lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 44444 1111111 11 1111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1
lowQualScore : 55 5555 1 33333 5 0000000 22 44 666 1 1 66666 44 333 22 11 33 1 444444 0 666 2222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 777777777 22 333 22 44444 333 5 22 2 0
lowQualScore : .. .... . ..... . ....... .. .. ... . . ..... .. ... .. .. .. . ...... . ... .... ......................................................................................................................................................................... ......... .. ... .. ..... ... . .. . .
lowQualScore : 00 6666 8 55555 0 3333333 44 11 111 7 7 77777 11 000 22 66 88 7 888888 1 222 2222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 000000000 66 333 66 88888 333 6 66 0 8
consensus : NAGATCAC--TTT-T--ATTTCGCG-AGACCTTA---TTTTCGC---G--TGGA--TA--CAAT--GAT-GTA-T-----T--T---ATT--CACGA--G-A------CATA---A-NC-TT---C-----GG--C----AA-------TCAT---T------TA-TTGC-----T----AAGT-CTTC-TA--TG----TGTAA-------GA------GT-T-TATT---CGC--GAAGA--A--T---A-ATTTTC--TGCGAA-TGG-C-T--A-GTCTCG----CGAAATTAC---G-C--GT--AAAT---A--ATG-----T---TCTTGCGAA--TAAA-ATGTGATTTAC
Reference ( gi|3 ) : CAGATCAC--TTT-A--ATTTCGCG-AGACCTTAATATCTTCAT---G--TGGA--TA--CAAT--AAT-GTA-T-----T--T---ATT--CATCA--G-A------CATA---A-AC-TT---C-----AG--C----AA-------TCAT---T------TA-CTGC----AT-GA-AAGT-ATTC-TA--TG----TGTAA-------GA------GT-T-TATT---CGT--GAAGA--A--T---A-ATTTTC--TGCGAA-TGG-T-T--G-CTCTTG----TTAAATTAT---A-C--GT--AAAT---A--ATG-----T---TCTTACAAA--TAAA-ATGTGAATTAC
gi|14 : AGGTCAC--TC-----ATTTCTTA-CGACTTT----TTTGCAT---G----GA--CA--CAAA--AAT-GTG-C-----T--T---ATT--CA-CAT-G-A------TATA---A-CT-TT---C-----AT--G----AA-------TCAT---T--------------------GA--------TCATA--TG----TGTAA-------GG------AT-T-TCTT---TGT--GAAAAC-A--A---A-AGTTT----GCAAA-TGGGT-T--G-TT-TTG----TGAAATT-T---A-CTCAT--AAAT---A--ATG-----T---TCTCGCAGA--TAAA-ATGTGATTTGC
gi|7 : aAAATCAC--TT-----ATTTCGCA-AGGATACAA-ATTTTCCC---A--TCCA--TA--CAATGTAGT-GTA-T-----T--T---ATT--CACAA--G-A------CGCA---A-CT-TT---C-----AT--G----AA-------TTAT---TAT----TAATTGC----A---G-AAGT----C-TA----------------------------GT-T-TATT---CAC---AAGA--ACCT---T-ATCTT---TGCAAAATGG-T-C--A-GTCTTG----GCAAATTAC---A-T--GT--AAAT---ATAATG-----T---TCTCATTAA--TAAA-ATGTGATTTA
gi|10 : ctgtAAATCAC--TAT-T--ATTTCACA-TGACCTTATT-TTTACAT---AA-TGGC--TA--CGAT--GAT-TTA-T-----T--T---ATT--CACAA--G-A------CA-A---A-ACTTT---C-----A--------AA-------TCCT---T------TA-GAGA----AT-----AGT-CCTC-AA--CA----TGTAC-------GA------GT-T-TATT---C--------A--C--T---A----------GAGAA-TGGAT-T--G--TCTCA----CAACTTTAC---A-T--GT--AGAT---A--ATG-----T---TCTTGCAAA--TAAA-ATtga
gi|8 : tttAAATCAC--TTT-T--ATTTCATG-GGACT---ACATTTTTGC---A--AGGA--TG--CAAT--TAT-ATA-T-----T--T---ATT--C--TA--A-A---------G---A-ACATT---C-----A---C----AAAATTTTTTTAT---T------TG-CT-C----------AAGT--TTC-TA--TA----TCTAA-------GA------GT-T-TATT---TGA--GAAAACTA--C---A-ATT-----TGCAAA-TAA-C-TAAG--TCTTGCAAATTAAATTAT---G-C--AT--AAAT---A--GTT-----T---TCTTAAAGA--TGGA-Ataagatttacagt
gi|16 : aaatgtAGATCAC--TTT-T--ATTTTGTT-AGACCTTA---TTTTCAT---G--TAGA--AA--CAAT--GAT-GTA-T-----C--A---ATT--CATT------------CACA---A-A---T---C---------------A-------TTAT---T------TA-TTGCTTTAATAAA-AAGT-TTTC-TA--T-------------------------GT-T-TATT---TGC---ATGA--A--T---A----------GC----TGG-T------CTCATG-------AATT-T---AGC--GT--AGA----A--AAG-----T---TCATGAAAA--TAAA-AT
gi|26 : ctgtAGATCAC--TGT-C--ATTTCACG-AAACCG----ATTTTCGT---G--AGGA--TA--CAAT--GAT-TTT-T-----T--T---ATT--CACTA--G-A------CATA---A-CT-TT---C-----TC--A----AA-------TTA----T------TA-TTG------T-TC-AAGA-CTTT-TA--TA----TTTAA-------Gtgtttacagt
gi|15 : ctagtgtAGACTAC--TTT-T--ATTTTGTA-AGACCT-GATGTTTGCAT------TG-A--TT--CAGT--GAT-GTG-T-----T--T---AAT--CACGA--G-A------TGTA---A-CT-TT---C-----------------------TCG-----------------------------AGT-CTTA-TT--TG----TGTAA-------GA------AG-C-TATC---AGC---AAGA--A--CTA-A-ATTTTC---ATGAA-TGG-C-T--A-GTCTTA----TGAACGTAC---A-T--GT--AAAC---A--ATG-----T---TCGT--AAA--TAAT-GAGTGAA
gi|2 : tgtAGATCAC--TAT-A--ATTTCGCG-ACACCTTA---TTTTCGC---G---AGA--TAGTCATT--GAC--TC-T-----T--T---ATA--AGCGA--C-A------CATA---A-TT-TT---C-----AT--G----AA-------T-----------------TG------T-G----GTCATTC-TT--TA----TATAACCTTAAAGA------ATAC-TATTAGACGT--GA-GA--A--TGA-A-ATTTTC---GCGAGCTCA-C-T--GTCTCCCG----T--AATTAT---G-C--AA--AAAT---A--AAG-----T---TTTCCCAAA--TAAA-AAGTGATTTACa
gi|25 : actgtAAATCATCTTTT-ATTATTTCGC------------ATTTTCAT---G-----A--CA--CTTT--ATT-GTA-T-----T--T---ATT--CATGA--A-A------CA-----A-TT-TT---C-----GT--G----AA-------TCAT---T-----------GT----TT-GG---GT-ATTC-TA--TA----TGTAA-------AA------CT-T-TATT---CG---GGAGA--A--agtat
gi|5 : attgtAGATAAA--TCT-T--ATTTTGTG-AAACCTCA---TTTT--T---G--TGGA--TA--CAAT--GAC-ATA-T-----T--T---AAT--TATTAATG-A------GTTAC--A-AC-TT---T-----CG--CGA--AA-------TCAT---T------TA-TTGC-----T-GA-C-GT-CTTT-TAAGTG----TTTACTT-----GA-------T-T-TGTT---CAT--GAA-------T---A---------TG---A-TGG-T--------CTTG----GGAAATTAT---G-A--AT--AGAT------ATG-----TTTCTCCTATTAATTTTAA-ATGTGATTCAC
gi|18 : actatGATCAC--TTT-T--ATTTTGTG-ATACCTCA----TTTTAT------TAGAAATA--CAAT--GA-------------------------------G-A------CATA---A-AT-TT---T-----A-----------------TTGT---T------TA--------------------ATTC-TA--TG----TGTAA-------GA------GT-TATATT---TTG--GTAGA--AGTT---A-ATTTTC---ATGAA-TGG-A-T--A-----------TTACAGTAT---A-C--AC--AAAT---A--ATA-----T---TCTTGCCAA--TGAA-ATATGGTTTACagtta
gi|4 : GATCACC-TTT-T--ATTTCGCGGAGTATTT--CATTTTCGC---GATTGGA--CAA-CAAT--GATTGTACT-----T--T---GTT--CGCGA--G-A------CTTA---A-CC-TT---G-----GA--TGAA-AA-------TCATGC-T------TG-CTTC----GT-G-----T-CTTT-CT--TG----TTTCC-------GA------GT-T-TATT---TGC--GAA-A--A--T---A-AATTT---TGCAAA-TGG-A-T--A-GTCTAG----CAACATTGC---A-TT-GA--AAAT---A--ATG-----C---TTTTGCGAA--TAAA-Aagta
gi|1 : actgttATCAC--TTT-T--ATATTGAG-AATCCTTA---TTTTCAC---A--TGGG--TA--CAAT--GAT-ATA-T-----T--T---CTT--CATGA--G-A------CATA---A--C-TT---T-----GT--G----AA-------TCAT---TATCAATTA-TT-T----AT-AATAAGT-CTTC-TA--TG----TGTAA-------GA------GT-T-AATT---TGT--GAA-A--A--TGA-A-ATTTT---TGCAAT-TGG-C-A--A-GTTTCA----TGAAATAAT---G-C--AC--AACT---A--ATG-----T---TCTTGAAAA--TAAA-ACGTGACTTAC
gi|17 : ctgtacATCAC--TTT-T--ATTTTGTG-ATACCTTA---TTTTCGCAGCG--TGGA--TA--TAAT--TAT-GTC-T-----T--T---ATT--CGTGA--G-A------CATA---A-A--TT---C------G--CG---AA-------TC----------------------------------ATTC-CG--TG----T------------------------TA-----CG-----AGA--A--T---ACAAGTTC--TACGAA-TGG-T-T--G-TTCCTT----TTAATTTGTGTAA-C--GTGAAAGC---A--ATC-----T---TGTTGTGAA--TCAA-ATGTGATTTACt
gi|32 : ATTAC--TTTGA--ATTTCACG-AGTCCTTA---TTTTTGT---G--TAGA--TA--CAAT--GAT-GTA-T-----TTAT---ATT--TATCA--a
gi|13 : ATGAC--TTT-T--ACTTCGCT-AGGTCTCAGT-TTTGCAA---G----GA--TT--CAAT--GGT-GCA-TCA---T--T---ATTTTCACGA--G-T------CATA---A-CT-TT---T-----AC--G----GA-------TTAT---TACTTGTTA-CTG-----------AACT-TTTG-TA--TA----T-CAA-------AA------GA-T-TATT---CGT--GAAAA--G--TA--A-ATTTTC--TGCGAA------------ATCTCG------------------C--GA--AAAT---A--AAG-----T---TCTCGCAAA--TAA
gi|27 : gctgtacATCAC--TAA-A--TTTTCGCG-ACACCTTA---TTTTCGC---G--TGTA--AA--TAGT--AGT-GTA-T-----T--T---ATT--CGCGA--A-A------CATA---A-TT-TT---C------G--CG---AA-------TCAC---T------cgg
gi|11 : ctgtagatgcacaaacTCTC--TCT-T--GTTTTTCG-AGACTTTA---TTTTTAC---A--TGAA--TA--CAAT--AAT-GCA-TACATGTA-T---ATT--CACTA--G-A------CA-----A-AC-AT---T-----GC--C----AA-------TCAT---T----------------------------ATTC-AC--TG----C---A-------GA------GT-T-TATT---CTT--GAAAA--C--T---A-AATTTA--TGCAAA-TGG-C-A--A-GTTTCA----CAAAATTAC---A-C--AC--AAAT---A--ATG-----T---TTTCGTGAA--TAAG-ATGTGAgatcaaaa
gi|20 : --TTT-C--ATTTCACA-AGATCTTAGT---TTGAT---G--TGGA--TA--CAAT--GAT-GCA-A-----A--T---GTT--CAAGA--G-A------TATAT--A-AC-TT---T-----TG--TG---AA-------TCATAA-T------TA-TTGC----tacaag
gi|6 : agaacgaTT-G--ATCTCGTG-AAACCTTA---TCTTTTT---G--TGAG--CA--CTAT--GTC-GCA-A-----T--T---ATT--CATGA--GCA------AATA---A-CG-TT---T-----TG--C----AAATCA---TTAT---T------TA-TTGC----TT-TT-AAAT-CTTC-CA--TGACTGTGTAA-------GA------GT-T-TATT---AGT--GA--G--A--TCTAA-ATTTTC---ATAAA-AGG-CAT--G--TCTTG----CAAAATCAC---A-C--AT-----T---A--ATG-----T---TTTTGCAAA--TAAA-tctagtcttctagaaaatttttattaaaagttaataactgaatttttgtgaa
gi|9 : TTTCGTT-ATACCTTA---TTTTCAA---A--TGAA--TG--CAAT--GAT-GTA-C-----T--T---ATT--CATGA--G-C------C-TA---ATAC-CT----------G--TTGTGAA-------TCATAATT------TA-TTGC----TT-TA---GT-CTTC-TA--TA----TGCTA-------GA------CT-T-TATT---CAC--GAGAG--C--T---A-AATTTT--CGCAAA-TGG-C-T--A-GTCTCA----CTAAATTAG---G-C--AT--ACAT---A--ACA-----T---TCTTGTGAA--TAAA-ATGTGATTTActtacataatactg
gi|31 : G-AGACCTCAAGATTTGGAT---G----GA--TA--CAGT--GAT-GTA-T-----T--T---ATT--CAAGA--G-A------CATtagta
gi|12 : ctgtagaccatgtttttTATCCTCGC---A--TGGA--TA--CATT--GAT-GTA-T-----T--TTATATT--CATGA--G-A------CGTT---A--C-TT---T-----TG--CG---AA-------TCAT---TGTT---TA-TTGC----TC----AAGT-CTTC-TA--CA----TTTAA-------GA------GT-T-T-TT---CGC---AAGA--A--TTG-A-ATTTT---TGC--A-CGA-G-T--A-ATCTCA----CAAAATTAC---A-A--GT--AAAT---A--ATGCACAGT---TCTTGCAAA--TAAA-ATGTGATTTAC
gi|23 : TT--CATCA--A-ATGAATTCATATGTA-AC-TT---TCATGAAG--C----A--------TTAT---T------TA-TTGC----TT----AAGT-CTTC-GA--TA----AGTTA-------AT------GT-T-TATT---TGT--GA-GA--------------TCT--TGCAAA-TAG-T-T--------------------TAC---A-T--GT--AAAT---G--ATG-----T---T--TCCATA--CAAA-ATGTGAAATAaata
gi|27 : --CATCA-----------C-TA---A-AT-TT---T-----CG--C----GACACC---TTAT---T------TT-C-GC----GT-GT-AAAT-AGT---A---G----TGTA-----------------T-T-TATT---CGC--GAAAC--A--T---A-ATTTTC---GCGAA-T
gi|22 : ctgtagatgcacaaa---A-AC-TTTTGC-----AGATT----AA-------T-AT---T------TA-TTGC----TC----AAGT-CTTC-TA--TG----TGTAA-------GA------GT-T-TTTT---CAT--GAGAA--C--T---A-AATTTTAATGTG---TGG-C-T--A-GTCTCA----CAAAATAAC---G-T--GT--AAATATAA--GTG-----T---TCTCGCAAA--TAAACATGcactgatcaaaa
gi|28 : GT-GTTC-AA--T-------TAA-------GA------GT-T-AAT---------GAGAA--A--T---A-AAT--------GAC-CTG-T-T--A-GTCTTG----TGAAATTGT---G-T--GT--ATAT---A--ATG-----T---TCTTACAAA--TAAA-ATGTGATTTACatttt
gi|24 : TTT-TA--TG----TGTAAAT-----GACTAAACGT-T-TATT---CACAAGAAG---A--T---A-ATTTTA---ACAAA-TGG-C-T--A-GCCTTG----CAAAATTGC---T-T--GT--AAAT------ATG-----T---TCTTGCCAA--AAAA-AGGTAGATTagta
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATATATGATATATCTAATATTCATGATGCATAACTTTGGCAAATCATTATTCATTACTCAAAAAGATTTTTTTTTTTCCCCGCATACTCGCGAGAACTAGATTTTCCTGAATTACATGAAATGTGCTAAATTATATGTAAATACACCTCTTATAAATGAAATATGATTT
Unaligned ( gi|21 ): CTTATTTTTGCATGGATAAAATGATGTATTTATAAATATTATTTTATTCTTAATCATGAGACATAACTTTCACAAACCATTATTCAGTGCTTAAGTCTTCTGTACATACTTAATATAAGAGTTAAATTCCCAAGAATTTAA
Unaligned ( gi|29 ): ATTATCCATTGCTTAAGTGTCCTATTTGCAAGGGTTTAATCACGAGAACAGTATTTTTGCAAATGGCCAAATCATGCCTATATAGTATT
Unaligned ( gi|30 ): TTAGCGAGAACTAATTTTTGCGAATGACTAAGTCTCGCGAACTTCCGTAAACAAAGATCATGCAAATAAAATGCATTTACAGTATAAT
Unaligned ( gi|33 ): AATTTTCATGAATTGCTGAGTCACATGACCGTGCAGCAAAGCAATGTTCGTGAACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111 3333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 2 1 333 22 1 55 1 555 6666666666 33 22 1 1 66666 1 222 3333333333333333333333333 1 1 22 1 11 1 22 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 11111111111111 1 6666666 22 444444 1 3 2222222222222222222222222222222222 3 1 22 5555 1 66666 666666 444 222 22 44444 4 44444 55
lowQualScore : . . . ... .. . .. . ... .......... .. .. . . ..... . ... ......................... . . .. . .. . .. ......................................................... . . .............. . ....... .. ...... . . .................................. . . .. .... . ..... ...... ... ... .. ..... . ..... ..
lowQualScore : 2 1 8 222 55 7 00 7 666 1111111111 88 11 5 5 00000 5 777 5555555555555555555555555 0 6 22 7 22 7 33 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 5 22222222222222 9 5555555 11 666666 6 2 2222222222222222222222222222222222 3 7 77 8888 2 22222 555555 000 999 33 22222 8 33333 00
consensus : NAGATCA-C-TTTTA-TT---TC--GCG-AG-AC-CTTA---TTTTCGC---G--T---GGATA--CAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACGAG-AC--ATA-ACTT-T--C---G-NN---A--A----TCA---T---T------TA-TT---GC-T--------A-A-GTC-TTCTAT---------G----TGT-------AA--GA------GT-T-TATT---CGC--GAAGA--A--T---A-ATTT-TC--TGCGAA-TG-GC-T--A-GTCTCGCG----AAATT------ACGC-GTAAAT---A--ATG-----TTCTTGCAAATA-----AAATGT--GATTTAC
Reference ( family-4409 ) : NAGATCA-C-TTTTA-TT---TC--GCG-AG-AC-CTTA---TTTTCGC---G--T---GGATA--CAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACGAG-AC--ATA-ANCT-T--C---G-GC---A--A----TCA---T---T------TA-TT---GC-T--------A-A-GTC-TTCTAT---------G----TGT-------AA--GA------GT-T-TATT---CGC--GAAGA--A--T---A-ATTT-TC--TGCGAA-TG-GC-T--A-GTCTCGCG----AAATT------ACGC-GTAAAT---A--ATG-----TTCTTGCGAATA-----AAATGT--GATTTAC
gi|1 : ATCA-C-TTTTA-TA---TT--GAG-AA-TC-CTTA---TTTTCAC---A--T---GGGTA--CAATG--AT-ATA-T-----T-T---C----T--------------------TCATGAG-AC--ATA-A-CT-T--T---G-TG---A--A----TCA---T---TATCAATTA-TTTATAA-T--------A-A-GTC-TTCTAT---------G----TGT-------AA--GA------GT-T-AATT---TGT--GAA-A--A--TGA-A-ATTT-T---TGCAAT-TG-GC-A--A-GTTTCATG----AAATA------ATGC-ACAACT---A--ATG-----TTCTTGAAAATA-----AAACGT--GACTTAC
gi|10 : ctgtacAAATCA-C-TATTA-TT---TC--ACA-TG-AC-CTTA---TTTTTAC---A--TAATGGCTA--CGATG--AT-TTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACAAG-AC--AAA-ACTT-T--C---A------A--A----TCC---T---T------TA-GA---GA-A--------T-A-GTC-CTCAAC---------A----TGT-------AC--GA------GT-T-TATT---CAC------------T---A-----------GAGAA-TG-GA-T--T-GTCTCACA----ACTTT------ACAT-GTAGAT---A--ATG-----TTCTTGCAAATA-----AAAT-TAAGATTTACt
gi|11 : tttTCT-C-TCTTG-TT---TT--TCG-AG-AC-TTTA---TTTTTAC---A--T---GAATA--CAATA--AT-GCA-TACATGTAT---A----T--------------------TCACTAG-AC--A---AACA-T--T---G-CC---A--A----TCA---T---T-------A-TT------C--------A-----C-TGC----------------------------A--GA------GT-T-TATT---CTT--GAAAA--C--T---A-AATT-TA--TGCAAA-TG-GC-A--A-GTTTCACA----AAATT------ACAC-ACAAAT---A--ATG-----TTTTCGTGAATA-----AGATGT--GATagt
gi|12 : TA---TCCTCGC---A--T---GGATA--CATTG--AT-GTA-T-----T-TTATA----T--------------------TCATGAG-AC--GTT-ACTT-T--T---G-CG---A--A----TCA---T---TGTT---TA-TT---GC-TC-------A-A-GTC-TTCTAC---------A----TTT-------AA--GA------GT-T-T-TT---CGC---AAGA--A--TTG-A-ATTT-T---TGC--A-CG-AG-T--A-ATCTCACA----AAATT------ACAA-GTAAAT---A--ATGCACAGTTCTTGCAAATA-----AAATGT--GATTTACacaag
gi|13 : ATGA-C-TTTTA-CT---TC--GCT-AG-GT-CTCA---GTTTTGC---A--A---GGATT--CAATG--GT-GCA-TCA---T-T---ATT--T--------------------TCACGAG-TC--ATA-ACTT-TTAC---G-G----ATTA----TTA---C---T------TG-TT---AC-T--------G-A-A-C-TTTTGT---------A----TATC------AA--AA------GA-T-TATT---CGT--GAAAA--G--TA--A-ATTT-TC--TGCGA-----------A-ATCTCGCG----A-----------------AAAT---A--AAG-----TTCTCGCAAATA-----Aaata
gi|14 : gctgtacAGGTCA-C-TC--A-TT---TCTTACG-A-----CTT-----TTTTGC---A--T---GGACA--CAAAA--AT-GTG-C-----T-T---A----T--------------------TCACATG-AT--ATA-ACTT-T--C---A-TG---A--A----TCA---T---T------GA-TC---A----------------------TAT---------G----TGT-------AA--GG------AT-T-TCTT---TGT--GAAAAC-A--A---A-AGTT-T----GCAAA-TG-GG-T--T-GTTTTGTG----AAATTT-----ACTC-ATAAAT---A--ATG-----TTCTCGCAGATA-----AAATGT--GATTTGCcgg
gi|15 : aAGACTA-C-TTTTA-TT---TT--GTA-AG-AC-CTGA---TGTTTGC---A--T---TGATT--CAGTG--AT-GTG-T-----T-T---A----A--------------------TCACGAG-AT--GTA-ACTT-T--C--------------------------------------TC---G-------------A-GTC-TTATTT---------G----TGT-------AA--GA------AG-C-TATC---AGC---AAGA--A--CTA-A-ATTT-TC---ATGAA-TG-GC-T--A-GTCTTATG----AACGT------ACAT-GTAAAC---A--ATG-----TTC--GTAAATA-----A
gi|16 : tgtAGATCA-C-TTTTA-TT---TT--GTT-AG-AC-CTTA---TTTTCAT---G--T---AGAAA--CAATG--AT-GTA-T-----C-A---A----T--------------------TCATT----C--ACA-AA---T--C-------------A----TTA---T---T------TA-TT---GC-TTTAATAAAA-A-GTT-TTCTAT------------------------------------GT-T-TATT---TGC---------A--T-----------------GAA-TA-GC-T--G-GTCTCATG----AATTT------A-GC-GTAGA----A--AAG-----TTCATGAAAATA-----AAAT-T--G-TTTACtgagtgaaa
gi|17 : ctgtATCA-C-TTTTA-TT---TT--GTG-AT-AC-CTTA---TTTTCGCAGCG--T---GGATA--TAATT--AT-GTC-T-----T-T---A----T--------------------TCGTGAG-AC--ATA-AA-T-T--C---G-CG---A--A----TCA------------------------------------------TTCCGT---------G----T-T-------AC--GA------G------------------AAT--A--C---A-AGTT--C--TACGAA-TG-GT-T----GTTCCTTT----TAATTTGTGTAACGT-GAAAGC---A--ATC-----TTGTTGTGAATC-----AAATGT--GATTTACagt
gi|18 : GATCA-C-TTTTA-TT---TT--GTG-AT-AC-CTCA---TTTTATT---A--G---AAATA--CAATG--A--------------------------------------------------G-AC--ATA-A---------------------A----T-----T---T------TA-TT---GT-TT-------A-A-----TTCTAT---------G----TGT-------AA--GA------GT-TATATT---TTG--GTAGA--AGTT---A-ATTT-TC---ATGAA-TG-GA-T--A-TT----------ACAGT------ATAC-ACAAAT---A--ATA-----TTCTTGCCAATG-----AAATAT--GGTTTACa
gi|19 : ATG--AT-ATA-T-----C-T---AATA-T--------------------TCATGAT-GC--ATA-A-CT-T--T---G-GC---A--AA---TCATTAT---T------CA-TT---AC-TCAAA----A-A-GAT-TTTTTT---------T----TTT-------CC--CC------GC-A-TACT---CGC--GAGAA--C--T---AGATTT-TC--C-TGAA-TT-ACATGAA-ATGT-GCT----AAATT------ATAT-GTAAAT---A--CAC-----CTCTTATAAATG-----AAATAT--GATTTagta
gi|2 : atatAGATCA-C-TATAA-TT---TC--GCG-AC-AC-CTTA---TTTTCGC---G------AGATAGTCATTG--AC--TC-T-----T-T---A----T--------------------AAGCGAC-AC--ATA-ATTT-T--C-------------A----TGA---------------A-TT---GT------------G-GTCATTCTTT---------A----TATAACCTTAAA--GA------ATAC-TATTAGACGT--G-AGA--A--TGA-A-ATTT-TC---GCGAGCTC-AC-T----GTCTCCCG----TAATT------ATGC-AAAAAT---A--AAG-----TTTTCCCAAATA-----AAAAGT--GATTTAC
gi|20 : actgt-TTTCA-TT---TC--ACA-AG-AT-CTTA---GTTTGAT---G--T---GGATA--CAATG--AT-GCA-A-----A-T---G----T--------------------TCAAGAG-AT--ATATAACT-T--T---T-GTG--A--A----TCA---TAA-T------TA-TT---GC-T--------CTA-GTC-TTCTAagtat
gi|21 : agaacga-CTTA---TTTTTGC---A--T---GGATA--AAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----TAAATATTATTTTATTCTTAATCATGAG-AC--ATA-ACTT-T--CACAA-AC---C--A----TTA---T---T------CA-GT---GCTT--------A-A-GTC-TTCTGTACATACTTAA----TAT-------AA--GA------GT-TAAATT---C-C--CAAGA--A--T---gaaaatttttattaaaagttaataactgaatttttgtgaa
gi|22 : ---A--A----T-A---T---T------TA-TT---GC-TC-------A-A-GTC-TTCTAT---------G----TGT-------AA--GA------GT-T-TTTT---CAT--GAGAA--C--T---A-AATT-TTAATGTG---TG-GC-T--A-GTCTCACA----AAATA------ACGT-GTAAATATAA--GTG-----TTCTCGCAAAT------AAACAT--GATTTttaa
gi|23 : aacttttgcagatt--A----TTA---T---T------TA-TT---GC-TT-------A-A-GTC-TTCGAT---------A----AGT-------TA--AT------GT-T-TATT---TGT--G-AGA--------------T-CT--TGCAAA-------T--A-GT-------------TT------ACAT-GTAAAT---G--ATG-----T--TTCCATACA-----AAATGT--GAt
gi|24 : ttcatcaaatgaattcatatgtaactttcatgaagcT---GC-TC-------A-A-TTC-TTTTAT---------G----TGT-------AAATGACTAAACGT-T-TATT---CACAAGAAGA-----T---A-ATTT-TA---ACAAA-TG-GC-T--A-GCCTTGCA----AAATT------GCTT-GTAAAT------ATG-----TTCTTGCCAAAA-----AAAGGTA-GATTTACaata
gi|25 : aaaAAATCATC-TTTTA-TTATTTC--GC-----------A---TTTTCAT---G--------ACA--CTTTA--TT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCATGAA-AC--A---ATTT-T--C---G-TG---A--A----TCA---T---T------GT-TT---G-------------G-GTA-TTCTAT---------A----TGT-------AA--AA------CT-T-TATT---CG---GGAGA--A--agt
gi|26 : attgtAGATCA-C-TGTCA-TT---TC--ACG-AA-AC-CG-A---TTTTCGT---G--A---GGATA--CAATG--AT-TTT-T-----T-T---A----T--------------------TCACTAG-AC--ATA-ACTT-T--C---T-CA---A--A----TTA-------T------TA-TT---GT-TC-------A-A-GAC-TTTTAT---------A----TTT-------AA--G
gi|27 : ctagtgt-TT---TC--GCG-AC-AC-CTTA---TTTTCGC---G--T---GTAAA--TAGTA--GT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCGCGAA-AC--ATA-ATTT-T--C---G-CG---A--A----TCA---C---T------GA-T
gi|28 : ctgtagatgcacaaacatcactaaatT-------AA--GA------GT-T-AAT---------GAGAA--A--T---A-AAT---------GAC-CT-GT-T--A-GTCTTGTG----AAATT------GTGT-GTATAT---A--ATG-----TTCTTACAAATA-----AAATGT--GATTTACcaaaa
gi|3 : gtgttcaatAGATCA-C-TTTAA-TT---TC--GCG-AG-AC-CTTAATATCTTCAT---G--T---GGATA--CAATA--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCATCAG-AC--ATA-AACT-T--C---A-GC---A--A----TCA---T---T------TA-CT---GCATGA------A-A-GTA-TTCTAT---------G----TGT-------AA--GA------GT-T-TATT---CGT--GAAGA--A--T---A-ATTT-TC--TGCGAA-TG-GT-T--G-CTCTTGTT----AAATT------ATAC-GTAAAT---A--ATG-----TTCTTACAAATA-----AAATGT--GAATTACagta
gi|30 : cTT---AGC--GAGAA--C--T---A-ATTT-T---TGCGAA-TG-AC-T--AAGTCTCGCG----AACTT-------C-C-GTAAAC---A--AAG-----ATCATGCAAATA-----AAATGC---ATTTAC
gi|31 : G-AG-AC-CTCAAGATTT--GG---A--T---GGATA--CAGTG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCAAGAG-AC--ATagtataat
gi|32 : ctgtagaccatgtttttATTA-C-TTTGAATT---TC--ACG-AG-TC-CTTA---TTTTTGT---G--T---AGATA--CAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------
gi|4 : GATCA-CCTTTTA-TT---TC--GCGGAGTAT-TTCA---TTTTCGC---GATT---GGACAA-CAATG--ATTGTACT-----T-T---G----T--------------------TCGCGAG-AC--TTA-ACCT-T--G---G-ATGAAA--A----TCA---T---G------C--TT---GC-TTC------G-T-GTC-TTTCTT---------G----TTT-------CC--GA------GT-T-TATT---TGC--GAA-A--A--T---A-AATT-T---TGCAAA-TG-GA-T--A-GTCTAGCA----ACATT------GCATTGAAAAT---A--ATG-----CTTTTGCGAATA-----AAAatttatca
gi|5 : actgttAGATAA-A-TCTTA-TT---TT--GTG-AA-AC-CTCA---TTTTTG-------T---GGATA--CAATG--AC-ATA-T-----T-T---AATTAT--------------------TAATGAG-TT--ACA-ACTT-T--C---GCGA---A--A----TCA---T---T------TA-TT---GC-T--------G-ACGTC-TTTTAA---------G----TGT----------------------T-TACT---TG-------------------ATTTGTT--CATGAA-TATGA-T--G-GTCTTGGG----AAATT------ATGA-ATAGAT------ATG-----TTTCTCCTATTAATTTTAAATGT--GATTCAC
gi|6 : actatTTGA-TC---TC--GTG-AA-AC-CTTA---TCTTTTT---G--T---GAGCA--CTATG--TC-GCA-A-----T-T---A----T--------------------TCATGAGCAA--ATA-ACGT-T--T---T-GC---A--AATCATTA---T---T------TA-TT---GC-TTTT-----A-A-ATC-TTCCAT---------GACTGTGT-------AA--GA------GT-T-TATT---AGT--GA--G--A--TCTAA-ATTT-TC---ATAAA-AG-GC-A--T-GTCTTGCA----AAATC------ACAC-AT---T---A--ATG-----TTTTTGCAAATA-----AAagtta
gi|7 : AAATCA-C-TT--A-TT---TC--GCA-AGGATACAAA---TTTTCCC---A--T---CCATA--CAATGTAGT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACAAG-AC--GCA-ACTT-T--C---A-TG---A--A----TTA---T---TAT----TAATT---GCAG--------A-A-GTC-T----------------------------------A------GT-T-TATT---CAC---AAGA--ACCT---T-ATCT-T---TGCAAAATG-GT-C--A-GTCTTGGC----AAATT------ACAT-GTAAAT---ATAATG-----TTCTCATTAATA-----AAATGT--GATTTActtacataatactg
gi|8 : ctgtAAATCA-C-TTTTA-TT---TC--ATG-GG-AC-TACA---TTTTTGC---A--A---GGATG--CAATT--AT-ATA-T-----T-T---A----T--------------------TCTAAAG-------A-ACAT-T--C-----AC---A--AAAT-TTT---T---T------TATTT---GC-TC-------A-A-GT--TTCTAT---------A----TCT-------AA--GA------GT-T-TATT---TGA--GAAAACTA--C---A-ATT------TGCAAA-TA-AC-TA-A-GTCTTGCAAATTAAATT------ATGC-ATAAAT---A--GTT-----TTCTTtga
gi|9 : aaatgt-TT---TC--GTT-AT-AC-CTTA---TTTTCAA---A--T---GAATG--CAATG--AT-GTA-C-----T-T---A----T--------------------TCATGAG-CCTAATA--CCTGT--T---G-TG---A--A----TCA---TAATT------TA-TT---GC-T--------TTA-GTC-TTCTAT---------A----TGC-------TA--GA------CT-T-TATT---CAC--GAGAG--C--T---A-AATT-TT--CGCAAA-TG-GC-T--A-GTCTCACT----AAATT------AGGC-ATACAT---A--ACA-----TTCTTGTGAATA-----AAATGT--GATTTAaaagatggaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): ATTATCCATTGCTTAAGTGTCCTATTTGCAAGGGTTTAATCACGAGAACAGTATTTTTGCAAATGGCCAAATCATGCCTATATAGTATT
Unaligned ( gi|33 ): AATTTTCATGAATTGCTGAGTCACATGACCGTGCAGCAAAGCAATGTTCGTGAACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111 3333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111111 3333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 2 1 333 22 1 55 1 555 6666666666 33 22 1 1 66666 1 222 2222222222222222222222222 2 33 22 1 6666666 666 8888888888888888888888888888888888888888 1 11111111111111111111 1 33 444444 1 3 2222222222222222222222222222222222 3 1 22 5555 1 66666 1 444444 444 222 22 44444 44444 55
lowQualScore : . . . ... .. . .. . ... .......... .. .. . . ..... . ... ......................... . .. .. . ....... ... ........................................ . .................... . .. ...... . . .................................. . . .. .... . ..... . ...... ... ... .. ..... ..... ..
lowQualScore : 2 1 8 222 55 7 00 7 666 1111111111 88 11 5 5 00000 5 666 7777777777777777777777777 5 77 11 5 7777777 333 3333333333333333333333333333333333333333 5 33333333333333333333 5 77 666666 6 2 2222222222222222222222222222222222 3 7 77 8888 2 22222 7 888888 000 999 33 22222 22222 00
consensus : NAGATCA-C-TTTTA-TT---TC--GCG-AG-AC-CTTA---TTTTCGC---G--T---GGATA--CAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACGAG--AC--ATAAC-TTT---CGCGAA---TC---A---T---T------TA-TT---GC-T--------A-A-GTCTTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-T-TATT---CGC--GAAGA--A--T---A-ATTT-TC--TGCGAA-TG-GC-T--A-GTCTCGCG----AAA-TT------ACGC-GTAAAT---A--ATG-----TTCTTGCAAATA-----AAATGT--GATTTAC
Reference ( family-4409 ) : NAGATCA-C-TTTTA-TT---TC--GCG-AG-AC-CTTA---TTTTCGC---G--T---GGATA--CAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACGAG--AC--ATAAC-TTT---CGNNAA---TC---A---T---T------TA-TT---GC-T--------A-A-GTCTTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-T-TATT---CGC--GAAGA--A--T---A-ATTT-TC--TGCGAA-TG-GC-T--A-GTCTCGCG----AAA-TT------ACGC-GTAAAT---A--ATG-----TTCTTGCAAATA-----AAATGT--GATTTAC
gi|1 : ATCA-C-TTTTA-TA---TT--GAG-AA-TC-CTTA---TTTTCAC---A--T---GGGTA--CAATG--AT-ATA-T-----T-T---C----T--------------------TCATGAG--AC--ATAAC-TTT----GTGAA---TC---A---T---TATCAATTA-TTTATAA-T--------A-A-GTCTTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-T-AATT---TGT--GAA-A--A--TGA-A-ATTT-T---TGCAAT-TG-GC-A--A-GTTTCATG----AAA-TA------ATGC-ACAACT---A--ATG-----TTCTTGAAAATA-----AAACGT--GACTTAC
gi|10 : ctgtacAAATCA-C-TATTA-TT---TC--ACA-TG-AC-CTTA---TTTTTAC---A--TAATGGCTA--CGATG--AT-TTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACAAG--AC--AAAAC-TTT---C--AAA---TC---C---T---T------TA-GA---GA-A--------T-A-GTCCTCAAC---------A----TG----T-AC--GA------GT-T-TATT---CAC------------T---A-----------GAGAA-TG-GA-T--T-GTCTCACA----ACT-TT------ACAT-GTAGAT---A--ATG-----TTCTTGCAAATA-----AAAT-TAAGATTTACt
gi|11 : tttTCT-C-TCTTG-TT---TT--TCG-AG-AC-TTTA---TTTTTAC---A--T---GAATA--CAATA--AT-GCA-TACATGTAT---A----T--------------------TCACTAG--AC--A-AAC-ATT----GCCAA---TC---A---T---T-------A-TT------C--------A-----CTGC--------------------------A--GA------GT-T-TATT---CTT--GAAAA--C--T---A-AATT-TA--TGCAAA-TG-GC-A--A-GTTTCACA----AAA-TT------ACAC-ACAAAT---A--ATG-----TTTTCGTGAATA-----AGATGT--GATagt
gi|12 : TA---TCCTCGC---A--T---GGATA--CATTG--AT-GTA-T-----T-TTATA----T--------------------TCATGAG--AC--GTTAC-TTT---TGCGAA---TC---A---T---TGTT---TA-TT---GC-TC-------A-A-GTCTTCTAC---------A----TT----T-AA--GA------GT-T-T-TT---CGC---AAGA--A--TTG-A-ATTT-T---TGC--A-CG-AG-T--A-ATCTCACA----AAA-TT------ACAA-GTAAAT---A--ATGCACAGTTCTTGCAAATA-----AAATGT--GATTTACacaag
gi|13 : ATGA-C-TTTTA-CT---TC--GCT-AG-GT-CTCA---GTTTTGC---A--A---GGATT--CAATG--GT-GCA-TCA---T-T---ATT--T--------------------TCACGAG--TC--ATAAC-TTT---TACGGA---TT---A---TTACT------TG-TT---AC-T--------G-A-A-CTTTTGT---------A----TA----TCAA--AA------GA-T-TATT---CGT--GAAAA--G--TA--A-ATTT-TC--TGCGA-----------A-ATCTCGCG----A------------------AAAT---A--AAG-----TTCTCGCAAATA-----Aaata
gi|14 : gctgtacAGGTCA-C-TC--A-TT---TCTTACG-A-----CTT-----TTTTGC---A--T---GGACA--CAAAA--AT-GTG-C-----T-T---A----T--------------------TCACATG--AT--ATAAC-TTT---CATGAA---TC---A---T---T------GA-TC---A---------------------TAT---------G----TG----T-AA--GG------AT-T-TCTT---TGT--GAAAAC-A--A---A-AGTT-----TGCAAA-TG-GG-T--T-GTTTTGTG----AAATTT------ACTC-ATAAAT---A--ATG-----TTCTCGCAGATA-----AAATGT--GATTTGCcgg
gi|15 : aAGACTA-C-TTTTA-TT---TT--GTA-AG-AC-CTGA---TGTTTGC---A--T---TGATT--CAGTG--AT-GTG-T-----T-T---A----A--------------------TCACGAG--AT--GTAAC-TTT---CTCGAG---TC-----------T------TA-TT---------------------------T---------G----TG----T-AA--GA------AG-C-TATC---AGC---AAGA--A--CTA-A-ATTT-TC---ATGAA-TG-GC-T--A-GTCTTATG----AAC-GT------ACAT-GTAAAC---A--ATG-----TTC--GTAAATA-----A
gi|16 : tgtAGATCA-C-TTTTA-TT---TT--GTT-AG-AC-CTTA---TTTTCAT---G--T---AGAAA--CAATG--AT-GTA-T-----C-A---A----T--------------------TCA-----------------TT---CACAAA---TCATTA---T---T------TA-TT---GC-TTTAATAAAA-A-GTTTTCTAT----------------------------------GT-T-TATT---TGC---------A--T-----------------GAA-TA-GC-T--G-GTCTCATG----AAT-TT------A-GC-GTAGA----A--AAG-----TTCATGAAAATA-----AAAT-T--G-TTTACtgagtgaaa
gi|17 : ctgtATCA-C-TTTTA-TT---TT--GTG-AT-AC-CTTA---TTTTCGCAGCG--T---GGATA--TAATT--AT-GTC-T-----T-T---A----T--------------------TCGTGAG--AC--ATAAA--TT---CGCGAA---TC---A-----------------------------------------TTCCGT---------G----T-----T-AC--GA------G------------------AAT--A--C---A-AGTT--C--TACGAA-TG-GT-T----GTTCCTTT----TAA-TTTGTGTAACGT-GAAAGC---A--ATC-----TTGTTGTGAATC-----AAATGT--GATTTACagt
gi|18 : GATCA-C-TTTTA-TT---TT--GTG-AT-AC-CTCA---TTTTATT---A--G---AAATA--CAATG--A--------------------------------------------------G--AC--ATAA-------------A---T--------T---T------TA-TT---GT-TT-------A-A----TTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-TATATT---TTG--GTAGA--AGTT---A-ATTT-TC---ATGAA-TG-GA-T--A-TT----------ACA-GT------ATAC-ACAAAT---A--ATA-----TTCTTGCCAATG-----AAATAT--GGTTTACa
gi|19 : ATG--AT-ATA-T-----C-T---AATA-T--------------------TCATGAT--GC--ATAAC-TTT---GGCAAA---TCATTA---T---T------CA-TT---AC-TCAAA----A-A-GATTTTTTT---------T----TT----T-CC--CC------GC-A-TACT---CGC--GAGAA--C--T---AGATTT-TC--C-TGAA-TT-ACATGAA-ATGT-GCT----AAA-TT------ATAT-GTAAAT---A--CAC-----CTCTTATAAATG-----AAATAT--GATTTagta
gi|2 : atatAGATCA-C-TATAA-TT---TC--GCG-AC-AC-CTTA---TTTTCGC---G------AGATAGTCATTG--AC--TC-T-----T-T---A----T--------------------AAGCGAC--AC--ATAAT-TTT---CATGAA---TT---G---T------------------GG-T--------C-A-TTCTT-TAT---------A----TAACCTT-AAA-GA------ATAC-TATTAGACGT--GA-GA--A--TGA-A-ATTT-TC---GCGAGCTC-AC-T----GTCTCCCG----TAA-TT------ATGC-AAAAAT---A--AAG-----TTTTCCCAAATA-----AAAAGT--GATTTAC
gi|20 : actgt-TTTCA-TT---TC--ACA-AG-AT-CTTA---GTTTGAT---G--T---GGATA--CAATG--AT-GCA-A-----A-T---G----T--------------------TCAAGAGATAT--ATAAC-TTT---TGTGAA---TC---A---TAA-T------TA-TT---GC-T--------CTA-GTCTTCTAagtat
gi|21 : agaacga-CTTA---TTTTTGC---A--T---GGATA--AAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----TAAATATTATTTTATTCTTAATCATGAG--AC--ATAAC-TTT---CACAAA---CCATTA---T---T------CA-GT---GCTT--------A-A-GTCTTCTGTACATACTTAA----TA----T-AA--GA------GT-TAAATT---C-C--CAAGA--A--T---gaaaatttttattaaaagttaataactgaatttttgtgaa
gi|22 : AAC-TTT---TGCAGA---TT---AATAT---T------TA-TT---GC-TC-------A-A-GTCTTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-T-TTTT---CAT--GAGAA--C--T---A-AATT-TTAATGTG---TG-GC-T--A-GTCTCACA----AAA-TA------ACGT-GTAAATATAA--GTG-----TTCTCGCAAAT------AAACAT--GATTTttaa
gi|23 : ---A----T--------------------TCAT-----AT--GTAAC-TTT---CATGAAGCATT---A---T---T------TA-TT---GC-TT-------A-A-GTCTTCGAT---------A----AG----T-TA--AT------GT-T-TATT---TGT--G-AGA--------------T-CT--TGCAAA-------T--A-GT--------------TT------ACAT-GTAAAT---G--ATG-----T--TTCCATACA-----AAATGT--GAt
gi|24 : ttcatcaaatgaT---GC-TC-------A-A-TTCTTTTAT---------G----TG----T-AAATGACTAAACGT-T-TATT---CACAAGAAGA-----T---A-ATTT-TA---ACAAA-TG-GC-T--A-GCCTTGCA----AAA-TT------GCTT-GTAAAT------ATG-----TTCTTGCCAAAA-----AAAGGTA-GATTTACaata
gi|25 : aaaAAATCATC-TTTTA-TTATTTC--GC-----------A---TTTTCAT---G--------ACA--CTTTA--TT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCATGAA--AC--A--AT-TTT---CGTGAA---TC---A---T---T------GT-TT---G-------------G-GTATTCTAT---------A----TG----T-AA--AA------CT-T-TATT---CG---GGAGA--A--agt
gi|26 : attgtAGATCA-C-TGTCA-TT---TC--ACG-AA-AC-CG-A---TTTTCGT---G--A---GGATA--CAATG--AT-TTT-T-----T-T---A----T--------------------TCACTAG--AC--ATAAC-TTT---CTCAAA---TT---A-------T------TA-TT---GT-TC-------A-A-GACTTTTAT---------A----TT----T-AA--G
gi|27 : ctagtgt-TT---TC--GCG-AC-AC-CTTA---TTTTCGC---G--T---GTAAA--TAGTA--GT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCGCGAA--AC--ATAAT-TTT---CGCGAA---TC---A---C---T------GA-T
gi|28 : ctgtagatgcacaaacatcactaaat----T-AA--GA------GT-T-AAT---------GAGAA--A--T---A-AAT---------GAC-CT-GT-T--A-GTCTTGTG----AAA-TT------GTGT-GTATAT---A--ATG-----TTCTTACAAATA-----AAATGT--GATTTACcaaaa
gi|3 : gtgttcaatAGATCA-C-TTTAA-TT---TC--GCG-AG-AC-CTTAATATCTTCAT---G--T---GGATA--CAATA--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCATCAG--AC--ATAAA-CTT---CAGCAA---TC---A---T---T------TA-CT---GCATGA------A-A-GTATTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-T-TATT---CGT--GAAGA--A--T---A-ATTT-TC--TGCGAA-TG-GT-T--G-CTCTTGTT----AAA-TT------ATAC-GTAAAT---A--ATG-----TTCTTACAAATA-----AAATGT--GAATTACagta
gi|30 : cTT---AGC--GAGAA--C--T---A-ATTT-T---TGCGAA-TG-AC-T--AAGTCTCGCG----AAC-TT-------C-C-GTAAAC---A--AAG-----ATCATGCAAATA-----AAATGC---ATTTAC
gi|31 : G-AG-AC-CTCAAGATTT--GG---A--T---GGATA--CAGTG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCAAGAG--AC--ATagtataat
gi|32 : ctgtagaccatgtttttATTA-C-TTTGAATT---TC--ACG-AG-TC-CTTA---TTTTTGT---G--T---AGATA--CAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------
gi|4 : GATCA-CCTTTTA-TT---TC--GCGGAGTAT-TTCA---TTTTCGC---GATT---GGACAA-CAATG--ATTGTACT-----T-T---G----T--------------------TCGCGAG--AC--TTAAC-CTTGGATGAAAA---TC---A---T---G------C--TT---GC-TTC------G-T-GTCTTTCTT---------G----TT----T-CC--GA------GT-T-TATT---TGC--GAA-A--A--T---A-AATT-T---TGCAAA-TG-GA-T--A-GTCTAGCA----ACA-TT------GCATTGAAAAT---A--ATG-----CTTTTGCGAATA-----AAAatttatca
gi|5 : actgttAGATAA-A-TCTTA-TT---TT--GTG-AA-AC-CTCA---TTTTTG-------T---GGATA--CAATG--AC-ATA-T-----T-T---AATTAT--------------------TAATGAG--TT--ACAAC-TTT---CGCGAAA--TC---A---T---T------TA-TT---GC-T--------G-ACGTCTTTTAA---------G----TG----T----------------T-TACT---TG-------------------ATTTGTT--CATGAA-TATGA-T--G-GTCTTGGG----AAA-TT------ATGA-ATAGAT------ATG-----TTTCTCCTATTAATTTTAAATGT--GATTCAC
gi|6 : actatTTGA-TC---TC--GTG-AA-AC-CTTA---TCTTTTT---G--T---GAGCA--CTATG--TC-GCA-A-----T-T---A----T--------------------TCATGAGC-AA--ATAACGTTT---TGCAAA---TC---A---T---TATT---TA-TT---GC-TTTT-----A-A-ATCTTCCAT---------GACTGTG----T-AA--GA------GT-T-TATT---AGT--GA--G--A--TCTAA-ATTT-TC---ATAAA-AG-GC-A--T-GTCTTGCA----AAA-TC------ACAC-AT---T---A--ATG-----TTTTTGCAAATA-----AAagtta
gi|7 : AAATCA-C-TT--A-TT---TC--GCA-AGGATACAAA---TTTTCCC---A--T---CCATA--CAATGTAGT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACAAG--AC--GCAAC-TTT---CATGAA---TT---A---T---TAT----TAATT---GCAG--------A-A-GTCT--------------------------------A------GT-T-TATT---CAC---AAGA--ACCT---T-ATCT-T---TGCAAAATG-GT-C--A-GTCTTGGC----AAA-TT------ACAT-GTAAAT---ATAATG-----TTCTCATTAATA-----AAATGT--GATTTActtacataatactg
gi|8 : ctgtAAATCA-C-TTTTA-TT---TC--ATG-GG-AC-TACA---TTTTTGC---A--A---GGATG--CAATT--AT-ATA-T-----T-T---A----T--------------------TCTAAAG--------AAC-ATT---CACAAAAT-TT---T---T---T------TATTT---GC-TC-------A-A-GT-TTCTAT---------A----TC----T-AA--GA------GT-T-TATT---TGA--GAAAACTA--C---A-ATT------TGCAAA-TA-AC-TA-A-GTCTTGCAAATTAAA-TT------ATGC-ATAAAT---A--GTT-----TTCTTAAAGATG-----GAAtga
gi|9 : aaatgt-TT---TC--GTT-AT-AC-CTTA---TTTTCAA---A--T---GAATG--CAATG--AT-GTA-C-----T-T---A----T--------------------TCATGAG--CCTAATACC-TGT---TGTGAA---TC---A---TAATT------TA-TT---GC-T--------TTA-GTCTTCTAT---------A----TG----C-TA--GA------CT-T-TATT---CAC--GAGAG--C--T---A-AATT-TT--CGCAAA-TG-GC-T--A-GTCTCACT----AAA-TT------AGGC-ATACAT---A--ACA-----TTCTTGTGAATA-----AAATGT--GATTTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): ATTATCCATTGCTTAAGTGTCCTATTTGCAAGGGTTTAATCACGAGAACAGTATTTTTGCAAATGGCCAAATCATGCCTATATAGTATT
Unaligned ( gi|33 ): AATTTTCATGAATTGCTGAGTCACATGACCGTGCAGCAAAGCAATGTTCGTGAACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111 2222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 2 1 333 22 1 55 1 555 6666666666 33 22 1 1 66666 1 222 1111111111111111111111111 2 33 22 33333 1 55555 1 666 00000000000000000000000000000000000000000000 1 00000000000000 44444 1 33 444444 1 3 8888888888888888888888888888888888 1 1 1 22 5555 1 66666 1 444444 444 22 222 44444 44444 55
lowQualScore : . . . ... .. . .. . ... .......... .. .. . . ..... . ... ......................... . .. .. ..... . ..... . ... ............................................ . .............. ..... . .. ...... . . .................................. . . . .. .... . ..... . ...... ... .. ... ..... ..... ..
lowQualScore : 2 1 8 222 55 7 00 7 666 1111111111 88 11 5 5 00000 5 555 9999999999999999999999999 1 55 00 66666 5 66666 5 111 11111111111111111111111111111111111111111111 5 44444444444444 66666 5 55 444444 5 1 0000000000000000000000000000000000 6 6 6 22 8888 2 22222 7 888888 000 33 999 22222 22222 00
consensus : NAGATCA-C-TTTTA-TT---TC--GCG-AG-AC-CTTA---TTTTCGC---G--T---GGATA--CAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACGAG--AC--AT-----AAC-TTT---C-GCGA-A---TC---A---T---T------T--A-TT---GC---T--------A-A-GTCTTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-T-TATT---CGC--GAAGA--A--T---A-ATTT-TC--TGC-GAA-TG-GC-T--A-GTCTCGCG----AAA-TT------ACGC-GTAA--AT---AATG-----TTCTTGCAAATA-----AAATGT--GATTTAC
Reference ( family-4409 ) : NAGATCA-C-TTTTA-TT---TC--GCG-AG-AC-CTTA---TTTTCGC---G--T---GGATA--CAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACGAG--AC--AT-----AAC-TTT---C-GCGA-A---TC---A---T---T------T--A-TT---GC---T--------A-A-GTCTTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-T-TATT---CGC--GAAGA--A--T---A-ATTT-TC--TGC-GAA-TG-GC-T--A-GTCTCGCG----AAA-TT------ACGC-GTAA--AT---AATG-----TTCTTGCAAATA-----AAATGT--GATTTAC
gi|1 : ATCA-C-TTTTA-TA---TT--GAG-AA-TC-CTTA---TTTTCAC---A--T---GGGTA--CAATG--AT-ATA-T-----T-T---C----T--------------------TCATGAG--AC--AT-----AAC-TTT-----GTGA-A---TC---A---T---TATCAATT--A-TTTATAA---T--------A-A-GTCTTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-T-AATT---TGT--GAA-A--A--TGA-A-ATTT-T---TGC-AAT-TG-GC-A--A-GTTTCATG----AAA-TA------ATGC-ACAA--CT---AATG-----TTCTTGAAAATA-----AAACGT--GACTTAC
gi|10 : ctgtacAAATCA-C-TATTA-TT---TC--ACA-TG-AC-CTTA---TTTTTAC---A--TAATGGCTA--CGATG--AT-TTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACAAG--AC--AA-----AAC-TTT------CAA-A---TC---C---T---T------T--A-GA---GA---A--------T-A-GTCCTCAAC---------A----TG----T-AC--GA------GT-T-TATT---CAC------------T---A-----------GA-GAA-TG-GA-T--T-GTCTCACA----ACT-TT------ACAT-GTAG--AT---AATG-----TTCTTGCAAATA-----AAAT-TAAGATTTACt
gi|11 : tttTCT-C-TCTTG-TT---TT--TCG-AG-AC-TTTA---TTTTTAC---A--T---GAATA--CAATA--AT-GCA-TACATGTAT---A----T--------------------TCACTAG--AC--A------AAC-ATT-----GCCA-A---TC---A---T---T---------A-TT--------C--------A-----CTGC--------------------------A--GA------GT-T-TATT---CTT--GAAAA--C--T---A-AATT-TA--TGC-AAA-TG-GC-A--A-GTTTCACA----AAA-TT------ACAC-ACAA--AT---AATG-----TTTTCGTGAATA-----AGATGT--GATagt
gi|12 : TA---TCCTCGC---A--T---GGATA--CATTG--AT-GTA-T-----T-TTATA----T--------------------TCATGAG--AC--GT-----TAC-TTT---T-GCGA-A---TC---A---T---TGTT---T--A-TT---GC---TC-------A-A-GTCTTCTAC---------A----TT----T-AA--GA------GT-T-T-TT---CGC---AAGA--A--TTG-A-ATTT-T---TGC---A-CG-AG-T--A-ATCTCACA----AAA-TT------ACAA-GTAA--AT---AATGCACAGTTCTTGCAAATA-----AAATGT--GATTTACacaag
gi|13 : ATGA-C-TTTTA-CT---TC--GCT-AG-GT-CTCA---GTTTTGC---A--A---GGATT--CAATG--GT-GCA-TCA---T-T---ATT--T--------------------TCACGAG--TC--AT-----AAC-TTT---T-ACGG-A---TT---A---TTACT------T--G-TT---AC---T--------G-A-A-CTTTTGT---------A----TA----TCAA--AA------GA-T-TATT---CGT--GAAAA--G--TA--A-ATTT-TC--TGC-GA-----------A-ATCTCGCG----A------------------AA--AT---AAAG-----TTCTCGCAAATA-----Aaata
gi|14 : gctgtacAGGTCA-C-TC--A-TT---TCTTACG-A-----CTT-----TTTTGC---A--T---GGACA--CAAAA--AT-GTG-C-----T-T---A----T--------------------TCACATG--AT--AT-----AAC-TTT---C-ATGA-A---TC---A---T---T------G--A-TC---A-----------------------TAT---------G----TG----T-AA--GG------AT-T-TCTT---TGT--GAAAAC-A--A---A-AGTT-----TGC-AAA-TG-GG-T--T-GTTTTGTG----AAATTT------ACTC-ATAA--AT---AATG-----TTCTCGCAGATA-----AAATGT--GATTTGCcgg
gi|15 : aAGACTA-C-TTTTA-TT---TT--GTA-AG-AC-CTGA---TGTTTGC---A--T---TGATT--CAGTG--AT-GTG-T-----T-T---A----A--------------------TCACGAG--AT--GT-----AAC-TTT---C-TCGA-G---TC-----------T------T--A-TT-----------------------------T---------G----TG----T-AA--GA------AG-C-TATC---AGC---AAGA--A--CTA-A-ATTT-TC---AT-GAA-TG-GC-T--A-GTCTTATG----AAC-GT------ACAT-GTAA--AC---AATG-----TTC--GTAAATA-----A
gi|16 : tgtAGATCA-C-TTTTA-TT---TT--GTT-AG-AC-CTTA---TTTTCAT---G--T---AGAAA--CAATG--AT-GTA-T-----C-A---A----T--------------------TCA----------------------TT---C-ACAA-A---TCATTA---T---T------T--A-TT---GC---TTTAATAAAA-A-GTTTTCTAT----------------------------------GT-T-TATT---TGC---------A--T------------------GAA-TA-GC-T--G-GTCTCATG----AAT-TT------A-GC-GTAG--A----AAAG-----TTCATGAAAATA-----AAAT-T--G-TTTACtgagtgaaa
gi|17 : ctgtATCA-C-TTTTA-TT---TT--GTG-AT-AC-CTTA---TTTTCGCAGCG--T---GGATA--TAATT--AT-GTC-T-----T-T---A----T--------------------TCGTGAG--AC--AT-----AAA--TT---C-GCGA-A---TC---A---------------------------------------------TTCCGT---------G----T-----T-AC--GA------G------------------AAT--A--C---A-AGTT--C--TAC-GAA-TG-GT-T----GTTCCTTT----TAA-TTTGTGTAACGT-GAAA--GC---AATC-----TTGTTGTGAATC-----AAATGT--GATTTACagt
gi|18 : GATCA-C-TTTTA-TT---TT--GTG-AT-AC-CTCA---TTTTATT---A--G---AAATA--CAATG--A--------------------------------------------------G--AC--AT-----AA---------------A---T--------T---T------T--A-TT---GT---TT-------A-A----TTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-TATATT---TTG--GTAGA--AGTT---A-ATTT-TC---AT-GAA-TG-GA-T--A-TT----------ACA-GT------ATAC-ACAA--AT---AATA-----TTCTTGCCAATG-----AAATAT--GGTTTACa
gi|19 : ATG--AT-ATA-T-----C-T---AATA-T--------------------TCATGAT--GC--AT-----AAC-TTT---G-GCAA-A---TCATTA---T---T------C--A-TT---AC---TCAAA----A-A-GATTTTTTT---------T----TT----T-CC--CC------GC-A-TACT---CGC--GAGAA--C--T---AGATTT-TC--C-T-GAA-TT-ACATGAA-ATGT-GCT----AAA-TT------ATAT-GTAA--AT---ACAC-----CTCTTATAAATG-----AAATAT--GATTTagta
gi|2 : atatAGATCA-C-TATAA-TT---TC--GCG-AC-AC-CTTA---TTTTCGC---G------AGATAGTCATTG--AC--TC-T-----T-T---A----T--------------------AAGCGAC--AC--AT-----AAT-TTT---C-ATGA-A---TT---G---T--------------------GG---T--------C-A-TTCTT-TAT---------A----TAACCTT-AAA-GA------ATAC-TATTAGACGT--GA-GA--A--TGA-A-ATTT-TC---GC-GAGCTC-AC-T----GTCTCCCG----TAA-TT------ATGC-AAAA--AT---AAAG-----TTTTCCCAAATA-----AAAAGT--GATTTAC
gi|20 : actgt-TTTCA-TT---TC--ACA-AG-AT-CTTA---GTTTGAT---G--T---GGATA--CAATG--AT-GCA-A-----A-T---G----T--------------------TCAAGAGATAT--AT-----AAC-TTT---T-GTGA-A---TC---A---TAA-T------T--A-TT---GC---T--------CTA-GTCTTCTAagtat
gi|21 : agaacga-CTTA---TTTTTGC---A--T---GGATA--AAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----TAAATATTATTTTATTCTTAATCATGAG--AC--AT-----AAC-TTT---C-ACAA-A---CCATTA---T---T------C--A-GT---GCT--T--------A-A-GTCTTCTGTACATACTTAA----TA----T-AA--GA------GT-TAAATT---C-C--CAAGA--A--T---gaaaatttttattaaaagttaataactgaatttttgtgaa
gi|22 : -----AAC-TTT---T-GCAG-A---TT---AATAT---T------T--A-TT---GC---TC-------A-A-GTCTTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-T-TTTT---CAT--GAGAA--C--T---A-AATT-TTAATGT-G---TG-GC-T--A-GTCTCACA----AAA-TA------ACGT-GTAA--ATATAAGTG-----TTCTCGCAAAT------AAACAT--GATTTttaa
gi|23 : ---A----T--------------------TCAT-----AT--GT-----AAC-TTT---C-ATGA-AGCATT---A---T---T------T--A-TT---GC---TT-------A-A-GTCTTCGAT---------A----AG----T-TA--AT------GT-T-TATT---TGT--G-AGA--------------T-CT--TGC-AAA-------T--A-GT--------------TT------ACAT-GTAA--AT---GATG-----T--TTCCATACA-----AAATGT--GAt
gi|24 : ttcatcaaatgaT---GC---TC-------A-A-TTCTTTTAT---------G----TG----T-AAATGACTAAACGT-T-TATT---CACAAGAAGA-----T---A-ATTT-TA---AC-AAA-TG-GC-T--A-GCCTTGCA----AAA-TT------GCTT-GTAA--AT----ATG-----TTCTTGCCAAAA-----AAAGGTA-GATTTACaata
gi|25 : aaaAAATCATC-TTTTA-TTATTTC--GC-----------A---TTTTCAT---G--------ACA--CTTTA--TT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCATGAA--AC--A-------AT-TTT---C-GTGA-A---TC---A---T---T------G--T-TT---G---------------G-GTATTCTAT---------A----TG----T-AA--AA------CT-T-TATT---CG---GGAGA--A--agt
gi|26 : attgtAGATCA-C-TGTCA-TT---TC--ACG-AA-AC-CG-A---TTTTCGT---G--A---GGATA--CAATG--AT-TTT-T-----T-T---A----T--------------------TCACTAG--AC--AT-----AAC-TTT---C-TCAA-A---TT---A-------T------T--A-TT---GT---TC-------A-A-GACTTTTAT---------A----TT----T-AA--G
gi|27 : ctagtgt---A----T--------------------GCACAA---AC--ATCACTAAAT-TTT---C-GCGACA---CCTT-A---T---T------T----TC---GCGTGT--------A-A-ATA--GTA----------G----TG----T-A------------T-T-TATT---CGC--GAAAC--A--T---A-ATTT-TC---GC-GAA-TC-AC-T--G-ATC
gi|27 : ctgtag-TT---TC--GCG-AC-AC-CTTA---TTTTCGC---G--T---GTAAA--TAGTA--GT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCGCGAA--AC--AT-----AAT-TTT---C-GCGA-A---TC---A---C---T------G--A-Taaaa
gi|28 : ctgtagatgcacaaacatcactaaat----T-AA--GA------GT-T-AAT---------GAGAA--A--T---A-AAT----------GAC-CT-GT-T--A-GTCTTGTG----AAA-TT------GTGT-GTAT--AT---AATG-----TTCTTACAAATA-----AAATGT--GATTTACcaaaa
gi|3 : gtgttcaatAGATCA-C-TTTAA-TT---TC--GCG-AG-AC-CTTAATATCTTCAT---G--T---GGATA--CAATA--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCATCAG--AC--AT-----AAA-CTT---CAGC-A-A---TC---A---T---T------T--A-CT---GCA--TGA------A-A-GTATTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-T-TATT---CGT--GAAGA--A--T---A-ATTT-TC--TGC-GAA-TG-GT-T--G-CTCTTGTT----AAA-TT------ATAC-GTAA--AT---AATG-----TTCTTACAAATA-----AAATGT--GAATTACagta
gi|30 : cTT---AGC--GAGAA--C--T---A-ATTT-T---TGC-GAA-TG-AC-T--AAGTCTCGCG----AAC-TT-------C-C-GTAA--AC---AAAG-----ATCATGCAAATA-----AAATGC---ATTTAC
gi|31 : G-AG-AC-CTCAAGATTT--GG---A--T---GGATA--CAGTG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCAAGAG--AC--AT-----agtataat
gi|32 : ctgtagaccatgtttttATTA-C-TTTGAATT---TC--ACG-AG-TC-CTTA---TTTTTGT---G--T---AGATA--CAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------
gi|4 : GATCA-CCTTTTA-TT---TC--GCGGAGTAT-TTCA---TTTTCGC---GATT---GGACAA-CAATG--ATTGTACT-----T-T---G----T--------------------TCGCGAG--AC--TT-----AAC-CTTGGAT-GAAA-A---TC---A---T---G------C----TT---GC---TTC------G-T-GTCTTTCTT---------G----TT----T-CC--GA------GT-T-TATT---TGC--GAA-A--A--T---A-AATT-T---TGC-AAA-TG-GA-T--A-GTCTAGCA----ACA-TT------GCATTGAAA--AT---AATG-----CTTTTGCGAATA-----AAAatttatca
gi|5 : actgttAGATAA-A-TCTTA-TT---TT--GTG-AA-AC-CTCA---TTTTTG-------T---GGATA--CAATG--AC-ATA-T-----T-T---AATTAT--------------------TAATGAG--TT--AC-----AAC-TTT---C-GCGA-AA--TC---A---T---T------T--A-TT---GC---T--------G-ACGTCTTTTAA---------G----TG----T----------------T-TACT---TG-------------------ATTTGTT--CAT-GAA-TATGA-T--G-GTCTTGGG----AAA-TT------ATGA-ATAG--AT----ATG-----TTTCTCCTATTAATTTTAAATGT--GATTCAC
gi|6 : actatTTGA-TC---TC--GTG-AA-AC-CTTA---TCTTTTT---G--T---GAGCA--CTATG--TC-GCA-A-----T-T---A----T--------------------TCATGAGC-AA--AT-----AACGTTT---T-GCAA-A---TC---A---T---TATT---T--A-TT---GC---TTTT-----A-A-ATCTTCCAT---------GACTGTG----T-AA--GA------GT-T-TATT---AGT--GA--G--A--TCTAA-ATTT-TC---AT-AAA-AG-GC-A--T-GTCTTGCA----AAA-TC------ACAC-AT-----T---AATG-----TTTTTGCAAATA-----AAagtta
gi|7 : AAATCA-C-TT--A-TT---TC--GCA-AGGATACAAA---TTTTCCC---A--T---CCATA--CAATGTAGT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACAAG--AC--GC-----AAC-TTT---C-ATGA-A---TT---A---T---TA-----TTAA-TT---GCA--G--------A-A-GTCT--------------------------------A------GT-T-TATT---CAC---AAGA--ACCT---T-ATCT-T---TGCAAAA-TG-GT-C--A-GTCTTGGC----AAA-TT------ACAT-GTAAATAT---AATG-----TTCTCATTAATA-----AAATGT--GATTTActtacataatactg
gi|8 : ctgtAAATCA-C-TTTTA-TT---TC--ATG-GG-AC-TACA---TTTTTGC---A--A---GGATG--CAATT--AT-ATA-T-----T-T---A----T--------------------TCTAAAG-------------AAC-ATT---C-ACAA-AAT-TT---T---T---T------T--ATTT---GC---TC-------A-A-GT-TTCTAT---------A----TC----T-AA--GA------GT-T-TATT---TGA--GAAAACTA--C---A-ATT------TGC-AAA-TA-AC-TA-A-GTCTTGCAAATTAAA-TT------ATGC-ATAA--AT---AGTT-----TTCTTAAAGATG-----GAAtga
gi|9 : aaatgt-TT---TC--GTT-AT-AC-CTTA---TTTTCAA---A--T---GAATG--CAATG--AT-GTA-C-----T-T---A----T--------------------TCATGAG--CCTAAT-----ACC-TGT---T-GTGA-A---TC---A---TAATT------T--A-TT---GC---T--------TTA-GTCTTCTAT---------A----TG----C-TA--GA------CT-T-TATT---CAC--GAGAG--C--T---A-AATT-TT--CGC-AAA-TG-GC-T--A-GTCTCACT----AAA-TT------AGGC-ATAC--AT---AACA-----TTCTTGTGAATA-----AAATGT--GATTTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): ATTATCCATTGCTTAAGTGTCCTATTTGCAAGGGTTTAATCACGAGAACAGTATTTTTGCAAATGGCCAAATCATGCCTATATAGTATT
Unaligned ( gi|33 ): AATTTTCATGAATTGCTGAGTCACATGACCGTGCAGCAAAGCAATGTTCGTGAACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111 2222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 2 1 333 22 1 55 1 555 6666666666 33 22 1 1 66666 1 222 1111111111111111111111111 2 33 22 33333 1 55555 1 666 00000000000000000000000000000000000000000000 1 00000000000000 44444 1 33 444444 1 3 8888888888888888888888888888888888 1 1 1 22 5555 1 66666 1 444444 444 22 222 44444 44444 55
lowQualScore : . . . ... .. . .. . ... .......... .. .. . . ..... . ... ......................... . .. .. ..... . ..... . ... ............................................ . .............. ..... . .. ...... . . .................................. . . . .. .... . ..... . ...... ... .. ... ..... ..... ..
lowQualScore : 2 1 8 222 55 7 00 7 666 1111111111 88 11 5 5 00000 5 555 9999999999999999999999999 1 55 00 66666 5 66666 5 111 11111111111111111111111111111111111111111111 5 44444444444444 66666 5 55 444444 5 1 0000000000000000000000000000000000 6 6 6 22 8888 2 22222 7 888888 000 33 999 22222 22222 00
consensus : NAGATCA-C-TTTTA-TT---TC--GCG-AG-AC-CTTA---TTTTCGC---G--T---GGATA--CAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACGAG--AC--AT-----AAC-TTT---C-GCGA-A---TC---A---T---T------T--A-TT---GC---T--------A-A-GTCTTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-T-TATT---CGC--GAAGA--A--T---A-ATTT-TC--TGC-GAA-TG-GC-T--A-GTCTCGCG----AAA-TT------ACGC-GTAA--AT---AATG-----TTCTTGCAAATA-----AAATGT--GATTTAC
Reference ( family-4409 ) : NAGATCA-C-TTTTA-TT---TC--GCG-AG-AC-CTTA---TTTTCGC---G--T---GGATA--CAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACGAG--AC--AT-----AAC-TTT---C-GCGA-A---TC---A---T---T------T--A-TT---GC---T--------A-A-GTCTTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-T-TATT---CGC--GAAGA--A--T---A-ATTT-TC--TGC-GAA-TG-GC-T--A-GTCTCGCG----AAA-TT------ACGC-GTAA--AT---AATG-----TTCTTGCAAATA-----AAATGT--GATTTAC
gi|1 : ATCA-C-TTTTA-TA---TT--GAG-AA-TC-CTTA---TTTTCAC---A--T---GGGTA--CAATG--AT-ATA-T-----T-T---C----T--------------------TCATGAG--AC--AT-----AAC-TTT-----GTGA-A---TC---A---T---TATCAATT--A-TTTATAA---T--------A-A-GTCTTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-T-AATT---TGT--GAA-A--A--TGA-A-ATTT-T---TGC-AAT-TG-GC-A--A-GTTTCATG----AAA-TA------ATGC-ACAA--CT---AATG-----TTCTTGAAAATA-----AAACGT--GACTTAC
gi|10 : ctgtacAAATCA-C-TATTA-TT---TC--ACA-TG-AC-CTTA---TTTTTAC---A--TAATGGCTA--CGATG--AT-TTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACAAG--AC--AA-----AAC-TTT------CAA-A---TC---C---T---T------T--A-GA---GA---A--------T-A-GTCCTCAAC---------A----TG----T-AC--GA------GT-T-TATT---CAC------------T---A-----------GA-GAA-TG-GA-T--T-GTCTCACA----ACT-TT------ACAT-GTAG--AT---AATG-----TTCTTGCAAATA-----AAAT-TAAGATTTACt
gi|11 : tttTCT-C-TCTTG-TT---TT--TCG-AG-AC-TTTA---TTTTTAC---A--T---GAATA--CAATA--AT-GCA-TACATGTAT---A----T--------------------TCACTAG--AC--A------AAC-ATT-----GCCA-A---TC---A---T---T---------A-TT--------C--------A-----CTGC--------------------------A--GA------GT-T-TATT---CTT--GAAAA--C--T---A-AATT-TA--TGC-AAA-TG-GC-A--A-GTTTCACA----AAA-TT------ACAC-ACAA--AT---AATG-----TTTTCGTGAATA-----AGATGT--GATagt
gi|12 : TA---TCCTCGC---A--T---GGATA--CATTG--AT-GTA-T-----T-TTATA----T--------------------TCATGAG--AC--GT-----TAC-TTT---T-GCGA-A---TC---A---T---TGTT---T--A-TT---GC---TC-------A-A-GTCTTCTAC---------A----TT----T-AA--GA------GT-T-T-TT---CGC---AAGA--A--TTG-A-ATTT-T---TGC---A-CG-AG-T--A-ATCTCACA----AAA-TT------ACAA-GTAA--AT---AATGCACAGTTCTTGCAAATA-----AAATGT--GATTTACacaag
gi|13 : ATGA-C-TTTTA-CT---TC--GCT-AG-GT-CTCA---GTTTTGC---A--A---GGATT--CAATG--GT-GCA-TCA---T-T---ATT--T--------------------TCACGAG--TC--AT-----AAC-TTT---T-ACGG-A---TT---A---TTACT------T--G-TT---AC---T--------G-A-A-CTTTTGT---------A----TA----TCAA--AA------GA-T-TATT---CGT--GAAAA--G--TA--A-ATTT-TC--TGC-GA-----------A-ATCTCGCG----A------------------AA--AT---AAAG-----TTCTCGCAAATA-----Aaata
gi|14 : gctgtacAGGTCA-C-TC--A-TT---TCTTACG-A-----CTT-----TTTTGC---A--T---GGACA--CAAAA--AT-GTG-C-----T-T---A----T--------------------TCACATG--AT--AT-----AAC-TTT---C-ATGA-A---TC---A---T---T------G--A-TC---A-----------------------TAT---------G----TG----T-AA--GG------AT-T-TCTT---TGT--GAAAAC-A--A---A-AGTT-----TGC-AAA-TG-GG-T--T-GTTTTGTG----AAATTT------ACTC-ATAA--AT---AATG-----TTCTCGCAGATA-----AAATGT--GATTTGCcgg
gi|15 : aAGACTA-C-TTTTA-TT---TT--GTA-AG-AC-CTGA---TGTTTGC---A--T---TGATT--CAGTG--AT-GTG-T-----T-T---A----A--------------------TCACGAG--AT--GT-----AAC-TTT---C-TCGA-G---TC-----------T------T--A-TT-----------------------------T---------G----TG----T-AA--GA------AG-C-TATC---AGC---AAGA--A--CTA-A-ATTT-TC---AT-GAA-TG-GC-T--A-GTCTTATG----AAC-GT------ACAT-GTAA--AC---AATG-----TTC--GTAAATA-----A
gi|16 : tgtAGATCA-C-TTTTA-TT---TT--GTT-AG-AC-CTTA---TTTTCAT---G--T---AGAAA--CAATG--AT-GTA-T-----C-A---A----T--------------------TCA----------------------TT---C-ACAA-A---TCATTA---T---T------T--A-TT---GC---TTTAATAAAA-A-GTTTTCTAT----------------------------------GT-T-TATT---TGC---------A--T------------------GAA-TA-GC-T--G-GTCTCATG----AAT-TT------A-GC-GTAG--A----AAAG-----TTCATGAAAATA-----AAAT-T--G-TTTACtgagtgaaa
gi|17 : ctgtATCA-C-TTTTA-TT---TT--GTG-AT-AC-CTTA---TTTTCGCAGCG--T---GGATA--TAATT--AT-GTC-T-----T-T---A----T--------------------TCGTGAG--AC--AT-----AAA--TT---C-GCGA-A---TC---A---------------------------------------------TTCCGT---------G----T-----T-AC--GA------G------------------AAT--A--C---A-AGTT--C--TAC-GAA-TG-GT-T----GTTCCTTT----TAA-TTTGTGTAACGT-GAAA--GC---AATC-----TTGTTGTGAATC-----AAATGT--GATTTACagt
gi|18 : GATCA-C-TTTTA-TT---TT--GTG-AT-AC-CTCA---TTTTATT---A--G---AAATA--CAATG--A--------------------------------------------------G--AC--AT-----AA---------------A---T--------T---T------T--A-TT---GT---TT-------A-A----TTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-TATATT---TTG--GTAGA--AGTT---A-ATTT-TC---AT-GAA-TG-GA-T--A-TT----------ACA-GT------ATAC-ACAA--AT---AATA-----TTCTTGCCAATG-----AAATAT--GGTTTACa
gi|19 : ATG--AT-ATA-T-----C-T---AATA-T--------------------TCATGAT--GC--AT-----AAC-TTT---G-GCAA-A---TCATTA---T---T------C--A-TT---AC---TCAAA----A-A-GATTTTTTT---------T----TT----T-CC--CC------GC-A-TACT---CGC--GAGAA--C--T---AGATTT-TC--C-T-GAA-TT-ACATGAA-ATGT-GCT----AAA-TT------ATAT-GTAA--AT---ACAC-----CTCTTATAAATG-----AAATAT--GATTTagta
gi|2 : atatAGATCA-C-TATAA-TT---TC--GCG-AC-AC-CTTA---TTTTCGC---G------AGATAGTCATTG--AC--TC-T-----T-T---A----T--------------------AAGCGAC--AC--AT-----AAT-TTT---C-ATGA-A---TT---G---T--------------------GG---T--------C-A-TTCTT-TAT---------A----TAACCTT-AAA-GA------ATAC-TATTAGACGT--GA-GA--A--TGA-A-ATTT-TC---GC-GAGCTC-AC-T----GTCTCCCG----TAA-TT------ATGC-AAAA--AT---AAAG-----TTTTCCCAAATA-----AAAAGT--GATTTAC
gi|20 : actgt-TTTCA-TT---TC--ACA-AG-AT-CTTA---GTTTGAT---G--T---GGATA--CAATG--AT-GCA-A-----A-T---G----T--------------------TCAAGAGATAT--AT-----AAC-TTT---T-GTGA-A---TC---A---TAA-T------T--A-TT---GC---T--------CTA-GTCTTCTAagtat
gi|21 : agaacga-CTTA---TTTTTGC---A--T---GGATA--AAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----TAAATATTATTTTATTCTTAATCATGAG--AC--AT-----AAC-TTT---C-ACAA-A---CCATTA---T---T------C--A-GT---GCT--T--------A-A-GTCTTCTGTACATACTTAA----TA----T-AA--GA------GT-TAAATT---C-C--CAAGA--A--T---gaaaatttttattaaaagttaataactgaatttttgtgaa
gi|22 : -----AAC-TTT---T-GCAG-A---TT---AATAT---T------T--A-TT---GC---TC-------A-A-GTCTTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-T-TTTT---CAT--GAGAA--C--T---A-AATT-TTAATGT-G---TG-GC-T--A-GTCTCACA----AAA-TA------ACGT-GTAA--ATATAAGTG-----TTCTCGCAAAT------AAACAT--GATTTttaa
gi|23 : ---A----T--------------------TCAT-----AT--GT-----AAC-TTT---C-ATGA-AGCATT---A---T---T------T--A-TT---GC---TT-------A-A-GTCTTCGAT---------A----AG----T-TA--AT------GT-T-TATT---TGT--G-AGA--------------T-CT--TGC-AAA-------T--A-GT--------------TT------ACAT-GTAA--AT---GATG-----T--TTCCATACA-----AAATGT--GAt
gi|24 : ttcatcaaatgaT---GC---TC-------A-A-TTCTTTTAT---------G----TG----T-AAATGACTAAACGT-T-TATT---CACAAGAAGA-----T---A-ATTT-TA---AC-AAA-TG-GC-T--A-GCCTTGCA----AAA-TT------GCTT-GTAA--AT----ATG-----TTCTTGCCAAAA-----AAAGGTA-GATTTACaata
gi|25 : aaaAAATCATC-TTTTA-TTATTTC--GC-----------A---TTTTCAT---G--------ACA--CTTTA--TT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCATGAA--AC--A-------AT-TTT---C-GTGA-A---TC---A---T---T------G--T-TT---G---------------G-GTATTCTAT---------A----TG----T-AA--AA------CT-T-TATT---CG---GGAGA--A--agt
gi|26 : attgtAGATCA-C-TGTCA-TT---TC--ACG-AA-AC-CG-A---TTTTCGT---G--A---GGATA--CAATG--AT-TTT-T-----T-T---A----T--------------------TCACTAG--AC--AT-----AAC-TTT---C-TCAA-A---TT---A-------T------T--A-TT---GT---TC-------A-A-GACTTTTAT---------A----TT----T-AA--G
gi|27 : ctagtgt---A----T--------------------GCACAA---AC--ATCACTAAAT-TTT---C-GCGACA---CCTT-A---T---T------T----TC---GCGTGT--------A-A-ATA--GTA----------G----TG----T-A------------T-T-TATT---CGC--GAAAC--A--T---A-ATTT-TC---GC-GAA-TC-AC-T--G-ATC
gi|27 : ctgtag-TT---TC--GCG-AC-AC-CTTA---TTTTCGC---G--T---GTAAA--TAGTA--GT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCGCGAA--AC--AT-----AAT-TTT---C-GCGA-A---TC---A---C---T------G--A-Taaaa
gi|28 : ctgtagatgcacaaacatcactaaat----T-AA--GA------GT-T-AAT---------GAGAA--A--T---A-AAT----------GAC-CT-GT-T--A-GTCTTGTG----AAA-TT------GTGT-GTAT--AT---AATG-----TTCTTACAAATA-----AAATGT--GATTTACcaaaa
gi|3 : gtgttcaatAGATCA-C-TTTAA-TT---TC--GCG-AG-AC-CTTAATATCTTCAT---G--T---GGATA--CAATA--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCATCAG--AC--AT-----AAA-CTT---CAGC-A-A---TC---A---T---T------T--A-CT---GCA--TGA------A-A-GTATTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-T-TATT---CGT--GAAGA--A--T---A-ATTT-TC--TGC-GAA-TG-GT-T--G-CTCTTGTT----AAA-TT------ATAC-GTAA--AT---AATG-----TTCTTACAAATA-----AAATGT--GAATTACagta
gi|30 : cTT---AGC--GAGAA--C--T---A-ATTT-T---TGC-GAA-TG-AC-T--AAGTCTCGCG----AAC-TT-------C-C-GTAA--AC---AAAG-----ATCATGCAAATA-----AAATGC---ATTTAC
gi|31 : G-AG-AC-CTCAAGATTT--GG---A--T---GGATA--CAGTG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCAAGAG--AC--AT-----agtataat
gi|32 : ctgtagaccatgtttttATTA-C-TTTGAATT---TC--ACG-AG-TC-CTTA---TTTTTGT---G--T---AGATA--CAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------
gi|4 : GATCA-CCTTTTA-TT---TC--GCGGAGTAT-TTCA---TTTTCGC---GATT---GGACAA-CAATG--ATTGTACT-----T-T---G----T--------------------TCGCGAG--AC--TT-----AAC-CTTGGAT-GAAA-A---TC---A---T---G------C----TT---GC---TTC------G-T-GTCTTTCTT---------G----TT----T-CC--GA------GT-T-TATT---TGC--GAA-A--A--T---A-AATT-T---TGC-AAA-TG-GA-T--A-GTCTAGCA----ACA-TT------GCATTGAAA--AT---AATG-----CTTTTGCGAATA-----AAAatttatca
gi|5 : actgttAGATAA-A-TCTTA-TT---TT--GTG-AA-AC-CTCA---TTTTTG-------T---GGATA--CAATG--AC-ATA-T-----T-T---AATTAT--------------------TAATGAG--TT--AC-----AAC-TTT---C-GCGA-AA--TC---A---T---T------T--A-TT---GC---T--------G-ACGTCTTTTAA---------G----TG----T----------------T-TACT---TG-------------------ATTTGTT--CAT-GAA-TATGA-T--G-GTCTTGGG----AAA-TT------ATGA-ATAG--AT----ATG-----TTTCTCCTATTAATTTTAAATGT--GATTCAC
gi|6 : actatTTGA-TC---TC--GTG-AA-AC-CTTA---TCTTTTT---G--T---GAGCA--CTATG--TC-GCA-A-----T-T---A----T--------------------TCATGAGC-AA--AT-----AACGTTT---T-GCAA-A---TC---A---T---TATT---T--A-TT---GC---TTTT-----A-A-ATCTTCCAT---------GACTGTG----T-AA--GA------GT-T-TATT---AGT--GA--G--A--TCTAA-ATTT-TC---AT-AAA-AG-GC-A--T-GTCTTGCA----AAA-TC------ACAC-AT-----T---AATG-----TTTTTGCAAATA-----AAagtta
gi|7 : AAATCA-C-TT--A-TT---TC--GCA-AGGATACAAA---TTTTCCC---A--T---CCATA--CAATGTAGT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACAAG--AC--GC-----AAC-TTT---C-ATGA-A---TT---A---T---TA-----TTAA-TT---GCA--G--------A-A-GTCT--------------------------------A------GT-T-TATT---CAC---AAGA--ACCT---T-ATCT-T---TGCAAAA-TG-GT-C--A-GTCTTGGC----AAA-TT------ACAT-GTAAATAT---AATG-----TTCTCATTAATA-----AAATGT--GATTTActtacataatactg
gi|8 : ctgtAAATCA-C-TTTTA-TT---TC--ATG-GG-AC-TACA---TTTTTGC---A--A---GGATG--CAATT--AT-ATA-T-----T-T---A----T--------------------TCTAAAG-------------AAC-ATT---C-ACAA-AAT-TT---T---T---T------T--ATTT---GC---TC-------A-A-GT-TTCTAT---------A----TC----T-AA--GA------GT-T-TATT---TGA--GAAAACTA--C---A-ATT------TGC-AAA-TA-AC-TA-A-GTCTTGCAAATTAAA-TT------ATGC-ATAA--AT---AGTT-----TTCTTAAAGATG-----GAAtga
gi|9 : aaatgt-TT---TC--GTT-AT-AC-CTTA---TTTTCAA---A--T---GAATG--CAATG--AT-GTA-C-----T-T---A----T--------------------TCATGAG--CCTAAT-----ACC-TGT---T-GTGA-A---TC---A---TAATT------T--A-TT---GC---T--------TTA-GTCTTCTAT---------A----TG----C-TA--GA------CT-T-TATT---CAC--GAGAG--C--T---A-AATT-TT--CGC-AAA-TG-GC-T--A-GTCTCACT----AAA-TT------AGGC-ATAC--AT---AACA-----TTCTTGTGAATA-----AAATGT--GATTTA
blockSeqs : T C A ATT TT G GT A ATA ATAAT GT TA T C ACATG A TAT TAAATATTATTTTATTCTTAA C AT TA CACTA G GGAT C GCA ATTATTTATTGCTTTAATAAAA C ACATACTTAA AACCT C AT CTAAAC A A AGACGTGAGAATGAAATTTTC A C T CA GAA C AAATT T TGTGTA ATT AT ATA CACAG ATTTT AA
blockSeqs : . . . . . . GG . AGA AGCGT A . . . CA . . ATTAT C C . . . CA . AT ATTATTCATTACTCAAAA . GACTG G . A . . A CATGAGAACTAAATTTTAAT . . . A AA C A . . AT . . . . A
blockSeqs : . . . . . . G . . GATT . . . . . . . ATAT T . . . . T . A ATTATTTATTGCTTTTA . A T . . . . . CGTGAAAAGTAAATTTTCT . . . C AA C A . . AC . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . AT . . . . . . . TTT C . . . . T . . ATTGTTTATTGCTCA . A A . . . . . TTGGTAGAAGTTAATTTTC . . . G T C A . . AA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . AT . . . . . . . T C . . . . C . . ATTATTCAGTGCTTA . A G . . . . . CGCGAGAACTAGATTTTCC . . . G A T G . . TC . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . AA . . . . . . . T C . . . . C . . AATATTTATTGCTCA . G G . . . . . CTTGAAAACTAAATTTAT . . . C A T G . . AT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . AT . . . . . . . T T . . . . C . . TTATTTTCGCGTGTA . G G . . . . . CGCAAGAATTGAATTTTT . . . C A C G . . GC . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . AT . . . . . . . T T . . . . C . . ATTATTAATTGCAGA . G T . . . . . AGCAAGAACTAAATTTTC . . . T T C G . . GT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . GT . . . . . . . A C . . . . G . . ATAATTTATTGCTTT . G A . . . . . CACAAGAAGATAATTTTA . . . A A C T . . AC . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . AG . . . . . . . T A . . . . C . . ATTACTTGTTACTG . T G . . . . . CGTGAAGAATAATTTTCT . . . C G C T . . AT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . GT . . . . . . . T T . . . . T . . ATAATTATTGCTCT . A G . . . . . AGTGAGATCTAAATTTTC . . . C A T G . . GC . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . AT . . . . . . . T T . . . . C . . ATTTACTGCATGAA . G G . . . . . CACAAGAACCTTATCTTT . . . C A T A . . GT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . GA . . . . . . . T T . . . . T . . TTTTATTTGCTCA . A G . . . . . CACGAGAGCTAAATTTTC . . . C A T A . . AT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . GT . . . . . . . T C . . . . C . . ATTTATTGCTTA . G T . . . . . TGTGAAAACAAAAGTTT . . . T A C G . . TT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . GT . . . . . . . T C . . . . C . . ATGCTTGCTTCG . A G . . . . . CGCGAAACATAATTTTC . . . T G A T . . GT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . AT . . . . . . . T C . . . . C . . CTTTAGAGAAT . A G . . . . . AGCGAGAACTAATTTTT . . . C A T G . . AC . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . GT . . . . . . . T T . . . . C . . TTTATTGTTTA . G T . . . . . TGAGAAAACTACAATTT . . . A G T A . . GA . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . GT . . . . . . . T A . . . . C . . ATTATTGTTCA . G G . . . . . TGCGAAAATAAATTTT . . . A A T G . . AC . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . AT . . . . . . . T C . . . . C . . ATTTATTGCTG . G G . . . . . AATACAAGTTCT . . . C G T A . . AT . . . .
blockSeqs : . . . . T . . AA . . . . . . . T T . . . . T . . ATTATTCA . G C . . . . . TGTGAGATCTT . . . T T C C . . GC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AT . . . . . . . T T . . . . C . . ATTGATCA . A G . . . . . GAGAAATAAAT . . . C A . T . . GC . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . T C . . . . C . . ATTGTTTG . A . . . . . . TGATTTGTTC . . . C A . . . . C . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . T A . . . . T . . GTGGTC . . . . . . . . CACTA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . T T . . . . . . . TTATT . . . . . . . . TGCAT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : C**** ATTATTTATTGCTCA*****************************
originalCons : NAGATCA-C-TTTTA-TT---TC--GCG-AG-AC-CTTA---TTTTCGC---G--T---GGATA--CAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACGAG--AC--AT-----AAC-TTT---C-GCGA-A---TC---A---T---T------T--A-TT---GC---T--------A-A-GTCTTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-T-TATT---CGC--GAAGA--A--T---A-ATTT-TC--TGC-GAA-TG-GC-T--A-GTCTCGCG----AAA-TT------ACGC-GTAA--AT---AATG-----TTCTTGCAAATA-----AAATGT--GATTTAC
finalCons : NAGATCA-C-TTTTA-TT---TC--GCG-AG-AC-CTTA---TTTTCGC---G--T---GGATA--CAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------TCACGAG--AC--AT-----AAC-TTTC----GCGA-A---TCATTATTTATTGCTCA-----------------------------A-GTCTTCTAT---------G----TG----T-AA--GA------GT-T-TATT---CGC--GAAGA--A--T---A-ATTT-TC--TGC-GAA-TG-GC-T--A-GTCTCGCG----AAA-TT------ACGC-GTAA--AT---AATG-----TTCTTGCAAATA-----AAATGT--GATTTAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): ATTATCCATTGCTTAAGTGTCCTATTTGCAAGGGTTTAATCACGAGAACAGTATTTTTGCAAATGGCCAAATCATGCCTATATAGTATT
Unaligned ( gi|33 ): AATTTTCATGAATTGCTGAGTCACATGACCGTGCAGCAAAGCAATGTTCGTGAACA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111 11111111111111111111111 111111111111111111111 222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 2 1 333 22 1 55 1 555 6666666666 33 22 1 1 66666 1 222 5555 11111111111111111111 22 2 33 22 33333 1 55555 444444 1 2 222 1 77777777777777777777777 0 222222222222222222222 22 444444 1 3 222 555555555555555555555555555555 1 1 1 22 5555 1 66666 666666 44 22 222 44444 44444 55
lowQualScore : . . . ... .. . .. . ... .......... .. .. . . ..... . ... .... .................... .. . .. .. ..... . ..... ...... . . ... . ....................... . ..................... .. ...... . . ... .............................. . . . .. .... . ..... ...... .. .. ... ..... ..... ..
lowQualScore : 2 1 8 222 55 7 00 7 666 1111111111 88 11 5 5 00000 5 555 5555 66666666666666666666 00 1 55 00 66666 5 66666 333333 5 6 888 6 22222222222222222222222 5 111111111111111111111 11 666666 6 2 777 222222222222222222222222222222 6 6 6 22 8888 2 22222 555555 22 33 999 22222 22222 00
consensus : NAGATCA-C-TTTTA-TT---TC--GCG-AG-AC-CTTA---TTTTCGC---G--T---GGATA--CAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------T--CACGAG--AC--AT-----AAC-TTT---C-GCGAA------TCA-TTAT---TTA-TTGC---T--C-------A--A----GTCTTCTAT---------G----T-----GTAA--GA------GT-T-TATT---CGC--GAAGA--A--T---A-A-TTT-TC--TGC-GAA-TG-GC-T--A-GTCTCGCG----AAATT------ACG-CGTAA--AT---AAT-----GTTCTTGCAAATA-----AAATGT--GATTTAC
Reference ( family-4409 ) : NAGATCA-C-TTTTA-TT---TC--GCG-AG-AC-CTTA---TTTTCGC---G--T---GGATA--CAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------T--CACGAG--AC--AT-----AAC-TTT---C-GCGAA------TCA-TTAT---TTA-TTGC---T--C-------A--A----GTCTTCTAT---------G----T-----GTAA--GA------GT-T-TATT---CGC--GAAGA--A--T---A-A-TTT-TC--TGC-GAA-TG-GC-T--A-GTCTCGCG----AAATT------ACG-CGTAA--AT---AAT-----GTTCTTGCAAATA-----AAATGT--GATTTAC
gi|1 : ATCA-C-TTTTA-TA---TT--GAG-AA-TC-CTTA---TTTTCAC---A--T---GGGTA--CAATG--AT-ATA-T-----T-T---C----T--------------------T--CATGAG--AC--AT-----AAC-TTT-----GTGAA------TCA-TTATCAATTA-TTTA---TAAT-------A--A----GTCTTCTAT---------G----T-----GTAA--GA------GT-T-AATT---TGT--GAA-A--A--TGA-A-A-TTT-T---TGC-AAT-TG-GC-A--A-GTTTCATG----AAATA------ATG-CACAA--CT---AAT-----GTTCTTGAAAATA-----AAACGT--GACTTAC
gi|10 : ctgtacAAATCA-C-TATTA-TT---TC--ACA-TG-AC-CTTA---TTTTTAC---A--TAATGGCTA--CGATG--AT-TTA-T-----T-T---A----T--------------------T--CACAAG--AC--AA-----AAC-TTT------CAAA------TC----CT---TTA-GAG---------------AATA----GTCCTCAAC---------A----T-----GTAC--GA------GT-T-TATT---CAC------------T---A------------GA-GAA-TG-GA-T--T-GTCTCACA----ACTTT------ACA-TGTAG--AT---AAT-----GTTCTTGCAAATA-----AAAT-TAAGATTTACt
gi|11 : tttTCT-C-TCTTG-TT---TT--TCG-AG-AC-TTTA---TTTTTAC---A--T---GAATA--CAATA--AT-GCA-TACATGTAT---A----T--------------------T--CACTAG--AC--A------AAC-ATT-----GCCAA------TCA-TTAT---TCA-CTGC------------------------------------------------------A--GA------GT-T-TATT---CTT--GAAAA--C--T---A-A-ATT-TA--TGC-AAA-TG-GC-A--A-GTTTCACA----AAATT------ACA-CACAA--AT---AAT-----GTTTTCGTGAATA-----AGATGT--GATagt
gi|12 : TA---TCCTCGC---A--T---GGATA--CATTG--AT-GTA-T-----T-TTATA----T--------------------T--CATGAG--AC--GT-----TAC-TTT---T-GCGAA------TCA-TTGT---TTA-TTGC---T--C-------A--A----GTCTTCTAC---------A----T-----TTAA--GA------GT-T-T-TT---CGC---AAGA--A--TTG-A-A-TTT-T---TGC---A-CG-AG-T--A-ATCTCACA----AAATT------ACA-AGTAA--AT---AATGCACAGTTCTTGCAAATA-----AAATGT--GATTTACacaag
gi|13 : ATGA-C-TTTTA-CT---TC--GCT-AG-GT-CTCA---GTTTTGC---A--A---GGATT--CAATG--GT-GCA-TCA---T-T---A----T--------------------TTTCACGAG--TC--AT-----AAC-TTT---T-ACGGA------TTA-TTAC---TTG-TTAC---T--G-------A--A----CTTTTGTAT---------A----T------CAA--AA------GA-T-TATT---CGT--GAAAA--G--T---A-AATTT-TC--TGC-GA-----------A-ATCTCGCG----A-----------------AA--AT---AAA-----GTTCTCGCAAATA-----Aaata
gi|14 : gctgtacAGGTCA-C-TC--A-TT---TCTTACG-A-----CTT-----TTTTGC---A--T---GGACA--CAAAA--AT-GTG-C-----T-T---A----T--------------------T--CACATG--AT--AT-----AAC-TTT---C-ATGAA------TCA-TT-----------GA---T--C-------A-------------TAT---------G----T-----GTAA--GG------AT-T-TCTT---TGT--GAAAAC-A--A---A-A-GTT-T----GC-AAA-TG-GG-T--T-GTTTTGTG----AAATTT-----ACT-CATAA--AT---AAT-----GTTCTCGCAGATA-----AAATGT--GATTTGCcgg
gi|15 : aAGACTA-C-TTTTA-TT---TT--GTA-AG-AC-CTGA---TGTTTGC---A--T---TGATT--CAGTG--AT-GTG-T-----T-T---A----A--------------------T--CACGAG--AT--GT-----AAC-TTT---C-TCGAG------TC--TTAT---T-------------------------------------T---------G----T-----GTAA--GA------AG-C-TATC---AGC---AAGA--A--CTA-A-A-TTT-TC---AT-GAA-TG-GC-T--A-GTCTTATG----AACGT------ACA-TGTAA--AC---AAT-----GTTC--GTAAATA-----A
gi|16 : tgtAGATCA-C-TTTTA-TT---TT--GTT-AG-AC-CTTA---TTTTCAT---G--T---AGAAA--CAATG--AT-GTA-T-----C-A---A----T--------------------T--CA----------------------TT---C-ACAAA------TCA-TTAT---TTA-TTGC---T--TTAATAAAA--A----GTTTTCTAT----------------------------------GT-T-TATT---TGC---------A--T-------------------GAA-TA-GC-T--G-GTCTCATG----AATTT------A-G-CGTAG--A----AAA-----GTTCATGAAAATA-----AAAT-T--G-TTTACtgagtgaaa
gi|17 : ctgtATCA-C-TTTTA-TT---TT--GTG-AT-AC-CTTA---TTTTCGCAGCG--T---GGATA--TAATT--AT-GTC-T-----T-T---A----T--------------------T--CGTGAG--AC--AT-----AAA--TT---C-GCGAA------TCA-TTagt
gi|17 : C--GA-GA--A--T---ACA-AGT-TC--TAC-GAA-TG-GT-T----GTTCCTTT----TAATTTGTGTAACG-TGAAA--GC---AAT-----CTTGTTGTGAATC-----AAATGT--GATTTACccgtgttacgagaatacaagttctacgaatggttgttccttttaatttgtgtaacgtgaaagcaatcttgttgtgaatcaaatgtgatttaca
gi|18 : atcacttttattttgtgataccttattttcgcagcgtggatataattatgtctttattcgtgagacataaattcgcgaatcattccgtgttaGATCA-C-TTTTA-TT---TT--GTG-AT-AC-CTCA---TTTTATT---A--G---AAATA--CAATG--A----------------------------------------------------G--AC--AT-----AA-----------------------A-TT-----TTA-TTGT---T--T-------A--A-------TTCTAT---------G----T-----GTAA--GA------GT-TATATT---TTG--GTAGA--AGTT---A-A-TTT-TC---AT-GAA-TG-GA-T--A-TT----------ACAGT------ATA-CACAA--AT---AAT-----ATTCTTGCCAATG-----AAATAT--GGTTTACa
gi|19 : ATG--AT-ATA-T-----C-T---AATA-T--------------------T--CATGAT--GC--AT-----AAC-TTT---G-GCAAA------TCA-TTAT---TCA-TTAC---T--C-------A--AAAAGATTTTTTTT---------T----TTCCCCGCA----------------TACT---CGC--GAGAA--C--T---AGA-TTT-TC--C-T-GAA-TT-ACATGAA-ATGT-GCT----AAATT------ATA-TGTAA--AT---ACA-----CCTCTTATAAATG-----AAATAT--GATTTagta
gi|2 : atatAGATCA-C-TATAA-TT---TC--GCG-AC-AC-CTTA---TTTTCGC---G------AGATAGTCATTG--AC--TC-T-----T-T---A----T--------------------A--AGCGAC--AC--AT-----AAT-TTT---C-ATGAATTGTGGTCA-TTCT---TTA-T-----------------AT-A----ACCT--TA-----------------------AA--GA------ATAC-TATTAGACGT--G-AGA--A--TGA-A-A-TTT-TC---GC-GAGCTC-AC-T----GTCTCCCG----TAATT------ATG-CAAAA--AT---AAA-----GTTTTCCCAAATA-----AAAAGT--GATTTAC
gi|20 : actgt-TTTCA-TT---TC--ACA-AG-AT-CTTA---GTTTGAT---G--T---GGATA--CAATG--AT-GCA-A-----A-T---G----T--------------------T--CAAGAGATAT--AT-----AAC-TTT---T-GTGAA------TCA--TAA---TTA-TTGC---T--C-------T--A----GTCTTCTAagtat
gi|21 : agaacga-CTTA---TTTTTGC---A--T---GGATA--AAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----TAAATATTATTTTATTCTTAAT--CATGAG--AC--AT-----AAC-TTT---C-ACAAA------CCA-TTAT---TCA-GTGC---T--T-------A--A----GTCTTCTGTACATACTTAA----T-----ATAA--GA------GT-TAAATT---C-C--CAAGA--A--T---gaaaatttttattaaaagttaataactgaatttttgtgaa
gi|22 : -----AAC-TTT---T-GCAGA------TTA-ATAT---TTA-TTGC---T--C-------A--A----GTCTTCTAT---------G----T-----GTAA--GA------GT-T-TTTT---CAT--GAGAA--C--T---A-A-ATT-TTAATGT-G---TG-GC-T--A-GTCTCACA----AAATA------ACG-TGTAA--ATATAAGT-----GTTCTCGCAAAT------AAACAT--GATTTttaa
gi|23 : ---A----T--------------------T--CAT-----AT--GT-----AAC-TTT---C-ATGAA------GCA-TTAT---TTA-TTGC---T--T-------A--A----GTCTTCGAT---------A----A-----GTTA--AT------GT-T-TATT---TGT--G-AGA---------------T-CT--TGC-AAA-------T--A-GT-------------TT------ACA-TGTAA--AT---GAT-----GT--TTCCATACA-----AAATGT--GAt
gi|24 : ttcatcaaatgaTGC---T--C-------A--A----TTCTTTTAT---------G----T-----GTAAATGACTAAACGT-T-TATT---CACAAGAAGA-----T---A-A-TTT-TA---AC-AAA-TG-GC-T--A-GCCTTGCA----AAATT------GCT-TGTAA--AT----AT-----GTTCTTGCCAAAA-----AAAGGTA-GATTTACaata
gi|25 : aaaAAATCATC-TTTTA-TTATTTC--GC-----------A---TTTTCAT---G--------ACA--CTTTA--TT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------T--CATGAA--AC--A-------AT-TTT---C-GTGAA------TCA-TTGT---TTG----------------------G----GTATTCTAT---------A----T-----GTAA--AA------CT-T-TATT---CG---GGAGA--A--agt
gi|26 : attgtAGATCA-C-TGTCA-TT---TC--ACG-AA-AC-CG-A---TTTTCGT---G--A---GGATA--CAATG--AT-TTT-T-----T-T---A----T--------------------T--CACTAG--AC--AT-----AAC-TTT---C-TCAAA------TTA--------TTA-TTGT---T--C-------A--A----GACTTTTAT---------A----T-----TTAA--G
gi|27 : ctagtgt---A----T--------------------G--CACAA---AC--ATCACTAAAT-TTT---C-GCGAC------ACC-TTAT---TT--TCGCGTGT--A-------A--A-------TAGTA----------G----T-----GTA------------T-T-TATT---CGC--GAAAC--A--T---A-A-TTT-TC---GC-GAA-TC-AC-T--G-ATC
gi|27 : ctgtag-TT---TC--GCG-AC-AC-CTTA---TTTTCGC---G--T---GTAAA--TAGTA--GT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------T--CGCGAA--AC--AT-----AAT-TTT---C-GCGAA------TCA-CTaaaa
gi|28 : ctgtagatgcacaaacatcactaaatTAA--GA------GT-T-AAT---------GAGAA--A--T---A-A-AT----------GAC-CT-GT-T--A-GTCTTGTG----AAATT------GTG-TGTAT--AT---AAT-----GTTCTTACAAATA-----AAATGT--GATTTACgatcaaaa
gi|3 : gtgttcaatAGATCA-C-TTTAA-TT---TC--GCG-AG-AC-CTTAATATCTTCAT---G--T---GGATA--CAATA--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------T--CATCAG--AC--AT-----AAA-CTT---CAGC-AA------TCA-TT------TA-CTGC---A--TGA-----A--A----GTATTCTAT---------G----T-----GTAA--GA------GT-T-TATT---CGT--GAAGA--A--T---A-A-TTT-TC--TGC-GAA-TG-GT-T--G-CTCTTGTT----AAATT------ATA-CGTAA--AT---AAT-----GTTCTTACAAATA-----AAATGT--GAATTACagta
gi|30 : cTT---AGC--GAGAA--C--T---A-A-TTT-T---TGC-GAA-TG-AC-T--AAGTCTCGCG----AACTT-------C--CGTAA--AC---AAA-----GATCATGCAAATA-----AAATGC---ATTTAC
gi|31 : G-AG-AC-CTCAAGATTT--GG---A--T---GGATA--CAGTG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------T--CAAGAG--AC--AT-----agtataat
gi|32 : ctgtagaccatgtttttATTA-C-TTTGAATT---TC--ACG-AG-TC-CTTA---TTTTTGT---G--T---AGATA--CAATG--AT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------
gi|4 : GATCA-CCTTTTA-TT---TC--GCGGAGTAT-TTCA---TTTTCGC---GATT---GGACAA-CAATG--ATTGTACT-----T-T---G----T--------------------T--CGCGAG--AC--TT-----AAC-CTTGGAT-GAAAA------TCA-T-GC---TTG-CT-----T--C-------G--T----GTCTTTCTT---------G----T-----TTCC--GA------GT-T-TATT---TGC--GAA-A--A--T---A-A-ATT-T---TGC-AAA-TG-GA-T--A-GTCTAGCA----ACATT------GCATTGAAA--AT---AAT-----GCTTTTGCGAATA-----AAAatttatca
gi|5 : actgttAGATAA-A-TCTTA-TT---TT--GTG-AA-AC-CTCA---TTTTTG-------T---GGATA--CAATG--AC-ATA-T-----T-T---AATTAT--------------------T--AATGAG--TT--AC-----AAC-TTT---C-GCGAA--------A-TCAT---TTA-TTGC---T--G-------A--C----GTCTTTTAA---------G----T-----GT---------------T-TACT---TG-------------------A-TTTGTT--CAT-GAA-TATGA-T--G-GTCTTGGG----AAATT------ATG-AATAG--AT----AT-----GTTTCTCCTATTAATTTTAAATGT--GATTCAC
gi|6 : actatTTGA-TC---TC--GTG-AA-AC-CTTA---TCTTTTT---G--T---GAGCA--CTATG--TC-GCA-A-----T-T---A----T--------------------T--CATGAGC-AA--AT-----AACGTTT---T-GCAAA------TCA-TTAT---TTA-TTGC---T--TTT-----A--A----ATCTTCCAT---------GACTGT-----GTAA--GA------GT-T-TATT---AGT--GA--G--A--TCTAA-A-TTT-TC---AT-AAA-AG-GC-A--T-GTCTTGCA----AAATC------ACA-CAT-----T---AAT-----GTTTTTGCAAATA-----AAagtta
gi|7 : AAATCA-C-TT--A-TT---TC--GCA-AGGATACAAA---TTTTCCC---A--T---CCATA--CAATGTAGT-GTA-T-----T-T---A----T--------------------T--CACAAG--AC--GC-----AAC-TTT---C-ATGAA------TTA-TTAT---TAA-TTGC---A--G-------A--A----GTCT--------------------------------A------GT-T-TATT---CAC---AAGA--ACCT---T-A-TCT-T---TGCAAAA-TG-GT-C--A-GTCTTGGC----AAATT------ACA-TGTAAATAT---AAT-----GTTCTCATTAATA-----AAATGT--GATTTActtacataatactg
gi|8 : ctgtAAATCA-C-TTTTA-TT---TC--ATG-GG-AC-TACA---TTTTTGC---A--A---GGATG--CAATT--AT-ATA-T-----T-T---A----T--------------------T--CTAAAG-------------AAC-ATT---C-ACAAA--------ATTTTT---TTATTTGC---T--C-------A--A----GT-TTCTAT---------A----T-----CTAA--GA------GT-T-TATT---TGA--GAAAACTA--C---A-A-TT------TGC-AAA-TA-AC-TA-A-GTCTTGCAAATTAAATT------ATG-CATAA--AT---AGT-----TTTCTTAAAGATG-----GAAtga
gi|9 : aaatgt-TT---TC--GTT-AT-AC-CTTA---TTTTCAA---A--T---GAATG--CAATG--AT-GTA-C-----T-T---A----T--------------------T--CATGAG--CCTAAT-----ACC-TGT---T-GTGAA------TCA-TAAT---TTA-TTGC---T--T-------T--A----GTCTTCTAT---------A----T-----GCTA--GA------CT-T-TATT---CAC--GAGAG--C--T---A-A-ATT-TT--CGC-AAA-TG-GC-T--A-GTCTCACT----AAATT------AGG-CATAC--AT---AAC-----ATTCTTGTGAATA-----AAATGT--GATTTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): ATTATCCATTGCTTAAGTGTCCTATTTGCAAGGGTTTAATCACGAGAACAGTATTTTTGCAAATGGCCAAATCATGCCTATATAGTATT
Unaligned ( gi|33 ): AATTTTCATGAATTGCTGAGTCACATGACCGTGCAGCAAAGCAATGTTCGTGAACA