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lowQualScore                  :                  . .      . .    . . ....  . .   .       .   .  . .  .   .  .. . . .  ....   . ..  .... .   .  .  .  .    ..  .    ..  .    ..   ... .       .. .........  ... .. .... .... .  .. .  . .  ..   ...  .. ...   ... ..     .. . .   . ... ..    ..... .       ... . ...... . .  . .  . .. .    ... ...  ..  ..   .  . .............  .  ...   ...  ...  ..  ...    .       ...   .. ..         .  .. ...  . .  . .   ........   .   ..  ........ .....     ..............  ..... . .     ..  ..  ..  ....... . .    . . ... .. . .      . ....     ..  ..  .......... . . ...   ......... ..   .   .  . .....         ..  ..........  .. . ...       . ........   ..  . . .  ....   ..............    ..      .  .....   .  .....   . ...     ..  .    .  ..  ....    ..  .  ................. .  .  ..........     .. ... . .... .    .. ..     ......       .    ...   .  . .     .        ....   .  .   .    ...           
lowQualScore                  :                  5 5      2 4    1 1 5555  1 1   1       1   1  1 1  1   0  55 0 0 0  0000   9 55  9999 8   8  7  7  7    11  7    11  7    11   000 7       22 111111111  000 44 4444 5555 7  44 7  7 1  44   999  44 777   888 44     11 8 8   8 333 55    22222 8       666 8 777777 7 7  7 7  7 44 7    555 666  33  22   7  7 6666666666666  5  000   000  555  55  777    2       222   88 88         0  88 555  0 0  0 0   22222222   0   88  00000000 00000     11111111111111  00000 1 1     11  99  33  5555555 0 0    9 9 333 66 9 9      5 5555     00  99  2222222222 9 9 222   555555555 66   9   8  8 55555         22  6666666666  00 8 333       9 66666666   77  9 8 9  6666   88888888888888    66      9  55555   8  77777   8 666     55  6    7  66  2222    00  0  99999999999999999 8  7  0000000000     66 777 9 0000 8    66 66     000000       6    222   9  9 9     2        5555   5  5   5    888           
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Reference ( gi|4 )            :              TATG-T-ATTGTA-ATGCAC-T-T----CA-T-CAT-TGGTTCG-TTT-GA-T-AT-CAC-GT--G-T-C-AA----AGT-A--TA----G-AAA-TG-CG-GA-TTGA--CC-GGGT--CT-TTCT--AAT---T-ATAAACA--T---------AA---A--A----A----C-TC--G-GA-TCGA--CCT---GT--A--TTTT---C--TAATT--A-T-AGA-T---T--AGGGG----A-ATTTTGT-T-A-C------G-T-GC-A-AC-A--A-TGAT---T---GT--GA--TTC-GC-T-------------GA-CG---TTT---GT---CA--TT-C-CAACAAATCAAAATCTCT--C--TTTCCGGAT-CA--C---GT-C-AC-C-TAC--------TTC-TGT--GAGA------T-----CACAA------------A-AA-----A-G-ACGGT-AAA--AT-GGG-------A-A-GATT-C-T---C--T-A-TTCATTAC--C-TGTTT-CAT-AAA----------A-T-T---ACT--------CT--ATC-AGT-AT-A-----AAGAACCCA-TACC-------A-AAT-TAA---AAACAGC-T---T--CTACTA-TT-T-T-TT----TTTATTC---------TAATC--TCAACA-TGG-T-AAAA-AA---A-GAA-AGC-AAAAA--TG-CAAT-AA--AAT---ACAG-TTT-AC------T---------CT-TTCTT---A----A-ATCTC--A---A-C----A-TGTT--A--AAAAAC---AAAGAAAACGAAAA---TGC-AA-T-TTATG-TTCCCTAA--CCTTG-TC-AAG-CTTT-C-TTTGAAAAATA
gi|11                         :              TATG-T-ATTGTA-ATGTAC-T-T----CA-T-CAT-TGGTTCG-TTT-GA-T-AT-CAC-GT--G-T-C-AA----AGT-A--TA----G-AAA-TG-CG-GA-TTGA--CC-GGGT--CT-TTCT--AAA---T-AGAAACA--TTAA------AG---A--A----A----C-TC--G-GA-TTGA--CCT---GT--A--TTTT---C--TAATT--A-T-AGA-T---T--AGGGA----A-ACTTTGT-A-A-C------G-T-GC-A-AC-A--A-TGAT---T---GT--GA--TTC-GC-T-------------GA-CG---TTT---GT---CA--TT-T-CAACCAATC--AATTTCT--C--TTTCCGGAT-CA--C---GT-C-AC-C-TAC--------TTC-TGT--GACG------T-----CACAA------------T-AA-----A-G-ACTGT-GAA--ATAGGA-------A-A-GATT-C-T---C--T-G-TTCATT-------------AT-AAA----------ATT-T---ACC--------TT--ATC-AGT-GT-A-----AAGAACCCA-CACT-------G-AAA-TAA---AAACAGC-T-------TACAG-GT-T-T-TT----TTTA-------------AATC--TCAACA-TGT-T-AAAA-AA---A-GAA-AAT-AAAAA--TG-CAAT-AA--AA----ATAG-CTT-ACTAT---T---------TT-TTTTT---T----A-ATCTC--A---A-C----A-TGTT--A--AAAAAA---AAAGAAAACAAAAA---CGC-AA-T-TTATA-TTCCCTAA--TGTTG-TC-AAG-CTTT-G-TTTG
gi|5                          :              TATG-T-ATTGTA-ACGCAC-T-T----TC-T-CAT-TGGTTCG-TTT-GA-T-AT-CAC-GT--G-T-C-AA----AGT-A--TA----G---A-TG-CG-GA-TTGA--CC-GGGT--CT-TTAT--AAT---T-GTAAGCA--TTA-------AA---A--A----A----C-TC--G-GA-TTGA--CCT----T--A--CTTT---C--TAATT--ATT-AGA-T---T--AGGGA----A-ACTTTGT-A-A-C------G-T-GCAA-AC-A--A-TGAT---T---GT--GA--TTC-GT-T-------------GA-CG---TTT---GT---CA--TT-T-CAACCAATTCAAAT-TCT--C--TTTCAGGAT-CA--C---AT-C-AC-C-TAC--------TTC-TGT--GACG------T-----CACAA------------T-AA-----A-G-ACGGT-GAA--AT-TGA-------A-A-GATT-C-T---A--T-A-TTCATTAC-----GCTT-TAT-AAA----------A-T-T---ACT--------TT--ATC-AGT-TT-A-----AAGAACCCA-CACT-------A-AAT-T-A---AAACAGC-T---TAATTACTA-TTGT-T-TTG---TTTA-------------AATC--TCAACA-TGT-T--GAA-AA---A-GAA-AAC--AAAA--TGCCAAT-AA--CA----ACAG-CTT-AC------T---------AT-TTTTTTA-A----A-ATCTC--A---A-T----A-TGCT--A--AA-------AAAGAAAACAAAAA---TGC-AA-T-TTGTGTTTCCCTAA--TTTTG-TC-AAG-CTTT-TATTTGAAAAATA
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gi|23                         :            ttTATG-T-ATTGTA-ACGCAC-T-T----CA-T-CAT-TGGTTAG-TTT-GA-T-AT-CA-------------A----AGT-A--TA----G-AAA-TG-CG-GA-TTGA--CC-GGGT--CT-TTCT--AAT---T-ATAAATA--T---------AA---A--A----AAAC-C-TC--G-GA-TTGA--CCT---GT--A--CTTT---C--TAATT--A-T-AGA-T---T--AGGGA----A-ATTTTGT-A-A-C------G-T-GC-A-ACAA--A-TGAT---T---GT--GA--TTC-GC-C-------------GA-CG---TTT---GT---CA--TT-C-CAACgat
gi|27                         :          tttcTATG-T-ATTGTA-ATGCAC-T------CA-T-CATATTGT--G-TTT-GA-T-AT-CAC-GT--G-T-C-AA----AGTTA--TA----G-AAA-TG-CG-GA-TTGA--CC-GGGT--CT-TTCT--AAT------------------------AA---A--A----A----C-TC--G-GA-TTGA--CCT---GT--A--CTTT---C--TAA-T--A-T-AGA-T---T--AA-----------TTTGT-A-A-C------C-T-GC-ATAC-ATTA-TGA----T---GT--GA--TTC-Gc
gi|29                         :             tTATG-TTATTGTA-ATGCAC-T-T----CA-T-CAT-TGGTTCG-TTT-GA-T-AT-CAC-GT--G-T-C-AA----AGT-A--TA------AAA-TG-CG-GA-TTGA--Ctcg
gi|35                         :          atttTATG-T-ATTGTA-ATGCCC-T-T----TA-T-CAT-TGGTTTGTTTT-GA-T-AT-CAC-GT--atgtgcattgtatgcacgagatataacaccctgtgctttattt
gi|2                          :          tttttATGCT-ATTGTA-ATGCACGT-T----CA-T-TAT-TGGTTCG-TTTTGA-TTAT-CAC-TTTTG-T-C-AA----AGT-A--TA----G-AAA-T--CG--A-TTGA--CC-GGGTG-CT-TTCTT-AAT---TTATAAACAGAT---------AATATA--A----C----C-TCAAG-GA-TCGA--CCTTGTGTTCA--TTTTA--T--TAATTT-A-T-AGA-T---T--AGGGG----A-ATTTTGT-T-A-C------G-T-G--A-AC-A--A-TGAT---TTCTGT--GA--TTC-GCCT-------------GA-CG---TTG---TT---CA--TT-C-CAACAAATCAAAATCTCT--C--TTCCGGAAT-CA--C---GT-C-AC-C-TA---------TTC-TGT--GAGA------T-----CACAA------------A-AA-----A-G-ACGGT-AAA--AT-GGG-------A-AAGATT-C-T---C--TTA-TTCATTAC--C-TGTTT-CAT-AAA----------A-T-TT--ACT--------CT--ATC-AGTGAT-A-----AAGAACCTA-TACC-------A-AAT-T-A---AAACAGC-T---T--CTACTA-TT-T-T-TTATTCTTTATT-------------TC--TCAACA-TGG-T-AAAA-AA---A-GAA-AGC-AAAAA--TG-CAAT-AA--AAT---ACAG-TTT-AC------T---------CT-TTCTT---A----A-ATCTC--A---A-C----A-TGTT--A--AAAAAC---AAAGAAAACGAAAA---TGCGAA-T-TTATG-TTCCCTAA--CCTTG-TC-AAG-CTTT-C-TTTGAAAAA
gi|16                         :                 G-T-ATTATC-A--CAC-T-T----CA-TTCAT-C--TTTG-GT--GA-T-ATACACAGT--GGT-C-AA----AGT----TATTTTG-AAA--G-CG-GA-TAGA--CG-GGTT--CTATTCTTTAAT---A-CTAACCA--C---------AA---A--A----AAAACC-TC--G-GA-TTGATACCT---GT--GAGTCTTATAC--TAATT--A-TTAGAGT---T--AAGGTTTATA-AACTTGTAT-A-C------G-T-GC-A-AT-A--A-TGAT---T---GT--GA--TTCAGC-T-------------GATCAGTTTTT---GT---CA--TT-TAAAACAATTCTAAAT-----------------T-AA--C---GT-G-AC-C-TAC--------TTCGTGT-----A------TCGTCACACAAT-----------A-AA-----A-G-ACGGT-GAA--AT-AGG-------A-A-ATTT-C-T---C--T-ATTTCCTTACAAC-TGTTTATAT-GAAC---------A-T-T---A----------CT--ATCAAGT-ATAA-----AAGAACCCA-CACTCACACTAA-AAT-T-A---AAACAGC-T-------TACTA-
gi|1                          : taatttttaggtgttga-T-ATTGTA-ACGCAC-TATAGAACA-T-CAT-TGGTTAG-TTT-GA-T-AT-CAC-GT--G-T-CCAA----ATT-A--TA----G-AAA-TG-CG-GA-TTGA--CC-GGGT--CT-TTCT--AAT---T-ATAAGCA--T---------AA---AATA----A----C-TC--G-GA-TTGA--CCT---GT--A--CTTT---C--TAATT--A-T-AGA-----T--AGGGG----A-ATTTTGT-A-AGC------GTT-GC-A-AC-A--A-TGAT---T---GT--GA--TTC-GC-T-------------GACCG---TTT---G----CA--TT-C-CATCCAATCGAA--TTCT--C--TTTCCGGAT-AA--C---GT-C-AC-C-TACG-------CTC-TGTCGGACG------T-----CACAAC-----------A-AA-----ACG-ACGGTGAAA--AT-GGG-------A-A-GATT-C-T---C--T-A-CTCATTGC--A-TGTTT-CATAAAA----------A-T-TATAACT--------GC--ATC-AGT-AT-------AAGAACCTA-CACT-------G-AAA-TAA---AAACAGCTT---T--CTATT--TT-T-T-TT----TTT-TTT---------TTATC--TCAGCA-TGT-T--AAA-AA---A-GAA-AACAAAAAA--TG-CAAT-TA--AAT---ACAG-----------------------CT-TTAAT---AAAATA-ATCTC--A---A-C----ATTGAT--A--AAAAAA---GAAAAAAACAAAAA---TGC-AA-T-TTATA-TGTCCTAA--TTTTG-TC-AAGATTTT-T-TTTGAAAAATA
gi|3                          :          ttcttctagctgaTGTACAAGCAC-T-T----CAAT-CAT-TG-TTAG-TTT-GAGT-AC-CAC-GT--G-C-C-AA----AGT-A--TA----G-AAA-TG-CG-GA-TTGA--CC-GGGTTCCT-TTCT--AAT---T-AATAACA--T---------AG---A--A----A----A-TC--G-GATTTGA--CCT---GT--A--CTTT---C--TAATTAAA-T-AGA-T---T--AAGGA----A-ATTTTGT-A-A-T------G-T-GC-A-GC-C--A-TGATA--T---GTTAGA--TTC-GC-T-------------GA-CG---TTT---GT---CATTTT-C-CAACCAATTAAA--TTCC--T--TTTTCGGAT-AA--CGGTGT-C-AC-C-TAC--------TTC-TGT--GACG------T-----CACGAT-----------ACAA-----A-G-GTGG--AAA--TT-TTT-------A-A-GATT-C-T---C--T-A-TTCATTGC--A-TGTTT-CAT--AA----------G-T-T---ATT--------TC--ATC-AGT-AT-A-----AAGAACCCA-CACTG------A-AAT-GAA---AAACAGC-TTACT--CTTCT--TC-T-T-TT----TTTTTTC---------TAGGCAATTAA---------AAAA-AA---A-GAA-AAC-AAAAA--GG-CAAT-AA--AA----ACAG-CTTGACATT---T---------TT-TTTTT---A----A-ATCTCAAA---A-C----A-TGTA--AAGAAAAAA---AAAAGAAATAATAA---TGT-ACTT-TTATG-TTCCTTAA--TTTTG-TC-AAG-CTTT-CTTTTGAAAAATAa
gi|25                         :                      gTATA-TTGCAC-T-T----CA-T-CAT-TTCTTCG-TTT-GA-T-AT-CAC-GT--G-T-C-AA----AGT-A--TA----G-AAA-TG-CC-GA-TTGA--CC-GGGT--CT-TTCT--ACT---T-ATAAACA--TTA-------AA---A--A----A----C-TC--G-GA-TTTA--CCT---GT--A--CTTT---C--TAATT--A-T-AGA-T---G--AAGGA----C-ATTTTGT-T-A-T------T-T-GC-A-AC-A--A-TAAT---T---GA--GA--TTC-AC-T-------------GA-CG---TTT---GT---CA--TT-a
gi|28                         :                            ttttaC-T-T----CA-T-CAT-TGGTTCC-TTT-GA-T-AT-CAC-AT--G-T-C-AA----AGT-A--TA----GAAAA-TG-CG-GA-TTGA--CC-GGGT--CT-TTCT--AAT---T-ATAAACA--TTA-------AA---A--A----A----T-TC--G-GA-TTGA--CCT---GT--G--CTTT---C--TAATT--A-T-AAA-T---T--
gi|36                         :                                                                          -GT--G-T-C-AA----AGT-A--TA----G-AAA-TG-CG-GA-TTGA--CC-AGGT--CT-TTCT--AAT---T-ATAAACA--
gi|18                         :                                                                                -T-C-AA----AG--AGCTA----A-AAA-TG-TG-CA-TTGA--CC-GGAT--CT-TTCT--AAT---T-CTAAATA--TTT-------AG---A--A----A----C-TC--G-GA-TTGA--CCT---GT--A--CTTT---C--GAATA--A-T-ATA-T---T--AGGAA----A-ATTTTGT-T-A-C------G-T-AC-A-AT-A--A-TGAA---T---GT--GC--TTC-GC-T-------------GA-CG---TTT---GT---CG--TT-T-CAACCAATCAAA--TTCT--C--TTTCCGGAT-CA--C---GC-C-AC-C-TAC--------T-------------------------AC--------------A-AA-----A-G-ACGGT-GAA--AT-AGG-------A-A-GATT-A-C---C--T-A-TTGCTTAC--A-TATTT-GAT-AAA----------A-T-T---ACT--------TT--ATC-AGT-TT-A-----A
gi|7                          :                                                                                    tcA----AGT-A--TA----G-AAA-TG-CG-GAATTGA--CC-AGTC--TT-TTCT--AAT---T-ATAAACA--TTTACCGTAAAA---A--A----A----CCTC--G-GA-T-GA--CCT---GT------TCT---T--TAATT--A---AGA-T---TTTAGTGA----A-ACTTTGT-A-A-CA-----G-TCGC-A-AC-G----TGAT---TT--GT--GGC-TTC-GC-TACTCGTTTTGGCTGA-GG---TTTCTTGTTG-CA--TT-C-CAACCAATCAAA-TTACT--C--TT-CCGGAT-CA--T---GT-CCGCGC-TAC--------TTC-GCT--G-GA------CG----TACAG------------ATAA-----A-G-ACGGT-GAAGTAT-AGG-------A-A-GATT-C-CTCCC--T-A-TTCATTAC--AATGTTT-TAT-AAA----------A-G-T---ACT--------TC--ATC-AGT-ATGA-----AAGA---CAGCACT-------A-AAT-CAA---AA-CAGC-T---T--C----A-TT-TATGTT----TTTA-------------AACC------CA-TT--T-AAAATAA---A-TAG-AA--AAAAG--TGGCAATTAA--AAA---CCAG-CTT-ACATTTTTT---------TT-TTTTT---AGAA-A-ATCTC--A---A-C----A-TGTT--A--AAAAAA---AGAGGGGGGGGGGGT--TGC-AA-T-TCGTG-TT-CCTAATTTTTTG-TC-AAG-CTTTAT-TTTGAAAAA
gi|28                         :                                                                                              tc--TA----G-AAAGCA-CA-GG-TCAAT-CC-GAAT--TT-TT-T--AATGTTT-ATAATTA--G---------AA---A--G----A----C-CC--G-G--TCAA--TCC---GC--A--TTTT---C--TA
gi|14                         :                                                                          cttcatcattggttcctttgatatcacatgtcaaagta-CG-GA-TTGA--CC-GCGT--CT-T-CT--AAT---T-A-AAACA--T---------AA---A--A----AA---C-TC--G-AA-TTGA--CCT---GT--A--CTTT---C--GAATT--A-T-AGA-T---T--AGAAA----ATATTTTGT-T-A-CATGTACG-T-GC-A-AC-A--A-TGAT---T---GT--GA--TTC-GC-T-------------GA-GG---TTT---GT---CA--TT-C-CAACCAATCAAA--TTCT--C--TTTCAGGAG-CA--T---GT-T-AC-C-TAC--------TTC-TGT--GAGG------T-----CACAAC-----------A-AA-----A-G-ACGGT-GAA--AT-GGG-------A-A-GATT-C-T---C--T-A-ATCATTAC--A-TGATT-CAT-CAA----------A-T-T---ACT--------TT--ATC-AAT-AT-A-----AAGAACCCA-CACT-------T-AAA-TAA---AAACAGC--------CCACT--TT-T-T-TT----TT--------------TAATC--TCAACA-TGT-T--AAA-AA---A-GAA-AACAAAAAA--TG-CGAT-AA--A-----ACAG-CTT-AC------T---------CT-TTTTT---A----A-ATCTC--A---A-C----A-TGTT--A--AAAA-----AAAGAGAGCAAAAT---TGC-AA-A-TTATG-TTTCCTG----TTTG-TC-AAG-CTTT-C-TTTGAAAAATattataaatt
gi|38                         :                                                                                                                              C-GGGT--CT-TTCT--AAT---T-ATAAACATTT---------AA---A--A----A----C-TC--G-GA-TTGA--CTT---
gi|36                         :                                                                                                                                                         AAGTA--T---------AG---A--A----A----T-GC--G-GA-TTGA--CCA---GG--T--CTTT---C--TAATT--A-T-AAA-
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                        gtgtcaCT---GT--A--CTTT---C--TAATA--A-T-AGA-T---C--AGAGA----A-ATTTTGT-T-A-T------G-T-GC-A-AT-A--A-TGAA---T---GT--GA--TTA-GC-T-------------GA-TG---TAT---GT---CA--TT-C-CAACCAATCAAA--TTCT--C--TTTCCAGGT-CA--C---GT-C-AC-C-TACAAATGTACTTC-TCT--GAAG------T-----CA-AC------------A-AA-----A-T-GTGGT-GAA--AA-GGG-------A-A-GATT-C-T---C--T-A-TTCAATAC--A-TGTTT--------------------T-T-------------------TC-A----T-A-----AA---------------------AAT-TAA---A--CAGC-T---T----ACTA-TA-T-T-TT----TTCAT---------------C--TCGATA-TGT-T-AAAAAAA---A-GAA-AAC-AAAAG--TA-CAAca
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                        ttaaaaagcagtcgtagtaGGAA----A-AGTGTGT-T-A-T-----------C-A-AC-A--A-TGATATAT---GT--GAGACTC-A--T-------------GA-CG---TTT---GTACTCA--TTTC-CAACCAATCAAATTCTGT--CACTTTCTCGATACG--T---GT-C-AC-CGTAC--------TT--TGT--TGGACTCGTGT-----CACAAGCATAATTATTCA-AA-----A-TTACTGTGAAA--AT-GTA-------ATA-GTTTTC-T---C--T-A-TTCATTGC--A-TTATT-CAT-GAATGATACTGTAA-TAT---ACT--------TC--A-C-AGTTAT-A-----AAGAACTCA-CACTGG-----A-AAT-TAA---AA-CAGC-T---T----ACTC-TT-C-T-TT----TTT-TTT---------TAATC--TCGGCA-TGT-T-AAAA-AA---AAGAATAAC-AAAA---CG-CAAT-AA--AAT---ACAGCTTT-AA------T---------TT-TTTTT---A----TTATCTC--ATTAA-T----A-TGTA--A--AGAAAA---ATAGAAATAAAAAA---TGC-AA-T-TTATG-TTCCCTAA--TTTTG-TCAAAG-CTTT-C-TTTGAAAAAattttgtttcctaattttgttaagctttctgaaat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                        tttaaattgaaattgtgttGGAA----A-AGTGTGT-T-A-T-----------C-A-AC-A--A-TGATATAT---GT--GAGACTC-A--T-------------GA-CG---TTT---GTACTCA--TTTC-CAACCAATCAAATTCTGTCAC--TTTCTCGATACG--T---GT-C-AC-CGTAC--------TT--TGT--TGGACTCGTGT-----CACAA------------at
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                               tttaaattgaaattgtgtt------G-T-GC-A-AC-A--A-TGAT---T---GT--GA--TTC-GA-T-------------GA-CG---TTT---GT---Cgcataattattcaaaattactgtgaaaatgtaatagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaaagtttctctattcattgcattattcatagaattactgtaatatacttcatcagtataaagaactcacactgaaattaaaaacagcttactcttcttttttttttaatctcggcatgttaaaaaaaagaaaacaaaacgcaataaatacagcttaattttttttttatctcaattaatatgtaaagaaaaatagaaaataaaaatgcaatttatgttccctaatc
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            gaaattgtgaagtgtAT---T---GT--GA--TTC-GC-T-------------GA-CG---TTT---GT---CA--TT-C-CAACAAATCAAAA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  caggcagatattggaaAATCAAA--TTCT--C--TTTCCGTAT-CA--C---GT-C-AC-C-ATC--------TTC-TAT--GACG------T-----CACAAT-----------A-AAGATTTA-G-ACGGT-GGA--TT-AGG-------A-A-GATT-C-T---C--T-A-TTCATTAT--A-TGTTT-AAT-TAA----------A-T-T---ACT--------TT--ATC-AGT-TT-A-----AAGAACCCA-CACT-------AGAAT-T-A---TAACAA------T--TTACTA-TT-T-T-T
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ------T-----CACAA------------T-GA-----A-G-ACGGT-GAA--AT-AGG-------A-A-GATT-C-T---AGAT-A-TTCGTT--------TTT-GAT-AAA----------A-T-T---ACT--------TT--ATC-AGT-AT-ATTTTAAAGAACCCA-CACT-------AGAAT-T-A---AAACAGC-T-------TAC-A-TT-T-T-TT----TTTTTTC----------AATC--TCAAGA-CGT-T--AGA-AA---A-TAA-AAT-AAAAA--TG-CAAT-AA--AA----ACAG-CTT-ACATTA--T---------CT-TTTTT---
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -----A-G-ACGGT-GAA--AT-GAG-------A-A-GATT-C-T---C--T-A-TTCATTAC--A-TGCTT-C----------------A-T-T---ATT--------TT--ATC-AGT-AT-A-----AAAAAGCCA-CACT-------G-AAA-TAA---AAACAGC-T-------TGCTA-TT-T-T-tttttt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -------A-A-GTTT-C-T---C--T-A-TTCATTGC--A-TTATT-CAT-AGA----------A-T-T---ACTGTAATATACTTCATC-AGT-AT-A-----AAGAACTCA-CACTG------A-AAT-TAA---AAACAGC-T---T----ACTC-TT-C-T-TT----TTT-TTT---------TAATC--TCGGCA-TGT-T-AAAA-AA---AAGAA-AAC-AAAA---CG-CAAT-AA--A-T---ACAG-CTT-AA------T---------TT-TTTTT---T----T-ATCTC--A---A-TTAATA-TGTA--A--AGAAAA---ATAGAAAATAAAAA---TGC-AA-T-TTATG-TTCCCTAA--TC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tttaaattgaaattgtgttggaaaagtgtgttatcaacaatgatatatgtgagactcatgacgtttgtactcatttccaaccaatcaaattctgtcactttctcgatacgtgtcaccgtactttgttggactcgtgtcacaagcataattattcaaaattactgtgaaaatgtaatagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaTT-T-T---C--T-G-TTCATTAC-----------A--AAA----------A-T-T---ACC--------TT--TTC-AGT-AT-A-----AAGAACCCA-CACTGA-----A-AAT-TAATAAAAACAGC-T---T--ACAATT-TT-T-T-TT----TTTAT-------------ATC--TCAACA-TGT-T-AAAA-AATAAA-GAA-AAT-AAAAA--TG-CAAT-AA--AA----ATAG-CTT-AC------T---------AT-ATTTT-----------TTTT--A---A-C----A-TCTC--A--AAAAG------GGAAAACAAAAA---TGC-AA-A-TTATG-TTCCCAAA--TTTTG-TC-AAG-CTTT-G-TTTGAAAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -----AAGAACCCA-CACT-------A-AAA-TCA---AAACAGC-T---T----ACTA-TT-TAT-GT----TTT-------------TAAAA--ACAACA-TGT-T-AAAA-AA-----GAA-AAC-AAAAG--TG-CAAT-AA--AA----ACAG-CTT-AC------TATTTTATTTTT-TTTTT---AGAA-A-ATCTC--A---A-C----A-TGTT--A--AAAAA----AAAGAGGGGGGGGGGGTTGC-AA-T-TCGTG-TTTCCTAA--TTTTG-TC-AAG-CTTT-A-TTTGAAAAAT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACTA-AA-T-T-TT----TTT-TTT---------TAAT---TCAACAACGT-T-AAAA-AA---A-GAA-AGC-AAAAA--TG-CAAT-
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gaaaacaaaaaaatgttaatcaatacgctTTGTTT---------TAATT--TCAACA-TAG-T-AAAA-AAT--A-GAA-ATC-AAAGA--TG-CAAT-gttatgtt
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gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -GAA-AAC-AAAAAAATG-T--T-AATCAAT---AC-G-CTT-AC------TAAATTT---TT-TTTTT---T----A-AT-TC--A---A-C----AACGTT--A--AAAAA------AGAAAGCAAAAA---TGC-AA-TGTTATG-TTtttttcatctcagc
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Reference ( family-4339 )     :                                                                                                                                                   TATG-T-ATTGTA-ACGCAC-T-T----CA-T-CAT-TGGTTCG-TTT-GA-T-AT-CAC-GT--G-TC-AA----AGT-A--TA----GAAA-TG-CG-GA-TTGA--CCGGGT--CT-TTCT--AATT-ATAAACA-T-T--------AA---A--A-A----C-TC--G-GATT-GA--CCT---GT--A---CTT-T-C--TAATT-A--T-AGA-T---T--AGGG-----AA-ATTTTG-TN-A----C------GT-GCA-A-C-A--ATGAT---T---GT--GA--TTC-GC-T-------------GAC--GTTT---GT---CATT--CCAACCAA-TC--AAA-TT---TCTCTTTCCGGAT-C--ACG---TC-AC-C-TAC--------TTC--TGT--GAC----GTCACA--A------------A-AA-----A-G-ACGGTGAA--A--T-GGG-AA-------GA---TT-CT---C--TA-TTCATTACA--TGTTT-CATAAA----------A-T-TA---CT----------TTATC-AGT-AT-A-----AAGAACC------CA-CACT--AAAN-----T-AAAAACAGC-TT--------CTACTATTTTTTTTTATT-TA-ATCTCAACAT-GTT--AA-AA-AA---A-GAA-AAC-A-AAAA--TG-C-AA-T-AAAA-AC-AGCTT-A------C------T------TTTTTTT------A----A-ATCTC----A---A-CA-T-GTT-AAAAAA-A-A-AGAAAACAAA----AA---TGC-AA-T-TTATG-TTCCCTAA--TTTTG-TC-AAG-CTTT-C-TTTGAAAAATA
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                tttaaattgaaattgtgtt-CG-GA-TTGA--CCGCGT--CT-T-CT--AATT-A-AAACA-T-A--------AA---A--A-A----C-TC--G-AATT-GA--CCT---GT--A---CTT-T-C--GAATT-A--T-AGA-T---T--AGAA-----AATATTTTG-TT-A----CATGTACGT-GCA-A-C-A--ATGAT---T---GT--GA--TTC-GC-T-------------GAG--GTTT---GT---CATT--CCAACCAA-TC--AAA-TT----CTCTTTCAGGAG-C--ATG---TT-AC-C-TAC--------TTC--TGT--GAG----GTCACA--AC-----------A-AA-----A-G-ACGGTGAA--A--T-GGG-AA-------GA---TT-CT---C--TA-ATCATTACA--TGATT-CATCAA----------A-T-TA---CT----------TTATC-AAT-AT-A-----AAGAACC------CA-CACT--TAAA-----T-AAAAACAGC--------------CCACTTTTTTT--TT-TA-ATCTCAACAT-GTT---A-AA-AA---A-GAA-AACAA-AAAA--TG-C-GA-T--AAA-AC-AGCTT-A------C------T------CTTTTTT------A----A-ATCTC----A---A-CA-T-GTT--AAAAA-A-A-AGAGAGCAAA----AT---TGC-AA-A-TTATG-TTTCCTG----TTTG-TC-AAG-CTTT-C-TTTGAAAAATat
gi|15                         :                                                                                                                                                   TATG-C-ATTGTA-ACGCAT-G-T----CA-T-CAT-TGGTTAG-TTT-GA-T-AT-CAC-GT--G-TC-AA----AGT-A--TA----GAAA-CG-CG-GA-TTGA--CCGGGT--CT-TTCT--AATC-ATAAACA-T----------AA---A--A-A----C-TC--GCGATT-GA--CCT---GT--A---CTT-T-C--TAATT-A--T-AAA-T---T--AAGG-----AA-ATTTTG-TA-A----C------GT-GCA-G-C-A--ATGAT---T---GT--GA--TTC-AC-T-------------GAC--GTTT---CA---CATT--ACAACAAA-TC--AAA-TT----CTCTTTCCGGAT-A--ACG---TC-AC-C-TAC--------TTC--TGT--GAC----GTCACA--AC-----------A-AA-----A-G-ACGGTGAA--A--T-GTG-AA-------GA---TT-CT---C--TA-TTCATTGCA--TTTTT-CATAAA----------A-T-TA---CT----------TCATC-AGT-AT-A-----AAGAACC------CA-CACA--GAAA-----T-AAAAACAGC-TTAATTTTTTTTTCTTTTCTTTTCTTTT-TT-ATCTCAGCAT-GTT--CA-AA-AA---C-CAA-AAC-A-AAAA--TG-C-AA-T-AAA
gi|16                         :                                                                                                                                                  ttttG-T-ATTAT---CACAC-T-T----CA-TTCAT-C--TTTG-GT--GA-T-ATACACAGT--GGTC-AA----AGT----TATTTTGAAA--G-CG-GA-TAGA--CGGGTT--CTATTCTTTAATA-CTAACCA-C-A--------AA---A--A-AAAC-C-TC--G-GATT-GATACCT---GT--GAGTCTTATAC--TAATT-A--TTAGAGT---T--AAGGTTTATAA-ACTT-G-TATA----C------GT-GCA-A-T-A--ATGAT---T---GT--GA--TTCAGC-T-------------GATCAGTTTTT-GT---CATT--TAAAACAA-TTCTAAA-TT--------------A-----ACG---TG-AC-C-TAC--------TTCG-TGT--ATC----GTCACACAAT-----------A-AA-----A-G-ACGGTGAA--A--T-AGG-AA-------AT---TT-CT---C--TATTTCCTTACAACTGTTTATATGAAC---------A-T-TA---C------------TATCAAGT-ATAA-----AAGAACCCACACTCA-CACT--AAAA-----T-TAAAACAGC-T----------TACTA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taatttttaggtgttgaCT---GT--A---CTT-T-C--TAATA-A--T-AGA-T---C--AGAG-----AA-ATTTTG-TT-A----T------GT-GCA-A-T-A--ATGAA---T---GT--GA--TTA-GC-T-------------GAT--GTAT---GT---CATT--CCAACCAA-TC--AAA-TT----CTCTTTCCAGGT-C--ACG---TC-AC-C-TACAAATGTACTTC--TCT--GAA----GTCA-A--C------------A-AA-----A-T-GTGGTGAA--A--A-GGG-AA-------GA---TT-CT---C--TA-TTCAATACA--TGTTT---------------------------T----------TT------C-AT-A-----AA---------------------AAT-----T-AAA--CAGC-TT----------ACTATATTTTTTCAT-------CTCGATAT-GTTA-AA-AA-AA---A-GAA-AAC-A-AAAG--TA-C-AA-
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttaaaaagcagtcgtagtaAA-AC-AGCTT-A------C------TATA---TTTTTTC-------------ATCTC----G---A-TA-T-GTT--AAAAA-A-A-AGAAAACAAA----AG---TAC-AA-A-TTTTG-TTTCCTAA--TTTTG-TT-AAG-CTTT-C---TGAAAattttgtttcctaattttgttaagctttctgaaat
gi|18                         : ttaaaaagcagtcgtagtactgtactttctaataatagatcagagaaattttgttatgtgcaataatgaatgtgattagctgatgtatgtcattccaaccaatcaaattctctttccaggtcacgtcacctacaaatgtacttctctgaagtcaacaaaatgtggtgaaaagggaagattctctattcaatacatgttttttcataaaaatt-TC-AA----AG--AGCTA----AAAA-TG-TG-CA-TTGA--CCGGAT--CT-TTCT--AATT-CTAAATA-T-TT-------AG---A--A-A----C-TC--G-GATT-GA--CCT---GT--A---CTT-T-C--GAATA-A--T-ATA-T---T--AGGA-----AA-ATTTTG-TT-A----C------GT-ACA-A-T-A--ATGAA---T---GT--GC--TTC-GC-T-------------GAC--GTTT---GT---CGTT--TCAACCAA-TC--AAA--T---TCTCTTTCCGGAT-C--ACG---CC-AC-C-TAC--------T----------AC-------------------------A-AA-----A-G-ACGGTGAA--A--T-AGG-AA-------GA---TT-AC---C--TA-TTGCTTACA--TATTT-GATAAA----------A-T-TA---CT----------TTATC-AGT-TT-A-----At
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gi|20                         :                                                                                                                                                   TATG-T-ATTGTA-ATACAT-T-T----CA-T-TAT-TGGTTCG-TT--GA-T-AT-CAC-GT--G-TC-AA----AGT-A--TA----GAAA-TG-CG-GA-TTTATACCGGGT--CT-TTCT--------TAATCA-T---------------A--A-T----C-TC--G-GATT-GA--CCT---GT--A---CTT-T-C--TA-TT-A--T-AGA-T---T--AGGG-----AA-ATTTTG-CT------C------GT-GCA-A-C-A--ATGAT---T---GT--GA--TTC-GC-T-------------GAC--GTTT---GT---CATT---CAACCAA-TC--AAA-TT---CCTCTTT-CAGTT-C--ATG---TC-AC-C-TAC--------TTC--TGT--GAC----GTCACA--A------------A-AA-----
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tt---TT-TT---C--TG-TTCATTACA-----------AAA----------A-T-TA---CC----------TTTTC-AGT-AT-A-----AAGAACC------CA-CACT--GAAAATTAAT-AAAAACAGC-TT----------ACAATTTTTTTTT--T-TATATCTCAACAT-GTT--AA-AA-AATAAA-GAA-AAT-A-AAAA--TG-C-AA-T-AAAA-AT-AGCTT-A------C------TATAT--TTTTTTT------A----ACATCTC----A---A--------------AA-A-G-GGAAAACAAA----AA---TGC-AA-A-TTATG-TTCCCAAA--TTTTG-TC-AAG-CTTT-G-TTTGAAAAATgat
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -----AAGAACC------CA-CACT--AAAA-----T-CAAAACAGC-TT----------ACTATTTATGTTT--T-TA-AAAACAACAT-GTT--AA-AA--A---A-GAA-AAC-A-AAAG--TG-C-AA-T-AAAA-AC-AGCTT-A------C------TATTTTATTTTTTTTTTAGAA----A-ATCTC----A---A-CA-T-GTT-AAAAAA-A-A-AGAGGGGGGG----GGGGTTGC-AA-T-TCGTG-TTTCCTAA--TTTTG-TC-AAG-CTTT-A-TTTGAAAAAT
gi|23                         :                                                                                                                                                   TATG-T-ATTGTA-ACGCAC-T-T----CA-T-CAT-TGGTTAG-TTT-GA-T-AT-CA------------A----AGT-A--TA----GAAA-TG-CG-GA-TTGA--CCGGGT--CT-TTCT--AATT-ATAAATA-T-A--------AA---A--A-AAC--C-TC--G-GATT-GA--CCT---GT--A---CTT-T-C--TAATT-A--T-AGA-T---T--AGGG-----AA-ATTTTG-TA-A----C------GT-GCA-A-CAA--ATGAT---T---GT--GA--TTC-GC-C-------------GAC--GTTT---GT---CATT--CCAACC
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttcTCACA--A------------T-GA-----A-G-ACGGTGAA--A--T-AGG-AA-------GA---TT-CT---AGATA-TTCGTT-------TTT-GATAAA----------A-T-TA---CT----------TTATC-AGT-AT-ATTTTAAAGAACC------CA-CACT--AGAA-----T-TAAAACAGC-T----------TAC-ATTTTTTTTTTTT-CA-ATCTCAAGAC-GTT---A-GA-AA---A-TAA-AAT-A-AAAA--TG-C-AA-T-AAAA-AC-AGCTT-ACATTATC------T------TTTTTTT------
gi|25                         :                                                                                                                                                   TATA-T-ATTG------CAC-T-T----CA-T-CAT-TTCTTCG-TTT-GA-T-AT-CAC-GT--G-TC-AA----AGT-A--TA----GAAA-TG-CC-GA-TTGA--CCGGGT--CT-TTCT--ACTT-ATAAACA-T-TA-------AA---A--A-A----C-TC--G-GATT-TA--CCT---GT--A---CTT-T-C--TAATT-A--T-AGA-T---G--AAGG-----AC-ATTTTG-TT-A----T------TT-GCA-A-C-A--ATAAT---T---GA--GA--TTC-AC-T-------------GAC--GTTT---GT---CATT--tttt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tttAA-TC--AAA-TT----CTCTTTCCGTAT-C--ACG---TC-AC-C-ATC--------TTC--TAT--GAC----GTCACA--AT-----------A-AAGATTTA-G-ACGGTGGA--T--T-AGG-AA-------GA---TT-CT---C--TA-TTCATTATA--TGTTT-AATTAA----------A-T-TA---CT----------TTATC-AGT-TT-A-----AAGAACC------CA-CACT--AGAA-----T-TATAACAA---T--------TTACTATTTTT
gi|27                         :                                                                                                                                                   TATG-T-ATTGTA-ATGCAC-T------CA-T-CATATTGT--G-TTT-GA-T-AT-CAC-GT--G-TC-AA----AGTTA--TA----GAAA-TG-CG-GA-TTGA--CCGGGT--CT-TTCT--AAT---------------------AA---A--A-A----C-TC--G-GATT-GA--CCT---GT--A---CTT-T-C--TAA-T-A--T-AGA-T---T--AA------------TTTG-TA-A----C------CT-GCATA-C-ATTATGA----T---GT--GA--TTC-G
gi|28                         :                                                                                                                                                                     tC-T-T----CA-T-CAT-TGGTTCC-TTT-GA-T-AT-CAC-AT--G-TC-AA----AGT-A--TA----GAAAATG-CG-GA-TTGA--CCGGGT--CT-TTCT--AATT-ATAAACA-T-TA-------AA---A--A-A----T-TC--G-GATT-GA--CCT---GT--G---CTT-T-C--TAATT-A--T-AAA-T---T--tcg
gi|29                         :                                                                                                                                                   TATG-TTATTGTA-ATGCAC-T-T----CA-T-CAT-TGGTTCG-TTT-GA-T-AT-CAC-GT--G-TC-AA----AGT-A--TA-----AAA-TG-CG-GA-TTGA--C
gi|3                          :                                                                                                                                                        atttTGTACAAGCAC-T-T----CAAT-CAT-TG-TTAG-TTT-GAGT-AC-CAC-GT--G-CC-AA----AGT-A--TA----GAAA-TG-CG-GA-TTGA--CCGGGTTCCT-TTCT--AATT-AATAACA-T----------AG---A--A-A----A-TC--G-GATTTGA--CCT---GT--A---CTT-T-C--TAATT-AAAT-AGA-T---T--AAGG-----AA-ATTTTG-TA-A----T------GT-GCA-G-C-C--ATGATA--T---GTTAGA--TTC-GC-T-------------GAC--GTTT---GT---CATTTTCCAACCAA-TT--AAA-TT---CCTTTTTC-GGAT-A--ACGGTGTC-AC-C-TAC--------TTC--TGT--GAC----GTCACG--A------------T-AC-----A-A-A-GGTGGA--AATT-TTT-AA-------GA---TT-CT---C--TA-TTCATTGCA--TGTTT-CAT-AA----------G-T-TA---TT----------TCATC-AGT-AT-A-----AAGAACC------CA-CACT--GAAA-----TGAAAAACAGC-T----------TACTCTTCTTCTTTTTT-TT-TTCTAGGCA--ATTAAAA-AA-AA---A-GAA-AAC-A-AAAA--GG-C-AA-T-AAAA-AC-AGCTTGA------CATT---T------TTTTTTT------A----A-ATCTCAA--A---A-CA-T-G-T-AAAGAA-A-A-AAAAAAGAAATAATAA---TGT-ACTT-TTATG-TTCCTTAA--TTTTG-TC-AAG-CTTT-CTTTTGAAAAATAatgtgcattgtatgcacgagatataacaccctgtgctttattt
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               g-----A-G-ACGGTGAA--A--T-GAG-AA-------GA---TT-CT---C--TA-TTCATTACA--TGCTT-C---------------A-T-TA---TT----------TTATC-AGT-AT-A-----AAAAAGC------CA-CACT--GAAA-----T-AAAAACAGC-T----------TGCTATTTTa
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gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         G-----AA-ATT--G-TG-AAGTGT------GT-GCA-A-C-A--ATGAT---T---GT--GA--TTC-GA-T-------------GAC--GTTT---GT---C
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