lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 3333333333333333333333333333 2222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44444444444 111 1 1 1111111111 1111 1 2222 11111 333 222222222222 1 1 777
lowQualScore : 6 6 4 6 1 9 2 3333333333333333333333333333 8888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 33 666 55 1 4 0 9999999999 2222 3 4 6 2 9 4 0000 5 22222 000 999999999999 2 888 77 1 77 8 7 000
lowQualScore : . . . . . . . ............................ .... ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ........... .. ... .. . . . .......... .... . . . . . . .... . ..... ... ............ . ... .. . .. . . ...
lowQualScore : 5 2 8 7 0 8 5 3333333333333333333333333333 8888 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222222 88 000 00 4 4 1 8888888888 9999 0 4 4 8 0 9 8888 0 55555 666 888888888888 2 333 00 7 33 2 0 000
consensus : ATAGCATCNAAAGTG-ACGCAATTTCTCAATT-TGACN--CAAATT---TAATT---AAAATGCTNACTTTTG-TG-----AA--CGT-T--TTTC--TTTC---G--AA---A------A---A-------GA-GCA--G--CTTTG---GACAAACA----CAAAC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTG-------CAT----TG-GA----AATAA-A-T--CTAT--C--TGGTAT---NA------ATATA-AAGTTTGTCCAAG-CCT-GCGCTC-----G-ATGTTTTCT--AGAAG--AAAG--A-C--TGT----A---ATATACGGC-TTCT----CA-GA-A-------TTTTNNNTCAAAAT----AC----ATG-TAG--------CA----------GGAAAATAT-GTCA-T-TTTGTGATGT---NAN-----AATTCCAGTTCTACGT-CATT--TTGATCAAATTGA----GAATAACAACT---GAGTTGCATCGGGATTCTTGCACAAAATACACTTNA--T-TT-----GAAA-CAAAAGCACGAA---TG---TCGATTTTGNT-GGGCAAAT-AAAGCCCTTATCGTC---TATA
Reference ( gi|2 ) : ATAGCATCAAAGGTG-ACACAATTTCTCAACT-TGACA--CAAATT---TGATT---AAAATGCGGGCTTTTG-TG-----AA--TGT-T--ATTC--TTCC---A--AA---A------G---A-------GA-GCA--G--CTTTG---GACAAACA--A-CAAAC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTG-------TAT----TG-GACT--AACAA-A-T--CTAT--C-GTGGTAT---TA------ATGTA-AAGTTTGTCCAAG-CAT-GTGCTT-----A-ATGTTTTCT--AGAAG--AAAG--A-C--GGT----A---ATATACGACTTTCT----CA-GA-AC------TTTTTTTTCAAAAT----AC----ATG-TAG--------CA----------GGAAAATATAGTCA-TGTTTATGATGT---AGA-----AATTTCAGTTCTATGT-TGTT--TTGATAAAATTGA----AGATATCAACT---AAGTTGCATTAGAATTCTAGCATAGAATGCATTTTA--T-TT-----GAAATCTAAAGCATGAC---TG---TGGACTTTGGT-GGATAAAT-GAATCCCTTAATGTCAAGTATA
gi|1 : ATAGCATCTAAAGTG-ACGTA-TTTCTCAATT---ACAATCGAATT---CAATT---AGATTT--GTTTTTTA-T----------CGT-T--TTTCCTTTTC---AGAAA---A------C---A-------TA-GCA--CATCTTTG---GACAAAC-----CA--T-TTTTCAAATCA--T--AGGTG-------TATATACTG-GGAA--AATAA-AAT--CTATGAC-G-AGT-C---TA---------TA-AAAT--GTCCAAC-CCT-TTGCTC-----A-ATGTTTTCT--ATAAG--AGAG--T-C--TGC----ATGCATATGAGAAAAT-------A-GC-AA------TTCTAAGTCAAAAT----ATCA--AAG-TAG--------TATTT-------G----ATAT------TATTTGTGATGT---CAT-----GATTCCACTTCTACGT-CATT--TTGATCAAA-CGA----AT-TACC-ACT---AAGTTGTATTGGGATTATTGCACAAAAAACCTTTTGGTT-TT-----GAAA-CAGAAGCACGCCGAATG---TCTACTTTGATGGGGCAAAT-AAAGCCTTTATCGTC---TATA
gi|15 : acaatttgtctccaatgtttacatctagttagagtttACAACATCCAAAGTG-ACGCAATTTCT-AACT-GGACT--CAAATCTAGTAATT---GAAATGCTAAATTTTT-TGCAGAAAA--TATAT--AT------------------------------A-------GA-GCA-----CTGTGTTTGACAAACA--ATC---C-TTTTCTG-TGA--CTTATATGATAAATCTAT-------GATTTAAACAC-A-T--GTAT-------ACAT-----------ATATA-TAGTTTGTTTAAA-Cgtcctt
gi|12 : ATA-CATCAAAAGTG-ACACAGTTTCTGATTTCTGATA---AAGTT---TGATT---ct
gi|9 : ttaaagaacttatatatgatcactcacaactacaaagctttaaagacaaaaaatttcagttcaattttgcatagtttctctctgatatttacagtcattcggggtgcAGCAGCAAACTTA-ACGCAATTTCTCA-TT-CTACC--TAAATG---TAGTTTTAAGAATGCATACTTTT----------------------CC--TTCA---A--AA---AACATAAG---A-------GA-GCT--G--TTTTA---GACA--------CAAA----------TC-------CGTG-------CAC----TG-GAAA--GATAA-A-T--CT-T--C-G--GTAG---AA------ATGTA-TAGCTTGTCCAAG-GCT-GCGCTC-----G-ATATTttctctcagaaaacatggagtggtgtcgtggacatgtgaaattttt
gi|7 : tcataacagaaatcacacccagcactgtttcacataatatgcctccgatatttacagtcatatgtagtataaTCTAAAGTA-ATGCAATTTTTCAATT-TTAAT--CAAATT---T-------AAAGTGCTTACTTCTA-TA-----AA--TAT-T---TCC--TTTC---A--GA---A------A---ACGTATACAATGCA--G--TTTTT-----CAAATTTTG-CAAAT-TTTTCTG-TCA--C--ATA----------AA----TG-AAAT--AAAAAGA-T--ATAT----ATGGTAT---AA------ATATA-AAGTTTGTCCAAA-CTT-GCATTT-----G-ATGCTTTTT--AGAAG--AAAA--A-C--TGT----
gi|3 : attttaggaccGGTGTACACA---TATCA--TGTGACA--TA--TT---TTCTC---AAAATGCTAATCTTTGATC-----AA---GT-TTGATTT--TT-----G--AG---A------A---A-------GT-GCA--G--CCCTG---GACAAACA--A---AAC-TTCTGTA-TTATAC--ATATT-------TATGC--TG-AACA--GATAA-A-T--CTAT------GGTAT---TG------ATAAA-GAATGTATTCATGTCA--GTGTTT-----G-ATGTTTTCT--AGAAG--AAAC--ATT--TGTTA--A---ATATACAGGTTTATATTGCA-GT-GC------T--------GAAA-----------ATG---G--------CA----------GAAAAA---GGTC-------ACGATGT-----------GATGTCAATTC-ATTT-GGCT--CTGATCAAATTCA----GAATTACAACTGTAGAATATCTTCAGGATTCTTGTACAAAATACACTTCA--T-TT-----GGAAACAAAAGCACAAA---TGTCATTAATTTTGTA-GGGCAAAT-AAAGCCCTTAgtttaaaaaaggggctatttgatgtcaaattattgaaaatagctccagttcaatgtcattttgatcaaactgagagtatagaacagatgtacatagggtctcctgcacaagata
gi|5 : ttttttttctctaatatttaccatcatttTTTCG-AG-----AA--CAT-C--TTTC--TTTCGGGA--AACACA------G---A-------GT-ACA--A--CTTTG---AACAAAGA--A---------TTTTA-TTG--C--AT----------CAT--------------ATGA-A-T--ATAT------GGTAT---AA------ATATG-AAGTTTGTCCAAC-CCT-GTCATT-----G-ACATTTCCT--AGAGG--AAAA--A-C--TGTGTTAA---AAATA-G------T----CA-TATA--------TATATGTCAAAAT----AC----A---TAA--------CACAAAATTCTGGGAAAATATCG-CA---TTTATAATGT---CAT-----AATTCAGGTTTGAAGT-CATT--TTCATCAAATTAA----GAATGACAAC-----AGCT---TTGGGATTTTTTCACAAAATACACTTAA--T-TT-----TAAATttaag
gi|6 : gtttcatttaatttggtccgatatttgcattttgagtaaagtgatgcaatataaaaaagatgatTTG-TG-----AACATTT-T--TTTC--TTCA---G--AA---A------ATGTA-------GA-GCACGG--CTTTG---TACGATT-----TAAAT-TTTTCTA-TCATAC--AAGTG-------TAC----TG-GA----AATAT-A-TAACAAT--T-ATGGAGT---GG------GTGTC-AA-TTTGTCCAAG-CCC-GAACTC-----G-ATGTTTCCT--AGAGG--AAA---------------A---ATA---G---TCCT----TA-AA-ACATCATGTTTGTCTTAAACAT-----C----ATG-TTGTGATCCTACA----------GGATAA-ATAGTC----CTTA---------AAA-----CATTCCAGTTCTCTGT-CATTCATT-------CTGA----AAA-A-CAAGT---CAGTTGTATCAGGATTCTTGCTCAAAGTGCTGTTGA--TATT-----GGAA-CACAAGAAGGAA---TA---CTGAATTTATT-AAATA----GAA-CCCTTATTATC
gi|23 : gTTG-TG-----AA--CAT-T--TTTC--TTTC---A--GA---AATCC--A---A-------GT-GCA--G--CTTTG---TACAAGC-----TAAAT-TTTTCCA-TCA--A--ATg
gi|8 : aA--G--CTT-----GATAAATA--T-AACACGTTTTTTA-TCA--C--ATGTG-------CAT----AGTGA----AAAGA-A-T--CAAT--CTTTGTTATAAATATGACTTATATATAAGTTTTTCCAAG-CCTGGTGCTA-----A-ATGTTTTCT--GAAAG--AA----A-C------------------CGGC---------CA------------TTTTCATGTAAAATTACGGC----A-A-TAG--------TG----------GTAAAACATCATCAGCACTTGTGATGTC--AGG-----AATTTCTGGTTTACATAAATT--TTGATCAAATTAA----GTACACTAATT---GAGTTGCATGAAAATCAAAACA-AGAAT---TTTTagtttttctggaaa
gi|10 : TAT--T-TTGATAT---AA------ATATG-AAGTTTGTCCAA--CAT-----TT-------ATCTTTTCT----AAG--AAAG--A-
gi|14 : ggacaTATA-AAGTTTGTTCAAG-TCT-GCACTTTTTAAA-ATATTTTCT--AGAAG--AGGA--A-CTGGGT----A---A---ACTACT-----------GA-A------------------AAT----G------TG-TAG--------CA--------------AA-ACAG-CA-TTTTTGTGATGT---CAT-----AATTTCAGATCTACAT-AATT--TTGATTCGATGGA----AAATAGCAACT---GAATTGCATTGAGATTCCTGCACAAAATaaacacctgcacgaaaatagctattttatgtcagaatgatgtcatataaattctatatttagaacagtgacttgtggaaattatgatcttgatgatgtcataattctatatttagatattttatccaattgagaatctctggaatttttgttcaaatcacatcaatcaatat
gi|1 : cGTTTGTCCAAA-GAT-GTGCT--------ATGTTTTCTGAAAAGG--AAAA--A-C--GAT----A---Attaatgttgatac
gi|4 : acaatttgtctccaatgtttacatctagttagagtttatagcatctaaagtgacgtatttctcaattacaatcgaattcaattagatttgttttGTTCCTCC--G-C-T-GTGCTT-----ATAAATTTAC---ACAAGGAAAAGTAA-T--GGT----A---GCGTA-----TTCT----AATAA-AT------TTTTTTTTCAA-------AC----ACG--AA--------CA----------GAAAAATAcatttttcaaatcataggtgtatatactgggaaaataaaatctatgacgagtctataaaatgtccaaccctttgctcaatgttttctataagagagtctgcatgcatatgagaaaatagcaattctaagtcaaaatatcaaagtagtatttgatattatttgtgatgtcatgattccacttctacgtcattttgatcaaacgaattaccactaagttgtattgggattattgcacaaaaaaccttttggttttgaaacagaagcacgccgaatgtctactttgatggggcaaataaagcctttatcgtctatagtcctt
gi|16 : CTTTCC----CA-CA----------TTTATGTCAAAAT----ATCG--ATAATCG--------TG----------GAAAAAGAT---CA-TGTTTATGATGTCATAAATTCATAATTCCGGTTTTAAAT-CATT--TT-ATCAGAT-GA----GAATAACAACT---GAGTTGCATTTAGATCCTTGCACAAAATACAATTAA--T-TT-----acctttttataaattaaaggttttttgtaaaacaaacacattatcaagatttaatgaacttaatgaatacaaacaatatagcatttaaatcgttggcaaagtttgttaagaaaatttaatgctgtctgctcttgcctaactatgcacttataccttagtgtatatatatgcttatttgttctcagcacatactgtaatatgttatatgacccttacttgtaatgatacttttatatacatgatttttgtttgtacctcatgtaccagtgatctggtttgagtgaataaatgaattga
gi|18 : atatttgatcagAAAAT----ACCAAAAAG--GG--------CA----------GGAAAAT---GTCA-TTTTTATGACAT---ATA-----ATTCTGTGTTCTAAGT-CATT--TTGATGAAAT--A----AGA
gi|17 : aaactgtgaaaaatactcattatgtg-TGTTTGTGATGT---CAG-----AATTCCAGAAATATAC-TATT--TTGGTCAAATGGA----GAATAATGTCC---AAGTTGTAATGGGATTTTTGCACAAAA---ACTCT------T-----GAAACC-AAAGCATGAA---TG---TAAACTTTAAT-GGGCAGAT-AAgaatgcaggataatgtatgcacaaagtgtacccaattctaaat
gi|11 : -----AATCCTAATTTCATAC-CATT--TTGGTCAAAT-GAGACCAGTTA--AACT---GAGTTGCATCATAATGCTTGCATAACATACACTTAC--T-TTTGAAAGAAAACCAGATCATGA----TG---TTGATTTTGGT-GGGCAAGTAGAACCtataatttgtagtccttta
gi|21 : tgaaaaaaattagccattttatgttaagagcacaaaattcattgaagaaacatttgtagtgacatttT--TTGATCATATTGA----AAATAACAGTT---TAGATGCTCCAGGATTCTTGCAT-GAATACACTTAAC-T-TT-----GAAA-CAAAATGATGAC---AG---TAAATTATGAT-TGGCAAAT-AGAGCCTTTAattttaaaatctgagagagcccttc
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ACCTCAGAGGTCATGTAAACTTAAATCTGCGCTATGTAAATAATGCACTTGTACCTAGTTATATGCTTATTTGTTCTCAGCACATACTTGTATATATGTTATATGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA
Unaligned ( gi|19 ): CTTTTATGCAAATATTTTTGAATTCACACCATAGGAATAGAGATGTGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA
Unaligned ( gi|20 ): ATCAAATTGATTATACTGTCAGAGTTGTGTTGGGATTCTTGCACAAAGCAACCTTATTTCGGACGTAAAATAATGACTGCCAACGGAAGGGGCTAAATACAGTCCTTATCATACATGTATATGGTTCTTC
Unaligned ( gi|22 ): TGATGTAATAATATGTTGTCATGATTCCAGTTCTACGTAATATTATCTAATTAAGAATTACAGCTATATTGTGTCGGGATTAT
Unaligned ( gi|24 ): GATTAAGAATGGCAAATGGGTTGTATCGAGATTCTTGCACAAAACACGCTTAGTTTTG
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 11111 1111111111111111 1 5555555555555555555 333333 11111 3333333333333 1111 44444444444444 1111111111 1111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 11 1111 11111 11111 11111 222
lowQualScore : 3 1 1 2 1 5 111 2 888 00000 1 0 2222222222222222 4 7 9999999999999999999 2 66 55 8888 222222 4 77 4 33333 0 5 7777777777777 66 3333 66 77777777777777 1 55 9999999999 3 2 3 0 3333333 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7777 2 00000000 555 2 1 4 44 3 66 2 33 4444 0 33 2 2 00 6 77 3 6666 22222 33333 6 00000 5 333
lowQualScore : . . . . . . ... . ... ..... . . ................ . . ................... . .. .. .... ...... . .. . ..... . . ............. .. .... .. .............. . .. .......... . . . . ....... . ............................................................................................................................................................ .... . ........ ... . . . .. . .. . .. .... . .. . . .. . .. . .... ..... ..... . ..... . ...
lowQualScore : 2 0 7 5 7 0 555 0 888 99999 0 4 6666666666666666 4 8 8888888888888888888 3 11 55 6666 666666 0 00 0 11111 9 4 8888888888888 11 9999 11 44444444444444 0 00 5555555555 6 0 6 5 5555555 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7777 9 44444444 000 9 1 6 11 3 44 5 44 6666 8 77 9 1 44 2 33 6 1111 55555 22222 0 11111 0 333
consensus : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATT-TGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTGACTTTTG-TGAACGTTTTTC--T-TTCAGAAA---A--T----A-------GNG--CA--GCTTTG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGCAT----TG-G--A--AA--TAAA----T--CTAT----------C--TGGTATAAAT--ATA----------A-AGTTTGTCCAAGCCT-GCGCTC-----GATGTTTTCTAGAAGAAAGA------CT-GT----A---ATAT------AC-GGC-T------T-T----CAGAA-T------TTTATNTCA---AA-AT----AC----ATG-TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT-----TT-T-G-TGATGTCA-TA-A--------T---TCCA-GTTCTACGT-CATTTTGATCAAAT-TGAGAATA-AC--AACT---GAGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTTAA--T-TT--GAAA-CAAAAGCA---CGA-----ATGTC---GACTTTG--AT-GGGC-AAATAGAGCCCTTATCGTC---TATA
Reference ( family-557 ) : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATT-TGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTNACTTTTG-TGAACGTTTTTC--T-TTC-GAAA---A-------A-------GAG--CA--GCTTTG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGCAT----TG-G--A--AA--TAAA----T--CTAT----------C--TGGTATNAAT--ATA----------A-AGTTTGTCCAAGCCT-GCGCTC-----GATGTTTTCTAGAAGAAAGA------CT-GT----A---ATAT------AC-GGC-T------TCT----CAGAA-T------TTTNNNTCA---AA-AT----AC----ATG-TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT-----TT-T-G-TGATGTNA-NA-A--------T---TCCA-GTTCTACGT-CATTTTGATCAAAT-TGAGAATA-AC--AACT---GAGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTTNA--T-TT--GAAA-CAAAAGCA---CGA-----ATGTC---GATTTTG--NT-GGGC-AAATAAAGCCCTTATCGTC---TATA
gi|1 : ATAGCATCTAAAGTGACGTA-TTTCTCAATT-ACAATCGAATT---CAATT---AGATT--TGTTTTTTA-T---CGTTTTTCCTT-TTCAGAAA---ACAT----A-------GCA--CA--TCTTTG---GACAAAC----CA---T-TTTTCAAATCA--T--AGGTGTATATACTG-GGAA--AA--TAAAA---T--CTAT---------------G-ACGAGTCTATA----------A-AAT--GTCCAACCCT-TTGCTC-----AATGTTTTCTATAAGAGAGT------CT-GC----ATGCATATGAGAAAAT-AGC------------------AA-T------TCTAAGTCA---AA-AT----ATCA--AAG-TAG--------T--------------------------ATTT-GATATTA---TT-T-G-TGATGTCA-TG-A--------T---TCCA-CTTCTACGT-CATTTTGATCAAAC----GAATT-AC--CACT---AAGTTGTATTGGGAT--TAT-TGCACAAAAAACCTTTTGGTT-TT--GAAA-CAGAAGCACGCCGA-----ATGTC---TACTTTG--ATGGGGC-AAATAAAGCCTTTATCGTC---TATA
gi|10 : acaatttgtctccaatgtttacatctagttagagtttT----------T--TGATATAAAT--ATG----------A-AGTTTGTCCAA------CATTT------ATCTTTTCTA--AGAAAGAAAACACCT-GC----ACGAAAAT------A---GC-TATTTTATGT----CAGAA-T------G--ATGTCATATAA-ATTCT-AT----ATT-TAGAA------CA----------GTGACTTGTGGA-AATTAT-G--AT-----CT-T-GATGATGTCA-TA-A--------T---TCTA-TATTTAGAT--ATTTT-ATCCAAT-TGAGAATgtcctt
gi|11 : ggacatatCA---AA-AT----TC----AT--TG----------A----------A---------GA-AA-------CAT-----TTGTAG-TGACATT--TA-A--------T---CCTA-ATTTCATAC-CATTTTGGTCAAAT--GAGACCA-GTTAAACT---GAGTTGCATCATAAT--GCT-TGCATAACATACACTTACT-T-TT--GAAA-GAAAACCA----GATCATGATGTT---GATTTTG--GT-GGGC-AAGTAGAACCATTctctggaatttttgttcaaatcacatcaatcaatat
gi|12 : tgaaaaaaattagccattttatgttaagagcaATA-CATCAAAAGTGACACAGTTTCTGATTTCTGATA-AAGTT---TGATT---ttaaaatctgagagagcccttc
gi|14 : ttaaagaacttatatatgatcactcacaactacaaagctttaaagacaaaaaatttcagttcaattttgcatagtttctctctgatatttacagtcattcggggtgcT--ATA----------A-AGTTTGTTCAAGTCT-GCACTTTTTAAAATATTTTCTAGAAGAGGAA------CT-G----------------------GGT-----------------AAA-C------T---ACTGA---AA-AT----G------TG-TAG--------CA----------A---------AA-CAGCAT-----T-----TT-T-G-TGATGTCA-TA-A--------T---TTCA-GATCTACAT-AATTTTGATTCGAT-GGAAAATA-GC--AACT---GAATTGCATTGAGAT--TCC-TGCACAAAAT----TTAA--TGTT--GATA-Cttctctcagaaaacatggagtggtgtcgtggacatgtgaaattttt
gi|15 : cACAACATCCAAAGTGACGCAATTTCT-AACT-GGACTCAAATCTAGTAATT---GAAATGCTAAATTTTT-TGCA----------------GAAA---ATATATATA-------GAG--CA---CTGTGTTTGACAAAC---A-AT-CC-TTTTCTG-TGA--CTTATATG-----------------A--TAAA----T--CTATGATTTAAACAC--ATGTATACAT--ATAT---------ATAGTTTGTTTAAACCT-
gi|16 : -T------TCC----CACA---------TTTATGTCA---AA-AT----ATCG--ATAATCG--------TG----------G---------AA-AAAGAT---CATG----TT-T-A-TGATGTCA-TA-AATTCATAAT---TCCG-GTTTTAAAT-CATTTT-ATCAGAT--GAGAATA-AC--AACT---GAGTTGCATTTAGAT--CCT-TGCACAAAATACAATTAA--T-TT--
gi|17 : atatttgatcagct-----TT-T-G-TGATGTCA-GA-A--------T---TCCA-GAAATATAC-TATTTTGGTCAAAT-GGAGAATA-AT--GTCC---AAGTTGTAATGGGAT--TTT-TGCACAAAA---ACT-----C-TT--GAAA-CCAAAGCA---TGA-----ATGTA---AACTTTA--AT-GGGC-AGATAA
gi|18 : tgTTATGTGA---AA-AT----ACCAAAAAG--GG--------CA----------G---------GA-AAAT---GTCAT-----TT-TTA-TGACAT-A-TA-A--------T---TCTGTGTTCTAAGT-CATTTTGATGAAATAAGAGAA------------------TGCA---GGATAATGTATGCACAAAGTGTACCCAA--T-TC--TAAA-tataatttgtagtccttta
gi|2 : aaactgtgaaaaatactcaATAGCATCAAAGGTGACACAATTTCTCAACT-TGACACAAATT---TGATT---AAAATGCGGGCTTTTG-TGAATGTTATTC--T-TCC-AAAA---G-------A-------GAG--CA--GCTTTG---GACAAACA--ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGTAT----TG-G--ACTAA--CAAA----T--CTAT----------CG-TGGTATTAAT--GTA----------A-AGTTTGTCCAAGCAT-GTGCTT-----AATGTTTTCTAGAAGAAAGA------CG-GT----A---ATAT------AC-GACTT------TCT----CAGAACT------TTTTTTTCA---AA-AT----AC----ATG-TAG--------CA----------G---------GA-AAATATAGTCATG----TT-T-A-TGATGTAG-AA-A--------T---TTCA-GTTCTATGT-TGTTTTGATAAAAT-TGAAGATA-TC--AACT---AAGTTGCATTAGAAT--TCT-AGCATAGAATGCATTTTA--T-TT--GAAATCTAAAGCA---TGA-----CTGTG---GACTTTG--GT-GGAT-AAATGAATCCCTTAATGTCAAGTATAt
gi|20 : ATCAAAT-TGATTATA-CT--GTCA---GAGTTGTGTTGGGAT--TCT-TGCACAAAGCA-ACCTTA--T-TTCGGACG-TAAAATAA---TGA-----CTGCC---AA---CGGAAG-GGGCTAAATACAGTCCTTATCAT
gi|21 : TTTGATCATAT-TGAAAATA-AC--AGTT---TAGATGCTCCAGGAT--TCT-TGCATGAA-TACACTTAAC-T-TT--GAAA-CAAAATGA---TGA-----CAGTA---AATTATG--AT-TGGC-AAATAGAGCCTTTATacatgtatatggttcttc
gi|22 : caataccatatgaaAT-GTAAT-----AA-T-A-TGTTGTCA-TG-A--------T---TCCA-GTTCTACGT-AATATT-ATCTAAT-TAAGAATT-AC--AGCT---ATATTGTGTCGGGAT--Tt
gi|23 : tgTTG-TGAACATTTTTC--T-TTCAGAAATCCA-------A-------GTG--CA--GCTTTG---TACAAGC----TAA-AT-TTTTCCA-TCA--A--ATat
gi|24 : aAT-TAAGAATG-GC--AAAT---GGGTTGTATCGAGAT--TCT-TGCACAAAACACGCTTAG--T-TT--agtttttctggaaa
gi|3 : gATG-TGACATA--TT---TTCTC---AAAATGCTAATCTTTGATCAA-GTTTGAT--T-TTT-GAGA---A-------A-------GTG--CA--GCCCTG---GACAAAC---A-AA-AC-TTCTGTA-TTATAC--ATATTTATGC--TG-A--ACAGA--TAAA----T--CTAT--------------GGTATTGAT--AAA----------G-AATGTATTCATGTCA-GTGTTT-----GATGTTTTCTAGAAGAAACA------TTTGTTA--A---ATAT------ACAGGT-T------TATATTGCAG-------------TGCTGA---AA-AT----G-----------G--------CA----------G---------AA-AAAG---GTCAC-----GA-T-G-TGATGT---CA-A--------T---T-CA-TTT----GG-C--TCTGATCAAAT-TCAGAATT-AC--AACTGTAGAATATCTTCAGGAT--TCT-TGTACAAAATACACTTCA--T-TTG-GAAA-CAAAAGCA---CAA-----ATGTCATTAATTTTG--TA-GGGC-AAATAAAGCCCTTATtg
gi|5 : ttttttttctctaatatttaccatcatttggtgtacacatatc-TGATGCAA-TA---TAA-----AAAA-GATGATTTTCG-AGAACATCTTTC--T-TTC-GGGA---A-------ACACA---GAGTACA--ACTTTG---AACAAA------GA-AT-TTT---A-TTG--C--AT---CAT--------------A--TGAA----T--ATAT--------------GGTATAAAT--ATG----------A-AGTTTGTCCAACCCT-GTCATT-----GACATTTCCTAGAGGAAAAA------CT-GTGTTAA---AAAT------A---G-----------T----CATAT-A------TATATGTCA---AA-AT----AC----AT---AA--------CACAAAATTCTGG---------GA-AAATAT-CGCAT-----TT---A-TAATGTCA-TA-A--------T---TCAG-GTTTGAAGT-CATTTTCATCAAAT-TAAGAATG-AC--AAC-----AGCT---TTGGGAT--TTT-TTCACAAAATACACTTAA--T-TT--TAAA-taag
gi|6 : gtttcatttaatttggtccgatatttgcattttgagtaaagTTG-TGAACATTTTTT--TCTTCAGAAA---ATGT----A-------GAG--CACGGCTTTG---TACGATT----TAA-AT-TTTTCTA-TCATAC--AAGTGTAC----TG-G--A--AA--TATA----TAACAAT----------TA-TGGAGTGGGT--GTC----------A-A-TTTGTCCAAGCCC-GAACTC-----GATGTTTCCTAGAGGAAA-----------------A---ATA----------G---T------CCT----TAAAA-CATCATGTTTGTCTTA---AACAT-----C----ATG-TTGTGATCCTACA----------G---------GATAAATA--GTCCT-----------------TAA-AACA--------T---TCCA-GTTCTCTGT-CATTC-------AT-TCTGAAAA-AC--AAGT---CAGTTGTATCAGGAT--TCT-TGCTCAAAGTGCTGTTGA--TATT--GGAA-CACAAGAA---GGA-----ATACT---GAATTTA--TT------AAATAGAACCCTTATTATC---t
gi|7 : gTCTAAAGTAATGCAATTTTTCAATT-TTAATCAAATT---TAA-------AGTGCTTACTTCTA-TAAATATTTC-C--T-TTCAGAAA---ACGTATACA-------ATG--CA--GTTTTT-----CAAATTTTGCAA-AT-TTTTCTG-TCA--C--ATA--AAT-------G--A--AA--TAAAAAGAT--ATAT----------A--TGGTATAAAT--ATA----------A-AGTTTGTCCAAACTT-GCATTT-----GATGCTTTTTAGAAGAAAAA------CT-GT----g
gi|7 : attttaggaccAT-GTCAA-----AT-T-A-T----TGA-AA-A--------TAGCTCCA-GTTCAATGT-CATTTTGATCAAAC-TGAGAGTATAG--AACA---GATGTACATAGGGTC--TCC-TGCACAAGATAgtttaaaaaaggggctatttgatgtcaaattattgaaaatagctccagttcaatgtcattttgatcaaactgagagtatagaacagatgtacatagggtctcctgcacaagata
gi|8 : attttaggacctctaaagtaatgcaatttttcaattttaatcaaatttaaagtgcttacttctataaatatttcctttcagaaaacgtatacaatgcagtttttcaaattttgcaaatttttctgtcacataaatgaaataaaaagatatatatggtataaatataaagtttgtccaaacttgcatttgatgctttttagaagaaaaactgtgtttaaaaaaggggctatttgA--GCTT-----GATAAAT---ATAACACGTTTTTTA-TCA--C--ATGTGCAT----AGTG--A--AA--AGAA----T--CAAT----------CTTTGTTATAAAT--ATGACTTATATATA-AGTTTTTCCAAGCCTGGTGCTA-----AATGTTTTCTGAAAGAA--A------C-----------------------C-GGC-C-----------------A-T------TTTCATGTA---AA-ATTACGGC----A-A-TAG--------TG----------G---------TA-AAACA---TCATCAGCACT-T-G-TGATGTCAGGA-A--------T---TTCT-GGTTTACATAAATTTTGATCAAAT-TAAGTACA-CT--AATT---GAGTTGCAT
gi|9 : AGCAGCAAACTTAACGCAATTTCTCA-TT-CTACCTAAATG---TAGTTTTAAGAATGCATACTTTT-------------C--C-TTC-AAAA---A-------ACATAAGAGAG--CT--GTTTTA---GACA-------CAA-A----------TC-------CGTGCAC----TG-G--A--AAGATAAA----T--CT-T----------C---GGTAGAAAT--GTA----------T-AGCTTGTCCAAGGCT-GCGCTC-----GATATTgaaaatcaaaacaagaattttt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): GTTCCTCCGCTGTGCTTATAAATTTACACAAGGAAAAGTAATGGTAGCGTATTCTAATAAATTTTTTTTTCAAACACGAACAGAAAAATAACCTTTTTATAAATTAAAGGTTTTTTGTAAAACAAACACATTATCAAGATTTAATGAACTTAATGAATACAAACAATATAGCATTTAAATCGTTGGCAAAGTTTGTTAAGAAAATTTAATGCTGTCTGCTCTTGCCTAACTATGCACTTATACCTTAGTGTATATATATGCTTATTTGTTCTCAGCACATACTGTAATATGTTATATGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATACATGATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTGAGTGAATAAATGAATTGA
Unaligned ( gi|13 ): ACCTCAGAGGTCATGTAAACTTAAATCTGCGCTATGTAAATAATGCACTTGTACCTAGTTATATGCTTATTTGTTCTCAGCACATACTTGTATATATGTTATATGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA
Unaligned ( gi|19 ): CTTTTATGCAAATATTTTTGAATTCACACCATAGGAATAGAGATGTGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 5555555555555555555555 333333 11111 3333333333333 1111 44444444444444 1111111111 1111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 11111111 111111 11111 11111 222
lowQualScore : 3 1 1 2 1 5 111 2 888 00000 7777 7777777 4 66 4 7777777777777777777777 1 55 8888 222222 4 77 4 33333 0 5 7777777777777 66 3333 66 77777777777777 1 9999999999 3 2 3 0 3333333 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0000 00000000 2 1 4 44 3 66 333333 4444 0 33 2 000000 6 77 3 7 888 22222 33333 77777 5 0 333
lowQualScore : . . . . . . ... . ... ..... .... ....... . .. . ...................... . .. .... ...... . .. . ..... . . ............. .. .... .. .............. . .......... . . . . ....... . .................................................................................................................................................................. .... ........ . . . .. . .. ...... .... . .. . ...... . .. . . ... ..... ..... ..... . . ...
lowQualScore : 2 0 7 5 7 0 555 0 888 99999 4444 3333333 4 11 4 6666666666666666666666 0 55 6666 666666 0 00 0 11111 9 4 8888888888888 11 9999 11 99999999999999 3 5555555555 6 0 6 5 5555555 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0000 44444444 9 1 6 11 3 44 888888 6666 8 77 9 444444 2 33 6 4 888 55555 22222 11111 0 4 333
consensus : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATT-TGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTGATTTTTG-TGAACGTTTT-TC--T-TTCAGAAA------A--C------A-----GNGCA--GCTTTG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGCAT----TG-G--A--AA--TAAA----T--CTAT----------C--TGGTATAAATATA----------A-AGTTTGTCCAAGCCT-GCGCTC-----GATGTTTTCTAGAAGAAAGA------CT-GT-----A---ATAT------A-CGGCTT--T----CA-A-A-T----TTT-A-TGT--------CA---AA-AT---AC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT-----T--TT-G-TGATGTCA-T--AA--------TTCCA-GTTCTACGT-CATTTTGATCAAATT-GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTT---AA-T-TT--GAAA-CAAAAGCACG---A-----ATGTC---GACTTTG--AT-GGGC-AAATAGAGCCCTTATCGTC---TATA
Reference ( family-557 ) : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATT-TGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTGACTTTTG-TGAACGTTTT-TC--T-TTCAGAAA------A--T------A-----GNGCA--GCTTTG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGCAT----TG-G--A--AA--TAAA----T--CTAT----------C--TGGTATAAATATA----------A-AGTTTGTCCAAGCCT-GCGCTC-----GATGTTTTCTAGAAGAAAGA------CT-GT-----A---ATAT------A-CGGCTT--T----CAGA-A-T----TTT-A-TNT--------CA---AA-AT---AC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT-----T--TT-G-TGATGTCA-T--AA--------TTCCA-GTTCTACGT-CATTTTGATCAAATT-GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTT---AA-T-TT--GAAA-CAAAAGCACG---A-----ATGTC---GACTTTG--AT-GGGC-AAATAGAGCCCTTATCGTC---TATA
gi|1 : ATAGCATCTAAAGTGACGTA-TTTCTCAATT-ACAATCGAATT---CAATT---AGATT--TGTTTTTTA-T---CGTTTT-TCCTT-TTCAGAAA------ACAT------A-----GCACA--TCTTTG---GACAAAC----CA---T-TTTTCAAATCA--T--AGGTGTATATACTG-GGAA--AA--TAAAA---T--CTATGA--------C--GAGTCTA----TA----------A-AAT--GTCCAACCCT-TTGCTC-----AATGTTTTCTATAAGAGAGT------CT-GC-----ATGCATATGAGAAAA-TAGC------------A-A-T----TCT-A-AGT--------CA---AA-AT---ATCA--AAG---TAG--------TA--------------------------TTT-GATAT-----TATTT-G-TGATGTCA-T--GA--------TTCCA-CTTCTACGT-CATTTTGATCAAAC----GAATT-AC--CACTA---AGTTGTATTGGGAT--TAT-TGCACAAAAAAC-CTTTTGGT-T-TT--GAAA-CAGAAGCACGCCGA-----ATGTC---TACTTTG--ATGGGGC-AAATAAAGCCTTTATCGTC---TATA
gi|10 : acaatttgtctccaatgtttacatctagttagagtttT----------T--TGATATAAATATG----------A-AGTTTGTCCAA------CATTT------ATCTTTTCTA--AGAAAGAAAACACCT-GC-----ACGAAAAT------AGCTATTT--TATGTCAGA-A-T----G---A-TGT--------CATATAA-ATTCTAT----ATT---TAGAA------CA----------GTGACTTGTGGA-AATTAT-G--AT-----C--TT-GATGATGTCA-T--AA--------TTCTA-TATTTAGAT--ATTTT-ATCCAATT-GAGAATgtcctt
gi|11 : ggacatat-A-T----TTT-A-TGTTAAGAGCACA---AA-AT---TC----AT----TG----------A----------A---------GA-AA-------CAT-----T--T--G-TAGTGACA-TTTAA--------TCCTA-ATTTCATAC-CATTTTGGTCAAAT--GAGACCA-GTTAAACTG---AGTTGCATCATAAT--GCT-TGCATAACATACACTT---ACTT-TT--GAAA-GAAAACCA-G---ATCATGATGTT---GATTTTG--GT-GGGC-AAGTAGAACCATTctctggaatttttgttcaaatcacatcaatcaatat
gi|12 : tgaaaaaaattagccATA-CATCAAAAGTGACACAGTTTCTGATTTCTGATA-AAGTT---TGATT---ttaaaatctgagagagcccttc
gi|14 : ttaaagaacttatatatgatcactcacaactacaaagctttaaagacaaaaaatttcagttcaattttgcatagtttctctctgatatttacagtcattcggggtgcTATA----------A-AGTTTGTTCAAGTCT-GCACTTTTTAAAATATTTTCTAGAAGAGGAA------CT-G------G---GTAA------A-C--------------------------T-A--CT--------GA---AA-AT---G------TG---TAG--------CA----------A---------AA-CAGCAT-----T-----T--TT-G-TGATGTCA-T--AA--------TTTCA-GATCTACAT-AATTTTGATTCGATG-GAAAATA-GC--AACTG---AATTGCATTGAGAT--TCC-TGCACAAAAT----TT---AA-TGTT--GATA-Cttctctcagaaaacatggagtggtgtcgtggacatgtgaaattttt
gi|15 : cACAACATCCAAAGTGACGCAATTTCT-AACT-GGACTCAAATCTAGTAATT---GAAATGCTAAATTTTT-TG-----------------CAGAAAATATATA--T------A-----GAGCA---CTGTGTTTGACAAAC---A-AT-CC-TTTTCTG-TGA--CTTATATG-----------------A--TAAA----T--CTATGATTTAAACAC--ATGTATACATATAT---------ATAGTTTGTTTAAACCT-
gi|16 : -CAGCTT--T----CCCA-C-A----TTT-A-TGT--------CA---AA-AT---ATCG--ATAA--TCG--------TG----------G---------AA-AAAGAT---CATG----T--TT-A-TGATGTCA-T--AAATTCATAATTCCG-GTTTTAAAT-CATTTT-ATCAGAT--GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATTTAGAT--CCT-TGCACAAAATACAATT---AA-T-TT--
gi|17 : atatttgat-----T--TT-G-TGATGTCA-G--AA--------TTCCA-GAAATATAC-TATTTTGGTCAAATG-GAGAATA-AT--GTCCA---AGTTGTAATGGGAT--TTT-TGCACAAAA---ACT-------C-TT--GAAA-CCAAAGCATG---A-----ATGTA---AACTTTA--AT-GGGC-AGATA
gi|18 : tgTT-A-TGT--------GA---AA-AT---ACCAAAAAG----GG--------CA----------G---------GA-AAAT---GTCAT-----T--TTTA-TGACAT-A-T--AA--------TTCTGTGTTCTAAGT-CATTTTGATGAAATAAGAGAAT------------------GCA---GGATAATGTATGCACAAAGTGTACCC---AA-T-TC--TAAA-atataatttgtagtccttta
gi|2 : aaactgtgaaaaatactcaATAGCATCAAAGGTGACACAATTTCTCAACT-TGACACAAATT---TGATT---AAAATGCGGGCTTTTG-TGAATGTTAT-TC--T-TCC--AAA------A--G------A-----GAGCA--GCTTTG---GACAAACA--ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGTAT----TG-G--ACTAA--CAAA----T--CTAT----------CG-TGGTATTAATGTA----------A-AGTTTGTCCAAGCAT-GTGCTT-----AATGTTTTCTAGAAGAAAGA------CG-GT-----A---ATAT------A-CGACTTTCT----CAGA-ACT----TTT-T-TTT--------CA---AA-AT---AC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATATAGTCATG----T--TT-A-TGATGTAG-A--AA--------TTTCA-GTTCTATGT-TGTTTTGATAAAATT-GAAGATA-TC--AACTA---AGTTGCATTAGAAT--TCT-AGCATAGAATGCATTT---TA-T-TT--GAAATCTAAAGCATG---A-----CTGTG---GACTTTG--GT-GGAT-AAATGAATCCCTTAATGTCAAGTATAt
gi|20 : ATCAAATT-GATTATA-CT--GTCAG---AGTTGTGTTGGGAT--TCT-TGCACAAAGCA-ACCT---TA-T-TTCGGACG-TAAAATAATG---A-----CTGCC---AAC---GGAAG-GGGCTAAATACAGTCCTTATCAT
gi|21 : TTTGATCATATT-GAAAATA-AC--AGTTT---AGATGCTCCAGGAT--TCT-TGCATGAA-TACACTT---AACT-TT--GAAA-CAAAATGATG---A-----CAGTA---AATTATG--AT-TGGC-AAATAGAGCCTTTATacatgtatatggttcttc
gi|22 : caataccatatgaaAT-GTAAT-----A--AT-A-TGTTGTCA-T--GA--------TTCCA-GTTCTACGT-AATATT-ATCTAATT-AAGAATT-AC--AGCTA---TATTGTGTCGGGAT--Tt
gi|23 : tgTTG-TGAACATTTT-TC--T-TTCAG-AA------A--TCCA---A-----GTGCA--GCTTTG---TACAAGC----TAA-AT-TTTTCCA-TCA--A--ATat
gi|24 : aATT-AAGAATG-GC--AAATG---GGTTGTATCGAGAT--TCT-TGCACAAAACACGCTT---AG-T-TT--agtttttctggaaa
gi|3 : gATG-TGACATA--TT---TTCTC---AAAATGCTAATCTTTGATCAA-GTTTGATT--T-TTGAGAAA----------------------GTGCA--GCCCTG---GACAAAC---A-AA-AC-TTCTGTA-TTATAC--ATATTTATGC--TG-A--ACAGA--TAAA----T--CTAT--------------GGTATTGATAAA----------G-AATGTATTCATGTCA-GTGTTT-----GATGTTTTCTAGAAGAAACA------TTTGTTA---A---ATAT------A-CAGGTT--T-------ATA-T----TGC-AGTGC--------TG---AA-A----------ATG-----G--------CA----------G---------AA-AAAG---GTCAC-----G--AT-G-TGATGTCA-----A--------TTC-A-TTT----GG-C--TCTGATCAAATT-CAGAATT-AC--AACTGTAGAATATCTTCAGGAT--TCT-TGTACAAAATACACTT---CA-T-TTG-GAAA-CAAAAGCACA---A-----ATGTCATTAATTTTG--TA-GGGC-AAATAAAGCCCTTATtg
gi|5 : ttttttttctctaatatttaccatcatttggtgtacacatatc-TGATGCAA-TA---TAA-----AAAA-GATGATTTTCG-AGAACATCTT-TC--T-TTCGGGAA------A--C------ACAGA-GTACA--ACTTTG---AACAAA------GA-AT-TTT---A-TTG--C--AT---CAT--------------A--TGAA----T--ATAT--------------GGTATAAATATG----------A-AGTTTGTCCAACCCT-GTCATT-----GACATTTCCTAGAGGAAAAA------CT-GTGTTA-A---AAAT------A---G-----T----CATA-T-A----TAT-A-TGT--------CA---AA-AT---AC----AT-----AA--------CACAAAATTCTGG---------GA-AAATAT-CGCAT-----T--T--A-TAATGTCA-T--AA--------TTCAG-GTTTGAAGT-CATTTTCATCAAATT-AAGAATG-AC--AAC-----AGCT---TTGGGAT--TTT-TTCACAAAATACACTT---AA-T-TT--TAAA-taag
gi|6 : gtttcatttaatttggtccgatatttgcattttgagtaaagTTG-TGAACATTTT-TT--TCTTCAGAAA------A--TGT----A-----GAGCACGGCTTTG---TACGATT----TAA-AT-TTTTCTA-TCATAC--AAGTGTAC----TG-G--A--AA--TATA----TAACAAT----------TA-TGGAGTGGGTGTC----------A-A-TTTGTCCAAGCCC-GAACTC-----GATGTTTCCTAGAGGAAA------------------A---ATA----------GTCCT--T----AAAACA-TCATGTTT-G-TCT--------TA---AACAT----C----ATG---TTGTGATCCTACA----------G---------GATAAATA--GTC-------C--TT-A-AAAC---------A--------TTCCA-GTTCTCTGT-CATTC-------ATT-CTGAAAA-AC--AAGTC---AGTTGTATCAGGAT--TCT-TGCTCAAAGTGCTGTT---GA-TATT--GGAA-CACAAGAAGG---A-----ATACT---GAATTT---AT----T-AAATAGAACCCTTATTATC---t
gi|7 : gTCTAAAGTAATGCAATTTTTCAATT-TTAATCAAATT---TAA-------AGTGCTTACTTCTA-TAAATATTTC--C--T-TTCAGAAA------A--CGTATACA-----ATGCA--GTTTTT-----CAAATTTTGCAA-AT-TTTTCTG-TCA--C--ATA--AAT-------G--A--AA--TAAAAAGAT--ATAT----------A--TGGTATAAATATA----------A-AGTTTGTCCAAACTT-GCATTT-----GATGCTTTTTAGAAGAAAAA------CT-GTGTTTAA---AAAA------G-GGGCT-------------A-T----TTG-A-TGT--------CA---AA-TT---AT-----T-------------------------------------GA-AAAT---------------------------------AG--------CTCCA-GTTCAATGT-CATTTTGATCAAACT-GAGAGTATAG--AACAG---ATGTACATAGGGTC--TCC-TGCACAAGATAg
gi|8 : attttaggaccA--GCTT-----GATAAAT---ATAACACGTTTTTTA-TCA--C--ATGTGCAT----AGTG--A--AA--AGAA----T--CAAT----------CTTTGTTATAAATATGACTTATATATA-AGTTTTTCCAAGCCTGGTGCTA-----AATGTTTTCTGAAAGAA--A------C-------------------------CGGCC-------------A-T----TTTCA-TGT--------AA---AA-TT---AC----G-GCAATAG--------TG----------G---------TA-AAACA---TCATCAGCAC--TT-G-TGATGTCAGG--AA--------TTTCT-GGTTTACATAAATTTTGATCAAATT-AAGTACA-CT--AATTG---AGTTGCAT
gi|9 : AGCAGCAAACTTAACGCAATTTCTCA-TT-CTACCTAAATG---TAGTTTTAAGAATGC-------------ATACTTT-TC--C-TTCAAAAA------A--C------ATAAGAGAGCT--GTTTTA---GACA-------CAA-A----------TC-------CGTGCAC----TG-G--A--AAGATAAA----T--CT-T----------C---GGTAGAAATGTA----------T-AGCTTGTCCAAGGCT-GCGCTC-----GATATTgaaaatcaaaacaagaattttt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): GTTCCTCCGCTGTGCTTATAAATTTACACAAGGAAAAGTAATGGTAGCGTATTCTAATAAATTTTTTTTTCAAACACGAACAGAAAAATAACCTTTTTATAAATTAAAGGTTTTTTGTAAAACAAACACATTATCAAGATTTAATGAACTTAATGAATACAAACAATATAGCATTTAAATCGTTGGCAAAGTTTGTTAAGAAAATTTAATGCTGTCTGCTCTTGCCTAACTATGCACTTATACCTTAGTGTATATATATGCTTATTTGTTCTCAGCACATACTGTAATATGTTATATGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATACATGATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTGAGTGAATAAATGAATTGA
Unaligned ( gi|13 ): ACCTCAGAGGTCATGTAAACTTAAATCTGCGCTATGTAAATAATGCACTTGTACCTAGTTATATGCTTATTTGTTCTCAGCACATACTTGTATATATGTTATATGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA
Unaligned ( gi|19 ): CTTTTATGCAAATATTTTTGAATTCACACCATAGGAATAGAGATGTGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 11111 11111111 55555555555555555555 333333 11111 3333333333333 1111 444444444444444 1111111111 1111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 11111111 111111 11111 11111 222
lowQualScore : 3 1 1 6 5 44 33 9999 77777 2 00 88888888 55555 4 33333333333333333333 1 55 55 6666 222222 4 77 4 33333 0 5 7777777777777 66 3333 66 777777777777777 1 3 9999999999 2 44 3333333 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444 000 00000000 2 1 4 1 2 3 66 333333 4444 0 33 2 000000 6 77 3 7 888 22222 33333 77777 5 0 333
lowQualScore : . . . . . .. .. .... ..... . .. ........ ..... . .................... . .. .. .... ...... . .. . ..... . . ............. .. .... .. ............... . . .......... . .. ....... . ..................................................................................................................................................................... ... ... ........ . . . . . . .. ...... .... . .. . ...... . .. . . ... ..... ..... ..... . . ...
lowQualScore : 2 0 7 7 6 11 22 8888 00000 5 44 11111111 99999 0 66666666666666666666 0 00 00 9999 666666 0 00 0 11111 9 4 8888888888888 11 9999 11 999999999999999 3 6 5555555555 0 55 5555555 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 000 44444444 9 1 6 2 9 3 44 888888 6666 8 77 9 444444 2 33 6 4 888 55555 22222 11111 0 4 333
consensus : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATTTGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTGATTTTTG-TGAACGTTTT-TC--T-TTCAGAAA------AC------A-----GNGCA--GCTT--TG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGCAT----TG-G--A--AA--TAAA----T--CTAT----------C-T--GGTATAAATATA-A----------AGTTTGTCCAAGCCTG-CGCTC-----GATGTTTTCTAGAAGAAAGA------CT-G--T-----A---ANAT------ACGGCT-TC----A-AT------TTT-A-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT-T-----TT-G-TGATGTCAT--AA--------TTCCA-GTTCTACGTCA-TTTTGATCAAATT-GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTT---AA-T-TT--GAAA-CAAAAGCACG---A-----ATGTC---GACTTTG--AT-GGGC-AAATAGAGCCCTTATCGTC---TATA
Reference ( family-557 ) : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATTTGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTGATTTTTG-TGAACGTTTT-TC--T-TTCAGAAA------AC------A-----GNGCA--GCTT--TG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGCAT----TG-G--A--AA--TAAA----T--CTAT----------C-T--GGTATAAATATA-A----------AGTTTGTCCAAGCCTG-CGCTC-----GATGTTTTCTAGAAGAAAGA------CT-G--T-----A---ATAT------ACGGCTTTC----AAAT------TTT-A-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT-T-----TT-G-TGATGTCAT--AA--------TTCCA-GTTCTACGTCA-TTTTGATCAAATT-GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTT---AA-T-TT--GAAA-CAAAAGCACG---A-----ATGTC---GACTTTG--AT-GGGC-AAATAGAGCCCTTATCGTC---TATA
gi|1 : ATAGCATCTAAAGTGACGTA-TTTCTCAATTACAATCGAATT---CAATT---AGATT--TGTTTTTTA-T---CGTTTT-TCCTT-TTCAGAAA------AC------ATA---GCACA--TCTT--TG---GACAAAC----CA---T-TTTTCAAATCA--T--AGGTGTATATACTG-GGAA--AA--TAAAA---T--CTATGA--------C-G--AGTCTA----TA-A----------AAT--GTCCAACCCTT-TGCTC-----AATGTTTTCTATAAGAGAGT------CT-G--C-----ATGCATATGAGAAAATAGC---------AAT------TCT-A-AGT--------CAAA-A-----------------TATCA--AAG---TAG--------TA--------------------------TTT-GATAT-TAT---TT-G-TGATGTCAT--GA--------TTCCA-CTTCTACGTCA-TTTTGATCAAAC----GAATT-AC--CACTA---AGTTGTATTGGGAT--TAT-TGCACAAAAAAC-CTTTTGGT-T-TT--GAAA-CAGAAGCACGCCGA-----ATGTC---TACTTTG--ATGGGGC-AAATAAAGCCTTTATCGTC---TATA
gi|10 : acaatttgtctccaatgtttacatctagttagagtttT----------T-T--GATATAAATATG-A----------AGTTTGTCCAA------CATTT------ATCTTTTCTA--AGAAAGAAAACACCT-G--C-----ACGAAAAT------A--GCT---------AT------TTT-A-TGT--------CAGA-ATGATGTCATATAAATTCTAT----ATT---TAGAA------CA----------GTGACTTGTGGA-AATTAT-G--AT-C-----TT-GATGATGTCAT--AA--------TTCTA-TATTTAGAT-A-TTTT-ATCCAATT-GAGAATgtcctt
gi|11 : ggacatatAT------TTT-A-TGTTAAGAGCACAAA-A-----------------TTC----AT----TG----------A----------A---------GA-AA-------CAT-T-----T--G-TAGTGACATTTAA--------TCCTA-ATTTCATACCA-TTTTGGTCAAAT--GAGACCA-GTTAAACTG---AGTTGCATCATAAT--GCT-TGCATAACATACACTT---ACTT-TT--GAAA-GAAAACCA-G---ATCATGATGTT---GATTTTG--GT-GGGC-AAGTAGAACCATTctctggaatttttgttcaaatcacatcaatcaatat
gi|12 : tgaaaaaaattagccATA-CATCAAAAGTGACACAGTTTCT-GATTT---------C---TGAT----AAAGT-TTGATTTT---------------C--T-CTCAGAAA------AC------ATG---GAGTG--GTGTCGTG---GACAttaaaatctgagagagcccttc
gi|14 : ttaaagaacttatatatgatcactcacaactacaaagctttaaagacaaaaaatttcagttcaattttgcatagtttctctctgatatttacagtcattcggggtgcTATA-A----------AGTTTGTTCAAGTCTG-CACTTTTTAAAATATTTTCTAGAAGAGGAA------CT-GGGT-----A---AACT------AC---------------------------TG----------AAA-A-----------------TG------TG---TAG--------CA----------A---------AA-CAGCAT-----T-T-----TT-G-TGATGTCAT--AA--------TTTCA-GATCTACATAA-TTTTGATTCGATG-GAAAATA-GC--AACTG---AATTGCATTGAGAT--TCC-TGCACAAAAT----TT---AA-TGTT--GATA-Ctgtgaaattttt
gi|15 : cACAACATCCAAAGTGACGCAATTTCT-AACTGGACTCAAATCTAGTAATT---GAAATGCTAAATTTTT-TG-----------------CAGAAAATATATAT------A-----GAGCA---CTG--TGTTTGACAAAC---A-AT-CC-TTTTCTG-TGA--CTTATATG-----------------A--TAAA----T--CTATGATTTAAACAC-A--TGTATACATATATAT---------AGTTTGTTTAAACCT
gi|16 : CAGCTTTC----CCACA-----TTT-A-TGT--------CAAA-A-----------------TATCG--ATAA--TCG--------TG----------G---------AA-AAAGAT---CATGT-----TT-A-TGATGTCAT--AAATTCATAATTCCG-GTTTTAAATCA-TTTT-ATCAGAT--GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATTTAGAT--CCT-TGCACAAAATACAATT---AA-T-TT--
gi|17 : atatttgat-T-----TT-G-TGATGTCAG--AA--------TTCCA-GAAATATACTA-TTTTGGTCAAATG-GAGAATA-AT--GTCCA---AGTTGTAATGGGAT--TTT-TGCACAAAA---ACT-------C-TT--GAAA-CCAAAGCATG---A-----ATGTA---AACTTTA--AT-GGGC-AGATA
gi|18 : tgAAA------CT-G--TGA---A---AAAT------AC-----TC----A----------TT-A-TGT--------GAAA-A-----------------TACCAAAAAG----GG--------CA----------G---------GA-AAAT---GTCAT-T-----TTTA-TGACAT-AT--AA--------TTCTGTGTTCTAAGTCA-TTTTGATGAAATAAGAGAAT------------------GCA---GGATAATGTATGCACAAAGTGTACCC---AA-T-TC--TAAA-atataatttgtagtccttta
gi|2 : ATAGCATCAAAGGTGACACAATTTCTCAACTTGACACAAATT---TGATT---AAAATGCGGGCTTTTG-TGAATGTTAT-TC--T-TCC--AAA------AG------A-----GAGCA--GCTT--TG---GACAAACA--ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGTAT----TG-G--ACTAA--CAAA----T--CTAT----------CGT--GGTATTAATGTA-A----------AGTTTGTCCAAGCATG-TGCTT-----AATGTTTTCTAGAAGAAAGA------CG-G--T-----A---ATAT------ACGACTTTCTCAGAACT------TTT-T-TTT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATATAGTCATGT-----TT-A-TGATGTAGA--AA--------TTTCA-GTTCTATGTTG-TTTTGATAAAATT-GAAGATA-TC--AACTA---AGTTGCATTAGAAT--TCT-AGCATAGAATGCATTT---TA-T-TT--GAAATCTAAAGCATG---A-----CTGTG---GACTTTG--GT-GGAT-AAATGAATCCCTTAATGTCAAGTATAt
gi|20 : ATCAAATT-GATTATA-CT--GTCAG---AGTTGTGTTGGGAT--TCT-TGCACAAAGCA-ACCT---TA-T-TTCGGACG-TAAAATAATG---A-----CTGCC---AAC---GGAAG-GGGCTAAATACAGTCCTTATCAT
gi|21 : TTTGATCATATT-GAAAATA-AC--AGTTT---AGATGCTCCAGGAT--TCT-TGCATGAA-TACACTT---AACT-TT--GAAA-CAAAATGATG---A-----CAGTA---AATTATG--AT-TGGC-AAATAGAGCCTTTATacatgtatatggttcttc
gi|22 : caataccatatgaaAT-GTAAT-A-----AT-A-TGTTGTCAT--GA--------TTCCA-GTTCTACGTAA-TATT-ATCTAATT-AAGAATT-AC--AGCTA---TATTGTGTCGGGAT--Tt
gi|23 : tgTTG-TGAACATTTT-TC--T-TTCAGAAA------TCCA----A-----GTGCA--GCTT--TG---TACAAGC----TAA-AT-TTTTCCA-TCA--A--ATat
gi|24 : aATT-AAGAATG-GC--AAATG---GGTTGTATCGAGAT--TCT-TGCACAAAACACGCTT---AG-T-TT--agtttttctggaaa
gi|3 : gATGTGACATA--TT---TTCTC---AAAATGCTAATCTTTGATCAA-GTTTGATT--T-TTGAGAAA--------------------GTGCA--GCCC--TG---GACAAAC---A-AA-AC-TTCTGTA-TTATAC--ATATTTATGC--TG-A--ACAGA--TAAA----T--CTAT---------------GGTATTGATAAA-G----------AATGTATTCATGTCAG-TGTTT-----GATGTTTTCTAGAAGAAACA------TTTG--TTA---A---ATAT------ACAGGTTT-----ATAT------TGC-AGTGC--------TGAA-A------------------------ATG-----G--------CA----------G---------AA-AAAG---GTCAC-G-----AT-G-TGATGTCA----A--------TTC-A-TTT----GGC---TCTGATCAAATT-CAGAATT-AC--AACTGTAGAATATCTTCAGGAT--TCT-TGTACAAAATACACTT---CA-T-TTG-GAAA-CAAAAGCACA---A-----ATGTCATTAATTTTG--TA-GGGC-AAATAAAGCCCTTATtg
gi|5 : ttttttttctctaatatttaccatcatttggtgtacacatatcTGATGCAA-TA---TAA-----AAAA-GATGATTTTCG-AGAACATCTT-TC--T-TTCGGGAA------AC------ACAGA-GTACA--ACTT--TG---AACAAA------GA-AT-TTT---A-TTG--C--AT---CAT--------------A--TGAA----T--ATAT---------------GGTATAAATATG-A----------AGTTTGTCCAACCCTG-TCATT-----GACATTTCCTAGAGGAAAAA------CT-G--TGTTA-A---AAAT------A-G----TC----ATATA-----TAT-A-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----A-----TAA--------CACAAAATTCTGG---------GA-AAATAT-CGCA--T-----TT-A-TAATGTCAT--AA--------TTCAG-GTTTGAAGTCA-TTTTCATCAAATT-AAGAATG-AC--AAC-----AGCT---TTGGGAT--TTT-TTCACAAAATACACTT---AA-T-TT--TAAA-taag
gi|6 : gtttcatttaatttggtccgatatttgcattttgagtaaagTTG-TGAACATTTT-TT--TCTTCAGAAA------ATGT----A-----GAGCACGGCTT--TG---TACGATT----TAA-AT-TTTTCTA-TCATAC--AAGTGTAC----TG-G--A--AA--TATA----TAACAAT----------TAT--GGAGTGGGTGTC-A----------A-TTTGTCCAAGCCCG-AACTC-----GATGTTTCCTAGAGGAAA--------------------A---ATA---------GTCCTTA----AAACATCATGTTT-G-TCT--------TAAACA-----------------T-C----ATG---TTGTGATCCTACA----------G---------GATAAATA--GTC---C-----TT-A-AAAC--------A--------TTCCA-GTTCTCTGTCA-TTC-------ATT-CTGAAAA-AC--AAGTC---AGTTGTATCAGGAT--TCT-TGCTCAAAGTGCTGTT---GA-TATT--GGAA-CACAAGAAGG---A-----ATACT---GAATTT---AT----T-AAATAGAACCCTTATTATC---t
gi|7 : gTCTAAAGTAATGCAATTTTTCAATTTTAATCAAATT---TAA-------AGTGCTTACTTCTA-TAAATATTTC--C--T-TTCAGAAA------ACGTATACA-----ATGCA--GTTT--TT-----CAAATTTTGCAA-AT-TTTTCTG-TCA--C--ATA--AAT-------G--A--AA--TAAAAAGAT--ATAT----------A-T--GGTATAAATATA-A----------AGTTTGTCCAAACTTG-CATTT-----GATGCTTTTTAGAAGAAAAA------CT-G--TGTTTAA---AAAA------GGGGCT---------AT------TTG-A-TGT--------CAAA-T-----------------TAT-----T-------------------------------------GA-AAAT-------------------------------AG--------CTCCA-GTTCAATGTCA-TTTTGATCAAACT-GAGAGTATAG--AACAG---ATGTACATAGGGTC--TCC-TGCACAAGATAg
gi|8 : attttaggaccA--GCTT-------GATAAAT---ATAACACGTTTTTTA-TCA--C--ATGTGCAT----AGTG--A--AA--AGAA----T--CAAT----------C-TTTGTTATAAATATG-ACTTATATATAAGTTTTTCCAAGCCTGGTGCTA-----AATGTTTTCTGAAAGAAA--------C--------------------------CGGCC---------AT------TTTCA-TGT--------AAAA-T-----------------TAC----G-GCAATAG--------TG----------G---------TA-AAACAT---CAT-CAGCACTT-G-TGATGTCAGG-AA--------TTTCT-GGTTTACATAAATTTTGATCAAATT-AAGTACA-CT--AATTG---AGTTGCAT
gi|9 : AGCAGCAAACTTAACGCAATTTCTCA-TTCTACCTAAATG---TAGTTTTAAGAATGC--AT---------AC--TTT-TC--C-TTCAAAAA------AC------ATAAGAGAGCT--GTTT--TA---GACA-------CAA-A----------TC-------CGTGCAC----TG-G--A--AAGATAAA----T--CT-T----------C----GGTAGAAATGTA-T----------AGCTTGTCCAAGGCTG-CGCTC-----GATATTgaaaatcaaaacaagaattttt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): GTTCCTCCGCTGTGCTTATAAATTTACACAAGGAAAAGTAATGGTAGCGTATTCTAATAAATTTTTTTTTCAAACACGAACAGAAAAATAACCTTTTTATAAATTAAAGGTTTTTTGTAAAACAAACACATTATCAAGATTTAATGAACTTAATGAATACAAACAATATAGCATTTAAATCGTTGGCAAAGTTTGTTAAGAAAATTTAATGCTGTCTGCTCTTGCCTAACTATGCACTTATACCTTAGTGTATATATATGCTTATTTGTTCTCAGCACATACTGTAATATGTTATATGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATACATGATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTGAGTGAATAAATGAATTGA
Unaligned ( gi|13 ): ACCTCAGAGGTCATGTAAACTTAAATCTGCGCTATGTAAATAATGCACTTGTACCTAGTTATATGCTTATTTGTTCTCAGCACATACTTGTATATATGTTATATGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA
Unaligned ( gi|19 ): CTTTTATGCAAATATTTTTGAATTCACACCATAGGAATAGAGATGTGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 11111111 55555555555555555555 333333 11111 3333333333333 1111 44444444444444 1111111111 1111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 11111111 111111 11111 11111 222
lowQualScore : 3 1 1 6 5 44 33 9999 77777 2 00 88888888 55555 4 33333333333333333333 1 55 55 6666 222222 4 77 4 33333 0 5 7777777777777 66 3333 66 77777777777777 1 9999999999 3 2 3 0 3333333 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444 0000 00000000 2 1 4 44 3 66 333333 4444 0 33 2 000000 6 77 3 7 888 22222 33333 77777 5 0 333
lowQualScore : . . . . . .. .. .... ..... . .. ........ ..... . .................... . .. .. .... ...... . .. . ..... . . ............. .. .... .. .............. . .......... . . . . ....... . ............................................................................................................................................................... ... .... ........ . . . .. . .. ...... .... . .. . ...... . .. . . ... ..... ..... ..... . . ...
lowQualScore : 2 0 7 7 6 11 22 8888 00000 5 44 11111111 99999 0 66666666666666666666 0 00 00 9999 666666 0 00 0 11111 9 4 8888888888888 11 9999 11 99999999999999 3 5555555555 6 0 6 5 5555555 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 444 0000 44444444 9 1 6 11 3 44 888888 6666 8 77 9 444444 2 33 6 4 888 55555 22222 11111 0 4 333
consensus : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATTTGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTGATTTTTG-TGAACGTTTT-TC--T-TTCAGAAA------AC------A-----GNGCA--GCTT--TG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGCAT----TG-G--A--AA--TAAA----T--CTAT----------C--TGGTATAAATATA----------A-AGTTTGTCCAAGCCT-GCGCTC-----GATGTTTTCTAGAAGAAAAA------CT-G--T-----A-AAATACG--------GCT---TCA-A---T-TTTA-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT-----T--TT-G-TGATGTCA-T--AA--------TTCCA-GTTCTACGT-CATTTTGATCAAATT-GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTT---AA-T-TT--GAAA-CAAAAGCACG---A-----ATGTC---GACTTTG--AT-GGGC-AAATAGAGCCCTTATCGTC---TATA
Reference ( family-557 ) : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATTTGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTGATTTTTG-TGAACGTTTT-TC--T-TTCAGAAA------AC------A-----GNGCA--GCTT--TG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGCAT----TG-G--A--AA--TAAA----T--CTAT----------C--TGGTATAAATATA----------A-AGTTTGTCCAAGCCT-GCGCTC-----GATGTTTTCTAGAAGAAAGA------CT-G--T-----A-ANATACG--------GCT---TCA-A---T-TTTA-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT-----T--TT-G-TGATGTCA-T--AA--------TTCCA-GTTCTACGT-CATTTTGATCAAATT-GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTT---AA-T-TT--GAAA-CAAAAGCACG---A-----ATGTC---GACTTTG--AT-GGGC-AAATAGAGCCCTTATCGTC---TATA
gi|1 : ATAGCATCTAAAGTGACGTA-TTTCTCAATTACAATCGAATT---CAATT---AGATT--TGTTTTTTA-T---CGTTTT-TCCTT-TTCAGAAA------AC------ATA---GCACA--TCTT--TG---GACAAAC----CA---T-TTTTCAAATCA--T--AGGTGTATATACTG-GGAA--AA--TAAAA---T--CTATGA--------C--GAGTCTA----TA----------A-AAT--GTCCAACCCT-TTGCTC-----AATGTTTTCTATAAGAGAGT------CT-G--C-----ATGCATATGAGAAAATAGC------A-A---T-TCTA-AGT--------CAAA-A-----------------TATCA--AAG---TAG--------TA--------------------------TTT-GATAT-----TATTT-G-TGATGTCA-T--GA--------TTCCA-CTTCTACGT-CATTTTGATCAAAC----GAATT-AC--CACTA---AGTTGTATTGGGAT--TAT-TGCACAAAAAAC-CTTTTGGT-T-TT--GAAA-CAGAAGCACGCCGA-----ATGTC---TACTTTG--ATGGGGC-AAATAAAGCCTTTATCGTC---TATA
gi|10 : acaatttgtctccaatgtttacatctagttagagtttT----------T--TGATATAAATATG----------A-AGTTTGTCCAA------CATTT------ATCTTTTCT--AAGAAAGAAAACACCT-G--CACG--A-AAATA----------GCT-------A---T-TTTA-TGT--------CAGA-ATGATGTCATATAAATTCTAT----ATT---TAGAA------CA----------GTGACTTGTGGA-AATTAT-G--AT-----C--TT-GATGATGTCA-T--AA--------TTCTA-TATTTAGAT--ATTTT-ATCCAATT-GAGAATgtcctt
gi|11 : ggacatat-A---T-TTTA-TGTTAAGAGCACAAA-A-----------------TTC----AT----TG----------A----------A---------GA-AA-------CAT-----T--T--G-TAGTGACA-TTTAA--------TCCTA-ATTTCATAC-CATTTTGGTCAAAT--GAGACCA-GTTAAACTG---AGTTGCATCATAAT--GCT-TGCATAACATACACTT---ACTT-TT--GAAA-GAAAACCA-G---ATCATGATGTT---GATTTTG--GT-GGGC-AAGTAGAACCATTctctggaatttttgttcaaatcacatcaatcaatat
gi|12 : tgaaaaaaattagccATA-CATCAAAAGTGACACAGTTTCT-GATTT---------C---TGAT----AAAGT-TTGATTTT---------------C--T-CTCAGAAA------AC------ATG---GAGTG--GTGTCGTG---GACAttaaaatctgagagagcccttc
gi|14 : ttaaagaacttatatatgatcactcacaactacaaagctttaaagacaaaaaatttcagttcaattttgcatagtttctctctgatatttacagtcattcggggtgcTATA----------A-AGTTTGTTCAAGTCT-GCACTTTTTAAAATATTTTCTAGAAGAGGAA------CT-GGGT-----A-AACTAC------------------------------TG----------AAA-A-----------------TG------TG---TAG--------CA----------A---------AA-CAGCAT-----T-----T--TT-G-TGATGTCA-T--AA--------TTTCA-GATCTACAT-AATTTTGATTCGATG-GAAAATA-GC--AACTG---AATTGCATTGAGAT--TCC-TGCACAAAAT----TT---AA-TGTT--GATA-Ctgtgaaattttt
gi|15 : cACAACATCCAAAGTGACGCAATTTCT-AACTGGACTCAAATCTAGTAATT---GAAATGCTAAATTTTT-TG-----------------CAGAAAATATATAT------A-----GAGCA---CTG--TGTTTGACAAAC---A-AT-CC-TTTTCTG-TGA--CTTATATG-----------------A--TAAA----T--CTATGATTTAAACAC--ATGTATACATATAT---------ATAGTTTGTTTAAACCT-
gi|16 : -TTTA-TGT--------CAAA-A-----------------TATCG--ATAA--TCG--------TG----------G---------AA-AAAGAT---CATG----T--TT-A-TGATGTCA-T--AAATTCATAATTCCG-GTTTTAAAT-CATTTT-ATCAGAT--GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATTTAGAT--CCT-TGCACAAAATACAATT---AA-T-TT--
gi|17 : atatttgatcagctttcccaca-----T--TT-G-TGATGTCA-G--AA--------TTCCA-GAAATATAC-TATTTTGGTCAAATG-GAGAATA-AT--GTCCA---AGTTGTAATGGGAT--TTT-TGCACAAAA---ACT-------C-TT--GAAA-CCAAAGCATG---A-----ATGTA---AACTTTA--AT-GGGC-AGATA
gi|18 : tgAAA------CT-G--TGA---A-AAATAC---------------TCA--------TTA-TGT--------GAAA-A-----------------TACCAAAAAG----GG--------CA----------G---------GA-AAAT---GTCAT-----T--TTTA-TGACAT-A-T--AA--------TTCTGTGTTCTAAGT-CATTTTGATGAAATAAGAGAAT------------------GCA---GGATAATGTATGCACAAAGTGTACCC---AA-T-TC--TAAA-atataatttgtagtccttta
gi|2 : ATAGCATCAAAGGTGACACAATTTCTCAACTTGACACAAATT---TGATT---AAAATGCGGGCTTTTG-TGAATGTTAT-TC--T-TCC--AAA------AG------A-----GAGCA--GCTT--TG---GACAAACA--ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGTAT----TG-G--ACTAA--CAAA----T--CTAT----------CG-TGGTATTAATGTA----------A-AGTTTGTCCAAGCAT-GTGCTT-----AATGTTTTCTAGAAGAAAGA------CG-G--T-----A-ATATACG--------ACTTTCTCA-GAACT-TTTT-TTT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATATAGTCATG----T--TT-A-TGATGTAG-A--AA--------TTTCA-GTTCTATGT-TGTTTTGATAAAATT-GAAGATA-TC--AACTA---AGTTGCATTAGAAT--TCT-AGCATAGAATGCATTT---TA-T-TT--GAAATCTAAAGCATG---A-----CTGTG---GACTTTG--GT-GGAT-AAATGAATCCCTTAATGTCAAGTATAt
gi|20 : ATCAAATT-GATTATA-CT--GTCAG---AGTTGTGTTGGGAT--TCT-TGCACAAAGCA-ACCT---TA-T-TTCGGACG-TAAAATAATG---A-----CTGCC---AAC---GGAAG-GGGCTAAATACAGTCCTTATCAT
gi|21 : TTTGATCATATT-GAAAATA-AC--AGTTT---AGATGCTCCAGGAT--TCT-TGCATGAA-TACACTT---AACT-TT--GAAA-CAAAATGATG---A-----CAGTA---AATTATG--AT-TGGC-AAATAGAGCCTTTATacatgtatatggttcttc
gi|22 : caataccatatgaaAT-GTAAT-----A--AT-A-TGTTGTCA-T--GA--------TTCCA-GTTCTACGT-AATATT-ATCTAATT-AAGAATT-AC--AGCTA---TATTGTGTCGGGAT--Tt
gi|23 : tgTTG-TGAACATTTT-TC--T-TTCAGAAA------TCCA----A-----GTGCA--GCTT--TG---TACAAGC----TAA-AT-TTTTCCA-TCA--A--ATat
gi|24 : aATT-AAGAATG-GC--AAATG---GGTTGTATCGAGAT--TCT-TGCACAAAACACGCTT---AG-T-TT--agtttttctggaaa
gi|3 : gATGTGACATA--TT---TTCTC---AAAATGCTAATCTTTGATCAA-GTTTGATT--T-TTGAGAAA--------------------GTGCA--GCCC--TG---GACAAAC---A-AA-AC-TTCTGTA-TTATAC--ATATTTATGC--TG-A--ACAGA--TAAA----T--CTAT--------------GGTATTGATAAA----------G-AATGTATTCATGTCA-GTGTTT-----GATGTTTTCTAGAAGAAACA------TTTG--TTA---A-ATATACA--------GGT---TTATA---T-TGCAGTGC--------TGAA-A------------------------ATG-----G--------CA----------G---------AA-AAAG---GTCAC-----G--AT-G-TGATGTCA-----A--------TTC-A-TTT----GG-C--TCTGATCAAATT-CAGAATT-AC--AACTGTAGAATATCTTCAGGAT--TCT-TGTACAAAATACACTT---CA-T-TTG-GAAA-CAAAAGCACA---A-----ATGTCATTAATTTTG--TA-GGGC-AAATAAAGCCCTTATtg
gi|5 : ttttttttctctaatatttaccatcatttggtgtacacatatcTGATGCAA-TA---TAA-----AAAA-GATGATTTTCG-AGAACATCTT-TC--T-TTCGGGAA------AC------ACAGA-GTACA--ACTT--TG---AACAAA------GA-AT-TTT---A-TTG--C--AT---CAT--------------A--TGAA----T--ATAT--------------GGTATAAATATG----------A-AGTTTGTCCAACCCT-GTCATT-----GACATTTCCTAGAGGAAAAA------CT-G--TGTTA-A-AAATA-G--------------TCATA---TATATA-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----A-----TAA--------CACAAAATTCTGG---------GA-AAATAT-CGCA------T--TT-A-TAATGTCA-T--AA--------TTCAG-GTTTGAAGT-CATTTTCATCAAATT-AAGAATG-AC--AAC-----AGCT---TTGGGAT--TTT-TTCACAAAATACACTT---AA-T-TT--TAAA-taag
gi|6 : gtttcatttaatttggtccgatatttgcattttgagtaaagTTG-TGAACATTTT-TT--TCTTCAGAAA------ATGT----A-----GAGCACGGCTT--TG---TACGATT----TAA-AT-TTTTCTA-TCATAC--AAGTGTAC----TG-G--A--AA--TATA----TAACAAT----------TA-TGGAGTGGGTGTC----------A-A-TTTGTCCAAGCCC-GAACTC-----GATGTTTCCTAGAGGAAAAATAGT--CC-T--T-----A-AAACA----------------TCA-T---G-TTTG-TCT--------TAAACA-----------------T-C----ATG---TTGTGATCCTACA----------G---------GATAAATA--GTC-------C--TT-A-AAAC---------A--------TTCCA-GTTCTCTGT-CATTC-------ATT-CTGAAAA-AC--AAGTC---AGTTGTATCAGGAT--TCT-TGCTCAAAGTGCTGTT---GA-TATT--GGAA-CACAAGAAGG---A-----ATACT---GAATTT---AT----T-AAATAGAACCCTTATTATC---t
gi|7 : gTCTAAAGTAATGCAATTTTTCAATTTTAATCAAATT---TAA-------AGTGCTTACTTCTA-TAAATATTTC--C--T-TTCAGAAA------ACGTATACA-----ATGCA--GTTT--TT-----CAAATTTTGCAA-AT-TTTTCTG-TCA--C--ATA--AAT-------G--A--AA--TAAAAAGAT--ATAT----------A--TGGTATAAATATA----------A-AGTTTGTCCAAACTT-GCATTT-----GATGCTTTTTAGAAGAAAAA------CT-G--TGTTTAA-AAAAGGG--------GCT-------A---T-TTGA-TGT--------CAAA-T-----------------TAT-----T-------------------------------------GA-AAAT---------------------------------AG--------CTCCA-GTTCAATGT-CATTTTGATCAAACT-GAGAGTATAG--AACAG---ATGTACATAGGGTC--TCC-TGCACAAGATAg
gi|8 : attttaggaccA--GCTT-------GATAAAT---ATAACACGTTTTTTA-TCA--C--ATGTGCAT----AGTG--A--AA--AGAA----T--CAAT----------CTTTGTTATAAATATGACTTATATATA-AGTTTTTCCAAGCCTGGTGCTA-----AATGTTTTCTGAAAGAA--A------C------------------CG--------GC-----CA-T---T-TTCA-TGT--------AAAA-T-----------------TAC----G-GCAATAG--------TG----------G---------TA-AAACA---TCATCAGCAC--TT-G-TGATGTCAGG--AA--------TTTCT-GGTTTACATAAATTTTGATCAAATT-AAGTACA-CT--AATTG---AGTTGCAT
gi|9 : AGCAGCAAACTTAACGCAATTTCTCA-TTCTACCTAAATG---TAGTTTTAAGAATGC--AT---------AC--TTT-TC--C-TTCAAAAA------AC------ATAAGAGAGCT--GTTT--TA---GACA-------CAA-A----------TC-------CGTGCAC----TG-G--A--AAGATAAA----T--CT-T----------C---GGTAGAAATGTA----------T-AGCTTGTCCAAGGCT-GCGCTC-----GATATTgaaaatcaaaacaagaattttt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): GTTCCTCCGCTGTGCTTATAAATTTACACAAGGAAAAGTAATGGTAGCGTATTCTAATAAATTTTTTTTTCAAACACGAACAGAAAAATAACCTTTTTATAAATTAAAGGTTTTTTGTAAAACAAACACATTATCAAGATTTAATGAACTTAATGAATACAAACAATATAGCATTTAAATCGTTGGCAAAGTTTGTTAAGAAAATTTAATGCTGTCTGCTCTTGCCTAACTATGCACTTATACCTTAGTGTATATATATGCTTATTTGTTCTCAGCACATACTGTAATATGTTATATGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATACATGATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTGAGTGAATAAATGAATTGA
Unaligned ( gi|13 ): ACCTCAGAGGTCATGTAAACTTAAATCTGCGCTATGTAAATAATGCACTTGTACCTAGTTATATGCTTATTTGTTCTCAGCACATACTTGTATATATGTTATATGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA
Unaligned ( gi|19 ): CTTTTATGCAAATATTTTTGAATTCACACCATAGGAATAGAGATGTGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 11111111 55555555555555555555 333333 11111 3333333333333 444444444444444 1111111111 1111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 11111111 111111 1111 11111 11111 222
lowQualScore : 3 1 1 6 5 44 33 9999 77777 2 00 88888888 55555 4 33333333333333333333 1 55 55 6666 222222 4 77 4 33333 0 5 7777777777777 66 4 9999 66 777777777777777 0 3 9999999999 2 44 3333333 4 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 444 000 00000000 2 1 4 1 2 3 66 333333 4444 0 33 2 000000 6 77 3 6666 22222 33333 77777 5 0 333
lowQualScore : . . . . . .. .. .... ..... . .. ........ ..... . .................... . .. .. .... ...... . .. . ..... . . ............. .. . .... .. ............... . . .......... . .. ....... . . ........................................................................................................................................................... ... ... ........ . . . . . . .. ...... .... . .. . ...... . .. . .... ..... ..... ..... . . ...
lowQualScore : 2 0 7 7 6 11 22 8888 00000 5 44 11111111 99999 0 66666666666666666666 0 00 00 9999 666666 0 00 0 11111 9 4 8888888888888 11 4 4444 11 999999999999999 1 6 5555555555 0 55 5555555 4 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444 000 44444444 9 1 6 2 9 3 44 888888 6666 8 77 9 444444 2 33 6 1111 55555 22222 11111 0 4 333
consensus : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATTTGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTGATTTTTG-TGAACGTTTT-TC--T-TTCAGAAA------AC------A-----GNGCA--GCTT--TG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTC-TATCA--C--ATGTGCAT----TG-G--A--AA--T-AAA----T--CTAT----------C-T--GGTATAAATATA-A----------AGTTTGTCCAAGCCTG-CGCTC-----GATGTTTTCT-AGAAGAAAAA----CT-G--TG----------AAA-ATACGGCT---TCA-A---T-TTTA-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT--T-----TT-G-TGATGTCAT--AA--------TTCCA-GTTCTACGTCA-TTTTGATCAAATT-GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTT---AA-T-TT--GAAA-CAAAAGCA---CGA-----ATGTC---GACTTTG--AT-GGGC-AAATAGAGCCCTTATCGTC---TATA
Reference ( family-557 ) : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATTTGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTGATTTTTG-TGAACGTTTT-TC--T-TTCAGAAA------AC------A-----GNGCA--GCTT--TG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTC-TATCA--C--ATGTGCAT----TG-G--A--AA--T-AAA----T--CTAT----------C-T--GGTATAAATATA-A----------AGTTTGTCCAAGCCTG-CGCTC-----GATGTTTTCT-AGAAGAAAAA----CT-G--T-----------AAA-ATACGGCT---TCA-A---T-TTTA-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT--T-----TT-G-TGATGTCAT--AA--------TTCCA-GTTCTACGTCA-TTTTGATCAAATT-GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTT---AA-T-TT--GAAA-CAAAAGCA---CGA-----ATGTC---GACTTTG--AT-GGGC-AAATAGAGCCCTTATCGTC---TATA
gi|1 : ATAGCATCTAAAGTGACGTA-TTTCTCAATTACAATCGAATT---CAATT---AGATT--TGTTTTTTA-T---CGTTTT-TCCTT-TTCAGAAA------ACAT----A-----GCACA--TCTT--TG---GACAAAC----C---AT-TTTTCAAATCA--T--AGGTGTATATACTG-GGAA--AA--TAAAA----T--CTATGA--------C-G--AGT----CTATA-A----------AA--TGTCCAACCCTT-TGCTC-----AATGTTTTCT-ATAAGAGAGT----CT-G--CATGCATATGAGAAA-ATA-G-------CA-A---T-TCTA-AGT--------CAAA-A-----------------TATCA--AAG---TAG--------T--------------------------ATTT-GATATTAT-----TT-G-TGATGTCAT--GA--------TTCCA-CTTCTACGTCA-TTTTGATCAAAC----GAATT-AC--CACTA---AGTTGTATTGGGAT--TAT-TGCACAAAAAAC-CTTTTGGT-T-TT--GAAA-CAGAAGCACGCCGA-----ATGTC---TACTTTG--ATGGGGC-AAATAAAGCCTTTATCGTC---TATA
gi|10 : acaatttgtctccaatgtttacatctagttagagtttT----------T-T--GATATAAATATG-A----------AGTTTGTCCAA------CATTT------ATCTTTTCTAAGAAAGAAAACAC-CT-G--CACG--------AAA-ATA--GCT-------A---T-TTTA-TGT--------CAGA-ATGATGTCATATAAATTCTAT----ATT---TAGAA------CA----------GTGACTTGTGGA-AATTAT-G--AT--C-----TT-GATGATGTCAT--AA--------TTCTA-TATTTAGAT-A-TTTT-ATCCAATT-GAGAATgtcctt
gi|11 : ggacatat-A---T-TTTA-TGTTAAGAGCACAAA-A-----------------TTC----AT----TG----------A----------A---------GA-AA-------CAT--T-----T--G-TAGTGACATTTAA--------TCCTA-ATTTCATACCA-TTTTGGTCAAAT--GAGACCA-GTTAAACTG---AGTTGCATCATAAT--GCT-TGCATAACATACACTT---ACTT-TT--GAAA-GAAAACCA----GATCATGATGTT---GATTTTG--GT-GGGC-AAGTAGAACCATTctctggaatttttgttcaaatcacatcaatcaatat
gi|12 : tgaaaaaaattagccATA-CATCAAAAGTGACACAGTTTCT-GATTT---------C---TGAT----AAAGT-TTGATTTT---------------C--T-CTCAGAAA------AC------ATG---GAGTG--GTGTCGTG---GACAttaaaatctgagagagcccttc
gi|14 : ttaaagaacttatatatgatcactcacaactacaaagctttaaagacaaaaaatttcagttcaattttgcatagtttctctctgatatttacagtcattcggggtgcTATA-A----------AGTTTGTTCAAGTCTG-CACTTTTTAAAATATTTTCT-AGAAGAGGAA----CT-GGGT-----------AAA-CTAC----------------------TG----------AAA-A-----------------TG------TG---TAG--------CA----------A---------AA-CAGCAT-----T--T-----TT-G-TGATGTCAT--AA--------TTTCA-GATCTACATAA-TTTTGATTCGATG-GAAAATA-GC--AACTG---AATTGCATTGAGAT--TCC-TGCACAAAAT----TT---AA-TGTT--GATA-Ctgtgaaattttt
gi|15 : cACAACATCCAAAGTGACGCAATTTCT-AACTGGACTCAAATCTAGTAATT---GAAATGCTAAATTTTT-TG-----------------CAGAAAATATATAT------A-----GAGCA---CTG--TGTTTGACAAAC---A-AT-CC-TTTTC-TGTGA--CTTATATG-----------------A--T-AAA----T--CTATGATTTAAACAC-A--TGTATACATATATAT---------AGTTTGTTTAAACCT
gi|16 : -TTTA-TGT--------CAAA-A-----------------TATCG--ATAA--TCG--------TG----------G---------AA-AAAGAT---CATG-T-----TT-A-TGATGTCAT--AAATTCATAATTCCG-GTTTTAAATCA-TTTT-ATCAGAT--GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATTTAGAT--CCT-TGCACAAAATACAATT---AA-T-TT--
gi|17 : atatttgatcagctttcccaca--T-----TT-G-TGATGTCAG--AA--------TTCCA-GAAATATACTA-TTTTGGTCAAATG-GAGAATA-AT--GTCCA---AGTTGTAATGGGAT--TTT-TGCACAAAA---ACT-------C-TT--GAAA-CCAAAGCA---TGA-----ATGTA---AACTTTA--AT-GGGC-AGATA
gi|18 : tgAAA----CT-G--TGA---------AAA-ATAC-------TCA--------TTA-TGT--------GAAA-A-----------------TACCAAAAAG----GG--------CA----------G---------GA-AAAT---GTCAT--T-----TTTA-TGACAT-AT--AA--------TTCTGTGTTCTAAGTCA-TTTTGATGAAATAAGAGAAT------------------GCA---GGATAATGTATGCACAAAGTGTACCC---AA-T-TC--TAAA-atataatttgtagtccttta
gi|2 : ATAGCATCAAAGGTGACACAATTTCTCAACTTGACACAAATT---TGATT---AAAATGCGGGCTTTTG-TGAATGTTAT-TC--T-TCC--AAA------AG------A-----GAGCA--GCTT--TG---GACAAACA--ACAA-AC-TTTTC-TATCA--C--ATGTGTAT----TG-G--ACTAA--C-AAA----T--CTAT----------CGT--GGTATTAATGTA-A----------AGTTTGTCCAAGCATG-TGCTT-----AATGTTTTCT-AGAAGAAAGA----CG-G--T-----------AAT-ATACGACTTTCTCA-GAACT-TTTT-TTT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATATAGTCATG-T-----TT-A-TGATGTAGA--AA--------TTTCA-GTTCTATGTTG-TTTTGATAAAATT-GAAGATA-TC--AACTA---AGTTGCATTAGAAT--TCT-AGCATAGAATGCATTT---TA-T-TT--GAAATCTAAAGCA---TGA-----CTGTG---GACTTTG--GT-GGAT-AAATGAATCCCTTAATGTCAAGTATAt
gi|20 : ATCAAATT-GATTATA-CT--GTCAG---AGTTGTGTTGGGAT--TCT-TGCACAAAGCA-ACCT---TA-T-TTCGGACG-TAAAATAA---TGA-----CTGCC---AAC---GGAAG-GGGCTAAATACAGTCCTTATCAT
gi|21 : TTTGATCATATT-GAAAATA-AC--AGTTT---AGATGCTCCAGGAT--TCT-TGCATGAA-TACACTT---AACT-TT--GAAA-CAAAATGA---TGA-----CAGTA---AATTATG--AT-TGGC-AAATAGAGCCTTTATacatgtatatggttcttc
gi|22 : caataccatatgaaAT-GTAAT--A-----AT-A-TGTTGTCAT--GA--------TTCCA-GTTCTACGTAA-TATT-ATCTAATT-AAGAATT-AC--AGCTA---TATTGTGTCGGGAT--Tt
gi|23 : tgTTG-TGAACATTTT-TC--T-TTCAGAAA------TCCA----A-----GTGCA--GCTT--TG---TACAAGC----TAA-AT-TTTTC-CATCA--A--ATat
gi|24 : aATT-AAGAATG-GC--AAATG---GGTTGTATCGAGAT--TCT-TGCACAAAACACGCTT---AG-T-TT--agtttttctggaaa
gi|3 : gATGTGACATA--TT---TTCTC---AAAATGCTAATCTTTGATCAA-GTTTGATT--T-TTGAGAAA--------------------GTGCA--GCCC--TG---GACAAAC---A-AA-AC-TTCTG-TATTATAC--ATATTTATGC--TG-A--ACAGA--T-AAA----T--CTAT---------------GGTATTGATAAA-G----------AATGTATTCATGTCAG-TGTTT-----GATGTTTTCT-AGAAGAAACA----TTTG--TT----------AAATATACAGGT---TTATA---T-TGCAGTGC--------TGAA-A------------------------ATG-----G--------CA----------G---------AA-AAAG---GTCAC--G-----AT-G-TGATGTCA----A--------TTC-A-TTT----GGC---TCTGATCAAATT-CAGAATT-AC--AACTGTAGAATATCTTCAGGAT--TCT-TGTACAAAATACACTT---CA-T-TTG-GAAA-CAAAAGCA---CAA-----ATGTCATTAATTTTG--TA-GGGC-AAATAAAGCCCTTATtg
gi|5 : ttttttttctctaatatttaccatcatttggtgtacacatatcTGATGCAA-TA---TAA-----AAAA-GATGATTTTCG-AGAACATCTT-TC--T-TTCGGGAA------AC------ACAGA-GTACA--ACTT--TG---AACAAA------GA-AT-TTT----ATTG--C--AT---CAT--------------A--T-GAA----T--ATAT---------------GGTATAAATATG-A----------AGTTTGTCCAACCCTG-TCATT-----GACATTTCCT-AGAGGAAAAA----CT-G--TGTTA-------AAA-ATA-G------TCATA---TATATA-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----A-----TAA--------CACAAAATTCTGG---------GA-AAATAT-CGCA---T-----TT-A-TAATGTCAT--AA--------TTCAG-GTTTGAAGTCA-TTTTCATCAAATT-AAGAATG-AC--AAC-----AGCT---TTGGGAT--TTT-TTCACAAAATACACTT---AA-T-TT--TAAA-taag
gi|6 : gtttcatttaatttggtccgatatttgcattttgagtaaagTTG-TGAACATTTT-TT--TCTTCAGAAA------ATGT----A-----GAGCACGGCTT--TG---TACGATT----TAA-AT-TTTTC-TATCATAC--AAGTGTAC----TG-G--A--AA--T-ATA----TAACAAT----------TAT--GGAGTGGGTGTC-A----------A-TTTGTCCAAGCCCG-AACTC-----GATGTTTCCT-AGAGGAAAAATAGTCC-T--T-----------AAA-ACA--------TCA-T---G-TTTG-TCT--------TAAACA-----------------T-C----ATG---TTGTGATCCTACA----------G---------GATAAATA--GTC----C-----TT-A-AAAC--------A--------TTCCA-GTTCTCTGTCA-TTC-------ATT-CTGAAAA-AC--AAGTC---AGTTGTATCAGGAT--TCT-TGCTCAAAGTGCTGTT---GA-TATT--GGAA-CACAAGAA---GGA-----ATACT---GAATTT---AT----T-AAATAGAACCCTTATTATC---t
gi|7 : gTCTAAAGTAATGCAATTTTTCAATTTTAATCAAATT---TAA-------AGTGCTTACTTCTA-TAAATATTTC--C--T-TTCAGAAA------ACGTATACA-----ATGCA--GTTT--TT-----CAAATTTTGCAA-AT-TTTTC-TGTCA--C--ATA--AAT-------G--A--AA--T-AAAAAGAT--ATAT----------A-T--GGTATAAATATA-A----------AGTTTGTCCAAACTTG-CATTT-----GATGCTTTTT-AGAAGAAAAA----CT-G--TGTTTA------AAA-AAGGGGCT-------A---T-TTGA-TGT--------CAAA-T-----------------TAT-----T-------------------------------------GA-AAAT--------------------------------AG--------CTCCA-GTTCAATGTCA-TTTTGATCAAACT-GAGAGTATAG--AACAG---ATGTACATAGGGTC--TCC-TGCACAAGATAg
gi|8 : attttaggaccA--GCTT-------GATAAAT---ATAACACGTTTTT-TATCA--C--ATGTGCAT----AGTG--A--AA--A-GAA----T--CAAT----------C-TTTGTTATAAATATG-ACTTATATATAAGTTTTTCCAAGCCTGGTGCTA-----AATGTTTTCT-GAAAGAAA------C------------------------CGGC-----CA-T---T-TTCA-TGT--------AAAA-T-----------------TAC----G-GCAATAG--------TG----------G---------TA-AAACAT---CAT--CAGCACTT-G-TGATGTCAGG-AA--------TTTCT-GGTTTACATAAATTTTGATCAAATT-AAGTACA-CT--AATTG---AGTTGCAT
gi|9 : AGCAGCAAACTTAACGCAATTTCTCA-TTCTACCTAAATG---TAGTTTTAAGAATGC--AT---------AC--TTT-TC--C-TTCAAAAA------AC------ATAAGAGAGCT--GTTT--TA---GACA-------CAA-A----------TC-------CGTGCAC----TG-G--A--AAGAT-AAA----T--CT-T----------C----GGTAGAAATGTA-T----------AGCTTGTCCAAGGCTG-CGCTC-----GATATTgaaaatcaaaacaagaattttt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): GTTCCTCCGCTGTGCTTATAAATTTACACAAGGAAAAGTAATGGTAGCGTATTCTAATAAATTTTTTTTTCAAACACGAACAGAAAAATAACCTTTTTATAAATTAAAGGTTTTTTGTAAAACAAACACATTATCAAGATTTAATGAACTTAATGAATACAAACAATATAGCATTTAAATCGTTGGCAAAGTTTGTTAAGAAAATTTAATGCTGTCTGCTCTTGCCTAACTATGCACTTATACCTTAGTGTATATATATGCTTATTTGTTCTCAGCACATACTGTAATATGTTATATGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATACATGATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTGAGTGAATAAATGAATTGA
Unaligned ( gi|13 ): ACCTCAGAGGTCATGTAAACTTAAATCTGCGCTATGTAAATAATGCACTTGTACCTAGTTATATGCTTATTTGTTCTCAGCACATACTTGTATATATGTTATATGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA
Unaligned ( gi|19 ): CTTTTATGCAAATATTTTTGAATTCACACCATAGGAATAGAGATGTGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 11111111 55555555555555555555 333333 11111 3333333333333 1111 444444444444444 1111111111 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 11111111 111111 1111 11111 11111 222
lowQualScore : 3 1 1 6 5 44 33 9999 77777 2 00 88888888 55555 4 33333333333333333333 1 55 55 6666 222222 4 77 4 33333 0 5 7777777777777 66 3333 66 777777777777777 1 3 9999999999 2 44 3333333 4 1 777 44 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 000 00000000 2 1 4 1 2 3 66 333333 4444 0 33 2 000000 6 77 3 6666 22222 33333 77777 5 0 333
lowQualScore : . . . . . .. .. .... ..... . .. ........ ..... . .................... . .. .. .... ...... . .. . ..... . . ............. .. .... .. ............... . . .......... . .. ....... . . ... .. ................................................................................................................................................... ... ... ........ . . . . . . .. ...... .... . .. . ...... . .. . .... ..... ..... ..... . . ...
lowQualScore : 2 0 7 7 6 11 22 8888 00000 5 44 11111111 99999 0 66666666666666666666 0 00 00 9999 666666 0 00 0 11111 9 4 8888888888888 11 9999 11 999999999999999 3 6 5555555555 0 55 5555555 4 3 000 99 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 000 44444444 9 1 6 2 9 3 44 888888 6666 8 77 9 444444 2 33 6 1111 55555 22222 11111 0 4 333
consensus : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATTTGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTGATTTTTG-TGAACGTTTT-TC--T-TTCAGAAA------AC------A-----GNGCA--GCTT--TG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGCAT----TG-G--A--AA--TAAA----T--CTAT----------C-T--GGTATAAATATA-A----------AGTTTGTCCAAGCCTG-CGCTC-----GATGTTTTCT-AGAAGAAAAA---CT-G--------TG----AAA-A-TACGGCT---TCA-A---T-TTTA-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT-T-----TT-G-TGATGTCAT--AA--------TTCCA-GTTCTACGTCA-TTTTGATCAAATT-GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTT---AA-T-TT--GAAA-CAAAAGCA---CGA-----ATGTC---GACTTTG--AT-GGGC-AAATAGAGCCCTTATCGTC---TATA
Reference ( family-557 ) : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATTTGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTGATTTTTG-TGAACGTTTT-TC--T-TTCAGAAA------AC------A-----GNGCA--GCTT--TG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGCAT----TG-G--A--AA--TAAA----T--CTAT----------C-T--GGTATAAATATA-A----------AGTTTGTCCAAGCCTG-CGCTC-----GATGTTTTCT-AGAAGAAAAA---CT-G--------TG----AAA-A-TACGGCT---TCA-A---T-TTTA-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT-T-----TT-G-TGATGTCAT--AA--------TTCCA-GTTCTACGTCA-TTTTGATCAAATT-GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTT---AA-T-TT--GAAA-CAAAAGCA---CGA-----ATGTC---GACTTTG--AT-GGGC-AAATAGAGCCCTTATCGTC---TATA
gi|1 : ATAGCATCTAAAGTGACGTA-TTTCTCAATTACAATCGAATT---CAATT---AGATT--TGTTTTTTA-T---CGTTTT-TCCTT-TTCAGAAA------AC------ATA---GCACA--TCTT--TG---GACAAAC----CA---T-TTTTCAAATCA--T--AGGTGTATATACTG-GGAA--AA--TAAAA---T--CTATGA--------C-G--AGTCTA----TA-A----------AAT--GTCCAACCCTT-TGCTC-----AATGTTTTCT-ATAAGAGAGT---CT-GCATGCATATG----AGA-A-AATAGC------A-A---T-TCTA-AGT--------CAAA-A-----------------TATCA--AAG---TAG--------TA--------------------------TTT-GATAT-TAT---TT-G-TGATGTCAT--GA--------TTCCA-CTTCTACGTCA-TTTTGATCAAAC----GAATT-AC--CACTA---AGTTGTATTGGGAT--TAT-TGCACAAAAAAC-CTTTTGGT-T-TT--GAAA-CAGAAGCACGCCGA-----ATGTC---TACTTTG--ATGGGGC-AAATAAAGCCTTTATCGTC---TATA
gi|10 : acaatttgtctccaatgtttacatctagttagagtttT----------T-T--GATATAAATATG-A----------AGTTTGTCCAA------CATTT------ATCTTTTCTAAGAAAGAAAACACCT-GCA------CG----AAA-A-TA--GCT-------A---T-TTTA-TGT--------CAGA-ATGATGTCATATAAATTCTAT----ATT---TAGAA------CA----------GTGACTTGTGGA-AATTAT-G--AT-C-----TT-GATGATGTCAT--AA--------TTCTA-TATTTAGAT-A-TTTT-ATCCAATT-GAGAATgtcctt
gi|11 : ggacatat-A---T-TTTA-TGTTAAGAGCACAAA-A-----------------TTC----AT----TG----------A----------A---------GA-AA-------CAT-T-----T--G-TAGTGACATTTAA--------TCCTA-ATTTCATACCA-TTTTGGTCAAAT--GAGACCA-GTTAAACTG---AGTTGCATCATAAT--GCT-TGCATAACATACACTT---ACTT-TT--GAAA-GAAAACCA----GATCATGATGTT---GATTTTG--GT-GGGC-AAGTAGAACCATTctctggaatttttgttcaaatcacatcaatcaatat
gi|12 : tgaaaaaaattagccATA-CATCAAAAGTGACACAGTTTCT-GATTT---------C---TGAT----AAAGT-TTGATTTT---------------C--T-CTCAGAAA------AC------ATG---GAGTG--GTGTCGTG---GACAttaaaatctgagagagcccttc
gi|14 : ttaaagaacttatatatgatcactcacaactacaaagctttaaagacaaaaaatttcagttcaattttgcatagtttctctctgatatttacagtcattcggggtgcTATA-A----------AGTTTGTTCAAGTCTG-CACTTTTTAAAATATTTTCT-AGAAGAGGAA---CT-G--------GGT---AAA-C-TAC----------------------TG----------AAA-A-----------------TG------TG---TAG--------CA----------A---------AA-CAGCAT-----T-T-----TT-G-TGATGTCAT--AA--------TTTCA-GATCTACATAA-TTTTGATTCGATG-GAAAATA-GC--AACTG---AATTGCATTGAGAT--TCC-TGCACAAAAT----TT---AA-TGTT--GATA-Ctgtgaaattttt
gi|15 : cACAACATCCAAAGTGACGCAATTTCT-AACTGGACTCAAATCTAGTAATT---GAAATGCTAAATTTTT-TG-----------------CAGAAAATATATAT------A-----GAGCA---CTG--TGTTTGACAAAC---A-AT-CC-TTTTCTG-TGA--CTTATATG-----------------A--TAAA----T--CTATGATTTAAACAC-A--TGTATACATATATAT---------AGTTTGTTTAAACCT
gi|16 : -TTTA-TGT--------CAAA-A-----------------TATCG--ATAA--TCG--------TG----------G---------AA-AAAGAT---CATGT-----TT-A-TGATGTCAT--AAATTCATAATTCCG-GTTTTAAATCA-TTTT-ATCAGAT--GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATTTAGAT--CCT-TGCACAAAATACAATT---AA-T-TT--
gi|17 : atatttgatcagctttcccaca-T-----TT-G-TGATGTCAG--AA--------TTCCA-GAAATATACTA-TTTTGGTCAAATG-GAGAATA-AT--GTCCA---AGTTGTAATGGGAT--TTT-TGCACAAAA---ACT-------C-TT--GAAA-CCAAAGCA---TGA-----ATGTA---AACTTTA--AT-GGGC-AGATA
gi|18 : tgAAA---CT-G--------TG----AAA-AATAC-------TCA--------TTA-TGT--------GAAA-A-----------------TACCAAAAAG----GG--------CA----------G---------GA-AAAT---GTCAT-T-----TTTA-TGACAT-AT--AA--------TTCTGTGTTCTAAGTCA-TTTTGATGAAATAAGAGAAT------------------GCA---GGATAATGTATGCACAAAGTGTACCC---AA-T-TC--TAAA-atataatttgtagtccttta
gi|2 : ATAGCATCAAAGGTGACACAATTTCTCAACTTGACACAAATT---TGATT---AAAATGCGGGCTTTTG-TGAATGTTAT-TC--T-TCC--AAA------AG------A-----GAGCA--GCTT--TG---GACAAACA--ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGTAT----TG-G--ACTAA--CAAA----T--CTAT----------CGT--GGTATTAATGTA-A----------AGTTTGTCCAAGCATG-TGCTT-----AATGTTTTCT-AGAAGAAAGA---CG-G--------T-----AAT-A-TACGACTTTCTCA-GAACT-TTTT-TTT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATATAGTCATGT-----TT-A-TGATGTAGA--AA--------TTTCA-GTTCTATGTTG-TTTTGATAAAATT-GAAGATA-TC--AACTA---AGTTGCATTAGAAT--TCT-AGCATAGAATGCATTT---TA-T-TT--GAAATCTAAAGCA---TGA-----CTGTG---GACTTTG--GT-GGAT-AAATGAATCCCTTAATGTCAAGTATAt
gi|20 : ATCAAATT-GATTATA-CT--GTCAG---AGTTGTGTTGGGAT--TCT-TGCACAAAGCA-ACCT---TA-T-TTCGGACG-TAAAATAA---TGA-----CTGCC---AAC---GGAAG-GGGCTAAATACAGTCCTTATCAT
gi|21 : TTTGATCATATT-GAAAATA-AC--AGTTT---AGATGCTCCAGGAT--TCT-TGCATGAA-TACACTT---AACT-TT--GAAA-CAAAATGA---TGA-----CAGTA---AATTATG--AT-TGGC-AAATAGAGCCTTTATacatgtatatggttcttc
gi|22 : caataccatatgaaAT-GTAAT-A-----AT-A-TGTTGTCAT--GA--------TTCCA-GTTCTACGTAA-TATT-ATCTAATT-AAGAATT-AC--AGCTA---TATTGTGTCGGGAT--Tt
gi|23 : tgTTG-TGAACATTTT-TC--T-TTCAGAAA------TCCA----A-----GTGCA--GCTT--TG---TACAAGC----TAA-AT-TTTTCCA-TCA--A--ATat
gi|24 : aATT-AAGAATG-GC--AAATG---GGTTGTATCGAGAT--TCT-TGCACAAAACACGCTT---AG-T-TT--agtttttctggaaa
gi|3 : gATGTGACATA--TT---TTCTC---AAAATGCTAATCTTTGATCAA-GTTTGATT--T-TTGAGAAA--------------------GTGCA--GCCC--TG---GACAAAC---A-AA-AC-TTCTGTA-TTATAC--ATATTTATGC--TG-A--ACAGA--TAAA----T--CTAT---------------GGTATTGATAAA-G----------AATGTATTCATGTCAG-TGTTT-----GATGTTTTCT-AGAAGAAACA---TTTG--------TT----AAATA-TACAGGT---TTATA---T-TGCAGTGC--------TGAA-A------------------------ATG-----G--------CA----------G---------AA-AAAG---GTCAC-G-----AT-G-TGATGTCA----A--------TTC-A-TTT----GGC---TCTGATCAAATT-CAGAATT-AC--AACTGTAGAATATCTTCAGGAT--TCT-TGTACAAAATACACTT---CA-T-TTG-GAAA-CAAAAGCA---CAA-----ATGTCATTAATTTTG--TA-GGGC-AAATAAAGCCCTTATtg
gi|5 : ttttttttctctaatatttaccatcatttggtgtacacatatcTGATGCAA-TA---TAA-----AAAA-GATGATTTTCG-AGAACATCTT-TC--T-TTCGGGAA------AC------ACAGA-GTACA--ACTT--TG---AACAAA------GA-AT-TTT---A-TTG--C--AT---CAT--------------A--TGAA----T--ATAT---------------GGTATAAATATG-A----------AGTTTGTCCAACCCTG-TCATT-----GACATTTCCT-AGAGGAAAAA---CT-G--------TGTTA-AAA-A-TA-G------TCATA---TATATA-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----A-----TAA--------CACAAAATTCTGG---------GA-AAATAT-CGCA--T-----TT-A-TAATGTCAT--AA--------TTCAG-GTTTGAAGTCA-TTTTCATCAAATT-AAGAATG-AC--AAC-----AGCT---TTGGGAT--TTT-TTCACAAAATACACTT---AA-T-TT--TAAA-taag
gi|6 : gtttcatttaatttggtccgatatttgcattttgagtaaagTTG-TGAACATTTT-TT--TCTTCAGAAA------ATGT----A-----GAGCACGGCTT--TG---TACGATT----TAA-AT-TTTTCTA-TCATAC--AAGTGTAC----TG-G--A--AA--TATA----TAACAAT----------TAT--GGAGTGGGTGTC-A----------A-TTTGTCCAAGCCCG-AACTC-----GATGTTTCCT-AGAGGAAAAA---TA-GTCC-----TT----AAA-A-CA--------TCA-T---G-TTTG-TCT--------TAAACA-----------------T-C----ATG---TTGTGATCCTACA----------G---------GATAAATA--GTC---C-----TT-A-AAAC--------A--------TTCCA-GTTCTCTGTCA-TTC-------ATT-CTGAAAA-AC--AAGTC---AGTTGTATCAGGAT--TCT-TGCTCAAAGTGCTGTT---GA-TATT--GGAA-CACAAGAA---GGA-----ATACT---GAATTT---AT----T-AAATAGAACCCTTATTATC---t
gi|7 : gTCTAAAGTAATGCAATTTTTCAATTTTAATCAAATT---TAA-------AGTGCTTACTTCTA-TAAATATTTC--C--T-TTCAGAAA------ACGTATACA-----ATGCA--GTTT--TT-----CAAATTTTGCAA-AT-TTTTCTG-TCA--C--ATA--AAT-------G--A--AA--TAAAAAGAT--ATAT----------A-T--GGTATAAATATA-A----------AGTTTGTCCAAACTTG-CATTT-----GATGCTTTTT-AGAAGAAAAA---CT-G--------TGTTTAAAA-A-AGGGGCT-------A---T-TTGA-TGT--------CAAA-T-----------------TAT-----T-------------------------------------GA-AAAT-------------------------------AG--------CTCCA-GTTCAATGTCA-TTTTGATCAAACT-GAGAGTATAG--AACAG---ATGTACATAGGGTC--TCC-TGCACAAGATAg
gi|8 : attttaggaccA--GCTT-------GATAAAT---ATAACACGTTTTTTA-TCA--C--ATGTGCAT----AGTG--A--AA--AGAA----T--CAAT----------C-TTTGTTATAAATATG-ACTTATATATAAGTTTTTCCAAGCCTGGTGCTA-----AATGTTTTCT-GAAAGAAA-----C-------------------------CGGC-----CA-T---T-TTCA-TGT--------AAAA-T-----------------TAC----G-GCAATAG--------TG----------G---------TA-AAACAT---CAT-CAGCACTT-G-TGATGTCAGG-AA--------TTTCT-GGTTTACATAAATTTTGATCAAATT-AAGTACA-CT--AATTG---AGTTGCAT
gi|9 : AGCAGCAAACTTAACGCAATTTCTCA-TTCTACCTAAATG---TAGTTTTAAGAATGC--AT---------AC--TTT-TC--C-TTCAAAAA------AC------ATAAGAGAGCT--GTTT--TA---GACA-------CAA-A----------TC-------CGTGCAC----TG-G--A--AAGATAAA----T--CT-T----------C----GGTAGAAATGTA-T----------AGCTTGTCCAAGGCTG-CGCTC-----GATATTgaaaatcaaaacaagaattttt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): GTTCCTCCGCTGTGCTTATAAATTTACACAAGGAAAAGTAATGGTAGCGTATTCTAATAAATTTTTTTTTCAAACACGAACAGAAAAATAACCTTTTTATAAATTAAAGGTTTTTTGTAAAACAAACACATTATCAAGATTTAATGAACTTAATGAATACAAACAATATAGCATTTAAATCGTTGGCAAAGTTTGTTAAGAAAATTTAATGCTGTCTGCTCTTGCCTAACTATGCACTTATACCTTAGTGTATATATATGCTTATTTGTTCTCAGCACATACTGTAATATGTTATATGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATACATGATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTGAGTGAATAAATGAATTGA
Unaligned ( gi|13 ): ACCTCAGAGGTCATGTAAACTTAAATCTGCGCTATGTAAATAATGCACTTGTACCTAGTTATATGCTTATTTGTTCTCAGCACATACTTGTATATATGTTATATGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA
Unaligned ( gi|19 ): CTTTTATGCAAATATTTTTGAATTCACACCATAGGAATAGAGATGTGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 11111111 55555555555555555555 333333 11111 3333333333333 1111 444444444444444 1111111111 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 11111111 111111 1111 11111 11111 222
lowQualScore : 3 1 1 6 5 44 33 9999 77777 2 00 88888888 55555 4 33333333333333333333 1 55 55 6666 222222 4 77 4 33333 0 5 7777777777777 66 3333 66 777777777777777 1 3 9999999999 2 44 3333333 4 1 777 44 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 000 00000000 2 1 4 1 2 3 66 333333 4444 0 33 2 000000 6 77 3 6666 22222 33333 77777 5 0 333
lowQualScore : . . . . . .. .. .... ..... . .. ........ ..... . .................... . .. .. .... ...... . .. . ..... . . ............. .. .... .. ............... . . .......... . .. ....... . . ... .. ................................................................................................................................................... ... ... ........ . . . . . . .. ...... .... . .. . ...... . .. . .... ..... ..... ..... . . ...
lowQualScore : 2 0 7 7 6 11 22 8888 00000 5 44 11111111 99999 0 66666666666666666666 0 00 00 9999 666666 0 00 0 11111 9 4 8888888888888 11 9999 11 999999999999999 3 6 5555555555 0 55 5555555 4 3 000 99 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 000 44444444 9 1 6 2 9 3 44 888888 6666 8 77 9 444444 2 33 6 1111 55555 22222 11111 0 4 333
consensus : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATTTGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTGATTTTTG-TGAACGTTTT-TC--T-TTCAGAAA------AC------A-----GNGCA--GCTT--TG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGCAT----TG-G--A--AA--TAAA----T--CTAT----------C-T--GGTATAAATATA-A----------AGTTTGTCCAAGCCTG-CGCTC-----GATGTTTTCT-AGAAGAAAAA---CT-G--------TG----AAA-A-TACGGCT---TCA-A---T-TTTA-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT-T-----TT-G-TGATGTCAT--AA--------TTCCA-GTTCTACGTCA-TTTTGATCAAATT-GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTT---AA-T-TT--GAAA-CAAAAGCA---CGA-----ATGTC---GACTTTG--AT-GGGC-AAATAGAGCCCTTATCGTC---TATA
Reference ( family-557 ) : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATTTGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTGATTTTTG-TGAACGTTTT-TC--T-TTCAGAAA------AC------A-----GNGCA--GCTT--TG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGCAT----TG-G--A--AA--TAAA----T--CTAT----------C-T--GGTATAAATATA-A----------AGTTTGTCCAAGCCTG-CGCTC-----GATGTTTTCT-AGAAGAAAAA---CT-G--------TG----AAA-A-TACGGCT---TCA-A---T-TTTA-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT-T-----TT-G-TGATGTCAT--AA--------TTCCA-GTTCTACGTCA-TTTTGATCAAATT-GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTT---AA-T-TT--GAAA-CAAAAGCA---CGA-----ATGTC---GACTTTG--AT-GGGC-AAATAGAGCCCTTATCGTC---TATA
gi|1 : ATAGCATCTAAAGTGACGTA-TTTCTCAATTACAATCGAATT---CAATT---AGATT--TGTTTTTTA-T---CGTTTT-TCCTT-TTCAGAAA------AC------ATA---GCACA--TCTT--TG---GACAAAC----CA---T-TTTTCAAATCA--T--AGGTGTATATACTG-GGAA--AA--TAAAA---T--CTATGA--------C-G--AGTCTA----TA-A----------AAT--GTCCAACCCTT-TGCTC-----AATGTTTTCT-ATAAGAGAGT---CT-GCATGCATATG----AGA-A-AATAGC------A-A---T-TCTA-AGT--------CAAA-A-----------------TATCA--AAG---TAG--------TA--------------------------TTT-GATAT-TAT---TT-G-TGATGTCAT--GA--------TTCCA-CTTCTACGTCA-TTTTGATCAAAC----GAATT-AC--CACTA---AGTTGTATTGGGAT--TAT-TGCACAAAAAAC-CTTTTGGT-T-TT--GAAA-CAGAAGCACGCCGA-----ATGTC---TACTTTG--ATGGGGC-AAATAAAGCCTTTATCGTC---TATA
gi|10 : acaatttgtctccaatgtttacatctagttagagtttT----------T-T--GATATAAATATG-A----------AGTTTGTCCAA------CATTT------ATCTTTTCTAAGAAAGAAAACACCT-GCA------CG----AAA-A-TA--GCT-------A---T-TTTA-TGT--------CAGA-ATGATGTCATATAAATTCTAT----ATT---TAGAA------CA----------GTGACTTGTGGA-AATTAT-G--AT-C-----TT-GATGATGTCAT--AA--------TTCTA-TATTTAGAT-A-TTTT-ATCCAATT-GAGAATgtcctt
gi|11 : ggacatat-A---T-TTTA-TGTTAAGAGCACAAA-A-----------------TTC----AT----TG----------A----------A---------GA-AA-------CAT-T-----T--G-TAGTGACATTTAA--------TCCTA-ATTTCATACCA-TTTTGGTCAAAT--GAGACCA-GTTAAACTG---AGTTGCATCATAAT--GCT-TGCATAACATACACTT---ACTT-TT--GAAA-GAAAACCA----GATCATGATGTT---GATTTTG--GT-GGGC-AAGTAGAACCATTctctggaatttttgttcaaatcacatcaatcaatat
gi|12 : tgaaaaaaattagccATA-CATCAAAAGTGACACAGTTTCT-GATTT---------C---TGAT----AAAGT-TTGATTTT---------------C--T-CTCAGAAA------AC------ATG---GAGTG--GTGTCGTG---GACAttaaaatctgagagagcccttc
gi|14 : ttaaagaacttatatatgatcactcacaactacaaagctttaaagacaaaaaatttcagttcaattttgcatagtttctctctgatatttacagtcattcggggtgcTATA-A----------AGTTTGTTCAAGTCTG-CACTTTTTAAAATATTTTCT-AGAAGAGGAA---CT-G--------GGT---AAA-C-TAC----------------------TG----------AAA-A-----------------TG------TG---TAG--------CA----------A---------AA-CAGCAT-----T-T-----TT-G-TGATGTCAT--AA--------TTTCA-GATCTACATAA-TTTTGATTCGATG-GAAAATA-GC--AACTG---AATTGCATTGAGAT--TCC-TGCACAAAAT----TT---AA-TGTT--GATA-Ctgtgaaattttt
gi|15 : cACAACATCCAAAGTGACGCAATTTCT-AACTGGACTCAAATCTAGTAATT---GAAATGCTAAATTTTT-TG-----------------CAGAAAATATATAT------A-----GAGCA---CTG--TGTTTGACAAAC---A-AT-CC-TTTTCTG-TGA--CTTATATG-----------------A--TAAA----T--CTATGATTTAAACAC-A--TGTATACATATATAT---------AGTTTGTTTAAACCT
gi|16 : -TTTA-TGT--------CAAA-A-----------------TATCG--ATAA--TCG--------TG----------G---------AA-AAAGAT---CATGT-----TT-A-TGATGTCAT--AAATTCATAATTCCG-GTTTTAAATCA-TTTT-ATCAGAT--GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATTTAGAT--CCT-TGCACAAAATACAATT---AA-T-TT--
gi|17 : atatttgatcagctttcccaca-T-----TT-G-TGATGTCAG--AA--------TTCCA-GAAATATACTA-TTTTGGTCAAATG-GAGAATA-AT--GTCCA---AGTTGTAATGGGAT--TTT-TGCACAAAA---ACT-------C-TT--GAAA-CCAAAGCA---TGA-----ATGTA---AACTTTA--AT-GGGC-AGATA
gi|18 : tgAAA---CT-G--------TG----AAA-AATAC-------TCA--------TTA-TGT--------GAAA-A-----------------TACCAAAAAG----GG--------CA----------G---------GA-AAAT---GTCAT-T-----TTTA-TGACAT-AT--AA--------TTCTGTGTTCTAAGTCA-TTTTGATGAAATAAGAGAAT------------------GCA---GGATAATGTATGCACAAAGTGTACCC---AA-T-TC--TAAA-atataatttgtagtccttta
gi|2 : ATAGCATCAAAGGTGACACAATTTCTCAACTTGACACAAATT---TGATT---AAAATGCGGGCTTTTG-TGAATGTTAT-TC--T-TCC--AAA------AG------A-----GAGCA--GCTT--TG---GACAAACA--ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGTAT----TG-G--ACTAA--CAAA----T--CTAT----------CGT--GGTATTAATGTA-A----------AGTTTGTCCAAGCATG-TGCTT-----AATGTTTTCT-AGAAGAAAGA---CG-G--------T-----AAT-A-TACGACTTTCTCA-GAACT-TTTT-TTT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATATAGTCATGT-----TT-A-TGATGTAGA--AA--------TTTCA-GTTCTATGTTG-TTTTGATAAAATT-GAAGATA-TC--AACTA---AGTTGCATTAGAAT--TCT-AGCATAGAATGCATTT---TA-T-TT--GAAATCTAAAGCA---TGA-----CTGTG---GACTTTG--GT-GGAT-AAATGAATCCCTTAATGTCAAGTATAt
gi|20 : ATCAAATT-GATTATA-CT--GTCAG---AGTTGTGTTGGGAT--TCT-TGCACAAAGCA-ACCT---TA-T-TTCGGACG-TAAAATAA---TGA-----CTGCC---AAC---GGAAG-GGGCTAAATACAGTCCTTATCAT
gi|21 : TTTGATCATATT-GAAAATA-AC--AGTTT---AGATGCTCCAGGAT--TCT-TGCATGAA-TACACTT---AACT-TT--GAAA-CAAAATGA---TGA-----CAGTA---AATTATG--AT-TGGC-AAATAGAGCCTTTATacatgtatatggttcttc
gi|22 : caataccatatgaaAT-GTAAT-A-----AT-A-TGTTGTCAT--GA--------TTCCA-GTTCTACGTAA-TATT-ATCTAATT-AAGAATT-AC--AGCTA---TATTGTGTCGGGAT--Tt
gi|23 : tgTTG-TGAACATTTT-TC--T-TTCAGAAA------TCCA----A-----GTGCA--GCTT--TG---TACAAGC----TAA-AT-TTTTCCA-TCA--A--ATat
gi|24 : aATT-AAGAATG-GC--AAATG---GGTTGTATCGAGAT--TCT-TGCACAAAACACGCTT---AG-T-TT--agtttttctggaaa
gi|3 : gATGTGACATA--TT---TTCTC---AAAATGCTAATCTTTGATCAA-GTTTGATT--T-TTGAGAAA--------------------GTGCA--GCCC--TG---GACAAAC---A-AA-AC-TTCTGTA-TTATAC--ATATTTATGC--TG-A--ACAGA--TAAA----T--CTAT---------------GGTATTGATAAA-G----------AATGTATTCATGTCAG-TGTTT-----GATGTTTTCT-AGAAGAAACA---TTTG--------TT----AAATA-TACAGGT---TTATA---T-TGCAGTGC--------TGAA-A------------------------ATG-----G--------CA----------G---------AA-AAAG---GTCAC-G-----AT-G-TGATGTCA----A--------TTC-A-TTT----GGC---TCTGATCAAATT-CAGAATT-AC--AACTGTAGAATATCTTCAGGAT--TCT-TGTACAAAATACACTT---CA-T-TTG-GAAA-CAAAAGCA---CAA-----ATGTCATTAATTTTG--TA-GGGC-AAATAAAGCCCTTATtg
gi|5 : ttttttttctctaatatttaccatcatttggtgtacacatatcTGATGCAA-TA---TAA-----AAAA-GATGATTTTCG-AGAACATCTT-TC--T-TTCGGGAA------AC------ACAGA-GTACA--ACTT--TG---AACAAA------GA-AT-TTT---A-TTG--C--AT---CAT--------------A--TGAA----T--ATAT---------------GGTATAAATATG-A----------AGTTTGTCCAACCCTG-TCATT-----GACATTTCCT-AGAGGAAAAA---CT-G--------TGTTA-AAA-A-TA-G------TCATA---TATATA-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----A-----TAA--------CACAAAATTCTGG---------GA-AAATAT-CGCA--T-----TT-A-TAATGTCAT--AA--------TTCAG-GTTTGAAGTCA-TTTTCATCAAATT-AAGAATG-AC--AAC-----AGCT---TTGGGAT--TTT-TTCACAAAATACACTT---AA-T-TT--TAAA-taag
gi|6 : gtttcatttaatttggtccgatatttgcattttgagtaaagTTG-TGAACATTTT-TT--TCTTCAGAAA------ATGT----A-----GAGCACGGCTT--TG---TACGATT----TAA-AT-TTTTCTA-TCATAC--AAGTGTAC----TG-G--A--AA--TATA----TAACAAT----------TAT--GGAGTGGGTGTC-A----------A-TTTGTCCAAGCCCG-AACTC-----GATGTTTCCT-AGAGGAAAAA---TA-GTCC-----TT----AAA-A-CA--------TCA-T---G-TTTG-TCT--------TAAACA-----------------T-C----ATG---TTGTGATCCTACA----------G---------GATAAATA--GTC---C-----TT-A-AAAC--------A--------TTCCA-GTTCTCTGTCA-TTC-------ATT-CTGAAAA-AC--AAGTC---AGTTGTATCAGGAT--TCT-TGCTCAAAGTGCTGTT---GA-TATT--GGAA-CACAAGAA---GGA-----ATACT---GAATTT---AT----T-AAATAGAACCCTTATTATC---t
gi|7 : gTCTAAAGTAATGCAATTTTTCAATTTTAATCAAATT---TAA-------AGTGCTTACTTCTA-TAAATATTTC--C--T-TTCAGAAA------ACGTATACA-----ATGCA--GTTT--TT-----CAAATTTTGCAA-AT-TTTTCTG-TCA--C--ATA--AAT-------G--A--AA--TAAAAAGAT--ATAT----------A-T--GGTATAAATATA-A----------AGTTTGTCCAAACTTG-CATTT-----GATGCTTTTT-AGAAGAAAAA---CT-G--------TGTTTAAAA-A-AGGGGCT-------A---T-TTGA-TGT--------CAAA-T-----------------TAT-----T-------------------------------------GA-AAAT-------------------------------AG--------CTCCA-GTTCAATGTCA-TTTTGATCAAACT-GAGAGTATAG--AACAG---ATGTACATAGGGTC--TCC-TGCACAAGATAg
gi|8 : attttaggaccA--GCTT-------GATAAAT---ATAACACGTTTTTTA-TCA--C--ATGTGCAT----AGTG--A--AA--AGAA----T--CAAT----------C-TTTGTTATAAATATG-ACTTATATATAAGTTTTTCCAAGCCTGGTGCTA-----AATGTTTTCT-GAAAGAAA-----C-------------------------CGGC-----CA-T---T-TTCA-TGT--------AAAA-T-----------------TAC----G-GCAATAG--------TG----------G---------TA-AAACAT---CAT-CAGCACTT-G-TGATGTCAGG-AA--------TTTCT-GGTTTACATAAATTTTGATCAAATT-AAGTACA-CT--AATTG---AGTTGCAT
gi|9 : AGCAGCAAACTTAACGCAATTTCTCA-TTCTACCTAAATG---TAGTTTTAAGAATGC--AT---------AC--TTT-TC--C-TTCAAAAA------AC------ATAAGAGAGCT--GTTT--TA---GACA-------CAA-A----------TC-------CGTGCAC----TG-G--A--AAGATAAA----T--CT-T----------C----GGTAGAAATGTA-T----------AGCTTGTCCAAGGCTG-CGCTC-----GATATTgaaaatcaaaacaagaattttt
blockSeqs : A A G C G CT AA CTAG TTTTA G GTGAATG ATT C ATATATATA A CG CG TTTG TTTTGC C CG . CTT T GCTGAACA GA AAGA AA GATTTAAACACA A T CTTATATATA G GT TTTTAAA A A CAC TT CACGAAAATAGCTATTTTATGTCAGAATGATGTCATATAAATTCTATATTTAGAACAGTGACTTGTGGAAATTATGATC GA TTT ATTCATAA T T G C A G AA AGTTA GTAG AA A ACT G CG T T TCATG CATTA GAAG T AAG
blockSeqs : G C A C G CA AA C TT G GTGAACA TC . ACGTATACA A . . G CAAC . C . TAC T TGGACT . . . CTTT C . T A C TA . A . T TGTTAAAAATAGTCATATATATATGTCAAAATACATAACACAAAATTCTGGGAAAATATCGCAT TA GG . . T T A . G T ATAG G . . AAC A G . T . TG GT . .
blockSeqs : G A A C G CA AA T TT G GATCAAG TC . ACATAAGA A . . G TAT . C . TAC C AGTGA . . . CGT A . . G C TG . A . T TAATATACGACTTTCTCAGAACTTTTTTTTCAAAATACATGTAGCAGGAAAATATAGTCATGT G T . . C C C . G G AGC G . . AA . . . T . AA AT .
blockSeqs : . T A . G TG AA T TC G GAGAACA TC . ACACAGA T . . T CA . T . C T TGGA . . . TAT G . . G T TG . G . T TCCTTAAAACATCATGTTTGTCTTAAACATCATGTTGTGATCCTACAGGATAAATAGTCC G T . . T A T . G G AAC G . . AA . . . T . GG GT .
blockSeqs : A A . T AT A A T G GTGAACA TT . ACATG T . . G CT . C . A A TGGA . . . TT A . . C T CG . C . G TTAAATATACAGGTTTATATTGCAGTGCTGAAAATGGCAGAAAAAGGTCACG A T . . A T C . G T AAT A . . AA . . . C . CA AT .
blockSeqs : T CC . T . G ATAAATA TC . TCCAA T . . A CA . T . C C GA . . . AT G . . G T TG . A . T TGAAAAATACTCATTATGTGAAAATACCAAAAAGGGCAGGAAAATGTCATT G G . . C A T . G T ATC A . . TA . . . G . AA TA .
blockSeqs : . . . G . . TTG C . ATGTA A . . T TT . T . C C . . . . C A . . A A AA . A . A CGGCCATTTTCATGTAAAATTACGGCAATAGTGGTAAAACATCATCAGCAC A T . . C T A . G T ACT G . . TA . . . . . TG AT .
blockSeqs : AC C . AGA T . . G C . T . C . . . . . . A . . G C CG . A . T TGTTTAAAAAAGGGGCTATTTGATGTCAAATTATTGAAAAT A A . . C C C . C T AAC T . . AG . . .
blockSeqs : . . . . A . . G . . . . . . A . . G C T . . . GGTAAACTACTGAAAATGTGTAGCAAAACAGCATTT G T . . T A C . G T TAC A . . CA . . .
blockSeqs : . . . . . . A T . . C T C . G T GGC G . . AA . . .
blockSeqs : A . . . C T C . . T TAC C . . GA . .
blockSeqs : G . . . T C A . . T GAC G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T AAC G . .
blockSeqs : . T ACT . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : GTGAACG* TC*** TGGA********* **** T************** T* AA**** T*** AT***
originalCons : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATTTGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTGATTTTTG-TGAACGTTTT-TC--T-TTCAGAAA------AC------A-----GNGCA--GCTT--TG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGCAT----TG-G--A--AA--TAAA----T--CTAT----------C-T--GGTATAAATATA-A----------AGTTTGTCCAAGCCTG-CGCTC-----GATGTTTTCT-AGAAGAAAAA---CT-G--------TG----AAA-A-TACGGCT---TCA-A---T-TTTA-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT-T-----TT-G-TGATGTCAT--AA--------TTCCA-GTTCTACGTCA-TTTTGATCAAATT-GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTT---AA-T-TT--GAAA-CAAAAGCA---CGA-----ATGTC---GACTTTG--AT-GGGC-AAATAGAGCCCTTATCGTC---TATA
finalCons : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATTTGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTGATTTTTGTGAACG-TTTTTC---T-TTCAGAAA------AC------A-----GNGCA--GCTT--TG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGCATTGGA---------AA--TAAA----T--CTATT--------------GGTATAAATATA-A----------AGTTTGTCCAAGCCTG-CGCTC-----GATGTTTTCT-AGAAGAAAAA---CT-G--------TG----AAA-A-TACGGCT---TCA-A---T-TTTA-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT-T-----TT-G-TGATGTCAT--AA--------TTCCA-GTTCTACGTCA-TTTTGATCAAATT-GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTTAA----T-TT--GAAA-CAAAAGCAT---GA-----ATGTC---GACTTTGAT---GGGC-AAATAGAGCCCTTATCGTC---TATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): GTTCCTCCGCTGTGCTTATAAATTTACACAAGGAAAAGTAATGGTAGCGTATTCTAATAAATTTTTTTTTCAAACACGAACAGAAAAATAACCTTTTTATAAATTAAAGGTTTTTTGTAAAACAAACACATTATCAAGATTTAATGAACTTAATGAATACAAACAATATAGCATTTAAATCGTTGGCAAAGTTTGTTAAGAAAATTTAATGCTGTCTGCTCTTGCCTAACTATGCACTTATACCTTAGTGTATATATATGCTTATTTGTTCTCAGCACATACTGTAATATGTTATATGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATACATGATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTGAGTGAATAAATGAATTGA
Unaligned ( gi|13 ): ACCTCAGAGGTCATGTAAACTTAAATCTGCGCTATGTAAATAATGCACTTGTACCTAGTTATATGCTTATTTGTTCTCAGCACATACTTGTATATATGTTATATGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA
Unaligned ( gi|19 ): CTTTTATGCAAATATTTTTGAATTCACACCATAGGAATAGAGATGTGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 11111111 55555555555555555555 333333 11111 444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 11111111 111111 11111 222
lowQualScore : 3 1 1 6 5 44 33 9999 77777 2 00 88888888 55555 4 33333333333333333333 1 55 55 6666 222222 4 77 4 33333 0 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 3 9999999999 2 44 3333333 4 1 777 44 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 000 00000000 2 1 4 1 2 3 66 333333 4444 0 33 2 000000 6 77 3 888 66 888 33333 77777 5 0 333
lowQualScore : . . . . . .. .. .... ..... . .. ........ ..... . .................... . .. .. .... ...... . .. . ..... . . ................................................... .. . .......... . .. ....... . . ... .. ................................................................................................................................................... ... ... ........ . . . . . . .. ...... .... . .. . ...... . .. . ... .. ... ..... ..... . . ...
lowQualScore : 2 0 7 7 6 11 22 8888 00000 5 44 11111111 99999 0 66666666666666666666 0 00 00 9999 666666 0 00 0 11111 9 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222 00 6 5555555555 0 55 5555555 4 3 000 99 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 000 44444444 9 1 6 2 9 3 44 888888 6666 8 77 9 444444 2 33 6 888 99 888 22222 11111 0 4 333
consensus : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATTTGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTGATTTTTG-TGAACGTTTT-TC--T-TTCAGAAA------AC------A-----GNGCA--GCTT--TG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGCAT----TGG--A--AA--TAA---A----T--CTA----T--T--G-------GTATAAAT--ATA-A----------AGTTTGTCCAAGCCTG-CGCTC-----GATGTTTTCT-AGAAGAAAAA---CT-G--------TG----AAA-A-TACGGCT---TCA-A---T-TTTA-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT-T-----TT-G-TGATGTCAT--AA--------TTCCA-GTTCTACGTCA-TTTTGATCAAATT-GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTT---AA-T-TT--GAAA-CAAA---AG--CA---CGAATGTC---GACTTTG--AT-GGGC-AAATAGAGCCCTTATCGTC---TATA
Reference ( family-557 ) : ATAGCATCNAAAGTGACGCAATTTCTCAATTTGACNCAAATT---TAATT---AAAATGCTGATTTTTG-TGAACGTTTT-TC--T-TTCAGAAA------AC------A-----GNGCA--GCTT--TG---GACAAAC---ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGCAT----TGG--A--AA--TAA---A----T--CTA----T--T--G-------GTATAAAT--ATA-A----------AGTTTGTCCAAGCCTG-CGCTC-----GATGTTTTCT-AGAAGAAAAA---CT-G--------TG----AAA-A-TACGGCT---TCA-A---T-TTTA-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATAT-GTCAT-T-----TT-G-TGATGTCAT--AA--------TTCCA-GTTCTACGTCA-TTTTGATCAAATT-GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATCGGGAT--TCT-TGCACAAAATACACTT---AA-T-TT--GAAA-CAAA---AG--CA---TGAATGTC---GACTTTG--AT-GGGC-AAATAGAGCCCTTATCGTC---TATA
gi|1 : ATAGCATCTAAAGTGACGTA-TTTCTCAATTACAATCGAATT---CAATT---AGATT--TGTTTTTTA-T---CGTTTT-TCCTT-TTCAGAAA------AC------ATA---GCACA--TCTT--TG---GACAAAC----CA---T-TTTTCAAATCA--T--AGGTGTATATACTGGGAA--AA--TAA---AA---T--CTA----T-------------G-ACGAGTCTATA-A----------AAT--GTCCAACCCTT-TGCTC-----AATGTTTTCT-ATAAGAGAGT---CT-GCATGCATATG----AGA-A-AATAGC------A-A---T-TCTA-AGT--------CAAA-A-----------------TATCA--AAG---TAG--------TA--------------------------TTT-GATAT-TAT---TT-G-TGATGTCAT--GA--------TTCCA-CTTCTACGTCA-TTTTGATCAAAC----GAATT-AC--CACTA---AGTTGTATTGGGAT--TAT-TGCACAAAAAAC-CTTTTGGT-T-TT--GAAA-CAGA---AG--CACGCCGAATGTC---TACTTTG--ATGGGGC-AAATAAAGCCTTTATCGTC---TATA
gi|10 : acaatttgtctccaatgtttacatctagttagagttt----T--T--G-------ATATAAAT--ATG-A----------AGTTTGTCCAA------CATTT------ATCTTTTCTAAGAAAGAAAACACCT-GCA------CG----AAA-A-TA--GCT-------A---T-TTTA-TGT--------CAGA-ATGATGTCATATAAATTCTAT----ATT---TAGAA------CA----------GTGACTTGTGGA-AATTAT-G--AT-C-----TT-GATGATGTCAT--AA--------TTCTA-TATTTAGAT-A-TTTT-ATCCAATT-GAGAATgtcctt
gi|11 : ggacatatt-A---T-TTTA-TGTTAAGAGCACAAA-A-----------------TTC----AT----TG----------A----------A---------GA-AA-------CAT-T-----T--G-TAGTGACATTTAA--------TCCTA-ATTTCATACCA-TTTTGGTCAAAT--GAGACCA-GTTAAACTG---AGTTGCATCATAAT--GCT-TGCATAACATACACTT---ACTT-TT--GAAA-GAAAACCAGATCA---TG-ATGTT---GATTTTG--GT-GGGC-AAGTAGAACCATTctctggaatttttgttcaaatcacatcaatcaatat
gi|12 : tgaaaaaaattagccATA-CATCAAAAGTGACACAGTTTCT-GATTT---------C---TGAT----AAAGT-TTGATTTT---------------C--T-CTCAGAAA------AC------ATG---GAGTG--GTGTCGTG---GACAttaaaatctgagagagcccttc
gi|14 : ttaaagaacttatatatgatcactcacaactacaaagctttaaagacaaaaaatttcagttcaattttgcatagtttctctctgatatttacagtcattcggggtgcT--ATA-A----------AGTTTGTTCAAGTCTG-CACTTTTTAAAATATTTTCT-AGAAGAGGAA---CT-G--------GGT---AAA-C-TAC----------------------TG----------AAA-A-----------------TG------TG---TAG--------CA----------A---------AA-CAGCAT-----T-T-----TT-G-TGATGTCAT--AA--------TTTCA-GATCTACATAA-TTTTGATTCGATG-GAAAATA-GC--AACTG---AATTGCATTGAGAT--TCC-TGCACAAAAT----TT---AA-TGTT--GATA-Ctgtgaaattttt
gi|15 : cACAACATCCAAAGTGACGCAATTTCT-AACTGGACTCAAATCTAGTAATT---GAAATGCTAAATTTTT-TG-----------------CAGAAAATATATAT------A-----GAGCA---CTG--TGTTTGACAAAC---A-AT-CC-TTTTCTG-TGA--CTTATATG----------------A--TAA---A----T--CTATGATT--T--AAACACATGTATACAT--ATATAT---------AGTTTGTTTAAACCT
gi|16 : -TTTA-TGT--------CAAA-A-----------------TATCG--ATAA--TCG--------TG----------G---------AA-AAAGAT---CATGT-----TT-A-TGATGTCAT--AAATTCATAATTCCG-GTTTTAAATCA-TTTT-ATCAGAT--GAGAATA-AC--AACTG---AGTTGCATTTAGAT--CCT-TGCACAAAATACAATT---AA-T-TT--
gi|17 : atatttgatcagctttcccaca-T-----TT-G-TGATGTCAG--AA--------TTCCA-GAAATATACTA-TTTTGGTCAAATG-GAGAATA-AT--GTCCA---AGTTGTAATGGGAT--TTT-TGCACAAAA---ACT-------C-TT--GAAA-CCAA---AG--CA---TGAATGTA---AACTTTA--AT-GGGC-AGATA
gi|18 : tgAAA---CT-G--------TG----AAA-AATAC-------TCA--------TTA-TGT--------GAAA-A-----------------TACCAAAAAG----GG--------CA----------G---------GA-AAAT---GTCAT-T-----TTTA-TGACAT-AT--AA--------TTCTGTGTTCTAAGTCA-TTTTGATGAAATAAGAGAAT------------------GCA---GGATAATGTATGCACAAAGTGTACCC---AA-T-TC--TAAA-atataatttgtagtccttta
gi|2 : ATAGCATCAAAGGTGACACAATTTCTCAACTTGACACAAATT---TGATT---AAAATGCGGGCTTTTG-TGAATGTTAT-TC--T-TCC--AAA------AG------A-----GAGCA--GCTT--TG---GACAAACA--ACAA-AC-TTTTCTA-TCA--C--ATGTGTAT----TGG--ACTAA--CAA---A----T--CTA----TCGT--G-------GTATTAAT--GTA-A----------AGTTTGTCCAAGCATG-TGCTT-----AATGTTTTCT-AGAAGAAAGA---CG-G--------T-----AAT-A-TACGACTTTCTCA-GAACT-TTTT-TTT--------CAAA-A-----------------TAC----ATG---TAG--------CA----------G---------GA-AAATATAGTCATGT-----TT-A-TGATGTAGA--AA--------TTTCA-GTTCTATGTTG-TTTTGATAAAATT-GAAGATA-TC--AACTA---AGTTGCATTAGAAT--TCT-AGCATAGAATGCATTT---TA-T-TT--GAAATCTAA---AG--CA---TGACTGTG---GACTTTG--GT-GGAT-AAATGAATCCCTTAATGTCAAGTATAt
gi|20 : ATCAAATT-GATTATA-CT--GTCAG---AGTTGTGTTGGGAT--TCT-TGCACAAAGCA-ACCT---TA-T-TTCGGACG-TAAA---AT--AA---TGACTGCC---AAC---GGAAG-GGGCTAAATACAGTCCTTATCAT
gi|21 : TTTGATCATATT-GAAAATA-AC--AGTTT---AGATGCTCCAGGAT--TCT-TGCATGAA-TACACTT---AACT-TT--GAAA-CAAA---AT--GA---TGACAGTA---AATTATG--AT-TGGC-AAATAGAGCCTTTATacatgtatatggttcttc
gi|22 : caataccatatgaaAT-GTAAT-A-----AT-A-TGTTGTCAT--GA--------TTCCA-GTTCTACGTAA-TATT-ATCTAATT-AAGAATT-AC--AGCTA---TATTGTGTCGGGAT--Tt
gi|23 : tgTTG-TGAACATTTT-TC--T-TTCAGAAA------TCCA----A-----GTGCA--GCTT--TG---TACAAGC----TAA-AT-TTTTCCA-TCA--A--ATat
gi|24 : aATT-AAGAATG-GC--AAATG---GGTTGTATCGAGAT--TCT-TGCACAAAACACGCTT---AG-T-TT--agtttttctggaaa
gi|3 : gATGTGACATA--TT---TTCTC---AAAATGCTAATCTTTGATCAA-GTTTGATT--T-TTGAGAAA--------------------GTGCA--GCCC--TG---GACAAAC---A-AA-AC-TTCTGTA-TTATAC--ATATTTATGC--TGA--ACAGA--TAA---A----T--CTA----T-----G-------GTATTGAT--AAA-G----------AATGTATTCATGTCAG-TGTTT-----GATGTTTTCT-AGAAGAAACA---TTTG--------TT----AAATA-TACAGGT---TTATA---T-TGCAGTGC--------TGAA-A------------------------ATG-----G--------CA----------G---------AA-AAAG---GTCAC-G-----AT-G-TGATGTCA----A--------TTC-A-TTT----GGC---TCTGATCAAATT-CAGAATT-AC--AACTGTAGAATATCTTCAGGAT--TCT-TGTACAAAATACACTT---CA-T-TTG-GAAA-CAAA---AG--CA---CAAATGTCATTAATTTTG--TA-GGGC-AAATAAAGCCCTTATtg
gi|5 : ttttttttctctaatatttaccatcatttggtgtacacatatcTGATGCAA-TA---TAA-----AAAA-GATGATTTTCG-AGAACATCTT-TC--T-TTCGGGAA------AC------ACAGA-GTACA--ACTT--TG---AACAAA------GA-AT-TTT---A-TTG--C--AT---CAT-------------A--TGA---A----T--ATA----T-----G-------GTATAAAT--ATG-A----------AGTTTGTCCAACCCTG-TCATT-----GACATTTCCT-AGAGGAAAAA---CT-G--------TGTTA-AAA-A-TA-G------TCATA---TATATA-TGT--------CAAA-A-----------------TAC----A-----TAA--------CACAAAATTCTGG---------GA-AAATAT-CGCA--T-----TT-A-TAATGTCAT--AA--------TTCAG-GTTTGAAGTCA-TTTTCATCAAATT-AAGAATG-AC--AAC-----AGCT---TTGGGAT--TTT-TTCACAAAATACACTT---AA-T-TT--TAAA-taag
gi|6 : gtttcatttaatttggtccgatatttgcattttgagtaaagTTG-TGAACATTTT-TT--TCTTCAGAAA------ATGT----A-----GAGCACGGCTT--TG---TACGATT----TAA-AT-TTTTCTA-TCATAC--AAGTGTAC----TGG--A--AA--TAT---A----TAACAA----T--TATG-------GAGTGGGT--GTC-A----------A-TTTGTCCAAGCCCG-AACTC-----GATGTTTCCT-AGAGGAAAAA---TA-GTCC-----TT----AAA-A-CA--------TCA-T---G-TTTG-TCT--------TAAACA-----------------T-C----ATG---TTGTGATCCTACA----------G---------GATAAATA--GTC---C-----TT-A-AAAC--------A--------TTCCA-GTTCTCTGTCA-TTC-------ATT-CTGAAAA-AC--AAGTC---AGTTGTATCAGGAT--TCT-TGCTCAAAGTGCTGTT---GA-TATT--GGAA-CACA---AG--AA---GGAATACT---GAATTT---AT----T-AAATAGAACCCTTATTATC---t
gi|7 : gTCTAAAGTAATGCAATTTTTCAATTTTAATCAAATT---TAA-------AGTGCTTACTTCTA-TAAATATTTC--C--T-TTCAGAAA------ACGTATACA-----ATGCA--GTTT--TT-----CAAATTTTGCAA-AT-TTTTCTG-TCA--C--ATA--AAT------G--A--AA--TAA---AAAGAT--ATA----TA-T--G-------GTATAAAT--ATA-A----------AGTTTGTCCAAACTTG-CATTT-----GATGCTTTTT-AGAAGAAAAA---CT-G--------TGTTTAAAA-A-AGGGGCT-------A---T-TTGA-TGT--------CAAA-T-----------------TAT-----T-------------------------------------GA-AAAT-------------------------------AG--------CTCCA-GTTCAATGTCA-TTTTGATCAAACT-GAGAGTATAG--AACAG---ATGTACATAGGGTC--TCC-TGCACAAGATAg
gi|8 : attttaggaccA--GCTT-------GATAAAT---ATAACACGTTTTTTA-TCA--C--ATGTGCATAG--TGA--A--AA--GAATCAA----T--CT-----T--T--G-------TTATAAAT--ATG-ACTTATATATAAGTTTTTCCAAGCCTGGTGCTA-----AATGTTTTCT-GAAAGAAA-----C-------------------------CGGC-----CA-T---T-TTCA-TGT--------AAAA-T-----------------TAC----G-GCAATAG--------TG----------G---------TA-AAACAT---CAT-CAGCACTT-G-TGATGTCAGG-AA--------TTTCT-GGTTTACATAAATTTTGATCAAATT-AAGTACA-CT--AATTG---AGTTGCAT
gi|9 : AGCAGCAAACTTAACGCAATTTCTCA-TTCTACCTAAATG---TAGTTTTAAGAATGC--AT---------AC--TTT-TC--C-TTCAAAAA------AC------ATAAGAGAGCT--GTTT--TA---GACA-------CAA-A----------TC-------CGTGCAC----TGG--A--AAGATAA---A----T--CT-----T--C--G-------GTAGAAAT--GTA-T----------AGCTTGTCCAAGGCTG-CGCTC-----GATATTgaaaatcaaaacaagaattttt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): GTTCCTCCGCTGTGCTTATAAATTTACACAAGGAAAAGTAATGGTAGCGTATTCTAATAAATTTTTTTTTCAAACACGAACAGAAAAATAACCTTTTTATAAATTAAAGGTTTTTTGTAAAACAAACACATTATCAAGATTTAATGAACTTAATGAATACAAACAATATAGCATTTAAATCGTTGGCAAAGTTTGTTAAGAAAATTTAATGCTGTCTGCTCTTGCCTAACTATGCACTTATACCTTAGTGTATATATATGCTTATTTGTTCTCAGCACATACTGTAATATGTTATATGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATACATGATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTGAGTGAATAAATGAATTGA
Unaligned ( gi|13 ): ACCTCAGAGGTCATGTAAACTTAAATCTGCGCTATGTAAATAATGCACTTGTACCTAGTTATATGCTTATTTGTTCTCAGCACATACTTGTATATATGTTATATGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA
Unaligned ( gi|19 ): CTTTTATGCAAATATTTTTGAATTCACACCATAGGAATAGAGATGTGACCCTTACTTGTAATGATACTTTTATATGAATATTTTTGTTTGTACCTCATGTACCAGTGATCTGGTTTTGAGTGAATAAATGAATTGAA