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lowQualScore : . .. . . .... .. . . .. ................. . .. . .... ..... . . . . . . . . .... . . ... ............ . . . .................. .. . ............ . ..................................... . . .... ... . ............. .. .... . ........................................................... ... . ... ...... ....... .. . ..... . ...... ... . . . . ... . . . ...... . . . . .. ... .. ... . ... . .. . . . . . ....... . . . . .. .... .. . . .. ... .. ...... .. .
lowQualScore : 4 00 3 3 2222 99 9 9 55 55555555555555555 5 55 6 4444 00000 1 1 5 5 2 7 1 4 0000 4 9 000 666666666666 5 7 4 555555555555555555 55 5 444444444444 5 3333333333333333333333333333333333333 7 1 5555 666 7 5555555555555 99 5555 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 999 4 999 444444 3333333 33 4 66666 2 111111 444 2 4 2 4 444 6 1 7 888888 4 4 9 1 33 444 22 444 1 111 1 99 1 1 1 1 1 6666666 3 6 6 0 55 5555 55 0 0 55 000 55 222222 33 4
consensus : AGTA-TAGGAGGAC--GAAA-C-CGAC---CCCC--TTGACC-GGA-GCCGAAGA---CGGNG-CNAAGATGG-CGG--CAC-T----TCCGCTTCCG--GC-CAAGAT-G-GCGGCGCTTCCGCTTCCGGT-C----AAG-AT-G-G-CGG-CACTT-C-CG-CTT-CCGGTCAAGATG-G------C------GG---CA--T-TT-----C------C-G--------------------C------T------C--AAGA-TGGCGGCGCTT----C---C-GC------T-----C--AAG---AT-GG--C-A------G---T---A---TTT-C-CGC-----TTC----C-----GGTGAG-T-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TAC-C-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GCT---N---G-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CGAT--CA-----TC-GAA-TAC
Reference ( gi|9 ) : AGTA-TAGGAGGAT--GAAA-C-CGAC---ACCC--TTGAGC-GGG-GCCAAAAA---CGGCG-CAAAGATGG-CGG--CAC-T----TCCGCTTCCG--GC-CAGGAT-G-GTGGCACTTCCACTTCCGGT-C----AAG-AT-G-T-CGG-TACTT-C-CA-CTT-CCGATCAAGATG-G------C------AA---CA--T-TT-----C------C-G--------------------C------T------G--AAGA-TGGCGGCGCTT----C---C-GC------T-----C--AAG---AT-GG--T-A------G---T---A---TTT-C-CGC-----TTC----C-----GGTGAG-T-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TAC-C-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAAGTAGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GCT---T---G-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CGAT--CT-----TC-AAA-TAC
gi|8 : AGTA-TAGGAGGGA--CAAA-C-CGAC---CCTC--TTGA
gi|1 : ttattagtAGTG-TAGGAGGATTGAAAA-C-CGAC---CCTCA-TTGACC-AGA-GCCGACCC---GGGCC-CAA-GA-GG-CGG--CAC-T----TCCGCTTCCG--GC-AAAGAT-G-GCGG------CGCTTCCGGT-C----AAG-AT-G-G-CGGCTATTT-CGCGCCTT-CCGGTcccggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcttccgcttccggtgaatatttccggtagtagccatcaccctttaccaggactttggacctgctgcccgaaggcaggtgggtttactactttttttaaacgagaagaatgagtcgaacctaggcacacagcagcacaaagctagttatcgtaccgacaggatcagcgttcatagcccgatcatcgaatacgagggggaacatcctccagctggtttatgggtgtttcaccaccgctccagggaccaa
gi|2 : agtAGTG-TAGGAGGATTGAAAA-CACGAC---CCTCAATTGACC-AGA-GCCGAC-----CGGCC-CAA-GATGG-CGG--CAC-T----TCCGCTTTCG--GT-CAAGA----ATGGCG----CGCTTCCGGT-C----AAG-AT-G-G-CGGCTATTT-CGCG-CTT-CCGGT-GAGATgagtattttccgatagtagccaatcacccttagactttggacctgctgcccgaaaggcaggtggtttactacttatttttaaacgagagaatgagtcaaacctaggcacacagcagcacaaagactattcatcgtacgacaggatcagcgttagtagcccgattccatcgaattacgagggggaacgtccttcgagtttggtttacgggtgtttccaaccaagcgcgccaggaccaacttcacgagtttacgggtctttacatcgaccgcggccagggaccaaggaagacatgtcccgaggagttttacgggtgtttccacgccgccagggaccctcgttaatgggcggccgacccacccttctcgctttttgtttttgttttggtttcttgttatgagctcagtactccagtcgatcatgccatacattacagctcggagcactttcgtttcctgaattatagtcatttccgattccataatctattttta
gi|16 : tAGTA-TAGGAGGAC--AAAC-C-CGAG---ACTC--TTGACCAGGA-GC--AAGA---CAGAG-C-AAGATGG-CGG--CACTT----TCCGCTTCCG--GT-CAAGATGG-GCGGCATT-----TTCGGGT-C----ACA-AT-G-G-CGG---------CG-CTT-CGGA-CAAGATG-G------T------AG---TA--T-T-------------C-G--------------------C------T------C--CCGG-TGA-GGCATTT----C---C-Gttccgatagtagccaatccccttaggactttggatcgctgccgaaaggcaggtcggtttactactttttttaaaacgaaagaagagtcaaacctaggcacacagcagcacaagagactattcatgtacgacaggatcagcgttagtagcccgatcatcgaatacgaggggaacgtccttcgagttggtttacggggtcttccagaccagcgcgccaggaccaacttcacggtttacgggtctttacgaccggcgccaggaccaaggaagacaatgtcccgaggagttcttacgggtgtttcccaccgccagggacccgtcgttaatgggcggccgacccacccttctccgctttttgtttgttgtttttgttatgagctcagtactccagtcgatcatgcatacatacagctcggagcacttcgtttcctgaattatagtcatttccgattccataatctattttta
gi|15 : agtAGTA-TAGGAGGAC--AAAC-C-CGAG---ACTC--TTGACCAGGA-GC--AAGA---CAGAG-C-AAGATGG-CGG--CACTT----TCCGCTTCCG--GT-CAAGATGG-GCGGCATT-----TTCGGGT-C----ACA-AT-G-G-CGG---------CG-CTT-CGGA-CAAGATG-G------T------AG---TA--T-T-------------C-G--------------------C------T------C--CCGG-TGA-GGCATTT----C---C-Ggtagtagccatcacctttaccagactttggacctgctgtccgaaggc
gi|23 : agtAGTAATAGGAAAGC--GAAAAC-CGACCAGGCCG--TTGAGC-GTA-GCCAAAAAAAACGGAG-CGAAGATGGGCAGGCCAA-A----TCCGCTTCCG--GT-CAAGAT-A---CGAA-----ACTTCCGGT-C----AAG-AT-G-gtagtagccatcacctttaccagactttggacctgctgtccgaaggc
gi|26 : gAGGA-TAGGAGGAT--GAGA-A-CGAC---CCCC--TTGACC-AGGCGCCAA
gi|12 : gtGTA-CAGGAGGAT--GAA-----GAC---CCCC--TTGAGC-GGA-GCC----------------AAGATGGCCGG--CAC-T----TCCG-TTTCG--TT-CAAGAT-G-GCGGCGC-------TCCGCT-C----AA--AT-G-G-CGC-CA-TT-T-TA-C-T-CTGCCCAAGATG-G------CGGCGCTAC---CA--T-TT-----C------C-G--------------------
gi|11 : TA-CAGGAGGAT--GAGA-A-AGAC---CCCC--TTGAGC-GGA-GCC----------------AAGATGG-CGG--CAC-T----TCCGTTTCCG--TT-CAAGAT-G-GCGGCGCTTCCGC------T-C----AAG-AT-G-G-CGA-CAATT-CTTA-C-T-CTG-CCAAGATG-G------CGGCGCTAC---CA--T-TT-----C------C-G--------------------gtagtaagctcatcccatcaccctttacgcagtactttgggacctgctcccgaaggcaggtgggctttactgggtttttttaatgagaagaatgaatcgaacctagtacacagcagcacaaagctcgttctcataacgacaggatcagaagttcaatagccgatcatcgataccgagggg
gi|22 : AGGAT--GAAA-C-CGCC----CCG--TT----------CTGACGC---CGGAG-CCAAGATGG-CGG--CAC-T----T-CGCTTCCG--G--TAGACT-G-GCGGCACTTCCGCTTCCGGT-C----AGG-AT-G-G-CGG----------G-CTT-CCG-TC-AGAT--G------C-------G---TA--T-TT-----T------C-G--------------------G------C------C--AAGA-TGGCGCTGCTT--------C-GC------T-----gtagtagccatcacatcaccctttaccagtactttggacctgctccccgaaggcaggtgggtttactgggtttttttaatgagaagaatgaatcgaacctaggtacacagcagcacaaagctagttctcataccgacaggatcagagttcatagcccgatcatcgatacgaggggggacgtccttgagttggtt
gi|10 : AAA-C-C-------CCG--TTGAGC-GGG-TCCAAAAA---CGGAATCCAAGATGGGCGG--CAC-TA---TCCGT---CG--TC-CAC-AT-GCGCGGCGCTTTC
gi|5 : tA-C-CGAC----CCC--TTGACCCGGA-GCCAAAA----------------TGG-CGG--CAA-T----TCCGC-TCCG--G--TACGAT-G-GCGGTGCTTCCGCTggtcaagatgacgatactgctctccacttccctcaagatggcgacacttccgcttccggtcaaaagatagtggcgcatcctattccagtcaagatggcgagcattttccgttttctcggtcaagatcggcagcacttccgcttccggtgagtcatttcccgagttacgttagccatcaccctgtccgtgtaccgaggtactttgactggctgtccgacggcaggtgggttactattttttaacaagaagaatgagttgaaccctaagcacgacagcagcacaagct
gi|21 : accg---CGGAG-CCAGGATAG-CAA---AT-T----TTCGCTTCCT--GT-CAAGAT-G-GCGGCATTTCCGTTTCC-GC-C----AA--AT-G-G-CGA-GGCTT-A-CT-TTT-CCG-CCAAGATG-G------C------GA---CA--T-TG-----C------C-G--------------------caagatggtgctgcttcccgctcaagatggtacattatgtagtttttccgcttccggtgagtattccggtagtagcatcaccctttacaggactttggacctgctgcccgaaggcaggtgggtttagtacttttttttttaaacgtgaagaatgagtcgaacttaggcacacagcagcacaaagctagttctcgtaccgacaggatcagcgttcatagcccgacgtaaccatcgaatacaagggggaacgccctccgaactggttacgggtgtttaccaccgcgccagggaccaactcacggtttacgggtctttacgaccgcgccaggggccaaggaagacattgcccgaggagtttacggatgtttaccaccgcagccgcaggccgaccggacctcgataggcgacccgaccacaccttctcgt
gi|6 : taagtataatgtgcacagaacgagcccattgacCG-TGAAGATGG-CG-------------CTGCTTCCG--CT-GAAGAT-G-GCGGCGCTTCCGC------T-C----AAG-AT-G-G-TAG-TA-TT-C-CG-CTT-CCGGTgtagtagtcataaacttttaccaggactttgggcctgctgcctaaa
gi|13 : gccaagatggcgacacttccacttccggtcaagattgtcggtacttccgcttccgctggatggcaacacttcCG-CGAAGATGG-CGG--CAT-T----TCCGagtattccggtaaagccatcaccctttaccaggatttggacctgctgcccgaaggcaggtagtttactactttttttaaacaagaagaatgagtcgacctaggcaacacgcagcacaaagctgttctcgtaccgacaggatcagcgttcatagcccgatcatcgaaatacgagggggaacgtcttctgaactggtttagggggtttcaccaccgcgccagggaccaactcacggtttacggatctttacgaccgcgcagggaccaagaatgacaatacccgaagagtttacgggtgtttaccaccgcgcccgtg
gi|17 : tgacccggagtcgagattgcggcacctccggttccagttaagatggcagcgctttcggtcagcgtttccttaccgcgggacatttaCG-CTAAGATGG-CGG--CAC-T----TCgtagtagccatcaccataccaggactttggacatgctgcccgaaggcaggtgggtttactacttttttaacgagaagatcgagtccgacttatgcatacagcagcacaaggctacatgtagttctcataccgaccgggtcagtgtgcagagcccgatca
gi|18 : aaccaagatggtggtccttccggttcCG-CTAAGATGG-CGG--CAC-T----TCaattaacatagggaaatttctagttccgcaaaatcggagccactgcaaacgaatgtcctacgtattttcccctttctcgggtaaaagagccatcgccttttgctaggactttggacttgctgcctgaagaaatcaaatgggtttact
gi|20 : aaccaagatggtggtccttccggtcG-CCAAGATGG-CGG--CAC-T----TCCACTTTCG--AT-CAAGAT-G-GCGACGTTTCCGCTTCCGTT-C----ATG-AT-G-CGCGG---------CA-CTT-CCGGTGAAGATG-G------C------aattaacatagggaaattttagttccgcaaatcggagccactgcaaacgaatgtcctacgtattttcccttttctcgggtaaagaagcccatcgccttttgctaggactttggaccttgctgcctgaagaaatcaaatgggtttact
gi|24 : atccgaaG-CCAAGATGG-CGG--CGC-T----TCCGCTTCCA--AT-CAAGTT-G-ACGGCACCTCCGCggtgctaccggttagtacaatgtatatccggtagtagccatcacccttttctaggactttggacctgctccccaaaggcacgtgggtttacaact
gi|6 : gggtacaagaaggcggaacttgttccaAAGATGG-CGG--CGC-T----TCCGCT---------CAAGAT-G-GTAGTA-TTCCGCTTCCGGT-------AGTAT-T-C-CGG-TAacgcgcct
gi|10 : gccaagatggcgacacttccacttccggtcaagattgtcggtacttccgcttccgctggatggcaacacttccgtgaagatggcgctgcttccgctgAAGATGA-CGA--TAC-TGCTCTCCACTTCC----CTCAAGAT-G-GCGACACTTCCGCTTCCGGT-CAA--AAG-AT-A-G-TGG-CGCAT-C-CT-ATT-CCAGTCAAGATG-G------CG-----AG---CAT-T-TT-----C------C-G--------------------T------T-----------------------TT----CT--C-GG------T-----C--AAG---ATCGG--C-A------G---C---A---CTT-C-CGC-----TTC----C-----GGTGAG-TCATT---T-CCCG-A---GTTACGTTAG-------CC--A-TC-----ACCCTGTCCGTGTAC-CGAGGTACTTT-G-ACT-GGCTGTCCG-ACGG---CAGGTGGG--------TTA-C-TATTT-T--T---T--------AA-CAAGAAGAATGAGTTG-A-ACCCTAA-GC-ACGACAGC-AGCAC-A-A-GCT---aagccatcaccctttaccaggatttggacctgctgcccgaaggcaggtagtttactactttttttaaacaagaagaatgagtcgacctaggcaacacgcagcacaaagctgttctcgtaccgacaggatcagcgttcatagcccgatcatcgaaatacgagggggaacgtcttctgaactggtttagggggtttcaccaccgcgccagggaccaactcacggtttacggatctttacgaccgcgcagggaccaagaatgacaatacccgaagagtttacgggtgtttaccaccgcgcccgtg
gi|18 : taaaccccgttgagcgggtccaaaaacggaatccaagatgggcggcactatccgtcgtccacatgcgcggcgctttcggtcAAGATGG-TGG--TCC-T----TCCGGTCC----GC-TAAGAT-G-GCGGCACTTC
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gi|13 : caaccAGATTG-CGG--CAC-C----TCCGGTTCCA--GT-TAAGAT-G-GCAG------CGCTTTCGGT-C----A------------G-CGTTT-C----CTTACCG-------CG-G-------------GA---CA--T-TT-----A------C-G--------------------C-------------G--AAGA-TGGCGGCATTT----C---C-Gttaacatagggaaatttagttccgcaaatcggagccactgcaaacgaatgtcctacgtattttccccttttctcgggtaaaagaaccatcgcctttgctaggactttggaacttgctgcctgaagaaatcaaatgggtttact
gi|4 : tgacccggagtcg----TCCGACTCCG--GT-CAA-AT-G-GCGGCATTTCCGCTTC-AGT-C----AAA-GCAG-G-CGG-CACTT-C-CG-CTT-CCGGTCAAGATG-G------C------GC---CAGCT-TT-----T------G-G--------------------C------C---------AATA-TTGCT-CATTT----C---C-GCC-----T-----C--AA----AG-GG--C--------G---C---G---TTT-C-CGC-----TTC----C-------TGGA-T-ATT---TGCCGATA---G------TAG-------CC--A-CA-----AACCT-T------AT-C-AGG-ACTTCG--ACC-TG-TGCCCA-AAAG---TCAGT-GG-T------TTA-CATACTT-TA-T---T--TT---AAA-CCAGAA-AATG-GTCG-ACA-CCTATCGC-AC-ACAGCCAGCCCAA-A-GCT---A---G-TTC-T-TGGTA-CCGACAG----GAT--CAG-C-TTC-ATAG--CC---C-AT--CA-----TC-GAACTACgtagtagccatcaccataccaggactttggacatgctgcccgaaggcaggtgggtttactacttttttaacgagaagatcgagtccgacttatgcatacagcagcacaaggctacatgtagttctcataccgaccgggtcagtgtgcagagcccgatca
gi|20 : cgtcaagaatggcggcacatccgtcaagaatggggcacatcttacccgtcaatatgccacattccaatcaaaatgcatacccgtataTCCGAAGC-CAAGAT-G-GCGGCACTTCCACTTTCGAT-C----AAG-AT-G-G-CGA-CGTTT-C-CG-CTT-CCGTTCATGATGCG------C------GG---CA--C-TT-----C------C-G--------------------G------T------G--AAGA-TGGCGGTGCTA----C---C-G-------------------------GT--T-A------G---T---A------------------------C-----AAT--G-T-ATA---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TTC-T-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTCCCCA-AAGG---CACGTGGG-T------TTA-C-AACTgaggtgaacgtcctcgagtggttttacgggtgtttcaacccgcgccagggaccaactcacgctaacaggtctttacgaccgcgaccaggaccaaggaaagacatgcccgagggatttttgggtgttattcttacccaccgcaccatgcgacccgtcgttagtggccctacccaccctttctcgt
gi|6 : a--GC-CAAGAT-G-GCGACACTTCCACTTCCGGT-C----AAG-ATTG-T-CGG-TACTT-C-CG-CTT-CCGCT--GGATG-G------C------AA---CA--C-TT-----C------C-GTGAAGATGGCGCTGCTTCCGC------T------G--AAGA-TGGCGGCGCTT----C---C-GC------T-----C--AAG---AT-GG--T-A------G---T---A----TT-C-CGC-----TTC----C-----GGT-AG-T-A-T---T-CCGGTA---A-------AG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TAC-C-AGG-A-TTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTA-G-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CAAGAAGAATGAGTCG---A-CCTAG-GCAAC-AC-GC-AGCACAA-A-GC----T---G-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CGAT--CA-----TCGAAA-TAC
gi|17 : C-CAAGAT-G-GTGGTCCTTCCGGTTCCGCT------AAG-AT-G-G-CGG-CACTT-C----------AATTAACATA-G------G------GA---AA--T-TT-----CTAGTTCC-G--------------------C----------------AAAA-T--CGGAGC----------C-AC------TG----C--AAACGAAT-GTCCT-AC-----G---T---A---TTTTC-CCC-----TTT----C--------------------T-CGGGTAAAAG-------AG-------CC--A-TC-----GCCTT-T-----TGC-T-AGG-ACTTTGG-ACT-TGCTGCCTG-AAGAAATCAAATGGG-T------TTA-C-Tgagggggaacgtcttctgaactggtttagggggtttcaccaccgcgccagggaccaactcacggtttacggatctttacgaccgcgcagggaccaagaatgacaatacccgaagagtttacgggtgtttaccaccgcgcccgtg
gi|18 : aaC-CAAGAT-G-GTGG----TCC--TTCCGGT-CCGCTAAG-AT-G-G-CGG-CACTT-C----------AATTAACATA-G------G------GA---AA--T-TTTAGTTC------C-G--------------------C-----------------AAA-T--CGGAGC----------C-AC------TG----C--AAACGAAT-GTCCT-AC-----G---T---A---TTT-T-CCC-----TTT--------------------TC---T-CGGGTAAA-G------AAG-------CCC-A-TC-----GCCTT-T-----TGC-T-AGG-ACTTTGG-ACCTTGCTGCCTG-AAGAAATCAAATGGG-T------TTA-C-T
gi|19 : aaC-CAAGAT-G-GTGGTCCTTCCGGTTC--GC-T----AAG-AT-G-G-CGG-CACTT-C-C----------TTAACATA-G------G------GA---AA--T-TTAGTT-C------C-G--------------------C-----------------AAA-T--CGGAGC----------C-AC------TG----C--AAACGAAT-GTCCT-AC-----G---T---A---TTTTC-CCC-----TTT--------------------TC---T-CGGGTA---A------AAGAA-----CC--A-TC-----GCC-T-T-----TGC-T-AGG-ACTTTGGAACT-TGCTGCCTG-AAGAAATCAAATGGG-T------TTA-C-T
gi|24 : caa-CAAGAA-G-GCGGAACTTG---TTCCAGC-C----AAG-AT-G-G-CGG-CGCTT-C-CG-CTT-CCAATCAAGTTG-A------C------GG---CA--C-CT-----C------C-G--------------------C------
gi|24 : gggtaGGTAC----AAG-AA-G-G-CGG-AACTT-G-----TT-CCAGCCAAGATG-G------C------GG---CG--C-TT-----C------C-G--------------------CTTCCAAT------C--AAGT-TGACGGCACCT----C---C-GC------acgcgcct
gi|5 : gGC-C----AAA-AT-G-G-CGG-CAATT-C-CG-CT--CCGGT-ACGATG-G------C------GG---TG--C-TT-----C------C-G--------------------C------T------C--AAGA-TGGTGCTGCTT----C---CCGC------T-----C--AAG---AT-GG--T-ACATTATG---T---AGTTTTT-C-CGC-----TTC----C-----GGTGAG-T-ATT-----CCGGTA---G------TAG-------C---A-TC-----ACCCT-T-----TAC---AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-G-TACTT-T--TTTTT--TT---AAA-CGTGAAGAATGAGTCG-A-A-CTTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GCT---A---G-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CGAC--GTAACCATC-GAA-TACacgcgcct
gi|11 : accgaccgaccccttgacccggaGC-C----AAG-AT-G-G-CGG-CACTT-C-CG-TTT-CCGTTCAAGATG-G------C------GG---CG--C-TT-----C------C-G--------------------C------T------C--AAGA-TGGCGACAATT----CTTAC-TC------TGC---C--AAG---AT-GG--C-G------G-----------------CGC-----TAC----C--------------ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TCACATCACCCT-T-----TAC-C-AGT-ACTTTGG-ACC-TGCTCCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TGGGT-T--T---T--TT---TAA-TGAGAAGAATGAATCG-A-A-CCTAG-GT-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GCT---A---G-TTC-T-CA-TA-CCGACAG----GAT--CAG-AGTTC-ATAG--CC---CGAT--CA-----TC--GA-TACaagggggaacgccctccgaactggttacgggtgtttaccaccgcgccagggaccaactcacggtttacgggtctttacgaccgcgccaggggccaaggaagacattgcccgaggagtttacggatgtttaccaccgcagccgcaggccgaccggacctcgataggcgacccgaccacaccttctcgt
gi|12 : tacaggaggatgagaaagacccccttgagcggaGC-C----AAG-AT-GGC-CGG-CACTT-C-CG-TTT-C-GTTCAAGATG-G------C------GG---CG--C-T------C------C-G--------------------C------T------C--AA-A-TGGCGCCATTTTACTC---T-GC------C-----C--AAG---AT-GG--C-G------G-----------------CGC-----TAC----C--------------ATT---T-CCGGTA---G------TAAGCTCATCCC--A-TC-----ACCCT-T-----TACGC-AGT-ACTTTGGGACC-TGCT-CCCG-AAGG---CAGGTGGGCT------TTA-C-TGGGT-T--T---T--TT---TAA-TGAGAAGAATGAATCG-A-A-CCTA--GT-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GCT---C---G-TTC-T-CA-TA-ACGACAG----GAT--CAGAAGTTCAATAG---C---CGAT--CA-----TC--GA-TACgaggggggacgtccttgagttggtt
gi|13 : gtacaggaggatgaagacccccttgagcggaGT-C----GAG-AT-T-G-CGG-CACCT-C-CG-GTT-CCAGTTAAGATG-G------C------AG---CG--C-TT-----T------C-G-------------------------------------------GTCAGCGTTT----C---C---------T-----T--ACC---GC-GG--G-A----------C---A---TTT-A-CGCGAAGAT------------GGCG-G-C-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCAT--------AC-C-AGG-ACTTTGG-ACA-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--T-----AA-CGAGAAGATCGAGTCC-G-A-CTTAT-GC-AT-ACAGC-AGCACAA-G-GCTACATGTAG-TTC-T-CA-TA-CCGACCG----GGT--CAG-TGTGC-AGAG--CC---CGAT--Ccgagggg
gi|16 : tgacccgga-C----AAG-AT-G-G-CGG-CACTTTC-CG-CTT-CCGGTCAAGATG-GG-----C------GG---CA--T-TT-----T------C-G--------------------GG-----T------C--ACAA-TGGCGGCGCTT----C---G-GA------------C--AAG---AT-GG--T-A------G---T---A---TT----CGC-----TCC----C-----GGTGAGGC-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----A-CCT-T-----TAC-C-A-G-ACTTTGG-ACC-TGCTGTCCG-AAGG---Ca
gi|15 : agtagtataggaggacaaacccgagactcttgaccaggagcaagacagag-C----AAG-AT-G-G-CGG-CACTTTC-CG-CTT-CCGGTCAAGATG-GG-----C------GG---CA--T-TT-----T------C-G--------------------GG-----T------C--ACAA-TGGCGGCGCTT----C---G-GA------------C--AAG---AT-GG--T-A------G---T---A---TT----CGC-----TCC----C-----GGTGAGGC-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----A-CCT-T-----TAC-C-A-G-ACTTTGG-ACC-TGCTGTCCG-AAGG---C
gi|1 : agtagtataggaggacaaacccgagactcttgaccaggagcaagacagagCAAGA-G-G------C------GG---CA--C-TT-----C------C-G--------------------C------TTCCGGCA--AAGA-TGGCGGCGCTT----C---C-GG------T-----C--AAG---AT-GG--C-G------GC--T---A---TTT-CGCGCC----TTC----C-----GGTGAG-T-ATT---TTCCGATA---G------TAG-------CC--AATC-----ACCCT-T------------AG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCGAAAGG---CAGGT-GG-T------TTA-C-TACTTAT--T---T--TT---AAA-CGAG-AGAATGAGTCA-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GAC---T---A-TTCAT-CG-TA--CGACAG----GAT--CAG-CGTTA-GTAG--CC---CGATTCCA-----TC-GAA-
gi|2 : agtagtgtaggaggattgaaaaccgaccctcattgaccagagccgacccgggccCAAGATG-G------C------GG---CA--C-TT-----C------C-G--------------------C------TTTCG--GTCAAGAATGGCG-CGCTT----C---C-GG------T-----C--AAG---AT-GG--C-G------GC--T---A---TTT-CGCGC-----TTC----C-----GGTGAG---ATT---T-CCGATA---G------TAG-------CC--AATC------CCCT-T-----------AGG-ACTTTGG-ATC--GCTGCCGA-AAGG---CAGGTCGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAAACGA-AAGAA-GAGTCA-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAAGA-GAC---T---A-TTC-A-TG-TA--CGACAG----GAT--CAG-CGTTA-GTAG--CC---CGAT--CA-----TC-GAA-TACtacgagggggaacgtccttcgagtttggtttacgggtgtttccaaccaagcgcgccaggaccaacttcacgagtttacgggtctttacatcgaccgcggccagggaccaaggaagacatgtcccgaggagttttacgggtgtttccacgccgccagggaccctcgttaatgggcggccgacccacccttctcgctttttgtttttgttttggtttcttgttatgagctcagtactccagtcgatcatgccatacattacagctcggagcactttcgtttcctgaattatagtcatttccgattccataatctattttta
gi|21 : tagtgtaggaggattgaaaacacgaccctcaattgaccagagccgaccggccCAGGATA-G------C------AA----A--T-TT-----T------C-G--------------------C------TTCCT--GTCAAGA-TGGCGGCATTT----C---C-GT------TTCCGCC--AA----AT-GG--CGA------GGCTT---ACT-TTT-C-CGC-------CAAGAT-----GGCGA--C-ATT---G-CCGGTA---G------TAG-------TC--A-TA-----AACTT-T-----TAC-C-AGG-ACTTTGG-GCC-TGCTGCCTA-AAgaggggaacgtccttcgagttggtttacggggtcttccagaccagcgcgccaggaccaacttcacggtttacgggtctttacgaccggcgccaggaccaaggaagacaatgtcccgaggagttcttacgggtgtttcccaccgccagggacccgtcgttaatgggcggccgacccacccttctccgctttttgtttgttgtttttgttatgagctcagtactccagtcgatcatgcatacatacagctcggagcacttcgtttcctgaattatagtcatttccgattccataatctattttta
gi|24 : taagtataatgtgcacagaacgagcccattgaccggagcCAAGAAG-G------CGG----AA---CT--TGTT-----C------CAG--------------------C------C---------AAGA-TGGCGGCGCTT----C---C-GCTTCCAAT-----C--AAG---TT-GA--C-G------G---C---A---CCT-C-CGC-----
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gi|14 : ttattagtagtataggagggacaaaccgaccctcttgacccggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgc------TTA-A-TA-TT-T--T---TAATT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GCT---C---G-gagggggaacatcctccagctggtttatgggtgtttcaccaccgctccagggaccaa
gi|25 : c------TTA-C-TA-TT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCT-T-A-CCTAG-GC-AC-ACAAC-AGCACAA-A-GCT---A---T-TTC-T-aactggtttacgggtgtttcatcaccgtgccagggatcacggtttacgggtctttacgatcgcgccagggaccaaggaagacaatacccgaggagtttacgggtgtttaccacgcgccagggaccctcgtaaaggtggcccgccccaacttccgttttaattttttttttttttttt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTTTTGTTTGTTTTTTTTATGACTCACTACTTCGGTCGATCATGCTCATACAGCTCGGAGCACTTTCGTGTCCTGATACAGTCGTTTCGGATTCTTGCCATAATCTATTTTTAGCATACTCAATTACACACGGACAAGATTTAGACCATTGATCGTGCTCAAAATAAGGGGAATGAAATTGTTTCTACTTTTTCAATTTTAACCTGCATTCATAACATTGTACTAAATCCCCCGGACCCTTATAGAAAAACCCGCTAGCGGCCATATGAAGGGCACTAGGTCCTTTCCAATCTACAAACGTATTCAAGCGATCGTGGAAACTTACCATCTGAGAATCCTTCATCTTTATGAATCGTTTTATTTTTTGCAACTCTCTTATATACCCGTAGTTTAACACATAGCCTTAAGGCAT
Unaligned ( gi|27 ): ATACGAGGAGGAACGTCCTCGAACTGGTTTATGGGTGTTTCA
Alignments
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consensus : AGTA-TAG-GA-GGAC--GAAA-C-CGACC---CCC--TTGACC-GGAGCCGAAGA---CGGAG-CCAAGATGG-C-GG--CAC-T--------TCC-----------GCTTCCG--GTCAAG-A-T-GG-CGGCGCT----TCCGCTTCCGGTC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C-CG-CTTCCGG--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CA----T----T-T-----CC-GC-T-----C------AAGATGGCG-GCG-C-TT------C---C-GC--------T--C--AAG---AT-GGC--A------G-T---A---TTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------G-T-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TAC-C-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TNG-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CATCG-AA-TAC
Reference ( family-5569 ) : AGTA-TAG-GA-GGAC--GAAA-C-CGACC---CCC--TTGACC-GGAGCCGAAGA---CGGNG-CNAAGATGG-C-GG--CAC-T--------TCC-----------GCTTCCG--GCCAAG-A-T-GG-CGGCGCT----TCCGCTTCCGGTC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C-CG-CTTCCGG--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CA----T----T-T-----CC-GC-T-----C------AAGATGGCG-GCG-C-TT------C---C-GC--------T--C--AAG---AT-GGC--A------G-T---A---TTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------G-T-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TAC-C-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TNG-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CATCG-AA-TAC
gi|1 : AGTG-TAG-GA-GGATTGAAAA-C-CGACC---CTCA-TTGACC-AGAGCCGACC----CGGGC-CCAAGA-GG-C-GG--CAC-T--------TCC-----------GCTTCCG--GCAAAG-A-T-GG-CGG----------CGCTTCCGGTC-AAGA-T-GGC-GGCTATTT-CGCGCCTTCCGG--T
gi|1 : agtCCGGGCCC--AAG-A-G-G-CG--G------CA----C----T-T-----CC-GC-T-----TCCGGCAAAGATGGCG-GCG-C-TT------C---C-GG--------T--C--AAG---AT-GGC--G------GCT---A---TTT-CGCGCC----TTCC-----GGTGA-------G-T-ATT---TTCCGATA---G------TAG-------CC--AATC-----ACCCT-T------------AG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCGAAAGG---CAGGT-GG-T------TTA-C-TACTTAT--T---T--TT---AAA-CGAG-AGAATGAGTCA-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GA------CTA-TTCAT-CG-TA--CGACAG----GAT--CAG-CGTTA-GTAG--CC---CG-----ATTCCATCG-AA-gagtattttccgatagtagccaatcacccttagactttggacctgctgcccgaaaggcaggtggtttactacttatttttaaacgagagaatgagtcaaacctaggcacacagcagcacaaagactattcatcgtacgacaggatcagcgttagtagcccgattccatcgaattacgagggggaacgtccttcgagtttggtttacgggtgtttccaaccaagcgcgccaggaccaacttcacgagtttacgggtctttacatcgaccgcggccagggaccaaggaagacatgtcccgaggagttttacgggtgtttccacgccgccagggaccctcgttaatgggcggccgacccacccttctcgctttttgtttttgttttggtttcttgttatgagctcagtactccagtcgatcatgccatacattacagctcggagcactttcgtttcctgaattatagtcatttccgattccataatctattttta
gi|10 : agtagtgtaggaggattgaaaaccgaccctcattgaccagagccgacACC---CCG--TTGAGC-GGGTCCAAAAA---CGGAATCCAAGATGGGC-GG--CAC-TATCCGTCGTCCACATGCGCGGCGCTTTCG--GTCAAG-A-T-GA-CGATACTGCTCTCCACTTCCC-TC-AAGA-T-GGC-GAC-ACTT-C-CG-CTTCCGG--TCAAAAG-ATA-G-TGGCG------CA----TCCTAT-T-----CC-AG-T-----C------AAGATGGCGAGCATT-TT------C---C-GTTTTCTCGGT--C--AAG---ATCGGC--A------G-C---A---CTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------G-TCATT---T-CCCG-A---GTTACGTTAG-------CC--A-TC-----ACCCTGTCCGTGTAC-CGAGGTACTTT-G-ACT-GGCTGTCCG-ACGG---CAGGTGGG--------TTA-C-TATTT-T--T---T--------AA-CAAGAAGAATGAGTTG-A-ACCCTAA-GC-ACGACAGC-AGCAC-A-A-GC------Ttacgagggggaacgtccttcgagtttggtttacgggtgtttccaaccaagcgcgccaggaccaacttcacgagtttacgggtctttacatcgaccgcggccagggaccaaggaagacatgtcccgaggagttttacgggtgtttccacgccgccagggaccctcgttaatgggcggccgacccacccttctcgctttttgtttttgttttggtttcttgttatgagctcagtactccagtcgatcatgccatacattacagctcggagcactttcgtttcctgaattatagtcatttccgattccataatctattttta
gi|11 : taaTA-CAG-GA-GGAT--GAGA-A-AGACC---CCC--TTGAGC-GGAGCC----------------AAGATGG-C-GG--CAC-T--------TCC-----------GTTTCCG--TTCAAG-A-T-GG-CGGCGCT----TCCGC------TC-AAGA-T-GGC-GAC-AATT-CTTA-CT--CTG--CC--AAG-ATG-G-CG--GCGCTACCA----T----T-T-----CC-G
gi|11 : GCC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C-CG-TTTCCGT--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CG----C----T-T-----CC-GC-T-----C------AAGATGGCG-ACA-A-TT------CTTAC-TC--------TGCC--AAG---AT-GGC--G------G---------------CGC-----TACC---------------------ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TCACATCACCCT-T-----TAC-C-AGT-ACTTTGG-ACC-TGCTCCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TGGGT-T--T---T--TT---TAA-TGAGAAGAATGAATCG-A-A-CCTAG-GT-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TAG-TTC-T-CA-TA-CCGACAG----GAT--CAG-AGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CATCG--A-TACgtagtagccatcacatcaccctttaccagtactttggacctgctccccgaaggcaggtgggtttactgggtttttttaatgagaagaatgaatcgaacctaggtacacagcagcacaaagctagttctcataccgacaggatcagagttcatagcccgatcatcgatacgaggggggacgtccttgagttggtt
gi|12 : tacaggaggatgagaaagacccccttgagcggaGTA-CAG-GA-GGAT--GAA-----GACC---CCC--TTGAGC-GGAGCC----------------AAGATGG-CCGG--CAC-T--------TCC-----------GTTTC-G--TTCAAG-A-T-GG-CGGCGC-----TCCGC------TC-AA-A-T-GGC-GCC-ATTT-TACT-CTGCC-----C--AAG-ATG-G-CG--GCGCTACCA----T----T-T-----CC-Ggaggggggacgtccttgagttggtt
gi|12 : GCC-AAGA-T-GGCCGGC-ACTT-C-CG-TTTC-GT--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CG----C----T-------CC-GC-T-----C------AA-ATGGCG-CCA-T-TTTACT--C---T-GC--------C--C--AAG---AT-GGC--G------G---------------CGC-----TACC---------------------ATT---T-CCGGTA---G------TAAGCTCATCCC--A-TC-----ACCCT-T-----TACGC-AGT-ACTTTGGGACC-TGCT-CCCG-AAGG---CAGGTGGGCT------TTA-C-TGGGT-T--T---T--TT---TAA-TGAGAAGAATGAATCG-A-A-CCTA--GT-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TCG-TTC-T-CA-TA-ACGACAG----GAT--CAGAAGTTCAATAG---C---CG-----AT--CATCG--A-TACgtagtaagctcatcccatcaccctttacgcagtactttgggacctgctcccgaaggcaggtgggctttactgggtttttttaatgagaagaatgaatcgaacctagtacacagcagcacaaagctcgttctcataacgacaggatcagaagttcaatagccgatcatcgataccgagggg
gi|13 : gtacaggaggatgaagacccccttgagcggaGTC-GAGA-T-TGC-GGC-ACCT-C-CG-GTTCCAG--TT--AAG-ATG-G-CA--G------CG----C----T-T-----TC-GG-T-----C------A---------GCG-T-TT------C---C-----------T--T--ACC---GC-GGG--A--------C---A---TTT-A-CGCGAAGAT--------GGCG--------G-C-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCAT--------AC-C-AGG-ACTTTGG-ACA-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--T-----AA-CGAGAAGATCGAGTCC-G-A-CTTAT-GC-AT-ACAGC-AGCACAA-G-GCTACATGTAG-TTC-T-CA-TA-CCGACCG----GGT--CAG-TGTGC-AGAG--CC---CG-----AT--CAcgagggg
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gi|15 : cAGTA-TAG-GA-GGAC--AAAC-C-CGAGA---CTC--TTGACCAGGAGC--AAGA---CAGAG-C-AAGATGG-C-GG--CACTT--------TCC-----------GCTTCCG--GTCAAG-A-TGGG-CGGCATT----TTCG-----GGTC-ACAA-T-GGC-GGC-GCTT----------CGG--AC--AAG-ATG-G-TA--G------TA----T----T--------C-GC-T-----C------CCGGTGA-G-GCA-T-TT------C---C-Gaactggtttacgggtgtttcatcaccgtgccagggatcacggtttacgggtctttacgatcgcgccagggaccaaggaagacaatacccgaggagtttacgggtgtttaccacgcgccagggaccctcgtaaaggtggcccgccccaacttccgttttaattttttttttttttttt
gi|15 : agtC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTTTC-CG-CTTCCGG--TC--AAG-ATG-GGCG--G------CA----T----T-T-----TC-GGGT-----C------ACAATGGCG-GCG-C-TT------C---G-GA-----------C--AAG---AT-GGT--A------G-T---A---TT----CGC-----TCCC-----GGTGA-------GGC-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----A-CCT-T-----TAC-C-A-G-ACTTTGG-ACC-TGCTGTCCG-AAGG---Cgtagtagccatcacctttaccagactttggacctgctgtccgaaggc
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-5569 ) : AGTA-TAG-GA-GGAC--GAAA-C-CGACC---CCC--TTGACC-GGAGCCGAAGA---CGGAG-CCAAGATGG-CGG--CAC-T--------TCC-----------GCTTCCG--GTCAAG-A-T-GG-CGGCGCT----TCCGCTTCCGGTC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C-CG-CTTCCGG--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CA----T----T-T-----CC-GC-T-----C------AAGATGGCG-GCG-C-TT------C---C-GC--------T--C--AAG---AT-GGC--A------G-T---A---TTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------G-T-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TAC-C-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TNG-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CATCG-AA-TAC
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gi|11 : GCC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C-CG-TTTCCGT--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CG----C----T-T-----CC-GC-T-----C------AAGATGGCG-ACA-A-TT------CTTAC-TC--------TGCC--AAG---AT-GGC--G------G---------------CGC-----TACC---------------------ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TCACATCACCCT-T-----TAC-C-AGT-ACTTTGG-ACC-TGCTCCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TGGGT-T--T---T--TT---TAA-TGAGAAGAATGAATCG-A-A-CCTAG-GT-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TAG-TTC-T-CA-TA-CCGACAG----GAT--CAG-AGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CATCG--A-TACgtagtagccatcacatcaccctttaccagtactttggacctgctccccgaaggcaggtgggtttactgggtttttttaatgagaagaatgaatcgaacctaggtacacagcagcacaaagctagttctcataccgacaggatcagagttcatagcccgatcatcgatacgaggggggacgtccttgagttggtt
gi|12 : tacaggaggatgagaaagacccccttgagcggaGTA-CAG-GA-GGAT--GAA-----GACC---CCC--TTGA-------------G---CGGAG-CCAAGATGGCCGG--CAC-T--------TCC-----------G-TTTCG--TTCAAG-A-T-GG-CGGCGC-----TCCGC------TC-AA-A-T-GGC-GCC-ATTT-TACT-CTGCC-----C--AAG-ATG-G-CG--GCGCTACCA----T----T-T-----CC-Ggaggggggacgtccttgagttggtt
gi|12 : GCC-AAGA-T-GGCCGGC-ACTT-C-CG-TTTC-GT--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CG----C----T-------CC-GC-T-----C------AA-ATGGCG-CCA-T-TTTACT--C---T-GC--------C--C--AAG---AT-GGC--G------G---------------CGC-----TACC---------------------ATT---T-CCGGTA---G------TAAGCTCATCCC--A-TC-----ACCCT-T-----TACGC-AGT-ACTTTGGGACC-TGCT-CCCG-AAGG---CAGGTGGGCT------TTA-C-TGGGT-T--T---T--TT---TAA-TGAGAAGAATGAATCG-A-A-CCTA--GT-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TCG-TTC-T-CA-TA-ACGACAG----GAT--CAGAAGTTCAATAG---C---CG-----AT--CATCG--A-TACgtagtaagctcatcccatcaccctttacgcagtactttgggacctgctcccgaaggcaggtgggctttactgggtttttttaatgagaagaatgaatcgaacctagtacacagcagcacaaagctcgttctcataacgacaggatcagaagttcaatagccgatcatcgataccgagggg
gi|13 : gtacaggaggatgaagacccccttgagcggaGTC-GAGA-T-TGC-GGC-ACCT-C-CG-GTTCCAG--TT--AAG-ATG-G-CA--G------CG----C----T-T-----TC-GG-T-----C------A---------GCG-T-TT------C---C-----------T--T--ACC---GC-GGG--A--------C---A---TTT-A-CGCGAAGAT--------GGCG--------G-C-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCAT--------AC-C-AGG-ACTTTGG-ACA-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--T-----AA-CGAGAAGATCGAGTCC-G-A-CTTAT-GC-AT-ACAGC-AGCACAA-G-GCTACATGTAG-TTC-T-CA-TA-CCGACCG----GGT--CAG-TGTGC-AGAG--CC---CG-----AT--CAcgagggg
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gi|15 : agtC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTTTC-CG-CTTCCGG--TC--AAG-ATG-GGCG--G------CA----T----T-T-----TC-GGGT-----C------ACAATGGCG-GCG-C-TT------C---G-GA-----------C--AAG---AT-GGT--A------G-T---A---TT----CGC-----TCCC-----GGTGA-------GGC-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----A-CCT-T-----TAC-C-A-G-ACTTTGG-ACC-TGCTGTCCG-AAGG---Cgtagtagccatcacctttaccagactttggacctgctgtccgaaggc
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gi|20 : tagtgtaggaggattgaaaacacgaccctcaattgaccagagccgaTCCGAAGCCAAG-A-T-GG-CGGCACT----TCCACTTTCGATC-AAGA-T-GGC-GAC-GTTT-C-CG-CTTCCGT--TC--ATG-ATGCG-CG--G------CA----C----T-T-----CC-GG-T-----G------AAGATGGCG-GTG-C-TA------C---C-G------------------------GTT--A------G-T---A--------------------C-----AATG----------T-ATA---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TTC-T-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTCCCCA-AAGG---CACGTGGG-T------TTA-C-AACTgaggggaacgtccttcgagttggtttacggggtcttccagaccagcgcgccaggaccaacttcacggtttacgggtctttacgaccggcgccaggaccaaggaagacaatgtcccgaggagttcttacgggtgtttcccaccgccagggacccgtcgttaatgggcggccgacccacccttctccgctttttgtttgttgtttttgttatgagctcagtactccagtcgatcatgcatacatacagctcggagcacttcgtttcctgaattatagtcatttccgattccataatctattttta
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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lowQualScore : 6 6 3 000 1 1 000 555 3 666666666666666 1 6 99 7 77777777 77777777777 44 1 1 2 1 11 5555 1 5 5 5 5 5 1 888888888 4 11 22 6 7 3 33 666666 8888 5555 1111111 7 444444444444444 3 9 00 8 8 111111 222 8 111111111111 99 111 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 0 666 111111 7777777 00 2 33333 1 33333 777 1 2 1 2 777 5 444444 2 2 1 9 88 000 99 000 9 111 9 99 9 9 9 9 9 222222 0 1 3 3 6 00 7777 00 6 6 00 444 11111 00 88 0
consensus : AGTA-TAG-GA-GGAC--GAAA-C-CGACC---CCC--TTGACC-GGAGCCGAAGA---CGGAG-CCAAGATGG-CGG--CAC-T--------TCC-----------GCTTCCG--GTCAAG-A-T-GG-CGGCGCT----TCCGCTTCCGGTC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C-CG-CTTCCGG--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CA----T----T-T-----CC-GC-T-----C------AAGATGGCG-GCG-C-TT------C---C-GC--------T--C--AAG---AT-GGC--A------G-T---A---TTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------G-T-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TAC-C-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TNG-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CATCG-AA-TAC
Reference ( family-5569 ) : AGTA-TAG-GA-GGAC--GAAA-C-CGACC---CCC--TTGACC-GGAGCCGAAGA---CGGAG-CCAAGATGG-CGG--CAC-T--------TCC-----------GCTTCCG--GTCAAG-A-T-GG-CGGCGCT----TCCGCTTCCGGTC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C-CG-CTTCCGG--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CA----T----T-T-----CC-GC-T-----C------AAGATGGCG-GCG-C-TT------C---C-GC--------T--C--AAG---AT-GGC--A------G-T---A---TTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------G-T-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TAC-C-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TNG-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CATCG-AA-TAC
gi|1 : AGTG-TAG-GA-GGATTGAAAA-C-CGACC---CTCA-TTGACC-AGAGCCGACC----CGGGC-CCAAGA-GG-CGG--CAC-T--------TCC-----------GCTTCCG--GCAAAG-A-T-GG-CGG----------CGCTTCCGGTC-AAGA-T-GGC-GGCTATTT-CGCGCCTTCCGG--T
gi|1 : agtCCGGGCCC--AAG-A-G-G-CG--G------CA----C----T-T-----CC-GC-T-----TCCGGCAAAGATGGCG-GCG-C-TT------C---C-GG--------T--C--AAG---AT-GGC--G------GCT---A---TTT-CGCGCC----TTCC-----GGTGA-------G-T-ATT---TTCCGATA---G------TAG-------CC--AATC-----ACCCT-T------------AG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCGAAAGG---CAGGT-GG-T------TTA-C-TACTTAT--T---T--TT---AAA-CGAG-AGAATGAGTCA-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GA------CTA-TTCAT-CG-TA--CGACAG----GAT--CAG-CGTTA-GTAG--CC---CG-----ATTCCATCG-AA-gagtattttccgatagtagccaatcacccttagactttggacctgctgcccgaaaggcaggtggtttactacttatttttaaacgagagaatgagtcaaacctaggcacacagcagcacaaagactattcatcgtacgacaggatcagcgttagtagcccgattccatcgaattacgagggggaacgtccttcgagtttggtttacgggtgtttccaaccaagcgcgccaggaccaacttcacgagtttacgggtctttacatcgaccgcggccagggaccaaggaagacatgtcccgaggagttttacgggtgtttccacgccgccagggaccctcgttaatgggcggccgacccacccttctcgctttttgtttttgttttggtttcttgttatgagctcagtactccagtcgatcatgccatacattacagctcggagcactttcgtttcctgaattatagtcatttccgattccataatctattttta
gi|10 : agtagtgtaggaggattgaaaaccgaccctcattgaccagagccgacACC---CCG--TTGAGC-GGGTCCAAAAA---CGGAATCCAAGATGGGCGG--CAC-TATCCGTCGTCCACATGCGCGGCGCTTTCG--GTCAAG-A-T-GA-CGATACTGCTCTCCACTTCCC-TC-AAGA-T-GGC-GAC-ACTT-C-CG-CTTCCGG--TCAAAAG-ATA-G-TGGCG------CA----TCCTAT-T-----CC-AG-T-----C------AAGATGGCGAGCATT-TT------C---C-GTTTTCTCGGT--C--AAG---ATCGGC--A------G-C---A---CTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------G-TCATT---T-CCCG-A---GTTACGTTAG-------CC--A-TC-----ACCCTGTCCGTGTAC-CGAGGTACTTT-G-ACT-GGCTGTCCG-ACGG---CAGGTGGG--------TTA-C-TATTT-T--T---T--------AA-CAAGAAGAATGAGTTG-A-ACCCTAA-GC-ACGACAGC-AGCAC-A-A-GC------Ttacgagggggaacgtccttcgagtttggtttacgggtgtttccaaccaagcgcgccaggaccaacttcacgagtttacgggtctttacatcgaccgcggccagggaccaaggaagacatgtcccgaggagttttacgggtgtttccacgccgccagggaccctcgttaatgggcggccgacccacccttctcgctttttgtttttgttttggtttcttgttatgagctcagtactccagtcgatcatgccatacattacagctcggagcactttcgtttcctgaattatagtcatttccgattccataatctattttta
gi|11 : taaTA-CAG-GA-GGAT--GAGA-A-AGACC---CCC--TTGA-------------G---CGGAG-CCAAGATGG-CGG--CAC-T--------TCC-----------GTTTCCG--TTCAAG-A-T-GG-CGGCGCT----TCCGC------TC-AAGA-T-GGC-GAC-AATT-CTTA-CT--CTG--CC--AAG-ATG-G-CG--GCGCTACCA----T----T-T-----CC-G
gi|11 : GCC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C-CG-TTTCCGT--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CG----C----T-T-----CC-GC-T-----C------AAGATGGCG-ACA-A-TT------CTTAC-TC--------TGCC--AAG---AT-GGC--G------G---------------CGC-----TACC---------------------ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TCACATCACCCT-T-----TAC-C-AGT-ACTTTGG-ACC-TGCTCCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TGGGT-T--T---T--TT---TAA-TGAGAAGAATGAATCG-A-A-CCTAG-GT-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TAG-TTC-T-CA-TA-CCGACAG----GAT--CAG-AGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CATCG--A-TACgtagtagccatcacatcaccctttaccagtactttggacctgctccccgaaggcaggtgggtttactgggtttttttaatgagaagaatgaatcgaacctaggtacacagcagcacaaagctagttctcataccgacaggatcagagttcatagcccgatcatcgatacgaggggggacgtccttgagttggtt
gi|12 : tacaggaggatgagaaagacccccttgagcggaGTA-CAG-GA-GGAT--GAA-----GACC---CCC--TTGA-------------G---CGGAG-CCAAGATGGCCGG--CAC-T--------TCC-----------G-TTTCG--TTCAAG-A-T-GG-CGGCGC-----TCCGC------TC-AA-A-T-GGC-GCC-ATTT-TACT-CTGCC-----C--AAG-ATG-G-CG--GCGCTACCA----T----T-T-----CC-Ggaggggggacgtccttgagttggtt
gi|12 : GCC-AAGA-T-GGCCGGC-ACTT-C-CG-TTTC-GT--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CG----C----T-------CC-GC-T-----C------AA-ATGGCG-CCA-T-TTTACT--C---T-GC--------C--C--AAG---AT-GGC--G------G---------------CGC-----TACC---------------------ATT---T-CCGGTA---G------TAAGCTCATCCC--A-TC-----ACCCT-T-----TACGC-AGT-ACTTTGGGACC-TGCT-CCCG-AAGG---CAGGTGGGCT------TTA-C-TGGGT-T--T---T--TT---TAA-TGAGAAGAATGAATCG-A-A-CCTA--GT-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TCG-TTC-T-CA-TA-ACGACAG----GAT--CAGAAGTTCAATAG---C---CG-----AT--CATCG--A-TACgtagtaagctcatcccatcaccctttacgcagtactttgggacctgctcccgaaggcaggtgggctttactgggtttttttaatgagaagaatgaatcgaacctagtacacagcagcacaaagctcgttctcataacgacaggatcagaagttcaatagccgatcatcgataccgagggg
gi|13 : gtacaggaggatgaagacccccttgagcggaGTC-GAGA-T-TGC-GGC-ACCT-C-CG-GTTCCAG--TT--AAG-ATG-G-CA--G------CG----C----T-T-----TC-GG-T-----C------A---------GCG-T-TT------C---C-----------T--T--ACC---GC-GGG--A--------C---A---TTT-A-CGCGAAGAT--------GGCG--------G-C-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCAT--------AC-C-AGG-ACTTTGG-ACA-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--T-----AA-CGAGAAGATCGAGTCC-G-A-CTTAT-GC-AT-ACAGC-AGCACAA-G-GCTACATGTAG-TTC-T-CA-TA-CCGACCG----GGT--CAG-TGTGC-AGAG--CC---CG-----AT--CAcgagggg
gi|14 : tgacccgga------TTA-A-TA-TT-T--T---TAATT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TCG-
gi|15 : cAGTA-TAG-GA-GGAC--AAAC-C-CGAGA---CTC--TTGACCAGGAGC--AAGA---CAGAG--CAAGATGG-CGG--CACTT--------TCC-----------GCTTCCG--GTCAAG-A-TGGG-CGGCATT----TTCG-----GGTC-ACAA-T-GGC-GGC-GCTT----------CGG--AC--AAG-ATG-G-TA--G------TA----T----T--------C-GC-T-----C------CCGGTGA-G-GCA-T-TT------C---C-Gaactggtttacgggtgtttcatcaccgtgccagggatcacggtttacgggtctttacgatcgcgccagggaccaaggaagacaatacccgaggagtttacgggtgtttaccacgcgccagggaccctcgtaaaggtggcccgccccaacttccgttttaattttttttttttttttt
gi|15 : agtC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTTTC-CG-CTTCCGG--TC--AAG-ATG-GGCG--G------CA----T----T-T-----TC-GGGT-----C------ACAATGGCG-GCG-C-TT------C---G-GA-----------C--AAG---AT-GGT--A------G-T---A---TT----CGC-----TCCC-----GGTGA-------GGC-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----A-CCT-T-----TAC-C-A-G-ACTTTGG-ACC-TGCTGTCCG-AAGG---Cgtagtagccatcacctttaccagactttggacctgctgtccgaaggc
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gi|16 : agtC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTTTC-CG-CTTCCGG--TC--AAG-ATG-GGCG--G------CA----T----T-T-----TC-GGGT-----C------ACAATGGCG-GCG-C-TT------C---G-GA-----------C--AAG---AT-GGT--A------G-T---A---TT----CGC-----TCCC-----GGTGA-------GGC-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----A-CCT-T-----TAC-C-A-G-ACTTTGG-ACC-TGCTGTCCG-AAGG---Cgtagtagccatcacctttaccagactttggacctgctgtccgaaggc
gi|17 : agtagtataggaggacaaacccgagactcttgaccaggagcaagacagagCAAG-A-T-GG-TGGTCCT----TCCGGTTCCGCT--AAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C---------AA--TT--AAC-ATA-G-GG--A------AA----T----T-T-----CTAGT-T-----CCGC---AAAAT--CG-GAG-C-------------C-AC--------TG-C--AAACGAAT-GTCCTAC-----G-T---A---TTTTC-CCC-----TTTC---------------------------T-CGGGTAAAAG-------AG-------CC--A-TC-----GCCTT-T-----TGC-T-AGG-ACTTTGG-ACT-TGCTGCCTG-AAGAAATCAAATGGG-T------TTA-C-T
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gi|19 : aacCAAG-A-T-GG-TGGTCCT----TCCGGTTC--GCT-AAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C-C-----------TT--AAC-ATA-G-GG--A------AA----T----T-TAGTT-CC-GC---------------AAAT--CG-GAG-C-------------C-AC--------TG-C--AAACGAAT-GTCCTAC-----G-T---A---TTTTC-CCC-----TTT-----------------------TC---T-CGGGTA---A------AAGAA-----CC--A-TC-----GCC-T-T-----TGC-T-AGG-ACTTTGGAACT-TGCTGCCTG-AAGAAATCAAATGGG-T------TTA-C-T
gi|2 : caacAGTG-TAG-GA-GGATTGAAAA-CACGACC---CTCAATTGACC-AGAGCCGA------CCGGC-CCAAGATGG-CGG--CAC-T--------TCC-----------GCTTTCG--GTCAAGAA-T-GG-CG-----------CGCTTCCGGTC-AAGA-T-GGC-GGCTATTT-CGCG-CTTCCGG--T---GAG-AT
gi|2 : tCCGGCCCAAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C-CG-CTTTCGG--TC--AAG-A---------------------------------------------------------ATGGCG--CG-C-TT------C---C-GG--------T--C--AAG---AT-GGC--G------GCT---A---TTT-CGCGC-----TTCC-----GGTGA-------G---ATT---T-CCGATA---G------TAG-------CC--AATC------CCCT-T-----------AGG-ACTTTGG-ATC--GCTGCCGA-AAGG---CAGGTCGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAAACGA-AAGAA-GAGTCA-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAAGA-GA------CTA-TTC-A-TG-TA--CGACAG----GAT--CAG-CGTTA-GTAG--CC---CG-----AT--CATCG-AA-TACttccgatagtagccaatccccttaggactttggatcgctgccgaaaggcaggtcggtttactactttttttaaaacgaaagaagagtcaaacctaggcacacagcagcacaagagactattcatgtacgacaggatcagcgttagtagcccgatcatcgaatacgaggggaacgtccttcgagttggtttacggggtcttccagaccagcgcgccaggaccaacttcacggtttacgggtctttacgaccggcgccaggaccaaggaagacaatgtcccgaggagttcttacgggtgtttcccaccgccagggacccgtcgttaatgggcggccgacccacccttctccgctttttgtttgttgtttttgttatgagctcagtactccagtcgatcatgcatacatacagctcggagcacttcgtttcctgaattatagtcatttccgattccataatctattttta
gi|20 : tagtgtaggaggattgaaaacacgaccctcaattgaccagagccgaTCCGAAGCCAAG-A-T-GG-CGGCACT----TCCACTTTCGATC-AAGA-T-GGC-GAC-GTTT-C-CG-CTTCCGT--TC--ATG-ATGCG-CG--G------CA----C----T-T-----CC-GG-T-----G------AAGATGGCG-GTG-C-TA------C---C-G------------------------GTT--A------G-T---A--------------------C-----AATG----------T-ATA---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TTC-T-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTCCCCA-AAGG---CACGTGGG-T------TTA-C-AACTgaggggaacgtccttcgagttggtttacggggtcttccagaccagcgcgccaggaccaacttcacggtttacgggtctttacgaccggcgccaggaccaaggaagacaatgtcccgaggagttcttacgggtgtttcccaccgccagggacccgtcgttaatgggcggccgacccacccttctccgctttttgtttgttgtttttgttatgagctcagtactccagtcgatcatgcatacatacagctcggagcacttcgtttcctgaattatagtcatttccgattccataatctattttta
gi|21 : aAGTA-TAATGT-GCAC--AGAA-C--GAGC---CCA--TTGACC-GGAGCC----------------AGGATAG-CAA---AT-T--------TTC-----------GCTTCCT--GTCAAG-A-T-GG-CGGCATT----TCCGTTTCC-GCC-AA-A-T-GGC-GAG-GCTT-A-CT-TTTCC-G--CC--AAG-ATG-G-CG--A------CA----T----T-G-----CC-G
gi|21 : taGCC-AGGA-T-AGC-AA--ATTT-T-CG-CTTCCTG--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CA----T----T-T-----CC-GT-TTCCGCC------AA-ATGGCG-AGG-C-TTACTTTTC---C-GC-----------C--AAG---AT-GGC---------------------------------------------GA---------C-ATT---G-CCGGTA---G------TAG-------TC--A-TA-----AACTT-T-----TAC-C-AGG-ACTTTGG-GCC-TGCTGCCTA-AAgtagtagtcataaacttttaccaggactttgggcctgctgcctaaa
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gi|23 : AGTAATAG-GA-AAGC--GAAAAC-CGACCAGGCCG--TTGAGC-GTAGCCAAAAAAAACGGAG-CGAAGATGGGCAGGCCAA-A--------TCC-----------GCTTCCG--GTCAAG-A-T--A-CGA----------AACTTCCGGTC-AAGA-T-G
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gi|25 : gggta------TTA-C-TA-TT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCT-T-A-CCTAG-GC-AC-ACAAC-AGCACAA-A-GC------TAT-TTC-T-acgcgcct
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gi|4 : GTC-AAGAAT-GGC-GGC-ACAT-C-C--------G--TC--AAGAATG-G--G--G------CACATCT----TAC-----CC-G--T-----C------AATAT-GC---CA-CATT------C---C-AA--------T--C--AAA---AT--GC--ATACCC-G-T---A---TAT-C-CGA-----CTCC-----GGTCAAATGGCGG-C-ATT---T-CCGgagcgctagccgggaagttagctgcatcgcagcgtggtttacgggtgcttctcactctagctgccgcgcatggacaactccgcgtgcatccagaacggtcctttacgtgatccgccgccgcagagcgggaacacaggcaactatgcgacaggagtatatagcacctttacttatactcttctcctcgagtgcgggaccacgttaagacggccgacccacccttctagttctttggggttgttattttcatttatgacttcactattccggctcgatcatgcccatacagtcgaagcacttccgtgtcctgatacagattcgttccggcctgctaactctcttcttag
gi|4 : c--------TCC-----------GACTCCG--GTCAA--A-T-GG-CGGCATT----TCCGCTTC-AGTC-AAAG-CAGGC-GGC-ACTT-C-CG-CTTCCGG--TC--AAG-ATG-G-CG--C------CAGC--T----T-T-----TG-GC-------C------AATATTGCT--CA-T-TT------C---C-GCC-------T--C--AA----AG-GGC---------G-C---G---TTT-C-CGC-----TTCC-------TGG-------A-T-ATT---TGCCGATA---G------TAG-------CC--A-CA-----AACCT-T------AT-C-AGG-ACTTCG--ACC-TG-TGCCCA-AAAG---TCAGTGG--T------TTA-CATACTT-TA-T---T--TT---AAA-CCAGAA-AATG-GTCG-ACA-CCTATCGC-AC-ACAGCCAGCCCAA-A-GC------TAG-TTC-T-TGGTA-CCGACAG----GAT--CAG-C-TTC-ATAG--CC---C------AT--CATCG-AACTACcttcagtcaaagcaggcggcacttccgcttccggtcaagatggcgccagcttttggccaatattgctcatttccgcctcaaagggcgcgtttccgcttcctggatatttgccgatagtagccacaaaccttatcaggacttcgacctgtgcccaaaagtcagtggtttacatactttattttaaaccagaaaatggtcgacacctatcgcacacagccagcccaaagctagttcttggtaccgacaggatcagcttcatagcccatcatcgaactacgaggtgaacgtcctcgagtggttttacgggtgtttcaacccgcgccagggaccaactcacgctaacaggtctttacgaccgcgaccaggaccaaggaaagacatgcccgagggatttttgggtgttattcttacccaccgcaccatgcgacccgtcgttagtggccctacccaccctttctcgt
gi|5 : cgtcaagaatggcggcacatccgtcaagaatggggcacatcttacccgtcaatatgccacattccaatcaaaatgcatacccgtataA-C-CGACC---CC---TTGACC---------------CGGAG-CCAAAATGG-CGG--CAA-T--------TCC-----------GC-TCCG--GT-ACG-A-T-GG-CGGTGCT----TCCGCTgaggtgaacgtcctcgagtggttttacgggtgtttcaacccgcgccagggaccaactcacgctaacaggtctttacgaccgcgaccaggaccaaggaaagacatgcccgagggatttttgggtgttattcttacccaccgcaccatgcgacccgtcgttagtggccctacccaccctttctcgt
gi|5 : accgGCC-AAAA-T-GGC-GGC-AATT-C-CG-CT-CCGG--T---ACG-ATG-G-CG--G------TG----C----T-T-----CC-GC-T-----C------AAGATGGTG-CTG-C-TT------C---CCGC--------T--C--AAG---AT-GGT--ACATTATG-T---AGTTTTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------G-T-ATT-----CCGGTA---G------TAG-------C---A-TC-----ACCCT-T-----TAC---AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-G-TACTT-T--TTTTT--TT---AAA-CGTGAAGAATGAGTCG-A-A-CTTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TAG-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CGACGTAAC--CATCG-AA-TACcaagatggtgctgcttcccgctcaagatggtacattatgtagtttttccgcttccggtgagtattccggtagtagcatcaccctttacaggactttggacctgctgcccgaaggcaggtgggtttagtacttttttttttaaacgtgaagaatgagtcgaacttaggcacacagcagcacaaagctagttctcgtaccgacaggatcagcgttcatagcccgacgtaaccatcgaatacaagggggaacgccctccgaactggttacgggtgtttaccaccgcgccagggaccaactcacggtttacgggtctttacgaccgcgccaggggccaaggaagacattgcccgaggagtttacggatgtttaccaccgcagccgcaggccgaccggacctcgataggcgacccgaccacaccttctcgt
gi|6 : accgaccgaccccttgacccggaG-CCAAGATGG-CGA--CAC-T--------TCC-----------ACTTCCG--GTCAAG-A-T-TGTCGGTACT----TCCGCTTCCGCT---GGA-T-GGC-AAC-ACTT-C-CG----------TG--AAG-ATG-G-CG--C------TG----C----T-T-----CC-GC-T-----G------AAGATGGCG-GCG-C-TT------C---C-GC--------T--C--AAG---AT-GGT--A------G-T---A----TT-C-CGC-----TTCC-----GGT-A-------G-T-A-T---T-CCGGTA---A-------AG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TAC-C-AGG-A-TTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGT-AG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CAAGAAGAATGAGTCG---A-CCTAG-GCAAC-AC-GC-AGCACAA-A-GC------T-G-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CATCGAAA-TACaagggggaacgccctccgaactggttacgggtgtttaccaccgcgccagggaccaactcacggtttacgggtctttacgaccgcgccaggggccaaggaagacattgcccgaggagtttacggatgtttaccaccgcagccgcaggccgaccggacctcgataggcgacccgaccacaccttctcgt
gi|8 : AGTA-TAG-GAGGGAC---AAA-C-CGACC---CTC--TTGACC-gagggggaacgtcttctgaactggtttagggggtttcaccaccgcgccagggaccaactcacggtttacggatctttacgaccgcgcagggaccaagaatgacaatacccgaagagtttacgggtgtttaccaccgcgcccgtg
gi|8 : ttattagtTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------A-T-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TAC-C-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TAG-TTA-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CATCG-AA-TACcggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcttccgcttccggtgaatatttccggtagtagccatcaccctttaccaggactttggacctgctgcccgaaggcaggtgggtttactactttttttaaacgagaagaatgagtcgaacctaggcacacagcagcacaaagctagttatcgtaccgacaggatcagcgttcatagcccgatcatcgaatacgagggggaacatcctccagctggtttatgggtgtttcaccaccgctccagggaccaa
gi|9 : ttattagtagtataggagggacaaaccgaccctcttgacccggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcAGTA-TAG-GA-GGAT--GAAA-C-CGACA---CCC--TTGAGC-GGGGCCAAAAA---CGGCG-CAAAGATGG-CGG--CAC-T--------TCC-----------GCTTCCG--GCCAGG-A-T-GG-TGGCACT----TCCACTTCCGGTC-AAGA-T-GTC-GGT-ACTT-C-CA-CTTCCGA--TC--AAG-ATG-G-CA--A------CA----T----T-T-----CC-GC-T-----G------AAGATGGCG-GCG-C-TT------C---C-GC--------T--C--AAG---AT-GGT--A------G-T---A---TTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------G-T-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TAC-C-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAAGTAGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TTG-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CTTCA-AA-TACgagggggaacatcctccagctggtttatgggtgtttcaccaccgctccagggaccaa
blockSeqs : A T G TGA A A AGG CAA G GTAGCCAAAAAAAA T G GC T ATCCGTCG ACATGCGCGGC AA A C G T TA GCTC C A A C T TACTCTG G GC AA A C G GC CGCTAC CATC CCTA TTAGTT A TTTCCGCC G G AG T A ACTTTT TTA C TTTTCTCGGT CA CGA C ATACCCGTATATCCGACTCCGGTCAAATGGCGGC GTT G AAA TTACGT GCTCATC GC A ACATC G CCGTG CG T G T A AAT C TGGAGG T A T . CA TTT AA TTA A CA C TC A G C G T TACATG A T . G G CC CACC CG A A AA GGG ACGTA . AA C
blockSeqs : . . . G . . . G C GGGTCCAAAAA . C . T . . . . . G . CG . . . . . . TCCGCTT G . . . . G . CGCTAC GC . TAGTT . TTCCGC G G A . . TACT . . CTGC . CGA . ACATTATGTAGTTTTTCCGCTTCCGGTGAGT . . AA . AA C . . . . GC . A . . AAT . . . . G . A . . . . AC . A . . . . . . C . . . . C . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . G . . . C C GGGGCCAAAAA . G . . . . . . . . . CG . . . . . . TCCGCTT T . . . . . . . . . AC . GGTC G G C . . . . . CTG . CGA . ACTTCGCTTTTCGTTTCCCAGGTGGCGAGT . . . . . . . . . . C . . . . AAT . . . . G . . . . . . A . G . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . A . . . C C AGGAGCAAGA . . . . . . . . . . . CA . . . . . . CGCGCTT G . . . . . . . . . T . GGTC A G G . . . . . CTG . . . AGCACTTCCGCTTCCGGTGAGTC . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . C . . . . . . A . T . . . . . . C . . . . C . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . A . . . C C AGGAGCAAGA . . . . . . . . . . . CA . . . . . . CCGCTT G . . . . . . . . . T . GTC G G G . . . . . CTG . . . GGCTATTTCGCGCTTCCGGTGAG . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . C . . . . . . A . G . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . A . . . C G AGAGCCGA . . . . . . . . . . . TC . . . . . . CTTACT A . . . . . . . . . T . CTC A G G . . . . . CCT . . . ACATTTACGCGAAGATGGCGGC . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . C . . . . . . G . G . . . . . . A . . . . C . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . G . . . A C CTGACGC . . . . . . . . . . . TC . . . . . . CCGTTT G . . . . . . . . . T . CTC A G G . . . . . CC . . . AGTATTTCCGCTTCCGGTGAGT . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . A . G . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . G . . . G C GGAGCC . . . . . . . . . . . TC . . . . . . CCGTTT G . . . . . . . . . T . GTC A G G . . . . . GT . . . AGTATTCGCTCCCGGTGAGGC . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . A . T . . . . . . A . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . G C G . . . . . . . . . . . CA . . . . . . CCGGTT G . . . . . . . . . T . CTC A G G . . . . . CT . . . AGTATTCGCTCCCGGTGAGGC . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . T . G . . . . . . A . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . C G G . . . . . . . . . . . CA . . . . . . CCGCTT G . . . . . . . . . T . CTC G G G . . . . . CT . . . AGTATTCCGCTTCCGGTAGT . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . A . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . CCGCTT A . . . . . . . . . T . GTG G G G . . . . . AT . . . CTACGTATTTTCCCCTTTC . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . C . . . . . . A . G . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . CG . . . . . . ACTTTT A . . . . . . . . . T . GCC T T G . . . . . CT . . . GCGTTTCCGCTTCCTGGAT . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . A . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . TCGCTT G . . . . . . . . . G . CTC T G A . . . . . CT . . . CTACGTATTTTCCCCTTT . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TG . . . . . . CCGCTT G . . . . . . . . . T . CTG G G C . . . . . CT . . . CTACGTATTTTCCCTTT . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TA . . . . . . CCACTT G . . . . . . . . . T . CTG G G C . . . . . T . . . AGTACAATGT . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CA . . . . . . CCGCT T . . . . . . . . . T . TC G . G . . . . . A . . . GGCGCTACC . . . . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . GCTT G . . . . . . . . . T . CC . . G . . . . . A . . . GGCGCTACC . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CCG G . . . . . . . . . T . C . . . . . . . . C . . . GAC . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CC G . . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : G** C** CG CCGCTT*** CTC************ C** C* **
originalCons : AGTA-TAG-GA-GGAC--GAAA-C-CGACC---CCC--TTGACC-GGAGCCGAAGA---CGGAG-CCAAGATGG-CGG--CAC-T--------TCC-----------GCTTCCG--GTCAAG-A-T-GG-CGGCGCT----TCCGCTTCCGGTC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C-CG-CTTCCGG--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CA----T----T-T-----CC-GC-T-----C------AAGATGGCG-GCG-C-TT------C---C-GC--------T--C--AAG---AT-GGC--A------G-T---A---TTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------G-T-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TAC-C-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TNG-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CATCG-AA-TAC
finalCons : AGTA-TAG-GA-GGACG--AAA-C-CGACC---CCC--TTGACC-GGAGCCGAAGA---CGGAG-CCAAGATGG-CGG--CAC-T--------TCC-----------GCTTCCG--GTCAAG-A-T-GG-CGGCGCT----TCCGCTTCCGGTC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTTCCGCTT---CCGG--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CA----T----T-T-----CC-GCTC------------AAGATGGCG-GCG-C-TT------C---C-GC--------T--C--AAG---AT-GGC--A------G-T---A---TTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------G-T-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TACC--AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TNG-TTC-T-CG-TAC-CGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CATCG-AA-TAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTTTTGTTTGTTTTTTTTATGACTCACTACTTCGGTCGATCATGCTCATACAGCTCGGAGCACTTTCGTGTCCTGATACAGTCGTTTCGGATTCTTGCCATAATCTATTTTTAGCATACTCAATTACACACGGACAAGATTTAGACCATTGATCGTGCTCAAAATAAGGGGAATGAAATTGTTTCTACTTTTTCAATTTTAACCTGCATTCATAACATTGTACTAAATCCCCCGGACCCTTATAGAAAAACCCGCTAGCGGCCATATGAAGGGCACTAGGTCCTTTCCAATCTACAAACGTATTCAAGCGATCGTGGAAACTTACCATCTGAGAATCCTTCATCTTTATGAATCGTTTTATTTTTTGCAACTCTCTTATATACCCGTAGTTTAACACATAGCCTTAAGGCAT
Unaligned ( gi|27 ): ATACGAGGAGGAACGTCCTCGAACTGGTTTATGGGTGTTTCA
Alignments
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consensus : AGTA-TAG-GA-GGAC--GAAA-C-CGACC---CCC--TTGACC-GGAGCCGAAGA---CGGAG-CCAAGATGG-CGG--CAC-T--------TCC-----------GCTTCCG--GTCAAG-A-T-GG-CGGCGCT----TCCGCTTCCGGTC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C-CG-CTTCCGG--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CA----T----T-T-----CC-GC-T-----C------AAGATGGCG-GCG-C-TT------C---C-GC--------T--C--AAG---AT-GGC--A------G-T---A---TTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------G-T-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TAC-C-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TNG-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CATCG-AA-TAC
Reference ( family-5569 ) : AGTA-TAG-GA-GGAC--GAAA-C-CGACC---CCC--TTGACC-GGAGCCGAAGA---CGGAG-CCAAGATGG-CGG--CAC-T--------TCC-----------GCTTCCG--GTCAAG-A-T-GG-CGGCGCT----TCCGCTTCCGGTC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C-CG-CTTCCGG--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CA----T----T-T-----CC-GC-T-----C------AAGATGGCG-GCG-C-TT------C---C-GC--------T--C--AAG---AT-GGC--A------G-T---A---TTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------G-T-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TAC-C-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TNG-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CATCG-AA-TAC
gi|1 : AGTG-TAG-GA-GGATTGAAAA-C-CGACC---CTCA-TTGACC-AGAGCCGACC----CGGGC-CCAAGA-GG-CGG--CAC-T--------TCC-----------GCTTCCG--GCAAAG-A-T-GG-CGG----------CGCTTCCGGTC-AAGA-T-GGC-GGCTATTT-CGCGCCTTCCGG--T
gi|1 : agtCCGGGCCC--AAG-A-G-G-CG--G------CA----C----T-T-----CC-GC-T-----TCCGGCAAAGATGGCG-GCG-C-TT------C---C-GG--------T--C--AAG---AT-GGC--G------GCT---A---TTT-CGCGCC----TTCC-----GGTGA-------G-T-ATT---TTCCGATA---G------TAG-------CC--AATC-----ACCCT-T------------AG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCGAAAGG---CAGGT-GG-T------TTA-C-TACTTAT--T---T--TT---AAA-CGAG-AGAATGAGTCA-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GA------CTA-TTCAT-CG-TA--CGACAG----GAT--CAG-CGTTA-GTAG--CC---CG-----ATTCCATCG-AA-gagtattttccgatagtagccaatcacccttagactttggacctgctgcccgaaaggcaggtggtttactacttatttttaaacgagagaatgagtcaaacctaggcacacagcagcacaaagactattcatcgtacgacaggatcagcgttagtagcccgattccatcgaattacgagggggaacgtccttcgagtttggtttacgggtgtttccaaccaagcgcgccaggaccaacttcacgagtttacgggtctttacatcgaccgcggccagggaccaaggaagacatgtcccgaggagttttacgggtgtttccacgccgccagggaccctcgttaatgggcggccgacccacccttctcgctttttgtttttgttttggtttcttgttatgagctcagtactccagtcgatcatgccatacattacagctcggagcactttcgtttcctgaattatagtcatttccgattccataatctattttta
gi|10 : agtagtgtaggaggattgaaaaccgaccctcattgaccagagccgacACC---CCG--TTGAGC-GGGTCCAAAAA---CGGAATCCAAGATGGGCGG--CAC-TATCCGTCGTCCACATGCGCGGCGCTTTCG--GTCAAG-A-T-GA-CGATACTGCTCTCCACTTCCC-TC-AAGA-T-GGC-GAC-ACTT-C-CG-CTTCCGG--TCAAAAG-ATA-G-TGGCG------CA----TCCTAT-T-----CC-AG-T-----C------AAGATGGCGAGCATT-TT------C---C-GTTTTCTCGGT--C--AAG---ATCGGC--A------G-C---A---CTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------G-TCATT---T-CCCG-A---GTTACGTTAG-------CC--A-TC-----ACCCTGTCCGTGTAC-CGAGGTACTTT-G-ACT-GGCTGTCCG-ACGG---CAGGTGGG--------TTA-C-TATTT-T--T---T--------AA-CAAGAAGAATGAGTTG-A-ACCCTAA-GC-ACGACAGC-AGCAC-A-A-GC------Ttacgagggggaacgtccttcgagtttggtttacgggtgtttccaaccaagcgcgccaggaccaacttcacgagtttacgggtctttacatcgaccgcggccagggaccaaggaagacatgtcccgaggagttttacgggtgtttccacgccgccagggaccctcgttaatgggcggccgacccacccttctcgctttttgtttttgttttggtttcttgttatgagctcagtactccagtcgatcatgccatacattacagctcggagcactttcgtttcctgaattatagtcatttccgattccataatctattttta
gi|11 : taaTA-CAG-GA-GGAT--GAGA-A-AGACC---CCC--TTGA-------------G---CGGAG-CCAAGATGG-CGG--CAC-T--------TCC-----------GTTTCCG--TTCAAG-A-T-GG-CGGCGCT----TCCGC------TC-AAGA-T-GGC-GAC-AATT-CTTA-CT--CTG--CC--AAG-ATG-G-CG--GCGCTACCA----T----T-T-----CC-G
gi|11 : GCC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C-CG-TTTCCGT--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CG----C----T-T-----CC-GC-T-----C------AAGATGGCG-ACA-A-TT------CTTAC-TC--------TGCC--AAG---AT-GGC--G------G---------------CGC-----TACC---------------------ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TCACATCACCCT-T-----TAC-C-AGT-ACTTTGG-ACC-TGCTCCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TGGGT-T--T---T--TT---TAA-TGAGAAGAATGAATCG-A-A-CCTAG-GT-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TAG-TTC-T-CA-TA-CCGACAG----GAT--CAG-AGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CATCG--A-TACgtagtagccatcacatcaccctttaccagtactttggacctgctccccgaaggcaggtgggtttactgggtttttttaatgagaagaatgaatcgaacctaggtacacagcagcacaaagctagttctcataccgacaggatcagagttcatagcccgatcatcgatacgaggggggacgtccttgagttggtt
gi|12 : tacaggaggatgagaaagacccccttgagcggaGTA-CAG-GA-GGAT--GAA-----GACC---CCC--TTGA-------------G---CGGAG-CCAAGATGGCCGG--CAC-T--------TCC-----------G-TTTCG--TTCAAG-A-T-GG-CGGCGC-----TCCGC------TC-AA-A-T-GGC-GCC-ATTT-TACT-CTGCC-----C--AAG-ATG-G-CG--GCGCTACCA----T----T-T-----CC-Ggaggggggacgtccttgagttggtt
gi|12 : GCC-AAGA-T-GGCCGGC-ACTT-C-CG-TTTC-GT--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CG----C----T-------CC-GC-T-----C------AA-ATGGCG-CCA-T-TTTACT--C---T-GC--------C--C--AAG---AT-GGC--G------G---------------CGC-----TACC---------------------ATT---T-CCGGTA---G------TAAGCTCATCCC--A-TC-----ACCCT-T-----TACGC-AGT-ACTTTGGGACC-TGCT-CCCG-AAGG---CAGGTGGGCT------TTA-C-TGGGT-T--T---T--TT---TAA-TGAGAAGAATGAATCG-A-A-CCTA--GT-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TCG-TTC-T-CA-TA-ACGACAG----GAT--CAGAAGTTCAATAG---C---CG-----AT--CATCG--A-TACgtagtaagctcatcccatcaccctttacgcagtactttgggacctgctcccgaaggcaggtgggctttactgggtttttttaatgagaagaatgaatcgaacctagtacacagcagcacaaagctcgttctcataacgacaggatcagaagttcaatagccgatcatcgataccgagggg
gi|13 : gtacaggaggatgaagacccccttgagcggaGTC-GAGA-T-TGC-GGC-ACCT-C-CG-GTTCCAG--TT--AAG-ATG-G-CA--G------CG----C----T-T-----TC-GG-T-----C------A---------GCG-T-TT------C---C-----------T--T--ACC---GC-GGG--A--------C---A---TTT-A-CGCGAAGAT--------GGCG--------G-C-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCAT--------AC-C-AGG-ACTTTGG-ACA-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--T-----AA-CGAGAAGATCGAGTCC-G-A-CTTAT-GC-AT-ACAGC-AGCACAA-G-GCTACATGTAG-TTC-T-CA-TA-CCGACCG----GGT--CAG-TGTGC-AGAG--CC---CG-----AT--CAcgagggg
gi|14 : tgacccgga------TTA-A-TA-TT-T--T---TAATT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TCG-
gi|15 : cAGTA-TAG-GA-GGAC--AAAC-C-CGAGA---CTC--TTGACCAGGAGC--AAGA---CAGAG--CAAGATGG-CGG--CACTT--------TCC-----------GCTTCCG--GTCAAG-A-TGGG-CGGCATT----TTCG-----GGTC-ACAA-T-GGC-GGC-GCTT----------CGG--AC--AAG-ATG-G-TA--G------TA----T----T--------C-GC-T-----C------CCGGTGA-G-GCA-T-TT------C---C-Gaactggtttacgggtgtttcatcaccgtgccagggatcacggtttacgggtctttacgatcgcgccagggaccaaggaagacaatacccgaggagtttacgggtgtttaccacgcgccagggaccctcgtaaaggtggcccgccccaacttccgttttaattttttttttttttttt
gi|15 : agtC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTTTC-CG-CTTCCGG--TC--AAG-ATG-GGCG--G------CA----T----T-T-----TC-GGGT-----C------ACAATGGCG-GCG-C-TT------C---G-GA-----------C--AAG---AT-GGT--A------G-T---A---TT----CGC-----TCCC-----GGTGA-------GGC-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----A-CCT-T-----TAC-C-A-G-ACTTTGG-ACC-TGCTGTCCG-AAGG---Cgtagtagccatcacctttaccagactttggacctgctgtccgaaggc
gi|16 : agtagtataggaggacaaacccgagactcttgaccaggagcaagacagagAGTA-TAG-GA-GGAC--AAAC-C-CGAGA---CTC--TTGACCAGGAGC--AAGA---CAGAG--CAAGATGG-CGG--CACTT--------TCC-----------GCTTCCG--GTCAAG-A-TGGG-CGGCATT----TTCG-----GGTC-ACAA-T-GGC-GGC-GCTT----------CGG--AC--AAG-ATG-G-TA--G------TA----T----T--------C-GC-T-----C------CCGGTGA-G-GCA-T-TT------C---C-G
gi|16 : agtC-AAGA-T-GGC-GGC-ACTTTC-CG-CTTCCGG--TC--AAG-ATG-GGCG--G------CA----T----T-T-----TC-GGGT-----C------ACAATGGCG-GCG-C-TT------C---G-GA-----------C--AAG---AT-GGT--A------G-T---A---TT----CGC-----TCCC-----GGTGA-------GGC-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----A-CCT-T-----TAC-C-A-G-ACTTTGG-ACC-TGCTGTCCG-AAGG---Cgtagtagccatcacctttaccagactttggacctgctgtccgaaggc
gi|17 : agtagtataggaggacaaacccgagactcttgaccaggagcaagacagagCAAG-A-T-GG-TGGTCCT----TCCGGTTCCGCT--AAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C---------AA--TT--AAC-ATA-G-GG--A------AA----T----T-T-----CTAGT-T-----CCGC---AAAAT--CG-GAG-C-------------C-AC--------TG-C--AAACGAAT-GTCCTAC-----G-T---A---TTTTC-CCC-----TTTC---------------------------T-CGGGTAAAAG-------AG-------CC--A-TC-----GCCTT-T-----TGC-T-AGG-ACTTTGG-ACT-TGCTGCCTG-AAGAAATCAAATGGG-T------TTA-C-T
gi|18 : aacCAAG-A-T-GG-TGGTCCT----TCCGGT-CCGCT--AAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C---------AA--TT--AAC-ATA-G-GG--A------AA----T----T-TTAGTTCC-GC---------------AAAT--CG-GAG-C-------------C-AC--------TG-C--AAACGAAT-GTCCTAC-----G-T---A---TTT-T-CCC-----TTT-----------------------TC---T-CGGGTAAA-G------AAG-------CCC-A-TC-----GCCTT-T-----TGC-T-AGG-ACTTTGG-ACCTTGCTGCCTG-AAGAAATCAAATGGG-T------TTA-C-T
gi|19 : aacCAAG-A-T-GG-TGGTCCT----TCCGGTTC--GCT-AAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C-C-----------TT--AAC-ATA-G-GG--A------AA----T----T-TAGTT-CC-GC---------------AAAT--CG-GAG-C-------------C-AC--------TG-C--AAACGAAT-GTCCTAC-----G-T---A---TTTTC-CCC-----TTT-----------------------TC---T-CGGGTA---A------AAGAA-----CC--A-TC-----GCC-T-T-----TGC-T-AGG-ACTTTGGAACT-TGCTGCCTG-AAGAAATCAAATGGG-T------TTA-C-T
gi|2 : caacAGTG-TAG-GA-GGATTGAAAA-CACGACC---CTCAATTGACC-AGAGCCGA------CCGGC-CCAAGATGG-CGG--CAC-T--------TCC-----------GCTTTCG--GTCAAGAA-T-GG-CG-----------CGCTTCCGGTC-AAGA-T-GGC-GGCTATTT-CGCG-CTTCCGG--T---GAG-AT
gi|2 : tCCGGCCCAAGA-T-GGC-GGC-ACTT-C-CG-CTTTCGG--TC--AAG-A---------------------------------------------------------ATGGCG--CG-C-TT------C---C-GG--------T--C--AAG---AT-GGC--G------GCT---A---TTT-CGCGC-----TTCC-----GGTGA-------G---ATT---T-CCGATA---G------TAG-------CC--AATC------CCCT-T-----------AGG-ACTTTGG-ATC--GCTGCCGA-AAGG---CAGGTCGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAAACGA-AAGAA-GAGTCA-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAAGA-GA------CTA-TTC-A-TG-TA--CGACAG----GAT--CAG-CGTTA-GTAG--CC---CG-----AT--CATCG-AA-TACttccgatagtagccaatccccttaggactttggatcgctgccgaaaggcaggtcggtttactactttttttaaaacgaaagaagagtcaaacctaggcacacagcagcacaagagactattcatgtacgacaggatcagcgttagtagcccgatcatcgaatacgaggggaacgtccttcgagttggtttacggggtcttccagaccagcgcgccaggaccaacttcacggtttacgggtctttacgaccggcgccaggaccaaggaagacaatgtcccgaggagttcttacgggtgtttcccaccgccagggacccgtcgttaatgggcggccgacccacccttctccgctttttgtttgttgtttttgttatgagctcagtactccagtcgatcatgcatacatacagctcggagcacttcgtttcctgaattatagtcatttccgattccataatctattttta
gi|20 : tagtgtaggaggattgaaaacacgaccctcaattgaccagagccgaTCCGAAGCCAAG-A-T-GG-CGGCACT----TCCACTTTCGATC-AAGA-T-GGC-GAC-GTTT-C-CG-CTTCCGT--TC--ATG-ATGCG-CG--G------CA----C----T-T-----CC-GG-T-----G------AAGATGGCG-GTG-C-TA------C---C-G------------------------GTT--A------G-T---A--------------------C-----AATG----------T-ATA---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TTC-T-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTCCCCA-AAGG---CACGTGGG-T------TTA-C-AACTgaggggaacgtccttcgagttggtttacggggtcttccagaccagcgcgccaggaccaacttcacggtttacgggtctttacgaccggcgccaggaccaaggaagacaatgtcccgaggagttcttacgggtgtttcccaccgccagggacccgtcgttaatgggcggccgacccacccttctccgctttttgtttgttgtttttgttatgagctcagtactccagtcgatcatgcatacatacagctcggagcacttcgtttcctgaattatagtcatttccgattccataatctattttta
gi|21 : aAGTA-TAATGT-GCAC--AGAA-C--GAGC---CCA--TTGACC-GGAGCC----------------AGGATAG-CAA---AT-T--------TTC-----------GCTTCCT--GTCAAG-A-T-GG-CGGCATT----TCCGTTTCC-GCC-AA-A-T-GGC-GAG-GCTT-A-CT-TTTCC-G--CC--AAG-ATG-G-CG--A------CA----T----T-G-----CC-G
gi|21 : taGCC-AGGA-T-AGC-AA--ATTT-T-CG-CTTCCTG--TC--AAG-ATG-G-CG--G------CA----T----T-T-----CC-GT-TTCCGCC------AA-ATGGCG-AGG-C-TTACTTTTC---C-GC-----------C--AAG---AT-GGC---------------------------------------------GA---------C-ATT---G-CCGGTA---G------TAG-------TC--A-TA-----AACTT-T-----TAC-C-AGG-ACTTTGG-GCC-TGCTGCCTA-AAgtagtagtcataaacttttaccaggactttgggcctgctgcctaaa
gi|22 : taagtataatgtgcacagaacgagcccattgaccggaA-GGAT--GAAA-C-CG-CC---CCG--TT---------CTGACGC---CGGAG-CCAAGATGG-CGG--CAC-T--------T-C-----------GCTTCCG--GT--AG-ACT-GG-CGGCACT----TCCGCTTCCGGTC-AGGA-T-GGC-GG----------G-CTTCC-G--TC---AG-AT--G-C---G------TA----T----T-T-----TC-GG-C-----C------AAGATGGCG-CTG-C-TT----------C-GC--------T--
gi|23 : AGTAATAG-GA-AAGC--GAAAAC-CGACCAGGCCG--TTGAGC-GTAGCCAAAAAAAACGGAG-CGAAGATGGGCAGGCCAA-A--------TCC-----------GCTTCCG--GTCAAG-A-T--A-CGA----------AACTTCCGGTC-AAGA-T-G
gi|24 : gCAAGAAGG-CGG--AAC-T--------T-------------G-TTCCA--GCCAAG-A-T-GG-CGGCGCT----TCCGCTTCCAATC-AAGT-T-GAC-GGC-ACCT-C-CG-C
gi|25 : gggta------TTA-C-TA-TT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCT-T-A-CCTAG-GC-AC-ACAAC-AGCACAA-A-GC------TAT-TTC-T-acgcgcct
gi|26 : AGGA-TAG-GA-GGAT--GAGA-A-CGACC---CCC--TTGACCAGGCGCCAAacgatgatccaggttca
gi|3 : gt-C-TT------C---C-GC--------T--TCAAAG---AT-GCC--A------C-TTCGC---TTT-T-CGT-----TTCCCAGGTGGCGA-------G-T-ATTGTTC-CCGGTA---G------TAG-------CCGCA-TC-----ACCCT-T-----TAA-T--GG-ACTTGGT-ACT-TGCTGCCCGAAAGG---CA-GTGGA-TTGGAGGTTATC-TACTT-TCAT---T--TTTTAAAA-CGGCAAG-AT-AATCGCA-A-CCTAT-G--AC--CACC-GGCACAC-ATGC------GTGTTTC-TGCA-TACCCGACAGCACCGATCGCAG-CGCTC-ATAGAACCGGGCC-----AT--CATCG-AA-TAC
gi|4 : GTC-AAGAAT-GGC-GGC-ACAT-C-C--------G--TC--AAGAATG-G--G--G------CACATCT----TAC-----CC-G--T-----C------AATAT-GC---CA-CATT------C---C-AA--------T--C--AAA---AT--GC--ATACCC-G-T---A---TAT-C-CGA-----CTCC-----GGTCAAATGGCGG-C-ATT---T-CCGgagcgctagccgggaagttagctgcatcgcagcgtggtttacgggtgcttctcactctagctgccgcgcatggacaactccgcgtgcatccagaacggtcctttacgtgatccgccgccgcagagcgggaacacaggcaactatgcgacaggagtatatagcacctttacttatactcttctcctcgagtgcgggaccacgttaagacggccgacccacccttctagttctttggggttgttattttcatttatgacttcactattccggctcgatcatgcccatacagtcgaagcacttccgtgtcctgatacagattcgttccggcctgctaactctcttcttag
gi|4 : c--------TCC-----------GACTCCG--GTCAA--A-T-GG-CGGCATT----TCCGCTTC-AGTC-AAAG-CAGGC-GGC-ACTT-C-CG-CTTCCGG--TC--AAG-ATG-G-CG--C------CAGC--T----T-T-----TG-GC-------C------AATATTGCT--CA-T-TT------C---C-GCC-------T--C--AA----AG-GGC---------G-C---G---TTT-C-CGC-----TTCC-------TGG-------A-T-ATT---TGCCGATA---G------TAG-------CC--A-CA-----AACCT-T------AT-C-AGG-ACTTCG--ACC-TG-TGCCCA-AAAG---TCAGTGG--T------TTA-CATACTT-TA-T---T--TT---AAA-CCAGAA-AATG-GTCG-ACA-CCTATCGC-AC-ACAGCCAGCCCAA-A-GC------TAG-TTC-T-TGGTA-CCGACAG----GAT--CAG-C-TTC-ATAG--CC---C------AT--CATCG-AACTACcttcagtcaaagcaggcggcacttccgcttccggtcaagatggcgccagcttttggccaatattgctcatttccgcctcaaagggcgcgtttccgcttcctggatatttgccgatagtagccacaaaccttatcaggacttcgacctgtgcccaaaagtcagtggtttacatactttattttaaaccagaaaatggtcgacacctatcgcacacagccagcccaaagctagttcttggtaccgacaggatcagcttcatagcccatcatcgaactacgaggtgaacgtcctcgagtggttttacgggtgtttcaacccgcgccagggaccaactcacgctaacaggtctttacgaccgcgaccaggaccaaggaaagacatgcccgagggatttttgggtgttattcttacccaccgcaccatgcgacccgtcgttagtggccctacccaccctttctcgt
gi|5 : cgtcaagaatggcggcacatccgtcaagaatggggcacatcttacccgtcaatatgccacattccaatcaaaatgcatacccgtataA-C-CGACC---CC---TTGACC---------------CGGAG-CCAAAATGG-CGG--CAA-T--------TCC-----------GC-TCCG--GT-ACG-A-T-GG-CGGTGCT----TCCGCTgaggtgaacgtcctcgagtggttttacgggtgtttcaacccgcgccagggaccaactcacgctaacaggtctttacgaccgcgaccaggaccaaggaaagacatgcccgagggatttttgggtgttattcttacccaccgcaccatgcgacccgtcgttagtggccctacccaccctttctcgt
gi|5 : accgGCC-AAAA-T-GGC-GGC-AATT-C-CG-CT-CCGG--T---ACG-ATG-G-CG--G------TG----C----T-T-----CC-GC-T-----C------AAGATGGTG-CTG-C-TT------C---CCGC--------T--C--AAG---AT-GGT--ACATTATG-T---AGTTTTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------G-T-ATT-----CCGGTA---G------TAG-------C---A-TC-----ACCCT-T-----TAC---AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-G-TACTT-T--TTTTT--TT---AAA-CGTGAAGAATGAGTCG-A-A-CTTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TAG-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CGACGTAAC--CATCG-AA-TACcaagatggtgctgcttcccgctcaagatggtacattatgtagtttttccgcttccggtgagtattccggtagtagcatcaccctttacaggactttggacctgctgcccgaaggcaggtgggtttagtacttttttttttaaacgtgaagaatgagtcgaacttaggcacacagcagcacaaagctagttctcgtaccgacaggatcagcgttcatagcccgacgtaaccatcgaatacaagggggaacgccctccgaactggttacgggtgtttaccaccgcgccagggaccaactcacggtttacgggtctttacgaccgcgccaggggccaaggaagacattgcccgaggagtttacggatgtttaccaccgcagccgcaggccgaccggacctcgataggcgacccgaccacaccttctcgt
gi|6 : accgaccgaccccttgacccggaG-CCAAGATGG-CGA--CAC-T--------TCC-----------ACTTCCG--GTCAAG-A-T-TGTCGGTACT----TCCGCTTCCGCT---GGA-T-GGC-AAC-ACTT-C-CG----------TG--AAG-ATG-G-CG--C------TG----C----T-T-----CC-GC-T-----G------AAGATGGCG-GCG-C-TT------C---C-GC--------T--C--AAG---AT-GGT--A------G-T---A----TT-C-CGC-----TTCC-----GGT-A-------G-T-A-T---T-CCGGTA---A-------AG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TAC-C-AGG-A-TTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGT-AG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CAAGAAGAATGAGTCG---A-CCTAG-GCAAC-AC-GC-AGCACAA-A-GC------T-G-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CATCGAAA-TACaagggggaacgccctccgaactggttacgggtgtttaccaccgcgccagggaccaactcacggtttacgggtctttacgaccgcgccaggggccaaggaagacattgcccgaggagtttacggatgtttaccaccgcagccgcaggccgaccggacctcgataggcgacccgaccacaccttctcgt
gi|8 : AGTA-TAG-GAGGGAC---AAA-C-CGACC---CTC--TTGACC-gagggggaacgtcttctgaactggtttagggggtttcaccaccgcgccagggaccaactcacggtttacggatctttacgaccgcgcagggaccaagaatgacaatacccgaagagtttacgggtgtttaccaccgcgcccgtg
gi|8 : ttattagtTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------A-T-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TAC-C-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAGGTGGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TAG-TTA-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CATCG-AA-TACcggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcttccgcttccggtgaatatttccggtagtagccatcaccctttaccaggactttggacctgctgcccgaaggcaggtgggtttactactttttttaaacgagaagaatgagtcgaacctaggcacacagcagcacaaagctagttatcgtaccgacaggatcagcgttcatagcccgatcatcgaatacgagggggaacatcctccagctggtttatgggtgtttcaccaccgctccagggaccaa
gi|9 : ttattagtagtataggagggacaaaccgaccctcttgacccggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcAGTA-TAG-GA-GGAT--GAAA-C-CGACA---CCC--TTGAGC-GGGGCCAAAAA---CGGCG-CAAAGATGG-CGG--CAC-T--------TCC-----------GCTTCCG--GCCAGG-A-T-GG-TGGCACT----TCCACTTCCGGTC-AAGA-T-GTC-GGT-ACTT-C-CA-CTTCCGA--TC--AAG-ATG-G-CA--A------CA----T----T-T-----CC-GC-T-----G------AAGATGGCG-GCG-C-TT------C---C-GC--------T--C--AAG---AT-GGT--A------G-T---A---TTT-C-CGC-----TTCC-----GGTGA-------G-T-ATT---T-CCGGTA---G------TAG-------CC--A-TC-----ACCCT-T-----TAC-C-AGG-ACTTTGG-ACC-TGCTGCCCG-AAGG---CAAGTAGG-T------TTA-C-TACTT-T--T---T--TT---AAA-CGAGAAGAATGAGTCG-A-A-CCTAG-GC-AC-ACAGC-AGCACAA-A-GC------TTG-TTC-T-CG-TA-CCGACAG----GAT--CAG-CGTTC-ATAG--CC---CG-----AT--CTTCA-AA-TACgagggggaacatcctccagctggtttatgggtgtttcaccaccgctccagggaccaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTTTTGTTTGTTTTTTTTATGACTCACTACTTCGGTCGATCATGCTCATACAGCTCGGAGCACTTTCGTGTCCTGATACAGTCGTTTCGGATTCTTGCCATAATCTATTTTTAGCATACTCAATTACACACGGACAAGATTTAGACCATTGATCGTGCTCAAAATAAGGGGAATGAAATTGTTTCTACTTTTTCAATTTTAACCTGCATTCATAACATTGTACTAAATCCCCCGGACCCTTATAGAAAAACCCGCTAGCGGCCATATGAAGGGCACTAGGTCCTTTCCAATCTACAAACGTATTCAAGCGATCGTGGAAACTTACCATCTGAGAATCCTTCATCTTTATGAATCGTTTTATTTTTTGCAACTCTCTTATATACCCGTAGTTTAACACATAGCCTTAAGGCAT
Unaligned ( gi|27 ): ATACGAGGAGGAACGTCCTCGAACTGGTTTATGGGTGTTTCA