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lowQualScore                  :              8888888888    9 9 66 44  77777  55    55 8 55 3333 888 7  33 55 000   000 222 5 6 000000   7 00 7 999  7  7 11  7 000 7 000000 5555 2  2 7   9  2 7  7   7   11 000 6 222 8  8  33    88888   000 99 33333    1 1  66666  0 2  999 4 8888 999     2 2  4 8888   4       
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Reference ( gi|8 )            :   AAATTAAAAAA--A--A----TTGT-T-T--G--TT-----TG--CCCT--T-T--T----C---C-GA--C--C---CGA---T---T-TAC------GGACG--T-A---GG-GT-C--GG-T---A-G------G--T-A-GG-T-AAACTA-T-TT-TAT-TTT--T---C-T---A-AG-CC--AAAA-----AAT-A-A--C-----TTCA-G-TA-----GGCC-CT---T-A----T---TTTTC-T-CT-G----GGT-AGGTAGG
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gi|26                         :   tAATTAAAAAA--A--A----T-GT-T-T--G--TT-----TG--CCCT--T-T--T----C---C-
gi|9                          :  cttgTTAAAAAA--A--------TGT-T-T--GG-TT-----TG--CC-T--T-T--T----C---C-GAA-C--C---CGA---T---TATAC------GGATG--T-A---GA-GT-C--GG-T---A-G------G--TTA-GG-T-AAAATA-T-TT-TAT-TTTC-T---T-T---C-AG-CC--AAAA-----AATAA-A--C-----TTCA-G-TA-----GG-C-CT---T-A----C---TTTTC-T-CT-G----GGT-AGGTAG
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gi|3                          :  aataagtAAAAA--A--C----TTGC-T-T--T--TT-----TG--CCCT--T-T--T----C---C-AC--CGGC---CAAC--T---T-TAC------GGACGAAT-A---GGCGG-CTGGG-T---ACG------G--T-A-AG-T-AACATA-T-TT--AT-TTTA-T---C-T---A-AG-CC--AAAA-----AAT-ACA--C-----TTCA-G-TG-----GTCC-CC---T-A----TCTATTTTT-T-CTAA----GGT-
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gi|6                          :                 gat----TCGT-T-T--GATTT-----TG--CCCT--T-T--TACAGC---C-GAAAC--C---CGA---T---T-TTC------G-ACG--T-A---GG-GT-C--GG-T---A--------G--T-A-GGCT-AAA-TA-T-TT-TATATTT--T---CAT---A-AGCCC--AAAAAAGTTAAT-A-A--C-----ATCA-G-TA-----GG-C-CT---T-ATT--T---TTTTC-T-CT-G----GGT-AGGCA
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Reference ( family-4884 )     :    AAATTAAAAAA--A--A----TTGT-T-T--G--TT-----TG--CCCT--T-T--T----C---C-GA--C--C---CGA---T---T-TAC------GGACG--T-A---GG-GT-C--GG-T---A-G------G--T-A-GG-TAAA--A-TA-TTT-TAT-TTT--T---C-T---A-AG-CC--AAAA-----AAT-A-A--C-----TTCA-G-TA-----GGCC-CT---T-A----T---TTTTC-T-CT-G----GGT-AGGTAGG
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gi|15                         :        TGAAAAA--ATGA----TTGT-G----G--TTC----TG--CGCT--T-A--T----CAACC-AA--C--C---CGA---TATTT-CAC------GGACG----A---GG-GT-T--GA-T---A-G----------------TAAA---------------TTT--T---C-T---A-AG-CC--AAAA-----TAT-A-A--C------TCA-A-TAAG---GACC-CT---T-ATCTTT---TTCTC-T-CT-G----GATAAGGTAG
gi|16                         :    AAATTAAAAAA-----------TGTAT-T--G--TT-----T---CCCT--T-T--T----------GA--C--C---CGA---T---T-T-C------G-ACG--T-A---GG--T-C--GG-T-----T------G--T-A-G--TAAA--A-TA-TTT-T---TTT--T---C-T---A--G-CC--AAAA-----AAT-A-A--C-----TTCAGG-TA-----GGCCTCT---T-A----T---TTTGC-T--T-GGT--GGTGAGGTAGG
gi|17                         :   tAAATTAAAAAA--A--AGGA-TTGT-T-T--G--TTAAATTTG--CCCT--T-T--TT---C---C-GA--A--C---CGA---T---T-TAC------GGAAG--T-A---GG-GT-C--GG-T---A-GGTACATG--T-A-GG-TAAA--A-TA-TTT-TAT-TTT--T---C-T---C-AG-CC--AAA
gi|18                         :                                            ctG--CCCT--T-TAATAAAAC---C-GA--C--C---TCA---T---T-ATT------GAAAA--C-A---GG-AT-C--G--T---A-A------G--C-AAGG-TAAATAA-TA-T-T-TAT-TTT--TC--C-T---C-AG-CC--AAAT-----AAT-A-
gi|19                         :                                          aatttctttgcggcagggg----C---C-GA--C--C---CAT---T---T-TAC------GAA-G--T-A---GG-GT-C--GG-T---A-G------G----A-GG-CAAT--A-TA-TTA-TAT-T--------C-T---A-GC-CC--AAAA-----AGT-C-A--A-----TTCA-G-TA-----GGCC-CT---T-A----T---TTTCT-A-CT------GGT-AGGTAG
gi|2                          :    AAATTAAAAAA--A--A----TTGT-T-T--G--TT------G--CCCT--T-T--T----C---C-GA--C--C---CGA---T---T-TAC------GGACG--TCA---GG-GTACG-GG-G---A-G------C--T-AGGG-TAAA--ACTA--TT-TAT-TTT--TCTCC-T---ACAG-CC--AAAA-----AAT-A-ACTC-----TTCA-G-TA-----GGCC-CT---T-A----T---TTTTG-T-CC-GATGCGGT-AG
gi|20                         :                                                                                           ct-TAC------GGACG--T-A---GG-GT-C--GG-T---A-G------G--T-A-GG-TAAA--A-TA-TTT-TAT-TTT--T---C-T---A-AG-CC--AAAA-----AAT-A-A--C-----TTCA-G-TA-----GGCC-AT---T-A----T---TTATC-T-CT-G----GGT-AGGTAGGa
gi|21                         :                         tgGT-T-T--G--TT-----TG--CCCT--T-T--T----C---C-GA--C--C---CGA---T---T-TTC------GGACG--T-A---GG-GT-C--GG-T---A-G------G--T-A-GG-TAAA--A--A-TGT-TAT-TTT--T---C-T---A-AG-CC--AAAA-----AAT-A-A--C-----TTCA-G-T
gi|22                         :           AAAACCA--A----TTGT-T-T--G--TT-----T---CCCT--T-T--T----T---T-TA--C--C---CAA------------------AAAAG--T-A---GA-G--C--GT-T---A-G------G--C-G-G----AA--A-TA-TTT-TTT-CTC--TG--T-T---A-AT-AA--AAAA-----AAT-A-
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Alignments
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Reference ( family-4884 )     :    AAATTAAAAAA--A--A----TTGT-T-T--G--TT-----TG--CCCT--T-T--T----C---C-GA--C--C---CGA---T---T-TAC------GGACG--T-A---GG-GT-C--GG-T---A-G------G--T-A-GG-TAAA--A-TA-TTT-TAT-TTT--T---C-T---A-AG-CC--AAAA-----AAT-A-A--C-----TTCA-G-TA-----GGCC-CT---T-A----T---TTTTC-T-CT-G----GGT-AGGTAGG
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gi|26                         :    tAATTAAAAAA--A--A----T-GT-T-T--G--TT-----TG--CCCT--T-T--T----C---C-
gi|3                          :      cttgAAAAA--A--C----TTGC-T-T--T--TT-----TG--CCCT--T-T--T----C---C-AC--CGGC---CAAC--T---T-TAC------GGACGAAT-A---GGCGG-CTGGG-T---ACG------G--T-A-AG-TAAC--A-TA-TTT--AT-TTTA-T---C-T---A-AG-CC--AAAA-----AAT-ACA--C-----TTCA-G-TG-----GTCC-CC---T-A----TCTATTTTT-T-CTAA----GGT-
gi|4                          :  ttgagTCAGAAAA--A--A----CTGT-T-TTCG--TT-----TG--CCCT--T-T--TC---C---C-GA--C--CCCTCGACGTT---T-CAA------GCA-G--T-T---AG-GT-C--GA-G---A-T------G--T-AGGG-TAAG--A-TA--TT-TAT-TTTCAT---C-T---A-A--CC------------AT-A-A--CGATCTTTCA-G-GA-----GG-C-CTAAAT-A----T---TTTTCAT-CT-G----GAT-AGGTAatag
gi|5                          :        ctAAAAA--A--A----GTGT-TGT--G--TT-----TG--CCCT--T-T--TTT--C---CAGA--C--CT--CGA---T---T-TGC------TGACG----A---GG-GT-C--GG-T---A-G------G--T-A-GGCTAAT--A-TA-TTTATGT-TTT--T---C-T---A-AA-TCCAAAAA-----AAT-A-G--A-----TTCA-G-TA-----GCTC-CT---T-A----T---TTTTC-TAAT-G----GGT-AGGTAGa
gi|6                          :              aataagt----TCGT-T-T--GATTT-----TG--CCCT--T-T--TACAGC---C-GAAAC--C---CGA---T---T-TTC------G-ACG--T-A---GG-GT-C--GG-T---A--------G--T-A-GG-CTAA--A-TA-TTT-TATATTT--T---CAT---A-AGCCC--AAAAAAGTTAAT-A-A--C-----ATCA-G-TA-----GG-C-CT---T-ATT--T---TTTTC-T-CT-G----GGT-AGGCA
gi|7                          : aacgAATTAAAAAA--T-------TTGT-T-T--G--TT-----TG--CCCT--T-T--C----C---G-GA--C--C---CGA---T---T-TTC------GGACG--T-A---GG-GT-C--CG-T---A-G------G--TAA-GG-TAAA--A-TATTTT-TAT-TTT--T---C-T---A-AG-CC--AAAA-----AAT-A-A--C-----TTCA-GTTA-----GCCC-CT---T-A----T---TTTTC-T-CT-G----GGT-AGGTAG
gi|8                          :    AAATTAAAAAA--A--A----TTGT-T-T--G--TT-----TG--CCCT--T-T--T----C---C-GA--C--C---CGA---T---T-TAC------GGACG--T-A---GG-GT-C--GG-T---A-G------G--T-A-GG-TAAA--C-TA-TTT-TAT-TTT--T---C-T---A-AG-CC--AAAA-----AAT-A-A--C-----TTCA-G-TA-----GGCC-CT---T-A----T---TTTTC-T-CT-G----GGT-AGGTAGG
gi|9                          :       TTAAAAAA--A--------TGT-T-T--GG-TT-----TG--CC-T--T-T--T----C---C-GAA-C--C---CGA---T---TATAC------GGATG--T-A---GA-GT-C--GG-T---A-G------G--TTA-GG-TAAA--A-TA-TTT-TAT-TTTC-T---T-T---C-AG-CC--AAAA-----AATAA-A--C-----TTCA-G-TA-----GG-C-CT---T-A----C---TTTTC-T-CT-G----GGT-AGGTAG


blockSeqs                     :               AAGGA         A G TC AT  AAATT  GC    CT C AA AAAA AAC A  AA GG CCT   CGT ATT G A .        C AA C .    C  A TG  C ATA C GTACAT TA A A  C    TA C  T   A   A   CA CTC A CTG C  C  CA    AAGTT   AC  CT GATCT    G T  AG     C T  AAA A TCTT CTA     A A  G ATGC   A
blockSeqs                     :               ATGA          . . .  G   C      .     .  . .  ACAG A   .  A  .  T     C   .   A A .        A T  . .    .  . G   . .   . .      .  T G  C    .  .  T   .   .   A  C   . .   .  .  A     .       AA  .  .        . .  .      C .  .   A TT   .       . .  A GT     G
blockSeqs                     :               CCAA          . . .  G   .      .     .  . .  TT   .   .  .  .  .     .   .   . A .        A .  . .    .  . .   . .   . .      .  . G  .    .  .  .   .   .   C  G   . .   .  .  .     .       A   .  .        . .  .      C .  .   . .    .       . .  . .      .
blockSeqs                     :               AA            . . .  .   .      .     .  . .  T    .   .  .  .  .     .   .   . A .        C .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       A   .  .        . .  .      C .  .   . .    .       . .  . .      .
blockSeqs                     :               AA            . . .  .   .      .     .  . .  C    .   .  .  .  .     .   .   . T .        C .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       A   .  .        . .  .      C .  .   . .    .       . .  . .      .
blockSeqs                     :               AA            . . .  .   .      .     .  . .  .    .   .  .  .  .     .   .   . A .        C .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       A   .  .        . .  .      C .  .   . .    .       . .  . .      .
blockSeqs                     :               AC            . . .  .   .      .     .  . .  .    .   .  .  .  .     .   .   . A .        C .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       A   .  .        . .  .      C .  .   . .    .       . .  . .      .
blockSeqs                     :               AA            . . .  .   .      .     .  . .  .    .   .  .  .  .     .   .   . T .        A .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       C   .  .        . .  .      C .  .   . .    .       . .  . .      .
blockSeqs                     :               AA            . . .  .   .      .     .  . .  .    .   .  .  .  .     .   .   . A .        A .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       A   .  .        . .  .      C .  .   . .    .       . .  . .      .
blockSeqs                     :               AA            . . .  .   .      .     .  . .  .    .   .  .  .  .     .   .   . A .        C .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       A   .  .        . .  .      C .  .   . .    .       . .  . .      .
blockSeqs                     :               T             . . .  .   .      .     .  . .  .    .   .  .  .  .     .   .   . A .        C .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       A   .  .        . .  .      C .  .   . .    .       . .  . .      .
blockSeqs                     :               A             . . .  .   .      .     .  . .  .    .   .  .  .  .     .   .   . T .        C .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       A   .  .        . .  .      T .  .   . .    .       . .  . .      .
blockSeqs                     :               .             . . .  .   .      .     .  . .  .    .   .  .  .  .     .   .   . T .        A .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       A   .  .        . .  .      C .  .   . .    .       . .  . .      .
blockSeqs                     :               .             . . .  .   .      .     .  . .  .    .   .  .  .  .     .   .   . A .        A .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       A   .  .        . .  .      C .  .   . .    .       . .  . .      .
blockSeqs                     :               .             . . .  .   .      .     .  . .  .    .   .  .  .  .     .   .   . A .        A .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       A   .  .        . .  .      . .  .   . .    .       . .  . .      .
blockSeqs                     :               .             . . .  .   .      .     .  . .  .    .   .  .  .  .     .   .   . A .        C .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       A   .  .        . .  .      . .  .   . .    .       . .  . .      .
blockSeqs                     :               .             . . .  .   .      .     .  . .  .    .   .  .  .  .     .   .   . G .        C .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       A   .  .        . .  .      . .  .   . .    .       . .  . .      .
blockSeqs                     :               .             . . .  .   .      .     .  . .  .    .   .  .  .  .     .   .   . T .        C .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       A   .  .        . .  .      . .  .   . .    .       . .  . .      .
blockSeqs                     :                             . . .  .   .      .     .  . .  .    .   .  .  .  .     .   .   . T .        C .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       .   .  .        . .                                                
blockSeqs                     :                             . . .  .   .      .     .  . .  .    .   .  .  .  .     .   .   . A .        C .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       .                                                                  
blockSeqs                     :                             . . .  .   .      .     .  . .  .    .   .  .  .  .     .   .   . A .        T .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .     .       .                                                                  
blockSeqs                     :                                               .     .  . .  .    .   .  .  .  .     .   .   . . .        . .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .   .  .   . .   .  .  .                                                                                
blockSeqs                     :                                                             .    .   .                      . . .        . .  . .    .  . .   . .   . .      .  . .  .    .  .  .   .   .                                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                            .  . .    .                                                                                                                                                          


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originalCons                  :    AAATTAAAAAA--A--A----TTGT-T-T--G--TT-----TG--CCCT--T-T--T----C---C-GA--C--C---CGA---T---T-TAC------GGACG--T-A---GG-GT-C--GG-T---A-G------G--T-A-GG-TAAA--A-TA-TTT-TAT-TTT--T---C-T---A-AG-CC--AAAA-----AAT-A-A--C-----TTCA-G-TA-----GGCC-CT---T-A----T---TTTTC-T-CT-G----GGT-AGGTAGG
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Alignments
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lowQualScore                  :               ..........    . . .. ..  .....  ..    .. . .. .... ... .  .. .. ...   ... ... . . ......   . .. . ...  .  . ..  . ... . ...... .. . .  .    .. .  .   .   .   .. ... . ... .  .  ..    .....   ... .. .....    . .  .....  . .  ... . .... ...     . .  . ....   .       
lowQualScore                  :               4444444444    8 8 55 11  44444  44    44 7 44 7777 666 7  11 44 888   888 000 3 2 888888   2 88 6 888  6  7 00  7 999 7 888888 33 3 0  3    33 7  3   7   7   99 555 7 000 7  7  11    55555   444 88 00000    0 0  22222  4 1  777 2 4444 777     1 1  2 4444   2       
consensus                     :    AAATTAAAAAA--A--A----TTGT-T-T--G--TT-----TG--CCCT--T-T--T----C---C-GA--C--C---CGA---T---T-TAC------GGACG--T-A---GG-GT-C--GG-T---A-G------G--T-A-GG-TAAA--A-TA-TTT-TAT-TTT--T---C-T---A-AG-CC--AAAA-----AAT-A-A--C-----TTCA-G-TA-----GGCC-CT---T-A----T---TTTTC-T-CT-G----GGT-AGGTAGG
Reference ( family-4884 )     :    AAATTAAAAAA--A--A----TTGT-T-T--G--TT-----TG--CCCT--T-T--T----C---C-GA--C--C---CGA---T---T-TAC------GGACG--T-A---GG-GT-C--GG-T---A-G------G--T-A-GG-TAAA--A-TA-TTT-TAT-TTT--T---C-T---A-AG-CC--AAAA-----AAT-A-A--C-----TTCA-G-TA-----GGCC-CT---T-A----T---TTTTC-T-CT-G----GGT-AGGTAGG
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gi|10                         :    tAATTAAAAAA----------TTGT-T-T--G--TT-----TG--CTCTCTT-T--T----C---C-GA--C--C---CGA---T---T-TAC------GGACG--T-A---GG-GT-C--GG-T---A-G------G--T-A-GGCTAAA--A-TA-TTT-TAT-TTT--T---C-T---A-AG-CCA-AAAA-----AAT-A-A--C-----TTCA-G-TA-----GG-C-CT---T-A----T---TTTTC-T-CT-G----GGT-AGGTAG
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gi|15                         :        TGAAAAA--ATGA----TTGT-G----G--TTC----TG--CGCT--T-A--T----CAACC-AA--C--C---CGA---TATTT-CAC------GGACG----A---GG-GT-T--GA-T---A-G----------------TAAA---------------TTT--T---C-T---A-AG-CC--AAAA-----TAT-A-A--C------TCA-A-TAAG---GACC-CT---T-ATCTTT---TTCTC-T-CT-G----GATAAGGTAG
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gi|5                          :        ctAAAAA--A--A----GTGT-TGT--G--TT-----TG--CCCT--T-T--TTT--C---CAGA--C--CT--CGA---T---T-TGC------TGACG----A---GG-GT-C--GG-T---A-G------G--T-A-GGCTAAT--A-TA-TTTATGT-TTT--T---C-T---A-AA-TCCAAAAA-----AAT-A-G--A-----TTCA-G-TA-----GCTC-CT---T-A----T---TTTTC-TAAT-G----GGT-AGGTAGa
gi|6                          :              aataagt----TCGT-T-T--GATTT-----TG--CCCT--T-T--TACAGC---C-GAAAC--C---CGA---T---T-TTC------G-ACG--T-A---GG-GT-C--GG-T---A--------G--T-A-GG-CTAA--A-TA-TTT-TATATTT--T---CAT---A-AGCCC--AAAAAAGTTAAT-A-A--C-----ATCA-G-TA-----GG-C-CT---T-ATT--T---TTTTC-T-CT-G----GGT-AGGCA
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