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Reference ( gi|10 )           :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GACACGTGAAA-CCAGG--GCGCCGG--GAGA-AGTA-C--A--G-----GCA----C---GTG---AA---T-----TT-----AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAAGAT-ATG-AATC---GGATTG-TGGT-A-GGTTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT-AGC-TGAAGCTTAATTACCCA-------AG-G-AGTGAACCCGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GACATGTGAAA-CCAGG--ACGCCGG---AGATAATA-C--A--G-------A----C---GTG---TACGTT-----TT-----AAGGC-AC-GC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAGGAT-ATG-GATC---GGATTG-TGGT-A-GGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT-AGC-TGAAGCTTAATCACCCA-------AG-G-AGAGAACCCG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GACACGTGGAA-TCAGG--GTGT-GG--AAGACAGTAAC--A--G-----GTG----CTCGGTG---GG---TAGACATTCTCAAAAGGCTAC-CCCACCTGTTTGGGT--CCAACAAC---A-TAGA-GG-GAT-TTA----C---AGATCA--GGT-AAGGCTGGTAGCAGCCCGGAGGTTTGAGCTTGAAG-TTAATCACCCA-------GG-G-AGTG
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACACGTGAAA-CCAGG--GCGCCGA---AGA-AGTA-C--A--G------CATGTCC---GT---------T-----TT-----AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAAGAT-AGG-ATTC---GGATTG-CGGT-A--GCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT-AGC-TGAAACTTAATCACCCA-------AG-GAAGTGAACCCAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tCACGTGAAAACCAGG--GCGCCGG--AGGA-AGTG-C--A--G-----GCA----T---GTG---CG---T-----TTT----AAGAC-AC-CT-ACCT--TT---T--CCGAGGAT---AGTAGA-GAAGAT-AGG-AATG---GGATTG-TGGT-A-GGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT-AGC-TGAAGCTTGATCACTCA-------AG-G-AGTGAACCCGA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cCACGTGAAA-CCAGG--GCGCTGG--AGGA-AGTA-C--A--ATACATGCA----T---GTG---CG---T-----TTT----AAGGC-AT-CC-ACTT--TT---C--CTGCAGAC---AGTAAA-GTGGAT-GTG-GATC---G----------------TGGTAGCAACCCGGAGGTTG-AGC-TGGAAATTGATCACACA-------GG-G-
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACGTGAAA-CCAGGCGGCGC-GG--AGGA-AGTA-C--A--G-----ACA----T---GTG---CG---T-----TTT----AAGGC-AC-AC-ACCT--TT---T--T-GAGGAC---AGTAGA-GAAGAT-ATG-AATC---GGATTG-TGGT-A-GGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT-AGC-TGAAGCTTAATCACCCA-------AG-A-AGTGCACCCGAag
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATGTGAAA-CTAGG--GCACCGG--AGGA-AGTA-C--A--G-----GCG----T---GTG---CG---T-----TTT----AAGGT-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAT---AGTAGA-GAGGAT-AT---------GGATCG-TGGT-A-GGCTGGTAGCAGCT--GAAGTTT--TC-TATAG--TAATCACCCA-------GG-G-AGTGAACCCGAg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACGTGAAA-CTCGG--GTGACGG--AGGA-AGTA-C--A--C-----GCG----C---TTG---CA---T-----TTT----AAGGC-AT-CC-ACCT--TT---T--CCGAGAAC---AGTAGA-GAGGAT-ATT-GATC---G----------------TGGTAGCAGCCCAGAGGTTA-AGC-TGGAGTTg
gi|3                          :       tatggagtgccctgggaccataagtcaggaagacgcacaacgagctgacaacaccttcttctaggaacgacagctagcccctgtatcgctttaaagcccctgggttaaattgaagcgtagttttatgctttggtcgggagccaatgataggtttgatacctacagagagaccagtagtcaggagaaatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctagaataggaaaaagaaacgttcctACGTGAAA-CCAGG--GTGCCGG---------------A--G-----GCA----C--------------T-----TT-----AAGGC-AT-CC-GCCT--TT---T--C----------AGTAGA-GAGGAT-GCG-GATC---G----------------TGGTAGCAGTCTGAAGGTTA-AGC-TGGAATCTGATCGTCCAGGGGTTTGG-G-AGTGGGCCCGAcgggagtggatgca
gi|1                          :          gccctgataccataagataggaagcgcacgaggagctgacgacaccttctactaggaacgaccgccagcccctgcctcgctctaaagccccaaggttcaattgtatgatagttttatgctctagtctggagccaatgataggttttatacctacagagagtccactagtcaggagaaatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcagaatagggaaaaggaacgtatttACGTGAAA-CCAGG--GCGCCGGA-GGAA-AATG-CA-A--G-----GCG----C---TTG---TG---T-----TT-----AAAAC-ACTCC-ACCT--TT---TCCCCGAGGACGGTAGTAGA-GAGGATGATGTGATT----GACTG--GGTAA-GGTTg
gi|4                          : ccttatggagtgcatggcacccatatatggttcagaaggcacacaaggaggtgacggcaacgcttctattaaggaacgactgccaaggctccggcgtcgctcggaaggtccaacgggtttattgtagggtaagttctattttatcgattccgtctagagacaagtgaatacagtgaggccactggtaagggggaaagcccttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccagaacagggggaaaagttcctaaACGTGAA--CCATC--GTGCCGG--AGAA-AGTA-C--ACCG-----GCG--------GTGTCCAT---T-----TT-----AAGGC-AT-CC-ACAT--TT------CCGAGGAC---ACTAGATGAGGAT-ATG-GATCATGGGATTtgaggctgggtttgatcgccagccggaatcggaagtgcgaacccgag
gi|18                         :                                         agatcgccccgggaaccataataggggcgcacaagaagtcacgagcaacaaaaaatgtagaaagaccccgcaacacatgcgtcctctaaagcccaagcgtaattgaagtatctagccctggtctgagttcaatgaagttgataccacaaaagccgactaccagagaatccttgcttgcccaagatctgatgtgcttcgtaggaagactgaatcgtcatcataagacagaggcagaatgtctaaaaaaaccagacgctcgcaacagagaaaagaaacgtcctgGTGAAA-CTAGG--GTGACGG--AGGA-AGTA-C--A--C-----GTG----C---GTGT--AT---T-----TT-----AATGC-AT-CC-ACCT--TT---T---------C---AGTAGA-GAGGAT-ATG-GATC---G----------------TGGTAGCAGCCCGGAGATTA-AGC-TGAAATTTGATCGTCCAGGGATTCGG-G-AGTGGACCCGAagcccggaggttaagatggacgtttgatgtccaggaattcgggagtgacc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGAAA-CCAGG--GCGCCGG--AGGA-AGTA-C--A--G-----GCA----T---GTG---CGT--T-----TT-----AAGGC-A--CC-ACCT--TT---T--CCAAGGAC---AGTAGA-GAGGAT-ATG-GATC---GGATTG-TAGT-A-GGCT-GTAGCAGCTTAGAGGTTT-AGC-T-AAGCTTACTCACCCA-------AG-G-AGTGAACCCGA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGAAA-CCAGG---CGCCGGAGGAAA-AGTA-CGAA--T-----GTG----C---GT---------T-----TT-----AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CTGAGGAC---AGTAGA-TAAGAC-AGG-AATC---GGATTGGTGGT-A-GGCTGGTAGCAACTTAGAGGTTT-AGC-TGAAGCTTAATCACCCA-------AG-G-AGTG-ACCCGA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cacctTGAAA-CCAGG--GCGCCGG--AGGA-AGTA-C--A--G-----ACG----T---GTG---CG---TA----TT-----AAGAC-CC-TC-ACCT--TT---T--CATAGGAC---AGTAGA-GAGGAT-GTG-GATC---G------TGGT-A-GGCTGGTAGTAGCACGGAGGTTG-GGC-TGAAGTTTAATCAACCA-------GG-G-AGTGGACC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ctAGG-AAAGAT-ATG-AATC---AGATTG-AGGT---GGCTGGTAGCAGCTTAGATG-TT-AGC-TGTGACTGAATCACCCA-------AGAG-AGTGAt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aaccagggcgcggaATC---GGATTG-TGGT-A-AGCTAGTAgatcc
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gTAGAGGTTT-AGC-TGAAGCTTAATCACCCA-------AG-G-AGTAAACCCGAcctactggtacctattgtggaatcttcccaagtttcagtagaggtttagctgaagcttaatcacccaaggagtaaacccgagaa
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|6 ): TGAGAATTTCCTTATGGGAGTGCATGGCACCATATAGGTAGAAGGACACCGAGTAGACGGCAATTCTGTTAGAACGCTCCAGGCTTCCAGCGTCATCGATTCGTCTAGAGACAATGATTACAGTGAGGCCACTGGTAAGGGGAAGCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCAGAACAGGGGGAAAAGTTCCT
Unaligned ( gi|20 ): AATGGAGTCCTCCTGTTCACCTGAAGTACAGAAGCAAAAAGGAGCTGACACGCATTCTACTAGGAATGAACCCCAGCCCCAGCGTCACTCTAAAGTCCC
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consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GACACGTGAAA-CCAGG--GCGCCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----GCGC---GTG--CG-T-----TTT----AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------G----GGA---GTGAACCCGA
Reference ( family-512 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GACACGTGAAA-CCAGG--GCGCCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----GCGC---GTG--CG-T-----TT-----AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------G----GGA---GTGAACCCGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACGTGAAA-CCAGG--GCGCCGGAGGAA-A--ATG-CAA--G-----GCGC---TTG--TG-T-----TT-----AAAAC-ACTCC-ACCT--TT---TCCCCGAGGACGGTAGTAGA-GAGGAT-----GA----------TG-TGATTGACTGG--GTA------AGGTTTGAGGC-TG-G-GTTTGATCGCCAGCC-G-------GAATCGGAAGTGCGAACCCGA
gi|10                         : ccttatggagtgcatggcacccatatatggttcagaaggcacacaaggaggtgacggcaacgcttctattaaggaacgactgccaaggctccggcgtcgctcggaaggtccaacgggtttattgtagggtaagttctattttatcgattccgtctagagacaagtgaatacagtgaggccactggtaagggggaaagcccttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccagaacagggggaaaagttcctaaGACACGTGAAA-CCAGG--GCGCCGGGAG-A-A--GTA-C-A--G-----GCAC---GTG--AA-T-----TT-----AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAAGAT--ATGAA-TC---GGATTG-TGGTAGGTTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATTAC---CC-A-------A----GGA---GTGAACCCGAg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACACGTGAAA-CCAGG--GCGCCGAAG--A-A--GTA-C-A--G------CAT---GTC--CG-T-----TTT----AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAAGAT--A-GGATTC---GGATTG-CGGTA-GCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-ACTTAATCAC---CCAA-------G----GAA---GTGAACCCAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tACGTGAAA-CCAGGCGGCGC-GGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----ACAT---GTG--CGTT-----TT-----AAGGC-AC-AC-ACCT--TT---T---TGAGGAC---AGTAGA-GAAGAT--ATGAA-TC---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------A----GAA---GTGCACCCGA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGAAA-CCAGG---CGCCGGAGG-A-AAAGTA-C----------GAAT---GTG--CG-T-----TTT----AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CTGAGGAC---AGTAGA-TAAGAC--AGGAA-TC---GGATTGGTGGTAGGCTGGTAGCAACTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------A----GGA---GTG-ACCCGAg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cacctTGAAA-CCAGG--GCGCCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----GCAT---GTG--CGTT-----TT-----AAGGC-A--CC-ACCT--TT---T--CCAAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---GGATTG-TAGTAGGCT-GTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-T-AA-GCTTACTCAC---CC-A-------A----GGA---GTGAACCCGA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGAAA-CCAGG--GCGCCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----ACGT---GTG--CG-TA----TT-----AAGAC-CC-TC-ACCT--TT---T--CATAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--GTGGA-TC---G------TGGTAGGCTGGTAGTAGCACGGAGGTTG--GGC-TGAA-GTTTAATCAA---CC-A-------G----GGA---GTGGACC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ctATGTGAAA-CTAGG--GCACCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----GCGT---GTG--CG-T-----TTT----AAGGT-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAT---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC--------G-TGGTAGGCTGGTAGCAGCT--GAAGTTT---TC-TATA-G--TAATCAC---CC-A-------G----GGA---GTGAACCCGAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CACGTGAAA-CCAGG--GCGCTGGAGG-A-A--GTA-C-A--ATACATGCAT---GTG--CG-T-----TTT----AAGGC-AT-CC-ACTT--TT---C--CTGCAGAC---AGTAAA-GTGGAT--GTGGA-TC---G--------------TGGTAGCAACCCGGAGGTTG--AGC-TGGA-AATTGATCAC---AC-A-------G----GGA---g
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GTGAAA-CTAGG--GTGACGGAGG-A-A--GTA-C-A--C-----GTGC---GTG--TATT-----TT-----AATGC-AT-CC-ACCT--TT---T---------C---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---G--------------TGGTAGCAGCCCGGAGATTA--AGC-TGAA-ATTTGATCGT---CC-AGGGATTCG----GGA---GTGGACCCGAag
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GA-TC---GGATTG-TGGTAAGCTAGTA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------A----GGA---GTAAACCCGAcctactggtacctattgtggaatcttcccaagtttcagtagaggtttagctgaagcttaatcacccaaggagtaaacccgagaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                       gatcggattgtggtaagctagtacctactggtacctattgtggaatcttcccaagtttcagACGTGAAA-CTCGG--GTGACGGAGG-A-A--GTA-C-A--C-----GCGC---TTG--CA-T-----TTT----AAGGC-AT-CC-ACCT--TT---T--CCGAGAAC---AGTAGA-GAGGAT--ATTGA-TC---G--------------TGGTAGCAGCCCAGAGGTTA--AGC-TGGA-GTTgaa
gi|21                         :                                                                                                                             tatggagtgccctgggaccataagtcaggaagacgcacaacgagctgacaacaccttcttctaggaacgacagctagcccctgtatcgctttaaagcccctgggttaaattgaagcgtagttttatgctttggtcgggagccaatgataggtttgatacctacagagagaccagtagtcaggagaaatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctagaataggaaaaagaaacgttcctAGG-AAAGAT--ATGAA-TC---AGATTG-AGGT-GGCTGGTAGCAGCTTAGATG-TT--AGC-TGTG-ACTGAATCAC---CCAA-------G----AGA---GTGAcgggagtggatgca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaccagggcgcggaACGTGAAA-CCAGG--GTGCCGGAGG----------------------CAC-----------T-----TT-----AAGGC-AT-CC-GCCT--TT---T--C----------AGTAGA-GAGGAT--GCGGA-TC---G--------------TGGTAGCAGTCTGAAGGTTA--AGC-TGGA-ATCTGATCGT---CC-AGGGGTTTG----GGA---GTGGGCCCGAgatcc
gi|4                          :             gccctgataccataagataggaagcgcacgaggagctgacgacaccttctactaggaacgaccgccagcccctgcctcgctctaaagccccaaggttcaattgtatgatagttttatgctctagtctggagccaatgataggttttatacctacagagagtccactagtcaggagaaatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcagaatagggaaaaggaacgtatttACGTGAA--CCATC--GTGCCGGAGA-A-A--GTA-C-ACCG-----GCG----GTGTCCATT-----TT-----AAGGC-AT-CC-ACA---TT---T--CCGAGGAC---ACTAGATGAGGAT--ATGGA-TCATGGGATT-----------------AGCCCGGAGGTTA--AGA-TGGACGTTTGAT-GT---CC-A-------G----GAA---g
gi|7                          :                                       agatcgccccgggaaccataataggggcgcacaagaagtcacgagcaacaaaaaatgtagaaagaccccgcaacacatgcgtcctctaaagcccaagcgtaattgaagtatctagccctggtctgagttcaatgaagttgataccacaaaagccgactaccagagaatccttgcttgcccaagatctgatgtgcttcgtaggaagactgaatcgtcatcataagacagaggcagaatgtctaaaaaaaccagacgctcgcaacagagaaaagaaacgtcctgGACACGTGGAA-TCAGG--GTGT-GGAAG-ACA--GTAAC-A--G-----GTGCTCGGTG--GG-TAGACATTCTCAAAAGGCTAC-CCCACCTGTTTGGGT--CCAACAAC---A-TAGA-G-GGATTTACAGA-TC---AG---G-TA--AGGCTGGTAGCAGCCCGGAGGTTTG-AGCTTGAA-G-TTAATCAC---CC-A-------G----GGA---GTGttcgggagtgacc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CACGTGAAAACCAGG--GCGCCGGAGG-A-A--GTG-C-A--G-----GCAT---GTG--CG-T-----TTT----AAGAC-AC-CT-ACCT--TT---T--CCGAGGAT---AGTAGA-GAAGAT--AGGAA-TG---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTGATCAC---TC-A-------A----GGA---GTGAACCCGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cGACATGTGAAA-CCAGG--ACGCCGGAGA-T-A--ATA-C-A--G-----ACGT---GTA--CG-T-----TTT----AAGGC-AC-GC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------A----GGA---GAGAACCCG
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTGGAGTGACCTGGCACCTTAAGTTAGGAAGCTCATAATTAGGAGTTGACAGCACCTTCTACTAGGAACGGACCCCCACCTCCTCCTCCAGCGTCGCTCTAAAGTCCAAAGATTGAATTGAAGGGTGGTTTTAAGTTTTATACATACATGTACCTACAGAGAGCCCACTTGTTAGTAGAAGCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCC
Unaligned ( gi|6 ): TGAGAATTTCCTTATGGGAGTGCATGGCACCATATAGGTAGAAGGACACCGAGTAGACGGCAATTCTGTTAGAACGCTCCAGGCTTCCAGCGTCATCGATTCGTCTAGAGACAATGATTACAGTGAGGCCACTGGTAAGGGGAAGCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCAGAACAGGGGGAAAAGTTCCT
Unaligned ( gi|20 ): AATGGAGTCCTCCTGTTCACCTGAAGTACAGAAGCAAAAAGGAGCTGACACGCATTCTACTAGGAATGAACCCCAGCCCCAGCGTCACTCTAAAGTCCC
Unaligned ( gi|22 ): ATCGTCTTGGAGCCCAGATAGGTTTGATTTACCTACAAAGAGCCCAACTAGTCAGGGAGAA
Unaligned ( gi|23 ): ACAGCAGCTTCTACTAGGAACAACCCCCAGCCTCAGCGTCGCCCTAAAGTCCC






Alignments
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lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            5    44           5 5 44   5 5 99999999   1111   666666      444     5  5  5    44  444 44        444      4      22     2  2222222222222222             1        33   2    2 3        111  7 999999999999   111          
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GACACGTGAAA-CCAG--GGCGCCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----GCGC---GTG------CGTTTT---AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------G----GGA---GTGAACCCGA
Reference ( family-512 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GACACGTGAAA-CCAG--GGCGCCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----GCGC---GTG------CGTTTT---AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------G----GGA---GTGAACCCGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACGTGAAA-CCAG--GGCGCCGGAGGAA-A--ATG-CAA--G-----GCGC---TTG------TG-TTT---AAAAC-ACTCC-ACCT--TT---TCCCCGAGGACGGTAGTAGA-GAGGAT-----GA----------TG-TGATTGACTGG--GTA------AGGTTTGAGGC-TG-G-GTTTGATCGCCAGCC-G-------GAATCGGAAGTGCGAACCCGA
gi|10                         : ccttatggagtgcatggcacccatatatggttcagaaggcacacaaggaggtgacggcaacgcttctattaaggaacgactgccaaggctccggcgtcgctcggaaggtccaacgggtttattgtagggtaagttctattttatcgattccgtctagagacaagtgaatacagtgaggccactggtaagggggaaagcccttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccagaacagggggaaaagttcctaaGACACGTGAAA-CCAG--GGCGCCGGGAG-A-A--GTA-C-A--G-----GCAC---GTG------AATTT----AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAAGAT--ATGAA-TC---GGATTG-TGGTAGGTTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATTAC---CC-A-------A----GGA---GTGAACCCGAg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACACGTGAAA-CCAG--GGCGCCGAAG--A-A--GTA-C-A--G------CAT---GTC------CGTTTT---AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAAGAT--A-GGATTC---GGATTG-CGGTA-GCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-ACTTAATCAC---CCAA-------G----GAA---GTGAACCCAA
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGAAA-CCAG--GGCGCCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----ACGT---GTG------CGTATT---AAGAC-CC-TC-ACCT--TT---T--CATAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--GTGGA-TC--------G-TGGTAGGCTGGTAGTAGCACGGAGGTTG--GGC-TGAA-GTTTAATCAA---CC-A-------G----GGA---GTGGACC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ctATGTGAAA-CTAG--GGCACCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----GCGT---GTG------CGTTTT---AAGGT-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAT---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC--------G-TGGTAGGCTGGTAGCAGCT--GAAGTTT---TC-TATA-G--TAATCAC---CC-A-------G----GGA---GTGAACCCGAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CACGTGAAA-CCAG--GGCGCTGGAGG-A-A--GTA-C-A--ATACATGCAT---GTG------CGTTTT---AAGGC-AT-CC-ACTT--TT---C--CTGCAGAC---AGTAAA-GTGGAT--GTGGA-TC---G--------------TGGTAGCAACCCGGAGGTTG--AGC-TGGA-AATTGATCAC---AC-A-------G----GGA---g
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GTGAAA-CTAG--GGTGACGGAGG-A-A--GTA-C-A--C-----GTGC---GTG------TATTTT---AATGC-AT-CC-ACCT--TT---T---------C---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---G--------------TGGTAGCAGCCCGGAGATTA--AGC-TGAA-ATTTGATCGT---CC-AGGGATTCG----GGA---GTGGACCCGAag
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GA-TC---GGATTG-TGGTAAGCTAGTA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------A----GGA---GTAAACCCGAcctactggtacctattgtggaatcttcccaagtttcagtagaggtttagctgaagcttaatcacccaaggagtaaacccgagaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                       gatcggattgtggtaagctagtacctactggtacctattgtggaatcttcccaagtttcagACGTGAAA-CTCG--GGTGACGGAGG-A-A--GTA-C-A--C-----GCGC---TTG------CATTTT---AAGGC-AT-CC-ACCT--TT---T--CCGAGAAC---AGTAGA-GAGGAT--ATTGA-TC---G--------------TGGTAGCAGCCCAGAGGTTA--AGC-TGGA-GTTgaa
gi|21                         :                                                                                                                          tatggagtgccctgggaccataagtcaggaagacgcacaacgagctgacaacaccttcttctaggaacgacagctagcccctgtatcgctttaaagcccctgggttaaattgaagcgtagttttatgctttggtcgggagccaatgataggtttgatacctacagagagaccagtagtcaggagaaatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctagaataggaaaaagaaacgttcctAGG-AAAGAT--ATGAA-TC---AGATTG-AGGT-GGCTGGTAGCAGCTTAGATG-TT--AGC-TGTG-ACTGAATCAC---CCAA-------G----AGA---GTGAcgggagtggatgca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaccagggcgcggaACGTGAAA-CCAG--GGTGCCGGAGG-------------------------------------CACTTT---AAGGC-AT-CC-GCCT--TT---T--C----------AGTAGA-GAGGAT--GCGGA-TC---G--------------TGGTAGCAGTCTGAAGGTTA--AGC-TGGA-ATCTGATCGT---CC-AGGGGTTTG----GGA---GTGGGCCCGAgatcc
gi|4                          :             gccctgataccataagataggaagcgcacgaggagctgacgacaccttctactaggaacgaccgccagcccctgcctcgctctaaagccccaaggttcaattgtatgatagttttatgctctagtctggagccaatgataggttttatacctacagagagtccactagtcaggagaaatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcagaatagggaaaaggaacgtatttACGTGAA--CCAT--CGTGCCGGAGA-A-A--GTA-C-ACCG-----GCG----GTGTC----CATTTT---AAGGC-AT-CC-ACAT--TT------CCGAGGAC---ACTAGATGAGGAT--ATGGA-TCATGGGATT-----------------AGCCCGGAGGTTA--AGA-TGGACGTTTGAT-GT---CC-A-------G----GAA---g
gi|7                          :                                       agatcgccccgggaaccataataggggcgcacaagaagtcacgagcaacaaaaaatgtagaaagaccccgcaacacatgcgtcctctaaagcccaagcgtaattgaagtatctagccctggtctgagttcaatgaagttgataccacaaaagccgactaccagagaatccttgcttgcccaagatctgatgtgcttcgtaggaagactgaatcgtcatcataagacagaggcagaatgtctaaaaaaaccagacgctcgcaacagagaaaagaaacgtcctgGACACGTGGAA-TCAG--GGTGT-GGAAG-ACA--GTAAC-A--G-----GTGCTCGGTGGGTAGACATTCTCAAAAGGCTAC-CCCACCTGTTTGGGT--CCAACAAC---A-TAGA-G-GGATTTACAGA-TC---AG---G-TA--AGGCTGGTAGCAGCCCGGAGGTTTG-AGCTTGAA-G-TTAATCAC---CC-A-------G----GGA---GTGttcgggagtgacc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CACGTGAAAACCAG--GGCGCCGGAGG-A-A--GTG-C-A--G-----GCAT---GTG------CGTTTT---AAGAC-AC-CT-ACCT--TT---T--CCGAGGAT---AGTAGA-GAAGAT--AGGAA-TG---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTGATCAC---TC-A-------A----GGA---GTGAACCCGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cGACATGTGAAA-CCAG--GACGCCGGAGA-T-A--ATA-C-A--G-----ACGT---GTA------CGTTTT---AAGGC-AC-GC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------A----GGA---GAGAACCCG
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GACACGTGAAA-CCAG--GGCGCCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----GCGC---GTG------CGTTTT---AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------G----GGA---GTGAACCCGA
Reference ( family-512 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GACACGTGAAA-CCAG--GGCGCCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----GCGC---GTG------CGTTTT---AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------G----GGA---GTGAACCCGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACGTGAAA-CCAG--GGCGCCGGAGGAA-A--ATG-CAA--G-----GCGC---TTG------TG-TTT---AAAAC-ACTCC-ACCT--TT---TCCCCGAGGACGGTAGTAGA-GAGGAT-----GA----------TG-TGATTGACTGG--GTA------AGGTTTGAGGC-TG-G-GTTTGATCGCCAGCC-G-------GAATCGGAAGTGCGAACCCGA
gi|10                         : ccttatggagtgcatggcacccatatatggttcagaaggcacacaaggaggtgacggcaacgcttctattaaggaacgactgccaaggctccggcgtcgctcggaaggtccaacgggtttattgtagggtaagttctattttatcgattccgtctagagacaagtgaatacagtgaggccactggtaagggggaaagcccttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccagaacagggggaaaagttcctaaGACACGTGAAA-CCAG--GGCGCCGGGAG-A-A--GTA-C-A--G-----GCAC---GTG------AATTT----AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAAGAT--ATGAA-TC---GGATTG-TGGTAGGTTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATTAC---CC-A-------A----GGA---GTGAACCCGAg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACACGTGAAA-CCAG--GGCGCCGAAG--A-A--GTA-C-A--G------CAT---GTC------CGTTTT---AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAAGAT--A-GGATTC---GGATTG-CGGTA-GCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-ACTTAATCAC---CCAA-------G----GAA---GTGAACCCAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tACGTGAAA-CCAGGCGGCG-CGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----ACAT---GTG------CGTTTT---AAGGC-AC-AC-ACCT--TT---T---TGAGGAC---AGTAGA-GAAGAT--ATGAA-TC---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------A----GAA---GTGCACCCGA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGAAA-CCAG--G-CGCCGGAGG-A-AAAGTA-C----------GAAT---GTG------CGTTTT---AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CTGAGGAC---AGTAGA-TAAGAC--AGGAA-TC---GGATTGGTGGTAGGCTGGTAGCAACTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------A----GGA---GTG-ACCCGAg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cacctTGAAA-CCAG--GGCGCCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----GCAT---GTG------CGTTTT---AAGGC-AC-C--ACCT--TT---T--CCAAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---GGATTG-TAGTAGGCT-GTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-T-AA-GCTTACTCAC---CC-A-------A----GGA---GTGAACCCGA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGAAA-CCAG--GGCGCCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----ACGT---GTG------CGTATT---AAGAC-CC-TC-ACCT--TT---T--CATAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--GTGGA-TC--------G-TGGTAGGCTGGTAGTAGCACGGAGGTTG--GGC-TGAA-GTTTAATCAA---CC-A-------G----GGA---GTGGACC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ctATGTGAAA-CTAG--GGCACCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----GCGT---GTG------CGTTTT---AAGGT-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAT---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC--------G-TGGTAGGCTGGTAGCAGCT--GAAGTTT---TC-TATA-G--TAATCAC---CC-A-------G----GGA---GTGAACCCGAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CACGTGAAA-CCAG--GGCGCTGGAGG-A-A--GTA-C-A--ATACATGCAT---GTG------CGTTTT---AAGGC-AT-CC-ACTT--TT---C--CTGCAGAC---AGTAAA-GTGGAT--GTGGA-TC---G--------------TGGTAGCAACCCGGAGGTTG--AGC-TGGA-AATTGATCAC---AC-A-------G----GGA---g
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GTGAAA-CTAG--GGTGACGGAGG-A-A--GTA-C-A--C-----GTGC---GTG------TATTTT---AATGC-AT-CC-ACCT--TT---T---------C---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---G--------------TGGTAGCAGCCCGGAGATTA--AGC-TGAA-ATTTGATCGT---CC-AGGGATTCG----GGA---GTGGACCCGAag
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GA-TC---GGATTG-TGGTAAGCTAGTA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------A----GGA---GTAAACCCGAcctactggtacctattgtggaatcttcccaagtttcagtagaggtttagctgaagcttaatcacccaaggagtaaacccgagaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                       gatcggattgtggtaagctagtacctactggtacctattgtggaatcttcccaagtttcagACGTGAAA-CTCG--GGTGACGGAGG-A-A--GTA-C-A--C-----GCGC---TTG------CATTTT---AAGGC-AT-CC-ACCT--TT---T--CCGAGAAC---AGTAGA-GAGGAT--ATTGA-TC---G--------------TGGTAGCAGCCCAGAGGTTA--AGC-TGGA-GTTgaa
gi|21                         :                                                                                                                          tatggagtgccctgggaccataagtcaggaagacgcacaacgagctgacaacaccttcttctaggaacgacagctagcccctgtatcgctttaaagcccctgggttaaattgaagcgtagttttatgctttggtcgggagccaatgataggtttgatacctacagagagaccagtagtcaggagaaatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctagaataggaaaaagaaacgttcctAGG-AAAGAT--ATGAA-TC---AGATTG-AGGT-GGCTGGTAGCAGCTTAGATG-TT--AGC-TGTG-ACTGAATCAC---CCAA-------G----AGA---GTGAcgggagtggatgca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaccagggcgcggaACGTGAAA-CCAG--GGTGCCGGAGG-------------------------------------CACTTT---AAGGC-AT-CC-GCCT--TT---T--C----------AGTAGA-GAGGAT--GCGGA-TC---G--------------TGGTAGCAGTCTGAAGGTTA--AGC-TGGA-ATCTGATCGT---CC-AGGGGTTTG----GGA---GTGGGCCCGAgatcc
gi|4                          :             gccctgataccataagataggaagcgcacgaggagctgacgacaccttctactaggaacgaccgccagcccctgcctcgctctaaagccccaaggttcaattgtatgatagttttatgctctagtctggagccaatgataggttttatacctacagagagtccactagtcaggagaaatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcagaatagggaaaaggaacgtatttACGTGAA--CCAT--CGTGCCGGAGA-A-A--GTA-C-ACCG-----GCG----GTGTC----CATTTT---AAGGC-AT-CC-ACAT--TT------CCGAGGAC---ACTAGATGAGGAT--ATGGA-TCATGGGATT-----------------AGCCCGGAGGTTA--AGA-TGGACGTTTGAT-GT---CC-A-------G----GAA---g
gi|7                          :                                       agatcgccccgggaaccataataggggcgcacaagaagtcacgagcaacaaaaaatgtagaaagaccccgcaacacatgcgtcctctaaagcccaagcgtaattgaagtatctagccctggtctgagttcaatgaagttgataccacaaaagccgactaccagagaatccttgcttgcccaagatctgatgtgcttcgtaggaagactgaatcgtcatcataagacagaggcagaatgtctaaaaaaaccagacgctcgcaacagagaaaagaaacgtcctgGACACGTGGAA-TCAG--GGTGT-GGAAG-ACA--GTAAC-A--G-----GTGCTCGGTGGGTAGACATTCTCAAAAGGCTAC-CCCACCTGTTTGGGT--CCAACAAC---A-TAGA-G-GGATTTACAGA-TC---AG---G-TA--AGGCTGGTAGCAGCCCGGAGGTTTG-AGCTTGAA-G-TTAATCAC---CC-A-------G----GGA---GTGttcgggagtgacc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CACGTGAAAACCAG--GGCGCCGGAGG-A-A--GTG-C-A--G-----GCAT---GTG------CGTTTT---AAGAC-AC-CT-ACCT--TT---T--CCGAGGAT---AGTAGA-GAAGAT--AGGAA-TG---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTGATCAC---TC-A-------A----GGA---GTGAACCCGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cGACATGTGAAA-CCAG--GACGCCGGAGA-T-A--ATA-C-A--G-----ACGT---GTA------CGTTTT---AAGGC-AC-GC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------A----GGA---GAGAACCCG


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            A    GC           . C AA   A . ATACAT     CTCG   GGTAGA      CAA     T  .  C    GT  GGG .         .        T      TT     T  GGATTGGTGGTAG                         G    T    C C        .    A GGGATTCG       .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .    .            . . .    . . CCG        C      TC          .       .  .  .    .   .   .         .        .      .      .  GGATTGTGGTAG                          .    .    . C        .    A GGGGTTTG       .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .    .            . . .    . . G          T      .           .       .  .  .    .   .   .         .        .      .      .  GGATTGTGGTAG                          .    .    . C        .    . A              .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .    .            . . .    . . G          T      .           .       .  .  .    .   .   .         .        .      .      .  GGATTGTAGTAG                          .    .    . C        .    . G              .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .    .            . . .    . . G          T      .           .       .  .  .    .   .   .         .        .      .      .  GGATTGTGGTAA                          .    .    . C        .    . A              .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .    .            . . .    . . G          T      .           .       .  .  .    .   .   .         .        .      .      .  GGATTGTGGTAG                          .    .    . T        .    . A              .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .    .            . . .    . . G          T      .           .       .  .  .    .   .   .         .        .      .      .  GGATTGTGGTAG                          .    .    . A        .    . A              .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .    .            . . .    . . G          T      .           .       .  .  .    .   .   .         .        .      .      .  GGATTGCGGTA                           .    .    . T        .    . G              .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .    .            . . .    . . C          T      .           .       .  .  .    .   .   .         .        .      .      .  AGATTGAGGTG                           .    .    . C        .    . G              .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .    .            . . .    . . C          C      .           .       .  .  .    .   .   .         .        .      .      .  ATGGGATT                              .    .    . T        .    . G              .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .    .            . . .    . . G          C      .           .       .  .  .    .   .   .         .        .      .      .  GTGGTAG                               .    .    . C        .    . A              .  
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consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GACACGTGAAA-CCAG--GGCGCCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----GCGC---GTG------CGTTTT---AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------G----GGA---GTGAACCCGA
Reference ( family-512 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GACACGTGAAA-CCAG--GGCGCCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----GCGC---GTG------CGTTTT---AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------G----GGA---GTGAACCCGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACGTGAAA-CCAG--GGCGCCGGAGGAA-A--ATG-CAA--G-----GCGC---TTG------TG-TTT---AAAAC-ACTCC-ACCT--TT---TCCCCGAGGACGGTAGTAGA-GAGGAT-----GA----------TG-TGATTGACTGG--GTA------AGGTTTGAGGC-TG-G-GTTTGATCGCCAGCC-G-------GAATCGGAAGTGCGAACCCGA
gi|10                         : ccttatggagtgcatggcacccatatatggttcagaaggcacacaaggaggtgacggcaacgcttctattaaggaacgactgccaaggctccggcgtcgctcggaaggtccaacgggtttattgtagggtaagttctattttatcgattccgtctagagacaagtgaatacagtgaggccactggtaagggggaaagcccttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccagaacagggggaaaagttcctaaGACACGTGAAA-CCAG--GGCGCCGGGAG-A-A--GTA-C-A--G-----GCAC---GTG------AATTT----AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAAGAT--ATGAA-TC---GGATTG-TGGTAGGTTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATTAC---CC-A-------A----GGA---GTGAACCCGAg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACACGTGAAA-CCAG--GGCGCCGAAG--A-A--GTA-C-A--G------CAT---GTC------CGTTTT---AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAAGAT--A-GGATTC---GGATTG-CGGTA-GCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-ACTTAATCAC---CCAA-------G----GAA---GTGAACCCAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tACGTGAAA-CCAGGCGGCG-CGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----ACAT---GTG------CGTTTT---AAGGC-AC-AC-ACCT--TT---T---TGAGGAC---AGTAGA-GAAGAT--ATGAA-TC---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------A----GAA---GTGCACCCGA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGAAA-CCAG--G-CGCCGGAGG-A-AAAGTA-C----------GAAT---GTG------CGTTTT---AAGGC-AC-CC-ACCT--TT---T--CTGAGGAC---AGTAGA-TAAGAC--AGGAA-TC---GGATTGGTGGTAGGCTGGTAGCAACTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------A----GGA---GTG-ACCCGAg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cacctTGAAA-CCAG--GGCGCCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----GCAT---GTG------CGTTTT---AAGGC-AC-C--ACCT--TT---T--CCAAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---GGATTG-TAGTAGGCT-GTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-T-AA-GCTTACTCAC---CC-A-------A----GGA---GTGAACCCGA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGAAA-CCAG--GGCGCCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----ACGT---GTG------CGTATT---AAGAC-CC-TC-ACCT--TT---T--CATAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--GTGGA-TC--------G-TGGTAGGCTGGTAGTAGCACGGAGGTTG--GGC-TGAA-GTTTAATCAA---CC-A-------G----GGA---GTGGACC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ctATGTGAAA-CTAG--GGCACCGGAGG-A-A--GTA-C-A--G-----GCGT---GTG------CGTTTT---AAGGT-AC-CC-ACCT--TT---T--CCGAGGAT---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC--------G-TGGTAGGCTGGTAGCAGCT--GAAGTTT---TC-TATA-G--TAATCAC---CC-A-------G----GGA---GTGAACCCGAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CACGTGAAA-CCAG--GGCGCTGGAGG-A-A--GTA-C-A--ATACATGCAT---GTG------CGTTTT---AAGGC-AT-CC-ACTT--TT---C--CTGCAGAC---AGTAAA-GTGGAT--GTGGA-TC---G--------------TGGTAGCAACCCGGAGGTTG--AGC-TGGA-AATTGATCAC---AC-A-------G----GGA---g
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GTGAAA-CTAG--GGTGACGGAGG-A-A--GTA-C-A--C-----GTGC---GTG------TATTTT---AATGC-AT-CC-ACCT--TT---T---------C---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---G--------------TGGTAGCAGCCCGGAGATTA--AGC-TGAA-ATTTGATCGT---CC-AGGGATTCG----GGA---GTGGACCCGAag
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GA-TC---GGATTG-TGGTAAGCTAGTA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------A----GGA---GTAAACCCGAcctactggtacctattgtggaatcttcccaagtttcagtagaggtttagctgaagcttaatcacccaaggagtaaacccgagaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                       gatcggattgtggtaagctagtacctactggtacctattgtggaatcttcccaagtttcagACGTGAAA-CTCG--GGTGACGGAGG-A-A--GTA-C-A--C-----GCGC---TTG------CATTTT---AAGGC-AT-CC-ACCT--TT---T--CCGAGAAC---AGTAGA-GAGGAT--ATTGA-TC---G--------------TGGTAGCAGCCCAGAGGTTA--AGC-TGGA-GTTgaa
gi|21                         :                                                                                                                          tatggagtgccctgggaccataagtcaggaagacgcacaacgagctgacaacaccttcttctaggaacgacagctagcccctgtatcgctttaaagcccctgggttaaattgaagcgtagttttatgctttggtcgggagccaatgataggtttgatacctacagagagaccagtagtcaggagaaatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctagaataggaaaaagaaacgttcctAGG-AAAGAT--ATGAA-TC---AGATTG-AGGT-GGCTGGTAGCAGCTTAGATG-TT--AGC-TGTG-ACTGAATCAC---CCAA-------G----AGA---GTGAcgggagtggatgca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaccagggcgcggaACGTGAAA-CCAG--GGTGCCGGAGG-------------------------------------CACTTT---AAGGC-AT-CC-GCCT--TT---T--C----------AGTAGA-GAGGAT--GCGGA-TC---G--------------TGGTAGCAGTCTGAAGGTTA--AGC-TGGA-ATCTGATCGT---CC-AGGGGTTTG----GGA---GTGGGCCCGAgatcc
gi|4                          :             gccctgataccataagataggaagcgcacgaggagctgacgacaccttctactaggaacgaccgccagcccctgcctcgctctaaagccccaaggttcaattgtatgatagttttatgctctagtctggagccaatgataggttttatacctacagagagtccactagtcaggagaaatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcagaatagggaaaaggaacgtatttACGTGAA--CCAT--CGTGCCGGAGA-A-A--GTA-C-ACCG-----GCG----GTGTC----CATTTT---AAGGC-AT-CC-ACAT--TT------CCGAGGAC---ACTAGATGAGGAT--ATGGA-TCATGGGATT-----------------AGCCCGGAGGTTA--AGA-TGGACGTTTGAT-GT---CC-A-------G----GAA---g
gi|7                          :                                       agatcgccccgggaaccataataggggcgcacaagaagtcacgagcaacaaaaaatgtagaaagaccccgcaacacatgcgtcctctaaagcccaagcgtaattgaagtatctagccctggtctgagttcaatgaagttgataccacaaaagccgactaccagagaatccttgcttgcccaagatctgatgtgcttcgtaggaagactgaatcgtcatcataagacagaggcagaatgtctaaaaaaaccagacgctcgcaacagagaaaagaaacgtcctgGACACGTGGAA-TCAG--GGTGT-GGAAG-ACA--GTAAC-A--G-----GTGCTCGGTGGGTAGACATTCTCAAAAGGCTAC-CCCACCTGTTTGGGT--CCAACAAC---A-TAGA-G-GGATTTACAGA-TC---AG---G-TA--AGGCTGGTAGCAGCCCGGAGGTTTG-AGCTTGAA-G-TTAATCAC---CC-A-------G----GGA---GTGttcgggagtgacc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CACGTGAAAACCAG--GGCGCCGGAGG-A-A--GTG-C-A--G-----GCAT---GTG------CGTTTT---AAGAC-AC-CT-ACCT--TT---T--CCGAGGAT---AGTAGA-GAAGAT--AGGAA-TG---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTGATCAC---TC-A-------A----GGA---GTGAACCCGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cGACATGTGAAA-CCAG--GACGCCGGAGA-T-A--ATA-C-A--G-----ACGT---GTA------CGTTTT---AAGGC-AC-GC-ACCT--TT---T--CCGAGGAC---AGTAGA-GAGGAT--ATGGA-TC---GGATTG-TGGTAGGCTGGTAGCAGCTTAGAGGTTT--AGC-TGAA-GCTTAATCAC---CC-A-------A----GGA---GAGAACCCG
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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