lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 4 1 2 2 4 111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 11 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 22 5555555555555555555 22222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222 1 2222 1 33 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 11 1 1111 999999999999999999999999999 111 111111 11111111 111111111 2222 111 11 222222222222222222222222222222 11111111 1111 111 1111 2222222222222222222 1 1111111111 4444444444 11111 1111111111 111
lowQualScore : 0 7 6 0 3 0 0 777777 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 77 4 6 6 88 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 33 6 3333333333333333333 00000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 000 0 4444 7 11 55 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 99 11 3 0 0 5 0000 5 333333333333333333333333333 555 5 4 777 4 777777 66666666 4 333333333 777 4 4 2222 4 111 555 2 777 2 44 66 8888 2 33 000000000000000000000000000000 5555 2 2 11111111 5 2 0000 555 2 2 999999999999 1 444 33 33 33 33 9999 2 444 2 2 7777 33 555 555 2 2 33 1111111111111111111 1 55 1111111111 7777 8888888888 4444 44444 4444444444 000
lowQualScore : . . . . . . . ...... .................................................................................................................................... . . .. . . . .. .............................................................................. . .. . ................... ........ ...................................................................................................... ... . .... . .. .. ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .. .. . . . . .... . ........................... ... . . ... . ...... ........ . ......... ... . . .... . ... ... . ... . .. .. .... . .. .............................. .... . . ........ . . .... ... . . ............ . ... .. .. .. .. .... . ... . . .... .. ... ... . . .. ................... . .. .......... .... .......... .... ..... .......... ...
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 0 000000 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 55 0 0 0 55 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 00 0 5555555555555555555 00000000 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555 5 5555 0 55 55 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 00 00 3 1 1 7 1111 7 666666666666666666666666666 777 0 4 000 4 222222 88888888 0 666666666 000 0 0 0000 0 666 000 9 999 9 99 88 2222 9 99 000000000000000000000000000000 3333 4 4 44444444 0 5 3333 000 7 7 888888888888 7 555 22 66 44 77 5555 7 777 7 7 5555 99 000 000 9 9 99 4444444444444444444 4 77 1111111111 1111 8888888888 7777 88888 9999999999 000
consensus : AGTAAAGAATTTTTAAGGAGGNGTAATTTAAAAAAANNANTAATAAATAATATATCCNTTTACCANCCTTTCACACCATTTTGGAATTTTNTAAAATTGGCATCTCNTA--TTNNATATGATGATTCAAATATAAAAGTTATTACGGNNGAGT-AATATCTAGCANNNGCTTGTAACCANAAAAANAAGCAGANAGCAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGAAGGGCTCNACATAGCNTG-TAAT--ATGAATATGTATTTGNAGACATACGATAAGGTTCTATTTTATTTATTAATATATGAATTAGGCAG-CCATTAGAGTNAGAGGTATAATTTTCTTTTCACNANACGAAAAAAAAANNAANANNAAATAAAAACCCAACCTTGGCCGCAGTCCTTCTTCGCTGTGGCNATTAGNTTCAACAATCCATTAANGGTTTNTTTNTTTTTGTAAGTTACTTA-CA-TTCGTCGCTA-ATAAATTCACAAGCGCTGTAAANTATAAAGCAAGTGTGTGCAGNAGTGGGNNATCAAAACACACCAATGNATATCTGCGCGCTTGACTCCAATGTTTAAAAATATACAGNNANNACGAACTTATCGTTTNNCATGAATTTA-AAAAAAAATGTA-GACA--AACATAAA-ATAA--AATAAAGAA-AATAA-TC-------AACCGTACC-----ATAAAAAATAAC---A------ACGANA-AAAT-A-AAAGAGCAAA-T--AGCAATG-AAACNAAAAAA---------------------AA---A--NANA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ATTAAG-AG-CCCAT-A-GTCGT----AAANTNTAA-TA-ATT-CTTTAATATC-ATT-C---CCAGTGTCC-TC-AA-------ACAC-C-TA--TC----TA-CTCCTA-CCA--ANC-AC--T--TCCAG--A-AAAA-ATC-GA--TATAA-CGG--CCCGGT-CA---AGTCGG-A----C----AT------AAA--CT-----------A------------TCTTTCT-G-TCCA-A---CG----G---T-AACAAC-----ATTTTTTT-TTTATAGT-CGA--ATGGGTTTTCC-CCTAGNCTCTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-CTCTGTT-TTTTT---CTTT-A---------CA---TGTA--CT-----TCCTC---GTC-AA-AACA--TGTA-TAAA------CGCC-A--T-CGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTG--A---CG-T---A-AT-AT--TTA---CG-T--CAC-----C-----TC----CG---AG------GTG----AC-GT-A--G--A--T-TTACG-T----CGCA---AT-G-TA-CG----A---TGCAACGTAAA-T-TA--CG-ACGT--TTT--CG--N-G-AA---A-CG-C-N--AAA--A---T---T-CG-C--CTACGT--N-----CTA-NC---T-ACG-TC-CC--G-------CTC----A-G----CGTAACTACG--T----AAGAN-T--TACG-AC---GCTTTTGTGAAACG
Reference ( gi|3 ) : AGTAA-GAATTATCAAAG-GGAG-AATT-AAAAAAATAAATAATAAATAATATATCGTTTTACTAGTCTT------CATTT--GA---TTAT-AA--T-GCAATTCATAAGTTTAATATG-T---TCAAATATAAAAATTATTACAATAGAATAAAAATCTAAC-TAAGC----AGCCATAAAAAAAA--AAATAACAAACTCAGTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTAAAAGACTCAACATA--CTGGTAATCAATGAATAT-T---TGAA-ACATACA-----GTTTT---TTA------AA-AT-TGAATTAG-CATTCCAT-AAAGTT-GAAGTATAATTT-CTTT--ACAATACGGGGGAAAAAGAGAAAGAAAATAAAAACCCA-TTTT--TTGC----CTTCTTCGC-G----CAT--GTTTCAA--ATC-ATTA-C--TTTATTTTTTTTTA-AAGTT-CTTATCAGTTTAT-GCTATATATATTCACAA-CGCTGTAAATTATAAAACAAGTGTGAGCAGATGTGGACAATCAAACT----CAATCAA---C----C-----ACTC--ATATTTAAAAATAGACAGCCAAAGC--ACT-A-C--TTGACAATAATTTTTAAAAAAAAT-TA-GAGA--AA-ATAAA-ATAA--AATAAAGAA-AATAA-TCG------AACTGTACCTTTTTATAAAAAATAA----A------ATGATA-AAAT-A-AGAAAGCAAACT--AACAATGAAAATAAAAAAA---------------------AA---A--AAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG-AG-CC-ATTA-GTAGTA---AAAATATAA-TA-ATTCAATTAATATCAATT-T---CCAGTGTCC-TC-AA-------ACAC-C-TA--TC----TA-CTCCAA-CTA--AAC-AC--T--TCCAG--ATAAAA-ATC-AT--TATAA-CA---CCCGGTACA---AGTCGG-A----C----AT------AAG--CT-----------A------------TCTTTCT-G-TC---A---CA----G---T-AAC-AC-----ATTTTTTT-TA-ATAG--CAA--ATGGGTATTCCACCTAGCCTTTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-CTCTGTT-TTTTT---CTTT-A---------CA---TGTA--CTA-AAATCCTC---GTC-AA-AACA--TGTA-TAAA------CACC-A--T-CGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTG--A---CG-T---A-AT-AT--TTA---CG-T--CAC-----C-----TC----CG---AG------GTG----AC-GT-A--G--A--T-TTACG-T----CGCA---AT-G-TA-CG----A---TGCAACGTAAA-T-TA--CG-ACGT--TTT--CG--T-G-AA---A-CG-C-A--AAA--A---T---T-CG-C--CTACGT--T-----CTA-AC---T-ACG-TC-CC--A-------CTT----A------CGT-ACTACG--T----AAGAG-T--TGCG-AC---GCTTTTGTGAAACG
gi|1 : AGTAAAGAATTTTTAAAA-GGAGTAATTTAAAAAAACTATTAATAAATA-----TC-TTTTATCATCTTT------CATTTTGGAATTTTAT-AAATT-GCATTTCTTA--TTTCATATG-TGATTCAAATATAAA--------CGGTAGAAT------CTAGCATATGCTTGTAACCAAAAAAAAAA--AGAAAGCAAAC
gi|2 : ggggtgtctgtgagtatcgcttgatatgttggaaagttttataagtttcgaaaaaatattgaactttagttttagtAGTAAAGAATTTTTAAGGAGGCG-AATTTAAAAAAAAAAAT-AT-----ATATATCCGTTTAC-AGTCTTTCACACCATTT--GA---TTTTAAA--TGGCATCTTAT---TTAAATATGAT---TCAAATAT-AAAGTTATTACAAATGAGT-AATATCTAGC-GTAGCTT--A-CCATAAAAATAAGCAAATaaatttactatttacttgccagttggattgtgggaaaagcgggggaggtgttagtttgttttgtgttttatgtttgtcttgtattacattttgttttttttgttagtatccctgaagagcttcacatagcctgtaatatgaatattatttgaagacataaggttttattttaaatatatgaattaggcagccattaaagttaagatataatttttaccaaacgaaaaaaaaaacaataataaataaaaacccaaccttctacagtccttcttcgcgtggccattagtttcaacaatccattagggtttttttttttttaaagttcttacattgtcgcataaattcacaagctctgtaaagtaacaagtgtgtgcagcagtggggcatcaaccaatatattgcgcactcatgttaaaatatacagcaacaactacgtttgccatgaatttaaaaaaaaaatgtaagataaacataaaacaatcaataaagaagaataaatcgttgtgaaactgtaccttgttataaacaataaatgtgttatgaataaataaaagagcataacaatgaccaaaaacaagcgctacataacaaaaatacaaagtaaacatgaccatatgctaaatataatatatatttaattcccagtgtccttcaaacacatatttctacttcctatcaacaacttctccagaaatcaaaatcatataagcatgccccggtcagtcggacacttacaaatctttctggtccaacacatggtaacaacatttttttttaagtcaaagggttttttcctagctctaaaaagccgtgacaggctctgttttctatttaaccacagaatatcattcctctcagtcagaacacatgtaaacaccaatctccttaactagccaaaataactagacggactacgtagatatttataccgttcacctccatgtagttatctgtgcggtacagtaagatttacgtcgcatatatgttacgatgcaacttaaactaaccgaacgtttcttgaaacgacaaaaagattagtcgacttacgttctaactaacgtcaccatctttatctcagaccctactaaagagttacgaccgggcttttgtgatag
gi|1 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaCTGAAGAGCTTCACATAGCCTG-TAAT--ATGAATAT-TATTTGAAGACATAAG-----GTTTTATTTTA------AATATATGAATTAGGCAG-CCATTAAAGTT-AAGATATAATTT---TT--ACCAAACGAAAAAAAAAACAATAATAAATAAAAACCCAACCTT--CTACAGTCCTTCTTCGC-GTGGCCATTAGTTTCAACAATCCATTA-GGGTTTTTTTTTTTTTA-AAGTT-CTTA-CA--TTGTCGC---ATAAATTCACAAGCTCTGTAAAGTA----ACAAGTGTGTGCAGCAGTGGGGCATCAA--C----CAATATA---TTGCGC-----ACTC--ATGTT--AAAATATACAGCAACA----ACT-A-CGTTTGCCATGAATTTAAAAAAAAAATGTAAGATA--AACATAAA-ACAATCAATAAAGAAGAATAAATCGTTGTGAAACTGTACCTTGTTATAAACAATAA----ATGTGTTATGAAT-AAAT-A-AAAGAGCA---T--AACAATG---ACCAAAAAC---------------------AA---G--CGCT-ACATA-A-C-AA-AAAT-ACAAAGTAA-AC-ATGA-CCA-TATGCTAAATATAA-TATAT---AT-----TTAATT-C---CCAGTGTCCTTC-AA-------ACAC-A-TATTTC----TA-CTTC---CTATCAACAAC--TTCTCCAGAAATCAAA-ATC-A---TATAAGCATGCCCCGGT-C----AGTCGG-A----CACTTAC------AA----------------A------------TCTTTCTGG-TCCA-A---CACATGG---T-AACAAC-----ATTTTTTT-TT-A-AGT-CAA--A-GGGT-TTTTTCCTAGCTCT---AAAAAGCCGT-GA--CAGG-CTCTG-T-TTTCT---ATTT-AAC-------CA---CAGA--ATATCATTCCTCTCAGTC-AG-AACA--CATG-TAAA------CACCAA--T-C-TC-CTT--AACTAGCCAAAATA-A-CTAG--ACGGA-CT---A---CG-T---AGAT-AT--TTATACCGTT--CAC-----C-----TC----CATGTAGTTATCTGTGCGGTACAGTAA--G--A--T-TTACG-T----CGCATATAT-GTTA-CG----A---TGCAACTTAAA-C-TAACCGAACG---TTT--CT--T-G-AA---A-CGAC-A--AAAAGA---TTAGT-CGAC--TTACGT--T-----CTA-AC---TAACG-TCACC--ATCTTTATCTC----AGAC---CCT-ACTA---------AAGAG-T--TACG-ACCGGGCTTTTGTGAttactttagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttaagactcacatagtgtaaatgaatatgttgtaaatacaataaggttctttatttattaaatatgaattaggcagccatagaatgagaggtataattttcttttcacaaccgaaaaaaaaataaaaataaaataaaaaccactttggtcgcttttcgctgaatggttaaatcattaactgtttgtttttgtaagttacttttcttgctaataattcacaatgctgtaaactataaagcaagtgtgtgcagagtggacaatcaaaatacaccaatgaatatccgcttgactccaattttaaaaatatataagcaatacgaacttatctttgcatgaatttaaaagatgtaacaagatatataagataaaaaaagaaatctaggaaacaattgccatgatataaattaaaagagcaaaagcaaattgaaaaaagaaaagtcaacaaaaaatgatccagagcccataaagtctaaataattatttaatatttatacagtggtctctaaacacacttcatagtactcctattcaacacaattccagagcaaatcggataacagccgggtcagtcgttacataaatttttgtcaacacggtcaacaccatttttttatatatagaaggtttttccctaagctttaaacaacctggatcctggtctctactatttttctttaaacatgtatcttcaaacatgtaattagcacccattcgtcctctggcaaaactagcagctgactaatattacgtcacttctcgaggtgacgtaatgatttacgtcgcaatgtagtagaatgacgtaaattcacgttttgtgaaaacgctaaaatcgcctacgtactacttacgtccaattacgtactactagattaacgcttttgtgaaagtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|2 : ggggtgtctgtgagtatcgcttgatatgttggaaagttttataagtttcgaaaaaatattgaactttagttttagtagtaaagaatttttaaaaggagtaatttaaaaaaactattaataaatatcttttatcatctttcattttggaattttataaattgcatttcttatttcatatgtgattcaaatataaacggtagaatctagcatatgcttgtaaccaaaaaaaaaaagaaagcaaacaaatttactatttacttgccagttggattgtgggaaaagcgggggaggtgttagtttgttttgtgttttatgtttgtcttgtattacattttgttttttttgttagtatccAAGACTCA-CATA--GTG-TAA---ATGAATATGT---TGTA-A-ATACAATAAGGTTCT---TTATTTATTAA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AGAATGAGAGGTATAATTTTCTTTTCACAAC-CGAAAAAAAAATAAAAATAAAATAAAAACC-A-CTTTGGTCGC----TTT--TCGCTG----AAT--GGTT-AA--ATC-ATTAAC--T--GTTTGTTTTTGTAAGTTACTT-----TTCTT-GCTA-ATA-ATTCACAA-TGCTGTAAACTATAAAGCAAGTGTGTGCAGA-GTGGACAATCAAAATACACCAATGAATATC----CGCTTGACTCCAAT-TTTAAAAATATATAAGCAATACGAACTTATC--TTTGCATGAATTT----AAAAGATGTA--ACA--AG-ATATA--TAA--GATAAAAAA-AGAAA-TC----------------------TAGGAAACAATTGCC------ATGATATAAATTA-AAAGAGCAAA----AGCAA-----ATTGAAAAA---------------------AG---A--AAAG---TCA-A-CAAA-AAATGATCCAG-AG-CCCAT------------AAAGTCTAAATA-ATT-ATTTAATAT---TTAT---ACAGTGGTC-TCTAA-------ACACAC-T---TCATAGTA-CTCCTA-TTC--AAC-ACAAT--TCCAG--A-GCAA-ATC-GG---ATAA-CA---GCCGGGTCA----GTCGTTA----C----AT------AAA------------------------------TTTTT-G-TC---AACACG----G---TCAAC-ACC----ATTTTTTTATATATAG----A--A--GGTTTTTC-CCTAAGCTTTA-AACAACCTG--GATCCTGGTCTCTACTATTTTT---CTTT-AAA-------CA---TGTA---------TCTTC--------A-AACA--TGTAATTAG------CACCCA--TTCGTC-CTCTGG------CAA---A-A-CT----A-GCAGCTG--A---C--T---A-AT-AT--T-A---CG-T--CAC-----T-----TCT---CG---AG------GTG----AC-GT-AATG--A--T-TTACG-T----CGCA---AT-G-TA--GTAGAA---TG--ACGTAAA-T-T---C--ACGT--TTT---G--T-GAAA---A-CG-C-T--AAA--A-------T-CG-C--CTACGT--A-----CTA-CT---T-ACG-T--CC--A-------ATT----A------CGT-ACTAC---T-----AGA--T--T--A-AC---GCTTTTGTGAAAtag
gi|5 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaagtaaagaatttttaaggaggcgaatttaaaaaaaaaaatatatatatccgtttacagtctttcacaccatttgattttaaatggcatcttatttaaatatgattcaaatataaagttattacaaatgagtaatatctagcgtagcttaccataaaaataagcaaatttactttagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttTAAAAAGAGCCTA-AACA--AT-AAAAA-ATAA--A--AAAAAA-AATAA-Tgtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|4 : aataaataaaAAAAAT--A-GAAATAAACACAAATATAA--AACCAAGAA-AA-------------AACCATACC-----ACAAAAAAAAAC---A------ACACCA-AAAA-ACAGAAAAAAAA----AATTAT--AAACAAGCACA---------------------AACGTA--CATATATCTATA-CAAA-AAAT-CATAGT-AG-CCCATTATGTCGTT---AAATTGC---TT-GTCCCTTGAATA-CTATC-TGGCCCAGTGTCC-TC-AATCGACTAGCGC-CGTA--GC----TAGCTCCTATCCA--ATCTAC--T--TTCAC--AGAAAACATCGATAATATAA-AG---C--GGTGCCCGCAGTCAG-ATCGCC----ATTCAGAAAAC--CT-----------AATTCATTATGGATCTTCAT-GGTCCA-A---CT----G---T-AAA-ACTAATAGTTTTTTT-TCTATAGTCCGATGATGGGT-TTCT--CGATGCTCTACAAAGAGTCGCTGA--CAGC-CTC-GTT-TTTTTGTTCTTT-A---------CACAATGTAAGCTT-AT-TCCTCA--GTC-AG-AACCCCTGTA-TAAATACGACCACC-A--A-CGTT-GTT--G------CAA---A-AACTTATAACGCA-CTG--A---CGCT---A-AT-ACA-TTA---CG-T--CAC-----CAAGATCC----CG---AGT-----GTG----AC-GT-A--G--A--A-TTACC-T----CGCA---AT-G-TA-CG----A---TG-AACGTAA----TA--CG-ACAT--TTCTACGAAT-G-AA---A-CG-CTAATAAA--A---T---TACG-CCACTACGT--T-----ATATAC---T-A-G-CT-CTAAA-------CTTTAGAA------CGT-ACTAAT--A----AAGAG-TAATAC--AC---TCCTTTTTGAAACGaaaaagcttaagcaaaaaaaaaaaaaaacaacaacacccccccacccccaaatgaaaaacccaaacaaacaaaaattaagaggccatagtcgttaaattgctttaatttcccaattcctcaatccactatctactctacaaaccacttccagaaaactcgatataacggccccgtcagtcggacataaaaacttccattattggatcttttgtccagacgtaacaatatttttttataccatatgggtttccagctctaaaaggccggacaggcctctgttttttcttttaacatgtatttcctcggcaaaaacatgtataaaccacaatttcgttgcttgcaaactacgcactacgtaaaaatattacgtcgcaatgtacgtgcaacgtaaataattacgacctttcgtggaaacgcgctaaaattcgcctactaacctaacttttacgtcccactcacgtaactacgtaagagacgatgcttttgtggaaaatgc
gi|5 : ATAAAAAATAA----A------AAAA-A-AAAT-A-ATAAA--AAGCTTAAGCAAAAAAAA-AAAAAAACAACAACACCCCCCCACCCCCAA---ATGAAAA-ACCCA-AACAAACAAAA-ATTAAG-AGGCC-AT-A-GTCGT----------TAA----ATTGCTTTAAT-----TT-C---CCAAT-TCC-TC-AA-------TCCA-C-TA--TC----TA-CTCTA--CAA--ACC-AC--T--TCCAG--A--AAA-CTC-GA--TATAA-CGG--CCCCGT-CA----GTCGG-A----C----AT------AAAAACTTCCATTATTGGA------------TCTTT-T-G-TC-------CA----GACGT-AAC-A------ATATTTTT-TT-ATAC--CAT--ATGGGT-TTCCAGCT---CT----AAAAGGCCG--GA--CAGGCCTCTGTT-TTTTC---TTTTAA---------CA---TGTA--TT-----TCCTC---GGCAAA-AACA--TGTA-TAAAC-----CACA-ATTT-CGTTGCTT--G------C-A---A-A-CT----ACGCA-CT---A---CG-TAAAA-AT-A---TTA---CG-T--CGC----------------------------------------------A--A--T-GTACG-T-----GCA---AC-G-TA--A----A---T--------AA-T-TA--CG-AC-C--TTT--CG--TGG-AA---A-CG-C-GCTAAA--A---T---T-CG-C--CTAC-TAAC-----CTA-ACTTTT-ACG-TC-CC--A-------CTC----A------CGTAACTACG--T----AAGAG-----ACG-AT---GCTTTTGTGGAA
gi|18 : aataaataaataaaaagagcctaaacaTCC-TC-AA-------ACA--C-TA--TC----TA-CTCCTA-TCA------AC--T--TCCAG----AAAA-ATC-GA--TATAA-aatgc
gi|17 : AAAA-ATC-GA--TATAAGCGGT-CCCGGT-CA----GTCGG-A----C----AT------AAG---------------A------------TC-TTCT-G-ACCAAA---CG----G---T-AACAAC-----ANNCTTTT-acggcccc
gi|9 : cag--ATGGGTTTTCC--CTAGC-TCTA-AAAAA-CCG--GA--CAGG-CTCTGTT-TTTT----CTTT-A---------CACA-TGTA--CT-----TCCTC---GTC-AA-AACA--TGTA-TAAA------CACC-A--T-CGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-ATG--A---CG-T---A-AT-AT--TTA---CG-T--CAC-----C-----TC----CG---
gi|6 : AGG-CTCTTTT-TATTT---ATTT-ATTTATTACACA---TGTA--CT-----TTCTC---GTC-AA-AACA--TGTC-TAAA------CAAC-C--T--GTC-TTT--C------CAA---A-A-CTT---ACACA-CTG--AGGACG-T---A-AT-AT--TTA---CG-T--CACGCTTGT-----TC----CG---AG------GTG----AC-GT-A--G--A--T-TTACG-T----CGCA---AT-G-TA-CG----AT--TTCAACGTAAA-T-TA--CG-ATGT--TTT--CG--T-G-AA---ACCG-C-T--AAA--AGGTT---C-CG-C--CTACGT--T-----CTA-AC---CAACG-T--CT--A-------CTT----A------CCT-ACTA-G--TCA--AAGAGTT--TACGAAT---ACTTTTGTGAAAC
gi|7 : CCGTT-ATCTT---CTC--A---------CA---TTT---CTC-AG-TCCTC---GTC-AACAACT--TAAA-TAAA------TGCC-A--C-TATC-TT---G------CAT---A-T-CT----ACGCA-CTA--A---TG-T---A-G--AT--TGC---TG-T--CAT-----C-----CA----CA---AG------ATG----AT-GT-A--G--A--C-TTACA-T----AGTG---AT-G-CA-CG----A---TGCAACGTAAA-C-TA--CG-ATAT--TTT--CA--A-G-AA---A-AG-T-C--AAA--A---T---G-CA-T--TTACATG-TATAAACTA-CT---T-ACA-TC-CC--A-------CTT----A------CGA-ACTATG--T----ACGAT-T--TACG-A
gi|2 : C-AA-AACG--TGAA-TTTA------CGTC-A--T---TC-T-------------------A-CT----AC--A-TTGCGA---CG-T---A-A--ATCATTA---CG-T--CAC-----C-----T-----CG---AGAA----GTG----AC-GT-A--ta
gi|8 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaagtaaagaatttttaaggaggcgaatttaaaaaaaaaaatatatatatccgtttacagtctttcacaccatttgattttaaatggcatcttatttaaatatgattcaaatataaagttattacaaatgagtaatatctagcgtagcttaccataaaaataagcaaatttactttagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttaagactcacatagtgtaaatgaatatgttgtaaatacaataaggttctttatttattaaatatgaattaggcagccatagaatgagaggtataattttcttttcacaaccgaaaaaaaaataaaaataaaataaaaaccactttggtcgcttttcgctgaatggttaaatcattaactgtttgtttttgtaagttacttttcttgctaataattcacaatgctgtaaactataaagcaagtgtgtgcagagtggacaatcaaaatacaccaatgaatatccgcttgactccaattttaaaaatatataagcaatacgaacttatctttgcatgaatttaaaagatgtaacaagatatataagataaaaaaagaaatctaggaaacaattgccatgatataaattaaaagagcaaaagcaaattgaaaaaagaaaagtcaacaaaaaatgatccagagcccataaagtctaaataattatttaatatttatacagtggtctctaaacacacttcatagtactcctattcaacacaattccagagcaaatcggataacagccgggtcagtcgttacataaatttttgtcaacacggtcaacaccatttttttatatatagaaggtttttccctaagctttaaacaacctggatcctggtctctactatttttctttaaacatgtatcttcaaacatgtaattagcacccattcgtcctctggcaaaactagcagctgactaatat-AACC--CGCA-TGAA------AGCG-G--C-CATC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ATGTT-CT---A---CG-TA--A-AT-AT--TTA---CG-T--CAC-----C-----TC----CG---AG------GAG----AC-GA-A--G-----T-TTACGTT----CGCA---AT-A-TATCG----A----GCAAAGTAAG---TA--CG-A-G----TT--CG--T-G-AA---A-CG-C-T--AAA--A---T---T-CG-T--CTTCGT--A-----CTA-AC---T-ACG-TC-CC--tgaaaacgctaaaatcgcctacgtactacttacgtccaattacgtactactagattaacgcttttgtgaaagtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|11 : aaccctctgctttcttaagttgcttttaacaatttcatccgcTC-TTT--G------CAA---ATA-CTT---ATGTT-TCT--A---CG-T---A-A--AT--TT----CG-T--CAC-----C-----GC----CG---AG------GAG----AC-GA-A--G-----T-TTACG-TT---CGCA---AT-A-TATCG----A----GCAAAGTAAG-T--A--CG-A-GT--T----CG--T-G-AA---A-CG-C-T--AAA--A---T---T-CG-T--CTTCG---T-----ATA-A----T-ACG-TC-
gi|6 : G--A---CG-T---A-A--AT--CTA---CG-T--CAC-----C-----TCGGAACA---AGC-----GTG----AC-GT-A--A--A--TATTACG-TC---CTCA---GT-G-T
gi|8 : aggctctttttatttatttatttattacacatgtactttctcgtcaaaacatgtctaaacaacctgtctttccaaaacttac--A---CG-T---A-A--AC--TT----CG-T--CTC-----C-----TC----GG---AG------GTG----AC-GT-A--AATA--T-TTACG-T----gcaatgtacgatttcaacgtaaattacgatgttttcgtgaaaccgctaaaaggttccgcctacgttctaaccaacgtctacttacctactagtcaaagagtttacgaatacttttgtgaaac
gi|11 : aaccctctgctttcttaagttgcttttaacaatttcatccgcaacccgcatgaaagcggccatctttgcaaaactatgttct--A---CG-T---A-A--AC--TT----CG-T--CTC-----C-----TC----GG---CG------GTG----AC-G--A--A--A--T-TTACG-T----AGAA---AC-A-TA-tcgcaatatatcgagcaaagtaagtacgagttcgtgaaacgctaaaattcgtcttcgtactaactacgtccc
gi|5 : tctttgcaaatact---CG-T---A-ATTAT--TTA---CG-TTGCAC-----G-----TA----CA---TT------GCG----AC-GT-A--AT-ATTT-TTACG-TAGTGCGTA---GT-T-TG-CA----A----GCAACG-AAA-T-TG--TG---GT--TTtcgcaatatatcgagcaaagtaagtacgagttcgtgaaacgctaaaattcgtcttcgtataatacgtc
gi|9 : aataaataaataaaaagagcctaaacaataaaaaataaaaaaaaaaataataaaaagcttaagcaaaaaaaaaaaaaaacaacaacacccccccacccccaaatgaaaaacccaaacaaacaaaaattaagaggccatagtcgttaaattgctttaatttcccaattcctcaatccactatctactctacaaaccacttccagaaaactcgatataacggccccgtcagtcggacataaaaacttccattattggatcttttgtccagacgtaacaatatttttttataccatatgggtttccagctctaaaaggccggacaggcctctgttttttcttttaacatgtatttcctcggcaaaaacatgtatG---AG------GTG----AC-GT-A--A--A--TATTACG-T----Cacctttcgtggaaacgcgctaaaattcgcctactaacctaacttttacgtcccactcacgtaactacgtaagagacgatgcttttgtggaaaatgc
gi|10 : atgggttttccctagctctaaaaaaccggacaggctctgttttttctttacacatgtacttcctcgtcaaaacatgtataaacaccatcgtctttgcaaaactacgcaatTG----AC-GC-A--C--A--T-TAACA-T----AGCA---AT-G-TA-GG----G---TGCAACGTAAA-T-TA--AG-ACAT--TTT--CG--T-G-GA---A-CA-C-A--ACA--A---T---C-CA-C--TTACCT--A-----ATG-AT---T-AAA-TC-TC--A-------CTT----A------CGT-ACTACGTAT----AAGAC-T--TATG-AC---AGTTTTATGAAACcg
gi|2 : ----AC-GT-G--A--A--T-TTACG-T----C--A---TT-C-TA-CT----ACATTGCGACGTAAA-T-CA--TT-ACGTCACCT--CG--A-G-AAGTGA-CG-T-A--A
gi|6 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaagtaaagaatttttaaggaggcgaatttaaaaaaaaaaatatatatatccgtttacagtctttcacaccatttgattttaaatggcatcttatttaaatatgattcaaatataaagttattacaaatgagtaatatctagcgtagcttaccataaaaataagcaaatttactttagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttaagactcacatagtgtaaatgaatatgttgtaaatacaataaggttctttatttattaaatatgaattaggcagccatagaatgagaggtataattttcttttcacaaccgaaaaaaaaataaaaataaaataaaaaccactttggtcgcttttcgctgaatggttaaatcattaactgtttgtttttgtaagttacttttcttgctaataattcacaatgctgtaaactataaagcaagtgtgtgcagagtggacaatcaaaatacaccaatgaatatccgcttgactccaattttaaaaatatataagcaatacgaacttatctttgcatgaatttaaaagatgtaacaagatatataagataaaaaaagaaatctaggaaacaattgccatgatataaattaaaagagcaaaagcaaattgaaaaaagaaaagtcaacaaaaaatgatccagagcccataaagtctaaataattatttaatatttatacagtggtctctaaacacacttcatagtactcctattcaacacaattccagagcaaatcggataacagccgggtcagtcgttacataaatttttgtcaacacggtcaacaccatttttttatatatagaaggtttttccctaagctttaaacaacctggatcctggtctctactatttttctttaaacatgtatcttcaaacatgtaattagcacccattcgtcctctggcaaaactagcagctgactaataC-GT-A-----A--T-TTACG-T----TGAA---ATCG-TA-CA----T---TGCGACGTAAA-TCTA--CG-tttgtgaaaacgctaaaatcgcctacgtactacttacgtccaattacgtactactagattaacgcttttgtgaaagtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|12 : aggctctttttatttatttatttattacacatgtactttctcgtcaaaacatgtctaaacaacctgtctttccaaaacttacacactgaggacgtaatatttacgtcacgcttgttccgaggtgaT-G-TA-CA----A---CGCAACGTCAA-T-TA--CA-ACAT--TTC--CG--A-G-AA---A-CA-T-A--CAA--A---T---T-CA-T--CTACCT--A-----CAA-GCA--TGATG-TC-CC--A-------CTT----A------TAT-ACTACG--TATTAAAGAT-T--TGCA-AT---GCTTTTGTGAAACatgttttcgtgaaaccgctaaaaggttccgcctacgttctaaccaacgtctacttacctactagtcaaagagtttacgaatacttttgtgaaac
gi|15 : acG----A---TAAAACGTAAAAG-TA--CT-ACGT--TTT--CG--A-G-AA---A-CG-C-T--GAA--A---T---T-CA-C--TTGTGT--A-----CTG-CT---T-ACGTTT-CC--G-------CTC----AAGAAGTCGGAACTACG--T----CAGAag
gi|16 : G----A---TAAAACGTAAAAG-TA--CT-ACGT--TTT--CG--A-G-AA---A-CG-C-T--TGA--A---T---T-CA-C--TTGTGT--A-----CT--GC---T-ACGTTT-CC--G-------CTC----AAGAAGTCGGAACTACG--T----CAGAct
gi|14 : AACGTAAAAG-TA--CT-ACGT--TTT--CG--A-G-AA---A-CG-C-T--GAA--A---T---T-CA-C--TTGTGT--A-----CTG-CT---T-ACGTTT-CC--G-------CTC----AAGAAGTCGGAACTACG--T----CAGAC-T--Tct
gi|13 : ataaAACGTAAAAG-TA--CT-ACGT--TTT--CG--A-G-AA---A-CG-C-T--GAA--A---T---T-CA-C--TTGTGT--A-----CTG-CT---T-ACGTTT-CC--G-------CTC----AAGAAGTCGGAACTACG--T----CAGAC-T--T
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTATATTCTCAAATATACTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 2 1111 22 1 666666666666666666666666666666 11 11 33 11 2222222 3333333333 33 44444444444444444444444444444444444444444444 1 111 222 8888888888888888888888888888888888888 1 1 2 111 3333333 55555555555 8888888888888888888888888888888888 22 2 44444444444 111 2 1 11111111111111111111111111111 33 1 66666666666 1 1 111 1 11 888888888888888888888888888 5555555555555555 11 22 11111 888888888888888888888888888888888888888 11 1111 5555555555555555555555555555555555555555555 2222222 111 1111 111 111 11111111111 1 333333333333 7777777777777777777777777 11111111 111 333333333333333 2 11 2222222 44444444444444444444444444444444 1111 11111111 111111 2222 111 11111111111 111111 11 1111111 111111 1 1111111 6666666666666666666666 11111
lowQualScore : 7 444 1 3 7 9999 00 1 2 11 777777777777777777777777777777 0 22 88 22 7 00 7 11 3333 1111111 5555555555 1 1 00 0 1 44444444444444444444444444444444444444444444 0 0 4 999 555 2222222222222222222222222222222222222 6 7 6 3 3 0 555 0000000 1 88 22 1 22 6 0 66666666666 0000000000000000000000000000000000 1 1 44 3 00000000000 999 7 3 1 7 0 4 222 00000000000000000000000000000 00 2 7 22 22 22222222222 22 3 3 3 333 6 4 0 6 3 8 11 0 8 777777777777777777777777777 7777777777777777 1 8 8 11 77 33 11111 222222222222222222222222222222222222222 1 8 8 8 0 8 8 2 11 7777 8 5555555555555555555555555555555555555555555 6 6 1111111 555 99 4444 6 6 6 888 99999 77 5 000 5 000 5 55555555555 99 6 8 222222222222 99 6 3333333333333333333333333 66 6 6 2 55555555 6 111 3 77 333333333333333 7 8888 2 0 6 2 55 99 5 5 4 1111111 66 11111111111111111111111111111111 777 3333 4 4 66 66 4 44444444 4 99999 4 55 111111 777 4 4 2222 4 9 777 4 111 4 0 4 777 4 88888888888 4 777 777777 8888 4 44 55 0 4 4 777 3 88 6666 4444 44 33 33 33 444 2 777 2 5555 33 444 444 2 2 33 2222222 000000 8 0 2 0000000 8888888888888888888888 0 44 22222 77 44 44 888
lowQualScore : . ... . . . .... .. . . .. .............................. . .. .. .. . .. . .. .... ....... .......... . . .. . . ............................................ . . . ... ... ..................................... . . . . . . ... ....... . .. .. . .. . . ........... .................................. . . .. . ........... ... . . . . . . ... ............................. .. . . .. .. ........... .. . . . ... . . . . . . .. . . ........................... ................ . . . .. .. .. ..... ....................................... . . . . . . . . .. .... . ........................................... . . ....... ... .. .... . . . ... ..... .. . ... . ... . ........... .. . . ............ .. . ......................... .. . . . ........ . ... . .. ............... . .... . . . . .. .. . . . ....... .. ................................ ... .... . . .. .. . ........ . ..... . .. ...... ... . . .... . . ... . ... . . . ... . ........... . ... ...... .... . .. .. . . . ... . .. .... .... .. .. .. .. ... . ... . .... .. ... ... . . .. ....... ...... . . . ....... ...................... . .. ..... .. .. .. ...
lowQualScore : 3 777 0 7 3 7777 77 0 0 77 000000000000000000000000000000 7 33 33 00 3 33 3 00 3333 0000000 0000000000 0 0 00 7 0 00000000000000000000000000000000000000000000 7 7 0 000 777 7777777777777777777777777777777777777 0 3 7 3 7 7 000 0000000 0 33 00 0 00 7 7 77777777777 3333333333333333333333333333333333 0 0 33 7 33333333333 777 3 3 0 3 7 0 777 00000000000000000000000000000 33 0 3 00 00 77777777777 00 3 3 2 555 5 2 0 5 2 0 00 8 0 444444444444444444444444444 6666666666666666 0 0 0 00 00 88 22222 222222222222222222222222222222222222222 0 0 0 0 8 0 0 2 00 0000 0 2222222222222222222222222222222222222222222 7 7 7777777 888 22 2222 7 7 7 333 33333 99 7 000 0 000 7 77777777777 22 7 0 777777777777 22 7 3333333333333333333333333 88 7 7 5 22222222 7 777 2 55 000000000000000 3 8888 5 5 7 5 88 22 0 0 4 6666666 11 44444444444444444444444444444444 888 3333 4 4 11 11 4 66666666 4 44444 0 55 555555 000 0 0 0000 0 1 000 0 000 0 8 0 000 0 22222222222 0 000 222222 5555 0 11 55 8 0 0 000 6 66 5555 5555 99 77 77 77 777 7 333 7 7777 77 777 777 7 7 77 3333333 777777 0 7 7 0000000 3333333333333333333333 8 22 99999 11 22 66 888
consensus : AGTAAAGAATTTTTAAAGAGGAG-AATTTAAAAAAAN-A-TAATAAATA-ATATATCCTTTTACCAGTCTT------CATTT--GA---TTATAAA--TG-CATTTC-TA--TTTAATATG-TGATTCAAATATAAAAGTTATTACGATAGAGTAA-A-TCTAGC-TAAGCTT--AACCATAAAAAAAA--AAANAGCAAACTCAGTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTGAAAGACTC-ACATAGCCTGTAAT--ATGAATAT-T--TTGAAGACATAC----AGGTTCT-TTTTA----TTAA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AAAGTTAGAGGTATAATTTTCTTT--ACAANACGAAAAAAAAANAAAAANAAAATAAAAACCCAACTTT-GCCGC-----TTCTTCGC-G--TGGC-ATTAGTTTCAA-AATC-ATTAA---TTTNTTTTTTTTTA-AAGTT-CTTA-CA-TTCGTCGCTA-ATAAATTCACAA-CGCTGTAAANTATAAAACAAGTGTGTGCAG-AGTGGACAATCAAA---CACCAAT--ATATC----C-----ACTC--ATGTTTAAAAATATACAGCCAAAAC--ACTTA-CGCTTGNCA-TGAATTT-AAAAAAAAATGT-AGATAA-ACATAAA-ATAA--AATAAAGAA-AAN-AATCG------AACTGTACCTT-TTATAAAAAATAA---CA------ACG--AAA-AAAT-AA--AAAAGCAAA-TAACAA--TGAAA-CAAAAAAA---------------------AA---AN--AAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CCAT-A-GTCGTTAAAN-TGTAA-TAATTCT-TT-AATATT-A-TT---CCCAGTGTCC-TC-AA-------ACAC-C-TA--TC----TA-C-TCCTA-CCAANC-AC--T--TCCA--GA-A---AAAATCGATA---T-A---A--CGG--CCCG--GT-CAAGTCG----------G-ACA--TA-A---A--CT-----------AT----CTTTCT-G-TCCA-A-C----GGT-AA---CAACA-TTTTTTTTT-TATAGTC-AA--ATGGGTTTTCC-CCTAG-CTCTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CGCC-A---T-CGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-ATAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACG-T-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---CG-C---TAAA--A---T---T-CG-C--CTACGT------ACTA-AC---T-ACG-TC-CCG-------CTC----------AA-----CGTA-ACTACG--T----AAGA-CT--TACG-AC---GCTTTTGTGAAACG
Reference ( family-5274 ) : AGTAAAGAATTTTTAAGGAGGNGTAATTTAAAAAAANNANTAATAAATA-ATATATCCNTTTACCANCCTTTCACACCATTTTGGAATTTTNTAAAATTGGCATCTCNTA--TTNNATATGATGATTCAAATATAAAAGTTATTACGGNNGAGTAATA-TCTAGCANNNGCTTGTAACCANAAAAANAAGCAGANAGCAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGAAGGGCTCNACATAGCNTGTAAT--ATGAATATGTATTTGNAGACATACGATAAGGTTCTATTTTATTTATTAATATATGAATTAGGCAG-CCATTAGAGTNAGAGGTATAATTTTCTTTTCACNANACGAAAAAAAAANNAANANNAAATAAAAACCCAACCTTGGCCGCAGTCCTTCTTCGCTG--TGGCNATTAGNTTCAACAATCCATTAANGGTTTNTTTNTTTTTGTAAGTTACTTA-CA-TTCGTCGCTA-ATAAATTCACAAGCGCTGTAAANTATAAAGCAAGTGTGTGCAGNAGTGGGNNATCAAAACACACCAATGNATATCTGCGCGCTTGACTCCAATGTTTAAAAATATACAGNNANNACGAACTTATCGTTTNNCA-TGAATTT-AAAAAAAAATGT-AGACAA-ACATAAA-ATAA--AATAAAGAA-AAT-AATC-------AACCGTACC-----ATAAAAAATAA---CA------ACG--ANA-AAAT-AA--AAGAGCAAA-TAGCAA--TGAAA-CNAAAAAA---------------------AA---AN--ANA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ATTAAG--AGC----CCAT-A-GTCGT-AAAN-TNTAA-TAATTCT-TT-AATATC-A-TT---CCCAGTGTCC-TC-AA-------ACAC-C-TA--TC----TA-C-TCCTA-CCAANC-AC--T--TCCA--GA-A---AAAATCGATA---T-A---A--CGG--CCCG--GT-CAAGTCG----------G-ACA--TA-A---A--CT-----------AT----CTTTCT-G-TCCA-A-C----GGT-AA---CAACA-TTTTTTTTT-TATAGTC-GA--ATGGGTTTTCC-CCTAGNCTCTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CGCC-A---T-CGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-ATAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACG-T-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--NG-AAA---CG-C---NAAA--A---T---T-CG-C--CTACGT------NCTA-NC---T-ACG-TC-CCG-------CTC----------AG-----CGTA-ACTACG--T----AAGA-NT--TACG-AC---GCTTTTGTGAAACG
gi|1 : AGTAAAGAATTTTTAAA-AGGAGTAATTTAAAAAAACTATTAATAAATA-------TCTTTTATCATCTTT------CATTTTGGAATTTTATAAA-TTG-CATTTCTTA--TTTCATATG-TGATTCAAATATAAA--------CGGTAGA-----A-TCTAGCATATGCTTGTAACCAAAAAAAAAA--AGAAAGCAAAC
gi|1 : ggggtgtctgtgagtatcgcttgatatgttggaaagttttataagtttcgaaaaaatattgaactttagttttagtCTGAAGAGCTTCACATAGCCTGTAAT--ATGAATAT-TATTTGAAGACATA-----AGGTTTTATTTTA------AATATATGAATTAGGCAG-CCATTAAAGTTA-AGATATAATTTTT-----ACCAAACGAAAAAAAAAACAATAATAAATAAAAACCCAACCTT--CTACAGTCCTTCTTCGC-G--TGGCCATTAGTTTCAACAATCCATT-AGGGTTTTTTTTTTTTTA-AAGTT-CTTA-CA-TT-GTCGC---ATAAATTCACAAGCTCTGTAAAGT----AACAAGTGTGTGCAGCAGTGGGGCATCA------ACCAAT--ATAT-TGCGC-----ACTC--ATGTT--AAAATATACAGCAACAAC-----TA-CGTTTGCCA-TGAATTTAAAAAAAAAATGTAAGATAA-ACATAAA-ACAATCAATAAAGAAGAATAAATCGTTGTGAAACTGTACCTTGTTATAAACAATAA----ATGTGTTATG--AAT-AAAT-AA--AAGAGC--A-TAACAA--TG--A-CCAAAAAC---------------------AA---GC--GCT-ACATA-A-C-AA-AAAT-ACAAAGTAAACATGACCAT-A---TGC-TAAA-TATAA-TATATAT-TT-A------A-TT---CCCAGTGTCCTTC-AA-------ACAC-A-TATTTC----TA-CTTCCTA-TCAACA-AC--TTCTCCA--GA-AATCAAAATC-ATA---T-AAGCA--TGC--CCCG--GT-C-AGTCG----------G-ACACTTACA---A---------------AT----CTTTCTGG-TCCA-A-CACATGGT-AA---CAACA--TTTTTTTT-TA-AGTC-AA--A-GGGTTTTTT-CCTAG-CTCT--AAAAAGCCGT-GA--CAGG-C-TCTGTT-TTCTA------TTTA--A---------CCACAGAA---TATC--AT----T---CCTCTCAGTC-AG-AACA--CATG--TAA-A------CACCAA---T-C-TC-CTT--AACTAGCCAAAATA-A-CTAG--ACGGA-CT-A---CG-T---AGATAT-TTATACCGTTCAC-----C-----TC-CATGTAGTTATCTGTGCGGTACAGTAA--GATTTACG-T-CGCATATATGTTA-CG----A-TGCAACTTAAA-CTAACCGAACG-TTT--CT--TG-AAA---CGAC---AAAAAGA---TTAGT-CGAC--TTACGT------TCTA-AC---TAACG-TCACCATCTTTATCTC----------AGAC---CCT--ACTA---------AAGA-GT--TACG-ACCGGGCTTTTGTGAaaatttactatttacttgccagttggattgtgggaaaagcgggggaggtgttagtttgttttgtgttttatgtttgtcttgtattacattttgttttttttgttagtatccctgaagagcttcacatagcctgtaatatgaatattatttgaagacataaggttttattttaaatatatgaattaggcagccattaaagttaagatataatttttaccaaacgaaaaaaaaaacaataataaataaaaacccaaccttctacagtccttcttcgcgtggccattagtttcaacaatccattagggtttttttttttttaaagttcttacattgtcgcataaattcacaagctctgtaaagtaacaagtgtgtgcagcagtggggcatcaaccaatatattgcgcactcatgttaaaatatacagcaacaactacgtttgccatgaatttaaaaaaaaaatgtaagataaacataaaacaatcaataaagaagaataaatcgttgtgaaactgtaccttgttataaacaataaatgtgttatgaataaataaaagagcataacaatgaccaaaaacaagcgctacataacaaaaatacaaagtaaacatgaccatatgctaaatataatatatatttaattcccagtgtccttcaaacacatatttctacttcctatcaacaacttctccagaaatcaaaatcatataagcatgccccggtcagtcggacacttacaaatctttctggtccaacacatggtaacaacatttttttttaagtcaaagggttttttcctagctctaaaaagccgtgacaggctctgttttctatttaaccacagaatatcattcctctcagtcagaacacatgtaaacaccaatctccttaactagccaaaataactagacggactacgtagatatttataccgttcacctccatgtagttatctgtgcggtacagtaagatttacgtcgcatatatgttacgatgcaacttaaactaaccgaacgtttcttgaaacgacaaaaagattagtcgacttacgttctaactaacgtcaccatctttatctcagaccctactaaagagttacgaccgggcttttgtgatag
gi|10 : ggggtgtctgtgagtatcgcttgatatgttggaaagttttataagtttcgaaaaaatattgaactttagttttagtagtaaagaatttttaaaaggagtaatttaaaaaaactattaataaatatcttttatcatctttcattttggaattttataaattgcatttcttatttcatatgtgattcaaatataaacggtagaatctagcatatgcttgtaaccaaaaaaaaaaagaaagcaaacaaatttactatttacttgccagttggattgtgggaaaagcgggggaggtgttagtttgttttgtgttttatgtttgtcttgtattacattttgttttttttgttagtatccTG----AC-GC-A--CATTAACA-T-AGCA---ATG-TA-GG----G-TGCAACGTAAA-TTA--AG-ACATTTT--CG--TG-GAA---CA-C---AACA--A---T---C-CA-C--TTACCT------AATG-AT---T-AAA-TC-TCA-------CTT----------A------CGT--ACTACGTAT----AAGA-CT--TATG-AC---AGTTTTATGAAACtag
gi|11 : TC-TTT--G------CAA---ATA-CTT---ATGTT-TCTA---CG-T---A-A-AT-TT----CG-TCAC-----C-----GC-CG---AG------GAG----AC-GA-A--G-TTTACG-TTCGCA---ATA-TATCG----A--GCAAAGTAAG-T-A--CG-A-GTT----CG--TG-AAA---CG-C---TAAA--A---T---T-CG-T--CTTCGT------A-TA-A----T-ACG-TC-
gi|12 : TG-TA-CA----A-CGCAACGTCAA-TTA--CA-ACATTTC--CG--AG-AAA---CA-T---ACAA--A---T---T-CA-T--CTACCT------ACAA-GCA--TGATG-TC-CCA-------CTT----------A--------TATACTACG--TATTAAAGA-TT--TGCA-AT---GCTTTTGTGAAAC
gi|13 : acAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CG-C---TGAA--A---T---T-CA-C--TTGTGT------ACTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------AAGAAGTCGGA-ACTACG--T----CAGA-CT--Tag
gi|14 : ataaAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CG-C---TGAA--A---T---T-CA-C--TTGTGT------ACTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------AAGAAGTCGGA-ACTACG--T----CAGA-CT--T
gi|15 : ataaG----A-TAAAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CG-C---TGAA--A---T---T-CA-C--TTGTGT------ACTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------AAGAAGTCGGA-ACTACG--T----CAGA-CT--
gi|16 : G----A-TAAAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CG-C---TTGA--A---T---T-CA-C--TTGTGT------ACT--GC---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------AAGAAGTCGGA-ACTACG--T----CAGA-CT--
gi|17 : CA--GA-A---AAA-TCGATA---T-A---AG-CGGT-CCCG--GT-CA-GTCG----------G-ACA--TA-A---G---------------AT----CTT-CT-G-ACCA-AAC----GGT-AA---CAACA-NNCTTTT
gi|18 : TCC-TC-AA-------ACAC---TA--TC----TA-C-TCCTA-TCA----AC--T--TCCA--G--A---AAAATCGATA---TAA---A--CGG--CCC
gi|2 : AGTAAAGAATTTTTAAGGAGGCG-AATTTAAAAAAAA-------AAATATATATATCCGTTTA-CAGTCTTTCACACCATTT--GA---TTTTAAA--TGGCATCT--TA--TTTAA-AT-ATGATTCAAATAT-AAAGTTATTACAAATGAGTAATA-TCTAGC-GTAGCTT---ACCATAAAAATAAGCAAAc
gi|2 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaAAGACTC-ACATAG--TGTAA---ATGAATATGT---TGTAAA--TACAATAAGGTTCT---TTATTTATTAA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AGAATGAGAGGTATAATTTTCTTTTCACAAC-CGAAAAAAAAATAAAAATAAAATAAAAACC--ACTTTGGTCGC------TTTTCGCTGAATGG---TTA--------AATC-ATTAAC----TGTTTGTTTTTGTAAGTTACTT-----TTC-TTGCTA-ATAA-TTCACAA-TGCTGTAAACTATAAAGCAAGTGTGTGCAG-AGTGGACAATCAAAATACACCAATGAATATC----CGCTTGACTCCAAT-TTTAAAAATATATAAGCAATACGAACTTATC--TTTGCA-TGAATTT-AAAAGA---TGT-A-ACAAGATATA----TAA--GATAAAAAA-AGA-AATC----------------------TAGGAAACAATTGCC------ATG--ATATAAATTAA--AAGAGCAAA--AGCAAATTGAAA------------------------------AA---AG--AAA-AGTCA-A-CAAA-AAATGATCCAG--AGC----CCAT-A--------AAG-TCTAAATAATTAT-TT-AATATTTA-T-----ACAGTGGTC-TCTAA-------ACACAC-T---TCATAGTA-C-TCCTA-TTCAAC-ACAAT--TCCA--GA-G---CAAATCGG-A---T-A---A--CAG--CCGG--GT-CA-GTCG----------TTACA--TA-A---A----------------------TTTTT-G-TCAACA-C----GGTCAA---CACCA-TTTTTTTATATATAG----A--A--GGTTTTTC-CCTAAGCTTTA-AACAACCTG--GATCCTGGTC-TCTACTATTTTT------CTTT--AAA-------C------A---TGTA--------T---CTTC--------A-AACA--TGTAATTAGCA------C-CC-A---TTCGTC-CTCTGG------CAA---A-A-CT----A-GCAGCTGA---C--T---A-ATAT-T-A---CG-TCAC-----T-----TCTCG---AG------GTG----AC-GT-AATGATTTACG-T-CGCA---ATG-TA--GTAGAA-TG--ACGTAAA-TT---C--ACGTTTT---G--TGAAAA---CG-C---TAAA--A-------T-CG-C--CTACGT------ACTA-CT---T-ACG-TC-CAA-------TT------------A-----CGT--ACTAC---T-----AGA--T--TA---AC---GCTTTTGTGAAAtttactttagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttaagactcacatagtgtaaatgaatatgttgtaaatacaataaggttctttatttattaaatatgaattaggcagccatagaatgagaggtataattttcttttcacaaccgaaaaaaaaataaaaataaaataaaaaccactttggtcgcttttcgctgaatggttaaatcattaactgtttgtttttgtaagttacttttcttgctaataattcacaatgctgtaaactataaagcaagtgtgtgcagagtggacaatcaaaatacaccaatgaatatccgcttgactccaattttaaaaatatataagcaatacgaacttatctttgcatgaatttaaaagatgtaacaagatatataagataaaaaaagaaatctaggaaacaattgccatgatataaattaaaagagcaaaagcaaattgaaaaaagaaaagtcaacaaaaaatgatccagagcccataaagtctaaataattatttaatatttatacagtggtctctaaacacacttcatagtactcctattcaacacaattccagagcaaatcggataacagccgggtcagtcgttacataaatttttgtcaacacggtcaacaccatttttttatatatagaaggtttttccctaagctttaaacaacctggatcctggtctctactatttttctttaaacatgtatcttcaaacatgtaattagcacccattcgtcctctggcaaaactagcagctgactaatattacgtcacttctcgaggtgacgtaatgatttacgtcgcaatgtagtagaatgacgtaaattcacgttttgtgaaaacgctaaaatcgcctacgtactacttacgtccaattacgtactactagattaacgcttttgtgaaagtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|3 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaagtaaagaatttttaaggaggcgaatttaaaaaaaaaaatatatatatccgtttacagtctttcacaccatttgattttaaatggcatcttatttaaatatgattcaaatataaagttattacaaatgagtaatatctagcgtagcttaccataaaaataagcaaatttactttagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttAGTAA-GAATTATCAAAG-GGAG-AATT-AAAAAAATAAATAATAAATA-ATATATCGTTTTACTAGTCTT------CATTT--GA---TTATAA---TG-CAATTCATAAGTTTAATATG----TTCAAATATAAAAATTATTACAATAGAATAAAAATCTAAC-TAAGC----AGCCATAAAAAAAA--AAATAACAAACTCAGTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTAAAAGACTCAACATA-CTGGTAATCAATGAATAT----TTGAA-ACATAC----AG------TTTT-----TTAAAAT-TGAATTAG-CATTCCAT-AAAGTT-GAAGTATAATTT-CTTT--ACAATACGGGGGAAAAAGAGAAAGAAAATAAAAACCCATTTTTTGCC-------TTCTTCGC------GC-AT--GTTTCAA--ATC-ATTAC---TTTATTTTTTTTTA-AAGTT-CTTATCAGTTTAT-GCTATATATATTCACAA-CGCTGTAAATTATAAAACAAGTGTGAGCAGATGTGGACAATCAAA---C-TCAAT-CA-ACC----------ACTC--ATATTTAAAAATAGACAGCCAAAGC--ACT----ACTTGACAATAATTTT-TAAAAAAAAT-T-AGAGAA-A-ATAAA-ATAA--AATAAAGAA-AAT-AATCG------AACTGTACCTTTTTATAAAAAATAA----A------ATG--ATA-AAAT-AA--GAAAGCAAACTAACAA--TGAAAATAAAAAAA---------------------AA---AA--AAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CATT-A-GTAGT-AAAAATATAA-TAATTCAATT-AATATC-AATT---TCCAGTGTCC-TC-AA-------ACAC-C-TA--TC----TA-C-TCCAA-CTAAAC-AC--T--TCCA--GATA---AAAATCATTA---T-A---A--CA---CCCG--GTACAAGTCG----------G-ACA--TA-A---G--CT-----------AT----CTTTCT-G-TC---A-C----AGT-AA---CA-CA-TTTTTTTTA--ATAG-C-AA--ATGGGTATTCCACCTAGCCTTTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CTAAAAT---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CACC-A---T-CGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-ATAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACG-T-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---CG-C---AAAA--A---T---T-CG-C--CTACGT------TCTA-AC---T-ACG-TC-CCA-------CTT----------A------CGT--ACTACG--T----AAGA-GT--TGCG-AC---GCTTTTGTGAAACGgtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|4 : AAAAATAG-AAATAA-ACACAAATATAA--AACCAAGAA-AA-------------AACCATACC-----ACAAAAAAAAA---CA------ACACCAAA-AAAC-AG--AAAA--AAA-AAATTA--T-AAA-CAAGCACA---------------------AACGTAC--ATATATCTATA-CAAA-AAAT-CATAGT--AGC----CCATTATGTCGTTAAAT-TGC---TTGTCCC-TTGAATACT-A-TCTGGCCCAGTGTCC-TC-AATCGACTAGCGC-CGTA--GC----TAGC-TCCTATCCAATCTAC--T--TTCACAGA-A---AACATCGATAATAT-A---AAGCGGTGCCCGCAGT-CAGATCGCCATTCAGAAA-ACC--TA-ATTCA--TT-----------ATGGATCTTCAT-GGTCCA-A-C----TGT-AAAACTAATAGTTTTTTTTC-TATAGTCCGATGATGGGTTT--C-TCGATGCTCTACAAAGAGTCGCTGA--CAGC-C-TC-GTT-TTTTTGTT---CTTT--A---------C------ACAATGTAAGCT----TATTCCTCA--GTC-AG-AACCCCTGTA--TAA-ATACGACCACC-A---A-CGTT-GTT--G------CAA---A-AACTTATAACGCA-CTGA---CGCT---A-ATACATTA---CG-TCAC-----CAAGATCC-CG---AGT-----GTG----AC-GT-A--GAATTACC-T-CGCA---ATG-TA-CG----A-TG-AACGTAA---TA--CG-ACATTTCTACGAATG-AAA---CG-CTAATAAA--A---T---TACG-CCACTACGT------TATATAC---T-A--------G-------CTCTAAACTTTAGAA-----CGT--ACTAAT--A----AAGA-GTAATAC--AC---TCCTTTTTGAAACG
gi|5 : A-ATAA--A-TAAATAA-AAA-GAGC---------CTAAACA-----ATAAAAAATAA---AA------A----AAA-AAAT-AATAAAAAGCTTA--AGCAA--AAAAA-AAAAAAAACAACAACACCCCCCCACCCCCAA---ATGAAAA-ACCCA-AACAAACAAAA-ATTAAG--AGG----CCAT-A-GTCGTTAAAT-TG---------CT-TT-AAT------TT---CCCAAT-TCC-TC-AA-------TCCA-C-TA--TC----TA-C-TC-TA-CAAACC-AC--T--TCCA--GA-A---AAC-TCGATA---T-A---A--CGG--CCCC--GT-CA-GTCG----------G-ACA--TA-A---AAACTTCCATTATTGGAT----CTTT-T-G-TCCAGA-C----G-T-AA---CAATA-TTTTTTT----ATA-CC-AT--ATGGGTTTCC-----AG-CTCTA-AAAG-GCCG--GA--CAGG-CCTCTGTT-TTTTC------TTTT--AA--------C------A---TGTA--TT----T---CCTC---GGCAAA-AACA--TGTA--TAA-A------CCAC-AATTT-CGTTGCTT--G------C-A---A-A-CT----ACGCA-CT-A---CG-TAAAA-ATA--TTA---CG-TCGC-------------------------------------------AATGTACG-T--GCA---ACG-TA--A----A-T--------AA-TTA--CG-AC-CTTT--CG--TG-GAAACGCG-C---TAAA--A---T---T-CG-C--CTAC-TAA----CCTA-ACTTTT-ACG-TC-CCA-------CTC----------A------CGTA-ACTACG--T----AAGA-G----ACG-AT---GCTTTTGTGGAA
gi|6 : AGG-C-TCTTTT-TATTT------ATTT--ATTTATTACAC------A---TGTA--CT----T---TCTC---GTC-AA-AACA--TGTC--TAA-A------CAAC-C---T--GTC-TTT--C------CAA---A-A-CTT---ACACA-CTGAGGACG-T---A-ATAT-TTA---CG-TCACGCTTGT-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACG-T-CGCA---ATG-TA-CG----ATTTCAACGTAAA-TTA--CG-ATGTTTT--CG--TG-AAAC--CG-C---TAAA--AGGTT---C-CG-C--CTACGT------TCTA-AC---CAACG-T--CTA-------CTT----------A------CCT--ACTA-G--TCA--AAGAGTT--TACGAAT---ACTTTTGTGAAACaatgc
gi|7 : CCGTT-ATCTT------CTC---A---------C------A---TTT---CTCAG-T---CCTC---GTC-AACAACT--TAAA--TAA-A------TGCC-A---C-TATC-TT---G------CAT---A-T-CT----ACGCA-CTAA---TG-T---A-G-AT-TGC---TG-TCAT-----C-----CA-CA---AG------ATG----AT-GT-A--GACTTACA-T-AGTG---ATG-CA-CG----A-TGCAACGTAAA-CTA--CG-ATATTTT--CA--AG-AAA---AG-T---CAAA--A---T---G-CA-T--TTACATGTATAAACTA-CT---T-ACA-TC-CCA-------CTT----------A------CG-A-ACTATG--T----ACGA-TT--TACG-A
gi|8 : -C-TCTGCT-TTCTTAAGTTGCTTTTAA---------C------A------A--TT----T---CATC-----C-GC-AACC--CGCA--TGA-A------AGCG-G---C-CATC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ATGTT-CT-A---CG-TA--A-ATAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GAG----AC-GA-A--G-TTTACGTT-CGCA---ATA-TATCG----A--GCAAAGTAAG--TA--CG-A-G--TT--CG--TG-AAA---CG-C---TAAA--A---T---T-CG-T--CTTCGT------ACTA-AC---T-ACG-TC-CCta
gi|9 : aacc--ATGGGTTTTCC-C-TAG-CTCTA-AAAAA-CCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTT-------CTTT--A---------C------ACA-TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CACC-A---T-CGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-ATGA---CG-T---A-ATAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTATATTCTCAAATATACTC
Alignments
lowQualScore : 11 1 444444 1 1 333333 11 222 2222 333333 111 11 2222 1 33333 11111 1 1 22 1 222 2222222 1 1 2 1 11 33 1 1 1 11 2222222 666666666 4444444444 1 1 222 1 44444444444 111 1 111 555555555555555555555555555 11 1 222222222 1 1 1 11 1 11 77777777777777777777777777777 44444444444444444 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 111 11 1111 2222222 2222222222222 44444444444 2222222 111 1111 111 111 22222222 1 3333333333 7777777777777777777777777 1 11111111 111 33333333333333333 11111111 11 222222 33333333333333333333333333333333333 1111 111111111111111 111111 2222 11111111111 111111 11 111111 1 11111111 555555555555555555555555 11111111111 11
lowQualScore : 7 44 3 333333 3 7 6 2 888888 88 333 5555 333333 7 6 7 000 0 11 2222 3 22222 55555 2 3 3 11 3 555 5555555 5 3 3 6 0 3 88 00 3 7 6 3 3 44 1111111 88 1 1 6 444444444 6 1111111111 7 3 7 3 222 1 3 00000000000 999 7 3 1 7 777 777777777777777777777777777 88 2 7 6 555555555 1 3 6 0 6 66 0 0 6 3 8 11 0 99999999999999999999999999999 8 66666666666666666 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 444 1 1 8 8 8 8 0 8 1 11 7777 1111111 8 7777777777777 8 88888888888 6 6 1111111 555 99 4444 6 6 6 888 99 77 77 5 000 5 000 5 44444444 99 6 8 5555555555 99 6 3333333333333333333333333 66 3 2 55555555 6 111 3 6 55555555555555555 33333333 6 6 6 99 55 99 5 5 4 000000 88888888888888888888888888888888888 777 3333 4 4 66 66 4 444444444444444 4 55 111111 777 4 4 2222 4 9 777 4 777 4 44 66 777 4 88888888888 4 777 777777 8888 4 44 55 0 8 777 3 88 6666 4444 11 33 33 33 555 2 777 444 2 444 444 444 2 2 33 999999999 000000 8 0 2 00000000 444444444444444444444444 33333333333 00 44 44 888
lowQualScore : . .. . ...... . . . . ...... .. ... .... ...... . . . ... . .. .... . ..... ..... . . . .. . ... ....... . . . . . . .. .. . . . . . .. ....... .. . . . ......... . .......... . . . . ... . . ........... ... . . . . ... ........................... .. . . . ......... . . . . . .. . . . . . .. . ............................. . ................. .. .............................................. ... . . . . . . . . . .. .... ....... . ............. . ........... . . ....... ... .. .... . . . ... .. .. .. . ... . ... . ........ .. . . .......... .. . ......................... .. . . ........ . ... . . ................. ........ . . . .. .. .. . . . ...... ................................... ... .... . . .. .. . ............... . .. ...... ... . . .... . . ... . ... . .. .. ... . ........... . ... ...... .... . .. .. . . ... . .. .... .... .. .. .. .. ... . ... ... . ... ... ... . . .. ......... ...... . . . ........ ........................ ........... .. .. .. ...
lowQualScore : 3 00 3 333333 3 3 7 0 333333 33 333 0000 777777 3 7 3 000 7 00 7777 3 00000 00000 5 3 3 77 3 777 0000000 0 3 3 7 7 3 33 77 3 3 7 3 3 00 3333333 33 0 0 7 000000000 7 0000000000 3 3 3 3 333 0 3 33333333333 777 3 3 0 3 777 000000000000000000000000000 33 0 3 7 777777777 0 3 0 0 5 55 8 0 5 2 0 00 8 00000000000000000000000000000 0 88888888888888888 00 6666666666666666666666666666666666666666666666 000 0 0 0 0 0 0 8 0 4 00 0000 4444444 8 2222222222222 0 00000000000 7 7 7777777 888 22 2222 7 7 7 333 22 99 99 7 000 0 000 7 77777777 22 7 0 8888888888 22 7 3333333333333333333333333 88 3 5 22222222 7 777 2 7 00000000000000000 88888888 7 7 7 88 88 22 0 0 4 666666 66666666666666666666666666666666666 888 3333 4 4 11 11 4 999999999999999 0 55 555555 000 0 0 0000 0 1 000 0 000 0 88 33 000 0 22222222222 0 000 222222 5555 0 11 55 8 0 000 6 66 5555 5555 77 77 77 77 111 7 333 777 7 777 777 777 7 7 77 333333333 777777 0 7 7 55555555 777777777777777777777777 99999999999 22 22 66 888
consensus : AGTAAAGAATTTTTAAAGAGGAG-AATTTAAAAAA-AA-T-ATAAATA-ATATATCCTTTTACCAGTCTT------CATTT--GA---TTATAAA-T-GCATTTC-TA--TTTAATATGTGATTCAAATATAAAAGTTATTACGATAGAGTAA-A--TCTAGC-TAAGCT--TAACCATAAAAAAAAAGA-AGCAAACTCANTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTGAA-AGACTCA-CATAG-CTG-TAAT--ATGAATATT--TTG--AA-ACA-TA-AGGTTTT-TT--TTA--AA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AAAGTTAGAGGTATAATTTTCTTT--ACAANACGAAAAAAAAANAAAAANAAAATAAAAACCCAACTTTC----GTC-CTTCTTCGCGTG-C-ATTGGTTTCAA-AATC-ATTAN--TTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TTCGTCGCTA-ATAAATTCACAA-CGCTGTAAANTATAAAACAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAA---AC-CCAAT--ATATC---C-----ACTC--ATGTTTAAAAATATACAGCCAAAAC--ACTTACGCTTGNCA-TGAATTT-AAAAAAAA-TGTA-GATAA-ACATAAA-ATAA--AATAAAGAAAAA--AATCG------AACTGTACCTT-TT-ATAAAA-AATAACA------ACG--A-A-AAAATAA--AAAAGC-------AAA-NAACAATGAAA-CAAA--AA---------------AAAA---ANAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CCAT-A-GTCGTTAAANTGT-AATAATTCT-TT-AATA-TTA-TT---CCCAGTGTCCT-C-AA-------ACAC-C-TAT--C----TA-CT-CCTA-CCAANC-AC--TTC--CA--GA-AA---AAATCGATA---T-AA---CGG--CCCG--GT-CAAGTCG----------GACA--TA-A---A--CT-----------AT----CTTTCTG-TCCA-A-C----GGT-AA---CAACA-TTTTTTT-TNTATAGTC--A-AATGGGTTTTCC-CCT-A-GC-TCTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CGCC-A---TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------A--CTA-AC---T-ACG-TC-CCG-------CTC----------A-A-----CGTA-ACTAC--G--T----AAGA-CT--TACG-AC---GCTTTTGTGAAACG
Reference ( family-5274 ) : AGTAAAGAATTTTTAAAGAGGAG-AATTTAAAAAA-ANATAATAAATA-ATATATCCTTTTACCAGTCTT------CATTT--GA---TTATAAA-T-GCATTTC-TA--TTTAATATGTGATTCAAATATAAAAGTTATTACGATAGAGTAA-A--TCTAGC-TAAGCT--TAACCATAAAAAAAAAAANAGCAAACTCAGTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTGAA-AGACTCA-CATAGCCTG-TAAT--ATGAATATT--TTG--AAGACA-TACAGGTTCT-TT--TTATTAA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AAAGTTAGAGGTATAATTTTCTTT--ACAANACGAAAAAAAAANAAAAANAAAATAAAAACCCAACTTT-----GCCGCTTCTTCGCGTGGC-ATTAGTTTCAA-AATC-ATTAA--TTTNTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TTCGTCGCTA-ATAAATTCACAA-CGCTGTAAANTATAAAACAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAA---ACACCAAT--ATATC---C-----ACTC--ATGTTTAAAAATATACAGCCAAAAC--ACTTACGCTTGNCA-TGAATTTAAAAAAAAA-TGTA-GATAA-ACATAAA-ATAA--AATAAAGAAAAN--AATCG------AACTGTACCTT-TT-ATAAAA-AATAACA------ACG--A-A-AAAATAA--AAAAGC-------AAA-TAACAATGAAA-CAAA--AA---------------AAAA---ANAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CCAT-A-GTCGTTAAANTGT-AATAATTCT-TT-AATA-TTA-TT---CCCAGTGTCCT-C-AA-------ACAC-C-TAT--C----TA-CT-CCTA-CCAANC-AC--TTC--CA--GA-AA---AAATCGATA---T-AA---CGG--CCCG--GT-CAAGTCG----------GACA--TA-A---A--CT-----------AT----CTTTCTG-TCCA-A-C----GGT-AA---CAACA-TTTTTTT-TTTATAGTC--A-AATGGGTTTTCC-CCT-A-GC-TCTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CGCC-A---TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------A--CTA-AC---T-ACG-TC-CCG-------CTC----------A-A-----CGTA-ACTAC--G--T----AAGA-CT--TACG-AC---GCTTTTGTGAAACG
gi|1 : AGTAAAGAATTTTTAAA-AGGAGTAATTTAAAAAA-AC-T-ATTAATA-A-ATAT-CTTTTATCATCTTT------CATTTTGGAATTTTATAAATT-GCATTTCTTA--TTTCATATGTGATTCAAATATAA--------ACGGTAG----A-A--TCTAGCATATGCTTGTAACCAAAAAAAAAAAGAAAGCAAAC
gi|1 : ggggtgtctgtgagtatcgcttgatatgttggaaagttttataagtttcgaaaaaatattgaactttagttttagtCTGAAGAGCTTCA-CATAGCCTG-TAAT--ATGAATATTATTTG--AAGACA-TA-AGGTTTTATT--TTA--AATATATGAATTAGGCAG-CCATTAAAGTTA-AGATATAATTTT---T--ACCAAACGAAAAAAAAAACAATAATAAATAAAAACCCAACCTTCTACAGTC-CTTCTTCGCGTGGCCATTAGTTTCAACAATCCATTAGGGTTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TT-GTCGC---ATAAATTCACAAGCTCTGTAAAGTA----ACAAGTGTGTGCAGCA-GTGGGGCATCAA------CCAAT--ATATTGCGC-----ACTC--ATGTT--AAAATATACAGC---AAC--AACTACGTTTGCCA-TGAATTTAAAAAAAAAATGTAAGATAA-ACATAAA-ACAATCAATAAAGAAGAATAAATCGTTGTGAAACTGTACCTTGTT-ATAAAC-AATAA-ATGTGTTATG--A-A-TAAATAA--AAGAGC-------A---TAACAATGA---CCAA--AA---------------ACAA---GCGCT-ACATA-A-CAAA-AA-T-ACAAAGTAAACATGACCAT-A---TGCTAAA-TAT-AATATATAT-TT-AAT-------T---CCCAGTGTCCTTC-AA-------ACAC-A-TATTTC----TA-CTTCCTA-TCAACA-AC--TTCTCCA--GA-AATCAAAATC-ATA---T-AAGCATGC--CCCG--GT-CA-GTCG----------GACACTTACA---A---------------AT----CTTTCTGGTCCA-A-CACATGGT-AA---CAACA-TTTTTTT-TT-A-AGTC--A-AA-GGGTTTTTT-CCT-A-GC-TCTA-AAAA-GCCGT-GA--CAGG-C-TCTGTT-TTCTA------TTTA--A---------CCACAGAA---TATC--AT----T---CCTCTCAGTC-AG-AACA--CATG--TAA-A------CACCAA---TC-TC-CTT--AACTAGCCAAAATA-A-CTAG--ACGGA-CT-A---CG-T---AGA-TAT-TTATACCGTTCAC-----C-----TC-CATGTAGTTATCTGTGCGGTACAGTAA--GATTTACGT-CGCATATATGTTA-CG----A-TGCAACTTAAA-CTAACCGAACG-TTT--CT--TG-AAA---CGA---CA-AAAAGA---TTAGT-CGAC--TTACGT------T--CTA-AC---TAACG-TCACCATCTTTATCTC----------AGA-----CCCT-ACTA-----------AAGA-GT--TACG-ACCGGGCTTTTGTGAaaatttactatttacttgccagttggattgtgggaaaagcgggggaggtgttagtttgttttgtgttttatgtttgtcttgtattacattttgttttttttgttagtatccctgaagagcttcacatagcctgtaatatgaatattatttgaagacataaggttttattttaaatatatgaattaggcagccattaaagttaagatataatttttaccaaacgaaaaaaaaaacaataataaataaaaacccaaccttctacagtccttcttcgcgtggccattagtttcaacaatccattagggtttttttttttttaaagttcttacattgtcgcataaattcacaagctctgtaaagtaacaagtgtgtgcagcagtggggcatcaaccaatatattgcgcactcatgttaaaatatacagcaacaactacgtttgccatgaatttaaaaaaaaaatgtaagataaacataaaacaatcaataaagaagaataaatcgttgtgaaactgtaccttgttataaacaataaatgtgttatgaataaataaaagagcataacaatgaccaaaaacaagcgctacataacaaaaatacaaagtaaacatgaccatatgctaaatataatatatatttaattcccagtgtccttcaaacacatatttctacttcctatcaacaacttctccagaaatcaaaatcatataagcatgccccggtcagtcggacacttacaaatctttctggtccaacacatggtaacaacatttttttttaagtcaaagggttttttcctagctctaaaaagccgtgacaggctctgttttctatttaaccacagaatatcattcctctcagtcagaacacatgtaaacaccaatctccttaactagccaaaataactagacggactacgtagatatttataccgttcacctccatgtagttatctgtgcggtacagtaagatttacgtcgcatatatgttacgatgcaacttaaactaaccgaacgtttcttgaaacgacaaaaagattagtcgacttacgttctaactaacgtcaccatctttatctcagaccctactaaagagttacgaccgggcttttgtgatag
gi|10 : ggggtgtctgtgagtatcgcttgatatgttggaaagttttataagtttcgaaaaaatattgaactttagttttagtagtaaagaatttttaaaaggagtaatttaaaaaaactattaataaatatcttttatcatctttcattttggaattttataaattgcatttcttatttcatatgtgattcaaatataaacggtagaatctagcatatgcttgtaaccaaaaaaaaaaagaaagcaaacaaatttactatttacttgccagttggattgtgggaaaagcgggggaggtgttagtttgttttgtgttttatgtttgtcttgtattacattttgttttttttgttagtatccTG----AC-GC-A--CATTAACAT-AGCA---ATG-TA-GG----G-TGCAACGTAAA-TTA--AG-ACATTTT--CG--TG-GAA---CAC---AA-CA---A---T---C-CA-C--TTACCT------A--ATG-AT---T-AAA-TC-TCA-------CTT------------A-----CGT--ACTAC--GTAT----AAGA-CT--TATG-AC---AGTTTTATGAAACtag
gi|11 : TC-TTT--G------CAA---ATA-CTT---ATGTT-TCTA---CG-T---A-A--AT-TT----CG-TCAC-----C-----GC-CG---AG------GAG----AC-GA-A--G-TTTACGTTCGCA---ATA-TATCG----A--GCAAAGTAAG-T-A--CG-A-GTT----CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-T--CTTCGT------A---TA-A----T-ACG-TC-
gi|12 : TG-TA-CA----A-CGCAACGTCAA-TTA--CA-ACATTTC--CG--AG-AAA---CA----TACAA---A---T---T-CA-T--CTACCT------A--CAA-GCA--TGATG-TC-CCA-------CTT----------A---------TATACTAC--G--TATTAAAGA-TT--TGCA-AT---GCTTTTGTGAAAC
gi|13 : acAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CGC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--Tag
gi|14 : ataaAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CGC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--T
gi|15 : ataaG----A-TAAAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CGC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--
gi|16 : G----A-TAAAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CGC---TT-GA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CT--GC---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--
gi|17 : --CA--GA-AA---AA-TCGATA---T-AAG--CGGT-CCCG--GT-CA-GTCG----------GACA--TA-A---G---------------AT----CTT-CTG-ACCA-AAC----GGT-AA---CAACA-NNCTTTT-
gi|18 : TCCT-C-AA-------ACAC---TAT--C----TA-CT-CCTA-TCA----AC--TTC--CA--G--AA---AAATCGATA---TAAA---CGG--CCC
gi|2 : AGTAAAGAATTTTTAAGGAGGCG-AATTTAAAAAA-AA-----AAATATATATATCCGTTTA-CAGTCTTTCACACCATTT--GA---TTTTAAA-TGGCATCT--TA--TTTAA-ATATGATTCAAATAT-AAAGTTATTACAAATGAGTAATA--TCTAGC-GTAGCT--T-ACCATAAAAATA-----AGCAAATTTACTTTc
gi|2 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaA-AGACTCA-CATAG--TG-TAA---ATGAATATG--TTGTAAATACAATA-AGGTTCT-TTATTTATTAA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AGAATGAGAGGTATAATTTTCTTTTCACAAC-CGAAAAAAAAATAAAAATAAAATAAAAACC--ACTTTG----GTCGCTT-TTCGC-TG---AATGGTT---A-AATC-ATTAA--CTGTTTGTTTTTGTAAGTTACTT-----TTC-TTGCTA-AT-AATTCACAA-TGCTGTAAACTATAAAGCAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAAAATACACCAATGAATATC---CGCTTGACTCCAAT-TTTAAAAATATATAAGCAATACGAACTTAT-CTTTGCA-TGAATTT---AAAAGA-TGTA--ACAAGATAT----ATAA--GATAAAAAAAGA--AATC--------------------T-AGGAAACAATTGCC------ATG--ATATAAATTAA--AAGAGC-------AA----------AAG-CAAATTGA---------------AAAA---AGAAA-AGTCA-A-CAAA-AAATGATCCAG--AGC----CCA---------TAAAGTCTAAATAATTAT-TT-AATATTTA-T-----ACAGTGGTCT-CTAA-------ACACAC-T-T--CATAGTA-CT-CCTA-TTCAAC-ACAATTC--CA--GA-GC---AAATCGG-A---T-AA---CAG--CCGG--GT-C-AGTCGT---------TACA--TA-A---A----------------------TTTTTG-TCAACA-C----GGTCAA---CACCA-TTTTTTTATATATAG----A-A---GGTTTTTC-CCTAA-GC-TTTA-AACAACCTG--GATCCTGGTC-TCTACTATTTTT------CTTTAAA---------C------A---TGTA--------T---CTTC--------A-AACA--TGTAATTAGCA------C-CC-AT--TCGTC-CTCTGG------CAA---A-A-CT----A-GCAGCTGA---C--T---A-A-TA--TTA---CG-TCAC-----T-----TCTCG---AG------GTG----AC-GT-AATGATTTACGT-CGCA---ATG-TA--GTAGAA-TG--ACGTAAA-TT---C--ACGTTTT---G--TGAAAA---CGC---TA-AA---A-------T-CG-C--CTACGT------A--CTA-CT---T-ACG-TC-CAA-------TT-------------A-----CGT--ACTAC-----T-----AGA--T--TA---AC---GCTTTTGTGAAAagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttaagactcacatagtgtaaatgaatatgttgtaaatacaataaggttctttatttattaaatatgaattaggcagccatagaatgagaggtataattttcttttcacaaccgaaaaaaaaataaaaataaaataaaaaccactttggtcgcttttcgctgaatggttaaatcattaactgtttgtttttgtaagttacttttcttgctaataattcacaatgctgtaaactataaagcaagtgtgtgcagagtggacaatcaaaatacaccaatgaatatccgcttgactccaattttaaaaatatataagcaatacgaacttatctttgcatgaatttaaaagatgtaacaagatatataagataaaaaaagaaatctaggaaacaattgccatgatataaattaaaagagcaaaagcaaattgaaaaaagaaaagtcaacaaaaaatgatccagagcccataaagtctaaataattatttaatatttatacagtggtctctaaacacacttcatagtactcctattcaacacaattccagagcaaatcggataacagccgggtcagtcgttacataaatttttgtcaacacggtcaacaccatttttttatatatagaaggtttttccctaagctttaaacaacctggatcctggtctctactatttttctttaaacatgtatcttcaaacatgtaattagcacccattcgtcctctggcaaaactagcagctgactaatattacgtcacttctcgaggtgacgtaatgatttacgtcgcaatgtagtagaatgacgtaaattcacgttttgtgaaaacgctaaaatcgcctacgtactacttacgtccaattacgtactactagattaacgcttttgtgaaagtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|3 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaagtaaagaatttttaaggaggcgaatttaaaaaaaaaaatatatatatccgtttacagtctttcacaccatttgattttaaatggcatcttatttaaatatgattcaaatataaagttattacaaatgagtaatatctagcgtagcttaccataaaaataagcaaatttactttagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttAGTAA-GAATTATCAAAG-GGAG-AATTAAAAAAATAAATAATAAATA-ATATATCGTTTTACTAGTCTT------CATTT--GA---TTATAA--T-GCAATTCATAAGTTTAATATGT---TCAAATATAAAAATTATTACAATAGAATAA-AAATCTAAC-TAAGC----AGCCATAAAAAAAAAAATAACAAACTCAGTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTAAA-AGACTCAACATA--CTGGTAATCAATGAATATT--T-G--AA-ACA-TACAG---TT-TT--TTA--AA-AT-TGAATTAG-CATTCCAT-AAAGTT-GAAGTATAATTT-CTTT--ACAATACGGGGGAAAAAGAGAAAGAAAATAAAAACCCATTTTTT----GCC--TTCTTCGCG---C-AT--GTTTCAA-A-TC-ATTAC--TTTATTTTTTTTTAAAGTT-CTTATCAGTTTAT-GCTATATATATTCACAA-CGCTGTAAATTATAAAACAAGTGTGAGCAG-ATGTGGACAATCAA---AC-TCAAT---CAAC---C-----ACTC--ATATTTAAAAATAGACAGCCAAAGC--ACT---ACTTGACAATAATTTTTAAAAAAAA-T-TA-GAGAA-A-ATAAA-ATAA--AATAAAGAAAAT--AATCG------AACTGTACCTT-TTTATAAAA-AATAA-A------ATG--A-T-AAAATAA--GAAAGC-------AAACTAACAATGAAAATAAA--AA---------------AAAA---AAAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CATT-A-GTAGTAAAAATAT-AATAATTCAATT-AATA-TCAATT---TCCAGTGTCCT-C-AA-------ACAC-C-TAT--C----TA-CT-CCAA-CTAAAC-AC--TTC--CA--GATAA---AAATCATTA---T-AA---CA---CCCG--GTACAAGTCG----------GACA--TA-A---G--CT-----------AT----CTTTCTG-TC---A-C----AGT-AA---CA-CA-TTTTTTT-TA-ATAG-C--A-AATGGGTATTCCACCT-A-GCCTTTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CTAAAAT---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CACC-A---TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---CGC---AA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------T--CTA-AC---T-ACG-TC-CCA-------CTT------------A-----CGT--ACTAC--G--T----AAGA-GT--TGCG-AC---GCTTTTGTGAAACGgtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|4 : AAAAA-TAGA-AATAA-ACACAAATATAA--AACCAAGAAAA--------------AACCATACC------ACAAAA-AAAAACA------ACACCA-A-AAAACAG--AAAA---------AAA-AAATTAT-AAA-CAAG--CA---------------CAAACGTACATATATCTATA-CAAA-AAAT-CATAGT--AGC----CCATTATGTCGTTAAATTGC---TTGTCCC-TTGAATA-CTA-TCTGGCCCAGTGTCCT-C-AATCGACTAGCGC-CGTAG--C----TAGCT-CCTATCCAATCTAC--TTT--CACAGA-AA---ACATCGATAATAT-AAAG-CGGTGCCCGCAGT-CAGATCGCCATTCAGAAAACC--TA-ATTCA--TT-----------ATGGATCTTCATGGTCCA-A-C----TGT-AAAACTAATAGTTTTTTT-TCTATAGTCCGATGATGGGTTT--C-TCG-ATGC-TCTACAAAGAGTCGCTGA--CAGC-C-TC-GTT-TTTTTGTT---CTTT--A---------C------ACAATGTAAGCT----TATTCCTCA--GTC-AG-AACCCCTGTA--TAA-ATACGACCACC-A---ACGTT-GTT--G------CAA---A-AACTTATAACGCA-CTGA---CGCT---A-A-TACATTA---CG-TCAC-----CAAGATCC-CG---AGT-----GTG----AC-GT-A--GAATTACCT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TG-AACGTAA---TA--CG-ACATTTCTACGAATG-AAA---CGCTAATA-AA---A---T---TACG-CCACTACGT------T--ATATAC---T-A--------G-------CTCTAAACTTTAGA-A-----CGT--ACTAA--T--A----AAGA-GTAATAC--AC---TCCTTTTTGAAACG
gi|5 : A-ATAA--A-TAAATAAAAA--GAGC---------CTAAACA------ATAAAA-AATAAAA------A----A-A-AAAATAATAAAAAGCTTAAGCAAAA-AAAAAAAAAAA-CAAC--AACACCCCCCCACCCCCAAAT---GAAAA-ACCCA-AACAAACAAAA-ATTAAG--AGG----CCAT-A-GTCGTTAAATTG---------CT-TT-AAT------TT---CCCAAT-TCCT-C-AA-------TCCA-C-TAT--C----TA-CT-C-TA-CAAACC-AC--TTC--CA--GA-AA---AC-TCGATA---T-AA---CGG--CCCC--GT-CA-GTCG----------GACA--TA-A---AAACTTCCATTATTGGAT----CTTT-TG-TCCAGA-C----G-T-AA---CAATA-TTTTTTT----ATA-CC--A-TATGGGTTTCC------A-GC-TCTA-AAAG-GCCG--GA--CAGG-CCTCTGTT-TTTTC------TTTT--AA--------C------A---TGTA--TT----T---CCTC---GGCAAA-AACA--TGTA--TAA-A------CCAC-AATTTCGTTGCTT--G------C-A---A-A-CT----ACGCA-CT-A---CG-TAAAA-A-TA--TTA---CG-TCGC-------------------------------------------AATGTACGT--GCA---ACG-TA--A----A-T--------AA-TTA--CG-AC-CTTT--CG--TG-GAAACGCGC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTAC-T------AACCTA-ACTTTT-ACG-TC-CCA-------CTC------------A-----CGTA-ACTAC--G--T----AAGA-----GACG-AT---GCTTTTGTGGAA
gi|6 : AGG-C-TCTTTT-TATTT------ATTT--ATTTATTACAC------A---TGTA--CT----T---TCTC---GTC-AA-AACA--TGTC--TAA-A------CAAC-C---T-GTC-TTT--C------CAA---A-A-CTT---ACACA-CTGAGGACG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCACGCTTGT-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----ATTTCAACGTAAA-TTA--CG-ATGTTTT--CG--TG-AAAC--CGC---TA-AA---AGGTT---C-CG-C--CTACGT------T--CTA-AC---CAACG-TC-T------------------------A-----CTTA-CCTACTAG--TCA--AAGAGTT--TACGAAT---ACTTTTGTGAAACaatgc
gi|7 : CCGTT-ATCTT------CTC---A---------C------A---TTT---CTCAG-T---CCTC---GTC-AACAACT--TAAA--TAA-A------TGCC-A---CTATC-TT---G------CAT---A-T-CT----ACGCA-CTAA---TG-T---A-G--AT-TGC---TG-TCAT-----C-----CA-CA---AG------ATG----AT-GT-A--GACTTACAT-AGTG---ATG-CA-CG----A-TGCAACGTAAA-CTA--CG-ATATTTT--CA--AG-AAA---AGT---CA-AA---A---T---G-CA-T--TTACATGTATAAA--CTA-CT---T-ACA-TC-CCA-------CTT------------A-----CG-A-ACTAT--G--T----ACGA-TT--TACG-A
gi|8 : -C-TCTGCT-TTCTTAAGTTGCTTTTAA---------C------A------A--TT----T---CATC-----C-GC-AACC--CGCA--TGA-A------AGCG-G---CCATC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ATGTT-CT-A---CG-T---A-AATAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GAG----AC-GA-A--G-TTTACGTTCGCA---ATA-TATCG----A--GCAAAGTAAG-T-A--CG-A-GTT----CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-T--CTTCGT------A--CTA-AC---T-ACG-TC-CCta
gi|9 : aaccATGGGTTTTCC-C-T-A-GC-TCTA-AAAAA-CCG--GA--CAGG-C-TCTG-T-TTTTT------CTTTACA---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CACC-A---TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-ATGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTATATTCTCAAATATACTC
Alignments
lowQualScore : 11 1 2222222 1 1 333333 11 222 2222 333333 111 11 2222 1 33333 2222 1 1 222 1 222 222222 1 222 1 3333333 1 1 1 11 2222222 33333 3333333333 1 1 111 1 44444444444 111 1 111 555555555555555555555555555 11 1 222222222 222 11 11 1 11 8888888888888888888888888888 44444444444444444 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 111 11 1111 2222222 2222222222222 44444444444 2222222 111 1111 111 111 22222222 1 3333333333 7777777777777777777777777 1 11111111 111 22222222222222222 11111111 11 222222 33333333333333333333333333333333333 1111 111111111111111 111111 2222 11111111111 111111 11 111111 1 11111111 555555555555555555555555 11111111111 11
lowQualScore : 7 44 3 8888888 3 7 6 2 888888 88 333 5555 333333 7 6 7 000 0 11 2222 3 22222 7 1111 1 3 3 666 3 555 000000 3 333 3 4444444 3 7 6 3 3 44 1111111 88 1 1 6 22222 7 8888888888 7 3 7 3 999 3 00000000000 999 7 3 1 7 777 555555555555555555555555555 88 2 7 6 555555555 1 555 33 6 66 0 0 6 3 8 11 0 0000000000000000000000000000 8 66666666666666666 11 4444444444444444444444444444444444444444444444 444 1 1 8 8 8 8 0 8 1 11 7777 1111111 8 7777777777777 8 88888888888 6 6 1111111 555 99 4444 6 6 6 888 99 77 77 5 000 5 000 5 44444444 99 6 8 5555555555 99 6 3333333333333333333333333 66 3 2 55555555 6 111 3 6 77777777777777777 33333333 6 6 6 99 55 99 5 5 4 000000 88888888888888888888888888888888888 777 3333 4 4 66 66 4 444444444444444 4 55 111111 777 4 4 2222 4 9 777 4 777 4 44 66 777 4 88888888888 4 777 777777 8888 4 44 55 0 8 777 3 88 6666 4444 11 33 33 33 555 2 777 444 2 444 444 444 2 2 33 999999999 000000 8 0 2 00000000 444444444444444444444444 33333333333 00 44 44 888
lowQualScore : . .. . ....... . . . . ...... .. ... .... ...... . . . ... . .. .... . ..... . .... . . . ... . ... ...... . ... . ....... . . . . . .. ....... .. . . . ..... . .......... . . . . ... . ........... ... . . . . ... ........................... .. . . . ......... . ... .. . .. . . . . . .. . ............................ . ................. .. .............................................. ... . . . . . . . . . .. .... ....... . ............. . ........... . . ....... ... .. .... . . . ... .. .. .. . ... . ... . ........ .. . . .......... .. . ......................... .. . . ........ . ... . . ................. ........ . . . .. .. .. . . . ...... ................................... ... .... . . .. .. . ............... . .. ...... ... . . .... . . ... . ... . .. .. ... . ........... . ... ...... .... . .. .. . . ... . .. .... .... .. .. .. .. ... . ... ... . ... ... ... . . .. ......... ...... . . . ........ ........................ ........... .. .. .. ...
lowQualScore : 3 00 3 0000000 3 3 7 0 333333 33 333 0000 777777 3 7 3 000 7 00 7777 3 00000 3 3333 0 3 3 777 3 777 000000 3 333 3 0000000 3 3 7 3 3 00 3333333 33 0 0 7 00000 3 3333333333 3 3 3 3 333 3 33333333333 777 3 3 0 3 777 000000000000000000000000000 33 0 3 7 777777777 0 777 88 5 55 8 0 5 2 0 00 8 0000000000000000000000000000 0 88888888888888888 00 2222222222222222222222222222222222222222222222 000 0 0 0 0 0 0 8 0 4 00 0000 4444444 8 2222222222222 0 00000000000 7 7 7777777 888 22 2222 7 7 7 333 22 99 99 7 000 0 000 7 77777777 22 7 0 8888888888 22 7 3333333333333333333333333 88 3 5 22222222 7 777 2 7 66666666666666666 88888888 7 7 7 88 88 22 0 0 4 666666 66666666666666666666666666666666666 888 3333 4 4 11 11 4 999999999999999 0 55 555555 000 0 0 0000 0 1 000 0 000 0 88 33 000 0 22222222222 0 000 222222 5555 0 11 55 8 0 000 6 66 5555 5555 77 77 77 77 111 7 333 777 7 777 777 777 7 7 77 333333333 777777 0 7 7 55555555 777777777777777777777777 99999999999 22 22 66 888
consensus : AGTAAAGAATTTTTAAAGAGGAG-AATTTAAAAAA--AATA-TAAATA-ATATATCCTTTTACCAGTCTT------CATTT--GA---TTATAAA-T-GCATTTC-TA--TTTAATATGTGATTCAAATATAAAAGTTATTACGATAGAGTAA-A--TCTAGC-TAAGCT--TAACCATAAAAAAAAAN-A-AGCAAACTCANTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTGAA-AGACTCA-CATAGC-TG-TAAT--ATGAATATT--TTG-AA-ACA---TAAGGTTTT-TT--TTA--AA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AAAGTTAGAGGTATAATTTTCTTT--ACAANACGAAAAAAAAANAAAAANAAAATAAAAACCCAACTTTC----GTCCTTCTTCGCGTG--CATTGGTTTCAA-AATC-ATTAN--TTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TTCGTCGCTA-ATAAATTCACAA-CGCTGTAAANTATAAAACAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAA---AC-CCAAT--ATATC---C-----ACTC--ATGTTTAAAAATATACAGCCAAAAC--ACTTACGCTTGNCATGAATTT--AAAAAAAA--TGTA-GATAA-ACATAAA-ATAA--AATAAAGAAAAA--AATCG------AACTGTACCTT-TT-ATAAAA-AATAACA------ACG--A-A-AAAATAA--AAAAGC-------AAAN-AACAATGAAA-CAAA--AA---------------AAAA---ANAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CCAT-A-GTCGTTAAANTGT-AATAATTCT-TT-AATA-TTA-TT---CCCAGTGTCCT-C-AA-------ACAC-C-TAT--C----TA-CT-CCTA-CCAANC-AC--TTC--CA--GA-AA---AAATCGATA---T-AA---CGG--CCCG--GT-CAAGTCG----------GACA--TA-A---A--CT-----------AT----CTTTCTG-TCCA-A-C----GGT-AA---CAACA-TTTTTTT-TATATAGTC--A-AATGGGTTTTCC-CCT-A-GC-TCTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CGCC-A---TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------A--CTA-AC---T-ACG-TC-CCG-------CTC----------A-A-----CGTA-ACTAC--G--T----AAGA-CT--TACG-AC---GCTTTTGTGAAACG
Reference ( family-5274 ) : AGTAAAGAATTTTTAAAGAGGAG-AATTTAAAAAA--AATA-TAAATA-ATATATCCTTTTACCAGTCTT------CATTT--GA---TTATAAA-T-GCATTTC-TA--TTTAATATGTGATTCAAATATAAAAGTTATTACGATAGAGTAA-A--TCTAGC-TAAGCT--TAACCATAAAAAAAAAG-A-AGCAAACTCANTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTGAA-AGACTCA-CATAGC-TG-TAAT--ATGAATATT--TTG-AA-ACA---TAAGGTTTT-TT--TTA--AA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AAAGTTAGAGGTATAATTTTCTTT--ACAANACGAAAAAAAAANAAAAANAAAATAAAAACCCAACTTTC----GTCCTTCTTCGCGTG--CATTGGTTTCAA-AATC-ATTAN--TTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TTCGTCGCTA-ATAAATTCACAA-CGCTGTAAANTATAAAACAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAA---AC-CCAAT--ATATC---C-----ACTC--ATGTTTAAAAATATACAGCCAAAAC--ACTTACGCTTGNCATGAATTT--AAAAAAAA--TGTA-GATAA-ACATAAA-ATAA--AATAAAGAAAAA--AATCG------AACTGTACCTT-TT-ATAAAA-AATAACA------ACG--A-A-AAAATAA--AAAAGC-------AAAN-AACAATGAAA-CAAA--AA---------------AAAA---ANAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CCAT-A-GTCGTTAAANTGT-AATAATTCT-TT-AATA-TTA-TT---CCCAGTGTCCT-C-AA-------ACAC-C-TAT--C----TA-CT-CCTA-CCAANC-AC--TTC--CA--GA-AA---AAATCGATA---T-AA---CGG--CCCG--GT-CAAGTCG----------GACA--TA-A---A--CT-----------AT----CTTTCTG-TCCA-A-C----GGT-AA---CAACA-TTTTTTT-TNTATAGTC--A-AATGGGTTTTCC-CCT-A-GC-TCTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CGCC-A---TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------A--CTA-AC---T-ACG-TC-CCG-------CTC----------A-A-----CGTA-ACTAC--G--T----AAGA-CT--TACG-AC---GCTTTTGTGAAACG
gi|1 : AGTAAAGAATTTTTAAA-AGGAGTAATTTAAAAAA--ACTA-TTAATA-A-ATAT-CTTTTATCATCTTT------CATTTTGGAATTTTATAAATT-GCATTTCTTA--TTTCATATGTGATTCAAATATAA--------ACGGTAG----A-A--TCTAGCATATGCTTGTAACCAAAAAAAAAAAGAA-AGCAAAC
gi|1 : ggggtgtctgtgagtatcgcttgatatgttggaaagttttataagtttcgaaaaaatattgaactttagttttagtCTGAAGAGCTTCA-CATAGCCTG-TAAT--ATGAATATTATTTG-AAGACA---TAAGGTTTTATT--TTA--AATATATGAATTAGGCAG-CCATTAAAGTTA-AGATATAATTTT---T--ACCAAACGAAAAAAAAAACAATAATAAATAAAAACCCAACCTTCTACAGTCCTTCTTCGCGTGGCCATTAGTTTCAACAATCCATTAGGGTTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TT-GTCGC---ATAAATTCACAAGCTCTGTAAAGTA----ACAAGTGTGTGCAGCA-GTGGGGCATCAA------CCAAT--ATATTGCGC-----ACTC--ATGTT--AAAATATACAGC---AAC--AACTACGTTTGCCATGAATTT--AAAAAAAAAATGTAAGATAA-ACATAAA-ACAATCAATAAAGAAGAATAAATCGTTGTGAAACTGTACCTTGTT-ATAAAC-AATAA-ATGTGTTATG--A-A-TAAATAA--AAGAGC-------A--T-AACAATGA---CCAA--AA---------------ACAA---GCGCT-ACATA-A-CAAA-AA-T-ACAAAGTAAACATGACCAT-A---TGCTAAA-TAT-AATATATAT-TT-AAT-------T---CCCAGTGTCCTTC-AA-------ACAC-A-TATTTC----TA-CTTCCTA-TCAACA-AC--TTCTCCA--GA-AATCAAAATC-ATA---T-AAGCATGC--CCCG--GT-CA-GTCG----------GACACTTACA---A---------------AT----CTTTCTGGTCCA-A-CACATGGT-AA---CAACA-TTTTTTT-T-TA-AGTC--A-AA-GGGTTTTTT-CCT-A-GC-TCTA-AAAA-GCCGT-GA--CAGG-C-TCTGTT-TTCTA------TTTA--A---------CCACAGAA---TATC--AT----T---CCTCTCAGTC-AG-AACA--CATG--TAA-A------CACCAA---TC-TC-CTT--AACTAGCCAAAATA-A-CTAG--ACGGA-CT-A---CG-T---AGA-TAT-TTATACCGTTCAC-----C-----TC-CATGTAGTTATCTGTGCGGTACAGTAA--GATTTACGT-CGCATATATGTTA-CG----A-TGCAACTTAAA-CTAACCGAACG-TTT--CT--TG-AAA---CGA---CA-AAAAGA---TTAGT-CGAC--TTACGT------T--CTA-AC---TAACG-TCACCATCTTTATCTC----------AGA-----CCCT-ACTA-----------AAGA-GT--TACG-ACCGGGCTTTTGTGAaaatttactatttacttgccagttggattgtgggaaaagcgggggaggtgttagtttgttttgtgttttatgtttgtcttgtattacattttgttttttttgttagtatccctgaagagcttcacatagcctgtaatatgaatattatttgaagacataaggttttattttaaatatatgaattaggcagccattaaagttaagatataatttttaccaaacgaaaaaaaaaacaataataaataaaaacccaaccttctacagtccttcttcgcgtggccattagtttcaacaatccattagggtttttttttttttaaagttcttacattgtcgcataaattcacaagctctgtaaagtaacaagtgtgtgcagcagtggggcatcaaccaatatattgcgcactcatgttaaaatatacagcaacaactacgtttgccatgaatttaaaaaaaaaatgtaagataaacataaaacaatcaataaagaagaataaatcgttgtgaaactgtaccttgttataaacaataaatgtgttatgaataaataaaagagcataacaatgaccaaaaacaagcgctacataacaaaaatacaaagtaaacatgaccatatgctaaatataatatatatttaattcccagtgtccttcaaacacatatttctacttcctatcaacaacttctccagaaatcaaaatcatataagcatgccccggtcagtcggacacttacaaatctttctggtccaacacatggtaacaacatttttttttaagtcaaagggttttttcctagctctaaaaagccgtgacaggctctgttttctatttaaccacagaatatcattcctctcagtcagaacacatgtaaacaccaatctccttaactagccaaaataactagacggactacgtagatatttataccgttcacctccatgtagttatctgtgcggtacagtaagatttacgtcgcatatatgttacgatgcaacttaaactaaccgaacgtttcttgaaacgacaaaaagattagtcgacttacgttctaactaacgtcaccatctttatctcagaccctactaaagagttacgaccgggcttttgtgatag
gi|10 : ggggtgtctgtgagtatcgcttgatatgttggaaagttttataagtttcgaaaaaatattgaactttagttttagtagtaaagaatttttaaaaggagtaatttaaaaaaactattaataaatatcttttatcatctttcattttggaattttataaattgcatttcttatttcatatgtgattcaaatataaacggtagaatctagcatatgcttgtaaccaaaaaaaaaaagaaagcaaacaaatttactatttacttgccagttggattgtgggaaaagcgggggaggtgttagtttgttttgtgttttatgtttgtcttgtattacattttgttttttttgttagtatccTG----AC-GC-A--CATTAACAT-AGCA---ATG-TA-GG----G-TGCAACGTAAA-TTA--AG-ACATTTT--CG--TG-GAA---CAC---AA-CA---A---T---C-CA-C--TTACCT------A--ATG-AT---T-AAA-TC-TCA-------CTT------------A-----CGT--ACTAC--GTAT----AAGA-CT--TATG-AC---AGTTTTATGAAACtag
gi|11 : TC-TTT--G------CAA---ATA-CTT---ATGTT-TCTA---CG-T---A-A--AT-TT----CG-TCAC-----C-----GC-CG---AG------GAG----AC-GA-A--G-TTTACGTTCGCA---ATA-TATCG----A--GCAAAGTAAG-T-A--CG-A-GTT----CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-T--CTTCGT------A---TA-A----T-ACG-TC-
gi|12 : TG-TA-CA----A-CGCAACGTCAA-TTA--CA-ACATTTC--CG--AG-AAA---CA----TACAA---A---T---T-CA-T--CTACCT------A--CAA-GCA--TGATG-TC-CCA-------CTT----------A---------TATACTAC--G--TATTAAAGA-TT--TGCA-AT---GCTTTTGTGAAAC
gi|13 : acAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CGC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--Tag
gi|14 : ataaAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CGC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--T
gi|15 : ataaG----A-TAAAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CGC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--
gi|16 : G----A-TAAAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CGC---TT-GA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CT--GC---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--
gi|17 : --CA--GA-AA---AA-TCGATA---T-AAG--CGGT-CCCG--GT-CA-GTCG----------GACA--TA-A---G---------------AT----CTT-CTG-ACCA-AAC----GGT-AA---CAACA-NNCTTTT-
gi|18 : TCCT-C-AA-------ACAC---TAT--C----TA-CT-CCTA-TCA----AC--TTC--CA--G--AA---AAATCGATA---TAAA---CGG--CCC
gi|2 : AGTAAAGAATTTTTAAGGAGGCG-AATTTAAAAAA--AA----AAATATATATATCCGTTTA-CAGTCTTTCACACCATTT--GA---TTTTAAA-TGGCATCT--TA--TTTAA-ATATGATTCAAATAT-AAAGTTATTACAAATGAGTAATA--TCTAGC-GTAGCT--T-ACCAT----AAAAAT-A-AGCAAATTTACTTTc
gi|2 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaA-AGACTCA-CATAG--TG-TAA---ATGAATATG--TTGTAA-ATACAATAAGGTTCT-TTATTTATTAA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AGAATGAGAGGTATAATTTTCTTTTCACAAC-CGAAAAAAAAATAAAAATAAAATAAAAACC--ACTTTG----GTCGCTTTTCGC-TG--AA-TGGTT---A-AATC-ATTAA--CTGTTTGTTTTTGTAAGTTACTT-----TTC-TTGCTA-AT-AATTCACAA-TGCTGTAAACTATAAAGCAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAAAATACACCAATGAATATC---CGCTTGACTCCAAT-TTTAAAAATATATAAGCAATACGAACTTAT-CTTTGCATGAATTT----AAAAGA--TGTA--ACAAGATAT----ATAA--GATAAAAAAAGA--AATC--------------------T-AGGAAACAATTGCC------ATG--ATATAAATTAA--AAGAGC-------AA----------AAG-CAAATTGA---------------AAAA---AGAAA-AGTCA-A-CAAA-AAATGATCCAG--AGC----CCA---------TAAAGTCTAAATAATTAT-TT-AATATTTA-T-----ACAGTGGTCT-CTAA-------ACACAC-T-T--CATAGTA-CT-CCTA-TTCAAC-ACAATTC--CA--GA-GC---AAATCGG-A---T-AA---CAG--CCGG--GT-C-AGTCGT---------TACA--TA-A---A----------------------TTTTTG-TCAACA-C----GGTCAA---CACCA-TTTTTTTATATATAG----A-A---GGTTTTTC-CCTAA-GC-TTTA-AACAACCTG--GATCCTGGTC-TCTACTATTTTT------CTTTAAA---------C------A---TGTA--------T---CTTC--------A-AACA--TGTAATTAGCA------C-CC-AT--TCGTC-CTCTGG------CAA---A-A-CT----A-GCAGCTGA---C--T---A-A-TA--TTA---CG-TCAC-----T-----TCTCG---AG------GTG----AC-GT-AATGATTTACGT-CGCA---ATG-TA--GTAGAA-TG--ACGTAAA-TT---C--ACGTTTT---G--TGAAAA---CGC---TA-AA---A-------T-CG-C--CTACGT------A--CTA-CT---T-ACG-TC-CAA-------TT-------------A-----CGT--ACTAC-----T-----AGA--T--TA---AC---GCTTTTGTGAAAagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttaagactcacatagtgtaaatgaatatgttgtaaatacaataaggttctttatttattaaatatgaattaggcagccatagaatgagaggtataattttcttttcacaaccgaaaaaaaaataaaaataaaataaaaaccactttggtcgcttttcgctgaatggttaaatcattaactgtttgtttttgtaagttacttttcttgctaataattcacaatgctgtaaactataaagcaagtgtgtgcagagtggacaatcaaaatacaccaatgaatatccgcttgactccaattttaaaaatatataagcaatacgaacttatctttgcatgaatttaaaagatgtaacaagatatataagataaaaaaagaaatctaggaaacaattgccatgatataaattaaaagagcaaaagcaaattgaaaaaagaaaagtcaacaaaaaatgatccagagcccataaagtctaaataattatttaatatttatacagtggtctctaaacacacttcatagtactcctattcaacacaattccagagcaaatcggataacagccgggtcagtcgttacataaatttttgtcaacacggtcaacaccatttttttatatatagaaggtttttccctaagctttaaacaacctggatcctggtctctactatttttctttaaacatgtatcttcaaacatgtaattagcacccattcgtcctctggcaaaactagcagctgactaatattacgtcacttctcgaggtgacgtaatgatttacgtcgcaatgtagtagaatgacgtaaattcacgttttgtgaaaacgctaaaatcgcctacgtactacttacgtccaattacgtactactagattaacgcttttgtgaaagtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|3 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaagtaaagaatttttaaggaggcgaatttaaaaaaaaaaatatatatatccgtttacagtctttcacaccatttgattttaaatggcatcttatttaaatatgattcaaatataaagttattacaaatgagtaatatctagcgtagcttaccataaaaataagcaaatttactttagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttAGTAA-GAATTATCAAAG-GGAG-AATTAAAAAAATAAATAATAAATA-ATATATCGTTTTACTAGTCTT------CATTT--GA---TTATAA--T-GCAATTCATAAGTTTAATATGT---TCAAATATAAAAATTATTACAATAGAATAA-AAATCTAAC-TAAGC----AGCCATAAAAAAAAAA-ATAACAAACTCAGTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTAAA-AGACTCAACATA-C-TGGTAATCAATGAATATT--T-G-AA-ACA---TACAGTTTT-TT----A--AA-AT-TGAATTAG-CATTCCAT-AAAGTT-GAAGTATAATTT-CTTT--ACAATACGGGGGAAAAAGAGAAAGAAAATAAAAACCCATTTTTT----G-CCTTCTTCGCG----CAT--GTTTCAA-A-TC-ATTAC--TTTATTTTTTTTTAAAGTT-CTTATCAGTTTAT-GCTATATATATTCACAA-CGCTGTAAATTATAAAACAAGTGTGAGCAG-ATGTGGACAATCAA---AC-TCAAT---CAAC---C-----ACTC--ATATTTAAAAATAGACAGCCAAAGC--ACT---ACTTGACAATAATTTTTAAAAAAAA--T-TA-GAGAA-A-ATAAA-ATAA--AATAAAGAAAAT--AATCG------AACTGTACCTT-TTTATAAAA-AATAA-A------ATG--A-T-AAAATAA--GAAAGC-------AAACTAACAATGAAAATAAA--AA---------------AAAA---AAAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CATT-A-GTAGTAAAAATAT-AATAATTCAATT-AATA-TCAATT---TCCAGTGTCCT-C-AA-------ACAC-C-TAT--C----TA-CT-CCAA-CTAAAC-AC--TTC--CA--GATAA---AAATCATTA---T-AA---CA---CCCG--GTACAAGTCG----------GACA--TA-A---G--CT-----------AT----CTTTCTG-TC---A-C----AGT-AA---CA-CA-TTTTTTT-TA-ATAG-C--A-AATGGGTATTCCACCT-A-GCCTTTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CTAAAAT---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CACC-A---TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---CGC---AA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------T--CTA-AC---T-ACG-TC-CCA-------CTT------------A-----CGT--ACTAC--G--T----AAGA-GT--TGCG-AC---GCTTTTGTGAAACGgtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|4 : AAAAA--TAGA-AATAA-ACACAAATATAA--AACCAAGAAAAA--A------------CCATACC------ACAAAA-AAAAACA------ACACCA-A-AAAACAG--AAAA---------AAAA-AATTAT-AAA-CAAG--CA---------------CAAACGTACATATATCTATA-CAAA-AAAT-CATAGT--AGC----CCATTATGTCGTTAAATTGC---TTGTCCC-TTGAATA-CTA-TCTGGCCCAGTGTCCT-C-AATCGACTAGCGC-CGTAG--C----TAGCT-CCTATCCAATCTAC--TTT--CACAGA-AA---ACATCGATAATAT-AAAG-CGGTGCCCGCAGT-CAGATCGCCATTCAGAAAACC--TA-ATTCA--TT-----------ATGGATCTTCATGGTCCA-A-C----TGT-AAAACTAATAGTTTTTTT-TCTATAGTCCGATGATGGGTTT--C-TCG-ATGC-TCTACAAAGAGTCGCTGA--CAGC-C-TC-GTT-TTTTTGTT---CTTT--A---------C------ACAATGTAAGCT----TATTCCTCA--GTC-AG-AACCCCTGTA--TAA-ATACGACCACC-A---ACGTT-GTT--G------CAA---A-AACTTATAACGCA-CTGA---CGCT---A-A-TACATTA---CG-TCAC-----CAAGATCC-CG---AGT-----GTG----AC-GT-A--GAATTACCT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TG-AACGTAA---TA--CG-ACATTTCTACGAATG-AAA---CGCTAATA-AA---A---T---TACG-CCACTACGT------T--ATATAC---T-A--------G-------CTCTAAACTTTAGA-A-----CGT--ACTAA--T--A----AAGA-GTAATAC--AC---TCCTTTTTGAAACG
gi|5 : A-ATAA--A-TAAATAAAAA--GAGC---------CTAAACA------ATAAAA-AATAAAA------A----A-A-AAAATAATAAAAAGCTTAAGCAAAAA-AAAAAAAAAA-CAAC--AACACCCCCCCACCCCCAAAT---GAAAA-ACCCA-AACAAACAAAA-ATTAAG--AGG----CCAT-A-GTCGTTAAATTG---------CT-TT-AAT------TT---CCCAAT-TCCT-C-AA-------TCCA-C-TAT--C----TA-CT-C-TA-CAAACC-AC--TTC--CA--GA-AA---AC-TCGATA---T-AA---CGG--CCCC--GT-CA-GTCG----------GACA--TA-A---AAACTTCCATTATTGGAT----CTTT-TG-TCCAGA-C----G-T-AA---CAATA-TTTTTTT----ATA-CC--A-TATGGGTTTCC------A-GC-TCTA-AAAG-GCCG--GA--CAGG-CCTCTGTT-TTTTC------TTTT--AA--------C------A---TGTA--TT----T---CCTC---GGCAAA-AACA--TGTA--TAA-A------CCAC-AATTTCGTTGCTT--G------C-A---A-A-CT----ACGCA-CT-A---CG-TAAAA-A-TA--TTA---CG-TCGC-------------------------------------------AATGTACGT--GCA---ACG-TA--A----A-T--------AA-TTA--CG-AC-CTTT--CG--TG-GAAACGCGC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTAC-T------AACCTA-ACTTTT-ACG-TC-CCA-------CTC------------A-----CGTA-ACTAC--G--T----AAGA-----GACG-AT---GCTTTTGTGGAA
gi|6 : AGG-C-TCTTTT-TATTT------ATTT--ATTTATTACAC------A---TGTA--CT----T---TCTC---GTC-AA-AACA--TGTC--TAA-A------CAAC-C---T-GTC-TTT--C------CAA---A-A-CTT---ACACA-CTGAGGACG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCACGCTTGT-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----ATTTCAACGTAAA-TTA--CG-ATGTTTT--CG--TG-AAAC--CGC---TA-AA---AGGTT---C-CG-C--CTACGT------T--CTA-AC---CAACG-TC-T------------------------A-----CTTA-CCTACTAG--TCA--AAGAGTT--TACGAAT---ACTTTTGTGAAACaatgc
gi|7 : CCGTT-ATCTT------CTC---A---------C------A---TTT---CTCAG-T---CCTC---GTC-AACAACT--TAAA--TAA-A------TGCC-A---CTATC-TT---G------CAT---A-T-CT----ACGCA-CTAA---TG-T---A-G--AT-TGC---TG-TCAT-----C-----CA-CA---AG------ATG----AT-GT-A--GACTTACAT-AGTG---ATG-CA-CG----A-TGCAACGTAAA-CTA--CG-ATATTTT--CA--AG-AAA---AGT---CA-AA---A---T---G-CA-T--TTACATGTATAAA--CTA-CT---T-ACA-TC-CCA-------CTT------------A-----CG-A-ACTAT--G--T----ACGA-TT--TACG-A
gi|8 : -C-TCTGCT-TTCTTAAGTTGCTTTTAA---------C------A------A--TT----T---CATC-----C-GC-AACC--CGCA--TGA-A------AGCG-G---CCATC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ATGTT-CT-A---CG-T---A-AATAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GAG----AC-GA-A--G-TTTACGTTCGCA---ATA-TATCG----A--GCAAAGTAAG-T-A--CG-A-GTT----CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-T--CTTCGT------A--CTA-AC---T-ACG-TC-CCta
gi|9 : aaccATGGGTTTTCC-C-T-A-GC-TCTA-AAAAA-CCG--GA--CAGG-C-TCTG-T-TTTTT------CTTTACA---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CACC-A---TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-ATGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTATATTCTCAAATATACTC
Alignments
lowQualScore : 11 1 2222222 1 1 333333 11 222 2222 333333 111 11 2222 1 33333 1111 1 1 222 1 222 222222 1 222 1 3333333 1 1 1 11 2222222 33333 3333333333 1 1 111 1 44444444444 111 1 111 555555555555555555555555555 11 1 222222222 11 1111 11 1 11 8888888888888888888888888888 4444444444444 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 111 11 1111 2222 2222222222222 44444444444 2222222 111 1111 111 111 22222222 2 333333333333 7777777777777777777777777 1 11111111 111 22222222222222 1 11 222222 33333333333333333333333333333333333 1111 11111111 111111 2222 11111111111 111111 11 111 111111 1 11111111 555555555555555555555555 11111111111 11
lowQualScore : 7 44 3 8888888 3 7 6 2 888888 88 333 5555 333333 7 6 7 000 0 11 2222 3 22222 7 8888 1 3 3 666 3 555 000000 3 333 3 4444444 3 7 6 3 3 44 1111111 88 1 1 6 22222 7 8888888888 7 3 7 3 999 3 00000000000 999 7 3 1 7 777 555555555555555555555555555 88 2 7 6 555555555 1 88 4444 6 66 0 0 6 3 8 11 0 0000000000000000000000000000 8 3333333333333 1 8 8 11 4444444444444444444444444444444444444444444444 444 1 1 8 8 8 8 0 8 1 11 7777 8 1111 1 8 7777777777777 8 88888888888 6 6 1111111 555 99 4444 6 6 6 888 99 77 77 5 000 5 000 5 44444444 99 6 6 222222222222 99 6 3333333333333333333333333 66 3 2 55555555 6 111 3 6 99999999999999 7 8888 2 3 6 6 99 55 99 5 5 4 000000 88888888888888888888888888888888888 777 3333 4 4 66 66 4 44444444 4 99999 4 55 111111 777 4 4 2222 4 9 777 4 777 4 44 4 777 4 88888888888 4 777 777777 8888 4 44 55 0 8 777 3 88 6666 4444 11 33 33 33 555 000 444 2 444 444 55555 2 33 999999999 000000 8 0 2 00000000 444444444444444444444444 33333333333 00 44 44 888
lowQualScore : . .. . ....... . . . . ...... .. ... .... ...... . . . ... . .. .... . ..... . .... . . . ... . ... ...... . ... . ....... . . . . . .. ....... .. . . . ..... . .......... . . . . ... . ........... ... . . . . ... ........................... .. . . . ......... . .. .... . .. . . . . . .. . ............................ . ............. . . . .. .............................................. ... . . . . . . . . . .. .... . .... . . ............. . ........... . . ....... ... .. .... . . . ... .. .. .. . ... . ... . ........ .. . . ............ .. . ......................... .. . . ........ . ... . . .............. . .... . . . . .. .. .. . . . ...... ................................... ... .... . . .. .. . ........ . ..... . .. ...... ... . . .... . . ... . ... . .. . ... . ........... . ... ...... .... . .. .. . . ... . .. .... .... .. .. .. .. ... ... ... . ... ... ..... . .. ......... ...... . . . ........ ........................ ........... .. .. .. ...
lowQualScore : 3 00 3 0000000 3 3 7 0 333333 33 333 0000 777777 3 7 3 000 7 00 7777 3 00000 3 7777 0 3 3 777 3 777 000000 3 333 3 0000000 3 3 7 3 3 00 3333333 33 0 0 7 00000 3 3333333333 3 3 3 3 333 3 33333333333 777 3 3 0 3 777 000000000000000000000000000 33 0 3 7 777777777 0 33 0000 5 55 8 0 5 2 0 00 8 0000000000000000000000000000 0 6666666666666 4 0 0 00 2222222222222222222222222222222222222222222222 000 0 0 0 0 0 0 8 0 4 00 0000 0 8888 0 8 2222222222222 0 00000000000 7 7 7777777 888 22 2222 7 7 7 333 22 99 99 7 000 0 000 7 77777777 22 7 2 777777777777 22 7 3333333333333333333333333 88 3 5 22222222 7 777 2 7 77777777777777 3 8888 5 3 7 7 88 88 22 0 0 4 666666 66666666666666666666666666666666666 888 3333 4 4 11 11 4 66666666 4 44444 0 55 555555 000 0 0 0000 0 1 000 0 000 0 88 0 000 0 22222222222 0 000 222222 5555 0 11 55 8 0 000 6 66 5555 5555 77 77 77 77 111 000 777 7 777 777 22222 7 77 333333333 777777 0 7 7 55555555 777777777777777777777777 99999999999 22 22 66 888
consensus : AGTAAAGAATTTTTAAAGAGGAG-AATTTAAAAAA--AATA-TAAATA-ATATATCCTTTTACCAGTCTT------CATTT--GA---TTATAAA-T-GCATTTC-TA--TTTAATATGTGATTCAAATATAAAAGTTATTACGATAGAGTAA-A--TCTAGC-TAAGCT--TAACCATAAAAAAAAA-AA-AGCAAACTCANTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTGAA-AGACTCA-CATAGC-TG-TAAT--ATGAATATT--TTG-AA-ACA---TAAGGTTTT-TT--TTA--AA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AAAGTTAGAGGTATAATTTTCTTT--ACAANACGAAAAAAAAANAAAAANAAAATAAAAACCCAACTTTC----GTCCTTCTTCGCGTG--CAT-GGTTTCAA-AATC-ATTAN--TTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TTCGTCGCTA-ATAAATTCACAA-CGCTGTAAANTATAAAACAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAAA---C-CCAAT--ATATC---C-----ACTC--ATGTTTAAAAATATACAGCCAAAAC--ACTTACGCTTGNCATGAATTT--AAAAAAAA--TGTA-GATAA-ACATAAA-ATAA--AATAAAGAAAAA--AATCG------AACTGTACCTT-TT-ATAAAA-AATAACA------ACG--AAA-AAAT-AA--AAAAGC-------AAAN-AACAATGAAA-CAAA--AA---------------AAAA---ANAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CCAT-A-GTCGTTAAANTGTAA-TAATTCT-TT-AATATT-A-TT---CCCAGTGTCCT-C-AA-------ACAC-C-TAT--C----TA-CT-CCTA-CCAANC-AC--TTC--CA--GA-AA---AAATCGATA---T-AA---CGG--CCCG--GT-CA-GTCG----------G-ACA--TA-A---A--CT-----------AT----CTTTCTG-TCCA-A-C----GGT-AA---CAACA-TTTTTTT-TATATAGTC--A-AATGGGTTTTCC-CCTA-GC-TCTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CGCC-A---T-CGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TGAAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------A--CTA-AC---T-ACG-TC-CCG-------CTC----------A-A-----CGTA-ACTAC--G--T----AAGA-CT--TACG-AC---GCTTTTGTGAAACG
Reference ( family-5274 ) : AGTAAAGAATTTTTAAAGAGGAG-AATTTAAAAAA--AATA-TAAATA-ATATATCCTTTTACCAGTCTT------CATTT--GA---TTATAAA-T-GCATTTC-TA--TTTAATATGTGATTCAAATATAAAAGTTATTACGATAGAGTAA-A--TCTAGC-TAAGCT--TAACCATAAAAAAAAA-NA-AGCAAACTCANTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTGAA-AGACTCA-CATAGC-TG-TAAT--ATGAATATT--TTG-AA-ACA---TAAGGTTTT-TT--TTA--AA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AAAGTTAGAGGTATAATTTTCTTT--ACAANACGAAAAAAAAANAAAAANAAAATAAAAACCCAACTTTC----GTCCTTCTTCGCGTG--CATTGGTTTCAA-AATC-ATTAN--TTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TTCGTCGCTA-ATAAATTCACAA-CGCTGTAAANTATAAAACAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAAA---C-CCAAT--ATATC---C-----ACTC--ATGTTTAAAAATATACAGCCAAAAC--ACTTACGCTTGNCATGAATTT--AAAAAAAA--TGTA-GATAA-ACATAAA-ATAA--AATAAAGAAAAA--AATCG------AACTGTACCTT-TT-ATAAAA-AATAACA------ACG--AAA-AAAT-AA--AAAAGC-------AAAN-AACAATGAAA-CAAA--AA---------------AAAA---ANAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CCAT-A-GTCGTTAAANTGTAA-TAATTCT-TT-AATATT-A-TT---CCCAGTGTCCT-C-AA-------ACAC-C-TAT--C----TA-CT-CCTA-CCAANC-AC--TTC--CA--GA-AA---AAATCGATA---T-AA---CGG--CCCG--GT-CAAGTCG----------G-ACA--TA-A---A--CT-----------AT----CTTTCTG-TCCA-A-C----GGT-AA---CAACA-TTTTTTT-TATATAGTC--A-AATGGGTTTTCC-CCTA-GC-TCTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CGCC-A---T-CGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TGAAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------A--CTA-AC---T-ACG-TC-CCG-------CTC----------A-A-----CGTA-ACTAC--G--T----AAGA-CT--TACG-AC---GCTTTTGTGAAACG
gi|1 : AGTAAAGAATTTTTAAA-AGGAGTAATTTAAAAAA--ACTA-TTAATA-A-ATAT-CTTTTATCATCTTT------CATTTTGGAATTTTATAAATT-GCATTTCTTA--TTTCATATGTGATTCAAATATAA--------ACGGTAG----A-A--TCTAGCATATGCTTGTAACCAAAAAAAAAAAGAA-AGCAAAC
gi|1 : ggggtgtctgtgagtatcgcttgatatgttggaaagttttataagtttcgaaaaaatattgaactttagttttagtCTGAAGAGCTTCA-CATAGCCTG-TAAT--ATGAATATTATTTG-AAGACA---TAAGGTTTTATT--TTA--AATATATGAATTAGGCAG-CCATTAAAGTTA-AGATATAATTTT---T--ACCAAACGAAAAAAAAAACAATAATAAATAAAAACCCAACCTTCTACAGTCCTTCTTCGCGTGGCCATTAGTTTCAACAATCCATTAGGGTTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TT-GTCGC---ATAAATTCACAAGCTCTGTAAAGTA----ACAAGTGTGTGCAGCA-GTGGGGCATCAA------CCAAT--ATATTGCGC-----ACTC--ATGTT--AAAATATACAGC---AAC--AACTACGTTTGCCATGAATTT--AAAAAAAAAATGTAAGATAA-ACATAAA-ACAATCAATAAAGAAGAATAAATCGTTGTGAAACTGTACCTTGTT-ATAAAC-AATAA-ATGTGTTATG--AAT-AAAT-AA--AAGAGC-------A--T-AACAATGA---CCAA--AA---------------ACAA---GCGCT-ACATA-A-CAAA-AA-T-ACAAAGTAAACATGACCAT-A---TGCTAAA-TATAA-TATATAT-TT-AAT-------T---CCCAGTGTCCTTC-AA-------ACAC-A-TATTTC----TA-CTTCCTA-TCAACA-AC--TTCTCCA--GA-AATCAAAATC-ATA---T-AAGCATGC--CCCG--GT-CA-GTCG----------G-ACACTTACA---A---------------AT----CTTTCTGGTCCA-A-CACATGGT-AA---CAACA-TTTTTTT-T-TA-AGTC--A-AA-GGGTTTTTT-CCTA-GC-TCTA-AAAA-GCCGT-GA--CAGG-C-TCTGTT-TTCTA------TTTA--A---------CCACAGAA---TATC--AT----T---CCTCTCAGTC-AG-AACA--CATG--TAA-A------CACCAA---T-C-TC-CTT--AACTAGCCAAAATA-A-CTAG--ACGGA-CT-A---CG-T---AGA-TAT-TTATACCGTTCAC-----C-----TC-CATGTAGTTATCTGTGCGGTACAGTAA--GATTTACGT-CGCATATATGTTA-CG----A-TGCAACTTAAA-CTAACCGAACG-TTT--CT--TGAAA---CGA---CA-AAAAGA---TTAGT-CGAC--TTACGT------T--CTA-AC---TAACG-TCACCATCTTTATCTC----------AGA-----CCCT-ACTA-----------AAGA-GT--TACG-ACCGGGCTTTTGTGAaaatttactatttacttgccagttggattgtgggaaaagcgggggaggtgttagtttgttttgtgttttatgtttgtcttgtattacattttgttttttttgttagtatccctgaagagcttcacatagcctgtaatatgaatattatttgaagacataaggttttattttaaatatatgaattaggcagccattaaagttaagatataatttttaccaaacgaaaaaaaaaacaataataaataaaaacccaaccttctacagtccttcttcgcgtggccattagtttcaacaatccattagggtttttttttttttaaagttcttacattgtcgcataaattcacaagctctgtaaagtaacaagtgtgtgcagcagtggggcatcaaccaatatattgcgcactcatgttaaaatatacagcaacaactacgtttgccatgaatttaaaaaaaaaatgtaagataaacataaaacaatcaataaagaagaataaatcgttgtgaaactgtaccttgttataaacaataaatgtgttatgaataaataaaagagcataacaatgaccaaaaacaagcgctacataacaaaaatacaaagtaaacatgaccatatgctaaatataatatatatttaattcccagtgtccttcaaacacatatttctacttcctatcaacaacttctccagaaatcaaaatcatataagcatgccccggtcagtcggacacttacaaatctttctggtccaacacatggtaacaacatttttttttaagtcaaagggttttttcctagctctaaaaagccgtgacaggctctgttttctatttaaccacagaatatcattcctctcagtcagaacacatgtaaacaccaatctccttaactagccaaaataactagacggactacgtagatatttataccgttcacctccatgtagttatctgtgcggtacagtaagatttacgtcgcatatatgttacgatgcaacttaaactaaccgaacgtttcttgaaacgacaaaaagattagtcgacttacgttctaactaacgtcaccatctttatctcagaccctactaaagagttacgaccgggcttttgtgatag
gi|10 : ggggtgtctgtgagtatcgcttgatatgttggaaagttttataagtttcgaaaaaatattgaactttagttttagtagtaaagaatttttaaaaggagtaatttaaaaaaactattaataaatatcttttatcatctttcattttggaattttataaattgcatttcttatttcatatgtgattcaaatataaacggtagaatctagcatatgcttgtaaccaaaaaaaaaaagaaagcaaacaaatttactatttacttgccagttggattgtgggaaaagcgggggaggtgttagtttgttttgtgttttatgtttgtcttgtattacattttgttttttttgttagtatccTG----AC-GC-A--CATTAACAT-AGCA---ATG-TA-GG----G-TGCAACGTAAA-TTA--AG-ACATTTT--CG--TGGAA---CAC---AA-CA---A---T---C-CA-C--TTACCT------A--ATG-AT---T-AAA-TC-TCA-------CTT------------A-----CGT--ACTAC--GTAT----AAGA-CT--TATG-AC---AGTTTTATGAAACtag
gi|11 : TC-TTT--G------CAA---ATA-CTT---ATGTT-TCTA---CG-T---A-A--AT-TT----CG-TCAC-----C-----GC-CG---AG------GAG----AC-GA-A--G-TTTACGTTCGCA---ATA-TATCG----A--GCAAAGTAAG-T-A--CG-A-GTT----CG--TGAAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-T--CTTCGT------A---TA-A----T-ACG-TC-
gi|12 : TG-TA-CA----A-CGCAACGTCAA-TTA--CA-ACATTTC--CG--AGAAA---CA----TACAA---A---T---T-CA-T--CTACCT------A--CAA-GCA--TGATG-TC-CCA-------CTT----------A---------TATACTAC--G--TATTAAAGA-TT--TGCA-AT---GCTTTTGTGAAAC
gi|13 : acAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AGAAA---CGC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--Tag
gi|14 : ataaAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AGAAA---CGC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--T
gi|15 : ataaG----A-TAAAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AGAAA---CGC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--
gi|16 : G----A-TAAAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AGAAA---CGC---TT-GA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CT--GC---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--
gi|17 : --CA--GA-AA---AA-TCGATA---T-AAG--CGGT-CCCG--GT-CA-GTCG----------G-ACA--TA-A---G---------------AT----CTT-CTG-ACCA-AAC----GGT-AA---CAACA-NNCTTTT-
gi|18 : TCCT-C-AA-------ACAC---TAT--C----TA-CT-CCTA-TCA----AC--TTC--CA--G--AA---AAATCGATA---TAAA---CGG--CCC
gi|2 : AGTAAAGAATTTTTAAGGAGGCG-AATTTAAAAAA--AA----AAATATATATATCCGTTTA-CAGTCTTTCACACCATTT--GA---TTTTAAA-TGGCATCT--TA--TTTAA-ATATGATTCAAATAT-AAAGTTATTACAAATGAGTAATA--TCTAGC-GTAGCT--T-ACCAT----AAAAA-TA-AGCAAATTTACTTTc
gi|2 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaA-AGACTCA-CATAG--TG-TAA---ATGAATATG--TTGTAA-ATACAATAAGGTTCT-TTATTTATTAA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AGAATGAGAGGTATAATTTTCTTTTCACAAC-CGAAAAAAAAATAAAAATAAAATAAAAACC--ACTTTG----GTCGCTTTTCGC-TG--AAT-GGTT---A-AATC-ATTAA--CTGTTTGTTTTTGTAAGTTACTT-----TTC-TTGCTA-ATAA-TTCACAA-TGCTGTAAACTATAAAGCAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAAAATACACCAATGAATATC---CGCTTGACTCCAAT-TTTAAAAATATATAAGCAATACGAACTTAT-CTTTGCATGAATTT--AAAAGA----TGTA--ACAAGATATA----TAA--GATAAAAAAAGA--AATC--------------------T-AGGAAACAATTGCC------ATG--ATATAAATTAA--AAGAGC-------AAA----------AG-CAAATTGA---------------AAAA---AGAAA-AGTCA-A-CAAA-AAATGATCCAG--AGC----CCAT-A--------AAGTCTAAATAATTAT-TT-AATATTTA-T-----ACAGTGGTCT-CTAA-------ACACAC-T-T--CATAGTA-CT-CCTA-TTCAAC-ACAATTC--CA--GA-GC---AAATCGG-A---T-AA---CAG--CCGG--GT-CA-GTCG----------TTACA--TA-A---A----------------------TTTTTG-TCAACA-C----GGTCAA---CACCA-TTTTTTTATATATAG------AA--GGTTTTTC-CCTAAGC-TTTA-AACAACCTG--GATCCTGGTC-TCTACTATTTTT------CTTT--AAA-------C------A---TGTA--------T---CTTC--------A-AACA--TGTAATTAGCA------C-CC-A---TTCGTC-CTCTGG------CAA---A-A-CT----A-GCAGCTGA---C--T---A-A-TAT-T-A---CG-TCAC-----T-----TCTCG---AG------GTG----AC-GT-AATGATTTACGT-CGCA---ATG-TA--GTAGAA-TG--ACGTAAA-TT---C--ACGTTTT---G--TGAAAA--CGC---TA-AA---A---T-----CG-C--CTACGT------A--CTA-CT---T-ACG-TC-CAA-------TT-------------A-----CGT--ACTAC-----T-----AGA--T--TA---AC---GCTTTTGTGAAAagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttaagactcacatagtgtaaatgaatatgttgtaaatacaataaggttctttatttattaaatatgaattaggcagccatagaatgagaggtataattttcttttcacaaccgaaaaaaaaataaaaataaaataaaaaccactttggtcgcttttcgctgaatggttaaatcattaactgtttgtttttgtaagttacttttcttgctaataattcacaatgctgtaaactataaagcaagtgtgtgcagagtggacaatcaaaatacaccaatgaatatccgcttgactccaattttaaaaatatataagcaatacgaacttatctttgcatgaatttaaaagatgtaacaagatatataagataaaaaaagaaatctaggaaacaattgccatgatataaattaaaagagcaaaagcaaattgaaaaaagaaaagtcaacaaaaaatgatccagagcccataaagtctaaataattatttaatatttatacagtggtctctaaacacacttcatagtactcctattcaacacaattccagagcaaatcggataacagccgggtcagtcgttacataaatttttgtcaacacggtcaacaccatttttttatatatagaaggtttttccctaagctttaaacaacctggatcctggtctctactatttttctttaaacatgtatcttcaaacatgtaattagcacccattcgtcctctggcaaaactagcagctgactaatattacgtcacttctcgaggtgacgtaatgatttacgtcgcaatgtagtagaatgacgtaaattcacgttttgtgaaaacgctaaaatcgcctacgtactacttacgtccaattacgtactactagattaacgcttttgtgaaagtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|3 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaagtaaagaatttttaaggaggcgaatttaaaaaaaaaaatatatatatccgtttacagtctttcacaccatttgattttaaatggcatcttatttaaatatgattcaaatataaagttattacaaatgagtaatatctagcgtagcttaccataaaaataagcaaatttactttagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttAGTAA-GAATTATCAAAG-GGAG-AATTAAAAAAATAAATAATAAATA-ATATATCGTTTTACTAGTCTT------CATTT--GA---TTATAA--T-GCAATTCATAAGTTTAATATGT---TCAAATATAAAAATTATTACAATAGAATAA-AAATCTAAC-TAAGC----AGCCATAAAAAAAAA-AATAACAAACTCAGTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTAAA-AGACTCAACATA-C-TGGTAATCAATGAATATT--T-G-AA-ACA---TACAGTTTT-TT----A--AA-AT-TGAATTAG-CATTCCAT-AAAGTT-GAAGTATAATTT-CTTT--ACAATACGGGGGAAAAAGAGAAAGAAAATAAAAACCCATTTTTT----G-CCTTCTTCGCG----CAT--GTTTCAA-A-TC-ATTAC--TTTATTTTTTTTTAAAGTT-CTTATCAGTTTAT-GCTATATATATTCACAA-CGCTGTAAATTATAAAACAAGTGTGAGCAG-ATGTGGACAATCAAA---C-TCAAT---CAAC---C-----ACTC--ATATTTAAAAATAGACAGCCAAAGC--ACT---ACTTGACAATAATTTTTAAAAAAAA--T-TA-GAGAA-A-ATAAA-ATAA--AATAAAGAAAAT--AATCG------AACTGTACCTT-TTTATAAAA-AATAA-A------ATG--ATA-AAAT-AA--GAAAGC-------AAACTAACAATGAAAATAAA--AA---------------AAAA---AAAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CATT-A-GTAGTAAAAATATAA-TAATTCAATT-AATATC-AATT---TCCAGTGTCCT-C-AA-------ACAC-C-TAT--C----TA-CT-CCAA-CTAAAC-AC--TTC--CA--GATAA---AAATCATTA---T-AA---CA---CCCG--GTACAAGTCG----------G-ACA--TA-A---G--CT-----------AT----CTTTCTG-TC---A-C----AGT-AA---CA-CA-TTTTTTT-TA-ATAG-C--A-AATGGGTATTCCACCTA-GCCTTTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CTAAAAT---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CACC-A---T-CGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TGAAA---CGC---AA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------T--CTA-AC---T-ACG-TC-CCA-------CTT------------A-----CGT--ACTAC--G--T----AAGA-GT--TGCG-AC---GCTTTTGTGAAACGgtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|4 : AAAAA--TAGA-AATAA-ACACAAATATAA--AACCAAGAAAAA--A------------CCATACC------ACAAAA-AAAAACA------ACACCAAA-AAAC-AG--AAAA---------AAAA-AATTAT-AAA-CAAG--CA---------------CAAACGTACATATATCTATA-CAAA-AAAT-CATAGT--AGC----CCATTATGTCGTTAAATTGC---TTGTCCC-TTGAATACT-A-TCTGGCCCAGTGTCCT-C-AATCGACTAGCGC-CGTAG--C----TAGCT-CCTATCCAATCTAC--TTT--CACAGA-AA---ACATCGATAATAT-AAAG-CGGTGCCCGCAGT-CAGATCGCCATTCAGAAA-ACC--TA-ATTCA--TT-----------ATGGATCTTCATGGTCCA-A-C----TGT-AAAACTAATAGTTTTTTT-TCTATAGTCCGATGATGGGTTT--C-TCGATGC-TCTACAAAGAGTCGCTGA--CAGC-C-TC-GTT-TTTTTGTT---CTTT--A---------C------ACAATGTAAGCT----TATTCCTCA--GTC-AG-AACCCCTGTA--TAA-ATACGACCACC-A---A-CGTT-GTT--G------CAA---A-AACTTATAACGCA-CTGA---CGCT---A-A-TACATTA---CG-TCAC-----CAAGATCC-CG---AGT-----GTG----AC-GT-A--GAATTACCT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TG-AACGTAA---TA--CG-ACATTTCTACGAATGAAA---CGCTAATA-AA---A---T---TACG-CCACTACGT------T--ATATAC---T-A--------G-------CTCTAAACTTTAGA-A-----CGT--ACTAA--T--A----AAGA-GTAATAC--AC---TCCTTTTTGAAACG
gi|5 : A-ATAA--A-TAAATAAAAA--GAGC---------CTAAACA------ATAAAA-AATAAAA------A----AAA-AAAT-AATAAAAAGCTTAAGCAAAAA-AAAAAAAAAA-CAAC--AACACCCCCCCACCCCCAAAT---GAAAA-ACCCA-AACAAACAAAA-ATTAAG--AGG----CCAT-A-GTCGTTAAATTG---------CT-TT-AAT------TT---CCCAAT-TCCT-C-AA-------TCCA-C-TAT--C----TA-CT-C-TA-CAAACC-AC--TTC--CA--GA-AA---AC-TCGATA---T-AA---CGG--CCCC--GT-CA-GTCG----------G-ACA--TA-A---AAACTTCCATTATTGGAT----CTTT-TG-TCCAGA-C----G-T-AA---CAATA-TTTTTTT----ATA-CC--A-TATGGGTTTCC-----A-GC-TCTA-AAAG-GCCG--GA--CAGG-CCTCTGTT-TTTTC------TTTT--AA--------C------A---TGTA--TT----T---CCTC---GGCAAA-AACA--TGTA--TAA-A------CCAC-AATTT-CGTTGCTT--G------C-A---A-A-CT----ACGCA-CT-A---CG-TAAAA-A-TA--TTA---CG-TCGC-------------------------------------------AATGTACGT--GCA---ACG-TA--A----A-T--------AA-TTA--CG-AC-CTTT--CG--TGGAAACGCGC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTAC-T------AACCTA-ACTTTT-ACG-TC-CCA-------CTC------------A-----CGTA-ACTAC--G--T----AAGA-----GACG-AT---GCTTTTGTGGAA
gi|6 : AGG-C-TCTTTT-TATTT------ATTT--ATTTATTACAC------A---TGTA--CT----T---TCTC---GTC-AA-AACA--TGTC--TAA-A------CAAC-C---T--GTC-TTT--C------CAA---A-A-CTT---ACACA-CTGAGGACG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCACGCTTGT-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----ATTTCAACGTAAA-TTA--CG-ATGTTTT--CG--TGAAAC--CGC---TA-AA---AGGTT---C-CG-C--CTACGT------T--CTA-AC---CAACG-TC-T------------------------A-----CTTA-CCTACTAG--TCA--AAGAGTT--TACGAAT---ACTTTTGTGAAACaatgc
gi|7 : CCGTT-ATCTT------CTC---A---------C------A---TTT---CTCAG-T---CCTC---GTC-AACAACT--TAAA--TAA-A------TGCC-A---C-TATC-TT---G------CAT---A-T-CT----ACGCA-CTAA---TG-T---A-G--AT-TGC---TG-TCAT-----C-----CA-CA---AG------ATG----AT-GT-A--GACTTACAT-AGTG---ATG-CA-CG----A-TGCAACGTAAA-CTA--CG-ATATTTT--CA--AGAAA---AGT---CA-AA---A---T---G-CA-T--TTACATGTATAAA--CTA-CT---T-ACA-TC-CCA-------CTT------------A-----CG-A-ACTAT--G--T----ACGA-TT--TACG-A
gi|8 : -C-TCTGCT-TTCTTAAGTTGCTTTTAA---------C------A------A--TT----T---CATC-----C-GC-AACC--CGCA--TGA-A------AGCG-G---C-CATC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ATGTT-CT-A---CG-T---A-AATAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GAG----AC-GA-A--G-TTTACGTTCGCA---ATA-TATCG----A--GCAAAGTAAG-T-A--CG-A-GTT----CG--TGAAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-T--CTTCGT------A--CTA-AC---T-ACG-TC-CCta
gi|9 : aaccATGGGTTTTCC-C-TA-GC-TCTA-AAAAA-CCG--GA--CAGG-C-TCTG-T-TTTTT------CTTTACA---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CACC-A---T-CGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-ATGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTATATTCTCAAATATACTC
Alignments
lowQualScore : 11 1 2222222 1 1 333333 11 222 2222 333333 111 11 2222 1 33333 1111 1 1 222 1 222 222222 1 222 1 3333333 1 1 1 11 2222222 33333 33333 111 1 1 111 1 44444444444 111 1 111 555555555555555555555555555 11 1 222222222 222 11 11 1 11 8888888888888888888888888888 44444444444444444 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 111 11 1111 2222222 2222222222222 44444444444 2222222 111 1111 111 111 22222222 1111 99999999999999999999999999999 1 1111 1111 111 22222222222222222 11111111 11 222222 33333333333333333333333333333333333 1111 111111111111111 111111 2222 11111111111 111111 11 111111 1 11111111 555555555555555555555555 11111111111 11
lowQualScore : 7 44 3 8888888 3 7 6 2 888888 88 333 5555 333333 7 6 7 000 0 11 2222 3 22222 7 7777 1 3 3 666 3 555 000000 3 333 3 4444444 3 7 6 3 3 44 1111111 88 1 1 6 22222 7 00000 555 7 3 7 3 999 3 00000000000 999 7 3 1 7 777 555555555555555555555555555 88 2 7 6 555555555 1 555 33 6 66 0 0 6 3 8 11 0 0000000000000000000000000000 8 66666666666666666 11 4444444444444444444444444444444444444444444444 444 1 1 8 8 8 8 0 8 1 11 7777 1111111 8 7777777777777 8 88888888888 6 6 1111111 555 99 4444 6 6 6 888 99 77 77 5 000 5 000 5 44444444 6 6 6 4444 99999999999999999999999999999 5 3 7777 4444 6 111 3 6 66666666666666666 33333333 6 6 6 99 55 99 5 5 4 000000 88888888888888888888888888888888888 777 3333 4 4 66 66 4 444444444444444 4 55 111111 777 4 4 2222 4 9 777 4 777 4 44 66 777 4 88888888888 4 777 777777 8888 4 44 55 0 8 777 3 88 6666 4444 11 33 33 33 555 2 777 444 2 444 444 444 2 2 33 999999999 000000 8 0 2 00000000 444444444444444444444444 33333333333 00 44 44 888
lowQualScore : . .. . ....... . . . . ...... .. ... .... ...... . . . ... . .. .... . ..... . .... . . . ... . ... ...... . ... . ....... . . . . . .. ....... .. . . . ..... . ..... ... . . . . ... . ........... ... . . . . ... ........................... .. . . . ......... . ... .. . .. . . . . . .. . ............................ . ................. .. .............................................. ... . . . . . . . . . .. .... ....... . ............. . ........... . . ....... ... .. .... . . . ... .. .. .. . ... . ... . ........ . . . .... ............................. . . .... .... . ... . . ................. ........ . . . .. .. .. . . . ...... ................................... ... .... . . .. .. . ............... . .. ...... ... . . .... . . ... . ... . .. .. ... . ........... . ... ...... .... . .. .. . . ... . .. .... .... .. .. .. .. ... . ... ... . ... ... ... . . .. ......... ...... . . . ........ ........................ ........... .. .. .. ...
lowQualScore : 3 00 3 0000000 3 3 7 0 333333 33 333 0000 777777 3 7 3 000 7 00 7777 3 00000 3 3333 0 3 3 777 3 777 000000 3 333 3 0000000 3 3 7 3 3 00 3333333 33 0 0 7 00000 3 77777 333 3 3 3 3 333 3 33333333333 777 3 3 0 3 777 000000000000000000000000000 33 0 3 7 777777777 0 777 88 5 55 8 0 5 2 0 00 8 0000000000000000000000000000 0 88888888888888888 00 2222222222222222222222222222222222222222222222 000 0 0 0 0 0 0 8 0 4 00 0000 4444444 8 2222222222222 0 00000000000 7 7 7777777 888 22 2222 7 7 7 333 22 99 99 7 000 0 000 7 77777777 7 7 7 2222 55555555555555555555555555555 2 3 5555 2222 7 777 2 7 44444444444444444 88888888 7 7 7 88 88 22 0 0 4 666666 66666666666666666666666666666666666 888 3333 4 4 11 11 4 999999999999999 0 55 555555 000 0 0 0000 0 1 000 0 000 0 88 33 000 0 22222222222 0 000 222222 5555 0 11 55 8 0 000 6 66 5555 5555 77 77 77 77 111 7 333 777 7 777 777 777 7 7 77 333333333 777777 0 7 7 55555555 777777777777777777777777 99999999999 22 22 66 888
consensus : AGTAAAGAATTTTTAAAGAGGAG-AATTTAAAAAA--AATA-TAAATA-ATATATCCTTTTACCAGTCTT------CATTT--GA---TTATAAA-T-GCATTTC-TA--TTTAATATGTGATTCAAATATAAAAGTTATTACGATAGAGTAA-A--TCTAGC-TAAGCT--TAACCATAAAAAAAAA-AA-AGCAAACTCANTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTGAA-AGACTCA-CATAGC-TG-TAAT--ATGAATATT--TTG-AA-ACA---TAAGGTTTT-TT--TTA--AA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AAAGTTAGAGGTATAATTTTCTTT--ACAANACGAAAAAAAAANAAAAANAAAATAAAAACCCAACTTTC----GTCCTTCTTCGCGTG--CAT-GGTTTCAA-AATC-ATTAN--TTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TTCGTCGCTA-ATAAATTCACAA-CGCTGTAAANTATAAAACAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAA---AC-CCAAT--ATATC---C-----ACTC--ATGTTTAAAAATATACAGCCAAAAC--ACTTACGCTTGNCATGAATTT--AAAAAAAA--TGTA-GATAA-ACATAAA-ATAA--AATAAAGAAAAA--AATCG------AACTGTACCTT-TT-ATAAAA-AATAACA------ACG--A-A-AAAATAA--AAAAGC-------AAAN-AACAATGAAA-CAAA--AA---------------AAAA---ANAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CCAT-A-GTCGTTAAANTGT-AATAATTCT-TT-AATA-TTA-TT---CCCAGTGTCCT-C-AA-------ACAC-C-TAT--C----TA-CT-CCTA-CCAANC-AC--TTC--CA--GA-AA---AAATCGATA---T-AA---CGG--CCCGGT-CA-GTCG-GA----CA--T-----A-AA--CT-------------ATCTTTCTG-TCC-A-AC----GGT-AA---CAACA-TTTTTTT-TATATAGTC--A-AATGGGTTTTCC-CCT-A-GC-TCTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CGCC-A---TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------A--CTA-AC---T-ACG-TC-CCG-------CTC----------A-A-----CGTA-ACTAC--G--T----AAGA-CT--TACG-AC---GCTTTTGTGAAACG
Reference ( family-5274 ) : AGTAAAGAATTTTTAAAGAGGAG-AATTTAAAAAA--AATA-TAAATA-ATATATCCTTTTACCAGTCTT------CATTT--GA---TTATAAA-T-GCATTTC-TA--TTTAATATGTGATTCAAATATAAAAGTTATTACGATAGAGTAA-A--TCTAGC-TAAGCT--TAACCATAAAAAAAAA-AA-AGCAAACTCANTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTGAA-AGACTCA-CATAGC-TG-TAAT--ATGAATATT--TTG-AA-ACA---TAAGGTTTT-TT--TTA--AA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AAAGTTAGAGGTATAATTTTCTTT--ACAANACGAAAAAAAAANAAAAANAAAATAAAAACCCAACTTTC----GTCCTTCTTCGCGTG--CAT-GGTTTCAA-AATC-ATTAN--TTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TTCGTCGCTA-ATAAATTCACAA-CGCTGTAAANTATAAAACAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAA---AC-CCAAT--ATATC---C-----ACTC--ATGTTTAAAAATATACAGCCAAAAC--ACTTACGCTTGNCATGAATTT--AAAAAAAA--TGTA-GATAA-ACATAAA-ATAA--AATAAAGAAAAA--AATCG------AACTGTACCTT-TT-ATAAAA-AATAACA------ACG--A-A-AAAATAA--AAAAGC-------AAAN-AACAATGAAA-CAAA--AA---------------AAAA---ANAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CCAT-A-GTCGTTAAANTGT-AATAATTCT-TT-AATA-TTA-TT---CCCAGTGTCCT-C-AA-------ACAC-C-TAT--C----TA-CT-CCTA-CCAANC-AC--TTC--CA--GA-AA---AAATCGATA---T-AA---CGG--CCCGGT-CA-GTCG-GA----CA--T-----A-AA--CT-------------ATCTTTCTG-TCC-A-AC----GGT-AA---CAACA-TTTTTTT-TATATAGTC--A-AATGGGTTTTCC-CCT-A-GC-TCTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CGCC-A---TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------A--CTA-AC---T-ACG-TC-CCG-------CTC----------A-A-----CGTA-ACTAC--G--T----AAGA-CT--TACG-AC---GCTTTTGTGAAACG
gi|1 : AGTAAAGAATTTTTAAA-AGGAGTAATTTAAAAAA--ACTA-TTAATA-A-ATAT-CTTTTATCATCTTT------CATTTTGGAATTTTATAAATT-GCATTTCTTA--TTTCATATGTGATTCAAATATAA--------ACGGTAG----A-A--TCTAGCATATGCTTGTAACCAAAAAAAAAAAGAA-AGCAAAC
gi|1 : ggggtgtctgtgagtatcgcttgatatgttggaaagttttataagtttcgaaaaaatattgaactttagttttagtCTGAAGAGCTTCA-CATAGCCTG-TAAT--ATGAATATTATTTG-AAGACA---TAAGGTTTTATT--TTA--AATATATGAATTAGGCAG-CCATTAAAGTTA-AGATATAATTTT---T--ACCAAACGAAAAAAAAAACAATAATAAATAAAAACCCAACCTTCTACAGTCCTTCTTCGCGTGGCCATTAGTTTCAACAATCCATTAGGGTTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TT-GTCGC---ATAAATTCACAAGCTCTGTAAAGTA----ACAAGTGTGTGCAGCA-GTGGGGCATCAA------CCAAT--ATATTGCGC-----ACTC--ATGTT--AAAATATACAGC---AAC--AACTACGTTTGCCATGAATTT--AAAAAAAAAATGTAAGATAA-ACATAAA-ACAATCAATAAAGAAGAATAAATCGTTGTGAAACTGTACCTTGTT-ATAAAC-AATAA-ATGTGTTATG--A-A-TAAATAA--AAGAGC-------A--T-AACAATGA---CCAA--AA---------------ACAA---GCGCT-ACATA-A-CAAA-AA-T-ACAAAGTAAACATGACCAT-A---TGCTAAA-TAT-AATATATAT-TT-AAT-------T---CCCAGTGTCCTTC-AA-------ACAC-A-TATTTC----TA-CTTCCTA-TCAACA-AC--TTCTCCA--GA-AATCAAAATC-ATA---T-AAGCATGC--CCCGGT-CA-GTCG-GA----CACTT-----ACAA-----------------ATCTTTCTGGTCC-A-ACACATGGT-AA---CAACA-TTTTTTT-T-TA-AGTC--A-AA-GGGTTTTTT-CCT-A-GC-TCTA-AAAA-GCCGT-GA--CAGG-C-TCTGTT-TTCTA------TTTA--A---------CCACAGAA---TATC--AT----T---CCTCTCAGTC-AG-AACA--CATG--TAA-A------CACCAA---TC-TC-CTT--AACTAGCCAAAATA-A-CTAG--ACGGA-CT-A---CG-T---AGA-TAT-TTATACCGTTCAC-----C-----TC-CATGTAGTTATCTGTGCGGTACAGTAA--GATTTACGT-CGCATATATGTTA-CG----A-TGCAACTTAAA-CTAACCGAACG-TTT--CT--TG-AAA---CGA---CA-AAAAGA---TTAGT-CGAC--TTACGT------T--CTA-AC---TAACG-TCACCATCTTTATCTC----------AGA-----CCCT-ACTA-----------AAGA-GT--TACG-ACCGGGCTTTTGTGAaaatttactatttacttgccagttggattgtgggaaaagcgggggaggtgttagtttgttttgtgttttatgtttgtcttgtattacattttgttttttttgttagtatccctgaagagcttcacatagcctgtaatatgaatattatttgaagacataaggttttattttaaatatatgaattaggcagccattaaagttaagatataatttttaccaaacgaaaaaaaaaacaataataaataaaaacccaaccttctacagtccttcttcgcgtggccattagtttcaacaatccattagggtttttttttttttaaagttcttacattgtcgcataaattcacaagctctgtaaagtaacaagtgtgtgcagcagtggggcatcaaccaatatattgcgcactcatgttaaaatatacagcaacaactacgtttgccatgaatttaaaaaaaaaatgtaagataaacataaaacaatcaataaagaagaataaatcgttgtgaaactgtaccttgttataaacaataaatgtgttatgaataaataaaagagcataacaatgaccaaaaacaagcgctacataacaaaaatacaaagtaaacatgaccatatgctaaatataatatatatttaattcccagtgtccttcaaacacatatttctacttcctatcaacaacttctccagaaatcaaaatcatataagcatgccccggtcagtcggacacttacaaatctttctggtccaacacatggtaacaacatttttttttaagtcaaagggttttttcctagctctaaaaagccgtgacaggctctgttttctatttaaccacagaatatcattcctctcagtcagaacacatgtaaacaccaatctccttaactagccaaaataactagacggactacgtagatatttataccgttcacctccatgtagttatctgtgcggtacagtaagatttacgtcgcatatatgttacgatgcaacttaaactaaccgaacgtttcttgaaacgacaaaaagattagtcgacttacgttctaactaacgtcaccatctttatctcagaccctactaaagagttacgaccgggcttttgtgatag
gi|10 : ggggtgtctgtgagtatcgcttgatatgttggaaagttttataagtttcgaaaaaatattgaactttagttttagtagtaaagaatttttaaaaggagtaatttaaaaaaactattaataaatatcttttatcatctttcattttggaattttataaattgcatttcttatttcatatgtgattcaaatataaacggtagaatctagcatatgcttgtaaccaaaaaaaaaaagaaagcaaacaaatttactatttacttgccagttggattgtgggaaaagcgggggaggtgttagtttgttttgtgttttatgtttgtcttgtattacattttgttttttttgttagtatccTG----AC-GC-A--CATTAACAT-AGCA---ATG-TA-GG----G-TGCAACGTAAA-TTA--AG-ACATTTT--CG--TG-GAA---CAC---AA-CA---A---T---C-CA-C--TTACCT------A--ATG-AT---T-AAA-TC-TCA-------CTT------------A-----CGT--ACTAC--GTAT----AAGA-CT--TATG-AC---AGTTTTATGAAACtag
gi|11 : TC-TTT--G------CAA---ATA-CTT---ATGTT-TCTA---CG-T---A-A--AT-TT----CG-TCAC-----C-----GC-CG---AG------GAG----AC-GA-A--G-TTTACGTTCGCA---ATA-TATCG----A--GCAAAGTAAG-T-A--CG-A-GTT----CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-T--CTTCGT------A---TA-A----T-ACG-TC-
gi|12 : TG-TA-CA----A-CGCAACGTCAA-TTA--CA-ACATTTC--CG--AG-AAA---CA----TACAA---A---T---T-CA-T--CTACCT------A--CAA-GCA--TGATG-TC-CCA-------CTT----------A---------TATACTAC--G--TATTAAAGA-TT--TGCA-AT---GCTTTTGTGAAAC
gi|13 : acAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CGC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--Tag
gi|14 : ataaAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CGC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--T
gi|15 : ataaG----A-TAAAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CGC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--
gi|16 : G----A-TAAAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CGC---TT-GA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CT--GC---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--
gi|17 : --CA--GA-AA---AA-TCGATA---T-AAG--CGGT-CCCGGT-CA-GTCG-GA----CA--T-----A-AG-----------------ATC-TTCTG-ACCAA-AC----GGT-AA---CAACA-NNCTTTT-
gi|18 : TCCT-C-AA-------ACAC---TAT--C----TA-CT-CCTA-TCA----AC--TTC--CA--G--AA---AAATCGATA---TAAA---CGG--CCC
gi|2 : AGTAAAGAATTTTTAAGGAGGCG-AATTTAAAAAA--AA----AAATATATATATCCGTTTA-CAGTCTTTCACACCATTT--GA---TTTTAAA-TGGCATCT--TA--TTTAA-ATATGATTCAAATAT-AAAGTTATTACAAATGAGTAATA--TCTAGC-GTAGCT--T-ACCAT----AAAAA-TA-AGCAAATTTACTTTc
gi|2 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaA-AGACTCA-CATAG--TG-TAA---ATGAATATG--TTGTAA-ATACAATAAGGTTCT-TTATTTATTAA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AGAATGAGAGGTATAATTTTCTTTTCACAAC-CGAAAAAAAAATAAAAATAAAATAAAAACC--ACTTTG----GTCGCTTTTCGC-TG--AAT-GGTT---A-AATC-ATTAA--CTGTTTGTTTTTGTAAGTTACTT-----TTC-TTGCTA-ATAA-TTCACAA-TGCTGTAAACTATAAAGCAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAAAATACACCAATGAATATC---CGCTTGACTCCAAT-TTTAAAAATATATAAGCAATACGAACTTAT-CTTTGCATGAATTT----AAAAGA--TGTA--ACAAGATAT----ATAA--GATAAAAAAAGA--AATC--------------------T-AGGAAACAATTGCC------ATG--ATATAAATTAA--AAGAGC-------AA----------AAG-CAAATTGA---------------AAAA---AGAAA-AGTCA-A-CAAA-AAATGATCCAG--AGC----CCA---------TAAAGTCTAAATAATTAT-TT-AATATTTA-T-----ACAGTGGTCT-CTAA-------ACACAC-T-T--CATAGTA-CT-CCTA-TTCAAC-ACAATTC--CA--GA-GC---AAATCGG-A---T-AA---CAG--CCGGGT-CA-GTCGTTA----CA--T-----A-AA--------------------TTTTTG-TCA-ACAC----GGTCAA---CACCA-TTTTTTTATATATAG----A-A---GGTTTTTC-CCTAA-GC-TTTA-AACAACCTG--GATCCTGGTC-TCTACTATTTTT------CTTTAAA---------C------A---TGTA--------T---CTTC--------A-AACA--TGTAATTAGCA------C-CC-AT--TCGTC-CTCTGG------CAA---A-A-CT----A-GCAGCTGA---C--T---A-A-TA--TTA---CG-TCAC-----T-----TCTCG---AG------GTG----AC-GT-AATGATTTACGT-CGCA---ATG-TA--GTAGAA-TG--ACGTAAA-TT---C--ACGTTTT---G--TGAAAA---CGC---TA-AA---A-------T-CG-C--CTACGT------A--CTA-CT---T-ACG-TC-CAA-------TT-------------A-----CGT--ACTAC-----T-----AGA--T--TA---AC---GCTTTTGTGAAAagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttaagactcacatagtgtaaatgaatatgttgtaaatacaataaggttctttatttattaaatatgaattaggcagccatagaatgagaggtataattttcttttcacaaccgaaaaaaaaataaaaataaaataaaaaccactttggtcgcttttcgctgaatggttaaatcattaactgtttgtttttgtaagttacttttcttgctaataattcacaatgctgtaaactataaagcaagtgtgtgcagagtggacaatcaaaatacaccaatgaatatccgcttgactccaattttaaaaatatataagcaatacgaacttatctttgcatgaatttaaaagatgtaacaagatatataagataaaaaaagaaatctaggaaacaattgccatgatataaattaaaagagcaaaagcaaattgaaaaaagaaaagtcaacaaaaaatgatccagagcccataaagtctaaataattatttaatatttatacagtggtctctaaacacacttcatagtactcctattcaacacaattccagagcaaatcggataacagccgggtcagtcgttacataaatttttgtcaacacggtcaacaccatttttttatatatagaaggtttttccctaagctttaaacaacctggatcctggtctctactatttttctttaaacatgtatcttcaaacatgtaattagcacccattcgtcctctggcaaaactagcagctgactaatattacgtcacttctcgaggtgacgtaatgatttacgtcgcaatgtagtagaatgacgtaaattcacgttttgtgaaaacgctaaaatcgcctacgtactacttacgtccaattacgtactactagattaacgcttttgtgaaagtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|3 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaagtaaagaatttttaaggaggcgaatttaaaaaaaaaaatatatatatccgtttacagtctttcacaccatttgattttaaatggcatcttatttaaatatgattcaaatataaagttattacaaatgagtaatatctagcgtagcttaccataaaaataagcaaatttactttagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttAGTAA-GAATTATCAAAG-GGAG-AATTAAAAAAATAAATAATAAATA-ATATATCGTTTTACTAGTCTT------CATTT--GA---TTATAA--T-GCAATTCATAAGTTTAATATGT---TCAAATATAAAAATTATTACAATAGAATAA-AAATCTAAC-TAAGC----AGCCATAAAAAAAAA-AATAACAAACTCAGTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTAAA-AGACTCAACATA-C-TGGTAATCAATGAATATT--T-G-AA-ACA---TACAGTTTT-TT----A--AA-AT-TGAATTAG-CATTCCAT-AAAGTT-GAAGTATAATTT-CTTT--ACAATACGGGGGAAAAAGAGAAAGAAAATAAAAACCCATTTTTT----G-CCTTCTTCGCG----CAT-G-TTTCAA-A-TC-ATTAC--TTTATTTTTTTTTAAAGTT-CTTATCAGTTTAT-GCTATATATATTCACAA-CGCTGTAAATTATAAAACAAGTGTGAGCAG-ATGTGGACAATCAA---AC-TCAAT---CAAC---C-----ACTC--ATATTTAAAAATAGACAGCCAAAGC--ACT---ACTTGACAATAATTTTTAAAAAAAA--T-TA-GAGAA-A-ATAAA-ATAA--AATAAAGAAAAT--AATCG------AACTGTACCTT-TTTATAAAA-AATAA-A------ATG--A-T-AAAATAA--GAAAGC-------AAACTAACAATGAAAATAAA--AA---------------AAAA---AAAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CATT-A-GTAGTAAAAATAT-AATAATTCAATT-AATA-TCAATT---TCCAGTGTCCT-C-AA-------ACAC-C-TAT--C----TA-CT-CCAA-CTAAAC-AC--TTC--CA--GATAA---AAATCATTA---T-AA---CA---CCCGGTACAAGTCG-GA----CA--T-----A-AG--CT-------------ATCTTTCTG-TC----AC----AGT-AA---CA-CA-TTTTTTT-TA-ATAG-C--A-AATGGGTATTCCACCT-A-GCCTTTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CTAAAAT---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CACC-A---TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---CGC---AA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------T--CTA-AC---T-ACG-TC-CCA-------CTT------------A-----CGT--ACTAC--G--T----AAGA-GT--TGCG-AC---GCTTTTGTGAAACGgtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|4 : AAAAA--TAGA-AATAA-ACACAAATATAA--AACCAAGAAAAA--A------------CCATACC------ACAAAA-AAAAACA------ACACCA-A-AAAACAG--AAAA---------AAAA-AATTAT-AAA-CAAG--CA---------------CAAACGTACATATATCTATA-CAAA-AAAT-CATAGT--AGC----CCATTATGTCGTTAAATTGC---TTGTCCC-TTGAATA-CTA-TCTGGCCCAGTGTCCT-C-AATCGACTAGCGC-CGTAG--C----TAGCT-CCTATCCAATCTAC--TTT--CACAGA-AA---ACATCGATAATAT-AAAG-CGGTGCCCG---CA-GTCA-GATCGCCA--TTCAGAA-AA--CCTAATTCATTATGGATCTTCATGGTCC-A-AC----TGT-AAAACTAATAGTTTTTTT-TCTATAGTCCGATGATGGGTTT--C-TCG-ATGC-TCTACAAAGAGTCGCTGA--CAGC-C-TC-GTT-TTTTTGTT---CTTT--A---------C------ACAATGTAAGCT----TATTCCTCA--GTC-AG-AACCCCTGTA--TAA-ATACGACCACC-A---ACGTT-GTT--G------CAA---A-AACTTATAACGCA-CTGA---CGCT---A-A-TACATTA---CG-TCAC-----CAAGATCC-CG---AGT-----GTG----AC-GT-A--GAATTACCT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TG-AACGTAA---TA--CG-ACATTTCTACGAATG-AAA---CGCTAATA-AA---A---T---TACG-CCACTACGT------T--ATATAC---T-A--------G-------CTCTAAACTTTAGA-A-----CGT--ACTAA--T--A----AAGA-GTAATAC--AC---TCCTTTTTGAAACG
gi|5 : A-ATAA--A-TAAATAAAAA--GAGC---------CTAAACA------ATAAAA-AATAAAA------A----A-A-AAAATAATAAAAAGCTTAAGCAAAAA-AAAAAAAAAA-CAAC--AACACCCCCCCACCCCCAAAT---GAAAA-ACCCA-AACAAACAAAA-ATTAAG--AGG----CCAT-A-GTCGTTAAATTG---------CT-TT-AAT------TT---CCCAAT-TCCT-C-AA-------TCCA-C-TAT--C----TA-CT-C-TA-CAAACC-AC--TTC--CA--GA-AA---AC-TCGATA---T-AA---CGG--CCCCGT-CA-GTCG-GA----CA--T-----A-AAAACTTCCATTATTGG--ATCTTT-TG-TCC-AGAC----G-T-AA---CAATA-TTTTTTT----ATA-CC--A-TATGGGTTTCC------A-GC-TCTA-AAAG-GCCG--GA--CAGG-CCTCTGTT-TTTTC------TTTT--AA--------C------A---TGTA--TT----T---CCTC---GGCAAA-AACA--TGTA--TAA-A------CCAC-AATTTCGTTGCTT--G------C-A---A-A-CT----ACGCA-CT-A---CG-TAAAA-A-TA--TTA---CG-TCGC-------------------------------------------AATGTACGT--GCA---ACG-TA--A----A-T--------AA-TTA--CG-AC-CTTT--CG--TG-GAAACGCGC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTAC-T------AACCTA-ACTTTT-ACG-TC-CCA-------CTC------------A-----CGTA-ACTAC--G--T----AAGA-----GACG-AT---GCTTTTGTGGAA
gi|6 : AGG-C-TCTTTT-TATTT------ATTT--ATTTATTACAC------A---TGTA--CT----T---TCTC---GTC-AA-AACA--TGTC--TAA-A------CAAC-C---T-GTC-TTT--C------CAA---A-A-CTT---ACACA-CTGAGGACG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCACGCTTGT-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----ATTTCAACGTAAA-TTA--CG-ATGTTTT--CG--TG-AAAC--CGC---TA-AA---AGGTT---C-CG-C--CTACGT------T--CTA-AC---CAACG-TC-T------------------------A-----CTTA-CCTACTAG--TCA--AAGAGTT--TACGAAT---ACTTTTGTGAAACaatgc
gi|7 : CCGTT-ATCTT------CTC---A---------C------A---TTT---CTCAG-T---CCTC---GTC-AACAACT--TAAA--TAA-A------TGCC-A---CTATC-TT---G------CAT---A-T-CT----ACGCA-CTAA---TG-T---A-G--AT-TGC---TG-TCAT-----C-----CA-CA---AG------ATG----AT-GT-A--GACTTACAT-AGTG---ATG-CA-CG----A-TGCAACGTAAA-CTA--CG-ATATTTT--CA--AG-AAA---AGT---CA-AA---A---T---G-CA-T--TTACATGTATAAA--CTA-CT---T-ACA-TC-CCA-------CTT------------A-----CG-A-ACTAT--G--T----ACGA-TT--TACG-A
gi|8 : -C-TCTGCT-TTCTTAAGTTGCTTTTAA---------C------A------A--TT----T---CATC-----C-GC-AACC--CGCA--TGA-A------AGCG-G---CCATC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ATGTT-CT-A---CG-T---A-AATAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GAG----AC-GA-A--G-TTTACGTTCGCA---ATA-TATCG----A--GCAAAGTAAG-T-A--CG-A-GTT----CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-T--CTTCGT------A--CTA-AC---T-ACG-TC-CCta
gi|9 : aaccATGGGTTTTCC-C-T-A-GC-TCTA-AAAAA-CCG--GA--CAGG-C-TCTG-T-TTTTT------CTTTACA---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CACC-A---TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-ATGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTATATTCTCAAATATACTC
Alignments
lowQualScore : 11 1 2222222 1 1 333333 11 222 2222 333333 111 11 2222 1 33333 1111 1 1 222 1 222 222222 1 222 1 3333333 1 1 1 11 2222222 33333 33333 111 1 1 111 1 44444444444 111 1 111 555555555555555555555555555 11 1 222222222 222 11 11 1 11 8888888888888888888888888888 44444444444444444 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 111 11 1111 2222222 2222222222222 44444444444 2222222 111 1111 111 111 22222222 1111 99999999999999999999999999999 1 1111 1111 111 22222222222222222 11111111 11 222222 33333333333333333333333333333333333 1111 111111111111111 111111 2222 11111111111 111111 11 111111 1 11111111 555555555555555555555555 11111111111 11
lowQualScore : 7 44 3 8888888 3 7 6 2 888888 88 333 5555 333333 7 6 7 000 0 11 2222 3 22222 7 7777 1 3 3 666 3 555 000000 3 333 3 4444444 3 7 6 3 3 44 1111111 88 1 1 6 22222 7 00000 555 7 3 7 3 999 3 00000000000 999 7 3 1 7 777 555555555555555555555555555 88 2 7 6 555555555 1 555 33 6 66 0 0 6 3 8 11 0 0000000000000000000000000000 8 66666666666666666 11 4444444444444444444444444444444444444444444444 444 1 1 8 8 8 8 0 8 1 11 7777 1111111 8 7777777777777 8 88888888888 6 6 1111111 555 99 4444 6 6 6 888 99 77 77 5 000 5 000 5 44444444 6 6 6 4444 99999999999999999999999999999 5 3 7777 4444 6 111 3 6 66666666666666666 33333333 6 6 6 99 55 99 5 5 4 000000 88888888888888888888888888888888888 777 3333 4 4 66 66 4 444444444444444 4 55 111111 777 4 4 2222 4 9 777 4 777 4 44 66 777 4 88888888888 4 777 777777 8888 4 44 55 0 8 777 3 88 6666 4444 11 33 33 33 555 2 777 444 2 444 444 444 2 2 33 999999999 000000 8 0 2 00000000 444444444444444444444444 33333333333 00 44 44 888
lowQualScore : . .. . ....... . . . . ...... .. ... .... ...... . . . ... . .. .... . ..... . .... . . . ... . ... ...... . ... . ....... . . . . . .. ....... .. . . . ..... . ..... ... . . . . ... . ........... ... . . . . ... ........................... .. . . . ......... . ... .. . .. . . . . . .. . ............................ . ................. .. .............................................. ... . . . . . . . . . .. .... ....... . ............. . ........... . . ....... ... .. .... . . . ... .. .. .. . ... . ... . ........ . . . .... ............................. . . .... .... . ... . . ................. ........ . . . .. .. .. . . . ...... ................................... ... .... . . .. .. . ............... . .. ...... ... . . .... . . ... . ... . .. .. ... . ........... . ... ...... .... . .. .. . . ... . .. .... .... .. .. .. .. ... . ... ... . ... ... ... . . .. ......... ...... . . . ........ ........................ ........... .. .. .. ...
lowQualScore : 3 00 3 0000000 3 3 7 0 333333 33 333 0000 777777 3 7 3 000 7 00 7777 3 00000 3 3333 0 3 3 777 3 777 000000 3 333 3 0000000 3 3 7 3 3 00 3333333 33 0 0 7 00000 3 77777 333 3 3 3 3 333 3 33333333333 777 3 3 0 3 777 000000000000000000000000000 33 0 3 7 777777777 0 777 88 5 55 8 0 5 2 0 00 8 0000000000000000000000000000 0 88888888888888888 00 2222222222222222222222222222222222222222222222 000 0 0 0 0 0 0 8 0 4 00 0000 4444444 8 2222222222222 0 00000000000 7 7 7777777 888 22 2222 7 7 7 333 22 99 99 7 000 0 000 7 77777777 7 7 7 2222 55555555555555555555555555555 2 3 5555 2222 7 777 2 7 44444444444444444 88888888 7 7 7 88 88 22 0 0 4 666666 66666666666666666666666666666666666 888 3333 4 4 11 11 4 999999999999999 0 55 555555 000 0 0 0000 0 1 000 0 000 0 88 33 000 0 22222222222 0 000 222222 5555 0 11 55 8 0 000 6 66 5555 5555 77 77 77 77 111 7 333 777 7 777 777 777 7 7 77 333333333 777777 0 7 7 55555555 777777777777777777777777 99999999999 22 22 66 888
consensus : AGTAAAGAATTTTTAAAGAGGAG-AATTTAAAAAA--AATA-TAAATA-ATATATCCTTTTACCAGTCTT------CATTT--GA---TTATAAA-T-GCATTTC-TA--TTTAATATGTGATTCAAATATAAAAGTTATTACGATAGAGTAA-A--TCTAGC-TAAGCT--TAACCATAAAAAAAAA-AA-AGCAAACTCANTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTGAA-AGACTCA-CATAGC-TG-TAAT--ATGAATATT--TTG-AA-ACA---TAAGGTTTT-TT--TTA--AA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AAAGTTAGAGGTATAATTTTCTTT--ACAANACGAAAAAAAAANAAAAANAAAATAAAAACCCAACTTTC----GTCCTTCTTCGCGTG--CAT-GGTTTCAA-AATC-ATTAN--TTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TTCGTCGCTA-ATAAATTCACAA-CGCTGTAAANTATAAAACAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAA---AC-CCAAT--ATATC---C-----ACTC--ATGTTTAAAAATATACAGCCAAAAC--ACTTACGCTTGNCATGAATTT--AAAAAAAA--TGTA-GATAA-ACATAAA-ATAA--AATAAAGAAAAA--AATCG------AACTGTACCTT-TT-ATAAAA-AATAACA------ACG--A-A-AAAATAA--AAAAGC-------AAAN-AACAATGAAA-CAAA--AA---------------AAAA---ANAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CCAT-A-GTCGTTAAANTGT-AATAATTCT-TT-AATA-TTA-TT---CCCAGTGTCCT-C-AA-------ACAC-C-TAT--C----TA-CT-CCTA-CCAANC-AC--TTC--CA--GA-AA---AAATCGATA---T-AA---CGG--CCCGGT-CA-GTCG-GA----CA--T-----A-AA--CT-------------ATCTTTCTG-TCC-A-AC----GGT-AA---CAACA-TTTTTTT-TATATAGTC--A-AATGGGTTTTCC-CCT-A-GC-TCTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CGCC-A---TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------A--CTA-AC---T-ACG-TC-CCG-------CTC----------A-A-----CGTA-ACTAC--G--T----AAGA-CT--TACG-AC---GCTTTTGTGAAACG
Reference ( family-5274 ) : AGTAAAGAATTTTTAAAGAGGAG-AATTTAAAAAA--AATA-TAAATA-ATATATCCTTTTACCAGTCTT------CATTT--GA---TTATAAA-T-GCATTTC-TA--TTTAATATGTGATTCAAATATAAAAGTTATTACGATAGAGTAA-A--TCTAGC-TAAGCT--TAACCATAAAAAAAAA-AA-AGCAAACTCANTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTGAA-AGACTCA-CATAGC-TG-TAAT--ATGAATATT--TTG-AA-ACA---TAAGGTTTT-TT--TTA--AA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AAAGTTAGAGGTATAATTTTCTTT--ACAANACGAAAAAAAAANAAAAANAAAATAAAAACCCAACTTTC----GTCCTTCTTCGCGTG--CAT-GGTTTCAA-AATC-ATTAN--TTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TTCGTCGCTA-ATAAATTCACAA-CGCTGTAAANTATAAAACAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAA---AC-CCAAT--ATATC---C-----ACTC--ATGTTTAAAAATATACAGCCAAAAC--ACTTACGCTTGNCATGAATTT--AAAAAAAA--TGTA-GATAA-ACATAAA-ATAA--AATAAAGAAAAA--AATCG------AACTGTACCTT-TT-ATAAAA-AATAACA------ACG--A-A-AAAATAA--AAAAGC-------AAAN-AACAATGAAA-CAAA--AA---------------AAAA---ANAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CCAT-A-GTCGTTAAANTGT-AATAATTCT-TT-AATA-TTA-TT---CCCAGTGTCCT-C-AA-------ACAC-C-TAT--C----TA-CT-CCTA-CCAANC-AC--TTC--CA--GA-AA---AAATCGATA---T-AA---CGG--CCCGGT-CA-GTCG-GA----CA--T-----A-AA--CT-------------ATCTTTCTG-TCC-A-AC----GGT-AA---CAACA-TTTTTTT-TATATAGTC--A-AATGGGTTTTCC-CCT-A-GC-TCTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CGCC-A---TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------A--CTA-AC---T-ACG-TC-CCG-------CTC----------A-A-----CGTA-ACTAC--G--T----AAGA-CT--TACG-AC---GCTTTTGTGAAACG
gi|1 : AGTAAAGAATTTTTAAA-AGGAGTAATTTAAAAAA--ACTA-TTAATA-A-ATAT-CTTTTATCATCTTT------CATTTTGGAATTTTATAAATT-GCATTTCTTA--TTTCATATGTGATTCAAATATAA--------ACGGTAG----A-A--TCTAGCATATGCTTGTAACCAAAAAAAAAAAGAA-AGCAAAC
gi|1 : ggggtgtctgtgagtatcgcttgatatgttggaaagttttataagtttcgaaaaaatattgaactttagttttagtCTGAAGAGCTTCA-CATAGCCTG-TAAT--ATGAATATTATTTG-AAGACA---TAAGGTTTTATT--TTA--AATATATGAATTAGGCAG-CCATTAAAGTTA-AGATATAATTTT---T--ACCAAACGAAAAAAAAAACAATAATAAATAAAAACCCAACCTTCTACAGTCCTTCTTCGCGTGGCCATTAGTTTCAACAATCCATTAGGGTTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TT-GTCGC---ATAAATTCACAAGCTCTGTAAAGTA----ACAAGTGTGTGCAGCA-GTGGGGCATCAA------CCAAT--ATATTGCGC-----ACTC--ATGTT--AAAATATACAGC---AAC--AACTACGTTTGCCATGAATTT--AAAAAAAAAATGTAAGATAA-ACATAAA-ACAATCAATAAAGAAGAATAAATCGTTGTGAAACTGTACCTTGTT-ATAAAC-AATAA-ATGTGTTATG--A-A-TAAATAA--AAGAGC-------A--T-AACAATGA---CCAA--AA---------------ACAA---GCGCT-ACATA-A-CAAA-AA-T-ACAAAGTAAACATGACCAT-A---TGCTAAA-TAT-AATATATAT-TT-AAT-------T---CCCAGTGTCCTTC-AA-------ACAC-A-TATTTC----TA-CTTCCTA-TCAACA-AC--TTCTCCA--GA-AATCAAAATC-ATA---T-AAGCATGC--CCCGGT-CA-GTCG-GA----CACTT-----ACAA-----------------ATCTTTCTGGTCC-A-ACACATGGT-AA---CAACA-TTTTTTT-T-TA-AGTC--A-AA-GGGTTTTTT-CCT-A-GC-TCTA-AAAA-GCCGT-GA--CAGG-C-TCTGTT-TTCTA------TTTA--A---------CCACAGAA---TATC--AT----T---CCTCTCAGTC-AG-AACA--CATG--TAA-A------CACCAA---TC-TC-CTT--AACTAGCCAAAATA-A-CTAG--ACGGA-CT-A---CG-T---AGA-TAT-TTATACCGTTCAC-----C-----TC-CATGTAGTTATCTGTGCGGTACAGTAA--GATTTACGT-CGCATATATGTTA-CG----A-TGCAACTTAAA-CTAACCGAACG-TTT--CT--TG-AAA---CGA---CA-AAAAGA---TTAGT-CGAC--TTACGT------T--CTA-AC---TAACG-TCACCATCTTTATCTC----------AGA-----CCCT-ACTA-----------AAGA-GT--TACG-ACCGGGCTTTTGTGAaaatttactatttacttgccagttggattgtgggaaaagcgggggaggtgttagtttgttttgtgttttatgtttgtcttgtattacattttgttttttttgttagtatccctgaagagcttcacatagcctgtaatatgaatattatttgaagacataaggttttattttaaatatatgaattaggcagccattaaagttaagatataatttttaccaaacgaaaaaaaaaacaataataaataaaaacccaaccttctacagtccttcttcgcgtggccattagtttcaacaatccattagggtttttttttttttaaagttcttacattgtcgcataaattcacaagctctgtaaagtaacaagtgtgtgcagcagtggggcatcaaccaatatattgcgcactcatgttaaaatatacagcaacaactacgtttgccatgaatttaaaaaaaaaatgtaagataaacataaaacaatcaataaagaagaataaatcgttgtgaaactgtaccttgttataaacaataaatgtgttatgaataaataaaagagcataacaatgaccaaaaacaagcgctacataacaaaaatacaaagtaaacatgaccatatgctaaatataatatatatttaattcccagtgtccttcaaacacatatttctacttcctatcaacaacttctccagaaatcaaaatcatataagcatgccccggtcagtcggacacttacaaatctttctggtccaacacatggtaacaacatttttttttaagtcaaagggttttttcctagctctaaaaagccgtgacaggctctgttttctatttaaccacagaatatcattcctctcagtcagaacacatgtaaacaccaatctccttaactagccaaaataactagacggactacgtagatatttataccgttcacctccatgtagttatctgtgcggtacagtaagatttacgtcgcatatatgttacgatgcaacttaaactaaccgaacgtttcttgaaacgacaaaaagattagtcgacttacgttctaactaacgtcaccatctttatctcagaccctactaaagagttacgaccgggcttttgtgatag
gi|10 : ggggtgtctgtgagtatcgcttgatatgttggaaagttttataagtttcgaaaaaatattgaactttagttttagtagtaaagaatttttaaaaggagtaatttaaaaaaactattaataaatatcttttatcatctttcattttggaattttataaattgcatttcttatttcatatgtgattcaaatataaacggtagaatctagcatatgcttgtaaccaaaaaaaaaaagaaagcaaacaaatttactatttacttgccagttggattgtgggaaaagcgggggaggtgttagtttgttttgtgttttatgtttgtcttgtattacattttgttttttttgttagtatccTG----AC-GC-A--CATTAACAT-AGCA---ATG-TA-GG----G-TGCAACGTAAA-TTA--AG-ACATTTT--CG--TG-GAA---CAC---AA-CA---A---T---C-CA-C--TTACCT------A--ATG-AT---T-AAA-TC-TCA-------CTT------------A-----CGT--ACTAC--GTAT----AAGA-CT--TATG-AC---AGTTTTATGAAACtag
gi|11 : TC-TTT--G------CAA---ATA-CTT---ATGTT-TCTA---CG-T---A-A--AT-TT----CG-TCAC-----C-----GC-CG---AG------GAG----AC-GA-A--G-TTTACGTTCGCA---ATA-TATCG----A--GCAAAGTAAG-T-A--CG-A-GTT----CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-T--CTTCGT------A---TA-A----T-ACG-TC-
gi|12 : TG-TA-CA----A-CGCAACGTCAA-TTA--CA-ACATTTC--CG--AG-AAA---CA----TACAA---A---T---T-CA-T--CTACCT------A--CAA-GCA--TGATG-TC-CCA-------CTT----------A---------TATACTAC--G--TATTAAAGA-TT--TGCA-AT---GCTTTTGTGAAAC
gi|13 : acAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CGC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--Tag
gi|14 : ataaAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CGC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--T
gi|15 : ataaG----A-TAAAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CGC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--
gi|16 : G----A-TAAAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---CGC---TT-GA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CT--GC---T-ACGTTT-CCG-------CTC----------A-AGAAGTCGGA-ACTAC--G--T----CAGA-CT--
gi|17 : --CA--GA-AA---AA-TCGATA---T-AAG--CGGT-CCCGGT-CA-GTCG-GA----CA--T-----A-AG-----------------ATC-TTCTG-ACCAA-AC----GGT-AA---CAACA-NNCTTTT-
gi|18 : TCCT-C-AA-------ACAC---TAT--C----TA-CT-CCTA-TCA----AC--TTC--CA--G--AA---AAATCGATA---TAAA---CGG--CCC
gi|2 : AGTAAAGAATTTTTAAGGAGGCG-AATTTAAAAAA--AA----AAATATATATATCCGTTTA-CAGTCTTTCACACCATTT--GA---TTTTAAA-TGGCATCT--TA--TTTAA-ATATGATTCAAATAT-AAAGTTATTACAAATGAGTAATA--TCTAGC-GTAGCT--T-ACCAT----AAAAA-TA-AGCAAATTTACTTTc
gi|2 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaA-AGACTCA-CATAG--TG-TAA---ATGAATATG--TTGTAA-ATACAATAAGGTTCT-TTATTTATTAA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AGAATGAGAGGTATAATTTTCTTTTCACAAC-CGAAAAAAAAATAAAAATAAAATAAAAACC--ACTTTG----GTCGCTTTTCGC-TG--AAT-GGTT---A-AATC-ATTAA--CTGTTTGTTTTTGTAAGTTACTT-----TTC-TTGCTA-ATAA-TTCACAA-TGCTGTAAACTATAAAGCAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAAAATACACCAATGAATATC---CGCTTGACTCCAAT-TTTAAAAATATATAAGCAATACGAACTTAT-CTTTGCATGAATTT----AAAAGA--TGTA--ACAAGATAT----ATAA--GATAAAAAAAGA--AATC--------------------T-AGGAAACAATTGCC------ATG--ATATAAATTAA--AAGAGC-------AA----------AAG-CAAATTGA---------------AAAA---AGAAA-AGTCA-A-CAAA-AAATGATCCAG--AGC----CCA---------TAAAGTCTAAATAATTAT-TT-AATATTTA-T-----ACAGTGGTCT-CTAA-------ACACAC-T-T--CATAGTA-CT-CCTA-TTCAAC-ACAATTC--CA--GA-GC---AAATCGG-A---T-AA---CAG--CCGGGT-CA-GTCGTTA----CA--T-----A-AA--------------------TTTTTG-TCA-ACAC----GGTCAA---CACCA-TTTTTTTATATATAG----A-A---GGTTTTTC-CCTAA-GC-TTTA-AACAACCTG--GATCCTGGTC-TCTACTATTTTT------CTTTAAA---------C------A---TGTA--------T---CTTC--------A-AACA--TGTAATTAGCA------C-CC-AT--TCGTC-CTCTGG------CAA---A-A-CT----A-GCAGCTGA---C--T---A-A-TA--TTA---CG-TCAC-----T-----TCTCG---AG------GTG----AC-GT-AATGATTTACGT-CGCA---ATG-TA--GTAGAA-TG--ACGTAAA-TT---C--ACGTTTT---G--TGAAAA---CGC---TA-AA---A-------T-CG-C--CTACGT------A--CTA-CT---T-ACG-TC-CAA-------TT-------------A-----CGT--ACTAC-----T-----AGA--T--TA---AC---GCTTTTGTGAAAagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttaagactcacatagtgtaaatgaatatgttgtaaatacaataaggttctttatttattaaatatgaattaggcagccatagaatgagaggtataattttcttttcacaaccgaaaaaaaaataaaaataaaataaaaaccactttggtcgcttttcgctgaatggttaaatcattaactgtttgtttttgtaagttacttttcttgctaataattcacaatgctgtaaactataaagcaagtgtgtgcagagtggacaatcaaaatacaccaatgaatatccgcttgactccaattttaaaaatatataagcaatacgaacttatctttgcatgaatttaaaagatgtaacaagatatataagataaaaaaagaaatctaggaaacaattgccatgatataaattaaaagagcaaaagcaaattgaaaaaagaaaagtcaacaaaaaatgatccagagcccataaagtctaaataattatttaatatttatacagtggtctctaaacacacttcatagtactcctattcaacacaattccagagcaaatcggataacagccgggtcagtcgttacataaatttttgtcaacacggtcaacaccatttttttatatatagaaggtttttccctaagctttaaacaacctggatcctggtctctactatttttctttaaacatgtatcttcaaacatgtaattagcacccattcgtcctctggcaaaactagcagctgactaatattacgtcacttctcgaggtgacgtaatgatttacgtcgcaatgtagtagaatgacgtaaattcacgttttgtgaaaacgctaaaatcgcctacgtactacttacgtccaattacgtactactagattaacgcttttgtgaaagtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|3 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaagtaaagaatttttaaggaggcgaatttaaaaaaaaaaatatatatatccgtttacagtctttcacaccatttgattttaaatggcatcttatttaaatatgattcaaatataaagttattacaaatgagtaatatctagcgtagcttaccataaaaataagcaaatttactttagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttAGTAA-GAATTATCAAAG-GGAG-AATTAAAAAAATAAATAATAAATA-ATATATCGTTTTACTAGTCTT------CATTT--GA---TTATAA--T-GCAATTCATAAGTTTAATATGT---TCAAATATAAAAATTATTACAATAGAATAA-AAATCTAAC-TAAGC----AGCCATAAAAAAAAA-AATAACAAACTCAGTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTAAA-AGACTCAACATA-C-TGGTAATCAATGAATATT--T-G-AA-ACA---TACAGTTTT-TT----A--AA-AT-TGAATTAG-CATTCCAT-AAAGTT-GAAGTATAATTT-CTTT--ACAATACGGGGGAAAAAGAGAAAGAAAATAAAAACCCATTTTTT----G-CCTTCTTCGCG----CAT-G-TTTCAA-A-TC-ATTAC--TTTATTTTTTTTTAAAGTT-CTTATCAGTTTAT-GCTATATATATTCACAA-CGCTGTAAATTATAAAACAAGTGTGAGCAG-ATGTGGACAATCAA---AC-TCAAT---CAAC---C-----ACTC--ATATTTAAAAATAGACAGCCAAAGC--ACT---ACTTGACAATAATTTTTAAAAAAAA--T-TA-GAGAA-A-ATAAA-ATAA--AATAAAGAAAAT--AATCG------AACTGTACCTT-TTTATAAAA-AATAA-A------ATG--A-T-AAAATAA--GAAAGC-------AAACTAACAATGAAAATAAA--AA---------------AAAA---AAAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CATT-A-GTAGTAAAAATAT-AATAATTCAATT-AATA-TCAATT---TCCAGTGTCCT-C-AA-------ACAC-C-TAT--C----TA-CT-CCAA-CTAAAC-AC--TTC--CA--GATAA---AAATCATTA---T-AA---CA---CCCGGTACAAGTCG-GA----CA--T-----A-AG--CT-------------ATCTTTCTG-TC----AC----AGT-AA---CA-CA-TTTTTTT-TA-ATAG-C--A-AATGGGTATTCCACCT-A-GCCTTTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CTAAAAT---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CACC-A---TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---CGC---AA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------T--CTA-AC---T-ACG-TC-CCA-------CTT------------A-----CGT--ACTAC--G--T----AAGA-GT--TGCG-AC---GCTTTTGTGAAACGgtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|4 : AAAAA--TAGA-AATAA-ACACAAATATAA--AACCAAGAAAAA--A------------CCATACC------ACAAAA-AAAAACA------ACACCA-A-AAAACAG--AAAA---------AAAA-AATTAT-AAA-CAAG--CA---------------CAAACGTACATATATCTATA-CAAA-AAAT-CATAGT--AGC----CCATTATGTCGTTAAATTGC---TTGTCCC-TTGAATA-CTA-TCTGGCCCAGTGTCCT-C-AATCGACTAGCGC-CGTAG--C----TAGCT-CCTATCCAATCTAC--TTT--CACAGA-AA---ACATCGATAATAT-AAAG-CGGTGCCCG---CA-GTCA-GATCGCCA--TTCAGAA-AA--CCTAATTCATTATGGATCTTCATGGTCC-A-AC----TGT-AAAACTAATAGTTTTTTT-TCTATAGTCCGATGATGGGTTT--C-TCG-ATGC-TCTACAAAGAGTCGCTGA--CAGC-C-TC-GTT-TTTTTGTT---CTTT--A---------C------ACAATGTAAGCT----TATTCCTCA--GTC-AG-AACCCCTGTA--TAA-ATACGACCACC-A---ACGTT-GTT--G------CAA---A-AACTTATAACGCA-CTGA---CGCT---A-A-TACATTA---CG-TCAC-----CAAGATCC-CG---AGT-----GTG----AC-GT-A--GAATTACCT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TG-AACGTAA---TA--CG-ACATTTCTACGAATG-AAA---CGCTAATA-AA---A---T---TACG-CCACTACGT------T--ATATAC---T-A--------G-------CTCTAAACTTTAGA-A-----CGT--ACTAA--T--A----AAGA-GTAATAC--AC---TCCTTTTTGAAACG
gi|5 : A-ATAA--A-TAAATAAAAA--GAGC---------CTAAACA------ATAAAA-AATAAAA------A----A-A-AAAATAATAAAAAGCTTAAGCAAAAA-AAAAAAAAAA-CAAC--AACACCCCCCCACCCCCAAAT---GAAAA-ACCCA-AACAAACAAAA-ATTAAG--AGG----CCAT-A-GTCGTTAAATTG---------CT-TT-AAT------TT---CCCAAT-TCCT-C-AA-------TCCA-C-TAT--C----TA-CT-C-TA-CAAACC-AC--TTC--CA--GA-AA---AC-TCGATA---T-AA---CGG--CCCCGT-CA-GTCG-GA----CA--T-----A-AAAACTTCCATTATTGG--ATCTTT-TG-TCC-AGAC----G-T-AA---CAATA-TTTTTTT----ATA-CC--A-TATGGGTTTCC------A-GC-TCTA-AAAG-GCCG--GA--CAGG-CCTCTGTT-TTTTC------TTTT--AA--------C------A---TGTA--TT----T---CCTC---GGCAAA-AACA--TGTA--TAA-A------CCAC-AATTTCGTTGCTT--G------C-A---A-A-CT----ACGCA-CT-A---CG-TAAAA-A-TA--TTA---CG-TCGC-------------------------------------------AATGTACGT--GCA---ACG-TA--A----A-T--------AA-TTA--CG-AC-CTTT--CG--TG-GAAACGCGC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTAC-T------AACCTA-ACTTTT-ACG-TC-CCA-------CTC------------A-----CGTA-ACTAC--G--T----AAGA-----GACG-AT---GCTTTTGTGGAA
gi|6 : AGG-C-TCTTTT-TATTT------ATTT--ATTTATTACAC------A---TGTA--CT----T---TCTC---GTC-AA-AACA--TGTC--TAA-A------CAAC-C---T-GTC-TTT--C------CAA---A-A-CTT---ACACA-CTGAGGACG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCACGCTTGT-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----ATTTCAACGTAAA-TTA--CG-ATGTTTT--CG--TG-AAAC--CGC---TA-AA---AGGTT---C-CG-C--CTACGT------T--CTA-AC---CAACG-TC-T------------------------A-----CTTA-CCTACTAG--TCA--AAGAGTT--TACGAAT---ACTTTTGTGAAACaatgc
gi|7 : CCGTT-ATCTT------CTC---A---------C------A---TTT---CTCAG-T---CCTC---GTC-AACAACT--TAAA--TAA-A------TGCC-A---CTATC-TT---G------CAT---A-T-CT----ACGCA-CTAA---TG-T---A-G--AT-TGC---TG-TCAT-----C-----CA-CA---AG------ATG----AT-GT-A--GACTTACAT-AGTG---ATG-CA-CG----A-TGCAACGTAAA-CTA--CG-ATATTTT--CA--AG-AAA---AGT---CA-AA---A---T---G-CA-T--TTACATGTATAAA--CTA-CT---T-ACA-TC-CCA-------CTT------------A-----CG-A-ACTAT--G--T----ACGA-TT--TACG-A
gi|8 : -C-TCTGCT-TTCTTAAGTTGCTTTTAA---------C------A------A--TT----T---CATC-----C-GC-AACC--CGCA--TGA-A------AGCG-G---CCATC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ATGTT-CT-A---CG-T---A-AATAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GAG----AC-GA-A--G-TTTACGTTCGCA---ATA-TATCG----A--GCAAAGTAAG-T-A--CG-A-GTT----CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-T--CTTCGT------A--CTA-AC---T-ACG-TC-CCta
gi|9 : aaccATGGGTTTTCC-C-T-A-GC-TCTA-AAAAA-CCG--GA--CAGG-C-TCTG-T-TTTTT------CTTTACA---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CACC-A---TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-ATGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---
blockSeqs : A GA . TAAATAA T T C C TCACAC . . ATG CATAAG T G A AAG AG AAA . TT A AAT G . A G G TCA TTGT . CAA . ATTTATT . A G T . AG TCTTTTC TA T T C G T TG GG T . A . A A ATCAGTTTAT TAT A . C T AT AATACACCAATGAATATCCGCTTG CA A T C GAACTTAT G TTA . G G G T A T . AATCGAACTGTACCTTTTT C CCATGATAT TA TTAAGCAAAAAAAAAAAAAAACAACAACACCCCCCCACCCCC CGT G A T T A C G T . . TTATGTC G CTAAATAATTAT G ACTATCTGG . T TCGACTA AC . ATAG G . T TCT AA . CA T . A ATA A AGCGGTG A A T TCGC TTCAGAAAACCTAATTCATTATGG C G CAA . C AAC A G TCTATAGTCCGATGAT TTCCCTA T C C AC CT TC T C A AAGTTG ATTTATTACACATGTACT ATT AG A C CC AT C TACGACCACCA G TG . . T A TATA G T GGA C AAA . AT CA . . CAAGAT T . T . . C AT T . . TC TAGA TTTC AG . G TA AAT A ACG TAA C . GGT . A . CA GTATAAA ACTTT G T . A CTAAACTTTAGAACGT GTATTAA GT AA GA .
blockSeqs : . G . AA . T C . . . . T TA . . . AAA AA TA . A . TA . . C . . TG . . . A . . . . . G CTTT C G G . T . G G . . . . C . TTCTT TA . . T T A ACTCAATCAACC . . T C ACTA A . . A A . C A . . GAGCCTAAACA . CAACACCAA . AAACTAACAATGAAAATAAAAA . A A . . . . . C . . TAGTA A ATAATAATTCAA . ATCAATT . . . CG . . . . . AC . . . . . A . . GCGGT . . . . TAAAAACTTCCATTATTGG T . AAC . . . C . TAATAGCAAAT TCCACCT . . . AG . . . . . GTT ACACAATGTAAGCT . G . . . . . CCACAATT . . . . . . T . G . . . . T T . . GCTTGT . . . . . A . T . . TC . TGC AG . G . T . C . . . . . . . . AAC GCA A T . A CAAGAAGTCGGA TAGTCAA C . G .
blockSeqs : . . . . . . . . ACCATACC . AATGAT . AAAAAATTATAAACAAGCA . C T . . . . . A . . TAGTC T GCTTGTCCC . ATTTAT . . . C . . . . . AC . . . . . A . . CGG . . . . TAAGCT C . CAG . . . A . ATATATAGAA TCCCT . . . AG . . . . . . ACATGTACTAAAA . G . . . . . CCCAT . . . . . . T . G . . . . T T . . C . . . . . T . . . . G . CGC AG . A . T . . . . . . . . . . A TAC . T . G CAAGAAGTCGGA GTATA T . A .
blockSeqs : . . AATCT . AAAAA . AAAAGCAAATTGA . A A . . . . . T . . . T GCT . TT . . . C . . . . . CC . . . . . A . . CAG . . . . TAAG A . CA . . . A . ATACCATAT CTCG . . . G . . . . . . ACATTTCTCAG . G . . . . . CACCA . . . . . . . . G . . . . T T . . T . . . . . T . . . . C . TAA AG . T . A . . . . . . . . . . A AT . T . G CAAGAAGTCGGA GTC C . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . CGG . . . . TAAA . . . . . . . . CC . . . A . . . . . . ACACATGTACT . G . . . . . CAACC . . . . . . . . G . . . . T T . . C . . . . . T . . . . C . TAA T . T . A . . . . . . . . . . A CT . . . G CAAGAAGTCGGA GTC C . G .
blockSeqs : . . . . . . . CA . . . . AACATGTATT . G . . . . . TGCCA . . . . . . . . A . . . . T T . . C . . . . . T . . . . C . TGC T . T . A . . . . . . . . . . A CT . . . G CACGTA GTC C . G .
blockSeqs : . . . . AAACATGTA . . . . . . . AGCGG . . . . . . . . G . . . . T T . . C . . . . . T . . . . C . TGC T . T . A . . . . . . . . . . A CT . . . A TACGT GTC C . . .
blockSeqs : . . TAACAATT . . . . . . . CACCA . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . A . . . . C . GC T . G . A . . . . . . . . . . A GC . . . A TATAT GTA G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TG T . G . T . . . . . . . . . . A CT . . . G TACGT TAA G .
blockSeqs : . . . TG T . G . T . . . . . . . . . . A AC . . . A ACTTA GTA T .
blockSeqs : . GC T . G . T . . . . . . . . . . T AC . . . A TACGA GTA . .
blockSeqs : . T C . G . T . . . . . . . . . . T CT . . . . ACGT T . .
blockSeqs : T . G . A . . . . . . . . . . T AC . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . A A . . .
blockSeqCons : ** AATCT*********************** NANAT************ AAAAAANAAAAACAAAA***************************** ** **** TAGT*** NTTGTCN****** ACTCT****** C** ** ** *** CGG***** TAATTCGG********************* CAN* **** TATACATAT******** TCCCT*** AG ** ACACATGTACT************************ G*** CGCCN********** ****** *** **** *** *** ****** **** T* *** ** G* *** *** G******* CAAAGTCGGA************** GTN******** ***
originalCons : AGTAAAGAATTTTTAAAGAGGAG-AATTTAAAAAA--AATA-TAAATA-ATATATCCTTTTACCAGTCTT------CATTT--GA---TTATAAA-T-GCATTTC-TA--TTTAATATGTGATTCAAATATAAAAGTTATTACGATAGAGTAA-A--TCTAGC-TAAGCT--TAACCATAAAAAAAAA-AA-AGCAAACTCANTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTGAA-AGACTCA-CATAGC-TG-TAAT--ATGAATATT--TTG-AA-ACA---TAAGGTTTT-TT--TTA--AA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AAAGTTAGAGGTATAATTTTCTTT--ACAANACGAAAAAAAAANAAAAANAAAATAAAAACCCAACTTTC----GTCCTTCTTCGCGTG--CAT-GGTTTCAA-AATC-ATTAN--TTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TTCGTCGCTA-ATAAATTCACAA-CGCTGTAAANTATAAAACAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAA---AC-CCAAT--ATATC---C-----ACTC--ATGTTTAAAAATATACAGCCAAAAC--ACTTACGCTTGNCATGAATTT--AAAAAAAA--TGTA-GATAA-ACATAAA-ATAA--AATAAAGAAAAA--AATCG------AACTGTACCTT-TT-ATAAAA-AATAACA------ACG--A-A-AAAATAA--AAAAGC-------AAAN-AACAATGAAA-CAAA--AA---------------AAAA---ANAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CCAT-A-GTCGTTAAANTGT-AATAATTCT-TT-AATA-TTA-TT---CCCAGTGTCCT-C-AA-------ACAC-C-TAT--C----TA-CT-CCTA-CCAANC-AC--TTC--CA--GA-AA---AAATCGATA---T-AA---CGG--CCCGGT-CA-GTCG-GA----CA--T-----A-AA--CT-------------ATCTTTCTG-TCC-A-AC----GGT-AA---CAACA-TTTTTTT-TATATAGTC--A-AATGGGTTTTCC-CCT-A-GC-TCTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTT--A---------C------A---TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGTA--TAA-A------CGCC-A---TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------A--CTA-AC---T-ACG-TC-CCG-------CTC----------A-A-----CGTA-ACTAC--G--T----AAGA-CT--TACG-AC---GCTTTTGTGAAACG
finalCons : AGTAAAGAATTTTTAAAGAGGAG-AATTTAAAAAA--AATA-TAAATA-ATATATCCTTTTACCAGTCTT------CATTT--GA---TTATAAA-T-GCATTTC-TA--TTTAATATGTGATTCAAATATAAAAGTTATTACGATAGAGTAA-A--TCTAGC-TAAGCT--TAACCATAAAAAAAAA-AA-AGCAAACTCANTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTGAA-AGACTCA-CATAGC-TG-TAAT--ATGAATATT--TTG-AA-ACA---TAAGGTTTT-TT--TTA--AA-ATATGAATTAGGCAG-CCAT-AAAGTTAGAGGTATAATTTTCTTT--ACAANACGAAAAAAAAANAAAAANAAAATAAAAACCCAACTTTC----GTCCTTCTTCGCGTG--CAT-GGTTTCAA-AATC-ATTAN--TTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TTCGTCGCTA-ATAAATTCACAA-CGCTGTAAANTATAAAACAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAA---AC-CCAAT--ATATC---C-----ACTC--ATGTTTAAAAATATACAGCCAAAAC--ACTTACGCTTGNCATGAATTT--AAAAAAAA--TGTA-GATAA-ACATAAA-ATAA--AATAAAGAAAAAAATCT-----------------------ATAAAA-AATAANANAT------------AAAATAA--AAAAGCAAAAAANAAAAACAAAA-----------------------------AAAA---ANAAA-ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CCATAGT---GTTAAANTNTTGTCN------TT-AATACTCT------CCCAGTGTCCT-C-AA-------ACACC--TAT--C----TA-CT-CCTA-CCAANC-AC--TTC--CA--GA-AA---AAATCGATA---T-AACGG-----CCCGGT-CA-GTCG-GA----CATAATTCGG---------------------ATCTTTCTG-TCCAN-AC----GGT-AA---CAACA-TTTTTTTTATACATAT--------GGGTTTTCCCT---A-GC-TCTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-C-TCTGTT-TTTTT------CTTTACACATGTACT------------------------T---CCTCG---TC-AA-AACA--TGTA--TAA-ACGCCN----------TCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----A-TGCAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---CGC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------A--CTA-AC---T-ACG-TC-CCG-------CTCAAAGTCGGA--------------ACTACGTN--------AGA-CT--TACG-AC---GCTTTTGTGAAACG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTATATTCTCAAATATACTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 2222222 1 1 333333 11 222 111 333333 111 33333333 1 33333 1111 1 1 33333 222 2222 1 1 222 1 1 11 11 1 1 1 11 11 33333 3333333333 22222 1 111 1 44444444444 111 1 111 555555555555555555555555555 11 1 222222222 11 222 111 1 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 1111 3333 999999999999999999999999999999999999 2222222 111 1111 111 111 11111111111 22222222 111 88888888888888888 111111 111 111 1111 44444444 111 11 1 222222 222222222 11111111 1111 111111 1111 111111 2222 11111111111 111111 11 111111 1 5555555555555 11111111111 1111
lowQualScore : 7 44 3 8888888 3 7 6 2 888888 88 333 7 777 333333 7 7 7 000 0 11111111 3 22222 7 7777 1 3 3 11111 555 4444 3 3 333 3 6 3 88 88 3 7 6 3 3 44 7 7 88 88 1 1 6 22222 7 6666666666 55555 3 999 3 00000000000 999 7 3 1 7 777 555555555555555555555555555 88 2 7 6 555555555 1 88 555 333 6 0 0 6 3 8 11 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 8 0 8 8 1 11 7777 8 1111 8 444444444444444444444444444444444444 6 6 1111111 555 99 4444 6 6 6 888 99999 77 5 000 5 000 5 55555555555 99 6 6 44444444 6 111 77777777777777777 66 6 6 999999 6 111 111 6666 99999999 1 000 6 6 6 6 2 55 99 0 4 000000 666666666 777 4 88888888 777 3333 4 4 66 4 222222 3 9999 4 55 111111 777 4 4 2222 4 9 777 4 777 4 44 66 777 4 88888888888 4 777 777777 8888 4 44 55 0 8 777 3 88 6666 66 11 33 33 33 555 2 444 2 444 2 444 444 444 2 2 33 999999999 000000 5 2 0 2 33 1111111111111 3 55555555555 2222 44 0 99999
lowQualScore : . .. . ....... . . . . ...... .. ... . ... ...... . . . ... . ........ . ..... . .... . . . ..... ... .... . . ... . . . .. .. . . . . . .. . . .. .. . . . ..... . .......... ..... . ... . ........... ... . . . . ... ........................... .. . . . ......... . .. ... ... . . . . . . .. . ............................................................................................................................................................. . . . . . . .. .... . .... . .................................... . . ....... ... .. .... . . . ... ..... .. . ... . ... . ........... .. . . ........ . ... ................. .. . . ...... . ... ... .... ........ . ... . . . . . .. .. . . ...... ......... ... . ........ ... .... . . .. . ...... . .... . .. ...... ... . . .... . . ... . ... . .. .. ... . ........... . ... ...... .... . .. .. . . ... . .. .... .. .. .. .. .. ... . ... . ... . ... ... ... . . .. ......... ...... . . . . .. ............. . ........... .... .. . .....
lowQualScore : 3 00 3 0000000 3 3 7 0 333333 33 333 3 777 777777 3 3 3 000 7 77777777 3 00000 3 3333 0 3 3 00000 777 7777 3 3 333 3 7 3 33 33 3 3 7 3 3 00 3 3 33 33 0 0 7 00000 3 3333333333 33333 3 333 3 33333333333 777 3 3 0 3 777 000000000000000000000000000 33 0 3 7 777777777 0 33 777 555 5 8 0 5 2 0 00 8 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 8 0 0 4 00 0000 0 4444 0 666666666666666666666666666666666666 7 7 7777777 888 22 2222 7 7 7 333 33333 99 7 000 0 000 7 77777777777 22 7 7 22222222 7 777 55555555555555555 88 7 7 000000 7 777 777 3333 11111111 7 222 7 7 7 7 5 88 22 0 4 666666 444444444 888 4 99999999 888 3333 4 4 11 4 888888 4 3333 0 55 555555 000 0 0 0000 0 1 000 0 000 0 88 33 000 0 22222222222 0 000 222222 5555 0 11 55 8 0 000 6 66 5555 55 77 77 77 77 111 7 777 7 777 7 777 777 777 7 7 77 333333333 777777 3 7 7 7 66 9999999999999 1 22222222222 5555 22 1 22222
consensus : AGTAAAGAATTTTTAAAGAGGAG-AATTTAAAAAA--AATA-TAAATA-ATATATCCTTTTACCAGTCTT------CATTT--GA---TTATAAA-T-GCATTTC-TA--TTTAATATGTGATTCAAATATAAAAGTTATTACGATAGAGT--AA-ATCTAGC-TAAGCT--TAACCATAAAAAAAAA-AA-AGCAAACTCANTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTGAA-AGACTC-ACATAGC-T-GTAAT--ATGAATATT--TTG-AA-ACA---TA-AGGTTTT-TT--TTA--AA-ATATGAATTAGGCA-GCCA-TAAAGTTAGAGGTATAATTTTCTTT--ACAANACGAAAAAAAAANAAAAANAAAATAAAAACCCAACTTTC----GTCCTTCTTCGC-TG--CA-TGGTTTC-A-AAT-CATTA--NTTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TTCGTCGCTA-ATAAATTCACAA-CGCTGTAAANTATAAAACAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAA---AC-CCAAT--ATATC---C-----ACTC--ATGTTTAAAAATATACAGCCAAAAC--ACTTACGCTTGNCATGAA--TTT--AAAAAAAATGT-AGATAA-ACATAAA-ATAA--AATAAAGAAAA--AA--A-T-CG-------------TA-----TAAAAC---A-------AT----AAAA-AATAAA------ATAA--AAAAGC---------AAA--A--AAAAAAAAC---AA-A---A--A---------------AAA-ANAAACG-------ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CCAT-A-GTCGT-TAAATTA-TAA--TA--TC-TTT--AATA-T--C---T--CCCAGTGTCC-TC-AA-------ACAC-C-TA--TC----TA-C-TCCTA-CCAANC-AC--T--TCCA--GA-A---AAAATCGATA---T-A---A--CGG--CCCG--GT-C-AG--------TCG-GA---CATAA----TT-C-------GGATCTTTCT-G-TC---CA-ACGGT-AA---CAACA---TTTTTTT-T-ATAG--C-AN-ATGGGTTTTC--CCT-A-G-CTCTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-CTCTGTT-TTTTT------CTTTA-------CAC---A-TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGT-ATAAA------CGCC---ATCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----ATG-CAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---C-GC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------A--CTA-AC---T-A-CG-TC-CCG-CTCA--AA---TCGGA-AC-TAC--G--T----NAGA---CT--TACGA-C---GCTTTTGTGAAACG
Reference ( family-5274 ) : AGTAAAGAATTTTTAAAGAGGAG-AATTTAAAAAA--AATA-TAAATA-ATATATCCTTTTACCAGTCTT------CATTT--GA---TTATAAA-T-GCATTTC-TA--TTTAATATGTGATTCAAATATAAAAGTTATTACGATAGAGT--AA-ATCTAGC-TAAGCT--TAACCATAAAAAAAAA-AA-AGCAAACTCANTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTGAA-AGACTC-ACATAGC-T-GTAAT--ATGAATATT--TTG-AA-ACA---TA-AGGTTTT-TT--TTA--AA-ATATGAATTAGGCA-GCCA-TAAAGTTAGAGGTATAATTTTCTTT--ACAANACGAAAAAAAAANAAAAANAAAATAAAAACCCAACTTTC----GTCCTTCTTCGCGTG--CA-TGGTTTCAA-AAT-CATTA--NTTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TTCGTCGCTA-ATAAATTCACAA-CGCTGTAAANTATAAAACAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAA---AC-CCAAT--ATATC---C-----ACTC--ATGTTTAAAAATATACAGCCAAAAC--ACTTACGCTTGNCATGAA--TTT--AAAAAAAATGT-AGATAA-ACATAAA-ATAA--AATAAAGAAAA--AA--A-T-C--------------TA-----TAAAA----A-------AT----AANA-NATAAA------ATAA--AAAAGC---------AAA--A--AANAAAAAC---AA-A---A--A---------------AAA-ANAAA---------ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CCAT-A-GT-GT-TAAANTN-T----TG--TC-NTT--AATACT--C---T--CCCAGTGTCC-TC-AA-------ACAC-C-TA--TC----TA-C-TCCTA-CCAANC-AC--T--TCCA--GA-A---AAAATCGATA---T-A---A--CGG--CCCG--GT-C-AG--------TCG-GA---CATAA----TT-C-------GGATCTTTCT-G-TC---CANACGGT-AA---CAACA---TTTTTTT-T-ATA---C-AT-ATGGGTTTTC--CCT-A-G-CTCTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-CTCTGTT-TTTTT------CTTTA-------CAC---A-TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGT-ATAAA------CGCC---NTCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----ATG-CAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---C-GC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------A--CTA-AC---T-A-CG-TC-CCG-CTCA--AAG--TCGGA-AC-TAC--G--T----NAGA---CT--TACGA-C---GCTTTTGTGAAACG
gi|1 : AGTAAAGAATTTTTAAA-AGGAGTAATTTAAAAAA--ACTA-TTAATA-A-ATAT-CTTTTATCATCTTT------CATTTTGGAATTTTATAAATT-GCATTTCTTA--TTTCATATGTGATTCAAATATAA--------ACGGTAG------A-ATCTAGCATATGCTTGTAACCAAAAAAAAAAAGAA-AGCAAAC
gi|1 : ggggtgtctgtgagtatcgcttgatatgttggaaagttttataagtttcgaaaaaatattgaactttagttttagtCTGAAGAGCTTC-ACATAGCCT-GTAAT--ATGAATATTATTTG-AAGACA---TA-AGGTTTTATT--TTA--AATATATGAATTAGGCA-GCCATTAAAGTTA-AGATATAATT---TTT--ACCAAACGAAAAAAAAAACAATAATAAATAAAAACCCAACCTTCTACAGTCCTTCTTCGCGTGGCCATTAGTTTCAACAATCCATTAGGGTTTTTTTTTTTTTAAAGTT-CTTA-CA-TT-GTCGC---ATAAATTCACAAGCTCTGTAAAGT----AACAAGTGTGTGCAGCA-GTGGGGCATCAA------CCAAT--ATATTGCGC-----ACTC--ATGTT--AAAATATACAGC---AAC--AACTACGTTTGCCATGAA--TTTAAAAAAAAAATGTAAGATAA-ACATAAA-ACAATCAATAAAGAAGAATAA--A-T-CGT------------TG-----TGAAACTGTACCTTGTTAT----AAAC-AATAAATGTGTTATGA--ATAAAT---------AAA--A--GAGCATAAC---AATG---ACCA---------------AAA-ACAAGCGCT-----ACATA-A-C-AA-AAAT-ACAAAGTAAACATGACCAT-A--T-GC-TAAA-TA-TAATATA--TA-TTT--AAT---------T--CCCAGTGTCCTTC-AA-------ACAC-A-TATTTC----TA-CTTCCTA-TCAACA-AC--TTCTCCA--GA-AATCAAAATC-ATA---T-AAGCA--TGC--CCCG--GT-C-AG--------TCG-GA---CAC------TTAC-------AAATCTTTCTGG-TCCAACACATGGT-AA---CAACA---TTTTTTT-T--TAAGTC-AA-AGGGTTTTTT--CCT-A-G-CTCT--AAAAAGCCGT-GA--CAGG-CTCTG-T-TTTCT------ATTTAAC-----CACAGAA-TATC--AT----T---CCTCTCAGTC-AG-AACA--CAT-GTAAA------CACCA--ATC-TC-CTT--AACTAGCCAAAATA-A-CTAG--ACGGA-CT-A---CG-T---AGA-TAT-TTATACCGTTCAC-----C-----TC-CATGTAGTTATCTGTGCGGTACAGTAA--GATTTACGT-CGCATATATGTTA-CG----ATG-CAACTTAAA-CTAACCGAACG-TTT--CT--TG-AAA---C-GA---CA-AAAAGA---TTAGT-CGAC--TTACGT------T--CTA-AC---TAA-CG-TCACCATCTTT--ATC--TCAGACCC-TAC--T--A----AAGA---GT--TACGA-CCGGGCTTTTGTGAaaatttactatttacttgccagttggattgtgggaaaagcgggggaggtgttagtttgttttgtgttttatgtttgtcttgtattacattttgttttttttgttagtatccctgaagagcttcacatagcctgtaatatgaatattatttgaagacataaggttttattttaaatatatgaattaggcagccattaaagttaagatataatttttaccaaacgaaaaaaaaaacaataataaataaaaacccaaccttctacagtccttcttcgcgtggccattagtttcaacaatccattagggtttttttttttttaaagttcttacattgtcgcataaattcacaagctctgtaaagtaacaagtgtgtgcagcagtggggcatcaaccaatatattgcgcactcatgttaaaatatacagcaacaactacgtttgccatgaatttaaaaaaaaaatgtaagataaacataaaacaatcaataaagaagaataaatcgttgtgaaactgtaccttgttataaacaataaatgtgttatgaataaataaaagagcataacaatgaccaaaaacaagcgctacataacaaaaatacaaagtaaacatgaccatatgctaaatataatatatatttaattcccagtgtccttcaaacacatatttctacttcctatcaacaacttctccagaaatcaaaatcatataagcatgccccggtcagtcggacacttacaaatctttctggtccaacacatggtaacaacatttttttttaagtcaaagggttttttcctagctctaaaaagccgtgacaggctctgttttctatttaaccacagaatatcattcctctcagtcagaacacatgtaaacaccaatctccttaactagccaaaataactagacggactacgtagatatttataccgttcacctccatgtagttatctgtgcggtacagtaagatttacgtcgcatatatgttacgatgcaacttaaactaaccgaacgtttcttgaaacgacaaaaagattagtcgacttacgttctaactaacgtcaccatctttatctcagaccctactaaagagttacgaccgggcttttgtgatag
gi|10 : ggggtgtctgtgagtatcgcttgatatgttggaaagttttataagtttcgaaaaaatattgaactttagttttagtagtaaagaatttttaaaaggagtaatttaaaaaaactattaataaatatcttttatcatctttcattttggaattttataaattgcatttcttatttcatatgtgattcaaatataaacggtagaatctagcatatgcttgtaaccaaaaaaaaaaagaaagcaaacaaatttactatttacttgccagttggattgtgggaaaagcgggggaggtgttagtttgttttgtgttttatgtttgtcttgtattacattttgttttttttgttagtatccTG----AC-GC-A--CATTAACAT-AGCA---ATG-TA-GG----GTG-CAACGTAAA-TTA--AG-ACATTTT--CG--TG-GAA---C-AC---AA-CA---A---T---C-CA-C--TTACCT------A--ATG-AT---T-A-AA-TC-TCA-CTTA--------CGT--AC-TAC--GTAT----AAGA---CT--TATGA-C---AGTTTTATGAAACtag
gi|11 : TC-TTT--G------CAA---ATA-CTT---ATGTT-TCTA---CG-T---A-A--AT-TT----CG-TCAC-----C-----GC-CG---AG------GAG----AC-GA-A--G-TTTACGTTCGCA---ATA-TATCG----A-G-CAAAGTAAG-T-A--CG-A-GTT----CG--TG-AAA---C-GC---TA-AA---A---T---T-CG-T--CTTCGT------A---TA-A----T-A-CG-TC-
gi|12 : TG-TA-CA----ACG-CAACGTCAA-TTA--CA-ACATTTC--CG--AG-AAA---C-A----TACAA---A---T---T-CA-T--CTACCT------A--CAA-GCA--TGA-TG-TC-CCA-CTTA--TA---T-----AC-TAC--G--TATTAAAGA---TT--TGCAA-T---GCTTTTGTGAAAC
gi|13 : acAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---C-GC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-A-CGTTT-CCG-CTCAAGAAG--TCGGA-AC-TAC--G--T----CAGA---CT--Tag
gi|14 : ataaAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---C-GC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-A-CGTTT-CCG-CTCAAGAAG--TCGGA-AC-TAC--G--T----CAGA---CT--T
gi|15 : ataaG----ATA-AAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---C-GC---TG-AA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CTG-CT---T-A-CGTTT-CCG-CTCAAGAAG--TCGGA-AC-TAC--G--T----CAGA---CT--
gi|16 : G----ATA-AAACGTAAAAGTA--CT-ACGTTTT--CG--AG-AAA---C-GC---TT-GA---A---T---T-CA-C--TTGTGT------A--CT--GC---T-A-CGTTT-CCG-CTCAAGAAG--TCGGA-AC-TAC--G--T----CAGA---CT--
gi|17 : CA--GA-A---AAA-TCGATA---T-A---AG-CGGT-CCCG--GT-C-AG--------TCG-GA---CATAA----------------GATCTT-CT-G-AC---CAAACGGT-AA---CAACA---NNCTTTT-
gi|18 : TCC-TC-AA-------ACAC---TA--TC----TA-C-TCCTA-TCA----AC--T--TCCA--G--A---AAAATCGATA---TAA---A--CGG--CCC
gi|2 : AGTAAAGAATTTTTAAGGAGGCG-AATTTAAAAAA--AA----AAATATATATATCCGTTTA-CAGTCTTTCACACCATTT--GA---TTTTAAA-TGGCATCT--TA--TTTAA-ATATGATTCAAATAT-AAAGTTATTACAAATGAGT--AATATCTAGC-GTAGCT--T-ACCAT----AAAAA-TA-AGCAAATTTACTTTc
gi|2 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaA-AGACTC-ACATAG--T-GTAA---ATGAATATG--TTGTAA-ATACAATA-AGGTTCT-TTATTTATTAA-ATATGAATTAGGCA-GCCA-TAGAATGAGAGGTATAATTTTCTTTTCACAAC-CGAAAAAAAAATAAAAATAAAATAAAAACC--ACTTTG----GTCGCTTTTCGC-TG--AA-TGGTT---A-AAT-CATTA--ACTGTTTGTTTTTGTAAGTTACTT-----TTC-TTGCTA-ATAA-TTCACAA-TGCTGTAAACTATAAAGCAAGTGTGTGCAG-A-GTGGACAATCAAAATACACCAATGAATATC---CGCTTGACTCCAAT-TTTAAAAATATATAAGCAATACGAACTTAT-CTTTGCATGAA--TTT----AAAAGATGT-A-ACAAGATAT----ATAA--GATAAAAAAAG--AA--A-T-C--------------TA-----GGAAAC---A-------ATTGCCATGA-TATAAA------TTAA--AAGAGC--------------------AAAAGC---AA-ATTGA--A---------------AAA-AGAAA---------AGTCA-A-CAAA-AAATGATCCAG--AGC----CCAT-A-AA-GTCTAAATAA-T----TA--T---TT--AATATT--T---A--TACAGTGGTC-TCTAA-------ACACAC-T---TCATAGTA-C-TCCTA-TTCAAC-ACAAT--TCCA--GA-G---CAAATCGG-A---T-A---A--CAG--CCGG--GT-C-AG--------TCGTTA---CATAA-----------------A--TTTTT-G-TC---AACACGGTCAA---CACCA---TTTTTTTAT-ATA---T-AG-AAGGTTTTTC--CCTAA-G-CTTTA-AACAACCTG--GATCCTGGTCTCTACTATTTTT------CTTTA-------AAC---A-TGTA--------T---CTTC--------A-AACA--TGTAATTAG------CACCCA-TTCGTC-CTCTGG------CAA---A-A-CT----A-GCAGCTGA---C--T---A-A-TA--TTA---CG-TCAC-----T-----TCTCG---AG------GTG----AC-GT-AATGATTTACGT-CGCA---ATG-TA--GTAGAATG---ACGTAAA-TT---C--ACGTTTT---G--TGAAAA---C-GC---TA-AA---A-------T-CG-C--CTACGT------A--CTA-CT---T-A-CG-TC-C---------AAT--TACGT-AC-TAC----------TAGA----T--TA--A-C---GCTTTTGTGAAAagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttaagactcacatagtgtaaatgaatatgttgtaaatacaataaggttctttatttattaaatatgaattaggcagccatagaatgagaggtataattttcttttcacaaccgaaaaaaaaataaaaataaaataaaaaccactttggtcgcttttcgctgaatggttaaatcattaactgtttgtttttgtaagttacttttcttgctaataattcacaatgctgtaaactataaagcaagtgtgtgcagagtggacaatcaaaatacaccaatgaatatccgcttgactccaattttaaaaatatataagcaatacgaacttatctttgcatgaatttaaaagatgtaacaagatatataagataaaaaaagaaatctaggaaacaattgccatgatataaattaaaagagcaaaagcaaattgaaaaaagaaaagtcaacaaaaaatgatccagagcccataaagtctaaataattatttaatatttatacagtggtctctaaacacacttcatagtactcctattcaacacaattccagagcaaatcggataacagccgggtcagtcgttacataaatttttgtcaacacggtcaacaccatttttttatatatagaaggtttttccctaagctttaaacaacctggatcctggtctctactatttttctttaaacatgtatcttcaaacatgtaattagcacccattcgtcctctggcaaaactagcagctgactaatattacgtcacttctcgaggtgacgtaatgatttacgtcgcaatgtagtagaatgacgtaaattcacgttttgtgaaaacgctaaaatcgcctacgtactacttacgtccaattacgtactactagattaacgcttttgtgaaagtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|3 : ggggtggtgatatgctgtgattagttgaagtttataagttgatataattgatgttaagttttagttaagtaaagaatttttaaggaggcgaatttaaaaaaaaaaatatatatatccgtttacagtctttcacaccatttgattttaaatggcatcttatttaaatatgattcaaatataaagttattacaaatgagtaatatctagcgtagcttaccataaaaataagcaaatttactttagcttgcagtttcggttgtggaaacggtttttgttttttttgttttttgtttgggggcggggggggggcggggggagttgtgtatatccttAGTAA-GAATTATCAAAG-GGAG-AATTAAAAAAATAAATAATAAATA-ATATATCGTTTTACTAGTCTT------CATTT--GA---TTAT-AA-T-GCAATTCATAAGTTTAATATG---TTCAAATATAAAAATTATTACAATAGAATAAAA-ATCTAAC-TAAGC----AGCCATAAAAAAAAA-AATAACAAACTCAGTTTTGAAAATTGTGATTGATAGTTTTGGAATCTAGATGCACTAAA-AGACTCAACATA-C-TGGTAATCAATGAATA-T--TTG-AA-ACA---TACAG---TT-TT--TTA--AA-AT-TGAATTA-GCATTCCA-TAAAGTT-GAAGTATAA-TTTCTTT--ACAATACGGGGGAAAAAGAGAAAGAAAATAAAAACCCATTTTTT----G-CCTTCTTCGC--G--CA-T-GTTTC-A-AAT-CATTA--CTTTATTTTTTTTTAAAGTT-CTTATCAGTTTAT-GCTATATATATTCACAA-CGCTGTAAATTATAAAACAAGTGTGAGCAG-ATGTGGACAATCAA---AC-TCAAT---CAAC---C-----ACTC--ATATTTAAAAATAGACAGCCAAAGC--ACT---ACTTGACAATAATTTTT--AAAAAAAAT-T-AGAGAA-A-ATAAA-ATAA--AATAAAGAAAA--TA--A-T-CGAACTGTACCTTTTTA-----TAAAA----A-------AT----AAAATGATAAA------ATAA--GAAAGC---------AAACTAACAATGAAAATA--AA-A---A--A---------------AAA-AAAAA---------ACCCA-A-CAAA-AAAT-ACTAAG--AGC----CATT-A-GTAGT-AAAAATA-TAA--TAATTCAATT--AATA-T--CAATT--TCCAGTGTCC-TC-AA-------ACAC-C-TA--TC----TA-C-TCCAA-CTAAAC-AC--T--TCCA--GATA---AAAATCATTA---T-A---A--C-A--CCCG--GTACAAG--------TCG-GA---CATAAG---CT-----------ATCTTTCT-G-TC------ACAGT-AA---C-ACA---TTTTTTT-TAATAG--C-AA-ATGGGTATTCCACCT-A-GCCTTTA-AAAAAGCCG--GA--CAGG-CTCTGTT-TTTTT------CTTT---------AC---A-TGTA--CTAAAAT---CCTC---GTC-AA-AACA--TGT-ATAAA------CACC---ATCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-CTGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----ATG-CAACGTAAA-TTA--CG-ACGTTTT--CG--TG-AAA---C-GC---AA-AA---A---T---T-CG-C--CTACGT------T--CTA-AC---T-A-CG-TC-CCA-CTTA--------CGT--AC-TAC--G--T----AAGA---GT--TGCGA-C---GCTTTTGTGAAACGgtgcccgctttgcctggcctctgatcttccaccagctcatgtcattccagccttcaaacaacctca
gi|4 : AAAAATAG-AAATAA-ACACAAATATAA--AACCAAGAAAA--AACCA-TAC--------------CA-----CAAAA----A-------A--------A-AACAAC------ACCA--AAAAAC---------AGA--A--AAAAAAAATTATAA-A---C--A---------------AGC-ACAAACGTACATATATCTATA-CAAA-AAAT-CATAGT--AGC----CCATTATGTCGT-TAAATTGCT----TG--TC-CCTTGAATACTATC---TGGCCCAGTGTCC-TC-AATCGACTAGCGC-CGTA--GC----TAGC-TCCTATCCAATCTAC--T--TTCACAGA-A---AACATCGATAATAT-A---AAGCGGTGCCCGCAGT-C-AGATCGCCATTCA-GAAAACCTAA----TT-CATTAT--GGATCTTCAT-GGTC---CA-ACTGT-AAAACTAATAGTTTTTTTTC-T-ATAGTCCGATGATGGGTTT-C--TCG-ATG-CTCTACAAAGAGTCGCTGA--CAGC-CTC-GTT-TTTTTGTT---CTTTA-------CAC---AATGTAAGCT----TATTCCTCA--GTC-AG-AACCCCTGT-ATAAATACGACCACC---AACGTT-GTT--G------CAA---A-AACTTATAACGCA-CTGA---CGCT---A-A-TACATTA---CG-TCAC-----CAAGATCC-CG---AGT-----GTG----AC-GT-A--GAATTACCT-CGCA---ATG-TA-CG----ATG--AACGTAA---TA--CG-ACATTTCTACGAATG-AAA---C-GCTAATA-AA---A---T---TACG-CCACTACGT------T--ATATAC---T-A---------G-CTCT--AAACTTTAGA-ACGTACTAA--TA---AAGA---GTAATAC-A-C---TCCTTTTTGAAACG
gi|5 : A-ATAA--A-TAAATAAAA--AG--AGC-C--------------TAAACAATAAAA----A-------AT----AAAA-AAAAAA------ATAATAAAAAGCTTAAGCAAAAAA--A--AAAAAAAAC---AA-C---A--ACACCCCCCCACCCCCAAATGAAAA---------ACCCA-AACAAACAAAA-ATTAAG--AGG----CCAT-A-GTCGT-TAAA----T----TG---C-TTT--AAT-----T---T--CCCAAT-TCC-TC-AA-------TCCA-C-TA--TC----TA-C-TC-TA-CAAACC-AC--T--TCCA--GA-A---AAC-TCGATA---T-A---A--CGG--CCCC--GT-C-AG--------TCG-GA---CATAAAAACTT-CCATTATTGGATCTTT-T-G-TC---CAGACG-T-AA---CAATA---TTTTTTT---ATA---CCAT-ATGGGTTTCC------A-G-CTCTA-AAAG-GCCG--GA--CAGGCCTCTGTT-TTTTC------TTTTA--------AC---A-TGTA--TT----T---CCTC---GGCAAA-AACA--TGT-ATAAA------CCACAATTTCGTTGCTT--G------C-A---A-A-CT----ACGCA-CT-A---CG-TAAAA-A-TA--TTA---CG-TCGC-------------------------------------------AATGTACGT--GCA---ACG-TA--A----AT---------AA-TTA--CG-AC-CTTT--CG--TG-GAAACGC-GC---TA-AA---A---T---T-CG-C--CTAC-T------AACCTA-ACTTTT-A-CG-TC-CCA-CTCA--------CGTA-AC-TAC--G--T----AAGA-------GACGA-T---GCTTTTGTGGAA
gi|6 : AGG-CTCTTTT-TATTT------ATTTATTTATTACAC---A-TGTA--CT----T---TCTC---GTC-AA-AACA--TGT-CTAAA------CAAC---CT-GTC-TTT--C------CAA---A-A-CTT---ACACA-CTGAGGACG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCACGCTTGT-----TC-CG---AG------GTG----AC-GT-A--GATTTACGT-CGCA---ATG-TA-CG----ATTTCAACGTAAA-TTA--CG-ATGTTTT--CG--TG-AAA---CCGC---TA-AA---AGGTT---C-CG-C--CTACGT------T--CTA-AC---C-AACG-TC-T-A-CTTA--------C-----C-TACTAG--T----CAAAGAGTT--TACGAAT---ACTTTTGTGAAACaatgc
gi|7 : CCGTT-ATCTT------CT----------CAC---A-TTT---CTCAG-T---CCTC---GTC-AACAACT--TAA-ATAAA------TGCC---ACTATC-TT---G------CAT---A-T-CT----ACGCA-CTAA---TG-T---A-G--AT-TGC---TG-TCAT-----C-----CA-CA---AG------ATG----AT-GT-A--GACTTACAT-AGTG---ATG-CA-CG----ATG-CAACGTAAA-CTA--CG-ATATTTT--CA--AG-AAA---A-GT---CA-AA---A---T---G-CA-T--TTACATGTATAAA--CTA-CT---T-A-CA-TC-CCA-CTTA--------C-GA-AC-TAT--G--T----ACGA---TT--TACGA-
gi|8 : -CTCTGCT-TTCTTAAGTTGCTTTT-------AAC---A----A--TT----T---CATC-----C-GC-AACC--CGC-ATGAA------AGCG---GCCATC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ATGTT-CT-A---CG-T---A-AATAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---AG------GAG----AC-GA-A--G-TTTACGTTCGCA---ATA-TATCG----A-G-CAAAGTAAG-T-A--CG-A-GTT----CG--TG-AAA---C-GC---TA-AA---A---T---T-CG-T--CTTCGT------A--CTA-AC---T-A-CG-TC-CCta
gi|9 : aacc-ATGGGTTTTC--CCT-A-G-CTCTA-AAAAA-CCG--GA--CAGG-CTCTGTT-TT-TT------CTTTA-------CAC---A-TGTA--CT----T---CCTC---GTC-AA-AACA--TGT-ATAAA------CACC---ATCGTC-TTT--G------CAA---A-A-CT----ACGCA-ATGA---CG-T---A-A-TAT-TTA---CG-TCAC-----C-----TC-CG---
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTATATTCTCAAATATACTC