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lowQualScore                  :         .   . ....  . .  ... .....         .. ..  .... ....    .   ..... ...  .       ... .. .     
lowQualScore                  :         5   4 8888  3 3  222 33333         11 99  7777 9999    3   55555 333  3       333 22 3     
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Reference ( gi|5 )            :  AACTTTG-ATA-T----TT-G-TC---C-----CTCTGTGGG--CA-CT----CC---GCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCT
gi|6                          :  AACTTTG-ATA-T----TT-G-TC---C-----CTCTGTGGC--CA-CT----CC---GCTC-GAT-----A---AA-GCCACCC---A--T-CTTCT
gi|7                          :  AACTTTG-ATA-T----TT-G-TC---A-----TTTTGTTGG------T----TCGAAGCTT-GAT-----A---AA-GACACCC---A--T-CTTCT
gi|1                          :  AACTTTGTATAAT----TT-G-TCGT-C-----CTCTGTGGG--CA-CTTCCGCC---ACTCGGAT---------AA-GTCACCC---GATT-CTTCT
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Alignments
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lowQualScore                  :          .   . ....  . .  .. .....         .. ..  .... .    .   ..... ...  .       ... .. .     
lowQualScore                  :          4   3 7777  3 3  88 55555         00 33  7777 0    2   44444 222  2       333 11 3     
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Reference ( family-4573 )     :   AACTTTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGG--CN-CT----CCGCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCT
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Alignments
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lowQualScore                  :          4   3 7777  3 3  88 55555         00 33  7777 0    2   44444 222  2       333 11 3     
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Reference ( family-4573 )     :   AACTTTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGG--CN-CT----CCGCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCT
gi|1                          :   AACTTTGTATAAT----TT-G-TCGTC-----CTCTGTGGG--CA-CTTCCGCCACTCGGAT---------AA-GTCACCC---GATT-CTTCT
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gi|29                         :      TTTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTTTGTGGG--C----------GCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCT
gi|3                          :     CTTTG-ATA-T----CT-G-TC--CAGACCCTCTGTGGG--CA-CT----CAGCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCTt
gi|30                         :             A-T----TT-G-TC--T-----CTCTGTGGG--CT-CC----CGGATC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CT
gi|31                         :    ACTTTG-ATA-T----TT---TC--C-----CTCTGTGGG--CT-CT-----CGGTC-GAT-----A---GA-GTCA
gi|32                         :                                        TGGGTCCA-CT----CCGCTT-GATT----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCT
gi|4                          :    ACTTTG-ATA-TAAATTT-G-TC--C-----CTCTTTGGG--CT-CT----CGGCTT-AAT-----A---AA-GTTGTTC---A--T-CTTtt
gi|5                          : ttAACTTTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGG--CA-CT----CCGCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCT
gi|6                          :   AACTTTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGC--CA-CT----CCGCTC-GAT-----A---AA-GCCACCC---A--T-CTTCT
gi|7                          :   AACTTTG-ATA-T----TT-G-TC--A-----TTTTGTTGG--TT-CG----AAGCTT-GAT-----A---AA-GACACCC---A--T-CTTCT
gi|8                          :            TA-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGGT-CT-CT----CGGCTC-GACTCCTAA---AA-GTCACCC---AT-T-CTTCT
gi|9                          :    ACTTTC-ATA-T----TT-G-TC--C-----GTCTTTGGG--CT-CT----CGGCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCT


blockSeqs                     :          .   . AAAT  C G  .  AGACC         TC AA  .    C    .   TCCTA TTT  T       ATG T  A
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  GGC           T  A   .    G    .   T     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  A   .    C    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  A   .    G    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  T   .    G    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  T   .    C    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  T   .    C    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  A   .    G    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  T   .    T    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  A   .    G    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  T   .    G    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  T   .    T    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  T   .    T    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  T   .    C    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  A   .    A    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  A   .    C    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  T   .    C    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  A   .    T    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  A   .    T    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  T   .    A    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  T   .    G    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  A   .    C    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  T   .    C    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  A   .    G    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  A   .    C    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  T   .    C    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :          .   . .     . .  .  .             .  T   .    A    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :              . .     . .  .  .             .  T   .    G    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :              . .     . .  .  .             .  .   .    G    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :                .     . .  .  .             .  .   .    .    .   .     .    .       .   .  .
blockSeqs                     :                                            .  .   .    .    .   .     .    .               


blockSeqCons                  :                           **                      ****                                 **
originalCons                  :   AACTTTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGG--CN-CT----CCGCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCT
finalCons                     :   AACTTTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGG--CN-CT----CCGCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCT





Alignments
lowQualScore                  :          1   1 2222  1 1  11 55555         33 44  2222 5    1   44444 222  1       222 33 1     
lowQualScore                  :          .   . ....  . .  .. .....         .. ..  .... .    .   ..... ...  .       ... .. .     
lowQualScore                  :          4   3 7777  3 3  88 55555         00 33  7777 0    2   44444 222  2       333 11 3     
consensus                     :   AACTTTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGG--CN-CT----CCGCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCT
Reference ( family-4573 )     :   AACTTTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGG--CN-CT----CCGCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCT
gi|1                          :   AACTTTGTATAAT----TT-G-TCGTC-----CTCTGTGGG--CA-CTTCCGCCACTCGGAT---------AA-GTCACCC---GATT-CTTCT
gi|10                         :      TTTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGG--CA-CT----CCGCTC-GAT-----ATTTTA-GTCACCC---A--T-CTTC
gi|11                         :     CTTTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGG--CA-CT----CGGCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCT
gi|12                         :     CTTTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTCTTTGGG--CA-CT----CCGCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCT
gi|13                         :     CTGTG-ATA-T----TT-GGTC--C-----CTCTGTGGG--TT-CT----CGGCTC-GAT-----A---AA-GCCACCT---A--T-CTTC
gi|14                         :       TTG-CTA-A----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGG--CT-CT----CGGCTT-GAT-----A---AA-GTCAACC---A--T-CTTCT
gi|15                         :     gTTTG-ATA-T----TC-A-TC--C-----CTCTGTGGG--TT-CT----CCATTC-GAT-----A---AA-GTCAACC---A--T-TTTCT
gi|16                         :    ACTTTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGG--CA-CT----CCGCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTT
gi|17                         :    ATTTTG-ATA-T----TT-G-AC--C-----TGCTGTGGG--CT-CA----CGGCTC-GAT-----G---AA-GTCACCC---A--T-
gi|18                         :    ACTTTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGG--CA-CT----CTGCTC-TAT-----A---AA-GTTATCT---A--T-CTTgt
gi|19                         :     CTTTG-ATA-T----TT-G-TT--C-----CTCTGTGGG--TT-CT----CGGTTC-AAT-----A---AA-GGCATCC---A--T-CGTC
gi|2                          :    ACTTTG-ATA-T----TTCG-TC--CGGC--CTCTGTGCG--TT-AT----CGTCTT-GAT-----A---AA--TCACCC---A--TACTTCT
gi|20                         :     CTTTG-ATA-T----CT-A--A--C-----CTCTGTGCG--TT-CT----CTATTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCTt
gi|21                         :                ----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGG--CT-CT----CTGCTC-GAT-----A---AA-ATCACACATGA--T-CTTCT
gi|22                         : atcaCTTTG-ATA-T----TT-G-TC--C------TCTGTGG---CA-CT----CCGCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTT
gi|23                         :    cCTTTG-ATG-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGG--CA-CT----CAGCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CT
gi|24                         :     CTTTG-ATA-T----TT-G-TC--C--------TGTGGG--CAACT----CCGCTC-GAT-----A---AA-GTCA-CC---A--T-CTTCT
gi|25                         :    ACTTTG-AT--T----TC-G-TC--C-----CTCTGTGG------CC----TCAATC-GAT-----A---TG-GTCACCC---A--T-CT
gi|26                         :   AACTCTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTG-------------TTGCTT-GAA-----G---AATGCCATCC---A--T-CTTCctt
gi|27                         :      tTTA-AT--T----TT-G-TC--T-----CTCTGTGGG--CT-AT----G-GCTA-GAT-----A---AA-ATCACCC---A--T-CTTC
gi|28                         :        TG-ATG-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGG--TA-CT----CTGCT--AAC-----A---AA-GTCACCT---A--T-ATTCTg
gi|29                         :      TTTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTTTGTGGG--C----------GCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCT
gi|3                          :     CTTTG-ATA-T----CT-G-TC--CAGACCCTCTGTGGG--CA-CT----CAGCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCTt
gi|30                         :             A-T----TT-G-TC--T-----CTCTGTGGG--CT-CC----CGGATC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CT
gi|31                         :    ACTTTG-ATA-T----TT---TC--C-----CTCTGTGGG--CT-CT-----CGGTC-GAT-----A---GA-GTCA
gi|32                         :                                        TGGGTCCA-CT----CCGCTT-GATT----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCT
gi|4                          :    ACTTTG-ATA-TAAATTT-G-TC--C-----CTCTTTGGG--CT-CT----CGGCTT-AAT-----A---AA-GTTGTTC---A--T-CTTtt
gi|5                          : ttAACTTTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGG--CA-CT----CCGCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCT
gi|6                          :   AACTTTG-ATA-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGC--CA-CT----CCGCTC-GAT-----A---AA-GCCACCC---A--T-CTTCT
gi|7                          :   AACTTTG-ATA-T----TT-G-TC--A-----TTTTGTTGG--TT-CG----AAGCTT-GAT-----A---AA-GACACCC---A--T-CTTCT
gi|8                          :            TA-T----TT-G-TC--C-----CTCTGTGGGT-CT-CT----CGGCTC-GACTCCTAA---AA-GTCACCC---AT-T-CTTCT
gi|9                          :    ACTTTC-ATA-T----TT-G-TC--C-----GTCTTTGGG--CT-CT----CGGCTC-GAT-----A---AA-GTCACCC---A--T-CTTCT