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Alignments
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lowQualScore : . . . ... . .. . ... . . . ..... . ............... . ... ... . . . .. .. . . . .... . .... . . ................ . . .... . . ... ... . .. .. .. . ... ....... ..... . ... ....... . .... . .................... ... ..
lowQualScore : 0 0 0 000 0 00 0 000 5 7 0 00000 2 000000000000000 0 333 222 2 7 3 22 33 3 1 7 7777 3 3333 4 3 5555555555555555 0 1 1111 3 7 777 333 7 77 33 77 1 999 5555555 44444 0 444 4444444 5 7777 5 99999999999999999999 000 55
consensus : NCTAGNCCAGNTGANGGAGGCAGTTGGCAGAGTTGCAAAGCNACAAGGGGGTCCGGGGAGCAGATGTGGGATAGGGTTTNCCCTC-----TTACGGTGGTGTGAGA----CNGTGGG-CCTACCGCGGAAAATTTTCAAAGTCTA--GAAGNAAAAT-CC-TG--CATTTCTGTTGCAAAA--TGA-CCTTCT-A----AT-AAAC----TCATTT-TAGCCTCTGATTTTACCG--ATTTA-T-T-ATCAAACCACGACG--TTT-TGG-GTG---T---A-GATTGTACGCTTGA--A--T--TGCAGTGTTACNAGCTATA------TTTTTTC-T-AAGGGCAG-AAT---TGATGCG------G-TTGC----GTT-C----------A---------A---GATTAGACAT--TAGTCCATTCC
Reference ( family-4338 ) : NCTAGNCCAGNTGANGGAGGCAGTTGGCAGAGTTGCAAAGCNACAAGGGGGTCCGGGGAGCAGATGTGGGATAGGGTTTNCCCTC-----TTACGGTGGTG----A----CGG-GGG-CCTACCGCGGAAAATTTTCAAAGTCTA--GAAGNAAAAT-CC-TG--CATTTCTGTTGCAAAA--TGA-CCTTCT-A----AT-AAAC----TCATTT-TAGCCTCTGATTTTACCG--ATTTA-T-T-ATCAAACCACGACG--TTT-TGG-GTG---T---A-GATTGTACGCTTGA--A--T--TGCAGTGTTACNAGCTATA------TTTTTTC-T-AAGGGCAG-AAT---TGATGCG------G-TTGC----GTT-C----------A---------A---GATTAGACAT--TAGTCCATTCC
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gi|11 : TTTCTGTTGCAAAT--TAT-CCTTTT-A----AT-AAAA----TCATTC-TAAT-TATGATTTT-CAG--ATTTA-T---ATTAA-CAACGACGAGGTT-TGG-ATG---T---A-TATTGCTCGCTTGA--A--T--TACAGT-TTACTCGCTAT-------CTTTTTC-T-ATGAGCAA-TAG---TGATGCG------G-TTAC----GTT-C----------A---------A---GATTAGATAT--TAGTCCATTCC
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gi|13 : atCATTTCTAGCCTCTG---TCA--G--ATTT----T-ATTGAACCACAGCA--TTT-GGG-TTG---T---A-GATAGCATGTCTGA--A--T--TGCAGTGTTAC-AGCTATA------TACATTG-T----------AAT---TGATGCA------GTTTGC----ATT-C----------A---------A---GATTAGACAagcctctgtcagattttattgaaccacagcatttgggttgtagatagcatgtctgaattgcagtgttacagctatatacattgtaattgatgcagtttgcattcaagattagacaaattaatgtc
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gi|16 : AATTTGCA--GTCTA--CAAGGAAAAT-CC-TG--CATTTCTAATGCAAAA--TGA-C---CT-A----AT-AAACTCGATCACTT-TAGCCTCTGATTTTATCA--ATTTA-TCT-GTCAAACTAattacttttttct
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gi|19 : CTGTTGCAAAT--TGA-CCTT--------AT-AAAC----TCATTT-TAGCCTCTGATTTTactgt
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gi|4 : GATAGGGTTTCCCCCC-----TTCCAATGGTG----A----CAG-GGGTCCTACATTGGAAAACTTCCCATTTCTG--GA-GAAAAAT-CCCTG--CATTTCTACGACAAAA--TTA-CCCTCT-A----AT-AAGC----CTGTTT-TAGCA---GATTTT------ATTTA-----AC--AACCACGATG--TTT-TGG-ATGTATT---A-TATTGTATGCTTCA--A--T--TGCAGTGTTATGAGCT-TA------ATTCTTC-C-AAGGGCAG-AAT---AGACAAG------G-CTGT----ATT-C----------A---------A---GATTAGACGT--TAGa
gi|5 : gcaaGAAAATTTTTAAAATTTACTGAAGCAAAAT-CA-TGTGCATTTCTGTTGCAGAAAGTGAGCCTTTC-A----ATTGGAC----TCATTT--AACCTCTGATTGTACCGTGATTTA-TAT-ATCAACGCACAATG--TTTGTTG-GTG---T---A-GATTGTAAGCTTGA--AAGT--TACAGAGGTTTTGACTATA------TTTTCTT-TAAAGGACAGCAAC---TGATGTG------G-TTGCG---GTT-C----------A---------
gi|6 : GAAAATTTTTAAAATTTACTGAAGCAAAAT-CA-TGTGCATTTCTGTTGCAGAAAGTGAGCCTTTC-A----ATTGGAC----TCATTT--AACCTCTGATTGTACCGTGATTTA-TAT-ATCAACGCACAATG--TTTGTTG-GTG---T---A-GATTGTAAGCTTGA--AAGT--TACAGAGGTTTTGACTATA------TTTTCTT-TAAAGGACAGCAAC---TGATGTG------G-TTGCG---GTT-C----------A---------gtttattccatt
gi|7 : GAAAATTTTCAAAGTCTG--AAAGCAAAAT-CC-TG--CATTTCTGTTGCAAAA--TGA-CCTTCT-A----AT-AAAC----TCATTT-TAGACTTTAATTTTGCTG--ATTTATT-T-ATTAAACTACTAA--------GA-GTG---T---A-GATTGTATGTTTGA--A--T--TGAAGTGTT-CAAGCTACATGTATTTTTTTTC-T-AAGGAAAG-AAT---TAACATG------A-TTGC----ATT-C----------A---------A---GATTAGACAT--TAGTCCATTCCgtttattccatt
gi|8 : CTACTGCAGAAAATTTTCAA-GTCTA----------------------TTTCTGTTGCAAAA--TGG-CCTTCT-AGCTAAT-AAAC----CCATTT--AGCCTCTGATTTTATTG--GTTTA-T-TTATCAAATTATGACG--TTT-TGG-GTG---T---A-GATTTTACCCTTAA--A--T--TTCAGTATCATAAGCTATA------TTTTTT--G-AAGGACAT-AAT---CAGAATT------G-TTGC----ATT-A----------A---------A---GATTATACAT----GTCCATTCCa
gi|9 : CTAGATCAGCTGAGGGAGGC---TG-CAG--TTGCAAAGCAACAAGGGGGTCCGGAGAGCAG-TGTGGGATAGGGTTTTCCATC-----CTATGGTGG------A-----GG-GGG-CCTACTGTGGAAAATTTTTAAAATCTA--AAAGGAAAAT-CC-TG--CATTTCGGTTACATAA--TGA-C---CT-A----AA-GAAC----TCATTT-TAGTCTCTGATTTTATTG--ATTTACC-C-ATCAAACa