lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 111111 333333333333333333333333333 1111111111 2222 111111111 333333333 3333333333333333333333333 111 66666666666666666666666666666666666666666 111111 1 4444444444 11 2222 11 1 22 1 1 33 1 3333 11 888888888888888888888888888888888888888 333333333 1 1 2 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 666666666666666666666666666 333333333333333 333333 111 2222222 2222222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44444444 4444444444444444444444444444444444444 11 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 11111111 666666666666666 1 22222222 333333333 11 11 9999999999 3333333333333 11111111 1111111111 2222222222222222222222222222 1111111 1111111111111111111111 1111111111111111 222222222222222222 3333333333333333333333333333333 11111111111111111 1111111111 1111111111111111111111
lowQualScore : 4 3 33 333333 22 2 222222222222222222222222222 44444 6666666 3333 2222222222 3333 777 222 000000000 77777 55555 55555 6 2 8 333333333 3 6 6 9999999999999999999999999 555 5 99999999999999999999999999999999999999999 999999 99 0 3 8888 4 8888888888 22 99 4444 33 0 33 0 0 0 33 7 3 6 2222 88 888888888888888888888888888888888888888 444444444 0 2 7 1 33 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66666 333333333333333333333333333 5 77 444444444444444 77 77 2 5 4 0 5 777777 111 1 4 1111111 99 2 2 1111111111111111 666 666 2 0 2 33 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 77 6666 2 6666 2 2 0 22222222 5555555555555555555555555555555555555 6666 44 77 5 3 3 44 3 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 66666666 222222222222222 6 0 55555555 444444444 2 0 55 0 99 8 11 0 3333333333 1 6 8888888888888 3 3 3 3 00000000 2 2222222222 2 2 66 99999 1111111111111111111111111111 333 8888888888 0000000 333 66666 3333 1 222 222 5555555555555555555555 3 22 222 9999999999999999 1 77777 4444 777777777777777777 1 9999999999999999999999999999999 22 44444444444444444 22 1111111111 1 8888888888888888888888 4 66 33
lowQualScore : . . .. ...... .. . ........................... ..... ....... .... .......... .... ... ... ......... ..... ..... ..... . . . ......... . . . ......................... ... . ......................................... ...... .. . . .... . .......... .. .. .... .. . .. . . . .. . . . .... .. ....................................... ......... . . . . .. .................................................................................................................................. ..... ........................... . .. ............... .. .. . . . . . ...... ... . . ....... .. . . ................ ... ... . . . .. ........................................................ . .. .... . .... . . . ........ ..................................... .... .. .. . . . .. . . ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . ........ ............... . . ........ ......... . . .. . .. . .. . .......... . . ............. . . . . ........ . .......... . . .. ..... ............................ ... .......... ....... ... ..... .... . ... ... ...................... . .. ... ................ . ..... .... .................. . ............................... .. ................. .. .......... . ...................... . .. ..
lowQualScore : 0 1 77 333333 99 1 000000000000000000000000000 22222 0000000 0000 0000000000 5555 333 666 333333333 00000 00000 33333 3 1 1 777777777 7 7 7 9999999999999999999999999 444 2 66666666666666666666666666666666666666666 222222 22 8 7 3333 0 0000000000 55 55 5555 88 0 88 0 0 7 77 0 3 0 3333 33 000000000000000000000000000000000000000 333333333 0 5 0 2 88 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 77777 333333333333333333333333333 7 99 333333333333333 99 99 7 7 3 4 7 000000 777 0 0 7777777 22 7 7 8888888888888888 222 666 4 1 4 22 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 44 1111 9 1111 9 9 7 11111111 3333333333333333333333333333333333333 5555 22 33 5 1 1 66 1 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 55555555 555555555555555 0 0 00000000 222222222 2 8 88 8 44 0 00 6 0000000000 0 0 2222222222222 1 1 1 1 44444444 9 7777777777 7 5 99 77777 7777777777777777777777777777 222 3333333333 9999999 000 11111 5555 7 999 333 8888888888888888888888 3 33 999 0000000000000000 7 22222 2222 000000000000000000 7 0000000000000000000000000000000 33 66666666666666666 33 2222222222 7 4444444444444444444444 0 22 44
consensus : NCCNGCAGGCA-TGT--TC--A-C-GA--AGC-T--A-T--CTTAGGA------C------T-----AAG-----A-C---GT-------G--TCCTAAGA-T-ATA-T-CTT---AGGAC----AC---GT-----C-----TT-----A-G-TCCTAAG---------AGTTTCTCAAGGCTTT-C-C------TA--AATTAAAACCTCGTCATAAGN--TCGTCCTAA-C--------TTT--AGG--AC-----ANCG-TC-------ACCCT------TGTCCT--AAGATCATCCTAAA-TT-TGTATNA-----ACAT-GACGGCANTCAT-G-ATATT--GAT-GCG-AA-GA-GCTCA--AGATA-CCACGAAA---GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAGA---CTA----CAAGTTCCC-TCANTC-GAGAA-ATTTGGGTTCCTCTTC--TTAC--TCATGAT-A-----------TCAACTCACA-AAATCAAATTCAGGAG-ACCGGCTTCGACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTG--NTTAA-TATTTT-------G---------------ACCTTGA-----CGCGAGT---A---CATGT---------T-ANT-G-TCAGG--TAC--AGC-ATATTGGAACT--ATT--GTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACATT----GC---ATTCGNTGTAA-------ACGA--AATCG-A-TA----------------ACAGC-GTGCCA-CTTC-GCTTG-A--T-CN--AGC---GTGCAA----A----CAC---T---------CANT----------GATTNGC-CGT----G-TGGT----T-T-CAA--AATAA-AAGTGAGTTTGGATGAC-CA--CG--TATGCCA-TTTTT-T----N--A----AT----GT--GA--TTGGT-CA-CTGAGA-AC-AAAAGTAAANACC---ACA---TG-TTTCATTGAAATCTATGAGAGGCC---TCG--CCAAAAT---TC--AC-AT-TTGC---ACGC-TCG-ATCAT-----CAAGCGAAGTGNCA---T---ATGT--TT----ATTG--A-AACGA---TAGT-------NCTA-GTACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---GGNATCGCG--ATA---------TTAT---TT--TCATTTTA--TTTC-TTCG------GA-T-GC--AGT--TTTTGTAGTTT-------TTTA-G-----------AC-ATNTTNAATANAC-----GNTATCT------ATA-----------TT-AA-ANA------ATCTG-TA-T--AA--ATAAA---------------TAAT-GTATTTC---TTNTCTACAGCC-GTA--TG-TGTCTAAATTTTAAATTATCACTCG-GAAAT-ATGTCGCGA--ATATCAT-T-TA-AAA-AAATGTAATGGAATAAGAAT-GTTCCTAAGTAGTTAGGA-C-GT-C-TT--------AA-CTT----A-----AGATG-TT-CCT--AAG-----ATAT--C-----------GTCG----------AG---AA----------AC-------AT---C-----CTA----A-G---A-CGT----------------------G-TC--CT---AAG-N-T--G-A----T--CTTAG-GACG-T-TCCT----AACNT-----TTT-------TCCTAA-GN-T-------------AT------------ATCT--T-----------------AGG--A----------CATGT-CTTAG-------G--A-----------A-AGTTTCG-CGA--ACAT
Reference ( gi|2 ) : ACCAGCAGGCA-TGT--TC--G-C-GA--AGC-T--A-T--CTTAGGA------C------T-----AAG-----A-T---GT-------G--TCCTAAG--T-ATG-T-CTT---AGGAC----AC---GT-----C-----TT-----A-G-TCATAAG-TC------AGTTTCTCAAGGCTTT-C-C------TA--AATTAAGGCTTCGCCATAAGA--TCGTCTTAA-C--------TTT--AGG--AC-----AGCG-TC-------ACCCT------TGTCCT--AAGATCCTCCTAAA-CT-TGTATTA-----TCCT-GATGGCTGTCAT-G-TTATT--GAT-GC--AA-GA-GCCCAG-ATATA-CCATAAAG---GGGTA--CTT-A-GA-GACTTTG--AC-AATCCGCTAG----TTACTTCCAAGTTCC--TCAGTG-GAGAA-ATTTGGATACCTATTC--TTAC--TCCTGAT-A-----------TAAACTCAC--AA-TCAAATTCAGGAATACTGGTTTTGACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTG--ATTGA--------------G---------------ACCTTGA-----TGTGAGT---T---CTTGT---------T-AAT-G-TCAGG--TAC--AGC-ATACTGGAACT--ATT--GTACAAGGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACAAA----GC---ATTTATTGTAA-------ACGA--AATCA-A-TA----------------ACAGC-GTGCTG-CTTC-GCTTG-A--T-AT--AGC---ATGCAA----A----CAT---C---------CAAT----------GATTCGT-CGT----G-TGGT----T-T-CAA-AAATAA-AAGTGAGTTTGGATGAC-CA--CG--TATGCCA-TATTT-T----G--A----AT----GT--GA--TCGGT-CA-CAAAGA-AC-AAAAGTAAATACC--TACA-TGTA-TTTCATTGAAATCTATGAGAAGCC---TCG--CGAGAAT---TT--AC-AT-TCGC---ACAC-TCG-ATCAT-----CAAACAAAGCGTCA---T--CATGT--TT----ATTA-TA-AACGA---TAGT-------TCTA-ATACATGAAATAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGCATCACA--AT----------TTAT---TT--GAATTTTA--TTTCATTTA------GA-------AAT-ATTTTATAATTT-------TTTA-G-----------A--ATGTTGAATATAC-----ATTATCT------ATA-----------TT-AA-ACA------ATCTG-TA-T--AA--ATAAA---------------TGAT-ATATTTC---TTTTATACAGCT-CTG--TA-TATCTAAATTTTCAATTATCACTCG-GAAAT-ATGTCGCGA--ATATCATGTTTAGAAATAAATGTAATGGAATAAGAAT-TTTCCTAACTAATTAGGA-C-GT-C-TT--------AA-CTT----A-----AGATG-TT-CCT--AAG-----ATAT--C-----------GTCG----------AG---AA----------AC-------AT---C-----CTA----A-G---A-CGT----------------------G-TC--CT---AAG-T-T--G-A----T--CTTAG-GACG-T-TCCT----AATTT-----TTT-------TCCTAA-GT-T-------------AT------------GTCT--T-----------------AGG--A----------CATGT-CTTAG-------G--A-----------A-AGTTTCG-CGA--ACAT
gi|1 : CCTGCAGGCA-TGT--TCTCA-C-GACAGGC-C--T-T--CTTAGGA------CC-----T-----AAG-----A-CCGCGC-------G--TCCTAAG--T-ATG-T-CTT---AGGAC----CCC--GT-----C-----TC-----ACG-TCTTAAG--------------CTCCAG---TT-T-C------T----------------CCATACGT--TCGTCCTAA-A--------CTT--AGGCGAC-----ACC--CC-------ACCC----------CCTCAAAGACCCATCTAAA-CTCTCTACTAATTAATCATCGATCGCACCCAT-GCTTATTCTGAT-GC--GATGACGCCCAACATATAGTCATGAACACCGGGTA--CTTCA-GACGACATTG--ACCAACCCGCTAGA---CTACTTACAAGTTCCCCTCCATGCGAGAACATCTG-ATTCCT--TC--TTACCTTCATGATCA-----------T---CTC-C--A---CAAAATCACAAGCACTTGTGTCTAC-------------A--AA--AACGCACTTGCAATTGA--------------C---------------TCTTCGA-----TGC-AGT---A---CT-GT---------T-ATTCGCTCAGG--TAC--AGT-ATTCTG--ACT--ACTCTGTACACGGGCTATTGCC--GTTCCACGACTTTCACATT----GC---CCTTCATGTGATCAAAACACAA--CATCA-AATAG---------------ACAGCCGTGCTG-CTTCCGCT-A-ACTT-CT--AGC---GTGCAA----AATTTCACTAAC---------CAAT----------GATTCGTCCGT----G-TGGT----T-TCCAACAAATGACAAACGCCTTCGGAT-AC-CA--CG--TAC-CCA----TT-T----G--AC---AT----AT--GAT-TCCGTACACCAAAGACACAAAAAGTAAAAACCCTTACACCGTACTCTCAC----ACTTGCGACACACCTAATCG--C-AGAAC---CC--AC-----CGCGCAACACATCGTATCATATATCCAGCCAAAATGTGC---TCCCACGC--TTCATAACTA-CACAACGATCCTAGT-------TCTACATACATGCACAACCGCAACACGCAAGGGCGCTTCACAGGGGATCACG--ACA---------ATAT---TT--TCA-TCCA--TTCCTTTT---------------------TTTT----TTT-------TTCACG-----------AC-ACGTCTCATAT-------ATTA--C------ACA-----------C-----ACA------CTCTGATACT--AACCATCAA---------------TAATCATATCTCTCTTTTCCTACAGCC-GTA--TGCTATCTAAATTTTCAATTATCACTCGCGAAATCATCTCGCGACCATATCCACTTTAGACA-AAAAGTAATGGAATACGAACGCTTCCTAAGTAGTTAGGA-C-GT-C-TT--------AA-ATTTC--A-----AG-TG-TT--CT--AAGCACTCAC-T--C-----------GTCG----------AG---AA----------AC-------AC---T-----CCA----A-G---A-CGCA---------------------G-TC--CCACAAAG-T-T--G-A----T--CTTAG-GATG-T-CTCT----AA-CT-----TTT-------TCCTAA-GT-T-------------AT------------ATCT--TAGGCGAGCATACCTTTCAGG--A----------CATGT-CTTAG-------G--AT----------ACAGTTTC
gi|8 : ctaggCCAGCTGGCAATGT--TC--A-CTGA--AAC-T--A-T--CTTAGGA------C------C-----AAG-----ACT---CA-------G--TCCTAAG--T-cccgttaacagccctgc
gi|15 : ttctaaaaaagtCAGGCA-TGT--CA--A-C-GA--AGC-T--A-T--CTTGTTA------C------T-----AACTTAACA-C---GT-------G--TCCTAAG--C-ATG-T-CTA---AGGAC----AC---GT-----C-----TT-----A-G-TCTTAAG-GC------AGTTTCTCAAAGCTTT-C-C------TC--AATTAATACCTCGTCATAAGT--TCGTTCTAA-T--------TTT--AGG--AC-----AGCG-TA-------ACCCT------TGTCAT--AAGGTCATCCTAAG-TC-TGTATTA-----ACAT-AACGGCAGTCAT-A-ATATT--GATGGC--AA-AA-GCgtttctcaaagcttttcctaaattaaatcctcgtagaacagttcgtcctaaactttaggacagcggtaacccttgtcctaagatcatcctaaagtttgtataaacaagacaccagtcattgatattaatgggaaagagctcaagacaccatgaaagggtattcttaagagacactgggacaacccgctagaaaattaaagttccctcatttgaggaatttggattcctcttctattatgaatcaattcacaaaatcaaatc
gi|37 : acCAGGCA-TGT--TC--A-C-GA--AGCTT--A-T--CTTAGGAT-----C------T-----AAG-----A-C---GT-------G---CTTAAG--T-ATC-A-CTT---A-GAC----A
gi|4 : ttactacgcaccataAGGCA-TGT--TC--A-C-GA--AAC-T--T-T--CCTAGGACATGTCC------T-----AAG-----A-T---GT-------G--GCCTAAGA-T-ATA-A-CTT---AAGAgc
gi|4 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatttatttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactatttAGACG-TGT--CC--A----A--AGT-TG-A-T--CTTAGGATGTTC-C------T-----AACT----A-T---TT----------TCTTAAG--TTATA-T-CTT---AGGCC----AC---AT-----C-----TT-----A-G-
gi|17 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatttatttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaAGGTA-TGT--TC--A-C-GA--AAC-C--A-TT-CCCAAGA------CATGCCCT-----AAG-----A-T---GTG------G--TTTTAAGA-T-ACA-G-CTT---AGGAgacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|36 : tcgtaagtagttaacatcttcttaactgaagatgtactaagatatcgtcgagatacatcgctattaaagacgtttcttagttgatcttaggatgtgcctaactttctAGGCA-TGT--TC--A-C-GA--AAC-T--T-T--CCTAAGACATGTCC------T-----AAG-----A-C---AT-------A--TCCTAAGA-T-ATA-A-CTT---AGGA
gi|36 : aggatgttcctaaccttttAGG-A-TGT--TC----C-TA--ACC-T--T-T--TTC----------C------T-----AAG-----T-T---AT-------A--TCTTAGGA-T-ATG-T-CTT---AGGAC----AT---GT-----C-----TT-----A-G-
gi|40 : AGGCA-TGT--TC--A-T-GA--AGC-T--T-T--C------------C------T-----AAG-----A-T---AT-------GACTTATAAGA-T-AAG-A-CTT---AGGAgaaagtttcgtgaacatgcct
gi|3 : ctttGGCA-TGT--TC--A-C-GA--AAC-T----T-------GC------C------T-----AAT-----A-T---AT-------G--TCCTAAGA-T-ATG-T-TCT---GCGAT----AT---AA-----C-----TT-----A-G-
gi|26 : tactcattatcaactcacaaatagaattcagactgctttgacttgggctggaaagcgattgttaaatcatttgtaactataaccttgacgtgagtacacgtaatggcaggtgtatcaaagctgttgtacacgggtattgtatggtttaatgattttacattgcatccaatgtaaacggaattgataacaatgtgctacttcgctagacttggcgcacacatttcactcacttacttgcagtgtgatttcaaaaataaaagtgagtttggatgatatgtcatattctctcaatgtgattggtcactaagaacaaatgtcgatcatttgcctcgtttaaacaatttgaactctcgatcaaacaaggagccaatttatcattgaacgatagtataaaaatctagtacatgaaacacgcgtgcatgcatgggttcaggtatcacaatacgcgtttaattatttctttcattttattttcattcattaattgattcatctagttttttgtaatctgactttatttggagtatttaataaacttctgatttcttagttcataagtttattaatttaaatatacaatatctatatcaaaataaaatttatatgtatagataatgtatttcttgtcaaccattgattgtgtctaacttttaaatcatcactcgaaaatatgtcgcaaatatcctaaaaattttgaaataagaatgttgctaagtacttcggacttcttaacttacaatgtttctaggatattgtcaacacatcctaagaagtgtcctaagttaatgatggtcccaactcttcatGGCA-TGT--TC--AAC-GA--AAC-T----T--C------------C------G-----AAG-----A-C---GT-------A--TCCTAAGGAT-ATG-T-CCT---GAGAT----AT---AA-----C-----TT-----A-G-GAA-AA----------AGTTT---AGAACTTT-C-C------TAAGAATTCAAACTT
gi|4 : cctaaagatcgggcctA-TGTCGTC--G-A-GA--AAC----A-T--C------------C------T-----AAG-----A-C---GT-------G--TCCAAAG--T--TGAT-CTT---AGGAT----GT----T-----C-----CT-----A-A-CTAT--------------TTTCTTAAG
gi|7 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatttatttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagGT--TT--T-C-GA--AAG-T--A-T--C------------C------T-----AAG-------T---TT-------GA-TCCTAAGA-T-ATA-T-CTT---AGGAC----AA---GT-----C-----TTAGGACA-G-TCCTGGG---------ACTATCTTACGACAAT-CGCAAATTGTA--AATCAAAGAT--GTCTTAAGA--TTGTCATAA-CAACG----TT----GG--ACTTAAGAATG-TCTT-----AGGAT------TGTCGT--AAGATTATC--AAA-CT-Tttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|15 : ggcctgT--TT--G-A-GA--AAC-T--G-C--CTTAAGA------C------T-----AAG-----A-C---GT-------G--TCCTTAGA-C-ATG---CTT---AGGAC----AC---GTGTTAAG-----TT-----A-G-TAACAAG-AT------AGCTTCttttttacatcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|1 : accaggcatgtcaac-GA--AAC-TGGA-G--CTTAAGA------CG-----T-----GAG-----A-C---GG-------GG-TCCTAAG----ACA-TACTT---AGGAC----GCGCGGT-----C-----TT-----AGG-TCCTAAG-gctttcctcaattaatacctcgtcataagttcgttctaattttaggacagcgtaacccttgtcataaggtcatcctaagtctgtattaacataacggcagtcataatattgatggcaaaagc
gi|16 : ctaggcctgcaggcatgttctcacgacaggccttA--AGT-TG-A-T--CTTAGGATGTTC-C------T-----AAC-----C-T---CT-------T--TACTAAG--TTATA-T-CTT---AGGTC----AT---AT-----CAAAGGTC-----ATG-TCTTAGG-AA------AGTTTCGCAAtccatacgttcgtcctaaacttaggcgacaccccaccccctcaaagacccatctaaactctctactaattaatcatcgatcgcacccatgcttattctgatgcgatgacgcccaacatatagtcatgaacaccgggtacttcagacgacattgaccaacccgctagactacttacaagttcccctccatgcgagaacatctgattccttcttaccttcatgatcatctccacaaaatcacaagcacttgtgtctacaaaaacgcacttgcaattgactcttcgatgcagtactgttattcgctcaggtacagtattctgactactctgtacacgggctattgccgttccacgactttcacattgcccttcatgtgatcaaaacacaacatcaaatagacagccgtgctgcttccgctaacttctagcgtgcaaaatttcactaaccaatgattcgtccgtgtggtttccaacaaatgacaaacgccttcggataccacgtacccatttgacatatgattccgtacaccaaagacacaaaaagtaaaaacccttacaccgtactctcacacttgcgacacacctaatcgcagaacccaccgcgcaacacatcgtatcatatatccagccaaaatgtgctcccacgcttcataactacacaacgatcctagttctacatacatgcacaaccgcaacacgcaagggcgcttcacaggggatcacgacaatattttcatccattcctttttttttttttcacgacacgtctcatatattacacacacactctgatactaaccatcaataatcatatctctcttttcctacagccgtatgctatctaaattttcaattatcactcgcgaaatcatctcgcgaccatatccactttagacaaaaagtaatggaatacgaacgcttcctaagtagttaggacgtcttaaatttcaagtgttctaagcactcactcgtcgagaaacactccaagacgcagtcccacaaagttgatcttaggatgtctctaactttttcctaagttatatcttaggcgagcatacctttcaggacatgtcttaggatacagtttccccgttaacagccctgc
gi|20 : tgagtttcgagattacccaccgtgaaaatatgtcacgaatatcataaatgttgtggaataattaggacgtcttaacttaaaatgttcttaatacatcgtcgagaaacatcctaagacgtgtcatA--AGA-T--A-TAACTTAGGG-------------------AAC-----A-T---GTTAGGAACA--TTTTAAG----ATGAT-CTT---AGGAC----AC---CT-----C-----TT-----A-G-
gi|7 : taaggacgtcttaacctaagatgtttccaagatatcgtcgagagacaccA--AGA-T--AGT--CCCAGGA------C------TGTCCTAAG-----A-C---TT-------G--TCCTAAGA-T-ATA-T-CTT---AGGAaagaggagatgtctaaagaaagtttcgtgaaaatgcct
gi|20 : ggcctggttttcgaaagtatcctaagtttga--A-T--CTTAAAATGTTC-C------T-----AAC-----A-T---GT-------T--CCCTAAGT-T-ATA-T-CTTAAGAGGAG----AT---GT-----C-----Tacgacaatcgcaaattgtaaatcaaagatgtcttaagattgtcataacaacgttggacttaagaatgtcttaggattgtcgtaagattatcaaacttttttttacatcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|26 : taaggacgtcttaacctaagatgtttccaagatatcgtcgagagacaccctaagaggtgtcctaagatc-T--CTTAGGAAAGTT-C------T-----AAA-----C-T---TT-------T--TCCTAAGT-T-ATA-T-CTC---AGGAC----AT---ATC----C-----TT-----A-G--GATACG-TCTTCGGAAGTTTCaaagaaagtttcgtgaaaatgcct
gi|16 : cctaaagatcgggcctaagtttgaat------C------T-----AAG-----A-C---GT-------G--TCATAAG--T--TGAT-CTT---AGGAgttgaacatgcc
gi|17 : tgagtttcgagattacccaccgtgaaaatatgtcacgaatatcataaatgttgtggaataattaggacgtcttaacttaaaatgttcttaatacatcgtcgagaaacatc------C------T-----AAG-----C-T---GT-------A--TCTTAAAACC-ACA-T-CTT---AGGGC----AT---GT-----C-----TT-----G-G-tgttcctaacctctttactaagttatatcttaggtcatatcaaaggtcatgtcttaggaaagtttcgcaa
gi|34 : tcgtaagtagttaacatcttcttaactgaagatgtactaagatatcgtcgagatacatcgctattaaagacgtttcttagttgatcttaggatgtgcctaactttcttc------C------T-----AAG-------T---TT-------GA-TCCTAGA--T-ATAAT-CTT---AGGAC----A----GT-----C-----CT-----A-G-gaatggtttcgtgaacatacct
gi|37 : cctggttttctgaaaagtatc-----A-T---AT-------G--TC-TAAG--TGATA---CTT---AAG-C----AC---GT-----C-----TT-----A-GATCCTAAGATA------AGCTTCggctatctttatcgacaatcgcaaaaatcaaag
gi|8 : ttactacgcaccTA-T-CTT---AGGACC---AA---GA-----C-----TC-----A-G-TCCTAAG-T--------GTTTCTCAAAGCTTTTC-C------TA--AATTAAATCCTCGT-AGAACAGTTCGTCCTAAAC--------TTT--AGG--AC-----AGCGGTA-------ACCCT------TGTCCT--AAGATCATCCTAAAGTT-TGTATAA-----ACAA-GACACCAGTCATTG-ATATT--AAT-GGGAAA-GA-GCTCA--AGACA-CCATGAAA---GGGTATTCTT-AAGA-GACACTGGGAC-AACCCGCTAGAAAATTA-----AAGTTCCC-TCATTT-GAGGA-ATTTGGATTCCTCTTCTATTA------TGA--A-----------TCAATTCACAAAA-TCAAATgtgaacatgcctggc
gi|39 : ttctaaaaaagtccagctggcaatgttcactgaaac-T-CTG---AGGACCAAAAC---GT-----C-----TT-----A-G-TACTAA--TC------AGTTTCTCGAAGCTTT-C-c
gi|8 : gttctcgaagcca-CTT---AGGACT---GA---GT-----C-----TT-----G-G-TCCTAAG-AT------AGTTTCtc
gi|20 : ttctaaaaaagtccagctggcaatgttcactTAAGG--ACGTCTTAA-CCTAAGATGTTTCCAAG--AT-----ATCG-TCGAGAGACACCCTAAGAGGTGTCCT--AAGATCATCTTAAA-tgtttctcaaagcttttcctaaattaaatcctcgtagaacagttcgtcctaaactttaggacagcggtaacccttgtcctaagatcatcctaaagtttgtataaacaagacaccagtcattgatattaatgggaaagagctcaagacaccatgaaagggtattcttaagagacactgggacaacccgctagaaaattaaagttccctcatttgaggaatttggattcctcttctattatgaatcaattcacaaaatcaaatc
gi|5 : CT------TGTTCT--ATGATCATCTTAAG-TT-TGTATAA-----ACAT-GACGGCATTCAA-G-ATATT--GAT-GCA-AA-GA-GCTCAC-AGATA-CTACGAAA---GGATA--TTT-A--A-TGCATTG--AC-AA------------------CCTAATTCC--GCAGTC-GAGAA-ATTTGGGTTCCTCTTC--TTAT--GCATG---A-----------TCAACACACA-AA-TAAAATTCAG----ACCAG-TTAGACTT----TG-----ACGGACCAACG-A-TTG--TTCAATTATTTTT------A---------------ACGTTGACTTAGCGTGAGTACATGTGCTTGT---------TCAGT-T-TTACGTTTACTAAGCTATA-------T--ATT--GTACAAAGG-GGTTGCGTGGTTCAGTGC-TTTCACAAATTTTGC---ATTCATTGTAA-------ACAA--AATTG-A-TATAATATCGATCTAATTACAGC-GTGCTA-TTTC-ACT---------C--AG-----TGCAA----ATTT-CAC---T---------CATT----------GATTGGC-CGT----A-TGGTACAGTAT-CAA-AAAT-----GCTAGTTTGGATGAC-CA--CG--atgttcctaacatgttccctaagttatatcttaagaggagatgtctaaagaaagtttcgtgaaaatgcct
gi|11 : t-ACTTGGGTTCCTCTTC--TTAC--TCATGGT-AAACCCCGGTGGTAAACTCAC--AAATCAAATTC-GGAA---TGG-CTTGACTT----GGGCCGAA--AA--AACG-G-TTG--TTTAACTATTTTCACTTGTG---------------AACTTGA-----TGTGAGT---A---CATG----------T-AATGG-TCAGG--T--------ATATTGAAACT--ATT--GTACAAAGG-TATTGCGT------------------------GC---ATTCATTGTAA-------ACGA--AATCA-A-C-----------------ACAG----ACTGACTTC-TTTTACA--T-GT--A-C---ATACActtaaaacgtaaagtctatttcgatacaactcacccaaatatttgcacacttgatcaagcacagtatcaggctgttattgaagtggcagtactagtaaatgtaacacacatgcatggattccagtatcaccatatccgtgt
gi|3 : TAC--TCAT--T-A-----------TCAACTCAC--AAATAGAATTCAG----ACTG-CTTTGACTTGGGCTG-----G--AA--AGCG-A-TTG---TTAA--------------ATCATTTGTAACTATAACCTTGA-----CGTGAGT---A---CACGT-----------AAT-G-GCAGG--TGT--ATC-A-----AAGCT--GTT--GTACACGGG-TATTGTATGGTTTAATGA-TTTTACATT----GC---ATCCAATGTAA-------ACGG--AATTG-A-TA----------------ACAAT-GTGCTA-CTTC-GCTAG-A--C-TT--GGC-----GCAC----A----CAT---TTCACT----CACT----------TACTTGC-AGT----G-TGAT----T-T-CAA-AAATAA-AAGTGAGTTTGGATGA----------TATGTCA-TATTC-T----CTCA----AT----GT--GA--TTGGT-CA-CTAAGA-AC-AAATGTCGAT------------CA-TTT------------------GCC---TCG--------T---TTAAACAAT-TTGA---ACTC-TCG----AT-----CAAACAAGGAGCCA---------AT--TT----ATCATTG-AACGA---TAGTATAAAAATCTA-GTACATGAAACACGCGTGCATGCATGGG---TTCA---GGTATCACA--ATACGCGTTTAATTATTTCTT--TCATTTTAT-TTTCATTCATTAATTGATTCATCTAGT-TTTTTGTAATCTGACTTTATTTG-G-----------A--GTATTTAATAAACTTCTGATT-TCTTAGTTCATAAGTTTATTAATTT-AA-ATATACAATATCTA-TA-TCAAA--ATAAAATTTATATGTATAGATAAT-GTATTTC---TTGT---CAACCATTGATTG-TGTCTAACTTTTAAATCATCACTCG-AAAAT-ATGTCGCAA--ATATCCT------AA--AAATTT--TGAAATAAGAAT-GTTGCTAAGTACTTCGGA-C-TT-C-TT--------AA-CTT----A-----CAATG-TT-TCT--AGG-----ATAT--T-----------GTC------------A---AC----------AC-------AT---C-----CTA----A-G---A-AGT----------------------G-TC--CT---AAG-T-T--A-A----T--------GATG-G-TCCC----AACTC-----TTC-------ATCTAA-GT-TATATCGCAGAAC-AT------------ATCT--T-----------------AGG--A----------CATAT-ATTAG-------G--C-----------A-AGTTTCG-TGA--ACATtgatgtaattag
gi|22 : -TTA--ATTAT--------------G---------------ACCTTGA-----CGCGAGT---A---CATGT---------A-ATT-G-TCAGG--TA--------TATTGGAATTGTATT--GTACAAAGG-TACTGCGTGGTTTAATGA-TTTCACATT----GCCGAACTTGATATA---------CGAGCAATCCTA-TA----------------ACAGC-----TA-CTTC-GCTTG-A--T-gcc
gi|4 : ttTTGA-----TGTGAGT---A---CATGTGACTACATTT-AATTG-TCAGG--TA--------TATTGGAAAT--ATT--GTACAAAAG-TTTTGCGTTGTTCAGTGA-TTTCGCATG----GC---ATTCATTGTAA-------ACAA--AATTG-A-Ttga
gi|38 : attat-G-TCAGG--TAC--AGC-ATACTGGAACT--ATT--GTACCATGG-TATTGCCTGGTTCAGTGA-TTTCACAttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatttatttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|5 : TCA-A-TA----------------ACAGC-CTGATA-CTGT-GCTTG-A--T-CA--AGT---GTGCAA----A----TAT---tt
gi|14 : tcttgttctatgatcatcttaagtttgtataaacatgacggcattcaagatattgatgcaaagagctcacagatactacgaaaggatatttaatgcattgacaacctaattccgcagtcgagaaatttgggttcctcttcttatgcatgatcaacacacaaataaaattcagaccagttagactttgacggaccaacgattgttcaattatttttaacgttgacttagcgtgagtacatgtgcttgttcagttttacgtttactaagctatatattgtacaaaggggttgcgtggttcagtgctttcacaaattttgcattcattgtaaacaaaattgatataatatcgatctaattacagcgtgctatttcactcagtgcaaatttcactcattgattggccgtatggtacagtatcaaaaatgctagtttggatgaccacgcttaaaacgtaaagtctatttcgatacaactcacccaaCA-A-TA----------------ACAGT-GCTCCA-CTTC-GCTTG-A--C-CA--AGT---TTGCTT----T----CAC---T---------CACT----------GACTGGC-CGT----G-TTGT----T-T-C----AAT-A-AAGTGTGTTCGGATGAC-CA--C---T-TGC-----------------A----AT----GT--GA--TTAGT-CA-CTGGGA-GC-AAAAGTAAAC-CC---------TG-TTTTATTAAAATCTTTCAGAGGCC---TCGTCCAA-----------AC-AT-TTTC---ATGC-TCG-ATCagtggcagtactagtaaatgtaacacacatgcatggattccagtatcaccatatccgtgt
gi|13 : atcgttcCG-A-TA----------------ACACT-GTGCCA-CTTC-GCTTG-A--TCATTTCGCTTCAT-CAA----G----CTT---T---------CAATTTCACTTACTGCTTAGC-CGT----A-TAGT----T-T-CAA----TAA-AAGCGAGTTTAGATAGC-AA--C-------------TTT-T----C--A----AT----GT--TA--TTGGT-CA-CTGTGA-AC-AATAGCAAAGTCC--AATA---------CATTGAAATCTGTGAGAAACG---TCGA-CGAAAAA---T-------T-TTGC---AC-C-TCG----AT-----CAAGCGAAGTG--A---T---ATGCCGTA----ATTG--G-AACGA---TGGT-------tagcgaagtgacctgctgtagtaagatgtttacctgt
gi|13 : tcgttcCA-A-TT----------------ACGGC-ATATCA-CTTC-GCTTG-A--T-CG--AG----GTGCAA--------------------------AAT----------TTTTCGT-CG
gi|19 : tcgttccgataacactgtgccacttcgcttgatcatttcgcttcatcaagctttcaatttcacttactgcttagccgtatagtttcaataaaagcgagtttagatagcaacttttcaatgttattggtcactgtgaacaatagcaaagtccaatacattgaaatctgtgagaaacgtCA-A-TA----------------ACAGA-A--CCA-TTTC-GCTTG-A--T-CG--AGG---GTGCA----------------------------------------GATCGGC-CGT----G-TAAT----T-T-CAATAAAT---------GTTTGAATGAC-CAATC---TAAGCTA-TTCTT-T----T--A----AT----AT--AA--TTGAT-CA-CTGAGA-GC-AAACGTAAA-----------------------GAAATCTATGAGAGGCC---TCgaacgatggt
gi|30 : tatctttgCA-A-GA----------------ACATC-GTGCCA-CTTC-CCTCG-A--C-CC--CGA---GTGCAA----A----TGT---CACT------CACT----------GACTGGC-CGT----G-TGGG----T-T-CAA----TAA-AAGTGAGTTTGAATGt
gi|29 : atgtactaccgttaCA-G-TA----------------ATAAT-GTGTAA-TTTC-CCTTG-A--T-CA--AGC---ATGCAA----A----TGT---TACTGGTACTCACG----------GATGGGC-CGT----G-TGAT----T-T-CAA----TAA-AAGTGAGTTT
gi|21 : tatactatcgttcA-A-TA----------------ACAGC-TTGCCA-CTTT-GCTCG-A--T-G---AAT---ATGGGA----A----TAT---cg
gi|32 : ggcaactcaccaaaa-A-CA----------------ACAGT-ACGCCA-CTTC-ACTT-----T-AC--CGC---A-ACAA----CTGT-CAT---T---------CATC----------GATTGGC-TGT----A-TAGT----T-T-CGA----TGG-AAGTGATGTTGGATGGT-CA--CGC-TATGTTA-Ttgaaatgatacatacacgaaccacacatgcatgggtacaatgattgtgatatctgtttaattttgttttcaaattcaattgaaatttaca
gi|10 : AGC-TTGTCA-CTTC-GCTTA-A--T-CG--AGC---GTGCAA----A----ta
gi|24 : atcaatgattcaatgtaccttgaaattccataaaatcaaacactatcgtttagaatcatttcgcttgatcaagcatgctaagttcactcactgattggcttcagtaaaagtgattttggatggccgcacaattctgtcaatgtgattggtcaataagaacaaatgtaattaaacctgtagaaagctatgagaagcctcgcccaaaacCTA-CTTC-GCTTG-A--T-CG--AGCT--CTGTAAGTTGA----CTC---C---------C--T----------GATTTGC-CGT----AATGGT----T-T------GATTT-GA-TGAGTTTGGAAGACGCA--CG--TATACCA-T-TCT-T----C--C----AT----GC--GA--TTGAT-CA-CTGAAA-AA-AAAcatactggaaagatagtacttacatgtatctttgattcg
gi|10 : cTTC-GCTTG-A--T-CA--AGC---ATGCTA----AGTT-CAC---T---------CACT----------GATT--------------GGC----T-T-CAG----TAA-AAGTGATTTTGGATGGC-CG--CA--CA-------ATTC-T----GTCA----AT----GT--GA--TTGGT-CA-ATAAGA-AC-AAATGTAATTAA----ACC-TGTA--------GAAAGCTATGAGAAGCC---TCG--CCCAAA--------AC--T-TTGC---ACGC-TCG----AT-----TAAGCGAAGTGACAAGCT--CA------T----ACTG-GA-AA-GA---TAGT-------ACT---TACATG
gi|4 : atcaatgattcaatgtaccttgaaattccataaaatcaaacactatcgtttagaatcat----CAC---T---------CAAT----------GATTTGC-TGT----G-TGGT----T----------------GTGAATTTGGATGA----------TATGCCACTATTT-T----C--A----AT----GT--GA--TTCGT-CA-CTAAAA-AC-AAAAGCAAAtatctttgattcg
gi|9 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgattt---------CAAT----------GAT-CGC-CGTATTTG-TGGT--------------------AGTGGATTTGGATGA----------TATGCCG-CTTTT-TTC--A--A----AT----GT--GAGCTTGGT-CA-CTAAAA-AC-AAAAGTTAAAGCC--Tgcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatttatttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|33 : tgttatgggttcccatccggcattcatttgtaaacaaactgattttcgct----G-TAAT----T-T-CAA----TAA-AAGTGGGTTTGGATGAC-CA--CGT-TACGCCA-TTTTT-TTTAAA--A----AT----GT--GA--TTGGT-CA-CTCAGA-AT-TAAAGtcgcccaaaattttgatacactcgatcaaagcaatgtattcctttatgtgatttttattatcacaatatcctttatttatttttgttattattttgaatttaaattttatttttattgtgcaaattatttatagtttcttatttattctattataattatt
gi|25 : GTTTGGATGAT-CA---GACTATGTCA-TTCTTAT----G--ATGTCATTCTTGT--GA--TTGGT-CA-CTCAAA-AC-AAAA-TAAA-------GC----TG-TTTCATTAAAGTTGATGAGAAGCC---TAGC-CCAGAGT---TT--GC-AT-cctctcccagaaatct
gi|31 : AC-CA--CAC-TGTGTCA-TTCTG-T----C--A----AT----GT--GA--CAGGT-CA-CTGTGA-AC-AAAAGTAAA-ACC--Tgctt
gi|23 : aacaagtttgctttggccctgcgttttcaataa--A----AT----GTCAGA--TTGGT-CA-CAGTGG--------GTG--TATC---ATA-T-TG-TTTCATTGAAATCTATGAGAGACC---T--------AATGCCCC--AA-ATCTTGC---ACAC-ATG-ATCAgtttgatgaaaa
gi|21 : tctcC---TCA--CCAAAA--------AT-AT-TCCC---ATAT-TC-----AT-----CGAGCAAAGTGGCA---A--GCTGT--T-----ATTT-GA-AATGA---TA----------C---ATACACGAACCAC----ACATGCATGGG---TACA---ATGATTGTGATAT----------CTGT---TT---AATTTTG--TTTaggaactcatgacagactgttatcggagtgatagtatgttgatgcaatatta
gi|5 : ggcaa--AT-AT-TTGC---ACAC-TTG-ATCA--------AGCACAGTATCA---G--GCTGT--T-----ATTG--A-AGTGG---CAGT-------ACTA-GTAAATGTAACAC----ACATGCATGGA---TTCC---AGTATCACC--AT----------tcaaattcaattgaaatttaca
gi|4 : tcttgttctatgatcatcttaagtttgtataaacatgacggcattcaagatattgatgcaaagagctcacagatactacgaaaggatatttaatgcattgacaacctaattccgcagtcgagaaatttgggttcctcttcttatgcatgatcaacacacaaataaaattcagaccagttagactttgacggaccaacgattgttcaattatttttaacgttgacttagcgtgagtacatgtgcttgttcagttttacgtttactaagctatatattgtacaaaggggttgcgtggttcagtgctttcacaaattttgcattcattgtaaacaaaattgatataatatcgatctaattacagcgtgctatttcactcagtgcaaatttcactcattgattggccgtatggtacagtatcaaaaatgctagtttggatgaccacgcttaaaacgtaaagtctatttcgatacaactcacccaa--AT----------TTAT---TTTTGTACTTTAATTTTC-TTTG------GAGTGGCA-AATGATTTTATAGTTT-------CTTA-GTTTATTAGATAATTATTTTAAATATAC-----GGTAGCT------ATA-----------TT-AAGAAA------ATCTG-TA-T--AA--ATAAA---------------TAAT-GTATTTC---TTGTCTACAGTT-GTA--TG-TGTATAGATTTTAGATTATCACTCG-GAAAT-ATGTCGCAA--ATATCAT----------AAATGTAATGGAATAAGAAT-GT---------ATTAGGA-C-GT-C-TT--------AA-CTT----A-----AGATG-TT-CCT--AAG-----ATGT--C-----------GTCG----------AG---AA----------AC-------AT---C-----CTA----A-G---A-CGT----------------------G-TC--CA---AAG-T-T--G-A----T--CTTAG-GATG-T-TCCT----AACTA-----TTT-------TCTTAA-GT-T-------------ATATCTTAGGCCACATCT--T-----------------AGG--A----------CATGT-CCTAG-------G--A-----------A-AGTTTCG-TGA--ACATatccgtgt
gi|6 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttattt--ATTTTAAATAAAC-----GGTATCT------TTA-----------TTTAG-AAA------ATCTA-TA-T--AC--ATAAA---------------TAAG-ACATTTC---ATTTCTATAGTT-TTA--TG-TGTCTACATTTT---------------AAAT-GTGTTGCGA--ATATCATGTGTACAAATGAAGGTAATGGAATAAGAAT-GTTCCTACGTAGTTAGGA-C-GT-T-TT--------AA-CTTTTAAA-----AGATG-CT-CCT--ACG-----ATAT--C-----------GTCG----------AG---Agcct
gi|16 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataattG-AAAAT-ATGTCACGA--ATATCAT----------AAATGTTGTGGAATAA-----------------TTAGGA-C-GT-C-TT--------AA-CTT----A-----AAATG-TT-CTT--AAT-----ACAT--C-----------GTCG----------AG---AA----------AC-------AT---C-----CTA----A-G---A-CGT----------------------G-TC--AT---AAG-T-T--G-A----T--CTTAG-GATG-T-TCCT----AACCT-----CTT-------TACTAA-GT-T-------------AT------------ATCT--T-----------------AGGTCATATCAAAGGTCATGT-CTTAG-------G--A-----------A-AGTTTCG-CAA--tccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgctctaagtttatcttagaatgttcctaacttttttcccaagttacatattaggatatgtctaaagaaagtttcgtgattatgcct
gi|15 : tgagtttcgagattacccaccgtTCCTAA--AATTAGAA-C-G--------------AA-CTT----ATGACGAGGTA-TT-AATTGAGG-----AAAG--C-----------TTTG----------AG---AA----------ACTGCCTTAAG---A-----CTA----A-G---A-CGT----------------------G-TC--CT---TAG-A-C----A----TG-CTTAG-GAC
gi|17 : accaggcatgtcaacgaagctatcttgttactaacttaacacgtTCGTAAGTAGTTAACATC-TT-C-TT--------AA-CTG----A-----AGATG-T--ACT--AAG-----ATAT--C-----------GTCG----------AG---AT----------AC-------AT---CG----CTATTAAA-G---A-CGT----------------------T-TC--TT---A-G-T-T--G-A----T--CTTAG-GATG-T-GCCT----AACTT-----TCT-------TCCTAA-GC-TGTATCTTAAAACCAC------------ATCT--T-----------------AGG--G----------CATGT-CTTGG-------G--A-----------ATGGTTTCG-TGA--ACATcagcgtaacccttgtcataaggtcatcctaagtctgtattaacataacggcagtcataatattgatggcaaaagc
gi|3 : AGTTGGGA-CCAT-CATT--------AA-CTT----A-----GGACACTT-CTT--AGG-----ATGT--------------GTTGACAATATCCTAG---AA----------AC-------AT---T-----GTA----A-GTTAA-GAA----------------------G-TC--CG---AAG-T------A-------CTTAGCAACA-T-TCTT-----ATTTCAAAATTT-------T--TAG-GA-T-------------AT---------------T--T-----------------GCG--A----------CATAT-TTTacct
gi|20 : tactcattatcaactcacaaatagaattcagactgctttgacttgggctggaaagcgattgttaaatcatttgtaactataaccttgacgtgagtacacgtaatggcaggtgtatcaaagctgttgtacacgggtattgtatggtttaatgattttacattgcatccaatgtaaacggaattgataacaatgtgctacttcgctagacttggcgcacacatttcactcacttacttgcagtgtgatttcaaaaataaaagtgagtttggatgatatgtcatattctctcaatgtgattggtcactaagaacaaatgtcgatcatttgcctcgtttaaacaatttgaactctcgatcaaacaaggagccaatttatcattgaacgatagtataaaaatctagtacatgaaacacgcgtgcatgcatgggttcaggtatcacaatacgcgtttaattatttctttcattttattttcattcattaattgattcatctagttttttgtaatctgactttatttggagtatttaataaacttctgatttcttagttcataagtttattaatttaaatatacaatatctatatcaaaataaaatttatatgtatagataatgtatttcttgtcaaccattgattgtgtctaacttttaaatcatcactcgTTAGGA-C-AC-C-T------------CTT----A-----GGGTG-TC-TCTCGACG-----ATAT--C------------TTG-----------G---AA----------AC-------AT---CTTAGGTTA----A-G---A-CGT----------------------cttcatctaagttatatcgcagaacatatcttaggacatatattaggcaagtttcgtgaacatgcc
gi|7 : taaggTTAAGA-C-AT-C-TTTGATTTACAA-TTT----G-----CGATT-GT-CGT--AAG-----ATA---------------GTCCC---------AG---GA----------CT-------GT---C-----CTA----A-G---A-CTT----------------------G-TC--CT---AAG-A-T--ATA----T--CTTAG-GAgatcatcttaaaatgttcctaacatgttccctaagttatatcttaagaggagatgtctaaagaaagtttcgtgaaaatgcct
gi|4 : ggcctggttttcgaaagtatcctaagtttgaTAGGA-C-AT-G-T------------CCT----A-----AGATG-TGGCCT--AAG-----ATATAACTTAAGAAAATAGTT-----------AG---GA----------AC-------AT---C-----CTA----A-G---A----------------------------TC-------AAC-T-TTGG-ACACGT--CTTAG-GATG-T-TTCTCGACGACAT-----CTTAGGAACATCTTAA-GT-TAAG----------AC------------GTCC--T-----------------AAT--A----------CAT-T-CTTAgattgtcataacaacgttggacttaagaatgtcttaggattgtcgtaagattatcaaacttttttttacatcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|20 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatttatttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaaAGGA-C-GT-C-TT--------AA-CCT----A-----AGATG-TT-TCC--AAG-----ATAT--C-----------GTCG----------AG---AG----------AC-------AC---C-----CTA----A-G---A-GGT----------------------G-TC--CT---AAG-A-T--C-A----T--CTTAA-AATG-T-TCCT----AACAT-----GTT-------CCCTAA-GT-T-------------AT------------ATCT--TAAG--------------AGG--A----------GATGT-CTAAA-------G--A-----------A-AGTTTCG-TGA--AAATggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|36 : taAGGA-T-GTTC-CT--------AA-CCT-------------TT-TT-CCT--AAGTT---ATAT--C------------TTA----------GG---AT----------AT-------GT---C-----TTA----G-G---A-CAT----------------------G-TC--TT---AGG-gcct
gi|7 : T--------AATCTT----A-----CGACA-AT-CCT--AAG-----ACAT--T-----------CTTA----------AGTCCAACGTTGTTATGACA------AT---C-----TTA----A-G---A-CATCTTTGATTTACAATTTGCGATTG-TC--GT---AAG-A-T--A-G----T--CCCAG-GACT-G-TCCT----AAGAC-----TTG-------TCCTAA-GA-T-------------AT------------ATCT--T-----------------AGG--AT---------CA-AA-CTTAG-------G--A-----------T-ACTTTCG-AAA--ACaaagtttcgtgaacatgcct
gi|36 : ggcctg-TT-CCT--AAG-----ACAT------------------------------------------------------GT---C-----CTA----A-G---A-CAT----------------------A-TC--CT---AAG-A-T----A----TAACTTAG-GAtcaaacttttttttacatcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|20 : aggatgttcctaaccttttT-CTT--AAG-----ATATAAC------------TTA----------GG---GA----------AC-------AT---G-----TTA----G-G---A--AC----------------------A-TT--TT---AAG-A-T--G-A----T--CTTAG-GACACC-TCTT----AGGGT-----GTC-------TCTCGACG----------------AT------------ATCT--T------------------GG--A----------AACAT-CTTAG-------G--agtttcgtgaacatgcct
gi|34 : taaggacgtcttaaAT--T-----------GTCG----------AT---AA----------AG-------ATAGCC-----CTA----G-G---A-C-T----------------------G-TC--CT---AAGAT-T--ATA----T--C-TAG-GAggagatgtctaaagaaagtttcgtgaaaatgcct
gi|7 : cctggttttctgaaaagtatcctaagtttgaTCG----------A----AA----------GT-------AT---C-----CTA----A-G-----TTT----------------------GATC--CT---AAG-A-T--ATA----T--CTTAG-GAC------------AA----------G-------TCTTAG-GA-C-------------A-------------GTCC--T-----------------GGG--A----------C-TAT-CTTAC-------G--AC----------A-A---TCG-CAA--cgcaaaaatcaaag
gi|1 : ggcctggtttG----------GG---AA----------ACTGT----AT---C-----CTA----A-G---A-CAT----------------------G-TC--CT---GAttgtaaatcaaagatgtcttaagattgtcataacaacgttggacttaagaatgtcttaggattgtcgtaagattatcaaacttttttttacatcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|34 : ctaggcctgcaggcatgttctcacgacaggccttcttaggacctaagaccgcgcgtcctaagtatgtcttaggaccccgtctcacgtcttaagctccagtttctccatacgttcgtcctaaacttaggcgacaccccaccccctcaaagacccatctaaactctctactaattaatcatcgatcgcacccatgcttattctgatgcgatgacgcccaacatatagtcatgaacaccgggtacttcagacgacattgaccaacccgctagactacttacaagttcccctccatgcgagaacatctgattccttcttaccttcatgatcatctccacaaaatcacaagcacttgtgtctacaaaaacgcacttgcaattgactcttcgatgcagtactgttattcgctcaggtacagtattctgactactctgtacacgggctattgccgttccacgactttcacattgcccttcatgtgatcaaaacacaacatcaaatagacagccgtgctgcttccgctaacttctagcgtgcaaaatttcactaaccaatgattcgtccgtgtggtttccaacaaatgacaaacgccttcggataccacgtacccatttgacatatgattccgtacaccaaagacacaaaaagtaaaaacccttacaccgtactctcacacttgcgacacacctaatcgcagaacccaccgcgcaacacatcgtatcatatatccagccaaaatgtgctcccacgcttcataactacacaacgatcctagttctacatacatgcacaaccgcaacacgcaagggcgcttcacaggggatcacgacaatattttcatccattcctttttttttttttcacgacacgtctcatatattacacacacactctgatactaaccatcaataatcatatctctcttttcctacagccgtatgctatctaaattttcaattatcactcgcgaaatcatctcgcgaccatatccactttagacaaaaagtaatggaatacgaacgcttcctaagtagttaggacgtcttaaatttcaagtgttctaagcactcactcgtcgagaaacactccaagacgcagtcccacaaagttgatcttaggatgtctctaactttttcctaagttatatcttaggcgagcataccttG----------AA---AA----------GT-------AT---C-----CTA----A-G-----TTT----------------------GATC--CT---AGA-TAT--A-A----T--CTTAG-GACA-G-TCCT----Acgttaacagccctgc
gi|4 : cctggttttctG---AC----------AT-------GT---C-----CTA----A-G---A-TGT----------------------G-GC--CT---AAG-A-T----A----TAACTTAA-GA-------------AAATA-----GTTAGGAACATCCTAA-G----------------ATC-----------AACT--T-----------------TGG--A----------CACGT-CTTAG-------G--------------A-TGTTTCT-CGACGACATgggctatctttatcgacaatcgcaaaaatcaaag
gi|26 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatttatttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagG---AA----------AC-------TT---C-----CGA----A-G---A-CGT----------------------A-TC--CT---AAG-ctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|7 : cctaaagatcgggcctaagtttgaattcttaggaaagttctaaactttttcctaagttatatctcaggacatatc-------AT---C-----CTA----A-G---A-TAT----------------------A-TC--TT---AGG-A-C--A-AG---T--CTTAG-GACA-G-TCCT----gttgaacatgcc
gi|26 : ggcctggttttcgaaagtatcctaagtttg---C-----CTA----AAG---ATCGG----------------------G--C--CT---AAG-T-TT-G-AAT--T--CTTAG-GAAA-G-TTCT----AAACT-----TTT-------TCCTAA-GT-T-------------AT------------ATCT--C-----------------AGG--A----------CATATCCTTAG-------G--ATACGTCTTCGGA-AGTTTCGTTGA--ACATgggactatcttacgacaatcgcaaattgtaaatcaaagatgtcttaagattgtcataacaacgttggacttaagaatgtcttaggattgtcgtaagattatcaaacttttttttacatcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|15 : ----A-G---G-CAT----------------------G-TCAACG---AAG-C-T----A----T--CTT------G-T-TACT----AACTTAACACGTG-------TCCTAA-GC---------------AT------------GTCT--A-----------------AGG--A----------CACGT-CTTAGTCTTAA-G--G-----------C-AGTTTCT-CAA--gcc
gi|6 : acc-CGT----------------------G-CT--CT---AAG-T-T--T-A----T--CTTAG-AATG-T-TCCT----AACTT-----TTT-------TCCCAA-GT-T-------------AC------------ATAT--T-----------------AGG--A----------TATGT-CTAAA-------G--A-----------A-AGTTTCG-TGA--gctttcctcaattaatacctcgtcataagttcgttctaattttaggacagcgtaacccttgtcataaggtcatcctaagtctgtattaacataacggcagtcataatattgatggcaaaagc
gi|7 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataattattttaaataaacggtatctttatttagaaaatctatatacataaataagacatttcatttctatagttttatgtgtctacattttaaatgtgttgcgaatatcatgtgtacaaatgaaggtaatggaataagaatgttcctacgtagttaggacgttttaacttttaaaagatgctcctacgatatcgtcgagatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-T--G-G----T--TTTCG-AAAG-TATCCT----AAGTT-----TGA-------TCCTAA-GA-T-------------AT------------ATCT--T-----------------AGG--A----------CAAGT-CTTAG-------G--A-----------C-AGTttatgcct
gi|36 : ggccAG-GATG-T-TCCT----AACCT-----TTT-------TCCTAA-GT-T-------------ATATCTTAGGATATGTCT--T-----------------AGG--A----------CATGT-CTTAG-------G--A-----------A-AGTTTCG-TGA--ACATcctgggactatcttacgacaatcgcaaattgtaaatcaaagatgtcttaagattgtcataacaacgttggacttaagaatgtcttaggattgtcgtaagattatcaaacttttttttacatcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|36 : ACT-T-TCCT----AAGAC-----ATG-------TCCTAA-GA-C-------------AT------------ATCC--T-----------------AAG--A----------TATAA-CTTAG-------GAAA-----------A-AGGTTAG--GA--ACATgcct
gi|40 : agg-----TTT-------TCCTAA-GT-C-------------TT------------ATCT--T-----------------ATA--AGT--------CATAT-CTTAG-------G--A-----------A-AGCTTCA-TGA--ACATttcgtgaacatgcct
gi|36 : cTT-------TCCTAA-GA-C-------------AT------------GTCC--T-----------------AAG--A----------CATAT-CCTAA-------G--A-----------gcct
gi|40 : aggatgttcctaacctttttcctaagttataTT-------TCCTAA-GA-T-------------AT------------GACTTAT-----------------AAG--A----------TAAGA-CTTAG-------G--A-----------A-Agtttcgtgaacatgcct
gi|16 : ct-------TCCTAA-G----------------ATC-----------AACT--T-----------------ATG--A----------CACGT-CTTAG-------G--------------A-TGTTTCT-CGA--gcttcatgaacatgcct
gi|26 : tgagtttcgagattacccaccgtgaaaatatgtcacgaatatcataaatgttgtggaataattaggacgtcttaacttaaaatgttcttaatacatcg-------TCCTAA-GGAT-------------AT------------GTCC--T-----------------GAG--A----------TATAA-CTTAG-------GAAA-----------A-AGTTTtgttcctaacctctttactaagttatatcttaggtcatatcaaaggtcatgtcttaggaaagtttcgcaa
gi|37 : cctaaagatcgggcctaagtttgaattcttaggaaagttctCTAA-GT-G-------------AT------------A-CT--T-----------------AAG-------------CACGT-CTTAGATCCTAAG--AT----------A-AGCTTCG-TGA--ACATtacgtcttcggaagtttcgttgaacatgcc
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GCGCACAAAACAAATTCCGAACGGTTTGACTTGTGTGGGGAAAACGATTGTTCAAACACTTTTACCTATGACCTTGACATGAGTGCATGTAATTAACAGCTGACTAGGAGAAGATGTAGTGTAGATTGTCAAGGTATATCACTTCGACTTAAAGCATAGTACCAAGGTATCGCATGGCTCAGTGGTTTTGCATGGCATTGTTTGTGAAAAAAACCCAAAAATACCGATTAGTGTACA
Unaligned ( gi|18 ): TTGGCCCGAGAAACACACGGTGATGTGCAAATTAACACTGTGAACGTGAGGTGATAGTTGCATTAGAGACTATTACAAGGAGCTGTGCAGCGCCAGCATCCATTGTAAACGTGACAGAAACCGGAAATCTTTTTTATCATTGCATAAGTAATATTCATTAGA
Unaligned ( gi|27 ): AACTGAATTATCGAAAGTGCTTAGAATATACACGTAAAATCCGTATGTTGAAGATAGAATGCATCCTTCTTGATATGAAAATCTTTTGTGTTATATCAATTTTAC
Unaligned ( gi|28 ): AAGACATGTTTAAATCAATAAGGAAGTTCTTATTTATTTTCCTGATTAAGTCATTCATACATCTTTAATTTGGCCTGAACAGAAAGTTTCTTTAACATGCTTGC
Unaligned ( gi|35 ): AGTCTTAGGATTGGTCATAACGATTATCAACTTTCTTCTTACATTCATTTTACGGGGTAAAATAGTATATAATTTAAATTTTCAAAACCAA
Unaligned ( gi|41 ): AGAATGCTCCACATAAGACAAATACATGTAGATCTAACTGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333333333 3 1111 11111 222 22222222222 11 222222 11 22222 11111 11111 11111 2 111 1111 11 111111 11 1 666666666666666 2222 111 33333333333333 5555555555555555555555555555555555 999999999999999999999 11111 2222222222 3333333333 1111111 2222222222222222 1111111111111 444444444 33333333 22222 111111111111 7777777777777777777777 444444 222222222222 111 444444444444444444 22222222222222222222 2222 111 1111 33333333333333 111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 33333333333333 333333 111111 44444444444444444444444444444444444 444444444444444 11 111 1111 11111 1111 2222222222 111 777777777777777777 111 11111111111111111 11111 3333333333333 111111111111 22222222222222222 1111111111111 111111111111 11111111111
lowQualScore : 1 8 99 6 99 6 6 6 111111111111111 0 0 7777 6 66666 6 888 1 6 5 0 88888888888 11 1 333333 0 11 00000 1 33333 99 6 9 6 6 1 66666 6 1 55555 8 8 8 0 2 777 2 8888 33 444444 33 0 2 888888888888888 9999 1 0 8 6 5 0 000 99999999999999 5 5 1 8888888888888888888888888888888888 99 666 444 111111111111111111111 5 5 22222 2 0 9999999999 1 8 8 4 55 0000000000 22 9999 66 66 4 1 4 9999 888 77 0 6666666 66 3 0 3 3333333333333333 555 0 2 1 5555555555555 33 3 55 333333333 33 555 2 1 2 5555 2 2 33333333 33 2 33 44 00000 22 33 0 44 2 444444444444 6666 33 33 2 2 0 555 44 2222222222222222222222 1 777 3 666 7777 4 666 777777 555 5 3 777777777777 111 77 333333333333333333 66 44444444444444444444 3 3 8888 111 2222 1 3 2 00000000000000 111 99999 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 11111111111111 8 000000 1 1 8 999999 88888888888888888888888888888888888 8 6 99 99 111111111111111 33 111 1 44 6 4444 44444 5 2222 0 5 5555555555 555 1 77 5 5 5 111111111111111111 1 000 5 0 1 777 2 66 4 4 66666666666666666 1 00000 1 777 4 8888 4 3 3 555 1 33 44 3 2 4 1 0000000000000 777777777777 55555555555555555 5555555555555 777777777777 77777777777 6 77
lowQualScore : . . .. . .. . . . ............... . . .... . ..... . ... . . . . ........... .. . ...... . .. ..... . ..... .. . . . . . ..... . . ..... . . . . . ... . .... .. ...... .. . . ............... .... . . . . . . ... .............. . . . .................................. .. ... ... ..................... . . ..... . . .......... . . . . .. .......... .. .... .. .. . . . .... ... .. . ....... .. . . . ................ ... . . . ............. .. . .. ......... .. ... . . . .... . . ........ .. . .. .. ..... .. .. . .. . ............ .... .. .. . . . ... .. ...................... . ... . ... .... . ... ...... ... . . ............ ... .. .................. .. .................... . . .... ... .... . . . .............. ... ..... .................................................... . .............. . ...... . . . ...... ................................... . . .. .. ............... .. ... . .. . .... ..... . .... . . .......... ... . .. . . . .................. . ... . . . ... . .. . . ................. . ..... . ... . .... . . . ... . .. .. . . . . ............. ............ ................. ............. ............ ........... . ..
lowQualScore : 0 0 22 7 22 7 7 7 888888888888888 2 9 9999 7 77777 7 555 0 7 0 6 22222222222 00 0 222222 8 00 00000 0 00000 22 7 3 7 7 0 77777 7 0 22222 2 0 0 0 5 555 0 5555 88 555555 88 0 5 555555555555555 5555 0 2 0 4 0 8 222 77777777777777 7 0 4 8888888888888888888888888888888888 22 888 555 555555555555555555555 7 0 55555 0 4 9999999999 0 0 0 0 55 9999999999 88 4444 11 11 4 9 4 4444 888 22 9 2222222 99 6 5 3 5555555555555555 222 8 7 0 7777777777777 99 8 00 333333333 99 000 0 0 9 7777 7 7 77777777 99 7 77 88 88888 00 99 1 55 9 444444444444 1111 99 99 9 9 4 000 66 5555555555555555555555 2 000 9 444 7777 0 333 111111 444 1 1 333333333333 777 66 333333333333333333 99 33333333333333333333 0 0 3333 777 3333 0 3 2 55555555555555 777 88888 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 44444444444444 0 000000 0 0 8 000000 88888888888888888888888888888888888 0 7 22 22 777777777777777 00 777 0 33 7 2222 33333 7 1111 1 7 3333333333 777 7 99 7 7 7 000000000000000000 7 000 7 1 4 444 2 99 4 4 99999999999999999 9 00000 1 000 0 5555 0 6 6 888 0 66 66 3 8 0 0 4444444444444 555555555555 00000000000000000 3333333333333 555555555555 77777777777 2 55
consensus : NCCAGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AC---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAG--AGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AAACC-----TCGTCATAA--GTTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-CT-TGTATTAA-----CAT-GACGGCAGTCAT-G---ATATTGATGCGAA-GA-GCCCA-ANATAC---CATGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---CT-AC----AAGTTCCCT--CANTCGAGAA-ATTTGGGTTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACTC-ACAAAATCAAATTCAGGA--ACCGGTTT-GACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTGTTCAA-------T-A-TTT-------TGAC-CTT-GA-----CGTGAGTACATGT---------NATT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--ATT--GTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTGC---ATTCATTGTAA-------ACGA--AAT-CGA-TA----------------ACAGC-GTGCCACTTC-GCTTG-------------A--TCGAGCG-TGCAAAT-T------C--ACT---CACTGATTGG-CCGT----G-TGGTTT-C-A--AAA-T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCC--ATT-CTT-T----C--A----AT----GT--GA--TT-GGT-CACTGAGAAC---AAAAGTAA--ANACC---A-A-T-GT--TTCATTGAAATCTAT---GAGAGGCC---T----CG-CC--AAAA---ACATTTGC---ACGC-TCG-ATC----ATCAAGCGAA---GTG-NCAC-A--TGT--T--T----ATTG-GAACGATAGT-------NCTAGT-------ACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGTATCACGAT---------AT---TAT---TTTNAT--TTT-------A--TTTC--TTTA------GA--------------T-C----AG-T-TTTTATAATTT-------TTTA-GACA----TNTTNAATANAC----GGTATCT------ATA-----------TT-AA-ANA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-ATATTTC---TTTTCTACAGCTGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-T-CA-T--T-TA------A-AAT-AATGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAGATA-----TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCT---AAGTT-GA--TCT-TAGGACGTTCCTAACTTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG---------A---CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTTCG-TGAACAT
Reference ( family-515 ) : NCCNGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AC---GT--GTCCTAAGATATATCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAG--AGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AAACC-----TCGTCATAA--GNTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----ANCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-TT-TGTATNAA-----CAT-GACGGCANTCAT-G---ATATTGATGCGAA-GA-GCTCA-AGATAC---CACGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---CT-AC----AAGTTCCCT--CANTCGAGAA-ATTTGGGTTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACTC-ACAAAATCAAATTCAGGAG-ACCGGCTTCGACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTGNTTAA-------T-A-TTT-------TGAC-CTT-GA-----CGCGAGTACATGT---------TANT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ATTGGAAC----T--ATT--GTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTGC---ATTCGNTGTAA-------ACGA--AAT-CGA-TA----------------ACAGC-GTGCCACTTC-GCTTG-------------A--TCNAGCG-TGCAAA---------C--ACT---CANTGATTNG-CCGT----G-TGGTTT-C-A--AAA-T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCC--ATT-TTT-T----N--A----AT----GT--GA--TT-GGT-CACTGAGAAC---AAAAGTAA--ANACC---ACA-T-GT--TTCATTGAAATCTAT---GAGAGGCC---T----CG-CC--AAAATTCACATTTGC---ACGC-TCG-ATC----ATCAAGCGAA---GTG-NCAT-A--TGT--T--T----ATTG-AAACGATAGT-------NCTAGT-------ACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---GGNATCGCGAT---------AT---TAT---TTTCAT--TTT-------A--TTTC--TTCG------GA--------------TGC----AG-T-TTTTGTAGTTT-------TTTA-GACA----TNTTNAATANAC----GNTATCT------ATA-----------TT-AA-ANA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-GTATTTC---TTNTCTACAGCCGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-T-CA-T--T-TA-----AA-AA--AATGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAGATA-----TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCT---AAGNT-GA--TCT-TAGGACGTTCCTAACNTTTTTCCTAAGNT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG---------A---CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTTCG-CGAACAT
gi|1 : CCTGCAGGCA-TGTTCTCAC-GACAGGC-CTTCTTAGGA-CCTAAG-----ACCGCGC--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----CCCGTCTC-----ACGTCTTAAG-------CTCCAG--TTT-C-------------------TC--CATAC--GTTCGTCCTAA-A----CTTAGGCGAC-----ACC--CC--ACCC----CCTCAAAGACCCATC-TAAA-CTCTCTACTAATTAATCATCGATCGCACCCAT-GCTTATTCTGATGCGAT-GACGCCCA-ACATATAGTCATGAACACCGGGTA--CTTCA-GACGACATTG--ACCAACCCGCTAG--A---CT-ACTTACAAGTTCCCCTCCATGCGAGAACATCTGA-TTCCT--TCTTACCTTCATGAT-------------CATCTCCACAAAATCA----CAAGC--ACTTGTGTCTAC-------------A--AA--AACGCACTTGC--AA-------T-------------TGACTCTTCGA-----TGC-AGTAC-TGT---------TATTCGCTCA-G--GTACAGTAT----TCTG--AC----T--ACTCTGTACACGGGCTATTGCC--GTTCCACGACTTTCACA----TTGC---CCTTCATGTGATCAAAACACAA--CAT-CAAATAG---------------ACAGCCGTGCTGCTTCCGCT-A-------------ACTTCTAGCG-TGCAAAATTT-----C--ACTAACCAATGATTCGTCCGT----G-TGGTTTCC-AACAAA-T-GACAAACG--CCTTCGGAT-AC-CA--CG-TAC-CC--A----TT-T----G--AC---AT----AT--GA--TTCCGTACACCAAAGACACAAAAAGTAA--AAACCCTTACACC-GTA-CTC--TCACACTTGC---GACACACCTAAT----CG--C--AGAACCCAC---CGCGCAACACATCGTATCATATATCCAGCCAAAATGTGCTCCC-A--CGC--T--TCATAACT--ACACAACGAT-------CCTAGTTCTACATACATGCACAACCGCAACACGCAAGGGCGCTTCACAGGGGATCACGAC---------AA---TAT---TTTCA---TCC-------A--TTCC--TTT---------------------------------T-TTTT----TTT-------TTCACGACA----CGTCTCATA---------TAT-T------ACA------------C-AC-ACA------CTCTGATACT--AACCATCA---------------ATAATCATATCTCTCTTTTCCTACAGCCGTATGCTAT----CTAAA-----TTTTCA-A----TTATC-ACT-C----GC--GAAATC--ATCTCGCGACCATA-TCCACT--T-TA-----GACAA--AAAGTAATGGAATACG---AACGCTTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------A----TTTC--AAG-TGTT-CTAAG-CACTCACTCGTCGAGAAACAC---T-CCA----A-GA-CGCAGTCCCACAAAGTT-GA--TCT-TAGGATGTCTCTAAC-TTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTTAGGCGAGCATACCTTTCAGG---------A---CATGT------------CTTAGGAT----------ACAGTTTC
gi|10 : ctaggCATTTC-GCTTG-------------A--TCAAGCA-TGCTAAGTT------C--ACT---CACTGATTGG-C-------------TT-C-A--G---T-AA-AAGTG--ATTTTGGATGGC-CG--CA-CA------ATT-CTG-T----C--A----AT----GT--GA--TT-GGT-CAATAAGAAC---AAATGTAATTAAACC-------T-GT-----A--GAAAGCTAT---GAGAAGCC---T----CG-CC--CAAA---AC-TTTGC---ACGC-TCG--------ATTAAGCGAA---GTG-ACA--A---GC--TCAT----ACTG-GAAAGATAGT-------ACT--T-------ACATGTATCcccgttaacagccctgc
gi|11 : atcaatgattcaatgtaccttgaaattccataaaatcaaacactatcgtttagaat-ACTTGGGTTCCTCTTCTTAC--TCATGGTAAACCCCGGTGGTAAACTC-AC-AAATCAAATTCGGAA----TGGCTT-GACTT----GGGCCGAA--AA--AACG-G-TTGTTTAAC------T-A-TTTTCACTTGTGAA-CTT-GA-----TGTGAGTACATGT---------AATG-G-TCA-G--GT-----AT----ATTGAAAC----T--ATT--GTACAAAGG-TATTGCG------------------------TGC---ATTCATTGTAA-------ACGA--AAT-CAA-C-----------------ACAGA-CTG--ACTTC-tttgattcg
gi|12 : C-ACAAAA-CAAATTCCGAA----CGGTTT-GACTTGTG-TG-----GGGAA--AACG-A-TTGTTCAAACACTTTT-A-CCTA------TGAC-CTT-GA-----CATGAGTGCATGT---------AATT-A-ACA-G--ttttacatgtacatacatgatgtaattag
gi|12 : gcgATT-G-TCAAG--GTATATCACTTCGACTTAAAG----C--ATA--GTACCAAGG-TATCGCATGGCTCAGTGG-TTTTGCA----TGGC---ATTGTTTGTGA-------AAAA--AAC-Cctgactaggagaagatgtagtgtagattgtcaaggtatatcacttcgacttaaagcatagtaccaaggtatcgcatggctcagtggttttgcatggcattgtttgtgaaaaaaacccaaaaataccgattagtgtaca
gi|13 : gcgcacaaaacaaattccgaacggtttgacttgtgtggggaaaacgattgttcaaacacttttacctatgaccttgacatgagtgcatgtaattaacagctgactaggagaagatgtagtgtag-CGA-TA----------------ACACT-GTGCCACTTC-GCTTGATCATTTCGCTTCA--TCAAGCT-TTCAATTT-------C--ACT---TACTGCTTAG-CCGT----A-TAGTTT-C-A--A---T-AA-AAGCG--AGTTTAGATAGC-AA--C--------------TTT-T----C--A----AT----GT--TA--TT-GGT-CACTGTGAAC---AATAGCAA--AGTCC---A-A-T-A-----CATTGAAATCTGT---GAGAAACG---T----CG-ACGAAAAAT-----TTTGC---AC-C-TCG--------ATCAAGCGAA---GTG---AT-A--TGCCGT--A----ATTG-GAACGATGGT-------caaaaataccgattagtgtaca
gi|14 : tcgttc-CAA-TA----------------ACAGT-GCTCCACTTC-GCTTG-------------A--CCAAGTT-TGCTTT---------C--ACT---CACTGACTGG-CCGT----G-TTGTTT-C-----AA-T--A-AAGTG--TGTTCGGATGAC-CA--C---------------TT-G----C--A----AT----GT--GA--TT-AGT-CACTGGGAGC---AAAAGTAA--AC-CC-------T-GT--TTTATTAAAATCTTT---CAGAGGCC---T----CGTCC--AA-----ACATTTTC---ATGC-TCG-ATC-----T--AGCGAA---GTG-AC
gi|14 : atcgttc----------------ACAGC-AGGTCACTTC-GCTAG-------------A--TCGAGCA-TGAAAA---------ctgctgtagtaagatgtttacctgt
gi|15 : atcgttccaataacagtgctccacttcgcttgaccaagtttgctttcactcactgactggccgtgttgtttcaataaagtgtgttcggatgaccacttgcaatgtgattagtcactgggagcaaaagtaaaccctgttttattaaaatctttcagaggcctcgtccaaacaCAGGCA-TGTCA--AC-GA--AGC-TATCTTGTTA-C-TAACTTAACAC---GT--GTCCTAAG-CATGTCTAAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCTTAAGGCAGTTTCTCAAAGCTTT-CCTCAATTA-ATACC-----TCGTCATAA--GTTCGTTCTAA-T----TTTAGG--AC-----AGCG-TA--ACCCTTGTCAT--AAGGTC-ATCCTAAG-TC-TGTATTAA-----CAT-AACGGCAGTCAT-A---ATATTGATGGCAA-AA-GCagtaagatgtttacctgt
gi|16 : acTGAG-----TTTCGAGA----TTACCCACCGT----G---AAAAT---ATGTCACGA--ATA-T-CA-T---------------A--AATGTTGTGGAATAA---------------------T--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAAATGTTCTTAATACA-----TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCAT---AAGTT-GA--TCT-TAGGATGTTCCTAACCTCTTTACTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGGTCATATCAAAGGTCATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTTCG-CAA
gi|17 : TCGTAAG-TAGT--TAACATCTT-CTTAA------C----TG----AAGATGT-ACTAAGATA-----TCGTCGAGATACAT---CGCTATTAAA-GA-CGT-TTCTT---A-GTT-GA--TCT-TAGGATGTGCCTAACTTTCTTCCTAAGCTGTATCTTAAAACCACA------------TCTT-----------------AGG---------G---CATGT------------CTTGGGA-----------ATGGTTTCG-TGAACAT
gi|19 : -CAA-TA----------------ACAGA-A--CCATTTC-GCTTG-------------A--TCGAGGG-TGCA------------------------GATCGG-CCGT----G-TAATTT-C-A--A---T-AA-A--TG----TTTGAATGAC-CAATC--TAAGCT--ATT-CTT-T----T--A----AT----AT--AA--TT-GAT-CACTGAGAGC---AAACGTAA--A-----------------------GAAATCTAT---GAGAGGCC---T----Cacct
gi|2 : tatctttgCCAGCAGGCA-TGTTC--GC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AT---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCATAAGTCAGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AGGCT-----TCGCCATAA--GATCGTCTTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-CTCCTAAA-CT-TGTATTAT-----CCT-GATGGCTGTCAT-G---TTATTGATGC-AA-GA-GCCCAGATATAC---CATAAA-G--GGGTA--CTT-A-GA-GACTTTG--AC-AATCCGCTAGTTA---CTTCC----AAGTTCC-T--CAGTGGAGAA-ATTTGGATACCTATTCTTAC--TCCTGATA-----------TAAACTC-ACAA--TCAAATTCAGGAATACTGGTTTTGACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTGATTGA----------------------GAC-CTT-GA-----TGTGAGTTCTTGT---------TAAT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--ATT--GTACAAGGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----AAGC---ATTTATTGTAA-------ACGA--AAT-CAA-TA----------------ACAGC-GTGCTGCTTC-GCTTG-------------A--TATAGCA-TGCAAA---------C--ATC---CAATGATTCG-TCGT----G-TGGTTT-C-A--AAAAT-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCC--ATA-TTT-T----G--A----AT----GT--GA--TC-GGT-CACAAAGAAC---AAAAGTAA--ATACCT--ACA-T-GTATTTCATTGAAATCTAT---GAGAAGCC---T----CG-CG--AGAATTTACATTCGC---ACAC-TCG-ATC----ATCAAACAAA---GCG-TCATCA--TGT--T--T----ATTATAAACGATAGT-------TCTAAT-------ACATGAAATAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGCATCACAAT----------T---TAT---TTGAAT--TTT-------A--TTTCA-TTTA------GA---------------------AA-TATTTTATAATTT-------TTTA-GA-A----TGTTGAATATAC----ATTATCT------ATA-----------TT-AA-ACA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATGAT-ATATTTC---TTTTATACAGCTCTGTA-TAT----CTAAA-----TTTTCA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-T-CA-TGTT-TA-----GA-AATAAATGTAATGGAATAAG---AATT-TTCCTAAC-TAAT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAGATA-----TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCT---AAGTT-GA--TCT-TAGGACGTTCCTAATTTTTTTCCTAAGTT-------------ATG------------TCTT-----------------AGG---------A---CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTTCG-CGAACATt
gi|20 : aAGGA-CGT-CTTAA------C----CT----AAGATGTTTCCAAGATA-----TCGTCGAGAGACAC---C-CTA----A-GA-GGT-GTCCT---AAGAT-CA--TCT-TAAAATGTTCCTAACATGTTCCCTAAGTT-------------ATA------------TCTTAAG--------------AGG---------A---GATGT------------CTAAAGA-----------A-AGTTTCG-TGAAAAT
gi|21 : taC---T----CA-CC--AAAA---ATATTCCC---ATAT-TC---------ATCGAGCAAA---GTG-GCA--AGCTGT--T--A----TTTG-AAATGATA----------C--AT-------ACACGAACCAC----ACATGCATGGG---TACA---ATGATTGTGAT---------AT---CTG---TTTAAT--TTT-------G--TT----TTCA------AA--------------TTC----AA-T-Tgcct
gi|22 : ggcaa-A-TTA-------TGAC-CTT-GA-----CGCGAGTACATGT---------AATT-G-TCA-G--GTA-----T----ATTGGAAT----TGTATT--GTACAAAGG-TACTGCGTGGTTTAATGA-TTTCACA----TTGCCGAACTTGATAT---------ACGAGCAATCCTA-TA----------------ACA-----GCTACTTC-GCTTG-------------A--TTGAgaaatttaca
gi|23 : ttttaTC-T----C--A----AT----GTCAGA--TT-GGT-CACAGTGG---------GTG----TATC---ATA-TTGT--TTCATTGAAATCTAT---GAGAGACC---TAATGCC-CC--AAA--TC----TTGC---ACAC-----ATG----ATCAAG-GAACTCATG-ACAG-AC-TG---T--T----ATCG-GAGTGATAGT-------
gi|24 : CTACTTC-GCTTG-------------A--TCGAGCTCTGTAAG---------TTGACT---CCCTGATTTG-CCGT----AATGGTTT-------GA-T-TT-GA-TG--AGTTTGGAAGACGCA--CG-TATACC--ATT-CTT-C----C-------AT----GC--GA--TT-GAT-CACTGAAAAA---AAAatgttgatgcaatatta
gi|25 : cGTTTGGATGAT-CAGAC--TATGTC--ATT-CTTAT----G--ATGTCATTCTTGT--GA--TT-GGT-CACTCAAAAC---AAAA-TAA--AG-C--------T-GT--TTCATTAAAGTTGAT---GAGAAGCC---T----AG-CC--CAGA-----GTTTGC---ATGC-T
gi|26 : ---C-CTA----AAGATCGG-G-CCT---AAGTTTGAATTCT-TAGGAAAGTTCTAAACTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTC-----------------AGG---------A---CATATC-----------CTTAGGATACGTCTTCGGA-AGTTTCGTTGAACATt
gi|29 : ACATTTGC---ATGC-TTG-ATC----A---AGGGAA---ATT-ACAC-A--TTA--T--T----ACTG-GAACGATAGT-------gcc
gi|29 : tat-TA----------------ATAAT-GTGTAATTTC-CCTTG-------------A--TCAAGCA-TGCAAATGTTACTGGT--ACT---CACGGATGGG-CCGT----G-TGATTT-C-----AA-T-AA-AAGTG--AGTTTtactggtactcacggatgggccgtgtgatttcaataaaagtgagtttcg
gi|3 : tatactatcgttccagTAC--TCAT--TA-----------TCAACTC-ACAAA-TAGAATTCAG----ACTG-CTTTGACTTGGGCTG-----G--AA--AGCG-A-TTGTTAAA-------TCA-TTTGTAACTATAAC-CTT-GA-----CGTGAGTACACGT----------AAT-G-GCA-G--GTG-----T----ATCAAAGC----T--GTT--GTACACGGG-TATTGTATGGTTTAATGA-TTTTACA----TTGC---ATCCAATGTAA-------ACGG--AAT-TGA-TA----------------ACAAT-GTGCTACTTC-GCTAG-------------A--CTTGGCG-CACACATTT------C--ACT---CACTTACTTG-CAGT----G-TGATTT-CAA--AAA-T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGA---------TATGTCATATT-CTC-T----C--A----AT----GT--GA--TT-GGT-CACTAAGAAC---AAATGTCG--A------------------TCATT----T------------GCC---T----CG-TT--TAAA--CA-ATTTGA---ACTC-TCG--------ATCAAACAAG---GAG-CCA--A--TTTA-T--C----ATTG--AACGATAGTATAAAAATCTAGT-------ACATGAAACACGCGTGCATGCATGGG---TTCA---GGTATCACAATACGCGTTTAAT---TATTTCTTTCAT--TTT-------A--TTTTCATTCATTAATTGA--------------TTCATCTAGTT-TTTTGTAATCTGACTTTATTTG-GA-G----TATTTAATAAACTTCTGATTTCTTAGTTCATAAGTTTATTAATTT-AA-ATATACAATATCTA-TA-TCAAA--ATAAAATTTATATGTATAGATAAT-GTATTTC---TTGTCAACCATTGATTG-TGT----CTAAC-----TTTTAA-A----TCATC-ACT-C----G---AAAAT---ATGTCGCAA--ATA-T-CC-T------------A-AA--AATTT--TGAAATAAG---AATG-TTGCTAAG-TACT--TCGGA-CTT-CTTAA------C----TT----ACAATGTTTCTAGGATA-----TTGTC--AACACAT---C-CTA----A-GA-AGT-GTCCT---AAGTT-AA--T------GATGGTCCCAACTCTTCATCTAAGTTATATCGCAGAAC-ATA------------TCTT-----------------AGG---------A---CATAT------------ATTAGGC-----------A-AGTTTCG-TGAACATcg
gi|30 : ACATTTGC---A--C-TCG-G-G----GTCGAGGGAA---GTG-GCACGA--TGT--T--C-----TTG-TAACGGTAGT-------ACgcc
gi|30 : atA----------------ACATC-GTGCCACTTC-CCTCG-------------A--CCCCGAG-TGCAAATGT------C--ACT---CACTGACTGG-CCGT----G-TGGGTT-C-----AA-T-AA-AAGTG--AGTTTGAATGcactcactgactggccgtgtgggttcaataaaagtgagtttgaatg
gi|31 : atgtactaccgttacaagAC-CA--CACTGTGTC--ATT-CTG-T----C--A----AT----GT--GA--CA-GGT-CACTGTGAAC---AAAAGTAA--A-ACC-------T-GT--TTGA-TGAAA
gi|32 : aacaagtttgctttggccctgcgttttcaataaA-CA----------------ACAGT-ACGCCACTTC-ACTTT-------------A--CC--GCA--ACAACTGT------C--ATT---CATCGATTGG-CTGT----A-TAGTTT-C-----GA-T-GG-AAGTG--ATGTTGGATGGT-CA--CGCTATGTT--ATT-a
gi|33 : ----G-TAATTT-C-A--A---T-AA-AAGTG--GGTTTGGATGAC-CA--CGTTACGCC--ATT-TTT-TTTAAA--A----AT----GT--GA--TT-GGT-CACTCAGAAT---TAAAGa
gi|34 : ---AAGAT-AG--CCC-TAGGACTGTCCTAAGATTATATCTAGGAT-------------CAA------------ACTT-----------------AGG---------A---TACTT------------TTCAGAA-----------A-Acctctcccagaaatct
gi|34 : cctggTCCTAAGTTTGATCCTA-GAT-------------ATAA-----------TCTT-----------------AGG---------A---CA-GT------------CCTAGGtatcgacaatcgcaaaaatcaaag
gi|34 : cctggttttctgaaaagtaA-----TTGTCGATAAAGATAGCC-CTA----G-GA-C-T-GTCCT---AAGAT-TA--TATCTAGGAgctatctttatcgacaatcgcaaaaatcaaag
gi|36 : cctggttttctgaaaagtatcctaagtttgaAGGATGTTCCTAACCTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG---------A---TATGTCTTAGGACATGTCTTAGGA-----------A-AGTTTCG-TGAACATcgcaaaaatcaaag
gi|37 : CAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGCTTATCTTAGGATC-TAAG-----AC---GT--G-CTTAAG-TATCACTTA-GAC----Agcct
gi|38 : ttactacgcaccata-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--ATT--GTACCATGG-TATTGCCTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTgc
gi|39 : ATCTGAGGACCAAAAC-GTCTT-----A-GTACTAATC-AGTTTCTCGAAGCTTT-C
gi|4 : gttctcgaagccTT-GA-----TGTGAGTACATGTGACTACATTTAATTG-TCA-G--GTA-----T----ATTGGAAA----T--ATT--GTACAAAAG-TTTTGCGTTGTTCAGTGA-TTTCGCA----TGGC---ATTCATTGTAA-------ACAA--AAT-TGA-Ttc
gi|4 : attat---------C--ACT---CAATGATTTG-CTGT----G-TGGTT------------------GTG--AATTTGGATGA---------TATGCC--ACTATTT-T----C--A----AT----GT--GA--TT-CGT-CACTAAAAAC---AAAAGCAA--Attcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatttatttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|4 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatttTTTGA---ACAC-TCG-ATC----A---AGCAAG---GTA-TCCT-AGCTGT--TATT----ATTA-AAAC-ATGGT-------GTTA---------------------------TGCACGGG---TTCA---AGTATCACAAT---------ATCCGTAT---TTTTTT--TTTAGTTATCA--TTTT--TTAA------AA--------------T-C----AG-T-TTTTAT--TTA-------TTTA-gcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatttatttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|4 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctatT---TAT---TTTTGTACTTT-------AATTTTC--TTTG------GAGTGGCAAATGATTTTAT----AG-T-TTCT-TAGTTT-------ATTA-GATAATTATTTTAAATATAC----GGTAGCT------ATA-----------TT-AAGAAA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-GTATTTC---TTGTCTACAGTTGTATG-TGT----ATAGA-----TTTTAG-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCAA--ATA-T-CA-T---------------A--AATGTAATGGAATAAG---AATG-T----------AT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAGATG-----TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCA---AAGTT-GA--TCT-TAGGATGTTCCTAACTATTTTCTTAAGTT-------------ATATCTTAGGCCACATCTT-----------------AGG---------A---CATGT------------CCTAGGA-----------A-AGTTTCG-TGAACATtttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|40 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatTTTTCCTAAGTC-------------TTA------------TCTT-----------------ATA---------AGT-CATAT------------CTTAGGA-----------A-AGCTTCA-TGAACATgcct
gi|5 : cCTTGTTCT--ATGATC-ATCTTAAG-TT-TGTATAAA-----CAT-GACGGCATTCAA-G---ATATTGATGCAAA-GA-GCTCACAGATAC---TACGAA-A--GGATA--TTT-A--A-TGCATTG--AC-AACCT---------------------AATTCCG---CAGTCGAGAA-ATTTGGGTTCCTCTTCTTAT--GCATG--A-----------TCAACAC-AC-AAATAAAATTC---AG-ACCAG-TTAGACTT----TG-----ACGGACCAACG-A-TTGTTCAAT------T-ATTTT-------TAAC-GTT-GACTTAGCGTGAGTACATGT---------GCTT-GTTCA-GTTTTAC-GTTT----ACT-AAGCTATAT--ATT--GTACAAAGG-GGTTGCGTGGTTCAGTGC-TTTCACAAATTTTGC---ATTCATTGTAA-------ACAA--AAT-TGA-TATAATATCGATCTAATTACAGC-GTGCTATTTC-AC-------------------TCA---G-TGCAAATTT------C--ACT---CATTGATTGG-CCGT----A-TGG-TA-C-A--GTA-TCAA-AAATGCTAGTTTGGATGAC-CA--CG-gcct
gi|5 : tTAAAGTCTATTTCGATACAAC---T----CA-CC--CAAAT----ATTTGC---ACAC-TTG-ATC----A---AGCACA---GTA-TCAG-GC-TGT--T-------ATTG-AAGTGGCAGT-------ACTAGT-------AAATGTAACAC----ACATGCATGGA---TTCC---AGTATCACCAT---------AT---cttaaaacgtaaagtctatttcgatacaactcacccaaatatttgcacacttgatcaagcacagtatcaggctgttattgaagtggcagtactagtaaatgtaacacacatgcatggattccagtatcaccatatccgtgt
gi|6 : tcttgttctatgatcatcttaagtttgtataaacatgacggcattcaagatattgatgcaaagagctcacagatactacgaaaggatatttaatgcattgacaacctaattccgcagtcgagaaatttgggttcctcttcttatgcatgatcaacacacaaataaaattcagaccagttagactttgacggaccaacgattgttcaattatttttaacgttgacttagcgtgagtacatgtgcttgttcagttttacgtttactaagctatatattgtacaaaggggttgcgtggttcagtgctttcacaaattttgcattcattgtaaacaaaattgatataatatcgatctaattacagcgtgctatttcactcagtgcaaatttcactcattgattggccgtatggtacagtatcaaaaatgctagtttggatgaccacgcttaaaacgA----TTTTAAATAAAC----GGTATCT------TTA-----------TTTAG-AAA------ATCTA-TA-T--AC--ATAA---------------ATAAG-ACATTTC---ATTTCTATAGTTTTATG-TGT----CTACA-----TTTTAA-A----T--------------------------GTGTTGCGA--ATA-T-CA-TG-TGTA-----CA-AATGAAGGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTACG-TAGT--TAGGA-CGT-TTTAA------C----TTTTAAAAGATGCTCCTACGATA-----TCGTCGAGAccgtgt
gi|6 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataatt-CGT-GCTCT---AAGTT-TA--TCT-TAGAATGTTCCTAACTTTTTTCCCAAGTT-------------ACA------------TATT-----------------AGG---------A---TATGT------------CTAAAGA-----------A-AGTTTCG-TGAtccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgctctaagtttatcttagaatgttcctaacttttttcccaagttacatattaggatatgtctaaagaaagtttcgtgattatgcct
gi|7 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataattattttaaataaacggtatctttatttagaaaatctatatacataaataagacatttcatttctatagttttatgtgtctacattttaaatgtgttgcgaatatcatgtgtacaaatgaaggtaatggaataagaatgttcctacgtagttaggacgttttaacttttaaaagatgctcctacgatatcgtcgagatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTTT--TC-GA--AAG-TATCCTAAGT-T-TGA----------------TCCTAAGATATATCTTAGGAC----AA-GTCTTAGGACA-GTCCTGGG--ACTATCTTACGACAAT-CGCAAATTGTAAATCAAAGAT-GTCTTAA--GATTGTCATAA-CAACGTT--GG--ACTTAAGAATG-TCTTAGGATTGTCGT--AAGATT-ATC--AAA-CT-TTTTTTTA-----CAT-ttatgcct
gi|7 : ggcctg-T--AA--ATCA---------------A-AAT--TATTTG---TTTCCCATTTCTATATG-TATTAAACTAAAGGTGATTTCAA-AGGAATTGTC-ATT-TTTTGGTTTGAAATGTAATGTTAT-A--ATACT-CT-T--T-TACCCGTAA-AAT-GATGTAA--AAAAAAGTTTGATA-ATCTTACGACAATCCTAAGA-CATTCTTAAGTCCAACGTTGTT----ATGACAATCTTAAGACA-----TCTTTGATTTACAA---T-TTG----C-GA-T-T-GTCGT---AAGAT-AG--TCC-CAGGACTGTCCTAAGACTTGTCCTAAGAT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG---------AT--CA-AA------------CTTAGGA-----------T-ACTTTCG-AAAACcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|8 : ggcctgCCAGCTGGCAATGTTC--ACTGA--AAC-TATCTTAGGA-C-CAAG-----AC----TCAGTCCTAAGattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|8 : ttctaaaaaagtTATCTTAGGACC---AA-GACTC-----A-GTCCTAAG--TGTTTCTCAAAGCTTTTCCTAAATTA-AATCC-----TCGT-AGAACAGTTCGTCCTAAAC----TTTAGG--AC-----AGCGGTA--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAAGTT-TGTATAAA-----CAA-GACACCAGTCATTG---ATATTAATGGGAAAGA-GCTCA-AGACAC---CATGAA-A--GGGTATTCTT-AAGA-GACACTGGGAC-AACCCGCTAG--AAAATT-A-----AAGTTCCCT--CATTTGAGGA-ATTTGGATTCCTCTTC-TA---TTATGA-A-----------TCAATTC-ACAAAATCAAATtgtttctcaaagcttttcctaaattaaatcctcgtagaacagttcgtcctaaactttaggacagcggtaacccttgtcctaagatcatcctaaagtttgtataaacaagacaccagtcattgatattaatgggaaagagctcaagacaccatgaaagggtattcttaagagacactgggacaacccgctagaaaattaaagttccctcatttgaggaatttggattcctcttctattatgaatcaattcacaaaatcaaatc
gi|9 : ttctaaaaaagtccagctggcaatgttcactgaaac---------C--GCT---CAATGAT-CG-CCGTATTTG-TGGT------------------AGTG--GATTTGGATGA---------TATGCC--GCT-TTT-T----TCAA----AT----GT--GAGCTT-GGT-CACTAAAAAC---AAAAGTTA--AAGCC---c
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGGCCCGAGAAACACACGGTGATGTGCAAATTAACACTGTGAACGTGAGGTGATAGTTGCATTAGAGACTATTACAAGGAGCTGTGCAGCGCCAGCATCCATTGTAAACGTGACAGAAACCGGAAATCTTTTTTATCATTGCATAAGTAATATTCATTAGA
Unaligned ( gi|27 ): AACTGAATTATCGAAAGTGCTTAGAATATACACGTAAAATCCGTATGTTGAAGATAGAATGCATCCTTCTTGATATGAAAATCTTTTGTGTTATATCAATTTTAC
Unaligned ( gi|28 ): AAGACATGTTTAAATCAATAAGGAAGTTCTTATTTATTTTCCTGATTAAGTCATTCATACATCTTTAATTTGGCCTGAACAGAAAGTTTCTTTAACATGCTTGC
Unaligned ( gi|35 ): AGTCTTAGGATTGGTCATAACGATTATCAACTTTCTTCTTACATTCATTTTACGGGGTAAAATAGTATATAATTTAAATTTTCAAAACCAA
Unaligned ( gi|41 ): AGAATGCTCCACATAAGACAAATACATGTAGATCTAACTGA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333 1111 11111 222 22222222222 11 222222 11 22222 11111 11111 11111 2 111 1111 11 111111 11 1 666666666666666 2222 111 44444444444444 2222222 55555555555555 777777777777777777777 11111 1111111111 2222222222 1111111 2222222222222222 1111111111111 1111111111 33333333 22222 5555555555555555555 2222222222 2222222 3333333333333333 2222222222222 2222 111 111 33333333333333 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 44444444444444444444444444444444444 444444444444444 11 111 1111 11111 1111 2222222222 111 777777777777777777777 111 11111111111111111 11111 3333333333333 111111111111 22222222222222222 1111111111 111111111111 1111111111111
lowQualScore : 8 99 6 99 6 6 6 111111111111111 6 7777 6 66666 6 888 1 6 5 0 88888888888 11 1 333333 0 11 00000 33333 99 6 9 6 6 66666 6 55555 8 8 8 0 1 777 8888 33 444444 33 0 2 888888888888888 9999 1 0 8 0 000 33333333333333 5 5 1 3 3333333 6 6 00000000000000 99 666 7 1 888888888888888888888 5 5 22222 0 55 9999999999 4 8 4 55 4444444444 33 9999 66 66 4 1 4 9999 5 0 9999 5 6666666 66 3 44 3333333333333333 555 0 2 5555555555555 33 3 55 3 8888888888 33 555 1 2 5555 2 2 33333333 2 2 1 444 44 00000 22 33 2 2 888888 6666 2 2 555 33 33 2 2 2 555 44 2222222222222222222 1 777 3 55 4 0000000000 8 1111111 777 8 9999999999999999 66 4 777 0000000000000 3 3 8888 111 111 1 2 00000000000000 111 1 99 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 8 888888 88888888888888888888888888888888888 8 6 99 99 111111111111111 00 111 1 6 4444 44444 5 2222 0 5 5555555555 555 1 77 5 555555555555555555555 5 1 000 5 0 1 777 2 66 4 4 66666666666666666 1 00000 1 777 4 8888 4 3 3 666 3 444 44 4 3 2 0000000000000 777777777777 55555555555555555 33 9999999999 777777777777 8888888888888 555 3
lowQualScore : . .. . .. . . . ............... . .... . ..... . ... . . . . ........... .. . ...... . .. ..... ..... .. . . . . ..... . ..... . . . . . ... .... .. ...... .. . . ............... .... . . . . ... .............. . . . . ....... . . .............. .. ... . . ..................... . . ..... . .. .......... . . . .. .......... .. .... .. .. . . . .... . . .... . ....... .. . .. ................ ... . . ............. .. . .. . .......... .. ... . . .... . . ........ . . . ... .. ..... .. .. . . ...... .... . . ... .. .. . . . ... .. ................... . ... . .. . .......... . ....... ... . ................ .. . ... ............. . . .... ... ... . . .............. ... . .. ................................................................................... . . . ...... ................................... . . .. .. ............... .. ... . . .... ..... . .... . . .......... ... . .. . ..................... . . ... . . . ... . .. . . ................. . ..... . ... . .... . . . ... . ... .. . . . ............. ............ ................. .. .......... ............ ............. ... .
lowQualScore : 0 22 7 22 7 7 7 888888888888888 7 9999 7 77777 7 555 0 7 0 6 22222222222 00 4 222222 8 00 00000 00000 22 7 3 7 7 77777 7 22222 2 0 0 0 0 555 5555 88 555555 88 0 5 555555555555555 5555 0 2 0 8 222 77777777777777 7 0 4 2 8888888 7 7 00000000000000 22 888 3 0 222222222222222222222 7 0 55555 4 44 4444444444 0 0 0 55 4444444444 88 4444 11 11 4 9 4 4444 0 1 1111 0 2222222 99 6 11 5555555555555555 222 8 7 7777777777777 99 5 00 1 1111111111 99 000 2 7 3333 5 5 99999999 5 5 7 000 88 88888 00 99 9 9 222222 1111 9 9 000 99 99 9 9 9 000 66 5555555555555555555 2 000 9 00 0 2222222222 6 1111111 000 8 4444444444444444 11 4 000 5555555555555 0 0 3333 777 777 5 2 55555555555555 777 0 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 8 444444 88888888888888888888888888888888888 0 7 22 22 777777777777777 88 777 0 7 2222 33333 7 1111 1 7 3333333333 777 7 99 7 444444444444444444444 7 7 000 7 1 4 444 2 99 4 4 99999999999999999 9 00000 1 000 0 5555 0 6 6 444 6 888 66 8 1 2 4444444444444 555555555555 00000000000000000 99 3333333333 555555555555 7777777777777 888 3
consensus : NCCAGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AC---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAG--AGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AAACC-----TCGTCATAA--GTTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-CT-TGTATTAA-----CAT-GACGGCAGTCAT-G---ATATTGATGCGAA-GA-GCCCA-ANATAC---CATGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---C----T-ACAAGTTCCC--TCANTCGAGAA-ATTTGGATTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACT-CACAAAATCAAATTCAGGAA--CCGGT-TT-GACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTGTTCAA-------T-A-TTT-------TGAC-CTT-GA-----CGTGAGTACATGTA-A----------TT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--A--TTGTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTG-CATTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-C-GATA----------------ACAG-CGTGCCACTT-CGC-------------TTGA--TCGAGCG-TGC-AAA--T-----T--CACT---CACTGATT-GGCCGT----G-TGGTTT-C-A--AAA-T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCC--A-TT-CTT------TC----A-A-T---GT--GA--TT-GGT-CACTGAGAAC---AAAAGTAA--ANACC-A-AT-GT--TTCATTGAAATCTAT---GAGAGGCCT--CG-CCNAAA---ACATTTGCACGCTCGATCATCAAGCGAA---GTGNCA--C-A--TGT--T--TAT--TG-GAACGAT---AGT-------NCTA-ATACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGTATCACGAT---------AT---TAT---TTTNAT--TTT-------A--T-----TTC-TTTA---GA-T-----CA---G-T-TTTTATAATTT-------TTTA-G-----------AC-ATNTTNAATANAC----GGTATCT------ATA-----------TT-AA-ANA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-ATATTTCTTTT---CTACAGCTGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-A-T--TTA------AA-AT-AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAGATA-----TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCT---AAG-TT-G-A--TCTTAGGATGT-TCCTAACTTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACAT
Reference ( family-515 ) : NCCAGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AC---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAG--AGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AAACC-----TCGTCATAA--GTTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-CT-TGTATTAA-----CAT-GACGGCAGTCAT-G---ATATTGATGCGAA-GA-GCCCA-ANATAC---CATGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---C----T-ACAAGTTCCC--TCANTCGAGAA-ATTTGGGTTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACT-CACAAAATCAAATTCAGGAA--CCGGT-TT-GACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTGTTCAA-------T-A-TTT-------TGAC-CTT-GA-----CGTGAGTACATGTN-A----------TT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--A--TTGTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTG-CATTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-C-GATA----------------ACAG-CGTGCCACTT-CGC-------------TTGA--TCGAGCG-TGC-AAA--T-----T--CACT---CACTGATT-GGCCGT----G-TGGTTT-C-A--AAA-T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCC--A-TT-CTT------TC----A-A-T---GT--GA--TT-GGT-CACTGAGAAC---AAAAGTAA--ANACC-A-AT-GT--TTCATTGAAATCTAT---GAGAGGCCT--CG-CCAAAA---ACATTTGCACGCTCGATCATCAAGCGAA---GTGNCA--C-A--TGT--T--TAT--TG-GAACGAT---AGT-------NCTA-GTACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGTATCACGAT---------AT---TAT---TTTNAT--TTT-------A--T-----TTC-TTTA---GA-T-----CA---G-T-TTTTATAATTT-------TTTA-G-----------AC-ATNTTNAATANAC----GGTATCT------ATA-----------TT-AA-ANA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-ATATTTCTTTT---CTACAGCTGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-A-T--TTA------AA-AT-AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAGATA-----TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCT---AAG-TT-G-A--TCTTAGGACGT-TCCTAACTTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACAT
gi|1 : CCTGCAGGCA-TGTTCTCAC-GACAGGC-CTTCTTAGGA-CCTAAG-----ACCGCGC--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----CCCGTCTC-----ACGTCTTAAG-------CTCCAG--TTT-C-------------------TC--CATAC--GTTCGTCCTAA-A----CTTAGGCGAC-----ACC--CC--ACCC----CCTCAAAGACCCATC-TAAA-CTCTCTACTAATTAATCATCGATCGCACCCAT-GCTTATTCTGATGCGAT-GACGCCCA-ACATATAGTCATGAACACCGGGTA--CTTCA-GACGACATTG--ACCAACCCGCTAG--A---CTACTT-ACAAGTTCCCCTCCATGCGAGAACATCT-GATTC--CTTCTTACCTTCATG--A-----------TCATCTCCACAAAATCA----CAAGCA--CTTGTGTC-TAC-------------A--AA--AACGCACTTG--CAA-------------T-------TGACTCTTCGA-----TGC-AGTAC-TGTT-A----------TTCGCTCA-G--GTACAGTAT----TCTG--AC----T--ACTCTGTACACGGGCTATTGC--CGTTCCACGACTTTCACA----TTGCCCTTCA----TG-TGATCAAAACACAA--CAT-CAAATAG---------------ACAGCCGTGCTGCTTCCGC--------------TAACTTCTAGCG-TGC-AAAATT-----T--CACTAACCAATGATTCGTCCGT----G-TGGTTTCC-AACAAA-T-GACAAACG--CCTTCGGAT-AC-CA--CG-TAC-CC--A-----TT------TG----ACA-T---AT--GA--TTCCGTACACCAAAGACACAAAAAGTAA--AAACC-
gi|1 : ctaggAACGATCCTAGT-------TCTACATACATGCACAACCGCAACACGCAAGGGCGCTTCACAGGGGATCACGAC---------AA---TAT---TTTCAT--CC--------A--T-----TCC-TTT--------------------T-TTTT----TTT-------TTCACG-----------AC-ACGTCTCATA---------TAT-T------ACA-----------C--AC-ACA------CTCTGATACT--AACCATCA---------------ATAATCATATCTCTCTTTTCCTACAGCCGTATGCTAT----CTAAA-----TTTTCA-A----TTATC-ACT-C----GC--GAAATC--ATCTCGCGACCATA-TCCACT--TTA------GACAA-AA-AGTAATGGAATACG---AACGCTTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------A----TTTC--AAG-TGTT-CTAAG-CACTCACTCGTCGAGAAACAC---T-CCA----A-GA-CGCAGTCCCACAAAG-TT-G-A--TCTTAGGATGT-CTCTAAC-TTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTTAGGCGAGCATACCTTTCAGG--A----------CATGT------------CTTAGGAT----------ACAGTTTCCCCG-TTAACActtacaccgtactctcacacttgcgacacacctaatcgcagaacccaccgcgcaacacatcgtatcatatatccagccaaaatgtgctcccacgcttcataactacacaacgatcctagttctacatacatgcacaaccgcaacacgcaagggcgcttcacaggggatcacgacaatattttcatccattcctttttttttttttcacgacacgtctcatatattacacacacactctgatactaaccatcaataatcatatctctcttttcctacagccgtatgctatctaaattttcaattatcactcgcgaaatcatctcgcgaccatatccactttagacaaaaagtaatggaatacgaacgcttcctaagtagttaggacgtcttaaatttcaagtgttctaagcactcactcgtcgagaaacactccaagacgcagtcccacaaagttgatcttaggatgtctctaactttttcctaagttatatcttaggcgagcatacctttcaggacatgtcttaggatacagtttccccgttaacagccctgc
gi|10 : ctaggcctgcaggcatgttctcacgacaggccttcttaggacctaagaccgcgcgtcctaagtatgtcttaggaccccgtctcacgtcttaagctccagtttctccatacgttcgtcctaaacttaggcgacaccccaccccctcaaagacccatctaaactctctactaattaatcatcgatcgcacccatgcttattctgatgcgatgacgcccaacatatagtcatgaacaccgggtacttcagacgacattgaccaacccgctagactacttacaagttcccctccatgcgagaacatctgattccttcttaccttcatgatcatctccacaaaatcacaagcacttgtgtctacaaaaacgcacttgcaattgactcttcgatgcagtactgttattcgctcaggtacagtattctgactactctgtacacgggctattgccgttccacgactttcacattgcccttcatgtgatcaaaacacaacatcaaatagacagccgtgctgcttccgctaacttctagcgtgcaaaatttcactaaccaatgattcgtccgtgtggtttccaacaaatgacaaacgccttcggataccacgtacccatttgacatatgattccgtacaccaaagacacaaaaagtaaaaacccttacaccgtactctcacacttgcgacacacctaatcgcagaacccaccgcgcaacacatcgtatcatatatccagccaaaatgtgctcccacgcttcataactacacCATTT-CGC-------------TTGA--TCAAGCA-TGCTAAG--T-----T--CACT---CACTGATT-GGC-------------TT-C-A--G---T-AA-AAGTG--ATTTTGGATGGC-CG--CA-CA------A-TT-CTG------TC----A-A-T---GT--GA--TT-GGT-CAATAAGAAC---AAATGTAATTAAACC----T-GT-----A--GAAAGCTAT---GAGAAGCCT--CG-CCCAAA---AC-TTTGCACGCTCG---ATTAAGCGAA---GTG--A--C-A--AGC--TCATAC--TG-GAAAGAT---AGT-------ACT---TACATGTATCgccctgc
gi|11 : atcaatgattcaatgtaccttgaaattccataaaatcaaacactatcgtttagaat-ACTTGGGTTCCTCTTCTTAC--TCATGGTAAACCCCGGTGGTAAACT-CAC-AAATCAAATTC-GGAA---TGGC-TT-GACTT----GGGCCGAA--AA--AACG-G-TTGTTTAAC------T-A-TTTTCACTTGTGAA-CTT-GA-----TGTGAGTACATGTA-A----------TG-G-TCA-G--GT-----AT----ATTGAAAC----T--A--TTGTACAAAGG-TATTGCG------------------------TG-CATTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-C-AAC-----------------ACAG-ACTG--ACTT-Ctttgattcg
gi|12 : -CACAAAA-CAAATTCCGAA----CGGT-TT-GACTTGTG-TG-----GGGAA--AACG-A-TTGTTCAAACACTTTT-A-CCTA------TGAC-CTT-GA-----CATGAGTGCATGTA-A----------TT-A-ACA-G--ttttacatgtacatacatgatgtaattag
gi|12 : gcgTGTAGA----------TT-G-TCAAG--GTATATCACTTCGACTTAAAG----C--A--TAGTACCAAGG-TATCGCATGGCTCAGTGG-TTTTGCA----TGG-CATTGT---TTG-TGA-------AAAA--AAC-C-ctgactaggagaagatgtagtgtagattgtcaaggtatatcacttcgacttaaagcatagtaccaaggtatcgcatggctcagtggttttgcatggcattgtttgtgaaaaaaacccaaaaataccgattagtgtaca
gi|13 : gcgcacaaaacaaattccgaacggtttgacttgtgtggggaaaacgattgttcaaacacttttacctatgaccttgacatgagtgcatgtaattaacagctgactaggagaagatgtag-C-GATA----------------ACAC-TGTGCCACTT-CGCTTGATCATTTCGCTTCA--TCAAGCT-TTC-AAT--T-----T--CACT---TACTGCTT-AGCCGT----A-TAGTTT-C-----AA-T-AA-AAGCG--AGTTTAGATAGC-AA--C---------------TTT------TC----A-A-T---GT--TA--TT-GGT-CACTGTGAAC---AATAGCAA--AGTCC-A-AT-A-----CATTGAAATCTGT---GAGAAACGT--CG-ACGAAA---AATTTTGCAC-CTCG---ATCAAGCGAA---GTG--A--T-A--TGCCGT--AAT--TG-GAACGAT---GGT-------caaaaataccgattagtgtaca
gi|14 : tcgttc-C-AATA----------------ACAG-TGCTCCACTT-CGC-------------TTGA--CCAAGTT-TGC-T----T-----T--CACT---CACTGACT-GGCCGT----G-TTGTTT-C-A--A---T-AA-A-GTG--TGTTCGGATGAC-CA--C----------------TT------GC----A-A-T---GT--GA--TT-AGT-CACTGGGAGC---AAAAGTAA--AC-CC----T-GT--TTTATTAAAATCTTT---CAGAGGCCT--CGTCC--AA---ACATTTTCATGCTCGATC-T--AGCGAA---GTGAC
gi|14 : atcgttc----------------ACAG-CAGGTCACTT-CGC-------------TAGA--TCGAGCA-TGA-AAA--T-----ctgctgtagtaagatgtttacctgt
gi|15 : atcgttccaataacagtgctccacttcgcttgaccaagtttgctttcactcactgactggccgtgttgtttcaataaagtgtgttcggatgaccacttgcaatgtgattagtcactgggagcaaaagtaaaccctgttttattaaaatctttcagaggcctcgtccaaacCAGGCA-TGTCA--AC-GA--AGC-TATCTTGTTA-C-TAACTTAACAC---GT--GTCCTAAG-CATGTCTAAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCTTAAGGCAGTTTCTCAAAGCTTT-CCTCAATTA-ATACC-----TCGTCATAA--GTTCGTTCTAA-T----TTTAGG--AC-----AGCG-TA--ACCCTTGTCAT--AAGGTC-ATCCTAAG-TC-TGTATTAA-----CAT-AACGGCAGTCAT-A---ATATTGATGGCAA-AA-GCagtaagatgtttacctgt
gi|16 : acTGAG-----TTTCGAGA----TTACCCACCGT----G---AAAAT---ATGTCACGA--ATA-TC-A-T--------------A--AA-TGTTGTGGAATAA---------------------T--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAAATGTTCTTAATACA-----TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCAT---AAG-TT-G-A--TCTTAGGATGT-TCCTAACCTCTTTACTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGGTCATATCAAAGGTCATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-
gi|17 : TCGTAAG-TAGT--TAACATCTT-CTTAA------C----TG----AAGATGT-ACTAAGATA-----TCGTCGAGATACAT---CGCTATTAAA-GA-CGT-TTCTT---A-G-TT-G-A--TCTTAGGATGT-GCCTAACTTTCTTCCTAAGCTGTATCTTAAAACCACA------------TCTT-----------------AGG--G----------CATGT------------CTTGGGA-----------ATGGTTT---CG-TGAACATcaa
gi|19 : -C-AATA----------------ACAG-AA--CCATTT-CGC-------------TTGA--TCGAGGG-TGC-A------------------------GATC-GGCCGT----G-TAATTT-C-A--A---T-AA-A--TG----TTTGAATGAC-CAATC--TAAGCT--A-TT-CTT------TT----A-A-T---AT--AA--TT-GAT-CACTGAGAGC---AAACGTAA--A--------------------GAAATCTAT---GAGAGGCCT--Cacct
gi|2 : tatctttgCCAGCAGGCA-TGTTC--GC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AT---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCATAAGTCAGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AGGCT-----TCGCCATAA--GATCGTCTTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-CTCCTAAA-CT-TGTATTAT-----CCT-GATGGCTGTCAT-G---TTATTGATGC-AA-GA-GCCCAGATATAC---CATAAA-G--GGGTA--CTT-A-GA-GACTTTG--AC-AATCCGCTAGTTA---C----TTCCAAGTTCC---TCAGTGGAGAA-ATTTGGATACCTATTCTTAC--TCCTGATA-----------TAAACT-CACAA--TCAAATTCAGGAATACTGGT-TTTGACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTG--------------A-TTG-------AGAC-CTT-GA-----TGTGAGTTCTTGTT-A----------AT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--A--TTGTACAAGGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----AAG-CATTTA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-C-AATA----------------ACAG-CGTGCTGCTT-CGC-------------TTGA--TATAGCA-TGC-AAA-----------CATC---CAATGATT-CGTCGT----G-TGGTTT-C-A--AAAAT-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCC--A-TA-TTT------TG----A-A-T---GT--GA--TC-GGT-CACAAAGAAC---AAAAGTAA--ATACCTACAT-GTATTTCATTGAAATCTAT---GAGAAGCCT--CG-CGAGAATTTACATTCGCACACTCGATCATCAAACAAA---GCGTCAT-C-A--TGT--T--TAT--TATAAACGAT---AGT-------TCTA-ATACATGAAATAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGCATCACAAT----------T---TAT---TTGAAT--TTT-------A--T-----TTCATTTA---GA--------A---A-TATTTTATAATTT-------TTTA-G-----------A--ATGTTGAATATAC----ATTATCT------ATA-----------TT-AA-ACA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATGAT-ATATTTCTTTT---ATACAGCTCTGTA-TAT----CTAAA-----TTTTCA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-A-TGTTTAG-----AA-AT-AAATGTAATGGAATAAG---AATT-TTCCTAAC-TAAT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAGATA-----TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCT---AAG-TT-G-A--TCTTAGGACGT-TCCTAATTTTTTTCCTAAGTT-------------ATG------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-CGAACATt
gi|20 : aAGGA-CGT-CTTAA------C----CT----AAGATGTTTCCAAGATA-----TCGTCGAGAGACAC---C-CTA----A-GA-GGT-GTCCT---AAG-AT-C-A--TCTTAAAATGT-TCCTAACATGTTCCCTAAGTT-------------ATA------------TCTTAAG--------------AGG--A----------GATGT------------CTAAAGA-----------A-AGTTT---CG-TGAAAAT
gi|21 : taCT--CA-CCAAAA---ATATTCCCATATTC----ATCGAGCAAA---GTGGCAAGC----TGT--T--ATT--TG-AAATGAT---A----------C---ATACACGAACCAC----ACATGCATGGG---TACA---ATGATTGTGAT---------AT---CTG---TTTAAT--TTT-------G--T-----TTgcct
gi|22 : ggcaa-A-TTA-------TGAC-CTT-GA-----CGCGAGTACATGTA-A----------TT-G-TCA-G--GTA-----T----ATTGGAAT----TGTA--TTGTACAAAGG-TACTGCGTGGTTTAATGA-TTTCACA----TTG-C---CGAACTTGATAT-------ACGAGCAATCC-TATA----------------ACA-----GCTACTT-CGC-------------TTGA--TTGAtcaaattcaattgaaatttaca
gi|23 : ttttaTC------TC----A-A-T---GTCAGA--TT-GGT-CACAGTGG---------GTG----TATC-ATATTGT--TTCATTGAAATCTAT---GAGAGACCTAATG-CCCCAA---AT-CTTGCACAC---ATGATCAAG-GAACTCATGACA--G-AC-TG---T--TAT--CG-GAGTGAT---AGT-------
gi|24 : CTACTT-CGC-------------TTGA--TCGAGCTCTGT-AAG--T-----T--GACT---CCCTGATT-TGCCGT----AATGGTTT-------GA-T-TT-GA-TG--AGTTTGGAAGACGCA--CG-TATACC--A-TT-CTT------CC------A-T---GC--GA--TT-GAT-CACTGAAAAA---AAAatgttgatgcaatatta
gi|25 : cGTTTGGATGAT-CAGAC--TATGTC--A-TT-CTTATGATGTC----A-T-TCTTGT--GA--TT-GGT-CACTCAAAAC---AAAA-TAA--AG-C-----T-GT--TTCATTAAAGTTGAT---GAGAAGCCT--AG-CCCAGA-----GTTTGCATGCT
gi|26 : ---C-CTA----AAGATCGG-G-CCT---AAG-TTTG-AATTCTTAGGAAAG-TTCTAAACTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTC-----------------AGG--A----------CATATC-----------CTTAGGATACGTCTTCGGA-AGTTT---CGTTGAACATt
gi|29 : TA----------------ATAA-TGTGTAATTT-CCC-------------TTGA--TCAAGCA-TGC-AAA--TGTTACTGGTACT---CACGGATG-GGCCGT----G-TGATTT-C-----AA-T-AA-AAGTG--AGTTTgcc
gi|3 : tatactatcgttccagTAC--TCAT--TA-----------TCAACT-CACAAA-TAGAATTCAG--A--CTGCT-TT-GACTTGGGCTG-----G--AA--AGCG-A-TTGTTAAA-------TCA-TTTGTAACTATAAC-CTT-GA-----CGTGAGTACACGTA-A----------TG-G--CA-G--GTGTATCA---------AAGC----T--G--TTGTACACGGG-TATTGTATGGTTTAATGA-TTTTACA----TTG-CATCCA---ATG-TAA-------ACGG--AAT-T-GATA----------------ACAA-TGTGCTACTT-CGC-------------TAGA--CTTGGCG-CAC-ACAT-T-----T--CACT---CACTTACT-TGCAGT----G-TGATTT-CAA--AAA-T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGA---------TATGTCATA-TT-CTC------TC----A-A-T---GT--GA--TT-GGT-CACTAAGAAC---AAATGT--------C-G-A-------TCATT----T------------GCCT--CG-TTTAAA---CAATTTGAACTCTCG---ATCAAACAAG---GAGCCA--------AT--T--TATCATT-GAACGAT---AGTATAAAAATCTA-GTACATGAAACACGCGTGCATGCATGGG---TTCA---GGTATCACAATACGCGTTTAAT---TATTTCTTTCAT--TTT-------A--TTTTCATTC-ATTAATTGA-TTCATCTA---GTT-TTTTGTAATCTGACTTTATTTG-G-----------A--GTATTTAATAAACTTCTGATTTCTTAGTTCATAAGTTTATTAATTT-AA-ATATACAATATCTA-TA-TCAAA--ATAAAATTTATATGTATAGATAAT-GTATTTCTTGT---CAACCATTGATTG-TGT----CTAAC-----TTTTAA-A----TCATC-ACT-C----G---AAAAT---ATGTCGCAA--ATA-TC------CTA------AA----AA-TTT--TGAAATAAG---AATG-TTGCTAAG-TACT--TCGGA-CTT-CTTAA------C----TT----ACAATGTTTCTAGGATA-----TTGTC--AACACAT---C-CTA----A-GA-AGT-GTCCT---AAG-TT-A-A--T-----GATGG-TCCCAACTCTTCATCTAAGTTATATCGCAGAAC-ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATAT------------ATTAGGC-----------A-AGTTT---CG-TGAACATcg
gi|30 : ---ACATTTGCAC--TCGGG-GTCGAGGGAA---GTGGCA--CGA--TGT--T--C-T--TG-TAACGGT---AGT-------ACgcc
gi|30 : atA----------------ACAT-CGTGCCACTT-CCC-------------TCGA--CCCCGAG-TGC-AAA--TG----T--CACT---CACTGACT-GGCCGT----G-TGGGTT-C-----AA-T-AA-AAGTG--AGTTTGAATGcactcactgactggccgtgtgggttcaataaaagtgagtttgaatg
gi|31 : atgtactaccgttacaagTT-GGCCCT----G-CGTTTT-C-A--A---T-AA-A-----------------C-CA--CACTGTGTC--A-TT-CTG------TC----A-A-T---GT--GA--CA-GGT-CACTGTGAAC---AAAAGTAA--A-ACC----T-GT--TTGA-TGAAA
gi|32 : aacaagtttgctACA----------------ACAG-TACGCCACTT-CAC-------------TTTA--CCG--CA--AC-AAC--TG----T--CATT---CATCGATT-GGCTGT----A-TAGTTT-C-----GA-T-GG-AAGTG--ATGTTGGATGGT-CA--CGCTATGTT--A-TT-a
gi|33 : ----G-TAATTT-C-A--A---T-AA-AAGTG--GGTTTGGATGAC-CA--CGTTACGCC--A-TT-TTT------TTTAAAA-A-T---GT--GA--TT-GGT-CACTCAGAAT---TAAAGa
gi|34 : -TCCTAAGTTTGATCCTA-GAT-------------ATAA-----------TCTT-----------------AGG--A----------CA-GT------------CCTAGGcctctcccagaaatct
gi|34 : cctggttttctgaaaagtaA-----TTGTCGATAAAGATAGCC-CTA----G-GA-C-T-GTCCT---AAGATT-ATA--TC-TAGGAgctatctttatcgacaatcgcaaaaatcaaag
gi|36 : cctggttttctgaaaagtatcctaagtttgaAGGATGT-TCCTAACCTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------TATGTCTTAGGACATGTCTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACATcgcaaaaatcaaag
gi|37 : CAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGCTTATCTTAGGATC-TAAG-----AC---GT--G-CTTAAG-TATCACTTA-GAC----Agcct
gi|38 : ttactacgcaccata-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--A--TTGTACCATGG-TATTGCCTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTgc
gi|39 : TCTGAGGACCAAAAC-GTCTT-----A-GTACTAATC-AGTTTCTCGAAGCTTT-C
gi|4 : gttctcgaagccaTT-GA-----TGTGAGTACATGTG-ACTACATTTAATT-G-TCA-G--GTA-----T----ATTGGAAA----T--A--TTGTACAAAAG-TTTTGCGTTGTTCAGTGA-TTTCGCA----TGG-CATTCA---TTG-TAA-------ACAA--AAT-T-GATtc
gi|4 : attat--T-----T--CACT---CAATGATT-TGCTGT----G-TGGTT------------------GTG--AATTTGGATGA---------TATGCC--A-CTATTT------TC----A-A-T---GT--GA--TT-CGT-CACT---------AAAAACAA--AAGCA-A-A--GC--TTC---------------------CCC--AG-CTAT--------TTTGAACACTCGATCA---AGCAAG---GTATCC--T-AGCTGT--TATTAT--TA-AAAC-AT---GGT-------GTTA---------------------TGCACGGG---TTCA---AGTATCACAAT---------ATCCGTAT---TTTTTT--TTTAGTTATCA--T-----TTT-TTAA---AA-T-----CA---G-T-TTTTAT--TTA-------TTTA-ttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatttatttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|4 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatT---TAT---TTTTGTACTTT-------AATT-----TTC-TTTG---GAGTGG---CAAATG-A-TTTTATAGTTT-------CTTA-GTTTATTAGATAATTATTTTAAATATAC----GGTAGCT------ATA-----------TT-AAGAAA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-GTATTTCTTGT---CTACAGTTGTATG-TGT----ATAGA-----TTTTAG-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCAA--ATA-TC-A-T--------------A--AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-T----------AT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAGATG-----TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCA---AAG-TT-G-A--TCTTAGGATGT-TCCTAACTATTTTCTTAAGTT-------------ATATCTTAGGCCACATCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CCTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACATtttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|40 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatTTTTCCTAAGTC-------------TTA------------TCTT-----------------ATA--AGT--------CATAT------------CTTAGGA-----------A-AGCTT---CA-TGAACATgcct
gi|5 : cCTTGTTCT--ATGATC-ATCTTAAG-TT-TGTATAAA-----CAT-GACGGCATTCAA-G---ATATTGATGCAAA-GA-GCTCACAGATAC---TACGAA-A--GGATA--TTT-A--A-TGCATTG--AC-AACCT---------------------AATTCCG---CAGTCGAGAA-ATTTGGGTTCCTCTTCTTAT--GCATG--A-----------TCAACA-CAC-AAATAAAATTCAG--A--CCAGT-TA-GACTT----TG-----ACGGACCAACG-A-TTGTTCAAT------T-ATTTT-------TAAC-GTT-GACTTAGCGTGAGTACATGTG-C----------TT-GTTCA-GTTTTAC-GTTT----ACT-AAGCTATAT--A--TTGTACAAAGG-GGTTGCGTGGTTCAGTGC-TTTCACAAATTTTG-CATTCA---TTG-TAA-------ACAA--AAT-T-GATATAATATCGATCTAATTACAG-CGTGCTATTT-CAC-------------TCA---------G-TGC-AAAT-T-----T--CACT---CATTGATT-GGCCGT----A-TGG-TA-C-A--GTA-TCAA-AAATGCTAGTTTGGATGAC-CA--CG-gcct
gi|5 : tTAAAGTCTATTTCGATACAACT--CA-CCCAAA----TATTTGCACACTTGATCA---AGCACA---GTATCAGGC----TGT--T---AT--TG-AAGTGGC---AGT-------ACTA-GTAAATGTAACAC----ACATGCATGGA---TTCC---AGTATCACCAT---------AT---cttaaaacgtaaagtctatttcgatacaactcacccaaatatttgcacacttgatcaagcacagtatcaggctgttattgaagtggcagtactagtaaatgtaacacacatgcatggattccagtatcaccatatccgtgt
gi|6 : tcttgttctatgatcatcttaagtttgtataaacatgacggcattcaagatattgatgcaaagagctcacagatactacgaaaggatatttaatgcattgacaacctaattccgcagtcgagaaatttgggttcctcttcttatgcatgatcaacacacaaataaaattcagaccagttagactttgacggaccaacgattgttcaattatttttaacgttgacttagcgtgagtacatgtgcttgttcagttttacgtttactaagctatatattgtacaaaggggttgcgtggttcagtgctttcacaaattttgcattcattgtaaacaaaattgatataatatcgatctaattacagcgtgctatttcactcagtgcaaatttcactcattgattggccgtatggtacagtatcaaaaatgctagtttggatgaccacgcttaaaacg-ATTTTAAATAAAC----GGTATCT------TTA-----------TTTAG-AAA------ATCTA-TA-T--AC--ATAA---------------ATAAG-ACATTTCATTT---CTATAGTTTTATG-TGT----CTACA-----TTTTAA-A----T--------------------------GTGTTGCGA--ATA-TC-A-T--GTGTAC---AA-ATGAA-GGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTACG-TAGT--TAGGA-CGT-TTTAA------C----TTTTAAAAGATGCTCCTACGATA-----TCGTCGAGAccgtgt
gi|6 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataatt-CGT-GCTCT---AAG-TT-T-A--TCTTAGAATGT-TCCTAACTTTTTTCCCAAGTT-------------ACA------------TATT-----------------AGG--A----------TATGT------------CTAAAGA-----------A-AGTTT---CG-TGAtccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgctctaagtttatcttagaatgttcctaacttttttcccaagttacatattaggatatgtctaaagaaagtttcgtgattatgcct
gi|7 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataattattttaaataaacggtatctttatttagaaaatctatatacataaataagacatttcatttctatagttttatgtgtctacattttaaatgtgttgcgaatatcatgtgtacaaatgaaggtaatggaataagaatgttcctacgtagttaggacgttttaacttttaaaagatgctcctacgatatcgtcgagatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-G-G--TTTTCGAAAGTATCCTAAGTTTGATCCTAAGAT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CAAGT------------CTTAGGA-----------C-AGTttatgcct
gi|7 : ggccGTTT--TC-GA--AAG-TATCCTAAGT-T-TGA----------------TCCTAAGATATATCTTAGGAC----AA-GTCTTAGGACA-GTCCTGGG--ACTATCTTACGACAAT-CGCAAATTGTAAATCAAAGAT-GTCTTAA--GATTGTCATAA-CAACGTT--GG--ACTTAAGAATG-TCTTAGGATTGTCGT--AAGATT-ATC--AAA-CT-TTTTTTTA-----CAT-cctgggactatcttacgacaatcgcaaattgtaaatcaaagatgtcttaagattgtcataacaacgttggacttaagaatgtcttaggattgtcgtaagattatcaaacttttttttacatcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|7 : ggcctg-T--AA--ATCA---------------A-AAT--TATTTGTTTC---CCATTTCTATATG-TATTAAACTAAAGGTGATTTCAA-AGGAATTGTC-ATT-TTTTGGTTTGAAATGTAATGTTAT-A--ATACTC-T-T--TTACCCGTAAA-AT-GA-TGTAA--AAAAAAGTTTGATA-ATCTTACGACAATCCTAAGA-CATTCTTAAGTCCAACGTTGTT----ATGACAATCTTAAGACA-----TCTTTGATTTACAA---T-TTG----C-GA-T-T-GTCGT---AAG-AT-A-G--TCCCAGGACTG-TCCTAAGACTTGTCCTAAGAT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--AT---------CA-AA------------CTTAGGA-----------T-ACTTT---CG-AAAACcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|8 : ggcctgCCAGCTGGCAATGTTC--ACTGA--AAC-TATCTTAGGA-C-CAAG-----AC----TCAGTCCTAAG-Tattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|8 : ttctaaaaaagtTATCTTAGGACC---AA-GACTC-----A-GTCCTAAG--TGTTTCTCAAAGCTTTTCCTAAATTA-AATCC-----TCGT-AGAACAGTTCGTCCTAAAC----TTTAGG--AC-----AGCGGTA--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAAGTT-TGTATAAA-----CAA-GACACCAGTCATTG---ATATTAATGGGAAAGA-GCTCA-AGACAC---CATGAA-A--GGGTATTCTT-AAGA-GACACTGGGAC-AACCCGCTAG--AAAAT----T-A-AAGTTCCC--TCATTTGAGGA-ATTTGGATTCCTCTTC-TA---TTATGA-A-----------TCAATT-CACAAAATCAAATgtttctcaaagcttttcctaaattaaatcctcgtagaacagttcgtcctaaactttaggacagcggtaacccttgtcctaagatcatcctaaagtttgtataaacaagacaccagtcattgatattaatgggaaagagctcaagacaccatgaaagggtattcttaagagacactgggacaacccgctagaaaattaaagttccctcatttgaggaatttggattcctcttctattatgaatcaattcacaaaatcaaatc
gi|9 : ttctaaaaaagtccagctggcaatgttcactgaaac--T-----T--CGCT---CAATGATC-G-CCGTATTTG-TGGT------------------AGTG--GATTTGGATGA---------TATGCC--GCTT-TTT------TC----A-AAT---GT--GAGCTT-GGT-CACTAAAAAC---AAAAGTTA--AAGCC-c
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGGCCCGAGAAACACACGGTGATGTGCAAATTAACACTGTGAACGTGAGGTGATAGTTGCATTAGAGACTATTACAAGGAGCTGTGCAGCGCCAGCATCCATTGTAAACGTGACAGAAACCGGAAATCTTTTTTATCATTGCATAAGTAATATTCATTAGA
Unaligned ( gi|27 ): AACTGAATTATCGAAAGTGCTTAGAATATACACGTAAAATCCGTATGTTGAAGATAGAATGCATCCTTCTTGATATGAAAATCTTTTGTGTTATATCAATTTTAC
Unaligned ( gi|28 ): AAGACATGTTTAAATCAATAAGGAAGTTCTTATTTATTTTCCTGATTAAGTCATTCATACATCTTTAATTTGGCCTGAACAGAAAGTTTCTTTAACATGCTTGC
Unaligned ( gi|35 ): AGTCTTAGGATTGGTCATAACGATTATCAACTTTCTTCTTACATTCATTTTACGGGGTAAAATAGTATATAATTTAAATTTTCAAAACCAA
Unaligned ( gi|41 ): AGAATGCTCCACATAAGACAAATACATGTAGATCTAACTGA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333 1111 11111 222 22222222222 11 222222 11 22222 11111 11111 11111 2 111 1111 11 111111 11 1 666666666666666 2222 111 44444444444444 2222222 55555555555555 777777777777777777777 11111 222222222222 2222222222 1111111 2222222222222222 1111111111111 1111111111 33333333 22222 77777777777777777777 111111 2222222 3333333333333333 1111111111111 2222 111 111 33333333333333 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 44444444444444444444444444444444444 444444444444444 11 111 1111 11111 1111 2222222222 111 777777777777777777777 111 11111111111111111 11111 3333333333333 111111111111 22222222222222222 1111111111 111111111111 1111111111111
lowQualScore : 8 99 6 99 6 6 6 111111111111111 6 7777 6 66666 6 888 1 6 5 0 88888888888 11 1 333333 0 11 00000 33333 99 6 9 6 6 66666 6 55555 8 8 8 0 1 777 8888 33 444444 33 0 2 888888888888888 9999 1 0 8 0 000 33333333333333 5 5 1 3 3333333 6 6 00000000000000 99 666 7 1 888888888888888888888 5 5 22222 0 222222222222 4 8 4 55 4444444444 33 9999 66 66 4 1 4 9999 5 0 9999 5 6666666 66 3 44 3333333333333333 555 0 2 5555555555555 33 3 55 3 8888888888 33 555 1 2 5555 2 2 33333333 2 2 1 444 44 00000 22 33 2 2 888888 6666 2 2 555 33 33 2 2 0 555 00000000000000000000 3 0 2 777 3 55 1 999999 3 8 0000000 666 8 9999999999999999 66 4 777 8888888888888 3 3 8888 111 111 1 2 00000000000000 111 1 99 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 8 888888 88888888888888888888888888888888888 8 6 99 99 111111111111111 00 111 1 6 4444 44444 5 2222 0 5 5555555555 555 1 77 5 555555555555555555555 5 1 000 5 0 1 777 2 66 4 4 66666666666666666 11111 1 777 4 8888 4 3 3 666 3 444 44 3 3 2 0000000000000 777777777777 55555555555555555 33 9999999999 777777777777 8888888888888 555 3
lowQualScore : . .. . .. . . . ............... . .... . ..... . ... . . . . ........... .. . ...... . .. ..... ..... .. . . . . ..... . ..... . . . . . ... .... .. ...... .. . . ............... .... . . . . ... .............. . . . . ....... . . .............. .. ... . . ..................... . . ..... . ............ . . . .. .......... .. .... .. .. . . . .... . . .... . ....... .. . .. ................ ... . . ............. .. . .. . .......... .. ... . . .... . . ........ . . . ... .. ..... .. .. . . ...... .... . . ... .. .. . . . ... .................... . . . ... . .. . ...... . . ....... ... . ................ .. . ... ............. . . .... ... ... . . .............. ... . .. ................................................................................... . . . ...... ................................... . . .. .. ............... .. ... . . .... ..... . .... . . .......... ... . .. . ..................... . . ... . . . ... . .. . . ................. ..... . ... . .... . . . ... . ... .. . . . ............. ............ ................. .. .......... ............ ............. ... .
lowQualScore : 0 22 7 22 7 7 7 888888888888888 7 9999 7 77777 7 555 0 7 0 6 22222222222 00 4 222222 8 00 00000 00000 22 7 3 7 7 77777 7 22222 2 0 0 0 0 555 5555 88 555555 88 0 5 555555555555555 5555 0 2 0 8 222 77777777777777 7 0 4 2 8888888 7 7 00000000000000 22 888 3 0 222222222222222222222 7 0 55555 4 333333333333 0 0 0 55 4444444444 88 4444 11 11 4 9 4 4444 0 1 1111 0 2222222 99 6 11 5555555555555555 222 8 7 7777777777777 99 5 00 1 1111111111 99 000 2 7 3333 5 5 99999999 5 5 7 000 88 88888 00 99 9 9 222222 1111 9 9 000 99 99 9 9 4 000 22222222222222222222 2 4 4 000 9 00 0 222222 3 4 0000000 444 8 4444444444444444 11 4 000 6666666666666 0 0 3333 777 777 5 2 55555555555555 777 0 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 8 444444 88888888888888888888888888888888888 0 7 22 22 777777777777777 88 777 0 7 2222 33333 7 1111 1 7 3333333333 777 7 99 7 444444444444444444444 7 7 000 7 1 4 444 2 99 4 4 99999999999999999 11111 1 000 0 5555 0 6 6 444 6 888 66 1 1 2 4444444444444 555555555555 00000000000000000 99 3333333333 555555555555 7777777777777 888 3
consensus : NCCAGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AC---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAG--AGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AAACC-----TCGTCATAA--GTTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-CT-TGTATTAA-----CAT-GACGGCAGTCAT-G---ATATTGATGCGAA-GA-GCCCA-ANATAC---CATGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---C----T-ACAAGTTCCC--TCANTCGAGAA-ATTTGGATTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACT-CACAAAATCAAATTCAGGAA--CCGGT-TT-GACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTGTTCAA-------T-A-TTT-------TGAC-CTT-GA-----CGTGAGTACATGT----------A-ATT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--A--TTGTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTG-CATTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-C-GATA----------------ACAG-CGTGCCACTT-CGC-------------TTGA--TCGAGCG-TGC-AAA--T-----T--CACT---CACTGATT-GGCCGT----G-TGGTTT-C-A--AAA-T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCC--A-TT-CTT------TC----A-A-T---GT--GA--TT-GGT-CACTGAGAAC---AAAAGTAA--A-ACC---AT-GT--TTCATTGAAATCTAT---GAGAGGCCT--CGCCCAAA---ACATTTG-CACGCTCGATCATCAAGCGAA---GTGNCA--C-A--TGT--T--TAT--TG-GAACGAT---AGT-------NCTA-ATACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGTATCACGAT---------AT---TAT---TTTNAT--TTT-------A--T-----TTC-TTTA---GA-T-----CA---G-T-TTTTATAATTT-------TTTA-G-----------AC-ATNTTNAATANAC----GGTATCT------ATA-----------TT-AA-ANA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-ATATTTCTTTT---CTACAGCTGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-A-T--TTA------AA-AT-AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCTA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACAT
Reference ( family-515 ) : NCCAGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AC---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAG--AGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AAACC-----TCGTCATAA--GTTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-CT-TGTATTAA-----CAT-GACGGCAGTCAT-G---ATATTGATGCGAA-GA-GCCCA-ANATAC---CATGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---C----T-ACAAGTTCCC--TCANTCGAGAA-ATTTGGATTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACT-CACAAAATCAAATTCAGGAA--CCGGT-TT-GACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTGTTCAA-------T-A-TTT-------TGAC-CTT-GA-----CGTGAGTACATGT----------A-ATT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--A--TTGTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTG-CATTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-C-GATA----------------ACAG-CGTGCCACTT-CGC-------------TTGA--TCGAGCG-TGC-AAA--T-----T--CACT---CACTGATT-GGCCGT----G-TGGTTT-C-A--AAA-T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCC--A-TT-CTT------TC----A-A-T---GT--GA--TT-GGT-CACTGAGAAC---AAAAGTAA--ANACC-A-AT-GT--TTCATTGAAATCTAT---GAGAGGCCT--CGCCNAAA---ACATTTG-CACGCTCGATCATCAAGCGAA---GTGNCA--C-A--TGT--T--TAT--TG-GAACGAT---AGT-------NCTA-ATACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGTATCACGAT---------AT---TAT---TTTNAT--TTT-------A--T-----TTC-TTTA---GA-T-----CA---G-T-TTTTATAATTT-------TTTA-G-----------AC-ATNTTNAATANAC----GGTATCT------ATA-----------TT-AA-ANA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-ATATTTCTTTT---CTACAGCTGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-A-T--TTA------AA-AT-AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCTA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACAT
gi|1 : CCTGCAGGCA-TGTTCTCAC-GACAGGC-CTTCTTAGGA-CCTAAG-----ACCGCGC--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----CCCGTCTC-----ACGTCTTAAG-------CTCCAG--TTT-C-------------------TC--CATAC--GTTCGTCCTAA-A----CTTAGGCGAC-----ACC--CC--ACCC----CCTCAAAGACCCATC-TAAA-CTCTCTACTAATTAATCATCGATCGCACCCAT-GCTTATTCTGATGCGAT-GACGCCCA-ACATATAGTCATGAACACCGGGTA--CTTCA-GACGACATTG--ACCAACCCGCTAG--A---CTACTT-ACAAGTTCCCCTCCATGCGAGAACATCT-GATTC--CTTCTTACCTTCATG--A-----------TCATCTCCACAAAATCA----CAAGCA--CTTGTGTC-TAC-------------A--AA--AACGCACTTG--CAA-------------T-------TGACTCTTCGA-----TGC-AGTAC-TGT----------T-ATTCGCTCA-G--GTACAGTAT----TCTG--AC----T--ACTCTGTACACGGGCTATTGC--CGTTCCACGACTTTCACA----TTGCCCTTCA----TG-TGATCAAAACACAA--CAT-CAAATAG---------------ACAGCCGTGCTGCTTCCGC--------------TAACTTCTAGCG-TGC-AAAATT-----T--CACTAACCAATGATTCGTCCGT----G-TGGTTTCC-AACAAA-T-GACAAACG--CCTTCGGAT-AC-CA--CG-TAC-CC--A-----TT------TG----ACA-T---AT--GA--TTCCGTACACCAAAGACACAAAAAGTAA--AAACC-
gi|1 : ctaggAACGATCCTAGT-------TCTACATACATGCACAACCGCAACACGCAAGGGCGCTTCACAGGGGATCACGAC---------AA---TAT---TTTCAT--CC--------A--T-----TCC-TTT--------------------T-TTTT----TTT-------TTCACG-----------AC-ACGTCTCATA---------TAT-T------ACA-----------C--AC-ACA------CTCTGATACT--AACCATCA---------------ATAATCATATCTCTCTTTTCCTACAGCCGTATGCTAT----CTAAA-----TTTTCA-A----TTATC-ACT-C----GC--GAAATC--ATCTCGCGACCATA-TCCACT--TTA------GACAA-AA-AGTAATGGAATACG---AACGCTTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------A----TTTC--AAG-TGTTC-TAAGCACTCAC-TCGTCGAGAAACAC---T-CCA----A-GA-CGCAGTCCCACAAAG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-CTCTAAC-TTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTTAGGCGAGCATACCTTTCAGG--A----------CATGT------------CTTAGGAT----------ACAGTTTCCCCG-TTAACActtacaccgtactctcacacttgcgacacacctaatcgcagaacccaccgcgcaacacatcgtatcatatatccagccaaaatgtgctcccacgcttcataactacacaacgatcctagttctacatacatgcacaaccgcaacacgcaagggcgcttcacaggggatcacgacaatattttcatccattcctttttttttttttcacgacacgtctcatatattacacacacactctgatactaaccatcaataatcatatctctcttttcctacagccgtatgctatctaaattttcaattatcactcgcgaaatcatctcgcgaccatatccactttagacaaaaagtaatggaatacgaacgcttcctaagtagttaggacgtcttaaatttcaagtgttctaagcactcactcgtcgagaaacactccaagacgcagtcccacaaagttgatcttaggatgtctctaactttttcctaagttatatcttaggcgagcatacctttcaggacatgtcttaggatacagtttccccgttaacagccctgc
gi|10 : ctaggcctgcaggcatgttctcacgacaggccttcttaggacctaagaccgcgcgtcctaagtatgtcttaggaccccgtctcacgtcttaagctccagtttctccatacgttcgtcctaaacttaggcgacaccccaccccctcaaagacccatctaaactctctactaattaatcatcgatcgcacccatgcttattctgatgcgatgacgcccaacatatagtcatgaacaccgggtacttcagacgacattgaccaacccgctagactacttacaagttcccctccatgcgagaacatctgattccttcttaccttcatgatcatctccacaaaatcacaagcacttgtgtctacaaaaacgcacttgcaattgactcttcgatgcagtactgttattcgctcaggtacagtattctgactactctgtacacgggctattgccgttccacgactttcacattgcccttcatgtgatcaaaacacaacatcaaatagacagccgtgctgcttccgctaacttctagcgtgcaaaatttcactaaccaatgattcgtccgtgtggtttccaacaaatgacaaacgccttcggataccacgtacccatttgacatatgattccgtacaccaaagacacaaaaagtaaaaacccttacaccgtactctcacacttgcgacacacctaatcgcagaacccaccgcgcaacacatcgtatcatatatccagccaaaatgtgctcccacgcttcataactacacCATTT-CGC-------------TTGA--TCAAGCA-TGCTAAG--T-----T--CACT---CACTGATT-GGC-------------TT-C-A--G---T-AA-AAGTG--ATTTTGGATGGC-CG--CA-CA------A-TT-CTG------TC----A-A-T---GT--GA--TT-GGT-CAATAAGAAC---AAATGTAATTAAACC----T-GT-----A--GAAAGCTAT---GAGAAGCCT--CGCCCAAA---AC-TTTG-CACGCTCG---ATTAAGCGAA---GTG--A--C-A--AGC--TCATAC--TG-GAAAGAT---AGT-------ACT---TACATGTATCgccctgc
gi|11 : atcaatgattcaatgtaccttgaaattccataaaatcaaacactatcgtttagaat-ACTTGGGTTCCTCTTCTTAC--TCATGGTAAACCCCGGTGGTAAACT-CAC-AAATCAAATTC-GGAA---TGGC-TT-GACTT----GGGCCGAA--AA--AACG-G-TTGTTTAAC------T-A-TTTTCACTTGTGAA-CTT-GA-----TGTGAGTACATGT----------A-ATG-G-TCA-G--GT-----AT----ATTGAAAC----T--A--TTGTACAAAGG-TATTGCG------------------------TG-CATTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-C-AAC-----------------ACAG-ACTG--ACTT-Ctttgattcg
gi|12 : -CACAAAA-CAAATTCCGAA----CGGT-TT-GACTTGTG-TG-----GGGAA--AACG-A-TTGTTCAAACACTTTT-A-CCTA------TGAC-CTT-GA-----CATGAGTGCATGT----------A-ATT-A-ACA-G--ttttacatgtacatacatgatgtaattag
gi|12 : gcgTGT----------AGATT-G-TCAAG--GTATATCACTTCGACTTAAAG----C--A--TAGTACCAAGG-TATCGCATGGCTCAGTGG-TTTTGCA----TGG-CATTGT---TTG-TGA-------AAAA--AAC-C-ctgactaggagaagatgtagtgtagattgtcaaggtatatcacttcgacttaaagcatagtaccaaggtatcgcatggctcagtggttttgcatggcattgtttgtgaaaaaaacccaaaaataccgattagtgtaca
gi|13 : gcgcacaaaacaaattccgaacggtttgacttgtgtggggaaaacgattgttcaaacacttttacctatgaccttgacatgagtgcatgtaattaacagctgactaggagaagatgtag-C-GATA----------------ACAC-TGTGCCACTT-CGCTTGATCATTTCGCTTCA--TCAAGCT-TTC-AAT--T-----T--CACT---TACTGCTT-AGCCGT----A-TAGTTT-C-----AA-T-AA-AAGCG--AGTTTAGATAGC-AA--C---------------TTT------TC----A-A-T---GT--TA--TT-GGT-CACTGTGAAC---AATAGCAA--AGTCC-A-AT-A-----CATTGAAATCTGT---GAGAAACGT--CGACGAAA---AATTTTG-CAC-CTCG---ATCAAGCGAA---GTG--A--T-A--TGCCGT--AAT--TG-GAACGAT---GGT-------caaaaataccgattagtgtaca
gi|14 : tcgttc-C-AATA----------------ACAG-TGCTCCACTT-CGC-------------TTGA--CCAAGTT-TGC-T----T-----T--CACT---CACTGACT-GGCCGT----G-TTGTTT-C-A--A---T-AA-A-GTG--TGTTCGGATGAC-CA--C----------------TT------GC----A-A-T---GT--GA--TT-AGT-CACTGGGAGC---AAAAGTAA--AC-CC----T-GT--TTTATTAAAATCTTT---CAGAGGCCT--CGTCC-AA---ACATTTT-CATGCTCGATC-T--AGCGAA---GTGAC
gi|14 : atcgttc----------------ACAG-CAGGTCACTT-CGC-------------TAGA--TCGAGCA-TGA-AAA--T-----ctgctgtagtaagatgtttacctgt
gi|15 : atcgttccaataacagtgctccacttcgcttgaccaagtttgctttcactcactgactggccgtgttgtttcaataaagtgtgttcggatgaccacttgcaatgtgattagtcactgggagcaaaagtaaaccctgttttattaaaatctttcagaggcctcgtccaaacCAGGCA-TGTCA--AC-GA--AGC-TATCTTGTTA-C-TAACTTAACAC---GT--GTCCTAAG-CATGTCTAAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCTTAAGGCAGTTTCTCAAAGCTTT-CCTCAATTA-ATACC-----TCGTCATAA--GTTCGTTCTAA-T----TTTAGG--AC-----AGCG-TA--ACCCTTGTCAT--AAGGTC-ATCCTAAG-TC-TGTATTAA-----CAT-AACGGCAGTCAT-A---ATATTGATGGCAA-AA-GCagtaagatgtttacctgt
gi|16 : acTGAG-----TTTCGAGA----TTACCCACCGT----G---AAAAT---ATGTCACGA--ATA-TC-A-T--------------A--AA-TGTTGTGGAATAA---------------------T--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAAATGTTCTTAAT-----ACATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCATA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACCTCTTTACTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGGTCATATCAAAGGTCATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-
gi|17 : TCGTAAG-TAGT--TAACATCTT-CTTAA------C----TG----AAGATGT-ACTAAG-----ATATCGTCGAGATACAT---CGCTATTAAA-GA-CGT-TTCTTA----G-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-GCCTAACTTTCTTCCTAAGCTGTATCTTAAAACCACA------------TCTT-----------------AGG--G----------CATGT------------CTTGGGA-----------ATGGTTT---CG-TGAACATcaa
gi|19 : -C-AATA----------------ACAG-AA--CCATTT-CGC-------------TTGA--TCGAGGG-TGC-A------------------------GATC-GGCCGT----G-TAATTT-C-A--A---T-AA-A--TG----TTTGAATGAC-CAATC--TAAGCT--A-TT-CTT------TT----A-A-T---AT--AA--TT-GAT-CACTGAGAGC---AAACGTAA--A--------------------GAAATCTAT---GAGAGGCCT--Cacct
gi|2 : tatctttgCCAGCAGGCA-TGTTC--GC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AT---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCATAAGTCAGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AGGCT-----TCGCCATAA--GATCGTCTTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-CTCCTAAA-CT-TGTATTAT-----CCT-GATGGCTGTCAT-G---TTATTGATGC-AA-GA-GCCCAGATATAC---CATAAA-G--GGGTA--CTT-A-GA-GACTTTG--AC-AATCCGCTAGTTA---C----TTCCAAGTTCC---TCAGTGGAGAA-ATTTGGATACCTATTCTTAC--TCCTGATA-----------TAAACT-CACAA--TCAAATTCAGGAATACTGGT-TTTGACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTG--------------A-TTG-------AGAC-CTT-GA-----TGTGAGTTCTTGT----------T-AAT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--A--TTGTACAAGGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----AAG-CATTTA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-C-AATA----------------ACAG-CGTGCTGCTT-CGC-------------TTGA--TATAGCA-TGC-AAA-----------CATC---CAATGATT-CGTCGT----G-TGGTTT-C-A--AAAAT-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCC--A-TA-TTT------TG----A-A-T---GT--GA--TC-GGT-CACAAAGAAC---AAAAGTAA--ATACCTACAT-GTATTTCATTGAAATCTAT---GAGAAGCCT--CGCGAGAATTTACATTCG-CACACTCGATCATCAAACAAA---GCGTCAT-C-A--TGT--T--TAT--TATAAACGAT---AGT-------TCTA-ATACATGAAATAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGCATCACAAT----------T---TAT---TTGAAT--TTT-------A--T-----TTCATTTA---GA--------A---A-TATTTTATAATTT-------TTTA-G-----------A--ATGTTGAATATAC----ATTATCT------ATA-----------TT-AA-ACA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATGAT-ATATTTCTTTT---ATACAGCTCTGTA-TAT----CTAAA-----TTTTCA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-A-TGTTTAG-----AA-AT-AAATGTAATGGAATAAG---AATT-TTCCTAAC-TAAT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCTA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-CGT-TCCTAATTTTTTTCCTAAGTT-------------ATG------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-CGAACATt
gi|20 : aAGGA-CGT-CTTAA------C----CT----AAGATGTTTCCAAG-----ATATCGTCGAGAGACAC---C-CTA----A-GA-GGT-GTCCTA---AG-AT-C-A--TCTTAAAA-TGT-TCCTAACATGTTCCCTAAGTT-------------ATA------------TCTTAAG--------------AGG--A----------GATGT------------CTAAAGA-----------A-AGTTT---CG-TGAAAAT
gi|21 : taCT--CACCAAAA---ATATTCC-CATATTC----ATCGAGCAAA---GTGGCAAGC----TGT--T--ATT--TG-AAATGAT---A----------C---ATACACGAACCAC----ACATGCATGGG---TACA---ATGATTGTGAT---------AT---CTG---TTTAAT--TTT-------G--T-----TTgcct
gi|22 : ggcaa-A-TTA-------TGAC-CTT-GA-----CGCGAGTACATGT----------A-ATT-G-TCA-G--GTA-----T----ATTGGAAT----TGTA--TTGTACAAAGG-TACTGCGTGGTTTAATGA-TTTCACA----TTG-C---CGAACTTGATAT-------ACGAGCAATCC-TATA----------------ACA-----GCTACTT-CGC-------------TTGA--TTGAtcaaattcaattgaaatttaca
gi|23 : ttttaTC------TC----A-A-T---GTCAGA--TT-GGT-CACAGTGG---------GTG----TATC-ATATTGT--TTCATTGAAATCTAT---GAGAGACCTAATGCCCCAA---AT-CTTG-CACAC---ATGATCAAG-GAACTCATGACA--G-AC-TG---T--TAT--CG-GAGTGAT---AGT-------
gi|24 : CTACTT-CGC-------------TTGA--TCGAGCTCTGT-AAG--T-----T--GACT---CCCTGATT-TGCCGT----AATGGTTT-------GA-T-TT-GA-TG--AGTTTGGAAGACGCA--CG-TATACC--A-TT-CTT------CC------A-T---GC--GA--TT-GAT-CACTGAAAAA---AAAatgttgatgcaatatta
gi|25 : cGTTTGGATGAT-CAGAC--TATGTC--A-TT-CTTATGATGTC----A-T-TCTTGT--GA--TT-GGT-CACTCAAAAC---AAAA-TAA--AG--C----T-GT--TTCATTAAAGTTGAT---GAGAAGCCT--AGCCCAGA-----GTTTG-CATGCT
gi|26 : ---C-CTA----AAGATCGG-G-CCTA---AG-TTTG-AATTCTTAGGA-AAG-TTCTAAACTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTC-----------------AGG--A----------CATATC-----------CTTAGGATACGTCTTCGGA-AGTTT---CGTTGAACATt
gi|29 : TA----------------ATAA-TGTGTAATTT-CCC-------------TTGA--TCAAGCA-TGC-AAA--TGTTACTGGTACT---CACGGATG-GGCCGT----G-TGATTT-C-----AA-T-AA-AAGTG--AGTTTgcc
gi|3 : tatactatcgttccagTAC--TCAT--TA-----------TCAACT-CACAAA-TAGAATTCAG--A--CTGCT-TT-GACTTGGGCTG-----G--AA--AGCG-A-TTGTTAAA-------TCA-TTTGTAACTATAAC-CTT-GA-----CGTGAGTACACGT----------A-ATG-G--CA-G--GTGTATCA---------AAGC----T--G--TTGTACACGGG-TATTGTATGGTTTAATGA-TTTTACA----TTG-CATCCA---ATG-TAA-------ACGG--AAT-T-GATA----------------ACAA-TGTGCTACTT-CGC-------------TAGA--CTTGGCG-CAC-ACAT-T-----T--CACT---CACTTACT-TGCAGT----G-TGATTT-CAA--AAA-T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGA---------TATGTCATA-TT-CTC------TC----A-A-T---GT--GA--TT-GGT-CACTAAGAAC---AAATGT--------C-G-A-------TCATT----T------------GCCT--CGTTTAAA---CAATTTG-AACTCTCG---ATCAAACAAG---GAGCCA--------AT--T--TATCATT-GAACGAT---AGTATAAAAATCTA-GTACATGAAACACGCGTGCATGCATGGG---TTCA---GGTATCACAATACGCGTTTAAT---TATTTCTTTCAT--TTT-------A--TTTTCATTC-ATTAATTGA-TTCATCTA---GTT-TTTTGTAATCTGACTTTATTTG-G-----------A--GTATTTAATAAACTTCTGATTTCTTAGTTCATAAGTTTATTAATTT-AA-ATATACAATATCTA-TA-TCAAA--ATAAAATTTATATGTATAGATAAT-GTATTTCTTGT---CAACCATTGATTG-TGT----CTAAC-----TTTTAA-A----TCATC-ACT-C----G---AAAAT---ATGTCGCAA--ATA-TC------CTA------AA----AA-TTT--TGAAATAAG---AATG-TTGCTAAG-TACT--TCGGA-CTT-CTTAA------C----TT----ACAATGTTTCTAGG-----ATATTGTC--AACACAT---C-CTA----A-GA-AGT-GTCCTA---AG-TT-A-A--T-----GA-TGG-TCCCAACTCTTCATCTAAGTTATATCGCAGAAC-ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATAT------------ATTAGGC-----------A-AGTTT---CG-TGAACATcg
gi|30 : ---ACATTTG-CAC--TCGGG-GTCGAGGGAA---GTGGCA--CGA--TGT--T--C-T--TG-TAACGGT---AGT-------ACgcc
gi|30 : atA----------------ACAT-CGTGCCACTT-CCC-------------TCGA--CCCCGAG-TGC-AAA--TG----T--CACT---CACTGACT-GGCCGT----G-TGGGTT-C-----AA-T-AA-AAGTG--AGTTTGAATGcactcactgactggccgtgtgggttcaataaaagtgagtttgaatg
gi|31 : atgtactaccgttacaagTT-GGCCCT----G-CGTTTT-C-A--A---T-AA-A-----------------C-CA--CACTGTGTC--A-TT-CTG------TC----A-A-T---GT--GA--CA-GGT-CACTGTGAAC---AAAAGTAA--A-ACC----T-GT--TTGA-TGAAA
gi|32 : aacaagtttgctACA----------------ACAG-TACGCCACTT-CAC-------------TTTA--CCG--CA--AC-AAC--TG----T--CATT---CATCGATT-GGCTGT----A-TAGTTT-C-----GA-T-GG-AAGTG--ATGTTGGATGGT-CA--CGCTATGTT--A-TT-a
gi|33 : ----G-TAATTT-C-A--A---T-AA-AAGTG--GGTTTGGATGAC-CA--CGTTACGCC--A-TT-TTT------TTTAAAA-A-T---GT--GA--TT-GGT-CACTCAGAAT---TAAAGa
gi|34 : -TCCTAAGTTTGATCCTA-GAT-------------ATAA-----------TCTT-----------------AGG--A----------CA-GT------------CCTAGGcctctcccagaaatct
gi|34 : cctggttttctgaaaagtaATTGTCGATAAAGATAGCC-CTA----G-GA-C-T-GTCCTA---AGATT-ATA--TC-TAGGA-Tgctatctttatcgacaatcgcaaaaatcaaag
gi|36 : cctggttttctgaaaagtatcctaagtttgAGGA-TGT-TCCTAACCTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------TATGTCTTAGGACATGTCTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACATcgcaaaaatcaaag
gi|37 : CAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGCTTATCTTAGGATC-TAAG-----AC---GT--G-CTTAAG-TATCACTTA-GAC----Agcct
gi|38 : ttactacgcaccata-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--A--TTGTACCATGG-TATTGCCTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTgc
gi|39 : TCTGAGGACCAAAAC-GTCTT-----A-GTACTAATC-AGTTTCTCGAAGCTTT-C
gi|4 : gttctcgaagccaTT-GA-----TGTGAGTACATGTGACTACATTTA-ATT-G-TCA-G--GTA-----T----ATTGGAAA----T--A--TTGTACAAAAG-TTTTGCGTTGTTCAGTGA-TTTCGCA----TGG-CATTCA---TTG-TAA-------ACAA--AAT-T-GATtc
gi|4 : attat--T-----T--CACT---CAATGATT-TGCTGT----G-TGGTT------------------GTG--AATTTGGATGA---------TATGCC--A-CTATTT------TC----A-A-T---GT--GA--TT-CGT-CACTAAAAAC---AAAAGCAA--Attcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatttatttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|4 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatTTTG-AACACTCGATCA---AGCAAG---GTATCC--T-AGCTGT--TATTAT--TA-AAAC-AT---GGT-------GTTA---------------------TGCACGGG---TTCA---AGTATCACAAT---------ATCCGTAT---TTTTTT--TTTAGTTATCA--T-----TTT-TTAA---AA-T-----CA---G-T-TTTTAT--TTA-------TTTA-gcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatttatttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|4 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctatT---TAT---TTTTGTACTTT-------AATT-----TTC-TTTG---GAGTGG---CAAATG-A-TTTTATAGTTT-------CTTA-GTTTATTAGATAATTATTTTAAATATAC----GGTAGCT------ATA-----------TT-AAGAAA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-GTATTTCTTGT---CTACAGTTGTATG-TGT----ATAGA-----TTTTAG-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCAA--ATA-TC-A-T--------------A--AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-T----------AT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATGTCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCAA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTATTTTCTTAAGTT-------------ATATCTTAGGCCACATCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CCTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACATtttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|40 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatTTTTCCTAAGTC-------------TTA------------TCTT-----------------ATA--AGT--------CATAT------------CTTAGGA-----------A-AGCTT---CA-TGAACATgcct
gi|5 : cCTTGTTCT--ATGATC-ATCTTAAG-TT-TGTATAAA-----CAT-GACGGCATTCAA-G---ATATTGATGCAAA-GA-GCTCACAGATAC---TACGAA-A--GGATA--TTT-A--A-TGCATTG--AC-AACCT---------------------AATTCCG---CAGTCGAGAA-ATTTGGGTTCCTCTTCTTAT--GCATG--A-----------TCAACA-CAC-AAATAAAATTCAG--A--CCAGT-TA-GACTT----TG-----ACGGACCAACG-A-TTGTTCAAT------T-ATTTT-------TAAC-GTT-GACTTAGCGTGAGTACATGT----------G-CTT-GTTCA-GTTTTAC-GTTT----ACT-AAGCTATAT--A--TTGTACAAAGG-GGTTGCGTGGTTCAGTGC-TTTCACAAATTTTG-CATTCA---TTG-TAA-------ACAA--AAT-T-GATATAATATCGATCTAATTACAG-CGTGCTATTT-CAC-------------TCA---------G-TGC-AAAT-T-----T--CACT---CATTGATT-GGCCGT----A-TGG-TA-C-A--GTA-TCAA-AAATGCTAGTTTGGATGAC-CA--CG-gcct
gi|5 : tTAAAGTCTATTTCGATACAACT--CACCCAAA----TATTTG-CACACTTGATCA---AGCACA---GTATCAGGC----TGT--T---AT--TG-AAGTGGC---AGT-------ACTA-GTAAATGTAACAC----ACATGCATGGA---TTCC---AGTATCACCAT---------AT---cttaaaacgtaaagtctatttcgatacaactcacccaaatatttgcacacttgatcaagcacagtatcaggctgttattgaagtggcagtactagtaaatgtaacacacatgcatggattccagtatcaccatatccgtgt
gi|6 : tcttgttctatgatcatcttaagtttgtataaacatgacggcattcaagatattgatgcaaagagctcacagatactacgaaaggatatttaatgcattgacaacctaattccgcagtcgagaaatttgggttcctcttcttatgcatgatcaacacacaaataaaattcagaccagttagactttgacggaccaacgattgttcaattatttttaacgttgacttagcgtgagtacatgtgcttgttcagttttacgtttactaagctatatattgtacaaaggggttgcgtggttcagtgctttcacaaattttgcattcattgtaaacaaaattgatataatatcgatctaattacagcgtgctatttcactcagtgcaaatttcactcattgattggccgtatggtacagtatcaaaaatgctagtttggatgaccacgcttaaaacg-ATTTTAAATAAAC----GGTATCT------TTA-----------TTTAG-AAA------ATCTA-TA-T--AC--ATAA---------------ATAAG-ACATTTCATTT---CTATAGTTTTATG-TGT----CTACA-----TTTTAA-A----T--------------------------GTGTTGCGA--ATA-TC-A-T--GTGTAC---AA-ATGAA-GGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTACG-TAGT--TAGGA-CGT-TTTAA------C----TTTTAAAAGATGCTCCTACG-----ATATCGTCGAGAccgtgt
gi|6 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataatt-CGT-GCTCTA---AG-TT-T-A--TCTTAGAA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCCAAGTT-------------ACA------------TATT-----------------AGG--A----------TATGT------------CTAAAGA-----------A-AGTTT---CG-TGAtccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgctctaagtttatcttagaatgttcctaacttttttcccaagttacatattaggatatgtctaaagaaagtttcgtgattatgcct
gi|7 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataattattttaaataaacggtatctttatttagaaaatctatatacataaataagacatttcatttctatagttttatgtgtctacattttaaatgtgttgcgaatatcatgtgtacaaatgaaggtaatggaataagaatgttcctacgtagttaggacgttttaacttttaaaagatgctcctacgatatcgtcgagatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-G-G--TTTTCGAA-AGTATCCTAAGTTTGATCCTAAGAT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CAAGT------------CTTAGGA-----------C-AGTttatgcct
gi|7 : ggccGTTT--TC-GA--AAG-TATCCTAAGT-T-TGA----------------TCCTAAGATATATCTTAGGAC----AA-GTCTTAGGACA-GTCCTGGG--ACTATCTTACGACAAT-CGCAAATTGTAAATCAAAGAT-GTCTTAA--GATTGTCATAA-CAACGTT--GG--ACTTAAGAATG-TCTTAGGATTGTCGT--AAGATT-ATC--AAA-CT-TTTTTTTA-----CAT-cctgggactatcttacgacaatcgcaaattgtaaatcaaagatgtcttaagattgtcataacaacgttggacttaagaatgtcttaggattgtcgtaagattatcaaacttttttttacatcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|7 : ggcctg-T--AA--ATCA---------------A-AAT--TATTTGTTTC---CCATTTCTATATG-TATTAAACTAAAGGTGATTTCAA-AGGAATTGTC-ATT-TTTTGGTTTGAAATGTAATGTTAT-A--ATACTC-T-T--TTACCCGTAAA-AT-GA-TGTAA--AAAAAAGTTTGATA-ATCTTACGACAATCCTAAGA-CATTCTTAAGTCCAACGTTGTT----ATGACAATCTTAAG-----ACATCTTTGATTTACAA---T-TTG----C-GA-T-T-GTCGTA---AG-AT-A-G--TCCCAGGACTGT--CCTAAGACTTGTCCTAAGAT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--AT---------CA-AA------------CTTAGGA-----------T-ACTTT---CG-AAAACcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|8 : ggcctgCCAGCTGGCAATGTTC--ACTGA--AAC-TATCTTAGGA-C-CAAG-----AC----TCAGTCCTAAG-Tattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|8 : ttctaaaaaagtTATCTTAGGACC---AA-GACTC-----A-GTCCTAAG--TGTTTCTCAAAGCTTTTCCTAAATTA-AATCC-----TCGT-AGAACAGTTCGTCCTAAAC----TTTAGG--AC-----AGCGGTA--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAAGTT-TGTATAAA-----CAA-GACACCAGTCATTG---ATATTAATGGGAAAGA-GCTCA-AGACAC---CATGAA-A--GGGTATTCTT-AAGA-GACACTGGGAC-AACCCGCTAG--AAAAT----T-A-AAGTTCCC--TCATTTGAGGA-ATTTGGATTCCTCTTC-TA---TTATGA-A-----------TCAATT-CACAAAATCAAATgtttctcaaagcttttcctaaattaaatcctcgtagaacagttcgtcctaaactttaggacagcggtaacccttgtcctaagatcatcctaaagtttgtataaacaagacaccagtcattgatattaatgggaaagagctcaagacaccatgaaagggtattcttaagagacactgggacaacccgctagaaaattaaagttccctcatttgaggaatttggattcctcttctattatgaatcaattcacaaaatcaaatc
gi|9 : ttctaaaaaagtccagctggcaatgttcactgaaac--T-----T--CGCT---CAATGATC-G-CCGTATTTG-TGGT------------------AGTG--GATTTGGATGA---------TATGCC--GCTT-TTT------TC----A-AAT---GT--GAGCTT-GGT-CACTAAAAAC---AAAAG------------------------TTAAAGCCT-------------T--CGCCCAAA---AT-TTTGATACACTCGATCA--AAGCAAT---GTc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGGCCCGAGAAACACACGGTGATGTGCAAATTAACACTGTGAACGTGAGGTGATAGTTGCATTAGAGACTATTACAAGGAGCTGTGCAGCGCCAGCATCCATTGTAAACGTGACAGAAACCGGAAATCTTTTTTATCATTGCATAAGTAATATTCATTAGA
Unaligned ( gi|27 ): AACTGAATTATCGAAAGTGCTTAGAATATACACGTAAAATCCGTATGTTGAAGATAGAATGCATCCTTCTTGATATGAAAATCTTTTGTGTTATATCAATTTTAC
Unaligned ( gi|28 ): AAGACATGTTTAAATCAATAAGGAAGTTCTTATTTATTTTCCTGATTAAGTCATTCATACATCTTTAATTTGGCCTGAACAGAAAGTTTCTTTAACATGCTTGC
Unaligned ( gi|35 ): AGTCTTAGGATTGGTCATAACGATTATCAACTTTCTTCTTACATTCATTTTACGGGGTAAAATAGTATATAATTTAAATTTTCAAAACCAA
Unaligned ( gi|41 ): AGAATGCTCCACATAAGACAAATACATGTAGATCTAACTGA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333 1111 11111 222 22222222222 11 222222 11 22222 11111 11111 11111 2 111 1111 11 111111 11 1 666666666666666 2222 111 33333333333333 2222222 55555555555555 777777777777777777777 11111 222222222222 2222222222 1111111 2222222222222222 1111111111111 1111111111 33333333 22222 8888888888888888888888888888888888888 111111111 1111111 22222222 111 444444444444444444444444 1111111111111 2222 111 111 33333333333333 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 44444444444444444444444444444444444 444444444444444 11 111 1111 11111 1111 2222222222 111 777777777777777777777 111 11111111111111111 11111 3333333333333 111111111111 22222222222222222 1111111111 111111111111 1111111111111
lowQualScore : 8 99 6 99 6 6 6 111111111111111 6 7777 6 66666 6 888 1 6 5 0 88888888888 11 1 333333 0 11 00000 33333 99 6 9 6 6 66666 6 55555 8 8 8 0 1 777 8888 33 444444 33 0 2 888888888888888 9999 1 0 8 5 0 000 99999999999999 5 5 1 3 3333333 6 6 00000000000000 99 666 7 1 777777777777777777777 5 5 22222 0 222222222222 4 8 4 55 4444444444 33 9999 66 66 4 1 4 9999 55 888 5 6666666 66 3 0 3 3333333333333333 555 0 2 5555555555555 0 33 3 55 3 8888888888 33 555 2 5555 2 66666666 2 2 1 444 44 00000 22 33 2 44 888888 6666 2 2 555 33 33 2 2 55 555 888888 2222222222222222222222222222222222222 000000000 4 3 77 6666666 3 3 8 22222222 0 111 222222222222222222222222 55 55 55 777 8888888888888 3 3 8888 111 111 1 2 00000000000000 111 1 99 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 8 888888 88888888888888888888888888888888888 8 6 99 99 111111111111111 00 111 1 6 4444 44444 5 2222 0 5 5555555555 555 1 77 5 555555555555555555555 5 1 000 5 0 1 777 2 66 4 4 66666666666666666 11111 1 777 4 8888 4 3 3 666 3 444 44 3 3 2 0000000000000 777777777777 55555555555555555 33 9999999999 777777777777 8888888888888 555 3
lowQualScore : . .. . .. . . . ............... . .... . ..... . ... . . . . ........... .. . ...... . .. ..... ..... .. . . . . ..... . ..... . . . . . ... .... .. ...... .. . . ............... .... . . . . . ... .............. . . . . ....... . . .............. .. ... . . ..................... . . ..... . ............ . . . .. .......... .. .... .. .. . . . .... .. ... . ....... .. . . . ................ ... . . ............. . .. . .. . .......... .. ... . .... . ........ . . . ... .. ..... .. .. . .. ...... .... . . ... .. .. . . .. ... ...... ..................................... ......... . . .. ....... . . . ........ . ... ........................ .. .. .. ... ............. . . .... ... ... . . .............. ... . .. ................................................................................... . . . ...... ................................... . . .. .. ............... .. ... . . .... ..... . .... . . .......... ... . .. . ..................... . . ... . . . ... . .. . . ................. ..... . ... . .... . . . ... . ... .. . . . ............. ............ ................. .. .......... ............ ............. ... .
lowQualScore : 0 22 7 22 7 7 7 888888888888888 7 9999 7 77777 7 555 0 7 0 6 22222222222 00 4 222222 8 00 00000 00000 22 7 3 7 7 77777 7 22222 2 0 0 0 0 555 5555 88 555555 88 0 5 555555555555555 5555 0 2 0 0 8 222 77777777777777 7 0 4 2 8888888 7 7 00000000000000 22 888 3 0 000000000000000000000 7 0 55555 4 333333333333 0 0 0 55 4444444444 88 4444 11 11 4 9 4 4444 11 888 0 2222222 99 6 5 3 5555555555555555 222 8 7 7777777777777 4 99 5 00 1 1111111111 99 000 7 3333 5 44444444 5 5 7 000 88 88888 00 99 9 88 222222 1111 9 9 000 99 99 9 9 77 000 222222 7777777777777777777777777777777777777 777777777 2 1 33 8888888 1 1 9 44444444 1 777 666666666666666666666666 55 44 55 000 6666666666666 0 0 3333 777 777 5 2 55555555555555 777 0 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 8 444444 88888888888888888888888888888888888 0 7 22 22 777777777777777 88 777 0 7 2222 33333 7 1111 1 7 3333333333 777 7 99 7 444444444444444444444 7 7 000 7 1 4 444 2 99 4 4 99999999999999999 11111 1 000 0 5555 0 6 6 444 6 888 66 1 1 2 4444444444444 555555555555 00000000000000000 99 3333333333 555555555555 7777777777777 888 3
consensus : NCCAGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AC---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAG--AGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AAACC-----TCGTCATAA--GTTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-CT-TGTATTAA-----CAT-GACGGCAGTCAT-G---ATATTGATGCGAA-GA-GCCCA-ANATAC---CATGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---CT-AC----AAGTTCCCT--CANTCGAGAA-ATTTGGATTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACTC-ACAAAATCAAATTCAGGAA--CCGGT-TT-GACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTGTTCAA-------T-A-TTT-------TGAC-CTT-GA-----CGTGAGTACATGT----------A-ATT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--ATT--GTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CGA-TA----------------ACAGC-GTGCCACTTC-GC-------------TTGA--TCGAGCG-TGC-AAA--T-----T--CACTCAC---TGATTGG-CCGT----G-TGGTTTC--A-AAA-T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCC--A-TT-CTT------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CACTGAGAACA---AAAGT--A---AA-------ACC----T---GT--T-TCA---TTG----AAATCTA--T---G-AGAAGCC-T--CGCCCAAA---AC-ATTT-G-CACGCTCG-ATCATCAAGCGAA---GTGN-CA--C-A--TGT--T--T----AT--TG-GA--ACGAT---AGT-------NCTA-ATACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGTATCACGAT---------AT---TAT---TTTNAT--TTT-------A--T-----TTC-TTTA---GA-T-----CA---G-T-TTTTATAATTT-------TTTA-G-----------AC-ATNTTNAATANAC----GGTATCT------ATA-----------TT-AA-ANA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-ATATTTCTTTT---CTACAGCTGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-A-T--TTA------AA-AT-AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCTA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACAT
Reference ( family-515 ) : NCCAGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AC---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAG--AGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AAACC-----TCGTCATAA--GTTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-CT-TGTATTAA-----CAT-GACGGCAGTCAT-G---ATATTGATGCGAA-GA-GCCCA-ANATAC---CATGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---CT-AC----AAGTTCCCT--CANTCGAGAA-ATTTGGATTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACTC-ACAAAATCAAATTCAGGAA--CCGGT-TT-GACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTGTTCAA-------T-A-TTT-------TGAC-CTT-GA-----CGTGAGTACATGT----------A-ATT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--ATT--GTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CGA-TA----------------ACAGC-GTGCCACTTC-GC-------------TTGA--TCGAGCG-TGC-AAA--T-----T--CACTCAC---TGATTGG-CCGT----G-TGGTTTC--A-AAA-T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCC--A-TT-CTT------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CACTGAGAACA---AAAGT--A---AA-------ACC---AT---GT--T-TCA---TTG----AAATCTA--T---G-AGAGGCC-T--CGCCCAAA---AC-ATTT-G-CACGCTCG-ATCATCAAGCGAA---GTGN-CA--C-A--TGT--T--T----AT--TG-GA--ACGAT---AGT-------NCTA-ATACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGTATCACGAT---------AT---TAT---TTTNAT--TTT-------A--T-----TTC-TTTA---GA-T-----CA---G-T-TTTTATAATTT-------TTTA-G-----------AC-ATNTTNAATANAC----GGTATCT------ATA-----------TT-AA-ANA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-ATATTTCTTTT---CTACAGCTGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-A-T--TTA------AA-AT-AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCTA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACAT
gi|1 : CCTGCAGGCA-TGTTCTCAC-GACAGGC-CTTCTTAGGA-CCTAAG-----ACCGCGC--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----CCCGTCTC-----ACGTCTTAAG-------CTCCAG--TTT-C-------------------TC--CATAC--GTTCGTCCTAA-A----CTTAGGCGAC-----ACC--CC--ACCC----CCTCAAAGACCCATC-TAAA-CTCTCTACTAATTAATCATCGATCGCACCCAT-GCTTATTCTGATGCGAT-GACGCCCA-ACATATAGTCATGAACACCGGGTA--CTTCA-GACGACATTG--ACCAACCCGCTAG--A---CT-ACTTACAAGTTCCCCTCCATGCGAGAACATCTG-ATTCCT--TCTTACCTTCATGAT-------------CATCTCCACAAAATCA----CAAGCA--CTTGTGTC-TAC-------------A--AA--AACGCACTTG--CAA-------T-------------TGACTCTTCGA-----TGC-AGTAC-TGT----------T-ATTCGCTCA-G--GTACAGTAT----TCTG--AC----T--ACTCTGTACACGGGCTATTGCC--GTTCCACGACTTTCACA----TTGCCCTTCA---T-G-TGATCAAAACACAA--CAT-CAAATAG---------------ACAGCCGTGCTGCTTCCGC-------------T-AACTTCTAGCG-TGC-AAAATT-----T--CACTAACCAATGATTCGTCCGT----G-TGGTTTCCAACAAA-T-GACAAACG--CCTTCGGAT-AC-CA--CG-TAC-CC--A-TT----------TG----ACA-T---AT--GA--TTCCGTACACCAAAGACACAAAAAGTAAA---AACCCTTACACC---GT---AC--TCTCACACTTGCGACACACCTAATC---GCAGAACCCAC--CGCGCAAC---AC-ATC--G-TA---TCATAT-ATCCAGCCAAAATGTGCTCC--C-A--CGC--T--TCATAAC--TA-CACAACGATCCTAGT-------TCTACATACATGCACAACCGCAACACGCAAGGGCGCTTCACAGGGGATCACGAC---------AA---TAT---TTTCAT--CC--------A--T-----TCC-TTT--------------------T-TTTT----TTT-------TTCACG-----------AC-ACGTCTCATA---------TAT-T------ACA-----------C--AC-ACA------CTCTGATACT--AACCATCA---------------ATAATCATATCTCTCTTTTCCTACAGCCGTATGCTAT----CTAAA-----TTTTCA-A----TTATC-ACT-C----GC--GAAATC--ATCTCGCGACCATA-TCCACT--TTA------GACAA-AA-AGTAATGGAATACG---AACGCTTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------A----TTTC--AAG-TGTTC-TAAGCACTCAC-TCGTCGAGAAACAC---T-CCA----A-GA-CGCAGTCCCACAAAG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-CTCTAAC-TTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTTAGGCGAGCATACCTTTCAGG--A----------CATGT------------CTTAGGAT----------ACAGTTTCCCCG-TTAACA
gi|10 : ctaggCATTTC-GC-------------TTGA--TCAAGCA-TGCTAAG--T-----T--CACTCAC---TGATTGG-C-------------TTC--A-G---T-AA-AAGTG--ATTTTGGATGGC-CG--CA-CA------A-TT-CTG------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAATAAGAACA---AATGT--AATTAA-------ACC----T---GT------A-----G----AAAGCTA--T---G-AGAAGCC-T--CGCCCAAA---AC--TTT-G-CACGCTCG----ATTAAGCGAA---GTG---A--C-A--AGC--TCAT----AC--TG-GA--AAGAT---AGT-------ACT---TACATGTATCgccctgc
gi|11 : atcaatgattcaatgtaccttgaaattccataaaatcaaacactatcgtttagaat-ACTTGGGTTCCTCTTCTTAC--TCATGGTAAACCCCGGTGGTAAACTC-AC-AAATCAAATTC-GGAA---TGGC-TT-GACTT----GGGCCGAA--AA--AACG-G-TTGTTTAAC------T-A-TTTTCACTTGTGAA-CTT-GA-----TGTGAGTACATGT----------A-ATG-G-TCA-G--GT-----AT----ATTGAAAC----T--ATT--GTACAAAGG-TATTGCG------------------------TGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CAA-C-----------------ACAGA-CTG--ACTTC-tttgattcg
gi|12 : C-ACAAAA-CAAATTCCGAA----CGGT-TT-GACTTGTG-TG-----GGGAA--AACG-A-TTGTTCAAACACTTTT-A-CCTA------TGAC-CTT-GA-----CATGAGTGCATGT----------A-ATT-A-ACA-G--ttttacatgtacatacatgatgtaattag
gi|12 : gcgTGT----------AGATT-G-TCAAG--GTATATCACTTCGACTTAAAG----C--ATA--GTACCAAGG-TATCGCATGGCTCAGTGG-TTTTGCA----TGGCA-TTGT---TTG-TGA-------AAAA--AAC-Cctgactaggagaagatgtagtgtagattgtcaaggtatatcacttcgacttaaagcatagtaccaaggtatcgcatggctcagtggttttgcatggcattgtttgtgaaaaaaacccaaaaataccgattagtgtaca
gi|13 : gcgcacaaaacaaattccgaacggtttgacttgtgtggggaaaacgattgttcaaacacttttacctatgaccttgacatgagtgcatgtaattaacagctgactaggagaagatgtag-CGA-TA----------------ACACT-GTGCCACTTC-GCTTGATCATTTCGCTTCA--TCAAGCT-TTC-AAT--T-----T--CACTTAC---TGCTTAG-CCGT----A-TAGTTTC-----AA-T-AA-AAGCG--AGTTTAGATAGC-AA--C---------------TTT------TC----A-A-T---GT--TA--TTG-GT-CACTGTGAACA---ATAGC--A---AA-------GTCCA-AT---A------CA---TTG----AAATCTG--T---G-AGAAACG-T--CGACGAAA---AA-TTTT-G-CAC-CTCG----ATCAAGCGAA---GTG---A--T-A--TGCCGT--A----AT--TG-GA--ACGAT---GGT-------caaaaataccgattagtgtaca
gi|14 : tcgttc-CAA-TA----------------ACAGT-GCTCCACTTC-GC-------------TTGA--CCAAGTT-TGC-T----T-----T--CACTCAC---TGACTGG-CCGT----G-TTGTTTC--A-A---T-AA-A-GTG--TGTTCGGATGAC-CA--C----------------TT------GC----A-A-T---GT--GA--TTA-GT-CACTGGGAGCA---AAAGT------AA-------ACC---CT---GT--T-TTA---TTA----AAATCTT--T---C-AGAGGCC-T--CGTCC-AA---AC-ATTT-T-CATGCTCG-ATC-T--AGCGAA---GTGA-C
gi|14 : atcgttc----------------ACAGC-AGGTCACTTC-GC-------------TAGA--TCGAGCA-TGA-AAA--T-----ctgctgtagtaagatgtttacctgt
gi|15 : atcgttccaataacagtgctccacttcgcttgaccaagtttgctttcactcactgactggccgtgttgtttcaataaagtgtgttcggatgaccacttgcaatgtgattagtcactgggagcaaaagtaaaccctgttttattaaaatctttcagaggcctcgtccaaacCAGGCA-TGTCA--AC-GA--AGC-TATCTTGTTA-C-TAACTTAACAC---GT--GTCCTAAG-CATGTCTAAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCTTAAGGCAGTTTCTCAAAGCTTT-CCTCAATTA-ATACC-----TCGTCATAA--GTTCGTTCTAA-T----TTTAGG--AC-----AGCG-TA--ACCCTTGTCAT--AAGGTC-ATCCTAAG-TC-TGTATTAA-----CAT-AACGGCAGTCAT-A---ATATTGATGGCAA-AA-GCagtaagatgtttacctgt
gi|16 : acTGAG-----TTTCGAGA----TTACCCACCGT----G---AAAAT---ATGTCACGA--ATA-TC-A-T--------------A--AA-TGTTGTGGAATAA---------------------T--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAAATGTTCTTAAT-----ACATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCATA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACCTCTTTACTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGGTCATATCAAAGGTCATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-
gi|17 : TCGTAAG-TAGT--TAACATCTT-CTTAA------C----TG----AAGATGT-ACTAAG-----ATATCGTCGAGATACAT---CGCTATTAAA-GA-CGT-TTCTTA----G-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-GCCTAACTTTCTTCCTAAGCTGTATCTTAAAACCACA------------TCTT-----------------AGG--G----------CATGT------------CTTGGGA-----------ATGGTTT---CG-TGAACATcaa
gi|19 : -CAA-TA----------------ACAGA-A--CCATTTC-GC-------------TTGA--TCGAGGG-TGC-A------------------------GATCGG-CCGT----G-TAATTTC--A-A---T-AA-A--TG----TTTGAATGAC-CAATC--TAAGCT--A-TT-CTT------TT----A-A-T---AT--AA--TTG-AT-CACTGAGAGCA---AACGT--A---AA--------------------------------G----AAATCTA--T---G-AGAGGCC-T--Cacct
gi|2 : tatctttgCCAGCAGGCA-TGTTC--GC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AT---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCATAAGTCAGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AGGCT-----TCGCCATAA--GATCGTCTTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-CTCCTAAA-CT-TGTATTAT-----CCT-GATGGCTGTCAT-G---TTATTGATGC-AA-GA-GCCCAGATATAC---CATAAA-G--GGGTA--CTT-A-GA-GACTTTG--AC-AATCCGCTAGTTA---CTTCC----AAGTTCC-T--CAGTGGAGAA-ATTTGGATACCTATTCTTAC--TCCTGATA-----------TAAACTC-ACAA--TCAAATTCAGGAATACTGGT-TTTGACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTG--------------A-TTG-------AGAC-CTT-GA-----TGTGAGTTCTTGT----------T-AAT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--ATT--GTACAAGGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----AAGCA-TTTA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CAA-TA----------------ACAGC-GTGCTGCTTC-GC-------------TTGA--TATAGCA-TGC-AAA-----------CATCCAA---TGATTCG-TCGT----G-TGGTTTC--A-AAAAT-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCC--A-TA-TTT------TG----A-A-T---GT--GA--TCG-GT-CACAAAGAACA---AAAGT--A---AAT------ACCTACAT---GTATT-TCA---TTG----AAATCTA--T---G-AGAAGCC-T--CGCGAGAATTTAC-ATTC-G-CACACTCG-ATCATCAAACAAA---GCGT-CAT-C-A--TGT--T--T----AT--TATAA--ACGAT---AGT-------TCTA-ATACATGAAATAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGCATCACAAT----------T---TAT---TTGAAT--TTT-------A--T-----TTCATTTA---GA--------A---A-TATTTTATAATTT-------TTTA-G-----------A--ATGTTGAATATAC----ATTATCT------ATA-----------TT-AA-ACA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATGAT-ATATTTCTTTT---ATACAGCTCTGTA-TAT----CTAAA-----TTTTCA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-A-TGTTTAG-----AA-AT-AAATGTAATGGAATAAG---AATT-TTCCTAAC-TAAT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCTA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-CGT-TCCTAATTTTTTTCCTAAGTT-------------ATG------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-CGAACATt
gi|20 : aAGGA-CGT-CTTAA------C----CT----AAGATGTTTCCAAG-----ATATCGTCGAGAGACAC---C-CTA----A-GA-GGT-GTCCTA---AG-AT-C-A--TCTTAAAA-TGT-TCCTAACATGTTCCCTAAGTT-------------ATA------------TCTTAAG--------------AGG--A----------GATGT------------CTAAAGA-----------A-AGTTT---CG-TGAAAAT
gi|21 : taC-T--CACCAAAA---AT-ATTC-C-CATATTC-----ATCGAGCAAA---GTGG-CAAGC----TGT--T--A----TT--TG-AA--ATGAT---A----------C---ATACACGAACCAC----ACATGCATGGG---TACA---ATGATTGTGAT---------AT---CTG---TTTAAT--TTT-------G--T-----TTgcct
gi|22 : ggcaa-A-TTA-------TGAC-CTT-GA-----CGCGAGTACATGT----------A-ATT-G-TCA-G--GTA-----T----ATTGGAAT----TGTATT--GTACAAAGG-TACTGCGTGGTTTAATGA-TTTCACA----TTGC----CGAACTTGATAT-------ACGAGCAATCCTA-TA----------------ACA-----GCTACTTC-GC-------------TTGA--TTGAtcaaattcaattgaaatttaca
gi|23 : ttttaTC------TC----A-A-T---GTCAGA--TTG-GT-CACAGTGGGT-------GT--A-------------TC---ATATTGT--T-TCA---TTG----AAATCTA--T---G-AGAGACC-TAATGCCCCAA---AT--CTT-G-CACAC----ATGATCAAG-GAACTCATGA-CA--G-AC-TG---T--T----AT--CG-GA--GTGAT---AGT-------
gi|24 : CTACTTC-GC-------------TTGA--TCGAGCTCTGT-AAG--T-----T--GACTCCC---TGATTTG-CCGT----AATGGTTT------GA-T-TT-GA-TG--AGTTTGGAAGACGCA--CG-TATACC--A-TT-CTT------CC------A-T---GC--GA--TTG-AT-CACTGAAAAAA---AAatgttgatgcaatatta
gi|25 : cGTTTGGATGAT-CAGAC--TATGTC--A-TT-CTTATGATGTC----A-T-TCTTGT--GA--TTG-GT-CACTCAAAACA---AAA-T--A---AA-------GC-----T---GT--T-TCA---TTA----AAGTTGA--T---G-AGAAGCC-T--AGCCCAGA------GTTT-G-CATGCT
gi|26 : ---C-CTA----AAGATCGG-G-CCTA---AG-TTTG-AATTCTTAGGA-AAG-TTCTAAACTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTC-----------------AGG--A----------CATATC-----------CTTAGGATACGTCTTCGGA-AGTTT---CGTTGAACATt
gi|29 : -TA----------------ATAAT-GTGTAATTTC-CC-------------TTGA--TCAAGCA-TGC-AAA--TGTTACTGGTACTCAC---GGATGGG-CCGT----G-TGATTTC-----AA-T-AA-AAGTG--AGTTTgcc
gi|3 : tatactatcgttccagTAC--TCAT--TA-----------TCAACTC-ACAAA-TAGAATTCAG--A--CTGCT-TT-GACTTGGGCTG-----G--AA--AGCG-A-TTGTTAAA-------TCA-TTTGTAACTATAAC-CTT-GA-----CGTGAGTACACGT----------A-ATG-G--CA-G--GTGTATCA---------AAGC----T--GTT--GTACACGGG-TATTGTATGGTTTAATGA-TTTTACA----TTGCA-TCCA---ATG-TAA-------ACGG--AAT-TGA-TA----------------ACAAT-GTGCTACTTC-GC-------------TAGA--CTTGGCG-CAC-ACAT-T-----T--CACTCAC---TTACTTG-CAGT----G-TGATTTCA-A-AAA-T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGA---------TATGTCATA-TT-CTC------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CACTAAGAACA---AATGT--C---GA------------------------TCA---TT--------T---------------GCC-T--CGTTTAAA---CA-ATTT-G-AACTCTCG----ATCAAACAAG---GAGC-CA--------AT--T--T----ATCATT-GA--ACGAT---AGTATAAAAATCTA-GTACATGAAACACGCGTGCATGCATGGG---TTCA---GGTATCACAATACGCGTTTAAT---TATTTCTTTCAT--TTT-------A--TTTTCATTC-ATTAATTGA-TTCATCTA---GTT-TTTTGTAATCTGACTTTATTTG-G-----------A--GTATTTAATAAACTTCTGATTTCTTAGTTCATAAGTTTATTAATTT-AA-ATATACAATATCTA-TA-TCAAA--ATAAAATTTATATGTATAGATAAT-GTATTTCTTGT---CAACCATTGATTG-TGT----CTAAC-----TTTTAA-A----TCATC-ACT-C----G---AAAAT---ATGTCGCAA--ATA-TC------CTA------AA----AA-TTT--TGAAATAAG---AATG-TTGCTAAG-TACT--TCGGA-CTT-CTTAA------C----TT----ACAATGTTTCTAGG-----ATATTGTC--AACACAT---C-CTA----A-GA-AGT-GTCCTA---AG-TT-A-A--T-----GA-TGG-TCCCAACTCTTCATCTAAGTTATATCGCAGAAC-ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATAT------------ATTAGGC-----------A-AGTTT---CG-TGAACATcg
gi|30 : ---AC-ATTT-G-CAC--TCG-GG-GTCGAGGGAA---GTGG-CA--CGA--TGT--T--C-----T--TG-TA--ACGGT---AGT-------ACgcc
gi|30 : atA----------------ACATC-GTGCCACTTC-CC-------------TCGA--CCCCGAG-TGC-AAA--TG----T--CACTCAC---TGACTGG-CCGT----G-TGGGTTC-----AA-T-AA-AAGTG--AGTTTGAATGcactcactgactggccgtgtgggttcaataaaagtgagtttgaatg
gi|31 : atgtactaccgttacaagTTGG-CCCT----G-CGTTTTC--A-A---T-AA-A-----------------C-CA--CACTGTGTC--A-TT-CTG------TC----A-A-T---GT--GA--CAG-GT-CACTGTGAACA---AAAGT--A---AA-------ACC----T---GT--T-TGA----TG----AAA
gi|32 : aacaagtttgctA-CA----------------ACAGT-ACGCCACTTC-AC-------------TTTA--CCG--CA--AC-AAC--TG----T--CATTCAT---CGATTGG-CTGT----A-TAGTTTC-----GA-T-GG-AAGTG--ATGTTGGATGGT-CA--CGCTATGTT--A-TT-a
gi|33 : ----G-TAATTTC--A-A---T-AA-AAGTG--GGTTTGGATGAC-CA--CGTTACGCC--A-TT-TTT------TTTAAAA-A-T---GT--GA--TTG-GT-CACT-----CA---GAATT--A---AA-------GCC----T---CT--C-CCA-----G----AAATCTa
gi|34 : -TCCTAAGTTTGATCCTA-GAT-------------ATAA-----------TCTT-----------------AGG--A----------CA-GT------------CCTAGG
gi|34 : cctggttttctgaaaagtaATTGTCGATAAAGATAGCC-CTA----G-GA-C-T-GTCCTA---AGATT-ATA--TC-TAGGA-Tgctatctttatcgacaatcgcaaaaatcaaag
gi|36 : cctggttttctgaaaagtatcctaagtttgAGGA-TGT-TCCTAACCTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------TATGTCTTAGGACATGTCTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACATcgcaaaaatcaaag
gi|37 : CAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGCTTATCTTAGGATC-TAAG-----AC---GT--G-CTTAAG-TATCACTTA-GAC----Agcct
gi|38 : ttactacgcaccata-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--ATT--GTACCATGG-TATTGCCTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTgc
gi|39 : TCTGAGGACCAAAAC-GTCTT-----A-GTACTAATC-AGTTTCTCGAAGCTTT-C
gi|4 : gttctcgaagccaTT-GA-----TGTGAGTACATGTGACTACATTTA-ATT-G-TCA-G--GTA-----T----ATTGGAAA----T--ATT--GTACAAAAG-TTTTGCGTTGTTCAGTGA-TTTCGCA----TGGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACAA--AAT-TGA-Ttc
gi|4 : attat--T-----T--CACTCAA---TGATTTG-CTGT----G-TGGTT-----------------GTG--AATTTGGATGA---------TATGCC--A-CTATTT------TC----A-A-T---GT--GA--TTC-GT-CACT------A---AAAAC--A---AA-------AGC---A----------------------------------------AAGCT-T--C-CCCAG-----CTATTTTG-AACACTCG-ATCA---AGCAAG---GTAT-CC--T-AGCTGT--TATT----AT--TA-AA--AC-AT---GGT-------GTTA---------------------TGCACGGG---TTCA---AGTATCACAAT---------ATCCGTAT---TTTTTT--TTTAGTTATCA--T-----TTT-TTAA---AA-T-----CA---G-T-TTTTAT--TTA-------TTTA-ttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatttatttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|4 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatT---TAT---TTTTGTACTTT-------AATT-----TTC-TTTG---GAGTGG---CAAATG-A-TTTTATAGTTT-------CTTA-GTTTATTAGATAATTATTTTAAATATAC----GGTAGCT------ATA-----------TT-AAGAAA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-GTATTTCTTGT---CTACAGTTGTATG-TGT----ATAGA-----TTTTAG-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCAA--ATA-TC-A-T--------------A--AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-T----------AT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATGTCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCAA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTATTTTCTTAAGTT-------------ATATCTTAGGCCACATCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CCTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACATtttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|40 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatTTTTCCTAAGTC-------------TTA------------TCTT-----------------ATA--AGT--------CATAT------------CTTAGGA-----------A-AGCTT---CA-TGAACATgcct
gi|5 : cCTTGTTCT--ATGATC-ATCTTAAG-TT-TGTATAAA-----CAT-GACGGCATTCAA-G---ATATTGATGCAAA-GA-GCTCACAGATAC---TACGAA-A--GGATA--TTT-A--A-TGCATTG--AC-AACCT---------------------AATTCCG---CAGTCGAGAA-ATTTGGGTTCCTCTTCTTAT--GCATG--A-----------TCAACAC-AC-AAATAAAATTCAG--A--CCAGT-TA-GACTT----TG-----ACGGACCAACG-A-TTGTTCAAT------T-ATTTT-------TAAC-GTT-GACTTAGCGTGAGTACATGT----------G-CTT-GTTCA-GTTTTAC-GTTT----ACT-AAGCTATAT--ATT--GTACAAAGG-GGTTGCGTGGTTCAGTGC-TTTCACAAATTTTGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACAA--AAT-TGA-TATAATATCGATCTAATTACAGC-GTGCTATTTC-AC-------------TCA---------G-TGC-AAAT-T-----T--CACTCAT---TGATTGG-CCGT----A-TGG-TAC--A-GTA-TCAA-AAATGCTAGTTTGGATGAC-CA--CG-gcct
gi|5 : tTA----AAGTCTA--TTTCG-ATACAAC-T--CACCCAAA----T-ATTT-G-CACACTTG-ATCA---AGCACA---GTAT-CAGGC----TGT--T-------AT--TG-AA--GTGGC---AGT-------ACTA-GTAAATGTAACAC----ACATGCATGGA---TTCC---AGTATCACCAT---------AT---cttaaaacgtaaagtctatttcgatacaactcacccaaatatttgcacacttgatcaagcacagtatcaggctgttattgaagtggcagtactagtaaatgtaacacacatgcatggattccagtatcaccatatccgtgt
gi|6 : tcttgttctatgatcatcttaagtttgtataaacatgacggcattcaagatattgatgcaaagagctcacagatactacgaaaggatatttaatgcattgacaacctaattccgcagtcgagaaatttgggttcctcttcttatgcatgatcaacacacaaataaaattcagaccagttagactttgacggaccaacgattgttcaattatttttaacgttgacttagcgtgagtacatgtgcttgttcagttttacgtttactaagctatatattgtacaaaggggttgcgtggttcagtgctttcacaaattttgcattcattgtaaacaaaattgatataatatcgatctaattacagcgtgctatttcactcagtgcaaatttcactcattgattggccgtatggtacagtatcaaaaatgctagtttggatgaccacgcttaaaacg-ATTTTAAATAAAC----GGTATCT------TTA-----------TTTAG-AAA------ATCTA-TA-T--AC--ATAA---------------ATAAG-ACATTTCATTT---CTATAGTTTTATG-TGT----CTACA-----TTTTAA-A----T--------------------------GTGTTGCGA--ATA-TC-A-T--GTGTAC---AA-ATGAA-GGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTACG-TAGT--TAGGA-CGT-TTTAA------C----TTTTAAAAGATGCTCCTACG-----ATATCGTCGAGAccgtgt
gi|6 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataatt-CGT-GCTCTA---AG-TT-T-A--TCTTAGAA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCCAAGTT-------------ACA------------TATT-----------------AGG--A----------TATGT------------CTAAAGA-----------A-AGTTT---CG-TGAtccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgctctaagtttatcttagaatgttcctaacttttttcccaagttacatattaggatatgtctaaagaaagtttcgtgattatgcct
gi|7 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataattattttaaataaacggtatctttatttagaaaatctatatacataaataagacatttcatttctatagttttatgtgtctacattttaaatgtgttgcgaatatcatgtgtacaaatgaaggtaatggaataagaatgttcctacgtagttaggacgttttaacttttaaaagatgctcctacgatatcgtcgagatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-G-G--TTTTCGAA-AGTATCCTAAGTTTGATCCTAAGAT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CAAGT------------CTTAGGA-----------C-AGTttatgcct
gi|7 : ggccGTTT--TC-GA--AAG-TATCCTAAGT-T-TGA----------------TCCTAAGATATATCTTAGGAC----AA-GTCTTAGGACA-GTCCTGGG--ACTATCTTACGACAAT-CGCAAATTGTAAATCAAAGAT-GTCTTAA--GATTGTCATAA-CAACGTT--GG--ACTTAAGAATG-TCTTAGGATTGTCGT--AAGATT-ATC--AAA-CT-TTTTTTTA-----CAT-cctgggactatcttacgacaatcgcaaattgtaaatcaaagatgtcttaagattgtcataacaacgttggacttaagaatgtcttaggattgtcgtaagattatcaaacttttttttacatcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|7 : ggcctg-T--AA--ATCA---------------A-AAT--TATTTGTTTC---CCATTTCTATATG-TATTAAACTAAAGGTGATTTCAA-AGGAATTGTC-ATT-TTTTGGTTTGAAATGTAATGTTAT-A--ATACTC-T-T--TTACCCGTAAA-AT-GA-TGTAA--AAAAAAGTTTGATA-ATCTTACGACAATCCTAAGA-CATTCTTAAGTCCAACGTTGTT----ATGACAATCTTAAG-----ACATCTTTGATTTACAA---T-TTG----C-GA-T-T-GTCGTA---AG-AT-A-G--TCCCAGGACTGT--CCTAAGACTTGTCCTAAGAT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--AT---------CA-AA------------CTTAGGA-----------T-ACTTT---CG-AAAACcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|8 : ggcctgCCAGCTGGCAATGTTC--ACTGA--AAC-TATCTTAGGA-C-CAAG-----AC----TCAGTCCTAAG-Tattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|8 : ttctaaaaaagtTATCTTAGGACC---AA-GACTC-----A-GTCCTAAG--TGTTTCTCAAAGCTTTTCCTAAATTA-AATCC-----TCGT-AGAACAGTTCGTCCTAAAC----TTTAGG--AC-----AGCGGTA--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAAGTT-TGTATAAA-----CAA-GACACCAGTCATTG---ATATTAATGGGAAAGA-GCTCA-AGACAC---CATGAA-A--GGGTATTCTT-AAGA-GACACTGGGAC-AACCCGCTAG--AAAATT-A-----AAGTTCCCT--CATTTGAGGA-ATTTGGATTCCTCTTC-TA---TTATGA-A-----------TCAATTC-ACAAAATCAAATgtttctcaaagcttttcctaaattaaatcctcgtagaacagttcgtcctaaactttaggacagcggtaacccttgtcctaagatcatcctaaagtttgtataaacaagacaccagtcattgatattaatgggaaagagctcaagacaccatgaaagggtattcttaagagacactgggacaacccgctagaaaattaaagttccctcatttgaggaatttggattcctcttctattatgaatcaattcacaaaatcaaatc
gi|9 : ttctaaaaaagtccagctggcaatgttcactgaaac--T-----T--CGCTCAA---TGATCG--CCGTATTTG-TGGT-----------------AGTG--GATTTGGATGA---------TATGCC--GCTT-TTT------TC----A-AAT---GT--GAGCTTG-GT-CACTAAAAACA---AAAGT--T---AA-------A------------------------------------------------GCC-TT-CGCCCAAA---AT--TTT-GATACACTCG-ATCA--AAGCAAT---GTc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGGCCCGAGAAACACACGGTGATGTGCAAATTAACACTGTGAACGTGAGGTGATAGTTGCATTAGAGACTATTACAAGGAGCTGTGCAGCGCCAGCATCCATTGTAAACGTGACAGAAACCGGAAATCTTTTTTATCATTGCATAAGTAATATTCATTAGA
Unaligned ( gi|27 ): AACTGAATTATCGAAAGTGCTTAGAATATACACGTAAAATCCGTATGTTGAAGATAGAATGCATCCTTCTTGATATGAAAATCTTTTGTGTTATATCAATTTTAC
Unaligned ( gi|28 ): AAGACATGTTTAAATCAATAAGGAAGTTCTTATTTATTTTCCTGATTAAGTCATTCATACATCTTTAATTTGGCCTGAACAGAAAGTTTCTTTAACATGCTTGC
Unaligned ( gi|35 ): AGTCTTAGGATTGGTCATAACGATTATCAACTTTCTTCTTACATTCATTTTACGGGGTAAAATAGTATATAATTTAAATTTTCAAAACCAA
Unaligned ( gi|41 ): AGAATGCTCCACATAAGACAAATACATGTAGATCTAACTGA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333 1111 11111 222 22222222222 11 222222 11 22222 11111 11111 11111 2 111 1111 11 111111 11 1 666666666666666 2222 111 44444444444444 2222222 55555555555555 777777777777777777777 11111 222222222222 2222222222 1111111 2222222222222222 1111111111111 1111111111 33333333 22222 66666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 222222222 111 4444444444444444444444444444 1111111111111 2222 111 111 33333333333333 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 44444444444444444444444444444444444 444444444444444 11 111 1111 11111 1111 2222222222 111 66666666666666666666 111 11111111111111111 11111 3333333333333 111111111111 22222222222222222 1111111111 111111111111 1111111111111
lowQualScore : 8 99 6 99 6 6 6 111111111111111 6 7777 6 66666 6 888 1 6 5 0 88888888888 11 1 333333 0 11 00000 33333 99 6 9 6 6 66666 6 55555 8 8 8 0 1 777 8888 33 444444 33 0 2 888888888888888 9999 1 0 8 0 000 33333333333333 5 5 1 3 3333333 6 6 00000000000000 99 666 7 1 888888888888888888888 5 5 22222 0 222222222222 4 8 4 55 4444444444 33 9999 66 66 4 1 4 9999 5 0 9999 5 6666666 66 3 44 3333333333333333 555 0 2 5555555555555 33 3 55 3 8888888888 33 555 1 2 5555 2 2 33333333 2 2 1 444 44 00000 22 33 2 2 888888 6666 2 2 555 33 33 2 2 33 2 555 444 333 555 33333333333333333333333333333333333333333333333 0 3 44 6666666 3 3 88 000000000 0 111 4444444444444444444444444444 55 777 8888888888888 3 3 8888 111 111 1 2 00000000000000 111 1 99 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 8 888888 88888888888888888888888888888888888 8 6 99 99 111111111111111 00 111 1 6 4444 44444 5 2222 0 5 5555555555 555 1 77 5 5 99999999999999999999 5 1 000 5 0 1 777 2 66 4 4 66666666666666666 1 00000 1 777 4 8888 4 3 3 666 3 444 44 3 3 2 0000000000000 777777777777 55555555555555555 33 9999999999 777777777777 8888888888888 555 3
lowQualScore : . .. . .. . . . ............... . .... . ..... . ... . . . . ........... .. . ...... . .. ..... ..... .. . . . . ..... . ..... . . . . . ... .... .. ...... .. . . ............... .... . . . . ... .............. . . . . ....... . . .............. .. ... . . ..................... . . ..... . ............ . . . .. .......... .. .... .. .. . . . .... . . .... . ....... .. . .. ................ ... . . ............. .. . .. . .......... .. ... . . .... . . ........ . . . ... .. ..... .. .. . . ...... .... . . ... .. .. . . .. . ... ... ... ... ............................................... . . .. ....... . . .. ......... . ... ............................ .. ... ............. . . .... ... ... . . .............. ... . .. ................................................................................... . . . ...... ................................... . . .. .. ............... .. ... . . .... ..... . .... . . .......... ... . .. . . .................... . . ... . . . ... . .. . . ................. . ..... . ... . .... . . . ... . ... .. . . . ............. ............ ................. .. .......... ............ ............. ... .
lowQualScore : 0 22 7 22 7 7 7 888888888888888 7 9999 7 77777 7 555 0 7 0 6 22222222222 00 4 222222 8 00 00000 00000 22 7 3 7 7 77777 7 22222 2 0 0 0 0 555 5555 88 555555 88 0 5 555555555555555 5555 0 2 0 8 222 77777777777777 7 0 4 2 8888888 7 7 00000000000000 22 888 3 0 222222222222222222222 7 0 55555 4 333333333333 0 0 0 55 4444444444 88 4444 11 11 4 9 4 4444 0 1 1111 0 2222222 99 6 11 5555555555555555 222 8 7 7777777777777 99 5 00 1 1111111111 99 000 2 7 3333 5 5 99999999 5 5 7 000 88 88888 00 99 9 9 222222 1111 9 9 000 99 99 9 9 99 2 000 777 444 000 55555555555555555555555555555555555555555555555 8 1 22 8888888 1 1 44 000000000 1 777 6666666666666666666666666666 44 000 6666666666666 0 0 3333 777 777 5 2 55555555555555 777 0 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 8 444444 88888888888888888888888888888888888 0 7 22 22 777777777777777 88 777 0 7 2222 33333 7 1111 1 7 3333333333 777 7 99 7 7 77777777777777777777 7 7 000 7 1 4 444 2 99 4 4 99999999999999999 9 00000 1 000 0 5555 0 6 6 444 6 888 66 1 1 2 4444444444444 555555555555 00000000000000000 99 3333333333 555555555555 7777777777777 888 3
consensus : NCCAGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AC---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAG--AGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AAACC-----TCGTCATAA--GTTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-CT-TGTATTAA-----CAT-GACGGCAGTCAT-G---ATATTGATGCGAA-GA-GCCCA-ANATAC---CATGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---C----T-ACAAGTTCCC--TCANTCGAGAA-ATTTGGATTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACT-CACAAAATCAAATTCAGGAA--CCGGT-TT-GACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTGTTCAA-------T-A-TTT-------TGAC-CTT-GA-----CGTGAGTACATGT----------A-ATT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--A--TTGTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTG-CATTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-C-GATA----------------ACAG-CGTGCCACTT-CGCTTG-------------A--TCGAGCG-TGC-AAA--T-----T--CACT---CACTGATT-GGCCGT----G-TGGTTT-C-A--A-A-T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCC--A-TT-CTT------TC----A-A-T---GT--GA--TT-GGT-CAC--TGAG---AAC---AAAAG-TA---AA-G--CCT------G------TTTCA---TTG----AAATCTA--TG-AGAAGCC-T--CGCCCAAA---AC-ATTT-G-CACGCTCGAT-CATCAAGCGAA---GTG-NCA--C-A--TG-T--T--TAT-----TG-GAACGA---TAGT-------NCTA-ATACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGTATCACGAT---------AT---TAT---TTTNAT--TTT-------A--T-----TTC-TTTA---GA-T-----CA---G-T-TTTTATAATTT-------TTTA-G-----------AC-ATNTTNAATANAC----GGTATCT------ATA-----------TT-AA-ANA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-ATATTTC---TTTTCTACAGCTGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-T-CA-T--TTA------AA-AT-AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAGATA-----TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCT---AAG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACAT
Reference ( family-515 ) : NCCAGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AC---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAG--AGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AAACC-----TCGTCATAA--GTTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-CT-TGTATTAA-----CAT-GACGGCAGTCAT-G---ATATTGATGCGAA-GA-GCCCA-ANATAC---CATGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---C----T-ACAAGTTCCC--TCANTCGAGAA-ATTTGGATTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACT-CACAAAATCAAATTCAGGAA--CCGGT-TT-GACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTGTTCAA-------T-A-TTT-------TGAC-CTT-GA-----CGTGAGTACATGT----------A-ATT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--A--TTGTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTG-CATTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-C-GATA----------------ACAG-CGTGCCACTT-CGCTTG-------------A--TCGAGCG-TGC-AAA--T-----T--CACT---CACTGATT-GGCCGT----G-TGGTTT-C-A--AAA-T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCC--A-TT-CTT------TC----A-A-T---GT--GA--TT-GGT-CAC--TGAG---AAC---AAAAG-TA---AA-A--CCT------G------TTTCA---TTG----AAATCTA--TG-AGAAGCC-T--CGCCCAAA---AC-ATTT-G-CACGCTCGAT-CATCAAGCGAA---GTG-NCA--C-A--TG-T--T--TAT-----TG-GAACGA---TAGT-------NCTA-ATACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGTATCACGAT---------AT---TAT---TTTNAT--TTT-------A--T-----TTC-TTTA---GA-T-----CA---G-T-TTTTATAATTT-------TTTA-G-----------AC-ATNTTNAATANAC----GGTATCT------ATA-----------TT-AA-ANA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-ATATTTC---TTTTCTACAGCTGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-T-CA-T--TTA------AA-AT-AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAGATA-----TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCT---AAG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACAT
gi|1 : CCTGCAGGCA-TGTTCTCAC-GACAGGC-CTTCTTAGGA-CCTAAG-----ACCGCGC--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----CCCGTCTC-----ACGTCTTAAG-------CTCCAG--TTT-C-------------------TC--CATAC--GTTCGTCCTAA-A----CTTAGGCGAC-----ACC--CC--ACCC----CCTCAAAGACCCATC-TAAA-CTCTCTACTAATTAATCATCGATCGCACCCAT-GCTTATTCTGATGCGAT-GACGCCCA-ACATATAGTCATGAACACCGGGTA--CTTCA-GACGACATTG--ACCAACCCGCTAG--A---CTACTT-ACAAGTTCCCCTCCATGCGAGAACATCT-GATTC--CTTCTTACCTTCATG--A-----------TCATCTCCACAAAATCA----CAAGCA--CTTGTGTC-TAC-------------A--AA--AACGCACTTG--CAA-------------T-------TGACTCTTCGA-----TGC-AGTAC-TGT----------T-ATTCGCTCA-G--GTACAGTAT----TCTG--AC----T--ACTCTGTACACGGGCTATTGC--CGTTCCACGACTTTCACA----TTGCCCTTCA----TG-TGATCAAAACACAA--CAT-CAAATAG---------------ACAGCCGTGCTGCTTCCGC-TA-------------ACTTCTAGCG-TGC-AAAATT-----T--CACTAACCAATGATTCGTCCGT----G-TGGTTTCC-AACAAA-T-GACAAACG--CCTTCGGAT-AC-CA--CG-TAC-CC--A-----TT------TG----ACA-T---AT--GA--TTCCGTACAC--CAAA---GACACAAAAAG-TA---AA-AACCCTTACACCGTAC---TCTCACACTTGCGACACACCTAATCGCAGAACCCAC--CGCGCAAC---AC-A-TC-G-TA---TC-ATATATCCAGCCAAAATGTGCTCC--C-A--CGCT--T--CATAACTACA-CAACGATCCTAGT-------TCTACATACATGCACAACCGCAACACGCAAGGGCGCTTCACAGGGGATCACGAC---------AA---TAT---TTTCA---TCC-------A--T-----TCC-TTT--------------------T-TTTT----TTT-------TTCACG-----------AC-ACGTCTCATA---------TAT-T------ACA------------C-AC-ACA------CTCTGATACT--AACCATCA---------------ATAATCATATCTCTCTTTTCCTACAGCCGTATGCTAT----CTAAA-----TTTTCA-A----TTATC-ACT-C----GC--GAAATC--ATCTCGCGACCATA-TCCACT--TTA------GACAA-AA-AGTAATGGAATACG---AACGCTTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------A----TTTC--AAG-TGTT-CTAAG-CACTCACTCGTCGAGAAACAC---T-CCA----A-GA-CGCAGTCCCACAAAG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-CTCTAAC-TTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTTAGGCGAGCATACCTTTCAGG--A----------CATGT------------CTTAGGAT----------ACAGTTTCCCCG-TTAACA
gi|10 : ctaggCATTT-CGCTTG-------------A--TCAAGCA-TGCTAAG--T-----T--CACT---CACTGATT-GGC-------------TT-C-A--G---T-AA-AAGTG--ATTTTGGATGGC-CG--CA-CA------A-TT-CTG------TC----A-A-T---GT--GA--TT-GGT-CAA--TAAG---AAC---AAATG-TAATTAA-A--CCT------G------T---A-----G----AAAGCTA--TG-AGAAGCC-T--CGCCCAAA---AC--TTT-G-CACGCTCG----ATTAAGCGAA---GTG---A--C-A--AG-C--TCATAC-----TG-GAAAGA---TAGT-------ACT---TACATGTATCgccctgc
gi|11 : atcaatgattcaatgtaccttgaaattccataaaatcaaacactatcgtttagaat-ACTTGGGTTCCTCTTCTTAC--TCATGGTAAACCCCGGTGGTAAACT-CAC-AAATCAAATTC-GGAA---TGGC-TT-GACTT----GGGCCGAA--AA--AACG-G-TTGTTTAAC------T-A-TTTTCACTTGTGAA-CTT-GA-----TGTGAGTACATGT----------A-ATG-G-TCA-G--GT-----AT----ATTGAAAC----T--A--TTGTACAAAGG-TATTGCG------------------------TG-CATTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-C-AAC-----------------ACAG-ACTG--ACTT-Ctttgattcg
gi|12 : -CACAAAA-CAAATTCCGAA----CGGT-TT-GACTTGTG-TG-----GGGAA--AACG-A-TTGTTCAAACACTTTT-A-CCTA------TGAC-CTT-GA-----CATGAGTGCATGT----------A-ATT-A-ACA-G--ttttacatgtacatacatgatgtaattag
gi|12 : gcgTGT----------AGATT-G-TCAAG--GTATATCACTTCGACTTAAAG----C--A--TAGTACCAAGG-TATCGCATGGCTCAGTGG-TTTTGCA----TGG-CATTGT---TTG-TGA-------AAAA--AAC-C-ctgactaggagaagatgtagtgtagattgtcaaggtatatcacttcgacttaaagcatagtaccaaggtatcgcatggctcagtggttttgcatggcattgtttgtgaaaaaaacccaaaaataccgattagtgtaca
gi|13 : gcgcacaaaacaaattccgaacggtttgacttgtgtggggaaaacgattgttcaaacacttttacctatgaccttgacatgagtgcatgtaattaacagctgactaggagaagatgtag-C-GATA----------------ACAC-TGTGCCACTT-CGCTTGATCATTTCGCTTCA--TCAAGCT-TTC-AAT--T-----T--CACT---TACTGCTT-AGCCGT----A-TAGTTT-C-A--A---T-AA-AAGCG--AGTTTAGATAGC-AA--C---------------TTT------TC----A-A-T---GT--TA--TT-GGT-CAC--TGTG---AAC---AATAG-CA---AA-G--TCC------A------ATACA---TTG----AAATCTG--TG-AGAAACG-T--CGACGAAA---AA-TTTT-G-CAC-CTCG----ATCAAGCGAA---GTG---A--T-A--TG-CCGT--AAT-----TG-GAACGA---TGGT-------caaaaataccgattagtgtaca
gi|14 : tcgttc-C-AATA----------------ACAG-TGCTCCACTT-CGCTTG-------------A--CCAAGTT-TGC-T----T-----T--CACT---CACTGACT-GGCCGT----G-TTGTTT-C-A--A---T-AA-A-GTG--TGTTCGGATGAC-CA--C----------------TT------GC----A-A-T---GT--GA--TT-AGT-CAC--TGGG---AGC---AAAAG-TA---AA-C--CCT------G------TTTTA---TTA----AAATCTT--TC-AGAGGCC-T--CGTCC-AA---AC-ATTT-T-CATGCTCGAT-C-T--AGCGAA---GTG-AC
gi|14 : atcgttc----------------ACAG-CAGGTCACTT-CGCTAG-------------A--TCGAGCA-TGA-AAA--T-----ctgctgtagtaagatgtttacctgt
gi|15 : atcgttccaataacagtgctccacttcgcttgaccaagtttgctttcactcactgactggccgtgttgtttcaataaagtgtgttcggatgaccacttgcaatgtgattagtcactgggagcaaaagtaaaccctgttttattaaaatctttcagaggcctcgtccaaacCAGGCA-TGTCA--AC-GA--AGC-TATCTTGTTA-C-TAACTTAACAC---GT--GTCCTAAG-CATGTCTAAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCTTAAGGCAGTTTCTCAAAGCTTT-CCTCAATTA-ATACC-----TCGTCATAA--GTTCGTTCTAA-T----TTTAGG--AC-----AGCG-TA--ACCCTTGTCAT--AAGGTC-ATCCTAAG-TC-TGTATTAA-----CAT-AACGGCAGTCAT-A---ATATTGATGGCAA-AA-GCagtaagatgtttacctgt
gi|16 : acTGAG-----TTTCGAGA----TTACCCACCGT----G---AAAAT---ATGTCACGA--ATA-T-CA-T--------------A--AA-TGTTGTGGAATAA---------------------T--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAAATGTTCTTAATACA-----TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCAT---AAG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACCTCTTTACTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGGTCATATCAAAGGTCATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-
gi|17 : TCGTAAG-TAGT--TAACATCTT-CTTAA------C----TG----AAGATGT-ACTAAGATA-----TCGTCGAGATACAT---CGCTATTAAA-GA-CGT-TTCTT---A-G-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-GCCTAACTTTCTTCCTAAGCTGTATCTTAAAACCACA------------TCTT-----------------AGG--G----------CATGT------------CTTGGGA-----------ATGGTTT---CG-TGAACATcaa
gi|19 : -C-AATA----------------ACAG-AA--CCATTT-CGCTTG-------------A--TCGAGGG-TGC-A------------------------GATC-GGCCGT----G-TAATTT-C-A--A---T-AA-A--TG----TTTGAATGAC-CAATC--TAAGCT--A-TT-CTT------TT----A-A-T---AT--AA--TT-GAT-CAC--TGAG---AGC---AAACG-TA---AA------------------------------G----AAATCTA--TG-AGAGGCC-T--Cacct
gi|2 : tatctttgCCAGCAGGCA-TGTTC--GC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AT---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCATAAGTCAGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AGGCT-----TCGCCATAA--GATCGTCTTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-CTCCTAAA-CT-TGTATTAT-----CCT-GATGGCTGTCAT-G---TTATTGATGC-AA-GA-GCCCAGATATAC---CATAAA-G--GGGTA--CTT-A-GA-GACTTTG--AC-AATCCGCTAGTTA---C----TTCCAAGTTCC---TCAGTGGAGAA-ATTTGGATACCTATTCTTAC--TCCTGATA-----------TAAACT-CACAA--TCAAATTCAGGAATACTGGT-TTTGACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTG--------------A-TTG-------AGAC-CTT-GA-----TGTGAGTTCTTGT----------T-AAT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--A--TTGTACAAGGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----AAG-CATTTA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-C-AATA----------------ACAG-CGTGCTGCTT-CGCTTG-------------A--TATAGCA-TGC-AAA-----------CATC---CAATGATT-CGTCGT----G-TGGTTT-C-A--AAAAT-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCC--A-TA-TTT------TG----A-A-T---GT--GA--TC-GGT-CAC--AAAG---AAC---AAAAG-TA---AATA--CCT------ACATGTATTTCA---TTG----AAATCTA--TG-AGAAGCC-T--CGCGAGAATTTAC-ATTC-G-CACACTCGAT-CATCAAACAAA---GCG-TCAT-C-A--TG-T--T--TAT-----TATAAACGA---TAGT-------TCTA-ATACATGAAATAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGCATCACAAT----------T---TAT---TTGAAT--TTT-------A--T-----TTCATTTA---GA--------A---A-TATTTTATAATTT-------TTTA-G-----------A--ATGTTGAATATAC----ATTATCT------ATA-----------TT-AA-ACA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATGAT-ATATTTC---TTTTATACAGCTCTGTA-TAT----CTAAA-----TTTTCA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-T-CA-TGTTTAG-----AA-AT-AAATGTAATGGAATAAG---AATT-TTCCTAAC-TAAT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAGATA-----TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCT---AAG-TT-G-A--TCTTAGGA-CGT-TCCTAATTTTTTTCCTAAGTT-------------ATG------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-CGAACATt
gi|20 : aAGGA-CGT-CTTAA------C----CT----AAGATGTTTCCAAGATA-----TCGTCGAGAGACAC---C-CTA----A-GA-GGT-GTCCT---AAG-AT-C-A--TCTTAAAA-TGT-TCCTAACATGTTCCCTAAGTT-------------ATA------------TCTTAAG--------------AGG--A----------GATGT------------CTAAAGA-----------A-AGTTT---CG-TGAAAAT
gi|21 : taC-T--CACCAAAA---AT-ATTC-C-CATATTC-----ATCGAGCAAA---GTG-GCAAGC----TG-T--T--ATT-----TG-AAATGA---TA----------C---ATACACGAACCAC----ACATGCATGGG---TACA---ATGATTGTGAT---------AT---CTG---TTTAAT--TTT-------G--T-----TTgcct
gi|22 : ggcaa-A-TTA-------TGAC-CTT-GA-----CGCGAGTACATGT----------A-ATT-G-TCA-G--GTA-----T----ATTGGAAT----TGTA--TTGTACAAAGG-TACTGCGTGGTTTAATGA-TTTCACA----TTG-C---CGAACTTGATAT-------ACGAGCAATCC-TATA----------------ACA-----GCTACTT-CGCTTG-------------A--TTGAtcaaattcaattgaaatttaca
gi|23 : ttttaTC------TC----A-A-T---GTCAGA--TT-GGT-CACAGTGGGTGTATC---A-----TA----------TT------G------TTTCA---TTG----AAATCTA--TG-AGAGACC-TAATGCCCCAA---AT--CTT-G-CACAC---AT-GATCAAG-GAACTCATG-ACA--G-AC-TG----T--TAT-----CG-GAGTGA---TAGT-------
gi|24 : CTACTT-CGCTTG-------------A--TCGAGCTCTGT-AAG--T-----T--GACT---CCCTGATT-TGCCGT----AATGGTTT-------GA-T-TT-GA-TG--AGTTTGGAAGACGCA--CG-TATACC--A-TT-CTT------CC------A-T---GC--GA--TT-GAT-CAC--TGAA---AAA---AAAatgttgatgcaatatta
gi|25 : cGTTTGGATGAT-CAGAC--TATGTC--A-TT-CTTATGATGTC----A-T-TCTTGT--GA--TT-GGT-CAC--TCAA---AAC---AAAA--TA---AA-G--C-T------G------TTTCA---TTA----AAGTTGA--TG-AGAAGCC-T--AGCCCAGA------GTTT-G-CATGCT
gi|26 : ---C-CTA----AAGATCGG-G-CCT---AAG-TTTG-AATTCTTAGGA-AAG-TTCTAAACTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTC-----------------AGG--A----------CATATC-----------CTTAGGATACGTCTTCGGA-AGTTT---CGTTGAACATt
gi|29 : TA----------------ATAA-TGTGTAATTT-CCCTTG-------------A--TCAAGCA-TGC-AAA--TGTTACTGGTACT---CACGGATG-GGCCGT----G-TGATTT-C-----AA-T-AA-AAGTG--AGTTTgcc
gi|3 : tatactatcgttccagTAC--TCAT--TA-----------TCAACT-CACAAA-TAGAATTCAG--A--CTGCT-TT-GACTTGGGCTG-----G--AA--AGCG-A-TTGTTAAA-------TCA-TTTGTAACTATAAC-CTT-GA-----CGTGAGTACACGT----------A-ATG-G--CA-G--GTGTATCA---------AAGC----T--G--TTGTACACGGG-TATTGTATGGTTTAATGA-TTTTACA----TTG-CATCCA---ATG-TAA-------ACGG--AAT-T-GATA----------------ACAA-TGTGCTACTT-CGCTAG-------------A--CTTGGCG-CAC-ACAT-T-----T--CACT---CACTTACT-TGCAGT----G-TGATTT-CAA--AAA-T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGA---------TATGTCATA-TT-CTC------TC----A-A-T---GT--GA--TT-GGT-CAC--TAAG---AAC---AAATG-TC---GA----------------------TCA---TT--------T------------GCC-T--CGTTTAAA---CA-ATTT-G-AACTCTCG----ATCAAACAAG---GAG-CCA--------A-T--T--TATCA---TT-GAACGA---TAGTATAAAAATCTA-GTACATGAAACACGCGTGCATGCATGGG---TTCA---GGTATCACAATACGCGTTTAAT---TATTTCTTTCAT--TTT-------A--TTTTCATTC-ATTAATTGA-TTCATCTA---GTT-TTTTGTAATCTGACTTTATTTG-G-----------A--GTATTTAATAAACTTCTGATTTCTTAGTTCATAAGTTTATTAATTT-AA-ATATACAATATCTA-TA-TCAAA--ATAAAATTTATATGTATAGATAAT-GTATTTC---TTGTCAACCATTGATTG-TGT----CTAAC-----TTTTAA-A----TCATC-ACT-C----G---AAAAT---ATGTCGCAA--ATA-T-C-----CTA------AA----AA-TTT--TGAAATAAG---AATG-TTGCTAAG-TACT--TCGGA-CTT-CTTAA------C----TT----ACAATGTTTCTAGGATA-----TTGTC--AACACAT---C-CTA----A-GA-AGT-GTCCT---AAG-TT-A-A--T-----GA-TGG-TCCCAACTCTTCATCTAAGTTATATCGCAGAAC-ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATAT------------ATTAGGC-----------A-AGTTT---CG-TGAACATcg
gi|30 : ---AC-ATTT-G-CA--CTCGG--GGTCGAGGGAA---GTG-GCA--CGA--TG-T--T--C-T-----TG-TAACGG---TAGT-------ACgcc
gi|30 : atA----------------ACAT-CGTGCCACTT-CCCTCG-------------A--CCCCGAG-TGC-AAA--TG----T--CACT---CACTGACT-GGCCGT----G-TGGGTT-C-----AA-T-AA-AAGTG--AGTTTGAATGcactcactgactggccgtgtgggttcaataaaagtgagtttgaatg
gi|31 : atgtactaccgttacaagTT-GGCCCT----G-CGTTTT-C-A--A---T-AA-A-----------------C-CA--CACTGTGTC--A-TT-CTG------TC----A-A-T---GT--GA--CA-GGT-CAC--TGTG---AAC---AAAAG-TA---AA-A--CCT------G------TTTGA----TG----AAA
gi|32 : aacaagtttgctACA----------------ACAG-TACGCCACTT-CACTTT-------------A--CCG--CA--AC-AAC--TG----T--CATT---CATCGATT-GGCTGT----A-TAGTTT-C-----GA-T-GG-AAGTG--ATGTTGGATGGT-CA--CGCTATGTT--A-TT-a
gi|33 : ----G-TAATTT-C-A--A---T-AA-AAGTG--GGTTTGGATGAC-CA--CGTTACGCC--A-TT-TTT------TTTAAAA-A-T---GT--GA--TT-GGT-CAC--T--------C---AGAAT-TA---AA-G--CCT------C------TCCCA-----G----AAATCTa
gi|34 : -TCCTAAGTTTGATCCTA-GAT-------------ATAA-----------TCTT-----------------AGG--A----------CA-GT------------CCTAGG
gi|34 : cctggttttctgaaaagtaA-----TTGTCGATAAAGATAGCC-CTA----G-GA-C-T-GTCCT---AAGATT-ATA--TC-TAGGA-Tgctatctttatcgacaatcgcaaaaatcaaag
gi|36 : cctggttttctgaaaagtatcctaagtttgAGGA-TGT-TCCTAACCTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------TATGTCTTAGGACATGTCTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACATcgcaaaaatcaaag
gi|37 : CAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGCTTATCTTAGGATC-TAAG-----AC---GT--G-CTTAAG-TATCACTTA-GAC----Agcct
gi|38 : ttactacgcaccata-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--A--TTGTACCATGG-TATTGCCTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTgc
gi|39 : TCTGAGGACCAAAAC-GTCTT-----A-GTACTAATC-AGTTTCTCGAAGCTTT-C
gi|4 : gttctcgaagccaTT-GA-----TGTGAGTACATGTGACTACATTTA-ATT-G-TCA-G--GTA-----T----ATTGGAAA----T--A--TTGTACAAAAG-TTTTGCGTTGTTCAGTGA-TTTCGCA----TGG-CATTCA---TTG-TAA-------ACAA--AAT-T-GATtc
gi|4 : attat--T-----T--CACT---CAATGATT-TGCTGT----G-TGGTT------------------GTG--AATTTGGATGA---------TATGCC--A-CTATTT------TC----A-A-T---GT--GA--TT-CGT-CAC--TAAA---AAC---A------A---AA-G--C-------------------------------------------AAAGCT-T--C-CCCAG-----CTATTTTG-AACACTCGAT-CA---AGCAAG---GTA-TCC--T-AGCTG-T--TATTAT-----TA-AAAC-A---TGGT-------GTTA---------------------TGCACGGG---TTCA---AGTATCACAAT---------ATCCGTAT---TTTTTT--TTTAGTTATCA--T-----TTT-TTAA---AA-T-----CA---G-T-TTTTAT--TTA-------TTTA-ttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatttatttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|4 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatT---TAT---TTTTGTACTTT-------AATT-----TTC-TTTG---GAGTGG---CAAATG-A-TTTTATAGTTT-------CTTA-GTTTATTAGATAATTATTTTAAATATAC----GGTAGCT------ATA-----------TT-AAGAAA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-GTATTTC---TTGTCTACAGTTGTATG-TGT----ATAGA-----TTTTAG-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCAA--ATA-T-CA-T--------------A--AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-T----------AT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAGATG-----TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCA---AAG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTATTTTCTTAAGTT-------------ATATCTTAGGCCACATCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CCTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACATtttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|40 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatTTTTCCTAAGTC-------------TTA------------TCTT-----------------ATA--AGT--------CATAT------------CTTAGGA-----------A-AGCTT---CA-TGAACATgcct
gi|5 : cCTTGTTCT--ATGATC-ATCTTAAG-TT-TGTATAAA-----CAT-GACGGCATTCAA-G---ATATTGATGCAAA-GA-GCTCACAGATAC---TACGAA-A--GGATA--TTT-A--A-TGCATTG--AC-AACCT---------------------AATTCCG---CAGTCGAGAA-ATTTGGGTTCCTCTTCTTAT--GCATG--A-----------TCAACA-CAC-AAATAAAATTCAG--A--CCAGT-TA-GACTT----TG-----ACGGACCAACG-A-TTGTTCAAT------T-ATTTT-------TAAC-GTT-GACTTAGCGTGAGTACATGT----------G-CTT-GTTCA-GTTTTAC-GTTT----ACT-AAGCTATAT--A--TTGTACAAAGG-GGTTGCGTGGTTCAGTGC-TTTCACAAATTTTG-CATTCA---TTG-TAA-------ACAA--AAT-T-GATATAATATCGATCTAATTACAG-CGTGCTATTT-CACTCA----------------------G-TGC-AAAT-T-----T--CACT---CATTGATT-GGCCGT----A-TGG-TA-C-A--GTA-TCAA-AAATGCTAGTTTGGATGAC-CA--CG-gcct
gi|5 : t---AAACG-TA---AA-G--TCT------A------TTTC------G----A----TA--CA-A-----C-T--CACCCAAA----T-ATTT-G-CACACTTGAT-CA---AGCACA---GTA-TCAGGC----TG-T--T---AT-----TG-AAGTGG---CAGT-------ACTA-GTAAATGTAACAC----ACATGCATGGA---TTCC---AGTATCACCAT---------AT---cttaaaacgtaaagtctatttcgatacaactcacccaaatatttgcacacttgatcaagcacagtatcaggctgttattgaagtggcagtactagtaaatgtaacacacatgcatggattccagtatcaccatatccgtgt
gi|6 : tcttgttctatgatcatcttaagtttgtataaacatgacggcattcaagatattgatgcaaagagctcacagatactacgaaaggatatttaatgcattgacaacctaattccgcagtcgagaaatttgggttcctcttcttatgcatgatcaacacacaaataaaattcagaccagttagactttgacggaccaacgattgttcaattatttttaacgttgacttagcgtgagtacatgtgcttgttcagttttacgtttactaagctatatattgtacaaaggggttgcgtggttcagtgctttcacaaattttgcattcattgtaaacaaaattgatataatatcgatctaattacagcgtgctatttcactcagtgcaaatttcactcattgattggccgtatggtacagtatcaaaaatgctagtttggatgaccacgctta-ATTTTAAATAAAC----GGTATCT------TTA-----------TTTAG-AAA------ATCTA-TA-T--AC--ATAA---------------ATAAG-ACATTTC---ATTTCTATAGTTTTATG-TGT----CTACA-----TTTTAA-A----T--------------------------GTGTTGCGA--ATA-T-CA-T--GTGTAC---AA-ATGAA-GGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTACG-TAGT--TAGGA-CGT-TTTAA------C----TTTTAAAAGATGCTCCTACGATA-----TCGTCGAGAccgtgt
gi|6 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataatt-CGT-GCTCT---AAG-TT-T-A--TCTTAGAA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCCAAGTT-------------ACA------------TATT-----------------AGG--A----------TATGT------------CTAAAGA-----------A-AGTTT---CG-TGAtccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgctctaagtttatcttagaatgttcctaacttttttcccaagttacatattaggatatgtctaaagaaagtttcgtgattatgcct
gi|7 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataattattttaaataaacggtatctttatttagaaaatctatatacataaataagacatttcatttctatagttttatgtgtctacattttaaatgtgttgcgaatatcatgtgtacaaatgaaggtaatggaataagaatgttcctacgtagttaggacgttttaacttttaaaagatgctcctacgatatcgtcgagatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-G-G--TTTTCGAA-AGTATCCTAAGTTTGATCCTAAGAT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CAAGT------------CTTAGGA-----------C-AGTttatgcct
gi|7 : ggccGTTT--TC-GA--AAG-TATCCTAAGT-T-TGA----------------TCCTAAGATATATCTTAGGAC----AA-GTCTTAGGACA-GTCCTGGG--ACTATCTTACGACAAT-CGCAAATTGTAAATCAAAGAT-GTCTTAA--GATTGTCATAA-CAACGTT--GG--ACTTAAGAATG-TCTTAGGATTGTCGT--AAGATT-ATC--AAA-CT-TTTTTTTA-----CAT-cctgggactatcttacgacaatcgcaaattgtaaatcaaagatgtcttaagattgtcataacaacgttggacttaagaatgtcttaggattgtcgtaagattatcaaacttttttttacatcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|7 : ggcctg-T--AA--ATCA---------------A-AAT--TATTTG---TTTCCCATTTCTATATG-TATTAAACTAAAGGTGATTTCAA-AGGAATTGTC-ATT-TTTTGGTTTGAAATGTAATGTTAT-A--ATACT-CT-T--TTACCCGTAAA-AT-GA-TGTAA--AAAAAAGTTTGATA-ATCTTACGACAATCCTAAGA-CATTCTTAAGTCCAACGTTGTT----ATGACAATCTTAAGACA-----TCTTTGATTTACAA---T-TTG----C-GA-T-T-GTCGT---AAG-AT-A-G--TCCCAGGACTGT--CCTAAGACTTGTCCTAAGAT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--AT---------CA-AA------------CTTAGGA-----------T-ACTTT---CG-AAAACcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|8 : ggcctgCCAGCTGGCAATGTTC--ACTGA--AAC-TATCTTAGGA-C-CAAG-----AC----TCAGTCCTAAG-Tattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|8 : ttctaaaaaagtTATCTTAGGACC---AA-GACTC-----A-GTCCTAAG--TGTTTCTCAAAGCTTTTCCTAAATTA-AATCC-----TCGT-AGAACAGTTCGTCCTAAAC----TTTAGG--AC-----AGCGGTA--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAAGTT-TGTATAAA-----CAA-GACACCAGTCATTG---ATATTAATGGGAAAGA-GCTCA-AGACAC---CATGAA-A--GGGTATTCTT-AAGA-GACACTGGGAC-AACCCGCTAG--AAAAT----T-A-AAGTTCCC--TCATTTGAGGA-ATTTGGATTCCTCTTC-TA---TTATGA-A-----------TCAATT-CACAAAATCAAATgtttctcaaagcttttcctaaattaaatcctcgtagaacagttcgtcctaaactttaggacagcggtaacccttgtcctaagatcatcctaaagtttgtataaacaagacaccagtcattgatattaatgggaaagagctcaagacaccatgaaagggtattcttaagagacactgggacaacccgctagaaaattaaagttccctcatttgaggaatttggattcctcttctattatgaatcaattcacaaaatcaaatc
gi|9 : ttctaaaaaagtccagctggcaatgttcactgaaac--T-----T--CGCT---CAATGATC-G-CCGTATTTG-TGGT------------------AGTG--GATTTGGATGA---------TATGCC--GCTT-TTT------TC----A-AAT---GT--GAGCTT-GGT-CAC--TAAA---AAC---AAAAGTTA---AA-G--CCT------------------------------------------------T--CGCCCAAA---AT--TTT-GATACACTCGAT-CA--AAGCAAT---GTc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGGCCCGAGAAACACACGGTGATGTGCAAATTAACACTGTGAACGTGAGGTGATAGTTGCATTAGAGACTATTACAAGGAGCTGTGCAGCGCCAGCATCCATTGTAAACGTGACAGAAACCGGAAATCTTTTTTATCATTGCATAAGTAATATTCATTAGA
Unaligned ( gi|27 ): AACTGAATTATCGAAAGTGCTTAGAATATACACGTAAAATCCGTATGTTGAAGATAGAATGCATCCTTCTTGATATGAAAATCTTTTGTGTTATATCAATTTTAC
Unaligned ( gi|28 ): AAGACATGTTTAAATCAATAAGGAAGTTCTTATTTATTTTCCTGATTAAGTCATTCATACATCTTTAATTTGGCCTGAACAGAAAGTTTCTTTAACATGCTTGC
Unaligned ( gi|35 ): AGTCTTAGGATTGGTCATAACGATTATCAACTTTCTTCTTACATTCATTTTACGGGGTAAAATAGTATATAATTTAAATTTTCAAAACCAA
Unaligned ( gi|41 ): AGAATGCTCCACATAAGACAAATACATGTAGATCTAACTGA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333 1111 11111 222 22222222222 11 222222 11 22222 11111 11111 11111 2 111 1111 11 111111 11 1 666666666666666 2222 111 33333333333333 2222222 55555555555555 777777777777777777777 11111 222222222222 2222222222 1111111 2222222222222222 1111111111111 1111111111111 3333333333 22222 555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 22222222 111 444444444444444444444444 1111111111111 2222 111 111 33333333333333 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 44444444444444444444444444444444444 444444444444444 11 111 1111 11111 1111 2222222222 111 777777777777777777777 111 11111111111111111 11111 3333333333333 111111111111 22222222222222222 1111111111 111111111111 1111111111111
lowQualScore : 8 99 6 99 6 6 6 111111111111111 6 7777 6 66666 6 888 1 6 5 0 88888888888 11 1 333333 0 11 00000 33333 99 6 9 6 6 66666 6 55555 8 8 8 0 1 777 8888 33 444444 33 0 2 888888888888888 9999 1 0 8 5 0 000 99999999999999 5 5 1 3 3333333 6 6 00000000000000 99 666 7 1 777777777777777777777 5 5 22222 0 222222222222 4 8 4 55 4444444444 33 9999 66 66 4 1 4 9999 55 888 5 6666666 66 3 0 3 3333333333333333 555 0 2 0 5555555555555 33 3 55 3 6666666666666 555 2 7777 0000000000 2 2 3 444 44 00000 22 2 55555 888888 6666 2 2 555 33 33 2 2 33 2 555 444 555 888 777777777777777777777777777777777777777777777777 0 3 44 6666666 3 3 88 22222222 0 111 222222222222222222222222 55 55 55 777 8888888888888 3 3 8888 111 111 1 2 00000000000000 111 1 99 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 8 888888 88888888888888888888888888888888888 8 6 99 99 111111111111111 00 111 1 6 4444 44444 5 2222 0 5 5555555555 555 1 77 5 555555555555555555555 5 1 000 5 0 1 777 2 66 4 4 66666666666666666 11111 1 777 4 8888 4 3 3 666 3 444 44 3 3 2 0000000000000 777777777777 55555555555555555 33 9999999999 777777777777 8888888888888 555 3
lowQualScore : . .. . .. . . . ............... . .... . ..... . ... . . . . ........... .. . ...... . .. ..... ..... .. . . . . ..... . ..... . . . . . ... .... .. ...... .. . . ............... .... . . . . . ... .............. . . . . ....... . . .............. .. ... . . ..................... . . ..... . ............ . . . .. .......... .. .... .. .. . . . .... .. ... . ....... .. . . . ................ ... . . . ............. .. . .. . ............. ... . .... .......... . . . ... .. ..... .. . ..... ...... .... . . ... .. .. . . .. . ... ... ... ... ................................................ . . .. ....... . . .. ........ . ... ........................ .. .. .. ... ............. . . .... ... ... . . .............. ... . .. ................................................................................... . . . ...... ................................... . . .. .. ............... .. ... . . .... ..... . .... . . .......... ... . .. . ..................... . . ... . . . ... . .. . . ................. ..... . ... . .... . . . ... . ... .. . . . ............. ............ ................. .. .......... ............ ............. ... .
lowQualScore : 0 22 7 22 7 7 7 888888888888888 7 9999 7 77777 7 555 0 7 0 6 22222222222 00 4 222222 8 00 00000 00000 22 7 3 7 7 77777 7 22222 2 0 0 0 0 555 5555 88 555555 88 0 5 555555555555555 5555 0 2 0 0 8 222 77777777777777 7 0 4 2 8888888 7 7 00000000000000 22 888 3 0 000000000000000000000 7 0 55555 4 333333333333 0 0 0 55 4444444444 88 4444 11 11 4 9 4 4444 11 888 0 2222222 99 6 5 3 5555555555555555 222 8 7 4 7777777777777 99 5 00 1 6666666666666 000 7 8888 3333333333 5 5 2 000 88 88888 00 9 00000 222222 1111 9 9 000 99 99 9 9 99 2 000 777 111 999 666666666666666666666666666666666666666666666666 8 1 22 8888888 1 1 44 44444444 1 777 666666666666666666666666 55 44 55 000 6666666666666 0 0 3333 777 777 5 2 55555555555555 777 0 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 8 444444 88888888888888888888888888888888888 0 7 22 22 777777777777777 88 777 0 7 2222 33333 7 1111 1 7 3333333333 777 7 99 7 444444444444444444444 7 7 000 7 1 4 444 2 99 4 4 99999999999999999 11111 1 000 0 5555 0 6 6 444 6 888 66 1 1 2 4444444444444 555555555555 00000000000000000 99 3333333333 555555555555 7777777777777 888 3
consensus : NCCAGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AC---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAG--AGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AAACC-----TCGTCATAA--GTTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-CT-TGTATTAA-----CAT-GACGGCAGTCAT-G---ATATTGATGCGAA-GA-GCCCA-ANATAC---CATGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---CT-AC----AAGTTCCCT--CANTCGAGAA-ATTTGGATTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACTC-ACAAAATCAAATTCAGGAA--CCGGT-TT-GACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTGTTCAA-------T-A-TTT-------TGAC-CTT-GA-----CGTGAGTACATGT----------A-ATT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--ATT--GTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CGA-TA----------------ACAGC-GTGCCACTTC-GCTTG-------------A--TCGAGC-GTGC-AAA--T-----T--CACTCAC---TGATTGG-CCGT----GTGGTTTC----AA-A--T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCCA-T--T-CTT------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAC--TGAG---AACA---AAAG-TA---AA-GCCT------G------T---TTCA---TTG----AAATCTA--TG-AGAAGCC-T--CGCCCAAA---AC-ATTT-G-CACGCTCG-ATCATCAAGCGAA---GTGN-CA--C-A--TGT--T--T----AT--TG-GA--ACGAT---AGT-------NCTA-ATACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGTATCACGAT---------AT---TAT---TTTNAT--TTT-------A--T-----TTC-TTTA---GA-T-----CA---G-T-TTTTATAATTT-------TTTA-G-----------AC-ATNTTNAATANAC----GGTATCT------ATA-----------TT-AA-ANA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-ATATTTCTTTT---CTACAGCTGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-A-T--TTA------AA-AT-AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCTA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACAT
Reference ( family-515 ) : NCCAGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AC---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAG--AGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AAACC-----TCGTCATAA--GTTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-CT-TGTATTAA-----CAT-GACGGCAGTCAT-G---ATATTGATGCGAA-GA-GCCCA-ANATAC---CATGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---CT-AC----AAGTTCCCT--CANTCGAGAA-ATTTGGATTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACTC-ACAAAATCAAATTCAGGAA--CCGGT-TT-GACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTGTTCAA-------T-A-TTT-------TGAC-CTT-GA-----CGTGAGTACATGT----------A-ATT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--ATT--GTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CGA-TA----------------ACAGC-GTGCCACTTC-GCTTG-------------A--TCGAGC-GTGC-AAA--T-----T--CACTCAC---TGATTGG-CCGT----GTGGTTTC----AA-A--T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCCA-T--T-CTT------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAC--TGAG---AACA---AAAG-TA---AA-GCCT------G------T---TTCA---TTG----AAATCTA--TG-AGAAGCC-T--CGCCCAAA---AC-ATTT-G-CACGCTCG-ATCATCAAGCGAA---GTGN-CA--C-A--TGT--T--T----AT--TG-GA--ACGAT---AGT-------NCTA-ATACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGTATCACGAT---------AT---TAT---TTTNAT--TTT-------A--T-----TTC-TTTA---GA-T-----CA---G-T-TTTTATAATTT-------TTTA-G-----------AC-ATNTTNAATANAC----GGTATCT------ATA-----------TT-AA-ANA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-ATATTTCTTTT---CTACAGCTGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-A-T--TTA------AA-AT-AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCTA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACAT
gi|1 : CCTGCAGGCA-TGTTCTCAC-GACAGGC-CTTCTTAGGA-CCTAAG-----ACCGCGC--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----CCCGTCTC-----ACGTCTTAAG-------CTCCAG--TTT-C-------------------TC--CATAC--GTTCGTCCTAA-A----CTTAGGCGAC-----ACC--CC--ACCC----CCTCAAAGACCCATC-TAAA-CTCTCTACTAATTAATCATCGATCGCACCCAT-GCTTATTCTGATGCGAT-GACGCCCA-ACATATAGTCATGAACACCGGGTA--CTTCA-GACGACATTG--ACCAACCCGCTAG--A---CT-ACTTACAAGTTCCCCTCCATGCGAGAACATCTG-ATTCCT--TCTTACCTTCATGAT-------------CATCTCCACAAAATCA----CAAGCA--CTTGTGTC-TAC-------------A--AA--AACGCACTTG--CAA-------T-------------TGACTCTTCGA-----TGC-AGTAC-TGT----------T-ATTCGCTCA-G--GTACAGTAT----TCTG--AC----T--ACTCTGTACACGGGCTATTGCC--GTTCCACGACTTTCACA----TTGCCCTTCA---T-G-TGATCAAAACACAA--CAT-CAAATAG---------------ACAGCCGTGCTGCTTCCGCT-A-------------ACTTCTAGC-GTGC-AAAATT-----T--CACTAACCAATGATTCGTCCGT----GTGGTTTCCAACAA-A--T-GACAAACG--CCTTCGGAT-AC-CA--CG-TAC-CCA-T--T----------TG----ACA-T---AT--GA--TTCCGTACAC--CAAA---GACACAAAAAG-TAAA-AA-CCCTTACACCG------TACTCTCACACTTGCGACACACCTAATCGCAGAACCCAC--CGCGCAAC---AC-ATC--G-TA---TCATAT-ATCCAGCCAAAATGTGCTCC--C-A--CGC--T--TCATAAC--TA-CACAACGATCCTAGT-------TCTACATACATGCACAACCGCAACACGCAAGGGCGCTTCACAGGGGATCACGAC---------AA---TAT---TTTCAT--CC--------A--T-----TCC-TTT--------------------T-TTTT----TTT-------TTCACG-----------AC-ACGTCTCATA---------TAT-T------ACA-----------C--AC-ACA------CTCTGATACT--AACCATCA---------------ATAATCATATCTCTCTTTTCCTACAGCCGTATGCTAT----CTAAA-----TTTTCA-A----TTATC-ACT-C----GC--GAAATC--ATCTCGCGACCATA-TCCACT--TTA------GACAA-AA-AGTAATGGAATACG---AACGCTTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------A----TTTC--AAG-TGTTC-TAAGCACTCAC-TCGTCGAGAAACAC---T-CCA----A-GA-CGCAGTCCCACAAAG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-CTCTAAC-TTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTTAGGCGAGCATACCTTTCAGG--A----------CATGT------------CTTAGGAT----------ACAGTTTCCCCG-TTAACA
gi|10 : ctaggCATTTC-GCTTG-------------A--TCAAGC-ATGCTAAG--T-----T--CACTCAC---TGATTGG-C------------TTC----AG----T-AA-AAGTG--ATTTTGGATGGC-CG--CA-CA----A-T--T-CTG------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAA--TAAG---AACA---AATG-TAATTAA-ACCT------G------T------A-----G----AAAGCTA--TG-AGAAGCC-T--CGCCCAAA---AC--TTT-G-CACGCTCG----ATTAAGCGAA---GTG---A--C-A--AGC--TCAT----AC--TG-GA--AAGAT---AGT-------ACT---TACATGTATCgccctgc
gi|11 : atcaatgattcaatgtaccttgaaattccataaaatcaaacactatcgtttagaat-ACTTGGGTTCCTCTTCTTAC--TCATGGTAAACCCCGGTGGTAAACTC-AC-AAATCAAATTC-GGAA---TGGC-TT-GACTT----GGGCCGAA--AA--AACG-G-TTGTTTAAC------T-A-TTTTCACTTGTGAA-CTT-GA-----TGTGAGTACATGT----------A-ATG-G-TCA-G--GT-----AT----ATTGAAAC----T--ATT--GTACAAAGG-TATTGCG------------------------TGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CAA-C-----------------ACAGA-CTG--ACTTC-tttgattcg
gi|12 : C-ACAAAA-CAAATTCCGAA----CGGT-TT-GACTTGTG-TG-----GGGAA--AACG-A-TTGTTCAAACACTTTT-A-CCTA------TGAC-CTT-GA-----CATGAGTGCATGT----------A-ATT-A-ACA-G--ttttacatgtacatacatgatgtaattag
gi|12 : gcgTGT----------AGATT-G-TCAAG--GTATATCACTTCGACTTAAAG----C--ATA--GTACCAAGG-TATCGCATGGCTCAGTGG-TTTTGCA----TGGCA-TTGT---TTG-TGA-------AAAA--AAC-Cctgactaggagaagatgtagtgtagattgtcaaggtatatcacttcgacttaaagcatagtaccaaggtatcgcatggctcagtggttttgcatggcattgtttgtgaaaaaaacccaaaaataccgattagtgtaca
gi|13 : gcgcacaaaacaaattccgaacggtttgacttgtgtggggaaaacgattgttcaaacacttttacctatgaccttgacatgagtgcatgtaattaacagctgactaggagaagatgtag-CGA-TA----------------ACACT-GTGCCACTTC-GCTTGATCATTTCGCTTCA--TCAAGC-TTTC-AAT--T-----T--CACTTAC---TGCTTAG-CCGT----ATAGTTTC----AA----T-AA-AAGCG--AGTTTAGATAGC-AA--C---------------TTT------TC----A-A-T---GT--TA--TTG-GT-CAC--TGTG---AACA---ATAG-CA---AA-GTCC------A------A---TACA---TTG----AAATCTG--TG-AGAAACG-T--CGACGAAA---AA-TTTT-G-CAC-CTCG----ATCAAGCGAA---GTG---A--T-A--TGCCGT--A----AT--TG-GA--ACGAT---GGT-------caaaaataccgattagtgtaca
gi|14 : tcgttc-CAA-TA----------------ACAGT-GCTCCACTTC-GCTTG-------------A--CCAAGT-TTGC-T----T-----T--CACTCAC---TGACTGG-CCGT----GTTGTTTC----AA----T-AA-A-GTG--TGTTCGGATGAC-CA--C----------------TT------GC----A-A-T---GT--GA--TTA-GT-CAC--TGGG---AGCA---AAAG-TA---AA-CCCT------G------T---TTTA---TTA----AAATCTT--TC-AGAGGCC-T--CGTCC-AA---AC-ATTT-T-CATGCTCG-ATC-T--AGCGAA---GTGA-C
gi|14 : atcgttc----------------ACAGC-AGGTCACTTC-GCTAG-------------A--TCGAGC-ATGA-AAA--T-----ctgctgtagtaagatgtttacctgt
gi|15 : atcgttccaataacagtgctccacttcgcttgaccaagtttgctttcactcactgactggccgtgttgtttcaataaagtgtgttcggatgaccacttgcaatgtgattagtcactgggagcaaaagtaaaccctgttttattaaaatctttcagaggcctcgtccaaacCAGGCA-TGTCA--AC-GA--AGC-TATCTTGTTA-C-TAACTTAACAC---GT--GTCCTAAG-CATGTCTAAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCTTAAGGCAGTTTCTCAAAGCTTT-CCTCAATTA-ATACC-----TCGTCATAA--GTTCGTTCTAA-T----TTTAGG--AC-----AGCG-TA--ACCCTTGTCAT--AAGGTC-ATCCTAAG-TC-TGTATTAA-----CAT-AACGGCAGTCAT-A---ATATTGATGGCAA-AA-GCagtaagatgtttacctgt
gi|16 : acTGAG-----TTTCGAGA----TTACCCACCGT----G---AAAAT---ATGTCACGA--ATA-TC-A-T--------------A--AA-TGTTGTGGAATAA---------------------T--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAAATGTTCTTAAT-----ACATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCATA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACCTCTTTACTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGGTCATATCAAAGGTCATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-
gi|17 : TCGTAAG-TAGT--TAACATCTT-CTTAA------C----TG----AAGATGT-ACTAAG-----ATATCGTCGAGATACAT---CGCTATTAAA-GA-CGT-TTCTTA----G-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-GCCTAACTTTCTTCCTAAGCTGTATCTTAAAACCACA------------TCTT-----------------AGG--G----------CATGT------------CTTGGGA-----------ATGGTTT---CG-TGAACATcaa
gi|19 : -CAA-TA----------------ACAGA-A--CCATTTC-GCTTG-------------A--TCGAGG-GTGC-A------------------------GATCGG-CCGT----GTAATTTC----AA----T-AA-A--TG----TTTGAATGAC-CAATC--TAAGCTA-T--T-CTT------TT----A-A-T---AT--AA--TTG-AT-CAC--TGAG---AGCA---AACG-TA---AA-------------------------------G----AAATCTA--TG-AGAGGCC-T--Cacct
gi|2 : tatctttgCCAGCAGGCA-TGTTC--GC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AT---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCATAAGTCAGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AGGCT-----TCGCCATAA--GATCGTCTTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-CTCCTAAA-CT-TGTATTAT-----CCT-GATGGCTGTCAT-G---TTATTGATGC-AA-GA-GCCCAGATATAC---CATAAA-G--GGGTA--CTT-A-GA-GACTTTG--AC-AATCCGCTAGTTA---CTTCC----AAGTTCC-T--CAGTGGAGAA-ATTTGGATACCTATTCTTAC--TCCTGATA-----------TAAACTC-ACAA--TCAAATTCAGGAATACTGGT-TTTGACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTG--------------A-TTG-------AGAC-CTT-GA-----TGTGAGTTCTTGT----------T-AAT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--ATT--GTACAAGGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----AAGCA-TTTA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CAA-TA----------------ACAGC-GTGCTGCTTC-GCTTG-------------A--TATAGC-ATGC-AAA-----------CATCCAA---TGATTCG-TCGT----GTGGTTTC----AA-AAAT-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCCA-T--A-TTT------TG----A-A-T---GT--GA--TCG-GT-CAC--AAAG---AACA---AAAG-TA---AATACCT------ACATGTAT---TTCA---TTG----AAATCTA--TG-AGAAGCC-T--CGCGAGAATTTAC-ATTC-G-CACACTCG-ATCATCAAACAAA---GCGT-CAT-C-A--TGT--T--T----AT--TATAA--ACGAT---AGT-------TCTA-ATACATGAAATAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGCATCACAAT----------T---TAT---TTGAAT--TTT-------A--T-----TTCATTTA---GA--------A---A-TATTTTATAATTT-------TTTA-G-----------A--ATGTTGAATATAC----ATTATCT------ATA-----------TT-AA-ACA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATGAT-ATATTTCTTTT---ATACAGCTCTGTA-TAT----CTAAA-----TTTTCA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-A-TGTTTAG-----AA-AT-AAATGTAATGGAATAAG---AATT-TTCCTAAC-TAAT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCTA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-CGT-TCCTAATTTTTTTCCTAAGTT-------------ATG------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-CGAACATt
gi|20 : aAGGA-CGT-CTTAA------C----CT----AAGATGTTTCCAAG-----ATATCGTCGAGAGACAC---C-CTA----A-GA-GGT-GTCCTA---AG-AT-C-A--TCTTAAAA-TGT-TCCTAACATGTTCCCTAAGTT-------------ATA------------TCTTAAG--------------AGG--A----------GATGT------------CTAAAGA-----------A-AGTTT---CG-TGAAAAT
gi|21 : taC-T--CACCAAAA---AT-ATTC-C-CATATTC-----ATCGAGCAAA---GTGG-CAAGC----TGT--T--A----TT--TG-AA--ATGAT---A----------C---ATACACGAACCAC----ACATGCATGGG---TACA---ATGATTGTGAT---------AT---CTG---TTTAAT--TTT-------G--T-----TTgcct
gi|22 : ggcaa-A-TTA-------TGAC-CTT-GA-----CGCGAGTACATGT----------A-ATT-G-TCA-G--GTA-----T----ATTGGAAT----TGTATT--GTACAAAGG-TACTGCGTGGTTTAATGA-TTTCACA----TTGC----CGAACTTGATAT-------ACGAGCAATCCTA-TA----------------ACA-----GCTACTTC-GCTTG-------------A--TTGAtcaaattcaattgaaatttaca
gi|23 : ttttaTC------TC----A-A-T---GTCAGA--TTG-GT-CACAGTGGGTGTATCA--------TA--------TT------G------T---TTCA---TTG----AAATCTA--TG-AGAGACC-TAATGCCCCAA---AT--CTT-G-CACAC----ATGATCAAG-GAACTCATGA-CA--G-AC-TG---T--T----AT--CG-GA--GTGAT---AGT-------
gi|24 : CTACTTC-GCTTG-------------A--TCGAGCTCTGT-AAG--T-----T--GACTCCC---TGATTTG-CCGTA---ATGGTTTG----AT-T--T-GA----TG--AGTTTGGAAGACGCA--CG-TATACCA-T--T-CTT------CC------A-T---GC--GA--TTG-AT-CAC--TGAA---AAAA---AAatgttgatgcaatatta
gi|25 : cGTTTGGATGAT-CAGAC--TATGTCA-T--T-CTTATGATGTC----A-T-TCTTGT--GA--TTG-GT-CAC--TCAA---AACA---AAA--TA---AA-GC-T------G------T---TTCA---TTA----AAGTTGA--TG-AGAAGCC-T--AGCCCAGA------GTTT-G-CATGCT
gi|26 : ---C-CTA----AAGATCGG-G-CCTA---AG-TTTG-AATTCTTAGGA-AAG-TTCTAAACTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTC-----------------AGG--A----------CATATC-----------CTTAGGATACGTCTTCGGA-AGTTT---CGTTGAACATt
gi|29 : -TA----------------ATAAT-GTGTAATTTC-CCTTG-------------A--TCAAGC-ATGC-AAA--TGTTACTGGTACTCAC---GGATGGG-CCGT----GTGATTTC-----A-A--T-AA-AAGTG--AGTTTgcc
gi|3 : tatactatcgttccagTAC--TCAT--TA-----------TCAACTC-ACAAA-TAGAATTCAG--A--CTGCT-TT-GACTTGGGCTG-----G--AA--AGCG-A-TTGTTAAA-------TCA-TTTGTAACTATAAC-CTT-GA-----CGTGAGTACACGT----------A-ATG-G--CA-G--GTGTATCA---------AAGC----T--GTT--GTACACGGG-TATTGTATGGTTTAATGA-TTTTACA----TTGCA-TCCA---ATG-TAA-------ACGG--AAT-TGA-TA----------------ACAAT-GTGCTACTTC-GCTAG-------------A--CTTGGC-GCAC-ACA--T-----TT-CACTCAC---TTACTTG-CAGT----GTGATTTC----AA-AAAT-AA-AAGTG--AGTTTGGATGA---------TATGTCA-TATT-CTC------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAC--TAAG---AACA---AATG-TC---GA-----------------------TCA---TT--------T------------GCC-T--CGTTTAAA---CA-ATTT-G-AACTCTCG----ATCAAACAAG---GAGC-CA--------AT--T--T----ATCATT-GA--ACGAT---AGTATAAAAATCTA-GTACATGAAACACGCGTGCATGCATGGG---TTCA---GGTATCACAATACGCGTTTAAT---TATTTCTTTCAT--TTT-------A--TTTTCATTC-ATTAATTGA-TTCATCTA---GTT-TTTTGTAATCTGACTTTATTTG-G-----------A--GTATTTAATAAACTTCTGATTTCTTAGTTCATAAGTTTATTAATTT-AA-ATATACAATATCTA-TA-TCAAA--ATAAAATTTATATGTATAGATAAT-GTATTTCTTGT---CAACCATTGATTG-TGT----CTAAC-----TTTTAA-A----TCATC-ACT-C----G---AAAAT---ATGTCGCAA--ATA-TC------CTA------AA----AA-TTT--TGAAATAAG---AATG-TTGCTAAG-TACT--TCGGA-CTT-CTTAA------C----TT----ACAATGTTTCTAGG-----ATATTGTC--AACACAT---C-CTA----A-GA-AGT-GTCCTA---AG-TT-A-A--T-----GA-TGG-TCCCAACTCTTCATCTAAGTTATATCGCAGAAC-ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATAT------------ATTAGGC-----------A-AGTTT---CG-TGAACATcg
gi|30 : ---AC-ATTT-G-CA--CTCG-G-GGTCGAGGGAA---GTGG-CA--CGA--TGT--T--C-----T--TG-TA--ACGGT---AGT-------ACgcc
gi|30 : atA----------------ACATC-GTGCCACTTC-CCTCG-------------A--CCCCGA-GTGC-AAA--TG----T--CACTCAC---TGACTGG-CCGT----GTGGGTTC-----A-A--T-AA-AAGTG--AGTTTGAATGcactcactgactggccgtgtgggttcaataaaagtgagtttgaatg
gi|31 : atgtactaccgttacaagTTGG-CCCT----GCGTTTTC----AA----T-AA-A-----------------C-CA--CACTGTGTCA-T--T-CTG------TC----A-A-T---GT--GA--CAG-GT-CAC--TGTG---AACA---AAAG-TA---AA-ACCT------G------T---TTGA----TG----AAA
gi|32 : aacaagtttgctA-CA----------------ACAGT-ACGCCACTTC-ACTTT-------------A--CCG--C-A-AC-AAC--TG----T--CATTCAT---CGATTGG-CTGT----ATAGTTTC-----G-A--T-GG-AAGTG--ATGTTGGATGGT-CA--CGCTATGTTA-T--T-a
gi|33 : ----GTAATTTC----AA----T-AA-AAGTG--GGTTTGGATGAC-CA--CGTTACGCCA-T--T-TTT------TTTAAAA-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAC--T--------CA---GAAT-TA---AA-GCCT------C------T---CCCA-----G----AAATCTa
gi|34 : -TCCTAAGTTTGATCCTA-GAT-------------ATAA-----------TCTT-----------------AGG--A----------CA-GT------------CCTAGG
gi|34 : cctggttttctgaaaagtaATTGTCGATAAAGATAGCC-CTA----G-GA-C-T-GTCCTA---AGATT-ATA--TC-TAGGA-Tgctatctttatcgacaatcgcaaaaatcaaag
gi|36 : cctggttttctgaaaagtatcctaagtttgAGGA-TGT-TCCTAACCTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------TATGTCTTAGGACATGTCTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACATcgcaaaaatcaaag
gi|37 : CAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGCTTATCTTAGGATC-TAAG-----AC---GT--G-CTTAAG-TATCACTTA-GAC----Agcct
gi|38 : ttactacgcaccata-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--ATT--GTACCATGG-TATTGCCTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTgc
gi|39 : TCTGAGGACCAAAAC-GTCTT-----A-GTACTAATC-AGTTTCTCGAAGCTTT-C
gi|4 : gttctcgaagccaTT-GA-----TGTGAGTACATGTGACTACATTTA-ATT-G-TCA-G--GTA-----T----ATTGGAAA----T--ATT--GTACAAAAG-TTTTGCGTTGTTCAGTGA-TTTCGCA----TGGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACAA--AAT-TGA-Ttc
gi|4 : attat--T-----T--CACTCAA---TGATTTG-CTGT----GTGGTT-------------------GTG--AATTTGGATGA---------TATGCCA-C--TATTT------TC----A-A-T---GT--GA--TTC-GT-CAC--TAAA---AACA---AA---------A-GC----------------------------------------------AAAGCT-T--C-CCCAG-----CTATTTTG-AACACTCG-ATCA---AGCAAG---GTAT-CC--T-AGCTGT--TATT----AT--TA-AA--AC-AT---GGT-------GTTA---------------------TGCACGGG---TTCA---AGTATCACAAT---------ATCCGTAT---TTTTTT--TTTAGTTATCA--T-----TTT-TTAA---AA-T-----CA---G-T-TTTTAT--TTA-------TTTA-ttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatttatttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|4 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatT---TAT---TTTTGTACTTT-------AATT-----TTC-TTTG---GAGTGG---CAAATG-A-TTTTATAGTTT-------CTTA-GTTTATTAGATAATTATTTTAAATATAC----GGTAGCT------ATA-----------TT-AAGAAA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-GTATTTCTTGT---CTACAGTTGTATG-TGT----ATAGA-----TTTTAG-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCAA--ATA-TC-A-T--------------A--AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-T----------AT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATGTCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCAA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTATTTTCTTAAGTT-------------ATATCTTAGGCCACATCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CCTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACATtttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|40 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatTTTTCCTAAGTC-------------TTA------------TCTT-----------------ATA--AGT--------CATAT------------CTTAGGA-----------A-AGCTT---CA-TGAACATgcct
gi|5 : cCTTGTTCT--ATGATC-ATCTTAAG-TT-TGTATAAA-----CAT-GACGGCATTCAA-G---ATATTGATGCAAA-GA-GCTCACAGATAC---TACGAA-A--GGATA--TTT-A--A-TGCATTG--AC-AACCT---------------------AATTCCG---CAGTCGAGAA-ATTTGGGTTCCTCTTCTTAT--GCATG--A-----------TCAACAC-AC-AAATAAAATTCAG--A--CCAGT-TA-GACTT----TG-----ACGGACCAACG-A-TTGTTCAAT------T-ATTTT-------TAAC-GTT-GACTTAGCGTGAGTACATGT----------G-CTT-GTTCA-GTTTTAC-GTTT----ACT-AAGCTATAT--ATT--GTACAAAGG-GGTTGCGTGGTTCAGTGC-TTTCACAAATTTTGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACAA--AAT-TGA-TATAATATCGATCTAATTACAGC-GTGCTATTTC-ACTCA-----------------------GTGC-AAAT-T-----T--CACTCAT---TGATTGG-CCGT----ATGG-TAC----AGTA--TCAA-AAATGCTAGTTTGGATGAC-CA--CG-gcct
gi|5 : tA---AACG-TA---AA-GTCT------A------T---TTC------G----A----TA--CA-A-----C-T--CACCCAAA----T-ATTT-G-CACACTTG-ATCA---AGCACA---GTAT-CAGGC----TGT--T-------AT--TG-AA--GTGGC---AGT-------ACTA-GTAAATGTAACAC----ACATGCATGGA---TTCC---AGTATCACCAT---------AT---cttaaaacgtaaagtctatttcgatacaactcacccaaatatttgcacacttgatcaagcacagtatcaggctgttattgaagtggcagtactagtaaatgtaacacacatgcatggattccagtatcaccatatccgtgt
gi|6 : tcttgttctatgatcatcttaagtttgtataaacatgacggcattcaagatattgatgcaaagagctcacagatactacgaaaggatatttaatgcattgacaacctaattccgcagtcgagaaatttgggttcctcttcttatgcatgatcaacacacaaataaaattcagaccagttagactttgacggaccaacgattgttcaattatttttaacgttgacttagcgtgagtacatgtgcttgttcagttttacgtttactaagctatatattgtacaaaggggttgcgtggttcagtgctttcacaaattttgcattcattgtaaacaaaattgatataatatcgatctaattacagcgtgctatttcactcagtgcaaatttcactcattgattggccgtatggtacagtatcaaaaatgctagtttggatgaccacgctta-ATTTTAAATAAAC----GGTATCT------TTA-----------TTTAG-AAA------ATCTA-TA-T--AC--ATAA---------------ATAAG-ACATTTCATTT---CTATAGTTTTATG-TGT----CTACA-----TTTTAA-A----T--------------------------GTGTTGCGA--ATA-TC-A-T--GTGTAC---AA-ATGAA-GGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTACG-TAGT--TAGGA-CGT-TTTAA------C----TTTTAAAAGATGCTCCTACG-----ATATCGTCGAGAccgtgt
gi|6 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataatt-CGT-GCTCTA---AG-TT-T-A--TCTTAGAA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCCAAGTT-------------ACA------------TATT-----------------AGG--A----------TATGT------------CTAAAGA-----------A-AGTTT---CG-TGAtccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgctctaagtttatcttagaatgttcctaacttttttcccaagttacatattaggatatgtctaaagaaagtttcgtgattatgcct
gi|7 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataattattttaaataaacggtatctttatttagaaaatctatatacataaataagacatttcatttctatagttttatgtgtctacattttaaatgtgttgcgaatatcatgtgtacaaatgaaggtaatggaataagaatgttcctacgtagttaggacgttttaacttttaaaagatgctcctacgatatcgtcgagatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-G-G--TTTTCGAA-AGTATCCTAAGTTTGATCCTAAGAT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CAAGT------------CTTAGGA-----------C-AGTttatgcct
gi|7 : ggccGTTT--TC-GA--AAG-TATCCTAAGT-T-TGA----------------TCCTAAGATATATCTTAGGAC----AA-GTCTTAGGACA-GTCCTGGG--ACTATCTTACGACAAT-CGCAAATTGTAAATCAAAGAT-GTCTTAA--GATTGTCATAA-CAACGTT--GG--ACTTAAGAATG-TCTTAGGATTGTCGT--AAGATT-ATC--AAA-CT-TTTTTTTA-----CAT-cctgggactatcttacgacaatcgcaaattgtaaatcaaagatgtcttaagattgtcataacaacgttggacttaagaatgtcttaggattgtcgtaagattatcaaacttttttttacatcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|7 : ggcctg-T--AA--ATCA---------------A-AAT--TATTTGTTTC---CCATTTCTATATG-TATTAAACTAAAGGTGATTTCAA-AGGAATTGTC-ATT-TTTTGGTTTGAAATGTAATGTTAT-A--ATACTC-T-T--TTACCCGTAAA-AT-GA-TGTAA--AAAAAAGTTTGATA-ATCTTACGACAATCCTAAGA-CATTCTTAAGTCCAACGTTGTT----ATGACAATCTTAAG-----ACATCTTTGATTTACAA---T-TTG----C-GA-T-T-GTCGTA---AG-AT-A-G--TCCCAGGACTGT--CCTAAGACTTGTCCTAAGAT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--AT---------CA-AA------------CTTAGGA-----------T-ACTTT---CG-AAAACcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|8 : ggcctgCCAGCTGGCAATGTTC--ACTGA--AAC-TATCTTAGGA-C-CAAG-----AC----TCAGTCCTAAG-Tattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|8 : ttctaaaaaagtTATCTTAGGACC---AA-GACTC-----A-GTCCTAAG--TGTTTCTCAAAGCTTTTCCTAAATTA-AATCC-----TCGT-AGAACAGTTCGTCCTAAAC----TTTAGG--AC-----AGCGGTA--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAAGTT-TGTATAAA-----CAA-GACACCAGTCATTG---ATATTAATGGGAAAGA-GCTCA-AGACAC---CATGAA-A--GGGTATTCTT-AAGA-GACACTGGGAC-AACCCGCTAG--AAAATT-A-----AAGTTCCCT--CATTTGAGGA-ATTTGGATTCCTCTTC-TA---TTATGA-A-----------TCAATTC-ACAAAATCAAATgtttctcaaagcttttcctaaattaaatcctcgtagaacagttcgtcctaaactttaggacagcggtaacccttgtcctaagatcatcctaaagtttgtataaacaagacaccagtcattgatattaatgggaaagagctcaagacaccatgaaagggtattcttaagagacactgggacaacccgctagaaaattaaagttccctcatttgaggaatttggattcctcttctattatgaatcaattcacaaaatcaaatc
gi|9 : ttctaaaaaagtccagctggcaatgttcactgaaac--T-----T--CGCTCAA---TGATCG--CCGTATTTGTGGT-------------------AGTG--GATTTGGATGA---------TATGCCGCT--T-TTT------TC----A-AAT---GT--GAGCTTG-GT-CAC--TAAA---AACA---AAAGTTA---AA-GCCT---------------------------------------------------T--CGCCCAAA---AT--TTT-GATACACTCG-ATCA--AAGCAAT---GTc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGGCCCGAGAAACACACGGTGATGTGCAAATTAACACTGTGAACGTGAGGTGATAGTTGCATTAGAGACTATTACAAGGAGCTGTGCAGCGCCAGCATCCATTGTAAACGTGACAGAAACCGGAAATCTTTTTTATCATTGCATAAGTAATATTCATTAGA
Unaligned ( gi|27 ): AACTGAATTATCGAAAGTGCTTAGAATATACACGTAAAATCCGTATGTTGAAGATAGAATGCATCCTTCTTGATATGAAAATCTTTTGTGTTATATCAATTTTAC
Unaligned ( gi|28 ): AAGACATGTTTAAATCAATAAGGAAGTTCTTATTTATTTTCCTGATTAAGTCATTCATACATCTTTAATTTGGCCTGAACAGAAAGTTTCTTTAACATGCTTGC
Unaligned ( gi|35 ): AGTCTTAGGATTGGTCATAACGATTATCAACTTTCTTCTTACATTCATTTTACGGGGTAAAATAGTATATAATTTAAATTTTCAAAACCAA
Unaligned ( gi|41 ): AGAATGCTCCACATAAGACAAATACATGTAGATCTAACTGA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333 1111 11111 222 22222222222 11 222222 11 22222 11111 11111 11111 2 111 1111 11 111111 11 1 666666666666666 2222 111 33333333333333 2222222 55555555555555 777777777777777777777 11111 222222222222 2222222222 1111111 2222222222222222 1111111111111 1111111111111 3333333333 22222 555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 22222222 111 444444444444444444444444 1111111111111 2222 111 111 33333333333333 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 44444444444444444444444444444444444 444444444444444 11 111 1111 11111 1111 2222222222 111 777777777777777777777 111 11111111111111111 11111 3333333333333 111111111111 22222222222222222 1111111111 111111111111 1111111111111
lowQualScore : 8 99 6 99 6 6 6 111111111111111 6 7777 6 66666 6 888 1 6 5 0 88888888888 11 1 333333 0 11 00000 33333 99 6 9 6 6 66666 6 55555 8 8 8 0 1 777 8888 33 444444 33 0 2 888888888888888 9999 1 0 8 5 0 000 99999999999999 5 5 1 3 3333333 6 6 00000000000000 99 666 7 1 777777777777777777777 5 5 22222 0 222222222222 4 8 4 55 4444444444 33 9999 66 66 4 1 4 9999 55 888 5 6666666 66 3 0 3 3333333333333333 555 0 2 0 5555555555555 33 3 55 3 6666666666666 555 2 7777 0000000000 2 2 3 444 44 00000 22 2 55555 888888 6666 2 2 555 33 33 2 2 33 2 555 444 555 888 777777777777777777777777777777777777777777777777 0 3 44 6666666 3 3 88 22222222 0 111 222222222222222222222222 55 55 55 777 8888888888888 3 3 8888 111 111 1 2 00000000000000 111 1 99 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 8 888888 88888888888888888888888888888888888 8 6 99 99 111111111111111 00 111 1 6 4444 44444 5 2222 0 5 5555555555 555 1 77 5 555555555555555555555 5 1 000 5 0 1 777 2 66 4 4 66666666666666666 11111 1 777 4 8888 4 3 3 666 3 444 44 3 3 2 0000000000000 777777777777 55555555555555555 33 9999999999 777777777777 8888888888888 555 3
lowQualScore : . .. . .. . . . ............... . .... . ..... . ... . . . . ........... .. . ...... . .. ..... ..... .. . . . . ..... . ..... . . . . . ... .... .. ...... .. . . ............... .... . . . . . ... .............. . . . . ....... . . .............. .. ... . . ..................... . . ..... . ............ . . . .. .......... .. .... .. .. . . . .... .. ... . ....... .. . . . ................ ... . . . ............. .. . .. . ............. ... . .... .......... . . . ... .. ..... .. . ..... ...... .... . . ... .. .. . . .. . ... ... ... ... ................................................ . . .. ....... . . .. ........ . ... ........................ .. .. .. ... ............. . . .... ... ... . . .............. ... . .. ................................................................................... . . . ...... ................................... . . .. .. ............... .. ... . . .... ..... . .... . . .......... ... . .. . ..................... . . ... . . . ... . .. . . ................. ..... . ... . .... . . . ... . ... .. . . . ............. ............ ................. .. .......... ............ ............. ... .
lowQualScore : 0 22 7 22 7 7 7 888888888888888 7 9999 7 77777 7 555 0 7 0 6 22222222222 00 4 222222 8 00 00000 00000 22 7 3 7 7 77777 7 22222 2 0 0 0 0 555 5555 88 555555 88 0 5 555555555555555 5555 0 2 0 0 8 222 77777777777777 7 0 4 2 8888888 7 7 00000000000000 22 888 3 0 000000000000000000000 7 0 55555 4 333333333333 0 0 0 55 4444444444 88 4444 11 11 4 9 4 4444 11 888 0 2222222 99 6 5 3 5555555555555555 222 8 7 4 7777777777777 99 5 00 1 6666666666666 000 7 8888 3333333333 5 5 2 000 88 88888 00 9 00000 222222 1111 9 9 000 99 99 9 9 99 2 000 777 111 999 666666666666666666666666666666666666666666666666 8 1 22 8888888 1 1 44 44444444 1 777 666666666666666666666666 55 44 55 000 6666666666666 0 0 3333 777 777 5 2 55555555555555 777 0 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 8 444444 88888888888888888888888888888888888 0 7 22 22 777777777777777 88 777 0 7 2222 33333 7 1111 1 7 3333333333 777 7 99 7 444444444444444444444 7 7 000 7 1 4 444 2 99 4 4 99999999999999999 11111 1 000 0 5555 0 6 6 444 6 888 66 1 1 2 4444444444444 555555555555 00000000000000000 99 3333333333 555555555555 7777777777777 888 3
consensus : NCCAGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AC---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAG--AGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AAACC-----TCGTCATAA--GTTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-CT-TGTATTAA-----CAT-GACGGCAGTCAT-G---ATATTGATGCGAA-GA-GCCCA-ANATAC---CATGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---CT-AC----AAGTTCCCT--CANTCGAGAA-ATTTGGATTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACTC-ACAAAATCAAATTCAGGAA--CCGGT-TT-GACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTGTTCAA-------T-A-TTT-------TGAC-CTT-GA-----CGTGAGTACATGT----------A-ATT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--ATT--GTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CGA-TA----------------ACAGC-GTGCCACTTC-GCTTG-------------A--TCGAGC-GTGC-AAA--T-----T--CACTCAC---TGATTGG-CCGT----GTGGTTTC----AA-A--T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCCA-T--T-CTT------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAC--TGAG---AACA---AAAG-TA---AA-GCCT------G------T---TTCA---TTG----AAATCTA--TG-AGAAGCC-T--CGCCCAAA---AC-ATTT-G-CACGCTCG-ATCATCAAGCGAA---GTGN-CA--C-A--TGT--T--T----AT--TG-GA--ACGAT---AGT-------NCTA-ATACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGTATCACGAT---------AT---TAT---TTTNAT--TTT-------A--T-----TTC-TTTA---GA-T-----CA---G-T-TTTTATAATTT-------TTTA-G-----------AC-ATNTTNAATANAC----GGTATCT------ATA-----------TT-AA-ANA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-ATATTTCTTTT---CTACAGCTGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-A-T--TTA------AA-AT-AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCTA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACAT
Reference ( family-515 ) : NCCAGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AC---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAG--AGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AAACC-----TCGTCATAA--GTTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-CT-TGTATTAA-----CAT-GACGGCAGTCAT-G---ATATTGATGCGAA-GA-GCCCA-ANATAC---CATGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---CT-AC----AAGTTCCCT--CANTCGAGAA-ATTTGGATTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACTC-ACAAAATCAAATTCAGGAA--CCGGT-TT-GACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTGTTCAA-------T-A-TTT-------TGAC-CTT-GA-----CGTGAGTACATGT----------A-ATT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--ATT--GTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CGA-TA----------------ACAGC-GTGCCACTTC-GCTTG-------------A--TCGAGC-GTGC-AAA--T-----T--CACTCAC---TGATTGG-CCGT----GTGGTTTC----AA-A--T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCCA-T--T-CTT------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAC--TGAG---AACA---AAAG-TA---AA-GCCT------G------T---TTCA---TTG----AAATCTA--TG-AGAAGCC-T--CGCCCAAA---AC-ATTT-G-CACGCTCG-ATCATCAAGCGAA---GTGN-CA--C-A--TGT--T--T----AT--TG-GA--ACGAT---AGT-------NCTA-ATACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGTATCACGAT---------AT---TAT---TTTNAT--TTT-------A--T-----TTC-TTTA---GA-T-----CA---G-T-TTTTATAATTT-------TTTA-G-----------AC-ATNTTNAATANAC----GGTATCT------ATA-----------TT-AA-ANA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-ATATTTCTTTT---CTACAGCTGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-A-T--TTA------AA-AT-AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCTA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACAT
gi|1 : CCTGCAGGCA-TGTTCTCAC-GACAGGC-CTTCTTAGGA-CCTAAG-----ACCGCGC--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----CCCGTCTC-----ACGTCTTAAG-------CTCCAG--TTT-C-------------------TC--CATAC--GTTCGTCCTAA-A----CTTAGGCGAC-----ACC--CC--ACCC----CCTCAAAGACCCATC-TAAA-CTCTCTACTAATTAATCATCGATCGCACCCAT-GCTTATTCTGATGCGAT-GACGCCCA-ACATATAGTCATGAACACCGGGTA--CTTCA-GACGACATTG--ACCAACCCGCTAG--A---CT-ACTTACAAGTTCCCCTCCATGCGAGAACATCTG-ATTCCT--TCTTACCTTCATGAT-------------CATCTCCACAAAATCA----CAAGCA--CTTGTGTC-TAC-------------A--AA--AACGCACTTG--CAA-------T-------------TGACTCTTCGA-----TGC-AGTAC-TGT----------T-ATTCGCTCA-G--GTACAGTAT----TCTG--AC----T--ACTCTGTACACGGGCTATTGCC--GTTCCACGACTTTCACA----TTGCCCTTCA---T-G-TGATCAAAACACAA--CAT-CAAATAG---------------ACAGCCGTGCTGCTTCCGCT-A-------------ACTTCTAGC-GTGC-AAAATT-----T--CACTAACCAATGATTCGTCCGT----GTGGTTTCCAACAA-A--T-GACAAACG--CCTTCGGAT-AC-CA--CG-TAC-CCA-T--T----------TG----ACA-T---AT--GA--TTCCGTACAC--CAAA---GACACAAAAAG-TAAA-AA-CCCTTACACCG------TACTCTCACACTTGCGACACACCTAATCGCAGAACCCAC--CGCGCAAC---AC-ATC--G-TA---TCATAT-ATCCAGCCAAAATGTGCTCC--C-A--CGC--T--TCATAAC--TA-CACAACGATCCTAGT-------TCTACATACATGCACAACCGCAACACGCAAGGGCGCTTCACAGGGGATCACGAC---------AA---TAT---TTTCAT--CC--------A--T-----TCC-TTT--------------------T-TTTT----TTT-------TTCACG-----------AC-ACGTCTCATA---------TAT-T------ACA-----------C--AC-ACA------CTCTGATACT--AACCATCA---------------ATAATCATATCTCTCTTTTCCTACAGCCGTATGCTAT----CTAAA-----TTTTCA-A----TTATC-ACT-C----GC--GAAATC--ATCTCGCGACCATA-TCCACT--TTA------GACAA-AA-AGTAATGGAATACG---AACGCTTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------A----TTTC--AAG-TGTTC-TAAGCACTCAC-TCGTCGAGAAACAC---T-CCA----A-GA-CGCAGTCCCACAAAG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-CTCTAAC-TTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTTAGGCGAGCATACCTTTCAGG--A----------CATGT------------CTTAGGAT----------ACAGTTTCCCCG-TTAACA
gi|10 : ctaggCATTTC-GCTTG-------------A--TCAAGC-ATGCTAAG--T-----T--CACTCAC---TGATTGG-C------------TTC----AG----T-AA-AAGTG--ATTTTGGATGGC-CG--CA-CA----A-T--T-CTG------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAA--TAAG---AACA---AATG-TAATTAA-ACCT------G------T------A-----G----AAAGCTA--TG-AGAAGCC-T--CGCCCAAA---AC--TTT-G-CACGCTCG----ATTAAGCGAA---GTG---A--C-A--AGC--TCAT----AC--TG-GA--AAGAT---AGT-------ACT---TACATGTATCgccctgc
gi|11 : atcaatgattcaatgtaccttgaaattccataaaatcaaacactatcgtttagaat-ACTTGGGTTCCTCTTCTTAC--TCATGGTAAACCCCGGTGGTAAACTC-AC-AAATCAAATTC-GGAA---TGGC-TT-GACTT----GGGCCGAA--AA--AACG-G-TTGTTTAAC------T-A-TTTTCACTTGTGAA-CTT-GA-----TGTGAGTACATGT----------A-ATG-G-TCA-G--GT-----AT----ATTGAAAC----T--ATT--GTACAAAGG-TATTGCG------------------------TGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CAA-C-----------------ACAGA-CTG--ACTTC-tttgattcg
gi|12 : C-ACAAAA-CAAATTCCGAA----CGGT-TT-GACTTGTG-TG-----GGGAA--AACG-A-TTGTTCAAACACTTTT-A-CCTA------TGAC-CTT-GA-----CATGAGTGCATGT----------A-ATT-A-ACA-G--ttttacatgtacatacatgatgtaattag
gi|12 : gcgTGT----------AGATT-G-TCAAG--GTATATCACTTCGACTTAAAG----C--ATA--GTACCAAGG-TATCGCATGGCTCAGTGG-TTTTGCA----TGGCA-TTGT---TTG-TGA-------AAAA--AAC-Cctgactaggagaagatgtagtgtagattgtcaaggtatatcacttcgacttaaagcatagtaccaaggtatcgcatggctcagtggttttgcatggcattgtttgtgaaaaaaacccaaaaataccgattagtgtaca
gi|13 : gcgcacaaaacaaattccgaacggtttgacttgtgtggggaaaacgattgttcaaacacttttacctatgaccttgacatgagtgcatgtaattaacagctgactaggagaagatgtag-CGA-TA----------------ACACT-GTGCCACTTC-GCTTGATCATTTCGCTTCA--TCAAGC-TTTC-AAT--T-----T--CACTTAC---TGCTTAG-CCGT----ATAGTTTC----AA----T-AA-AAGCG--AGTTTAGATAGC-AA--C---------------TTT------TC----A-A-T---GT--TA--TTG-GT-CAC--TGTG---AACA---ATAG-CA---AA-GTCC------A------A---TACA---TTG----AAATCTG--TG-AGAAACG-T--CGACGAAA---AA-TTTT-G-CAC-CTCG----ATCAAGCGAA---GTG---A--T-A--TGCCGT--A----AT--TG-GA--ACGAT---GGT-------caaaaataccgattagtgtaca
gi|14 : tcgttc-CAA-TA----------------ACAGT-GCTCCACTTC-GCTTG-------------A--CCAAGT-TTGC-T----T-----T--CACTCAC---TGACTGG-CCGT----GTTGTTTC----AA----T-AA-A-GTG--TGTTCGGATGAC-CA--C----------------TT------GC----A-A-T---GT--GA--TTA-GT-CAC--TGGG---AGCA---AAAG-TA---AA-CCCT------G------T---TTTA---TTA----AAATCTT--TC-AGAGGCC-T--CGTCC-AA---AC-ATTT-T-CATGCTCG-ATC-T--AGCGAA---GTGA-C
gi|14 : atcgttc----------------ACAGC-AGGTCACTTC-GCTAG-------------A--TCGAGC-ATGA-AAA--T-----ctgctgtagtaagatgtttacctgt
gi|15 : atcgttccaataacagtgctccacttcgcttgaccaagtttgctttcactcactgactggccgtgttgtttcaataaagtgtgttcggatgaccacttgcaatgtgattagtcactgggagcaaaagtaaaccctgttttattaaaatctttcagaggcctcgtccaaacCAGGCA-TGTCA--AC-GA--AGC-TATCTTGTTA-C-TAACTTAACAC---GT--GTCCTAAG-CATGTCTAAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCTTAAGGCAGTTTCTCAAAGCTTT-CCTCAATTA-ATACC-----TCGTCATAA--GTTCGTTCTAA-T----TTTAGG--AC-----AGCG-TA--ACCCTTGTCAT--AAGGTC-ATCCTAAG-TC-TGTATTAA-----CAT-AACGGCAGTCAT-A---ATATTGATGGCAA-AA-GCagtaagatgtttacctgt
gi|16 : acTGAG-----TTTCGAGA----TTACCCACCGT----G---AAAAT---ATGTCACGA--ATA-TC-A-T--------------A--AA-TGTTGTGGAATAA---------------------T--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAAATGTTCTTAAT-----ACATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCATA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACCTCTTTACTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGGTCATATCAAAGGTCATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-
gi|17 : TCGTAAG-TAGT--TAACATCTT-CTTAA------C----TG----AAGATGT-ACTAAG-----ATATCGTCGAGATACAT---CGCTATTAAA-GA-CGT-TTCTTA----G-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-GCCTAACTTTCTTCCTAAGCTGTATCTTAAAACCACA------------TCTT-----------------AGG--G----------CATGT------------CTTGGGA-----------ATGGTTT---CG-TGAACATcaa
gi|19 : -CAA-TA----------------ACAGA-A--CCATTTC-GCTTG-------------A--TCGAGG-GTGC-A------------------------GATCGG-CCGT----GTAATTTC----AA----T-AA-A--TG----TTTGAATGAC-CAATC--TAAGCTA-T--T-CTT------TT----A-A-T---AT--AA--TTG-AT-CAC--TGAG---AGCA---AACG-TA---AA-------------------------------G----AAATCTA--TG-AGAGGCC-T--Cacct
gi|2 : tatctttgCCAGCAGGCA-TGTTC--GC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AT---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCATAAGTCAGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AGGCT-----TCGCCATAA--GATCGTCTTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-CTCCTAAA-CT-TGTATTAT-----CCT-GATGGCTGTCAT-G---TTATTGATGC-AA-GA-GCCCAGATATAC---CATAAA-G--GGGTA--CTT-A-GA-GACTTTG--AC-AATCCGCTAGTTA---CTTCC----AAGTTCC-T--CAGTGGAGAA-ATTTGGATACCTATTCTTAC--TCCTGATA-----------TAAACTC-ACAA--TCAAATTCAGGAATACTGGT-TTTGACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTG--------------A-TTG-------AGAC-CTT-GA-----TGTGAGTTCTTGT----------T-AAT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--ATT--GTACAAGGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----AAGCA-TTTA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CAA-TA----------------ACAGC-GTGCTGCTTC-GCTTG-------------A--TATAGC-ATGC-AAA-----------CATCCAA---TGATTCG-TCGT----GTGGTTTC----AA-AAAT-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCCA-T--A-TTT------TG----A-A-T---GT--GA--TCG-GT-CAC--AAAG---AACA---AAAG-TA---AATACCT------ACATGTAT---TTCA---TTG----AAATCTA--TG-AGAAGCC-T--CGCGAGAATTTAC-ATTC-G-CACACTCG-ATCATCAAACAAA---GCGT-CAT-C-A--TGT--T--T----AT--TATAA--ACGAT---AGT-------TCTA-ATACATGAAATAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGCATCACAAT----------T---TAT---TTGAAT--TTT-------A--T-----TTCATTTA---GA--------A---A-TATTTTATAATTT-------TTTA-G-----------A--ATGTTGAATATAC----ATTATCT------ATA-----------TT-AA-ACA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATGAT-ATATTTCTTTT---ATACAGCTCTGTA-TAT----CTAAA-----TTTTCA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-A-TGTTTAG-----AA-AT-AAATGTAATGGAATAAG---AATT-TTCCTAAC-TAAT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCTA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-CGT-TCCTAATTTTTTTCCTAAGTT-------------ATG------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-CGAACATt
gi|20 : aAGGA-CGT-CTTAA------C----CT----AAGATGTTTCCAAG-----ATATCGTCGAGAGACAC---C-CTA----A-GA-GGT-GTCCTA---AG-AT-C-A--TCTTAAAA-TGT-TCCTAACATGTTCCCTAAGTT-------------ATA------------TCTTAAG--------------AGG--A----------GATGT------------CTAAAGA-----------A-AGTTT---CG-TGAAAAT
gi|21 : taC-T--CACCAAAA---AT-ATTC-C-CATATTC-----ATCGAGCAAA---GTGG-CAAGC----TGT--T--A----TT--TG-AA--ATGAT---A----------C---ATACACGAACCAC----ACATGCATGGG---TACA---ATGATTGTGAT---------AT---CTG---TTTAAT--TTT-------G--T-----TTgcct
gi|22 : ggcaa-A-TTA-------TGAC-CTT-GA-----CGCGAGTACATGT----------A-ATT-G-TCA-G--GTA-----T----ATTGGAAT----TGTATT--GTACAAAGG-TACTGCGTGGTTTAATGA-TTTCACA----TTGC----CGAACTTGATAT-------ACGAGCAATCCTA-TA----------------ACA-----GCTACTTC-GCTTG-------------A--TTGAtcaaattcaattgaaatttaca
gi|23 : ttttaTC------TC----A-A-T---GTCAGA--TTG-GT-CACAGTGGGTGTATCA--------TA--------TT------G------T---TTCA---TTG----AAATCTA--TG-AGAGACC-TAATGCCCCAA---AT--CTT-G-CACAC----ATGATCAAG-GAACTCATGA-CA--G-AC-TG---T--T----AT--CG-GA--GTGAT---AGT-------
gi|24 : CTACTTC-GCTTG-------------A--TCGAGCTCTGT-AAG--T-----T--GACTCCC---TGATTTG-CCGTA---ATGGTTTG----AT-T--T-GA----TG--AGTTTGGAAGACGCA--CG-TATACCA-T--T-CTT------CC------A-T---GC--GA--TTG-AT-CAC--TGAA---AAAA---AAatgttgatgcaatatta
gi|25 : cGTTTGGATGAT-CAGAC--TATGTCA-T--T-CTTATGATGTC----A-T-TCTTGT--GA--TTG-GT-CAC--TCAA---AACA---AAA--TA---AA-GC-T------G------T---TTCA---TTA----AAGTTGA--TG-AGAAGCC-T--AGCCCAGA------GTTT-G-CATGCT
gi|26 : ---C-CTA----AAGATCGG-G-CCTA---AG-TTTG-AATTCTTAGGA-AAG-TTCTAAACTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTC-----------------AGG--A----------CATATC-----------CTTAGGATACGTCTTCGGA-AGTTT---CGTTGAACATt
gi|29 : -TA----------------ATAAT-GTGTAATTTC-CCTTG-------------A--TCAAGC-ATGC-AAA--TGTTACTGGTACTCAC---GGATGGG-CCGT----GTGATTTC-----A-A--T-AA-AAGTG--AGTTTgcc
gi|3 : tatactatcgttccagTAC--TCAT--TA-----------TCAACTC-ACAAA-TAGAATTCAG--A--CTGCT-TT-GACTTGGGCTG-----G--AA--AGCG-A-TTGTTAAA-------TCA-TTTGTAACTATAAC-CTT-GA-----CGTGAGTACACGT----------A-ATG-G--CA-G--GTGTATCA---------AAGC----T--GTT--GTACACGGG-TATTGTATGGTTTAATGA-TTTTACA----TTGCA-TCCA---ATG-TAA-------ACGG--AAT-TGA-TA----------------ACAAT-GTGCTACTTC-GCTAG-------------A--CTTGGC-GCAC-ACA--T-----TT-CACTCAC---TTACTTG-CAGT----GTGATTTC----AA-AAAT-AA-AAGTG--AGTTTGGATGA---------TATGTCA-TATT-CTC------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAC--TAAG---AACA---AATG-TC---GA-----------------------TCA---TT--------T------------GCC-T--CGTTTAAA---CA-ATTT-G-AACTCTCG----ATCAAACAAG---GAGC-CA--------AT--T--T----ATCATT-GA--ACGAT---AGTATAAAAATCTA-GTACATGAAACACGCGTGCATGCATGGG---TTCA---GGTATCACAATACGCGTTTAAT---TATTTCTTTCAT--TTT-------A--TTTTCATTC-ATTAATTGA-TTCATCTA---GTT-TTTTGTAATCTGACTTTATTTG-G-----------A--GTATTTAATAAACTTCTGATTTCTTAGTTCATAAGTTTATTAATTT-AA-ATATACAATATCTA-TA-TCAAA--ATAAAATTTATATGTATAGATAAT-GTATTTCTTGT---CAACCATTGATTG-TGT----CTAAC-----TTTTAA-A----TCATC-ACT-C----G---AAAAT---ATGTCGCAA--ATA-TC------CTA------AA----AA-TTT--TGAAATAAG---AATG-TTGCTAAG-TACT--TCGGA-CTT-CTTAA------C----TT----ACAATGTTTCTAGG-----ATATTGTC--AACACAT---C-CTA----A-GA-AGT-GTCCTA---AG-TT-A-A--T-----GA-TGG-TCCCAACTCTTCATCTAAGTTATATCGCAGAAC-ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATAT------------ATTAGGC-----------A-AGTTT---CG-TGAACATcg
gi|30 : ---AC-ATTT-G-CA--CTCG-G-GGTCGAGGGAA---GTGG-CA--CGA--TGT--T--C-----T--TG-TA--ACGGT---AGT-------ACgcc
gi|30 : atA----------------ACATC-GTGCCACTTC-CCTCG-------------A--CCCCGA-GTGC-AAA--TG----T--CACTCAC---TGACTGG-CCGT----GTGGGTTC-----A-A--T-AA-AAGTG--AGTTTGAATGcactcactgactggccgtgtgggttcaataaaagtgagtttgaatg
gi|31 : atgtactaccgttacaagTTGG-CCCT----GCGTTTTC----AA----T-AA-A-----------------C-CA--CACTGTGTCA-T--T-CTG------TC----A-A-T---GT--GA--CAG-GT-CAC--TGTG---AACA---AAAG-TA---AA-ACCT------G------T---TTGA----TG----AAA
gi|32 : aacaagtttgctA-CA----------------ACAGT-ACGCCACTTC-ACTTT-------------A--CCG--C-A-AC-AAC--TG----T--CATTCAT---CGATTGG-CTGT----ATAGTTTC-----G-A--T-GG-AAGTG--ATGTTGGATGGT-CA--CGCTATGTTA-T--T-a
gi|33 : ----GTAATTTC----AA----T-AA-AAGTG--GGTTTGGATGAC-CA--CGTTACGCCA-T--T-TTT------TTTAAAA-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAC--T--------CA---GAAT-TA---AA-GCCT------C------T---CCCA-----G----AAATCTa
gi|34 : -TCCTAAGTTTGATCCTA-GAT-------------ATAA-----------TCTT-----------------AGG--A----------CA-GT------------CCTAGG
gi|34 : cctggttttctgaaaagtaATTGTCGATAAAGATAGCC-CTA----G-GA-C-T-GTCCTA---AGATT-ATA--TC-TAGGA-Tgctatctttatcgacaatcgcaaaaatcaaag
gi|36 : cctggttttctgaaaagtatcctaagtttgAGGA-TGT-TCCTAACCTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------TATGTCTTAGGACATGTCTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACATcgcaaaaatcaaag
gi|37 : CAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGCTTATCTTAGGATC-TAAG-----AC---GT--G-CTTAAG-TATCACTTA-GAC----Agcct
gi|38 : ttactacgcaccata-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--ATT--GTACCATGG-TATTGCCTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTgc
gi|39 : TCTGAGGACCAAAAC-GTCTT-----A-GTACTAATC-AGTTTCTCGAAGCTTT-C
gi|4 : gttctcgaagccaTT-GA-----TGTGAGTACATGTGACTACATTTA-ATT-G-TCA-G--GTA-----T----ATTGGAAA----T--ATT--GTACAAAAG-TTTTGCGTTGTTCAGTGA-TTTCGCA----TGGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACAA--AAT-TGA-Ttc
gi|4 : attat--T-----T--CACTCAA---TGATTTG-CTGT----GTGGTT-------------------GTG--AATTTGGATGA---------TATGCCA-C--TATTT------TC----A-A-T---GT--GA--TTC-GT-CAC--TAAA---AACA---AA---------A-GC----------------------------------------------AAAGCT-T--C-CCCAG-----CTATTTTG-AACACTCG-ATCA---AGCAAG---GTAT-CC--T-AGCTGT--TATT----AT--TA-AA--AC-AT---GGT-------GTTA---------------------TGCACGGG---TTCA---AGTATCACAAT---------ATCCGTAT---TTTTTT--TTTAGTTATCA--T-----TTT-TTAA---AA-T-----CA---G-T-TTTTAT--TTA-------TTTA-ttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatttatttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|4 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatT---TAT---TTTTGTACTTT-------AATT-----TTC-TTTG---GAGTGG---CAAATG-A-TTTTATAGTTT-------CTTA-GTTTATTAGATAATTATTTTAAATATAC----GGTAGCT------ATA-----------TT-AAGAAA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-GTATTTCTTGT---CTACAGTTGTATG-TGT----ATAGA-----TTTTAG-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCAA--ATA-TC-A-T--------------A--AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-T----------AT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATGTCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCAA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTATTTTCTTAAGTT-------------ATATCTTAGGCCACATCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CCTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACATtttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|40 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatTTTTCCTAAGTC-------------TTA------------TCTT-----------------ATA--AGT--------CATAT------------CTTAGGA-----------A-AGCTT---CA-TGAACATgcct
gi|5 : cCTTGTTCT--ATGATC-ATCTTAAG-TT-TGTATAAA-----CAT-GACGGCATTCAA-G---ATATTGATGCAAA-GA-GCTCACAGATAC---TACGAA-A--GGATA--TTT-A--A-TGCATTG--AC-AACCT---------------------AATTCCG---CAGTCGAGAA-ATTTGGGTTCCTCTTCTTAT--GCATG--A-----------TCAACAC-AC-AAATAAAATTCAG--A--CCAGT-TA-GACTT----TG-----ACGGACCAACG-A-TTGTTCAAT------T-ATTTT-------TAAC-GTT-GACTTAGCGTGAGTACATGT----------G-CTT-GTTCA-GTTTTAC-GTTT----ACT-AAGCTATAT--ATT--GTACAAAGG-GGTTGCGTGGTTCAGTGC-TTTCACAAATTTTGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACAA--AAT-TGA-TATAATATCGATCTAATTACAGC-GTGCTATTTC-ACTCA-----------------------GTGC-AAAT-T-----T--CACTCAT---TGATTGG-CCGT----ATGG-TAC----AGTA--TCAA-AAATGCTAGTTTGGATGAC-CA--CG-gcct
gi|5 : tA---AACG-TA---AA-GTCT------A------T---TTC------G----A----TA--CA-A-----C-T--CACCCAAA----T-ATTT-G-CACACTTG-ATCA---AGCACA---GTAT-CAGGC----TGT--T-------AT--TG-AA--GTGGC---AGT-------ACTA-GTAAATGTAACAC----ACATGCATGGA---TTCC---AGTATCACCAT---------AT---cttaaaacgtaaagtctatttcgatacaactcacccaaatatttgcacacttgatcaagcacagtatcaggctgttattgaagtggcagtactagtaaatgtaacacacatgcatggattccagtatcaccatatccgtgt
gi|6 : tcttgttctatgatcatcttaagtttgtataaacatgacggcattcaagatattgatgcaaagagctcacagatactacgaaaggatatttaatgcattgacaacctaattccgcagtcgagaaatttgggttcctcttcttatgcatgatcaacacacaaataaaattcagaccagttagactttgacggaccaacgattgttcaattatttttaacgttgacttagcgtgagtacatgtgcttgttcagttttacgtttactaagctatatattgtacaaaggggttgcgtggttcagtgctttcacaaattttgcattcattgtaaacaaaattgatataatatcgatctaattacagcgtgctatttcactcagtgcaaatttcactcattgattggccgtatggtacagtatcaaaaatgctagtttggatgaccacgctta-ATTTTAAATAAAC----GGTATCT------TTA-----------TTTAG-AAA------ATCTA-TA-T--AC--ATAA---------------ATAAG-ACATTTCATTT---CTATAGTTTTATG-TGT----CTACA-----TTTTAA-A----T--------------------------GTGTTGCGA--ATA-TC-A-T--GTGTAC---AA-ATGAA-GGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTACG-TAGT--TAGGA-CGT-TTTAA------C----TTTTAAAAGATGCTCCTACG-----ATATCGTCGAGAccgtgt
gi|6 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataatt-CGT-GCTCTA---AG-TT-T-A--TCTTAGAA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCCAAGTT-------------ACA------------TATT-----------------AGG--A----------TATGT------------CTAAAGA-----------A-AGTTT---CG-TGAtccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgctctaagtttatcttagaatgttcctaacttttttcccaagttacatattaggatatgtctaaagaaagtttcgtgattatgcct
gi|7 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataattattttaaataaacggtatctttatttagaaaatctatatacataaataagacatttcatttctatagttttatgtgtctacattttaaatgtgttgcgaatatcatgtgtacaaatgaaggtaatggaataagaatgttcctacgtagttaggacgttttaacttttaaaagatgctcctacgatatcgtcgagatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-G-G--TTTTCGAA-AGTATCCTAAGTTTGATCCTAAGAT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CAAGT------------CTTAGGA-----------C-AGTttatgcct
gi|7 : ggccGTTT--TC-GA--AAG-TATCCTAAGT-T-TGA----------------TCCTAAGATATATCTTAGGAC----AA-GTCTTAGGACA-GTCCTGGG--ACTATCTTACGACAAT-CGCAAATTGTAAATCAAAGAT-GTCTTAA--GATTGTCATAA-CAACGTT--GG--ACTTAAGAATG-TCTTAGGATTGTCGT--AAGATT-ATC--AAA-CT-TTTTTTTA-----CAT-cctgggactatcttacgacaatcgcaaattgtaaatcaaagatgtcttaagattgtcataacaacgttggacttaagaatgtcttaggattgtcgtaagattatcaaacttttttttacatcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|7 : ggcctg-T--AA--ATCA---------------A-AAT--TATTTGTTTC---CCATTTCTATATG-TATTAAACTAAAGGTGATTTCAA-AGGAATTGTC-ATT-TTTTGGTTTGAAATGTAATGTTAT-A--ATACTC-T-T--TTACCCGTAAA-AT-GA-TGTAA--AAAAAAGTTTGATA-ATCTTACGACAATCCTAAGA-CATTCTTAAGTCCAACGTTGTT----ATGACAATCTTAAG-----ACATCTTTGATTTACAA---T-TTG----C-GA-T-T-GTCGTA---AG-AT-A-G--TCCCAGGACTGT--CCTAAGACTTGTCCTAAGAT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--AT---------CA-AA------------CTTAGGA-----------T-ACTTT---CG-AAAACcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|8 : ggcctgCCAGCTGGCAATGTTC--ACTGA--AAC-TATCTTAGGA-C-CAAG-----AC----TCAGTCCTAAG-Tattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|8 : ttctaaaaaagtTATCTTAGGACC---AA-GACTC-----A-GTCCTAAG--TGTTTCTCAAAGCTTTTCCTAAATTA-AATCC-----TCGT-AGAACAGTTCGTCCTAAAC----TTTAGG--AC-----AGCGGTA--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAAGTT-TGTATAAA-----CAA-GACACCAGTCATTG---ATATTAATGGGAAAGA-GCTCA-AGACAC---CATGAA-A--GGGTATTCTT-AAGA-GACACTGGGAC-AACCCGCTAG--AAAATT-A-----AAGTTCCCT--CATTTGAGGA-ATTTGGATTCCTCTTC-TA---TTATGA-A-----------TCAATTC-ACAAAATCAAATgtttctcaaagcttttcctaaattaaatcctcgtagaacagttcgtcctaaactttaggacagcggtaacccttgtcctaagatcatcctaaagtttgtataaacaagacaccagtcattgatattaatgggaaagagctcaagacaccatgaaagggtattcttaagagacactgggacaacccgctagaaaattaaagttccctcatttgaggaatttggattcctcttctattatgaatcaattcacaaaatcaaatc
gi|9 : ttctaaaaaagtccagctggcaatgttcactgaaac--T-----T--CGCTCAA---TGATCG--CCGTATTTGTGGT-------------------AGTG--GATTTGGATGA---------TATGCCGCT--T-TTT------TC----A-AAT---GT--GAGCTTG-GT-CAC--TAAA---AACA---AAAGTTA---AA-GCCT---------------------------------------------------T--CGCCCAAA---AT--TTT-GATACACTCG-ATCA--AAGCAAT---GTc
blockSeqs : A . T . T T . CTTAACACGT A CAAA . AGGAC . GCA G T C TAAATCAAAGA CA T CAACG . TTAAG TCTT . . C G . . . TG C A . G T . G TT AAGA GG . G TTACTTCC CT G . C C GTAAACCCCGGTGG . A A C GAATACT . T GGGCCGAA CC G T T CTATTTTCACTTG . . CTTAG GACTACATTTA . T A TT TATCACTTCG GA TATA GT . . T . AATT A AAC A . GC C . TAATATCGATCTAATT GA . ATCATTTCGCTTC . A TC T AATGTTACTGG . . ATTT AAAAA C . A CTA CG ATC AG C ATTC ATGATG TAAA . A CTT CA GC . . AG A TGT . AGT ATT TACCTACATGTATTTCATTGAAATCTATG . AA TTTACA T A CG ATCATCA CTC TCCTAGCTGTTATT CA TA . . ATAAAAATCTAG T T GCGT . . C A ACGCGTTTAAT TTC A AC ATTTTCATTCATTAATTGATTCATCTAGTTTTTTGTAATCTGACTTTATTTGGA G G T TTCTGA TAGTTCATAAGTTTATTAATTTAAATATACAAT . . CA . AATTTATATGTATAG A . C . TAAA GGTGA G GGAA C TTTTGGTTT GTA G . C TTTTACCCGTAAAAT A T TTT . G CGA G CC T T GTCCAACGTTGTT . A AGC G TTAA A T . . A TG AT C A C GTATCTTAAAACC TCTTAGGCCACA AAG TC TATCAAAGGT CTTAGGACATGT TACGTCTTCGGA . T
blockSeqs : . . . . . . . GACTCA . C . . . TCA G . C ATACC . A AC . . GTA . . C . . . . A A . . C G . A . AGA . . G AAAATTA T G . A C ATA . A A A GAAT . . GTGTGGGG . A T C ACACTTTTACCTA . . . AG . . . . CAGCAT TA . . . . T . . A . . . . . . . CT . . . A A . CATTT . . A AAAAA . . A A C GAC TG . TAT . . . . . . . . . . G . . TG . GTCCAATACATTGAAATCTGTG . . AAT . . TG ATGATCA . TCATCATGTTT . G . . TCTAA A A . . . G G ATCCG . A . AATTTTCTTTGGAGTGGCAAATGATTTTATAGTTTCTTAGTTTATTAGATAATT A T A AT ATATTAAGAAA . . . . . G . G . . . . . . GTG . G . . ATGTGTACAAATG . A . . C AG A . . . CTTTTAA . T . . . . . . . . AT . . . T ATATCGCAGAAC A . . GT C AT . .
blockSeqs : . . . . . . . GATGT . . . . . CA G . G AGGCT . A T . . TA . . T . . . . G G . . . G . A . AA . . . . G T . C C TA . A A A AAC . . GGGCTGG . A T A TCATTTGTAACTA . . . A . . . . CAGCAT GG . . . . T . . A . . . . . . . GT . . . A T . AATGT . . . AGTA . . A A C CAC TA . TC . . . . . . . . . . G . . AG . CCCTGTTTTATTAAAATCTTTC . . ACA . . CA GGGTCG . GCAAGCTGTTA . G . . ACTAG A C . . . T A AT . C . ATTTCATTTAGAAATATTTTATAATTTTTTAGA T A T GG TTATTTAGAAA . . . . . G . G . . . . . . CG . A . . ATGTTTAGAAAT . A . . C AC C . . . CTT . A . . . . . . . . G . . . T . . . . T . A . .
blockSeqs : . . . . . . . GACGT . . . . . A A . C AATCC . T C . . TC . . C . . . . G . . . . C T AA . A A A ACT . . TGACG . A T C TTATTTT . . . A . . . . TATCA GG . . . . T . . A . . . . . . . GC . . . G T . ACTGT . . . ATT . . A T C CGC TG . TC . . . . . . . . . . G . . AG . GCTGTTTCATTAAAGTTGATG . . ATA . . TA ATCAA . GCACGATGTTC . A . . GTTA A A . . . T A AT . T . T A A GG ATATTAAACA . . . . . A . T . . . . . . CG . A . . CTAAA . A . . C AG A . . . CTG . G . . . . . . . . G . . . A . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T G . . . . . . . . . A . . . . ACC . . TGA . A . . ATTG . . . T . . . . CGTTT GG . . . . T . . A . . . . . . . GA . . . G A . AATTT . . . AG . . A A C CGT TG . AT . . . . . . . . . . A . . CG . TTGTTTCATTGAAATCTATG . . CAA . . CA ATTA . ACAAGCTCAT . G . . ACT T A . . . T C T . T . . . . . . . A . . . . . . CG . G . . ATA . A . . T CG G . . . CTT . C . . . . . . . . G . . . C . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . AT GG . . . . T . . A . . . . . . . GC . . . T G . AGTT . . . AA . . A A C CA TG . TC . . . . . . . . . . G . . AG . ACCTGTAGAAAGCTATG . . ACA . . TG ATCA . ATATGCCGTA . G . . CA . . . . . . . . . . . ATA . . . . . . A . . . CCT . A . . . . . . . . C . . . T . . . . . . A . .
blockSeqs : . . A . . . . T A . . . . T . . . . . . . . . . AT . . . G A . ATTT . . . AA . . A A T CG TG . TC . . . . . . . . . . G . . TG . GTCTATTTCGATACA . . CTA . . CT ATCT . ACAGACTGTT . T . . . . . . . . CTT . A . . . . . . . . A . . . T . . . . . . A . .
blockSeqs : G . . . . T A . . . . . . . . . . AT . . . G A . AGTT . . . AA . . A A C CG CG . TC . . . . . . . . . . C . . AG . GAAATCTATG . . AC . . CA ATCG . TCAGGCTGTT . A . . . . CTT . T . . . . . . . . G . . . C . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . TC . . . A G . TT . . . AA . . A A T CG TG . TT . . . . . . . . . . A . . AT . TCATTT . . AT . . CA ATCA . CCAATTT . A . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . GT . . . T G . AA . . . AA . . A A C C TG . TT . . . . . . . . . . G . . CG . GCCT . . TA . . CA ATCA . . . . . G . . . T . . . . . . A . .
blockSeqs : . . GC . . . C A . . . . . AA . . . G C C . . T . . . . . . . . . . A . . A . GC . . AT . . C ATCA . A . . . T . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . G G . . . . GA . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . G . . . . . A . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . AA . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : ** ** GACGT********** CA* ANNCC****** ** ** ***** G**** C** ACC**** GGGCCGG******* A** NCATTTTTACCTA******** GG ** A* ******* **************** GC* ** AATTT******** *** AA******** CGC** TG TC*** *** *** CTGTTTCATTGAAATCTATG**************************** CG ATCA**** *** NCANGCTGTT************** ** *** ACTA********* **** *** *** GG**** ATATTAAGAAA************************ ** G* *** CG******** *** ** ATATTAAAAT*********** CTT************** ***** *** ***************** A************ ***
originalCons : NCCAGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AC---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAG--AGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTA-AAACC-----TCGTCATAA--GTTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-CT-TGTATTAA-----CAT-GACGGCAGTCAT-G---ATATTGATGCGAA-GA-GCCCA-ANATAC---CATGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---CT-AC----AAGTTCCCT--CANTCGAGAA-ATTTGGATTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACTC-ACAAAATCAAATTCAGGAA--CCGGT-TT-GACTT----TG-----A--AA--AACG-A-TTGTTCAA-------T-A-TTT-------TGAC-CTT-GA-----CGTGAGTACATGT----------A-ATT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--ATT--GTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CGA-TA----------------ACAGC-GTGCCACTTC-GCTTG-------------A--TCGAGC-GTGC-AAA--T-----T--CACTCAC---TGATTGG-CCGT----GTGGTTTC----AA-A--T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CA--CG-TATGCCA-T--T-CTT------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAC--TGAG---AACA---AAAG-TA---AA-GCCT------G------T---TTCA---TTG----AAATCTA--TG-AGAAGCC-T--CGCCCAAA---AC-ATTT-G-CACGCTCG-ATCATCAAGCGAA---GTGN-CA--C-A--TGT--T--T----AT--TG-GA--ACGAT---AGT-------NCTA-ATACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGTATCACGAT---------AT---TAT---TTTNAT--TTT-------A--T-----TTC-TTTA---GA-T-----CA---G-T-TTTTATAATTT-------TTTA-G-----------AC-ATNTTNAATANAC----GGTATCT------ATA-----------TT-AA-ANA------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-ATATTTCTTTT---CTACAGCTGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-A-T--TTA------AA-AT-AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCTA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACAT
finalCons : NCCAGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAGACGT----------GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAGCA-GTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAATTAANNCC------TCGTCATAA--GTTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-CT-TGTATTAA-----CAT-GACGGCAGTCATG----ATATTGATGCGAA-GA-GCCCA-ANATAC---CATGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---CT-AC----AAGTTCCCT--CANTCGAGAA-ATTTGGATTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACTC-ACAAAATCAAATTCAGACC----GGT-TT-GACTTGGGCCGG-------AA--AACGA--TTGTTCAANCATTTTTACCTA--------TGAC-CTT-GA-----CGTGAGTACATGT----------A-ATT-G-TCA-G--GTACAGCAT----ACTGGAAC----T--ATT--GTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CGA-TA----------------ACAGC-GTGCCACTTC-GCTTG-------------A--TCGAGC-GTGC-AAATTT--------CACTCAC---TGATTGG-CCGT----GTGGTTTCAA--------T-AA-AAGTG--AGTTTGGATGAC-CACGC--TATGCCA-TTC---TT------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAC--TGAG---AACA---AAAG-TA---AACTGTTTCATTGAAATCTATG----------------------------AGAAGCC-T--CGCCCAAA---AC-ATTT-G-CACGCTCGATCA----AGCGAA---GTGNCANGCTGTT--------------AT--TG-GA--ACGAT---AGTACTA---------TACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGTATCACGAT---------AT---TAT---TTTNAT--TTT-------A--T-----TTC-TTTA---GA-T-----CA---G-T-TTTTATAATTT-------TTTA-G-----------AC-ATNTTNAATANACGG----TATCTATATTAAGAAA------------------------ATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAATG-TATTTCTTTT---CTACAGCTGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACTCG--------GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TCATATTAAAAT-----------AA-TGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTTAACTT--------------AAGATGTTCCTAAG-----ATATCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCTA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGAA------------AGTTT---CG-TGAACAT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGGCCCGAGAAACACACGGTGATGTGCAAATTAACACTGTGAACGTGAGGTGATAGTTGCATTAGAGACTATTACAAGGAGCTGTGCAGCGCCAGCATCCATTGTAAACGTGACAGAAACCGGAAATCTTTTTTATCATTGCATAAGTAATATTCATTAGA
Unaligned ( gi|27 ): AACTGAATTATCGAAAGTGCTTAGAATATACACGTAAAATCCGTATGTTGAAGATAGAATGCATCCTTCTTGATATGAAAATCTTTTGTGTTATATCAATTTTAC
Unaligned ( gi|28 ): AAGACATGTTTAAATCAATAAGGAAGTTCTTATTTATTTTCCTGATTAAGTCATTCATACATCTTTAATTTGGCCTGAACAGAAAGTTTCTTTAACATGCTTGC
Unaligned ( gi|35 ): AGTCTTAGGATTGGTCATAACGATTATCAACTTTCTTCTTACATTCATTTTACGGGGTAAAATAGTATATAATTTAAATTTTCAAAACCAA
Unaligned ( gi|41 ): AGAATGCTCCACATAAGACAAATACATGTAGATCTAACTGA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333 1111 11111 22222 11 2222222222 11 222222 11 22222 11111 11111 11111 2 111 1111 11 111111 11 1 666666666666666 222 111 333333333333 1111 3333333333333 2222222222222 2222222222 22222 1111 1111111 2222222222222222 1111111111111 111 11 888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 1111111 111 1111 111111111 3333333333333 2222 111 111 33333333333333 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 555555555555555555555555555555 444444444444444 11 111 1111 11111 11111111 2222222222 111 777777777777777777777 111 11111111 11111111111 1111 11111 3333333333333 111111111111 22222222222222222 1111111111 111111111111 1111111111111
lowQualScore : 8 99 6 99 6 6 6 111111111111111 6 7777 6 66666 6 66666 222 6 0 11 3333333333 11 1 333333 0 11 00000 33333 99 6 9 6 6 66666 6 55555 8 8 8 0 1 777 8888 33 444444 33 0 2 888888888888888 2 000 1 0 8 5 0 000 999999999999 5 5 5 4444 8888 0000000000000 6 666 3 5555555555555 66 5 0 1111111111 4 8 66 11111 33 5555 66 4 1 4 9999 55 888 5 6666666 66 3 0 3 5555555555555555 777 0 2 6666666666666 44 4 44 8888 77777 555 2 7777 111 444 7 99999999999 44 55 22 33 2 44 888888 6666 2 2 555 33 33 2 2 33 0 555 6666 111111111111111111111111111111111111111111111 22222222 6 44 2 6666666 2 2 5 555 111 0000 44 55 666666666 2 666 5555555555555 1 1 8888 111 111 1 2 00000000000000 111 1 99 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 8 888888 777777777777777777777777777777 0 8 6 99 99 111111111111111 33 111 1 6 4444 44444 55555555 5 5555555555 555 1 77 5 333333333333333333333 1 000 5 0 1 777 2 66 4 4 44444444 44444444444 4444 0 00000 3 0 666 3 7777 3 3 0 3 555 3 888 44 2 3 2 0000000000000 777777777777 55555555555555555 33 9999999999 777777777777 8888888888888 555 3
lowQualScore : . .. . .. . . . ............... . .... . ..... . ..... ... . . .. .......... .. . ...... . .. ..... ..... .. . . . . ..... . ..... . . . . . ... .... .. ...... .. . . ............... . ... . . . . . ... ............ . . . .... .... ............. . ... . ............. .. . . .......... . . .. ..... .. .... .. . . . .... .. ... . ....... .. . . . ................ ... . . ............. .. . .. .... ..... ... . .... ... ... . ........... .. .. .. .. . .. ...... .... . . ... .. .. . . .. . ... .... ............................................. ........ . .. . ....... . . . ... ... .... .. .. ......... . ... ............. . . .... ... ... . . .............. ... . .. ................................................................................... . . . ...... .............................. . . . .. .. ............... .. ... . . .... ..... ........ . .......... ... . .. . ..................... . ... . . . ... . .. . . ........ ........... .... . ..... . . ... . .... . . . . ... . ... .. . . . ............. ............ ................. .. .......... ............ ............. ... .
lowQualScore : 0 22 7 22 7 7 7 888888888888888 7 9999 7 77777 7 00000 888 7 6 00 6666666666 00 4 222222 8 00 00000 00000 22 7 3 7 7 77777 7 22222 2 0 0 0 0 555 5555 88 555555 88 0 5 555555555555555 5 888 0 2 0 0 8 222 000000000000 7 0 0 2222 2222 3333333333333 7 888 5 3333333333333 44 0 4 9999999999 4 9 11 66666 88 6666 11 4 9 4 4444 11 888 0 2222222 99 6 5 3 4444444444444444 222 4 9 9999999999999 22 5 99 6666 11111 000 7 8888 222 444 8 44444444444 88 99 00 99 9 88 222222 1111 9 9 000 99 99 9 9 99 4 000 1111 444444444444444444444444444444444444444444444 44444444 2 22 4 5555555 9 9 8 444 777 1111 33 11 444444444 0 444 1111111111111 0 0 3333 777 777 5 2 55555555555555 777 0 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 8 444444 222222222222222222222222222222 6 0 7 22 22 777777777777777 00 777 0 7 2222 33333 99999999 7 3333333333 777 7 99 7 666666666666666666666 7 000 7 1 4 444 2 11 0 0 55555555 11111111111 0000 7 00000 6 1 444 6 7777 6 3 4 3 888 3 000 22 9 1 2 4444444444444 555555555555 00000000000000000 99 3333333333 555555555555 7777777777777 888 3
consensus : NCCAGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AC---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAG-C---AGTTTCTCAAAGCTTT-CCTAAAT--TAAANC----CTCGTCATAA--GTTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-CT-TGTATTAA-----CAT-GACGGCAGTCAT-G---ATATTGATGCGAA-GA-GCCCA-ANATAC---CATGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---C-TAC----AAGTTCCCT--CANTCGAGAA-ATTTGGATTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACTC-ACAAAATCAAATTCAG----ACCGG-TTTGACTTG---GGCCG-G--A-AAACG-A-TTGTTCAATCATTTTTAACTATGAC-CTT-GACGTGAGTACATGT----------AATT-G-TCAG--GTACAGCATACTGGAAC----TATT--GTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CGA-TA----------------ACAGC-GTGCCACTTC-GCTTG-------------A--TCGAGC-GTGCAAA-T-TT-----CACTCAC---TGATTGG-CCGT----GTGGTTTC---AAT---AAAAGTG--A-----G--TTTGGATGAC-CACGCTATGCC--A-TT-CTT------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAC--TGAGAACA---A----AAGTAA----------A--C---------TGT---TTCA---TTG----AAATCTA--T---G-AGAAGCC-T--CGCCCAAA---AC-ATT-TG-CACGCTCG---ATCAAGCGAA---GTGN---CA-NGCTG-TTAT-----TG-GAACGAT---AGTA-------CT-A--TACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGTATCACGAT---------AT---TAT---TTTNAT--TTT-------A--T-----TTC-TTTA---GA-T-----CA---G-T-TTTTATAATTT-------TTTA-G-----------AC-ATNTTNAATANAC----GGTATCT------ATA-----------TTAAG-----AAAATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-ATATTTCTTTT---CTACAGCTGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-ATNT-----T--A-AA-AT-AATGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTT--------AA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATA-TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCTA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACAT
Reference ( family-515 ) : NCCAGCAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AC---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCCTAAG-C---AGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAAT--TAANNC----CTCGTCATAA--GTTCGTCCTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAA-CT-TGTATTAA-----CAT-GACGGCAGTCAT-G---ATATTGATGCGAA-GA-GCCCA-ANATAC---CATGAA-A--GGGTA--CTT-A-GA-GACATTG--AC-AACCCGCTAG--A---C-TAC----AAGTTCCCT--CANTCGAGAA-ATTTGGATTCCTCTTCTTAC--TCATGATA-----------TCAACTC-ACAAAATCAAATTCAG----ACCGG-TTTGACTTG---GGCCG-G--A-AAACG-A-TTGTTCAANCATTTTTACCTATGAC-CTT-GACGTGAGTACATGT----------AATT-G-TCAG--GTACAGCATACTGGAAC----TATT--GTACAAAGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CGA-TA----------------ACAGC-GTGCCACTTC-GCTTG-------------A--TCGAGC-GTGCAAA-T-TT-----CACTCAC---TGATTGG-CCGT----GTGGTTTC---AAT---AAAAGTG--A-----G--TTTGGATGAC-CACGCTATGCC--A-TT-CTT------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAC--TGAGAACA---A----AAGTAA----------A--C---------TGT---TTCA---TTG----AAATCTA--T---G-AGAAGCC-T--CGCCCAAA---AC-ATT-TG-CACGCTCG---ATCAAGCGAA---GTGN---CA-NGCTG-TTAT-----TG-GAACGAT---AGTA-------CT-A--TACATGNANCAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGTATCACGAT---------AT---TAT---TTTNAT--TTT-------A--T-----TTC-TTTA---GA-T-----CA---G-T-TTTTATAATTT-------TTTA-G-----------AC-ATNTTNAATANAC----GGTATCT------ATA-----------TTAAG-----AAAATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-GTATTTCTTTT---CTACAGCTGTATG-TGT----CTAAA-----TTTTAA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-ATAT-----T--A-AA-AT-AATGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTT--------AA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATA-TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCTA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACAT
gi|1 : CCTGCAGGCA-TGTTCTCAC-GACAGGC-CTTCTTAGGA-CCTAAG-----ACCGCGC--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----CCCGTCTC-----ACGTCTTAAG-CTCCAGTTTCTC---------------------------------CATAC--GTTCGTCCTAA-A----CTTAGGCGAC-----ACC--CC--ACCC----CCTCAAAGACCCATC-TAAA-CTCTCTACTAATTAATCATCGATCGCACCCAT-GCTTATTCTGATGCGAT-GACGCCCA-ACATATAGTCATGAACACCGGGTA--CTTCA-GACGACATTG--ACCAACCCGCTAG--A---C-TACTTACAAGTTCCCCTCCATGCGAGAACATCTG-ATTCCT--TCTTACCTTCATGAT-------------CATCTCCACAAAATCA----CAA----GC--------ACTTG---TGTCT-ACAA-AAACGCACTTG--CAAT------------TGACTCTTCGATGC-AGTAC-TGT----------TATTCGCTCAG--GTACAGTATTCTG--AC----TACTCTGTACACGGGCTATTGCC--GTTCCACGACTTTCACA----TTGCCCTTCA---T-G-TGATCAAAACACAA--CAT-CAAATAG---------------ACAGCCGTGCTGCTTCCGCT-A-------------ACTTCTAGC-GTGCAAAAT-TT-----CACTAACCAATGATTCGTCCGT----GTGGTTTCC--AAC---AAA--TG--ACAAACGCCTTCGGAT-AC-CACG-TAC-CC--A-TT----------TG----ACA-T---AT--GA--TTCCGTACAC--CAAAGACACAAA----AAGTAAAAACCCTTACA--C---------CGTACTCTCACACTTGCGACACACCTAATC---GCAGAACCCAC--CGCGCAAC---AC-ATC--G-TATCATAT---ATCCAGCCAAAATGTGCTCCCA-CGCT--TCATAACTACA-CAACGATCCTAGTT-------CT-ACATACATGCACAACCGCAACACGCAAGGGCGCTTCACAGGGGATCACGAC---------AA---TAT---TTTCAT--CC--------A--T-----TCC-TTT--------------------T-TTTT----TTT-------TTCACG-----------AC-ACGTCTCATA---------TAT-T------ACA-----------C--AC-----ACACTCTGATACT--AACCATCA---------------ATAATCATATCTCTCTTTTCCTACAGCCGTATGCTAT----CTAAA-----TTTTCA-A----TTATC-ACT-C----GC--GAAATC--ATCTCGCGACCATA-TCCACTT-----T--A-GACAA-AAAGTAATGGAATACG---AACGCTTCCTAAG-TAGT--TAGGA-CGT-CTT--------AA------A----TTTC--AAG-TGTTC-TAAGCACTCAC--TCGTCGAGAAACAC---T-CCA----A-GA-CGCAGTCCCACAAAG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-CTCTAAC-TTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTTAGGCGAGCATACCTTTCAGG--A----------CATGT------------CTTAGGAT----------ACAGTTTCCCCG-TTAACA
gi|10 : ctaggA---AC--TT-AG-CATGCTTG---ATCAAGCGAA---ATG-----A-TTCT--------------AAACGAT---AGTgccctgc
gi|10 : atcaatgattcaatgtaccttgaaattccataaaatcaaacCATTTC-GCTTG-------------A--TCAAGC-ATGCTAA-G-TT-----CACTCAC---TGATTGG-C------------TTC---AGT---AAAAGTG--A-----T--TTTGGATGGC-CGCAC-A------A-TT-CTG------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAA--TAAGAACA---AATGTAATTAA----------AC-C---------TGT------A-----G----AAAGCTA--T---G-AGAAGCC-T--CGCCCAAA---AC--TT-TG-CACGCTCG---ATTAAGCGAA---GTGA---CA-AGCTC-ATAC-----TG-GAAAGAT---AGTA-------CT----TACATGTATCcactcactgattggcttcagtaaaagtgattttggatggccgcacaattctgtcaatgtgattggtcaataagaacaaatgtaattaaacctgtagaaagctatgagaagcctcgcccaaaactttgcacgctcgattaagcgaagtgacaagctcatactggaaagatagtacttacatgtatctttgattcg
gi|11 : atcaatgattcaatgtaccttgaaattccataaaatcaaacactatcgtttagaat-ACTTGGGTTCCTCTTCTTAC--TCATGGTAAACCCCGGTGGTAAACTC-AC-AAATCAAATTCGG----AATGG-CTTGACTTG---GGCCGAA--A-AAACG-G-TTGTTTAACTATTTTCACTTGTGAA-CTT-GATGTGAGTACATGT----------AATG-G-TCAG--GT-----ATATTGAAAC----TATT--GTACAAAGG-TATTGCG------------------------TGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CAA-C-----------------ACAGA-CTG--ACTTC-tttgattcg
gi|12 : C-ACAAAA-CAAATTCCG----AACGG-TTTGACTTGTGTGG--G-G--A-AAACG-A-TTGTTCAAACACTTTTACCTATGAC-CTT-GACATGAGTGCATGT----------AATT-A-ACAG--ttttacatgtacatacatgatgtaattag
gi|12 : gcgACTTAAAG----CATA--GTACCAAGG-TATCGCATGGCTCAGTGG-TTTTGCA----TGGCA-TTGT---TTG-TGA-------AAAA--AAC-Cctgactaggagaagatgtagtgtagattgtcaaggtatatcacttcgacttaaagcatagtaccaaggtatcgcatggctcagtggttttgcatggcattgtttgtgaaaaaaacccaaaaataccgattagtgtaca
gi|13 : gcgcacaaaacaaattccgaacggtttgacttgtgtggggaaaacgattgttcaaacacttttacctatgaccttgacatgagtgcatgtaattaacagctgactaggagaagatgtagtgtagattgtcaaggtatatcacttcg-CGA-TA----------------ACACT-GTGCCACTTC-GCTTGATCATTTCGCTTCA--TCAAGC-TTTCAA--T-TT-----CACTTAC---TGCTTAG-CCGT----ATAGTTTC---AAT---AAAAGCG--A-----G--TTTAGATAGC-AAC---------------TTT------TC----A-A-T---GT--TA--TTG-GT-CAC--TGTGAACA---A----TAGCAA----------AGTC---------CAA---TACA---TTG----AAATCTG--T---G-AGAAACG-T--CGACGAAA---AA-TTT-TG-CAC-CTCG---ATCAAGCGAA---GTGA---TA-TGCCG-TAAT-----TG-GAACGAT---GGTcaaaaataccgattagtgtaca
gi|14 : tcgttc-CAA-TA----------------ACAGT-GCTCCACTTC-GCTTG-------------A--CCAAGT-TTGC----T-TT-----CACTCAC---TGACTGG-CCGT----GTTGTTTC---AAT---AAA-GTG--T-----G--TTCGGATGAC-CAC----------------TT------GC----A-A-T---GT--GA--TTA-GT-CAC--TGGGAGCA---A----AAGTAA----------ACCC---------TGT---TTTA---TTA----AAATCTT--T---C-AGAGGCC-T--CGTCC-AA---AC-ATT-TT-CATGCTCG---ATCTAGCGAA---GTGA---CC-TGCTG-T
gi|15 : atcgttcCAGGCA-TGTCA--AC-GA--AGC-TATCTTGTTA-C-TAACTTAACAC---GT--GTCCTAAG-CATGTCTAAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCTTAAGGC---AGTTTCTCAAAGCTTT-CCTCAAT--TAATAC----CTCGTCATAA--GTTCGTTCTAA-T----TTTAGG--AC-----AGCG-TA--ACCCTTGTCAT--AAGGTC-ATCCTAAG-TC-TGTATTAA-----CAT-AACGGCAGTCAT-A---ATATTGATGGCAA-AA-GCagtaagatgtttacctgt
gi|16 : acTGAG-----TTTCGAGA----TTACCCACCGT----G---AAAAT---ATGTCACGA--ATA-TC-ATA-----------------AATGTTGTGGAATAA---------------------T--TAGGA-CGT-CTT--------AA------C----TT----AAAATGTTCTTAAT-----ACA-TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCATA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACCTCTTTACTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGGTCATATCAAAGGTCATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-
gi|17 : TCGTAAG-TAGT--TAACATCTT-CTT--------AA------C----TG----AAGATGT-ACTAAG-----ATA-TCGTCGAGATACAT---CGCTATTAAA-GA-CGT-TTCTTA----G-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-GCCTAACTTTCTTCCTAAGCTGTATCTTAAAACCACA------------TCTT-----------------AGG--G----------CATGT------------CTTGGGA-----------ATGGTTT---CG-TGAACATcaa
gi|19 : -CAA-TA----------------ACAGA-A--CCATTTC-GCTTG-------------A--TCGAGG-GTGCA-----------------------GATCGG-CCGT----GTAATTTC---AAT---AAA--TG-----------TTTGAATGAC-CAATCTAAGCT--A-TT-CTT------TT----A-A-T---AT--AA--TTG-AT-CAC--TGAGAGCA---A----ACGTAA----------A---------------------------G----AAATCTA--T---G-AGAGGCC-T--Cacct
gi|2 : tatctttgCCAGCAGGCA-TGTTC--GC-GA--AGC-TATCTTAGGA-C-TAAG-----AT---GT--GTCCTAAG-TATGTCTTAGGAC----AC-GTCTT-----A-GTCATAAGTC---AGTTTCTCAAGGCTTT-CCTAAAT--TAAGGC----TTCGCCATAA--GATCGTCTTAA-C----TTTAGG--AC-----AGCG-TC--ACCCTTGTCCT--AAGATC-CTCCTAAA-CT-TGTATTAT-----CCT-GATGGCTGTCAT-G---TTATTGATGC-AA-GA-GCCCAGATATAC---CATAAA-G--GGGTA--CTT-A-GA-GACTTTG--AC-AATCCGCTAGTTA---CTTCC----AAGTT-CCT--CAGTGGAGAA-ATTTGGATACCTATTCTTAC--TCCTGATA-----------TAAACTC-AC--AATCAAATTCAGGAATACTGGTTTTGACTT-------TG-A--A-AAACG-A-TTGATTGA--------------GAC-CTT-GATGTGAGTTCTTGT----------TAAT-G-TCAG--GTACAGCATACTGGAAC----TATT--GTACAAGGG-TATTGCGTGGTTCAGTGA-TTTCACA----AAGCA-TTTA---TTG-TAA-------ACGA--AAT-CAA-TA----------------ACAGC-GTGCTGCTTC-GCTTG-------------A--TATAGC-ATGCAAA----------CATCCAA---TGATTCG-TCGT----GTGGTTTCAAAAAT---AAAAGTG--A-----G--TTTGGATGAC-CACG-TATGCC--A-TA-TTT------TG----A-A-T---GT--GA--TCG-GT-CAC--AAAGAACA---A----AAGTAA----------A--TACCTACATGTAT---TTCA---TTG----AAATCTA--T---G-AGAAGCC-T--CGCGAGAATTTAC-ATT-CG-CACACTCGATCATCAAACAAA---GCGT---CA-TCATGTTTAT-----TATAAACGAT---AGTT-------CTAA--TACATGAAATAC----ACATGCATGGG---TTCA---AGCATCACAAT----------T---TAT---TTGAAT--TTT-------A--T-----TTCATTTA---GA--------A---A-TATTTTATAATTT-------TTTA-G-----------A--ATGTTGAATATAC----ATTATCT------ATA-----------TTAA------ACAATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATGAT-ATATTTCTTTT---ATACAGCTCTGTA-TAT----CTAAA-----TTTTCA-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCGA--ATA-TC-ATGT-----TTAG-AA-ATAAATGTAATGGAATAAG---AATT-TTCCTAAC-TAAT--TAGGA-CGT-CTT--------AA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATA-TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCTA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-CGT-TCCTAATTTTTTTCCTAAGTT-------------ATG------------TCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-CGAACATt
gi|20 : aAGGA-CGT-CTT--------AA------C----CT----AAGATGTTTCCAAG-----ATA-TCGTCGAGAGACAC---C-CTA----A-GA-GGT-GTCCTA---AG-AT-C-A--TCTTAAAA-TGT-TCCTAACATGTTCCCTAAGTT-------------ATA------------TCTTAAG--------------AGG--A----------GATGT------------CTAAAGA-----------A-AGTTT---CG-TGAAAAT
gi|21 : taC-T--CACCAAAA---AT-ATT-CC-CATATTC----ATCGAGCAAA---GTGG---CA-AGCTG-TTAT-----TT-GAA--AT---GATA-------C--A--TACACGAACCAC----ACATGCATGGG---TACA---ATGATTGTGAT---------AT---CTG---TTTAAT--TTT-------G--T-----TTgcct
gi|22 : ggcaaTTTTAATTATGAC-CTT-GACGCGAGTACATGT----------AATT-G-TCAG--GT-----ATATTGGAATTG--TATT--GTACAAAGG-TACTGCGTGGTTTAATGA-TTTCACA----TTGC----CGAACTTGATAT-------ACGAGCAATCCTA-TA----------------ACA-----GCTACTTC-GCTTG-------------A--TTGAtcaaattcaattgaaatttaca
gi|23 : TC------TC----A-A-T---GTCAGA--TTG-GT-CACAGTGGGTGTA-----------TCAT---------A--T---------TGT---TTCA---TTG----AAATCTA--T---G-AGAGACC-TAATGCCCCAA---AT--CT-TG-CACACATG---ATCAAG-GAACTCATGA---CA-GACTG-TTAT-----CG-GAGTGAT---AGTA-------
gi|24 : CTACTTC-GCTTG-------------A--TCGAGCTCTGTAAG---TT-----GACTCCC---TGATTTG-CCGTA---ATGGTTTG---ATT---TGA--TG--A-----G--TTTGGAAGACGCACG-TATACC--A-TT-CTT------CC------A-T---GC--GA--TTG-AT-CAC--TGAAAAAA---A----Atgttgatgcaatatta
gi|25 : c-----G--TTTGGATGAT-CAGACTATGTC--A-TT-CTTATGATGTC----A-T-TCTTGT--GA--TTG-GT-CAC--TCAAAACA---A----AA-TAA----------AG-C---------TGT---TTCA---TTA----AAGTTGA--T---G-AGAAGCC-T--AGCCCAGA------GTT-TG-CATGCT
gi|26 : ---C-CTA----AAGATCGG-G-CCTA---AG-TTTG-AATTCTTAGGA-AAG-TTCTAAACTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTC-----------------AGG--A----------CATATC-----------CTTAGGATACGTCTTCGGA-AGTTT---CGTTGAACATt
gi|29 : -TA----------------ATAAT-GTGTAATTTC-CCTTG-------------A--TCAAGC-ATGCAAA-TGTTACTGGTACTCAC---GGATGGG-CCGT----GTGATTTC---AAT---AAAAGTG--A-----G--TTTgcc
gi|3 : tatactatcgttccagTAC--TCAT--TA-----------TCAACTC-ACAAA-TAGAATTCAG----ACTGC-TTTGACTTG---GGCTG-G--A-AAGCG-A-TTGTTAAATCATTTGTAACTATAAC-CTT-GACGTGAGTACACGT----------AATG-G--CAG--GTGTATCA-----AAGC----TGTT--GTACACGGG-TATTGTATGGTTTAATGA-TTTTACA----TTGCA-TCCA---ATG-TAA-------ACGG--AAT-TGA-TA----------------ACAAT-GTGCTACTTC-GCTAG-------------A--CTTGGC-GCACACA-T-TT-----CACTCAC---TTACTTG-CAGT----GTGATTTCAAAAAT---AAAAGTG--A-----G--TTTGGATGA-------TATGTCATA-TT-CTC------TC----A-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAC--TAAGAACA---A----ATGTCG----------A-------------------TCA---TT--------T---------------GCC-T--CGTTTAAA---CA-ATT-TG-AACTCTCG---ATCAAACAAG---GAGC---CA-ATTTA-TCAT-----T--GAACGAT---AGTATAAAAATCT-AG-TACATGAAACACGCGTGCATGCATGGG---TTCA---GGTATCACAATACGCGTTTAAT---TATTTCTTTCAT--TTT-------A--TTTTCATTC-ATTAATTGA-TTCATCTA---GTT-TTTTGTAATCTGACTTTATTTG-G-----------A--GTATTTAATAAACTTCTGATTTCTTAGTTCATAAGTTTATTAATTTAAATATACAATATCTA-TA-TCAAA--ATAAAATTTATATGTATAGATAAT-GTATTTCTTGT---CAACCATTGATTG-TGT----CTAAC-----TTTTAA-A----TCATC-ACT-C----G---AAAAT---ATGTCGCAA--ATA-TC----C-----T--A-AA----AATTT--TGAAATAAG---AATG-TTGCTAAG-TACT--TCGGA-CTT-CTT--------AA------C----TT----ACAATGTTTCTAGG-----ATA-TTGTC--AACACAT---C-CTA----A-GA-AGT-GTCCTA---AG-TT-A-A--T-----GA-TGG-TCCCAACTCTTCATCTAAGTTATATCGCAGAAC-ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CATAT------------ATTAGGC-----------A-AGTTT---CG-TGAACATcg
gi|30 : ---AC-ATT-TG-CACTCGGG---GTCGAGGGAA---GTGG---CA-CGATG-TTCT-----TG-TAACGGT---AGTA-------Cgcc
gi|30 : atA----------------ACATC-GTGCCACTTC-CCTCG-------------A--CCCCGA-GTGCAAA-T-GT-----CACTCAC---TGACTGG-CCGT----GTGGGTTC---AAT---AAAAGTG--A-----G--TTTGAATGcactcactgactggccgtgtgggttcaataaaagtgagtttgaatg
gi|31 : atgtactaccgttacaagTTGG-CCCT----GCGTTTTC---AAT---AAA------------------------C-CACACTGTGTC--A-TT-CTG------TC----A-A-T---GT--GA--CAG-GT-CAC--TGTGAACA---A----AAGTAA----------AACC---------TGT---TTGA----TG----AAA
gi|32 : aacaagtttgctA-CA----------------ACAGT-ACGCCACTTC-ACTTT-------------A--CCG--C-A-ACAAC-T-GT-----CATTCAT---CGATTGG-CTGT----ATAGTTTC---GAT---GGAAGTG--A-----T--GTTGGATGGT-CACGCTATGTT--A-TT-a
gi|33 : ----GTAATTTC---AAT---AAAAGTG--G-----G--TTTGGATGAC-CACGTTACGCC--A-TT-TTT------TTTAAAA-A-T---GT--GA--TTG-GT-CAC--TCAGAATT---A----AAGC---------------C---------TCT---CCCA-----G----AAATCTa
gi|34 : -TCCTAAGTTTGATCCTA-GAT-------------ATAA-----------TCTT-----------------AGG--A----------CA-GT------------CCTAGG
gi|34 : cctggttttctgaaaagtaA-TTGTCGATAAAGATAGCC-CTA----G-GA-C-T-GTCCTA---AGATT-ATA--TC-TAGGA-Tgctatctttatcgacaatcgcaaaaatcaaag
gi|36 : cctggttttctgaaaagtatcctaagtttgAGGA-TGT-TCCTAACCTTTTTCCTAAGTT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------TATGTCTTAGGACATGTCTTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACATcgcaaaaatcaaag
gi|37 : CAGGCA-TGTTC--AC-GA--AGCTTATCTTAGGATC-TAAG-----AC---GT--G-CTTAAG-TATCACTTA-GAC----Agcct
gi|38 : ttactacgcaccata-G-TCAG--GTACAGCATACTGGAAC----TATT--GTACCATGG-TATTGCCTGGTTCAGTGA-TTTCACA----TTgc
gi|39 : TCTGAGGACCAAAAC-GTCTT-----A-GTACTAAT-C---AGTTTCTCGAAGCTTT-C
gi|4 : gttctcgaagccaTT-GATGTGAGTACATGTGACTACATTTAATT-G-TCAG--GTA-----TATTGGAAA----TATT--GTACAAAAG-TTTTGCGTTGTTCAGTGA-TTTCGCA----TGGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACAA--AAT-TGA-Ttc
gi|4 : attatA-T-TT-----CACTCAA---TGATTTG-CTGT----GTGGTT---------------GTG--A-----A--TTTGGATGA-------TATGCC--A-CTATTT------TC----A-A-T---GT--GA--TTC-GT-CAC--TAAAAACA---A----AAGCA-------------------------------------------------------------AAGCT-T--C-CCC--A---GCTATTTTG-AACACTCG---ATCAAGCAAG---GTAT---CCTAGCTG-TTAT-----T-------AT-----TA----------A--AACATGGTGT-------TATGCACGGG---TTCA---AGTATCACAAT---------ATCCGTAT---TTTTTT--TTTAGTTATCA--T-----TTT-TTAA---AA-T-----CA---G-T-TTTTAT--TTA-------TTTA-ttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatttatttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|4 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgT---TAT---TTTTGTACTTT-------AATT-----TTC-TTTG---GAGTGG---CAAATG-A-TTTTATAGTTT-------CTTA-GTTTATTAGATAATTATTTTAAATATAC----GGTAGCT------ATA-----------TTAAG-----AAAATCTG-TA-T--AA--ATAA---------------ATAAT-GTATTTCTTGT---CTACAGTTGTATG-TGT----ATAGA-----TTTTAG-A----TTATC-ACT-C----G---GAAAT---ATGTCGCAA--ATA-TC-ATA-----------------AATGTAATGGAATAAG---AATG-T----------AT--TAGGA-CGT-CTT--------AA------C----TT----AAGATGTTCCTAAG-----ATG-TCGTCGAGAAACAT---C-CTA----A-GA-CGT-GTCCAA---AG-TT-G-A--TCTTAGGA-TGT-TCCTAACTATTTTCTTAAGTT-------------ATATCTTAGGCCACATCTT-----------------AGG--A----------CATGT------------CCTAGGA-----------A-AGTTT---CG-TGAACATtttttgtactttaattttctttggagtggcaaatgattttatagtttcttagtttattagataattattttaaatatacggtagctatattaagaaaatctgtataaataaataatgtatttcttgtctacagttgtatgtgtatagattttagattatcactcggaaatatgtcgcaaatatcataaatgtaatggaataagaatgtattaggacgtcttaacttaagatgttcctaagatgtcgtcgagaaacatcctaagacgtgtccaaagttgatcttaggatgttcctaactattttcttaagttatatcttaggccacatcttaggacatgtcctaggaaagtttcgtgaacatgcct
gi|40 : attatttgatgtgagtacatgtgactacatttaattgtcaggtatattggaaatattgtacaaaagttttgcgttgttcagtgatttcgcatggcattcattgtaaacaaaattgatttcactcaatgatttgctgtgtggttgtgaatttggatgatatgccactattttcaatgtgattcgtcactaaaaacaaaagcaaagcttccccagctattttgaacactcgatcaagcaaggtatcctagctgttattattaaaacatggtgttatgcacgggttcaagtatcacaatatccgtattttttttttagttatcattttttaaaatcagtttttatttatTTTTCCTAAGTC-------------TTA------------TCTT-----------------ATA--AGT--------CATAT------------CTTAGGA-----------A-AGCTT---CA-TGAACATgcct
gi|5 : cCTTGTTCT--ATGATC-ATCTTAAG-TT-TGTATAAA-----CAT-GACGGCATTCAA-G---ATATTGATGCAAA-GA-GCTCACAGATAC---TACGAA-A--GGATA--TTT-A--A-TGCATTG--AC-AACCT---------------------AATTCCG---CAGTCGAGAA-ATTTGGGTTCCTCTTCTTAT--GCATGAT-------------CAACAC-ACAAA-TAAAATTCAG----ACCAG-TTAGACTTT---GA-CG-G--ACCAACG-A-TTGTTCAATTATTTTTAACGTTGA--CTT-AGCGTGAGTACATGT----------GCTT-GTTCAGTTTTAC-GTTTACT-AAGCTATATATT--GTACAAAGG-GGTTGCGTGGTTCAGTGC-TTTCACAAATTTTGCA-TTCA---TTG-TAA-------ACAA--AAT-TGA-TATAATATCGATCTAATTACAGC-GTGCTATTTC-ACTCA-----------------------GTGCAAA-T-TT-----CACTCAT---TGATTGG-CCGT----ATGG-TAC---AGTATCAAAAATGCTA-----G--TTTGGATGAC-CACGCTgcct
gi|5 : tTA----AAGTCTA--TTTCG-ATACAAC-T--CACCCAAA----T-ATT-TG-CACACTTG---ATCAAGCACA---GTAT---CA-GGCTG-TTAT-----TG-AAGTGGC---AGTA-------CT-AG-TAAATGTAACAC----ACATGCATGGA---TTCC---AGTATCACCAT---------AT---taaaacgtaaagtctatttcgatacaactcacccaaatatttgcacacttgatcaagcacagtatcaggctgttattgaagtggcagtactagtaaatgtaacacacatgcatggattccagtatcaccatatccgtgt
gi|6 : tcttgttctatgatcatcttaagtttgtataaacatgacggcattcaagatattgatgcaaagagctcacagatactacgaaaggatatttaatgcattgacaacctaattccgcagtcgagaaatttgggttcctcttcttatgcatgatcaacacacaaataaaattcagaccagttagactttgacggaccaacgattgttcaattatttttaacgttgacttagcgtgagtacatgtgcttgttcagttttacgtttactaagctatatattgtacaaaggggttgcgtggttcagtgctttcacaaattttgcattcattgtaaacaaaattgatataatatcgatctaattacagcgtgctatttcactcagtgcaaatttcactcattgattggccgtatggtacagtatcaaaaatgctagtttggatgaccacgcttaaaacg-ATTTTAAATAAAC----GGTATCT------TTA-----------TTTAG-----AAAATCTA-TA-T--AC--ATAA---------------ATAAG-ACATTTCATTT---CTATAGTTTTATG-TGT----CTACA-----TTTT----------------------------AAAT---GTGTTGCGA--ATA-TC-ATGTG----T--ACAA-ATGAAGGTAATGGAATAAG---AATG-TTCCTACG-TAGT--TAGGA-CGT-TTT--------AA------C----TTTTAAAAGATGCTCCTACG-----ATA-TCGTCGAGAccgtgt
gi|6 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataatt-CGT-GCTCTA---AG-TT-T-A--TCTTAGAA-TGT-TCCTAACTTTTTTCCCAAGTT-------------ACA------------TATT-----------------AGG--A----------TATGT------------CTAAAGA-----------A-AGTTT---CG-TGAtccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgctctaagtttatcttagaatgttcctaacttttttcccaagttacatattaggatatgtctaaagaaagtttcgtgattatgcct
gi|7 : ttattttattcaaagtagcaaataccggtaatatttcgtgtatagcataattattttaaataaacggtatctttatttagaaaatctatatacataaataagacatttcatttctatagttttatgtgtctacattttaaatgtgttgcgaatatcatgtgtacaaatgaaggtaatggaataagaatgttcctacgtagttaggacgttttaacttttaaaagatgctcctacgatatcgtcgagatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-G-G--TTTTCGAA-AGTATCCTAAGTTTGATCCTAAGAT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--A----------CAAGT------------CTTAGGA-----------C-AGTttatgcct
gi|7 : ggccGTTT--TC-GA--AAG-TATCCTAAGT-T-TGA----------------TCCTAAGATATATCTTAGGAC----AA-GTCTTAGGACA-GTCCTGGG-----ACTATCTTACGACAAT-CGCAAATTGTAAATCAAAGAT-GTCTTAA--GATTGTCATAA-CAACGTT--GG--ACTTAAGAATG-TCTTAGGATTGTCGT--AAGATT-ATC--AAA-CT-TTTTTTTA-----CAT-cctgggactatcttacgacaatcgcaaattgtaaatcaaagatgtcttaagattgtcataacaacgttggacttaagaatgtcttaggattgtcgtaagattatcaaacttttttttacatcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|7 : ggcctg-T--AA--ATCA---------------A-AAT--TATTTGTTTC---CCATTTCTATATG-TATTAAACTAAAGGTGATTTCAA-AGGAATTGTC-ATT-TTTTGGTTTGAAATGTAATGTTAT-A--ATACTC-TTTTACCCGT--A-AA-AT-GATGTAA--AAAAAAGTTTGATA-ATCTTACGACAATCCTAAGA-CATTCTT--------AAGTCCAACGTTGTT----ATGACAATCTTAAG-----ACA-TCTTTGATTTACAA---T-TTG----C-GA-T-T-GTCGTA---AG-AT-A-G--TCCCAGGACTGT--CCTAAGACTTGTCCTAAGAT-------------ATA------------TCTT-----------------AGG--AT---------CA-AA------------CTTAGGA-----------T-ACTTT---CG-AAAACcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|7 : ggcctgT--TAAGA-CAT-CTTTGATTTACAA------T----TT----GCGATTGTCGTAAG-----ATAGTC--CCAGGACTGT---C-CTA----A-GA-CTT-GTCCTA---AG-AT-ATA--TCTTAGGA-Tattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|8 : ggcctggttttcgaaagtatcctaagtttgCCAGCTGGCAATGTTC--ACTGA--AAC-TATCTTAGGA-C-CAAG-----AC----TCAGTCCTAAG-Tgattgtcataacaacgttggacttaagaatgtcttaggattgtcgtaagattatcaaacttttttttacatcattttacgggtaaaagagtattataacattacatttcaaaccaaaaaatgacaattcctttgaaatcacctttagtttaatacatatagaaatgggaaacaaataattttgatttaattccggaaaataacgaacattttaatgatacaattatttcaaaat
gi|8 : ttctaaaaaagtTATCTTAGGACC---AA-GACTC-----A-GTCCTAAG-T----GTTTCTCAAAGCTTTTCCTAAAT--TAAATC----CTCGT-AGAACAGTTCGTCCTAAAC----TTTAGG--AC-----AGCGGTA--ACCCTTGTCCT--AAGATC-ATCCTAAAGTT-TGTATAAA-----CAA-GACACCAGTCATTG---ATATTAATGGGAAAGA-GCTCA-AGACAC---CATGAA-A--GGGTATTCTT-AAGA-GACACTGGGAC-AACCCGCTAG--AAAAT-TA-----AAGTTCCCT--CATTTGAGGA-ATTTGGATTCCTCTTC-TA---TTATGA-A-----------TCAATTC-ACAAAATCAAATgtttctcaaagcttttcctaaattaaatcctcgtagaacagttcgtcctaaactttaggacagcggtaacccttgtcctaagatcatcctaaagtttgtataaacaagacaccagtcattgatattaatgggaaagagctcaagacaccatgaaagggtattcttaagagacactgggacaacccgctagaaaattaaagttccctcatttgaggaatttggattcctcttctattatgaatcaattcacaaaatcaaatc
gi|9 : ttctaaaaaagtccagctggcaatgttcactgaaac-T-TT-----CGCTCAA---TGATCG--CCGTATTTGTGGT---------------AGTG--G-----A--TTTGGATGA-------TATGCC--GCTT-TTT------TC----A-AAT---GT--GAGCTTG-GT-CAC--TAAAAACA---A----AAGT--------------------------------------------------TA----------AAGCCTT--CGCCCAAA---AT--TT-TGATACACTCG---ATCAAc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGGCCCGAGAAACACACGGTGATGTGCAAATTAACACTGTGAACGTGAGGTGATAGTTGCATTAGAGACTATTACAAGGAGCTGTGCAGCGCCAGCATCCATTGTAAACGTGACAGAAACCGGAAATCTTTTTTATCATTGCATAAGTAATATTCATTAGA
Unaligned ( gi|27 ): AACTGAATTATCGAAAGTGCTTAGAATATACACGTAAAATCCGTATGTTGAAGATAGAATGCATCCTTCTTGATATGAAAATCTTTTGTGTTATATCAATTTTAC
Unaligned ( gi|28 ): AAGACATGTTTAAATCAATAAGGAAGTTCTTATTTATTTTCCTGATTAAGTCATTCATACATCTTTAATTTGGCCTGAACAGAAAGTTTCTTTAACATGCTTGC
Unaligned ( gi|35 ): AGTCTTAGGATTGGTCATAACGATTATCAACTTTCTTCTTACATTCATTTTACGGGGTAAAATAGTATATAATTTAAATTTTCAAAACCAA
Unaligned ( gi|41 ): AGAATGCTCCACATAAGACAAATACATGTAGATCTAACTGA