lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 3333 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999 11 1 11 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 7777 111 11 11 1 11 2 1
lowQualScore : 6 2222 2 3 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 4 66 99 55 8 000000000000000000000000000000000000000000000 5 6 1 5 55 9 44 5 6 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 1 5555 777 88 44 2 88 0 6 5 6
lowQualScore : . .... . . . ..................................................... .. . .. .. .. . ............................................. . . . . .. . .. . . . ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ... . .... ... .. .. . .. . . . .
lowQualScore : 7 2222 5 7 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 4 11 22 55 0 000000000000000000000000000000000000000000000 0 7 8 2 88 6 66 6 8 8 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333 0 0000 777 33 33 0 55 0 0 0 0
consensus : NNTTGTATAGTAGCC-TTTCCT-CTAGCCATCTTTCCCCC----GGA-------A--------T-----AT--AG----TAG----C-----TTTCCCCC-GGA-A--AAAATGGCTA--TAT-AG--------TA-------------GGA-----------------TCCCCC-CTTT-TATAGCCAGATNACC-CCCACGGAAAA-CCTATCATNTATA-------------C-CGTATA--TG-CGGT--AGTAGANTTTCC-CCCTC----------TAC-CATT-CCGGT-----------ACGTTTACGGCG---GACCATTCCCATACATATTCTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTCTGGCTA--TTCAT---TTCTTTT---ATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAA-TTTCTGAATTCCCTTGATT-----G-GATTTTTG----AA--TA-TTTN--TTATTCGG-CAAA-CA---T---CAT--TT--CATTCAGTCG-AAT--GTTAT-GTAAAACA---ATCAT-------------------A---A----AAATCAGAATATTT---CG-----TG----CTTG---A----AAA-CAGCAC--CTNT--TTA----GGCAA-T---A---CGC-----TAGTTAAA-AGATACG-AAATA-TTTAT-CGTNCGGGGA-ATCA---AATTGT-------------CTCTC--C---ATTTGAT-TTAC-ACAAAAA----CTTCAT-A--C---AGANA-NCG--G-AG-TAAAA---T---TCAAATTC------TACAACT-C-GTT-GATT-GC-C--TA-C---CC-C-GATTCCAAATTGCCGCTACTAACGA-ATCAACTCGCTCTCTCGCTAGA-CACGATTCT--TN--ACAC-CTCATGAG---NA-GAAAGTG-GGTTTTT--C-A-TTAAA-----T--T-AGAG-GTTT-TT-GAGAGGA--AACCTTCCCTC-AACCGTC-CTCGTGTCA-TTGGTG---GGTTA-ACGGT--------TATNAT--CGATATAACTATNCCAGGTTGTGCCAACTCCCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAGTATTTCAATTTATTATACATANATTCCACAGACGAGTGGAATTATCCTGAATCTGACA--GATGGACAACG-TCATCATA-T-TTATTCC--CATTCGAAGAATATTC-CGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATGCCACTCCTAAAACGTTTTTA
Reference ( gi|1 ) : TTTTGTATAGTAGCC-TTTCCTCCCAACCATCTTTCCCCCC---GAA-------A--------T-----AT--AG----TA-----C-----TTTCCCCC-GGA-A--AAAATGGCTA--TAT-AG--------CA-------------GGA-----------------TCCCCC-CTTT-TATAGCCAGATGACT-CCCATGGAAAT-CCTATTATGTATA-------------CATGTATA--TACCGGT--AGTAGAAACACC-CCCTC----------T---CATT-CCGGTA----------ACGTTTACAGCG---GACCATTCCTGTACATATGCTTTCCATTCT--GAAATTAGGCTTTTCCTAGCTA--TT-AT---T--TTCT---ATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAA-TTTCTGAATCCCCTTGATT-----T---TTTTTA----AA--TA-TTTC--TTATCCAG-CAAA-CA---T---CAT--AT--CAGTCAGTCG-GAT--GTTAT-GTAGAACA---ATCA--------------------A---A----AAATCAGAATATTT---CG-----TC----CTTG--TA----AAA-CAGCAC--CTTT--TTA----GGCAA---------TGC-----TAGTTAAATAGATACGCAAGTA-TTTAT-CGTACGGGGA-ATCAC--AATTGT-------------C------C---ATTTGAT-TTAC-ACACAAA----CTTCAT-A--C---AAATA-GTG--G-AG-TAAAA---T---TCAAACTC------TACAACTCT-GTT-GATT-GC-C--TA-C---CC-C-GATTCCAAATTACCGCTACTAAGGA-ATCAACTCGACCTCTCACTAGA-CACGATTCT--TA--ACAC-CTCATGTG---CA-GAAAGTAGGGTTTTT--C-A-TCAAA-----T--T-AGAG-GTTT-TT-AGCAGGA--AACCTTCCCCCCAGCTGTT-CTCGGGACA-TTGGTA---GATGA-ATTGTGTGAACC-TATTGT--CGATATAACTATTCCAGGCAGTGC-AACTCCTAACTGC-------------CA------------AT---ACAT-C-TTC---------GT----TTA-CATGAATCTGACA--AATAGACA----TCATCATA-T-TTATTCC--CATTCGAAGAATATTC-TGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCCAAAACTTCTTTATAGCTCG
gi|5 : TTGTATATCAGCA-TTTCCTCCTAGCTATCTTTCCCCT----GAA-------AAATAGCTTT-----AT--AG----TAGCT--T-----TTTCCCCC-G-A-A--AAAATGGCTA--TAT-AGGTCTCTCCCAC------------GGAAATGTGGCTCTTAAGATTTCCCC-CTTT-TATAGCCAGATGAC--CCAACGGAAAA-CC-AACATGTATA------------------ATA--TACCGGT--AGTAGACACTCC-CCCCCCCCCTTCTTTT---CATT-CCGGTC----------ACGTATA-GGCG---GATCA---------------TTTTCATTCT--AAAATTAATTCTTTTCTGGCTT--TTCAT---TTCTTAT---ATATCCT--AAAT--GG----------A-TTTCTGATTTCCCTTAGTTGGGAAT---TTTGGA----AA--TA-TTTC----ATTCAGTCGAA-TG---T---TGT--A----AAACAATCA-TAT--ATTTC-GTA----A---GT-A--------------------A---ATGTTAATTCAAAATATTT---CG-----TG----CATG--TA----AAA-CATCAC--
gi|18 : ggtgTTGTATAGTAGCC-TTTCCC-----CCAT-----------------------G--------T-----AT--AG----TA-----CGTAGCTTTTCCCC-TGA-A--AAAATGGCTA--CAT-AG--------TA-------------GTC-----------------TTTCCC-Caactt
gi|10 : TTGTATATTAGCC-CTTCTT---AGCAAACTTCCCCCACAGGGAA-------A--------TTGGCTAT--AG----T------T-----TTTCACAA-CGA-A--AATATGGCTA--TAT-AG--------TAAATATTTCCCCACGGATT---------------TTCACC-CTTT-TATAGCCAGACATCC-CCC
gi|19 : tgTTGTATAGTAGCA-TTTCCACCTAGCCATCAT---CCCA---GAAAATTGTTA--------T-----AT--AG----TA-----G-----TTTCCCCtccaaccctatctcctcttttcattccggttacgtttcggattctgaaatcaatt
gi|20 : cggtgTATAAAGTAGCC-TTTCCCATTAAGCATCTTTCCCCCC---GGA-------A--------g
gi|15 : TAGTAGCCATTTGCT-TTGACTATC---CCCCCA---GGA-------AACTGAC--T-----AT--AGATGATAGG---A-----TTT--CCT-GGACAGTAACACGGCTA--TATAAG--------CA-------------GG-------------------CTCCC-CTTTATATAGCCAGATCACC-CCCG-GGAAATATCTACTGTaaatggctacat
gi|8 : CATTCTTCCCCCA---GAA-------AAATGGC--T-----ATTTAG----TAGCCCCC-----CCCCCCTC-GGA-A--AAA-TGGTTA--TAT-Atc
gi|20 : cccgtagaCTTTCCC--------A-------T--------T-----A---AG----CAT----C-----TTTCCCCC-CGG-A--AAAATGGCTA--CAT-tagtagatgttcacccacgtaaaggtggcagtacagtagaatttccccctttactactacctgtatataaatggtacgtttacggtagaccgtccttttctagctattcatatcttttatatcctaaatggaaagttaatttaagaattctcttgattgggattattggagatagtaatttcattcagtcgaatgttatgtaaaaca
gi|17 : tataaagtagcCTTTCTCC------GG-------A--------C-----GT--AA----GA-----C-----TTTCCCCCCGGG-A--ATACTGGCTATATAT-AA--------TG-------------AGA-----------------CCCCCC-C
gi|2 : -------A--------T-----AT--AG----TAGA---T-----CTTCCCGC-AGA-A--AGC-CAGCTA--TTTTAG--------TA-------------GGA-----------------TTTCCCTCTTT-TATAGCCTGATGACC-CTCACGGAAAA-CCTAT-AC-TACA-------------C-TGTATA-------G---AGTAGATTTTCCTCCCTC----------TATTCATC-CCGG----------------------CC---GATCAT----ATAAACATTCTTTCCATTCT--GATATGAGTCCTTTTCTGGCTA--TT-CA---T--TTCTTTCATATTCTGAAAAT----AA---AGTAAA-TTTCTAAATTCC-TTGATT-----GCGATTTTTA----AAACTA-TTTA--TTCTTTGA-CAAA-CA---T---TAT--TC--CATATAGTCG-AAT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATATACACGTATCTATAATGTA---A----AAACAGGAATATTT---CG-----TG----CTTG--TA----AAA-TAGCAC--CTTT--TTA----GGCAACTCAGAAGTTGA-----TAGTTAAA-------ACAGATA-TTTGC-C-----------TC-------TCT-------------C------C---ATTCCAT-TTAC-ACACAAA----CTTCAT-A--C---AGAGA-GTG--T-GG-TAAAACTGT---TGATTTCC------TACAAATAC-GTG-AAT-----------C---CC-C-GATTCCAccccgggaagacggctatatataat
gi|8 : cccccggaaaaatggttatatTTCCCCC-AGA-A--AA-ATGGCTA--TTT-AG--------TA-------------G--------------------CCCCC-C-----------------CC-CCCTCGGAAAA-ATGGTTATATATAGTAGATGTTCACCCACGTAAAGGTGGCAGTACAGTAGAATTTCC-CCCTT----------TAC-TACTACCTGTATATAAATGGTACGTTTACGGTA---GACCG-TCCT----------TTTCTA--------------GCTATTC------A--T--AT---C--TTTT---ATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAA-TTTAAGAATTCTCTTGATT-----GGGATTATTG----GA--GA-T-----------AG-TA-------------AT--TT--CATTCAGTCG-AAT--GTTAT-GTAAAACA---
gi|15 : cccgtagacattcTGGCTA--TAT-AA--------AG-------------GGG-----------------AGCCTG-CTTA-TATAGCCGTGTTACTGTCCA-GGAAAT-CCTATCATCTATA-------------
gi|11 : tagtagccatttgctttgactatccccccaggaaactgacTTACAGCGAACGACC-TTCCCATTCATGTTCCTTC-ATTCTCTGAAAT-ATCCCTTTCTTGCCTACATC-ATAGAT--TT-T---ATATCAT--AGACCAGAAG---AGTTAA-TTTCCAAAT-----TGGTA-----A---TTTTTGGGGGAA--TA-TTTTAATCATGCAA-CAAA-TAAG-T---CAT---T--CATTCAGT-A-AATTGGTTAT-GTAAAACG---ATCA--------------------gatcacccccgggaaatatctactgttc
gi|16 : CGGCG---GACCACTCCCATACATATTTTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTATGGCTA--TTCAT---TTCTTTT---ATATCCG--GAAT--AGAATACAG---A-TTTCTGATTTCCCTT
gi|21 : ATCCT--AAAC--GAAA---AGTTAATTTTCTGAATTCCCTTGATT-----ttgttgtgtgttttgaa
gi|6 : CCCCTTGATT-------------------GA--GA-TTTC--T----CGG-AAAAGCA---TTTACATTCATTCCATTTAGTCA-GCT--GTTGA-GTAAAACAGGTATTAT-------------------ATGTA----AAATCCGGCTATTTTTGCGGCAACTCGGACCTTGGTCAGCCTAAA-CAGCACAGCTCTGATTAAAAGGGCAG----------AC-----T-GCCAAA-AGATACGTATTTAATTTAT-CGTTCAAATACATTATTTAATTGT-------------CA-----CGAGATTTGAT-TAAC-ACCAAAA----CCCCGTCA--C---AGATACGTG--G-AG-----------------A---------TACAGCG---GTT-G-TT-GC-C---A-A---CC-C-GACTCCAAAATTCCGA-AGCAAGGA-ATCAACTCGCTCTCTC----GA-CCCAA-GCA--TG--GCA--CTCATGAG---AA-GAAAGTGGGATTTTCGAT-A-TAAAA-----T--T-AGAGAGTTT-TCGAACGAGA--AACgg
gi|7 : ----AA--TAATTTA--TTAATCAA-CAAA-AAAACT---AAT---T--C-TTTAGTTGAGAT--GTTATTGTA-AATA---ATCA--------------------T---A----AATTTAGAAGGCTT-----------------------A----AAATCAGAA----TAT--CTA----GGCAA----------------------------AT-CGGAA----TTTGT---TA--GTGA-ATCCA--AATTGT-------------CTCTCTTC---ATTTGAT-TAACAACAAAAA----CTCCAT-A--CACGAGACA-CTG--GCAGTTAAAA---TCGGTTAGATTTTCAATATACTACTTT-GTTCTATT-GC-CTTTA-CGTGCC-T-GATT-----TT-------CTCACAA-ATCAACTCGCTCTCTCGCTAG--CCCAA-TCT--TA--------TTAT-TGATTCG-GAA------GTT-----------AAG-----T--TAAGAG-GTGT-TT-GAGAGGAACAACC-CCCCTCCACCCCCC-CCCCAATCAGTTGGTAATTAATGAGATTGTGC---CCATGTTAT--C-ATATAAaataaagaatcgcgggcata
gi|12 : --TTATTCAG-CAAG-CA---T---CAT--TT--CATTCAGTCG-AAT--GTTAT-ATAAAACA---ATCATATAC---------------A---G----GAATCAGAATATTT---TG-----TG----CTTG--AA----AAA-CAGC-T--CTTT--CTAG---GGCAA---------CTCAGAATTTGTTAAACAGAT----AAACA-TTTAT-CTTTCGGGGA-ATCAG--AATTGT-------------CTCTCTTC---ATTTGAT-TTAC-ACACAAA----CT
gi|9 : TCAGAATATT-----------------------------AAA-CAACGC--ATAT--TTA----AGCAAATAGAACT-TGT-----TAGTTAAA--GATAT--AAGTG-T--ATGCGTACAGAGA-ATCAG--AATTGCAGAGCTGTATCTCC------C---ATATGAT-TTAC-ACACAAA----CTTCAT-T--T---AGAAA-GTA--G-GG-TAAAA---T---T--AATTC------TACAATTTA-AAT-TATT-GT-C--TC-C---CC-T-AATTCC-ATTTGCCGCTACCAAAG--ATCAACTCG--------CTAGA-T-TGATTCTCCTG--AC-C-TTC-TGAG---GA-GAAAGT
gi|4 : CGAGGA-ACCA---AATTGT-------------CTCTC--C---ATTTTAT-TTAC-ACAAAAA----CATCAT-A--C---AGATA-TCA--ATAG-TACAA---T---TCAA---------------------TT-GATT-GC-C--TAAC---CC-T-GATTCCTAATTGCCCCTATTAACAA-TTCAACTTGAGCTTTCGCTAGA-CATGATTCT--TC--ACAC-CGCATAAG---GA-GAAAGT------TTT--C-AATTAAA-----TGTT-AGAG-GTTA-TT-GAGAGGA--A-CCTTTCCTT-AACTGTT-CTCGTGTCA-TTGGTG---GGTTA-ACAG---G-----TATAAT--CG---TAACTATTCCAGGTTGTGC-AACTCCCAGCTGCACTGT--------CAGTATTTCAATTTAT---ACATAT-TTCCACAGAGGAAT----TTATCTTGAATCTGACA--GATGGACAACG-TCATCATATT-TTATTCC--CATTCGAAGAATATTT-CGGGAAAATTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCTAAAACGTTTTTAg
gi|3 : GGGA-ACCA---AATTGTTCCTT--------C------C---ATTT-ATGTTAC-ACAAAAATAACCATCAT-GATC---AGATA-TCAATG-AG-TAA----------CAA--TT------T-CA----T-ATT-GATTTGCGC--TA-A---CCGC-TATTCCTAATTGCCCCTATTAACAATAT-AACTTGGCTTCTCGCTAGAACATGATTCT--TCTCACACACGCATA-G---CATGAAAA----GTTTGT--C-A-TTAAAATTTGT--T-AGAG-GTTTATT-GAGAGGA--A-CCTTCCTT---ACTGTCATTCGTGTCA---GGTG---G-TTA-ACGGT---AA---TATCATTCCAATAT-----TGCCAGGTTATGCCAACTCCCAGCTGCACTGTCAGTATTTCA------------ATTATACAT-AATTCCACAGACA-GTGGAATTA-TCTGAATCTGACAGCATTGGACAACGGTCATCATA-T-TTATTTCGCCATTCGAAGAATATTCGCGAGAAA-TTTTGATTTT--ACATGCCACTCCTAAgct
gi|14 : tggtaacTCTAGTT-AATT-GC-C--TA-C---CT-CTGATTCCAAATTGCCACCGCTAACAA-ATCACCTCGCTCTCTCACCAGG-CATGATTCT--TA--ACAC-GTCATGAG------GAAAGTGAGATTTTT--CAA-TTAGA-----T--T-GGGG-GCTT-TT-CGAAGGG--AAgcgttttagctacct
gi|13 : cagttAATTTGACA--GATAGACAACA-TCATCATA-TCTTATTCC--CATTTGAAGAATATTC-TTGAAAAGTTTTGataggtgatatataatcaggggtgtg
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111
lowQualScore : 111111 99999999999999999999999999999 2222222222 11 777777777777777777777777777777777777777777777 333 111111111111111111111111111 1 88888888888888888888888888888888888 111 222222222222222 111111111 555555555555555555555555555555555555555 1111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 222 2222222222 11111 1111 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666666 11111 111111111 1111 11 111 333333333333333 22222 1 1 11 111 6666666 2222222 1 11 6666666666666 22 99999999999999 1 111 11 111 11 1 2
lowQualScore : 6 888888 0 2 22222222222222222222222222222 0000000000 4 7 66 66 00 5 888888888888888888888888888888888888888888888 6 3 33 6 3 6 44 555 000000000000000000000000000 55 0 66666666666666666666666666666666666 1 111 999999999999999 6 99 3 3 1 6 888 5 2 77 000000000 33 5 2 66 0 111111111111111111111111111111111111111 3 9999 0 5 66 5 888 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 000 3 6 2 444 0 5 5 333 1111111111 2 88888 2 5 5 3 0000 22222222 1 7777777777777777777777777777777777777777777777 00000 5 5 444444444 666 6 3 333 0 5 66 77 88888 1 2222 00 5 000 444444444444444 55555 6 6 6 6 99 99 0 0 6 0 2 0 3 33 111 0 1111111 1 3333333 7 1 1 5 3 33 4444444444444 11 55555555555555 3 77 111 3 00 111 33 0 6 7 3 7
lowQualScore : . ...... . . ............................. .......... . . .. .. .. . ............................................. . . .. . . . .. ... ........................... .. . ................................... . ... ............... . .. . . . . ... . . .. ......... .. . . .. . ....................................... . .... . . .. . ... ........................................................................................................................................... . ... . . . ... . . . ... .......... . ..... . . . . .... ........ . .............................................. ..... . . ......... ... . . ... . . .. .. ..... . .... .. . ... ............... ..... . . . . .. .. . . . . . . . .. ... . ....... . ....... . . . . . .. ............. .. .............. . .. ... . .. ... .. . . . . .
lowQualScore : 7 777777 4 0 00000000000000000000000000000 3333333333 0 4 11 22 66 0 555555555555555555555555555555555555555555555 7 3 22 7 2 4 22 555 888888888888888888888888888 00 0 88888888888888888888888888888888888 0 777 555555555555555 7 22 2 2 0 7 333 2 2 99 000000000 00 7 5 99 9 999999999999999999999999999999999999999 4 6666 9 0 99 0 888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 888 2 7 5 555 2 0 0 888 9999999999 2 11111 5 0 0 0 6666 77777777 0 4444444444444444444444444444444444444444444444 99999 0 0 000000000 000 6 0 777 7 7 44 99 00000 4 7777 00 7 111 111111111111111 88888 7 7 7 7 22 22 8 0 5 8 0 0 5 22 000 2 7777777 0 2222222 0 0 2 0 2 88 0000000000000 33 33333333333333 3 33 000 2 22 000 88 0 5 3 3 3
consensus : NNTTGTATAGTAGCC-TTTCC-TC-T-AGCCATCTTTCCCC-C--GGA-------------A--------TATAG----TAGC--T-TTCCCCCGGAAA--AA-ATGGCTA--TATA-G-------------------------TA-------------GGAT-TCCCCCCTTT-TATAGCCAGATGACCCCCNCGGAAA-ACCTATCATGTATAC-TGTATACGCC------------GGT--------AGTAGANNCTCC-CCCTCTA-C--------CATT-CC-----------GGT-A-CGTTTACGGCG---GACCATTCCCATACATATTCTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTCTGGC-TAT-TCATTTCTTNTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-CTGAATTCCC--TTGATTG-GAT-TTTT--G----AA---TA-TTT---TTATTCGGCAAACA--T-CATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATATAT---------------AA----AA--------TCA-GAATATTTC-GTG-----------CTTGTA-------AAACAGCAC--CTNT--TTA----GGCAA-C------C-------GCTAGTTAAA-AGATACG-AAAT--ATTTAT-CGTTCGGGGA-ATC-A---AATTG----------TCTCT-C--CATTTGAT-TTAC-ACANAAA----CTTCAT-A--C---AGATAN-CG--G-AG-TAAAA---T---TCAAATTCT--ACA-ACT-C--GTTG----ATT-GC-C--TA-C---CC-C-GATTCCAAATTGCCGCTACTAACGA-ATCAACTCGNTCTCTCG--CTAGA-CACGATTCTTN--ACAC-CTCA-TGAGNA-GAAAGT-G-GGTTTTTCG--ATTAAA-----TT-AGAG-G-TTT-TCGA--GAGGA--AACCTT-CCCCCAACTGTC-CTCGNGTCA-TTGGTGGATTAACGGTG------TATNAT--CGATATAACTATTCCAGGTCGTGCCAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAAT-----------TTATACATA-ATTCCACAGA------------C-AGTGGAA-TTATCTTGAATCTGACAG-A-TGGACAAC-GTCATCATA-T-TTATTC--CCATTCGAAGAATATTC-CGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCTAAAACGTTTTTA
Reference ( family-4498 ) : NNTTGTATAGTAGCC-TTTCC-TC-T-AGCCATCTTTCCCC-C--GGA-------------A--------TATAG----TAGC--T-TTCCCCCGGAAA--AA-ATGGCTA--TATA-G-------------------------TA-------------GGA--TCCCCCCTTT-TATAGCCAGATNACCCCCACGGAAA-ACCTATCATNTATAC-CGTATATGC-------------GGT--------AGTAGANTTTCC-CCCTCTA-C--------CATT-CC-----------GGT-A-CGTTTACGGCG---GACCATTCCCATACATATTCTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTCTGGC-TAT-TCATTTCTTTTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-CTGAATTCCC--TTGATTG-GAT-TTTT--G----AA---TA-TTTN--TTATTCGGCAAACA--T-CATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATA------------------AA----AA--------TCA-GAATATTTC-GTG-----------CTTG-A-------AAACAGCAC--CTNT--TTA----GGCAA-TA-----C-------GCTAGTTAAA-AGATACG-AAAT--ATTTAT-CGTNCGGGGA-ATC-A---AATTG----------TCTCT-C--CATTTGAT-TTAC-ACAAAAA----CTTCAT-A--C---AGANAN-CG--G-AG-TAAAA---T---TCAAATTCT--ACA-ACT-C--GTTG----ATT-GC-C--TA-C---CC-C-GATTCCAAATTGCCGCTACTAACGA-ATCAACTCGCTCTCTCG--CTAGA-CACGATTCTTN--ACAC-CTCA-TGAGNA-GAAAGT-G-GGTTTTTC---ATTAAA-----TT-AGAG-G-TTT-TTGA--GAGGA--AACCTT-CCCTCAACCGTC-CTCGTGTCA-TTGGTGGGTTAACGGT-------TATNAT--CGATATAACTATNCCAGGTTGTGCCAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAGTATTTCAATTTATTATACATANATTCCACAGA------------CGAGTGGAA-TTATCCTGAATCTGACAG-A-TGGACAAC-GTCATCATA-T-TTATTC--CCATTCGAAGAATATTC-CGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATGCCACTCCTAAAACGTTTTTA
gi|1 : TTGTATAGTAGCC-TTTCC-TC-CCAACCATCTTTCCCC-CC-GAA-------------A--------TATAG----TA-C--T-TTCCCCCGGAAA--AA-ATGGCTA--TATA-G-------------------------CA-------------GGA--TCCCCCCTTT-TATAGCCAGATGACTCCCATGGAAA-TCCTATTATGTATACATGTATATACC------------GGT--------AGTAGAAACACC-CCCTCT-----------CATT-CC-----------GGT-AACGTTTACAGCG---GACCATTCCTGTACATATGCTTTCCATTCT--GAAATTAGGCTTTTCCTAGC-TAT-T-ATTT--TCTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-CTGAATCCCC--TTGATTT---T-TTTT--A----AA---TA-TTTC--TTATCCAGCAAACA--T-CATATCAGTCAGTCGG-AT--GTTAT-GTAGAACA---ATCA-A------------------AA----AA--------TCA-GAATATTTC-GTC-----------CTTGTA-------AAACAGCAC--CTTT--TTA----GGCAA-T--------------GCTAGTTAAATAGATACGCAAGT--ATTTAT-CGTACGGGGA-ATC-AC--AATTG----------TC-------CATTTGAT-TTAC-ACACAAA----CTTCAT-A--C---AAATAG-TG--G-AG-TAAAA---T---TCAAACTCT--ACA-ACT-CT-GTTG----ATT-GC-C--TA-C---CC-C-GATTCCAAATTACCGCTACTAAGGA-ATCAACTCGACCTCTCA--CTAGA-CACGATTCTTA--ACAC-CTCA-TGTGCA-GAAAGTAG-GGTTTTTC---ATCAAA-----TT-AGAG-G-TTT-TTAG--CAGGA--AACCTTCCCCCCAGCTGTT-CTCGGGACA-TTGGTAGATGAATTGTGTGAACCTATTGT--CGATATAACTATTCCAGGCAGTG-CAACTC--CTAACTGC
gi|1 : ttTGAATCTGACAA-A-TAGACA----TCATCATA-T-TTATTC--CCATTCGAAGAATATTC-TGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCCAAAACTTCTTTAcaatacatcttcgtttacatgaatctgacaaatagacatcatcatatttattcccattcgaagaatattctgggaaagttttgatttttagcatgcactcccaaaacttctttatagctcg
gi|10 : ttttgtatagtagcctttcctcccaaccatctttccccccgaaatatagtactttcccccggaaaaaatggctatatagcaggatccccccttttatagccagatgactcccatggaaatcctattatgtatacatgtatataccggtagtagaaacaccccctctcattccggtaacgtttacagcggaccattcctgtacatatgctttccattctgaaattaggcttttcctagctattattttctatatcctaaatggaaagttaatttctgaatccccttgattttttttaaatatttcttatccagcaaacatcatatcagtcagtcggatgttatgtagaacaatcaaaaaatcagaatatttcgtccttgtaaaacagcacctttttaggcaatgctagttaaatagatacgcaagtatttatcgtacggggaatcacaattgtccatttgatttacacacaaacttcatacaaatagtggagtaaaattcaaactctacaactctgttgattgcctaccccgattccaaattaccgctactaaggaatcaactcgacctctcactagacacgattcttaacacctcatgtgcagaaagtagggtttttcatcaaattagaggtttttagcaggaaaccttccccccagctgttctcgggacattggtagatgaattgtgtgaacctattgtcgatataactattccaggcagtgcaactcctaactgccaatacatcttcgtttacaTTGTATATTAGCC-CTTCT-T----AGCAAACTTCCCCCACAGGGA-------------AATTGGC--TATAG----T--T--T-TTCACAACGAAA--AT-ATGGCTA--TATA-G-------------------------TAAATATTTCCCCACGGATTTTCACCCTTT-TATAGCCAGACATCCCCCTC--CAA-CCCTATCtagctcg
gi|11 : tgTTACAGCGAACGACC-TTCCCATTCATGTTCCTTC-ATTCTCTGAAAT--ATCCCTTTCTTGCCTACATCATAGATTTTATATCAT--AGACCAGAAG---AGTTAATTT-CCAAATT-------GGT---AAT-TTTT--GGGGGAA---TA-TTTTAATCATGCAACAAATAAGT-CATT-CATTCAGT-AA-ATTGGTTAT-GTAAAACG---ATCAtcctcttttcattccggttacgtttcggattctgaaatcaatt
gi|12 : --TTATTCAGCAAGCA--T-CATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-ATAAAACA---ATCATA------------------TACAGGAA--------TCA-GAATATTTT-GTG-----------CTTGAA-------AAACAGC-T--CTTT--CTAG---GGCAA-CT-----CAGA----ATTTGTTAAACAGAT----AAAC--ATTTAT-CTTTCGGGGA-ATC-AG--AATTG----------TCTCT-CTTCATTTGAT-TTAC-ACACAAA----CT
gi|13 : ATAAT--TG---TGACTATTCCAGGTCGTTCC---TCGTCCAGCTGTATTGTCAGTACTTTAATACAT-AA------GTACACAAAGTTTACAAAATTTATCCTCTTCAAGTGAAT-TTATCTTTAATTTGACAG-A-TAGACAAC-ATCATCATA-TCTTATTC--CCATTTGAAGAATATTC-TTGAAAAGTTTTG
gi|14 : CT-A--GTTA----ATT-GC-C--TA-C---CT-CTGATTCCAAATTGCCACCGCTAACAA-ATCACCTCGCTCTCTCA--CCAGG-CATGATTCTTA--ACAC-GTCA-TGAG---GAAAGT-GAGATTTTTCA--ATTAGA-----TT-GGGG-GCTTT-TCGA--AGGGA--AA
gi|15 : cagtttTAGTAGCCATTTGC-TT-T-GACTATC---CCCC-CA-GGA-------------AACTGAC--TATAGATGATAGGA-T-TTCCT--GGACAGTAACACGGCTA--TATAAG-------------------------CA-------------GG----CTCCCCTTTATATAGCCAGATCACCCCCG-GGAAATATCTAtaggtgatatataatcaggggtgtg
gi|16 : CGGCG---GACCACTCCCATACATATTTTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTATGGC-TAT-TCATTTCTTTTATATCCG--GAAT--AGAATACAG---ATTT-CTGATTTCCCTTTTG-TTG-TGTGTTTT--G----AA---ctgttc
gi|17 : CTTTCTCC-----GG-------------A--------CGTAA----GACT--T-TCCCCCCGGGAA--TA-CTGGCTATATATA-A-------------------------TG-------------AGA--CCCCCCC
gi|18 : TTGTATAGTAGCC-TTTCC-CC------CATGTAT----------A-------------G--------TAC-G----TAGC--T-TTTCCCCTGAAA--AA-ATGGCTA--CATA-G-------------------------TA-------------GTC--TTTCCCCccccgggaagacggctatatataat
gi|19 : TTGTATAGTAGCA-TTTCCACC-T-AGCCATCAT---CC-C--AGAAAATTGTT-----A--------TATAG----TAG---T-TTCCCC
gi|2 : cggtgCCCC-C--GGAAAAATGGTTATATA--------TATAG----TAGA--TCTTCCCGCAG-AA--AG-CCAGCTAT-TTTA-G-------------------------TA-------------GGAT-TTCCCTCTTT-TATAGCCTGATGACCCTCACGGAAA-ACCTAT-A-CTACAC-TGTATA-G-------------------------AGTAGATTTTCCTCCCTCTATT--------CATC-C------------------------CGGCC---GATCAT----ATAAACATTCTTTCCATTCT--GATATGAGTCCTTTTCTGGC-TAT-TCATTTCTTTCATATTCTGAAAAT----AA---AGTAAATTT-CTAAATT-CC--TTGATTGCGAT-TTTT--A----AAAC-TA-TTTA--TTCTTTGACAAACA--T-TATTCCATATAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATATACACGTATCTATAATGTAA----AA--------ACAGGAATATTTC-GTG-----------CTTGTA-------AAATAGCAC--CTTT--TTA----GGCAA-CT-----CAGAAGTTGATAGTTAAA-----AC--AGAT--ATTTGC-C---------------------------------TCTCT-C--CATTCCAT-TTAC-ACACAAA----CTTCAT-A--C---AGAGAG-TG--T-GG-TAAAACTGT---TGATTTCCT--ACA-AATAC--GTGA----AT-----------C---CC-C-GATTCCAg
gi|20 : -T-AGCC---TTTCCC-------A-------------T--------TA-AG----CATC--T-TTCCCCCCGGAA--AA-ATGGCTA--CAT
gi|21 : tataaagATCCT--AAAC--GAAA---AGTTAATTTTCTGAATTCCC--TTGATTG-G
gi|3 : GGGA-ACC-A---AATTG----------TTCCTTC--CATTT-ATGTTAC-ACAAAAATAACCATCAT-GATC---AGATAT-CAATG-AG-TAA----------CAATTTC---ATA---------TTG----ATTTGCGC--TA-A---CCGC-TATTCCTAATTGCCCCTATTAACAATAT-AACTTGGCTTCTCG--CTAGAACATGATTCTTCTCACACACGCA-T-AGCATGAAAA-----GTTTGTC---ATTAAAATTTGTT-AGAG-G-TTTATTGA--GAGGA--A-CCTT-CCTT--ACTGTCATTCGTGTCA---GGTGG-TTAACGGTAA-----TATCATTCCAATAT-----TGCCAGGTTATGCCAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCA------------ATTATACATA-ATTCCACAGA------------C-AGTGGAA-TTAT-CTGAATCTGACAGCATTGGACAACGGTCATCATA-T-TTATTTCGCCATTCGAAGAATATTCGCGAGAAA-TTTTGATTTT--ACATGCCACTCCT-AAGCGTTTT
gi|4 : tggtaacCGAGGA-ACC-A---AATTG----------TCTCT-C--CATTTTAT-TTAC-ACAAAAA----CATCAT-A--C---AGATAT-CA--ATAG-TACAA---T---TCAA-------------------TTG----ATT-GC-C--TAAC---CC-T-GATTCCTAATTGCCCCTATTAACAA-TTCAACTTGAGCTTTCG--CTAGA-CATGATTCTTC--ACAC-CGCA-TAAGGA-GAAAG-------TTTTCA--ATTAAATG---TT-AGAG-G-TTA-TTGA--GAGG---AACCTT-TCCTTAACTGTT-CTCGTGTCA-TTGGTGGGTTAACAGG-------TATAAT--CG---TAACTATTCCAGGTTGTG-CAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAAT-----------TTATACATAT-TTCCACAGA-----------------GGAATTTATCTTGAATCTGACAG-A-TGGACAAC-GTCATCATATT-TTATTC--CCATTCGAAGAATATTT-CGGGAAAATTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCTAAAACGTTTTTAagctacct
gi|5 : TTGTATATCAGCA-TTTCC-TCCT-AGCTATCTTTCCCC-T--GAA-------------AAATAGCTTTATAG----TAGCTTT-TTCCCCC-GAAA--AA-ATGGCTA--TATA-GGTCTCTCCCACGGAAATGTGGCTCTTA-------------AGAT-TTCCCCCTTT-TATAGCCAGATGA-CCCAACGGAAA-ACC-AACATGTATA---ATATAC-C-------------GGT--------AGTAGACACTCC-CCCCCCC-CCTTCTTTTCATT-CC-----------GGTCA-CGTATA-GGCG---GATCA---------------TTTTCATTCT--AAAATTAATTCTTTTCTGGC-TTT-TCATTTCTTATATATCCT--AAAT--GG----------ATTT-CTGATTTCCC--TTAGTTG-G---------G----AA---T-----------TTTGG-AAA------TATTTCATTCAGTCGA-AT--GT--T-GTAAAACA---ATCATATATTTCGT----------AAGT--AAATGTTAATTCA-AAATATTTC-GTG-----------CATGTA-------AAACATCAC--gct
gi|6 : ggtgCCC--TTGATTGAGAT-TTCTCGG----AAAAGCA-TTT--------------ACA--TTCATTCCATTTAGTCAG-CT--GTTGA-GTAAAACAGGTATTATATGT---------------AA----AA--------TCC-GGCTATTTTTGCGGCAACTCGGACCTTG-GTCAGCCTAAACAGCACAGCTCTGATTAAAAGGGCAG----------------ACT-GCCAAA-AGATACG-TATTTAATTTAT-CGTTCAAATACATT-ATTTAATTG----------TCACG-A--GATTTGAT-TAAC-ACCAAAA----CCCCGTCA--C---AGATACGTG--G-AG-----------------AT-----ACA-GCG----GTTG-----TT-GC-C---A-A---CC-C-GACTCCAAAATTCCGA-AGCAAGGA-ATCAACTCGCTCTCTCGACCCAAG-CA-------TG--GCAC--TCA-TGAGAA-GAAAGT-G-GGATTTTCGATATAAAA-----TT-AGAGAG-TTT-TCGAACGAGAA--Aaactt
gi|7 : c----AA---TAATTTA--TTAATCAACAAAAAAAC-TAATTC-TTTAGTTGAGAT--GTTATTGTAAA-TA---ATCATA------------------AA----T---------TTA-GAA-------G-G-----------CTTA-A-------AATCAGAA----TAT--CTA----GGCAA-----------------------------AT-CG-GAAT-------T-TGTT-AGTGA-ATCCA---AATTG----------TCTCT-CTTCATTTGAT-TAACAACAAAAA----CTCCAT-A--CACGAGACAC-TG--GCAGTTAAAA---TCGGTTAGATTTTCAATATACTAC--TTTGTTCTATT-GC-CTTTA-CGTGCC-T-GATT-----TT-------CTCACAA-ATCAACTCGCTCTCTCG--CTAG--CCCAA-TCTTA--------TTATTGATTC-GGAAG----------------TTAAG-----TTAAGAG-G-TGT-TTGA--GAGGAACAACCCC-CCTCCACCCCCC-CCCCAATCAGTTGGT-AATTAATGcaataaagaatcgcgggcata
gi|8 : -TTCCCCCAGAAA--AA--TGGCTA--TTTA-G-------------------------TA-------------G-----CCCCCC-----------------CCCCCTCGGAAA-AATGGTTATATATA---GTAGATGTTCACCCACGTAAAGGTGGCAGTACAGTAGAATTTCC-CCCTTTA-C--------TACTACCTGTATATAAATGGT-A-CGTTTACGGTA---GACCGTCC-----------TTTTC-------------TAG--CTATTC------AT---ATCTTTTATA--TCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-AAGAATTCTC--TTGATTG-G---------G----A-------------TTATT-GG-AGATAG-T-AATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---agattgtgcccatgttatcatataa
gi|9 : cccgtagacattc--------TCA-GAATATT------------------------------AAACAACGC--ATAT--TTA----AGCAAATAGAACTT-------GTTAGTTAAA--GATAT--AAGT--GT--ATGCGTACAGAGA-ATC-AG--AATTGCAGAGCTGTATCTC--C--CATATGAT-TTAC-ACACAAA----CTTCAT-T--T---AGAAAG-TA--G-GG-TAAAA---T---T--AATTCT--ACA-ATT-TAAATT-----ATT-GT-C--TC-C---CC-T-AATTCC-ATTTGCCGCTACCAAAG--ATCAA--------CTCG--CTAGA-T-TGATTCTCC--TGAC-CTTC-TGAGGA-GAAAGT-G-
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 99999999999999999999999999999 2222222222 11 666666666666666666666666666666666666666666666 1111 11 8888888888888888888888888 1 88888888888888888888888888888888888 111 222222222222222 111 6666666666666666666666666666666666666666 1111 8888888888888888888888888888888 33333333333333333333333333333 2222 9999999999999999999999999999999999999999 111 222 2222222222 11111 1111 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666666 11111 111111111 1111 11 111 2222222 1 11111111 1111 1 1 11 777777777777777 1111111 11 222 000000000000000000000000 1 111 11 1 1 11 1 1
lowQualScore : 6 888888 0 2 22222222222222222222222222222 0000000000 4 7 66 55 00 5 555555555555555555555555555555555555555555555 5 6 1 22 7 3 1111 33 0 7777777777777777777777777 22 0 66666666666666666666666666666666666 1 111 999999999999999 6 99 3 3 1 6 888 5 1 77 77 000 33 5 2 66 0 1111111111111111111111111111111111111111 3 9999 0 5 66 5 888 3333333333333333333333333333333 5 55555555555555555555555555555 5 0 77 1 99 0000 6 8888888888888888888888888888888888888888 0 000 3 6 2 444 0 5 5 333 1111111111 2 88888 2 5 5 1 0000 22222222 0 7777777777777777777777777777777777777777777777 00000 5 5 444444444 666 6 3 333 0 5 55 77 88 77 1 2222 00 5 000 7777777 6 666 66666666 6 6 6 6 0 99 0000 0 6 0 0 1 33 777 222222222222222 1 9999999 3 4 888 33 33 2 0 0 111 66 2 0 666666666666666666666666 22 3 0 3 9 111 3 00 0 0 33 0 6 7 3 7
lowQualScore : . ...... . . ............................. .......... . . .. .. .. . ............................................. . . . .. . . .... .. . ......................... .. . ................................... . ... ............... . .. . . . . ... . . .. .. ... .. . . .. . ........................................ . .... . . .. . ... ............................... . ............................. . . .. . .. .... . ........................................ . ... . . . ... . . . ... .......... . ..... . . . . .... ........ . .............................................. ..... . . ......... ... . . ... . . .. .. .. .. . .... .. . ... ....... . ... ........ . . . . . .. .... . . . . . .. ... ............... . ....... . . ... .. .. . . . ... .. . . ........................ .. . . . . ... . .. . . .. . . . . .
lowQualScore : 7 777777 4 0 00000000000000000000000000000 3333333333 0 4 11 44 66 0 555555555555555555555555555555555555555555555 0 7 0 00 5 2 5555 00 6 0000000000000000000000000 00 0 88888888888888888888888888888888888 0 777 555555555555555 7 22 2 2 0 7 333 2 0 99 99 000 00 7 5 99 9 3333333333333333333333333333333333333333 4 6666 9 0 99 0 888 2222222222222222222222222222222 7 33333333333333333333333333333 7 1 99 0 22 8888 7 3333333333333333333333333333333333333333 3 888 2 7 5 888 2 0 0 888 9999999999 2 11111 5 0 0 0 6666 77777777 3 4444444444444444444444444444444444444444444444 99999 0 0 000000000 000 6 0 777 7 7 11 99 00 77 4 7777 00 7 111 5555555 2 888 88888888 7 7 7 7 7 22 8888 0 5 8 0 0 22 555 555555555555555 0 2222222 8 2 222 88 55 5 8 2 555 88 5 2 888888888888888888888888 88 5 0 2 8 000 2 22 0 0 88 0 5 3 3 3
consensus : NNTTGTATAGTAGCC-TTTCC-TC-T-AGCCATCTTTCCCC-C--GGA-------------A--------TATAG----TAGC--T-TTCCCCCGGAAA--AA-ATGGCTA--TATA-G-------------------------TA-------------GGATTCCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGACCCCCNCGGAAAACCTATCATGTATAC-TGTATA--TACC--------GGT--------AGTAGANNCTCC-CCCTCTA-C--------CATT-CC-----------GGT-A-CGTTTACGGCG---GACCATTCCCATACATATTCTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTCTGGC-TAT-TCATTTCTTNTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-CTGAATTCCC--TTGATTG-GAT-TTTT--G----AA---TA-TTT-T---TATTCGGCAAACA--T-CATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATATA---------------TA-A--AA--------TCA-GAATATTTC-GTG-----------CTTG--TA----AAA-CAGCAC--CTNT--TTA----GGCA-A-------C--------T----GCTAGTTAAA-AGATACG-AAAT--ATTTAT-CGTTCGGGGA-ATC-A---AATTG----------TCTCT-C--CATTTGAT-TTAC-ACANAAA----CTTCAT-A--C---AGATAN-CG--G-AG-TAAAA---T---TCAAATTCT--ACA-ACT-C--GTTG----ATT-GC-C--TA-C---CC-C-GATTCCAAATTGCCGCTACTAACGA-ATCAACTCGNTCTCTCG--CTAGA-CACGATTCTTN--ACAC-CTCA-TGAGNA-GAAAGT-G-GGTTTTTCGAT-T-AAA-----T--T-AGAG-G-TTT-TCGA--GAGGA--AACCTT-CCCCCAACTGTC-CTCGNGTCA-TTGGTGGATTAACG-----GTGN--A--TATNAT--CGATATAACTATTCCAGGTCGTGCCAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAATTTATACATANTTCCACAGA---------------------CA-GTGGAATT-ATCTTGAATCTGACAG-A-TGGACAAC-GTCATCATAT-TT-ATTC--CCATTCGAAGAATATTC-CGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCTAAAACGTTTTTA
Reference ( family-4498 ) : NNTTGTATAGTAGCC-TTTCC-TC-T-AGCCATCTTTCCCC-C--GGA-------------A--------TATAG----TAGC--T-TTCCCCCGGAAA--AA-ATGGCTA--TATA-G-------------------------TA-------------GGATTCCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGACCCCCNCGGAAAACCTATCATGTATAC-TGTATA--CGCC--------GGT--------AGTAGANNCTCC-CCCTCTA-C--------CATT-CC-----------GGT-A-CGTTTACGGCG---GACCATTCCCATACATATTCTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTCTGGC-TAT-TCATTTCTTNTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-CTGAATTCCC--TTGATTG-GAT-TTTT--G----AA---TA-TTT-T---TATTCGGCAAACA--T-CATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATATA---------------TA-A--AA--------TCA-GAATATTTC-GTG-----------CTTG--TA----AAA-CAGCAC--CTNT--TTA----GGCA-A-------C--------C----GCTAGTTAAA-AGATACG-AAAT--ATTTAT-CGTTCGGGGA-ATC-A---AATTG----------TCTCT-C--CATTTGAT-TTAC-ACANAAA----CTTCAT-A--C---AGATAN-CG--G-AG-TAAAA---T---TCAAATTCT--ACA-ACT-C--GTTG----ATT-GC-C--TA-C---CC-C-GATTCCAAATTGCCGCTACTAACGA-ATCAACTCGNTCTCTCG--CTAGA-CACGATTCTTN--ACAC-CTCA-TGAGNA-GAAAGT-G-GGTTTTTCGAT-T-AAA-----T--T-AGAG-G-TTT-TCGA--GAGGA--AACCTT-CCCCCAACTGTC-CTCGNGTCA-TTGGTGGATTAACG-----GTG------TATNAT--CGATATAACTATTCCAGGTCGTGCCAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAATTTATACATAATTCCACAGA---------------------CA-GTGGAATT-ATCTTGAATCTGACAG-A-TGGACAAC-GTCATCATAT-TT-ATTC--CCATTCGAAGAATATTC-CGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCTAAAACGTTTTTA
gi|1 : TTGTATAGTAGCC-TTTCC-TC-CCAACCATCTTTCCCC-CC-GAA-------------A--------TATAG----TA-C--T-TTCCCCCGGAAA--AA-ATGGCTA--TATA-G-------------------------CA-------------GGAT-CCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGACTCCCATGGAAATCCTATTATGTATACATGTATA--TACC--------GGT--------AGTAGAAACACC-CCCTCT-----------CATT-CC-----------GGT-AACGTTTACAGCG---GACCATTCCTGTACATATGCTTTCCATTCT--GAAATTAGGCTTTTCCTAGC-TAT-T-ATTT--TCTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-CTGAATCCCC--TTGATTT---T-TTTT--A----AA---TA-TTTCT---TATCCAGCAAACA--T-CATATCAGTCAGTCGG-AT--GTTAT-GTAGAACA---ATCA---A----------------A-A--AA--------TCA-GAATATTTC-GTC-----------CTTG--TA----AAA-CAGCAC--CTTT--TTA----GGCA-A-------T-------------GCTAGTTAAATAGATACGCAAGT--ATTTAT-CGTACGGGGA-ATC-AC--AATTG----------TC-------CATTTGAT-TTAC-ACACAAA----CTTCAT-A--C---AAATAG-TG--G-AG-TAAAA---T---TCAAACTCT--ACA-ACT-CT-GTTG----ATT-GC-C--TA-C---CC-C-GATTCCAAATTACCGCTACTAAGGA-ATCAACTCGACCTCTCA--CTAGA-CACGATTCTTA--ACAC-CTCA-TGTGCA-GAAAGTAG-GGTTTTTC-AT-C-AAA-----T--T-AGAG-G-TTT-TTAG--CAGGA--AACCTTCCCCCCAGCTGTT-CTCGGGACA-TTGGTAGATGAATT-----GTGTGAACCTATTGT--CGATATAACTATTCCAGGCAGTG-CAACTC--CTAACTGC-----CA------------ATACAT-CTTC------------------------------GT----TT-A-CATGAATCTGACAA-A-TAGACA----TCATCATAT-TT-ATTC--CCATTCGAAGAATATTC-TGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCCAAAACTTCTTTA
gi|10 : ttTTGTATATTAGCC-CTTCT-T----AGCAAACTTCCCCCACAGGGA-------------AATTGGC--TATAG----T--T--T-TTCACAACGAAA--AT-ATGGCTA--TATA-G-------------------------TAAATATTTCCCCACGGATTTTCACCCTTT-TATAGCCAGACATCCCCCTC--CAACCCTATCtagctcg
gi|11 : tgTTACAGCGAACGACC-TTCCCATTCATGTTCCTTC-ATTCTCTGAAAT--ATCCCTTTCTTGCCTACATCATAGATTTTATATCAT--AGACCAGAAG---AGTTAATTT-CCAAATT-------GGT---AAT-TTTT--GGGGGAA---TA-TTT-TAATCATGCAACAAATAAGT-CATT-CATTCAGT-AA-ATTGGTTAT-GTAAAACG---ATCAtcctcttttcattccggttacgtttcggattctgaaatcaatt
gi|12 : -T---TATTCAGCAAGCA--T-CATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-ATAAAACA---ATCATATA---------------CAGG--AA--------TCA-GAATATTTT-GTG-----------CTTG--AA----AAA-CAGC-T--CTTT--CTAG---GGCA-A-------C--------TCAGAATTTGTTAAACAGAT----AAAC--ATTTAT-CTTTCGGGGA-ATC-AG--AATTG----------TCTCT-CTTCATTTGAT-TTAC-ACACAAA----CT
gi|13 : ATAAT--TG---TGACTATTCCAGGTCGTTCC---TCGTCCAGCTGTATTGTCAGTACTTTAAT----ACATAAGTACACAAAGTTTACAAAATTTATCCTCTTCAAGTGAATTT-ATCTTTAATTTGACAG-A-TAGACAAC-ATCATCATATCTT-ATTC--CCATTTGAAGAATATTC-TTGAAAAGTTTTG
gi|14 : CT-A--GTTA----ATT-GC-C--TA-C---CT-CTGATTCCAAATTGCCACCGCTAACAA-ATCACCTCGCTCTCTCA--CCAGG-CATGATTCTTA--ACAC-GTCA-TGAG---GAAAGT-GAGATTTTTCAAT-T-AGA-----T--T-GGGG-GCTTT-TCGA--AGGGA--AA
gi|15 : cagtttTAGTAGCCATTTGC-TT-T-GACTATC---CCCC-CA-GGA-------------AACTGAC--TATAGATGATAGGA-T-TTCCT--GGACAGTAACACGGCTA--TATAAG-------------------------CA-------------GG---CTC-CCCTTTATATAGCCAGATCACCCCCG-GGAAA---TATC-----TAC-TGTtaggtgatatataatcaggggtgtg
gi|16 : CGGCG---GACCACTCCCATACATATTTTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTATGGC-TAT-TCATTTCTTTTATATCCG--GAAT--AGAATACAG---ATTT-CTGATTTCCCTTTTG-TTG-TGTGTTTT--G----AA---tc
gi|17 : CTTTCTCC-----GG-------------A--------CGTAA----GACT--T-TCCCCCCGGGAA--TA-CTGGCTATATATA-A-------------------------TG-------------AGACCCCC-CCC
gi|18 : TTGTATAGTAGCC-TTTCC-CC------CATGTAT----------A-------------G--------TAC-G----TAGC--T-TTTCCCCTGAAA--AA-ATGGCTA--CATA-G-------------------------TA-------------GTCTTTCC-CCcccgggaagacggctatatataat
gi|19 : TTGTATAGTAGCA-TTTCCACC-T-AGCCATCAT---CC-C--AGAAAATTGTT-----A--------TATAG----TAG---T-TTCCCC
gi|2 : cggtgCCCC-C--GGAAAAATGGTTATATA--------TATAG----TAGA--TCTTCCCGCAG-AA--AG-CCAGCTAT-TTTA-G-------------------------TA-------------GGATTTCC-CTCTTT-TATAGCCTGATGACCCTCACGGAAAACCTAT-AC-TACAC-TGTATA---G---------------------AGTAGATTTTCCTCCCTCTATT--------CATC-C------------------------CGGCC---GATCAT----ATAAACATTCTTTCCATTCT--GATATGAGTCCTTTTCTGGC-TAT-TCATTTCTTTCATATTCTGAAAAT----AA---AGTAAATTT-CTAAATT-CC--TTGATTGCGAT-TTTT--A----AAAC-TA-TTTAT---TCTTTGACAAACA--T-TATTCCATATAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATATACACGTATCTATAATGTA-A--AA--------ACAGGAATATTTC-GTG-----------CTTG--TA----AAA-TAGCAC--CTTT--TTA----GGCA-A-------CTCAGAAGTT----GATAGTTAAA-----AC--AGAT--ATTTGC-C---------------------------------TCTCT-C--CATTCCAT-TTAC-ACACAAA----CTTCAT-A--C---AGAGAG-TG--T-GG-TAAAACTGT---TGATTTCCT--ACA-AATAC--GTGA----AT-----------C---CC-C-GATTCCAg
gi|20 : -T-AGCC---TTTCCC-------A-------------T--------TA-AG----CATC--T-TTCCCCCCGGAA--AA-ATGGCTA--CAT
gi|21 : tataaagATCCT--AAAC--GAAA---AGTTAATTTTCTGAATTCCC--TTGATTG-G
gi|3 : GGGA-ACC-A---AATTG----------TTCCTTC--CATTT-ATGTTAC-ACAAAAATAACCATCAT-GATC---AGATAT-CAATG-AG-TAA----------CAATTTC---ATA---------TTG----ATTTGCGC--TA-A---CCGC-TATTCCTAATTGCCCCTATTAACAATAT-AACTTGGCTTCTCG--CTAGAACATGATTCTTCTCACACACGCA-T-AGCATGAAAA-----GTTTGTC-AT-T-AAAATTTGT--T-AGAG-G-TTTATTGA--GAGGA--A-CCTT-CCTT--ACTGTCATTCGTGTCA---GGTGG-TTAACG-----GTAA-----TATCATTCCAATAT-----TGCCAGGTTATGCCAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAA-TTATACATAATTCCACAGA---------------------CA-GTGGAATT-ATC-TGAATCTGACAGCATTGGACAACGGTCATCATAT-TT-ATTTCGCCATTCGAAGAATATTCGCGAGAAA-TTTTGATTTT--ACATGCCACTCCT-AAGCGTTTT
gi|4 : tggtaacCGAGGA-ACC-A---AATTG----------TCTCT-C--CATTTTAT-TTAC-ACAAAAA----CATCAT-A--C---AGATAT-CA--ATAG-TACAA---T---TCAA-------------------TTG----ATT-GC-C--TAAC---CC-T-GATTCCTAATTGCCCCTATTAACAA-TTCAACTTGAGCTTTCG--CTAGA-CATGATTCTTC--ACAC-CGCA-TAAGGA-GAAAGT-------TTTCAAT-T-AAA-----TGTT-AGAG-G-TTA-TTGA--GAGGA--A-CCTT-TCCTTAACTGTT-CTCGTGTCA-TTGGTGGGTTAACA-----G-G------TATAAT--CG---TAACTATTCCAGGTTGTGC-AACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAATTTATACATATTTCCACAGA--------------------------GGAATTTATCTTGAATCTGACAG-A-TGGACAAC-GTCATCATAT-TTTATTC--CCATTCGAAGAATATTT-CGGGAAAATTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCTAAAACGTTTTTAagctacct
gi|5 : TTGTATATCAGCA-TTTCC-TCCT-AGCTATCTTTCCCC-T--GAA-------------AAATAGCTTTATAG----TAGCTTT-TTCCCCC-GAAA--AA-ATGGCTA--TATA-GGTCTCTCCCACGGAAATGTGGCTCTTA-------------AGATTTCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGA-CCCAACGGAAAACC-AACATGTATA-----ATA--TACC--------GGT--------AGTAGACACTCC-CCCCCCC-CCTTCTTTTCATT-CC-----------GGTCA-CGTATA-GGCG---GATCA---------------TTTTCATTCT--AAAATTAATTCTTTTCTGGC-TTT-TCATTTCTTATATATCCT--AAAT--GG----------ATTT-CTGATTTCCC--TTAGTTG-G---------G----AA---T------------TTTGG-AAA------TATTTCATTCAGTCGA-AT--GT--T-GTAAAACA---ATCATATATTTCG----------TA-AGTAAATGTTAATTCA-AAATATTTC-GTG-----------CATG--TA----AAA-CATCAC--gct
gi|6 : ggtgCCC--TTGATTGAGAT-TTCTCGG----AAAAGCA-TTT---------------ACA--TTCATTCCATTTAGTCAG-CT--GTTGA-GTAAAACAGGTATTATATG---------------TA-A--AA--------TCC-GGCTATTTTTGCGGCAACTCGGACCTTGGTCAGCCTAAA-CAGCACAGCTCTGATTAAAAGGGCAGA-------C--------T----GCCA----AA-AGATACG-TATTTAATTTAT-CGTTCAAATACATT-ATTTAATTG----------TCACG-A--GATTTGAT-TAAC-ACCAAAA----CCCCGTCA--C---AGATACGTG--G-AG-----------------AT-----ACA-GCG----GTTG-----TT-GC-C---A-A---CC-C-GACTCCAAAATTCCGA-AGCAAGGA-ATCAACTCGCTCTCTCGACCCAAG-CA-------TG--GCAC--TCA-TGAGAA-GAAAGT-G-GGATTTTCGATATAAAA-----T--T-AGAGAG-TTT-TCGAACGAGAA--Aaactt
gi|7 : c----AA---TAATTTAT---TAATCAACAAAAAAAC-TAATTC-TTTAGTTGAGAT--GTTATTGTAAA-TA---ATCATAAA---------------T---------------TTA-GAA-------G-G-----------CTT----A----AAATCAGAA----TAT--CTA----GGCA-A----------------------------------AT-CG-GAAT-------T-TGTT-AGTGA-ATCCA---AATTG----------TCTCT-CTTCATTTGAT-TAACAACAAAAA----CTCCAT-A--CACGAGACAC-TG--GCAGTTAAAA---TCGGTTAGATTTTCAATATACTAC--TTTGTTCTATT-GC-CTTTA-CGTGCC-T-GATT-----TT-------CTCACAA-ATCAACTCGCTCTCTCG--CTAG--CCCAA-TCTTA--------TTATTGATTC-GGAAG--------------T-T-AAG-----T--TAAGAG-G-TGT-TTGA--GAGGAACAACCCC-CCTCCACCCCCC-CCCCAATCAGTTGGT-AATTAATGAGATTGTGCCCA--TGTTAT--C-ATATAAcaataaagaatcgcgggcata
gi|8 : -TTCCCCCAGAAA--A--ATGGCTA--TTTA-G-------------------------TA-------------G----CCC-CCC-----------------CCCCCTCGGAAAAATGGTTATATATAG-TAGATGTTCACCCACGTAAAGGTGGCAGTACAGTAGAATTTCC-CCCTTTA-C--------TACTACCTGTATATAAATGGT-A-CGTTTACGGTA---GACCGTCC-----------TTTTC-------------TAG--CTATTC------AT---ATCTTTTAT--ATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-AAGAATTCTC--TTGATTG-G---------G----A-----------T---TATT-GG-AGATAG-T-AATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---
gi|9 : cccgtagacattc--------TCA-GAATATT-----------------------------AAA-CAACGC--ATAT--TTA----AGCA-AATAGAACT--------T----GTTAGTTAAA--GATAT--AAGT--GT--ATGCGTACAGAGA-ATC-AG--AATTGCAGAGCTGTATCTC--C--CATATGAT-TTAC-ACACAAA----CTTCAT-T--T---AGAAAG-TA--G-GG-TAAAA---T---T--AATTCT--ACA-ATT-TAAATT-----ATT-GT-C--TC-C---CC-T-AATTCC-ATTTGCCGCTACCAAAG--ATCAA--------CTCG--CTAGA-T-TGATTCTCC--TGAC-CTTC-TGAGGA-GAAAGT-G-
Alignments
lowQualScore : 111111 99999999999999999999999999999 2222222222 11 666666666666666666666666666666666666666666666 1111 11 6666666666666666666666666 1 88888888888888888888888888888888888 111 222222222222222 111 6666666666666666666666666666666666666666 1111 8888888888888888888888888888888 33333333333333333333333333333 2222 8888888888888888888888888888888888888888 111 222 2222222222 11111 1111 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666666 11111 111111111 1111 11 111 2222222 1 11111111 1111 1 1 11 66666666666666666 1111111 11 44444444 777777777777777777777 1 111 11 1 1 11 1 1
lowQualScore : 6 888888 0 2 22222222222222222222222222222 0000000000 4 7 66 55 00 5 555555555555555555555555555555555555555555555 5 6 1 22 7 3 1111 33 0 8888888888888888888888888 22 0 66666666666666666666666666666666666 1 111 999999999999999 6 99 3 3 1 6 888 5 1 77 77 000 33 5 2 66 0 1111111111111111111111111111111111111111 3 9999 0 5 66 5 888 3333333333333333333333333333333 5 55555555555555555555555555555 5 0 77 1 99 0000 6 5555555555555555555555555555555555555555 0 000 3 6 2 444 0 5 5 333 1111111111 2 88888 2 5 5 1 0000 22222222 0 7777777777777777777777777777777777777777777777 00000 5 5 444444444 666 6 3 333 0 5 55 77 88 77 1 2222 00 5 000 7777777 6 666 66666666 6 6 6 6 0 99 0000 0 6 0 0 1 33 777 55555555555555555 1 9999999 3 4 888 33 33 2 0 0 11111111 44 555555555555555555555 22 3 0 3 9 111 3 00 0 0 33 0 6 7 3 7
lowQualScore : . ...... . . ............................. .......... . . .. .. .. . ............................................. . . . .. . . .... .. . ......................... .. . ................................... . ... ............... . .. . . . . ... . . .. .. ... .. . . .. . ........................................ . .... . . .. . ... ............................... . ............................. . . .. . .. .... . ........................................ . ... . . . ... . . . ... .......... . ..... . . . . .... ........ . .............................................. ..... . . ......... ... . . ... . . .. .. .. .. . .... .. . ... ....... . ... ........ . . . . . .. .... . . . . . .. ... ................. . ....... . . ... .. .. . . . ........ .. ..................... .. . . . . ... . .. . . .. . . . . .
lowQualScore : 7 777777 4 0 00000000000000000000000000000 3333333333 0 4 11 44 66 0 555555555555555555555555555555555555555555555 0 7 0 00 5 2 5555 00 6 5555555555555555555555555 00 0 88888888888888888888888888888888888 0 777 555555555555555 7 22 2 2 0 7 333 2 0 99 99 000 00 7 5 99 9 3333333333333333333333333333333333333333 4 6666 9 0 99 0 888 2222222222222222222222222222222 7 33333333333333333333333333333 7 1 99 0 22 8888 7 8888888888888888888888888888888888888888 3 888 2 7 5 888 2 0 0 888 9999999999 2 11111 5 0 0 0 6666 77777777 3 4444444444444444444444444444444444444444444444 99999 0 0 000000000 000 6 0 777 7 7 11 99 00 77 4 7777 00 7 111 5555555 2 888 88888888 7 7 7 7 7 22 8888 0 5 8 0 0 22 555 22222222222222222 0 2222222 8 2 222 88 55 5 8 2 22222222 22 555555555555555555555 88 5 0 2 8 000 2 22 0 0 88 0 5 3 3 3
consensus : NNTTGTATAGTAGCC-TTTCC-TC-T-AGCCATCTTTCCCC-C--GGA-------------A--------TATAG----TAGC--T-TTCCCCCGGAAA--AA-ATGGCTA--TATA-G-------------------------TA-------------GGATTCCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGACCCCCNCGGAAAACCTATCATGTATAC-TGTATAT--ACC--------GGT--------AGTAGANNCTCC-CCCTCTA-C--------CATT-CC-----------GGT-A-CGTTTACGGCG---GACCATTCCCATACATATTCTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTCTGGC-TAT-TCATTTCTTNTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-CTGAATTCCC--TTGATTG-GAT-TTTT--G----AA---TA-TTT-T---TATTCGGCAAACA--T-CATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATATA---------------TA-A--AA--------TCA-GAATATTTC-GTG-----------CTTG--TA----AAA-CAGCAC--CTNT--TTA----GGCA-A-------C--------T----GCTAGTTAAA-AGATACG-AAAT--ATTTAT-CGTTCGGGGA-ATC-A---AATTG----------TCTCT-C--CATTTGAT-TTAC-ACANAAA----CTTCAT-A--C---AGATAN-CG--G-AG-TAAAA---T---TCAAATTCT--ACA-ACT-C--GTTG----ATT-GC-C--TA-C---CC-C-GATTCCAAATTGCCGCTACTAACGA-ATCAACTCGNTCTCTCG--CTAGA-CACGATTCTTN--ACAC-CTCA-TGAGNA-GAAAGT-G-GGTTTTTCGAT-T-AAA-----T--T-AGAG-G-TTT-TCGA--GAGGA--AACCTT-CCCCCAACTGTC-CTCGNGTCA-TTGGTGGATTAACG-----GTG--CG----TATNAT--CGATATAACTATTCCAGGTCGTGCCAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAAT---T---TATACATANTTCCACAGA------------CA-GTGGAATT-ATCTTGAATCTGACAG-A-TGGACAAC-GTCATCATAT-TT-ATTC--CCATTCGAAGAATATTC-CGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCTAAAACGTTTTTA
Reference ( family-4498 ) : NNTTGTATAGTAGCC-TTTCC-TC-T-AGCCATCTTTCCCC-C--GGA-------------A--------TATAG----TAGC--T-TTCCCCCGGAAA--AA-ATGGCTA--TATA-G-------------------------TA-------------GGATTCCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGACCCCCNCGGAAAACCTATCATGTATAC-TGTATAT--ACC--------GGT--------AGTAGANNCTCC-CCCTCTA-C--------CATT-CC-----------GGT-A-CGTTTACGGCG---GACCATTCCCATACATATTCTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTCTGGC-TAT-TCATTTCTTNTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-CTGAATTCCC--TTGATTG-GAT-TTTT--G----AA---TA-TTT-T---TATTCGGCAAACA--T-CATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATATA---------------TA-A--AA--------TCA-GAATATTTC-GTG-----------CTTG--TA----AAA-CAGCAC--CTNT--TTA----GGCA-A-------C--------T----GCTAGTTAAA-AGATACG-AAAT--ATTTAT-CGTTCGGGGA-ATC-A---AATTG----------TCTCT-C--CATTTGAT-TTAC-ACANAAA----CTTCAT-A--C---AGATAN-CG--G-AG-TAAAA---T---TCAAATTCT--ACA-ACT-C--GTTG----ATT-GC-C--TA-C---CC-C-GATTCCAAATTGCCGCTACTAACGA-ATCAACTCGNTCTCTCG--CTAGA-CACGATTCTTN--ACAC-CTCA-TGAGNA-GAAAGT-G-GGTTTTTCGAT-T-AAA-----T--T-AGAG-G-TTT-TCGA--GAGGA--AACCTT-CCCCCAACTGTC-CTCGNGTCA-TTGGTGGATTAACG-----GTG--NA----TATNAT--CGATATAACTATTCCAGGTCGTGCCAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAAT---T---TATACATANTTCCACAGA------------CA-GTGGAATT-ATCTTGAATCTGACAG-A-TGGACAAC-GTCATCATAT-TT-ATTC--CCATTCGAAGAATATTC-CGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCTAAAACGTTTTTA
gi|1 : TTGTATAGTAGCC-TTTCC-TC-CCAACCATCTTTCCCC-CC-GAA-------------A--------TATAG----TA-C--T-TTCCCCCGGAAA--AA-ATGGCTA--TATA-G-------------------------CA-------------GGAT-CCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGACTCCCATGGAAATCCTATTATGTATACATGTATAT--ACC--------GGT--------AGTAGAAACACC-CCCTCT-----------CATT-CC-----------GGT-AACGTTTACAGCG---GACCATTCCTGTACATATGCTTTCCATTCT--GAAATTAGGCTTTTCCTAGC-TAT-T-ATTT--TCTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-CTGAATCCCC--TTGATTT---T-TTTT--A----AA---TA-TTTCT---TATCCAGCAAACA--T-CATATCAGTCAGTCGG-AT--GTTAT-GTAGAACA---ATCA---A----------------A-A--AA--------TCA-GAATATTTC-GTC-----------CTTG--TA----AAA-CAGCAC--CTTT--TTA----GGCA-A----------------T----GCTAGTTAAATAGATACGCAAGT--ATTTAT-CGTACGGGGA-ATC-AC--AATTG----------TC-------CATTTGAT-TTAC-ACACAAA----CTTCAT-A--C---AAATAG-TG--G-AG-TAAAA---T---TCAAACTCT--ACA-ACT-CT-GTTG----ATT-GC-C--TA-C---CC-C-GATTCCAAATTACCGCTACTAAGGA-ATCAACTCGACCTCTCA--CTAGA-CACGATTCTTA--ACAC-CTCA-TGTGCA-GAAAGTAG-GGTTTTTC-AT-C-AAA-----T--T-AGAG-G-TTT-TTAG--CAGGA--AACCTTCCCCCCAGCTGTT-CTCGGGACA-TTGGTAGATGAATT-----GTG--TGAACCTATTGT--CGATATAACTATTCCAGGCAGTG-CAACTC--CTAACTGC-----CA------------------ATACAT-CTTC---------------------GT----TT-A-CATGAATCTGACAA-A-TAGACA----TCATCATAT-TT-ATTC--CCATTCGAAGAATATTC-TGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCCAAAACTTCTTTA
gi|10 : ttTTGTATATTAGCC-CTTCT-T----AGCAAACTTCCCCCACAGGGA-------------AATTGGC--TATAG----T--T--T-TTCACAACGAAA--AT-ATGGCTA--TATA-G-------------------------TAAATATTTCCCCACGGATTTTCACCCTTT-TATAGCCAGACATCCCCCTC--CAACCCTATCtagctcg
gi|11 : tgTTACAGCGAACGACC-TTCCCATTCATGTTCCTTC-ATTCTCTGAAAT--ATCCCTTTCTTGCCTACATCATAGATTTTATATCAT--AGACCAGAAG---AGTTAATTT-CCAAATT-------GGT---AAT-TTTT--GGGGGAA---TA-TTT-TAATCATGCAACAAATAAGT-CATT-CATTCAGT-AA-ATTGGTTAT-GTAAAACG---ATCAtcctcttttcattccggttacgtttcggattctgaaatcaatt
gi|12 : -T---TATTCAGCAAGCA--T-CATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-ATAAAACA---ATCATATA---------------CAGG--AA--------TCA-GAATATTTT-GTG-----------CTTG--AA----AAA-CAGC-T--CTTT--CTAG---GGCA-A-------C--------TCAGAATTTGTTAAACAGAT----AAAC--ATTTAT-CTTTCGGGGA-ATC-AG--AATTG----------TCTCT-CTTCATTTGAT-TTAC-ACACAAA----CT
gi|13 : ATAAT--TG---TGACTATTCCAGGTCGTTCC---TCGTCCAGCTGTATTGTCAGTACTTTAATACATAAGTACACAAAGTTT-ACAAAATTTATCCTCTTCAAGTGAATTT-ATCTTTAATTTGACAG-A-TAGACAAC-ATCATCATATCTT-ATTC--CCATTTGAAGAATATTC-TTGAAAAGTTTTG
gi|14 : CT-A--GTTA----ATT-GC-C--TA-C---CT-CTGATTCCAAATTGCCACCGCTAACAA-ATCACCTCGCTCTCTCA--CCAGG-CATGATTCTTA--ACAC-GTCA-TGAG---GAAAGT-GAGATTTTTCAAT-T-AGA-----T--T-GGGG-GCTTT-TCGA--AGGGA--AA
gi|15 : cagtttTAGTAGCCATTTGC-TT-T-GACTATC---CCCC-CA-GGA-------------AACTGAC--TATAGATGATAGGA-T-TTCCT--GGACAGTAACACGGCTA--TATAAG-------------------------CA-------------GG---CTC-CCCTTTATATAGCCAGATCACCCCCG-GGAAA---TATC-----TAC-TGTtaggtgatatataatcaggggtgtg
gi|16 : CGGCG---GACCACTCCCATACATATTTTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTATGGC-TAT-TCATTTCTTTTATATCCG--GAAT--AGAATACAG---ATTT-CTGATTTCCCTTTTG-TTG-TGTGTTTT--G----AA---tc
gi|17 : CTTTCTCC-----GG-------------A--------CGTAA----GACT--T-TCCCCCCGGGAA--TA-CTGGCTATATATA-A-------------------------TG-------------AGACCCCC-CCC
gi|18 : TTGTATAGTAGCC-TTTCC-CC------CATGTAT----------A-------------G--------TAC-G----TAGC--T-TTTCCCCTGAAA--AA-ATGGCTA--CATA-G-------------------------TA-------------GTCTTTCC-CCcccgggaagacggctatatataat
gi|19 : TTGTATAGTAGCA-TTTCCACC-T-AGCCATCAT---CC-C--AGAAAATTGTT-----A--------TATAG----TAG---T-TTCCCC
gi|2 : cggtgCCCC-C--GGAAAAATGGTTATATA--------TATAG----TAGA--TCTTCCCGCAG-AA--AG-CCAGCTAT-TTTA-G-------------------------TA-------------GGATTTCC-CTCTTT-TATAGCCTGATGACCCTCACGGAAAACCTAT-AC-TACAC-TGTATA--------------G----------AGTAGATTTTCCTCCCTCTATT--------CATC-C------------------------CGGCC---GATCAT----ATAAACATTCTTTCCATTCT--GATATGAGTCCTTTTCTGGC-TAT-TCATTTCTTTCATATTCTGAAAAT----AA---AGTAAATTT-CTAAATT-CC--TTGATTGCGAT-TTTT--A----AAAC-TA-TTTAT---TCTTTGACAAACA--T-TATTCCATATAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATATACACGTATCTATAATGTA-A--AA--------ACAGGAATATTTC-GTG-----------CTTG--TA----AAA-TAGCAC--CTTT--TTA----GGCA-A-------CTCAGAAGTT----GATAGTTAAA-----AC--AGAT--ATTTGC-C---------------------------------TCTCT-C--CATTCCAT-TTAC-ACACAAA----CTTCAT-A--C---AGAGAG-TG--T-GG-TAAAACTGT---TGATTTCCT--ACA-AATAC--GTGA----AT-----------C---CC-C-GATTCCAg
gi|20 : -T-AGCC---TTTCCC-------A-------------T--------TA-AG----CATC--T-TTCCCCCCGGAA--AA-ATGGCTA--CAT
gi|21 : tataaagATCCT--AAAC--GAAA---AGTTAATTTTCTGAATTCCC--TTGATTG-G
gi|3 : GGGA-ACC-A---AATTG----------TTCCTTC--CATTT-ATGTTAC-ACAAAAATAACCATCAT-GATC---AGATAT-CAATG-AG-TAA----------CAATTTC---ATA---------TTG----ATTTGCGC--TA-A---CCGC-TATTCCTAATTGCCCCTATTAACAATAT-AACTTGGCTTCTCG--CTAGAACATGATTCTTCTCACACACGCA-T-AGCATGAAAA-----GTTTGTC-AT-T-AAAATTTGT--T-AGAG-G-TTTATTGA--GAGGA--A-CCTT-CCTT--ACTGTCATTCGTGTCA---GGTGG-TTAACG-----GT---AA----TATCATTCCAATAT-----TGCCAGGTTATGCCAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAA----T---TATACATAATTCCACAGA------------CA-GTGGAATT-ATC-TGAATCTGACAGCATTGGACAACGGTCATCATAT-TT-ATTTCGCCATTCGAAGAATATTCGCGAGAAA-TTTTGATTTT--ACATGCCACTCCT-AAGCGTTTT
gi|4 : tggtaacCGAGGA-ACC-A---AATTG----------TCTCT-C--CATTTTAT-TTAC-ACAAAAA----CATCAT-A--C---AGATAT-CA--ATAG-TACAA---T---TCAA-------------------TTG----ATT-GC-C--TAAC---CC-T-GATTCCTAATTGCCCCTATTAACAA-TTCAACTTGAGCTTTCG--CTAGA-CATGATTCTTC--ACAC-CGCA-TAAGGA-GAAAGT-------TTTCAAT-T-AAA-----TGTT-AGAG-G-TTA-TTGA--GAGGA--A-CCTT-TCCTTAACTGTT-CTCGTGTCA-TTGGTGGGTTAACA-----G-----G----TATAAT--CG---TAACTATTCCAGGTTGTGC-AACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAAT---T---TATACATATTTCCACAGA-----------------GGAATTTATCTTGAATCTGACAG-A-TGGACAAC-GTCATCATAT-TTTATTC--CCATTCGAAGAATATTT-CGGGAAAATTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCTAAAACGTTTTTAagctacct
gi|5 : TTGTATATCAGCA-TTTCC-TCCT-AGCTATCTTTCCCC-T--GAA-------------AAATAGCTTTATAG----TAGCTTT-TTCCCCC-GAAA--AA-ATGGCTA--TATA-GGTCTCTCCCACGGAAATGTGGCTCTTA-------------AGATTTCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGA-CCCAACGGAAAACC-AACATGTATA-----ATAT--ACC--------GGT--------AGTAGACACTCC-CCCCCCC-CCTTCTTTTCATT-CC-----------GGTCA-CGTATA-GGCG---GATCA---------------TTTTCATTCT--AAAATTAATTCTTTTCTGGC-TTT-TCATTTCTTATATATCCT--AAAT--GG----------ATTT-CTGATTTCCC--TTAGTTG-G---------G----AA---T------------TTTGG-AAA------TATTTCATTCAGTCGA-AT--GT--T-GTAAAACA---ATCATATATTTCG----------TA-AGTAAATGTTAATTCA-AAATATTTC-GTG-----------CATG--TA----AAA-CATCAC--gct
gi|6 : ggtgCCC--TTGATTGAGAT-TTCTCGG----AAAAGCA-TTT---------------ACA--TTCATTCCATTTAGTCAG-CT--GTTGA-GTAAAACAGGTATTATATG---------------TA-A--AA--------TCC-GGCTATTTTTGCGGCAACTCGGACCTTGGTCAGCCTAAA-CAGCACAGCTCTGATTAAAAGGGCAGA-------C--------T----GCCA----AA-AGATACG-TATTTAATTTAT-CGTTCAAATACATT-ATTTAATTG----------TCACG-A--GATTTGAT-TAAC-ACCAAAA----CCCCGTCA--C---AGATACGTG--G-AG-----------------AT-----ACA-GCG----GTTG-----TT-GC-C---A-A---CC-C-GACTCCAAAATTCCGA-AGCAAGGA-ATCAACTCGCTCTCTCGACCCAAG-CA-------TG--GCAC--TCA-TGAGAA-GAAAGT-G-GGATTTTCGATATAAAA-----T--T-AGAGAG-TTT-TCGAACGAGAA--Aaactt
gi|7 : c----AA---TAATTTAT---TAATCAACAAAAAAAC-TAATTC-TTTAGTTGAGAT--GTTATTGTAAA-TA---ATCATAAA---------------T---------------TTA-GAA-------G-G-----------CTT----A----AAATCAGAA----TAT--CTA----GGCA-A----------------------------------AT-CG-GAAT-------T-TGTT-AGTGA-ATCCA---AATTG----------TCTCT-CTTCATTTGAT-TAACAACAAAAA----CTCCAT-A--CACGAGACAC-TG--GCAGTTAAAA---TCGGTTAGATTTTCAATATACTAC--TTTGTTCTATT-GC-CTTTA-CGTGCC-T-GATT-----TT-------CTCACAA-ATCAACTCGCTCTCTCG--CTAG--CCCAA-TCTTA--------TTATTGATTC-GGAAG--------------T-T-AAG-----T--TAAGAG-G-TGT-TTGA--GAGGAACAACCCC-CCTCCACCCCCC-CCCCAATCAGTTGGT-AATTAATGAGATTGTGCCCA----TGTTAT--C-ATATAAcaataaagaatcgcgggcata
gi|8 : -TTCCCCCAGAAA--A--ATGGCTA--TTTA-G-------------------------TA-------------G----CCC-CCC-----------------CCCCCTCGGAAAAATGGTTATATATAG-TAGATGTTCACCCACGTAAAGGTGGCAGTACAGTAGAATTTCC-CCCTTTA-C--------TACTACCTGTATATAAATGGT-A-CGTTTACGGTA---GACCGTCC-----------TTTTC-------------TAG--CTATTC------AT---ATCTTTTAT--ATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-AAGAATTCTC--TTGATTG-G---------G----A-----------T---TATT-GG-AGATAG-T-AATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---
gi|9 : cccgtagacattc--------TCA-GAATATT-----------------------------AAA-CAACGC--ATAT--TTA----AGCA-AATAGAACT--------T----GTTAGTTAAA--GATAT--AAGT--GT--ATGCGTACAGAGA-ATC-AG--AATTGCAGAGCTGTATCTC--C--CATATGAT-TTAC-ACACAAA----CTTCAT-T--T---AGAAAG-TA--G-GG-TAAAA---T---T--AATTCT--ACA-ATT-TAAATT-----ATT-GT-C--TC-C---CC-T-AATTCC-ATTTGCCGCTACCAAAG--ATCAA--------CTCG--CTAGA-T-TGATTCTCC--TGAC-CTTC-TGAGGA-GAAAGT-G-
Alignments
lowQualScore : 111111 99999999999999999999999999999 2222222222 11 666666666666666666666666666666666666666666666 1111 11 6666666666666666666666666 1 88888888888888888888888888888888888 111 222222222222222 111 6666666666666666666666666666666666666666 1111 8888888888888888888888888888888 33333333333333333333333333333 2222 8888888888888888888888888888888888888888 111 222 2222222222 11111 1111 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666666 11111 111111111 1111 11 111 2222222 1 11111111 1111 1 1 11 66666666666666666 1111111 11 44444444 777777777777777777777 1 111 11 1 1 11 1 1
lowQualScore : 6 888888 0 2 22222222222222222222222222222 0000000000 4 7 66 55 00 5 555555555555555555555555555555555555555555555 5 6 1 22 7 3 1111 33 0 8888888888888888888888888 22 0 66666666666666666666666666666666666 1 111 999999999999999 6 99 3 3 1 6 888 5 1 77 77 000 33 5 2 66 0 1111111111111111111111111111111111111111 3 9999 0 5 66 5 888 3333333333333333333333333333333 5 55555555555555555555555555555 5 0 77 1 99 0000 6 5555555555555555555555555555555555555555 0 000 3 6 2 444 0 5 5 333 1111111111 2 88888 2 5 5 1 0000 22222222 0 7777777777777777777777777777777777777777777777 00000 5 5 444444444 666 6 3 333 0 5 55 77 88 77 1 2222 00 5 000 7777777 6 666 66666666 6 6 6 6 0 99 0000 0 6 0 0 1 33 777 44444444444444444 1 9999999 3 4 888 33 33 2 0 0 11111111 44 555555555555555555555 22 3 0 3 9 111 3 00 0 0 33 0 6 7 3 7
lowQualScore : . ...... . . ............................. .......... . . .. .. .. . ............................................. . . . .. . . .... .. . ......................... .. . ................................... . ... ............... . .. . . . . ... . . .. .. ... .. . . .. . ........................................ . .... . . .. . ... ............................... . ............................. . . .. . .. .... . ........................................ . ... . . . ... . . . ... .......... . ..... . . . . .... ........ . .............................................. ..... . . ......... ... . . ... . . .. .. .. .. . .... .. . ... ....... . ... ........ . . . . . .. .... . . . . . .. ... ................. . ....... . . ... .. .. . . . ........ .. ..................... .. . . . . ... . .. . . .. . . . . .
lowQualScore : 7 777777 4 0 00000000000000000000000000000 3333333333 0 4 11 44 66 0 555555555555555555555555555555555555555555555 0 7 0 00 5 2 5555 00 6 5555555555555555555555555 00 0 88888888888888888888888888888888888 0 777 555555555555555 7 22 2 2 0 7 333 2 0 99 99 000 00 7 5 99 9 3333333333333333333333333333333333333333 4 6666 9 0 99 0 888 2222222222222222222222222222222 7 33333333333333333333333333333 7 1 99 0 22 8888 7 8888888888888888888888888888888888888888 3 888 2 7 5 888 2 0 0 888 9999999999 2 11111 5 0 0 0 6666 77777777 3 4444444444444444444444444444444444444444444444 99999 0 0 000000000 000 6 0 777 7 7 11 99 00 77 4 7777 00 7 111 5555555 2 888 88888888 7 7 7 7 7 22 8888 0 5 8 0 0 22 555 55555555555555555 0 2222222 8 2 222 88 55 5 8 2 22222222 22 555555555555555555555 88 5 0 2 8 000 2 22 0 0 88 0 5 3 3 3
consensus : NNTTGTATAGTAGCC-TTTCC-TC-T-AGCCATCTTTCCCC-C--GGA-------------A--------TATAG----TAGC--T-TTCCCCCGGAAA--AA-ATGGCTA--TATA-G-------------------------TA-------------GGATTCCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGACCCCCNCGGAAAACCTATCATGTATAC-TGTATAT--ACC--------GGT--------AGTAGANNCTCC-CCCTCTA-C--------CATT-CC-----------GGT-A-CGTTTACGGCG---GACCATTCCCATACATATTCTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTCTGGC-TAT-TCATTTCTTNTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-CTGAATTCCC--TTGATTG-GAT-TTTT--G----AA---TA-TTT-T---TATTCGGCAAACA--T-CATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATATA---------------TA-A--AA--------TCA-GAATATTTC-GTG-----------CTTG--TA----AAA-CAGCAC--CTNT--TTA----GGCA-A-------C--------T----GCTAGTTAAA-AGATACG-AAAT--ATTTAT-CGTTCGGGGA-ATC-A---AATTG----------TCTCT-C--CATTTGAT-TTAC-ACANAAA----CTTCAT-A--C---AGATAN-CG--G-AG-TAAAA---T---TCAAATTCT--ACA-ACT-C--GTTG----ATT-GC-C--TA-C---CC-C-GATTCCAAATTGCCGCTACTAACGA-ATCAACTCGNTCTCTCG--CTAGA-CACGATTCTTN--ACAC-CTCA-TGAGNA-GAAAGT-G-GGTTTTTCGAT-T-AAA-----T--T-AGAG-G-TTT-TCGA--GAGGA--AACCTT-CCCCCAACTGTC-CTCGNGTCA-TTGGTGGATTAACG-----GTG--CG----TATNAT--CGATATAACTATTCCAGGTCGTGCCAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAAT---T---TATACATANTTCCACAGA------------CA-GTGGAATT-ATCTTGAATCTGACAG-A-TGGACAAC-GTCATCATAT-TT-ATTC--CCATTCGAAGAATATTC-CGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCTAAAACGTTTTTA
Reference ( family-4498 ) : NNTTGTATAGTAGCC-TTTCC-TC-T-AGCCATCTTTCCCC-C--GGA-------------A--------TATAG----TAGC--T-TTCCCCCGGAAA--AA-ATGGCTA--TATA-G-------------------------TA-------------GGATTCCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGACCCCCNCGGAAAACCTATCATGTATAC-TGTATAT--ACC--------GGT--------AGTAGANNCTCC-CCCTCTA-C--------CATT-CC-----------GGT-A-CGTTTACGGCG---GACCATTCCCATACATATTCTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTCTGGC-TAT-TCATTTCTTNTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-CTGAATTCCC--TTGATTG-GAT-TTTT--G----AA---TA-TTT-T---TATTCGGCAAACA--T-CATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATATA---------------TA-A--AA--------TCA-GAATATTTC-GTG-----------CTTG--TA----AAA-CAGCAC--CTNT--TTA----GGCA-A-------C--------T----GCTAGTTAAA-AGATACG-AAAT--ATTTAT-CGTTCGGGGA-ATC-A---AATTG----------TCTCT-C--CATTTGAT-TTAC-ACANAAA----CTTCAT-A--C---AGATAN-CG--G-AG-TAAAA---T---TCAAATTCT--ACA-ACT-C--GTTG----ATT-GC-C--TA-C---CC-C-GATTCCAAATTGCCGCTACTAACGA-ATCAACTCGNTCTCTCG--CTAGA-CACGATTCTTN--ACAC-CTCA-TGAGNA-GAAAGT-G-GGTTTTTCGAT-T-AAA-----T--T-AGAG-G-TTT-TCGA--GAGGA--AACCTT-CCCCCAACTGTC-CTCGNGTCA-TTGGTGGATTAACG-----GTG--CG----TATNAT--CGATATAACTATTCCAGGTCGTGCCAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAAT---T---TATACATANTTCCACAGA------------CA-GTGGAATT-ATCTTGAATCTGACAG-A-TGGACAAC-GTCATCATAT-TT-ATTC--CCATTCGAAGAATATTC-CGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCTAAAACGTTTTTA
gi|1 : TTGTATAGTAGCC-TTTCC-TC-CCAACCATCTTTCCCC-CC-GAA-------------A--------TATAG----TA-C--T-TTCCCCCGGAAA--AA-ATGGCTA--TATA-G-------------------------CA-------------GGAT-CCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGACTCCCATGGAAATCCTATTATGTATACATGTATAT--ACC--------GGT--------AGTAGAAACACC-CCCTCT-----------CATT-CC-----------GGT-AACGTTTACAGCG---GACCATTCCTGTACATATGCTTTCCATTCT--GAAATTAGGCTTTTCCTAGC-TAT-T-ATTT--TCTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-CTGAATCCCC--TTGATTT---T-TTTT--A----AA---TA-TTTCT---TATCCAGCAAACA--T-CATATCAGTCAGTCGG-AT--GTTAT-GTAGAACA---ATCA---A----------------A-A--AA--------TCA-GAATATTTC-GTC-----------CTTG--TA----AAA-CAGCAC--CTTT--TTA----GGCA-A----------------T----GCTAGTTAAATAGATACGCAAGT--ATTTAT-CGTACGGGGA-ATC-AC--AATTG----------TC-------CATTTGAT-TTAC-ACACAAA----CTTCAT-A--C---AAATAG-TG--G-AG-TAAAA---T---TCAAACTCT--ACA-ACT-CT-GTTG----ATT-GC-C--TA-C---CC-C-GATTCCAAATTACCGCTACTAAGGA-ATCAACTCGACCTCTCA--CTAGA-CACGATTCTTA--ACAC-CTCA-TGTGCA-GAAAGTAG-GGTTTTTC-AT-C-AAA-----T--T-AGAG-G-TTT-TTAG--CAGGA--AACCTTCCCCCCAGCTGTT-CTCGGGACA-TTGGTAGATGAATT-----GTG--TGAACCTATTGT--CGATATAACTATTCCAGGCAGTG-CAACTC--CTAACTGC-----CA------------------ATACAT-CTTC---------------------GT----TT-A-CATGAATCTGACAA-A-TAGACA----TCATCATAT-TT-ATTC--CCATTCGAAGAATATTC-TGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCCAAAACTTCTTTA
gi|10 : ttTTGTATATTAGCC-CTTCT-T----AGCAAACTTCCCCCACAGGGA-------------AATTGGC--TATAG----T--T--T-TTCACAACGAAA--AT-ATGGCTA--TATA-G-------------------------TAAATATTTCCCCACGGATTTTCACCCTTT-TATAGCCAGACATCCCCCTC--CAACCCTATCtagctcg
gi|11 : tgTTACAGCGAACGACC-TTCCCATTCATGTTCCTTC-ATTCTCTGAAAT--ATCCCTTTCTTGCCTACATCATAGATTTTATATCAT--AGACCAGAAG---AGTTAATTT-CCAAATT-------GGT---AAT-TTTT--GGGGGAA---TA-TTT-TAATCATGCAACAAATAAGT-CATT-CATTCAGT-AA-ATTGGTTAT-GTAAAACG---ATCAtcctcttttcattccggttacgtttcggattctgaaatcaatt
gi|12 : -T---TATTCAGCAAGCA--T-CATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-ATAAAACA---ATCATATA---------------CAGG--AA--------TCA-GAATATTTT-GTG-----------CTTG--AA----AAA-CAGC-T--CTTT--CTAG---GGCA-A-------C--------TCAGAATTTGTTAAACAGAT----AAAC--ATTTAT-CTTTCGGGGA-ATC-AG--AATTG----------TCTCT-CTTCATTTGAT-TTAC-ACACAAA----CT
gi|13 : ATAAT--TG---TGACTATTCCAGGTCGTTCC---TCGTCCAGCTGTATTGTCAGTACTTTAATACATAAGTACACAAAGTTT-ACAAAATTTATCCTCTTCAAGTGAATTT-ATCTTTAATTTGACAG-A-TAGACAAC-ATCATCATATCTT-ATTC--CCATTTGAAGAATATTC-TTGAAAAGTTTTG
gi|14 : CT-A--GTTA----ATT-GC-C--TA-C---CT-CTGATTCCAAATTGCCACCGCTAACAA-ATCACCTCGCTCTCTCA--CCAGG-CATGATTCTTA--ACAC-GTCA-TGAG---GAAAGT-GAGATTTTTCAAT-T-AGA-----T--T-GGGG-GCTTT-TCGA--AGGGA--AA
gi|15 : cagtttTAGTAGCCATTTGC-TT-T-GACTATC---CCCC-CA-GGA-------------AACTGAC--TATAGATGATAGGA-T-TTCCT--GGACAGTAACACGGCTA--TATAAG-------------------------CA-------------GG---CTC-CCCTTTATATAGCCAGATCACCCCCG-GGAAA---TATC-----TAC-TGTtaggtgatatataatcaggggtgtg
gi|16 : CGGCG---GACCACTCCCATACATATTTTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTATGGC-TAT-TCATTTCTTTTATATCCG--GAAT--AGAATACAG---ATTT-CTGATTTCCCTTTTG-TTG-TGTGTTTT--G----AA---tc
gi|17 : CTTTCTCC-----GG-------------A--------CGTAA----GACT--T-TCCCCCCGGGAA--TA-CTGGCTATATATA-A-------------------------TG-------------AGACCCCC-CCC
gi|18 : TTGTATAGTAGCC-TTTCC-CC------CATGTAT----------A-------------G--------TAC-G----TAGC--T-TTTCCCCTGAAA--AA-ATGGCTA--CATA-G-------------------------TA-------------GTCTTTCC-CCcccgggaagacggctatatataat
gi|19 : TTGTATAGTAGCA-TTTCCACC-T-AGCCATCAT---CC-C--AGAAAATTGTT-----A--------TATAG----TAG---T-TTCCCC
gi|2 : cggtgCCCC-C--GGAAAAATGGTTATATA--------TATAG----TAGA--TCTTCCCGCAG-AA--AG-CCAGCTAT-TTTA-G-------------------------TA-------------GGATTTCC-CTCTTT-TATAGCCTGATGACCCTCACGGAAAACCTAT-AC-TACAC-TGTATA--------------G----------AGTAGATTTTCCTCCCTCTATT--------CATC-C------------------------CGGCC---GATCAT----ATAAACATTCTTTCCATTCT--GATATGAGTCCTTTTCTGGC-TAT-TCATTTCTTTCATATTCTGAAAAT----AA---AGTAAATTT-CTAAATT-CC--TTGATTGCGAT-TTTT--A----AAAC-TA-TTTAT---TCTTTGACAAACA--T-TATTCCATATAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATATACACGTATCTATAATGTA-A--AA--------ACAGGAATATTTC-GTG-----------CTTG--TA----AAA-TAGCAC--CTTT--TTA----GGCA-A-------CTCAGAAGTT----GATAGTTAAA-----AC--AGAT--ATTTGC-C---------------------------------TCTCT-C--CATTCCAT-TTAC-ACACAAA----CTTCAT-A--C---AGAGAG-TG--T-GG-TAAAACTGT---TGATTTCCT--ACA-AATAC--GTGA----AT-----------C---CC-C-GATTCCAg
gi|20 : -T-AGCC---TTTCCC-------A-------------T--------TA-AG----CATC--T-TTCCCCCCGGAA--AA-ATGGCTA--CAT
gi|21 : tataaagATCCT--AAAC--GAAA---AGTTAATTTTCTGAATTCCC--TTGATTG-G
gi|3 : GGGA-ACC-A---AATTG----------TTCCTTC--CATTT-ATGTTAC-ACAAAAATAACCATCAT-GATC---AGATAT-CAATG-AG-TAA----------CAATTTC---ATA---------TTG----ATTTGCGC--TA-A---CCGC-TATTCCTAATTGCCCCTATTAACAATAT-AACTTGGCTTCTCG--CTAGAACATGATTCTTCTCACACACGCA-T-AGCATGAAAA-----GTTTGTC-AT-T-AAAATTTGT--T-AGAG-G-TTTATTGA--GAGGA--A-CCTT-CCTT--ACTGTCATTCGTGTCA---GGTGG-TTAACG-----GTA---A----TATCATTCCAATAT-----TGCCAGGTTATGCCAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAA----T---TATACATAATTCCACAGA------------CA-GTGGAATT-ATC-TGAATCTGACAGCATTGGACAACGGTCATCATAT-TT-ATTTCGCCATTCGAAGAATATTCGCGAGAAA-TTTTGATTTT--ACATGCCACTCCT-AAGCGTTTT
gi|4 : tggtaacCGAGGA-ACC-A---AATTG----------TCTCT-C--CATTTTAT-TTAC-ACAAAAA----CATCAT-A--C---AGATAT-CA--ATAG-TACAA---T---TCAA-------------------TTG----ATT-GC-C--TAAC---CC-T-GATTCCTAATTGCCCCTATTAACAA-TTCAACTTGAGCTTTCG--CTAGA-CATGATTCTTC--ACAC-CGCA-TAAGGA-GAAAGT-------TTTCAAT-T-AAA-----TGTT-AGAG-G-TTA-TTGA--GAGGA--A-CCTT-TCCTTAACTGTT-CTCGTGTCA-TTGGTGGGTTAACA-----G-----G----TATAAT--CG---TAACTATTCCAGGTTGTGC-AACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAAT---T---TATACATATTTCCACAGA-----------------GGAATTTATCTTGAATCTGACAG-A-TGGACAAC-GTCATCATAT-TTTATTC--CCATTCGAAGAATATTT-CGGGAAAATTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCTAAAACGTTTTTAagctacct
gi|5 : TTGTATATCAGCA-TTTCC-TCCT-AGCTATCTTTCCCC-T--GAA-------------AAATAGCTTTATAG----TAGCTTT-TTCCCCC-GAAA--AA-ATGGCTA--TATA-GGTCTCTCCCACGGAAATGTGGCTCTTA-------------AGATTTCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGA-CCCAACGGAAAACC-AACATGTATA-----ATAT--ACC--------GGT--------AGTAGACACTCC-CCCCCCC-CCTTCTTTTCATT-CC-----------GGTCA-CGTATA-GGCG---GATCA---------------TTTTCATTCT--AAAATTAATTCTTTTCTGGC-TTT-TCATTTCTTATATATCCT--AAAT--GG----------ATTT-CTGATTTCCC--TTAGTTG-G---------G----AA---T------------TTTGG-AAA------TATTTCATTCAGTCGA-AT--GT--T-GTAAAACA---ATCATATATTTCG----------TA-AGTAAATGTTAATTCA-AAATATTTC-GTG-----------CATG--TA----AAA-CATCAC--gct
gi|6 : ggtgCCC--TTGATTGAGAT-TTCTCGG----AAAAGCA-TTT---------------ACA--TTCATTCCATTTAGTCAG-CT--GTTGA-GTAAAACAGGTATTATATG---------------TA-A--AA--------TCC-GGCTATTTTTGCGGCAACTCGGACCTTGGTCAGCCTAAA-CAGCACAGCTCTGATTAAAAGGGCAGA-------C--------T----GCCA----AA-AGATACG-TATTTAATTTAT-CGTTCAAATACATT-ATTTAATTG----------TCACG-A--GATTTGAT-TAAC-ACCAAAA----CCCCGTCA--C---AGATACGTG--G-AG-----------------AT-----ACA-GCG----GTTG-----TT-GC-C---A-A---CC-C-GACTCCAAAATTCCGA-AGCAAGGA-ATCAACTCGCTCTCTCGACCCAAG-CA-------TG--GCAC--TCA-TGAGAA-GAAAGT-G-GGATTTTCGATATAAAA-----T--T-AGAGAG-TTT-TCGAACGAGAA--Aaactt
gi|7 : c----AA---TAATTTAT---TAATCAACAAAAAAAC-TAATTC-TTTAGTTGAGAT--GTTATTGTAAA-TA---ATCATAAA---------------T---------------TTA-GAA-------G-G-----------CTT----A----AAATCAGAA----TAT--CTA----GGCA-A----------------------------------AT-CG-GAAT-------T-TGTT-AGTGA-ATCCA---AATTG----------TCTCT-CTTCATTTGAT-TAACAACAAAAA----CTCCAT-A--CACGAGACAC-TG--GCAGTTAAAA---TCGGTTAGATTTTCAATATACTAC--TTTGTTCTATT-GC-CTTTA-CGTGCC-T-GATT-----TT-------CTCACAA-ATCAACTCGCTCTCTCG--CTAG--CCCAA-TCTTA--------TTATTGATTC-GGAAG--------------T-T-AAG-----T--TAAGAG-G-TGT-TTGA--GAGGAACAACCCC-CCTCCACCCCCC-CCCCAATCAGTTGGT-AATTAATGAGATTGTGCCCA----TGTTAT--C-ATATAAcaataaagaatcgcgggcata
gi|8 : -TTCCCCCAGAAA--A--ATGGCTA--TTTA-G-------------------------TA-------------G----CCC-CCC-----------------CCCCCTCGGAAAAATGGTTATATATAG-TAGATGTTCACCCACGTAAAGGTGGCAGTACAGTAGAATTTCC-CCCTTTA-C--------TACTACCTGTATATAAATGGT-A-CGTTTACGGTA---GACCGTCC-----------TTTTC-------------TAG--CTATTC------AT---ATCTTTTAT--ATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-AAGAATTCTC--TTGATTG-G---------G----A-----------T---TATT-GG-AGATAG-T-AATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---
gi|9 : cccgtagacattc--------TCA-GAATATT-----------------------------AAA-CAACGC--ATAT--TTA----AGCA-AATAGAACT--------T----GTTAGTTAAA--GATAT--AAGT--GT--ATGCGTACAGAGA-ATC-AG--AATTGCAGAGCTGTATCTC--C--CATATGAT-TTAC-ACACAAA----CTTCAT-T--T---AGAAAG-TA--G-GG-TAAAA---T---T--AATTCT--ACA-ATT-TAAATT-----ATT-GT-C--TC-C---CC-T-AATTCC-ATTTGCCGCTACCAAAG--ATCAA--------CTCG--CTAGA-T-TGATTCTCC--TGAC-CTTC-TGAGGA-GAAAGT-G-
blockSeqs : A ACCT C CGGAAAAATGGTTATATA ATGATAGGA C C GT AC TA A GTCTCTCCCACGGAAATGTGGCTCTTAAGATT A A A TC C T CATG C TTCACCCACGTAAAGGTGGCAGTAC TT T ACTACTACCTGTATATAAATGGTA T AAC ACTCCCATACATATT C CT T T T C ATC A T GA CA TAC TT T C TT AATTTTTGGGGGAATATTTTAATCATGCAAC T AGT G TG T GGT CACGTATCTATAATGTAAAA G TTTGCGGCAACTCGGACCTTGGTCAGCCT T AG T GA AAAG G ATAGAACTTGTTAGTTAAAGATAT TAA T G T TCG C C TTT CAGAGCTGTA T TCTT G G A C TAAC ACACG CTGGCAGTTAAAATCGGTTAGATTTTCAATATACTACT GTTCT T G TTTACGTG CT A G ACC T CT AC AA AT T CTCA AC T CAT TGAGAT A ATA ATTTGT A A C A AC ACAA . T A T GT GGG GAGATTGTGCCCA A TCCAATA G C CCA GT AT G TACATAAG AG ACAAAATTTATCCTCTTCAA GA T T T T CAT A GG C T CG G G T C A
blockSeqs : . TCCT T ACAGGGAAATTGGC TAGCTT . G . T T . TAAATATTTCCCCACGGATT . . C AC A T TATA C TACCGGT CA . CCCTTCTTTTCATTCCGGTCA A . TTCCCATTCATGTT C . G T G . TC C T . . . TA . C . CGATTTTTAAAACTATTTATTCTTTGAC C AAC . . . . TTTCGTAAGTAAATGTTAAT . TTGTGCTTGAA . . T . G . CTCAGAAGTTGATAGTTAAAAC A T . G TCA . . G . T TCTT C . . C . GATC GTGTGGTAAAACTGTTGATTTCCTACAAATACG A . . TAAC GC A G CCT . GC . G AT T AA G . GA TGGGA A T TGT . . . . . AA . C . T T GG GGTAA C CATA A T CC . AC G TT AA CACAGACA GG A . T T A A A . . . . A . . .
blockSeqs : . TTT T CAGAAAATTGTTA GACT . G . A . . TGAGACC . . G AC A T AC G G AT . ATTCATCC T . ATATAAACATT C . T T G . TC C T . . . TT . C . AGATTTCTCGGAAAAGCATTT C TT . . . . CAGGAA . TCGTGCTTGTA . . C . . . CTCAGAATTTGTTAAACAGAT A T . G ACA . . G . C TTC T . . A . CAC GTAGGGTAAAATTAATTCTACAATTTAAA A . . TAC C T G CCT . AG . A AT T CA C . AA GT G T T . . . . . A . . . A . AA AGG A TG A T CA . AC G T AT CACAGA GG A . T . A A G . . . . .
blockSeqs : . CC T TGAAAAATAGCTT TAGC . T . A . . TAGTCTT . . G TC A G C . . . GTCC . . T T G . TC C A . . . TT . C . GGAATTTTGG C GT . . . . TAAAA . TCGTGCATGTA . . A . . . CTGCCAAAAGATACG G . . G TA . . . . T TC G . . A . AC TCAATGAGTAACAATTTCATA G . . TAA T T T GCT . CT . G CC T GG C . TC T . T T . . . . . A T CG .
blockSeqs : . T T CAGGAAACTGAC TAGA . A . G . . TAGGATT . . . G . . . A . . . . . . . T A . . . . . C . GGATTATTGG A T . . . . T . GGCTTA . . A . . . ATCG . . . . . . . . . A TC G . . A . AC TCAATAGTACAATTCAA G . . TCC C A G GA . CT . A A . CT . . GA . . T T . . . . .
blockSeqs : . GGA CATC . C . A . . CAGG . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . T GA G . . A . TT CGTGGAGATACAGCGG G . . AA T . . . . . . . T . A . . .
blockSeqs : . AG TAG . A . A . . TAG . . . . . . . . . . . . . T C . . . C . . . . C T .
blockSeqs : AT TT . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : CGGGAAATTGC****************** TAGN****** TAGGATT************************************** C* ATTCCATACGTT*** TC* GGATTTTTGGGGAATATTTCCTG***************** T*** TAAAA************************** NTCAGAATTGTTAAAAAT********************** *** TC*** NCGGGGTAAAATTAATTTACAATTTACG****************** T****** AA** CTG****
originalCons : NNTTGTATAGTAGCC-TTTCC-TC-T-AGCCATCTTTCCCC-C--GGA-------------A--------TATAG----TAGC--T-TTCCCCCGGAAA--AA-ATGGCTA--TATA-G-------------------------TA-------------GGATTCCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGACCCCCNCGGAAAACCTATCATGTATAC-TGTATAT--ACC--------GGT--------AGTAGANNCTCC-CCCTCTA-C--------CATT-CC-----------GGT-A-CGTTTACGGCG---GACCATTCCCATACATATTCTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTCTGGC-TAT-TCATTTCTTNTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-CTGAATTCCC--TTGATTG-GAT-TTTT--G----AA---TA-TTT-T---TATTCGGCAAACA--T-CATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATATA---------------TA-A--AA--------TCA-GAATATTTC-GTG-----------CTTG--TA----AAA-CAGCAC--CTNT--TTA----GGCA-A-------C--------T----GCTAGTTAAA-AGATACG-AAAT--ATTTAT-CGTTCGGGGA-ATC-A---AATTG----------TCTCT-C--CATTTGAT-TTAC-ACANAAA----CTTCAT-A--C---AGATAN-CG--G-AG-TAAAA---T---TCAAATTCT--ACA-ACT-C--GTTG----ATT-GC-C--TA-C---CC-C-GATTCCAAATTGCCGCTACTAACGA-ATCAACTCGNTCTCTCG--CTAGA-CACGATTCTTN--ACAC-CTCA-TGAGNA-GAAAGT-G-GGTTTTTCGAT-T-AAA-----T--T-AGAG-G-TTT-TCGA--GAGGA--AACCTT-CCCCCAACTGTC-CTCGNGTCA-TTGGTGGATTAACG-----GTG--CG----TATNAT--CGATATAACTATTCCAGGTCGTGCCAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAAT---T---TATACATANTTCCACAGA------------CA-GTGGAATT-ATCTTGAATCTGACAG-A-TGGACAAC-GTCATCATAT-TT-ATTC--CCATTCGAAGAATATTC-CGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCTAAAACGTTTTTA
finalCons : NNTTGTATAGTAGCC-TTTCC-TC-T-AGCCATCTTTCCCCCGGGAAATTGC------------------TATAGTAGN------T-TTCCCCCGGAAA--AA-ATGGCTA--TATA-GTAGGATT--------------------------------------CCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGACCCCCNCGGAAAACCTATCATGTATAC-TGTATAT--ACC--------GGT--------AGTAGANNCTCC-CCCTCTA-C--------CATT-CC-----------GGT-A-CGTTTACGGCG---GACCATTCCATACGTT---CTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTCTGGC-TATTC-ATTTCTTNTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-CTGAATTCCC--TTGATTGGGATTTTTGGGGAATATTTCCTG-----------------AAACAT---CATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATATATAAAA--------------------------TCA-GAATATTTC-GTG-----------CTTG--TA----AAA-CAGCAC--CTNT--TTA----GGCA-ANTCAGAATTGTTAAAAAT----------------------AAAT--ATTTAT-CGTTCGGGGA-ATC-A---AATTG----------TCTCTC---CATTTGAT-TTAC-ACANAAA----CTTCAT-A--C---AGATANCGGGGTAAAATTAATTTACAATTTACG------------------TTG----ATT-GC-C--TA-C---CC-C-GATTCCAAATTGCCGCTACTAACGA-ATCAACTCGNTCTCTCG--CTAGA-CACGATTCTTN--ACAC-CTCA-TGAGNA-GAAAGT------TTTTCGAT-T-AAA-----T--T-AGAG-G-TTT-TCGA--GAGGAAA--CCTT-CCCCCAACTGTC-CTCGNGTCA-TTGGTGGATTAACG-----GTG--CG----TATNATCTG----TAACTATTCCAGGTCGTGCCAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAAT---T---TATACATANTTCCACAGA------------CA-GTGGAATT-ATCTTGAATCTGACAG-A-TGGACAAC-GTCATCATAT-TT-ATTC--CCATTCGAAGAATATTC-CGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCTAAAACGTTTTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 4444444444444444444444444444444444 111111 666666666666666666666666666666666666666666666 1111 11 6666666666666666666666666 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 11111111111111111111111111111111111111111111 8888888888888888888888888888888 33333333333333333333333333333 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222222 11 1111 1111 111 777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 111111111 111 11111111111111111 11111111 1 1 11 66666666666666666 33333 1 1 11 44444444 8888888888888888888888888888 111 11 111 11 1 1
lowQualScore : 5 5555555 0 777 4 666666 4 2 3333333333333333333333333333333333 4 4 444444 66 4 4 555555555555555555555555555555555555555555555 5 6 1 22 7 3 1111 33 0 8888888888888888888888888 22 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 99 7 6 6 2 1 77 77 000 33 5 2 6 77777777777777777777777777777777777777777777 0 5 66 5 888 3333333333333333333333333333333 5 55555555555555555555555555555 5 0 77 1 99 6 1 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666666666 2 3 33 2 5 5 1 0000 0000 000 0 222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333 5 555555555 5 6 3 333 44 5 55 77 88 77 1 77 44 66 5 1 77 000 99999999999999999 666 66666666 6 6 6 6 0 99 99 0 0 6 0 0 1 33 777 44444444444444444 1 11111 2 0 4 5 3 33 33 2 0 0 11111111 44 2222222222222222222222222222 3 9 111 3 00 111 33 0 6 7 3 7
lowQualScore : . ....... . ... . ...... . . .................................. . . ...... .. . . ............................................. . . . .. . . .... .. . ......................... .. . ......................................................................... .. .. . . . . . .. .. ... .. . . . ............................................ . . .. . ... ............................... . ............................. . . .. . .. . . . ................................................................. .......... . . .. . . . . .... .... ... . ................................................ ....... . ......... . . . ... .. . .. .. .. .. . .. .. .. . . .. ... ................. ... ........ . . . . . .. .. . . . . . . .. ... ................. . ..... . . . . . .. .. . . . ........ .. ............................ . . ... . .. ... .. . . . . .
lowQualScore : 7 6666666 4 444 4 999999 4 1 9999999999999999999999999999999999 0 7 333333 11 4 4 555555555555555555555555555555555555555555555 0 7 0 00 5 2 5555 00 6 5555555555555555555555555 00 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 22 2 7 7 5 0 99 99 000 00 7 5 6 44444444444444444444444444444444444444444444 9 0 99 0 888 2222222222222222222222222222222 7 33333333333333333333333333333 7 1 99 0 22 7 0 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9999999999 2 1 88 5 0 0 0 6666 4444 000 3 777777777777777777777777777777777777777777777777 0000000 0 999999999 0 6 0 777 77 7 11 99 00 77 4 99 99 44 7 0 99 000 22222222222222222 888 88888888 7 7 7 7 7 22 22 8 0 5 8 0 0 22 555 55555555555555555 0 22222 5 0 2 0 2 88 55 5 8 2 22222222 22 0000000000000000000000000000 2 8 000 2 22 000 88 0 5 3 3 3
consensus : NNTTGTATAGTAGCC-TTTCC-C-C-T-AGCCATCTTTCCCC-C-GGG--AA-ATTG-C--T-------ATA-G----TAG--N-------T-TTCCCCCGGAAA--AA-ACGGCTA--TAT-A-G-------------------------TA-------------GGATTCCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGACCCCCNCGGAAAACCTATCATGTATAC-TGTATAT--ACC--------GGT--------AGTAGANNCTCC-CCCTCTACC-------CATT-CC-----------GGT-A-CGTTTACGGCG---GACCATTCC---AT--A--CGT--TCTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTCTGGC-TAT-TCATTTCTTTTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-CTGAATTCCCTTGATTGGGATTTTTGGGG-AA-----TATTT----C-TG------AAACA------T-CATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATATA---------------TA-A--AA--------TCA-GAATATTTC-GTG-----------CTTG--TA----AAA-CAGCAC--CTNT--TTA-GGCAANTCAGAA-TT-----GTTA---A--A--G-ATA----NATATTTA-----T-CGT-CGGGGA-ATC-A---AATTG----------TCTCTC--CATTTGAT-TTACA-CANAAA----CTTCAT-A--CA---GATANCGG--GGTAAAA---T----T--A-ATT---TACAAT---TT-ACG-TTG----A-TTGC-CT--A-C---CCC-GATTCCAAATTGCCGCTACTAACGAAT-CAACTCGNTCTCTCG--CTAG-ACACGATTCT--TNACAC-CTCA-TGAGNA--GA---AA-----GT----TTTTCGAT-T-AAA-----T--T-AGAG-G-TTT-TCGA--GAGGA--AACCTT-CCCCCAACTGTC-CTCGNGTCA-TTGGTGGATTAACG-----GTG--CG----TATNATC--TGTAACTATT-CCAGGTCGTGCCAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAAT---T---TATACATANTTCCACAGA------------CA-GTGGAA-TTATCTTGAATCTGACAG-A-TGGACAAC-GTCATCATA-T-TTATTC--CCATTCGAAGAATATTC-CGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCTAAAACGTTTTTA
Reference ( family-4498 ) : NNTTGTATAGTAGCC-TTTCC-T-C-T-AGCCATCTTTCCCC-C-GGG--AA-ATTG-C--T-------ATA-G----TAG--N-------T-TTCCCCCGGAAA--AA-ATGGCTA--TAT-A-G-------------------------TA-------------GGATTCCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGACCCCCNCGGAAAACCTATCATGTATAC-TGTATAT--ACC--------GGT--------AGTAGANNCTCC-CCCTCTAC--------CATT-CC-----------GGT-A-CGTTTACGGCG---GACCATTCC---AT--A--CGT--TCTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTCTGGC-TAT-TCATTTCTTNTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-CTGAATTCCCTTGATTGGGATTTTTGGGG-AA-----TATTT----CCTG------AAACA------T-CATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATATA---------------TA-A--AA--------TCA-GAATATTTC-GTG-----------CTTG--TA----AAA-CAGCAC--CTNT--TTA-GGCAANTCAGAA-TT-----GTTA---A--A--A-ATA----AATATTTA-----T-CGTTCGGGGA-ATC-A---AATTG----------TCTCTC--CATTTGAT-TTACA-CANAAA----CTTCAT-A--CA---GATANCGG--GGTAAAA---T----T--A-ATT---TACAAT---TT-ACG-TTG----A-TTGC-CT--A-C---CCC-GATTCCAAATTGCCGCTACTAACGAAT-CAACTCGNTCTCTCG--CTAG-ACACGATTCT--TNACAC-CTCA-TGAGNA--GA---AA-----GT----TTTTCGAT-T-AAA-----T--T-AGAG-G-TTT-TCGA--GAGGA--AACCTT-CCCCCAACTGTC-CTCGNGTCA-TTGGTGGATTAACG-----GTG--CG----TATNATC--TGTAACTATT-CCAGGTCGTGCCAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAAT---T---TATACATANTTCCACAGA------------CA-GTGGAA-TTATCTTGAATCTGACAG-A-TGGACAAC-GTCATCATA-T-TTATTC--CCATTCGAAGAATATTC-CGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCTAAAACGTTTTTA
gi|1 : TTGTATAGTAGCC-TTTCC-T-C-CCAACCATCTTTCCCC-C-CGA--AA---------T-------ATA-G----TA---C-------T-TTCCCCCGGAAA--AA-ATGGCTA--TAT-A-G-------------------------CA-------------GGAT-CCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGACTCCCATGGAAATCCTATTATGTATACATGTATAT--ACC--------GGT--------AGTAGAAACACC-CCCTCT----------CATT-CC-----------GGT-AACGTTTACAGCG---GACCATTCCTGTAC--A--TAT--GCTTTCCATTCT--GAAATTAGGCTTTTCCTAGC-TAT-T-ATTT--TCTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-CTGAATCCCCTTGATTT---TTTTTA----AA-----TATTT----CTTATCCAGCAAACA------T-CATATCAGTCAGTCGG-AT--GTTAT-GTAGAACA---ATCA---A----------------A-A--AA--------TCA-GAATATTTC-GTC-----------CTTG--TA----AAA-CAGCAC--CTTT--TTA-GGCAATGC-----TA-----GTTA---A--ATAG-ATACGCAAGTATTTA-----T-CGTACGGGGA-ATC-AC--AATTG----------TC------CATTTGAT-TTACA-CACAAA----CTTCAT-A--CA---AATAGTGG--AGTAAAA---T----TCAA-ACTC--TACAAC---TC--TG-TTG----A-TTGC-CT--A-C---CCC-GATTCCAAATTACCGCTACTAAGGAAT-CAACTCGACCTCTCA--CTAG-ACACGATTCT--TAACAC-CTCA-TGTGCA--GA---AAGTAGGGT----TTTTC-AT-C-AAA-----T--T-AGAG-G-TTT-TTAG--CAGGA--AACCTTCCCCCCAGCTGTT-CTCGGGACA-TTGGTAGATGAATT-----GTG--TGAACCTATTGTCGATATAACTATT-CCAGGCAGTG-CAACTC--CTAACTGC-----CA------------------ATACAT-CTTC---------------------GT-----TTA-CATGAATCTGACAA-A-TAGACA----TCATCATA-T-TTATTC--CCATTCGAAGAATATTC-TGGGAAAGTTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCCAAAACTTCTTTA
gi|10 : ttTTGTATATTAGCC-CTTCT-T-----AGCAAACTTCCCCCACAGGG--AA-ATTGGC--T-------ATA-G----T----T-------T-TTCACAACGAAA--AT-ATGGCTA--TAT-A-G-------------------------TAAATATTTCCCCACGGATTTTCACCCTTT-TATAGCCAGACATCCCCCTC--CAACCCTATCtagctcg
gi|11 : tgTTACAGCGAACGACCTTCCC---ATTCA--TGT--TCCTTC-ATTCTCTGAAAT--ATCCCTTTCTTGCCTACATCATAGATTTTATATCAT--AGACCAGAAG---AGTTAATTT-CCAAATT-----GGT---AATTTTTGGGGGAA-----TATTTTAATCATG------CAACAAATAAGT-CATT-CATTCAGT-AA-ATTGGTTAT-GTAAAACG---ATCAtcctcttttcattccggttacgtttcggattctgaaatcaatt
gi|12 : ------AAGCA------T-CATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-ATAAAACA---ATCATATA---------------CAGG--AA--------TCA-GAATATTTT-GTG-----------CTTG--AA----AAA-CAGC-T--CTTT--CTAGGGCAACTCAGAATTT-----GTTA---AACA--G-ATA----AACATTTA-----T-CTTTCGGGGA-ATC-AG--AATTG----------TCTCTCTTCATTTGAT-TTACA-CACAAA----CT
gi|13 : ttattcagcATAAT---TGTGACTATT-CCAGGTCGTTCC---TCGTCCAGCTGTATTGTCAGTACTTTAATACATAAGTACACAAAGTTT-ACAAAATTTATCCTCTTCAAGTGAAT-TTATCTTTAATTTGACAG-A-TAGACAAC-ATCATCATA-TCTTATTC--CCATTTGAAGAATATTC-TTGAAAAGTTTTG
gi|14 : G-TTA----A-TTGC-CT--A-C---CTCTGATTCCAAATTGCCACCGCTAACAAAT-CACCTCGCTCTCTCA--CCAG-GCATGATTCT--TAACAC-GTCA-TGAGGA--AAGTGAG-----AT----TTTTCAAT-T-AGA-----T--T-GGGG-GCTTT-TCGA--AGGGA--AA
gi|15 : cagtttctaTAGTAGCCATTTGC-T-T-T-GACTATC---CCCC-C-AGG--AA-ACTGAC--T-------ATA-GATGATAG--GA------T-TTCCT--GGACAGTAACACGGCTA--TAT-AAG-------------------------CA-------------GG---CTC-CCCTTTATATAGCCAGATCACCCCCG-GGAAA---TATC-----TAC-TGTtaggtgatatataatcaggggtgtg
gi|16 : CGGCG---GACCACTCCC--AT--A--CATATTTTTTCCATTCT--GAAATTAGTCCTTTTATGGC-TAT-TCATTTCTTTTATATCCG--GAAT--AGAATACAG---ATTT-CTGATTTCCCTTtc
gi|17 : -------T-TCCCCCCGGGAA--TA-CTGGCTATATAT-A-A-------------------------TG-------------AGACCCCC-CCCttgttgtgtgttttgaa
gi|17 : ctttctccggacgtaagactTTCCCCC-C-GGG--AATACTGGC--T-------ATATA----TAA--TGAGACCCC-CCCCCCCGGGAA--GA--CGGCTA--TAT-A-cccgggaagacggctatatataat
gi|18 : ctttctccggacgtaagactTTGTATAGTAGCC-TTTCC-C-C------CATGT-----------------ATAG----T-------AC--G----TAG--C-------T-TTTCCCCTGAAA--AA-ATGGCTA--CAT-A-G-------------------------TA-------------GTCTTTCC-CCtaat
gi|19 : TTGTATAGTAGCA-TTTCCAC-C-T-AGCCATCAT---CC-C-AGA--AA-ATTG-TTAT-------ATA-G----TAG----------T-TTCCCC
gi|2 : cggtgCCCC-C-GGA--AA-AATG-G--TTATATATATA-G----TAG--A-------TCTTCCCGCAGAAA--GC--CAGCTA--TTTTA-G-------------------------TA-------------GGATTTCC-CTCTTT-TATAGCCTGATGACCCTCACGGAAAACCTAT-AC-TACAC-TGTATA---------------G---------AGTAGATTTTCCTCCCTCTATT-------CATC-CC-----------GG-------------CC---GATCAT------AT--AAACAT--TCTTTCCATTCT--GATATGAGTCCTTTTCTGGC-TAT-TCATTTCTTTCATATTCTGAAAAT----AA---AGTAAATTT-CTAAATT-CCTTGATTGCGATTTTT--AA-AACTATTTATTC----TTTGAC----AAACA------T-TATTCCATATAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---ATCATATACACGTATCTATAATGTA-A--AA--------ACAGGAATATTTC-GTG-----------CTTG--TA----AAA-TAGCAC--CTTT--TTA-GGCAACTCAGAAGTT-----GATAGTTA--A--A-ACA----GATATTTG-----C-C---------------------------------TCTCTC--CATTCCAT-TTACA-CACAAA----CTTCAT-A--CA---GAGAGTGT--GGTAAAACTGT----T--G-ATTTCCTACAA----AT-ACG-TGA----A-T----------C---CCC-GATTCCAg
gi|20 : TATAAAGTAGCC-TTTCC-CAT-T-AAGCATCTTTCCCC-C-CGGAAAA-ATGG-C--T-------ACA-
gi|21 : ATCCT--AAAC--GAAA---AGTTAATTTTCTGAATTCCCTTGATTGGt
gi|3 : GGGA-ACC-A---AATTGT---------TCCTTC--CATTT-ATGTTACA-CAAAAATAACCATCAT-GATCA---GATATC-------AA----------T--G-AGT---AACAAT---TTCATA-TTG----ATTTGCGCTA-A-C---CGC-TATTCCTAATTGCCCCTATTAAC-AATATAACTTGGCTTCTCG--CTAGAACATGATTCTTCTCACACACGCA-T-AGCATGAA---AA-----GT----TTGTC-AT-T-AAAATTTGT--T-AGAG-G-TTTATTGA--GAGG---AACCTT-CCTT--ACTGTCATTCGTGTCA---GGTGG-TTAACG-----GTA---A----TATCAT---TCCAA-TATTGCCAGGTTATGCCAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAA----T---TATACATAATTCCACAGA------------CA-GTGGAA-TTATC-TGAATCTGACAGCATTGGACAACGGTCATCATA-T-TTATTTCGCCATTCGAAGAATATTCGCGAGAAA-TTTTGATTTT--ACATGCCACTCCT-AAGCGTTTT
gi|4 : tggtaacCGAGGA-ACC-A---AATTG----------TCTCTC--CATTTTAT-TTACA-CAAAAA----CATCAT-A--CA---GATATC---------AA---T-------A-GT-----ACAAT---TC-A-A-TTG----A-TTGC-CT--AAC---CCT-GATTCCTAATTGCCCCTATTAACAATT-CAACTTGAGCTTTCG--CTAG-ACATGATTCT--TCACAC-CGCA-TAAGGA--GA---AA-----GT----TTT-CAAT-T-AAA-----TGTT-AGAG-G-TTA-TTGA--GAGGA--A-CCTT-TCCTTAACTGTT-CTCGTGTCA-TTGGTGGGTTAACA-----G-----G----TATAATC---GTAACTATT-CCAGGTTGTG-CAACTC--CCAGCTGCACTGTCAGTATTTCAAT---T---TATACATATTTCCACAGA-----------------GGAATTTATCTTGAATCTGACAG-A-TGGACAAC-GTCATCATATT-TTATTC--CCATTCGAAGAATATTT-CGGGAAAATTTTGATTTTTAGCATG-CACTCCTAAAACGTTTTTAagctacct
gi|5 : TTGTATATCAGCA-TTTCC-T-CCT-AGCTATCTTTCCCC-T-GAA--AA-ATAG-CTTT-------ATA-G----TAGCTT-------T-TTCCCCC-GAAA--AA-ATGGCTA--TAT-A-GGTCTCTCCCACGGAAATGTGGCTCTTA-------------AGATTTCC-CCCTTT-TATAGCCAGATGA-CCCAACGGAAAACC-AACATGTATA-----ATAT--ACC--------GGT--------AGTAGACACTCC-CCCCCCCCCTTCTTTTCATT-CC-----------GGTCA-CGTATA-GGCG---GATCA---------------------TTTTCATTCT--AAAATTAATTCTTTTCTGGC-TTT-TCATTTCTTATATATCCT--AAAT--GG----------ATTT-CTGATTTCCCTTAGTTGGGAATTTTG-----------------------G------AAA----------TATTTCATTCAGTCGA-AT--GT--T-GTAAAACA---ATCATATATTTCG----------TA-AGTAAATGTTAATTCA-AAATATTTC-GTG-----------CATG--TA----AAA-CATCAC--gct
gi|6 : ggtgCCCTTGATTGAGATTTCTCGGA-AAAG---CATTT----------------ACA------TTCATTCCATTTAGTCAG-CT--GTTGA-GTAAAACAGGTATTATATG---------------TA-A--AA--------TCC-GGCTATTTTTGCGGCAACTCGGACCTTGGTCAGCCTAAA-CAGCACAGCTCTGATTA-AA-AGGGCAGA--CT-----GCCA---A--A--AGATA----CGTATTTAATTTAT-CGTTCAAATACATT-ATTTAATTG----------TCACGA--GATTTGAT-TAACA-CCAAAA----CCCCGTCA--CA---GATA-CGT--GG--AGA---T----------------ACAG--------CGGTTG------TTGC-C---A-A---CCC-GACTCCAAAATTCCGA-AGCAAGGAAT-CAACTCGCTCTCTCGACCCAA-GCA---------TGGCA--CTCA-TGAGAA--GA---AA-----GTGGGATTTTCGATATAAAA-----T--T-AGAGAG-TTT-TCGAACGAGAA--Aaactt
gi|7 : c------AAAAA------C-TAATTC-TTTAGTTGAGAT--GTTATTGTAAA-TA---ATCATAAA---------------T---------------TTA-GAA-------G-G-----------CTT----A----AAATCAGAA----TAT--CTA-GGCAAATCGGAA-TTT----GTTA----------------------------------GT-----GA-ATCCA---AATTG----------TCTCTCTTCATTTGAT-TAACAACAAAAA----CTCCAT-A--CACGAGACACTGGCAGTTAAAA---TCGGTT--AGATT---TTCAATATACT-ACT-TTGTTCTA-TTGC-CTTTA-CGTGCCT-GATT-----TT-------CTCACAAAT-CAACTCGCTCTCTCG--CTAG--CCCAA-TCT--TA------TTATTGATTC--GG---AA-----G------------T-T-AAG-----T--TAAGAG-G-TGT-TTGA--GAGGAACAACCCC-CCTCCACCCCCC-CCCCAATCAGTTGGT-AATTAATGAGATTGTGCCCA----TGTTATCA-TATAAcaataaagaatcgcgggcata
gi|8 : aataatttattaatcaacaa-TTCCCCCAGAAA--A--ATGGCTA--TTT-A-G-------------------------TA-------------G----CCC-CCC-----------------CCCCCTCGGAAAAATGGTTATATATAG-TAGATGTTCACCCACGTAAAGGTGGCAGTACAGTAGAATTTCC-CCCTTTAC--------TACTACCTGTATATAAATGGT-A-CGTTTACGGTA---GAC----------------CGT--CCTTT-----------------------TCTAGC-TAT-TCATATCTTTTATATCCT--AAAT--GGAA---AGTTAATTT-AAGAATTCTCTTGATTGGGATTATTGGAG--A-----TA---------------------G------T-AATTTCATTCAGTCGA-AT--GTTAT-GTAAAACA---
gi|9 : cccgtagacattc--------TCA-GAATATT-----------------------------AAA-CAACGC--ATAT--TTA-AGCAAAT-AGAA-CTTGTTAGTTA---A--A--G-ATA----TAAGTGTA-----TGCGTACAGAGA-ATC-AG--AATTGCAGAGCTGTATCTC-C--CATATGAT-TTACA-CACAAA----CTTCAT-T--TA---GAAAGTAG--GGTAAAA---T----T--A-ATTC--TACAAT---TT-AAA-TT-----A-TTGT-CT--C-C---CCT-AATTCC-ATTTGCCGCTACCAAAG-AT-CAA--------CTCG--CTAG-AT-TGATTCT--CCTGAC-CTTC-TGAGGA--GA---AA-----GT----