lowQualScore : 111111111111111111111
lowQualScore : 22 55555555555555555555 1 44444444444 11111 1111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44444444444 777777777777777777777 111111111 22222 3333 2222222222222
lowQualScore : 77 888 77777777777777777777 2 5 44444444444 11111 0 2222222222 44 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 2 44444444444 2 666 22 99999 444444444444444444444 2 777777777 444 2 00000 9999 2 444 1 33 3333333333333 333 3
lowQualScore : .. ... .................... . . ........... ..... . .......... .. ........................................................................................................ . . ........... . ... .. ..... ..................... . ......... ... . ..... .... . ... . .. ............. ... .
lowQualScore : 55 555 22222222222222222222 0 7 11111111111 55555 5 2222222222 66 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 5 99999999999 7 555 99 77777 777777777777777777777 5 222222222 444 5 33333 1111 5 777 6 77 3333333333333 777 1
consensus : ATAATTTAAGNGTAGGTATAACA-ATGTA--A-TANC-GTATATCGG-GTAT-A---ATTT-TGGCG--TGAGGAATATTTGGCG---GA---TT--TTTC---TC-----------GAA--AA------------GTA---G-TT-T--G-AAATCTTAG----CACTT-T----ATTT-TT-T--T--TTGGCGCA------ATTTC-AT-T-T-AACAAGT-GTATCATT-T-A-TATGAATAG-AAA---T-TTTGGCA-CTTT-T------A-------ATTT-TT-G----CG-A---ATTTTC-CTC-NT--CTGCCAAAAAAGCC---AACATTTCCA--GCG----CG-----C-C-AAAATT-ACCT
Reference ( gi|1 ) : ATAAT--AGATGTAAATA-AACACATGTAC-A-TAGC-ATATATTTG-GTATAA---ATTTATGGCG--TGAGGAATATTTGGTA---GA---TT--TTTC---TTT----------GAA--AA------------GTA---G-GT-C--G-AAATCTTCG----CACTT-T----ATTT-TT-T--T--TTGACACA------ATTTC-AT-T-G-AACAAAA-GTATCATT-T-A-TATGAATAA-AAA---T-TTTGGCA-CTTTTTTTTCCCAATCCT--ATTT-TT-G----CA-A---ATTTTC-CTC-TC--CTGCCACACTAGCC---AATATTTCCA--GCC----CA-----C-C-AAAATT-ACCTG
gi|2 : ATAATTTAAAAGTAAGTA-AAC--------------T-ATATATTAG-ATA------ATTT-TGATG--TGGGGAATAT--GGTATTTGA---TGAGTTTC---TCT----------AAA--AAAAAAAATTTAAAGTA---G-TT-T--G-AAATTTTAG----CACTT-T----ATTT-TT---------GGTGTG------GTTTC-CT-T------------------------TATGGATAG-AAA---T-TTTCGCA-CTTT-------------C--ATTT-TTAG----CC-A---ATTTTT-TTCATC--CTCCCAAA--AGCC---AACATATTCA--GTTA---CAGAATGC-C-AAAATC-ATC
gi|4 : aataagctagtatatagAAT--AAGTATAGATATAAGA-ATGTAG-A-TACT-GTGTATTGG-CTA------ATTT-TGGCA--TGAG-AATATTTGGCA---AG---GT--TTTC---TTG----------GAA--AG------------GTA---C-AT----G-TAG--TTTG----AATTT-TTAAAATGC-TT-TAATAGTTGAGGCT------GTTTC-AT-T-T-CACAAGT-GTAGCATT-C-A-TATGGATAG-AAA---T-TTAG-------TGTTTTC----------ATTT-TT-------A-AGGTATTTT--ATA-T---CTGCCTAAAAAGCC---AACATATCAA--GTG----CA-----C-G-AAAATT-ATCTa
gi|3 : CACATATACCACTAACCATATATC---ATGTAA-----TTATGGCA--TGTAGAACATTGAGCA---AA---TA--TTGC---TGA----------AAA--AA------------TTAA--G-GT-CTAA-AAAGCTTAG----CACTT-T---------TT-A--T--TTGGCACATA----ATTTC-AT-T-T-AAAAAGC-GTATTATC-T-T-TATGAATAA-AAA---T-TTTGACA-C------------AT-CT--ATCC-TT-A----CAGA---ATTTTT-TTT-TCATCTGCCAAAAAGGTC---AACACTTCCA--G------TG-----C-T-AAAATT-AC
gi|5 : gctataagcagatgatgct-A-TATC-GTATACCGG-GTG--A---ATTT--GGCG--CTGGAAATATTTAGCA---TAATGTT--TTAC---TTT----------GAATAAA------------GTA---G-TT-T--G-AACTATTTG----AATTT-T----ATT--------T--TTGACGCA------GTTTC-ATAT-G----AAGT-GTATCAAT-T-G-TATCAATAA-A--------TTACCAGCGTCTT-----------T--ATTT-TTGG----CA-A---ATTTTT-CTC-TT--CCGACACt
gi|22 : C-GTATATCTG-GTA------ATTT-TGACG--TAAGGAATATTTGGCG---AG---TT--TTTC---CT-----------------A------------GT-------T-T--G-AAATTTCAG----CGCTT-TTTAAATTT-TT-cccccccccccccccaatattttcatcagggtaaaatgaccatac
gi|7 : atTATATTGG-GTA------ATTTTTAGCGAAT-AGCAATATTCAACA---GAG--TT--TCTCAAAT-------------AA--AT------------ATA---GTGT-C----AAATCTTGG----CACTT-T----AAGG-TT-T--G--CT--CA-A------ATTTC-AT-T-TTAATAGA--GTATCATT-T-A-TATGAATAG-AAA---A-TCTGGCA-CTTTC--------AT------TTT-TC-A----CA-A---ATTTTC-CTC-AT--CTGCAA-A--AACG---GACATTTCCA--GCT----CA-----C-C-AAAATT-agc
gi|6 : aatgATTTGTGTATAGGGTATTTCTACCA--TTAGGAATATTTACTG---AA---TT--TTT----TAA----------GAA--AA------------GAAAAAG-GTAT--GCAAATCTTTAATAACGCTT-T----GTCT-TT-G-------GACATA------TTTTC-AT-T-T-CACAATT-GTATCATT-T-A-TATAAAAAA-AAAAAGA-TTTGGTA-C------CTCCTA-------ATTT-TG-G----CC-A---GTTTTC-TTC-AT--CCGCTAAAACAGTC---AACATTTCAA--GCA----TG-----C-C-AAAGTT-ttcatt
gi|10 : TGA---ATTT--GGCGCCTGA-----ATTAGGT----TA---TT--TTTC---TC------------AA--AACG----------GTA---A-TT-T--G-AAATCTTAA---------------ATAT-TCAT--T--TTG--------------TC-AT-T-C-AATAAAT-GTATCATT-T-A-T----ATAA-AAA--------G--A-CTTTTTT-----AAGCTTTAATTTATG-G----TG-A---ATTTTCATTT-TC--CT-CCAAA--AGCC---AACATCTCCA--GCG----CG-----C-T-AAGATT-AACTg
gi|8 : TGGCC--TG-GGAATATTTGGAA---GA---TT--TTTT---TTCATCAAAAAAAAAA--AA------------GTA---A----T--A-ATATCTTGG----CTCTT-T----ATGT-TT-T--T-----GCAGA------ATTTC-AT-T-C-AACA-------------T-G-TGTGAACAG-AAA---TAACTGGTG-CTTTT-------A-------ATTT-CT-G----TG-G---ACATTC-TTCATC--CT-CCAAA--AGGC---AGTATTTCCA----C----CA-----TGC-AAAACTAACCTaaca
gi|13 : ggcgattttaacatG--TG-GGAATATTTGATT---GA----T--TTTC---TTG----------GAG--AA------------GAA---G-TT-T--T-AAATGTTAA----GAGTTAT----A----CT-T--T--TGGGC-CA------ATTTTGAT-T-G-AAaac
gi|23 : ataccagatgataattgctGGAATACTTAGTG---GA---TG--TTTC---TC-------------A--AA------------GTA---G-TT-T--G-AAATCATAG----CATGT-T----ACTC-TT-T--T-----GCACA------ATTTC-AT-T-agcagatgttgttgcactttcatttctggtaaatttcctgcctccacataaaaagccaacattt
gi|11 : ATGTTTAGCG---AA---TT--TTTC---ATA----------AAA--AT------------ATA---G-TT-TT-A-AAATTTTAG----CACTT-C----TTTT-TC-C--A--TTGA---A------TTTTC-AT-TTG-ATTA----GTATCATT-C-A-TATGGATAG-AAA---T-TTTGGCA-ATTT-------CAG--------TT-TA-GA---TG-A---ATTTTC-CTC-AT--CTGCCAAAAACGTC---ACTATTGCCG--ACA----TG-----C-C-AAAATT-AC
gi|14 : tAA--AACT----------GTA---G-TT-T--G-AAATAT--G----AAC--------ATTTCTT-T--T--TTGGCATT------ACTTC-AT-T-T-A-CAAAGTGTGTCATTGT-AATATGAATAAGAAA---T-TTTGGCA-CTTTTTT-----A---------------G----CA-A---ATCTTC-CAA-AT--CCACCAGATAAGTC---ATTA-TTCCA--GTG----CA-----C-A-AAAAAT-ACCaca
gi|17 : tT-T--G-AAATCTTAG----CGCT-------ACCT-TT-T--T--TTGGCACA------TTTTC-AT-T-T-AAGAAGT-GTATCATT-TTA-TATGGATAG-AAA---T-CTAAGCA------TTTTC----------GTTT-TT-GG---CA-A---ATTTAC-TTC-AT--CCGCCAGAAAAGTTTAAAACATTTCCA--GCcaat
gi|16 : -AAA-CTTTA----CACTG-T----ATTT-TA-T--G----GGCTCA------ATTTC-AT-T-A-AGCAAGT-GTATCATT-T-C-CATGAAT-A-AAA---T-GTCTGCA-CTATT------CACTTTT--ATTT-CTGG----CC-A---ATTTTC-CAT-AT--ATGCCATGAAGGTC---AACATTTCCA--gcgaaa
gi|18 : tttAATCTTTG----GACTT-C---------TT-T--T--TCGATGAA------TTTTC-AT-T-T-GATAAGT-GTATCATT-C-A-TATGGATAG-AAA-----TTTGGCA-ATT-------CCA-------GTTT-GG-G----TG-A---ATTTTC-CTC-AT--CTGCCAAA--A------AATAATACCATTGCCTGAACATG---C-C-AAAATT-atgtgccataa
gi|12 : -TT-T--T--CTGGCAGATTTTTCATTTC-AT-T-T-AA---------TTATT-T---TATCAATGG-AAA---C-TTTGGTG-CTTTC---------------ATTT-TT-GGCATCG-A---ATTTTA-ATC-AT--CTGCAACA------------ATTTACA--ACC----CT-----C-C-AAAATT-ACC
gi|19 : tcaacagaagatatgtcaggtaattttagtgttgaatataTTATT-T-A-TATAAAAGG-AAA---T-TTTGGCA------TTTTC----------GTTT-TT-A----TC-A---ATTTTC-CTC-T-----GCTAAAGTGTTC---AATATTTCCA--GCA----CT-----C-T-AGAACT-GCggacatatgataaatattt
gi|20 : AATGG-AAA---T-TTTGGCA------------------T--ATTT-TTAG----CA-A---ATTTTC-CTA-AT--AGGCCACATTGGCC---CGCATTTCCT--GAG----CA-----C-CAAAAATT-ACaca
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATAGTACCAGCATTTTTTGTAATTTTAGATTCAGGAATATTCAAATGAATTTTCTTATGAAGGTCTTGGCACAATCCTCAAGTTTTAGCCAGAACTTCATTTAATATCTACATATACATTTATATAAATGCAAAACTTGGTGCTTTTATCTTTAGAGAATTTACCTCCCTCCCCAACTTAAAAAATGCCATTTCCAG
Unaligned ( gi|15 ): GTAATTTTGACGTCTAGAATATTTGGAGGATTTTCTGTTAAAAAAAATAAATAAATACATTTGACATCTTAGCTTTTCATTTAACAAGTGCAGAGAAATAATTTTTTTACGCTTTTTATCCTTTGTAAATTTTCTTCATCCACCAAAGACGGCA
Unaligned ( gi|21 ): AAAGAAAATAATTATCAAATTTTCTTTGCCTTCAGTCTACAAAATAGCTCATGATCATTGGTTAAACATGAGATTAAAGATGCTGG
Alignments
lowQualScore : 1 333333333333 55555555555555555555555555555555555555555555 444444444444444444444444444444444444444 11111111111111 11111111
lowQualScore : 5 11 11 999999999999 6 0 2 4 7 3 3 9999 77 66666 444 444 2 88888888888888888888888888888888888888888888 444 7777 2 2 2 4 4444 0 22 666666666666666666666666666666666666666 2 2 5 0 333 2 4444 2 2 888888888 4 22 22 888888 1 2 99999999999999 2 2 5 6666666 2 22 2 1 11111111 2 0 333 333 2 2 55555 33 0 2
lowQualScore : . .. .. ............ . . . . . . . .... .. ..... ... ... . ............................................ ... .... . . . . .... . .. ....................................... . . . . ... . .... . . ......... . .. .. ...... . . .............. . . . ....... . .. . . ........ . . ... ... . . ..... .. . .
lowQualScore : 5 77 33 000000000000 6 9 9 0 3 3 1 1111 66 77777 222 777 7 11111111111111111111111111111111111111111111 444 8888 2 2 0 0 2222 8 88 111111111111111111111111111111111111111 1 2 6 6 777 1 7777 0 0 666666666 0 88 88 555555 6 0 11111111111111 0 0 4 7777777 0 88 0 7 99999999 2 4 999 999 2 2 99999 22 7 7
consensus : ATAATTTAAATGTAAATA-AACA-ATGTA-ATANCGTATATCGGGT-ATAA-TTT-TGGC-G--TGAGGAA-----TATTTGGCGGA---TTTT-TCTC-----------GA-----------A--A-A--G----------T---A----GTTT-G-AA-A-TCTT----AGCA--CTT-T----AT-TT-TT---TTTTGG-C--GCA------A-TTT-CATTT-AACAAGTGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AG-AAA-----T---T-T--T--G------GCGCTTT-T-------A-----NT-TT-TNG----C-GA-A--TTTTCCT-CATCCGCC------AAAAAA-GCC---AA---CA-T-TTC-----C--AGCGCGCC-AAAATTACCT
Reference ( family-4836 ) : ATAATTTAAGNGTAGGTATAACA-ATGTA-ATANCGTATATCGGGT-ATAA-TTT-TGGC-G--TGAGGAA-----TATTTGGCGGA---TTTT-TCTC-----------GA-----------A--A-A--G----------T---A----GTTT-G-AA-A-TCTT----AGCA--CTT-T----AT-TT-TT---TTTTGG-C--GCA------A-TTT-CATTT-AACAAGTGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AG-AAA-----T---T-T--T--G------GCACTTT-T-------A-----AT-TT-TTG----C-GA-A--TTTTCCT-CNTCTGCC------AAAAAA-GCC---AA---CA-T-TTC-----C--AGCGCGCC-AAAATTACCT
gi|1 : ATAAT--AGATGTAAATA-AACACATGTACATAGCATATATTTGGT-ATAAATTTATGGC-G--TGAGGAA-----TATTTGGTAGA---TTTT-TCTTT----------GA-----------A--A-A--G----------T---A----GGTC-G-AA-A-TCTT----CGCA--CTT-T----AT-TT-TT---TTTTGA-C--ACA------A-TTT-CATTG-AACAAAAGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AA-AAA-----T---T-T--T--G------GCACTTT-TTTTTCCCAATCCTAT-TT-TTG----C-AA-A--TTTTCCT-CTCCTGCC------ACACTA-GCC---AA---TA-T-TTC-----C--AGCCCACC-AAAATTACCT
gi|10 : TT-TGGC-GCCTGA----------ATTAGGTT-A---TTTT-TCTC-----------AA-----------A--ACG--G----------T---A----ATTT-G-AA-A-TCTT----AA-------------ATATT-CA---TTTTG------------------T-CATTC-AATAAATGTAT---CA-TT-T-ATATAAAA-AG-ACT-----T---T-T--TTAA------GC---TT-T-------A-----AT-TTATGG----T-GA-A--TTTTCAT-TTTCCTCC--------AAAA-GCC---AA---CA-T-CTC-----C--AGCGCGCT-AAGATTAACTg
gi|11 : tgaaA-----TGTTTAGCGAA---TTTT-TCAT-----------AA-----------A--A-AT-A----------T---A----GTTTTA-AA-A-TTTT----AGCA--CTT-C----TT-TT-TC---CATTG-------A------A-TTTTCATTT-GATTAGT--AT---CA-TT-C-ATATGGAT-AG-AAA-----T---T-T--T--G------GCAATTT-C-------A-----GT-TT-AGA----T-GA-A--TTTTCCT-CATCTGCC------AAAAAC-GTC---AC---TA-T-TGC-----C--GACATGCC-AAAATTACaaca
gi|12 : tA-A-TTTT----AGTG--TTG-A----AT-ATATT---TTCTGG-C--AGATTTTTCA-TTT-CATTT-AA--------T---TA-TT-T--TATCAAT-GG-AAA-----C---T-T--T--G------GTGCTTT-C-------A------T-TT-TTGGCATC-GA-A--TTTTAAT-CATCTGC--------------------AA---CAAT-TTA-----C--AACCCTCC-AAAATTACCaca
gi|13 : tcaacagaagatatgtcaggtATACCAGATGATAA-TT----GCTG--TG-GGAA-----TATTTGATTGA---TTTT-CTTG-----------GA-----------G--A-A--G----------A---A----GTTT-T-AA-A-TGTT----AAGA--GTTAT----A-----CT---TTTGGG-C---CA------A-TTT-------------TG-AT--------------TGAA--AGCAGA-----T---G-T--T--GTT----GCACTTT-C-------------AT-TT-CTG----G-TA-A--ATTTCCTGCCTCCACA------TAAAAA-GCC---AA---CA-T-TTggacatatgataaatattt
gi|14 : A-----------A--A-ACTG----------T---A----GTTT-G-AA-A-TATG----AACA--TTT-C----------TT---TTTTGG-C--ATT------A-CTT-CATTT-ACAAAGTGTGT---CA-TTGTAATATGAATAAG-AAA-----T---T-T--T--G------GCACTT-----------------T-TT-TAG----C-AA-A--TCTTCCA-AATCCACC------AGATAA-GTC---AT---TA---TTC-----C--AGTGCACA-AAAAATACC
gi|15 : tTAA-TTT-TGAC-G--TCTAGAA-----TATTTGGAGGA---TTTTCTGTT-----------AA-----------A--A-A--AAATAAATAAAT---AC---ATTT-G-AC-A-TCTT----AG----CT---------------------------------------TTT-CATTT-AACAAGTGCA----------------G----AG-AAATAATTT---T-T--T--T------ACGCTTT-T-------T-----ATCCT-TTG----T-AA-A--TTTTCTT-CATCCACC------AAAGAcaat
gi|16 : gTT-T-AA-A-CTTT----A-CA--CTG-T----AT-TT-TA---TG--GG-C--TCA------A-TTT-CATTA-AGCAAGTGTAT---CA-TT-T-CCATGAAT-A--AAA-----TG--T-C--T--GCACTATTCACTTT-T-------A-----TT-TC-TGG----C-CA-A--TTTTCCA-TATATGCC------ATGAAG-GTC---AA---CA-T-TTC-----C--AATGTGCC-ATAAcggca
gi|17 : TT-G-AA-A-TCTT----AGCG--CT-------AC-CT-TT---TTTTGG-C--ACA------T-TTT-CATTT-AAGAAGTGTAT---CATTT-T-ATATGGAT-AG-AAA-----T---C-T--A--A------GCATTTT-C-------G-----TT-TT-TGG----C-AA-A--TTTACTT-CATCCGCC------AGAAAA-GTTTAAAA---CA-T-TTC-----C--AGCGCG
gi|18 : A-A-TCTT----TGGA--CTT-C----------TT---TTTCGA-T--GAA------T-TTT-CATTT-GATAAGTGTAT---CA-TT-C-ATATGGAT-AG-AAA---------T-T--T--G------GCAATTC-C-------A-----GT-TT-GGG----T-GA-A--TTTTCCT-CATCTGCC------AAAAAA---T---AATACCA-T-TGC-----CTGAACATGCC-AAAATTaaa
gi|19 : T---TA-TT-T-ATATAAAA-GG-AAA-----T---T-T--T--G------GCA-TTT-T-------C-----GT-TT-TTA----T-CA-A--TTTTCC----TCTGCT------AAAGTG-TTC---AA---TA-T-TTC-----C--AGCACTCT-AGAACTGC
gi|2 : ATAATTTAAAAGTAAGTA-AAC---------TA---TATATTAG---ATAA-TTT-TGAT-G--TGGGGAATATGGTATTTGATGAG---TTTC-TCTA-----------AAAAAAAAAATTTA--A-A--G----------T---A----GTTT-G-AA-A-TTTT----AGCA--CTT-T----A------T---TTTTGG-T--GTG------G-TTT-CCTT-------------------------TATGGAT-AG-AAA-----T---T-T--T--C------GCACTTT-C-------A-----TT-TT-TAG----C-CA-A--TTTTTTT-CATCCTCC-------CAAAA-GCC---AA---CA-TATTCAGTTAC--AGAATGCC-AAAATCATCaca
gi|20 : aataagctagtatatagAAT-GG-AAA-----T---T-T--T--G------GCA-----T-------A-----TT-TT-TAG----C-AA-A--TTTTCCT-AATAGGCC------ACATTG-GCC---CG---CA-T-TTC-----C--TGAGCACCAAAAATTACa
gi|22 : cATCGTATATCTGGT-A--A-TTT-TGAC-G--TAAGGAA-----TATTTGGCGAG---TTTT-TCC--------------------------------------------T---A----GTTT-G-AA-A-TTTC----AGCG--CTT-TTTAAAT-TT-TT---acaatat
gi|23 : GGAA-----TACTTAGTGGA---TGTT-TCTC------------------------A--A-A--G----------T---A----GTTT-G-AA-A-TCAT----AGCA--TGT-T----AC-TC-TT---TT---G-C--ACA------A-TTT-CATTagc
gi|3 : ACCATATATCA--T-GTAA-TTA-TGGC-A--TGTAGAA-----CATTGAGCAAA---TATT-GCTG-----------AA-----------A--A-A--A----------TTAAG----GTCT-A-AA-AAGCTT----AGCA--CTT-T----------TT---ATTTGG-C--ACATA----A-TTT-CATTT-AAAAAGCGTAT---TA-TC-T-TTATGAAT-AA-AAA-----T---T-T--T--G------ACACATC-T-------------AT-CC-TTA----CAGA-ATTTTTTTTT-CATCTGCC------AAAAAG-GTC---AA---CA-C-TTC-----C--A--GTGCT-AAAATTAC
gi|4 : gctataagcagatgatgctcacatataccactaTAAGTATAGATATAAGA-ATGTAGATACTGTGTATTGGCT-A--A-TTT-TGGC-A--TGAG-AA-----TATTTGGCAAG---GTTT-TCTT-----------GG-----------A--A-A--GGTACATG---T---A----GTTT-G-AA-T-TTTT----AAAATGCTT-T----AA-TA-GT---T---GA-G--GCT------G-TTT-CATTT-CACAAGTGTAG---CA-TT-C-ATATGGAT-AG-AAA-----T---T-TAGT--G----------TTT-T-------C-----AT-TT-TTA----A-GGTA--TTTTA---TATCTGCC------TAAAAA-GCC---AA---CA-T-ATC-----A--AGTGCACG-AAAATTATCTt
gi|5 : aa-ATATCGTATACCGGGT-G-AA-TTT--GGC-G--CTGGAAA-----TATTTAGCATAATGTTTT-ACTTT----------GA-----------ATAA-A--G----------T---A----GTTT-G-AA-C-TATT----TGAA--TTT-T----A------T---TTTTGA-C--GCA------G-TTT-CATAT-G--AAGTGTAT---CA-AT-T-GTATCAAT----AAA-----T---TAC--C--A------GCGTCTT-T-------A-----TT-TT-TGG----C-AA-A--TTTTTCT-CTTCCGAC------A
gi|6 : GTGTATAGGGT-AT---TTC-TACC-A--TTAGGAA-----TATTTACTGAA---TTTT-TTAA-----------GA-----------A--A-A--G----------A---AAAAGGTAT-GCAA-A-TCTTTAATAACG--CTT-T----GT-CT-TT-------GGAC--ATA------T-TTT-CATTT-CACAATTGTAT---CA-TT-T-ATATAAAA-AA-AAA-----AAGAT-T--T--G------GTACCTCCT-------A-----AT-TT-TGG----C-CA-G--TTTTCTT-CATCCGCT------AAAACA-GTC---AA---CA-T-TTC-----A--AGCATGCC-AAAGTTAccccccccccccccccaatattttcatcagggtaaaatgaccatac
gi|7 : atttAATGTATATTGGGT-A-AT-TTT-TAGC-GAAT-AGCAA-----TATTCAACAGA---GTTT--CTC-----------AA-----------ATAA-AT-A----------T---A----GTGT-C-AA-A-TCTT----GGCA--CTT-T----AA-GG-TT---T----G-C--TCA------AATTT-CATTTTAATA-GAGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AG-AAA-----A---T-C--T--G------GCACTTT-C-------A-----TT-TT-TCA----C-AA-A--TTTTCCT-CATCTGC---------AAAA-ACG---GA---CA-T-TTC-----C--AGCTCACC-AAAATTAg
gi|8 : TAA-CAT-TGGC-C--TG-GGAA-----TATTTGGAAGA---TTTT-TTTTCATCAAAAAAAAA-----------A--A-A--G----------T---A----AT-----AATA-TCTT----GGCT--CTT-T----AT-GT-TT---TT---G-C--AGA------A-TTT-CATTC-AACATGTGT-----------------GAAC-AG-AAA-----T---AAC--T--G------GTGCTTT-T-------A-----AT-TT-CTG----T-GG-A--CATTCTT-CATCCTCC--------AAAA-GGC---AG---TA-T-TTC-----C--ACCATGCA-AAACTAACCTttcatt
gi|9 : ggcgatttT-GTAA-TTT-TAGA-T--TCAGGAA-----TATTCAAATGA---ATTT-TCT--------------------------------------------T---A-------T-G-AA-GGTCTT----GGCA--CA-------AT-CC-TCAAGTTTTAG-CCAG-A------A-CTT-CATTT-AATATCTACATATACA-TT-T-ATATAAAT-GC-AAA-----A---C-T--T--G------GTGCTTT-T-------A-----TC-TT-TAG----A-GA-A--TTTACCT-CC-CTCCCCAACTTAAAAAATGC---------CA-T-TTC-----C--AGaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAGAAAATAATTATCAAATTTTCTTTGCCTTCAGTCTACAAAATAGCTCATGATCATTGGTTAAACATGAGATTAAAGATGCTGG
Alignments
lowQualScore : 1 1 22 22 444444444444444444444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333 111111 1111111111111111
lowQualScore : 5 3 00 33 3 0 2 4 7 3 3 9999 77 66666 444 444 2 888888888888888888888888888888888888888888888 5555 1 333 2 4 4444 22 6666666666666666666666666666666666666666 2 2 6 0 333 2 4444 2 2 111111 4 22 555555 0 1111111111111111 1 44444 22 0 99999 1 333 333 2 2 55555 33 0 2
lowQualScore : . . .. .. . . . . . . . .... .. ..... ... ... . ............................................. .... . ... . . .... .. ........................................ . . . . ... . .... . . ...... . .. ...... . ................ . ..... .. . ..... . ... ... . . ..... .. . .
lowQualScore : 5 3 77 22 0 9 9 0 3 3 1 1111 66 77777 222 777 7 888888888888888888888888888888888888888888888 3333 4 222 0 0 2222 88 8888888888888888888888888888888888888888 1 2 9 6 777 1 7777 0 0 111111 0 88 888888 4 1111111111111111 0 77777 88 6 88888 8 999 999 2 2 99999 22 7 7
consensus : ATAATTTAAATGTAAATA-AACA-ATGTA-ATANCGTATATCGGGT-ATAA-TTT-TGGC-G--TGAGGAA-----TATTTGGCGGA---TTTT-TCTC-----------GA-----------A--A-A--G-------T---A----GTTT-G-AA-A-TCTT----AGCA--CTT-T----AT-TT--TT---TTTTGG-C--GCA------A-TTT-CATTT-AACAAGTGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AG-AAAT-----T-TTG--G------CGCTTT-C-------A-----TTTTTGG---CGAA--TTTTCCTCATCCGCCAA---AAAAGCC---AA---C-AT-TTC-----C--AGCGCGCC-AAAATTACCT
Reference ( family-4836 ) : ATAATTTAAATGTAAATA-AACA-ATGTA-ATANCGTATATCGGGT-ATAA-TTT-TGGC-G--TGAGGAA-----TATTTGGCGGA---TTTT-TCTC-----------GA-----------A--A-A--G-------T---A----GTTT-G-AA-A-TCTT----AGCA--CTT-T----AT-TT--TT---TTTTGG-C--GCA------A-TTT-CATTT-AACAAGTGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AG-AAAT-----T-TTG--G------CGCTTT-T-------A-----NTTTTNG---CGAA--TTTTCCTCATCCGCCAA---AAAAGCC---AA---C-AT-TTC-----C--AGCGCGCC-AAAATTACCT
gi|1 : ATAAT--AGATGTAAATA-AACACATGTACATAGCATATATTTGGT-ATAAATTTATGGC-G--TGAGGAA-----TATTTGGTAGA---TTTT-TCTTT----------GA-----------A--A-A--G-------T---A----GGTC-G-AA-A-TCTT----CGCA--CTT-T----AT-TT--TT---TTTTGA-C--ACA------A-TTT-CATTG-AACAAAAGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AA-AAAT-----T-TTG--G------CACTTT-TTTTTCCCAATCCTATTTTTG---CAAA--TTTTCCTCTCCTGCCAC---ACTAGCC---AA---T-AT-TTC-----C--AGCCCACC-AAAATTACCT
gi|10 : TT-TGGC-GCCTGA----------ATTAGGTT-A---TTTT-TCTC-----------AA-----------A--ACG--G-------T---A----ATTT-G-AA-A-TCTT----AA-------------ATATT--CA---TTTTG------------------T-CATTC-AATAAATGTAT---CA-TT-T-ATATAAAA-AG-ACTT-----T-TTT--A------AGCTTT-A-------A-----TTTATGG---TGAA--TTTTCATTTTCCTCC-----AAAAGCC---AA---C-AT-CTC-----C--AGCGCGCT-AAGATTAACTg
gi|11 : tgaaA-----TGTTTAGCGAA---TTTT-TCAT-----------AA-----------A--A-AT-A-------T---A----GTTTTA-AA-A-TTTT----AGCA--CTT-C----TT-TT--TC---CATTG-------A------A-TTTTCATTT-GATTAGT--AT---CA-TT-C-ATATGGAT-AG-AAAT-----T-TTG--G------CAATTT-C-------A-----GTTTAGA---TGAA--TTTTCCTCATCTGCCAA---AAACGTC---AC---T-AT-TGC-----C--GACATGCC-AAAATTACaaca
gi|12 : tA-A-TTTT----AGTG--TTG-A----AT-ATA-TT---TTCTGG-C--AGATTTTTCA-TTT-CATTT-AA--------T---TA-TT-T--TATCAAT-GG-AAAC-----T-TTG--G------TGCTTT-C-------A-----TTTTTGGCATCGAA--TTTTAATCATCTG-------------C---AA---CAAT-TTA-----C--AACCCTCC-AAAATTACCaca
gi|13 : tcaacagaagatatgtcaggtATACCAGATGATAA-TT----GCTG--TG-GGAA-----TATTTGATTGA---TTTT-CTTG-----------GA-----------G--A-A--G-------A---A----GTTT-T-AA-A-TGTT----AAGA--GTTAT----A------CT---TTTGGG-C---CA------A-TTT-------------TG-AT--------------TGAA--AGCAGAT-----G-TTGTTG------CACTTT-C-------A-----TTTCTGG---TAAA--TTTCCTGCCTCCACATA---AAAAGCC---AA---C-AT-TTggacatatgataaatattt
gi|14 : A-----------A--A-ACTG-------T---A----GTTT-G-AA-A-TATG----AACA--TTT-C-----------TT---TTTTGG-C--ATT------A-CTT-CATTT-ACAAAGTGTGT---CA-TTGTAATATGAATAAG-AAAT-----T-TTG--G------CACTT-----------------TTTTAG---CAAA--TCTTCCAAATCCACCAG---ATAAGTC---AT---T-A--TTC-----C--AGTGCACA-AAAAATACC
gi|15 : tTAA-TTT-TGAC-G--TCTAGAA-----TATTTGGAGGA---TTTTCTGTT-----------AA-----------A--A-A--A-----------A----AT-----AA-A-TA------AATA--C--------AT-TTGACA---TCTTAG-C--T----------TTT-CATTT-AACAAGTGCA----------------GA----G-AAATAATTTT-TTT--A------CGCTTT-TT------A-----TCCTTTG---TAAA--TTTTCTTCATCCACCAA---AGAcaat
gi|16 : gTT-T-AA-A-CTTT----A-CA--CTG-T----AT-TT--TA---TG--GG-C--TCA------A-TTT-CATTA-AGCAAGTGTAT---CA-TT-T-CCATGAAT-A--AAATG----T-CTG--CACTATTCACTTT-T-------A-----TTTCTGG---CCAA--TTTTCCATATATGCCAT---GAAGGTC---AA---C-AT-TTC-----C--AATGTGCC-ATAAcggca
gi|17 : TT-G-AA-A-TCTT----AGCG--CT-------AC-CT--TT---TTTTGG-C--ACA------T-TTT-CATTT-AAGAAGTGTAT---CATTT-T-ATATGGAT-AG-AAAT-----C-TAA--G------CATTTT-C-------G-----TTTTTGG---CAAA--TTTACTTCATCCGCCAG---AAAAGTTTAAAA---C-AT-TTC-----C--AGCGCG
gi|18 : A-A-TCTT----TGGA--CTT-C-----------TT---TTTCGA-T--GAA------T-TTT-CATTT-GATAAGTGTAT---CA-TT-C-ATATGGAT-AG-AAA------T-TTG--G------CAATTC-C-------A-----GTTTGGG---TGAA--TTTTCCTCATCTGCCAA---AAAA--T---AATACC-AT-TGC-----CTGAACATGCC-AAAATTaaa
gi|19 : T---TA-TT-T-ATATAAAA-GG-AAAT-----T-TTG--G------CATTTT-C-------G-----TTTTTAT---C-AA--TTTTCC---TCTGCTAA---AGTGTTC---AA---T-AT-TTC-----C--AGCACTCT-AGAACTGC
gi|2 : ATAATTTAAAAGTAAGTA-AAC-----TA-------TATATTAG---ATAA-TTT-TGAT-G--TGGGGAATATGGTATTTGATGAG---TTTC-TCTA-----------AAAAAAAAAATTTA--A-A--G-------T---A----GTTT-G-AA-A-TTTT----AGCA--CTT-T----A-------T---TTTTGG-T--GTG------G-TTT-CCTT-------------------------TATGGAT-AG-AAAT-----T-TTC--G------CACTTT-C-------A-----TTTTTAG---CCAA--TTTTTTTCATCCTCC-C---AAAAGCC---AA---C-ATATTCAGTTAC--AGAATGCC-AAAATCATCaca
gi|20 : aataagctagtatatagAAT-GG-AAAT-----T-TTG--G------CA-----T-------A-----TTTTTAG---CAAA--TTTTCCTAATAGGCCAC---ATTGGCC---CG---C-AT-TTC-----C--TGAGCACCAAAAATTACa
gi|22 : cATCGTATATCTGGT-A--A-TTT-TGAC-G--TAAGGAA-----TATTTGGCGAG---TTTT-TCC-----------------------------------------T---A----GTTT-G-AA-A-TTTC----AGCG--CTT-TTTAAAT-TT--TT---acaatat
gi|23 : GGAA-----TACTTAGTGGA---TGTT-TCTC------------------------A--A-A--G-------T---A----GTTT-G-AA-A-TCAT----AGCA--TGT-T----AC-TC--TT---TT---G-C--ACA------A-TTT-CATTagc
gi|3 : ACCATATATCA--T-GTAA-TTA-TGGC-A--TGTAGAA-----CATTGAGCAAA---TATT-GCTG-----------AA-----------A--A-A--A-------TTAAG----GTCT-A-AA-AAGCTT----AGCA--CTT-T-----------TT---ATTTGG-C--ACATA----A-TTT-CATTT-AAAAAGCGTAT---TA-TC-T-TTATGAAT-AA-AAAT-----T-TTG--A------CACATC-T-------A-----TCCTTAC---AGAATTTTTTTTTCATCTGCCAA---AAAGGTC---AA---C-AC-TTC-----C--A--GTGCT-AAAATTAC
gi|4 : gctataagcagatgatgctcacatataccactaTAAGTATAGATATAAGA-ATGTAGATACTGTGTATTGGCT-A--A-TTT-TGGC-A--TGAG-AA-----TATTTGGCAAG---GTTT-TCTT-----------GG-----------A--A-A--GGTACATGT---A----GTTT-G-AA-T-TTTT----AAAATGCTT-T----AA-TA--GT---T---GA-G--GCT------G-TTT-CATTT-CACAAGTGTAG---CA-TT-C-ATATGGAT-AG-AAA------T-TTA--G------TGTTTT-C-------A-----TTTTTAA---GGTA--TTTTA--TATCTGCCTA---AAAAGCC---AA---C-AT-ATC-----A--AGTGCACG-AAAATTATCTt
gi|5 : aa-ATATCGTATACCGGGT-G-AA-TTT--GGC-G--CTGGAAA-----TATTTAGCATAATGTTTT-ACTTT----------GA-----------ATAA-A--G-------T---A----GTTT-G-AA-C-TATT----TGAA--TTT-T----AT-TT--TT-------GA-C--GCA------G-TTT-CATAT-GA--AGTGTAT---CA-AT-T-GTATCAAT-A---AAT-----TACCA--G------CGTCTT-T-------A-----TTTTTGG---CAAA--TTTTTCTCTTCCGACA
gi|6 : GTGTATAGGGT-AT---TTC-TACC-A--TTAGGAA-----TATTTACTGAA---TTTT-TTAA-----------GA-----------A--A-A--G-------A---AAAAGGTAT-GCAA-A-TCTTTAATAACG--CTT-T----GT-CT--TT-------GGAC--ATA------T-TTT-CATTT-CACAATTGTAT---CA-TT-T-ATATAAAA-AA-AAAAAGA--T-TTG--G------TACCTCCT-------A-----ATTTTGG---CCAG--TTTTCTTCATCCGCTAA---AACAGTC---AA---C-AT-TTC-----A--AGCATGCC-AAAGTTAccccccccccccccccaatattttcatcagggtaaaatgaccatac
gi|7 : atttAATGTATATTGGGT-A-AT-TTT-TAGC-GAAT-AGCAA-----TATTCAACAGA---GTTT--CTC-----------AA-----------ATAA-AT-A-------T---A----GTGT-C-AA-A-TCTT----GGCA--CTT-T----AA-GG--TT---T----G-C--TCA------AATTT-CATTTTAATA-GAGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AG-AAAA-----T-CTG--G------CACTTT-C-------A-----TTTTTCA---CAAA--TTTTCCTCATCTGC------AAAAACG---GA---C-AT-TTC-----C--AGCTCACC-AAAATTAg
gi|8 : TAA-CAT-TGGC-C--TG-GGAA-----TATTTGGAAGA---TTTT-TTTTCATCAAAAAAAAA-----------A--A-A--G-------T---A----AT-----AATA-TCTT----GGCT--CTT-T----AT-GT--TT---TT---G-C--AGA------A-TTT-CATTC-AACATGTGT-----------------GAAC-AG-AAAT-----AACTG--G------TGCTTT-T-------A-----ATTTCTG---TGGA--CATTCTTCATCCTCC-----AAAAGGC---AG---T-AT-TTC-----C--ACCATGCA-AAACTAACCTttcatt
gi|9 : ggcgatttT-GTAA-TTT-TAGA-T--TCAGGAA-----TATTCAAATGA---ATTT-TCT-----------------------------------------T---A-------T-G-AA-GGTCTT----GGCA--CA-------AT-CC--TCAAGTTTTAG-CCAG-A------A-CTT-CATTT-AATATCTACATATACA-TT-T-ATATAAAT-GC-AAAA-----C-TTG--G------TGCTTT-T-------A-----TCTTTAG---AGAA--TTTACCTCCCTCCCCAACTTAAAAAAT---GC---C-AT-TTC-----C--AGaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAGAAAATAATTATCAAATTTTCTTTGCCTTCAGTCTACAAAATAGCTCATGATCATTGGTTAAACATGAGATTAAAGATGCTGG
Alignments
lowQualScore : 1 1 33333333 4444444444444444444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333 111111 1111111111111
lowQualScore : 5 3 55555555 6 0 2 4 7 3 3 9999 77 66666 444 444 2 8888888888888888888888888888888888888888888 5555 1 333 2 4 4444 22 7777777777777777777777777777777777777777 2 2 6 0 2 333 2 3333 2 2 333333 2 22 555555 0 5555555555555 44444 22 0 99999 1 333 333 2 2 55555 33 0 2
lowQualScore : . . ........ . . . . . . . .... .. ..... ... ... . ........................................... .... . ... . . .... .. ........................................ . . . . . ... . .... . . ...... . .. ...... . ............. ..... .. . ..... . ... ... . . ..... .. . .
lowQualScore : 5 3 00000000 6 9 9 0 3 3 1 1111 66 77777 222 777 7 8888888888888888888888888888888888888888888 3333 4 222 0 0 2222 88 3333333333333333333333333333333333333333 1 2 9 6 1 777 1 4444 0 0 111111 0 88 888888 4 0000000000000 77777 88 6 88888 8 999 999 2 2 99999 22 7 7
consensus : ATAATTTAAATGTAAATA-AACA-ATGTA-ATANCGTATATCGGGT-ATAA-TTT-TGGC-G--TGAGGAATAT-----TTGGCGGA---TTTT-TCTC-----------GAA--A-A-----------G-------T---A----GTTT-G-AA-A-TCTT----AGCA--CTT-T----AT-TT--TT---TTTTGG-C--GCA------A-TTT-CATTT-AACAAGTGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AG-AAAT-----T-TTG--G------CGCTTTC-------------ATTTTTGG---CGAA--TTTTCCTCATCCGCCAA---AAAAGCC---AA---C-AT-TTC-----C--AGCGCGCC-AAAATTACCT
Reference ( family-4836 ) : ATAATTTAAATGTAAATA-AACA-ATGTA-ATANCGTATATCGGGT-ATAA-TTT-TGGC-G--TGAGGAATAT-----TTGGCGGA---TTTT-TCTC-----------GAA--A-A-----------G-------T---A----GTTT-G-AA-A-TCTT----AGCA--CTT-T----AT-TT--TT---TTTTGG-C--GCA------A-TTT-CATTT-AACAAGTGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AG-AAAT-----T-TTG--G------CGCTTTC-------------ATTTTTGG---CGAA--TTTTCCTCATCCGCCAA---AAAAGCC---AA---C-AT-TTC-----C--AGCGCGCC-AAAATTACCT
gi|1 : ATAAT--AGATGTAAATA-AACACATGTACATAGCATATATTTGGT-ATAAATTTATGGC-G--TGAGGAATAT-----TTGGTAGA---TTTT-TCTTT----------GAA--A-A-----------G-------T---A----GGTC-G-AA-A-TCTT----CGCA--CTT-T----AT-TT--TT---TTTTGA-C--ACA------A-TTT-CATTG-AACAAAAGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AA-AAAT-----T-TTG--G------CACTTTTTTTTCCCAATCCTATTTTTG----CAAA--TTTTCCTCTCCTGCCAC---ACTAGCC---AA---T-AT-TTC-----C--AGCCCACC-AAAATTACCT
gi|10 : TT-TGGC-GCCTGA-----AT-----TAGGTT-A---TTTT-TCTC-----------AAA--ACG-----------G-------T---A----ATTT-G-AA-A-TCTT----AA-------------ATATT--CA---TTTTG------------------T-CATTC-AATAAATGTAT---CA-TT-T-ATATAAAA-AG-ACTT-----T-TTT--A------AGCTTTA-------------ATTTATGG---TGAA--TTTTCATTTTCCTCC-----AAAAGCC---AA---C-AT-CTC-----C--AGCGCGCT-AAGATTAACTg
gi|11 : tgaaATGT-----TTAGCGAA---TTTT-TCAT-----------AAA--A-AT----------A-------T---A----GTTTTA-AA-A-TTTT----AGCA--CTT-C----TT-TT--TC---CATTG-------A------A-TTTTCATTT-GATTAGT--AT---CA-TT-C-ATATGGAT-AG-AAAT-----T-TTG--G------CAATTTC-------------AGTTTAGA---TGAA--TTTTCCTCATCTGCCAA---AAACGTC---AC---T-AT-TGC-----C--GACATGCC-AAAATTACaaca
gi|12 : tA-A-TTTT----AGTG--TTG-A----AT-ATA-TT---TTCTGG-C--AGATTTTTCA-TTT-CATTT-AA--------T---TA-TT-T--TATCAAT-GG-AAAC-----T-TTG--G------TGCTTTC-------------ATTTTTGGCATCGAA--TTTTAATCATCTG-------------C---AA---CAAT-TTA-----C--AACCCTCC-AAAATTACCaca
gi|13 : tcaacagaagatatgtcaggtATACCAGATGATAA-TT----GCTG--TG-GGAATAT-----TTGATTGA---TTTT-CTTG-----------GAG--A-A-----------G-------A---A----GTTT-T-AA-A-TGTT----AAGA--GTTAT----AC-TT--TT---G---GG-C---CA------A-TTT-------------TG--------------AT-TGAA--AGCAGAT-----G-TTGTTG------CACTTTC-------------ATTTCTGG---TAAA--TTTCCTGCCTCCACATA---AAAAGCC---AA---C-AT-TTggacatatgataaatattt
gi|14 : AA--A-ACT---------G-------T---A----GTTT-G-AA-A-TATG----AACA--TTT-C-----------TT---TTTTGG-C--ATT------A-CTT-CATTT-ACAAAGTGTGT---CA-TTGTAATATGAATAAG-AAAT-----T-TTG--G------CACT-----------------TTTTTAG---CAAA--TCTTCCAAATCCACCAG---ATAAGTC---AT---T-A--TTC-----C--AGTGCACA-AAAAATACC
gi|15 : tTAA-TTT-TGAC-G--TCTAGAATAT-----TTGGAGGA---TTTTCTGTT-----------AAA--A-A-----------A-----------A----AT-----AA-A-TA------AATA--C--------AT-TTGACA---TCTTAG-C--T----------TTT-CATTT-AACAAGTGCA----------------GA----G-AAATAATTTT-TTT--A------CGCTTTTT------------ATCCTTTG---TAAA--TTTTCTTCATCCACCAA---AGAcaat
gi|16 : gTT-T-AA-A-CTTT----A-CA--CTG-T----AT-TT--TA---TG--GG-C--TCA------A-TTT-CATTA-AGCAAGTGTAT---CA-TT-T-CCATGAAT-A--AAATG----T-CTG--CACTATTCACTTTT-------------ATTTCTGG---CCAA--TTTTCCATATATGCCAT---GAAGGTC---AA---C-AT-TTC-----C--AATGTGCC-ATAAcggca
gi|17 : TT-G-AA-A-TCTT----AGCG--CT-------AC-CT--TT---TTTTGG-C--ACA------T-TTT-CATTT-AAGAAGTGTAT---CATTT-T-ATATGGAT-AG-AAAT-----C-TAA--G------CATTTTC-------------GTTTTTGG---CAAA--TTTACTTCATCCGCCAG---AAAAGTTTAAAA---C-AT-TTC-----C--AGCGCG
gi|18 : A-A-TCTT----TGGA--CTT-C-----------TT---TTTCGA-T--GAA------T-TTT-CATTT-GATAAGTGTAT---CA-TT-C-ATATGGAT-AG-AAA------T-TTG--G------CAATTCC-------------AGTTTGGG---TGAA--TTTTCCTCATCTGCCAA---AAAA--T---AATACC-AT-TGC-----CTGAACATGCC-AAAATTaaa
gi|19 : T---TA-TT-T-ATATAAAA-GG-AAAT-----T-TTG--G------CATTTTC-------------GTTTTTAT---C-AA--TTTTCC---TCTGCTAA---AGTGTTC---AA---T-AT-TTC-----C--AGCACTCT-AGAACTGC
gi|2 : ATAATTTAAAAGTAAGTA-AAC---------TA---TATATTAG---ATAA-TTT-TGAT-G--TGGGGAATATGGTATTTGATGAG---TTTC-TCTA-----------AAA--A-AAAAAATTTAAAG-------T---A----GTTT-G-AA-A-TTTT----AGCA--CTT-T----AT-TT--TT-------GG-T--GTG------G-TTT-CCTTT-A------------------------TGGAT-AG-AAAT-----T-TTC--G------CACTTTC-------------ATTTTTAG---CCAA--TTTTTTTCATCCTCC-C---AAAAGCC---AA---C-ATATTCAGTTAC--AGAATGCC-AAAATCATCaca
gi|20 : aataagctagtatatagAAT-GG-AAAT-----T-TTG--G------CAT-----------------ATTTTTAG---CAAA--TTTTCCTAATAGGCCAC---ATTGGCC---CG---C-AT-TTC-----C--TGAGCACCAAAAATTACa
gi|22 : cATCGTATATCTGGT-A--A-TTT-TGAC-G--TAAGGAATAT-----TTGGCGAG---TTTT-TCC---------------------------------------T---A----GTTT-G-AA-A-TTTC----AGCG--CTT-TTTAAAT-TT--TT---acaatat
gi|23 : GGAATAC-----TTAGTGGA---TGTT-TCTC-------------A--A-A-----------G-------T---A----GTTT-G-AA-A-TCAT----AGCA--TGT-T----AC-TC--TT---TT---G-C--ACA------A-TTT-CATTagc
gi|3 : ACCATATATCA--T-GTAA-TTA-TGGC-A--TGTAGAACAT-----TGAGCAAA---TATT-GCTG-----------AAA--A-A-----------A-------TTAAG----GTCT-A-AA-AAGCTT----AGCA--CTT-T-----------TT---ATTTGG-C--ACATA----A-TTT-CATTT-AAAAAGCGTAT---TA-TC-T-TTATGAAT-AA-AAAT-----T-TTG--A------CACATCT-------------ATCCTTAC---AGAATTTTTTTTTCATCTGCCAA---AAAGGTC---AA---C-AC-TTC-----C--A--GTGCT-AAAATTAC
gi|4 : gctataagcagatgatgctcacatataccactaTAAGTATAGATATAAGA-ATGTAGATACTGTGTATTGGCT-A--A-TTT-TGGC-A--TGAG-AATAT-----TTGGCAAG---GTTT-TCTT-----------GGA--A-A-----------GGTACATGT---A----GTTT-G-AA-T-TTTT----AAAATGCTT-T----AA-TA--GT---T---GA-G--GCT------G-TTT-CATTT-CACAAGTGTAG---CA-TT-C-ATATGGAT-AG-AAA------T-TTA--G------TGTTTTC-------------ATTTTTAA---GGTA--TTTTA--TATCTGCCTA---AAAAGCC---AA---C-AT-ATC-----A--AGTGCACG-AAAATTATCTt
gi|5 : aa-ATATCGTATACCGGGT-G-AA-TTT--GGC-G--CTGGAAATAT-----TTAGCATAATGTTTT-ACTTT----------GAATAA-A-----------G-------T---A----GTTT-G-AA-C-TATT----TGAA--TTT-T----AT-TT--TT-------GA-C--GCA------G-TTT-CATAT-GA--AGTGTAT---CA-AT-T-GTATCAAT-A---AAT-----TACCA--G------CGTCTTT-------------ATTTTTGG---CAAA--TTTTTCTCTTCCGACA
gi|6 : GTGTATAGGGT-AT---TTC-TACC-A--TTAGGAATAT-----TTACTGAA---TTTT-TTAA-----------GAA--A-A-----------G-------A---AAAAGGTAT-GCAA-A-TCTTTAATAACG--CTT-T----GT-CT--TT-------GGAC--ATA------T-TTT-CATTT-CACAATTGTAT---CA-TT-T-ATATAAAA-AA-AAAAAGA--T-TTG--G------TACCTCCT------------AATTTTGG---CCAG--TTTTCTTCATCCGCTAA---AACAGTC---AA---C-AT-TTC-----A--AGCATGCC-AAAGTTAccccccccccccccccaatattttcatcagggtaaaatgaccatac
gi|7 : atttAATGTATATTGGGT-A-AT-TTT-TAGC-GAAT-AGCAATAT-----TCAACAGA---GTTT--CTC-----------AAATAA-AT----------A-------T---A----GTGT-C-AA-A-TCTT----GGCA--CTT-T----AA-GG--TT---T----G-C--TCA------AATTT-CATTTTAATA-GAGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AG-AAAA-----T-CTG--G------CACTTTC-------------ATTTTTCA---CAAA--TTTTCCTCATCTGC------AAAAACG---GA---C-AT-TTC-----C--AGCTCACC-AAAATTAg
gi|8 : TAA-CAT-TGGC-C--TG-GGAATAT-----TTGGAAGA---TTTT-TTTTCATCAAAAAAAAAA--A-A-----------G-------T---A----AT-----AATA-TCTT----GGCT--CTT-T----AT-GT--TT---TT---G-C--AGA------A-TTT-CATTC-AACATGTG-----------------TGAAC-AG-AAATA----A-CTG--G------TGCTTTT-------------AATTTCTG---TGGA--CATTCTTCATCCTCC-----AAAAGGC---AG---T-AT-TTC-----C--ACCATGCA-AAACTAACCTttcatt
gi|9 : ggcgatttT-GTAA-TTT-TAGA-T--TCAGGAATAT-----TCAAATGA---ATTT-TCT---------------------------------------T---A-------T-G-AA-GGTCTT----GGCA--CA-------AT-CC--TCAAGTTTTAG-CCAG-A------A-CTT-CATTT-AATATCTACATATACA-TT-T-ATATAAAT-GC-AAAA-----C-TTG--G------TGCTTTT-------------ATCTTTAG---AGAA--TTTACCTCCCTCCCCAACTTAAAAAAT---GC---C-AT-TTC-----C--AGaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAGAAAATAATTATCAAATTTTCTTTGCCTTCAGTCTACAAAATAGCTCATGATCATTGGTTAAACATGAGATTAAAGATGCTGG
Alignments
lowQualScore : 1 1 33333333 4444444444444444444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333 111111 1111111111111
lowQualScore : 5 3 55555555 6 0 2 4 7 3 3 9999 77 66666 444 444 2 8888888888888888888888888888888888888888888 5555 1 333 2 4 4444 22 7777777777777777777777777777777777777777 2 2 6 0 2 333 2 3333 2 2 333333 2 22 555555 0 5555555555555 44444 22 0 99999 1 333 333 2 2 55555 33 0 2
lowQualScore : . . ........ . . . . . . . .... .. ..... ... ... . ........................................... .... . ... . . .... .. ........................................ . . . . . ... . .... . . ...... . .. ...... . ............. ..... .. . ..... . ... ... . . ..... .. . .
lowQualScore : 5 3 00000000 6 9 9 0 3 3 1 1111 66 77777 222 777 7 8888888888888888888888888888888888888888888 3333 4 222 0 0 2222 88 3333333333333333333333333333333333333333 1 2 9 6 1 777 1 4444 0 0 111111 0 88 888888 4 0000000000000 77777 88 6 88888 8 999 999 2 2 99999 22 7 7
consensus : ATAATTTAAATGTAAATA-AACA-ATGTA-ATANCGTATATCGGGT-ATAA-TTT-TGGC-G--TGAGGAATAT-----TTGGCGGA---TTTT-TCTC-----------GAA--A-A-----------G-------T---A----GTTT-G-AA-A-TCTT----AGCA--CTT-T----AT-TT--TT---TTTTGG-C--GCA------A-TTT-CATTT-AACAAGTGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AG-AAAT-----T-TTG--G------CGCTTTC-------------ATTTTTGG---CGAA--TTTTCCTCATCCGCCAA---AAAAGCC---AA---C-AT-TTC-----C--AGCGCGCC-AAAATTACCT
Reference ( family-4836 ) : ATAATTTAAATGTAAATA-AACA-ATGTA-ATANCGTATATCGGGT-ATAA-TTT-TGGC-G--TGAGGAATAT-----TTGGCGGA---TTTT-TCTC-----------GAA--A-A-----------G-------T---A----GTTT-G-AA-A-TCTT----AGCA--CTT-T----AT-TT--TT---TTTTGG-C--GCA------A-TTT-CATTT-AACAAGTGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AG-AAAT-----T-TTG--G------CGCTTTC-------------ATTTTTGG---CGAA--TTTTCCTCATCCGCCAA---AAAAGCC---AA---C-AT-TTC-----C--AGCGCGCC-AAAATTACCT
gi|1 : ATAAT--AGATGTAAATA-AACACATGTACATAGCATATATTTGGT-ATAAATTTATGGC-G--TGAGGAATAT-----TTGGTAGA---TTTT-TCTTT----------GAA--A-A-----------G-------T---A----GGTC-G-AA-A-TCTT----CGCA--CTT-T----AT-TT--TT---TTTTGA-C--ACA------A-TTT-CATTG-AACAAAAGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AA-AAAT-----T-TTG--G------CACTTTTTTTTCCCAATCCTATTTTTG----CAAA--TTTTCCTCTCCTGCCAC---ACTAGCC---AA---T-AT-TTC-----C--AGCCCACC-AAAATTACCT
gi|10 : TT-TGGC-GCCTGA-----AT-----TAGGTT-A---TTTT-TCTC-----------AAA--ACG-----------G-------T---A----ATTT-G-AA-A-TCTT----AA-------------ATATT--CA---TTTTG------------------T-CATTC-AATAAATGTAT---CA-TT-T-ATATAAAA-AG-ACTT-----T-TTT--A------AGCTTTA-------------ATTTATGG---TGAA--TTTTCATTTTCCTCC-----AAAAGCC---AA---C-AT-CTC-----C--AGCGCGCT-AAGATTAACTg
gi|11 : tgaaATGT-----TTAGCGAA---TTTT-TCAT-----------AAA--A-AT----------A-------T---A----GTTTTA-AA-A-TTTT----AGCA--CTT-C----TT-TT--TC---CATTG-------A------A-TTTTCATTT-GATTAGT--AT---CA-TT-C-ATATGGAT-AG-AAAT-----T-TTG--G------CAATTTC-------------AGTTTAGA---TGAA--TTTTCCTCATCTGCCAA---AAACGTC---AC---T-AT-TGC-----C--GACATGCC-AAAATTACaaca
gi|12 : tA-A-TTTT----AGTG--TTG-A----AT-ATA-TT---TTCTGG-C--AGATTTTTCA-TTT-CATTT-AA--------T---TA-TT-T--TATCAAT-GG-AAAC-----T-TTG--G------TGCTTTC-------------ATTTTTGGCATCGAA--TTTTAATCATCTG-------------C---AA---CAAT-TTA-----C--AACCCTCC-AAAATTACCaca
gi|13 : tcaacagaagatatgtcaggtATACCAGATGATAA-TT----GCTG--TG-GGAATAT-----TTGATTGA---TTTT-CTTG-----------GAG--A-A-----------G-------A---A----GTTT-T-AA-A-TGTT----AAGA--GTTAT----AC-TT--TT---G---GG-C---CA------A-TTT-------------TG--------------AT-TGAA--AGCAGAT-----G-TTGTTG------CACTTTC-------------ATTTCTGG---TAAA--TTTCCTGCCTCCACATA---AAAAGCC---AA---C-AT-TTggacatatgataaatattt
gi|14 : AA--A-ACT---------G-------T---A----GTTT-G-AA-A-TATG----AACA--TTT-C-----------TT---TTTTGG-C--ATT------A-CTT-CATTT-ACAAAGTGTGT---CA-TTGTAATATGAATAAG-AAAT-----T-TTG--G------CACT-----------------TTTTTAG---CAAA--TCTTCCAAATCCACCAG---ATAAGTC---AT---T-A--TTC-----C--AGTGCACA-AAAAATACC
gi|15 : tTAA-TTT-TGAC-G--TCTAGAATAT-----TTGGAGGA---TTTTCTGTT-----------AAA--A-A-----------A-----------A----AT-----AA-A-TA------AATA--C--------AT-TTGACA---TCTTAG-C--T----------TTT-CATTT-AACAAGTGCA----------------GA----G-AAATAATTTT-TTT--A------CGCTTTTT------------ATCCTTTG---TAAA--TTTTCTTCATCCACCAA---AGAcaat
gi|16 : gTT-T-AA-A-CTTT----A-CA--CTG-T----AT-TT--TA---TG--GG-C--TCA------A-TTT-CATTA-AGCAAGTGTAT---CA-TT-T-CCATGAAT-A--AAATG----T-CTG--CACTATTCACTTTT-------------ATTTCTGG---CCAA--TTTTCCATATATGCCAT---GAAGGTC---AA---C-AT-TTC-----C--AATGTGCC-ATAAcggca
gi|17 : TT-G-AA-A-TCTT----AGCG--CT-------AC-CT--TT---TTTTGG-C--ACA------T-TTT-CATTT-AAGAAGTGTAT---CATTT-T-ATATGGAT-AG-AAAT-----C-TAA--G------CATTTTC-------------GTTTTTGG---CAAA--TTTACTTCATCCGCCAG---AAAAGTTTAAAA---C-AT-TTC-----C--AGCGCG
gi|18 : A-A-TCTT----TGGA--CTT-C-----------TT---TTTCGA-T--GAA------T-TTT-CATTT-GATAAGTGTAT---CA-TT-C-ATATGGAT-AG-AAA------T-TTG--G------CAATTCC-------------AGTTTGGG---TGAA--TTTTCCTCATCTGCCAA---AAAA--T---AATACC-AT-TGC-----CTGAACATGCC-AAAATTaaa
gi|19 : T---TA-TT-T-ATATAAAA-GG-AAAT-----T-TTG--G------CATTTTC-------------GTTTTTAT---C-AA--TTTTCC---TCTGCTAA---AGTGTTC---AA---T-AT-TTC-----C--AGCACTCT-AGAACTGC
gi|2 : ATAATTTAAAAGTAAGTA-AAC---------TA---TATATTAG---ATAA-TTT-TGAT-G--TGGGGAATATGGTATTTGATGAG---TTTC-TCTA-----------AAA--A-AAAAAATTTAAAG-------T---A----GTTT-G-AA-A-TTTT----AGCA--CTT-T----AT-TT--TT-------GG-T--GTG------G-TTT-CCTTT-A------------------------TGGAT-AG-AAAT-----T-TTC--G------CACTTTC-------------ATTTTTAG---CCAA--TTTTTTTCATCCTCC-C---AAAAGCC---AA---C-ATATTCAGTTAC--AGAATGCC-AAAATCATCaca
gi|20 : aataagctagtatatagAAT-GG-AAAT-----T-TTG--G------CAT-----------------ATTTTTAG---CAAA--TTTTCCTAATAGGCCAC---ATTGGCC---CG---C-AT-TTC-----C--TGAGCACCAAAAATTACa
gi|22 : cATCGTATATCTGGT-A--A-TTT-TGAC-G--TAAGGAATAT-----TTGGCGAG---TTTT-TCC---------------------------------------T---A----GTTT-G-AA-A-TTTC----AGCG--CTT-TTTAAAT-TT--TT---acaatat
gi|23 : GGAATAC-----TTAGTGGA---TGTT-TCTC-------------A--A-A-----------G-------T---A----GTTT-G-AA-A-TCAT----AGCA--TGT-T----AC-TC--TT---TT---G-C--ACA------A-TTT-CATTagc
gi|3 : ACCATATATCA--T-GTAA-TTA-TGGC-A--TGTAGAACAT-----TGAGCAAA---TATT-GCTG-----------AAA--A-A-----------A-------TTAAG----GTCT-A-AA-AAGCTT----AGCA--CTT-T-----------TT---ATTTGG-C--ACATA----A-TTT-CATTT-AAAAAGCGTAT---TA-TC-T-TTATGAAT-AA-AAAT-----T-TTG--A------CACATCT-------------ATCCTTAC---AGAATTTTTTTTTCATCTGCCAA---AAAGGTC---AA---C-AC-TTC-----C--A--GTGCT-AAAATTAC
gi|4 : gctataagcagatgatgctcacatataccactaTAAGTATAGATATAAGA-ATGTAGATACTGTGTATTGGCT-A--A-TTT-TGGC-A--TGAG-AATAT-----TTGGCAAG---GTTT-TCTT-----------GGA--A-A-----------GGTACATGT---A----GTTT-G-AA-T-TTTT----AAAATGCTT-T----AA-TA--GT---T---GA-G--GCT------G-TTT-CATTT-CACAAGTGTAG---CA-TT-C-ATATGGAT-AG-AAA------T-TTA--G------TGTTTTC-------------ATTTTTAA---GGTA--TTTTA--TATCTGCCTA---AAAAGCC---AA---C-AT-ATC-----A--AGTGCACG-AAAATTATCTt
gi|5 : aa-ATATCGTATACCGGGT-G-AA-TTT--GGC-G--CTGGAAATAT-----TTAGCATAATGTTTT-ACTTT----------GAATAA-A-----------G-------T---A----GTTT-G-AA-C-TATT----TGAA--TTT-T----AT-TT--TT-------GA-C--GCA------G-TTT-CATAT-GA--AGTGTAT---CA-AT-T-GTATCAAT-A---AAT-----TACCA--G------CGTCTTT-------------ATTTTTGG---CAAA--TTTTTCTCTTCCGACA
gi|6 : GTGTATAGGGT-AT---TTC-TACC-A--TTAGGAATAT-----TTACTGAA---TTTT-TTAA-----------GAA--A-A-----------G-------A---AAAAGGTAT-GCAA-A-TCTTTAATAACG--CTT-T----GT-CT--TT-------GGAC--ATA------T-TTT-CATTT-CACAATTGTAT---CA-TT-T-ATATAAAA-AA-AAAAAGA--T-TTG--G------TACCTCCT------------AATTTTGG---CCAG--TTTTCTTCATCCGCTAA---AACAGTC---AA---C-AT-TTC-----A--AGCATGCC-AAAGTTAccccccccccccccccaatattttcatcagggtaaaatgaccatac
gi|7 : atttAATGTATATTGGGT-A-AT-TTT-TAGC-GAAT-AGCAATAT-----TCAACAGA---GTTT--CTC-----------AAATAA-AT----------A-------T---A----GTGT-C-AA-A-TCTT----GGCA--CTT-T----AA-GG--TT---T----G-C--TCA------AATTT-CATTTTAATA-GAGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AG-AAAA-----T-CTG--G------CACTTTC-------------ATTTTTCA---CAAA--TTTTCCTCATCTGC------AAAAACG---GA---C-AT-TTC-----C--AGCTCACC-AAAATTAg
gi|8 : TAA-CAT-TGGC-C--TG-GGAATAT-----TTGGAAGA---TTTT-TTTTCATCAAAAAAAAAA--A-A-----------G-------T---A----AT-----AATA-TCTT----GGCT--CTT-T----AT-GT--TT---TT---G-C--AGA------A-TTT-CATTC-AACATGTG-----------------TGAAC-AG-AAATA----A-CTG--G------TGCTTTT-------------AATTTCTG---TGGA--CATTCTTCATCCTCC-----AAAAGGC---AG---T-AT-TTC-----C--ACCATGCA-AAACTAACCTttcatt
gi|9 : ggcgatttT-GTAA-TTT-TAGA-T--TCAGGAATAT-----TCAAATGA---ATTT-TCT---------------------------------------T---A-------T-G-AA-GGTCTT----GGCA--CA-------AT-CC--TCAAGTTTTAG-CCAG-A------A-CTT-CATTT-AATATCTACATATACA-TT-T-ATATAAAT-GC-AAAA-----C-TTG--G------TGCTTTT-------------ATCTTTAG---AGAA--TTTACCTCCCTCCCCAACTTAAAAAAT---GC---C-AT-TTC-----C--AGaac
blockSeqs : T T AATGTAG T A G T . . GCC GA GGTAT CGA ATG C AAAAAAAAAAATTTAAAGT AAAG T TA T A TAAT TG GAATATATTTTCTGGCAGATTTTTCA T T T T ATA T GTAA A C TAATTT A TT ACTATT T CATCG TT AACTT C TAA TAC A A AGTTA TG A
blockSeqs : . . C G . T . . GAA CT . TTG . . TCATCAAAAAAAAAAAAGT . T GC . G . . ATCCTCAAGTTTTAGCCAGAA . . T T . . TA . . AAGA . . . T TG . AA T . . . . . . .
blockSeqs : C C . T . . TG GG . AGG . . TGGAAAGGTACATGT . T G . . . . GTATTTTATGGGCTCAA . . A C . . CA . . TG . . . . TG . TA C . . . . . . .
blockSeqs : T G . T . . G AA . TGA . . GAAAAAATTAA . T T . . . . ACCTTTTTTTGGCACAT . . C T . . TC . . TA . . . . TA . AG T . . . . . . .
blockSeqs : A G . T . . G GT . CGA . . TTGAATAAAGT . T G . . . . TTTTATTTGGCACATAA . . C T . . TA . . T . . . . CA . AA T . . . . . . .
blockSeqs : . G . T . . G GA . TGG . . CAAATAAATAT . T T . . . . TATACTTTTGGGCCAA . . G T . . CA . . T . . . . TA . AT T . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . A TG . CAA . . CAAAACGGT . T G . . . . ATTTGACATCTTAGCT . . T T . . TA . . C . . . . CC . AG T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A TA . CAA . . TAAAAATAT . T G . . . . TTACTCTTTTGCACAA . . A T . . TT . . T . . . . CA . AA C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G CA . CAT . . GGAGAAGA . T G . . . . TTAATAGTTGAGGCTG . . C T . . CA . . T . . . . TG . AA C . . . . . . .
blockSeqs : . . . A G . TGA . . AGAAAAGA . C G . . . . TTGTCTTTGGACATAT . . C T . . TG . . T . . . . CC . AC T . . . . . . .
blockSeqs : . . . C A . CAG . . TAAAAAA . T A . . . . TTAAGGTTTGCTCAAA . . T T . . TA . . T . . . . CA . AA C . . . . . . .
blockSeqs : . T G . AAG . . CAAAGT . T G . . . . TTATGTTTTTGCAGAA . . C C . . TA . . T . . . . AG . TA T . . . . . . .
blockSeqs : . ATG . . T . A G . . . . TCTTTTTCCATTGAA . . T . . . TA . . T . . . . GG . AA C . . . . . . .
blockSeqs : . TT . . T . G C . . . . TCTTTTTTGGCATTA . . . . . . T . . T . . . . CA . C G . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . TCTTTTTCGATGAAT . . . . . . A . . T . . . . CC . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TTATTTTTGGTGTGG . . . . . . . . . A . . . . CA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TTATTTTTGACGCAG . . . . . . . . . A . . . . TG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . ATATTCATTTTG . . . . . . . . . . . AG . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqCons : NAAAAANAT********************************** TTATTTTTGGCGCAG************************* *************
originalCons : ATAATTTAAATGTAAATA-AACA-ATGTA-ATANCGTATATCGGGT-ATAA-TTT-TGGC-G--TGAGGAATAT-----TTGGCGGA---TTTT-TCTC-----------GAA--A-A-----------G-------T---A----GTTT-G-AA-A-TCTT----AGCA--CTT-T----AT-TT--TT---TTTTGG-C--GCA------A-TTT-CATTT-AACAAGTGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AG-AAAT-----T-TTG--G------CGCTTTC-------------ATTTTTGG---CGAA--TTTTCCTCATCCGCCAA---AAAAGCC---AA---C-AT-TTC-----C--AGCGCGCC-AAAATTACCT
finalCons : ATAATTTAAATGTAAATA-AACA-ATGTA-ATANCGTATATCGGGT-ATAA-TTT-TGGC-G--TGAGGAATAT-----TTGGCGGA---TTTT-TCTNAAAAANAT----------------------------------A----GTTT-G-AA-A-TCTT----AGCA--CTTTATTTTTGGCGCAG-------------------------TTT-CATTT-AACAAGTGTAT---CA-TT-T-ATATGAAT-AG-AAAT-----T-TTG--G------CGCTTTC-------------ATTTTTGG---CGAA--TTTTCCTCATCCGCCAA---AAAAGCC---AA---C-AT-TTC-----C--AGCGCGCC-AAAATTACCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAGAAAATAATTATCAAATTTTCTTTGCCTTCAGTCTACAAAATAGCTCATGATCATTGGTTAAACATGAGATTAAAGATGCTGG
Alignments
lowQualScore : 1 1 33333333 22222222222222222222222222222222 11111111 22222222222222222 111111111 1111111111111
lowQualScore : 5 3 55555555 6 0 2 4 7 3 3 9999 77 66666 5555 444 66666 33333333333333333333333333333333 777 2 222 4 0 4444 22 55555 333 2 00000000 4 2 2 22222222222222222 6666 2 0 44444 5555 2 2 333333333 2 22 555555 0 2 3333333333333 44444 22 0 99999 1 333 333 2 2 55555 33 0 2
lowQualScore : . . ........ . . . . . . . .... .. ..... .... ... ..... ................................ ... . ... . . .... .. ..... ... . ........ . . . ................. .... . . ..... .... . . ......... . .. ...... . . ............. ..... .. . ..... . ... ... . . ..... .. . .
lowQualScore : 5 3 00000000 6 9 9 0 3 3 1 1111 66 77777 8888 777 22222 33333333333333333333333333333333 888 2 777 2 8 5555 99 33333 777 0 33333333 0 0 0 33333333333333333 5555 0 8 44444 5555 0 0 111111111 0 88 888888 4 0 0000000000000 77777 88 6 88888 8 999 999 2 2 99999 22 7 7
consensus : ATAATTTAAATGTAAATA-AACA-ATGTA-ATANCGTATATCGGGT-ATAA-TTT-TGGC-G--TGAGGAATAT-----TTGGCG-GA---TTTT--T--CT-------NAAA--A-----ANG----------TA---GT-TT-G-AAA-TCTT----AGCA--C-----T---T-T----A---T-T-TT-T----GG-CGCA--N---TTTCATTT-AACAAGTGTA-T---CATT-T-ATATGAAT-AG-AAA-----T---T-TTG--G------CGC-TTTC-------------ATTTTTGG---CGAA--TTTTCCTCATCCGCCAA---AAAAGCC---AA---C-AT-TTC-----C--AGCGCGCC-AAAATTACCT
Reference ( family-4836 ) : ATAATTTAAATGTAAATA-AACA-ATGTA-ATANCGTATATCGGGT-ATAA-TTT-TGGC-G--TGAGGAATAT-----TTGGCG-GA---TTTT--T--CT-------NAAA--A-----ANA----------TA---GT-TT-G-AAA-TCTT----AGCA--C-----T---T-T----A---T-T-TT-T----GG-CGCA--G---TTTCATTT-AACAAGTGTA-T---CATT-T-ATATGAAT-AG-AAA-----T---T-TTG--G------CGC-TTTC-------------ATTTTTGG---CGAA--TTTTCCTCATCCGCCAA---AAAAGCC---AA---C-AT-TTC-----C--AGCGCGCC-AAAATTACCT
gi|1 : ATAAT--AGATGTAAATA-AACACATGTACATAGCATATATTTGGT-ATAAATTTATGGC-G--TGAGGAATAT-----TTGGTA-GA---TTTT--T--CT-------TTGA--A-----AAG----------TA---GG-TC-G-AAA-TCTT----CGCA--C-----T---T-T----A---T-T-TT-TTTTTGA-CACA--A---TTTCATTG-AACAAAAGTA-T---CATT-T-ATATGAAT-AA-AAA-----T---T-TTG--G------CAC-TTTTTTTTCCCAATCCTATTTTTG----CAAA--TTTTCCTCTCCTGCCAC---ACTAGCC---AA---T-AT-TTC-----C--AGCCCACC-AAAATTACCT
gi|10 : TT-TGGC-GCCTGA-----AT-----TAGGTT--A---TTTT--T--CT-------CAAA--A-----CGG----------TA---AT-TT-G-AAA-TCTT----AAAT--A-----T---T-C----A---T-T-TT---------------G---T--CATTC-AATAAATGTA-T---CATT-T-ATATAAAA-AG-ACT-----T---T-TTT--A------AGC-TTTA-------------ATTTATGG---TGAA--TTTTCATTTTCCTCC-----AAAAGCC---AA---C-AT-CTC-----C--AGCGCGCT-AAGATTAACTg
gi|11 : tgaaATGT-----TTAGCG-AA---TTTT--T--CA-------TAAA--A-----ATA----------TA---GT-TTTA-AAA-TTTT----AGCA--C-----T---T-C--------T-T-TT-TCC--AT-TGAA--T---TTTCATTT-GATTAGT--A-T---CATT-C-ATATGGAT-AG-AAA-----T---T-TTG--G------CAA-TTTC-------------AGTTTAGA---TGAA--TTTTCCTCATCTGCCAA---AAACGTC---AC---T-AT-TGC-----C--GACATGCC-AAAATTACaaca
gi|12 : t-T----A---T-T-TT-C----TG--GCA--GATTTTTCATTT---CA--TTTAAT---TATT-T--TATCAAT-GG-AAA-----C---T-TTG--G------TGC-TTTC-------------ATTTTTGGCATCGAA--TTTTAATCATCTG-------------C---AA---CAAT-TTA-----C--AACCCTCC-AAAATTACCaca
gi|13 : tcaacagaagatatgtcaggtaattttagtgttgaataATACCAGATGATAA-TT----GCTG--TG-GGAATAT-----TTGATT-GA---TTTT--C--TT-------GGAG--A-----AGA-----------A---GT-TT-T-AAA-TGTT----AAGA--G-----T---TAT----A---C-T-TT-T----GG-GCCA--A---TTT------------TG--------------AT-TGAA--AGCAGA-----T---G-TTGTTG------CAC-TTTC-------------ATTTCTGG---TAAA--TTTCCTGCCTCCACATA---AAAAGCC---AA---C-AT-TTggacatatgataaatattt
gi|14 : AAA--A-----CTG----------TA---GT-TT-G-AAA-TATG----AACA--T-----T---T-C----T---T-T-TT-T----GG-CATT--A---CTTCATTT-ACAAAGTGTG-T---CATTGTAATATGAATAAG-AAA-----T---T-TTG--G------CAC-T-----------------TTTTTAG---CAAA--TCTTCCAAATCCACCAG---ATAAGTC---AT---T-A--TTC-----C--AGTGCACA-AAAAATACC
gi|15 : tTAA-TTT-TGAC-G--TCTAGAATAT-----TTGGAG-GA---TTTT--CTGTT-------AAAA--A-----AAA----------TA---AA-T----AAA-T--------ACA--T-----T---T-G----A---CAT-CT-T----AG-C-----T---TTTCATTT-AACAAGTGCA----------------G----AG-AAATAATTT---T-TTT--A------CGCTTTTT-------------ATCCTTTG---TAAA--TTTTCTTCATCCACCAA---AGAcaat
gi|16 : g-TT-T-AAA-CTTT----A-CA--C-----T---G-T----A---T-T-TTAT----GGGCTCA--A---TTTCATTA-AGCAAGTGTA-T---CATT-T-CCATGAAT-A--AAA-----TG--T-CTG--CACTATTCAC-TTTT-------------ATTTCTGG---CCAA--TTTTCCATATATGCCAT---GAAGGTC---AA---C-AT-TTC-----C--AATGTGCC-ATAAcggca
gi|17 : -TT-G-AAA-TCTT----AGCG--C-----TACCT-T--------T-T-TT-T----GG-CACA--T---TTTCATTT-AAGAAGTGTA-T---CATT-TTATATGGAT-AG-AAA-----T---C-TAA--G------CAT-TTTC-------------GTTTTTGG---CAAA--TTTACTTCATCCGCCAG---AAAAGTTTAAAA---C-AT-TTC-----C--AGCGCG
gi|18 : AA-TCTT----TGGA--C-----T---T-C----T---T-T-TT-C----GA-TGAA--T---TTTCATTT-GATAAGTGTA-T---CATT-C-ATATGGAT-AG-AAA---------T-TTG--G------CAA-TTCC-------------AGTTTGGG---TGAA--TTTTCCTCATCTGCCAA---AAAA--T---AATACC-AT-TGC-----CTGAACATGCC-AAAATTaaa
gi|19 : -T---TATT-T-ATATAAAA-GG-AAA-----T---T-TTG--G------CAT-TTTC-------------GTTTTTAT---C-AA--TTTTCC---TCTGCTAA---AGTGTTC---AA---T-AT-TTC-----C--AGCACTCT-AGAACTGC
gi|2 : ATAATTTAAAAGTAAGTA-AAC---------TA---TATATTAG---ATAA-TTT-TGAT-G--TGGGGAATATGGTATTTGATG-AG---TTTC--T--CT-------AAAA--A-----AAAAAATTTAAAGTA---GT-TT-G-AAA-TTTT----AGCA--C-----T---T-T----A---T-T-TT-T----GG-TGTG--G---TTTCCTTT-A------------------------TGGAT-AG-AAA-----T---T-TTC--G------CAC-TTTC-------------ATTTTTAG---CCAA--TTTTTTTCATCCTCC-C---AAAAGCC---AA---C-ATATTCAGTTAC--AGAATGCC-AAAATCATCaca
gi|20 : aataagctagtatatagAAT-GG-AAA-----T---T-TTG--G------CAT------------------ATTTTTAG---CAAA--TTTTCCTAATAGGCCAC---ATTGGCC---CG---C-AT-TTC-----C--TGAGCACCAAAAATTACa
gi|22 : cATCGTATATCTGGT-A--A-TTT-TGAC-G--TAAGGAATAT-----TTGGCG-AG---TTTT--T--CC--------------------------------TA---GT-TT-G-AAA-TTTC----AGCG--C-----T---T-TTTAAA---T-T-TT-T----AG-Cacaatat
gi|23 : GGAATAC-----TTAGTG-GA---TGTT--T--CT-------CAAA--G------------------TA---GT-TT-G-AAA-TCAT----AGCA--T-----G---T-T----AC--T-C-TT-T----TG-CACA--A---TTTCATT
gi|3 : ACCATATATCA--T-GTAA-TTA-TGGC-A--TGTAGAACAT-----TGAGCA-AA---TATT--G--CT-------GAAA--A-----AAT----------TAAG-GT-CT-A-AAAAGCTT----AGCA--C-----T---T-T----T---T-A-TT-T----GG-CACATAA---TTTCATTT-AAAAAGCGTA-T---TATC-T-TTATGAAT-AA-AAA-----T---T-TTG--A------CAC-ATCT-------------ATCCTTAC---AGAATTTTTTTTTCATCTGCCAA---AAAGGTC---AA---C-AC-TTC-----C--A--GTGCT-AAAATTAC
gi|4 : gctataagcagatgatgctcacatataccactaTAAGTATAGATATAAGA-ATGTAGATACTGTGTATTGGCT-A--A-TTT-TGGC-A--TGAG-AATAT-----TTGGCAAGG---TTTT--C--TT-------GGAA--AGGTACATG----------TA---GT-TT-G-AAT-TTTT----AAAATGC-----T---T-T----A---A-TAGT-T----GA-GGCT--G---TTTCATTT-CACAAGTGTA-G---CATT-C-ATATGGAT-AG-AAA---------T-TTA--G------TGT-TTTC-------------ATTTTTAA---GGTA--TTTTA--TATCTGCCTA---AAAAGCC---AA---C-AT-ATC-----A--AGTGCACG-AAAATTATCTt
gi|5 : aa-ATATCGTATACCGGGT-G-AA-TTT--GGC-G--CTGGAAATAT-----TTAGCA-TAATGTTTTACT--TT-------GAAT--A-----AAG----------TA---GT-TT-G-AAC-TATT----TGAA--T-----T---T-T----A---T-T-TT-T----GA-CGCA--G---TTTCATAT-G--AAGTGTA-T---CAAT-T-GTATCAAT----AAA-----T---TACCA--G------CGT-CTTT-------------ATTTTTGG---CAAA--TTTTTCTCTTCCGACA
gi|6 : GTGTATAGGGT-AT---TTC-TACC-A--TTAGGAATAT-----TTACTG-AA---TTTT--T--TA-------AGAA--A-----AGA----------AAAAGGT-AT-GCAAA-TCTTTAATAACG--C-----T---T-T----G---T-C-TT-T----GGACATA--T---TTTCATTT-CACAATTGTA-T---CATT-T-ATATAAAA-AA-AAA-----AAGAT-TTG--G------TAC-CTCCT------------AATTTTGG---CCAG--TTTTCTTCATCCGCTAA---AACAGTC---AA---C-AT-TTC-----A--AGCATGCC-AAAGTTAccccccccccccccccaatattttcatcagggtaaaatgaccatac
gi|7 : atttAATGTATATTGGGT-A-AT-TTT-TAGC-GAAT-AGCAATAT-----TCAACA-GA---GTTT-----CT-------CAAATAA-----ATA----------TA---GT-GT-C-AAA-TCTT----GGCA--C-----T---T-T----AAGGT-T-T--------G-CTCA--AA--TTTCATTTTAATA-GAGTA-T---CATT-T-ATATGAAT-AG-AAA-----A---T-CTG--G------CAC-TTTC-------------ATTTTTCA---CAAA--TTTTCCTCATCTGC------AAAAACG---GA---C-AT-TTC-----C--AGCTCACC-AAAATTAg
gi|8 : TAA-CAT-TGGC-C--TG-GGAATAT-----TTGGAA-GA---TTTT--T--TTTCATCAAAAAA--A-----AAA----------AA---GTAAT-A-ATA-TCTT----GGCT--C-----T---T-T----A---TGT-TT-T----TG-CAGA--A---TTTCATTC-AACATGTG-----------------TGAAC-AG-AAA-----TA--A-CTG--G------TGC-TTTT-------------AATTTCTG---TGGA--CATTCTTCATCCTCC-----AAAAGGC---AG---T-AT-TTC-----C--ACCATGCA-AAACTAACCTttcatt
gi|9 : ggcgatttT-GTAA-TTT-TAGA-T--TCAGGAATAT-----TCAAAT-GA---ATTT--T--CT-------TA--------------------------------T-G-AAGGTCTT----GGCA--CAATCCT---C-A----A---G-T-TT-T----AG-C-CA--GAA-CTTCATTT-AATATCTACA-TATACATT-T-ATATAAAT-GC-AAA-----A---C-TTG--G------TGC-TTTT-------------ATCTTTAG---AGAA--TTTACCTCCCTCCCCAACTTAAAAAAT---GC---C-AT-TTC-----C--AGaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAGAAAATAATTATCAAATTTTCTTTGCCTTCAGTCTACAAAATAGCTCATGATCATTGGTTAAACATGAGATTAAAGATGCTGG