lowQualScore : 222222222222222222
lowQualScore : 22222222222222222222 11 11 11 111111111111111111 4 555555
lowQualScore : 3 44 6 77 3 999 77777 5 66666666666666666666 11 6 88 88 2 111111111111111111 0 888888 6
lowQualScore : . .. . .. . ... ..... . .................... .. . .. .. . .................. . ...... .
lowQualScore : 3 22 0 33 1 555 77777 0 44444444444444444444 22 5 33 33 5 000000000000000000 0 000000 0
consensus : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TNGGGTC--T-AT--CAG-----GGGC-ACAGGCTCC-----AA--CA----GATCAGTA-GNTGCC--CCT--CNTATTGTTGCAGGCGGTTTACACGGTGGCATGCAAAAATA-CATGTTCAT
Reference ( gi|2 ) : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TTGGGTC--T-AT--CAG-----GGGC-ACAGGCTCT-----AA--CA----GATCAGTA-GCTGCC--CCT--CGTATTGTTCT--GCGG----------GGCAT-CAAAAATGTCAT-TCCATTGTGTCCAGATGATAACCAGTTTTGGTA
gi|6 : ATAAAGAGGTGGCCACTCTG--ATGGGTCA-T-AT--TCA-----GGGT-ACAGGCTCC-----AA--CA----GATCAGTAGGGTGCC--CCT--C
gi|7 : tATAAAAAGGTG-TCACTGTG--CAGAGTC--T-AT--AAG-----GGGT-ACAGGCTCC-----AA--CA-------CAGTG-GTTGa
gi|13 : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TTGGATC--T-AT--CAG-----GGatatccttc
gi|4 : tATAAAAAGGTG-CCACTATG--TTGGGTC--T-AT--CAG-----GGa
gi|12 : tagagtagtatagagaagtacaaaactatactggctggcacgttgcccagtATAAAAAGGTG-CCACTCTG--T--GGTC--TAAT--CAG-----GGGC-
gi|15 : tATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TGGAGCC--T-AT--AAG-----GG
gi|10 : ATAAAAATGTG-TCACTCTG--TTGAATC--T-AT--TAG-----GGAC-
gi|9 : cagtATAAATAGGTG-TCACTCTG--TGGAGAC--T-AT--CAG-----G
gi|5 : ttgacaagtcgctcagtTAAAAAGGTG-TC--TCTG--TGGAGCC--T-AT---------------ACAGGCTCA-----AA--CA----GAATGGTT-GGTGTC--CCT--CG
gi|14 : tacacgtcgcccagtgTAAAAAGGTG-TCACTCTG--TGGAGCC--T-AT--AAG-----GGG
gi|11 : AAAGATG-TCACTCTG--TGGAGCCTAT-AT--AAG-----GGGC-ACAG
gi|1 : GGTG-CCACTCTGTTTTGGGTC--T-CTTCTAGTTGACAGGCAATAGGCTCTCTATGAAGTCAATTCGAT-AGTA-GCTGCCCTCCTGACCTATTGTTGCAGGCGGTTTACACGGTGGCATGCAAAAATA-CATGTTCAT
gi|16 : tataatagatG--TTGGGTC--T-AT--CAG-----GGGC-ACAGGCTCC-----AA--TA----Gatcttagtgtttgtgattccatttacactaaatgaataaacccagtttggtgcattataaagagtttgatcgatataacttgtggctcttttttatggcctcatggcgtatttaaaattgagaagaatgttccaattcttccaaaactaattttattcttaaataatatgaataagaactgcccctaatgtatattaagaataataa
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TAAGAGTTTGTAGTGTTCTCTTTTATGGCTCATGGCGTATTTAAAAATTGAAAGAATGTTCCAATCTTCAAATATTTTCAATATAAATGCCGTAATGTTTAAGAATAATAA
Unaligned ( gi|8 ): ATTATGAGTAGTATAGAGAAGGATAAAACTATACTGGCTGACACGTCGCCCAGTATAA
Unaligned ( gi|17 ): TATACTGACTGACACGTCGCCCAGTATA
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 11 11 1111 4444444444 1 2 1
lowQualScore : 3 33 3 66 2 888 77777 4 66666 99 4444 44 8 1 33 33 1 8888 0000000000 5 0 5
lowQualScore : . .. . .. . ... ..... . ..... .. .... .. . . .. .. . .... .......... . . .
lowQualScore : 1 99 8 88 9 111 11111 4 77777 22 2222 22 0 0 88 88 0 5555 5555555555 0 0 0
consensus : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TNGGGTC--T-AT--CAG-----GGGC-ACAGGCTCC-----AA--CA----GATCAGTA-GNTGCC--CCT--CNTATTGTTNCAGGCGGTTTACACGGTGGCATGCAAAAATGTCATGTCCAT
Reference ( family-4853 ) : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TNGGGTC--T-AT--CAG-----GGGC-ACAGGCTCC-----AA--CA----GATCAGTA-GNTGCC--CCT--CNTATTGTTGCAGGCGGTTTACACGGTGGCATGCAAAAATA-CATGTTCAT
gi|1 : GGTG-CCACTCTGTTTTGGGTC--T-CTTCTAGTTGACAGGCAATAGGCTCTCTATGAAGTCAATTCGAT-AGTA-GCTGCCCTCCTGACCTATTGTTGCAGGCGGTTTACACGGTGGCATGCAAAAATA-CATGTTCAT
gi|10 : tataatagatATAAAAATGTG-TCACTCTG--TTGAATC--T-AT--TAG-----GGAC-atcttagtgtttgtgattccatttacactaaatgaataaacccagtttggtgcattataaagagtttgatcgatataacttgtggctcttttttatggcctcatggcgtatttaaaattgagaagaatgttccaattcttccaaaactaattttattcttaaataatatgaataagaactgcccctaatgtatattaagaataataa
gi|11 : cagtAAAGATG-TCACTCTG--TGGAGCCTAT-AT--AAG-----GGGC-ACAG
gi|12 : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--T--GGTC--TAAT--CAG-----GGGC-
gi|13 : tATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TTGGATC--T-AT--CAG-----GG
gi|14 : tTAAAAAGGTG-TCACTCTG--TGGAGCC--T-AT--AAG-----GGGa
gi|15 : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TGGAGCC--T-AT--AAG-----GG
gi|16 : G--TTGGGTC--T-AT--CAG-----GGGC-ACAGGCTCC-----AA--TA----G
gi|2 : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TTGGGTC--T-AT--CAG-----GGGC-ACAGGCTCT-----AA--CA----GATCAGTA-GCTGCC--CCT--CGTATTGTTCT--GCGG----------GGCAT-CAAAAATGTCAT-TCCATg
gi|4 : ATAAAAAGGTG-CCACTATG--TTGGGTC--T-AT--CAG-----GGtgtgtccagatgataaccagttttggta
gi|5 : tagagtagtatagagaagtacaaaactatactggctggcacgttgcccagtTAAAAAGGTG-TC--TCTG--TGGAGCC--T-AT---------------ACAGGCTCA-----AA--CA----GAATGGTT-GGTGTC--CCT--C
gi|6 : tacacgtcgcccagtgATAAAGAGGTGGCCACTCTG--ATGGGTCA-T-AT--TCA-----GGGT-ACAGGCTCC-----AA--CA----GATCAGTAGGGTGCC--CCT--Cg
gi|7 : tATAAAAAGGTG-TCACTGTG--CAGAGTC--T-AT--AAG-----GGGT-ACAGGCTCC-----AA--CA-------CAGTG-GTTGa
gi|9 : ATAAATAGGTG-TCACTCTG--TGGAGAC--T-AT--CAG-----Gatatccttc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TAAGAGTTTGTAGTGTTCTCTTTTATGGCTCATGGCGTATTTAAAAATTGAAAGAATGTTCCAATCTTCAAATATTTTCAATATAAATGCCGTAATGTTTAAGAATAATAA
Unaligned ( gi|8 ): ATTATGAGTAGTATAGAGAAGGATAAAACTATACTGGCTGACACGTCGCCCAGTATAA
Unaligned ( gi|17 ): TATACTGACTGACACGTCGCCCAGTATA
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 11 11 11 4444444444 1 1 1
lowQualScore : 3 33 3 66 2 888 77777 4 66666 99 4444 44 8 1 33 33 1 1 88 0000000000 5 5 5
lowQualScore : . .. . .. . ... ..... . ..... .. .... .. . . .. .. . . .. .......... . . .
lowQualScore : 1 99 8 88 9 111 11111 4 77777 22 2222 22 0 0 88 88 0 0 00 5555555555 0 5 0
consensus : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TNGGGTC--T-AT--CAG-----GGGC-ACAGGCTCC-----AA--CA----GATCAGTA-GNTGCC--CCT--CNTATTGTTNCAGGCGGTTTACACGGTGGCATGCAAAAATGTCATGTCCAT
Reference ( family-4853 ) : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TNGGGTC--T-AT--CAG-----GGGC-ACAGGCTCC-----AA--CA----GATCAGTA-GNTGCC--CCT--CNTATTGTTNCAGGCGGTTTACACGGTGGCATGCAAAAATGTCATGTCCAT
gi|1 : GGTG-CCACTCTGTTTTGGGTC--T-CTTCTAGTTGACAGGCAATAGGCTCTCTATGAAGTCAATTCGAT-AGTA-GCTGCCCTCCTGACCTATTGTTGCAGGCGGTTTACACGGTGGCATGCAAAAATA-CATGTTCAT
gi|10 : tataatagatATAAAAATGTG-TCACTCTG--TTGAATC--T-AT--TAG-----GGAC-atcttagtgtttgtgattccatttacactaaatgaataaacccagtttggtgcattataaagagtttgatcgatataacttgtggctcttttttatggcctcatggcgtatttaaaattgagaagaatgttccaattcttccaaaactaattttattcttaaataatatgaataagaactgcccctaatgtatattaagaataataa
gi|11 : cagtAAAGATG-TCACTCTG--TGGAGCCTAT-AT--AAG-----GGGC-ACAG
gi|12 : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--T--GGTC--TAAT--CAG-----GGGC-
gi|13 : tATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TTGGATC--T-AT--CAG-----GG
gi|14 : tTAAAAAGGTG-TCACTCTG--TGGAGCC--T-AT--AAG-----GGGa
gi|15 : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TGGAGCC--T-AT--AAG-----GG
gi|16 : G--TTGGGTC--T-AT--CAG-----GGGC-ACAGGCTCC-----AA--TA----G
gi|2 : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TTGGGTC--T-AT--CAG-----GGGC-ACAGGCTCT-----AA--CA----GATCAGTA-GCTGCC--CCT--CGTATTGTTCT--GCGG----------GGCAT-CAAAAATGTCAT-TCCATg
gi|4 : ATAAAAAGGTG-CCACTATG--TTGGGTC--T-AT--CAG-----GGtgtgtccagatgataaccagttttggta
gi|5 : tagagtagtatagagaagtacaaaactatactggctggcacgttgcccagtTAAAAAGGTG-TC--TCTG--TGGAGCC--T-AT---------------ACAGGCTCA-----AA--CA----GAATGGTT-GGTGTC--CCT--C
gi|6 : tacacgtcgcccagtgATAAAGAGGTGGCCACTCTG--ATGGGTCA-T-AT--TCA-----GGGT-ACAGGCTCC-----AA--CA----GATCAGTAGGGTGCC--CCT--Cg
gi|7 : tATAAAAAGGTG-TCACTGTG--CAGAGTC--T-AT--AAG-----GGGT-ACAGGCTCC-----AA--CA-------CAGTG-GTTGa
gi|9 : ATAAATAGGTG-TCACTCTG--TGGAGAC--T-AT--CAG-----Gatatccttc
blockSeqs : G . T TA A T . . . . . TC G C . . G C . . . T .
blockSeqs : . . G A . A . . . . . AT . G . .
blockSeqs : . . T . . C . . . . . TC . G . .
blockSeqs : . . G . . C . . . . . C . T
blockSeqs : . . G . . A . . . . .
blockSeqs : . . T . . A . .
blockSeqs : . . T . . C . .
blockSeqs : . . T . . C . .
blockSeqs : . . G . . C .
blockSeqs : . . T . . T .
blockSeqs : . . A . . A .
blockSeqs : . . G . . C .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : ** C** ***** ***** ** **** TC
originalCons : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TNGGGTC--T-AT--CAG-----GGGC-ACAGGCTCC-----AA--CA----GATCAGTA-GNTGCC--CCT--CNTATTGTTNCAGGCGGTTTACACGGTGGCATGCAAAAATGTCATGTCCAT
finalCons : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TNGGGTC--T-ATC--AG-----GGGC-ACAGGCTCC-----AA--CA----GATCAGTA-GNTGCC--CCT--CNTATTGTTNCAGGCGGTTTACACGGTGGCATGCAAAAATGTCATGTCCAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TAAGAGTTTGTAGTGTTCTCTTTTATGGCTCATGGCGTATTTAAAAATTGAAAGAATGTTCCAATCTTCAAATATTTTCAATATAAATGCCGTAATGTTTAAGAATAATAA
Unaligned ( gi|8 ): ATTATGAGTAGTATAGAGAAGGATAAAACTATACTGGCTGACACGTCGCCCAGTATAA
Unaligned ( gi|17 ): TATACTGACTGACACGTCGCCCAGTATA
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 11 11 11 4444444444 1 1 1
lowQualScore : 3 33 3 66 2 888 77777 4 66666 99 4444 44 8 1 33 33 1 1 88 0000000000 5 5 5
lowQualScore : . .. . .. . ... ..... . ..... .. .... .. . . .. .. . . .. .......... . . .
lowQualScore : 1 99 8 88 9 111 11111 4 77777 22 2222 22 0 0 88 88 0 0 00 5555555555 0 5 0
consensus : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TNGGGTC--T-AT--CAG-----GGGC-ACAGGCTCC-----AA--CA----GATCAGTA-GNTGCC--CCT--CNTATTGTTNCAGGCGGTTTACACGGTGGCATGCAAAAATGTCATGTCCAT
Reference ( family-4853 ) : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TNGGGTC--T-AT--CAG-----GGGC-ACAGGCTCC-----AA--CA----GATCAGTA-GNTGCC--CCT--CNTATTGTTNCAGGCGGTTTACACGGTGGCATGCAAAAATGTCATGTCCAT
gi|1 : GGTG-CCACTCTGTTTTGGGTC--T-CTTCTAGTTGACAGGCAATAGGCTCTCTATGAAGTCAATTCGAT-AGTA-GCTGCCCTCCTGACCTATTGTTGCAGGCGGTTTACACGGTGGCATGCAAAAATA-CATGTTCAT
gi|10 : tataatagatATAAAAATGTG-TCACTCTG--TTGAATC--T-AT--TAG-----GGAC-atcttagtgtttgtgattccatttacactaaatgaataaacccagtttggtgcattataaagagtttgatcgatataacttgtggctcttttttatggcctcatggcgtatttaaaattgagaagaatgttccaattcttccaaaactaattttattcttaaataatatgaataagaactgcccctaatgtatattaagaataataa
gi|11 : cagtAAAGATG-TCACTCTG--TGGAGCCTAT-AT--AAG-----GGGC-ACAG
gi|12 : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--T--GGTC--TAAT--CAG-----GGGC-
gi|13 : tATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TTGGATC--T-AT--CAG-----GG
gi|14 : tTAAAAAGGTG-TCACTCTG--TGGAGCC--T-AT--AAG-----GGGa
gi|15 : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TGGAGCC--T-AT--AAG-----GG
gi|16 : G--TTGGGTC--T-AT--CAG-----GGGC-ACAGGCTCC-----AA--TA----G
gi|2 : ATAAAAAGGTG-CCACTCTG--TTGGGTC--T-AT--CAG-----GGGC-ACAGGCTCT-----AA--CA----GATCAGTA-GCTGCC--CCT--CGTATTGTTCT--GCGG----------GGCAT-CAAAAATGTCAT-TCCATg
gi|4 : ATAAAAAGGTG-CCACTATG--TTGGGTC--T-AT--CAG-----GGtgtgtccagatgataaccagttttggta
gi|5 : tagagtagtatagagaagtacaaaactatactggctggcacgttgcccagtTAAAAAGGTG-TC--TCTG--TGGAGCC--T-AT---------------ACAGGCTCA-----AA--CA----GAATGGTT-GGTGTC--CCT--C
gi|6 : tacacgtcgcccagtgATAAAGAGGTGGCCACTCTG--ATGGGTCA-T-AT--TCA-----GGGT-ACAGGCTCC-----AA--CA----GATCAGTAGGGTGCC--CCT--Cg
gi|7 : tATAAAAAGGTG-TCACTGTG--CAGAGTC--T-AT--AAG-----GGGT-ACAGGCTCC-----AA--CA-------CAGTG-GTTGa
gi|9 : ATAAATAGGTG-TCACTCTG--TGGAGAC--T-AT--CAG-----Gatatccttc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TAAGAGTTTGTAGTGTTCTCTTTTATGGCTCATGGCGTATTTAAAAATTGAAAGAATGTTCCAATCTTCAAATATTTTCAATATAAATGCCGTAATGTTTAAGAATAATAA
Unaligned ( gi|8 ): ATTATGAGTAGTATAGAGAAGGATAAAACTATACTGGCTGACACGTCGCCCAGTATAA
Unaligned ( gi|17 ): TATACTGACTGACACGTCGCCCAGTATA