaagacctactttcttttaaaacgttgattttACCTA-TG-AA-CA--C-T-G-T--G--CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-ATA-A-A-T--T--A-TT--AA--A-C-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A-A--T------T-G--A---TT-GA-CT--A---C---AAAAA-----------------------AAAACCTTA-AAAAC---CCAAAAAAAC-------------------------------CCAGCATTT--TA---TATTTATTCATAC-CATA-----TC---TCCTAA-G-AAGAC-A-A-AATTTTTAgcttataaagttattcaattt
gi|21 : ACCTA-TG-AA-CA--C-T-G-T--G--CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--G-A-T--T--A-TT--AA-AA-C-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC------------A--T----A-T-G--A---TT-GA-CT--A---C---AAAAAAAAA
gi|22 : ACCTA-TG-AA-CA--C-T-G-T--G--CT--GGA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A-TT--AA-AA-C-T-A--AC--T-TCTTA-T-TA-TC-------AT-A-A--T----A-T-G--A---TT-GA-CT--tt
gi|13 : ACCTA-TG-AA-CA--C-T-G-T--G--CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT--T--A-A-T--T--A-T------TA-T-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A-A--T----A-T-G--AT--TT-GA-CT--A---C---CAAAAA-AAAAT-----TAA---ACAGCA
gi|20 : ACATA-TG-AA-CA--CCT-G-T--G--CT--GGA-TTT--GGA-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A-TTA-AA-TA-C-T-A--AC--A-TTTTA-T-T--TC-------AT-A-A--T----G-T-G--A---TT-GA-CT------C---AAAAAAttttatatcatacatttttaggttttatggatttttg
gi|9 : ACCTA-TG-AA-CA--C-T-G-T--G--CT--GAA-ATTGCG-A-C-CCT-T-ATAAT--A-A-TG-T--A-TTA-AA-AA-C-T-A--AA--C-TTTTA---TA-TC-------ATAA-A--T----ACT-G--A---TT-GA-CT--A---C---CAAAAA-AAAAC-----CAATC-CCAACAACACA--A-Aa
gi|4 : CCTA-TG-AA-CA--C-T-GGT--G--CT--GAA-ATT--G-A-C-TCG-T-GT-ATTTA-A-T--T--A-TT--AA-AA-C-T-A--AC--T-TT--A-T-TA-TC-------AT-A-AGAT----A-T-G--A---TT-GA-CT--AGTCC---AAAAGAATAAAGCCCC-CAA---AAAA------A--A-AAAAATAA-TAAA-------AAA-AAAAC-G-----CA-----------CCA-CATTT--TA---TA-----TCATA--CA-A-----T----CCTTAA-GAAAGACAA-A-ATTTTGTA-GTTAATTATGGATTTTATGGATcgctatttattatttatatcactacagaatatccttaagagacaaaatct
gi|6 : CCTA-TG-AA-CA--C-T------G--CT--GAA-ATT--G-A-A-TTT-TGAT-AT--A-AAT--T--A-TT--AA-AA-C-TTA--AC--T-TTTTAGT-CA-TC-------AT-A-A--T----T-T-GT-A---TTTGA-TT--A---C---AAACAAAAAAAA-----AAA---AATATAAGATA--A-AAACCCAA--------GCGCAAA-AAAAA--------------------CCAGCATTTACTA---TA-----TTATATTTATACAATCTC---CTCT-A-G-AAAAC-A-A-ACTa
gi|8 : CCTA-TA-AA-CA--C-G-T-G--G--CT--GGA-ATT--G-A---TCT-T-A--AT--A---T--T----TT--AA-AA-A-C-A--AC--T-TTTTA-T-TA----------AT-A-A-------A-T-G--A---TT-GA-CT--A---C---------CAAAAT-----TAA---GA------------------TAAGTAAGAAAG-----A-GAAAA-A-----CAA---C---------GCAATT--TA---TA------CATA--CATACA---TCTATCACTAC-G-AAGAC-A-ACATTTT---AGTT--TT-TGGATT-TTTGGATaattattaaggaat
gi|14 : CTA-TG-AA-CA--C-TTG-T--G--CT--GAA-TTT--G-A-C-TCT-T-AT-AA--C-A-T--T--A-TT--AA-AA-C-T-A--AC--A-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A-A--T----G-T-G--AACTTT-GA-CT--A---C---AAAAAA----------------------AAAA-A--A-AAAA------AAAAAAAC--AAA-AAAAA-A-----AAA---AAA---
gi|7 : caCTA-TC-AA-CA--C-T-G-T--GG-CT--GAA-ATT--G-A-CGTAT-T-CT-AT--ACA-T--TCTA-TT--AA-AA-CGT-A--AC--G-TTT-A-T-TA-TC-------AT-A-T--T----A-T-G--A---TT-GA-CTTAA---C---AAAAAAAAAAAAAAAACCAA---AAAAAAAAAAA--AGAAAAACAAAAAAAAAAAC-CAAA-AAAAA-A-----AAA---AAA---aaa
gi|16 : CTG-TG-AA-CAACT-T-G-T--G--CT--GGACATG--A-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A----T--A-TT--AA--A-C-T-A--AG--TCTTTTA-T-TA-TC-------AT-AGA--T----A-T-aagaaaaccagctctcctagaagacaaaattt
gi|12 : tgtgttttaaagaattaagacctcctttacggaaatatgcttttaaA-TGTAA-CC--C-T-A-T--GTGCT--GAA--TT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A-TT--AA-AA-CTT-A--AC--A-TTTTA-T-TT-TC-------AT-A-A--T----G-T-G--A---TT-GA-CT--A---C---AAAAAAAAAAAA-----Ca
gi|5 : taaccgttaA-TG-AA-CG----T-G-T--G---T--GAA-ATT----A-C-T-T-T-AT-AT--A-A-C--T--A-TTTAAA-TA-C-T-A--ACCTT-TTTTA-T-TA-T---------T-C-A--T----A-T-GCTA---TT--A-CT--A---C---CAAATATAAAA------CAA---AATACAA--CA--A-AAAAG-AA--AAAAAAAC-AAAACAAAAA-AT----CAAAAGCAA---A--AGAATTTA-TAATTTA-----TCATA--CATA-----TC---C--TAATA-AAGAC-A-A-AATTTT-AGGTT--TTATGGccaacttaaacagcattaatttatgattctatggatttgtt
gi|15 : taagctgT-T-AT-AT--A-A-T--T----TT--AA--A-C-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A-A--T----A-T-G--A---TT-GA-CT-----------AAAAATAAA-------TAA---TAAACA
gi|17 : C--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A-A--T------T--------TT-GA-C---------------AACAACAA-----CAA-------CAAAAC---------------------AC-CAAA-ATAA--------------------------ATTT--TA---TA-----TCATA--CA-A-----TC---TCCTAA-G-AAGAC-A-A-A-TTTTTAGGTgcatcttatatcatacatatcccctaagaagacaaaatcttaggttttatggattttt
gi|13 : AC-CAAA-AAAAA-A-----TTA----AA---C--AGCATTT--TA---TA-----TCATA--CA---------------------------------TTTTTAGGTT--TTATGGATTTTT
gi|15 : acctatgaacactgtgctgaaattgactcttattaattattattaactttttattatcataatatgatttgactAC-TAAA-AATAA-A-----TAA---TAA---AC-AGCATCT--TA---TA-----TCATA--CATA-----TC---CCCTAA-G-AAGAC-A-A-A-ATCTTAGGTT--TTATGGATTTTTg
gi|19 : ttatataattttaaactaactttttattatcataatatgattgAC-CAAA-AAAAA-AATCCCCAA---AAAACCCCCA--AATT--TA---TA-----TCATA--CATA-----TC---CCCTAA-G-AAGAC-A-A-A-ATTTTAGATT--TTATGGATTTTT
gi|25 : actTT--TA---TA-----TCATA--CATA-----TC---TCCTAT-G-AAGAC-A-A-A-ATTTTAGGTT--TTATGGA
gi|27 : ataT--CA---TA-----CTGTA--CATA-----TC---TCCTAA-G-AAGAC-A-A-AATTGTTAGGTT--TTATGGA
gi|28 : a--TA---TA-----GCATA--CATA-----TC---TCTTAA-G-AAGAC-ACA-A--CTTTAGGTT--TTATGGA
gi|26 : ---TA-----TCATA--CATA-----TC---TCCTAA-G-AAGAC-A-ACA--TTTTAGATT--TTATGGATTTTT
gi|29 : ATA--CATA-----TC---TCCTAA-G-AAGAC-A-A-A-ATTTAAGGTT--TTATGGAg
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTTTGAATGTTTCGAAGTTTTAACCACTGACAATGAAATATTACTTCTTTAAAACTCTTACATGGGCCTCAGGGCCGTTTTAAAAGTGTTT
Unaligned ( gi|23 ): ACACTTTAATATTAATTTGATTGCAAGGGAACTAAACAACAAATATAGATAAAGTAGATAAAGTTTA
Unaligned ( gi|24 ): TTCGGTAGAACATCAATCTGTGTTTTTAAAAGAAAATTCAAAGATTACCTTTTAAAAGTGTTT
Unaligned ( gi|30 ): GATTTAAAGACCTACCTGGCTATAAAAGTGCTTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222 222222222222222222222 22222222 33333333333333333 11
lowQualScore : 2 2 55 4 2 2 55 2 33 2 66 2 2 2 2 4 2 55 2 2 55 22 22 4 6 4 2 22 6666 2 4 2 6666666 2 44 2 777777 2 55 555 2 2 22222222222222222222222222222 2 33 2 000000000000000000000 55 2 3 77777777 3 66666666666666666 0 66 444 66666 55 333 66666 444 2 2 5 00 2 44
lowQualScore : . . .. . . . .. . .. . .. . . . . . . .. . . .. .. .. . . . . .. .... . . . ....... . .. . ...... . .. ... . . ............................. . .. . ..................... .. . . ........ . ................. . .. ... ..... .. ... ..... ... . . . .. . ..
lowQualScore : 4 4 66 4 2 2 33 2 11 2 11 2 2 2 1 2 1 00 1 1 00 99 99 2 3 2 1 99 1111 0 0 0 5555555 0 88 0 777777 0 00 888 1 1 11111111111111111111111111111 2 11 2 333333333333333333333 00 4 6 00000000 1 66666666666666666 4 33 444 77777 99 666 22222 444 5 5 0 77 9 66
consensus : AACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAAACAAA---AA-AC---AA-AACAAAAAACCAA--AAAAA-AA----C--AAA-AAAAAA-CA-A-AA--CCA---GCATTT--TA---TA-----TCATA--CAT--A-----TC---CCCTAA-G-AAGAC-AAA-ATTTTA-GGTT--TTATGGATTTTTTGGAT
Reference ( family-5617 ) : AACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAAACAAA---AA-AC---AA-AACAAAAAACCAA--AAAAA-AA----C-CAAA-AAAAAA-CA-A-AA--CCA---GCATTT--TA---TA-----TCATA--CAT--A-----TC---CCCTAA-G-AAGAC-AAA-TTTTTA-GGTT--TTATGGATTTTTTGGAT
gi|1 : AACATA-TGAAACAA-C-T-G-T--G-CCTGGAA-ATT--G-A-C-TCTAT-AT-AT--A-A-T--T--AATTT-ATA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TATTC-------AT-A--ATT----A-TGG--G---TT-GA-AT-------------------AG--C----AAA-AA--A-AAAA-AAC---CC-ACCCAAA-AACAAAAACCCA
gi|10 : tttcggtttagaaaaaccactttcaattctgtagttttaaaagaaatttaaaaggacctacctttttaaaaacatgattttAACCTAGTGAA-CA--C-T-G-TCAG-CT--GAA-TTT--G-AGC-TCT-TTAT-AT--A-A-TGTT--A--TT-AAATAC-T-A--AC--TATTTTA-TCTA-TC-------AT-A--A-TTGGTA-T-A--T---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--T-AAAAAAAT---AA-A----AA-AA-AAAAAACCAT--ATAAA-AA-------AAA-AAACAG-CATA-AATTTTA---G-ATTT--TA---Tgcatttttataattatattcaataccattatcttcctataagagtaaggaccaaaatttta
gi|11 : ACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-ATA-A-A-T--T--A--TT--AA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T------T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAACC-------------------TTAAAAACC----------------C----A-AAAAAA-C--------CCA---GCATTT--TA---TATTTATTCATAC-CAT--A-----TC---TCCTAA-G-AAGACAAAA-TTTTTA-g
gi|12 : -T-G-T--G-CT--GAA--TT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-ACTT-A--AC--A-TTTTA-T-TT-TC-------AT-A--A-T----G-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAAA
gi|13 : taaccgttaatgtaaccctaACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT--T--A-A-T--T--A--TT-----AT-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--AT--TT-GA-CT-------------------A---C----CAA-AA--A-AAAATTAA---Aaacccaacttaaacagcattaatttatgattctatggatttgtt
gi|13 : A----C-CAAA-AAAAAA-TT-A-AA--C-A---GCATTT--TA---TA-----TCATA--C--------------------------------A-TTTTTA-GGTT--TTATGGATTTTTcagcattttatatcatacatttttaggttttatggatttttg
gi|14 : acctatgaacactgtgctgaaattgactcttattaattattattaactttttattatcataatatgatttgactCTA-TGAA-CA--C-TTG-T--G-CT--GAA-TTT--G-A-C-TCT-T-AT-AA--C-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--A-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----G-T-G--AACTTT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAAAAAAA---AA-A----------AAAAAACAAA--AAAAA-AA-------AAA-AAAAAg
gi|15 : caT-T-AT-AT--A-A-T--T-----TT-AAA--C-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-----------------------------AA-AA--A-TAAATAAT---AA-AC---A
gi|15 : A----C-TAAA-AATAAA-TA-ATAA--ACA---GCATCT--TA---TA-----TCATA--CAT--A-----TC---CCCTAA-G-AAGAC-AAA-ATCTTA-GGTT--TTATGGATTTTTgcatcttatatcatacatatcccctaagaagacaaaatcttaggttttatggattttt
gi|16 : ttatataattttaaactaactttttattatcataatatgattgCTG-TGAA-CAACT-T-G-T--G-CT--GGACATG--A-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A----T--A--TT--AA-AC-T-A--AG--TCTTTTA-T-TA-TC-------AT-AG-A-T----A-T-
gi|17 : tgtgttttaaagaattaagacctcctttacggaaatatgcttttaaC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T------T--------TT-GA-C-----------------------------------------AACAA--------C---AACAACAAAACACCAA--AATAA-A-------------------------------------TTT--TA---TA-----TCATA--CA---A-----TC---TCCTAA-G-AAGAC-AAA-TTTTTA-GGTa
gi|19 : ACCAA--AAAAA-AAATCCC-CAAA-AAACCC-CC-A-AA------------TT--TA---TA-----TCATA--CAT--A-----TC---CCCTAA-G-AAGAC-AAA-ATTTTA-GATT--TTATGGATTTTT
gi|2 : actAACCTA-TGAA-CA--T-G-G-TC-G-CT--GAA-ATTTGA-A-C-TCT-T-AT-AC--A-A-T--T--A--TA-AAC-AC-T-AACAC--T-GCTTA-TGTA-GCGATAGGAAT-A--G-TG---A-T-C--A---TC-GACCT-------------------A---C----CAA-AA--A-AAA--AAA---AA-CC---AA-
gi|20 : tgtggtgaagaatcaatcctggtgtttgattataataaccaatttaaaagacctactttcttttaaaacgttgattttACATA-TGAA-CA--CCT-G-T--G-CT--GGA-TTT--GGA-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAATAC-T-A--AC--A-TTTTA-T-T--TC-------AT-A--A-T----G-T-G--A---TT-GA-CT-----------------------C----AAA-AA--A-Acttaagacagcttataaagttattcaattt
gi|21 : ACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--G-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------------A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAA
gi|22 : ACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GGA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TCTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------tt
gi|25 : TT--TA---TA-----TCATA--CAT--A-----TC---TCCTAT-G-AAGAC-AAA-ATTTTA-GGTT--TTATGGA
gi|26 : ata---TA-----TCATA--CAT--A-----TC---TCCTAA-G-AAGAC-AAC-ATTTTA-GATT--TTATGGATTTTT
gi|27 : T--CA---TA-----CTGTA--CAT--A-----TC---TCCTAA-G-AAGACAAAA-TTGTTA-GGTT--TTATGGAg
gi|28 : a--TA---TA-----GCATA--CAT--A-----TC---TCTTAA-G-AAGAC-ACA-ACTTTA-GGTT--TTATGGA
gi|29 : ATA--CAT--A-----TC---TCCTAA-G-AAGAC-AAA-ATTTAA-GGTT--TTATGGA
gi|3 : tAACCTA-TGAA-CA--C-T-A-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAT-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AAACA-AAAGCAAA---AA-AC---AA-AACAAAAAACCAACTAAAAA-AA----C-CAAA-AAAAGA-CA-ACAAC-CCA---GCATTT--TA---TA-----TCATA--CAT--A-----TC---CCCTAA-G-AAGAC-AAATTTTTTA-GGTT--TTGTGGATTTTTTGGAT
gi|4 : CCTA-TGAA-CA--C-T-GGT--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCG-T-GT-ATTTA-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC-----TTTA-T-TA-TC-------AT-AAGA-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------AGTCC--------AA--A-AGAATAAA---GC-CC-------CCAAAAAA--AA--AAAAATAA----T-AAAA-AAAAAA-C--G-CA--CCA----CATTT--TA---TA-----TCATA--CA---A-----T----CCTTAA-GAAAGAC-AAA-ATTTTGTAGTTAATTATGGATTTTATGGATtg
gi|5 : A-TGAA-CG----T-G-T--G--T--GAA-ATT----A-C-T-T-T-AT-AT--A-A-C--T--A--TTTAAATAC-T-A--ACCTT-TTTTA-T-TA-T---------T-C--A-T----A-T-GCTA---TT--A-CT-------------------A---C----CAA-AT--ATAAAACAAA---AT-AC---AA---CAAAAAAG-AA--AAAAA-AA----C-AAAACAAAAAATCA-A-AA--GCAAAAGAATTTA-TAATTTA-----TCATA--CAT--A-----TC---C--TAATA-AAGAC-AAA-ATTTTA-GGTT--TTATGGa
gi|6 : taagctgCCTA-TGAA-CA--C-T-G------CT--GAA-ATT--G-A-A-TTT-TGAT-AT--A-AAT--T--A--TT-AAA-AC-TTA--AC--T-TTTTAGT-CA-TC-------AT-A--A-T----T-T-GT-A---TTTGA-TT-------------------A---C----AAACAA--A-AAAAAAAA---AATAT---AA-GATAAAAACCCAA--G-----------CGCAAA-AAAAA-----------CCA---GCATTTACTA---TA-----TTATATTTAT--ACAATCTC---CTCT-A-G-AAAAC-AAA-CT
gi|7 : CTA-TCAA-CA--C-T-G-T--GGCT--GAA-ATT--G-A-CGTAT-T-CT-AT--ACA-T--TCTA--TT-AAA-ACGT-A--AC--G-TTT-A-T-TA-TC-------AT-A--T-T----A-T-G--A---TT-GA-CTTAACAAAAAAAAAAAAAAAA---CCAAAAAA-AA--A-AAAAAGAA---AA-AC---AA-AAAAAAAAACCAA--AAAAA-A--------AAA-AAAAAA-GA-A-AA--CCA---GC------------------------------------TC---TCCT-A-G-AAGAC-AAA-ATTTaattattaaggaat
gi|8 : CCTA-TAAA-CA--CGT-G----G-CT--GGA-ATT--G-A---TCT-T-A--AT--A---T--T-----TT-AAA-AA-C-A--AC--T-TTTTA-T-TA----------AT-A--A------A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C-----------------------------C---AA-AATTAAGA--TAA--GTAAG-AA-------AGA-GAAAAA-C----AA--C-----GCAATT--TA---TA------CATA--CATACA-----TCTATCACTAC-G-AAGAC-AAC-ATTTTA--GTT--TT-TGGA-TTTTTGGAT
gi|9 : ACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATTGCG-A-C-CCT-T-ATAAT--A-A-TG-T--A--TTAAAA-AC-T-A--AA--C-TTTTA---TA-TC-------ATAA--A-T----ACT-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----CAA-AA--A-AAAACCAATCCCA-AC---AA-CACAAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTTTGAATGTTTCGAAGTTTTAACCACTGACAATGAAATATTACTTCTTTAAAACTCTTACATGGGCCTCAGGGCCGTTTTAAAAGTGTTT
Unaligned ( gi|23 ): ACACTTTAATATTAATTTGATTGCAAGGGAACTAAACAACAAATATAGATAAAGTAGATAAAGTTTA
Unaligned ( gi|24 ): TTCGGTAGAACATCAATCTGTGTTTTTAAAAGAAAATTCAAAGATTACCTTTTAAAAGTGTTT
Unaligned ( gi|30 ): GATTTAAAGACCTACCTGGCTATAAAAGTGCTTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222 222222222222222 44444444444444444444444444444444444 1111111111111111
lowQualScore : 2 2 55 4 2 2 55 2 33 2 66 2 2 2 2 4 2 55 2 2 55 22 22 4 6 4 2 22 6666 2 4 2 6666666 2 44 2 777777 2 55 555 2 2 22222222222222222222222222222 2 33 2 55 000000000000000 44 0 3 11111111111111111111111111111111111 3 55 444 2 66666 88 0000000000000000 444 444 2 666 33 2 2 2 44
lowQualScore : . . .. . . . .. . .. . .. . . . . . . .. . . .. .. .. . . . . .. .... . . . ....... . .. . ...... . .. ... . . ............................. . .. . .. ............... .. . . ................................... . .. ... . ..... .. ................ ... ... . ... .. . . . ..
lowQualScore : 4 4 66 4 2 2 33 2 11 2 11 2 2 2 1 2 1 00 1 1 00 99 99 2 3 2 1 99 1111 0 0 0 5555555 0 88 0 777777 0 00 888 1 1 11111111111111111111111111111 2 11 2 11 999999999999999 22 5 1 00000000000000000000000000000000000 1 99 111 4 22222 88 2222222222222222 111 111 4 555 22 4 5 9 66
consensus : AACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAAACAAA---AA-ACAA-AACAAAAAACCAA--AAAAA-AA-----CAAAA--AAAAA-CA-A-AA-CC--A---GCA-TTT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---CCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATT-TTA-GGTT--TTATGGATTTTTTGGAT
Reference ( family-5617 ) : AACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAAACAAA---AA-ACAA-AACAAAAAACCAA--AAAAA-AA-----CAAAA--AAAAA-CA-A-AA-CC--A---GCA-TTT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---CCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATT-TTA-GGTT--TTATGGATTTTTTGGAT
gi|1 : AACATA-TGAAACAA-C-T-G-T--G-CCTGGAA-ATT--G-A-C-TCTAT-AT-AT--A-A-T--T--AATTT-ATA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TATTC-------AT-A--ATT----A-TGG--G---TT-GA-AT-------------------AG--C----AAA-AA--A------AAA---AA-AC------------CCAC--CCAAA-AA-----C------AAAAA-C-------CC--A---GCATTTT--TA---TAA-----TTATATTCAATACCATT--A-----TC---TTCCTATAA-GAGTAAGGACCAAA-ATT-TTA-
gi|10 : tttcggtttagaaaaaccactttcaattctgtagttttaaaagaaatttaaaaggacctacctttttaaaaacatgattttAACCTAGTGAA-CA--C-T-G-TCAG-CT--GAA-TTT--G-AGC-TCT-TTAT-AT--A-A-TGTT--A--TT-AAATAC-T-A--AC--TATTTTA-TCTA-TC-------AT-A--A-TTGGTA-T-A--T---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--T-AAAAAAAT---AA-A-AA-AA-AAAAAACCAT--ATAAA-AA------AAAA--AACAG-CATA-AA-TTTTA---G-A-TTT--TA---T-
gi|11 : ACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-ATA-A-A-T--T--A--TT--AA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T------T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAACC----------------TTAAAAACC-----------------C--AA--AAAAA-C-------CC--A---GCA-TTT--TA---T-ATTTATTCATAC-CA-------T--A-----TC---TCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATT-TTg
gi|12 : -T-G-T--G-CT--GAA--TT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-ACTT-A--AC--A-TTTTA-T-TT-TC-------AT-A--A-T----G-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAAAta
gi|13 : taaccgttaatgtaaccctaACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT--T--A-A-T--T--A--TT-----AT-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--AT--TT-GA-CT-------------------A---C----CAA-AA--A-AAAATTAA---Aaacccaacttaaacagcattaatttatgattctatggatttgtt
gi|13 : ACCAA--AAAAA-AA-----TTAAA-----------------C--A---GCA-TTT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T---------------------------------------TT-TTA-GGTT--TTATGGATTTTTcagcattttatatcatacatttttaggttttatggatttttg
gi|14 : acctatgaacactgtgctgaaattgactcttattaattattattaactttttattatcataatatgatttgactCTA-TGAA-CA--C-TTG-T--G-CT--GAA-TTT--G-A-C-TCT-T-AT-AA--C-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--A-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----G-T-G--AACTTT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAAAAAAA---AA-A-------AAAAAACAAA--AAAAA-AA-----AAAAA--AAAg
gi|15 : caT-T-AT-AT--A-A-T--T-----TT-AAA--C-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-----------------------------AA-AA--A-TAAATAAT---AA-ACA
gi|15 : AAAA--ATAAA-TA-ATAA-AC--A---GCA-TCT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---CCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATC-TTA-GGTT--TTATGGATTTTTgcatcttatatcatacatatcccctaagaagacaaaatcttaggttttatggattttt
gi|16 : ttatataattttaaactaactttttattatcataatatgattgactCTG-TGAA-CAACT-T-G-T--G-CT--GGACATG--A-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A----T--A--TT--AA-AC-T-A--AG--TCTTTTA-T-TA-TC-------AT-AG-A-T----A-T-
gi|17 : tgtgttttaaagaattaagacctcctttacggaaatatgcttttaaC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T------T--------TT-GA-C-----------------------------------------AACAA--------CAACAACAAAACACCAA--AATAA-A---------------------------------------TTT--TA---T-A-----TCATA--CA----------A-----TC---TCC---TAA-G---AAGA--CAAA-TTT-TTA-GGTa
gi|19 : ACCAA--AAAAA-AAATCCCCAAAA--AACCC-CC-A-AA--------------TT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---CCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATT-TTA-GATT--TTATGGATTTTT
gi|2 : actAACCTA-TGAA-CA--T-G-G-TC-G-CT--GAA-ATTTGA-A-C-TCT-T-AT-AC--A-A-T--T--A--TA-AAC-AC-T-AACAC--T-GCTTA-TGTA-GCGATAGGAAT-A--G-TG---A-T-C--A---TC-GACCT-------------------A---C----CAA-AA--A-AAA--AAA---AA-CCAA-
gi|20 : tgtggtgaagaatcaatcctggtgtttgattataataaccaatttaaaagacctactttcttttaaaacgttgattttACATA-TGAA-CA--CCT-G-T--G-CT--GGA-TTT--GGA-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAATAC-T-A--AC--A-TTTTA-T-T--TC-------AT-A--A-T----G-T-G--A---TT-GA-CT-----------------------C----AAA-AA--A-Acttaagacagcttataaagttattcaattt
gi|21 : ACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--G-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------------A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAA
gi|22 : ACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GGA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TCTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------tt
gi|25 : TT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---TCC---TAT-G---AAGA--CAAA-ATT-TTA-GGTT--TTATGGA
gi|26 : ata---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---TCC---TAA-G---AAGA--CAAC-ATT-TTA-GATT--TTATGGATTTTT
gi|27 : T--CA---T-A-----CTGTA--CA-------T--A-----TC---TCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATTGTTA-GGTT--TTATGGAg
gi|28 : a--TA---T-A-----GCATA--CA-------T--A-----TC---TCT---TAA-G---AAGA--CACA-ACT-TTA-GGTT--TTATGGA
gi|29 : ATA--CA-------T--A-----TC---TCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATT-TAA-GGTT--TTATGGA
gi|3 : tAACCTA-TGAA-CA--C-T-A-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAT-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AAACA-AAAGCAAA---AA-ACAA-AACAAAAAACCAACTAAAAA-AAC----CAAAA--AAAGA-CA-ACAACCC--A---GCA-TTT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---CCC---TAA-G---AAGA--CAAATTTT-TTA-GGTT--TTGTGGATTTTTTGGAT
gi|4 : CCTA-TGAA-CA--C-T-GGT--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCG-T-GT-ATTTA-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC-----TTTA-T-TA-TC-------AT-AAGA-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------AGTCC--------AA--A-AGAATAAA---GC-CC----CCAAAAAA--AA--AAAAATAA-----TAAAA--AAAAA-AC-G-CA-CC--A----CA-TTT--TA---T-A-----TCATA--CA----------A-----T----CCT---TAA-GA--AAGA--CAAA-ATT-TTGTAGTTAATTATGGATTTTATGGATtg
gi|5 : A-TGAA-CG----T-G-T--G--T--GAA-ATT----A-C-T-T-T-AT-AT--A-A-C--T--A--TTTAAATAC-T-A--ACCTT-TTTTA-T-TA-T---------T-C--A-T----A-T-GCTA---TT--A-CT-------------------A---C----CAA-AT--ATAAAACAAA---AT-ACAA---CAAAAAAG-AA--AAAAA-AA-----CAAAACAAAAAATCA-A-AA-GC--AAAAGAA-TTTA-TAATTT-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---C-----TAATA---AAGA--CAAA-ATT-TTA-GGTT--TTATGGa
gi|6 : taagctgCCTA-TGAA-CA--C-T-G------CT--GAA-ATT--G-A-A-TTT-TGAT-AT--A-AAT--T--A--TT-AAA-AC-TTA--AC--T-TTTTAGT-CA-TC-------AT-A--A-T----T-T-GT-A---TTTGA-TT-------------------A---C----AAACAA--A-AAAAAAAA---AATATAA-GATAAAAACCC------AAG-CG-----CAAAA---------A-A-AA-CC--A---GCA-TTTACTA---T-A-----TTATATTTA-------T--ACAATCTC---CTC---T-A-G---AAAA--CAAA-
gi|7 : CTA-TCAA-CA--C-T-G-T--GGCT--GAA-ATT--G-A-CGTAT-T-CT-AT--ACA-T--TCTA--TT-AAA-ACGT-A--AC--G-TTT-A-T-TA-TC-------AT-A--T-T----A-T-G--A---TT-GA-CTTAACAAAAAAAAAAAAAAAA---CCAAAAAA-AA--A-AAAAAGAA---AA-ACAA-AAAAAAAAACCAA--AAAAA-A-------AAAA--AAAAA-GA-A-AA-CC--A---GC---------------------------------------------TC---TCC---T-A-G---AAGA--CAAA-ATT-Tctaattattaaggaat
gi|8 : CCTA-TAAA-CA--CGT-G----G-CT--GGA-ATT--G-A---TCT-T-A--AT--A---T--T-----TT-AAA-AA-C-A--AC--T-TTTTA-T-TA----------AT-A--A------A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C-----------------------------CAA-AATTAAGA--TAA--GTAAG-AA------AGAG--AAAAA-C----AA-C-------GCA-ATT--TA---T-A------CATA--CA-------TACA-----TCTATCAC---TAC-G---AAGA--CAAC-ATT-TTA--GTT--TT-TGGA-TTTTTGGAT
gi|9 : ACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATTGCG-A-C-CCT-T-ATAAT--A-A-TG-T--A--TTAAAA-AC-T-A--AA--C-TTTTA---TA-TC-------ATAA--A-T----ACT-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----CAA-AA--A-AAAACCAATCCCA-ACAA-CACAAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTTTGAATGTTTCGAAGTTTTAACCACTGACAATGAAATATTACTTCTTTAAAACTCTTACATGGGCCTCAGGGCCGTTTTAAAAGTGTTT
Unaligned ( gi|23 ): ACACTTTAATATTAATTTGATTGCAAGGGAACTAAACAACAAATATAGATAAAGTAGATAAAGTTTA
Unaligned ( gi|24 ): TTCGGTAGAACATCAATCTGTGTTTTTAAAAGAAAATTCAAAGATTACCTTTTAAAAGTGTTT
Unaligned ( gi|30 ): GATTTAAAGACCTACCTGGCTATAAAAGTGCTTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222 222222222222222 44444444444444444444444444444444444 1111111111111111
lowQualScore : 2 2 55 4 2 2 55 2 33 2 66 2 2 2 2 4 2 55 2 2 55 22 22 4 6 4 2 22 6666 2 4 2 6666666 2 44 2 777777 2 55 555 2 2 22222222222222222222222222222 2 33 2 55 000000000000000 44 0 3 11111111111111111111111111111111111 3 55 444 2 66666 88 0000000000000000 444 444 2 666 33 2 2 2 44
lowQualScore : . . .. . . . .. . .. . .. . . . . . . .. . . .. .. .. . . . . .. .... . . . ....... . .. . ...... . .. ... . . ............................. . .. . .. ............... .. . . ................................... . .. ... . ..... .. ................ ... ... . ... .. . . . ..
lowQualScore : 4 4 66 4 2 2 33 2 11 2 11 2 2 2 1 2 1 00 1 1 00 99 99 2 3 2 1 99 1111 0 0 0 5555555 0 88 0 777777 0 00 888 1 1 11111111111111111111111111111 2 11 2 11 999999999999999 22 5 1 00000000000000000000000000000000000 1 99 111 4 22222 88 2222222222222222 111 111 4 555 22 4 5 9 66
consensus : AACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAAACAAA---AA-ACAA-AACAAAAAACCAA--AAAAA-AA-----CAAAA--AAAAA-CA-A-AA-CC--A---GCA-TTT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---CCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATT-TTA-GGTT--TTATGGATTTTTTGGAT
Reference ( family-5617 ) : AACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAAACAAA---AA-ACAA-AACAAAAAACCAA--AAAAA-AA-----CAAAA--AAAAA-CA-A-AA-CC--A---GCA-TTT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---CCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATT-TTA-GGTT--TTATGGATTTTTTGGAT
gi|1 : AACATA-TGAAACAA-C-T-G-T--G-CCTGGAA-ATT--G-A-C-TCTAT-AT-AT--A-A-T--T--AATTT-ATA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TATTC-------AT-A--ATT----A-TGG--G---TT-GA-AT-------------------AG--C----AAA-AA--A------AAA---AA-AC------------CCAC--CCAAA-AA-----C------AAAAA-C-------CC--A---GCATTTT--TA---TAA-----TTATATTCAATACCATT--A-----TC---TTCCTATAA-GAGTAAGGACCAAA-ATT-TTA-
gi|10 : tttcggtttagaaaaaccactttcaattctgtagttttaaaagaaatttaaaaggacctacctttttaaaaacatgattttAACCTAGTGAA-CA--C-T-G-TCAG-CT--GAA-TTT--G-AGC-TCT-TTAT-AT--A-A-TGTT--A--TT-AAATAC-T-A--AC--TATTTTA-TCTA-TC-------AT-A--A-TTGGTA-T-A--T---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--T-AAAAAAAT---AA-A-AA-AA-AAAAAACCAT--ATAAA-AA------AAAA--AACAG-CATA-AA-TTTTA---G-A-TTT--TA---T-
gi|11 : ACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-ATA-A-A-T--T--A--TT--AA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T------T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAACC----------------TTAAAAACC-----------------C--AA--AAAAA-C-------CC--A---GCA-TTT--TA---T-ATTTATTCATAC-CA-------T--A-----TC---TCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATT-TTg
gi|12 : -T-G-T--G-CT--GAA--TT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-ACTT-A--AC--A-TTTTA-T-TT-TC-------AT-A--A-T----G-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAAAta
gi|13 : taaccgttaatgtaaccctaACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT--T--A-A-T--T--A--TT-----AT-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--AT--TT-GA-CT-------------------A---C----CAA-AA--A-AAAATTAA---Aaacccaacttaaacagcattaatttatgattctatggatttgtt
gi|13 : ACCAA--AAAAA-AA-----TTAAA-----------------C--A---GCA-TTT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T---------------------------------------TT-TTA-GGTT--TTATGGATTTTTcagcattttatatcatacatttttaggttttatggatttttg
gi|14 : acctatgaacactgtgctgaaattgactcttattaattattattaactttttattatcataatatgatttgactCTA-TGAA-CA--C-TTG-T--G-CT--GAA-TTT--G-A-C-TCT-T-AT-AA--C-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--A-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----G-T-G--AACTTT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAAAAAAA---AA-A-------AAAAAACAAA--AAAAA-AA-----AAAAA--AAAg
gi|15 : caT-T-AT-AT--A-A-T--T-----TT-AAA--C-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-----------------------------AA-AA--A-TAAATAAT---AA-ACA
gi|15 : AAAA--ATAAA-TA-ATAA-AC--A---GCA-TCT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---CCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATC-TTA-GGTT--TTATGGATTTTTgcatcttatatcatacatatcccctaagaagacaaaatcttaggttttatggattttt
gi|16 : ttatataattttaaactaactttttattatcataatatgattgactCTG-TGAA-CAACT-T-G-T--G-CT--GGACATG--A-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A----T--A--TT--AA-AC-T-A--AG--TCTTTTA-T-TA-TC-------AT-AG-A-T----A-T-
gi|17 : tgtgttttaaagaattaagacctcctttacggaaatatgcttttaaC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T------T--------TT-GA-C-----------------------------------------AACAA--------CAACAACAAAACACCAA--AATAA-A---------------------------------------TTT--TA---T-A-----TCATA--CA----------A-----TC---TCC---TAA-G---AAGA--CAAA-TTT-TTA-GGTa
gi|19 : ACCAA--AAAAA-AAATCCCCAAAA--AACCC-CC-A-AA--------------TT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---CCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATT-TTA-GATT--TTATGGATTTTT
gi|2 : actAACCTA-TGAA-CA--T-G-G-TC-G-CT--GAA-ATTTGA-A-C-TCT-T-AT-AC--A-A-T--T--A--TA-AAC-AC-T-AACAC--T-GCTTA-TGTA-GCGATAGGAAT-A--G-TG---A-T-C--A---TC-GACCT-------------------A---C----CAA-AA--A-AAA--AAA---AA-CCAA-
gi|20 : tgtggtgaagaatcaatcctggtgtttgattataataaccaatttaaaagacctactttcttttaaaacgttgattttACATA-TGAA-CA--CCT-G-T--G-CT--GGA-TTT--GGA-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAATAC-T-A--AC--A-TTTTA-T-T--TC-------AT-A--A-T----G-T-G--A---TT-GA-CT-----------------------C----AAA-AA--A-Acttaagacagcttataaagttattcaattt
gi|21 : ACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--G-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------------A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAA
gi|22 : ACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GGA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TCTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------tt
gi|25 : TT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---TCC---TAT-G---AAGA--CAAA-ATT-TTA-GGTT--TTATGGA
gi|26 : ata---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---TCC---TAA-G---AAGA--CAAC-ATT-TTA-GATT--TTATGGATTTTT
gi|27 : T--CA---T-A-----CTGTA--CA-------T--A-----TC---TCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATTGTTA-GGTT--TTATGGAg
gi|28 : a--TA---T-A-----GCATA--CA-------T--A-----TC---TCT---TAA-G---AAGA--CACA-ACT-TTA-GGTT--TTATGGA
gi|29 : ATA--CA-------T--A-----TC---TCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATT-TAA-GGTT--TTATGGA
gi|3 : tAACCTA-TGAA-CA--C-T-A-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAT-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AAACA-AAAGCAAA---AA-ACAA-AACAAAAAACCAACTAAAAA-AAC----CAAAA--AAAGA-CA-ACAACCC--A---GCA-TTT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---CCC---TAA-G---AAGA--CAAATTTT-TTA-GGTT--TTGTGGATTTTTTGGAT
gi|4 : CCTA-TGAA-CA--C-T-GGT--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCG-T-GT-ATTTA-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC-----TTTA-T-TA-TC-------AT-AAGA-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------AGTCC--------AA--A-AGAATAAA---GC-CC----CCAAAAAA--AA--AAAAATAA-----TAAAA--AAAAA-AC-G-CA-CC--A----CA-TTT--TA---T-A-----TCATA--CA----------A-----T----CCT---TAA-GA--AAGA--CAAA-ATT-TTGTAGTTAATTATGGATTTTATGGATtg
gi|5 : A-TGAA-CG----T-G-T--G--T--GAA-ATT----A-C-T-T-T-AT-AT--A-A-C--T--A--TTTAAATAC-T-A--ACCTT-TTTTA-T-TA-T---------T-C--A-T----A-T-GCTA---TT--A-CT-------------------A---C----CAA-AT--ATAAAACAAA---AT-ACAA---CAAAAAAG-AA--AAAAA-AA-----CAAAACAAAAAATCA-A-AA-GC--AAAAGAA-TTTA-TAATTT-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---C-----TAATA---AAGA--CAAA-ATT-TTA-GGTT--TTATGGa
gi|6 : taagctgCCTA-TGAA-CA--C-T-G------CT--GAA-ATT--G-A-A-TTT-TGAT-AT--A-AAT--T--A--TT-AAA-AC-TTA--AC--T-TTTTAGT-CA-TC-------AT-A--A-T----T-T-GT-A---TTTGA-TT-------------------A---C----AAACAA--A-AAAAAAAA---AATATAA-GATAAAAACCC------AAG-CG-----CAAAA---------A-A-AA-CC--A---GCA-TTTACTA---T-A-----TTATATTTA-------T--ACAATCTC---CTC---T-A-G---AAAA--CAAA-
gi|7 : CTA-TCAA-CA--C-T-G-T--GGCT--GAA-ATT--G-A-CGTAT-T-CT-AT--ACA-T--TCTA--TT-AAA-ACGT-A--AC--G-TTT-A-T-TA-TC-------AT-A--T-T----A-T-G--A---TT-GA-CTTAACAAAAAAAAAAAAAAAA---CCAAAAAA-AA--A-AAAAAGAA---AA-ACAA-AAAAAAAAACCAA--AAAAA-A-------AAAA--AAAAA-GA-A-AA-CC--A---GC---------------------------------------------TC---TCC---T-A-G---AAGA--CAAA-ATT-Tctaattattaaggaat
gi|8 : CCTA-TAAA-CA--CGT-G----G-CT--GGA-ATT--G-A---TCT-T-A--AT--A---T--T-----TT-AAA-AA-C-A--AC--T-TTTTA-T-TA----------AT-A--A------A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C-----------------------------CAA-AATTAAGA--TAA--GTAAG-AA------AGAG--AAAAA-C----AA-C-------GCA-ATT--TA---T-A------CATA--CA-------TACA-----TCTATCAC---TAC-G---AAGA--CAAC-ATT-TTA--GTT--TT-TGGA-TTTTTGGAT
gi|9 : ACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATTGCG-A-C-CCT-T-ATAAT--A-A-TG-T--A--TTAAAA-AC-T-A--AA--C-TTTTA---TA-TC-------ATAA--A-T----ACT-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----CAA-AA--A-AAAACCAATCCCA-ACAA-CACAAA
blockSeqs : G . AC C T G CA G . C TG G G G . T A TT C A GT CT . T T T T AC CTT G C . GATAGGA A AG . TGGTA . CT ACT T C TAACAAAAAAAAAAAAAAAACCAAAA C AC T AA ATCCCAACAACAC CT T ACAAAACAAAAAATCAAAAGCAAAA . AC ATT . TTTAT TT TACAATC TAT . T A . T G T AA
blockSeqs : . . . G . . C . . . GC . . . . G . A . . G . . A T G . . TA . G . . . G . GA . T T . . AGTCC . . . TT AAATATAAGAT . . ACCAAAAAAAGACAACAACCCA . A . . . C TACA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . TC . . . . . . . AC . . . . . ACA . . . AA AAAACAAAAC . . AAAAAAACAGCATAAATTTTA . . . . . . TA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . G . . . . . ACA . . . TA AAAACAAAAA . . AATCCCCAAAAAACCCCCAAA . . . . . . TA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . . . . ACA . . . CA TAAAAAAA . . ATAAAAAAAAAACGCACCA . . . . . . TA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . G . . . . . ACC . . . CA AATACAAC . . AAAAAAAAAGAAAACCA . . . . . . TA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . . . . ACA . . . TA CAACAAC . . AAGAGAAAAACAAC . . . . . . TA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . ACC . . . CA AGCCCCC . . GCAAAAAAAACCA . . . . . . TA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . G . . . . . ACA . . . AA CAAAAT . . CAAAAAAACCCA . . . . . . TA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . ACA . . . AG AAAA . . ATTAAACA . . . . . . TA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . . . . ACC . . . CC T . . . . . . . . . TA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . ACA . . . C . . . . . . . . TA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . ACC . . . A . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . CA . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . AC . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** ** ACA************************** NA AAAACAAAAC***** ANAAAAAAAAAACCA******************** ** TA************** *** *** **
originalCons : AACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-AA--A-AAAACAAA---AA-ACAA-AACAAAAAACCAA--AAAAA-AA-----CAAAA--AAAAA-CA-A-AA-CC--A---GCA-TTT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---CCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATT-TTA-GGTT--TTATGGATTTTTTGGAT
finalCons : AACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CTACA--------------------------AA-AA--A-AAAANAAAAAACAAAAC-----AAAAAACCAA--AAAAA-AANAAAAAAAAAACCA--------------------GCA-TTT--TA---T-A-----TCATA--CATA--------------TC---CCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATT-TTA-GGTT--TTATGGATTTTTTGGAT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTTTGAATGTTTCGAAGTTTTAACCACTGACAATGAAATATTACTTCTTTAAAACTCTTACATGGGCCTCAGGGCCGTTTTAAAAGTGTTT
Unaligned ( gi|23 ): ACACTTTAATATTAATTTGATTGCAAGGGAACTAAACAACAAATATAGATAAAGTAGATAAAGTTTA
Unaligned ( gi|24 ): TTCGGTAGAACATCAATCTGTGTTTTTAAAAGAAAATTCAAAGATTACCTTTTAAAAGTGTTT
Unaligned ( gi|30 ): GATTTAAAGACCTACCTGGCTATAAAAGTGCTTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222 111111 11111111111111111111111111111 111111 1111111111111111
lowQualScore : 2 2 55 4 2 2 55 2 33 2 66 2 2 2 2 4 2 22 2 4 55 22 22 4 6 4 2 22 6666 2 4 2 6666666 2 44 2 777777 2 55 555 2 2 22222222222222222222222222222 2 2 33 555 444 3 222222 11 5555 0 2 66 66666666666666666666666666666 111111 3 66 444 2 66666 88 0000000000000000 5555 444 2 666 33 2 2 2 44
lowQualScore : . . .. . . . .. . .. . .. . . . . . . .. . . .. .. .. . . . . .. .... . . . ....... . .. . ...... . .. ... . . ............................. . . .. ... ... . ...... .. .... . . .. ............................. ...... . .. ... . ..... .. ................ .... ... . ... .. . . . ..
lowQualScore : 4 4 66 4 2 2 33 2 11 2 11 2 2 2 1 2 1 99 1 2 00 99 99 2 3 2 1 99 1111 0 0 0 5555555 0 88 0 777777 0 00 888 1 1 11111111111111111111111111111 2 2 11 888 777 1 777777 22 0000 7 9 66 33333333333333333333333333333 999999 1 33 444 5 22222 88 2222222222222222 5555 111 4 555 22 4 5 9 66
consensus : AACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-A-A--AAAAANA-AA---AA-ACAA-AACAAAAAACCAA--A-AAAA-AACAAAA-----AA--AAAA-------C-C---A--GC------A-TTT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---TCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATT-TTA-GGTT--TTATGGATTTTTTGGAT
Reference ( family-5617 ) : AACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-A-A--AAAAANA-AA---AA-ACAA-AACAAAAAACCAA--A-AAAA-AANAAAA-----AA--AAAA-------C-C---A--GC------A-TTT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---CCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATT-TTA-GGTT--TTATGGATTTTTTGGAT
gi|1 : AACATA-TGAAACAA-C-T-G-T--G-CCTGGAA-ATT--G-A-C-TCTAT-AT-AT--A-A-T--T--AATTT-ATA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TATTC-------AT-A--ATT----A-TGG--G---TT-GA-AT-------------------AG--C----AAA-A-A--A-----A-AA---AA-ACCC-ACCCAAAAAC------------------------AA--AAAC-------C-C---A--GC------ATTTT--TA---TAA-----TTATATTCAATACCATT--A-----TC---TTCCTATAA-GAGTAAGGACCAAA-ATT-TTA-
gi|10 : tttcggtttagaaaaaccactttcaattctgtagttttaaaagaaatttaaaaggacctacctttttaaaaacatgattttAACCTAGTGAA-CA--C-T-G-TCAG-CT--GAA-TTT--G-AGC-TCT-TTAT-AT--A-A-TGTT--A--TT-AAATAC-T-A--AC--TATTTTA-TCTA-TC-------AT-A--A-TTGGTA-T-A--T---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-A-A--TAAAAAA-AT---AA-A-AA-AA-AAAAAACC---------A-TATAAAA-----AA--AAAA-------A-C---A--GC------A-T
gi|11 : ACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-AAT--T--A--TT-AAA--C-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T------T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-A-A--AAAACCTTAA---AA-AC------------CCAA--A-AA---AAC------------------------C-C---A--GC------A-TTT--TA---T-ATTTATTCATAC-CA-------T--A-----TC---TCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATT-TTaaattttagattttatg
gi|12 : -T-G-T--G-CT--GAA--TT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-ACTT-A--AC--A-TTTTA-T-TT-TC-------AT-A--A-T----G-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-A-A--AAAAAAA-ta
gi|13 : taaccgttaatgtaaccctaACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT--T--A-A-T--T--A--TT-----AT-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--AT--TT-GA-CT-------------------A---C----CAA-A-A--AAAAATT-AA---Acccaacttaaacagcattaatttatgattctatggatttgtt
gi|13 : ACCAA--A-AAAA-AATTAAA----------------------C---A--GC------A-TTT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T---------------------------------------TT-TTA-GGTT--TTATGGATTTTTcagcattttatatcatacatttttaggttttatggatttttg
gi|14 : acctatgaacactgtgctgaaattgactcttattaattattattaactttttattatcataatatgatttgactCTA-TGAA-CA--C-TTG-T--G-CT--GAA-TTT--G-A-C-TCT-T-AT-AA--C-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--A-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----G-T-G--AACTTT-GA-CT-------------------A---C----AAA-A-A--AAAAAAA-AA---AA-A-------AAAAAACAAA--A-AAAA-AAAAAAA-----AA--Ag
gi|15 : caT-T-AT-AT--A-A-T--T-----TT-AAA--C-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-----------------------------AA-A-A--ATAAATA-AT---AA-ACA
gi|15 : AAA-AATAAAT-----AA--TAAA-------C-----A--GC------A-TCT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---CCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATC-TTA-GGTT--TTATGGATTTTTgcatcttatatcatacatatcccctaagaagacaaaatcttaggttttatggattttt
gi|16 : ttatataattttaaactaactttttattatcataatatgattgactCTG-TGAA-CAACT-T-G-T--G-CT--GGACATG--A-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A----T--A--TT--AA-AC-T-A--AG--TCTTTTA-T-TA-TC-------AT-AG-A-T----A-T-
gi|17 : tgtgttttaaagaattaagacctcctttacggaaatatgcttttaaC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T------T--------TT-GA-C----------------------------------------------AA---CA-ACAACAACAAAACACCAA--A-ATAA-A---------------------------------------------TTT--TA---T-A-----TCATA--CA----------A-----TC---TCC---TAA-G---AAGA--CAAA-TTT-TTA-GGTa
gi|19 : ACCAA--A-AAA-----AAAATCCCCAA--AAAA-------C-C---C--CCA-----A-ATT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---CCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATT-TTA-GATT--TTATGGATTTTT
gi|2 : actAACCTA-TGAA-CA--T-G-G-TC-G-CT--GAA-ATTTGA-A-C-TCT-T-AT-AC--A-A-T--T--A--TA-AAC-AC-T-AACAC--T-GCTTA-TGTA-GCGATAGGAAT-A--G-TG---A-T-C--A---TC-GACCT-------------------A---C----CAA-A-A--AAAAAAA-AA---
gi|20 : tgtggtgaagaatcaatcctggtgtttgattataataaccaatttaaaagacctactttcttttaaaacgttgattttACATA-TGAA-CA--CCT-G-T--G-CT--GGA-TTT--GGA-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAATAC-T-A--AC--A-TTTTA-T-T--TC-------AT-A--A-T----G-T-G--A---TT-GA-CT-----------------------C----AAA-A-A--AAccaacttaagacagcttataaagttattcaattt
gi|21 : ACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--G-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------------A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-A-A--AAAA
gi|22 : ACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GGA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC--T-TCTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------tt
gi|25 : TT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---TCC---TAT-G---AAGA--CAAA-ATT-TTA-GGTT--TTATGGA
gi|26 : ata---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---TCC---TAA-G---AAGA--CAAC-ATT-TTA-GATT--TTATGGATTTTT
gi|27 : T--CA---T-A-----CTGTA--CA-------T--A-----TC---TCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATTGTTA-GGTT--TTATGGAg
gi|28 : a--TA---T-A-----GCATA--CA-------T--A-----TC---TCT---TAA-G---AAGA--CACA-ACT-TTA-GGTT--TTATGGA
gi|29 : ATA--CA-------T--A-----TC---TCC---TAA-G---AAGA--CAAA-ATT-TAA-GGTT--TTATGGA
gi|3 : tAACCTA-TGAA-CA--C-T-A-T--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCT-T-AT-AT--A-A-T--T--A--TT-AAT-AC-T-A--AC--T-TTTTA-T-TA-TC-------AT-A--A-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----AAA-A-AACAAAAGCA-AA---AA-ACAA-AACAAAAAACCAACTA-AAAA-AACCAAA-----AA--AAGACAACAACC-C---A--GC------A-TTT--TA---T-A-----TCATA--CA-------T--A-----TC---CCC---TAA-G---AAGA--CAAATTTT-TTA-GGTT--TTGTGGATTTTTTGGAT
gi|4 : CCTA-TGAA-CA--C-T-GGT--G-CT--GAA-ATT--G-A-C-TCG-T-GT-ATTTA-A-T--T--A--TT-AAA-AC-T-A--AC-----TTTA-T-TA-TC-------AT-AAGA-T----A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------AGTCC--------A-A--AAGAATA-AA---GC-CC----CCAAAAAA--AA--A-AAAATAATAAAA-----AA--AAAA-------CGC---ACCAC------A-TTT--TA---T-A-----TCATA--CA----------A-----T----CCT---TAA-GA--AAGA--CAAA-ATT-TTGTAGTTAATTATGGATTTTATGGATtg
gi|5 : A-TGAA-CG----T-G-T--G--T--GAA-ATT----A-C-T-T-T-AT-AT--A-A-C--T--A--TTTAAATAC-T-A--ACCTT-TTTTA-T-TA-T---------T-C--A-T----A-T-GCTA---TT--A-CT-------------------A---C----CAA-ATA--TAAAACA-AA---AT-AC---AACAAAAAA-GAA--A-AAAA-AACAAAAC----AA--AAAA-------T-CAAAA--GCAAAAGAA-TTTA-TAATTT-A-----TCATA--CA-------T--A-----T-----CC---TAATA---AAGA--CAAA-ATT-TTA-GGTT--TTATGGa
gi|6 : taagctgCCTA-TGAA-CA--C-T-G------CT--GAA-ATT--G-A-A-TTT-TGAT-AT--A-AAT--T--A--TT-AAA-AC-TTA--AC--T-TTTTAGT-CA-TC-------AT-A--A-T----T-T-GT-A---TTTGA-TT-------------------A---C----AAACA-A--AAAAAAA-AA---AATATAA-GATAAAAACCC---------A-AGCGCAA-----AA--AAAA-------C-C---A--GC------A-TTTACTA---T-A-----TTATATTTA-------T--ACAATCTC---CTC---T-A-G---AAAA--CAAA-
gi|7 : CTA-TCAA-CA--C-T-G-T--GGCT--GAA-ATT--G-A-CGTAT-T-CT-AT--ACA-T--TCTA--TT-AAA-ACGT-A--AC--G-TTT-A-T-TA-TC-------AT-A--T-T----A-T-G--A---TT-GA-CTTAACAAAAAAAAAAAAAAAA---CCAAAAAA-A-A--AAAAAAG-AA---AA-ACAA-AAAAAAAAACCAA--A-AAAA-AAAAAAA-----AAAGAAAA-------C-C---A--GC---------------------------------------------------TC---TCC---T-A-G---AAGA--CAAA-ATT-Tctaattattaaggaat
gi|8 : CCTA-TAAA-CA--CGT-G----G-CT--GGA-ATT--G-A---TCT-T-A--AT--A---T--T-----TT-AAA-AA-C-A--AC--T-TTTTA-T-TA----------AT-A--A------A-T-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C------------------------------CAA-AATTAAGA--TAA--GTAAGA-AAGAGAA-----AA--ACAA-------C--------GC------A-ATT--TA---T-A------CATA--CA-------TACA-----TCTATCAC---TAC-G---AAGA--CAAC-ATT-TTA--GTT--TT-TGGA-TTTTTGGAT
gi|9 : ACCTA-TGAA-CA--C-T-G-T--G-CT--GAA-ATTGCG-A-C-CCT-T-ATAAT--A-A-TG-T--A--TTAAAA-AC-T-A--AA--C-TTTTA---TA-TC-------ATAA--A-T----ACT-G--A---TT-GA-CT-------------------A---C----CAA-A-A--AAAAACC-AATCCCA-ACAA-CACAAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTTTGAATGTTTCGAAGTTTTAACCACTGACAATGAAATATTACTTCTTTAAAACTCTTACATGGGCCTCAGGGCCGTTTTAAAAGTGTTT
Unaligned ( gi|23 ): ACACTTTAATATTAATTTGATTGCAAGGGAACTAAACAACAAATATAGATAAAGTAGATAAAGTTTA
Unaligned ( gi|24 ): TTCGGTAGAACATCAATCTGTGTTTTTAAAAGAAAATTCAAAGATTACCTTTTAAAAGTGTTT
Unaligned ( gi|30 ): GATTTAAAGACCTACCTGGCTATAAAAGTGCTTTT