lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 11 1 1111 111 22222 222222222 111 22222 11 22222 1111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77777777777777777777777777777777777777777777 11 1111 2 1111111 555555555555555555555555555555555555555555 11 1111 22222 1 1 11111111 11 555555555 11 1 1 2 1 8888888888888888888888888888888888888888 1 55555 1 1 1 1 1 1 44444444444444444 22 1 4444444 1111 111 111 1 1 1 11 3333333333333333 1111111111 1 22
lowQualScore : 7 77777 11 88 6 8 9999 3 777 00000 8 8 0 777777777 0 0 8 444 88 0 8 8 0 22222 8 11 00000 7777777 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 1 2 1 6 11111111111111111111111111111111111111111111 11 2 0 3 8 8 3333 5 0 3 8 6 6 6 2222222 2 000000000000000000000000000000000000000000 0 0 33 3 6666 88888 0 0 88 3 3 55555555 3 2 2 22 6 666666666 33 2 0 0 66 0 0 0 3 8888888888888888888888888888888888888888 6 00000 4 0 0 2 0 4 5 3 2 99999999999999999 00 3 8 0 7777777 3 0 0 5555 77 5 8 4 000 5 5 6 5 5 444 5 777 5 66 0 5 0 5 5 5 66 5 0 5 0 5 11 3333333333333333 1111111111 33 0 77 5 11 5 5 5 5 5 5 0 5 0 99 6 6 6 2 7 99 3
lowQualScore : . ..... .. .. . . .... . ... ..... . . . ......... . . . ... .. . . . . ..... . .. ..... ....... ...................................................... .. . . . . ............................................ .. . . . . . .... . . . . . . . ....... . .......................................... . . .. . .... ..... . . .. . . ........ . . . .. . ......... .. . . . .. . . . . ........................................ . ..... . . . . . . . . . ................. .. . . . ....... . . . .... .. . . . ... . . . . . ... . ... . .. . . . . . . .. . . . . . .. ................ .......... .. . .. . .. . . . . . . . . . .. . . . . . .. .
lowQualScore : 0 00000 00 66 0 0 0000 2 222 00000 0 0 8 444444444 8 6 0 000 66 8 6 2 8 00000 0 00 00000 6666666 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 0 5 0 7 77777777777777777777777777777777777777777777 00 8 8 0 0 0 4444 4 8 0 0 7 7 7 8888888 5 222222222222222222222222222222222222222222 8 8 00 2 0000 22222 0 0 22 2 2 88888888 2 5 5 55 5 888888888 22 5 0 0 88 0 2 0 0 8888888888888888888888888888888888888888 2 00000 5 0 0 5 0 0 0 3 3 77777777777777777 77 3 0 8 4444444 8 8 8 0000 99 7 4 9 000 7 3 6 7 7 333 7 888 0 99 0 0 2 0 0 0 99 0 0 0 0 0 99 1111111111111111 6666666666 44 0 99 7 22 7 7 7 7 7 7 1 7 1 22 7 7 7 5 2 22 7
consensus : TAGGCAACCAA--GTTTTTCT--CA-ACAACCTTC-AGGCC-GGACTTCAAAATTNCTTAGCTCA-G-TCTAA-----CACCC-CTC-TACNC--C----GACCAA-T---TTCTC-TTTACTATTCAGCTAGC---G-TTAA-G--CC-----CTCATTAAA-TT--TTTCATTT---CACTGTTAATCTGGTGTCTATTT--G----GCCTATA-------C-AAA--TTTGTTG--TGGGGGACAT-TG-------------------------TCCCAAT-GTTA-------TGTGGGGGACATT--GTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAG-TGCGC-CAGGGTAG-TTTGATTACTAATTCTGCGCC-AAAACCGGCTCTC-CTCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT-C-TG-ACC-------CACCAAAAGATCACGCGATTAN-GTCC-GGGTCAGTTGAATATCT--GG-TGT-GTTGTG-TTTGAAATGAATGTTA-TTATTNAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCAT--AGCTGGGG-TCACATCC-ACCT-CCCAACCAAGGGAGGGGATGCTACA-GNCTGGTG----------CAA--GTAGG----------------T---ACTTGCTTTAAACGCGGGTAGCAC-TGTGGA-GACNGGTGA-GNTGCGCAGAAGGTCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-CGTGTGCATTGT-TACCCT----TTNCATTCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCT--GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTANC-NG--GG-ATTACAGCGCAGCCAGC---TAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGT-G-GGC--AGCTGTTA-TGTTCA-TCTCCTC-TG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTG----------------TCTG---C---TCTGTATATGCT-AAA--TTATT-ACA-AGTTC-CA-CC-G-T-C-CATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTAT
Reference ( gi|3 ) : TATGCAAC--A--GTTTTTCT--CA-ACA-CCTTC-AG-CC-GGACTTCAAAATTCCTTAGCTCA-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACTC--C----GACCAA-T---TTCTC-TTTACTATTCCGCTAGC---G-TTAA-G--CC-----CTCATTAAA-TT--TTTCATTT---CA-TGTCAATCT-GTGT-TATTT-TG----GTCTATA-------C-AAA--TTTGTTG--TGGGGAACAT-TG-------------------------TCCCAAT-GTT--------TGTGGGGGACATT--GCCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGAGAG-TGCGC-CAGGGTAG-TTTGATTAATAATTCTGTGTC-AAAACCGGCTCTC-C-CCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT-CTTG-ACC-------CACCAGAAGATCATGCAATTAT-GTCT-GAGTCAGTTGAATATCT--GGTTGT-GTTGTG-TTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTC-T--A-CT-GGG-TCACATCT-ACCT-CCCAATTAAGGG-GAGGATGCTACA-GTCTGGTG----------CAA--GTAGG----------------T---ACTTGCTTAAAAC-CA--TAACAC-TGTGGA-GACCGGTGA-GTTGCGCAGAAGGTCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-CATGTGTATTGT-TACTCT----TTTCAATCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCT-AGCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTACC-TG--GG-ATTACAGTGCAGCTAGC---TAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGT-G-GGC--AGCTGTTA-TGTTCA-TCTCCTT-TG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTG----------------TCTG---C---TCAGTATATGCT-AAA--TTATT-ACA-AGTTC-CA-CC-G-T-C-TATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTAT
gi|2 : TATGCAAC--A--GTTTTTCT--CA-ACA-CCTTC-AG-CC-GGACTTCAAAATTCCTTAGCTCA-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACTC--C----GACCAATT---TTCTC-TTTACTATTCCGCTAGC---GTTTAA-G--CC-----CTCATTAAA-AT--TTTCATTT---CATTGTCAATCTGGTGTCTATTTCTG----GTCTATA-------CAAAA--TTTGTTG--TGGGGAACATCTG-------------------------TCCCAAT-GTT--------TGT-GGGGACATT--GCCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGAGAGTTGCGC-CAGGGTAGTTTTGATTAATAATTCTGTGTC-AAAACCGGCTCTC-CTCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-TA-TTTTAAT-C-TG-ACC-------CACCAGAAGATCATGCAATTAT-G-CT-GAGTCAGTTGAATATCT--GG-TGT-GTTGTG-TTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAAT-AGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCAT--AGCTGGGG-TCACATCT-ACCT-CCCAATTAAGGG-GAGGATGCTACA-GTCTGGTG----------CAA--GGAGG----------------T---ACTTGCTTAAAAC-CATGTAACAC-TGTGGA-GACCGGTGA-GTTGCGCAGAA-GTCAT
gi|4 : cTAGGCAAC--AAAGTTTTTCT--CA-ACAATCTTC-AG-GCAGGACTCCAAAATTTCATAGCTCA-GGTTTGAAATGCCACCCACTC-T--TC--CTAATGACCCA-T---TTATCGTTTAC-GTTAAGCT-GCATGG-TTAG-GTTCC-----TTTGTTA---------TTAATT---CA-TGTT--TCT-AAGT-CAGT--------GTCTATATATATGGC-AAGCGTTTATTGCCTGGTAAA-AT--G-------------------------TC--AAT-ATTAAATTTATTGTGGGGAACATT--GTCCCAATATCTGTGGCGGACTGAGGAG-TGCAC-CAGGGTAG-TT-GATCACTAATTCTGCGCC-AAAACCGGCTCTC-CTCCCACCT-GT-TAC-T-A-----------------A-AT-TT--------------------------AAAGATCACTTGATTAG-GTCAAGGGTCAGAAGAATATTTATGGAAAT-TTTCTGGTTTTATATGCA----A-TTGTTGA-TCAGTGGG--CTCACAATTAGCTCAT--AGCT-GGGGTCACATCC-ATCT-CCCAACCAAGGGAGGGGATCCTTCA-GGCTGGTGCATGTATGGACAACTGTAGGAGGATTCTCGGTTTGCTCCAACTTGCTTTAAACATG--TAGCAC-TCAGGA-GACAGGTGA-AATGTGCAGAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacatgtgtattgttactcttttcatcaataatgtaaaacttgcatccttagctcttgttaattcgctgctaagcagcctacctgggattacagtgcagctactaaggttcgacatccctactgggctacccattgtgggcagcttctatgttcatctcctttggatgaggtcaatgtctcctgctgtctgctcagtatatgctaaattattacaagttccaaccgtctatgtgctaaatcccaacctggggctgggtcatgtcagccgggccaattctat
gi|8 : acaggtattcagttattccgctaggatggcattcatctgtctagtcTAGGCAACCAA--CTTTTTCT--TA-ACAACCTTC-AGGCC-GGACTTCTAAATTGTCTAGCTCA-AATCTAA-----CACCC-CTC-TACAA--C----GACCAG-TGAGTTCTC-GTTACCATTCTGCTAGT---G-TTAA-G--CC-----CCCATTAAT-TTAATTTCATTT---at
gi|5 : aaatcttcagttgttccgcccggacggcactcacctttctagtcGCAGCCAA--GTTTTTCTTTCA-CAA-CCTTC-AGGCC-GGACTTCAAAATTGCTTAGCTCAAG-TCTAA-----CACCC-CTC-TACAA--T----GACCCA-T---TTATC-GTTA---TTCAGCTAGT---G-TCCA-G--CC-----CCCATTAAA-TT--TTTCATTTTCCCACTGCTAAGCCAGTGTCTATAT-GGCAGTGCTTAT---------------TTTTTTG--T-----ATAT-TA-----------------------------AATTGGT--------TGTGGGGGACATT--GTCCCAAAGTCTGTGGCGGATTGGGTAG-TGCGC-CAGGGTAG--TTGATAACTAATTCTGTGCC-AAAATCGGCTCTC-CTCCCACCT-GTATA--T-AAGCAGGGCGC-----AG--AT-ATTTAAT-CTTG-ACA-------CACC---AGATCATGCAATTAG-GTCT-AGGTCAGTTGAATATCT--GG-TGT-GTTGTG-TTTGGGA--AATGTT--------AATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCAT--AGCTGGGG-TCACATCC-ACCT-TCCAACCAAGGGAGGGGATACTACA-GGCTGGTG----------CAG--GTAAT----------------G---ACTTGCTT-AAAC-CAGGTAGCAC-TGTGGA-GACCGGTGA-GATGCGCAGAAGtcccattgctaagcaagcgcctatatg
gi|1 : agGCACC--G--GGTTTCCT--CATCCA-CCTTCCAG-C--GGACTTCAAAATTCCTTCGCTCA-G-TCTAA-----CACCC-CCCCTACGCAAC----G-CCAT-T---TCCTA-TT--CTATTCAGCTAGC-----TTAGTG--CCTCATTCTCATTAAAATT--CTTCATTT----G-TGT-GATCT-G-GT-------------GCCT-TA-------C-AAAA-TTTGTTG--TGGGGGACAT-TGGTTCGAATGTTTTTGTGGGGAAGTGTCCCAAT-GTTACT-----TGTGGGGGACATTTGGTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAG-TGCGCACA-GGTAG-TTTGATTTAAGATTC--TGCCAAAAACCGGCTCTC-C-GGTACCTGGTA-ATGC-AAGCAGGGGGCA----AGC-ATATTTTAAT-CATGAACCCACGTGTCACCAACAGA-CAGGCAGATATGGTCC-G-GTCAGTTGAGAACCT---GTTGTGGTTGTG-TTTG-AATGAATGTTATTTATATAATCA-TGGGCGCTCAT-GTTAGTTA-TTAA-CT-GAG--CA-ATCTCACCTGCCCAGCGAGGAG-GATAATGCTACACGTCTGGTG----------CAA--GTTGG----------------T---ACTTACTTTAAACGCAGGTACCACTTGTGGACGACAGGTGAGGTTGTGCAAAt
gi|6 : -AAT--TTTATTG--TGGGGGACAT-TG-------------------------TCTCgtctatctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatcatgtgattgtgtaccctagtatgctattcaataagatgtataatcttgcatcactctttttaattcgcgctaacaccttatcagccggatttacagctagccagtaaaggtcgacatccttactgctattccattgggggcagctgttagtgtcatctctctggtaagtaggttcaattgtcttcctgtctgtctggatcctgtcattagctaattgattcacagttccaccgtcctgtgctacagttcccaacctggggctggtcatgtcagccagccaattct
gi|12 : acgcagattattccattagaatggtactcatttatctagtctagacaaccaagtttttaacaaccttcaaaaagattttcaaatttcttagtttaacttttatacctaatgtcccacgtgcacgtagcgttaatatctccataaagggtttcccttatttagtaaacgaatgtgacaattttcaaacgttccttaagtccagtttttttcatgaggtagtgttggatgccttgttgttaaaatttcaatggA--TTTGTTG--TGGAGGTCAC-TG-------------------------TGCCAAT-GT
gi|12 : tgtatggatttggggaaactttaacatacctgT--------TGTGGAGGTCACT--GTGCCAATGTCTG--GCGGACTAGGGAG-TGCAC-TGGGGTAG-CT-GATTACTAATTTTGCGCC-AAAACCGGCTCTCTT-TCCACTT-GC-TAC-TAAAGCAGGGGGCGTGGAAAA-A---TTGAATACCTG-ACC-------ATTTAAAAGGTCActggcggactagggagtgcactggggtagctgattactaattttgcgccaaaaccggctctctttccacttgctactaaagcagggggcgtggaaaaattgaatacctgaccatttaaaaggtca
gi|19 : tgtatggatttggggaaactttaacatacctgatttgTCTC-CTCCCACCT-GTAAAT-T-AAGCA-GGGGC-----AGATAT-TT
gi|2 : ATA-CATGTGTATTGT-TACTCT----TTTCA-TCAATAA--TGT-AAAA-CTTGCATCCTTAGCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTACC-TG--GG-ATTACAGTGCAGCTA-C---TAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTG-T-G-GGC--AGCTTCTA-TGTTCA-TCTCCTT-TG-G--ATGA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTG----------------TCTG---C---TCAGTATATGCT-AAA--TTATT-ACA-AGTTC-CAACC-G-T-C-TATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTAT
gi|1 : ctatgcaacagtttttctcaacaccttcagccggacttcaaaattccttagctcagtctaacacccccctactccgaccaattttctctttactattccgctagcgtttaagccctcattaaaattttcatttcattgtcaatctggtgtctatttctggtctatacaaaatttgttgtggggaacatctgtcccaatgtttgtggggacattgccccaatgtctgtggcggactggagagttgcgccagggtagttttgattaataattctgtgtcaaaaccggctctcctcccacctgtatattaagcagggggcagatattttaatctgacccaccagaagatcatgcaattatgctgagtcagttgaatatctggtgtgttgtgtttgaaatgaatgttattattaaatagtggggctcatggctagttcatagctggggtcacatctacctcccaattaaggggaggatgctacagtctggtgcaaggaggtacttgcttaaaaccatgtaacactgtggagaccggtgagttgcgcagaagtcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATATCATGTG-ATTGTGTACCCTAGTATGCTATTCAATAAGATGT-ATAATCTTGCATC----ACTCTTTTTAATTCGC-GCTAA-CACCTTATC-AGCCGG-ATT----TACAGCTAGCCAGTAAA-GGTCGACATCCTTAC-TG---CTATT-CCA-TTGG--G-GGC--AGCTGTTAGTG-TCA-TCT-CTC-TG-GTAAGTA--G-GTTC-AATTGTCTTCCTGT-CTG----------------TCTGGATCCTGTCATTA---GCT-AAT--TGATTCAC--AGTTC-CA-CC-G-T-C-C-TGT-GCTACAGTTCCCAA-CC-TGGGGCT-GGTCATGTCAGC-C-AGCCAATTCT
gi|7 : gcaccgggtttcctcatccaccttccagcggacttcaaaattccttcgctcagtctaacaccccccctacgcaacgccatttcctattctattcagctagcttagtgcctcattctcattaaaattcttcatttgtgtgatctggtgccttacaaaatttgttgtgggggacattggttcgaatgtttttgtggggaagtgtcccaatgttacttgtgggggacatttggtcccaatgtctgtggcggactggggagtgcgcacaggtagtttgatttaagattctgccaaaaaccggctctccggtacctggtaatgcaagcagggggcaagcatattttaatcatgaacccacgtgtcaccaacagacaggcagatatggtccggtcagttgagaacctgttgtggttgtgtttgaatgaatgttatttatataatcatgggcgctcatgttagttattaactgagcaatctcacctgcccagcgaggaggataatgctacacgtctggtgcaagttggtacttactttaaacgcaggtaccacttgtggacgacaggtgaggttgtgcaaagtctatctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATA-TGTGTGCAATGT-T---------CTGCATTCAATAA-ATTTTAAAA-CTTGC---------------TAACTTACTGTCAAGCAGCAAACCATG--GG---TCCAGTGCAGTCAGC---TAAG-GTTTAAGATATCTAC-TG-GGTTAT--GCATTTTTT-G-GGCCAAGATATTG-TATTGACTCTTCGT-T---T-CGTA--G-G-TCAAA-TGTT-CACTG--CTG----------------ACTG---T---TCTGCATATATT-AA
gi|11 : AAA-CTTGCATC----GCTCTTGTTAATCCGCTGATAAGCAGCCTAAC-AG--GG-ATTACAGTGCAGCCAGC---AAAG-GTTTGACATCCCTAC-TG-GGTTAC--CCA-TTGGT-GAGAA--AGCCGGTA-TGTTCA-ATTCTTT-TG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TTTC-TCCTGCTCTGTATATGCTGCCCTGCTTCTG---C---TCTGTATATGCTAAAA--TTATT-Atgtatatattgatgaccgagtgccac
gi|13 : AAA-CTTGCATACT------TTGTTAAT-CGCTGCTA-GCAGCCTAAC-GG--GG-ATTAC-GCG-AGCCAGA---TAAG-GTTCGGC---TCT-C-TG-GGCTAC----A-TGGGT-G-GGC--GCTTGTTA-TGTTCA-TGTC-TC-TGTGT-A--A--G-G-TC-AAATGTC-TC-TG--CTG----------------TCTG---C---TCTGT-TATGCT-AAA--TTATT-ACAGAGTT--CA--C-G-TCC-CGTGT-GCCAa
gi|9 : CAGTCTG---TG--GGTATTACCACGCAGCTAGC---TA-G-GTT-GACATCC-TACCTGTGGCTACACCCA-TTG-T-G-G-C--A-CTGCTA-TGTTCA-TCCTCTTCTG-GT-AGTAAGG-G-TC-AA-T-TC-TCCTG--CT-----------------TCTG---C---T-GGTATATGCT-AAAAATTATT-ACA--GTTC-CA-CC-G-T-CCTATGT-GCTAAA--TCCCAACCC-TGGGACTGGCTCCTGTC-GCACGGCTCAAGTTTAT
gi|10 : CCTAAC-AG--GG-ATT-CAGCGCAGCCAGC---TAAGCGT--GACATCC-TAC-TG-GGCTAC--CC--TTGGTGG-GGC--AGCTGTTATTGTTCA-TCTCCTC-TG-GT-AGTA--GCGCTC-AA-TGTC-CTCT----TG----------------TCTG---T---CCTGT---TGCT-AAA--TTATT-AT--AGTTCACA-CCTG-T-C-CATGTGGC--AA--TTCCAA-CC-TGGGGCT-GGTC-TGTCAG--CGGGCCAATTCTAc
gi|14 : aatGGT-G-GGC--AGCTGTTA-TGTTCA-TCTCCTC-TG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTG----------------TCTG---C---CCTGTATATGCTAAAA--TTATT-AC--AGTTC-CA-CC-G-T-C-TATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CAGGCCAATTCT
gi|17 : g-AGTTC-TG-CC-GGC-C-TAAGT-GCTAAA--TCCCAG-CCTTGGGTCTGG-----GTCAGG-CAAGCCAATTCTATca
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GATGCATGTTTCATGAAACTGTAGGAAAATCCACATGTTGCTCCTTAAATGCTCTTAAACCAGGTAGTCGTCTGGAGACCGACCGGTGAGATGCCCAGAGAT
Unaligned ( gi|16 ): GATGGAACCCACTTGTCAGAGTTGGGCAATCAAATCTTCCTCAACAATCTTCAGGCTGACTTACAAGTCTTCA
Unaligned ( gi|18 ): ACAGATGTTCGATTGTTCCGCATGGATGGCACTCATCTTCCTAGTCT
Alignments
lowQualScore : 11111 2222 111 111 11111 333333 111111 88888888888888888888888888888888888 11 55555555 11 111 22222 1111 222222222222222222 111 11 222 111 1 666666666666666666666 3333333333 3333 1111 1 1 1 2222 11 1 33333 11 11 11111 22222222222 11 1
lowQualScore : 5 66 0 3 555 5 1 5 5 6 66666 6 6 0000 111 6 6 5 3 111 6 6 99 66666 99 6 99 666666 6 3 0 999999 4 00000000000000000000000000000000000 6 3 2 6 1 6 5 11 11111111 1 99 6 6 1 44 2 99 77 5 66 111 0 00000 4444 888888888888888888 4 4 8 1 0 555 11 222 8 0 3 0 0 88 000 8 3 6 3 8 8 1 0 0 8 8 1 0 888888888888888888888 5555555555 8888 6 6 1 4444 6 1 6 0 2 0 0 3 4 1111 1 3 33 0 6 44444 1 1 1 66 88 0 5 3 4 5 5 11 5 3 4 4 66 4 4 4 0 4 4 66 4 8 4 8 4 00 11111 77777777777 2 66 8 66 55 5 5 5 5 0 5 77 5 5 4 0 4 66 1
lowQualScore : . .. . . ... . . . . . ..... . . .... ... . . . . ... . . .. ..... .. . .. ...... . . . ...... . ................................... . . . . . . . .. ........ . .. . . . .. . .. .. . .. ... . ..... .... .................. . . . . . ... .. ... . . . . . .. ... . . . . . . . . . . . . . ..................... .......... .... . . . .... . . . . . . . . . .... . . .. . . ..... . . . .. .. . . . . . . .. . . . . .. . . . . . . .. . . . . . .. ..... ........... . .. . .. .. . . . . . . .. . . . . . .. .
lowQualScore : 6 99 4 2 222 0 0 7 7 7 77777 7 7 3333 777 7 7 7 3 777 7 7 22 77777 22 7 22 888888 7 0 3 222222 0 99999999999999999999999999999999999 7 7 5 3 0 7 2 00 22222222 0 22 7 7 7 00 5 22 99 7 77 666 7 00000 9999 333333333333333333 2 6 0 0 8 888 00 000 0 8 8 8 8 88 444 0 2 0 2 0 0 4 8 6 0 0 0 6 000000000000000000000 8888888888 5555 7 7 0 2222 7 0 7 0 0 5 0 2 2 2222 0 2 22 0 7 88888 7 0 0 99 22 1 0 4 5 0 0 99 0 9 4 4 11 4 4 4 9 4 4 11 4 9 4 9 4 66 11111 22222222222 2 33 9 99 00 0 0 0 0 0 0 99 7 7 3 7 9 44 7
consensus : TAGGCAACCAAGTTTTTCT--CAACAACCTTCAGGCCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACNC--CGACCAAT---TT-CTC-TTTACTATTCNGCTAGC---GTT-AA-G--CC-----CTCATTA--AA-TT--TTTCATTT---CATTGT-TAANCCGGTGTCT------ATNT--GGT-----CTAT-----A-CA--------AA--T-TTNTTGTGGGGAACAT-TGTCCCAAT--GTTA-------TGTGGGGGACATT--GTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAGT-GCGC-CAGGGTAGTTT-GATTACTA--ATTCTGCGCCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT--C-T-G-ACC-------CACCAAAAGATCATGC-GATTAGGTC-TGGGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-CACCT-CCCAACCAAGGGAGGG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGTAGGTAC---------------------TTGCT----------TTAAAC-CAGGTAGCAC-TGTGGA-GACCG----GTGA-GNTGCGCAGAAGGTCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-CGTGTGTATTGT-TACTCT----TTTCATTCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCT--GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTANCGG--GGATT-ACAGCGCAGCCAGCTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCTGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CA-CC-GT-CC-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTAT
Reference ( family-513 ) : TAGGCAACCAAGTTTTTCT--CAACAACCTTCAGGCCGGACTT-CAAAATTNCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CTC-TACNC--CGACCAAT---TT-CTC-TTTACTATTCAGCTAGC---GTT-AA-G--CC-----CTCATTA--AA-TT--TTTCATTT---CACTGT-TAATCTGGTGTCT------ATTT--GGC-----CTAT-----A-CA--------AA--T-TTGTTGTGGGGGACAT-TGTCCCAAT--GTTA-------TGTGGGGGACATT--GTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAGT-GCGC-CAGGGTAGTTT-GATTACTA--ATTCTGCGCCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT--C-T-G-ACC-------CACCAAAAGATCACGC-GATTANGTC-CGGGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTNAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-CACCT-CCCAACCAAGGGAGGG-GATGCTACA-GNCTGGTGCAAGTAGGTAC---------------------TTGCT----------TTAAACGCGGGTAGCAC-TGTGGA-GACNG----GTGA-GNTGCGCAGAAGGTCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-CGTGTGCATTGT-TACCCT----TTNCATTCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCT--GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTANCNG--GGATT-ACAGCGCAGCCAGCTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCTGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CA-CC-GT-CC-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTAT
gi|1 : ACCGGGTTTC-CT--CATCCACCTTCCAGC-GGACTT-CAAAATTCCTTCGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCCCTACGCAACG-CCATT---TC-CTA-TT--CTATTCAGCTAGC----TT-AGTG--CCTCATTCTCATTA--AAATT--CTTCATTT-------GTGTGATCTGGTGCCTTACAAAATTT--G-------TTGTGGGGGA-CATTGGTTCGAA--TGTTTTTGTGGGGAAG---TGTCCCAAT--GTTACT-----TGTGGGGGACATTTGGTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAGT-GCGCACA-GGTAGTTT-GATT--TAAGATTCTGC-CAAAAACCGGCTCTCCGGT---ACCTGGTA-ATGC-AAGCAGGGGGCA----AGC-ATATTTTAAT--CAT-GAACCCACGTGTCACCAACAGA-CAGGCAGATATGGTC-C-GGTCAGTTGAGAACC--TGT---TGTGGTTGTGTTTG-AATGAATGTTATTTATATAATCA-TGGGCGCTCAT-GTTAGTTATTAACTGAG--CA-ATCTCACCTGCCCAGCGA--GGAGGATAATGCTACACGTCTGGTGCAAGTTGGTAC---------------------TTACT----------TTAAACGCAGGTACCACTTGTGGACGACAG----GTGAGGTTGTGCAAA
gi|1 : gcATATCATGTG-ATTGTGTACCCTAGTATGCTATTCAATAAGATGT-ATAATCTTGCATC----ACTCTTTTTAATTCGC-GCTAA-CACCTTATCAGCCGGATTTACAGC-TAGCCAG-TAAA-GGTCGACATCCTTAC-TG---CTATT-CCA-TTGG-G-GG-C--AGCTGTTA--GTGTCATC-T-CTCTG-GTAAGTA--G-GTTC-AATTGTCTTCCTGT-CTGT-----CTGGA---------TCCTGTCATTAGCT-AAT--TGATT-CACAGTTC-CA-CC-GT-CC--TGT-GCTACAGTTCCCAA-CC-TGGGGCT-GGTCATGTCAGC-C-AGCCAATTCTgtctatctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatcatgtgattgtgtaccctagtatgctattcaataagatgtataatcttgcatcactctttttaattcgcgctaacaccttatcagccggatttacagctagccagtaaaggtcgacatccttactgctattccattgggggcagctgttagtgtcatctctctggtaagtaggttcaattgtcttcctgtctgtctggatcctgtcattagctaattgattcacagttccaccgtcctgtgctacagttcccaacctggggctggtcatgtcagccagccaattct
gi|10 : gcaccgggtttcctcatccaccttccagcggacttcaaaattccttcgctcagtctaacaccccccctacgcaacgccatttcctattctattcagctagcttagtgcctcattctcattaaaattcttcatttgtgtgatctggtgccttacaaaatttgttgtgggggacattggttcgaatgtttttgtggggaagtgtcccaatgttacttgtgggggacatttggtcccaatgtctgtggcggactggggagtgcgcacaggtagtttgatttaagattctgccaaaaaccggctctccggtacctggtaatgcaagcagggggcaagcatattttaatcatgaacccacgtgtcaccaacagacaggcagatatggtccggtcagttgagaacctgttgtggttgtgtttgaatgaatgttatttatataatcatgggcgctcatgttagttattaactgagcaatctcacctgcccagcgaggaggataatgctacacgtctggtgcaagttggtacttactttaaacgcaggtaccacttgtggacgacaggtgaggttgtgcaaagtctatctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCTAACAG--GGATT--CAGCGCAGCCAGCTAAGCGT--GACATCC-TAC-TG-GGCTAC--CC--TTGGTG-GGGC--AGCTGTTATTGT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--GCGCTC-AA-TGTC-CTCT----TGT-----CTG-----------TCCTGT----TGCT-AAA--TTATTAT--AGTTCACA-CCTGT-CC-ATGTGGC--AA--TTCCAA-CC-TGGGGCT-GGTC-TGTCAG--CGGGCCAATTCTA
gi|11 : aatAAA-CTTGCATC----GCTCTTGTTAATCCGCTGATAAGCAGCCTAACAG--GGATT-ACAGTGCAGCCAGCAAAG-GTTTGACATCCCTAC-TG-GGTTAC--CCA-TTGGTGAGA-A--AGCCGGTAT-GT-TCAAT-TCTTTTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TTTC-TCCTGCTCTGTATATGCTGCCCTGCTTCTGCTCTGT-ATATGCTAAAA--TTATTA
gi|12 : -------TGTGGAGGTCACT--GTGCCAATGTCTG--GCGGACTAGGGAGT-GCAC-TGGGGTAGCT--GATTACTA--ATTTTGCGCCAAAACCGGCTCTCT--TTCCACTT-GC-TAC-TAAAGCAGGGGGCGTGGAAAA-A---TTGAATACC-T-G-ACC-------ATTTAAAAGGTCAa
gi|13 : tgtatggatttggggaaactttaacatacctgatttgtAAA-CTTGCATACT------TTGTTAAT-CGCTGCTA-GCAGCCTAACGG--GGATT-AC-GCG-AGCCAGATAAG-GTTCGGC---TCT-C-TG-GGCTAC----A-TGGGTG-GG-C--GCTTGTTAT-GT-TCATG-TC-TCTGTGT-A--A--G-G-TC-AAATGTC-TC-TG--CTGT-----CTG-----------CTCTGT--TATGCT-AAA--TTATTACAGAGTT--CA--C-GTCCC-GTGT-GCCA
gi|14 : GGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CCCTGT-ATATGCTAAAA--TTATTAC--AGTTC-CA-CC-GT-CT-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CAGGCCAATTCT
gi|15 : gTGCTC---------TTAAAC-CAGGTAGTCG-TCTGGA-GACCGACCGGTGA-GATGCCCAGAca
gi|16 : gatgcatgtttcatgaaactgtaggaaaatccacatgttgctccttaaaTGGGCAATCAAATCTTCCT--CAACAATCTTCAGGCT-GACTTACAAgat
gi|17 : gatggaacccacttgtcagagt-AGTTC-TG-CC-GG-CCTAAGT-GCTAAA--TCCCAG-CCTTGGGTCTGG-----GTCAGG-CAAGCCAATTCTATgtcttca
gi|19 : ctTCTCC--TCCCACCT-GTAAAT-T-AAGCA-GGGGC-----AGATAT-TTta
gi|2 : TATGCAAC--AGTTTTTCT--CAACA-CCTTCAG-CCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACTC--CGACCAAT---TTTCTC-TTTACTATTCCGCTAGC---GTTTAA-G--CC-----CTCATTA--AA-AT--TTTCATTT---CATTGT-CAATCTGGTGTCT------ATTTCTGGT-----CTAT-----A-CA--------AAA-T-TTGTTGTGGGGAACATCTGTCCCAAT--GTT--------TGTGGGG-ACATT--GCCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGAGAGTTGCGC-CAGGGTAGTTTTGATTAATA--ATTCTGTGTCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-TA-TTTTAAT--C-T-G-ACC-------CACCAGAAGATCATGC-AATTATG-C-TGAGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAAT-AGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-TACCT-CCCAATTAAGGG-GAG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGGAGGTAC---------------------TTGCT----------TAAAAC-CATGTAACAC-TGTGGA-GACCG----GTGA-GTTGCGCAGAA-GTCAT
gi|2 : cATA-CATGTGTATTGT-TACTCT----TTTCAT-CAATAA--TGT-AAAA-CTTGCATCCTTAGCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTACCTG--GGATT-ACAGTGCAGCTA-CTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTG-TG-GG-C--AGCTTCTAT-GT-TCATC-TCCTTTG-G--ATGA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCAGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CAACC-GT-CT-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacatgtgtattgttactcttttcatcaataatgtaaaacttgcatccttagctcttgttaattcgctgctaagcagcctacctgggattacagtgcagctactaaggttcgacatccctactgggctacccattgtgggcagcttctatgttcatctcctttggatgaggtcaatgtctcctgctgtctgctcagtatatgctaaattattacaagttccaaccgtctatgtgctaaatcccaacctggggctgggtcatgtcagccgggccaattctat
gi|3 : ctatgcaacagtttttctcaacaccttcagccggacttcaaaattccttagctcagtctaacacccccctactccgaccaattttctctttactattccgctagcgtttaagccctcattaaaattttcatttcattgtcaatctggtgtctatttctggtctatacaaaatttgttgtggggaacatctgtcccaatgtttgtggggacattgccccaatgtctgtggcggactggagagttgcgccagggtagttttgattaataattctgtgtcaaaaccggctctcctcccacctgtatattaagcagggggcagatattttaatctgacccaccagaagatcatgcaattatgctgagtcagttgaatatctggtgtgttgtgtttgaaatgaatgttattattaaatagtggggctcatggctagttcatagctggggtcacatctacctcccaattaaggggaggatgctacagtctggtgcaaggaggtacttgcttaaaaccatgtaacactgtggagaccggtgagttgcgcagaagtcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATGCAAC--AGTTTTTCT--CAACA-CCTTCAG-CCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACTC--CGACCAAT---TT-CTC-TTTACTATTCCGCTAGC---GTT-AA-G--CC-----CTCATTA--AA-TT--TTTCATTT---CA-TGT-CAATCTG-TGT-T------ATTTT-GGT-----CTAT-----A-CA--------AA--T-TTGTTGTGGGGAACAT-TGTCCCAAT--GTT--------TGTGGGGGACATT--GCCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGAGAGT-GCGC-CAGGGTAGTTT-GATTAATA--ATTCTGTGTCAAAACCGGCTCTCC---CCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT--CTT-G-ACC-------CACCAGAAGATCATGC-AATTATGTC-TGAGTCAGTTGAATATC--TGGT--TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTC-TA-CT-GGGTCACATC-TACCT-CCCAATTAAGGG-GAG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGTAGGTAC---------------------TTGCT----------TAAAAC-C--ATAACAC-TGTGGA-GACCG----GTGA-GTTGCGCAGAAGGTCAT
gi|3 : ATA-CATGTGTATTGT-TACTCT----TTTCAATCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCTA-GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTACCTG--GGATT-ACAGTGCAGCTAGCTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTTTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCAGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CA-CC-GT-CT-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacatgtgtattgttactcttttcaatcaataaatgtaaaacttgcatcctagctcttgttaattcgctgctaagcagcctacctgggattacagtgcagctagctaaggttcgacatccctactgggctacccattggtgggcagctgttatgttcatctcctttggtagtaggtcaatgtctcctgctgtctgctcagtatatgctaaattattacaagttccaccgtctatgtgctaaatcccaacctggggctgggtcatgtcagccgggccaattctat
gi|4 : tatgcaacagtttttctcaacaccttcagccggacttcaaaattccttagctcagtctaacacccccctactccgaccaatttctctttactattccgctagcgttaagccctcattaaatttttcatttcatgtcaatctgtgttattttggtctatacaaatttgttgtggggaacattgtcccaatgtttgtgggggacattgccccaatgtctgtggcggactggagagtgcgccagggtagtttgattaataattctgtgtcaaaaccggctctcccccacctgtatattaagcagggggcagaatttttaatcttgacccaccagaagatcatgcaattatgtctgagtcagttgaatatctggttgtgttgtgtttgaaatgaatgttattattaaatcagtggggctcatggctagttctactgggtcacatctacctcccaattaaggggaggatgctacagtctggtgcaagtaggtacttgcttaaaaccataacactgtggagaccggtgagttgcgcagaaggtcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGGCAACAAAGTTTTTCT--CAACAATCTTCAGGCAGGACTC-CAAAATTTCATAGCTC-A-GGTTTGAAATGCCACCCACTC-TTCCTAATGACCCAT---TT-ATCGTTTAC-GTTAAGCT-GCATGGTT-AG-GTTCC-----TTTGTTATTAA-TT--CAT-GTTT---C------TAAGTCAGTGTCT------ATAT--A--------TAT-----GGCA--------AGCGT-TTATTGCCTGGTAAAA-TGTC--AAT--ATTAAATTTATTGTGGGGAACATT--GTCCCAATATCTGTGGCGGACTGAGGAGT-GCAC-CAGGGTAG-TT-GATCACTA--ATTCTGCGCCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GT-TAC-T-A-----------------A-AT-TT----------------------------AAAGATCACTT-GATTAGGTCAAGGGTCAGAAGAATATTTATGGAAATTT-TCTG-GTTTTATATGCA----A-TTGTTG-ATCAGT-GG-GCTCACAATTAGCTCATAGCTGGGGTCACATC-CATCT-CCCAACCAAGGGAGGG-GATCCTTCA-GGCTGGTGCATGTATGGACAACTGTAGGAGGATTCTCGGTTTGCTCCAACTTGCTTTAAACAT--GTAGCAC-TCAGGA-GACAG----GTGA-AATGTGCAGAA
gi|5 : acaggtattcagttattccgctaggatggcattcatctgtctagtcAGGCAGCCAAGTTTTTCTTTCA-CAACCTTCAGGCCGGACTT-CAAAATTGCTTAGCTC-AAG-TCTAA-----CACCC-CTC-TACAA--TGACCCAT---TT-ATC-GTTA---TTCAGCTAGT---GTC-CA-G--CC-----CCCATTA--AA-TT--TTTCATTTTCCCACTGC-TAAGCCAGTGTCT------ATAT--GGCAGTGCTTAT---------------------T-TTTTTGT-----ATAT-TA----AATTGGTT---------GTGGGGGACATT--GTCCCAAAGTCTGTGGCGGATTGGGTAGT-GCGC-CAGGGTAGTT--GATAACTA--ATTCTGTGCCAAAATCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT---AAGCAGGGCGC-----AGA--T-ATTTAAT--C-TTG-ACA-------CACCA---GATCATGC-AATTAGGTC-TAGGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGGGA--AATGTTA--------ATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-CACCT-TCCAACCAAGGGAGGG-GATACTACA-GGCTGGTGCAGGTAATGAC---------------------TTGC-----------TTAAAC-CAGGTAGCAC-TGTGGA-GACCG----GTGA-GATGCGCAGAAGat
gi|6 : TAGACAACCAAGTTTTT-----AACAACCTTCAAA-AAGATTT-TCAAATTTCTTAGTTT-A-t
gi|6 : acgcagattattccattagaatggtactcatttatctagtcA--------AT--T-TTATTGTGGGGGACAT-TGTCTCacttttatacctaatgtcccacgtgcacgtagcgttaatatctccataaagggtttcccttatttagtaaacgaatgtgacaattttcaaacgttccttaagtccagtttttttcatgaggtagtgttggatgccttgttgttaaaatttcaatggaattttattgtgggggacattgtctc
gi|7 : acgcagattattccattagaatggtactcatttatctagtctagacaaccaagtttttaacaaccttcaaaaagattttcaaatttcttagtttaacttttatacctaatgtcccacgtgcacgtagcgttaatatctccataaagggtttcccttatttagtaaacgaatgtgacaattttcaaacgttccttaagtccagtttttttcatgaggtagtgttggatgccttgttgttaaaatttcaatggATA-TGTGTGCAATGT-T---------CTGCATTCAATAA-ATTTTAAAA-CTTGC---------------TAACTTACTGTCAAGCAGCAAACCAT--GGGTC--CAGTGCAGTCAGCTAAG-GTTTAAGATATCTAC-TG-GGTTAT--GCATTTTTTG-GG-CCAAGATATTGT-AT-TGA-C-TCTTCGT-TT-CGTA--G-G-TCAAA-TGTT-CACTG--CTGA-----CTG-----------TTCTGC-ATATATT-AA
gi|8 : TAGGCAACCAACTTTTTCT--TAACAACCTTCAGGCCGGACTT-CTAAATTGTCTAGCTCAA-A-TCTAA-----CACCC-CTC-TACAA--CGACCAGTGAGTT-CTC-GTTACCATTCTGCTAGT---GTT-AA-G--CC-----CCCATTA--AT-TTAATTTCATTTTCCCATTGC-TAAGCAAGCGCCT------ATAT--Gtgtatatattgatgaccgagtgccac
gi|9 : aaatcttcagttgttccgcccggacggcactcacctttctagtcCAGTCTGT-GG--GTATT-ACCACGCAGCTAGCTA-G-GTT-GACATCC-TACCTGTGGCTACACCCA-TTG-TG-G--C--A-CTGCTAT-GT-TCATCCTCTTCTG-GT-AGTAAGG-G-TC-AA-T-TC-TCCTG--CT-T-----CTG-----------CTG-GT-ATATGCT-AAAAATTATTACA--GTTC-CA-CC-GT-CCTATGT-GCTAAA--TCCCAACCC-TGGGACTGGCTCCTGTC-GCACGGCTCAAGTTTAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACAGATGTTCGATTGTTCCGCATGGATGGCACTCATCTTCCTAGTCT
Alignments
lowQualScore : 11111 2222 111 111 22222222222 111111 2222 111111 77777777777777777777777777777777 11 55555555 11 111 22222 1111 222222222222222222 111 11 222 11 1 666666666666666666666 3333333333 2222 1 1 2222 11 1 33333 11 11 11111 22222222222 11 1
lowQualScore : 5 66 0 3 555 5 1 5 5 6 66666 6 6 0000 111 6 6 5 1 111 6 6 33333333333 333333 5555 3 6 1 2 999999 1 11111111111111111111111111111111 6 1 99 5 6 5 11 11111111 1 99 6 6 1 44 2 99 77 5 66 111 0 00000 4444 888888888888888888 4 8 0 000 11 222 8 0 3 0 0 88 11 8 3 6 3 8 8 1 0 0 8 8 0 0 888888888888888888888 5555555555 6 6 6 0000 6 1 6 0 2 7 0 3 0 1111 0 3 33 0 6 44444 1 1 4 66 88 0 5 3 4 5 5 11 5 3 4 4 66 4 4 4 0 4 4 66 4 8 4 8 4 00 11111 77777777777 2 66 8 66 55 5 5 5 5 0 5 77 5 5 4 0 4 66 1
lowQualScore : . .. . . ... . . . . . ..... . . .... ... . . . . ... . . ........... ...... .... . . . . ...... . ................................ . . .. . . . .. ........ . .. . . . .. . .. .. . .. ... . ..... .... .................. . . . ... .. ... . . . . . .. .. . . . . . . . . . . . . . ..................... .......... . . . .... . . . . . . . . . .... . . .. . . ..... . . . .. .. . . . . . . .. . . . . .. . . . . . . .. . . . . . .. ..... ........... . .. . .. .. . . . . . . .. . . . . . .. .
lowQualScore : 6 99 4 2 222 0 7 7 7 7 77777 7 7 3333 777 7 7 7 0 777 7 7 33333333333 777777 8888 2 7 0 2 222222 0 55555555555555555555555555555555 7 0 22 2 7 2 00 22222222 0 22 7 7 7 00 5 22 99 7 77 666 7 00000 9999 333333333333333333 2 0 8 444 00 000 0 8 8 8 8 88 88 0 2 0 2 0 0 4 8 6 0 0 6 6 000000000000000000000 8888888888 7 7 7 8888 7 0 7 0 0 0 0 2 8 2222 8 2 22 0 7 88888 7 0 2 99 22 1 0 4 5 0 0 99 0 9 4 4 11 4 4 4 9 4 4 11 4 9 4 9 4 66 11111 22222222222 2 33 9 99 00 0 0 0 0 0 0 99 7 7 3 7 9 44 7
consensus : TAGGCAACCAAGTTTTTCT--CAACAACCTTCAGGCCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACNC--CGACCAAT---TT-CTC-TTTACTATTCNGCTAGC---GTT-AA-GCC-----C-----TCATTAAA-TT--TTTCATTT---CATTGC-TAANCCGGTGTCT------ATNT--GGT-----CT-----ATA------CAAA--T-TTNTTG--TGGGGAACAT-TGTCCCAAT--GTTA-------TGTGGGGGACATT--GTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAGT-GCGC-CAGGGTAGTTT-GATTACTA--ATTCTGCGCCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT--C-T-G-ACC-------CACCAAAAGATCATGC-GATTAGGTC-TGGGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-CACCT-CCCAACCAAGGGAGGG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGTAGGTAC---------------------TTGCT----------TTAAAC-CAGGTAGCAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GNTGCGCAGAAGGTCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-CGTGTGTATTGT-TACTCT----TTTCATTCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCT--GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTANCGG--GGATT-ACAGCGCAGCCAGCTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCTGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CA-CC-GT-CC-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTAT
Reference ( family-513 ) : TAGGCAACCAAGTTTTTCT--CAACAACCTTCAGGCCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACNC--CGACCAAT---TT-CTC-TTTACTATTCNGCTAGC---GTT-AA-GCC-----C-----TCATTAAA-TT--TTTCATTT---CATTGT-TAANCCGGTGTCT------ATNT--GGT-----CT-----ATA------CAAA--T-TTNTTG--TGGGGAACAT-TGTCCCAAT--GTTA-------TGTGGGGGACATT--GTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAGT-GCGC-CAGGGTAGTTT-GATTACTA--ATTCTGCGCCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT--C-T-G-ACC-------CACCAAAAGATCATGC-GATTAGGTC-TGGGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-CACCT-CCCAACCAAGGGAGGG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGTAGGTAC---------------------TTGCT----------TTAAAC-CAGGTAGCAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GNTGCGCAGAAGGTCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-CGTGTGTATTGT-TACTCT----TTTCATTCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCT--GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTANCGG--GGATT-ACAGCGCAGCCAGCTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCTGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CA-CC-GT-CC-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTAT
gi|1 : ACCGGGTTTC-CT--CATCCACCTTCCAGC-GGACTT-CAAAATTCCTTCGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCCCTACGCAACG-CCATT---TC-CTA-TT--CTATTCAGCTAGC----TT-AGTGCCTCATTC-----TCATTAAAATT--CTTCATTT-------GTGTGATCTGGTGCCTTACAAAATTT--GTT-----GTGGGGGACATTGGTTCGAA--TGTTTTTG--TGGGGAAG---TGTCCCAAT--GTTACT-----TGTGGGGGACATTTGGTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAGT-GCGCACA-GGTAGTTT-GATT--TAAGATTCTGC-CAAAAACCGGCTCTCCGGT---ACCTGGTA-ATGC-AAGCAGGGGGCA----AGC-ATATTTTAAT--CAT-GAACCCACGTGTCACCAACAGA-CAGGCAGATATGGTC-C-GGTCAGTTGAGAACC--TGT---TGTGGTTGTGTTTG-AATGAATGTTATTTATATAATCA-TGGGCGCTCAT-GTTAGTTATTAACTGAG--CA-ATCTCACCTGCCCAGCGA--GGAGGATAATGCTACACGTCTGGTGCAAGTTGGTAC---------------------TTACT----------TTAAACGCAGGTACCACTTGTGGAC---GACAGGTGAGGTTGTGCAAA
gi|1 : gcATATCATGTG-ATTGTGTACCCTAGTATGCTATTCAATAAGATGT-ATAATCTTGCATC----ACTCTTTTTAATTCGC-GCTAA-CACCTTATCAGCCGGATTTACAGC-TAGCCAG-TAAA-GGTCGACATCCTTAC-TG---CTATT-CCA-TTGG-G-GG-C--AGCTGTTA--GTGTCATC-T-CTCTG-GTAAGTA--G-GTTC-AATTGTCTTCCTGT-CTGT-----CTGGA---------TCCTGTCATTAGCT-AAT--TGATT-CACAGTTC-CA-CC-GT-CC--TGT-GCTACAGTTCCCAA-CC-TGGGGCT-GGTCATGTCAGC-C-AGCCAATTCTgtctatctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatcatgtgattgtgtaccctagtatgctattcaataagatgtataatcttgcatcactctttttaattcgcgctaacaccttatcagccggatttacagctagccagtaaaggtcgacatccttactgctattccattgggggcagctgttagtgtcatctctctggtaagtaggttcaattgtcttcctgtctgtctggatcctgtcattagctaattgattcacagttccaccgtcctgtgctacagttcccaacctggggctggtcatgtcagccagccaattct
gi|10 : gcaccgggtttcctcatccaccttccagcggacttcaaaattccttcgctcagtctaacaccccccctacgcaacgccatttcctattctattcagctagcttagtgcctcattctcattaaaattcttcatttgtgtgatctggtgccttacaaaatttgttgtgggggacattggttcgaatgtttttgtggggaagtgtcccaatgttacttgtgggggacatttggtcccaatgtctgtggcggactggggagtgcgcacaggtagtttgatttaagattctgccaaaaaccggctctccggtacctggtaatgcaagcagggggcaagcatattttaatcatgaacccacgtgtcaccaacagacaggcagatatggtccggtcagttgagaacctgttgtggttgtgtttgaatgaatgttatttatataatcatgggcgctcatgttagttattaactgagcaatctcacctgcccagcgaggaggataatgctacacgtctggtgcaagttggtacttactttaaacgcaggtaccacttgtggacgacaggtgaggttgtgcaaagtctatctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCTAACAG--GGATT--CAGCGCAGCCAGCTAAGCGT--GACATCC-TAC-TG-GGCTAC--CC--TTGGTG-GGGC--AGCTGTTATTGT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--GCGCTC-AA-TGTC-CTCT----TGT-----CTG-----------TCCTGT----TGCT-AAA--TTATTAT--AGTTCACA-CCTGT-CC-ATGTGGC--AA--TTCCAA-CC-TGGGGCT-GGTC-TGTCAG--CGGGCCAATTCTA
gi|11 : aatAAA-CTTGCATC----GCTCTTGTTAATCCGCTGATAAGCAGCCTAACAG--GGATT-ACAGTGCAGCCAGCAAAG-GTTTGACATCCCTAC-TG-GGTTAC--CCA-TTGGTGAGA-A--AGCCGGTAT-GT-TCAAT-TCTTTTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TTTC-TCCTGCTCTGTATATGCTGCCCTGCTTCTGCTCTGT-ATATGCTAAAA--TTATTA
gi|12 : -------TGTGGAGGTCACT--GTGCCAATGTCTG--GCGGACTAGGGAGT-GCAC-TGGGGTAGCT--GATTACTA--ATTTTGCGCCAAAACCGGCTCTCT--TTCCACTT-GC-TAC-TAAAGCAGGGGGCGTGGAAAA-A---TTGAATACC-T-G-ACC-------ATTTAAAAGGTCAa
gi|13 : tgtatggatttggggaaactttaacatacctgatttgtAAA-CTTGCATACT------TTGTTAAT-CGCTGCTA-GCAGCCTAACGG--GGATT-AC-GCG-AGCCAGATAAG-GTTCGGC---TCT-C-TG-GGCTAC----A-TGGGTG-GG-C--GCTTGTTAT-GT-TCATG-TC-TCTGTGT-A--A--G-G-TC-AAATGTC-TC-TG--CTGT-----CTG-----------CTCTGT--TATGCT-AAA--TTATTACAGAGTT--CA--C-GTCCC-GTGT-GCCA
gi|14 : GGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CCCTGT-ATATGCTAAAA--TTATTAC--AGTTC-CA-CC-GT-CT-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CAGGCCAATTCT
gi|15 : gTGCTC---------TTAAAC-CAGGTAGTCG-TCTGGAGACCGACCGGTGA-GATGCCCAGAca
gi|16 : gatgcatgtttcatgaaactgtaggaaaatccacatgttgctccttaaaTGGGCAATCAAATCTTCCT--CAACAATCTTCAGGCT-GACTTACAAgat
gi|17 : gatggaacccacttgtcagagt-AGTTC-TG-CC-GG-CCTAAGT-GCTAAA--TCCCAG-CCTTGGGTCTGG-----GTCAGG-CAAGCCAATTCTATgtcttca
gi|19 : ctTCTCC--TCCCACCT-GTAAAT-T-AAGCA-GGGGC-----AGATAT-TTta
gi|2 : TATGCAAC--AGTTTTTCT--CAACA-CCTTCAG-CCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACTC--CGACCAAT---TTTCTC-TTTACTATTCCGCTAGC---GTTTAA-GCC-----C-----TCATTAAA-AT--TTTCATTT---CATTGT-CAATCTGGTGTCT------ATTTCTGGT-----CT-----ATA------CAAAA-T-TTGTTG--TGGGGAACATCTGTCCCAAT--GTT--------TGTGGGG-ACATT--GCCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGAGAGTTGCGC-CAGGGTAGTTTTGATTAATA--ATTCTGTGTCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-TA-TTTTAAT--C-T-G-ACC-------CACCAGAAGATCATGC-AATTATG-C-TGAGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAAT-AGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-TACCT-CCCAATTAAGGG-GAG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGGAGGTAC---------------------TTGCT----------TAAAAC-CATGTAACAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GTTGCGCAGAA-GTCAT
gi|2 : cATA-CATGTGTATTGT-TACTCT----TTTCAT-CAATAA--TGT-AAAA-CTTGCATCCTTAGCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTACCTG--GGATT-ACAGTGCAGCTA-CTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTG-TG-GG-C--AGCTTCTAT-GT-TCATC-TCCTTTG-G--ATGA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCAGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CAACC-GT-CT-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacatgtgtattgttactcttttcatcaataatgtaaaacttgcatccttagctcttgttaattcgctgctaagcagcctacctgggattacagtgcagctactaaggttcgacatccctactgggctacccattgtgggcagcttctatgttcatctcctttggatgaggtcaatgtctcctgctgtctgctcagtatatgctaaattattacaagttccaaccgtctatgtgctaaatcccaacctggggctgggtcatgtcagccgggccaattctat
gi|3 : ctatgcaacagtttttctcaacaccttcagccggacttcaaaattccttagctcagtctaacacccccctactccgaccaattttctctttactattccgctagcgtttaagccctcattaaaattttcatttcattgtcaatctggtgtctatttctggtctatacaaaatttgttgtggggaacatctgtcccaatgtttgtggggacattgccccaatgtctgtggcggactggagagttgcgccagggtagttttgattaataattctgtgtcaaaaccggctctcctcccacctgtatattaagcagggggcagatattttaatctgacccaccagaagatcatgcaattatgctgagtcagttgaatatctggtgtgttgtgtttgaaatgaatgttattattaaatagtggggctcatggctagttcatagctggggtcacatctacctcccaattaaggggaggatgctacagtctggtgcaaggaggtacttgcttaaaaccatgtaacactgtggagaccggtgagttgcgcagaagtcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATGCAAC--AGTTTTTCT--CAACA-CCTTCAG-CCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACTC--CGACCAAT---TT-CTC-TTTACTATTCCGCTAGC---GTT-AA-GCC-----C-----TCATTAAA-TT--TTTCATTT---CAT-GT-CAATCTG-TGT-T------ATTTT-GGT-----CT-----ATA------CAAA--T-TTGTTG--TGGGGAACAT-TGTCCCAAT--GTT--------TGTGGGGGACATT--GCCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGAGAGT-GCGC-CAGGGTAGTTT-GATTAATA--ATTCTGTGTCAAAACCGGCTCTCC---CCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT--CTT-G-ACC-------CACCAGAAGATCATGC-AATTATGTC-TGAGTCAGTTGAATATC--TGGT--TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTC-TA-CT-GGGTCACATC-TACCT-CCCAATTAAGGG-GAG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGTAGGTAC---------------------TTGCT----------TAAAAC-CA--TAACAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GTTGCGCAGAAGGTCAT
gi|3 : ATA-CATGTGTATTGT-TACTCT----TTTCAATCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCTA-GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTACCTG--GGATT-ACAGTGCAGCTAGCTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTTTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCAGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CA-CC-GT-CT-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacatgtgtattgttactcttttcaatcaataaatgtaaaacttgcatcctagctcttgttaattcgctgctaagcagcctacctgggattacagtgcagctagctaaggttcgacatccctactgggctacccattggtgggcagctgttatgttcatctcctttggtagtaggtcaatgtctcctgctgtctgctcagtatatgctaaattattacaagttccaccgtctatgtgctaaatcccaacctggggctgggtcatgtcagccgggccaattctat
gi|4 : tatgcaacagtttttctcaacaccttcagccggacttcaaaattccttagctcagtctaacacccccctactccgaccaatttctctttactattccgctagcgttaagccctcattaaatttttcatttcatgtcaatctgtgttattttggtctatacaaatttgttgtggggaacattgtcccaatgtttgtgggggacattgccccaatgtctgtggcggactggagagtgcgccagggtagtttgattaataattctgtgtcaaaaccggctctcccccacctgtatattaagcagggggcagaatttttaatcttgacccaccagaagatcatgcaattatgtctgagtcagttgaatatctggttgtgttgtgtttgaaatgaatgttattattaaatcagtggggctcatggctagttctactgggtcacatctacctcccaattaaggggaggatgctacagtctggtgcaagtaggtacttgcttaaaaccataacactgtggagaccggtgagttgcgcagaaggtcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGGCAACAAAGTTTTTCT--CAACAATCTTCAGGCAGGACTC-CAAAATTTCATAGCTC-A-GGTTTGAAATGCCACCCACTC-TTCCTAATGACCCAT---TT-ATCGTTTAC-GTTAAGCT-GCATGGTT-AG-GTT-----CCTTTGTTATTAA-------TTCAT------GTTTC-TAAGTCAGTGTCT------ATAT--A--------T-----ATGG-----CAAGCGT-TTATTGCCTGGTAAA-AT--GTC--AAT--ATTAAATTTATTGTGGGGAACATT--GTCCCAATATCTGTGGCGGACTGAGGAGT-GCAC-CAGGGTAG-TT-GATCACTA--ATTCTGCGCCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GT-TAC-T-A-----------------A-AT-TT----------------------------AAAGATCACTT-GATTAGGTCAAGGGTCAGAAGAATATTTATGGAAATTT-TCTG-GTTTTATATGCA----A-TTGTT-GATCAGT-GG-GCTCACAATTAGCTCATAGCTGGGGTCACATC-CATCT-CCCAACCAAGGGAGGG-GATCCTTCA-GGCTGGTGCATGTATGGACAACTGTAGGAGGATTCTCGGTTTGCTCCAACTTGCTTTAAA--CATGTAGCAC-TCAGGA----GACAGGTGA-AATGTGCAGAA
gi|5 : acaggtattcagttattccgctaggatggcattcatctgtctagtcAGGCAGCCAAGTTTTTCTTTCA-CAACCTTCAGGCCGGACTT-CAAAATTGCTTAGCTC-AAG-TCTAA-----CACCC-CTC-TACAA--TGACCCAT---TT-ATC-GTTA---TTCAGCTAGT---GTC-CA-GCC-----C-----CCATTAAA-TT--TTTCATTTTCCCACTGC-TAAGCCAGTGTCT------ATAT--GGCAGTGCTT-----AT-------------T-TTTTTG--T-----ATAT-TA----AATTGGTT---------GTGGGGGACATT--GTCCCAAAGTCTGTGGCGGATTGGGTAGT-GCGC-CAGGGTAGTT--GATAACTA--ATTCTGTGCCAAAATCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT---AAGCAGGGCGC-----AGA--T-ATTTAAT--C-TTG-ACA-------CACCA---GATCATGC-AATTAGGTC-TAGGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGGGA--AATGTTA--------ATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-CACCT-TCCAACCAAGGGAGGG-GATACTACA-GGCTGGTGCAGGTAATGAC---------------------TTGC-----------TTAAAC-CAGGTAGCAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GATGCGCAGAAGat
gi|6 : TAGACAACCAAGTTTTT-----AACAACCTTCAAA-AAGATTT-TCAAATTTCTTAGTTT-A-t
gi|6 : acgcagattattccattagaatggtactcatttatctagtcAAT--T-TTATTG--TGGGGGACAT-TGTCTCacttttatacctaatgtcccacgtgcacgtagcgttaatatctccataaagggtttcccttatttagtaaacgaatgtgacaattttcaaacgttccttaagtccagtttttttcatgaggtagtgttggatgccttgttgttaaaatttcaatggaattttattgtgggggacattgtctc
gi|7 : acgcagattattccattagaatggtactcatttatctagtctagacaaccaagtttttaacaaccttcaaaaagattttcaaatttcttagtttaacttttatacctaatgtcccacgtgcacgtagcgttaatatctccataaagggtttcccttatttagtaaacgaatgtgacaattttcaaacgttccttaagtccagtttttttcatgaggtagtgttggatgccttgttgttaaaatttcaatggATA-TGTGTGCAATGT-T---------CTGCATTCAATAA-ATTTTAAAA-CTTGC---------------TAACTTACTGTCAAGCAGCAAACCAT--GGGTC--CAGTGCAGTCAGCTAAG-GTTTAAGATATCTAC-TG-GGTTAT--GCATTTTTTG-GG-CCAAGATATTGT-AT-TGA-C-TCTTCGT-TT-CGTA--G-G-TCAAA-TGTT-CACTG--CTGA-----CTG-----------TTCTGC-ATATATT-AA
gi|8 : TAGGCAACCAACTTTTTCT--TAACAACCTTCAGGCCGGACTT-CTAAATTGTCTAGCTCAA-A-TCTAA-----CACCC-CTC-TACAA--CGACCAGTGAGTT-CTC-GTTACCATTCTGCTAGT---GTT-AA-GCC-----C-----CCATTAAT-TTAATTTCATTTTCCCATTGC-TAAGCAAGCGCCT------ATAT--Gtgtatatattgatgaccgagtgccac
gi|9 : aaatcttcagttgttccgcccggacggcactcacctttctagtcCAGTCTGT-GG--GTATT-ACCACGCAGCTAGCTA-G-GTT-GACATCC-TACCTGTGGCTACACCCA-TTG-TG-G--C--A-CTGCTAT-GT-TCATCCTCTTCTG-GT-AGTAAGG-G-TC-AA-T-TC-TCCTG--CT-T-----CTG-----------CTG-GT-ATATGCT-AAAAATTATTACA--GTTC-CA-CC-GT-CCTATGT-GCTAAA--TCCCAACCC-TGGGACTGGCTCCTGTC-GCACGGCTCAAGTTTAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACAGATGTTCGATTGTTCCGCATGGATGGCACTCATCTTCCTAGTCT
Alignments
lowQualScore : 11111 2222 111 111 22222222222 111111 222 111111 77777777777777777777777777777777 11 55555555 11 111 22222 1111 222222222222222222 111 11 222 11 1 666666666666666666666 3333333333 2222 1 1 2222 11 1 33333 11 11 11111 22222222222 11 1
lowQualScore : 5 66 0 3 555 5 1 5 5 6 66666 6 6 0000 111 6 6 5 1 111 6 6 33333333333 333333 333 1 3 1 2 999999 1 11111111111111111111111111111111 6 1 99 5 6 5 11 11111111 1 99 6 6 1 44 2 99 77 5 66 111 0 00000 4444 888888888888888888 4 8 0 000 11 222 8 0 3 0 0 88 11 8 3 6 3 8 8 1 0 0 8 8 0 0 888888888888888888888 5555555555 6 6 6 0000 6 1 6 0 2 7 0 3 0 1111 0 3 33 0 6 44444 1 1 4 66 88 0 5 3 4 5 5 11 5 3 4 4 66 4 4 4 0 4 4 66 4 8 4 8 4 00 11111 77777777777 2 66 8 66 55 5 5 5 5 0 5 77 5 5 4 0 4 66 1
lowQualScore : . .. . . ... . . . . . ..... . . .... ... . . . . ... . . ........... ...... ... . . . . ...... . ................................ . . .. . . . .. ........ . .. . . . .. . .. .. . .. ... . ..... .... .................. . . . ... .. ... . . . . . .. .. . . . . . . . . . . . . . ..................... .......... . . . .... . . . . . . . . . .... . . .. . . ..... . . . .. .. . . . . . . .. . . . . .. . . . . . . .. . . . . . .. ..... ........... . .. . .. .. . . . . . . .. . . . . . .. .
lowQualScore : 6 99 4 2 222 0 7 7 7 7 77777 7 7 3333 777 7 7 7 0 777 7 7 33333333333 777777 333 7 7 0 2 222222 0 55555555555555555555555555555555 7 0 22 2 7 2 00 22222222 0 22 7 7 7 00 5 22 99 7 77 666 7 00000 9999 333333333333333333 2 0 8 444 00 000 0 8 8 8 8 88 88 0 2 0 2 0 0 4 8 6 0 0 6 6 000000000000000000000 8888888888 7 7 7 8888 7 0 7 0 0 0 0 2 8 2222 8 2 22 0 7 88888 7 0 2 99 22 1 0 4 5 0 0 99 0 9 4 4 11 4 4 4 9 4 4 11 4 9 4 9 4 66 11111 22222222222 2 33 9 99 00 0 0 0 0 0 0 99 7 7 3 7 9 44 7
consensus : TAGGCAACCAAGTTTTTCT--CAACAACCTTCAGGCCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACNC--CGACCAAT---TT-CTC-TTTACTATTCNGCTAGC---GTT-AA-GCC-----C-----TCATTAAA-TT--TTTCATTT---CATTGCTAANCCGGTGTCT------ATNT--GGT-----CT-----ATA------CAAA--T-TTNTTG--TGGGGAACAT-TGTCCCAAT--GTTA-------TGTGGGGGACATT--GTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAGT-GCGC-CAGGGTAGTTT-GATTACTA--ATTCTGCGCCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT--C-T-G-ACC-------CACCAAAAGATCATGC-GATTAGGTC-TGGGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-CACCT-CCCAACCAAGGGAGGG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGTAGGTAC---------------------TTGCT----------TTAAAC-CAGGTAGCAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GNTGCGCAGAAGGTCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-CGTGTGTATTGT-TACTCT----TTTCATTCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCT--GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTANCGG--GGATT-ACAGCGCAGCCAGCTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCTGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CA-CC-GT-CC-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTAT
Reference ( family-513 ) : TAGGCAACCAAGTTTTTCT--CAACAACCTTCAGGCCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACNC--CGACCAAT---TT-CTC-TTTACTATTCNGCTAGC---GTT-AA-GCC-----C-----TCATTAAA-TT--TTTCATTT---CATTGCTAANCCGGTGTCT------ATNT--GGT-----CT-----ATA------CAAA--T-TTNTTG--TGGGGAACAT-TGTCCCAAT--GTTA-------TGTGGGGGACATT--GTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAGT-GCGC-CAGGGTAGTTT-GATTACTA--ATTCTGCGCCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT--C-T-G-ACC-------CACCAAAAGATCATGC-GATTAGGTC-TGGGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-CACCT-CCCAACCAAGGGAGGG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGTAGGTAC---------------------TTGCT----------TTAAAC-CAGGTAGCAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GNTGCGCAGAAGGTCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-CGTGTGTATTGT-TACTCT----TTTCATTCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCT--GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTANCGG--GGATT-ACAGCGCAGCCAGCTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCTGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CA-CC-GT-CC-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTAT
gi|1 : ACCGGGTTTC-CT--CATCCACCTTCCAGC-GGACTT-CAAAATTCCTTCGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCCCTACGCAACG-CCATT---TC-CTA-TT--CTATTCAGCTAGC----TT-AGTGCCTCATTC-----TCATTAAAATT--CTTCATTT---G--TG-TGATCTGGTGCCTTACAAAATTT--GTT-----GTGGGGGACATTGGTTCGAA--TGTTTTTG--TGGGGAAG---TGTCCCAAT--GTTACT-----TGTGGGGGACATTTGGTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAGT-GCGCACA-GGTAGTTT-GATT--TAAGATTCTGC-CAAAAACCGGCTCTCCGGT---ACCTGGTA-ATGC-AAGCAGGGGGCA----AGC-ATATTTTAAT--CAT-GAACCCACGTGTCACCAACAGA-CAGGCAGATATGGTC-C-GGTCAGTTGAGAACC--TGT---TGTGGTTGTGTTTG-AATGAATGTTATTTATATAATCA-TGGGCGCTCAT-GTTAGTTATTAACTGAG--CA-ATCTCACCTGCCCAGCGA--GGAGGATAATGCTACACGTCTGGTGCAAGTTGGTAC---------------------TTACT----------TTAAACGCAGGTACCACTTGTGGAC---GACAGGTGAGGTTGTGCAAA
gi|1 : gcATATCATGTG-ATTGTGTACCCTAGTATGCTATTCAATAAGATGT-ATAATCTTGCATC----ACTCTTTTTAATTCGC-GCTAA-CACCTTATCAGCCGGATTTACAGC-TAGCCAG-TAAA-GGTCGACATCCTTAC-TG---CTATT-CCA-TTGG-G-GG-C--AGCTGTTA--GTGTCATC-T-CTCTG-GTAAGTA--G-GTTC-AATTGTCTTCCTGT-CTGT-----CTGGA---------TCCTGTCATTAGCT-AAT--TGATT-CACAGTTC-CA-CC-GT-CC--TGT-GCTACAGTTCCCAA-CC-TGGGGCT-GGTCATGTCAGC-C-AGCCAATTCTgtctatctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatcatgtgattgtgtaccctagtatgctattcaataagatgtataatcttgcatcactctttttaattcgcgctaacaccttatcagccggatttacagctagccagtaaaggtcgacatccttactgctattccattgggggcagctgttagtgtcatctctctggtaagtaggttcaattgtcttcctgtctgtctggatcctgtcattagctaattgattcacagttccaccgtcctgtgctacagttcccaacctggggctggtcatgtcagccagccaattct
gi|10 : gcaccgggtttcctcatccaccttccagcggacttcaaaattccttcgctcagtctaacaccccccctacgcaacgccatttcctattctattcagctagcttagtgcctcattctcattaaaattcttcatttgtgtgatctggtgccttacaaaatttgttgtgggggacattggttcgaatgtttttgtggggaagtgtcccaatgttacttgtgggggacatttggtcccaatgtctgtggcggactggggagtgcgcacaggtagtttgatttaagattctgccaaaaaccggctctccggtacctggtaatgcaagcagggggcaagcatattttaatcatgaacccacgtgtcaccaacagacaggcagatatggtccggtcagttgagaacctgttgtggttgtgtttgaatgaatgttatttatataatcatgggcgctcatgttagttattaactgagcaatctcacctgcccagcgaggaggataatgctacacgtctggtgcaagttggtacttactttaaacgcaggtaccacttgtggacgacaggtgaggttgtgcaaagtctatctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCTAACAG--GGATT--CAGCGCAGCCAGCTAAGCGT--GACATCC-TAC-TG-GGCTAC--CC--TTGGTG-GGGC--AGCTGTTATTGT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--GCGCTC-AA-TGTC-CTCT----TGT-----CTG-----------TCCTGT----TGCT-AAA--TTATTAT--AGTTCACA-CCTGT-CC-ATGTGGC--AA--TTCCAA-CC-TGGGGCT-GGTC-TGTCAG--CGGGCCAATTCTA
gi|11 : aatAAA-CTTGCATC----GCTCTTGTTAATCCGCTGATAAGCAGCCTAACAG--GGATT-ACAGTGCAGCCAGCAAAG-GTTTGACATCCCTAC-TG-GGTTAC--CCA-TTGGTGAGA-A--AGCCGGTAT-GT-TCAAT-TCTTTTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TTTC-TCCTGCTCTGTATATGCTGCCCTGCTTCTGCTCTGT-ATATGCTAAAA--TTATTA
gi|12 : -------TGTGGAGGTCACT--GTGCCAATGTCTG--GCGGACTAGGGAGT-GCAC-TGGGGTAGCT--GATTACTA--ATTTTGCGCCAAAACCGGCTCTCT--TTCCACTT-GC-TAC-TAAAGCAGGGGGCGTGGAAAA-A---TTGAATACC-T-G-ACC-------ATTTAAAAGGTCAa
gi|13 : tgtatggatttggggaaactttaacatacctgatttgtAAA-CTTGCATACT------TTGTTAAT-CGCTGCTA-GCAGCCTAACGG--GGATT-AC-GCG-AGCCAGATAAG-GTTCGGC---TCT-C-TG-GGCTAC----A-TGGGTG-GG-C--GCTTGTTAT-GT-TCATG-TC-TCTGTGT-A--A--G-G-TC-AAATGTC-TC-TG--CTGT-----CTG-----------CTCTGT--TATGCT-AAA--TTATTACAGAGTT--CA--C-GTCCC-GTGT-GCCA
gi|14 : GGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CCCTGT-ATATGCTAAAA--TTATTAC--AGTTC-CA-CC-GT-CT-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CAGGCCAATTCT
gi|15 : gTGCTC---------TTAAAC-CAGGTAGTCG-TCTGGAGACCGACCGGTGA-GATGCCCAGAca
gi|16 : gatgcatgtttcatgaaactgtaggaaaatccacatgttgctccttaaaTGGGCAATCAAATCTTCCT--CAACAATCTTCAGGCT-GACTTACAAgat
gi|17 : gatggaacccacttgtcagagt-AGTTC-TG-CC-GG-CCTAAGT-GCTAAA--TCCCAG-CCTTGGGTCTGG-----GTCAGG-CAAGCCAATTCTATgtcttca
gi|19 : ctTCTCC--TCCCACCT-GTAAAT-T-AAGCA-GGGGC-----AGATAT-TTta
gi|2 : TATGCAAC--AGTTTTTCT--CAACA-CCTTCAG-CCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACTC--CGACCAAT---TTTCTC-TTTACTATTCCGCTAGC---GTTTAA-GCC-----C-----TCATTAAA-AT--TTTCATTT---CATTGTCAATCTGGTGTCT------ATTTCTGGT-----CT-----ATA------CAAAA-T-TTGTTG--TGGGGAACATCTGTCCCAAT--GTT--------TGTGGGG-ACATT--GCCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGAGAGTTGCGC-CAGGGTAGTTTTGATTAATA--ATTCTGTGTCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-TA-TTTTAAT--C-T-G-ACC-------CACCAGAAGATCATGC-AATTATG-C-TGAGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAAT-AGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-TACCT-CCCAATTAAGGG-GAG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGGAGGTAC---------------------TTGCT----------TAAAAC-CATGTAACAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GTTGCGCAGAA-GTCAT
gi|2 : cATA-CATGTGTATTGT-TACTCT----TTTCAT-CAATAA--TGT-AAAA-CTTGCATCCTTAGCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTACCTG--GGATT-ACAGTGCAGCTA-CTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTG-TG-GG-C--AGCTTCTAT-GT-TCATC-TCCTTTG-G--ATGA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCAGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CAACC-GT-CT-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacatgtgtattgttactcttttcatcaataatgtaaaacttgcatccttagctcttgttaattcgctgctaagcagcctacctgggattacagtgcagctactaaggttcgacatccctactgggctacccattgtgggcagcttctatgttcatctcctttggatgaggtcaatgtctcctgctgtctgctcagtatatgctaaattattacaagttccaaccgtctatgtgctaaatcccaacctggggctgggtcatgtcagccgggccaattctat
gi|3 : ctatgcaacagtttttctcaacaccttcagccggacttcaaaattccttagctcagtctaacacccccctactccgaccaattttctctttactattccgctagcgtttaagccctcattaaaattttcatttcattgtcaatctggtgtctatttctggtctatacaaaatttgttgtggggaacatctgtcccaatgtttgtggggacattgccccaatgtctgtggcggactggagagttgcgccagggtagttttgattaataattctgtgtcaaaaccggctctcctcccacctgtatattaagcagggggcagatattttaatctgacccaccagaagatcatgcaattatgctgagtcagttgaatatctggtgtgttgtgtttgaaatgaatgttattattaaatagtggggctcatggctagttcatagctggggtcacatctacctcccaattaaggggaggatgctacagtctggtgcaaggaggtacttgcttaaaaccatgtaacactgtggagaccggtgagttgcgcagaagtcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATGCAAC--AGTTTTTCT--CAACA-CCTTCAG-CCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACTC--CGACCAAT---TT-CTC-TTTACTATTCCGCTAGC---GTT-AA-GCC-----C-----TCATTAAA-TT--TTTCATTT---CAT-GTCAATCTG-TGT-T------ATTTT-GGT-----CT-----ATA------CAAA--T-TTGTTG--TGGGGAACAT-TGTCCCAAT--GTT--------TGTGGGGGACATT--GCCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGAGAGT-GCGC-CAGGGTAGTTT-GATTAATA--ATTCTGTGTCAAAACCGGCTCTCC---CCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT--CTT-G-ACC-------CACCAGAAGATCATGC-AATTATGTC-TGAGTCAGTTGAATATC--TGGT--TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTC-TA-CT-GGGTCACATC-TACCT-CCCAATTAAGGG-GAG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGTAGGTAC---------------------TTGCT----------TAAAAC-CA--TAACAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GTTGCGCAGAAGGTCAT
gi|3 : ATA-CATGTGTATTGT-TACTCT----TTTCAATCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCTA-GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTACCTG--GGATT-ACAGTGCAGCTAGCTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTTTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCAGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CA-CC-GT-CT-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacatgtgtattgttactcttttcaatcaataaatgtaaaacttgcatcctagctcttgttaattcgctgctaagcagcctacctgggattacagtgcagctagctaaggttcgacatccctactgggctacccattggtgggcagctgttatgttcatctcctttggtagtaggtcaatgtctcctgctgtctgctcagtatatgctaaattattacaagttccaccgtctatgtgctaaatcccaacctggggctgggtcatgtcagccgggccaattctat
gi|4 : tatgcaacagtttttctcaacaccttcagccggacttcaaaattccttagctcagtctaacacccccctactccgaccaatttctctttactattccgctagcgttaagccctcattaaatttttcatttcatgtcaatctgtgttattttggtctatacaaatttgttgtggggaacattgtcccaatgtttgtgggggacattgccccaatgtctgtggcggactggagagtgcgccagggtagtttgattaataattctgtgtcaaaaccggctctcccccacctgtatattaagcagggggcagaatttttaatcttgacccaccagaagatcatgcaattatgtctgagtcagttgaatatctggttgtgttgtgtttgaaatgaatgttattattaaatcagtggggctcatggctagttctactgggtcacatctacctcccaattaaggggaggatgctacagtctggtgcaagtaggtacttgcttaaaaccataacactgtggagaccggtgagttgcgcagaaggtcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGGCAACAAAGTTTTTCT--CAACAATCTTCAGGCAGGACTC-CAAAATTTCATAGCTC-A-GGTTTGAAATGCCACCCACTC-TTCCTAATGACCCAT---TT-ATCGTTTAC-GTTAAGCT-GCATGGTT-AG-GTT-----CCTTTGTTATTAA-------TTCAT------GTTTCTAAGTCAGTGTCT------ATAT--A--------T-----ATGG-----CAAGCGT-TTATTGCCTGGTAAA-AT--GTC--AAT--ATTAAATTTATTGTGGGGAACATT--GTCCCAATATCTGTGGCGGACTGAGGAGT-GCAC-CAGGGTAG-TT-GATCACTA--ATTCTGCGCCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GT-TAC-T-A-----------------A-AT-TT----------------------------AAAGATCACTT-GATTAGGTCAAGGGTCAGAAGAATATTTATGGAAATTT-TCTG-GTTTTATATGCA----A-TTGTT-GATCAGT-GG-GCTCACAATTAGCTCATAGCTGGGGTCACATC-CATCT-CCCAACCAAGGGAGGG-GATCCTTCA-GGCTGGTGCATGTATGGACAACTGTAGGAGGATTCTCGGTTTGCTCCAACTTGCTTTAAA--CATGTAGCAC-TCAGGA----GACAGGTGA-AATGTGCAGAA
gi|5 : acaggtattcagttattccgctaggatggcattcatctgtctagtcAGGCAGCCAAGTTTTTCTTTCA-CAACCTTCAGGCCGGACTT-CAAAATTGCTTAGCTC-AAG-TCTAA-----CACCC-CTC-TACAA--TGACCCAT---TT-ATC-GTTA---TTCAGCTAGT---GTC-CA-GCC-----C-----CCATTAAA-TT--TTTCATTTTCCCACTGCTAAGCCAGTGTCT------ATAT--GGCAGTGCTT-----AT-------------T-TTTTTG--T-----ATAT-TA----AATTGGTT---------GTGGGGGACATT--GTCCCAAAGTCTGTGGCGGATTGGGTAGT-GCGC-CAGGGTAGTT--GATAACTA--ATTCTGTGCCAAAATCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT---AAGCAGGGCGC-----AGA--T-ATTTAAT--C-TTG-ACA-------CACCA---GATCATGC-AATTAGGTC-TAGGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGGGA--AATGTTA--------ATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-CACCT-TCCAACCAAGGGAGGG-GATACTACA-GGCTGGTGCAGGTAATGAC---------------------TTGC-----------TTAAAC-CAGGTAGCAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GATGCGCAGAAGat
gi|6 : TAGACAACCAAGTTTTT-----AACAACCTTCAAA-AAGATTT-TCAAATTTCTTAGTTT-A-t
gi|6 : acgcagattattccattagaatggtactcatttatctagtcAAT--T-TTATTG--TGGGGGACAT-TGTCTCacttttatacctaatgtcccacgtgcacgtagcgttaatatctccataaagggtttcccttatttagtaaacgaatgtgacaattttcaaacgttccttaagtccagtttttttcatgaggtagtgttggatgccttgttgttaaaatttcaatggaattttattgtgggggacattgtctc
gi|7 : acgcagattattccattagaatggtactcatttatctagtctagacaaccaagtttttaacaaccttcaaaaagattttcaaatttcttagtttaacttttatacctaatgtcccacgtgcacgtagcgttaatatctccataaagggtttcccttatttagtaaacgaatgtgacaattttcaaacgttccttaagtccagtttttttcatgaggtagtgttggatgccttgttgttaaaatttcaatggATA-TGTGTGCAATGT-T---------CTGCATTCAATAA-ATTTTAAAA-CTTGC---------------TAACTTACTGTCAAGCAGCAAACCAT--GGGTC--CAGTGCAGTCAGCTAAG-GTTTAAGATATCTAC-TG-GGTTAT--GCATTTTTTG-GG-CCAAGATATTGT-AT-TGA-C-TCTTCGT-TT-CGTA--G-G-TCAAA-TGTT-CACTG--CTGA-----CTG-----------TTCTGC-ATATATT-AA
gi|8 : TAGGCAACCAACTTTTTCT--TAACAACCTTCAGGCCGGACTT-CTAAATTGTCTAGCTCAA-A-TCTAA-----CACCC-CTC-TACAA--CGACCAGTGAGTT-CTC-GTTACCATTCTGCTAGT---GTT-AA-GCC-----C-----CCATTAAT-TTAATTTCATTTTCCCATTGCTAAGCAAGCGCCT------ATAT--Gtgtatatattgatgaccgagtgccac
gi|9 : aaatcttcagttgttccgcccggacggcactcacctttctagtcCAGTCTGT-GG--GTATT-ACCACGCAGCTAGCTA-G-GTT-GACATCC-TACCTGTGGCTACACCCA-TTG-TG-G--C--A-CTGCTAT-GT-TCATCCTCTTCTG-GT-AGTAAGG-G-TC-AA-T-TC-TCCTG--CT-T-----CTG-----------CTG-GT-ATATGCT-AAAAATTATTACA--GTTC-CA-CC-GT-CCTATGT-GCTAAA--TCCCAACCC-TGGGACTGGCTCCTGTC-GCACGGCTCAAGTTTAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACAGATGTTCGATTGTTCCGCATGGATGGCACTCATCTTCCTAGTCT
Alignments
lowQualScore : 11111 2222 111 111 22222222222 111111 222 111111 77777777777777777777777777777777 11 55555555 11 111 22222 1111 222222222222222222 111 11 222 11 1 666666666666666666666 3333333333 2222 1 1 2222 11 1 33333 11 11 11111 22222222222 11 1
lowQualScore : 5 66 0 3 555 5 1 5 5 6 66666 6 6 0000 111 6 6 5 1 111 6 6 33333333333 333333 333 1 3 1 2 999999 1 11111111111111111111111111111111 6 1 99 5 6 5 11 11111111 1 99 6 6 1 44 2 99 77 5 66 111 0 00000 4444 888888888888888888 4 8 0 000 11 222 8 0 3 0 0 88 11 8 3 6 3 8 8 1 0 0 8 8 0 0 888888888888888888888 5555555555 6 6 6 0000 6 1 6 0 2 7 0 3 0 1111 0 3 33 0 6 44444 1 1 4 66 88 0 5 3 4 5 5 11 5 3 4 4 66 4 4 4 0 4 4 66 4 8 4 8 4 00 11111 77777777777 2 66 8 66 55 5 5 5 5 0 5 77 5 5 4 0 4 66 1
lowQualScore : . .. . . ... . . . . . ..... . . .... ... . . . . ... . . ........... ...... ... . . . . ...... . ................................ . . .. . . . .. ........ . .. . . . .. . .. .. . .. ... . ..... .... .................. . . . ... .. ... . . . . . .. .. . . . . . . . . . . . . . ..................... .......... . . . .... . . . . . . . . . .... . . .. . . ..... . . . .. .. . . . . . . .. . . . . .. . . . . . . .. . . . . . .. ..... ........... . .. . .. .. . . . . . . .. . . . . . .. .
lowQualScore : 6 99 4 2 222 0 7 7 7 7 77777 7 7 3333 777 7 7 7 0 777 7 7 33333333333 777777 333 7 7 0 2 222222 0 55555555555555555555555555555555 7 0 22 2 7 2 00 22222222 0 22 7 7 7 00 5 22 99 7 77 666 7 00000 9999 333333333333333333 2 0 8 444 00 000 0 8 8 8 8 88 88 0 2 0 2 0 0 4 8 6 0 0 6 6 000000000000000000000 8888888888 7 7 7 8888 7 0 7 0 0 0 0 2 8 2222 8 2 22 0 7 88888 7 0 2 99 22 1 0 4 5 0 0 99 0 9 4 4 11 4 4 4 9 4 4 11 4 9 4 9 4 66 11111 22222222222 2 33 9 99 00 0 0 0 0 0 0 99 7 7 3 7 9 44 7
consensus : TAGGCAACCAAGTTTTTCT--CAACAACCTTCAGGCCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACNC--CGACCAAT---TT-CTC-TTTACTATTCNGCTAGC---GTT-AA-GCC-----C-----TCATTAAA-TT--TTTCATTT---CATTGCTAANCCGGTGTCT------ATNT--GGT-----CT-----ATA------CAAA--T-TTNTTG--TGGGGAACAT-TGTCCCAAT--GTTA-------TGTGGGGGACATT--GTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAGT-GCGC-CAGGGTAGTTT-GATTACTA--ATTCTGCGCCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT--C-T-G-ACC-------CACCAAAAGATCATGC-GATTAGGTC-TGGGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-CACCT-CCCAACCAAGGGAGGG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGTAGGTAC---------------------TTGCT----------TTAAAC-CAGGTAGCAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GNTGCGCAGAAGGTCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-CGTGTGTATTGT-TACTCT----TTTCATTCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCT--GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTANCGG--GGATT-ACAGCGCAGCCAGCTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCTGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CA-CC-GT-CC-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTAT
Reference ( family-513 ) : TAGGCAACCAAGTTTTTCT--CAACAACCTTCAGGCCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACNC--CGACCAAT---TT-CTC-TTTACTATTCNGCTAGC---GTT-AA-GCC-----C-----TCATTAAA-TT--TTTCATTT---CATTGCTAANCCGGTGTCT------ATNT--GGT-----CT-----ATA------CAAA--T-TTNTTG--TGGGGAACAT-TGTCCCAAT--GTTA-------TGTGGGGGACATT--GTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAGT-GCGC-CAGGGTAGTTT-GATTACTA--ATTCTGCGCCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT--C-T-G-ACC-------CACCAAAAGATCATGC-GATTAGGTC-TGGGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-CACCT-CCCAACCAAGGGAGGG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGTAGGTAC---------------------TTGCT----------TTAAAC-CAGGTAGCAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GNTGCGCAGAAGGTCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-CGTGTGTATTGT-TACTCT----TTTCATTCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCT--GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTANCGG--GGATT-ACAGCGCAGCCAGCTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCTGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CA-CC-GT-CC-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTAT
gi|1 : ACCGGGTTTC-CT--CATCCACCTTCCAGC-GGACTT-CAAAATTCCTTCGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCCCTACGCAACG-CCATT---TC-CTA-TT--CTATTCAGCTAGC----TT-AGTGCCTCATTC-----TCATTAAAATT--CTTCATTT---G--TG-TGATCTGGTGCCTTACAAAATTT--GTT-----GTGGGGGACATTGGTTCGAA--TGTTTTTG--TGGGGAAG---TGTCCCAAT--GTTACT-----TGTGGGGGACATTTGGTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAGT-GCGCACA-GGTAGTTT-GATT--TAAGATTCTGC-CAAAAACCGGCTCTCCGGT---ACCTGGTA-ATGC-AAGCAGGGGGCA----AGC-ATATTTTAAT--CAT-GAACCCACGTGTCACCAACAGA-CAGGCAGATATGGTC-C-GGTCAGTTGAGAACC--TGT---TGTGGTTGTGTTTG-AATGAATGTTATTTATATAATCA-TGGGCGCTCAT-GTTAGTTATTAACTGAG--CA-ATCTCACCTGCCCAGCGA--GGAGGATAATGCTACACGTCTGGTGCAAGTTGGTAC---------------------TTACT----------TTAAACGCAGGTACCACTTGTGGAC---GACAGGTGAGGTTGTGCAAA
gi|1 : gcATATCATGTG-ATTGTGTACCCTAGTATGCTATTCAATAAGATGT-ATAATCTTGCATC----ACTCTTTTTAATTCGC-GCTAA-CACCTTATCAGCCGGATTTACAGC-TAGCCAG-TAAA-GGTCGACATCCTTAC-TG---CTATT-CCA-TTGG-G-GG-C--AGCTGTTA--GTGTCATC-T-CTCTG-GTAAGTA--G-GTTC-AATTGTCTTCCTGT-CTGT-----CTGGA---------TCCTGTCATTAGCT-AAT--TGATT-CACAGTTC-CA-CC-GT-CC--TGT-GCTACAGTTCCCAA-CC-TGGGGCT-GGTCATGTCAGC-C-AGCCAATTCTgtctatctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatcatgtgattgtgtaccctagtatgctattcaataagatgtataatcttgcatcactctttttaattcgcgctaacaccttatcagccggatttacagctagccagtaaaggtcgacatccttactgctattccattgggggcagctgttagtgtcatctctctggtaagtaggttcaattgtcttcctgtctgtctggatcctgtcattagctaattgattcacagttccaccgtcctgtgctacagttcccaacctggggctggtcatgtcagccagccaattct
gi|10 : gcaccgggtttcctcatccaccttccagcggacttcaaaattccttcgctcagtctaacaccccccctacgcaacgccatttcctattctattcagctagcttagtgcctcattctcattaaaattcttcatttgtgtgatctggtgccttacaaaatttgttgtgggggacattggttcgaatgtttttgtggggaagtgtcccaatgttacttgtgggggacatttggtcccaatgtctgtggcggactggggagtgcgcacaggtagtttgatttaagattctgccaaaaaccggctctccggtacctggtaatgcaagcagggggcaagcatattttaatcatgaacccacgtgtcaccaacagacaggcagatatggtccggtcagttgagaacctgttgtggttgtgtttgaatgaatgttatttatataatcatgggcgctcatgttagttattaactgagcaatctcacctgcccagcgaggaggataatgctacacgtctggtgcaagttggtacttactttaaacgcaggtaccacttgtggacgacaggtgaggttgtgcaaagtctatctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCTAACAG--GGATT--CAGCGCAGCCAGCTAAGCGT--GACATCC-TAC-TG-GGCTAC--CC--TTGGTG-GGGC--AGCTGTTATTGT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--GCGCTC-AA-TGTC-CTCT----TGT-----CTG-----------TCCTGT----TGCT-AAA--TTATTAT--AGTTCACA-CCTGT-CC-ATGTGGC--AA--TTCCAA-CC-TGGGGCT-GGTC-TGTCAG--CGGGCCAATTCTA
gi|11 : aatAAA-CTTGCATC----GCTCTTGTTAATCCGCTGATAAGCAGCCTAACAG--GGATT-ACAGTGCAGCCAGCAAAG-GTTTGACATCCCTAC-TG-GGTTAC--CCA-TTGGTGAGA-A--AGCCGGTAT-GT-TCAAT-TCTTTTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TTTC-TCCTGCTCTGTATATGCTGCCCTGCTTCTGCTCTGT-ATATGCTAAAA--TTATTA
gi|12 : -------TGTGGAGGTCACT--GTGCCAATGTCTG--GCGGACTAGGGAGT-GCAC-TGGGGTAGCT--GATTACTA--ATTTTGCGCCAAAACCGGCTCTCT--TTCCACTT-GC-TAC-TAAAGCAGGGGGCGTGGAAAA-A---TTGAATACC-T-G-ACC-------ATTTAAAAGGTCAa
gi|13 : tgtatggatttggggaaactttaacatacctgatttgtAAA-CTTGCATACT------TTGTTAAT-CGCTGCTA-GCAGCCTAACGG--GGATT-AC-GCG-AGCCAGATAAG-GTTCGGC---TCT-C-TG-GGCTAC----A-TGGGTG-GG-C--GCTTGTTAT-GT-TCATG-TC-TCTGTGT-A--A--G-G-TC-AAATGTC-TC-TG--CTGT-----CTG-----------CTCTGT--TATGCT-AAA--TTATTACAGAGTT--CA--C-GTCCC-GTGT-GCCA
gi|14 : GGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CCCTGT-ATATGCTAAAA--TTATTAC--AGTTC-CA-CC-GT-CT-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CAGGCCAATTCT
gi|15 : gTGCTC---------TTAAAC-CAGGTAGTCG-TCTGGAGACCGACCGGTGA-GATGCCCAGAca
gi|16 : gatgcatgtttcatgaaactgtaggaaaatccacatgttgctccttaaaTGGGCAATCAAATCTTCCT--CAACAATCTTCAGGCT-GACTTACAAgat
gi|17 : gatggaacccacttgtcagagt-AGTTC-TG-CC-GG-CCTAAGT-GCTAAA--TCCCAG-CCTTGGGTCTGG-----GTCAGG-CAAGCCAATTCTATgtcttca
gi|19 : ctTCTCC--TCCCACCT-GTAAAT-T-AAGCA-GGGGC-----AGATAT-TTta
gi|2 : TATGCAAC--AGTTTTTCT--CAACA-CCTTCAG-CCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACTC--CGACCAAT---TTTCTC-TTTACTATTCCGCTAGC---GTTTAA-GCC-----C-----TCATTAAA-AT--TTTCATTT---CATTGTCAATCTGGTGTCT------ATTTCTGGT-----CT-----ATA------CAAAA-T-TTGTTG--TGGGGAACATCTGTCCCAAT--GTT--------TGTGGGG-ACATT--GCCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGAGAGTTGCGC-CAGGGTAGTTTTGATTAATA--ATTCTGTGTCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-TA-TTTTAAT--C-T-G-ACC-------CACCAGAAGATCATGC-AATTATG-C-TGAGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAAT-AGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-TACCT-CCCAATTAAGGG-GAG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGGAGGTAC---------------------TTGCT----------TAAAAC-CATGTAACAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GTTGCGCAGAA-GTCAT
gi|2 : cATA-CATGTGTATTGT-TACTCT----TTTCAT-CAATAA--TGT-AAAA-CTTGCATCCTTAGCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTACCTG--GGATT-ACAGTGCAGCTA-CTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTG-TG-GG-C--AGCTTCTAT-GT-TCATC-TCCTTTG-G--ATGA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCAGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CAACC-GT-CT-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacatgtgtattgttactcttttcatcaataatgtaaaacttgcatccttagctcttgttaattcgctgctaagcagcctacctgggattacagtgcagctactaaggttcgacatccctactgggctacccattgtgggcagcttctatgttcatctcctttggatgaggtcaatgtctcctgctgtctgctcagtatatgctaaattattacaagttccaaccgtctatgtgctaaatcccaacctggggctgggtcatgtcagccgggccaattctat
gi|3 : ctatgcaacagtttttctcaacaccttcagccggacttcaaaattccttagctcagtctaacacccccctactccgaccaattttctctttactattccgctagcgtttaagccctcattaaaattttcatttcattgtcaatctggtgtctatttctggtctatacaaaatttgttgtggggaacatctgtcccaatgtttgtggggacattgccccaatgtctgtggcggactggagagttgcgccagggtagttttgattaataattctgtgtcaaaaccggctctcctcccacctgtatattaagcagggggcagatattttaatctgacccaccagaagatcatgcaattatgctgagtcagttgaatatctggtgtgttgtgtttgaaatgaatgttattattaaatagtggggctcatggctagttcatagctggggtcacatctacctcccaattaaggggaggatgctacagtctggtgcaaggaggtacttgcttaaaaccatgtaacactgtggagaccggtgagttgcgcagaagtcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATGCAAC--AGTTTTTCT--CAACA-CCTTCAG-CCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACTC--CGACCAAT---TT-CTC-TTTACTATTCCGCTAGC---GTT-AA-GCC-----C-----TCATTAAA-TT--TTTCATTT---CAT-GTCAATCTG-TGT-T------ATTTT-GGT-----CT-----ATA------CAAA--T-TTGTTG--TGGGGAACAT-TGTCCCAAT--GTT--------TGTGGGGGACATT--GCCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGAGAGT-GCGC-CAGGGTAGTTT-GATTAATA--ATTCTGTGTCAAAACCGGCTCTCC---CCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT--CTT-G-ACC-------CACCAGAAGATCATGC-AATTATGTC-TGAGTCAGTTGAATATC--TGGT--TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTC-TA-CT-GGGTCACATC-TACCT-CCCAATTAAGGG-GAG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGTAGGTAC---------------------TTGCT----------TAAAAC-CA--TAACAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GTTGCGCAGAAGGTCAT
gi|3 : ATA-CATGTGTATTGT-TACTCT----TTTCAATCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCTA-GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTACCTG--GGATT-ACAGTGCAGCTAGCTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTTTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCAGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CA-CC-GT-CT-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacatgtgtattgttactcttttcaatcaataaatgtaaaacttgcatcctagctcttgttaattcgctgctaagcagcctacctgggattacagtgcagctagctaaggttcgacatccctactgggctacccattggtgggcagctgttatgttcatctcctttggtagtaggtcaatgtctcctgctgtctgctcagtatatgctaaattattacaagttccaccgtctatgtgctaaatcccaacctggggctgggtcatgtcagccgggccaattctat
gi|4 : tatgcaacagtttttctcaacaccttcagccggacttcaaaattccttagctcagtctaacacccccctactccgaccaatttctctttactattccgctagcgttaagccctcattaaatttttcatttcatgtcaatctgtgttattttggtctatacaaatttgttgtggggaacattgtcccaatgtttgtgggggacattgccccaatgtctgtggcggactggagagtgcgccagggtagtttgattaataattctgtgtcaaaaccggctctcccccacctgtatattaagcagggggcagaatttttaatcttgacccaccagaagatcatgcaattatgtctgagtcagttgaatatctggttgtgttgtgtttgaaatgaatgttattattaaatcagtggggctcatggctagttctactgggtcacatctacctcccaattaaggggaggatgctacagtctggtgcaagtaggtacttgcttaaaaccataacactgtggagaccggtgagttgcgcagaaggtcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGGCAACAAAGTTTTTCT--CAACAATCTTCAGGCAGGACTC-CAAAATTTCATAGCTC-A-GGTTTGAAATGCCACCCACTC-TTCCTAATGACCCAT---TT-ATCGTTTAC-GTTAAGCT-GCATGGTT-AG-GTT-----CCTTTGTTATTAA-------TTCAT------GTTTCTAAGTCAGTGTCT------ATAT--A--------T-----ATGG-----CAAGCGT-TTATTGCCTGGTAAA-AT--GTC--AAT--ATTAAATTTATTGTGGGGAACATT--GTCCCAATATCTGTGGCGGACTGAGGAGT-GCAC-CAGGGTAG-TT-GATCACTA--ATTCTGCGCCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GT-TAC-T-A-----------------A-AT-TT----------------------------AAAGATCACTT-GATTAGGTCAAGGGTCAGAAGAATATTTATGGAAATTT-TCTG-GTTTTATATGCA----A-TTGTT-GATCAGT-GG-GCTCACAATTAGCTCATAGCTGGGGTCACATC-CATCT-CCCAACCAAGGGAGGG-GATCCTTCA-GGCTGGTGCATGTATGGACAACTGTAGGAGGATTCTCGGTTTGCTCCAACTTGCTTTAAA--CATGTAGCAC-TCAGGA----GACAGGTGA-AATGTGCAGAA
gi|5 : acaggtattcagttattccgctaggatggcattcatctgtctagtcAGGCAGCCAAGTTTTTCTTTCA-CAACCTTCAGGCCGGACTT-CAAAATTGCTTAGCTC-AAG-TCTAA-----CACCC-CTC-TACAA--TGACCCAT---TT-ATC-GTTA---TTCAGCTAGT---GTC-CA-GCC-----C-----CCATTAAA-TT--TTTCATTTTCCCACTGCTAAGCCAGTGTCT------ATAT--GGCAGTGCTT-----AT-------------T-TTTTTG--T-----ATAT-TA----AATTGGTT---------GTGGGGGACATT--GTCCCAAAGTCTGTGGCGGATTGGGTAGT-GCGC-CAGGGTAGTT--GATAACTA--ATTCTGTGCCAAAATCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT---AAGCAGGGCGC-----AGA--T-ATTTAAT--C-TTG-ACA-------CACCA---GATCATGC-AATTAGGTC-TAGGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGGGA--AATGTTA--------ATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-CACCT-TCCAACCAAGGGAGGG-GATACTACA-GGCTGGTGCAGGTAATGAC---------------------TTGC-----------TTAAAC-CAGGTAGCAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GATGCGCAGAAGat
gi|6 : TAGACAACCAAGTTTTT-----AACAACCTTCAAA-AAGATTT-TCAAATTTCTTAGTTT-A-t
gi|6 : acgcagattattccattagaatggtactcatttatctagtcAAT--T-TTATTG--TGGGGGACAT-TGTCTCacttttatacctaatgtcccacgtgcacgtagcgttaatatctccataaagggtttcccttatttagtaaacgaatgtgacaattttcaaacgttccttaagtccagtttttttcatgaggtagtgttggatgccttgttgttaaaatttcaatggaattttattgtgggggacattgtctc
gi|7 : acgcagattattccattagaatggtactcatttatctagtctagacaaccaagtttttaacaaccttcaaaaagattttcaaatttcttagtttaacttttatacctaatgtcccacgtgcacgtagcgttaatatctccataaagggtttcccttatttagtaaacgaatgtgacaattttcaaacgttccttaagtccagtttttttcatgaggtagtgttggatgccttgttgttaaaatttcaatggATA-TGTGTGCAATGT-T---------CTGCATTCAATAA-ATTTTAAAA-CTTGC---------------TAACTTACTGTCAAGCAGCAAACCAT--GGGTC--CAGTGCAGTCAGCTAAG-GTTTAAGATATCTAC-TG-GGTTAT--GCATTTTTTG-GG-CCAAGATATTGT-AT-TGA-C-TCTTCGT-TT-CGTA--G-G-TCAAA-TGTT-CACTG--CTGA-----CTG-----------TTCTGC-ATATATT-AA
gi|8 : TAGGCAACCAACTTTTTCT--TAACAACCTTCAGGCCGGACTT-CTAAATTGTCTAGCTCAA-A-TCTAA-----CACCC-CTC-TACAA--CGACCAGTGAGTT-CTC-GTTACCATTCTGCTAGT---GTT-AA-GCC-----C-----CCATTAAT-TTAATTTCATTTTCCCATTGCTAAGCAAGCGCCT------ATAT--Gtgtatatattgatgaccgagtgccac
gi|9 : aaatcttcagttgttccgcccggacggcactcacctttctagtcCAGTCTGT-GG--GTATT-ACCACGCAGCTAGCTA-G-GTT-GACATCC-TACCTGTGGCTACACCCA-TTG-TG-G--C--A-CTGCTAT-GT-TCATCCTCTTCTG-GT-AGTAAGG-G-TC-AA-T-TC-TCCTG--CT-T-----CTG-----------CTG-GT-ATATGCT-AAAAATTATTACA--GTTC-CA-CC-GT-CCTATGT-GCTAAA--TCCCAACCC-TGGGACTGGCTCCTGTC-GCACGGCTCAAGTTTAT
blockSeqs : C TT A GCT A C A A G AATGC A . CTAA GAG T G T C ATG T . CCTTTG TTTAA TCC A T T T . T CTGGTCTATACAAAA . G CC C C C TG AAATTTAT G . T . C TT C . . . AA TA GTGGA TAT ACCTGACC A . AAG TA AAA . A T TA . G A G . . T A . . AACTGTAGGAGGATTCTCGGT CCAACTTGCT . G . GACC . A G . A T . A . T A T . CTTAG C A A . A C T C C T AC T G A G CA T . C T . AG C C A A . CT ATATG CCCTGCTTCTG T A A AA AG A A T C T G . C T G A CA G
blockSeqs : A . A GCA . C . . . . . . TC . . . T C . . . C AAT TCC A T T T . T TGGTCTATACAAA . G . C . C . . G . . . T T A . . . AT T . TA CTTGACC G . TG . T . A T TA . G A G . . T A . . . C . T . . . T G . A T . A . T A . . CTAG T A A . A . C C . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T A A . A . . . . T . . . . G A C A
blockSeqs : C . A GCC . T . . . . . . TC . . . C A . . . C ATT . G C G C . A ATATGGCAAGCG . A . T . T . . A . . . T T A . . . AT T . AT CTTGACA G . TG . . . A T T . A A G . . C . . . . . . T . . . T . G C . . . . . . . CT T A G . A . C C . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . A . . . . . . . . . G A G A
blockSeqs : C . A GCC . G . . . . . . AA . . . . A . . . C ATT . A C G C . A GGCAGTGCTTAT . T . C . . . . G . . . T . C . . . AT T . AT CTGACC A . TA . . . G . . . G . . . . C . . . . . . G . . . A . G T C T . A . C C . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . A . . . . . . . . . G C C G
blockSeqs : C . A CC . T . . . . . . AA . . . . T . . . C . . A C G A . A . A . . . . . . . . . . C . . . T T . A . . . . . . . . A . . . C T . A . T C . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . G . C G
blockSeqs : . . . CC . G . . . . T . . T C A . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . AA . T G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : GCC NN** C********** ATT*** ****** TGGCCTATCAAGG******************* ******** ** ** ** AT T** ***** AT** CTTGACC*********** TG* T* **** ** A* ** ** *********** A* A* **
originalCons : TAGGCAACCAAGTTTTTCT--CAACAACCTTCAGGCCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACNC--CGACCAAT---TT-CTC-TTTACTATTCNGCTAGC---GTT-AA-GCC-----C-----TCATTAAA-TT--TTTCATTT---CATTGCTAANCCGGTGTCT------ATNT--GGT-----CT-----ATA------CAAA--T-TTNTTG--TGGGGAACAT-TGTCCCAAT--GTTA-------TGTGGGGGACATT--GTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAGT-GCGC-CAGGGTAGTTT-GATTACTA--ATTCTGCGCCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT--C-T-G-ACC-------CACCAAAAGATCATGC-GATTAGGTC-TGGGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-CACCT-CCCAACCAAGGGAGGG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGTAGGTAC---------------------TTGCT----------TTAAAC-CAGGTAGCAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GNTGCGCAGAAGGTCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-CGTGTGTATTGT-TACTCT----TTTCATTCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCT--GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTANCGG--GGATT-ACAGCGCAGCCAGCTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCTGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CA-CC-GT-CC-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTAT
finalCons : TAGGCAACCAAGTTTTTCT--CAACAACCTTCAGGCCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACNN--CGACCAAT---TT-CTC-TTTACTATTCNGCTAGC---GTT-AA-GCCC----------TCATTAAATT---TTTCATTT---CATTGCTAANCCGGTGTCT------ATNTTGGCCTATCAAGG-------------------T-TTNTTG--TGGGGAACAT-TGTCCCAAT--GTT--------TGTGGGGGACATT--GTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAGT-GCGC-CAGGGTAGTTT-GATTACTA--ATTCTGCGCCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATATT--AAGCAGGGGGC-----AGAAT--TTTTAATCTTGACC-----------CACCAAAAGATCATGC-GATTAGGTCTG-GGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTAT-TATTAAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-CACCT-CCCAACCAAGGGAGGG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGTAGGTAC---------------------TTGCT----------TTAAAC-CAGGTAGCAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GNTGCGCAGAAGGTCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-CGTGTGTATTGT-TACTCT----TTTCATTCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCT--GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTANCGG--GGATTA-CAGCGCAGCCAGCTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCTGTA-TATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CA-CC-GT-CC-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACAGATGTTCGATTGTTCCGCATGGATGGCACTCATCTTCCTAGTCT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 111 111 22222222222 111111 222 99999999999999999999999999999999999999999999999 33333333 11 111 22222 1111 2222222 111 11 222 11 1 666666666666666666666 3333333333 2222 1 1 2222 11 1 33333 11 11 11111 22222222222 11 1
lowQualScore : 5 66 0 3 555 5 1 5 5 6 66666 6 6 7777 6 3 111 6 6 5 1 111 6 6 33333333333 333333 333 1 3 1 2 44444444444444444444444444444444444444444444444 7 99 5 6 5 8 55555555 1 99 6 6 1 44 2 99 77 5 66 111 0 00000 4444 666666 1111111 4 8 0 000 11 222 8 0 3 0 0 88 11 8 3 6 3 8 8 1 0 0 8 8 0 0 888888888888888888888 5555555555 6 6 6 0000 6 1 6 0 2 7 0 3 0 1111 0 3 33 0 6 44444 1 1 4 66 88 0 5 3 4 5 5 11 5 3 4 4 66 4 4 4 0 4 4 66 4 8 4 8 4 00 11111 77777777777 2 66 8 66 55 5 5 5 5 0 5 77 5 5 4 0 4 66 1
lowQualScore : . .. . . ... . . . . . ..... . . .... . . ... . . . . ... . . ........... ...... ... . . . . ............................................... . .. . . . . ........ . .. . . . .. . .. .. . .. ... . ..... .... ...... ....... . . . ... .. ... . . . . . .. .. . . . . . . . . . . . . . ..................... .......... . . . .... . . . . . . . . . .... . . .. . . ..... . . . .. .. . . . . . . .. . . . . .. . . . . . . .. . . . . . .. ..... ........... . .. . .. .. . . . . . . .. . . . . . .. .
lowQualScore : 6 99 4 2 222 0 7 7 7 7 77777 7 7 7777 7 0 777 7 7 7 0 777 7 7 33333333333 777777 333 7 7 0 2 88888888888888888888888888888888888888888888888 5 22 2 7 2 0 88888888 0 22 7 7 7 00 5 22 99 7 77 666 7 00000 9999 777777 7777777 2 0 8 444 00 000 0 8 8 8 8 88 88 0 2 0 2 0 0 4 8 6 0 0 6 6 000000000000000000000 8888888888 7 7 7 8888 7 0 7 0 0 0 0 2 8 2222 8 2 22 0 7 88888 7 0 2 99 22 1 0 4 5 0 0 99 0 9 4 4 11 4 4 4 9 4 4 11 4 9 4 9 4 66 11111 22222222222 2 33 9 99 00 0 0 0 0 0 0 99 7 7 3 7 9 44 7
consensus : TAGGCAACCAAGTTTTTCT--CAACAACCTTCAGGCCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACNN--CGAC-CNAT---TT-CTC-TTTACTATTCNGCTAGC---GTT-AA-GCC-----C-----TCATTAAA-TT--TTTCATTT---CATTGCTAANCCGGTGTCT--------------------ATAT---TG----GTCTATAC-AAA-GTTTGTTG--TGGGGAACAT-TGTCCCAAT-GTT--------TGTGGGGGACATT--GTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAGT-GCGC-CAGGGTAGTTT-GATTACTA--ATTCTGCGCCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT-CTTG-ACC-------CACCAAAAGATCATGC-GATTAGGTC-TGGGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-CACCT-CCCAACCAAGGGAGGG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGTAGGTAC---------------------TTGCT----------TTAAAC-CAGGTAGCAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GNTGCGCAGAAGGTCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-CGTGTGTATTGT-TACTCT----TTTCATTCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCT--GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTANCGG--GGATT-ACAGCGCAGCCAGCTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCTGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CA-CC-GT-CC-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTAT
Reference ( family-513 ) : TAGGCAACCAAGTTTTTCT--CAACAACCTTCAGGCCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACNN--CGAC-CAAT---TT-CTC-TTTACTATTCNGCTAGC---GTT-AA-GCC-----C-----TCATTAAA-TT--TTTCATTT---CATTGCTAANCCGGTGTCT--------------------ATNT---TG----GCCTAT-C-AAG-GTTTNTTG--TGGGGAACAT-TGTCCCAAT-GTT--------TGTGGGGGACATT--GTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAGT-GCGC-CAGGGTAGTTT-GATTACTA--ATTCTGCGCCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT-CTTG-ACC-------CACCAAAAGATCATGC-GATTAGGTC-TGGGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-CACCT-CCCAACCAAGGGAGGG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGTAGGTAC---------------------TTGCT----------TTAAAC-CAGGTAGCAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GNTGCGCAGAAGGTCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-CGTGTGTATTGT-TACTCT----TTTCATTCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCT--GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTANCGG--GGATT-ACAGCGCAGCCAGCTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCTGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CA-CC-GT-CC-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTAT
gi|1 : ACCGGGTTTC-CT--CATCCACCTTCCAGC-GGACTT-CAAAATTCCTTCGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCCCTACG---CAACGCCAT---TT-C-C-TATTCTATTCAGCTAGC----TT-AGTGCCTCATTC-----TCATTAAAATT--CTTCATTT---G--TG-TGATCTGGTGCCTTACAAAATTTGTTGTGGGGGACAT---TG----GT---T-CGAAT-GTTT-TTG--TGGGGAAG---TGTCCCAAT-GTTACT-----TGTGGGGGACATTTGGTCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGGGAGT-GCGCACA-GGTAGTTT-GATT--TAAGATTCTGC-CAAAAACCGGCTCTCCGGT---ACCTGGTA-ATGC-AAGCAGGGGGCA----AGC-ATATTTTAAT-CATGAACCCACGTGTCACCAACAGA-CAGGCAGATATGGTC-C-GGTCAGTTGAGAACC--TGT---TGTGGTTGTGTTTG-AATGAATGTTATTTATATAATCA-TGGGCGCTCAT-GTTAGTTATTAACTGAG--CA-ATCTCACCTGCCCAGCGA--GGAGGATAATGCTACACGTCTGGTGCAAGTTGGTAC---------------------TTACT----------TTAAACGCAGGTACCACTTGTGGAC---GACAGGTGAGGTTGTGCAAA
gi|1 : gcATATCATGTG-ATTGTGTACCCTAGTATGCTATTCAATAAGATGT-ATAATCTTGCATC----ACTCTTTTTAATTCGC-GCTAA-CACCTTATCAGCCGGATTTACAGC-TAGCCAG-TAAA-GGTCGACATCCTTAC-TG---CTATT-CCA-TTGG-G-GG-C--AGCTGTTA--GTGTCATC-T-CTCTG-GTAAGTA--G-GTTC-AATTGTCTTCCTGT-CTGT-----CTGGA---------TCCTGTCATTAGCT-AAT--TGATT-CACAGTTC-CA-CC-GT-CC--TGT-GCTACAGTTCCCAA-CC-TGGGGCT-GGTCATGTCAGC-C-AGCCAATTCTgtctatctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatcatgtgattgtgtaccctagtatgctattcaataagatgtataatcttgcatcactctttttaattcgcgctaacaccttatcagccggatttacagctagccagtaaaggtcgacatccttactgctattccattgggggcagctgttagtgtcatctctctggtaagtaggttcaattgtcttcctgtctgtctggatcctgtcattagctaattgattcacagttccaccgtcctgtgctacagttcccaacctggggctggtcatgtcagccagccaattct
gi|10 : gcaccgggtttcctcatccaccttccagcggacttcaaaattccttcgctcagtctaacaccccccctacgcaacgccatttcctattctattcagctagcttagtgcctcattctcattaaaattcttcatttgtgtgatctggtgccttacaaaatttgttgtgggggacattggttcgaatgtttttgtggggaagtgtcccaatgttacttgtgggggacatttggtcccaatgtctgtggcggactggggagtgcgcacaggtagtttgatttaagattctgccaaaaaccggctctccggtacctggtaatgcaagcagggggcaagcatattttaatcatgaacccacgtgtcaccaacagacaggcagatatggtccggtcagttgagaacctgttgtggttgtgtttgaatgaatgttatttatataatcatgggcgctcatgttagttattaactgagcaatctcacctgcccagcgaggaggataatgctacacgtctggtgcaagttggtacttactttaaacgcaggtaccacttgtggacgacaggtgaggttgtgcaaagtctatctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCTAACAG--GGATT--CAGCGCAGCCAGCTAAGCGT--GACATCC-TAC-TG-GGCTAC--CC--TTGGTG-GGGC--AGCTGTTATTGT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--GCGCTC-AA-TGTC-CTCT----TGT-----CTG-----------TCCTGT----TGCT-AAA--TTATTAT--AGTTCACA-CCTGT-CC-ATGTGGC--AA--TTCCAA-CC-TGGGGCT-GGTC-TGTCAG--CGGGCCAATTCTA
gi|11 : aatAAA-CTTGCATC----GCTCTTGTTAATCCGCTGATAAGCAGCCTAACAG--GGATT-ACAGTGCAGCCAGCAAAG-GTTTGACATCCCTAC-TG-GGTTAC--CCA-TTGGTGAGA-A--AGCCGGTAT-GT-TCAAT-TCTTTTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TTTC-TCCTGCTCTGTATATGCTGCCCTGCTTCTGCTCTGT-ATATGCTAAAA--TTATTA
gi|12 : T--------TGTGGAGGTCACT--GTGCCAATGTCTG--GCGGACTAGGGAGT-GCAC-TGGGGTAGCT--GATTACTA--ATTTTGCGCCAAAACCGGCTCTCT--TTCCACTT-GC-TAC-TAAAGCAGGGGGCGTGGAAAA-A---TTGAATACCTG-ACC-------ATTTAAAAGGTCAa
gi|13 : tgtatggatttggggaaactttaacatacctgatttgAAA-CTTGCATACT------TTGTTAAT-CGCTGCTA-GCAGCCTAACGG--GGATT-AC-GCG-AGCCAGATAAG-GTTCGGC---TCT-C-TG-GGCTAC----A-TGGGTG-GG-C--GCTTGTTAT-GT-TCATG-TC-TCTGTGT-A--A--G-G-TC-AAATGTC-TC-TG--CTGT-----CTG-----------CTCTGT--TATGCT-AAA--TTATTACAGAGTT--CA--C-GTCCC-GTGT-GCCA
gi|14 : GGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTCTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CCCTGT-ATATGCTAAAA--TTATTAC--AGTTC-CA-CC-GT-CT-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CAGGCCAATTCT
gi|15 : gTGCTC---------TTAAAC-CAGGTAGTCG-TCTGGAGACCGACCGGTGA-GATGCCCAGAca
gi|16 : gatgcatgtttcatgaaactgtaggaaaatccacatgttgctccttaaaTGGGCAATCAAATCTTCCT--CAACAATCTTCAGGCT-GACTTACAAgat
gi|17 : gatggaacccacttgtcagagt-AGTTC-TG-CC-GG-CCTAAGT-GCTAAA--TCCCAG-CCTTGGGTCTGG-----GTCAGG-CAAGCCAATTCTATgtcttca
gi|19 : ctTCTCC--TCCCACCT-GTAAAT-T-AAGCA-GGGGC-----AGATAT-TTta
gi|2 : TATGCAAC--AGTTTTTCT--CAACA-CCTTCAG-CCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACTC--CGAC-CAAT---TTTCTC-TTTACTATTCCGCTAGC---GTTTAA-GCC-----C-----TCATTAAA-AT--TTTCATTT---CATTGTCAATCTGGTGTCT--------------------ATTTC--TG----GTCTATAC-AAA-ATTTGTTG--TGGGGAACATCTGTCCCAAT-GTT--------TGTGGGG-ACATT--GCCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGAGAGTTGCGC-CAGGGTAGTTTTGATTAATA--ATTCTGTGTCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-TA-TTTTAAT-CT-G-ACC-------CACCAGAAGATCATGC-AATTATG-C-TGAGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAAT-AGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-TACCT-CCCAATTAAGGG-GAG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGGAGGTAC---------------------TTGCT----------TAAAAC-CATGTAACAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GTTGCGCAGAA-GTCAT
gi|2 : cATA-CATGTGTATTGT-TACTCT----TTTCAT-CAATAA--TGT-AAAA-CTTGCATCCTTAGCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTACCTG--GGATT-ACAGTGCAGCTA-CTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTG-TG-GG-C--AGCTTCTAT-GT-TCATC-TCCTTTG-G--ATGA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCAGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CAACC-GT-CT-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacatgtgtattgttactcttttcatcaataatgtaaaacttgcatccttagctcttgttaattcgctgctaagcagcctacctgggattacagtgcagctactaaggttcgacatccctactgggctacccattgtgggcagcttctatgttcatctcctttggatgaggtcaatgtctcctgctgtctgctcagtatatgctaaattattacaagttccaaccgtctatgtgctaaatcccaacctggggctgggtcatgtcagccgggccaattctat
gi|3 : ctatgcaacagtttttctcaacaccttcagccggacttcaaaattccttagctcagtctaacacccccctactccgaccaattttctctttactattccgctagcgtttaagccctcattaaaattttcatttcattgtcaatctggtgtctatttctggtctatacaaaatttgttgtggggaacatctgtcccaatgtttgtggggacattgccccaatgtctgtggcggactggagagttgcgccagggtagttttgattaataattctgtgtcaaaaccggctctcctcccacctgtatattaagcagggggcagatattttaatctgacccaccagaagatcatgcaattatgctgagtcagttgaatatctggtgtgttgtgtttgaaatgaatgttattattaaatagtggggctcatggctagttcatagctggggtcacatctacctcccaattaaggggaggatgctacagtctggtgcaaggaggtacttgcttaaaaccatgtaacactgtggagaccggtgagttgcgcagaagtcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATGCAAC--AGTTTTTCT--CAACA-CCTTCAG-CCGGACTT-CAAAATTCCTTAGCTC-A-G-TCTAA-----CACCC-CCC-TACTC--CGAC-CAAT---TT-CTC-TTTACTATTCCGCTAGC---GTT-AA-GCC-----C-----TCATTAAA-TT--TTTCATTT---CAT-GTCAATCTG-TGT-T--------------------ATTT---TG----GTCTATAC-AAA--TTTGTTG--TGGGGAACAT-TGTCCCAAT-GTT--------TGTGGGGGACATT--GCCCCAATGTCTGTGGCGGACTGGAGAGT-GCGC-CAGGGTAGTTT-GATTAATA--ATTCTGTGTCAAAACCGGCTCTCC---CCCACCT-GTATAT-T-AAGCAGGGGGC-----AGA-AT-TTTTAAT-CTTG-ACC-------CACCAGAAGATCATGC-AATTATGTC-TGAGTCAGTTGAATATC--TGGT--TGT-GTTGTGTTTGAAATGAATGTTA-TTATTAAATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTC-TA-CT-GGGTCACATC-TACCT-CCCAATTAAGGG-GAG-GATGCTACA-GTCTGGTGCAAGTAGGTAC---------------------TTGCT----------TAAAAC-CA--TAACAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GTTGCGCAGAAGGTCAT
gi|3 : ATA-CATGTGTATTGT-TACTCT----TTTCAATCAATAA-ATGT-AAAA-CTTGCATCCTA-GCTCTTGTTAATTCGCTGCTAAGCAGCCTACCTG--GGATT-ACAGTGCAGCTAGCTAAG-GTTCGACATCCCTAC-TG-GGCTAC--CCA-TTGGTG-GG-C--AGCTGTTAT-GT-TCATC-TCCTTTG-GT-AGTA--G-G-TC-AA-TGTC-TCCTG--CTGT-----CTG-----------CTCAGT-ATATGCT-AAA--TTATTACA-AGTTC-CA-CC-GT-CT-ATGT-GCTAAA--TCCCAA-CC-TGGGGCTGGGTCATGTCAGC-CGGGCCAATTCTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacatgtgtattgttactcttttcaatcaataaatgtaaaacttgcatcctagctcttgttaattcgctgctaagcagcctacctgggattacagtgcagctagctaaggttcgacatccctactgggctacccattggtgggcagctgttatgttcatctcctttggtagtaggtcaatgtctcctgctgtctgctcagtatatgctaaattattacaagttccaccgtctatgtgctaaatcccaacctggggctgggtcatgtcagccgggccaattctat
gi|4 : tatgcaacagtttttctcaacaccttcagccggacttcaaaattccttagctcagtctaacacccccctactccgaccaatttctctttactattccgctagcgttaagccctcattaaatttttcatttcatgtcaatctgtgttattttggtctatacaaatttgttgtggggaacattgtcccaatgtttgtgggggacattgccccaatgtctgtggcggactggagagtgcgccagggtagtttgattaataattctgtgtcaaaaccggctctcccccacctgtatattaagcagggggcagaatttttaatcttgacccaccagaagatcatgcaattatgtctgagtcagttgaatatctggttgtgttgtgtttgaaatgaatgttattattaaatcagtggggctcatggctagttctactgggtcacatctacctcccaattaaggggaggatgctacagtctggtgcaagtaggtacttgcttaaaaccataacactgtggagaccggtgagttgcgcagaaggtcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGGCAACAAAGTTTTTCT--CAACAATCTTCAGGCAGGACTC-CAAAATTTCATAGCTC-A-GGTTTGAAATGCCACCCACTC-TTCCTAATGAC-CCAT---TT-ATCGTTTAC-GTTAAGCT-GCATGGTT-AG-GTT-----CCTTTGTTATTAA-------TTCAT------GTTTCTAAGTCAGTGTCT--------------------ATATATATG----GC-------AAGCGTTTATTGCCTGGTAAA-AT--GTC--AAT-ATTAAATTTATTGTGGGGAACATT--GTCCCAATATCTGTGGCGGACTGAGGAGT-GCAC-CAGGGTAG-TT-GATCACTA--ATTCTGCGCCAAAACCGGCTCTCC--TCCCACCT-GT-TAC-T-A-----------------A-AT-TT--------------------------AAAGATCACTT-GATTAGGTCAAGGGTCAGAAGAATATTTATGGAAATTT-TCTG-GTTTTATATGCA----A-TTGTT-GATCAGT-GG-GCTCACAATTAGCTCATAGCTGGGGTCACATC-CATCT-CCCAACCAAGGGAGGG-GATCCTTCA-GGCTGGTGCATGTATGGACAACTGTAGGAGGATTCTCGGTTTGCTCCAACTTGCTTTAAA--CATGTAGCAC-TCAGGA----GACAGGTGA-AATGTGCAGAA
gi|5 : acaggtattcagttattccgctaggatggcattcatctgtctagtcAGGCAGCCAAGTTTTTCTTTCA-CAACCTTCAGGCCGGACTT-CAAAATTGCTTAGCTC-AAG-TCTAA-----CACCC-CTC-TACAA--TGAC-CCAT---TT-ATC-GTTA---TTCAGCTAGT---GTC-CA-GCC-----C-----CCATTAAA-TT--TTTCATTTTCCCACTGCTAAGCCAGTGTCT--------------------ATAT---GGCAGTGCTTAT--------TTTTTTG--T-----ATAT-TA----AATTGGT--------TGTGGGGGACATT--GTCCCAAAGTCTGTGGCGGATTGGGTAGT-GCGC-CAGGGTAGTT--GATAACTA--ATTCTGTGCCAAAATCGGCTCTCC--TCCCACCT-GTATAT---AAGCAGGGCGC-----AGA--T-ATTTAAT-CTTG-ACA-------CACCA---GATCATGC-AATTAGGTC-TAGGTCAGTTGAATATC--TGG---TGT-GTTGTGTTTGGGA--AATGTTA--------ATCAGTGGG-GCTCATGGCTAGTTCATAGCTGGGGTCACATC-CACCT-TCCAACCAAGGGAGGG-GATACTACA-GGCTGGTGCAGGTAATGAC---------------------TTGC-----------TTAAAC-CAGGTAGCAC-TGTGGA----GACCGGTGA-GATGCGCAGAAGat
gi|6 : TAGACAACCAAGTTTTT-----AACAACCTTCAAA-AAGATTT-TCAAATTTCTTAGTTT-A-t
gi|6 : acgcagattattccattagaatggtactcatttatctagtcTTTATTG--TGGGGGACAT-TGTCTCacttttatacctaatgtcccacgtgcacgtagcgttaatatctccataaagggtttcccttatttagtaaacgaatgtgacaattttcaaacgttccttaagtccagtttttttcatgaggtagtgttggatgccttgttgttaaaatttcaatggaattttattgtgggggacattgtctc
gi|7 : acgcagattattccattagaatggtactcatttatctagtctagacaaccaagtttttaacaaccttcaaaaagattttcaaatttcttagtttaacttttatacctaatgtcccacgtgcacgtagcgttaatatctccataaagggtttcccttatttagtaaacgaatgtgacaattttcaaacgttccttaagtccagtttttttcatgaggtagtgttggatgccttgttgttaaaatttcaatggaatATA-TGTGTGCAATGT-T---------CTGCATTCAATAA-ATTTTAAAA-CTTGC---------------TAACTTACTGTCAAGCAGCAAACCAT--GGGTC--CAGTGCAGTCAGCTAAG-GTTTAAGATATCTAC-TG-GGTTAT--GCATTTTTTG-GG-CCAAGATATTGT-AT-TGA-C-TCTTCGT-TT-CGTA--G-G-TCAAA-TGTT-CACTG--CTGA-----CTG-----------TTCTGC-ATATATT-AA
gi|8 : TAGGCAACCAACTTTTTCT--TAACAACCTTCAGGCCGGACTT-CTAAATTGTCTAGCTCAA-A-TCTAA-----CACCC-CTC-TACAA--CGAC-CAGTGAGTT-CTC-GTTACCATTCTGCTAGT---GTT-AA-GCC-----C-----CCATTAAT-TTAATTTCATTTTCCCATTGCTAAGCAAGCGCCT--------------------ATAT---tgtatatattgatgaccgagtgccac
gi|9 : aaatcttcagttgttccgcccggacggcactcacctttctagtcCAGTCTGT-GG--GTATT-ACCACGCAGCTAGCTA-G-GTT-GACATCC-TACCTGTGGCTACACCCA-TTG-TG-G--C--A-CTGCTAT-GT-TCATCCTCTTCTG-GT-AGTAAGG-G-TC-AA-T-TC-TCCTG--CT-T-----CTG-----------CTG-GT-ATATGCT-AAAAATTATTACA--GTTC-CA-CC-GT-CCTATGT-GCTAAA--TCCCAACCC-TGGGACTGGCTCCTGTC-GCACGGCTCAAGTTTATg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACAGATGTTCGATTGTTCCGCATGGATGGCACTCATCTTCCTAGTCT