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gi|13                         :     CT-TTGT-ATT-TATTGTAATA-T-T-TAT-TG-TTGAAAA-ATA----ACTTAAT--T---T-AA------A--GGAA---T-TA-AT-G-G-T-C-A-T-AATT-A------T------T-----T-AGTGGGT--T--C-T----A-------ATAA----T--A----TTTAGT-C--TCT-T-T-AT-G-AATA--A--T----T--TTTC--ACAGAG-A-A--AATTAATG-GCATTTTGG-A-CT---TT-TATA-AA-TAATcctctggcaacag
gi|7                          :           tTATT-TATCT-AATA-T-T--AT-TG-TT--GAA-ATA----A--------T---T-AA------A--GG-A---T-TA-AT-G-GTT-C-A-T-T----A------A------T-----T-AGTC-----T--C-T----A-------ATTA---GT--A-T--TTT-GT-C--T-T-T-T-AT-G-A--AT-ATTT----T--TT----G-ATAGAA-A--AAT--AT---CATTT--G-A-CTTG-CT-TATA-AACTAATT-AGGTAA--TAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC---TGTTGCCCTCGGCC-TGCCG
gi|10                         :                     TCAATA-T-T-TAT-TG-TTG-AAA-ATA----AATTATATTT---T-AA------G--G--A---T-TA-AT-GCGTT-C-A-T-A----A------T------T-----T-TA-------T--T-T----AGGTTCATATTT--AGT--A-T--TTGAGT-C--TATAT-T-AT-GAA--A--A--TTATAT--TC----A-AT-G-A-ATCATT--AT--GCACTT------CTCCGTC-TATA-AA-CTATT-AGGT-
gi|2                          :      tacgtctgtatgattaTAATT-TAT-TGT-TG-----AAA-ATA----A--------T---T-AA------A--G--A---T-TA-AT-G-GTT-C-A-TAA----A------T------T-----T-AG-------
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gi|21                         :                       atat-T-T-TAT-TG-TT--GAATATA----A--------T---T-AA------A--GGAA---TCTACAT-G-GTT-C-A-T-A----A------T------TAGACTT-AG-------T----T----A-------ATTA--G-T--A-T--TT-AGT-C--T-T-T-T-AT-G-AT-AT-A--T----T--TT----T-ATAG-A-A--AA---AT--GCATTT--G-A-CTTG-TT-Taaggattaatggttccataagttagacttagttcgtatattagtattttagtctttttataatattttttatagaaaatatggcatgtgacttgtctgtaaaaattcaggtaattaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggtgccctcggcttccggcctcagcaacag
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-4500 )     :                                                   ATACT-CTGTTATT-TGTT-T-AA-TT-TTT-AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-GG-A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----A------TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATTA--GGT--AT--TTTAGT-C--T-T----TT-AT-GA-A---T-A--T-T--TT----N-AT--AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTTC-TT-TGTAAA-TAATT-AGGT-A--TAAA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTC--CTGT-TGCCNTC---GGCC-TGCCGGCT
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Reference ( family-4500 )     :                                                   ATACT-CTGTTATT-TGTT-T-AA-TT-TTT-AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-GG-A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----A------TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATTA--GGT--AT--TTTAGT-C--T-T----TT-AT-GA-A---T-A--T-T--TT----N-AT--AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTTC-TT-TGTAAA-TAATT-AGGT-A--TAA--A------CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTGT-TGCC-CTC---GGCC-TGCCGGCT
gi|1                          :                                                                          A-TTATTT-AT-TG-T-TTG--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-GGCAT-T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----ATCG---TT-----TAG-------A--C-T----
gi|1                          :                                                                                                                atat--A------A-----A-GG-A--T-TA-AT-G-GTT-CCAT-A----A------GT-----TAGACTTAGTT--CGT----AT------ATTA--G-T--AT--TTTAGT-CT-T-T----TT-AT--A-A---T-AT-T-T--TT----T-AT--AG-A-A--AAT--ATG-GCATGT--G-A-CTTG-TC-TGTAAA--AATTCAGGT-AATTAA--ANNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGG-TGCC-CTC---GGCT-T-CCGGCgaaaggattaatggttccataagttagacttagttcgtatattagtattttagtctttttataatattttttatagaaaatatggcatgtgacttgtctgtaaaaattcaggtaattaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggtgccctcggcttccggcctcagcaacag
gi|10                         :        atatattatttattgtttgaaataattaaaggcatttaatggttcataatcgtttagactgT-C-AA-TA-TTT-AT-TG-T-T-GA-A---A-ATA-AA------TT--ATATTTTA-----A-GG-A--T-TA-AT-GCGTT-C-AT-A----A------TT-----TTA-------T--T-T----AGGTTCATATTT--AGT--AT--TTGAGT-C--TATA---TT-AT-GA-AAATT-A--TAT--TC----A-AT---G-A-ATCATT--AT--GCACTT------CTCCGTC-TATAAA-CTATT-AGGT-ctcagcaacag
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                      gtc----TT-AT--A-A---T-A--T-T--TT----TTAT--AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTT--GT-TGTAAA--AATTCAGGT-AATTAA--A------Cc
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gi|15                         :                                                    TACT-CTGT-ATTATGT----AA-TA-TTT-AT-TG-T-T-G--A---ATATTTAA------TT--T------A-----A-AG-A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-AATTTA------TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATTA----T--A---TTTGGTGC--T-T----TT-TT-GATA---T-A--T-T--TTCAAAA-AC--AG-A-A--AAT--AT--GCA-TT--G-ACCTTC-TT-T
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gi|18                         :                                                    TACT-CTGTTAT---GTT-T-AA-TT-TT--AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AAA-----TT--A------A-----AAGG-A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----A------TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATTA---GT--A---TTTAGT-CTTT-T----TT-AT-GA-A---T-A--T-T--TTTAA-T-AT--AG---A--AAT--AT--GCATTT--G-A--TTC-TT-TATatacaata
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gi|2                          :                                                                            at-TTT-AT-TG-T-T-GA-A---A-AT--AA------TT--A------A-----A--G-A--T-TA-AT-G-GTT-C-ATAA----A------TT-----TAG-------
gi|2                          :                                                                                                       aataa------TT--A------A-----A-GG-A--TATA-ATTG-GTTTC-AT-A----AA-----TT-----TAG-------TACT-T----AGTCAT--ATTA--G-----T--TTTAGT-C--T-T----TT-AT-GA-A---T-GATT-T--TT----T-ATT-AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTTG-TT-TGTAAA-TAATT-AGTA-A--TAANNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGTCTG-C-CTCACGGGCC-TGCCGGCacttaaaggatataattggtttcataaatttagtacttagtcatattagttttagtcttttatgaatgattttttattagaaaatatgcatttgacttgtttgtaaataattagtaataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtctgcctcacgggcctgccggcctcaggcaacag
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gi|25                         :                                                                     c-T-AA-TA-TTT-AT--G-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------AG----A-GG-A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----A------TT-----TAG-------A--C-TTAAGG-------ATTAATGGTTCATAATTTAGC-C--T-TAGTCTA-AT-TA-G---T-A--T-T--Tgt
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gi|27                         :                                                   cTACT-CTGT-ATT-TGTT-T-GA-TT-TTT-AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AG------TT--A------A-----A-GG-A--T-TA-AT-a
gi|3                          :                                                      CT-CTGT-ATT-TATC-T-AA-TA-TTT-AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------ATTTAAA-GG-A--T-TA-AT-G-GT--C-AT-A----A------TT-----TA--------T--T-T----A-------GTTA--ATT--GT--TTTAGT-C--T-T----TT-AT-GA-A---TAA--T-T--TT----C-AT--AG---A--AAT--AT--GCACTT--G-A-CTTC--T-TATAAA-TAA-T-AGGTAA--TAA--A-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGT-TGCC-ATC---GGCCATGTCGGC
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Reference ( family-4500 )     :                                                   ATACT-CTGTTATT-TGTT-T-AA-TT-TTT-AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-GG-A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----A------TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATTA--GGT--AT--TTTAGT-C--T-T----TT-AT-GA-A---T-A--T-T--TT----N-AT--AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTTC-TT-TGTAAA-TAATT-AGGT-A--TAA--A------CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTGT-TGCC-CTC---GGCC-TGCCGGCT
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gi|1                          :                                                                                                                atat--A------A-----A-GG-A--T-TA-AT-G-GTT-CCAT-A----A------GT-----TAGACTTAGTT--CGT----AT------ATTA--G-T--AT--TTTAGT-CT-T-T----TT-AT--A-A---T-AT-T-T--TT----T-AT--AG-A-A--AAT--ATG-GCATGT--G-A-CTTG-TC-TGTAAA--AATTCAGGT-AATTAA--ANNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGG-TGCC-CTC---GGCT-T-CCGGCgaaaggattaatggttccataagttagacttagttcgtatattagtattttagtctttttataatattttttatagaaaatatggcatgtgacttgtctgtaaaaattcaggtaattaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggtgccctcggcttccggcctcagcaacag
gi|10                         :        atatattatttattgtttgaaataattaaaggcatttaatggttcataatcgtttagactgT-C-AA-TA-TTT-AT-TG-T-T-GA-A---A-ATA-AA------TT--ATATTTTA-----A-GG-A--T-TA-AT-GCGTT-C-AT-A----A------TT-----TTA-------T--T-T----AGGTTCATATTT--AGT--AT--TTGAGT-C--TATA---TT-AT-GA-AAATT-A--TAT--TC----A-AT---G-A-ATCATT--AT--GCACTT------CTCCGTC-TATAAA-CTATT-AGGT-ctcagcaacag
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                          tacgtctgtatgatta--TTTAGT-C--T-T----T--AT----A---T-A--T-TCTTT----A-AT--AG-A-T--AAT---T--GCATTT--GGA-CTTC-TTATGTAAA-TAATT-AGGT-A---AT--A------CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACTG--TGCCTCTC----GCC-TGCCGGCT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                      gtc----TT-AT--A-A---T-A--T-T--TT----TTAT--AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTT--GT-TGTAAA--AATTCAGGT-AATTAA--A------Cc
gi|13                         :                                                      CT-TTGT-ATT-TATTGT-AA-TA-TTT-AT-TG-T-T-GAAA---A-AT--AACTTAATTT--A------A-----A-GGAA--T-TA-AT-G-G-T-C-AT-AATT-A------TT-----TAGTGGGT--T--C-T----A-------ATAA----T--A---TTTAGT-C--TCT----TT-AT-GA-A---T-AATT-T--TT----C-ACAGAG-A-A--AATTAATG-GCATTTTGG-A-CT---TT-TATAAA-TAATannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggtgcctcggcttccggctcagcaa
gi|14                         :                                                    tACTGCTGT-ATT-TATT-T-AA-TT-TT--ATGTG-CGT-G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----AAGG-A--T-TA-GT-G-ATT-C-ATTA----A------TTG----TA--------T--C-T----A--------TTA--G-T--GA--TTTATT-T--T-T----TTCAT-GA-A---T------T--TT----T-AT--AG-A-A--AAT--ATTGGCATT---G-A-CTTC-TT-TGTAAA-TAATT-A
gi|15                         :                                                    TACT-CTGT-ATTATGT----AA-TA-TTT-AT-TG-T-T-G--A---ATATTTAA------TT--T------A-----A-AG-A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-AATTTA------TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATTA----T--A---TTTGGTGC--T-T----TT-TT-GATA---T-A--T-T--TTCAAAA-AC--AG-A-A--AAT--AT--GCA-TT--G-ACCTTC-TT-T
gi|16                         :                                                  cATACT-CTGT-ATT-TGTT-T-AAGTT-TTT-AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AAA-----TT--A------A-----A-GG-A--T-TA-ATTG-GTTAC-AT-A----AAA----TG-----TAG-------T--C-T----A-------ATTA--G-T--AT--TT-AGT-CCTT-T----TT-AT-GG-A---T-A--T-T--T-----G-AT--AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTTC-T----TAAA-Tt
gi|17                         :                                                     ACT-CTTGTATT-TATC-T-AA-TA-TTT-AT-TG-T-T-G--AAATA-AT--AA------TT--A------A-----A--G-A--T-TA-AA-T-GTT-CAAT-ATTT-A------TT-----TAG-------T--C-T----A-------A-------T--AA--TTTAGT-C----T----TT-AT--A-A---TAA--T-A--TT----C-AT--A--A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTTC-TT-
gi|18                         :                                                    TACT-CTGTTAT---GTT-T-AA-TT-TT--AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AAA-----TT--A------A-----AAGG-A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----A------TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATTA---GT--A---TTTAGT-CTTT-T----TT-AT-GA-A---T-A--T-T--TTTAA-T-AT--AG---A--AAT--AT--GCATTT--G-A--TTC-TT-TATatacaata
gi|19                         :                                                  atTACT-CTGT-AT---GTT-T-AA-TT-TTT-AT-TG-T-T-G--A---A-ATA-AA------TTA-A------A-----A-GG-A--T-TA-AT-GAGTT-C-AT-A----A------TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATTA---GT--A---TTTAGT-CT-T-T----TT-AT-GA-A---T-A--T-T--TT----A-AT--AT-AGA--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTTC-TT-TAT
gi|2                          :                                                                            at-TTT-AT-TG-T-T-GA-A---A-AT--AA------TT--A------A-----A--G-A--T-TA-AT-G-GTT-C-ATAA----A------TT-----TAG-------
gi|2                          :                                                                                                       aataa------TT--A------A-----A-GG-A--TATA-ATTG-GTTTC-AT-A----AA-----TT-----TAG-------TACT-T----AGTCAT--ATTA--G-----T--TTTAGT-C--T-T----TT-AT-GA-A---T-GATT-T--TT----T-ATT-AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTTG-TT-TGTAAA-TAATT-AGTA-A--TAANNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGTCTG-C-CTCACGGGCC-TGCCGGCacttaaaggatataattggtttcataaatttagtacttagtcatattagttttagtcttttatgaatgattttttattagaaaatatgcatttgacttgtttgtaaataattagtaataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtctgcctcacgggcctgccggcctcaggcaacag
gi|20                         : aataatttattgttgaaaataattaaagattaatggttcataaatttagacTACT-CTGT-ATT--GTT---AA-TT-TT--AT-TG-T-T-A--A---A-AT--A--------C--A------A-----A-A--A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----A------AT-----TAG-------T--C-T-------------TTG--AAT--ACTATTTAGT-C--T-T----TT-AT-AA-A---T-A--T-T--TT----T-AT--AA-A-A--ATT--AT--GCATTT--G-A-CTTG-TT-ctcaggcaacag
gi|21                         :                                                                              -TTT-AT-TG-T-T-G--A---ATAT--AA------TT--A------A-----A-GG-AATC-TACAT-G-GTT-C-AT-A----A------TTAGACTTAG-------T----T----A-------ATTA--G-T--AT--TT-AGT-C--T-T----TT-AT-GATA---T-A--T-T--TT----T-AT--AG-A-A--AA---AT--GCATTT--G-A-CTTG-TT-Tactcaata
gi|22                         :                                         actctagataaTACT-CTGTT-TA-TGTT-T-AA-TT-TTTTAT-TG-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-GT-A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----A------TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATCA---GT--A---TTTAGT-C--T-T----TT-AT-AG-A---T-A--T-T--TT----A-AT--AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CT
gi|23                         :                                                   tTACT-CTGTT----TGTT-T-AA-TT-TTT-AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-GG-A--T-TG-AT-G-GTT-C-AT-C----A------TT-----TAA-------T--T-T-------------TT---GGC--A---TTTAGT-C--T-T----TT-AT-GA-A---T-A--T-T--TTG---T-AT--AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-TTT
gi|25                         :                                                                     c-T-AA-TA-TTT-AT--G-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------AG----A-GG-A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----A------TT-----TAG-------A--C-TTAAGG-------ATTAATGGTTCATAATTTAGC-C--T-TAGTCTA-AT-TA-G---T-A--T-T--Tgt
gi|26                         :                                                    TACT-CTAT-GTT-TGTT-T-AA-TT-TCT-AT-TG-T----------G-AT--TA------TT--A------A-----A-GG-A--C-TA-GT-G-ATT-C-AT-A----A------TT-----TAag
gi|27                         :                                                   cTACT-CTGT-ATT-TGTT-T-GA-TT-TTT-AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AG------TT--A------A-----A-GG-A--T-TA-AT-a
gi|3                          :                                                      CT-CTGT-ATT-TATC-T-AA-TA-TTT-AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------ATTTAAA-GG-A--T-TA-AT-G-GT--C-AT-A----A------TT-----TA--------T--T-T----A-------GTTA--ATT--GT--TTTAGT-C--T-T----TT-AT-GA-A---TAA--T-T--TT----C-AT--AG---A--AAT--AT--GCACTT--G-A-CTTC--T-TATAAA-TAA-T-AGGTAA--TAA--A-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGT-TGCC-ATC---GGCCATGTCGGC
gi|4                          :                                                    TACT-CTGT-ATT--GTT-T-AA-TT-TTT-AT-TGTT-T-G--------AT--GA------TTTAA------A-----G-GG-A--T-TA-AT-G-GTT-C--T-A----AT-----TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATT----GTA-AT--TTCCGT-C--T-T----TC-AT-GA-A---T-AT-T-T--TT----A-AT--AG-A-A--AAT--AT-------------------CT-TATAAA-T-ATT-AGGTGA--TAA--ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGT-TGCC-CT----GGTC-TGCCGcctctggcaacag
gi|5                          :                                                   ATACT-CTGTTATT-TGTT-TTAA-TT-TTT-AT-TG-T---G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-G--A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----A------TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATTA--GGT--AT--TTTAGT-C--T-T----TT-AT-GA-A-----A--T-T--TT----A-AT--AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTTC-TT-TATAAA-TAATT-AGGT-A--TAA--A------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TTG--TGCC-ATC---GGCC-TGTCGGCTagcctcaggcaacag
gi|6                          :                                                   ATACT-CTGTTATT-TGTT-TTAA-TT-TTT-AT-TG-T---G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-G--A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----A------TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATTA--GGT--AT--TTTAGT-C--T-T----TT-AT-GA-A-----A--T-T--TT----A-AT--AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTTC-TT-TATAAA-TAATT-AGGT-A--TAA--A------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TTG--TGCC-ATC---GGCC-TGTCGGCT
gi|7                          :                                                             TATT-TATC-T-AA-TA-TT--AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-GG-A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-T----A------AT-----TAGTC-----T--C-T----A-------ATTA---GT--AT--TTT-GT-C--T-T----TT-AT-GA-A---T-ATTT-T--TT----G-AT--AGAA-A--AAT--AT---CATTT--G-A-CTTG-CT-TATAAACTAATT-AGGTAA--TAA--A------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGT-TGCC-CTC---GGCC-TGCCG
gi|8                          :                                                                                TT-AA-TG-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-GG-A--T---------GTT-T-AT-A----
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                       -T----TT-ATAGA-A---T-A--T-T--TT----T-CT--TA-A-A--ATT--AT--GTTTTT--G-A-CTT--GT-TGTAA---AATT-AGGTAA--TAA--ANNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGT-TGCC-CTC---GGCC-TGCCGGCgaatatttttcttaaaattatgtttttgacttgttgtaaaattaggtaataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgttgccctcggcctgccggcctc
gi|9                          :                                                       ttaatgttgaaataattaaaggatgTT-AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-GGCAT-T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----AT-----TT-----TAG-------A--C-T----G-------Actc
gi|9                          :                                                                                                                    --A------A-----A-GGTA--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----AGTTAGACT-----TAG-------T--CGT----ATT-----ATTA--G-T--AT--TTTAGT-TCTT-T----TT-AT--A-A---T-A--T-T--TT----TTAT--AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTT--GT-TGTAAA--AATTCAGGT-A--aaaggtattaatggttcataagttagacttagtcgtattattagtattttagttctttttataatattttttatagaaaatatgcatttgacttgttgtaaaaattcaggtaat


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blockSeqs                     :                                                        .    T   .    . .  . A    .  .  . . . .  .   .  .   .       .  .      .     .  . .  .  .  . .   . .  . .    T       .       .       .  . ATT             ATTGT            . T  . .     .  G  . .   . T  . .   GT      .   . . .    .   .       .  . .   C   .      T     .    AA     .  NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA         T     .   .      .
blockSeqs                     :                                                        .    T   .    . .  . T    .  .  . . . .  .   .  .   .       .  .      .     .  . .  .  .  . .   . .  . .    T       .       .       .  . A               GTAAT            . .  . .     .  G  . .   . .  . .   TT      .   . . .    .   .       .  . .   C   .      T     .    AA     .  NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN         T     .   .      .
blockSeqs                     :                                                        .    T   .    . .  . A    .  .  . . . .  .   .  .   .       .  .      .     .  . .  .  .  . .   . .  . .    .       .       .       .  . A               GGTAT            . .  . .     .  G  . .   . .  . .   A       .   . . .    .   .       .  . .   C   .      T     .    A      .  NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN          .     .   .      .
blockSeqs                     :                                                        .    T   .    . .  . T    .  .  . . . .  .   .  .   .       .  .      .     .  . .  .  .  . .   . .  . .    .       .       .       .  . A               GGTAT            . .  . .     .  G  . .   . .  . .   A       .   . . .    .   .       .  . .   C   .      T     .    A      .  NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT          .     .   .      .
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blockSeqs                     :                                                        .    .   .    . .  . T    .  .  . . . .  .   .  .   .       .  .      .     .  . .  .  .  . .   . .  . .    .       .       .       .  . A               GTAT             . .  . .     .  G  . .   . .  . .   T       .   . . .    .   .       .  . .   G   .      T     .    A      .                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                        .    .   .    . .  . T    .  .  . . . .  .   .  .   .       .  .      .     .  . .  .  .  . .   . .  . .    .       .       .       .  . A               GTAT             . .  . .     .  A  . .   . .  . .   G       .   . . .    .   .       .  . .   G   .      T     .    A                                                                                                          
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AGGTAATAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACTGTGCCCTCGGCCTCAG






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Reference ( family-4500 )     :                                                   ATACT-CTGTTATT-TGTT-T-AA-TT-TTT-AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-GG-A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----A------TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATTA--GGT--AT--TTTAGT-C--T-T----TT-AT-GA-A---T-A--T-T--TT----N-AT--AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTTC-TT-TGTAAA-TAATT-AGGT-A--TAA--A------CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTGT-TGCC-CTC---GGCC-TGCCGGCT
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gi|14                         :                                                    tACTGCTGT-ATT-TATT-T-AA-TT-TT--ATGTG-CGT-G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----AAGG-A--T-TA-GT-G-ATT-C-ATTA----A------TTG----TA--------T--C-T----A--------TTA--G-T--GA--TTTATT-T--T-T----TTCAT-GA-A---T------T--TT----T-AT--AG-A-A--AAT--ATTGGCATT---G-A-CTTC-TT-TGTAAA-TAATT-A
gi|15                         :                                                    TACT-CTGT-ATTATGT----AA-TA-TTT-AT-TG-T-T-G--A---ATATTTAA------TT--T------A-----A-AG-A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-AATTTA------TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATTA----T--A---TTTGGTGC--T-T----TT-TT-GATA---T-A--T-T--TTCAAAA-AC--AG-A-A--AAT--AT--GCA-TT--G-ACCTTC-TT-T
gi|16                         :                                                  cATACT-CTGT-ATT-TGTT-T-AAGTT-TTT-AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AAA-----TT--A------A-----A-GG-A--T-TA-ATTG-GTTAC-AT-A----AAA----TG-----TAG-------T--C-T----A-------ATTA--G-T--AT--TT-AGT-CCTT-T----TT-AT-GG-A---T-A--T-T--T-----G-AT--AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTTC-T----TAAA-Tt
gi|17                         :                                                     ACT-CTTGTATT-TATC-T-AA-TA-TTT-AT-TG-T-T-G--AAATA-AT--AA------TT--A------A-----A--G-A--T-TA-AA-T-GTT-CAAT-ATTT-A------TT-----TAG-------T--C-T----A-------A-------T--AA--TTTAGT-C----T----TT-AT--A-A---TAA--T-A--TT----C-AT--A--A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTTC-TT-
gi|18                         :                                                    TACT-CTGTTAT---GTT-T-AA-TT-TT--AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AAA-----TT--A------A-----AAGG-A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----A------TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATTA---GT--A---TTTAGT-CTTT-T----TT-AT-GA-A---T-A--T-T--TTTAA-T-AT--AG---A--AAT--AT--GCATTT--G-A--TTC-TT-TATatacaata
gi|19                         :                                                  atTACT-CTGT-AT---GTT-T-AA-TT-TTT-AT-TG-T-T-G--A---A-ATA-AA------TTA-A------A-----A-GG-A--T-TA-AT-GAGTT-C-AT-A----A------TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATTA---GT--A---TTTAGT-CT-T-T----TT-AT-GA-A---T-A--T-T--TT----A-AT--AT-AGA--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTTC-TT-TAT
gi|2                          :                                                                            at-TTT-AT-TG-T-T-GA-A---A-AT--AA------TT--A------A-----A--G-A--T-TA-AT-G-GTT-C-ATAA----A------TT-----TAG-------
gi|2                          :                                                                                                       aataa------TT--A------A-----A-GG-A--TATA-ATTG-GTTTC-AT-A----AA-----TT-----TAG-------TACT-T----AGTCAT--ATTA--G-----T--TTTAGT-C--T-T----TT-AT-GA-A---T-GATT-T--TT----T-ATT-AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTTG-TT-TGTAAA-TAATT-AGTA-A--TAANNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTGTCTG-C-CTCACGGGCC-TGCCGGCacttaaaggatataattggtttcataaatttagtacttagtcatattagttttagtcttttatgaatgattttttattagaaaatatgcatttgacttgtttgtaaataattagtaataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtctgcctcacgggcctgccggcctcaggcaacag
gi|20                         : aataatttattgttgaaaataattaaagattaatggttcataaatttagacTACT-CTGT-ATT--GTT---AA-TT-TT--AT-TG-T-T-A--A---A-AT--A--------C--A------A-----A-A--A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----A------AT-----TAG-------T--C-T-------------TTG--AAT--ACTATTTAGT-C--T-T----TT-AT-AA-A---T-A--T-T--TT----T-AT--AA-A-A--ATT--AT--GCATTT--G-A-CTTG-TT-ctcaggcaacag
gi|21                         :                                                                              -TTT-AT-TG-T-T-G--A---ATAT--AA------TT--A------A-----A-GG-AATC-TACAT-G-GTT-C-AT-A----A------TTAGACTTAG-------T----T----A-------ATTA--G-T--AT--TT-AGT-C--T-T----TT-AT-GATA---T-A--T-T--TT----T-AT--AG-A-A--AA---AT--GCATTT--G-A-CTTG-TT-Tactcaata
gi|22                         :                                         actctagataaTACT-CTGTT-TA-TGTT-T-AA-TT-TTTTAT-TG-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-GT-A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----A------TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATCA---GT--A---TTTAGT-C--T-T----TT-AT-AG-A---T-A--T-T--TT----A-AT--AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CT
gi|23                         :                                                   tTACT-CTGTT----TGTT-T-AA-TT-TTT-AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-GG-A--T-TG-AT-G-GTT-C-AT-C----A------TT-----TAA-------T--T-T-------------TT---GGC--A---TTTAGT-C--T-T----TT-AT-GA-A---T-A--T-T--TTG---T-AT--AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-TTT
gi|25                         :                                                                     c-T-AA-TA-TTT-AT--G-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------AG----A-GG-A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----A------TT-----TAG-------A--C-TTAAGG-------ATTAATGGTTCATAATTTAGC-C--T-TAGTCTA-AT-TA-G---T-A--T-T--Tgt
gi|26                         :                                                    TACT-CTAT-GTT-TGTT-T-AA-TT-TCT-AT-TG-T----------G-AT--TA------TT--A------A-----A-GG-A--C-TA-GT-G-ATT-C-AT-A----A------TT-----TAag
gi|27                         :                                                   cTACT-CTGT-ATT-TGTT-T-GA-TT-TTT-AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AG------TT--A------A-----A-GG-A--T-TA-AT-a
gi|3                          :                                                      CT-CTGT-ATT-TATC-T-AA-TA-TTT-AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------ATTTAAA-GG-A--T-TA-AT-G-GT--C-AT-A----A------TT-----TA--------T--T-T----A-------GTTA--ATT--GT--TTTAGT-C--T-T----TT-AT-GA-A---TAA--T-T--TT----C-AT--AG---A--AAT--AT--GCACTT--G-A-CTTC--T-TATAAA-TAA-T-AGGTAA--TAA--A-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGT-TGCC-ATC---GGCCATGTCGGC
gi|4                          :                                                    TACT-CTGT-ATT--GTT-T-AA-TT-TTT-AT-TGTT-T-G--------AT--GA------TTTAA------A-----G-GG-A--T-TA-AT-G-GTT-C--T-A----AT-----TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATT----GTA-AT--TTCCGT-C--T-T----TC-AT-GA-A---T-AT-T-T--TT----A-AT--AG-A-A--AAT--AT-------------------CT-TATAAA-T-ATT-AGGTGA--TAA--ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGT-TGCC-CT----GGTC-TGCCGcctctggcaacag
gi|5                          :                                                   ATACT-CTGTTATT-TGTT-TTAA-TT-TTT-AT-TG-T---G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-G--A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----A------TT-----TAG-------T--C-T----A-------ATTA--GGT--AT--TTTAGT-C--T-T----TT-AT-GA-A-----A--T-T--TT----A-AT--AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTTC-TT-TATAAA-TAATT-AGGT-A--TAA--A------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TTG--TGCC-ATC---GGCC-TGTCGGCTagcctcaggcaacag
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gi|7                          :                                                             TATT-TATC-T-AA-TA-TT--AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-GG-A--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-T----A------AT-----TAGTC-----T--C-T----A-------ATTA---GT--AT--TTT-GT-C--T-T----TT-AT-GA-A---T-ATTT-T--TT----G-AT--AGAA-A--AAT--AT---CATTT--G-A-CTTG-CT-TATAAACTAATT-AGGTAA--TAA--A------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGT-TGCC-CTC---GGCC-TGCCG
gi|8                          :                                                                                TT-AA-TG-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-GG-A--T---------GTT-T-AT-A----
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                       -T----TT-ATAGA-A---T-A--T-T--TT----T-CT--TA-A-A--ATT--AT--GTTTTT--G-A-CTT--GT-TGTAA---AATT-AGGTAA--TAA--ANNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGT-TGCC-CTC---GGCC-TGCCGGCgaatatttttcttaaaattatgtttttgacttgttgtaaaattaggtaataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgttgccctcggcctgccggcctc
gi|9                          :                                                       ttaatgttgaaataattaaaggatgTT-AT-TG-T-T-G--A---A-AT--AA------TT--A------A-----A-GGCAT-T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----AT-----TT-----TAG-------A--C-T----G-------Actc
gi|9                          :                                                                                                                    --A------A-----A-GGTA--T-TA-AT-G-GTT-C-AT-A----AGTTAGACT-----TAG-------T--CGT----ATT-----ATTA--G-T--AT--TTTAGT-TCTT-T----TT-AT--A-A---T-A--T-T--TT----TTAT--AG-A-A--AAT--AT--GCATTT--G-A-CTT--GT-TGTAAA--AATTCAGGT-A--aaaggtattaatggttcataagttagacttagtcgtattattagtattttagttctttttataatattttttatagaaaatatgcatttgacttgttgtaaaaattcaggtaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AGGTAATAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACTGTGCCCTCGGCCTCAG