lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1111111111111 33333333333333333 33333333333 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 44444444444444444444 2222222222222 11111111111 111111 2222 3333333333333333333333333 2222222 4444444 2222222222222 222222 1 11111111 33333 11111111 1111111111111 1111111111111 1111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333333333333333333 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111 2222222222222222222222222222222222 2222222222222222222 111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444444444444444444444 2
lowQualScore : 1 1 66 1 1 4444 1 66 1 11 33 11 3 7777777777777 1 88888888 1 22 99999999999999999 1 3 66666 1 1 999 1 1 33 44444444444 5 2 666 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7777 3 33 3 44 44 3 44 7 1 3333 3 3 77 555 6 77777 11111111111111111111 3 3 555 7777777777777 555 44 55555555555 3 3 999999 3 77 111111 1111 3 3 4444444444444444444444444 3 44 77 2222222 3 3 7777777 3 888888 3 77 1111111111111 555 3 3 111111 33 77777 3 3 66666666 555 44444 3 3 3 2 33 00000000 5 888888 33 33 5555555555555 33 2 33 555 2 555 444 33 444 2 4444444444444 1111111111 444 2 2 444 2 9999 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 33 444 7777777 5555 2 88 2 888888888888888888888888888888888888888888888 88 333 2 4 333 2 555 2 666 2 22 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7777777 1 7777777777777 1 1 1 0000000000000000000000000000000000 333 1 333 3333333333333333333 1 1 111111 333 55555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 1 22222222222222222222222222 2 8 33
lowQualScore : . . .. . . .... . .. . .. .. .. . ............. . ........ . .. ................. . . ..... . . ... . . .. ........... . . ... ........................................................................................ .... . .. . .. .. . .. . . .... . . .. ... . ..... .................... . . ... ............. ... .. ........... . . ...... . .. ...... .... . . ......................... . .. .. ....... . . ....... . ...... . .. ............. ... . . ...... .. ..... . . ........ ... ..... . . . . .. ........ . ...... .. .. ............. .. . .. ... . ... ... .. ... . ............. .......... ... . . ... . .... . ........................................................ ... .. ... ....... .... . .. . ............................................. .. ... . . ... . ... . ... . .. .......................................................................................................................................... ....... . ............. . . . .................................. ... . ... ................... . . ...... ... ..... ............................................................................................. . . .......................... . . ..
lowQualScore : 5 5 22 4 4 3333 4 88 3 88 00 77 8 8888888888888 2 00000000 4 00 22222222222222222 5 1 11111 6 6 222 6 6 88 22222222222 1 9 111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7777 6 88 3 66 66 3 88 3 2 3333 3 3 99 888 7 44444 33333333333333333333 3 3 888 7777777777777 888 66 77777777777 3 3 666666 3 99 666666 3333 3 3 3333333333333333333333333 3 66 99 8888888 3 3 0000000 3 888888 1 33 5555555555555 888 3 3 222222 99 77777 1 1 88888888 444 22222 1 1 1 9 99 44444444 7 555555 99 99 7777777777777 99 9 99 000 9 000 777 77 777 7 7777777777777 7777777777 777 7 7 777 7 7777 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222 22 111 6666666 0000 4 88 2 888888888888888888888888888888888888888888888 33 999 2 4 777 0 555 0 222 0 88 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 9 1111111111111 9 9 9 2222222222222222222222222222222222 333 9 555 1111111111111111111 1 9 000000 333 66666 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 9 66666666666666666666666666 2 2 44
consensus : GACAGA-AAG-TCA--C-A-GG----A-CAAA-AA-G--TC--A--C-A----------G--A-C------G-AAA-AG--T--C--CAC---G--G--ACAAA-A-T-G-A-CC-A-T---G-G-ACA--AAAA-T--AG-T--CACAAT-C-A-GAAAGT--AGNANAAAAANNCAAAAAAAANNANNNGNNNANANAAAACGNNNNNACGAAAANNAGNCGNNACAGATANNNACG-----T----AATAT----GAA-AAT-A-TTG--AT--TTT-TTAAAAATAA-A--TGT-TA-T--ATGA---AT-TTC--GAA---ATA-----TAT-TCA-NTT-TGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------T-GAGT-AGGG-T------T-TA--TA-----CTTTT--T-ATG-AGAAT--------T---ATT--T-------TT-TA--TC--TAAC---TTT-CTA-AA-TTTT----GAT-GA------A-AAT--AAT----T-T----G---A-T-GATTAGA---A-CTA-----AA-CTTATT----CG--T---TTT----A-TC-G-TAT-C--TA--------TT-G--C-G-AA--ACAT--G-------------AATTA--GG-T--T---T-ATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTT----------TG---T-T-TG---TT-TG---TTT-TTGTAG---------------GGG--GG----G----T--A-G----C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA-T--A----ATG-T--TA-------AA-A-TA----------A----A--T---CA-G-A---TGCC-CT---G-T---G-A--C-T---TTTC-----A-TT-T-A----TT--AA------T---T-T-----------------GTGAC----T---T--A---T-G-CC-T-G------T----------------TG-T-C---------CT------TT-------TTGTCTT-GT-----G-ACC---TT-TT-GT-C-----------C----------T---G-TGAC--TT---TT-TGTC---C---T------N-TG-----TGGTCA-TT------GT---GAC--T-TTTTGT-C-----C----------T---G-TGA-CT-TT-TTGTCCTGT----------------CGATTTT--TG-----GAC-T------TT-ATGT-CCTG-TGACT--------T-TTTG------T----CCTG-TGACTTTCTGT--CCGTT
Reference ( gi|7 ) : GACAGA-AAG-TCA--C-A-GG----A-CAAC-AA-G--TC--A--C-A----------G--A-C------G-AAA-AG--T--C--CAC---G--G--ACAAA-A-T-G-A-CC-A-T---G-G-ACA--AAAA-T--AGTT--CACTAT-C-A-GAAAGT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----T----AATAT----GAA-AAT-A-TTG--AT--TTT-TTAAAAATAA-A--TGT-TA-T--ATGA---AT-TTC--GAA-T-ATA-----TAT-TC--CTT-TGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------T-GAGT-AGGG-T------T-TA--TA-----CTTAT--T-ATG-AGAAT--------T---ATT--T-------TT-TA--TC--TAAC---TT--CTA-AA-TTT-----G-T-GA------A-AAT--A-T----T-T----G---A-T-GATT-GA---A-CTA-----AA-CGTATT----CA--T---TT-----A-TC-G-TAT-C--TA--------TT-G--C-A-AA--ACAT--G-------------AATTA--GG-T--T---T-ATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTT----------TG---T-T-TG---TT-TG---TTT-TTGTAA---------------GGA--GG----G----T--A-G----C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA-T--A----GTG-T--TA-------AA-A-T-----------A----A--T---CA-G-A---TGCC-CT---G-T---G-A--C-T---TTTC-----A-TT-T-A----TT--AA------T---T-T-----------------GTGAC----T---T--A---T-G-CC-T-G------T----------------TG-T-C---------TT------TT-------TTGTCTT-GT-----G-AAC---TT-TT-GT-C-----------C----------T---G-TGA---TT---TT-TGTC---C---T------C-TG-----TGGTCA-TT------GT---GAC--T-TTTTG--C-----C----------T---G-TGAGCT-TT-TTGTCTTATA---------------CGATTTT--TG-----GAC-T----AATT-AT-T-CCTG-TGACT--------TATTTG------T-G--CCTG-TGA-TTTCTGT--CCGTTA
gi|1 : GGCAGA-A-G-TCAA-C-A-GG----A-AAAA-AA-G--TCG-A--C-A----------GG-A-C------G-AAA-AA--G--T--CAC---G--G--ACAAA-A-T-G-A-AC-AAT---G-G-AGA--AAAG-T--------CACAAT-C-A-GAAAGT--AGGAAAAAAAGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N----NNNN------AC-AGT-T-TTACTAT--TTT-TTAAATAAAA-T--TGT-TA-T--AT-A---AT-TTC--AAA-T--T------TAT-TCAATTT-TGT-TAAGGGTTT--------A----AAGGGGAAT--A---------T-GAGT-AGGC-G------T-TA--T------CTT-T--T-ATGGAGAAT--------T---AAT--T-------TT-TA--TCA-TAAC---TTT-CTA-AA-TTTTG---A-T-GA------A-AAT--A-A----T-TA---G---A-T-GATT-AA---AACTT-----A--CTTATT----CG--TGTTTT-----A-TCCG-CAT-C--TA--------T--G--A-A-AA--ACAT--G-------------AATTA--GGGT--T---T-ATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTT----------TG---T-T-T----TT-TG---TTC-TTGTAG---------------GGA--GG----G----T--A-G----C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TG-T----T-TAC--AA-TT-A----AT--T--TA-------AA-A-T-----------A----AA-T---CACG-A---TGTC-CTT--G-T---G-A--C-T---T--C-----A-TT-TTA----TT--AA------T---T-TTGTTACTTTAGTGTCCTGTGAT----T---T--T---T-G-TC-C-G------T----------------GGAT-C---------TA------TT-------TTGTCTTTGT-----G-ACC---TT-TT-GT-C----------------------T---G-TGA---CT---TT-TGTA---C---T------A-TG-----TTGTCA-TT------GT---GAC--A-ATTTG--TA----C----------T---A-TG-TCT-TT-TTGTCT-AT----------------CGATTTT--TGT----GAC-T------TTGATGT-CCTG-TGACT--------T-TTTG------T----CCTG-TGA-CTTCTGT--CTGCT
gi|11 : atgtgGACAGAGAAG-TCA--C-A-GA----ATCAA--AA-G--TC--A--C-A----------G--A-C------G-AAA--G--T--C---AC---GACG--ACAAA---T-G---CC-A-T---G-G-ACA--AAAA-T--------CAC-AT-CCA-GAAAGT--TAGACAAAAAGTCAGCAGGACCAAAATGCTCCAAGACAAAAGACACAGGCACAAAATCCAGGACAGAAAGTCACAGTT--T----ATCAT----GAATAAT-AATTG--AT--TTT-TTAAAA-TAA----TGT-TA-T--ATGA---AT-TCC--AAA---ATA-----TAT-TCA-TTT-TGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------TTGAGTCAGGG-T------T-TA--TA-----CTTTT--TTATG-AGAAT--------T---TAT--T-------TT-TA--TC--TAAC---TTT-CTA-AA-TTT-----GAT-GA------A-AAT--AAT----T-T----G---A-T-GATTAGA---A-CTT-----AA-CTTATT----CG--T---TTT----A-TC-G-CAT-C--TA--------TT-G--C-A-AA--ACAT--G-------------AATTA--GG-T--T---T-ATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTT----------TG---T-T-GG---TT-TG---CTT-TTGTAG---------------GGAGGGG----G----TA-A-G----C----TAAAT----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA-T--A----ATG-T--AA-------AA-A-TAA---------A----A--T---CA-G-A---TGCC-CT---G-T---G-A--C-----GTTC-----A-TT-T-ttgacctaattttttctctgattatctaatttacgtaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|4 : atgttgaGACAGA-A-G-TCA--C-A-GG----A-CAAA-AA-G--TCAAA--C-AT---------G--A-C------A-TAT-AG--T--C--------------ACAAA-ATT-G-A-CT-A-----G-G-ACA--AAAA-tat
gi|12 : aatgtgggaacaatgaaagtcattcagggacaaaaagtcacagacgcaaaagtcacgacaaaatgaccataggacaaaaatgcagcaatcaagaaagtaggacagtaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacagtttatatgaaattattgatgttttttaaatataatgttaatatgaattttgaaatatattcattttgttaagttttataagaatatgagtagggtttatctttttatgagaatttttattgttcatctaactttctaaattttgatgttaaaaattaatttgatgattagaactaaacttattcgttttatcgtatctattgccgaaacatgaattaagtcctaataataagagtttttgtttgtttgtgttttttgtagggagggggtataagttttttgtaataatttggttgtacaaataatgttaaaataaaaaatagatgccctgtggggactttcattgtattaattttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtctgtcgtggtcattgggtgacttttttgtcctgtgtcGACAGA-AAG-TCA--C-A-GG----A-CATA-AA-G--TC--A--C---------------------------AA-AA--T--C--GATA--G--G--ACCAA-A-A-G-A-CA-C-G---G-G-ACA--AAAA-cgtctta
gi|10 : atatgaaaatattgattttttttaaataaatgttatatgaatttcgaaatatatatcactttgttaagttaaagaatatgagtagggttatactttttttgagaatttatttctaactttctaaaatttgatgtaaataatttgatgattagaataaacttaattatttgttttatcgtatctattgtgaaaaatgaataaggtttataataagagtttttgtttgtttttgtaggaggggtaagctttgtaataatttggtttacgataattaaataaaatcagatgccctgtgactttctttttattaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtggtcattgtgacGACAGA-AAG-TCA--C-A-GG----A-CAAA-AA-G--TC--A--C-A----------G--G-C------A-TAT-AG--T--C--------------ACAAA-A-T-----CG-A-T---A-G-GCA--AAAA-A--AGcgt
gi|5 : tatatgaaaatattgattttttttaaataaatgttatatgaattcgaaaatatattcattttgttaagttaaagaataagagtaagtcgagtaggttttatctttttgagaatttatttttatctacttctaaattttgataaaaataatttgatgattagaactaaacttactcgttttatcgtatctattgcgaaatatgaattaagtttataagagattttgtttgtttgtttttgtagggaggggtaagctttgtaataatttggtttacaataattaaaaaataaatcagatgccacttgactttcattctattaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtggtcattgtaactttttgtcctgtgtGACA-A-AAG-TCA--C-AAGG----A-CAAA-AA-G--TC--A--C-A----------A--A-T------G-A----------C--CACATCG--G--ACAAA-A-T-C-A-C----------G-ACAGGAAAA-A--GGGT--CACcat
gi|9 : gaatgtgcgggccccagaagtcacagtgacataaagtcaccggccataaaatgacctggacaaaaaagtccacaatccaggaagtagcaaaaagtcacagacaaaaatgtcacaagacaaaaaacgcgtgtaggaccaacaatggtcacagttataaaaaaaaaattgttttttaagataaacatgatattatgaatttcaaaatttgtatcatttgttaagtttagtttaagaaatgagttgggtttacgtactttttaataaattattcatttttttcaactttcctaaattttccatgtgaacaataatttgaatgtggaataagtactaaactttaatcgcatctatttgcgcaaacacgaattaggttggataataagagtttttgtattgtttgtttatggtgtggggggccgctttgtaataattgtttacaataagtgtaaaacataataagcagaccctgcccttgggtgacttttcaatctatttaattttgttgcttatgccttgtgacttgtccttactgagtcttttgtctGACAGA-AAG-TCA--C-A-GG----A-CAAA-AA-G--TC--A--T-G----------G--A---------------G--T--T------------------A-A-T-G-A-CC-A-T---G-G-ACA--AAA-----AG-T--CACAAT-C-T-GAAAAT--GGTACAAAAAGTCACAAGACAAAAAGGCACAAGACAAAAAGTCACAGGACAAAATGGTCACAGTTT--------------------ACAT----GAA-AAT-G-TTG--AT--TTT-T---AAATAA-A--TTG-TA-T--ATGA---AT-TTT--AAA-T-ACATGTATTAT-TC--ATT-TAT----A---TT---------------C---AAT--A---------T-AAAT-AAGG-T------T-TA--TA-----CTTTC--T-ATG-AGAAT--------T---TAT--T-------TC-TA--TT--CAGCTA-TT--CTA-AA-TTT-----GAT-GA------A-GAT--A-T----T-T----G---A-T-GATTAGT---A-CTA-----AA-T-TATT----CC--T---TTTATA-A-TT-G-TAT-C--TA--------TT-G--C-A-AA--ACAT--G-------------AATTA--GA-T--T---T-ATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TGT----------TGTTTT-T-TG---TT-TG----TT-TTGTAG---------------GTG--GG----G----T--A-ATC--T----T---T----GTA---T--AAAT---T-------TGGT----T-T----AA-T--A----A--------------------------------A----A--T---CA-A-A---TGTT-CT-----TCA-G-A--C-TTGATTTT-----A-TT-CAA----TC--GA------T---TCT-----------------GTGACT---T---T--T---T-GTCC-T-G------T----------------TA-------------CT------TT-------TTATCCT-AT-----G----------TT-GT-CA----------T----------T---G-TGA---TT---TT-Tctatcgattttgtgctttatgtcctgtgactttatgtccgt
gi|9 : gggGATAAA-AAG-TAA--C-A-GG----A-CAAA-AA-G--TC--A--C-A----------G--A-t
gi|13 : ggggacagaaagtcacaggacaaaaagtcatggagttaatgaccatggacaaaaagtcacaatctgaaaatggtacaaaaagtcacaagacaaaaaggcacaagacaaaaagtcacaggacaaaatggtcacagtttacatgaaaatgttgatttttaaataaattgtatatgaattttaaatacatgtattattcatttatattcaatataaataaggtttatactttctatgagaatttatttctattcagctattctaaatttgatgaagatatttgatgattagtactaaattattccttttataattgtatctattgcaaaacatgaattagatttataataagagttgttgttttttgtttgttttgtaggtggggtaatctttgtataaatttggtttaataaaatcaaatgttcttcagacttgattttattcaatcgatGACA-A-AAG-TCA--C-T-GG----A-CATA-AA-G--TC--A--C-AAAATCGAGAGG--A-C------A-AAA-AG--T-----CAC-------------A-A-T-G-A-CC-A-CATAG-G-ACA--AAAA----GGTT--CACAAGAC-A-AAAAGT--ctatgttgtcattgtgatttttt
gi|6 : attagtactaaacttattccttttatcttatctattgcaaaacatgaattgggtttataaaaagagtttttgtttgtttttgtaggggggagggggggctaagctttgtaataatttggtttacataataagtgtaaaaattagaatatcagatgtcctgtgcacttcattctaatcggatttgtgactttgatgtcctgtggcGACAAA-AAG-TCAT-C-A-GG----A-TAAT-AA-G--GT--A--C-A----------G--A-C------A-AAA-AGAAT--C---A----G--G--ACAAA-A-cttcctctttgtgactttatgtctgtgactttctgtcgccgttta
gi|2 : atggcgaaccaagaaaagctcaccaggcaaaataataaagctcaccagacgaaaagtcacggacaaaatgaccatgtggaagaaataagtacacaatcaaaaatagacaaaaaagtcaaggacaaacatcacaagacaaaaaacacgggacaaacacggaccaaacattccacatttatattttaaaaatgttatatgaatcttcaaaataattcatttattaagttaaagatatgagtagtttatactttttatgaaaaatatttttaaatctaacttttctacaatttgatgaacatataaaataagatagattagaaatactattattttatcgcatcctatcgtacaaaacagaaatttctatataagaggttttcttgtattatgtttttgctagcaggataacgacattgtaactataatttgacaaaaatgtttaaaataaaatcaatgtcctgtggactttcattttataatttgttactttatatgtcctgtattGACAGA-AAG-TCA--C-A-GG----A-CAAA-AT-G--TC--A--C-C----------T--A-C------A-AAA-AG--T-----CAC---G--G--ACAAA-A-T-G-A-CC-A-T---G-G-ATA--AAA-----AG-T--CACAGT-C-T-GAAAGTA-AGACAAAAAGTCACAAGACAAAAACGTGCGACGGACAAGGAAAATGTCCACAAGGAGACATAAAAGATCAACAGG-----TTAAAAATATATAGAAA-AAT-A-TTG--AT--TTTATCGAAAAT-A-A--TTT-TA-A--AAGAAGTAT-TT----AA-TAATAGAT--TGT-TC--ATCATGTCCAAG---TTTACAAGTAA----GAG---AAT--A---------A-GTAT-ACAG-TTATGTCT-TA--TA-----TTTTTCCT-ATG-GGAAT--------T----TT--TGC-----TT-TATTTC--TATC---GT--AAA-AA-TTT-----A-T-GATGAAGTA-AAT--A-TA---T-TCTAAGTGTA-T-AATT-TAGTTA-CTA-----AATCTTATTGGCGCT--T---TTATCTGA-TC-G-TTT-CTATA--------TT-G--T-G-AA--ATATTAG-------------ATTTA--GG-C--TTACT-ATA---ATTAGA--A---GTAGTTTAGGAT-----TTT----------TG---A-T-TGTAATT-TT---TTT-TTGAAAATTTTTGGAGCGGG-GGG--GA----G----TA-A-G----C----TTA-T----GTAAATA--TAGT---TTTTGGCATGGTACTGT-CACAAAA-TCAA----TTG-TAATAG------AA-A-TAAA--------A----A--T---CA-GTA---TATC-CT---GTT---G-ATGC-T---TTCT-----A-AT-T-C----TA--AATACGATT---T-T-----------------GTGACTTTTT---T--ACGCT-G-CC-T-G------TGTTTTATCTGACCTAGTG-A-C---------TA------TTATACAAATTATCTT-GT-----GTAGCCTTTT-TT-GT-------------C----------T---G-TAAAACTTTCATT-TGTC---C---C------A-TG-----TGGTTA-TT------GT---GAC--T-GTTTGT-C-----C----------T---G-TGA-CT-AT-TTGTCCTAT----------------CGATTTT--GT-----GAC-T----A--T-G--T-CCTG-TGACT--------T-TTTG------C----CCTG-TGACTTTCTGT--ctattttccatagtgacaacattaacgatactagtccttttcctatcattttgtgactcattcctggactttgtccttgactttcttctgt
gi|15 : aatgtggGACAGA-AAG-TCA--C-A-GG----A-CAAA-AA-G--TC--A--C-A----------A--A-
gi|17 : aagagtttttgtttgtttttgtagggaggtccggtacgctttgtaataatttggtttacaataatgtaaaaacaaaatcagatgccctgtgactttcattttattaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatGACAGA-AAG-ACA--C-A-GG----A-CATA-AA-A--TC--A--C-AAAATCAAAAGG--A-C------A-AAA-AG--TCAC--CACATAG--A--ACAAA-A-A-G---CC-A-CA--G-G-ACA--AAAA-cgttt
gi|20 : tctattgtgaaatatgaattaagtttataaaaaagatttcttataagctttgtaataatttggtttacaatactacatattaaagattgtgaaaacaaaatcagatgctgcgtctttttgtcctatttgattaagtcatgattgtgactcgttgtcctatgacgttttgtcttgtgacGACAGA-AAG-TCA--C-G-AG----A-CAA--AA-G--TC--A--C-AG---------G--A-C------A-CAA-AG--T--C--------------ACAAA-A-T-----CG-A-A---G-G-AC----AAA-T--AG-T--CACcgt
gi|18 : atacatgtatatatatatatttttaaaatataaatcagactttattctgtcgattttgtgcttacgtcctgtgactttttatcttgtaccttttgtcctgtgactttttgtccttatgtggttattgtgatttttgtcctGACAGA-AAG-TCA--C-A-GG----A-CCATAAA-G--TC--A--C-A----------A--A-tgtt
gi|25 : agctttgtaataatttggtttacaataatattaaaataaaatcagattccctgtgactttcattttatttaattttttgacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatGACAGA-A-G-TCA--C-A-G-----A-CAAA-AA-G--TC--A--C-A----------G--AGC------G-AAA-AG--T--CAGCGC---G--C--ACAAA-A-T-G-A-CC-A-T---G-G-ACA--AAAA-A--AGT----AACAT-C-A-GAAAGT--cgttta
gi|3 : ttgtgatgtgcGACAGA-AAG-TCA--C-A-GG----G--GAC-AA-A--TG--A--CCA----------C--A-T------G-AGA-------------C---------ATAAA-A-G-G-A-TC-A-C---A-A-TCA--GAAAGT--AGGTGACATTAA-T-A-GTAGAT--CTCACATTGAAGCAAAATGGTCGATCAAGACACAAGAAGCAGCAGGACAAAAGTCACAGGACACTATTCAGAGTT-----C----TATAT----GAA-TA--A-TTA--AC--TTT-ATGTAA-TAAGA--TGCATA-CTCATGA---ATATTCACGAA-G-ACAA----TAT-TGAATTT-TGT-TTAG---AT--------T----AAG---AACTCA---------T-GGTC-AGAGAT------T-TAA-TAAGGTTCTTAC--T-CTG-AGGATTCTACTTAT---GTT--TGTCGAACTT-TA--TCAGTAACGTACT--CTA-----TT-----GAT-AG------A-AAT--AAT----T-T----A---C-T-GCTA-AA---A-CTACTATAAA-AGTAT------A--T---T------A-TC-AACAG-C--TAATAAGTAATT-A--A-A-AGGCACAT--GCGAAGAATCACGAAATTAAGGG-T--C---T-CGA---AT---ACTA---G-AG-------TAATTCTTT----------TG---T-T--G---TT-T----TTT-TTGTTATGTTTTGGGGGAGGCGGA--GG----G----T--T-C----A----T---T----GTA---ACCTAATAAAT-------TGAT----T-AAC--AAAT--A----ATG-T--TACACCCCCAA-C-T-----------A----AAAT---CA-GCA---TGCC--T---G-T---G-A--C-T---TC-C-----T-TC-T-A----T---AA------TCTCT-T-----------------GTGAC----T---TT-A---T-GTCC-T-G------TGCTTCTC---------TG-T-C---------CT------TG-------TTGTCTT-TTTTCTTG-CACC--TT-TT-GT-C-----------C----------T---G-TA-----C---CT-TATT---C---T--------TG-----TGTTCA-TT------GTTATGA-----TTTTGT-C-----C----------T---G-TGA-CT-TT-TTGTCT---A---------------TCATTTT--GT-----GAC-T----C-TT-AG-T-CCGGCTGACT--------T--TT------------CCTG-TGACTTTCTGT--CCGTTagacaaagtcacagacaaaaaatgtcacaaga
gi|3 : ggGACAGA-AAG-TCA--C-A-GG----A--A---AA-G--TC--AGCC-G----------G--A-C------T-AAG-AG--T--C--------------ACAAA-A-T-G------A-T---A-G-ACA--AAAA-ta
gi|19 : gggacagaaagtcacaggggacaaatgaccacatgagacataaaaggatcacaatcagaaagtaggtgacattaatagtagatctcacattgaagcaaaatggtcgatcaagacacaagaagcagcaggacaaaagtcacaggacactattcagagttctatatgaataattaactttatgtaataagatgcatactcatgaatattcacgaagacaatattgaattttgtttagattaagaactcatggtcagagatttaataaggttcttactctgaggattctacttatgtttgtcgaactttatcagtaacgtactctattgatagaaataatttactgctaaaactactataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacatgcgaagaatcacgaaattaagggtctcgaatactagagtaattcttttgttgttttttttgttatgttttgggggaggcggagggttcattgtaacctaataaattgattaacaaataatgttacacccccaactaaaatcagcatgcctgtgacttccttctataatctcttgtgactttatgtcctgtgcttctctgtccttgttgtcttttttcttgcaccttttgtcctgtaccttattcttgtgttcattgttatgattttgtcctgtgacGACAGA-AAG-TCA--C-A-GG----A-AAAT----G--TC--A--C-AG---------G--A-C------A-TAA-AG--T--C--cgttta
gi|27 : agaatattttggtgatatatacgttttatcgtatctattgtgaaatatgaattaggtttatactcgtaaaacgaggtatggaaggggggtgagctttatattaataattttgtttacaataattgtGACAGA-AAG-TCA--C-A-GG----A-CAAA-AA-A--TC--A--C-AG---------G--A-CATAACTG-TAA-AG--T--C--------------ACAAA-A-T-----CG-A-TA--G-G-ACA--AAAA-cgtttaccactacgaataagaggtggatgttatgaatcaaatcggttaacaga
gi|24 : GACAGA-AAG-TCA-----------------------------G--C-A----------G--A-C------C-AAA-AG--T--CA-CGC---G--A--ACAAATA-T-G-A-CCAA-T---G-G-ACA--AAA-----AG-T--CACCAA-C-AGGAAAGT--cgttta
gi|29 : gGACAGA-AAG-TCA--C-A-GG----A-CAAA-AAGG--TC--A--C-A----------A--A-aggacaaaaagttcaaaaccacaacccatgggagatcctatatatggaaaatcatgattg
gi|2 : gactttttgttcctatcgatACAGA-AAG-TCA--C-A-GG----G-CAAA-AA-G--TC--A--C-A----------G-----------G-ACATAG--T--C--------------ACAAA-A-T-----CG-A-TA--G-G-AC----AAA-T--AG-T--CACgct
gi|17 : aatgtgggacagaaagtcacaggacaaaatgtcacctacaaaaagtcacggacaaaatgaccatggataaaaagtcacagtctgaaagtaagacaaaaagtcacaagacaaaaacgtgcgacggacaaggaaaatgtccacaaggagacataaaagatcaacaggttaaaaatatatagaaaaatattgattttatcgaaaataattttaaaagaagtatttaataatagattgttcatcatgtccaagtttacaagtaagagaataagtatacagttatgtcttatatttttcctatgggaatttttgctttatttctatcgtaaaaatttatgatgaagtaaatatattctaagtgtataatttagttactaaatcttattggcgcttttatctgatcgtttctatattgtgaaatattagatttaggcttactataattagaagtagtttaggatttttgattgtaatttttttttgaaaatttttggagcgggggggagtaagcttatgtaaatatagtttttggcatggtactgtcacaaaatcaattgtaatagaaataaaaatcagtatatcctgttgatgctttctaattctaaatacgattttgtgacttttttacgctgcctgtgttttatctgacctagtgactattatacaaattatcttgtgtagccttttttgtctgtaaaactttcatttgtcccatgtggttattgtgactgtttgtcctACAAA-AAG-CCA--C-A-GG----A-CAAA-AA-G--TC--A--CAA----------G--A-C------A-AAA-CG--T--C--ATA---G--G--ACAA
gi|4 : tctattgtgaaatatgaattaagtttataaaaaagatttcttataagctttgtaataatttggtttacaatactacatattaaagattgtgaaaacaaaatcagatgctgcgtctttttgtcctatttgattaagtcatgattgtgactcgGA-AAG-TCATTC-A-GGG---A-CAAA-AA-G--TC--A--C-A----------G--A-C------GCAAA-AG--T--C---AC---G-----ACAAA-A-T-G-A-CC-A-TA--G-G-ACA--AAAA-TGCAG----CA--AT-C-AAGAAAGT--AGGACAGTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACAGTT----TATAT----GAA-ATT-A-TTG--ATGTTTT-TTAAATATAA----TGT-TAAT--ATGA---AT-TTT--GAA---ATA-----TAT-TCA-TTT-TGT-TAAG---TTTT------AT---AAG---AAT--A---------T-GAGT-AGGG-T------T-TA--T------CTTTT--T-ATG-AGAAT--------TTTTATT--G-------TT-CA--TC--TAAC---TTT-CTA-AA-TTTTGAT-G-TTAA------A-AATTAA-T----T-T----G---A-T-GATTAGA---A-CTA-----AA-CTTATT----CG--T---TTT----A-TC-G-TAT-C--TA--------TT-G--CCG-AA--ACAT--G-------------AATTA--AG-TCCT---A-ATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTT----------TG---T-T-TG---TT-TGTGTTTT-TTGTAG---------------GGA--GG----GGGTAT--A-AGTTTT----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----TGTACA-AA-T--A----ATG-T--TA-------AA-A-TAAAA-------A----A--T----A-G-A---TGCC-CT---G-TGGGG-A--C-----TTTC-----A-TTGT-A----TT--AAT-----T---T-T-----------------GTNNN----N---N--N---N-N-NN-N-N------N----------------NN-N-N---------NN------NN-------NNNNNNN-NN-----N-NNN---NN-NN-NN-N-----------N----------N---N-NNN---NN---NN-NNNN---N---N------N-NN-----NNNNNN-NN------NC---GTC--TGTCGTGGTC-----A----------TTGGG-TGACTT-TT-TTGTCCTGTGT--------------C--TTTT--TG-----TCC-T----AGTC-AA-T-TTTG-TGACTATATGTCATGTTTGACTTTTT-GT-CCTG-TGA-CTTCTGT--CCGTtctatgtggtgactttttgtccttttgattttgtgattttatgtcctgtgtctttctgtccgt
gi|6 : aatgtgggaacaatA-AAGCTCA--CCA-GGCAAAA-TAAT-AA-AGCTC--A--CCA----------G--A-C------G-AAA-AG--T--C---AC---G--G--ACAAA-A-T-G-A-CC-A-T---GTG-GAA--GAAA-TA-AGTA--CACAAT-C-A-AAAActta
gi|8 : atggcgaaccaaga-AAA-TCAT-C-A-GG----A-CAAA-AT-G--TC--A--C-A----------G--A-C------GTAAA-AG--T--C---AC---G--G--ACAAA-A-TGG-A-CC-A-T---G-G-ACAG-AAAG-T--A------ACAAT-C-A--AAAGTAGGACAAAAGTACAGGACAAAAAGTCACAGGACAAATGGTACATTTATATGAAAATATGATTTTTTAAAAATAAATG-----T----AATAT----GAA-----------------TT-TCGAAA------------TA-T--ATTA---AT-T----------------------------T-TGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------C-GA-T-A-GG-T------T-TA--TA-----CTTTTC-T-AT--AGAA-------------A------------TT-TA--TT--TAACTT-TT--CTA-AT-TTT-----GAT-GA------A-AATA-A-T----T-T----G---A-T--ATTAGA---T-TTA-----AA-CTTATT----AA--T---TT-----T-TC-G-TAT-C--TA--------TTGG--T-G-AA--AAAT--G-------------AATTA--GG-T--T---T-ATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTT----------TG---T-T-TG---TT-TG---TTT-T----A---------------GGA--GG----G----T--A-G----C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA-T--A-----TG-T--TA-------AA-A-TA----------A----A--T---CA-G-A-----CC-CT---G-T---G-A--C-----TTTC-----A-TT-T------TT--AAT-----T---T-T-----------------GTGAC----T---T--A-----G-TC-T-G------TACTTTTTGCTG-----TG-T-C---------TT------TT-------T--TCT------------AC---TT-TT-GT-------------C----------T---G-TAC---TT---TT-TGTC---C---T------A-TG-----TGGTCA-TT-------T---GA---T-TTTTGT-C-----C----------T---G-TG-TCT-TT-TTGTC-TAT----------------CA--TTT--TG-----TAC--------TT-ATGT-CC---TGACT--------T-TTTG------tagacaaaaaagtcaaggacaaacatcacaagacaaaaaacacgggacaaacacggaccaaacattccacatttatattttaaaaatgttatatgaatcttcaaaataattcatttattaagttaaagatatgagtagtttatactttttatgaaaaatatttttaaatctaacttttctacaatttgatgaacatataaaataagatagattagaaatactattattttatcgcatcctatcgtacaaaacagaaatttctatataagaggttttcttgtattatgtttttgctagcaggataacgacattgtaactataatttgacaaaaatgtttaaaataaaatcaatgtcctgtggactttcattttataatttgttactttatatgtcctgtattttttgtcctgattctttttgtctgtaccttattatcctgatgactttttgtcctattttccatagtgacaacattaacgatactagtccttttcctatcattttgtgactcattcctggactttgtccttgactttcttctgt
gi|1 : cCA--T-A-GT----A-CAA--AA-G--TC--A--C-A----------G--A-C------A-AAA-GG--T--CA-CAA---A--G--ACAAA-A-TAG-ATCC-A-C---G-G-ACA--AAAA-T--cc
gi|14 : atgtgggcagaagtcaacaggaaaaaaagtcgacaggacgaaaaagtcacggacaaaatgaacaatggagaaaagtcacaatcagaaagtaggaaaaaaagccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagttttactattttttaaataaaattgttatataatttcaaatttattcaattttgttaagggtttaaaggggaatatgagtaggcgttatcttttatggagaattaatttttatcataactttctaaattttgatgaaaataattagatgattaaaacttacttattcgtgttttatccgcatctatgaaaaacatgaattagggtttataataagagtttttgttttttgttcttgtagggagggtagcttgtaataatttgtttacaattaatttaaaataaatcacgatgtccttgtgacttcattttattaattttgttactttagtgtcctgtg-GG----A-CGAA-AC-G--TC--A--C-A----------GGGA-C------A-AAA-AG--G--T--CAC---G--GC-ACAAA-A-T-GCA-CC-A-T---G-GGACA--AAAA-A--A--T--CACAAT-C-A-GAAAGT--ttgtcattgtgacaatttgtactatgtctttttgtctatcgatttttgtgactttgatgtcctgtgactttttgtcctgtgacttctgtctgctttgacctaattttttctctgattatctaatttacgtaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|5 : -AA-G--TC--A--C-A----------GTGA-C------A-TAA-AG--T--C--ACC---G--GCCATAAA-A-T-G-A-CC---T---G-G-ACA--AAAA----AGTC--CACAAT-CCA-GGAAGT--AGCAAAAAGTCACAGACAAAAATGTCACAAGACAAAAAACGCGTGTAGGACCAACAATGGTCACAGTTA-----------T----AAAA------AA-AAA-A-TTG---T--TTT-TTAAGA-TAA-ACATGA-TA-TT-ATGA---AT-TTC--AAA---ATT-----TGTATC--ATT-TGT-TAAG---TTT-------AGTTTAAG---AA---A---------T-GAGT-TGGG-T------T-TACGTA-----CTTTT--T-AAT-A-AAT--------T---ATTCAT-------TT-TT--TT--CAAC---TTTCCTA-AA-TTTTCCATG-T-GA------ACAAT--AAT----T-T----G---AAT-G--T-GG---A-ATA-----A---GTACT----AAACT---TT-----AATC-G-CAT-C--TA--------TTTG--C-GCAA--ACAC--G-------------AATTA--GG-T--T---GGATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTT----------TG---TAT-TG---TT-TG---TTTATGGTGT---------------GGG--GG----G----C--C-G----CT---T---T----GTA---A--TAAT---T---------GT----T-TAC--AA-TA-A----GTG-T--AA-------AACA-T-----------A----A--TAAGCA-G-ACCCTGCC-CTTGGG-T---G-A--C-T---TTTCA----A-TC-T-AT---TT--AAT-----T---T-T-----------------GTTGC----T---T--A---T-G-CCTT-GTGAC--T----------------TG-T-CCTTACTGAGTC------TT-------TTGTC-T-GT-----G-ACC---CT-TT-TT-C-----------C----------TGTCG-TGA----T---TT-TGTC---C---G------A-TG-----TGGTCATTT------GT---GAC--T-TTTTGTCC-----T----------T---G-TGA--C-TT-TTGTCCTAT----------------CGA-TTT--TG-----TGC-T------TT-ATGT-CCTG-TGAC-----------TTTA------T-G--TCCG-Tagcgcaaaaaagtcacacgacaaaaagcacacacaaaaatgacacaacggacaaaatcgtcacagataaaaatgtcagcaagttttaatagaaatattgaattgtgtgttatgacaatgtactgtgaaacttttataaatacattgtatccattttgttaattgagtaaggtttttaaatcacttaaaagcattttgatcctctcaaagtttgtgatga
gi|21 : gaatgtgcgggccccag-AA-G--TC--A--C-G---------------T------G-AAA-AA--TA-T--CAC---G--A--ACAAA-AAT-G-A-CC-T-T---G-G-ACA--AAA-----AG-T--CACAAC-C-A-CAA
gi|16 : gtaagaaaga--A--C-A----------GG-A-C------A-AAG-AT--T--T--CAC---G--G--ACAAA-A-T-G-A-CC-A-T---G-G-ACA--AAAG-T--tcaagtatggcaaaatgtcgccggacaaaatttacggtttttaattttcatgaaagtagggcaaattgtcacaggatgaagactcacagtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|12 : atgatgcggaaatgaacagaATAT----GAA-AAT-A-TTG--AT--TTT-TTTTAAATAA-A--TGT-TA-T--ATGA---AT-TTC--GAAAT-ATA-----TAT-CA--CTT-TGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------T-GAGT-AGGG-T------T--A--TA-----CTTTT--T-TTG-AGAAT--------TT--ATT--T---------------C--TAAC---TTT-CTA-AAATTT-----GAT-GT------A-AAT--AAT----T-T----G---A-T-GATT-AG---A-ATA-----AA-CTTAAT----TA--T---TTGTTTTA-TC-G-TAT-C--TA--------TT-G--T-G-AA--AAAT--G-------------AATAA--GG-T--T---T-ATA---AT---A--A---G-AG-------T-----T-----------------T-T-TG---TT-TG---TTT-TTGTAG---------------GAG--GG----G----TA-A-G----CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--GA-T--A------A-T--TA-------AATA-A-----------A----A--T---CA-G-A---TGCC-CT---G-T---G-A--C-T---TTCT-----T-TT-T-A----TT--AA------T---T-T-----------------NNNNN----N---N--N---N-N-NN-N-N------N----------------NN-N-N---------NN------NN-------NNNNNNN-NN-----N-NNN---NN-NN-NN-N-----------N----------N---N-NNN---NN---NN-NNNN---N---N------N-NN-----NNNNNN-NN------NN---NNN--NATGTGG--T-----CAT--------T---G-TGA-CT-TT-TTGTCCCGT-----------------GTCTTT--TG-----GTC-C----TATC-GA-T-TTTG-TGACT--------T-TATG------T----CCTG-TGACTTTCTGT--CCGTcacaattacagttaggtaggacaaaatttccaggacaaacgtccaagacaacaaagtcacaggacaaaaagccacgattagaaatttaatgaaagcaggcataatgaatgtaccaaacaccagttaatatagaacgaataattgattttttttttgacaataagttttatgtatgaattctttaaagaatatctttcctttttgtaagt
gi|10 : ATAT----GAA-AAT-A-TTG--AT--TTT-TTTTAAATAA-A--TGT-TA-T--ATGA---AT-T-C--GAA-A-ATA-----TAT-TCA-TTT-TGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--AAGAGTAAGTC-GAGT-AGGT-T------T-TA--T------CTT-T--T--TG-AGAAT--------T---TAT--T-------TT-TA--TC--TA-C---TT--CTA-AA-TTTTG---A-T-AA------A-AAT--AAT----T-T----G---A-T-GATTAGA---A-CTA-----AA-CTTACT----CG--T---TTT----A-TC-G-TAT-C--TA--------TT-G--C-G-AA--ATAT--G-------------AATTA--AG-T--T---T-------AT---A--A---G-AG-------A-----TTT----------TG---T-T-TG---TT-TG---TTT-TTGTAG---------------GGAG-GG----G----TA-A-G----CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA-T--A----ATT-A--AA-------AA-A-TA----------A----A--T---CA-G-A---TGCCACT-----T---G-A--C-----TTTC-----A-TTCT-A----TT--AA------T---T-T-----------------NNNNN----N---N--N---N-N-NN-N-N------N----------------NN-N-N---------NN------NN-------NNNNNNN-NN-----N-NNN---NN-NN-NN-N-----------N----------N---N-NNN---NN---NN-NNNN---N---N------N-NN-----NNNNNN-NN------NN---NNN--N-NNATG--TGGTCAT----------T---G-T-AACT-TT-TTGTCCTGTGTCTTTTTTTGCCTATCGATTTT--GT-----GAC-T----A--T-AT-G-CCTG-TGACT--------T-TTTG------T----CCTG-TGACTTTCTGT--CCAT
gi|22 : tATAT----GAA-AATGA-TTG--AT--TTT-T--AAAATAA-A--TTT-TA-T--A-GA---AT-TTT--AAA---ATA-----TAT-TC--ATT-TGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------TGGAGT-AATA-T------CATA--TA-----CTTTC--T-ATG-AGAAT--------TA--ATT--A-------TT-TA--AC----AC---TT--TTT-AA-TTTTTTG-A-T-GA------A-AAT--
gi|6 : gacaaaaaatccacaggacaaaatgtccacagtttAC-A-TTT--AT--ATT-TTAAAAAT-------GT-TA-T--ATGA---ATCTTC--AAA---ATA------AT-TC--ATT-TAT-TAAG---TT--------A----AAG---A-T--A---------T-GAGT-AG---T------T-TA--TA-----CTTTT--T-ATG-AAAAA--------T---ATT--T-------TTAAA--TC--TAACTT-TT--CTACAA-TTT-----GAT-GA------A-CAT--A-TAAAATAA----G---A-TAGATTAGA---A-AT-------A-C-TATT----AT--T---TT-----A-TC-G-CATCC--TA--------TC-GTAC-A-AA--ACAG--A-------------AATT------T--C---T-AT----AT---A--A---G-AG-------G-----TTT----------TC---T-TGTA---TTATG---TTT-TTGCTA---------------GCA--GG----A----T--A-A----CGACAT---T----GTAACTA--TAAT---T-------TG---------AC--AA-A--A----ATGTT--TA-------AA-A-TAA---------A----A--T---CA---A---TGTC-CT---G-T---G-G--A-C---TTTC-----A-TT-T-T----AT--AA------T---T-T-----------------GTTAC----TTTAT--A---T-GTCC-T-GTATTTTT----------------TG-T-CCTGATT---CT------TT-------TTGTC-T-GT-------ACC---TTATT-AT-C-----------C----------T---GATGAC--TT---TT-TGTC---C---T------A-T------TTTCCA-TA------GT---GACAAC-ATTAA--CGATA-C----------T-------AGTC-CT-TT-TCCTAT----------------C-ATTTT--GT-----GAC--------TC-AT-T-CCTG--GAC-----------TTTG------T----CCT--TGACTTTCT-T--CTGT
gi|19 : atggcgaaccaagaaaagctcaccaggcaaaataataaagctcaccagacgaaaagtcacggacaaaatgaccatgtggaagaaataagtacacaatcaaaaatagacaaaaaagtcaaggacaaacatcacaagacaaaaaacacgggacaaacacggaccaaacattccA------G-AAT--A-T----T-TT---G---G-T-GAT-------A--TA-----TA-CGT-----------T---TT-----A-TC-G-TAT-C--TA--------TT-G--T-G-AA--ATAT--G-------------AATTA--GG-T--T---T-ATACTCGT---A--AAACG-AG---------------------------G---T-A-TG-------G-----------AA---------------GGG--GG----G----TG-A-G----C----T---TTATATTA---A--TAAT---T-------TTGT----T-TAC--AA-T--A----AT--T--------------G-T-----------G----A--C---TT-T-A---TGTC-CT---G-T---G-A--CAT---TTTC---------------------------------C-T-----------------GTGACT---T---T--C---T-G-TC-C-G------T----------------T
gi|13 : ---A-CTA-----AA-CTTATT----CC--T---TTT----A-TC-T-TAT-C--TA--------TT-G--C-A-AA--ACAT--G-------------AATTG--GG-T--T---T-ATA---AA---A--A---G-AG-------T-----TTTTGTTTGTTTTTG---T-A-GG-------G--------GGGAG---------------GGG--GG----G----CTAA-G----CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TACATAA-TA-A----GTG-T--AA-------AA-ATT-----------AGAATA--T---CA-G-A---TGTC-CT---G-T---GCA--C------TTC-----A-TTCT-A----ATCGGA------T---T-T-----------------GTGAC----T---TTGA---T-GTCC-T-G------T----------------GG-C-A---------CT------TT-------TTGTCTT-GT-----G-AAC---CT-------------------------------------------T---TT-TGTC---C---T------A-TG-----TGGTCA-TT------GT---GAC--T-TTTTG--T-----CCTCTCGATTTT---G-TGA-CT-TT-ATGTCCAGT-----------------GACTTT--TG-----TCC-T------TC-CT-C-TTTG-TGAC-----------TTTA------T-G--TCTG-TGACTTTCTGTCGCCGTTtaccactacgaataagaggtggatgttatgaatcaaatcggttaacaga
gi|17 : attagtT-C--TA--------TT-G--T-G-AA--ATAT--G-------------AATTA--AG-T--T---T-ATA---A----A--A---A-AG-------A-----TTT----------C-------------------------TTATAA---------------G-------------------------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA-T--ACTACATA-T--TA-------AAGA-TTGTGAAAACAAA----A--T---CA-G-A---TGC---T---G-C---G-T--C-T---TTTTGTCCTA-TT-TGA----TT--AA------G---T-C-----------------ATGA-----T---T--G---T-G-AC-TCG------T----------------TG-T-C---------CTATGACGTT-------TTGTCTT-GT-----G-ACT---TT-TT-GT-C-----------C----------T---G-TGGC--TT---TT-TGTT---C---T------A-TG-----TG-------------GT---GAC--T-TTTTG--T-----C--------------------CT-TT-T-------------------------GATTTT--GT-----GAT-T------TT-ATGT-CCTG-TGTCT--------T-TCTG------T-ta
gi|15 : ---A--A---G-AG-------T-----TTT----------TG---T-T-TG---TT-T--------TTGTAG---------------GGA--GGTCCGG----T--ACG----C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA-T--A----ATG-T--AA-------AA-A-C-----------A----AAAT---CA-G-A---TGCC-CT---G-T---G-A--C-----TTTC-----ATTT-T-A----TT--AA------T---T-T-----------------ccgt
gi|18 : --A-G----C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA-T--A----ATA-T--TA-------AA-A-TAA---------A----A--T---CA-G-A---TTCC-CT---G-T---G-A--C-----TTTC-----ATTT-T-AT---TT--AAT-----T---T-T-----------------TTGAC----T---T--A---T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttttgtcctgtgactttctgtccgttt
gi|28 : --A-G----C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA-C--A----ACG-T--TA-------AA-A-TAA---------A----A--T---CA-G-A---TGCC-CT---G-T---G-A--C-T---Tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttatggtcctgtgactttctgtccgttta
gi|20 : cgtaA-T--A----TTT-T--TA-------AA-A-T-----------ATAA-A--T---CA-G-A------------------------C-T---TT-------A-TTCT-G----TC--GA------T---T-TT----------------GTG-C----T---T--A---C-GTCC-T-G------T-----------------G-A-C---------TT------TT-------T-ATCTT-GT-------ACC---TT-TT-GT-C-----------C----------T---G-TGAC--TT---TT-TGTC---C---T------TATG-----TGGTTA-TT------GT---GA---T-TTTTGT-C-----C----------T---G-TGA-CT-AT-TTGTCCT-T----------------CGATTTT--GT-----GAC-T------TT-GTGT-CCTG-TGACT----------TTTG------T----CTCG-TGACTTTCTGT--CTGTT
gi|9 : atacatgtatatatat---TGTC-CT---G-T---G-A--C-T---T--------------------------------T---T-T-----------------GT--C----T---T--G---T-G-CC-------------------------------------------T------TT-------TTGTCTT-GT-----G-ACT---TT-TT-GTAC-----------CATTTTCAGATT---G-TGAC--TT---TT-TGTC---C-------------A-----TGGTCA-TTAACTCCAT---GAC--T-TTTTGT-C-----C----------T---G-TGA-CT-TT-CTGTC
gi|11 : ggg-CT---G-T---G-A--C-T---TTCT-----G-TC-C------TG--GA------T---T----------------------------T---T--G---T-G-CC-T-G-----------------------TG-T-C-----------------TT-------TTGTCTT-G------G-AGCA--TT-TTGGT-C-----------C----------T---GCTGAC--TT---TT-TGTCTAAC---T------T-TC-----TGG--A--T------GT---GA---T-TTTTG--T-----C----------C---A-TG-GC--AT-TTGTCGT-CG---------------TGACTTT--CGTCTGTGAC-T----TTTG-AT-T--CTG-TGACT--------TCTCTG------T-aaatggtcacagtttacatgaaaatgttgatttttaaataaattgtatatgaattttaaatacatgtattattcatttatattcaatataaataaggtttatactttctatgagaatttatttctattcagctattctaaatttgatgaagatatttgatgattagtactaaattattccttttataattgtatctattgcaaaacatgaattagatttataataagagttgttgttttttgtttgttttgtaggtggggtaatctttgtataaatttggtttaataaaatcaaatgttcttcagacttgattttattcaatcgattctgtgactttttgtcctgttactttttatcctatgttgtcattgtgatttttt
gi|16 : atgttgag---TTTC-----A-TT-A-AATTTCT--AA------T---C-------------------GTGGC----T---T--T---TTGTCC-T-G------T-----------------G-A-C---------TT------TG-------TTGTCTT-G--------GAC---GT-TT-GT-C-----------C----------T---G-GAA---AT---TT-TGTC---C---TACCTAAC-TG-----TA---A-TT------GT---GAC----TTTTG--T-----C----------C---A-TGGTCA-TT-TTGTCtttatcatgaataataattgattttttaaaataatgttatatgaattccaaaatatattcattttgttaagttaaagaatattgagtcagggtttatacttttttatgagaatttatttttatctaactttctaaatttgatgaaaataatttgatgattagaacttaacttattcgttttatcgcatctattgcaaaacatgaattaggtttataataagagtttttgttggtttgcttttgtagggagggggtaagctaaatgtaataatttggtttacaataatgtaaaaataaaatcagatgccctgtgacgttcattttat
gi|2 : atgatgcggaaatgaacagaacaggacaaagatttcacg---T-G-TC-C-G------T----------------CG-CAC---------GT------TT-------TTGTCTT-GT-----G-ACT---TT-TT-GT-CTTACTTTCAGAC----------T---G-TGAC--TT---TT-TATC---C-------------A-----TGGTCA-TTTTGTCCGT---GAC--T-TTTTG--T-----A----------G---G-TGA-CA-TT-TTGTCCTGT-----------------GACTTT--gcaggcataatgaatgtaccaaacaccagttaatatagaacgaataattgattttttttttgacaataagttttatgtatgaattctttaaagaatatctttcctttttgtaagt
gi|8 : aatgtgggacagT-------TTGTCCT-GT-----G-ACT---TT-TT-GT-C-----------C----------T---G-T-A---CT---TT-TGTC---C---TA-----C-TT-----TTG--A-TT------GT---TAC--T-TTCTG--T-----C----------C---A-TGGTCCATT-TTGTC---CG---------------TGACTT---------------------TT-AC-G-TCTG-TGACA--------T-TTTG------T----CCTGATGA-TTTaggaaaatgtccacaaggagacataaaagatcaacaggttaaaaatatatagaaaaatattgattttatcgaaaataattttaaaagaagtatttaataatagattgttcatcatgtccaagtttacaagtaagagaataagtatacagttatgtcttatatttttcctatgggaatttttgctttatttctatcgtaaaaatttatgatgaagtaaatatattctaagtgtataatttagttactaaatcttattggcgcttttatctgatcgtttctatattgtgaaatattagatttaggcttactataattagaagtagtttaggatttttgattgtaatttttttttgaaaatttttggagcgggggggagtaagcttatgtaaatatagtttttggcatggtactgtcacaaaatcaattgtaatagaaataaaaatcagtatatcctgttgatgctttctaattctaaatacgattttgtgacttttttacgctgcctgtgttttatctgacctagtgactattatacaaattatcttgtgtagccttttttgtctgtaaaactttcatttgtcccatgtggttattgtgactgtttgtcctgtgactatttgtcctatcgattttgtgactatgtcctgtgactttttgccctgtgactttctgt
gi|15 : cTTTT-GT-----G-ACT---TT-TT-GT-C-----------C----------T---G-TGAC--TT---TC-TGTC---C---tggtacatttatatgaaaatatgattttttaaaaataaatgtaatatgaatttcgaaatatattaattttgttaagttaaagaatacgataggtttatacttttctatagaaatttatttaacttttctaattttgatgaaaataatttgatattagatttaaacttattaatttttcgtatctattggtgaaaaatgaattaggtttataataagagtttttgtttgtttgttttaggagggtagcttgtaataatttggtttacaatatgttaaaataaatcagaccctgtgactttcatttttaattttgtgacttagtctgtactttttgctgtgtcttttttctacttttgtctgtactttttgtcctatgtggtcatttgatttttgtcctgtgtctttttgtctatcattttgtacttatgtcctgactttttgcc
gi|11 : aagagtttttgtttgtttttgtagggaggtccggtacgctttgtaataatttggtttacaataatgtaaaaacaaaatcagatgccctgtgactttcattttattaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgaT-GT-----G-ACT---TT-CT-GT-C-----------C----------T---G--GA---TT---TTGTGCC---TGTGT------C-TT-----TTGTC--TT------GG---AGC--A-TTTTGGTC-----C----------T---GCTGA-CT-TT-TTGTC-TA-A---------------C--TTTC--TG-----GATGT----GATT-TT-TGTCCA-TGGC----------ATTTG------TCG--TC-G-TGA-CTTTCGT--CTGTgttt
gi|9 : atgttgagacagagaagtcacagaatcaaaagtcT-GT-----G-ACCA--TT-TT-GT-C-----------C----------T---G-TGAC--TT---TT-TGTC---T---T------G-TGCCTTTTTGTC--TT------GT---GAC--T-TTTTGTAC-----CATTTTCAGATT---G-TGA-CT-TT-TTGTCC---A---------------TGGTC------------AT-T----AACT-------CCA-TGACT--------T-TTTG------T----CCTG-TGACTTTCTGT--CCgtttatcatgaataataattgattttttaaaataatgttatatgaattccaaaatatattcattttgttaagttaaagaatattgagtcagggtttatacttttttatgagaatttatttttatctaactttctaaatttgatgaaaataatttgatgattagaacttaacttattcgttttatcgcatctattgcaaaacatgaattaggtttataataagagtttttgttggtttgcttttgtagggagggggtaagctaaatgtaataatttggtttacaataatgtaaaaataaaatcagatgccctgtgacgttcattttat
gi|16 : ggA-TC------GT---GGC--T-TTTTGT-C-----C----------T---G-TGA-CT-TTGTTGTCTTGGA---------------CGTTTGTCCTG-----GA-------AATT-TTGT-CCT----ACC--------TAACTG------T-A--ATTG-TGA-CTTTTGT--CCATgtttacatgaaaatgttgatttttaaataaattgtatatgaattttaaatacatgtattattcatttatattcaatataaataaggtttatactttctatgagaatttatttctattcagctattctaaatttgatgaagatatttgatgattagtactaaattattccttttataattgtatctattgcaaaacatgaattagatttataataagagttgttgttttttgtttgttttgtaggtggggtaatctttgtataaatttggtttaataaaatcaaatgttcttcagacttgattttattcaatcgattctgtgactttttgtcctgttactttttatcctatgttgtcattgtgatttttt
gi|15 : atgatgcggaaatgaacagaacaggacaaagatttcacggacaaaatgacc-TT------GT---GAC--T-TTTTGT-C-----C----------T---G-TGA-CT-TT-CTGTCtagaaatttaatgaaagcaggcataatgaatgtaccaaacaccagttaatatagaacgaataattgattttttttttgacaataagttttatgtatgaattctttaaagaatatctttcctttttgtaagt
gi|27 : aagagtttttgtttgtttttgtagggaggtccggtacgctttgtaataatttggtttacaataatgtaaaaacaaaatcagatgccctgtgactttcattttattaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattT-TT-TTGTCCTAT----------------CGATTTT--GT-----GAC-TTTACAGTT-ATGT-CCTG-TGATT--------T-TTTG------T----CCTG-TGACTTTCTGT--CCGTTcgttt
gi|19 : -TT-TTGTTT---A---------------CAATAAT--TGT----GAC-T------TT-ATGT-CCTG-TGAC----------ATTT-------T----CCTG-TGACTTTCTGT--CCGTTta
gi|15 : agaatattttggtgatatatacgttttatcgtatctattgtgaaatatgaattaggtttatactcgtaaaacgaggtatggaaggggggtgagctttatattaataaTG-TGACT--------T-TTTG------T----CCTG-TGACTTTCTGT--CCGTTtaccactacgaataagaggtggatgttatgaatcaaatcggttaacaga
gi|18 : aagagtttttgtttgtttttgtagggaggtccggtacgctttgtaataatttggtttacaataatgtaaaaacaaaatcagatgccctgtgactttcattttattaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgatttTG-TGACT--------T---TA------T-GGTCCTG-TGACTTTCTGT--CCGTTt
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TATTGATTTATTACTTTTGTCACATGTGACTACTCATATTTGGATTCAACTATTGATGTTGTATATATACTTTTATGTCGTGTGACTTTATTTTTTGTCCTATCGTTTTTGCGACTTTAATGTCCTGTGAACTTTTTGTCCTGTG
Unaligned ( gi|26 ): TTCCAATGATATATGATACTTTTTTTCTGTGACTTTTTCCCCCTATGACTTTCTTTCCGTTTACCTTATAATGTGTGTGTGTTTGGATACGCTAGAATCACAATCACTGAACACAT
Unaligned ( gi|30 ): CAAAGATATTTGGTATTAGTATCTATATCCATAACAGGATAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): CAAAACACAACCCATGGGCGATCCTATATAAATCAAAATTGAAT
Unaligned ( gi|32 ): GTCCGCATGGGCCTAATTATTTCCCTGATTATCTAATTTAGGT
Unaligned ( gi|33 ): ATATCATATTCTGATGCAATATACAAATTGAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22222 2222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 1 1111111111111 11111111111 222222222222 1111 111111 1111111111111 111111111 1111111111111 22222222222222222222222222 3333333333333 11111 111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 111111111111111111 11111111111 333333333333333333333333333333333 11111
lowQualScore : 3 8 3 22 333 777777 2 2 2 2 88 5 5 11111 7777 2 2 5 2 55 2 55 2 2 3333 8 2 2 5 999 777 33 888 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888 66 5 2 66 5555 33 444 2 3 2 666 2 99 33 444 444 99 999 33 5 44444 5 1 5 5 777 7777777777777 33 555 33 22222222222 2 2 2 888888 2 6666 66 44 66 66 555 2 333333333333 2 44 2 2 66 66 33 777 2 555 1111 444 444 2 8888 3 77777 6 3 6666 2 33 3 6666 77777 444444 3 2 33 2 2 66 2 444 33 2 66 33 777 444 444 33 444 2 3333333333333 0 444444444 2 2 2 9999 2 8888888888888 66 2 5555 66666666666666666666666666 777 33 333 7777777 4444 2 55 777 888888 2 444 8888888 4 1111111111111 2 2 2 4 333 2 2 333 2 666 2 22 66666 55555 2 6 88888 4444 777777 333 2 666 7777 444 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 8888888 5555 44 2 66666666 33 33 2 77 2 444 2 555 66666 666 444 33 2 1 1 2 999999999 2 111111111111111111 33 2 2 44444444444 666 2 2 2 55555 2 777777777777777777777777777777777 2 55555 888 4 666666 4444 55 2 2 2 0 44
lowQualScore : . . . .. ... ...... . . . . .. . . ..... .... . . . . .. . .. . . .... . . . . ... ... .. ... .............................................................................................................................................. .... .. . . .. .... .. ... . . . ... . .. .. ... ... .. ... .. . ..... . . . . ... ............. .. ... .. ........... . . . ...... . .... .. .. .. .. ... . ............ . .. . . .. .. .. ... . ... .... ... ... . .... . ..... . . .... . .. . .... ..... ...... . . .. . . .. . ... .. . .. .. ... ... ... .. ... . ............. . ......... . . . .... . ............. .. . .... .......................... ... .. ... ....... .... . .. ... ...... . ... ....... . ............. . . . . ... . . ... . ... . .. ..... ..... . . ..... .... ...... ... . ... .... ... .................................................... ....... .... .. . ........ .. .. . .. . ... . ... ..... ... ... .. . . . . ......... . .................. .. . . ........... ... . . . ..... . ................................. . ..... ... . ...... .... .. . . . . ..
lowQualScore : 6 8 6 33 111 777777 7 5 5 5 44 0 0 99999 3333 5 5 0 5 99 5 99 5 5 7777 0 7 7 3 333 333 77 333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333 33 3 7 33 7777 77 777 7 9 4 666 7 00 77 777 777 00 555 77 3 00000 3 4 3 3 333 8888888888888 99 000 99 11111111111 9 4 9 222222 9 1111 88 44 88 88 000 9 111111111111 9 77 9 9 88 88 99 999 8 000 8888 777 777 9 9999 1 77777 2 1 1111 9 00 1 5555 44444 222222 1 9 99 9 7 33 7 777 77 7 33 77 333 777 444 44 444 5 2222222222222 1 444444444 5 5 5 7777 5 5555555555555 99 5 3333 55555555555555555555555555 888 11 999 2222222 7777 2 33 999 666666 1 666 9999999 2 9999999999999 1 1 1 2 777 1 1 777 0 222 0 88 88888 33333 1 3 88888 8888 555555 999 2 111 4444 111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 7777777 7777 88 7 99999999 44 44 5 11 5 444 5 999 22222 999 444 44 5 0 4 4 444444444 4 444444444444444444 22 4 5 22222222222 999 5 4 2 66666 2 111111111111111111111111111111111 2 22222 666 4 444444 0000 00 1 1 1 5 22
consensus : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-ACC-A--T-G--G-ACA-AAAA-A-GT-CA-CAAT-CA-GA---AAGTAGG--A-CA---AA------A----A-GTC--------A--AA----NA--AAAANA-----NNNNAANACAAA----AAACGNNNGCACGA--------------AAANCAGNCGNNACAGAT-----ANNNAC--G---T-----A--AT----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--T--ATGA---A---T--TTC--GA--A-ATA-----TAT-TCATTTT-GT-TAAG---TT--------A----AA--G---AAT--A---------T-GAGT-AGGG-T------T-T----A--T-AC--TTTT--TA---T-GAGAATT---ATT--T---TT-TATC-TAAC-T-TT--C--T--AA---ATT---T----TGATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-TT-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------TT-------T----TGTC-TTG-T-----G--AC--C--TT-TTGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--C-TATGTGGTCA-T---------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC-C---------T---G-TGA-C-TTT-----TTGT-CCT----------------A----------------T-CGATTTT--NN-GACT--TT-A------T--G-TCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CCTGTGACTTTCTGT--CCGTT
Reference ( family-45 ) : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-ACC-A--T-G--G-ACA-AAAATA-GT-CA-CAAT-CA-GA---AAGTAGN--A-NA---AA------A----A-NNC--------A--AA----AA--AAANNA-----NNNGNNNANANA----AAACGNNNNNACGA--------------AAANNAGNCGNNACAGAT-----ANNNAC--G---T-----A--AT----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--T--ATGA---A---T--TTC--GA--A-ATA-----TAT-TCANTTT-GT-TAAG---TT--------A----AA--G---AAT--A---------T-GAGT-AGGG-T------T-T----A--T-AC--TTTT--TA---T-GAGAATT---ATT--T---TT-TATC-TAAC-T-TT--C--T--AA---ATT---T----TGATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-TT-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------TT-------T----TGTC-TTG-T-----G--AC--C--TT-TTGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--C-TNTGTGGTCA-T---------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC-C---------T---G-TGA-C-TTT-----TTGT-CCT----------------G----------------T-CGATTTT--TG-GACT--TT-A------T--G-TCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CCTGTGACTTTCTGT--CCGTT
gi|1 : GGCAGA-A-G-TCAA-CAG-G-AAAAAA------AG-TCGA-C-AGG-A-CG-AAAAAG-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-AAC-AA-T-G--G-AGA-AAA----GT-CA-CAAT-CA-GA---AAGTAGG--A-AA---AA------A----A-GCC--------N--NN----NN--NNNNNN-----NNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNN--------------NNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNN--N---N-----N--NN----N------AC--AGT-T-TTACTA----T--T---TT-TTAAATAAAA--TTGT-TA--T--AT-A---A---T--TTC---A--A-ATT-----TAT-TCAATTTTGT-TAAGGGTTT--------A----AA--GGGGAAT--A---------T-GAGT-AGGC-G------T-T----A--T-----CTTT--TA---TGGAGAATT---AAT--T---TT-TATCATAAC-T-TT--C--T--AA---ATT---T----TGATG---A---A-AAT----A-ATT-----AG-AT-G----A-TTAA-AACT-TA-CTTA----TT--CGTGTTTT------ATCCGCAT-C--TA--T-G--AA-AAA---CAT--GAA-TTAG-GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-T-TT-TG----TTC-TTGT--------A----GG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------T-GT----T-TAC--AAT--TA----A-T--T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCACG-A---TGTCC-TT---G-T---G-A--C------TT-----C-ATTT-T-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTTAC----T---TTAG---TGTCC-T-GTGATTTT--------TGTC------CGTGGATCTA--TT-------T----TGTCTTTG-T-----G--AC--C--TT-TTGT--C-T---G-T--GAC------T---TTTG---TA--C-TATGTTGTCA-T---------T-GT---G-----AC----A--AT--T-TG-TA-C---------T---A-TGT-C-TTT-----TTGT--CT----------------A----------------T-CGATTTT--TGTGACT--TTGA------T--G-TCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CCTGTGAC-TTCTGT--CTGCT
gi|10 : atgtg--AT----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTTTAAATAA--ATGT-TA--T--ATGA---A---T--TCG--AA--A-ATA-----TAT-TCATTTT-GT-TAAG---TT--------A----AA--G---AAT--AAGAGTAAGTC-GAGT-AGGT-T------T-T----A--T--C--TTTT--T------GAGAATT---TAT--T---TT-TATC-TA---C-TT--C--T--AA---ATT---T----TGATA---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----CT--C--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---T------AT---A--A---G-AG-------A-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--GAGGG----GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TT-A--AA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CCACT-----T---G-A--C-----TTT-----C-A-TTCT-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------NN-------N----NNNN-NNN-N-----N--NN--N--NN-NNNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---NNNN---NN--N-NNNNNNNNNN-N---------N-NN---N-----NN----NNATG--T-GG-TCAT---------T---G-TAA-C-TTT-----TTGT-CCT----------------GTGTCTTTTTTTGCCTAT-CGATTTT--GT-GACT--AT-A------T--G--CCTG--TG-ACTT-TTTGT-CCTGTGACTTTCTGT--CCATttgacctaattttttctctgattatctaatttacgtaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|11 : tGACAGAGAAG-TCA--CAG-A-ATCAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAA-GT-C---ACGACG-ACAAA---TG--CC-A--T-G--G-ACA-AAAAT-----CA-CATC-CA-GA---AAGTTAG--A-CA---AA------A----A-GTC--------AGCAG----GACCAAAATG-----CTCCAAGACAAA----AGACACAGGCACAA--------------AATCCAGG----ACAGAA-----AGTCAC--AGTTT-----A--TC----AT----GAAT-AAT-AATTG--A----T--T---TT-TTAAAA-TAA---TGT-TA--T--ATGA---A---T--TCC--AA--A-ATA-----TAT-TCATTTT-GT-TAAG---TT--------A----AA--G---AAT--A---------TTGAGTCAGGG-T------T-T----A--T-ACT-TTTT--TA---T-GAGAATT---TAT--T---TT-TATC-TAAC-T-TT--C--T--AA---A-T---T----TGATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTTAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT-CGCAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-GGTT-TG----CTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG----GTA--A-G------C----TAAAT----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--AA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----GTT-----C-A-TT-T-
gi|12 : atgttga--AT----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTTTAAATAA--ATGT-TA--T--ATGA---A---T--TTC--GA--A-ATA-----TATATCACTTT-GT-TAAG---TT--------A----AA--G---AAT--A---------T-GAGT-AGGG-T------T------A--T-AC--TTTT--TT---T-GAGAATTT--ATT--T---------C-TAAC-T-TT--C--T--AA---AAT---T----TGATG---T---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AA-TAAA-CTTAATTATT--T--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---AAT--GAA-TAA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--A-GGG----GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--GA---TA----A----T--TA-------AA-TA----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTC-----T-T-TT-T-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------NN-------N----NNNN-NNN-N-----N--NN--N--NN-NNNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---NNNN---NN--N-NNNNNNNNNN-N---------N-NN---N-----NN----A--TG--T-GG-TCAT---------T---G-TGA-C-TTT-----TTGT-CCC----------------G----------------T--GTCTTT--TG-GTC---CT-A------TCGA-TTTTG--TG-ACTT-TATGT-CCTGTGACTTTCTGT--CCGTtat
gi|13 : ----A-TTAG-TACTAAA-CTTA----TT--C--CTTTT------AT-CTTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTG--GGT--T---TATA---AA---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGTAGGGGGG-A----GG--G-GGG----GCTA-A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TACATAA---TA----AGTG-T--AA-------AA-ATTAG-------A--ATA-TCA-G-A---TG-TC-CT---G-T---GCA--C------TT-----C-A-TTCT-A-A-TCGGA------T---T-T---GTGAC----T---TTGA---TGTCC-T-G------T--------GGCA------C-T---------TT-------T----TGTC-TTG-T-----G--AA--C------------------------CT-----T---TTTG---TC--C-TATGTGGTCA-T---------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC-CTCTCGATTTT---G-TGA-C-TTT-----ATGT-CCA----------------G----------------T--GACTTT--TG-TCCT--TC-C------T--C-T-TTG--TG-ACTT-TATGT--CTGTGACTTTCTGTCGCCGTT
gi|14 : G-G-ACGAAA------CG-TC-A-C-AGGGA-CA-AAAAGG-T--CACG--GCACAAA-A-TGCACC-A--T-G--GGACA-AAAA-A-AT-CA-CAAT-CA-GA---AAGTAGC--GCAA---AA------A----A-GTC--------A--CA----CG--ACAAAA-----AGCACACACA-A----AAATGACACAACGG--------------ACAAAA-TCGTCACAGAT-----AAAAAT--G---TCAGCAA--GTTTTAAT----AGA--AAT-A-TTGA-A----T--TGTGTG-TTATGA--CA--ATGT-AC--T--GTGA---AACTT--TTA--TA--A-ATACATTGTAT-CCATTTT-GT-TAA----T-------------------------------------T-GAGT-AAGG-T------T-TTTAAA--TCAC--TT------------AAAAGC---A-T--T---TT-GATC----C-T-CT--C--A--AA---GTT---TG---TGATG---A---ta
gi|15 : ---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-T---------TTGT--------A----GG--G-AGGTCCGGT---ACG------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--AA-------AA-ACA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATTT-T-A-T-T--AA------T---T-T---
gi|15 : TG--TG-ACTT-TTTGT-CCTGTGACTTTCTGT--CCGTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttttgtcctgtgactttctgtccgttt
gi|16 : aagagtttttgtttgtttttgtagggaggtccggtacgctttgtaataatttggtttacaataatgtaaaaacaaaatcagatgccctgtgactttcattttattaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattt-A-C-AGG-A-CA-AAGATT-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-ACC-A--T-G--G-ACA-AA---A-GT-CA-CAAT-TA-CAGTTAGGTAGG--A-CA---AAATTTCCA----G-GAC--------A--AACGTCCA--AGACAA-----CAAAGTCACAGG----ACAAAAAGCCACGATTAGAAATTTAATGAAAGCAGGCATAATGAATGTACCAAACACCAGT--T-----A--AT----ATA---GAACGAATAA-TTG--ATTTTT--T---TT-TTGACAATAA--GTTT-TATGT--ATGA---A---TTCTTT--AAAGA-ATA-----TCT-TTCCTTT-TTGTAAG---Tt
gi|17 : atgatgcggaaatgaacagaT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---TATA---A----A--A---A-AG-------A-----TTTC-----------------------------TTAT--------A----------------------A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TACTACA-TA-T--TA-------AAGATTGTGAAAACAA--A-A-TCA-G-A---TG----CT---G-C---G-T--C-T---TTTTGTCCT-A-TT-TGA-T-T--AA------G---T-C---ATGA-----T---T--G---TG-AC-TCG------T--------TGTC------C-TATGACG---TT-------T----TGTC-TTG-T-----G--AC--T--TT-TTGTC-C-T---G-T--GGCT-----T---TTTG---TT--C-TATGTG---------------------------------------------------------------G-TGA-C-TTT-----TTGT-CCT----------------T----------------T-TGATTTT--GT-GATT--TT-A------T--G-TCCTG--TG-TCTT-TCTGT-CC
gi|18 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TA-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TT-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATTT-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---TTGAC----T---T--A---Tgt
gi|18 : ----------------T-CGATTTT--GT-GACT--TT-A------T--GGTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-CCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttatggtcctgtgactttctgtccgttta
gi|19 : agctttgtaataatttggtttacaataatattaaaataaaatcagattccctgtgactttcattttatttaattttttgacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna---A---G-AAT----A-TTT-----TG-GT-G----A-T----------A---TA----TA--C--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--GGT--T---TATACTCGT---A--AAACG-AG-----------------G---------T-A-TG---------------GA--------A----GG--G-GGG----TG---A-G------C----T---TTATATTA---A--TAAT---T-------TTGT----T-TAC--AA---TA----ATTG-T-----------GA-CT-----------------TT----A---TG-TC-CT---G-T---G-A--CAT---TTT-----C---------------------------C-T---GTGACT---T---T--C---TG-TC-C-G------T--------Tgttta
gi|2 : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-CT--A-CA-AAAAGT----CACG--G-ACAAA-A-TG-ACC-A--T-G--G-ATA-AAA--A-GT-CA-CAGT-CT-GA---AAGTAAG--A-CA---AA------A----A-GTC--------AC-AA----GA--CAAAAACGTGCGACGGACAAGGA----AAATG--TCCAC-----------------AAGGAGACATAAAAGAT-----CAACAG--G---TTAAA-A--AT----ATATAGAAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TTATCGAAAAT-A--ATTT-TA--A--AAGAAGTA---T--TTA--AT--A-ATAGAT--TGT-TCATCAT-GTCCAAG---TTTACAAGTAA----GA--G---AAT--A---------A-GTAT-ACAG-TTATGTCT-T----A--T-AT--TTTTCCTA---T-GGGAATT----TT--TGC-TT-TATT-T--C-T-AT--CG-TAAAA---ATT---TA---TGATG---AAGTA-AAT----ATATTCTAAGTGTAT-A----ATTTAGTTACTAAATCTTA----TTGGC--GCTTTTATCTGAT-CGTTT-CTATA-TT-G--TG-AAA---TATTAGAT-TTA--GGC--TTACTATA---ATTAGA--A---GTAGTTTAGGAT-----TTTTGATTGTAATTT-T-TTTT-TGAAAATTT-TTGG--------AGCGGGG--G-GGA----GTA--A-G------C----TTA-T----GTAAATA--TAGT---TTTTGGCATGGTACTGT-CAC--AAAATCA----ATTG-TAATAG------AA-ATAA--------A--A-A-TCA-GTA---TA-TC-CT---GTT---G-ATGC-T---TTC-----T-A-AT-T-C-T-A--AATACGATT---T-T---GTGACTTTTT---T--ACGCTG-CC-T-G------TGTTTTATCTGAC------C-TAGTGACTA-TTATACAAAT----TATC-TTG-T-----GTAGC--CTTTT-TTGT--C-T---G-TAAAACT-----TTCATTTG---TC--C-CATGTGGTTA-T---------T-GT---G-----AC----T--GT--T-TG-TC-C---------T---G-TGA-C-TAT-----TTGT-CCT----------------A----------------T-CGATTTT--GT-GAC----T-A------T--G-TCCTG--TG-ACTT-TTTGC-CCTGTGACTTTCTGT--taccactacgaataagaggtggatgttatgaatcaaatcggttaacaga
gi|20 : aatgtggA---TA----T-TT-T--TA-------AA-AT----------ATAA-A-TCA-G-A-------------------------C-T---TT--------A-TTCT-G-T-C--GA------T---T-TT--GTG-C----T---T--A---CGTCC-T-G------T--------GA--------C-T---------TT-------T----TATC-TTG-T--------AC--C--TT-TTGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--CTTATGTGGTTA-T---------T-GT---G-----A-----T--TT--T-TG-TC-C---------T---G-TGA-C-TAT-----TTGT-CCT---------------------------------T-CGATTTT--GT-GACT--TT-G------T--G-TCCTG--TG-AC-T-TTTGT-CTCGTGACTTTCTGT--CTGTT
gi|21 : atacatgtatatatatAA-G-AAAGAA------AG-TC-A-C-G-----TG-AAAAATAT--CACG--A-ACAAA-AATG-ACC-T--T-G--G-ACA-AAA--A-GT-CA-CAAC-CA-CAATCAAGTATG--G-CA---AA------A----
gi|21 : gtA-C---------T-GT---G-----AG----T--CT--T-CA-TC-C---------T---G-TGA-C-AAT-----TTGC-CCT-------------------------------------ACTTTCATG-AAAA--TT-A------A--A-AACCG--TA-AA-T-TTTGT-CCGGCGACATTTTGC--tgtcgccggacaaaatttacggtttttaattttcatgaaagtagggcaaattgtcacaggatgaagactcacagtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|22 : gtaagaaagaaagtcacgtgaaaaatatcacgaacaaaaatgaccttggacaaaaagtcacaaccacaatcaagtat--AT----AT----GAA--AATGA-TTG--A----T--T---TT-T--AAAATAA--ATTT-TA--T--A-GA---A---T--TTT--AA--A-ATA-----TAT-TCA-TTT-GT-TAAG---TT--------A----AA--G---AAT--A---------TGGAGT-AATA-T------CAT----A--T-AC--TTTC--TA---T-GAGAATTA--ATT--A---TT-TAAC---AC-T-TT--T--T--AAT--TTT---T----TGATG---A---A-AAT----ttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|23 : gacaaaaaatccacaggacaaaatgtccacagttt--C--TT-TTGTCACAT---G-T--GACTACTCATA--TTTGGATTCAAC-TAT-TGAT-G-T---------T-GT---ATATATAC----T--TT--TATG-TC-G---------T---G-TGA-C-TTTATTTTTTGT-CCT----------------A----------------T-CG-TTTT--TGCGACT--TTAA------T--G-TCCTG--TGAACTT-TTTGT-CCTGTG
gi|24 : tattgatttattaG-G-ACAGAA------AG-TC-AGC-AG--A-CC-AAAAGT-CA-CGCG--A-ACAAATA-TG-ACCAA--T-G--G-ACA-AAA--A-GT-CA-CCAA-CAGGA---AAGTAGG--A-CA---AA------A----AGTTC--------A--AA----A
gi|24 : -T---G-A--T-T---TTC-----C-A-TA-T-A-TAG--GA------T---C-TCCCATGGG----T---T--G---TG-GT-T--------T--------TGAA------C-T---------TT-------T----TGTC-CTACT-----T--TC--C--TG-TTG---------G-T--GACT-----T---TTTG---TC--C--AT-TGGTCA-TATTTGTTCGC-GT---G-----AC----T--TT--T-GG-T--C---------T---GCTGA-C-TTT-----CTGT-CCccacaacccatgggagatcctatatatggaaaatcatgattg
gi|25 : GACAGA-A-G-TCA--CAG---ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--AGCG-AAAAGT-CAGCGCG--C-ACAAA-A-TG-ACC-A--T-G--G-ACA-AAAAtgattg
gi|25 : ttgtgatgtgcGACAGA-A-G-TCA--CAG---ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--AGCG-AAAAGT-CAGCGCG--C-ACAAA-A-TG-ACC-A--T-G--G-ACA-AAAAAA-GT-AA-C-AT-CA-GA---AAGTAG---A-CA---AA------GTCACA-GAC--------A--AA----AA--Aaagtaacatcagaaagtagacaaagtcacagacaaaaaatgtcacaaga
gi|27 : ttgtgatgtgc-TTT-----TTGT-CCT----------------A----------------T-CGATTTT--GT-GACT--TT-ACAGTTAT--G-TCCTG--TG-ATTT-TTTGT-CCTGTGACTTTCTGT--CCGTTtgtcacaaga
gi|28 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---CA----A-CG-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---Tta
gi|29 : cgtaGA-C-TTT-----TTGTTCCT----------------A----------------T-CGATTTTG-TG-ACCT--TT-T------T--G-TCCTG--TG-ACTT-TCTGT-C
gi|3 : G-G-ACAGAA------AG-TC-A-C-AG--G-----------------G--G-ACAAA---TG-ACC-ACAT-GA-G-ACATAAAAGG-AT-CA-CAAT-CA-GA---AAGTAGGTGA-CATT-AATAGT--A----G-ATCTCACATTGA--AG----CA--AAATGG-----TCGATCAAGACACAAGAAGCAGCAGGACAA--------------AAGTCACAGGACAC---T-----ATTCAGA-G---T-----TCTAT----AT----GAA--TA--A-TTA--A----C--T---TT-ATGTAA-TAAG-ATGCATA--CTCATGA---A---TA-TTCACGA--AGACAA----TAT-TGAATTTTGT-TTAG---AT--------T----AA--G---AACTCA---------T-GGTC-AGAGAT------T-T----AA-T-AAGGTTCT--TACTCT-GAGGATTCT-ACT--TATGTT-TGTC-GAAC-T-TTATCAGT--AACGTACTCTAT----TGATA---G---A-AAT----A-ATT-----TA-CT-G------CTAA-AACTAgct
gi|3 : gT-G--CG-AAGAATCAC--GAAATTAAGGGT--C---TCGA---AT---ACTA---G-AG-------TAATTCTTTTG---------T-T--GTT-T-----TTT-TTGTTATGTTTTG----GG--G-GAG----GC---G-GAGGGTTCA---T---T----GTA---ACCTAATAAAT-------TGAT----T-AAC--AAA--TA----A-TG-T--TACACCCCCAA-CT----------A--A-AATCA-GCA---TG-CC--T---G-T---G-A--C-T---TC------C-T-TC-T-A-T----AA------TCTCT-T---GTGAC----T---TT-A---TGTCC-T-G------TGCTTCTC-TGTC------C-T---------TG-------T----TGTC-TTT-TTTCTTGC-AC--C--TT-TTGTC-C-T---G-T---ACC-----T---TAT----TC--T-TGTGT--TCA-T---------T-GTTATG-----A--------TT--T-TG-TC-C---------T---G-TGA-C-TTT-----TTGT-C-T----------------A----------------T-C-ATTTT--GT-GACTC-TT-A---------G-TCCGGC-TG-ACTT-TT----CCTGTGACTTTCTGT--CCGTTctataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacatgcgaagaatcacgaaattaagggtctcgaatactagagtaattcttttgttgttttttttgttatgttttgggggaggcggagggttcattgtaacctaataaattgattaacaaataatgttacacccccaactaaaatcagcatgcctgtgacttccttctataatctcttgtgactttatgtcctgtgcttctctgtccttgttgtcttttttcttgcaccttttgtcctgtaccttattcttgtgttcattgttatgattttgtcctgtgactttttgtctatcattttgtgactcttagtccggctgacttttcctgtgactttctgtccgttta
gi|4 : gggacagaaagtcacaggggacaaatgaccacatgagacataaaaggatcacaatcagaaagtaggtgacattaatagtagatctcacattgaagcaaaatggtcgatcaagacacaagaagcagcaggacaaaagtcacaggacactattcagagttctatatgaataattaactttatgtaataagatgcatactcatgaatattcacgaagacaatattgaattttgtttagattaagaactcatggtcagagatttaataaggttcttactctgaggattctacttatgtttgtcgaactttatcagtaacgtactctattgatagaaataatttactgctaaaactactataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacaGA-AAG-TCATTCAG-GGACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CGCAAAAGT-C---ACG----ACAAA-A-TG-ACC-A--TAG--G-ACA-AAAATG----CAGCAAT-CAAGA---AAGTAGG--A-CAGTAAA------N----N-NNN--------N--NN----NN--NNNNNN-----NNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNN--------------NNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNAAC--AGT-T-----T--AT----AT----GAA--ATT-A-TTG--A----TGTT---TT-TTAAATATAA---TGT-TAA-T--ATGA---A---T--TTT--GA--A-ATA-----TAT-TCATTTT-GT-TAAG---TTTT------AT---AA--G---AAT--A---------T-GAGT-AGGG-T------T-T----A--T--C--TTTT--TA---T-GAGAATTTTTATT--G---TT-CATC-TAAC-T-TT--C--T--AA---ATT---T----TGATGTTAA---A-AATT---A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-GC-CG-AAA---CAT--GAA-TTA--AGTCCT---AATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TGTGT-TTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG----GTATAA-GTTT---T----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----TGTACA-AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-ATAAA-------A--A-A-T-A-G-A---TG-CC-CT---G-TGGGG-A--C-----TTT-----C-A-TTGT-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------NN-------N----NNNN-NNN-N-----N--NN--N--NN-NNNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---NNNN---NN--N-NNNNNNNNNN-N---------NCGT----------C----T--GTCGT-GG-TC-A---------TTGGG-TGA-CTTTT-----TTGT-CCTGTGTCTTTTTGTCCTAG----------------T-CAATTTT--GT-GACT--AT-A------T--G-TCATGTTTG-ACTT-TTTGT-CCTGTGAC-TTCTGT--CCGTta
gi|5 : aatgtgggaacaatCAGA-A-G-TCA--CAGTG-ACATAA------AG-TC-A-C-------CG-----GC-C----------ATAAA-A-TG-ACC----T-G--G-ACA-AAAA-A-GTCCA-CAATCCA-GG---AAGTAGC--A-AA---AA------G----T-CAC--------A--GA----CA--AAAATG-----TCACAAGACAAA----AAACGCGTGTAGGA--------------CCAACAATGGTCACAGTT-----ATAAA-------------A--A------------AA--AA--A-TTG-------T--T---TT-TT-AAGATAAACATGA-TAT-T--ATGA---A---T--TTC--AA--A-ATT-----TGTATCA-TTT-GT-TAAGT--TT--------AGTTTAA--G---AA---A---------T-GAGT-TGGG-T------T-T----ACGT-AC--TTTT--TA---A-TA-AATT---ATTCAT---TT-TTTT-CAAC-T-TTC-C--T--AA---ATT---TTCCATG-TG---A---ACAAT----A-ATT-----TGAAT-GTGGAA-TAAG-TACTAAA-C---------------TTTA------AT-CGCAT-C--TATTT-G--CGCAAA---CAC--GAA-TTA--GGT--TG--GATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------TAT-TGTT-TG----TTTATGGT--------G----TG--G-GGG----GC---C-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T---------GT----T-TAC--AA---TA----AGTG-T--AA-------AACAT----------AATA-A-GCA-G-ACCCTG-CC-CTTGGG-T---G-A--C-T---TTT-----CAA-TC-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---GTTGC----T---T--A---TG-CCTT-GTGAC--T--------TGTC------C-TTACTGAGTCTT-------T----TGTC--TG-T-----G--AC--C--CT-TTTTC-C-TGTCG-T--GA-------T---TTTG---TC--C-GATGTGGTCATT---------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC-CT--------T---G-TGA-C--TT-----TTGT-CCT----------------A----------------T-CGA-TTT--TG-TGCT--TT-A------T--G-TCCTG--TG-ACTT-TATGT-CCctta
gi|6 : gaatgtgcgggcccA-AAGCTCA--CCA-G-GCAAAATAATAAAGCTC-A-CCAG--A-CG-AAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TG-ACC-A--T-GTGG-A-A-GAAATAAGTACA-CAAT-CA-AA---AA-TAGA--C-AA---AA------A----A-GTC--------A--AG----GA--CAAACA-----TCACAAGACAAA----AAAC-------------------------------ACGGGACAAAC-----ACGGAC--C---A-----A--AC----AT----TCC--A-C-A-TTT--A----T--A---TT-TTAA----AA--ATGT-TA--T--ATGA---A---TC-TTC--AA--A-ATA------AT-TCA-TTT-AT-TAAG---TT--------A----AA--G----AT--A---------T-GAGT-A--G-T------T-T----A--T-AC--TTTT--TA---T-GAAAAAT---ATT--T---TTAAATC-TAACTT-TT--C--T--AC---AAT---T----TGATG---A---A-CATATAAA-ATA-----AG-ATAG----A-TTAG-AAATA----CTA----TT-----ATTTT------AT-CGCATCC--TA-TC-GTACA-AAA---CAG--AAA-TT-----T--C---TAT----AT---A--A---G-AG-------G-----TTTTC---------T-TGTATTATG----TTT-TTGC--------T----AG--C-AGG----AT---A-A------CGACAT---T----GTAACTA--TAAT---T-------TG---------AC--AA---AA----A-TGTT--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA---A---TG-TC-CT---G-T---G-G--A-C---TTT-----C-A-TT-T-T-A-T--AA------T---T-T---GTTAC----TTTAT--A---TGTCC-T-GTATTTTT--------TGTCCTGATTC-T---------TT-------T----TGTC--TG-T--------AC--C--TTATTATC-C-T---GAT--GACT-----T---TTTG---TC--C-TAT-TTTCCA-T---------A-GT---G-----ACAACAT--TA--A-CGATA-C---------TA--G-T---C-CTT-----T--T-CCT----------------A----------------T-C-ATTTT--GT-GAC---TC-A------T----TCCTG---G-AC---TTTGT-CCT-TGACTTTCT-T--CTGTgt
gi|7 : atggcgaaccaagaGACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAACA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-ACC-A--T-G--G-ACA-AAAATA-GTTCA-CTAT-CA-GA---AAGTNNN--N-NN---NN------N----N-NNN--------N--NN----NN--NNNNNN-----NNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNN--------------NNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNN--N---T-----A--AT----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--T--ATGA---A---T--TTC--GA--ATATA-----TAT-TC-CTTT-GT-TAAG---TT--------A----AA--G---AAT--A---------T-GAGT-AGGG-T------T-T----A--T-AC--TTAT--TA---T-GAGAATT---ATT--T---TT-TATC-TAAC-T-T---C--T--AA---ATT---T------GTG---A---A-AAT----A--TT-----TG-AT-G----A-TT-G-AACTAAA-CGTA----TT--C--ATTT-------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----AG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----G-TG-T--TA-------AA-AT-------------A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-TT-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------T-T---------TT-------T----TGTC-TTG-T-----G--AA--C--TT-TTGTC-C-T---G-T--GA-T-----T---TTTG---TC--C-TCTGTGGTCA-T---------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG--C-C---------T---G-TGAGC-TTT-----TTGT-CTT----------------A----------------TACGATTTT--TG-GACTAATT-A------T----TCCTG--TG-ACTTATTTGTGCCTGTGA-TTTCTGT--CCGTT
gi|8 : -AAA-TCAT-CAG-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-AG--A-CGTAAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TGGACC-A--T-G--G-ACA-GAAA---GT-AA-CAAT-CA--A---AAGTAGG--A-CA------------------------------------------AAAGTA-----CAGG---ACAAA----AAGTCACAGGACAA--------------A-------TGGTACA--T-----------------T-----T--AT----AT----GAA--AAT-A-T-G--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-AA--T--ATGA---A---T--TTC--GA--A-ATA-----TAT-TAATTTT-GT-TAAG---TT--------A----AA--G---AAT--A---------C-GA-T-A-GG-T------T-T----A--T-AC--TTTTC-TA---T--AGAA-----A--------TT-TATT-TAAC-T-TT--T--C--TA---ATT---T----TGATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT------A-TTAG-ATTTAAA-CTTA----TT--A--ATTTT-------T-CGTAT-C--TA-TTGG--TG-AAA---AAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-T----------------AG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---T-----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A------CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-A-TT-T---T-T--AAT-----T---T-T---GTGAC----T---T--A----G-TC-T-G------T----------AC------T-T---------TT-------TGCTGTGTC-TTT-T-----T--TCTAC--TT-TTGT--C-T---G-T---ACT-----T---TTTG---TC--C-TATGTGGTCA-T---------T--T---G-----A-----T--TT--T-TG-TC-C---------T---G-TGT-C-TTT-----TTGT--CT----------------A----------------T-CA--TTT--TG-TAC---TT-A------T--G-TCC----TG-ACTT-TTTGC-Ca
gi|9 : cGACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-T-GG--A--------GT-T--------------A-A-TG-ACC-A--T-G--G-ACA-AAA--A-GT-CA-CAAT-CT-GA---AAATGGT--A-CA---AA------A----A-GTC--------A--CA----AG--ACAAAA-----AGGCACAAGACA----AAAAG-TCACAGGAC-------------AAAATGGTC---ACAG--------TTTAC---------------------AT----GAA--AAT-G-TTG--A----T--T---TT-T---AAATAA--ATTG-TA--T--ATGA---A---T--TTT---A--A-ATA-----CAT-GTA--TT-AT-TCAT---TT--------A----TATTC---AAT--A---------T-AAAT-AAGG-T------T-T----A--T-AC--TTTC--TA---T-GAGAATT---TAT--T---TC-TATT-CAGC-TATT--C--T--AA---A-T---T----TGATG---A---A-GAT------ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-TACTAAA--TTA----TT--C--CTTTTATA---AT-TGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GAT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TGTTGTTT------T-T-TGTT-TG-----TT-TTGT--------A----GG--T-GGG----GT---A-ATC----T----T---T----GTA---T--AAAT---T-------TGGT----T-T----AA---TA------------------------------------A--A-A-TCA-A-A---TG-TT-CT-----TCA-G-A--C-TTGATTT-----T-A-TT-CAA-T-C--GA------T---TCT---GTGA--------------------------------------------------C-T---------TT-------T----TGT-----------------------------C-C-T---G-T--TACT-----T---TTTA---TC--C-TATGTTGTCA-T---------T-GT---G-----AT----T--TT--T-T
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTCCAATGATATATGATACTTTTTTTCTGTGACTTTTTCCCCCTATGACTTTCTTTCCGTTTACCTTATAATGTGTGTGTGTTTGGATACGCTAGAATCACAATCACTGAACACAT
Unaligned ( gi|30 ): CAAAGATATTTGGTATTAGTATCTATATCCATAACAGGATAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): CAAAACACAACCCATGGGCGATCCTATATAAATCAAAATTGAAT
Unaligned ( gi|32 ): GTCCGCATGGGCCTAATTATTTCCCTGATTATCTAATTTAGGT
Unaligned ( gi|33 ): ATATCATATTCTGATGCAATATACAAATTGAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 11111 1111111111111 111111111 111111111111 1111 111111 1111111111111 111111111 111111 1111111111111 33333333333333333333333333333333333 3333333333333 11111 111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111111111111111 2222222222222 111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4 5 4 33 2 2 888888 2 2 2 2 99 2 5 11111 6666 2 2 5 33 5 2 66 2 99 2 2 33 8 2 5 999 444 888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 5 2 33 8888 33 777 6 666 2 22 444 444 99 8888 33 5 2 444 5 33333 55 2 777 7777777777777 33 555 33 111111111 2 2 2 55 888888 2 8888 33 8888 2 66 555 2 33 999999999999 2 44 2 2 33 2 66 33 555 2 555 1111 2 444 444 2 8888 3 77777 6 3 6666 2 33 3 6666 77777 444444 3 2 33 2 2 66 2 444 33 2 66 33 777 444 444 33 444 2 3333333333333 444444444 2 2 2 333333 2 0000000000000 66 2 00000000000000000000000000000000000 777 33 333 7777777 4444 2 2 22 777 888888 2 444 8888888 4 1111111111111 2 2 2 4 333 2 2 333 1 666 1 22 33333 99999 2 6 2 88888 4444 666666 333 2 555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888 5555 55555555555555555555555 33 33 2 2 55 2 333 2 33 55555 666 333 33 22 2 11 2 1111111111111 2 333 55555 88888888 33 2 2 77 2 555555555 2 2 2 22 55555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 2 44 2 44 66666666 2 44 2 2 2 33 44
lowQualScore : . . . .. . . ...... . . . . .. . . ..... .... . . . .. . . .. . .. . . .. . . . ... ... ... ......................................................................................................................................................... .. . . .. .... .. ... . ... . .. ... ... .. .... .. . . ... . ..... .. . ... ............. .. ... .. ......... . . . .. ...... . .... .. .... . .. ... . .. ............ . .. . . .. . .. .. ... . ... .... . ... ... . .... . ..... . . .... . .. . .... ..... ...... . . .. . . .. . ... .. . .. .. ... ... ... .. ... . ............. ......... . . . ...... . ............. .. . ................................... ... .. ... ....... .... . . .. ... ...... . ... ....... . ............. . . . . ... . . ... . ... . .. ..... ..... . . . ..... .... ...... ... . ... ............................................................. ....... .... ....................... .. .. . . .. . ... . .. ..... ... ... .. .. . .. . ............. . ... ..... ........ .. . . .. . ......... . . . .. ..... .................................................... . . . .. . .. ........ . .. . . . .. ..
lowQualScore : 0 7 0 55 9 9 222222 9 7 7 7 00 7 3 00000 8888 7 7 3 77 3 7 33 7 33 7 7 77 0 7 3 333 444 333 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 3 7 77 3333 77 333 2 666 7 77 777 777 00 7777 77 3 7 777 3 00000 55 7 333 8888888888888 99 000 99 444444444 9 9 9 22 222222 9 9999 99 3333 9 88 000 9 99 111111111111 9 77 9 9 99 9 88 99 000 8 000 8888 9 777 777 9 9999 1 77777 2 1 1111 9 00 1 5555 44444 222222 1 9 99 9 7 33 7 777 77 7 33 77 333 777 444 44 444 5 2222222222222 444444444 5 5 5 222222 5 4444444444444 99 5 99999999999999999999999999999999999 888 11 999 2222222 7777 2 2 99 999 666666 1 666 9999999 2 9999999999999 1 1 1 2 777 1 0 555 9 000 9 66 33333 22222 0 0 0 22222 8888 666666 777 1 888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 3333 11111111111111111111111 11 11 2 2 22 2 999 2 11 66666 111 999 11 55 9 22 2 1111111111111 2 999 66666 11111111 11 2 4 99 4 999999999 4 2 1 99 33333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 00 0 88 55555555 0 88 0 0 0 11 66
consensus : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GACA---AAA-----A--------G------T--C---A-----AAGA--AAAA-----NGTCACA-AGACAA--AAA----ACGNCGGCACGA--------------AAANCAGNCGTCACAGAT-----ANNCA-C--G---T-----AAT----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--TTT---TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A---TAT-T-----CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAGAAT--T---ANT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG-------GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC-A--A---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--C-TATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---------G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------TG-TCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--TGTGACTTTCTGT--CCGTT
Reference ( family-45 ) : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GACA---AAA-----A--------G------T--C---A-----AANA--AAAA-----NANNNNA-ANACAA--AAA----ACGNNNGCACGA--------------AAANCAGNCGNNACAGAT-----ANNNA-C--G---T-----AAT----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--TTT---TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A---TAT-T-----CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAGAAT--T---ATT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG-------GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC-A--A---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--C-TATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---------G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTNNGA-CT--TT-A------TG-TCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--TGTGACTTTCTGT--CCGTT
gi|1 : GGCAGA-A-G-TCAA-CAG-G-AAAAAA------AG-TCGA-C-AGG-A-CG-AAAAAG-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-AA--CAAT-G--G-A---GAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAAA---AAA-----A--------G------C--C---N-----NNNN--NNNN-----NNNNNNN-NNNNNN--NNN----NNNNNNNNNNNN--------------NNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-N--N---N-----NNN----N------AC--AGT-T-TTACTA----T--TTT---TTAAATAAAA--TTGT-TA--TAT-A---A---T--TT--C-A--A-AT-T---TAT-T-----CAATTTTGT-TAAGGGTTT--------A----AA--GGGGAA--TA---------T-G-AGT-AG-GCG------T-T----A--T------CTTT--TA---TGGAGAAT--T---AAT--T---TT-TATCATAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----AG-AT-G----A-TTAA-AACT-TA-CTTA----TT--CGTGTTTT------ATCCGCAT-C--TA--T-G--AA-AAA---CAT--GAA-TTAG-GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-T-TT-TG----TTC-TTGT--------A----GG--G-AGG-------GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------T-GT----T-TAC-A--AT--TA----A-T--T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCACG-A---TGTCC-TT---G-T---G-A--C------TT-----C-ATT-T-T-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTTAC----T---TTAG---TGTCC-T-GTGATTTT--------TGTC------CGTGGATCTA--TT-------T----TGTCTT---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGT--C-T---G-T--GAC------T---TTTG---TA--C-TATGTTGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----A--AT--T-TG-TA--C-T---------A-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-CGATTTTTGTGA-CT--TTGA------TG-TCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--TGTGAC-TTCTGT--CTGCT
gi|1 : atgtg-CT---G-T---G-A--C-T---TTTGTAC-T-A-TGT-T-G-T-C--A-----------T-T---GTGACAAT-T---T--G---TA-CTAT-G------T------------------C-T---------TT-------T----TGTC-TATCGATTTTTG-T-----G--AC--T--TT-GATGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--C--------------------------T-GT---G-----AC-------TT--C-TG-TCTGC-T---------T-TGA-C-CTAAT-----TT---------------TT----------------TCT----------------C-T--GA-TTATCTAA--T--TT-A------CG-Tttgacctaattttttctctgattatctaatttacgtaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|10 : atgtgggcagaagtcaacaggaaaaaaagtcgacaggacgaaaaagtcacggacaaaatgaacaatggagaaaagtcacaatcagaaagtaggaaaaaaagccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagttttactattttttaaataaaattgttatataatttcaaatttattcaattttgttaagggtttaaaggggaatatgagtaggcgttatcttttatggagaattaatttttatcataactttctaaattttgatgaaaataattagatgattaaaacttacttattcgtgttttatccgcatctatgaaaaacatgaattagggtttataataagagtttttgttttttgttcttgtagggagggtagcttgtaataatttgtttacaattaatttaaaataaatcacgatgtccttgtgacttcattttattaattttgttactttagtgtcctgtgatttttgtccgtggatctattttgtctttgtgaccttttgtAT----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--TTT---TTTTAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TC--GAA--A-AT-A---TAT-T-----CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TAAGAGTAAGTC-G-AGT-AG-GTT------T-T----A--T----C-TTTT--T------GAGAAT--T---TAT--T---TT-TATC-TA---C-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATA---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----CT--C--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---T------AT---A--A---G-AG-------A-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--GAGGG-------GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC-A--A---TA----A-TT-A--AA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CCACT-----T---G-A--C-----TTT-----C-A-T-TCT-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------NN-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---NNNN---NN--N-NNNNNNNNNN-N-------------N-NN---N-----NN----NNATG--T-GG-TCA-T-T---------G-TAA-C-TT--T-----TT---------------GTCCTGTGTCTTTTTTTGCCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--AT-A------TG--CCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--TGTGACTTTCTGT--CCATaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|11 : tGACAGAGAAG-TCA--CAG-A-ATCAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAA-GT-C---ACGACG-ACAAA---TG--C--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-----T-CACATC-CA-GA---AAGTTA--GACA---AAA-----A--------G------T--C---AGC---AGGACCAAAA-----TGCTCCA-AGACAA--AAG----ACACAGGCACAA--------------AATCCAGG----ACAGAA-----AGTCA-C--AGTTT-----ATC----AT----GAAT-AAT-AATTG--A----T--TTT---TTAAAA-TAA---TGT-TA--TATGA---A---T--TC--CAA--A-AT-A---TAT-T-----CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------TTG-AGTCAG-GGT------T-T----A--T-A--CTTTTT--TA---T-GAGAAT--T---TAT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---A-T---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTTAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT-CGCAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-GGTT-TG----CTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG-------GTA--A-G------C----TAAAT----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC-A--A---TA----A-TG-T--AA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----GTT-----C-A-T-T-T-
gi|12 : atgttgaAT----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--TTT---TTTTAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A---TATAT-----CA-CTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T------A--T-A--C-TTTT--TT---T-GAGAAT--TT--ATT--T---------C-TAAC-T-T--T-C--T--AA---AAT---T----T-GATG---T---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AA-TAAA-CTTAATTATT--T--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---AAT--GAA-TAA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--A-GGG-------GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC-G--A---TA----A----T--TA-------AA-TA----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTC-----T-T-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------NN-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---NNNN---NN--N-NNNNNNNNNN-N-------------N-NN---N-----NN----A--TG--T-GG-TCA-T-T---------G-TGA-C-TT--T-----TTGTCCCGTGTCTTTTGGT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------TG-TCCTG--TG-ACTT-TCTGT-CC--tat
gi|13 : ----A-TTAG-TACTAAA-CTTA----TT--C--CTTTT------AT-CTTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTG--GGT--T---TATA---AA---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-T---------TTGT--------A----GG--G-GGGAGGGGGGGCTA-A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC-ATAA---TA----AGTG-T--AA-------AA-ATTAG-------A--ATA-TCA-G-A---TG-TC-CT---G-T---GCA--C-T---T-------C-A-T-TCT-A-A-TCGGA------T---T-T---GTGAC----T---TTGA---TGTCC-T-G------T--------GGCA------C-T---------TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C-------------------------CT-----T---TTTG---TC--C-TATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-TCTCGATTTTG-TGA-C-TT--T-----AT---------------GT----------------CC-----------------A-G-TGA-CTTTTGTC-CT--TC-C------TC-TT-TG--TG-ACTT-TATGT-C---TGTGACTTTCTGTCGCCGTTgt
gi|14 : G-G-ACGAAA------CG-TC-A-C-AGGGA-CA-AAAAGG-T--CACG--GCACAAA-A-TGCAC--CA-T-G--GGAC-AAAA-A-AA--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--CGCA---AAA-----AA-------G------T--C---A-----CACG--ACAA-----AAAGCAC-ACACAA--AAATGACACAACGG-ACAA--------------AA-----TCGTCACAGAT-----AAAAA-T--G---TCAGCAAGTTTTAAT----AGA--AAT-A-TTG--AA---T--TGTGTGTTATGAC--A--ATGT-AC--TGTGA---AACTT--TT--ATA--A-AT-A---CAT-TGTATCCA-TTTTGT-TAA----T-------------------------------------T-G-AGT-AA-GGT------T-TTTAAA--TCA--C-TT------------AAAAG--C---A-T--T---TT-GATC----C-T-C--T-C--A--AA---GTT---TG---T-GATG---A---ta
gi|15 : ---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-T---------TTGT--------A----GG--G-AGGTCCG---GT---ACG------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC-A--A---TA----A-TG-T--AA-------AA-ACA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATT-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---
gi|15 : ----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-T------TG-TCCTG--TG-ACTT-TCTGT-CC--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttttgtcctgtgactttctgtccgttt
gi|15 : aagagtttttgtttgtttttgtagggaggtccggtacgctttgtaataatttggtttacaataatgtaaaaacaaaatcagatgccctgtgactttcattttattaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--TGTGACTTTCTGT--CCGTTgttt
gi|16 : aagagtttttgtttgtttttgtagggaggtccggtacgctttgtaataatttggtttacaataatgtaaaaacaaaatcagatgccctgtgactttcattttattaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattt-A-C-AGG-A-CA-AAGATT-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC---AA-A-AG--T-CACAAT-TA-CAGTTAGGTAG--GACA---AAATTTCCAGGACAAACG------T--CCA-A-----GACA--ACAA-----AGTCACA-GGACAA--AAA----GC-----CACGATTAGAAATTTAATGAAAGCAGGCATAATGAATGTACCAAACA-CCAGT--T-----AAT----ATA---GAACGAATAA-TTG--ATTTTT--TTT---TTGACAATAA--GTTT-TATGTATGA---A---TTCTT--TAAAGA-AT-A---TCT-TTC---CT-TTTTG--TAAG---Tt
gi|17 : atgatgcggaaatgaacagaT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---TATA---A----A--A---A-AG-------A-----TTTC-----------------------------TTAT--------A-------------------------A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC-A--A---TACTACA-TA-T--TA-------AAGATTGTGAAAACAA--A-A-TCA-G-A---TG----CT---G-C---G-T--C-T---TTTTGTCCT-A-T-T-TGA-T-T--AA------G---T-C---ATGA-----T---T--G---TG-AC-TCG------T--------TGTC------C-TATGACG---TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--T--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GGCT-----T---TTTG---TT--C-TATGTG---------------------GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T-----------------TT--T----------------------------------------------------------------GA-TTTTGTGA-TT--TT-A------TG-TCCTG--TG-TCTT-TCTGT-CC--
gi|18 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC-A--A---TA----A-TA-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TT-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATT-T-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---TTGAC----T---T--A---Tgt
gi|18 : ----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------TGGTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-CC--annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttatggtcctgtgactttctgtccgttta
gi|19 : agctttgtaataatttggtttacaataatattaaaataaaatcagattccctgtgactttcattttatttaattttttgacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A---G-AAT----A-TTT-----TG-GT-G----A-T----------A---TA----TA--C--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--GGT--T---TATACTCGT---A--AAACG-AG-----------------G---------T-A-TG---------------GA--------A----GG--G-GGG-------TG---A-G------C----T---TTATATTA---A--TAAT---T-------TTGT----T-TAC-A--A---TA----ATTG-T-----------GA-CT-----------------TT----A---TG-TC-CT---G-T---G-A--CAT---TTT-----C----------------------------C-T---GTGACT---T---T--C---TG-TC-C-G------T--------Tgttta
gi|2 : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-CT--A-CA-AAAAGT----CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AT--AAA-A-AG--T-CACAGT-CT-GA---AAGTAA--GACA---AAA-----A--------G------T--CACAA-----GACA--AAAA-----CGTGCGACGGACAAGGAAA----ATGTC--CAC-----------------AAGGAGACATAAAAGAT-----CAACA-G--G---TTAAA-AAT----ATATAGAAA--AAT-A-TTG--A----T--TTTA--TCGAAAAT-A--ATTT-TA--AAAGAAGTA---T--TT--AAT--A-AT-AGATTGT-T-----CA-TCATGTCCAAG---TTTACAAGTAA----GA--G---AA--TA---------A-G-TAT-AC-AGTTATGTCT-T----A--T-A--T-TTTTCCTA---T-GGGAAT--T----TT--TGC-TT-TATT-T--C-T-A--T-CG-TAAAA---ATT---TA---T-GATG---AAGTA-AAT----ATATTCTAAGTGTAT-A----ATTTAGTTACTAAATCTTA----TTGGC--GCTTTTATCTGAT-CGTTT-CTATA-TT-G--TG-AAA---TATTAGAT-TTA--GGC--TTACTATA---ATTAGA--A---GTAGTTTAGGAT-----TTTTGATTGTAATTT-T-TTTT-TGAAAATTT-TTGG--------AGCGGGG--G-GGA-------GTA--A-G------C----TTA-T----GTAAATA--TAGT---TTTTGGCATGGTACTGT-CAC-A--AAATCA----ATTG-TAATAG------AA-ATAA--------A--A-A-TCA-GTA---TA-TC-CT---GTT---G-ATGC-T---TTC-----T-A-A-T-T-C-T-A--AATACGATT---T-T---GTGACTTTTT---T--ACGCTG-CC-T-G------TGTTTTATCTGAC------C-TAGTGACTA-TTATACAAAT----TATC-T---------TG-T-----GTAGC--CTTTT-T-TGT--C-T---G-TAAAACT-----TTCATTTG---TC--C-CATGTGGTTA-T-------------T-GT---G-----AC----T--GT--T-TG-TC--C-T---------G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-C----T-A------TG-TCCTG--TG-ACTT-TTTGC-CC--TGTGACTTTCTGT--taccactacgaataagaggtggatgttatgaatcaaatcggttaacaga
gi|20 : aatgtgg--A---TA----T-TT-T--TA-------AA-AT----------ATAA-A-TCA-G-A-------------------------C-T---TT--------A-T-TCT-G-T-C--GA------T---T-TT--GTG-C----T---T--A---CGTCC-T-G------T--------GA--------C-T---------TT-------T----TATC-T---------TG-T--------AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--CTTATGTGGTTA-T-------------T-GT---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---------G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT------------------T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-G------TG-TCCTG--TG-AC-T-TTTGT-CT--CGTGACTTTCTGT--CTGTT
gi|21 : atacatgtatatatatAA-G-AAAGAA------AG-TC-A-C-G-----TG-AAAAATAT--CACG--A-ACAAA-AATG-AC--CT-T-G--G-AC-A-AA-A-AG--T-CACAAC-CA-CAATCAAGTAT--GGCA---AAA-----T--------G------T--C---
gi|21 : gt---------TG-T-----G--AG--T--CT-T-CATC-C-T---G-T--GACA-----A---TTTG---CC--C-TACTT--TCA-TGAAAATTAAAAACC-GT---A-----AA----T--TT--T--G-TC--C-G---------G-CGA-C-AT--T-----TT---------------GC----------------CAT----------------ACT-TGA-TTGTG-------------------G-T--TG--TG-ACTT-TTTGT-CCAAGGTCA-TTTTTGT--TCGTgccggacaaaatttacggtttttaattttcatgaaagtagggcaaattgtcacaggatgaagactcacagtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|22 : gtaagaaagaaagtcacgtgaaaaatatcAT----AT----GAA--AATGA-TTG--A----T--TTT---T--AAAATAA--ATTT-TA--TA-GA---A---T--TT--TAA--A-AT-A---TAT-T-----CA-TTT-GT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------T-GGAGT-AA-TAT------CAT----A--T-A--C-TTTC--TA---T-GAGAAT--T---AAT--TA--TT-TAAC---AC-T-T--T-T--T--AA---TTT---T----TTGATG---A---A-AAT----gtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|23 : gacaaaaaatccacaggacaaaatgtccacagttt--C--TT-T-TGTCACAT---G-T--GACTACTCATA--TTTGGATTCAAC-TAT-TGAT-G-T-------------T-GT---ATATATAC----T--TT--TATG-TC--G-T---------G-TGA-C-TT--TATTTTTT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGT-TTTTGCGA-CT--TTAA------TG-TCCTG--TGAACTT-TTTGT-CC--TGTG
gi|24 : tattgatttattaG-G-ACAGAA------AG-TC-AGC-AG--A-CC-AAAAGT-CA-CGCG--A-ACAAATA-TG-AC--CAAT-G--G-AC--AAA-A-AG--T-CACCAA-CAGGA---AAGTAG--GACA---AAA-----A--------GT-----T--C---A-----AA
gi|24 : -T---G-A--T-T---TTC-----C-A-T-A-T-A-TAG--GA------T---C-TCCCATGGG----T---T--G---TG-GT-T--------T--------TGAA------C-T---------TT-------T----TGTC-C---------TACT-----T--TC--C--TG-T-TG---------G-T--GACT-----T---TTTG---TC--C--AT-TGGTCA-TATTTGTTCG----C-GT---G-----AC----T--TT--T-GG-T---C-T---------GCTGA-C-TT--T-----CT---------------GT----------------CCaccacaacccatgggagatcctatatatggaaaatcatgattg
gi|25 : GACAGA-A-G-TCA--CAG---ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--AGCG-AAAAGT-CAGCGCG--C-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-ACAAAAA-A-AG--T-AAC-AT-CA-GA---AAGTA---GAC-----AA-----A--------G------T--C---A-----CAGA--CAAA-----AAATGT---CACAA--GAtgattg
gi|27 : ttgtgatgtgc-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-ACAGTTATG-TCCTG--TG-ATTT-TTTGT-CC--TGTGACTTTCTGT--CCGTT
gi|28 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC-A--A---CA----A-CG-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---Tta
gi|29 : cgtaGA-C-TT--T-----TT---------------GTT---------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGACCT--TT-T------TG-TCCTG--TG-ACTT-TCTGT-C
gi|3 : G-G-ACAGAA------AG-TC-A-C-AG--G-----------------G--G-AC-AA-A-TG-ACCACA-T-GA-G-AC-ATAA-A-AGGAT-CACAAT-CA-GA---AAGTAGGTGACATT-AAT-----A--------GTAGATCT--C---ACATTGAAGC--AAAATGGTCGATCAAG-ACACAA--GAA----GCAGCAGGACAA--------------AAGTCACAGGACAC---T-----ATTCAGA--G---TTC---TAT----AT----GAA--TA--A-TTA--A----C--TTT---AT-GTAATAAG-ATGCATACTCATGA---A---TA-TTCACGA--AGACAA---TAT-TG----AA-TTTTGT-TTAG---AT--------T----AA--G---AACTCA---------T-G-GTC-AGAGAT------T-TA---A--T-AAGG-TTCT--TACTCT-GAGGATTCT---ACT--TATGTT-TGTC-GAAC-T-TTAT-CAGT--AACGTACTCTAT----T-GATA---G---A-AAT----A-ATT-----TA-CT-G------CTAA-AACTAgct
gi|3 : gT-G--CG-AAGAATCAC--GAAATTAAGGGT--C---TCGA---AT---ACTA---G-AG-------TAATTCTTTTG---------T-T--GTT-T-----TTT-TTGTTATGTTTTG----GG--G-GAG-------GC---G-GAGGGTTCA---T---T----GTA---ACCTAATAAAT-------TGAT----T-AAC-A--AA--TA----A-TG-T--TACACCCCCAA-CT----------A--A-AATCA-GCA---TG-CC--T---G-T---G-A--C-T---TC------C-T-T-C-T-A-T----AA------TCTCT-T---GTGAC----T---TT-A---TGTCC-T-G------TGCTTCTC-TGTC------C-T---------TG-------T----TGTC-T---------TT-TTTCTTGC-AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--ACCT-----T---ATT--------C-T-TGTGTTCA-T-------------T-GTTATG-----A--------TT--T-TG-TC--C-T---------G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------C-T----------------A-T-C-A-TTTTGTGA-CTC-TT-A-------G-TCCGGC-TG-ACTT-TT----CC--TGTGACTTTCTGT--CCGTTctataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacatgcgaagaatcacgaaattaagggtctcgaatactagagtaattcttttgttgttttttttgttatgttttgggggaggcggagggttcattgtaacctaataaattgattaacaaataatgttacacccccaactaaaatcagcatgcctgtgacttccttctataatctcttgtgactttatgtcctgtgcttctctgtccttgttgtcttttttcttgcaccttttgtcctgtaccttattcttgtgttcattgttatgattttgtcctgtgactttttgtctatcattttgtgactcttagtccggctgacttttcctgtgactttctgtccgttta
gi|4 : gggacagaaagtcacaggggacaaatgaccacatgagacataaaaggatcacaatcagaaagtaggtgacattaatagtagatctcacattgaagcaaaatggtcgatcaagacacaagaagcagcaggacaaaagtcacaggacactattcagagttctatatgaataattaactttatgtaataagatgcatactcatgaatattcacgaagacaatattgaattttgtttagattaagaactcatggtcagagatttaataaggttcttactctgaggattctacttatgtttgtcgaactttatcagtaacgtactctattgatagaaataatttactgctaaaactactataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacaGA-AAG-TCATTCAG-GGACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CGCAAAAGT-C---ACG----ACAAA-A-TG-AC--CA-TAG--G-AC-AAAA-A-TG--C-AGCAAT-CAAGA---AAGTAG--GACAGTAAAN-----N--------N------N--N---N-----NNNN--NNNN-----NNNNNNN-NNNNNN--NNN----NNNNNNNNNNNN--------------NNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNAA-C--AGT-T-----TAT----AT----GAA--ATT-A-TTG--A----TGTTTT---TTAAATATAA---TGT-TAA-TATGA---A---T--TT--TGA--A-AT-A---TAT-T-----CA-TTTTGT-TAAG---TTTT------AT---AA--G---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T----C-TTTT--TA---T-GAGAAT--TTTTATT--G---TT-CATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATGTTAA---A-AATT---A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-GC-CG-AAA---CAT--GAA-TTA--AGTCCT---AATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TGTGT-TTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG-------GTATAA-GTTT---T----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----TGTACAA--A---TA----A-TG-T--TA-------AA-ATAAA-------A--A-A-T-A-G-A---TG-CC-CT---G-TGGGG-A--C-----TTT-----C-A-T-TGT-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------NN-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---NNNN---NN--N-NNNNNNNNNN-N-------------NCGT----------C----T--GTCGT-GG-TC--A-TTGG------G-TGA-CTTT--T-----TT---------------GT----------------CCTGTGTCTTTTTGTCCTAG-T-CAA-TTTTGTGA-CT--AT-A------TG-TCATGTTTG-ACTT-TTTGT-CC--TGTGAC-TTCTGT--CCGTta
gi|5 : aatgtgggaacaatCAGA-A-G-TCA--CAGTG-ACATAA------AG-TC-A-C-------CG-----GC-C----------ATAAA-A-TG-AC--C--T-G--G-AC-AAAA-A-AG--TCCACAATCCA-GG---AAGTAG----CA---AAA-----A--------G------TCAC---A-----GACA--AAAA-----TGTCACA-AGACAA--AAA----ACGCGTGTAGGA--------------CCAACAATGGTCACAGTT-----ATAAA--------------AA------------AA--AA--A-TTG-------T--TTT---TT-AAGATAAACATGA-TAT-TATGA---A---T--TT--CAA--A-AT-T---TGTAT-----CA--TTTGT-TAAGT--TT--------AGTTTAA--G---AA---A---------T-G-AGT-TG-GGT------T-T----ACGT-A--C-TTTT--TA---A-TA-AAT--T---ATTCAT---TT-TTTT-CAAC-T-T--TCC--T--AA---ATT---TTCCAT-G-TG---A---ACAAT----A-ATT-----TGAAT-GTGGAA-TAAG-TACTAAA-C---------------TTTA------AT-CGCAT-C--TATTT-G--CGCAAA---CAC--GAA-TTA--GGT--TG--GATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------TAT-TGTT-TG----TTTATGGT--------G----TG--G-GGG-------GC---C-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T---------GT----T-TAC-A--A---TA----AGTG-T--AA-------AACAT----------AATA-A-GCA-G-ACCCTG-CC-CTTGGG-T---G-A--C-T---TTT-----CAA-T-C-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---GTTGC----T---T--A---TG-CCTT-GTGAC--T--------TGTC------C-TTACTGAGTCTT-------T----TGTC-----------TG-T-----G--AC--C--CT-T-TTTC-C-TGTCG-T--GA-------T---TTTG---TC--C-GATGTGGTCATT-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--CTT---------G-TGA-C--T--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTG--CT--TT-A------TG-TCCTG--TG-ACTT-TATGT-CC--ctta
gi|6 : gaatgtgcgggcccA-AAGCTCA--CCA-G-GCAAAATAATAAAGCTC-A-CCAG--A-CG-AAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-GTGG-AA-GAAATA-AG--TACACAAT-CA-AA---AA-TAG---ACA---AAA-----AA-------G------T--C---A-----AGGA--CAAA-----CATCACA-AGACAA--AAA----ACACGGG-AC-----------------AAACA--CGGACCAAAC-----ATTC--C-------------------------------AC-A-TTT--A----T--ATT---TTAA----AA--ATGT-TA--TATGA---A---TC-TT--CAA--A-AT-A----AT-T-----CA--TTTAT-TAAG---TT--------A----AA--G----A--TA---------T-G-AGT-A---GT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAAAAA--T---ATT--T---TTAAATC-TAACTT-T--T-C--T--AC---AAT---T----T-GATG---A---A-CATATAAA-ATA-----AG-ATAG----A-TTAG-AAATA----CTA----TT-----ATTTT------AT-CGCATCC--TA-TC-GTACA-AAA---CAG--AAA-TT-----T--C---TAT----AT---A--A---G-AG-------G-----TTTTC---------T-TGTATTATG----TTT-TTGC--------T----AG--C-AGG-------AT---A-A------CGACAT---T----GTAACTA--TAAT---T-------TG---------AC-A--A---AA----A-TGTT--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA---A---TG-TC-CT---G-T---G-G--A-C---TTT-----C-A-T-T-T-T-A-T--AA------T---T-T---GTTAC----TTTAT--A---TGTCC-T-GTATTTTT--------TGTCCTGATTC-T---------TT-------T----TGTC-----------TG-T--------AC--C--TTAT-TATC-C-T---GAT--GACT-----T---TTTG---TC--C-TAT-TTTCCA-T-------------A-GT---G-----ACAACAT--TA--A-CGATA--C-TA--------G-T---C-CT--T-----T-----------------T----------------CCT----------------A-T-C-A-TTTTGTGA-C---TC-A------T--TCCTG---G-AC---TTTGT-CC--T-TGACTTTCT-T--CTGTgt
gi|7 : atggcgaaccaagaGACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAACA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-ATAG--TTCACTAT-CA-GA---AAGTNN--NNNN---NNN-----N--------N------N--N---N-----NNNN--NNNN-----NNNNNNN-NNNNNN--NNN----NNNNNNNNNNNN--------------NNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNN-N--N---T-----AAT----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--TTT---TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--ATAT-A---TAT-T-----C--CTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTAT--TA---T-GAGAAT--T---ATT--T---TT-TATC-TAAC-T-T----C--T--AA---ATT---T-------GTG---A---A-AAT----A--TT-----TG-AT-G----A-TT-G-AACTAAA-CGTA----TT--C--ATTT-------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----AG--G-AGG-------GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC-A--A---TA----G-TG-T--TA-------AA-AT-------------A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------T-T---------TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GA-T-----T---TTTG---TC--C-TCTGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG--C--C-T---------G-TGAGC-TT--T-----TT---------------GT----------------CTT----------------A-TACGA-TTTTTGGA-CTAATT-A------T--TCCTG--TG-ACTTATTTGTGCC--TGTGA-TTTCTGT--CCGTT
gi|8 : -AAA-TCAT-CAG-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-AG--A-CGTAAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TGGAC--CA-T-G--G-AC-AGAA-A--G--T-AACAAT-CA--A---AAGTAG--GACA---AAA--------------G------T-------------------------------ACA-GGACAA--AAA-------GTCACAGGA------------------CAAATGGTACA--T------------------T-----TAT----AT----GAA--AAT-A-T-G--A----T--TTT---TTAAAAATAA--ATGT-AA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A---TAT-T-----AA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------C-G-A-T-A--GGT------T-T----A--T-A--C-TTTTC-TA---T--AGAA-------A--------TT-TATT-TAAC-T-T--T-T--C--TA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT------A-TTAG-ATTTAAA-CTTA----TT--A--ATTTT-------T-CGTAT-C--TA-TTGG--TG-AAA---AAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-T----------------AG--G-AGG-------GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC-A--A---T-----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A------CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-A-T-T-T---T-T--AAT-----T---T-T---GTGAC----T---T--A----G-TC-T-G------T----------AC------T-T---------TT-------TGCTGTGTC-T---------TT-T-----T--TCTAC--TT-T-TGT--C-T---G-T---ACT-----T---TTTG---TC--C-TATGTGGTCA-T-------------T--T---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---------G-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-C-A-TTTTGT-A-C---TT-A------TG-TCC----TG-ACTT-TTTGC-Ca
gi|9 : cGACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-T-GG--A--------GT-T--------------A-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC--AAA-A-AG--T-CACAAT-CT-GA---AAATGG--TACA---AAA-----A--------G------T--C---AC----AAGAC-AAAA-----AGGCACA-AGACAA--AAA----GTCACAGGACAA--------------AA-----TGGTCACAG--------TTTA-C-------------------AT----GAA--AAT-G-TTG--A----T--TTT---T---AAATAA--ATTG-TA--TATGA---A---T--TT--T-A--A-AT-A---CAT-G-----TA---TTAT-TCAT---TT--------A----TATTC---AA--TA---------T-A-AAT-AA-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTC--TA---T-GAGAAT--T---TAT--T---TC-TATT-CAGC-TAT--T-C--T--AA---A-T---T----T-GATG---A---A-GAT------ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-TACTAAA--TTA----TT--C--CTTTTATA---AT-TGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GAT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TGTTGTTT------T-T-TGTT-TG-----TT-TTGT--------A----GG--T-GGG-------GT---A-ATC----T----T---T----GTA---T--AAAT---T-------TGGT----T-T---A--A---TA------------------------------------A--A-A-TCA-A-A---TG-TT-CT-----TCA-G-A--C-TTGATTT-----T-A-T-T-CAA-T-C--GA------T---TCT---GTGA--------------------------------------------------C-T---------TT-------T----TGT---------------------------------------C-C-T---G-T--TACT-----T---TTTA---TC--C-TATGTTGTCA-T-------------T-GT---G-----AT----T--TT--T-T
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTCCAATGATATATGATACTTTTTTTCTGTGACTTTTTCCCCCTATGACTTTCTTTCCGTTTACCTTATAATGTGTGTGTGTTTGGATACGCTAGAATCACAATCACTGAACACAT
Unaligned ( gi|30 ): CAAAGATATTTGGTATTAGTATCTATATCCATAACAGGATAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): CAAAACACAACCCATGGGCGATCCTATATAAATCAAAATTGAAT
Unaligned ( gi|32 ): GTCCGCATGGGCCTAATTATTTCCCTGATTATCTAATTTAGGT
Unaligned ( gi|33 ): ATATCATATTCTGATGCAATATACAAATTGAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22222 111111 33333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 11111 1111111111111 111111111 111111111111 1111 111111 1111111111111 111111111 1111111111111 22222222222222222222222222 3333333333333 11111 111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111111111111111 2222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 4 5 4 33 2 2 888888 2 2 2 2 99 2 5 11111 6666 2 2 5 33 5 2 66 2 99 2 2 33 8 2 5 999 444 2 77 2 000000 33333333333333 55 77777 33 33 44 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 5 2 66 5555 33 444 2 6 666 2 22 444 444 99 8888 33 5 2 11111 5 66 55 2 777 7777777777777 33 555 33 111111111 2 2 2 55 888888 2 8888 33 8888 2 66 555 2 33 666666666666 2 44 2 2 33 2 66 33 555 2 555 1111 2 444 444 2 8888 3 77777 6 3 6666 2 33 3 6666 77777 444444 3 2 33 2 2 66 2 444 33 2 66 33 777 444 444 33 444 2 3333333333333 0 444444444 2 2 2 9999 2 8888888888888 66 2 5555 66666666666666666666666666 777 33 333 7777777 4444 2 55 777 888888 2 444 8888888 4 1111111111111 2 2 2 4 333 2 2 333 1 666 1 22 55555 99999 2 6 2 88888 4444 666666 333 2 555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888 5555 55555555555555555555555 33 33 2 2 55 2 333 2 33 55555 666 333 33 22 2 11 2 1111111111111 2 333 55555 88888888 33 2 2 77 2 77777 2 2 22 55555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 2 2 2 44 4 555555 2 55 2 2 2 11111111
lowQualScore : . . . .. . . ...... . . . . .. . . ..... .... . . . .. . . .. . .. . . .. . . . ... ... . .. . ...... .............. .. ..... .. .. .. .................................................................................................... .. . . .. .... .. ... . . ... . .. ... ... .. .... .. . . ..... . .. .. . ... ............. .. ... .. ......... . . . .. ...... . .... .. .... . .. ... . .. ............ . .. . . .. . .. .. ... . ... .... . ... ... . .... . ..... . . .... . .. . .... ..... ...... . . .. . . .. . ... .. . .. .. ... ... ... .. ... . ............. . ......... . . . .... . ............. .. . .... .......................... ... .. ... ....... .... . .. ... ...... . ... ....... . ............. . . . . ... . . ... . ... . .. ..... ..... . . . ..... .... ...... ... . ... ............................................................. ....... .... ....................... .. .. . . .. . ... . .. ..... ... ... .. .. . .. . ............. . ... ..... ........ .. . . .. . ..... . . .. ..... .................................................... . . . . .. . ...... . .. . . . ........
lowQualScore : 0 7 0 55 9 9 222222 9 7 7 7 00 7 3 00000 8888 7 7 3 77 3 7 33 7 33 7 7 77 0 7 3 333 444 7 33 7 333333 44444444444444 22 00000 99 99 22 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 3 7 33 7777 77 777 7 2 666 7 77 777 777 00 7777 77 3 7 33333 3 33 55 7 333 8888888888888 99 000 99 444444444 9 9 9 22 222222 9 9999 99 3333 9 88 000 9 99 444444444444 9 77 9 9 99 9 88 99 000 8 000 8888 9 777 777 9 9999 1 77777 2 1 1111 9 00 1 5555 44444 222222 1 9 99 9 7 33 7 777 77 7 33 77 333 777 444 44 444 5 2222222222222 1 444444444 5 5 5 7777 5 5555555555555 99 5 3333 55555555555555555555555555 888 11 999 2222222 7777 2 33 999 666666 1 666 9999999 2 9999999999999 1 1 1 2 777 1 0 555 9 000 9 66 66666 22222 0 0 0 22222 8888 666666 777 1 888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 3333 11111111111111111111111 11 11 2 2 22 2 999 2 11 66666 111 999 11 55 9 22 2 1111111111111 2 999 66666 11111111 11 2 4 99 4 11111 2 1 99 33333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 0 0 0 88 0 888888 0 00 1 1 1 88888888
consensus : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAC-A--AAAA-G------TCA-----AAG---A--AAAA-CGTCA--CAA--G--ACAA--AAA----A-CGNC---G-G---------NACGA--------------AAANCAGNCGTCACAGAT-----ANT-CA-C--G---T-----AAT----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAGAAT--T---ANT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTT
Reference ( family-45 ) : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAC-A--AAAA-G------TCA-----AAG---A--AAAA-NGTCA--CAA--G--ACAA--AAA----A-CGNC---G-G---------CACGA--------------AAANCAGNCGTCACAGAT-----ANN-CA-C--G---T-----AAT----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAGAAT--T---ANT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTT
gi|1 : GGCAGA-A-G-TCAA-CAG-G-AAAAAA------AG-TCGA-C-AGG-A-CG-AAAAAG-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-AA--CAAT-G--G-A---GAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAA-A--AAAA-G------CCN-----NNN---N--NNNN-NNNNN--NNN--N--NNNN--NNN----N-NNNN---N-N---------NNNNN--------------NNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNN-NN-N--N---N-----NNN----N------AC--AGT-T-TTACTA----T--T---TT-TTAAATAAAA--TTGT-TA--TAT-A---A---T--TT--C-A--A-AT-T-----TAT-T--CAATTTTGT-TAAGGGTTT--------A----AA--GGGGAA--TA---------T-G-AGT-AG-GCG------T-T----A--T------CTTT--TA---TGGAGAAT--T---AAT--T---TT-TATCATAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----AG-AT-G----A-TTAA-AACT-TA-CTTA----TT--CGTGTTTT------ATCCGCAT-C--TA--T-G--AA-AAA---CAT--GAA-TTAG-GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-T-TT-TG----TTC-TTGT--------A----GG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------T-GT----T-TAC--AAT--TA----A-T--T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCACG-A---TGTCC-TT---G-T---G-A--C------TT-----C-ATT-T-T-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTTAC----T---TTAG---TGTCC-T-GTGATTTT--------TGTC------CGTGGATCTA--TT-------T----TGTCTT---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGT--C-T---G-T--GAC------T---TTTG---TA--CT-ATGTTGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----A--AT--T-TG-TA--C-T---A-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-CGATTTTTGTGA-CT--TTGA------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGAC-TTCTGTCTGCT
gi|1 : atgtg-CT---G-T---G-A--C-T---TTTGTAC-T-A-TGT-T-G-T-C--A-----------T-T---GTGACAAT-T---T--G---TA-CTAT-G------T------------------C-T---------TT-------T----TGTC-TATCGATTTTTG-T-----G--AC--T--TT-GATGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--C--------------------------T-GT---G-----AC-------TT--C-TG-TCTGC-T---T-TGA-C-CTAAT-----TT---------------TT----------------TCT----------------C-T--GA-TTATCTAA--T--TT-A------C-GTttgacctaattttttctctgattatctaatttacgtaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|10 : atgtgggcagaagtcaacaggaaaaaaagtcgacaggacgaaaaagtcacggacaaaatgaacaatggagaaaagtcacaatcagaaagtaggaaaaaaagccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagttttactattttttaaataaaattgttatataatttcaaatttattcaattttgttaagggtttaaaggggaatatgagtaggcgttatcttttatggagaattaatttttatcataactttctaaattttgatgaaaataattagatgattaaaacttacttattcgtgttttatccgcatctatgaaaaacatgaattagggtttataataagagtttttgttttttgttcttgtagggagggtagcttgtaataatttgtttacaattaatttaaaataaatcacgatgtccttgtgacttcattttattaattttgttactttagtgtcctgtgatttttgtccgtggatctattttgtctttgtgaccttttgtAT----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTTTAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TC--GAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TAAGAGTAAGTC-G-AGT-AG-GTT------T-T----A--T----C-TTTT--T------GAGAAT--T---TAT--T---TT-TATC-TA---C-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATA---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----CT--C--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---T------AT---A--A---G-AG-------A-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--GAGGG----GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TT-A--AA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CCACT-----T---G-A--C-----TTT-----C-A-T-TCT-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------NN-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---NNNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------N-NN---N-----NN----NNATG--T-GG-TCA-T-T---G-TAA-C-TT--T-----TT---------------GTCCTGTGTCTTTTTTTGCCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--AT-A------T-G-CCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCATaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|11 : tGACAGAGAAG-TCA--CAG-A-ATCAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAA-GT-C---ACGACG-ACAAA---TG--C--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-----T-CACATC-CA-GA---AAGTTA--GAC-A--AAAA-G------TCAGC---AGG---ACCAAAA-TGCTC--CAA--G--ACAA--AAG----A-CACA---G-G---------CACAA--------------AATCCAGG----ACAGAA-----AGT-CA-C--AGTTT-----ATC----AT----GAAT-AAT-AATTG--A----T--T---TT-TTAAAA-TAA---TGT-TA--TATGA---A---T--TC--CAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------TTG-AGTCAG-GGT------T-T----A--T-A--CTTTTT--TA---T-GAGAAT--T---TAT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---A-T---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTTAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT-CGCAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-GGTT-TG----CTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG----GTA--A-G------C----TAAAT----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--AA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----GTT-----C-A-T-T-T-
gi|12 : atgttgaAT----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTTTAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TATAT--CA-CTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T------A--T-A--C-TTTT--TT---T-GAGAAT--T---TAT--T---T-----C-TAAC-T-T--T-C--T--AA---AAT---T----T-GATG---T---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AA-TAAA-CTTAATTATT--T--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---AAT--GAA-TAA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--A-GGG----GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--GA---TA----A----T--TA-------AA-TA----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTC-----T-T-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------NN-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---NNNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------N-NN---N-----NN----A--TG--T-GG-TCA-T-T---G-TGA-C-TT--T-----TTGTCCCGTGTCTTTTGGT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------tat
gi|13 : ----A-TTAG-TACTAAA-CTTA----TT--C--CTTTT------AT-CTTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTG--GGT--T---TATA---AA---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGTAGGGGGG-A----GG--G-GGG----GCTA-A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TACATAA---TA----AGTG-T--AA-------AA-ATTAG-------A--ATA-TCA-G-A---TG-TC-CT---G-T---GCA--C------TT-----C-A-T-TCT-A-A-TCGGA------T---T-T---GTGAC----T---TTGA---TGTCC-T-G------T--------GGCA------C-T---------TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C-------------------------CT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---------C-------------------------------------------------------------------T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCAG--TG-AC-T-TTTGT-CCTTCCTCTTTGTGACTTTATGTCTGTgt
gi|14 : G-G-ACGAAA------CG-TC-A-C-AGGGA-CA-AAAAGG-T--CACG--GCACAAA-A-TGCAC--CA-T-G--GGAC-AAAA-A-AA--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--CGCAA--AAAA-G------TCAC----ACG---AC-AAAA-AG-CA--C-A--C--ACAA--AAATGACA-CAAC---G-G----------ACAA--------------AA-----TCGTCACAGAT-----AAA-AA-T--G---TCAGCAAGTTTTAAT----AGA--AAT-A-TTGA-A----T--TGTGTG-TTATGA--CA--ATGT-AC--TGTGA---AACTT--TT--ATA--A-AT-ACATTGTAT-C--CA-TTTTGT-TAA----T-------------------------------------T-G-AGT-AA-GGT------T-TTTAAA--TCA--C-TT------------AAAAG--C---A-T--T---TT-GATC----C-T-C--T-C--A--AA---GTT---TG---T-GATG---A---gactttctgtcgccgttta
gi|15 : ---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-T---------TTGT--------A----GG--G-AGGTCCGGT---ACG------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--AA-------AA-ACA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATT-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---
gi|15 : ----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-T------T-GTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttttgtcctgtgactttctgtccgttt
gi|16 : aagagtttttgtttgtttttgtagggaggtccggtacgctttgtaataatttggtttacaataatgtaaaaacaaaatcagatgccctgtgactttcattttattaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-A-C-AGG-A-CA-AAGATT-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC---AA-A-AG--T-CACAAT-TA-CAGTTAGGTAG--GAC-A--AAAT-T------TCC-----AGG---A--CAAA-CGTC---CAA--G--ACAA--CAA----A--GTCACAG-GACAAAAAGCCACGATTAGAAATTTAATGAAAGCAGGCATAATGAATGTACCAAA-CA-CCAGT--T-----AAT----ATA---GAACGAATAA-TTG--ATTTTT--T---TT-TTGACAATAA--GTTT-TATGTATGA---A---TTCTT--TAAAGA-AT-A-----TCT-TTCCT-TTTTG--TAAG---Tgttt
gi|17 : atgatgcggaaatgaacagaT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---TATA---A----A--A---A-AG-------A-----TTTC-----------------------------TTAT--------A----------------------A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TACTACA-TA-T--TA-------AAGATTGTGAAAACAA--A-A-TCA-G-A---TG----CT---G-C---G-T--C-T---TTTTGTCCT-A-T-T-TGA-T-T--AA------G---T-C---ATGA-----T---T--G---TG-AC-TCG------T--------TGTC------C-TATGACG---TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--T--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GGCT-----T---TTTG---TT--CT-ATGTG---------------------GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T-----------TT--T----------------------------------------------------------------GA-TTTTGTGA-TT--TT-A------T-GTCCTG--TG-TCTT-TCTGT-CC--------
gi|18 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TA-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TT-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATT-T-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---TTGAC----T---T--A---Tgt
gi|18 : ----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------TGGTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttatggtcctgtgactttctgtccgttta
gi|19 : agctttgtaataatttggtttacaataatattaaaataaaatcagattccctgtgactttcattttatttaattttttgacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A---G-AAT----A-TTT-----TG-GT-G----A-T----------A---TA----TA--C--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--GGT--T---TATACTCGT---A--AAACG-AG-----------------G---------T-A-TG---------------GA--------A----GG--G-GGG----TG---A-G------C----T---TTATATTA---A--TAAT---T-------TTGT----T-TAC--AA---TA----ATTG-T-----------GA-CT-----------------TT----A---TG-TC-CT---G-T---G-A--CAT---TTT-----C----------------------------C-T---GTGACT---T---T--C---TG-TC-C-G------T--------Tgttta
gi|2 : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-CT--A-CA-AAAAGT----CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AT--AAA-A-AG--T-CACAGT-CT-GA---AAGTAA--GAC-A--AAAA-G------TCAC----AAGAC-A--AAAA-CGT-G--CGACGG--ACAAGGAAA----A-TGTC---------------CAC-----------------AAGGAGACATAAAAGAT-----CAA-CA-G--G---TTAAA-AAT----ATATAGAAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TTATCGAAAAT-A--ATTT-TA--AAAGAAGTA---T--TT--AAT--A-AT-AGAT--TGT-T--CA-TCATGTCCAAG---TTTACAAGTAA----GA--G---AA--TA---------A-G-TAT-AC-AGTTATGTCT-T----A--T-A--T-TTTTCCTA---T-GGGAAT--T----TT--TGC-TT-TATT-T--C-T-A--T-CG-TAAAA---ATT---TA---T-GATG---AAGTA-AAT----ATATTCTAAGTGTAT-A----ATTTAGTTACTAAATCTTA----TTGGC--GCTTTTATCTGAT-CGTTT-CTATA-TT-G--TG-AAA---TATTAGAT-TTA--GGC--TTACTATA---ATTAGA--A---GTAGTTTAGGAT-----TTTTGATTGTAATTT-T-TTTT-TGAAAATTT-TTGG--------AGCGGGG--G-GGA----GTA--A-G------C----TTA-T----GTAAATA--TAGT---TTTTGGCATGGTACTGT-CAC--AAAATCA----ATTG-TAATAG------AA-ATAA--------A--A-A-TCA-GTA---TA-TC-CT---GTT---G-ATGC-T---TTC-----T-A-A-T-T-C-T-A--AATACGATT---T-T---GTGACTTTTT---T--ACGCTG-CC-T-G------TGTTTTATCTGAC------C-TAGTGACTA-TTATACAAAT----TATC-T---------TG-T-----GTAGC--CTTTT-T-TGT--C-T---G-TAAAACT-----TTCATTTG---TC--CC-ATGTGGTTA-T-------------T-GT---G-----AC----T--GT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-C----T-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGC-CC--------TGTGACTTTCTGTtaccactacgaataagaggtggatgttatgaatcaaatcggttaacaga
gi|20 : aatgtggA---TA----T-TT-T--TA-------AA-AT----------ATAA-A-TCA-G-A-------------------------C-T---TT--------A-T-TCT-G-T-C--GA------T---T-TT--GTG-C----T---T--A---CGTCC-T-G------T--------GA--------C-T---------TT-------T----TATC-T---------TG-T--------AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--CTTATGTGGTTA-T-------------T-GT---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT------------------T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-G------T-GTCCTG--TG-AC-T-TTTGT-CT--------CGTGACTTTCTGTCTGTT
gi|21 : atacatgtatatatatAA-G-AAAGAA------AG-TC-A-C-G-----TG-AAAAATAT--CACG--A-ACAAA-AATG-AC--CT-T-G--G-AC-A-AA-A-AG--T-CACAAC-CA-CAATCAAGTAT--GGC-A--AAAT-G------TC
gi|21 : gt---------TG-T-----G--AG--T--CT-T-CATC-C-T---G-T--GACA-----A---TTTG---CC--CT-ACTT--TCA-TGAAAATTAAAAACC-GT---A-----AA----T--TT--T--G-TC--C-G---G-CGA-C-AT--T-----TT---------------GC----------------CAT----------------ACT-TGA-TT--GTG------------------GT--TG--TG-ACTT-TTTGT-CCAA------GGTCA-TTTTTGTTCGTgccggacaaaatttacggtttttaattttcatgaaagtagggcaaattgtcacaggatgaagactcacagtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|22 : gtaagaaagaaagtcacgtgaaaaatatc--G--ACAA--AAA----ATCCAC---A-G---------GAC-A--------------AAAT--GTC--CACAGTT-------------------T-----A-T----AT----GAA--AATGA-TTG--A----T--T---TT-T--AAAATAA--ATTT-TA--TA-GA---A---T--TT--TAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTT-GT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------T-GGAGT-AA-TAT------CAT----A--T-A--C-TTTC--TA---T-GAGAAT--T---AAT--TA--TT-TAAC---AC-T-T--T-T--T--AA---TTT---T----TTGATG---A---A-AAT----gtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|23 : --C--TT-T-TGTCACAT---G-T--GACTACTCATA--TTTGGATTCAACT-AT-TGAT-G-T-------------T-GT---ATATATAC----T--TT--TATG-TC--G-T---G-TGA-C-TT--TATTTTTT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGT-TTTTGCGA-CT--TTAA------T-GTCCTG--TGAACTT-TTTGT-CC--------TGTG
gi|24 : tattgatttattaG-G-ACAGAA------AG-TC-AGC-AG--A-CC-AAAAGT-CA-CGCG--A-ACAAATA-TG-AC--CAAT-G--G-AC--AAA-A-AG--T-CACCAA-CAGGA---AAGTAG--GAC-A--AAAA-GT-----TCA-----AA
gi|24 : -T---G-A--T-T---TTC-----C-A-T-A-T-A-TAG--GA------T---C-TCCCATGGG----T---T--G---TG-GT-T--------T--------TGAA------C-T---------TT-------T----TGTC-C---------TACT-----T--TC--C--TG-T-TG---------G-T--GACT-----T---TTTG---TC--C--AT-TGGTCA-TATTTGTTCG----C-GT---G-----AC----T--TT--T-GG-T---C-T---GCTGA-C-TT--T-----CT---------------GT----------------CCaccacaacccatgggagatcctatatatggaaaatcatgattg
gi|25 : GACAGA-A-G-TCA--CAG---ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--AGCG-AAAAGT-CAGCGCG--C-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-ACAAAAA-A-AG--T-AAC-AT-CA-GA---AAGTA---GAC-----AAA-G------TCA-----CAGACAA--AAAA-TGTCA--CAA--G--Atgattg
gi|27 : ttgtgatgtgc-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-ACAGTTAT-GTCCTG--TG-ATTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTT
gi|28 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---CA----A-CG-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---Tta
gi|29 : cgtaGA-C-TT--T-----TT---------------GTT---------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGACCT--TT-T------T-GTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-C
gi|3 : G-G-ACAGAA------AG-TC-A-C-AG--G-----------------G--G-AC-AA-A-TG-ACCACA-T-GA-G-AC-ATAA-A-AGGAT-CACAAT-CA-GA---AAGTAGGTGAC-ATTAATA-GTAGATCTCACATTGAAG---C--AAAATGGTCGATCAA--GACACAA--GAA----G-CAGC---A-G---------GACAA--------------AAGTCACAGGACAC---T-----ATT-CAGA--G---TTC---TAT----AT----GAA--TA--A-TTA--A----C--T---TT-AT-GTAATAAG-ATGCATACTCATGA---A---TA-TTCACGA--AGACAA-----TAT-TG-AA-TTTTGT-TTAG---AT--------T----AA--G---AACTCA---------T-G-GTC-AGAGAT------T-TA---A--T-AAGG-TTCT--TACTCT-GAGGATTCT---ACT--TATGTT-TGTC-GAAC-T-TTAT-CAGT--AACGTACTCTAT----T-GATA---G---A-AAT----A-ATT-----TA-CT-G------CTAA-AACTAgct
gi|3 : gT-G--CG-AAGAATCAC--GAAATTAAGGGT--C---TCGA---AT---ACTA---G-AG-------TAATTCTTTTG---------T-T--GTT-T-----TTT-TTGTTATGTTTTG----GG--G-GAG----GC---G-GAGGGTTCA---T---T----GTA---ACCTAATAAAT-------TGAT----T-AAC--AAA--TA----A-TG-T--TACACCCCCAA-CT----------A--A-AATCA-GCA---TG-CC--T---G-T---G-A--C-T---TC------C-T-T-C-T-A-T----AA------TCTCT-T---GTGAC----T---TT-A---TGTCC-T-G------TGCTTCTC-TGTC------C-T---------TG-------T----TGTC-T---------TT-TTTCTTGC-AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--ACCT-----T---ATT--------CT--TGTGTTCA-T-------------T-GTTATG-----A--------TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------C-T----------------A-T-C-A-TTTTGTGA-CTC-TT-A--------GTCCGGC-TG-ACTT-TT----CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTTctataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacatgcgaagaatcacgaaattaagggtctcgaatactagagtaattcttttgttgttttttttgttatgttttgggggaggcggagggttcattgtaacctaataaattgattaacaaataatgttacacccccaactaaaatcagcatgcctgtgacttccttctataatctcttgtgactttatgtcctgtgcttctctgtccttgttgtcttttttcttgcaccttttgtcctgtaccttattcttgtgttcattgttatgattttgtcctgtgactttttgtctatcattttgtgactcttagtccggctgacttttcctgtgactttctgtccgttta
gi|4 : gggacagaaagtcacaggggacaaatgaccacatgagacataaaaggatcacaatcagaaagtaggtgacattaatagtagatctcacattgaagcaaaatggtcgatcaagacacaagaagcagcaggacaaaagtcacaggacactattcagagttctatatgaataattaactttatgtaataagatgcatactcatgaatattcacgaagacaatattgaattttgtttagattaagaactcatggtcagagatttaataaggttcttactctgaggattctacttatgtttgtcgaactttatcagtaacgtactctattgatagaaataatttactgctaaaactactataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacaGA-AAG-TCATTCAG-GGACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CGCAAAAGT-C---ACG----ACAAA-A-TG-AC--CA-TAG--G-AC-AAAA-A-TG--C-AGCAAT-CAAGA---AAGTAG--GAC-AGTAAAN-N------NNN-----NNN---N--NNNN-NNNNN--NNN--N--NNNN--NNN----N-NNNN---N-N---------NNNNN--------------NNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNN-NAAC--AGT-T-----TAT----AT----GAA--ATT-A-TTG--A----TGTT---TT-TTAAATATAA---TGT-TAA-TATGA---A---T--TT--TGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TTTT------AT---AA--G---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T----C-TTTT--TA---T-GAGAAT--TTTTATT--G---TT-CATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATGTTAA---A-AATT---A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT-CGTAT-C--TA-TT-GC-CG-AAA---CAT--GAA-TTA--AGTCCT---AATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TGTGT-TTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG----GTATAA-GTTT---T----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----TGTACA-AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-ATAAA-------A--A-A-T-A-G-A---TG-CC-CT---G-TGGGG-A--C-----TTT-----C-A-T-TGT-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------NN-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---NNNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------NCGT----------C----T--GTCGT-GG-TC--A-TTGGG-TGA-CTTT--T-----TT---------------GT----------------CCTGTGTCTTTTTGTCCTAG-T-CAA-TTTTGTGA-CT--AT-A------T-GTCATGTTTG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGAC-TTCTGTCCGTta
gi|5 : aatgtgggaacaatCAGA-A-G-TCA--CAGTG-ACATAA------AG-TC-A-C-------CG-----GC-C----------ATAAA-A-TG-AC--C--T-G--G-AC-AAAA-A-AG--TCCACAATCCA-GG---AAGTAG----C-A--AAAA-G------TCA-----CAGAC-A--AAAA-TGTCA--CAA--G--ACAA--AAA----A-CG-C---GTG---------TAGGA--------------CCAACAATGGTCACAGTT-----A-------------T-----AAA----A------AA--AAA-A-TTG-------T--T---TT-TT-AAGATAAACATGA-TAT-TATGA---A---T--TT--CAA--A-AT-T-----TGTAT--CA--TTTGT-TAAGT--TT--------AGTTTAA--G---AA---A---------T-G-AGT-TG-GGT------T-T----ACGT-A--C-TTTT--TA---A-TA-AAT--T---ATTCAT---TT-TTTT-CAAC-T-T--TCC--T--AA---ATT---TTCCAT-G-TG---A---ACAAT----A-ATT-----TGAAT-GTGGAA-TAAG-TACTAAA-C---------------TTTA------AT-CGCAT-C--TATTT-G--CGCAAA---CAC--GAA-TTA--GGT--TG--GATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------TAT-TGTT-TG----TTTATGGT--------G----TG--G-GGG----GC---C-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T---------GT----T-TAC--AA---TA----AGTG-T--AA-------AACAT----------AATA-A-GCA-G-ACCCTG-CC-CTTGGG-T---G-A--C-T---TTT-----CAA-T-C-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---GTTGC----T---T--A---TG-CCTT-GTGAC--T--------TGTC------C-TTACTGAGTCTT-------T----TGTC-----------TG-T-----G--AC--C--CT-T-TTTC-C-TGTCG-T--GA-------T---TTTG---TC--CG-ATGTGGTCATT-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--CTT---G-TGA-C--T--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTG--CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TATGT-CC--------ctta
gi|6 : gaatgtgcgggcccA-AAGCTCA--CCA-G-GCAAAATAATAAAGCTC-A-CCAG--A-CG-AAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-GTGG-AA-GAAATA-AG--TACACAAT-CA-AA---AA-TAG---AC-A--AAAAAG------TCA-----AGG---A--CAAA-CATCA--CAA--G--ACAA--AAA----A-C-AC---G-G---------GAC-A--------------AACACGGAC----CAAAC-----ATT-C--C-------------------------------AC-A-TTT--A----T--A---TT-TTAA----AA--ATGT-TA--TATGA---A---TC-TT--CAA--A-AT-A------AT-T--CA--TTTAT-TAAG---TT--------A----AA--G----A--TA---------T-G-AGT-A---GT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAAAAA--T---ATT--T---TTAAATC-TAACTT-T--T-C--T--AC---AAT---T----T-GATG---A---A-CATATAAA-ATA-----AG-ATAG----A-TTAG-AAATA----CTA----TT-----ATTTT------AT-CGCATCC--TA-TC-GTACA-AAA---CAG--AAA-TT-----T--C---TAT----AT---A--A---G-AG-------G-----TTTTC---------T-TGTATTATG----TTT-TTGC--------T----AG--C-AGG----AT---A-A------CGACAT---T----GTAACTA--TAAT---T-------TG---------AC--AA---AA----A-TGTT--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA---A---TG-TC-CT---G-T---G-G--A-C---TTT-----C-A-T-T-T-T-A-T--AA------T---T-T---GTTAC----TTTAT--A---TGTCC-T-GTATTTTT--------TGTCCTGATTC-T---------TT-------T----TGTC-----------TG-T--------AC--C--TTAT-TATC-C-T---GAT--GACT-----T---TTTG---TC--CT-AT-TTTCCA-T-------------A-GT---G-----ACAACAT--TA--A-CGATA--C-TA--G-T---C-CT--T-----T-----------------T----------------CCT----------------A-T-C-A-TTTTGTGA-C---TC-A------T--TCCTG---G-AC---TTTGT-CC--------T-TGACTTTCT-TCTGTgt
gi|7 : atggcgaaccaagaGACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAACA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-ATAG--TTCACTAT-CA-GA---AAGTNN--NNN-N--NNNN-N------NNN-----NNN---N--NNNN-NNNNN--NNN--N--NNNN--NNN----N-NNNN---N-N---------NNNNN--------------NNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNN-NN-N--N---T-----AAT----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--ATAT-A-----TAT-T--C--CTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTAT--TA---T-GAGAAT--T---ATT--T---TT-TATC-TAAC-T-T----C--T--AA---ATT---T-------GTG---A---A-AAT----A--TT-----TG-AT-G----A-TT-G-AACTAAA-CGTA----TT--C--ATTT-------AT-CGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----AG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----G-TG-T--TA-------AA-AT-------------A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------T-T---------TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GA-T-----T---TTTG---TC--CT-CTGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG--C--C-T---G-TGAGC-TT--T-----TT---------------GT----------------CTT----------------A-TACGA-TTTTTGGA-CTAATT-A------T--TCCTG--TG-ACTTATTTGTGCC--------TGTGA-TTTCTGTCCGTT
gi|8 : -AAA-TCAT-CAG-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-AG--A-CGTAAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TGGAC--CA-T-G--G-AC-AGAA-A--G--T-AACAAT-CA--A---AAGTAG--GAC-A--AAA--------------------------------GT-A--CAG--G--ACAA--AAA-------GTC-------------------------------------ACAGG----ACAAAT-----GGTACA-T--T---T-----A-T----AT----GAA--AAT-A-T-G--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-AA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--AA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------C-G-A-T-A--GGT------T-T----A--T-A--C-TTTTC-TA---T--AGAA-------A--------TT-TATT-TAAC-T-T--T-T--C--TA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT------A-TTAG-ATTTAAA-CTTA----TT--A--ATTTT-------T-CGTAT-C--TA-TTGG--TG-AAA---AAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-T----------------AG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---T-----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A------CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-A-T-T-T---T-T--AAT-----T---T-T---GTGAC----T---T--A----G-TC-T-G------T----------AC------T-T---------TT-------TGCTGTGTC-T---------TT-T-----T--TCTAC--TT-T-TGT--C-T---G-T---ACT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T--T---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-C-A-TTTTGT-A-C---TT-A------T-GTCC----TG-ACTT-TTTGC-Ca
gi|9 : cGACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-T-GG--A--------GT-T--------------A-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC--AAA-A-AG--T-CACAAT-CT-GA---AAATGG--TAC-A--AAAA-G------TCAC----AAG---AC-AAAA-AGGCA--CAA--G--ACAA--AAA----G-TCAC---A-G---------GACAA--------------AA-----TGGTCACAG--------TT-TA-C-------------------AT----GAA--AAT-G-TTG--A----T--T---TT-T---AAATAA--ATTG-TA--TATGA---A---T--TT--T-A--A-AT-A-----CAT-G--TA---TTAT-TCAT---TT--------A----TATTC---AA--TA---------T-A-AAT-AA-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTC--TA---T-GAGAAT--T---TAT--T---TC-TATT-CAGC-TAT--T-C--T--AA---A-T---T----T-GATG---A---A-GAT------ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-TACTAAA--TTA----TT--C--CTTTTATA---AT-TGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GAT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TGTTGTTT------T-T-TGTT-TG-----TT-TTGT--------A----GG--T-GGG----GT---A-ATC----T----T---T----GTA---T--AAAT---T-------TGGT----T-T----AA---TA------------------------------------A--A-A-TCA-A-A---TG-TT-CT-----TCA-G-A--C-TTGATTT-----T-A-T-T-CAA-T-C--GA------T---TCT---GTGA--------------------------------------------------C-T---------TT-------T----TGT---------------------------------------C-C-T---G-T--TACT-----T---TTTA---TC--CT-ATGTTGTCA-T-------------T-GT---G-----AT----T--TT--T-T
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTCCAATGATATATGATACTTTTTTTCTGTGACTTTTTCCCCCTATGACTTTCTTTCCGTTTACCTTATAATGTGTGTGTGTTTGGATACGCTAGAATCACAATCACTGAACACAT
Unaligned ( gi|30 ): CAAAGATATTTGGTATTAGTATCTATATCCATAACAGGATAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): CAAAACACAACCCATGGGCGATCCTATATAAATCAAAATTGAAT
Unaligned ( gi|32 ): GTCCGCATGGGCCTAATTATTTCCCTGATTATCTAATTTAGGT
Unaligned ( gi|33 ): ATATCATATTCTGATGCAATATACAAATTGAAA
Alignments
lowQualScore : 11 22222 333333333333 111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 1111111111111 111111111 222222222222 111111 1111111111111 111111111 1111111111111 22222222222222222222222222 3333333333333 11111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111111111 2222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111
lowQualScore : 4 5 4 33 2 2 888888 2 2 2 2 99 2 5 11111 6666 222 5 99 2 66 2 66 2 55 33 8 2 5 999 444 2 77 2 2 99999999 111111111111 3 000000 33 77777 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 2 5 66 5555 33 444 2 3 2 666 2 99 33 444 444 99 999 33 5 44444 5 33 5 2 777 7777777777777 888 33 111111111 2 2 2 2 2 888888 2 6666 66 44 66 66 555 2 000000000000 2 44 2 2 66 66 33 555 555 222222 444 444 2 8888 33 77777 6 3 6666 2 33 3 6666 77777 888888 888 2 33 2 2 66 2 444 33 2 66 33 777 444 444 33 444 2 3333333333333 0 444444444 2 2 2 9999 2 8888888888888 66 2 5555 66666666666666666666666666 777 33 333 7777777 4444 2 55 777 888888 2 444 8888888 4 1111111111111 2 2 2 4 333 2 2 333 1 666 1 22 55555 99999 2 6 2 88888 4444 666666 333 2 555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 7777777 5555 44444444444444444444444 22 22 2 2 44 2 333 2 22 55555 555 2 333 22 33 3 22 2 0000000000000 2 333 55555 99999999 22 2 2 77 2 66666 2 2 22 55555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 1 1 4444 1 44 77777777 1 2 44 2 2 2 11111111 3 0 3
lowQualScore : . . . .. . . ...... . . . . .. . . ..... .... ... . .. . .. . .. . .. .. . . . ... ... . .. . . ........ ............ . ...... .. ..... ....................................................................... .. . . .. .... .. ... . . . ... . .. .. ... ... .. ... .. . ..... . .. . . ... ............. ... .. ......... . . . . . ...... . .... .. .. .. .. ... . ............ . .. . . .. .. .. ... ... ...... ... ... . .... .. ..... . . .... . .. . .... ..... ...... ... . .. . . .. . ... .. . .. .. ... ... ... .. ... . ............. . ......... . . . .... . ............. .. . .... .......................... ... .. ... ....... .... . .. ... ...... . ... ....... . ............. . . . . ... . . ... . ... . .. ..... ..... . . . ..... .... ...... ... . ... ............................................................. ... ....... .... ....................... .. .. . . .. . ... . .. ..... ... . ... .. .. . .. . ............. . ... ..... ........ .. . . .. . ..... . . .. ..... .................................................... . . . . .... . .. ........ . . .. . . . ........ . . .
lowQualScore : 0 7 0 55 9 9 222222 9 7 7 7 00 7 3 00000 8888 999 3 00 7 33 7 11 7 22 77 0 7 3 333 444 7 33 7 7 77777777 333333333333 2 111111 99 99999 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 7 3 33 7777 77 777 7 9 4 666 7 00 77 777 777 00 555 77 3 00000 3 77 3 7 333 8888888888888 999 99 444444444 9 9 9 4 9 222222 9 1111 88 44 88 88 000 9 333333333333 9 77 9 9 88 88 99 000 000 666666 777 777 9 9999 66 77777 2 1 1111 9 00 1 5555 44444 888888 555 9 99 9 7 33 7 777 77 7 33 77 333 777 444 44 444 5 2222222222222 1 444444444 5 5 5 7777 5 5555555555555 99 5 3333 55555555555555555555555555 888 11 999 2222222 7777 2 33 999 666666 1 666 9999999 2 9999999999999 1 1 1 2 777 1 0 555 9 000 9 66 66666 22222 0 0 0 22222 8888 666666 777 1 888 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 6666666 0000 88888888888888888888888 99 99 1 1 44 1 777 1 99 33333 888 1 777 99 22 6 77 1 0000000000000 1 777 33333 33333333 99 1 2 55 2 22222 1 0 88 00000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 9 9 9 0000 9 55 00000000 9 0 88 0 0 0 11111111 1 4 6
consensus : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAGG--AC-A--AAAA-G-T--------CA---AAG---A--AAAACG-TCA--CAA--GACA--A--AAAA-CGACG-GGACGAAAANCAGNCGTCACAGATA-----NT-CA-C-G---T----A--A-T----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--T--ATGA---A---T--TTC--GA--A-ATA-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------T-G-AGT-AGGG-T------T-T----A--T-AC--TTTT--TA---T-GAGAATT---ANT--T---TT-TATC-TAAC-T-TT--C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-GTT
Reference ( family-45 ) : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAGG--AC-A--AAAA-G-T--------CA---AAG---A--AAAACG-TCA--CAA--GACA--A--AAAA-CGNCG-GNACGAAAANCAGNCGTCACAGATA-----NT-CA-C-G---T----A--A-T----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--T--ATGA---A---T--TTC--GA--A-ATA-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------T-G-AGT-AGGG-T------T-T----A--T-AC--TTTT--TA---T-GAGAATT---ANT--T---TT-TATC-TAAC-T-TT--C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-GTT
gi|1 : GGCAGA-A-G-TCAA-CAG-G-AAAAAA------AG-TCGA-C-AGG-A-CG-AAAAAG-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-AACAA-T-G--G-A---GAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAGG--AA-A--AAAA-G-C--------CN---NNN---N--NNNNNN-NNN--NNN--NNNN--N--NNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NN-NN-N-N---N----N--N-N----N------AC--AGT-T-TTACTA----T--T---TT-TTAAATAAAA--TTGT-TA--T--AT-A---A---T--TTC---A--A-ATT-----TAT-T--CAATTTTGT-TAAGGGTTT--------A----AAGGGGAAT--A---------T-G-AGT-AGGC-G------T-T----A--T-----CTTT--TA---TGGAGAATT---AAT--T---TT-TATCATAAC-T-TT--C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----AG-AT-G----A-TTAA-AACT-TA-CTTA----TT--CGTGTTTT------ATC--CGCAT-C--TA--T-G--AA-AAA---CAT--GAA-TTAG-GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-T-TT-TG----TTC-TTGT--------A----GG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------T-GT----T-TAC--AAT--TA----A-T--T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCACG-A---TGTCC-TT---G-T---G-A--C------TT-----C-ATT-T-T-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTTAC----T---TTAG---TGTCC-T-GTGATTTT--------TGTC------CGTGGATCTA--T---T-------T----TGTCTT---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGT--C-T---G-T--GAC------T---T-TTG---TA--CT-ATGTTGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----A--AT--T-TG-TA--C-T---A-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-C-GATTT----TTGTGA-CT--TTGA------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-AC-TTCTGTCT-GCT
gi|1 : atgtg-CT---G-T---G-A--C-T---TTTGTAC-T-A-TGT-T-G-T-C--A-----------T-T---GTGACAAT-T---T--G---TA-CTAT-G------T------------------C-T---------T---T-------T----TGTC-TATCGATTTTTG-T-----G--AC--T--TT-GATGTC-C-T---G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--C--------------------------T-GT---G-----AC-------TT--C-TG-TCTGC-T---T-TGA-C-CTAAT-----TT---------------TT----------------TCT----------------C-T---GA-TT----ATCTAA--T--TT-A------C-GTttgacctaattttttctctgattatctaatttacgtaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|10 : atgtgggcagaagtcaacaggaaaaaaagtcgacaggacgaaaaagtcacggacaaaatgaacaatggagaaaagtcacaatcagaaagtaggaaaaaaagccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagttttactattttttaaataaaattgttatataatttcaaatttattcaattttgttaagggtttaaaggggaatatgagtaggcgttatcttttatggagaattaatttttatcataactttctaaattttgatgaaaataattagatgattaaaacttacttattcgtgttttatccgcatctatgaaaaacatgaattagggtttataataagagtttttgttttttgttcttgtagggagggtagcttgtaataatttgtttacaattaatttaaaataaatcacgatgtccttgtgacttcattttattaattttgttactttagtgtcctgtgatttttgtccgtggatctattttgtctttgtgaccttttgt--A-T----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTTTAAATAA--ATGT-TA--T--ATGA---A---T--TCG--AA--A-ATA-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--AAGAGTAAGTC-G-AGT-AGGT-T------T-T----A--T--C--TTTT--T------GAGAATT---TAT--T---TT-TATC-TA---C-TT--C--T--AA---ATT---T----T-GATA---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----CT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---T------AT---A--A---G-AG-------A-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--GAGGG----GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TT-A--AA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CCACT-----T---G-A--C-----TTT-----C-A-T-TCT-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------N---N-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---N-NNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------N-NN---N-----NN----NNATG--T-GG-TCA-T-T---G-TAA-C-TT--T-----TT---------------GTCCTGTGTCTTTTTTTGCCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--AT-A------T-G-CC-TG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-ATaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|11 : tGACAGAGAAG-TCA--CAG-A-ATCAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAA-GT-C---ACGACG-ACAAA---TG--CCA--T-G--G-AC-AAAA-A-----T-CACATC-CA-GA---AAGTTAG--AC-A--AAAA-G-T--------CAGC-AGG---ACCAAAATG-CTC--CAA--GACA--A--AAGA-CACAG-GCACAAAATCCAGG----ACAGAAA-----GT-CA-C-AGTTT----A--T-C----AT----GAAT-AAT-AATTG--A----T--T---TT-TTAAAA-TAA---TGT-TA--T--ATGA---A---T--TCC--AA--A-ATA-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------TTG-AGTCAGGG-T------T-T----A--T-ACT-TTTT--TA---T-GAGAATT---TAT--T---TT-TATC-TAAC-T-TT--C--T--AA---A-T---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTTAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGCAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-GGTT-TG----CTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG----GTA--A-G------C----TAAAT----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--AA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----GTT-----C-A-T-T-T-
gi|12 : atgttga--A-T----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTTTAAATAA--ATGT-TA--T--ATGA---A---T--TTC--GA--A-ATA-----TATAT--CA-CTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------T-G-AGT-AGGG-T------T------A--T-AC--TTTT--TT---T-GAGAATT---TAT--T---T-----C-TAAC-T-TT--C--T--AA---AAT---T----T-GATG---T---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AA-TAAA-CTTAATTATT--T--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---AAT--GAA-TAA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--A-GGG----GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--GA---TA----A----T--TA-------AA-TA----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTC-----T-T-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------N---N-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---N-NNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------N-NN---N-----NN----A--TG--T-GG-TCA-T-T---G-TGA-C-TT--T-----TTGTCCCGTGTCTTTTGGT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------tat
gi|13 : ----A-TTAG-TACTAAA-CTTA----TT--C--CTTTT------AT---CTTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTG--GGT--T---TATA---AA---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGTAGGGGGG-A----GG--G-GGG----GCTA-A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TACATAA---TA----AGTG-T--AA-------AA-ATTAG-------A--ATA-TCA-G-A---TG-TC-CT---G-T---GCA--C------TT-----C-A-T-TCT-A-A-TCGGA------T---T-T---GTGAC----T---TTGA---TGTCC-T-G------T--------GGCA------C-T---------T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C-------------------------CT-----T---T-TTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---------C-------------------------------------------------------------------T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------T-GTCC-AG--TG-AC-T-TTTGT-CCTTCCTCTTTGTG-ACTTTATGTCT-GTgt
gi|14 : G-G-ACGAAA------CG-TC-A-C-AGGGA-CA-AAAAGG-T--CACG--GCACAAA-A-TGCACCA--T-G--GGAC-AAAA-A-AA--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAGC--GCAA--AAAA-G-T--------CAC--ACG---AC-AAAAAG--CA--C-----ACAC-A--AAAA-TGACA-CAACGGACAA-AATCGTCACAGATAAAAATGT-CA---G---C----A--AGTTTTAAT----AGA--AAT-A-TTGA-A----T--TGTGTG-TTATGA--CA--ATGT-AC--T--GTGA---AACTT--TTA--TA--A-ATACATTGTAT-C--CA-TTTTGT-TAA----T-----------------------------------T-G-AGT-AAGG-T------T-TTTAAA--TCAC--TT------------AAAAGC---A-T--T---TT-GATC----C-T-CT--C--A--AA---GTT---TG---T-GATG---A---gactttctgtcgccgttta
gi|15 : ---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-T---------TTGT--------A----GG--G-AGGTCCGGT---ACG------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--AA-------AA-ACA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATT-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---
gi|15 : ----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-T------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttttgtcctgtgactttctgtccgttt
gi|16 : aagagtttttgtttgtttttgtagggaggtccggtacgctttgtaataatttggtttacaataatgtaaaaacaaaatcagatgccctgtgactttcattttattaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----T---T--A---TG-CC-T-G------C--------TTTC------A-T---------TAAAT-------T----TCTAAT---------CG-T-----G--GC--T--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TGTTG---TC---------------T-------------T-G----G-----AC-------GT--T-TG-TC--C-T---G--GA-A-AT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-C-CTAA-CTGTAATTGTGA-CT--TT--------T-GTCCATG---G-TCAT-TTTGT-CC---------GTGAAATCTTTGTCCTGTTgttt
gi|16 : atgatgcggaaatgaacag-A-C-AGG-A-CA-AAGATT-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-AC---AA-A-AG--T-CACAAT-TA-CAGTTAGGTAGG--AC-A--AAAT-T-T--------CC---AGG---A--CAAACG-TC---CAA--GACA--AC-AAAG-TCACA-GGACAAAAAGCtgaatgtaccaaacaccagttaatatagaacgaataattgattttttttttgacaataagttttatgtatgaattctttaaagaatatctttcctttttgtaagt
gi|16 : atgatgcggaaatgaacaga---T----A--A-T----ATA---GAACGAAT-AATTG--ATTTTT--T---TT-TTGACAATAA--GTTT-TATGT--ATGA---A---TTCTTT--AAAGA-ATA-----TCT-TTCCT-TTTTG--TAAG---Tcacgattagaaatttaatgaaagcaggcataatgaatgtaccaaacaccagttaatatagaacgaataattgattttttttttgacaataagttttatgtatgaattctttaaagaatatctttcctttttgtaagt
gi|17 : atgatgcggaaatgaacagaacaggacaaagatttcacggacaaaatgaccatggacaaaagtcacaattacagttaggtaggacaaaatttccaggacaaacgtccaagacaacaaagtcacaggacaaaaagccacgattagaaatttaatgaaagcaggcataatgaatgtaccaaacaccagtT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---TATA---A----A--A---A-AG-------A-----TTTC-----------------------------TTAT--------A----------------------A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TACTACA-TA-T--TA-------AAGATTGTGAAAACAA--A-A-TCA-G-A---TG----CT---G-C---G-T--C-T---TTTTGTCCT-A-T-T-TGA-T-T--AA------G---T-C---ATGA-----T---T--G---TG-AC-TCG------T--------TGTC------C-TATGACG---T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--T--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GGCT-----T---T-TTG---TT--CT-ATGTG---------------------GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T-----------TT--T-----------------------------------------------------------------GA-TT----TTGTGA-TT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-TCTT-TCTGT-CC--------
gi|18 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TA-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TT-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATT-T-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---TTGAC----T---T--A---Tgt
gi|18 : ----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------TGGTCC-TG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttatggtcctgtgactttctgtccgttta
gi|19 : agctttgtaataatttggtttacaataatattaaaataaaatcagattccctgtgactttcattttatttaattttttgacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A---G-AAT----A-TTT-----TG-GT-G----A-T----------A---TA----TA--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--GGT--T---TATACTCGT---A--AAACG-AG-----------------G---------T-A-TG---------------GA--------A----GG--G-GGG----TG---A-G------C----T---TTATATTA---A--TAAT---T-------TTGT----T-TAC--AA---TA----ATTG-T-----------GA-CT-----------------TT----A---TG-TC-CT---G-T---G-A--CAT---TTT-----C----------------------------C-T---GTGACT---T---T--C---TG-TC-C-G------T--------Tgttta
gi|2 : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-CT--A-CA-AAAAGT----CACG--G-ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-AT--AAA-A-AG--T-CACAGT-CT-GA---AAGTAAG--AC-A--AAAA-G-T--------CAC--AAGAC-A--AAAACG-T-G--CGACGGACA--AGGAAAA-TGTC---CAC---AAGGAGACATAAAAGATC-----AA-CA-G-G---TTAAAA--A-T----ATATAGAAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TTATCGAAAAT-A--ATTT-TA--A--AAGAAGTA---T--TTA--AT--A-ATAGAT--TGT-T--CA-TCATGTCCAAG---TTTACAAGTAA----GAG---AAT--A---------A-G-TAT-ACAG-TTATGTCT-T----A--T-AT--TTTTCCTA---T-GGGAATT----TT--TGC-TT-TATT-T--C-T-AT--CG-TAAAA---ATT---TA---T-GATG---AAGTA-AAT----ATATTCTAAGTGTAT-A----ATTTAGTTACTAAATCTTA----TTGGC--GCTTTTATCTGAT---CGTTT-CTATA-TT-G--TG-AAA---TATTAGAT-TTA--GGC--TTACTATA---ATTAGA--A---GTAGTTTAGGAT-----TTTTGATTGTAATTT-T-TTTT-TGAAAATTT-TTGG--------AGCGGGG--G-GGA----GTA--A-G------C----TTA-T----GTAAATA--TAGT---TTTTGGCATGGTACTGT-CAC--AAAATCA----ATTG-TAATAG------AA-ATAA--------A--A-A-TCA-GTA---TA-TC-CT---GTT---G-ATGC-T---TTC-----T-A-A-T-T-C-T-A--AATACGATT---T-T---GTGACTTTTT---T--ACGCTG-CC-T-G------TGTTTTATCTGAC------C-TAGTGACTA-T---TATACAAAT----TATC-T---------TG-T-----GTAGC--CTTTT-T-TGT--C-T---G-TAAAACT-----TTCAT-TTG---TC--CC-ATGTGGTTA-T-------------T-GT---G-----AC----T--GT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-C----T-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TTTGC-CC--------TGTG-ACTTTCTGTtaccactacgaataagaggtggatgttatgaatcaaatcggttaacaga
gi|20 : aatgtggA---TA----T-TT-T--TA-------AA-AT----------ATAA-A-TCA-G-A-------------------------C-T---TT--------A-T-TCT-G-T-C--GA------T---T-TT--GTG-C----T---T--A---CGTCC-T-G------T--------GA--------C-T---------T---T-------T----TATC-T---------TG-T--------AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--CTTATGTGGTTA-T-------------T-GT---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT------------------T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-G------T-GTCC-TG--TG-AC-T-TTTGT-CT--------CGTG-ACTTTCTGTCT-GTT
gi|21 : atacatgtatatatatAA-G-AAAGAA------AG-TC-A-C-G-----TG-AAAAATAT--CACG--A-ACAAA-AATG-ACCT--T-G--G-AC-A-AA-A-AG--T-CACAAC-CA-CAATCAAGTATG--GC-A--AAAT-G-T--------C
gi|21 : gt---------TG-T-----G--AG--T--CT-T-CATC-C-T---G-T--GACA-----A---T-TTG---CC--CT-ACTT--TCA-TGAAAATTAAAAACC-GT---A-----AA----T--TT--T--G-TC--C-G---G-CGA-C-AT--T-----TT---------------GC----------------CAT----------------ACT-T-GA-TT------GTG------------------GT---TG--TG-ACTT-TTTGT-CCAA------GGTC-A-TTTTTGTTC-GTgccggacaaaatttacggtttttaattttcatgaaagtagggcaaattgtcacaggatgaagactcacagtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|22 : gtaagaaagaaagtcacgtgaaaaatatc--GACA--A--AAAATCCACA-GGAC-AAAAT--GTC--CACAG--------TT-TA-----------------T----AT----GAA--AATGA-TTG--A----T--T---TT-T--AAAATAA--ATTT-TA--T--A-GA---A---T--TTT--AA--A-ATA-----TAT-T--CA-TTT-GT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------T-GGAGT-AATA-T------CAT----A--T-AC--TTTC--TA---T-GAGAATT---AAT--TA--TT-TAAC---AC-T-TT--T--T--AA---TTT---T----TTGATG---A---A-AAT----gtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|23 : --C--TT-T-TGTCACAT---G-T--GACTACTCATA--T-TTGGATTCAACT-AT-TGAT-G-T-------------T-GT---ATATATAC----T--TT--TATG-TC--G-T---G-TGA-C-TT--TATTTTTT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GT-TT----TTGCGA-CT--TTAA------T-GTCC-TG--TGAACTT-TTTGT-CC--------TGTG-
gi|24 : tattgatttattaG-G-ACAGAA------AG-TC-AGC-AG--A-CC-AAAAGT-CA-CGCG--A-ACAAATA-TG-ACCAA-T-G--G-AC--AAA-A-AG--T-CACCAA-CAGGA---AAGTAGG--AC-A--AAAA-GTT--------CA---AA
gi|24 : -T---G-A--T-T---TTC-----C-A-T-A-T-A-TAG--GA------T---C-TCCCATGGG----T---T--G---TG-GT-T--------T--------TGAA------C-T---------T---T-------T----TGTC-C---------TACT-----T--TC--C--TG-T-TG---------G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--C--AT-TGGTCA-TATTTGTTCG----C-GT---G-----AC----T--TT--T-GG-T---C-T---GCTGA-C-TT--T-----CT---------------GT----------------CCaccacaacccatgggagatcctatatatggaaaatcatgattg
gi|25 : GACAGA-A-G-TCA--CAG---ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--AGCG-AAAAGT-CAGCGCG--C-ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-ACAAAAA-A-AG--T-AAC-AT-CA-GA---AAGTA-G--AC-----AAA-G-T--------CA---CAGACAA--AAAATG-TCA--CAA--GAtgattg
gi|27 : ttgtgatgtgc-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-ACAGTTAT-GTCC-TG--TG-ATTT-TTTGT-CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-GTT
gi|28 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---CA----A-CG-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---Tta
gi|29 : cgtaGA-C-TT--T-----TT---------------GTT---------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGACCT--TT-T------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TCTGT-C
gi|3 : G-G-ACAGAA------AG-TC-A-C-AG--G-----------------G--G-ACAAA---TG-ACCACAT-GA-G-AC-ATAA-A-AGGAT-CACAAT-CA-GA---AAGTAGGTGAC-ATTAATA-G-TAGATCTCACATTGAAG---C--AAAATGGTCGATCAA--GACACAA--GAAG-CAGCA-GGACAAAAGTCACAGGACAC---TA-----TT-CA-GAG---T----TCTA-T----AT----GAA--TA--A-TTA--A----C--T---TT-ATGTAA-TAAG-ATGCATA--CTCATGA---A---TA-TTCACGA--AGACAA----TAT-T--GAATTTTGT-TTAG---AT--------T----AAG---AACTCA---------T-G-GTC-AGAGAT------T-T----AA-T-AAGGTTCT--TACTCT-GAGGATTCT-ACT--TATGTT-TGTC-GAAC-T-TTATCAGT--AACGTACTCTAT----T-GATA---G---A-AAT----A-ATT-----TA-CT-G------CTAA-AACTAgct
gi|3 : gT-G--CG-AAGAATCAC--GAAATTAAGGGT--C---TCGA---AT---ACTA---G-AG-------TAATTCTTTTG---------T-T--GTT-T-----TTT-TTGTTATGTTTTG----GG--G-GAG----GC---G-GAGGGTTCA---T---T----GTA---ACCTAATAAAT-------TGAT----T-AAC--AAA--TA----A-TG-T--TACACCCCCAA-CT----------A--A-AATCA-GCA---TG-CC--T---G-T---G-A--C-T---TC------C-T-T-C-T-A-T----AA------TCTCT-T---GTGAC----T---TT-A---TGTCC-T-G------TGCTTCTC-TGTC------C-T---------T---G-------T----TGTC-T---------TT-TTTCTTGC-AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--ACCT-----T---A-TT--------CT--TGTGTTCA-T-------------T-GTTATG-----A--------TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------C-T----------------A-T-C--A-TT----TTGTGA-CTC-TT-A--------GTCC-GGC-TG-ACTT-TT----CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-GTTctataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacatgcgaagaatcacgaaattaagggtctcgaatactagagtaattcttttgttgttttttttgttatgttttgggggaggcggagggttcattgtaacctaataaattgattaacaaataatgttacacccccaactaaaatcagcatgcctgtgacttccttctataatctcttgtgactttatgtcctgtgcttctctgtccttgttgtcttttttcttgcaccttttgtcctgtaccttattcttgtgttcattgttatgattttgtcctgtgactttttgtctatcattttgtgactcttagtccggctgacttttcctgtgactttctgtccgttta
gi|4 : gggacagaaagtcacaggggacaaatgaccacatgagacataaaaggatcacaatcagaaagtaggtgacattaatagtagatctcacattgaagcaaaatggtcgatcaagacacaagaagcagcaggacaaaagtcacaggacactattcagagttctatatgaataattaactttatgtaataagatgcatactcatgaatattcacgaagacaatattgaattttgtttagattaagaactcatggtcagagatttaataaggttcttactctgaggattctacttatgtttgtcgaactttatcagtaacgtactctattgatagaaataatttactgctaaaactactataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacaGA-AAG-TCATTCAG-GGACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CGCAAAAGT-C---ACG----ACAAA-A-TG-ACCA--TAG--G-AC-AAAA-A-TG--C-AGCAAT-CAAGA---AAGTAGG--AC-AGTAAAN-N-N--------NN---NNN---N--NNNNNN-NNN--NNN--NNNN--N--NNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NN-NAAC-AGT-T----T--A-T----AT----GAA--ATT-A-TTG--A----TGTT---TT-TTAAATATAA---TGT-TAA-T--ATGA---A---T--TTT--GA--A-ATA-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TTTT------AT---AAG---AAT--A---------T-G-AGT-AGGG-T------T-T----A--T--C--TTTT--TA---T-GAGAATTTTTATT--G---TT-CATC-TAAC-T-TT--C--T--AA---ATT---T----T-GATGTTAA---A-AATT---A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-GC-CG-AAA---CAT--GAA-TTA--AGTCCT---AATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TGTGT-TTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG----GTATAA-GTTT---T----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----TGTACA-AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-ATAAA-------A--A-A-T-A-G-A---TG-CC-CT---G-TGGGG-A--C-----TTT-----C-A-T-TGT-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------N---N-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---N-NNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------NCGT----------C----T--GTCGT-GG-TC--A-TTGGG-TGA-CTTT--T-----TT---------------GT----------------CCTGTGTCTTTTTGTCCTAG-T-C-AA-TT----TTGTGA-CT--AT-A------T-GTCA-TGTTTG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-AC-TTCTGTCC-GTta
gi|5 : aatgtgggaacaatCAGA-A-G-TCA--CAGTG-ACATAA------AG-TC-A-C-------CG-----GC-C----------ATAAA-A-TG-ACC---T-G--G-AC-AAAA-A-AG--TCCACAATCCA-GG---AAGTAG----C-A--AAAA-G-T--------CA---CAGAC-A--AAAATG-TCA--CAA--GACA--A--AAAA-CG-CGTGTAGGACCAACAATGGTCACAGTTA-----------------T----A--A-A----A------AA--AAA-A-TTG-------T--T---TT-TT-AAGATAAACATGA-TAT-T--ATGA---A---T--TTC--AA--A-ATT-----TGTAT--CA--TTTGT-TAAGT--TT--------AGTTTAAG---AA---A---------T-G-AGT-TGGG-T------T-T----ACGT-AC--TTTT--TA---A-TA-AATT---ATTCAT---TT-TTTT-CAAC-T-TTC-C--T--AA---ATT---TTCCAT-G-TG---A---ACAAT----A-ATT-----TGAAT-GTGGAA-TAAG-TACTAAA-C---------------TTTA------AT---CGCAT-C--TATTT-G--CGCAAA---CAC--GAA-TTA--GGT--TG--GATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------TAT-TGTT-TG----TTTATGGT--------G----TG--G-GGG----GC---C-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T---------GT----T-TAC--AA---TA----AGTG-T--AA-------AACAT----------AATA-A-GCA-G-ACCCTG-CC-CTTGGG-T---G-A--C-T---TTT-----CAA-T-C-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---GTTGC----T---T--A---TG-CCTT-GTGAC--T--------TGTC------C-TTACTGAGTCT---T-------T----TGTC-----------TG-T-----G--AC--C--CT-T-TTTC-C-TGTCG-T--GA-------T---T-TTG---TC--CG-ATGTGGTCATT-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--CTT---G-TGA-C--T--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTG--CT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TATGT-CC--------ctta
gi|6 : gaatgtgcgggcccA-AAGCTCA--CCA-G-GCAAAATAATAAAGCTC-A-CCAG--A-CG-AAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TG-ACCA--T-GTGG-AA-GAAATA-AG--TACACAAT-CA-AA---AA-TAG---AC-A--AAAAAG-T--------CA---AGG---A--CAAACA-TCA--CAA--GACA--A--AAAA-C-ACG-GGAC-AAACACGGAC----CAAACA-----TT-C--C--------------------------------AC-A-TTT--A----T--A---TT-TTAA----AA--ATGT-TA--T--ATGA---A---TC-TTC--AA--A-ATA------AT-T--CA--TTTAT-TAAG---TT--------A----AAG----AT--A---------T-G-AGT-A--G-T------T-T----A--T-AC--TTTT--TA---T-GAAAAAT---ATT--T---TTAAATC-TAACTT-TT--C--T--AC---AAT---T----T-GATG---A---A-CATATAAA-ATA-----AG-ATAG----A-TTAG-AAATA----CTA----TT-----ATTTT------AT---CGCATCC--TA-TC-GTACA-AAA---CAG--AAA-TT-----T--C---TAT----AT---A--A---G-AG-------G-----TTTTC---------T-TGTATTATG----TTT-TTGC--------T----AG--C-AGG----AT---A-A------CGACAT---T----GTAACTA--TAAT---T-------TG---------AC--AA---AA----A-TGTT--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA---A---TG-TC-CT---G-T---G-G--A-C---TTT-----C-A-T-T-T-T-A-T--AA------T---T-T---GTTAC----TTTAT--A---TGTCC-T-GTATTTTT--------TGTCCTGATTC-T---------T---T-------T----TGTC-----------TG-T--------AC--C--TTAT-TATC-C-T---GAT--GACT-----T---T-TTG---TC--CT-AT-TTTCCA-T-------------A-GT---G-----ACAACAT--TA--A-CGATA--C-TA--G-T---C-CT--T-----T-----------------T----------------CCT----------------A-T-C--A-TT----TTGTGA-C---TC-A------T--TCC-TG---G-AC---TTTGT-CC--------T-TG-ACTTTCT-TCT-GTgt
gi|7 : atggcgaaccaagaGACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAACA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-AC-AAAA-ATAG--TTCACTAT-CA-GA---AAGTNNN--NN-N--NNNN-N-N--------NN---NNN---N--NNNNNN-NNN--NNN--NNNN--N--NNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NN-NN-N-N---T----A--A-T----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--T--ATGA---A---T--TTC--GA--ATATA-----TAT-T--C--CTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------T-G-AGT-AGGG-T------T-T----A--T-AC--TTAT--TA---T-GAGAATT---ATT--T---TT-TATC-TAAC-T-T---C--T--AA---ATT---T-------GTG---A---A-AAT----A--TT-----TG-AT-G----A-TT-G-AACTAAA-CGTA----TT--C--ATTT-------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----AG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----G-TG-T--TA-------AA-AT-------------A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------T-T---------T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GA-T-----T---T-TTG---TC--CT-CTGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG--C--C-T---G-TGAGC-TT--T-----TT---------------GT----------------CTT----------------A-TAC-GA-TT----TTTGGA-CTAATT-A------T--TCC-TG--TG-ACTTATTTGTGCC--------TGTG-A-TTTCTGTCC-GTT
gi|8 : -AAA-TCAT-CAG-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-AG--A-CGTAAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TGGACCA--T-G--G-AC-AGAA-A--G--T-AACAAT-CA--A---AAGTAGG--AC-A--AAA--------------------------------G-T-A--CAG--GACA--A--AAA---GTC-----------ACAGG----ACAAATG-----GTACA-T-T---T----A----T----AT----GAA--AAT-A-T-G--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-AA--T--ATGA---A---T--TTC--GA--A-ATA-----TAT-T--AA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------C-G-A-T-A-GG-T------T-T----A--T-AC--TTTTC-TA---T--AGAA-----A--------TT-TATT-TAAC-T-TT--T--C--TA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT------A-TTAG-ATTTAAA-CTTA----TT--A--ATTTT-------T---CGTAT-C--TA-TTGG--TG-AAA---AAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-T----------------AG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---T-----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A------CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-A-T-T-T---T-T--AAT-----T---T-T---GTGAC----T---T--A----G-TC-T-G------T----------AC------T-T---------T---T-------TGCTGTGTC-T---------TT-T-----T--TCTAC--TT-T-TGT--C-T---G-T---ACT-----T---T-TTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T--T---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-C--A-TT----TTGT-A-C---TT-A------T-GTCC-----TG-ACTT-TTTGC-Ca
gi|9 : cGACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-T-GG--A--------GT-T--------------A-A-TG-ACCA--T-G--G-AC-AAAA-A--G--T-CACAAT-CT-GA---AAATGGT--AC-A--AAAA-G-T--------CAC--AAG---AC-AAAAAG-GCA--CAA--GACA--A--AAAG-TCACA-GGACAAAA-----TGGTCACAG--------TT-TA-C--------------------AT----GAA--AAT-G-TTG--A----T--T---TT-T---AAATAA--ATTG-TA--T--ATGA---A---T--TTT---A--A-ATA-----CAT-G--TA-TT--AT-TCAT---TT--------A----TATTC-AAT--A---------T-A-AAT-AAGG-T------T-T----A--T-AC--TTTC--TA---T-GAGAATT---TAT--T---TC-TATT-CAGC-TATT--C--T--AA---ATT---T------GATG---A---A-GAT----A--TT-----TG-AT-G----A-TTAG-TACTAAA--TTA----TT--C--CTTTT------ATAATTGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GAT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TGTTGTTT------T-T-TGTT-TG-----TT-TTGT--------A----GG--T-GGG----GT---A-ATC----T----T---T----GTA---T--AAAT---T-------TGGT----T-T----AA---TA------------------------------------A--A-A-TCA-A-A---TG-TT-CT-----TCA-G-A--C-TTGATTT-----T-A-T-T-CAA-T-C--GA------T---TCT---GTGA--------------------------------------------------C-T---------T---T-------T----TGT---------------------------------------C-C-T---G-T--TACT-----T---T-TTA---TC--CT-ATGTTGTCA-T-------------T-GT---G-----AT----T--TT--T-T
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTCCAATGATATATGATACTTTTTTTCTGTGACTTTTTCCCCCTATGACTTTCTTTCCGTTTACCTTATAATGTGTGTGTGTTTGGATACGCTAGAATCACAATCACTGAACACAT
Unaligned ( gi|30 ): CAAAGATATTTGGTATTAGTATCTATATCCATAACAGGATAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): CAAAACACAACCCATGGGCGATCCTATATAAATCAAAATTGAAT
Unaligned ( gi|32 ): GTCCGCATGGGCCTAATTATTTCCCTGATTATCTAATTTAGGT
Unaligned ( gi|33 ): ATATCATATTCTGATGCAATATACAAATTGAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22222 333333333333 111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 1111111111111 111111111 222222222222 111111 1111111111111 111111111 1111111111111 22222222222222222222222222 3333333333333 11111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111111111 2222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111
lowQualScore : 4 5 4 33 2 2 888888 2 2 2 2 99 2 5 11111 6666 222 5 99 2 66 2 66 2 55 33 8 2 5 999 444 2 77 2 2 99999999 111111111111 3 000000 33 44 77 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 2 5 66 5555 33 444 2 3 2 666 2 99 33 444 444 99 999 33 5 44444 5 33 5 2 777 7777777777777 888 33 111111111 2 2 2 2 2 888888 2 6666 66 44 66 66 555 2 000000000000 2 44 2 2 66 66 33 555 555 222222 444 444 2 8888 33 77777 6 3 6666 2 33 3 6666 77777 888888 888 2 33 2 2 66 2 444 33 2 66 33 777 444 444 33 444 2 3333333333333 0 444444444 2 2 2 9999 2 8888888888888 66 2 5555 66666666666666666666666666 777 33 333 7777777 4444 2 55 777 888888 2 444 8888888 4 1111111111111 2 2 2 4 333 2 2 333 1 666 1 22 55555 99999 2 6 2 88888 4444 666666 333 2 555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 7777777 5555 44444444444444444444444 22 22 2 2 44 2 333 2 22 55555 555 2 333 22 33 3 22 2 0000000000000 2 333 55555 99999999 22 2 2 77 2 66666 2 2 22 55555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 1 1 4444 1 44 77777777 1 2 44 2 2 2 11111111 3 0 3
lowQualScore : . . . .. . . ...... . . . . .. . . ..... .... ... . .. . .. . .. . .. .. . . . ... ... . .. . . ........ ............ . ...... .. .. .. .............................................................................. .. . . .. .... .. ... . . . ... . .. .. ... ... .. ... .. . ..... . .. . . ... ............. ... .. ......... . . . . . ...... . .... .. .. .. .. ... . ............ . .. . . .. .. .. ... ... ...... ... ... . .... .. ..... . . .... . .. . .... ..... ...... ... . .. . . .. . ... .. . .. .. ... ... ... .. ... . ............. . ......... . . . .... . ............. .. . .... .......................... ... .. ... ....... .... . .. ... ...... . ... ....... . ............. . . . . ... . . ... . ... . .. ..... ..... . . . ..... .... ...... ... . ... ............................................................. ... ....... .... ....................... .. .. . . .. . ... . .. ..... ... . ... .. .. . .. . ............. . ... ..... ........ .. . . .. . ..... . . .. ..... .................................................... . . . . .... . .. ........ . . .. . . . ........ . . .
lowQualScore : 0 7 0 55 9 9 222222 9 7 7 7 00 7 3 00000 8888 999 3 00 7 33 7 11 7 22 77 0 7 3 333 444 7 33 7 7 77777777 333333333333 2 111111 99 22 33 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 7 3 33 7777 77 777 7 9 4 666 7 00 77 777 777 00 555 77 3 00000 3 77 3 7 333 8888888888888 999 99 444444444 9 9 9 4 9 222222 9 1111 88 44 88 88 000 9 333333333333 9 77 9 9 88 88 99 000 000 666666 777 777 9 9999 66 77777 2 1 1111 9 00 1 5555 44444 888888 555 9 99 9 7 33 7 777 77 7 33 77 333 777 444 44 444 5 2222222222222 1 444444444 5 5 5 7777 5 5555555555555 99 5 3333 55555555555555555555555555 888 11 999 2222222 7777 2 33 999 666666 1 666 9999999 2 9999999999999 1 1 1 2 777 1 0 555 9 000 9 66 66666 22222 0 0 0 22222 8888 666666 777 1 888 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 6666666 0000 88888888888888888888888 99 99 1 1 44 1 777 1 99 33333 888 1 777 99 22 6 77 1 0000000000000 1 777 33333 33333333 99 1 2 55 2 22222 1 0 88 00000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 9 9 9 0000 9 55 00000000 9 0 88 0 0 0 11111111 1 4 6
consensus : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAGG--AC-A--AAAA-G-T--------CA---AAG---A--AAAACG-TCA--CAA--GACA--A--AAA----A-CGACA----GG-ACAAAAANCAGNCGTCACAGATA-----NTCA-C-G---T----A--A-T----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--T--ATGA---A---T--TTC--GA--A-ATA-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------T-G-AGT-AGGG-T------T-T----A--T-AC--TTTT--TA---T-GAGAATT---ANT--T---TT-TATC-TAAC-T-TT--C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-GTT
Reference ( family-45 ) : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAGG--AC-A--AAAA-G-T--------CA---AAG---A--AAAACG-TCA--CAA--GACA--A--AAA----A-CGACG----GG-ACGAAAANCAGNCGTCACAGATA-----NTCA-C-G---T----A--A-T----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--T--ATGA---A---T--TTC--GA--A-ATA-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------T-G-AGT-AGGG-T------T-T----A--T-AC--TTTT--TA---T-GAGAATT---ANT--T---TT-TATC-TAAC-T-TT--C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-GTT
gi|1 : GGCAGA-A-G-TCAA-CAG-G-AAAAAA------AG-TCGA-C-AGG-A-CG-AAAAAG-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-AACAA-T-G--G-A---GAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAGG--AA-A--AAAA-G-C--------CN---NNN---N--NNNNNN-NNN--NNN--NNNN--N--NNN----N-NNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNN-N-N---N----N--N-N----N------AC--AGT-T-TTACTA----T--T---TT-TTAAATAAAA--TTGT-TA--T--AT-A---A---T--TTC---A--A-ATT-----TAT-T--CAATTTTGT-TAAGGGTTT--------A----AAGGGGAAT--A---------T-G-AGT-AGGC-G------T-T----A--T-----CTTT--TA---TGGAGAATT---AAT--T---TT-TATCATAAC-T-TT--C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----AG-AT-G----A-TTAA-AACT-TA-CTTA----TT--CGTGTTTT------ATC--CGCAT-C--TA--T-G--AA-AAA---CAT--GAA-TTAG-GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-T-TT-TG----TTC-TTGT--------A----GG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------T-GT----T-TAC--AAT--TA----A-T--T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCACG-A---TGTCC-TT---G-T---G-A--C------TT-----C-ATT-T-T-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTTAC----T---TTAG---TGTCC-T-GTGATTTT--------TGTC------CGTGGATCTA--T---T-------T----TGTCTT---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGT--C-T---G-T--GAC------T---T-TTG---TA--CT-ATGTTGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----A--AT--T-TG-TA--C-T---A-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-C-GATTT----TTGTGA-CT--TTGA------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-AC-TTCTGTCT-GCT
gi|1 : atgtg-CT---G-T---G-A--C-T---TTTGTAC-T-A-TGT-T-G-T-C--A-----------T-T---GTGACAAT-T---T--G---TA-CTAT-G------T------------------C-T---------T---T-------T----TGTC-TATCGATTTTTG-T-----G--AC--T--TT-GATGTC-C-T---G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--C--------------------------T-GT---G-----AC-------TT--C-TG-TCTGC-T---T-TGA-C-CTAAT-----TT---------------TT----------------TCT----------------C-T---GA-TT----ATCTAA--T--TT-A------C-GTttgacctaattttttctctgattatctaatttacgtaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|10 : atgtgggcagaagtcaacaggaaaaaaagtcgacaggacgaaaaagtcacggacaaaatgaacaatggagaaaagtcacaatcagaaagtaggaaaaaaagccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagttttactattttttaaataaaattgttatataatttcaaatttattcaattttgttaagggtttaaaggggaatatgagtaggcgttatcttttatggagaattaatttttatcataactttctaaattttgatgaaaataattagatgattaaaacttacttattcgtgttttatccgcatctatgaaaaacatgaattagggtttataataagagtttttgttttttgttcttgtagggagggtagcttgtaataatttgtttacaattaatttaaaataaatcacgatgtccttgtgacttcattttattaattttgttactttagtgtcctgtgatttttgtccgtggatctattttgtctttgtgaccttttgt--A-T----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTTTAAATAA--ATGT-TA--T--ATGA---A---T--TCG--AA--A-ATA-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--AAGAGTAAGTC-G-AGT-AGGT-T------T-T----A--T--C--TTTT--T------GAGAATT---TAT--T---TT-TATC-TA---C-TT--C--T--AA---ATT---T----T-GATA---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----CT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---T------AT---A--A---G-AG-------A-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--GAGGG----GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TT-A--AA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CCACT-----T---G-A--C-----TTT-----C-A-T-TCT-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------N---N-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---N-NNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------N-NN---N-----NN----NNATG--T-GG-TCA-T-T---G-TAA-C-TT--T-----TT---------------GTCCTGTGTCTTTTTTTGCCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--AT-A------T-G-CC-TG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-ATaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|11 : tGACAGAGAAG-TCA--CAG-A-ATCAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAA-GT-C---ACGACG-ACAAA---TG--CCA--T-G--G-AC-AAAA-A-----T-CACATC-CA-GA---AAGTTAG--AC-A--AAAA-G-T--------CAGC-AGG---ACCAAAATG-CTC--CAA--GACA--A--AAG----A-C-ACA----GGCACAAAATCCAGG----ACAGAAA-----GTCA-C-AGTTT----A--T-C----AT----GAAT-AAT-AATTG--A----T--T---TT-TTAAAA-TAA---TGT-TA--T--ATGA---A---T--TCC--AA--A-ATA-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------TTG-AGTCAGGG-T------T-T----A--T-ACT-TTTT--TA---T-GAGAATT---TAT--T---TT-TATC-TAAC-T-TT--C--T--AA---A-T---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTTAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGCAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-GGTT-TG----CTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG----GTA--A-G------C----TAAAT----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--AA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----GTT-----C-A-T-T-T-
gi|12 : atgttga--A-T----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTTTAAATAA--ATGT-TA--T--ATGA---A---T--TTC--GA--A-ATA-----TATAT--CA-CTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------T-G-AGT-AGGG-T------T------A--T-AC--TTTT--TT---T-GAGAATT---TAT--T---T-----C-TAAC-T-TT--C--T--AA---AAT---T----T-GATG---T---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AA-TAAA-CTTAATTATT--T--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---AAT--GAA-TAA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--A-GGG----GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--GA---TA----A----T--TA-------AA-TA----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTC-----T-T-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------N---N-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---N-NNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------N-NN---N-----NN----A--TG--T-GG-TCA-T-T---G-TGA-C-TT--T-----TTGTCCCGTGTCTTTTGGT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------tat
gi|13 : ----A-TTAG-TACTAAA-CTTA----TT--C--CTTTT------AT---CTTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTG--GGT--T---TATA---AA---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGTAGGGGGG-A----GG--G-GGG----GCTA-A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TACATAA---TA----AGTG-T--AA-------AA-ATTAG-------A--ATA-TCA-G-A---TG-TC-CT---G-T---GCA--C------TT-----C-A-T-TCT-A-A-TCGGA------T---T-T---GTGAC----T---TTGA---TGTCC-T-G------T--------GGCA------C-T---------T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C-------------------------CT-----T---T-TTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---------C-------------------------------------------------------------------T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------T-GTCC-AG--TG-AC-T-TTTGT-CCTTCCTCTTTGTG-ACTTTATGTCT-GTgt
gi|14 : G-G-ACGAAA------CG-TC-A-C-AGGGA-CA-AAAAGG-T--CACG--GCACAAA-A-TGCACCA--T-G--GGAC-AAAA-A-AA--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAGC--GCAA--AAAA-G-T--------CAC--ACG---AC-AAAAAG--CA--C-A--CACA--A--AAATGACA-CAAC-----GG-ACAAAA-----TCGTCACAGATAAAAATGTCA---G---C----A--AGTTTTAAT----AGA--AAT-A-TTGA-A----T--TGTGTG-TTATGA--CA--ATGT-AC--T--GTGA---AACTT--TTA--TA--A-ATACATTGTAT-C--CA-TTTTGT-TAA----T-----------------------------------T-G-AGT-AAGG-T------T-TTTAAA--TCAC--TT------------AAAAGC---A-T--T---TT-GATC----C-T-CT--C--A--AA---GTT---TG---T-GATG---A---gactttctgtcgccgttta
gi|15 : ---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-T---------TTGT--------A----GG--G-AGGTCCGGT---ACG------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--AA-------AA-ACA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATT-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---
gi|15 : ----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-T------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttttgtcctgtgactttctgtccgttt
gi|16 : aagagtttttgtttgtttttgtagggaggtccggtacgctttgtaataatttggtttacaataatgtaaaaacaaaatcagatgccctgtgactttcattttattaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----T---T--A---TG-CC-T-G------C--------TTTC------A-T---------TAAAT-------T----TCTAAT---------CG-T-----G--GC--T--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TGTTG---TC---------------T-------------T-G----G-----AC-------GT--T-TG-TC--C-T---G--GA-A-AT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-C-CTAA-CTGTAATTGTGA-CT--TT--------T-GTCCATG---G-TCAT-TTTGT-CC---------GTGAAATCTTTGTCCTGTTgttt
gi|16 : atgatgcggaaatgaacag-A-C-AGG-A-CA-AAGATT-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-AC---AA-A-AG--T-CACAAT-TA-CAGTTAGGTAGG--AC-A--AAAT-T-T--------CC---AGG---A--CAAACG-TC---CAA--GACA--AC-AAA----G-TCACA----GG-ACAAAAAGCtgaatgtaccaaacaccagttaatatagaacgaataattgattttttttttgacaataagttttatgtatgaattctttaaagaatatctttcctttttgtaagt
gi|16 : atgatgcggaaatgaacaga---T----A--A-T----ATA---GAACGAAT-AATTG--ATTTTT--T---TT-TTGACAATAA--GTTT-TATGT--ATGA---A---TTCTTT--AAAGA-ATA-----TCT-TTCCT-TTTTG--TAAG---Tcacgattagaaatttaatgaaagcaggcataatgaatgtaccaaacaccagttaatatagaacgaataattgattttttttttgacaataagttttatgtatgaattctttaaagaatatctttcctttttgtaagt
gi|17 : atgatgcggaaatgaacagaacaggacaaagatttcacggacaaaatgaccatggacaaaagtcacaattacagttaggtaggacaaaatttccaggacaaacgtccaagacaacaaagtcacaggacaaaaagccacgattagaaatttaatgaaagcaggcataatgaatgtaccaaacaccagtT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---TATA---A----A--A---A-AG-------A-----TTTC-----------------------------TTAT--------A----------------------A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TACTACA-TA-T--TA-------AAGATTGTGAAAACAA--A-A-TCA-G-A---TG----CT---G-C---G-T--C-T---TTTTGTCCT-A-T-T-TGA-T-T--AA------G---T-C---ATGA-----T---T--G---TG-AC-TCG------T--------TGTC------C-TATGACG---T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--T--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GGCT-----T---T-TTG---TT--CT-ATGTG---------------------GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T-----------TT--T-----------------------------------------------------------------GA-TT----TTGTGA-TT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-TCTT-TCTGT-CC--------
gi|18 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TA-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TT-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATT-T-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---TTGAC----T---T--A---Tgt
gi|18 : ----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------TGGTCC-TG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttatggtcctgtgactttctgtccgttta
gi|19 : agctttgtaataatttggtttacaataatattaaaataaaatcagattccctgtgactttcattttatttaattttttgacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A---G-AAT----A-TTT-----TG-GT-G----A-T----------A---TA----TA--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--GGT--T---TATACTCGT---A--AAACG-AG-----------------G---------T-A-TG---------------GA--------A----GG--G-GGG----TG---A-G------C----T---TTATATTA---A--TAAT---T-------TTGT----T-TAC--AA---TA----ATTG-T-----------GA-CT-----------------TT----A---TG-TC-CT---G-T---G-A--CAT---TTT-----C----------------------------C-T---GTGACT---T---T--C---TG-TC-C-G------T--------Tgttta
gi|2 : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-CT--A-CA-AAAAGT----CACG--G-ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-AT--AAA-A-AG--T-CACAGT-CT-GA---AAGTAAG--AC-A--AAAA-G-T--------CAC--AAGAC-A--AAAACG-T-G--CGACGGACA--AGGAAA----A-TGTC---------C-ACAAGGAGACATAAAAGATC-----AACA-G-G---TTAAAA--A-T----ATATAGAAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TTATCGAAAAT-A--ATTT-TA--A--AAGAAGTA---T--TTA--AT--A-ATAGAT--TGT-T--CA-TCATGTCCAAG---TTTACAAGTAA----GAG---AAT--A---------A-G-TAT-ACAG-TTATGTCT-T----A--T-AT--TTTTCCTA---T-GGGAATT----TT--TGC-TT-TATT-T--C-T-AT--CG-TAAAA---ATT---TA---T-GATG---AAGTA-AAT----ATATTCTAAGTGTAT-A----ATTTAGTTACTAAATCTTA----TTGGC--GCTTTTATCTGAT---CGTTT-CTATA-TT-G--TG-AAA---TATTAGAT-TTA--GGC--TTACTATA---ATTAGA--A---GTAGTTTAGGAT-----TTTTGATTGTAATTT-T-TTTT-TGAAAATTT-TTGG--------AGCGGGG--G-GGA----GTA--A-G------C----TTA-T----GTAAATA--TAGT---TTTTGGCATGGTACTGT-CAC--AAAATCA----ATTG-TAATAG------AA-ATAA--------A--A-A-TCA-GTA---TA-TC-CT---GTT---G-ATGC-T---TTC-----T-A-A-T-T-C-T-A--AATACGATT---T-T---GTGACTTTTT---T--ACGCTG-CC-T-G------TGTTTTATCTGAC------C-TAGTGACTA-T---TATACAAAT----TATC-T---------TG-T-----GTAGC--CTTTT-T-TGT--C-T---G-TAAAACT-----TTCAT-TTG---TC--CC-ATGTGGTTA-T-------------T-GT---G-----AC----T--GT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-C----T-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TTTGC-CC--------TGTG-ACTTTCTGTtaccactacgaataagaggtggatgttatgaatcaaatcggttaacaga
gi|20 : aatgtggA---TA----T-TT-T--TA-------AA-AT----------ATAA-A-TCA-G-A-------------------------C-T---TT--------A-T-TCT-G-T-C--GA------T---T-TT--GTG-C----T---T--A---CGTCC-T-G------T--------GA--------C-T---------T---T-------T----TATC-T---------TG-T--------AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--CTTATGTGGTTA-T-------------T-GT---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT------------------T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-G------T-GTCC-TG--TG-AC-T-TTTGT-CT--------CGTG-ACTTTCTGTCT-GTT
gi|21 : atacatgtatatatatAA-G-AAAGAA------AG-TC-A-C-G-----TG-AAAAATAT--CACG--A-ACAAA-AATG-ACCT--T-G--G-AC-A-AA-A-AG--T-CACAAC-CA-CAATCAAGTATG--GC-A--AAAT-G-T--------C
gi|21 : gt---------TG-T-----G--AG--T--CT-T-CATC-C-T---G-T--GACA-----A---T-TTG---CC--CT-ACTT--TCA-TGAAAATTAAAAACC-GT---A-----AA----T--TT--T--G-TC--C-G---G-CGA-C-AT--T-----TT---------------GC----------------CAT----------------ACT-T-GA-TT------GTG------------------GT---TG--TG-ACTT-TTTGT-CCAA------GGTC-A-TTTTTGTTC-GTgccggacaaaatttacggtttttaattttcatgaaagtagggcaaattgtcacaggatgaagactcacagtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|22 : gtaagaaagaaagtcacgtgaaaaatatc--GACA--A--AAA----ATCCACA----GG-AC-AAAAT--GTC--CACAG--------TTTA-----------------T----AT----GAA--AATGA-TTG--A----T--T---TT-T--AAAATAA--ATTT-TA--T--A-GA---A---T--TTT--AA--A-ATA-----TAT-T--CA-TTT-GT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------T-GGAGT-AATA-T------CAT----A--T-AC--TTTC--TA---T-GAGAATT---AAT--TA--TT-TAAC---AC-T-TT--T--T--AA---TTT---T----TTGATG---A---A-AAT----gtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|23 : --C--TT-T-TGTCACAT---G-T--GACTACTCATA--T-TTGGATTCAACT-AT-TGAT-G-T-------------T-GT---ATATATAC----T--TT--TATG-TC--G-T---G-TGA-C-TT--TATTTTTT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GT-TT----TTGCGA-CT--TTAA------T-GTCC-TG--TGAACTT-TTTGT-CC--------TGTG-
gi|24 : tattgatttattaG-G-ACAGAA------AG-TC-AGC-AG--A-CC-AAAAGT-CA-CGCG--A-ACAAATA-TG-ACCAA-T-G--G-AC--AAA-A-AG--T-CACCAA-CAGGA---AAGTAGG--AC-A--AAAA-GTT--------CA---AA
gi|24 : -T---G-A--T-T---TTC-----C-A-T-A-T-A-TAG--GA------T---C-TCCCATGGG----T---T--G---TG-GT-T--------T--------TGAA------C-T---------T---T-------T----TGTC-C---------TACT-----T--TC--C--TG-T-TG---------G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--C--AT-TGGTCA-TATTTGTTCG----C-GT---G-----AC----T--TT--T-GG-T---C-T---GCTGA-C-TT--T-----CT---------------GT----------------CCaccacaacccatgggagatcctatatatggaaaatcatgattg
gi|25 : GACAGA-A-G-TCA--CAG---ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--AGCG-AAAAGT-CAGCGCG--C-ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-ACAAAAA-A-AG--T-AAC-AT-CA-GA---AAGTA-G--AC-----AAA-G-T--------CA---CAGACAA--AAAATG-TCA--CAA--GAtgattg
gi|27 : ttgtgatgtgc-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-ACAGTTAT-GTCC-TG--TG-ATTT-TTTGT-CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-GTT
gi|28 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---CA----A-CG-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---Tta
gi|29 : cgtaGA-C-TT--T-----TT---------------GTT---------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGACCT--TT-T------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TCTGT-C
gi|3 : G-G-ACAGAA------AG-TC-A-C-AG--G-----------------G--G-ACAAA---TG-ACCACAT-GA-G-AC-ATAA-A-AGGAT-CACAAT-CA-GA---AAGTAGGTGAC-ATTAATA-G-TAGATCTCACATTGAAG---C--AAAATGGTCGATCAA--GACACAA--GAA----G-CAGCA----GG-ACAAAAGTCACAGGACAC---TA-----TTCA-GAG---T----TCTA-T----AT----GAA--TA--A-TTA--A----C--T---TT-ATGTAA-TAAG-ATGCATA--CTCATGA---A---TA-TTCACGA--AGACAA----TAT-T--GAATTTTGT-TTAG---AT--------T----AAG---AACTCA---------T-G-GTC-AGAGAT------T-T----AA-T-AAGGTTCT--TACTCT-GAGGATTCT-ACT--TATGTT-TGTC-GAAC-T-TTATCAGT--AACGTACTCTAT----T-GATA---G---A-AAT----A-ATT-----TA-CT-G------CTAA-AACTAgct
gi|3 : gT-G--CG-AAGAATCAC--GAAATTAAGGGT--C---TCGA---AT---ACTA---G-AG-------TAATTCTTTTG---------T-T--GTT-T-----TTT-TTGTTATGTTTTG----GG--G-GAG----GC---G-GAGGGTTCA---T---T----GTA---ACCTAATAAAT-------TGAT----T-AAC--AAA--TA----A-TG-T--TACACCCCCAA-CT----------A--A-AATCA-GCA---TG-CC--T---G-T---G-A--C-T---TC------C-T-T-C-T-A-T----AA------TCTCT-T---GTGAC----T---TT-A---TGTCC-T-G------TGCTTCTC-TGTC------C-T---------T---G-------T----TGTC-T---------TT-TTTCTTGC-AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--ACCT-----T---A-TT--------CT--TGTGTTCA-T-------------T-GTTATG-----A--------TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------C-T----------------A-T-C--A-TT----TTGTGA-CTC-TT-A--------GTCC-GGC-TG-ACTT-TT----CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-GTTctataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacatgcgaagaatcacgaaattaagggtctcgaatactagagtaattcttttgttgttttttttgttatgttttgggggaggcggagggttcattgtaacctaataaattgattaacaaataatgttacacccccaactaaaatcagcatgcctgtgacttccttctataatctcttgtgactttatgtcctgtgcttctctgtccttgttgtcttttttcttgcaccttttgtcctgtaccttattcttgtgttcattgttatgattttgtcctgtgactttttgtctatcattttgtgactcttagtccggctgacttttcctgtgactttctgtccgttta
gi|4 : gggacagaaagtcacaggggacaaatgaccacatgagacataaaaggatcacaatcagaaagtaggtgacattaatagtagatctcacattgaagcaaaatggtcgatcaagacacaagaagcagcaggacaaaagtcacaggacactattcagagttctatatgaataattaactttatgtaataagatgcatactcatgaatattcacgaagacaatattgaattttgtttagattaagaactcatggtcagagatttaataaggttcttactctgaggattctacttatgtttgtcgaactttatcagtaacgtactctattgatagaaataatttactgctaaaactactataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacaGA-AAG-TCATTCAG-GGACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CGCAAAAGT-C---ACG----ACAAA-A-TG-ACCA--TAG--G-AC-AAAA-A-TG--C-AGCAAT-CAAGA---AAGTAGG--AC-AGTAAAN-N-N--------NN---NNN---N--NNNNNN-NNN--NNN--NNNN--N--NNN----N-NNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNAAC-AGT-T----T--A-T----AT----GAA--ATT-A-TTG--A----TGTT---TT-TTAAATATAA---TGT-TAA-T--ATGA---A---T--TTT--GA--A-ATA-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TTTT------AT---AAG---AAT--A---------T-G-AGT-AGGG-T------T-T----A--T--C--TTTT--TA---T-GAGAATTTTTATT--G---TT-CATC-TAAC-T-TT--C--T--AA---ATT---T----T-GATGTTAA---A-AATT---A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-GC-CG-AAA---CAT--GAA-TTA--AGTCCT---AATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TGTGT-TTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG----GTATAA-GTTT---T----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----TGTACA-AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-ATAAA-------A--A-A-T-A-G-A---TG-CC-CT---G-TGGGG-A--C-----TTT-----C-A-T-TGT-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------N---N-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---N-NNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------NCGT----------C----T--GTCGT-GG-TC--A-TTGGG-TGA-CTTT--T-----TT---------------GT----------------CCTGTGTCTTTTTGTCCTAG-T-C-AA-TT----TTGTGA-CT--AT-A------T-GTCA-TGTTTG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-AC-TTCTGTCC-GTta
gi|5 : aatgtgggaacaatCAGA-A-G-TCA--CAGTG-ACATAA------AG-TC-A-C-------CG-----GC-C----------ATAAA-A-TG-ACC---T-G--G-AC-AAAA-A-AG--TCCACAATCCA-GG---AAGTAG----C-A--AAAA-G-T--------CA---CAGAC-A--AAAATG-TCA--CAA--GACA--A--AAA----A-CG-CGTGTAGG-ACCAA---CAATGGTCACAGTTA----------------T----A--A-A----A------AA--AAA-A-TTG-------T--T---TT-TT-AAGATAAACATGA-TAT-T--ATGA---A---T--TTC--AA--A-ATT-----TGTAT--CA--TTTGT-TAAGT--TT--------AGTTTAAG---AA---A---------T-G-AGT-TGGG-T------T-T----ACGT-AC--TTTT--TA---A-TA-AATT---ATTCAT---TT-TTTT-CAAC-T-TTC-C--T--AA---ATT---TTCCAT-G-TG---A---ACAAT----A-ATT-----TGAAT-GTGGAA-TAAG-TACTAAA-C---------------TTTA------AT---CGCAT-C--TATTT-G--CGCAAA---CAC--GAA-TTA--GGT--TG--GATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------TAT-TGTT-TG----TTTATGGT--------G----TG--G-GGG----GC---C-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T---------GT----T-TAC--AA---TA----AGTG-T--AA-------AACAT----------AATA-A-GCA-G-ACCCTG-CC-CTTGGG-T---G-A--C-T---TTT-----CAA-T-C-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---GTTGC----T---T--A---TG-CCTT-GTGAC--T--------TGTC------C-TTACTGAGTCT---T-------T----TGTC-----------TG-T-----G--AC--C--CT-T-TTTC-C-TGTCG-T--GA-------T---T-TTG---TC--CG-ATGTGGTCATT-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--CTT---G-TGA-C--T--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTG--CT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TATGT-CC--------ctta
gi|6 : gaatgtgcgggcccA-AAGCTCA--CCA-G-GCAAAATAATAAAGCTC-A-CCAG--A-CG-AAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TG-ACCA--T-GTGG-AA-GAAATA-AG--TACACAAT-CA-AA---AA-TAG---AC-A--AAAAAG-T--------CA---AGG---A--CAAACA-TCA--CAA--GACA--A--AAA----A-C-ACG----GG-AC-AAACACGGAC----CAAACA-----TTC--C--------------------------------AC-A-TTT--A----T--A---TT-TTAA----AA--ATGT-TA--T--ATGA---A---TC-TTC--AA--A-ATA------AT-T--CA--TTTAT-TAAG---TT--------A----AAG----AT--A---------T-G-AGT-A--G-T------T-T----A--T-AC--TTTT--TA---T-GAAAAAT---ATT--T---TTAAATC-TAACTT-TT--C--T--AC---AAT---T----T-GATG---A---A-CATATAAA-ATA-----AG-ATAG----A-TTAG-AAATA----CTA----TT-----ATTTT------AT---CGCATCC--TA-TC-GTACA-AAA---CAG--AAA-TT-----T--C---TAT----AT---A--A---G-AG-------G-----TTTTC---------T-TGTATTATG----TTT-TTGC--------T----AG--C-AGG----AT---A-A------CGACAT---T----GTAACTA--TAAT---T-------TG---------AC--AA---AA----A-TGTT--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA---A---TG-TC-CT---G-T---G-G--A-C---TTT-----C-A-T-T-T-T-A-T--AA------T---T-T---GTTAC----TTTAT--A---TGTCC-T-GTATTTTT--------TGTCCTGATTC-T---------T---T-------T----TGTC-----------TG-T--------AC--C--TTAT-TATC-C-T---GAT--GACT-----T---T-TTG---TC--CT-AT-TTTCCA-T-------------A-GT---G-----ACAACAT--TA--A-CGATA--C-TA--G-T---C-CT--T-----T-----------------T----------------CCT----------------A-T-C--A-TT----TTGTGA-C---TC-A------T--TCC-TG---G-AC---TTTGT-CC--------T-TG-ACTTTCT-TCT-GTgt
gi|7 : atggcgaaccaagaGACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAACA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-AC-AAAA-ATAG--TTCACTAT-CA-GA---AAGTNNN--NN-N--NNNN-N-N--------NN---NNN---N--NNNNNN-NNN--NNN--NNNN--N--NNN----N-NNNNN----NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNN-N-N---T----A--A-T----AT----GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--T--ATGA---A---T--TTC--GA--ATATA-----TAT-T--C--CTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------T-G-AGT-AGGG-T------T-T----A--T-AC--TTAT--TA---T-GAGAATT---ATT--T---TT-TATC-TAAC-T-T---C--T--AA---ATT---T-------GTG---A---A-AAT----A--TT-----TG-AT-G----A-TT-G-AACTAAA-CGTA----TT--C--ATTT-------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----AG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----G-TG-T--TA-------AA-AT-------------A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------T-T---------T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GA-T-----T---T-TTG---TC--CT-CTGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG--C--C-T---G-TGAGC-TT--T-----TT---------------GT----------------CTT----------------A-TAC-GA-TT----TTTGGA-CTAATT-A------T--TCC-TG--TG-ACTTATTTGTGCC--------TGTG-A-TTTCTGTCC-GTT
gi|8 : -AAA-TCAT-CAG-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-AG--A-CGTAAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TGGACCA--T-G--G-AC-AGAA-A--G--T-AACAAT-CA--A---AAGTAGG--AC-A--AAA--------------------------------G-T-A--CAG--GACA--A--AAA----G-TCACA----GG-AC--AAAT-----------GGTA-------CA-T-T---T----A----T----AT----GAA--AAT-A-T-G--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-AA--T--ATGA---A---T--TTC--GA--A-ATA-----TAT-T--AA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AAT--A---------C-G-A-T-A-GG-T------T-T----A--T-AC--TTTTC-TA---T--AGAA-----A--------TT-TATT-TAAC-T-TT--T--C--TA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT------A-TTAG-ATTTAAA-CTTA----TT--A--ATTTT-------T---CGTAT-C--TA-TTGG--TG-AAA---AAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-T----------------AG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---T-----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A------CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-A-T-T-T---T-T--AAT-----T---T-T---GTGAC----T---T--A----G-TC-T-G------T----------AC------T-T---------T---T-------TGCTGTGTC-T---------TT-T-----T--TCTAC--TT-T-TGT--C-T---G-T---ACT-----T---T-TTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T--T---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-C--A-TT----TTGT-A-C---TT-A------T-GTCC-----TG-ACTT-TTTGC-Ca
gi|9 : cGACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-T-GG--A--------GT-T--------------A-A-TG-ACCA--T-G--G-AC-AAAA-A--G--T-CACAAT-CT-GA---AAATGGT--AC-A--AAAA-G-T--------CAC--AAG---AC-AAAAAG-GCA--CAA--GACA--A--AAA----G-TCACA----GG-ACAAAA-----TGGTCACAG--------TTTA-C--------------------AT----GAA--AAT-G-TTG--A----T--T---TT-T---AAATAA--ATTG-TA--T--ATGA---A---T--TTT---A--A-ATA-----CAT-G--TA-TT--AT-TCAT---TT--------A----TATTC-AAT--A---------T-A-AAT-AAGG-T------T-T----A--T-AC--TTTC--TA---T-GAGAATT---TAT--T---TC-TATT-CAGC-TATT--C--T--AA---ATT---T------GATG---A---A-GAT----A--TT-----TG-AT-G----A-TTAG-TACTAAA--TTA----TT--C--CTTTT------ATAATTGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GAT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TGTTGTTT------T-T-TGTT-TG-----TT-TTGT--------A----GG--T-GGG----GT---A-ATC----T----T---T----GTA---T--AAAT---T-------TGGT----T-T----AA---TA------------------------------------A--A-A-TCA-A-A---TG-TT-CT-----TCA-G-A--C-TTGATTT-----T-A-T-T-CAA-T-C--GA------T---TCT---GTGA--------------------------------------------------C-T---------T---T-------T----TGT---------------------------------------C-C-T---G-T--TACT-----T---T-TTA---TC--CT-ATGTTGTCA-T-------------T-GT---G-----AT----T--TT--T-T
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTCCAATGATATATGATACTTTTTTTCTGTGACTTTTTCCCCCTATGACTTTCTTTCCGTTTACCTTATAATGTGTGTGTGTTTGGATACGCTAGAATCACAATCACTGAACACAT
Unaligned ( gi|30 ): CAAAGATATTTGGTATTAGTATCTATATCCATAACAGGATAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): CAAAACACAACCCATGGGCGATCCTATATAAATCAAAATTGAAT
Unaligned ( gi|32 ): GTCCGCATGGGCCTAATTATTTCCCTGATTATCTAATTTAGGT
Unaligned ( gi|33 ): ATATCATATTCTGATGCAATATACAAATTGAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 222222222222222222 11111 3333333333333333 222222 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 11 11 11111 1111111111111 111111111 111111111111 111111 1111111111111 111111111 1111111111111 22222222222222222222222222 3333333333333 11111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111111111 2222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111
lowQualScore : 3 6 3 22 2 2 2 777777 2 2 2 2 000000000000000000 2 5 0 88888 5555 2 2 5 33 5 2 55 2 55 2 44 33 7 0 2 5 888 333 2 66 2 999999 5555555555555555 555 66 88888 33 33 2 66 33 222222 6666 00000 0000000000000000000000000000000000000000000000000 55 55 2 5 55 0000 33 444 2 6 666 2 55 444 444 11 8888 66 5 2 00000 5 99 2 2 666 7777777777777 888 33 111111111 2 2 2 55 888888 2 8888 33 8888 2 66 555 2 33 666666666666 2 44 2 2 33 2 66 33 555 555 222222 444 444 2 8888 33 77777 6 3 6666 2 33 3 6666 77777 888888 888 2 33 2 2 66 2 444 33 2 66 33 777 444 444 33 444 2 3333333333333 0 444444444 2 2 2 9999 2 8888888888888 66 2 5555 66666666666666666666666666 777 33 333 7777777 4444 2 55 777 888888 2 444 8888888 4 1111111111111 2 2 2 4 333 2 2 333 1 666 1 22 55555 99999 2 6 2 88888 4444 666666 333 2 555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 7777777 5555 44444444444444444444444 22 22 2 2 44 2 333 2 22 55555 555 2 333 22 33 3 22 2 0000000000000 2 333 55555 99999999 22 2 2 77 2 66666 2 2 22 55555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 1 1 4444 1 44 77777777 1 2 44 2 2 2 11111111 3 0 3
lowQualScore : . . . .. . . . ...... . . . . .................. . . . ..... .... . . . .. . . .. . .. . .. .. . . . . ... ... . .. . ...... ................ ... .. ..... .. .. . .. .. ...... .... ..... ................................................. .. .. . . .. .... .. ... . . ... . .. ... ... .. .... .. . . ..... . .. . . ... ............. ... .. ......... . . . .. ...... . .... .. .... . .. ... . .. ............ . .. . . .. . .. .. ... ... ...... ... ... . .... .. ..... . . .... . .. . .... ..... ...... ... . .. . . .. . ... .. . .. .. ... ... ... .. ... . ............. . ......... . . . .... . ............. .. . .... .......................... ... .. ... ....... .... . .. ... ...... . ... ....... . ............. . . . . ... . . ... . ... . .. ..... ..... . . . ..... .... ...... ... . ... ............................................................. ... ....... .... ....................... .. .. . . .. . ... . .. ..... ... . ... .. .. . .. . ............. . ... ..... ........ .. . . .. . ..... . . .. ..... .................................................... . . . . .... . .. ........ . . .. . . . ........ . . .
lowQualScore : 6 7 6 33 7 7 7 777777 7 5 5 5 333333333333333333 5 0 2 44444 8888 5 5 0 44 0 5 99 5 11 5 33 44 5 2 5 0 888 555 5 99 5 777777 9999999999999999 000 33 11111 77 77 9 88 99 777777 1111 00000 4444444444444444444444444444444444444444444444444 77 99 5 0 99 6666 44 444 5 2 666 5 33 444 444 99 9999 99 0 5 66666 0 44 5 5 999 8888888888888 999 99 444444444 9 9 9 22 222222 9 9999 99 3333 9 88 000 9 99 444444444444 9 77 9 9 99 9 88 99 000 000 666666 777 777 9 9999 66 77777 2 1 1111 9 00 1 5555 44444 888888 555 9 99 9 7 33 7 777 77 7 33 77 333 777 444 44 444 5 2222222222222 1 444444444 5 5 5 7777 5 5555555555555 99 5 3333 55555555555555555555555555 888 11 999 2222222 7777 2 33 999 666666 1 666 9999999 2 9999999999999 1 1 1 2 777 1 0 555 9 000 9 66 66666 22222 0 0 0 22222 8888 666666 777 1 888 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 6666666 0000 88888888888888888888888 99 99 1 1 44 1 777 1 99 33333 888 1 777 99 22 6 77 1 0000000000000 1 777 33333 33333333 99 1 2 55 2 22222 1 0 88 00000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 9 9 9 0000 9 55 00000000 9 0 88 0 0 0 11111111 1 4 6
consensus : GACAGA-AAG-TCA--CA-G-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-A---------------G--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAC-A--AAAA-G------TCA-----A--AG---A--AA---AAC-GTCA--CAA--G--ACA-A--AA--AA-CG---ACA----GG-----ACAAAA----A-CAGNNGTC-ACAGATA-----TTCA-CG---T--AA-T----AT-GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAGAAT--T---ANT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-GTT
Reference ( family-45 ) : GACAGA-AAG-TCA--CA-G-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-A---------------G--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAC-A--AAAA-G------TCA-----A--AG---A--AA---AAC-GTCA--CAA--G--ACA-A--AA--AA-CG---ACA----GG-----ACAAAA----ANCAGNCGTC-ACAGATA-----NTCA-CG---T--AA-T----AT-GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAGAAT--T---ANT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-GTT
gi|1 : GGCAGA-A-G-TCAA-CA-G-G-AAAAAA------AG-TCGA-C-A---------------GG-A-CG-AAAAAG-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-AA--CAAT-G--G-A---GAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAA-A--AAAA-G------CCN-----N--NN---N--NN---NNN-NNNN--NNN--N--NNN-N--NN--NN-NN---NNN----NN-----NNNNNN----NNNNNNNNNN-NNNNNNN-----NNNN-NN---N--NN-N----N---AC--AGT-T-TTACTA----T--T---TT-TTAAATAAAA--TTGT-TA--TAT-A---A---T--TT--C-A--A-AT-T-----TAT-T--CAATTTTGT-TAAGGGTTT--------A----AAGGGGAA--TA---------T-G-AGT-AG-GCG------T-T----A--T------CTTT--TA---TGGAGAAT--T---AAT--T---TT-TATCATAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----AG-AT-G----A-TTAA-AACT-TA-CTTA----TT--CGTGTTTT------ATC--CGCAT-C--TA--T-G--AA-AAA---CAT--GAA-TTAG-GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-T-TT-TG----TTC-TTGT--------A----GG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------T-GT----T-TAC--AAT--TA----A-T--T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCACG-A---TGTCC-TT---G-T---G-A--C------TT-----C-ATT-T-T-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTTAC----T---TTAG---TGTCC-T-GTGATTTT--------TGTC------CGTGGATCTA--T---T-------T----TGTCTT---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGT--C-T---G-T--GAC------T---T-TTG---TA--CT-ATGTTGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----A--AT--T-TG-TA--C-T---A-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-C-GATTT----TTGTGA-CT--TTGA------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-AC-TTCTGTCT-GCT
gi|1 : atgtg-CT---G-T---G-A--C-T---TTTGTAC-T-A-TGT-T-G-T-C--A-----------T-T---GTGACAAT-T---T--G---TA-CTAT-G------T------------------C-T---------T---T-------T----TGTC-TATCGATTTTTG-T-----G--AC--T--TT-GATGTC-C-T---G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--C--------------------------T-GT---G-----AC-------TT--C-TG-TCTGC-T---T-TGA-C-CTAAT-----TT---------------TT----------------TCT----------------C-T---GA-TT----ATCTAA--T--TT-A------C-GTttgacctaattttttctctgattatctaatttacgtaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|10 : atgtgggcagaagtcaacaggaaaaaaagtcgacaggacgaaaaagtcacggacaaaatgaacaatggagaaaagtcacaatcagaaagtaggaaaaaaagccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagttttactattttttaaataaaattgttatataatttcaaatttattcaattttgttaagggtttaaaggggaatatgagtaggcgttatcttttatggagaattaatttttatcataactttctaaattttgatgaaaataattagatgattaaaacttacttattcgtgttttatccgcatctatgaaaaacatgaattagggtttataataagagtttttgttttttgttcttgtagggagggtagcttgtaataatttgtttacaattaatttaaaataaatcacgatgtccttgtgacttcattttattaattttgttactttagtgtcctgtgatttttgtccgtggatctattttgtctttgtgaccttttgtA-T----AT-GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTTTAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TC--GAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TAAGAGTAAGTC-G-AGT-AG-GTT------T-T----A--T----C-TTTT--T------GAGAAT--T---TAT--T---TT-TATC-TA---C-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATA---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----CT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---T------AT---A--A---G-AG-------A-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--GAGGG----GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TT-A--AA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CCACT-----T---G-A--C-----TTT-----C-A-T-TCT-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------N---N-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---N-NNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------N-NN---N-----NN----NNATG--T-GG-TCA-T-T---G-TAA-C-TT--T-----TT---------------GTCCTGTGTCTTTTTTTGCCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--AT-A------T-G-CC-TG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-ATaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|11 : tGACAGAGAAG-TCA--CA-G-A-ATCAAA------AG-TC-A-C-A---------------G--A-CG-AAA-GT-C---ACGACG-ACAAA---TG--C--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-----T-CACATC-CA-GA---AAGTTA--GAC-A--AAAA-G------TCAGC---A--GG---ACCAA---AAT-GCTC--CAA--G--ACA-A--AA--GA-C----ACA----GGC----ACAAAA----TCCAGG-----ACAGAAA-----GTCA-CAGTTT--AT-C----AT-GAAT-AAT-AATTG--A----T--T---TT-TTAAAA-TAA---TGT-TA--TATGA---A---T--TC--CAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------TTG-AGTCAG-GGT------T-T----A--T-A--CTTTTT--TA---T-GAGAAT--T---TAT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---A-T---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTTAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGCAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-GGTT-TG----CTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG----GTA--A-G------C----TAAAT----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--AA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----GTT-----C-A-T-T-T-
gi|12 : atgttgaA-T----AT-GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTTTAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TATAT--CA-CTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T------A--T-A--C-TTTT--TT---T-GAGAAT--T---TAT--T---T-----C-TAAC-T-T--T-C--T--AA---AAT---T----T-GATG---T---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AA-TAAA-CTTAATTATT--T--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---AAT--GAA-TAA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--A-GGG----GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--GA---TA----A----T--TA-------AA-TA----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTC-----T-T-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------N---N-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---N-NNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------N-NN---N-----NN----A--TG--T-GG-TCA-T-T---G-TGA-C-TT--T-----TTGTCCCGTGTCTTTTGGT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------tat
gi|13 : ----A-TTAG-TACTAAA-CTTA----TT--C--CTTTT------AT---CTTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTG--GGT--T---TATA---AA---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGTAGGGGGG-A----GG--G-GGG----GCTA-A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TACATAA---TA----AGTG-T--AA-------AA-ATTAG-------A--ATA-TCA-G-A---TG-TC-CT---G-T---GCA--C------TT-----C-A-T-TCT-A-A-TCGGA------T---T-T---GTGAC----T---TTGA---TGTCC-T-G------T--------GGCA------C-T---------T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C-------------------------CT-----T---T-TTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---------C-------------------------------------------------------------------T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------T-GTCC-AG--TG-AC-T-TTTGT-CCTTCCTCTTTGTG-ACTTTATGTCT-GTgt
gi|14 : -G-G-ACGAAA------CG-TC-A-C-A---------------GGGA-CA-AAAAGG-T--CACG--GCACAAA-A-TGCAC--CA-T-G--GGAC-AAAA-A-AA--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--CGCAA--AAAA-G------TCAC----A--CG---AC-AA---AAA-G-CA--C-------ACACA--AA--AA-TG---ACACAACGG-----ACAAAA---------TCGTC-ACAGATAAAAATGTCA--G---C--AAGTTTTAAT-AGA--AAT-A-TTGA-A----T--TGTGTG-TTATGA--CA--ATGT-AC--TGTGA---AACTT--TT--ATA--A-AT-ACATTGTAT-C--CA-TTTTGT-TAA----T-----------------------------------T-G-AGT-AA-GGT------T-TTTAAA--TCA--C-TT------------AAAAG--C---A-T--T---TT-GATC----C-T-C--T-C--A--AA---GTT---TG---T-GATG---A---gactttctgtcgccgttta
gi|15 : ---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-T---------TTGT--------A----GG--G-AGGTCCGGT---ACG------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--AA-------AA-ACA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATT-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---
gi|15 : ----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-T------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttttgtcctgtgactttctgtccgttt
gi|16 : aagagtttttgtttgtttttgtagggaggtccggtacgctttgtaataatttggtttacaataatgtaaaaacaaaatcagatgccctgtgactttcattttattaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----T---T--A---TG-CC-T-G------C--------TTTC------A-T---------TAAAT-------T----TCTAAT---------CG-T-----G--GC--T--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TGTTG---TC---------------T-------------T-G----G-----AC-------GT--T-TG-TC--C-T---G--GA-A-AT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-C-CTAA-CTGTAATTGTGA-CT--TT--------T-GTCCATG---G-TCAT-TTTGT-CC---------GTGAAATCTTTGTCCTGTTgttt
gi|16 : atgatgcggaaatgaacag-A-C-A---------------GG-A-CA-AAGATT-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC---AA-A-AG--T-CACAAT-TA-CAGTTAGGTAG--GAC-A--AAAT-T------TCC-----A--GG---A--CA---AAC-GTC---CAA--G--ACA-AC-AA--AG-TC---ACA----GG-----ACAAAA----AGCtgaatgtaccaaacaccagttaatatagaacgaataattgattttttttttgacaataagttttatgtatgaattctttaaagaatatctttcctttttgtaagt
gi|16 : atgatgcggaaatgaacagaGACAAA-ATG-AC---CATG-G-ACAAAA-------G-TC-A-C-AATTACAGTTAGGTAGG--A-CA-AAATTT-C--CA-G--G-ACAAA---CG-TC--CA---A--G-AC-AACA-A-AG--T-CAC----------------AG--GAC-A--AAAA-G------CCACG---ATTAG---A--AATTTAAT-GAAA--GCA--G--GCA-T--AATGAA-TGT--AC-------------CAAAC----ACCAGTTAAT-ATAGA----------A-CG------AA-T----A-----------A-TTG--ATTTTT--T---TT-TTGACAATAA--GTTT-TATGTATGA---A---TTCTT--TAAAGA-AT-A-----TCT-TTCCT-TTTTG--TAAG---Tcacgattagaaatttaatgaaagcaggcataatgaatgtaccaaacaccagttaatatagaacgaataattgattttttttttgacaataagttttatgtatgaattctttaaagaatatctttcctttttgtaagt
gi|16 : atgatgcggaaatgaacagaacaggacaaagatttcacg---T--AA-T----ATAGAACGAAT-AATTG--ATTTTT--T---TT-TTGACAATAA--GTTT-TATGTATGA---A---TTCTT--TAAAGA-AT-A-----TCT-TTCCT-TTTTG--TAAG---T
gi|17 : atgatgcggaaatgaacagaacaggacaaagatttcacggacaaaatgaccatggacaaaagtcacaattacagttaggtaggacaaaatttccaggacaaacgtccaagacaacaaagtcacaggacaaaaagccacgattagaaatttaatgaaagcaggcataatgaatgtaccaaacaccagtT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---TATA---A----A--A---A-AG-------A-----TTTC-----------------------------TTAT--------A----------------------A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TACTACA-TA-T--TA-------AAGATTGTGAAAACAA--A-A-TCA-G-A---TG----CT---G-C---G-T--C-T---TTTTGTCCT-A-T-T-TGA-T-T--AA------G---T-C---ATGA-----T---T--G---TG-AC-TCG------T--------TGTC------C-TATGACG---T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--T--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GGCT-----T---T-TTG---TT--CT-ATGTG---------------------GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T-----------TT--T-----------------------------------------------------------------GA-TT----TTGTGA-TT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-TCTT-TCTGT-CC--------
gi|18 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TA-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TT-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATT-T-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---TTGAC----T---T--A---Tgt
gi|18 : ----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------TGGTCC-TG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttatggtcctgtgactttctgtccgttta
gi|19 : agctttgtaataatttggtttacaataatattaaaataaaatcagattccctgtgactttcattttatttaattttttgacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A---G-AAT----A-TTT-----TG-GT-G----A-T----------A---TA----TA--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--GGT--T---TATACTCGT---A--AAACG-AG-----------------G---------T-A-TG---------------GA--------A----GG--G-GGG----TG---A-G------C----T---TTATATTA---A--TAAT---T-------TTGT----T-TAC--AA---TA----ATTG-T-----------GA-CT-----------------TT----A---TG-TC-CT---G-T---G-A--CAT---TTT-----C----------------------------C-T---GTGACT---T---T--C---TG-TC-C-G------T--------Tgttta
gi|2 : GACAGA-AAG-TCA--CA-G-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-C---------------T--A-CA-AAAAGT----CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AT--AAA-A-AG--T-CACAGT-CT-GA---AAGTAA--GAC-A--AAAA-G------TCAC----A--AGAC-A--AA---AAC-GT-G--CGACGG--ACA-AGGAA--AA-TGTCCACA----AGGAGACATAAAAGATCAACAG--GTT-AAAAATA-----T-------------A-T----AG-AAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TTATCGAAAAT-A--ATTT-TA--AAAGAAGTA---T--TT--AAT--A-AT-AGAT--TGT-T--CA-TCATGTCCAAG---TTTACAAGTAA----GAG---AA--TA---------A-G-TAT-AC-AGTTATGTCT-T----A--T-A--T-TTTTCCTA---T-GGGAAT--T----TT--TGC-TT-TATT-T--C-T-A--T-CG-TAAAA---ATT---TA---T-GATG---AAGTA-AAT----ATATTCTAAGTGTAT-A----ATTTAGTTACTAAATCTTA----TTGGC--GCTTTTATCTGAT---CGTTT-CTATA-TT-G--TG-AAA---TATTAGAT-TTA--GGC--TTACTATA---ATTAGA--A---GTAGTTTAGGAT-----TTTTGATTGTAATTT-T-TTTT-TGAAAATTT-TTGG--------AGCGGGG--G-GGA----GTA--A-G------C----TTA-T----GTAAATA--TAGT---TTTTGGCATGGTACTGT-CAC--AAAATCA----ATTG-TAATAG------AA-ATAA--------A--A-A-TCA-GTA---TA-TC-CT---GTT---G-ATGC-T---TTC-----T-A-A-T-T-C-T-A--AATACGATT---T-T---GTGACTTTTT---T--ACGCTG-CC-T-G------TGTTTTATCTGAC------C-TAGTGACTA-T---TATACAAAT----TATC-T---------TG-T-----GTAGC--CTTTT-T-TGT--C-T---G-TAAAACT-----TTCAT-TTG---TC--CC-ATGTGGTTA-T-------------T-GT---G-----AC----T--GT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-C----T-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TTTGC-CC--------TGTG-ACTTTCTGTtaccactacgaataagaggtggatgttatgaatcaaatcggttaacaga
gi|20 : aatgtggA---TA----T-TT-T--TA-------AA-AT----------ATAA-A-TCA-G-A-------------------------C-T---TT--------A-T-TCT-G-T-C--GA------T---T-TT--GTG-C----T---T--A---CGTCC-T-G------T--------GA--------C-T---------T---T-------T----TATC-T---------TG-T--------AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--CTTATGTGGTTA-T-------------T-GT---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT------------------T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-G------T-GTCC-TG--TG-AC-T-TTTGT-CT--------CGTG-ACTTTCTGTCT-GTT
gi|21 : atacatgtatatatatA-A-G-AAAGAA------AG-TC-A-C-G--------------------TG-AAAAATAT--CACG--A-ACAAA-AATG-AC--CT-T-G--G-AC-A-AA-A-AG--T-CACAAC-CA-CAATCAAGTAT--GGC-A--AAAT-G------TC
gi|21 : gt---------TG-T-----G--AG--T--CT-T-CATC-C-T---G-T--GACA-----A---T-TTG---CC--CT-ACTT--TCA-TGAAAATTAAAAACC-GT---A-----AA----T--TT--T--G-TC--C-G---G-CGA-C-AT--T-----TT---------------GC----------------CAT----------------ACT-T-GA-TT------GTG------------------GT---TG--TG-ACTT-TTTGT-CCAA------GGTC-A-TTTTTGTTC-GTgccggacaaaatttacggtttttaattttcatgaaagtagggcaaattgtcacaggatgaagactcacagtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|22 : gtaagaaagaaagtcacgtgaaaaatatc--G--ACA-A--AA--AATCC---ACA----GG-----ACAAAA----------TGTCCACAG--------TTTA------------T----AT-GAA--AATGA-TTG--A----T--T---TT-T--AAAATAA--ATTT-TA--TA-GA---A---T--TT--TAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTT-GT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-GGAGT-AA-TAT------CAT----A--T-A--C-TTTC--TA---T-GAGAAT--T---AAT--TA--TT-TAAC---AC-T-T--T-T--T--AA---TTT---T----TTGATG---A---A-AAT----gtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|23 : --C--TT-T-TGTCACAT---G-T--GACTACTCATA--T-TTGGATTCAACT-AT-TGAT-G-T-------------T-GT---ATATATAC----T--TT--TATG-TC--G-T---G-TGA-C-TT--TATTTTTT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GT-TT----TTGCGA-CT--TTAA------T-GTCC-TG--TGAACTT-TTTGT-CC--------TGTG-
gi|24 : tattgatttatta-G-G-ACAGAA------AG-TC-AGC-A---------------G--A-CC-AAAAGT-CA-CGCG--A-ACAAATA-TG-AC--CAAT-G--G-AC--AAA-A-AG--T-CACCAA-CAGGA---AAGTAG--GAC-A--AAAA-GT-----TCA-----A--A
gi|24 : -T---G-A--T-T---TTC-----C-A-T-A-T-A-TAG--GA------T---C-TCCCATGGG----T---T--G---TG-GT-T--------T--------TGAA------C-T---------T---T-------T----TGTC-C---------TACT-----T--TC--C--TG-T-TG---------G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--C--AT-TGGTCA-TATTTGTTCG----C-GT---G-----AC----T--TT--T-GG-T---C-T---GCTGA-C-TT--T-----CT---------------GT----------------CCaccacaacccatgggagatcctatatatggaaaatcatgattg
gi|25 : GACAGA-A-G-TCA--CA-G---ACAAAA------AG-TC-A-C-A---------------G--AGCG-AAAAGT-CAGCGCG--C-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-ACAAAAA-A-AG--T-AAC-AT-CA-GA---AAGTA---GAC-----AAA-G------TCA-----C--AGACAA--AA---AAT-GTCA--CAA--G--Atgattg
gi|27 : ttgtgatgtgc-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-ACAGTTAT-GTCC-TG--TG-ATTT-TTTGT-CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-GTT
gi|28 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---CA----A-CG-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---Tta
gi|29 : cgtaGA-C-TT--T-----TT---------------GTT---------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGACCT--TT-T------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TCTGT-C
gi|3 : -G-G-ACAGAA------AG-TC-A-C-A---------------G--G-----------------G--G-AC-AA-A-TG-ACCACA-T-GA-G-AC-ATAA-A-AGGAT-CACAAT-CA-GA---AAGTAGGTGAC-ATTAATA-GTAGATCTCACATTGA--AG---C--AA---AATGGTCGATCAA--GACACA-A--GA--AG-CA---GCA----GG-----ACAAAA----GTCACAGGAC-AC---TA-----TTCAGAG---TTCTA-T----AT-GAA--TA--A-TTA--A----C--T---TT-AT-GTAATAAG-ATGCATACTCATGA---A---TA-TTCACGA--AGACAA-----TAT-TG-AA-TTTTGT-TTAG---AT--------T----AAG---AACTCA---------T-G-GTC-AGAGAT------T-TA---A--T-AAGG-TTCT--TACTCT-GAGGATTCT---ACT--TATGTT-TGTC-GAAC-T-TTAT-CAGT--AACGTACTCTAT----T-GATA---G---A-AAT----A-ATT-----TA-CT-G------CTAA-AACTAgct
gi|3 : gT-G--CG-AAGAATCAC--GAAATTAAGGGT--C---TCGA---AT---ACTA---G-AG-------TAATTCTTTTG---------T-T--GTT-T-----TTT-TTGTTATGTTTTG----GG--G-GAG----GC---G-GAGGGTTCA---T---T----GTA---ACCTAATAAAT-------TGAT----T-AAC--AAA--TA----A-TG-T--TACACCCCCAA-CT----------A--A-AATCA-GCA---TG-CC--T---G-T---G-A--C-T---TC------C-T-T-C-T-A-T----AA------TCTCT-T---GTGAC----T---TT-A---TGTCC-T-G------TGCTTCTC-TGTC------C-T---------T---G-------T----TGTC-T---------TT-TTTCTTGC-AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--ACCT-----T---A-TT--------CT--TGTGTTCA-T-------------T-GTTATG-----A--------TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------C-T----------------A-T-C--A-TT----TTGTGA-CTC-TT-A--------GTCC-GGC-TG-ACTT-TT----CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-GTTctataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacatgcgaagaatcacgaaattaagggtctcgaatactagagtaattcttttgttgttttttttgttatgttttgggggaggcggagggttcattgtaacctaataaattgattaacaaataatgttacacccccaactaaaatcagcatgcctgtgacttccttctataatctcttgtgactttatgtcctgtgcttctctgtccttgttgtcttttttcttgcaccttttgtcctgtaccttattcttgtgttcattgttatgattttgtcctgtgactttttgtctatcattttgtgactcttagtccggctgacttttcctgtgactttctgtccgttta
gi|4 : gggacagaaagtcacaggggacaaatgaccacatgagacataaaaggatcacaatcagaaagtaggtgacattaatagtagatctcacattgaagcaaaatggtcgatcaagacacaagaagcagcaggacaaaagtcacaggacactattcagagttctatatgaataattaactttatgtaataagatgcatactcatgaatattcacgaagacaatattgaattttgtttagattaagaactcatggtcagagatttaataaggttcttactctgaggattctacttatgtttgtcgaactttatcagtaacgtactctattgatagaaataatttactgctaaaactactataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacaGA-AAG-TCATTCA-G-GGACAAAA------AG-TC-A-C-A---------------G--A-CGCAAAAGT-C---ACG----ACAAA-A-TG-AC--CA-TAG--G-AC-AAAA-A-TG--C-AGCAAT-CAAGA---AAGTAG--GAC-AGTAAAN-N------NNN-----N--NN---N--NN---NNN-NNNN--NNN--N--NNN-N--NN--NN-NN---NNN----NN-----NNNNNN----NNNNNNNNNN-NNNNNNN-----NNNAACAGT-T--TA-T----AT-GAA--ATT-A-TTG--A----TGTT---TT-TTAAATATAA---TGT-TAA-TATGA---A---T--TT--TGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TTTT------AT---AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T----C-TTTT--TA---T-GAGAAT--TTTTATT--G---TT-CATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATGTTAA---A-AATT---A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-GC-CG-AAA---CAT--GAA-TTA--AGTCCT---AATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TGTGT-TTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG----GTATAA-GTTT---T----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----TGTACA-AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-ATAAA-------A--A-A-T-A-G-A---TG-CC-CT---G-TGGGG-A--C-----TTT-----C-A-T-TGT-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------N---N-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---N-NNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------NCGT----------C----T--GTCGT-GG-TC--A-TTGGG-TGA-CTTT--T-----TT---------------GT----------------CCTGTGTCTTTTTGTCCTAG-T-C-AA-TT----TTGTGA-CT--AT-A------T-GTCA-TGTTTG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-AC-TTCTGTCC-GTta
gi|5 : aatgtgggaacaatCAGA-A-G-TCA--CA-GTG-ACATAA------AG-TC-A-C----------------------CG-----GC-C----------ATAAA-A-TG-AC--C--T-G--G-AC-AAAA-A-AG--TCCACAATCCA-GG---AAGTAG----C-A--AAAA-G------TCA-----C--AGAC-A--AA---AAT-GTCA--CAA--G--ACA-A--AA--AA-CGCGTGTA----GG-----ACCAA-------CAATGGTC-ACAGTTA---------------T--AA-A----A---AA--AAA-A-TTG-------T--T---TT-TT-AAGATAAACATGA-TAT-TATGA---A---T--TT--CAA--A-AT-T-----TGTAT--CA--TTTGT-TAAGT--TT--------AGTTTAAG---AA---A---------T-G-AGT-TG-GGT------T-T----ACGT-A--C-TTTT--TA---A-TA-AAT--T---ATTCAT---TT-TTTT-CAAC-T-T--TCC--T--AA---ATT---TTCCAT-G-TG---A---ACAAT----A-ATT-----TGAAT-GTGGAA-TAAG-TACTAAA-C---------------TTTA------AT---CGCAT-C--TATTT-G--CGCAAA---CAC--GAA-TTA--GGT--TG--GATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------TAT-TGTT-TG----TTTATGGT--------G----TG--G-GGG----GC---C-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T---------GT----T-TAC--AA---TA----AGTG-T--AA-------AACAT----------AATA-A-GCA-G-ACCCTG-CC-CTTGGG-T---G-A--C-T---TTT-----CAA-T-C-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---GTTGC----T---T--A---TG-CCTT-GTGAC--T--------TGTC------C-TTACTGAGTCT---T-------T----TGTC-----------TG-T-----G--AC--C--CT-T-TTTC-C-TGTCG-T--GA-------T---T-TTG---TC--CG-ATGTGGTCATT-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--CTT---G-TGA-C--T--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTG--CT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TATGT-CC--------ctta
gi|6 : gaatgtgcgggcccA-AAGCTCA--CC-A-G-GCAAAATAATAAAGCTC-A-CCA---------------G--A-CG-AAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-GTGG-AA-GAAATA-AG--TACACAAT-CA-AA---AA-TAG---AC-A--AAAAAG------TCA-----A--GG---A--CA---AAC-ATCA--CAA--G--ACA-A--AA--AA-C----ACG----GG-----ACAAAC----A-CGGAC-----CAAACA-----TTC--C------------------------AC-A-TTT--A----T--A---TT-TTAA----AA--ATGT-TA--TATGA---A---TC-TT--CAA--A-AT-A------AT-T--CA--TTTAT-TAAG---TT--------A----AAG----A--TA---------T-G-AGT-A---GT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAAAAA--T---ATT--T---TTAAATC-TAACTT-T--T-C--T--AC---AAT---T----T-GATG---A---A-CATATAAA-ATA-----AG-ATAG----A-TTAG-AAATA----CTA----TT-----ATTTT------AT---CGCATCC--TA-TC-GTACA-AAA---CAG--AAA-TT-----T--C---TAT----AT---A--A---G-AG-------G-----TTTTC---------T-TGTATTATG----TTT-TTGC--------T----AG--C-AGG----AT---A-A------CGACAT---T----GTAACTA--TAAT---T-------TG---------AC--AA---AA----A-TGTT--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA---A---TG-TC-CT---G-T---G-G--A-C---TTT-----C-A-T-T-T-T-A-T--AA------T---T-T---GTTAC----TTTAT--A---TGTCC-T-GTATTTTT--------TGTCCTGATTC-T---------T---T-------T----TGTC-----------TG-T--------AC--C--TTAT-TATC-C-T---GAT--GACT-----T---T-TTG---TC--CT-AT-TTTCCA-T-------------A-GT---G-----ACAACAT--TA--A-CGATA--C-TA--G-T---C-CT--T-----T-----------------T----------------CCT----------------A-T-C--A-TT----TTGTGA-C---TC-A------T--TCC-TG---G-AC---TTTGT-CC--------T-TG-ACTTTCT-TCT-GTgt
gi|7 : atggcgaaccaagaGACAGA-AAG-TCA--CA-G-G-ACAACA------AG-TC-A-C-A---------------G--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-ATAG--TTCACTAT-CA-GA---AAGTNN--NNN-N--NNNN-N------NNN-----N--NN---N--NN---NNN-NNNN--NNN--N--NNN-N--NN--NN-NN---NNN----NN-----NNNNNN----NNNNNNNNNN-NNNNNNN-----NNNN-NN---T--AA-T----AT-GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--ATAT-A-----TAT-T--C--CTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTAT--TA---T-GAGAAT--T---ATT--T---TT-TATC-TAAC-T-T----C--T--AA---ATT---T-------GTG---A---A-AAT----A--TT-----TG-AT-G----A-TT-G-AACTAAA-CGTA----TT--C--ATTT-------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----AG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----G-TG-T--TA-------AA-AT-------------A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------T-T---------T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GA-T-----T---T-TTG---TC--CT-CTGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG--C--C-T---G-TGAGC-TT--T-----TT---------------GT----------------CTT----------------A-TAC-GA-TT----TTTGGA-CTAATT-A------T--TCC-TG--TG-ACTTATTTGTGCC--------TGTG-A-TTTCTGTCC-GTT
gi|8 : -AAA-TCAT-CA-G-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-A---------------G--A-CGTAAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TGGAC--CA-T-G--G-AC-AGAA-A--G--T-AACAAT-CA--A---AAGTAG--GAC-A--AAA-------------------------------------GT-A--CAG--G--ACA-A--AA--AG-TC---ACA----GG-----ACAAA-------------T-----GGTA-------CA-TT---T--A--T----AT-GAA--AAT-A-T-G--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-AA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--AA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------C-G-A-T-A--GGT------T-T----A--T-A--C-TTTTC-TA---T--AGAA-------A--------TT-TATT-TAAC-T-T--T-T--C--TA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT------A-TTAG-ATTTAAA-CTTA----TT--A--ATTTT-------T---CGTAT-C--TA-TTGG--TG-AAA---AAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-T----------------AG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---T-----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A------CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-A-T-T-T---T-T--AAT-----T---T-T---GTGAC----T---T--A----G-TC-T-G------T----------AC------T-T---------T---T-------TGCTGTGTC-T---------TT-T-----T--TCTAC--TT-T-TGT--C-T---G-T---ACT-----T---T-TTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T--T---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-C--A-TT----TTGT-A-C---TT-A------T-GTCC-----TG-ACTT-TTTGC-Ca
gi|9 : cGACAGA-AAG-TCA--CA-G-G-ACAAAA------AG-TC-A-T-G---------------G--A--------GT-T--------------A-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-A--G--T-CACAAT-CT-GA---AAATGG--TAC-A--AAAA-G------TCAC----A--AG---AC-AA---AAA-GGCA--CAA--G--ACA-A--AA--AG-TC---ACA----GG-----ACAAAA---------TGGTC-ACAG--------TTTA-C---------------AT-GAA--AAT-G-TTG--A----T--T---TT-T---AAATAA--ATTG-TA--TATGA---A---T--TT--T-A--A-AT-A-----CAT-G--TA-TT--AT-TCAT---TT--------A----TATTC-AA--TA---------T-A-AAT-AA-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTC--TA---T-GAGAAT--T---TAT--T---TC-TATT-CAGC-TAT--T-C--T--AA---ATT---T------GATG---A---A-GAT----A--TT-----TG-AT-G----A-TTAG-TACTAAA--TTA----TT--C--CTTTT------ATAATTGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GAT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TGTTGTTT------T-T-TGTT-TG-----TT-TTGT--------A----GG--T-GGG----GT---A-ATC----T----T---T----GTA---T--AAAT---T-------TGGT----T-T----AA---TA------------------------------------A--A-A-TCA-A-A---TG-TT-CT-----TCA-G-A--C-TTGATTT-----T-A-T-T-CAA-T-C--GA------T---TCT---GTGA--------------------------------------------------C-T---------T---T-------T----TGT---------------------------------------C-C-T---G-T--TACT-----T---T-TTA---TC--CT-ATGTTGTCA-T-------------T-GT---G-----AT----T--TT--T-T
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTCCAATGATATATGATACTTTTTTTCTGTGACTTTTTCCCCCTATGACTTTCTTTCCGTTTACCTTATAATGTGTGTGTGTTTGGATACGCTAGAATCACAATCACTGAACACAT
Unaligned ( gi|30 ): CAAAGATATTTGGTATTAGTATCTATATCCATAACAGGATAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): CAAAACACAACCCATGGGCGATCCTATATAAATCAAAATTGAAT
Unaligned ( gi|32 ): GTCCGCATGGGCCTAATTATTTCCCTGATTATCTAATTTAGGT
Unaligned ( gi|33 ): ATATCATATTCTGATGCAATATACAAATTGAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22222 111111 33333333333333 222222 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111 1111111111111 111111111 111111111111 111111 1111111111111 111111111 1111111111111 22222222222222222222222222 3333333333333 11111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111111111 2222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111
lowQualScore : 4 5 4 33 2 2 888888 2 2 2 2 99 2 5 11111 6666 2 2 5 33 5 2 66 2 66 2 55 33 8 2 5 999 444 2 77 2 000000 33333333333333 77777777 33 33 3 77 111111 6666 00000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 66 2 5 66 5555 33 444 2 6 666 2 22 444 444 99 8888 33 5 2 11111 5 66 2 2 777 7777777777777 888 33 111111111 2 2 2 55 888888 2 8888 33 8888 2 66 555 2 33 666666666666 2 44 2 2 33 2 66 33 555 555 222222 444 444 2 8888 33 77777 6 3 6666 2 33 3 6666 77777 888888 888 2 33 2 2 66 2 444 33 2 66 33 777 444 444 33 444 2 3333333333333 0 444444444 2 2 2 9999 2 8888888888888 66 2 5555 66666666666666666666666666 777 33 333 7777777 4444 2 55 777 888888 2 444 8888888 4 1111111111111 2 2 2 4 333 2 2 333 1 666 1 22 55555 99999 2 6 2 88888 4444 666666 333 2 555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 7777777 5555 44444444444444444444444 22 22 2 2 44 2 333 2 22 55555 555 2 333 22 33 3 22 2 0000000000000 2 333 55555 99999999 22 2 2 77 2 66666 2 2 22 55555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 1 1 4444 1 44 77777777 1 2 44 2 2 2 11111111 3 0 3
lowQualScore : . . . .. . . ...... . . . . .. . . ..... .... . . . .. . . .. . .. . .. .. . . . ... ... . .. . ...... .............. ........ .. .. . .. ...... .... ..... ............................................................. . .. . . .. .... .. ... . . ... . .. ... ... .. .... .. . . ..... . .. . . ... ............. ... .. ......... . . . .. ...... . .... .. .... . .. ... . .. ............ . .. . . .. . .. .. ... ... ...... ... ... . .... .. ..... . . .... . .. . .... ..... ...... ... . .. . . .. . ... .. . .. .. ... ... ... .. ... . ............. . ......... . . . .... . ............. .. . .... .......................... ... .. ... ....... .... . .. ... ...... . ... ....... . ............. . . . . ... . . ... . ... . .. ..... ..... . . . ..... .... ...... ... . ... ............................................................. ... ....... .... ....................... .. .. . . .. . ... . .. ..... ... . ... .. .. . .. . ............. . ... ..... ........ .. . . .. . ..... . . .. ..... .................................................... . . . . .... . .. ........ . . .. . . . ........ . . .
lowQualScore : 0 7 0 55 9 9 222222 9 7 7 7 00 7 3 00000 8888 7 7 3 77 3 7 33 7 11 7 22 77 0 7 3 333 444 7 33 7 333333 44444444444444 11111111 99 99 1 33 777777 5555 88888 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 33 7 3 33 7777 77 777 7 2 666 7 77 777 777 00 7777 77 3 7 33333 3 33 7 7 333 8888888888888 999 99 444444444 9 9 9 22 222222 9 9999 99 3333 9 88 000 9 99 444444444444 9 77 9 9 99 9 88 99 000 000 666666 777 777 9 9999 66 77777 2 1 1111 9 00 1 5555 44444 888888 555 9 99 9 7 33 7 777 77 7 33 77 333 777 444 44 444 5 2222222222222 1 444444444 5 5 5 7777 5 5555555555555 99 5 3333 55555555555555555555555555 888 11 999 2222222 7777 2 33 999 666666 1 666 9999999 2 9999999999999 1 1 1 2 777 1 0 555 9 000 9 66 66666 22222 0 0 0 22222 8888 666666 777 1 888 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 6666666 0000 88888888888888888888888 99 99 1 1 44 1 777 1 99 33333 888 1 777 99 22 6 77 1 0000000000000 1 777 33333 33333333 99 1 2 55 2 22222 1 0 88 00000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 9 9 9 0000 9 55 00000000 9 0 88 0 0 0 11111111 1 4 6
consensus : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAC-A--AAAA-G------TCA-----AAG---A--AAAAC-GTCA--CAA--G--ACA-A--AAAA-CG---ACA----GG-----ACAAA-----A------ACAGTN-GTC-ACAGA----T----AT-TC--A-----T--AA-T----AT-GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAGAAT--T---ANT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-GTT
Reference ( family-45 ) : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAC-A--AAAA-G------TCA-----AAG---A--AAAAC-GTCA--CAA--G--ACA-A--AAAA-CG---ACA----GG-----ACAAA-----A------ACAGNN-GTC-ACAGA----T----AT-TC--A-CG--T--AA-T----AT-GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAGAAT--T---ANT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-GTT
gi|1 : GGCAGA-A-G-TCAA-CAG-G-AAAAAA------AG-TCGA-C-AGG-A-CG-AAAAAG-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-AA--CAAT-G--G-A---GAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAA-A--AAAA-G------CCN-----NNN---N--NNNNN-NNNN--NNN--N--NNN-N--NNNN-NN---NNN----NN-----NNNNN-----N------NNNNNN-NNN-NNNNN----N----NN-NN--N-NN--N--NN-N----NN--AC--AGT-T-TTACTA----T--T---TT-TTAAATAAAA--TTGT-TA--TAT-A---A---T--TT--C-A--A-AT-T-----TAT-T--CAATTTTGT-TAAGGGTTT--------A----AAGGGGAA--TA---------T-G-AGT-AG-GCG------T-T----A--T------CTTT--TA---TGGAGAAT--T---AAT--T---TT-TATCATAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----AG-AT-G----A-TTAA-AACT-TA-CTTA----TT--CGTGTTTT------ATC--CGCAT-C--TA--T-G--AA-AAA---CAT--GAA-TTAG-GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-T-TT-TG----TTC-TTGT--------A----GG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------T-GT----T-TAC--AAT--TA----A-T--T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCACG-A---TGTCC-TT---G-T---G-A--C------TT-----C-ATT-T-T-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTTAC----T---TTAG---TGTCC-T-GTGATTTT--------TGTC------CGTGGATCTA--T---T-------T----TGTCTT---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGT--C-T---G-T--GAC------T---T-TTG---TA--CT-ATGTTGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----A--AT--T-TG-TA--C-T---A-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-C-GATTT----TTGTGA-CT--TTGA------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-AC-TTCTGTCT-GCT
gi|1 : atgtg-CT---G-T---G-A--C-T---TTTGTAC-T-A-TGT-T-G-T-C--A-----------T-T---GTGACAAT-T---T--G---TA-CTAT-G------T------------------C-T---------T---T-------T----TGTC-TATCGATTTTTG-T-----G--AC--T--TT-GATGTC-C-T---G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--C--------------------------T-GT---G-----AC-------TT--C-TG-TCTGC-T---T-TGA-C-CTAAT-----TT---------------TT----------------TCT----------------C-T---GA-TT----ATCTAA--T--TT-A------C-GTttgacctaattttttctctgattatctaatttacgtaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|10 : atgtgggcagaagtcaacaggaaaaaaagtcgacaggacgaaaaagtcacggacaaaatgaacaatggagaaaagtcacaatcagaaagtaggaaaaaaagccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagttttactattttttaaataaaattgttatataatttcaaatttattcaattttgttaagggtttaaaggggaatatgagtaggcgttatcttttatggagaattaatttttatcataactttctaaattttgatgaaaataattagatgattaaaacttacttattcgtgttttatccgcatctatgaaaaacatgaattagggtttataataagagtttttgttttttgttcttgtagggagggtagcttgtaataatttgtttacaattaatttaaaataaatcacgatgtccttgtgacttcattttattaattttgttactttagtgtcctgtgatttttgtccgtggatctattttgtctttgtgaccttttgtA-T----AT-GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTTTAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TC--GAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TAAGAGTAAGTC-G-AGT-AG-GTT------T-T----A--T----C-TTTT--T------GAGAAT--T---TAT--T---TT-TATC-TA---C-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATA---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----CT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---T------AT---A--A---G-AG-------A-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--GAGGG----GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TT-A--AA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CCACT-----T---G-A--C-----TTT-----C-A-T-TCT-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------N---N-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---N-NNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------N-NN---N-----NN----NNATG--T-GG-TCA-T-T---G-TAA-C-TT--T-----TT---------------GTCCTGTGTCTTTTTTTGCCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--AT-A------T-G-CC-TG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-ATaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|11 : tGACAGAGAAG-TCA--CAG-A-ATCAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAA-GT-C---ACGACG-ACAAA---TG--C--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-----T-CACATC-CA-GA---AAGTTA--GAC-A--AAAA-G------TCAGC---AGG---ACCAAAAT-GCTC--CAA--G--ACA-A--AAGA-C----ACA----GGC----ACAAA-----ATCCAGGACAGAAAGTC-ACAG-----------T-T---------T--AT-C----AT-GAAT-AAT-AATTG--A----T--T---TT-TTAAAA-TAA---TGT-TA--TATGA---A---T--TC--CAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------TTG-AGTCAG-GGT------T-T----A--T-A--CTTTTT--TA---T-GAGAAT--T---TAT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---A-T---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTTAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGCAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-GGTT-TG----CTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG----GTA--A-G------C----TAAAT----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--AA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----GTT-----C-A-T-T-T-
gi|12 : atgttgaA-T----AT-GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTTTAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TATAT--CA-CTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T------A--T-A--C-TTTT--TT---T-GAGAAT--T---TAT--T---T-----C-TAAC-T-T--T-C--T--AA---AAT---T----T-GATG---T---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AA-TAAA-CTTAATTATT--T--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---AAT--GAA-TAA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--A-GGG----GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--GA---TA----A----T--TA-------AA-TA----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTC-----T-T-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------N---N-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---N-NNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------N-NN---N-----NN----A--TG--T-GG-TCA-T-T---G-TGA-C-TT--T-----TTGTCCCGTGTCTTTTGGT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------tat
gi|13 : ----A-TTAG-TACTAAA-CTTA----TT--C--CTTTT------AT---CTTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTG--GGT--T---TATA---AA---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGTAGGGGGG-A----GG--G-GGG----GCTA-A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TACATAA---TA----AGTG-T--AA-------AA-ATTAG-------A--ATA-TCA-G-A---TG-TC-CT---G-T---GCA--C------TT-----C-A-T-TCT-A-A-TCGGA------T---T-T---GTGAC----T---TTGA---TGTCC-T-G------T--------GGCA------C-T---------T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C-------------------------CT-----T---T-TTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---------C-------------------------------------------------------------------T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------T-GTCC-AG--TG-AC-T-TTTGT-CCTTCCTCTTTGTG-ACTTTATGTCT-GTgt
gi|14 : G-G-ACGAAA------CG-TC-A-C-AGGGA-CA-AAAAGG-T--CACG--GCACAAA-A-TGCAC--CA-T-G--GGAC-AAAA-A-AA--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--CGCAA--AAAA-G------TCAC----ACG---AC-AAAAA-G-CA--C-------ACACA--AAAA-TG---ACACAACGG-----ACAAA-----A----------TC-GTC-ACAGA----TAAAAATGTC--A--G--C--AAGTTTTAAT-AGA--AAT-A-TTGA-A----T--TGTGTG-TTATGA--CA--ATGT-AC--TGTGA---AACTT--TT--ATA--A-AT-ACATTGTAT-C--CA-TTTTGT-TAA----T-----------------------------------T-G-AGT-AA-GGT------T-TTTAAA--TCA--C-TT------------AAAAG--C---A-T--T---TT-GATC----C-T-C--T-C--A--AA---GTT---TG---T-GATG---A---gactttctgtcgccgttta
gi|15 : ---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-T---------TTGT--------A----GG--G-AGGTCCGGT---ACG------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--AA-------AA-ACA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATT-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---
gi|15 : ----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-T------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttttgtcctgtgactttctgtccgttt
gi|16 : aagagtttttgtttgtttttgtagggaggtccggtacgctttgtaataatttggtttacaataatgtaaaaacaaaatcagatgccctgtgactttcattttattaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----T---T--A---TG-CC-T-G------C--------TTTC------A-T---------TAAAT-------T----TCTAAT---------CG-T-----G--GC--T--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TGTTG---TC---------------T-------------T-G----G-----AC-------GT--T-TG-TC--C-T---G--GA-A-AT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-C-CTAA-CTGTAATTGTGA-CT--TT--------T-GTCCATG---G-TCAT-TTTGT-CC---------GTGAAATCTTTGTCCTGTTgttt
gi|16 : atgatgcggaaatgaacag-A-C-AGG-A-CA-AAGATT-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC---AA-A-AG--T-CACAAT-TA-CAGTTAGGTAG--GAC-A--AAAT-T------TCC-----AGG---A--CAAAC-GTC---CAA--G--ACA-AC-AAAG-TC---ACA----GG-----ACAAA-----A------Atgaatgtaccaaacaccagttaatatagaacgaataattgattttttttttgacaataagttttatgtatgaattctttaaagaatatctttcctttttgtaagt
gi|16 : atgatgcggaaatgaacaga--T--AA-T----ATAGAACGAAT-AATTG--ATTTTT--T---TT-TTGACAATAA--GTTT-TATGTATGA---A---TTCTT--TAAAGA-AT-A-----TCT-TTCCT-TTTTG--TAAG---Tgccacgattagaaatttaatgaaagcaggcataatgaatgtaccaaacaccagttaatatagaacgaataattgattttttttttgacaataagttttatgtatgaattctttaaagaatatctttcctttttgtaagt
gi|17 : atgatgcggaaatgaacagaacaggacaaagatttcacggacaaaatgaccatggacaaaagtcacaattacagttaggtaggacaaaatttccaggacaaacgtccaagacaacaaagtcacaggacaaaaagccacgattagaaatttaatgaaagcaggcataatgaatgtaccaaacaccagtT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---TATA---A----A--A---A-AG-------A-----TTTC-----------------------------TTAT--------A----------------------A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TACTACA-TA-T--TA-------AAGATTGTGAAAACAA--A-A-TCA-G-A---TG----CT---G-C---G-T--C-T---TTTTGTCCT-A-T-T-TGA-T-T--AA------G---T-C---ATGA-----T---T--G---TG-AC-TCG------T--------TGTC------C-TATGACG---T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--T--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GGCT-----T---T-TTG---TT--CT-ATGTG---------------------GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T-----------TT--T-----------------------------------------------------------------GA-TT----TTGTGA-TT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-TCTT-TCTGT-CC--------
gi|18 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TA-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TT-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATT-T-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---TTGAC----T---T--A---Tgt
gi|18 : ----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-A------TGGTCC-TG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttatggtcctgtgactttctgtccgttta
gi|19 : agctttgtaataatttggtttacaataatattaaaataaaatcagattccctgtgactttcattttatttaattttttgacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A---G-AAT----A-TTT-----TG-GT-G----A-T----------A---TA----TA--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--GGT--T---TATACTCGT---A--AAACG-AG-----------------G---------T-A-TG---------------GA--------A----GG--G-GGG----TG---A-G------C----T---TTATATTA---A--TAAT---T-------TTGT----T-TAC--AA---TA----ATTG-T-----------GA-CT-----------------TT----A---TG-TC-CT---G-T---G-A--CAT---TTT-----C----------------------------C-T---GTGACT---T---T--C---TG-TC-C-G------T--------Tgttta
gi|2 : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-CT--A-CA-AAAAGT----CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AT--AAA-A-AG--T-CACAGT-CT-GA---AAGTAA--GAC-A--AAAA-G------TCAC----AAGAC-A--AAAAC-GT-G--CGACGG--ACA-AGGAAAA-TGTCCACA----AGGAGACATAAAAGATCA------ACAG---GTT-AAAAA----T----AT---------------A-T----AG-AAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TTATCGAAAAT-A--ATTT-TA--AAAGAAGTA---T--TT--AAT--A-AT-AGAT--TGT-T--CA-TCATGTCCAAG---TTTACAAGTAA----GAG---AA--TA---------A-G-TAT-AC-AGTTATGTCT-T----A--T-A--T-TTTTCCTA---T-GGGAAT--T----TT--TGC-TT-TATT-T--C-T-A--T-CG-TAAAA---ATT---TA---T-GATG---AAGTA-AAT----ATATTCTAAGTGTAT-A----ATTTAGTTACTAAATCTTA----TTGGC--GCTTTTATCTGAT---CGTTT-CTATA-TT-G--TG-AAA---TATTAGAT-TTA--GGC--TTACTATA---ATTAGA--A---GTAGTTTAGGAT-----TTTTGATTGTAATTT-T-TTTT-TGAAAATTT-TTGG--------AGCGGGG--G-GGA----GTA--A-G------C----TTA-T----GTAAATA--TAGT---TTTTGGCATGGTACTGT-CAC--AAAATCA----ATTG-TAATAG------AA-ATAA--------A--A-A-TCA-GTA---TA-TC-CT---GTT---G-ATGC-T---TTC-----T-A-A-T-T-C-T-A--AATACGATT---T-T---GTGACTTTTT---T--ACGCTG-CC-T-G------TGTTTTATCTGAC------C-TAGTGACTA-T---TATACAAAT----TATC-T---------TG-T-----GTAGC--CTTTT-T-TGT--C-T---G-TAAAACT-----TTCAT-TTG---TC--CC-ATGTGGTTA-T-------------T-GT---G-----AC----T--GT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-C----T-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TTTGC-CC--------TGTG-ACTTTCTGTtaccactacgaataagaggtggatgttatgaatcaaatcggttaacaga
gi|20 : aatgtggA---TA----T-TT-T--TA-------AA-AT----------ATAA-A-TCA-G-A-------------------------C-T---TT--------A-T-TCT-G-T-C--GA------T---T-TT--GTG-C----T---T--A---CGTCC-T-G------T--------GA--------C-T---------T---T-------T----TATC-T---------TG-T--------AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--CTTATGTGGTTA-T-------------T-GT---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT------------------T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-G------T-GTCC-TG--TG-AC-T-TTTGT-CT--------CGTG-ACTTTCTGTCT-GTT
gi|21 : atacatgtatatatatAA-G-AAAGAA------AG-TC-A-C-G-----TG-AAAAATAT--CACG--A-ACAAA-AATG-AC--CT-T-G--G-AC-A-AA-A-AG--T-CACAAC-CA-CAATCAAGTAT--GGC-A--AAAT-G------TC
gi|21 : gt---------TG-T-----G--AG--T--CT-T-CATC-C-T---G-T--GACA-----A---T-TTG---CC--CT-ACTT--TCA-TGAAAATTAAAAACC-GT---A-----AA----T--TT--T--G-TC--C-G---G-CGA-C-AT--T-----TT---------------GC----------------CAT----------------ACT-T-GA-TT------GTG------------------GT---TG--TG-ACTT-TTTGT-CCAA------GGTC-A-TTTTTGTTC-GTgccggacaaaatttacggtttttaattttcatgaaagtagggcaaattgtcacaggatgaagactcacagtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|22 : gtaagaaagaaagtcacgtgaaaaatatc--G--ACA-A--AAAATCC---ACA----GG-----ACAAA-----A-----------T-GTCCACAG-----------T-TT--A-----------T----AT-GAA--AATGA-TTG--A----T--T---TT-T--AAAATAA--ATTT-TA--TA-GA---A---T--TT--TAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTT-GT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-GGAGT-AA-TAT------CAT----A--T-A--C-TTTC--TA---T-GAGAAT--T---AAT--TA--TT-TAAC---AC-T-T--T-T--T--AA---TTT---T----TTGATG---A---A-AAT----gtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|23 : --C--TT-T-TGTCACAT---G-T--GACTACTCATA--T-TTGGATTCAACT-AT-TGAT-G-T-------------T-GT---ATATATAC----T--TT--TATG-TC--G-T---G-TGA-C-TT--TATTTTTT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GT-TT----TTGCGA-CT--TTAA------T-GTCC-TG--TGAACTT-TTTGT-CC--------TGTG-
gi|24 : tattgatttattaG-G-ACAGAA------AG-TC-AGC-AG--A-CC-AAAAGT-CA-CGCG--A-ACAAATA-TG-AC--CAAT-G--G-AC--AAA-A-AG--T-CACCAA-CAGGA---AAGTAG--GAC-A--AAAA-GT-----TCA-----AA
gi|24 : -T---G-A--T-T---TTC-----C-A-T-A-T-A-TAG--GA------T---C-TCCCATGGG----T---T--G---TG-GT-T--------T--------TGAA------C-T---------T---T-------T----TGTC-C---------TACT-----T--TC--C--TG-T-TG---------G-T--GACT-----T---T-TTG---TC--C--AT-TGGTCA-TATTTGTTCG----C-GT---G-----AC----T--TT--T-GG-T---C-T---GCTGA-C-TT--T-----CT---------------GT----------------CCaccacaacccatgggagatcctatatatggaaaatcatgattg
gi|25 : GACAGA-A-G-TCA--CAG---ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--AGCG-AAAAGT-CAGCGCG--C-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-ACAAAAA-A-AG--T-AAC-AT-CA-GA---AAGTA---GAC-----AAA-G------TCA-----CAGACAA--AAAAT-GTCA--CAA--G--Atgattg
gi|27 : ttgtgatgtgc-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGA-CT--TT-ACAGTTAT-GTCC-TG--TG-ATTT-TTTGT-CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-GTT
gi|28 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---CA----A-CG-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---Tta
gi|29 : cgtaGA-C-TT--T-----TT---------------GTT---------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTGACCT--TT-T------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TCTGT-C
gi|3 : G-G-ACAGAA------AG-TC-A-C-AG--G-----------------G--G-AC-AA-A-TG-ACCACA-T-GA-G-AC-ATAA-A-AGGAT-CACAAT-CA-GA---AAGTAGGTGAC-ATTAATA-GTAGATCTCACATTGAAG---C--AAAATGGTCGATCAA--GACACA-A--GAAG-CA---GCA----GG-----ACAAA-----A-------------GTC-ACAGGACACT----AT-TC--AGAG--TTCTA-T----AT-GAA--TA--A-TTA--A----C--T---TT-AT-GTAATAAG-ATGCATACTCATGA---A---TA-TTCACGA--AGACAA-----TAT-TG-AA-TTTTGT-TTAG---AT--------T----AAG---AACTCA---------T-G-GTC-AGAGAT------T-TA---A--T-AAGG-TTCT--TACTCT-GAGGATTCT---ACT--TATGTT-TGTC-GAAC-T-TTAT-CAGT--AACGTACTCTAT----T-GATA---G---A-AAT----A-ATT-----TA-CT-G------CTAA-AACTAgct
gi|3 : gT-G--CG-AAGAATCAC--GAAATTAAGGGT--C---TCGA---AT---ACTA---G-AG-------TAATTCTTTTG---------T-T--GTT-T-----TTT-TTGTTATGTTTTG----GG--G-GAG----GC---G-GAGGGTTCA---T---T----GTA---ACCTAATAAAT-------TGAT----T-AAC--AAA--TA----A-TG-T--TACACCCCCAA-CT----------A--A-AATCA-GCA---TG-CC--T---G-T---G-A--C-T---TC------C-T-T-C-T-A-T----AA------TCTCT-T---GTGAC----T---TT-A---TGTCC-T-G------TGCTTCTC-TGTC------C-T---------T---G-------T----TGTC-T---------TT-TTTCTTGC-AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--ACCT-----T---A-TT--------CT--TGTGTTCA-T-------------T-GTTATG-----A--------TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------C-T----------------A-T-C--A-TT----TTGTGA-CTC-TT-A--------GTCC-GGC-TG-ACTT-TT----CC--------TGTG-ACTTTCTGTCC-GTTctataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacatgcgaagaatcacgaaattaagggtctcgaatactagagtaattcttttgttgttttttttgttatgttttgggggaggcggagggttcattgtaacctaataaattgattaacaaataatgttacacccccaactaaaatcagcatgcctgtgacttccttctataatctcttgtgactttatgtcctgtgcttctctgtccttgttgtcttttttcttgcaccttttgtcctgtaccttattcttgtgttcattgttatgattttgtcctgtgactttttgtctatcattttgtgactcttagtccggctgacttttcctgtgactttctgtccgttta
gi|4 : gggacagaaagtcacaggggacaaatgaccacatgagacataaaaggatcacaatcagaaagtaggtgacattaatagtagatctcacattgaagcaaaatggtcgatcaagacacaagaagcagcaggacaaaagtcacaggacactattcagagttctatatgaataattaactttatgtaataagatgcatactcatgaatattcacgaagacaatattgaattttgtttagattaagaactcatggtcagagatttaataaggttcttactctgaggattctacttatgtttgtcgaactttatcagtaacgtactctattgatagaaataatttactgctaaaactactataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacaGA-AAG-TCATTCAG-GGACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CGCAAAAGT-C---ACG----ACAAA-A-TG-AC--CA-TAG--G-AC-AAAA-A-TG--C-AGCAAT-CAAGA---AAGTAG--GAC-AGTAAAN-N------NNN-----NNN---N--NNNNN-NNNN--NNN--N--NNN-N--NNNN-NN---NNN----NN-----NNNNN-----N------NNNNNN-NNN-NNNNN----N----NN-NNNAA-CAGTT--TA-T----AT-GAA--ATT-A-TTG--A----TGTT---TT-TTAAATATAA---TGT-TAA-TATGA---A---T--TT--TGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TTTT------AT---AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T----C-TTTT--TA---T-GAGAAT--TTTTATT--G---TT-CATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATGTTAA---A-AATT---A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-GC-CG-AAA---CAT--GAA-TTA--AGTCCT---AATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TGTGT-TTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG----GTATAA-GTTT---T----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----TGTACA-AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-ATAAA-------A--A-A-T-A-G-A---TG-CC-CT---G-TGGGG-A--C-----TTT-----C-A-T-TGT-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------N---N-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---N-NNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------NCGT----------C----T--GTCGT-GG-TC--A-TTGGG-TGA-CTTT--T-----TT---------------GT----------------CCTGTGTCTTTTTGTCCTAG-T-C-AA-TT----TTGTGA-CT--AT-A------T-GTCA-TGTTTG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTG-AC-TTCTGTCC-GTta
gi|5 : aatgtgggaacaatCAGA-A-G-TCA--CAGTG-ACATAA------AG-TC-A-C-------CG-----GC-C----------ATAAA-A-TG-AC--C--T-G--G-AC-AAAA-A-AG--TCCACAATCCA-GG---AAGTAG----C-A--AAAA-G------TCA-----CAGAC-A--AAAAT-GTCA--CAA--G--ACA-A--AAAA-CGCGTGTA----GG-----AC--C-----A------ACAATG-GTC-ACAGT----T----A------------T--AA-A----A---AA--AAA-A-TTG-------T--T---TT-TT-AAGATAAACATGA-TAT-TATGA---A---T--TT--CAA--A-AT-T-----TGTAT--CA--TTTGT-TAAGT--TT--------AGTTTAAG---AA---A---------T-G-AGT-TG-GGT------T-T----ACGT-A--C-TTTT--TA---A-TA-AAT--T---ATTCAT---TT-TTTT-CAAC-T-T--TCC--T--AA---ATT---TTCCAT-G-TG---A---ACAAT----A-ATT-----TGAAT-GTGGAA-TAAG-TACTAAA-C---------------TTTA------AT---CGCAT-C--TATTT-G--CGCAAA---CAC--GAA-TTA--GGT--TG--GATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------TAT-TGTT-TG----TTTATGGT--------G----TG--G-GGG----GC---C-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T---------GT----T-TAC--AA---TA----AGTG-T--AA-------AACAT----------AATA-A-GCA-G-ACCCTG-CC-CTTGGG-T---G-A--C-T---TTT-----CAA-T-C-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---GTTGC----T---T--A---TG-CCTT-GTGAC--T--------TGTC------C-TTACTGAGTCT---T-------T----TGTC-----------TG-T-----G--AC--C--CT-T-TTTC-C-TGTCG-T--GA-------T---T-TTG---TC--CG-ATGTGGTCATT-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--CTT---G-TGA-C--T--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-C-GA-TT----TTGTG--CT--TT-A------T-GTCC-TG--TG-ACTT-TATGT-CC--------ctta
gi|6 : gaatgtgcgggcccA-AAGCTCA--CCA-G-GCAAAATAATAAAGCTC-A-CCAG--A-CG-AAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-GTGG-AA-GAAATA-AG--TACACAAT-CA-AA---AA-TAG---AC-A--AAAAAG------TCA-----AGG---A--CAAAC-ATCA--CAA--G--ACA-A--AAAA-C----ACG----GG-----ACAAA-----C------ACGGAC------CAAA----C----AT-TC----C-----------------------AC-A-TTT--A----T--A---TT-TTAA----AA--ATGT-TA--TATGA---A---TC-TT--CAA--A-AT-A------AT-T--CA--TTTAT-TAAG---TT--------A----AAG----A--TA---------T-G-AGT-A---GT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAAAAA--T---ATT--T---TTAAATC-TAACTT-T--T-C--T--AC---AAT---T----T-GATG---A---A-CATATAAA-ATA-----AG-ATAG----A-TTAG-AAATA----CTA----TT-----ATTTT------AT---CGCATCC--TA-TC-GTACA-AAA---CAG--AAA-TT-----T--C---TAT----AT---A--A---G-AG-------G-----TTTTC---------T-TGTATTATG----TTT-TTGC--------T----AG--C-AGG----AT---A-A------CGACAT---T----GTAACTA--TAAT---T-------TG---------AC--AA---AA----A-TGTT--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA---A---TG-TC-CT---G-T---G-G--A-C---TTT-----C-A-T-T-T-T-A-T--AA------T---T-T---GTTAC----TTTAT--A---TGTCC-T-GTATTTTT--------TGTCCTGATTC-T---------T---T-------T----TGTC-----------TG-T--------AC--C--TTAT-TATC-C-T---GAT--GACT-----T---T-TTG---TC--CT-AT-TTTCCA-T-------------A-GT---G-----ACAACAT--TA--A-CGATA--C-TA--G-T---C-CT--T-----T-----------------T----------------CCT----------------A-T-C--A-TT----TTGTGA-C---TC-A------T--TCC-TG---G-AC---TTTGT-CC--------T-TG-ACTTTCT-TCT-GTgt
gi|7 : atggcgaaccaagaGACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAACA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-ATAG--TTCACTAT-CA-GA---AAGTNN--NNN-N--NNNN-N------NNN-----NNN---N--NNNNN-NNNN--NNN--N--NNN-N--NNNN-NN---NNN----NN-----NNNNN-----N------NNNNNN-NNN-NNNNN----N----NN-NN--N-NNN-T--AA-T----AT-GAA--AAT-A-TTG--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--ATAT-A-----TAT-T--C--CTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTAT--TA---T-GAGAAT--T---ATT--T---TT-TATC-TAAC-T-T----C--T--AA---ATT---T-------GTG---A---A-AAT----A--TT-----TG-AT-G----A-TT-G-AACTAAA-CGTA----TT--C--ATTT-------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----AG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----G-TG-T--TA-------AA-AT-------------A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------T-T---------T---T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GA-T-----T---T-TTG---TC--CT-CTGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG--C--C-T---G-TGAGC-TT--T-----TT---------------GT----------------CTT----------------A-TAC-GA-TT----TTTGGA-CTAATT-A------T--TCC-TG--TG-ACTTATTTGTGCC--------TGTG-A-TTTCTGTCC-GTT
gi|8 : -AAA-TCAT-CAG-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-AG--A-CGTAAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TGGAC--CA-T-G--G-AC-AGAA-A--G--T-AACAAT-CA--A---AAGTAG--GAC-A--AAA--------------------------------GT-A--CAG--G--ACA-A--AAAG-TC---ACA----GG-----ACAAA----------------TG-GT------A----C----AT-TT--A-----------T----AT-GAA--AAT-A-T-G--A----T--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-AA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--AA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------C-G-A-T-A--GGT------T-T----A--T-A--C-TTTTC-TA---T--AGAA-------A--------TT-TATT-TAAC-T-T--T-T--C--TA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT------A-TTAG-ATTTAAA-CTTA----TT--A--ATTTT-------T---CGTAT-C--TA-TTGG--TG-AAA---AAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-T----------------AG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---T-----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A------CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-A-T-T-T---T-T--AAT-----T---T-T---GTGAC----T---T--A----G-TC-T-G------T----------AC------T-T---------T---T-------TGCTGTGTC-T---------TT-T-----T--TCTAC--TT-T-TGT--C-T---G-T---ACT-----T---T-TTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T--T---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-C--A-TT----TTGT-A-C---TT-A------T-GTCC-----TG-ACTT-TTTGC-Ca
gi|9 : cGACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-T-GG--A--------GT-T--------------A-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-A--G--T-CACAAT-CT-GA---AAATGG--TAC-A--AAAA-G------TCAC----AAG---AC-AAAAA-GGCA--CAA--G--ACA-A--AAAG-TC---ACA----GG-----ACAAA-----A----------TG-GTC-ACAG-----------T-TT--A-C--------------AT-GAA--AAT-G-TTG--A----T--T---TT-T---AAATAA--ATTG-TA--TATGA---A---T--TT--T-A--A-AT-A-----CAT-G--TA-TT--AT-TCAT---TT--------A----TATTC-AA--TA---------T-A-AAT-AA-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTC--TA---T-GAGAAT--T---TAT--T---TC-TATT-CAGC-TAT--T-C--T--AA---ATT---T------GATG---A---A-GAT----A--TT-----TG-AT-G----A-TTAG-TACTAAA--TTA----TT--C--CTTTT------ATAATTGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GAT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TGTTGTTT------T-T-TGTT-TG-----TT-TTGT--------A----GG--T-GGG----GT---A-ATC----T----T---T----GTA---T--AAAT---T-------TGGT----T-T----AA---TA------------------------------------A--A-A-TCA-A-A---TG-TT-CT-----TCA-G-A--C-TTGATTT-----T-A-T-T-CAA-T-C--GA------T---TCT---GTGA--------------------------------------------------C-T---------T---T-------T----TGT---------------------------------------C-C-T---G-T--TACT-----T---T-TTA---TC--CT-ATGTTGTCA-T-------------T-GT---G-----AT----T--TT--T-T
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTCCAATGATATATGATACTTTTTTTCTGTGACTTTTTCCCCCTATGACTTTCTTTCCGTTTACCTTATAATGTGTGTGTGTTTGGATACGCTAGAATCACAATCACTGAACACAT
Unaligned ( gi|30 ): CAAAGATATTTGGTATTAGTATCTATATCCATAACAGGATAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): CAAAACACAACCCATGGGCGATCCTATATAAATCAAAATTGAAT
Unaligned ( gi|32 ): GTCCGCATGGGCCTAATTATTTCCCTGATTATCTAATTTAGGT
Unaligned ( gi|33 ): ATATCATATTCTGATGCAATATACAAATTGAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22222 111111 33333333333333 222222 11111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 11111 1111111111111 111111111 111111111111 111111 1111111111111 111111111 1111111111111 22222222222222222222222222 3333333333333 11111 111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111111111111111 2222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 4 5 4 33 2 2 888888 2 2 2 2 99 2 5 11111 6666 2 2 5 33 5 2 66 2 66 2 55 33 8 2 5 999 444 2 33 2 2 000000 33333333333333 77777777 33 33 3 77 111111 6666 00000 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 5 2 2 66 33 444 2 6 666 2 22 444 444 99 8888 33 5 2 11111 5 66 2 2 777 7777777777777 888 33 111111111 2 2 2 55 888888 2 8888 33 8888 2 66 555 2 33 666666666666 2 44 2 2 33 2 66 33 555 555 222222 444 444 2 8888 33 77777 6 3 6666 2 33 3 6666 77777 888888 888 2 33 2 2 66 2 444 33 2 66 33 777 444 444 33 444 2 3333333333333 0 444444444 2 2 2 9999 2 8888888888888 66 2 5555 66666666666666666666666666 777 33 333 7777777 4444 2 55 777 888888 2 444 8888888 4 1111111111111 2 2 2 4 333 2 2 333 1 666 1 22 55555 99999 2 6 2 88888 4444 666666 333 2 555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888 5555 55555555555555555555555 33 33 2 2 55 2 333 2 33 55555 666 333 33 22 2 11 2 1111111111111 2 333 55555 88888888 33 2 2 77 2 77777 2 2 22 55555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 2 2 2 44 4 555555 2 55 2 2 2 11111111
lowQualScore : . . . .. . . ...... . . . . .. . . ..... .... . . . .. . . .. . .. . .. .. . . . ... ... . .. . . ...... .............. ........ .. .. . .. ...... .... ..... ....................................................................... . . . . .. .. ... . . ... . .. ... ... .. .... .. . . ..... . .. . . ... ............. ... .. ......... . . . .. ...... . .... .. .... . .. ... . .. ............ . .. . . .. . .. .. ... ... ...... ... ... . .... .. ..... . . .... . .. . .... ..... ...... ... . .. . . .. . ... .. . .. .. ... ... ... .. ... . ............. . ......... . . . .... . ............. .. . .... .......................... ... .. ... ....... .... . .. ... ...... . ... ....... . ............. . . . . ... . . ... . ... . .. ..... ..... . . . ..... .... ...... ... . ... ............................................................. ....... .... ....................... .. .. . . .. . ... . .. ..... ... ... .. .. . .. . ............. . ... ..... ........ .. . . .. . ..... . . .. ..... .................................................... . . . . .. . ...... . .. . . . ........
lowQualScore : 0 7 0 55 9 9 222222 9 7 7 7 00 7 3 00000 8888 7 7 3 77 3 7 33 7 11 7 22 77 0 7 3 333 444 7 77 7 7 333333 44444444444444 11111111 99 99 1 33 777777 5555 88888 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 3 9 9 88 77 777 7 2 666 7 77 777 777 00 7777 77 3 7 33333 3 33 7 7 333 8888888888888 999 99 444444444 9 9 9 22 222222 9 9999 99 3333 9 88 000 9 99 444444444444 9 77 9 9 99 9 88 99 000 000 666666 777 777 9 9999 66 77777 2 1 1111 9 00 1 5555 44444 888888 555 9 99 9 7 33 7 777 77 7 33 77 333 777 444 44 444 5 2222222222222 1 444444444 5 5 5 7777 5 5555555555555 99 5 3333 55555555555555555555555555 888 11 999 2222222 7777 2 33 999 666666 1 666 9999999 2 9999999999999 1 1 1 2 777 1 0 555 9 000 9 66 66666 22222 0 0 0 22222 8888 666666 777 1 888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 3333 11111111111111111111111 11 11 2 2 22 2 999 2 11 66666 111 999 11 55 9 22 2 1111111111111 2 999 66666 11111111 11 2 4 99 4 11111 2 1 99 33333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 0 0 0 88 0 888888 0 00 1 1 1 88888888
consensus : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAC-A--A-AAA-G------TCA-----AAG---A--AAAAC-GTCA--CAA--G--ACA-A--AAAA-CG---ACA----GG-----ACAAA-----A------ACAGTN-GTC-AC----AGA----T----AT-TTA--------TA-----A-------TATGAA-AAT-A-TTG--AT--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAGAAT--T---ANT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTT
Reference ( family-45 ) : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAC-A--A-AAA-G------TCA-----AAG---A--AAAAC-GTCA--CAA--G--ACA-A--AAAA-CG---ACA----GG-----ACAAA-----A------ACAGTN-GTC-AC----AGA----T----AT-TCA--------TA-----A-------TATGAA-AAT-A-TTG--AT--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAGAAT--T---ANT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTT
gi|1 : GGCAGA-A-G-TCAA-CAG-G-AAAAAA------AG-TCGA-C-AGG-A-CG-AAAAAG-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-AA--CAAT-G--G-A---GAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAA-A--A-AAA-G------CCN-----NNN---N--NNNNN-NNNN--NNN--N--NNN-N--NNNN-NN---NNN----NN-----NNNNN-----N------NNNNNN-NNN-NN----NNN----N----NN-NNN--------NN-----N-------NNNNNACAGT-T-TTACTAT--T---TT-TTAAATAAAA--TTGT-TA--TAT-A---A---T--TT--C-A--A-AT-T-----TAT-T--CAATTTTGT-TAAGGGTTT--------A----AAGGGGAA--TA---------T-G-AGT-AG-GCG------T-T----A--T------CTTT--TA---TGGAGAAT--T---AAT--T---TT-TATCATAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----AG-AT-G----A-TTAA-AACT-TA-CTTA----TT--CGTGTTTT------ATC--CGCAT-C--TA--T-G--AA-AAA---CAT--GAA-TTAG-GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-T-TT-TG----TTC-TTGT--------A----GG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------T-GT----T-TAC--AAT--TA----A-T--T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCACG-A---TGTCC-TT---G-T---G-A--C------TT-----C-ATT-T-T-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTTAC----T---TTAG---TGTCC-T-GTGATTTT--------TGTC------CGTGGATCTA--TT-------T----TGTCTT---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGT--C-T---G-T--GAC------T---TTTG---TA--CT-ATGTTGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----A--AT--T-TG-TA--C-T---A-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-CGATTTTTGTGA-CT--TTGA------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGAC-TTCTGTCTGCT
gi|1 : atgtg-CT---G-T---G-A--C-T---TTTGTAC-T-A-TGT-T-G-T-C--A-----------T-T---GTGACAAT-T---T--G---TA-CTAT-G------T------------------C-T---------TT-------T----TGTC-TATCGATTTTTG-T-----G--AC--T--TT-GATGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--C--------------------------T-GT---G-----AC-------TT--C-TG-TCTGC-T---T-TGA-C-CTAAT-----TT---------------TT----------------TCT----------------C-T--GA-TTATCTAA--T--TT-A------C-GTttgacctaattttttctctgattatctaatttacgtaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|10 : atgtgggcagaagtcaacaggaaaaaaagtcgacaggacgaaaaagtcacggacaaaatgaacaatggagaaaagtcacaatcagaaagtaggaaaaaaagccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagttttactattttttaaataaaattgttatataatttcaaatttattcaattttgttaagggtttaaaggggaatatgagtaggcgttatcttttatggagaattaatttttatcataactttctaaattttgatgaaaataattagatgattaaaacttacttattcgtgttttatccgcatctatgaaaaacatgaattagggtttataataagagtttttgttttttgttcttgtagggagggtagcttgtaataatttgtttacaattaatttaaaataaatcacgatgtccttgtgacttcattttattaattttgttactttagtgtcctgtgatttttgtccgtggatctattttgtctttgtgaccttttgt-----A-------TATGAA-AAT-A-TTG--AT--T---TT-TTTTAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TC--GAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TAAGAGTAAGTC-G-AGT-AG-GTT------T-T----A--T----C-TTTT--T------GAGAAT--T---TAT--T---TT-TATC-TA---C-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATA---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----CT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---T------AT---A--A---G-AG-------A-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--GAGGG----GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TT-A--AA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CCACT-----T---G-A--C-----TTT-----C-A-T-TCT-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------NN-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---NNNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------N-NN---N-----NN----NNATG--T-GG-TCA-T-T---G-TAA-C-TT--T-----TT---------------GTCCTGTGTCTTTTTTTGCCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--AT-A------T-G-CCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCATaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|11 : tGACAGAGAAG-TCA--CAG-A-ATCAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAA-GT-C---ACGACG-ACAAA---TG--C--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-----T-CACATC-CA-GA---AAGTTA--GAC-A--A-AAA-G------TCAGC---AGG---ACCAAAAT-GCTC--CAA--G--ACA-A--AAGA-C----ACA----GGC----ACAAA-----ATCCAGGACAGAAAGTC-AC----AG-----------T-TTA--------T--------------CATGAATAAT-AATTG--AT--T---TT-TTAAAA-TAA---TGT-TA--TATGA---A---T--TC--CAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------TTG-AGTCAG-GGT------T-T----A--T-A--CTTTTT--TA---T-GAGAAT--T---TAT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---A-T---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTTAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGCAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-GGTT-TG----CTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG----GTA--A-G------C----TAAAT----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--AA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----GTT-----C-A-T-T-T-
gi|12 : atgttga-----A-------TATGAA-AAT-A-TTG--AT--T---TT-TTTTAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TATAT--CA-CTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T------A--T-A--C-TTTT--TT---T-GAGAAT--T---TAT--T---T-----C-TAAC-T-T--T-C--T--AA---AAT---T----T-GATG---T---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AA-TAAA-CTTAATTATT--T--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---AAT--GAA-TAA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--A-GGG----GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--GA---TA----A----T--TA-------AA-TA----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTC-----T-T-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------NN-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---NNNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------N-NN---N-----NN----A--TG--T-GG-TCA-T-T---G-TGA-C-TT--T-----TTGTCCCGTGTCTTTTGGT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------tat
gi|13 : ----A-TTAG-TACTAAA-CTTA----TT--C--CTTTT------AT---CTTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTG--GGT--T---TATA---AA---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGTAGGGGGG-A----GG--G-GGG----GCTA-A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TACATAA---TA----AGTG-T--AA-------AA-ATTAG-------A--ATA-TCA-G-A---TG-TC-CT---G-T---GCA--C------TT-----C-A-T-TCT-A-A-TCGGA------T---T-T---GTGAC----T---TTGA---TGTCC-T-G------T--------GGCA------C-T---------TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C-------------------------CT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---------C-------------------------------------------------------------------T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCAG--TG-AC-T-TTTGT-CCTTCCTCTTTGTGACTTTATGTCTGTgt
gi|14 : G-G-ACGAAA------CG-TC-A-C-AGGGA-CA-AAAAGG-T--CACG--GCACAAA-A-TGCAC--CA-T-G--GGAC-AAAA-A-AA--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--CGCAA--A-AAA-G------TCAC----ACG---AC-AAAAA-G-CA--C-------ACACA--AAAA-TG---ACACAACGG-----ACAAA-----A----------TC-GTC-AC----AGA----TAAAAATGTCAGCAAGTTTTA-----A-------TA--GA-AAT-A-TTGA-AT--TGTGTG-TTATGA--CA--ATGT-AC--TGTGA---AACTT--TT--ATA--A-AT-ACATTGTAT-C--CA-TTTTGT-TAA----T-----------------------------------T-G-AGT-AA-GGT------T-TTTAAA--TCA--C-TT------------AAAAG--C---A-T--T---TT-GATC----C-T-C--T-C--A--AA---GTT---TG---T-GATG---A---gactttctgtcgccgttta
gi|15 : ---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-T---------TTGT--------A----GG--G-AGGTCCGGT---ACG------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--AA-------AA-ACA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATT-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---
gi|15 : ----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-T------T-GTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttttgtcctgtgactttctgtccgttt
gi|16 : aagagtttttgtttgtttttgtagggaggtccggtacgctttgtaataatttggtttacaataatgtaaaaacaaaatcagatgccctgtgactttcattttattaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-A-C-AGG-A-CA-AAGATT-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC---AA-A-AG--T-CACAAT-TA-CAGTTAGGTAG--GAC-A--A-AAT-T------TCC-----AGG---A--CAAAC-GTC---CAA--G--ACA-AC-AAAG-TC---ACA----GG-----ACAAA-----A------A------GCC-ACGATTAGA----A----AT-TTA------------------------ATGAA-Agttt
gi|16 : atgatgcggaaatgaacagaT--T---TT-TTGACAATAA--GTTT-TATGTATGA---A---TTCTT--TAAAGA-AT-A-----TCT-TTCCT-TTTTG--TAAG---Tgcaggcataatgaatgtaccaaacaccagttaatatagaacgaataattgattttttttttgacaataagttttatgtatgaattctttaaagaatatctttcctttttgtaagt
gi|17 : atgatgcggaaatgaacagaacaggacaaagatttcacggacaaaatgaccatggacaaaagtcacaattacagttaggtaggacaaaatttccaggacaaacgtccaagacaacaaagtcacaggacaaaaagccacgattagaaatttaatgaaagcaggcataatgaatgtaccaaacaccagttaatatagaacgaataattgattttT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---TATA---A----A--A---A-AG-------A-----TTTC-----------------------------TTAT--------A----------------------A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TACTACA-TA-T--TA-------AAGATTGTGAAAACAA--A-A-TCA-G-A---TG----CT---G-C---G-T--C-T---TTTTGTCCT-A-T-T-TGA-T-T--AA------G---T-C---ATGA-----T---T--G---TG-AC-TCG------T--------TGTC------C-TATGACG---TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--T--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GGCT-----T---TTTG---TT--CT-ATGTG---------------------GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T-----------TT--T----------------------------------------------------------------GA-TTTTGTGA-TT--TT-A------T-GTCCTG--TG-TCTT-TCTGT-CC--------
gi|18 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TA-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TT-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATT-T-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---TTGAC----T---T--A---Tgt
gi|18 : ----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------TGGTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttatggtcctgtgactttctgtccgttta
gi|19 : agctttgtaataatttggtttacaataatattaaaataaaatcagattccctgtgactttcattttatttaattttttgacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A---G-AAT----A-TTT-----TG-GT-G----A-T----------A---TA----TA--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--GGT--T---TATACTCGT---A--AAACG-AG-----------------G---------T-A-TG---------------GA--------A----GG--G-GGG----TG---A-G------C----T---TTATATTA---A--TAAT---T-------TTGT----T-TAC--AA---TA----ATTG-T-----------GA-CT-----------------TT----A---TG-TC-CT---G-T---G-A--CAT---TTT-----C----------------------------C-T---GTGACT---T---T--C---TG-TC-C-G------T--------Tgttta
gi|2 : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-CT--A-CA-AAAAGT----CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AT--AAA-A-AG--T-CACAGT-CT-GA---AAGTAA--GAC-A--A-AAA-G------TCAC----AAGAC-A--AAAAC-GT-G--CGACGG--ACA-AGGAAAA-TGTCCACA----AGGAGACATAAAAGATCA------ACAG---GTT-AA----AAA----T----AT-------------------A-------TAGAAA-AAT-A-TTG--AT--T---TTATCGAAAAT-A--ATTT-TA--AAAGAAGTA---T--TT--AAT--A-AT-AGAT--TGT-T--CA-TCATGTCCAAG---TTTACAAGTAA----GAG---AA--TA---------A-G-TAT-AC-AGTTATGTCT-T----A--T-A--T-TTTTCCTA---T-GGGAAT--T----TT--TGC-TT-TATT-T--C-T-A--T-CG-TAAAA---ATT---TA---T-GATG---AAGTA-AAT----ATATTCTAAGTGTAT-A----ATTTAGTTACTAAATCTTA----TTGGC--GCTTTTATCTGAT---CGTTT-CTATA-TT-G--TG-AAA---TATTAGAT-TTA--GGC--TTACTATA---ATTAGA--A---GTAGTTTAGGAT-----TTTTGATTGTAATTT-T-TTTT-TGAAAATTT-TTGG--------AGCGGGG--G-GGA----GTA--A-G------C----TTA-T----GTAAATA--TAGT---TTTTGGCATGGTACTGT-CAC--AAAATCA----ATTG-TAATAG------AA-ATAA--------A--A-A-TCA-GTA---TA-TC-CT---GTT---G-ATGC-T---TTC-----T-A-A-T-T-C-T-A--AATACGATT---T-T---GTGACTTTTT---T--ACGCTG-CC-T-G------TGTTTTATCTGAC------C-TAGTGACTA-TTATACAAAT----TATC-T---------TG-T-----GTAGC--CTTTT-T-TGT--C-T---G-TAAAACT-----TTCATTTG---TC--CC-ATGTGGTTA-T-------------T-GT---G-----AC----T--GT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-C----T-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGC-CC--------TGTGACTTTCTGTtaccactacgaataagaggtggatgttatgaatcaaatcggttaacaga
gi|20 : aatgtggA---TA----T-TT-T--TA-------AA-AT----------ATAA-A-TCA-G-A-------------------------C-T---TT--------A-T-TCT-G-T-C--GA------T---T-TT--GTG-C----T---T--A---CGTCC-T-G------T--------GA--------C-T---------TT-------T----TATC-T---------TG-T--------AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--CTTATGTGGTTA-T-------------T-GT---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT------------------T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-G------T-GTCCTG--TG-AC-T-TTTGT-CT--------CGTGACTTTCTGTCTGTT
gi|21 : atacatgtatatatatAA-G-AAAGAA------AG-TC-A-C-G-----TG-AAAAATAT--CACG--A-ACAAA-AATG-AC--CT-T-G--G-AC-A-AA-A-AG--T-CACAAC-CA-CAATCAAGTAT--GGC-A--A-AAT-G------TC
gi|21 : gt---------TG-T-----G--AG--T--CT-T-CATC-C-T---G-T--GACA-----A---TTTG---CC--CT-ACTT--TCA-TGAAAATTAAAAACC-GT---A-----AA----T--TT--T--G-TC--C-G---G-CGA-C-AT--T-----TT---------------GC----------------CAT----------------ACT-TGA-TT--GTG------------------GT--TG--TG-ACTT-TTTGT-CCAA------GGTCA-TTTTTGTTCGTgccggacaaaatttacggtttttaattttcatgaaagtagggcaaattgtcacaggatgaagactcacagtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|22 : gtaagaaagaaagtcacgtgaaaaatatc--G--ACA-A--AAAATCC---ACA----GG-----ACAAA-----A-----------T-GTCCAC----AG-----------T-TTA--------TA---------------TGAA-AATGA-TTG--AT--T---TT-T--AAAATAA--ATTT-TA--TA-GA---A---T--TT--TAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTT-GT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-GGAGT-AA-TAT------CAT----A--T-A--C-TTTC--TA---T-GAGAAT--T---AAT--TA--TT-TAAC---AC-T-T--T-T--T--AA---TTT---T----TTGATG---A---A-AAT----gtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|23 : --C--TT-T-TGTCACAT---G-T--GACTACTCATA--TTTGGATTCAACT-AT-TGAT-G-T-------------T-GT---ATATATAC----T--TT--TATG-TC--G-T---G-TGA-C-TT--TATTTTTT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGT-TTTTGCGA-CT--TTAA------T-GTCCTG--TGAACTT-TTTGT-CC--------TGTG
gi|24 : tattgatttattaG-G-ACAGAA------AG-TC-AGC-AG--A-CC-AAAAGT-CA-CGCG--A-ACAAATA-TG-AC--CAAT-G--G-AC--AAA-A-AG--T-CACCAA-CAGGA---AAGTAG--GAC-A--A-AAA-GT-----TCA-----AA
gi|24 : -T---G-A--T-T---TTC-----C-A-T-A-T-A-TAG--GA------T---C-TCCCATGGG----T---T--G---TG-GT-T--------T--------TGAA------C-T---------TT-------T----TGTC-C---------TACT-----T--TC--C--TG-T-TG---------G-T--GACT-----T---TTTG---TC--C--AT-TGGTCA-TATTTGTTCG----C-GT---G-----AC----T--TT--T-GG-T---C-T---GCTGA-C-TT--T-----CT---------------GT----------------CCaccacaacccatgggagatcctatatatggaaaatcatgattg
gi|25 : GACAGA-A-G-TCA--CAG---ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--AGCG-AAAAGT-CAGCGCG--C-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-ACAAAAA-A-AG--T-AAC-AT-CA-GA---AAGTA---GAC------AAA-G------TCA-----CAGACAA--AAAAT-GTCA--CAA--G--Atgattg
gi|27 : ttgtgatgtgc-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-ACAGTTAT-GTCCTG--TG-ATTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTT
gi|28 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---CA----A-CG-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---Tta
gi|29 : cgtaGA-C-TT--T-----TT---------------GTT---------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGACCT--TT-T------T-GTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-C
gi|3 : G-G-ACAGAA------AG-TC-A-C-AG--G-----------------G--G-AC-AA-A-TG-ACCACA-T-GA-G-AC-ATAA-A-AGGAT-CACAAT-CA-GA---AAGTAGGTGAC-ATTA-ATA-GTAGATCTCACATTGAAG---C--AAAATGGTCGATCAA--GACACA-A--GAAG-CA---GCA----GG-----ACAAA-----A-------------GTC-AC----AGGACACT----AT-TCA--------GAGTTCTA-------TATGAA-TA--A-TTA--AC--T---TT-AT-GTAATAAG-ATGCATACTCATGA---A---TA-TTCACGA--AGACAA-----TAT-TG-AA-TTTTGT-TTAG---AT--------T----AAG---AACTCA---------T-G-GTC-AGAGAT------T-TA---A--T-AAGG-TTCT--TACTCT-GAGGATTCT---ACT--TATGTT-TGTC-GAAC-T-TTAT-CAGT--AACGTACTCTAT----T-GATA---G---A-AAT----A-ATT-----TA-CT-G------CTAA-AACTAgct
gi|3 : gT-G--CG-AAGAATCAC--GAAATTAAGGGT--C---TCGA---AT---ACTA---G-AG-------TAATTCTTTTG---------T-T--GTT-T-----TTT-TTGTTATGTTTTG----GG--G-GAG----GC---G-GAGGGTTCA---T---T----GTA---ACCTAATAAAT-------TGAT----T-AAC--AAA--TA----A-TG-T--TACACCCCCAA-CT----------A--A-AATCA-GCA---TG-CC--T---G-T---G-A--C-T---TC------C-T-T-C-T-A-T----AA------TCTCT-T---GTGAC----T---TT-A---TGTCC-T-G------TGCTTCTC-TGTC------C-T---------TG-------T----TGTC-T---------TT-TTTCTTGC-AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--ACCT-----T---ATT--------CT--TGTGTTCA-T-------------T-GTTATG-----A--------TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------C-T----------------A-T-C-A-TTTTGTGA-CTC-TT-A--------GTCCGGC-TG-ACTT-TT----CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTTctataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacatgcgaagaatcacgaaattaagggtctcgaatactagagtaattcttttgttgttttttttgttatgttttgggggaggcggagggttcattgtaacctaataaattgattaacaaataatgttacacccccaactaaaatcagcatgcctgtgacttccttctataatctcttgtgactttatgtcctgtgcttctctgtccttgttgtcttttttcttgcaccttttgtcctgtaccttattcttgtgttcattgttatgattttgtcctgtgactttttgtctatcattttgtgactcttagtccggctgacttttcctgtgactttctgtccgttta
gi|4 : gggacagaaagtcacaggggacaaatgaccacatgagacataaaaggatcacaatcagaaagtaggtgacattaatagtagatctcacattgaagcaaaatggtcgatcaagacacaagaagcagcaggacaaaagtcacaggacactattcagagttctatatgaataattaactttatgtaataagatgcatactcatgaatattcacgaagacaatattgaattttgtttagattaagaactcatggtcagagatttaataaggttcttactctgaggattctacttatgtttgtcgaactttatcagtaacgtactctattgatagaaataatttactgctaaaactactataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacaGA-AAG-TCATTCAG-GGACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CGCAAAAGT-C---ACG----ACAAA-A-TG-AC--CA-TAG--G-AC-AAAA-A-TG--C-AGCAAT-CAAGA---AAGTAG--GAC-A--GTAAA-N------NNN-----NNN---N--NNNNN-NNNN--NNN--N--NNN-N--NNNN-NN---NNN----NN-----NNNNN-----N------NNNNNN-NNN-NN----NNN----N----NN-NNN--------NA-----ACAGTTTATATGAA-ATT-A-TTG--ATGTT---TT-TTAAATATAA---TGT-TAA-TATGA---A---T--TT--TGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TTTT------AT---AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T----C-TTTT--TA---T-GAGAAT--TTTTATT--G---TT-CATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATGTTAA---A-AATT---A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-GC-CG-AAA---CAT--GAA-TTA--AGTCCT---AATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TGTGT-TTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG----GTATAA-GTTT---T----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----TGTACA-AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-ATAAA-------A--A-A-T-A-G-A---TG-CC-CT---G-TGGGG-A--C-----TTT-----C-A-T-TGT-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------NN-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---NNNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------NCGT----------C----T--GTCGT-GG-TC--A-TTGGG-TGA-CTTT--T-----TT---------------GT----------------CCTGTGTCTTTTTGTCCTAG-T-CAA-TTTTGTGA-CT--AT-A------T-GTCATGTTTG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGAC-TTCTGTCCGTta
gi|5 : aatgtgggaacaatCAGA-A-G-TCA--CAGTG-ACATAA------AG-TC-A-C-------CG-----GC-C----------ATAAA-A-TG-AC--C--T-G--G-AC-AAAA-A-AG--TCCACAATCCA-GG---AAGTAG----C-A--A-AAA-G------TCA-----CAGAC-A--AAAAT-GTCA--CAA--G--ACA-A--AAAA-CGCGTGTA----GG-----AC--C-----A------ACAATG-GTC-AC----AG-------------TTA--------TA-----A-------AA--AA-AAA-A-TTG---T--T---TT-TT-AAGATAAACATGA-TAT-TATGA---A---T--TT--CAA--A-AT-T-----TGTAT--CA--TTTGT-TAAGT--TT--------AGTTTAAG---AA---A---------T-G-AGT-TG-GGT------T-T----ACGT-A--C-TTTT--TA---A-TA-AAT--T---ATTCAT---TT-TTTT-CAAC-T-T--TCC--T--AA---ATT---TTCCAT-G-TG---A---ACAAT----A-ATT-----TGAAT-GTGGAA-TAAG-TACTAAA-C---------------TTTA------AT---CGCAT-C--TATTT-G--CGCAAA---CAC--GAA-TTA--GGT--TG--GATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------TAT-TGTT-TG----TTTATGGT--------G----TG--G-GGG----GC---C-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T---------GT----T-TAC--AA---TA----AGTG-T--AA-------AACAT----------AATA-A-GCA-G-ACCCTG-CC-CTTGGG-T---G-A--C-T---TTT-----CAA-T-C-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---GTTGC----T---T--A---TG-CCTT-GTGAC--T--------TGTC------C-TTACTGAGTCTT-------T----TGTC-----------TG-T-----G--AC--C--CT-T-TTTC-C-TGTCG-T--GA-------T---TTTG---TC--CG-ATGTGGTCATT-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--CTT---G-TGA-C--T--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTG--CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TATGT-CC--------ctta
gi|6 : gaatgtgcgggcccA-AAGCTCA--CCA-G-GCAAAATAATAAAGCTC-A-CCAG--A-CG-AAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-GTGG-AA-GAAATA-AG--TACACAAT-CA-AA---AA-TAG---AC-A--A-AAAAG------TCA-----AGG---A--CAAAC-ATCA--CAA--G--ACA-A--AAAA-C----ACG----GG-----ACAAA-----C------ACGGAC------C----AAA----C----AT-TCC-------------------------------AC-A-TTT--AT--A---TT-TTAA----AA--ATGT-TA--TATGA---A---TC-TT--CAA--A-AT-A------AT-T--CA--TTTAT-TAAG---TT--------A----AAG----A--TA---------T-G-AGT-A---GT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAAAAA--T---ATT--T---TTAAATC-TAACTT-T--T-C--T--AC---AAT---T----T-GATG---A---A-CATATAAA-ATA-----AG-ATAG----A-TTAG-AAATA----CTA----TT-----ATTTT------AT---CGCATCC--TA-TC-GTACA-AAA---CAG--AAA-TT-----T--C---TAT----AT---A--A---G-AG-------G-----TTTTC---------T-TGTATTATG----TTT-TTGC--------T----AG--C-AGG----AT---A-A------CGACAT---T----GTAACTA--TAAT---T-------TG---------AC--AA---AA----A-TGTT--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA---A---TG-TC-CT---G-T---G-G--A-C---TTT-----C-A-T-T-T-T-A-T--AA------T---T-T---GTTAC----TTTAT--A---TGTCC-T-GTATTTTT--------TGTCCTGATTC-T---------TT-------T----TGTC-----------TG-T--------AC--C--TTAT-TATC-C-T---GAT--GACT-----T---TTTG---TC--CT-AT-TTTCCA-T-------------A-GT---G-----ACAACAT--TA--A-CGATA--C-TA--G-T---C-CT--T-----T-----------------T----------------CCT----------------A-T-C-A-TTTTGTGA-C---TC-A------T--TCCTG---G-AC---TTTGT-CC--------T-TGACTTTCT-TCTGTgt
gi|7 : atggcgaaccaagaGACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAACA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-ATAG--TTCACTAT-CA-GA---AAGTNN--NNN-N--N-NNN-N------NNN-----NNN---N--NNNNN-NNNN--NNN--N--NNN-N--NNNN-NN---NNN----NN-----NNNNN-----N------NNNNNN-NNN-NN----NNN----N----NN-NNNNNN-----TA-----A-------TATGAA-AAT-A-TTG--AT--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--ATAT-A-----TAT-T--C--CTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTAT--TA---T-GAGAAT--T---ATT--T---TT-TATC-TAAC-T-T----C--T--AA---ATT---T-------GTG---A---A-AAT----A--TT-----TG-AT-G----A-TT-G-AACTAAA-CGTA----TT--C--ATTT-------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----AG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----G-TG-T--TA-------AA-AT-------------A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------T-T---------TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GA-T-----T---TTTG---TC--CT-CTGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG--C--C-T---G-TGAGC-TT--T-----TT---------------GT----------------CTT----------------A-TACGA-TTTTTGGA-CTAATT-A------T--TCCTG--TG-ACTTATTTGTGCC--------TGTGA-TTTCTGTCCGTT
gi|8 : -AAA-TCAT-CAG-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-AG--A-CGTAAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TGGAC--CA-T-G--G-AC-AGAA-A--G--T-AACAAT-CA--A---AAGTAG--GAC-A--A-AA--------------------------------GT-A--CAG--G--ACA-A--AAAG-TC---ACA----GG-----ACAAA----------------TG-GT----------A----C----AT-TTA--------TA---------------TGAA-AAT-A-T-G--AT--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-AA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--AA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------C-G-A-T-A--GGT------T-T----A--T-A--C-TTTTC-TA---T--AGAA-------A--------TT-TATT-TAAC-T-T--T-T--C--TA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT------A-TTAG-ATTTAAA-CTTA----TT--A--ATTTT-------T---CGTAT-C--TA-TTGG--TG-AAA---AAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-T----------------AG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---T-----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A------CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-A-T-T-T---T-T--AAT-----T---T-T---GTGAC----T---T--A----G-TC-T-G------T----------AC------T-T---------TT-------TGCTGTGTC-T---------TT-T-----T--TCTAC--TT-T-TGT--C-T---G-T---ACT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T--T---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-C-A-TTTTGT-A-C---TT-A------T-GTCC----TG-ACTT-TTTGC-Ca
gi|9 : cGACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-T-GG--A--------GT-T--------------A-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-A--G--T-CACAAT-CT-GA---AAATGG--TAC-A--A-AAA-G------TCAC----AAG---AC-AAAAA-GGCA--CAA--G--ACA-A--AAAG-TC---ACA----GG-----ACAAA-----A----------TG-GTC-AC----AG-----------T-TTA--------CA---------------TGAA-AAT-G-TTG--AT--T---TT-T---AAATAA--ATTG-TA--TATGA---A---T--TT--T-A--A-AT-A-----CAT-G--TA-TT--AT-TCAT---TT--------A----TATTC-AA--TA---------T-A-AAT-AA-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTC--TA---T-GAGAAT--T---TAT--T---TC-TATT-CAGC-TAT--T-C--T--AA---ATT---T------GATG---A---A-GAT----A--TT-----TG-AT-G----A-TTAG-TACTAAA--TTA----TT--C--CTTTT------ATAATTGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GAT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TGTTGTTT------T-T-TGTT-TG-----TT-TTGT--------A----GG--T-GGG----GT---A-ATC----T----T---T----GTA---T--AAAT---T-------TGGT----T-T----AA---TA------------------------------------A--A-A-TCA-A-A---TG-TT-CT-----TCA-G-A--C-TTGATTT-----T-A-T-T-CAA-T-C--GA------T---TCT---GTGA--------------------------------------------------C-T---------TT-------T----TGT---------------------------------------C-C-T---G-T--TACT-----T---TTTA---TC--CT-ATGTTGTCA-T-------------T-GT---G-----AT----T--TT--T-T
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTCCAATGATATATGATACTTTTTTTCTGTGACTTTTTCCCCCTATGACTTTCTTTCCGTTTACCTTATAATGTGTGTGTGTTTGGATACGCTAGAATCACAATCACTGAACACAT
Unaligned ( gi|30 ): CAAAGATATTTGGTATTAGTATCTATATCCATAACAGGATAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): CAAAACACAACCCATGGGCGATCCTATATAAATCAAAATTGAAT
Unaligned ( gi|32 ): GTCCGCATGGGCCTAATTATTTCCCTGATTATCTAATTTAGGT
Unaligned ( gi|33 ): ATATCATATTCTGATGCAATATACAAATTGAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22222 111111 33333333333333 222222 11111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 11111 1111111111111 111111111 111111111111 111111 1111111111111 111111111 1111111111111 22222222222222222222222222 3333333333333 11111 111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111111111111111 2222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 4 5 4 33 2 2 888888 2 2 2 2 99 2 5 11111 6666 2 2 5 33 5 2 66 2 66 2 55 33 8 2 5 999 444 2 33 2 2 000000 33333333333333 77777777 33 33 3 77 111111 6666 00000 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 5 2 2 66 33 444 2 6 666 2 22 444 444 99 8888 33 5 2 11111 5 66 2 2 777 7777777777777 888 33 111111111 2 2 2 55 888888 2 8888 33 8888 2 66 555 2 33 666666666666 2 44 2 2 33 2 66 33 555 555 222222 444 444 2 8888 33 77777 6 3 6666 2 33 3 6666 77777 888888 888 2 33 2 2 66 2 444 33 2 66 33 777 444 444 33 444 2 3333333333333 0 444444444 2 2 2 9999 2 8888888888888 66 2 5555 66666666666666666666666666 777 33 333 7777777 4444 2 55 777 888888 2 444 8888888 4 1111111111111 2 2 2 4 333 2 2 333 1 666 1 22 55555 99999 2 6 2 88888 4444 666666 333 2 555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888 5555 55555555555555555555555 33 33 2 2 55 2 333 2 33 55555 666 333 33 22 2 11 2 1111111111111 2 333 55555 88888888 33 2 2 77 2 77777 2 2 22 55555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 2 2 2 44 4 555555 2 55 2 2 2 11111111
lowQualScore : . . . .. . . ...... . . . . .. . . ..... .... . . . .. . . .. . .. . .. .. . . . ... ... . .. . . ...... .............. ........ .. .. . .. ...... .... ..... ........................................................................... . . . . .. .. ... . . ... . .. ... ... .. .... .. . . ..... . .. . . ... ............. ... .. ......... . . . .. ...... . .... .. .... . .. ... . .. ............ . .. . . .. . .. .. ... ... ...... ... ... . .... .. ..... . . .... . .. . .... ..... ...... ... . .. . . .. . ... .. . .. .. ... ... ... .. ... . ............. . ......... . . . .... . ............. .. . .... .......................... ... .. ... ....... .... . .. ... ...... . ... ....... . ............. . . . . ... . . ... . ... . .. ..... ..... . . . ..... .... ...... ... . ... ............................................................. ....... .... ....................... .. .. . . .. . ... . .. ..... ... ... .. .. . .. . ............. . ... ..... ........ .. . . .. . ..... . . .. ..... .................................................... . . . . .. . ...... . .. . . . ........
lowQualScore : 0 7 0 55 9 9 222222 9 7 7 7 00 7 3 00000 8888 7 7 3 77 3 7 33 7 11 7 22 77 0 7 3 333 444 7 77 7 7 333333 44444444444444 11111111 99 99 1 33 777777 5555 88888 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 3 9 9 88 77 777 7 2 666 7 77 777 777 00 7777 77 3 7 33333 3 33 7 7 333 8888888888888 999 99 444444444 9 9 9 22 222222 9 9999 99 3333 9 88 000 9 99 444444444444 9 77 9 9 99 9 88 99 000 000 666666 777 777 9 9999 66 77777 2 1 1111 9 00 1 5555 44444 888888 555 9 99 9 7 33 7 777 77 7 33 77 333 777 444 44 444 5 2222222222222 1 444444444 5 5 5 7777 5 5555555555555 99 5 3333 55555555555555555555555555 888 11 999 2222222 7777 2 33 999 666666 1 666 9999999 2 9999999999999 1 1 1 2 777 1 0 555 9 000 9 66 66666 22222 0 0 0 22222 8888 666666 777 1 888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 3333 11111111111111111111111 11 11 2 2 22 2 999 2 11 66666 111 999 11 55 9 22 2 1111111111111 2 999 66666 11111111 11 2 4 99 4 11111 2 1 99 33333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 0 0 0 88 0 888888 0 00 1 1 1 88888888
consensus : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAC-A--A-AAA-G------TCA-----AAG---A--AAAAC-GTCA--CAA--G--ACA-A--AAAA-CG---ACA----GG-----ACAAA-----A------ACAGTN-GTC-AC----AGA----TA--------------TTTA---TA-----A-------TATGAA-AAT-A-TTG--AT--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAGAAT--T---ANT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTT
Reference ( family-45 ) : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAC-A--A-AAA-G------TCA-----AAG---A--AAAAC-GTCA--CAA--G--ACA-A--AAAA-CG---ACA----GG-----ACAAA-----A------ACAGTN-GTC-AC----AGA----TA--------------TTTA---TA-----A-------TATGAA-AAT-A-TTG--AT--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAGAAT--T---ANT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTT
gi|1 : GGCAGA-A-G-TCAA-CAG-G-AAAAAA------AG-TCGA-C-AGG-A-CG-AAAAAG-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-AA--CAAT-G--G-A---GAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAA-A--A-AAA-G------CCN-----NNN---N--NNNNN-NNNN--NNN--N--NNN-N--NNNN-NN---NNN----NN-----NNNNN-----N------NNNNNN-NNN-NN----NNN----NN--------------NNNN---NN-----N-------NNNNNACAGT-T-TTACTAT--T---TT-TTAAATAAAA--TTGT-TA--TAT-A---A---T--TT--C-A--A-AT-T-----TAT-T--CAATTTTGT-TAAGGGTTT--------A----AAGGGGAA--TA---------T-G-AGT-AG-GCG------T-T----A--T------CTTT--TA---TGGAGAAT--T---AAT--T---TT-TATCATAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----AG-AT-G----A-TTAA-AACT-TA-CTTA----TT--CGTGTTTT------ATC--CGCAT-C--TA--T-G--AA-AAA---CAT--GAA-TTAG-GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-T-TT-TG----TTC-TTGT--------A----GG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------T-GT----T-TAC--AAT--TA----A-T--T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCACG-A---TGTCC-TT---G-T---G-A--C------TT-----C-ATT-T-T-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTTAC----T---TTAG---TGTCC-T-GTGATTTT--------TGTC------CGTGGATCTA--TT-------T----TGTCTT---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGT--C-T---G-T--GAC------T---TTTG---TA--CT-ATGTTGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----A--AT--T-TG-TA--C-T---A-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-CGATTTTTGTGA-CT--TTGA------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGAC-TTCTGTCTGCT
gi|1 : atgtg-CT---G-T---G-A--C-T---TTTGTAC-T-A-TGT-T-G-T-C--A-----------T-T---GTGACAAT-T---T--G---TA-CTAT-G------T------------------C-T---------TT-------T----TGTC-TATCGATTTTTG-T-----G--AC--T--TT-GATGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--C--------------------------T-GT---G-----AC-------TT--C-TG-TCTGC-T---T-TGA-C-CTAAT-----TT---------------TT----------------TCT----------------C-T--GA-TTATCTAA--T--TT-A------C-GTttgacctaattttttctctgattatctaatttacgtaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|10 : atgtgggcagaagtcaacaggaaaaaaagtcgacaggacgaaaaagtcacggacaaaatgaacaatggagaaaagtcacaatcagaaagtaggaaaaaaagccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagttttactattttttaaataaaattgttatataatttcaaatttattcaattttgttaagggtttaaaggggaatatgagtaggcgttatcttttatggagaattaatttttatcataactttctaaattttgatgaaaataattagatgattaaaacttacttattcgtgttttatccgcatctatgaaaaacatgaattagggtttataataagagtttttgttttttgttcttgtagggagggtagcttgtaataatttgtttacaattaatttaaaataaatcacgatgtccttgtgacttcattttattaattttgttactttagtgtcctgtgatttttgtccgtggatctattttgtctttgtgaccttttgt-----A-------TATGAA-AAT-A-TTG--AT--T---TT-TTTTAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TC--GAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TAAGAGTAAGTC-G-AGT-AG-GTT------T-T----A--T----C-TTTT--T------GAGAAT--T---TAT--T---TT-TATC-TA---C-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATA---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----CT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---T------AT---A--A---G-AG-------A-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--GAGGG----GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TT-A--AA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CCACT-----T---G-A--C-----TTT-----C-A-T-TCT-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------NN-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---NNNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------N-NN---N-----NN----NNATG--T-GG-TCA-T-T---G-TAA-C-TT--T-----TT---------------GTCCTGTGTCTTTTTTTGCCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--AT-A------T-G-CCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCATaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|11 : tGACAGAGAAG-TCA--CAG-A-ATCAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAA-GT-C---ACGACG-ACAAA---TG--C--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-----T-CACATC-CA-GA---AAGTTA--GAC-A--A-AAA-G------TCAGC---AGG---ACCAAAAT-GCTC--CAA--G--ACA-A--AAGA-C----ACA----GGC----ACAAA-----ATCCAGGACAGAAAGTC-AC----AG---------------------TTTA---T--------------CATGAATAAT-AATTG--AT--T---TT-TTAAAA-TAA---TGT-TA--TATGA---A---T--TC--CAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------TTG-AGTCAG-GGT------T-T----A--T-A--CTTTTT--TA---T-GAGAAT--T---TAT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---A-T---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTTAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGCAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-GGTT-TG----CTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG----GTA--A-G------C----TAAAT----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--AA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----GTT-----C-A-T-T-T-
gi|12 : atgttga-----A-------TATGAA-AAT-A-TTG--AT--T---TT-TTTTAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TATAT--CA-CTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T------A--T-A--C-TTTT--TT---T-GAGAAT--T---TAT--T---T-----C-TAAC-T-T--T-C--T--AA---AAT---T----T-GATG---T---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AA-TAAA-CTTAATTATT--T--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---AAT--GAA-TAA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--A-GGG----GTA--A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--GA---TA----A----T--TA-------AA-TA----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTC-----T-T-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------NN-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---NNNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------N-NN---N-----NN----A--TG--T-GG-TCA-T-T---G-TGA-C-TT--T-----TTGTCCCGTGTCTTTTGGT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------tat
gi|13 : ----A-TTAG-TACTAAA-CTTA----TT--C--CTTTT------AT---CTTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTG--GGT--T---TATA---AA---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGTAGGGGGG-A----GG--G-GGG----GCTA-A-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TACATAA---TA----AGTG-T--AA-------AA-ATTAG-------A--ATA-TCA-G-A---TG-TC-CT---G-T---GCA--C------TT-----C-A-T-TCT-A-A-TCGGA------T---T-T---GTGAC----T---TTGA---TGTCC-T-G------T--------GGCA------C-T---------TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C-------------------------CT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---------C-------------------------------------------------------------------T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCAG--TG-AC-T-TTTGT-CCTTCCTCTTTGTGACTTTATGTCTGTgt
gi|14 : G-G-ACGAAA------CG-TC-A-C-AGGGA-CA-AAAAGG-T--CACG--GCACAAA-A-TGCAC--CA-T-G--GGAC-AAAA-A-AA--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--CGCAA--A-AAA-G------TCAC----ACG---AC-AAAAA-G-CA--C-------ACACA--AAAA-TG---ACACAACGG-----ACAAA-----A----------TC-GTC-AC----AGA----TAAAAATGTCAGCAAGTTT----TA-----A-------TA--GA-AAT-A-TTGA-AT--TGTGTG-TTATGA--CA--ATGT-AC--TGTGA---AACTT--TT--ATA--A-AT-ACATTGTAT-C--CA-TTTTGT-TAA----T-----------------------------------T-G-AGT-AA-GGT------T-TTTAAA--TCA--C-TT------------AAAAG--C---A-T--T---TT-GATC----C-T-C--T-C--A--AA---GTT---TG---T-GATG---A---gactttctgtcgccgttta
gi|15 : ---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-T---------TTGT--------A----GG--G-AGGTCCGGT---ACG------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--AA-------AA-ACA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATT-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---
gi|15 : ----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-T------T-GTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttttgtcctgtgactttctgtccgttt
gi|16 : aagagtttttgtttgtttttgtagggaggtccggtacgctttgtaataatttggtttacaataatgtaaaaacaaaatcagatgccctgtgactttcattttattaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-A-C-AGG-A-CA-AAGATT-T--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC---AA-A-AG--T-CACAAT-TA-CAGTTAGGTAG--GAC-A--A-AAT-T------TCC-----AGG---A--CAAAC-GTC---CAA--G--ACA-AC-AAAG-TC---ACA----GG-----ACAAA-----A------A------GCC-ACGATTAGA----AA--------------TTTA-------------------ATGAA-Agttt
gi|16 : atgatgcggaaatgaacagaT--T---TT-TTGACAATAA--GTTT-TATGTATGA---A---TTCTT--TAAAGA-AT-A-----TCT-TTCCT-TTTTG--TAAG---Tgcaggcataatgaatgtaccaaacaccagttaatatagaacgaataattgattttttttttgacaataagttttatgtatgaattctttaaagaatatctttcctttttgtaagt
gi|17 : atgatgcggaaatgaacagaacaggacaaagatttcacggacaaaatgaccatggacaaaagtcacaattacagttaggtaggacaaaatttccaggacaaacgtccaagacaacaaagtcacaggacaaaaagccacgattagaaatttaatgaaagcaggcataatgaatgtaccaaacaccagttaatatagaacgaataattgattttT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---TATA---A----A--A---A-AG-------A-----TTTC-----------------------------TTAT--------A----------------------A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TACTACA-TA-T--TA-------AAGATTGTGAAAACAA--A-A-TCA-G-A---TG----CT---G-C---G-T--C-T---TTTTGTCCT-A-T-T-TGA-T-T--AA------G---T-C---ATGA-----T---T--G---TG-AC-TCG------T--------TGTC------C-TATGACG---TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--T--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GGCT-----T---TTTG---TT--CT-ATGTG---------------------GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T-----------TT--T----------------------------------------------------------------GA-TTTTGTGA-TT--TT-A------T-GTCCTG--TG-TCTT-TCTGT-CC--------
gi|18 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TA-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TT-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-ATT-T-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---TTGAC----T---T--A---Tgt
gi|18 : ----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------TGGTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttatggtcctgtgactttctgtccgttta
gi|19 : agctttgtaataatttggtttacaataatattaaaataaaatcagattccctgtgactttcattttatttaattttttgacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A---G-AAT----A-TTT-----TG-GT-G----A-T----------A---TA----TA--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--GGT--T---TATACTCGT---A--AAACG-AG-----------------G---------T-A-TG---------------GA--------A----GG--G-GGG----TG---A-G------C----T---TTATATTA---A--TAAT---T-------TTGT----T-TAC--AA---TA----ATTG-T-----------GA-CT-----------------TT----A---TG-TC-CT---G-T---G-A--CAT---TTT-----C----------------------------C-T---GTGACT---T---T--C---TG-TC-C-G------T--------Tgttta
gi|2 : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-CT--A-CA-AAAAGT----CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AT--AAA-A-AG--T-CACAGT-CT-GA---AAGTAA--GAC-A--A-AAA-G------TCAC----AAGAC-A--AAAAC-GT-G--CGACGG--ACA-AGGAAAA-TGTCCACA----AGGAGACATAAAAGATCA------ACAG---GTT-AA----AAA----TA--------------T-------------A-------TAGAAA-AAT-A-TTG--AT--T---TTATCGAAAAT-A--ATTT-TA--AAAGAAGTA---T--TT--AAT--A-AT-AGAT--TGT-T--CA-TCATGTCCAAG---TTTACAAGTAA----GAG---AA--TA---------A-G-TAT-AC-AGTTATGTCT-T----A--T-A--T-TTTTCCTA---T-GGGAAT--T----TT--TGC-TT-TATT-T--C-T-A--T-CG-TAAAA---ATT---TA---T-GATG---AAGTA-AAT----ATATTCTAAGTGTAT-A----ATTTAGTTACTAAATCTTA----TTGGC--GCTTTTATCTGAT---CGTTT-CTATA-TT-G--TG-AAA---TATTAGAT-TTA--GGC--TTACTATA---ATTAGA--A---GTAGTTTAGGAT-----TTTTGATTGTAATTT-T-TTTT-TGAAAATTT-TTGG--------AGCGGGG--G-GGA----GTA--A-G------C----TTA-T----GTAAATA--TAGT---TTTTGGCATGGTACTGT-CAC--AAAATCA----ATTG-TAATAG------AA-ATAA--------A--A-A-TCA-GTA---TA-TC-CT---GTT---G-ATGC-T---TTC-----T-A-A-T-T-C-T-A--AATACGATT---T-T---GTGACTTTTT---T--ACGCTG-CC-T-G------TGTTTTATCTGAC------C-TAGTGACTA-TTATACAAAT----TATC-T---------TG-T-----GTAGC--CTTTT-T-TGT--C-T---G-TAAAACT-----TTCATTTG---TC--CC-ATGTGGTTA-T-------------T-GT---G-----AC----T--GT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-C----T-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGC-CC--------TGTGACTTTCTGTtaccactacgaataagaggtggatgttatgaatcaaatcggttaacaga
gi|20 : aatgtggA---TA----T-TT-T--TA-------AA-AT----------ATAA-A-TCA-G-A-------------------------C-T---TT--------A-T-TCT-G-T-C--GA------T---T-TT--GTG-C----T---T--A---CGTCC-T-G------T--------GA--------C-T---------TT-------T----TATC-T---------TG-T--------AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--CTTATGTGGTTA-T-------------T-GT---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT------------------T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-G------T-GTCCTG--TG-AC-T-TTTGT-CT--------CGTGACTTTCTGTCTGTT
gi|21 : atacatgtatatatatAA-G-AAAGAA------AG-TC-A-C-G-----TG-AAAAATAT--CACG--A-ACAAA-AATG-AC--CT-T-G--G-AC-A-AA-A-AG--T-CACAAC-CA-CAATCAAGTAT--GGC-A--A-AAT-G------TC
gi|21 : gt---------TG-T-----G--AG--T--CT-T-CATC-C-T---G-T--GACA-----A---TTTG---CC--CT-ACTT--TCA-TGAAAATTAAAAACC-GT---A-----AA----T--TT--T--G-TC--C-G---G-CGA-C-AT--T-----TT---------------GC----------------CAT----------------ACT-TGA-TT--GTG------------------GT--TG--TG-ACTT-TTTGT-CCAA------GGTCA-TTTTTGTTCGTgccggacaaaatttacggtttttaattttcatgaaagtagggcaaattgtcacaggatgaagactcacagtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|22 : gtaagaaagaaagtcacgtgaaaaatatc--G--ACA-A--AAAATCC---ACA----GG-----ACAAA-----A-----------T-GTCCAC----AG---------------------TTTA---TA---------------TGAA-AATGA-TTG--AT--T---TT-T--AAAATAA--ATTT-TA--TA-GA---A---T--TT--TAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTT-GT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-GGAGT-AA-TAT------CAT----A--T-A--C-TTTC--TA---T-GAGAAT--T---AAT--TA--TT-TAAC---AC-T-T--T-T--T--AA---TTT---T----TTGATG---A---A-AAT----gtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|23 : --C--TT-T-TGTCACAT---G-T--GACTACTCATA--TTTGGATTCAACT-AT-TGAT-G-T-------------T-GT---ATATATAC----T--TT--TATG-TC--G-T---G-TGA-C-TT--TATTTTTT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGT-TTTTGCGA-CT--TTAA------T-GTCCTG--TGAACTT-TTTGT-CC--------TGTG
gi|24 : tattgatttattaG-G-ACAGAA------AG-TC-AGC-AG--A-CC-AAAAGT-CA-CGCG--A-ACAAATA-TG-AC--CAAT-G--G-AC--AAA-A-AG--T-CACCAA-CAGGA---AAGTAG--GAC-A--A-AAA-GT-----TCA-----AA
gi|24 : -T---G-A--T-T---TTC-----C-A-T-A-T-A-TAG--GA------T---C-TCCCATGGG----T---T--G---TG-GT-T--------T--------TGAA------C-T---------TT-------T----TGTC-C---------TACT-----T--TC--C--TG-T-TG---------G-T--GACT-----T---TTTG---TC--C--AT-TGGTCA-TATTTGTTCG----C-GT---G-----AC----T--TT--T-GG-T---C-T---GCTGA-C-TT--T-----CT---------------GT----------------CCaccacaacccatgggagatcctatatatggaaaatcatgattg
gi|25 : GACAGA-A-G-TCA--CAG---ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--AGCG-AAAAGT-CAGCGCG--C-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-ACAAAAA-A-AG--T-AAC-AT-CA-GA---AAGTA---GAC------AAA-G------TCA-----CAGACAA--AAAAT-GTCA--CAA--G--Atgattg
gi|27 : ttgtgatgtgc-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-ACAGTTAT-GTCCTG--TG-ATTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTT
gi|28 : ---A-G------C----T---TT---GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---CA----A-CG-T--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---Tta
gi|29 : cgtaGA-C-TT--T-----TT---------------GTT---------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGACCT--TT-T------T-GTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-C
gi|3 : G-G-ACAGAA------AG-TC-A-C-AG--G-----------------G--G-AC-AA-A-TG-ACCACA-T-GA-G-AC-ATAA-A-AGGAT-CACAAT-CA-GA---AAGTAGGTGAC-ATTA-ATA-GTAGATCTCACATTGAAG---C--AAAATGGTCGATCAA--GACACA-A--GAAG-CA---GCA----GG-----ACAAA-----A-------------GTC-AC----AGGACACTA--------------TTCA---GAGTTCTA-------TATGAA-TA--A-TTA--AC--T---TT-AT-GTAATAAG-ATGCATACTCATGA---A---TA-TTCACGA--AGACAA-----TAT-TG-AA-TTTTGT-TTAG---AT--------T----AAG---AACTCA---------T-G-GTC-AGAGAT------T-TA---A--T-AAGG-TTCT--TACTCT-GAGGATTCT---ACT--TATGTT-TGTC-GAAC-T-TTAT-CAGT--AACGTACTCTAT----T-GATA---G---A-AAT----A-ATT-----TA-CT-G------CTAA-AACTAgct
gi|3 : gT-G--CG-AAGAATCAC--GAAATTAAGGGT--C---TCGA---AT---ACTA---G-AG-------TAATTCTTTTG---------T-T--GTT-T-----TTT-TTGTTATGTTTTG----GG--G-GAG----GC---G-GAGGGTTCA---T---T----GTA---ACCTAATAAAT-------TGAT----T-AAC--AAA--TA----A-TG-T--TACACCCCCAA-CT----------A--A-AATCA-GCA---TG-CC--T---G-T---G-A--C-T---TC------C-T-T-C-T-A-T----AA------TCTCT-T---GTGAC----T---TT-A---TGTCC-T-G------TGCTTCTC-TGTC------C-T---------TG-------T----TGTC-T---------TT-TTTCTTGC-AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--ACCT-----T---ATT--------CT--TGTGTTCA-T-------------T-GTTATG-----A--------TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------C-T----------------A-T-C-A-TTTTGTGA-CTC-TT-A--------GTCCGGC-TG-ACTT-TT----CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTTctataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacatgcgaagaatcacgaaattaagggtctcgaatactagagtaattcttttgttgttttttttgttatgttttgggggaggcggagggttcattgtaacctaataaattgattaacaaataatgttacacccccaactaaaatcagcatgcctgtgacttccttctataatctcttgtgactttatgtcctgtgcttctctgtccttgttgtcttttttcttgcaccttttgtcctgtaccttattcttgtgttcattgttatgattttgtcctgtgactttttgtctatcattttgtgactcttagtccggctgacttttcctgtgactttctgtccgttta
gi|4 : gggacagaaagtcacaggggacaaatgaccacatgagacataaaaggatcacaatcagaaagtaggtgacattaatagtagatctcacattgaagcaaaatggtcgatcaagacacaagaagcagcaggacaaaagtcacaggacactattcagagttctatatgaataattaactttatgtaataagatgcatactcatgaatattcacgaagacaatattgaattttgtttagattaagaactcatggtcagagatttaataaggttcttactctgaggattctacttatgtttgtcgaactttatcagtaacgtactctattgatagaaataatttactgctaaaactactataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacaGA-AAG-TCATTCAG-GGACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CGCAAAAGT-C---ACG----ACAAA-A-TG-AC--CA-TAG--G-AC-AAAA-A-TG--C-AGCAAT-CAAGA---AAGTAG--GAC-A--GTAAA-N------NNN-----NNN---N--NNNNN-NNNN--NNN--N--NNN-N--NNNN-NN---NNN----NN-----NNNNN-----N------NNNNNN-NNN-NN----NNN----NN--------------NNNN---NA-----ACAGTTTATATGAA-ATT-A-TTG--ATGTT---TT-TTAAATATAA---TGT-TAA-TATGA---A---T--TT--TGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TTTT------AT---AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T----C-TTTT--TA---T-GAGAAT--TTTTATT--G---TT-CATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATGTTAA---A-AATT---A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-GC-CG-AAA---CAT--GAA-TTA--AGTCCT---AATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TGTGT-TTT-TTGT--------A----GGGAG-GGG----GTATAA-GTTT---T----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----TGTACA-AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-ATAAA-------A--A-A-T-A-G-A---TG-CC-CT---G-TGGGG-A--C-----TTT-----C-A-T-TGT-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTNNN----N---N--N---NN-NN-N-N------N--------NNNN------N-N---------NN-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-N---N-N--NNNN-----N---NNNN---NN--NN-NNNNNNNNN-N-------------NCGT----------C----T--GTCGT-GG-TC--A-TTGGG-TGA-CTTT--T-----TT---------------GT----------------CCTGTGTCTTTTTGTCCTAG-T-CAA-TTTTGTGA-CT--AT-A------T-GTCATGTTTG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGAC-TTCTGTCCGTta
gi|5 : aatgtgggaacaatCAGA-A-G-TCA--CAGTG-ACATAA------AG-TC-A-C-------CG-----GC-C----------ATAAA-A-TG-AC--C--T-G--G-AC-AAAA-A-AG--TCCACAATCCA-GG---AAGTAG----C-A--A-AAA-G------TCA-----CAGAC-A--AAAAT-GTCA--CAA--G--ACA-A--AAAA-CGCGTGTA----GG-----AC--C-----A------ACAATG-GTC-AC----AG----------------------TTA---TA-----A-------AA--AA-AAA-A-TTG---T--T---TT-TT-AAGATAAACATGA-TAT-TATGA---A---T--TT--CAA--A-AT-T-----TGTAT--CA--TTTGT-TAAGT--TT--------AGTTTAAG---AA---A---------T-G-AGT-TG-GGT------T-T----ACGT-A--C-TTTT--TA---A-TA-AAT--T---ATTCAT---TT-TTTT-CAAC-T-T--TCC--T--AA---ATT---TTCCAT-G-TG---A---ACAAT----A-ATT-----TGAAT-GTGGAA-TAAG-TACTAAA-C---------------TTTA------AT---CGCAT-C--TATTT-G--CGCAAA---CAC--GAA-TTA--GGT--TG--GATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------TAT-TGTT-TG----TTTATGGT--------G----TG--G-GGG----GC---C-G------CT---T---T----GTA---A--TAAT---T---------GT----T-TAC--AA---TA----AGTG-T--AA-------AACAT----------AATA-A-GCA-G-ACCCTG-CC-CTTGGG-T---G-A--C-T---TTT-----CAA-T-C-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---GTTGC----T---T--A---TG-CCTT-GTGAC--T--------TGTC------C-TTACTGAGTCTT-------T----TGTC-----------TG-T-----G--AC--C--CT-T-TTTC-C-TGTCG-T--GA-------T---TTTG---TC--CG-ATGTGGTCATT-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--CTT---G-TGA-C--T--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTG--CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TATGT-CC--------ctta
gi|6 : gaatgtgcgggcccA-AAGCTCA--CCA-G-GCAAAATAATAAAGCTC-A-CCAG--A-CG-AAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-GTGG-AA-GAAATA-AG--TACACAAT-CA-AA---AA-TAG---AC-A--A-AAAAG------TCA-----AGG---A--CAAAC-ATCA--CAA--G--ACA-A--AAAA-C----ACG----GG-----ACAAA-----C------ACGGAC------C----AAA----CA--------------TTCC--------------------------AC-A-TTT--AT--A---TT-TTAA----AA--ATGT-TA--TATGA---A---TC-TT--CAA--A-AT-A------AT-T--CA--TTTAT-TAAG---TT--------A----AAG----A--TA---------T-G-AGT-A---GT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAAAAA--T---ATT--T---TTAAATC-TAACTT-T--T-C--T--AC---AAT---T----T-GATG---A---A-CATATAAA-ATA-----AG-ATAG----A-TTAG-AAATA----CTA----TT-----ATTTT------AT---CGCATCC--TA-TC-GTACA-AAA---CAG--AAA-TT-----T--C---TAT----AT---A--A---G-AG-------G-----TTTTC---------T-TGTATTATG----TTT-TTGC--------T----AG--C-AGG----AT---A-A------CGACAT---T----GTAACTA--TAAT---T-------TG---------AC--AA---AA----A-TGTT--TA-------AA-ATA---------A--A-A-TCA---A---TG-TC-CT---G-T---G-G--A-C---TTT-----C-A-T-T-T-T-A-T--AA------T---T-T---GTTAC----TTTAT--A---TGTCC-T-GTATTTTT--------TGTCCTGATTC-T---------TT-------T----TGTC-----------TG-T--------AC--C--TTAT-TATC-C-T---GAT--GACT-----T---TTTG---TC--CT-AT-TTTCCA-T-------------A-GT---G-----ACAACAT--TA--A-CGATA--C-TA--G-T---C-CT--T-----T-----------------T----------------CCT----------------A-T-C-A-TTTTGTGA-C---TC-A------T--TCCTG---G-AC---TTTGT-CC--------T-TGACTTTCT-TCTGTgt
gi|7 : atggcgaaccaagaGACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAACA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-ATAG--TTCACTAT-CA-GA---AAGTNN--NNN-N--N-NNN-N------NNN-----NNN---N--NNNNN-NNNN--NNN--N--NNN-N--NNNN-NN---NNN----NN-----NNNNN-----N------NNNNNN-NNN-NN----NNN----NN--------------NNNNNNNTA-----A-------TATGAA-AAT-A-TTG--AT--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--ATAT-A-----TAT-T--C--CTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTAT--TA---T-GAGAAT--T---ATT--T---TT-TATC-TAAC-T-T----C--T--AA---ATT---T-------GTG---A---A-AAT----A--TT-----TG-AT-G----A-TT-G-AACTAAA-CGTA----TT--C--ATTT-------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----AG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----G-TG-T--TA-------AA-AT-------------A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------T-T---------TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GA-T-----T---TTTG---TC--CT-CTGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG--C--C-T---G-TGAGC-TT--T-----TT---------------GT----------------CTT----------------A-TACGA-TTTTTGGA-CTAATT-A------T--TCCTG--TG-ACTTATTTGTGCC--------TGTGA-TTTCTGTCCGTT
gi|8 : -AAA-TCAT-CAG-G-ACAAAA------TG-TC-A-C-AG--A-CGTAAAAGT-C---ACG--G-ACAAA-A-TGGAC--CA-T-G--G-AC-AGAA-A--G--T-AACAAT-CA--A---AAGTAG--GAC-A--A-AA--------------------------------GT-A--CAG--G--ACA-A--AAAG-TC---ACA----GG-----ACAAA----------------TG-GT----------A----CA--------------TTTA---TA---------------TGAA-AAT-A-T-G--AT--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-AA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--AA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------C-G-A-T-A--GGT------T-T----A--T-A--C-TTTTC-TA---T--AGAA-------A--------TT-TATT-TAAC-T-T--T-T--C--TA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT------A-TTAG-ATTTAAA-CTTA----TT--A--ATTTT-------T---CGTAT-C--TA-TTGG--TG-AAA---AAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-T----------------AG--G-AGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---T-----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A------CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----C-A-T-T-T---T-T--AAT-----T---T-T---GTGAC----T---T--A----G-TC-T-G------T----------AC------T-T---------TT-------TGCTGTGTC-T---------TT-T-----T--TCTAC--TT-T-TGT--C-T---G-T---ACT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T--T---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-C-A-TTTTGT-A-C---TT-A------T-GTCC----TG-ACTT-TTTGC-Ca
gi|9 : cGACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-T-GG--A--------GT-T--------------A-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-A--G--T-CACAAT-CT-GA---AAATGG--TAC-A--A-AAA-G------TCAC----AAG---AC-AAAAA-GGCA--CAA--G--ACA-A--AAAG-TC---ACA----GG-----ACAAA-----A----------TG-GTC-AC----AG---------------------TTTA---CA---------------TGAA-AAT-G-TTG--AT--T---TT-T---AAATAA--ATTG-TA--TATGA---A---T--TT--T-A--A-AT-A-----CAT-G--TA-TT--AT-TCAT---TT--------A----TATTC-AA--TA---------T-A-AAT-AA-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTC--TA---T-GAGAAT--T---TAT--T---TC-TATT-CAGC-TAT--T-C--T--AA---ATT---T------GATG---A---A-GAT----A--TT-----TG-AT-G----A-TTAG-TACTAAA--TTA----TT--C--CTTTT------ATAATTGTAT-C--TA-TT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GAT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TGTTGTTT------T-T-TGTT-TG-----TT-TTGT--------A----GG--T-GGG----GT---A-ATC----T----T---T----GTA---T--AAAT---T-------TGGT----T-T----AA---TA------------------------------------A--A-A-TCA-A-A---TG-TT-CT-----TCA-G-A--C-TTGATTT-----T-A-T-T-CAA-T-C--GA------T---TCT---GTGA--------------------------------------------------C-T---------TT-------T----TGT---------------------------------------C-C-T---G-T--TACT-----T---TTTA---TC--CT-ATGTTGTCA-T-------------T-GT---G-----AT----T--TT--T-T
blockSeqs : G A C TT T G TAATAA C . G C GG G C CAGC ACG T A C CA A A TG G AA T TA GA C C G GTT GTG A TT T A TAGATC CATTGAAGC TGGTCGAT CG AC C GG TGTCC CAAC GAGAC ATCGTCACAGATAAAAATGTCAGCAAGTTTTAAT T T G A A GT GTG A T ACA A TG AGT ACT TC CACG AG G A CATTG A TC . C T TACAAGTAA TC CT AGAGTAAGT T G C GA TATGTC A TTAA CG AAG T CC CTC . TC ACTTATG A T T A TA C AG AA CGT CTA TCCAT TTA AGT C ATAA TA CTAAG T A TGGA T TT T ATTA GGC TATCTG AAT C TA T G TA C AAT TA A AG CC TAC CTC TAG CT AAC T TTTAGGAT ATTGTAATT A G A AAAA A TATGTTTTG GA A TCCG GGAGGGTTCATT AAT CC AAA TTTGGCA ACTG G AT AAT CTACA T AAT CACCCCC G TGTGAAAACAA T A . T CCC . A TGG T GGG C TG TTGA TGTCC A T G CTA TCG TACGAT CTC C CCC TTTTTTACGCTGCCTGTGTTTTATCTGACCTAGTGACTA ATACAAA GCTG TATCGATTTTTGTG TA TT A A CA A GTC A AA ACTCA TCA GAT AA TT N NN T GAAAATTAAAAAC C TAT TATAT CAACAT CG A A TG T TGGG G T AA ATTTT GTCCTGTGTCTTTTTTTGCCT C A . C AA A CAGTTA G TT A A G TTCCTCTT
blockSeqs : . A . T . . . . . . . G . T ATC GC . . G . . . A . A . A . A . A ATC G . . . . T GCAGGACC TGCTC . . . C CGCGT . C NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACAGTTTAT T . . . . . . . A GA . CT . . A GA . T . GAT A G . . . AGTTT . . . . . . G . . A . CA . C . . . TTTATTG . T . . . . G . . . GT . . . T A . A . . . A . . C . . . . . . C . . . . . . G . . . . . TAATTC TTT . . . TGT . AGGGGGGA GA . . ATAAGTTTTTT ACT . . . . . A A AG . A G C TAGA . . . C . . . . . CA . . AT GTAC . T . CTA AG T . . T TTTATATGTCCTGTATTTTTTGTCCTGATTCT . . TTTTTTCTTGC . . . . C . . . . . A . . N N NN . ATTTGTTCG . . . NNNA . . . A . GC . . . . GTCCTGTGTCTTTTTGTCCTA . . . . C . . . C . . . AA
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . CAC G . . . . . . . . A . A . T . . . C . . . . . CAAGACA TGTCA . . . . TCC . . AGTCACAGGACACTATTCAGAGTTCTAT T . . . . . . . T A . A . . C CA . . . . . . . . . TTAT . . . . . . G . . . . A . . . . . ATTCAT . T . . . . . . . . AT . . . . A . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . AGCGG . . . AAGCTAAAT . . . . . . . . AT . A . . AAAA . . . . . . . . . . . . T . . . . TGA C T . . . TTATGCCTTGTGACTTGTCCTTACTGAGTC . . TTGTGTA . . . . N . . . . . . . . N G GG . . . . . NA . . . A . AG . . . . GTCCCGTGTCTTTTGGTCCT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . TC G . . . . . . . . A . A . . . . . G . . . . . CAGACAA NNNNN . . . . TG . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAT T . . . . . . . A A . T . . . CG . . . . . . . . . A . . . . . . G . . . . A . . . . . TTTGC . T . . . . . . . . TT . . . . A . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . AGCTTTATA . . . . . . . . AT . T . . AAA . . . . . . . . . . . . T . . . . TAT T T . . . TTTATGTCCTGTGCTTCTCTGTCCT . . CTACTT . . . . N . . . . . . . . T G GG . . . . . CT . . . . . T . . . . GTTCCT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . TC A . . . . . . . . A . A . . . . . G . . . . . CACGAC TGTCA . . . . TC . . ATCCAGGACAGAAAGTCACAGTTTATC G . . . . . . . G A . . . . . AT . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . A . . . . . AATTA . G . . . . . . . . T . . . . T . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . AACGACATT . . . . . . . . AG . A . . ATA . . . . . . . . . . . . T . . . . CTG T T . . . TTGTGACTCGTTGTCCTATGACG . . NNNNN . . . . C . . . . . . . . T G GG . . . . . CT . . . . . G . . . . TTTCT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . CC A . . . . . . . . A . A . . . . . G . . . . . CAGACA CATCA . . . . CA . . AGATCAACAGGTTAAAAATATAT T . . . . . . . G G . . . . . TA . . . . . . . . . A . . . . . . C . . . . A . . . . . TATT . T . . . . . . . . T . . . . A . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . TAAGCTTT . . . . . . . . A . A . . AAT . . . . . . . . . . . . T . . . . GTA T . . . . TTTGATGTCCTGTGGCACT . . NNNNN . . . . C . . . . . . . . C G GA . . . . . CT . . . . . G . . . . GTCCT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . C C . . . . . . . . A . A . . . . . G . . . . . CAAGAC NNNNN . . . . NN . . AACAATGGTCACAGTTATAAA T . . . . . . . A A . . . . . AA . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . A . . . . . TATT . C . . . . . . . . T . . . . A . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . AAGCTTAT . . . . . . . . A . T . . AA . . . . . . . . . . . . T . . . . TAT T . . . . AATTTGTACTATGTCT . . TTGTG . . . . C . . . . . . . . T T GG . . . . . AT . . . . . G . . . . GTCCT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C G . . . . . . . . G . A . . . . . G . . . . . AGGA AGGCA . . . . NN . . AAGCCACGATTAGAAATTTA T . . . . . . . A A . . . . . TA . . . . . . . . . T . . . . . . G . . . . A . . . . . TATT . T . . . . . . . . T . . . . A . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . AAGCTTT . . . . . . . . A . T . . AA . . . . . . . . . . . . T . . . . CAA T . . . . NNNNNNNNNNNNNNNN . . TTGTG . . . . C . . . . . . . . T G GT . . . . . CT . . . . . G . . . . GCCAT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C G . . . . . . . . A . T . . . . . G . . . . . NNNN AGCA . . . . TC . . CACGGACCAAACATTCC T . . . . . . . A A . . . . . TG . . . . . . . . . A . . . . . . G . . . . A . . . . . ATTT . T . . . . . . . . T . . . . A . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . AAGCTTT . . . . . . . . A . T . . AA . . . . . . . . . . . . T . . . . TG A . . . . NNNNNNNNNNNNNNNN . . NNNNN . . . . N . . . . . . . . T N NN . . . . . CT . . . . . G . . . . GTCCT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C G . . . . . . . . A . A . . . . . N . . . . . AGGA CGTC . . . . TC . . ATGTCCACAGTTTATA T . . . . . . . A A . . . . . CA . . . . . . . . . A . . . . . . G . . . . A . . . . . ATTT . T . . . . . . . . T . . . . A . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . ACGCTTT . . . . . . . . A . T . . AA . . . . . . . . . . . . T . . . . TA C . . . . NNNNNNNNNNNNNNNN . . TTGTG . . . . C . . . . . . . . N G GG . . . . . CT . . . . . G . . . . GTCCT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C G . . . . . . . . A . A . . . . . G . . . . . NNNN CGTG . . . . C . . ATGGTCACAGTTTACA T . . . . . . . . A . . . . . CA . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . A . . . . . TATT . C . . . . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . G . . . AATCTTT . . . . . . . . T . T . . AA . . . . . . . . . . . . T . . . . TA T . . . . TTATGCCTGTTGTCTT . . TTTTT . . . . C . . . . . . . . G G TT . . . . . CT . . . . . G . . . . GTCCT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . GTA . . . . C . . TGGTACATTTATA . . . . . . . . . A . . . . . CG . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . ATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . T . . . AGCTTT . . . . . . . . A . T . . A . . . . . . . . . . . . C . . . . TC T . . . . TTACGTCCTGTGACT . . TTGT . . . . C . . . . . . . . T G GG . . . . . CT . . . . . G . . . . GTCTT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . AGCTTT . . . . . . . . A . A . . A . . . . . . . . . . . . T . . . . TA T . . . . TTGTGGTTTTGAACT . . TGTG . . . . C . . . . . . . . T G GG . . . . . TT . . . . . G . . . . GTCT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . AGCTTT . . . . . . . . A . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . TA T . . . . TTAGTCTGTACTT . . TGT . . . . . . . . . . . . . T . TG . . . . . C . . . . . G . . . . TCCT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CGCTTT . . . . . . . . A . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . TT T . . . . CT . . . . . . . . . . . . . . . . T . G . . . . . T . . . . . . . . . . GTCT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : AGCTT . . . . . . . . G . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . TA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : AGCTT . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ** ** C**** A* ** CG** *** *** A*** T* C**** *** ** AAGCTTT******************* *** T**** ****** TTGTG****************** C*
originalCons : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGT-C--CACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAC-A--A-AAA-G------TCA-----AAG---A--AAAAC-GTCA--CAA--G--ACA-A--AAAA-CG---ACA----GG-----ACAAA-----A------ACAGTN-GTC-AC----AGA----TA--------------TTTA---TA-----A-------TATGAA-AAT-A-TTG--AT--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAGAAT--T---ANT--T---TT-TATC-TAAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GT---A-G------C----T---T----GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------TT-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTT
finalCons : GACAGA-AAG-TCA--CAG-G-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAAGTC----ACG--G-ACAAA-A-TG-AC--CA-T-G--G-ACA-AAA-A-AG--T-CACAAT-CA-GA---AAGTAG--GAC-A--A-AAA-G------TCA-----AAG---A--AAAAC-GTCA--CAA--G--ACA-A--AAAA-CG---ACA----GG-----ACAAA-----A------ACAGTN-GTC-AC----AGA----TA--------------TTTA---TA-----A-------TATGAA-AAT-A-TTG--AT--T---TT-TTAAAAATAA--ATGT-TA--TATGA---A---T--TTCG--A--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AAG---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--TA---C-TTTT--TA---T-GAGAAT--T---ANT--T---TT-TATCT-AAC-T-T--T-C--T--AA---ATT---T----T-GATG---A---A-AAT----A-ATT-----TG-AT-G----A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TTC----GTTTT------AT---CGTAT-C--TA-TT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---TATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GGG----GTAAGCTTT-------------------GTA---A--TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TG-T--TA-------AA-AT----------A--A-A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--CT----TTT-----C-A-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T-G------T--------TGTC------C-T---------TT-------T----TGTCTTGTG------------------AC--C--TT-T-TGTC-C-T---G-T--GACT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCA-T-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTCCAATGATATATGATACTTTTTTTCTGTGACTTTTTCCCCCTATGACTTTCTTTCCGTTTACCTTATAATGTGTGTGTGTTTGGATACGCTAGAATCACAATCACTGAACACAT
Unaligned ( gi|30 ): CAAAGATATTTGGTATTAGTATCTATATCCATAACAGGATAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): CAAAACACAACCCATGGGCGATCCTATATAAATCAAAATTGAAT
Unaligned ( gi|32 ): GTCCGCATGGGCCTAATTATTTCCCTGATTATCTAATTTAGGT
Unaligned ( gi|33 ): ATATCATATTCTGATGCAATATACAAATTGAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1111 11111 333333333333 111111 222222 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 11111 2222222222222 111111111 111111111111 111111 111111 222222222222222222222222222 1111111111111 11111111 3333333333 11111 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111111111 222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 4 5 4 33 3 888888 2 2 2 2 0000 5 2 2 33 2 444 777 22222 222 5 99 2 66 2 99 2 55 33 5 2 2 5 999 444 2 33 2 2 2 99999999 111111111111 3 000000 33 77777 111111 6666 00000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 5 2 2 66 33 444 2 2 0 8888 2 00 2 444 444 99 8888 33 5 2 11111 5 66 2 0 2 444 0000000000000 33 555 33 111111111 2 2 2 2 888888 2 8888 33 8888 2 66 555 2 33 666666666666 2 44 2 33 2 99 33 555 2 555 999999 444 444 2 111111 77777 3 555 3 33 2 33 3 6666 77777 444444 3 66 5 66 2 444 33 2 66 33 444 2 444 444 33 444 2 222222222222222222222222222 2 2 2 9999 2 0000000000000 33 2 5555 33333333 555 33 33 333 666 333 333 666 333 7777777 4444 2 55 777 888888 999999999999 4 0000000000 22 55 2 2 4 333 2 2 333 1 666 1 22 55555 99999 8 2 8888888888 444444 333 2 777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5555 44444444444444444444444 33 33 2 2 55 2 2 666 55555 666 333 33 22 2 11 222222222222222 333 55555 88888888 33 2 2 77 2 77777 2 2 22 55555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 2 2 2 44 4 555555 2 55 2 2 2 11111111
lowQualScore : . . . .. . ...... . . . . .... . . . .. . ... ... ..... ... . .. . .. . .. . .. .. . . . . ... ... . .. . . . ........ ............ . ...... .. ..... ...... .... ..... ........................................................................... . . . . .. .. ... . . . .... . .. . ... ... .. .... .. . . ..... . .. . . . ... ............. .. ... .. ......... . . . . ...... . .... .. .... . .. ... . .. ............ . .. . .. . .. .. ... . ... ...... ... ... . ...... ..... . ... . .. . .. . .... ..... ...... . .. . .. . ... .. . .. .. ... . ... ... .. ... . ........................... . . . .... . ............. .. . .... ........ ... .. .. ... ... ... ... ... ... ....... .... . .. ... ...... ............ . .......... .. .. . . . ... . . ... . ... . .. ..... ..... . . .......... ...... ... . ... ................................................................................ .... ....................... .. .. . . .. . . ... ..... ... ... .. .. . .. ............... ... ..... ........ .. . . .. . ..... . . .. ..... .................................................... . . . . .. . ...... . .. . . . ........
lowQualScore : 0 7 0 55 1 222222 9 9 9 9 1111 3 7 7 77 7 777 333 55555 999 3 00 7 33 7 33 7 22 77 3 7 7 3 333 444 7 77 7 7 7 77777777 333333333333 2 111111 99 99999 777777 5555 88888 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 3 9 9 88 77 777 7 9 8 2222 7 00 7 777 777 00 7777 77 3 7 33333 3 33 7 8 7 777 6666666666666 99 000 99 444444444 9 9 9 9 222222 9 9999 99 3333 9 88 000 9 99 444444444444 9 77 9 99 9 66 99 000 8 000 111111 777 777 9 000000 77777 1 444 1 99 9 00 1 5555 44444 222222 1 88 3 33 7 777 77 7 33 77 777 7 777 444 44 444 5 555555555555555555555555555 5 5 5 7777 5 4444444444444 44 5 3333 55555555 222 11 11 777 111 999 999 999 999 2222222 7777 2 33 999 666666 222222222222 2 0000000000 99 00 1 1 2 777 1 0 555 9 000 9 66 66666 22222 0 0 1111111111 555555 777 1 999 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333 99999999999999999999999 11 11 2 2 22 2 2 999 66666 111 999 11 55 9 22 777777777777777 999 66666 11111111 11 2 4 99 4 11111 2 1 99 33333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 0 0 0 88 0 888888 0 00 1 1 1 88888888
consensus : GACAGA-AAG-TCA--CAGG-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAA-G-T--C-A---C---G--G--ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-C-ACAATC-A-GA---AAGTAGG--AC-A--A-AAA-G-T--------CA---AAG---A--AAAACG-TCA--CAA--GACA--A--AAAA-CG---ACA----GG-----ACAAA-----A------ACAGTN-GTC-AC----AGA----TA--------------TTTA---TA-----A-------TATGAA-AAT-A-TTG--AT--T---TT-TTAAAAATAA-A--TGT-TA--T-ATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAGAAT--T---ANT--T---TTTA-TC-TAACT-T--T-C--T--AA---ATT---T-T----GATG---A---A-AAT-A----ATT-----TG-A---T-G--A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT-CGTATC--TATT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---T-ATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GG----GG--------T--AA--G--CT--T---TG---TA---A---TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TGT--T-A-------AA-AT----------A--A--A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----CA-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T---G------T--------TGTC------C-T--------T---------T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-TG-T---GACT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCAT-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTT
Reference ( family-45 ) : GACAGA-AAG-TCA--CAGG-ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAA-G-T--C-A---C---G--G--ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-C-ACAATC-A-GA---AAGTAGG--AC-A--A-AAA-G-T--------CA---AAG---A--AAAACG-TCA--CAA--GACA--A--AAAA-CG---ACA----GG-----ACAAA-----A------ACAGTN-GTC-AC----AGA----TA--------------TTTA---TA-----A-------TATGAA-AAT-A-TTG--AT--T---TT-TTAAAAATAA-A--TGT-TA--T-ATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAGAAT--T---ANT--T---TTTA-TC-TAACT-T--T-C--T--AA---ATT---T-T----GATG---A---A-AAT-A----ATT-----TG-A---T-G--A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT-CGTATC--TATT-G--CG-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---T-ATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GG----GG--------T--AA--G--CT--T---TG---TA---A---TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TGT--T-A-------AA-AT----------A--A--A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----CA-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T---G------T--------TGTC------C-T--------T---------T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGTC-C-TG-T---GACT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCAT-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTT
gi|1 : GGCAGA-A-G-TCAA-CAGG-AAAAAA------AG-TCGA-C-AGG-A-CG-AAAAAG-T--C-A---C---G--G--ACAAA-A-TG-AACAA-T-G--G-A---GAA-A-AG--T-C-ACAATC-A-GA---AAGTAGG--AA-A--A-AAA-G-C--------CN---NNN---N--NNNNNN-NNN--NNN--NNNN--N--NNNN-NN---NNN----NN-----NNNNN-----N------NNNNNN-NNN-NN----NNN----NN--------------NNNN---NN-----N-------NNNNNACAGT-T-TTACTAT--T---TT-TTAAATAAAA-T--TGT-TA--T-AT-A---A---T--TT--C-A--A-AT-T-----TAT-T--CAATTTTGT-TAAGGGTTT--------A----AA--GGGGAA--TA---------T-G-AGT-AG-GCG------T-T----A--T------CTTT--TA---TGGAGAAT--T---AAT--T---TTTA-TCATAACT-T--T-C--T--AA---ATT---T-T----GATG---A---A-AAT-A----ATT-----AG-A---T-G--A-TTAA-AACT-TA-CTTA----TT--CGTGTTTT------ATCCGCATC--TA-T-G--AA-AAA---CAT--GAA-TTAG-GGT--T---T-ATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-T-TT-TG----TTC-TTGT--------A----GG--G-AG----GG--------T---A--G--C---T---TG---TA---A---TAAT---T-------T-GT----T-TAC--AAT--TA----A-T-T--T-A-------AA-AT----------A--A--A-TCACG-A---TGTCC-TT---G-T---G-A--C------TT-----CATT-T-T-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTTAC----T---TTAG---TGTCC-T---GTGATTTT--------TGTC------CGTGGATCTA-T---------T-------T----TGTCTT---------TG-T-----G--AC--C--TT-T-TGT--C-TG-T---GAC------T---TTTG---TA--CT-ATGTTGTCAT-------------T-GT---G-----AC----A--AT--T-TG-TA--C-T---A-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-CGATTTTTGTGA-CT--TTGA------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGAC-TTCTGTCTGCT
gi|1 : atgtg-CT---G-T---G-A--C-T---TTTGTAC-TA-TGT-T-G-T-C--A-----------T-T---GTGACAAT-T---T--G---TA-CTAT---G------T------------------C-T--------T---------T-------T----TGTC-TATCGATTTTTG-T-----G--AC--T--TT-GATGTC-C-TG-T---GACT-----T---TTTG---TC--C-------------------------T-GT---G-----AC-------TT--C-TG-TCTGC-T---T-TGA-C-CTAAT-----TT---------------TT----------------TCT----------------C-T--GA-TTATCTAA--T--TT-A------C-GTttgacctaattttttctctgattatctaatttacgtaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|10 : atgtgggcagaagtcaacaggaaaaaaagtcgacaggacgaaaaagtcacggacaaaatgaacaatggagaaaagtcacaatcagaaagtaggaaaaaaagccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagttttactattttttaaataaaattgttatataatttcaaatttattcaattttgttaagggtttaaaggggaatatgagtaggcgttatcttttatggagaattaatttttatcataactttctaaattttgatgaaaataattagatgattaaaacttacttattcgtgttttatccgcatctatgaaaaacatgaattagggtttataataagagtttttgttttttgttcttgtagggagggtagcttgtaataatttgtttacaattaatttaaaataaatcacgatgtccttgtgacttcattttattaattttgttactttagtgtcctgtgatttttgtccgtggatctattttgtctttgtgaccttttgt-----A-------TATGAA-AAT-A-TTG--AT--T---TT-TTTTAAATAA-A--TGT-TA--T-ATGA---A---T--TC--GAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TAAGAGTAAGTC-G-AGT-AG-GTT------T-T----A--T----C-TTTT--T------GAGAAT--T---TAT--T---TTTA-TC-TA--C-T--T-C--T--AA---ATT---T-T----GATA---A---A-AAT-A----ATT-----TG-A---T-G--A-TTAG-AACTAAA-CTTA----CT--C--GTTTT------AT-CGTATC--TATT-G--CG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---T-------AT---A--A---G-AG-------A-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--GAGG----GG--------T--AA--G--CT--T---TG---TA---A---TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TTA--A-A-------AA-AT----------A--A--A-TCA-G-A---TG-CCACT-----T---G-A--C-----TTT-----CA-T-TCT-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N---N------N--------NNNN------N-N--------N---------N-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-NN-N---NNNN-----N---NNNN---NN--NN-NNNNNNNNNN-------------N-NN---N-----NN----NNATG--T-GG-TCA-T-T---G-TAA-C-TT--T-----TT---------------GTCCTGTGTCTTTTTTTGCCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--AT-A------T-G-CCTG--TG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCATaatgggattaacaattaaaaaaaattgacaaacgggccaagaattgcaattaaatagaattgatagctttgatatgtacaaggcatttattgcctaattattcgaagaatcaattgttatcattttttttgggcttgaaactgaaacaaccgtctattctattgttttttgtttctgcttgtcatttggtgggcagggactaaaatatgcgatggatcaattaaacagtgtggg
gi|11 : tGACAGAGAAG-TCA--CAGA-ATCAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAA--G-T--C-A---C---GACG--ACAAA---TG--CCA--T-G--G-AC-AAAA-A-----T-C-ACATCC-A-GA---AAGTTAG--AC-A--A-AAA-G-T--------CAGC-AGG---ACCAAAATG-CTC--CAA--GACA--A--AAGA-C----ACA----GGC----ACAAA-----ATCCAGGACAGAAAGTC-AC----AG---------------------TTTA---T--------------CATGAATAAT-AATTG--AT--T---TT-TTAAAA-TAA----TGT-TA--T-ATGA---A---T--TC--CAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------TTG-AGTCAG-GGT------T-T----A--T-A--CTTTTT--TA---T-GAGAAT--T---TAT--T---TTTA-TC-TAACT-T--T-C--T--AA---A-T---T-T----GATG---A---A-AAT-A----ATT-----TG-A---T-G--A-TTAG-AACTTAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT-CGCATC--TATT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---T-ATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-GGTT-TG----CTT-TTGT--------A----GGGAG-GG----GG--------T--AA--G--CTAAA---TG---TA---A---TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TGT--A-A-------AA-ATA---------A--A--A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----GTT-----CA-T-T-T-
gi|12 : atgttga-----A-------TATGAA-AAT-A-TTG--AT--T---TT-TTTTAAATAA-A--TGT-TA--T-ATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TATAT--CA-CTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T------A--T-A--C-TTTT--TT---T-GAGAAT--T---TAT--T---T-----C-TAACT-T--T-C--T--AA---AAT---T-T----GATG---T---A-AAT-A----ATT-----TG-A---T-G--A-TTAG-AA-TAAA-CTTAATTATT--T--GTTTT------AT-CGTATC--TATT-G--TG-AAA---AAT--GAA-TAA--GGT--T---T-ATA---AT---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--A-GG----GG--------T--AA--G--CT--T---TG---TA---A---TAAT---T-------TGGT----T-TAC--GA---TA----A---T--T-A-------AA-TA----------A--A--A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTC-----TT-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---NNNNN----N---N--N---NN-NN-N---N------N--------NNNN------N-N--------N---------N-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-NN-N---NNNN-----N---NNNN---NN--NN-NNNNNNNNNN-------------N-NN---N-----NN----A--TG--T-GG-TCA-T-T---G-TGA-C-TT--T-----TTGTCCCGTGTCTTTTGGT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------tat
gi|13 : --A-TTAG-TACTAAA-CTTA----TT--C--CTTTT------AT-CTTATC--TATT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTG--GGT--T---T-ATA---AA---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-GG----GAGGGGGGGCT--AA--G--CT--T---TG---TA---A---TAAT---T-------TGGT----T-TACATAA---TA----AGTGT--A-A-------AA-ATTAG-------A--AT-A-TCA-G-A---TG-TC-CT---G-T---GCA--C------TT-----CA-T-TCT-A-A-TCGGA------T---T-T---GTGAC----T---TTGA---TGTCC-T---G------T--------GGCA------C-T--------T---------T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C-----------------------CT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCAT-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T---------C-------------------------------------------------------------------T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------T-GTCCAG--TG-AC-T-TTTGT-CCTTCCTCTTTGTGACTTTATGTCTGTgt
gi|14 : GG-ACGAAA------CG-TC-A-C-AGGGA-CA-AAAA-GGT--C-A---C---G--GC-ACAAA-A-TGCACCA--T-G--GGAC-AAAA-A-AA--T-C-ACAATC-A-GA---AAGTAGC--GCAA--A-AAA-G-T--------CAC--ACG---AC-AAAAAG--CA--C-----ACAC-A--AAAA-TG---ACACAACGG-----ACAAA-----A----------TC-GTC-AC----AGA----TAAAAATGTCAGCAAGTTT----TA-----A-------TA--GA-AAT-A-TTGA-AT--TGTGTG-TTATGA--CA-A--TGT-AC--T-GTGA---AACTT--TT--ATA--A-AT-ACATTGTAT-C--CA-TTTTGT-TAA----T-------------------------------------T-G-AGT-AA-GGT------T-TTTAAA--TCA--C-TT------------AAAAG--C---A-T--T---TTGA-TC----CT-C--T-C--A--AA---GTT---TGT----GATG---A---gactttctgtcgccgttta
gi|15 : ---A--A---G-AG-------T-----T-------------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----GG--G-AGGTCCGG--------T--AC--G--CT--T---TG---TA---A---TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TGT--A-A-------AA-ACA---------A--A--A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----CATT-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---
gi|15 : ----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-T------T-GTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttttgtcctgtgactttctgtccgttt
gi|16 : aagagtttttgtttgtttttgtagggaggtccggtacgctttgtaataatttggtttacaataatgtaaaaacaaaatcagatgccctgtgactttcattttattaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAGA-A--------CAGG-ACAAAG------AT-T----------------------T--C-A---C---G--G--ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-AC---AA-A-AG--T-C-ACAATT-A-CAGTTAGGTAGG--AC-A--A-AAT-T-T--------CC---AGG---A--CAAACG-TC---CAA--GACA--AC-AAAG-TC---ACA----GG-----ACAAA-----A------A------GCC-ACGATTAGA----AA--------------TTTA-------------------ATGAA-Agttt
gi|16 : atgatgcggaaatgaT--T---TT-TTGACAATAA-G--TTT-TATGT-ATGA---A---TTCTT--TAAAGA-AT-A-----TCT-TTCCT-TTTTG--TAAG---Tgcaggcataatgaatgtaccaaacaccagttaatatagaacgaataattgattttttttttgacaataagttttatgtatgaattctttaaagaatatctttcctttttgtaagt
gi|17 : atgatgcggaaatgaacagaacaggacaaagatttcacggacaaaatgaccatggacaaaagtcacaattacagttaggtaggacaaaatttccaggacaaacgtccaagacaacaaagtcacaggacaaaaagccacgattagaaatttaatgaaagcaggcataatgaatgtaccaaacaccagttaatatagaacgaataattgattttTC--TATT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--AGT--T---T-ATA---A----A--A---A-AG-------------------------------------A----TTT-CT-T--------A--------------------------T--AA--G--CT--T---TG---TA---A---TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TACTACA-TAT--T-A-------AAGATTGTGAAAACAA--A--A-TCA-G-A---TG----CT---G-C---G-T--C-T---TTTTGTCCTA-T-T-TGA-T-T--AA------G---T-C---ATGA-----T---T--G---TG-AC-TC--G------T--------TGTC------C-TATGACG--T---------T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AC--T--TT-T-TGTC-C-TG-T---GGCT-----T---TTTG---TT--CT-ATGTG--------------------GT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--C-T-----------TT--T----------------------------------------------------------------GA-TTTTGTGA-TT--TT-A------T-GTCCTG--TG-TCTT-TCTGT-CC--------
gi|18 : A--G--CT--T---TG---TA---A---TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----A-TAT--T-A-------AA-ATA---------A--A--A-TCA-G-A---TT-CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----CATT-T-T-ATT-T--AAT-----T---T-T---TTGAC----T---T--A---Tgt
gi|18 : ----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-A------TGGTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-CC--------annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgattttgtgactttatggtcctgtgactttctgtccgttta
gi|19 : agctttgtaataatttggtttacaataatattaaaataaaatcagattccctgtgactttcattttatttaattttttgacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A---G-AAT-A----TTT-----TG-G---T-G--A-T----------A---TA----TA--C--GTTTT------AT-CGTATC--TATT-G--TG-AAA---TAT--GAA-TTA--GGT--T---T-ATACTCGT---A--AAACG-AG-----------------G---------T-A-TG----G--------------------A----AG--G-GG----GG--------T--GA--G--CT--T---TATATTA---A---TAAT---T-------TTGT----T-TAC--AA---TA----ATTGT------------GA-CT------------------TT----A---TG-TC-CT---G-T---G-A--CAT---TTT-----C---------------------------C-T---GTGACT---T---T--C---TG-TC-C---G------T--------Tgttta
gi|2 : GACAGA-AAG-TCA--CAGG-ACAAAA------TG-TC-A-C-CT--A-CA-AAAA-G-T--C-A---C---G--G--ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-AT--AAA-A-AG--T-C-ACAGTC-T-GA---AAGTAAG--AC-A--A-AAA-G-T--------CAC--AAGAC-A--AAAACG-T-G--CGACGGACA--AGGAAAA-TGTCCACA----AGGAGACATAAAAGATCA------ACAG---GTT-AA----AAA----TA--------------T-------------A-------TAGAAA-AAT-A-TTG--AT--T---TTATCGAAAAT-A-A--TTT-TA--A-AAGAAGTA---T--TT--AAT--A-AT-AGAT--TGT-T--CA-TCATGTCCAAG---TTTACAAGTAA----GA--G---AA--TA---------A-G-TAT-AC-AGTTATGTCT-T----A--T-A--T-TTTTCCTA---T-GGGAAT--T----TT--TGC-TTTA-TT-T--CT-A--T-CG-TAAAA---ATT---TAT----GATG---AAGTA-AAT-AT---ATTCTAAGTGTA---T-A--ATTTAGTTACTAAATCTTA----TTGGC--GCTTTTATCTGAT-CGTTTCTATATT-G--TG-AAA---TATTAGAT-TTA--GGC--TTACT-ATA---ATTAGA--A---GTAGTTTAGGAT-----TTTTGATTGTAATTT-T-TTTT-TGAAAATTT-TTGG--------AGCGGGG--G-GG----AG--------T--AA--G--CT--TA--TG---TAAATA---TAGT---TTTTGGCATGGTACTGT-CAC--AAAATCA----ATTGTAAT-AG------AA-ATAA--------A--A--A-TCA-GTA---TA-TC-CT---GTT---G-ATGC-T---TTC-----TA-A-T-T-C-T-A--AATACGATT---T-T---GTGACTTTTT---T--ACGCTG-CC-T---G------TGTTTTATCTGAC------C-TAGTGACTAT---------TATACAAAT----TATC-T---------TG-T-----GTAGC--CTTTT-T-TGT--C-TG-TAA-AACT-----TTCATTTG---TC--CC-ATGTGGTTAT-------------T-GT---G-----AC----T--GT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-C----T-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TTTGC-CC--------TGTGACTTTCTGTtaccactacgaataagaggtggatgttatgaatcaaatcggttaacaga
gi|20 : aatgtggA---TA----T-TTT--T-A-------AA-AT----------ATAA--A-TCA-G-A-------------------------C-T---TT-------A-T-TCT-G-T-C--GA------T---T-TT--GTG-C----T---T--A---CGTCC-T---G------T--------GA--------C-T--------T---------T-------T----TATC-T---------TG-T--------AC--C--TT-T-TGTC-C-TG-T---GACT-----T---TTTG---TC--CTTATGTGGTTAT-------------T-GT---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TA--T-----TT---------------GT----------------CCT------------------T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-G------T-GTCCTG--TG-AC-T-TTTGT-CT--------CGTGACTTTCTGTCTGTT
gi|21 : atacatgtatatatatAAG-AAAGAA------AG-TC-A-C-G-----TG-AAAA-A-TATC-A---C---G--A--ACAAA-AATG-ACCT--T-G--G-AC-AAAA-A--G--T-C-ACAACC-A-CAATCAAGTATG--GC-A--A-AAT-G-T--------C
gi|21 : gt---------TG-T-----G--AG--T--CT-T-CATC-C-TG-T---GACA-----A---TTTG---CC--CT-ACTT--TCATGAAAATTAAAAACC-GT---A-----AA----T--TT--T--G-TC--C-G---G-CGA-C-AT--T-----TT---------------GC----------------CAT----------------ACT-TGA-TT--GTG------------------GT--TG--TG-ACTT-TTTGT-CCAA------GGTCA-TTTTTGTTCGTgccggacaaaatttacggtttttaattttcatgaaagtagggcaaattgtcacaggatgaagactcacagtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|22 : gtaagaaagaaagtcacgtgaaaaatatc--GACA--A--AAAATCC---ACA----GG-----ACAAA-----A-----------T-GTCCAC----AG---------------------TTTA---TA---------------TGAA-AATGA-TTG--AT--T---TT-T--AAAATAA-A--TTT-TA--T-A-GA---A---T--TT--TAA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTT-GT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------T-GGAGT-AA-TAT------CAT----A--T-A--C-TTTC--TA---T-GAGAAT--T---AAT--TA--TTTA-AC---ACT-T--T-T--T--AA---TTT---T-TT---GATG---A---A-AAT-gtttattaaagatgatgatttttatacagattgtagaataaat
gi|23 : --C--TT-T-TGTCACATG-T---GACTACTCATA--TTTGGATTCAACT-AT-TGAT-GT-------------T-GT---ATATATAC----T--TT--TATG-TC--G-T---G-TGA-C-TT--TATTTTTT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGT-TTTTGCGA-CT--TTAA------T-GTCCTG--TGAACTT-TTTGT-CC--------TGTG
gi|24 : tattgatttattaGG-ACAGAA------AG-TC-AGC-AG--A-CC-AAAA-G-T--C-A---C---GCGA--ACAAATA-TG-ACCAA-T-G--G-AC--AAA-A-AG--T-C-ACCAAC-AGGA---AAGTAGG--AC-A--A-AAA-GTT--------CA---AA
gi|24 : -T---G-A--T-T---TTC-----CA-T-A-T-A-TAG--GA------T---C-TCCCATGGG----T---T--G---TG-GT-T----------T--------TGAA------C-T--------T---------T-------T----TGTC-C---------TACT-----T--TC--C--TG-T-TG------G-T---GACT-----T---TTTG---TC--C--AT-TGGTCATATTTGTTCG----C-GT---G-----AC----T--TT--T-GG-T---C-T---GCTGA-C-TT--T-----CT---------------GT----------------CCaccacaacccatgggagatcctatatatggaaaatcatgattg
gi|25 : GACAGA-A-G-TCA--CAG--ACAAAA------AG-TC-A-C-AG--AGCG-AAAA-G-T--C-AGCGC---G--C--ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-ACAAAAA-A-AG--T-A-AC-ATC-A-GA---AAGTA-G--AC------AAA-G-T--------CA---CAGACAA--AAAATG-TCA--CAA--GAtgattg
gi|27 : ttgtgatgtgc-TT--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGA-CT--TT-ACAGTTAT-GTCCTG--TG-ATTT-TTTGT-CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTT
gi|28 : G--------T--AA--G--CT--T---TG---TA---A---TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---CA----A-CGT--T-A-------AA-ATA---------A--A--A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---Tta
gi|29 : cGA-C-TT--T-----TT---------------GTT---------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTGACCT--TT-T------T-GTCCTG--TG-ACTT-TCTGT-C
gi|3 : G--A-CA-GAAA-G-T--C-A---CAGGG--G--ACAAA---TG-ACCACAT-GA-G-AC-ATAA-A-AGGAT-C-ACAATC-A-GA---AAGTAGGTGAC-ATTA-ATA-G-TAGATCTCACATTGAAG---C--AAAATGGTCGATCAA--GACACAA--GAAG-CA---GCA----GG-----ACAAA-----A-------------GTC-AC----AGGACACTA--------------TTCA---GAGTTCTA-------TATGAA-TA--A-TTA--AC--T---TT-AT-GTAATAAGA--TGCATACTC-ATGA---A---TA-TTCACGA--AGACAA-----TAT-TG-AA-TTTTGT-TTAG---AT--------T----AA--G---AACTCA---------T-G-GTC-AGAGAT------T-TA---A--T-AAGG-TTCT--TACTCT-GAGGATTCT---ACT--TATGTTTG-TC-GAACT-TTAT-CAGT--AACGTACTCTAT-T----GATA---G---A-AAT-A----ATT-----TA-C---T-G----CTAA-AACTAgct
gi|3 : ggT-G--CG-AAGAATCAC--GAAATTAAGGGT--C---T-CGA---AT---ACTA---G-AG-------TAATTCTTTTG---------T-T--GTT-T-----TTT-TTGTTATGTTTTG----GG--G-GA----GG--------CGGAG--G--GT--TCATTG---TA---ACC-TAATAAAT-------TGAT----T-AAC--AAA--TA----A-TGT--T-ACACCCCCAA-CT----------A--A--AATCA-GCA---TG-CC--T---G-T---G-A--C-T---TC------CT-T-C-T-A-T----AA------TCTCT-T---GTGAC----T---TT-A---TGTCC-T---G------TGCTTCTC-TGTC------C-T--------T---------G-------T----TGTC-T---------TT-TTTCTTGC-AC--C--TT-T-TGTC-C-TG-T---ACCT-----T---ATT--------CT--TGTGTTCAT-------------T-GTTATG-----A--------TT--T-TG-TC--C-T---G-TGA-C-TT--T-----TT---------------GT----------------C-T----------------A-T-C-A-TTTTGTGA-CTC-TT-A--------GTCCGGC-TG-ACTT-TT----CC--------TGTGACTTTCTGTCCGTTctataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacatgcgaagaatcacgaaattaagggtctcgaatactagagtaattcttttgttgttttttttgttatgttttgggggaggcggagggttcattgtaacctaataaattgattaacaaataatgttacacccccaactaaaatcagcatgcctgtgacttccttctataatctcttgtgactttatgtcctgtgcttctctgtccttgttgtcttttttcttgcaccttttgtcctgtaccttattcttgtgttcattgttatgattttgtcctgtgactttttgtctatcattttgtgactcttagtccggctgacttttcctgtgactttctgtccgttta
gi|4 : gggacagaaagtcacaggggacaaatgaccacatgagacataaaaggatcacaatcagaaagtaggtgacattaatagtagatctcacattgaagcaaaatggtcgatcaagacacaagaagcagcaggacaaaagtcacaggacactattcagagttctatatgaataattaactttatgtaataagatgcatactcatgaatattcacgaagacaatattgaattttgtttagattaagaactcatggtcagagatttaataaggttcttactctgaggattctacttatgtttgtcgaactttatcagtaacgtactctattgatagaaataatttactgctaaaactactataaaagtatattatcaacagctaataagtaattaaaaggcacaGA-AAG-TCATTCAGGGACAAAA------AG-TC-A-C-AG--A-CGCAAAA-G-T--C-A---C---G-----ACAAA-A-TG-ACCA--TAG--G-AC-AAAA-A-TG--C-A-GCAATC-AAGA---AAGTAGG--AC-A--GTAAA-N-N--------NN---NNN---N--NNNNNN-NNN--NNN--NNNN--N--NNNN-NN---NNN----NN-----NNNNN-----N------NNNNNN-NNN-NN----NNN----NN--------------NNNN---NA-----ACAGTTTATATGAA-ATT-A-TTG--ATGTT---TT-TTAAATATAA----TGT-TAA-T-ATGA---A---T--TT--TGA--A-AT-A-----TAT-T--CA-TTTTGT-TAAG---TTTT------AT---AA--G---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T----C-TTTT--TA---T-GAGAAT--TTTTATT--G---TTCA-TC-TAACT-T--T-C--T--AA---ATT---T-T----GATGTTAA---A-AATTA----ATT-----TG-A---T-G--A-TTAG-AACTAAA-CTTA----TT--C--GTTTT------AT-CGTATC--TATT-GC-CG-AAA---CAT--GAA-TTA--AGTCCT---A-ATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TGTGT-TTT-TTGT--------A----GG--G-AG----GGGGTA----T--AA--GTTTT--T---TG---TA---A---TAAT---T-------TGGT----TGTACA-AA---TA----A-TGT--T-A-------AA-ATAAA-------A--A--A-T-A-G-A---TG-CC-CT---G-TGGGG-A--C-----TTT-----CA-T-TGT-A-T-T--AAT-----T---T-T---GTNNN----N---N--N---NN-NN-N---N------N--------NNNN------N-N--------N---------N-------N----NNNN-N---------NN-N-----N--NN--N--NN-N-NNNN-N-NN-N---NNNN-----N---NNNN---NN--NN-NNNNNNNNNN-------------NCGT----------C----T--GTCGT-GG-TC--A-TTGGG-TGA-CTTT--T-----TT---------------GT----------------CCTGTGTCTTTTTGTCCTAG-T-CAA-TTTTGTGA-CT--AT-A------T-GTCATGTTTG-ACTT-TTTGT-CC--------TGTGAC-TTCTGTCCGTta
gi|5 : aatgtgggaacaatAGA------AG-TC-A-C-AGTGA-CA-TAAA-G-T--C-A---CC--G--GCCATAAA-A-TG-ACC---T-G--G-AC-AAAA-A-AG--T-CCACAATCCA-GG---AAGTAG----C-A--A-AAA-G-T--------CA---CAG---ACAAAAATG-TCA--CAA--GACA--A--AAAA-CGCGTGTA----GG-----ACCAA-------------CAATG-GTC-AC----AG----------------------TTA---TA-----A-------AA--AA-AAA-A-TTG---T--T---TT-TTAAGA-TAA-ACATGA-TA--TTATGA---A---T--TT--CAA--A-AT-T-----TGTAT--CA-TTT-GT-TAAG---TTT-------AGTTTAA--G---AA---A---------T-G-AGT-TG-GGT------T-T----ACGT-A--C-TTTT--TA---A-TA-AAT--T---ATTCAT---TTTT-TT-CAACT-T--T-CC-T--AA---ATT---T-TCCATG-TG---A---ACAAT-A----ATT-----TG-AATGT-GGAA-TAAG-TACTAAA-CTT---------------TA------AT-CGCATC--TATTTG--CGCAAA---CAC--GAA-TTA--GGT--T---GGATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------TAT-TGTT-TG----TTTATGGT--------G----TG--G-GG----GG--------C--C---G--CT--T---TG---TA---A---TAAT---T---------GT----T-TAC--AA---TA----AGTGT--A-A-------AACAT----------A--ATAA-GCA-G-ACCCTG-CC-CTTGGG-T---G-A--C-T---TTT-----CAAT-C-T-A-T-TT-AA------T---T-TT--GTTGC----T---T--A---TG-CC-TTGTGAC----T--------TGTC------C-T--------TACTGAGTCTT-------T----TGTC-T----------G-T-----G--AC--C--CT-T-TTTC-C-TG-TCGTGA-------T---TTTG---TC--CG-ATGTGGTCAT-------------TTGT---G-----AC----T--TT--T-TG-TC--CTT---G-TGA-C--T--T-----TT---------------GT----------------CCT----------------A-T-CGA-TTTTGTG--CT--TT-A------T-GTCCTG--TG-ACTT-TATGT-CC--------ctta
gi|6 : gaatgtgcgggccccA-AAGCTCA--CCAG-GCAAAATAATAAAGCTC-A-CCAG--A-CG-AAAA-G-T--C-A---C---G--G--ACAAA-A-TG-ACCA--T-GTGG-AA-GAAATA-AG--TAC-ACAATC-A-AA---AA-TAG---AC-A--A-AAAAG-T--------CA---AGG---A--CAAACA-TCA--CAA--GACA--A--AAAA-C----ACG----GG-----ACAAA-----C------ACGGAC------C----AAA----CA--------------TTCC--------------------------AC-A-TTT--AT--A---TT-TTAAAAAT-------GT-TA--T-ATGA---A---TC-TT--CAA--A-AT-A------AT-T--CA-TTT-AT-TAAG---TT--------A----AA--G---A---TA---------T-G-AGT-AG---T------T-T----A--T-A--C-TTTT--TA---T-GAAAAA--T---ATT--T---TTAAATC-TAACT-T--TTC--T--AC---AAT---T-T----GATG---A---A-CAT-ATAAAATA-----AG-A---TAG--A-TTAG-AAATA----CTA----TT-----ATTTT------AT-CGCATCC-TATC-GTACA-AAA---CAG--AAA-TT-----T--C---T-ATA----T---A--A---G-AG-------G-----TTTTC---------T-TGTATTATG----TTT-TTGC--------T----AG--C-AG----GA--------T--AACGA--CA--T---TG---TA---ACTATAAT---T-------TG---------AC--AA---AA----A-TGT--TTA-------AA-ATA---------A--A--A-TCA---A---TG-TC-CT---G-T---G-G--A-C---TTT-----CA-T-T-T-T-A-T--AA------T---T-T---GTTAC----TTTAT--A---TGTCC-T---GTATTTTT--------TGTCCTGATTC-T--------T---------T-------T----TGTC-----------TG-T--------AC--C--TTAT-TATC-C-TGAT---GACT-----T---TTTG---TC--CT-AT-TTTCCAT-------------A-GT---G-----ACAACAT--TA--A-CGATA--C-TA--G-T---C-CT--T-----T-----------------T----------------CCT----------------A-T-C-A-TTTTGTGA-C---TC-A------T--TCCTG---G-AC---TTTGT-CC--------T-TGACTTTCT-TCTGTgt
gi|7 : atggcgaaccaagaGACAGA-AAG-TCA--CAGG-ACAACA------AG-TC-A-C-AG--A-CG-AAAA-G-T--CCA---C---G--G--ACAAA-A-TG-ACCA--T-G--G-AC-AAAA-ATAG--TTC-ACTATC-A-GA---AAGTNNN--NN-N--N-NNN-N-N--------NN---NNN---N--NNNNNN-NNN--NNN--NNNN--N--NNNN-NN---NNN----NN-----NNNNN-----N------NNNNNN-NNN-NN----NNN----NN--------------NNNNNNNTA-----A-------TATGAA-AAT-A-TTG--AT--T---TT-TTAAAAATAA-A--TGT-TA--T-ATGA---A---T--TT--CGA--ATAT-A-----TAT-T--C--CTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------T-G-AGT-AG-GGT------T-T----A--T-A--C-TTAT--TA---T-GAGAAT--T---ATT--T---TTTA-TC-TAAC--T--T-C--T--AA---ATT---T-------GTG---A---A-AAT------ATT-----TG-A---T-G--A-TT-G-AACTAAA-CGTA----TT--C--A-TTT------AT-CGTATC--TATT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GGT--T---T-ATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-TTGT--------A----AG--G-AG----GG--------T---A--G--C---T---TG---TA---A---TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---TA----G-TGT--T-A-------AA-AT-------------A--A-TCA-G-A---TG-CC-CT---G-T---G-A--C-T---TTT-----CA-T-T-T-A-T-T--AA------T---T-T---GTGAC----T---T--A---TG-CC-T---G------T--------TGTC------T-T--------T---------T-------T----TGTC-T---------TG-T-----G--AA--C--TT-T-TGTC-C-TG-T---GA-T-----T---TTTG---TC--CT-CTGTGGTCAT-------------T-GT---G-----AC----T--TT--T-TG--C--C-T---G-TGAGC-TT--T-----TT---------------GT----------------CTT----------------A-TACGA-TTTTTGGA-CTAATT-A------T--TCCTG--TG-ACTTATTTGTGCC--------TGTGA-TTTCTGTCCGTT
gi|8 : -AAA-TCAT-CAGG-ACAAAA------TG-TC-A-C-AG--A-CGTAAAA-G-T--C-A---C---G--G--ACAAA-A-TGGACCA--T-G--G-AC-AGAA-A--G--T-A-ACAATC-A--A---AAGTAGG--AC-A--A-AA--------------------------------G-T-A--CAG--GACA--A--AAAG-TC---ACA----GG-----ACAAA----------------TG-GT----------A----CA--------------TTTA---TA---------------TGAA-AAT-A-T-G--AT--T---TT-TTAAAAATAA-A--TGT-AA--T-ATGA---A---T--TT--CGA--A-AT-A-----TAT-T--AA-TTTTGT-TAAG---TT--------A----AA--G---AA--TA---------C-G-A-T-A--GGT------T-T----A--T-A--C-TTTTC-TA---T--AGAA-------A--------TTTA-TT-TAACT-T--T-T--C--TA---ATT---T-T----GATG---A---A-AAT-A----ATT-----TG-A---T----A-TTAG-ATTTAAA-CTTA----TT--A--ATTTT-------T-CGTATC--TATTGG--TG-AAA---AAT--GAA-TTA--GGT--T---T-ATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TTTTG---------T-T-TGTT-TG----TTT-T----------------AG--G-AG----GG--------T---A--G--C---T---TG---TA---A---TAAT---T-------TGGT----T-TAC--AA---T-----A-TGT--T-A-------AA-AT----------A--A--A-TCA-G-A------CC-CT---G-T---G-A--C-----TTT-----CA-T-T-T---T-T--AAT-----T---T-T---GTGAC----T---T--A----G-TC-T---G------T----------AC------T-T--------T---------T-------TGCTGTGTC-T---------TT-T-----T--TCTAC--TT-T-TGT--C-TG-T----ACT-----T---TTTG---TC--CT-ATGTGGTCAT-------------T--T---G-----A-----T--TT--T-TG-TC--C-T---G-TGT-C-TT--T-----TT---------------GT-----------------CT----------------A-T-C-A-TTTTGT-A-C---TT-A------T-GTCC----TG-ACTT-TTTGC-Ca
gi|9 : cGACAGA-AAG-TCA--CAGG-ACAAAA------AG-TC-A-T-GG----------A-G-T--T-------------------A-A-TG-ACCA--T-G--G-AC--AAA-A-AG--T-C-ACAATC-T-GA---AAATGGT--AC-A--A-AAA-G-T--------CAC--AAG---AC-AAAAAG-GCA--CAA--GACA--A--AAAG-TC---ACA----GG-----ACAAA-----A----------TG-GTC-AC----AG---------------------TTT-----------A-------CATGAA-AAT-G-TTG--AT--T---TT-T---AAATAA-A--TTG-TA--T-ATGA---A---T--TT--T-A--A-AT-A-----CAT-G--TA---TTAT-TCAT---TT--------A----TATTC---AA--TA---------T-A-AAT-AA-GGT------T-T----A--T-A--C-TTTC--TA---T-GAGAAT--T---TAT--T---TCTA-TT-CAGCTAT--T-C--T--AA---A-T---T-T----GATG---A---A-GAT------ATT-----TG-A---T-G--A-TTAG-TACTAAA--TTA----TT--C--CTTTTATA---AT-TGTATC--TATT-G--CA-AAA---CAT--GAA-TTA--GAT--T---T-ATA---AT---A--A---G-AG-------T-----TGTTGTTT------T-T-TGTT-TG-----TT-TTGT--------A----GG--T-GG----GG--------T--AA--T--CT--T---TG---TA---T---AAAT---T-------TGGT----T-T----AA---TA------------------------------------A--A--A-TCA-A-A---TG-TT-CT-----TCA-G-A--C-TTGATTT-----TA-T-T-CAA-T-C--GA------T---TCT---GTGA----------------------------------------------------C-T--------T---------T-------T----TGT---------------------------------------C-C-TG-T---TACT-----T---TTTA---TC--CT-ATGTTGTCAT-------------T-GT---G-----AT----T--TT--T-T
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TTCCAATGATATATGATACTTTTTTTCTGTGACTTTTTCCCCCTATGACTTTCTTTCCGTTTACCTTATAATGTGTGTGTGTTTGGATACGCTAGAATCACAATCACTGAACACAT
Unaligned ( gi|30 ): CAAAGATATTTGGTATTAGTATCTATATCCATAACAGGATAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): CAAAACACAACCCATGGGCGATCCTATATAAATCAAAATTGAAT
Unaligned ( gi|32 ): GTCCGCATGGGCCTAATTATTTCCCTGATTATCTAATTTAGGT
Unaligned ( gi|33 ): ATATCATATTCTGATGCAATATACAAATTGAAA