lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              2222222222222222222222222222222222222222           
lowQualScore                  :                 1              1          22       111111                        2222      44    2222             1111111                              22                       111111     3        2           5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555                       444        33        4444444444     44444      111       1   111   77777777777777777777    33333333         4444               33        11   6666666666666666666666666       3333333   22222       1  11              1      33  1    11     66666666666666666666666666666      1111    222222222  1          666666666666666666        2     4       6666666666666666666666666666666666666666           
lowQualScore                  :           3     0 7 66     2   6  2       66     2 555555  2  5555  2       888  1111  1   66    9999  0      0   4444444 88 9999    666 55    3   6   22         55  4 8       111111     0 4 4 4  5     4     1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    6                  111        00 7      2222222222     66666      777       3   777   77777777777777777777    66666666 8       4444      8        44        11   2222222222222222222222222    3  4444444   00000   8   6  11 8    8       3 3    11  1    11   8 22222222222222222222222222222 8    2222    000000000  0   3      444444444444444444        3     0       7777777777777777777777777777777777777777           
lowQualScore                  :           .     . . ..     .   .  .       ..     . ......  .  ....  .       ...  ....  .   ..    ....  .      .   ....... .. ....    ... ..    .   .   ..         ..  . .       ......     . . . .  .     .     .......................................................................................................................................................    .                  ...        .. .      ..........     .....      ...       .   ...   ....................    ........ .       ....      .        ..        ..   .........................    .  .......   .....   .   .  .. .    .       . .    ..  .    ..   . ............................. .    ....    .........  .   .      ..................        .     .       ........................................           
lowQualScore                  :           1     6 9 88     9   1  9       88     9 444444  7  7777  7       555  8888  7   99    8888  4      2   3333333 66 6666    444 00    6   2   66         55  0 0       555555     7 4 4 4  1     4     9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    0                  555        00 3      0000000000     00000      777       3   777   33333333333333333333    00000000 0       0000      0        44        00   6666666666666666666666666    8  4444444   00000   0   0  00 0    0       6 8    22  6    00   0 00000000000000000000000000000 0    6666    222222222  0   2      000000000000000000        7     0       5555555555555555555555555555555555555555           
consensus                     :  AAGATAAGT-TTATTCCAA--TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCA-TAATA-GA-A-GATA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AAAGAA--ATGT----CCCAAAAAAGAAG-----T-G--G--A-AAAG---T--TACA-ATATCATG-AAATCACAA--CC-T-ACATGTA------TGTGG-A-T-G-CA-GCATA-TTGGG------AAT-TATAACATGG-G-GTGTATA-TATATA-AGAGATGA---ATG-TATG-ATATCAAT------ATG-TGTNATATAATAT--A--A--TCAACA--G-GGAT-------ACTAGA-TACAGTTNAATTTTTACAA-AATC--ATTCTTTTTCTGAATGTTCTAACTTAAATATTCANCTAATTTTG-T--TG--T-TGCAACT---TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-A-ACC---ACTAGTGAATCCGTCTTTCCT---GTC--T-TGATAAAG---ATATAA-AGTTCTTGN-AGAGCTTT--GATAAA-TC---G--AA----AA-----AACATAT--TAT--CTC-----TCT-ACA-GT--A-TATA-ATGGACATTTCAGTA-AGGAAAT--GAA-AT------T-CAT-----CTTC--TATACAA-TTTA-AA-TTACA----TAATTT-ACATATTCTT---TCTTCCTCTC-AAAGGAATCTTC-TGACC-AGTATTG--------------TTTGT---GACNTTACTCNNNCTA-CCCTCTTTCGAT
Reference ( gi|1 )            :  AAGATAAGT-TTATTTCCA--TTTTG-GGCGCC-AGAGGGC--TAATA-GA-A-GATA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AAAGAACTATGTC---CCCAAAAAAGAAG-----T-G--G--A-AAAG---T--TACA-ATACCATGAAAATCACAA--CC-T-ACATGTA------TGTGGTA-T-G-CAGGCATA-TTGGG------A---TA-AACATGG-G-GTATATACTATATAGAGAGATGA---ATG-TATA-ATATCAATAT-TGGATG-TGTTATATGATAT-TACTAC-TCAACACTATAGATGA-CATTACTAGA-TACAGCTTTATTTCCACAA-AATCTTATTCCTTTTCTGAATGTTCTAACCTAAATATTCACATAATTTTG-T--TG--TATGCAA-T---TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-A-ACC---ATTAG-AAAC---TATATCCT---GTC--T-TGATAAA----ATATAA-AGTTCTTGCCAGAGCTTT--GATCA--TC---A--GA----AA-----AACATAT--TAT--CTC-----TCT-ACA-GT--A-TATA-ATGGACATTTCAGTC-AGAAAAT--GAA-A-------T-CGT-----CTTC--T-TAC-A-TTTA-AA-TTACA----TAA-TT-ACATATTCTTAA-TCTTTCTCTCGAAAGGAATCTTCTTGACCTAGTATTGTTGTATTTTTTCTTTTTGTTCAGACA-TATTCAATCTAACCCTCTTTCGAT
gi|2                          :  AAGATAAGT-TTCATTCCA--TTTTG-GGCCCC-AGAGCGCTTTAATA-GATA-GTTA-AC----AG-TTCATAAC--AAG---AAAGAA--ATGTT---CCCAAAAAA-AAG-----T-GATG--A-AAAGTTTT--TACATAT-TCATG-AAATCACAATCCC-TAATATGTA------TGTGG-A-TGG-CAGCTA-A-TTGGG------ATT-TATAACATGG-G-AC-----CCAT----AGATATGA---ATGTTATATATA-CAATATCTGCATATTGTCTTAAAATATATAC-A--TCAACATAGAAGATGACCAGAACTAGATTACAGTTCAATTTTTACAAGAATC-AATTCTTTTTCTGAATGTTCTAACT--AATATTCAC-T-ATTTTG-TGCGG--TTTGCAACT---TTGTCTGT-CATTTAT-CAT-A-ACC---A-TAGTAAAT---T-TTTCCT---TGA--T-TGATAAATG--ATATAA-AGTTCTTG-CAGAGCTTT--GATAAATTCTGAA--AA----AA-----AACATAT--T-----TC-----TCTGACACGT--A-TATATATGGACA-TTCAGTTAAGGAAATTAGAA-AT------T-CAT-----CTTCTAT-TACAA-TTTACAACTTACA----TAA-
gi|3                          : tAAGATAAGT-TTATT-CCAGGTTTTGCGGCCCCCAGAGGCA--TAATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AA-GAA--ATGTC---CC-AAAAAAGAAG-----T-G--G--A-AAAG---T--TACA-ATACCATGAAA-TCA-AA--CC-T-ACATGTACATGTATGTGG-A-T-G-CAG-CATA-TTGGG------AAT-TATAACATGG-G--TGT-TA--ATATAACGAGATGA---ATG-T-----------------GATGGTGTAATATA--------TACATCAACA--------------TA-TAGA-TACAGTTAAATTT--ACAA-AATCA-ATTCTTTTTCTGAATGTTCTAAC-TAAATATTCAACTAATTTTG-T--TG--T-TGCAACT---TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-ATACC---Agat
gi|13                         : tAAGATCAGT-TTATTCCAA--TTTTG-GGCCCC-AGAGGGC--------------ATA-AC----AG-TTCATAA---AGAAAGAAAGAA--ATGT----CCCAAAAAGGGAG-----T-G--GA-A-AAAG---T--TACA-ATATCATG--AATCACAA--CC-T-ACATGTA------gg
gi|17                         :  AAGATAAGT-TTATTCCAA--TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCA-TAAT--GA-T-AGTA-AC----AG-TTCATAA---AGAAAGAAAGAA--ATGT----CCCAAAAAAGAAG-----
gi|21                         : tAAGATAAGT-TTATTCCAA--TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCA-TAATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAg
gi|18                         : tAAGATAAGT-TTATT-CCA--ATTTG-GGCCCC-TGAGGGAA-TAATA-GA-A--ATA-AC----AG-TTCATAA---AG----AAAGAA--ATGTCGGGGGGAAAAAAGAA
gi|22                         :  AAGATAAGT-TTATTCCAA--TTTTG-GGCCCC-AGGGGGC--------------ATA-AC----AG-TTCATA
gi|12                         :   AGATAAGT-TTATTCCAA--TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCA-TAATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AG----AAAGAA--ATGT----CCCAAAAAAGAAG-----T-GA-G--A-AAAG---T--TACA-ATATCATG-AAATCACAA--CC-T-ACATGTA------TGTGG-A-T-G-CA-GCATA-TTGGG------A---
gi|7                          :   AGATAAGTGTTATTCCAA--TTTT--GGCCCC-AGAGGCA--TAATA-AA-AGGATATATATTAAG-TTCATAATTTAGA---AA--GACAATGTT---C----AAAAAAAG-----G-G--G--AGAAAA---T--TAC--ATATC---AGACCCAAAG--CCTT-ATATGTA------TGTGAGACT-GTCAAGCATAGTTGAGAAATTTA---CA-AACATAGTG-GTTTATGTTA-----AGAAATG------G-GATG-ATATattataaca
gi|9                          :  tgGATAAGT-TTATTCCAA--TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCA-TAATA-G--A-GGTA-AC----AG-TTCATAA---AG----AAAGAA--ATGT----CCCAAAAAAGAAG-----TGG--G--A-AAAG---T--TACA-ATACCATG-AAATCACAA--CC-T-ACATGTA------TGTGG-A-T-G-TA-GCATA-TTGGG------AAT-TATAACATGG-G-GTGTATA-TAAATAGAGA
gi|14                         :    GATAAGT-TTATTCCAA--TGTTG-GGCAGC-AAAGGGCA-TAATG-GT-A-G-TA-AC----AG-TCCATAA---AG----AAAGAA-GATGT----CCCAAAAAATAAG-----G-G--G--G-GAAT---T--TACA-ATATCATAAtga
gi|20                         :    atTAAGT-TTATTCTAA--ACTT--GGCCCA-AGAGGGCA-TAACA-GC-A-AA-A-AC----AA-TTTATAA---GAA---AAAtta
gi|11                         :       tAGT-ATATTCCAA--TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCA-TAATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AG----AATGAA--ATGT----CCCAAAAAAGAAG-----TGG--G--A-AAAG---T--TACA-ATATCATG-AAATCACAA--CC-T-ACATGTA------TGTGG-A-T-G-CA-GCATA-TTGGG------AAT-TATAACATGG-G-GTGTt
gi|8                          :             TATTACCAA-TTTTG-GGC-CC-AGAGGTA--TAATAAGA-A-GAGA--------G-TTCAT-A---AGA---AAAAAA--ATGT-------AAAAAAGAAGA----T-G--G--GTAAAG---TGATAC--ATA-TATG--AATCACAA--CC-TAACATATA------T-TGGGA-T-G-CA-GCATA-TTGGGT-----A---TA----ATGG-GTGTATATAAT-TAT-----GATGATTGATG-TAT--ATATCAAT-------TG-TG--ATATTATA
gi|16                         :                                                    atagcgTA-AC----AGGTTCATAA---AGA---AAGGAAATAT------CCCAAAA-----G-----T-G--G--A-------------CA-AAATCAT--AGATCACAA--CC-T-ACATGTA----------ACA-T-A-CA-GCATA-TTGGG------AATTTATAACAT
gi|15                         :                                                                                                       agAAAAAAAAAGCCACTT-G--GGTA-AAAA---T--TACA-ATATCA-----ATCACAT--TC-T-ACATGTG------TGTGG-A-T-G-CA-GCATT-TTTGG------A---tgagc
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                               aagaaagaaatgtccaaaaaattaaaaTG-TGATATATAATAT--A--AA-TCAACA-TATGGAT-------ATTAG--------TTCAATTTTGCAA-AACA--ATCCTTTTTCTGAATGTTTTAACattaca
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TAGTTTTGAT--TGGGCATGCAG-CGTGTTGTCT-TGCATTTACACATCA-ACCCGCACTAG-GAATCCGTCTTTCCTCTTGT---T-TGATAAAGATTACATAAGATTTCTTGA-GGAGCTTTTGGATAAC-TT---T--GA----AATGTTAAACA-AT--AAT--CTCATTATTCT-CGATGT--A-TATA-ATGGACACTCCAGT--AG-GAAT---AA-A-------T-C-------CAT-------C-A-TTTA-----TACA----AAT-TT-ACATATTCTT-----TT--------------TCTTCTAGACC-AGCATTG--------------TTTGT---GACCTTACTTCATCTA--CCTCTTTCGATtacat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TCCT---GAC--TATGATAAAG---ATATAA-AGTTTTTGC-AGAGCTTT--GATAAA-TC---ATGAA----AA-----AACATAT--T-T--CTC-----TCT-ACA-GT--A-TATG-ATGGACA-TTCAGTA-AGGAAAT--GAATA-------T-CAT-----CGCC--TATACAA-TTTA-AA-TTACATTATTAATTT-ACATATTTTT-T-TCTTTCTTTCTAAAGGAATCTTC-TGACC-AGTtc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tttatgatagctacagattttggccCT---GTCGAT-TAATTNN----NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNT--AATCA--TG---G--AA----AA-----AAGACATGATATTGCTC-----TCT-ACA-GTTTA-TATA-ATGGACATTTCAGAA-AGCAAAT--GAA-ATTCAATTT-CGTATACACTTT--T-TAA-A-TAAA-AA-CTAC-----CAATTT-ACA-ATTCT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T---GT---T-TGATAAAG---ATATAA-AGTTCTTGG-AGAGCTTT--GGTAA--AT---A--AATGAAAA-----AACATAT--T-T--CTC-----TCT-ACA-GT--AATATA-ATGGACATT-CAGT--AGAAAAT--GAA-A-------TTCAT-----CTTC--TATAC-AATTTA-AA-TTACA----TAA-TTTACATATTCTTAACTTTTCCTCTC-AAAAGAATCTTC-TGACC-AGTATTG--------------TTTGT---GACG-TATTCATACT--CCCTCTTTCGAT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               11111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                  111                        1111                         11111111111     1111111                                                       111111                             111                     222222222222      1111            4444444444444             4444444444      33333333333333333333333     1  1          22    1    2222                      11         1         111  333333     1111      111                 444444444444444444      222222             111                       11       44444444    1111     2222222    22222                                                           1111        22222222          11111                33333333333333            111    1       77777777777777     222   22          222           
lowQualScore                  :                                                     2  2   2    2     2      2         2    2  2 666  2  5555  2       777  4444  2   33     6666  2     33333333333     4444444 77 8888     44 555   3           3      55  3  7      000000    4 4 4  4 55  4    4      000    4       5        111111111111      5555    0 6   0 5555555555555   1     0   9999999999      44444444444444444444444     0  0    1     00    0    4444                      44         4   7     111  888888     3333      111       8   8 8   111111111111111111  3   555555 8       8   444    8        99        11   0   99999999    4444     1111111    22222     6   6  99 6    6       9 1   6  7      99    3     3  1111   3    44444444 7777     55555  0     0 8     11111111111111   0        111    0       88888888888888     333   44  0  333  777           
lowQualScore                  :                                                     .  .   .    .     .      .         .    .  . ...  .  ....  .       ...  ....  .   ..     ....  .     ...........     ....... .. ....     .. ...   .           .      ..  .  .      ......    . . .  . ..  .    .      ...    .       .        ............      ....    . .   . .............   .     .   ..........      .......................     .  .    .     ..    .    ....                      ..         .   .     ...  ......     ....      ...       .   . .   ..................  .   ...... .       .   ...    .        ..        ..   .   ........    ....     .......    .....     .   .  .. .    .       . .   .  .      ..    .     .  ....   .    ........ ....     .....  .     . .     ..............   .        ...    .       ..............     ...   ..  .  ...  ...           
lowQualScore                  :                                                     9  7   7    7     7      7         7    7  7 444  5  3333  5       333  4444  3   99     1111  9     66666666666     5555555 99 8888     66 888   3           6      00  6  3      555555    0 0 0  0 55  0    0      444    0       7        777777777777      2222    8 4   8 6666666666666   0     8   0000000000      55555555555555555555555     0  0    0     00    0    8888                      33         0   0     000  222222     5555      000       0   0 0   000000000000000000  2   000000 0       0   000    0        00        00   8   66666666    2222     7777777    22222     7   7  22 7    7       8 7   7  3      22    5     2  5555   2    22222222 5555     88888  8     8 0     55555555555555   2        000    0       33333333333333     333   77  7  000  333           
consensus                     :                                            AAGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-A-GATA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----T-G--G--A-AAAGT--T---ACA-ATATCATGAAA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-GGTGTATA-TA--TATA-A-GAGATGA---ATGTATGATATC--AATAT-----GTGTNATATAATAT----A---A-TCAACAC-G--GA-GA---T-------ACTAGAT-AC-AGTTCAATTTTCACAA-AATC--A-TTCTTTTTCTGAATGTTCTAACTTAAATATTCA-CTAATTTTG-T-TG--TG--TGCAAC-T-TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-A-ACC---ACTAG-GAATCCGTCTTTCCT---GTCT-TGATAAA-GAT---ATAA-AGTTCTTG-CAGAGCTTT--GATAAAT---T-T--GAAA----AAACA-------TATTAT--CTCTCT-ACA-GT--A-TATA-ATGGACATTTCAG-TAAGGAAAT--GAAATTCATCTTC-TA-TACAATTT--------A-AA-TTACA----TAATTTACATA-TTCTTAA-TCTTTCTCTC-AAAGGAATCTTC-T-GACC-AGTATTG--------------TTTGT---GACG-TATTCAATCT-ACCCTCTTTCGAT
Reference ( family-5311 )     :                                            AAGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-A-GATA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----T-G--G--A-AAAGT--T---ACA-ATATCATGAAA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-GGTGTATA-TA--TATA-A-GAGATGA---ATGTATGATATC--AATAT-----GTGTNATATAATAT----A---A-TCAACA-----GG-GA---T-------ACTAGAT-AC-AGTTNAATTTTTACAA-AATC--A-TTCTTTTTCTGAATGTTCTAACTTAAATATTCANCTAATTTTG-T-TG--T---TGCAAC-T-TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-A-ACC---ACTAGTGAATCCGTCTTTCCT---GTCT-TGATAAA-GAT---ATAA-AGTTCTTG-NAGAGCTTT--GATAAAT---C----GAAA----AAACA-------TATTAT--CTCTCT-ACA-GT--A-TATA-ATGGACATTTCAG-TAAGGAAAT--GAAATTCATCTTC-TA-TACAATTT--------A-AA-TTACA----TAATTTACATA-TTCTT---TCTTCCTCTC-AAAGGAATCTTC-T-GACC-AGTATTG--------------TTTGT---GACNTTACTCNNNCT-ACCCTCTTTCGAT
gi|1                          :                                            AAGATAAGT-TT-ATT-TCCA-TTTTG-GGCGCC-AGAGGGC-T-AATA-GA-A-GATA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AAAGAACTATGTC----CCCAAAAA-----------AGAAG-----T-G--G--A-AAAGT--T---ACA-ATACCATGAAAATCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-GTA-TG-C--AGGCATA-TTGGGA----TA--AACATGG-GGTATATACTA--TATAGA-GAGATGA---ATGTATAATATC--AATATTGGATGTGTTATATGATATTACTA---C-TCAACACTATAGATGACATT-------ACTAGAT-AC-AGCTTTATTTCCACAA-AATCTTA-TTCCTTTTCTGAATGTTCTAACCTAAATATTCACATAATTTTG-T-TG--TA--TGCAA--T-TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-A-ACC---ATTA--GAAAC--TATATCCT---GTCT-TGATAAA--AT---ATAA-AGTTCTTGCCAGAGCTTT--GAT-CAT---C----AGAA----AAACA-------TATTAT--CTCTCT-ACA-GT--A-TATA-ATGGACATTTCAG-TCAGAAAAT--GAAA-TCGTCTTC-T--TAC-ATTT--------A-AA-TTACA----TAA-TTACATA-TTCTTAA-TCTTTCTCTCGAAAGGAATCTTCTT-GACCTAGTATTGTTGTATTTTTTCTTTTTGTTCAGACA-TATTCAATCTAACCCTCTTTCGAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAA----AGACA-------TGATATTGCTCTCT-ACA-GTTTA-TATA-ATGGACATTTCAG-AAAGCAAAT--GAAATTCAATTTCGTA-TACACTTTTTAAATAAA-AA-CTAC-----CAATTTACA-A-TTCT
gi|11                         : ctgtcgattaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatcatggaaAGT-AT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AG----AATGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----TGG--G--A-AAAGT--T---ACA-ATATCATGAAA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-GGTGT
gi|12                         :                                             AGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AG----AAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----T-GA-G--A-AAAGT--T---ACA-ATATCATGAAA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACA
gi|13                         :                                            AAGATCAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGC--------------ATA-AC----AG-TTCATAA---AGAAAGAAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------GGGAG-----T-G--GA-A-AAAGT--T---ACA-ATATCATG-AA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------
gi|14                         :                                              GATAAGT-TT-ATT-CCAA-TGTTG-GGCAGC-AAAGGGCAT-AATG-GT-A-G-TA-AC----AG-TCCATAA---AGA---AAGAAG--ATGTC----CC-AAAAA-----------ATAAG-----G-G--G--G-GAATT--T---ACA-ATATCATAA
gi|15                         :                                                                                                                     atA---AGA---AA-GAA--ATGTC----CA-AAAAATTAAAAAAAAAAAAAGCCACTT-G--GGTA-AAAAT--T---ACA-ATATCA----A-TCACAT--TC-TA-CATGTG------TGTG-G-A-TG-C--AG-CATT-TTTGGAA--TTAC-Atta
gi|16                         :                                                                                                     TA-AC----AGGTTCATAA---AGA---AAGGAA--ATATC----CC-AA----------------AAG-----T-G--G---------------ACA-AAATCAT-AGA-TCACAA--CC-TA-CATGTA---------A-C-A-TA-C--AG-CATA-TTGGGAAT-TTAT-AACAT
gi|17                         :                                          agAAGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AAT--GA-T-AGTA-AC----AG-TTCATAA---AGAAAGAAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----tgagc
gi|18                         :                                           tAAGATAAGT-TT-ATT-CCAA--TTTG-GGCCCC-TGAGGGAAT-AATA-GA-A--ATA-AC----AG-TTCATAA---AG----AAAGAA--ATGTCGGGGGG-AAAAA-----------AGAAg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T-----GTGATATATAATAT----A---AATCAACA-------------T-------A-TGGAT-ATTAGTTCAATTTT-GCAA-AACA--A-TCCTTTTTCTGAATGTTTTAACT
gi|2                          :                                            AAGATAAGT-TTCATT-CCA--TTTTG-GGCCCC-AGAGCGCTTTAATA-GATA-GTTA-AC----AG-TTCATAAC--AAG---AAAGAA--ATGTT----CC-CAAAA-----------AAAAG-----T-GATG--A-AAAGT--TTTTACATAT-TCATGAAA-TCACAATCCC-TAATATGTA------TGTG-G-A-TGGC--AG-CTAA-TTGGGAT--TTAT-AACATGG-GACCCATA-GA--TATG-A-ATGTTAT---ATATACAATATCTGCATAT------TGTCTTAAAATAT----ATACA-TCAACATAG--AA-GA---TGACCAGAACTAGATTAC-AGTTCAATTTTTACAAGAATC--AATTCTTTTTCTGAATGTTCTAACT--AATATTCA-CTA-TTTTG-TGCGGTT---TGCAAC-T-TTGTCTGT-CATTTAT-CAT-A-ACC---A-TAGTAAATT----TTTCCT---TGAT-TGATAAATGAT---ATAA-AGTTCTTG-CAGAGCTTT--GATAAAT---TCTGAAAAA----AAACA-------TATT-----TCTCTGACACGT--A-TATATATGGACA-TTCAGTTAAGGAAATTAGAAATTCATCTTC-TATTACAATTT--------ACAACTTACA----TAAacat
gi|20                         :                                               tTAAGT-TT-ATT-CTAA-ACTTG-G-CCCA-AGAGGGCAT-AACA-GC-A-AA-A-AC----AA-TTTATAA---GAA---AAAgat
gi|21                         :                                           tAAGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAt
gi|22                         :                                           tAAGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGGGGGCAT-AA--------------C----AG-TTCATA
gi|3                          :                                            AAGATAAGT-TT-ATT-CCAGGTTTTGCGGCCCCCAGAGG-CAT-AATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AA-GAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----T-G--G--A-AAAGT--T---ACA-ATACCATGAAA-TCA-AA--CC-TA-CATGTACATGTATGTG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-G-TGT-TA--A--TATA-ACGAGATGA---ATGT--GATG--------------GTGTAATATA-TAC----A-----TCAACA-------------T-------A-TAGAT-AC-AGTTAAATTT--ACAA-AATCA-A-TTCTTTTTCTGAATGTTCTAAC-TAAATATTCAACTAATTTTG-T-TG--T---TGCAAC-T-TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-ATACC---A
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tTAGTTTTGAT-TG--GGCATGCAGCGTGTTGTCT-TGCATTTACACATCA-ACCCGCACTAG-GAATCCGTCTTTCCTCTTGT-T-TGATAAA-GATTACATAAGATTTCTTG-AGGAGCTTTTGGATAACT---TT---GAAATGTTAAACAATAATCTCATTAT---TCTCG-AT--GT--A-TATA-ATGGACACTCCAG-TA--GGAAT---AAATCCATC-----------ATTT--------A-----TACA-----AATTTACATA-TTCTT---TT----------------TCTTC-TAGACC-AGCATTG--------------TTTGT---GACCTTACTTCATCT-A-CCTCTTTCGATgg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T---GT-T-TGATAAA-GAT---ATAA-AGTTCTTG-GAGAGCTTT--GGTAAATAAAT----GAAA----AAACA-------TATT-T--CTCTCT-ACA-GT--AATATA-ATGGACATT-CAG-TA-GAAAAT--GAAATTCATCTTC-TA-TACAATTT--------A-AA-TTACA----TAATTTACATA-TTCTTAACTTTTCCTCTC-AAAAGAATCTTC-T-GACC-AGTATTG--------------TTTGT---GACG-TATTCATACT--CCCTCTTTCGATtc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTTAT-GAT-A-GCT---AC-AG--ATTTTGGCCT-CCT---GACTATGATAAA-GAT---ATAA-AGTTTTTG-CAGAGCTTT--GATAAAT---CAT--GAAA----AAACA-------TATT-T--CTCTCT-ACA-GT--A-TATG-ATGGACA-TTCAG-TAAGGAAAT--GAATATCATCGCC-TA-TACAATTT--------A-AA-TTACATTATTAATTTACATATTTTTT---TCTTTCTTTCTAAAGGAATCTTC-T-GACC-AGTt
gi|7                          :                                             AGATAAGTGTT-ATT-CCAA-TTTT--GGCCCC-AGA-GGCAT-AATA-AA-AGGATATATATTAAG-TTCATAATTTAGA---AAGACA--ATGTT----CA-AAAAA-----------AGGGG-------A--G--A-AAA-T--T---AC--ATATCA--GAC-CCAAAG--CCTTA-TATGTA------TGTGAG-ACTG-TCAAG-CATAGTTGAGAAATTTACAAACATAGTGGTTTATG-T-----TA-A-GAAATG------GGATGATAT
gi|8                          :                                                     tgT-ATTACCAA-TTTTG-GGCCC--AGAGG-TAT-AATAAGA-A-GAGA--------G-TTCATAA----GA---AAAAAA--ATGT--------AAAAA-----------AGAAGA----T-G--G--GTAAAGTGAT---ACA--TAT-ATGAA--TCACAA--CC-TAACATATA------TTGG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGG-----TAT-AAT---G-GGTGTATA-TAATTAT------GATGATTGATGTAT-ATATC--AAT--------TGTGATATTATA
gi|9                          :                                        atagcgGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-G-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AG----AAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----TGG--G--A-AAAGT--T---ACA-ATACCATGAAA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-G-A-TG-T--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-GGTGTATA-TA--AAT--A-GAGATGA---

lowQualScore                  :                                                                                                  111                        1111                         11111111111     1111111                                             111111                                       111                     222222222222      1111            4444444444444             8888888888888888888888888888888888888     11             11    1    33                       11        1  1        1111   222     1111      111                 111111     2222        222222             111                       11     222222     1111     2222222      111            11             1                              1111        22222222          11111               222          2            111    1       77777777777777     222  1            222           
lowQualScore                  :                                                     2  2   2   2      2  2           2      2  2 666  2  5555  2       777  7777      33     6666  2     33333333333     4444444 77 8888    555 44       3        3      55  444444 3 3          4 4 4 4  55  4    4      000    4     3 5        111111111111      5555   5  6   0 5555555555555   1    9    6666666666666666666666666666666666666 6   33       0     99    0    33                       44        3  0 3      4444   666     3333      111       8   8 8   444444  0  6666 0  3   555555 8       8   444    8         8        11     777777     4444     1111111  3 7 000     6   6  55     6       8     6 3  7    99    3     3  1111   3    44444444 7777     55555  0     0      999 0  7  0  0   0        111    0       88888888888888     333  3 3          777           
lowQualScore                  :                                                     .  .   .   .      .  .           .      .  . ...  .  ....  .       ...  ....      ..     ....  .     ...........     ....... .. ....    ... ..       .        .      ..  ...... . .          . . . .  ..  .    .      ...    .     . .        ............      ....   .  .   . .............   .    .    ..................................... .   ..       .     ..    .    ..                       ..        .  . .      ....   ...     ....      ...       .   . .   ......  .  .... .  .   ...... .       .   ...    .         .        ..     ......     ....     .......  . . ...     .   .  ..     .       .     . .  .    ..    .     .  ....   .    ........ ....     .....  .     .      ... .  .  .  .   .        ...    .       ..............     ...  . .          ...           
lowQualScore                  :                                                     9  7   7   7      7  7           7      7  7 444  5  3333  5       333  7777      99     1111  9     66666666666     5555555 99 8888    888 66       3        6      00  111111 6 6          0 0 0 0  55  0    0      444    0     0 7        777777777777      2222   6  4   8 6666666666666   0    0    8888888888888888888888888888888888888 5   22       2     88    0    88                       33        3  0 2      8888   555     5555      000       0   0 0   888888  2  5555 2  2   000000 0       0   000    0         0        00     666666     2222     7777777  5 3 222     7   7  88     7       0     7 2  8    22    5     2  5555   2    22222222 5555     88888  8     8      000 2  0  2  0   2        000    0       33333333333333     333  3 7          333           
consensus                     :                                            AAGATAAGT-TT-ATT-CCA-ATTTTG-GG-CCCCAGAGGGC-ATAATA-GA-A-GATA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----T-G--G--A-AAAG---T--TACAATA-TCATGAAA-TCACAA--CC------T-A-CATGTATGTG-G-A-T-GC--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-GGTGTATA-TA--TATA-A-GAGATGA---ATGTATGATATC--AATAT-----GTGTNATATAATAT----A---A-TCAACAT---ANA-GA---T-------ACTAGA-TACAGTTCAATTTTCACAA-AATCA-ATTCTTTTTCTGAATGTTCTAACTTAAATATTC-AC-TAATTTTG-T--TGTN--TGCAAC-T-TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-A-ACC---ACTAGGAATCCGTCTTTCCT---GTCT-TGATAAA-GAT---ATAA-AGTTCTTGC-AGAGCTTT--GATAAAT--T-TGAAA----AAACA-------TATTAT--CTCTCT-ACA-GT--ATATA-ATGGACATTTCAG-TAAGGAAAT--GAAATTCATCTTC-TA-TACAATTT--------A-AA-TTACA----TAATTTACATATTCTTAA-TCTTTCTCTC-AAAGGAATCTTC-T-GACC-AGTATTG--------------TTTGT---GA-CGTATTCAATCT-ACCCTCTTTCGAT
Reference ( family-5311 )     :                                            AAGATAAGT-TT-ATT-CCA-ATTTTG-GG-CCCCAGAGGGC-ATAATA-GA-A-GATA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----T-G--G--A-AAAG---T--TACAATA-TCATGAAA-TCACAA--CC------T-A-CATGTATGTG-G-A-T-GC--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-GGTGTATA-TA--TATA-A-GAGATGA---ATGTATGATATC--AATAT-----GTGTNATATAATAT----A---A-TCAACAC---GGA-GA---T-------ACTAGA-TACAGTTCAATTTTCACAA-AATC--ATTCTTTTTCTGAATGTTCTAACTTAAATATTC-AC-TAATTTTG-T--TGTG--TGCAAC-T-TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-A-ACC---ACTAGGAATCCGTCTTTCCT---GTCT-TGATAAA-GAT---ATAA-AGTTCTTGC-AGAGCTTT--GATAAAT--T-TGAAA----AAACA-------TATTAT--CTCTCT-ACA-GT--ATATA-ATGGACATTTCAG-TAAGGAAAT--GAAATTCATCTTC-TA-TACAATTT--------A-AA-TTACA----TAATTTACATATTCTTAA-TCTTTCTCTC-AAAGGAATCTTC-T-GACC-AGTATTG--------------TTTGT---GA-CGTATTCAATCT-ACCCTCTTTCGAT
gi|1                          :                                            AAGATAAGT-TT-ATT-TCC-ATTTTG-GG-CGCCAGAGGGC--TAATA-GA-A-GATA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AAAGAACTATGTC----CCCAAAAA-----------AGAAG-----T-G--G--A-AAAG---T--TACAATA-CCATGAAAATCACAA--CC------T-A-CATGTATGTG-GTA-T-GC--AGGCATA-TTGGGA----TA--AACATGG-GGTATATACTA--TATAGA-GAGATGA---ATGTATAATATC--AATATTGGATGTGTTATATGATATTACTA---C-TCAACACTATAGATGACATT-------ACTAGA-TACAGCTTTATTTCCACAA-AATCTTATTCCTTTTCTGAATGTTCTAACCTAAATATTC-ACATAATTTTG-T--TGTA--TGCAA--T-TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-A-ACC---ATTAGAAAC---TATATCCT---GTCT-TGATAAA--AT---ATAA-AGTTCTTGCCAGAGCTTT--GATCA----T-CAGAA----AAACA-------TATTAT--CTCTCT-ACA-GT--ATATA-ATGGACATTTCAG-TCAGAAAAT--GAAA-TCGTCTTC-T--TAC-ATTT--------A-AA-TTACA----TAA-TTACATATTCTTAA-TCTTTCTCTCGAAAGGAATCTTCTT-GACCTAGTATTGTTGTATTTTTTCTTTTTGTTCAGA-CATATTCAATCTAACCCTCTTTCGAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAA----AGACA-------TGATATTGCTCTCT-ACA-GTTTATATA-ATGGACATTTCAG-AAAGCAAAT--GAAATTCAATTTCGTA-TACACTTTTTAAATAAA-AA-CTAC-----CAATTTACA-ATTCT
gi|11                         : ctgtcgattaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatcatggaaAGT-AT-ATT-CCA-ATTTTG-GG-CCCCAGAGGGC-ATAATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AG----AATGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----TGG--G--A-AAAG---T--TACAATA-TCATGAAA-TCACAA--CC------T-A-CATGTATGTG-G-A-T-GC--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-GGTGT
gi|12                         :                                             AGATAAGT-TT-ATT-CCA-ATTTTG-GG-CCCCAGAGGGC-ATAATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AG----AAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----T-GA-G--A-AAAG---T--TACAATA-TCATGAAA-TCACAA--CC------T-A-CATGTATGTG-G-A-T-GC--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACA
gi|13                         :                                            AAGATCAGT-TT-ATT-CCA-ATTTTG-GG-CCCCAGAGGGC--------------ATA-AC----AG-TTCATAA---AGAAAGAAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------GGGAG-----T-G--GA-A-AAAG---T--TACAATA-TCATG-AA-TCACAA--CC------T-A-CATGTA
gi|14                         :                                              GATAAGT-TT-ATT-CCA-ATGTTG-GG-CAGCAAAGGGC-ATAATG-GT-A-G-TA-AC----AG-TCCATAA---AGA---AAGAAG--ATGTC----CC-AAAAA-----------ATAAG-----G-G--G--G-GAAT---T--TACAATA-TCATAA
gi|15                         :                                                                                                                     atA---AGA---AA-GAA--ATGTC----CA-AAAAATTAAAAAAAAAAAAAGCCACTT-G--GGTA-AAAA---T--TACAATA-TCA----A-TCACAT--TC------T-A-CATGTGTGTG-G-A-T-GC--AG-CATT-TTTGGAA--TTAC-Atta
gi|16                         :                                                                                                     TA-AC----AGGTTCATAA---AGA---AAGGAA--ATATC----CC-AA----------------AAG-----T-G--G---------------ACAAAA-TCAT-AGA-TCACAA--CC------T-A-CATGTA---A-C-A-T-AC--AG-CATA-TTGGGAAT-TTAT-AACAT
gi|17                         :                                          agAAGATAAGT-TT-ATT-CCA-ATTTTG-GG-CCCCAGAGGGC-ATAAT--GA-T-AGTA-AC----AG-TTCATAA---AGAAAGAAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----tgagc
gi|18                         :                                           tAAGATAAGT-TT-ATT-CCA-A-TTTG-GG-CCCCTGAGGGA-ATAATA-GA-A--ATA-AC----AG-TTCATAA---AG----AAAGAA--ATGTCGGGGGG-AAAAA-----------AGAAg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T-----GTGATATATAATAT----A---AATCAACAT---ATG-GA---T-------ATTAG-------TTCAATTTT-GCAA-AACA--ATCCTTTTTCTGAATGTTTTAACT
gi|2                          :                                            AAGATAAGT-TTCATT-CC--ATTTTG-GG-CCCCAGAGCGCTTTAATA-GATA-GTTA-AC----AG-TTCATAAC--AAG---AAAGAA--ATGTT----CC-CAAAA-----------AAAAG-----T-GATG--A-AAAGTTTT--TAC-ATATTCATGAAA-TCACAATCCC------TAA-TATGTATGTG-G-A-TGGC--AG-CTAA-TTGGGAT--TTAT-AACATGG-GACCCATA-GA--TATG-A-ATGTTAT---ATATACAATATCTGCATAT------TGTCTTAAAATAT----ATACA-TCAACATA--GAA-GA---TGACCAGAACTAGATTACAGTTCAATTTTTACAAGAATCA-ATTCTTTTTCTGAATGTTCTAACT--AATATTC-AC-T-ATTTTG-TGCGGTT--TGCAAC-T-TTGTCTGT-CATTTAT-CAT-A-ACC---A-TAGTAA---ATTTTTCCT---TGAT-TGATAAATGAT---ATAA-AGTTCTTGC-AGAGCTTT--GATAAAT--TCTGAAA----AAAAA-------CA-TAT--TTCTCTGACACGT--ATATATATGGACA-TTCAGTTAAGGAAATTAGAAATTCATCTTC-TATTACAATTT--------ACAACTTACA----TAAacat
gi|20                         :                                               tTAAGT-TT-ATT-CTA-AACTTG-G--CCCAAGAGGGC-ATAACA-GC-A-AA-A-AC----AA-TTTATAA---GAA---AAAgat
gi|21                         :                                           tAAGATAAGT-TT-ATT-CCA-ATTTTG-GG-CCCCAGAGGGC-ATAATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAt
gi|22                         :                                           tAAGATAAGT-TT-ATT-CCA-ATTTTG-GG-CCCCAGGGGGC-ATAA--------------C----AG-TTCATA
gi|3                          :                                            AAGATAAGT-TT-ATT-CCAGGTTTTGCGGCCCCCAGA-GGC-ATAATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AG----AAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----T-G--G--A-AAAG---T--TACAATA-CCATGAAA-TCA-AA--CCTACATGT-A-CATGTATGTG-G-A-T-GC--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACAT-G-GGTGT-TA--A--TATA-ACGAGATGA---ATG--TGATG--------------GTGTAATAT-ATAC--------A-TCAAC----------A---T-------A-TAGA-TACAGTTAAATTT--ACAA-AATCA-ATTCTTTTTCTGAATGTTCTAAC-TAAATATTCAAC-TAATTTTG-T--TGT---TGCAAC-T-TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-ATACC---A
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        t-TAGTTTTGAT--TGGGCATGCAGCGTGTTGTCT-TGCATTTACACATCA-ACCCGCACTAGGAATCCGTCTTTCCTCTTGT-T-TGATAAA-GATTACATAAGATTTCTTGA-GGAGCTTTTGGATAACT--T-TGAAATGTTAAACAATAATCTCATTAT---TCTCG-AT--GT--ATATA-ATGGACACTCCAG-TAGG--AAT---AAATCCATC-----------ATTT--------A-----TACA-----AATTTACATATTCTT-----TT--------------TCTTC-TAGACC-AGCATTG--------------TTTGT---GACCTTACTTCATCT-A-CCTCTTTCGATgg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T---GT-T-TGATAAA-GAT---ATAA-AGTTCTTGG-AGAGCTTT--GGTAAATAAA-TGAAA----AAACA-------TATT-T--CTCTCT-ACA-GTA-ATATA-ATGGACA-TTCAG-T-AGAAAAT--GAAATTCATCTTC-TA-TACAATTT--------A-AA-TTACA----TAATTTACATATTCTTAACTTTTCCTCTC-AAAAGAATCTTC-T-GACC-AGTATTG--------------TTTGT---GA-CGTATTCATACT--CCCTCTTTCGATtc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTTAT-GAT-A-GCT---AC--AGATTTTGGCCT-CCT---GACTATGATAAA-GAT---ATAA-AGTTTTTGC-AGAGCTTT--GATAAAT--CATGAAA----AAACA-------TATT-T--CTCTCT-ACA-GT--ATATG-ATGGACA-TTCAG-TAAGGAAAT--GAATATCATCGCC-TA-TACAATTT--------A-AA-TTACATTATTAATTTACATATTTTT-T-TCTTTCTTTCTAAAGGAATCTTC-T-GACC-AGTt
gi|7                          :                                             AGATAAGTGTT-ATT-CCA-ATTTT--GG-CCCCAGA-GGC-ATAATA-AA-AGGATATATATTAAG-TTCATAATTTAGA---AAGACA--ATGTT----CA-AAAAA-----------AGGGG-------A--G--A-AAA----T--TAC-ATA-TCA--GAC-CCAAAG--CCT-----T-A-TATGTATGTGAG-ACT-GTCAAG-CATAGTTGAGAAATTTACAAACATAGTGGTTTATG-T-----TA-A-GAAATG------GGATGATAT
gi|8                          :                                                     tgT-ATTACCA-ATTTTG-GG-CCC-AGAGG-T-ATAATAAGA-A-GAGA--------G-TTCATAA----GA---AAAAAA--ATGT--------AAAAA-----------AGAAGA----T-G--G--GTAAAG---TGATACA-TA-T-ATGAA--TCACAA--CC------T-AACATATATTGG-G-A-T-GC--AG-CATA-TTGGG-----TAT-AAT---G-GGTGTATA-TAATTAT------GATGATTGATGTAT-ATATC--AAT--------TGTGATATTATA
gi|9                          :                                        atagcgGATAAGT-TT-ATT-CCA-ATTTTG-GG-CCCCAGAGGGC-ATAATA-GA-G-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AG----AAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----TGG--G--A-AAAG---T--TACAATA-CCATGAAA-TCACAA--CC------T-A-CATGTATGTG-G-A-T-GT--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-GGTGTATA-TA--AAT--A-GAGATGA---

lowQualScore                  :                                                                                                  111                        1111                         11111111111     1111111                                                       111111                             111                     222222222222      1111            4444444444444             4444444444      1  7777777777777     111            11    1     1                       11        1  1        1  2222222     1111      111                 111111     2222        222222             111                       11     222222     1111     2222222      111            11             1                              1111        22222222          11111               222          2            111    1       77777777777777     222  1            222           
lowQualScore                  :                                                     2  2   2    2     2      2         2    2  2 666  2  5555  2       777  4444  2   33     6666  2     33333333333     4444444 77 8888     44 555   3           3      55  3  7      000000    4 4 4  4 55  4    4      000    4       5        111111111111      5555    0 6   0 5555555555555   1     0   9999999999      0  3333333333333 0   000      0     99    0  3  0                       44        3  0  7     0  3333333     3333      111       8   8 8   444444  0  6666 0  3   555555 8       8   444    8         8        11     777777     4444     1111111  3 7 000     6   6  55     6       8     6 3  7    99    3     3  1111   3    44444444 7777     55555  0     0      999 0  7  0  0   0        111    0       88888888888888     333  3 3          777           
lowQualScore                  :                                                     .  .   .    .     .      .         .    .  . ...  .  ....  .       ...  ....  .   ..     ....  .     ...........     ....... .. ....     .. ...   .           .      ..  .  .      ......    . . .  . ..  .    .      ...    .       .        ............      ....    . .   . .............   .     .   ..........      .  ............. .   ...      .     ..    .  .  .                       ..        .  .  .     .  .......     ....      ...       .   . .   ......  .  .... .  .   ...... .       .   ...    .         .        ..     ......     ....     .......  . . ...     .   .  ..     .       .     . .  .    ..    .     .  ....   .    ........ ....     .....  .     .      ... .  .  .  .   .        ...    .       ..............     ...  . .          ...           
lowQualScore                  :                                                     9  7   7    7     7      7         7    7  7 444  5  3333  5       333  4444  3   99     1111  9     66666666666     5555555 99 8888     66 888   3           6      00  6  3      555555    0 0 0  0 55  0    0      444    0       7        777777777777      2222    8 4   8 6666666666666   0     8   0000000000      0  0000000000000 2   222      2     88    0  2  0                       33        3  0  0     0  0000000     5555      000       0   0 0   888888  2  5555 2  2   000000 0       0   000    0         0        00     666666     2222     7777777  5 3 222     7   7  88     7       0     7 2  8    22    5     2  5555   2    22222222 5555     88888  8     8      000 2  0  2  0   2        000    0       33333333333333     333  3 7          333           
consensus                     :                                            AAGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-A-GATA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----T-G--G--A-AAAGT--T---ACA-ATATCATGAAA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-GGTGTATA-TA--TATA-A-GAGATGA---ATGTATGATATC--AATAT-----GTGTNATATAATAT----A---A-TCAACA-TATA-GATGAC----ACTAGAT-ACAGTTCAATTTTCACAA-AATCA-ATTCTTTTTCTGAATGTTCTAACTTAAATATTC-AC-TAATTTTG-TT--G--TATGCAAC-T-TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-A-ACC---ACTAGGAATCCGTCTTTCCT---GTCT-TGATAAA-GAT---ATAA-AGTTCTTGC-AGAGCTTT--GATAAAT--T-TGAAA----AAACA-------TATTAT--CTCTCT-ACA-GT--ATATA-ATGGACATTTCAG-TAAGGAAAT--GAAATTCATCTTC-TA-TACAATTT--------A-AA-TTACA----TAATTTACATATTCTTAA-TCTTTCTCTC-AAAGGAATCTTC-T-GACC-AGTATTG--------------TTTGT---GA-CGTATTCAATCT-ACCCTCTTTCGAT
Reference ( family-5311 )     :                                            AAGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-A-GATA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----T-G--G--A-AAAGT--T---ACA-ATATCATGAAA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-GGTGTATA-TA--TATA-A-GAGATGA---ATGTATGATATC--AATAT-----GTGTNATATAATAT----A---A-TCAACA-TANA-GAT-------ACTAGAT-ACAGTTCAATTTTCACAA-AATCA-ATTCTTTTTCTGAATGTTCTAACTTAAATATTC-AC-TAATTTTG-TT--G--TNTGCAAC-T-TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-A-ACC---ACTAGGAATCCGTCTTTCCT---GTCT-TGATAAA-GAT---ATAA-AGTTCTTGC-AGAGCTTT--GATAAAT--T-TGAAA----AAACA-------TATTAT--CTCTCT-ACA-GT--ATATA-ATGGACATTTCAG-TAAGGAAAT--GAAATTCATCTTC-TA-TACAATTT--------A-AA-TTACA----TAATTTACATATTCTTAA-TCTTTCTCTC-AAAGGAATCTTC-T-GACC-AGTATTG--------------TTTGT---GA-CGTATTCAATCT-ACCCTCTTTCGAT
gi|1                          :                                            AAGATAAGT-TT-ATT-TCCA-TTTTG-GGCGCC-AGAGGGC-T-AATA-GA-A-GATA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AAAGAACTATGTC----CCCAAAAA-----------AGAAG-----T-G--G--A-AAAGT--T---ACA-ATACCATGAAAATCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-GTA-TG-C--AGGCATA-TTGGGA----TA--AACATGG-GGTATATACTA--TATAGA-GAGATGA---ATGTATAATATC--AATATTGGATGTGTTATATGATATTACTA---C-TCAACACTATA-GATGACATT-ACTAGAT-ACAGCTTTATTTCCACAA-AATCTTATTCCTTTTCTGAATGTTCTAACCTAAATATTC-ACATAATTTTG-TT--G--TATGCAA--T-TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-A-ACC---ATTAGAAAC---TATATCCT---GTCT-TGATAAA--AT---ATAA-AGTTCTTGCCAGAGCTTT--GATCA----T-CAGAA----AAACA-------TATTAT--CTCTCT-ACA-GT--ATATA-ATGGACATTTCAG-TCAGAAAAT--GAAA-TCGTCTTC-T--TAC-ATTT--------A-AA-TTACA----TAA-TTACATATTCTTAA-TCTTTCTCTCGAAAGGAATCTTCTT-GACCTAGTATTGTTGTATTTTTTCTTTTTGTTCAGA-CATATTCAATCTAACCCTCTTTCGAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AAA----AGACA-------TGATATTGCTCTCT-ACA-GTTTATATA-ATGGACATTTCAG-AAAGCAAAT--GAAATTCAATTTCGTA-TACACTTTTTAAATAAA-AA-CTAC-----CAATTTACA-ATTCT
gi|11                         : ctgtcgattaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatcatggaaAGT-AT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AG----AATGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----TGG--G--A-AAAGT--T---ACA-ATATCATGAAA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-GGTGT
gi|12                         :                                             AGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AG----AAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----T-GA-G--A-AAAGT--T---ACA-ATATCATGAAA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACA
gi|13                         :                                            AAGATCAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGC--------------ATA-AC----AG-TTCATAA---AGAAAGAAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------GGGAG-----T-G--GA-A-AAAGT--T---ACA-ATATCATG-AA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------
gi|14                         :                                              GATAAGT-TT-ATT-CCAA-TGTTG-GGCAGC-AAAGGGCAT-AATG-GT-A-G-TA-AC----AG-TCCATAA---AGA---AAGAAG--ATGTC----CC-AAAAA-----------ATAAG-----G-G--G--G-GAATT--T---ACA-ATATCATAA
gi|15                         :                                                                                                                     atA---AGA---AA-GAA--ATGTC----CA-AAAAATTAAAAAAAAAAAAAGCCACTT-G--GGTA-AAAAT--T---ACA-ATATCA----A-TCACAT--TC-TA-CATGTG------TGTG-G-A-TG-C--AG-CATT-TTTGGAA--TTAC-Atta
gi|16                         :                                                                                                     TA-AC----AGGTTCATAA---AGA---AAGGAA--ATATC----CC-AA----------------AAG-----T-G--G---------------ACA-AAATCAT-AGA-TCACAA--CC-TA-CATGTA---------A-C-A-TA-C--AG-CATA-TTGGGAAT-TTAT-AACAT
gi|17                         :                                          agAAGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AAT--GA-T-AGTA-AC----AG-TTCATAA---AGAAAGAAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----tgagc
gi|18                         :                                           tAAGATAAGT-TT-ATT-CCAA--TTTG-GGCCCC-TGAGGGAAT-AATA-GA-A--ATA-AC----AG-TTCATAA---AG----AAAGAA--ATGTCGGGGGG-AAAAA-----------AGAAg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T-----GTGATATATAATAT----A---AATCAACA-TATG-GAT-------ATTAG-------TTCAATTTT-GCAA-AA-CA-ATCCTTTTTCTGAATGTTTTAACT
gi|2                          :                                            AAGATAAGT-TTCATT-CCA--TTTTG-GGCCCC-AGAGCGCTTTAATA-GATA-GTTA-AC----AG-TTCATAAC--AAG---AAAGAA--ATGTT----CC-CAAAA-----------AAAAG-----T-GATG--A-AAAGT--TTTTACATAT-TCATGAAA-TCACAATCCC-TAATATGTA------TGTG-G-A-TGGC--AG-CTAA-TTGGGAT--TTAT-AACATGG-GACCCATA-GA--TATG-A-ATGTTAT---ATATACAATATCTGCATAT------TGTCTTAAAATAT----ATACA-TCAACA-TAGAAGATGACCAGAACTAGATTACAGTTCAATTTTTACAAGAATCA-ATTCTTTTTCTGAATGTTCTAACT--AATATTC-AC-TA-TTTTG-TGCGG--TTTGCAAC-T-TTGTCTGT-CATTTAT-CAT-A-ACC---A-TAGTAA---ATTTTTCCT---TGAT-TGATAAATGAT---ATAA-AGTTCTTGC-AGAGCTTT--GATAAAT--TCTGAAA----AAAAA-------CA-TAT--TTCTCTGACACGT--ATATATATGGACA-TTCAGTTAAGGAAATTAGAAATTCATCTTC-TATTACAATTT--------ACAACTTACA----TAAacat
gi|20                         :                                               tTAAGT-TT-ATT-CTAA-ACTTG-G-CCCA-AGAGGGCAT-AACA-GC-A-AA-A-AC----AA-TTTATAA---GAA---AAAgat
gi|21                         :                                           tAAGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAt
gi|22                         :                                           tAAGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGGGGGCAT-AA--------------C----AG-TTCATA
gi|3                          :                                            AAGATAAGT-TT-ATT-CCAGGTTTTGCGGCCCCCAGAGG-CAT-AATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AA-GAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----T-G--G--A-AAAGT--T---ACA-ATACCATGAAA-TCA-AA--CC-TA-CATGTACATGTATGTG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-G-TGT-TA--A--TATA-ACGAGATGA---ATGT--GATG--------------GTGTAATATA-TAC----A-----TCAACA-TA---------------TAGAT-ACAGTTAAATTT--ACAA-AATCA-ATTCTTTTTCTGAATGTTCTAAC-TAAATATTCAAC-TAATTTTG-TT--G--T-TGCAAC-T-TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-ATACC---A
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   t-TAGTTTTGATT--GGGCATGCAGCGTGTTGTCT-TGCATTTACACATCA-ACCCGCACTAGGAATCCGTCTTTCCTCTTGT-T-TGATAAA-GATTACATAAGATTTCTTGA-GGAGCTTTTGGATAACT--T-TGAAATGTTAAACAATAATCTCATTAT---TCTCG-AT--GT--ATATA-ATGGACACTCCAG-TAGG--AAT---AAATCCATC-----------ATTT--------A-----TACA-----AATTTACATATTCTT-----TT--------------TCTTC-TAGACC-AGCATTG--------------TTTGT---GACCTTACTTCATCT-A-CCTCTTTCGATgg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T---GT-T-TGATAAA-GAT---ATAA-AGTTCTTGG-AGAGCTTT--GGTAAATAAA-TGAAA----AAACA-------TATT-T--CTCTCT-ACA-GTA-ATATA-ATGGACA-TTCAG-T-AGAAAAT--GAAATTCATCTTC-TA-TACAATTT--------A-AA-TTACA----TAATTTACATATTCTTAACTTTTCCTCTC-AAAAGAATCTTC-T-GACC-AGTATTG--------------TTTGT---GA-CGTATTCATACT--CCCTCTTTCGATtc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTAT-GAT-A-GCT---AC--AGATTTTGGCCT-CCT---GACTATGATAAA-GAT---ATAA-AGTTTTTGC-AGAGCTTT--GATAAAT--CATGAAA----AAACA-------TATT-T--CTCTCT-ACA-GT--ATATG-ATGGACA-TTCAG-TAAGGAAAT--GAATATCATCGCC-TA-TACAATTT--------A-AA-TTACATTATTAATTTACATATTTTT-T-TCTTTCTTTCTAAAGGAATCTTC-T-GACC-AGTt
gi|7                          :                                             AGATAAGTGTT-ATT-CCAA-TTTT--GGCCCC-AGA-GGCAT-AATA-AA-AGGATATATATTAAG-TTCATAATTTAGA---AAGACA--ATGTT----CA-AAAAA-----------AGGGG-------A--G--A-AAA-T--T---AC--ATATCA--GAC-CCAAAG--CCTTA-TATGTA------TGTGAG-ACTG-TCAAG-CATAGTTGAGAAATTTACAAACATAGTGGTTTATG-T-----TA-A-GAAATG------GGATGATAT
gi|8                          :                                                     tgT-ATTACCAA-TTTTG-GGCCC--AGAGG-TAT-AATAAGA-A-GAGA--------G-TTCATAA----GA---AAAAAA--ATGT--------AAAAA-----------AGAAGA----T-G--G--GTAAAGTGAT---ACA--TAT-ATGAA--TCACAA--CC-TAACATATA------TTGG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGG-----TAT-AAT---G-GGTGTATA-TAATTAT------GATGATTGATGTAT-ATATC--AAT--------TGTGATATTATA
gi|9                          :                                        atagcgGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-G-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AG----AAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----TGG--G--A-AAAGT--T---ACA-ATACCATGAAA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-G-A-TG-T--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-GGTGTATA-TA--AAT--A-GAGATGA---

lowQualScore                  :                                                                                                  111                        1111                         11111111111     1111111                                                       111111                             111                     222222222222      1111            4444444444444             4444444444      1    1   8888888888888888888           11    1     1                       11        1  1        2222222222     1111      111                 111111     2222        222222             111                       11     222222     1111     2222222      111            11             1                              1111        22222222          11111               222          2            111    1       77777777777777     222  1            222           
lowQualScore                  :                                                     2  2   2    2     2      2         2    2  2 666  2  5555  2       777  4444  2   33     6666  2     33333333333     4444444 77 8888     44 555   3           3      55  3  7      000000    4 4 4  4 55  4    4      000    4       5        111111111111      5555    0 6   0 5555555555555   1     0   9999999999      0    0   0000000000000000000     0     99    0  3  0                       44        3  0 3      0000000000     3333      111       8   8 8   444444  0  6666 0  3   555555 8       8   444    8         8        11     777777     4444     1111111  3 7 000     6   6  55     6       8     6 3  7    99    3     3  1111   3    44444444 7777     55555  0     0      999 0  7  0  0   0        111    0       88888888888888     333  3 3          777           
lowQualScore                  :                                                     .  .   .    .     .      .         .    .  . ...  .  ....  .       ...  ....  .   ..     ....  .     ...........     ....... .. ....     .. ...   .           .      ..  .  .      ......    . . .  . ..  .    .      ...    .       .        ............      ....    . .   . .............   .     .   ..........      .    .   ...................     .     ..    .  .  .                       ..        .  . .      ..........     ....      ...       .   . .   ......  .  .... .  .   ...... .       .   ...    .         .        ..     ......     ....     .......  . . ...     .   .  ..     .       .     . .  .    ..    .     .  ....   .    ........ ....     .....  .     .      ... .  .  .  .   .        ...    .       ..............     ...  . .          ...           
lowQualScore                  :                                                     9  7   7    7     7      7         7    7  7 444  5  3333  5       333  4444  3   99     1111  9     66666666666     5555555 99 8888     66 888   3           6      00  6  3      555555    0 0 0  0 55  0    0      444    0       7        777777777777      2222    8 4   8 6666666666666   0     8   0000000000      0    0   5555555555555555555     2     88    0  2  0                       33        3  0 2      0000000000     5555      000       0   0 0   888888  2  5555 2  2   000000 0       0   000    0         0        00     666666     2222     7777777  5 3 222     7   7  88     7       0     7 2  8    22    5     2  5555   2    22222222 5555     88888  8     8      000 2  0  2  0   2        000    0       33333333333333     333  3 7          333           
consensus                     :                                            AAGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-A-GATA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----T-G--G--A-AAAGT--T---ACA-ATATCATGAAA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-GGTGTATA-TA--TATA-A-GAGATGA---ATGTATGATATC--AATAT-----GTGTNATATAATAT----A---A-TCAACA-TATA-GATGAC----A---CTAGAT-ACAGTTCAATTTTCACAA-AATCA-ATTCTTTTTCTGAATGTTCTAACTTAAATATTC-AC-TAATTTTG-T--TG--TATGCAAC-T-TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-A-ACC---ACTAGGAATCCGTCTTTCCT---GTCT-TGATAAA-GAT---ATAA-AGTTCTTGC-AGAGCTTT--GATAAAT--T-TGAAA----AAACA-------TATTAT--CTCTCT-ACA-GT--ATATA-ATGGACATTTCAG-TAAGGAAAT--GAAATTCATCTTC-TA-TACAATTT--------A-AA-TTACA----TAATTTACATATTCTTAA-TCTTTCTCTC-AAAGGAATCTTC-T-GACC-AGTATTG--------------TTTGT---GA-CGTATTCAATCT-ACCCTCTTTCGAT
Reference ( family-5311 )     :                                            AAGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-A-GATA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----T-G--G--A-AAAGT--T---ACA-ATATCATGAAA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-GGTGTATA-TA--TATA-A-GAGATGA---ATGTATGATATC--AATAT-----GTGTNATATAATAT----A---A-TCAACA-TATA-GATGAC----A---CTAGAT-ACAGTTCAATTTTCACAA-AATCA-ATTCTTTTTCTGAATGTTCTAACTTAAATATTC-AC-TAATTTTG-T--TG--TATGCAAC-T-TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-A-ACC---ACTAGGAATCCGTCTTTCCT---GTCT-TGATAAA-GAT---ATAA-AGTTCTTGC-AGAGCTTT--GATAAAT--T-TGAAA----AAACA-------TATTAT--CTCTCT-ACA-GT--ATATA-ATGGACATTTCAG-TAAGGAAAT--GAAATTCATCTTC-TA-TACAATTT--------A-AA-TTACA----TAATTTACATATTCTTAA-TCTTTCTCTC-AAAGGAATCTTC-T-GACC-AGTATTG--------------TTTGT---GA-CGTATTCAATCT-ACCCTCTTTCGAT
gi|1                          :                                            AAGATAAGT-TT-ATT-TCCA-TTTTG-GGCGCC-AGAGGGC-T-AATA-GA-A-GATA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AAAGAACTATGTC----CCCAAAAA-----------AGAAG-----T-G--G--A-AAAGT--T---ACA-ATACCATGAAAATCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-GTA-TG-C--AGGCATA-TTGGGA----TA--AACATGG-GGTATATACTA--TATAGA-GAGATGA---ATGTATAATATC--AATATTGGATGTGTTATATGATATTACTA---C-TCAACACTATA-GATGAC----ATTACTAGAT-ACAGCTTTATTTCCACAA-AATCTTATTCCTTTTCTGAATGTTCTAACCTAAATATTC-ACATAATTTTG-T--TG--TATGCAA--T-TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-A-ACC---ATTAGAAAC---TATATCCT---GTCT-TGATAAA--AT---ATAA-AGTTCTTGCCAGAGCTTT--GATCA----T-CAGAA----AAACA-------TATTAT--CTCTCT-ACA-GT--ATATA-ATGGACATTTCAG-TCAGAAAAT--GAAA-TCGTCTTC-T--TAC-ATTT--------A-AA-TTACA----TAA-TTACATATTCTTAA-TCTTTCTCTCGAAAGGAATCTTCTT-GACCTAGTATTGTTGTATTTTTTCTTTTTGTTCAGA-CATATTCAATCTAACCCTCTTTCGAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AAA----AGACA-------TGATATTGCTCTCT-ACA-GTTTATATA-ATGGACATTTCAG-AAAGCAAAT--GAAATTCAATTTCGTA-TACACTTTTTAAATAAA-AA-CTAC-----CAATTTACA-ATTCT
gi|11                         : ctgtcgattaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatcatggaaAGT-AT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AG----AATGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----TGG--G--A-AAAGT--T---ACA-ATATCATGAAA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-GGTGT
gi|12                         :                                             AGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AG----AAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----T-GA-G--A-AAAGT--T---ACA-ATATCATGAAA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACA
gi|13                         :                                            AAGATCAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGC--------------ATA-AC----AG-TTCATAA---AGAAAGAAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------GGGAG-----T-G--GA-A-AAAGT--T---ACA-ATATCATG-AA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------
gi|14                         :                                              GATAAGT-TT-ATT-CCAA-TGTTG-GGCAGC-AAAGGGCAT-AATG-GT-A-G-TA-AC----AG-TCCATAA---AGA---AAGAAG--ATGTC----CC-AAAAA-----------ATAAG-----G-G--G--G-GAATT--T---ACA-ATATCATAA
gi|15                         :                                                                                                                     atA---AGA---AA-GAA--ATGTC----CA-AAAAATTAAAAAAAAAAAAAGCCACTT-G--GGTA-AAAAT--T---ACA-ATATCA----A-TCACAT--TC-TA-CATGTG------TGTG-G-A-TG-C--AG-CATT-TTTGGAA--TTAC-Atta
gi|16                         :                                                                                                     TA-AC----AGGTTCATAA---AGA---AAGGAA--ATATC----CC-AA----------------AAG-----T-G--G---------------ACA-AAATCAT-AGA-TCACAA--CC-TA-CATGTA---------A-C-A-TA-C--AG-CATA-TTGGGAAT-TTAT-AACAT
gi|17                         :                                          agAAGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AAT--GA-T-AGTA-AC----AG-TTCATAA---AGAAAGAAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----tgagc
gi|18                         :                                           tAAGATAAGT-TT-ATT-CCAA--TTTG-GGCCCC-TGAGGGAAT-AATA-GA-A--ATA-AC----AG-TTCATAA---AG----AAAGAA--ATGTCGGGGGG-AAAAA-----------AGAAg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T-----GTGATATATAATAT----A---AATCAACA-TATG-GAT---------------AT--TAGTTCAATTTT-GCAA-AA-CA-ATCCTTTTTCTGAATGTTTTAACT
gi|2                          :                                            AAGATAAGT-TTCATT-CCA--TTTTG-GGCCCC-AGAGCGCTTTAATA-GATA-GTTA-AC----AG-TTCATAAC--AAG---AAAGAA--ATGTT----CC-CAAAA-----------AAAAG-----T-GATG--A-AAAGT--TTTTACATAT-TCATGAAA-TCACAATCCC-TAATATGTA------TGTG-G-A-TGGC--AG-CTAA-TTGGGAT--TTAT-AACATGG-GACCCATA-GA--TATG-A-ATGTTAT---ATATACAATATCTGCATAT------TGTCTTAAAATAT----ATACA-TCAACA-TAGAAGATGACCAGAA---CTAGATTACAGTTCAATTTTTACAAGAATCA-ATTCTTTTTCTGAATGTTCTAACT--AATATTC-AC-T-ATTTTG-TGCGG--TTTGCAAC-T-TTGTCTGT-CATTTAT-CAT-A-ACC---A-TAGTAA---ATTTTTCCT---TGAT-TGATAAATGAT---ATAA-AGTTCTTGC-AGAGCTTT--GATAAAT--TCTGAAA----AAAAA-------CA-TAT--TTCTCTGACACGT--ATATATATGGACA-TTCAGTTAAGGAAATTAGAAATTCATCTTC-TATTACAATTT--------ACAACTTACA----TAAacat
gi|20                         :                                               tTAAGT-TT-ATT-CTAA-ACTTG-G-CCCA-AGAGGGCAT-AACA-GC-A-AA-A-AC----AA-TTTATAA---GAA---AAAgat
gi|21                         :                                           tAAGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAt
gi|22                         :                                           tAAGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGGGGGCAT-AA--------------C----AG-TTCATA
gi|3                          :                                            AAGATAAGT-TT-ATT-CCAGGTTTTGCGGCCCCCAGAGG-CAT-AATA-GA-A-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AGA---AA-GAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----T-G--G--A-AAAGT--T---ACA-ATACCATGAAA-TCA-AA--CC-TA-CATGTACATGTATGTG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-G-TGT-TA--A--TATA-ACGAGATGA---ATGT--GATG--------------GTGTAATATA-TAC----A-----TCAACA-TATA-GAT------------------ACAGTTAAATTT--ACAA-AATCA-ATTCTTTTTCTGAATGTTCTAAC-TAAATATTCAAC-TAATTTTG-T--TG--T-TGCAAC-T-TTGTCT-T-CATTTAT-CAT-ATACC---A
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      t-TAGTTTTGAT--TGGGCATGCAGCGTGTTGTCT-TGCATTTACACATCA-ACCCGCACTAGGAATCCGTCTTTCCTCTTGT-T-TGATAAA-GATTACATAAGATTTCTTGA-GGAGCTTTTGGATAACT--T-TGAAATGTTAAACAATAATCTCATTAT---TCTCG-AT--GT--ATATA-ATGGACACTCCAG-TAGG--AAT---AAATCCATC-----------ATTT--------A-----TACA-----AATTTACATATTCTT-----TT--------------TCTTC-TAGACC-AGCATTG--------------TTTGT---GACCTTACTTCATCT-A-CCTCTTTCGATgg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   T---GT-T-TGATAAA-GAT---ATAA-AGTTCTTGG-AGAGCTTT--GGTAAATAAA-TGAAA----AAACA-------TATT-T--CTCTCT-ACA-GTA-ATATA-ATGGACA-TTCAG-T-AGAAAAT--GAAATTCATCTTC-TA-TACAATTT--------A-AA-TTACA----TAATTTACATATTCTTAACTTTTCCTCTC-AAAAGAATCTTC-T-GACC-AGTATTG--------------TTTGT---GA-CGTATTCATACT--CCCTCTTTCGATtc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TTTAT-GAT-A-GCT---AC--AGATTTTGGCCT-CCT---GACTATGATAAA-GAT---ATAA-AGTTTTTGC-AGAGCTTT--GATAAAT--CATGAAA----AAACA-------TATT-T--CTCTCT-ACA-GT--ATATG-ATGGACA-TTCAG-TAAGGAAAT--GAATATCATCGCC-TA-TACAATTT--------A-AA-TTACATTATTAATTTACATATTTTT-T-TCTTTCTTTCTAAAGGAATCTTC-T-GACC-AGTt
gi|7                          :                                             AGATAAGTGTT-ATT-CCAA-TTTT--GGCCCC-AGA-GGCAT-AATA-AA-AGGATATATATTAAG-TTCATAATTTAGA---AAGACA--ATGTT----CA-AAAAA-----------AGGGG-------A--G--A-AAA-T--T---AC--ATATCA--GAC-CCAAAG--CCTTA-TATGTA------TGTGAG-ACTG-TCAAG-CATAGTTGAGAAATTTACAAACATAGTGGTTTATG-T-----TA-A-GAAATG------GGATGATAT
gi|8                          :                                                     tgT-ATTACCAA-TTTTG-GGCCC--AGAGG-TAT-AATAAGA-A-GAGA--------G-TTCATAA----GA---AAAAAA--ATGT--------AAAAA-----------AGAAGA----T-G--G--GTAAAGTGAT---ACA--TAT-ATGAA--TCACAA--CC-TAACATATA------TTGG-G-A-TG-C--AG-CATA-TTGGG-----TAT-AAT---G-GGTGTATA-TAATTAT------GATGATTGATGTAT-ATATC--AAT--------TGTGATATTATA
gi|9                          :                                        atagcgGATAAGT-TT-ATT-CCAA-TTTTG-GGCCCC-AGAGGGCAT-AATA-GA-G-G-TA-AC----AG-TTCATAA---AG----AAAGAA--ATGTC----CC-AAAAA-----------AGAAG-----TGG--G--A-AAAGT--T---ACA-ATACCATGAAA-TCACAA--CC-TA-CATGTA------TGTG-G-A-TG-T--AG-CATA-TTGGGAA--TTAT-AACATGG-GGTGTATA-TA--AAT--A-GAGATGA---