lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 11 11 1 11 222 1111 22222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 2222 222 11 1 44444444444444444 111 1111 1111111 2222
lowQualScore : 22 0 66 4 3 33 8 666 2222 8 1 00000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 4 7777 55 4 222 22 3 55 555 3 6 66 99999999999999999 77 5 0 555 2222 7777777 6 1111
lowQualScore : .. . .. . . .. . ... .... . . ........ ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . .... .. . ... .. . .. ... . . .. ................. .. . . ... .... ....... . ....
lowQualScore : 00 7 00 7 3 88 8 444 1111 0 4 77777777 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 0 5555 77 0 000 77 1 88 888 6 7 99 99999999999999999 44 3 4 333 3333 6666666 0 2222
consensus : GGTGCATATG-TTCGAT-TTTG--TGTAAGATTTTA-ATAAAGAT----ATNAATACTAC--------GGCGTTC---------CATGAA---AAAN------NAAAAT-T-----CTATTAA---ATA-TGCATACAGAAATNTGCG-T---TGT-G-CAGATA-C----A---A-TGAAA-----ATA--GTTT-CAAA--ATACA--GCAC--C-TG---T--T---TT--A-CA---CACTTTCTTTCCG--------A--AACG-AG--CCG--AG--TGCTGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GCA-----------------------AA---------CN-ACGTGCTATTTTC-CCACG--AAT-TCTT--N-GATCNN-TGCATATNTA-GCTA-CC--CT--TCN---G-TGTTTTA-CACGT-GAT-CT-AGC---AAT-AA----TT----TA----GTC-T----G-----TCNTA-AT------C--T---AT-------TCCTATATCT-ACAGTCGA-TGAACT-CG-ATG-TCAAAACN-TA-CCGACG---CCATT-GTTTTCTTTCCGAT--CA----TGCG-N--GAAG-AAG-GCNCGCGCAATACATA---CAT-T-TT-TACAAAT----AAGGCC
Reference ( gi|2 ) : GGTATACATGTCTCAAT-TTTA--TGTAAGATTTTATACAAAGAT----ATTAACACTAC--------GGCATTC---------AGTGAA-G-AATT------TGAAAT-T-----CTATTAA---ACA-TGTTTGCAAAAATCTGCGGT---TGT-G-CAGATA-C----A---A-TGAAA-----ATA--GTTT-CAAA--ATACA--GCAC-AC-TG---T--T---TT--A-CA---CACTTTTTCCCCG--------G--AACT-AG--CCA--AG--TGCTGACCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GCA-----------------------AA---------TG-GTGTTCTATTTTT-CCACA--AAT-TCTT--T-TACCAT-TGCATATCTA-ACTA-CC--TT--TCT---G-TGTTTT--CACAT-GAT-CT-AGT-TCAGT-AA----TT----TA----GTC-T----G-----TCTTA-AT------C--T---AT-------TCCTAAATCT-ACAGTCGG-GGAACT-TG-ATA-CCAAAACA-TA-CTAGCG---CCATT-GTTTACTTTCCGAT--CA----TACA-G--GGAA-AAG-ACGCGCGCATTTCATG---CAT-T-TT-TGCAAAT----AAGGTCG
gi|16 : GGTGCATATGGTCCGATGCTTA--TGCAAGATTATAGTCAT-TAT----ATCAATACTAC--------GGCATTC---------CATAAA-T-AAATAAAACACAAAAC-T-----TTATCAA---ATA--------AGAAATATGC---------------ATA-C----A---A---AAT-----ATA--GTTT-C-AA--ATGCA--GC-T-TC-T----C--T---TT--A-TA---CGCTTCTT-TCCA--------A--AACG-AG--CCA--
gi|4 : caaaGTGCACGTG-CTTTAT-TCTAAATCTAAAATTTTA-ATAAAGAT----ATCAATAGTGC--------GGTATTC---------TATGAA-------------TGAAAT--------GAT------ACA-AGT-------AATC--CGTTTAATAT-G-CATGTA-C----A---A---AAA-----A------TC-CAAA--TTCCG--GCAC---------T--T---TT-----------CTTTT--------------A--AACA-AGGAACAC-AG--TGCCAATCAC--TG---ACT---GTC-------T------TA-----------------------TA---------CA-ATGCGCTGTTTTT-GGA-----------T--T-TG-----TGCATCACTA-ACTA-----TT--TTA---G-GGATCT--TGCAT-A---CT-G---------AA----TT----TA----GTC-T----G-----------ATAGGTCGC--T---AC-------TCCTATACCT-ACAGTCAA-TGAACT-
gi|6 : aATATGTTTCATT-TTTG--T-TACAATTCAATA--AAGATATCAATCAACAATAC--------AGCATTC---------acagacgtcattgttt
gi|14 : gtacaTTG--TGTTAGATTTTTAATAAAGAT----ATGAATATTATAATTATAAGATGTTC---------TATGAACG-AA-A------TAAAATGT-----CTTTTAA---A-A-TGCATACAGAAACGT-CGCC---TGTAG-AAGATG-CATGTA---A-TCAAA-----AAAATGCTT-CAAA--ATACA--GCCC-GT-TC---T--TTTCTT--A-CA---CACGTTCTTTCCG--------T--AACtactgatataagcaccatggcattctatatatgtaataaagcaaggaaaaaatccatcagatatgcgcacaaaaagttgtagatatatggatgaaagtaatttcaaaatacatgtatgaccggtcttttgacacactttgtttacaaaacgaggtgagtgcttaccatcagcataccgtgttt
gi|26 : ttcaGATTTTG-ATAAAGAT----GCGAATACTAT--------GGTGTTC---------CATGAA-T-AAAT-------GAAAT-AAAGGACTATTAA---ATA-TGCATACAAGAA
gi|7 : cttatttattggggatgAAAGAT----ATTAATGCTGT--------GGTATT------------TGAA----ACC------AAAAATGT-----ATATTAATAAAC------TGCAGTAA-CTG---T---TGT-AATAGATA-T----A----------------TA---TTT----------------AC-AT-TG---TAAT---TG--A-AAA--TAGTTTGTCTTCG--------G--AA----A--CAA--AG--TGCTAAATATG-TG---ACTTGTGTTATTAACAT-----ACC-----------------------AACCAAGACTTTA-GTG--CTAATTTT-CCATGC-AAT-TCTT--G-GATCAG-TACACATTTA-ACTA-CC---T--TCA---G-TGTT
gi|6 : tGAT----ATAAGCACCAT--------GGCATTCTATATATGTAATAAA-GCAAGG------AAAAAA-T-----CCATCAG---ATA-TGCGCACAAAAA------GT---TGT----AGATA-T----ATGGA-TGAAA-----GTA--ATTT-CAAA--ATACAT-GTATGAC-CGGTCT--T---TTG-A-CA---CACTTTGTTTACA--------A--AACG-AG--GTG--AG--TGCTTACCAac
gi|1 : gtacaatatgtttcatttttgttacaattcaataaagatatcaatcaacaatacagcattctactAAAC-T-----TTTTTAA---AAAATGGATACAAAAATTTACAGT---TGT-A-CAGATATC----G---A-TTAAAATTATATA--GTTT-TAAA--GGACA--G-----T-TGGTCT--T---TTG-A-AA---TATTTTCTTTCCA--------A--AATG-AA--CCATTTG--TGCTAAGCACG-CG---ACT---GTC-------TTATTAGCA-----------------------CA---------CC-ACGTGCTA-TTTC-CCAGC--AAT-TCTTGGT-T--CTT-TGTATACCTA-ACTA-GTAACT--ACTGTAG-TGTTTTA-CACAT-GAT-GA-AGCATAAATGAA----TG----TA----CTC-TTCCAGGT---TCTT-------------T---AT-------TCCAATAACT-ACAGTCAT-TGAACTCTGAATG-TTAAAACGTTA-CCAGCA---CCACT-GTTTACTTTCCAAT--CACGTGTCCA-A--G----AAG-GCGCATGCAATACATA---GA--T-TA-TACAAATTATGAAGGCCtcagcataccgtgttt
gi|21 : ccatgatattcaaaatgaaacaaa-G-TAGATA-T----ATAAA-TGAAA-----ATA--TTTTATAAATGATACAATGTAC-CCATG---T--T---TTC-ATCA---CAC--TTTCTTTG--------GAAAACG-AG--CAG--AG--TGTTGACaacccaagatgtccgagagttattgaacaaataatttccaaacattcttttcgtgttcgatgaaatcaaatagtagaagttattatattttgcctttcaagatgcattaacaatcttatttggaaagtacaagtaaatt
gi|8 : ATA-C----A---AATGAAA-----AAA--GTTT-TGAA--AT-----GCCC-TG-TG---C--T---TTTGA-CA---CACTTTCTTTACA--------A--AAATGAG--CCC--CG--TGTTTACCACG-TG---ACA---GTCT------T-----GCATATATATATACATGTATAAACACAA---------TGCATG--CTA-CTTT-CTACC--AAT-TTTT--TGGATCTG-TGCATATCCA-ACTATCC--CA--TCA---G-TGTTTTA-CCCAT-AAA-CT-ACC-ACATTGAA----TT----TA----GTC-TAA--G-----TCCTA-aagattaccattttatcagcttaccg
gi|28 : A--GTTC-CAAA--ATAAA--GCA-----TG---T--T---TTGTA-CA---CACTTTCTCTTCGAAAGAGGTG--AATTGAG--CCG--AG--TGTAGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----
gi|3 : TT-CAAA--ATACA--GCCT-GC-CT---T--T---TC--A-CA---CGCTTTCTTTTGA--------A--AACCGAG--TCG--AG--TACTGATCACG-TG---ACT---GTCGTAAT--C-----GCA-----------------------AA---------CA-AAGTGCGATTTTTCCCAGA--GATATAAT--T-GGATATGTGTTTATATA-GCTA-CT--AT--TTA---G-TGT--------AT-AAT----------AAT-GA----TT----TA----G---------------CATA-AT------G--A---AT-------TCCTTACTTT-ACA--C-----AA-T-TG-AT-----GAAGT-TA-CCGACG---CCATCGGTTTTCTTTCCGAT--CA----CGTT-T--GAAG-AAG-GCCAACACAATACATA---CAT-TATTATACAAAT----AAGGta
gi|32 : TT-CAAA--ATACA--TCTC-----G---T--T---TT--T-CAAAGCACTTTCT-TCTG--------A--AACG-AT--GCG--AGTTTGCTCATCACGATG---ACT---GTctaaccaattcatttagtcaataatgaacttca
gi|12 : ---TT--A-AA---TACTTCTTTCC-A--------A--AACG-AG--CCG--AG--TGCTGGTCACA-TGATTATT---GTG-------TTCA--GCA-----------------------CC---------TC-ACGTGATATTTTC-TCGGT--AAT-TC-------ACAG-----ATATGTGCGCCA---------------G-TGTTTTG-CATTT-GAT-CT-AG----AAT-AACGAATT----TA----GTC-T----GGACATTCTTA-CT------C--TTACAT-------GCATG--TCT-ACAGTTGA-TGAACT-
gi|9 : cacc-----GCA-----------------------AA---------CC-ATGTGCTATTTCC-CCA-----AT-TCTT--G-GATCTA-TGTGTATGTA-GCTA-C-------TCT---AATGATTTA-CACGT-GATACT-G---------AA----TT----TA----GTGAT----A-----CCATACAT------G--T---ATGCCATGCTCCTATATCT-ACAGTCGA-TGAACT-CG-ATG-TCAAAATG-TA-CTGATA---CCATca
gi|15 : tgatattttcaaatatttcaagatattttcagattatttgagtttaggttaatgtattaTGTGCTATTTCC-CCACA----T-TCTT--G-GATCGTATGT-TATGTA-GCTA-CT--CTAATCG---A-T-TTAC--CACGT-GATACTGAAT-TTAGT-GA----TTACCATACAATGTA-T----G-----CC----A-------C--T---GC-------TCCTATATCT-ACAGTCGA-TGAACT-CG-ATG-TCAAAATG-TA-CT
gi|18 : tattttagacaaccaGTGCTACTTTC-CCCCA--A-T-TCTT--G-GATCATATGGTTATGTA-GCTA-GC--TC--TAT---A-TGATTTACCACGTTGATACG-AAT-TTAGT-GA----TTACCATACAATGTA-T----G-----CC----A-------C--T---GC-------TCCTATATCTTACAGTCGA-TGAACT-CG-ATGTCCAAAATG-TA-CTGGTGATACCATT-tgataccat
gi|24 : CTATTTCC-CC-CGGCAAT-TCTT--A-TATCTG-TGCATATTTC-ACTA------T--TCTATAG-TGTTTA--CACAA-GAT-GT-AGCATAAAG-AA----TT----TA----GTC-T----G-----
gi|22 : --CATAT-GAT-CG-AGC-ATAATGAA----TG----AA----GTC-T----------TGATACAT------CATT---AT-------TTCTATCTCT-ACAGTCAA-TGAACT-CA-ATG-TCAAAACT-TA-CTGACA---CCATT-GTTTataggtccttactgc
gi|13 : gttcagAT-GAT-CT-GGC-ACAATGAA----TT----CA----AT--T----G-----GATAG-GT------CCTT---AT-------TCAGGTATCT-ACAGTCGATGGAACT-CG-ATT-TCAAAACT-TA-CCGACG---CCATT-ATTTTATTTCTTAC--C------ACG-GCTGAAG-AAG-ACTCGCGCAATGCATA---CAT-T-
gi|5 : -AA----TT----TA----GTC-T----GATAGGTCCT-------------T---AT-------TCCTATATCT-----------GAAC---A-ATT-TCAAAACT-TG-CCAACA---CCATT-GTTTTCTTTTCAGT--TA----TGTG-T--GATG-AAG-GCATGCGCAATGCATA---CA--T-TA-TACAAAT----AAGatccaaagattttccgagagttgaattagtcaagaatcaac
gi|29 : tgGAACA-CG-ATT-TCAAACTA-TATCTA-CG---CCATT-GTTTTCTTTCaacaaactaagatcagagagttaaattagtgcaaaaataaactaaattttgagctattcctttaatctttggtgaaattagatgtttaatttacctaagttgctaaattataagaaatttgataatgttacaagtatat
gi|11 : atatgtcctttccctatT-TG-ATG-TCAAAACA-TC-CCGAAG---TCATT-GTTTTCTTTCTGACTACG----TACGTG--TGAATAAG-GCACATGCAaggtgcgaggagtgtgcaca
gi|10 : acttcttattgaaatgtAAAACT-TA-GCAACG---TCATT-GTTT-CTTTCCGAT--CA----TGTG-T--GTAG-TAG-GCTCGC----TTAATG---CATAC-CT-TATAAAA----AAGATatatacaaataaaaccgacatagatgtctgcgagttaaatttgtgaagattgacaaggaatatcgacctattcctgtcattggagatgaagtcaatattcatttac
gi|31 : AACT-CA-CTGACG---TCATT-GTTTTCGTTCTGAT--CA----TGT--G--TGAG-AAGTAGGCTCGCGTTATACGCAACAT-T-TT-gtccgagagttaaattagtcatgtattcctttcatcttgggtgaaatcaaagtttacttttcataaattattatgtaacgtcattacattaatcatgttagtttggaaacaaatata
gi|33 : ACT-TA-CCGGCG---CCATT-GTTTTCTTTCTGGT--CA----caa
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGGACTTTTTTTTTTACACGTGTTCTTTCTGAAATGAGCTGAATATTGACTGTCTTAGTATAGTACCATGTACGTTTCCTCCAGCAATTCTTGGATCCGTACATATTTATCACCTGACTACACTTCAGTGTTTTTTACACAAAATCTAGCCTAATGAATTTA
Unaligned ( gi|19 ): TGAAGAAGGCGCGTACAGTGCATACATTATACAAGTATGTCCTAGAGTTAAATTAGTCTGGAATGAAATCAGGAAGTTTACATTGCACAAGTTATTTTATACCGTCAATTTAAATCTATTAATTATGTTAGTT
Unaligned ( gi|20 ): TGAAGAAGGCGCGTACAGTGCATACATTATACAAGTATGTCCTAGAGTTAAATAGTCTGGAATGAAATCAGGAAGTTTACATTGCACAAGTTATTTTATACCGTCAATTTAAATCTATTAATTATGTTAGTTT
Unaligned ( gi|23 ): TTACACATTATCTAGTATAACGAATTATGTAATTATGATAGGACGTAATATCTAAATCTAAATCTGATGAAATCAATGTCAAAACTTAACGACGCCATGTTT
Unaligned ( gi|25 ): ATTCATTTTCATGGGTAAAATCAAAATTGTTTACGATGCATAAGTTATTATATATCGCCTTATAATATATTAACTCAGTATCTTCGTTTGGAAACAAATAA
Unaligned ( gi|27 ): CTGTCTTAATGATATACCTTGGGCCATTTTCCCAGCTATTCTTGGATCTGTGCATATCTACAATATGTTTTACATATGATATAGTTCATAAAT
Unaligned ( gi|30 ): ATGCACTATACTATTTCACCAAAAATTTTTGGATCAGTGCATGTCCAACTATACCCATTAATTAATGCTTTACACA
Unaligned ( gi|34 ): TTAGAATATGGGATTCATTGATTTACTAAAACAGTGAT
Alignments
lowQualScore : 111 1 222 11111111 555555555555555555555555555555555 333333333333333333 222222222222 111111111 44444444444444444444444444444444 111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333333 11111111 4444444444444444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 222222 1111
lowQualScore : 444 6 0 000 1 666 1 66 66 88888888 2 4 444444444444444444444444444444444 0 0 8 0 99 5 888888888888888888 4 333333333333 333333333 44 3 44 11111111111111111111111111111111 555 2 4 555555555 555 1 555 44 2 4 777 777 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 888 00000000 2 1 777 2 2 22222222 1111111111111111 888 5 333 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 999 3 3 1 33 3 55 2 444 2 1 55 33333333 1 1 4 000000 0000
lowQualScore : ... . . ... . ... . .. .. ........ . . ................................. . . . . .. . .................. . ............ ......... .. . .. ................................ ... . . ......... ... . ... .. . . ... ... ...................................................... . ... ........ . . ... . . ........ ................ ... . ... . ................................................................................. ... . . . .. . .. . ... . . .. ........ . . . ...... ....
lowQualScore : 888 5 0 666 4 888 0 99 99 11111111 0 2 222222222222222222222222222222222 2 5 4 4 88 0 666666666666666666 4 333333333333 777777777 66 3 66 00000000000000000000000000000000 000 9 8 444444444 000 8 888 66 3 0 000 000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 111 77777777 9 0 777 8 0 00000000 2222222222222222 444 3 000 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 3 1 6 99 1 22 5 444 9 1 55 88888888 0 1 0 222222 6666
consensus : GGTGCACATG-T-TCGAT-TTTA--TGTAAGATTTT-A-ATAAAGATATNAAT--AC--TAC--------GGCATTCTATG---------AA------AAANN-AAAAT-----TCTATTAAATATGCATAC-AGAAATNTGC-G-T--TGT-G-CAGATA-C----A---A-TGAAAAT-----A--GT--TT-CAAA--ATACA--GC--G---C---C--TGT---T-TT---A-CA---CACTTTCTTT-CCGAAA---------C---GAGCCGA---G--TGCTGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GC------------------A-A--AC----CA---C----GTGCTA-TTTTC-CCANN--A---A-TTCTTGGATCTG-TGCATATCTA-------ACTA----CC-C--T--TCAGTG--TTTTAC-ACGT-GAT-CTAG--C---A-----------AT----AATT----TAGT--C---T--G-----CCATA--A-T--C--T---AT--------TCCTATATCT---ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAC-TTAC-CGACG---CCATT-GTTTTCTTTCCGATCA--CGT----G-TGAAGAAGGCGCGCGCAATGCAT-ACATT-TN-TACAAAT----AAGGCC
Reference ( family-4633 ) : GGTGCATATG-T-TCGAT-TTTG--TGTAAGATTTT-A-ATAAAGATATNAAT--AC--TAC--------GGCGTTCCATG---------AA------AAANN-AAAAT-----TCTATTAAATATGCATAC-AGAAATNTGC-G-T--TGT-G-CAGATA-C----A---A-TGAAAAT-----A--GT--TT-CAAA--ATACA--GC--A---C---C--TGT---T-TT---A-CA---CACTTTCTTT-CCGAAA---------C---GAGCCGA---G--TGCTGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GC------------------A-A--AC----NA---C----GTGCTA-TTTTC-CCACG--A---A-TTCTTNGATCNN-TGCATATNTA-------GCTA----CC-C--T--TCNGTG--TTTTAC-ACGT-GAT-CTAG--C---A-----------AT----AATT----TAGT--C---T--G-----TCNTA--A-T--C--T---AT--------TCCTATATCT---ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAC-NTAC-CGACG---CCATT-GTTTTCTTTCCGATCA--TGC----G-NGAAGAAGGCNCGCGCAATACAT-ACATT-TT-TACAAAT----AAGGCC
gi|1 : ATG---------AA------ACAAA-AAACT-----TTTTTAAAAAATGGATAC-AAAAATTTACAG-T--TGT-A-CAGATATC----G---A-TTAAAATTATATA--GT--TT-TAAA--GGACA--GTTGG---T---C--T-T---T-TG---A-AA---TATTTTCTTT-CCAAAA---------T---GAACC-ATTTG--TGCTAAGCACG-CG---ACT---GTC-------TTATTAGC------------------A-C--AC----CA---C----GTGCTA-TTT-C-CCAGC--A---A-TTCTTGGTTCTT-TGTATACCTA-------ACTAGTAACTAC--T--GTAGTG--TTTTAC-ACAT-GAT-GAAG--C---ATAA--------ATG---AATG----TACT--C---T--T-----CCAGG--T-T--C--TTT-AT--------TCCAATAACT---ACAGTC-ATTG-AACTCTGAATGT-TAAAACGTTAC-CAGCA---CCACT-GTTTACTTTCCAATCA--CGT----GTCCAAGAAGGCGCATGCAATACAT-AGA-T-TA-TACAAATTATGAAGGCC
gi|10 : ccatgatattcaaaAAAAC-TTAG-CAACG---TCATT-GTTT-CTTTCCGATCA--TGT----G-TGTAGTAGGCTCGCTTAATGCAT-AC----CT-TATAAAA----AAGaacccaagatgtccgagagttattgaacaaataatttccaaacattcttttcgtgttcgatgaaatcaaatagtagaagttattatattttgcctttcaagatgcattaacaatcttatttggaaagtacaagtaaatt
gi|11 : TT--GATGT-CAAAAC-ATCC-CGAAG---TCATT-GTTTTCTTTCTGACTA--CGTACGTG-TGAATAAGGCACATGCAATA-------------TACAAAT----AAAACCatgtccgagagttaaattagtcatgtattcctttcatcttgggtgaaatcaaagtttacttttcataaattattatgtaacgtcattacattaatcatgttagtttggaaacaaatata
gi|12 : acttcttattgaaatgt-TT---A-AA---TACTT-CTTT-CCAAAA---------C---GAGCCGA---G--TGCTGGTCACA-TGATTATT---GTG-------T-----TC------------------A-GC-ACCT--CA---C----GTGATA-TTTTC-TCGGT--A---A-TTCACAGATATG-TGC--------------GC----------------CAGTG--TTTTGC-ATTT-GAT-CTAG------A-----------ATAACGAATT----TAGT--C---T--GGACATTCTTA--C-T--C--TTACAT--------GC--ATGTCT---ACAGTT-GATG-AACTC--gacatagatgtctgcgagttaaatttgtgaagattgacaaggaatatcgacctattcctgtcattggagatgaagtcaatattcatttac
gi|13 : caccT-GAT-CTGG--C---ACA---------ATG---AATT----CAAT--TGGATAGG-----TCCT-----------T---AT--------TCAGGTATCT---ACAGTC-GATGGAACTC--GATTT-CAAAAC-TTAC-CGACG---CCATT-ATTTTATTTCTTACCA--CGG----C-TGAAGAAGACTCGCGCAATGCAT-ACATT-a
gi|14 : aTTG--TGTTAGATTTTTA-ATAAAGATATGAAT--AT--TATAATTATAAGATGTTCTATG---------AAC-----GAAAT-AAAATG----TCTTTTAAA-ATGCATAC-AGAAACGT-C-GCC--TGTAG-AAGATG-CATGTA---A-TCAAAAA-----AATGC--TT-CAAA--ATACA--GC--C---CGTTC--TTT---TCTT---A-CA---CACGTTCTTT-CCGTAA---------C---atccaaagattttccgagagttgaattagtcaagaatcaac
gi|15 : ttca-A--AC----CA---T----GTGCTA-TTTCC-CCAC-------A-TTCTTGGATCGTATGT-TATGTA-------GCTA----CT-C--TAATCGAT-----TTACCACGT-GATACTG-------------------------AATT----TAGTGAT---T--A-----CCATACAA-T--G--T---ATGCCACTGCTCCTATATCT---ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAT-GTACTTGATA---CCAT
gi|16 : tattttagacGGTGCATATGGT-CCGATGCTTA--TGCAAGATTAT-A-GTCATTATATCAAT--AC--TAC--------GGCATTCCATA---------AATAAATAAAACACAAAAC-----TTTATCAAATA--------AGAAATATGC---------------ATA-C----A---A---AATAT-----A--GT--TT-CAAA---TGCA--GC--T---T---C--T-C---T-TT---A-TA---CGCTT-CTTT-CCAAAA---------C---GAGCC
gi|17 : caaaT---T-TT---A-CA---CGTGTTCTTT-CTGAAA---------T---GAGCTGA---A--T----AT-----TG---ACT---GTC-------TTA---GT------------------ATAGTAC----CA---T----GTAC-G-TTTCCTCCAGC--A---A-TTCTTGGATCCG-TACATATTTATCACCTGACTA----CA-C--T--TCAGTGTTTTTTAC-ACAA-AAT-CTAG--CCT-A-----------ATG---AATT----TAa
gi|18 : aggactttttt----GTGCTA-CTTTC-CCCC---A---A-TTCTTGGATCATATGGTTATGTA-------GCTA----GC-T--C--TATATG--ATTTACCACGTTGAT-----------A-----------CG----AATT----TAGTGAT---T--A-----CCATACAA-T--G--T---ATGCCACTGCTCCTATATCTT--ACAGTC-GATG-AACTC--GATGTCCAAAAT-GTAC-TGGTGATACCATT-
gi|19 : GAAGAAGGCGCGTACAGTGCAT-ACA-T-TA-TACAAGT----
gi|2 : tGGTATACATG-TCTCAAT-TTTA--TGTAAGATTTT-ATACAAAGATATTAAC--AC--TAC--------GGCATTCAGTG---------AA------GAATTTGAAAT-----TCTATTAAACATGTTTGC-AAAAATCTGC-GGT--TGT-G-CAGATA-C----A---A-TGAAAAT-----A--GT--TT-CAAA--ATACA--GC--A---CA--C--TGT---T-TT---A-CA---CACTTTTTCC-CCGGAA---------C---TAGCCAA---G--TGCTGACCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GC------------------A-A--AT----GG---T----GTTCTA-TTTTT-CCACA--A---A-TTCTTTTACCAT-TGCATATCTA-------ACTA----CC-T--T--TCTGTG--TTTT-C-ACAT-GAT-CTAGTTC---A-----------GT----AATT----TAGT--C---T--G-----TCTTA--A-T--C--T---AT--------TCCTAAATCT---ACAGTC-GGGG-AACTT--GATAC-CAAAAC-ATAC-TAGCG---CCATT-GTTTACTTTCCGATCA--TAC----A-GGGAAAAGACGCGCGCATTTCAT-GCATT-TT-TGCAAAT----AAGGTCtgtcctagagttaaattagtctggaatgaaatcaggaagtttacattgcacaagttattttataccgtcaatttaaatctattaattatgttagtt
gi|20 : GAAGAAGGCGCGTACAGTGCAT-ACA-T-TA-TACAAGT----g
gi|21 : t-G-TAGATA-T----ATAAA-TGAAAAT-----A--TT--TTATAAATGATACAATGT--A---C---CCATGT---T-TTC--ATCA---CACTTTCTTT-GGAAAA---------C---GAGCAGA---G--TGTTGAtgtcctagagttaaatagtctggaatgaaatcaggaagtttacattgcacaagttattttataccgtcaatttaaatctattaattatgttagttt
gi|22 : C-ATAT-GAT-CGAG--C---ATA---------ATG---AATG----AAGT--C---T--------TGATAC-A-T--CATT---AT--------TTCTATCTCT---ACAGTC-AATG-AACTC--AATGT-CAAAAC-TTAC-TGACA---CCATT-GTTTcaagattaccattttatcagcttaccg
gi|23 : gttcagTTAC-ACAT-TAT-CTAG--T---ATAACGAATTATGT----AATTATGATAG----------G-----ACGTA--A-T---------AT----------CTAAATCT---A-AATCTGATG-AAATC--AATGT-CAAAAC-TTAA-CGACG---CCA-T-GTTT
gi|24 : CTA-TTTCC-CC-CGGCA---A-TTCTTATATCTG-TGCATATTTC-------ACTA----TT-C--T--ATAGTG---TTTAC-ACAA-GAT-GTAG--CATAA-----------AG----AATT----TAGT--C---T--G-----
gi|26 : GATTTT-G-ATAAAGATGCGAAT--AC--TAT--------GGTGTTCCATG---------AA------TAAAT-GAAATAAAGGACTATTAAATATGCATAC-AAGAAataggtccttactgc
gi|27 : cttatttattggggatgGCCA-TTTTC-CCAGC--T---A-TTCTTGGATCTG-TGCATATCTA--------CAA---------------TATG--TTTTAC-ATAT-GAT-ATAG--
gi|28 : ctgtcttaatgatataccttgg-----A--GT--TC-CAAA--ATAAA--GC--A----------TGT---T-TTGT-A-CA---CACTTTCTCT-TCGAAAGAGGTGAATT---GAGCCGA---G--TGTAGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----ttcataaat
gi|29 : ATG-AACAC--GATTT-CAAACT-ATAT-CTACG---CCATT-GTTTTCTTTCAG---G--TGC----G-AGGAGta
gi|3 : atatgtcctttccct--TT-CAAA--ATACA--GCCTG---C---C--T-T---T-TC---A-CA---CGCTTTCTTT-T-GAAAAC-------C---GAGTCGA---G--TACTGATCACG-TG---ACT---GTCGTAAT--C-----GC------------------A-A--AC----AA---A----GTGCGATTTTTC-CCA-G--AGATA-TAATTGGATATG-TGTTTATATA-------GCTA----CT-A--T--TTAGTG-----TA------------TAA--T---A-----------AT----GATT----TAG-----------------CATA--A-T--G--A---AT--------TCCT-TACTTTACACAATT-GATG-AA--------GT---------TAC-CGACG---CCATCGGTTTTCTTTCCGATCA--CGT----T-TGAAGAAGGCCAACACAATACAT-ACATTATTATACAAAT----AAGGCtgtgcaca
gi|30 : TACTA-TTTCA-CCAAA--A---A-TTTTTGGATCAG-TGCATGTCCA-------ACTATA--CC-CATTAATTAATG--CTTTAC-ACtaaccaattcatttagtcaataatgaacttca
gi|31 : atgcactaAAC-TCAC-TGACG---TCATT-GTTTTCGTTCTGATCATGTGT----G-AGAAGTAGGCTCGCGTTATACGCAACATT-TT-CAa
gi|32 : --TT-CAAA--ATACA--TC--T---C-------GT---T-TT---T-CAAAGCACTTTC-TT-CTGAAA---------C---GATGCGA---GTTTGCTCATCACGATG---ACT---GTa
gi|33 : AC-TTAC-CGGCG---CCATT-GTTTTCTTTCTGGTCA--CGT----G-TGAA
gi|4 : GTGCACGTG-C-TTTAT-TCTAAATCTAAAATTTT-A-ATAAAGATATCAAT--AG--TGC--------GGTATTCTATG---------AA---------------------------TGAA-ATG-ATACAAGTAATCCGT-T-TAATAT-G-CATGTA-C----A---A---AAAA-------------TC-CAAA--TTCCG--GC--A---C---T--T-----------------------TTCTTT-T--AAA---------CAAGGAACACA---G--TGCCAATCAC--TG---ACT---GTC-------T------T------------------A-T--AC----AA---T----GCGCTG-TTT-------------------TTGGATTTG-TGCATCACTA-------ACTA---------------------TTTTA----GG-GAT-CTTG--C---AT----------ACTG--AATT----TAGT--C---T--G-------ATAG-G-TCGC--T---AC--------TCCTATACCT---ACAGTC-AATG-AAC------------------TAC-AGACG---TCATT-GTTTa
gi|5 : a----AATT----TAGT--C---T--G-------ATA--GGT--CCTT---AT--------TCCTATATCT-------------G-AAC----AATTT-CAAAAC-TTGC-CAACA---CCATT-GTTTTCTTTTCAGTTA--TGT----G-TGATGAAGGCATGCGCAATGCAT-ACA-T-TA-TACAAAT----AAG
gi|6 : tgATATG-T-TTCAT-TTT---TGTTACAATTC-A-ATAAAGATATCAATCAACAATAC--------AGCATTCTAaacaaactaagatcagagagttaaattagtgcaaaaataaactaaattttgagctattcctttaatctttggtgaaattagatgtttaatttacctaagttgctaaattataagaaatttgataatgttacaagtatat
gi|6 : gtacaGATATAAGC--AC--CAT--------GGCATTCTATATATGTAATAAAGC----AAGGA-AAAAA-----TCCATCAGATATGCGCAC-AAAAA------G-T--TGT----AGATA-T----ATGGA-TGAAAGT-----A--AT--TT-CAAA--ATACAT-GT--ATGAC---C--GGT---C-TTTTGA-CA---CACTTTGTTT-ACAAAA---------C---GAGGTGA---G--TGCTTACCActgatataagcaccatggcattctatatatgtaataaagcaaggaaaaaatccatcagatatgcgcacaaaaagttgtagatatatggatgaaagtaatttcaaaatacatgtatgaccggtcttttgacacactttgtttacaaaacgaggtgagtgcttaccatcagcataccgtgttt
gi|7 : gtacaatatgtttcatttttgttacaattcaataaagatatcaatcaacaatacagcattctactTAAAGATATTAAT--GC--TGT--------GGTATT---TG---------AA------AC-CA-AAAATG----TATATTAA-TAAAC-TGC-AGTAACT----G-T--TGT-AATAGATA-T----AT--A-TTTACAT-----T--GTAATT-GAAA--ATA--------------------GT---T-TG---------------TCTT--CGGAAA---------C---AA----A---G--TGCTAAATATG-TG---ACTTGTGTTATTAACAT-----AC------------------C-A--AC----CAAGACTTTAGTGCTAATTTT--CCATGC-A---A-TTCTTGGATCAG-TACACATTTA-------ACTA-----C-C--T--TCAGTG--TTtcagcataccgtgttt
gi|8 : ATA-C----A---AATGAAAAA-----A--GT--TT-TGAA--ATGC-----------C---C--TGTGCTT-TTG--A-CA---CACTTTCTTTACAAAAA---------T---GAGCCCC---G--TGTTTACCACG-TG---ACA---GTCT------T-----GCATATATATATACATGTATA-A--ACACAATG---C----ATGCTA-CTTT--CTACC--A---ATTTTTTGGATCTG-TGCATATCCA-------ACTAT---CC-C--A--TCAGTG--TTTTAC-CCAT-AAA-CTAC--C---AC----------ATTG--AATT----TAGT--C---TAAG-----TCCTA--ac
gi|9 : -----GC------------------A-A--AC----CA---T----GTGCTA-TTTCC-CCA--------A-TTCTTGGATCTA-TGTGTATGTA-------GCTA----CT-C--T----AATG--ATTTAC-ACGT-GATACTG-------------------------AATT----TAGT--GA--T--A-----CCATAC-A-T--G--T---ATGCCATGC-TCCTATATCT---ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAT-GTAC-TGATA---CCAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ATTCATTTTCATGGGTAAAATCAAAATTGTTTACGATGCATAAGTTATTATATATCGCCTTATAATATATTAACTCAGTATCTTCGTTTGGAAACAAATAA
Unaligned ( gi|34 ): TTAGAATATGGGATTCATTGATTTACTAAAACAGTGAT
Alignments
lowQualScore : 111 1 111 11111111 555555555555555555555555555555555 333333333333333333 222222222222 11111111 44444444444444444444444444444444 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 11111111 333333333333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222 1111
lowQualScore : 444 6 0 444 1 666 1 66 66 88888888 1 444444444444444444444444444444444 0 0 8 0 99 5 888888888888888888 4 333333333333 44444444 44 3 44 44444444444444444444444444444444 555 3 888888888 555 1 555 44 2 4 777 777 888888888888888888888888888888888888888888888888888 333 44444 33 2 5 0 00000000 2 33 777777777777777 0 2 555 5 333 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999999 3 3 3 3 1 33 3 555 2 444 3 1 8888 77 2 666 444 1 2222
lowQualScore : ... . . ... . ... . .. .. ........ . ................................. . . . . .. . .................. . ............ ........ .. . .. ................................ ... . ......... ... . ... .. . . ... ... ................................................... ... ..... .. . . . ........ . .. ............... . . ... . ... .......................................................................... ...... . . . . . .. . ... . ... . . .... .. . ... ... . ....
lowQualScore : 888 5 0 888 4 888 0 99 99 11111111 0 222222222222222222222222222222222 2 5 4 4 88 0 666666666666666666 4 333333333333 00000000 66 3 66 22222222222222222222222222222222 000 0 222222222 444 8 888 66 3 0 000 000 111111111111111111111111111111111111111111111111111 444 66666 99 9 7 4 55555555 9 99 222222222222222 6 9 111 3 000 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 666666 3 3 3 1 6 99 1 222 5 444 1 1 5555 99 0 222 999 0 1111
consensus : GGTGCACATG-T-TCGAT-TTTA--TGTAAGATTTT-A-ATAAAGATATNAAT--AC--TAC--------GGCATTCTATG---------AA------AAANN-AAAAT-----TCTATTAAATATGCATACA-GAAATNTGC-G-T--TGT-G-CAGATA-C----A---A-TGAAAAT-----A--GT--TT-CAAA--ATACA---GC--G---C---C-TGT---T-TT---A-CA---CACTTTCTTTCCGAAA---------CGAG---CCGA---G--TGCTGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GCA------------------A--AC--CA---C----GTGCTATTTT-C-CC-AGC-AATTC--TT-GGATC-TGTGCATAT-------CTA-AC--TA----CT-C-T---TCAGT-G--TTTTAC-ACGT-GAT-CTAG--C---A-----------AT----AATT----TAGT--C-T-GCCATA--A-TC--T--AT--------TCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAC-T-TAC-CGACG---CCATTG-TTTTCTTTCCGATCACGT----GT--GAAGAAGGCGCGCGCAAT--GCATACA---TTATACAAAT----AAGGCC
Reference ( family-4633 ) : GGTGCACATG-T-TCGAT-TTTA--TGTAAGATTTT-A-ATAAAGATATNAAT--AC--TAC--------GGCATTCTATG---------AA------AAANN-AAAAT-----TCTATTAAATATGCATACA-GAAATNTGC-G-T--TGT-G-CAGATA-C----A---A-TGAAAAT-----A--GT--TT-CAAA--ATACA---GC--G---C---C-TGT---T-TT---A-CA---CACTTTCTTTCCGAAA---------CGAG---CCGA---G--TGCTGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GCA------------------A--AC--CA---C----GTGCTATTTT-C-CC-ANN-AATTC--TT-GGATC-TGTGCATAT-------CTA-AC--TA----CC-C-T---TCAGT-G--TTTTAC-ACGT-GAT-CTAG--C---A-----------AT----AATT----TAGT--C-T-GCCATA--A-TC--T--AT--------TCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAC-T-TAC-CGACG---CCATTG-TTTTCTTTCCGATCACGT----GT--GAAGAAGGCGCGCGCAAT--GCATACAT--TTNTACAAAT----AAGGCC
gi|1 : ATG---------AA------ACAAA-AAACT-----TTTTTAAAAAATGGATACA-AAAATTTACAG-T--TGT-A-CAGATATC----G---A-TTAAAATTATATA--GT--TT-TAAA--GGACA---GTTGG---T---C-T-T---T-TG---A-AA---TATTTTCTTTCCAAAA---------TGAA---CC-ATTTG--TGCTAAGCACG-CG---ACT---GTC-------TTATTAGCA------------------C--AC--CA---C----GTGCTATTT--C-CC-AGC-AATTC--TT-GGTTC-TTTGTATAC-------CTA-AC--TAGTAACTAC-T---GTAGT-G--TTTTAC-ACAT-GAT-GAAG--C---ATAA--------ATG---AATG----TACT--C-T-TCCAGG--T-TC--TTTAT--------TCCA------ATA-ACT-ACAGTC-ATTG-AACTCTGAATGT-TAAAACGT-TAC-CAGCA---CCACTG-TTTACTTTCCAATCACGT----GTC-CAAGAAGGCGCATGCAAT--ACATAGA---TTATACAAATTATGAAGGCC
gi|10 : ccatgatattcaaaAAAAC-T-TAG-CAACG---TCATTG-TTT-CTTTCCGATCATGT----GT--GTAGTAGGCTCGCTTAAT--GCATAC-C--TTATAAAAAaacccaagatgtccgagagttattgaacaaataatttccaaacattcttttcgtgttcgatgaaatcaaatagtagaagttattatattttgcctttcaagatgcattaacaatcttatttggaaagtacaagtaaatt
gi|11 : TT--GATGT-CAAAAC-A-TCC-CGAAG---TCATTG-TTTTCTTTCTGACTACGTACGTGT--GAATAAGGCACATGCAAT--------------ATACAAAT----AAAACCagatgtccgagagttaaattagtcatgtattcctttcatcttgggtgaaatcaaagtttacttttcataaattattatgtaacgtcattacattaatcatgttagtttggaaacaaatata
gi|12 : acttcttattgaaatgt-TT---A-AA---TACTT-CTTTCCAAAA---------CGAG---CCGA---G--TGCTGGTCACA-TGATTATT---GTG-------T-----TCA------------------GC-ACCTCA---C----GTGATATTTT-C-TC-GGT-AATTC--AC-AGATA-TGTGCG---------------------------------CCAGT-G--TTTTGC-ATTT-GAT-CTAG------A-----------ATAACGAATT----TAGT--C-TGGACAT-----TCT-T--AC--------TCTTACATGCATG-TCT-ACAGTT-GATG-AACTC--gacatagatgtctgcgagttaaatttgtgaagattgacaaggaatatcgacctattcctgtcattggagatgaagtcaatattcatttac
gi|13 : caccT-GAT-CTGG--C---ACA---------ATG---AATT----CAAT--T-G-G--ATA--GGTCCTT--AT--------TCAG------GTA-TCT-ACAGTC-GATGGAACTC--GATTT-CAAAAC-T-TAC-CGACG---CCATTA-TTTTATTTCTTACCACGG----CT--GAAGAAGACTCGCGCAAT--GCATACA---TTATCCAAAa
gi|14 : aTTG--TGTTAGATTTTTA-ATAAAGATATGAAT--AT--TATAATTATAAGATGTTCTATG---------AAC-----GAAAT-AAAATG----TCTTTTAAA-ATGCATACA-GAAACGT-C-GCC--TGTAG-AAGATG-CATGTA---A-TCAAAAA-----AATGC--TT-CAAA--ATACA---GC--C---CGTTC-TTT---TCTT---A-CA---CACGTTCTTTCCGTAA---------Cgattttccgagagttgaattagtcaagaatcaac
gi|15 : ttca------------------A--AC--CA---T----GTGCTATTTC-C-CC-AC---ATTC--TT-GGATCGTATGT-TAT-------GTA-GC--TA----CT-C-T-----AATCG--ATTTACCACGT-GATACTG-------------------------AATT----TAGTGAT-T-ACCATACAA-TG--T--ATGCCACTGCTCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAT-G-TACTTGATA---CCAT
gi|16 : tattttagacGGTGCATATGGT-CCGATGCTTA--TGCAAGATTAT-A-GTCATTATATCAAT--AC--TAC--------GGCATTCCATA---------AATAAATAAAACACAAAAC-----TTTATCAAATA-------A-GAAATATGC---------------ATA-C----A---A---AATAT-----A--GT--TT-CAAA---TGCA---GC--T---T---C-T-C---T-TT---A-TA---CGCTT-CTTTCCAAAA---------CGAG---CC
gi|17 : caaaT---T-TT---A-CA---CGTGTTCTTTCTGAAA---------TGAG---CTGA---A--T----AT-----TG---ACT---GTC-------TTA---GTAT-----------------AGTAC--CA---T----GTAC-GTTTC-CTCC-AGC-AATTC--TT-GGATC-CGTACATATTTATCACCTG-AC--TA----CA-C-T---TCAGT-GTTTTTTAC-ACAA-AAT-CTAG--CCT-A-----------ATG---AATT----TAa
gi|18 : aggactttttt----GTGCTACTTT-C-CC--CC-AATTC--TT-GGATCATATGGTTAT-------GTA-GC--TAG---CT-C-T---ATA-T-G--ATTTACCACGTTGAT-----------A-----------CG----AATT----TAGTGAT-T-ACCATACAA-TG--T--ATGCCACTGCTCCT------ATA-TCTTACAGTC-GATG-AACTC--GATGTCCAAAAT-G-TAC-TGGTGATACCATT
gi|19 : T--GAAGAAGGCGCGTACAGT--GCATACA---TTATACAAGT----
gi|2 : GGTATACATG-TCTCAAT-TTTA--TGTAAGATTTT-ATACAAAGATATTAAC--AC--TAC--------GGCATTCAGTG---------AA------GAATTTGAAAT-----TCTATTAAACATGTTTGCA-AAAATCTGC-GGT--TGT-G-CAGATA-C----A---A-TGAAAAT-----A--GT--TT-CAAA--ATACA---GC--A---CA--C-TGT---T-TT---A-CA---CACTTTTTCCCCGGAA---------CTAG---CCAA---G--TGCTGACCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GCA------------------A--AT--GG---T----GTTCTATTTT-T-CC-ACA-AATTC--TT-TTACC-ATTGCATAT-------CTA-AC--TA----CC-T-T---TCTGT-G--TTTT-C-ACAT-GAT-CTAGTTC---A-----------GT----AATT----TAGT--C-T-GTCTTA--A-TC--T--AT--------TCCT------AAA-TCT-ACAGTC-GGGG-AACTT--GATAC-CAAAAC-A-TAC-TAGCG---CCATTG-TTTACTTTCCGATCATAC----AG--GGAAAAGACGCGCGCATT--TCATGCAT--TTTTGCAAAT----AAGGTCtgtcctagagttaaattagtctggaatgaaatcaggaagtttacattgcacaagttattttataccgtcaatttaaatctattaattatgttagtt
gi|20 : T--GAAGAAGGCGCGTACAGT--GCATACA---TTATACAAGT----g
gi|21 : -G-TAGATA-T----ATAAA-TGAAAAT-----A--TT--TTATAAATGATACA---AT--GTACC---CATGT---T-TTC--ATCA---CACTTTCTTTGGAAAA---------CGAG---CAGA---G--TGTTGAtgtcctagagttaaatagtctggaatgaaatcaggaagtttacattgcacaagttattttataccgtcaatttaaatctattaattatgttagttt
gi|22 : C-ATAT-GAT-CGAG--C---ATA---------ATG---AATG----AAGT--C-TTG--ATAC-A-TCATT--AT--------TTCT------ATC-TCT-ACAGTC-AATG-AACTC--AATGT-CAAAAC-T-TAC-TGACA---CCATTG-TTTcaagattaccattttatcagcttaccg
gi|23 : gttcagTTAC-ACAT-TAT-CTAG--T---ATAACGAATTATGT----AATTATGATAG-------GACGTA--A-T------AT----------CT------AAA-TCT-A-AATCTGATG-AAATC--AATGT-CAAAAC-T-TAA-CGACG---CCA-TG-TTT
gi|24 : CTATTTC-C-CCCGGC-AATTC--TT-ATATC-TGTGCATAT-------TTC-AC--TA----TT-C-T---ATAGT-G---TTTAC-ACAA-GAT-GTAG--CATAA-----------AG----AATT----TAGT--C-T-G
gi|26 : GATTTT-G-ATAAAGATGCGAAT--AC--TAT--------GGTGTTCCATG---------AA------TAAAT-GAAATAAAGGACTATTAAATATGCATACA-AGAAataggtccttactgc
gi|27 : cttatttattggggatg--AC--CT---T----GGGCCATTTT-C-CC-AGC-TATTC--TT-GGATC-TGTGCATAT-------CTACAA--TA-----------------T-G--TTTTAC-ATAT-GAT-ATAG--
gi|28 : ctgtcttaatgatat-----A--GT--TC-CAAA--ATAAA---GC--A---------TGT---T-TTGT-A-CA---CACTTTCTCTTCGAAAGAGGTGAATTGAG---CCGA---G--TGTAGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----ttcataaat
gi|29 : ATG-AACAC--GATTT-CAAA-C-TATAT-CTACG---CCATTG-TTTTCTTTCAG-----GT----GC--GAGGA--GTGTGCACAta
gi|3 : atatgtcctttccct--TT-CAAA--ATACA---GCCTG---C---C-T-T---T-TC---A-CA---CGCTTTCTTTT-GAAAAC-------CGAG---TCGA---G--TACTGATCACG-TG---ACT---GTCGTAAT--C-----GCA------------------A--AC--AA---A----GTGCGATTTTTC-CC-AGA-GATATAATT-GGATA-TGTGTTTAT-------ATA-GC--TA----CT-A-T---TTAGT-G--T------------AT---AA--T---A-----------AT----GATT----TAG---------CATA--A-TG--A--AT--------TCCT-------TACTTT-ACA--C-AAT------T--GATG-----AAG-T-TAC-CGACG---CCATCGGTTTTCTTTCCGATCACGT----TT--GAAGAAGGCCAACACAAT--ACATACATTATTATACAAAT----AAGGC
gi|30 : TACTATTTC-A-CC-AAA-AATTT--TT-GGATC-AGTGCATGT-------CCA-ACTATA----CC-CATTAATTAAT-G--CTTTAC-ACtaaccaattcatttagtcaataatgaacttca
gi|31 : atgcactaAAC-T-CAC-TGACG---TCATTG-TTTTCGTTCTGATCATGT----GTGAGAAGTAGGCTCGCGTTATACGCA-ACAT--TTTCAa
gi|32 : --TT-CAAA--ATACA---TC--T---C------GT---T-TT---T-CAAAGCACTTTC-TTCTGAAA---------CGAT---GCGA---GTTTGCTCATCACGATG---ACT---GTa
gi|33 : AC-T-TAC-CGGCG---CCATTG-TTTTCTTTCTGGTCACGT----GT--GAA
gi|4 : GTGCACGTG-C-TTTAT-TCTAAATCTAAAATTTT-A-ATAAAGATATCAAT--AG--TGC--------GGTATTCTATG---------AA---------------------------TGAA-ATG-ATACAAGTAATCCGT-T-TAATAT-G-CATGTA-C----A---A---AAAAT-------------C-CAAA--TTCCG---GC--A---C---T-T-----------------------TTCTTTT--AAA---------CAAGGAACACA---G--TGCCAATCAC--TG---ACT---GTC-------T------TA------------------T--AC--AA---T----GCGCTGTTTT------------------T-GGATT-TGTGCATCA-------CTA-AC--TA----------------------TTTTA----GG-GAT-CTTG--C---AT----------ACTG--AATT----TAGT--C-T-G--ATA--GGTCGCT--AC--------TCCT------ATA-CCT-ACAGTC-AATG-AAC-------------------TAC-AGACG---TCATTG-TTTa
gi|5 : a----AATT----TAGT--C-T-G--ATA--GGTCCTT--AT--------TCCT------ATA-TCT-----------G-AAC----AATTT-CAAAAC-T-TGC-CAACA---CCATTG-TTTTCTTTTCAGTTATGT----GT--GATGAAGGCATGCGCAAT--GCATACA---TTATACAAAT----AAG
gi|6 : tgATATG-T-TTCAT-TTT---TGTTACAATTC-A-ATAAAGATATCAATCAACAATAC--------AGCATTCTAaacaaactaagatcagagagttaaattagtgcaaaaataaactaaattttgagctattcctttaatctttggtgaaattagatgtttaatttacctaagttgctaaattataagaaatttgataatgttacaagtatat
gi|6 : gtacaGATATAAGC--AC--CAT--------GGCATTCTATATATGTAATAAAGC----AAGGA-AAAAA-----TCCATCAGATATGCGCACA-AAAA------G-T--TGT----AGATA-T----ATGGA-TGAAAGT-----A--AT--TT-CAAA--ATACATGTAT--GA--C---C-GGT---C-TTTTGA-CA---CACTTTGTTTACAAAA---------CGAG---GTGA---G--TGCTTACCActgatataagcaccatggcattctatatatgtaataaagcaaggaaaaaatccatcagatatgcgcacaaaaagttgtagatatatggatgaaagtaatttcaaaatacatgtatgaccggtcttttgacacactttgtttacaaaacgaggtgagtgcttaccatcagcataccgtgttt
gi|7 : gtacaatatgtttcatttttgttacaattcaataaagatatcaatcaacaatacagcattctactTAAAGATATTAAT--GC--TGT--------GGTATT---TG---------AA------AC-CA-AAAATG----TATATTAA-TAAAC-TGCA-GTAACT----G-T--TGT-AATAGATA-T----AT--A-TTTACAT-----T--GTAATT-GAAA--ATA--------------------GT---T-TG---------------TCTT-CGGAAA---------CAA-------A---G--TGCTAAATATG-TG---ACTTGTGTTATTAACAT-----ACC------------------A--AC--CAAGACTTTAGTGCTAATTT-T-CC-ATGCAATTC--TT-GGATC-AGTACACAT-------TTA-AC--TA-----C-C-T---TCAGT-G--TTtcagcataccgtgttt
gi|8 : ATA-C----A---AATGAAAAA-----A--GT--TT-TGAA--ATGC------------C---C-TGTGCTT-TTG--A-CA---CACTTTCTTTACAAAAA--------TGAG---CCCC---G--TGTTTACCACG-TG---ACA---GTC-------TT----GCATATATATATACATGTATAA--ACA-CAATGC----ATGCTACTTT-C-T--ACC-AATTT--TTTGGATC-TGTGCATAT-------CCA-AC--TAT---CC-C-A---TCAGT-G--TTTTAC-CCAT-AAA-CTAC--C---AC----------ATTG--AATT----TAGT--C-T-ac
gi|9 : -----GCA------------------A--AC--CA---T----GTGCTATTTC-C-CC-A----ATTC--TT-GGATC-TATGTGTAT-------GTA-GC--TA----CT-C-T-----AAT-G--ATTTAC-ACGT-GATACTG-------------------------AATT----TAGT--GAT-ACCATAC-A-TG--T--ATGCCATGC-TCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAT-G-TAC-TGATA---CCATaagtccta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ATTCATTTTCATGGGTAAAATCAAAATTGTTTACGATGCATAAGTTATTATATATCGCCTTATAATATATTAACTCAGTATCTTCGTTTGGAAACAAATAA
Unaligned ( gi|34 ): TTAGAATATGGGATTCATTGATTTACTAAAACAGTGAT
Alignments
lowQualScore : 111 1 111 11111111 555555555555555555555555555555555 333333333333333333 222222222222 11111111 44444444444444444444444444444444 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 11111111 222222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111
lowQualScore : 444 6 0 444 1 666 1 66 66 88888888 1 444444444444444444444444444444444 0 0 8 0 99 5 888888888888888888 4 333333333333 44444444 44 3 44 44444444444444444444444444444444 555 3 888888888 555 1 555 44 2 4 777 777 888888888888888888888888888888888888888888888888888 333 2 000 33 2 5 0 00000000 2 33 6666 888888888888 0 2 555 5 333 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999999 3 3 3 3 1 33 3 555 2 444 3 1 8888 77 2 666 777 4 2222
lowQualScore : ... . . ... . ... . .. .. ........ . ................................. . . . . .. . .................. . ............ ........ .. . .. ................................ ... . ......... ... . ... .. . . ... ... ................................................... ... . ... .. . . . ........ . .. .... ............ . . ... . ... ........................................................................ ...... . . . . . .. . ... . ... . . .... .. . ... ... . ....
lowQualScore : 888 5 0 888 4 888 0 99 99 11111111 0 222222222222222222222222222222222 2 5 4 4 88 0 666666666666666666 4 333333333333 00000000 66 3 66 22222222222222222222222222222222 000 0 222222222 444 8 888 66 3 0 000 000 111111111111111111111111111111111111111111111111111 444 9 111 99 9 7 4 55555555 9 99 1111 333333333333 6 9 111 3 000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 666666 3 3 3 1 6 99 1 222 5 444 1 1 5555 99 0 222 000 0 1111
consensus : GGTGCACATG-T-TCGAT-TTTA--TGTAAGATTTT-A-ATAAAGATATNAAT--AC--TAC--------GGCATTCTATG---------AA------AAANN-AAAAT-----TCTATTAAATATGCATACA-GAAATNTGC-G-T--TGT-G-CAGATA-C----A---A-TGAAAAT-----A--GT--TT-CAAA--ATACA---GC--G---C---C-TGT---T-TT---A-CA---CACTTTCTTTCCGAAA---------CGAG---CCGA---G--TGCTGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GCA------------------A--AC--CA---C----GTGCTATTTT-C-CC-A-GCAATTC--TT-GGATC-TGTGCATAT-------CTA-AC--T----A-CT-C-T---TCAGT-G--TTTTAC-ACGT-GAT-CTAG--C---A-----------AT----AATT----TAGT--C-T-GCCATA--A-TC--TAT--------TCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAC-T-TAC-CGACG---CCATTG-TTTTCTTTCCGATCACGT----GT--GAAGAAGGCGCGCGCAAT--GCATAC---A-TTATACAAAT----AAGGCC
Reference ( family-4633 ) : GGTGCACATG-T-TCGAT-TTTA--TGTAAGATTTT-A-ATAAAGATATNAAT--AC--TAC--------GGCATTCTATG---------AA------AAANN-AAAAT-----TCTATTAAATATGCATACA-GAAATNTGC-G-T--TGT-G-CAGATA-C----A---A-TGAAAAT-----A--GT--TT-CAAA--ATACA---GC--G---C---C-TGT---T-TT---A-CA---CACTTTCTTTCCGAAA---------CGAG---CCGA---G--TGCTGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GCA------------------A--AC--CA---C----GTGCTATTTT-C-CC-A-GCAATTC--TT-GGATC-TGTGCATAT-------CTA-AC--T----A-CT-C-T---TCAGT-G--TTTTAC-ACGT-GAT-CTAG--C---A-----------AT----AATT----TAGT--C-T-GCCATA--A-TC--TAT--------TCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAC-T-TAC-CGACG---CCATTG-TTTTCTTTCCGATCACGT----GT--GAAGAAGGCGCGCGCAAT--GCATAC---A-TTATACAAAT----AAGGCC
gi|1 : ATG---------AA------ACAAA-AAACT-----TTTTTAAAAAATGGATACA-AAAATTTACAG-T--TGT-A-CAGATATC----G---A-TTAAAATTATATA--GT--TT-TAAA--GGACA---GTTGG---T---C-T-T---T-TG---A-AA---TATTTTCTTTCCAAAA---------TGAA---CC-ATTTG--TGCTAAGCACG-CG---ACT---GTC-------TTATTAGCA------------------C--AC--CA---C----GTGCTATTT--C-CC-A-GCAATTC--TT-GGTTC-TTTGTATAC-------CTA-AC--TAGTAA-CTAC-T---GTAGT-G--TTTTAC-ACAT-GAT-GAAG--CATAA-----------ATG---AATG----TACT--C-T-TCCAGG--T-TCTTTAT--------TCCA------ATA-ACT-ACAGTC-ATTG-AACTCTGAATGT-TAAAACGT-TAC-CAGCA---CCACTG-TTTACTTTCCAATCACGT----GTC-CAAGAAGGCGCATGCAAT--ACATAG---A-TTATACAAATTATGAAGGCC
gi|10 : ccatgatattcaaaAAAAC-T-TAG-CAACG---TCATTG-TTT-CTTTCCGATCATGT----GT--GTAGTAGGCTCGCTTAAT--GCATAC---C-TTATAAAAAaacccaagatgtccgagagttattgaacaaataatttccaaacattcttttcgtgttcgatgaaatcaaatagtagaagttattatattttgcctttcaagatgcattaacaatcttatttggaaagtacaagtaaatt
gi|11 : TT--GATGT-CAAAAC-A-TCC-CGAAG---TCATTG-TTTTCTTTCTGACTACGTACGTGT--GAATAAGGCACATGCAAT---------------ATACAAAT----AAAACCagatgtccgagagttaaattagtcatgtattcctttcatcttgggtgaaatcaaagtttacttttcataaattattatgtaacgtcattacattaatcatgttagtttggaaacaaatata
gi|12 : acttcttattgaaatgt-TT---A-AA---TACTT-CTTTCCAAAA---------CGAG---CCGA---G--TGCTGGTCACA-TGATTATT---GTG-------T-----TCA------------------GC-ACCTCA---C----GTGATATTTT-C-TC-G-GTAATTC--AC-AGATA-TGTGCG----------------------------------CCAGT-G--TTTTGC-ATTT-GAT-CTAG------A-----------ATAACGAATT----TAGT--C-TGGACAT-----TCT-TAC--------TCTTACATGCATG-TCT-ACAGTT-GATG-AACTC--gacatagatgtctgcgagttaaatttgtgaagattgacaaggaatatcgacctattcctgtcattggagatgaagtcaatattcatttac
gi|13 : caccT-GAT-CTGG--C---ACA---------ATG---AATT----CAAT--T-G-G--ATA--GGTCCTTAT--------TCAG------GTA-TCT-ACAGTC-GATGGAACTC--GATTT-CAAAAC-T-TAC-CGACG---CCATTA-TTTTATTTCTTACCACGG----CT--GAAGAAGACTCGCGCAAT--GCATAC---A-TTATCCAAAa
gi|14 : aTTG--TGTTAGATTTTTA-ATAAAGATATGAAT--AT--TATAATTATAAGATGTTCTATG---------AAC-----GAAAT-AAAATG----TCTTTTAAA-ATGCATACA-GAAACGT-C-GCC--TGTAG-AAGATG-CATGTA---A-TCAAAAA-----AATGC--TT-CAAA--ATACA---GC--C---CGTTC-TTT---TCTT---A-CA---CACGTTCTTTCCGTAA---------Cgattttccgagagttgaattagtcaagaatcaac
gi|15 : ttca------------------A--AC--CA---T----GTGCTATTTC-C-CC-A--CA-TTC--TT-GGATCGTATGT-TAT-------GTA-GC--T----A-CT-C-T-----AATCG--ATTTACCACGT-GATACTG-------------------------AATT----TAGTGAT-T-ACCATACAA-TG--TATGCCACTGCTCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAT-G-TACTTGATA---CCAT
gi|16 : tattttagacGGTGCATATGGT-CCGATGCTTA--TGCAAGATTAT-A-GTCATTATATCAAT--AC--TAC--------GGCATTCCATA---------AATAAATAAAACACAAAAC-----TTTATCAAATA-------A-GAAATATGC---------------ATA-C----A---A---AATAT-----A--GT--TT-CAAA---TGCA---GC--T---T---C-T-C---T-TT---A-TA---CGCTT-CTTTCCAAAA---------CGAG---CC
gi|17 : caaaT---T-TT---A-CA---CGTGTTCTTTCTGAAA---------TGAG---CTGA---A--T----AT-----TG---ACT---GTC-------TTA---GTAT-----------------AGTAC--CA---T----GTAC-GTTTC-CTCC-A-GCAATTC--TT-GGATC-CGTACATATTTATCACCTG-AC--T----A-CA-C-T---TCAGT-GTTTTTTAC-ACAA-AAT-CTAG--CCT-A-----------ATG---AATT----TAa
gi|18 : aggactttttt----GTGCTACTTT-C-CC-C--CAATTC--TT-GGATCATATGGTTAT-------GTA-GC--T----AGCT-C-T---ATA-T-G--ATTTACCACGTTGAT-----------A-----------CG----AATT----TAGTGAT-T-ACCATACAA-TG--TATGCCACTGCTCCT------ATA-TCTTACAGTC-GATG-AACTC--GATGTCCAAAAT-G-TAC-TGGTGATACCATT
gi|19 : T--GAAGAAGGCGCGTACAGT--GCATAC---A-TTATACAAGT----
gi|2 : GGTATACATG-TCTCAAT-TTTA--TGTAAGATTTT-ATACAAAGATATTAAC--AC--TAC--------GGCATTCAGTG---------AA------GAATTTGAAAT-----TCTATTAAACATGTTTGCA-AAAATCTGC-GGT--TGT-G-CAGATA-C----A---A-TGAAAAT-----A--GT--TT-CAAA--ATACA---GC--A---CA--C-TGT---T-TT---A-CA---CACTTTTTCCCCGGAA---------CTAG---CCAA---G--TGCTGACCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GCA------------------A--AT--GG---T----GTTCTATTTT-T-CC-A-CAAATTC--TT-TTACC-ATTGCATAT-------CTA-AC--T----A-CC-T-T---TCTGT-G--TTTT-C-ACAT-GAT-CTAGTTC---A-----------GT----AATT----TAGT--C-T-GTCTTA--A-TC--TAT--------TCCT------AAA-TCT-ACAGTC-GGGG-AACTT--GATAC-CAAAAC-A-TAC-TAGCG---CCATTG-TTTACTTTCCGATCATAC----AG--GGAAAAGACGCGCGCATT--TCATGC---ATTTTTGCAAAT----AAGGTCtgtcctagagttaaattagtctggaatgaaatcaggaagtttacattgcacaagttattttataccgtcaatttaaatctattaattatgttagtt
gi|20 : T--GAAGAAGGCGCGTACAGT--GCATAC---A-TTATACAAGT----g
gi|21 : -G-TAGATA-T----ATAAA-TGAAAAT-----A--TT--TTATAAATGATACA---AT--GTACC---CATGT---T-TTC--ATCA---CACTTTCTTTGGAAAA---------CGAG---CAGA---G--TGTTGAtgtcctagagttaaatagtctggaatgaaatcaggaagtttacattgcacaagttattttataccgtcaatttaaatctattaattatgttagttt
gi|22 : C-ATAT-GAT-CGAG--C---ATA---------ATG---AATG----AAGT--C-TTG--ATAC-A-TCATTAT--------TTCT------ATC-TCT-ACAGTC-AATG-AACTC--AATGT-CAAAAC-T-TAC-TGACA---CCATTG-TTTcaagattaccattttatcagcttaccg
gi|23 : gttcagTTAC-ACAT-TAT-CTAG--T---ATAACGAATTATGT----AATTATGATAG-------GACGTA--A-T----AT----------CT------AAA-TCT-A-AATCTGATG-AAATC--AATGT-CAAAAC-T-TAA-CGACG---CCA-TG-TTT
gi|24 : CTATTTC-C-CCCG-GCAATTC--TT-ATATC-TGTGCATAT-------TTC-AC--T----A-TT-C-T---ATAGT-G---TTTAC-ACAA-GAT-GTAG--CATAA-----------AG----AATT----TAGT--C-T-G
gi|26 : GATTTT-G-ATAAAGATGCGAAT--AC--TAT--------GGTGTTCCATG---------AA------TAAAT-GAAATAAAGGACTATTAAATATGCATACA-AGAAataggtccttactgc
gi|27 : cttatttattggggatg--AC--CT---T----GGGCCATTTT-C-CC-A-GCTATTC--TT-GGATC-TGTGCATAT-------CTACAA--T----A--------------T-G--TTTTAC-ATAT-GAT-ATAG--
gi|28 : ctgtcttaatgatat-----A--GT--TC-CAAA--ATAAA---GC--A---------TGT---T-TTGT-A-CA---CACTTTCTCTTCGAAAGAGGTGAATTGAG---CCGA---G--TGTAGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----ttcataaat
gi|29 : ATG-AACAC--GATTT-CAAA-C-TATAT-CTACG---CCATTG-TTTTCTTTCAG-----GT----GC--GAGGA--GTGTGCACAta
gi|3 : atatgtcctttccct--TT-CAAA--ATACA---GCCTG---C---C-T-T---T-TC---A-CA---CGCTTTCTTTT-GAAAAC-------CGAG---TCGA---G--TACTGATCACG-TG---ACT---GTCGTAAT--C-----GCA------------------A--AC--AA---A----GTGCGATTTTTC-CC-A-GAGATATAATT-GGATA-TGTGTTTAT-------ATA-GC--T----A-CT-A-T---TTAGT-G--T------------AT---AA--T---A-----------AT----GATT----TAG---------CATA--A-TG--AAT--------TCCT-------TACTTT-ACA--C-AAT------T--GATG-----AAG-T-TAC-CGACG---CCATCGGTTTTCTTTCCGATCACGT----TT--GAAGAAGGCCAACACAAT--ACATACATTA-TTATACAAAT----AAGGC
gi|30 : TACTATTTC-A-CC-A-AAAATTT--TT-GGATC-AGTGCATGT-------CCA-ACTAT----A-CC-CATTAATTAAT-G--CTTTAC-ACtaaccaattcatttagtcaataatgaacttca
gi|31 : atgcactaAAC-T-CAC-TGACG---TCATTG-TTTTCGTTCTGATCATGT----GTGAGAAGTAGGCTCGCGTTATACGCA-AC---A-TTa
gi|32 : --TT-CAAA--ATACA---TC--T---C------GT---T-TT---T-CAAAGCACTTTC-TTCTGAAA---------CGAT---GCGA---GTTTGCTCATCACGATG---ACT---GTttcaa
gi|33 : AC-T-TAC-CGGCG---CCATTG-TTTTCTTTCTGGTCACGT----GT--GAA
gi|4 : GTGCACGTG-C-TTTAT-TCTAAATCTAAAATTTT-A-ATAAAGATATCAAT--AG--TGC--------GGTATTCTATG---------AA---------------------------TGAA-ATG-ATACAAGTAATCCGT-T-TAATAT-G-CATGTA-C----A---A---AAAAT-------------C-CAAA--TTCCG---GC--A---C---T-T-----------------------TTCTTTT--AAA---------CAAGGAACACA---G--TGCCAATCAC--TG---ACT---GTC-------T------TA------------------T--AC--AA---T----GCGCTGTTTT------------------T-GGATT-TGTGCATCA-------CTA-AC--T----A-------------------TTTTA----GG-GAT-CTTG--C---AT----------ACTG--AATT----TAGT--C-T-G--ATA--GGTCGCTAC--------TCCT------ATA-CCT-ACAGTC-AATG-AAC-------------------TAC-AGACG---TCATTG-TTTa
gi|5 : a----AATT----TAGT--C-T-G--ATA--GGTCCTTAT--------TCCT------ATA-TCT-----------G-AAC----AATTT-CAAAAC-T-TGC-CAACA---CCATTG-TTTTCTTTTCAGTTATGT----GT--GATGAAGGCATGCGCAAT--GCATAC---A-TTATACAAAT----AAG
gi|6 : tgATATG-T-TTCAT-TTT---TGTTACAATTC-A-ATAAAGATATCAATCAACAATAC--------AGCATTCTAaacaaactaagatcagagagttaaattagtgcaaaaataaactaaattttgagctattcctttaatctttggtgaaattagatgtttaatttacctaagttgctaaattataagaaatttgataatgttacaagtatat
gi|6 : gtacaGATATAAGC--AC--CAT--------GGCATTCTATATATGTAATAAAGC----AAGGA-AAAAA-----TCCATCAGATATGCGCACA-AAAA------G-T--TGT----AGATA-T----ATGGA-TGAAAGT-----A--AT--TT-CAAA--ATACATGTAT--GA--C---C-GGT---C-TTTTGA-CA---CACTTTGTTTACAAAA---------CGAG---GTGA---G--TGCTTACCActgatataagcaccatggcattctatatatgtaataaagcaaggaaaaaatccatcagatatgcgcacaaaaagttgtagatatatggatgaaagtaatttcaaaatacatgtatgaccggtcttttgacacactttgtttacaaaacgaggtgagtgcttaccatcagcataccgtgttt
gi|7 : gtacaatatgtttcatttttgttacaattcaataaagatatcaatcaacaatacagcattctactTAAAGATATTAAT--GC--TGT--------GGTATT---TG---------AA------AC-CA-AAAATG----TATATTAA-TAAAC-TGCA-GTAACT----G-T--TGT-AATAGATA-T----AT--A-TTTACAT-----T--GTAATT-GAAA--ATA--------------------GT---T-TG---------------TCTT-CGGAAA---------CAA-------A---G--TGCTAAATATG-TG---ACTTGTGTTATTAACAT-----ACC------------------A--AC--CAAGACTTTAGTGCTAATTT-T-CC-ATGCAATTC--TT-GGATC-AGTACACAT-------TTA-AC--T----A-C--C-T---TCAGT-G--TTtcagcataccgtgttt
gi|8 : ATA-C----A---AATGAAAAA-----A--GT--TT-TGAA--ATGC------------C---C-TGTGCTT-TTG--A-CA---CACTTTCTTTACAAAAA--------TGAG---CCCC---G--TGTTTACCACG-TG---ACA---GTC-------TT----GCATATATATATACATGTATAA--ACA-CAATGC----ATGCTACTTT-C-T--A-CCAATTT--TTTGGATC-TGTGCATAT-------CCA-AC--T----ATCC-C-A---TCAGT-G--TTTTAC-CCAT-AAA-CTAC--C---AC----------ATTG--AATT----TAGT--C-T-ac
gi|9 : -----GCA------------------A--AC--CA---T----GTGCTATTTC-C-CC-A----ATTC--TT-GGATC-TATGTGTAT-------GTA-GC--T----A-CT-C-T-----AAT-G--ATTTAC-ACGT-GATACTG-------------------------AATT----TAGT--GAT-ACCATAC-A-TG--TATGCCATGC-TCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAT-G-TAC-TGATA---CCATaagtccta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ATTCATTTTCATGGGTAAAATCAAAATTGTTTACGATGCATAAGTTATTATATATCGCCTTATAATATATTAACTCAGTATCTTCGTTTGGAAACAAATAA
Unaligned ( gi|34 ): TTAGAATATGGGATTCATTGATTTACTAAAACAGTGAT
Alignments
lowQualScore : 111 1 111 11111111 555555555555555555555555555555555 333333333333333333 222222222222 11111111 44444444444444444444444444444444 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 11111111 222222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111
lowQualScore : 444 6 0 444 1 666 1 66 66 88888888 1 444444444444444444444444444444444 0 0 8 0 99 5 888888888888888888 4 333333333333 44444444 44 3 44 44444444444444444444444444444444 555 3 888888888 555 1 555 44 2 4 777 777 888888888888888888888888888888888888888888888888888 333 2 000 33 2 5 0 00000000 2 33 6666 888888888888 0 2 555 5 333 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999999 3 3 3 3 1 33 3 555 2 444 3 1 8888 77 2 666 777 4 2222
lowQualScore : ... . . ... . ... . .. .. ........ . ................................. . . . . .. . .................. . ............ ........ .. . .. ................................ ... . ......... ... . ... .. . . ... ... ................................................... ... . ... .. . . . ........ . .. .... ............ . . ... . ... ........................................................................ ...... . . . . . .. . ... . ... . . .... .. . ... ... . ....
lowQualScore : 888 5 0 888 4 888 0 99 99 11111111 0 222222222222222222222222222222222 2 5 4 4 88 0 666666666666666666 4 333333333333 00000000 66 3 66 22222222222222222222222222222222 000 0 222222222 444 8 888 66 3 0 000 000 111111111111111111111111111111111111111111111111111 444 9 111 99 9 7 4 55555555 9 99 1111 333333333333 6 9 111 3 000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 666666 3 3 3 1 6 99 1 222 5 444 1 1 5555 99 0 222 000 0 1111
consensus : GGTGCACATG-T-TCGAT-TTTA--TGTAAGATTTT-A-ATAAAGATATNAAT--AC--TAC--------GGCATTCTATG---------AA------AAANN-AAAAT-----TCTATTAAATATGCATACA-GAAATNTGC-G-T--TGT-G-CAGATA-C----A---A-TGAAAAT-----A--GT--TT-CAAA--ATACA---GC--G---C---C-TGT---T-TT---A-CA---CACTTTCTTTCCGAAA---------CGAG---CCGA---G--TGCTGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GCA------------------A--AC--CA---C----GTGCTATTTT-C-CC-A-GCAATTC--TT-GGATC-TGTGCATAT-------CTA-AC--T----A-CT-C-T---TCAGT-G--TTTTAC-ACGT-GAT-CTAG--C---A-----------AT----AATT----TAGT--C-T-GCCATA--A-TC--TAT--------TCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAC-T-TAC-CGACG---CCATTG-TTTTCTTTCCGATCACGT----GT--GAAGAAGGCGCGCGCAAT--GCATAC---A-TTATACAAAT----AAGGCC
Reference ( family-4633 ) : GGTGCACATG-T-TCGAT-TTTA--TGTAAGATTTT-A-ATAAAGATATNAAT--AC--TAC--------GGCATTCTATG---------AA------AAANN-AAAAT-----TCTATTAAATATGCATACA-GAAATNTGC-G-T--TGT-G-CAGATA-C----A---A-TGAAAAT-----A--GT--TT-CAAA--ATACA---GC--G---C---C-TGT---T-TT---A-CA---CACTTTCTTTCCGAAA---------CGAG---CCGA---G--TGCTGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GCA------------------A--AC--CA---C----GTGCTATTTT-C-CC-A-GCAATTC--TT-GGATC-TGTGCATAT-------CTA-AC--T----A-CT-C-T---TCAGT-G--TTTTAC-ACGT-GAT-CTAG--C---A-----------AT----AATT----TAGT--C-T-GCCATA--A-TC--TAT--------TCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAC-T-TAC-CGACG---CCATTG-TTTTCTTTCCGATCACGT----GT--GAAGAAGGCGCGCGCAAT--GCATAC---A-TTATACAAAT----AAGGCC
gi|1 : ATG---------AA------ACAAA-AAACT-----TTTTTAAAAAATGGATACA-AAAATTTACAG-T--TGT-A-CAGATATC----G---A-TTAAAATTATATA--GT--TT-TAAA--GGACA---GTTGG---T---C-T-T---T-TG---A-AA---TATTTTCTTTCCAAAA---------TGAA---CC-ATTTG--TGCTAAGCACG-CG---ACT---GTC-------TTATTAGCA------------------C--AC--CA---C----GTGCTATTT--C-CC-A-GCAATTC--TT-GGTTC-TTTGTATAC-------CTA-AC--TAGTAA-CTAC-T---GTAGT-G--TTTTAC-ACAT-GAT-GAAG--CATAA-----------ATG---AATG----TACT--C-T-TCCAGG--T-TCTTTAT--------TCCA------ATA-ACT-ACAGTC-ATTG-AACTCTGAATGT-TAAAACGT-TAC-CAGCA---CCACTG-TTTACTTTCCAATCACGT----GTC-CAAGAAGGCGCATGCAAT--ACATAG---A-TTATACAAATTATGAAGGCC
gi|10 : ccatgatattcaaaAAAAC-T-TAG-CAACG---TCATTG-TTT-CTTTCCGATCATGT----GT--GTAGTAGGCTCGCTTAAT--GCATAC---C-TTATAAAAAaacccaagatgtccgagagttattgaacaaataatttccaaacattcttttcgtgttcgatgaaatcaaatagtagaagttattatattttgcctttcaagatgcattaacaatcttatttggaaagtacaagtaaatt
gi|11 : TT--GATGT-CAAAAC-A-TCC-CGAAG---TCATTG-TTTTCTTTCTGACTACGTACGTGT--GAATAAGGCACATGCAAT---------------ATACAAAT----AAAACCagatgtccgagagttaaattagtcatgtattcctttcatcttgggtgaaatcaaagtttacttttcataaattattatgtaacgtcattacattaatcatgttagtttggaaacaaatata
gi|12 : acttcttattgaaatgt-TT---A-AA---TACTT-CTTTCCAAAA---------CGAG---CCGA---G--TGCTGGTCACA-TGATTATT---GTG-------T-----TCA------------------GC-ACCTCA---C----GTGATATTTT-C-TC-G-GTAATTC--AC-AGATA-TGTGCG----------------------------------CCAGT-G--TTTTGC-ATTT-GAT-CTAG------A-----------ATAACGAATT----TAGT--C-TGGACAT-----TCT-TAC--------TCTTACATGCATG-TCT-ACAGTT-GATG-AACTC--gacatagatgtctgcgagttaaatttgtgaagattgacaaggaatatcgacctattcctgtcattggagatgaagtcaatattcatttac
gi|13 : caccT-GAT-CTGG--C---ACA---------ATG---AATT----CAAT--T-G-G--ATA--GGTCCTTAT--------TCAG------GTA-TCT-ACAGTC-GATGGAACTC--GATTT-CAAAAC-T-TAC-CGACG---CCATTA-TTTTATTTCTTACCACGG----CT--GAAGAAGACTCGCGCAAT--GCATAC---A-TTATCCAAAa
gi|14 : aTTG--TGTTAGATTTTTA-ATAAAGATATGAAT--AT--TATAATTATAAGATGTTCTATG---------AAC-----GAAAT-AAAATG----TCTTTTAAA-ATGCATACA-GAAACGT-C-GCC--TGTAG-AAGATG-CATGTA---A-TCAAAAA-----AATGC--TT-CAAA--ATACA---GC--C---CGTTC-TTT---TCTT---A-CA---CACGTTCTTTCCGTAA---------Cgattttccgagagttgaattagtcaagaatcaac
gi|15 : ttca------------------A--AC--CA---T----GTGCTATTTC-C-CC-A--CA-TTC--TT-GGATCGTATGT-TAT-------GTA-GC--T----A-CT-C-T-----AATCG--ATTTACCACGT-GATACTG-------------------------AATT----TAGTGAT-T-ACCATACAA-TG--TATGCCACTGCTCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAT-G-TACTTGATA---CCAT
gi|16 : tattttagacGGTGCATATGGT-CCGATGCTTA--TGCAAGATTAT-A-GTCATTATATCAAT--AC--TAC--------GGCATTCCATA---------AATAAATAAAACACAAAAC-----TTTATCAAATA-------A-GAAATATGC---------------ATA-C----A---A---AATAT-----A--GT--TT-CAAA---TGCA---GC--T---T---C-T-C---T-TT---A-TA---CGCTT-CTTTCCAAAA---------CGAG---CC
gi|17 : caaaT---T-TT---A-CA---CGTGTTCTTTCTGAAA---------TGAG---CTGA---A--T----AT-----TG---ACT---GTC-------TTA---GTAT-----------------AGTAC--CA---T----GTAC-GTTTC-CTCC-A-GCAATTC--TT-GGATC-CGTACATATTTATCACCTG-AC--T----A-CA-C-T---TCAGT-GTTTTTTAC-ACAA-AAT-CTAG--CCT-A-----------ATG---AATT----TAa
gi|18 : aggactttttt----GTGCTACTTT-C-CC-C--CAATTC--TT-GGATCATATGGTTAT-------GTA-GC--T----AGCT-C-T---ATA-T-G--ATTTACCACGTTGAT-----------A-----------CG----AATT----TAGTGAT-T-ACCATACAA-TG--TATGCCACTGCTCCT------ATA-TCTTACAGTC-GATG-AACTC--GATGTCCAAAAT-G-TAC-TGGTGATACCATT
gi|19 : T--GAAGAAGGCGCGTACAGT--GCATAC---A-TTATACAAGT----
gi|2 : GGTATACATG-TCTCAAT-TTTA--TGTAAGATTTT-ATACAAAGATATTAAC--AC--TAC--------GGCATTCAGTG---------AA------GAATTTGAAAT-----TCTATTAAACATGTTTGCA-AAAATCTGC-GGT--TGT-G-CAGATA-C----A---A-TGAAAAT-----A--GT--TT-CAAA--ATACA---GC--A---CA--C-TGT---T-TT---A-CA---CACTTTTTCCCCGGAA---------CTAG---CCAA---G--TGCTGACCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GCA------------------A--AT--GG---T----GTTCTATTTT-T-CC-A-CAAATTC--TT-TTACC-ATTGCATAT-------CTA-AC--T----A-CC-T-T---TCTGT-G--TTTT-C-ACAT-GAT-CTAGTTC---A-----------GT----AATT----TAGT--C-T-GTCTTA--A-TC--TAT--------TCCT------AAA-TCT-ACAGTC-GGGG-AACTT--GATAC-CAAAAC-A-TAC-TAGCG---CCATTG-TTTACTTTCCGATCATAC----AG--GGAAAAGACGCGCGCATT--TCATGC---ATTTTTGCAAAT----AAGGTCtgtcctagagttaaattagtctggaatgaaatcaggaagtttacattgcacaagttattttataccgtcaatttaaatctattaattatgttagtt
gi|20 : T--GAAGAAGGCGCGTACAGT--GCATAC---A-TTATACAAGT----g
gi|21 : -G-TAGATA-T----ATAAA-TGAAAAT-----A--TT--TTATAAATGATACA---AT--GTACC---CATGT---T-TTC--ATCA---CACTTTCTTTGGAAAA---------CGAG---CAGA---G--TGTTGAtgtcctagagttaaatagtctggaatgaaatcaggaagtttacattgcacaagttattttataccgtcaatttaaatctattaattatgttagttt
gi|22 : C-ATAT-GAT-CGAG--C---ATA---------ATG---AATG----AAGT--C-TTG--ATAC-A-TCATTAT--------TTCT------ATC-TCT-ACAGTC-AATG-AACTC--AATGT-CAAAAC-T-TAC-TGACA---CCATTG-TTTcaagattaccattttatcagcttaccg
gi|23 : gttcagTTAC-ACAT-TAT-CTAG--T---ATAACGAATTATGT----AATTATGATAG-------GACGTA--A-T----AT----------CT------AAA-TCT-A-AATCTGATG-AAATC--AATGT-CAAAAC-T-TAA-CGACG---CCA-TG-TTT
gi|24 : CTATTTC-C-CCCG-GCAATTC--TT-ATATC-TGTGCATAT-------TTC-AC--T----A-TT-C-T---ATAGT-G---TTTAC-ACAA-GAT-GTAG--CATAA-----------AG----AATT----TAGT--C-T-G
gi|26 : GATTTT-G-ATAAAGATGCGAAT--AC--TAT--------GGTGTTCCATG---------AA------TAAAT-GAAATAAAGGACTATTAAATATGCATACA-AGAAataggtccttactgc
gi|27 : cttatttattggggatg--AC--CT---T----GGGCCATTTT-C-CC-A-GCTATTC--TT-GGATC-TGTGCATAT-------CTACAA--T----A--------------T-G--TTTTAC-ATAT-GAT-ATAG--
gi|28 : ctgtcttaatgatat-----A--GT--TC-CAAA--ATAAA---GC--A---------TGT---T-TTGT-A-CA---CACTTTCTCTTCGAAAGAGGTGAATTGAG---CCGA---G--TGTAGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----ttcataaat
gi|29 : ATG-AACAC--GATTT-CAAA-C-TATAT-CTACG---CCATTG-TTTTCTTTCAG-----GT----GC--GAGGA--GTGTGCACAta
gi|3 : atatgtcctttccct--TT-CAAA--ATACA---GCCTG---C---C-T-T---T-TC---A-CA---CGCTTTCTTTT-GAAAAC-------CGAG---TCGA---G--TACTGATCACG-TG---ACT---GTCGTAAT--C-----GCA------------------A--AC--AA---A----GTGCGATTTTTC-CC-A-GAGATATAATT-GGATA-TGTGTTTAT-------ATA-GC--T----A-CT-A-T---TTAGT-G--T------------AT---AA--T---A-----------AT----GATT----TAG---------CATA--A-TG--AAT--------TCCT-------TACTTT-ACA--C-AAT------T--GATG-----AAG-T-TAC-CGACG---CCATCGGTTTTCTTTCCGATCACGT----TT--GAAGAAGGCCAACACAAT--ACATACATTA-TTATACAAAT----AAGGC
gi|30 : TACTATTTC-A-CC-A-AAAATTT--TT-GGATC-AGTGCATGT-------CCA-ACTAT----A-CC-CATTAATTAAT-G--CTTTAC-ACtaaccaattcatttagtcaataatgaacttca
gi|31 : atgcactaAAC-T-CAC-TGACG---TCATTG-TTTTCGTTCTGATCATGT----GTGAGAAGTAGGCTCGCGTTATACGCA-AC---A-TTa
gi|32 : --TT-CAAA--ATACA---TC--T---C------GT---T-TT---T-CAAAGCACTTTC-TTCTGAAA---------CGAT---GCGA---GTTTGCTCATCACGATG---ACT---GTttcaa
gi|33 : AC-T-TAC-CGGCG---CCATTG-TTTTCTTTCTGGTCACGT----GT--GAA
gi|4 : GTGCACGTG-C-TTTAT-TCTAAATCTAAAATTTT-A-ATAAAGATATCAAT--AG--TGC--------GGTATTCTATG---------AA---------------------------TGAA-ATG-ATACAAGTAATCCGT-T-TAATAT-G-CATGTA-C----A---A---AAAAT-------------C-CAAA--TTCCG---GC--A---C---T-T-----------------------TTCTTTT--AAA---------CAAGGAACACA---G--TGCCAATCAC--TG---ACT---GTC-------T------TA------------------T--AC--AA---T----GCGCTGTTTT------------------T-GGATT-TGTGCATCA-------CTA-AC--T----A-------------------TTTTA----GG-GAT-CTTG--C---AT----------ACTG--AATT----TAGT--C-T-G--ATA--GGTCGCTAC--------TCCT------ATA-CCT-ACAGTC-AATG-AAC-------------------TAC-AGACG---TCATTG-TTTa
gi|5 : a----AATT----TAGT--C-T-G--ATA--GGTCCTTAT--------TCCT------ATA-TCT-----------G-AAC----AATTT-CAAAAC-T-TGC-CAACA---CCATTG-TTTTCTTTTCAGTTATGT----GT--GATGAAGGCATGCGCAAT--GCATAC---A-TTATACAAAT----AAG
gi|6 : tgATATG-T-TTCAT-TTT---TGTTACAATTC-A-ATAAAGATATCAATCAACAATAC--------AGCATTCTAaacaaactaagatcagagagttaaattagtgcaaaaataaactaaattttgagctattcctttaatctttggtgaaattagatgtttaatttacctaagttgctaaattataagaaatttgataatgttacaagtatat
gi|6 : gtacaGATATAAGC--AC--CAT--------GGCATTCTATATATGTAATAAAGC----AAGGA-AAAAA-----TCCATCAGATATGCGCACA-AAAA------G-T--TGT----AGATA-T----ATGGA-TGAAAGT-----A--AT--TT-CAAA--ATACATGTAT--GA--C---C-GGT---C-TTTTGA-CA---CACTTTGTTTACAAAA---------CGAG---GTGA---G--TGCTTACCActgatataagcaccatggcattctatatatgtaataaagcaaggaaaaaatccatcagatatgcgcacaaaaagttgtagatatatggatgaaagtaatttcaaaatacatgtatgaccggtcttttgacacactttgtttacaaaacgaggtgagtgcttaccatcagcataccgtgttt
gi|7 : gtacaatatgtttcatttttgttacaattcaataaagatatcaatcaacaatacagcattctactTAAAGATATTAAT--GC--TGT--------GGTATT---TG---------AA------AC-CA-AAAATG----TATATTAA-TAAAC-TGCA-GTAACT----G-T--TGT-AATAGATA-T----AT--A-TTTACAT-----T--GTAATT-GAAA--ATA--------------------GT---T-TG---------------TCTT-CGGAAA---------CAA-------A---G--TGCTAAATATG-TG---ACTTGTGTTATTAACAT-----ACC------------------A--AC--CAAGACTTTAGTGCTAATTT-T-CC-ATGCAATTC--TT-GGATC-AGTACACAT-------TTA-AC--T----A-C--C-T---TCAGT-G--TTtcagcataccgtgttt
gi|8 : ATA-C----A---AATGAAAAA-----A--GT--TT-TGAA--ATGC------------C---C-TGTGCTT-TTG--A-CA---CACTTTCTTTACAAAAA--------TGAG---CCCC---G--TGTTTACCACG-TG---ACA---GTC-------TT----GCATATATATATACATGTATAA--ACA-CAATGC----ATGCTACTTT-C-T--A-CCAATTT--TTTGGATC-TGTGCATAT-------CCA-AC--T----ATCC-C-A---TCAGT-G--TTTTAC-CCAT-AAA-CTAC--C---AC----------ATTG--AATT----TAGT--C-T-ac
gi|9 : -----GCA------------------A--AC--CA---T----GTGCTATTTC-C-CC-A----ATTC--TT-GGATC-TATGTGTAT-------GTA-GC--T----A-CT-C-T-----AAT-G--ATTTAC-ACGT-GATACTG-------------------------AATT----TAGT--GAT-ACCATAC-A-TG--TATGCCATGC-TCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAT-G-TAC-TGATA---CCATaagtccta
blockSeqs : TC A . AAA A AT C CA AA . C TATGTAATAAAGCAAGGAAAAAA T CA A TCCGTTTAATATGC . ATGTAATC AAT AA A TG TGTATGACCGGTCTTTTGA AAG C GAGGTGAAT GAA G . TT G A ATT TGT TTGCATATATATATACATGTATAAACACAATGC CT C TGC AA T G TTATCACC C TA . CCCATTAATT C TTT C GTT CTAGTATAACGAATTATGTAATTATGATAGGACGTAATAT ACATGC C T T G T . C TA T ATA G T ACGT GA T ACG ATT T .
blockSeqs : C T . A A A T . . . A AATAAATAAAACACAAAAC C TT . CGTCGCCTGTAGA . ATAAATG A . . . ATGTACCCATGTTTTCAT . C AC . G . . G . . . ATTAACATACCAACCAAGACTTTA TC . GT . . A G . . . GCTCTAT . T C TT ACTGAATTTAGTGATTACCATACAATGTATGCCACTGC . . . . . T . . T . . . T . . A G . . .
blockSeqs : T C . A A G G . . . C AATAAATGAAATAAAGG T CA . TCTGCGGTTGTGC . ATGGATG A . . . GCCCGTTCTTTTCTTA . C A . A . . G . . . TTAGTATAGTACCAT C . GC . . . G . . . TCCCATC . A . GT ACGAATTTAGTGATTACCATACAATGTATGCCACTGC . . . . . T . . A . . . A . . T G . . .
blockSeqs : . T A C . . . T AACGAAATAAAATG T CG . CTGTTGTAAT . ATATT A . . . GCACACTGTTTTA . T . . G . . G . . . GTAATCGCAAACAAA C . CA . . . C . . . CACTTC . A . AA CGAGCATAATGAATGAAGTCTTGATACATCATTAT . . . . . T . . T . . . T . . G G . . .
blockSeqs : A C . . . T AAGAATTTGAAAT T A . TATGC . AAATG A . . . GCCTGCCTTTTCA . C . . G . . G . . . TTCAGCACCTCAC C . GC . . . T . . . CCTTTC . T . AT ACTGAATTTAGTGATACCATACATGTATGCCATGC . . . . . T . . G . . . T . . G T . . .
blockSeqs : A . . . T AAACCAAAAATG . C . GTTGT . AATG A . . . CCTGTGCTTTTGA . G . . G . . C . . . TGCAAATGGT T . GC . . . C . . . TTCTAT . T . AT CTGGCACAATGAATTCAATTGGATAGGTCCTTAT . . . . . T . . G . . . T . . G G . . .
blockSeqs : T . . . . AA . . . . AA T . . . GCATGTTTTGTA . C . . G . . A . . . TTATACAAT C . GA . . . A . . . CTATTT . T . AT CTTGCATACTGAATTTAGTCTGATAGGTCGCTAC . . . . . T . . A . . . T . . G A . .
blockSeqs : . AA A . . . GCTTCTCTTTA . T . . C . . T . . . C . AA . . . C . . . CCTTC . C . AA CTAGAATAACGAATTTAGTCTGGACATTCTTAC . . . . . T . . T . . . T . . C G . .
blockSeqs : . . . . TCTCGTTTTT . C . . G . . A . . . A . CC . . . C . . . CTCT . T . AT CTAGTTCAGTAATTTAGTCTGTCTTAATCTAT . . . . . A . . T . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . GCACTT . G . . C . . T T . C . . . T . . . CTCT . T . GG AATAATGATTTAGCATAATGAAT . . . . . T . . T . . . . A
blockSeqs : . . . GTTTG . C . . . . . . C . C . . . C . . . CC . T . AT . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . G . . . . . A . GT . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . G . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : A** ******** AATAAATGAAACAAAG***************** ATAATG****** A******* *** **** CCCTTT****** ** T** ** ****
originalCons : GGTGCACATG-T-TCGAT-TTTA--TGTAAGATTTT-A-ATAAAGATATNAAT--AC--TAC--------GGCATTCTATG---------AA------AAANN-AAAAT-----TCTATTAAATATGCATACA-GAAATNTGC-G-T--TGT-G-CAGATA-C----A---A-TGAAAAT-----A--GT--TT-CAAA--ATACA---GC--G---C---C-TGT---T-TT---A-CA---CACTTTCTTTCCGAAA---------CGAG---CCGA---G--TGCTGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GCA------------------A--AC--CA---C----GTGCTATTTT-C-CC-A-GCAATTC--TT-GGATC-TGTGCATAT-------CTA-AC--T----A-CT-C-T---TCAGT-G--TTTTAC-ACGT-GAT-CTAG--C---A-----------AT----AATT----TAGT--C-T-GCCATA--A-TC--TAT--------TCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAC-T-TAC-CGACG---CCATTG-TTTTCTTTCCGATCACGT----GT--GAAGAAGGCGCGCGCAAT--GCATAC---A-TTATACAAAT----AAGGCC
finalCons : GGTGCACATG-T-TCGAT-TTTA--TGTAAGATTTTA--ATAAAGATATNAAT--AC--TAC--------GGCATTCTATGAATAAATGAAACAAAG-----------------TCTATTAAATATGCATACA-GAAATNTGC-G-T--TGT-G-CAGATA-CATAATG------AAAATA-------GT--TT-CAAA--ATACA---GC--G---C---C-TGT---T-TT---A-CA---CACTTTCTTTCCGAAA---------CGAG---CCGA---G--TGCTGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GCA------------------A--AC--CA---C----GTGCTATTTT-C-CC-A-GCAATTC--TT-GGATC-TGTGCATAT-------CTA-AC--T----ACCCTTT------AGT-G--TTTTAC-ACGT-GAT-CTAG--C---A-----------AT----AATT----TAGT--C-T-GCCATA--A-TC--TAT--------TCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAACT--TAC-CGACG---CCATTG-TTTTCTTTCCGATCACGT----GT--GAAGAAGGCGCGCGCAAT--GCATAC---A-TTATACAAAT----AAGGCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ATTCATTTTCATGGGTAAAATCAAAATTGTTTACGATGCATAAGTTATTATATATCGCCTTATAATATATTAACTCAGTATCTTCGTTTGGAAACAAATAA
Unaligned ( gi|34 ): TTAGAATATGGGATTCATTGATTTACTAAAACAGTGAT
Alignments
lowQualScore : 111 1 111 11111111 1111 55555555555555555 11111 333333333333333333 2222222 44444444444444444444444444444444 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 11111111 333333333333 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111
lowQualScore : 444 6 0 444 1 666 1 66 66 88888888 1 5555 5 55555555555555555 0 55 00000 5 888888888888888888 5555555 4 9999 666 44 3 44 44444444444444444444444444444444 555 3 888888888 555 1 555 44 2 4 777 777 888888888888888888888888888888888888888888888888888 333 2 000 33 2 5 2 00000000 2 33 6666 111111111111 0 2 555 5 333 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999999 3 3 3 3 1 33 3 555 2 444 3 1 8888 77 2 666 777 4 2222
lowQualScore : ... . . ... . ... . .. .. ........ . .... . ................. . .. ..... . .................. ....... . .... ... .. . .. ................................ ... . ......... ... . ... .. . . ... ... ................................................... ... . ... .. . . . ........ . .. .... ............ . . ... . ... ........................................................................ ...... . . . . . .. . ... . ... . . .... .. . ... ... . ....
lowQualScore : 888 5 0 888 4 888 0 99 99 11111111 0 6666 0 44444444444444444 5 44 22222 0 666666666666666666 3333333 7 4444 333 66 3 66 22222222222222222222222222222222 000 0 222222222 444 8 888 66 3 0 000 000 111111111111111111111111111111111111111111111111111 444 9 111 99 9 7 8 55555555 9 99 1111 000000000000 6 9 111 3 000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 666666 3 3 3 1 6 99 1 222 5 444 1 1 5555 99 0 222 000 0 1111
consensus : GGTGCACATG-T-TCGAT-TTTA--TGTAAGATTTT-A-ATAAAGATATNAAT--AC--TAC--------GGCATTCTATGAAT-A-AAT-GAAACA---AAG------T-CTATTAAATA-TGCATACA-GAAATNTGC-G-T--TGT-G-CAGATACA--TA-A-TGAAA----ATA--GT--TT-CAAA--ATACA---GC--G---C---C-TGT---T-TT---A-CA---CACTTTCTTTCCGAAA---------CGAG---CCGA---G--TGCTGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GCA------------------A--AC--CA---C----GTGCTATTTT-C-CC-A-GCAATTC--TT-GGATC-TGTGCATAT-------CTA-AC--T----A-CC-C-T---TCAGT-G--TTTTAC-ACGT-GAT-CTAG--C---A-----------AT----AATT----TAGT--C-T-GCCATA--A-TC--TAT--------TCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAC-T-TAC-CGACG---CCATTG-TTTTCTTTCCGATCACGT----GT--GAAGAAGGCGCGCGCAAT--GCATAC---A-TTATACAAAT----AAGGCC
Reference ( family-4633 ) : GGTGCACATG-T-TCGAT-TTTA--TGTAAGATTTT-A-ATAAAGATATNAAT--AC--TAC--------GGCATTCTATGAAT-A-AAT-GAAACA---AAG------T-CTATTAAATA-TGCATACA-GAAATNTGC-G-T--TGT-G-CAGATACA--TA-A-TGAAA----ATA--GT--TT-CAAA--ATACA---GC--G---C---C-TGT---T-TT---A-CA---CACTTTCTTTCCGAAA---------CGAG---CCGA---G--TGCTGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GCA------------------A--AC--CA---C----GTGCTATTTT-C-CC-A-GCAATTC--TT-GGATC-TGTGCATAT-------CTA-AC--T----A-CC-C-T---TTAGT-G--TTTTAC-ACGT-GAT-CTAG--C---A-----------AT----AATT----TAGT--C-T-GCCATA--A-TC--TAT--------TCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAC-T-TAC-CGACG---CCATTG-TTTTCTTTCCGATCACGT----GT--GAAGAAGGCGCGCGCAAT--GCATAC---A-TTATACAAAT----AAGGCC
gi|1 : -A-AAT-GAAACA---AAAAAC---T-TTTTTAAAAAATGGATACA-AAAATTTACAG-T--TGT-A-CAGATATC--GA-T-TAAAATTATATA--GT--TT-TAAA--GGACA---GTTGG---T---C-T-T---T-TG---A-AA---TATTTTCTTTCCAAAA---------TGAA---CC-ATTTG--TGCTAAGCACG-CG---ACT---GTC-------TTATTAGCA------------------C--AC--CA---C----GTGCTATTT--C-CC-A-GCAATTC--TT-GGTTC-TTTGTATAC-------CTA-AC--TAGTAA-CTAC-T---GTAGT-G--TTTTAC-ACAT-GAT-GAAG--CATAA-----------ATG---AATG----TACT--C-T-TCCAGG--T-TCTTTAT--------TCCA------ATA-ACT-ACAGTC-ATTG-AACTCTGAATGT-TAAAACGT-TAC-CAGCA---CCACTG-TTTACTTTCCAATCACGT----GTC-CAAGAAGGCGCATGCAAT--ACATAG---A-TTATACAAATTATGAAGGCC
gi|10 : ccatgatattcaAAAAC-T-TAG-CAACG---TCATTG-TTT-CTTTCCGATCATGT----GT--GTAGTAGGCTCGCTTAAT--GCATAC---C-TTATAAAAAaacccaagatgtccgagagttattgaacaaataatttccaaacattcttttcgtgttcgatgaaatcaaatagtagaagttattatattttgcctttcaagatgcattaacaatcttatttggaaagtacaagtaaatt
gi|11 : TT--GATGT-CAAAAC-A-TCC-CGAAG---TCATTG-TTTTCTTTCTGACTACGTACGTGT--GAATAAGGCACATGCAAT---------------ATACAAAT----AAAACCagatgtccgagagttaaattagtcatgtattcctttcatcttgggtgaaatcaaagtttacttttcataaattattatgtaacgtcattacattaatcatgttagtttggaaacaaatata
gi|12 : acttcttattgaaatgt-TT---A-AA---TACTT-CTTTCCAAAA---------CGAG---CCGA---G--TGCTGGTCACA-TGATTATT---GTG-------T-----TCA------------------GC-ACCTCA---C----GTGATATTTT-C-TC-G-GTAATTC--AC-AGATA-TGTGC------------------------G-CC---------AGT-G--TTTTGC-ATTT-GAT-CTAG------A-----------ATAACGAATT----TAGT--C-TGGACAT-----TCT-TAC--------TCTTACATGCATG-TCT-ACAGTT-GATG-AACTC--gacatagatgtctgcgagttaaatttgtgaagattgacaaggaatatcgacctattcctgtcattggagatgaagtcaatattcatttac
gi|13 : caccT-GAT-CTGG--C---ACA---------ATG---AATT----CAAT--T-G-G--ATA--GGTCCTTAT--------TCAG------GTA-TCT-ACAGTC-GATGGAACTC--GATTT-CAAAAC-T-TAC-CGACG---CCATTA-TTTTATTTCTTACCACGG----CT--GAAGAAGACTCGCGCAAT--GCATAC---A-TTATCCAAAa
gi|14 : aTTG--TGTTAGATTTTTA-ATAAAGATATGAAT--AT--TATAATTATAAGATGTTCTATGAACGA-AAT-AAAAT------G------T-CTTTTAAA-A-TGCATACA-GAAACGT-C-GCC--TGTAG-AAGATGCATGTA-A-TCAAA----AAAATGC--TT-CAAA--ATACA---GC--C---CGTTC-TTT---TCTT---A-CA---CACGTTCTTTCCGTAA---------Cgattttccgagagttgaattagtcaagaatcaac
gi|15 : ttca------------------A--AC--CA---T----GTGCTATTTC-C-CC-A--CA-TTC--TT-GGATCGTATGT-TAT-------GTA-GC--T----A-CT-C-T-----AATCG--ATTTACCACGT-GATACTG-------------------------AATT----TAGTGAT-T-ACCATACAA-TG--TATGCCACTGCTCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAT-G-TACTTGATA---CCAT
gi|16 : tattttagacGGTGCATATGGT-CCGATGCTTA--TGCAAGATTAT-A-GTCATTATATCAAT--AC--TAC--------GGCATTCCATAAAT-A-AAT-AAAACACAAAAC------T-TTATCAAATA--------A-GAAATATGC---------------ATACA--AA-A-T--------ATA--GT--TT-CAAA---TGCA---GC--T---T---C-T-C---T-TT---A-TA---CGCTT-CTTTCCAAAA---------CGAG---CC
gi|17 : caaaT---T-TT---A-CA---CGTGTTCTTTCTGAAA---------TGAG---CTGA---A--T----AT-----TG---ACT---GTC-------TTA---GTAT-----------------AGTAC--CA---T----GTAC-GTTTC-CTCC-A-GCAATTC--TT-GGATC-CGTACATATTTATCACCTG-AC--T----A-CA-C-T---TCAGT-GTTTTTTAC-ACAA-AAT-CTAG--CCT-A-----------ATG---AATT----TAa
gi|18 : aggactttttt----GTGCTACTTT-C-CC-C--CAATTC--TT-GGATCATATGGTTAT-------GTA-GC--T----AGCT-C-T---ATA-T-G--ATTTACCACGTTGAT-----------A-----------CG----AATT----TAGTGAT-T-ACCATACAA-TG--TATGCCACTGCTCCT------ATA-TCTTACAGTC-GATG-AACTC--GATGTCCAAAAT-G-TAC-TGGTGATACCATT
gi|19 : T--GAAGAAGGCGCGTACAGT--GCATAC---A-TTATACAAGT----
gi|2 : GGTATACATG-TCTCAAT-TTTA--TGTAAGATTTT-ATACAAAGATATTAAC--AC--TAC--------GGCATTCAGTGAAG-A-ATTTGAAAT-------------T-CTATTAAACA-TGTTTGCA-AAAATCTGC-GGT--TGT-G-CAGATACA-----A-TGAAA----ATA--GT--TT-CAAA--ATACA---GC--A---CA--C-TGT---T-TT---A-CA---CACTTTTTCCCCGGAA---------CTAG---CCAA---G--TGCTGACCACG-TG---ACT---GTC-------T-----GCA------------------A--AT--GG---T----GTTCTATTTT-T-CC-A-CAAATTC--TT-TTACC-ATTGCATAT-------CTA-AC--T----A-CC-T-T---TCTGT-G--TTTT-C-ACAT-GAT-CTAGTTC---A-----------GT----AATT----TAGT--C-T-GTCTTA--A-TC--TAT--------TCCT------AAA-TCT-ACAGTC-GGGG-AACTT--GATAC-CAAAAC-A-TAC-TAGCG---CCATTG-TTTACTTTCCGATCATAC----AG--GGAAAAGACGCGCGCATT--TCATGC---ATTTTTGCAAAT----AAGGTCtgtcctagagttaaattagtctggaatgaaatcaggaagtttacattgcacaagttattttataccgtcaatttaaatctattaattatgttagtt
gi|20 : T--GAAGAAGGCGCGTACAGT--GCATAC---A-TTATACAAGT----g
gi|21 : -G-TAGATATA--TA-AATGAAA----ATA--TT--TTATAAATGATACA---AT--GTACC---CATGT---T-TTC--ATCA---CACTTTCTTTGGAAAA---------CGAG---CAGA---G--TGTTGAtgtcctagagttaaatagtctggaatgaaatcaggaagtttacattgcacaagttattttataccgtcaatttaaatctattaattatgttagttt
gi|22 : C-ATAT-GAT-CGAG--C---ATA---------ATG---AATG----AAGT--C-TTG--ATAC-A-TCATTAT--------TTCT------ATC-TCT-ACAGTC-AATG-AACTC--AATGT-CAAAAC-T-TAC-TGACA---CCATTG-TTTcaagattaccattttatcagcttaccg
gi|23 : gttcagTTAC-ACAT-TAT-CTAG--T---ATAACGAATTATGT----AATTATGATAG-------GACGTA--A-T----AT----------CT------AAA-TCT-A-AATCTGATG-AAATC--AATGT-CAAAAC-T-TAA-CGACG---CCA-TG-TTT
gi|24 : CTATTTC-C-CCCG-GCAATTC--TT-ATATC-TGTGCATAT-------TTC-AC--T----A-TT-C-T---ATAGT-G---TTTAC-ACAA-GAT-GTAG--CATAA-----------AG----AATT----TAGT--C-T-G
gi|26 : GATTTT-G-ATAAAGATGCGAAT--AC--TAT--------GGTGTTCCATGAAT-A-AAT-GAAATA---AAG------GACTATTAAATA-TGCATACA-AGAAataggtccttactgc
gi|27 : cttatttattggggatg--AC--CT---T----GGGCCATTTT-C-CC-A-GCTATTC--TT-GGATC-TGTGCATAT-------CTACAA--T----A--------------T-G--TTTTAC-ATAT-GAT-ATAG--
gi|28 : ctgtcttaatgatatA--GT--TC-CAAA--ATAAA---GC--A---------TGT---T-TTGT-A-CA---CACTTTCTCTTCGAAAGAGGTGAATTGAG---CCGA---G--TGTAGATCACG-TG---ACT---GTC-------T-----ttcataaat
gi|29 : ATG-AACAC--GATTT-CAAA-C-TATAT-CTACG---CCATTG-TTTTCTTTCAG-----GT----GC--GAGGA--GTGTGCACAta
gi|3 : atatgtcctttccct--TT-CAAA--ATACA---GCCTG---C---C-T-T---T-TC---A-CA---CGCTTTCTTTT-GAAAAC-------CGAG---TCGA---G--TACTGATCACG-TG---ACT---GTCGTAAT--C-----GCA------------------A--AC--AA---A----GTGCGATTTTTC-CC-A-GAGATATAATT-GGATA-TGTGTTTAT-------ATA-GC--T----A-CT-A-T---TTAGT-G--T------------AT---AA--T---A-----------AT----GATT----TAG---------CATA--A-TG--AAT--------TCCT-------TACTTT-ACA--C-AAT------T--GATG-----AAG-T-TAC-CGACG---CCATCGGTTTTCTTTCCGATCACGT----TT--GAAGAAGGCCAACACAAT--ACATACATTA-TTATACAAAT----AAGGC
gi|30 : TACTATTTC-A-CC-A-AAAATTT--TT-GGATC-AGTGCATGT-------CCA-ACTAT----A-CC-CATTAATTAAT-G--CTTTAC-ACtaaccaattcatttagtcaataatgaacttca
gi|31 : atgcactaAAC-T-CAC-TGACG---TCATTG-TTTTCGTTCTGATCATGT----GTGAGAAGTAGGCTCGCGTTATACGCA-AC---A-TTa
gi|32 : --TT-CAAA--ATACA---TC--T---C------GT---T-TT---T-CAAAGCACTTTC-TTCTGAAA---------CGAT---GCGA---GTTTGCTCATCACGATG---ACT---GTttcaa
gi|33 : AC-T-TAC-CGGCG---CCATTG-TTTTCTTTCTGGTCACGT----GT--GAA
gi|4 : GTGCACGTG-C-TTTAT-TCTAAATCTAAAATTTT-A-ATAAAGATATCAAT--AG--TGC--------GGTATTCTATGAAT-------GAAA---------------------------TG-ATACAAGTAATCCGT-T-TAATAT-G-CATGTACA--------AAAA----AT--------C-CAAA--TTCCG---GC--A---C---T-T-----------------------TTCTTTT--AAA---------CAAGGAACACA---G--TGCCAATCAC--TG---ACT---GTC-------T------TA------------------T--AC--AA---T----GCGCTGTTTT------------------T-GGATT-TGTGCATCA-------CTA-AC--T----A-------------------TTTTA----GG-GAT-CTTG--C---AT----------ACTG--AATT----TAGT--C-T-G--ATA--GGTCGCTAC--------TCCT------ATA-CCT-ACAGTC-AATG-AAC-------------------TAC-AGACG---TCATTG-TTTa
gi|5 : a----AATT----TAGT--C-T-G--ATA--GGTCCTTAT--------TCCT------ATA-TCT-----------G-AAC----AATTT-CAAAAC-T-TGC-CAACA---CCATTG-TTTTCTTTTCAGTTATGT----GT--GATGAAGGCATGCGCAAT--GCATAC---A-TTATACAAAT----AAG
gi|6 : tgATATG-T-TTCAT-TTT---TGTTACAATTC-A-ATAAAGATATCAATCAACAATAC--------AGCATTCTAaacaaactaagatcagagagttaaattagtgcaaaaataaactaaattttgagctattcctttaatctttggtgaaattagatgtttaatttacctaagttgctaaattataagaaatttgataatgttacaagtatat
gi|6 : gtacaGATATAAGC--AC--CAT--------GGCATTCTATATAT-GTAAT-AAAGCA---AGGAAAAAAT-CCATCAGATA-TGCGCACA-AAAA------G-T--TGT----AGATATA--TGGA-TGAAA----GTA--AT--TT-CAAA--ATACATGTAT--GA--C---C-GGT---C-TTTTGA-CA---CACTTTGTTTACAAAA---------CGAG---GTGA---G--TGCTTACCActgatataagcaccatggcattctatatatgtaataaagcaaggaaaaaatccatcagatatgcgcacaaaaagttgtagatatatggatgaaagtaatttcaaaatacatgtatgaccggtcttttgacacactttgtttacaaaacgaggtgagtgcttaccatcagcataccgtgttt
gi|7 : gtacaatatgtttcatttttgttacaattcaataaagatatcaatcaacaatacagcattctactTAAAGATATTAAT--GC--TGT--------GGTATT---TGAA-----AC-CAAA-A---ATG------T-ATATTAA-TA-AAC-TGCA-GTAACT----G-T--TGT-AATAGATATA--TA-T-TTACA----TT---GTAATT-GAAA--ATA--------------------GT---T-TG---------------TCTT-CGGAAA---------CAA-------A---G--TGCTAAATATG-TG---ACTTGTGTTATTAACAT-----ACC------------------A--AC--CAAGACTTTAGTGCTAATTT-T-CC-ATGCAATTC--TT-GGATC-AGTACACAT-------TTA-AC--T----A--C-C-T---TCAGT-G--TTtcagcataccgtgttt
gi|8 : ATACA---A-A-TGAAA----AAA--GT--TT-TGAA--ATGC------------C---C-TGTGCTT-TTG--A-CA---CACTTTCTTTACAAAAA--------TGAG---CCCC---G--TGTTTACCACG-TG---ACA---GTC-------TT----GCATATATATATACATGTATAA--ACA-CAATGC----ATGCTACTTT-C-T--A-CCAATTT--TTTGGATC-TGTGCATAT-------CCA-AC--T----ATCC-C-A---TCAGT-G--TTTTAC-CCAT-AAA-CTAC--C---AC----------ATTG--AATT----TAGT--C-T-ac
gi|9 : -----GCA------------------A--AC--CA---T----GTGCTATTTC-C-CC-A----ATTC--TT-GGATC-TATGTGTAT-------GTA-GC--T----A-CT-C-T-----AAT-G--ATTTAC-ACGT-GATACTG-------------------------AATT----TAGT--GAT-ACCATAC-A-TG--TATGCCATGC-TCCT------ATA-TCT-ACAGTC-GATG-AACTC--GATGT-CAAAAT-G-TAC-TGATA---CCATaagtccta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ATTCATTTTCATGGGTAAAATCAAAATTGTTTACGATGCATAAGTTATTATATATCGCCTTATAATATATTAACTCAGTATCTTCGTTTGGAAACAAATAA
Unaligned ( gi|34 ): TTAGAATATGGGATTCATTGATTTACTAAAACAGTGAT