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lowQualScore                  :   .           ..      .   ... .   ......     ...   .. ..        .  ..........   .        . ............    ..    . . ..   ...............        ..    .      . ....    .. .......  .. .     ... .......   ..  ..    .  . ..    . ..   . .     .....   ...   .     ......   . .  ..  .. ..  . ......      .....  ...     ..     .   .....   .....   .................   .      ....... .. .  ......... .     ......     ..................      .   .        .....             .  .   .    ........      .      .....     .........................................      ..      ...........  .         . .   .  .............         ..   .......   ..    
lowQualScore                  :   8           99      0   888 8   999999     888   22 00        9  9999999999   9        1 555555555555    22    2 6 55   666666666666666        22    1      4 7777    33 1111111  66 3     888 5555555   66  66    3  3 55    1 22   5 1     88888   444   8     666666   6 6  11  55 00  3 444444      33333  666     66     3   44444   77777   33333333333333333   1      0000000 22 1  333333333 2     555555     888888888888888888      9   6        00000             6  0   0    00000000      2      88888     00000000000000000000000000000000000000000      22      00000000000  6         0 0   0  7777777777777         55   0000000   00    
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Reference ( gi|3 )            :  TCATATTCAGCAA--TTTTGC-GCT---AAAAAATA---AGGAATATAAA--TA-CTGGCATT-CC------G--AAGC-TCAGTTTT-T---GT-------TACT--GATT-ACC--TTG---G---CACG----TGCGATAA--AATA-TAACAAAA---GGTTA--A-------GT--G-AATAT---G-T-----CAT--TT--ATTA-TC-AT-GATCAA--AACTATTGGCGT--T-ATA---AACCAAGATC--A-GACA-A-ATG-ACGCA--AT-A----G-ACTAAAA---GAT-AGAAAAT--TAATTTGCT---G-GGA-----CAA------GT-A-------AAT-ACAAAC-------A--A-CC---------G-TTTAC------TAATG------------------ACTAGGCTTG-CAAATGAG-----CAAATAAACATGTCAA-TTA-CACA----GG-CTTGCAACTAATGAATAG-GTTTG-----CA-AAT--GATCAA-ATAAAGA-------TTT---AAATTAC--ACAAAT-----------TGATCCCAGCCA-ATACACAT-------CT----AAAATGTAT--ATGCATCGCGCATGCCATT
gi|5                          :  TTATATTCAGCAA--TTTTAC-GCT---AAAAA-CA---AGGAATAAAAA--TA-CTGGCATT-CC------G--AACC-TCAGTTTT-T---GT-------TACT--GGTT-ACC--TTG---A---CATG----TGCGATAA--AATA-TAACAAAAA--GGTTA--A-------GT--G-AATAT---G-T-----CAT--TT--ATTA-TC-AT-GATCAA--AACTATTGGCGT--T-ATA---AACCAAGATC--A-AACT-A-ATG-ACGCA--AT-A----C-ACTAAAA---TAT-AGAAAAT--TAATTAGCT---G-GGA-----CAA------GT-A-------AAT-ACAAAC-------A--A-CC---------G-TTTAC------TAATG------------------ACTAGGTTTG-CAAATGAC-----CAAATAAACATGTAAA-TTA-CACA----GA-TTTGCAACTAATGATTAG-GTTTG-----CA-A------------------------------------AC--ACAAAT-----------TGATCCCAGCCA-ATA
gi|4                          : tTTATGTTAAGCAA--TTTTGC-GCT---AAAA-ATA---AGGAATAAAAA--TA-CTGGCATT-CC------G--AAGC-TCAGTTTT-T---GT-------TACT--GATT-ACC--TTG---A---CACG----TGCAATAA--AATA-TAACAAAT---GGTTA--A-------GC--G-AATAT---G-T-----CAT--TT--ATTA-TC-AT-GATCAA--AACTATTGTCGT--T-ATA---AACAAAGATA--A-GACG-A-ATG-ACGCA--AT-A----A-ACTAAAA---TAT-AGAAAAT--TAATTGGCT---G-GGA-----CAA------GT-A-------ATT-ACATAC-------A--A-CC---------G-CTTAC------TAATG------------------ACTAGGTTTG-TAAATGAG-----CAATTAAACATGTAAA-TTA-CACA----GT-TTTGCAACTAATGACTAG-GTTTGGACTTTA-AAT--GGT----GTAGACG-------TTT----AATTAC--A
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gi|20                         :  TTATATTCCGCAA--TTTTGC-GCT---GGAAAACA---
gi|2                          :   tATATTCACAAA--TTTTGC-CTT---AGAAAGCACATATGAGCACAAT--TT-CTGGCATT-CC------G--TAGC-TCAGTTTG-G---AT-------TACT--AACT-AATAATTG---A----ATA----TGCAATGA----TA-CAGCAAAA-----TTGT-A-------GT--G-AGTAT---G-T-----CATCATC--ATTA-TC-A---ATCCA--A-----CGGCAT--A-TTA---AACCAAGATC--A-AACA-A-ATT-AC--------------------------AT-ATCAAAT--TA-CTTGCTT--A-GGA-----CAACTAAATGT-A-------GAT-ATAAAC-------A--A-CC---------G-TTTAC------CAATG------------------ACTAGATTTG-CAAATAAG-----CAAATAGACATGT-AA-TT----CATTTTGG-TTTTCAATTAATGACTGG-GTTTG-----CATAAT--AA-CAA-ATATACA-------TTT---GAACTAA--ACAAAT-----------TGACTCCAGCTA-ATAttgacctgtgcgataaaatactaacaaaggttaagtgaatatgtcatttattatcaatgaacaaa
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gi|17                         :    ttgTTCAGCAA--TTTTGC-GCT---AGATAACA---AGGAATAAATA--TG-CAGACATT-CC------G--AAGC-TCCGATCT-T---GT-------TACT--AATT-GCC--TTG---G---CATG----TGCTATGC--TATA-TAACAAAA---GGTTA--A-------G
gi|15                         :                                  tATG---AGGAA---AAA--CT-CTGGCATT-CC------A--CAGC-TCAGTTTT-TTTGGT-------TACT--GAAT-ATTGATTG---AATTCAC-------TGA--------A-TAACAAAAATCAGTTA--AC------GT--G-AATAT---G-C-----C--------ATTA-TT-AT-AGTCAAACAACTAag
gi|18                         :  atttgtatctaacatgaaattaaaaacacccgtATG---AGGGA---AAA--CT-CTGGCATTGCC------A--CAGC-TCAGTTTT-TTTGGT-------TACT--
gi|8                          :   tatttgtatctaacatgaaattaaaaacacccgtA---AAGAA-GTAAAGTTT-CTGGCATT-CCCGATTGGCTAAGC-TCA-TTTT-T---AG-------TACT--GATT-ATC--------G---CCCGACTATTCAATGT--AATA-TAACAA------GTTTTTA-------GT--G-AATAT---G-C-----CAT--TT--ATTA-T------ACTCA--AACAAATGACG------TA---AAC-------------------------------------G-GCTAAA-----AT--CAATAT--T-ATTGGCT---G-GGA-----CAA------CT-A-------A---ACAGAA-------A--A-CT---------GTTTTAC------TAATG------------------ACTAGGTCTG-CAtgaatattgatgaattcactgaataacaaa
gi|9                          :                  tttttattcacagtgcggagggaaacttttaAAA--TA-CTGTCATT-CC------G--AAGC-T-AGTTTTAC---TT-------TACT--AATTGAGC--CTG---AC--CATA----TTCGGTAA--AATA-T-ACAAAA----GTTA--G-------TT--GAAATAT---GTT-----CAT--TTAAATTA-TC-A--GATCAAAGAACTATTGGCGTA-T-AT----AACCAAGATC--CTAACA-A-ATG-ACGCA--ATGA----G-A-TAACA---TAT-AGAAAG---CAATTGGCT---GTGGA------AA------CTAA-------AAT-A-AAAC-------AAGA-CT---------GCCTTAC------CATGG------------------ACTGG
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gi|13                         :                                                aaAA--TT-CGGGCATT-CC------T--TGGC-TCCGTTTT-C---AT-------TACT--GACTGATCA-CTG---A---AATA----TGCAATGA--AAT--TA-TAAAA---GTTTT--A-------GT--G-AATAT---G-A-----CAT--TT--ATTA-TC-AT-TATC-A--AACAAATCACGTAATAATA---AATTGAAATT--A-AACA-A-AT
gi|7                          :                                           ccacatgagtaac-CTGGCATT-CC------A--CAGCCTCGGATTT-T---AC-------TACT--AAAT-A----TTGATTG---CAT-----TGTG-TAAGCAA-A-TAACAAAACT-ATTTA--A-------GT--G-AAAAT---G-T-----CAT--TT--ATAA-TC-AT-AAT----------------------TA---AAC--AAAT-----GACATA-AT---CACA--GT-A----C-AC--------------AAAAT--TAATT-------------------------------------GAT-AC-AAC-------A--AGCC---------G-TTTAC------TAAAG------------------ACGAG---------ATG-----------TGAACTTGTAAT-TTA-CACA----acaaccacccgtttaata
gi|20                         :                                                                tatttatattttacaattttgagattacaacacctgtatgagaatcagct-ACA--TTG---A---CCTG----TGCGATAA--AATACTAAC-AAA---GGTTA--A-------GT--G-AATAT---G-T-----CAT--TT--ATTA-TCAAT-GAACAA--Aa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                  tttatattccgcaattttgcgctggaaaCGT--T-ATA---AACCAGGATC--A-AACA-A--TG-ACGTA--AC-A----G-ACTAAAA---TAT-AGAAAAT--TAAATGGCT---G-GGA-----CAA------GT-A-------AAT-ACAAAC-------A--A-CC---------G-TTTAC------CAATT------------------AATAGGTTTG-CAAATGAG-----CAAATAAGCTTGTAAA-TTA-CACA----GT-TTTGC-------------------------A-AAT--GATCAA-ATAAAGA-------TTT---AAATTAC--GCAAATAATCATATTTACGATCTAAGCCA-A-GCA-ATTTCTTTGCT----AAAATGTATCAATGATTTGTTCATTTCATT
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   -ACGAA--AT-A----T-ACCAAAT---TAA-ACAAAAT--TGATAGACC---T-AGA-----CAA------CC-A-------AAT-ACAAAC-------A--A-TC---------G-TGTAC------TAATG------------------ACAAAGTTTG-T-AATTAG-----GAAATATAAATGGAAA-TTA-CATA----Gaaaaggtcactaagcaatgaagcatgttgcaagta
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aagggcaaacagcatgattggA-----CAT------GT-A-------AATTACA--C-------A--G-C------------TTTGC------AAATT------------------ACCATGTTTG-TAAGTGAG-----CAAATGAACATTTAAA-TAA-CACA----AA--TTGC
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAATAACATATGTGTACAAATATGTCTTCTTGCAAACTAGGTCAGCAGACCTAACCTAGATTAATTGAATGTCCTACCTTGAGATGGTACAGCATGATCCCGGTACTAAGTATGTCATCATCAATACCGATC






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consensus                     :                  TTATATTCAGCAA--TTTTGC-GCT---AGAAAAC------A-----AG----GA-ATAAAAATN----CTGGCATT-CC------G--AAGC-TCAGTTTT-T---GT-------TACT--GATT-ACC--TT---GA---CATG--TGCGATAA--AATA-TAACAAAA---GGTTA--A-------GT--G-AATAT---G-T-----CAT--TT--ATTA-TC-AT-GATCAA--AACTATTGGCGT--T-ATA---AACCAAGATC--A-AACAA-ATG-AC-GCA--AT-A----G-AC--TAAAAT-AT-AGAAAAT--TAATTGGCT---G-GGA-----CAACT-A-AAT------ACAAAC---A--A-CCG-TTT---ACTAATG------------------ACTAGGTTTGCA------AATG---AG-------------------CAAATAAACATG-TAAATTA-CACAGNTTT-GCAACTAATGACTAG-GTTTG-----CA-AAT--GATCAA-ATAAA---CA----TTT---AAATTAC--ACAAAT-----------CGATCCCAGCC--AATACACAT-------CT----AAAATGTATCAATGNNTCGCGCATNCCATT
Reference ( family-550 )      :                  TTATATTCAGCAA--TTTTGC-GCT---AGAAAAC------A-----AG----GA-ATAAAAATN----CTGGCATT-CC------G--AAGC-TCAGTTTT-T---GT-------TACT--AATT-ACC--TT---GA---CATG--TGCGATAA--AATA-TAACAAAA---GGTTA--A-------GT--G-AATAT---G-T-----CAT--TT--ATTA-TC-AT-GATCAA--AACTATTGGCGT--T-ATA---AACCAAGATC--A-AACAA-ATG-AC-GCA--AT-A----G-AC--TAAAAT-AT-AGAAAAT--TAATTGGCT---G-GGA-----CAANT-A-AAT------ACAAAC---A--A-CCG-TTT---ACTAATG------------------ACTAGGTTTGCA------AATG---AG-------------------CAAATAAACATG-TAAATTA-CACAGNTTT-GCAACTAATGACTAG-GTTTG-----CA-AAT--GATCAA-ATAAA---CA----TTT---AAATTAC--ACAAAT-----------CGATCCCAGCC--AATACA-AT-------CT----AAAATGTATCAATGATTTGTTCATTTCATT
gi|1                          :                                                                            AAAAATAG---CTG-CATC-CC------GG-AATC-TCAGTTTT-T---TTCGAGCTATACTTTAATT-ACC--TTTTGAA---CAT---TGT-ATAA--ATAA-TAATAACA---TATTA--ACGACGAGGTTCG-ACTTTTGCA-T-----CAT--TT--ATTAATT-ATTGA--AA--AAACATTGGTGT--T-ATATCAAACCAAAA-CGAA-AACAACATGGAC-GCA--AT-A----G-ACCATAACATAAT-AGATAACGGTAATTGGCTTGAA-GGATCATCCAAAT-ATAAC------AAAAATACAA--A-CCG-TTTAAAACTAATG------------------CCTTTGTTTGCATATCTCAATGATTAGGTTTATCAGGTGAGTCAATCAAATATACATGTTAAATTATCACAGGTCTAGCAACTAATGACTGGTATTGG-----CA-AATCGAATCAATATAAAGACCAGGAGTTTCTAAAATTATCAACAAAT-----------C--TCACACACATAAAAAA-AT-------CTTAAAAAAATATAT
gi|10                         :                  TTGTATTCAGCAA--TTTTGC-GCT---AGAAA------------------------------TA----CTGGCATT-CC------G--CAGA-ACAGATTT-T---GT-------TACT--AATT-GTC--TT---GA---CATG--TGCGACAA--AATA-TAACAA-----GATTC--A-------GT--G-AATAT---G-A-----CAT--TT--ATAA-TC-AT-GATCAA--AAGTGTTGGCGA--T-ATA---AACCAAGATC--A-AACAA-ATG-AC-GTATTAT-ACCCCGTAC--TAAAAT-ACAAAAAAAT--CAATT---------AGA-----CAACT-A-TAT------ACAAAT---A--A-CTG-TTT---at
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTACA------AATG---AG-------------------CAAATAAACATG-TAAATTA-CACAGCTTT-GCA---AATTACCAT-GTTTG-----TA-AGT--GAGCAA-ATGAA---CA----TTT---AAATAAC--ACAAAT-----------TGCTCCAAAGA--AATACACAT-------CT----GAAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                    ---AACCAAGATC--A-AGAAA-ATT-AC-CAA--AT-A----G-AC--TAAAAT-AT-AGAAAAT--TAATTGACT---G-GGA-----CAACG-A-AAT------ACAATC---A--T-CCT-TGC---ACTAATGCCTATTATTCAACAAATTACTAGGTTTGCA------AATA---AG-------------------CAAATAATCATG-TAAATTA-CAcaccaaaaatataaaaggtggcatacacaaaaggccaccaagcaatgaaacatgttgcatgtaaattgctgcgccacccaaggaatgcta
gi|13                         :                                                                   ----GA-GTAACAATT----CGGGCATT-CC------T--TGGC-TCCGTTTT-C---AT-------TACT--GACTGATCA-CT---GA---AATA--TGCAATGA--AAT--TA-TAAAA---GTTTT--A-------GT--G-AATAT---G-A-----CAT--TT--ATTA-TC-AT-TATC-A--AACAAATCACGTAATAATA---AATTGAAATT--A-AACAA-ATaaaaggtcactaagcaatgaagcatgttgcaagta
gi|14                         :            ccacatTTATATTCAGCAACTTTTTGTTGCTTTTAAAAAAC------A------G----GA-ATAAAAATA----CTGGCATT-CC------G--AAGC-TCAGTGTT-T---GT-------TACT--AAAT-ACC--TT---GA---CATG--TGCAATAC--AATA-TAACAGAT---GATTA--A-------GT--G-AATAT---G-TCAATACAT--TT--ATTA-TC-AT-GATCAA--AACTacaaccacccgtttaata
gi|15                         :                                                AAAAC------ACCCGTAT----GA-GGAAAAACT----CTGGCATT-CC------A--CAGC-TCAGTTTT-TTTGGT-------TACT--GAAT-A----TT---GA---T-TGAATTCACTGA-----A-TAACAAAAATCAGTTA--AC------GT--G-AATAT---G-C-----C--------ATTA-TT-AT-AGTCAAACAACTAgc
gi|17                         : atttgtatctaacatgaaattaTTCAGCAA--TTTTGC-GCT---AGATAAC------A-----AG----GA-ATAAATATG----CAGACATT-CC------G--AAGC-TCCGATCT-T---GT-------TACT--AATT-GCC--TT---GG---CATG--TGCTATGC--TATA-TAACAAAA---GGTTA--A-------G
gi|18                         :                                                                            tAAAACT----CTGGCATTGCC------A--CAGC-TCAGTTTT-TTTGGT-------TACT--ag
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                     tatttgtatctaacatgaaattaaaaacacccgtatgaggg-AC-GAA--AT-A----T-AC--CAAATT-AA-ACAAAAT--TGATAGACC---T-AGA-----CAACC-A-AAT------ACAAAC---A--A-TCG-TGT---ACTAATG------------------ACAAAGTTTGT-------AATT---AG-------------------GAAATATAAATG-GAAATTA-CATAGtgaatattgatgaattcactgaataacaaa
gi|2                          :                   TATATTCACAAA--TTTTGC-CTT---AGAAAGC------ACAT--AT----GA-GCACAATTT----CTGGCATT-CC------G--TAGC-TCAGTTTG-G---AT-------TACT--AACT-AATAATT---GA----ATA--TGCAATGA----TA-CAGCAAAA-----TTGT-A-------GT--G-AGTAT---G-T-----CATCATC--ATTA-TC-A---ATCCA--A-----CGGCAT--A-TTA---AACCAAGATC--A-AACAA-ATT-AC------------------------AT-AT-C--AAAT--TACTTGCTT---A-GGA-----CAACT-A-AATGTAGATATAAAC---A--A-CCG-TTT---ACCAATG------------------ACTAGATTTGCA------AATA---AG-------------------CAAATAGACATG-TAATTCA-TTTTGGTTT-TCAATTAATGACTGG-GTTTG-----CATAAT--AA-CAA-ATATA---CA----TTT---GAACTAA--ACAAAT-----------TGACTCCAGCT--AATA
gi|20                         :                tcTTATATTCCGCAA--TTTTGC-GCT---GGAAAAC------A-----atactatttctaataatactagaaatataaaatcggtggcgcataggtcactaagcaattaacacactttaca
gi|20                         :                                                                                                                                               t-ACA--TT---GA---CCTG--TGCGATAA--AATACTAAC-AAA---GGTTA--A-------GT--G-AATAT---G-T-----CAT--TT--ATTA-TCAAT-GAACAA--Attgacctgtgcgataaaatactaacaaaggttaagtgaatatgtcatttattatcaatgaacaaa
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Reference ( family-550 )      :                  TTATATTCAGCAA--TTTTGC-GCT---AGAAAAC------A-----AG----GA-ATAAAAATN----CTGGCATT-CC------G--AAGC-TCAGTTTT--T---GT-------TACT--GATT-ACC--TT---GA---C-ATG--TGCGATAA--AAT------A-TAACAAAA---GGTTA--A-------GT--GAA-TAT---GT-----CAT--TTA--TTA-TC-AT-GATCAA--A--ACTATTGGCGT--T-ATA---AACCAAGATC--A-AACAA-ATG-AC-GCA--AT-A----G-AC--TAAAAT-AT-AGAAAAT--TAATTGGCT---G-GGA-CAACT-AAAT------ACAA-------AC-A--A-CCG-TTT---ACTAATG------------------ACTAGGTTTGCA------AATG---AG-------------------CAAATAAACATG-TAAATTA-CACAGNTTT-GCAACTAATGACTAG-GTTTG-----CA-AAT--GATCAA-ATAAA---CA----TTT---AAATTAC--ACAAAT-----------CGATCCCAGCCAATACACAT-------CTAAAATGTATCAATGNNTCGCGCATNCCATT
gi|1                          :                                                                            AAAAATAG---CTG-CATC-CC------GG-AATC-TCAGTTTT--T---TTCGAGCTATACTTTAATT-ACC--TTTTGAA---C-AT---TGT-ATAA--ATA------A-TAATAACA---TATTA--ACGACGAGGTTCGAC-TTTTGCAT-----CAT--TTA--TTAATT-ATTGA--AA--A--AACATTGGTGT--T-ATATCAAACCAAAA-CGAA-AACAACATGGAC-GCA--AT-A----G-ACCATAACATAAT-AGATAACGGTAATTGGCTTGAA-GGATCATCC-AAAT------ATAACAAAAATACAA--A-CCG-TTTAAAACTAATG------------------CCTTTGTTTGCATATCTCAATGATTAGGTTTATCAGGTGAGTCAATCAAATATACATGTTAAATTATCACAGGTCTAGCAACTAATGACTGGTATTGG-----CA-AATCGAATCAATATAAAGACCAGGAGTTTCTAAAATTATCAACAAAT-----------C
gi|10                         :                  TTGTATTCAGCAA--TTTTGC-GCT---AGAAA------------------------------TA----CTGGCATT-CC------G--CAGA-ACAGATTT--T---GT-------TACT--AATT-GTC--TT---GA---C-ATG--TGCGACAA--AAT------A-TAACAA-----GATTC--A-------GT--GAA-TAT---GA-----CAT--TTA--TAA-TC-AT-GATCAA--A--AGTGTTGGCGA--T-ATA---AACCAAGATC--A-AACAA-ATG-AC-GTATTAT-ACCCCGTAC--TAAAAT-ACAAAAAAAT--CAATT---------AGA-CAACT-ATAT------ACAA-------AT-A--A-CTG-TTT---tcacacacataaaaaaatcttaaaaaaatatatat
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             ---AACCAAGATC--A-AGAAA-ATT-AC-CAA--AT-A----G-AC--TAAAAT-AT-AGAAAAT--TAATTGACT---G-GGA-CAACG-AAAT------ACAA-------TC-A--T-CCT-TGC---ACTAATGCCTATTATTCAACAAATTACTAGGTTTGCA------AATA---AG-------------------CAAATAATCATG-TAAATTA-CAcaccaaaaatataaaaggtggcatacacaaaaggccaccaagcaatgaaacatgttgcatgtaaattgctgcgccacccaaggaatgcta
gi|13                         :                                                                   ----GA-GTAACAATT----CGGGCATT-CC------T--TGGC-TCCGTTTT--C---AT-------TACT--GACTGATCA-CT---GA---A-ATA--TGCAATGA--AAT--------TA-TAAAA---GTTTT--A-------GT--GAA-TAT---GA-----CAT--TTA--TTA-TC-AT-TATC-A--A--ACAAATCACGTAATAATA---AATTGAAATT--A-AACAA-ATaaaaggtcactaagcaatgaagcatgttgcaagta
gi|14                         :            ccacatTTATATTCAGCAACTTTTTGTTGCTTTTAAAAAAC------A------G----GA-ATAAAAATA----CTGGCATT-CC------G--AAGC-TCAGTGTT--T---GT-------TACT--AAAT-ACC--TT---GA---C-ATG--TGCAATAC--AAT------A-TAACAGAT---GATTA--A-------GT--GAA-TAT---GTCAATACAT--TTA--TTA-TC-AT-GATCAA--A--ACTacaaccacccgtttaata
gi|15                         :                                                AAAAC------ACCCGTAT----GA-GGAAAAACT----CTGGCATT-CC------A--CAGC-TCAGTTTT--TTTGGT-------TACT--GAAT-A----TT---GA---T--TGAATTCACTGA-----------A-TAACAAAAATCAGTTA--AC------GT--GAA-TAT---GC-----C------A--TTA-TT-AT-AGTCAAACA--ACTAgc
gi|17                         : atttgtatctaacatgaaattaTTCAGCAA--TTTTGC-GCT---AGATAAC------A-----AG----GA-ATAAATATG----CAGACATT-CC------G--AAGC-TCCGATCT--T---GT-------TACT--AATT-GCC--TT---GG---C-ATG--TGCTATGC--TAT------A-TAACAAAA---GGTTA--A-------G
gi|18                         :                                                                            tAAAACT----CTGGCATTGCC------A--CAGC-TCAGTTTT--T--------------TT--GGTT-A-C--TT---GA-----ATA--T-TGATGA--ATTCACTGAA-TAACAAAag
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                              tatttgtatctaacatgaaattaaaaacacccgtatgaggg-AC-GAA--AT-A----T-AC--CAAATT-AA-ACAAAAT--TGATAGACC---T-AGA-CAACC-AAAT------ACAA-------AC-A--A-TCG-TGT---ACTAATG------------------ACAAAGTTTGT-------AATT---AG-------------------GAAATATAAATG-GAAATTA-CATAG
gi|2                          :                   TATATTCACAAA--TTTTGC-CTT---AGAAAGC------ACAT--AT----GA-GCACAATTT----CTGGCATT-CC------G--TAGC-TCAGTTTG--G---AT-------TACT--AACT-AATAATT---GA-----ATA--TGCAATGA----T------A-CAGCAAAA-----TTGT-A-------GT--GAG-TAT---GT-----CATCATCA--TTA-TC-A---ATCCA--A-------CGGCAT--A-TTA---AACCAAGATC--A-AACAA-ATT-AC------------------------AT-AT-C--AAAT--TACTTGCTT---A-GGA-CAACT-AAATGTAGATATAA-------AC-A--A-CCG-TTT---ACCAATG------------------ACTAGATTTGCA------AATA---AG-------------------CAAATAGACATG-TAATTCA-TTTTGGTTT-TCAATTAATGACTGG-GTTTG-----CATAAT--AA-CAA-ATATA---CA----TTT---GAACTAA--ACAAAT-----------TGACTCCAGCTAATA
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gi|20                         :                                                                                                                                                t-ACA--TT---GA---C-CTG--TGCGATAA--AAT------ACTAAC-AAA---GGTTA--A-------GT--GAA-TAT---GT-----CAT--TTA--TTA-TCAAT-GAACAA--A--ttgacctgtgcgataaaatactaacaaaggttaagtgaatatgtcatttattatcaatgaacaaa
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gi|22                         :                  TCATATTCCGCAA--TTTTGC-GCT---ATAAA-C------A-----AG----GA-ATAGAAATA----CTGACATT-CC------A--AAGC-TCAGT
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gi|8                          :               tatTTTTATTCA-CAG--T---GC-GGA---GGGAAACTTTTAAA-----AG----AA-GTAAAGTTT----CTGGCATT-CCCGATTGGCTAAGC-TCA-TTTT--T---AG-------TACT--GATT-ATCGCCC---GA---C--TA--TTCAATGT--AAT------A-TAACAA------GTTTTTA-------GT--GAA-TAT---GC-----CAT--TTA--TTA-T----------------ACT---------------------CAAA--C--A-AA-----TG-AC-GTA--AA-C----G-GC--TAAAAT-----CAATAT--T-ATTGGCT---G-GGA-CAACT-AA--------ACAG-------AA-A--A-CTGTTTT---ACTAATG------------------ACTAGGTCTGCA------a
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAATAACATATGTGTACAAATATGTCTTCTTGCAAACTAGGTCAGCAGACCTAACCTAGATTAATTGAATGTCCTACCTTGAGATGGTACAGCATGATCCCGGTACTAAGTATGTCATCATCAATACCGATC






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consensus                     :                  TTATATTCAGCAA--TTTTGC-GCT---AGAAAAC------A-----AG----GA-ATAAAAATN----CTGGCATT-CC------G--AAGC-TCAGTTTT--T---GT-------TACT--GATT-ACC--TT---GA---C-ATG--TGCGATAA--AAT------A-TAACAAAA---GGTTA--A-------GT--GAA-TAT---GT-----CAT--TTA--TTA-TC-AT-GATCAA--A--ACTATTGGCGT--T-ATA---AACCAAGATC--A-AACAA-ATG-AC-GCA--AT-A----G-AC--TAAAAT-AT-AGAAAAT--TAATTGGCT---G-GGA-CAACT-AAAT------ACAA-------AC-A--A-CCG-TTT---ACTAATG------------------ACTAGGTTTGCA------AATG---AG-------------------CAAATAAACATG-TAAATTA-CACAGNTTT-GCAACTAATGACTAG-GTTTG-----CA-AAT--GATCAA-ATAAA---CA----TTT---AAATTAC--ACAAAT-----------CGATCCCAGCCAATACACAT-------CTAAAATGTATCAATGNNTCGCGCATNCCATT
Reference ( family-550 )      :                  TTATATTCAGCAA--TTTTGC-GCT---AGAAAAC------A-----AG----GA-ATAAAAATN----CTGGCATT-CC------G--AAGC-TCAGTTTT--T---GT-------TACT--GATT-ACC--TT---GA---C-ATG--TGCGATAA--AAT------A-TAACAAAA---GGTTA--A-------GT--GAA-TAT---GT-----CAT--TTA--TTA-TC-AT-GATCAA--A--ACTATTGGCGT--T-ATA---AACCAAGATC--A-AACAA-ATG-AC-GCA--AT-A----G-AC--TAAAAT-AT-AGAAAAT--TAATTGGCT---G-GGA-CAACT-AAAT------ACAA-------AC-A--A-CCG-TTT---ACTAATG------------------ACTAGGTTTGCA------AATG---AG-------------------CAAATAAACATG-TAAATTA-CACAGNTTT-GCAACTAATGACTAG-GTTTG-----CA-AAT--GATCAA-ATAAA---CA----TTT---AAATTAC--ACAAAT-----------CGATCCCAGCCAATACACAT-------CTAAAATGTATCAATGNNTCGCGCATNCCATT
gi|1                          :                                                                            AAAAATAG---CTG-CATC-CC------GG-AATC-TCAGTTTT--T---TTCGAGCTATACTTTAATT-ACC--TTTTGAA---C-AT---TGT-ATAA--ATA------A-TAATAACA---TATTA--ACGACGAGGTTCGAC-TTTTGCAT-----CAT--TTA--TTAATT-ATTGA--AA--A--AACATTGGTGT--T-ATATCAAACCAAAA-CGAA-AACAACATGGAC-GCA--AT-A----G-ACCATAACATAAT-AGATAACGGTAATTGGCTTGAA-GGATCATCC-AAAT------ATAACAAAAATACAA--A-CCG-TTTAAAACTAATG------------------CCTTTGTTTGCATATCTCAATGATTAGGTTTATCAGGTGAGTCAATCAAATATACATGTTAAATTATCACAGGTCTAGCAACTAATGACTGGTATTGG-----CA-AATCGAATCAATATAAAGACCAGGAGTTTCTAAAATTATCAACAAAT-----------C
gi|10                         :                  TTGTATTCAGCAA--TTTTGC-GCT---AGAAA------------------------------TA----CTGGCATT-CC------G--CAGA-ACAGATTT--T---GT-------TACT--AATT-GTC--TT---GA---C-ATG--TGCGACAA--AAT------A-TAACAA-----GATTC--A-------GT--GAA-TAT---GA-----CAT--TTA--TAA-TC-AT-GATCAA--A--AGTGTTGGCGA--T-ATA---AACCAAGATC--A-AACAA-ATG-AC-GTATTAT-ACCCCGTAC--TAAAAT-ACAAAAAAAT--CAATT---------AGA-CAACT-ATAT------ACAA-------AT-A--A-CTG-TTT---tcacacacataaaaaaatcttaaaaaaatatatat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTACA------AATG---AG-------------------CAAATAAACATG-TAAATTA-CACAGCTTT-GCAA---ATTACCAT-GTTTG-----TA-AGT--GAGCAA-ATGAA---CA----TTT---AAATAAC--ACAAAT-----------TGCTCCAAAGAAATACACAT-------CTGAAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             ---AACCAAGATC--A-AGAAA-ATT-AC-CAA--AT-A----G-AC--TAAAAT-AT-AGAAAAT--TAATTGACT---G-GGA-CAACG-AAAT------ACAA-------TC-A--T-CCT-TGC---ACTAATGCCTATTATTCAACAAATTACTAGGTTTGCA------AATA---AG-------------------CAAATAATCATG-TAAATTA-CAcaccaaaaatataaaaggtggcatacacaaaaggccaccaagcaatgaaacatgttgcatgtaaattgctgcgccacccaaggaatgcta
gi|13                         :                                                                   ----GA-GTAACAATT----CGGGCATT-CC------T--TGGC-TCCGTTTT--C---AT-------TACT--GACTGATCA-CT---GA---A-ATA--TGCAATGA--AAT--------TA-TAAAA---GTTTT--A-------GT--GAA-TAT---GA-----CAT--TTA--TTA-TC-AT-TATC-A--A--ACAAATCACGTAATAATA---AATTGAAATT--A-AACAA-ATaaaaggtcactaagcaatgaagcatgttgcaagta
gi|14                         :            ccacatTTATATTCAGCAACTTTTTGTTGCTTTTAAAAAAC------A------G----GA-ATAAAAATA----CTGGCATT-CC------G--AAGC-TCAGTGTT--T---GT-------TACT--AAAT-ACC--TT---GA---C-ATG--TGCAATAC--AAT------A-TAACAGAT---GATTA--A-------GT--GAA-TAT---GTCAATACAT--TTA--TTA-TC-AT-GATCAA--A--ACTacaaccacccgtttaata
gi|15                         :                                                AAAAC------ACCCGTAT----GA-GGAAAAACT----CTGGCATT-CC------A--CAGC-TCAGTTTT--TTTGGT-------TACT--GAAT-A----TT---GA---T--TGAATTCACTGA-----------A-TAACAAAAATCAGTTA--AC------GT--GAA-TAT---GC-----C------A--TTA-TT-AT-AGTCAAACA--ACTAgc
gi|17                         : atttgtatctaacatgaaattaTTCAGCAA--TTTTGC-GCT---AGATAAC------A-----AG----GA-ATAAATATG----CAGACATT-CC------G--AAGC-TCCGATCT--T---GT-------TACT--AATT-GCC--TT---GG---C-ATG--TGCTATGC--TAT------A-TAACAAAA---GGTTA--A-------G
gi|18                         :                                                                            tAAAACT----CTGGCATTGCC------A--CAGC-TCAGTTTT--T--------------TT--GGTT-A-C--TT---GA-----ATA--T-TGATGA--ATTCACTGAA-TAACAAAag
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                              tatttgtatctaacatgaaattaaaaacacccgtatgaggg-AC-GAA--AT-A----T-AC--CAAATT-AA-ACAAAAT--TGATAGACC---T-AGA-CAACC-AAAT------ACAA-------AC-A--A-TCG-TGT---ACTAATG------------------ACAAAGTTTGT-------AATT---AG-------------------GAAATATAAATG-GAAATTA-CATAG
gi|2                          :                   TATATTCACAAA--TTTTGC-CTT---AGAAAGC------ACAT--AT----GA-GCACAATTT----CTGGCATT-CC------G--TAGC-TCAGTTTG--G---AT-------TACT--AACT-AATAATT---GA-----ATA--TGCAATGA----T------A-CAGCAAAA-----TTGT-A-------GT--GAG-TAT---GT-----CATCATCA--TTA-TC-A---ATCCA--A-------CGGCAT--A-TTA---AACCAAGATC--A-AACAA-ATT-AC------------------------AT-AT-C--AAAT--TACTTGCTT---A-GGA-CAACT-AAATGTAGATATAA-------AC-A--A-CCG-TTT---ACCAATG------------------ACTAGATTTGCA------AATA---AG-------------------CAAATAGACATG-TAATTCA-TTTTGGTTT-TCAATTAATGACTGG-GTTTG-----CATAAT--AA-CAA-ATATA---CA----TTT---GAACTAA--ACAAAT-----------TGACTCCAGCTAATA
gi|20                         :                tcTTATATTCCGCAA--TTTTGC-GCT---GGAAAAC------A-----atactatttctaataatactagaaatataaaatcggtggcgcataggtcactaagcaattaacacactttaca
gi|20                         :                                                                                                                                                t-ACA--TT---GA---C-CTG--TGCGATAA--AAT------ACTAAC-AAA---GGTTA--A-------GT--GAA-TAT---GT-----CAT--TTA--TTA-TCAAT-GAACAA--A--ttgacctgtgcgataaaatactaacaaaggttaagtgaatatgtcatttattatcaatgaacaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        tttatattccgcaattttgcgctggaaaAAGGGC--A-AACAGCATG-ATTGGA--A---------AC--TAAAAT-AT-TAGAAAT--TAATTGGCT---G-GGA-CTACT-AAA-------ACAA-------AC-A--A-CCG-T
gi|22                         :                  TCATATTCCGCAA--TTTTGC-GCT---ATAAA-C------A-----AG----GA-ATAGAAATA----CTGACATT-CC------A--AAGC-TCAGT
gi|3                          :                  TCATATTCAGCAA--TTTTGC-GCT---AAAAAAT------A-----AG----GA-ATATAAATA----CTGGCATT-CC------G--AAGC-TCAGTTTT--T---GT-------TACT--GATT-ACC--TT---GG---C-ACG--TGCGATAA--AAT------A-TAACAAAA---GGTTA--A-------GT--GAA-TAT---GT-----CAT--TTA--TTA-TC-AT-GATCAA--A--ACTATTGGCGT--T-ATA---AACCAAGATC--A-GACAA-ATG-AC-GCA--AT-A----G-AC--TAAAAG-AT-AGAAAAT--TAATTTGCT---G-GGA-CAAGT-AAAT------ACAA-------AC-A--A-CCG-TTT---ACTAATG------------------ACTAGGCTTGCA------AATG---AG-------------------CAAATAAACATG-TCAATTA-CACAGGCTT-GCAACTAATGAATAG-GTTTG-----CA-AAT--GATCAA-ATAAA---GA----TTT---AAATTAC--ACAAAT-----------TGATCCCAGCCAATACACAT-------CTAAAATGTAT--ATGCATCGCGCATGCCATT
gi|4                          :                  TTATGTTAAGCAA--TTTTGC-GCT---A-AAAAT------A-----AG----GA-ATAAAAATA----CTGGCATT-CC------G--AAGC-TCAGTTTT--T---GT-------TACT--GATT-ACC--TT---GA---C-ACG--TGCAATAA--AAT------A-TAACAAAT---GGTTA--A-------GC--GAA-TAT---GT-----CAT--TTA--TTA-TC-AT-GATCAA--A--ACTATTGTCGT--T-ATA---AACAAAGATA--A-GACGA-ATG-AC-GCA--AT-A----A-AC--TAAAAT-AT-AGAAAAT--TAATTGGCT---G-GGA-CAAGT-AATT------ACAT-------AC-A--A-CCG-CTT---ACTAATG------------------ACTAGGTTTGTA------AATG---AG-------------------CAATTAAACATG-TAAATTA-CACAGTTTT-GCAACTAATGACTAG-GTTTGGACTTTA-AAT--GGT----GTAGA---CG----TTT----AATTAC--A
gi|5                          :                  TTATATTCAGCAA--TTTTAC-GCT---A-AAAAC------A-----AG----GA-ATAAAAATA----CTGGCATT-CC------G--AACC-TCAGTTTT--T---GT-------TACT--GGTT-ACC--TT---GA---C-ATG--TGCGATAA--AAT------A-TAACAAAAA--GGTTA--A-------GT--GAA-TAT---GT-----CAT--TTA--TTA-TC-AT-GATCAA--A--ACTATTGGCGT--T-ATA---AACCAAGATC--A-AACTA-ATG-AC-GCA--AT-A----C-AC--TAAAAT-AT-AGAAAAT--TAATTAGCT---G-GGA-CAAGT-AAAT------ACAA-------AC-A--A-CCG-TTT---ACTAATG------------------ACTAGGTTTGCA------AATG---AC-------------------CAAATAAACATG-TAAATTA-CACAGATTT-GCAACTAATGATTAG-GTTTG-----CA-A------------------------------------AC--ACAAAT-----------TGATCCCAGCCAATAaagctcaaaga
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                  tCGT--T-ATA---AACCAGGATC--A-AACAA--TG-AC-GTA--AC-A----G-AC--TAAAAT-AT-AGAAAAT--TAAATGGCT---G-GGA-CAAGT-AAAT------ACAA-------AC-A--A-CCG-TTT---ACCAATT------------------AATAGGTTTGCA------AATG---AG-------------------CAAATAAGCTTG-TAAATTA-CACAGT---------------------TTTG-----CA-AAT--GATCAA-ATAAA---GA----TTT---AAATTAC--GCAAATAATCATATTTACGATCTAAGCCAA-GCA-ATTTCTTTGCTAAAATGTATCAATGATTTGTTCATTTCATT
gi|7                          :                  TTATATTTTACAA--TTTTG--------AGATTAC------A-----ACACCTGT-ATGAGAATCAGCTCTGGCATT-CC------A--CAGCCTCGGATTT--T---AC-------TACT--AAAT-A----TT---GATTGC-AT---TGTG-TAAGCAA-------A-TAACAAAACT-ATTTA--A-------GT--GAA-AAT---GT-----CAT--TTA--TAA-TC-AT-AATTAA--A--------------------------------C--A-AA-----TG-AC-ATA--AT------------CACAGT-AC-ACAAAAT--TAATTG--------------------AT------AC-A-------AC-A--AGCCG-TTT---ACTAAAG------------------ACGAG--------------ATG----------------------------TGAACTTG-TAATTTA-CACA
gi|8                          :               tatTTTTATTCA-CAG--T---GC-GGA---GGGAAACTTTTAAA-----AG----AA-GTAAAGTTT----CTGGCATT-CCCGATTGGCTAAGC-TCA-TTTT--T---AG-------TACT--GATT-ATCGCCC---GA---C--TA--TTCAATGT--AAT------A-TAACAA------GTTTTTA-------GT--GAA-TAT---GC-----CAT--TTA--TTA-T----------------ACT---------------------CAAA--C--A-AA-----TG-AC-GTA--AA-C----G-GC--TAAAAT-----CAATAT--T-ATTGGCT---G-GGA-CAACT-AA--------ACAG-------AA-A--A-CTGTTTT---ACTAATG------------------ACTAGGTCTGCA------a
gi|9                          :                                                           t-----AG----GACAAAAAAATA----CTGTCATT-CC------G--AAGC-T-AGTTTTACT----T-------TACT--AATTGAGC--CT---GA---CCATA--TTCGGTAA--AAT------A-TA-CAAAA---G-TTA--G-------TT--GAAATAT---GTT----CAT--TTAAATTA-TC-A--GATCAA--AGAACTATTGGCGTA-T-ATA---A-CCAAGATC--CTAACAA-ATG-AC-GCA--ATGA----G-A---TAACAT-AT-AGAAAG---CAATTGGCT---GTGGA--AACTAAAAT------A-AA-------AC-AAGA-CTGCCTT---ACCATGG------------------ACTGG


blockSeqs                     :                               CT      T   TTT A     TTTTAAAAG           C        CAGCT        G  CGATTGGCTA   C        AC TTGGT           .     G ATAA  .    TTGC   GAA   G    GC   CACTGA C        ATCAG   TT C        .    A   .    CAATA   CA   AA   .  A T       AC GA   GT      AATA   .            .  T     C   .  T T TT  ACCCCGT   .       .  A A     .          GT      .     A    GTAGAT    .        . AG G   T   .         CCTATTATTCAACAAATT            .         .    .                              .       .     CT  .    T          .     GACTT  T   GAGCAA        CA          A         .       AATCATATTTAC                C  TTCTTTG           CA   AT    T   T
blockSeqs                     :                               .       .   .   G     ACCCGTAT            .        A            .  GC           .        .  GT              .     G TCGC  .    CC     G     A    .    .      .        CTAT    T  .        .    .   .    T       .    .    .  . T       .  .    AA      AT     .            .  .     .   .  . A .   GAG       .       .  . G     .          G       .     .    .         .        . .  .   C   .         .                             .         .    .                              .       .     GT  .    C          .     .      .   GATCAA        CA          G         .       T                           .  .                                 
blockSeqs                     :                               .       .   .   G     AACACCT             .        T            .  TT           .        .  AT              .     . TCA   .    C      A     A    .    .      .        AGG     .  .        .    .   .    .       .    .    .  . T       .  .    AT      T      .            .  .     .   .  . A .   AG        .       .  . C     .          T       .     .    .         .        . .  .   .   .         .                             .         .    .                              .       .     GC  .    C          .     .      .   GATCAA        GA          A         .       T                                                                
blockSeqs                     :                               .       .   .   G     ACATAT              .        A            .  GA           .        .  GT              .     . TC    .    A      G     A    .    .      .        GA      .  .        .    .   .    .       .    .    .  . T       .  .    AT      A      .            .  .     .   .  . G .   AT        .       .  . A     .          A       .     .    .         .        . .  .   .   .         .                             .         .    .                              .       .     TT  .    C          .     .      .   AACAA         CG          A         .       T                                                                
blockSeqs                     :                               .       .   .   T     AAG                 .        T            .  AC           .        .  GT              .     . CC    .    C      G     T    .    .      .        GT      .  .        .    .   .    .       .    .    .  . T       .  .    AT      T      .            .  .     .   .  . C .   AG        .       .  . G     .          G       .     .    .         .        . .  .   .   .         .                             .         .    .                              .       .     AT  .    .          .     .      .   GGT           GA          .         .       T                                                                
blockSeqs                     :                               .       .   .   A     AAG                 .        G            .  GA           .        .  AT              .     . CC    .    T      A     G    .    .      .        GA      .  .        .    .   .    .       .    .    .  . T       .  .    AT      T      .            .  .     .   .  . C .   AA        .       .  . G     .          G       .     .    .         .        . .  .   .   .         .                             .         .    .                              .       .     T   .    .          .     .      .   .             .           .         .                                                                        
blockSeqs                     :                               .       .   .   G     AAG                 .        T            .  AC           .        .  GT              .     . CA    .    C      A     A    .    .      .        GG      .  .        .    .   .    .       .    .    .  . T       .  .    .       T      .            .  .     .   .  . C .   AC        .       .  . G     .          G       .     .    .         .        . .  .   .   .         .                             .         .    .                              .       .                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :                               .       .   .   G     AAG                 .        T            .  GT           .        .  GT              .     . CC    .    C      G     G    .    .      .        GG      .  .        .    .   .    .       .    .    .  . T       .  .    .       T      .            .  .     .   .  . T .   AG        .       .  . G     .          G       .     .    .         .        . .  .   .   .         .                             .         .    .                              .       .                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :                               .       .   .   .     AAG                 .        A            .  AA           .        .  GT              .     . CC    .    C      G     G    .    .      .        GG      .  .        .    .   .    .       .    .    .  . T       .  .    .       .      .            .  .     .   .  . T .   CG        .       .  . C     .          G       .     .    .         .        . .  .   .   .         .                             .         .    .                              .       .                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :                               .       .   .   .     AG                  .        A            .  GA           .        .  AC              .     . CC    .    C      G     A    .    .      .        GG      .  .        .    .   .    .       .    .    .  . .       .  .            .      .            .  .     .   .  . T .   .         .       .  . C     .          G       .     .    .         .        . .  .   .   .         .                             .                                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                         .        A            .  GA           .        .  AG              .     . GC    .    C      G     G    .    .      .        G       .  .        .    .   .    .       .    .    .  . .       .  .                   .            .  .     .   .  . C .   .         .       .  . G     .          .       .     .    .         .        . .  .   .   .                                                                                                                                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                         .        A            .  GA           .        .  T               .     . C     .    C      A     G    .    .      .        G       .  .        .    .   .    .       .    .    .  . .       .  .                                .  .     .   .  . . .   .         .       .  . .     .          .       .     .    .         .        . .  .   .                                                                                                                                                                                                                                                         
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Reference ( family-550 )      :                  TTATATTCAGCAA--TTTTGC-GCT---AGAAAAC------A-----AG----GA-ATAAAAATN----CTGGCATT-CC------GN--AG-C-TCAGTTTT--T---GT-------TACT--GATT-ACC--TT---GA---C-ATG--TGCGATAA--AAT------A-TAACAAAA---GGTTA--A-------GT--GAA-TAT---GT-----CAT--TTA--TTA-TC-AT-GATCAA--A--ACTATTGGCGT--T-ATA---AACCAAGATC--A-AACAA-ATG-AC-GCA--AT-A----G-AC--TAAAAT-AT-AGAAAAT--TAATTGGCT---G-GGA-CAACT-AAAT------ACAA-------AC-A--A-CCG-TTT---ACTAATG------------------ACTAGGTTTGCA------AATG---AG-------------------CAAATAAACATG-TAAATTA-CACAGNTTT-GCAACTAATGACTAG-GTTTG-----CA-AAT--GATCAA-ATAAA---CA----TTT---AAATTAC--ACAAAT-----------CGATCCCAGCCAATACACAT-------CTAAAATGTATCAATGNNTCGCGCATNCCATT
gi|1                          :                                                                            AAAAATAG---CTG-CATC-CC------GG--AATC-TCAGTTTT--T---TTCGAGCTATACTTTAATT-ACC--TTTTGAA---C-AT---TGT-ATAA--ATA------A-TAATAACA---TATTA--ACGACGAGGTTCGAC-TTTTGCAT-----CAT--TTA--TTAATT-ATTGA--AA--A--AACATTGGTGT--T-ATATCAAACCAAAA-CGAA-AACAACATGGAC-GCA--AT-A----G-ACCATAACATAAT-AGATAACGGTAATTGGCTTGAA-GGATCATCC-AAAT------ATAACAAAAATACAA--A-CCG-TTTAAAACTAATG------------------CCTTTGTTTGCATATCTCAATGATTAGGTTTATCAGGTGAGTCAATCAAATATACATGTTAAATTATCACAGGTCTAGCAACTAATGACTGGTATTGG-----CA-AATCGAATCAATATAAAGACCAGGAGTTTCTAAAATTATCAACAAAT-----------C
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTACA------AATG---AG-------------------CAAATAAACATG-TAAATTA-CACAGCTTT-GCAA---ATTACCAT-GTTTG-----TA-AGT--GAGCAA-ATGAA---CA----TTT---AAATAAC--ACAAAT-----------TGCTCCAAAGAAATACACAT-------CTGAAA
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gi|14                         :            ccacatTTATATTCAGCAACTTTTTGTTGCTTTTAAAAAAC------A------G----GA-ATAAAAATA----CTGGCATT-CC------GA--AG-C-TCAGTGTT--T---GT-------TACT--AAAT-ACC--TT---GA---C-ATG--TGCAATAC--AAT------A-TAACAGAT---GATTA--A-------GT--GAA-TAT---GTCAATACAT--TTA--TTA-TC-AT-GATCAA--A--ACTacaaccacccgtttaata
gi|15                         :                                                AAAAC------ACCCGTAT----GA-GGAAAAACT----CTGGCATT-CC------AC--AG-C-TCAGTTTT--TTTGGT-------TACT--GAAT-A----TT---GA---T--TGAATTCACTGA-----------A-TAACAAAAATCAGTTA--AC------GT--GAA-TAT---GC-----C------A--TTA-TT-AT-AGTCAAACA--ACTAgc
gi|17                         : atttgtatctaacatgaaattaTTCAGCAA--TTTTGC-GCT---AGATAAC------A-----AG----GA-ATAAATATG----CAGACATT-CC------GA--AG-C-TCCGATCT--T---GT-------TACT--AATT-GCC--TT---GG---C-ATG--TGCTATGC--TAT------A-TAACAAAA---GGTTA--A-------G
gi|18                         :                                                                            tAAAACT----CTGGCATTGCC------AC--AG-C-TCAGTTTT--T--------------TT--GGTT-A-C--TT---GA-----ATA--T-TGATGA--ATTCACTGAA-TAACAAAag
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               tatttgtatctaacatgaaattaaaaacacccgtatgaggg-AC-GAA--AT-A----T-AC--CAAATT-AA-ACAAAAT--TGATAGACC---T-AGA-CAACC-AAAT------ACAA-------AC-A--A-TCG-TGT---ACTAATG------------------ACAAAGTTTGT-------AATT---AG-------------------GAAATATAAATG-GAAATTA-CATAG
gi|2                          :                   TATATTCACAAA--TTTTGC-CTT---AGAAAGC------ACAT--AT----GA-GCACAATTT----CTGGCATT-CC------GT--AG-C-TCAGTTTG--G---AT-------TACT--AACT-AATAATT---GA-----ATA--TGCAATGA----T------A-CAGCAAAA-----TTGT-A-------GT--GAG-TAT---GT-----CATCATCA--TTA-TC-A---ATCCA--A-------CGGCAT--A-TTA---AACCAAGATC--A-AACAA-ATT-AC------------------------AT-AT-C--AAAT--TACTTGCTT---A-GGA-CAACT-AAATGTAGATATAA-------AC-A--A-CCG-TTT---ACCAATG------------------ACTAGATTTGCA------AATA---AG-------------------CAAATAGACATG-TAATTCA-TTTTGGTTT-TCAATTAATGACTGG-GTTTG-----CATAAT--AA-CAA-ATATA---CA----TTT---GAACTAA--ACAAAT-----------TGACTCCAGCTAATA
gi|20                         :                tcTTATATTCCGCAA--TTTTGC-GCT---GGAAAAC------A-----atactatttctaataatactagaaatataaaatcggtggcgcataggtcactaagcaattaacacactttaca
gi|20                         :                                                                                                                                                 t-ACA--TT---GA---C-CTG--TGCGATAA--AAT------ACTAAC-AAA---GGTTA--A-------GT--GAA-TAT---GT-----CAT--TTA--TTA-TCAAT-GAACAA--A--ttgacctgtgcgataaaatactaacaaaggttaagtgaatatgtcatttattatcaatgaacaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         tttatattccgcaattttgcgctggaaaAAGGGC--A-AACAGCATG-ATTGGA--A---------AC--TAAAAT-AT-TAGAAAT--TAATTGGCT---G-GGA-CTACT-AAA-------ACAA-------AC-A--A-CCG-T
gi|22                         :                  TCATATTCCGCAA--TTTTGC-GCT---ATAAA-C------A-----AG----GA-ATAGAAATA----CTGACATT-CC------AA--AG-C-TCAGT
gi|3                          :                  TCATATTCAGCAA--TTTTGC-GCT---AAAAAAT------A-----AG----GA-ATATAAATA----CTGGCATT-CC------GA--AG-C-TCAGTTTT--T---GT-------TACT--GATT-ACC--TT---GG---C-ACG--TGCGATAA--AAT------A-TAACAAAA---GGTTA--A-------GT--GAA-TAT---GT-----CAT--TTA--TTA-TC-AT-GATCAA--A--ACTATTGGCGT--T-ATA---AACCAAGATC--A-GACAA-ATG-AC-GCA--AT-A----G-AC--TAAAAG-AT-AGAAAAT--TAATTTGCT---G-GGA-CAAGT-AAAT------ACAA-------AC-A--A-CCG-TTT---ACTAATG------------------ACTAGGCTTGCA------AATG---AG-------------------CAAATAAACATG-TCAATTA-CACAGGCTT-GCAACTAATGAATAG-GTTTG-----CA-AAT--GATCAA-ATAAA---GA----TTT---AAATTAC--ACAAAT-----------TGATCCCAGCCAATACACAT-------CTAAAATGTAT--ATGCATCGCGCATGCCATT
gi|4                          :                  TTATGTTAAGCAA--TTTTGC-GCT---A-AAAAT------A-----AG----GA-ATAAAAATA----CTGGCATT-CC------GA--AG-C-TCAGTTTT--T---GT-------TACT--GATT-ACC--TT---GA---C-ACG--TGCAATAA--AAT------A-TAACAAAT---GGTTA--A-------GC--GAA-TAT---GT-----CAT--TTA--TTA-TC-AT-GATCAA--A--ACTATTGTCGT--T-ATA---AACAAAGATA--A-GACGA-ATG-AC-GCA--AT-A----A-AC--TAAAAT-AT-AGAAAAT--TAATTGGCT---G-GGA-CAAGT-AATT------ACAT-------AC-A--A-CCG-CTT---ACTAATG------------------ACTAGGTTTGTA------AATG---AG-------------------CAATTAAACATG-TAAATTA-CACAGTTTT-GCAACTAATGACTAG-GTTTGGACTTTA-AAT--GGT----GTAGA---CG----TTT----AATTAC--A
gi|5                          :                  TTATATTCAGCAA--TTTTAC-GCT---A-AAAAC------A-----AG----GA-ATAAAAATA----CTGGCATT-CC------GA--AC-C-TCAGTTTT--T---GT-------TACT--GGTT-ACC--TT---GA---C-ATG--TGCGATAA--AAT------A-TAACAAAAA--GGTTA--A-------GT--GAA-TAT---GT-----CAT--TTA--TTA-TC-AT-GATCAA--A--ACTATTGGCGT--T-ATA---AACCAAGATC--A-AACTA-ATG-AC-GCA--AT-A----C-AC--TAAAAT-AT-AGAAAAT--TAATTAGCT---G-GGA-CAAGT-AAAT------ACAA-------AC-A--A-CCG-TTT---ACTAATG------------------ACTAGGTTTGCA------AATG---AC-------------------CAAATAAACATG-TAAATTA-CACAGATTT-GCAACTAATGATTAG-GTTTG-----CA-A------------------------------------AC--ACAAAT-----------TGATCCCAGCCAATAaagctcaaaga
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                   tCGT--T-ATA---AACCAGGATC--A-AACAA--TG-AC-GTA--AC-A----G-AC--TAAAAT-AT-AGAAAAT--TAAATGGCT---G-GGA-CAAGT-AAAT------ACAA-------AC-A--A-CCG-TTT---ACCAATT------------------AATAGGTTTGCA------AATG---AG-------------------CAAATAAGCTTG-TAAATTA-CACAGT---------------------TTTG-----CA-AAT--GATCAA-ATAAA---GA----TTT---AAATTAC--GCAAATAATCATATTTACGATCTAAGCCAA-GCA-ATTTCTTTGCTAAAATGTATCAATGATTTGTTCATTTCATT
gi|7                          :                  TTATATTTTACAA--TTTTG--------AGATTAC------A-----ACACCTGT-ATGAGAATCAGCTCTGGCATT-CC------AC--AG-CCTCGGATTT--T---AC-------TACT--AAAT-A----TT---GATTGC-AT---TGTG-TAAGCAA-------A-TAACAAAACT-ATTTA--A-------GT--GAA-AAT---GT-----CAT--TTA--TAA-TC-AT-AATTAA--A--------------------------------C--A-AA-----TG-AC-ATA--AT------------CACAGT-AC-ACAAAAT--TAATTG--------------------AT------AC-A-------AC-A--AGCCG-TTT---ACTAAAG------------------ACGAG--------------ATG----------------------------TGAACTTG-TAATTTA-CACA
gi|8                          :               tatTTTTATTCA-CAG--T---GC-GGA---GGGAAACTTTTAAA-----AG----AA-GTAAAGTTT----CTGGCATT-CCCGATTGGCTAAG-C-TCA-TTTT--T---AG-------TACT--GATT-ATCGCCC---GA---C--TA--TTCAATGT--AAT------A-TAACAA------GTTTTTA-------GT--GAA-TAT---GC-----CAT--TTA--TTA-T----------------ACT---------------------CAAA--C--A-AA-----TG-AC-GTA--AA-C----G-GC--TAAAAT-----CAATAT--T-ATTGGCT---G-GGA-CAACT-AA--------ACAG-------AA-A--A-CTGTTTT---ACTAATG------------------ACTAGGTCTGCA------a
gi|9                          :                                                           t-----AG----GACAAAAAAATA----CTGTCATT-CC------GA--AG-C-T-AGTTTTACT----T-------TACT--AATTGAGC--CT---GA---CCATA--TTCGGTAA--AAT------A-TA-CAAAA---G-TTA--G-------TT--GAAATAT---GTT----CAT--TTAAATTA-TC-A--GATCAA--AGAACTATTGGCGTA-T-ATA---A-CCAAGATC--CTAACAA-ATG-AC-GCA--ATGA----G-A---TAACAT-AT-AGAAAG---CAATTGGCT---GTGGA--AACTAAAAT------A-AA-------AC-AAGA-CTGCCTT---ACCATGG------------------ACTGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAATAACATATGTGTACAAATATGTCTTCTTGCAAACTAGGTCAGCAGACCTAACCTAGATTAATTGAATGTCCTACCTTGAGATGGTACAGCATGATCCCGGTACTAAGTATGTCATCATCAATACCGATC