lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 1 888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 4444444444444444444444 111111 111 111 11 1 11 2222 1111 11111 1 1 111 1 1 11 1 333333333 111
lowQualScore : 5 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 6 5 5 77 999999999999999999999999999999999999999999999999 5 4 4 55 4 55 4 7 4 55 55 3 4 3333333 4 99 4 3333333333333333333333 2 666666 000 0 333 5 0 88 5 1 77 11 0000 5 5 99 0000 77777 11 7 0 0 777 0 4 0 33 0 777777777 111
lowQualScore : . . .................................................................................................... . . . . .. ................................................ . . . .. . .. . . . .. .. . . ....... . .. . ...................... . ...... ... . ... . . .. . . .. .. .... . . .. .... ..... .. . . . ... . . . .. . ......... ...
lowQualScore : 0 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 7 0 1 99 111111111111111111111111111111111111111111111111 0 4 4 00 6 00 0 3 6 00 00 6 0 0000000 0 44 1 7777777777777777777777 0 555555 000 6 999 7 7 44 7 4 99 33 0000 0 7 22 8888 22222 00 8 0 0 555 0 0 0 88 0 222222222 000
consensus : NGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAG-TATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCAACCCGTA-----TAAACCATACTACC-CATAATGCTC--TG----NNNTGCNCGCGCGNCGANCGNCCTNNGGGGGGTTNGC-GT----T-TAAA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTC--A--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CC-GTAAACA-----AT--A---GATAAACT-ATGAA---T--AGAA---AACT-ACA-TGTAA-TTC-TA-ATGAA--TA-NATT----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AANAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
Reference ( gi|4 ) : AGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAG-TATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----TAAACCATACTGCC-CATCATGATC--TG----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-TT----T-TAAA-CAA-GAATGG--GATGACATT--CTCAAT-TGCA-GAGGCTGTC--A--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CC-ATAAACA-----AC--A---GATTAATT-ATGAA---T--AGAA---AACT-ACA-TGTAA-ATC-TA-ATGAA--TA-AATT----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGGGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|3 : GCTTTATTGACGTTA-GTCAGAG-TATTTCATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCGTA-----TAAACCATACTACC-CATACTGCTC--TG----CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTT----TATAAA-CAA-GAATGG--GTCGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTC--A--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CC-GT-------------------ATAAACT-ATGAA---T--AGAA---ATCT-A-A-T------TC-TA-ATGAA--TA-TTTTAA--AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAAGT-C-AACGAATTTG-AATAGTTTGA-TTTG--TG-AAATACCAGT--ATG-A-AACAATAA
gi|5 : ttaaagcgctagcgtagctgcGCTTTATTGTTGTCA-CTCAGAG-TATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCATA-----TAAACCATACTACC-CATAATGCAC--TG----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-GT----T-TAAA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTC--A--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CC-GTGAACA-----AT--A---AATAAACT-ATGAA---T--AGA
gi|8 : ttaaagcgctaagctagcGCTTTATTGTCATCA-CTCAGAG-TATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCA-----TA-----TAAACCATACTATC-CATAATGCTC--CG----CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-GT----T-TAAA-CAA-AAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTC--A--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CC-GTAA
gi|2 : cgctagcttagcGCTTTATTGTCGTTG-CTCAGTGTTATTT-------TT
gi|7 : agcactagcttgagcGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAG-TATTT-------TTcacctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcccatatgaaattccatactacctcaaatgccctcgttaataatgattcttgttttgcctgcggaacgatgcctttggcggagtttgccgtttaaatcaagatagggagggcattctcaattggatggggcttcatttcgaaaatatagttccgtgagcaacatcagataatatcaaaattagaactaagctgacaatgtaatctctatataaataaattaagctttaaaagcgtaatcaacttgtgtttaaatgccaaaaatttctacgttgaatagtttaatttgtttgcacatatgtatacaattaac
gi|16 : gcgctagcttaacGCTTTATTGTCGTCA-CTCAGAG-TATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtttaaacaagaatgggatgacattctcaattgctggggttgtcatttgaaaatatagtccgtaaacaatagataaattatg
gi|15 : gctaagctagcGCTTTATTGTCGTTA-ATCAGAG-TAT
gi|6 : taaagcgctaagcgtagctacTTTATTGTCGTTAACTCAGAG-TATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCACATAATAAACCATACTACC-CATAATG-TC--TG----GCGTTTTGCCGTGCGGAACGACCTCGGCGGAGTTTGC-CT----T-TAAA-CAA-GAATGG--GATGACATTTCCTCAA
gi|9 : ctagcttagcgctTA-----TAAACCATACTAAC-CATAATGCGC--TG------------------CGTTTTGCCTGCGGTACGTTTGC-GT----T-TAAA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTC--A--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CC-GTAAACA-----AT--A---GATAAACT-AGGAA---T--AGAA---AACT-ACA-TGTAA-TTC-TA-ATGAA--TA-TATA----AAGCTTT-AAaatagtccattttcgagttacgatttaataccgtg
gi|1 : caA-----TAAACCAAACTACCGCATAATGCTC--TGCGTTTGCTGCGCGTGCGGGAACCGACCTCTGGAGGGAAAGT-TTGCGTT-TAAA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAATATGCAGGGGGCTGTC--ATCTTT-GAAAATAATA-------GT-CC-CGTAACA-----ATTAG---GATAGACTGATG-A---T--AGAA---AACT-A-A-TGTAA-TTCGTATATGAATTTATCATT----AAGCTTTAAAA--CGTAA--TAACATATGGCTGGTTCGATGAGAGAAATT-CAAACG---TTGAAAAAGTTTAATTTTG--TG-AAA------CTAATG-ATTACAATAA
gi|2 : ttaaagcactagcttagcgcctttaattgtcaatcatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagtccccatgATAATGATTCTTG----TTTTGCCTGCGGAACGATGCCTTTGGCGGAGTTTGCC-GT----T-TAAATCAA-GATAGG--GAGGGCATT--CTCAAT-TGGATGGGGCT-TC--A--TTTCGAAAAT-ATA-------GTTCC-GTGAGCA-----AC--ATCAGAT-AAT--ATCAAAATT--AGAACTAAGCTGACAATGTAATCTC-TATATAAA--TA-AATT----AAGCTTT-AAAAGCGT-AATCAACTTGTG--T--TTAAATGCCAAAAATTTC-TACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTGTTTGCACA------T--ATGTA-TACAATgacacgggcagtcggatgaaatgtgttaacaagttaaccatttttacttctt
gi|7 : agcactagcttgagcgctttattgtcgttgctcagtgttatttttcacctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcccatatgaaattccatactacctcaaatgccctcgttaT----T-TAAA-CAA-GAATGG--GATGACATT--CTCAAT-TGCT-GGGGTTGTC--A--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CC-GTAAACA-----AT--A---GATAAATT-ATGtaac
gi|10 : gcgctagcttaacgctttattgtcgttactcagagtatttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgAA-CAGCGAAGGGTAGATTACATT--CT-AAT-TG-A-GGGGCTGTC--A--TTT-GAAACT--TA-------GT-CCGATATATA--------------------C-ATGAA---TTGAGAA---ATCT-A-A-TCTAA-A----A-AT--A--TA-ATTTTTAAAAGC-TT-AAA--CGT-A--TAACTT
gi|12 : AATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTC--A--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CC-GTAAACA-----AT--A---GAT--------------------A---AACT-ACA-TGTAA-TTC-TA-ATGAA--TA-TATT----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAAtaagcggcaa
gi|17 : tAATGG--G-TGA-ATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTC--A--TTT-
gi|11 : -GAGGCTCTCTCA--TTT-GACACT-ATACAATTAAGT-CC-GTTAACAGAAAAAC------GATTA-TT-ATGGAAC-T--AGAG---AATTTACA-TGTAA-TTC-TA-ATGAA--TA-AACT----AAGC------------------ACTTATG--T-GTTAT-TGACAGAAAT
gi|13 : ATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AAAAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTACCATAATGCTCTGCGTCTCCGCGTGCGGAACGACCTCTGGCGGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222222222222222 4444444444444444444444444 111111111 1111111 11111111 111 11111111 1 11 11111 11 111 11 222222222
lowQualScore : 4 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 5 888 888 99999999999999999 44 4 3333333333333333333333333 22 000000000 1 4 55 4 4 44 2 44 3 7 44 3 3 1111111 7 7 999999 22222222 0 333 99999999 2 5 55 5 0 66 11 99999 3 5 77 8888 11 8 8 8 444 8 1 8 11 8 888888888 8 8
lowQualScore : . . .................................................................................................. . . ... ... ................. .. . ......................... .. ......... . . .. . . .. . .. . . .. . . ....... . . ...... ........ . ... ........ . . .. . . .. .. ..... . . .. .... .. . . . ... . . . .. . ......... . .
lowQualScore : 4 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 0 888 888 66666666666666666 66 4 8888888888888888888888888 00 777777777 0 4 55 0 0 66 9 66 6 3 66 3 6 8888888 3 2 888888 99999999 8 999 22222222 5 0 44 0 0 99 00 44444 2 0 99 0000 00 0 0 0 000 0 0 0 00 0 000000000 0 0
consensus : NGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCAA---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-C---------------ATAATG-CTCT-GCGTT----GCNCGCGCGNGGANCGACCTCTGG-NGGG----TTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-NATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
Reference ( family-4336 ) : NGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCAA---------CCCGT-ATAA---A---CCATACTACC-C---------------ATAATG-CTCT-GNNNT----GCNCGCGCGNCGANCGNCCTNNGG-GGGG----TTNGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-NATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AANAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|1 : ---------CCCATGATAA---A---CCAAACTACCGC---------------ATAATG-CTCT-GCGTTTGCTGCGCGTGCGGGAACCGACCTCTGG-AGGGAAAGTTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAATATGCAGGGGGCTGTCATCTTT-GAAAATAATA-------GTCCCGT-AACAATTAG---GATAGAC------TGATG-A---TAGAA---AACT-A-A-TGTAAT-TCGTATATGAATTTATCATT-----AAGCTTTAAAA--CGTAA--TAACATATGGCTGGTTCGATGAGAGAAATT-CAAACG---TTGAAAAAGTTTAATTTTG--TG-AAA------CTAATG-ATTACAATAA
gi|10 : ttaaagcactagcttagcgcctttaattgtcaatcatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagtc--AA-CAGCGAAGGGTAGATTACATT--CT-AAT-TG-A-GGGGCTGTCA--TTT-GAAACT--TA-------GT-CCG------AT--A---TATA---------C-ATGAA---TTGAG---AA-----A-TCTAA--TC-TA-A-AAA--TATAATTTTTAAAAGC-TT-AAA--CGT-A--TAACTTgacacgggcagtcggatgaaatgtgttaacaagttaaccatttttacttctt
gi|11 : CTCTCA--TTT-GACACT-ATACAATTAAGT-CCGTTAACA--------GAAAAACGATTATT-ATGGAAC-TAGAG---AATTTACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-AACT-----AAGC------------------ACTTATG--T-GTTAT-TGACAGAAATtaagcggcaa
gi|12 : gaggctAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC---------------------------T-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAA
gi|13 : tATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AAAAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|14 : CTACC-----------------ATAATG-CTCT-GCGTC----TC-CGCGTGCGGAACGACCTCTGG-CGGcacgggcagtgatgaaatgtgttaa
gi|15 : GCTTTATTGTCGTTA-ATCAGAGT-ATt
gi|16 : taaagcgctaagcgtagctacGCTTTATTGTCGTCA-CTCAGAGT-AT
gi|17 : gctaagctagcAATGG--G-TGA-ATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-
gi|2 : GCTTTATTGTCGTTG-CTCAGTGTTATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCAT-ATGA---AATTCCATACTACC-TCAAATGCCCTCGTTAATAATGATTCTTGTTTT----GCCTGCGGAACGAT--GCCTTTGGCGGAG----TTTGCCGTTTA--AATCAA-GATAGG--GAGGGCATT--CTCAAT-TGGATGGGGCT-TCA--TTTCGAAAAT-ATA-------GTTCCGTGAGCAAC--ATCAGATAA--------T-ATCAAAATTAGAACTAAGCTGACAATGTAATCTC-TATATAAA--TA-AATT-----AAGCTTT-AAAAGCGT-AATCAACTTGTG--T--TTAAATGCCAAAAATTTC-TACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTGTTTGCACA------T--ATGTA-TACAAT
gi|3 : agcactagcttgagcGCTTTATTGACGTTA-GTCAGAGT-ATTTCATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCCGT-ATAA---A---CCATACTACC-C---------------ATACTG-CTCT-GCNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN----NNNNC-GTTTATAAA-CAA-GAATGG--GTCGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGT--------------ATAAAC------T-ATGAA---TAGAA----------A-TCTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TTTTAA---AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAAGT-C-AACGAATTTG-AATAGTTTGA-TTTG--TG-AAATACCAGT--ATG-A-AACAATAAtaac
gi|4 : ttaaagcgctagcgtagctgcGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNT-ATAA---A---CCATACTGCC-C---------------ATCATG-ATCT-GTNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN----NNNNC-TTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATT--CTCAAT-TGCA-GAGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCATAAACAAC--A---GATTAAT------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAA-TC-TA-ATGAA--TA-AATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGGGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|5 : aGCTTTATTGTTGTCA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-C---------------ATAATG-CACT-GANNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN----NNNNC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTGAACAAT--A---AATAAAC------T-ATGAA---TAGA
gi|6 : ttaaagcgctaagctagcTTTATTGTCGTTAACTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGT-------CCCAC-ATAATAAA---CCATACTACC-C---------------ATAATG--TCT-GGCGTTTT-GC-CGTGCG--GAACGACCTCGGC-GGAG----TTTGC-CTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATTTCCTCAA
gi|7 : ctagcttagcgctGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTaatagtccattttcgagttacgatttaataccgtg
gi|7 : gcgctagcttaacC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATT--CTCAAT-TGCT-GGGGTTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAT------T-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtttaaacaagaatgggatgacattctcaattgctggggttgtcatttgaaaatatagtccgtaaacaatagataaattatg
gi|8 : gcgctagcttaacgctttattgtcgttactcagagtatttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCTTTATTGTCATCA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCA--------------T-ATAA---A---CCATACTATC-C---------------ATAATG-CTCC-GCNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN----NNNNC-GTTTA--AA-CAA-AAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAA
gi|9 : cgctagcttagcCAT-ATAA---A---CCATACTAAC-C---------------ATAATG-CGCT-GCGTT-----------------TTG-CCTGCGG-TACG----TTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-AGGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TATA-----AAGCTTT-AA
Alignments
lowQualScore : 1111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44444444444444444444444444 111111 1111111 11111111 111 11111111 1 11 11111 11 111 11 222222222
lowQualScore : 4 4 8888888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 888 888 8 4 88888888888888888888888888 1 1 777 3 2 888888 4 55 4 4 44 2 44 3 7 44 3 3 1111111 7 7 999999 22222222 0 333 99999999 2 5 55 5 0 66 11 99999 3 5 77 8888 11 8 8 8 444 8 1 8 11 8 888888888 8 8
lowQualScore : . . ....... ................................................................................... . ... ... . . .......................... . . ... . . ...... . .. . . .. . .. . . .. . . ....... . . ...... ........ . ... ........ . . .. . . .. .. ..... . . .. .... .. . . . ... . . . .. . ......... . .
lowQualScore : 4 4 6666666 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 888 888 9 4 99999999999999999999999999 0 0 000 6 6 111111 4 55 0 0 66 9 66 6 3 66 3 6 8888888 3 2 888888 99999999 8 999 22222222 5 0 44 0 0 99 00 44444 2 0 99 0000 00 0 0 0 000 0 4 0 00 0 000000000 0 0
consensus : NGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCAA---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-CATAATGCTCTG-CGTT----N---------CNCGC---GC--GCGGAACGA--CCTCTGGCGG-G----TTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-NATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
Reference ( family-4336 ) : NGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCAA---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-CATAATGCTCTG-CGTT----G---------CNCGC---GC--GNGGANCGA--CCTCTGGNGG-G----TTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-NATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|1 : ---------CCCATGATAA---A---CCAAACTACCGCATAATGCTCTG-CGTTTGCTG---------CGCGT---GC--GGGAACCGA--CCTCTGGAGG-GAAAGTTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAATATGCAGGGGGCTGTCATCTTT-GAAAATAATA-------GTCCCGT-AACAATTAG---GATAGAC------TGATG-A---TAGAA---AACT-A-A-TGTAAT-TCGTATATGAATTTATCATT-----AAGCTTTAAAA--CGTAA--TAACATATGGCTGGTTCGATGAGAGAAATT-CAAACG---TTGAAAAAGTTTAATTTTG--TG-AAA------CTAATG-ATTACAATAA
gi|10 : ttaaagcactagcttagcgcctttaattgtcaatcatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagtc--AA-CAGCGAAGGGTAGATTACATT--CT-AAT-TG-A-GGGGCTGTCA--TTT-GAAACT--TA-------GT-CCG------AT--A---TATA---------C-ATGAA---TTGAG---AA-----A-TCTAA--TC-TA-A-AAA--TATAATTTTTAAAAGC-TT-AAA--CGT-A--TAACTTgacacgggcagtcggatgaaatgtgttaacaagttaaccatttttacttctt
gi|11 : CTCTCA--TTT-GACACT-ATACAATTAAGT-CCGTTAACA--------GAAAAACGATTATT-ATGGAAC-TAGAG---AATTTACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-AACT-----AAGC------------------ACTTATG--T-GTTAT-TGACAGAAATtaagcggcaa
gi|12 : gaggctAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC---------------------------T-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAA
gi|13 : tATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AAAAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|14 : CTACC--ATAATGCTCTG-CGTC----T---------C-CGC---GT--GCGGAACGA--CCTCTGGCGG-cacgggcagtgatgaaatgtgttaa
gi|15 : GCTTTATTGTCGTTA-ATCAGAGT-ATt
gi|16 : taaagcgctaagcgtagctacGCTTTATTGTCGTCA-CTCAGAGT-AT
gi|17 : gctaagctagcAATGG--G-TGA-ATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-
gi|2 : GCTTTATTGTCGTTG-CTCAGTGTTATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCAT-ATGA---AATTCCATACTACCTCA-AATGCCCT--CGTT----AATAATGATTCTTGTTTTGCCTGCGGAACGATGCCTTTGGCGGAG----TTTGCCGTTTA--AATCAA-GATAGG--GAGGGCATT--CTCAAT-TGGATGGGGCT-TCA--TTTCGAAAAT-ATA-------GTTCCGTGAGCAAC--ATCAGATAA--------T-ATCAAAATTAGAACTAAGCTGACAATGTAATCTC-TATATAAA--TA-AATT-----AAGCTTT-AAAAGCGT-AATCAACTTGTG--T--TTAAATGCCAAAAATTTC-TACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTGTTTGCACA------T--ATGTA-TACAAT
gi|3 : agcactagcttgagcGCTTTATTGACGTTA-GTCAGAGT-ATTTCATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCCGT-ATAA---A---CCATACTACC-CATACTGCTCTG-CNNN----N---------NNNNN---NN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNC-GTTTATAAA-CAA-GAATGG--GTCGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGT--------------ATAAAC------T-ATGAA---TAGAA----------A-TCTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TTTTAA---AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAAGT-C-AACGAATTTG-AATAGTTTGA-TTTG--TG-AAATACCAGT--ATG-A-AACAATAAtaac
gi|4 : ttaaagcgctagcgtagctgcGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNT-ATAA---A---CCATACTGCC-CATCATGATCTG-TNNN----N---------NNNNN---NN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNC-TTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATT--CTCAAT-TGCA-GAGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCATAAACAAC--A---GATTAAT------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAA-TC-TA-ATGAA--TA-AATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGGGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|5 : aGCTTTATTGTTGTCA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-CATAATGCACTG-ANNN----N---------NNNNN---NN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTGAACAAT--A---AATAAAC------T-ATGAA---TAGA
gi|6 : ttaaagcgctaagctagcTTTATTGTCGTTAACTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGT-------CCCAC-ATAATAAA---CCATACTACC-CATAATG-TCTGGCGTT----T---------TGC-C---GT--GCGGAACGA--CCTC-GGCGGAG----TTTGC-CTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATTTCCTCAA
gi|7 : ctagcttagcgctGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTaatagtccattttcgagttacgatttaataccgtg
gi|7 : gcgctagcttaacC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATT--CTCAAT-TGCT-GGGGTTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAT------T-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtttaaacaagaatgggatgacattctcaattgctggggttgtcatttgaaaatatagtccgtaaacaatagataaattatg
gi|8 : gcgctagcttaacgctttattgtcgttactcagagtatttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCTTTATTGTCATCA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCA--------------T-ATAA---A---CCATACTATC-CATAATGCTCCG-CNNN----N---------NNNNN---NN--NNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNC-GTTTA--AA-CAA-AAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAA
gi|9 : cgctagcttagcCAT-ATAA---A---CCATACTAAC-CATAATGCGCTG-CGTT---------------TTGC---CT--GCGGTACG-------------------TTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-AGGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TATA-----AAGCTTT-AA
Alignments
lowQualScore : 1111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444444444444444444444 111111 1111111 11111111 111 11111111 1 11 11111 11 111 11 222222222
lowQualScore : 4 4 8888888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 888 888 8 4 4444444444444444444444 66 0 66 3 0 555555 4 55 4 4 44 2 44 3 7 44 3 3 1111111 7 7 999999 22222222 0 333 99999999 2 5 55 5 0 66 11 99999 3 5 77 8888 11 8 8 8 444 8 1 8 11 8 888888888 8 8
lowQualScore : . . ....... ................................................................................... . ... ... . . ...................... .. . .. . . ...... . .. . . .. . .. . . .. . . ....... . . ...... ........ . ... ........ . . .. . . .. .. ..... . . .. .... .. . . . ... . . . .. . ......... . .
lowQualScore : 4 4 6666666 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 888 888 9 4 9999999999999999999999 11 4 11 6 4 000000 4 55 0 0 66 9 66 6 3 66 3 6 8888888 3 2 888888 99999999 8 999 22222222 5 0 44 0 0 99 00 44444 2 0 99 0000 00 0 0 0 000 0 4 0 00 0 000000000 0 0
consensus : NGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCAA---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-CATAATGCTCTG-CGTTT---------CGCGC---GT--GCGGAA--CGA--CCTCTGGCGG-G----TTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-NATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
Reference ( family-4336 ) : NGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCAA---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-CATAATGCTCTG-CGTTN---------CNCGC---GC--GCGGAA--CGA--CCTCTGGCGG-G----TTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-NATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|1 : ---------CCCATGATAA---A---CCAAACTACCGCATAATGCTCTG-CGTTTGC-------TGCGC---GT--GCGGGAACCGA--CCTCTGGAGG-GAAAGTTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAATATGCAGGGGGCTGTCATCTTT-GAAAATAATA-------GTCCCGT-AACAATTAG---GATAGAC------TGATG-A---TAGAA---AACT-A-A-TGTAAT-TCGTATATGAATTTATCATT-----AAGCTTTAAAA--CGTAA--TAACATATGGCTGGTTCGATGAGAGAAATT-CAAACG---TTGAAAAAGTTTAATTTTG--TG-AAA------CTAATG-ATTACAATAA
gi|10 : ttaaagcactagcttagcgcctttaattgtcaatcatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagtc--AA-CAGCGAAGGGTAGATTACATT--CT-AAT-TG-A-GGGGCTGTCA--TTT-GAAACT--TA-------GT-CCG------AT--A---TATA---------C-ATGAA---TTGAG---AA-----A-TCTAA--TC-TA-A-AAA--TATAATTTTTAAAAGC-TT-AAA--CGT-A--TAACTTgacacgggcagtcggatgaaatgtgttaacaagttaaccatttttacttctt
gi|11 : CTCTCA--TTT-GACACT-ATACAATTAAGT-CCGTTAACA--------GAAAAACGATTATT-ATGGAAC-TAGAG---AATTTACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-AACT-----AAGC------------------ACTTATG--T-GTTAT-TGACAGAAATtaagcggcaa
gi|12 : gaggctAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC---------------------------T-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAA
gi|13 : tATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AAAAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|14 : CTACC--ATAATGCTCTG-CGTCT---------C-CGC---GT--GCGGAA--CGA--CCTCTGGCGG-cacgggcagtgatgaaatgtgttaa
gi|15 : GCTTTATTGTCGTTA-ATCAGAGT-ATt
gi|16 : taaagcgctaagcgtagctacGCTTTATTGTCGTCA-CTCAGAGT-AT
gi|17 : gctaagctagcAATGG--G-TGA-ATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-
gi|2 : GCTTTATTGTCGTTG-CTCAGTGTTATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCAT-ATGA---AATTCCATACTACCTCA-AATGCCCT--CGTTAATAATGATTCTTGTTTTGCCTGCGGAA--CGATGCCTTTGGCGGAG----TTTGCCGTTTA--AATCAA-GATAGG--GAGGGCATT--CTCAAT-TGGATGGGGCT-TCA--TTTCGAAAAT-ATA-------GTTCCGTGAGCAAC--ATCAGATAA--------T-ATCAAAATTAGAACTAAGCTGACAATGTAATCTC-TATATAAA--TA-AATT-----AAGCTTT-AAAAGCGT-AATCAACTTGTG--T--TTAAATGCCAAAAATTTC-TACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTGTTTGCACA------T--ATGTA-TACAAT
gi|3 : agcactagcttgagcGCTTTATTGACGTTA-GTCAGAGT-ATTTCATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCCGT-ATAA---A---CCATACTACC-CATACTGCTCTG-CNNNN---------NNNNN---NN--NNNNNN--NNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNC-GTTTATAAA-CAA-GAATGG--GTCGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGT--------------ATAAAC------T-ATGAA---TAGAA----------A-TCTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TTTTAA---AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAAGT-C-AACGAATTTG-AATAGTTTGA-TTTG--TG-AAATACCAGT--ATG-A-AACAATAAtaac
gi|4 : ttaaagcgctagcgtagctgcGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNT-ATAA---A---CCATACTGCC-CATCATGATCTG-TNNNN---------NNNNN---NN--NNNNNN--NNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNC-TTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATT--CTCAAT-TGCA-GAGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCATAAACAAC--A---GATTAAT------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAA-TC-TA-ATGAA--TA-AATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGGGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|5 : aGCTTTATTGTTGTCA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-CATAATGCACTG-ANNNN---------NNNNN---NN--NNNNNN--NNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTGAACAAT--A---AATAAAC------T-ATGAA---TAGA
gi|6 : ttaaagcgctaagctagcTTTATTGTCGTTAACTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGT-------CCCAC-ATAATAAA---CCATACTACC-CATAATG-TCTGGCGTTT---------TGC-C---GT--GCGGAA--CGA--CCTC-GGCGGAG----TTTGC-CTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATTTCCTCAA
gi|7 : ctagcttagcgctGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTaatagtccattttcgagttacgatttaataccgtg
gi|7 : gcgctagcttaacC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATT--CTCAAT-TGCT-GGGGTTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAT------T-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtttaaacaagaatgggatgacattctcaattgctggggttgtcatttgaaaatatagtccgtaaacaatagataaattatg
gi|8 : gcgctagcttaacgctttattgtcgttactcagagtatttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCTTTATTGTCATCA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCA--------------T-ATAA---A---CCATACTATC-CATAATGCTCCG-CNNNN---------NNNNN---NN--NNNNNN--NNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNC-GTTTA--AA-CAA-AAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAA
gi|9 : cgctagcttagcCAT-ATAA---A---CCATACTAAC-CATAATGCGCTG-CGTT-----------TTGC---CT--GCGGTA--C---------------G----TTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-AGGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TATA-----AAGCTTT-AA
Alignments
lowQualScore : 1111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333333333333333333333 111111 1111111 11111111 111 11111111 1 11 11111 11 111 11 222222222
lowQualScore : 4 4 8888888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 888 888 8 4 555555555555555555555 3 66 0 66 3 0 555555 4 55 4 4 44 2 44 3 7 44 3 3 1111111 7 7 999999 22222222 0 333 99999999 2 5 55 5 0 66 11 99999 3 5 77 8888 11 8 8 8 444 8 1 8 11 8 888888888 8 8
lowQualScore : . . ....... ................................................................................... . ... ... . . ..................... . .. . .. . . ...... . .. . . .. . .. . . .. . . ....... . . ...... ........ . ... ........ . . .. . . .. .. ..... . . .. .... .. . . . ... . . . .. . ......... . .
lowQualScore : 4 4 6666666 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 888 888 9 4 666666666666666666666 2 11 4 11 6 4 000000 4 55 0 0 66 9 66 6 3 66 3 6 8888888 3 2 888888 99999999 8 999 22222222 5 0 44 0 0 99 00 44444 2 0 99 0000 00 0 0 0 000 0 4 0 00 0 000000000 0 0
consensus : NGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCAA---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-CATAATGCTCTG-CGTT-----------T--TGC---GCGTGCGGAA--CGA--CCTCTGGCGG-G----TTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-NATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
Reference ( family-4336 ) : NGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCAA---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-CATAATGCTCTG-CGTT-----------T--CGC---GCGTGCGGAA--CGA--CCTCTGGCGG-G----TTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-NATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|1 : ---------CCCATGATAA---A---CCAAACTACCGCATAATGCTCTG-CGTT-----------TGCTGC---GCGTGCGGGAACCGA--CCTCTGGAGG-GAAAGTTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAATATGCAGGGGGCTGTCATCTTT-GAAAATAATA-------GTCCCGT-AACAATTAG---GATAGAC------TGATG-A---TAGAA---AACT-A-A-TGTAAT-TCGTATATGAATTTATCATT-----AAGCTTTAAAA--CGTAA--TAACATATGGCTGGTTCGATGAGAGAAATT-CAAACG---TTGAAAAAGTTTAATTTTG--TG-AAA------CTAATG-ATTACAATAA
gi|10 : ttaaagcactagcttagcgcctttaattgtcaatcatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagtc--AA-CAGCGAAGGGTAGATTACATT--CT-AAT-TG-A-GGGGCTGTCA--TTT-GAAACT--TA-------GT-CCG------AT--A---TATA---------C-ATGAA---TTGAG---AA-----A-TCTAA--TC-TA-A-AAA--TATAATTTTTAAAAGC-TT-AAA--CGT-A--TAACTTgacacgggcagtcggatgaaatgtgttaacaagttaaccatttttacttctt
gi|11 : CTCTCA--TTT-GACACT-ATACAATTAAGT-CCGTTAACA--------GAAAAACGATTATT-ATGGAAC-TAGAG---AATTTACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-AACT-----AAGC------------------ACTTATG--T-GTTAT-TGACAGAAATtaagcggcaa
gi|12 : gaggctAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC---------------------------T-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAA
gi|13 : tATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AAAAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|14 : CTACC--ATAATGCTCTG-CGTC-----------T--C-C---GCGTGCGGAA--CGA--CCTCTGGCGG-cacgggcagtgatgaaatgtgttaa
gi|15 : GCTTTATTGTCGTTA-ATCAGAGT-ATt
gi|16 : taaagcgctaagcgtagctacGCTTTATTGTCGTCA-CTCAGAGT-AT
gi|17 : gctaagctagcAATGG--G-TGA-ATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-
gi|2 : GCTTTATTGTCGTTG-CTCAGTGTTATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCAT-ATGA---AATTCCATACTACCTCA-AATGCCCT--CGTTAATAATGATTCT--TGTTTTGCCTGCGGAA--CGATGCCTTTGGCGGAG----TTTGCCGTTTA--AATCAA-GATAGG--GAGGGCATT--CTCAAT-TGGATGGGGCT-TCA--TTTCGAAAAT-ATA-------GTTCCGTGAGCAAC--ATCAGATAA--------T-ATCAAAATTAGAACTAAGCTGACAATGTAATCTC-TATATAAA--TA-AATT-----AAGCTTT-AAAAGCGT-AATCAACTTGTG--T--TTAAATGCCAAAAATTTC-TACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTGTTTGCACA------T--ATGTA-TACAAT
gi|3 : agcactagcttgagcGCTTTATTGACGTTA-GTCAGAGT-ATTTCATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCCGT-ATAA---A---CCATACTACC-CATACTGCTCTG-CNNN-----------N--NNN---NNNNNNNNNN--NNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNC-GTTTATAAA-CAA-GAATGG--GTCGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGT--------------ATAAAC------T-ATGAA---TAGAA----------A-TCTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TTTTAA---AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAAGT-C-AACGAATTTG-AATAGTTTGA-TTTG--TG-AAATACCAGT--ATG-A-AACAATAAtaac
gi|4 : ttaaagcgctagcgtagctgcGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNT-ATAA---A---CCATACTGCC-CATCATGATCTG-TNNN-----------N--NNN---NNNNNNNNNN--NNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNC-TTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATT--CTCAAT-TGCA-GAGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCATAAACAAC--A---GATTAAT------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAA-TC-TA-ATGAA--TA-AATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGGGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|5 : aGCTTTATTGTTGTCA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-CATAATGCACTG-ANNN-----------N--NNN---NNNNNNNNNN--NNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTGAACAAT--A---AATAAAC------T-ATGAA---TAGA
gi|6 : ttaaagcgctaagctagcTTTATTGTCGTTAACTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGT-------CCCAC-ATAATAAA---CCATACTACC-CATAATG-TCTGGCGTT-----------T--TGC----CGTGCGGAA--CGA--CCTC-GGCGGAG----TTTGC-CTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATTTCCTCAA
gi|7 : ctagcttagcgctGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTaatagtccattttcgagttacgatttaataccgtg
gi|7 : gcgctagcttaacC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATT--CTCAAT-TGCT-GGGGTTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAT------T-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtttaaacaagaatgggatgacattctcaattgctggggttgtcatttgaaaatatagtccgtaaacaatagataaattatg
gi|8 : gcgctagcttaacgctttattgtcgttactcagagtatttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCTTTATTGTCATCA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCA--------------T-ATAA---A---CCATACTATC-CATAATGCTCCG-CNNN-----------N--NNN---NNNNNNNNNN--NNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNC-GTTTA--AA-CAA-AAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAA
gi|9 : cgctagcttagcCAT-ATAA---A---CCATACTAAC-CATAATGCGCTG-CGTT-----------T--TGC----C-TGCGGTA--C---------------G----TTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-AGGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TATA-----AAGCTTT-AA
Alignments
lowQualScore : 1111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333333333333333333333 111111 1111111 11111111 111 11111111 1 11 11111 11 111 11 222222222
lowQualScore : 4 4 8888888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 888 888 8 4 000000000000000000000 3 66 0 66 3 0 555555 4 55 4 4 44 2 44 3 7 44 3 3 1111111 7 7 999999 22222222 0 333 99999999 2 5 55 5 0 66 11 99999 3 5 77 8888 11 8 8 8 444 8 1 8 11 8 888888888 8 8
lowQualScore : . . ....... ................................................................................... . ... ... . . ..................... . .. . .. . . ...... . .. . . .. . .. . . .. . . ....... . . ...... ........ . ... ........ . . .. . . .. .. ..... . . .. .... .. . . . ... . . . .. . ......... . .
lowQualScore : 4 4 6666666 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 888 888 9 4 777777777777777777777 2 11 4 11 6 4 000000 4 55 0 0 66 9 66 6 3 66 3 6 8888888 3 2 888888 99999999 8 999 22222222 5 0 44 0 0 99 00 44444 2 0 99 0000 00 0 0 0 000 0 4 0 00 0 000000000 0 0
consensus : NGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCAA---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-CATAATGCTCTG-CGTT-----------T--TGC---GCGTGCGGAA--CGA--CCTCTGGCGG-G----TTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-NATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
Reference ( family-4336 ) : NGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCAA---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-CATAATGCTCTG-CGTT-----------T--TGC---GCGTGCGGAA--CGA--CCTCTGGCGG-G----TTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-NATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|1 : ---------CCCATGATAA---A---CCAAACTACCGCATAATGCTCTG-CGTT-----------TGCTGC---GCGTGCGGGAACCGA--CCTCTGGAGG-GAAAGTTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAATATGCAGGGGGCTGTCATCTTT-GAAAATAATA-------GTCCCGT-AACAATTAG---GATAGAC------TGATG-A---TAGAA---AACT-A-A-TGTAAT-TCGTATATGAATTTATCATT-----AAGCTTTAAAA--CGTAA--TAACATATGGCTGGTTCGATGAGAGAAATT-CAAACG---TTGAAAAAGTTTAATTTTG--TG-AAA------CTAATG-ATTACAATAA
gi|10 : ttaaagcactagcttagcgcctttaattgtcaatcatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagtc--AA-CAGCGAAGGGTAGATTACATT--CT-AAT-TG-A-GGGGCTGTCA--TTT-GAAACT--TA-------GT-CCG------AT--A---TATA---------C-ATGAA---TTGAG---AA-----A-TCTAA--TC-TA-A-AAA--TATAATTTTTAAAAGC-TT-AAA--CGT-A--TAACTTgacacgggcagtcggatgaaatgtgttaacaagttaaccatttttacttctt
gi|11 : CTCTCA--TTT-GACACT-ATACAATTAAGT-CCGTTAACA--------GAAAAACGATTATT-ATGGAAC-TAGAG---AATTTACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-AACT-----AAGC------------------ACTTATG--T-GTTAT-TGACAGAAATtaagcggcaa
gi|12 : gaggctAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC---------------------------T-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAA
gi|13 : tATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AAAAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|14 : CTACC--ATAATGCTCTG-CGTC-----------T--C-C---GCGTGCGGAA--CGA--CCTCTGGCGG-cacgggcagtgatgaaatgtgttaa
gi|15 : GCTTTATTGTCGTTA-ATCAGAGT-ATt
gi|16 : taaagcgctaagcgtagctacGCTTTATTGTCGTCA-CTCAGAGT-AT
gi|17 : gctaagctagcAATGG--G-TGA-ATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-
gi|2 : GCTTTATTGTCGTTG-CTCAGTGTTATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCAT-ATGA---AATTCCATACTACCTCA-AATGCCCT--CGTTAATAATGATTCT--TGTTTTGCCTGCGGAA--CGATGCCTTTGGCGGAG----TTTGCCGTTTA--AATCAA-GATAGG--GAGGGCATT--CTCAAT-TGGATGGGGCT-TCA--TTTCGAAAAT-ATA-------GTTCCGTGAGCAAC--ATCAGATAA--------T-ATCAAAATTAGAACTAAGCTGACAATGTAATCTC-TATATAAA--TA-AATT-----AAGCTTT-AAAAGCGT-AATCAACTTGTG--T--TTAAATGCCAAAAATTTC-TACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTGTTTGCACA------T--ATGTA-TACAAT
gi|3 : agcactagcttgagcGCTTTATTGACGTTA-GTCAGAGT-ATTTCATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCCGT-ATAA---A---CCATACTACC-CATACTGCTCTG-CNNN-----------N--NNN---NNNNNNNNNN--NNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNC-GTTTATAAA-CAA-GAATGG--GTCGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGT--------------ATAAAC------T-ATGAA---TAGAA----------A-TCTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TTTTAA---AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAAGT-C-AACGAATTTG-AATAGTTTGA-TTTG--TG-AAATACCAGT--ATG-A-AACAATAAtaac
gi|4 : ttaaagcgctagcgtagctgcGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNT-ATAA---A---CCATACTGCC-CATCATGATCTG-TNNN-----------N--NNN---NNNNNNNNNN--NNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNC-TTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATT--CTCAAT-TGCA-GAGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCATAAACAAC--A---GATTAAT------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAA-TC-TA-ATGAA--TA-AATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGGGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|5 : aGCTTTATTGTTGTCA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-CATAATGCACTG-ANNN-----------N--NNN---NNNNNNNNNN--NNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTGAACAAT--A---AATAAAC------T-ATGAA---TAGA
gi|6 : ttaaagcgctaagctagcTTTATTGTCGTTAACTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGT-------CCCAC-ATAATAAA---CCATACTACC-CATAATG-TCTGGCGTT-----------T--TGC----CGTGCGGAA--CGA--CCTC-GGCGGAG----TTTGC-CTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATTTCCTCAA
gi|7 : ctagcttagcgctGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTaatagtccattttcgagttacgatttaataccgtg
gi|7 : gcgctagcttaacC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATT--CTCAAT-TGCT-GGGGTTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAT------T-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtttaaacaagaatgggatgacattctcaattgctggggttgtcatttgaaaatatagtccgtaaacaatagataaattatg
gi|8 : gcgctagcttaacgctttattgtcgttactcagagtatttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCTTTATTGTCATCA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCA--------------T-ATAA---A---CCATACTATC-CATAATGCTCCG-CNNN-----------N--NNN---NNNNNNNNNN--NNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNC-GTTTA--AA-CAA-AAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAA
gi|9 : cgctagcttagcCAT-ATAA---A---CCATACTAAC-CATAATGCGCTG-CGTT-----------T--TGC----C-TGCGGTA--C---------------G----TTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-AGGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TATA-----AAGCTTT-AA
blockSeqs : A T CATTTNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGT . TAA ATT T G AATAATGATTCTTGTTTTG G . TG T AG C TA T C TA A TC . T . C . CAATTAA T T ATCA GATTATT AAT CTAAGCTG C A TC . T . TA TTTAA T . AG AAT . . T . AAT . A . TT C TACCAGT T .
blockSeqs : . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . NNNNN C . . T AG . . . . . G . . . . . . . . A A C AC AATTT C . T . . . A AA T . . A . . . . . . T . . . T . .
blockSeqs : . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . NNNNN N . . N N . . . . . A . . . . . . . . G A T . AACT C . T . . . T . T . . A . . . . . . T . . . T . .
blockSeqs : . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . NNNNN N . . N N . . . . . T . . . . . . . . A A T . AACT C . T . . . A . T . . A . . . . . . T . . . T . .
blockSeqs : . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCA . . . . . NNNNN N . . N N . . . . . A . . . . . . . . G A T . AA C . A . . . T . T . . A
blockSeqs : . . . . . . . . TCCG G . . N N . . . . . G . . . . . . . . A A T . T . . T . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TTGC N . . . G . . . . . A . . . . . . . . A A T . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . TTGC . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . T .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : TCGN***************** ** G***** ** A***** T******* ** N* A*** ** T********
originalCons : NGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCAA---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-CATAATGCTCTG-CGTT-----------T--TGC---GCGTGCGGAA--CGA--CCTCTGGCGG-G----TTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-NATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
finalCons : NGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCAA---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-CATAATGCTCTG-CGTTTCGN-----------------CGTGCGGAA--CGA--CCTCTGGCGGG-----TTTGC-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAATA-----GATAAACT-------ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TAN-ATT-----AAGCTTT-AAA--CGTA---TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAAT--------ATG-A-TACAATAA
Alignments
lowQualScore : 1111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222222222222 111111111 111111 1111111 11111111 111 11111111 1 11 11111 11 111 11 222222222
lowQualScore : 4 4 8888888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 888 888 99999999999999999 44 4 8 333333333 66 0 66 3 0 555555 8 4 55 4 4 44 2 44 3 7 44 3 3 1111111 7 7 999999 22222222 0 333 99999999 2 5 55 5 0 66 11 99999 3 5 77 8888 11 8 8 8 444 8 1 8 11 8 888888888 8 8
lowQualScore : . . ....... ................................................................................... . ... ... ................. .. . . ......... .. . .. . . ...... . . .. . . .. . .. . . .. . . ....... . . ...... ........ . ... ........ . . .. . . .. .. ..... . . .. .... .. . . . ... . . . .. . ......... . .
lowQualScore : 4 4 6666666 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 888 888 66666666666666666 66 4 9 666666666 11 4 11 6 4 000000 9 4 55 0 0 66 9 66 6 3 66 3 6 8888888 3 2 888888 99999999 8 999 22222222 5 0 44 0 0 99 00 44444 2 0 99 0000 00 0 0 0 000 0 4 0 00 0 000000000 0 0
consensus : NGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCAA---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-C---------------ATAATG-CTCT-G-CGTTT----CGCCGTGCGGAA--CGA--CCTCTGGCGG-G----TTTG-C-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-NATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
Reference ( family-4336 ) : NGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCAA---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-C---------------ATAATG-CTCT-G-CGTTT----CGNCGTGCGGAA--CGA--CCTCTGGCGG-G----TTTG-C-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-NATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|1 : ---------CCCATGATAA---A---CCAAACTACCGC---------------ATAATG-CTCT-G-CGTTTGCTGCG-CGTGCGGGAACCGA--CCTCTGGAGG-GAAAGTTTG-C-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAATATGCAGGGGGCTGTCATCTTT-GAAAATAATA-------GTCCCGT-AACAATTAG---GATAGAC------TGATG-A---TAGAA---AACT-A-A-TGTAAT-TCGTATATGAATTTATCATT-----AAGCTTTAAAA--CGTAA--TAACATATGGCTGGTTCGATGAGAGAAATT-CAAACG---TTGAAAAAGTTTAATTTTG--TG-AAA------CTAATG-ATTACAATAA
gi|10 : ttaaagcactagcttagcgcctttaattgtcaatcatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagtc--AA-CAGCGAAGGGTAGATTACATT--CT-AAT-TG-A-GGGGCTGTCA--TTT-GAAACT--TA-------GT-CCG------AT--A---TATA---------C-ATGAA---TTGAG---AA-----A-TCTAA--TC-TA-A-AAA--TATAATTTTTAAAAGC-TT-AAA--CGT-A--TAACTTgacacgggcagtcggatgaaatgtgttaacaagttaaccatttttacttctt
gi|11 : CTCTCA--TTT-GACACT-ATACAATTAAGT-CCGTTAACA--------GAAAAACGATTATT-ATGGAAC-TAGAG---AATTTACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-AACT-----AAGC------------------ACTTATG--T-GTTAT-TGACAGAAATtaagcggcaa
gi|12 : gaggctAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC---------------------------T-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAA
gi|13 : tATGAGAGAAATT-C-AACG---TTG-AAAAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|14 : CTACC-----------------ATAATG-CTCT-G-CGTCT----CCGCGTGCGGAA--CGA--CCTCTGGCGG-cacgggcagtgatgaaatgtgttaa
gi|15 : GCTTTATTGTCGTTA-ATCAGAGT-ATt
gi|16 : taaagcgctaagcgtagctacGCTTTATTGTCGTCA-CTCAGAGT-AT
gi|17 : gctaagctagcAATGG--G-TGA-ATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-
gi|2 : GCTTTATTGTCGTTG-CTCAGTGTTATTT-------TTCACCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCAT-ATGA---AATTCCATACTACC-TCAAATGCCCTCGTTAATAATGATTCT---TGTTT----TGCC-TGCGGAA--CGATGCCTTTGGCGGAG----TTTG-CCGTTTA--AATCAA-GATAGG--GAGGGCATT--CTCAAT-TGGATGGGGCT-TCA--TTTCGAAAAT-ATA-------GTTCCGTGAGCAAC--ATCAGATAA--------T-ATCAAAATTAGAACTAAGCTGACAATGTAATCTC-TATATAAA--TA-AATT-----AAGCTTT-AAAAGCGT-AATCAACTTGTG--T--TTAAATGCCAAAAATTTC-TACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTGTTTGCACA------T--ATGTA-TACAAT
gi|3 : agcactagcttgagcGCTTTATTGACGTTA-GTCAGAGT-ATTTCATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCCGT-ATAA---A---CCATACTACC-C---------------ATACTG-CTCT-G-CNNNN----NNNNNNNNNNNN--NNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNNC-GTTTATAAA-CAA-GAATGG--GTCGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGT--------------ATAAAC------T-ATGAA---TAGAA----------A-TCTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TTTTAA---AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGAGAGAAAGT-C-AACGAATTTG-AATAGTTTGA-TTTG--TG-AAATACCAGT--ATG-A-AACAATAAtaac
gi|4 : ttaaagcgctagcgtagctgcGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNT-ATAA---A---CCATACTGCC-C---------------ATCATG-ATCT-GTNNNNN----NNNNNNNNNNNN--NNN--NNNNNNNNNN-N----NNNN-C-TTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATT--CTCAAT-TGCA-GAGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCATAAACAAC--A---GATTAAT------T-ATGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAA-TC-TA-ATGAA--TA-AATT-----AAGCTTT-AAA--CGT-A--TAACTTATG--T-GTTAGATGGGAGAAATT-C-AACG---TTG-AATAGTTTAA-TTTG--TG-AAA------T--ATG-A-TACAATAA
gi|5 : aGCTTTATTGTTGTCA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------CCCAT-ATAA---A---CCATACTACC-C---------------ATAATG-CACT-GANNNNN----NNNNNNNNNNNN--NNN--NNNNNNNNNN-N----NNNN-C-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTGAACAAT--A---AATAAAC------T-ATGAA---TAGA
gi|6 : ttaaagcgctaagctagcTTTATTGTCGTTAACTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGT-------CCCAC-ATAATAAA---CCATACTACC-C---------------ATAATG--TCTGG-CGTTT----TGCCGTGCGGAA--CGA--CCTC-GGCGGAG----TTTG-C-CTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATTTCCTCAA
gi|7 : ctagcttagcgctGCTTTATTGTCGTTA-CTCAGAGT-ATTT-------TTaatagtccattttcgagttacgatttaataccgtg
gi|7 : gcgctagcttaac-C-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GATGACATT--CTCAAT-TGCT-GGGGTTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAT------T-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtttaaacaagaatgggatgacattctcaattgctggggttgtcatttgaaaatatagtccgtaaacaatagataaattatg
gi|8 : gcgctagcttaacgctttattgtcgttactcagagtatttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCTTTATTGTCATCA-CTCAGAGT-ATTT-------TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCCCCCA--------------T-ATAA---A---CCATACTATC-C---------------ATAATG-CTCC-G-CNNNN----NNNNNNNNNNNN--NNN--NNNNNNNNNN-N----NNNNNC-GTTTA--AA-CAA-AAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAA
gi|9 : cgctagcttagcCAT-ATAA---A---CCATACTAAC-C---------------ATAATG-CGCT-G-CGTTT----TGCC-TGCGGTA--C---------------G----TTTG-C-GTTTA--AA-CAA-GAATGG--GGTGACATT--CTCAAT-TGCA-GGGGCTGTCA--TTT-GAAAAT-ATA-------GT-CCGTAAACAAT--A---GATAAAC------T-AGGAA---TAGAA---AACT-ACA-TGTAAT-TC-TA-ATGAA--TA-TATA-----AAGCTTT-AA