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lowQualScore                  :           0     0  0        6    1    22   2222222222   1 444   1   9  9  9 7777   99   9  7  9 11111 9   444 444  5  44 0  0    4  2 2 88 999     2    88 1 99 1   888 1111   1 33333  1 111111  2  1 2   1   1    1 2222222222222   99  999   0  88 22222222222222222  5555555  88   0  0   555 0 0  88 0  88  9      88     555  88 0  0 0 0  0  0  88  88 0 0 8 8 00 00  33  7777 5 7  11 7  7 7 2222  7 7 7  44    33333 5   11  000 444444444444444444444444 7 3 7     7 7 7 7  7     33   7 7   6 88  5 7  00000000 6 0000 22  22   22 22   22 0000 0000 6 6   000000000 2     88            
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Reference ( gi|4 )            :    TTGTAAGCTGCCA-CC-TTATTTTT-CTAT-TTTA--TGA-----T----GTT-T---ATA-TTT-AC-CA-A-G--TTT--ATA-TA-AA-T-----T-ATT---A---GG-GA--G-AT-CCCA-AT-G-TC-A---TTCTT-GGCT--A-G--G-TTG---T-C--TGA-G-----TT-G------TA-TT-T-TTG-TGA-ATCG-G-GG--A---TC-TCCC--TAGT-TTT-AA--G---G----GT-GTA---TA-------AG--TTT-AA-AGT---T-T-GC--A-AA--GT-CTACAA--TCGTC---AT--T-AA-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-T--C--AA-CCA----A-C-AT--T-AT-G-T----AT-T-C-TG--TTGT-----T-AAT--TA---C-------------------T-AA-C-A-A-GAAAA-A-T-A-AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C--AGGA-AA--------A-AA---C--GG--TTT--C--TTG--T----A----T-G-TTT---------A-TAAAA--ATGGAGAGCATA
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gi|6                          : taagcGTAAGT---CA-TG-TTATTTTTTCTAT-TTTAGTCGA-----T----GTT-T---ATA-TTT-AC-TA-A----TTT--ATA-TA-TA-T-----T-CTT---A---GG-GA--G-ATGTCCA-AT-G-TT-----TTCTT-GGCT--A-G-----CG---T-T--TTG-G-----TT-G------TA-TT-T-TTG-TGA--TTG-G-TG--A---T--TCCC--TAGT-TTA-TA--G---G----GT-GTC---TA-------GG--TTT-AT-AAT---T-T-GA--G-AAATGT-CTGCAA--TTGTC---AT--T--A-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-A-T-T--T--AA--CA----A-C-A---T-AT-GTT----ATGT-C-TGCTTTG------T-AAT--TA---C-------------------T-TA-G-ACA-GAAAA-A-T-ATAC-AAAGC--TAC-GAGGA-C--AG----A--------G-AA---C--CG--TTC--T--GTG-------A----T-T-TTT---------AGTAAAA--ATGGAGAGCa
gi|1                          :       TAAGCTGCTA-CC-TTATTTTT-CTAT-TTTA--TGACTCGTT----GTT-TTTTATA-TTT--C-CA-A-G--TTTTAATT-TA-AA-T-----TTATT---A---GG-GA--GGAT-CCCATATTG-TC-A---TTTCT-GGCT--A-G--G-TTG---T-T--GGA-G-----TTTG------TC-AT-T-TTG-TGACATCG-G-GT--T---TT-CTCC--T-GT-TTT-AA--G---G----GT-GTA---TT-------AG--TTT-CA-AGT---T-T-GCCGA-AA--GT-CTACA---TCGTC---AT--T-AA-T-ATCA-TG-CCCAAA--T-T-T-T-T--TCAAA-ACA----A-CCAT--T-AT-G-TCATTAT-T-C-TG--TTGT-----TTAAT--TA---C-------------------TTAC-C-ATA-GAAAA-A-T-A-AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C--AGGA-AA--------A-C----C--GG--TTT--C--TTG--T----A----T-G-TTT---------A-TAAAA--ATGGAGAGCATAtaa
gi|12                         :      aattGCTGCCA-CC-T-ATTTTT-CTAT-TTTA--TGA-----T----ATC-T---ATA-TTT-AC-CA-A-G--TTT--ATA-TG-AA-T-----T-A---------AG-GA--T-AT-ACCA-AT-G-CC-A---GTCTT-GCTT--A-G--G-TTG---T-C--TGA-G-----TT-G------TA-TT-T-TTG-TGA-ATCG-----------------------T-TTT-AA--G---A----AT-GTA---TA-------AG--TTT-AA-AGT---T-G-GG--A-AA--GT-CTACAA--TCGTC---AT--T-AA-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-T--T--AA-CCA----A-C-AT--T-AT-G-T----AT-T-A-TG--TTGT-----T-AAT--TA---C-------------------T-AT-C-A-A-GAAAA-A-T-A-CC-AAAGC--TAA-G-GGA-C--AGAG-AA--------A-AC---C--GG--TTT--C--TTG--T----A----T-G-TTT---------A-TAAAA--ATGGAGAGCAT
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gi|24                         :            TGCCA-CCGTTATTTT--CTAT-TT-A--TGA-----T----GTT-T---ATA-TTTAAC-GA-A-G--TTT---TA-TT-AA-T-----T-ATT---A---GG-GC--G-AT-CCCA-CT-G-TC-A---TTCTTGGGCT--A-G--G-TTG---TCC--TGA-G-----TT-G------TA-CT-T-TTG-TGA-AT
gi|8                          :              gCA-CC-TTATTTTT-CTAT-TTTA--TGA-----T----GTT-T---ATA-TTT-AC-CA-AAG--TTT--ATA-TACAA-T-----T-ATT---A---GGCGA--G-AT-CCCA-AT-G-TC-A---TTCTTTGGCT--A-G--G-TTG---T-C--TGA-G-----TT-G------TATTT-T-TTG-TGA-ATCG-G-GG------TC-TCCC--TAGT-TTT-AAAGG---G----GT-GTA---TA-------AGT-TTT-AA-AGT---T-T-GC--AGAA--GT-CTACAA--TCGTC---CT--TAAA-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-TCAC--AA-CC-----A-C-AT--A-AT-G-TA---AT-T-C-TT--TTTG-----T-AAT--T--------------------------------------AA-A-T-A-AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C--AGGA-AA--------A-AA---A--CG--TTT--C--TTG--TA---A----T-GTTTT---------C-TAAAA--ATGGAGAGCATgg
gi|14                         :                      TATTTTT-CTAT-TTTA--TGA-----T----GTT-T---ATA-TTT-AC-CA-A-G--TTT--ATA-TA-AA-T-----T-ATT---A---GG-GA--G-AT-CCCA-AT-G-TC-A---TTCTT-GGTT-----------------T--TGG-G-----TT-G------TA-TT-T-TTG-TGA-ATCG-G-GG--A---T----------------------------------------A-------AG--TTT-AA-AGT---T-T-GC--A-AA--GT-CTACAA--TCGTC---AT--T-AA-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-T--C--AA-CCA----A-C-AT--T-AT-G-T----AT-T-C-TG--TTGT-----T-AAT--TA---C-------------------T-AC-C-A-A-GAAAA-A-T-A-GC-AAAGC--TAC-G-GGA-C--AGAG-AA--------A-AC---C--GG--TTT--C--TTG--TATGCA----T-G-TTT---------A-TAAAA--ATGGAGAGCAT
gi|7                          :                        TTTAT-ATAT-TTTA--AAA-----A----GTT-C----TA-TTT-AA-CA-A-GA-TTT--ATA-TA-AA-TAAAAGT-ACT---A---GG-GG--G-AT-CCCA-AT-G-TC-A---TTCTT-CATT--T-G--G-TTG---T-C--TGA-G-----TT-G------CA-TC-TGTTA-T-A-CTAG-G-GG--A---TC-TCCG--TAGT-TTT-GA--G------------------A-------AT--TTT-AA-AGT---T-T-TC--A-AA--GT-CTACAA--TCGTC---ATATT-AA-T-A-AA-TG-CC--AA--T-T-T-T----C--AA-CCA----A-A-AA--T-AT-G-T----AT-T-C-TG--TTGT-----T-AAT--TG---C-------------------T-GC-C-A-T-GAAAA-A-T-A-AC-AAAGC--CGC-G-GGA-C--GGAG-AA--------A-AC---C--GG--TTT--C--TTC--T----AACATT-A-TTTTATATAATCA-TAAAA--ATGGAGAG
gi|10                         :                          TTT-ATAT-GTTA--TGA-----T----GTA-T---ATT-TTT-AC-CA-A-AGTTTT--ATA-TAGAA-T-----T--TT---A---GG-GA--G-AT-A--A-GT-G-T--A---TTCTT-GGCTTGA-T--G-TTG---T-C--TGA-------TT-G------T--TT-T-TTG-TGA--TCG-G-GGTAA---TT-TCTC--TATG-TTT-AA--GTCTG----GT-GTAA--TA-------AG--TTT-AA-AGT---T-T-TA--A-AA--GT-CC------------------------------T--AC--AA--T-T-T-T-T--C--AA-C------A-C-AT--T-AT-G-T----AG-T-C-TG--TTGTGTAATT-AAT--TA---C-------------------T-GA-CTA-A-GTAAA-A-G-A-GC-AA-GC--TAC-G-GGA----AGTATGA--------A-CG---C--GGGCTTT--TAATTG--T----A----T-G-TTT---------A--ATAA--ATGGAGAGTATAg
gi|5                          :                       acctgttaTATATTTA--TGA-----TTCGTGTTCT---ATA-TTT-AC-CA-A-G--TT---ATA-TA-AA-T-----T-ATTTAGG---GG-GA--G-ATACCCA-A--G-TC-GAATTTCTT-GGCT--AAG--G-TTG---T----TGA-G-----TT-GATTTTGTA-TT-T-TAG-TGA-ATTG-G-G---A---TC--CCC--TAGT-CTT-CA--A---GTTGTGT-GTA---TA-------AG--TTTTAA-AGT---T-T-GC--ATAA--GT-CTACAA--TCGTC---AT--T-AA-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-TTCC--AA-CCA----A-C-AT--T-AT-G------AT-T---GG--TTGT-----T-AAT--TA---C-------------------T--A-C-A-A-G-AAA-A-T-A-ACAAAAGCGGCAC-A-AAA-T--GAAA-AA--------A-AA---C--GA--GTT--C--TTGTTT----A----T-G-TTT---------A-TAAAA--ATGGAGAGCATAa
gi|11                         :                                 T-TTTA--TGAAT---T----TTT-T---ATA-TTT-AGGCACA-G--TTT--ATA-TT-AA-T-----T-ATT---AAAAGG-GA--T-AT-CCCA-AC-G-TC-A---TTCTT-GGTT--A-G--G-TTG---T-C--CGA-G-----TT-G------GA-TT-T-TT---------G-A-GA--A---TC---------------------------------------G-------AG--TTT-AA-ACT---T-T-TC--A-AA--GT-CTACAA--TCGTC---AT--T-AAAT-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-T--C--AA-CCA----G-C-AA--T-AT-G-T----AT-T-T-TG--TTGT-----T-GAT--TG---CCAAAAAAAAAAAAAAGGGGT-AG-A-A-A-GAAAA-A-TAA-AA-AAAGC--TAC-G-GGA-C--GTAT-AA--------A-AT---C--GG--CTT--C--TTA--C----A----T-G-TTT---------A-TAAAA--ACGGAGAGCATA
gi|18                         :                                                                 tttT-AC-CA-A-----TT--ATA-TA-AA-C--------------------AA--A-AT-CCCA-AT-GCTC-A---TCCTA-GTCT--A-G--------------------------T-G------TA-T------G-TGA-ATCG-G-----A---TC-TCCC---A-----T-AA--G------------TAAACTA-------AA--TA--AA-AGT--------C--A-AA---T-C-ACAA--TCGTC---AT----AA-T-A-AA----AC--AA--A-T--------C--AA-CCA----A----T--C-AT-A-T----AT-T-C-T------------T-AAT---A---C-------------------T-A--C-A-A-AAAAA-T-C-A-AC-AAAGC--TAC----GA-C--AGAA-AA--------A-AA---C---G--TCT--C--T----T----A----T-G----------------AAAA--AAGAAG
gi|9                          :                                                                                                         TT---A---GG-GA--GCAT-CC-A-AT-G-TG-A---TTCTT-GGC---A-G--G-TTG---T----TGA-G-----TT-G------TA-TT-T-TTG-TGA-ATCG-GCGG--A---TA-CTCC--TAGTATTT-AA--G---G----GTGGTA---TA-------GGGATTT-AA-AGT---T-T-GC--A-AA--GT-CTAccata
gi|19                         :                                                                                                          T---A---AG-GA--G-AT-CCCA-CT-G-T------TTATC-AG----A-GCAG-TTGGCCT-CAATAA-GGCGGATT-G------TG-TT-T-T-------GTCG-G-G---A---TC-TCCC--TA----TT-AG--T---A----TT-GT-------------AG--TTC-A----T---T-T-GT--G-TA--GT-TTTTAAGTTC-TC---AT--T-AA-T-A-AATTG-AC--AT--T-TAT-T-T--C---T-CCA----AGC--------T-G------AT-T-T-GA--GTGT-----T---T--T----C-------------------T-AA-G-G-T-GAAAA-ATT-A-AC-AAAGC--TAC-A-GGG-C--Aagcgggatctccctagttttagggtgatagtttaaagtttgcaaagtctacatgccatccaaaaatgacaattttgtcaacaacattatgtaattctgttgttaattatactaccaagaaaataacaaagctacgggacgaaaaaccggtttcttgtgtgtttataaaatggagcaaat
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Reference ( family-4673 )     :     NNGTAAGCTGCCA-CC-TTATTTTT-CTAT-TTTA--TGA-----T----GTT-T---ATA-TTT-AC-CA-A-G--TTT--ATA-TA-AA-T-----T-ATT---A---GG-GA--G-AT-CCCA-AT-G-T-CA---TTCTT-GGCT--A-G--GTTG---T-C--TGA-G-----TT-G------TA-TT-T-TT-GTGA-ATCG-G-GG--A---TC-TCCC--TAGT-TTT-AA--G---G----GT-GTA---TA-------AG--TTT-AA-AGT-T---T-GC--A-AA--GT-CTACAA--TCGTC---AT--T-AA-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-T--C--AA-CCA----A-C-AT--T-AT-G-T----AT-T-C-TG--TTG-----TT-AAT--TA---C-T-ANC-A-A-GAAAA-A-------T-------------A-AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C--AG-GA-AA--------A-A--NC-GG--T-TT--C--TT------G--T----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--ATGGAGAGCATA
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gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                          AGT-TTT-AA--G---G----GT-TTA---TA-------AG--TTT-TA-AGT-------------------------A--TTGTC---AT--T-AA-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-T--C--AA-CCA----AAC-AA--T-AT---------------TG----G-----C------------C-T-AAC-A-A-AAAAAAA-------T-------------A-AC-AAAGC--TGC-G-GGA-C--GA-AG-AA--------A-A--CC-GG--G-TT--C--T----------T----A----T-G-TT-------T---------A-T-AAA--ATGGAGAGCATAa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CA----A-C-AT--T-AT-G-T----AT-T-C-TA--TTG-----TT-AAT--TA---C-T-ACT-A-A-GAAAA-T-------T-------------A-AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C--AA-GA-AC--------A-A--AC-GG--T-TT--C--GT------G--T----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--ATGGAGAGGATA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                taaattaaaagatggccttcaaatactctgctnT-CTACAA--TCTTC---AC--T-AG-T-A-CA-CG-AC--AA--T-T-T-C----C--AA-ACA----C-C-AA--T-AT-A-T----AT-T-C-TG--TTG-----TT-TAA--CA---C-T-ACC-G-A-GAAAA-----------------------------------------GGA-C---G-GA-AA--------A-A--CT-GG--GATT--G--TT------C--T-------------TT-------T---------G-AAAAA--AAGGA
gi|24                         : aagttttagactTGCCA-CCGTTATTTT--CTAT-TT-A--TGA-----T----GTT-T---ATA-TTTAAC-GA-A-G--TTT---TA-TT-AA-T-----T-ATT---A---GG-GC--G-AT-CCCA-CT-G-T-CA---TTCTTGGGCT--A-G--GTTG---TCC--TGA-G-----TT-G------TA-CT-T-TT-GTGA-ATtaaaataa
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  g-T-T--C--AA-ACA----A-C-AT--T--T-G-T----AT-T-C-TG--TTG-----TT-AAT--TA---C-T-CAC-A-A-GAAAA-A-----------------------AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C--AG-AG-AA--------A-A--CC-GG--T-TT--C--TT------G--T----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--ATGGAGAGCATAgg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ca-T-T--C--AA-ACA----A-C-AT--T-AT-G-T----AT-T-CGTG--TTG-----TT-AAT--TA---C-T-CAC-A-A-GAAAA-A-----------------------AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C-----GA-GA--------A-A--CC-GG--T-TT--C--TT------G--T----A----T-G--T-------T---------A-TAAAA--ATGGAGAGCATAa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      caAACC--TGC-G-GGC-C--TG-AG-AA--------A-G--CC-GA--T-TT--C--TTCTAACAG--T----A----T-T-TTATATCATT---------A-TAAAA--ATGAAGAGCATAa
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                C-A-A-GAAAA-A-------T-------------A-AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C--GG-AG-AA--------A-A--CC-GG--T-TT--C--TT------A--T----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--ATAGAGAGCATAatatgtcc
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --TAC-A-GGA-C-----GA-GA--------A-A--AC-GG--T-TT--C--TT------G--T----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--GTGGAGAGCATaa
gi|3                          :       GTAAG-TGCCAACCGTTATATTT-CTAT-TT-A--TGA-----T----GTT-T---AAAATTT-AC-CA-A-G--TTT--ATAATA-AAAT-----T-ATT---A---GG-GA--G-AG-TCCA-AT-G-T-CA---TTCTT-GGCT--A-G--GTTG---T-C--TGA-G-----TT-G------TA-TT-T-TT-GTG--ATC--G-GG--A---TC-TCCCATTAGT-TTT-AA--G---G----GTGGTA---TA-------AG--TTT-TA-AGT-T---T-GC--A-AA--GTCCTACAA--TCGTC---AT--TAAA-TAA-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-T--CAAAA-CCA----A-C-AT--T-ATAG-T----A--T-C-TG--TTG-----TTAAAA--TA---C-T-AAC-A-A-GAAAA-A-------T-------------A-AC-AAAGC--AAG-C-GGA-CA-AG-GA-AA--------ATA--AC-GG--T-TT--C---T------G--T----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--ATGGAGAGCATAgtaaa
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                taagcGA-C--AG-AG-AA--------A-A--CC-GG--T-TT--C--TT------G--T----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--GTGGAGAGCATa
gi|4                          :       GTAAGCTGCCA-CC-TTATTTTT-CTAT-TTTA--TGA-----T----GTT-T---ATA-TTT-AC-CA-A-G--TTT--ATA-TA-AA-T-----T-ATT---A---GG-GA--G-AT-CCCA-AT-G-T-CA---TTCTT-GGCT--A-G--GTTG---T-C--TGA-G-----TT-G------TA-TT-T-TT-GTGA-ATCG-G-GG--A---TC-TCCC--TAGT-TTT-AA--G---G----GT-GTA---TA-------AG--TTT-AA-AGT-T---T-GC--A-AA--GT-CTACAA--TCGTC---AT--T-AA-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-T--C--AA-CCA----A-C-AT--T-AT-G-T----AT-T-C-TG--TTG-----TT-AAT--TA---C-T-AAC-A-A-GAAAA-A-------T-------------A-AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C--AG-GA-AA--------A-A--AC-GG--T-TT--C--TT------G--T----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--ATGGAGAGCATAga
gi|5                          :                              ttTATATTTA--TGA-----TTCGTGTTCT---ATA-TTT-AC-CA-A-G--TT---ATA-TA-AA-T-----T-ATTTAGG---GG-GA--G-ATACCCA-A--G-T-CGAATTTCTT-GGCT--AAG--GTTG---T----TGA-G-----TT-GATTTTGTA-TT-T-TA-GTGA-ATTG-G-G---A---TC--CCC--TAGT-CTT-CA--A---GTTGTGT-GTA---TA-------AG--TTTTAA-AGT-T---T-GC--ATAA--GT-CTACAA--TCGTC---AT--T-AA-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-TTCC--AA-CCA----A-C-AT--T-AT-G------AT-T---GG--TTG-----TT-AAT--TA---C-T-A-C-A-A-G-AAA-A-------T-------------A-ACAAAAGCGGCAC-A-AAA-T--GA-AA-AA--------A-A--AC-GA--G-TT--C--TT------GTTT----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--ATGGAGAGCATA
gi|6                          :       GTAAGT---CA-TG-TTATTTTTTCTAT-TTTAGTCGA-----T----GTT-T---ATA-TTT-AC-TA-A----TTT--ATA-TA-TA-T-----T-CTT---A---GG-GA--G-ATGTCCA-AT-G-T-T----TTCTT-GGCT--A-G----CG---T-T--TTG-G-----TT-G------TA-TT-T-TT-GTGA--TTG-G-TG--A---T--TCCC--TAGT-TTA-TA--G---G----GT-GTC---TA-------GG--TTT-AT-AAT-T---T-GA--G-AAATGT-CTGCAA--TTGTC---AT--T--A-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-A-T-T--T--AA--CA----A-C-A---T-AT-GTT----ATGT-C-TGCTTTG------T-AAT--TA---CTT-AGA-C-A-GAAAA-A-------T-------------ATAC-AAAGC--TAC-GAGGA-C--AG----AG--------A-A--CC-G-----TT--C---T------G--TG---A----T-T-TT-------T---------AGTAAAA--ATGGAGAGC
gi|7                          :                         TTTAT-ATAT-TTTA--AAA-----A----GTT-C----TA-TTT-AA-CA-A-GA-TTT--ATA-TA-AA-TAAAAGT-ACT---A---GG-GG--G-AT-CCCA-AT-G-T-CA---TTCTT-CATT--T-G--GTTG---T-C--TGA-G-----TT-G------CA-TC-TGTT-AT-A-CTAG-G-GG--A---TC-TCCG--TAGT-TTT-GA--G------------------A-------AT--TTT-AA-AGT-T---T-TC--A-AA--GT-CTACAA--TCGTC---ATATT-AA-T-A-AA-TG-CC--AA--T-T-T-T----C--AA-CCA----A-A-AA--T-AT-G-T----AT-T-C-TG--TTG-----TT-AAT--TG---C-T-GCC-A-T-GAAAA-A-------T-------------A-AC-AAAGC--CGC-G-GGA-C--GG-AG-AA--------A-A--CC-GG--T-TT--C--TT------C--T----AACATT-A-TT-------TTATATAATCA-TAAAA--ATGGAGAGtaa
gi|8                          :                CA-CC-TTATTTTT-CTAT-TTTA--TGA-----T----GTT-T---ATA-TTT-AC-CA-AAG--TTT--ATA-TACAA-T-----T-ATT---A---GGCGA--G-AT-CCCA-AT-G-T-CA---TTCTTTGGCT--A-G--GTTG---T-C--TGA-G-----TT-G------TATTT-T-TT-GTGA-ATCG-G-GG------TC-TCCC--TAGT-TTT-AAAGG---G----GT-GTA---TA-------AGT-TTT-AA-AGT-T---T-GC--AGAA--GT-CTACAA--TCGTC---CT--TAAA-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-TCAC--AA-CC-----A-C-AT--A-AT-G-TA---AT-T-C-TT--TTT-----GT-AAT--T-------------------AA-A-------T-------------A-AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C--AG-GA-AA--------A-A--AA-CG--T-TT--C--TT------G--TA---A----T-GTTT-------T---------C-TAAAA--ATGGAGAGCATg
gi|9                          :                                                                                                          TT---A---GG-GA--GCAT-CC-A-AT-G-T-GA---TTCTT-GGC---A-G--GTTG---T----TGA-G-----TT-G------TA-TT-T-TT-GTGA-ATCG-GCGG--A---TA-CTCC--TAGTATTT-AA--G---G----GTGGTA---TA-------GGGATTT-AA-AGT-T---T-GC--A-AA--GT-CTA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                     -G-GG--A---TC-TCCC--TAGT-TTT-A---G---G----GT-G-A---TA--------G--TTT-AA-AGT-T---T-GC--A-AA--GT-CTACA----TGCC---AT--C-CA-A-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-TGT--C--AA--CA----A-C-AT--T-AT-G-TA---AT-T-C-TG--TTG-----TT-AATTATA---C-T-ACC-A-A-G-AAA-A-------T-------------A-AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C-----GA-AA--------A-A--CC-GG--T-TT--C--TT------G--T----G----T-G-TT-------T---------A-T-AAA--ATGGAGagcgggatctccctagttttagggtgatagtttaaagtttgcaaagtctacatgccatccaaaaatgacaattttgtcaacaacattatgtaattctgttgttaattatactaccaagaaaataacaaagctacgggacgaaaaaccggtttcttgtgtgtttataaaatggagcaaat

Unaligned ( gi|23 ): TGACGATGTTTCTCATGATCAACATGAATGCATTCTTTGCTGATGTACAGAAGTTTTTACCATGAGCAGCAATCTGTAAGAGACAGGGACAGAATAAAAGCATGTTTTATTTTAAATTGGATAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): AAATCTATATTTGACAAATAATGTGTTTATATGTTACTTTCATGTG

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Reference ( family-4673 )     :     NNGTAAGCTGCCA-CC-TTATTTTT-CTAT-TTTA--TGA-----T----GTT-T---ATA-TTT-AC-CA-A-G--TTT--ATA-TA-AA-T-----T-ATT---A---GG-GA--G-AT-CCCA-AT-G-T-CA---TTCTT-GGCT--A-G--GTTG---T-C--TGA-G-----TT-G------TA-TT-T-TT-GTGA-ATCG-G-GG--A---TC-TCCC--TAGT-TTT-AA--G---G----GT-GTA---TA-------AG--TTT-AA-AGT-T---T-GC--A-AA--GT-CTACAA--TCGTCAT---T-AA-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-T--C--AA-CCAA----C-AT--T-AT-G-T----AT-T-C-TG--TTG-----TT-AAT--TA---C-T-ANC-A-A-GAAAA-A-------T-------------A-AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C-AG-GAAAA-AC--C-GG--T-TT--C--------TT------G--T----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--ATGGAGAGCATA
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gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                          AGT-TTT-AA--G---G----GT-TTA---TA-------AG--TTT-TA-AGT-------------------------A--TTGTCAT---T-AA-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-T--C--AA-CCAAA---C-AA--T-AT---------------TG----G-----C------------C-T-AAC-A-A-AAAAAAA-------T-------------A-AC-AAAGC--TGC-G-GGA-C-GA-AGAAA-AC--C-GG--G-TT--C--------T----------T----A----T-G-TT-------T---------A-T-AAA--ATGGAGAGCATAa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CAA----C-AT--T-AT-G-T----AT-T-C-TA--TTG-----TT-AAT--TA---C-T-ACT-A-A-GAAAA-T-------T-------------A-AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C-AA-GAACA-AA--C-GG--T-TT--C--------GT------G--T----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--ATGGAGAGGATA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                taaattaaaagatggccttcaaatactctgctnT-CTACAA--TCTTCAC---T-AG-T-A-CA-CG-AC--AA--T-T-T-C----C--AA-ACAC----C-AA--T-AT-A-T----AT-T-C-TG--TTG-----TT-TAA--CA---C-T-ACC-G-A-GAAAA-----------------------------------------GGA-C--G-GAAAA-AC--T-GG--GATT--G--------TT------C--T-------------TT-------T---------G-AAAAA--AAGGA
gi|24                         : aagttttagactTGCCA-CCGTTATTTT--CTAT-TT-A--TGA-----T----GTT-T---ATA-TTTAAC-GA-A-G--TTT---TA-TT-AA-T-----T-ATT---A---GG-GC--G-AT-CCCA-CT-G-T-CA---TTCTTGGGCT--A-G--GTTG---TCC--TGA-G-----TT-G------TA-CT-T-TT-GTGA-ATtaaaataa
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                g-T-T--C--AA-ACAA----C-AT--T--T-G-T----AT-T-C-TG--TTG-----TT-AAT--TA---C-T-CAC-A-A-GAAAA-A-----------------------AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C-AG-AGAAA-AC--C-GG--T-TT--C--------TT------G--T----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--ATGGAGAGCATAgg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ca-T-T--C--AA-ACAA----C-AT--T-AT-G-T----AT-T-CGTG--TTG-----TT-AAT--TA---C-T-CAC-A-A-GAAAA-A-----------------------AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C----GAGAA-AC--C-GG--T-TT--C--------TT------G--T----A----T-G--T-------T---------A-TAAAA--ATGGAGAGCATAa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   caAACC--TGC-G-GGC-C-TG-AGAAA-GC--C-GA--T-TT--C--------TTCTAACAG--T----A----T-T-TTATATCATT---------A-TAAAA--ATGAAGAGCATAa
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             C-A-A-GAAAA-A-------T-------------A-AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C-GG-AGAAA-AC--C-GG--T-TT--C--------TT------A--T----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--ATAGAGAGCATAatatgtcc
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --TAC-A-GGA-C-GA-GAAAA-----C-GG--T-TT--C--------TT------G--T----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--GTGGAGAGCATaa
gi|3                          :       GTAAG-TGCCAACCGTTATATTT-CTAT-TT-A--TGA-----T----GTT-T---AAAATTT-AC-CA-A-G--TTT--ATAATA-AAAT-----T-ATT---A---GG-GA--G-AG-TCCA-AT-G-T-CA---TTCTT-GGCT--A-G--GTTG---T-C--TGA-G-----TT-G------TA-TT-T-TT-GTG--ATC--G-GG--A---TC-TCCCATTAGT-TTT-AA--G---G----GTGGTA---TA-------AG--TTT-TA-AGT-T---T-GC--A-AA--GTCCTACAA--TCGTCAT---TAAA-TAA-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-T--CAAAA-CCAA----C-AT--T-ATAG-T----A--T-C-TG--TTG-----TTAAAA--TA---C-T-AAC-A-A-GAAAA-A-------T-------------A-AC-AAAGC--AAG-C-GGA-CAAG-GAAAATAA--C-GG--T-TT--C---------T------G--T----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--ATGGAGAGCATAgtaaa
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             taagcGA-C-AG-AGAAA-AC--C-GG--T-TT--C--------TT------G--T----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--GTGGAGAGCATa
gi|4                          :       GTAAGCTGCCA-CC-TTATTTTT-CTAT-TTTA--TGA-----T----GTT-T---ATA-TTT-AC-CA-A-G--TTT--ATA-TA-AA-T-----T-ATT---A---GG-GA--G-AT-CCCA-AT-G-T-CA---TTCTT-GGCT--A-G--GTTG---T-C--TGA-G-----TT-G------TA-TT-T-TT-GTGA-ATCG-G-GG--A---TC-TCCC--TAGT-TTT-AA--G---G----GT-GTA---TA-------AG--TTT-AA-AGT-T---T-GC--A-AA--GT-CTACAA--TCGTCAT---T-AA-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-T--C--AA-CCAA----C-AT--T-AT-G-T----AT-T-C-TG--TTG-----TT-AAT--TA---C-T-AAC-A-A-GAAAA-A-------T-------------A-AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C-AG-GAAAA-AA--C-GG--T-TT--C--------TT------G--T----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--ATGGAGAGCATAga
gi|5                          :                              ttTATATTTA--TGA-----TTCGTGTTCT---ATA-TTT-AC-CA-A-G--TT---ATA-TA-AA-T-----T-ATTTAGG---GG-GA--G-ATACCCA-A--G-T-CGAATTTCTT-GGCT--AAG--GTTG---T----TGA-G-----TT-GATTTTGTA-TT-T-TA-GTGA-ATTG-G-G---A---TC--CCC--TAGT-CTT-CA--A---GTTGTGT-GTA---TA-------AG--TTTTAA-AGT-T---T-GC--ATAA--GT-CTACAA--TCGTCAT---T-AA-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-TTCC--AA-CCAA----C-AT--T-AT-G------AT-T---GG--TTG-----TT-AAT--TA---C-T-A-C-A-A-G-AAA-A-------T-------------A-ACAAAAGCGGCAC-A-AAA-T-GA-AAAAA-AA--C-GA--G-TT--C--------TT------GTTT----A----T-G-TT-------T---------A-TAAAA--ATGGAGAGCATA
gi|6                          :       GTAAGT---CA-TG-TTATTTTTTCTAT-TTTAGTCGA-----T----GTT-T---ATA-TTT-AC-TA-A----TTT--ATA-TA-TA-T-----T-CTT---A---GG-GA--G-ATGTCCA-AT-G-T-T----TTCTT-GGCT--A-G----CG---T-T--TTG-G-----TT-G------TA-TT-T-TT-GTGA--TTG-G-TG--A---T--TCCC--TAGT-TTA-TA--G---G----GT-GTC---TA-------GG--TTT-AT-AAT-T---T-GA--G-AAATGT-CTGCAA--TTGTCAT---T--A-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-A-T-T--T--AA--CAA----C-A---T-AT-GTT----ATGT-C-TGCTTTG------T-AAT--TA---CTT-AGA-C-A-GAAAA-A-------T-------------ATAC-AAAGC--TAC-GAGGA-C-AG---AGA-AC--C-G-----TT--C---------T------G--TG---A----T-T-TT-------T---------AGTAAAA--ATGGAGAGC
gi|7                          :                         TTTAT-ATAT-TTTA--AAA-----A----GTT-C----TA-TTT-AA-CA-A-GA-TTT--ATA-TA-AA-TAAAAGT-ACT---A---GG-GG--G-AT-CCCA-AT-G-T-CA---TTCTT-CATT--T-G--GTTG---T-C--TGA-G-----TT-G------CA-TC-TGTT-AT-A-CTAG-G-GG--A---TC-TCCG--TAGT-TTT-GA--G------------------A-------AT--TTT-AA-AGT-T---T-TC--A-AA--GT-CTACAA--TCGTCATAT-T-AA-T-A-AA-TG-CC--AA--T-T-T-T----C--AA-CCAA----A-AA--T-AT-G-T----AT-T-C-TG--TTG-----TT-AAT--TG---C-T-GCC-A-T-GAAAA-A-------T-------------A-AC-AAAGC--CGC-G-GGA-C-GG-AGAAA-AC--C-GG--T-TT--C--------TT------C--T----AACATT-A-TT-------TTATATAATCA-TAAAA--ATGGAGAGtaa
gi|8                          :                CA-CC-TTATTTTT-CTAT-TTTA--TGA-----T----GTT-T---ATA-TTT-AC-CA-AAG--TTT--ATA-TACAA-T-----T-ATT---A---GGCGA--G-AT-CCCA-AT-G-T-CA---TTCTTTGGCT--A-G--GTTG---T-C--TGA-G-----TT-G------TATTT-T-TT-GTGA-ATCG-G-GG------TC-TCCC--TAGT-TTT-AAAGG---G----GT-GTA---TA-------AGT-TTT-AA-AGT-T---T-GC--AGAA--GT-CTACAA--TCGTCCT---TAAA-T-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-T-TCAC--AA-CC-A----C-AT--A-AT-G-TA---AT-T-C-TT--TTT-----GT-AAT--T-------------------AA-A-------T-------------A-AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C-AG-GAAAA-AA--A-CG--T-TT--C--------TT------G--TA---A----T-GTTT-------T---------C-TAAAA--ATGGAGAGCATg
gi|9                          :                                                                                                          TT---A---GG-GA--GCAT-CC-A-AT-G-T-GA---TTCTT-GGC---A-G--GTTG---T----TGA-G-----TT-G------TA-TT-T-TT-GTGA-ATCG-GCGG--A---TA-CTCC--TAGTATTT-AA--G---G----GTGGTA---TA-------GGGATTT-AA-AGT-T---T-GC--A-AA--GT-CTA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                     -G-GG--A---TC-TCCC--TAGT-TTT-A---G---G----GT-G-A---TA--------G--TTT-AA-AGT-T---T-GC--A-AA--GT-CTACA----TGCCAT---C-CA-A-A-AA-TG-AC--AA--T-T-T-TGT--C--AA--CAA----C-AT--T-AT-G-TA---AT-T-C-TG--TTG-----TT-AATTATA---C-T-ACC-A-A-G-AAA-A-------T-------------A-AC-AAAGC--TAC-G-GGA-C----GAAAA-AC--C-GG--T-TT--C--------TT------G--T----G----T-G-TT-------T---------A-T-AAA--ATGGAGagcgggatctccctagttttagggtgatagtttaaagtttgcaaagtctacatgccatccaaaaatgacaattttgtcaacaacattatgtaattctgttgttaattatactaccaagaaaataacaaagctacgggacgaaaaaccggtttcttgtgtgtttataaaatggagcaaat