lowQualScore                  :       1                                                                                                                         11           1111               11                                                                               1111      
lowQualScore                  :       2     11  1 5 1  2 4444   1  2 11 8  1 1 2   2 1    555555555  1 6666666666 777777777 55555555 1  1  6666    1 88888 1    55      11 1 7777  2   1    1 2 11 22 11  1   22     2 1 2222    1 1 4444444 1  1 1    1 22   11  1  1 11 1      2222   5  
lowQualScore                  :       .     ..  . . .  . ....   .  . .. .  . . .   . .    .........  . .......... ......... ........ .  .  ....    . ..... .    ..      .. . ....  .   .    . . .. .. ..  .   ..     . . ....    . . ....... .  . .    . ..   ..  .  . .. .      ....   .  
lowQualScore                  :       9     99  3 3 3  7 7777   3  5 77 3  1 1 3   3 1    666666666  1 0000000000 111111111 11111111 1  1  3333    1 00000 1    66      44 1 6666  3   1    1 3 66 77 66  1   88     4 2 5555    2 2 9999999 2  2 2    3 11   88  3  3 88 3      5555   1  
consensus                     :    TATATACCA--AA-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA----TTTT-A----TC-AGTT-AAGAAAG-AA-AA---TA-CTG-GTAT-T-TT-T--A--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-AC-ACA--TC-AA-T--T-TTGAAG--AAAAACAA
Reference ( gi|13 )           :    TATTTACCA--AA-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TTAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA----TTTT-A----CC-AGTT-TAGAAAG-AA-AT---TA-CTG-GTAT-T-TG-T--A--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-AC-ACA--TC-AA-T--T-TTGAAG--GGAAATAA
gi|6                          :    TATATACCA--AA-A-T-GA-T----CAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-A-ATGAATTAAACTTTT-T----------A---------A--------A-GT-GA----TTTT-A----TC-AGTT-AAGAAAG-AA-AA---TA-CTG-GTAA-T-TT-T--A--AA-CAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-A-AATC-AC-ACA--TC-AT-T--T-TTGACG--AAAAA
gi|23                         :   gTATATACTA--AA-A-T-GA-T----AAA----G--TAAT-A-T-TCT-A-ATGAA--------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA----TTTT-A----TC-AGTT-AAGAAAG-AA-A----TA-CTG-TTAT-T-T--T--A--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGA--A---------T-TC-A-CATC-AC-ACATTTC-AA-T--T-TTGACG--AAAAAa
gi|24                         :    TATACACCA--AA-A-T-GA-T----A----------------T-TTT-G-ATGG---------TT-T----------A---------A--------A-GC-GA----TTTT-A----TC-AGTT-AAGAAAG-AA-AA---TA-TTG-GTAT-T-TG-T--A--AT-AAC--ATCCG-A-T----TGAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-AA-AAA--TA-AA-T--T-TTG-AC--GAAAACAAa
gi|33                         :  cgTATATACCA--AA-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-A-ATGA---------TT-T----------AAACTTTTTAA--------A-GT-GA----TTTT-A----TC-AGTT-AAGAAAG-AA-AA---TA-CTG-GTAA-T-TT-T--A--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-tca
gi|21                         :    TATATATAA--AA-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------G---------A--------A-TT-GA----TTTT-A----TC-CGTT-AAGAAAG-TA-AA---TA-CTG-GTATAT-TT-T--A--AT-AAT--ATTCG-A-T----GGAT-A-C-----T-G-TT-A-CACC-AC-TCT--TC-AA-T--T-TTGAAG--
gi|20                         :    TATATACCA--GG-A-T-GA-T----GGA-AT-G--TTAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-AT-GA----TTTT-A----TT-AGTT-ACGAAAG-----TTTGTA-CTG-GTAT-T-TT-T--A--AC-AAT--ATTCA-A-T----TGAT-A-T-----C-T-TT-A-CATC-AT-ACA--TC-AA-T--T-TAGAA----GAAATaa
gi|8                          :    TATATACCA--AA-A-T-GA-T----AAA-A--G--TAAT-A-T-TT--G-ATGG---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA----TTT--A----TC-AGTT-AAGAAAG-GA-AA---AA-CTG-GTAT-T-TG-T--A--AT-AAC--ATCCGTT-T----TGA--A-T-----T-T-TC-A-CATC-AA-ACA--TA-AA-TGAT-TGGACG--AAAAACAA
gi|11                         :    TATATACCA--AA-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TAAT-A-TGTTT-G-ATTG---------TT-A----------AC--------A--------A-GT-GGAT--TTTT-G----TC-AGTT-AAGAAAG-AA-AA---TAACTG-GT---T-TG-T--A--AT-AG---ATTCG-A-T----TCAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-AA-ACA--TA-AA-T--T-TTGACG--AAAAAtcaat
gi|2                          :    TATATACCA--AA-T-T-GA-T----AAA-AA-A--TCAC-A-T-TTT-A-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-TA----TTTT-A----TC-AGatca
gi|4                          :  cgTATTACCCA--AA-A-T-TA-T----AAA-AAAG--TCAT-A-T-TTTTA-ATGG---------TT-T----------TTT-------A--------A-GT-GA----TTTT-A----TC-AGTT-AAGAATA-AA-A----TA-CTG-GTAT-T-AG-TA-A--AT-AAC--ATCCG-ATT----GAAT-C-T-----TCT-TC-A-CAT--AA-ACA--TA-AA-T--T-TTGAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaagaaagaaaatactggtatttttaacaacatccgatggatattttcaactcccacatcaattttgac
gi|10                         : tagTATATACCA--AA-AAT-GA-T----AAA-AAAG--TCAT-A-T-AA--A-ATGA---------TTGT----------A---------A--------A-GT-GA----TTTG-A----TCAAGTT-AAGAAAG-AATAA---TA--TG-GTAT-T-AC-T--A--AC--AC--ATCCA-A-T----GGAT---T-----T-T-TCAA-CATC-ACAACA--TC-AA-T--T-T---AA--CGAAATAAcaaaaacaatcaata
gi|43                         :    TATTTACCA--GA-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TTAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------N-Gatt
gi|14                         :    gATATACCA--AA-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TAAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GC-GA----TTTT-A----TC-AGTT-AAGAAAG-AA-AT---TA-CTC-ATAT-T-TA-T--A--AC-AAC--ATCCG-G-C----TGAT-A-T-----T-T-TC-A-CACC-AT-ATA--TC-AA-T--T-TTGACG--AAAAAAAAcat
gi|15                         :     ATATAGCA--AA-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-AT-GA----TTTT-A----TT-AGTT-AATAAAG-TA-TA---TA-CTG-GTAT-T-TT-T--A--AC-AAT--ATCCA-A-T----GGAT-A-T-----A-T-TC-A-CATC-AT-ACA--TC-AG-T--T-TAGAAG--AAAAAa
gi|25                         :     ATATACCA--AA-AAT-GA-------AA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGG---------TT-T----------A---------A--------AAGT-GA----TTTT-A----TC-AGTT-AAGAAAA-AA-A-----A-CTG-GTAT-C-TG-T--A--AT-AAC--ATCCG-A-T----TGAT-A-T-----T-T-TC-A-CA---GC-ATA--TCAAA-T--T-TTGAAagtc
gi|16                         :     ATATACCA--AC-A-T-GA-T----AAA-AA-T--TCAT-A-A-TTT-G-GTGA---------TT-T----------A---------A--------A-TT-GAATTTTTTT-A----C----TT-CAGAAA--AT-ATA--TA-CTG-GTAT-T-TT-T--A--AC-AAT--ATCCA-A-T----GGAT-A-T-----C-T-TC-G-CATC-AT-GCA--TC-AA-T--T-TAGAAG--AAAAAtca
gi|26                         :     ATATACCA--AA-AAT-GA-------AA-AA-G--TCAT-A-TGTTT-G-ATG----------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA----TTTTAA----TC-AGTT-AAGAAGA-AA-AT---AA-CTG-GTAT-C-TG-T-----AT-AAC--ATCCG-A-T----TGAT-A-T-----TCT-TC-A-CAGC-AT-A-----C-AA-T--T-TTGAAagt
gi|36                         :     ATATACCA--AA-A-TTAA-T----AAA-AA-G--TCAT-AAT-TTT-A-ATGA---------TT-TTAAACTTTTTA---------A--------A-GT-GA----TTTT-A----TC-AGTT-AAGAAAG-AA-AA---TA-CTG-GTAA-T-TT-T--A--AC-tca
gi|34                         :       TTACCA--AA-A-T-GAAT----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-A-ATGA---------TT-T----------A---------ACTTTTTAAA-GTTGA----TTTT-A----TC-AGTT-AAGAAAG-AA-AA---TA-CTG-GTAA-T-T--T--A--A--AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-
gi|12                         :    cgtaTACCA--AA-A-T-GA-T----AAA-CA-G--TTAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA----TTTT-A----TC-AGTT-AAGAAAG-TA-AA---TA-CTG-GTAT-T-TT-T--A--AC-AAT--ATCTG-A-T----GGAT-A-C-----C-T-TT-A-CATC-AC-ATA--GC-AA-T--T-TTGAAG--AAAAA
gi|17                         :      taTACCA--AA-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-C-TTT-G-ATAG---------TT-T----------A---------A--------A-TT-TA----TTTT-A----TC-AGTT-AAGAAAG-AA-A----TA-TCG-GTAT-T-TT-T--A--AT-AGC--ATCCG-A-T----TGAT-A-C-----T-T-TC-A-CATC-AA-ACA--T--AA-T--T-TTG-AC--GAAAACAAaatcaa
gi|1                          :    tgtaTACCA--AA-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-C-TTT-G-ATAG---------TT-T----------A---------A--------A-TT-TA----TTTT-A----TC-AGTT-AAGAAAG-AA-AA---TA-TCG-GTAT-T-TT-T--A--AT-AGC--ATCCG-A-T----TGATGA-T-----T-TGTC-A-CATC-AA-ACA--TA-AA-T--TATTGAtc
gi|7                          :    tgtaTACCATAAA-A-T-GT-T----AAA-A--G--CCATTA-T-TTT-G-GTGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA----TTTT-A----TC-AGTT-AAGAAAG-TA-AA---CA-CTG-GTAT-T-TT-A--A--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-C-----C-C-TC-A-CAGC-AC-ACA--TC-AA-T--T-cgaacacaacagcagacaatatctctatggccggcccactcttgaaaaatccttgtgaaaatccaacgactacaatagggtactgttacatcagactaaatcgtcctccaacttattatgtgct
gi|18                         :   ataaaTATCA--AA-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-A-TTT-G-ATTA---------GT-G----------A---------A--------A-AT-GA----TTTA-A----TC-AGTT-AAGAAAG-TA-TA---TA--TG-GTAT-T-TT-T--A--AC-AAT--ATCCG-A-T----GGAT-A-TCTTAGC-T-TC-A-CATC-AT-ACA--TC-AA-C--T-TTGAA-----AAACAAaaaaacaaaaacaaaa
gi|5                          :        TACCC--AA-A-T-GA-TTAAAAAA-AA-GGGTCGT-A-T-TTT-C-ATTA---------TT-T----------A---------G--------A-AT-GAA---GTTT-AAAATTC-AGTT-AAGAAAT-AT-AT----A-CTG-GTAT-T-TC-T--A--AC-A-T--GTCCG-A-T----GGAT-A-T-----CAT-GC-A-TATC-AT-ACA--TC-AATT--T-TTGAAG--GGGAAtc
gi|9                          :       taACCA--AA-A-T-GA-T----AAA-AA-G--T--T-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T--------------------A--------A-GT-GA-----TTT-A----TC-AGTT-TAGAAAGTAA-AA---TACCTG-GTAT-TGTT-T--A--AC-AAC--ATCCG-A------GAAT-A-C-----A-T-TC-A-CATC-AT-ACA--TC-AA-T--T-TTGACG--GAAAAaagt
gi|3                          :   tatataACCA--AACACT-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTG-A-ATGG---------CT-T----------A---------AG-------A-GC-GAT---TTTT-A----TC-AGTT-AAAACAG-AA-AA---TA-CTGTGTAT-TCTGTT--AATAC-AACCAATCCACA-TTTGAAAAT-A-T-----T-T-TC-A-aattcaat
gi|22                         :    ggtatcacA--AA-A-T--A-TCC--AAATAA-A--TAAT-A-T-TT--A-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA----TTTT-A----TC-AGTT-AAG-AAG-AA-AA---TA-CTT-GTAT-T-T--TAAA--ACAAAC--ATCCG-A-T-----GAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-AC-A-A--TC-AA-T--T-TTGAactattcaaatacacattgtgacgaaacatcata
gi|27                         :          gat--AA-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA----TTTT-A----TT-AGTT-AAGAAAG-TA-AT---TA-CTG-GTAT-T-TT-A--A--AG-AAT--GACCT-A-T----GCAT-A-C-----C-T-TC-A-TATC-AC-ACA--TC-AA-T--T-TTGAAGA-AGAAAcaaaaaaaat
gi|19                         :                A-A-T-GAAT----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTTTA-ATTA---------TT-T----------A---------A--------A--T-G-----TTTT-A----TC-AGTT-AAGAAAG-AA-AA---TA-CTG-GTAT-T-TT-T--A--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-ACCATC-AC-ACA--TC-AA-T--T-TTGAa
gi|28                         :                  tatatagcggaatAA-AA-G----AT-A-T-TTT-GTATGG---------TT-TT---------A---------A--------A-GC-TA----TTT--A----TC-AGTTATAGAAAG-AA-AT----A--TG-GTAT-T-TG-T--A--AT-AACA-ATCCG-A-T----TGAT-ATT-----T-T-TC-A-CATCAAA-ACA--TA-AA-T--T-TTG-AC--GAAAACAAcgaa
gi|32                         :                                    -G--TAAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA----TTTT-A----TC-AGTT-AAGAAAG-TA-AA---TA-CTG-GTAT-T-TT-T--A--AC-AAT--ATCCG-A-T----GGAT-A-C-----C-A-TC-A-CATC-AC-ACA--TC-AA-T--T-TTGAAGA-AGAAAatcca
gi|29                         :                                          AT-A-T-TTT-G-ATTA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA----TTTT-A----TC-CATT-TAGAAAG-AA-AA---TA-CTG-GTAT-T-TG-T--G--AC-AAC--ATCCG-A-T----GAAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-AC-ACA--TC-AA-T--T-TTGACG--AAAAAaa
gi|35                         :                                          AT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-AT-TA----TTTT-A----TT-AGTT-AAGAAAG-TA-TA---TA-CCG-GTGT-C-TT-T--A--AC-AAT--ATCCA-A-T----GGAT-A-T-----C-T-TC-A-CATC-AT-ACA--TC-AA-T--T-TAGAAGA-AGAAAaatcaata
gi|31                         :                                          cT-A-T-TTT-G-ATGG---------TT-T----------A---------A--------A-TT-GA----TTTT-A----TT-TATT-AAGAAAG-TA-TA---TA-CTG-GTAT-T-TC-T--A--AC-AAT--ATCCA-A-T----GAAT-A-T-----A-T-TC-A-CATC-AT-ACA--TC-AA-T--T-TAGAAG--AAAAAgtc
gi|30                         :                                                      -ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GC----TTTT-A----TC-AGTT-AAGAAAG-TA-AA---TA-CTG-GTAT-T-TT-G--A--AC-AAT--ATCTG-A-T----GGAT-A-C-----C-T-TC-A-CATC-AC-ATG--TA-AA-T--T-TTGAAGAAAGAAAAAAagtcaat
gi|2                          :                                                                                                                                   AGAAAG-AA-AA---TA-CTG-GTAT-T-TT-T--A--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-A-ACTC-CC-ACA--TC-AA-T--T-TTGAaaatcaatat

Unaligned ( gi|37 ): CAATGGCGGCCATCTTTGGAAAATTCCTTGAAATCGGAAGATAATAATACTTAATAGATAAATCTTGCTGAAAACAA
Unaligned ( gi|38 ): AATTTGGCGGCCTCTTGGAAAAATCCTTGAAATCTAAGATAATAATACTCATAGATCTAAAACTTGCTCAACTA
Unaligned ( gi|39 ): TCAATGGCGGCCATCTTGGAAAATCCTTGAAATCTAAGATAATAATACTTAATAGACTAAATCTTG
Unaligned ( gi|40 ): TTCAATGGCGGCCATCTTGGAAAGTCATTGAAATCTAAGATAATGATACT
Unaligned ( gi|41 ): AATGCGGGCCATCTTGGAATAATCTCCGTTGAAAAATATACAGATAA
Unaligned ( gi|42 ): AACTTAATTGCATCATAACATTTAATATCATTTAGGTCATGTTAAAA
Unaligned ( gi|44 ): AAATAAAATCCTTACTGTGTAACGAAAAAGACTAAACTTGCTCAAA
Unaligned ( gi|45 ): ATTCAATATCGGCCATCTTGTAAAATCCTTGAAATCTAAGAAA
Unaligned ( gi|46 ): TCAATGGCGGCCATCTTGGAAAATCCTTGGACTCTAAGATA
Unaligned ( gi|47 ): AATTCAATGGCGCAATCTTGCGAAAGAATCCTTGAAAT
Unaligned ( gi|48 ): ATGGCCGGCCATCTTGGCATAGCCTTGAATCTAAGAT

lowQualScore                  :                                                                                                     1   1  11 11 1 1 5 1  2 4444   1  2 11    1 1 2   2 1    555555555  1 5555555555 666666666 55555555 1  1  33    2 2222   1    1      55 1   1 2   1    1 2 11 1  11  1   22     2 1 2222    1 1 4444444 1  1 1    1 3333   11 1 1 1 1 11 1    4444         
lowQualScore                  :                                                                                                     .   .  .. .. . . . .  . ....   .  . ..    . . .   . .    .........  . .......... ......... ........ .  .  ..    . ....   .    .      .. .   . .   .    . . .. .  ..  .   ..     . . ....    . . ....... .  . .    . ....   .. . . . . .. .    ....         
lowQualScore                  :                                                                                                     5   4  88 88 3 3 2 3  6 5555   2  4 77    1 1 2   2 1    444444444  1 8888888888 999999999 00000000 1  1  88    2 4444   1    1      33 1   1 2   1    1 2 55 1  55  1   77     3 1 4444    1 1 5555555 1  1 2    2 0000   77 2 2 2 2 77 2    9999         
consensus                     :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-A--C-ACA--T-C-A-A-T--T-TTGAN---GAAAAACAA
Reference ( family-510 )      :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-A--C-ACA--T-C-A-A-T--T-TTGAA---GAAAAACAA
gi|1                          :                                                                                                  TGT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-C-TTT-G-ATAG---------TT-T----------A---------A--------A-TT-TA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-TCG-GTAT-T-T--T-TA--AT-AGC--ATCCG-A-T----TGATGA-T-----T-TGTC-A-CATC-A--A-ACA--T-A-A-A-T--TATTGAC---GAA
gi|10                         :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-AAT-GA-T----AAA-AAAG--TCAT-A-T-AA--A-ATGA---------TTGT----------A---------A--------A-GT-GA--TTTG-A----TCAAGTTA-AGAAAG-AATAAT-A--TG-GTAT-T-A--C-TA--AC--AC--ATCCA-A-T----GGAT---T-----T-T-TCAA-CATC-A--CAACA--T-C-A-A-T--T-Tcacaacagcagacaatatctctatggccggcccactcttgaaaaatccttgtgaaaatccaacgactacaatagggtactgttacatcagactaaatcgtcctccaacttattatgtgct
gi|11                         :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TAAT-A-TGTTT-G-ATTG---------TT-A----------AC--------A--------A-GT-GGATTTTT-G----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-AACTG-GT---T-T--G-TA--AT-AG---ATTCG-A-T----TCAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-A--A-ACA--T-A-A-A-T--T-TTGAC---GAAAAAaacgaaataaatt
gi|12                         :                                                                                                    T-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-CA-G--TTAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-TA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--ATCTG-A-T----GGAT-A-C-----C-T-TT-A-CATC-A--C-ATA--G-C-A-A-T--T-TTGAA---GAAAAAatca
gi|13                         :                                                                                                  TAT-TTA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TTAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----CCA-GTTT-AGAAAG-AA-ATT-A-CTG-GTAT-T-T--G-TA--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-A--C-ACA--T-C-A-A-T--T-TTGAA---GGGAAATAAaatcaa
gi|14                         :                                                                                                   AT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TAAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GC-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-ATT-A-CTC-ATAT-T-T--A-TA--AC-AAC--ATCCG-G-C----TGAT-A-T-----T-T-TC-A-CACC-A--T-ATA--T-C-A-A-T--T-TTGAC---GAAAAAAAA
gi|15                         :                                                                                                   AT-ATA-GC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-AT-GA--TTTT-A----TTA-GTTA-ATAAAG-TA-TAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--ATCCA-A-T----GGAT-A-T-----A-T-TC-A-CATC-A--T-ACA--T-C-A-G-T--T-TAGAA---GAAAAAa
gi|16                         :                                                                                                   AT-ATA-CC--A--A-C-A-T-GA-T----AAA-AA-T--TCAT-A-A-TTT-G-GTGA---------TT-T----------A---------A--------A-TT-GAA-TTTT-T----TTA-CTTC-AGAAAA-TA-TAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--ATCCA-A-T----GGAT-A-T-----C-T-TC-G-CATC-A--T-GCA--T-C-A-A-T--T-TAGAA---GAAAAAagtc
gi|17                         :                                                                                                  TGT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-C-TTT-G-ATAG---------TT-T----------A---------A--------A-TT-TA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG--A-AAT-A-TCG-GTAT-T-T--T-TA--AT-AGC--ATCCG-A-T----TGAT-A-C-----T-T-TC-A-CATC-A--A-ACA--T---A-A-T--T-TTGAC---G-AAAACAAagt
gi|18                         :                                                                                                       TA-TC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-A-TTT-G-ATTA---------GT-G----------A---------A--------A-AT-GA--TTTA-A----TCA-GTTA-AGAAAG-TA-TAT-A--TG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--ATCCG-A-T----GGAT-A-TCTTAGC-T-TC-A-CATC-A--T-ACA--T-C-A-A-C--T-TT------GAAAAACAAtc
gi|19                         :                                                                                                  TAT-ATA-GCGGA--ATA-A-T-GAAT----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTTTA-ATTA---------TT-T----------A---------A--------A--T-G---TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-ACCATC-A--C-ACA--T-C-A-A-T--T-TTGAC---GAAtc
gi|2                          :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-T-T-GA-T----AAA-AA-A--TCAC-A-T-TTT-A-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-TA--TTTT-A----TCA-G
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                               cgTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-A-ACTC-C--C-ACA--T-C-A-A-T--T-TTGAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaagaaagaaaatactggtatttttaacaacatccgatggatattttcaactcccacatcaattttgac
gi|20                         : cgtatataccaaattgataaaaaatcacattttaatgatttaaagttattttatcaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAT-ATA-CC--A--G-G-A-T-GA-T----GGA-AT-G--TTAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-AT-GA--TTTT-A----TTA-GTTA-CGAAAG-TT-TGT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--ATTCA-A-T----TGAT-A-T-----C-T-TT-A-CATC-A--T-ACA--T-C-A-A-T--T-TAGAA---GAAAc
gi|21                         :                                                                                                  TAT-ATA-TA--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------G---------A--------A-TT-GA--TTTT-A----TCC-GTTA-AGAAAG-TA-AAT-A-CTG-GTATAT-T--T-TA--AT-AAT--ATTCG-A-T----GGAT-A-C-----T-G-TT-A-CACC-A--C-TCT--T-C-A-A-T--T-TTGAA---GAAta
gi|22                         :                                                                                                            --A--A-A-A-T--A-TCC--AAATAA-A--TAAT-A-T-TT--A-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AG-AAG-AA-AAT-A-CTT-GTAT-T-T--TAAA--ACAAAC--ATCCG-A-T-----GAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-A--C-A-A--T-C-A-A-T--T-TTGAC---AAAAAA
gi|23                         :                                                                                               gatTAT-ATA-CT--A--A-A-A-T-GA-T----AAA----G--TAAT-A-T-TCT-A-ATGAA--------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG--A-AAT-A-CTG-TTA--T-T--T-TA--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGA--A---------T-TC-A-CATC-A--C-ACATTT-C-A-A-T--T-TTGAC---GAAAAAaat
gi|24                         :                                                                                                  TAT-ACA-CC--A--A-A-A-T-G-------------------AT-A-T-TTT-G-ATGG---------TT-T----------A---------A--------A-GC-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-TTG-GTAT-T-T--G-TA--AT-AAC--ATCCG-A-T----TGAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-A--A-AAA--T-A-A-A-T--T-TTGAC---G-AAAACAAa
gi|25                         :                                                                                                 cgAT-ATA-CC--A--A-A-AAT-GA-------AA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGG---------TT-T----------A---------A--------AAGT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAA-AA-AA----CTG-GTAT-C-T--G-TA--AT-AAC--ATCCG-A-T----TGAT-A-T-----T-T-TC-A-CA---G--C-ATA--T-CAA-A-T--T-TTGAA---tca
gi|26                         :                                                                                                   AT-ATA-CC--A--A-A-AAT-GA-------AA-AA-G--TCAT-A-TGTTT-G-ATG----------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTTAA----TCA-GTTA-AG-AAG-AA-AATAA-CTG-GTAT-C-T--G-T---AT-AAC--ATCCG-A-T----TGAT-A-T-----TCT-TC-A-CAGC-A--T-A------C-A-A-T--T-TTGAA---tca
gi|27                         :                                                                                                               --A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TTA-GTTA-AGAAAG-TA-ATT-A-CTG-GTAT-T-T--T-AA--AG-AAT--GACCT-A-T----GCAT-A-C-----C-T-TC-A-TATC-A--C-ACA--T-C-A-A-T--T-TTGAA---GAAGAAtca
gi|28                         :                                                                                                                                  AA-AA-G----AT-A-T-TTT-GTATGG---------TT-TT---------A---------A--------A-GC-TA--TTT--A----TCA-GTTATAGAAAG--A-AAT-A--TG-GTAT-T-T--G-TA--AT-AACA-ATCCG-A-T----TGAT-ATT-----T-T-TC-A-CATCAA--A-ACA--T-A-A-A-T--T-TTGAC---G-AAAACAAaa
gi|29                         :                                                                                                                                             AT-A-T-TTT-G-ATTA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCC-ATTT-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--G-TG--AC-AAC--ATCCG-A-T----GAAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-A--C-ACA--T-C-A-A-T--T-TTGAC---GAAAAAatcca
gi|3                          :                                                                                                  TATCACA-CC--A--A-ACACT-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTG-A-ATGG---------CT-T----------A---------AG-------A-GC-GA--TTTTTA----TCA-GTTA-AAACAG-AA-AAT-A-CTGTGTAT-T-CTGT-TAATAC-AACCAATCCACA-TTTGAAAAT-A-T-----T-T-TC-A--ACT-ATTC-AAA--TAC-ACA-T--T-GTGAC---GAAAaatcaata
gi|30                         :                                                                                                                                                       gg-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GC--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-TA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-GA--AC-AAT--ATCTG-A-T----GGAT-A-C-----C-T-TC-A-CATC-A--C-ATG--T-A-A-A-T--T-TTGAA---GAAAGAAAAcatcata
gi|31                         :                                                                                                                                              T-A-T-TTT-G-ATGG---------TT-T----------A---------A--------A-TT-GA--TTTT-A----TTT-ATTA-AGAAAG-TA-TAT-A-CTG-GTAT-T-T--C-TA--AC-AAT--ATCCA-A-T----GAAT-A-T-----A-T-TC-A-CATC-A--T-ACA--T-C-A-A-T--T-TAGAA---GAAAAAaaaaatcaatat
gi|32                         :                                                                                                                                       -G--TAAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-TA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--ATCCG-A-T----GGAT-A-C-----C-A-TC-A-CATC-A--C-ACA--T-C-A-A-T--T-TTGAA---GAAGAAAAAagtcaat
gi|33                         :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-A-ATGA---------TT-T----------AAACTTTTTAA--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAA-T-T--T-TA--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-
gi|34                         :                                                                                                  TAT--TA-CC--A--A-A-A-T-GAAT----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-A-ATGA---------TT-T----------A---------ACTTTTTAAA-GTTGA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTA--A-T--T-TA--A--AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-
gi|35                         :                                                                                                                                          cgCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-AT-TA--TTTT-A----TTA-GTTA-AGAAAG-TA-TAT-A-CCG-GTGT-C-T--T-TA--AC-AAT--ATCCA-A-T----GGAT-A-T-----C-T-TC-A-CATC-A--T-ACA--T-C-A-A-T--T-TAGAA---GAAGAA
gi|36                         :                                                                                                   AT-ATA-CC--A--A-A-A-TTAA-T----AAA-AA-G--TCAT-AAT-TTT-A-ATGA---------TT-TTAAACTTTTTA---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAA-T-T--T-TA--AC-agtc
gi|4                          :                                                                                                         -CC--A--A-A-A-T-TA-T----AAA-AAAG--TCAT-A-T-TTTTA-ATGG---------TT-T----------TTT-------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AG-AAT-AA-AAT-A-CTG-GTAT-TAG--T-AA--AT-AAC--ATCCG-ATT----GAAT-C-T-----TCT-TC-A-CAT--A--A-ACA--T-A-A-A-T--T-TTG-A---CAAAAACAA
gi|43                         :                                                                                         tagtattacTAT-TTA-CC--A--G-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TTAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------N-Gtcaata
gi|5                          :                                                                                                   gT-ATA-CC--C--A-A-A-T-GA-TTAAAAAA-AA-GGGTCGT-A-T-TTT-C-ATTA---------TT-T----------A---------G--------A-AT-GAA-GTTT-AAAATTCA-GTTA-AGAAAT-AT-A-T-A-CTG-GTAT-T-T--C-TA--AC--AT--GTCCG-A-T----GGAT-A-T-----CAT-GC-A-TATC-A--T-ACA--T-C-A-ATT--T-TTGAAGGGGAAAAcat
gi|6                          :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----CAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-A-ATGAATTAAACTTTT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAA-T-T--T-TA--AA-CAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-A-AATC-A--C-ACA--T-C-A-T-T--T-TTGAC---GAAAAAgt
gi|7                          :                                                                                                 gTAA-ATA-CC--ATAA-A-A-T-GT-T----AAA-A--G--CCATTA-T-TTT-G-GTGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-TA-AAC-A-CTG-GTAT-T-T--T-AA--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-C-----C-C-TC-A-CAGC-A--C-ACA--T-C-A-A-T--T-AAAAA---CAAAAACAAa
gi|8                          :                                                                                                 aTAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-A--G--TAAT-A-T-TT--G-ATGG---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTT--A----TCA-GTTA-AGAAAG-GA-AAA-A-CTG-GTAT-T-T--G-TA--AT-AAC--ATCCGTT-T----TGA--A-T-----T-T-TC-A-CATC-A--A-ACA--T-A-A-A-TGAT-TGGAC---GAAAAACAAaa
gi|9                          :                                                                                                  TAT-ATAACC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--T--T-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T--------------------A--------A-GT-GA---TTT-A----TCA-GTTT-AGAAAGTAA-AAT-ACCTG-GTAT-TGT--T-TA--AC-AAC--ATCCG-A------GAAT-A-C-----A-T-TC-A-CATC-A--T-ACA--T-C-A-A-T--T-TTGAC---GGAAAAtcaat

Unaligned ( gi|37 ): CAATGGCGGCCATCTTTGGAAAATTCCTTGAAATCGGAAGATAATAATACTTAATAGATAAATCTTGCTGAAAACAA
Unaligned ( gi|38 ): AATTTGGCGGCCTCTTGGAAAAATCCTTGAAATCTAAGATAATAATACTCATAGATCTAAAACTTGCTCAACTA
Unaligned ( gi|39 ): TCAATGGCGGCCATCTTGGAAAATCCTTGAAATCTAAGATAATAATACTTAATAGACTAAATCTTG
Unaligned ( gi|40 ): TTCAATGGCGGCCATCTTGGAAAGTCATTGAAATCTAAGATAATGATACT
Unaligned ( gi|41 ): AATGCGGGCCATCTTGGAATAATCTCCGTTGAAAAATATACAGATAA
Unaligned ( gi|42 ): AACTTAATTGCATCATAACATTTAATATCATTTAGGTCATGTTAAAA
Unaligned ( gi|44 ): AAATAAAATCCTTACTGTGTAACGAAAAAGACTAAACTTGCTCAAA
Unaligned ( gi|45 ): ATTCAATATCGGCCATCTTGTAAAATCCTTGAAATCTAAGAAA
Unaligned ( gi|46 ): TCAATGGCGGCCATCTTGGAAAATCCTTGGACTCTAAGATA
Unaligned ( gi|47 ): AATTCAATGGCGCAATCTTGCGAAAGAATCCTTGAAAT
Unaligned ( gi|48 ): ATGGCCGGCCATCTTGGCATAGCCTTGAATCTAAGAT

lowQualScore                  :                                                                                                     1   1  11 11 1 1 5 1  2 4444   1  2 11    1 1 2   2 1    555555555  1 5555555555 666666666 55555555 1  1  33    2 2222   1    1      55 1   1 2   1    1 2 11 1  11  1   22     2 1 2222    1 1 4444444 1  1 1    1 3333   11 1 1 1  11 1  2222  1         
lowQualScore                  :                                                                                                     .   .  .. .. . . . .  . ....   .  . ..    . . .   . .    .........  . .......... ......... ........ .  .  ..    . ....   .    .      .. .   . .   .    . . .. .  ..  .   ..     . . ....    . . ....... .  . .    . ....   .. . . .  .. .  ....  .         
lowQualScore                  :                                                                                                     5   4  88 88 3 3 2 3  6 5555   2  4 77    1 1 2   2 1    444444444  1 8888888888 999999999 00000000 1  1  88    2 4444   1    1      33 1   1 2   1    1 2 55 1  55  1   77     3 1 4444    1 1 5555555 1  1 2    2 0000   77 2 2 2  77 2  6666  5         
consensus                     :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-A--C-ACA--T-C-A-AT--T-TT----GACGAAAAACAA
Reference ( family-510 )      :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-A--C-ACA--T-C-A-AT--T-TT----GANGAAAAACAA
gi|1                          :                                                                                                  TGT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-C-TTT-G-ATAG---------TT-T----------A---------A--------A-TT-TA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-TCG-GTAT-T-T--T-TA--AT-AGC--ATCCG-A-T----TGATGA-T-----T-TGTC-A-CATC-A--A-ACA--T-A-A-AT--TATT----GACGAA
gi|10                         :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-AAT-GA-T----AAA-AAAG--TCAT-A-T-AA--A-ATGA---------TTGT----------A---------A--------A-GT-GA--TTTG-A----TCAAGTTA-AGAAAG-AATAAT-A--TG-GTAT-T-A--C-TA--AC--AC--ATCCA-A-T----GGAT---T-----T-T-TCAA-CATC-A--CAACA--T-C-A-A---T-TT----AACGAAAcacaacagcagacaatatctctatggccggcccactcttgaaaaatccttgtgaaaatccaacgactacaatagggtactgttacatcagactaaatcgtcctccaacttattatgtgct
gi|11                         :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TAAT-A-TGTTT-G-ATTG---------TT-A----------AC--------A--------A-GT-GGATTTTT-G----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-AACTG-GT---T-T--G-TA--AT-AG---ATTCG-A-T----TCAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-A--A-ACA--T-A-A-AT--T-TT----GACGAAAAAtaaatt
gi|12                         :                                                                                                    T-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-CA-G--TTAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-TA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--ATCTG-A-T----GGAT-A-C-----C-T-TT-A-CATC-A--C-ATA--G-C-A-AT--T-TT----GAAGAAAAAatca
gi|13                         :                                                                                                  TAT-TTA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TTAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----CCA-GTTT-AGAAAG-AA-ATT-A-CTG-GTAT-T-T--G-TA--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-A--C-ACA--T-C-A-AT--T-TT----GAAGGGAAATAAaatcaa
gi|14                         :                                                                                                   AT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TAAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GC-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-ATT-A-CTC-ATAT-T-T--A-TA--AC-AAC--ATCCG-G-C----TGAT-A-T-----T-T-TC-A-CACC-A--T-ATA--T-C-A-AT--T-TT----GACGAAAAAAAA
gi|15                         :                                                                                                   AT-ATA-GC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-AT-GA--TTTT-A----TTA-GTTA-ATAAAG-TA-TAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--ATCCA-A-T----GGAT-A-T-----A-T-TC-A-CATC-A--T-ACA--T-C-A-GT--T-TA----GAAGAAAAAa
gi|16                         :                                                                                                   AT-ATA-CC--A--A-C-A-T-GA-T----AAA-AA-T--TCAT-A-A-TTT-G-GTGA---------TT-T----------A---------A--------A-TT-GAA-TTTT-T----TTA-CTTC-AGAAAA-TA-TAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--ATCCA-A-T----GGAT-A-T-----C-T-TC-G-CATC-A--T-GCA--T-C-A-AT--T-TA----GAAGAAAAAagtc
gi|17                         :                                                                                                  TGT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-C-TTT-G-ATAG---------TT-T----------A---------A--------A-TT-TA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG--A-AAT-A-TCG-GTAT-T-T--T-TA--AT-AGC--ATCCG-A-T----TGAT-A-C-----T-T-TC-A-CATC-A--A-ACA--T---A-AT--T-TT----GACG-AAAACAAagt
gi|18                         :                                                                                                       TA-TC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-A-TTT-G-ATTA---------GT-G----------A---------A--------A-AT-GA--TTTA-A----TCA-GTTA-AGAAAG-TA-TAT-A--TG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--ATCCG-A-T----GGAT-A-TCTTAGC-T-TC-A-CATC-A--T-ACA--T-C-A-AC--T-TT-------GAAAAACAAtc
gi|19                         :                                                                                                  TAT-ATA-GCGGA--ATA-A-T-GAAT----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTTTA-ATTA---------TT-T----------A---------A--------A--T-G---TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-ACCATC-A--C-ACA--T-C-A-AT--T-TT----GACGAAtc
gi|2                          :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-T-T-GA-T----AAA-AA-A--TCAC-A-T-TTT-A-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-TA--TTTT-A----TCA-G
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                               cgTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-A-ACTC-C--C-ACA--T-C-A-AT--T-TT----GAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaagaaagaaaatactggtatttttaacaacatccgatggatattttcaactcccacatcaattttgac
gi|20                         : cgtatataccaaattgataaaaaatcacattttaatgatttaaagttattttatcaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAT-ATA-CC--A--G-G-A-T-GA-T----GGA-AT-G--TTAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-AT-GA--TTTT-A----TTA-GTTA-CGAAAG-TT-TGT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--ATTCA-A-T----TGAT-A-T-----C-T-TT-A-CATC-A--T-ACA--T-C-A-AT--T-TA----GAAGAAAc
gi|21                         :                                                                                                  TAT-ATA-TA--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------G---------A--------A-TT-GA--TTTT-A----TCC-GTTA-AGAAAG-TA-AAT-A-CTG-GTATAT-T--T-TA--AT-AAT--ATTCG-A-T----GGAT-A-C-----T-G-TT-A-CACC-A--C-TCT--T-C-A-AT--T-TT----GAAGAAta
gi|22                         :                                                                                                            --A--A-A-A-T--A-TCC--AAATAA-A--TAAT-A-T-TT--A-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AG-AAG-AA-AAT-A-CTT-GTAT-T-T--TAAA--ACAAAC--ATCCG-A-T-----GAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-A--C-A-A--T-C-A-AT--T-TT----GACAAAAAA
gi|23                         :                                                                                               gatTAT-ATA-CT--A--A-A-A-T-GA-T----AAA----G--TAAT-A-T-TCT-A-ATGAA--------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG--A-AAT-A-CTG-TTA--T-T--T-TA--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGA--A---------T-TC-A-CATC-A--C-ACATTT-C-A-AT--T-TT----GACGAAAAAaat
gi|24                         :                                                                                                  TAT-ACA-CC--A--A-A-A-T-G-------------------AT-A-T-TTT-G-ATGG---------TT-T----------A---------A--------A-GC-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-TTG-GTAT-T-T--G-TA--AT-AAC--ATCCG-A-T----TGAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-A--A-AAA--T-A-A-AT--T-TT----GACG-AAAACAAa
gi|25                         :                                                                                                 cgAT-ATA-CC--A--A-A-AAT-GA-------AA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGG---------TT-T----------A---------A--------AAGT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAA-AA-AA----CTG-GTAT-C-T--G-TA--AT-AAC--ATCCG-A-T----TGAT-A-T-----T-T-TC-A-CA---G--C-ATA--T-CAA-AT--T-TT----GAtca
gi|26                         :                                                                                                   AT-ATA-CC--A--A-A-AAT-GA-------AA-AA-G--TCAT-A-TGTTT-G-ATG----------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTTAA----TCA-GTTA-AG-AAG-AA-AATAA-CTG-GTAT-C-T--G-T---AT-AAC--ATCCG-A-T----TGAT-A-T-----TCT-TC-A-CAGC-A--T-A------C-A-AT--T-TT----GAatca
gi|27                         :                                                                                                               --A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TTA-GTTA-AGAAAG-TA-ATT-A-CTG-GTAT-T-T--T-AA--AG-AAT--GACCT-A-T----GCAT-A-C-----C-T-TC-A-TATC-A--C-ACA--T-C-A-AT--T-TT----GAAGAAGAAatca
gi|28                         :                                                                                                                                  AA-AA-G----AT-A-T-TTT-GTATGG---------TT-TT---------A---------A--------A-GC-TA--TTT--A----TCA-GTTATAGAAAG--A-AAT-A--TG-GTAT-T-T--G-TA--AT-AACA-ATCCG-A-T----TGAT-ATT-----T-T-TC-A-CATCAA--A-ACA--T-A-A-AT--T-TT----GACG-AAAACAAaa
gi|29                         :                                                                                                                                             AT-A-T-TTT-G-ATTA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCC-ATTT-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--G-TG--AC-AAC--ATCCG-A-T----GAAT-A-T-----T-T-TC-A-CATC-A--C-ACA--T-C-A-AT--T-TT----GACGAAAAAatcca
gi|3                          :                                                                                                  TATCACA-CC--A--A-ACACT-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTG-A-ATGG---------CT-T----------A---------AG-------A-GC-GA--TTTTTA----TCA-GTTA-AAACAG-AA-AAT-A-CTGTGTAT-T-CTGT-TAATAC-AACCAATCCACA-TTTGAAAAT-A-T-----T-T-TC-A--ACT-ATTC-AAA--TAC-ACAT--T-GT----GACGAAAaatcaata
gi|30                         :                                                                                                                                                       gg-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GC--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-TA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-GA--AC-AAT--ATCTG-A-T----GGAT-A-C-----C-T-TC-A-CATC-A--C-ATG--T-A-A-AT--T-TT----GAAGAAAGAAAAcatcata
gi|31                         :                                                                                                                                              T-A-T-TTT-G-ATGG---------TT-T----------A---------A--------A-TT-GA--TTTT-A----TTT-ATTA-AGAAAG-TA-TAT-A-CTG-GTAT-T-T--C-TA--AC-AAT--ATCCA-A-T----GAAT-A-T-----A-T-TC-A-CATC-A--T-ACA--T-C-A-AT--T-TA----GAAGAAAAAaaaaatcaatat
gi|32                         :                                                                                                                                       -G--TAAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-TA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--ATCCG-A-T----GGAT-A-C-----C-A-TC-A-CATC-A--C-ACA--T-C-A-AT--T-TT----GAAGAAGAAAAAagtcaat
gi|33                         :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-A-ATGA---------TT-T----------AAACTTTTTAA--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAA-T-T--T-TA--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-
gi|34                         :                                                                                                  TAT--TA-CC--A--A-A-A-T-GAAT----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-A-ATGA---------TT-T----------A---------ACTTTTTAAA-GTTGA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTA--A-T--T-TA--A--AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-
gi|35                         :                                                                                                                                          cgCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-AT-TA--TTTT-A----TTA-GTTA-AGAAAG-TA-TAT-A-CCG-GTGT-C-T--T-TA--AC-AAT--ATCCA-A-T----GGAT-A-T-----C-T-TC-A-CATC-A--T-ACA--T-C-A-AT--T-TA----GAAGAAGAA
gi|36                         :                                                                                                   AT-ATA-CC--A--A-A-A-TTAA-T----AAA-AA-G--TCAT-AAT-TTT-A-ATGA---------TT-TTAAACTTTTTA---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAA-T-T--T-TA--AC-agtc
gi|4                          :                                                                                                         -CC--A--A-A-A-T-TA-T----AAA-AAAG--TCAT-A-T-TTTTA-ATGG---------TT-T----------TTT-------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AG-AAT-AA-AAT-A-CTG-GTAT-TAG--T-AA--AT-AAC--ATCCG-ATT----GAAT-C-T-----TCT-TC-A-CAT--A--A-ACA--T-A-A-AT--T-TT----GAC-AAAAACAA
gi|43                         :                                                                                         tagtattacTAT-TTA-CC--A--G-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TTAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------N-Gtcaata
gi|5                          :                                                                                                   gT-ATA-CC--C--A-A-A-T-GA-TTAAAAAA-AA-GGGTCGT-A-T-TTT-C-ATTA---------TT-T----------A---------G--------A-AT-GAA-GTTT-AAAATTCA-GTTA-AGAAAT-AT-A-T-A-CTG-GTAT-T-T--C-TA--AC--AT--GTCCG-A-T----GGAT-A-T-----CAT-GC-A-TATC-A--T-ACA--T-C-A-AT--T-TTTGAAGGGGAAAAcat
gi|6                          :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----CAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-A-ATGAATTAAACTTTT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAA-T-T--T-TA--AA-CAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-T-----T-T-TC-A-AATC-A--C-ACA--T-C-A-TT--T-TT----GACGAAAAAgt
gi|7                          :                                                                                                 gTAA-ATA-CC--ATAA-A-A-T-GT-T----AAA-A--G--CCATTA-T-TTT-G-GTGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-TA-AAC-A-CTG-GTAT-T-T--T-AA--AC-AAC--ATCCG-A-T----GGAT-A-C-----C-C-TC-A-CAGC-A--C-ACA--T-C-A-AT--T-AA----AAACAAAAACAAa
gi|8                          :                                                                                                 aTAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-A--G--TAAT-A-T-TT--G-ATGG---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTT--A----TCA-GTTA-AGAAAG-GA-AAA-A-CTG-GTAT-T-T--G-TA--AT-AAC--ATCCGTT-T----TGA--A-T-----T-T-TC-A-CATC-A--A-ACA--T-A-A-ATGAT-TG----GACGAAAAACAAaa
gi|9                          :                                                                                                  TAT-ATAACC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--T--T-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T--------------------A--------A-GT-GA---TTT-A----TCA-GTTT-AGAAAGTAA-AAT-ACCTG-GTAT-TGT--T-TA--AC-AAC--ATCCG-A------GAAT-A-C-----A-T-TC-A-CATC-A--T-ACA--T-C-A-AT--T-TT----GACGGAAAAtcaat

Unaligned ( gi|37 ): CAATGGCGGCCATCTTTGGAAAATTCCTTGAAATCGGAAGATAATAATACTTAATAGATAAATCTTGCTGAAAACAA
Unaligned ( gi|38 ): AATTTGGCGGCCTCTTGGAAAAATCCTTGAAATCTAAGATAATAATACTCATAGATCTAAAACTTGCTCAACTA
Unaligned ( gi|39 ): TCAATGGCGGCCATCTTGGAAAATCCTTGAAATCTAAGATAATAATACTTAATAGACTAAATCTTG
Unaligned ( gi|40 ): TTCAATGGCGGCCATCTTGGAAAGTCATTGAAATCTAAGATAATGATACT
Unaligned ( gi|41 ): AATGCGGGCCATCTTGGAATAATCTCCGTTGAAAAATATACAGATAA
Unaligned ( gi|42 ): AACTTAATTGCATCATAACATTTAATATCATTTAGGTCATGTTAAAA
Unaligned ( gi|44 ): AAATAAAATCCTTACTGTGTAACGAAAAAGACTAAACTTGCTCAAA
Unaligned ( gi|45 ): ATTCAATATCGGCCATCTTGTAAAATCCTTGAAATCTAAGAAA
Unaligned ( gi|46 ): TCAATGGCGGCCATCTTGGAAAATCCTTGGACTCTAAGATA
Unaligned ( gi|47 ): AATTCAATGGCGCAATCTTGCGAAAGAATCCTTGAAAT
Unaligned ( gi|48 ): ATGGCCGGCCATCTTGGCATAGCCTTGAATCTAAGAT

lowQualScore                  :                                                                                                     1   1  11 11 1 1 5 1  2 4444   1  2 11    1 1 2   2 1    555555555  1 5555555555 666666666 55555555 1  1  33    2 2222   1    1      33 1   1 2   1    1 2 11 1  11  1   11 1    2 1 2222    1  4444444 1 1 1 1     3333 1  11 1 1 1  11 1    0         
lowQualScore                  :                                                                                                     .   .  .. .. . . . .  . ....   .  . ..    . . .   . .    .........  . .......... ......... ........ .  .  ..    . ....   .    .      .. .   . .   .    . . .. .  ..  .   .. .    . . ....    .  ....... . . . .     .... .  .. . . .  .. .    .         
lowQualScore                  :                                                                                                     5   4  88 88 3 3 2 3  6 5555   2  4 77    1 1 2   2 1    444444444  1 8888888888 999999999 00000000 1  1  88    2 4444   1    1      99 1   1 2   1    1 2 55 1  55  1   66 1    3 1 4444    1  5555555 1 1 1 2     0000 2  77 2 2 2  77 2    8         
consensus                     :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAC--A-TCCG-A-T----GGAT-AT-----T-T-T-C-A-CATCA--C-A-CA--T-C-A-AT--T-TTGACGAAAAACAA
Reference ( family-510 )      :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAC--A-TCCG-A-T----GGAT-AT-----T-T-T-C-A-CATCA--C-A-CA--T-C-A-AT--T-TTGACGAAAAACAA
gi|1                          :                                                                                                  TGT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-C-TTT-G-ATAG---------TT-T----------A---------A--------A-TT-TA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-TCG-GTAT-T-T--T-TA--AT-AGC--A-TCCG-A-T----TGATGAT-----T-TGT-C-A-CATCA--A-A-CA--T-A-A-AT--TATTGACGAA
gi|10                         :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-AAT-GA-T----AAA-AAAG--TCAT-A-T-AA--A-ATGA---------TTGT----------A---------A--------A-GT-GA--TTTG-A----TCAAGTTA-AGAAAG-AATAAT-A--TG-GTAT-T-A--C-TA--AC--AC--A-TCCA-A-T----GGAT--T-----T-T-T-CAA-CATCA--CAA-CA--T-C-A-A---T-TTAACGAAAcacaacagcagacaatatctctatggccggcccactcttgaaaaatccttgtgaaaatccaacgactacaatagggtactgttacatcagactaaatcgtcctccaacttattatgtgct
gi|11                         :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TAAT-A-TGTTT-G-ATTG---------TT-A----------AC--------A--------A-GT-GGATTTTT-G----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-AACTG-GT---T-T--G-TA--AT-AG---A-TTCG-A-T----TCAT-AT-----T-T-T-C-A-CATCA--A-A-CA--T-A-A-AT--T-TTGACGAAAAAtaaatt
gi|12                         :                                                                                                    T-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-CA-G--TTAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-TA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--A-TCTG-A-T----GGAT-AC-----C-T-T-T-A-CATCA--C-A-TA--G-C-A-AT--T-TTGAAGAAAAAatca
gi|13                         :                                                                                                  TAT-TTA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TTAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----CCA-GTTT-AGAAAG-AA-ATT-A-CTG-GTAT-T-T--G-TA--AC-AAC--A-TCCG-A-T----GGAT-AT-----T-T-T-C-A-CATCA--C-A-CA--T-C-A-AT--T-TTGAAGGGAAATAAaatcaa
gi|14                         :                                                                                                   AT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TAAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GC-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-ATT-A-CTC-ATAT-T-T--A-TA--AC-AAC--A-TCCG-G-C----TGAT-AT-----T-T-T-C-A-CACCA--T-A-TA--T-C-A-AT--T-TTGACGAAAAAAAA
gi|15                         :                                                                                                   AT-ATA-GC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-AT-GA--TTTT-A----TTA-GTTA-ATAAAG-TA-TAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--A-TCCA-A-T----GGAT-AT-----A-T-T-C-A-CATCA--T-A-CA--T-C-A-GT--T-TAGAAGAAAAAa
gi|16                         :                                                                                                   AT-ATA-CC--A--A-C-A-T-GA-T----AAA-AA-T--TCAT-A-A-TTT-G-GTGA---------TT-T----------A---------A--------A-TT-GAA-TTTT-T----TTA-CTTC-AGAAAA-TA-TAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--A-TCCA-A-T----GGAT-AT-----C-T-T-C-G-CATCA--T-G-CA--T-C-A-AT--T-TAGAAGAAAAAagtc
gi|17                         :                                                                                                  TGT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-C-TTT-G-ATAG---------TT-T----------A---------A--------A-TT-TA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG--A-AAT-A-TCG-GTAT-T-T--T-TA--AT-AGC--A-TCCG-A-T----TGAT-AC-----T-T-T-C-A-CATCA--A-A-CA--T---A-AT--T-TTGACG-AAAACAAagt
gi|18                         :                                                                                                       TA-TC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-A-TTT-G-ATTA---------GT-G----------A---------A--------A-AT-GA--TTTA-A----TCA-GTTA-AGAAAG-TA-TAT-A--TG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--A-TCCG-A-T----GGAT-ATCTTAGC-T-T-C-A-CATCA--T-A-CA--T-C-A-AC--T-TT---GAAAAACAAtc
gi|19                         :                                                                                                  TAT-ATA-GCGGA--ATA-A-T-GAAT----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTTTA-ATTA---------TT-T----------A---------A--------A--T-G---TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAC--A-TCCG-A-T----GGAT-AT-----T-T-T-C-ACCATCA--C-A-CA--T-C-A-AT--T-TTGACGAAtc
gi|2                          :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-T-T-GA-T----AAA-AA-A--TCAC-A-T-TTT-A-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-TA--TTTT-A----TCA-G
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                               cgTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAC--A-TCCG-A-T----GGAT-AT-----T-T-T-C-A-ACTCC--C-A-CA--T-C-A-AT--T-TTGACgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaagaaagaaaatactggtatttttaacaacatccgatggatattttcaactcccacatcaattttgac
gi|20                         : cgtatataccaaattgataaaaaatcacattttaatgatttaaagttattttatcaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAT-ATA-CC--A--G-G-A-T-GA-T----GGA-AT-G--TTAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-AT-GA--TTTT-A----TTA-GTTA-CGAAAG-TT-TGT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--A-TTCA-A-T----TGAT-AT-----C-T-T-T-A-CATCA--T-A-CA--T-C-A-AT--T-TAGAAGAAA
gi|21                         :                                                                                                  TAT-ATA-TA--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------G---------A--------A-TT-GA--TTTT-A----TCC-GTTA-AGAAAG-TA-AAT-A-CTG-GTATAT-T--T-TA--AT-AAT--A-TTCG-A-T----GGAT-AC-----T-G-T-T-A-CACCA--C-T-CT--T-C-A-AT--T-TTGAAGAAta
gi|22                         :                                                                                                            --A--A-A-A-T--A-TCC--AAATAA-A--TAAT-A-T-TT--A-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AG-AAG-AA-AAT-A-CTT-GTAT-T-T--TAAA--ACAAAC--A-TCCG-A-T-----GAT-AT-----T-T-T-C-A-CATCA--C-A--A--T-C-A-AT--T-TTGACAAAAAA
gi|23                         :                                                                                               gatTAT-ATA-CT--A--A-A-A-T-GA-T----AAA----G--TAAT-A-T-TCT-A-ATGAA--------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG--A-AAT-A-CTG-TTA--T-T--T-TA--AC-AAC--A-TCCG-A-T----GGA--A--------T-T-C-A-CATCA--C-A-CATTT-C-A-AT--T-TTGACGAAAAAaat
gi|24                         :                                                                                                  TAT-ACA-CC--A--A-A-A-T-G-------------------AT-A-T-TTT-G-ATGG---------TT-T----------A---------A--------A-GC-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-TTG-GTAT-T-T--G-TA--AT-AAC--A-TCCG-A-T----TGAT-AT-----T-T-T-C-A-CATCA--A-A-AA--T-A-A-AT--T-TTGACG-AAAACAAa
gi|25                         :                                                                                                 cgAT-ATA-CC--A--A-A-AAT-GA-------AA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGG---------TT-T----------A---------A--------AAGT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAA-AA-AA----CTG-GTAT-C-T--G-TA--AT-AAC--A-TCCG-A-T----TGAT-AT-----T-T-T-C-A-CA--G--C-A-TA--T-CAA-AT--T-TTGAtca
gi|26                         :                                                                                                   AT-ATA-CC--A--A-A-AAT-GA-------AA-AA-G--TCAT-A-TGTTT-G-ATG----------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTTAA----TCA-GTTA-AG-AAG-AA-AATAA-CTG-GTAT-C-T--G-T---AT-AAC--A-TCCG-A-T----TGAT-AT-----TCT-T-C-A-CAGCA--T-A-------C-A-AT--T-TTGAatca
gi|27                         :                                                                                                               --A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TTA-GTTA-AGAAAG-TA-ATT-A-CTG-GTAT-T-T--T-AA--AG-AAT--G-ACCT-A-T----GCAT-AC-----C-T-T-C-A-TATCA--C-A-CA--T-C-A-AT--T-TTGAAGAAGAAatca
gi|28                         :                                                                                                                                  AA-AA-G----AT-A-T-TTT-GTATGG---------TT-TT---------A---------A--------A-GC-TA--TTT--A----TCA-GTTATAGAAAG-AA-A-T-A--TG-GTAT-T-T--G-TA--AT-AAC--AATCCG-A-T----TGAT-AT-----T-T-TTC-A-CATCA--A-AACA--T-A-A-AT--T-TTGACG-AAAACAAaa
gi|29                         :                                                                                                                                             AT-A-T-TTT-G-ATTA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCC-ATTT-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--G-TG--AC-AAC--A-TCCG-A-T----GAAT-AT-----T-T-T-C-A-CATCA--C-A-CA--T-C-A-AT--T-TTGACGAAAAAatcca
gi|3                          :                                                                                                  TATCACA-CC--A--A-ACACT-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTG-A-ATGG---------CT-T----------A---------AG-------A-GC-GA--TTTTTA----TCA-GTTA-AAACAG-AA-AAT-A-CTGTGTAT-T-CTGT-TAATAC-AACCAA-TCCACA-TTTGAAAAT-AT-----T-T-T-C-A--ACTATTC-A-AA--TAC-ACAT--T-GTGACGAAAaatcaata
gi|30                         :                                                                                                                                                       gg-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GC--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-TA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-GA--AC-AAT--A-TCTG-A-T----GGAT-AC-----C-T-T-C-A-CATCA--C-A-TG--T-A-A-AT--T-TTGAAGAAAGAAAAcatcata
gi|31                         :                                                                                                                                              T-A-T-TTT-G-ATGG---------TT-T----------A---------A--------A-TT-GA--TTTT-A----TTT-ATTA-AGAAAG-TA-TAT-A-CTG-GTAT-T-T--C-TA--AC-AAT--A-TCCA-A-T----GAAT-AT-----A-T-T-C-A-CATCA--T-A-CA--T-C-A-AT--T-TAGAAGAAAAAaaaaatcaatat
gi|32                         :                                                                                                                                       -G--TAAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-TA-AAT-A-CTG-GTAT-T-T--T-TA--AC-AAT--A-TCCG-A-T----GGAT-AC-----C-A-T-C-A-CATCA--C-A-CA--T-C-A-AT--T-TTGAAGAAGAAAAAagtcaat
gi|33                         :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-A-ATGA---------TT-T----------AAACTTTTTAA--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAA-T-T--T-TA--AC-AAC--A-TCCG-A-T----GGAT-AT-----T-T-T-C-
gi|34                         :                                                                                                  TAT--TA-CC--A--A-A-A-T-GAAT----AAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-A-ATGA---------TT-T----------A---------ACTTTTTAAA-GTTGA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTA--A-T--T-TA--A--AAC--A-TCCG-A-T----GGAT-AT-----T-T-T-C-
gi|35                         :                                                                                                                                          cgCAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------A-AT-TA--TTTT-A----TTA-GTTA-AGAAAG-TA-TAT-A-CCG-GTGT-C-T--T-TA--AC-AAT--A-TCCA-A-T----GGAT-AT-----C-T-T-C-A-CATCA--T-A-CA--T-C-A-AT--T-TAGAAGAAGAA
gi|36                         :                                                                                                   AT-ATA-CC--A--A-A-A-TTAA-T----AAA-AA-G--TCAT-AAT-TTT-A-ATGA---------TT-TTAAACTTTTTA---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAA-T-T--T-TA--AC-agtc
gi|4                          :                                                                                                         -CC--A--A-A-A-T-TA-T----AAA-AAAG--TCAT-A-T-TTTTA-ATGG---------TT-T----------TTT-------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AG-AAT-AA-AAT-A-CTG-GTAT-TAG--T-AA--AT-AAC--A-TCCG-ATT----GAAT-CT-----TCT-T-C-A-CAT-A--A-A-CA--T-A-A-AT--T-TTGAC-AAAAACAA
gi|43                         :                                                                                         tagtattacTAT-TTA-CC--A--G-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--TTAT-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T----------A---------A--------N-Gtcaata
gi|5                          :                                                                                                   gT-ATA-CC--C--A-A-A-T-GA-TTAAAAAA-AA-GGGTCGT-A-T-TTT-C-ATTA---------TT-T----------A---------G--------A-AT-GAA-GTTT-AAAATTCA-GTTA-AGAAAT-AT-A-T-A-CTG-GTAT-T-T--C-TA--AC--AT--G-TCCG-A-T----GGAT-AT-----CAT-G-C-A-TATCA--T-A-CA--T-C-A-AT--T-TTcat
gi|6                          :                                                                                                  TAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----CAA-AA-G--TCAT-A-T-TTT-A-ATGAATTAAACTTTT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-AA-AAT-A-CTG-GTAA-T-T--T-TA--AA-CAC--A-TCCG-A-T----GGAT-AT-----T-T-T-C-A-AATCA--C-A-CA--T-C-A-TT--T-TTGACGAAAAAtgaaggggaaaagt
gi|7                          :                                                                                                 gTAA-ATA-CC--ATAA-A-A-T-GT-T----AAA-A--G--CCATTA-T-TTT-G-GTGA---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTTT-A----TCA-GTTA-AGAAAG-TA-AAC-A-CTG-GTAT-T-T--T-AA--AC-AAC--A-TCCG-A-T----GGAT-AC-----C-C-T-C-A-CAGCA--C-A-CA--T-C-A-AT--T-------AAAAACAAa
gi|8                          :                                                                                                 aTAT-ATA-CC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-A--G--TAAT-A-T-TT--G-ATGG---------TT-T----------A---------A--------A-GT-GA--TTT--A----TCA-GTTA-AGAAAG-GA-AAA-A-CTG-GTAT-T-T--G-TA--AT-AAC--A-TCCGTT-T----TGA--AT-----T-T-T-C-A-CATCA--A-A-CA--T-A-A-ATGAT-TGGACGAAAAACAAaaacaaaa
gi|9                          :                                                                                                  TAT-ATAACC--A--A-A-A-T-GA-T----AAA-AA-G--T--T-A-T-TTT-G-ATGA---------TT-T--------------------A--------A-GT-GA---TTT-A----TCA-GTTT-AGAAAGTAA-AAT-ACCTG-GTAT-TGT--T-TA--AC-AAC--A-TCCG-A------GAAT-AC-----A-T-T-C-A-CATCA--T-A-CA--T-C-A-AT--T-TTGACGGAAAAtcaat