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gi|8 : TACATTAGAT-TC---AC-TC----AT---GCTGCG------TG-TTT-ATGCATA---GTGAA-GCTT--T-GCAATTTGCAAAGG--GAA--ATA--ACTC-AGATG-GACAC-ATCAA-AATAATTGGTTT-T-ATG-G-CCAC---AACTtaccg
gi|9 : gggggaggggggggggggggcttgcgctttatggtctaacaatattccagctcggttatcattgatactttctaatgcagtacattcgcaAATCGGTTT-T-AT---------------TC-TTCAA---------ACCA-TAACCAAT-CTTT-G-T----AAAATTT----GA-T--ATGTG
gi|9 : -G-TGTC-ATTT--T--GGTA-GG--TTT----AG--GCA-GATTTTTG-G----T-AATTT------------------------ACAG-TGTC----AT-TTCG-GT----------AA-tcattttggtaggtttaggcagatttttggtaatttacagtgtcatttcggtaatcggggtacccctatatagctgtatatatagagattgtgctgaatccgttaataacctctgggcttctctg
blockSeqs : T CGT T CGTG TAG GGATCTCTCGTTA AAG A CGT T ATTTGCA AA TT GGA C A TT CA G TC A T T G TGGG T TCAGGTGAA CAT T A T C TGTA A TTTG G TA TG AA TAAT TC TTTTT AA TATG A A TT GG A TT GTCA AT TC A TAAA A ATAGTGTCATTCCGGCAGAGACAT A TCTG G C GGTAAAAATC C A A A A A
blockSeqs : . . . . . TGCGTGTTT . . AGA . . . . T A G T TA A A . . . . A . TTAACCAC GG T . . . . A . . . . . TAAT . . AG TGA . . T . . . . . TC . . . A C . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GTTTTT . . C . . . . A . A G A G T . . . . C . C CA T . . . . A . . . . . . . . . GGA . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . ATTTT . . T . . . . A . G T A A A . . . . G . . CG G . . . . A . . . . . . . . . TTG . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GTTT . . G . . . . A . A A A A A . . . . A . . CA G . . . . A . . . . . . . . . TG . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . C . . . . A . G T A . A . . . . A . . TC G . . . . A . . . . . . . . . TT . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . G . . A . . . . A . . CA C . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqCons : GTTTT************ C** A* A* TG****
originalCons : TACATTAGAT-CC---AC-CC----GT---GC---G------T--TTT-AAGCGTA---GCAAA-GCTC--T-GCA-------AAGG--GAA--ATA--ACTC-AGATT-GACAT-ATCGA-AATAATCGGTTT-T-ATG-G-CCAC---GACTTC-TTCAA---------ACCG-TAANCAAT-CTTT-G-T----AAAATTT----GA-T--ATGTGAGTAGAT--GACACT--T----AT--AGG-----GACA--TATGT--T-G-G-TGTC-ATTT--C--GGTA-GG--TTT----AG--GTA-GATTTTCG-G----T-AATTT------------------------ATAG-TGTC----AT-TTCG-GT----------AA-ATCAC-CCTC-AT-T-T-CGGTAATTCGGGG
finalCons : TACATTAGAT-CC---AC-CC----GT---GCGTTTT------------AAGCGTA---GCAAA-GCTC--T-GCA-------AAGG--GAA--ATA--ACTC-AGATT-GACATA-TCGAA-ATAATCGGTTT-T-ATG-G-CCAC---GACTTC-TTCAA---------ACCG-TAANCAAT-CTTT-G-T----AAAATTT----GA-T--ATGTGAGTAGAT--GACACT--T----AT--AGG-----GACA--TATGTTG----G-TGTC-ATTT--C--GGTA-GG--TTT----AG--GTA-GATTTTCG-G----T-AATTT------------------------ATAG-TGTC----AT-TTCG-GT----------AA-ATCAC-CCTC-AT-T-T-CGGTAATTCGGGG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GGGGGTGGGGGGGGGGGGTGGGGGGGGGGGGGTCGCAGATTTTTATTAATATCGATATTGAAGAAATTCATATATACTGGTACAAATAAATTAATATTTTCTAAAGCATTGCA
Unaligned ( gi|15 ): TTAAATATATATAGTCTACATTATTGCAGCTCGGTTATCATTAAT
Unaligned ( gi|16 ): TCTGTTATCATTAACACTATCTAATGCATTACATTCACATTCATT
Alignments
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lowQualScore : . ... . .... ... ................. . . ... . ... . ....... .. .. ... . . .. .. . .. . . . . .... . ......... ... . . . . .... . .... . .. .. .. .... .. ..... .. ...... . . .. .. . .. .... .. .. . .... . ........................ . .... . . .......... . . . . . .
lowQualScore : 7 000 7 1111 000 55555555555555555 2 2 888 0 222 0 2222222 99 99 222 0 2 22 11 6 22 0 0 0 0 5555 4 333333333 222 0 4 4 4 4444 9 4444 4 11 55 55 0000 55 00000 00 888888 6 6 99 66 3 66 1111 66 77 3 1111 3 444444444444444444444444 7 1111 3 7 6666666666 3 7 7 7 7 7
consensus : TACATTAGAT-CC---AC-CC----GT---GC---G------T--TTT-AAGCGTA---GCAAA-GCTC--T-GCA-------AAGG--GAA--ATA--ACTC-AGATT-GACAT-ATCGA-AATAATCGGTTT-T-ATG-G-CCAC---GACTTC-TTCAA---------ACCG-TAANCAAT-CTTT-G-T----AAAATTT----GA-T--ATGTGAGTAGAT--GACACT--T----AT--AGG-----GACA--TATGT--T-G-G-TGTC-ATTT--C--GGTA-GG--TTT----AG--GTA-GATTTTCG-G----T-AATTT------------------------ATAG-TGTC----AT-TTCG-GT----------AA-ATCAC-CCTC-AT-T-T-CGGTAATTCGGGG
Reference ( family-5481 ) : TACATTAGAT-CC---AC-CC----GT---GC---G------T--TTT-AAGCGTA---GCAAA-GCTC--T-GCA-------AAGG--GAA--ATA--ACTC-AGATT-GACAT-ATCGA-AATAATCGGTTT-T-ATG-G-CCAC---GACTTC-TTCAA---------ACCG-TAANCAAT-CTTT-G-T----AAAATTT----GA-T--ATGTGAGTAGAT--GACACT--T----AT--AGG-----GACA--TATGT--T-G-G-TGTC-ATTT--C--GGTA-GG--TTT----AG--GTA-GATTTTCG-G----T-AATTT------------------------ATAG-TGTC----AT-TTCG-GT----------AA-ATCAC-CCTC-AT-T-T-CGGTAATTCGGGG
gi|1 : CACTAGAT-CC---AC-CC----GT---GC-----------------------------AGA-GCT-----GCA-------AAGG--GCA--GTA--ACTC-CGATT-GAC----------------GGTTT-T-ATG-G-CCAC---CACTTT-TTCAA---------ACCG-TACCCAAA-CTTT-G-T----AAAATTT----GA-T--ATGTGAGTAAAT--GACACT--T----AT--TGG-----AACA--CATAT--C-GAG-TGTC-ATCT--C--GGTA-GG--TTT----AG--GTC-GATTTTTG-G----T-TATTT------------------------ATTG-TGTC----AT-TTCG-GT----------AA-
gi|10 : gactcctagactgcttcagcatattttgacgacagcagtgtaatttatggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggacttcatttattaaatatatatagtctacaatattgcagctcagtaatcattaatactttctaatgcattacattAT-CATT-G-T----AAA-TTT----TA-T--GTGTGAATAGAT--GACACT--T----AT--AAG-----AACAAATCTAT--T-G-AATGTA-ATTT--T--GGTA-GG--TTT----AG--GTA-AATTTTCG-G----T-AATTC------------------------ATAG-TGTC----AT-TTCG-GT----------AA-ATCAG-TGTC-AT-T-C-CGGTtttgagat
gi|11 : GTAGAT--GCCACT--TTAATAT--AGG-----AACA--AGTAT--T-GAG-TGTC-ATTT--C--GGTA-GT--TTT----AG--GTA-GATT---G-G----T-AATTC------------------------AAGG-TGTC----AT-TCCG-GT----------AA-TTCAg
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gi|14 : TTT--C--AGTA-TT--TTT----AG--GTA-GATTTTCG-C----T-CATTG------------------------ATAC-TGTC----AT-TTCG-GT----------AA-ggtaccaattatgattaa
gi|17 : ATCGGTTT-T-ATG-G-CCAC---AACTTC-TTCAA---------ACGG-Tttaaaggtac
gi|18 : AC-CCTC-AT-T-T-CGGTAATTCGGG
gi|2 : CGTTAGAT-CCCGTACTCC----GCTAGGC---G------T--TTTTAAGCGTA---GCAAAAGCTCGTT-GCA-------AGCGAAGAATTATAGGACTCCAAATT-GACAT-ATCGATCATAATCGGTTT-T-ATG-GGCCACTGGGGCTTC-TTCAATTAACCAC-ACCA-TAATCAAT-TTTTTGCT----AAAATTTTTTGGA-TTAATGTGAGTAGATTGAACACT--A----ATTCAAGTTTTTGACA--T-TGT--T-T-G--GTT-ATTTT-C--GGTAAGG--TTT----AAATGTA-ATCTTTCG-G----T-AATTT-------------------------TAG-TATC----AT-TTCG-GCGGTAAAAATCAA-ACCAC-CCTC-AT-T-T-CGGTAATTCGGGttaccct
gi|3 : atCATTAGAT-TC---AC-CC----GT---GC---G------------------------CAGG-ACTC--T-GCA-------AAGG--GAA--ATA--TCTC-AGCTG-GACAC--TCAA-AATAATCGGTTT-T-ATG-G-CCAC---CACTTC-TTCAA---------ACCG-TAATCAGT-CTTT-A-T----AAAATT-----------A-GTGAGTAGAT--GACACT--T----AT--AGG-----AACA--CATAT--G-GAG-TATC-ATTC--C--AGTA-GG--CTTGTCAAG--GTA-GATTTTCG-G----T-AATTTATAGTGTCATTCCGGCAGAGACATATAGATGTCTCTGAT-TGCG-GT----------AA-ATCGC-CGTC-AT-T-T-CGGTAATTCGGGGttaccc
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gi|5 : TACATTAGAT-CC---AC-CC----GT---GC---A------T--TTT-AAGCGTA---GCAAA-GCTAGAT-GCA-------AAGG--GAA--ATA--ACCC-AGATT-GACAT-ATCAA-AATAATCGGTTT-T-ATG-G-CCAC---AACTTC-TTCAA---------ACCA-TAAGCAAT-CTTT-G-T----AAAATTT----GA-T--ATGTGAGTAGAT--GACACT--T----AT--AGG-----GACA--TATGT--T-G-G-TATC-ATTT--C--GGTA-GG--TTT----AG--GTA-TCATTTCG-G----T-AATTT------------------------ATAG-TATC----AT-TTCG-GT----------AG-ATCAC-CCTC-AT-T-T-CGGTAATTCGAGGttac
gi|6 : TACATTAGATTCC---AC-CC----GT---GC---G------T--TT--AAGCATA---GCAAA-GCTG--T-GCA-------AAGG--GAA--ATA--ACTCAAAATA-GAAAT-ATC-A-AATAATCGGTTT-T-ATG-G-CCAC---AACTTCTTTCAAC--------ACCATTAAGCAATATTTT-G-T----AAAATTT----GG-T--ATGTGAGTAGAT--GACACTAAT----AT--AGG-----GACA--TATGT--T-G-G-CATC-ATTT--CGGGGTA-GGTTTTT----AG--GTATCATTTACG-G----TAAATTT------------------------ATAGCTCTC----ATGTTCGCGT----------AA-A
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gi|8 : TACATTAGAT-TC---AC-TC----AT---GCTGCG------TG-TTT-ATGCATA---GTGAA-GCTT--T-GCAATTTGCAAAGG--GAA--ATA--ACTC-AGATG-GACAC-ATCAA-AATAATTGGTTT-T-ATG-G-CCAC---AACTtaccg
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