lowQualScore                  :                                       33333                            77777777777777777777777777777777777777777777  1                                                                                    1111111          1                                                       111                                                2            1111111                  11111111      11111    3   11      22     222              11         11          11     1  11            1           22222222                
lowQualScore                  :        1   4  1 1  1   22 4    2 4444 22222  33 22 1    5 44   1  1 1  88888888888888888888888888888888888888888888  0 444444444     22 1 22  1 1  1 22  1  22   1 1  1 444   22  3   3333  3333 7 1 555  4444444 1 3      4 22  77777 6666 1 777777777 1  1 1  1  1   444 22   22 666 3  3   1   4    2     33 4 4 4    2  33 666 4  0        2   2222222    33 2 333  33  33333333 444  77777  2 2   11 8    22     888  8     0     11 8   7   11   0      33     0  33        2   0 3         77777777       7        
lowQualScore                  :        .   .  . .  .   .. .    . .... .....  .. .. .    . ..   .  . .  ............................................  . .........     .. . ..  . .  . ..  .  ..   . .  . ...   ..  .   ....  .... . . ...  ....... . .      . ..  ..... .... . ......... .  . .  .  .   ... ..   .. ... .  .   .   .    .     .. . . .    .  .. ... .  .        .   .......    .. . ...  ..  ........ ...  .....  . .   .. .    ..     ...  .     .     .. .   .   ..   .      ..     .  ..        .   . .         ........       .        
lowQualScore                  :        5   4  5 5  5   00 4    9 5555 77777  99 00 4    5 77   4  4 4  66666666666666666666666666666666666666666666  4 111111111     44 7 44  7 7  7 44  8  55   8 8  8 666   55  3   9999  9999 3 8 000  5555555 8 6      9 55  00000 4444 8 444444444 8  8 8  8  7   888 44   44 000 5  5   9   0    2     11 4 4 7    2  11 111 4  4        1   6666666    11 2 999  11  44444444 666  44444  8 0   00 0    00     000  0     8     00 0   8   00   8      22     0  22        5   0 2         88888888       3        
consensus                     :    TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT-G----GG----AA--G--A-CTTT-C--GTT-CA-A-AT----TA-CT-A-TT-TGAACG--A-A-G---TC--TT--C-C--CACT--G------TTGAC--A-G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-A-AA-AG--TTT--CA-CGG----TT----T-G-C---CA-------T-T-GGAAAATT--TT-----A----T-A---G-----G-AG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--T--GG-TT-CCA-TTG-AAGA-TCCAC--C-G-A-AAGC-AG--C---A-CG-AAGACGTA-AAA-------TTTC--A-G---AG--AG--------A--GTT--CANAGTTCATA--G-ATGA--AAGAA-TCAA-TGAAGACCGTG--A-AATGTCA--GCGAACGAACT-CACCA-GAA-TATTTAATGAAC-ATTTCCGAACC-A-A-TG-TTAGTCCTTCAACGAT
Reference ( gi|2 )            :    TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT-G----G-----AA--G--A-CTTT-C--GTT-CA-A-AT----TA-CT-A-TT-TGAACG--A-A-G---TC--TT--C-C--CACT--G------TTGAC--A-G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-A-AA-AG--TTT--CA-CGG----TT----T-G-C---CA-------T-T-GGAAAAAT--TT-----A----T-A---A-----G-AG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--T--TG-TT-CCA-TTG-AAGA-TCCAC--C-G-A-AAGC-AG--C---A-CGAAAGACGTA-AAA-------TTTC--A-G---AG--AG--------A--GTT--CATAGCT-ATA--G-ATGA--AAGAA-ATAA-TGAAGACCGTG--A-AATATCA--GCGAACGAACT-CACCA-GAA-TATTTAATGAAC-ATTTCCGAACC-A-A-TG-TTAGTCCTTCAACAAT
gi|4                          :    TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--AACAGT-G----GG----AA--G--A-CTTT-C--GTT-CA-A-AT----------A-GT---------A-A-G----------------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-T-CA-G--AA-GG---GT-A-AA-AG--TTT--CA-CGG----TT----TTG-C---CA-------T-T-GGAAAA----TT-----A----T-A---A-----G-AG-A-TA-CC-GTT---TTTAAA--TGTTGATT-CCA---G-AAGA-TCCAC--C-G-A-AAGC-AG--C---A-CGAA-GACGTA-AA--------TTTC--A-G---AG--AAGAC-----A--ATT---AGAGTTCATA--G-ATGA--AAGAA-TCAA-AGAAGACCGTGTGA-AACGTCA--GCGAACGAACT-CACCA-GAAATATTTAATGAAC-ATTTCCGAACC-A-A----TTAGTCCTTCAACAAT
gi|1                          :    TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT-GCTGCG-----AT--G--A-CTTT-C--GTT-CA-A-AT----AA-TTCA-TT-AGAACG--A-AAG---TCG-TT--C-C--CACTTCG------TTGAC--A-G--AC-TTCA-C--GA-AG--TGT-A-AT-A----TT--CAACGG----TT------G-C---CA-------T-T-GGAAAAGA--TT-----A----T-A---AC----G-AG-A-TA-CC-GCT---T--AAA-----TG-TT-CCA--TG-AAGA-TCCAC--CGG-A-AAGC-AG--C---A-CGACAGACGTA-AAA-------TTTC--A-G---AG--A-------------TT--CATAGCT-ATA--G-ATAAAGAAGAA-TCAATTGAAGA-CGTG--A-AATGT-A--GCGAACGAAC--CACCA-GA---ATTTAAT-AAC-A-TTCCGAACC-ACA-TGTTTAGTCC-TCAACAAT
gi|3                          :    TTGT--AA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT-G----GG----AA--G--A-CTTT-CT-GTT-CA-A-AT----AA-GT-------GAGCA--------------------------T--A------TTGAT--A-G--AA-T-CA-T--CA-GG--TGT-A-AA-AG--TTT--CA-ACG----TT----T-G-C---CA-------T-T-TGGAAAAT--TA-----T----T-A---A-----GAAG-A-CA-CC-TTT---T--AAA--T--GG-TT-CCA-TTGAAAGA-TCCAC--C-A-A-AAGC-AG--C---A-CG-AATACGTA-AAA-------TTTC--A-G---AG--AA--------A--ATT--AGAAGTTCATA--GAATGA--AAGAA-TCAA-TGAAGACCGTG--ATAATGTCAATGCG-ACGAACT-CACCA-GAA-TATTTAATGTACAATTTCCGAACC-A-ATTT-TTAGTCCTTCAACGATa
gi|14                         :    TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT-G----G-----AA--G--A-CTCT-C--GTT-CA-A-AT----------A-GT---------A-A-G----------------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-A-AA-AG--TTT--CA-CGG----TT----T-G-C---CA-------T-T-GGAAAATT--TT-----A----T-A---G-----G-AG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--T--GG-TT-CCA-TTG-AAGA-TCCAC--C-G-A-AAGC-AG--C---A-CG-AAGACGTA-AAA-------TTTC--A-G---AG--AG--------A--a
gi|13                         :    TTGT-TCA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT-G----GGA---AA--G--A-CTTT-C--GTT-CA-A-----------T-A-GT---------A-A-G----------------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-A-AA-AG--TTT--CA-CGG----TT----TTG-C---CAA------T-T-GGAAAA-T--TT-----AAT--T-A---G-----G-AG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--T--GG-TT-CCA-TTG-AAGA-TCCAC--C-GAA-AAGC-AG--C---A-CG-AAGACGTA-AAA-------TTTC--A-G---AG--AG--------A--caatt
gi|7                          :    TTGT-TAA-TT-T-AAAGAA--A-CAGT-G----GGAA--AA--G--A-CTTT-C--GTT-CA-A-AT----------A-GT---------A-A-G----------------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-A-AA-AG--TTT--CA-CGG----TT----T-G-CA--CA-------T-T-GGATAAAT--TTTA---A----T-A---G-----G-AG-A-TA-CCCGTT---T--AAA--T--GG-TT-CCA-TTG-AAGA-TCCAC--C-G-A-AAGC-AG--C---A-CG--AGACGTA-AGAAAT----TTTC--A-G---AG--AGACAATTGAA--GTT--CATAGcaatt
gi|11                         :   aTTGT-TAA-TT-T-AG-AAA--A-CAGT-G----GGCG--AA--G--A-CTTT-C--GTT-CA-A-AT----------A-GT----ACG--AGA-G----------------CATG--GGGGGGATTGAC----G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-AGAA-AG--TTT--CA-CGG----TT----TTG-C---CA-------T-T-GGAAAATT--TT-----A----TTA---G-----G-AG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--TG-TG--T-CCA-TTG-AAGA-TCCAC--T-G-A-AAGC-AG--C---A-CG-AAGACGTA-AAA-------TTCA--A-G---AG--AG--------A--a
gi|10                         :   aTTGT-TAA-TT-TTAA-GAA--A-CAGT-G----GG----AA--G--A-CTTT-C--GTT-CA-A-AT----------A-GT---------A-A-G-------------C--CA-T--A------TTGAC--C-G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-A-AACAG--TTT--CAACGG----TT----T-G-T---CAA------T-T-GGAAAT-T--TT-----A----T-A---G-----G-AG-A-TA-C--GTT---T--AAA--T--GG-TTTCCA-TTG-AAGA-TCCAC--C-G-A-AAGC-AG--CAAAA-CGAAAGACGTA-AAA--------TTC--A-G---AG--AG--------A--caa
gi|12                         :    TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--ATCAGT-G----G-----GAAGG--A-CTTT-C--GTT--A-A-AT------------------A-G--A-A-G----------------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-T--A-G--AA-GGGATGT-A-AT-AG--TTT--CA-CGG----CT----T-G-C----A-------T-T-GGAAAATT--TT-----A----T-A---G-----G-AG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--T--GG-T--CCA-TTG-AAGA-TCCAC--C-G-A-AA-C-AGGTC---AACGAA-GACGTA-AAAG------TTTC--A-G---AG--AG--------A--cacattagagatt
gi|9                          :    TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA----CAGT-G----G-----AA--AGAA-CTTTTC--GTT-CACA-AT----TA-GT-A------------A-G-G----------------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-T-CA-G--AAGGG--TGTAA-AA-AG--TTT--CA-ACG----TT----T-G-C---CAATTTTTTT-T-GGAAAATT--TT-----A----T-A---G-----G-AG-A-TAGCC-GTT---T--AAA--T--GGTTT-CCAGTTG-AAGA-TCCACAGC-G-AGAAGC-AG--CA--A-CG-AAGACGT--AAA-------TTTC--A-G---AG--Aaattagagtttcata
gi|16                         :    TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT-G----GG----AA--G--A-AATC-C--ATG-CA-A-AT------------------AGA--G-A-G---T-------------A-T--A------TTGAT--A-G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-A-AG-AG--TTT--CT-CGG----TT----T-G-C---CAGC-----TGT-GCAAAATT--TT-----A----T-ATTAA-----G-AC-A-TA-CT-GTT---T--AAA--T--GG-TT-CCA-TTG-TAGA-TCAAC--C-G-A-AACC-AG--C---A-CG-AAGACGTA-CAA-------TTcaat
gi|19                         :    TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAAT-G----G-----GA--A---------------------------------------GAGCA--A-A-G----------------CA-T--A------TTGAC--A-G--AC-T-CA-G--AA-AG--TGT-A-AA-AG--TTT--CT-CGG----CT----T-G-C---CA-------T-T-GG---AAT--TTTTTAAA----T-A---A-----G-AG-A-TA-TC-ATT---T--AAA--T--GG-TT-CCA-TTG-AAGA-TCCAC--C-G-
gi|5                          :    TTGTATAA-TT-T-AA-GAATAA-CAGT-C----GTAGAAAA--G--A-CTTT-CACGTT-CA-A-AT----------A-----GAGAT--A-A-G----------------CATA--G------ATGAC--A-G--AA-T-CATG--AA-GG--TGT-A-AA-A---TTT--CA-CGGGTGGTTGGTGT-G-CGGGCGAG-----T-T-GGAACAACAATT-----G----A-A---ATCAGGG-AG-A-TA-CC-GCTGTGT--AAAAAT--GG-TT-CCA-TTG-AGCA-TC-AC--C-G-A-AAGC--G--C-----CGAA-GACGTA-AAA--------TTC--A-G---AG--AG--------A--G
gi|22                         :   aTTGC-TAA-TT-T-AA-GAA--A--ATT------------AA--T--A-CATT-C--GTT-CA-A-AT-----------------AAAG--A-A------------------CA-T--A------TTGAG--A-G--AA-C-CA-A--AA-GG--TGT-A-AC-AG--TTT--CC-CAG----TT----T-G-T---CA-------T-T-GGAAAATT--AT-----A----T-A---A-----G-AA-A-TA-AC-GTT---T--AAA--T--GG-TT-gacaa
gi|29                         :    TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGTGG----G-----AA--G--A-CTTT-C--GTT-CA-A-A-----TA-GT--------------A-A-G----------------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-T-CA-G--
gi|34                         :    TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGTGG----G-----AA--G--A-CATT-C--GTG-CA-A-AT----
gi|28                         :    TTGT-TAA-TT-T-AA-AAA--A-GAGT-G----GC----AA--G--A-CATT-C--GTT-CA-A-AT----gtatagcattttg
gi|8                          :     TGT-TTA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT-G----GG----AA--G--A-CTTT-C--ATT-CA-A-AT----------A-GT---------A-A-G----------------CA-T--A------TTGAC--A-GGCAA-T-CA-G--AG-TG--TGT-A-AA-AAGTTTT--CA-CGG----TT----TTG-C---CA-------T-TTGGAAACTT--TT-----A----T-A---G-----G-AGGA-TA-CC-GTTG--T--AAA--T--GG-TTTCCA-TTG-AAGA-TCAAC--CAG-A-AAGC-AG--C---A-CG-AAGACGTA-AAA--------TTC--A-G---AG--AG--------A--agagatcacccatgtagttacccgaaactgtaaggttt
gi|18                         :     TGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT-G----GG----AA--G--A-CATT-C--GTT-CA-A-AT------------------AGA--G-A-G----------------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-A-AA-AG--TTT--CT-CGG----TT----T-G-C---AA-------T-T-GGACAATA--TT-----A----T-A---A-----G-AG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--T--GG-TT-CCA-TTG-Acaattttagagtt
gi|21                         :     TGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT-G----GG----AA--G--A-CATT-C--GTT-CA-A-AC------------------AGA--G-A-G----------------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-T-CA-A------G--TGT-A-AA-AG--TTT--GT-CGG----TT----T-G-C---CA-------T-T-GGAAAATT--TC-----A----T-A---A-----G-AG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--T--GT-TT-CCA-TT
gi|17                         :     TGT-TAA-TT-C-AA-GAA--A-CAGT-G----GG----AA--G--A-CATT-C--GTG-CA-A-AT------------------AGA--G-A-G---T-------------A-T--A------TTGAT--A-G--AA-T-CA-G--AA-AG--TGC-A-AA-AG--TTT--CT-CGG----TT----T-G-C---CA-------T-T-GG-AATTT--TT-----A----T-A---A-----G-AG-A-GA-CC-G--------AAA-----------CCA-----------------------------G--C---A-CT-AAGACGTA-AAA-------TTTCCGA-G---AGACAG--------A--GTT--CAT
gi|32                         :     TGT-TAAATT-T-AA-GAA--A--AGT-G----GGG---AA--G--A-CTTTTC--GTT-CA-A-AT----TA-GT-A-g
gi|31                         :     TGT-TAAATT-T-AA-GAA--A--AGT-G----GGG---AA--G--A-CTTTTC--GTT-CA-A-AT----TA-GT-A-agcatattgaca
gi|30                         :     TGT-TAAATT-T-AA-GAA--A--AGT-G----GGG---AA--G--A-CTTTTC--GTT-CA-A-AT----TA-GT-A-agcatattgaca
gi|15                         :      GT-TAT-AT-T-AA-GAA--AACAGT-GA---G-----AA--G--AACTTT-C--GTT-CT-A-AT-----A-GT-A------------A-G-A---T-------------A------------TGAC--ATG--AA-T-CA-G--AG-GG--TAT-A-AA-G----TT--CA-CGG----TT----T-G-C---CA-------T-T-GGGAAATT--TT-----A----T-A---G-----G-AG-A-TA-CC-GTT---A--AAA--T--GG-TC-TCA-TTG-AAGA-TCT-C--A-G-ACAAGC-AG--C---A-CGACAGA-GCT-AAA-------TTTC--A-G---AG--AG--------A--agcatattgaca
gi|6                          :     tgT-TAA-TTGT-AA-GAA----C-GT-G----GGT---AA--G--A-ATTT-C--GTTGCA-G-GA----TA--T-A-GT---------A-A-G------------------CT--A------TTGACGAA-G--AAAT-AA-GGAAA-GG--TGT-A-AA--G--TTTTTCA-CGG----TT----T-GAT---CA-------T-TTGGGAAATT--TT-----AAGGTT-A---G-----G-AG-AGTA-TC-GTT--------A--T--GG-TT-TCC-TTGGAAGAGTCCAC--C-G-A-AAGCAAG--C---A-CG-AAGACGTA-AAATTATTTTTTTC--A-G---AG--caatt
gi|24                         : attggtT-CAA-TT-T-AA-G-A--A-CAGG-G----GA----AA--G--A-CTTT-CG-GTT-CA-A-A-----------A-T-----AGGT-A-A-G-----------C-A--TAC----------TTGAC--A-G--TA-T-CA-G--AA-GA--CGT-A-AA-A---TTT--CA-gtaccattt
gi|1                          :                             AGT-G----G-----GAACG--A-CTTT-C--GTT-CT-A-AT----GAATT-A-TT-TGAACGA-A-A-G---TC--AT--CGCAGCACT--G------TTagagacaattagcaagttcatgagg
gi|10                         :                                         ttgttaatttaagaTT-C--GGT-CA-ATATGGCTTA-CT-A-TT-TGAACG--A-AAG---TC--TT--C-C--CACT--G------TTtcgttgacagacttcacgaagtgtaatattcaacggttgccattggaaaagattataacgagataccgcttaaatgttccatgaagatccaccggaaagcagcacgacagacgtaaaatttcagagattcatagctatagataaagaagaatcaattgaagacgtgaaatgtagcgaacgaaccaccagaatttaataacattccgaaccacatgtttagtcctcaacaata
gi|4                          :                                                        ttgttaattttaagaT----TA-CT-A-TT-TGAACG--A-AAG---TC--TT--C-C--CACT--G------TTtcagaaggtgtaaacagtttcaacggtttgtcaattggaaattttataggagatacgtttaaatggtttccattgaagatccaccgaaagcagcaaaacgaaagacgtaaaattcagagagacacattagagatt
gi|14                         :                                                        ttgttaatttaagaaT----TA-CT-A-TT-TGAACG--AGA-G---TC--TT----C--CACT--G------TTgcatattgacagaatcagaagggtaaaagtttcacggttttgccattggaaaattataagagataccgtttttaaatgttgattccagaagatccaccgaaagcagcacgaagacgtaaatttcagagaagacaattagagttcatagatgaaagaatcaaagaagaccgtgtgaaacgtcagcgaacgaactcaccagaaatatttaatgaacatttccgaaccaattagtccttcaacaat
gi|13                         :                                                         ttgttaatttaagaT----TA-CT-A-TT--GAACG--A-AAG---TC--TTT-C-C--CACT--G------TTgcatattgacagaatcagaaggtgtaaaagtttcacggtttgccattggaaaattttataggagataccgtttaaatggttccattgaagatccaccgaaagcagcacgaagacgtaaaatttcagagagacaatt
gi|7                          :                                                         ttgttcatttaagaT----TA-CT-A-TT-TGAACGA-A-A-G---TCTTTT--C-C--CACT--G------TTgcatattgacagaatcagaaggtgtaaaagtttcacggttttgccaattggaaaatttaattaggagataccgtttaaatggttccattgaagatccaccgaaaagcagcacgaagacgtaaaatttcagagagacaatt
gi|8                          :                                                       attgttaatttaaagaT----TA-CT-A-TT-TGAATG--A-AAG---TC--TT--C-C--CACT--G------TTgcatattgacagaatcagaaggtgtaaaagtttcacggtttgcacattggataaattttaataggagatacccgtttaaatggttccattgaagatccaccgaaagcagcacgagacgtaagaaattttcagagagacaattgaagttcataga
gi|9                          :                                                          tgtttatttaagaT----TA-CT-AATTGTGAACG--A-A-AAGTTC--TT--T-C--CACT--G------TTgcatattgacaggcaatcagagtgtgtaaaaagttttcacggttttgccatttggaaacttttataggaggataccgttgtaaatggtttccattgaagatcaaccagaaagcagcacgaagacgtaaaattcagagagacaattttagagtt
gi|15                         :                                                          ttgttaatttaagT----TA-CT-A-TT-AGAACG--A-A-AGT-TC--TT--C-T--CACT--G------TTggcatattgacagaatcagaagggtgtaaaaagtttcaacgtttgccaattttttttggaaaattttataggagatagccgtttaaatggtttccagttgaagatccacagcgagaagcagcaacgaagacgtaaatttcagagacaat
gi|29                         :                                                        tggttatattaagaaT----TA-CT-A-TT-TGAACG--A-AAG---TC--TT--C-C--CACT--G------TTgatatgacatgaatcagagggtataaagttcacggtttgccattgggaaattttataggagataccgttaaaatggtctcattgaagatctcagacaagcagcacgacagagctaaatttcagagagacaatt
gi|32                         :                                                         ttgttaatttaagaT----TA-CT-AATT-TGAACGAAA-A-G---TC--TTC-C-C--CACT--T------TTgcatattgacagaatcag
gi|31                         :                                                          tgttaaatttaagT----TA-CT-AATT-TGAACGAAA-A-G---TC--TTC-C-C--CACT--T------TTgcatattgaca
gi|30                         :                                                          tgttaaatttaagT----TA-CT-AATT-TGAACGAAA-A-G---TC--TTC-C-C--CACT--T------TTgcatattgaca
gi|11                         :                                                           tgttaaatttaag----TA-CT-A-TT-TGAACGA-A-A-G---TC--TTCGC-C--CACT--G------TTgcatattgaca
gi|34                         :                                                         attgttaatttagaa----TA-C--A-TT-TGCACG--A-ATG---TC--TT--C-C--CACT--G------TTcgagagcatgggggggattgacgaatcagaaggtgtagaaagtttcacggttttgccattggaaaattttattaggagataccgtttaaatgtgtccattgaagatccactgaaagcagcacgaagacgtaaaattcaagagagacaa
gi|18                         :                                                                ttgttaatttaaga-CT-A-TT-TGAACG--A-ATG---TC--TT--C-C--CACT--G------TTtagcattttg
gi|21                         :                                                                 tgttaatttaaga-CT-G-TT-TGAACG--A-ATG---TC--TT--C-C--CACT--G------TTagagcatattgacagaatcagaaggtgtaaaagtttctcggtttgcaattggacaatattataagagataccgtttaaatggttccattga
gi|17                         :                                                                 tgttaatttaaga-CT-A-TT-TGCACG--A-ATG---TC--TT--C-C--CACT--G------TTagagcatattgacagaatcaagtgtaaaagtttgtcggtttgccattggaaaatttcataagagataccgtttaaatgtttccatt
gi|28                         :                                                                 tgttaattcaaga-CT-A-TT-TGAACG--A-ATG---TC--TT--G-C--CACT--C------TTagagtatattgatagaatcagaaagtgcaaaagtttctcggtttgccattggaatttttataagagagaccgaaaccagcactaagacgtaaaatttccgagagacagagttcatg
gi|3                          :                                                                  ttgttaatttaaaaT-A-TT-TGAACAGAA-A-G---TC--TT--C-C--CACT--G------TTagatcacccatgtagttacccgaaactgtaaggttt
gi|23                         :                                                                                                          ttgtaatttaagaT--A------TTGAC--A-G--TA-T-CA-G--AA-GA--CGT-A-AA-A---TTT--CA-agtgagcatattgatagaatcatcaggtgtaaaagtttcaacgtttgccatttggaaaattattaagaagacaccttttaaatggttccattgaaagatccaccaaaagcagcacgaatacgtaaaatttcagagaaaattagaagttcatagaatgaaagaatcaatgaagaccgtgataatgtcaatgcgacgaactcaccagaatatttaatgtacaatttccgaaccaatttttagtccttcaacgata
gi|35                         :                                                                                                                                                                ttcgttcaaatagtaagca-CGG----TT----T-G-C---CA-------T-T-GGGAAATT--TT-----A----T-G---A-----G-AG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--T--GG-TT-CCgagagacaattagagttcatagatgaaagaatcaatgaagaccttgaaatgtcagcgaa
gi|33                         :                                                                                                                                                                                   -CGG----TT----T-G-T---CA-------T-T-GACATTTT--TT-----A----T-A---A-----G-AG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--T--GG-TT-CCA-TTG-AA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   C-GTT---T--AAA--T--GG-TT-CCA-TTG-AAAA-TCCAC--C-GAA-AAGC-AG--C---A-C--AAGACGTATAAA-------TTTC--A-GTGAAG--AG--------A--
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ggaattaC-AG--T---ATCAGAAGACGTA-AAA-------TTTC--A-G---AG--AG--------ACAATT---AGAGTTCATA--G-ATGA--AAGAA-TCAA-TGAAGACCTTG--A-AATGTCA--GCGAAcaattagatttc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttcgttcaaatagtaagcatattgaAAGACGTA-AAA-------TTTC--AAG---AG--AC--------A--ATTAGCA-AGTTCATGAGG-ATGACAAAGAACAAAA-TGAAG-CCTTG--A-AATCTCA--GCGAACAAACTTCACTATGAA-TATTTAATGACC-ATTTCCGAACCAA-A-TG-T

Unaligned ( gi|25 ): ATTGTTATTTAAAACAGGGGGAAACATATCGGTAGCAAAAAGAGATAATATTGATAAAACTAAGAGGTGTAAACGTTCTTCATTTGCGAT
Unaligned ( gi|27 ): ATATCAAGACGCATAACTAGCTCATTACAATTCAATTCAANTGTTTGTTCAACCAGAAATGATATCAAGGCGCATAACTAGC
Unaligned ( gi|36 ): CATGAAACAGAGGCAAGACATTCGTGCAAATAGAGAGTATATTG

lowQualScore                  :                                                                           222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :                                                                           333333333333333333333333333333333333333                                                                         1111111                                                                                                                                    1111111               22222222222222                 11         11                                                                          1111                
lowQualScore                  :            1   4  1 1  1   22 4    7777 22 1 33  33 1 33 4    44   1  1   999999999999999999999999999999999999999     22 1 22  3   1 22    44    1  1 4444   22 1 1   3333  3333 7 1 444  3333333 1 5   1 3333    5555  22 5555 3 333 1   1 1  1  1   444 22   22  222 3  1   1   1  1 2 2     22 3 3 4     2 22 777   3 3       1   1111111    2 2 333    33333333333333  3      66 5    88     3   55        99    6       99          88     8 8 0            8 0         8 8 6666       3     2  
lowQualScore                  :            .   .  . .  .   .. .    .... .. . ..  .. . .. .    ..   .  .   .......................................     .. . ..  .   . ..    ..    .  . ....   .. . .   ....  .... . . ...  ....... . .   . ....    ....  .. .... . ... .   . .  .  .   ... ..   ..  ... .  .   .   .  . . .     .. . . .     . .. ...   . .       .   .......    . . ...    ..............  .      .. .    ..     .   ..        ..    .       ..          ..     . . .            . .         . . ....       .     .  
lowQualScore                  :            4   3  4 4  4   00 3    3333 00 4 44  44 4 44 3    88   4  4   000000000000000000000000000000000000000     44 7 44  5   7 44    33    8  8 1111   55 8 7   7777  7777 0 7 888  9999999 7 2   7 7777    4444  44 4444 5 000 7   7 7  7  6   444 22   22  888 2  6   7   8  9 0 0     88 8 8 0     0 88 555   8 8       9   4444444    0 0 555    22222222222222  6      99 7    33     5   88        22    7       22          88     0 0 8            0 8         0 0 8888       2     0  
consensus                     :        TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-TTTC--GTT-CA-AAT-A-T-A-T---A-G-A-AG-------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-TCA-G--AAGG--TGTA-AA-A-G--TTT--C-A-CGG----TT----T-G-C---CA-------T-T-GGA-A----AATT----TT--A----T-A---G-GAG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--TG---G-TT-CCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-G-A-AAGCA-G--C---ACG-A-AGACGTA-AAA-------TTTC-A-G---AGAG---A--ATT--CAGAG-TTCATA--G-ATGA--AAGAATCAA--TGAAGACC--GTGA-AATGTCA--GCGAACGAACT-CACCA-G-AATATTTAATGAAC-ATTTCCGAACC-A-A-TG-TTAGTCCTTCAACAAT
Reference ( family-5455 )     :        TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-TTTC--GTT-CA-AATTACT-ATTTGAACG-A-AGTC-TTCCCACT--G------TTGAC--A-G--AA-TCA-G--AAGG--TGTA-AA-A-G--TTT--C-A-CGG----TT----T-G-C---CA-------T-T-GGA-A----AATT----TT--A----T-A---G-GAG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--TG---G-TT-CCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-G-A-AAGCA-G--C---ACG-A-AGACGTA-AAA-------TTTC-A-G---AGAG---A--GTT--CANAG-TTCATA--G-ATGA--AAGAATCAA--TGAAGACC--GTGA-AATGTCA--GCGAACGAACT-CACCA-G-AATATTTAATGAAC-ATTTCCGAACC-A-A-TG-TTAGTCCTTCAACGAT
gi|1                          :        TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----GCTGCG--AT--G-A--C-TTTC--GTT-CA-AATAATTCATTAGAACGAA-AGTCGTTCCCACTTCG------TTGAC--A-G--ACTTCA-C--GAAG--TGTA-AT-A-----TT--CAA-CGG-----T----T-G-C---CA-------T-T-GGA-A----AAGA----TT--A----T-A---ACGAG-A-TA-CC-GCT---T--AAA--T----G-TT-CCA--TG-AA-G-A-TCCAC--CGG-A-AAGCA-G--C---ACG-ACAGACGTA-AAA-------TTTC-A-G---AGA--------TT--CATAG-CT-ATA--G-ATAAAGAAGAATCAAT-TGAAGA-C--GTGA-AATGT-A--GCGAACGAAC--CACCA-G-A--ATTTAAT-AAC-A-TTCCGAACC-ACA-TGTTTAGTCC-TCAACAAT
gi|10                         :        TTGT-TAA-TT-TTAA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-TTTC--GTT-CA-AAT-----AGT-------A-AG------CCA-T--A------TTGAC--C-G--AA-TCA-G--AAGG--TGTA-AACA-G--TTT--C-AACGG----TT----T-G-T---CAA------T-T-GGA-A----A-TT----TT--A----T-A---G-GAG-A-TA--C-GTT---T--AAA--TG---GTTT-CCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-G-A-AAGCA-G--CAAAACGAA-AGACGTA-AAA--------TTC-A-G---AGAG---A--a
gi|11                         :        TTGT-TAA-TT-T-AG-AAA--A-CAGT----G--G-GCGAA--G-A--C-TTTC--GTT-CA-AAT-----AGT---ACG-AGAG-------CATG--GGGGGGATTGAC----G--AA-TCA-G--AAGG--TGTAGAA-A-G--TTT--C-A-CGG----TT----TTG-C---CA-------T-T-GGA-A----AATT----TT--A----TTA---G-GAG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--TG---T-GT-CCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--T-G-A-AAGCA-G--C---ACG-A-AGACGTA-AAA-------TTCA-A-G---AGAG---A--cacattagagatt
gi|12                         :       aTTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--ATCAGT----G--G-G--AA--GGA--C-TTTC--GTT--A-AAT-----------A-G-A-AG-------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-T-A-G--AAGGGATGTA-AT-A-G--TTT--C-A-CGG----CT----T-G-C----A-------T-T-GGA-A----AATT----TT--A----T-A---G-GAG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--TG---G--T-CCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-G-A-AA-CA-GGTCA--ACG-A-AGACGTA-AAAG------TTTC-A-G---AGAG---A--AAT--TAGAGTTTCATA--caa
gi|13                         :        TTGT-TCA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AAA-G-A--C-TTTC--GTT-CA-A-----T-AGT-------A-AG-------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-TCA-G--AAGG--TGTA-AA-A-G--TTT--C-A-CGG----TT----TTG-C---CAA------T-T-GGA-A----AATT----TA--A----TTA---G-GAG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--TG---G-TT-CCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-GAA-AAGCA-G--C---ACG-A-AGACGTA-AAA-------TTTC-A-G---AGAG---A--
gi|14                         :        TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G----AA--G-A--C-TCTC--GTT-CA-AAT-----AGT-------A-AG-------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-TCA-G--AAGG--TGTA-AA-A-G--TTT--C-A-CGG----TT----T-G-C---CA-------T-T-GGA-A----AATT----TT--A----T-A---G-GAG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--TG---G-TT-CCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-G-A-AAGCA-G--C---ACG-A-AGACGTA-AAA-------TTTC-A-G---AGAG---A--caatt
gi|15                         :          GT-TAT-AT-T-AA-GAA--AACAGT----G--A-G--AA--G-AA-C-TTTC--GTT-CT-AAT-AGT-A---------A-GAT-------A------------TGAC--ATG--AA-TCA-G--AGGG--TATA-AA-G-----TT--C-A-CGG----TT----T-G-C---CA-------T-T-GGG-A----AATT----TT--A----T-A---G-GAG-A-TA-CC-GTT---A--AAA--TG---G-TC-TCA-TTG-AA-G-A-TCT-C--A-G-ACAAGCA-G--C---ACG-ACAGA-GCT-AAA-------TTTC-A-G---AGAG---A--caatt
gi|16                         :      tgTTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--A-ATCC--ATG-CA-AAT-----------AGA-G-AGT-------A-T--A------TTGAT--A-G--AA-TCA-G--AAGG--TGTA-AG-A-G--TTT--C-T-CGG----TT----T-G-C---CAGC-----TGT-GCA-A----AATT----TT--A----T-ATTAA-GAC-A-TA-CT-GTT---T--AAA--TG---G-TT-CCA-TTG-TA-G-A-TCAAC--C-G-A-AACCA-G--C---ACG-A-AGACGTA-CAA-------TTcaatt
gi|17                         :         TGT-TAA-TT-C-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-ATTC--GTG-CA-AAT-----------AGA-G-AGT-------A-T--A------TTGAT--A-G--AA-TCA-G--AAAG--TGCA-AA-A-G--TTT--C-T-CGG----TT----T-G-C---CA-------T-T-GG--A----ATTT----TT--A----T-A---A-GAG-A-GA-CC-G--------AAA------------CCA-------------------------------G--C---ACT-A-AGACGTA-AAA-------TTTC-C-G---AGAG---A-------CAGAG-TTCAT
gi|18                         :         TGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-ATTC--GTT-CA-AAT-----------AGA-G-AG-------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-TCA-G--AAGG--TGTA-AA-A-G--TTT--C-T-CGG----TT----T-G-C---AA-------T-T-GGA-C----AATA----TT--A----T-A---A-GAG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--TG---G-TT-CCA-TTG-Ag
gi|19                         :        TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAAT----G--G-G--AA----------------------------------GAGCA-A-AG-------CA-T--A------TTGAC--A-G--AC-TCA-G--AAAG--TGTA-AA-A-G--TTT--C-T-CGG----CT----T-G-C---CA-------T-T-GGA-A----TTTT----TTAAA----T-A---A-GAG-A-TA-TC-ATT---T--AAA--TG---G-TT-CCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-G-
gi|2                          :        TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G----AA--G-A--C-TTTC--GTT-CA-AATTACT-ATTTGAACG-A-AGTC-TTCCCACT--G------TTGAC--A-G--AA-TCA-G--AAGG--TGTA-AA-A-G--TTT--C-A-CGG----TT----T-G-C---CA-------T-T-GGA-A----AAAT----TT--A----T-A---A-GAG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--TT---G-TT-CCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-G-A-AAGCA-G--C---ACGAA-AGACGTA-AAA-------TTTC-A-G---AGAG---A--GTT--CATAG-CT-ATA--G-ATGA--AAGAAATAA--TGAAGACC--GTGA-AATATCA--GCGAACGAACT-CACCA-G-AATATTTAATGAAC-ATTTCCGAACC-A-A-TG-TTAGTCCTTCAACAAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       G-A-AGACGTA-AAA-------TTTC-AAG---AGAC---A--ATTAGCA-AG-TTCATGAGG-ATGACAAAGAA-CAAAATGAAG-CC--TTGA-AATCTCA--GCGAACAAACTTCACTATG-AATATTTAATGACC-ATTTCCGAACCAA-A-TG-T
gi|21                         :    tatcaTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-ATTC--GTT-CA-AAC-----------AGA-G-AG-------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-TCA-A-----G--TGTA-AA-A-G--TTT--G-T-CGG----TT----T-G-C---CA-------T-T-GGA-A----AATT----TC--A----T-A---A-GAG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--TG---T-TT-CCA-TT
gi|22                         :        TTGC-TAA-TT-T-AA-GAA--A--ATT------------AA--T-A--C-ATTC--GTT-CA-AAT----------AAAG-A-A--------CA-T--A------TTGAG--A-G--AA-CCA-A--AAGG--TGTA-AC-A-G--TTT--C-C-CAG----TT----T-G-T---CA-------T-T-GGA-A----AATT----AT--A----T-A---A-GAA-A-TA-AC-GTT---T--AAA--TG---G-TT-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                  C-GTT---C--AAA--TA---G-T----------AA-GCA-T--AT--T-G-A-CAGTA-T--C---A-G-A-AGACGTA-AAA-------TTTC-A-G---AGAG---ACAATT---AGAG-TTCATA--G-ATGA--AAGAATCAA--TGAAGACC--TTGA-AATGTCA--GCGAA
gi|24                         :         ttT-CAA-TT-T-AA-GAA----CAGG----G--G-A--AA--G-A--C-TTTCG-GTT-CA-AA------AT----AGGTA-AG-----CATAC----------TTGAC--A-G--TA-TCA-G--AAGA--CGTA-AA-A----TTT--C-A-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -G-A-CAGTA-T--C---A-G-A-AGACGTA-AAA-------TTTCAA-G---AGAC---A--ATTAGCA-AG-TTCATagagacaattagcaagttcatgagg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                              tcaatttaagaacaggggaaagactttcggttcaaaataggtaagcatacttC-GTT---T--AAA--TG---G-TT-CCA-TTG-AA-A-A-TCCAC--C-GAA-AAGCA-G--C---AC--A-AGACGTATAAA-------TTTC-A-GTGAAGAG---A--gagg
gi|28                         : ggaattaTTGT-TAA-TT-T-AA-AAA--A-GAGT----G--G-C--AA--G-A--C-ATTC--GTT-CA-AATcaattagatttc
gi|29                         :        TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-TTTC--GTT-CA-AA-TAGT-----------A-AG-------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-TCA-G--agagatcacccatgtagttacccgaaactgtaaggttt
gi|3                          :        TTGT--AA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-TTTCT-GTT-CA-AATAAGT-----GAGCA---------------T--A------TTGAT--A-G--AA-TCA-T--CAGG--TGTA-AA-A-G--TTT--C-A-ACG----TT----T-G-C---CA-------T-TTGGA-A----AATTA---TT--A------A---G-AAG-A-CA-CC-TTT---T--AAA--TG---G-TT-CCA-TTG-AAAG-A-TCCAC--C-A-A-AAGCA-G--C---ACG-A-ATACGTA-AAA-------TTTC-A-G---AGAA---A--ATT--AGAAG-TTCATA--GAATGA--AAGAATCAA--TGAAGACC--GTGATAATGTCAATGCG-ACGAACT-CACCA-G-AATATTTAATGTACAATTTCCGAACC-A-ATTT-TTAGTCCTTCAACGAT
gi|30                         :         TGT-TAAATT-T-AA-GAA--A--AGTG---G--G-G--AA--G-A--CTTTTC--GTT-CA-AATTAGT-Aa
gi|31                         :         TGT-TAAATT-T-AA-GAA--A--AGTG---G--G-G--AA--G-A--CTTTTC--GTT-CA-AATTAGT-Aagcatattgaca
gi|32                         :         TGT-TAAATT-T-AA-GAA--A--AGTG---G--G-G--AA--G-A--CTTTTC--GTT-CA-AATTAGT-Aagcatattgaca
gi|33                         :                                                                                                                                                                   -CGG----TT----T-G-T---CA-------T-T-GAC-A----TTTT----TT--A----T-A---A-GAG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--TG---G-TT-CCA-TTG-AA-agcatattgaca
gi|34                         :        TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-ATTC--GTG-CA-AAT
gi|35                         :                                                                                                                                                                   -CGG----TT----T-G-C---CA-------T-T-GGG-A----AATT----TT--A----T-G---A-GAG-A-TA-CC-GTT---T--AAA--TG---G-TT-CCgtatagcattttg
gi|4                          :        TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--AACAGT----G--G-G--AA--G-A--C-TTTC--GTT-CA-AAT-----AGT-------A-AG-------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-TCA-G--AAGG---GTA-AA-A-G--TTT--C-A-CGG----TT----TTG-C---CA-------T-T-GGA-A----AATT--------A----T-A---A-GAG-A-TA-CC-GTT---TTTAAA--TGTTGA-TT-CCA---G-AA-G-A-TCCAC--C-G-A-AAGCA-G--C---ACG-A-AGACGT--AAA-------TTTC-A-G---AGAAGACA--ATT---AGAG-TTCATA--G-ATGA--AAGAATCAA--AGAAGACCGTGTGA-AACGTCA--GCGAACGAACT-CACCA-GAAATATTTAATGAAC-ATTTCCGAACC-A-A----TTAGTCCTTCAACAAT
gi|5                          :        TTGTATAA-TT-T-AA-GAATAA-CAGTCGTAG--A-A--AA--G-A--C-TTTCACGTT-CA-AAT-----A---GAGAT-A-AG-------CATA--G------ATGAC--A-G--AA-TCATG--AAGG--TGTA-AA-A----TTT--C-A-CGGGTGGTTGGTGT-G-CGGGCGAG-----T-T-GGA-ACAACAATTGAAATC--A------G---G-GAG-A-TA-CC-GCTGTGT--AAAAATG---G-TT-CCA-TTG-AG-C-A-T-CAC--C-G-A-AAGC--G--C----CG-A-AGACGTA-AAA--------TTC-A-G---AGAG---A--G
gi|6                          :          aT-TAA-TTGT-AA-GAA----C-GT----G--G-GT-AA--G-A--A-TTTC--GTTGCA-GGATA-T-AGT-------A-AG---------CT--A------TTGACGAA-G--AAATAA-GGAAAGG--TGTA-AA---G--TTTTTC-A-CGG----TT----T-GAT---CA-------T-TTGGG-A----AATT----TT--AAGGTT-A---G-GAG-AGTA-TC-GTT--------A--TG---G-TT-TCC-TTGGAA-G-AGTCCAC--C-G-A-AAGCAAG--C---ACG-A-AGACGTA-AAATTATTTTTTTC-A-G---AGgacaa
gi|7                          :  attggtTTGT-TAA-TT-T-AAAGAA--A-CAGT----G--G-G--AAAAG-A--C-TTTC--GTT-CA-AAT-----AGT-------A-AG-------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-TCA-G--AAGG--TGTA-AA-A-G--TTT--C-A-CGG----TT----T-G-CA--CA-------T-T-GGATA----AATT----TT--AA---T-A---G-GAG-A-TA-CCCGTT---T--AAA--TG---G-TT-CCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-G-A-AAGCA-G--C---ACG---AGACGTA-AGAAAT----TTTC-A-G---AGAGAC-A--ATT--GA-AG-TTCATA--G-Agtaccattt
gi|8                          :        aTGT-TTA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-TTTC--ATT-CA-AAT-----AGT-------A-AG-------CA-T--A------TTGAC--A-GGCAA-TCA-G--AGTG--TGTA-AA-A-AGTTTT--C-A-CGG----TT----TTG-C---CA-------T-TTGGA-A----ACTT----TT--A----T-A---G-GAGGA-TA-CC-GTTG--T--AAA--TG---G-TTTCCA-TTG-AA-G-A-TCAAC--CAG-A-AAGCA-G--C---ACG-A-AGACGTA-AAA--------TTC-A-G---AGAGACAA--TTT--TAGAG-TT
gi|9                          :        TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA----CAGT----G--G-A--AA--G-AACT-TTTC--GTT-CACAATTAGT-A---------A-GG-------CA-T--A------TTGAC--A-G--AA-TCA-G--AAGGG-TGTA-AA-AAG--TTT--C-A-ACG----TT----T-G-C---CAATTTTTTT-T-GGA-A----AATT----TT--A----T-A---G-GAG-A-TAGCC-GTT---T--AAA--TG---GTTT-CCAGTTG-AA-G-A-TCCACAGC-G-AGAAGCA-G--CA--ACG-A-AGACGT--AAA-------TTTC-A-G---AGA

Unaligned ( gi|25 ): ATTGTTATTTAAAACAGGGGGAAACATATCGGTAGCAAAAAGAGATAATATTGATAAAACTAAGAGGTGTAAACGTTCTTCATTTGCGAT
Unaligned ( gi|27 ): ATATCAAGACGCATAACTAGCTCATTACAATTCAATTCAANTGTTTGTTCAACCAGAAATGATATCAAGGCGCATAACTAGC
Unaligned ( gi|36 ): CATGAAACAGAGGCAAGACATTCGTGCAAATAGAGAGTATATTG

lowQualScore                  :                                                                                                                          6666666666666666666666                                                                                                              1111111                                                                                                                                 1111111               1111111     111                     11         11                                                                          1111                
lowQualScore                  :                                                         1   4  1 1  1   11 4    6666 11 1 33  33 1 33 4  1  44   11  1   0000000000000000000000 55555555 888888  1 6666666 1 1    22 1 22  1 1  1 22  1  22   1 1  1  22 22  22 1 1 3333  1  3333 5 1 444 44 1111111 1 3   1 3333    5555  22 5555 3 333 1  1  1  1  1   3 5555     222 4     1   1  1 2 2     22 1 5 4     2 22 777   3 3       1   1111111    2 2 333    0000000 33  999 777  3      66 5    88     3   55        99    6       99          88     8 8 0            8 0         8 8 6666       3        
lowQualScore                  :                                                         .   .  . .  .   .. .    .... .. . ..  .. . .. .  .  ..   ..  .   ...................... ........ ......  . ....... . .    .. . ..  . .  . ..  .  ..   . .  .  .. ..  .. . . ....  .  .... . . ... .. ....... . .   . ....    ....  .. .... . ... .  .  .  .  .   . ....     ... .     .   .  . . .     .. . . .     . .. ...   . .       .   .......    . . ...    ....... ..  ... ...  .      .. .    ..     .   ..        ..    .       ..          ..     . . .            . .         . . ....       .        
lowQualScore                  :                                                         4   1  4 4  3   88 0    8888 88 3 22  22 3 22 0  3  55   88  3   9999999999999999999999 00000000 333333  4 9999999 4 4    00 5 33  7 7  7 33  7  44   7 7  7  44 44  44 7 6 5555  7  5555 0 7 666 00 0000000 7 5   7 7777    4444  44 4444 5 000 7  7  7  7  6   2 6666     888 8     7   8  9 0 0     88 9 7 0     0 88 555   8 8       9   4444444    0 0 555    4444444 99  888 000  1      99 7    33     5   88        22    7       22          88     0 0 8            0 8         0 0 8888       2        
consensus                     :                                                     TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-TT-TC--GTT--CA-AATA----A-T-A-------G--A-A--------G------CA-T-------A-T-TGAC--A-G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-A-AA-AG--T--TT--C-A-C----GG-TT----T-G-C---C--A-------T-T-GGA-A----AATT----TT--A----T-A---G-GA-GA-TA-CC-GTT-T----AAATG---G-TTCCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-G-A-AAGCA-G--C---ACG-A-AGACGTA-AAA-------TTTC-A-G---AGAG---A---A--TT--CAG--AG-TTCATA--G-ATGA--AAGAATCAA--TGAAGACC--GTGA-AATGTCA--GCGAACGAACT-CACCA-G-AATATTTAATGAAC-ATTTCCGAACC-A-A-TG-TTAGTCCTTCAACAAT
Reference ( family-5455 )     :                                                     TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-TT-TC--GTT--CA-AATA---TA-T-A-------G--A-A--------G------CA-T-------A-T-TGAC--A-G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-A-AA-AG--T--TT--C-A-C----GG-TT----T-G-C---C--A-------T-T-GGA-A----AATT----TT--A----T-A---G-GA-GA-TA-CC-GTT-T----AAATG---G-TTCCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-G-A-AAGCA-G--C---ACG-A-AGACGTA-AAA-------TTTC-A-G---AGAG---A---A--TT--CAG--AG-TTCATA--G-ATGA--AAGAATCAA--TGAAGACC--GTGA-AATGTCA--GCGAACGAACT-CACCA-G-AATATTTAATGAAC-ATTTCCGAACC-A-A-TG-TTAGTCCTTCAACAAT
gi|1                          :                                                     TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----GCTGCG--AT--G-A--C-TT-TC--GTT--CA-AATAATTCA-TTA-------G--A-ACGAAAGTCGTTCC--CA-CTTC----G-T-TGAC--A-G--AC-TTCA-C--GA-AG--TGT-A-AT-A------TT--C-AAC----GG-TT------G-C---C--A-------T-T-GGA-A----AAGA----TT--A----T-A---ACGA-GA-TA-CC-GCT-T----AAATG-----TTCCA-T-G-AA-G-A-TCCAC--C-GGA-AAGCA-G--C---ACG-ACAGACGTA-AAA-------TTTC-A-G---AG---------A--TT--CAT--AG-CT-ATA--G-ATAAAGAAGAATCAAT-TGAAGA-C--GTGA-AATGT-A--GCGAACGAAC--CACCA-G-A--ATTTAAT-AAC-A-TTCCGAACC-ACA-TGTTTAGTCC-TCAACAAT
gi|10                         :                                                     TTGT-TAA-TT-TTAA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-TT-TC--GTT--CA-AATA----G-T------------A-A--------GC-----CA-T-------A-T-TGAC--C-G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-A-AACAG--T--TT--CAA-C----GG-TT----T-G-T---CA-A-------T-T-GG--A----AATT----TT--A----T-A---G-GA-GA-TA--C-GTT-T----AAATG---GTTTCCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-G-A-AAGCA-G--CAAAACGAA-AGACGTA-AAA--------TTC-A-G---AGAG---ACACA--TT---AG--AG-a
gi|11                         :                                                     TTGT-TAA-TT-T-AG-AAA--A-CAGT----G--G-GCGAA--G-A--C-TT-TC--GTT--CA-AATAG--TA-C-G-------A--G-A--------G------CA-TGGGGGGGA-T-TGAC----G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-AGAA-AG--T--TT--C-A-C----GG-TT----TTG-C---C--A-------T-T-GGA-A----AATT----TT--A----TTA---G-GA-GA-TA-CC-GTT-T----AAATG---T-GTCCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--T-G-A-AAGCA-G--C---ACG-A-AGACGTA-AAA-------TTCA-A-G---AGAG---A---att
gi|12                         :                                                    aTTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--ATCAGT----G--G-G--AA--GGA--C-TT-TC--GTT-----AA------A-T-A-------G--A-A--------G------CA-T-------A-T-TGAC--A-G--AA-T--A-G--AA-GGGATGT-A-AT-AG--T--TT--C-A-C----GG-CT----T-G-----C--A-------T-T-GGA-A----AATT----TT--A----T-A---G-GA-GA-TA-CC-GTT-T----AAATG---G--TCCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-G-A-AA-CA-GGTCA--ACG-A-AGACGTA-AAAG------TTTC-A-G---AGAG---A---A--AT--TAG--AGTTTCATA--caa
gi|13                         :                                                     TTGT-TCA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AAA-G-A--C-TT-TC--GTT--CA-A---------T-A-------GT-A-A--------G------CA-T-------A-T-TGAC--A-G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-A-AA-AG--T--TT--C-A-C----GG-TT----TTG-C---C--AA------T-T-GGA-A----AATT----TA--A----TTA---G-GA-GA-TA-CC-GTT-T----AAATG---G-TTCCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-GAA-AAGCA-G--C---ACG-A-AGACGTA-AAA-------TTTC-A-G---AGAG---A---
gi|14                         :                                                     TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G----AA--G-A--C-TC-TC--GTT--CA-AATA----G-T-A------------A--------G------CA-T-------A-T-TGAC--A-G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-A-AA-AG--T--TT--C-A-C----GG-TT----T-G-C---C--A-------T-T-GGA-A----AATT----TT--A----T-A---G-GA-GA-TA-CC-GTT-T----AAATG---G-TTCCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-G-A-AAGCA-G--C---ACG-A-AGACGTA-AAA-------TTTC-A-G---AGAG---A---caatt
gi|15                         :                                                       GT-TAT-AT-T-AA-GAA--AACAGT----G--A-G--AA--G-AA-C-TT-TC--GTT--C----TA----A-T-A-------GT-A-A--------G-------A-T-------A-T--GAC--ATG--AA-T-CA-G--AG-GG--TAT-A-AA-G------TT--C-A-C----GG-TT----T-G-C---C--A-------T-T-GGG-A----AATT----TT--A----T-A---G-GA-GA-TA-CC-GTT-A----AAATG---G-TCTCA-TTG-AA-G-A-TCT-C--A-G-ACAAGCA-G--C---ACG-ACAGA-GCT-AAA-------TTTC-A-G---AGAG---A---caatt
gi|16                         :                                                   tgTTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--A-AT-CC--ATG--CA-AATA----------------G--AGA--------G------TA-T-------A-T-TGAT--A-G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-A-AG-AG--T--TT--C-T-C----GG-TT----T-G-C---C--AGC-----TGT-GCA-A----AATT----TT--A----T-ATTAA-GA-CA-TA-CT-GTT-T----AAATG---G-TTCCA-TTG-TA-G-A-TCAAC--C-G-A-AACCA-G--C---ACG-A-AGACGTA-CAA-------TTcaatt
gi|17                         :                                                      TGT-TAA-TT-C-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-AT-TC--GTG--CA-AATA----------------G--AGA--------G------TA-T-------A-T-TGAT--A-G--AA-T-CA-G--AA-AG--TGC-A-AA-AG--T--TT--C-T-C----GG-TT----T-G-C---C--A-------T-T-GG--A----ATTT----TT--A----T-A---A-GA-GA-GA-CC-G--------AAA---------CCA-------------------------------G--C---ACT-A-AGACGTA-AAA-------TTTC-C-G---AGAG---A----------CAG--AG-TTCAT
gi|18                         :                                                      TGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-AT-TC--GTT--CA-AATA----------------G--AGA--------G------CA-T-------A-T-TGAC--A-G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-A-AA-AG--T--TT--C-T-C----GG-TT----T-G-C---A--A-------T-T-GGA-C----AATA----TT--A----T-A---A-GA-GA-TA-CC-GTT-T----AAATG---G-TTCCA-TTG-Ag
gi|19                         :                                                     TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAAT----G--G-G--AA--G-A-----------G----CA-AA--------------------------------G------CA-T-------A-T-TGAC--A-G--AC-T-CA-G--AA-AG--TGT-A-AA-AG--T--TT--C-T-C----GG-CT----T-G-C---C--A-------T-T-GGA-A----TTTT----TTAAA----T-A---A-GA-GA-TA-TC-ATT-T----AAATG---G-TTCCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-G-
gi|2                          :                                                     TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G----AA--G-A--C-TT-TC--GTT--CA-AAT----TACT-ATTTGAACG--A-A--------GTCTTCCCACT-------G-T-TGAC--A-G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-A-AA-AG--T--TT--C-A-C----GG-TT----T-G-C---C--A-------T-T-GGA-A----AAAT----TT--A----T-A---A-GA-GA-TA-CC-GTT-T----AAATT---G-TTCCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-G-A-AAGCA-G--C---ACGAA-AGACGTA-AAA-------TTTC-A-G---AGAG---A---G--TT--CAT--AG-CT-ATA--G-ATGA--AAGAAATAA--TGAAGACC--GTGA-AATATCA--GCGAACGAACT-CACCA-G-AATATTTAATGAAC-ATTTCCGAACC-A-A-TG-TTAGTCCTTCAACAAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       G-A-AGACGTA-AAA-------TTTC-AAG---AGAC---A---A--TTAGCA---AG-TTCATGAGG-ATGACAAAGAA-CAAAATGAAG-CC--TTGA-AATCTCA--GCGAACAAACTTCACTATG-AATATTTAATGACC-ATTTCCGAACCAA-A-TG-T
gi|21                         :                                                 tatcaTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-AT-TC--GTT--CA-AACA----------------G--AGA--------G------CA-T-------A-T-TGAC--A-G--AA-T-CA-A------G--TGT-A-AA-AG--T--TT--G-T-C----GG-TT----T-G-C---C--A-------T-T-GGA-A----AATT----TC--A----T-A---A-GA-GA-TA-CC-GTT-T----AAATG---T-TTCCA-TT
gi|22                         :                                                     TTGC-TAA-TT-T-AA-GAA--A--ATT------------AA--T-A--C-AT-TC--GTT--CA-AATA----A---A-------G--A-A---------------CA-T-------A-T-TGAG--A-G--AA-C-CA-A--AA-GG--TGT-A-AC-AG--T--TT--C-C-C----AG-TT----T-G-T---C--A-------T-T-GGA-A----AATT----AT--A----T-A---A-GA-AA-TA-AC-GTT-T----AAATG---G-TT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     C-GTT-C----AAATA---G-T---------AA-GCA-T--AT--T-G-A-CAGTA-T--C---A-G-A-AGACGTA-AAA-------TTTC-A-G---AGAG---ACA-A--TT---AG--AG-TTCATA--G-ATGA--AAGAATCAA--TGAAGACC--TTGA-AATGTCA--GCGAA
gi|24                         :                                                      ttT-CAA-TT-T-AA-GAA----CAGG----G--G-A--AA--G-A--C-TT-TCG-GTT--CA-AA------A-T-A-------GGTA-A--------G------CA-T-------ACT-TGAC--A-G--TA-T-CA-G--AA-GA--CGT-A-AA-A---T--TT--C-A-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -G-A-CAGTA-T--C---A-G-A-AGACGTA-AAA-------TTTCAA-G---AGAC---A---A--TT---AGCAAG-TTCATagagacaattagcaagttcatgagg
gi|25                         : tcaatttaagaacaggggaaagactttcggttcaaaataggtaagcatacttTTGT-TA--TT-T-AA---A--A-CAGG----G--G-G--AA----A--C-ATATC--GGTAGCA-AAAA---GA-G-A-------T--A-A------------------T-------A-T-TGAT--A-A--AA-C-TA-A--GA-GG--TGT-A-AA-CG--TTCTT--C-A---------TT----T-G-C---G--A-------T-gagg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aC-GTT-T----AAATG---G-TTCCA-TTG-AA-A-A-TCCAC--C-GAA-AAGCA-G--C---AC--A-AGACGTATAAA-------TTTC-A-GTGAAGAGAC-A---A--TT---AG--AT-TTC
gi|28                         :                                              ggaattaTTGT-TAA-TT-T-AA-AAA--A-GAGT----G--G-C--AA--G-A--C-AT-TC--GTT--CA-AATA---
gi|29                         :                                                     TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-TT-TC--GTT--CA-AATA----G-T------------A-A--------G------CA-T-------A-T-TGAC--A-G--AA-T-CA-G--gagatcacccatgtagttacccgaaactgtaaggttt
gi|3                          :                                                     TTGT--AA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-TT-TCT-GTT--CA-AATA--------A-------GT-G-A--------G------CA-T-------A-T-TGAT--A-G--AA-T-CA-T--CA-GG--TGT-A-AA-AG--T--TT--C-A-A----CG-TT----T-G-C---C--A-------T-TTGGA-A----AATTA---TT--A------A---G-AA-GA-CA-CC-TTT-T----AAATG---G-TTCCA-TTG-AAAG-A-TCCAC--C-A-A-AAGCA-G--C---ACG-A-ATACGTA-AAA-------TTTC-A-G---AGAA---A---A--TT--AGA--AG-TTCATA--GAATGA--AAGAATCAA--TGAAGACC--GTGATAATGTCAATGCG-ACGAACT-CACCA-G-AATATTTAATGTACAATTTCCGAACC-A-ATTT-TTAGTCCTTCAACGAT
gi|30                         :                                                      TGT-TAAATT-T-AA-GAA--A--AGTG---G--G-G--AA--G-A--CTTT-TC--GTT--CA-AAT-------T-A-------GT-A-A--------G------CA-T-------A-T-TGAC--A-a
gi|31                         :                                                      TGT-TAAATT-T-AA-GAA--A--AGTG---G--G-G--AA--G-A--CTTT-TC--GTT--CA-AAT-------T-A-------GT-A-A--------G------CA-T-------A-T-TGAC--A-
gi|32                         :                                                      TGT-TAAATT-T-AA-GAA--A--AGTG---G--G-G--AA--G-A--CTTT-TC--GTT--CA-AAT-------T-A-------GT-A-A--------G------CA-T-------A-T-TGAC--A-
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                   -C----GG-TT----T-G-T---C--A-------T-T-GAC-A----TTTT----TT--A----T-A---A-GA-GA-TA-CC-GTT-T----AAATG---G-TTCCA-TTG-AA-
gi|34                         :                                                     TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-AT-TC--GTG--CA-AATG---TA-T--------------A--------G------CA-T-------T-T-TG
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                   -C----GG-TT----T-G-C---C--A-------T-T-GGG-A----AATT----TT--A----T-G---A-GA-GA-TA-CC-GTT-T----AAATG---G-TTCC
gi|36                         :                                                                     -GAA--A-CAGA----G--G-C--AA--G-A--C-AT-TC--GTG--CA-A-------A-T-A-------G--AGA--------G------TA-T-------A-T-TG
gi|4                          :                                                  catTTGT-TAA-TT-T-AA-GAA--AACAGT----G--G-G--AA--G-A--C-TT-TC--GTT--CA-AATA----G-T-A------------A--------G------CA-T-------A-T-TGAC--A-G--AA-T-CA-G--AA-GG---GT-A-AA-AG--T--TT--C-A-C----GG-TT----TTG-C---C--A-------T-T-GGA-A----AATT--------A----T-A---A-GA-GA-TA-CC-GTT-TTT--AAATGTTGA-TTCCA---G-AA-G-A-TCCAC--C-G-A-AAGCA-G--C---ACG-A-AGACGT--AAA-------TTTC-A-G---AGAAGACA---A--TT---AG--AG-TTCATA--G-ATGA--AAGAATCAA--AGAAGACCGTGTGA-AACGTCA--GCGAACGAACT-CACCA-GAAATATTTAATGAAC-ATTTCCGAACC-A-A----TTAGTCCTTCAACAAT
gi|5                          :                                                     TTGTATAA-TT-T-AA-GAATAA-CAGTCGTAG--A-A--AA--G-A--C-TT-TCACGTT--CA-AATA---GA-G-A-------T--A-A--------G------CA-T-------A-GATGAC--A-G--AA-T-CATG--AA-GG--TGT-A-AA-A---T--TT--C-A-CGGGTGG-TTGGTGT-G-CGGGCGAG-------T-T-GGA-ACAACAATTGAAATC--A------G---G-GA-GA-TA-CC-GCTGTGTAAAAATG---G-TTCCA-TTG-AG-C-A-T-CAC--C-G-A-AAGC--G--C----CG-A-AGACGTA-AAA--------TTC-A-G---AGAG---A---
gi|6                          :                                                       aT-TAA-TTGT-AA-GAA----C-GT----G--G-GT-AA--G-A--A-TT-TC--GTT--GC-AGGA---TA-T-A-------GT-A-A--------G------C--T-------A-T-TGACGAA-G--AAAT-AA-GGAAA-GG--TGT-A-AA--G--T--TTTTC-A-C----GG-TT----T-GAT---C--A-------T-TTGGG-A----AATT----TT--AAGGTT-A---G-GA-GAGTA-TC-GTT--------ATG---G-TTTCC-TTGGAA-G-AGTCCAC--C-G-A-AAGCAAG--C---ACG-A-AGACGTA-AAATTATTTTTTTC-A-G---AGggacaa
gi|7                          :                                               attggtTTGT-TAA-TT-T-AAAGAA--A-CAGT----G--G-G--AAAAG-A--C-TT-TC--GTT--CA-AATA----G-T-A------------A--------G------CA-T-------A-T-TGAC--A-G--AA-T-CA-G--AA-GG--TGT-A-AA-AG--T--TT--C-A-C----GG-TT----T-G-CA--C--A-------T-T-GGATA----AATT----TT--AA---T-A---G-GA-GA-TA-CCCGTT-T----AAATG---G-TTCCA-TTG-AA-G-A-TCCAC--C-G-A-AAGCA-G--C---ACG---AGACGTA-AGAAAT----TTTC-A-G---AGAGAC-A---A--TT--GA---AG-TTCATA--G-Agtaccattt
gi|8                          :                                                     aTGT-TTA-TT-T-AA-GAA--A-CAGT----G--G-G--AA--G-A--C-TT-TC--ATT--CA-AATA----G-T------------A-A--------G------CA-T-------A-T-TGAC--A-GGCAA-T-CA-G--AG-TG--TGT-A-AA-AAGTT--TT--C-A-C----GGTTT----T-G-C---C--AT------T-T-GGA-A----ACTT----TT--A----T-A---G-GAGGA-TA-CC-GTTGT----AAATG---GTTTCCA-TTG-AA-G-A-TCAAC--CAG-A-AAGCA-G--C---ACG-A-AGACGTA-AAA--------TTC-A-G---AGAG---AC--AATTT--TAG--AG-TT
gi|9                          :                                                     TTGT-TAA-TT-T-AA-GAA----CAGT----G--G-A--AA--G-AACT-TT-TC--GTT--CACAAT-------T-A-------GTAA-G--------G------CA-T-------A-T-TGAC--A-G--AA-T-CA-G--AAGGG--TGTAA-AA-AG--T--TT--C-A-A----CG-TT----T-G-C---C--AATTTTTTT-T-GGA-A----AATT----TT--A----T-A---G-GA-GA-TAGCC-GTT-T----AAATG---GTTTCCAGTTG-AA-G-A-TCCACAGC-G-AGAAGCA-G--CA--ACG-A-AGACGT--AAA-------TTTC-A-G---AGAC---A---A--T