lowQualScore : 11111111 11111 111111 11111111 1 22222222 1111 1111111 11 444 33333333333 11 222
lowQualScore : 55 4 99999999 1 33333 4 777 666 3 9 7 3 000000 88 3 99 55 3 999999 3 6 22 3 3 3 44 3 2 33 2 2 444 2 2 999 33 33 00000000 2 1 2 33 2 555 44 3 3 22222222 3 77 77 2222 3 1111111 3 3 55 7 55 55 55 8888 3 8 666 66 4 8 8 77 4 66 33333333333 11 5 999
lowQualScore : .. . ........ . ..... . ... ... . . . . ...... .. . .. .. . ...... . . .. . . . .. . . .. . . ... . . ... .. .. ........ . . . .. . ... .. . . ........ . .. .. .... . ....... . . .. . .. .. .. .... . . ... .. . . . .. . .. ........... .. . ...
lowQualScore : 44 4 22222222 8 11111 1 000 444 6 8 3 6 555555 22 3 55 00 6 666666 3 7 22 1 3 3 66 3 9 99 7 7 777 7 7 333 99 99 44444444 9 4 9 99 9 000 22 1 1 88888888 1 99 22 5555 6 8888888 6 6 00 3 00 99 00 5555 1 9 333 11 4 9 9 99 4 11 22222222222 99 0 888
consensus : CAACATTAA-CGTTT-GTC-------CGATTG---T-CCGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGA---TCG-GACAAGT-CA-ATC------TT-TAA-A--TGC--A-C------T-T-GTCCGATCGGAC-AAGTAAC-T--TTTTA-AGCT-T--CTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GA---G--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-NNCTG--AC-AAAC-ATCAAC-GTTCT--A-TT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-AACTTTGA-TAT---TG--CT-A-AA-TTT-AAT-A--TA-A---ATC--TG--AA-AATAAAG--TTAACAAT
Reference ( gi|4 ) : CAACATTAA-TGTTT-GTC-------TGATTG---T-CCCTGTCCAGTTC---ATTTTGTGA---TCG-GAAAAGT-CA-ATC------TT-TAA-A--TGC--A-C------T-T-GTCCGATCGGAC-AAGTAAC-T--TTTTA-AGCT-T--CTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GA---G--AAC--TA--------G-TCACAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-ACCCA--AC-AAAT-ATCAAT-GTTCT--G-TT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-AATTTTGA-TATAAATG--CT-A-AA-TTC-AAT-A--T--A---ATCA-TG--AA-AATAAAAC-TTAACAAT
gi|3 : CAAGATTAA-TGTTT-GAC-------TG------------TGTCCAGTTC---ATTTTGTGA---TTG-GACAAGT-CA-ATC------TC-TAA-A--TGC--A-C------T-T-GTCCGATAGGAC-AAAAAAC-T--TTTTA-AGCT-T--CTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GA---G--AAC--TA--------G-TCAAAG-C--T-AA---T--T-AT-GC-GCCTG--AC-AAAC-ATCTAC-ATTCT--GATTGTTG-------A-TT-GAATTAAA-TACAGAGC--T--T--AGAACTTTGA-T-TAATTGACTT-A-AATTTT-AAT-T--A--A---ATC--TGTTAA-AA-AAAACGTTA
gi|15 : CAACGTTAA-CCTTT-GTC-------CGATTG---T-CTGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGA---TTG-GACAAGT-GA-ATC------TC-TAA-tacta
gi|1 : AACATTAA-TGTTT-GTC-------TGATTG---TTCCCTGTCCAGTTC---ATTTTGTGA---TCGCGAAAAGT-CA-ATC------TT-TAA-AA-TGC--A-C------T-TTGTCCGATCGGA--AAGTAACTT--TTTTA-AGCT-T--CTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GA---G---AC--TA----------TCACAGTT--T-AA---T--T-AT-GG-ACCCA--AC-AAAT-ATCAATGGTTCT--T-GT-TTG-------ATTT-AA--TAAA-T--AAAGCT-T--T--A-AATTTTGATTATAAATG--CT-A-AA-TTC-AAT-A--TA-A---ATCATTG--AA-AATAAAAC-TTAACAAT
gi|5 : AACATTAA-CATTT-GTC-------CGATTG---A-CCGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGA---TCG-GACAAGT-CA-ATC------TC-TAA-A--TGC--A-CGTTCCAT-T-GTC---TAGGAC-AAGTAAC-C--TTTTA-AGTT-T--CTCC-C-TG-GCC---TT-CAT-GA---G--AAC--TA--------G-TCAAAG-TTAT-AA---T--T-AT-GG-CATTG--AC-AAAC-ATC-AT-GTTCT--A-TT-TTG-------G-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--T-AA-TTTAA-TGT--TTG--TT-AGAA-TTT-AAT-A--TA-A---ATCT-TG--AA-AATAAAG--TTAACAA
gi|2 : AGCATTAAACGTTT-GTCA------TGATTGAGTC-CCCTGTCCAGTTTCATATTTTGTGA---TCG-ACAAAGTTCA-ATA------TTCTAA-A--TGC--A-C------TGT-GTCATGTAGGAC-AAGTAAC-TATTTTTAGACCTCT--CTCCTCCTGTGCC---TT-CATAGA---G--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--TAAA---T--TAAT-GACGCCTG--ACGAAAC-ATCAACGGTTCT--A-TA-TTGTGTATTTA-TT-AA--TAAATT--ACAGC--TTGT--A-AATTATGA-TAT---TA--CT-A-AACTTA-AAT-A--T--A---AT
gi|13 : ACATTAA-CGTTTTGTC-------CGAT-G---T-CCATGTCCAGTTC---ATTTTGTTG---TTG--ACAAGT-CA-ATC------TCGTAACAGTTGC--AAC------T-T-GTTCCATTGGAT-AAGTAAC-T--TTTTA-A-CT-T--
gi|8 : ATTAA-CATCT-GTT-------CGATTG---T-CCCTGTCCAGTTC---ATTTTGTGA---TCA-GACGAGT-CA-CTT------TT-TAA-gt
gi|6 : AA-CGTTT-G--------------G---T-CCGTGTCCAGTTC---AGTTTGTGA---GCG-AACAAGT-CAGATCGTCTAATT-TAA-A--TGCCAA-C------T-T-GT---------------AAC-T--TTT-A-AGCT-T--CGCCTA-TG-GCCGTTTT-CAT-GA---GGCAACTTTA--------GTTCAAAG-T--T-AATTTT--T-AT-GG-CACTG--AC-AAACAAACAAA-CTTCTTAG-TT-TTA-------A--T-AA--TAAATT--AAAGCTTT--T--C-AACTTTGA-TAT---TA--CT-AGAA-TTT-AAT-A--TAAA---ATT--TG--AAGAATAAAG--TTAACAATgcttctcctctggccttcatgagaactatagctatagtcaaagttaattatggacctaacaaacatcaatgttctattctgattactaaataaagcttaataataaaccttgtttttgttcagagtcggacaagtaaaaagtaacaat
gi|3 : A-TGTTT-GTCAGGCGCATAATTA---G-CTTTGACTAGTTC------TCATGAAGGCCA-GAGGAG---A-AGC------TT-AAA-A--AGT--T-T------T-TTGTCCTATCGGAC-AAGT-GC-A--TTTAG-AGAT-TGACTTGTC-CA-A------T-CAC-AAAATG--AAC--TG--------G-ACACAG-T--C-AA---a
gi|7 : caagattaatgtCTGTCCAGTTC---ATTTTGTGA---TCG-GACAAGT-CA-ATC------T---GA-A--TGC--A-C------T-T-GTCCGATATGAC-AAGTAAC-T--TTTT------------CCTC-TG-GCC---TT-CTT-CA---G--AAC--TA--------G-TCAATG-T--T-TA---T--T-AT-GA-ACCTG--AC-AAAC-ATCAAC-GTTTT--A-TT-TTA-------A-TT-AA--TAGG-T--AAAGCT-T--T--A-AATTTTGA-TATTACTA--TTAA-AA-TTC-AAT-A--TA-A---ATCT-TG--AA-AATAAAAA-TTAACAATctacattctgattgttgattgaattaaatacagagcttagaactttgattaattgacttaaattttaattaaatctgttaaaaaaaacgttatacta
gi|7 : acattaacattA---TCG-GACAAGTGCA----------TT-CAG-A--TTG--A-C------T-T-GTCCGATC--AC-AAaaa
gi|17 : acattaacattctgtccagttcatt-A--TAC--A-C------T-T-GCCCACTTGAAC-AAGTAAC-T--TTTTA-AGCT-T--atgacaagtaactttttcctctggccttcttcagaactagtcaatgtttattatgaacctgacaaacatcaacgttttattttaattaataggtaaagctttaaattttgatattactattaaaattcaatataaatcttgaaaataaaaattaacaataaa
gi|1 : caatatc--A-C------T-T--TCCGATCGGACAAAGTGCA-T--TTTAA-AGAT-T--GACTTT-TC-GCG---AT-CAC-AAAATG--AAC--TG--------G---ACAG-G--G-AA---C--A-AT------CAG--AC-AAAC-ATTAAT-GTTgtacttg
gi|8 : ------T-T-GT--GATCAGAC-GAGTCAC-T--TTTTA-AGCT-T--CTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GA---G--AAC--TATAGCTATAG-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-ACCTA--AC-AAAC-ATCAAT-GTTCT--A-TT-CTG-------A-TT-AC--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-Aaacttttttaagcttctcctctggccttcatgagactatcacagtttaattatggacccaacaaatatcaatggttcttgtttgatttaataaataaagctttaaattttgattataaatgctaaattcaatataaatcattgaaaataaaacttaacaat
gi|18 : attaacatctgttcgattgtccctgtccagttcattAC-T--CTTTA-AGCT-T--CTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GA---taataaaccttgtttttgttcagagtcggacaagtaaaaagtaacaat
gi|14 : -T--CTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GA---G--AAT--T---------G-TCA-AG-T--T-AA---T--A-AT-GG-CATTG--A--AAAC-ATCAAC-GTTCT--A-TT-TTG-------A-TT-AA--TAAT-T--AAAAC--T--T--A-A
gi|16 : -T--CTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GA---G--A----------------------------AA---T--T-AT-GG-ATCTG--AC-AAAC-ATTAAC-GTTgat
gi|9 : CTC-TG--CC---TTACAT-GA---G--AGT--AA--------G-TCGAAG-T--T-AA---AAAT-ATCGGCATCTGTGAC-AAAC-ATCAAC-GTTCT--A-TT-TC--------A-TTGAA--TAAA-T--AAAGC--T--TTCA-ACTTTTGAGTAT---TA--CT-C-AG-TTTAAAT-AAGT--A---ATC--TGA-AA-AATAAAG---TAACAATaatgtt
gi|12 : TC-TG-GCC---TT-CAT-GA---G--AAT--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-CATTG--AC-AGAC-ATCAAT-GTTCT--A-TT-TCG-------A-TT-AA--T-----------------------ACTTTGA-TAT---TG--CT-A-AA-TTT-AAC-A--T---------------AA-AATAAAG--TTAACAATta
gi|10 : tat-TG-GCC---TT-CAT-GA---G--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-CATTG--AC-AAAC-ATCAAC-ATTCT--A-TT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGCT-T--T--C-AACTTTAA-CAT---TA--CT-A-AA-TTT-AATAA--T--ATATATCT-TG--AA-AATAAAG--TTAACAAaaat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTATATTTTGTAGAATTAGTATAGAATACTTTGACTTACAATAAAAAAATTTTTTTTGATATTCGTAAACTGCAGAAAGTTTTTGTAGCCAAAGTTCAAAGGTTAATGTGTAGAAAAATAAAGTTTG
Alignments
lowQualScore : 11111 111111111 11 11 111111 11111111 1111111 11 111 11111 22 11
lowQualScore : 4 4 1 55 4 00000 2 777 4 55 4 222222222 3 00 00 111111 4 4 555 5 3 55 3 3 2 2 555 2 2 44 44 11111111 3 3 44 3 555 44 3 3 6666666 3 6 555 77 3 0000000 3 3 44 6 44 44 44 7777 3 8 55 4 444 55 999999 4 777 4 11111 33 00 4 4 4 8
lowQualScore : . . . .. . ..... . ... . .. . ......... . .. .. ...... . . ... . . .. . . . . ... . . .. .. ........ . . .. . ... .. . . ....... . . ... .. . ....... . . .. . .. .. .. .... . . .. . ... .. ...... . ... . ..... .. .. . . . .
lowQualScore : 4 4 9 33 6 44444 9 000 0 55 0 444444444 6 66 66 555555 0 0 777 7 6 00 6 1 9 9 000 9 9 22 22 22222222 1 1 22 1 444 22 1 1 6666666 1 2 444 99 3 8888888 3 3 66 7 66 66 66 1111 0 0 55 0 000 55 999999 0 000 0 88888 99 66 4 4 4 9
consensus : CAACATTAA-CG-TTTGTC-CGATTG---T-CCGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-ATC------TC-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATNGGACAAGTAAC-T--TTTTA-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-NNC---TGAC-AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-AACTTTGA-T--A-T---TG--CT----A-AA-TT---T-AATAT-A---AATC--TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAAT
Reference ( family-4377 ) : CAACATTAA-CG-TTTGTC-CGATTG---T-CCGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-ATC------TT-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATCGGACAAGTAAC-T--TTTTA-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-NNC---TGAC-AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-AACTTTGA-T--A-T---TG--CT----A-AA-TT---T-AATAT-A---AATC--TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAAT
gi|1 : AACATTAA-TG-TTTGTC-TGATTG---TTCCCTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCGCGAAAAG--TCA-ATC------TT-TAA-AA-TGC--AC------T-TTGTCCGATCGGA-AAGTAACTT--TTTTA-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG---AC--TA----------TCACAGTT--T-AA---T--T-AT-GG-ACC---CAAC-AAATATCAATGG---TTCT--TGT-TTG-------ATTT-AA--TAAA-T--AAAGCT-T--T--A-AATTTTGATT--A-TAAATG--CT----A-AA-TT---C-AATAT-A---AATCATTG--AA-AAT-AAA-ACTTAACAAT
gi|10 : -TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-CAT---TGAC-AAACATCAAC-A---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGCT-T--T--C-AACTTTAA-C--A-T---TA--CT----A-AA-TTTAAT-AATAT-A---TATCT-TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAA
gi|12 : tcctagaTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAT--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-CAT---TGAC-AGACATCAAT-G---TTCT--ATT-TCG-------A-TT-AA--T-----------------------ACTTTGA-T--A-T---TG--CT----A-AA-TT---T-AACAT---------------AA-AAT-AAA-G-TTAACAAT
gi|13 : tatACATTAA-CGTTTTGTC-CGA-TG---T-CCATGTCCAGTTC---ATTTTGTTGTT--GACAAG--TCA-ATC------TCGTAACAGTTGCA-AC------T-T-GTTCCATTGGATAAGTAAC-T--TTTTA-A-CT-Taaat
gi|14 : -TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAT--T---------G-TCAA-G-T--T-AA---T--A-AT-GG-CAT---TGA--AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAT-T--AAAAC--T--T--A-Agt
gi|15 : CAACGTTAA-CC-TTTGTC-CGATTG---T-CTGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATTG-GACAAG--TGA-ATC------TC-TAA-gat
gi|16 : -TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AA----------------------------A---T--T-AT-GG-ATC---TGAC-AAACATTAAC-G---TT
gi|17 : -A--TAC--AC------T-T-GCCCACTTGAACAAGTAAC-T--TTTTA-AGCT-Taatgtt
gi|18 : caatatcAC-T--CTTTA-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAgtacttg
gi|2 : AGCATTAAACG-TTTGTCATGATTGAGTC-CCCTGTCCAGTTTCATATTTTGTGATCG--ACAAAGTTCA-ATA------TTCTAA-A--TGC--AC------TGT-GTCATGTAGGACAAGTAAC-TATTTTTAGACCTCTCTCCTCCTGTGCC---TT-CATAGAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--TAAA---T--TAAT-GACGCC---TGACGAAACATCAACGG---TTCT--ATA-TTGTGTATTTA-TT-AA--TAAATT--ACAGC--TTGT--A-AATTATGA-T--A-T---TA--CT----A-AA-CT---TAAATAT-A---A
gi|3 : CAAGATTAA-TG-TTTG-----A--------CTGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATTG-GACAAG--TCA-ATC------TC-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATAGGACAAAAAAC-T--TTTTA-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-C--T-AA---T--T-AT-GC-GCC---TGAC-AAACATCTAC-A---TTCTG-ATTGTTG-------A-TT-GAATTAAA-TACAGAGC--T--T--AGAACTTTGA-TTAA-T---TGACTT----A-AATTT---T-AAT-T-A---AATC--TGTTAA-AAA-AAACG-TTAt
gi|4 : CAACATTAA-TG-TTTGTC-TGATTG---T-CCCTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GAAAAG--TCA-ATC------TT-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATCGGACAAGTAAC-T--TTTTA-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCACAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-ACC---CAAC-AAATATCAAT-G---TTCT--GTT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-AATTTTGA-T--A-TAAATG--CT----A-AA-TT---C-AATAT-----AATCA-TG--AA-AAT-AAA-ACTTAACAATtacta
gi|5 : AACATTAA-CA-TTTGTC-CGATTG---A-CCGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-ATC------TC-TAA-A--TGC--ACGTTCCAT-T-GTC---TAGGACAAGTAAC-C--TTTTA-AGTT-TCTCC-C-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-TTAT-AA---T--T-AT-GG-CAT---TGAC-AAACATC-AT-G---TTCT--ATT-TTG-------G-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--T-AA-TTTAA-T--GTT---TG--TT----AGAA-TT---T-AATAT-A---AATCT-TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAA
gi|6 : AA-CG-TTTG--------G---T-CCGTGTCCAGTTC---AGTTTGTGAGCG-AACAAG--TCAGATCGTCTAATT-TAA-A--TGCCAAC------T-T-GT--------------AAC-T--TTT-A-AGCT-TCGCCTA-TG-GCCGTTTT-CAT-GAGGCAACTTTA--------GTTCAAAG-T--T-AATTTT--T-AT-GG-CAC---TGAC-AAACA--AAC-AAACTTCTTAGTT-TTA-------A--T-AA--TAAATT--AAAGCTTT--T--C-AACTTTGA-T--A-T---TA--CT----AGAA-TT---T-AATATAA---AATT--TG--AAGAAT-AAA-G-TTAACAAT
gi|7 : TGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-ATC------T---GA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATATGACAAGTAAC-T--TTTT----------CCTC-TG-GCC---TT-CTT-CAG--AAC--TA--------G-TCAATG-T--T-TA---T--T-AT-GA-ACC---TGAC-AAACATCAAC-G---TTTT--ATT-TTA-------A-TT-AA--TAGG-T--AAAGCT-T--T--A-AATTTTGA-T--A-T---TA--CTATTAA-AA-TT---C-AATAT-A---AATCT-TG--AA-AATAAAA-A-TTAACAATa
gi|8 : acattaacattcATTAA-CA-TCTGTT-CGATTG---T-CCCTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCA-GACGAG--TCA-CTT------TT-TAA-aaa
gi|8 : ------T-T-GT--GATCAGACGAGTCAC-T--TTTTA-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TATAGCTATAG-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-ACC---TAAC-AAACATCAAT-G---TTCT--ATT-CTG-------A-TT-AC--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-Agcttctcctctggccttcatgagaactatagctatagtcaaagttaattatggacctaacaaacatcaatgttctattctgattactaaataaagcttaataataaaccttgtttttgttcagagtcggacaagtaaaaagtaacaat
gi|9 : attaacatctgttcgattgtccctgtccagttcattCTC-TG--CC---TTACAT-GAG--AGT--AA--------G-TCGAAG-T--T-AA---AAAT-ATCGG-CATCTGTGAC-AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TC--------A-TTGAA--TAAA-T--AAAGC--T--TTCA-ACTTTTGAGT--A-T---TA--CT----C-AG-TT---T-AA-AT-AAGTAATC--TGA-AA-AAT-AAA-G--TAACAATtaataaaccttgtttttgttcagagtcggacaagtaaaaagtaacaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTATATTTTGTAGAATTAGTATAGAATACTTTGACTTACAATAAAAAAATTTTTTTTGATATTCGTAAACTGCAGAAAGTTTTTGTAGCCAAAGTTCAAAGGTTAATGTGTAGAAAAATAAAGTTTG
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 11 11 111111 11111111 1111111 11 111 11111 22 11
lowQualScore : 4 4 1 55 4 00000 2 777 4 55 3 3 000000 44 3 00 00 111111 4 4 555 2 55 3 3 3 2 2 555 2 2 44 44 11111111 3 3 44 3 555 44 3 3 6666666 3 6 555 77 3 0000000 3 3 44 6 44 44 44 7777 3 8 55 4 444 55 999999 4 777 4 11111 33 00 4 4 4 8
lowQualScore : . . . .. . ..... . ... . .. . . ...... .. . .. .. ...... . . ... . .. . . . . . ... . . .. .. ........ . . .. . ... .. . . ....... . . ... .. . ....... . . .. . .. .. .. .... . . .. . ... .. ...... . ... . ..... .. .. . . . .
lowQualScore : 4 4 9 33 6 44444 9 000 0 55 6 6 555555 00 6 66 66 555555 0 0 777 4 00 6 6 1 9 9 000 9 9 22 22 22222222 1 1 22 1 444 22 1 1 6666666 1 2 444 99 3 8888888 3 3 66 7 66 66 66 1111 0 0 55 0 000 55 999999 0 000 0 88888 99 66 4 4 4 9
consensus : CAACATTAA-CG-TTTGTC-CGATTG---T-CCGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-AT-C------TC-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATNGGACAAGTAACT--TTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-NNC---TGAC-AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-AACTTTGA-T--A-T---TG--CT----A-AA-TT---T-AATAT-A---AATC--TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAAT
Reference ( family-4377 ) : CAACATTAA-CG-TTTGTC-CGATTG---T-CCGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-AT-C------TC-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATNGGACAAGTAACT--TTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-NNC---TGAC-AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-AACTTTGA-T--A-T---TG--CT----A-AA-TT---T-AATAT-A---AATC--TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAAT
gi|1 : AACATTAA-TG-TTTGTC-TGATTG---TTCCCTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCGCGAAAAG--TCA-AT-C------TT-TAA-AA-TGC--AC------T-TTGTCCGATCGGA-AAGTAACT--TTTTTA-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG---AC--TA----------TCACAGTT--T-AA---T--T-AT-GG-ACC---CAAC-AAATATCAATGG---TTCT--TGT-TTG-------ATTT-AA--TAAA-T--AAAGCT-T--T--A-AATTTTGATT--A-TAAATG--CT----A-AA-TT---C-AATAT-A---AATCATTG--AA-AAT-AAA-ACTTAACAAT
gi|10 : -TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-CAT---TGAC-AAACATCAAC-A---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGCT-T--T--C-AACTTTAA-C--A-T---TA--CT----A-AA-TTTAAT-AATAT-A---TATCT-TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAA
gi|12 : tcctagaTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAT--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-CAT---TGAC-AGACATCAAT-G---TTCT--ATT-TCG-------A-TT-AA--T-----------------------ACTTTGA-T--A-T---TG--CT----A-AA-TT---T-AACAT---------------AA-AAT-AAA-G-TTAACAAT
gi|13 : tatACATTAA-CGTTTTGTC-CGA-TG---T-CCATGTCCAGTTC---ATTTTGTTGTT--GACAAG--TCA-AT-C------TCGTAACAGTTGCA-AC------T-T-GTTCCATTGGATAAGTAACT--TTTT-A-A-CT-Taaat
gi|14 : -TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAT--T---------G-TCAA-G-T--T-AA---T--A-AT-GG-CAT---TGA--AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAT-T--AAAAC--T--T--A-Agt
gi|15 : CAACGTTAA-CC-TTTGTC-CGATTG---T-CTGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATTG-GACAAG--TGA-AT-C------TC-TAA-gat
gi|16 : -TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--A----------------------------AA---T--T-AT-GG-ATC---TGAC-AAACATTAAC-G---TT
gi|17 : CA-AT-A------TC-----A--TAC--AC------T-T-GCCCACTTGAACAAGTAACT--TTTT-A-AGCT-Taatgtt
gi|18 : ACT--CTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAgtacttg
gi|2 : AGCATTAAACG-TTTGTCATGATTGAGTC-CCCTGTCCAGTTTCATATTTTGTGATCG--ACAAAGTTCA-ATAT------TC-TAA-A--TGC--AC------TGT-GTCATGTAGGACAAGTAACTATTTTT-AGACCTCTCTCCTCCTGTGCC---TT-CATAGAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--TAAA---T--TAAT-GACGCC---TGACGAAACATCAACGG---TTCT--ATA-TTGTGTATTTA-TT-AA--TAAATT--ACAGC--TTGT--A-AATTATGA-T--A-T---TA--CT----A-AA-CT---TAAATAT-A---A
gi|3 : CAAGATTAA-TG-TTTG-----A--------CTGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATTG-GACAAG--TCA-AT-C------TC-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATAGGACAAAAAACT--TTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-C--T-AA---T--T-AT-GC-GCC---TGAC-AAACATCTAC-A---TTCTG-ATTGTTG-------A-TT-GAATTAAA-TACAGAGC--T--T--AGAACTTTGA-TTAA-T---TGACTT----A-AATTT---T-AAT-T-A---AATC--TGTTAA-AAA-AAACG-TTAt
gi|4 : CAACATTAA-TG-TTTGTC-TGATTG---T-CCCTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GAAAAG--TCA-AT-C------TT-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATCGGACAAGTAACT--TTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCACAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-ACC---CAAC-AAATATCAAT-G---TTCT--GTT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-AATTTTGA-T--A-TAAATG--CT----A-AA-TT---C-AATAT-----AATCA-TG--AA-AAT-AAA-ACTTAACAATtacta
gi|5 : AACATTAA-CA-TTTGTC-CGATTG---A-CCGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-AT-C------TC-TAA-A--TGC--ACGTTCCAT-T-GTC---TAGGACAAGTAACC--TTTT-A-AGTT-TCTCC-C-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-TTAT-AA---T--T-AT-GG-CAT---TGAC-AAACATC-AT-G---TTCT--ATT-TTG-------G-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--T-AA-TTTAA-T--GTT---TG--TT----AGAA-TT---T-AATAT-A---AATCT-TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAA
gi|6 : AA-CG-TTTG--------G---T-CCGTGTCCAGTTC---AGTTTGTGAGCG-AACAAG--TCAGAT-CGTCTAATT-TAA-A--TGCCAAC------T-T-GT--------------AACT--TTT--A-AGCT-TCGCCTA-TG-GCCGTTTT-CAT-GAGGCAACTTTA--------GTTCAAAG-T--T-AATTTT--T-AT-GG-CAC---TGAC-AAACA--AAC-AAACTTCTTAGTT-TTA-------A--T-AA--TAAATT--AAAGCTTT--T--C-AACTTTGA-T--A-T---TA--CT----AGAA-TT---T-AATATAA---AATT--TG--AAGAAT-AAA-G-TTAACAAT
gi|7 : TGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-AT-C------T---GA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATATGACAAGTAACT--TTTT-----------CCTC-TG-GCC---TT-CTT-CAG--AAC--TA--------G-TCAATG-T--T-TA---T--T-AT-GA-ACC---TGAC-AAACATCAAC-G---TTTT--ATT-TTA-------A-TT-AA--TAGG-T--AAAGCT-T--T--A-AATTTTGA-T--A-T---TA--CTATTAA-AA-TT---C-AATAT-A---AATCT-TG--AA-AATAAAA-A-TTAACAATa
gi|8 : acattaacattcATTAA-CA-TCTGTT-CGATTG---T-CCCTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCA-GACGAG--TCA-CT-T------TT-TAA-aaa
gi|8 : ------T-T-GT--GATCAGACGAGTCACT--TTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TATAGCTATAG-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-ACC---TAAC-AAACATCAAT-G---TTCT--ATT-CTG-------A-TT-AC--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-Agcttctcctctggccttcatgagaactatagctatagtcaaagttaattatggacctaacaaacatcaatgttctattctgattactaaataaagcttaataataaaccttgtttttgttcagagtcggacaagtaaaaagtaacaat
gi|9 : attaacatctgttcgattgtccctgtccagttcattCTC-TG--CC---TTACAT-GAG--AGT--AA--------G-TCGAAG-T--T-AA---AAAT-ATCGG-CATCTGTGAC-AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TC--------A-TTGAA--TAAA-T--AAAGC--T--TTCA-ACTTTTGAGT--A-T---TA--CT----C-AG-TT---T-AA-AT-AAGTAATC--TGA-AA-AAT-AAA-G--TAACAATtaataaaccttgtttttgttcagagtcggacaagtaaaaagtaacaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTATATTTTGTAGAATTAGTATAGAATACTTTGACTTACAATAAAAAAATTTTTTTTGATATTCGTAAACTGCAGAAAGTTTTTGTAGCCAAAGTTCAAAGGTTAATGTGTAGAAAAATAAAGTTTG
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 11 11 111111 11111111 1111111 11 111 11111 22 11
lowQualScore : 4 4 1 55 4 00000 2 777 4 55 3 3 000000 44 3 00 00 111111 4 4 555 2 55 3 3 3 2 2 555 2 2 44 44 11111111 3 3 44 3 555 44 3 3 6666666 3 6 555 77 3 0000000 3 3 44 6 44 44 44 7777 3 8 55 4 444 55 999999 4 777 4 11111 33 00 4 4 4 8
lowQualScore : . . . .. . ..... . ... . .. . . ...... .. . .. .. ...... . . ... . .. . . . . . ... . . .. .. ........ . . .. . ... .. . . ....... . . ... .. . ....... . . .. . .. .. .. .... . . .. . ... .. ...... . ... . ..... .. .. . . . .
lowQualScore : 4 4 9 33 6 44444 9 000 0 55 6 6 555555 00 6 66 66 555555 0 0 777 4 00 6 6 1 9 9 000 9 9 22 22 22222222 1 1 22 1 444 22 1 1 6666666 1 2 444 99 3 8888888 3 3 66 7 66 66 66 1111 0 0 55 0 000 55 999999 0 000 0 88888 99 66 4 4 4 9
consensus : CAACATTAA-CG-TTTGTC-CGATTG---T-CCGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-AT-C------TC-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATNGGACAAGTAACT--TTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-NNC---TGAC-AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-AACTTTGA-T--A-T---TG--CT----A-AA-TT---T-AATAT-A---AATC--TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAAT
Reference ( family-4377 ) : CAACATTAA-CG-TTTGTC-CGATTG---T-CCGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-AT-C------TC-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATNGGACAAGTAACT--TTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-NNC---TGAC-AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-AACTTTGA-T--A-T---TG--CT----A-AA-TT---T-AATAT-A---AATC--TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAAT
gi|1 : AACATTAA-TG-TTTGTC-TGATTG---TTCCCTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCGCGAAAAG--TCA-AT-C------TT-TAA-AA-TGC--AC------T-TTGTCCGATCGGA-AAGTAACT--TTTTTA-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG---AC--TA----------TCACAGTT--T-AA---T--T-AT-GG-ACC---CAAC-AAATATCAATGG---TTCT--TGT-TTG-------ATTT-AA--TAAA-T--AAAGCT-T--T--A-AATTTTGATT--A-TAAATG--CT----A-AA-TT---C-AATAT-A---AATCATTG--AA-AAT-AAA-ACTTAACAAT
gi|10 : -TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-CAT---TGAC-AAACATCAAC-A---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGCT-T--T--C-AACTTTAA-C--A-T---TA--CT----A-AA-TTTAAT-AATAT-A---TATCT-TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAA
gi|12 : tcctagaTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAT--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-CAT---TGAC-AGACATCAAT-G---TTCT--ATT-TCG-------A-TT-AA--T-----------------------ACTTTGA-T--A-T---TG--CT----A-AA-TT---T-AACAT---------------AA-AAT-AAA-G-TTAACAAT
gi|13 : tatACATTAA-CGTTTTGTC-CGA-TG---T-CCATGTCCAGTTC---ATTTTGTTGTT--GACAAG--TCA-AT-C------TCGTAACAGTTGCA-AC------T-T-GTTCCATTGGATAAGTAACT--TTTT-A-A-CT-Taaat
gi|14 : -TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAT--T---------G-TCAA-G-T--T-AA---T--A-AT-GG-CAT---TGA--AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAT-T--AAAAC--T--T--A-Agt
gi|15 : CAACGTTAA-CC-TTTGTC-CGATTG---T-CTGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATTG-GACAAG--TGA-AT-C------TC-TAA-gat
gi|16 : -TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--A----------------------------AA---T--T-AT-GG-ATC---TGAC-AAACATTAAC-G---TT
gi|17 : CA-AT-A------TC-----A--TAC--AC------T-T-GCCCACTTGAACAAGTAACT--TTTT-A-AGCT-Taatgtt
gi|18 : ACT--CTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAgtacttg
gi|2 : AGCATTAAACG-TTTGTCATGATTGAGTC-CCCTGTCCAGTTTCATATTTTGTGATCG--ACAAAGTTCA-ATAT------TC-TAA-A--TGC--AC------TGT-GTCATGTAGGACAAGTAACTATTTTT-AGACCTCTCTCCTCCTGTGCC---TT-CATAGAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--TAAA---T--TAAT-GACGCC---TGACGAAACATCAACGG---TTCT--ATA-TTGTGTATTTA-TT-AA--TAAATT--ACAGC--TTGT--A-AATTATGA-T--A-T---TA--CT----A-AA-CT---TAAATAT-A---A
gi|3 : CAAGATTAA-TG-TTTG-----A--------CTGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATTG-GACAAG--TCA-AT-C------TC-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATAGGACAAAAAACT--TTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-C--T-AA---T--T-AT-GC-GCC---TGAC-AAACATCTAC-A---TTCTG-ATTGTTG-------A-TT-GAATTAAA-TACAGAGC--T--T--AGAACTTTGA-TTAA-T---TGACTT----A-AATTT---T-AAT-T-A---AATC--TGTTAA-AAA-AAACG-TTAt
gi|4 : CAACATTAA-TG-TTTGTC-TGATTG---T-CCCTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GAAAAG--TCA-AT-C------TT-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATCGGACAAGTAACT--TTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCACAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-ACC---CAAC-AAATATCAAT-G---TTCT--GTT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-AATTTTGA-T--A-TAAATG--CT----A-AA-TT---C-AATAT-----AATCA-TG--AA-AAT-AAA-ACTTAACAATtacta
gi|5 : AACATTAA-CA-TTTGTC-CGATTG---A-CCGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-AT-C------TC-TAA-A--TGC--ACGTTCCAT-T-GTC---TAGGACAAGTAACC--TTTT-A-AGTT-TCTCC-C-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-TTAT-AA---T--T-AT-GG-CAT---TGAC-AAACATC-AT-G---TTCT--ATT-TTG-------G-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--T-AA-TTTAA-T--GTT---TG--TT----AGAA-TT---T-AATAT-A---AATCT-TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAA
gi|6 : AA-CG-TTTG--------G---T-CCGTGTCCAGTTC---AGTTTGTGAGCG-AACAAG--TCAGAT-CGTCTAATT-TAA-A--TGCCAAC------T-T-GT--------------AACT--TTT--A-AGCT-TCGCCTA-TG-GCCGTTTT-CAT-GAGGCAACTTTA--------GTTCAAAG-T--T-AATTTT--T-AT-GG-CAC---TGAC-AAACA--AAC-AAACTTCTTAGTT-TTA-------A--T-AA--TAAATT--AAAGCTTT--T--C-AACTTTGA-T--A-T---TA--CT----AGAA-TT---T-AATATAA---AATT--TG--AAGAAT-AAA-G-TTAACAAT
gi|7 : TGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-AT-C------T---GA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATATGACAAGTAACT--TTTT-----------CCTC-TG-GCC---TT-CTT-CAG--AAC--TA--------G-TCAATG-T--T-TA---T--T-AT-GA-ACC---TGAC-AAACATCAAC-G---TTTT--ATT-TTA-------A-TT-AA--TAGG-T--AAAGCT-T--T--A-AATTTTGA-T--A-T---TA--CTATTAA-AA-TT---C-AATAT-A---AATCT-TG--AA-AATAAAA-A-TTAACAATa
gi|8 : acattaacattcATTAA-CA-TCTGTT-CGATTG---T-CCCTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCA-GACGAG--TCA-CT-T------TT-TAA-aaa
gi|8 : ------T-T-GT--GATCAGACGAGTCACT--TTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TATAGCTATAG-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-ACC---TAAC-AAACATCAAT-G---TTCT--ATT-CTG-------A-TT-AC--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-Agcttctcctctggccttcatgagaactatagctatagtcaaagttaattatggacctaacaaacatcaatgttctattctgattactaaataaagcttaataataaaccttgtttttgttcagagtcggacaagtaaaaagtaacaat
gi|9 : attaacatctgttcgattgtccctgtccagttcattCTC-TG--CC---TTACAT-GAG--AGT--AA--------G-TCGAAG-T--T-AA---AAAT-ATCGG-CATCTGTGAC-AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TC--------A-TTGAA--TAAA-T--AAAGC--T--TTCA-ACTTTTGAGT--A-T---TA--CT----C-AG-TT---T-AA-AT-AAGTAATC--TGA-AA-AAT-AAA-G--TAACAATtaataaaccttgtttttgttcagagtcggacaagtaaaaagtaacaat
blockSeqs : A T T AT T AGTC A CAT . GT G A GTCTAA CG C GT CA GTTCCA G . TCC T AT . G C C T GTT A A GC TT TAGCTATA T . TA A TTT AA A C CATCTG G G AAC TA G TGTATTT . G AT T AC TT TG TCA C G TA T AAA AC ATTAA T TAA A AAGT T TT G A C C
blockSeqs : . . T C T T G . . . . . . C . . A . . . CCA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CGCC . . . G . . . . . T . T . AG C . . . . . AG . . . AA A A . . . .
blockSeqs : . . T C T T C . . . . . . C . . . . . . CAT A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CAT . . . . . . . . . . . T . C T . . . . . AG . . . A T . . . . .
blockSeqs : . . T T T T G . . . . . . C . . . . . . CCG A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CAT . . . . . . . . . . . . . A C . . . . . A . . . A T . . . . .
blockSeqs : . . T C T A C . . . . . . C . . . . . . CCG C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CAT . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . A . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . T C . T G . . . . . . T . . . . . . CCG A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATC . . . . . . . . . . . . . A C . . . . . A . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T G . . . . . . C . . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GCC . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . A . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . T . . . . . . G C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACC . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CAT . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CAC . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . ACC . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . ACC . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : T**** ** ** *** **
originalCons : CAACATTAA-CG-TTTGTC-CGATTG---T-CCGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-AT-C------TC-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATNGGACAAGTAACT--TTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-NNC---TGAC-AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-AACTTTGA-T--A-T---TG--CT----A-AA-TT---T-AATAT-A---AATC--TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAAT
finalCons : CAACATTAA-CG-TTTGTC-CGATTGT----CCGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-AT-C------TC-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATNGGACAAGTAACT--TTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-NNC---TGAC-AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-AACTTTGA-T--A-T---TG--CT----A-AA-TT---T-AATAT-A---AATC--TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTATATTTTGTAGAATTAGTATAGAATACTTTGACTTACAATAAAAAAATTTTTTTTGATATTCGTAAACTGCAGAAAGTTTTTGTAGCCAAAGTTCAAAGGTTAATGTGTAGAAAAATAAAGTTTG
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 11 11 111111 11111111 1111111 11 111 11111 22 11
lowQualScore : 4 4 1 55 4 00000 2 777 4 55 3 3 000000 44 3 00 00 111111 4 4 555 2 55 3 3 3 2 2 555 2 2 44 44 11111111 3 3 44 3 555 44 3 3 6666666 3 6 555 77 3 0000000 3 3 44 6 44 44 44 7777 3 8 55 4 444 55 999999 4 777 4 11111 33 00 4 4 4 8
lowQualScore : . . . .. . ..... . ... . .. . . ...... .. . .. .. ...... . . ... . .. . . . . . ... . . .. .. ........ . . .. . ... .. . . ....... . . ... .. . ....... . . .. . .. .. .. .... . . .. . ... .. ...... . ... . ..... .. .. . . . .
lowQualScore : 4 4 9 33 6 44444 9 000 0 55 6 6 555555 00 6 66 66 555555 0 0 777 4 00 6 6 1 9 9 000 9 9 22 22 22222222 1 1 22 1 444 22 1 1 6666666 1 2 444 99 3 8888888 3 3 66 7 66 66 66 1111 0 0 55 0 000 55 999999 0 000 0 88888 99 66 4 4 4 9
consensus : CAACATTAA-CG-TTTGTC-CGATTG---T-CCGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-AT-C------TC-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATNGGACAAGTAACT--TTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-NNC---TGAC-AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-AACTTTGA-T--A-T---TG--CT----A-AA-TT---T-AATAT-A---AATC--TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAAT
Reference ( family-4377 ) : CAACATTAA-CG-TTTGTC-CGATTG---T-CCGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-AT-C------TC-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATNGGACAAGTAACT--TTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-NNC---TGAC-AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-AACTTTGA-T--A-T---TG--CT----A-AA-TT---T-AATAT-A---AATC--TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAAT
gi|1 : AACATTAA-TG-TTTGTC-TGATTG---TTCCCTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCGCGAAAAG--TCA-AT-C------TT-TAA-AA-TGC--AC------T-TTGTCCGATCGGA-AAGTAACT--TTTTTA-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG---AC--TA----------TCACAGTT--T-AA---T--T-AT-GG-ACC---CAAC-AAATATCAATGG---TTCT--TGT-TTG-------ATTT-AA--TAAA-T--AAAGCT-T--T--A-AATTTTGATT--A-TAAATG--CT----A-AA-TT---C-AATAT-A---AATCATTG--AA-AAT-AAA-ACTTAACAAT
gi|10 : -TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-CAT---TGAC-AAACATCAAC-A---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGCT-T--T--C-AACTTTAA-C--A-T---TA--CT----A-AA-TTTAAT-AATAT-A---TATCT-TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAA
gi|12 : tcctagaTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAT--TA--------G-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-CAT---TGAC-AGACATCAAT-G---TTCT--ATT-TCG-------A-TT-AA--T-----------------------ACTTTGA-T--A-T---TG--CT----A-AA-TT---T-AACAT---------------AA-AAT-AAA-G-TTAACAAT
gi|13 : tatACATTAA-CGTTTTGTC-CGA-TG---T-CCATGTCCAGTTC---ATTTTGTTGTT--GACAAG--TCA-AT-C------TCGTAACAGTTGCA-AC------T-T-GTTCCATTGGATAAGTAACT--TTTT-A-A-CT-Taaat
gi|14 : -TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAT--T---------G-TCAA-G-T--T-AA---T--A-AT-GG-CAT---TGA--AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TTG-------A-TT-AA--TAAT-T--AAAAC--T--T--A-Agt
gi|15 : CAACGTTAA-CC-TTTGTC-CGATTG---T-CTGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATTG-GACAAG--TGA-AT-C------TC-TAA-gat
gi|16 : -TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--A----------------------------AA---T--T-AT-GG-ATC---TGAC-AAACATTAAC-G---TT
gi|17 : CA-AT-A------TC-----A--TAC--AC------T-T-GCCCACTTGAACAAGTAACT--TTTT-A-AGCT-Taatgtt
gi|18 : ACT--CTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAgtacttg
gi|2 : AGCATTAAACG-TTTGTCATGATTGAGTC-CCCTGTCCAGTTTCATATTTTGTGATCG--ACAAAGTTCA-ATAT------TC-TAA-A--TGC--AC------TGT-GTCATGTAGGACAAGTAACTATTTTT-AGACCTCTCTCCTCCTGTGCC---TT-CATAGAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-T--TAAA---T--TAAT-GACGCC---TGACGAAACATCAACGG---TTCT--ATA-TTGTGTATTTA-TT-AA--TAAATT--ACAGC--TTGT--A-AATTATGA-T--A-T---TA--CT----A-AA-CT---TAAATAT-A---A
gi|3 : CAAGATTAA-TG-TTTG-----A--------CTGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATTG-GACAAG--TCA-AT-C------TC-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATAGGACAAAAAACT--TTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-C--T-AA---T--T-AT-GC-GCC---TGAC-AAACATCTAC-A---TTCTG-ATTGTTG-------A-TT-GAATTAAA-TACAGAGC--T--T--AGAACTTTGA-TTAA-T---TGACTT----A-AATTT---T-AAT-T-A---AATC--TGTTAA-AAA-AAACG-TTAt
gi|4 : CAACATTAA-TG-TTTGTC-TGATTG---T-CCCTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GAAAAG--TCA-AT-C------TT-TAA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATCGGACAAGTAACT--TTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCACAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-ACC---CAAC-AAATATCAAT-G---TTCT--GTT-TTG-------A-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-AATTTTGA-T--A-TAAATG--CT----A-AA-TT---C-AATAT-----AATCA-TG--AA-AAT-AAA-ACTTAACAATtacta
gi|5 : AACATTAA-CA-TTTGTC-CGATTG---A-CCGTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-AT-C------TC-TAA-A--TGC--ACGTTCCAT-T-GTC---TAGGACAAGTAACC--TTTT-A-AGTT-TCTCC-C-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TA--------G-TCAAAG-TTAT-AA---T--T-AT-GG-CAT---TGAC-AAACATC-AT-G---TTCT--ATT-TTG-------G-TT-AA--TAAA-T--AAAGC--T--T--T-AA-TTTAA-T--GTT---TG--TT----AGAA-TT---T-AATAT-A---AATCT-TG--AA-AAT-AAA-G-TTAACAA
gi|6 : AA-CG-TTTG--------G---T-CCGTGTCCAGTTC---AGTTTGTGAGCG-AACAAG--TCAGAT-CGTCTAATT-TAA-A--TGCCAAC------T-T-GT--------------AACT--TTT--A-AGCT-TCGCCTA-TG-GCCGTTTT-CAT-GAGGCAACTTTA--------GTTCAAAG-T--T-AATTTT--T-AT-GG-CAC---TGAC-AAACA--AAC-AAACTTCTTAGTT-TTA-------A--T-AA--TAAATT--AAAGCTTT--T--C-AACTTTGA-T--A-T---TA--CT----AGAA-TT---T-AATATAA---AATT--TG--AAGAAT-AAA-G-TTAACAAT
gi|7 : TGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCG-GACAAG--TCA-AT-C------T---GA-A--TGC--AC------T-T-GTCCGATATGACAAGTAACT--TTTT-----------CCTC-TG-GCC---TT-CTT-CAG--AAC--TA--------G-TCAATG-T--T-TA---T--T-AT-GA-ACC---TGAC-AAACATCAAC-G---TTTT--ATT-TTA-------A-TT-AA--TAGG-T--AAAGCT-T--T--A-AATTTTGA-T--A-T---TA--CTATTAA-AA-TT---C-AATAT-A---AATCT-TG--AA-AATAAAA-A-TTAACAATa
gi|8 : acattaacattcATTAA-CA-TCTGTT-CGATTG---T-CCCTGTCCAGTTC---ATTTTGTGATCA-GACGAG--TCA-CT-T------TT-TAA-aaa
gi|8 : ------T-T-GT--GATCAGACGAGTCACT--TTTT-A-AGCT-TCTCCTC-TG-GCC---TT-CAT-GAG--AAC--TATAGCTATAG-TCAAAG-T--T-AA---T--T-AT-GG-ACC---TAAC-AAACATCAAT-G---TTCT--ATT-CTG-------A-TT-AC--TAAA-T--AAAGC--T--T--A-Agcttctcctctggccttcatgagaactatagctatagtcaaagttaattatggacctaacaaacatcaatgttctattctgattactaaataaagcttaataataaaccttgtttttgttcagagtcggacaagtaaaaagtaacaat
gi|9 : attaacatctgttcgattgtccctgtccagttcattCTC-TG--CC---TTACAT-GAG--AGT--AA--------G-TCGAAG-T--T-AA---AAAT-ATCGG-CATCTGTGAC-AAACATCAAC-G---TTCT--ATT-TC--------A-TTGAA--TAAA-T--AAAGC--T--TTCA-ACTTTTGAGT--A-T---TA--CT----C-AG-TT---T-AA-AT-AAGTAATC--TGA-AA-AAT-AAA-G--TAACAATtaataaaccttgtttttgttcagagtcggacaagtaaaaagtaacaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTATATTTTGTAGAATTAGTATAGAATACTTTGACTTACAATAAAAAAATTTTTTTTGATATTCGTAAACTGCAGAAAGTTTTTGTAGCCAAAGTTCAAAGGTTAATGTGTAGAAAAATAAAGTTTG