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gi|9 : taggcgcttcctaagtaatttt--GTA-GAT--G------A-T-GA-A-G--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CC-----T------C--T-T------T-A---C-T-A-T--------AATTTATG---A--TAAAA----T---------A----T-----C---T--T--------AT-A-G------T-A-----A-----A---A-A-G--G------G-------T----------A--G----------G---AA-CTT-C-A-T------C----A----TTT---ACA-AA--AT-T--A-C--TT---A--G-GAA-GC
gi|22 : taggc--GTA-AAT--G------A-T-GA-T-G--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CC-----T------A--T-A------T-A---C-T-A-T--------AA-----A---A--TA-AG----T---------A----CTAG--T---T--T--------AG-A-G------T-A--T--A-----T---A-G-G--G------G------------------A--G----------G---AC-TTT-C-A-T------C----A----TTT---AC--AA--AT-T--ACC--AT---G--G-GAC-GCaaaattacatggagagcgcc
gi|22 : tgtaattt--GTA-AAT--G------A-T-GA-A-A--G-T---C----------C---------T----------------CC---CC-----T------A--T-A------T-A---C-T-C-T--------AA-----A---C--T--AG----T---------ACTTAT-----T---T--T--------AT-A-G------T-A--T--A-----T---A-G-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-CAT-C-A-T------C----A----TTT---AC--AA--AT-T--A-C--Agc
gi|6 : --GTA-AAT--G------AAT-GA-AAG--T-T---CA---------C---------T----------A-----CC---C-------------C--A-AA-----T-A---CAT-A-T--------AA-----A---A--T--AG----TTACT-----A----T-----T---T--T--------AT-A-G------T-A--T--A-----GC--A-G-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-TTT-C-A-T------C----A----TTTA-CA-A-AA--AT-T--A-C--AT---G--G-GAG-aaattaccatgggacgcgc
gi|6 : gcgcgtccccatttaattttcc--GTA-AAT--G------A-T-GA-A-A--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CC-----TG-----C--T-A------T-A---C-T-A-T--------AA-----A---A--T--AGTAACT---------A----T-----T---T--T--------AT-ATG------T-A--T--------T---T-G-G--G------G-------T----------AGTG----------A---AC-TTT-C-ATT------C----A----TTTA-CGGA-AA--AT-T--A-A--AT---G--G-Gcacc
gi|7 : gcgcgtc--GTA-AAT--G------A-T-GA-A-G--G-T---C----------T---------T----------G-----CC---CC-----T------T--T-AGA----T-AA--C-T-A-T--------AG-----A---A--TGAAG----TCACT-----G----T-----T---T--T--------AT-A-G------T-A--T--A-----G---A-G-G--G------A-------T----------A--G----------G---AC-CTG-C-AGT------C----A----TTTACAATG-AA--ATGTAGA-T--AT---G--G-AAA-aaaaattacatgggagcacc
gi|19 : attaaatttttt--GTA-AAT--G------A-T-AT-A-G--A-----C----------C---------T----------A-----CC---CC-----T------CTAT-A------T-A---C-T-C-T---------------A---G--T--AC----T---------A----T-----T---C--T--------AT-A-G------T-A--T--A-----G---A-T-G--G------G-------T----------A-------------A---AC-CTG-T-A-T------C----A----TTT---ATA-GA--AT-T--A-C--ATA--G--G-GAGCGCCgagcg
gi|32 : acgctccccatgtaattct--GTA-AAT--G------A-T-GA-A-G--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CC-----T------C--T-A------T-A---C-T-A-T--------AA-----A---T--T--AC----T---------A----
gi|25 : gcactccctatgtaatttt--GTA-AAT--G--------T-GA-A-G--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CC-----T------C--T-A------T-A---C-T-T-C-------------------------------C---------A----T-----T---T--T--------AT-A-G--------A--T--AA----G---A-G-G--G------G-------T----------A-------------G---AC-CTC-----T------C----A----T-----ACA-AA--AT-G--A-C--AT---GGCG-GAGCGCCatgagtgaaaatcaactat
gi|33 : ta--GTA-AAT--G------A-T-GA-T-G--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CC-----A------C--T-A------T-A---C-T-A-T--------AA-----A---A--T--AG----T---------A----aaaattaatgggacgcc
gi|4 : tat--GTA-AAT--G------A-T----A-G--G-T---CTGATATAGGTC---------T----------A-----CC---CC-----T------C--T-A------TTA---C-T-A-T--------AA-----A---A--T--AG----T---------ACTAAT-----T---T--T--------AT-A-G------T-A--T--A-----G---A-G-G--G------C-------T----------A--GACCTATATCAG---AC-CTA-T-A-T------C----AA---TTTA---CA-GA--AT----A-C--AT---G--G-GGA-GCaaaattacatggggagcgcc
gi|28 : aggc--GTA-AAT--G------A-T--A-A-G----T---C----------C---------T----------A-----CC---CT-----------------A------T-A-----T-A-T---------A-----A---A--T--AG----T---------A----TA----T---T--T--------TT-A-G------T----T--AT----G---A-G-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-CCT-T-A-T------C----A----ATT----C--AA--AT-T--A-C--AT---G--G-TAC-GCCagaattacatggggagcgc
gi|8 : --GTA-AAT--G------A-T-AT-A-G--G-T---C----------TGATA-----T----------AGGCT-CC---CC-----T------C--T-A------T-A---C-T-A-T--------AA-----AT--A--T--AG----T---------A----T-----------------------------------A-----A-----G---A-G-G--G------G-------T----------A--GACCTATATCAG---AC-CTA-T-A-T------C----A----TTTA---CA-GA--AT-T--A-C--AT---G--G-GAGCGCCaaaatt
gi|8 : --GTA-AAT--G------A-T-AT-A-G--G-T---CTGATATAGGTC---------T----------A-----CC---CC-----T------C--TTA------T-A---C-T-A-T-----------------------------------------A----T-----T---T-----------AT-A-G------T-A--T--A-----G---A-G-G--G------GAGCCTA-T----------ATCA----------G---AC-CTA-T-A-T------C----A----TTTA---CA-GA--AT-T--A-C--AT---G--G-GAGCGCCagaattacatgggagcgcct
gi|31 : ggcgctcccatgtaattct--GTA-AGT--G------A-T-GA-G-G--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CC-----T------C--T-A------T-A---C-T-A-T--------GA-----G---A--A--AG----T---------A----t
gi|15 : cgctcccatgttattt--GTA-ATG--G------A-T-GG-A-G----T---C----------C--------------------A-----CCGGCCT-----TG-----C--T-A------T-A---C-TGA-T--------AA-----A---A--T--AT----T--------------T-----T----------------T-A-G------A-G--TG-A-----G---A-G-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-CTT-CAA-T------C----G----TTTT-A--A-AA--AT-T----C--AT---G--G-GGGCGCCaagcctgcaatttgtaattgatgagg
gi|11 : ggctgccccgatgtagatttt--GTA-AAT--G------A-T-AT-A-G--G-T---C----------TGATATAGGTT----------A-----CC---CT------------C--T-A------T-A---C-T-A-T-----------------------------------------A----T-----T---T-----------AT-A-G------T-A--T--A-----G---A-G-G--G------GAGACCTAT----------ATCA----------G---AC-CTA-T-A-T------C----A----TTTA---CA-GA--AT-T--A-C--AT---G--G-GGA-GCt
gi|11 : gcgctccccatgtaattct--GTA-AAT--G------A-T-AT-A-G--G-T---C----------TGATA-----T----------AGGTCTCC---CC-----T------C--T-A------T-A---C-T-A-T---------A-----A---A--T--A-------------------------------------------T-A-G------T-A--T--A-----G---A-G-G--GTAACCTA-------T----------ATCA----------G---AC-CTA-T-A-T------C----A----TTTA---CA-GA--AT-T--A-C--AT---G--G-GGA-GCgcc
gi|13 : gc--GTA-AAT--G------A-TAGA-A-G--G-T---C----------C---------CTGACCGCCTCG-----CC---CC-----T------C--T-AAT----T-A---C-T-A-T-------------------------------T---------A----T-----C---T--G--------AT-A--------T-A--TC-A-----G---AAG-G--G------G-------T----------AT-G----------G---AC-CTT-C-A-T------C----A----TTT--ACCA-AA--AT-T--A-C--AA---G--G-agaattacatggggagcgcc
gi|40 : --GTA-AAT--G------A-C-GG-A-C--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CC-----T------G--T-A------C-A---C-T-A-C--------AA-----A---A--T--cctgaaaacttgcttggatgcgcc
gi|39 : --GTA-AAT--G------A-T-GA-A-G--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CT-----T------G--T-AT-----T-A---C-T-A-TA-------GA-----A---A--T--AG----aaaatgacatggggagca
gi|14 : --GTA-AATT-G------A-T-GT-A-GGGA-T---C--------------------T----------A-----CC---CC-----T------C----G------T-A---C-TTA-T--------CA-----A------T--AG----T---------A----TCTATTT---T--C--------AT-A-------------T--A-----G---A-G-G--A------G-------T-------------G----------G---AC-CTA-C-A-T----------------TTT----CC-AA--AT-T--A-C--AT---G--G-ctacaattactgtcg
gi|34 : aggcgctcgcccatgtaatttt--GTA-AAT--GGTGTACA-T-GT-A-G--G-T--------------C---------T----------A-----CC---CC-----T------C--T-G------T-A---C-T-A-T--------AA-----A---A--T--agcagcgcct
gi|36 : aagctctccccatgtaattct--GTA-AAT--G------A-T-GA-A-C--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---
gi|23 : aatgatgtccacctctatattactgaTG-AAT--A------A-T-AA-A-T--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CC-----T------C--T-A------T-A---C-T---T--------GA-----A---AA-T--AG----T---------A----T-----T---T--T--------AT-A-G------T-A--G--A-----G---A-G-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-CTT-C-A-T------C----A----TTT---ACA-AA--AT-T--A-C--ATATAG--G-GAGCGCCaaatactgggagcgcc
gi|20 : cttttgtaTA-AA---G------A-T-GA-ATG--------C----------C---------T----------A-----CC---CT------------C--T-A------T-A---C-T-A-T--------AA-----A---A--T--AGTAC-T---------A----T-----T---T--T--------AT-A-G------T-A--T--A-----G---A---G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-CTT-C-A-T------C---------TTT---AC--AA--AT-T--A-C--AT---G--G-GGA-GCt
gi|19 : aggcTA-AAT--G------A-T-AC-A-G--G-T---T--------------------T----------A-----CC---CA-----T------C--T-A------T-A---C-T-A-T--------AG-----A---A--T--AG----T---------A--------------C--T--------AG-A-G------T-A--T--ATA---G---A-G-G--G------G-------T----------A--G----------G----T-CTA-T-A-T------C----A----TTT---ACA-GA--AT-T--A-C--AT---G--G-GGA-GCacaaattacatggggagcg
gi|24 : acA-AAT---------A-T-GA-A-G--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CC-----T------C--T-A------T-A---C-T-A-T--------AA-----A---A--T--AG----T---------A----T-----C-----------------------------------------G---A-G-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-CTT-C-A-T------C----A----TT----ATA-AA--AT-T--A-C--AT---G--G-GGA-GCtagaattacatagggagcgcc
gi|15 : ggcA-AAC--G------A-TTGA-A-G--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CC-----T------C--T--------C-A---C-T-C-T--------AA-----A---------AA----T---------A----T-----T---T--T--------ATCA-G------T-A--T--A-----GCA-A-G-GCCG------G-------T-------------G----------G---A--CTC-C-A-TC-----C----A----TT----ACA-AA--ATCT--A-C--AT---C--G-G-G-GCttttaaatttaattacccggg
gi|17 : ggct-AAT--G------A-T-GA-A-G--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CT-----T------C--T-C------T-A---C-T-A-T---------A-----A---A--T--AG----T---------A----T-----T---T--T--------AT-A-G------T-A--T--A-----A---G-A-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-CTT-C-A-T------C----A----TT----ACA-AC--AT-T--A-C--AT---G--G-GGG-GCtaaaaattcatgggggcgcct
gi|29 : aggc-AAT--G------A-T-GA-A-G--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CC-----T------C--T-A------T-A---C-T-A-T----------------------------------------------------T---T--T--------AT-A-G------T-A--T--A-----G---A-G-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-CTT-C-A-T------C----A----TT----ACA-AA--AT-T--A-C--AT---G--G-GAGCGCCacaaaattacatggggagcgcc
gi|29 : tgaattttgt-AAT--G------A-T-GA-A-G--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CC-----T------C--T-A------T-A---C-T-A-T--------AA-----A---A--T--AG----T--------------------------------------------------A--T--A-----G---A-G-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-CTT-C-A-T------C----A----TT----ACA-AA--AT-T--
gi|21 : tg-AAT--G------A-T-GA-A-G--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CC-----T------CT-T-A------T-A---C-T-A-T--------AA-----A---A--T--GA----T---------A----C-----T---T------------T-A-C------T-A--T--A-----G---G-G-A--G------G-------G----------A-------------G---AC-CTT-C-A-T------C----A----TT----ACA-AA--AT-T--A-C--AT---G--G-GGA-GCacaaaattacatgggagcgcc
gi|21 : gcgctccccatgtaattttgt-AAT--G------A-T-GA-A-G--G-T---C----------T--------------------------CC---CT-----C------CC-T-A------T-A---G-T-A-----------A-----A---G--T--AT----C---------A----T-----T---T--T--------AT-A-G------T-A--T--AA----G---A-G-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-CTT-C-A-T------C----A----TT----ACA-AA--AT-T--A-C--AT---G--G-GGA-GCgcct
gi|16 : gc-AAT--GC-----A-T-GA-A-G--G-T---C----------C---------T----------------CC---CC-----T------C--T-A------T-A---TAT-A-T---------A-----A---C--T--AG--------------A----T-----T---T--T--------AT-A-G------T-A--TG-A-----G---A-G-G--G------G-------T----------A--G--------------AC-CTT-C-A-T------C----A----TT----ACC-AA--AT-T--A-C--AT---G--G-acaaaattacatggggagcgcct
gi|12 : tgctccttca-AAT--G------A-T-GA-A-G--G-T---C----------C--------------------A-----CG---CC-----T------C--T-A------T-A---T-T-A-T-------------------A--T--AG----T---------AAAATT-----TATAC--CTT------GT-A-G------T-A--T--A-----G---A-G-GA-G------G-------G----------A--G----------G---AC-CTT-A-T-T------C----A----TT----ACA-AA--AT-T--A-C--AT---G--G-GGA-GTCaccaaattaccatgggaccgcct
gi|12 : ggc-AAT--G------A-A-TA-A-G--G-T---C----------C---------T----------C-----CCT--CC-----T------C--T-A------T-A---C-T-A-C--------AA-----GGT-A--T--AAATTTT---------A----C-----T---A--T--------AT-A-A------T-A--T--A-----G---A-G-G--C------G-------T-------------G----------G---AC-CTT-C-A-T------C----A----TTC----CA-AA--AA-T--A-C--AT---G--G-GGG-ccaaaaatacatgggggagcgcc
gi|30 : ggcgactccccatgtaattttgt-AAT--G------A-T-GA-G-G----T---C-------------------------------A-----CC---CT------------C--T-A------T-A---C-T-A-T-----------------------------------------A----T-----T---T--T--------AT-A-G------T-A--T--A---------A-T-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-CTT----------------------TCTA---CA-AA--AT-T--A-C--AT---G--G-GGA-GCagcgcc
gi|5 : ccatgtaattttgt-AAT--GGAA---A-T-GA-A-G--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CT-----CGTGTTAT--T-A------T-A---T-T-A-T--------AA-----A---T--T--------T---------A----T-----A---CA-T--------GT-A-GA-----T-A--T--A-----G-----G-G--G------G-------T----------A--A----------GCGCAC-CTT-C-A--------C----A----TT----ACA-AA--AT-T--A-C--AT---G--G-GGG-GCgccta
gi|5 : ggcgctcaccccatgtaattttgt-AAT--G--------T-GA-A-G--G-TGCGC----------T---------T----------A-----CC---CCCTATAT------C--T-A------C-A---TGT-A-T--------AA-----ATTTA--T--AA----T---------A----T------------A--------AT-A-A------C-A--C--------G---A-G-G--G--------------T----------A--G----------G---AC-CTT-C-A-TTTC---C----A----TT----ACA-AA--AT-T--A-C--AT---G--G-Gagcgccta
gi|2 : ggcgctcacT--G------A-T-GA-A-G--AGT---CT---------C---------T----------A-----CC---CC-----T------C--T-A------T-A---C-T-ACT---------------A---C--T--AC----T---------A----T-----T---C--CTATTTTTTAT-A-GTTT---T-A--T--A-----G---A-G-G--G------GT------T----------A--G----------G---GC-CTT-C-A-TTC----C----A----TTTACCACATAA--ATAA--A-CA-AT---G--G-GGA-GCacaaaattacatggggggcagcgccta
gi|4 : taggcactcccatttgtaattttgtatgaattttT--G------A-T-AT-A-G--G-T---C--------------------T----------A-----GC---CC-----T------C--T-A------T-A---C-T-A-T--------AA-----A---AT-T--AGTAC-T---------A----T-----T---T--T--------AT-A-G------TAA--T--A-----G---A-G-G--G------G-------T----------A--GACCTATATCAG---AC-CT----A-T------C----A----TTT---ACA-GA--AT-T--A-C--AT---G--G-GGA-GCggcc
gi|25 : aggcgctccccatgtattctgtaaattgatataggtc------A-T-GAGA-G--G-T---C--------------------T----------A-----CC---CC-----T------C--T--------T-AT--C-T-A-T--------AA-----A---A--T--GG-----------------------------------------A--A-G------T-A--T--A-----G---A-G-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-CTT-C-A--------C----A----TTT---ACA-AA--AT-T--A----AT---G--G-GAC-GCCgc
gi|14 : taggcgctccgccatgtcattttgt------A-T-GT-A-G--G-T---C----------C--------------------A-----CT---CC-----T------C--T-A------T-A---------T--------GA-----A---AA-T--AG--------------A----T-----A---C--T--------AT-T-G--------A--T--AAGTACG---A-G-G--G------G-------T----------A--G----------A---TC-CCTAC-A-T------C----AA---TTTA---CA-AA--AT-T--A-C--AT---G--G-G
gi|30 : aggcgctcgA-A-G--G-T---C----------C---------T----------A-----CC---CA-----T---------T-A------T-A---C-T-A-T--------AA-----A---A--T--A-------------------------------------------T-A-G------T-A--T--A-----G---A-G-G--G--------------T------------------------G---AC-CT--C-A-T------C----A----TT----ACA-AA--AT-T--A-C--AT---G--G-tttccaaattacatggagcagcgcct
gi|27 : ----------C---------T----------A-----CC---CC-----T------C--T-A------T-A---T-A-A-T--------AA-----A---A--T--------T---------A----T-----C---T--T--------AT-A-G------T-A--T--A-----G---A-G-G--C------G-------T----------A-------------G---AC-GTA-T-A-T------A----A-----ATA-TACATGA--AT-T--A-C--AT---G--G-GAGCGCCtctacaaaattacatggggagcgccta
gi|27 : gcgctccatgtaattctgt----------C---------T----------A-----CG---CC-----T------C--T-A------T-A---C-T-A-T--------AA-----G---A--T--A---------------A----T-----T---T--T--------AT-T-A------T-A--T--A-----G---A-G-G--G------G-------T----------A--G------------------------------------------------ACA-GA--AT-T--A-C--AT---G--G-tta
gi|37 : gcgct---A--T--AG----T---------A----T-----T-----------------------------A--T--A-----G---A-G-G--A------G-------T----------A--G----------G---AC-CTT-C-T-G------C----A----CTT--AACA-AA--TT-T--A-C--AA---C--G-GAG-acgtatataaatatacatgaattacatgggagcgcctta
gi|32 : t--T--AG----T---------A----A-----T---T--T--------AT-A-G------T-A--T--A-----G---A-G-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-CTT-C-A-T------C----A----TTT---ACA-AA--AT-T--A-C--ATA--G--G-GAG-agcgccta
gi|33 : gca--T--AC----T---------A----T-----T---T--T--------AT-A-G------T-A--T--A-----G---T-G-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-CAT-C-A-T------C----A----TTT---ACA-AA--AT-T--A-C--AT---G--G-GGA-GCatgagtgaaaatcaactat
gi|38 : tat--T--AT----T---------A----C-----T---CATC--------AT-AAG------T-A--T--A-----A---G-G-G--G------C-------T----------A--G----------G---AC-TTT-C-A-TTC----C----A----TTTA---CA-AA--AT-T--A-C--AT---gcc
gi|40 : ---------A----T-----T---T--T--------GT-A-G------T-G--T--A-----C---A-G-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-GTC-C-G-T------C----A----TTT---ACA-AA--AT-G--A-C--AT---G--G-GGA-GC
gi|34 : ---------A----T-----T---T--T--------AT-A-G------T-A--C--A-----G---A-G-G--G------G-------T----------A-------------G---AC-CTA-C-A-TGTACACC----A----TTT---ACA-GA--AT-T--A-C--AT---G--G-Ga
gi|31 : aagctctc----T-----T---CT-C--------AT-A-G------T-A--T--A-----G---A-G-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-CCT-C-A-T------C----A----CTT---AC--AA--AT-A--A-C--AT---G--G-GAG-
gi|39 : cg----T-----T---C--T--------AT-A-G------T-AA-T--A-----C---A-A-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-CTT-C-A-T------C----A----TTTA-CCTA-CA--AT-T--A-C--agtaaagcctgcaatttgtaattgatgagg
gi|35 : ctat--------AT-A-G------T-A--T--A-----G---A-G-G--G------G-------T----------A--G----------G---AC-CTT-C-A-T------CAA--A----TTCATTACA-AAACAT-T--A-C--AT---G--G-GGA-GCtgtcg
gi|42 : ggc--T--A-----G---A-G-A--G------T-------T----------A--G----------G---AC-CTT-C-A-T----------------TT----ACA-AA--AT-T--A-C--AT---G--G-aaa
gi|36 : ataggcgatccccatg-G-A--G------G-------T----------A--G----------G---AC-GTT-C-A-T------C----A----TTT---ACA-AA-----T--A-C---T---G--G-GAGCGCCg
gi|26 : aatgatgtccacctctatattact-G--G------A-------T----------A--G----------G---AC-CTT-C-A-T------C----A----TTT---ACA-AT--AT-T--A-CAAAT---G--G-GAG-
gi|44 : atggc-G--G------G-------T----------A--G--------------AC-CTA-C-A-T------T----A----TTTA---CA-AA--AT-G--A-C--AT---G--tcgtatcataagtgtctatttggtgtttagccttcatcatacacaatcatgggagagcct
gi|43 : -G--G------G-------T----------A--G--------------AC-CTA-C-A-T------T----A----TTTA---CA-AA--AT-G--A-C--AT---G--aatggggagcacct
gi|45 : ------G-------T----------A--G----------G---AC-CTT-C-A-T------C----A----TTT---TCA-AA--AT-T----C--ATG--G--G-GAG-aatggggagcacct
gi|46 : --G----------G---AC-CTT-C-A-T------C----A----TTT---ATA-AA--AT-T--A-C--AT---GA-G-GAGCGCCggctc
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTAGCGCTCCCCATGTAATCGTAAATAAAGGTCTGATATAGTCTACCCCTCTATATTTAGGGGTAGACCTATATCAGACCTCTATCCCCACCAACACAGTAAAATAACATCAGGGAG
Unaligned ( gi|41 ): TATTTTTATAGTATAGGGATAGAACCTTATTTACAAACTGTACTATGGGGAGCGCC
Unaligned ( gi|47 ): CTCTCTCCTATATATCAGTGTACACCTACATTGTAAGG
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Reference ( family-4296 ) : GTAATTTTGTAAATG--ATGAAGGTCCTACCCCTCTNTAC-TATAATGA--AATAGTAAATGATGAAGGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---A--TA---C-TATA-A-----AA--------T--AG---T------A----T---TT-----TA-T-AG------T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCATC----ATT--T--A-C-AAAAT-TAC--ATGGG-GG-GCC
gi|1 : GTAGTTTTCTAAACG--ATGAAGGTCCTACCCCTCTTTA--TATAATGA--AATAGTAAATGATGAAGATC-C-TA--C---CAAT-----G-A--A-A-T--A---------G-T-AA---A-T--G------A-T-G-AAGATC----------C----T----------A-------CC-CTTC-------T---A--TA---C-TATG-A-----AA--------T--AG---T------A----T---TC-----CA-T-AG------C-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCATC----ATT--TAAA-C-AAAAT-TAC--ATGGG-AG-GCC
gi|10 : AGACG-C-TA--C---CCAT-----G-T--A-A-T--GT---T----G-T-AA---A-T--A------A-T-G-AAGATT----------C----T----------A-------CC-CTTC-------T---G--TA---C-TATA-A-----AA--------T--AG---T------A----T---TT-----TA-C-AGTAGATCT-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCATC----ATT--T--A-C-AAAAT-TAC--ATGGG-GA-GC
gi|11 : tGGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TC---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-A-TAGGTC----------TGA--T----------ATAGGTCTCC-CCTC-------T---A--TA---C-TATA-A-----A----------------------------------------TA-T-AG------T-A--T-A-G---A-G-G--GTAACCTATATCA----------G---AC-CTATATC----ATT--T--A-C-AGAAT-TAC--ATGGG-GA-GCgc
gi|12 : gcGGCGAC-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T--A---A-T--G------A-A-T-AAGGTC----------C----T----------C-------CCTCCTC-------T---A--TA---C-TACA-A-----GG--------T--A----TAA----A----T---TTTACTATA-T-AA------T-A--T-A-G---A-G-G--C------GT---G----------G---AC-CTTCATC----ATT--C----C-AAAAA-TAC--ATGGG-GG-
gi|13 : GGCG-C-AT--C---CAA------G-C--A-AGT--TT---TCAGGG-T-AA---A-T--G------A-TAG-AAGGTC----------C----CTGACCGCCTCG-------CC-CCTC-------T---AATTA---C-TAT--------------------------T------A----T---CT-----GA-T-A-------T-A--TCA-G---AAG-G--G------GTAT-G----------G---AC-CTTCATC----ATT--T--ACC-AAAAT-TAC--AAGGagcgcc
gi|14 : AGGCG-C-TCG-C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA---ATT--G------A-T-GTAGGGAT----------C----T----------A-------CC-CCTC-----------G--TA---C-T-TATC-----AA--------T--AG---T------A----TCTATT-----T--T-CA------T-A--T-A-G---A-G-G--A------GT---G----------G---AC-CT--A-C----ATT--T--T-C-CAAAT-TAC--ATGGA-G
gi|15 : AGGCG-C--C--C---CCAT-----G----A-A-T--TT---T----T-A-AA---A-C--G------A-TTG-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T------CA---C-TCTA-A-----A------------AA---T------A----T---TT-----TA-TCAG------T-A--T-A-GCA-A-G-GCCG------GT---G----------G---A--CTCCATC----CAT--T--A-C-AAAATCTAC--ATCGG-GG-cagcgcct
gi|16 : ggctgAGGCG-G-TC--C---C-AT-----GGT--A-A-T--TT---G----G-T-AA-----T--GC-----A-T-G-AAGGTC----------C----T------------------CC-CCTC-------T---A--TA-----TATATA-----AC--------T--AG----------A----T---TT-----TA-T-AG------T-A--TGA-G---A-G-G--G------GTA-------------G---AC-CTTCATC----A-T--T--A-C-CAAAT-TAC--ATGG
gi|17 : tgctccttcaGGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA-----T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CTTC-------T---C--TA---C-TATA-A-----A---------T--AG---T------A----T---TT-----TA-T-AG------T-A--T-A-A---G-A-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCATC----A-T--T--A-C-AACAT-TAC--ATGGG-GG-GC
gi|18 : aggcGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-----T---C----G-T-AA---------------A-T-A-AAGGTCTGATATAGT-C----T----------A-------CC-CCTC-------T---A--TA---T-T
gi|19 : ttaGGCG-C-TC--C---CTAT-----G-T--A-A-T--TC---T----A-T-AA---A-T--G------A-T-A-CAGGTT---------------T----------A-------CC-CATC-------T---A--TA---C-TATA-G-----AA--------T--AG---T------A---------C-----TA-G-AGTA----T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G----T-CTATATC----ATT--T--A-C-AGAAT-TAC--ATGGG-GA-GCtaggggtagacctatatcagacctctatccccaccaacacagtaaaataacatcagggag
gi|2 : acCG-C-TC--C---CCATT----G-T--TTA-T--TTATGT----GGT-AA---A-T--GGA----A-T-G-AAGGCC----------C----T----------AA------CC-CCTC-------T---A--TAAAAC-TATA-A-----AAAATAGGAAT--AG---T------A----G---T-------AGT-AG------T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--GA---------G---ACTCTTCATCAAAAATTCAT--A-C-AAAAT-TACAAATGGG-AGTGCC
gi|20 : taAGGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT--------G-T-AA---A----G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-C-TC-------T---A--TA---C-TATA-A-----AA--------T--AGTACT------A----T---TT-----TA-T-AG------T-A--T-A-G---A---G--G------GTA--G----------G----C-ATTCATC-----TT--T--A-A-CAAAT-TAC--ATGGG-GA-GCgcc
gi|21 : AGGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA-----T--G------A-T-G-AAGGTC---------------T----------C-------CC-TCCC-------T---A--TA------GTA-A-----AG--------T--AT---C------A----T---TT-----TA-T-AG------T-A--TAA-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCATC----A-T--T--A-C-AAAAT-TAC--ATGGG-GA-GCg
gi|22 : gcGCG-C-GT--C---CCAT-----GGT--A-A-T--TT--------G-T-AA---A-T--G------A-T-G-AAAGTC----------C----T------------------CC-CCTA-------T---A--TA---C-TCTA-A-----AC--------T--AG---T------ACTTAT---TT-----TA-T-AG------T-A--T-A-T---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CATCATC----ATT--T--A-C--AAAT-TAC--A
gi|23 : AGGCG-C-TC--C---CTATAT---G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---C--TA---C-TATA-A-----AA--------T--AC---T------A----T---TT-----TC-A-AG------T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-ATTTATT----ATTCAT--A-C-AAAA
gi|24 : cGGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----A-T-AA-----T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------G---A--TA---C------------------------------T------A----T---TT-----TA-T-AG------T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCAT-----ATT--T--
gi|25 : AGGCG-C-TC--CG--CCAT-----G-T--C-A-T--TT---T----G-T-A------T--G------A-----GAGGTC---------------T----------A-------CC-CCTC-------TT--A--T----C-TATA-A-----AA--------T--GG---------------------------A---AG------T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCA-C----ATT--T--A-C-AAAAT-TA---ATGGG-AC-GCCttttaaatttaattacccggg
gi|26 : tAGGCT-C-TC--C---C-AT-----G------A-T--TG---T----G-T-A------T--G------A-T-G-AAGG------------------------------------------C-------T---A--AA---C--ACC-A-----AA--------T--AGA--C------A----C---TT------A-T-GA------T-A--C---G---A-G-G--A-------TA--G----------G---AC-CTTCATC----ATT--T--A-C-AATAT-TACAAATGGGAGG-GCC
gi|27 : atAAGGCG-C-TC--C---C-AT-----G-T--A-A-T--TCA--T----G-T-AT---A-T--TT-----A-T-A-TACGTC---------------T----------A-------CG-CCTC-------T---A--TA---C-TATA-A-----GA--------T--A-----------A----T---TT-----TA-T-TA------T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G------------------------------------A-C-AGAAT-TAC--ATGGA-GC-GC
gi|28 : --A-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-A-A--GTC----------C----T----------A-------CC-C----------T---A--TA-----TATA-A-----A---------T--AG---T------A----TA--TT-----TT-T-AG------TTA--T---G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CCTTATC----AAT--T----C--AAAT-TAC--ATGGa
gi|29 : ggcgtaGGCG-C-TC--C---C-AT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA-----T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---A--TA---C-TATA-A-----A-----------------------------------------A-T-AG------T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCATC----A-T--T--A-C-AAAAT-T
gi|3 : tg--C---CCAT-----G-T--C-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-G-AAATTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---A--TG---C-TATA-C-----AA--------T--AG---T------A----TAG-TA-----TA-T-AG------T-A--T-A-GTATA-GAG--G------GTA--G----------G---AC-CTTCATC----ATT--T--A-C-AAAAT-TAT--ATAGG-G
gi|30 : taggcgctccccatgtcattttctgttaAGGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AG---A-----------------AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CAT--------T---A--TA---C-TATA-A-----AA---------------------------------------TA-T-AG------T-A--T-A-G---A---G--G------GT--------------G---AC-C-TCATC----A-T--T--A-C-AAAAT-TAC--ATGGatcac
gi|31 : CG-C-TC--C---C-AT-----G-T--T-A-T--TT--------G-T-AA---G-T--G------A-T-G-AGGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---A--TA---C-TATG-A-----GA--------A--AG---T------A----a
gi|31 : TTTGTAAGTG--ATGAGGGTCCTACCCCTCTATAC-TATGA-GA--A--AGTAAA----------G-C-C----------T-----G-C--A-A----TT---T----G-T-AA---T-T--G------A-T-G-AGGaagcctgcaatttgtaattgatgagg
gi|32 : cgctcccatgttaGCA-C-TC--C---CTAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---A--TA---C-TATA-A-----AT--------T--AC---T------A----
gi|33 : GGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-G-ATGGTC----------C----T----------A-------CC-CCAC-------T---A--TA---C-TATA-A-----AA--------T--AG---T------A----atgagtgaaaatcaactat
gi|34 : tatAAGCT-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TC---T----G-T-AA---A-T--GGTGTACA-T-G-TAGGT-----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---G--TA---C-TATA-A-----AA--------T--
gi|35 : GGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-TGTTT---T----G-T-AATGAA-TTTG------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---A--TA---C-TATA-A-----A
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gi|38 : GTAATTTTGTAAATGGAATGAAAGTCCTAGCCCCTTATACTTATGATGAGTAATAa
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gi|7 : CG-C-TC--CTTTCCAT-----A-TCTACA-T--TTCATT----G-T-AA---A-T--G------ACT-G-CAGGTC----------C----T----------A-------TC-CCTC-------T---A--TA---C-TATA-A-----AA--------C--AG---TGACTTCA----T---TC-----TA-T-AGT-----T-ATCT-A-A---A-G-G--G------GCA--A----------G---AC-CTTCATC----ATT--T--A-C-AAAAcacc
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|48 ): TTAATTATCTAACCAATAGACGCACCCCATGCCACT
Alignments
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Reference ( family-4296 ) : GTAGTTTTGTAAACG--ATGAAGGTCCTACCCCTCTATAC-TATGATGA--AATAGTAAATGATGAAGGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---A--TA---C-TATA-A-----AA--------T--AG---T------A----T---TT-----TA-T-AG------T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCATC----ATT--T--A-C-AAAAT-TAC--ATGGG-GG-GCC
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gi|17 : tgctccttcaGGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA-----T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CTTC-------T---C--TA---C-TATA-A-----A---------T--AG---T------A----T---TT-----TA-T-AG------T-A--T-A-A---G-A-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCATC----A-T--T--A-C-AACAT-TAC--ATGGG-GG-GC
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consensus : GTAGTTTTGTAAACG--ATGAAGGTCCTACCCCTCTATAC-TATGATGA--AATAGTAAATGATGAAGGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---A--TA---C-TATA-A-----AA--------T--AG---T------A----T---TT-----TA-T-AG------T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCATC----ATT--T--A-C-AAAAT-TAC--ATGGG-GG-GCC
Reference ( family-4296 ) : GTAGTTTTGTAAACG--ATGAAGGTCCTACCCCTCTATAC-TATGATGA--AATAGTAAATGATGAAGGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---A--TA---C-TATA-A-----AA--------T--AG---T------A----T---TT-----TA-T-AG------T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCATC----ATT--T--A-C-AAAAT-TAC--ATGGG-GG-GCC
gi|1 : GTAGTTTTCTAAACG--ATGAAGGTCCTACCCCTCTTTA--TATAATGA--AATAGTAAATGATGAAGATC-C-TA--C---CAAT-----G-A--A-A-T--A---------G-T-AA---A-T--G------A-T-G-AAGATC----------C----T----------A-------CC-CTTC-------T---A--TA---C-TATG-A-----AA--------T--AG---T------A----T---TC-----CA-T-AG------C-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCATC----ATT--TAAA-C-AAAAT-TAC--ATGGG-AG-GCC
gi|10 : AGACG-C-TA--C---CCAT-----G-T--A-A-T--GT---T----G-T-AA---A-T--A------A-T-G-AAGATT----------C----T----------A-------CC-CTTC-------T---G--TA---C-TATA-A-----AA--------T--AG---T------A----T---TT-----TA-C-AGTAGATCT-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCATC----ATT--T--A-C-AAAAT-TAC--ATGGG-GA-GC
gi|11 : tGGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TC---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-A-TAGGTC----------TGA--T----------ATAGGTCTCC-CCTC-------T---A--TA---C-TATA-A-----A----------------------------------------TA-T-AG------T-A--T-A-G---A-G-G--GTAACCTATATCA----------G---AC-CTATATC----ATT--T--A-C-AGAAT-TAC--ATGGG-GA-GCgc
gi|12 : gcGGCGAC-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T--A---A-T--G------A-A-T-AAGGTC----------C----T----------C-------CCTCCTC-------T---A--TA---C-TACA-A-----GG--------T--A----TAA----A----T---TTTACTATA-T-AA------T-A--T-A-G---A-G-G--C------GT---G----------G---AC-CTTCATC----ATT--C----C-AAAAA-TAC--ATGGG-GG-
gi|13 : GGCG-C-AT--C---CAA------G-C--A-AGT--TT---TCAGGG-T-AA---A-T--G------A-TAG-AAGGTC----------C----CTGACCGCCTCG-------CC-CCTC-------T---AATTA---C-TAT--------------------------T------A----T---CT-----GA-T-A-------T-A--TCA-G---AAG-G--G------GTAT-G----------G---AC-CTTCATC----ATT--T--ACC-AAAAT-TAC--AAGGagcgcc
gi|14 : AGGCG-C-TCG-C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA---ATT--G------A-T-GTAGGGAT----------C----T----------A-------CC-CCTC-----------G--TA---C-T-TATC-----AA--------T--AG---T------A----TCTATT-----T--T-CA------T-A--T-A-G---A-G-G--A------GT---G----------G---AC-CT--A-C----ATT--T--T-C-CAAAT-TAC--ATGGA-G
gi|15 : AGGCG-C--C--C---CCAT-----G----A-A-T--TT---T----T-A-AA---A-C--G------A-TTG-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T------CA---C-TCTA-A-----A------------AA---T------A----T---TT-----TA-TCAG------T-A--T-A-GCA-A-G-GCCG------GT---G----------G---A--CTCCATC----CAT--T--A-C-AAAATCTAC--ATCGG-GG-cagcgcct
gi|16 : ggctgAGGCG-G-TC--C---C-AT-----GGT--A-A-T--TT---G----G-T-AA-----T--GC-----A-T-G-AAGGTC----------C----T------------------CC-CCTC-------T---A--TA-----TATATA-----AC--------T--AG----------A----T---TT-----TA-T-AG------T-A--TGA-G---A-G-G--G------GTA-------------G---AC-CTTCATC----A-T--T--A-C-CAAAT-TAC--ATGG
gi|17 : tgctccttcaGGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA-----T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CTTC-------T---C--TA---C-TATA-A-----A---------T--AG---T------A----T---TT-----TA-T-AG------T-A--T-A-A---G-A-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCATC----A-T--T--A-C-AACAT-TAC--ATGGG-GG-GC
gi|18 : aggcGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-----T---C----G-T-AA---------------A-T-A-AAGGTCTGATATAGT-C----T----------A-------CC-CCTC-------T---A--TA---T-T
gi|19 : ttaGGCG-C-TC--C---CTAT-----G-T--A-A-T--TC---T----A-T-AA---A-T--G------A-T-A-CAGGTT---------------T----------A-------CC-CATC-------T---A--TA---C-TATA-G-----AA--------T--AG---T------A---------C-----TA-G-AGTA----T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G----T-CTATATC----ATT--T--A-C-AGAAT-TAC--ATGGG-GA-GCtaggggtagacctatatcagacctctatccccaccaacacagtaaaataacatcagggag
gi|2 : acCG-C-TC--C---CCATT----G-T--TTA-T--TTATGT----GGT-AA---A-T--GGA----A-T-G-AAGGCC----------C----T----------AA------CC-CCTC-------T---A--TAAAAC-TATA-A-----AAAATAGGAAT--AG---T------A----G---T-------AGT-AG------T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--GA---------G---ACTCTTCATCAAAAATTCAT--A-C-AAAAT-TACAAATGGG-AGTGCC
gi|20 : taAGGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT--------G-T-AA---A----G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-C-TC-------T---A--TA---C-TATA-A-----AA--------T--AGTACT------A----T---TT-----TA-T-AG------T-A--T-A-G---A---G--G------GTA--G----------G----C-ATTCATC-----TT--T--A-A-CAAAT-TAC--ATGGG-GA-GCgcc
gi|21 : AGGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA-----T--G------A-T-G-AAGGTC---------------T----------C-------CC-TCCC-------T---A--TA------GTA-A-----AG--------T--AT---C------A----T---TT-----TA-T-AG------T-A--TAA-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCATC----A-T--T--A-C-AAAAT-TAC--ATGGG-GA-GCg
gi|22 : gcGCG-C-GT--C---CCAT-----GGT--A-A-T--TT--------G-T-AA---A-T--G------A-T-G-AAAGTC----------C----T------------------CC-CCTA-------T---A--TA---C-TCTA-A-----AC--------T--AG---T------ACTTAT---TT-----TA-T-AG------T-A--T-A-T---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CATCATC----ATT--T--A-C--AAAT-TAC--A
gi|23 : AGGCG-C-TC--C---CTATAT---G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---C--TA---C-TATA-A-----AA--------T--AC---T------A----T---TT-----TC-A-AG------T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-ATTTATT----ATTCAT--A-C-AAAA
gi|24 : cGGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----A-T-AA-----T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------G---A--TA---C------------------------------T------A----T---TT-----TA-T-AG------T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCAT-----ATT--T--
gi|25 : AGGCG-C-TC--CG--CCAT-----G-T--C-A-T--TT---T----G-T-A------T--G------A-----GAGGTC---------------T----------A-------CC-CCTC-------TT--A--T----C-TATA-A-----AA--------T--GG---------------------------A---AG------T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCA-C----ATT--T--A-C-AAAAT-TA---ATGGG-AC-GCCttttaaatttaattacccggg
gi|26 : tAGGCT-C-TC--C---C-AT-----G------A-T--TG---T----G-T-A------T--G------A-T-G-AAGG------------------------------------------C-------T---A--AA---C--ACC-A-----AA--------T--AGA--C------A----C---TT------A-T-GA------T-A--C---G---A-G-G--A-------TA--G----------G---AC-CTTCATC----ATT--T--A-C-AATAT-TACAAATGGGAGG-GCC
gi|27 : atAAGGCG-C-TC--C---C-AT-----G-T--A-A-T--TCA--T----G-T-AT---A-T--TT-----A-T-A-TACGTC---------------T----------A-------CG-CCTC-------T---A--TA---C-TATA-A-----GA--------T--A-----------A----T---TT-----TA-T-TA------T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G------------------------------------A-C-AGAAT-TAC--ATGGA-GC-GC
gi|28 : --A-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-A-A--GTC----------C----T----------A-------CC-C----------T---A--TA-----TATA-A-----A---------T--AG---T------A----TA--TT-----TT-T-AG------TTA--T---G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CCTTATC----AAT--T----C--AAAT-TAC--ATGGa
gi|29 : ggcgtaGGCG-C-TC--C---C-AT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA-----T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---A--TA---C-TATA-A-----A-----------------------------------------A-T-AG------T-A--T-A-G---A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-CTTCATC----A-T--T--A-C-AAAAT-T
gi|3 : tg--C---CCAT-----G-T--C-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-G-AAATTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---A--TG---C-TATA-C-----AA--------T--AG---T------A----TAG-TA-----TA-T-AG------T-A--T-A-GTATA-GAG--G------GTA--G----------G---AC-CTTCATC----ATT--T--A-C-AAAAT-TAT--ATAGG-G
gi|30 : taggcgctccccatgtcattttctgttaAGGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AG---A-----------------AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CAT--------T---A--TA---C-TATA-A-----AA---------------------------------------TA-T-AG------T-A--T-A-G---A---G--G------GT--------------G---AC-C-TCATC----A-T--T--A-C-AAAAT-TAC--ATGGatcac
gi|31 : CG-C-TC--C---C-AT-----G-T--T-A-T--TT--------G-T-AA---G-T--G------A-T-G-AGGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---A--TA---C-TATG-A-----GA--------A--AG---T------A----a
gi|31 : TTTGTAAGTG--ATGAGGGTCCTACCCCTCTATAC-TATGA-GA--A--AGTAAA----------G-C-C----------T-----G-C--A-A----TT---T----G-T-AA---T-T--G------A-T-G-AGGaagcctgcaatttgtaattgatgagg
gi|32 : cgctcccatgttaGCA-C-TC--C---CTAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---A--TA---C-TATA-A-----AT--------T--AC---T------A----
gi|33 : GGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-G-ATGGTC----------C----T----------A-------CC-CCAC-------T---A--TA---C-TATA-A-----AA--------T--AG---T------A----atgagtgaaaatcaactat
gi|34 : tatAAGCT-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TC---T----G-T-AA---A-T--GGTGTACA-T-G-TAGGT-----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---G--TA---C-TATA-A-----AA--------T--
gi|35 : GGCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-TGTTT---T----G-T-AATGAA-TTTG------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---A--TA---C-TATA-A-----A
gi|36 : GGCG-C-TC--C---C-A------G-T--A------TT---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-G-AACGTC----------C----T----------A----------CCTC-------A---G--TA---A-TATA-G-----A
gi|37 : aatgatgtccaccAGGCG-C-TC--CT--CCGTT----G-T--A-A-A--TT---T----G-TTAA---G-T--G------C-A-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CT-CCTC-------TATAA--TA---C-TATA-
gi|38 : GTAATTTTGTAAATGGAATGAAAGTCCTAGCCCCTTATACTTATGATGAGTAATAa
gi|38 : AT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--GGA----A-T-G-AAAGTC----------C----T----------A-------GC-CCCT-------T---A--TA---C-Tat
gi|39 : tattactcatcata-----G-T--A-A-T--TG---TAG--G-T-AA---A-T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CTTG-------T---AT-TA---C-TATAGA-----AA--------T--AG---
gi|4 : GCG-C-TC--C---CCAT-----G-T--A-A-T--TC---T----G-T-AA---A-T--G------A-T----AGGTCTGATATAGGTC----T----------A-------CC-CCTC-------T---AT-TA---C-TATA-A-----AA--------T--AG---TACTA--A----T---TT-----TA-T-AG------T-A--T-A-G---A-G-G--G------CTA--GACCTATATCAG---AC-CTATATCA---ATT--T--A-C-AGAA--TAC--ATGGG-GA-GCtgtcg
gi|40 : aggcG-C-TC--C---CCAT-----G-T--C-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--G------A-C-G-GACGTC----------C----T----------A-------CC-CCTG-------T---A--CA---C-TACA-A-----AA--------T--
gi|41 : GGCG-C-TC--C---CCATA----G-T--ACA-G--TT---T----G-T-AA---A-T---------------AAGGTT----------C----T----------A-------TC-CCT------------A--TA---C-TATA-A-----AA--------a
gi|42 : tatAGGCG-A-TC--C---CCATGCCATG-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA---------------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------AC-TCTC-------T---A--
gi|43 : atAGGTG-C-TC--C---CCATTCAT-G-T--C-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--A------A-T-G-TAGGT-----------C----T----------A-------CC-Cg
gi|44 : AGGTG-C-TC--C---CCATTCAT-G-T--C-A-T--TT---T----G-T-AA---A-T--A------A-T-G-TAGGT-----------C----T----------A-------CC-C
gi|45 : -C-TC--C---CCAT-----G----A-A-T--TT---T----G-A-AA---A-T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------C
gi|46 : AGGCG-C-TC--C---TCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----A-T-AA---A-T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----gggctc
gi|5 : GGCG-C-TCACC---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AA-----T--GGAA---A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-C-TCGTGTTATT---A--TA---T-TATA-A-----AT--------T-------T------A----T---ACA----TG-T-AGA-----T-A--T-A-G-----G-G--G------GTA--A----------GCGCAC-CTTCA-C----ATT-----A-C-AAAAT-TAC--ATGGG-GG-GCa
gi|6 : GCG-CGTC--C---CCAT-----T-T--A-A-T--TT---TCC--G-T-AA---A-T--G------AAT-G-AAAGTT----------CAC--T----------A-------CC-CCAA-----------A--TA---CATATA-A-----AA--------T--AG---TTACT--A----T---TT-----TA-T-AG------T-A--T-A-GC--A-G-G--G------GTA--G----------G---AC-TTTCATC----ATT--T--A-CAAAAAT-TAC--ATGGG-AG-agcgccta
gi|7 : CG-C-TC--CTTTCCAT-----A-TCTACA-T--TTCATT----G-T-AA---A-T--G------ACT-G-CAGGTC----------C----T----------A-------TC-CCTC-------T---A--TA---C-TATA-A-----AA--------C--AG---TGACTTCA----T---TC-----TA-T-AGT-----T-ATCT-A-A---A-G-G--G------GCA--A----------G---AC-CTTCATC----ATT--T--A-C-AAAAcacc
gi|8 : attaaattAGGCG-C-TC--C---C-AT-----G-T--A-A-T--TC---T----G-T-AA---A-T--G------A-T-A-TAGGTC----------TGATAT----------AGGCT---CC-CCTC-------T---A--TA---C-TATA-A-----A----------------------------------------TA-T-AG------T-A--T-AAG---A-G-G--G------GTA--GACCTATATCAG---AC-CTATATC----ATT--T--A-C-AGAAT-TAC--ATGGG-AGCGCC
gi|9 : GGCG-C-TC--T---CCAT-----G-T--A-A-T--TT---T----G-T-AG---A-T--G------A-T-G-AAGGTC----------C----T----------A-------CC-CCTC-------T---T--TA---C-TATA-ATTTATGA--------TAAAA---T------A----T---CT-----TA-T-AG------T-A----A-A---A-A-G--G------GTA--G----------G---AA-CTTCATC----ATT--T--A-C-AAAAT-TAC--TTAGG-AA-GC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|47 ): CTCTCTCCTATATATCAGTGTACACCTACATTGTAAGG
Unaligned ( gi|48 ): TTAATTATCTAACCAATAGACGCACCCCATGCCACT