lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 3333 11111 111 11 11 11111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 55 1 33333333 22222222 22 22 11111 11111111111111 11111111111 11111111111 2222222222 00000000000000000000000000000000000000 111 11111 111111
lowQualScore : 4 8 4 4 4 6 66 8 3333 0000 4 11111 66 4 2 000 8 99 00 4 66 4 4 22222 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 5 1 22222222 0 4 0 4 7 7 44444444 33 55 4 8 4 00 3 555 3 3 77 44 3 44 44 7777 44444 3 99999999999999 7777 44 3 44 55555555555 6 3 55555555555 3 9999999999 11111111111111111111111111111111111111 3 777 44 44 3 555 555 6 3 3 3 3 6 3 3 3 3 88888 6 666666 3 555 3 6 88 44 77 44 88
lowQualScore : . . . . . . .. . .... .... . ..... .. . . ... . .. .. . .. . . ..... . ................................................................................................... .. . . ........ . . . . . . ........ .. .. . . . .. . ... . . .. .. . .. .. .... ..... . .............. .... .. . .. ........... . . ........... . .......... ...................................... . ... .. .. . ... ... . . . . . . . . . . ..... . ...... . ... . . .. .. .. .. ..
lowQualScore : 4 9 4 4 4 7 77 0 9999 8888 4 11111 11 4 0 000 9 44 66 4 11 4 4 00000 5 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 0 9 44444444 8 0 8 5 3 0 88888888 22 55 0 0 0 88 3 888 3 3 99 66 3 66 66 1111 44444 3 66666666666666 1111 66 3 66 88888888888 7 3 77777777777 3 7777777777 00000000000000000000000000000000000000 3 444 66 66 3 999 888 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1 55555 2 333333 1 444 1 7 00 33 99 66 88
consensus : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGT-TGAATTGCA-TCCTTTCCTTNAAA----TTGTTAAA-GC-TATT-TGCA-----TGTA--T-ATTATAAT--NCACTTCATA-TT-CTTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGTA--AGCTTAAGTTTTTT-TTAA---AATAGA-AATGTTTTGA-GTTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-TA-TTGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTG-----------T-C-AAAN---G-----TCAA-AAT-N------NAAAAA-------------------A---CA---CAA-------CATG-CA-GTCC--GT--AT-AT-A-AA---T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG-TCA-GTC-AGA-TCG--T--TTGC-CTAGCA
Reference ( gi|5 ) : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGT-TGAATTGCA-TCCTTTTCTTTAAA----TTGTTAAA-G--TATT-TGCA-----TGTA--T-ATTATAAT--CCACTTCATA-T--CTTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGTATTAGCTGAAGTTTTTT-TTAC---AATAGA-AATGTTTCGA-GTTAAAGAAATTTAAT----CTATTTTA--TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TA-ATGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTG-----------T-C-AAAA---G-----TCAA-AAT-T------TAAAAA-------------------A---C----C---------CATG-CA-GTCC--GT--AT-AT-T-AA---T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---A-GTA-CA-----T-GG---CAG-TCA-GTC-GGA-TCG--T--TTGT-CTAGCA
gi|6 : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGT-TGAATTGCA-TCATTT-CTTTAAA----ATGTTTAA-GC-TATT-TGCA-----TGTA--TTATTATAAT--GCA-TCCATA-TT-CTTCCTT-ATT--AAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-TTA-TATTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TGGTTATATTGTA--AGCTTAAGTTTTTT-TAAA---AATAGA-AATGTTTTGA-ATTAAAGAAGTGTAA-----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTCTAATT-TA-TTGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTG-----------TCC-AAAC---G-----TCAA-AAT-A------AAAAAA-------------------A---CAATAA---------TATG-CA-GTCC--AT--AT-AT-A-AA---T-TCC-TT-T-TC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGCTG-GT---GCGTA-CG-----T-GG---CAG-TCA-GTT-AGA-TCA--T--TTGC-CTAGCA
gi|4 : GACAG-TGTTTGTAGGCTGGTTTGACGT-TGAATTCCA-TCCTTTCGTTTAAAA---TTGTTAAA-GC-TATT-TGCA-----TGTA--T-ATTATAAT--GCACTTCATA-TT-CTTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTTTG-AAAAGCAG-TTA-TATT------------TCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGTA--AGCTTAAGTTTTTT---AA---AATAGA-A-TGTTTTGA-ATTAAAGAAGTT-AAT----CTATTTAA--TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TA-TTGTCTGT-A-TTTT---C-A-A--TCC--A-G--TT--GGT----GC----TTTT-T----------------C----T--A-ACAAA--TG-G-----------T-C-AAAC---G-----TCAA-AATAA------AAAAAA-------------------A---C----CAAACAAG--CATG-CA-GTCC--GT--AT-AT-A-AA---T-TCC-TT-TGTC-T-TCAAT-TC-AAAG-CTTAGC---GC---G-GTA-CG-------GG---CAG-TCA-GTT-AGA-TCA--T--TTGTCCTAGCA
gi|11 : aGACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGT-TCAATTGCACCCCTTTTCTTTAAAATATTTGTTAAA-GGCTATTGTGCA-----TGTATGT-ATAATAATTGCTACTTCATA-TTCTTTTCTTTACT--GAA-TGCAAAGCTTT-G-AAAAGCAGTT-ATTATTCACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTTATATTGTA-AAGCTTCAGTTTTTT-GTAG---AATAGACAATGGTTTGA-ATTAAAGAAGTtg
gi|24 : aGACAA-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGG-TGAATTGCA-TCCTTTCGTTAAAA----TTGTTAAA-AC-TCTT-TGCA-----TGT--------------------------T--CTTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-
gi|15 : aGACAGCTGTT-GTAG-CTGGCT---CGT-TGAATTGCA-TCCTTCCTTTAAAA----ATGTTAt
gi|16 : caACAG--GTT-GTAGG-TGGTT-GACGT-TGA-TTG-A-TC---TTCTT--AA----TTGTTAAA-G--AATT-TGCA-----TGTA--T-AT--TAAT--GCACTTC-TA-T--TCTCCTTTACT--G-A-T--AAAGCTT----GAAAGCAG-T-tatccttataattgcatcgcttatggctctgctcccatattcatatataagccaattgcttttactaacctcataactctctcatccagtctaatgctatatagcgagcgagcagcttacactctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgg
gi|22 : CAG-TGTTCGTAGGCTGGTT-GACGT-TGAATTGCA-TCATTTCTTTAAAA----TTGTTAAA-AGCTATT-TGCA-----TGTA--T-ATTATAAT--GCACTTCATATT--CTTCCTTTACTG-GAA-T---AAGCTTT-GAAAAAGCAG-T-tgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggggattagattgtagcttaagtggtgggttaaaaagaaagttttgaattaaagaagtttaatctattttaat
gi|26 : acAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGCGTGAA----A-GC----TCTTTACA----T--------G--TATT----A--------A--T-GTTATGTT--CCACTTCATA-T--TTTCC-TTACTGCGAATT--AAAGCTTT-A-GAAAGCAtt
gi|23 : G-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGA-TGAATTGCA-TCCTATCGTTAAAA----TTGTTAAATC--TCTT-TGCATACATTGTA--T-ATTATGTT--CCACTTCATATT--CTTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAACAG-T-
gi|13 : AAA-GC-TATT-TGCA-----TGTA--T-ATTATAAT--CCACTTCATA-TT-CTTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAGTT-A-TATTCA------ta
gi|13 : TGGTTATATTGTA--AGCTTAATTTTTTT-TTAT---AATAGA-AATGTTTTGA-GTTGAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTAATATT-TA-TTGTCTAA-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT---------------T----G--A-ACAAA--TGTG-----------T-C-AAAC---G-----TCAA-cannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagcgcctgtggttatattgtaagcttaatttttttttataatagaaatgttttgagttgaagaagtttaatctattttaattgacactttgtgtaatatttattgtctaaatttttcaatccatttggtgctttttttgaacaaatgtgtcaaacgtcaa
gi|16 : aaagctatttgcatgtatattataatccacttcatattcttcctttactgaataaagctttgaaaagcagttatattcacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagcgcctgGATTAGATTGTA---GCTTAAGTGGTGGGTTAA---AA-AGA-AA-GTTTTGA-ATTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTA--
gi|17 : acaggttgtaggtggttgacgttgattgatcttcttaattgttaaagaatttgcatgtatattaatgcacttctattctcctttactgataaagcttgaaagcagttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggTTATATTGTA--AGCTTAAGTTTTTT---AA---AATAGA-AATGTTTTGA-ATTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TA-TTGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTG-----------T-C-AAAC---G-----TCAA-AAT-A------AAAAAA-------------------A---CAA--CAA-------CATT-CA-GTCC--GT--ATAAT-A-AA---T-TCC-GT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC-----GTA-CG-----T--G---CAG-TCA-ATT-AGA-TCG--T--TTGC-CTAGCAat
gi|12 : TATTGTA--ATCTTAAGTTT------A----AGTAAA-TATGCTTTGA-GCTAAATAAGTTT-----------TTAA--TT--GAGG-CTTTGT-GTCATATT-TA-TTGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGCCCCCCCCCCCC-C-AAAA---AAAACCCCAATAAC-CCCCAAACAAAAA-------------------AAATA----C---------CATG-CA---CC--GT--AT-AT-A-AA---T-TCC-TT-TGTC-T-TA-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG-TTA-TTC-AGA-GCG--T--TTGC-CTAGCA
gi|18 : TTGTAT---CTTAAGTTT------A----GATA-A-AATATCTTGAAGTGAAAGAGTTTTTATTTT-CTGTTTTA--TT--GACGGCTTTGT--TTATATT-TATCTGTCTGT-ATCTTT---C-ATAC-TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----TAAA-ATAAA--TGTG-----------T-CAAAAA---A-----TAAA-AA----------AGAAA-------------------A------------------CATG-CA-G-CG--GT--AT-AT-A-AA---T-CCCTTT-TGTT-C-TC-AGATCAAAAGACTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T--G---CAG-TTA-GTC-AG---CGGCT--TTGC-CTtgcagaaggttggatgttcaaattccagtagtggcag
gi|1 : agTGTA--AGCTTAAGTTTTTT-TAAA---AA-AGA-A-TGTTTTGACATTAAAGAAGTT-ACT----CTAGTTTAA-TT--GACA-CGT-GT-GTCATATT-TA-TTGTCTGT-ATTTTT---C-A-AATTCC----T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--GGTG-----------TAC-AAAC---G-----TCAA-AAA-T------TAAAAA-------------------A---AA---CAAAAAAAAACATG-CA-GTCC--G----T-AT-T-AA---TGTCC-TT-TGTCAT-TC-AT-TC-AAAG-CTTA-C-G-GC---A-GTACCG-----G-GG---CAG-TCATGTTAAGA-TCGC-T--TTGC-CTAGCA
gi|14 : atcacagTT-TTACGTTAGTAGA-AATTTCTTTA-GTTAAAGAAGTTTTTTTTTTCTATTTCAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-CA-TTGTTTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTG-----------T-C-AAAA---T-----AAAA-AAA-A------CAAAAA-------------------A---CAA--A---------AATG-CA---CC--GT--AT-ATATAAA---T-TCC-TT-TGTT-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GT---G-GTA-CGCCCGTT-GG---CAG-TTA-GTC-AAA-GCG--T--TTAC-CTAGCAtgacagaaggtttggttgttcaactccaaatatgacagactcgtattcaccagcgccacaggcgaatgcccgtaacaagggtgataaagtgtcacgaggtcactcataccatataaacggagatgacctgtgccacagtagttggaaccgcgcatcacttaccatattttctatagtaagacataagtccacaactatatacctagtacccttcagccccgtcacatatgttttcgaccctgactttcggtgaatggttgacgacttcattagataaatatttctcacccgttgaattcttcgagacggagtgatagccccacatttcaacaaacacaatacaaaagcttatagcgctcttcagatac
gi|21 : tattgtaaGTTTC-A-GTAGAAGAAGTTTTTTTT--CCATTTTAAATT--CACG-CTTTGTTGTCATATTATA-TTGT-TGT-ATTTT----C-A-A--TCC--A-T--TT--G-T----GT----TTTT-TTTTTTTTTTTTTTTCCT----T--A-ACAAA--TGTG-----------T----------------------AT-T------AAAAAA-------------------A-------------------ATG-CA-CCCA--AT--AT-AC-T-Atgcaaaaggttgggtgatcaaa
gi|2 : TATTTAA--CTCCGACA-CTTTGTAGTCATATA-TA-TTTTCTGTTATTTTT---CCA-A--TCC--A-T--TTTTGGT----GCCATATTCT-TC--------------CT----T--A-ACAAA--TGTG-----------T-C-GAAACCCG-----TCAA-AAT-A------AAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGATA---C----A---------CATG-CATGTAC--GCAAAT-ATAT-AA---T-TCC-TTCTGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GCCGTG-GTA-CG-----TCGG---CAG-
gi|20 : aTCTGT-ATTTTG---C-A-A--CAC--AAT--TT--GGT----GC----TTTT-----------------CC----T--A-ACAA---TGTA-----------T-C-AAAG---G------CAA-AAT-T------TAAAAA-------------------A---A----AAA-------CATGGCAAGTCC--GT--AT-AT-A-AA---T-TCT-TG-TGTC-TATC-AT-TCA---G-CTTA-C-G-GC-----GTA-CG-----T-GG---CAG-TCA-GTG-AGA-TCG--T--TTGC-CTAGCActccagatttagactcgtgtgggcctagtcatcgacatgctgagaggttggttgccattcaaatccaatgtagtgcagcagactctattcacagtccactgcaattgccgaatgccacgaacggattaacagtgtcttgatccaagtctgtcacgtacatcggaaagagaccatataaacggtaatgacctattgccacagtagttggaaccatcactgcttaacgagatgaaacgccgatcataaggtcaaaattttgcctatccttccagcaacagggtaataatggacgaacttcatagaaggtcgaaagattctcaccccgggattccaacgcatttgataaaaacaacaaacaaacaaaacgaaagcttagcggcttttcagttactttaag
gi|3 : T-ATTTTTATCT-A-A--TCCCCA-TGCTT--GGTTCTGGC----TTCTGTT--------------CTCCTTT--ACACAAAACTGTG-----------T-C-AAAA---G-----TCCA-AAT-T------TAAAAA-------------------A---A----CAACG-----CATG-CA-GTCCTCGT--AT-AG-T-AAACCT-TCC-TT-TGTC-T-TC-AC-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTATCG-----T-GG---CAGCTCATGTC-AGATTCG--T--TTGC-CTAGCA
gi|27 : AAAAA-------------------A---CAA--CAA-------TATG-CA-GTCC--GT--AT-AT-A-AA---T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG-TCA-GTT-AGA-TCG--T--TTGC-CTAGCtgcagaaggtggttgttcaaatcccagtggtgacagaagcttcgatatttcacagctgcatgcctgtaatgtcctggtatatagggtgggtgatcaagtggatcacggtgcattcgcgaataatgaccactcgatataatggatgaacctgtggcacatgtgagttggagaccggaattcatcatgctttaacggtgaaaatcccgatcataggtccctaaggacatttgcctctatccctataccgcgatcggcagaaattgctgacgtctttcacactcacgcaaagtgaattagattctccagatgacagaataacaaccaaaccaaatgacagacaaaagct
gi|7 : -AA---TGTCC-TT-TGTT-T-TCTAT-TTAAA-G-CTTAGT-GAGT---G-GTA-C------T-GGGGCCAG-TTA-GTC-AGA-GCG--TGGTTGC-CTAGCA
gi|25 : cacgcacacgtcatataa-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-TTTAGC-G-GC---G-GTA-TG-----T-GG---CAG-TTA-GTC-GGA-GCG--T--TTGG-CTAGCAtgcacgaacggttggagtgtcaaactatacccatattgcaacaggacttaatattacagctgcatataccgaatcccgggttaacaggttgatctagcgttcactgggtcatagatattaccacataattaaatcgagaaaatctgtgccatacgtaatgtcttgttcggcacgcctgaagaaccgacagctgtctcaaacgggctacaccccccccccccgattataggtcaatgtgaatttgctatcgctctactcggtaatgttgacgcttcatagaagttaaacaagtattctcaagatgactcaaaaaacatcacaacaaaacaaacaaaagcttagcgcgctttctagtactttagtactt
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TAGCAATGCAGAAGATAGGTTGTTCAAGTATCCCAGTGGATGACAGAATCGTATCAGAGCTGCATGCCGAATGCCTGTGTAAAGGTGTGAGTTCAAGTGTACAGCGGGTCATACGGAAGATAGACATATTGAACGCGACTTGCCCTGTGGCCACAGGTCAGTTGGAACCATCACTGCTAGCAGGTGAAACCCAACCTATAGGTCAAAATTGTGCTATCTTCGATCAGAGCGTAATGTTGACGACTTAATAGACCGGTTAAAGATTCCACCGGGATTGCTCAAGATGCGACAAAAATAACAAACAACTAATACAAAAGCTTAGCGCTTTTTCAGTATTTAAAAGTACT
Unaligned ( gi|9 ): TAGCAATGCAGAAGATAGGTTGTTCAAGTATCCCAGTGGATGACAGAATCGTATCAGAGCTGCATGCCGAATGCCTGTGTAAAGGTGTGAGTTCAAGTGTACAGCGGGTCATACGGAAGATAGACATATTGAACGCGACTTGCCCTGTGGCCACAGGTCAGTTGGAACCATCACTGCTAGCAGGTGAAACCCAACCTATAGGTCAAAATTGTGCTATCTTCGATCAGAGCGTAATGTTGACGACTTAATAGACCGGTTAAAGATTCCACCGGGATTGCTCAAGATGCGACAAAAATAACAAACAACTAATACAAAAGCTTAGCGCTTTTTCAGTATTTAAAAGTACT
Unaligned ( gi|10 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACCATCACAGTTGACTGCTTAACGGGTGAAACCCGATCATAGGTCAAAATTTCAGCTATCCTTAACGTAATGTTGCGACATTCATCAGAAGTGAAAGACTTCTCACGACCGGGATTCTCAAGATGACAAAAACTAACAAACATAACCAAACAAAAGCTTTAGCGCTTTCAGTACTTT
Unaligned ( gi|19 ): ATATTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTACTACTCAAGCTTAGAGTATTCTTCTTTAAAAATAAGAGACAATGTTTTGGGAAATTAAA
Unaligned ( gi|28 ): GCAGAAGGTTGGTTGTTCAAATCTAAGTAGCGACAGCCTCGTATTAACAGCTGCAATGCCGAATGCC
Unaligned ( gi|29 ): TCAATACTTTGTGTATTTGTTGATTGTCGTGAAATTAATAAATAAAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 1111111 11111 11111111111111 2222222222222222 111111111 2222222222222 333333333333333333 111
lowQualScore : 4 8 4 4 0 77 6 8888 7 55 55 3 99999 8888 55 4 0 777 4 99 4 55 4 4 8 8 8 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 55 3 444444 3 6 9999999 3 55 33 7 3 3 3 5555 3 3 77 44 3 44 44 6666 22222 3 88888888888888 6666 44 3 44 44 6 0000000000000000 888888 222222222 44 2222222222222 555555555555555555 3 44 3 111 44 44 44 3 3 3 44 2 2 2 2 2 5 2 2 2 2 555 2 5 77777 2 555 66 5 33 2 5 66 33 33 2
lowQualScore : . . . . . .. . .... . .. .. . ..... .... .. . . ... . .. . .. . . . . . ................................................................................................... . .. . ...... . . ....... . .. .. . . . . .... . . .. .. . .. .. .... ..... . .............. .... .. . .. .. . ................ ...... ......... .. ............. .................. . .. . ... .. .. .. . . . .. . . . . . . . . . . ... . . ..... . ... .. . .. . . .. .. .. .
lowQualScore : 0 0 0 0 9 99 3 5555 3 00 00 6 11111 5555 55 0 9 999 0 55 0 55 0 0 9 9 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 00 6 777777 6 7 4444444 3 00 88 3 6 6 1 8888 1 1 33 22 1 22 22 5555 66666 1 11111111111111 5555 22 1 22 22 2 4444444444444444 777777 333333333 66 2222222222222 777777777777777777 1 22 1 555 22 22 22 1 1 1 22 9 9 9 9 9 7 9 9 9 9 000 9 7 11111 9 000 88 7 99 9 7 88 99 99 9
consensus : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCA-TCCTTTC-CTTAAAA----TTGTTAAA-GC--TAT--T-TGCA-----TGT----A--T-ATTATAAT--CCACTTCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTTTT-AAAATAGA-AATGTTTTGA-GTTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTG--T-C----------------AAA---CGTCA---------AAA--T-----------ANAAAAAA--C-----A--CA-----A-C--ATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TC-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCA
Reference ( family-4446 ) : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCA-TCCTTTC-CTTNAAA----TTGTTAAA-GC--TAT--T-TGCA-----TGT----A--T-ATTATAAT--NCACTTCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTTTT-AAAATAGA-AATGTTTTGA-GTTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTG--T-C----------------AAA---NGTCA---------AAA--T-----------NNAAAAAA--C-----A--CA-----A-C--ATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TC-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|1 : TGT-A--AGCTTAAGT-TTTTTTA-AAAA-AGA-A-TGTTTTGACATTAAAGAAGTT-ACT----CTAGTTTAA-TT--GACA-CGT-GT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-AATTCC----T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--GGTG--TAC----------------AAA---CGTCA---------AAAATT-----------AAAAAAAA--CAAAAAA--AA-----A-C--ATG-CA---GTCC--G--T--AT---TA-AT--G-TCC-TT-TGTCAT-TC-AT-TC-AAAG-CTTA-C-G-GC---A-GTACCG-----G-GG---CAG--TCATG--TTAAGA-TCGC-T--TT--G-CCTAGCA
gi|11 : atcacagGACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTCAATTGCACCCCTTTT-CTTTAAAATATTTGTTAAAGGC--TAT--TGTGCA-----TGT----ATGT-ATAATAATTGCTACTTCATATTCTTTTCTTTACT--GAA-TGCAAAGCTTT-G-AAAAGCAGTT-ATTATTCACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTTATATTGTAA--AGCTTCAGT-TTTTTGT-AGAATAGACAATGGTTTGA-ATTAAAGAAGTtgacagaaggtttggttgttcaactccaaatatgacagactcgtattcaccagcgccacaggcgaatgcccgtaacaagggtgataaagtgtcacgaggtcactcataccatataaacggagatgacctgtgccacagtagttggaaccgcgcatcacttaccatattttctatagtaagacataagtccacaactatatacctagtacccttcagccccgtcacatatgttttcgaccctgactttcggtgaatggttgacgacttcattagataaatatttctcacccgttgaattcttcgagacggagtgatagccccacatttcaacaaacacaatacaaaagcttatagcgctcttcagatac
gi|12 : aTATTGT-A--ATCTTAAGT-TT-------AAGTAAA-TATGCTTTGA-GCTAAATAAGTTT------------TTAA-TT--GAGG-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTG--C-CCCCCCCCCCCCAAAAAAAA---CCCCAATAACCCCCAAA--C-----------AAAAAAAA--T-----A--C--------C--ATG-CA-----CC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TA-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TTA-T--TC-AGA-GCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|13 : AAA-GC--TAT--T-TGCA-----TGT----A--T-ATTATAAT--CCACTTCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAGTT-A-TATTCA------tgcagaaggttggatgttcaaattccagtagtggcag
gi|13 : TGGTTATATTGT-A--AGCTTAATT-TTTTTTT-ATAATAGA-AATGTTTTGA-GTTGAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTAATATT-TAT-TGTCTAA-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT---------------T----G--A-ACAAA--TGTG--T-C----------------AAA---CGTCA---------Acannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagcgcctgtggttatattgtaagcttaatttttttttataatagaaatgttttgagttgaagaagtttaatctattttaattgacactttgtgtaatatttattgtctaaatttttcaatccatttggtgctttttttgaacaaatgtgtcaaacgtcaa
gi|14 : aaagctatttgcatgtatattataatccacttcatattcttcctttactgaataaagctttgaaaagcagttatattcacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagcgcctgTATTGT-A--ATTTTACGT-T---------AGTAGA-AATTTCTTTA-GTTAAAGAAGTTTTTTTTTTCTATTTCAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-CAT-TGTTTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTG--T-C----------------AAA---ATAAA---------AAA--A-----------ACAAAAAA--C-----A---A-----A-A--ATG-CA-----CC--GTAT--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTT-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GT---G-GTA-CGCCCGTT-GG---CAG--TTA-G--TC-AAA-GCG--T--TT--A-CCTAGCA
gi|15 : GACAGCTGTT-GTAG-CTGGCT---CGTTGAATTGCA-TCCTTCC-TTTAAAA----ATGTTATA-TCCTTATAAT-TGCA-----Ttgcaaaaggttgggtgatcaaa
gi|16 : caACAG--GTT-GTAGG-TGGTT-GACGTTGA-TTG-A-TCTT----CTT--AA----TTGTTAAA-GA---AT--T-TGCA-----TGT----A--T-AT--TAAT--GCACTTC-TATTC--TCCTTTACT--G-A-T--AAAGCTT----GAAAGCAG-T-cgcttatggctctgctcccatattcatatataagccaattgcttttactaacctcataactctctcatccagtctaatgctatatagcgagcgagcagcttacactctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgg
gi|16 : GATTAGATTGT-A---GCTTAAGTGGTGGGTT-AAAA-AGA-AA-GTTTTGA-ATTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-Ttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggggattagattgtagcttaagtggtgggttaaaaagaaagttttgaattaaagaagtttaatctattttaat
gi|17 : acaggttgtaggtggttgacgttgattgatcttcttaattgttaaagaatttgcatgtatattaatgcacttctattctcctttactgataaagcttgaaagcagttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTT--TT-AAAATAGA-AATGTTTTGA-ATTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTG--T-C----------------AAA---CGTCA---------AAA--T-----------AAAAAAAA--CA----A--CA-----A-C--ATT-CA---GTCC--G--T--ATAA-TA-AA--T-TCC-GT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC-----GTA-CG-----T--G---CAG--TCA-A--TT-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|18 : TTGT-A---TCTTAAGT-TT-------AGATA-A-AATATCTTGAAGTGAAAGAGTTTTTATTTT-CTGTTTTA--TT--GACGGCTTTGT--TTATATT-TATCTGTCTGT-ATCTTT---C-ATAC-TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----TAAA-ATAAA--TGTG--T-C----------------AA--------A---------AAA--T-------------AAAAAA--G-----A--AA-----A-C--ATG-CA---G-CG--G--T--AT-A-TA-AA--T-CCCTTT-TGTT-C-TC-AGATCAAAAGACTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T--G---CAG--TTA-G--TC-AG---CGGCT--TT--G-CCT
gi|2 : agTTTAA-CTCCGACA-CTTTGTAGTCATATA-TAT-TTTCTGTTATTTTT---CCA-A--TCC--A-T--TTTTGGT----GCCATATTCT-TC--------------CT----T--A-ACAAA--TGTG--T-C----------------GAAACCCGTCA---------AAA--TAAAAAAAAAAAAAAAAAAA--A-----A--CAGATACA-C--ATG-CAT--GTAC--G--CAAAT-A-TATAA--T-TCC-TTCTGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GCCGTG-GTA-CG-----TCGG---CAGCTCCA-GATTT-AGACTCG--T--GTGGG-CCTAG
gi|20 : ataTCTGT-ATTTTG---C-A-A--CAC--AAT--TT--GGT----GC----TTTT-----------------CC----T--A-ACAA---TGTA--T-C----------------AAA---GG-CA---------AAA--T-----------TTAAAAAA--A-----A---A-----A-C--ATGGCAA--GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCT-TG-TGTC-TATC-AT-TCA---G-CTTA-C-G-GC---G--TA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TG-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCAtcatcgacatgctgagaggttggttgccattcaaatccaatgtagtgcagcagactctattcacagtccactgcaattgccgaatgccacgaacggattaacagtgtcttgatccaagtctgtcacgtacatcggaaagagaccatataaacggtaatgacctattgccacagtagttggaaccatcactgcttaacgagatgaaacgccgatcataaggtcaaaattttgcctatccttccagcaacagggtaataatggacgaacttcatagaaggtcgaaagattctcaccccgggattccaacgcatttgataaaaacaacaaacaaacaaaacgaaagcttagcggcttttcagttactttaag
gi|21 : TTTCA-GTAGAAGAAGTTTTTTTT--CCATTTTAAATT--CACG-CTTTGTTGTCATATTATAT-TGT-TGT-ATTTT----C-A-A--TCC--A-T--TT--G-T----GT----TTTT-TTTTTTTTTTTTTTTCCT----T--A-ACAAA--TGTGTAT-T----------------AAA---A---A---------AAA--T-----------GCA
gi|22 : gCAG-TGTTCGTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCA-TCATTTC-TTTAAAA----TTGTTAAAAGC--TAT--T-TGCA-----TGT----A--T-ATTATAAT--GCACTTCATATTC-TTCCTTTACTG-GAA-T---AAGCTTT-GAAAAAGCAG-T-cccaatatacta
gi|23 : acG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGATGAATTGCA-TCCTATC-GTTAAAA----TTGTTAAA-TC--TCT--T-TGCATACATTGT----A--T-ATTATGTT--CCACTTCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAACAG-T-tt
gi|24 : GACAA-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGGTGAATTGCA-TCCTTTC-GTTAAAA----TTGTTAAA-AC--TCT--T-TGCA-----TG------------------------------TTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-ta
gi|25 : a-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-TTTAGC-G-GC---G-GTA-TG-----T-GG---CAG--TTA-G--TC-GGA-GCG--T--TT--G-GCTAGCAt
gi|26 : AG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GAC--------GC-----------------------GTGAAA-GC--TCT--T-TACA-----TGTATTAA--T-GTTATGTT--CCACTTCATATT--TTCC-TTACTGCGAATT--AAAGCTTT-A-GAAAGCAtgcagaatgttggatgttcagatcccagtagtgacagcc
gi|27 : AAAAAA--C-----AA-CA-----A-T--ATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TT-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGC
gi|3 : T-ATTTTTATCT-A-A--TCCCCA-TGCTT--GGTTCTGGC----TTCTGTT--------------CTCCTTT--ACACAAAACTGTG--T-C----------------AAA---AGTCC---------AAA--T-----------TTAAAAAA--------A--CA-----A-CGCATG-CA---GTCCTCG--T--AT-AGTA-AACCT-TCC-TT-TGTC-T-TC-AC-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTATCG-----T-GG---CAGC-TCATG--TC-AGATTCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|4 : GACAG-TGTTTGTAGGCTGGTTTGACGTTGAATTCCA-TCCTTTCGTTTAAAA----TTGTTAAA-GC--TAT--T-TGCA-----TGT----A--T-ATTATAAT--GCACTTCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTTTG-AAAAGCAG-TTA-TATT------------TCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTT---AAAATAGA-A-TGTTTTGA-ATTAAAGAAGTT-AAT----CTATTT-AA-TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTT----C-A-A--TCC--A-G--TT--GGT----GC----TTTT-TC--------------------T--A-ACAAA--TG-G--T-C----------------AAA---CGTCA---------AAA--T-----------AAAAAAAAACC-----AAACA-----AGC--ATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TCAAT-TC-AAAG-CTTAGC---GC---G-GTA-CG-------GG---CAG--TCA-G--TT-AGA-TCA--T--TT--GTCCTAGCAtgcagaaggtggttgttcaaatcccagtggtgacagaagcttcgatatttcacagctgcatgcctgtaatgtcctggtatatagggtgggtgatcaagtggatcacggtgcattcgcgaataatgaccactcgatataatggatgaacctgtggcacatgtgagttggagaccggaattcatcatgctttaacggtgaaaatcccgatcataggtccctaaggacatttgcctctatccctataccgcgatcggcagaaattgctgacgtctttcacactcacgcaaagtgaattagattctccagatgacagaataacaaccaaaccaaatgacagacaaaagct
gi|5 : aGACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCA-TCCTTTT-CTTTAAA----TTGTTAAA-G---TAT--T-TGCA-----TGT----A--T-ATTATAAT--CCACTTCATAT-C-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-ATTAGCTGAAGT-TTTTTTT-ACAATAGA-AATGTTTCGA-GTTAAAGAAATTTAAT----CTATTTTA--TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TAA-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTG--T-C----------------AAA---AGTCA---------AAA--T-----------TTAAAAAA--C--------C--------C--ATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TT-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---A-GTA-CA-----T-GG---CAG--TCA-G--TC-GGA-TCG--T--TT--G-TCTAGCAtg
gi|6 : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCA-TCATTTC-TTTAAAA----T-GTTTAA-GC--TAT--T-TGCA-----TGT----A--TTATTATAAT--GCA-TCCATATTC-TTCCTT-ATT--AAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-TTA-TATTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTT-TTTAAAAATAGA-AATGTTTTGA-ATTAAAGAAGTGTAA-----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTCTAATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTG--TCC----------------AAA---CGTCA---------AAA--T-----------AAAAAAAA--CA----A--TA-----A-T--ATG-CA---GTCC--A--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-T-TC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGCTG-GT---GCGTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TT-AGA-TCA--T--TT--G-CCTAGCA
gi|7 : -C--ACG-CACACGTC---A--T--AT-A--A-AA--TGTCC-TT-TGTT-T-TCTAT-TTAAA-G-CTTAGT-GAGT---G-GTA-C------T-GGGGCCAG--TTA-G--TC-AGA-GCG--TGGTT--G-CCTAGCA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TAGCAATGCAGAAGATAGGTTGTTCAAGTATCCCAGTGGATGACAGAATCGTATCAGAGCTGCATGCCGAATGCCTGTGTAAAGGTGTGAGTTCAAGTGTACAGCGGGTCATACGGAAGATAGACATATTGAACGCGACTTGCCCTGTGGCCACAGGTCAGTTGGAACCATCACTGCTAGCAGGTGAAACCCAACCTATAGGTCAAAATTGTGCTATCTTCGATCAGAGCGTAATGTTGACGACTTAATAGACCGGTTAAAGATTCCACCGGGATTGCTCAAGATGCGACAAAAATAACAAACAACTAATACAAAAGCTTAGCGCTTTTTCAGTATTTAAAAGTACT
Unaligned ( gi|9 ): TAGCAATGCAGAAGATAGGTTGTTCAAGTATCCCAGTGGATGACAGAATCGTATCAGAGCTGCATGCCGAATGCCTGTGTAAAGGTGTGAGTTCAAGTGTACAGCGGGTCATACGGAAGATAGACATATTGAACGCGACTTGCCCTGTGGCCACAGGTCAGTTGGAACCATCACTGCTAGCAGGTGAAACCCAACCTATAGGTCAAAATTGTGCTATCTTCGATCAGAGCGTAATGTTGACGACTTAATAGACCGGTTAAAGATTCCACCGGGATTGCTCAAGATGCGACAAAAATAACAAACAACTAATACAAAAGCTTAGCGCTTTTTCAGTATTTAAAAGTACT
Unaligned ( gi|10 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACCATCACAGTTGACTGCTTAACGGGTGAAACCCGATCATAGGTCAAAATTTCAGCTATCCTTAACGTAATGTTGCGACATTCATCAGAAGTGAAAGACTTCTCACGACCGGGATTCTCAAGATGACAAAAACTAACAAACATAACCAAACAAAAGCTTTAGCGCTTTCAGTACTTT
Unaligned ( gi|19 ): ATATTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTACTACTCAAGCTTAGAGTATTCTTCTTTAAAAATAAGAGACAATGTTTTGGGAAATTAAA
Unaligned ( gi|28 ): GCAGAAGGTTGGTTGTTCAAATCTAAGTAGCGACAGCCTCGTATTAACAGCTGCAATGCCGAATGCC
Unaligned ( gi|29 ): TCAATACTTTGTGTATTTGTTGATTGTCGTGAAATTAATAAATAAAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 1111111 11111 11111111111111 2222222222222222 111111111 11111111111 333333333333333333 111
lowQualScore : 4 8 4 55 0 99 777 7 55 55 3 22222 1111111 3 666 3 3 99 4 55 4 4 8 8 8 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 55 3 444444 3 6 9999999 3 55 33 7 3 3 3 5555 3 3 77 44 3 44 44 6666 22222 3 88888888888888 6666 44 3 44 6 2222222222222222 6666 0 333333333 55 1 55555555555 999999999999999999 3 44 3 111 44 44 44 3 3 3 44 2 2 2 2 2 5 2 2 2 2 555 2 5 77777 2 555 66 5 33 2 5 66 33 33 2
lowQualScore : . . . .. . .. ... . .. .. . ..... ....... . ... . . .. . .. . . . . . ................................................................................................... . .. . ...... . . ....... . .. .. . . . . .... . . .. .. . .. .. .... ..... . .............. .... .. . .. . ................ .... . ......... .. . ........... .................. . .. . ... .. .. .. . . . .. . . . . . . . . . . ... . . ..... . ... .. . .. . . .. .. .. .
lowQualScore : 0 0 0 55 9 55 000 3 00 00 6 77777 7777777 6 444 6 6 55 0 55 0 0 9 9 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 00 6 777777 6 7 4444444 3 00 88 3 6 6 1 8888 1 1 33 22 1 22 22 5555 66666 1 11111111111111 5555 22 1 22 2 1111111111111111 2222 5 333333333 00 0 88888888888 888888888888888888 1 22 1 555 22 22 22 1 1 1 22 9 9 9 9 9 7 9 9 9 9 000 9 7 11111 9 000 88 7 99 9 7 88 99 99 9
consensus : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCC--TTTC-TTTAAAA---TTGTTAAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--CCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTTTT-AAAATAGA-AATGTTTTGA-GTTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCA---------AAA--TAAAAAA-----------AA--C-----A--CA-----A-C--ATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TC-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCA
Reference ( family-4446 ) : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCC--TTTC-CTTAAAA---TTGTTAAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--CCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTTTT-AAAATAGA-AATGTTTTGA-GTTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCA---------AAA--TANAAAA-----------AA--C-----A--CA-----A-C--ATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TC-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|1 : TGT-A--AGCTTAAGT-TTTTTTA-AAAA-AGA-A-TGTTTTGACATTAAAGAAGTT-ACT----CTAGTTTAA-TT--GACA-CGT-GT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-AATTCC----T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--GGTGTAC----------------AAA---CGTCA---------AAAATTAAAAAA-----------AA--CAAAAAA--AA-----A-C--ATG-CA---GTCC--G--T--AT---TA-AT--G-TCC-TT-TGTCAT-TC-AT-TC-AAAG-CTTA-C-G-GC---A-GTACCG-----G-GG---CAG--TCATG--TTAAGA-TCGC-T--TT--G-CCTAGCA
gi|11 : atcacagGACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTCAATTGCACCCCTTTTC-TTTAAAATATTTGTTAAAGGC--TAT--TGTGCAT-----GTATGT----ATAATAA-TTGCTACT-TCATATTCTTTTCTTTACT--GAA-TGCAAAGCTTT-G-AAAAGCAGTT-ATTATTCACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTTATATTGTAA--AGCTTCAGT-TTTTTGT-AGAATAGACAATGGTTTGA-ATTAAAGAAGTtgacagaaggtttggttgttcaactccaaatatgacagactcgtattcaccagcgccacaggcgaatgcccgtaacaagggtgataaagtgtcacgaggtcactcataccatataaacggagatgacctgtgccacagtagttggaaccgcgcatcacttaccatattttctatagtaagacataagtccacaactatatacctagtacccttcagccccgtcacatatgttttcgaccctgactttcggtgaatggttgacgacttcattagataaatatttctcacccgttgaattcttcgagacggagtgatagccccacatttcaacaaacacaatacaaaagcttatagcgctcttcagatac
gi|12 : aTATTGT-A--ATCTTAAGT-TT-------AAGTAAA-TATGCTTTGA-GCTAAATAAGTTT------------TTAA-TT--GAGG-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGC-CCCCCCCCCCCCAAAAAAAA---CCCCAATAACCCCCAAA--CAAAAAA-----------AA--T-----A--C--------C--ATG-CA-----CC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TA-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TTA-T--TC-AGA-GCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|13 : AAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--CCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAGTT-A-TATTCA------tgcagaaggttggatgttcaaattccagtagtggcag
gi|13 : TGGTTATATTGT-A--AGCTTAATT-TTTTTTT-ATAATAGA-AATGTTTTGA-GTTGAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTAATATT-TAT-TGTCTAA-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT---------------T----G--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCA---------Acannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagcgcctgtggttatattgtaagcttaatttttttttataatagaaatgttttgagttgaagaagtttaatctattttaattgacactttgtgtaatatttattgtctaaatttttcaatccatttggtgctttttttgaacaaatgtgtcaaacgtcaa
gi|14 : aaagctatttgcatgtatattataatccacttcatattcttcctttactgaataaagctttgaaaagcagttatattcacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagcgcctgTATTGT-A--ATTTTACGT-T---------AGTAGA-AATTTCTTTA-GTTAAAGAAGTTTTTTTTTTCTATTTCAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-CAT-TGTTTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---ATAAA---------AAA--AACAAAA-----------AA--C-----A---A-----A-A--ATG-CA-----CC--GTAT--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTT-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GT---G-GTA-CGCCCGTT-GG---CAG--TTA-G--TC-AAA-GCG--T--TT--A-CCTAGCA
gi|15 : GACAGCTGTT-GTAG-CTGGCT---CGTTGAATTGCATCC--TTCC-TTTAAAA---ATGTTATA-TCCTTATAAT-TGCATC----GC---------TTATGGCT--CTGCTCCCATATTC-tgcaaaaggttgggtgatcaaa
gi|16 : caACAG--GTT-GTAGG-TGGTT-GACGTTGA-TTG-ATCT--T----CTTAA-----TTGTTAAA-GA---AT--T-TGCAT-----GTA--T----AT--TAA-T--GCACT-TC-TATTC--TCCTTTACT--G-A-T--AAAGCTT----GAAAGCAG-T-atatataagccaattgcttttactaacctcataactctctcatccagtctaatgctatatagcgagcgagcagcttacactctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgg
gi|16 : GATTAGATTGT-A---GCTTAAGTGGTGGGTT-AAAA-AGA-AA-GTTTTGA-ATTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-Ttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggggattagattgtagcttaagtggtgggttaaaaagaaagttttgaattaaagaagtttaatctattttaat
gi|17 : acaggttgtaggtggttgacgttgattgatcttcttaattgttaaagaatttgcatgtatattaatgcacttctattctcctttactgataaagcttgaaagcagttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTT--TT-AAAATAGA-AATGTTTTGA-ATTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCA---------AAA--TAAAAAA-----------AA--CA----A--CA-----A-C--ATT-CA---GTCC--G--T--ATAA-TA-AA--T-TCC-GT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC-----GTA-CG-----T--G---CAG--TCA-A--TT-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|18 : TTGT-A---TCTTAAGT-TT-------AGATA-A-AATATCTTGAAGTGAAAGAGTTTTTATTTT-CTGTTTTA--TT--GACGGCTTTGT--TTATATT-TATCTGTCTGT-ATCTTT---C-ATAC-TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----TAAA-ATAAA--TGTGT-C----------------AA--------A---------AAA--TAAAAAA-----------GA--------A---A-----A-C--ATG-CA---G-CG--G--T--AT-A-TA-AA--T-CCCTTT-TGTT-C-TC-AGATCAAAAGACTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T--G---CAG--TTA-G--TC-AG---CGGCT--TT--G-CCT
gi|2 : agTTTAA-CTCCGACA-CTTTGTAGTCATATA-TAT-TTTCTGTTATTTTT---CCA-A--TCC--A-T--TTTTGGT----GCCATATTCT-TC--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------GAAACCCGTCA---------AAA--TAAAAAAAAAAAAAAAAAAA--A-----A--CAGATACA-C--ATG-CAT--GTAC--G--CAAAT-A-TATAA--T-TCC-TTCTGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GCCGTG-GTA-CG-----TCGG---CAGCTCCA-GATTT-AGACTCG--T--GTGGG-CCTAG
gi|20 : ataTCTGT-ATTTTG---C-A-A--CAC--AAT--TT--GGT----GC----TTTT-----------------CC----T--A-ACAA---TGTAT-C----------------AAA---GG-CA---------AAA--TTTAAAA-----------AA--A-----A---A-----A-C--ATGGCAA--GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCT-TG-TGTC-TATC-AT-TCA---G-CTTA-C-G-GC---G--TA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TG-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCAtcatcgacatgctgagaggttggttgccattcaaatccaatgtagtgcagcagactctattcacagtccactgcaattgccgaatgccacgaacggattaacagtgtcttgatccaagtctgtcacgtacatcggaaagagaccatataaacggtaatgacctattgccacagtagttggaaccatcactgcttaacgagatgaaacgccgatcataaggtcaaaattttgcctatccttccagcaacagggtaataatggacgaacttcatagaaggtcgaaagattctcaccccgggattccaacgcatttgataaaaacaacaaacaaacaaaacgaaagcttagcggcttttcagttactttaag
gi|21 : TTTCA-GTAGAAGAAGTTTTTTTT--CCATTTTAAATT--CACG-CTTTGTTGTCATATTATAT-TGT-TGT-ATTTT----C-A-A--TCC--A-T--TT--G-T----GT----TTTT-TTTTTTTTTTTTTTTCCT----T--A-ACAAA--TGTGT-
gi|22 : gCAG-TGTTCGTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCA--TTTC-TTTAAAA---TTGTTAAAAGC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--GCACT-TCATATTC-TTCCTTTACTG-GAA-T---AAGCTTT-GAAAAAGCAG-T-attaaaaaaaatgcacccaatatacta
gi|23 : acG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGATGAATTGCATCC--TATC-GTTAAAA---TTGTTAAA-TC--TCT--T-TGCATACATTGTA--T----ATTATGT-T--CCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAACAG-T-tt
gi|24 : GACAA-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGGTGAATTGCATCC--TTTC-GTTAAAA---TTGTTAAA-AC--TCT--T-TGCAT-----G-------------------------------TTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-ta
gi|25 : a-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-TTTAGC-G-GC---G-GTA-TG-----T-GG---CAG--TTA-G--TC-GGA-GCG--T--TT--G-GCTAGCAt
gi|26 : AG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GAC--------GC-----------------------GTGAAA-GC--TCT--T-TACAT-----GTA--TTAATGTTATGT-T--CCACT-TCATATT--TTCC-TTACTGCGAATT--AAAGCTTT-A-GAAAGCAtgcagaatgttggatgttcagatcccagtagtgacagcc
gi|27 : AAAA-----------AA--C-----AA-CA-----A-T--ATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TT-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGC
gi|3 : T-ATTTTTATCT-A-A--TCCCCA-TGCTT--GGTTCTGGC----TTCTGTT--------------CTCCTTT--ACACAAAACTGTGT-C----------------AAA---AGTCC---------AAA--TTTAAAA-----------AA--------A--CA-----A-CGCATG-CA---GTCCTCG--T--AT-AGTA-AACCT-TCC-TT-TGTC-T-TC-AC-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTATCG-----T-GG---CAGC-TCATG--TC-AGATTCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|4 : GACAG-TGTTTGTAGGCTGGTTTGACGTTGAATTCCATCC--TTTCGTTTAAAA---TTGTTAAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--GCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTTTG-AAAAGCAG-TTA-TATT------------TCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTT---AAAATAGA-A-TGTTTTGA-ATTAAAGAAGTT-AAT----CTATTT-AA-TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTT----C-A-A--TCC--A-G--TT--GGT----GC----TTTT-TC--------------------T--A-ACAAA--TG-GT-C----------------AAA---CGTCA---------AAA--TAAAAAA-----------AAACC-----AAACA-----AGC--ATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TCAAT-TC-AAAG-CTTAGC---GC---G-GTA-CG-------GG---CAG--TCA-G--TT-AGA-TCA--T--TT--GTCCTAGCAtgcagaaggtggttgttcaaatcccagtggtgacagaagcttcgatatttcacagctgcatgcctgtaatgtcctggtatatagggtgggtgatcaagtggatcacggtgcattcgcgaataatgaccactcgatataatggatgaacctgtggcacatgtgagttggagaccggaattcatcatgctttaacggtgaaaatcccgatcataggtccctaaggacatttgcctctatccctataccgcgatcggcagaaattgctgacgtctttcacactcacgcaaagtgaattagattctccagatgacagaataacaaccaaaccaaatgacagacaaaagct
gi|5 : aGACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCC--TTTT-CTTTAAA---TTGTTAAA-G---TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--CCACT-TCATAT-C-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-ATTAGCTGAAGT-TTTTTTT-ACAATAGA-AATGTTTCGA-GTTAAAGAAATTTAAT----CTATTTTA--TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TAA-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---AGTCA---------AAA--TTTAAAA-----------AA--C--------C--------C--ATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TT-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---A-GTA-CA-----T-GG---CAG--TCA-G--TC-GGA-TCG--T--TT--G-TCTAGCAtg
gi|6 : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCA--TTTC-TTTAAAA---T-GTTTAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--TT---ATTATAA-T--GCA-T-CCATATTC-TTCCTT-ATT--AAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-TTA-TATTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTT-TTTAAAAATAGA-AATGTTTTGA-ATTAAAGAAGTGTAA-----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTCTAATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGTCC----------------AAA---CGTCA---------AAA--TAAAAAA-----------AA--CA----A--TA-----A-T--ATG-CA---GTCC--A--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-T-TC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGCTG-GT---GCGTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TT-AGA-TCA--T--TT--G-CCTAGCA
gi|7 : -C--ACG-CACACGTC---A--T--AT-A--A-AA--TGTCC-TT-TGTT-T-TCTAT-TTAAA-G-CTTAGT-GAGT---G-GTA-C------T-GGGGCCAG--TTA-G--TC-AGA-GCG--TGGTT--G-CCTAGCA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TAGCAATGCAGAAGATAGGTTGTTCAAGTATCCCAGTGGATGACAGAATCGTATCAGAGCTGCATGCCGAATGCCTGTGTAAAGGTGTGAGTTCAAGTGTACAGCGGGTCATACGGAAGATAGACATATTGAACGCGACTTGCCCTGTGGCCACAGGTCAGTTGGAACCATCACTGCTAGCAGGTGAAACCCAACCTATAGGTCAAAATTGTGCTATCTTCGATCAGAGCGTAATGTTGACGACTTAATAGACCGGTTAAAGATTCCACCGGGATTGCTCAAGATGCGACAAAAATAACAAACAACTAATACAAAAGCTTAGCGCTTTTTCAGTATTTAAAAGTACT
Unaligned ( gi|9 ): TAGCAATGCAGAAGATAGGTTGTTCAAGTATCCCAGTGGATGACAGAATCGTATCAGAGCTGCATGCCGAATGCCTGTGTAAAGGTGTGAGTTCAAGTGTACAGCGGGTCATACGGAAGATAGACATATTGAACGCGACTTGCCCTGTGGCCACAGGTCAGTTGGAACCATCACTGCTAGCAGGTGAAACCCAACCTATAGGTCAAAATTGTGCTATCTTCGATCAGAGCGTAATGTTGACGACTTAATAGACCGGTTAAAGATTCCACCGGGATTGCTCAAGATGCGACAAAAATAACAAACAACTAATACAAAAGCTTAGCGCTTTTTCAGTATTTAAAAGTACT
Unaligned ( gi|10 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACCATCACAGTTGACTGCTTAACGGGTGAAACCCGATCATAGGTCAAAATTTCAGCTATCCTTAACGTAATGTTGCGACATTCATCAGAAGTGAAAGACTTCTCACGACCGGGATTCTCAAGATGACAAAAACTAACAAACATAACCAAACAAAAGCTTTAGCGCTTTCAGTACTTT
Unaligned ( gi|19 ): ATATTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTACTACTCAAGCTTAGAGTATTCTTCTTTAAAAATAAGAGACAATGTTTTGGGAAATTAAA
Unaligned ( gi|28 ): GCAGAAGGTTGGTTGTTCAAATCTAAGTAGCGACAGCCTCGTATTAACAGCTGCAATGCCGAATGCC
Unaligned ( gi|29 ): TCAATACTTTGTGTATTTGTTGATTGTCGTGAAATTAATAAATAAAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 1111111 11111 11111111111111 2222222222222222 111111111 11111111111 333333333333333333 111
lowQualScore : 4 8 4 888 4 777 7 55 55 3 22222 1111111 3 666 3 3 99 4 55 4 4 8 8 8 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 55 3 444444 3 6 9999999 3 55 33 7 3 3 3 5555 3 3 77 44 3 44 44 6666 22222 3 88888888888888 6666 44 3 44 6 0000000000000000 8888 222222222 44 44 3 3 44444444444 888888888888888888 3 3 111 44 44 44 3 3 3 44 2 2 2 2 2 5 2 2 2 2 555 2 5 77777 2 555 66 5 33 2 5 66 33 33 2
lowQualScore : . . . ... . ... . .. .. . ..... ....... . ... . . .. . .. . . . . . ................................................................................................... . .. . ...... . . ....... . .. .. . . . . .... . . .. .. . .. .. .... ..... . .............. .... .. . .. . ................ .... ......... .. .. . . ........... .................. . . ... .. .. .. . . . .. . . . . . . . . . . ... . . ..... . ... .. . .. . . .. .. .. .
lowQualScore : 0 0 0 000 0 000 3 00 00 6 77777 7777777 6 444 6 6 55 0 55 0 0 9 9 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 00 6 777777 6 7 4444444 3 00 88 3 6 6 1 8888 1 1 33 22 1 22 22 5555 66666 1 11111111111111 5555 22 1 22 2 4444444444444444 8888 333333333 66 66 3 1 66666666666 000000000000000000 1 1 555 22 22 22 1 1 1 22 9 9 9 9 9 7 9 9 9 9 000 9 7 11111 9 000 88 7 99 9 7 88 99 99 9
consensus : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCC--TTTC-TTTAAAA---TTGTTAAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--CCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTTTT-AAAATAGA-AATGTTTTGA-GTTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCA---------AAA--T--A-A-AAA-----------AAA--C-----A--CA-----A-CATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TC-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCA
Reference ( family-4446 ) : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCC--TTTC-TTTAAAA---TTGTTAAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--CCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTTTT-AAAATAGA-AATGTTTTGA-GTTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCA---------AAA--T--A-A-AAA-----------AAA--C-----A--CA-----A-CATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TC-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|1 : TGT-A--AGCTTAAGT-TTTTTTA-AAAA-AGA-A-TGTTTTGACATTAAAGAAGTT-ACT----CTAGTTTAA-TT--GACA-CGT-GT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-AATTCC----T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--GGTGTAC----------------AAA---CGTCA---------AAAATT--A-A-AAA-----------AAA--CAAAAAA--AA-----A-CATG-CA---GTCC--G--T--AT---TA-AT--G-TCC-TT-TGTCAT-TC-AT-TC-AAAG-CTTA-C-G-GC---A-GTACCG-----G-GG---CAG--TCATG--TTAAGA-TCGC-T--TT--G-CCTAGCA
gi|11 : atcacagGACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTCAATTGCACCCCTTTTC-TTTAAAATATTTGTTAAAGGC--TAT--TGTGCAT-----GTATGT----ATAATAA-TTGCTACT-TCATATTCTTTTCTTTACT--GAA-TGCAAAGCTTT-G-AAAAGCAGTT-ATTATTCACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTTATATTGTAA--AGCTTCAGT-TTTTTGT-AGAATAGACAATGGTTTGA-ATTAAAGAAGTtgacagaaggtttggttgttcaactccaaatatgacagactcgtattcaccagcgccacaggcgaatgcccgtaacaagggtgataaagtgtcacgaggtcactcataccatataaacggagatgacctgtgccacagtagttggaaccgcgcatcacttaccatattttctatagtaagacataagtccacaactatatacctagtacccttcagccccgtcacatatgttttcgaccctgactttcggtgaatggttgacgacttcattagataaatatttctcacccgttgaattcttcgagacggagtgatagccccacatttcaacaaacacaatacaaaagcttatagcgctcttcagatac
gi|12 : aTATTGT-A--ATCTTAAGT-TT-------AAGTAAA-TATGCTTTGA-GCTAAATAAGTTT------------TTAA-TT--GAGG-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGC-CCCCCCCCCCCCAAAAAAAA---CCCCAATAACCCCCAAA--C--A-A-AAA-----------AAA--T-----A--C--------CATG-CA-----CC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TA-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TTA-T--TC-AGA-GCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|13 : AAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--CCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAGTT-A-TATTCA------tgcagaaggttggatgttcaaattccagtagtggcag
gi|13 : TGGTTATATTGT-A--AGCTTAATT-TTTTTTT-ATAATAGA-AATGTTTTGA-GTTGAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTAATATT-TAT-TGTCTAA-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT---------------T----G--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCA---------Acannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagcgcctgtggttatattgtaagcttaatttttttttataatagaaatgttttgagttgaagaagtttaatctattttaattgacactttgtgtaatatttattgtctaaatttttcaatccatttggtgctttttttgaacaaatgtgtcaaacgtcaa
gi|14 : aaagctatttgcatgtatattataatccacttcatattcttcctttactgaataaagctttgaaaagcagttatattcacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagcgcctgTATTGT-A--ATTTTACGT-T---------AGTAGA-AATTTCTTTA-GTTAAAGAAGTTTTTTTTTTCTATTTCAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-CAT-TGTTTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA----ATAA---------AAA--A--A-ACAAA-----------AAA--C-----A---A-----A-AATG-CA-----CC--GTAT--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTT-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GT---G-GTA-CGCCCGTT-GG---CAG--TTA-G--TC-AAA-GCG--T--TT--A-CCTAGCA
gi|15 : GACAGCTGTT-GTAG-CTGGCT---CGTTGAATTGCATCC--TTCC-TTTAAAA---ATGTTATA-TCCTTATAAT-TGCATC----GC---------TTATGGCT--CTGCTCCCATATTC-tgcaaaaggttgggtgatcaaa
gi|16 : caACAG--GTT-GTAGG-TGGTT-GACGTTGA-TTG-ATC----TTC-TT---AA---TTGTTAAA-GA---AT--T-TGCAT-----GTA--T----AT--TAA-T--GCACT-TC-TATTC--TCCTTTACT--G-A-T--AAAGCTT----GAAAGCAG-T-atatataagccaattgcttttactaacctcataactctctcatccagtctaatgctatatagcgagcgagcagcttacactctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgg
gi|16 : GATTAGATTGT-A---GCTTAAGTGGTGGGTT-AAAA-AGA-AA-GTTTTGA-ATTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-Ttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggggattagattgtagcttaagtggtgggttaaaaagaaagttttgaattaaagaagtttaatctattttaat
gi|17 : acaggttgtaggtggttgacgttgattgatcttcttaattgttaaagaatttgcatgtatattaatgcacttctattctcctttactgataaagcttgaaagcagttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTT--TT-AAAATAGA-AATGTTTTGA-ATTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCA---------AAA--T--A-A-AAA-----------AAA--CA----A--CA-----A-CATT-CA---GTCC--G--T--ATAA-TA-AA--T-TCC-GT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC-----GTA-CG-----T--G---CAG--TCA-A--TT-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|18 : TTGT-A---TCTTAAGT-TT-------AGATA-A-AATATCTTGAAGTGAAAGAGTTTTTATTTT-CTGTTTTA--TT--GACGGCTTTGT--TTATATT-TATCTGTCTGT-ATCTTT---C-ATAC-TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----TAAA-ATAAA--TGTGT-C----------------AA--------A---------AAA--T--A-A-AAA-----------AGA--------A---A-----A-CATG-CA---G-CG--G--T--AT-A-TA-AA--T-CCCTTT-TGTT-C-TC-AGATCAAAAGACTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T--G---CAG--TTA-G--TC-AG---CGGCT--TT--G-CCT
gi|2 : agTTTAA-CTCCGACA-CTTTGTAGTCATATA-TAT-TTTCTGTTATTTTT---CCA-A--TCC--A-T--TTTTGGT----GCCATATTCT-TC--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------GAAACCCGTCA---------AAA--T--A-A-AAAAAAAAAAAAAAAAA--A-----A--CAGATACA-CATG-CAT--GTAC--G--CAAAT-A-TATAA--T-TCC-TTCTGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GCCGTG-GTA-CG-----TCGG---CAGCTCCA-GATTT-AGACTCG--T--GTGGG-CCTAG
gi|20 : ataTCTGT-ATTTTG---C-A-A--CAC--AAT--TT--GGT----GC----TTTT-----------------CC----T--A-ACAA---TGTAT-C----------------AAA---GG-CA---------AAA--TTTA-A-AAA-----------AAA------------A-----A-CATGGCAA--GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCT-TG-TGTC-TATC-AT-TCA---G-CTTA-C-G-GC---G--TA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TG-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCAtcatcgacatgctgagaggttggttgccattcaaatccaatgtagtgcagcagactctattcacagtccactgcaattgccgaatgccacgaacggattaacagtgtcttgatccaagtctgtcacgtacatcggaaagagaccatataaacggtaatgacctattgccacagtagttggaaccatcactgcttaacgagatgaaacgccgatcataaggtcaaaattttgcctatccttccagcaacagggtaataatggacgaacttcatagaaggtcgaaagattctcaccccgggattccaacgcatttgataaaaacaacaaacaaacaaaacgaaagcttagcggcttttcagttactttaag
gi|21 : TTTCA-GTAGAAGAAGTTTTTTTT--CCATTTTAAATT--CACG-CTTTGTTGTCATATTATAT-TGT-TGT-ATTTT----C-A-A--TCC--A-T--TT--G-T----GT----TTTT-TTTTTTTTTTTTTTTCCT----T--A-ACAAA--TGTGT---------------------------------------AT--T--A-A-AAA-----------AAA--T-----G--CA-----
gi|22 : gCAG-TGTTCGTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCA--TTTC-TTTAAAA---TTGTTAAAAGC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--GCACT-TCATATTC-TTCCTTTACTG-GAA-T---AAGCTTT-GAAAAAGCAG-T-cccaatatacta
gi|23 : acG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGATGAATTGCATCC--TATC-GTTAAAA---TTGTTAAA-TC--TCT--T-TGCATACATTGTA--T----ATTATGT-T--CCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAACAG-T-tt
gi|24 : GACAA-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGGTGAATTGCATCC--TTTC-GTTAAAA---TTGTTAAA-AC--TCT--T-TGCAT-----G-------------------------------TTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-ta
gi|25 : a-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-TTTAGC-G-GC---G-GTA-TG-----T-GG---CAG--TTA-G--TC-GGA-GCG--T--TT--G-GCTAGCAt
gi|26 : AG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GAC--------GC-----------------------GTGAAA-GC--TCT--T-TACAT-----GTA--TTAATGTTATGT-T--CCACT-TCATATT--TTCC-TTACTGCGAATT--AAAGCTTT-A-GAAAGCAtgcagaatgttggatgttcagatcccagtagtgacagcc
gi|27 : -AAA-----------AAA--C-----AA-CA-----A-TATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TT-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGC
gi|3 : T-ATTTTTATCT-A-A--TCCCCA-TGCTT--GGTTCTGGC----TTCTGTT--------------CTCCTTT--ACACAAAACTGTGT-C----------------AAA---AGTCC---------AAA--T--TTA-AAA-----------AAA--C-----A--AC-----G-CATG-CA---GTCCTCG--T--AT-AGTA-AACCT-TCC-TT-TGTC-T-TC-AC-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTATCG-----T-GG---CAGC-TCATG--TC-AGATTCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|4 : GACAG-TGTTTGTAGGCTGGTTTGACGTTGAATTCCATCC--TTTCGTTTAAAA---TTGTTAAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--GCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTTTG-AAAAGCAG-TTA-TATT------------TCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTT---AAAATAGA-A-TGTTTTGA-ATTAAAGAAGTT-AAT----CTATTT-AA-TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTT----C-A-A--TCC--A-G--TT--GGT----GC----TTTT-TC--------------------T--A-ACAAA--TG-GT-C----------------AAA---CGTCA---------AAA--T--A-A-AAA-----------AAAACC-----AAACA-----AGCATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TCAAT-TC-AAAG-CTTAGC---GC---G-GTA-CG-------GG---CAG--TCA-G--TT-AGA-TCA--T--TT--GTCCTAGCAtgcagaaggtggttgttcaaatcccagtggtgacagaagcttcgatatttcacagctgcatgcctgtaatgtcctggtatatagggtgggtgatcaagtggatcacggtgcattcgcgaataatgaccactcgatataatggatgaacctgtggcacatgtgagttggagaccggaattcatcatgctttaacggtgaaaatcccgatcataggtccctaaggacatttgcctctatccctataccgcgatcggcagaaattgctgacgtctttcacactcacgcaaagtgaattagattctccagatgacagaataacaaccaaaccaaatgacagacaaaagct
gi|5 : aGACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCC--TTTT-CTTTAAA---TTGTTAAA-G---TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--CCACT-TCATAT-C-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-ATTAGCTGAAGT-TTTTTTT-ACAATAGA-AATGTTTCGA-GTTAAAGAAATTTAAT----CTATTTTA--TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TAA-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---AGTCA---------AAA--T--T-T-AAA-----------AAA--C--------C--------CATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TT-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---A-GTA-CA-----T-GG---CAG--TCA-G--TC-GGA-TCG--T--TT--G-TCTAGCAtg
gi|6 : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCA--TTTC-TTTAAAA---T-GTTTAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--TT---ATTATAA-T--GCA-T-CCATATTC-TTCCTT-ATT--AAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-TTA-TATTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTT-TTTAAAAATAGA-AATGTTTTGA-ATTAAAGAAGTGTAA-----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTCTAATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGTCC----------------AAA---CGTCA---------AAA--T--A-A-AAA-----------AAA--CA----A--TA-----A-TATG-CA---GTCC--A--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-T-TC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGCTG-GT---GCGTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TT-AGA-TCA--T--TT--G-CCTAGCA
gi|7 : -CACG-CACACGTC---A--T--AT-A--A-AA--TGTCC-TT-TGTT-T-TCTAT-TTAAA-G-CTTAGT-GAGT---G-GTA-C------T-GGGGCCAG--TTA-G--TC-AGA-GCG--TGGTT--G-CCTAGCA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TAGCAATGCAGAAGATAGGTTGTTCAAGTATCCCAGTGGATGACAGAATCGTATCAGAGCTGCATGCCGAATGCCTGTGTAAAGGTGTGAGTTCAAGTGTACAGCGGGTCATACGGAAGATAGACATATTGAACGCGACTTGCCCTGTGGCCACAGGTCAGTTGGAACCATCACTGCTAGCAGGTGAAACCCAACCTATAGGTCAAAATTGTGCTATCTTCGATCAGAGCGTAATGTTGACGACTTAATAGACCGGTTAAAGATTCCACCGGGATTGCTCAAGATGCGACAAAAATAACAAACAACTAATACAAAAGCTTAGCGCTTTTTCAGTATTTAAAAGTACT
Unaligned ( gi|9 ): TAGCAATGCAGAAGATAGGTTGTTCAAGTATCCCAGTGGATGACAGAATCGTATCAGAGCTGCATGCCGAATGCCTGTGTAAAGGTGTGAGTTCAAGTGTACAGCGGGTCATACGGAAGATAGACATATTGAACGCGACTTGCCCTGTGGCCACAGGTCAGTTGGAACCATCACTGCTAGCAGGTGAAACCCAACCTATAGGTCAAAATTGTGCTATCTTCGATCAGAGCGTAATGTTGACGACTTAATAGACCGGTTAAAGATTCCACCGGGATTGCTCAAGATGCGACAAAAATAACAAACAACTAATACAAAAGCTTAGCGCTTTTTCAGTATTTAAAAGTACT
Unaligned ( gi|10 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACCATCACAGTTGACTGCTTAACGGGTGAAACCCGATCATAGGTCAAAATTTCAGCTATCCTTAACGTAATGTTGCGACATTCATCAGAAGTGAAAGACTTCTCACGACCGGGATTCTCAAGATGACAAAAACTAACAAACATAACCAAACAAAAGCTTTAGCGCTTTCAGTACTTT
Unaligned ( gi|19 ): ATATTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTACTACTCAAGCTTAGAGTATTCTTCTTTAAAAATAAGAGACAATGTTTTGGGAAATTAAA
Unaligned ( gi|28 ): GCAGAAGGTTGGTTGTTCAAATCTAAGTAGCGACAGCCTCGTATTAACAGCTGCAATGCCGAATGCC
Unaligned ( gi|29 ): TCAATACTTTGTGTATTTGTTGATTGTCGTGAAATTAATAAATAAAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 1111111 11111 11111111111111 2222222222222222 111111111 11111111111 333333333333333333 111
lowQualScore : 4 8 4 888 4 777 7 55 55 3 22222 1111111 3 666 3 3 99 4 55 4 4 8 8 8 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 55 3 444444 3 6 9999999 3 55 33 7 3 3 3 5555 3 3 77 44 3 44 44 6666 22222 3 88888888888888 6666 44 3 44 6 0000000000000000 8888 222222222 44 44 3 3 44444444444 888888888888888888 3 3 111 44 44 44 3 3 3 44 2 2 2 2 2 5 2 2 2 2 555 2 5 77777 2 555 66 5 33 2 5 66 33 33 2
lowQualScore : . . . ... . ... . .. .. . ..... ....... . ... . . .. . .. . . . . . ................................................................................................... . .. . ...... . . ....... . .. .. . . . . .... . . .. .. . .. .. .... ..... . .............. .... .. . .. . ................ .... ......... .. .. . . ........... .................. . . ... .. .. .. . . . .. . . . . . . . . . . ... . . ..... . ... .. . .. . . .. .. .. .
lowQualScore : 0 0 0 000 0 000 3 00 00 6 77777 7777777 6 444 6 6 55 0 55 0 0 9 9 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 00 6 777777 6 7 4444444 3 00 88 3 6 6 1 8888 1 1 33 22 1 22 22 5555 66666 1 11111111111111 5555 22 1 22 2 4444444444444444 8888 333333333 66 66 3 1 66666666666 000000000000000000 1 1 555 22 22 22 1 1 1 22 9 9 9 9 9 7 9 9 9 9 000 9 7 11111 9 000 88 7 99 9 7 88 99 99 9
consensus : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCC--TTTC-TTTAAAA---TTGTTAAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--CCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTTTT-AAAATAGA-AATGTTTTGA-GTTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCA---------AAA--T--A-A-AAA-----------AAA--C-----A--CA-----A-CATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TC-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCA
Reference ( family-4446 ) : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCC--TTTC-TTTAAAA---TTGTTAAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--CCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTTTT-AAAATAGA-AATGTTTTGA-GTTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCA---------AAA--T--A-A-AAA-----------AAA--C-----A--CA-----A-CATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TC-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|1 : TGT-A--AGCTTAAGT-TTTTTTA-AAAA-AGA-A-TGTTTTGACATTAAAGAAGTT-ACT----CTAGTTTAA-TT--GACA-CGT-GT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-AATTCC----T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--GGTGTAC----------------AAA---CGTCA---------AAAATT--A-A-AAA-----------AAA--CAAAAAA--AA-----A-CATG-CA---GTCC--G--T--AT---TA-AT--G-TCC-TT-TGTCAT-TC-AT-TC-AAAG-CTTA-C-G-GC---A-GTACCG-----G-GG---CAG--TCATG--TTAAGA-TCGC-T--TT--G-CCTAGCA
gi|11 : atcacagGACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTCAATTGCACCCCTTTTC-TTTAAAATATTTGTTAAAGGC--TAT--TGTGCAT-----GTATGT----ATAATAA-TTGCTACT-TCATATTCTTTTCTTTACT--GAA-TGCAAAGCTTT-G-AAAAGCAGTT-ATTATTCACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTTATATTGTAA--AGCTTCAGT-TTTTTGT-AGAATAGACAATGGTTTGA-ATTAAAGAAGTtgacagaaggtttggttgttcaactccaaatatgacagactcgtattcaccagcgccacaggcgaatgcccgtaacaagggtgataaagtgtcacgaggtcactcataccatataaacggagatgacctgtgccacagtagttggaaccgcgcatcacttaccatattttctatagtaagacataagtccacaactatatacctagtacccttcagccccgtcacatatgttttcgaccctgactttcggtgaatggttgacgacttcattagataaatatttctcacccgttgaattcttcgagacggagtgatagccccacatttcaacaaacacaatacaaaagcttatagcgctcttcagatac
gi|12 : aTATTGT-A--ATCTTAAGT-TT-------AAGTAAA-TATGCTTTGA-GCTAAATAAGTTT------------TTAA-TT--GAGG-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGC-CCCCCCCCCCCCAAAAAAAA---CCCCAATAACCCCCAAA--C--A-A-AAA-----------AAA--T-----A--C--------CATG-CA-----CC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TA-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TTA-T--TC-AGA-GCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|13 : AAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--CCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAGTT-A-TATTCA------tgcagaaggttggatgttcaaattccagtagtggcag
gi|13 : TGGTTATATTGT-A--AGCTTAATT-TTTTTTT-ATAATAGA-AATGTTTTGA-GTTGAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTAATATT-TAT-TGTCTAA-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT---------------T----G--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCA---------Acannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagcgcctgtggttatattgtaagcttaatttttttttataatagaaatgttttgagttgaagaagtttaatctattttaattgacactttgtgtaatatttattgtctaaatttttcaatccatttggtgctttttttgaacaaatgtgtcaaacgtcaa
gi|14 : aaagctatttgcatgtatattataatccacttcatattcttcctttactgaataaagctttgaaaagcagttatattcacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagcgcctgTATTGT-A--ATTTTACGT-T---------AGTAGA-AATTTCTTTA-GTTAAAGAAGTTTTTTTTTTCTATTTCAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-CAT-TGTTTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA----ATAA---------AAA--A--A-ACAAA-----------AAA--C-----A---A-----A-AATG-CA-----CC--GTAT--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTT-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GT---G-GTA-CGCCCGTT-GG---CAG--TTA-G--TC-AAA-GCG--T--TT--A-CCTAGCA
gi|15 : GACAGCTGTT-GTAG-CTGGCT---CGTTGAATTGCATCC--TTCC-TTTAAAA---ATGTTATA-TCCTTATAAT-TGCATC----GC---------TTATGGCT--CTGCTCCCATATTC-tgcaaaaggttgggtgatcaaa
gi|16 : caACAG--GTT-GTAGG-TGGTT-GACGTTGA-TTG-ATC----TTC-TT---AA---TTGTTAAA-GA---AT--T-TGCAT-----GTA--T----AT--TAA-T--GCACT-TC-TATTC--TCCTTTACT--G-A-T--AAAGCTT----GAAAGCAG-T-atatataagccaattgcttttactaacctcataactctctcatccagtctaatgctatatagcgagcgagcagcttacactctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgg
gi|16 : GATTAGATTGT-A---GCTTAAGTGGTGGGTT-AAAA-AGA-AA-GTTTTGA-ATTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-Ttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggggattagattgtagcttaagtggtgggttaaaaagaaagttttgaattaaagaagtttaatctattttaat
gi|17 : acaggttgtaggtggttgacgttgattgatcttcttaattgttaaagaatttgcatgtatattaatgcacttctattctcctttactgataaagcttgaaagcagttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTT--TT-AAAATAGA-AATGTTTTGA-ATTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCA---------AAA--T--A-A-AAA-----------AAA--CA----A--CA-----A-CATT-CA---GTCC--G--T--ATAA-TA-AA--T-TCC-GT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC-----GTA-CG-----T--G---CAG--TCA-A--TT-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|18 : TTGT-A---TCTTAAGT-TT-------AGATA-A-AATATCTTGAAGTGAAAGAGTTTTTATTTT-CTGTTTTA--TT--GACGGCTTTGT--TTATATT-TATCTGTCTGT-ATCTTT---C-ATAC-TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----TAAA-ATAAA--TGTGT-C----------------AA--------A---------AAA--T--A-A-AAA-----------AGA--------A---A-----A-CATG-CA---G-CG--G--T--AT-A-TA-AA--T-CCCTTT-TGTT-C-TC-AGATCAAAAGACTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T--G---CAG--TTA-G--TC-AG---CGGCT--TT--G-CCT
gi|2 : agTTTAA-CTCCGACA-CTTTGTAGTCATATA-TAT-TTTCTGTTATTTTT---CCA-A--TCC--A-T--TTTTGGT----GCCATATTCT-TC--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------GAAACCCGTCA---------AAA--T--A-A-AAAAAAAAAAAAAAAAA--A-----A--CAGATACA-CATG-CAT--GTAC--G--CAAAT-A-TATAA--T-TCC-TTCTGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GCCGTG-GTA-CG-----TCGG---CAGCTCCA-GATTT-AGACTCG--T--GTGGG-CCTAG
gi|20 : ataTCTGT-ATTTTG---C-A-A--CAC--AAT--TT--GGT----GC----TTTT-----------------CC----T--A-ACAA---TGTAT-C----------------AAA---GG-CA---------AAA--TTTA-A-AAA-----------AAA------------A-----A-CATGGCAA--GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCT-TG-TGTC-TATC-AT-TCA---G-CTTA-C-G-GC---G--TA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TG-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCAtcatcgacatgctgagaggttggttgccattcaaatccaatgtagtgcagcagactctattcacagtccactgcaattgccgaatgccacgaacggattaacagtgtcttgatccaagtctgtcacgtacatcggaaagagaccatataaacggtaatgacctattgccacagtagttggaaccatcactgcttaacgagatgaaacgccgatcataaggtcaaaattttgcctatccttccagcaacagggtaataatggacgaacttcatagaaggtcgaaagattctcaccccgggattccaacgcatttgataaaaacaacaaacaaacaaaacgaaagcttagcggcttttcagttactttaag
gi|21 : TTTCA-GTAGAAGAAGTTTTTTTT--CCATTTTAAATT--CACG-CTTTGTTGTCATATTATAT-TGT-TGT-ATTTT----C-A-A--TCC--A-T--TT--G-T----GT----TTTT-TTTTTTTTTTTTTTTCCT----T--A-ACAAA--TGTGT---------------------------------------AT--T--A-A-AAA-----------AAA--T-----G--CA-----
gi|22 : gCAG-TGTTCGTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCA--TTTC-TTTAAAA---TTGTTAAAAGC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--GCACT-TCATATTC-TTCCTTTACTG-GAA-T---AAGCTTT-GAAAAAGCAG-T-cccaatatacta
gi|23 : acG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGATGAATTGCATCC--TATC-GTTAAAA---TTGTTAAA-TC--TCT--T-TGCATACATTGTA--T----ATTATGT-T--CCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAACAG-T-tt
gi|24 : GACAA-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGGTGAATTGCATCC--TTTC-GTTAAAA---TTGTTAAA-AC--TCT--T-TGCAT-----G-------------------------------TTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-ta
gi|25 : a-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-TTTAGC-G-GC---G-GTA-TG-----T-GG---CAG--TTA-G--TC-GGA-GCG--T--TT--G-GCTAGCAt
gi|26 : AG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GAC--------GC-----------------------GTGAAA-GC--TCT--T-TACAT-----GTA--TTAATGTTATGT-T--CCACT-TCATATT--TTCC-TTACTGCGAATT--AAAGCTTT-A-GAAAGCAtgcagaatgttggatgttcagatcccagtagtgacagcc
gi|27 : -AAA-----------AAA--C-----AA-CA-----A-TATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TT-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGC
gi|3 : T-ATTTTTATCT-A-A--TCCCCA-TGCTT--GGTTCTGGC----TTCTGTT--------------CTCCTTT--ACACAAAACTGTGT-C----------------AAA---AGTCC---------AAA--T--TTA-AAA-----------AAA--C-----A--AC-----G-CATG-CA---GTCCTCG--T--AT-AGTA-AACCT-TCC-TT-TGTC-T-TC-AC-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTATCG-----T-GG---CAGC-TCATG--TC-AGATTCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|4 : GACAG-TGTTTGTAGGCTGGTTTGACGTTGAATTCCATCC--TTTCGTTTAAAA---TTGTTAAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--GCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTTTG-AAAAGCAG-TTA-TATT------------TCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTT---AAAATAGA-A-TGTTTTGA-ATTAAAGAAGTT-AAT----CTATTT-AA-TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTT----C-A-A--TCC--A-G--TT--GGT----GC----TTTT-TC--------------------T--A-ACAAA--TG-GT-C----------------AAA---CGTCA---------AAA--T--A-A-AAA-----------AAAACC-----AAACA-----AGCATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TCAAT-TC-AAAG-CTTAGC---GC---G-GTA-CG-------GG---CAG--TCA-G--TT-AGA-TCA--T--TT--GTCCTAGCAtgcagaaggtggttgttcaaatcccagtggtgacagaagcttcgatatttcacagctgcatgcctgtaatgtcctggtatatagggtgggtgatcaagtggatcacggtgcattcgcgaataatgaccactcgatataatggatgaacctgtggcacatgtgagttggagaccggaattcatcatgctttaacggtgaaaatcccgatcataggtccctaaggacatttgcctctatccctataccgcgatcggcagaaattgctgacgtctttcacactcacgcaaagtgaattagattctccagatgacagaataacaaccaaaccaaatgacagacaaaagct
gi|5 : aGACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCC--TTTT-CTTTAAA---TTGTTAAA-G---TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--CCACT-TCATAT-C-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-ATTAGCTGAAGT-TTTTTTT-ACAATAGA-AATGTTTCGA-GTTAAAGAAATTTAAT----CTATTTTA--TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TAA-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---AGTCA---------AAA--T--T-T-AAA-----------AAA--C--------C--------CATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TT-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---A-GTA-CA-----T-GG---CAG--TCA-G--TC-GGA-TCG--T--TT--G-TCTAGCAtg
gi|6 : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCA--TTTC-TTTAAAA---T-GTTTAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--TT---ATTATAA-T--GCA-T-CCATATTC-TTCCTT-ATT--AAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-TTA-TATTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTT-TTTAAAAATAGA-AATGTTTTGA-ATTAAAGAAGTGTAA-----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTCTAATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGTCC----------------AAA---CGTCA---------AAA--T--A-A-AAA-----------AAA--CA----A--TA-----A-TATG-CA---GTCC--A--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-T-TC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGCTG-GT---GCGTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TT-AGA-TCA--T--TT--G-CCTAGCA
gi|7 : -CACG-CACACGTC---A--T--AT-A--A-AA--TGTCC-TT-TGTT-T-TCTAT-TTAAA-G-CTTAGT-GAGT---G-GTA-C------T-GGGGCCAG--TTA-G--TC-AGA-GCG--TGGTT--G-CCTAGCA
blockSeqs : C C T C G . A CT AA . ACATT TTAAT C C C . GC T . T A T T . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A TT G TTTGT C A TTTTTTT A CC GG A A C T TATC C T C CC A GC TT TCTG CATAT G TTTTTTTTTTTTTC CCTT AA C AC C CCCCCCCCCCCAAAAA ACCC ATAACCCCC . TT T C AAAAAAAAAAA AACAGATAC G G CAC TC TA AA A G T CC G T C . A A A A T A CGT C T CCCGT C GGC CT T AT . C GC GG GG T
blockSeqs : . T . A . . . . . . C TT . C . . G . . . . . T . TCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . TTTTT . . TATTTT . . G T . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . C . . . . . . ACCAAACA . . T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . C . . . T . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . T . G . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . GGGTT . . TTTTT . . A . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . C . . . . . . CAACA . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . T . G . . . . . . . . . . . . . TTTTT . . AAT . . G . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . C . . . . . . CAACA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . . . TTTTA . . AAT . . A . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . CAATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . . . TTT . . AAT . . A . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . TGCA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . T . G . . . . . . . . . . . . TTT . . AAT . . G . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . C . . . . . . CAAC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . A . . . . G . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . TAC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . AA . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . CAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : C** *** T****** C** ** ** ** CAACA************* **
originalCons : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCC--TTTC-TTTAAAA---TTGTTAAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--CCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTTTT-AAAATAGA-AATGTTTTGA-GTTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCA---------AAA--T--A-A-AAA-----------AAA--C-----A--CA-----A-CATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TC-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCA
finalCons : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCC--TTTC-TTTAAAA---TTGTTAAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTAT------ATTATAA-TC--CACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTTTT-AAAATAGA-AATGTTTTGA-GTTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCA---------AAA--T--A-A-AAA-----------AAACAACA-------------A-CATG-CA---GTCC--G--T--AT-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TC-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TAGCAATGCAGAAGATAGGTTGTTCAAGTATCCCAGTGGATGACAGAATCGTATCAGAGCTGCATGCCGAATGCCTGTGTAAAGGTGTGAGTTCAAGTGTACAGCGGGTCATACGGAAGATAGACATATTGAACGCGACTTGCCCTGTGGCCACAGGTCAGTTGGAACCATCACTGCTAGCAGGTGAAACCCAACCTATAGGTCAAAATTGTGCTATCTTCGATCAGAGCGTAATGTTGACGACTTAATAGACCGGTTAAAGATTCCACCGGGATTGCTCAAGATGCGACAAAAATAACAAACAACTAATACAAAAGCTTAGCGCTTTTTCAGTATTTAAAAGTACT
Unaligned ( gi|9 ): TAGCAATGCAGAAGATAGGTTGTTCAAGTATCCCAGTGGATGACAGAATCGTATCAGAGCTGCATGCCGAATGCCTGTGTAAAGGTGTGAGTTCAAGTGTACAGCGGGTCATACGGAAGATAGACATATTGAACGCGACTTGCCCTGTGGCCACAGGTCAGTTGGAACCATCACTGCTAGCAGGTGAAACCCAACCTATAGGTCAAAATTGTGCTATCTTCGATCAGAGCGTAATGTTGACGACTTAATAGACCGGTTAAAGATTCCACCGGGATTGCTCAAGATGCGACAAAAATAACAAACAACTAATACAAAAGCTTAGCGCTTTTTCAGTATTTAAAAGTACT
Unaligned ( gi|10 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACCATCACAGTTGACTGCTTAACGGGTGAAACCCGATCATAGGTCAAAATTTCAGCTATCCTTAACGTAATGTTGCGACATTCATCAGAAGTGAAAGACTTCTCACGACCGGGATTCTCAAGATGACAAAAACTAACAAACATAACCAAACAAAAGCTTTAGCGCTTTCAGTACTTT
Unaligned ( gi|19 ): ATATTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTACTACTCAAGCTTAGAGTATTCTTCTTTAAAAATAAGAGACAATGTTTTGGGAAATTAAA
Unaligned ( gi|28 ): GCAGAAGGTTGGTTGTTCAAATCTAAGTAGCGACAGCCTCGTATTAACAGCTGCAATGCCGAATGCC
Unaligned ( gi|29 ): TCAATACTTTGTGTATTTGTTGATTGTCGTGAAATTAATAAATAAAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 1111111 11111 11111111111111 2222222222222222 1111111 1111111111 2222222222222222 111
lowQualScore : 4 8 4 888 4 777 7 55 55 3 22222 1111111 3 666 3 3 99 4 55 4 4 8 8 8 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 55 3 444444 3 6 9999999 3 55 33 7 3 3 3 555 3 3 77 44 3 44 44 6666 22222 3 88888888888888 6666 44 3 44 6 0000000000000000 8888 3 4444444 3 3 3 3333333333 0000000000000000 3 111 44 44 44 3 3 3 44 2 2 2 2 2 5 2 2 2 2 555 2 5 77777 2 555 66 5 33 2 5 66 33 33 2
lowQualScore : . . . ... . ... . .. .. . ..... ....... . ... . . .. . .. . . . . . ................................................................................................... . .. . ...... . . ....... . .. .. . . . . ... . . .. .. . .. .. .... ..... . .............. .... .. . .. . ................ .... . ....... . . . .......... ................ . ... .. .. .. . . . .. . . . . . . . . . . ... . . ..... . ... .. . .. . . .. .. .. .
lowQualScore : 0 0 0 000 0 000 3 00 00 6 77777 7777777 6 444 6 6 55 0 55 0 0 9 9 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 00 6 777777 6 7 4444444 3 00 88 3 6 6 1 444 1 1 33 22 1 22 22 5555 66666 1 11111111111111 5555 22 1 22 2 4444444444444444 8888 1 0000000 3 1 1 5555555555 2222222222222222 1 555 22 22 22 1 1 1 22 9 9 9 9 9 7 9 9 9 9 000 9 7 11111 9 000 88 7 99 9 7 88 99 99 9
consensus : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCC--TTTC-TTTAAAA---TTGTTAAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--CCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTTTT-AAAATAGA-AATGTTTTGA-GTTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCAA-AA----T--A-A-A-AAA----------AAC----AACA-----A-CATG-CA---GTCC--G--TA--T-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TC-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCA
Reference ( family-4446 ) : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCC--TTTC-TTTAAAA---TTGTTAAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--CCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTTTT-AAAATAGA-AATGTTTTGA-GTTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCAA-AA----T--A-A-A-AAA----------AAC----AACA-----A-CATG-CA---GTCC--G--TA--T-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TC-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|1 : TGT-A--AGCTTAAGT-TTTTTTA-AAAA-AGA-A-TGTTTTGACATTAAAGAAGTT-ACT----CTAGTTTAA-TT--GACA-CGT-GT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-AATTCC----T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--GGTGTAC----------------AAA---CGTCAA-AAAT--T--A-A-A-AAA----------AACAAAAAAAA-----A-CATG-CA---GTCC--G--TA--T---TA-AT--G-TCC-TT-TGTCAT-TC-AT-TC-AAAG-CTTA-C-G-GC---A-GTACCG-----G-GG---CAG--TCATG--TTAAGA-TCGC-T--TT--G-CCTAGCA
gi|11 : atcacagGACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTCAATTGCACCCCTTTTC-TTTAAAATATTTGTTAAAGGC--TAT--TGTGCAT-----GTATGT----ATAATAA-TTGCTACT-TCATATTCTTTTCTTTACT--GAA-TGCAAAGCTTT-G-AAAAGCAGTT-ATTATTCACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTTATATTGTAA--AGCTTCAGT-TTTTTGT-AGAATAGACAATGGTTTGA-ATTAAAGAAGTtgacagaaggtttggttgttcaactccaaatatgacagactcgtattcaccagcgccacaggcgaatgcccgtaacaagggtgataaagtgtcacgaggtcactcataccatataaacggagatgacctgtgccacagtagttggaaccgcgcatcacttaccatattttctatagtaagacataagtccacaactatatacctagtacccttcagccccgtcacatatgttttcgaccctgactttcggtgaatggttgacgacttcattagataaatatttctcacccgttgaattcttcgagacggagtgatagccccacatttcaacaaacacaatacaaaagcttatagcgctcttcagatac
gi|12 : aTATTGT-A--ATCTTAAGT-TT-------AAGTAAA-TATGCTTTGA-GCTAAATAAGTTT------------TTAA-TT--GAGG-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGC-CCCCCCCCCCCCAAAAAAAA---CCCCAATAACCCCC--A-A-ACAAA----------AAA----AATA-----C-CATG-CA-----CC--G--TA--T-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TA-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TTA-T--TC-AGA-GCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|13 : AAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--CCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAGTT-A-TATTCA------tgcagaaggttggatgttcaaattccagtagtggcag
gi|13 : TGGTTATATTGT-A--AGCTTAATT-TTTTTTT-ATAATAGA-AATGTTTTGA-GTTGAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTAATATT-TAT-TGTCTAA-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT---------------T----G--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCAA-cannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagcgcctgtggttatattgtaagcttaatttttttttataatagaaatgttttgagttgaagaagtttaatctattttaattgacactttgtgtaatatttattgtctaaatttttcaatccatttggtgctttttttgaacaaatgtgtcaaacgtcaa
gi|14 : aaagctatttgcatgtatattataatccacttcatattcttcctttactgaataaagctttgaaaagcagttatattcacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagcgcctgTATTGT-A--ATTTTACGT-T---------AGTAGA-AATTTCTTTA-GTTAAAGAAGTTTTTTTTTTCTATTTCAA-TT--GACG-CTTTGT-GTCATATT-CAT-TGTTTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA----ATAAA-AA----A--A-ACA-AAA----------AAC----AA-A-----A--ATG-CA-----CC--GTATA--T-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTT-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GT---G-GTA-CGCCCGTT-GG---CAG--TTA-G--TC-AAA-GCG--T--TT--A-CCTAGCA
gi|15 : GACAGCTGTT-GTAG-CTGGCT---CGTTGAATTGCATCC--TTCC-TTTAAAA---ATGTTATA-TCCTTATAAT-TGCATC----GC---------TTATGGCT--CTGCTCCCATATTC-tgcaaaaggttgggtgatcaaa
gi|16 : caACAG--GTT-GTAGG-TGGTT-GACGTTGA-TTG-ATC----TTC-TT---AA---TTGTTAAA-GA---AT--T-TGCAT-----GTA--T----AT--TAA-T--GCACT-TC-TATTC--TCCTTTACT--G-A-T--AAAGCTT----GAAAGCAG-T-atatataagccaattgcttttactaacctcataactctctcatccagtctaatgctatatagcgagcgagcagcttacactctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgg
gi|16 : GATTAGATTGT-A---GCTTAAGTGGTGGGTT-AAAA-AGA-AA-GTTTTGA-ATTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-Ttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggggattagattgtagcttaagtggtgggttaaaaagaaagttttgaattaaagaagtttaatctattttaat
gi|17 : acaggttgtaggtggttgacgttgattgatcttcttaattgttaaagaatttgcatgtatattaatgcacttctattctcctttactgataaagcttgaaagcagttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTT---AAAATAGA-AATGTTTTGA-ATTAAAGAAGTTTAAT----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---CGTCAA-AA----T--A-A-A-AAA----------AAC----AACA-----A-CATT-CA---GTCC--G--TA--TAA-TA-AA--T-TCC-GT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC-----GTA-CG-----T--G---CAG--TCA-A--TT-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|18 : TTGT-A---TCTTAAGT-TT-------AGATA-A-AATATCTTGAAGTGAAAGAGTTTTTATTTT-CTGTTTTA--TT--GACGGCTTTGT--TTATATT-TATCTGTCTGT-ATCTTT---C-ATAC-TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----TAAA-ATAAA--TGTGT-C----------------AA--------AA-AA----T--A-A-A-AAA----------GA-----A--A-----A-CATG-CA---G-CG--G--TA--T-A-TA-AA--T-CCCTTT-TGTT-C-TC-AGATCAAAAGACTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T--G---CAG--TTA-G--TC-AG---CGGCT--TT--G-CCT
gi|2 : agTTTAA-CTCCGACA-CTTTGTAGTCATATA-TAT-TTTCTGTTATTTTT---CCA-A--TCC--A-T--TTTTGGT----GCCATATTCT-TC--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------GAAACCCGTCAA-AA----T--A-A-A-AAAAAAAAAAAAAAAA----AACAGATACA-CATG-CAT--GTAC--G--CAAAT-A-TATAA--T-TCC-TTCTGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GCCGTG-GTA-CG-----TCGG---CAGCTCCA-GATTT-AGACTCG--T--GTGGG-CCTAG
gi|20 : ataTCTGT-ATTTTG---C-A-A--CAC--AAT--TT--GGT----GC----TTTT-----------------CC----T--A-ACAA---TGTAT-C----------------AAA---GG-CAA-AA----TTTA-A-A-AAA----------AA--------A-----A-CATGGCAA--GTCC--G--TA--T-A-TA-AA--T-TCT-TG-TGTC-TATC-AT-TCA---G-CTTA-C-G-GC---G--TA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TG-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGCAtcatcgacatgctgagaggttggttgccattcaaatccaatgtagtgcagcagactctattcacagtccactgcaattgccgaatgccacgaacggattaacagtgtcttgatccaagtctgtcacgtacatcggaaagagaccatataaacggtaatgacctattgccacagtagttggaaccatcactgcttaacgagatgaaacgccgatcataaggtcaaaattttgcctatccttccagcaacagggtaataatggacgaacttcatagaaggtcgaaagattctcaccccgggattccaacgcatttgataaaaacaacaaacaaacaaaacgaaagcttagcggcttttcagttactttaag
gi|21 : TTTCA-GTAGAAGAAGTTTTTTTT--CCATTTTAAATT--CACG-CTTTGTTGTCATATTATAT-TGT-TGT-ATTTT----C-A-A--TCC--A-T--TT--G-T----GT----TTTT-TTTTTTTTTTTTTTTCCT----T--A-ACAAA--TGTGT-------------------------------AT----T--A-A-A-AAA----------AA
gi|22 : gCAG-TGTTCGTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCA--TTTC-TTTAAAA---TTGTTAAAAGC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--GCACT-TCATATTC-TTCCTTTACTG-GAA-T---AAGCTTT-GAAAAAGCAG-T-tgcacccaatatacta
gi|23 : acG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGATGAATTGCATCC--TATC-GTTAAAA---TTGTTAAA-TC--TCT--T-TGCATACATTGTA--T----ATTATGT-T--CCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAACAG-T-tt
gi|24 : GACAA-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGGTGAATTGCATCC--TTTC-GTTAAAA---TTGTTAAA-AC--TCT--T-TGCAT-----G-------------------------------TTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-ta
gi|25 : a-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-TTTAGC-G-GC---G-GTA-TG-----T-GG---CAG--TTA-G--TC-GGA-GCG--T--TT--G-GCTAGCAt
gi|26 : AG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GAC--------GC-----------------------GTGAAA-GC--TCT--T-TACAT-----GTA--TTAATGTTATGT-T--CCACT-TCATATT--TTCC-TTACTGCGAATT--AAAGCTTT-A-GAAAGCAtgcagaatgttggatgttcagatcccagtagtgacagcc
gi|27 : -A-AAA----------AAC----AACA-----A-TATG-CA---GTCC--G--TA--T-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TT-AGA-TCG--T--TT--G-CCTAGC
gi|3 : T-ATTTTTATCT-A-A--TCCCCA-TGCTT--GGTTCTGGC----TTCTGTT--------------CTCCTTT--ACACAAAACTGTGT-C----------------AAA---AGTCCA-AA----T--TTA-A-AAA----------AAC----AACG-------CATG-CA---GTCCTCG--TA--T-AGTA-AACCT-TCC-TT-TGTC-T-TC-AC-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---G-GTATCG-----T-GG---CAGC-TCATG--TC-AGATTCG--T--TT--G-CCTAGCA
gi|4 : GACAG-TGTTTGTAGGCTGGTTTGACGTTGAATTCCATCC--TTTCGTTTAAAA---TTGTTAAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--GCACT-TCATATTC-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTTTG-AAAAGCAG-TTA-TATT------------TCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTTTT---AAAATAGA-A-TGTTTTGA-ATTAAAGAAGTT-AAT----CTATTT-AA-TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TAT-TGTCTGT-A-TTTT---C-A-A--TCC--A-G--TT--GGT----GC----TTTT-T----------------C----T--A-ACAAA--TG-GT-C----------------AAA---CGTCAA-AA----TA-A-A-A-AAA----------AACCA--AACA-----AGCATG-CA---GTCC--G--TA--T-A-TA-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TCAAT-TC-AAAG-CTTAGC---GC---G-GTA-CG-------GG---CAG--TCA-G--TT-AGA-TCA--T--TT--GTCCTAGCAtgcagaaggtggttgttcaaatcccagtggtgacagaagcttcgatatttcacagctgcatgcctgtaatgtcctggtatatagggtgggtgatcaagtggatcacggtgcattcgcgaataatgaccactcgatataatggatgaacctgtggcacatgtgagttggagaccggaattcatcatgctttaacggtgaaaatcccgatcataggtccctaaggacatttgcctctatccctataccgcgatcggcagaaattgctgacgtctttcacactcacgcaaagtgaattagattctccagatgacagaataacaaccaaaccaaatgacagacaaaagct
gi|5 : aGACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCC--TTTT-CTTTAAA---TTGTTAAA-G---TAT--T-TGCAT-----GTA--T----ATTATAA-T--CCACT-TCATAT-C-TTCCTTTACT--GAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-T-A-TATTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTATATTGT-ATTAGCTGAAGT-TTTTTTT-ACAATAGA-AATGTTTCGA-GTTAAAGAAATTTAAT----CTATTTTA--TT--GACA-CTTTGT-GTCATATT-TAA-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC----TTTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGT-C----------------AAA---AGTCAA-AA----T--T-T-A-AAA----------AAC------C--------CATG-CA---GTCC--G--TA--T-A-TT-AA--T-TCC-TT-TGTC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGC-G-GC---A-GTA-CA-----T-GG---CAG--TCA-G--TC-GGA-TCG--T--TT--G-TCTAGCAtg
gi|6 : GACAG-TGTT-GTAGGCTGGTT-GACGTTGAATTGCATCA--TTTC-TTTAAAA---T-GTTTAA-GC--TAT--T-TGCAT-----GTA--TT---ATTATAA-T--GCA-T-CCATATTC-TTCCTT-ATT--AAA-T--AAAGCTTT-G-AAAAGCAG-TTA-TATTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TGGTTATATTGT-A--AGCTTAAGT-TTT-TTTAAAAATAGA-AATGTTTTGA-ATTAAAGAAGTGTAA-----CTATTTTAA-TT--GACA-CTTTGT-GTCTAATT-TAT-TGTCTGT-ATTTTT---C-A-A--TCC--A-T--TT--GGT----GC-----TTT-TT--------------CT----T--A-ACAAA--TGTGTCC----------------AAA---CGTCAA-AA----T--A-A-A-AAA----------AAC----AATA-----A-TATG-CA---GTCC--A--TA--T-A-TA-AA--T-TCC-TT-T-TC-T-TC-AT-TCAAAAG-CTTAGCTG-GT---GCGTA-CG-----T-GG---CAG--TCA-G--TT-AGA-TCA--T--TT--G-CCTAGCA
gi|7 : -CACG-CACACGTC---A--TA--T-A--A-AA--TGTCC-TT-TGTT-T-TCTAT-TTAAA-G-CTTAGT-GAGT---G-GTA-C------T-GGGGCCAG--TTA-G--TC-AGA-GCG--TGGTT--G-CCTAGCA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TAGCAATGCAGAAGATAGGTTGTTCAAGTATCCCAGTGGATGACAGAATCGTATCAGAGCTGCATGCCGAATGCCTGTGTAAAGGTGTGAGTTCAAGTGTACAGCGGGTCATACGGAAGATAGACATATTGAACGCGACTTGCCCTGTGGCCACAGGTCAGTTGGAACCATCACTGCTAGCAGGTGAAACCCAACCTATAGGTCAAAATTGTGCTATCTTCGATCAGAGCGTAATGTTGACGACTTAATAGACCGGTTAAAGATTCCACCGGGATTGCTCAAGATGCGACAAAAATAACAAACAACTAATACAAAAGCTTAGCGCTTTTTCAGTATTTAAAAGTACT
Unaligned ( gi|9 ): TAGCAATGCAGAAGATAGGTTGTTCAAGTATCCCAGTGGATGACAGAATCGTATCAGAGCTGCATGCCGAATGCCTGTGTAAAGGTGTGAGTTCAAGTGTACAGCGGGTCATACGGAAGATAGACATATTGAACGCGACTTGCCCTGTGGCCACAGGTCAGTTGGAACCATCACTGCTAGCAGGTGAAACCCAACCTATAGGTCAAAATTGTGCTATCTTCGATCAGAGCGTAATGTTGACGACTTAATAGACCGGTTAAAGATTCCACCGGGATTGCTCAAGATGCGACAAAAATAACAAACAACTAATACAAAAGCTTAGCGCTTTTTCAGTATTTAAAAGTACT
Unaligned ( gi|10 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACCATCACAGTTGACTGCTTAACGGGTGAAACCCGATCATAGGTCAAAATTTCAGCTATCCTTAACGTAATGTTGCGACATTCATCAGAAGTGAAAGACTTCTCACGACCGGGATTCTCAAGATGACAAAAACTAACAAACATAACCAAACAAAAGCTTTAGCGCTTTCAGTACTTT
Unaligned ( gi|19 ): ATATTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTACTACTCAAGCTTAGAGTATTCTTCTTTAAAAATAAGAGACAATGTTTTGGGAAATTAAA
Unaligned ( gi|28 ): GCAGAAGGTTGGTTGTTCAAATCTAAGTAGCGACAGCCTCGTATTAACAGCTGCAATGCCGAATGCC
Unaligned ( gi|29 ): TCAATACTTTGTGTATTTGTTGATTGTCGTGAAATTAATAAATAAAC