lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 11 11111 444444444444444444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 3 4 222222 44 3 555 11 0 88888 3 6 3 000000000000000000 6 3 44 3 44 3 555 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77777777777777777777777 8 55 4 4444444 1 66 4 55 4 55 55
lowQualScore : . . ...... .. . ... .. . ..... . . . .................. . . .. . .. . ... .................................................................. ....................... . .. . ....... . .. . .. . .. ..
lowQualScore : 6 6 111111 66 3 111 77 2 22222 3 7 3 777777777777777777 7 3 66 3 66 3 888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 00000000000000000000000 0 55 0 4444444 9 11 0 55 0 55 55
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAA-AAACT-T----G--AAAGA-AGCC-TAAT-TGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---A--GAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------G--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAAT-------AGACAAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--AGGG--TTTTCCGG
Reference ( gi|4 ) : ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAA-AAATT-T----G--AAAGA-AGCC-TAAA-TGTGTTCAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---A--GAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------G--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAAT-------AGACAAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--AGGG--TTTTCTGG
gi|9 : TAA-AAACT-T----G--AAAGA-AGCC-TAAA-TGTGTTTAT-----TGTT-TA-AC-TT-T----------AT---A--CAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--TCC-------A-GCATTTAA--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-T----------------------GGAA-A--G-GAAC--AGGG--TTTTC
gi|3 : tcagacgacatcatgtgtttcattttttaaatctgaaatgacacaatatacagacccataactgatTAA-AAACT---------AAAGA-AGCC-TAAT-TGTGTTTGT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---ACAGAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAACAATGTT-T--T-CCTATTG-A-T------GTA------CA--------AGC--------------TGTT-----------------------TT-TAAC--AAAGC-TAAT-------AAACGAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--TGGG--TTTTCTGGcag
gi|2 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAA-CAACT-T----G--AAATA-AGCC-TAAA-TGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------ATAC-A--AAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------G--------CATG------AAACAATGTGTACAAGCTGTT-----------------------TC-TTAT--AAAGC-TAAT-------ATTTAAAA--CCAGAA-A--G-GAAC--AGAG--TTTTC
gi|1 : cagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtaacctatTAA-AAACT-T----G--GAAGA-AGCC-AAAT-TGTGTTTAT-----TGTT-CA-ACTTT-T----------ATAC-A--GATA-CT-TT--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------GCATGAAA-CA--------A----------------TGTTTTCCTCTTGATATACAAGCTGTTTC-TAAA--AAAGC-TAAT-------AGACAAAA--CCAGAA-A--G-GAAC--AGGG--TTTTCCGGcagga
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAA-AAACTGT----A--AAAAA-GG---TAAT-TGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---ACAGAGA-CT-TG--TA-A-G--TG-T-A---TATTACA--------T--G---------A-A------A--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAAT-------ATACAAAA--ACGGAA-A--G-GAGG--AGGG--TTTTCCGGga
gi|11 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtatctgatTAATAAACTGT----G--AAAGA-AACG--AAT-TGTGTTCATGGATGTGTT-CAGACTTT-TGAAATTTAGTAC---A--AAGAGCT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAAA-------T--T-C-------A-G------G--------CAGGAAACAAA----------------TGTT-----------------------TCGTAAC--AAAGC-TAAT-------AGACAAAACGCCAGAA-A--GAGAACATAGGGTTTTTTCTGGga
gi|12 : tactgatTAA-AAACT-CTTGGG--AAAGATAGC--TATT-TGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---A--GAGA-CT-TG--TATA-AACTT-TCAAGGCATGAAACAATTGTTT--T-CCTCTTTGATG------T--------CA--------AGC--------------TGTT-----------------------TCTTAAC---AAGCATAAT-------AAACGACA--CCGGAATA--G-GAAC--AGG----TTTC
gi|13 : attTAA-AAACT-G----G--AAAGA-AGCC-TAAT-TGTGTTTAT-----TGTT-T----------------------------AGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAcaag
gi|14 : ctactcgcaatttaaagctaaagcttaaagtcttaatttcagacgacatcttaatcaataacacaaattacagacccgtaactgatTAA-AAACT-T----G--AAAGA-AGCC-TAAT-TGT
gi|5 : ctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA-TAACT-T----G--AAAGA-AGCCGTAAAGTGTGTTC-T-----TGTTGTA-CTTTT-T----------ATTACA--GAGA-CTGTAGTTACATG--TGCTCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-A------GGCATGTAACA--------A----------------TGTT-----------------------TC-T-AC--AAAGC-TGA
gi|10 : atactcgctttaaaatctgaagttaaatatcttagttcagacaacacattgctgtttgattttttatcttgataatgtcatcaagtattacatgacccataactgatgA-AAATC-T----GTGAAAGA-AACG--AAT-TGTGTTCATGGATGTGTT-CAGACTTT-TGAAATTTAGTAC---A--AAGAGCT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAc
gi|7 : att-T----G--AAAGA-AGCC-TACA-TATGTTCAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------ATAC-A--GAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------GCATTTAA-CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAATACATGTAAGACAAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--AGGG--TTTTCCGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaaaagaacagggttttctggg
gi|8 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatgacacaaaatacgTT-TA-GCCTTAT----------AC---A--GAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---T-TTAAA--------TATT-C-------A-G------G--------CACTGAAAC-AC---------------TGTT-----------------------TC-TAACCAAAAAC-TAAT-------AGACAAAA--CCGGAA-AAGG-AAAC--A-GG--TTTTCg
gi|10 : tactcgcaatttaaaacttaaaaatcttaatttcagaagatcgtatgttttatttttaatgacacaaaatacggactcggtaacttgataaaaacGAA-A--A-GAAC--AGGG--TTTTCTGGcaag
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTACATCGCAATTTAAGAAACTAAAGCTTAAAGAATCTTAATTTTCAGACCACACTGCAATGGCGTCGTTGATTGTTTTTAAATCAATGACATGAATCATACGG
Unaligned ( gi|16 ): ACAATCGCAATTTAGAAACTAAAGCTTAAAGAATTTAAGTTTCAGA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 11111 333333333333333333 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 3 3 333333 3 666 0 66666 3 6 3 555555555555555555 6 3 44 3 44 3 555 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333333333333333 7 55 3 3333333 0 55 3 55 3 55
lowQualScore : . . ...... . ... . ..... . . . .................. . . .. . .. . ... .................................................................. ....................... . .. . ....... . .. . .. . ..
lowQualScore : 1 1 555555 1 777 8 77777 1 2 1 555555555555555555 2 1 22 1 22 1 444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66666666666666666666666 3 00 6 0000000 7 55 6 00 6 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAA-AA-ACT-T----GAAAGA-AGCC-T-AATTGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---A--GAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------G--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAAT-------AGACAAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCCGG
Reference ( family-5387 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAA-AA-ACT-T----GAAAGA-AGCC-T-AATTGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---A--GAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------G--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAAT-------AGACAAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCCGG
gi|1 : TAA-AA-ACT-T----GGAAGA-AGCC-A-AATTGTGTTTAT-----TGTT-CA-ACTTT-T----------ATAC-A--GATA-CT-TT--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------GCATGAAA-CA--------A----------------TGTTTTCCTCTTGATATACAAGCTGTTTC-TAAA--AAAGC-TAAT-------AGACAAAA--CCAGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCCGG
gi|10 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAA-AA-TCTGT----GAAAGA-AACG---AATTGTGTTCATGGATGTGTT-CAGACTTT-TGAAATTTAGTAC---A--AAGAGCT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAga
gi|10 : atGAA-A--A-GAAC--AGGGTTTTCTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaaaagaacagggttttctggg
gi|11 : attaaaatctgtgaaagaaacgaattgtgttcatggatgtgttcagacttttgaaatttagtacaaagagcttgtacagtgtcatattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaTAATAA-ACTGT----GAAAGA-AACG---AATTGTGTTCATGGATGTGTT-CAGACTTT-TGAAATTTAGTAC---A--AAGAGCT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAAA-------T--T-C-------A-G------G--------CAGGAAACAAA----------------TGTT-----------------------TCGTAAC--AAAGC-TAAT-------AGACAAAACGCCAGAA-A--GAGAACATAGGGTTTTg
gi|12 : tactgatTAA-AA-ACT-CTTGGGAAAGATAGC--T-ATTTGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---A--GAGA-CT-TG--TATA-AACTT-TCAAGGCATGAAACAATTGTTT--T-CCTCTTTGATG------T--------CA--------AGC--------------TGTT-----------------------TCTTAAC---AAGCATAAT-------AAACGACA--CCGGAATA--G-GAAC--AGG--TTTCCttctgg
gi|13 : attTAA-AA-ACT-G----GAAAGA-AGCC-T-AATTGTGTTTAT-----TGTT-TA----------------------------GA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAaag
gi|14 : ctactcgcaatttaaagctaaagcttaaagtcttaatttcagacgacatcttaatcaataacacaaattacagacccgtaactgatTAA-AA-ACT-T----GAAAGA-AGCC-T-AATTGT
gi|2 : ctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAA-CA-ACT-T----GAAATA-AGCC-T-AAATGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------ATAC-A--AAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------G--------CATG------AAACAATGTGTACAAGCTGTT-----------------------TC-TTAT--AAAGC-TAAT-------ATTTAAAA--CCAGAA-A--G-GAAC--AGAGTTTTCCAG
gi|3 : cagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtaacctatTAA-AA-ACT-------AAAGA-AGCC-T-AATTGTGTTTGT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---ACAGAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAACAATGTT-T--T-CCTATTG-A-T------GTA------CA--------AGC--------------TGTT-----------------------TT-TAAC--AAAGC-TAAT-------AAACGAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--TGGGTTTTCTGGga
gi|4 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAA-AA-ATT-T----GAAAGA-AGCC-T-AAATGTGTTCAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---A--GAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------G--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAAT-------AGACAAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCTGG
gi|5 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA-TA-ACT-T----GAAAGA-AGCCGTAAAGTGTGTTC-T-----TGTTGTA-CTTTT-T----------ATTACA--GAGA-CTGTAGTTACATG--TGCTCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-A------GGCATGTAACA--------A----------------TGTT-----------------------TC-T-AC--AAAGC-TGA
gi|6 : atactcgctttaaaatctgaagttaaatatcttagttcagacaacacattgctgtttgattttttatcttgataatgtcatcaagtattacatgacccataactgatgTAA-AA-ACTGT----AAAAAA-GG---T-AATTGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---ACAGAGA-CT-TG--TA-A-G--TG-T-A---TATTACA--------T--G---------A-A------A--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAAT-------ATACAAAA--ACGGAA-A--G-GAGG--AGGGTTTTCCGGc
gi|7 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtatctgatAA-AATACG-T----GAAAGA-AGCC-T-ACATATGTTCAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---ACAGAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------GCATTTAA-CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAATACATGTAAGACAAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCCGGga
gi|8 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatgacacTT-TA-GCCTTAT----------AC---A--GAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---T-TTAAA--------TATT-C-------A-G------G--------CACTGAAAC-AC---------------TGTT-----------------------TC-TAACCAAAAAC-TAAT-------AGACAAAA--CCGGAA-AAGG-AAAC--A-GGTTTTCCg
gi|9 : tactcgcaatttaaaacttaaaaatcttaatttcagaagatcgtatgttttatttttaatgacacaaaatacggactcggtaacttgataaaaacTAA-AA-ACT-T----GAAAGA-AGCC-T-AAATGTGTTTAT-----TGTT-TA-AC-TT-T----------AT---A--CAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--TCC-------A-GCATTTAA--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-T----------------------GGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCCAGaag
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTACATCGCAATTTAAGAAACTAAAGCTTAAAGAATCTTAATTTTCAGACCACACTGCAATGGCGTCGTTGATTGTTTTTAAATCAATGACATGAATCATACGG
Unaligned ( gi|16 ): ACAATCGCAATTTAGAAACTAAAGCTTAAAGAATTTAAGTTTCAGA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 11111 333333333333333333 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 3 3 333333 3 666 0 66666 3 6 3 555555555555555555 6 3 44 3 44 3 555 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333333333333333 7 55 3 3333333 0 55 3 55 3 55
lowQualScore : . . ...... . ... . ..... . . . .................. . . .. . .. . ... .................................................................. ....................... . .. . ....... . .. . .. . ..
lowQualScore : 1 1 555555 1 777 8 77777 1 2 1 555555555555555555 2 1 22 1 22 1 444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66666666666666666666666 3 00 6 0000000 7 55 6 00 6 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAA-AA-ACT-T----GAAAGA-AGCC-T-AATTGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---A--GAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------G--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAAT-------AGACAAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCCGG
Reference ( family-5387 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAA-AA-ACT-T----GAAAGA-AGCC-T-AATTGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---A--GAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------G--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAAT-------AGACAAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCCGG
gi|1 : TAA-AA-ACT-T----GGAAGA-AGCC-A-AATTGTGTTTAT-----TGTT-CA-ACTTT-T----------ATAC-A--GATA-CT-TT--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------GCATGAAA-CA--------A----------------TGTTTTCCTCTTGATATACAAGCTGTTTC-TAAA--AAAGC-TAAT-------AGACAAAA--CCAGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCCGG
gi|10 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAA-AA-TCTGT----GAAAGA-AACG---AATTGTGTTCATGGATGTGTT-CAGACTTT-TGAAATTTAGTAC---A--AAGAGCT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAga
gi|10 : atGAA-A--A-GAAC--AGGGTTTTCTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaaaagaacagggttttctggg
gi|11 : attaaaatctgtgaaagaaacgaattgtgttcatggatgtgttcagacttttgaaatttagtacaaagagcttgtacagtgtcatattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaTAATAA-ACTGT----GAAAGA-AACG---AATTGTGTTCATGGATGTGTT-CAGACTTT-TGAAATTTAGTAC---A--AAGAGCT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAAA-------T--T-C-------A-G------G--------CAGGAAACAAA----------------TGTT-----------------------TCGTAAC--AAAGC-TAAT-------AGACAAAACGCCAGAA-A--GAGAACATAGGGTTTTg
gi|12 : tactgatTAA-AA-ACT-CTTGGGAAAGATAGC--T-ATTTGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---A--GAGA-CT-TG--TATA-AACTT-TCAAGGCATGAAACAATTGTTT--T-CCTCTTTGATG------T--------CA--------AGC--------------TGTT-----------------------TCTTAAC---AAGCATAAT-------AAACGACA--CCGGAATA--G-GAAC--AGG--TTTCCttctgg
gi|13 : attTAA-AA-ACT-G----GAAAGA-AGCC-T-AATTGTGTTTAT-----TGTT-TA----------------------------GA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAaag
gi|14 : ctactcgcaatttaaagctaaagcttaaagtcttaatttcagacgacatcttaatcaataacacaaattacagacccgtaactgatTAA-AA-ACT-T----GAAAGA-AGCC-T-AATTGT
gi|2 : ctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAA-CA-ACT-T----GAAATA-AGCC-T-AAATGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------ATAC-A--AAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------G--------CATG------AAACAATGTGTACAAGCTGTT-----------------------TC-TTAT--AAAGC-TAAT-------ATTTAAAA--CCAGAA-A--G-GAAC--AGAGTTTTCCAG
gi|3 : cagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtaacctatTAA-AA-ACT-------AAAGA-AGCC-T-AATTGTGTTTGT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---ACAGAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAACAATGTT-T--T-CCTATTG-A-T------GTA------CA--------AGC--------------TGTT-----------------------TT-TAAC--AAAGC-TAAT-------AAACGAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--TGGGTTTTCTGGga
gi|4 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAA-AA-ATT-T----GAAAGA-AGCC-T-AAATGTGTTCAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---A--GAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------G--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAAT-------AGACAAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCTGG
gi|5 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA-TA-ACT-T----GAAAGA-AGCCGTAAAGTGTGTTC-T-----TGTTGTA-CTTTT-T----------ATTACA--GAGA-CTGTAGTTACATG--TGCTCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-A------GGCATGTAACA--------A----------------TGTT-----------------------TC-T-AC--AAAGC-TGA
gi|6 : atactcgctttaaaatctgaagttaaatatcttagttcagacaacacattgctgtttgattttttatcttgataatgtcatcaagtattacatgacccataactgatgTAA-AA-ACTGT----AAAAAA-GG---T-AATTGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---ACAGAGA-CT-TG--TA-A-G--TG-T-A---TATTACA--------T--G---------A-A------A--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAAT-------ATACAAAA--ACGGAA-A--G-GAGG--AGGGTTTTCCGGc
gi|7 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtatctgatAA-AATACG-T----GAAAGA-AGCC-T-ACATATGTTCAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---ACAGAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------GCATTTAA-CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAATACATGTAAGACAAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCCGGga
gi|8 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatgacacTT-TA-GCCTTAT----------AC---A--GAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---T-TTAAA--------TATT-C-------A-G------G--------CACTGAAAC-AC---------------TGTT-----------------------TC-TAACCAAAAAC-TAAT-------AGACAAAA--CCGGAA-AAGG-AAAC--A-GGTTTTCCg
gi|9 : tactcgcaatttaaaacttaaaaatcttaatttcagaagatcgtatgttttatttttaatgacacaaaatacggactcggtaacttgataaaaacTAA-AA-ACT-T----GAAAGA-AGCC-T-AAATGTGTTTAT-----TGTT-TA-AC-TT-T----------AT---A--CAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--TCC-------A-GCATTTAA--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-T----------------------GGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCCAGaag
blockSeqs : T T CTTGG T GTA GGATG G G A GAAATTTAGTACA G G GT T AC C AGG CAATTGTTTTCCTCTTTGATGTCAAGC . G CA A ACATGTA CG T AG A AT
blockSeqs : . . GT . T GGATG . G . GAAATTTAGTACA G . . . . . . TTCAGGCATGAAACAATGTGTACAAGC . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . GT . T . . . . ATTACA . . . . . . . CAATGTTTTCCTATTGATGTACAAGC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . GT . T . . . . ATACA . . . . . . . TATTCAGGCACTGAAACAC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . T . . . . ATACA . . . . . . . ATTCAGGCAGGAAACAAA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . T . . . . ATACA . . . . . . . TTCAAGGCATGTAACAA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . T . . . . ATACA . . . . . . . TTCAGGCATTTAACAA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . T . . . . ATA . . . . . . . TTCCAGCATTTAACAA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . T . . . . ATA . . . . . . . TTCAGGCAA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . T . . . . ACA . . . . . . . TGAAACAA . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . ATA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ATACA************* ***********************
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAA-AA-ACT-T----GAAAGA-AGCC-T-AATTGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTT-T----------AT---A--GAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------G--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAAT-------AGACAAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCCGG
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAA-AA-ACT-T----GAAAGA-AGCC-T-AATTGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTT-TATACA-------------GAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAAA--------T--T-C-------A-G------G--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAAT-------AGACAAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCCGG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTACATCGCAATTTAAGAAACTAAAGCTTAAAGAATCTTAATTTTCAGACCACACTGCAATGGCGTCGTTGATTGTTTTTAAATCAATGACATGAATCATACGG
Unaligned ( gi|16 ): ACAATCGCAATTTAGAAACTAAAGCTTAAAGAATTTAAGTTTCAGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 11111 22222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 3 3 333333 3 666 0 66666 3 6 0 55555555 6 3 44 3 44 3 555 44 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33333333333333333333333 7 55 3 3333333 0 55 3 55 3 55
lowQualScore : . . ...... . ... . ..... . . . ........ . . .. . .. . ... .. ................................................................ ....................... . .. . ....... . .. . .. . ..
lowQualScore : 1 1 555555 1 777 8 77777 1 2 4 44444444 2 1 22 1 22 1 444 66 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66666666666666666666666 3 00 6 0000000 7 55 6 00 6 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAA-AA-ACT-T----GAAAGA-AGCC-T-AATTGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTTTA--------TACAGAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAA--A--------TT-C-------A-G------G--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAAT-------AGACAAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCCGG
Reference ( family-5387 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAA-AA-ACT-T----GAAAGA-AGCC-T-AATTGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTTTA--------TACAGAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAA--A--------TT-C-------A-G------G--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAAT-------AGACAAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCCGG
gi|1 : TAA-AA-ACT-T----GGAAGA-AGCC-A-AATTGTGTTTAT-----TGTT-CA-ACTTTTA--------TACAGATA-CT-TT--TACA-G--TG-TCA---TATTAA--A--------TT-C-------A-G------GCATGAAA-CA--------A----------------TGTTTTCCTCTTGATATACAAGCTGTTTC-TAAA--AAAGC-TAAT-------AGACAAAA--CCAGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCCGG
gi|10 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAA-AA-TCTGT----GAAAGA-AACG---AATTGTGTTCATGGATGTGTT-CAGACTTTTGAAATTTAGTACAAAGAGCT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAA--ga
gi|10 : atGAA-A--A-GAAC--AGGGTTTTCTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaaaagaacagggttttctggg
gi|11 : attaaaatctgtgaaagaaacgaattgtgttcatggatgtgttcagacttttgaaatttagtacaaagagcttgtacagtgtcatattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaTAATAA-ACTGT----GAAAGA-AACG---AATTGTGTTCATGGATGTGTT-CAGACTTTTGAAATTTAGTACAAAGAGCT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAA--AA-------TT-C-------A-G------G--------CAGGAAACAAA----------------TGTT-----------------------TCGTAAC--AAAGC-TAAT-------AGACAAAACGCCAGAA-A--GAGAACATAGGGTTTTg
gi|12 : tactgatTAA-AA-ACT-CTTGGGAAAGATAGC--T-ATTTGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTTTA--------T--AGAGA-CT-TG--TATA-AACTT-TCAAGGCATGAA--ACAATTGTTTT-CCTCTTTGATG------T--------CA--------AGC--------------TGTT-----------------------TCTTAAC---AAGCATAAT-------AAACGACA--CCGGAATA--G-GAAC--AGG--TTTCCttctgg
gi|13 : attTAA-AA-ACT-G----GAAAGA-AGCC-T-AATTGTGTTTAT-----TGTT-TA----------------------GA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAaag
gi|14 : ctactcgcaatttaaagctaaagcttaaagtcttaatttcagacgacatcttaatcaataacacaaattacagacccgtaactgatTAA-AA-ACT-T----GAAAGA-AGCC-T-AATTGT
gi|2 : ctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAA-CA-ACT-T----GAAATA-AGCC-T-AAATGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTTTA--------TACAAAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAA--A--------TT-C-------A-G------G--------CATG------AAACAATGTGTACAAGCTGTT-----------------------TC-TTAT--AAAGC-TAAT-------ATTTAAAA--CCAGAA-A--G-GAAC--AGAGTTTTCCAG
gi|3 : cagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtaacctatTAA-AA-ACT-------AAAGA-AGCC-T-AATTGTGTTTGT-----TGTT-TA-ACTTTTA--------TACAGAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAA--ACAATGTT-TT-CCTATTG-A-T------GTA------CA--------AGC--------------TGTT-----------------------TT-TAAC--AAAGC-TAAT-------AAACGAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--TGGGTTTTCTGGga
gi|4 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAA-AA-ATT-T----GAAAGA-AGCC-T-AAATGTGTTCAT-----TGTT-TA-ACTTTTA--------TA--GAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAA--A--------TT-C-------A-G------G--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAAT-------AGACAAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCTGG
gi|5 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA-TA-ACT-T----GAAAGA-AGCCGTAAAGTGTGTTC-T-----TGTTGTA-CTTTTTAT-------TACAGAGA-CTGTAGTTACATG--TGCTCA---TATTAA--A--------TT-C-------A-A------GGCATGTAACA--------A----------------TGTT-----------------------TC-T-AC--AAAGC-TGA
gi|6 : atactcgctttaaaatctgaagttaaatatcttagttcagacaacacattgctgtttgattttttatcttgataatgtcatcaagtattacatgacccataactgatgTAA-AA-ACTGT----AAAAAA-GG---T-AATTGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTTTA--------TACAGAGA-CT-TG--TA-A-G--TG-T-A---TATTAC--A--------TG---------A-A------A--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAAT-------ATACAAAA--ACGGAA-A--G-GAGG--AGGGTTTTCCGGc
gi|7 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtatctgatAA-AATACG-T----GAAAGA-AGCC-T-ACATATGTTCAT-----TGTT-TA-ACTTTTA--------TACAGAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAA--A--------TT-C-------A-G------GCATTTAA-CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-TAATACATGTAAGACAAAA--CCGGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCCGGga
gi|8 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatgacacTT-TA-GCCTT-A--------TACAGAGA-CT-TG--TACA-G--TG-TCA---T-TTAAATA--------TT-C-------A-G------G--------CACTG-----AAACAC-----------TGTT-----------------------TC-TAACCAAAAAC-TAAT-------AGACAAAA--CCGGAA-AAGG-AAAC--A-GGTTTTCCg
gi|9 : tactcgcaatttaaaacttaaaaatcttaatttcagaagatcgtatgttttatttttaatgacacaaaatacggactcggtaacttgataaaaacTAA-AA-ACT-T----GAAAGA-AGCC-T-AAATGTGTTTAT-----TGTT-TA-ACTTT-A--------TACAGA---CT-TG--TACA-G--TG-TCA---TATTAA--A--------TTCC-------A-GCATTTAA--------CA--------A----------------TGTT-----------------------TC-TAAC--AAAGC-T----------------------GGAA-A--G-GAAC--AGGGTTTTCCAGaag
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTACATCGCAATTTAAGAAACTAAAGCTTAAAGAATCTTAATTTTCAGACCACACTGCAATGGCGTCGTTGATTGTTTTTAAATCAATGACATGAATCATACGG
Unaligned ( gi|16 ): ACAATCGCAATTTAGAAACTAAAGCTTAAAGAATTTAAGTTTCAGA