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lowQualScore                  :                 .  ..  .. ...... . . ........... . . ..  . . .  . .   ..  ... ..    ..  ... . . ......... ..  .      ...  ....     ......   . ......  . .. .. . . . .  .  .   .. .........  . .. ....... . .. .  .. . . . .  .... .. . ....  .   ..    ..  .......  . ..  .  ..  .. .....  ......  . ....  ... ...........  . . ...    ....     ... .... .   . ... .  ..  . ..  ...  .. ..   .   ..   .    . . ........ ....  . . .. ...   . . . .. . . .   .... ......  ..  .... .......   ............... ..  . . ... .    .  .. . ...  .  ... .  . .  .......    ....  .. ..  ..    .... .  ...   . . .... ...  ..   .....       .   . ...... .  . ..      .  . .     ..  .  .. . .  .  ...........  .. .     . ....  .  . .    .... ..... ...  ..  . .      .  .  ... .  . .  . .  .   ... . ...  .. .. .....  .. ..................  ...........  ... ...  ...... ..     .. . . .  . ...... ...  .  .. .   . .  .   ... . ..     
lowQualScore                  :                 9  33  77 777777 5 5 33333333333 5 0 44  5 5 5  4 7   66  111 22    22  888 4 4 999999999 22  4      111  6666     888888   4 111111  4 11 33 2 2 2 3  4  1   99 111111111  1 00 5555555 1 99 1  99 3 2 1 1  3333 88 0 2222  0   88    88  8888888  0 55  0  88  66 00000  222222  0 2222  333 88888888888  0 2 888    5555     666 5555 2   3 777 2  00  1 99  888  99 99   2   99   1    1 1 77777777 9999  2 2 11 111   2 2 2 77 7 2 2   5555 666666  99  4444 8888888   777777777777777 66  2 2 777 1    1  99 1 999  1  888 1  2 1  6666666    7777  00 99  88    5555 0  000   0 0 2222 111  88   88888       0   0 444444 0  0 88      1  2 2     00  1  99 1 3  1  22222222222  00 1     0 0000  0  0 0    5555 00000 222  55  0 0      1  2  222 0  0 0  0 0  9   333 8 999  66 66 88888  66 000000000000000000  00000000000  333 333  444444 55     55 0 0 0  0 888888 555  0  88 0   0 0  2   999 2 11     
consensus                     :        NCATCAGCC-AG--TC--G--G---A-A-T-----------T-A-T--TT-G-A-CA-C-AGG--TT---C--GGAA--TG---A-A-TT----AA-TT--AG-GATCTT---GA----CAGTC------TTT-T-T-G--TT-C--G--T-C-C-ATCA-ATNAAA--AA--------TA-G--T----A--G-G--T-AG--T-T-G-T-AT---TA--A-T----TA-TGG--GTTC--AC-C-----GT-G--AG-AT--CC--T-----CA------TA-C----AA-T-AA--A-------CT-CGGGG-CCCC----TCATC---C----A-AAAAC---T-CC--TC-A--AA---TT--G--CGA-GAT--AAA-TCGT-C-T-T------G----TG-C-A--T---GCG-T-T-T--A-T-T-TTG----A----T-TC--AC-T--A-T-----ACA-------G--AT---T--GT-G-G---T-CTCT-TG--T-G---AC-GT---C-AC-A-AA-----T-TCGG--A-GA--A--TC--AGGA----A-CG---ATA-A-T----C-G-GG--TAA-C-AGAATTTCC-ATT-TT---G-A-GT-A--CCTTTG-CA-C-TTCGA--TT-TC--T-T-AG-GG-------TA--AA--T-AACGT-C--G-TT-AA-T-TTTT----A-----A---AA--TA-A-TTTTTA-TG-AG---G-AG-T-AT-A-TG-AAA---C-A---AA--G--T-----TT--A----TAT--T----A---AC-----------GG---G---GA------G--AAAAA--G-T-G-TT-GT-----T---TA-GA--A-TTC-G-TC-TCC---C-A--TGACC
Reference ( gi|8 )            :        CCATCAGCC-AG--TC--G--G---A-A-T-----------T-A-T--TT-G-A-CA-C-AGG--TT---C--GGAA--TG---A-A-T-----AA-GT--AG-GATCTT---GA----CAGTC------TTT-T-T-G--TT-C--G--T-C-C-ATCA-ATTAAA--A---------TA-G--T----A--G-G--T-AG--T-T-G-T-AT---TA--A-T----TA-TGG--GTTC--AC-C-----GT-G--AG-AT--CC--T-----CA------TA-C----AA-T-AG--A-------CT-CGGGG-CCCC----TCATC---C----A-AAAAC---T-CC--TC-A--AA---TT--G--CGA-GAT--AAA-TCGT-C-T-T------G----TG-C-A--T---GCG-T-T-T--A-T-T-TTG----A----T-TC--AC-T--A-T-----ACA-------G--AG---T--GT-G-G---T-CTCT-TG--T-G---AC-GT---C-AC-A-AA-----T-TCGG--A-GA--A--TC--AGGA----A-CG---ATA-A-T----C-G-GG--TAA-C-AGAATTTCC-ATT-TT---G-A-GT-A--CCTTTG-CA-C-TTCGA--TT-TC--T-T-AG-GG-------TA--AA--T-AACGT-C--G-TT-AA-T-TTTT----A-----A---AA--TA-A-TTTTTA-TG-AG---G-AG-T-AT-A-TG-AAA---C-A---AA--G--T-----TT--A----TA---T----A---AC-----------GG---G---GA------G--AAAAA--G-T-G-TT-GT-----T---TA-GA--A-TTC-G-TC-TCC---C-A--TGACC
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gi|11                         :          ATCAGCC-AG--TC--G--G---A-A-T-----------T-A-T--TT---A-CA-C-AGG--TT---C--GGAA--TG---A-A-TT----AA-TT--AG-GATCTT---GA----CAGTC------TTT-T-T-GC-TT-C--G--T-C-C-ATCA-ATTAAA--A----------A-A--T----A--GTG--T-AG--T-T-G-T-AT----A--A-T----TA-TGG--GTTC--AC-C-----GT-G--AG-AT--CC--T-----CA------TA-C----AA-T-A---A-------CT-CGGGG-CCC-----TCATC---C----A-AAA-C---T-CC--TC-A--A----TT--G--CGA-GAT--AAA-TCGT-C-T-T------G----TG-C-A--T---GCG-T-T-T--A-T-T-TTG----A----T-TC--AC-T--A-T-----ACA-------G--AT---T--GT---G---T-CTCT-TG--T-G---AC-GT---C-AC-A-AA-----T-TC------GAT-A--TC--AGGA----A-CG---ATA-A-T----C---GG--TAA-C--GAATTTCC-ATT-TT---G-A-GT-A--CCTTTG-CA-T-TTTGA--TA-TC--T-G-AG-GG-------TA--AA--T-AACGG-C--G-TT-AATT-TTTT----A-----A---AA--TA-A-TTTTTATTG-AG---G-AG-T-AT-A-TA-AAA---C-A---AA--G--------TT--A----TA---T----A---AC-----------GG---G---GA------G--AAAAA--G-T-G-CT-G------T---TA-GA--A-TTC-T-TC-TCC---C-A--TGACttca
gi|5                          :          ATCAGCC-AG--TC--G--G---ATA-T-----------T-A-T--TT-G-A-CA-C-AGG--TT---C--GGAA--TG---A-A-TT----AATAT--AG-GATCTG---GA----CAGTC------TTT-T-T-------T--G--T-CTC-ATCA-ATTAAA--AAAA------TA-GCAT----A--G-G--T-AG--T-T-G-T-AT---TA--A-T----TA-TGG--GTTC--AC-C-----GT-G--AG-AT--CC--T-----CA------TA-C----AA-T-AA--AA------CT-CGGGG-CCCC----TCATC---C----A-AAAAC---T-CC--TC-A--AA---TT--G--CGA-GAT--AAA-TCGT-C-T-T------GTCTCTC-C-A--TTTGGCGTT-T-T--A-T-T-TTG----C----A-TC--AC-T--ATT-----ACA----------AGCATT--GT-G-G---T-CTC--TG--T-G---AC-GT---C-AC-A-AA-----T-TCGG--A-GA--A--TC--AGGA----A-CG---ATA-A-T----C---GG--TAA-C--GAATTTCCTTTT-TT---G-A-GT-A--CTTTT--CA-C-TTCGA--TT-TCTTT-T-AG-GG-------TT--AA--T-AACGT-C--G-TT-AATT-TTTT----A-----A---AA--TA-A-TTTTTA-TG-AG---G-AG-T-AT-A-TG-GAA---C-A---AA--G--T-----TT--A----TA---TTTTAA---GG-----------GG---G---GA------G--AAAAA--G-TAG-TT-G------T---TA-GA--ACTTC-G-TC-TCC---C-ATTTGACC
gi|7                          :          ATCAGCC-AGGTCC--G--G---A-A-T-----------T-A-A--TT-G-A-CA-C-AGG--TT---CTCAGAA--TG---A-A-TT----AA-TT--AG-GATCTTTAAGA----CAGTC------TTT-T-T-G--TT-C--G--T-C-C-ATCT-ATAAAA--T---------TA-G--T----A--G-G--T-TG--T-TTG-T-AT---TA--A-T----CA-TGG--GTTC--AC-C-----GT-G--AG-AT--CC--T-----CA------TA-C----AA-T-AA--A-------CC-TCGGA-CCCC----TCATTCA-C----A-AAAAC---T-CC--TC-A--AA---TT--G--CGA-GAT--AAA-TCGT-C-T-TA-----G----TG-C-A--T---GCG-T-T-TTAA-TCT-TTG----A----T-TC--AC-T--A-------ACA-------G--AT---T--GT-G-G---G-CTCT-TGGTT-G---AC-GT---C-ACAA-AA-----T-TCGG--A-GA--A--T---AGGA----A-CG---ATATG-G----C-G-GG--TAA-C-GAATTTTCC-ATT-TT---G-A-GT-A--CCTTTG-CA-C-TTCGA--TT-TC--T-TAAG-GG-------T---AA--T--ACGT-C----TT-AA-T-TTTTTA--A-----A---AA--TA-A--TTTTA-TG-AG---G-AG-T-AT-A-T--AAA---C-A---AA--G--T-----TT--A----TAT--T----A---AC-----------GG---G---GA------G--AAAAA--G-T-G-TT-TG-----T---TA-GA--ATTTC-G-TC-TC
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gi|12                         :          ATCAGCC-AG--TC--G--G---A-A-T-----------TCA-T--TT-G-AACA-C-AG---TT---C--G-AA--TG---ACA-T-----TA-TT--AG-GATCTT---GA----CAGTC------TTT-TAT-C--TT-CCGG--T-C-C-ATCA-ATTAAA--AA--------TA-G--TT---G--G-G--T-AG--TAT-G-T-AT---TA--A-T-----A-TGG--GTTC--AC-A-----CT-G--AGCAT--CC--T-----CA------TA-C----AA-T-AA--A-------CT-CGAG---CCC----TCATC---C----A-AAA-C---T-CC--TC-A--AA---TA--G--CGA-GAT--AAA-T-GT-T-C-T------G----TG-C-A--T---TGG-T-C-T--CTT-T-TTG----A----CGTC--AC-
gi|18                         :          ACCAGCC-AG--T------------A-T-----------T-A-T--TT-G-A-CC-C--GA--TT---C--GGAA---G---A-A-C-----A-------G-GATCTT---GAT---CAATC------TTC-A-A-A--TT-T--G--T-C-C-TTAG-ATGAAA--AATCATCACTTT-G--A----A--A-G--T-CG--T-T------------------------TGC--ATTC--AA-A-----GT-A--A----------T-----CA------T--C----AA-T-------------------GG-TTCC----TCATA---A----A-AAAAAAAAT-CC--TC-C--AG---TT--G--TGA-AAT--AAAAGAGT-C-TAT------G----GG-C-T--T---GCT-T-T-T--G-T-T-TT-----A----T-TC--A-------T-----AAATTT----G--GT---T--GT-G-G---T-CTCT-TA--T-G---AT-GT---C-------------T-CTGG--------A--TC--AGGA----A-CA---ACT-A-T----C-A-TG--TAC-T----ATTTCA-A--------G-A-GT-A--CCTTaaattcggagaaaatccaaaacgataattcgcggtaacgaatttccatttggagtacctttgcaacttgattcttagggtaaataacgtcgttaatttttttaaataatttttatgaggcatatagaaacaaagcttatattgacggccacgagaaaaaagtgttcgtctggaattcgtccccatgacc
gi|10                         : taaatcatttTCAGCC-AG--TC--G------A-A-T-----------T-A-T--TT-A-A-CA-C-AGG--T----C--GGAA--TG---A-A-TTT---AA-TT--AG--ATCT----GA----CAGTC------TTT-T-C-T--TT-C--G--T-C-CCATTC-ATTAAA--AAA-------TA-G--T----A--G-G--TTAG--T-T-G-T-AT----A--A-T----TA-TGG--GTTC--AC-C-----GT-G--AG-AT--CC--T-----CA------TA-C----AA-T-A---A-------CT-CGG----CCC----TCATC---C----A-AAA-C---T-CC--TC-A--AA---TT--G--CGA--AT--AAA-TC-T-C-T--------G----TG-C-A--T---GCG-T-T-T--A-T-T-TTG----A----T-TC--AC-T--A-T-----ACA-------G--AT---T--GT-GTG---T-CTCT-TG--T-G---AC-GT-----AC-A-AA-----T-TCGG--A-GA--A--TCGAAGGA----AACG---ATA-A-T----C-G-GG--TAA-C--GAATTTCC-ATT-TT---G-A-GT-A--CCTTTG-CA-T-TTTGA--TA-TC--T-G-AG-GG-------TA--AA--T-AACGT-C--G-TT-AATT-TTTT----A-----A---AA--TA-A-TTTTTA-TG-AG---G-AG-T-AT-A-TG-AAA---C-A---AA--G--T-----TG--A----TAT--T----A---AC-----------GG---G---GA------G--AAAAA--G-T-G-CT-G------T---TA-GA--A-TTC-G-TC-TCC---C-A--TG
gi|9                          :          gTCAGCC-AG--TC--G--G---A-A-T-----------C-A-T--TT-G-A-CA-C-AGGA-TT---C--AGAA--TGG--A-A-T-----A---T--TC-GATCTT---GA----CA-TC------TTT-T---G--TT-C--G--T-C-C-ATCA-ATTAAAGAA---------TA----T----A--G-G----AG--T-T-G-T-AT----A--A-T----TA-TGA--GTTC--AC-C-----GT-G--AG-AT--TCCTT-----CA------TA-C----AA-TTAA--A-------CT-CGGAA-CCC-----TCATC---C----A-AAA-C---TACC--TC-A--AA---TT--G--CGA-GAT--AAA-GCGT-G-T--------G----TG-C-A--T---GCG-TAT-T--A-T-T-TTG----A----T-TC--AC-TGAA-T-----ACA-------G--AT---T--GG-G-G---CACTCT-TG--T-G---AC-GT---C-AC-A-AA-----T-TCGA--A-----A--TCG-AGGA----A-CG---ATA-A-T----C-G-GG--TAATC-A--ATTTCC-ATT-TG---C-A-GT-A--CCTTTG-CA-C-TTCGA--TT-TC--T-T-AG-GG-------T----A--T-AACGT-C--G-TT-AA-T-TTTTTA--A-----A---AA--TAGA-TTTTTA-TG-AG---G-AGTT-ATAA-TG-AAA---C-A---AA--G--T-----TT--AG---TAG--T----A---AC------------G---G---GA------G--GAAAA--G-T-G-TT-G------T---TA-GA--A-TTC-G-TC-TGC---C-A--TGACC
gi|1                          :           TCAGCCCAG--TC--CCCGCCTA-A-T-----------T-AAT--TT-G-A-CAAC-AAGGTTT---C--GGAA--TGG--A-A-TTTTTAAA-ATTAAA-AATCTT---GAAAAATAGTCCCTCCTTTT-T-T-G--TT-C--G--T-C-C-ACCG-ATGAAA--AAT-------TA-G--T----TTTG-G--T-AG--T-T-GGT-AT---TA--A-T----AAATGG--GTTC--AC-------GT-GGAAG-AT--CC--T-----TA------TAAC----AA-C-A---A-------CT-CAGG--CCCCATGTTCATC---C----ACAAAAC---T-CCC-TC-A--AAAAGTT--GGCCGA-GAT--AAA-TCGT-C-C-TTAACAAG----TGGC-AATT---GCG-T-T-TC-A-T-T-TTG----A----T-TC--AC-T--A-T-----ACAAGGATTTG--GG---T--GG-G-G---T-C-CT-CG--T-G---AC-GT---C--C-A-AAAAAATT-TCGAC-A-GA--A--TC--AGGA----A-CGGATACA-A-T----CCG-GG--TAA---AGAAAATTC-ATT-TTTTGA-A-GT-A--CCTTTGGCAAC-TTCGA--TT--C--T-T-AG-GG-------TA--AAA-T-AACGT-CG-G-TT-AT-T-TTTTAAAGA-----A---AA--TA-A--TTTTA-TG-AG---GAAG-TGAT-A-TG-AAA---A-AAT-AA--G--T-----TTTAA----TATT-T----A---AC-----------TG---GATAGATTATTTG--AAAAA--G-T-G-TT-G------T---TA-GA--A-TTC-G-TC-TTC---C-A--TGACC
gi|22                         :            CAGCC-AG--TC--G--C---A-A-T-----------T-A-T--TT-G-A-CA-C-AGG--TT---C--GGAA--TG---A-A-TTTAA-AA-TT--AA-AATCTT---GA----TAGTC------TTT-T-T-G--TT-C--G--T-C-C-ACCG-ATGAAA--AA--------TA-G--T----T--G-G--T-AG--T-T-G-T-AT---TA--A-T----AA-TGG--GTTC--AC-A-----GT-G--AG-AT--CC--T-----TA------TA-C----AA-C-AA--A-------CT-C-AGG-CCAC----TCATC---C----A-AAAAC---T-CC--TC-A--AG---TT--G--CGA-GAT--AAA-TCGT-C-
gi|6                          :             AGCC-AG--TC--G--G---A-A-T---------------T--TT-G-A--A-C-CAG--TT---C---GAA--TG---A-A-T-----AA--T--A--GATCTT---GA----CATTC------TTTGT-T-G--TTAC--GA-TAC-C-A-CATATTAAA--A---------TA-G--T----A----G--T--G--T-T-G-T-AT---GA--A------TA-T-G--GTTCA-AC-C-----GT-G--AGAAT--CC--T-----CA------TA-CTATAAA-T-AT--A-------AC-CGCG---CCC----TCATCATGC----A-AAAAC---T-C----C-A--TA---CTGAG--CCA-GAG--AAA---AG-C-T-T------G----CC-A-A--TG--GCA-T-T-T--A-T-T-GAGAGCAA----T-TCAAAC----A-T-----ACA-------G--AT---T--GT-G-G---T-CTTTAGG--T-GA--AA-GTC--C-AA-A-AA-----CATCGG--A--A--G--CC--AGCT----A-CG---ATA-A-TACAGC-G-GT--AAA-CGAGAA-TTCC-ATT-T------G-GT-A--CGTTTG-CA-C---AGA---T-TC--T-T-AG-GG-----------AA--C-ACCGT-C--GTTT-AA-C-TGTT----A-----A---AA--TA-A--TCTTA-TGCAG---GAAG-T--T-ACTG-AAA---C-A---AA--G--T-----TA--ACCACTA---A----A---AC-----------GG---G---GA------GAAAAAAA--G-T-G-TT-TG-----T---TA-AA-----TC-GCTC-TCCACAC-A--TGA
gi|13                         :              GCC-AG--TC--G--G---A-AAT-----------T-A-T--TT-GTA-CA-CCAGG--TG---C--GGAA--TG---A-A-TT----AA-TT--AG-GAT--T---GA----CAGTC------TTT-T---G--TT-C--G--T-C-C-ATCA-ATTAAA--AA--------TA-G--TT---A--G-G--T-AG--T-TAG-T-AT---TA--A-T----TACTGG--GTTC--AC-C-----GT-G--AG-AT--CC--T-----CA-------A-C----AA-T-AA--A-------CT-CGG---CCCC----TCATC---C----AGAAAAC---T-TC--CC-A--AA---T---G--CGAAGAT--AAA-TCGT-C-G-T------G----TG-C-A--T---GCG-T-T-TA-A-T-T-TTG----A------TC--ACAA--A-T-----ACA-------G--AT---T--G--G-G---T-CTCT-TG--T-G---AC--T---C-AC-A-AA-------TCGG--A-GA--A--AC--AGGA----A-CG---ATA-A-T----C----G--TAA-C-GGAA-TTCC-ATT-TT---G-A-GT--------------------A--TT-TC--T-T-AG-GG-------TA--AA--TAAACGG-T--G-T---A-T-TTTT----A-----A---AA--TA-A-TTTTTA-TG-AG---G-AG-T-AT-A-TG--AA---C-A---AA--G--T-----TT--A----TA---T----A---AA-----------CG---G---GA------G--AAAAA--G-T-GTTT-GC-----T---TAGGA--A-TTC-G-TCTTCC---C-A--TGAC
gi|2                          :             tcCC-AT--TC--G--T---A-A-T-----------T-AAT--TT-G-A-CA-C-AC---CT---C--AGAAAATG---C-A-TTT---AA-TC--TA-GATCTT---TAAT--CAGTC------TTT-T---G--TT-C--G--T-C---A-CA-ATTAAA--A---------TA-A--T----A--G-G--T-AG--T-T-G-T-AT---AA--C-T----TAATGGCGATTC--AC-C-----G--G--AA-ATTTCC--T-----CAC-----TA-C----AACT-AA--A-------CT-CCAGA-CCCC----TCATC---C----A-AAAAC---T-CC--TC-ACTAA---TTC-G--CGA-GATAAAAA-TCGTCC-T-T------G----TG-C-A--T---GCG-T-TCT--A-T-C-TTG----AC---T-TC--AT-C--A-G-----AC
gi|3                          :                  ca--TC--G--G---A---T-----------T-A-TCGTT-G-A-CA-A-CGT--TT---C--GGA---TG---A-AAT-----AA-TT--AG-GATCTT---GA----CTTTT------TTA-T-T-GCATT-C--GCAT-C-C-ATAA-ATGAAA--A---------TG-T--T----A--G-GCGT-AGAATAT-G-TCAT---TA--C-TACTCTA-TGG----TT--ATGC-----GTAG--AG-AT--CC--TT----CA------T--T----AA---AA--A--------T-CGGGG-TCCA----TCATC---C----C-AAA-C---T-CT--TA-A--AG---TT--G--CGA-GAT--AAA-TC-------T------G----TT-A-A--T---GC----T-T--A-T-T-TTG----A----TATC---T-T--A-T-----AC--------G--AT---T--GT-C-G---T-CTTT-T---T-G---AC--T---C-AC-A-A--------TCGG--AGGA--A--TCA-AGGA----A-CG----TA-A-C----T-G-GGATTA----AAAATTTCC-ACT-TTTCGG-A-GTCAGTCCTTTG-CA-CTTTCTA--TT-TT--A-T-AG-GG-------AC--AATCT-AACGT-C--C-GT-AA---TTTT----A-----A---AA--TA-T-ATTTTA-TG-A----G-AG-T-TA-A-TG-AAAGAGC-AT--AA--G--TTTCAATT--A----T----T----A---ATTTAGTGGATCAGG---G---GA------G--AACAG--A-T-G-TT-AT-----G---TT-GA--A-TGA-G--C-TCC---CAA--TGACCgtaaaaacctgcctttacgctctaatctcttattcactaatacagcaattggtggcttccttacgtcacacaattcgcagaatccagaacgtcaatcggttaaacgaaattccattcttgcagtaccctttcaccttcgactttcttaagagtacataacgtccgttaattttaaaaaactaactttctatgcaggcagtatattaaaacaaaagtatatattaacggtgagaaaaagctttgtattagaattcgtctcccatgacc
gi|14                         :                      catccaagtagt-A-T-----------T-A-T--TT-G-A-CA---AGT--TG---C--GGAA--TG---A-A-TT----AC-TT--AG-AATCTT---GA----CAGTC------TTT-T-T-G--TT-C--GAGT-C-C-A-CA-ATGAAA--AA--------TA-G--T----TT-G-G--T-A---T-T-G-T-GA---TAGAA-T----TA-TGG---TTC--AC-C-----GT-G---G-AT--CC---------A------TA-C----AA-G-AATAA-------GT-CGG----TCC----TATTC---C----A-AAAAC---TTCC--TC-A--AAG--TT--G--CAA-T-T--ATA-T-GT-C-T-T------GG---TG-C-A--T---GCG-T-T-T--AAT-T-TTG---------T-TC--AC-T--A-T-----AC--------G--AT---T--GT-G-G---T--TCT-GA--T-G---AC--T---C-AC-A-AA-----T-TCGGTGA-GA--A--TC--TAAA----A-CG---AT---------C-G-GG--TA--C-A---TTGCC-ATT-T------G-GT-A--CTT----CA-C-TTCGA--TT-TC--T-T-AGTGT-------TA--AA--T-AA-GT-C--C-GT-AT-T-TTTT----A-----A---AA--TA-A-TTTTTA-GG-AG---G-AG-T-AT-A-TG--AA---C-A---AA--G--T-----TT--A----TT---T----A-------------------------GT------G--AAAAG--GTT-A-TT-GT-----T---TA-GA--G-TCCGG-TC-TCC---A-A--TGACCa
gi|26                         :                                                             agtg-C-AGG--TT---C--GGAA--TG---A-A-TT----AA-TT--AG-GATCTT----------------------T-T-T-G--TT-C--G--T-C-C-ACCA-ATGAAA--A---------AACG--T----T--G-G--T-AA--G-T-G-T-AT---TA--A-T----CA-TGG--GTTC--AC-C-----GT-G--AG-AT--CC--
gi|16                         :                                                                                                                                                      T-C--G--T-C-C-TCCG-ATGAAA--AAA-------TA-G--TTGTTG--G-C--T-AG--C-T-G-T--TGCATA--A-T----TA-TGG--AT-C--A--------GT-G--AT-AT--CC--T-----CG------TA-C----AA-------A-------CTACAGGAACCCC----TC-TC---C----A-CAATC---C-CC---C-A--AG---TT--G--CAA---T--AA--TCGT-A-T-A------G----TC-C-A------GCT-C-C-C--A-T----------A----TATC--AC-A--A-T-----ACA-------G--AT---TA-GT-G-G---C-CT---TG--T-TC--AC-GT---A-AC-A-AA-----T-TCGC----GA--A--TC--AGAATTAAG-CG---ATA-A-T----C-G-AG--GAA-C-AAA--TTGC-ATT-TT-----A-GT-A--CCTTTG-CA-A-TTCAA--TT-TC--TCT-AG-GG-------TA--TG--T-ATCGC-C--A-TT-AA-T-TTAA----A-----A---AA--AT-A-TTCTTA-T---A---G-AG-T--T-A-TGCAAA---CAA---AA--A--T-----CA--A----TG---T----T---AC-----------GG---G---AA------A--A
gi|19                         :                                                                                                                                                                               --A---------TA-G--C----T--G-G--C-AA--T-T-G-C-AT---CA--A-C----TA-TGG--GTTC--AA-A-----GT-G--AT-AT--CC--T-----TG------TA-C----AA-C-AA--A-------CT-CAGG--CCCC----TCATA---C----T-AAAAC---T-CC--CC-A--AG---TT--G--CAA-AAT--AAA-TCGC-C-T-T------G----TG-C-A--T---GCT-T-T-T--AAT-T-TTG----A----T-TC--AC-A--A-A-----TCT-------T--AT---T--GT-G-A---T-CTCT-TA--T-G---CC-AT---C-AC-A-AA-----G-TCGG----GA--A--TC--AGGA----A-TG---ATA-A-T----T-G-GG--TAA-T--GATTTTCT-ATT-CC---G-A-GA-A--CCTTTG-CA-C-TTCGA--TT-TC--T-C-AG-AG-------TA--AA--T-ATCAT-C--A-TT-AA-T-TTTT----A-----A---AAAGTA-G-TTTT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                           gat---TA--ACT----TA-TGG--CTTCTCAC-CCCACAGT-G--AG-ATT-CC--T-----CAAATTAACA-C----AA-C-AA--AACTTT--TT-CAGCC-CCCC----TCACT---CTAAAA-AAAAC---T-CCCCTC-A--AG---TTTCG--CGA-GAT--AAA-TCGT-CTT-T------G----TG-CAA--T---GCG-T-T-T--A-A-T-TTG----ACGGTT-CC--AC-T--A-CTAGCAACA-------GACAG---T--GTAG-G---T-CTTC-TG--T-GAAAAC-GTCCCC-ACAA-AA-----T-TCGA--G-AA--A--TC--AGGGCAACA-CGCATACA-C-T----C-G-GGT-TAA-A-ACGATTCCC-ATT-AA---G-ACGTCA--CGCTTG-CA-CTTTCGACTTT-TC--T-T-TG-TG-------TAACAA--T-AACGT-T--A-TT-AT-T-TTTC----ACAACCA---AA--TA-A-TTTTTA--G-AGCGCA-CG-T-AT-A-TG-AAA---C-ACAGAAACG--T-----TT--A----TACCTT----T---AC-----------GG---G---GAG-----G--AAAAA--G-T-G-TT-GT------------GA--A-TTC-G-T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                cC--T-----CA------TC-C----AA-G-AG--AGAGAGAACT-CAGG--TCCC----TCATC---C----A-AAAAC---T-CC--TCTA--AG---TT--G--CGA-GAT--AAA-TCGT-C-T-T------G----TG-T-A--T---GCG-T-T-T--A-T-T---G----A----T-TC--AC-T--A-T-----ACA-------G--AT---T--GT-A-G---T-ATCT-TG--T-G---AC-GT---C-AC-A-AA-----T-TCGG--G-GA--A--TC--AGGA----A-CG---ATA-A-T----C-G-GG--TAA-T--GAATTTCC-ATT-TT---G-A-GT-A--CCTTTG-CA-C-TTCGA--TT-TC--T-T-AG-GG-------TG--AA--T-ATCGT-C--A-TT--A-T-TTTT----A-----AAT-AA--TA-T-TTTTTA-TG-AG---G-AG-T-AT-A-TG-AAA---C-A---AA--G--T-----TT--A----TAT--T----T---AC-----------GG---G---GA------G--AAAAA--G-T-G-TT-G------T---TA-GA--A-TTC-G-TC-TCC---T-A--TGACtcttca
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lowQualScore                  :                           .  .. ..  ...... .............. .. . . ..  . .   . .   ..  .... ..  ..  ..  . .   .....   ...   .  .    ...  ....     ......   . .....  . .. .. . . . ..  .  .   .  .. .  ............ ..  . . .. . . . ...  . .. . ....  .   ...   ... . ........  . .. . . . ..  .. .....  ......  ..   ...  ............. .   ....    .... ..    ... ......     ... .  ..  . ..  ...  .. ..  .. .   ..   .    . . . ...... ....  . . .. ... .  . . . .. . . .    .... .   .. .... .......   ... ..  .. ... . . . ... .    .  ..  ...  .  ...   . .  ..... .   .......  .   ..    .... .  ...  . . . .... ...  ..   .....       .   . ...... .  . ..      .  . .     ..  .  .. . .  .  ...........  .. .     . . ..    .. .   . .... ..... ...  ..  . .      . .. .  ... .  . .  . .  .   ... . ...  ..    .. ..  ...  ....  ...........  ... ...  ...... ..     .. . . .  . ...... ...  .  .. .   . .  .   ... . ..     
lowQualScore                  :                           7  55 22  777777 11111111111111 11 2 4 11  2 7   2 1   00  2222 99  99  99  1 1   22222   888   1  1    777  5555     222222   1 11111  0 88 55 0 0 0 33  0  9   0  00 9  222222222222 66  9 9 55 7 9 9 111  0 55 8 4444  5   666   777 8 44444444  8 00 8 8 8 33  33 88888  777777  55   666  4444444444444 8   5555    0000 66    000 888888     222 8  55  9 66  222  55 66  66 0   88   0    0 0 1 222222 6666  1 1 99 777 1  2 1 1 11 2 1 1    5555 0   88 2222 8888888   666 88  99 888 1 1 1 222 0    0  88  555  0  555   0 0  00000 0   9999999  0   44    1111 9  777  9 9 9 0000 555  55   44444       9   9 555555 9  8 66      0  0 0     88  0  88 0 0  0  88888888888  88 0     8 9 55    22 9   9 2222 88888 000  22  9 9      0 88 0  333 7  9 9  9 8  8   222 6 555  55    33 00  555  1111  66666666666  222 222  000000 33     22 9 9 8  9 333333 333  9  66 8   9 9  0   777 1 99     
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Reference ( family-4994 )     :                  NCATCAGCC-AG--T--CG--G---A--A-----------T--T-A-T--TT-G-ACA-C-AGG--TT----C--GG--AA--TG-A-ATT-----AAT---TAG-GA-TCTT---GA----CAGTC------TTT-T-TG--TT-C--G--T-C-C-AT-CA-ATNAAA-AA--T-AG----T----A--G--GT-A-G--T-T-G-T---ATTA--A-T----TA-TGG--GTTC---A-C-C------GT-G--A-G-A-T--CC--T-----CA------TA--CAA-T-AA--A-----C----T-CGG-GG-CCCC----T--CATC---C----A-AAAAC---T-CC--TC-A--AA---TT--G--CG--A-GAT--AAA-TCGT-C-T-T------G----TG-C-A--T---G-CG-T-T-T--A-T-T-TTGA----T-TCA--C-T--A-T-----ACA---G--AT--T---G-T-G-G---T-CTCT-TG--TG---AC-GT---CAC-A-AA-----T-TCG--G--A-GA-ATC--AGGA----A-CG---AT-A-A-T----C-G-GG--TAA-C-AGAATTTCC-ATT-TT---G-A-GT-A--CCTTTG-CA-C-TTCGA--TT-TC--T-T-AG-GG-------TA--AA--T-AACGT-C-G--TTAA--T-TTT-T----A-----A---AA--TA-A-TTTTTA-T--G-AG---G-AG-T-AT-A-TG-AAA---C-A---AA--GTTT--A--TA---TT---AAC-----------GG---G---GA------G--AAAAA--G-T-G-TT-GT-----T---TA-GA--A-TTC-G-TC-TCC---C-A--TGACC
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gi|14                         :                                          tc--A-----------T--T-A-T--TT-G-ACA---AGT--TG----C--GG--AA--TG-A-ATT-----ACT---TAG-AA-TCTT---GA----CAGTC------TTT-T-TG--TT-C--GAGT-C-C-A--CA-ATGAAA-AA--T-AG----T----TT-G--GT-A----T-T-G-T---GATAGAA-T----TA-TGG---TTC---A-C-C------GT-G----G-A-T--CC---------A------TA--CAA-G-AATAA-----G----T-CGG-----TCC----T--ATTC---C----A-AAAAC---TTCC--TC-A--AAG--TT--G--CA--A-T-T--ATA-T-GT-C-T-T------GG---TG-C-A--T---G-CG-T-T-T--AAT-T-TTG-----T-TCA--C-T--A-T-----AC----G--AT--T---G-T-G-G---T--TCT-GA--TG---AC--T---CAC-A-AA-----T-TCG--GTGA-GA-ATC--TAAA----A-CG---AT----------C-G-GG--TA--C-A---TTGCC-ATT-T------G-GT-A--CTT----CA-C-TTCGA--TT-TC--T-T-AGTGT-------TA--AA--T-AA-GT-C-C--GTAT--T-TTT-T----A-----A---AA--TA-A-TTTTTA-G--G-AG---G-AG-T-AT-A-TG--AA---C-A---AA--GTTT--A--T----TT---A----------------------GT------G--AAAAG--GTT-A-TT-GT-----T---TA-GA--G-TCCGG-TC-TCC---A-A--TGACC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                    agtgTA--ACT----TA-TGG--CTTCTC-A-C-CCCACA-GT-G--A-G-A-TT-CC--T-----CAAATTAACA--CAA-C-AA--AACTTTT----T-CAG-CC-CCCC----T--CACT---CTAAAA-AAAAC---T-CCCCTC-A--AG---TTTCG--CG--A-GAT--AAA-TCGT-CTT-T------G----TG-CAA--T---G-CG-T-T-T--A-A-T-TTGACGGTT-CCA--C-T--A-CTAGCAACA---G--ACAGT---G-TAG-G---T-CTTC-TG--TGAAAAC-GTCCCCACAA-AA-----T-TCG--A--G-AA-ATC--AGGGCAACA-CGCATAC-A-C-T----C-G-GGT-TAA-A-ACGATTCCC-ATT-AA---G-ACGTCA--CGCTTG-CA-CTTTCGACTTT-TC--T-T-TG-TG-------TAACAA--T-AACGT-T-A--TTAT--T-TTT-C----ACAACCA---AA--TA-A-TTTTTA----G-AGCGCA-CG-T-AT-A-TG-AAA---C-ACAGAAACGTTT--A--TACC-TT---TAC-----------GG---G---GAG-----G--AAAAA--G-T-G-TT-GT------------GA--A-TTC-G-T
gi|16                         :                                                                                                                                                                 cT-C--G--T-C-C-TC-CG-ATGAAA-AAA-T-AG----TTGTTG--G--CT-A-G--C-T-G-TTGCAT-A--A-T----TA-TGG--AT-C---A----------GT-G--A-T-A-T--CC--T-----CG------TA--CAA-------A-----C----TACAG-GAACCCC----T--C-TC---C----A-CAATC---C-CC---C-A--AG---TT--G--CA--A---T--AA--TCGT-A-T-A------G----TC-C-A------G-CT-C-C-C--A-T------A----TATCA--C-A--A-T-----ACA---G--AT--TA--G-T-G-G---C-CT---TG--TTC--AC-GT---AAC-A-AA-----T-TCG--C----GA-ATC--AGAATTAAG-CG---AT-A-A-T----C-G-AG--GAA-C-AAA--TTGC-ATT-TT-----A-GT-A--CCTTTG-CA-A-TTCAA--TT-TC--TCT-AG-GG-------TA--TG--T-ATCGC-C-A--TTAA--T-TTA-A----A-----A---AA--AT-A-TTCTTA-T-----A---G-AG-T--T-A-TGCAAA---CAA---AA--ATCA--A--TG---TT----AC-----------GG---G---AA------A--Atcttca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         A--A-----C----T-CAG-G--TCCC----T--CATC---C----A-AAAAC---T-CC--TCTA--AG---TT--G--CG--A-GAT--AAA-TCGT-C-T-T------G----TG-T-A--T---G-CG-T-T-T--A-T-T---GA----T-TCA--C-T--A-T-----ACA---G--AT--T---G-T-A-G---T-ATCT-TG--TG---AC-GT---CAC-A-AA-----T-TCG--G--G-GA-ATC--AGGA----A-CG---AT-A-A-T----C-G-GG--TAA-T--GAATTTCC-ATT-TT---G-A-GT-A--CCTTTG-CA-C-TTCGA--TT-TC--T-T-AG-GG-------TG--AA--T-ATCGT-C-A--TT-A--T-TTT-T----A-----AAT-AA--TA-T-TTTTTA-T--G-AG---G-AG-T-AT-A-TG-AAA---C-A---AA--GTTT--A--TA---TT---TAC-----------GG---G---GA------G--AAAAA--G-T-G-TT-G------T---TA-GA--A-TTC-G-TC-TCC---T-A--TGAC
gi|18                         :  ctcatccaagagagagagACCAGCC-AG--T-------------A-----------T--T-A-T--TT-G-ACC-C--GA--TT----C--GG--AA---G-A-AC-------------AG-GA-TCTT---GAT---CAATC------TTC-A-AA--TT-T--G--T-C-C-TT-AG-ATGAAA-AA--T-CA----T----C--A--CT------T-T-G-A---A--A--G-TCG--TT-TGC--ATTC---A-A-A------GT-A--A------------T-----CA------T---CAA-T----------------------GG-TTCC----T--CATA---A----A-AAAAAAAAT-CC--TC-C--AG---TT--G--TG--A-AAT--AAAAGAGT-C-TAT------G----GG-C-T--T---G-CT-T-T-T--G-T-T-TT-A----T-TCA---------T-----AAATTTG--GT--T---G-T-G-G---T-CTCT-TA--TG---AT-GT---C------------T-CTG--G-------ATC--AGGA----A-CA---AC-T-A-T----C-A-TG--TAC-T----ATTTCA-A--------G-A-GT-A--CCTTa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                    taaatcatttA--T-AG----C----T--G--GC-A-A--T-T-G-C---ATCA--A-C----TA-TGG--GTTC---A-A-A------GT-G--A-T-A-T--CC--T-----TG------TA--CAA-C-AA--A-----C----T-CAG-G--CCCC----T--CATA---C----T-AAAAC---T-CC--CC-A--AG---TT--G--CA--A-AAT--AAA-TCGC-C-T-T------G----TG-C-A--T---G-CT-T-T-T--AAT-T-TTGA----T-TCA--C-A--A-A-----TCT---T--AT--T---G-T-G-A---T-CTCT-TA--TG---CC-AT---CAC-A-AA-----G-TCG--G----GA-ATC--AGGA----A-TG---AT-A-A-T----T-G-GG--TAA-T--GATTTTCT-ATT-CC---G-A-GA-A--CCTTTG-CA-C-TTCGA--TT-TC--T-C-AG-AG-------TA--AA--T-ATCAT-C-A--TTAA--T-TTT-T----A-----A---AAAGTA-G-TTTT
gi|2                          :                      gatCC-AT--T--CG--T---A--A-----------T--T-AAT--TT-G-ACA-C-AC---CT----C--AG--AAAATG-C-ATTT----AAT---CTA-GA-TCTT---TAAT--CAGTC------TTT-T--G--TT-C--G--T-C---A--CA-ATTAAA-A---T-AA----T----A--G--GT-A-G--T-T-G-T---ATAA--C-T----TAATGGCGATTC---A-C-C------G--G--A-A-A-TTTCC--T-----CAC-----TA--CAACT-AA--A-----C----T-CCA-GA-CCCC----T--CATC---C----A-AAAAC---T-CC--TC-ACTAA---TTC-G--CG--A-GATAAAAA-TCGTCC-T-T------G----TG-C-A--T---G-CG-T-TCT--A-T-C-TTGAC---T-TCA--T-C--A-G-----AC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            caA----T-TCA--C-T--AAT-----ACA---GCAAT--T---GGT-G-G---C-TTCC-T---T----AC-GT---CAC-ACAA-----T-TCG--C--A-GA-ATC--CAGA----A-CG---TC-A-A-T----C-G-GT--TAA-A-CGAAATTCC-ATTCTT---GCA-GT-A--CCCTTT-CACC-TTCGAC-TT-TC--T-TAAG-AG-------TA--CA--T-AACGTCC-G--TTAA--T-TTT-A----A-----A---AAACTA-ACTTTCTA-T--GCAG---GCAG-T-AT-ATTA-AAA---CAA---AA--GTAT--A--TA---TT---AAC-----------GG---T---GA------G--AAAAA--G-C-T-TT-GTA----T---TA-GA--A-TTC-G-TC-TCC---C-A--TGACCgtaaaaacctgcctttacgctctaatctcttattcactaatacagcaattggtggcttccttacgtcacacaattcgcagaatccagaacgtcaatcggttaaacgaaattccattcttgcagtaccctttcaccttcgactttcttaagagtacataacgtccgttaattttaaaaaactaactttctatgcaggcagtatattaaaacaaaagtatatattaacggtgagaaaaagctttgtattagaattcgtctcccatgacc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                          caccattcgtaattaatttgacacacctcagaaaatgcatttaatctagatctttaatcagtcttttgttcgtcacaattaaaataataggtagttgtataacttaatggcgattcaccggaaatttcctcactacaactaaactccagacccctcatccaaaaactcctcactaattcgcgagataaaaatcgtccttgtgcatgcgttctatcttgacttcatcagacgtaaaaacctgcctttacgctctaatctctt---T-CTCT-TG--TG---AT-GT---CAC-A-AA-----T-TCA--G--A-GA-ATC--AGGA----A-CG---AT-A-A-T----C-G-GG--TAA-C--GAATTTCC-ATT-TT---G-A-GT-A--CCTTTG-CA-C-TTCGA--TT-TC--T-T-AG-GG-------TA--AA--T-AACGT-T-G--TTAAT-T-TTT-T----A-----A---AA--TA-A-TTTTTA-T--G-AG---G-AG-T-AT-A-TG-AAA---C-A---AA--GTTT--A--TA---TT---TAC-----------GG---G---GA------G--AAAAA--G-T-G-TT-G------T---TA-GA--A-TTC-G-TC-TCC---C-A--TGACC
gi|21                         : gctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna--T--CG--G---ATTC-----------T--T-A-T--TT-GTACA-C-ATG--TTGTGTT--GGCCAA--TG-A---T-----A-----TGA-GA-T--T---AG----C-GTC------GTT-T-GG--CT-A--G--T---------G-ATGAAA-AAGTT-AGGGGTT----T--G--GT-ATG--T-T-G-TT--ATTA--A-T----TA-T-G--GTTCAGGA-C-CTATCGGGT-G--------T--CT--T-----AG------TATTCA----AA--A-----T----G-CGGTCG-CACC----TTGTACC---C----A-AAAACG--T-CC--TC----AA---TT--G--CG--ttt
gi|22                         : cttccactagtgggccgaagtCAGCC-AG--T--CG--C---A--A-----------T--T-A-T--TT-G-ACA-C-AGG--TT----C--GG--AA--TG-A-ATTTAA--AAT---TAA-AA-TCTT---GA----TAGTC------TTT-T-TG--TT-C--G--T-C-C-AC-CG-ATGAAA-AA--T-AG----T----T--G--GT-A-G--T-T-G-T---ATTA--A-T----AA-TGG--GTTC---A-C-A------GT-G--A-G-A-T--CC--T-----TA------TA--CAA-C-AA--A-----C----T-C-A-GG-CCAC----T--CATC---C----A-AAAAC---T-CC--TC-A--AG---TT--G--CG--A-GAT--AAA-TCGT-C-
gi|23                         :                   CATCGGCC-AG--TCACG--G---A--ACAAGTTTATATC--T-A-T--TTAG-ACACC-AGG--TTTTC-C--GG--AA--T--A-TTT-----ACTTCATAG-GA---TT---GA----CAGTCT-----TTT-T-TGT-TT-C--G--T-C-C-AC-AA-ATG-AA-AA--T-AG----T----T--G--GT-A-G--TCT-G-T---ATTA--A-T----TA-TGG--GTTC---A-CAC------GT-GGAG-G-A-T--CT--TACTGACAAAC---GA--CAA-T-AA--A-----G----T-CGG-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --AAGA----A-CA---AT-A-A-T----C-A-TG--AAG-C-A--ATTTTC---T-TT-----A-GT-A--AATTTC-TA-C-TTCGA--TTATA--T-A-AC-GG---------------T-AACTT-T-G--TCAA--TAGTT-T----G-----ATTTCG--TA-T-TTCTAA-T--G-GA---G-AG-T-GT-G-TG-TTA---C-A---AA--GCAT--C--TA---TT---CAC-----------AG---G---G-------G--AAAttca
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     taCGT-C-G--TTAA--T-TTT-TT---A-----A---AA--TG-A-TTTTTA-T--G-AG---G-AG-T-AT-A-TG-CAA---C-A---AA--GTTT--A--TA---TT---TAC-----------GG---G---GA------G--AAAAA--G-T-G-TT-G------T---TA-GA--A-TTC-G-TC-TCC---C-A--TGACCtactttctacaatatggctcatataac
gi|26                         :                                                                            -C-AGG--TT----C--GG--AA--TG-A-ATT-----AAT---TAG-GA-TCTT----------------------T-T-TG--TT-C--G--T-C-C-AC-CA-ATGAAA-AA--A-CG----T----T--G--GT-A-A--G-T-G-T---ATTA--A-T----CA-TGG--GTTC---A-C-C------GT-G--A-G-A-T--CC--
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -AAA---A-A---AA--GTTT--AC-TAAAGTT---A-C-----------GG---G---GA------G--AAAAAACG-T-GTTT-GT-----CGAGTA-AAATA-TCC-G-TCGCCC---C-A--TGA
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 G---G-AG-T-CT-A-TG-AAA---C-A---A------------TG---TT---GAC-----------AA---G---GG------G--AAAAA--G-T-A-TT-GT-----T---AA-G---G-TTC-G-TT-TCC---T-A--accctttt
gi|3                          :                              --T--CG--G---A--------------T--T-A-TCGTT-G-ACA-A-CGT--TT----C--GG--A---TG-A-AAT-----AAT---TAG-GA-TCTT---GA----CTTTT------TTA-T-TGCATT-C--GCAT-C-C-AT-AA-ATG-AA-AA--T-GT----T----A--GGCGT-A-GAATAT-G-TC--ATTA--C-TACTCTA-TGG----TT---A-TGC------GTAG--A-G-A-T--CCT-T-----CA------T---TAA---AA--A----------T-CGG-GG-TCCA----T--CATC---C------CAAAC---T-CT--TA-A--AG---TT--G--CG--A-GAT--AAA-TC-------T------G----TT-A-A--T---G-C----T-T--A-T-T-TTGA----TATC---T-T--A-T-----AC----G--AT--T---G-T-C-G---T-CTTT-T---TG---AC--T---CAC-A-A--------TCG--G--AGGA-ATCA-AGGA----A-CG----T-A-A-C----T-G-GGATTA----AAAATTTCC-ACT-TTTCGG-A-GTCAGTCCTTTG-CA-CTTTCTA--TT-TT--A-T-AG-GG-------AC--AATCT-AACGT-C-C--GTAA----TTT-T----A-----A---AA--TA-T-ATTTTA-T--G-A----G-AG-T-TA-A-TG-AAAGAGC-AT--AA--GTTTC-AATTA---TT---AATTTAGTGGATCAGG---G---GA------G--AACAG--A-T-G-TT-AT-----G---TT-GA--A-TGA-G--C-TCC---CAA--TGACCtgca
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               catccaagtagtAAA--G-T-G-TT-GT-----T----A-GA--A-TGC-G-TC-TCC---C-A--TGACCa
gi|4                          :                    ATCAGCC-AGGTC--CG--G---A--A-----------TATT-A-T--TT-G-ACA-C-AGG--TT----C--AG--AA--TG-A-ATT------AT---TAGCGA-TC-T---GA----CCGTC------TTT-T-GT--TT-C--G----C-C-AT-CACATTAAA-AAT-T-AGC---T----A--G--GT-A-G----T-G-T---ATTA--A-T----TA-TGG--G-TC---A-C-C------GT-G--AGG-A-T--CC--T-----CA------TA--CAA-T--A--A-----C----T-CGT-GA--CCC----T--CATC---C----A-AAAAC---T-CC--TC-A--AA---TT--G--CG--ATGAT--AAA-TCGT-C-T-T------G----TG-C-A--T---G-CGTT-T-T--A-T-TGTTGA----T-TCA--C-T--A-A-----ACA---G--AT--T---G-T-G-GGCTT-CTTT-TG--TG---ACTGTC--CAC-C-AA-----A-TCGGAG--A-GA-ATC---TAA----A-CG---ATAA-A-T----C-G-GG--TAA-C--GAATTTCC-A-T-TT---A-A-GT-A--CCTTTG-CA-C--TCGA--TT-TCT-T-T-AG-GGCGGTCAATG--AA--T--ACGTCC-GGTTTAATTT-TTT-T----A-----A---AA--TA-A-TTTTTA-TGAG-AG---G-AG-T-AT-A-TG-AAA---C-A---AA--GTTT--A--T----TT---AAC-----------GG---G---GA------G--AAAAAATG-T-G-TT-GTTAGGAT---TA-GA--A-TTC-G-TC-TCC---C-A--TGACat
gi|5                          :                    ATCAGCC-AG--T--CG--G---AT-A-----------T--T-A-T--TT-G-ACA-C-AGG--TT----C--GG--AA--TG-A-ATT-----AATA--TAG-GA-TCTG---GA----CAGTC------TTT-T-T------T--G--T-CTC-AT-CA-ATTAAA-AAAAT-AGCA--T----A--G--GT-A-G--T-T-G-T---ATTA--A-T----TA-TGG--GTTC---A-C-C------GT-G--A-G-A-T--CC--T-----CA------TA--CAA-T-AA--AA----C----T-CGG-GG-CCCC----T--CATC---C----A-AAAAC---T-CC--TC-A--AA---TT--G--CG--A-GAT--AAA-TCGT-C-T-T------GTCTCTC-C-A--TTTGG-CGTT-T-T--A-T-T-TTGC----A-TCA--C-T--ATT-----ACA---AGCAT--T---G-T-G-G---T-CTC--TG--TG---AC-GT---CAC-A-AA-----T-TCG--G--A-GA-ATC--AGGA----A-CG---AT-A-A-T----C---GG--TAA-C--GAATTTCCTTTT-TT---G-A-GT-A--CTTTT--CA-C-TTCGA--TT-TCTTT-T-AG-GG-------TT--AA--T-AACGT-C-G--TTAAT-T-TTT-T----A-----A---AA--TA-A-TTTTTA-T--G-AG---G-AG-T-AT-A-TG-GAA---C-A---AA--GTTT--A--TA---TTTTAAGG-----------GG---G---GA------G--AAAAA--G-TAG-TT-G------T---TA-GA--ACTTC-G-TC-TCC---C-ATTTGACC
gi|6                          :                       AGCC-AG--T--CG--G---A--A-----------T--T------TT-G-A-A-C-CAG--TT----C--G---AA--TG-A-AT------AAT-----A-GA-TCTT---GA----CATTC------TTTGT-TG--TTAC--GA-TAC-C-A--CATATTAAA-A---T-AG----T----A--G---T---G--T-T-G-T---ATGA--A-T-----A-TGG---TTC---AAC-C------GT-G--A-G-AAT--CC--T-----CA------TA--CTA-T-AA--A-----TATAAC-CGC-G---CCC----T--CATCATGC----A-AAAAC---T-CC-----A--TA---CT--G--AGCCA-GAG--AAA---AG-C-T-T------G----CC-A-A--T---GGCA-T-T-T--A-T-T-GAGAGCAAT-TCAAAC----A-T-----ACA---G--AT--T---G-T-G-G---T-CTTTAGG--TGA--AA-GTC--CAA-A-AA-----CATCG--G--A--A-GCC--AGCT----A-CG---AT-A-A-TACAGC-G-GT--AAA-CGAGAA-TTCC-ATT-T------G-GT-A--CGTTTG-CA-C---AGA---T-TC--T-T-AG-GG-----------AA--C-ACCGT-C-GT-TTAA--C-TGT-T----A-----A---AA--TA-A--TCTTA-T--GCAG---GAAG-T--T-ACTG-AAA---C-A---AA--GTTA--AC-CA---CTAA-AAC-----------GG---G---GA------GAAAAAAA--G-T-G-TT-TG-----T---TA-AA-----TC-GCTC-TCCACAC-A--TGA
gi|7                          :                    ATCAGCC-AGGTC--CG--G---A--A-----------T--T-A-A--TT-G-ACA-C-AGG--TT----CTCAG--AA--TG-A-ATT-----AAT---TAG-GA-TCTTTAAGA----CAGTC------TTT-T-TG--TT-C--G--T-C-C-AT-CT-AT-AAA-AT--T-AG----T----A--G--GT-T-GT-T-T-G-T---ATTA--A-T----CA-TGG--GTTC---A-C-C------GT-G--A-G-A-T--CC--T-----CA------TA--CAA-T-AA--A-----C----C-TCG-GA-CCCC----T--CATTCA-C----A-AAAAC---T-CC--TC-A--AA---TT--G--CG--A-GAT--AAA-TCGT-C-T-TA-----G----TG-C-A--T---G-CG-T-T-TTAA-TCT-TTGA----T-TCA--C-T--A-------ACA---G--AT--T---G-T-G-G---G-CTCT-TGGTTG---AC-GT---CACAA-AA-----T-TCG--G--A-GA-AT---AGGA----A-CG---AT-ATG-G----C-G-GG--TAA-C-GAATTTTCC-ATT-TT---G-A-GT-A--CCTTTG-CA-C-TTCGA--TT-TC--T-TAAG-GG-------T---AA--T--ACGT-C----TTAA--T-TTT-TTA--A-----A---AA--TA-A--TTTTA-T--G-AG---G-AG-T-AT-A-T--AAA---C-A---AA--GTTT--A--TA---TT---AAC-----------GG---G---GA------G--AAAAA--G-T-G-TT-TG-----T---TA-GA--ATTTC-G-TC-TC
gi|8                          :                   CATCAGCC-AG--T--CG--G---A--A-----------T--T-A-T--TT-G-ACA-C-AGG--TT----C--GG--AA--TG-A-AT------AAG---TAG-GA-TCTT---GA----CAGTC------TTT-T-TG--TT-C--G--T-C-C-AT-CA-ATTAAA-A---T-AG----T----A--G--GT-A-G--T-T-G-T---ATTA--A-T----TA-TGG--GTTC---A-C-C------GT-G--A-G-A-T--CC--T-----CA------TA--CAA-T-AG--A-----C----T-CGG-GG-CCCC----T--CATC---C----A-AAAAC---T-CC--TC-A--AA---TT--G--CG--A-GAT--AAA-TCGT-C-T-T------G----TG-C-A--T---G-CG-T-T-T--A-T-T-TTGA----T-TCA--C-T--A-T-----ACA---G--AG--T---G-T-G-G---T-CTCT-TG--TG---AC-GT---CAC-A-AA-----T-TCG--G--A-GA-ATC--AGGA----A-CG---AT-A-A-T----C-G-GG--TAA-C-AGAATTTCC-ATT-TT---G-A-GT-A--CCTTTG-CA-C-TTCGA--TT-TC--T-T-AG-GG-------TA--AA--T-AACGT-C-G--TTAA--T-TTT-T----A-----A---AA--TA-A-TTTTTA-T--G-AG---G-AG-T-AT-A-TG-AAA---C-A---AA--GTTT--A--TA----T---AAC-----------GG---G---GA------G--AAAAA--G-T-G-TT-GT-----T---TA-GA--A-TTC-G-TC-TCC---C-A--TGACC
gi|9                          :                    cTCAGCC-AG--T--CG--G---A--A-----------T--C-A-T--TT-G-ACA-C-AGGA-TT----C--AG--AA--TG-G-AAT-----ATT---C---GA-TCTT---GA----CA-TC------TTT-T--G--TT-C--G--T-C-C-AT-CA-ATTAAAGAA--T-A-----T----A--G--G--A-G--T-T-G-T---AT-A--A-T----TA-TGA--GTTC---A-C-C------GT-G--A-G-A-T--TCCTT-----CA------TA--CAA-TTAA--A-----C----T-CGG-AA-CCC-----T--CATC---C----A-AAA-C---TACC--TC-A--AA---TT--G--CG--A-GAT--AAA-GCGT-G-T--------G----TG-C-A--T---G-CG-TAT-T--A-T-T-TTGA----T-TCA--C-TGAA-T-----ACA---G--AT--T---G-G-G-G---CACTCT-TG--TG---AC-GT---CAC-A-AA-----T-TCG--A--A----ATCG-AGGA----A-CG---AT-A-A-T----C-G-GG--TAATC-A--ATTTCC-ATT-TG---C-A-GT-A--CCTTTG-CA-C-TTCGA--TT-TC--T-T-AG-GG-------T----A--T-AACGT-C-G--TTAA--T-TTT-TTA--A-----A---AA--TAGA-TTTTTA-T--G-AG---G-AGTT-ATAA-TG-AAA---C-A---AA--GTTT--AG-TA---GT---AAC------------G---G---GA------G--GAAAA--G-T-G-TT-G------T---TA-GA--A-TTC-G-TC-TGC---C-A--TGACC