lowQualScore                  :         111                                                        111111111                              1                                                         111                            11111             11111111        1111      1111111111                 1111111111     11111111111111111111111   1111                111                                                11111            11               11111111    111111      22          1  2222                                                                                             111     1111                          11                  1111         111111111          1                                                          11111                      111             11                            111111                                                                                111               1111                     22222222222222                         11111           11111111                        11111              22     1111          11            111111111                         111                                         111111   3    1                         11111111                         111111                                555555555       111               1111         55555    1                   
lowQualScore                  :         000 3    3       3     55  55 3  3 3 3    3 88           3 111111111 2 55  3   3   3    3    3    6  55 3 3 3 7    7 666  3      3  3 3 3  999 44  555  3 3 000      0  3 8888888   6 44   22222  3 44  555  33333333  3 6 3 5555  3   4444444444  3 555  7777 44 4444444444     77777777777777777777777   0000  3  6  555  3  000   3  3 77     3  6  6 44  3 44   555   44   44 00000  3 9999  3 55      6  44 3  99999999  3 111111      88 3 44 3   5  1111  6 3     3   3   44  44 888  44 3     3  3  6  44  3 3  3 44  3       7777  555    55 3   3 000   3 2222 3  7  4     666  4   55  33 4   3   77  6    1111  3  6   222222222   3 77   7   0     44    3   3 3       55 55 3 55    4     4   4    00000  4  5   99    55 3   111    7    3   88   3 55 88 3 3 7 777   3  3 555555  55 4  4     4  4  4  3  99 55  55 4  4 99  55 55  4 8888 4   55   4     4 4   555     4 8   4   2222    4    4   4  99   00000000000000  55 8    8  55    55  4 00000 4 4   4 4 44444444  55 4     4 4   55  4  11111  4 8888  4 4 44     0000  4    8  22 44 55   8  444444444  77777  4 4 4 55 99     222   55   4   4  55   8 4 4 8  4 4     8 4 555555   2 4  2 4    8 4  55  99  4  99 44444444    4    4 4 4 55    3 4 555555   999999   4  4  4 8 44  4 4   666666666       111 4 9  55  55 4 1111  4 4    00000    3   4 777     4     
lowQualScore                  :         ... .    .       .     ..  .. .  . . .    . ..           . ......... . ..  .   .   .    .    .    .  .. . . . .    . ...  .      .  . . .  ... ..  ...  . . ...      .  . .......   . ..   .....  . ..  ...  ........  . . . ....  .   ..........  . ...  .... .. ..........     .......................   ....  .  .  ...  .  ...   .  . ..     .  .  . ..  . ..   ...   ..   .. .....  . ....  . ..      .  .. .  ........  . ......      .. . .. .   .  ....  . .     .   .   ..  .. ...  .. .     .  .  .  ..  . .  . ..  .       ....  ...    .. .   . ...   . .... .  .  .     ...  .   ..  .. .   .   ..  .    ....  .  .   .........   . ..   .   .     ..    .   . .       .. .. . ..    .     .   .    .....  .  .   ..    .. .   ...    .    .   ..   . .. .. . . . ...   .  . ......  .. .  .     .  .  .  .  .. ..  .. .  . ..  .. ..  . .... .   ..   .     . .   ...     . .   .   ....    .    .   .  ..   ..............  .. .    .  ..    ..  . ..... . .   . . ........  .. .     . .   ..  .  .....  . ....  . . ..     ....  .    .  .. .. ..   .  .........  .....  . . . .. ..     ...   ..   .   .  ..   . . . .  . .     . . ......   . .  . .    . .  ..  ..  .  .. ........    .    . . . ..    . . ......   ......   .  .  . . ..  . .   .........       ... . .  ..  .. . ....  . .    .....    .   . ...     .     
lowQualScore                  :         000 6    6       6     00  00 6  6 6 6    6 66           6 555555555 1 00  6   6   6    6    6    5  00 6 6 6 3    3 444  6      6  6 3 3  222 66  888  3 3 444      4  3 4444444   7 66   99999  3 66  888  99999999  3 7 3 0000  3   6666666666  3 888  1111 66 5555555555     77777777777777777777777   4444  3  7  888  3  888   3  3 99     3  7  7 66  3 66   888   66   66 22222  3 0000  3 66      7  66 3  88888888  3 333333      88 1 22 1   4  9999  2 1     1   1   22  22 555  66 3     3  3  7  66  3 3  3 66  3       1111  888    00 6   6 000   6 0000 6  3  4     444  0   55  55 0   3   99  7    7777  3  7   555555555   3 99   6   3     66    6   6 6       00 00 6 00    0     0   0    99999  0  7   55    00 6   444    3    6   44   6 00 66 6 6 3 888   6  6 999999  55 0  0     0  0  0  8  55 55  55 0  0 55  55 55  0 5555 0   55   0     0 0   000     0 0   0   5555    0    0   0  55   33333333333333  55 0    0  55    55  0 00000 0 0   0 0 55555555  55 0     0 0   55  0  77777  0 5555  0 0 11     3333  0    0  33 99 55   0  444444444  66666  0 0 0 55 55     555   55   0   0  55   0 0 0 0  0 0     0 0 444444   8 0  0 0    0 0  55  55  0  00 55555555    0    0 0 0 55    4 0 111111   444444   0  0  0 0 88  0 0   333333333       000 0 3  55  55 0 9999  0 0    11111    3   4 888     4     
consensus                     :  GTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATAAAG--T-A-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-C-A-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--ATT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C-A----TT-TTT----------GC-T---AG----T--C-----T-T--GTTTT-G-G--CC--A----AA--A---GGT----AT-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CC-G--T-AT-ATAAAGGGC-CG--A-TT----CGG-CA-G-A-GC-TATTCAC-T-C--T-GCTGGGG---TG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-TC-AA-GA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-G--T-AG-GATTTTTC---AG-CAT--GT--T-ATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AGG-TTTTTCTTG--CTAA-AAT-G-TAAACTA--C--A-A--CCCC-GGCAG-AGT-CAAG--A--TT-CATTTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGAT-ATT-C--C--T-T-A-C-C-TTA-GC-A-T----TT--T-TA-TGGTA-TT-TA-TATTT--A--GG--C-TA-T--TT--C--AG-C----G-TGT--ACA-TGTGA-C-CTT---GAATT-A-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG--GAA----------GT--TC--G-TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATT-G-T--------TA--T-CGACT-A-CTC--TT-AAA----CC-A----TT-T-TTTACTTC--T-TC-TTTA-AT-AAA-T--TTA-TA-A-------AA---C-TT-T-A-C--C--TTTTG---TTT--TTA-TTG-AA--GTG-T-T-G-AA-C-ATAAT-C-A--A---GGA-A-TC-C-AAAT-A-TT--GA--AT-TC-GG--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----A-CTG--TTA-CAT-GT-GC-G-C-ACA-T-ACA-TG------TGTGCTA---C-TCAA--AA--G-G--ATTT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCG
Reference ( gi|5 )            :  GTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATACAG--T-A-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-C-A-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--ATT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C-A----TT-TTT----------GC-T---AG----T--C-----T-T--GTTTT-G-G--CC--A----AA--A---GGT----AT-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CC-G--T-AT-ACAAAGGGC-CG--A-TT----CGA-CA-G-A-GT-TATTCA--T-C--T-GCT-GG----TG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-TC-AA-GA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-G--T-AG-GATTTTTC---AG-CAT--GT--T-ATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTTTTTCTTG--CTAA-AAT-G-TAAACTA--C--A-A--CCCC-GGCAG-AGT-CAAG--A--TT-CATTTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGAG-ATT-C--C--T-T-A-C-C-TTA-GC-A-T----TT--T-TA-TGGTA-TT-TA-TATTT--A--GG--C-TA-T--TT--C--AG-C----G-TGT--ACA-TGTGA-C-CTT---GAATT-A-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG--GAA----------AT--TC--G-TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATT-G-T--------TA--T-CGACT-A-CTC--TT-AAA----CC-A----TT-T-TTAACTTC--T-TC-TTTA-AT-AAA-T--TTA-TA-A-------AA---C-TT-T-A-C--C--TTTTG---TTT--TTA-TTG-AA--GTG-T-T-G-AA-C-ATAAT-C-A--A---GGATA-TC-C-AAAT-A-TT--GA--AT-TC-GG--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----A-CTG--TTA-CAT-GT-GC-G-C-ACA-T-ACATTGT-----TGTGCTA---C-TAAA--AA--G-G--ATTT-T-TATC--TAGATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCG
gi|8                          :  GTGTAAC---A-ATTT-TAATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-CAATTA----GCAGTTATTGC-AGGTG-----TAT--AGACCT-ATT-CGAG-ATCG-CATAAAG--T-A-C-G-GATT-T---TG-AAATCTATG-C-A-TG---T--TT---AC-CGT---TTCATTGCA-TT---T--AGC-A--ATT--T--AT-C--AC---ACAT------CA-G-C-A----TT-TTT----------GC-T---AG----T--C-----T-T--GTTTT-G-G--CC--A----AA--AAG-AGT-----T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--C--C--ATT---GTT--CAC--CAA---CC-GCTC-AT-ATAAAGGGC-CG--A-TT----CAG-CA-G-A-GC---TTCA--A-C--TCGCTGGG----TGAA-AGGAC-CTA-ATG--GT--CG--CG--T-GCCCT-TC-AA-GA--AC-T-TC-G--TG-TT--CCT----TT---ACTT--C-CTT-A-GTTAG-A-A--T-AG-GA-TTTTC---AG-CA---GT--TGATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAA---------GGG-T--AG---TTTTCTTG--CTAA-AAT-G-T-AACTA--C--A-A--CCCC-GGCAG-AGT-CAAG--AG-TT-CA-TTT--GGTT--CAAGG---TAGA-AATT-GGAA-ATT-C--C--T-T-ATC-C-TTA-GC-A-T----TT--T-TA-AGGTA-TT-TA-TA-TT--A--GG--C-TATT--TT--C--AG-C----G-TG---AAA-CGT-A-C-CTTA--GAATT-A-TTT-ACT----TTGA-TTAT-TGA-TG--G-A----------AT--TC--G-TTGG-AAATCCGT--GA-C-----T-T-ATT-G-T--------TA--T-CGACT-A-CTC--TT-AAA----CC-A----TT-TCTTTACTTC--T-TC-TTTA-ATAAAA-T--TTACTACA-------AA---C-TT-T-A-C--C--TTTTG---TTT--TTA-TTG-AA---TG-TCT-G-AA-C-ATAAT-C-A--A---GGATACTCAC-AAAT-ATTT--GA--AT-TC-GG---------------------------AGAT-T----A-CTG--TTATCAT-GT-GC-GCC-ACA-T-CCA-TGTGGGGGGGTGCTA---C-TCAA--AA--G-G----TT-T-TATC--
gi|1                          : tGTGTAACCAAA-ATTTGTGATTTT--ATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--ACAAGTTAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CAT-TAGGAT-A-G-ACTATT-T---TGAAAATCT-TG-C---TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TTTGAA--AGC-A--ATA--T---T-C--ACCCAACGT------CA-G-CAA----TT-TTT----------GC-T---CG----T--C-------T--GTTTT-G-GCACC--A----AAACA---GGT----AT-CG-GA---CA-GA-GCCGT-TT----TTAAT-AG-TA-T--CG-C--AAT---GTT--CAC--C-A---CC-G--T-AT---AAAGGGC-C---A-TT----CAG-CATGCA-GCGTATTCAC-T-C--T-GCT-AG----TG-AGAGTAC-CTA-ATG--GT--C---CGTCT-GCCCT-TC--A-GA--GT-T-TC-G------TTGCTT----CT---AC-T--C-TTT-ACG-AAG-T-G--T------TCATTT---AG-CTT--CC--T-ATA-TTG--AA-GATTGCAGAT-CGTTAAGTTTGAAACGGG-T--AAAATTTGTCTTGCCCT-A-AAT-G-TAAACTA--CAAA-A--CCCC-GGCAG-AGT-CAAG--A--TTCCATTTT--GG-T--C-AGAGT-TAGA-AATT-GCTA-CTT-C--CAAT-T-A-CACATTAGGC-A-TTCTCTT--C-TA-ATGTATTT-TA-TACTT--A---G--C-CA-TC-TT--C--AG-CTGTTG-TAT--GAA-TGTGA-C-CTTG--GAATG-A-TTT-ACTACTCTTGT-TAATGGTA--G--GAAGCAGTTGCGCAG--TT--G-TTGGAAA--TCCTTGGA-CCCTATT-T-GTT-G----------TA--T-CGACTAA-CTC--TT-AAC----CC-A----TTCT-TTTACCCC--TCTC-TCTC-TT-----T--TTA-TATC-------AA---C-TA-T-ATC--C--TTTTG---TTT--TTA-TTG-AA--GTGCT-T-G-AA-C-A-AAT-C-A--AAAGGGCAA-TCAC-AAAT-A--T--GG--AT-CC-GGCGGCCGAAAATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-A----T-CTGCATTA-CAT-GT-GC-G-C-ACATT-ACA--G------TGTGCTA---C-TCAA--AA--G-G--ATTT-T-TATCATTA-ACCCGGTGAT---GTGAGTTCCCGatac
gi|14                         : tGTGTAAC---A-ATTT-TGACTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGtc
gi|7                          :   TGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT---G-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATAAAG--T-A-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-C-A-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--ATT-----AT-C--AC---AC-T------CA-G-C-A----TT-TTT----------GC-T---AG----T--C-----T-T--GTTTT-G-G--CC--A----AA--A---GGT----AT-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CC-G--T-AT-ATAAAGGGC-CG--A-TT----CAG-CA-G-A-TC-TATTCAC-T-C--T-GCTGGG----TG-A-A-GAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-TC-AA-GA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-T--T-AG-GA-TTTTC---AG-CAT--GT--T-ATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AGG-TTTTTCTTG--CTAA-AAT-G-TAAACTA--C--C-A--CCCC-AGCAG-AGT-CAAG--A--TT-CA-TTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGAT-ATC-C--C--T-T-A-C-C-TTA-GC-GTT----TT--T-TA-TGGTA-TT-TA-T-TTT--A--GG--C-TA-T--TT--C--AG-C----G-TGT--ACA-TGTGA-C-CTT---GAATT-A-TTT-ACT----TTGA--TAT-GTA-TG--GAA----------GT--TC--G-TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATT-G-T--------TA--T-CGACT-A-CTC--TT-AAA----CC-ATTTTTT-T-TTTACTTC--T-CT-TTTA-AT-AAA-T--TTA-TA-A-------AA---C-TT-T-A-C--CT-TTTTG---TTT--TTA-TTG-AA--GTG-T-T-G-AA-C-ATAAT-C-A--A---GGA-A-TC-C-AAAT-A-TT--GA--AT-TC--G--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----T-CTG--TTA-CAT-GT-GC-G-C-ACA-T-ACA-TG------TGTGCTA---C-TCAA--AA--G-G--A-TT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-
gi|9                          :   TGTAAC---A-ATTT-TGATTT--GATTA--AC--C-TT-GTC-ATTA-T--G-AGTTATTGC-A---------TAT--AG-CA--ATC-AGAG-ATCG-CATAAGG--T-A-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-C-A-T----T--TT----C-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--ATT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C-A-----T-TTT----------GC-T---AG----T--C-----T-T--GTTTT---G--CC--A----AA--A---GGT----AT-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A---TTTT-AG-TA-T--C--C--ATT---G-T--CAC----A---CC----T-AT-AT-AAGGAC-CG--A-TT----TG--CA-G-A-GC-TATTCAC-T-C--T-GCTGGG----TG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T--CCCT-TT-AA-GA--AC---TC-G--TG-TTCGCTT----GT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-A--T-AG-GA-TTTTC---AG--AT--GT--T-AT-------------------A-CG-TAAG--------GGG-T--AGG-TTTTTCTTG--CTAA-AAA-G-TATCCTA--C--A-A--CCCC-GGCA--AGT-CAAA--A--TT-CA-TTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AAGT-GGAT-ATT----C--T-T-A-C-T-TTT-GC-A-T----TT--T-TT-AGGCA-TT-TA--A-TT--A--GG--C-TA-T--TT--C--AG-C----G-TGT--ACA-CGTGA-C-CTT---G-ATT-ATTTT-ACT----TTGA-TTAT--TA-TG--AAG----------GT--TC--G-TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATT-G-T--------TA--T-CGACT-A-CTC--TT--AA----CC-A----TA-T-TT-ACTTC----TC-TTTATAT--AT-T--TTA-TA-A-------AA---C--T-T-A-C--C--TTT-----TTT--TTA-TTG-AA--GTGTT-T-G-AA-C-ATAAT---A--A---GGA-A-TC-C-ATAT-A-TT--GAT-AT----GG--------CAT--AACATG-G-A--CCAG-T-T----A-CTG--TT--CAT-GT-GC-G-C-ACA-T-ACA-TG------TGTGCTA---C-TCAC--AA--G-GATATTT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTTGG-TCC
gi|4                          :  tTGTAAC---AGATTT-TGATTTT-GATTA------C-TT-G-C-ATTA-TCGGCAGTT--TGC-AG--G-----T-T--AG-CATGATC-AAGA-ATC--CATAAAG--T-A-G-A-TATT-T---TG-AA-TCT-TG-CCA-TG---T--TG---TC-C-T---TTCATTGT--TC---G--A-C-A--ATT--TTTAT-TCAAC---AA-T------CA-A-C-AGCGATT-TTT----------GCCT---AG----T--C-----T-T--GTTTT-G----CC--A----AA--A---GGT----TC-CG-GA---CA-GATGTCGT-TT-A--TTTTT-AG--A-T--CG-C--ATT---GTT--CACGACAA---CCCG--T-AT-A---AGGGCTCG--A-TCAAGGCAA--A-G-A-GC-TTTTCAC-T-C--T-GCT-GGG---TG-A-AGGAC-CTA-ATG--GTTCC---CG--T-GCCCT-TCCAATGA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-TTT-A---TAG-AGG--T-AGTGATTTTTC---AG-CAT--GTC-T-ATA-TTT--GATAACTAA--AA-CG-TAAG--------GGT-G--AGG--TTTTCTTG--CTAA-AAT-G-TTAGCCA--T--ACA--CCCC-GGCAG-AGTCCAAG--A--TT-CATTTT--GGTT--C-AGGTTTTAGA-ACTT-GGAT-ATT-C--C--T-T-AGC-C-TTA-GC-ATT----TT--T-TA-TGTAA-TT-AA-TATTT--A--GG--C-TA-T--TT--CCAGG-C----G-TGT--ACAGTGTGATT-CTT---GAATT-T-TTT-ACT----TTGA-TT-T-GTA-TG--GAA----------GTTCTC--T-TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-CTT-GTT--------TA--T-CGACT-A-CTC--TT-AAATTTCCT-A----TT-T-T--ACTTCCTT-TC-TTTA-AT-TA-----TTA-TA-ATTATTCCAAACTC-TT-T-A-C--T--TTTTGTT-TTT--TTA-TTG-AA--GTG-T-T-G-AA-CGATAATGC-ATGA---GGA-A-TC-C-AAATGA-TT--GT--AT-TC-GG--------GGTA-A--A-G-G-A--CCAGTTGT----AGCTG--TT--CATCGT-GC-GTC-ACA-TAACA-TG------TGTGCTAG--C-TCAATTAA--G-G--ATTT-TCTATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-
gi|6                          :  aTGTAAC---A--TTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTAAT--GCAGTTTATGCGAG--G-----TAT--AG-CAT-AC---GAG-ATCG-CATAAAG--T-A-G-A-TATT-T---TG-AAA-CT-TG-C-AATG---TCTTT---AC-C-TGTTTCCATTGCA-T----G--AGC-A--ATT--T--A-----AC---AC-TA-----CA-G-C-T----AT-TTT----------GC-T---A-----T--C-----TAT--GTTTT-GAG--CC--AG---AA--A---GGT----AT-CGTGA---CA-GA-G-CGT-TT-AATTTTTT-AG-TAAT--CG-C--AT----GT---CAT--CAAGTCCC-G--T-AT-ATAAAGGGA-CGGAA-TT----TGAGCA-G---GC-TAT-CAC-T-C--T-GCT-GGGTGGTGCA-AGGAC-CTA-ATGTGGT--C---CG--T-GCCCT-TC-AATGA--AC-T-TC-G---G-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTTGA-G-TAG-A-G--T-AG-GATT-----------AT--GT--T----------GACAACT----AAACG-TA----------GGG-T--AGGTTTTTT---G--CTAA-AAT-G-TCAACTAACC--A-AAACCTC-GAC-G-AGT-CAAG--A--AT-C-TTTT--G-TT--C--GG---TAGATAATT-GGATTATTGC--C--T-T-A-C---TTA-GCTA-T----TT--T-TA-TGGTA-TT-TG-TATTT--A--GG--C---------------------------------------C-CTT---GAATT-AGTTT-ACT----TTGA-TTAT-G-A-TGT-GAA----------GT--TC--G-TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-TTATT-G-T--------TA--CATGAC--A-CTC--TTTAAA----CCTA----TT-C-TTA-CTTC--T-TC-TTTA-AT-AAA-T--TTA-TA-A-------AA---C-TTAT-G-C--C---TTTG---TTTGATTAGTTG-AA--GTG-T-T-GAAA-C-ATAAT-C-A--AAG-GGA-A-TC-C-AAAT-A-TT--GA--ATGTC-GG--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-G----A-C----------------C-G-C-----T-ACAATGT-----TGCGCCAGATC-TAAA--AAAGG-G--ATTT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCGt
gi|3                          :  tTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTACAAC--CCTT-G-C-ATTT-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TATTTAG-CAT-ATC-AGAG-ATCG--------------------TT-T---TG-AAATCT-TG-C-A-TG---T--T----AC-C-T---TTC--TCCA-TT---G--AGC-ATTACT--T--ATAC--AC---ACGT------CA-GGC-A----TT-TT------------C-T---AGCAGAT--C-----T-G--GTTT--G-G--CC--A----GA--ATGCGGTT---AT-CG-AAGAGCA-GAAG-CGTGTT-AA-TTTTT-AGATAAT--CG-C--ACTTCAGTT--CAC--CA----CC-G--A-AT-A--AAGGCC-CG--A-TT----TG--CA-A-G-CT-TATTCACCT-C--T-GCT-GGG---TG-A-GAAAC-ATA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-TA-AA-GAGAAC-T-TC-G--TG-TTCGCTTAAAATT---ACTTGTC-CTA-A-G-TTA-A-GC-T-AGTGATTTTTC---AG-CATCAGTG-T-ATA-TTT--GA-ACTT----AA-CGATAAG--------GGG-TTAAGGTTTT--CTTG--CTAA-AATCG-TAAACTA--C--A-A--CCC--GGCAGGAGT-CAAAGAA--TT-CTTTTTT-GGTT--C-AGG---TAGATAATT-G--G-ATT-C--C--T-TAA-C-C-TTA-GC-AGT----TTTAT-TA-TGGTA-TTGGA-TATTT--A--AGGCC-TA-TGATT--C--AG-C----GATGTTAACA-TGTGA-C-CTTGTCGAATTAA-TTT-ACTC---TTGAGTTAT-GTA-TG--GAA----------GT--TTGAG-TTGATAA--TC-T--GG-C-----TAT-ATTAA-T--------TA--T-CGACT-A-CTCTATT-AAA----CA-A----TT-T-T--ACTAT--T-TCTTTTA-AT-AAA-TTGTTA-TA-A-------AA------T-C-A-CGGCTGTTTCGCGATTT--TTT-TTGAAA--GTG-T-GAG-AA-C-AAAAT-C-A-------GA-A-TC-CGAAAT-A-TT--GA--AT-TT--G--------GATGCAAC--G-G-A--CCAG-T-T----A-CTG--TTA-CAT-GT-GCTG-C--CA-T-ACA-TG------TGTGCTA---C-TAAA--AA--G-G--ATTTGT-TATCA-TA-ATCCTGTG-T---GTGGG-TCCCGttctacattttt
gi|10                         :   TGTAACC--A-ATTT-TGATTTTTGATTA--GC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAGAATCG-CATAAAG--T-A-G-A-TATT-T---TG--AATCT-TG-C-A-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--ATT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C-AT---TT-TTT----------GC-T---AG----T--C-----T--------------------------------GGT----AT-CG-G----CC-GA-G-CGT-TT-A--TTTT---G-TA-T--TG----ATT---GTA--CAT--C-A---CC-G--T-AT-ATAAAGGGC-CG--A-TT----CAG-CA-G-A-GC-TATTCAC-T-C--T-GCTGGG----CG-A-AGGAC-CTAGAT---GT--C---CG--T-G-CCT-TC-AA-GA--AC-T-TC-A--TG-TTCGCTT----TT---tta
gi|12                         :  tTGTAAC---A-ATTT-TTATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C--TTA-T---CAGTTATTGC-A---G-----T-T--AG-CAT-ATC-AGAG-ACAG-C-TAAAG--T-A-G-ATTATTAT---TG-AAATCT-TGCC-A-TGA--T--TT---AA-C-TTA-TTCATT-C--TT---GAAAGCTA--ATT--TTCAT-C--AC---A--T------CA-G-C-T----TTCTTT----------GC-T----G----T--CATTGGT-T--GTGTT---G--CT--A----AA--AT--GGT----A--CG-GA---CACGA----GT-TT-A--TTTT---G-TA-T--CG-C--ATT---GCTGACAC--CAA---GC-G--TAATAATAAAGGGC-CG--A-TT----GAG-CA-A-C-G--TATTCC--T-CTTT-G-T-GG----TG-A-AGA---CTA-ATG--GT--C---CT--C-GCCTTCTC-AA-GA--ACGT-TC-G--TG--TCGTTT----GT---ACTT--CACTT-A-G--AG-A----T-AC-GATTTTCT---AGCCAT--GT--T-ATA-TTTTACA-AACT----AA-TG-TAAG--------GGG-TA-AGG--TTTTCTTG---TAA-AAT-A-TAATTTA--C--A-A--tttgaaactaacataaggggtgggtttttcttgctaaaatgtaaactacaaccccggcagagtcaagtcattttggttcaggtggaaattggatattccttaccttagcattttttatggtatttatatttaggctatttcagcgtgtacatgtgaccctgaattatttactttgattatgtatggaagttcgtttggaatcgtgacttttattatcgactactcttaaaccatttttacttcttctgtatataatttattaaaactttaccttttgttttattgaaaggtttgaacataatccaaggaatgcaaatattggatattcggataaacaggaccagtttactaaaatgggtgcaactccaaagcgatttttatcaaattccgtgtgaggtcggtcccgtt
gi|2                          :      AGC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--ACTCC-TTCG-C-ATTA-TC-GCAGTTACT---------------T---G-CAT-ATCGAGAG-ATCGGCATAAAG--T-ACGCA-TATT-CCTCTG-AAATAT-TG-C-A-TG---T--TTCCTACGC-T---TTCATTGCA-T----G--AGCGA--ATTCTT--AT-C--AT---TC-TAGCCTGCAAG-C-A----TT-TTTTTTGCGGCGCGC-TTTTAG----T--C-----T-TTTGTTTTTG-G--CC--AGTAGAA--A---GGT----ATGCG------CA-GA-GGCGT-TTTA--TTTTTTAG-TA-TGCCGGC--ATT---GTT--C----CA----CC-G--TCAT-ATAA-GGGCGCG--A-TC----AAG-CA-A-G-GC-TATTC---T-C--T-GCT-GGA---TG-A-AGGACGCTA-ATG--GT--CTGGCG--T-GCGCT-TC-A--GA--AC-TCTC-GAATG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAGTA-G--TCAG-GATTTTTTTTTAG-CAT--GTGTT-ATACTTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AG--TTTGTCTTG--CTAATCAT-G-TAAACTA--C--A-A--CCGCAGGCAG-AG--CAAG--A--TT-CATTTT--GGTTTCC-AGG---TAGA-AATTCGGACTATT-CGGC--TCT-A-C----TA--C-A-TCC--TT--T-TAGTGGTA-AT-TAATACTTCTACCGG--C-TA-T--TTTTC--AGAC----G-TGT--ACA-TGTGA-AGCTT---GAATT-A-TTTCACT----TTGA-TTAT-GTACTGCCGAA----------GT--TA--G-TTGG-AA--TCGT--GAGC-----T-T-ATT-G-T--------TAGTT-CGACT-AGCTC--TT-AA-----CC-A----TT-T-TTTAG--C--T-TC-TTTA-AT-AAAGT--TTA-TT-A-------AA---TACT-T-A-C--C--TTTTG---TTT--TAT-TTG-AA--GTG-T-T-G-AAGC-ATAAT-C-A--G---CGA-A-TTGC-AAAT-A-TTCGGA--AT-TCTGG--------GATA-AA-A-G-GTAGCCCAGTT-TTAGGG-CTG--ATA-ATT-GT-GC-G-C-ACA-T-ACATTTG-----TGTGCTA---C-TGCA--AA--G-G---TTT-T-TATC--TA
gi|13                         :                                                             tacGC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATA-AG--TTA-G-A-TATTAT---TG-AAATCT-TG-C-A-TGGGGT--TT---AC-C-T---TTC-TT-CA-TT------AGC-A--ATT-----AT-C--AC---AC-T------CA-G-C-A----TT-TTT----------GC-T---AG----T--T--------------------------------------GGT----AT-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A---TTTT-AG--A-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CC-GC-T-AT-AT--AGGGC-CG--ATTT----CAG-CA-G-AGGC-TATTCA--CGC--T-GCTGGG----CG-A-AGGAC-CTA-AT---GT--C---CG--T-CCCTT-TC-AA-GA--AC-T-TCGG--TG-TTCGCTT----TTTAAACTA--A-CAT-A----AG-G-G--T--G-GGTTTTTC---tcc
gi|11                         :                                                                                                                                               -A-TG---T--TT---AC-C-T---T-CATTGCACTT---G--AGC-A--ATG--T--AT-C--AC---AC-T------CA-GAC-AGT--TT-TTC----------GC-T---AG----CTCC-----T-T--GTTTT-A-G--CCCTA----AA--A---GGTTGGTAT-CGTGA---AA-GA-G-CGT-T--A--TTTTT-AGCTA-T--CG-CCAGTT---GTT--CAC--CA----CC-G--T-AT-ATAA-GGGC-CG--G-AT----CAG-CA-G-A-GC-TATTCAC-T-C--T-GAT-GGG---TG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---AA--TTGCCCT-TT-CA-GA--A--T-TC-G--TGCTTCGCTT----TT---A-TT--C-CTT-ACG-TAG-A-GGCT-AG-GATTTT-C---AC-AAT--GT--T-ATA-TTTT-GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GTGCT--AGGTTTGCTCTTG--CTAA-AAT-GGTAAACTA--C--A-A--CCCC-GGCAG-AGT-CAAG--AAATT-CATTTTTGAGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGAT-ATT-C--CC-T-T-A-C-C-TTA-GC-A-T----TT--T-TA-TGGTA-AT-GA-TATTTT-A--GG--CCTA-T--TT--C--AG-C----G-T-T--ACA-TG-GA-C-CT----GAATT-A-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG----A----------AG--TC--GCTTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATT-G-TCGTCTCTCTA--T-CGACT-A-CTC--TT-AA-----CC-A----TT-T-T--ACTTC-------TTTA-AT-AAA-T--TTA-TA-A-------AA---C-TT-TCA-C--C--TTTTG---TTT--TTA--TG-AA--GTG-T-T-GCAA-C-ATAAT-CGA--A---GGA-A--C-C-AAATCA-TT--GA--AT-TC-GG--------G-TA-AACA-GTG-A--CCA-TT-T------CTG--TTA-CAT-GTGGC-G-CGAGA-T-ACA-TG------TGTGCTA---CGCCAA--AA--G-G----TT-T-TATCA-TA-ATCCAGTG-T---GAGGG-TCCCGttgcctgaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTCAC-T-C--T-GAT-GGG---TG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---tta
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -TTT--GA-AACT----AA-CA-TAAG--------GGG-T--GGGTTTTT-CTTG--CTAA-AAT-G-TAAACTA--C--A-A--CCCC-GGCAG-AGT-CAAG------T-CATTTT--GGTT--C-AGG---TGGA-AATT-GGAT-ATT-C--C--T-T-A-C-C-TTA-GC-A-T----TT--TTTA-TGGTA-TT-TA-TATTT--A--GG--C-TA-T--TT--C--AG-C----G-TGT--ACA-TGTGA-C-CCT---GAATT-A-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG--GAA----------GT--TC--GTTTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T--TT-A-T--------TA--T-CGACT-A-CTC--TT-AAA----CC-A----TT-T-TT-ACTTC--T-TC-TGTATAT--AA-T--TTATTA-A-------AA---C-TT-T-A-C--C--TTTTG----TT--TTA-TTG-AAAGGT--T-T-G-AA-C-ATAATCC-A--A---GGA-A-TG-C-AAAT-A-TT--GGATAT-TC--G--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----A-CTA----A-AAT-GG-GT-G-C-A-----------------------A---C-TCCA--AA--GCG--ATTT-T-TATC--AAATTCC-GTG-TGAGGTCGG-TCCCG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ttgtaaccaattttgatttttgattagccttgcattatgcagttattgcaggtatagcatatcagagaatcgcataaagtagatattttgaatcttgcatgtttacctttcattgcattgagcaatttatcacactcagcattttttgctagtctggtatcggccgagcgtttattttgtattgattgtacatcaccgtatataaagggccgattcagcagagctattcactctgctgggcgaaggacctagatgtccgtgccttcaagaacttcatgttcgctttt-TTT--TA-AACT----AA-CA-TAA---------GGG-T--GGG-TTTTTCTTG--Ctt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gcaggtatagcatatcagagatcgcataagttagatattattgaaatcttgcatggggtttacctttcttcattagcaattatcacactcagcatttttgctagttggtatcggacagagcgtttattttagatcgcattgttcaccaaccgctatatagggccgatttcagcagaggctattcacgctgctgggcgaaggacctaatgtccgtccctttcaagaacttcggtgttcgctGTT--C-AGG---TAGA-AAGT-GGAT-ATT-C--C--T-T-A-C-C-TTT-GC-A-ctgaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        11111111      1111111      1111111111                 111111     1111111                                                                                             11111   1111                                                       111111                                                                                                     1111                          11                  1111          11111111                                                                                                111                               1            1111111                                       11111                                             1       1111                       2222222222   11                                1111111111                               11111                                        111111111                          111                  1                1111                1                         111111111                      11111111                                        111111                                            1                   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                            999 3    3       3     44  44 3  3 3 3    3 77           3 888888888 1 44  3   3   3    3    3       3  3 3 6    6 555  3      3  6  3  888 44  555  3 3 999         3  666666   6 44 44  77777  3 44  555  22222222  3 6 1111111  3   3333333333 3  555  6666 44 000000     1111111  44 9999  44 888   9999 44 3  6  555  3  6 9   3  3 77    55  6  6 44  3 44   555  444   44 11111   3333  3    2    6  44 3   7777  44 3 333  3 3    2  2      444444  5 2     2   2   33  33 777  44 3     3 3   6  44  3 3  3 44  3       6666  555    44 3   3 888   3 0000 3  6      2 555  3   55  22 3   3   77  6    1111  3  6    22222222   3 77      3 3        3 3   3 3       44 44 3 44  3       3   3    99999  3  4   88    44 3   000    6    3   3 3 3  3 44 77 3  0 666   3  3 5555555  3 3  3    3 3  33   666  3 55  55 3  00000   55  3 7777 3   55   3    3 3    7 666     0   3   1111    3    3   3  88     0000000000   22    7  55    55  3 99999 3 3    5555555555  55 3     3 3    55 3   666   00000 3 3 3       8888     2  888  3  55  7  222222222  666 3  3 3 3 55 3 55    111   55   3     3   0 3 3 7  3 3     0000 66666  55 7 3  0 3    7 3  55  88  3  3  666666666   3    3 3 3 55      66666666   55  55 3  3 3 3  3 7 55  3 3   88  3 000000      3 3    55  55 3 999   3 3     3  3    2   4 777     4     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                            ... .    .       .     ..  .. .  . . .    . ..           . ......... . ..  .   .   .    .    .       .  . . .    . ...  .      .  .  .  ... ..  ...  . . ...         .  ......   . .. ..  .....  . ..  ...  ........  . . .......  .   .......... .  ...  .... .. ......     .......  .. ....  .. ...   .... .. .  .  ...  .  . .   .  . ..    ..  .  . ..  . ..   ...  ...   .. .....   ....  .    .    .  .. .   ....  .. . ...  . .    .  .      ......  . .     .   .   ..  .. ...  .. .     . .   .  ..  . .  . ..  .       ....  ...    .. .   . ...   . .... .  .      . ...  .   ..  .. .   .   ..  .    ....  .  .    ........   . ..      . .        . .   . .       .. .. . ..  .       .   .    .....  .  .   ..    .. .   ...    .    .   . . .  . .. .. .  . ...   .  . .......  . .  .    . .  ..   ...  . ..  .. .  .....   ..  . .... .   ..   .    . .    . ...     .   .   ....    .    .   .  ..     ..........   ..    .  ..    ..  . ..... . .    ..........  .. .     . .    .. .   ...   ..... . . .       ....     .  ...  .  ..  .  .........  ... .  . . . .. . ..    ...   ..   .     .   . . . .  . .     .... .....  .. . .  . .    . .  ..  ..  .  .  .........   .    . . . ..      ........   ..  .. .  . . .  . . ..  . .   ..  . ......      . .    ..  .. . ...   . .     .  .    .   . ...     .     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                            222 3    3       3     66  66 3  3 3 3    3 99           3 888888888 2 66  3   3   3    3    3       3  3 3 7    7 888  3      3  7  1  555 22  444  1 1 666         1  666666   2 22 22  00000  1 22  444  22222222  1 2 9999999  1   5555555555 1  444  5555 22 555555     2222222  22 6666  22 555   6666 22 1  2  444  1  2 2   1  1 33    44  2  2 22  1 22   444  888   22 22222   2222  1    3    2  22 1   2222  22 1 999  1 1    9  9      444444  7 9     9   9   99  99 999  22 1     1 1   2  22  1 1  1 22  1       5555  444    66 3   3 333   3 2222 3  7      4 888  6   00  33 6   3   99  7    7777  3  7    11111111   3 99      3 3        3 3   3 3       66 66 3 66  6       6   6    11111  6  4   66    66 3   444    7    3   3 3 3  3 66 99 3  0 333   3  3 0000000  6 6  6    6 6  77   333  6 00  00 6  55555   00  6 7777 6   00   6    6 6    3 444     9   6   4444    6    6   6  66     9999999999   33    3  00    00  6 11111 6 6    9999999999  00 6     6 6    00 6   444   00000 6 6 6       5555     1  777  6  00  3  333333333  444 6  6 6 6 00 6 00    444   00   6     6   9 6 6 3  6 6     5555 88888  00 3 6  9 6    3 6  00  66  6  6  000000000   6    6 6 6 00      55555555   00  77 6  6 6 6  6 3 77  6 6   66  6 555555      6 6    00  00 6 444   6 6     6  6    0   0 000     0     
consensus                     :                                                                                                                                                     GTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-CA-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--A--TT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C----A--TT-TTT----------G-CT---AG----T--C-T-T--GTTTT-G--G--CC--A----AA--A---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CCG--T-AT-ATAAAGGGC-CG--A-TTC--G-GC--A-G-A-GC-T-ATTC-AC-TCTGCTGGG--GTG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-G--T-AG-GATTTTTC---AG-CAT--GT--T-ATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-TAAACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--A--TT-CATTTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGA-T-A-TT-C--C--T-TA-C-C-TTA-GC-A--T----TT-T-TA-TGGT-A-TTT-ATA--TTT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-TGTG-A-CCTT-G---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG--GAAGT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCA----TT-T-T-TTACTTC--T-TCTTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TT-T-A-C--C-T--TTTG---TTT--TTA-TTGAA-GTG-T-T-G-AA-C-ATAAT-C--A--A--GG--A-A-TC-C-AAAT-A-TT--GA--AT-TC-GG--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----A-CTG--TTA-C-AT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-C-TCAA--AA--G-G--ATTT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCG
Reference ( family-454 )      :                                                                                                                                                     GTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-CA-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--A--TT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C----A--TT-TTT----------G-CT---AG----T--C-T-T--GTTTT-G--G--CC--A----AA--A---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CCG--T-AT-ATAAAGGGC-CG--A-TTC--G-GC--A-G-A-GC-T-ATTC-AC-TCTGCTGGG--GTG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-G--T-AG-GATTTTTC---AG-CAT--GT--T-ATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-TAAACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--A--TT-CATTTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGA-T-A-TT-C--C--T-TA-C-C-TTA-GC-A--T----TT-T-TA-TGGT-A-TTT-ATA--TTT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-TGTG-A-CCTT-G---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG--GAAGT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCA----TT-T-T-TTACTTC--T-TCTTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TT-T-A-C--C-T--TTTG---TTT--TTA-TTGAA-GTG-T-T-G-AA-C-ATAAT-C--A--A--GG--A-A-TC-C-AAAT-A-TT--GA--AT-TC-GG--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----A-CTG--TTA-C-AT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-C-TCAA--AA--G-G--ATTT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCG
gi|1                          :                                                                                                                                                     GTGTAACCAAA-ATTTGTGATTTT--ATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--ACAAGTTAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATTAGGATA-G-ACTATT-T---TGAAAATCT-TG-C--TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TTTGAA--AGC-A--A--TA--T---T-C--ACCCAACGT------CA-G-CA---A--TT-TTT----------G-CT---CG----T--C---T--GTTTT-G--GCACC--A----AAACA---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-GCCGT-TT----TTAAT-AG-TA-T--CG-C--AAT---GTT--CAC--C-A---CCG-----T-ATAAAGGGC-C---A-TTC--A-GC--ATGCA-GCGT-ATTC-AC-TCTGCT--A--GTG-AGAGTAC-CTA-ATG--GT--C---CGTCT-GCCCT-T-C-A-GA--GT-T-TC-G------TTGCTT----CT---AC-T--C-TTT-ACG-AAG-T-G--T------TCATTT---AG-CTT--CC--T-ATA-TTG--AA-GATTGCAGAT-CGTTAAGTTTGAAACGGG-TA-AAATTT-G-TCTTGCCCTA-AAT-G-TAAACTA--CAAA-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--A--TTCCATTTT--GG-T--C-AGAGT-TAGA-AATT--GC-T-ACTT-C--CAAT-TA-CACATTAGGC-A--TTCTCTT-C-TA-ATGT-ATTTT-ATA--CTT-A---G--C-CA--TC-TTC--AG-CTGTTG-TAT--GAA-TGTG-A-CCTTGG---AATGA-TTT-ACTACTCTTGT-TAATGGTA--G--GAAGCAGTTGCGCAGTTG--TTGGAAA--TCCTTGGA-CCCTATT-T-GTTG----------TA--T-CGACTAA-CTCT--T-AAC---CCA----TTCT-T-TTACCCC--TCTCTCTCTT------TT--TA-TATC-------AA---C-TA-T-ATC--C-T--TTTG---TTT--TTA-TTGAA-GTGCT-T-G-AA-C-A-AAT-CAAA--A--GGGCA-A-TCAC-AAAT-A--T--GG--AT-CC-GGCGGCCGAAAATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-A----T-CTGCATTA-C-AT-G-T-GC-G-C-ACATT-ACA---G-T------GTGCTA-C-TCAA--AA--G-G--ATTT-T-TATCATTA-ACCCGGTGAT---GTGAGTTCCCG
gi|10                         :                                                                                                                                                     tTGTAACC--A-ATTT-TGATTTTTGATTA--GC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAGAATCG-CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG--AATCT-TG-CA-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--A--TT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C----AT-TT-TTT----------G-CT---AG----T--C-T---------------------------------GGT----A--T-CG-G----CC-GA-G-CGT-TT-A--TTTT---G-TA-T--TG----ATT---GTA--CAT--C-A---CCG--T-AT-ATAAAGGGC-CG--A-TTC--A-GC--A-G-A-GC-T-ATTC-AC-TCTGCT-GG--GCG-A-AGGAC-CTAGAT---GT--C---CG--T-G-CCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-A--TG-TTCGCTT----TT---tc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               t-TTT--GA-AACT----AA-CA-TAAG--------GGG-T--GGGTTT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-TAAACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG------T-CATTTT--GGTT--C-AGG---TGGA-AATT-GGA-T-A-TT-C--C--T-TA-C-C-TTA-GC-A--T----TT-TTTA-TGGT-A-TTT-ATA--TTT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-TGTG-A-CCCT-G---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG--GAAGT----------TCGT-TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T--TTA-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCA-----T-T-T-TTACTTC--T-TCTGT-AT-ATAA-TT--TATTA-A-------AA---C-TT-T-A-C--C-T--TTTG----TT--TTA-TTGAA-AGGTT-T-G-AA-C-ATAATCC--A--A--GG--A-A-TG-C-AAAT-A-TT--GGATAT-TC--G--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----A-CTA----------------------------AAA--TG-G------GTGCAA-C-TCCA--AA--GCG--ATTT-T-TATCA-AA-TTCC-GTG-TGAGGTCGG-TCCCGtttgaaactaacataaggggtgggtttttcttgctaaaatgtaaactacaaccccggcagagtcaagtcattttggttcaggtggaaattggatattccttaccttagcattttttatggtatttatatttaggctatttcagcgtgtacatgtgaccctgaattatttactttgattatgtatggaagttcgtttggaatcgtgacttttattatcgactactcttaaaccatttttacttcttctgtatataatttattaaaactttaccttttgttttattgaaaggtttgaacataatccaaggaatgcaaatattggatattcggataaacaggaccagtttactaaaatgggtgcaactccaaagcgatttttatcaaattccgtgtgaggtcggtcccgtt
gi|11                         : ttgtaaccaattttgatttttgattagccttgcattatgcagttattgcaggtatagcatatcagagaatcgcataaagtagatattttgaatcttgcatgtttacctttcattgcattgagcaatttatcacactcagcattttttgctagtctggtatcggccgagcgtttattttgtattgattgtacatcaccgtatataaagggccgattcagcagagctattcactctgctgggcgaaggacctagatgtccgtgccttcaagaacttcatgttcgcttttA-TG---T--TT---AC-C-T---T-CATTGCACTT---G--AGC-A--A--TG--T--AT-C--AC---AC-T------CA-GAC----AGTTT-TTC----------G-CT---AG----CTCC-T-T--GTTTT-A--G--CCCTA----AA--A---GGTTGGTA--T-CGTGA---AA-GA-G-CGT-T--A--TTTTT-AGCTA-T--CG-CCAGTT---GTT--CAC--CA----CCG--T-AT-ATAA-GGGC-CG--G-ATC--A-GC--A-G-A-GC-T-ATTC-AC-TCTGATGGG---TG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---AA--TTGCCCT-T-TCA-GA--A--T-TC-G--TGCTTCGCTT----TT---A-TT--C-CTT-ACG-TAG-A-GGCT-AG-GATTTT-C---AC-AAT--GT--T-ATA-TTTT-GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GTGCT--AGGTTTGC-TCTTGCTA-A-AAT-GGTAAACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--AAATT-CATTTTTGAGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGA-T-A-TT-C--CC-T-TA-C-C-TTA-GC-A--T----TT-T-TA-TGGT-A-ATG-ATA--TTTTA--GG--CCTA--T--TTC--AG-C----G-T-T--ACA-TG-G-A-CCT--G---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG---AAGT-----------CGC-TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-TCGTCTCTCTA--T-CGACT-A-CTCT--T-AA----CCA----TT-T-T---ACTTC------TTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TT-TCA-C--C-T--TTTG---TTT--TTA--TGAA-GTG-T-T-GCAA-C-ATAAT-CG-A--A--GG--A-A--C-C-AAATCA-TT--GA--AT-TC-GG--------G-TA-AACA-GTG-A--CCA-TT-T------CTG--TTA-C-AT-G-TGGC-G-CGAGA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-CGCCAA--AA--G-G----TT-T-TATCA-TA-ATCCAGTG-T---GAGGG-TCCCGtt
gi|12                         :                                                                                                                                                      TGTAAC---A-ATTT-TTATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C--TTA-T---CAGTTATTGC-A---G-----T-T--AG-CAT-ATC-AGAG-ACAG-C-TAAAG-TA-G-ATTATTAT---TG-AAATCT-TGCCA-TGA--T--TT---AA-C-TTA-TTCATT-C--TT---GAAAGCTA--A--TT--TTCAT-C--AC---A--T------CA-G-C----T--TTCTTT----------G-CT----G----T--CAT-TG-GTTGT-GTTG--CT--A----AA--AT--GGT----A----CG-GA---CACGA----GT-TT-A--TTTT---G-TA-T--CG-C--ATT---GCTGACAC--CAA---GCG--TAATAATAAAGGGC-CG--A-TTG--A-GC--A-A-C-G--T-ATTC--C-TCT-TTGTG--GTG-A-AGA---CTA-ATG--GT--C---CT--C-GCCTTCT-CAA-GA--ACGT-TC-G--TG--TCGTTT----GT---ACTT--CACTT-A-G--AG-A----T-AC-GATTTTCT---AGCCAT--GT--T-ATA-TTTTACA-AACT----AA-TG-TAAG--------GGG-T--AAGGTT-T-TCTTG-TA-A-AAT-A-TAATTTA--C--A-A--tta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                   GC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATAAGT-TA-G-A-TATTAT---TG-AAATCT-TG-CA-TGGGGT--TT---AC-C-T---TTC-TT-CA-TT------AGC-A--A--TT-----AT-C--AC---AC-T------CA-G-C----A--TT-TTT----------G-CT---AG----T--T-----------------------------------GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A---TTTT-AG--A-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CCGC-T-AT-AT--AGGGC-CG--ATTTC--A-GC--A-G-AGGC-T-ATTC-AC-GCTGCT-GG--GCG-A-AGGAC-CTA-AT---GT--C---CG--T-CCCTT-T-CAA-GA--AC-T-TCGG--TG-TTCGCTT----TTTAAACTA--A-CAT-A----AG-G-G--T--G-GGTTTTTC---
gi|14                         :                                                                                                                                                     GTGTAAC---A-ATTT-TGACTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGttgcctgaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GTT--C-AGG---TAGA-AAGT-GGA-T-A-TT-C--C--T-TA-C-C-TTT-GC-A--ttatacacttgttt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTC-AC-TCTGATGGG---TG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---
gi|2                          :                                                                                                                                                         AGC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--ACTCC-TTCG-C-ATTA-TC-GCAGTTACT---------------T---G-CAT-ATCGAGAG-ATCGGCATAAAG-TACGCA-TATT-CCTCTG-AAATAT-TG-CA-TG---T--TTCCTACGC-T---TTCATTGCA-T----G--AGCGA--A--TTCTT--AT-C--AT---TC-TAGCCTGCAAG-C----A--TT-TTTTTTGCGGCGCG-CTTTTAG----T--C-T-TTTGTTTTTG--G--CC--AGTAGAA--A---GGT----A--TGCG------CA-GA-GGCGT-TTTA--TTTTTTAG-TA-TGCCGGC--ATT---GTT--C----CA----CCG--TCAT-ATAA-GGGCGCG--A-TCA--A-GC--A-A-G-GC-T-ATTC----TCTGCTGGA---TG-A-AGGACGCTA-ATG--GT--CTGGCG--T-GCGCT-T-CA--GA--AC-TCTC-GAATG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAGTA-G--TCAG-GATTTTTTTTTAG-CAT--GTGTT-ATACTTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--A-GTTT-G-TCTTGCTA-ATCAT-G-TAAACTA--C--A-A--CCGCAGGCAG-AG--CAAG--A--TT-CATTTT--GGTTTCC-AGG---TAGA-AATTCGGACT-A-TT-CGGC--TCTA-C----TA--C-A--TCC--TT-T-TAGTGGTAA-TTA-ATACTTCT-ACCGG--C-TATTT--TTC--AGAC----G-TGT--ACA-TGTGAA-GCTT-G---AATTA-TTTCACT----TTGA-TTAT-GTACTGCCGAAGT----------TAG--TTGG-AA--TCGT--GAGC-----T-T-ATTG-T--------TAGTT-CGACT-AGCTCT--T--AA---CCA----TT-T-T-TTA--GC--T-TCTTTAAT-A-AAGTT--TA-TT-A-------AA---TACT-T-A-C--C-T--TTTG---TTT--TAT-TTGAA-GTG-T-T-G-AAGC-ATAAT-C--A--G--CG--A-A-TTGC-AAAT-A-TTCGGA--AT-TCTGG--------GATA-AA-A-G-GTAGCCCAGTT-TTAGGG-CTG--ATA-A-TT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACATTTG-T------GTGCTA-C-TGCA--AA--G-G---TTT-T-TATC
gi|3                          :                                                                                                                                                   tacTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTACAAC--CCTT-G-C-ATTT-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TATTTAG-CAT-ATC-AGAG-ATCG------------------TT-T---TG-AAATCT-TG-CA-TG---T--T----AC-C-T---TTC--TCCA-TT---G--AGC-ATTA--CT--T--ATAC--AC---ACGT------CA-GGC----A--TT-TT-------------CT---AGCAGAT--C-T-G--GTTT--G--G--CC--A----GA--ATGCGGTT---A--T-CG-AAGAGCA-GAAG-CGTGTT-AA-TTTTT-AGATAAT--CG-C--ACTTCAGTT--CAC--CA----CCG----A--ATAAAGGCC-CG--A-TTT--G--C--A---A-GC-TTATTC-ACCTCTGCTGGG---TG-A-GAAAC-ATA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-T-AAA-GAGAAC-T-TC-G--TG-TTCGCTTAAAATT---ACTTGTC-CTA-A-G-TTA-A-GC-T-AGTGATTTTTC---AG-CATCAGTG-T-ATA-TTT--GA-ACTT----AA-CGATAAG--------GGG-TTAAGGTTT-T--CTTGCTA-A-AATCG-TAAACTA--C--A-A--CC-C-GGCAGGAGT-CAAAGAA--TT-CTTTTTT-GGTT--C-AGG---TAGATAATT-GGA-T----T-C--C--T-TAAC-C-TTA-GC-AGTT----TTAT-TA-TGGT-A-TTGGATA--TTT-A--AGGCC-TA--TGATTC--AG-C----GATGTTAACA-TGTG-A-CCTT-GTCGAATTAATTT-ACTC---TTGAGTTAT-GTA-TG--GAAGT----------TTGAGTTGATAA--TC-T--GG-C-----TAT-ATTAAT--------TA--T-CGACT-A-CTCTATT-AAA---CAA----TT-T-TACTATTTC--T-T--TTAAT-A-AA-TTGTTA-TA-A-------AA------T-C-A-CGGC-TGTTTCGCGATTT--TTT-TTGAAAGTG-T-GAG-AA-C-AAAAT-C--A------G--A-A-TC-CGAAAT-A-TT--GA--AT-TT-GG---------ATGCAAC--G-G-A--CCAGTT------A-CTG--TTA-C-AT-G-T-GCTG-C--CA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-C-TAAA--AA--G-G--ATTTGT-TATCA-TA-ATCCTGTG-T---GTGGG-TCCCGtatcc
gi|4                          :                                                                                                                                                      TGTAAC---AGATTT-TGATTTT-GATTA------C-TT-G-C-ATTA-TCGGCAGTT--TGC-AG--G-----T-T--AG-CATGATC-AAGA-ATC--CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG--AATCT-TGCCA-TG---T--TG---TC-C-T---TTCATTGT--TC---G--A-C-A--ATTTT--T--AT-TCAAC---AA-T------CA-A-CAGCGA--TT-TTT----------GCCT---AG----T--C-T-T--GTTTT----G--CC--A----AA--A---GGT----T--C-CG-GA---CA-GATGTCGT-TT-A--TTTTT-AG--A-T--CG-C--ATT---GTT--CACGACAAC--CCG--T-AT----AAGGGCTCG--A--TCAAG-GCAAA-G-A-GC-T-TTTC-AC-TCTGCT-GG--GTG-A-AGGAC-CTA-ATG--GTTCC---CG--T-GCCCT-TCCAATGA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-TTT-A---TAG-AGG--T-AGTGATTTTTC---AG-CAT--GTC-T-ATA-TTT--GATAACTAA--AA-CG-TAAG--------GGT-G--AGG-TT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-TTAGCCA--T--ACA--CC-CCGGCAG-AGTCCAAG--A--TT-CATTTT--GGTT--C-AGGTTTTAGA-ACTT-GGA-T-A-TT-C--C--T-TAGC-C-TTA-GC-AT-T----TT-T-TA-TGTA-A-TTA-ATA--TTT-A--GG--C-TA--T--TTCCAGG-C----G-TGT--ACAGTGTG-ATTCTT-G---AATTT-TTT-ACT----TTGA-TT-T-GTA-TG--GAAGTTC--------TCT--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-CTTGTT--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAATTTCC-----TA-T-T-TTACTTCCTT-TCTTTAAT-T-A---T--TA-TA-ATTATTCCAAACTC-TT-T-A-C--T-T--TTTGTT-TTT--TTA-TTGAA-GTG-T-T-G-AA-CGATAATGC--ATGA--GG--A-A-TC-C-AAATGA-TT--GT--AT-TC-GG--------GGTA-A--A-G-G-A--CCAGTTGT----AGCTG--TT--C-ATCG-T-GC-GTC-ACA-TAACA--TG-T------GTGCTAGC-TCAATTAA--G-G--ATTT-TCTATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-tta
gi|5                          :                                                                                                                                                    aGTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATACAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-CA-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--A--TT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C----A--TT-TTT----------G-CT---AG----T--C-T-T--GTTTT-G--G--CC--A----AA--A---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CCG--T-AT-ACAAAGGGC-CG--A-TTC--G-AC--A-G-A-GT-T-ATTC-A--TCTGCTGG----TG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-G--T-AG-GATTTTTC---AG-CAT--GT--T-ATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTT-TTTCTTGCTA-A-AAT-G-TAAACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--A--TT-CATTTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGA-G-A-TT-C--C--T-TA-C-C-TTA-GC-A--T----TT-T-TA-TGGT-A-TTT-ATA--TTT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-TGTG-A-CCTT-G---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG--GAAAT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCA----TT-T-T-TAACTTC--T-TCTTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TT-T-A-C--C-T--TTTG---TTT--TTA-TTGAA-GTG-T-T-G-AA-C-ATAAT-C--A--A--GG--ATA-TC-C-AAAT-A-TT--GA--AT-TC-GG--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----A-CTG--TTA-C-AT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACAT-TGTT------GTGCTA-C-TAAA--AA--G-G--ATTT-T-TATC--TAGATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCGt
gi|6                          :                                                                                                                                                      TGTAAC---A--TTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTAAT--GCAGTTTATGCGAG--G-----TAT--AG-CAT-AC---GAG-ATCG-CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAA-CT-TG-CAATG---TCTTT---AC-C-TGTTTCCATTGCA-T----G--AGC-A--A--TT--T--A-----AC---AC-TA-----CA-G-C----T--AT-TTT----------G-CT---A-----T--C-TAT--GTTTT-GA-G--CC--AG---AA--A---GGT----A--T-CGTGA---CA-GA-G-CGT-TT-AATTTTTT-AG-TAAT--CG-C--AT----GT---CAT--CAAGTCCCG--T-AT-ATAAAGGGA-CGGAA-TTT--GAGC--A-G---GC-T-AT-C-AC-TCTGCTGGGTGGTGCA-AGGAC-CTA-ATGTGGT--C---CG--T-GCCCT-T-CAATGA--AC-T-TC-G---G-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTTGA-G-TAG-A-G--T-AG-GATT-----------AT--GT--T----------GACAACT----AAACG-TA----------GGG-T--AGGTTT-T-T--TGCTA-A-AAT-G-TCAACTAACC--A-AAACC-TCGAC-G-AGT-CAAG--A--AT-C-TTTT--G-TT--C--GG---TAGATAATT-GGA-TTA-TTGC--C--T-TA-C---TTA-GCTA--T----TT-T-TA-TGGT-A-TTT-GTA--TTT-A--GG--C---------------------------------------CCTT-G---AATTAGTTT-ACT----TTGA-TTAT-G-A-TGT-GAAGT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-TTATTG-T--------TA--CATGAC--A-CTCT--TTAAA---CCT----AT-T-C-TTACTTC--T-TCTTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TTAT-G-C--C----TTTG---TTTGATTAGTTGAA-GTG-T-T-GAAA-C-ATAAT-C--A--AAGGG--A-A-TC-C-AAAT-A-TT--GA--ATGTC-GG--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-G----A-CCG--CTA-CAAT-GTT-GC-G-C--CA-G-AT----------------CTA-----AA--AAAGG-G--ATTT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCG
gi|7                          :                                                                                                                                                     tTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT---G-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-CA-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--A--TT-----AT-C--AC---AC-T------CA-G-C----A--TT-TTT----------G-CT---AG----T--C-T-T--GTTTT-G--G--CC--A----AA--A---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CCG--T-AT-ATAAAGGGC-CG--A-TTC--A-GC--A-G-A-TC-T-ATTC-AC-TCTGCT-GG--GTG-A-A-GAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-T--T-AG-GA-TTTTC---AG-CAT--GT--T-ATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-TAAACTA--C--C-A--CC-CCAGCAG-AGT-CAAG--A--TT-CA-TTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGA-T-A-TC-C--C--T-TA-C-C-TTA-GC-GT-T----TT-T-TA-TGGT-A-TTT-AT---TTT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-TGTG-A-CCTT-G---AATTA-TTT-ACT----TTGA--TAT-GTA-TG--GAAGT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCATTTTTT-T-T-TTACTTC--T-CTTTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TT-T-A-C--CTT--TTTG---TTT--TTA-TTGAA-GTG-T-T-G-AA-C-ATAAT-C--A--A--GG--A-A-TC-C-AAAT-A-TT--GA--AT-TC--G--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----T-CTG--TTA-C-AT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-C-TCAA--AA--G-G--A-TT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-ttctacattttt
gi|8                          :                                                                                                                                                     GTGTAAC---A-ATTT-TAATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-CAATTA----GCAGTTATTGC-AGGTG-----TAT--AGACCT-ATT-CGAG-ATCG-CATAAAG-TA-C-G-GATT-T---TG-AAATCTATG-CA-TG---T--TT---AC-CGT---TTCATTGCA-TT---T--AGC-A--A--TT--T--AT-C--AC---ACAT------CA-G-C----A--TT-TTT----------G-CT---AG----T--C-T-T--GTTTT-G--G--CC--A----AA--A---AG-----AGTT-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--C--C--ATT---GTT--CAC--CAA---CCGCTC-AT-ATAAAGGGC-CG--A-TTC--A-GC--A-G-A-GC----TTCAAC-TC-GCT-GG--GTGAA-AGGAC-CTA-ATG--GT--CG--CG--T-GCCCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-G--TG-TT--CCT----TT---ACTT--C-CTT-A-GTTAG-A-A--T-AG-GA-TTTTC---AG-CA---GT--TGATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAA---------GGG-T--AG--TT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-T-AACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--AG-TT-CA-TTT--GGTT--CAAGG---TAGA-AATT-GGA-A-A-TT-C--C--T-TATC-C-TTA-GC-A--T----TT-T-TA-AGGT-A-TTT-ATA---TT-A--GG--C-TAT-T--TTC--AG-C----G-TG---AAA-CGT--A-CCTTAG---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-TGA-TG--GAA-T----------TCG--TTGG-AAATCCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCA----TT-TCT-TTACTTC--T-TCTTTAATAA-AA-TT--TACTACA-------AA---C-TT-T-A-C--C-T--TTTG---TTT--TTA-TTGAA--TG-TCT-G-AA-C-ATAAT-C--A--A--GG--ATACTCAC-AAAT-ATTT--GA--AT-TC-GG---------------------------AGAT-T----A-CTG--TTATC-AT-G-T-GC-GCC-ACA-T-CCA--TG-TGGGGGGGTGCTA-C-TCAA--AA--G-G----TT-T-TATCA-TA-
gi|9                          :                                                                                                                                                     tTGTAAC---A-ATTT-TGATTT--GATTA--AC--C-TT-GTC-ATTA-T--G-AGTTATTGC-A---------TAT--AG-CA--ATC-AGAG-ATCG-CATAAGG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-CA-T----T--TT----C-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--A--TT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C----A--TT-TT-----------G-CT---AG----T--C-T-T--GTTTT-G-----CC--A----AA--A---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTT--AG-TA-T--C--C--ATT---GT---CAC----A---CC---T-AT-ATAA-GGAC-CG--A-TTT--G--C--A-G-A-GC-T-ATTC-AC-TCTGCTGGG---TG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T--CCCT-T-TAA-GA--AC-T--C-G--TG-TTCGCTT----GT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-A--T-AG-GATTTT-C---AG--AT--GT--T-ATA--------------------CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTT-T-TCTTGCTA-A-AAA-G-TATCCTA--C--A-A--CC-CCGGCA--AGT-CAAA--A--TT-CA-TTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AAGT-GGA-T-A-TT----C--T-TA-C-T-TTT-GC-A--T----TT-T-TT-AGGC-A-TTT-A-A---TT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-CGTG-A-CCTT-G----ATTATTTT-ACT----TTGA-TTAT--TA-TG--AAGGT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T--AA---CCA-----T-A-T-TTACTTC----TCTTT-AT-ATAT-TT--TA-TA-A-------AA---C--T-T-A-C--C-T--TT-----TTT--TTA-TTGAA-GTGTT-T-G-AA-C-ATAAT----A--A--GG--A-A-TC-C-ATAT-A-TT--GAT-AT----GG--------CAT--AACATG-G-A--CCAG-T-T----A-CTG--TT--C-AT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-C-TCAC--AA--G-GATATTT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTTGG-TCCc





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        11111111      1111111      1111111111                 111111     1111111                                                                                             11111   1111                                                       111111                                                                                                     1111                          11                  1111          11111111                                                                                                111                               1            1111111                                       11111                                             1       1111                       2222222222   11                                1111111111                               11111                                        111111111                          111                  1                1111                1                         111111111                      11111111                                        111111                                            1                   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                            999 3    3       3     44  44 3  3 3 3    3 77           3 888888888 1 44  3   3   3    3    3       3  3 3 6    6 555  3      3  6  3  888 44  555  3 3 999         3  666666   6 44 44  77777  3 44  555  22222222  3 6 1111111  3   3333333333 3  555  6666 44 000000     1111111  44 9999  44 888   9999 44 3  6  555  3  6 9   3  3 77    55  6  6 44  3 44   555  444   44 11111   3333  3    2    6  44 3   7777  44 3 333  3 3    2  2      444444  5 2     2   2   33  33 777  44 3     3 3   6  44  3 3  3 44  3       6666  555    44 3   3 888   3 0000 3  6      2 555  3   55  22 3   3   77  6    1111  3  6    22222222   3 77      3 3        3 3   3 3       44 44 3 44  3       3   3    99999  3  4   88    44 3   000    6    3   3 3 3  3 44 77 3  0 666   3  3 5555555  3 3  3    3 3  33   666  3 55  55 3  00000   55  3 7777 3   55   3    3 3    7 666     0   3   1111    3    3   3  88     0000000000   22    7  55    55  3 99999 3 3    5555555555  55 3     3 3    55 3   666   00000 3 3 3       8888     2  888  3  55  7  222222222  666 3  3 3 3 55 3 55    111   55   3     3   0 3 3 7  3 3     0000 66666  55 7 3  0 3    7 3  55  88  3  3  666666666   3    3 3 3 55      66666666   55  55 3  3 3 3  3 7 55  3 3   88  3 000000      3 3    55  55 3 999   3 3     3  3    2   4 777     4     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                            ... .    .       .     ..  .. .  . . .    . ..           . ......... . ..  .   .   .    .    .       .  . . .    . ...  .      .  .  .  ... ..  ...  . . ...         .  ......   . .. ..  .....  . ..  ...  ........  . . .......  .   .......... .  ...  .... .. ......     .......  .. ....  .. ...   .... .. .  .  ...  .  . .   .  . ..    ..  .  . ..  . ..   ...  ...   .. .....   ....  .    .    .  .. .   ....  .. . ...  . .    .  .      ......  . .     .   .   ..  .. ...  .. .     . .   .  ..  . .  . ..  .       ....  ...    .. .   . ...   . .... .  .      . ...  .   ..  .. .   .   ..  .    ....  .  .    ........   . ..      . .        . .   . .       .. .. . ..  .       .   .    .....  .  .   ..    .. .   ...    .    .   . . .  . .. .. .  . ...   .  . .......  . .  .    . .  ..   ...  . ..  .. .  .....   ..  . .... .   ..   .    . .    . ...     .   .   ....    .    .   .  ..     ..........   ..    .  ..    ..  . ..... . .    ..........  .. .     . .    .. .   ...   ..... . . .       ....     .  ...  .  ..  .  .........  ... .  . . . .. . ..    ...   ..   .     .   . . . .  . .     .... .....  .. . .  . .    . .  ..  ..  .  .  .........   .    . . . ..      ........   ..  .. .  . . .  . . ..  . .   ..  . ......      . .    ..  .. . ...   . .     .  .    .   . ...     .     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                            222 3    3       3     66  66 3  3 3 3    3 99           3 888888888 2 66  3   3   3    3    3       3  3 3 7    7 888  3      3  7  1  555 22  444  1 1 666         1  666666   2 22 22  00000  1 22  444  22222222  1 2 9999999  1   5555555555 1  444  5555 22 555555     2222222  22 6666  22 555   6666 22 1  2  444  1  2 2   1  1 33    44  2  2 22  1 22   444  888   22 22222   2222  1    3    2  22 1   2222  22 1 999  1 1    9  9      444444  7 9     9   9   99  99 999  22 1     1 1   2  22  1 1  1 22  1       5555  444    66 3   3 333   3 2222 3  7      4 888  6   00  33 6   3   99  7    7777  3  7    11111111   3 99      3 3        3 3   3 3       66 66 3 66  6       6   6    11111  6  4   66    66 3   444    7    3   3 3 3  3 66 99 3  0 333   3  3 0000000  6 6  6    6 6  77   333  6 00  00 6  55555   00  6 7777 6   00   6    6 6    3 444     9   6   4444    6    6   6  66     9999999999   33    3  00    00  6 11111 6 6    9999999999  00 6     6 6    00 6   444   00000 6 6 6       5555     1  777  6  00  3  333333333  444 6  6 6 6 00 6 00    444   00   6     6   9 6 6 3  6 6     5555 88888  00 3 6  9 6    3 6  00  66  6  6  000000000   6    6 6 6 00      55555555   00  77 6  6 6 6  6 3 77  6 6   66  6 555555      6 6    00  00 6 444   6 6     6  6    0   0 000     0     
consensus                     :                                                                                                                                                     GTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-CA-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--A--TT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C----A--TT-TTT----------G-CT---AG----T--C-T-T--GTTTT-G--G--CC--A----AA--A---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CCG--T-AT-ATAAAGGGC-CG--A-TTC--G-GC--A-G-A-GC-T-ATTC-AC-TCTGCTGGG--GTG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-G--T-AG-GATTTTTC---AG-CAT--GT--T-ATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-TAAACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--A--TT-CATTTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGA-T-A-TT-C--C--T-TA-C-C-TTA-GC-A--T----TT-T-TA-TGGT-A-TTT-ATA--TTT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-TGTG-A-CCTT-G---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG--GAAGT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCA----TT-T-T-TTACTTC--T-TCTTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TT-T-A-C--C-T--TTTG---TTT--TTA-TTGAA-GTG-T-T-G-AA-C-ATAAT-C--A--A--GG--A-A-TC-C-AAAT-A-TT--GA--AT-TC-GG--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----A-CTG--TTA-C-AT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-C-TCAA--AA--G-G--ATTT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCG
Reference ( family-454 )      :                                                                                                                                                     GTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-CA-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--A--TT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C----A--TT-TTT----------G-CT---AG----T--C-T-T--GTTTT-G--G--CC--A----AA--A---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CCG--T-AT-ATAAAGGGC-CG--A-TTC--G-GC--A-G-A-GC-T-ATTC-AC-TCTGCTGGG--GTG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-G--T-AG-GATTTTTC---AG-CAT--GT--T-ATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-TAAACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--A--TT-CATTTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGA-T-A-TT-C--C--T-TA-C-C-TTA-GC-A--T----TT-T-TA-TGGT-A-TTT-ATA--TTT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-TGTG-A-CCTT-G---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG--GAAGT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCA----TT-T-T-TTACTTC--T-TCTTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TT-T-A-C--C-T--TTTG---TTT--TTA-TTGAA-GTG-T-T-G-AA-C-ATAAT-C--A--A--GG--A-A-TC-C-AAAT-A-TT--GA--AT-TC-GG--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----A-CTG--TTA-C-AT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-C-TCAA--AA--G-G--ATTT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCG
gi|1                          :                                                                                                                                                     GTGTAACCAAA-ATTTGTGATTTT--ATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--ACAAGTTAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATTAGGATA-G-ACTATT-T---TGAAAATCT-TG-C--TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TTTGAA--AGC-A--A--TA--T---T-C--ACCCAACGT------CA-G-CA---A--TT-TTT----------G-CT---CG----T--C---T--GTTTT-G--GCACC--A----AAACA---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-GCCGT-TT----TTAAT-AG-TA-T--CG-C--AAT---GTT--CAC--C-A---CCG-----T-ATAAAGGGC-C---A-TTC--A-GC--ATGCA-GCGT-ATTC-AC-TCTGCT--A--GTG-AGAGTAC-CTA-ATG--GT--C---CGTCT-GCCCT-T-C-A-GA--GT-T-TC-G------TTGCTT----CT---AC-T--C-TTT-ACG-AAG-T-G--T------TCATTT---AG-CTT--CC--T-ATA-TTG--AA-GATTGCAGAT-CGTTAAGTTTGAAACGGG-TA-AAATTT-G-TCTTGCCCTA-AAT-G-TAAACTA--CAAA-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--A--TTCCATTTT--GG-T--C-AGAGT-TAGA-AATT--GC-T-ACTT-C--CAAT-TA-CACATTAGGC-A--TTCTCTT-C-TA-ATGT-ATTTT-ATA--CTT-A---G--C-CA--TC-TTC--AG-CTGTTG-TAT--GAA-TGTG-A-CCTTGG---AATGA-TTT-ACTACTCTTGT-TAATGGTA--G--GAAGCAGTTGCGCAGTTG--TTGGAAA--TCCTTGGA-CCCTATT-T-GTTG----------TA--T-CGACTAA-CTCT--T-AAC---CCA----TTCT-T-TTACCCC--TCTCTCTCTT------TT--TA-TATC-------AA---C-TA-T-ATC--C-T--TTTG---TTT--TTA-TTGAA-GTGCT-T-G-AA-C-A-AAT-CAAA--A--GGGCA-A-TCAC-AAAT-A--T--GG--AT-CC-GGCGGCCGAAAATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-A----T-CTGCATTA-C-AT-G-T-GC-G-C-ACATT-ACA---G-T------GTGCTA-C-TCAA--AA--G-G--ATTT-T-TATCATTA-ACCCGGTGAT---GTGAGTTCCCG
gi|10                         :                                                                                                                                                     tTGTAACC--A-ATTT-TGATTTTTGATTA--GC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAGAATCG-CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG--AATCT-TG-CA-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--A--TT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C----AT-TT-TTT----------G-CT---AG----T--C-T---------------------------------GGT----A--T-CG-G----CC-GA-G-CGT-TT-A--TTTT---G-TA-T--TG----ATT---GTA--CAT--C-A---CCG--T-AT-ATAAAGGGC-CG--A-TTC--A-GC--A-G-A-GC-T-ATTC-AC-TCTGCT-GG--GCG-A-AGGAC-CTAGAT---GT--C---CG--T-G-CCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-A--TG-TTCGCTT----TT---tc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               t-TTT--GA-AACT----AA-CA-TAAG--------GGG-T--GGGTTT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-TAAACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG------T-CATTTT--GGTT--C-AGG---TGGA-AATT-GGA-T-A-TT-C--C--T-TA-C-C-TTA-GC-A--T----TT-TTTA-TGGT-A-TTT-ATA--TTT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-TGTG-A-CCCT-G---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG--GAAGT----------TCGT-TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T--TTA-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCA-----T-T-T-TTACTTC--T-TCTGT-AT-ATAA-TT--TATTA-A-------AA---C-TT-T-A-C--C-T--TTTG----TT--TTA-TTGAA-AGGTT-T-G-AA-C-ATAATCC--A--A--GG--A-A-TG-C-AAAT-A-TT--GGATAT-TC--G--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----A-CTA----------------------------AAA--TG-G------GTGCAA-C-TCCA--AA--GCG--ATTT-T-TATCA-AA-TTCC-GTG-TGAGGTCGG-TCCCGtttgaaactaacataaggggtgggtttttcttgctaaaatgtaaactacaaccccggcagagtcaagtcattttggttcaggtggaaattggatattccttaccttagcattttttatggtatttatatttaggctatttcagcgtgtacatgtgaccctgaattatttactttgattatgtatggaagttcgtttggaatcgtgacttttattatcgactactcttaaaccatttttacttcttctgtatataatttattaaaactttaccttttgttttattgaaaggtttgaacataatccaaggaatgcaaatattggatattcggataaacaggaccagtttactaaaatgggtgcaactccaaagcgatttttatcaaattccgtgtgaggtcggtcccgtt
gi|11                         : ttgtaaccaattttgatttttgattagccttgcattatgcagttattgcaggtatagcatatcagagaatcgcataaagtagatattttgaatcttgcatgtttacctttcattgcattgagcaatttatcacactcagcattttttgctagtctggtatcggccgagcgtttattttgtattgattgtacatcaccgtatataaagggccgattcagcagagctattcactctgctgggcgaaggacctagatgtccgtgccttcaagaacttcatgttcgcttttA-TG---T--TT---AC-C-T---T-CATTGCACTT---G--AGC-A--A--TG--T--AT-C--AC---AC-T------CA-GAC----AGTTT-TTC----------G-CT---AG----CTCC-T-T--GTTTT-A--G--CCCTA----AA--A---GGTTGGTA--T-CGTGA---AA-GA-G-CGT-T--A--TTTTT-AGCTA-T--CG-CCAGTT---GTT--CAC--CA----CCG--T-AT-ATAA-GGGC-CG--G-ATC--A-GC--A-G-A-GC-T-ATTC-AC-TCTGATGGG---TG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---AA--TTGCCCT-T-TCA-GA--A--T-TC-G--TGCTTCGCTT----TT---A-TT--C-CTT-ACG-TAG-A-GGCT-AG-GATTTT-C---AC-AAT--GT--T-ATA-TTTT-GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GTGCT--AGGTTTGC-TCTTGCTA-A-AAT-GGTAAACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--AAATT-CATTTTTGAGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGA-T-A-TT-C--CC-T-TA-C-C-TTA-GC-A--T----TT-T-TA-TGGT-A-ATG-ATA--TTTTA--GG--CCTA--T--TTC--AG-C----G-T-T--ACA-TG-G-A-CCT--G---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG---AAGT-----------CGC-TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-TCGTCTCTCTA--T-CGACT-A-CTCT--T-AA----CCA----TT-T-T---ACTTC------TTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TT-TCA-C--C-T--TTTG---TTT--TTA--TGAA-GTG-T-T-GCAA-C-ATAAT-CG-A--A--GG--A-A--C-C-AAATCA-TT--GA--AT-TC-GG--------G-TA-AACA-GTG-A--CCA-TT-T------CTG--TTA-C-AT-G-TGGC-G-CGAGA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-CGCCAA--AA--G-G----TT-T-TATCA-TA-ATCCAGTG-T---GAGGG-TCCCGtt
gi|12                         :                                                                                                                                                      TGTAAC---A-ATTT-TTATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C--TTA-T---CAGTTATTGC-A---G-----T-T--AG-CAT-ATC-AGAG-ACAG-C-TAAAG-TA-G-ATTATTAT---TG-AAATCT-TGCCA-TGA--T--TT---AA-C-TTA-TTCATT-C--TT---GAAAGCTA--A--TT--TTCAT-C--AC---A--T------CA-G-C----T--TTCTTT----------G-CT----G----T--CAT-TG-GTTGT-GTTG--CT--A----AA--AT--GGT----A----CG-GA---CACGA----GT-TT-A--TTTT---G-TA-T--CG-C--ATT---GCTGACAC--CAA---GCG--TAATAATAAAGGGC-CG--A-TTG--A-GC--A-A-C-G--T-ATTC--C-TCT-TTGTG--GTG-A-AGA---CTA-ATG--GT--C---CT--C-GCCTTCT-CAA-GA--ACGT-TC-G--TG--TCGTTT----GT---ACTT--CACTT-A-G--AG-A----T-AC-GATTTTCT---AGCCAT--GT--T-ATA-TTTTACA-AACT----AA-TG-TAAG--------GGG-T--AAGGTT-T-TCTTG-TA-A-AAT-A-TAATTTA--C--A-A--tta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                   GC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATAAGT-TA-G-A-TATTAT---TG-AAATCT-TG-CA-TGGGGT--TT---AC-C-T---TTC-TT-CA-TT------AGC-A--A--TT-----AT-C--AC---AC-T------CA-G-C----A--TT-TTT----------G-CT---AG----T--T-----------------------------------GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A---TTTT-AG--A-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CCGC-T-AT-AT--AGGGC-CG--ATTTC--A-GC--A-G-AGGC-T-ATTC-AC-GCTGCT-GG--GCG-A-AGGAC-CTA-AT---GT--C---CG--T-CCCTT-T-CAA-GA--AC-T-TCGG--TG-TTCGCTT----TTTAAACTA--A-CAT-A----AG-G-G--T--G-GGTTTTTC---
gi|14                         :                                                                                                                                                     GTGTAAC---A-ATTT-TGACTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGttgcctgaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GTT--C-AGG---TAGA-AAGT-GGA-T-A-TT-C--C--T-TA-C-C-TTT-GC-A--ttatacacttgttt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTC-AC-TCTGATGGG---TG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---
gi|2                          :                                                                                                                                                         AGC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--ACTCC-TTCG-C-ATTA-TC-GCAGTTACT---------------T---G-CAT-ATCGAGAG-ATCGGCATAAAG-TACGCA-TATT-CCTCTG-AAATAT-TG-CA-TG---T--TTCCTACGC-T---TTCATTGCA-T----G--AGCGA--A--TTCTT--AT-C--AT---TC-TAGCCTGCAAG-C----A--TT-TTTTTTGCGGCGCG-CTTTTAG----T--C-T-TTTGTTTTTG--G--CC--AGTAGAA--A---GGT----A--TGCG------CA-GA-GGCGT-TTTA--TTTTTTAG-TA-TGCCGGC--ATT---GTT--C----CA----CCG--TCAT-ATAA-GGGCGCG--A-TCA--A-GC--A-A-G-GC-T-ATTC----TCTGCTGGA---TG-A-AGGACGCTA-ATG--GT--CTGGCG--T-GCGCT-T-CA--GA--AC-TCTC-GAATG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAGTA-G--TCAG-GATTTTTTTTTAG-CAT--GTGTT-ATACTTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--A-GTTT-G-TCTTGCTA-ATCAT-G-TAAACTA--C--A-A--CCGCAGGCAG-AG--CAAG--A--TT-CATTTT--GGTTTCC-AGG---TAGA-AATTCGGACT-A-TT-CGGC--TCTA-C----TA--C-A--TCC--TT-T-TAGTGGTAA-TTA-ATACTTCT-ACCGG--C-TATTT--TTC--AGAC----G-TGT--ACA-TGTGAA-GCTT-G---AATTA-TTTCACT----TTGA-TTAT-GTACTGCCGAAGT----------TAG--TTGG-AA--TCGT--GAGC-----T-T-ATTG-T--------TAGTT-CGACT-AGCTCT--T--AA---CCA----TT-T-T-TTA--GC--T-TCTTTAAT-A-AAGTT--TA-TT-A-------AA---TACT-T-A-C--C-T--TTTG---TTT--TAT-TTGAA-GTG-T-T-G-AAGC-ATAAT-C--A--G--CG--A-A-TTGC-AAAT-A-TTCGGA--AT-TCTGG--------GATA-AA-A-G-GTAGCCCAGTT-TTAGGG-CTG--ATA-A-TT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACATTTG-T------GTGCTA-C-TGCA--AA--G-G---TTT-T-TATC
gi|3                          :                                                                                                                                                   tacTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTACAAC--CCTT-G-C-ATTT-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TATTTAG-CAT-ATC-AGAG-ATCG------------------TT-T---TG-AAATCT-TG-CA-TG---T--T----AC-C-T---TTC--TCCA-TT---G--AGC-ATTA--CT--T--ATAC--AC---ACGT------CA-GGC----A--TT-TT-------------CT---AGCAGAT--C-T-G--GTTT--G--G--CC--A----GA--ATGCGGTT---A--T-CG-AAGAGCA-GAAG-CGTGTT-AA-TTTTT-AGATAAT--CG-C--ACTTCAGTT--CAC--CA----CCG----A--ATAAAGGCC-CG--A-TTT--G--C--A---A-GC-TTATTC-ACCTCTGCTGGG---TG-A-GAAAC-ATA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-T-AAA-GAGAAC-T-TC-G--TG-TTCGCTTAAAATT---ACTTGTC-CTA-A-G-TTA-A-GC-T-AGTGATTTTTC---AG-CATCAGTG-T-ATA-TTT--GA-ACTT----AA-CGATAAG--------GGG-TTAAGGTTT-T--CTTGCTA-A-AATCG-TAAACTA--C--A-A--CC-C-GGCAGGAGT-CAAAGAA--TT-CTTTTTT-GGTT--C-AGG---TAGATAATT-GGA-T----T-C--C--T-TAAC-C-TTA-GC-AGTT----TTAT-TA-TGGT-A-TTGGATA--TTT-A--AGGCC-TA--TGATTC--AG-C----GATGTTAACA-TGTG-A-CCTT-GTCGAATTAATTT-ACTC---TTGAGTTAT-GTA-TG--GAAGT----------TTGAGTTGATAA--TC-T--GG-C-----TAT-ATTAAT--------TA--T-CGACT-A-CTCTATT-AAA---CAA----TT-T-TACTATTTC--T-T--TTAAT-A-AA-TTGTTA-TA-A-------AA------T-C-A-CGGC-TGTTTCGCGATTT--TTT-TTGAAAGTG-T-GAG-AA-C-AAAAT-C--A------G--A-A-TC-CGAAAT-A-TT--GA--AT-TT-GG---------ATGCAAC--G-G-A--CCAGTT------A-CTG--TTA-C-AT-G-T-GCTG-C--CA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-C-TAAA--AA--G-G--ATTTGT-TATCA-TA-ATCCTGTG-T---GTGGG-TCCCGtatcc
gi|4                          :                                                                                                                                                      TGTAAC---AGATTT-TGATTTT-GATTA------C-TT-G-C-ATTA-TCGGCAGTT--TGC-AG--G-----T-T--AG-CATGATC-AAGA-ATC--CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG--AATCT-TGCCA-TG---T--TG---TC-C-T---TTCATTGT--TC---G--A-C-A--ATTTT--T--AT-TCAAC---AA-T------CA-A-CAGCGA--TT-TTT----------GCCT---AG----T--C-T-T--GTTTT----G--CC--A----AA--A---GGT----T--C-CG-GA---CA-GATGTCGT-TT-A--TTTTT-AG--A-T--CG-C--ATT---GTT--CACGACAAC--CCG--T-AT----AAGGGCTCG--A--TCAAG-GCAAA-G-A-GC-T-TTTC-AC-TCTGCT-GG--GTG-A-AGGAC-CTA-ATG--GTTCC---CG--T-GCCCT-TCCAATGA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-TTT-A---TAG-AGG--T-AGTGATTTTTC---AG-CAT--GTC-T-ATA-TTT--GATAACTAA--AA-CG-TAAG--------GGT-G--AGG-TT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-TTAGCCA--T--ACA--CC-CCGGCAG-AGTCCAAG--A--TT-CATTTT--GGTT--C-AGGTTTTAGA-ACTT-GGA-T-A-TT-C--C--T-TAGC-C-TTA-GC-AT-T----TT-T-TA-TGTA-A-TTA-ATA--TTT-A--GG--C-TA--T--TTCCAGG-C----G-TGT--ACAGTGTG-ATTCTT-G---AATTT-TTT-ACT----TTGA-TT-T-GTA-TG--GAAGTTC--------TCT--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-CTTGTT--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAATTTCC-----TA-T-T-TTACTTCCTT-TCTTTAAT-T-A---T--TA-TA-ATTATTCCAAACTC-TT-T-A-C--T-T--TTTGTT-TTT--TTA-TTGAA-GTG-T-T-G-AA-CGATAATGC--ATGA--GG--A-A-TC-C-AAATGA-TT--GT--AT-TC-GG--------GGTA-A--A-G-G-A--CCAGTTGT----AGCTG--TT--C-ATCG-T-GC-GTC-ACA-TAACA--TG-T------GTGCTAGC-TCAATTAA--G-G--ATTT-TCTATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-tta
gi|5                          :                                                                                                                                                    aGTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATACAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-CA-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--A--TT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C----A--TT-TTT----------G-CT---AG----T--C-T-T--GTTTT-G--G--CC--A----AA--A---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CCG--T-AT-ACAAAGGGC-CG--A-TTC--G-AC--A-G-A-GT-T-ATTC-A--TCTGCTGG----TG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-G--T-AG-GATTTTTC---AG-CAT--GT--T-ATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTT-TTTCTTGCTA-A-AAT-G-TAAACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--A--TT-CATTTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGA-G-A-TT-C--C--T-TA-C-C-TTA-GC-A--T----TT-T-TA-TGGT-A-TTT-ATA--TTT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-TGTG-A-CCTT-G---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG--GAAAT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCA----TT-T-T-TAACTTC--T-TCTTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TT-T-A-C--C-T--TTTG---TTT--TTA-TTGAA-GTG-T-T-G-AA-C-ATAAT-C--A--A--GG--ATA-TC-C-AAAT-A-TT--GA--AT-TC-GG--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----A-CTG--TTA-C-AT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACAT-TGTT------GTGCTA-C-TAAA--AA--G-G--ATTT-T-TATC--TAGATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCGt
gi|6                          :                                                                                                                                                      TGTAAC---A--TTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTAAT--GCAGTTTATGCGAG--G-----TAT--AG-CAT-AC---GAG-ATCG-CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAA-CT-TG-CAATG---TCTTT---AC-C-TGTTTCCATTGCA-T----G--AGC-A--A--TT--T--A-----AC---AC-TA-----CA-G-C----T--AT-TTT----------G-CT---A-----T--C-TAT--GTTTT-GA-G--CC--AG---AA--A---GGT----A--T-CGTGA---CA-GA-G-CGT-TT-AATTTTTT-AG-TAAT--CG-C--AT----GT---CAT--CAAGTCCCG--T-AT-ATAAAGGGA-CGGAA-TTT--GAGC--A-G---GC-T-AT-C-AC-TCTGCTGGGTGGTGCA-AGGAC-CTA-ATGTGGT--C---CG--T-GCCCT-T-CAATGA--AC-T-TC-G---G-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTTGA-G-TAG-A-G--T-AG-GATT-----------AT--GT--T----------GACAACT----AAACG-TA----------GGG-T--AGGTTT-T-T--TGCTA-A-AAT-G-TCAACTAACC--A-AAACC-TCGAC-G-AGT-CAAG--A--AT-C-TTTT--G-TT--C--GG---TAGATAATT-GGA-TTA-TTGC--C--T-TA-C---TTA-GCTA--T----TT-T-TA-TGGT-A-TTT-GTA--TTT-A--GG--C---------------------------------------CCTT-G---AATTAGTTT-ACT----TTGA-TTAT-G-A-TGT-GAAGT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-TTATTG-T--------TA--CATGAC--A-CTCT--TTAAA---CCT----AT-T-C-TTACTTC--T-TCTTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TTAT-G-C--C----TTTG---TTTGATTAGTTGAA-GTG-T-T-GAAA-C-ATAAT-C--A--AAGGG--A-A-TC-C-AAAT-A-TT--GA--ATGTC-GG--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-G----A-CCG--CTA-CAAT-GTT-GC-G-C--CA-G-AT----------------CTA-----AA--AAAGG-G--ATTT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCG
gi|7                          :                                                                                                                                                     tTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT---G-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-CA-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--A--TT-----AT-C--AC---AC-T------CA-G-C----A--TT-TTT----------G-CT---AG----T--C-T-T--GTTTT-G--G--CC--A----AA--A---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CCG--T-AT-ATAAAGGGC-CG--A-TTC--A-GC--A-G-A-TC-T-ATTC-AC-TCTGCT-GG--GTG-A-A-GAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-T--T-AG-GA-TTTTC---AG-CAT--GT--T-ATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-TAAACTA--C--C-A--CC-CCAGCAG-AGT-CAAG--A--TT-CA-TTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGA-T-A-TC-C--C--T-TA-C-C-TTA-GC-GT-T----TT-T-TA-TGGT-A-TTT-AT---TTT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-TGTG-A-CCTT-G---AATTA-TTT-ACT----TTGA--TAT-GTA-TG--GAAGT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCATTTTTT-T-T-TTACTTC--T-CTTTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TT-T-A-C--CTT--TTTG---TTT--TTA-TTGAA-GTG-T-T-G-AA-C-ATAAT-C--A--A--GG--A-A-TC-C-AAAT-A-TT--GA--AT-TC--G--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----T-CTG--TTA-C-AT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-C-TCAA--AA--G-G--A-TT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-ttctacattttt
gi|8                          :                                                                                                                                                     GTGTAAC---A-ATTT-TAATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-CAATTA----GCAGTTATTGC-AGGTG-----TAT--AGACCT-ATT-CGAG-ATCG-CATAAAG-TA-C-G-GATT-T---TG-AAATCTATG-CA-TG---T--TT---AC-CGT---TTCATTGCA-TT---T--AGC-A--A--TT--T--AT-C--AC---ACAT------CA-G-C----A--TT-TTT----------G-CT---AG----T--C-T-T--GTTTT-G--G--CC--A----AA--A---AG-----AGTT-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--C--C--ATT---GTT--CAC--CAA---CCGCTC-AT-ATAAAGGGC-CG--A-TTC--A-GC--A-G-A-GC----TTCAAC-TC-GCT-GG--GTGAA-AGGAC-CTA-ATG--GT--CG--CG--T-GCCCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-G--TG-TT--CCT----TT---ACTT--C-CTT-A-GTTAG-A-A--T-AG-GA-TTTTC---AG-CA---GT--TGATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAA---------GGG-T--AG--TT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-T-AACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--AG-TT-CA-TTT--GGTT--CAAGG---TAGA-AATT-GGA-A-A-TT-C--C--T-TATC-C-TTA-GC-A--T----TT-T-TA-AGGT-A-TTT-ATA---TT-A--GG--C-TAT-T--TTC--AG-C----G-TG---AAA-CGT--A-CCTTAG---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-TGA-TG--GAA-T----------TCG--TTGG-AAATCCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCA----TT-TCT-TTACTTC--T-TCTTTAATAA-AA-TT--TACTACA-------AA---C-TT-T-A-C--C-T--TTTG---TTT--TTA-TTGAA--TG-TCT-G-AA-C-ATAAT-C--A--A--GG--ATACTCAC-AAAT-ATTT--GA--AT-TC-GG---------------------------AGAT-T----A-CTG--TTATC-AT-G-T-GC-GCC-ACA-T-CCA--TG-TGGGGGGGTGCTA-C-TCAA--AA--G-G----TT-T-TATCA-TA-
gi|9                          :                                                                                                                                                     tTGTAAC---A-ATTT-TGATTT--GATTA--AC--C-TT-GTC-ATTA-T--G-AGTTATTGC-A---------TAT--AG-CA--ATC-AGAG-ATCG-CATAAGG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-CA-T----T--TT----C-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--A--TT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C----A--TT-TT-----------G-CT---AG----T--C-T-T--GTTTT-G-----CC--A----AA--A---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTT--AG-TA-T--C--C--ATT---GT---CAC----A---CC---T-AT-ATAA-GGAC-CG--A-TTT--G--C--A-G-A-GC-T-ATTC-AC-TCTGCTGGG---TG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T--CCCT-T-TAA-GA--AC-T--C-G--TG-TTCGCTT----GT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-A--T-AG-GATTTT-C---AG--AT--GT--T-ATA--------------------CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTT-T-TCTTGCTA-A-AAA-G-TATCCTA--C--A-A--CC-CCGGCA--AGT-CAAA--A--TT-CA-TTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AAGT-GGA-T-A-TT----C--T-TA-C-T-TTT-GC-A--T----TT-T-TT-AGGC-A-TTT-A-A---TT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-CGTG-A-CCTT-G----ATTATTTT-ACT----TTGA-TTAT--TA-TG--AAGGT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T--AA---CCA-----T-A-T-TTACTTC----TCTTT-AT-ATAT-TT--TA-TA-A-------AA---C--T-T-A-C--C-T--TT-----TTT--TTA-TTGAA-GTGTT-T-G-AA-C-ATAAT----A--A--GG--A-A-TC-C-ATAT-A-TT--GAT-AT----GG--------CAT--AACATG-G-A--CCAG-T-T----A-CTG--TT--C-AT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-C-TCAC--AA--G-GATATTT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTTGG-TCCc


blockSeqs                     :                                                                                                                                                            C   G    .       T     CA  TC C  C T A    A CG           G GGTG      A TT  A   G   G    A    G       .  C C T    A CTC  .      A  C  A  GGG CT  CCT  G G GTT         C  GAA      T TT TT  TTC    A CA  .    TAGCCTG   A A AGCGA    C   TTTGCGGCGC C  TTT  CAGA TC ATTG       GTTG     CT GTAG  .  TGC   TGGT GT G  T  GAG  C  A G   G  T AT    TT  C  A GC  G CA   TCA  TGA   GA AAGTC   CTC   A    A    G  GA T   AAG   AA . AG   . T    A  C      GGGTGG  C .     G   G   TG  TC TGG  .  T     C C   T  GA  G C  G AA  C       AAAA  TAA    GT A   G CG    T GGC  C  T      C TTT  C   CA  GT G   C   TA  T    AA    A  A    .          C TA      G T        . T   C G       AC .  C AA  G       G   C    AAA    .  T   TG    TC A   TTT    T    C   C T .  G GG C  C  A C     .  T TCC      A T  G    A .  GG   CTT  T CC  GC C  TTT     CA  A .    A   TA   G    A T    A TCG     A   C   C       G    .   C  CC     TC           AG    T  AT    .   G .     A T    TCGTCTCTC   GT A     . G    AT T   TTT   TTTTT . C A       CTT      A  AT   G  GT  T  ATTATTCC   ACT A  A C . GG T GT    CGA   GA   G     A   T C A C  G G     CC   TGA    .  T C  G G    C T  CG  AT  G  T  G           C    T T T GC      TTAGGG     .   AT A  C T G  T T GA  . A   TT  T GGGGGG      G G    TT  AG C ATA   G C     .  G    A   . GAG     .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .   .    .       .     .   .  .  . . .    . C            . GG        A .   .   .   .    .    .       .  . . .    A .    .      .  C  .  A   .   .    . . TA          .  G        G .  .   CTT    . .   .    GT        . G AGT      .   .          .  .    .    .  TTTT       TGG      .  G     .  T     T    .  .  T  .    .  T T   .  . A     T   A  A .   . .    .    A     .  AAC     TA    .    A    T  .  .   GA    .  . A    . .    .  .      GTGG    A .     .   .   .   .  G    .  .     . .   T  .   . .  . .   .       .     .      .  .   . GT    . GC   .  T      T .    .   .   G  .   .   T   C    .     .  .    .          . .       . .        . .   . .       .  .  . .   .       .   .    GAA    .  T   T     .  .   .      T    .   . . .  . .  .  .  G C     .  . GTT      . .  .    . .  T    T    . .   .  .  TGA     .   . .    .   .    .    . .    . .       G   .   .       .    .   .  T      .            T     .  .     .   . .     . .    AT          .  .     . .    .  .   .     T     . . .       T        A  AA   .  .   C  CA         .   .  . . . .  . .     TT    .    .     .   T . . A  . .     CG   AAG    .  T .  A .    G .  .   T   .  .  G           .    . . . .       GTAG       .   A  .  . . .  . C A   . .   T   . .           . .    .   .  . A     . .     .  .    T   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .   .    .       .     .   .  .  . . .    . .            . GG        A .   .   .   .    .    .       .  . . .    . .    .      .  .  .  .   .   .    . . .           .  G        . .  .   T      . .   .    TA        . . AT       .   .          .  .    .    .  TAT        GAG      .  .     .  .     .    .  .  .  .    .  . .   .  . .     T   .  . .   . .    .    T     .  AA      CT    .    A    .  .  .   A     .  . A    . .    .  .      GGG     . .     .   .   .   .  .    .  .     . .   .  .   . .  . .   .       .     .      .  .   . G     . GG   .  .      T .    .   .   C  .   .   .   .    .     .  .    .          . .       . .        . .   . .       .  .  . .   .       .   .    AG     .  T   .     .  .   .      .    .   . . .  . .  .  .  T C     .  . TT       . .  .    . .  G    T    . .   .  .  TT      .   . .    .   .    .    . .    . .       T   .   .       .    .   .  .      .            C     .  .     .   . .     . .    TT          .  .     . .    .  .   .     T     . . .       T        A  AT   .  .   .  A          .   .  . . . .  . .     .     .    .     .   . . . .  . .     GC   A      .  . .  . .    . .  .   .   .  .  G           .    . . . .       TA         .   A  .  . . .  . . A   . .   .   . .           . .    .   .  . A     . .     .  .    .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .   .    .       .     .   .  .  . . .    . .            . GG        A .   .   .   .    .    .       .  . . .    . .    .      .  .  .  .   .   .    . . .           .  G        . .  .   T      . .   .    AT        . . T        .   .          .  .    .    .  TT         AG       .  .     .  .     .    .  .  .  .    .  . .   .  . .     T   .  . .   . .    .    T     .  AA      TC    .    A    .  .  .   A     .  . C    . .    .  .      GGG     . .     .   .   .   .  .    .  .     . .   .  .   . .  . .   .       .     .      .  .   . G     . G    .  .      T .    .   .   .  .   .   .   .    .     .  .    .          . .       . .        . .   . .       .  .  . .   .       .   .    A      .  T   .     .  .   .      .    .   . . .  . .  .  .  . C     .  . TT       . .  .    . .  A    T    . .   .  .  T       .   . .    .   .    .    . .    . .       .   .   .       .    .   .  .      .            .     .  .     .   . .     . .    T           .  .     . .    .  .   .     T     . . .       T        A  A    .  .   .  A          .   .  . . . .  . .     .     .    .     .   . . . .  . .     C    A      .  . .  . .    . .  .   .   .  .  G           .    . . . .       TA         .   A  .  . . .  . . A   . .   .   . .           . .    .   .  . A     . .     .  .    .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .   .    .       .     .   .  .  . . .    . .            . GG        A .   .   .   .    .    .       .  . . .    . .    .      .  .  .  .   .   .    . . .           .  G        . .  .   T      . .   .    T         . . A        .   .          .  .    .    .  TG         GG       .  .     .  .     .    .  .  .  .    .  . .   .  . .     T   .  . .   . .    .    T     .  AA      T     .    A    .  .  .   A     .  . G    . .    .  .      GGG     . .     .   .   .   .  .    .  .     . .   .  .   . .  . .   .       .     .      .  .   . G     . G    .  .      T .    .   .   .  .   .   .   .    .     .  .    .          . .       . .        . .   . .       .  .  . .   .       .   .    A      .  T   .     .  .   .      .    .   . . .  . .  .  .  . C     .  . T        . .  .    . .  A    T    . .   .  .  T       .   . .    .   .    .    . .    . .       .   .   .       .    .   .  .      .            .     .  .     .   . .     . .    T           .  .     . .    .  .   .     T     . . .       T        A  A    .  .   .  A          .   .  . . . .  . .     .     .    .     .   . . . .  . .     C    G      .  . .  . .    . .  .   .   .  .  G           .    . . . .       GA         .   A  .  . . .  . . A   . .   .   . .           . .    .   .  . A     . .     .  .    .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .   .    .       .     .   .  .  . . .    . .            . GG        A .   .   .   .    .    .       .  . . .    . .    .      .  .  .  .   .   .    . . .           .  G        . .  .   T      . .   .    T         . . A        .   .          .  .    .    .  TT         GG       .  .     .  .     .    .  .  .  .    .  . .   .  . .     T   .  . .   . .    .    T     .  AA      T     .    A    .  .  .   A     .  . A    . .    .  .      GGG     . .     .   .   .   .  .    .  .     . .   .  .   . .  . .   .       .     .      .  .   . G     . G    .  .      T .    .   .   .  .   .   .   .    .     .  .    .          . .       . .        . .   . .       .  .  . .   .       .   .    A      .  T   .     .  .   .      .    .   . . .  . .  .  .  . C     .  . T        . .  .    . .  T    T    . .   .  .  T       .   . .    .   .    .    . .    . .       .   .   .       .    .   .  .      .            .     .  .     .   . .     . .    T           .  .     . .    .  .   .     T     . . .       T        A  A    .  .   .  A          .   .  . . . .  . .     .     .    .     .   . . . .  . .     C    A      .  . .  . .    . .  .   .   .  .  G           .    . . . .       TT         .   A  .  . . .  . . A   . .   .   . .           . .    .   .  . A     . .     .  .    .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .   .    .       .     .   .  .  . . .    . .            . GG        A .   .   .   .    .    .       .  . . .    . .    .      .  .  .  .   .   .    . . .           .  G        . .  .   T      . .   .    T         . . A        .   .          .  .    .    .  TT         GG       .  .     .  .     .    .  .  .  .    .  . .   .  . .     T   .  . .   . .    .    T     .  AA      T     .    A    .  .  .   A     .  . A    . .    .  .      GGA     . .     .   .   .   .  .    .  .     . .   .  .   . .  . .   .       .     .      .  .   . G     . G    .  .      T .    .   .   .  .   .   .   .    .     .  .    .          . .       . .        . .   . .       .  .  . .   .       .   .    A      .  T   .     .  .   .      .    .   . . .  . .  .  .  . C     .  . T        . .  .    . .  T    T    . .   .  .  T       .   . .    .   .    .    . .    . .       .   .   .       .    .   .  .      .            .     .  .     .   . .     . .    T           .  .     . .    .  .   .     A     . . .       T        A  T    .  .   .  A          .   .  . . . .  . .     .     .    .     .   . . . .  . .     C    A      .  . .  . .    . .  .   .   .  .  G           .    . . . .       TA         .   A  .  . . .  . . A   . .   .   . .           . .    .   .  . A     . .     .  .    .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .   .    .       .     .   .  .  . . .    . .            . GG        A .   .   .   .    .    .       .  . . .    . .    .      .  .  .  .   .   .    . . .           .  G        . .  .   T      . .   .    T         . . A        .   .          .  .    .    .  TT         GG       .  .     .  .     .    .  .  .  .    .  . .   .  . .     T   .  . .   . .    .    T     .  A       T     .    A    .  .  .   G     .  . A    . .    .  .      GGG     . .     .   .   .   .  .    .  .     . .   .  .   . .  . .   .       .     .      .  .   . G     . T    .  .      T .    .   .   .  .   .   .   .    .     .  .    .          . .       . .        . .   . .       .  .  . .   .       .   .    A      .  .   .     .  .   .      .    .   . . .  . .  .  .  . C     .  . T        . .  .    . .  T    T    . .   .  .  T       .   . .    .   .    .    . .    . .       .   .   .       .    .   .  .      .            .     .  .     .   . .     . .    T           .  .     . .    .  .   .     T     . . .       T        A  A    .  .   .  A          .   .  . . . .  . .     .     .    .     .   . . . .  . .     C    A      .  . .  . .    . .  .   .   .  .  C           .    . . . .       TA         .   .  .  . . .  . . .   . .   .   . .           . .    .   .  . .     . .     .  .    .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .   .    .       .     .   .  .  . . .    . .            . G         . .   .   .   .    .    .       .  . . .    . .    .      .  .  .  .   .   .    . . .           .  G        . .  .   T      . .   .    T         . . T        .   .          .  .    .    .  TT         G        .  .     .  .     .    .  .  .  .    .  . .   .  . .     T   .  . .   . .    .    T     .  A       T     .    A    .  .  .   G     .  . A    . .    .  .      GGG     . .     .   .   .   .  .    .  .     . .   .  .   . .  . .   .       .     .      .  .   . G     . A    .  .      . .    .   .   .  .   .   .   .    .     .  .    .          . .       . .        . .   . .       .  .  . .   .       .   .    A      .  .   .     .  .   .      .    .   . . .  . .  .  .  . T     .  . T        . .  .    . .  T    .    . .   .  .  T       .   . .    .   .    .    . .    . .       .   .   .       .    .   .  .      .            .     .  .     .   . .     . .    T           .  .     . .    .  .   .     .     . . .       .        .  A    .  .   .  A          .   .  . . . .  . .     .     .    .     .   . . . .  . .     C    A      .  . .  . .    . .  .   .   .  .  .           .    . . . .       T          .   .  .  . . .  . . .   . .   .   . .           . .    .   .  . .     . .     .  .    .   . .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .   .    .       .     .   .  .  . . .    . .            . .         . .   .   .   .    .    .       .  . . .    . .    .      .  .  .  .   .   .    . . .           .  T        . .  .   T      . .   .    T         . . A        .   .          .  .    .    .  TT         G        .  .     .  .     .    .  .  .  .    .  . .   .  . .     .   .  . .   . .    .    T     .  A       T     .    .    .  .  .   A     .  . A    . .    .  .      GGG     . .     .   .   .   .  .    .  .     . .   .  .   . .  . .   .       .     .      .  .   . .     . A    .  .      . .    .   .   .  .   .   .   .    .     .  .    .          . .       . .        . .   . .       .  .  . .   .       .   .    .      .  .   .     .  .   .      .    .   . . .  . .  .  .  . .     .  . T        . .  .    . .  T    .    . .   .  .  .       .   . .    .   .    .    . .    . .       .   .   .       .    .   .  .      .            .     .  .     .   . .     . .    T           .  .     . .    .  .   .     .     . . .       .        .  A    .  .   .  A          .   .  . . . .  . .     .     .    .     .   . . . .  . .     .    .      .  . .  . .    . .  .   .   .  .  .           .    . . . .       A          .   .  .  . . .  . . .   . .   .   . .           . .    .   .  . .     . .     .  .                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .   .    .       .     .   .  .  . . .    . .            . .         . .   .   .   .    .    .       .  . . .    . .    .      .  .  .  .   .   .    . . .           .  G        . .  .   .      . .   .    T         . . A        .   .          .  .    .    .  T          .        .  .     .  .     .    .  .  .  .    .  . .   .  . .     .   .  . .   . .    .    .     .  A       T     .    .    .  .  .   A     .  . A    . .    .  .      GGG     . .     .   .   .   .  .    .  .     . .   .  .   . .  . .   .       .     .      .  .   . .     . .    .  .      . .                   .   .   .    .     .  .    .          . .       . .        . .   . .       .  .  . .                                        .  .   .      .    .   . . .  . .  .  .  . .     .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .  .   .   .    . . .           .  .        . .  .   .      . .   .    T         . . A        .   .          .  .    .    .  .          .        .  .     .  .     .    .  .  .  .    .  . .   .  . .     .   .  . .   . .    .    .     .  A       .     .    .    .  .  .   G     .  . .    . .    .  .      GGG     . .     .   .   .   .  .    .  .     . .   .  .   . .  . .   .       .     .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .  .      GG      . .     .   .   .   .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                            ***                                                        GG*******                                                                                                    G*****                         ***  T*******      A******                                 TT****     GG*****           **                                                                                AA***   T***                                 A**                   GGG***                              **                                                             G**                                                       ****          ********     **                                    **                                                   ***                         **      C**        T******                                       T****         ****                                        ****                       **********                  **    *****        T*********                                                 T***        A**            A********                                                                C***        **                                G********                                 **
originalCons                  :                                                                                                                                                     GTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-CA-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--A--TT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C----A--TT-TTT----------G-CT---AG----T--C-T-T--GTTTT-G--G--CC--A----AA--A---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CCG--T-AT-ATAAAGGGC-CG--A-TTC--G-GC--A-G-A-GC-T-ATTC-AC-TCTGCTGGG--GTG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-G--T-AG-GATTTTTC---AG-CAT--GT--T-ATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-TAAACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--A--TT-CATTTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGA-T-A-TT-C--C--T-TA-C-C-TTA-GC-A--T----TT-T-TA-TGGT-A-TTT-ATA--TTT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-TGTG-A-CCTT-G---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG--GAAGT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCA----TT-T-T-TTACTTC--T-TCTTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TT-T-A-C--C-T--TTTG---TTT--TTA-TTGAA-GTG-T-T-G-AA-C-ATAAT-C--A--A--GG--A-A-TC-C-AAAT-A-TT--GA--AT-TC-GG--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----A-CTG--TTA-C-AT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-C-TCAA--AA--G-G--ATTT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCG
finalCons                     :                                                                                                                                                     GTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AGG-------TAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-CA-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TTG-----AGC-A--A--TT--T--AT-C--AC---ACT-------CA-G-CA------TT-TTT----------G-CT---AG----T--CTT----GTTTTGG-----CC--A----AA--A---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CCGT---AT-ATAAAGGGC-CG--A-TTC--G-GC--A-GA--GC-T-ATTC-AC-TCTGCTGGG---TG-A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-AG--TAG-A-G--T-AG-GATTTTTC---AG-CAT--GT--T-ATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-TAAACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--A--TT-CATTTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGA-T-A-TT-C--C--T-TA-CC--TTA-GC-AT------TT-T-TA-TGGT-A-TTT-ATA--TTT-A--GG--C-TAT----TTC--AG-C----G-TGT--ACA-TGTG-A-CCTT-G---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG--GAAGT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTGT---------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCA----TT-T-T-TTACTTCT---TCTTTAATA--AA-TT--TA-TAA--------AA---C-TT-T-A-C--C-T--TTTG---TTT--TTA-TTGAA-GTG-T-T-G-AA-C-ATAATC---A--A--GG--A-A-TC-C-AAAT-A-TT--GA--AT-TC-GGG--------ATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----A-CTG--TTA-C-AT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-C-TCAA--AA--G-G--ATTT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     11111             11111111        1111      1111111111                 111111       11111                                                                                                      1111                                                                                                                                                                  1111                          11                  1111          11111111                                                                                                111                               1            1111111                                       11111                                             1       1111                       2222222222   11                                1111111111                               11111                                        111111111                          111                  1                1111                1                         111111111                      11111111                                        111111                                            1                   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                            999 3    3       3     44  44 3  3 3 3    3 77           3 888888888 1 44  3   3   3    3    3       3  3 3 6    6 555  3      3  3 3 3  888 44  555  3 3 999         3  666666   6 44   11111  3 44  555  22222222  3 6 3 3333  3   3333333333  3 555  6666 44 000000     3 33333  44 9999  44 888   9999 44 3  6  555  3  6 9   3  3 77    99  6  6 44  3 44   555  444   44 88888  3 3333  3    4    6  44   777777   77 3  3 3 3    2  2       2    8888 2     2   2   33  33 777  44 3     3 3   6  44  3 3  3 44  3       6666  555    44 3   3 888   3 0000 3  6  3     555  3   55  22 3   3   77  6    1111  3  6    22222222   3 77      3 3        3 3   3 3       44 44 3 44  3       3   3    99999  3  4   88    44 3   000    6    3   3 3 3  3 44 77 3  0 666   3  3 5555555  3 3  3    3 3  33   666  3 55  55 3  00000   55  3 7777 3   55   3    3 3    7 666     0   3   1111    3    3   3  88     0000000000   22    7  55    55  3 99999 3 3    5555555555  55 3     3 3    55 3   666   00000 3 3 3       8888     2  888  3  55  7  222222222  666 3  3 3 3 55 3 55    111   55   3     3   0 3 3 7  3 3     0000 66666  55 7 3  0 3    7 3  55  88  3  3  666666666   3    3 3 3 55      66666666   55  55 3  3 3 3  3 7 55  3 3   88  3 000000      3 3    55  55 3 999   3 3     3  3    2   4 777     4     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                            ... .    .       .     ..  .. .  . . .    . ..           . ......... . ..  .   .   .    .    .       .  . . .    . ...  .      .  . . .  ... ..  ...  . . ...         .  ......   . ..   .....  . ..  ...  ........  . . . ....  .   ..........  . ...  .... .. ......     . .....  .. ....  .. ...   .... .. .  .  ...  .  . .   .  . ..    ..  .  . ..  . ..   ...  ...   .. .....  . ....  .    .    .  ..   ......   .. .  . . .    .  .       .    .... .     .   .   ..  .. ...  .. .     . .   .  ..  . .  . ..  .       ....  ...    .. .   . ...   . .... .  .  .     ...  .   ..  .. .   .   ..  .    ....  .  .    ........   . ..      . .        . .   . .       .. .. . ..  .       .   .    .....  .  .   ..    .. .   ...    .    .   . . .  . .. .. .  . ...   .  . .......  . .  .    . .  ..   ...  . ..  .. .  .....   ..  . .... .   ..   .    . .    . ...     .   .   ....    .    .   .  ..     ..........   ..    .  ..    ..  . ..... . .    ..........  .. .     . .    .. .   ...   ..... . . .       ....     .  ...  .  ..  .  .........  ... .  . . . .. . ..    ...   ..   .     .   . . . .  . .     .... .....  .. . .  . .    . .  ..  ..  .  .  .........   .    . . . ..      ........   ..  .. .  . . .  . . ..  . .   ..  . ......      . .    ..  .. . ...   . .     .  .    .   . ...     .     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                            222 3    3       3     66  66 3  3 3 3    3 99           3 888888888 2 66  3   3   3    3    3       3  3 3 7    7 888  3      3  3 1 1  555 22  444  1 1 666         1  666666   2 22   22222  1 22  444  22222222  1 2 1 8888  1   5555555555  1 444  5555 22 555555     1 11111  22 6666  22 555   6666 22 1  2  444  1  2 2   1  1 33    22  2  2 22  1 22   444  888   22 11111  1 2222  1    2    2  22   888888   33 1  1 1 1    9  9       9    9999 9     9   9   99  99 999  22 1     1 1   2  22  1 1  1 22  1       5555  444    66 3   3 333   3 2222 3  7  2     888  6   00  33 6   3   99  7    7777  3  7    11111111   3 99      3 3        3 3   3 3       66 66 3 66  6       6   6    11111  6  4   66    66 3   444    7    3   3 3 3  3 66 99 3  0 333   3  3 0000000  6 6  6    6 6  77   333  6 00  00 6  55555   00  6 7777 6   00   6    6 6    3 444     9   6   4444    6    6   6  66     9999999999   33    3  00    00  6 11111 6 6    9999999999  00 6     6 6    00 6   444   00000 6 6 6       5555     1  777  6  00  3  333333333  444 6  6 6 6 00 6 00    444   00   6     6   9 6 6 3  6 6     5555 88888  00 3 6  9 6    3 6  00  66  6  6  000000000   6    6 6 6 00      55555555   00  77 6  6 6 6  6 3 77  6 6   66  6 555555      6 6    00  00 6 444   6 6     6  6    0   0 000     0     
consensus                     :                                                                                                                                                     GTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-C-A-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--ATT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C-A----TT-TTT----------GC-T---AG----T--C-T-T--GTTTT-G--G--CC--A----AA--A---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CC-G--T-AT-ATAAAGGGC-CG--ATT-C--G-GCA--G-AG-C-T-ATTC-AC-TCTGCTG-GGTG----A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-G--T-AG-GATTTTTC---AG-CAT--GT--T-ATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-TAAACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--A--TT-CATTTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGA-T-A-TT-C--C--T-TA-C-C-TTA-GC-A--T----TT-T-TA-TGGT-A-TTT-ATA--TTT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-TGTG-A-CCTT-G---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG--GAAGT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCA----TT-T-T-TTACTTC--T-TCTTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TT-T-A-C--C-T--TTTG---TTT--TTA-TTGAA-GTG-T-T-G-AA-C-ATAAT-C--A--A--GG--A-A-TC-C-AAAT-A-TT--GA--AT-TC-GG--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----A-CTG--TTA-C-AT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-C-TCAA--AA--G-G--ATTT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCG
Reference ( family-454 )      :                                                                                                                                                     GTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-C-A-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--ATT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C-A----TT-TTT----------GC-T---AG----T--C-T-T--GTTTT-G--G--CC--A----AA--A---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CC-G--T-AT-ATAAAGGGC-CG--ATT-C--G-GCA--G-AG-C-T-ATTC-AC-TCTGCTG-GGTG----A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-G--T-AG-GATTTTTC---AG-CAT--GT--T-ATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-TAAACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--A--TT-CATTTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGA-T-A-TT-C--C--T-TA-C-C-TTA-GC-A--T----TT-T-TA-TGGT-A-TTT-ATA--TTT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-TGTG-A-CCTT-G---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG--GAAGT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCA----TT-T-T-TTACTTC--T-TCTTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TT-T-A-C--C-T--TTTG---TTT--TTA-TTGAA-GTG-T-T-G-AA-C-ATAAT-C--A--A--GG--A-A-TC-C-AAAT-A-TT--GA--AT-TC-GG--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----A-CTG--TTA-C-AT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-C-TCAA--AA--G-G--ATTT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCG
gi|1                          :                                                                                                                                                     GTGTAACCAAA-ATTTGTGATTTT--ATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--ACAAGTTAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATTAGGATA-G-ACTATT-T---TGAAAATCT-TG-C---TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TTTGAA--AGC-A--ATA--T---T-C--ACCCAACGT------CA-G-CAA----TT-TTT----------GC-T---CG----T--C---T--GTTTT-G--GCACC--A----AAACA---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-GCCGT-TT----TTAAT-AG-TA-T--CG-C--AAT---GTT--CAC--C-A---CC-G-----T-ATAAAGGGC-C---ATT-C--A-GCAT-GCAG-CGT-ATTC-AC-TCTGCT--AGTG----AGAGTAC-CTA-ATG--GT--C---CGTCT-GCCCT-T-C-A-GA--GT-T-TC-G------TTGCTT----CT---AC-T--C-TTT-ACG-AAG-T-G--T------TCATTT---AG-CTT--CC--T-ATA-TTG--AA-GATTGCAGAT-CGTTAAGTTTGAAACGGG-TA-AAATTT-G-TCTTGCCCTA-AAT-G-TAAACTA--CAAA-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--A--TTCCATTTT--GG-T--C-AGAGT-TAGA-AATT--GC-T-ACTT-C--CAAT-TA-CACATTAGGC-A--TTCTCTT-C-TA-ATGT-ATTTT-ATA--CTT-A---G--C-CA--TC-TTC--AG-CTGTTG-TAT--GAA-TGTG-A-CCTTGG---AATGA-TTT-ACTACTCTTGT-TAATGGTA--G--GAAGCAGTTGCGCAGTTG--TTGGAAA--TCCTTGGA-CCCTATT-T-GTTG----------TA--T-CGACTAA-CTCT--T-AAC---CCA----TTCT-T-TTACCCC--TCTCTCTCTT------TT--TA-TATC-------AA---C-TA-T-ATC--C-T--TTTG---TTT--TTA-TTGAA-GTGCT-T-G-AA-C-A-AAT-CAAA--A--GGGCA-A-TCAC-AAAT-A--T--GG--AT-CC-GGCGGCCGAAAATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-A----T-CTGCATTA-C-AT-G-T-GC-G-C-ACATT-ACA---G-T------GTGCTA-C-TCAA--AA--G-G--ATTT-T-TATCATTA-ACCCGGTGAT---GTGAGTTCCCG
gi|10                         :                                                                                                                                                     tTGTAACC--A-ATTT-TGATTTTTGATTA--GC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAGAATCG-CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG--AATCT-TG-C-A-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--ATT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C-AT---TT-TTT----------GC-T---AG----T--C-T---------------------------------GGT----A--T-CG-G----CC-GA-G-CGT-TT-A--TTTT---G-TA-T--TG----ATT---GTA--CAT--C-A---CC-G--T-AT-ATAAAGGGC-CG--ATT-C--A-GCA--G-AG-C-T-ATTC-AC-TCTGCTG-GGCG----A-AGGAC-CTAGAT---GT--C---CG--T-G-CCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-A--TG-TTCGCTT----TT---tc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              t-TTT--GA-AACT----AA-CA-TAAG--------GGG-T--GGGTTT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-TAAACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG------T-CATTTT--GGTT--C-AGG---TGGA-AATT-GGA-T-A-TT-C--C--T-TA-C-C-TTA-GC-A--T----TT-TTTA-TGGT-A-TTT-ATA--TTT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-TGTG-A-CCCT-G---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG--GAAGT----------TCGT-TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T--TTA-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCA-----T-T-T-TTACTTC--T-TCTGT-AT-ATAA-TT--TATTA-A-------AA---C-TT-T-A-C--C-T--TTTG----TT--TTA-TTGAA-AGGTT-T-G-AA-C-ATAATCC--A--A--GG--A-A-TG-C-AAAT-A-TT--GGATAT-TC--G--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----A-CTA----------------------------AAA--TG-G------GTGCAA-C-TCCA--AA--GCG--ATTT-T-TATCA-AA-TTCC-GTG-TGAGGTCGG-TCCCGtttgaaactaacataaggggtgggtttttcttgctaaaatgtaaactacaaccccggcagagtcaagtcattttggttcaggtggaaattggatattccttaccttagcattttttatggtatttatatttaggctatttcagcgtgtacatgtgaccctgaattatttactttgattatgtatggaagttcgtttggaatcgtgacttttattatcgactactcttaaaccatttttacttcttctgtatataatttattaaaactttaccttttgttttattgaaaggtttgaacataatccaaggaatgcaaatattggatattcggataaacaggaccagtttactaaaatgggtgcaactccaaagcgatttttatcaaattccgtgtgaggtcggtcccgtt
gi|11                         : ttgtaaccaattttgatttttgattagccttgcattatgcagttattgcaggtatagcatatcagagaatcgcataaagtagatattttgaatcttgcatgtttacctttcattgcattgagcaatttatcacactcagcattttttgctagtctggtatcggccgagcgtttattttgtattgattgtacatcaccgtatataaagggccgattcagcagagctattcactctgctgggcgaaggacctagatgtccgtgccttcaagaacttcatgttcgctttt-A-TG---T--TT---AC-C-T---T-CATTGCACTT---G--AGC-A--ATG--T--AT-C--AC---AC-T------CA-GAC-AGT--TT-TTC----------GC-T---AG----CTCC-T-T--GTTTT-A--G--CCCTA----AA--A---GGTTGGTA--T-CGTGA---AA-GA-G-CGT-T--A--TTTTT-AGCTA-T--CG-CCAGTT---GTT--CAC--CA----CC-G--T-AT-ATAA-GGGC-CG--GAT-C--A-GCA--G-AG-C-T-ATTC-AC-TCTGATG-GGTG----A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---AA--TTGCCCT-T-TCA-GA--A--T-TC-G--TGCTTCGCTT----TT---A-TT--C-CTT-ACG-TAG-A-GGCT-AG-GATTTT-C---AC-AAT--GT--T-ATA-TTTT-GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GTGCT--AGGTTTGC-TCTTGCTA-A-AAT-GGTAAACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--AAATT-CATTTTTGAGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGA-T-A-TT-C--CC-T-TA-C-C-TTA-GC-A--T----TT-T-TA-TGGT-A-ATG-ATA--TTTTA--GG--CCTA--T--TTC--AG-C----G-T-T--ACA-TG-G-A-CCT--G---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG---AAGT-----------CGC-TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-TCGTCTCTCTA--T-CGACT-A-CTCT--T-AA----CCA----TT-T-T---ACTTC------TTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TT-TCA-C--C-T--TTTG---TTT--TTA--TGAA-GTG-T-T-GCAA-C-ATAAT-CG-A--A--GG--A-A--C-C-AAATCA-TT--GA--AT-TC-GG--------G-TA-AACA-GTG-A--CCA-TT-T------CTG--TTA-C-AT-G-TGGC-G-CGAGA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-CGCCAA--AA--G-G----TT-T-TATCA-TA-ATCCAGTG-T---GAGGG-TCCCGtt
gi|12                         :                                                                                                                                                      TGTAAC---A-ATTT-TTATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C--TTA-T---CAGTTATTGC-A---G-----T-T--AG-CAT-ATC-AGAG-ACAG-C-TAAAG-TA-G-ATTATTAT---TG-AAATCT-TGCC-A-TGA--T--TT---AA-C-TTA-TTCATT-C--TT---GAAAGCTA--ATT--TTCAT-C--AC---A--T------CA-G-C-T----TTCTTT----------GC-T----G----T--CAT-TG-GTTGT-GTTG--CT--A----AA--AT--GGT----A----CG-GA---CACGA----GT-TT-A--TTTT---G-TA-T--CG-C--ATT---GCTGACAC--CAA---GC-G--TAATAATAAAGGGC-CG--ATT-G--A-GCA--A-CG---T-ATTC--C-TCT-TTGTGGTG----A-AGA---CTA-ATG--GT--C---CT--C-GCCTTCT-CAA-GA--ACGT-TC-G--TG--TCGTTT----GT---ACTT--CACTT-A-G--AG-A----T-AC-GATTTTCT---AGCCAT--GT--T-ATA-TTTTACA-AACT----AA-TG-TAAG--------GGG-T--AAGGTT-T-TCTTG-TA-A-AAT-A-TAATTTA--C--A-A--tta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                   GC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATAAGT-TA-G-A-TATTAT---TG-AAATCT-TG-C-A-TGGGGT--TT---AC-C-T---TTC-TT-CA-TT------AGC-A--ATT-----AT-C--AC---AC-T------CA-G-C-A----TT-TTT----------GC-T---AG----T--T-----------------------------------GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTT--AG--A-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CC-GC-T-AT-ATA--GGGC-CG--ATTTC--A-GCA--G-AGGC-T-ATTC-AC-GCTGCTG-GGCG----A-AGGAC-CTA-AT---GT--C---CG--T-CCCTT-T-CAA-GA--AC-T-TCGG--TG-TTCGCTT----TTTAAACTA--A-CAT-A----AG-G-G--T--G-GGTTTTTC---
gi|14                         :                                                                                                                                                     GTGTAAC---A-ATTT-TGACTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGttgcctgaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GTT--C-AGG---TAGA-AAGT-GGA-T-A-TT-C--C--T-TA-C-C-TTT-GC-A--ttatacacttgttt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTC-AC-TCTGATG-GGTG----A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---
gi|2                          :                                                                                                                                                         AGC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--ACTCC-TTCG-C-ATTA-TC-GCAGTTACT---------------T---G-CAT-ATCGAGAG-ATCGGCATAAAG-TACGCA-TATT-CCTCTG-AAATAT-TG-C-A-TG---T--TTCCTACGC-T---TTCATTGCA-T----G--AGCGA--ATTCTT--AT-C--AT---TC-TAGCCTGCAAG-C-A----TT-TTTTTTGCGGCGCGC-TTTTAG----T--C-T-TTTGTTTTTG--G--CC--AGTAGAA--A---GGT----A--TGCG------CA-GA-GGCGT-TTTA--TTTTTTAG-TA-TGCCGGC--ATT---GTT--C----CA----CC-G--TCAT-ATAA-GGGCGCG--ATC-A--A-GCA--A-GG-C-T-ATTC----TCTGCTG-GATG----A-AGGACGCTA-ATG--GT--CTGGCG--T-GCGCT-T-CA--GA--AC-TCTC-GAATG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAGTA-G--TCAG-GATTTTTTTTTAG-CAT--GTGTT-ATACTTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--A-GTTT-G-TCTTGCTA-ATCAT-G-TAAACTA--C--A-A--CCGCAGGCAG-AG--CAAG--A--TT-CATTTT--GGTTTCC-AGG---TAGA-AATTCGGACT-A-TT-CGGC--TCTA-C----TA--C-A--TCC--TT-T-TAGTGGTAA-TTA-ATACTTCT-ACCGG--C-TATTT--TTC--AGAC----G-TGT--ACA-TGTGAA-GCTT-G---AATTA-TTTCACT----TTGA-TTAT-GTACTGCCGAAGT----------TAG--TTGG-AA--TCGT--GAGC-----T-T-ATTG-T--------TAGTT-CGACT-AGCTCT--T--AA---CCA----TT-T-T-TTA--GC--T-TCTTTAAT-A-AAGTT--TA-TT-A-------AA---TACT-T-A-C--C-T--TTTG---TTT--TAT-TTGAA-GTG-T-T-G-AAGC-ATAAT-C--A--G--CG--A-A-TTGC-AAAT-A-TTCGGA--AT-TCTGG--------GATA-AA-A-G-GTAGCCCAGTT-TTAGGG-CTG--ATA-A-TT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACATTTG-T------GTGCTA-C-TGCA--AA--G-G---TTT-T-TATC
gi|3                          :                                                                                                                                                   tacTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTACAAC--CCTT-G-C-ATTT-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TATTTAG-CAT-ATC-AGAG-ATCG------------------TT-T---TG-AAATCT-TG-C-A-TG---T--T----AC-C-T---TTC--TCCA-TT---G--AGC-ATTACT--T--ATAC--AC---ACGT------CA-GGC-A----TT-TT------------C-T---AGCAGAT--C-T-G--GTTT--G--G--CC--A----GA--ATGCGGTT---A--T-CG-AAGAGCA-GAAG-CGTGTT-AA-TTTTT-AGATAAT--CG-C--ACTTCAGTT--CAC--CA----CC-G----A--ATAAAGGCC-CG--ATT-T--G--CA----AG-C-TTATTC-ACCTCTGCTG-GGTG----A-GAAAC-ATA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-T-AAA-GAGAAC-T-TC-G--TG-TTCGCTTAAAATT---ACTTGTC-CTA-A-G-TTA-A-GC-T-AGTGATTTTTC---AG-CATCAGTG-T-ATA-TTT--GA-ACTT----AA-CGATAAG--------GGG-TTAAGGTTT-T--CTTGCTA-A-AATCG-TAAACTA--C--A-A--CC-C-GGCAGGAGT-CAAAGAA--TT-CTTTTTT-GGTT--C-AGG---TAGATAATT-GGA-T----T-C--C--T-TAAC-C-TTA-GC-AGTT----TTAT-TA-TGGT-A-TTGGATA--TTT-A--AGGCC-TA--TGATTC--AG-C----GATGTTAACA-TGTG-A-CCTT-GTCGAATTAATTT-ACTC---TTGAGTTAT-GTA-TG--GAAGT----------TTGAGTTGATAA--TC-T--GG-C-----TAT-ATTAAT--------TA--T-CGACT-A-CTCTATT-AAA---CAA----TT-T-TACTATTTC--T-T--TTAAT-A-AA-TTGTTA-TA-A-------AA------T-C-A-CGGC-TGTTTCGCGATTT--TTT-TTGAAAGTG-T-GAG-AA-C-AAAAT-C--A------G--A-A-TC-CGAAAT-A-TT--GA--AT-TT-GG---------ATGCAAC--G-G-A--CCAGTT------A-CTG--TTA-C-AT-G-T-GCTG-C--CA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-C-TAAA--AA--G-G--ATTTGT-TATCA-TA-ATCCTGTG-T---GTGGG-TCCCGtatcc
gi|4                          :                                                                                                                                                      TGTAAC---AGATTT-TGATTTT-GATTA------C-TT-G-C-ATTA-TCGGCAGTT--TGC-AG--G-----T-T--AG-CATGATC-AAGA-ATC--CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AA-TCT-TG-CCA-TG---T--TG---TC-C-T---TTCATTGT--TC---G--A-C-A--ATT--TTTAT-TCAAC---AA-T------CA-A-C-AGCGATT-TTT----------GCCT---AG----T--C-T-T--GTTTT-G-----CC--A----AA--A---GGT----T--C-CG-GA---CA-GATGTCGT-TT-A--TTTTT-AG--A-T--CG-C--ATT---GTT--CACGACAA---CCCG--T-AT-A---AGGGCTCG--AT--CAAG-GCAAAG-AG-C-T-TTTC-AC-TCTGCTG-GGTG----A-AGGAC-CTA-ATG--GTTCC---CG--T-GCCCT-TCCAATGA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-TTT-A---TAG-AGG--T-AGTGATTTTTC---AG-CAT--GTC-T-ATA-TTT--GATAACTAA--AA-CG-TAAG--------GGT-G--AGG-TT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-TTAGCCA--T--ACA--CC-CCGGCAG-AGTCCAAG--A--TT-CATTTT--GGTT--C-AGGTTTTAGA-ACTT-GGA-T-A-TT-C--C--T-TAGC-C-TTA-GC-AT-T----TT-T-TA-TGTA-A-TTA-ATA--TTT-A--GG--C-TA--T--TTCCAGG-C----G-TGT--ACAGTGTG-ATTCTT-G---AATTT-TTT-ACT----TTGA-TT-T-GTA-TG--GAAGTTC--------TCT--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-CTTGTT--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAATTTCC-----TA-T-T-TTACTTCCTT-TCTTTAAT-T-A---T--TA-TA-ATTATTCCAAACTC-TT-T-A-C--T-T--TTTGTT-TTT--TTA-TTGAA-GTG-T-T-G-AA-CGATAATGC--ATGA--GG--A-A-TC-C-AAATGA-TT--GT--AT-TC-GG--------GGTA-A--A-G-G-A--CCAGTTGT----AGCTG--TT--C-ATCG-T-GC-GTC-ACA-TAACA--TG-T------GTGCTAGC-TCAATTAA--G-G--ATTT-TCTATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-tta
gi|5                          :                                                                                                                                                    aGTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT--AG-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATACAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-C-A-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--ATT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C-A----TT-TTT----------GC-T---AG----T--C-T-T--GTTTT-G--G--CC--A----AA--A---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CC-G--T-AT-ACAAAGGGC-CG--ATT-C--G-ACA--G-AG-T-T-ATTC-A--TCTGCTG-G-TG----A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-G--T-AG-GATTTTTC---AG-CAT--GT--T-ATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTT-TTTCTTGCTA-A-AAT-G-TAAACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--A--TT-CATTTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGA-G-A-TT-C--C--T-TA-C-C-TTA-GC-A--T----TT-T-TA-TGGT-A-TTT-ATA--TTT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-TGTG-A-CCTT-G---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-GTA-TG--GAAAT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCA----TT-T-T-TAACTTC--T-TCTTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TT-T-A-C--C-T--TTTG---TTT--TTA-TTGAA-GTG-T-T-G-AA-C-ATAAT-C--A--A--GG--ATA-TC-C-AAAT-A-TT--GA--AT-TC-GG--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----A-CTG--TTA-C-AT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACAT-TGTT------GTGCTA-C-TAAA--AA--G-G--ATTT-T-TATC--TAGATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCGt
gi|6                          :                                                                                                                                                      TGTAAC---A--TTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTAAT--GCAGTTTATGCGAG--G-----TAT--AG-CAT-AC---GAG-ATCG-CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAA-CT-TG-C-AATG---TCTTT---AC-C-TGTTTCCATTGCA-T----G--AGC-A--ATT--T--A-----AC---AC-TA-----CA-G-C-T----AT-TTT----------GC-T---A-----T--C-TAT--GTTTT-GA-G--CC--AG---AA--A---GGT----A--T-CGTGA---CA-GA-G-CGT-TT-AATTTTTT-AG-TAAT--CG-C--AT----GT---CAT--CAAGTCCC-G--T-AT-ATAAAGGGA-CGGAATT-T--GAGCA--G--G-C-T-AT-C-AC-TCTGCTG-GGTGGTGCA-AGGAC-CTA-ATGTGGT--C---CG--T-GCCCT-T-CAATGA--AC-T-TC-G---G-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTTGA-G-TAG-A-G--T-AG-GATT-----------AT--GT--T----------GACAACT----AAACG-TA----------GGG-T--AGGTTT-T-T--TGCTA-A-AAT-G-TCAACTAACC--A-AAACC-TCGAC-G-AGT-CAAG--A--AT-C-TTTT--G-TT--C--GG---TAGATAATT-GGA-TTA-TTGC--C--T-TA-C---TTA-GCTA--T----TT-T-TA-TGGT-A-TTT-GTA--TTT-A--GG--C---------------------------------------CCTT-G---AATTAGTTT-ACT----TTGA-TTAT-G-A-TGT-GAAGT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-TTATTG-T--------TA--CATGAC--A-CTCT--TTAAA---CCT----AT-T-C-TTACTTC--T-TCTTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TTAT-G-C--C----TTTG---TTTGATTAGTTGAA-GTG-T-T-GAAA-C-ATAAT-C--A--AAGGG--A-A-TC-C-AAAT-A-TT--GA--ATGTC-GG--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-G----A-CCG--CTA-CAAT-GTT-GC-G-C--CA-G-AT----------------CTA-----AA--AAAGG-G--ATTT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-TCCCG
gi|7                          :                                                                                                                                                     tTGTAAC---A-ATTT-TGATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-C-ATTA-T--GCAGTTATTGC-AG--G-----TAT---G-CAT-ATC-AGAG-ATCG-CATAAAG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-C-A-TG---T--TT---AC-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--ATT-----AT-C--AC---AC-T------CA-G-C-A----TT-TTT----------GC-T---AG----T--C-T-T--GTTTT-G--G--CC--A----AA--A---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--CG-C--ATT---GTT--CAC--CAA---CC-G--T-AT-ATAAAGGGC-CG--ATT-C--A-GCA--G-AT-C-T-ATTC-AC-TCTGCTG-GGTG----A-A-GAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T-GCCCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-G--TG-TTCGCTT----TT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-T--T-AG-GA-TTTTC---AG-CAT--GT--T-ATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-TAAACTA--C--C-A--CC-CCAGCAG-AGT-CAAG--A--TT-CA-TTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AATT-GGA-T-A-TC-C--C--T-TA-C-C-TTA-GC-GT-T----TT-T-TA-TGGT-A-TTT-AT---TTT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-TGTG-A-CCTT-G---AATTA-TTT-ACT----TTGA--TAT-GTA-TG--GAAGT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCATTTTTT-T-T-TTACTTC--T-CTTTTAAT-A-AA-TT--TA-TA-A-------AA---C-TT-T-A-C--CTT--TTTG---TTT--TTA-TTGAA-GTG-T-T-G-AA-C-ATAAT-C--A--A--GG--A-A-TC-C-AAAT-A-TT--GA--AT-TC--G--------GATA-AACA-G-G-A--CCAGTT-T----T-CTG--TTA-C-AT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-C-TCAA--AA--G-G--A-TT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTGGG-ttctacattttt
gi|8                          :                                                                                                                                                     GTGTAAC---A-ATTT-TAATTTT-GATTA--AC--C-TT-G-CAATTA----GCAGTTATTGC-AGGTG-----TAT--AGACCT-ATT-CGAG-ATCG-CATAAAG-TA-C-G-GATT-T---TG-AAATCTATG-C-A-TG---T--TT---AC-CGT---TTCATTGCA-TT---T--AGC-A--ATT--T--AT-C--AC---ACAT------CA-G-C-A----TT-TTT----------GC-T---AG----T--C-T-T--GTTTT-G--G--CC--A----AA--A---AG-----AGTT-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTTT-AG-TA-T--C--C--ATT---GTT--CAC--CAA---CC-GCTC-AT-ATAAAGGGC-CG--ATT-C--A-GCA--G-AG-C----TTCAAC-TC-GCTG-GGTGA---A-AGGAC-CTA-ATG--GT--CG--CG--T-GCCCT-T-CAA-GA--AC-T-TC-G--TG-TT--CCT----TT---ACTT--C-CTT-A-GTTAG-A-A--T-AG-GA-TTTTC---AG-CA---GT--TGATA-TTT--GA-AACT----AA-CG-TAA---------GGG-T--AG--TT-T-TCTTGCTA-A-AAT-G-T-AACTA--C--A-A--CC-CCGGCAG-AGT-CAAG--AG-TT-CA-TTT--GGTT--CAAGG---TAGA-AATT-GGA-A-A-TT-C--C--T-TATC-C-TTA-GC-A--T----TT-T-TA-AGGT-A-TTT-ATA---TT-A--GG--C-TAT-T--TTC--AG-C----G-TG---AAA-CGT--A-CCTTAG---AATTA-TTT-ACT----TTGA-TTAT-TGA-TG--GAA-T----------TCG--TTGG-AAATCCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T-AAA---CCA----TT-TCT-TTACTTC--T-TCTTTAATAA-AA-TT--TACTACA-------AA---C-TT-T-A-C--C-T--TTTG---TTT--TTA-TTGAA--TG-TCT-G-AA-C-ATAAT-C--A--A--GG--ATACTCAC-AAAT-ATTT--GA--AT-TC-GG---------------------------AGAT-T----A-CTG--TTATC-AT-G-T-GC-GCC-ACA-T-CCA--TG-TGGGGGGGTGCTA-C-TCAA--AA--G-G----TT-T-TATCA-TA-
gi|9                          :                                                                                                                                                     tTGTAAC---A-ATTT-TGATTT--GATTA--AC--C-TT-GTC-ATTA-T--G-AGTTATTGC-A---------TAT--AG-CA--ATC-AGAG-ATCG-CATAAGG-TA-G-A-TATT-T---TG-AAATCT-TG-C-A-T----T--TT----C-C-T---TTCATTGCA-TT---G--AGC-A--ATT--T--AT-C--AC---AC-T------CA-G-C-A----TT-TT-----------GC-T---AG----T--C-T-T--GTTTT-G-----CC--A----AA--A---GGT----A--T-CG-GA---CA-GA-G-CGT-TT-A--TTTT--AG-TA-T--C--C--ATT---GT---CAC----A---CC----T-AT-ATAA-GGAC-CG--ATT-T--G--CA--G-AG-C-T-ATTC-AC-TCTGCTG-GGTG----A-AGGAC-CTA-ATG--GT--C---CG--T--CCCT-T-TAA-GA--AC---TC-G--TG-TTCGCTT----GT---ACTT--C-CTT-A-G-TAG-A-A--T-AG-GA-TTTTC---AG--AT--GT--T-AT-------------------A-CG-TAAG--------GGG-T--AGGTTT-T-TCTTGCTA-A-AAA-G-TATCCTA--C--A-A--CC-CCGGCA--AGT-CAAA--A--TT-CA-TTT--GGTT--C-AGG---TAGA-AAGT-GGA-T-A-TT----C--T-TA-C-T-TTT-GC-A--T----TT-T-TT-AGGC-A-TTT-A-A---TT-A--GG--C-TA--T--TTC--AG-C----G-TGT--ACA-CGTG-A-CCTT-G----ATTATTTT-ACT----TTGA-TTAT--TA-TG--AAGGT----------TCG--TTGG-AA--TCGT--GA-C-----T-T-ATTG-T--------TA--T-CGACT-A-CTCT--T--AA---CCA-----T-A-T-TTACTTC----TCTTT-AT-ATAT-TT--TA-TA-A-------AA---C--T-T-A-C--C-T--TT-----TTT--TTA-TTGAA-GTGTT-T-G-AA-C-ATAAT----A--A--GG--A-A-TC-C-ATAT-A-TT--GAT-AT----GG--------CAT--AACATG-G-A--CCAG-T-T----A-CTG--TT--C-AT-G-T-GC-G-C-ACA-T-ACA--TG-T------GTGCTA-C-TCAC--AA--G-GATATTT-T-TATCA-TA-ATCC-GTG-T---GTTGG-TCCc