lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555 1111111 111 11 222 1 11 222222 111 11111111 22222 111
lowQualScore : 2 44444 66666666666666666666666666666666666 1 3 44 1 555555 0000000 1 6 666 1 44 1 555 1 4 5 2 2 00 2 8 2 2 2 88888 2 2 2 222222 0 3 44 3 55 55 666 66 66666666 4 4 5 3 77777 000 6
lowQualScore : . ..... ................................... . . .. . ...... ....... . . ... . .. . ... . . . . . .. . . . . . ..... . . . ...... . . .. . .. .. ... .. ........ . . . . ..... ... .
lowQualScore : 0 55555 77777777777777777777777777777777777 8 6 33 8 222222 6666666 9 6 777 8 11 8 111 9 1 0 0 0 55 0 5 1 1 1 22222 4 4 4 111111 5 7 22 6 55 55 333 66 55555555 0 0 0 5 77777 222 7
consensus : AATGTGTTT-TATTCACCG-----TTT-----T-----CT-----TCTCT---G--------A-G-TTT--A-ATGAACG------A-C-T--TAAGC-AAAA-T-CAT-TTA-A-TGCCCT-GCTG-AAAAAGGTCT-TG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAA-GTGAT-AGT-A-GTTTA-----CCAG-G-A-AT-AA--ATGAAGGGGGAAGTCCT--GC-TAT--GG--GG--GGG-AGN------CTGA-CTCT-ACAACT-GGTGAT-G--AGTAG--GTCTTCC-CACGGGGA
Reference ( gi|3 ) : AATGTGTTT-TATTCACCG-----TTT-----T-----CT-----T-------G--------A-G-TTT--A-ATGAATG------A-T-T--CAAGC-AGAA-A-CAT-TTC-A-TGCCCT-CATG-AAAAGGGTGT-TG-ATATCTAAACAAC-CTCCATAAA-GTAAT-AGT-A-GTTTA-----CCAG-G-A-AT-CA--TTGAAGGGGGAAGTTCT--GC-TAT--GG--GA--GGA-AGG------CTGA-CTCT-ACAACT-GATGATTG--AGTAG--ATCTTCC-CACGGGGA
gi|4 : AATGTGTTTATATTCACCG-----TTT-----T-----CT-----T-------G--------A-GGTTT--A-ATGAATG------A-T-T--CAAGC-AGAA-A-CAT-TTC-A-TGCCCT-CATG-AAAAGGGTGT-TG-ATATCTAAACAAC-CTCCATAAA-GTAATAAGT-A-GTTTA-----CCAG-G-A-AT-CA--TTGAAGGGGGAAGTTCT--GC-T-T--GG--GA--GGA-AGG------CTGA-CTCT-ACAACT-GATGATTG--AGTAG--ATCTTCC-CACGGG
gi|13 : AAAGTGTTT-CGTTCATCG-----TTC-----T-----CT-----TCTCTC--G--------A-G-TTT--A-ATGAACT------A-C-T--TAAAC-AAAA-T-CAT-TTA-A-TGCCCT-ACTG-AAAAAAGTCT-TG-GTATCT-AACAAT-CTCCAT-AA-GTGAT-AGT-A-ATTCA-----GCAG-G-A-AT-AA--ATGAAGGTGGAA
gi|17 : AATGTGTTT-TATTCACCG-----TTT-----T-----CT-----TCTCTT--G--------A-G-TTT--A-ATGAATG------A-G-T--TTAGC-AAAA-T-CAT-TTA-A-TGCCCT-GCTG-AAAAAATTCT-TC-ATATCTAAACAAT-CTCCATAAA-GT-AT-AGT-A-
gi|12 : AGTGTGTTT-TATTCACCG-----ATT-----T-----CTCCTCCT-------G--------C-T-TTT--A-ATGAATG------A-C-T--TAAAT-AAAA-T-AAT-CTA-A-TGCCAT-GTTGAAAAAAGGT-T-CG-ATATCTAAACAAT-ATCTTTAAA-GTTAA-AAT-A-GTTGA-----CCAG-G-C-AT-AA--ATGAAGGGGG
gi|16 : AATGCGTTT-TATTCACCG-----TTTATTTCT-----CT-----T-------G--------A-G-TTT--A-ATGAATA------C-C-T--AAAGC-AAAA-ATCAT-TTA-AATGCCCC-GCTG-GAAAAGGTCT-AG-ATATACATATAAT-ATCCATAAA-GTAAT-ATT-A-GTg
gi|22 : AATGTGTTT-TATTCACCG-----TTTTCTTCT-----CT-----T-------G--------A-G-TT--------AATG------A-C-T--TAGAC-AAAA-T-CAT-TCA-A-TGCCCT-GCTG-AAAAAGGTCT-TG-ATATCaaaatttc
gi|20 : AATGTGTTT-TATTTACCG-----TTT-----T-----CT-----TCTCTTGAG--------G-G-TTTA-A-ATGGATGCACCTTA-T-A--TATGCAAGAA-T-CAT-TTA-A-TGTCCT-CCCG-AAAAAGc
gi|27 : AATGTGCTT-TATTCACCG-----TTTTCTTCT-----CT-----T-------G--------A-GTTTT--A-ATGAATG------tctt
gi|15 : ccATGTGTTT-TTTTGACCG-----TTT-----T-----CT-----TCTCTT--G--------A-G-TTT--A-ATGAATG------A-C-T--TAGAC-AAAA-T-CAT-TTA-A-TGCCCT-GCTG-AAAAAGGTCT-TG-ATATCTAAACAAT-CTCTATAAA-GTTAT-AGT-A-GTTTA-----CCAG-G-C-AT-
gi|5 : ATGTGTTG-TACTCACCG-----TTTAT---T-----CT-----TCTCCC--A--------A-G-TCT--AGATGAACG------A-TCT--TAAGC-AGTG-T-CAT-TTA-C-TGCCCTGCTTA-CAAAAGGTCT-T----ATC-AAACAAC-CTCCTTAAA-GTGAT-AGT-ACGTTTA-----GCA--G-A-AT-AA---AGAAAGGGG----TCT---C-TAT--AG--GAC-CGA-AGT------CTGA-CT-T-ACAACTAGGTGATAT--AGTAG--GTC-TCT-CACGGGGAaaat
gi|19 : ATGTATTT-TATTCACTG-----TTT-----T-----CT-----TCTGTT--G--------A-G-TTG--A-ATGAACG------A-C-T--TAAGC-AAAA-T-CAT-TGA-A-TGCCTT-GCTG-AAAAAGTTCT-TG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAA-G
gi|6 : TGTGTTT-TATTCACCG-----TTT-----TA----C----------------------------------ATGAATG------A-C-TATTAGAC-AAAATC-CAT-TCA-A-TGCCCT-GCTG-AAAAAGGTCT-TG-ATATCTAAACAAT-CTTTATAAA-GTTAT-AA--A-GTTTA-----CCAG-ATA-A---A--ATGTAGAGGGAAGTCCTTGGCGTAT--GG--GG--GGG-GGG------GGGATCACT-CCAACT-GGTGATTAGCGGTAG--GTCTTCC-CA-GGGGA
gi|1 : tTGTAATT-TTTTCAACG-----GTT-----T-----CT-----T-------CTTCTTTTCA-G-TTT--G-ATGAATG------ACT-T--TAGAC-ACAA-C-CAT-TTA-A-TGCCCT-GCTG-AAAAAGGTCT-TGTATATCTAAACA-T-TTTTATAAA-GTTAT-AGT-A-GTTTG-----CCAG-G-A-AT-TA--ATGAAGGGGG--GTCCT--GC-TATGGGG--GG--GGG-GGG------CTCA-CTCT-A
gi|11 : TGTGTTT-AATTCACCG-----TTT-----T-----CTGCTCTT-------G--------A-G-TGT--A-ATGAACG------A-C-T--TATGC-A-AA-A-TAT-TTTAA-TGACTT-GCTG-AGAAAGGTCT-TG-GTATCTATACAA------ATAAA-GTGAT-AGT-A-GTTTT-----CCAG-T-A-AT-AA--ATGAACTGGGAAGTCCT--Gagaagcaagcttccgggggaggggcggggggggg
gi|2 : GTATTT-TATTCACCG-----TTT-----TGTTCTCT-----T-------A--------A-G-TTA--C-ATGAACT------A-C-T--TAA-----AA-T-CAT-TTA-A-TACTCT-ACTT-AAAAAGGTCT-TG-GTATCTAAACAAT-CACCATAAT-GTGAT-AGT-A-GTTTA-----CCAT-G-A-AT-CA--ATGAAAGGGGAAGCCCT--GA-TAT--GG--G---GGG-AGT------CTGA-CTCT-ACAACT-AGAGATAG--CGTAA--GTCTTCC-AAC
gi|10 : GTGTTT-ATTTCACCG-----TTT-----T-----CT-----TCTCTT--G--------A-G-TTT--A-ATGAATG------A-C-T--TAGGC-AAAA-C-CAT-TCA-A-TGTCC---ATA-AAAAAGGTCT-GG-ATATCTTAGCAAA-CCCAATAAA-GTAAT-AGT-A-GTTTATATTTCCAG-G-A-TT-AG--ATGAAGGGGAAAATCCT--Gttctcgggtaag
gi|7 : TTT-TATTCAGCG-----TTT-----T-----CT-----TCGCTT--A--------A-A-TTT--A-ATGAACG------A-C-T--TAAGC-AAAA-T-TAT-TCC-A-AGCCCT-GCTG-AAAAAGGGCT-TG-GTATCTAAACAA------------GTGAT-AGT-A-ATTTA-----CCAG-G-A-AT-AA--ATGAAGGGGGAAGTCCT--GC-TAT--GG--G---GGT-AGT------CTGG-CTCT-ACAACT-AGTCA-------TAG--GTCTTCA-AACGGGAA
gi|24 : aTTT-TATTCATCG-----TTT-----T-----CT-----TCTCTG--G--------G-G-TTT--A-ATGAATA------A-C-T--TAAGC-AAAA-C-CAT-TTA-A-TGCCCag
gi|8 : TT-TATTCACCG-----TTT-----TTCTT-CTC----T-------G--------A-G-TTT--A-GTGAACG------A-C-C--TTAAC-AAAG-G-CAT-TTA-A-TGCCCT-GCTG-AAAATG-TCT-TG-GTATCTGAACAATACTCCATAAA-GTGAT-TGT-A-GATTA-----CCAG-G-A-AT-AA--GTGAAGGGGGGAGTCCT--GC-TAG--GG--GG--GGG-GGGGGGGTTATGA-CTCTAACAACT-
gi|25 : TT-AATTCACCGGTTTCTTC-----T-----CT-----T-------G--------AAG-TTTTAA-ATGAATG------A-C-T--TAGGC-AAAA-agt
gi|18 : TCATCG-----TTT-----T-----CT-----TCTCTT--G--------A-G-TTT--A-ATAAAT---------------------------CAT-TTA-A-TGTCCT-GCTG-AAAAAGGTCT-TG-ATATCTAAACAAT-CTCTAT-AA-GTTAT-AGT-A-ATTTA-----ACAG-G-A-AT-t
gi|9 : CCG-----TTT-----T-----CT-----TCTCTCA-G--------C-A-TTT--A-ATGAACG------A-C-T--TGAGC-AAAA-T-CTTGTTA-A-TGCCCT-AACT-AAACGC---T-TG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAG-CT-----------TTCA-----CCAG-G-A-ATAAA--TTGAA-GGGGAAGTCCT--TC-TAT--GGGAGA--GGAGAGT------CTTT-CTCT-AGAACaaatg
gi|23 : ccAA-ATCAT-TTA-A-TACCCT-GCTG-ACAAACGTCT-TG-ATATCTAAGCAAT-CTCCGTAAA-GTAAA-AGT-A-GTTTA-----CTGG-G-A-AT-
gi|14 : AT-TTA-A-TGTCCT-GCTG-AGACGAGACCATG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAAAGCGAT-AGTTA-CTTTAA----TCAGAG-ATAT-AAATTTGAAGGGGAAAGTCCT--GC-TGT--GG--GAGGGGG-AGT------ATGA-C-CT-ACAATT-aa
gi|26 : caaaatgCATAAA-GTAAT-AGT-A-GTTTA-----TCAG-G-G-AT-AA--ATGAA-GGGGAAGTCCT--GC-Tag
gi|21 : AAGGGGGAAGTCCT--GC-TAT--TG--GG--GGG-GGG-------TAA-CTCT-AC-ACT-GGTGAT----AGTAGTAAGCTTCTGCACGGGGA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TCCAAATGGTTTTATGTACCGTTTTTTTCTATTGAGTTTAA
Unaligned ( gi|29 ): TGAGCAAAACCGTTTAATGCCCTGCTAAAAATGTTCTTGG
Alignments
lowQualScore : 22222222 11111111 3333333333
lowQualScore : 1 22 3 3 33333333 77 44 3 0 1 3 22 1 333 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 6 2 2 2 77777 2 2 2 33 2 33 3 777 55 666 3 22222222 3 3 4 8888888888 5
lowQualScore : . .. . . ........ .. .. . . . . .. . ... . . . . . . . . . . . . . . . . ..... . . . .. . .. . ... .. ... . ........ . . . .......... .
lowQualScore : 8 33 3 3 44444444 33 00 3 8 7 6 44 7 000 7 6 6 7 7 7 7 7 7 8 0 9 0 0 0 0 88888 2 2 2 11 5 99 3 888 00 444 6 88888888 6 6 4 3333333333 7
consensus : AATGTGTTT-TATTCACCGTTT--T-CTTCT-C----TT--GAG--TTT--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-CAA-AA-TC-AT-TTAA-TGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAA-GTGATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGGGGAAGTCCT--GC-TAT--GG--G---G-GGGAG------TCTGA-CTCT-ACAACT-GGTGA-T-G--A---GTAGGTCTTCC-CACGGGGA
Reference ( family-5503 ) : AATGTGTTT-TATTCACCGTTT--T-CTTCT-C----T---GAG--TTT--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-CAA-AA-TC-AT-TTAA-TGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAA-GTGATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGGGGAAGTCCT--GC-TAT--GG--G---G-GGGAG------NCTGA-CTCT-ACAACT-GGTGA-T-G--A---GTAGGTCTTCC-CACGGGGA
gi|1 : TGTAATT-TTTTCAACGGTT--T-CTTCT-TCTTTT---CAG--TTT--G-ATGAATG-A-CT--TT-A---GACAC-AA-CC-AT-TTAA-TGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTGTATATCTAAAC-AT-TTTTATAAA-GTTATA-GT-A-GTTTG-----CCAG-GA-AT-TAAT--GAA-GGGGG--GTCCT--GC-TATGGGG--G---G-GGGGG------GCTCA-CTCT-A
gi|10 : GTGTTT-ATTTCACCGTTT--T-CTTCT-C----TT--GAG--TTT--A-ATGAATG-A-CT--TA-G---G-CAA-AA-CC-AT-TCAA-TGTCC---ATAA-AA-AAGGTCTGG-ATATCTTAGCAAA-CCCAATAAA-GTAATA-GT-A-GTTTATATTTCCAG-GA-TT-AGAT--GAA-GGGGAAAATCCT--Gagaagcaagcttccgggggaggggcggggggggg
gi|11 : TGTGTTT-AATTCACCGTTT--T-CTGCT-C----TT--GAG--TGT--A-ATGAACG-A-CT--TA-T---G-CAA-AA-TA-TT-TTAA-TGACTTG-CTGA-GA-AAGGTCTTG-GTATCTATACAA------ATAAA-GTGATA-GT-A-GTTTT-----CCAG-TA-AT-AAAT--GAA-CTGGGAAGTCCT--G
gi|12 : AGTGTGTTT-TATTCACCGATT--T-CTCCT-CC---T---GCT--TTT--A-ATGAATG-A-CT--TA-A---A-TAA-AA-TA-AT-CTAA-TGCCATG-TTGA-AA-AAAGGTTCG-ATATCTAAACAAT-ATCTTTAAA-GTTAAA-AT-A-GTTGA-----CCAG-GC-AT-AAAT--GAA-GGGGG
gi|13 : AAAGTGTTT-CGTTCATCGTTC--T-CTTCT-C----TC--GAG--TTT--A-ATGAACT-A-CT--TA-A---A-CAA-AA-TC-AT-TTAA-TGCCCTA-CTGA-AA-AAAGTCTTG-GTATCT-AACAAT-CTCCAT-AA-GTGATA-GT-A-ATTCA-----GCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGTGGAAg
gi|14 : -CAA-AA-TG-AT-TTAA-TGTCCTG-CTGA-GACGAGACCATG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAAAGCGATA-GTTA-CTTTAA----TCAGAGATAT-AAATTTGAA-GGGGAAAGTCCT--GC-TGT--GGGAG---G-GGGAG------TATGA-C-CT-ACAATT-AG
gi|15 : ATGTGTTT-TTTTGACCGTTT--T-CTTCT-C----TT--GAG--TTT--A-ATGAATG-A-CT--TA-G---A-CAA-AA-TC-AT-TTAA-TGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-ATATCTAAACAAT-CTCTATAAA-GTTATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GC-AT-AAAT--
gi|16 : AATGCGTTT-TATTCACCGTTT--A-TTTCT-C----TT--GAG--TTT--A-ATGAATA-C-CT--AA-A---G-CAA-AAATC-AT-TTAAATGCCCCG-CTGG-AA-AAGGTCTAG-ATATACATATAAT-ATCCATAAA-GTAATA-TT-A-GT
gi|17 : AATGTGTTT-TATTCACCGTTT--T-CTTCT-C----TT--GAG--TTT--A-ATGAATG-A-GT--TT-A---G-CAA-AA-TC-AT-TTAA-TGCCCTG-CTGA-AA-AAATTCTTC-ATATCTAAACAAT-CTCCATAAA-GT-ATA-GT-A-aaaatttc
gi|18 : TCATCGTTT--T-CTTCT-C----TT--GAG--TTT--A-AT-----------------------A-AA-TC-AT-TTAA-TGTCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-ATATCTAAACAAT-CTCTAT-AA-GTTATA-GT-A-ATTTA-----ACAG-GA-AT-AAAT--G
gi|19 : ATGTATTT-TATTCACTGTTT--T-CTTCTGT----T---GAG--TTG--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-CAA-AA-TC-AT-TGAA-TGCCTTG-CTGA-AA-AAGTTCTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAA-G
gi|2 : GTATTT-TATTCACCGTTT--T-GTTCT-C----T---TAA--GTT--ACATGAACT-A-CT--TA-A---------AA-TC-AT-TTAA-TACTCTA-CTTA-AA-AAGGTCTTG-GTATCTAAACAAT-CACCATAAT-GTGATA-GT-A-GTTTA-----CCAT-GA-AT-CAAT--GAA-AGGGGAAGCCCT--GA-TAT---G--G---G-GGGAG------TCTGA-CTCT-ACAACT-AGAGA-TAG--C---GTAAGTCTTCC-AAC
gi|20 : AATGTGTTT-TATTTACCGTTT--T-CTTCT-C----TTGAGGG--TTTA-A-ATGGATGCACCT--TATATATG-CAAGAA-TC-AT-TTAA-TGTCCTC-CCGA-AA-AA-GTCTTttctcgggtaag
gi|21 : AAT--GAAAGGGGGAAGTCCT--GC-TAT--TG--G---G-GGGGG------G-TAA-CTCT-AC-ACT-GGTGA-T-AGTA---GTAAG-CTTCTGCACGGGGA
gi|22 : tgaaacggtAATGTGTTT-TATTCACCGTTT--T-CTTCT-C----TT--GAG--TT--------AATG-A-CT--TA-G---A-CAA-AA-TC-AT-TCAA-TGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-ATATCgtct
gi|23 : A-AA-TC-AT-TTAA-TACCCTG-CTGA-CA-AACGTCTTG-ATATCTAAGCAAT-CTCCGTAAA-GTAAAA-GT-A-GTTTA-----CTGG-GA-AT-AAc
gi|24 : TTT-TATTCATCGTTT--T-CTTCT-C----T---GGGG-TTT--A-ATGAATA-A-CT--TA-A---G-CAA-AA-CC-AT-TTAA-TGCCC
gi|25 : TT-AATTCACCGGTT--T-CTTCT-C----TTG-AAG--TTTTAA-ATGAATG-A-CT--TA-G---G-CAA-AA-T
gi|26 : CATAAA-GTAATA-GT-A-GTTTA-----TCAG-GG-AT-AAAT--GAA--GGGGAAGTCCT--GC-T
gi|27 : AATGTGCTT-TATTCACCGTTT--T-CTTCT-CT---T---GAGT-TTT--A-ATGAATG-
gi|28 : ccAATG-GTTT-TATGTACCGTTT--T-TTTCTAT----T---GAG--TTT--A-A
gi|29 : tcca--TG-A---G-CAA-AA-CC-GT-TTAA-TGCCCTG-CTAA-AA-ATGTTCTTG-G
gi|3 : AATGTGTTT-TATTCACCGTTT--T-CTT------------GAG--TTT--A-ATGAATG-A-TT--CA-A---G-CAG-AA-AC-AT-TTCA-TGCCCTC-ATGA-AA-AGGGTGTTG-ATATCTAAACAAC-CTCCATAAA-GTAATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-CATT--GAA-GGGGGAAGTTCT--GC-TAT--GG--G---A-GGAAG------GCTGA-CTCT-ACAACT-GATGATT-G--A---GTAGATCTTCC-CACGGGGA
gi|4 : AATGTGTTTATATTCACCGTTT--T-CTT------------GAGG-TTT--A-ATGAATG-A-TT--CA-A---G-CAG-AA-AC-AT-TTCA-TGCCCTC-ATGA-AA-AGGGTGTTG-ATATCTAAACAAC-CTCCATAAA-GTAATAAGT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-CATT--GAA-GGGGGAAGTTCT--GC-T-T--GG--G---A-GGAAG------GCTGA-CTCT-ACAACT-GATGATT-G--A---GTAGATCTTCC-CACGGG
gi|5 : ATGTGTTG-TACTCACCGTTTATT-CTTCT-C----CC--AAG--TCT--AGATGAACG-ATCT--TA-A---G-CAG-TG-TC-AT-TTAC-TGCCCTG-CTTACAA-AAGGTCTT----ATC-AAACAAC-CTCCTTAAA-GTGATA-GT-ACGTTTA-----GCA--GA-AT-AAA---GAA-AGGG---GTCT----C-TAT--AG--G---ACCGAAG------TCTGA-CT-T-ACAACTAGGTGA-T-AT-A---GTAGGTC-TCT-CACGGGGA
gi|6 : TGTGTTT-TATTCACCGTTT--TAC--------------------------ATGAATG-A-CTATTA-G---A-CAA-AA-TCCAT-TCAA-TGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-ATATCTAAACAAT-CTTTATAAA-GTTATA-A--A-GTTTA-----CCAG----ATAAAAT--GTA-GAGGGAAGTCCTTGGCGTAT--GG--G---G-GGGGG------GGGGATCACT-CCAACT-GGTGA-T-T--AGCGGTAGGTCTTCC-CA-GGGGA
gi|7 : tTTT-TATTCAGCGTTT--T-CTTCG-C----TT--AAA--TTT--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-CAA-AA-TT-AT-TCCA-AGCCCTG-CTGA-AA-AAGGGCTTG-GTATCTAAAC-----------AA-GTGATA-GT-A-ATTTA-----CCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGGGGAAGTCCT--GC-TAT---G--G---G-GGTAG------TCTGG-CTCT-ACAACT-AGTCA-----------TAGGTCTTCA-AACGGGAA
gi|8 : aTT-TATTCACCGTTT--TTCTTCT-C----T---GAG--TTT--A-GTGAACG-A-CC--TT-A---A-CAA-AG-GC-AT-TTAA-TGCCCTG-CTG--AA-AATGTCTTG-GTATCTGAACAATACTCCATAAA-GTGATT-GT-A-GATTA-----CCAG-GA-AT-AAGT--GAA-GGGGGGAGTCCT--GC-TAG--GG--G---G-GGGGGGGGGGTTATGA-CTCTAACAACT-AGTag
gi|9 : CCGTTT--T-CTTCT-C----T---CAGCATTT--A-ATGAACG-A-CT--TG-A---G-CAA-AA-TC-TTGTTAA-TGCCCTAACT----A-AACG-CTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAG-CT-----------TTCA-----CCAG-GA-AT-AAAT--TGA-AGGGGAAGTCCT--TC-TAT--GG--GAGAG-GAGAG------TCTTT-CTCT-AGAAC
Alignments
lowQualScore : 2222222 3333333333
lowQualScore : 1 444 22 1 1 1 22 3 44 1 0 1 3 22 1 333 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 6 2 2 2 77777 2 2 2 33 2 33 3 3 555 55 666 3 1111111 3 4 8888888888 5
lowQualScore : . ... .. . . . .. . .. . . . . .. . ... . . . . . . . . . . . . . . . . ..... . . . .. . .. . . ... .. ... . ....... . . .......... .
lowQualScore : 8 666 33 7 7 7 33 3 00 7 8 7 6 44 7 000 7 7 6 7 7 7 7 7 7 8 0 9 0 0 0 0 88888 2 2 2 11 5 99 3 6 555 00 444 6 5555555 6 4 3333333333 7
consensus : AATGTGTTT-TATTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-C-AA-AATC-AT-TT-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAA-GTGATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGGGGAAGTCCT--GC-TA-T--GG--G---G-GGGAG------TCTGACTCT-ACAACT-GGTGA-T-G--A---GTAGGTCTTCC-CACGGGGA
Reference ( family-5503 ) : AATGTGTTT-TATTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-C-AA-AATC-AT-TT-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAA-GTGATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGGGGAAGTCCT--GC-TA-T--GG--G---G-GGGAG------TCTGACTCT-ACAACT-GGTGA-T-G--A---GTAGGTCTTCC-CACGGGGA
gi|1 : TGTAATT-TTTTCAACGGTTTCT--T-CTTCTTTT-C-A--G-TTT--G-ATGAATG-A-CT--TT-A---GAC-AC-AACC-AT-TT-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTGTATATCTAAAC-AT-TTTTATAAA-GTTATA-GT-A-GTTTG-----CCAG-GA-AT-TAAT--GAA-GGGGG--GTCCT--GC-TA-TGGGG--G---G-GGGGG------GCTCACTCT-A
gi|10 : GTGTTT-ATTTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAATG-A-CT--TA-G---G-C-AA-AACC-AT-TC-AATGTCC---ATAA-AA-AAGGTCTGG-ATATCTTAGCAAA-CCCAATAAA-GTAATA-GT-A-GTTTATATTTCCAG-GA-TT-AGAT--GAA-GGGGAAAATCCT--Gagaagcaagcttccgggggaggggcggggggggg
gi|11 : TGTGTTT-AATTCACCG---TTT--T-CTGCTCTT-G-A--G-TGT--A-ATGAACG-A-CT--TA-T---G-C-AA-AATA-TT-TT-AATGACTTG-CTGA-GA-AAGGTCTTG-GTATCTATACAA------ATAAA-GTGATA-GT-A-GTTTT-----CCAG-TA-AT-AAAT--GAA-CTGGGAAGTCCT--G
gi|12 : AGTGTGTTT-TATTCACCG---ATT--T-CTCCTCCT-G-C--T-TTT--A-ATGAATG-A-CT--TA-A---A-T-AA-AATA-AT-CT-AATGCCATG-TTGA-AA-AAAGGTTCG-ATATCTAAACAAT-ATCTTTAAA-GTTAAA-AT-A-GTTGA-----CCAG-GC-AT-AAAT--GAA-GGGGG
gi|13 : AAAGTGTTT-CGTTCATCG---TTC--T-CTTCTCTC-G-A--G-TTT--A-ATGAACT-A-CT--TA-A---A-C-AA-AATC-AT-TT-AATGCCCTA-CTGA-AA-AAAGTCTTG-GTATCT-AACAAT-CTCCAT-AA-GTGATA-GT-A-ATTCA-----GCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGTGGAAg
gi|14 : -C-AA-AATG-AT-TT-AATGTCCTG-CTGA-GACGAGACCATG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAAAGCGATA-GTTA-CTTTAA----TCAGAGATAT-AAATTTGAA-GGGGAAAGTCCT--GC-TG-T--GGGAG---G-GGGAG------TATGAC-CT-ACAATT-AG
gi|15 : ATGTGTTT-TTTTGACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAATG-A-CT--TA-G---A-C-AA-AATC-AT-TT-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-ATATCTAAACAAT-CTCTATAAA-GTTATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GC-AT-AAAT--
gi|16 : AATGCGTTT-TATTCACCG---TTT--A-TTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAATA-C-CT--AA-A---G-CAAA-AATC-AT-TTAAATGCCCCG-CTGG-AA-AAGGTCTAG-ATATACATATAAT-ATCCATAAA-GTAATA-TT-A-GT
gi|17 : AATGTGTTT-TATTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAATG-A-GT--TT-A---G-C-AA-AATC-AT-TT-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAATTCTTC-ATATCTAAACAAT-CTCCATAAA-GT-ATA-GT-A-aaaatttc
gi|18 : TCATCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-AT------------------------A-AATC-AT-TT-AATGTCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-ATATCTAAACAAT-CTCTAT-AA-GTTATA-GT-A-ATTTA-----ACAG-GA-AT-AAAT--G
gi|19 : ATGTATTT-TATTCACTG---TTT--T-CTTCTGTT-G-A--G-TTG--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-C-AA-AATC-AT-TG-AATGCCTTG-CTGA-AA-AAGTTCTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAA-G
gi|2 : GTATTT-TATTCACCG---TTT--T-GTTCTCTT-A-A--G-TTA--C-ATGAACT-A-CT--TA-A----------AATC-AT-TT-AATACTCTA-CTTA-AA-AAGGTCTTG-GTATCTAAACAAT-CACCATAAT-GTGATA-GT-A-GTTTA-----CCAT-GA-AT-CAAT--GAA-AGGGGAAGCCCT--GA-TA-T---G--G---G-GGGAG------TCTGACTCT-ACAACT-AGAGA-TAG--C---GTAAGTCTTCC-AAC
gi|20 : AATGTGTTT-TATTTACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-AGGG-TTTA-A-ATGGATGCACCT--TATATATG-C-AAGAATC-AT-TT-AATGTCCTC-CCGA-AA-AA-GTCTTttctcgggtaag
gi|21 : AAT--GAAAGGGGGAAGTCCT--GC-TATT--GG--G---G-GGGGG--------TAACTCT-AC-ACT-GGTGA-T-AGTA---GTAAG-CTTCTGCACGGGGA
gi|22 : tgaaacggtAATGTGTTT-TATTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TT--------AATG-A-CT--TA-G---A-C-AA-AATC-AT-TC-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-ATATCgtct
gi|23 : A-AATC-AT-TT-AATACCCTG-CTGA-CA-AACGTCTTG-ATATCTAAGCAAT-CTCCGTAAA-GTAAAA-GT-A-GTTTA-----CTGG-GA-AT-AAc
gi|24 : TTT-TATTCATCG---TTT--T-CTTCTCTG-G-G--G-TTT--A-ATGAATA-A-CT--TA-A---G-C-AA-AACC-AT-TT-AATGCCC
gi|25 : TT-AATTCACCG---GTT--T-CTTCTCTT-GAA--G-TTTTAA-ATGAATG-A-CT--TA-G---G-C-AA-AAT
gi|26 : CATAAA-GTAATA-GT-A-GTTTA-----TCAG-GG-AT-AAAT--GAA--GGGGAAGTCCT--GC-T
gi|27 : AATGTGCTT-TATTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--GTTTT--A-ATGAATG-
gi|28 : ccAATG-GTTT-TATGTACCG---TTT--T-TTTCTATT-G-A--G-TTT--A-A
gi|29 : tcca--TG-A---G-C-AA-AACC-GT-TT-AATGCCCTG-CTAA-AA-ATGTTCTTG-G
gi|3 : AATGTGTTT-TATTCACCG---TTT--T-CTT------G-A--G-TTT--A-ATGAATG-A-TT--CA-A---G-C-AG-AAAC-AT-TT-CATGCCCTC-ATGA-AA-AGGGTGTTG-ATATCTAAACAAC-CTCCATAAA-GTAATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-CATT--GAA-GGGGGAAGTTCT--GC-TA-T--GG--G---A-GGAAG------GCTGACTCT-ACAACT-GATGATT-G--A---GTAGATCTTCC-CACGGGGA
gi|4 : AATGTGTTTATATTCACCG---TTT--T-CTT------G-A--GGTTT--A-ATGAATG-A-TT--CA-A---G-C-AG-AAAC-AT-TT-CATGCCCTC-ATGA-AA-AGGGTGTTG-ATATCTAAACAAC-CTCCATAAA-GTAATAAGT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-CATT--GAA-GGGGGAAGTTCT--GC-T--T--GG--G---A-GGAAG------GCTGACTCT-ACAACT-GATGATT-G--A---GTAGATCTTCC-CACGGG
gi|5 : ATGTGTTG-TACTCACCG---TTTATT-CTTCTCCC-A-A--G-TCT--AGATGAACG-ATCT--TA-A---G-C-AG-TGTC-AT-TT-ACTGCCCTG-CTTACAA-AAGGTCTT----ATC-AAACAAC-CTCCTTAAA-GTGATA-GT-ACGTTTA-----GCA--GA-AT-AAA---GAA-AGGG---GTCT----C-TA-T--AG--G---ACCGAAG------TCTGACT-T-ACAACTAGGTGA-T-AT-A---GTAGGTC-TCT-CACGGGGA
gi|6 : TGTGTTT-TATTCACCG---TTT--TAC----------------------ATGAATG-A-CTATTA-G---A-C-AA-AATCCAT-TC-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-ATATCTAAACAAT-CTTTATAAA-GTTATA-A--A-GTTTA-----CCAG----ATAAAAT--GTA-GAGGGAAGTCCTTGGCGTA-T--GG--G---G-GGGGGGGGGA-TC--ACTC---CAACT-GGTGA-T-T--AGCGGTAGGTCTTCC-CA-GGGGA
gi|7 : tTTT-TATTCAGCG---TTT--T-CTTCGCTT-A-A--A-TTT--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-C-AA-AATT-AT-TC-CAAGCCCTG-CTGA-AA-AAGGGCTTG-GTATCTAAAC-----------AA-GTGATA-GT-A-ATTTA-----CCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGGGGAAGTCCT--GC-TA-T---G--G---G-GGTAG------TCTGGCTCT-ACAACT-AGTCA-----------TAGGTCTTCA-AACGGGAA
gi|8 : aTT-TATTCACCGT--TTT--T-CTTCTC-T-G-A--G-TTT--A-GTGAACG-A-CC--TT-A---A-C-AA-AGGC-AT-TT-AATGCCCTG-CTG--AA-AATGTCTTG-GTATCTGAACAATACTCCATAAA-GTGATT-GT-A-GATTA-----CCAG-GA-AT-AAGT--GAA-GGGGGGAGTCCT--GC-TA-G--GG--G---G-GGGGGGGGGGTTATGACTCTAACAACT-AGTag
gi|9 : CCG---TTT--T-CTTCTCTCAG-C--A-TTT--A-ATGAACG-A-CT--TG-A---G-C-AA-AATC-TTGTT-AATGCCCTAACT----A-AACG-CTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAG-CT-----------TTCA-----CCAG-GA-AT-AAAT--TGA-AGGGGAAGTCCT--TC-TA-T--GG--GAGAG-GAGAG------TCTTTCTCT-AGAAC
Alignments
lowQualScore : 2222222 3333333333
lowQualScore : 1 444 22 1 1 1 22 3 44 1 0 1 3 22 1 333 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 6 2 2 2 77777 2 2 2 33 2 33 3 3 555 55 666 3 1111111 3 4 8888888888 5
lowQualScore : . ... .. . . . .. . .. . . . . .. . ... . . . . . . . . . . . . . . . . ..... . . . .. . .. . . ... .. ... . ....... . . .......... .
lowQualScore : 8 666 33 7 7 7 33 3 00 7 8 7 6 44 7 000 7 7 6 7 7 7 7 7 7 8 0 9 0 0 0 0 88888 2 2 2 11 5 99 3 6 555 00 444 6 5555555 6 4 3333333333 7
consensus : AATGTGTTT-TATTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-C-AA-AATC-AT-TT-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAA-GTGATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGGGGAAGTCCT--GC-TA-T--GG--G---G-GGGAG------TCTGACTCT-ACAACT-GGTGA-T-G--A---GTAGGTCTTCC-CACGGGGA
Reference ( family-5503 ) : AATGTGTTT-TATTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-C-AA-AATC-AT-TT-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAA-GTGATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGGGGAAGTCCT--GC-TA-T--GG--G---G-GGGAG------TCTGACTCT-ACAACT-GGTGA-T-G--A---GTAGGTCTTCC-CACGGGGA
gi|1 : TGTAATT-TTTTCAACGGTTTCT--T-CTTCTTTT-C-A--G-TTT--G-ATGAATG-A-CT--TT-A---GAC-AC-AACC-AT-TT-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTGTATATCTAAAC-AT-TTTTATAAA-GTTATA-GT-A-GTTTG-----CCAG-GA-AT-TAAT--GAA-GGGGG--GTCCT--GC-TA-TGGGG--G---G-GGGGG------GCTCACTCT-A
gi|10 : GTGTTT-ATTTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAATG-A-CT--TA-G---G-C-AA-AACC-AT-TC-AATGTCC---ATAA-AA-AAGGTCTGG-ATATCTTAGCAAA-CCCAATAAA-GTAATA-GT-A-GTTTATATTTCCAG-GA-TT-AGAT--GAA-GGGGAAAATCCT--Gagaagcaagcttccgggggaggggcggggggggg
gi|11 : TGTGTTT-AATTCACCG---TTT--T-CTGCTCTT-G-A--G-TGT--A-ATGAACG-A-CT--TA-T---G-C-AA-AATA-TT-TT-AATGACTTG-CTGA-GA-AAGGTCTTG-GTATCTATACAA------ATAAA-GTGATA-GT-A-GTTTT-----CCAG-TA-AT-AAAT--GAA-CTGGGAAGTCCT--G
gi|12 : AGTGTGTTT-TATTCACCG---ATT--T-CTCCTCCT-G-C--T-TTT--A-ATGAATG-A-CT--TA-A---A-T-AA-AATA-AT-CT-AATGCCATG-TTGA-AA-AAAGGTTCG-ATATCTAAACAAT-ATCTTTAAA-GTTAAA-AT-A-GTTGA-----CCAG-GC-AT-AAAT--GAA-GGGGG
gi|13 : AAAGTGTTT-CGTTCATCG---TTC--T-CTTCTCTC-G-A--G-TTT--A-ATGAACT-A-CT--TA-A---A-C-AA-AATC-AT-TT-AATGCCCTA-CTGA-AA-AAAGTCTTG-GTATCT-AACAAT-CTCCAT-AA-GTGATA-GT-A-ATTCA-----GCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGTGGAAg
gi|14 : -C-AA-AATG-AT-TT-AATGTCCTG-CTGA-GACGAGACCATG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAAAGCGATA-GTTA-CTTTAA----TCAGAGATAT-AAATTTGAA-GGGGAAAGTCCT--GC-TG-T--GGGAG---G-GGGAG------TATGAC-CT-ACAATT-AG
gi|15 : ATGTGTTT-TTTTGACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAATG-A-CT--TA-G---A-C-AA-AATC-AT-TT-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-ATATCTAAACAAT-CTCTATAAA-GTTATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GC-AT-AAAT--
gi|16 : AATGCGTTT-TATTCACCG---TTT--A-TTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAATA-C-CT--AA-A---G-CAAA-AATC-AT-TTAAATGCCCCG-CTGG-AA-AAGGTCTAG-ATATACATATAAT-ATCCATAAA-GTAATA-TT-A-GT
gi|17 : AATGTGTTT-TATTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAATG-A-GT--TT-A---G-C-AA-AATC-AT-TT-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAATTCTTC-ATATCTAAACAAT-CTCCATAAA-GT-ATA-GT-A-aaaatttc
gi|18 : TCATCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-AT------------------------A-AATC-AT-TT-AATGTCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-ATATCTAAACAAT-CTCTAT-AA-GTTATA-GT-A-ATTTA-----ACAG-GA-AT-AAAT--G
gi|19 : ATGTATTT-TATTCACTG---TTT--T-CTTCTGTT-G-A--G-TTG--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-C-AA-AATC-AT-TG-AATGCCTTG-CTGA-AA-AAGTTCTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAA-G
gi|2 : GTATTT-TATTCACCG---TTT--T-GTTCTCTT-A-A--G-TTA--C-ATGAACT-A-CT--TA-A----------AATC-AT-TT-AATACTCTA-CTTA-AA-AAGGTCTTG-GTATCTAAACAAT-CACCATAAT-GTGATA-GT-A-GTTTA-----CCAT-GA-AT-CAAT--GAA-AGGGGAAGCCCT--GA-TA-T---G--G---G-GGGAG------TCTGACTCT-ACAACT-AGAGA-TAG--C---GTAAGTCTTCC-AAC
gi|20 : AATGTGTTT-TATTTACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-AGGG-TTTA-A-ATGGATGCACCT--TATATATG-C-AAGAATC-AT-TT-AATGTCCTC-CCGA-AA-AA-GTCTTttctcgggtaag
gi|21 : AAT--GAAAGGGGGAAGTCCT--GC-TATT--GG--G---G-GGGGG--------TAACTCT-AC-ACT-GGTGA-T-AGTA---GTAAG-CTTCTGCACGGGGA
gi|22 : tgaaacggtAATGTGTTT-TATTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TT--------AATG-A-CT--TA-G---A-C-AA-AATC-AT-TC-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-ATATCgtct
gi|23 : A-AATC-AT-TT-AATACCCTG-CTGA-CA-AACGTCTTG-ATATCTAAGCAAT-CTCCGTAAA-GTAAAA-GT-A-GTTTA-----CTGG-GA-AT-AAc
gi|24 : TTT-TATTCATCG---TTT--T-CTTCTCTG-G-G--G-TTT--A-ATGAATA-A-CT--TA-A---G-C-AA-AACC-AT-TT-AATGCCC
gi|25 : TT-AATTCACCG---GTT--T-CTTCTCTT-GAA--G-TTTTAA-ATGAATG-A-CT--TA-G---G-C-AA-AAT
gi|26 : CATAAA-GTAATA-GT-A-GTTTA-----TCAG-GG-AT-AAAT--GAA--GGGGAAGTCCT--GC-T
gi|27 : AATGTGCTT-TATTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--GTTTT--A-ATGAATG-
gi|28 : ccAATG-GTTT-TATGTACCG---TTT--T-TTTCTATT-G-A--G-TTT--A-A
gi|29 : tcca--TG-A---G-C-AA-AACC-GT-TT-AATGCCCTG-CTAA-AA-ATGTTCTTG-G
gi|3 : AATGTGTTT-TATTCACCG---TTT--T-CTT------G-A--G-TTT--A-ATGAATG-A-TT--CA-A---G-C-AG-AAAC-AT-TT-CATGCCCTC-ATGA-AA-AGGGTGTTG-ATATCTAAACAAC-CTCCATAAA-GTAATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-CATT--GAA-GGGGGAAGTTCT--GC-TA-T--GG--G---A-GGAAG------GCTGACTCT-ACAACT-GATGATT-G--A---GTAGATCTTCC-CACGGGGA
gi|4 : AATGTGTTTATATTCACCG---TTT--T-CTT------G-A--GGTTT--A-ATGAATG-A-TT--CA-A---G-C-AG-AAAC-AT-TT-CATGCCCTC-ATGA-AA-AGGGTGTTG-ATATCTAAACAAC-CTCCATAAA-GTAATAAGT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-CATT--GAA-GGGGGAAGTTCT--GC-T--T--GG--G---A-GGAAG------GCTGACTCT-ACAACT-GATGATT-G--A---GTAGATCTTCC-CACGGG
gi|5 : ATGTGTTG-TACTCACCG---TTTATT-CTTCTCCC-A-A--G-TCT--AGATGAACG-ATCT--TA-A---G-C-AG-TGTC-AT-TT-ACTGCCCTG-CTTACAA-AAGGTCTT----ATC-AAACAAC-CTCCTTAAA-GTGATA-GT-ACGTTTA-----GCA--GA-AT-AAA---GAA-AGGG---GTCT----C-TA-T--AG--G---ACCGAAG------TCTGACT-T-ACAACTAGGTGA-T-AT-A---GTAGGTC-TCT-CACGGGGA
gi|6 : TGTGTTT-TATTCACCG---TTT--TAC----------------------ATGAATG-A-CTATTA-G---A-C-AA-AATCCAT-TC-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-ATATCTAAACAAT-CTTTATAAA-GTTATA-A--A-GTTTA-----CCAG----ATAAAAT--GTA-GAGGGAAGTCCTTGGCGTA-T--GG--G---G-GGGGGGGGGA-TC--ACTC---CAACT-GGTGA-T-T--AGCGGTAGGTCTTCC-CA-GGGGA
gi|7 : tTTT-TATTCAGCG---TTT--T-CTTCGCTT-A-A--A-TTT--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-C-AA-AATT-AT-TC-CAAGCCCTG-CTGA-AA-AAGGGCTTG-GTATCTAAAC-----------AA-GTGATA-GT-A-ATTTA-----CCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGGGGAAGTCCT--GC-TA-T---G--G---G-GGTAG------TCTGGCTCT-ACAACT-AGTCA-----------TAGGTCTTCA-AACGGGAA
gi|8 : aTT-TATTCACCGT--TTT--T-CTTCTC-T-G-A--G-TTT--A-GTGAACG-A-CC--TT-A---A-C-AA-AGGC-AT-TT-AATGCCCTG-CTG--AA-AATGTCTTG-GTATCTGAACAATACTCCATAAA-GTGATT-GT-A-GATTA-----CCAG-GA-AT-AAGT--GAA-GGGGGGAGTCCT--GC-TA-G--GG--G---G-GGGGGGGGGGTTATGACTCTAACAACT-AGTag
gi|9 : CCG---TTT--T-CTTCTCTCAG-C--A-TTT--A-ATGAACG-A-CT--TG-A---G-C-AA-AATC-TTGTT-AATGCCCTAACT----A-AACG-CTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAG-CT-----------TTCA-----CCAG-GA-AT-AAAT--TGA-AGGGGAAGTCCT--TC-TA-T--GG--GAGAG-GAGAG------TCTTTCTCT-AGAAC
blockSeqs : A T AT A A A GG T TA G C C AT T TAT . A G C G A A C C . A A A A T C TATTT A T A TT A TG G T G GA AGA C GGGGGTT A A TTAGCG G
blockSeqs : . . . . . . . G A . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . . . A . . . . . . . . G . . . GGGGAT . . TAGTA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . G . . . T . . TTGA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . G . . . T . . TTGA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . . G . . TATA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . G . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . G . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . G . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : *** G**
originalCons : AATGTGTTT-TATTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-C-AA-AATC-AT-TT-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAA-GTGATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGGGGAAGTCCT--GC-TA-T--GG--G---G-GGGAG------TCTGACTCT-ACAACT-GGTGA-T-G--A---GTAGGTCTTCC-CACGGGGA
finalCons : AATGTGTTT-TATTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-C-AA-AATC-AT-TT-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAA-GTGATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGGGGAAGTCCT--GC-TA-TG--G--G---G-GGGAG------TCTGACTCT-ACAACT-GGTGA-T-G--A---GTAGGTCTTCC-CACGGGGA
Alignments
lowQualScore : 2222222 3333333333
lowQualScore : 1 444 22 1 1 1 22 3 44 1 0 1 3 22 1 333 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 6 2 2 2 77777 2 2 2 33 2 33 3 3 555 55 666 3 1111111 3 4 8888888888 5
lowQualScore : . ... .. . . . .. . .. . . . . .. . ... . . . . . . . . . . . . . . . . ..... . . . .. . .. . . ... .. ... . ....... . . .......... .
lowQualScore : 8 666 33 7 7 7 33 3 00 7 8 7 6 44 7 000 7 7 6 7 7 7 7 7 7 8 0 9 0 0 0 0 88888 2 2 2 11 5 99 3 6 555 00 444 6 5555555 6 4 3333333333 7
consensus : AATGTGTTT-TATTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-C-AA-AATC-AT-TT-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAA-GTGATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGGGGAAGTCCT--GC-TA-T--GG--G---G-GGGAG------TCTGACTCT-ACAACT-GGTGA-T-G--A---GTAGGTCTTCC-CACGGGGA
Reference ( family-5503 ) : AATGTGTTT-TATTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-C-AA-AATC-AT-TT-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAA-GTGATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGGGGAAGTCCT--GC-TA-T--GG--G---G-GGGAG------TCTGACTCT-ACAACT-GGTGA-T-G--A---GTAGGTCTTCC-CACGGGGA
gi|1 : TGTAATT-TTTTCAACGGTTTCT--T-CTTCTTTT-C-A--G-TTT--G-ATGAATG-A-CT--TT-A---GAC-AC-AACC-AT-TT-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTGTATATCTAAAC-AT-TTTTATAAA-GTTATA-GT-A-GTTTG-----CCAG-GA-AT-TAAT--GAA-GGGGG--GTCCT--GC-TA-TGGGG--G---G-GGGGG------GCTCACTCT-A
gi|10 : GTGTTT-ATTTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAATG-A-CT--TA-G---G-C-AA-AACC-AT-TC-AATGTCC---ATAA-AA-AAGGTCTGG-ATATCTTAGCAAA-CCCAATAAA-GTAATA-GT-A-GTTTATATTTCCAG-GA-TT-AGAT--GAA-GGGGAAAATCCT--Gagaagcaagcttccgggggaggggcggggggggg
gi|11 : TGTGTTT-AATTCACCG---TTT--T-CTGCTCTT-G-A--G-TGT--A-ATGAACG-A-CT--TA-T---G-C-AA-AATA-TT-TT-AATGACTTG-CTGA-GA-AAGGTCTTG-GTATCTATACAA------ATAAA-GTGATA-GT-A-GTTTT-----CCAG-TA-AT-AAAT--GAA-CTGGGAAGTCCT--G
gi|12 : AGTGTGTTT-TATTCACCG---ATT--T-CTCCTCCT-G-C--T-TTT--A-ATGAATG-A-CT--TA-A---A-T-AA-AATA-AT-CT-AATGCCATG-TTGA-AA-AAAGGTTCG-ATATCTAAACAAT-ATCTTTAAA-GTTAAA-AT-A-GTTGA-----CCAG-GC-AT-AAAT--GAA-GGGGG
gi|13 : AAAGTGTTT-CGTTCATCG---TTC--T-CTTCTCTC-G-A--G-TTT--A-ATGAACT-A-CT--TA-A---A-C-AA-AATC-AT-TT-AATGCCCTA-CTGA-AA-AAAGTCTTG-GTATCT-AACAAT-CTCCAT-AA-GTGATA-GT-A-ATTCA-----GCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGTGGAAg
gi|14 : -C-AA-AATG-AT-TT-AATGTCCTG-CTGA-GACGAGACCATG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAAAGCGATA-GTTA-CTTTAA----TCAGAGATAT-AAATTTGAA-GGGGAAAGTCCT--GC-TG-T--GGGAG---G-GGGAG------TATGAC-CT-ACAATT-AG
gi|15 : ATGTGTTT-TTTTGACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAATG-A-CT--TA-G---A-C-AA-AATC-AT-TT-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-ATATCTAAACAAT-CTCTATAAA-GTTATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GC-AT-AAAT--
gi|16 : AATGCGTTT-TATTCACCG---TTT--A-TTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAATA-C-CT--AA-A---G-CAAA-AATC-AT-TTAAATGCCCCG-CTGG-AA-AAGGTCTAG-ATATACATATAAT-ATCCATAAA-GTAATA-TT-A-GT
gi|17 : AATGTGTTT-TATTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-ATGAATG-A-GT--TT-A---G-C-AA-AATC-AT-TT-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAATTCTTC-ATATCTAAACAAT-CTCCATAAA-GT-ATA-GT-A-aaaatttc
gi|18 : TCATCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TTT--A-AT------------------------A-AATC-AT-TT-AATGTCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-ATATCTAAACAAT-CTCTAT-AA-GTTATA-GT-A-ATTTA-----ACAG-GA-AT-AAAT--G
gi|19 : ATGTATTT-TATTCACTG---TTT--T-CTTCTGTT-G-A--G-TTG--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-C-AA-AATC-AT-TG-AATGCCTTG-CTGA-AA-AAGTTCTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAA-G
gi|2 : GTATTT-TATTCACCG---TTT--T-GTTCTCTT-A-A--G-TTA--C-ATGAACT-A-CT--TA-A----------AATC-AT-TT-AATACTCTA-CTTA-AA-AAGGTCTTG-GTATCTAAACAAT-CACCATAAT-GTGATA-GT-A-GTTTA-----CCAT-GA-AT-CAAT--GAA-AGGGGAAGCCCT--GA-TA-T---G--G---G-GGGAG------TCTGACTCT-ACAACT-AGAGA-TAG--C---GTAAGTCTTCC-AAC
gi|20 : AATGTGTTT-TATTTACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-AGGG-TTTA-A-ATGGATGCACCT--TATATATG-C-AAGAATC-AT-TT-AATGTCCTC-CCGA-AA-AA-GTCTTttctcgggtaag
gi|21 : AAT--GAAAGGGGGAAGTCCT--GC-TATT--GG--G---G-GGGGG--------TAACTCT-AC-ACT-GGTGA-T-AGTA---GTAAG-CTTCTGCACGGGGA
gi|22 : tgaaacggtAATGTGTTT-TATTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--G-TT--------AATG-A-CT--TA-G---A-C-AA-AATC-AT-TC-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-ATATCgtct
gi|23 : A-AATC-AT-TT-AATACCCTG-CTGA-CA-AACGTCTTG-ATATCTAAGCAAT-CTCCGTAAA-GTAAAA-GT-A-GTTTA-----CTGG-GA-AT-AAc
gi|24 : TTT-TATTCATCG---TTT--T-CTTCTCTG-G-G--G-TTT--A-ATGAATA-A-CT--TA-A---G-C-AA-AACC-AT-TT-AATGCCC
gi|25 : TT-AATTCACCG---GTT--T-CTTCTCTT-GAA--G-TTTTAA-ATGAATG-A-CT--TA-G---G-C-AA-AAT
gi|26 : CATAAA-GTAATA-GT-A-GTTTA-----TCAG-GG-AT-AAAT--GAA--GGGGAAGTCCT--GC-T
gi|27 : AATGTGCTT-TATTCACCG---TTT--T-CTTCTCTT-G-A--GTTTT--A-ATGAATG-
gi|28 : ccAATG-GTTT-TATGTACCG---TTT--T-TTTCTATT-G-A--G-TTT--A-A
gi|29 : tcca--TG-A---G-C-AA-AACC-GT-TT-AATGCCCTG-CTAA-AA-ATGTTCTTG-G
gi|3 : AATGTGTTT-TATTCACCG---TTT--T-CTT------G-A--G-TTT--A-ATGAATG-A-TT--CA-A---G-C-AG-AAAC-AT-TT-CATGCCCTC-ATGA-AA-AGGGTGTTG-ATATCTAAACAAC-CTCCATAAA-GTAATA-GT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-CATT--GAA-GGGGGAAGTTCT--GC-TA-T--GG--G---A-GGAAG------GCTGACTCT-ACAACT-GATGATT-G--A---GTAGATCTTCC-CACGGGGA
gi|4 : AATGTGTTTATATTCACCG---TTT--T-CTT------G-A--GGTTT--A-ATGAATG-A-TT--CA-A---G-C-AG-AAAC-AT-TT-CATGCCCTC-ATGA-AA-AGGGTGTTG-ATATCTAAACAAC-CTCCATAAA-GTAATAAGT-A-GTTTA-----CCAG-GA-AT-CATT--GAA-GGGGGAAGTTCT--GC-T--T--GG--G---A-GGAAG------GCTGACTCT-ACAACT-GATGATT-G--A---GTAGATCTTCC-CACGGG
gi|5 : ATGTGTTG-TACTCACCG---TTTATT-CTTCTCCC-A-A--G-TCT--AGATGAACG-ATCT--TA-A---G-C-AG-TGTC-AT-TT-ACTGCCCTG-CTTACAA-AAGGTCTT----ATC-AAACAAC-CTCCTTAAA-GTGATA-GT-ACGTTTA-----GCA--GA-AT-AAA---GAA-AGGG---GTCT----C-TA-T--AG--G---ACCGAAG------TCTGACT-T-ACAACTAGGTGA-T-AT-A---GTAGGTC-TCT-CACGGGGA
gi|6 : TGTGTTT-TATTCACCG---TTT--TAC----------------------ATGAATG-A-CTATTA-G---A-C-AA-AATCCAT-TC-AATGCCCTG-CTGA-AA-AAGGTCTTG-ATATCTAAACAAT-CTTTATAAA-GTTATA-A--A-GTTTA-----CCAG----ATAAAAT--GTA-GAGGGAAGTCCTTGGCGTA-T--GG--G---G-GGGGGGGGGA-TC--ACTC---CAACT-GGTGA-T-T--AGCGGTAGGTCTTCC-CA-GGGGA
gi|7 : tTTT-TATTCAGCG---TTT--T-CTTCGCTT-A-A--A-TTT--A-ATGAACG-A-CT--TA-A---G-C-AA-AATT-AT-TC-CAAGCCCTG-CTGA-AA-AAGGGCTTG-GTATCTAAAC-----------AA-GTGATA-GT-A-ATTTA-----CCAG-GA-AT-AAAT--GAA-GGGGGAAGTCCT--GC-TA-T---G--G---G-GGTAG------TCTGGCTCT-ACAACT-AGTCA-----------TAGGTCTTCA-AACGGGAA
gi|8 : aTT-TATTCACCGT--TTT--T-CTTCTC-T-G-A--G-TTT--A-GTGAACG-A-CC--TT-A---A-C-AA-AGGC-AT-TT-AATGCCCTG-CTG--AA-AATGTCTTG-GTATCTGAACAATACTCCATAAA-GTGATT-GT-A-GATTA-----CCAG-GA-AT-AAGT--GAA-GGGGGGAGTCCT--GC-TA-G--GG--G---G-GGGGGGGGGGTTATGACTCTAACAACT-AGTag
gi|9 : CCG---TTT--T-CTTCTCTCAG-C--A-TTT--A-ATGAACG-A-CT--TG-A---G-C-AA-AATC-TTGTT-AATGCCCTAACT----A-AACG-CTTG-GTATCTAAACAAT-CTCCATAAG-CT-----------TTCA-----CCAG-GA-AT-AAAT--TGA-AGGGGAAGTCCT--TC-TA-T--GG--GAGAG-GAGAG------TCTTTCTCT-AGAAC