lowQualScore                  :                                1111111                       77777777777777777777777777777777777777777777777777777                                 
lowQualScore                  :        1    1  22   55      1  5555555  555 1  66666   33  1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222  222 1     1 22     333 1       
lowQualScore                  :        .    .  ..   ..      .  .......  ... .  .....   ..  . .....................................................  ... .     . ..     ... .       
lowQualScore                  :        8    7  33   66      7  5555555  666 7  99999   88  6 22222222222222222222222222222222222222222222222222222  999 7     7 33     222 9       
consensus                     :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-----C-TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AA--G------------C---TGC------------C--TT---T-AGTCA-G--GGAGC---C-AGGGGAC
Reference ( gi|10 )           :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-----T-TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AA--G------------C---TG-------------C--TT---T-AGTCA-G--GGAGC---C-AGGGGAC
gi|23                         :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG--T-----C-TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AAG-G------------C---TGC------------C--TT---T-AGTCA-G--GGA
gi|18                         :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-----G-TAT--G-CT----TTGC--GT-CG-C-----------AA--T------------C------------------C--TT---T-AGTCA-G--GGAGC---C-AGG
gi|7                          :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCAGG-CT-----C-TAC--G-CT----CTGT--GT-CG-T-----------A----------------C---TGC------------C--TT---T-AGTCC-G--GGAGC---C-AGGGGAC
gi|9                          :   gCCTG-GTTC-CC--TGT--CCCACG-CT-----C-TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AA--GGTCTA-------C---TGC------------C--TT---T-AGTCA-G--TTAGC---C-cag
gi|4                          :   gCCTG-GTTC-CC--TGT--CCTATG-AT-----C-TAT--G-CC----CCGC--GT-CT-C-----------AA---------------C---TG-------------CCATTAAAT-AGTCA-G--GGAGC---C-AGGGGAC
gi|22                         :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCTATG-CT-----A-TAT--G-CT----CCGC--GT-CG-T-----------AA--G-----------------G-------------C---C---T-AGTCA-A--GGAGC---C-AGca
gi|19                         :   aCCTG-GT-C-CC--TGT--CCCATG-CT-----C-TAA--G-CC----CC-----------------------A--A------------C---TGC------------C--TT---T-AGTCA-G--GGAGC---C-TGGG
gi|16                         :   cCCTA-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-----A-TAT--G-CT----CCGC--GT--------------------A------------C---TGT------------C--TT---T-AGTCA-G--GAACC---C-AGacca
gi|12                         :   gCCTT-GTTC-CC--TGC--CCCATG-CT-----C-TAA--G-CT----ACGC--GT-TC-T-----------A----------------C---TGC------------C--TT---T-AGTCAGG--GGAAC---C-AGGtgt
gi|6                          :    CCTG-GTTCTCC--TGTT-CCCATG-CT-----C-TAA--G-CTT---CCTC--AT-CGTC-----------TA--C------------G---TG-------------C--TT---TTATTCA-G--GGAGC---C-AGGG
gi|14                         :    CCTG-GTTC-C---TGT--CC-ATG-CT--------AA--G-CT----ACGCAGGT-C--T-----------A----------------C---TG-------------CC-TT---T-AGTCA----GGAGC---C-AGGGac
gi|2                          :   gCCTG-GTTC-C---TGT--CC-ATG-CT-----C-CAA--G-CTA---CCGC--GT-CA-C-----------TC--T------------C---TACTCGC--------C--TT---T-AGTCA-G--GTA-C---C-AGAGGGCacc
gi|20                         :   gCCTG-AGTC-C----AT--TCCACGTCT-----C-TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AA--GAT----------CTAATG-------------C--CT---T-AGTCA-G--acccagg
gi|3                          : tagCCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-C--------TA------T----CCACT-GT-CT-T-----------AAATG------------C---TGTATGCTCTACTGCC--TT---T-AGTCA-G--GGGAC---C-AG
gi|5                          :   gCCTG-GT---CC--TGTACTCCATG-CT-----T---A--G-TTTCTACCAC--GT-CG-CCTCT-------A----------------C---TG-------------C--TT-----AGTCA-G--GGAGC---C-AGct
gi|1                          :     CTG-GTTC-CC--TGTA-CCCATG-CT-----A-TAATTGTCT----CCAC--GT-CG-CCTCTCTACTAAAA--G------------C---TGT------------C--TT---T-AG--A-G--TG------C-AGGGGAcgaccagg
gi|21                         :   gtCTGAGTTC-CCAGTGT--CCGATG-CT-----C-TAA--G-C-----------GTACG-C-----------AC--G------------C---AT-------------C--TT---T-AGTCA-GGAGAAGC---C-gcgccagcggtccaggc
gi|17                         :      TG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-----C-TAA--G-CT------AT--AT--A-C-----------AC--G----------------------------------TT---T-AGTCA-G--GGAGC---C-AGGGCAC
gi|11                         :      TG-GTTC-CC--TTG--CCCATG-CT-----C-TAAT-G-CT----CCGC--GG-CG-T-----------A---------------------------------------T---T-AGTCG-G--GGGGCAGTC-AGGGGACcagg
gi|24                         :      TG-GTTT-CC--TGT--TCCATG-CTC----T-TAT--G-CT-----------T-CC-C-----------A---------------------------------------T---T-GGACA-G--GGAAC---C-AGGcagg
gi|13                         :   agcaG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-C--------TAT--G-CT----CTGC--GT-C--T-----------A----------------C---TGC------------C--TT---T-AGTCA-G--AGAGC---CTGGGGGACct
gi|26                         :        -GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-----C-TAA--G-CT----ACG---GT-CA-C-----------AG--G------------ca
gi|8                          :            C-CC--TGT--CCCATG-CTACATGTATAT--G-CT----CCGC--GT-C--T-----------AT--A------------C---TG-------------CC-TT---T-AGTCT-G--GGAGC---C-AGGGGAgaccagg
gi|15                         :               C--TTT--CCCATG-CT-----C-TCA--G-CT----ACGC--GT-CA-C-----------AA--GGCCACAAGACTAC---TGC------------C--TT---T-AGTCA-G--TGAGC---gca
gi|25                         :                                                     CGT--GT-CG-C-----------AA--GGTCAGAATATA-C---TG-------------CC-TT---T-AGTCA-G--GGAGC---C-





Alignments
lowQualScore                  :                                                              5555555555555555555555555555555555555555555                                             
lowQualScore                  :        1    1  22   55      1  1 55555  444 1  6666    33  1 6666666666666666666666666666666666666666666 222 3333   1  222      1 22     333 1       
lowQualScore                  :        .    .  ..   ..      .  . .....  ... .  ....    ..  . ........................................... ... ....   .  ...      . ..     ... .       
lowQualScore                  :        7    7  22   44      6  6 66666  999 6  6666    77  5 8888888888888888888888888888888888888888888 888 4444   6  888      6 22     000 8       
consensus                     :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-C-----TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AA--------------G------------C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGGGGAC
Reference ( family-5003 )     :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-C-----TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AA--------------G------------C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGGGGAC
gi|1                          :     CTG-GTTC-CC--TGTA-CCCATG-CT-A-----TAATTGTCT----CCAC--GT-CG-CCTCTCTACTAAAA--------------G------------C---T----GTC-TT---TAG--A-G--TG------C-AGGGGA
gi|10                         :  gtCCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-T-----TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AA--------------G------------C---T----G-C-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGGGGACgcgccagcggtccaggc
gi|11                         :      TG-GTTC-CC--TTG--CCCATG-CT-C-----TAAT-G-CT----CCGC--GG-CG-T-----------A------------------------------------------T---TAGTCG-G--GGGGCAGTC-AGGGGAC
gi|12                         :    CCTT-GTTC-CC--TGC--CCCATG-CT-C-----TAA--G-CT----ACGC--GT-TC-T-----------A----------------------------C---T----GCC-TT---TAGTCAGG--GGAAC---C-AGGcagg
gi|13                         :       G-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-A-----T----G-CT----CTGC--GT-C--T-----------A----------------------------C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--AGAGC---CTGGGGGAC
gi|14                         :    CCTG-GTTC-C---TGT--CC-ATG-CT--------AA--G-CT----ACGCAGGT-C--T-----------A----------------------------C---T----GCC-TT---TAGTCA----GGAGC---C-AGGGca
gi|15                         :              gC--TTT--CCCATG-CT-C-----TCA--G-CT----ACGC--GT-CA-C-----------AA--------------GGCCACAAGACTAC---T----GCC-TT---TAGTCA-G--TGAGC---acc
gi|16                         :    CCTA-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-A-----TAT--G-CT----CCGC--GT--------------------------------A------------C---T----GTC-TT---TAGTCA-G--GAACC---C-AG
gi|17                         :     gTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-C-----TAA--G-CT------AT--AT--A-C-----------A--------------------------------------CG-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGGGCACtgt
gi|18                         :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-G-----TAT--G-CT----TTGC--GT-CG-C-----------AA-------------------------------T-----CC-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGGcagg
gi|19                         :    CCTG-GT-C-CC--TGT--CCCATG-CT-C-----TAA--G-CC----CC-----------------------A--------------A------------C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-TGGG
gi|2                          :   cCCTG-GTTC-C---TGT--CC-ATG-CT-C-----CAA--G-CTA---CCGC--GT-CA-C-----------TC--------------T------------C---TACTCGCC-TT---TAGTCA-G--GTA-C---C-AGAGGGCacca
gi|20                         :   gCCTG-AGTC-C----AT--TCCACGTCT-C-----TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AA--------------GAT----------CTAAT----GCC--T---TAGTCA-G--acccagg
gi|21                         :  tagCTGAGTTC-CCAGTGT--CCGATG-CT-C-----TAA------------GC--GTACG-C-----------AC--------------G------------C--------ATC-TT---TAGTCA-GGAGAAGC---C-
gi|22                         :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCTATG-CT-A-----TAT--G-CT----CCGC--GT-CG-T-----------AA--------------G---------------------GCC------TAGTCA-A--GGAGC---C-AG
gi|23                         :   aCCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG--T-C-----TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AAG-------------G------------C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--GGA
gi|24                         :      TG-GTTT-CC--TGT--TCCATG-CT-CT----TAT--G-CT----TC-------------------------------------------------------------CC-AT---TGGACA-G--GGAAC---C-AGG
gi|25                         :                                                 agcaCGT--GT-CG-C-----------AA--------------GGTCAGAATATA-C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-ct
gi|26                         : tatgcat-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-C-----TAA--G-CT----ACG---GT-CA-C-----------AG--------------G------------tg
gi|3                          :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG----C-----TA------T----CCACT-GT-CT-T-----------AAATGCTGTATGCTCTA------------C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--GGGAC---C-AGgaccagg
gi|4                          :   gCCTG-GTTC-CC--TGT--CCTATG-AT-C-----TAT--G-CC----CCGC--GT-CT-C-----------AA---------------------------C---T----GCCATTAAATAGTCA-G--GGAGC---C-AGGGGACct
gi|5                          :    CCTG-GT---CC--TGTACTCCATG-CT-T-------A--G-TTTCTACCAC--GT-CG-CCTCT-------A----------------------------C---T----GC---T---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGca
gi|6                          :    CCTG-GTTCTCC--TGTT-CCCATG-CT-C-----TAA--G-CTT---CCTC--AT-CGTC-----------TA--------------C------------G---T----GCT-TT---TATTCA-G--GGAGC---C-AGGGcgaccagg
gi|7                          :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCAGG-CT-C-----TAC--G-CT----CTGT--GT-CG-T-----------A----------------------------C---T----GCC-TT---TAGTCC-G--GGAGC---C-AGGGGACac
gi|8                          :           gC-CC--TGT--CCCATG-CTACATGTATAT--G-CT----CCGC--GT-C--T-----------AT--------------A------------C---T----GCC-TT---TAGTCT-G--GGAGC---C-AGGGGAcag
gi|9                          :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCACG-CT-C-----TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AA--------------GGTCTA-------C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--TTAGC---C-gca





Alignments
lowQualScore                  :                                                              5555555555555555555555555555555555555555555                                             
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lowQualScore                  :        .    .  ..   ..      .  . .....  ... .  ....    ..  . ........................................... ... ....   .  ...      . ..     ... .       
lowQualScore                  :        7    7  22   44      6  6 66666  999 6  6666    77  5 8888888888888888888888888888888888888888888 888 4444   6  888      6 22     000 8       
consensus                     :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-C-----TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AA--------------G------------C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGGGGAC
Reference ( family-5003 )     :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-C-----TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AA--------------G------------C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGGGGAC
gi|1                          :     CTG-GTTC-CC--TGTA-CCCATG-CT-A-----TAATTGTCT----CCAC--GT-CG-CCTCTCTACTAAAA--------------G------------C---T----GTC-TT---TAG--A-G--TG------C-AGGGGA
gi|10                         :  gtCCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-T-----TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AA--------------G------------C---T----G-C-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGGGGACgcgccagcggtccaggc
gi|11                         :      TG-GTTC-CC--TTG--CCCATG-CT-C-----TAAT-G-CT----CCGC--GG-CG-T-----------A------------------------------------------T---TAGTCG-G--GGGGCAGTC-AGGGGAC
gi|12                         :    CCTT-GTTC-CC--TGC--CCCATG-CT-C-----TAA--G-CT----ACGC--GT-TC-T-----------A----------------------------C---T----GCC-TT---TAGTCAGG--GGAAC---C-AGGcagg
gi|13                         :       G-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-A-----T----G-CT----CTGC--GT-C--T-----------A----------------------------C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--AGAGC---CTGGGGGAC
gi|14                         :    CCTG-GTTC-C---TGT--CC-ATG-CT--------AA--G-CT----ACGCAGGT-C--T-----------A----------------------------C---T----GCC-TT---TAGTCA----GGAGC---C-AGGGca
gi|15                         :              gC--TTT--CCCATG-CT-C-----TCA--G-CT----ACGC--GT-CA-C-----------AA--------------GGCCACAAGACTAC---T----GCC-TT---TAGTCA-G--TGAGC---acc
gi|16                         :    CCTA-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-A-----TAT--G-CT----CCGC--GT--------------------------------A------------C---T----GTC-TT---TAGTCA-G--GAACC---C-AG
gi|17                         :     gTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-C-----TAA--G-CT------AT--AT--A-C-----------A--------------------------------------CG-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGGGCACtgt
gi|18                         :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-G-----TAT--G-CT----TTGC--GT-CG-C-----------AA-------------------------------T-----CC-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGGcagg
gi|19                         :    CCTG-GT-C-CC--TGT--CCCATG-CT-C-----TAA--G-CC----CC-----------------------A--------------A------------C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-TGGG
gi|2                          :   cCCTG-GTTC-C---TGT--CC-ATG-CT-C-----CAA--G-CTA---CCGC--GT-CA-C-----------TC--------------T------------C---TACTCGCC-TT---TAGTCA-G--GTA-C---C-AGAGGGCacca
gi|20                         :   gCCTG-AGTC-C----AT--TCCACGTCT-C-----TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AA--------------GAT----------CTAAT----GCC--T---TAGTCA-G--acccagg
gi|21                         :  tagCTGAGTTC-CCAGTGT--CCGATG-CT-C-----TAA------------GC--GTACG-C-----------AC--------------G------------C--------ATC-TT---TAGTCA-GGAGAAGC---C-
gi|22                         :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCTATG-CT-A-----TAT--G-CT----CCGC--GT-CG-T-----------AA--------------G---------------------GCC------TAGTCA-A--GGAGC---C-AG
gi|23                         :   aCCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG--T-C-----TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AAG-------------G------------C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--GGA
gi|24                         :      TG-GTTT-CC--TGT--TCCATG-CT-CT----TAT--G-CT----TC-------------------------------------------------------------CC-AT---TGGACA-G--GGAAC---C-AGG
gi|25                         :                                                 agcaCGT--GT-CG-C-----------AA--------------GGTCAGAATATA-C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-ct
gi|26                         : tatgcat-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-C-----TAA--G-CT----ACG---GT-CA-C-----------AG--------------G------------tg
gi|3                          :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG----C-----TA------T----CCACT-GT-CT-T-----------AAATGCTGTATGCTCTA------------C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--GGGAC---C-AGgaccagg
gi|4                          :   gCCTG-GTTC-CC--TGT--CCTATG-AT-C-----TAT--G-CC----CCGC--GT-CT-C-----------AA---------------------------C---T----GCCATTAAATAGTCA-G--GGAGC---C-AGGGGACct
gi|5                          :    CCTG-GT---CC--TGTACTCCATG-CT-T-------A--G-TTTCTACCAC--GT-CG-CCTCT-------A----------------------------C---T----GC---T---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGca
gi|6                          :    CCTG-GTTCTCC--TGTT-CCCATG-CT-C-----TAA--G-CTT---CCTC--AT-CGTC-----------TA--------------C------------G---T----GCT-TT---TATTCA-G--GGAGC---C-AGGGcgaccagg
gi|7                          :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCAGG-CT-C-----TAC--G-CT----CTGT--GT-CG-T-----------A----------------------------C---T----GCC-TT---TAGTCC-G--GGAGC---C-AGGGGACac
gi|8                          :           gC-CC--TGT--CCCATG-CTACATGTATAT--G-CT----CCGC--GT-C--T-----------AT--------------A------------C---T----GCC-TT---TAGTCT-G--GGAGC---C-AGGGGAcag
gi|9                          :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCACG-CT-C-----TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AA--------------GGTCTA-------C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--TTAGC---C-gca


blockSeqs                     :        A    T  AG   AC      T  A ATGTA  AT  .  TCTA    AG  A TTAAATGCTGTATGCTCTA                         TAA ACTC   A  AAA      G GA     AGT T
blockSeqs                     :        .    .  .    T       .  . T      A   .  A       T   . ACAAGGCCACAAGACTA                           .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      A   .  T       .   . GCAAGGTCAGAATATA                            .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      A   .  .       .   . GCAAGGTCTA                                  .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      A   .  .       .   . GCAAGAT                                     .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      T   .  .       .   . GCCTCTA                                     .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      A   .  .       .   . GCAAGG                                      .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      T   .  .       .   . GTCTAC                                      .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      A   .  .       .   . GCAAG                                       .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      A   .  .       .   . ACTCT                                       .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      A   .  .       .   . GCACG                                       .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      A   .  .       .   . GTAAG                                       .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      T   .  .       .   . ACAGG                                       .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      A   .  .       .   . GCAA                                        .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      T   .  .       .   . TCAA                                        .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      A   .  .       .   . TATA                                        .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      T   .  .       .   . GTA                                         .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      A   .  .       .   . CTA                                         .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      A   .  .       .   . ACA                                         .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      C   .  .       .   . GTA                                         .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      T   .  .       .   . TA                                          .   .      .  .        . .      .   .
blockSeqs                     :        .    .  .    .       .  . .      A   .  .       .   . TA                                          .   .      .  .        . .      .    
blockSeqs                     :             .  .    .       .  . .      .   .  .       .   . AA                                          .   .      .  .        . .           
blockSeqs                     :                .    .       .  . .      .   .  .       .   . A                                           .   .      .  .        . .           
blockSeqs                     :                                                        .   . .                                                                                


blockSeqCons                  :                     **                  A**                  GCAGTA*************************************
originalCons                  :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-C-----TAA--G-CT----CCGC--GT-CG-C-----------AA--------------G------------C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGGGGAC
finalCons                     :    CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT-C-----TAA--G-CT----CCGC--GT-CGCAGTA-------------------------------------C---T----GCC-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGGGGAC





Alignments
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lowQualScore                  :                            1    1  22   55      1  3333333333333333   33 1 1 6666    22   999999999999999999999999999999 1 1   1  222      1 22     333 1       
lowQualScore                  :                            .    .  ..   ..      .  ................   .. . . ....    ..   .............................. . .   .  ...      . ..     ... .       
lowQualScore                  :                            7    7  22   44      6  1111111111111111   88 6 6 6666    22   333333333333333333333333333333 6 6   6  888      6 22     000 8       
consensus                     :                        CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT----------C-----TAA--G-C-T----CCGC--GTCG-C------A------------T--A----C-T-GCC-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGGGGAC
Reference ( family-5003 )     :                        CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT----------C-----TAA--G-C-T----CCGC--GTCG-C------AG-----------T--A----C-T-GCC-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGGGGAC
gi|1                          :                         CTG-GTTC-CC--TGTA-CCCATG-CT----------A-----TAATTGTC-T----CCAC--GTCG-CCTCTCTAC-----------T--AAAAGC-T-GTC-TT---TAG--A-G--TG------C-AGGGGA
gi|10                         :                      gtCCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT----------T-----TAA--G-C-T----CCGC--GTCG-C------AA--------------G----C-T-G-C-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGGGGACgcgccagcggtccaggc
gi|11                         :                          TG-GTTC-CC--TTG--CCCATG-CT----------C-----TAAT-G-C-T----CCGC--GGCG-T------A-----------------------------T---TAGTCG-G--GGGGCAGTC-AGGGGAC
gi|12                         :                        CCTT-GTTC-CC--TGC--CCCATG-CT----------C-----TAA--G-C-T----ACGC--GTT--C-------------------T--A----C-T-GCC-TT---TAGTCAGG--GGAAC---C-AGGcagg
gi|13                         :                           G-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT----------A-----T----G-C-T----CTGC--GTC----------------------T--A----C-T-GCC-TT---TAGTCA-G--AGAGC---CTGGGGGAC
gi|14                         :                        CCTG-GTTC-C---TGT--CC-ATG-CT-----------------AA--G-C-T----ACGCAGGTC----------------------T--A----C-T-GCC-TT---TAGTCA----GGAGC---C-AGGGca
gi|15                         :                                  gC--TTT--CCCATG-CT----------C-----TCA--G-C-T----ACGC--GTCA-C------AAGGCCACAAGACT--A----C-T-GCC-TT---TAGTCA-G--TGAGC---acc
gi|16                         :                        CCTA-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT----------A-----TAT--G-C-T----CCGC---------------G-----------T--A----C-T-GTC-TT---TAGTCA-G--GAACC---C-AG
gi|17                         :                         gTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT----------C-----TAA--G-C-T----------AT-----------A-----------T--A----C---ACG-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGGGCACtgt
gi|18                         :                        CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT----------G-----TAT--G-C-T----TTGC--GTCG-C------AA-----------T------------CC-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGGcagg
gi|19                         :                        CCTG-GT-C-CC--TGT--CCCATG-CT----------C-----TAA--G-C-C----CCA-------------------------------A----C-T-GCC-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-TGGG
gi|2                          :                       cCCTG-GTTC-C---TGT--CC-ATG-CT----------C-----CAA--G-C-TA---CCGC--GTCA-C------TC-----------TCTA----C-TCGCC-TT---TAGTCA-G--GTA-C---C-AGAGGGCacca
gi|20                         :                       gCCTG-AGTC-C----AT--TCCACGTCT----------C-----TAA--G-C-T----CCGC--GTCG-C------AAGATC-------T--A----A-T-GCC--T---TAGTCA-G--acccagg
gi|21                         :                      tagCTGAGTTC-CCAGTGT--CCGATG-CT----------C-----TAA--G-CGT----ACGC--A-CG-C------A-------------------------TC-TT---TAGTCA-GGAGAAGC---C-
gi|22                         :                        CCTG-GTTC-CC--TGT--CCTATG-CT----------A-----TAT--G-C-T----CCGC--GTC----------G-----------T--A----A-G-GCC------TAGTCA-A--GGAGC---C-AG
gi|23                         :                       aCCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG--T----------C-----TAA--G-C-T----CCGC--GTCG-C------AA-----------G--G----C-T-GCC-TT---TAGTCA-G--GGA
gi|24                         :                          TG-GTTT-CC--TGT--TCCATG-CT----------CT----TAT--G-C-T----TC------------------------------------------CC-AT---TGGACA-G--GGAAC---C-AGG
gi|25                         :                                                                                                  agca-----------T--A----C-T-GCC-TT---TAGTCA-G--GGAGC---C-ct
gi|26                         : tatgcatcgtgtcgcaaggtcagaata-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CT----------C-----TAA--G-C-T----ACG---GTCA-C------AG-----------tg
gi|3                          :                        CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCATG-CTATCCACTGTCT-----TAA--A-T-G----CTGT--AT-G-C------TC-----------T--A----C-T-GCC-TT---TAGTCA-G--GGGAC---C-AGggaccagg
gi|4                          :                       gCCTG-GTTC-CC--TGT--CCTATG-AT----------C-----TAT--G-C-C----CCGC--GTCT-C------A---------------A----C-T-GCCATTAAATAGTCA-G--GGAGC---C-AGGGGACct
gi|5                          :                        CCTG-GT---CC--TGTACTCCATG-CT----------T-------A--G-T-TTCTACCAC--GTCG-C------CTC----------T--A----C-T-GC---T---TAGTCA-G--GGAGC---C-AGca
gi|6                          :                        CCTG-GTTCTCC--TGTT-CCCATG-CT----------C-----TAA--G-C-TT---CCTC--ATCGTC-------------------T--A----CGT-GCT-TT---TATTCA-G--GGAGC---C-AGGGcgaccagg
gi|7                          :                        CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCAGG-CT----------C-----TAC--G-C-T----CTGT--GTC----------G-----------T--A----C-T-GCC-TT---TAGTCC-G--GGAGC---C-AGGGGACac
gi|8                          :                               gC-CC--TGT--CCCATG-CTA---------CATGTATAT--G-C-T----CCGC--GTC--T------A------------T--A----C-T-GCC-TT---TAGTCT-G--GGAGC---C-AGGGGAcag
gi|9                          :                        CCTG-GTTC-CC--TGT--CCCACG-CT----------C-----TAA--G-C-T----CCGC--GTCG-C------AAGGTC-------T--A----C-T-GCC-TT---TAGTCA-G--TTAGC---C-gca