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lowQualScore : .. . . ... . . . . ... ... . ... . . ........ . . ......................... . .. . . .... . . . ........... . . ..... . ... . ......... . .. .. ........... . .. . ...... . ..... . . ....... ... . ........ . . .... ................ . . . . .. ...... . . . . ........ .. . ... . . .. . . ....... . . ....................... ........ .................. . .... .... .. .. . . . .. .. .
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consensus : CTAAGGTATA--GG-A-T---TT-AA-AGGC-TGC-TAGTC---AGGTC---CACA-G---CTGGTCCAGGA-TAACC--TT--GCTAGGG-GGTCAGGGG-N-CGA---AGCCCCCG----GAAGCT-AAGAA--ATTTTAG-CATT----TTCA-T-TGC-GTT----CT----GG-GG-GT-AT--T-TTA---GNC---CT-NT-AGAGGA--TCCAGG--ATG-------G---CCT--TTGGT--A---GGAG-GGATNGNCCGGGGGGCGAAG-------CCCCC---AG-AAG-----CC-GAGAGGTTTTAGCGTTTTGTGACATTGCGTCTGGGGGGTGTTT-----TAAAG------GATNCAGGATGGGCC-CTGGTAGGG---G-GGTCCAGGG-GCGAAGCC-CCCGGAAG---CT---GAGATGTT-TTAGCA--TTTTCANTTT-AAAATGGG-GG-G-------TGC-ACGG------GC-AC-C---CAG----TGCAC---C----CCCCCCGCCCG-CG-----------GCCTCGCT----CTCTTACAG-GGCTA--ATGACAGGCAGGT--AATAATTGTGACATAAAAATTGAC-CGA-GATATGTG-CACATTTATTNTACATATAT
Reference ( family-469 ) : CTAAGGTATA--GG-A-T---TT-AA-AGGC-TGC-TAGTC---AGGTC---CACA-G---CTGGTCCAGGA-TAACC--T---GCTAGGG-GGTCAGGGG-N-CGA---AGCCCCCG----GAAGCT-AAGAA--ATTTTAG-CATT----TTCA-T-TGC-GT-----CT----GG-GG-GT-AT--T-TTA---GNC---CT-TT-AGAGGA--TCCAGG--ATG-------G---CCT--TTGGT--A---GGAG-GGATNNNCCGGGGGGCGAAG-------CCCCC---AG-AAG-----CC-GAGAGGTTTTAGCGTTTTGTGACATTGCGTCTGGGGGGTGTTT-----TAAAG------GATNCAGGATGGGCC-CTGGTAGGG---G-GGTCCAGGG-GCGAAGCC-CCCGGAAG---CT---GAGATGTT-TTAGCA--TTTTCANTTT-AAAATGGG-GG-G-------TGC-ACGG------GC-AC-C---CAG----TGCAC---C----CCCCCCGCCCG-CG-----------GCCTCGCT----CTCTTACAG-GGCTA--ATGACAGGCAGGT--AATAATTGTGACATAAAAATTGAC-CGA-GATATGTG-CACATTTATTNTACATATAT
gi|1 : CTAAGGTATA--GG-A-T---TC-AA-AGGC-TGC-TAGTC---AGGCC---CACA-G---CTGGTCCAGGAATAACC--TTT-G-TAGGG-AGTCAAGGG-AGCAA---AGCCCCCG----GAAGCC-GGGAA--ATTTTAG-CATT----TTCA-T-TGC-GT-----CT----GG-GG-GT-AT--T-TTA---GAC---CT-TT-AGAGGA--TCCAGG--ATG-------G---TCT--TTGGT--A---GGAG-G-----TCCAGGGGGCGAAG-------CCCTC---GG-AAG-----CT-GAGAGGATTTAGCATTTT----CATTGTGTCTGGGGGGTGTTT-----TAGAG------GATCCAGGATGGGCC-CTGGTA-GG---G-GGTTTAGGG-GCGAAGCC-CCCGGAAG---CT---GAGATATT-TTAGTA--TTTTCAATTT-AAAATGGG-GA-G-------TGC-ACGG------GC-AC-C---CAG----TGCAC---C----CCCCTCG-TTG-CA-----------GCCTTGCT----TTCTTATA--AACTA--ATGACAGGCAGTT--AATAATTGTGACATAAACAATGAC-CGA-GATATGTG-CAC----ATTATACATATA
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gi|3 : ggcggatatccagaaattctaggttagggatgggcgtgatattttttttcagaggcagggtacgtggtccggcgaagcctcccggaagctcctgaatgtttagtgatctttagaaagtaaattagcctcataggtgagttacacactctccggccgtaacaaaatttacattgggagtgtatgggggcatgcactgaacaagaGTATA--GG-A-TGGATT-AA-AGGC-TGC-TAGT
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gi|7 : AACCC-AAAAA--ATTT-AA-CATT----TTCA-T-TGC-GTT----CT----GG-GA-GTTATAGT-ATA---GCCTCCCT-GTGAGATGA--TCCTGG--ATGATGGGCTG---CCT--T--GT--T---GGAG-GGATGTACCGAGGGGCGAAG-------CCCCCTGGAG-AAGTGCTCCT-GATATGTTCTAGTGCTTTGTGACATTGCcaaaaaatttaacattttcattgcgttctgggagttatagtatagcctccctgtgagatgatcctggatgatgggctgccttgttggagggatgtaccgaggggcgaagccccctggagaagtgctcctgatatgttctagtgctttgtgacattgc
gi|8 : aaggctgctagtcaggtcgcacagtctgtccaagatATCTT-TTATCAGGTTTTAAATT---AAATGGG-GACG-------TGC-ACGGCTGGACGCTAC-CAATCAAGTCTTGCAC---C----CCTCCCGCCTGTCGATTTGCCCCTTGCCTTGCTATTACCTTTACAATGGCTATCATGACAGGTAGGT--AATAATTGTGACATAAGAATTGAC-CAACGATTTGTGACACATTTATTTTATATATAT
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gi|9 : aG--GTG-------G---C-T--CTGGT--ATTAGGAATGGATAGGTCGAGGGGC-AAG-------CTCCC---AGAAAG-----CCGGAGAGTTTTAAGCCTCTTaaaagtggtggctctggtattaggaatggataggtcgaggggcaagctcccagaaagccggagagttttaagcctcttc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGGGGCGTATCCAGCGAATTCTATTTTTTAGGGGGGGCGCGGTGCTGCATTTTTTTTTCAGAGGCAGTTCGGGTCAAGGGCGGCGAAGCCCCCCCG
Unaligned ( gi|15 ): GTAACCAGTATATCTTTCCAGGGTTTGGGGCAGTGGGGAGATTGCACAAAGGACAAGCGGTATTAGTTGGTTGTGAAGGCTGCTAGT
Unaligned ( gi|16 ): CAGGGGCGGGTCCGAGGAATTCTAGTTGGGGGGCTGGTGTATTTTATTTTATAGAGACAGGGG
Unaligned ( gi|17 ): GCAGGGGCGGATCCAGGAATTCTGGTTAGGGGGGCGTGAGTTTTTTCCAGAGGC
Unaligned ( gi|20 ): GCAGGTGGCGGATCCAGGAATTCTGGTTAGGG