lowQualScore : 22222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 11111111111111111111 22 444444 111 2222 1 1 1 222222222222222222222222222222 22222222222222 222222222222222222222222 1111111 1111111 111111111111 22222 2222222222222222 2222222 1111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 22222 11111111111 777777777777777777777777777777777777777 111111111111 222222222 666666
lowQualScore : 666 33333333333333333333 3 2 2 11 555555 8 3 6 777 6666 2 0 3 0 0 0 1 4 222222222222222222222222222222 00000000000000 3 888888888888888888888888 0000000 3 44 0000000 2 222222222222 0 777777 3 00000 5555 1 4 2 4444444444444444 44 2222222 6666666666 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 88 1111111 2 1 33 3 66666 6 66666666666 3 111111111111111111111111111111111111111 888 666666666666 000000000 3 444444 6 6
lowQualScore : ... .................... . . . .. ...... . . . ... .... . . . . . . . . .............................. .............. . ........................ ....... . .. ....... . ............ . ...... . ..... .... . . . ................ .. ....... .......... ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . .. ....... . . .. . ..... . ........... . ....................................... ... ............ ......... . ...... . .
lowQualScore : 000 00000000000000000000 0 5 5 55 333333 8 2 0 555 8888 2 2 2 0 0 9 0 0 555555555555555555555555555555 55555555555555 3 000000000000000000000000 9999999 1 22 0000000 9 000000000000 2 222222 3 00000 0000 2 7 4 8888888888888888 22 1111111 2222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 7 22 6666666 4 4 44 6 22222 2 88888888888 1 444444444444444444444444444444444444444 888 888888888888 888888888 0 000000 0 0
consensus : TCAACAGTAGAAAGAAGGTGCANCCCCNCTNNTGATCGTAGACTTGAAATGNTNTTANTTATTGAT-TAC--TTTTTGAACTGAAGCCT---TTGTAA---ATATGGCGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCCGTA-CCCAGACTT------------TTGN-GG-----------AGGG-------------GG-GTG----------CGAG--AT------TTTA-GG----C-GAATT--GA-------T-TAA--------T---AGTCA------ATGTNCAG-AG--TGA----AATCCG-AC-TT---------TA-----A-TAGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------GG--G-GG-----GTG----C----G---------C--C------AC-----CCC-----C----TGTG------TA----------CG--GGCCTGA-CT---T-A--------T----------ACAAC--GG---NC-ACGGATAAA-T-AAAATCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAAA-TTTTC---TTC---AAANT-CAAAG------AG-AAT-------TT---------------CT---GTAA---------ATTA-T-----------CAAT--------G----TT-CA-GAGT-GAAAT-----CCGA-CTTTAA-TAGTGCATTTTG-CTTTTTGC-A--G--------GGGG-GT-----------G---------CGN----AC---------GCACC---C------CC----CCCC-C---T---GNGTACGGGCCTGAATTGAATTGTATT
Reference ( gi|1 ) : TCAAGA-TAGAAAGAAGGTGCA--------------CATACCCTTGAAATGTTGTTACTCATTGATATACA-TTTTTGAACTGAAGTCT---TTGTAA---ATATGGTGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCTGTA-CCCAGACTT------------TTGA-GG-----------AGGG-------------AG-GTG----------TGAT--AT------TTTA-AG----C-AAATT--GA-------T-TAA--------T---AGTCA------ATGTACAG-TA--TGA----AATCTG-AC-TT---------GA-----A-CAGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------GT--G-GG-----GTG----C----G---------C--C------AC-----CCC-----C----TGTG------TA----------CG--GTCCTGA-CT---T-A--------T----------ACAAC--GG---TC-ATGGATAAA-T-AAAATCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAGA-TTTTC---TTC---AAAAA-CAAAG------AG-AAT-------TT---------------CT---GTAA---------ATTA-C-----------CAAT--------C----TT-CA-GAGT-AAAAT-----TTGA-CTTTAA-TAGTACATTTTG-TTGCTTGC-A--G--------GGGG-GT-----------A---------CGT----AC---------GCACC---C------CT----CCCC-C---T---GGGTACGGGCCTGGA---AATTATGTTACATTCGGCACATCATTCTATGACTTATTGCAGTGAAACATTCTC
gi|14 : TCAACA-TAGAAAGAAGGTGCATCCCCTCTCTTGATCGTAAACTTGAAATGGTTTTAATT-TTGAT-TAC--TTTTTGAACTGAAGCCTAATTCGTAA---CTATGACGTGCACCCTCTTAGA-AAGGCAG-
gi|24 : TCAACAGTAGAAAGAAGGTGCAACCCCGTTGA----CGTAGACTTGAAATGTTGTTACTTATTgccgaa
gi|4 : aTTGAT------TTTTT--ACTTAAGCTT---TTGTAAATTATATGGTGTTC-TCCTCTT-CACAAATCAATCCCGTGCCCCAGACTCAAGTCTATATCATTGATGGTGTTGATTCACAGGG-------------AG-ATGAGGATAGAGATGAG--ATGTGTT-TTTAGGG----T-AAATTTGAA-------T-TAAT-------T---AGT-A------GTGAATAG-AG--TGA----A--TTG-ACTTT---------CA-----A-CAGTGCC-------GTT----------TGC--------------A------GA--G-GC-----GTG----CGAATG---------CAAC------AC-----CCCG----C----T---------------------C---GCCCCAA-CT---T-GATATATATT----------ACAAC--TG---TTAATGATTAGC-TCAAAAT-CATTTTAATTGAGTCTTCAG-C-GA-ATTTC---TTC---ACATT-CAAAG------AT-AAT-------TT---------------C-----CAA---------AT----------------GAT--------T----TTACATAAGC-CGAATCCCGATTGA-C---AATTAGAACACATTG-TTGCatctctt
gi|26 : TATACATTTTTTGAAC-GTAACCT---TTGTAA---ATATGGCATACACCCTCTT-CA-AAAGCAcattg
gi|21 : -TTTTTCAATTGAAGCCT---TTTTAA----TATAACGTGCATCCTCTT-CA-AAAGTAG-tac
gi|15 : tAAACAGGTCTGTT-CGCAGACGT------------TTAT-GG-----------AGGG-------------GT-GTG----------TGGG--TT------TTTA-GG----A-GTGTT--AA-------T-TAATATACTAGT---AGTCC------ATGTTCAG-AG--TGA----AATCGG-AC-TT---------TA-----ATCAG-GCG-------TAT----------TGC--------------gacaaaatgatgttacattcgacaaccgattt
gi|6 : tctGCAGGCCCGTG-CC-AGCCTT------------ATGT-GG-----------AAGG-------------GG-TCG----------CGG---AT------CATA-------C-GAGTT--AA-------T-TTA--------T---A-TCA------ATGTTCAG--A--TGA----AATCCG-AA-TT---------TA-------TAGTGCA-------TTTGCTTT-----TGC--------------A------G---G-AA-----GT-----C----GAATCCCACCC--C------AC-----CCC-----C----TCTGCCCTGTTACGACCCGCCCCG--GCCCTGA-AA---T-A--------T----------AT-AC--GAAATTC-AC-----AA-T-GGAATCCGTATTAAATGCGTCTTGGGCCAAACTTTTCATTTCC---AGTAT-TAAAG------AGAAATTTATA--TT---------------CT---GTAAAATTACATTATTA-T-----------CAATATAGTCAGT----TT-CA-GAGTGAAAACA----TTGA-TTTTAA-tttt
gi|8 : G-CCCATT-CCCAGATTG------------CTGT-GG-----------AGGG-------------CG-TTG----------CGAA--AT------GTTA-GG----C-AAATT--AA-------T-TAA--------A---AGTCA------ATAAACAC-TT--TGA----AATCTG-AG-TT---------TG-----A-TAGTGCACTTTGGTTTT----------TGC--------------AAGA---GT--ACGA-----ATG----C----A---------C--CT-----AC-----CTC-----CACC-TGTG------TA----------GA--GTT-TAA-CC---TGA--------T----------ACAGG--AA---AC-ATGGACAAA-T-AAA-TTCGTATTAATTGCGTCTT--A-CA-A-TT------------------CAAAG------AA-AAT-------TTATATCTG--------TT---GTAA---------ATTA-CTAACTAGAAGTCAAT--------A----TT-CA-GAGT-AAAAT-----CCTA-CTTTAA-TAGTGCATTTTG-CT--TTGA-ACTG--------GGGG-attgcctttatcggcgagcggaggtaatg
gi|9 : cagG-CCCGTA-CTCAGACAT------------TTG---------------------------------T-GTG----------CGAG--AT------TATA-GG----C-ACATT--AA-------T-CAA--------T---AGTCA------ATGTACAG-AA--TAA----AATCCG-AC-TT---------AA-----A-TGGTGCA-------TTT----------TGCTTTTTGCAGAGGG-A------GG--G-GG-----GT----------------------------------------------------TG------AA----------CGCAGGCCCGA-CT---TGA--------T----------GCAAT--GT---GC-ACGGATAAA-T-GAAATCGGTATTAATTGGGTCCTGAG-CAAA-TTTTC---TTC---ATATT-CAAAG------AGAAAT-------TT---------------agtggggttg
gi|17 : gG-CCTGTA-CCCAGACTT------------TGGA-GG-----------AGGG-------------AG-GTG----------CGAT--A-------TTTA-GG----C-CAATT--GA-------T-TGA--------T---AATCA------ATGTACAG-AG--T-A----AATCTG-AC-TT---------CA-----A-CATTGCC-------TTT----------T-C--------------A------G---G-GG-----GGG----C----G---------attttcgctg
gi|2 : agG-CCCGTA-CCCAGGCTT------------TTTATGG-----------AGGGGGTGCCGAATTTTAG-GTGAGT-------TGATTAAT------TGTC-AGTATTC-AGACT--GAATTCGACT-TAA--------T---A-TCACCCCCTAC-TGCAA-TA--TGC----A---TGCAC-T-----------------A-TAGTGCA-------TTT----------TACTTTGGGTTGAGGGGA------GG--G-GG-----GGG----G----T---------C--C------CC-----CCCTTCTCC----TGAG------TA----------TG--GGCCTG--CT---TGA--------TGTACAAGTCAACAAC--TA---AC-ACGGATAAA-A-AAAA-ATATATTGATTGCATCTTCAG-CATA-TTTTC---TTTTTGAGGAT-TTATGTTTCCTGT-AAT-------TT---------------CTTGCATGA---------ATAG-T-----------CAAT--------G----TC-CA-GGAT-AAAAT-----CCAA-CTTT-----GTGTATTTTG-CTTTTTGC-A--G--------GGGGTGT-----------AAATGCACCCCTC----AC---------ACACC---C------CC----CCCC-C---CCTGGGGTATGGGCCTG
gi|5 : gG-CCTGCA-CCAAGAATT------------TTGT-GA-----------AACG-------------GG-GTG----------CGGG--AT------TTTA-GT----C-GA-----GA-------TATAA--------C---AGTCG------ATGATCAGCTC--TGAGTTAAACTCG-AC-TT---------TG-----A-TAATTCA-------TTTGTTTTTTAATTG----------------------AT--G-GG-----GAC----C----C---------C--C------CC-----CCC-----CCT--TATA------TA----------CG--GGCCTGA------------------------------------G---T-----GATAAA---------CGTA--AA--GCGTCTTTAC-TAAA-TTTTT---GTC---AAATA-TCGAG------AT-AATTCAAATATT---------------TT---AAAA---------AATG-------------CAAT--------G----TT-CA-GATT-GACAC-----TTTA-TATCAA-TAGTTAAGTTTGCTTTTTTGC-A--AAGCGCGGTGGGG-GTGGGGGTGGGGGG---------CGA----AC---------ACACC---CTTCGCACT----CCCCTC---T---GTGTACGGGCCTGAATTGAATTGTtatactggagtttcatca
gi|3 : aaaatag-CCCGTA-CCCAGACAT------------TTGT-GG-----------AGGG-------------GT-GTG----------TG-T--ATGCAAGATTTA-GG----C-ACATT--GA-------T-TAA--------T---CATCA------ATGTACAG-AG--TAA----AATCC--AT-TTTTTTTTTAAAA-----A-TAGTACA-------TTT----------TGCTTTTTGCA------A------GG--G-GG-----GGGGCACC----C---------C--C------AC-----CCC-----C----TATG------TA----------CG--GGCCT-A-CT---TGA--------T----------ACAAC--GG---AT-ACGGGTAAA-T-AAAACC-------------TCTTTAG----A-TT------------------CAAAG------GG-AAT-------TCATATTTG--------CT---GTGA---------ATTA-C-----------TAAT--------------T-AA-TAGT-CA--T-----CCAA-TTTTA--TAGTGCATTTTG-CTTTATGCAA--G--------GGGG-GG-----------G---------GGG----AC---------GCACC---C------CA----CCCC-CACTT---GGGTACGGGCCCG------ATTGTATTtgtaaccgtaaacatgca
gi|13 : tcaggtGTA-CCCAGACTT------------TTGA-GG-----------AAGG-------------AG-GTG----------CAAT--AT------TTTA-GG----C-AAATT--GA-------T-TAT--------T---AGTCA------ATGTAGAG-AA--TGA----AATCCG-AC-TT---------TA-----A-CAGTGCC-------TTT----------TGCAA------------A------G---G-GG-----GTG----C----G---------taagaatcattagaatatgtatatccggcattttttatcatgtcatgtcga
gi|20 : aggcccatacg-GG-----------AGGG-------------TGTGTG----------TGGG--AT------TTTA-GG----C-GAGT----A-------T-CAA--------T---AGTAA------ATGTTCAG-AG--TGA----AATCCGAAC-TT---------TA-----A-CAGTGCA-------TTT----------aagtataagcatcgatgtcacctatacaagttt
gi|25 : gtG-------------AG-TTG----------TGAG--AT------TTTT-GG----C-AAATT--GA-------T-TAA--------TTGCAGTCA------ATGTACAG-ctagctttttg
gi|7 : aggccggtacccaTG----------CAAG--AT------TTTC-GG----CCAAATT--AA-------T-TAA--------TG--AGTCA------ATGTACAG-AAGCTAA----AATCCG-AC-TT---------GATATTGA-AAGTGCATTTGCT-TTT----------TGC--------------AAAAAAGGG--G-GG-----GTA----T----GAACC-----C--C------ACACCCACCC-----CACAGTTTG------TA----------CG--GGCCTGACCT---T-GAT------T----------ACAAC------------GGATAAA-T-AAAATCCGTATTAA-TGCA---TCA---ATA-TTTGA---TGT---AAAA-------------------------------------------TT---G------------ATAG-T-----------CAAT--------G----TT-CA-TAGT-GAAA-------------------AGTATA-TTGG-CTTTTTGC-A--G--------GGGT-GT-----------G---------CGTTGCAAC---------TCACC---C------CC----CCCC-C---
gi|19 : catgaaacacgctgt-TGA--------T---AATCA------TTGTTCAG-AG--TAA----AACCCG-AC-AT---------TA-----A-TAGTACA-------TTT----------TGC--------------cctcccttggactggactagtgtatttgaaactgcagttcatcc
gi|12 : tcagatttcaagagaatttatatcatatttactataaattactataaaAA--------T---CATTA------ATGTTCAG-AA--TAA----AATCCG-AC-TT---------GA-----A-TAGTGCA-------TTT----------TGC--------------ttt
gi|11 : acctgcttcaacatggacacggataaaccaaatatgtattaattggattttcaaccaatgttctcaagcttcaaagagaatttacaactttacatttgctgtaA--------T---AGTCA------AAGTTCAG-AG--TGA----AATCTG-AC-TT---------TA-----A-TCGTGCATTTCGCTTTT----------TGC--------------A------GG--G-GG-----ATG----C----GAAT------G--C------AC-----CCC-----T----TGTG------TA----------CG--GGCCTGA-tt
gi|18 : G-TAG-TGA----AATCCG-AC-TT----------A-----A-TAGTGCG-------TTT----------TGCTTTT----------A------GCAGG-GG-----GTG----C----G-------------------A------------------------------A----------CG----CCTGA-CTTGGT-A--------T----------GTAA---GG---GG-ACGGATAAA-T-AGCATCCGtagagaaagctctttcaagttggagaagtaatcgttatcagtgtcttacaaattatggatggatgtcaacaag
gi|16 : tcaaatttA--TGG----AATCTG-AC-TT------------------TAGTACA-------TTT----------TGCTTTTTAC-------A------GC--G-GGTGCGAATG----C----A---------C--CCCTCACAC-----CCC-----C----TGAG------TAT---------TG--GCCC--A-CT---T-
gi|10 : ttgg---------C--C------AC-----CCC-----T----TGTG------TA----------AC--GCCCTAA-CT---G-A--------T----------ACAAC--GA----C-A-GGATAGATT-AAAGTCCGTGTTAATTGAGTC-TCAG-TAAA-TTTTC---TTT---CAAAT-CAA--------AG-AAT-------TT---------------AT----------------ATTG-C-----------T------------------------GT----AT-----TTGA-TTTT---------------------TGC-A--G--------GCGG-GTGTTA-------A---------TGC----ACTTAACAACAACACC---C------CC----CCCC-TCCGT---GGGTACGGGCCTttgtattaattttaaaaatgcagctgtatgcac
gi|12 : CCTG--CT---T----------------------CAACATGG---AC-ACGGATAAA-C-CAAATATGTATTAATTGGATTTTCAA-CCAA-TGTTC---T-C---AAGCTTCAAAG------AG-AAT-------TTACAACTTTACATTTGCT---GTAA---------ATCA-T-----------TAAT--------G----TT-CA-GAAT-AAAAT-----CCGA-CTTGAA-TAGTGCATTTTG-CT
gi|19 : a-AAT-------TA---------------CT---ATAA---------ATGA-T------------AAT--------CATTGTT-CA-GAGT-AAAAC-----CCGA-CATTAA-TAGTACATTTTG-CTt
gi|13 : tcagatttcaagagaatttatatcatatttactata---------ATTAGT-----------CAAT--------G----TA-GA-GAAT-GAAAT-----CCGA-CTTTAA-CAGTGCCTT--------TTGCAA--A--------GGGG-GT-----------G---------CGtt
gi|17 : aggcccatacggtacccagacttttgaggaaggaggtgcaatattttaggcaaattgatt---------ATAA-T-----------CAAT--------G----TA-CA-GAGT--AAAT-----CTGA-CTTCAA-CATTGCCTTTT---------C-A--G--------GGGG-Gaagtataagcatcgatgtcacctatacaagttt
gi|9 : aggcctgtacccagactttggaggagggaggtgcgatatttaggccaattgattg-----------CAAT--------G----TA-CA-GAAT-AAAAT-----CCGA-CTTAAA-TGGTGCATTTTG-CTTTTTGC-A--G--------AGGG-gcg
gi|20 : ggcccgtactcagacatttgtgtgcgagattataggcacattaatcaatagtAAT--------G----TT-CA-GAGT-GAAAT-----CCGAACTTTAA-CAGTGCATTTaggggggttgaacgcaggcccgacttgatgcaatgtgcacggataaatgaaatcggtattaattgggtcctgagcaaattttcttcatattcaaagagaaatttattttcgctg
gi|11 : gtggagggtgtgtgtgggattttaggcgagtatcaatagta----TT-CA-GAGT-GAAAT-----CTGA-CTTTAA-TCGTGCATTTCG-CTTTTTGC-A--G--------GGGG-AT-----------G---------CGA----AT---------GCACC---C------CT-------------T---GTGTACGGGCCTGctagctttttg
gi|18 : atagtcaaagAGT-GAAAT-----CCGA-CTT-AA-TAGTGCGTTTTG-CTTTTAGC-A-----------GGGG-GT-----------G---------CGA----AC---------GCatagagaaagctctttcaagttggagaagtaatcgttatcagtgtcttacaaattatggatggatgtcaacaag
gi|16 : tcaaatttgtAAT-----CTGA-CTTTA----GTACATTTTG-CTTTTTAC-A-----------GCGG-GT-----------G---------CGA----AT---------GCACC---C------CTCACACCCC-C---T---GAGTATTGGCCctgacttggtatgtaaggggacggataaatagcatccg
gi|22 : ttggatggGTGCATTTTG-CTCTTTGC-A--A--------GGGG-GCTGCAA------A---------CGC----ACCCT------GCACCCCCC------CC----CCCC-C---T---ATACACGTGCCTGcacttttgtattaattttaaaaatgcagctgtatgcac
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CCCGACTCAGAATTTGCTGGAGCGGGTGCGAGTTTTGTTGCACATTAATCAATTAGGTTATGTACAGGA
Alignments
lowQualScore : 2 66666666666666 11111 111 1111 1111111111 11111111111111 222222222222222 1111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333333333333333 11111111 11111111111 22222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 11111111 11111111111 111111 4444444444444444444444444444444 22222222 333333
lowQualScore : 3 22222222222222 3 1 1 1 7 55555 5 0 444 9999 0 8 8 9 3 3 2 3 2 3 2222222222 22222222222222 8888 777 2 777777777 2 000000000000000 2 6666666 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 666666666666666666666 55555555 33 9999 3 3 4 1 1 4 666 555 99999999999 3 3 33333333333333 77777 11111111111111111111111111111111111111111111111111 3 333333333 1 1 55555 1111 2 2 33 555 11111111 3 77 88888 3 55555555555 999999 5555555555555555555555555555555 9999 00000000 1 333333
lowQualScore : . .............. . . . . . ..... . . ... .... . . . . . . . . . . .......... .............. .... ... . ......... . ............... . ....... .................................................................................................................... . ..................... ........ .. .... . . . . . . ... ... ........... . . .............. ..... .................................................. . ......... . . ..... .... . . .. ... ........ . .. ..... . ........... ...... ............................... .... ........ . ......
lowQualScore : 3 77777777777777 7 0 0 0 3 88888 0 8 000 6666 8 0 0 2 3 3 1 3 6 1 0000000000 11111111111111 9999 999 0 000000000 9 666666666666666 7 4444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 777777777777777777777 88888888 55 2222 3 8 5 4 3 3 777 555 22222222222 6 6 11111111111111 77777 88888888888888888888888888888888888888888888888888 3 111111111 4 3 55555 6666 5 5 77 000 22222222 3 99 33333 3 88888888888 555555 0000000000000000000000000000000 4444 00000000 0 222222
consensus : TCAACA-TAGAAAGAAGGTGCA-CCCC----TTGA-CGTANACTTGAAATGTTGTTACTTATTGAT-TAC-TTTTTGAACTGAAGCC---TTTGTAA---ATATGGCGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCCGTA-CCCAGAC-TTTTGTGGAGGGGG-GTGCG------A---GATTTTAGG-------C-G----AATTGAT----TAAT---AGTCAATGTACAG-----AG--TGAAATCCG-ACTT-----T---------AAT-AGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------G--GG----GGGTG-------C----G----------C--C-ACCC---C-----C--T-GTG------TACG---------GG-CCTGACT---T--A---T----------ACAAC--GG---NCACGGATAAA--TAAAA-TCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAAA-TTTTC---TTCAAA-NT-CAAAG-A------------G-AAT-----TT---------------CT---GTAA---------AT--TA-----------T-CAATG--------TTCAGAGTGAAATC--CG-ACTTTAATAGTGC-AT-TTT--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGG-----G-T-----------GCG-----AACGCA----------C------------C-------CCC----CCCCC---T----GGGTACGGGCCTGAATT-AATTGTATT
Reference ( family-4235 ) : TCAACAGTAGAAAGAAGGTGCANCCCCNCTNNTGATCGTAGACTTGAAATGNTNTTANTTATTGAT-TAC-TTTTTGAACTGAAGCC---TTTGTAA---ATATGGCGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCCGTA-CCCAGAC-TTTTGNGGAGGGGG-GTGCG------A---GATTTTAGG-------C-G----AATTGAT----TAAT---AGTCAATGTNCAG-----AG--TGAAATCCG-ACTT-----T---------AAT-AGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------G--GG----GGGTG-------C----G----------C--C-ACCC---C-----C--T-GTG------TACG---------GG-CCTGACT---T--A---T----------ACAAC--GG---NCACGGATAAA--TAAAA-TCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAAA-TTTTC---TTCAAA-NT-CAAAG-A------------G-AAT-----TT---------------CT---GTAA---------AT--TA-----------T-CAATG--------TTCAGAGTGAAATC--CG-ACTTTAATAGTGC-AT-TTT--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGG-----G-T-----------GCG-----NACGCA----------C------------C-------CCC----CCCCC---T----GNGTACGGGCCTGAATTGAATTGTATT
gi|1 : TCAAGA-TAGAAAGAAGGTGCA--------------CATACCCTTGAAATGTTGTTACTCATTGATATACATTTTTGAACTGAAGTC---TTTGTAA---ATATGGTGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCTGTA-CCCAGAC-TTTTGAGGAGGGAG-GTGTG------A---TATTTTAAG-------C-A----AATTGAT----TAAT---AGTCAATGTACAG-----TA--TGAAATCTG-ACTT-----G---------AAC-AGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------G--TG----GGGTG-------C----G----------C--C-ACCC---C-----C--T-GTG------TACG---------GT-CCTGACT---T--A---T----------ACAAC--GG---TCATGGATAAA--TAAAA-TCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAGA-TTTTC---TTCAAA-AA-CAAAG-A------------G-AAT-----TT---------------CT---GTAA---------AT--TA-----------C-CAATC--------TTCAGAGTAAAATT--TG-ACTTTAATAGTAC-AT-TTT--GTTGC---TT--------GC-AG--GGGG-----G-T-----------ACG-----TACGCA----------C------------C-------CCT----CCCCC---T----GGGTACGGGCCTGGA---AATTATGTT
gi|10 : ----------C--C-ACCC---C-----T--T-GTG------TAAC---------GC-CCTAACT---G--A---T----------ACAAC---G---ACA-GGATAGAT-TAAAG-TCCGTGTTAATTGAGTC-TCAG-TAAA-TTTTC---TTTCAA-AT-CAA---A------------G-AAT-----TT---------------acattcggcacatcattctatgacttattgcagtgaaacattctc
gi|10 : ------------G-AGT-----CT---------------CA---GTAA---------AT--TT-----------T-C--T---------TTCAAA-TCAAA-----G-AATTTA-TATTGCTGTATTT--GATTT---TT--------GC-AG--GCGG-----G-T-----------GTT-----AATGCA----------CTTAACAACAACAC-------CCC----CCCCC---TCCGTGGGTACGGGCCTatattgctgtatttgatttttgcaggcgggtgttaatgcacttaacaacaacaccccccccctccgtgggtacgggcct
gi|11 : ccaccccttgtgtaacgccctaactgatacaacgacaggatagattaaagtccgtgttaatt-----------T-CAAAG--------TTCAGAGTGAAATC--TG-ACTTTAATCGTGC-AT-TTC--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGG-----A-T-----------GCG-----AATGCA--------------------------------------CCCCT---T----GTGTACGGGCCTGA
gi|12 : atag-CCTG-CT---T------------------CAACATGG---ACACGGATAAA--CCAAA-TATGTATTAATTGGATTTTCAA-CCAA-TGTTC---T-CAAG-CTTCAAAG-A------------G-AAT-----TTACAACTTTACATTTGCT---GTAA---------AT--CA-----------T-TAATG--------TTCAGAATAAAATC--CG-ACTTGAATAGTGC-AT-TTT--GCTTtagagaaagctctttcaagttggagaagtaatcgttatcagtgtcttacaaattatggatggatgtcaacaag
gi|13 : aGTA-CCCAGAC-TTTTGAGGAAGGAG-GTGCA------A---TATTTTAGG-------C-A----AATTGAT----TATT---AGTCAATGTAGAG-----AA--TGAAATCCG-ACTT-----T---------AAC-AGTGCC-------TTT----------TGCA-------------A------A--GG----GGGTG-------C----G----------
gi|14 : aggcccatacgTCAACA-TAGAAAGAAGGTGCATCCCCTCTCTTGATCGTAAACTTGAAATGGTTTTAATT-TTGAT-TAC-TTTTTGAACTGAAGCCTAATTCGTAA---CTATGACGTGCACCCTCTTAGA-AAGGCAG-GCCGaagtataagcatcgatgtcacctatacaagttt
gi|15 : AAACAGGTCTGTT-CGCAGAC-GTTTATGGAGGGGT-GTGTG------G---GTTTTTAGG-------A-GTGTTAATTAATATACTAGT---AGTCCATGTTCAG-----AG--TGAAATCGG-ACTT-----T---------AATCAG-GCG-------TAT----------TGC--------------aa
gi|16 : tctTGGAATC--TG-ACTTTA---GTAC-AT-TTT--GCTTT---TT--------AC-A---GCGG-----G-T-----------GCG-----AATGCA----------C------------C-------CCTCACACCCCC---T----GAGTATTGGCCC-ACTT---TTGTATTtttt
gi|17 : ttggaG-CCTGTA-CCCAGAC-TTTGGAGGAGGGAG-GTGCG------A---TA-TTTAGG-------C-C----AATTGAT----TGAT---AATCAATGTACAG-----AG--T-AAATCTG-ACTT-----C---------AAC-ATTGCC-------TTT----------T-C--------------A------G--GG----GGG-G-------C----G----------aattttaaaaatgcagctgtatgcac
gi|18 : agAGTGAAATC--CG-ACTT-AATAGTGC-GT-TTT--GCTTT---TA--------GC-A---GGGG-----G-T-----------GCG-----AACGC
gi|18 : tcaaatttgt-----AG--TGAAATCCG-ACTT---------------AAT-AGTGCG-------TTT----------TGCTTTT----------A------GCAGG----GGGTG-------C----G---------------A---------------------------AC-----------G-CCTGACTTGGT--A---T----------GTAA---GG---GGACGGATAAA--TAGCA-TCCGctgacttggtatgtaaggggacggataaatagcatccg
gi|19 : tcaaatttgt-AAT-----TA---------------CT---ATAA---------ATGATAA----------T-CATTG--------TTCAGAGTAAAACC--CG-ACATTAATAGTAC-AT-TTT--GCTTT---
gi|2 : tcagatttcaagagaatttatatcatatttactataG-CCCGTA-CCCAGGCTTTTTATGGA-GGGG-GTGCC------G---AATTTTAGG-------T-G----AGTTGAT----TAAT---TGTCAGTATTCAG-----AC--TG-AATTCG-AC-T-----T---------AAT-A
gi|2 : gCAAAGTAAAATG--C--ACT---ATAGTGC-A----T--GCATA---TT--------GC-AGTAGGGG-----G-T-----------Gtcaccccctactgcaatatgcatgcactatagtgcattttactttgggttgaggggagggggggggtcccccccttctcctgagtatgggcctgcttgatgtacaagtcaacaactaacacggataaaaaaaaatatattgattgcatcttcagcatattttctttttgaggatttatgtttcctgtaatttcttgcatgaatagtcaatgtccaggataaaatccaactttgtgtattttgctttttgcagggggtgtaaatgcacccctcacacacccccccccccctggggtatgggcctgtatactggagtttcatca
gi|2 : ggcccgtacccaggctttttatggagggggtgccgaattttaggtgagttgattaattgtcagtattcagactgaattcgacttaatatAT-AGTGCA-------TTT----------TACTTTGGGTTGAGGGGA------G--GG----GGGGG-------G----T----------C--C-CCCC---CTTCTCC--T-GAG------TATG---------GG-CCTG-CT---TG-A---TGTACAAGTCAACAAC--TA---ACACGGATAAA--AAAAAAT--ATATTGATTGCATCTTCAG-CATA-TTTTC---TT-----TT-TGAGG-ATTTATGTTTCCTGTAAT-----TT---------------CTTGCATGA---------AT--AG-----------T-CAATG--------TCCAGGATAAAATC--CA-ACTTT----GTGT-AT-TTT--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGGTGTAAA-T-----------GCACCCCTCACACA----------C------------C-------CCC----CCCCC---CCTG-GGGTATGGGCCTGTATggttgaggggagggggggggtcccccccttctcctgagtatgggcctgcttgatgtacaagtcaacaactaacacggataaaaaaaaatatattgattgcatcttcagcatattttctttttgaggatttatgtttcctgtaatttcttgcatgaatagtcaatgtccaggataaaatccaactttgtgtattttgctttttgcagggggtgtaaatgcacccctcacacacccccccccccctggggtatgggcctgtatactggagtttcatca
gi|20 : ggcccgtacccaggctttttatggagggggtgccgaattttaggtgagttgattaattgtcagtattcagactgaattcgacttaatatcaccccctactgcaatatgcatgcactGTGGAGGGTGTGTGTG------G---GATTTTAGG-------C-G----AGT--AT----CAAT---AGTAAATGTTCAG-----AG--TGAAATCCGAACTT-----T---------AAC-AGTGCA-------TTT----------actggagtttcatca
gi|20 : AATG--------TTCAGAGTGAAATC--CGAACTTTAACAGTGC-AT-TTCTAGCTTT---TT--------Gctagctttttg
gi|21 : gtggagggtgtgtgtgggattttaggcgagtatcaatagta-TTTTTCAATTGAAGCC---TTTTTAA----TATAACGTGCATCCTCTT-CA-AAAGTAG-
gi|22 : tGTGC-AT-TTT--GCTCT---TT--------GC-AA--GGGG-----GCT-----------GCA-----AACGCACCCTGCACCCC------------C-------CCC----CCCCC---T----ATACACGTGCCTGgacaaaatgatgttacattcgacaaccgattt
gi|24 : TCAACAGTAGAAAGAAGGTGCAACCCC---GTTGA-CGTAGACTTGAAATGTTGTTACTTATTta
gi|25 : aG-CCGGTA-CCCAGA---------------G-TTGTG------A---GATTTTTGG-------C-A----AATTGAT----TAATTGCAGTCAATGTACAG-----atctctt
gi|26 : agAT-TTTTTGAAC-GTAACC---TTTGTAA---ATATGGCATACACCCTCTT-CA-AAAGCA
gi|3 : tatac-CCCGTA-CCCAGAC-ATTTGTGGAGGGGT-GTGTGTATGCAA---GATTT-AGG-------C-A----CATTGAT----TAAT---CATCAATGTACAG-----AG--TAAAATCC--ATTT-----TTTTTTTAAAAAT-AGTACA-------TTT----------TGCTTTTTGCA------A------G--GG----GGGGGGCAC---C----C----------C--C-ACCC---C-----C--T-ATG------TACG---------GG-CCT-ACT---TG-A---T----------ACAAC--GG---ATACGGGTAAA--TAAAA-CC-------------TCTTTAG-------------------A-TT-CAAAG-G------------G-AAT-----TCATATTTG--------CT---GTGA---------AT--TA-----------C-TAA----------TTAATAGT--CATC--CA-ATTTT-ATAGTGC-AT-TTT--GCTTT---AT--------GCAAG--GGGG-----G-G-----------GGG-----GACGCA----------C------------C-------CCA----CCCCCACTT----GGGTACGGGCCCG------ATTGTATTtac
gi|4 : tcaggtTTGAT-T----TTTT--ACTTAAGCT---TTTGTAAATTATATGGTGTTC-TCCTCTT-CACAAATCAATCCCGTGCCCCAGAC-Ttaagaatcattagaatatgtatatccggcattttttatcatgtcatgtcga
gi|4 : TGAGGATAGAG-ATGAG------ATGTGTTTTTAGGGTAAATTT-G----AATTAAT----TAGT---AGTGAAT----AG-----AG--TGAATT--G-ACTT-----TC--------AAC-AGTGCC-------GTT----------TGC--------------A------G--AG----GCGTG-------CGAATG----------CAAC-ACCC---CG----C--T--CG------CCCC---------AA-CTTGATA---T--ATATT----------ACAAC--TG---TTAATGATTAGCTCAAAA-T-CATTTTAATTGAGTCTTCAG-CGAA--TTTC---TTCACA-TT-CAAAG-A------------T-AAT-----TT---------------C-----CAA---------AT--GA-----------T-caagtctatatcattgatggtgttgattcacagggagatgaggatagagatgagatgtgtttttagggtaaatttgaattaattagtagtgaatagagtgaattgactttcaacagtgccgtttgcagaggcgtgcgaatgcaacaccccgctcgccccaacttgatatatattacaactgttaatgattagctcaaaatcattttaattgagtcttcagcgaatttcttcacattcaaagataatttccaaatgattttacataagccgaatcccgattgacaattagaacacattgttgccattg
gi|5 : ttgattttttacttaagcttttgtaaattatatggtgttctcctcttcacaaatcaatcccgtgccccagactcaagtctatatcattgatggtgttgattcacagggagaG-CCTGCA-CCAAGAA-TTTTGTGAAACGGG-GTGCG------G---GATTTTAGT-------C-G----A---GATA---TAAC---AGTCGATGATCAGCTCTGAG--TTAAACTCG-ACTT-----T---------GAT-AATTCA-------TTTGTTTTTTAATTG---------------A------T--GG----GGACC-------C----C----------C--C-CCCC---C-----C--TTATA------TACG---------GG-CCTGAGT--------------------------------------GATAAA----------CGTA--AA--GCGTCTTTAC-TAAA-TTTTT---GTCAAATAT-C-GAG-A------------T-AAT-----TCAAATA----------TT---TTAA---------AA--AA-----------TGCAATG--------TTCAGATTGACACT--TT-ATATCAATAGTTA-AG-TTT--GCTTT---TTTGCAAAGCGC-GGT-GGGG-----G-TGGGGGTGGGGGGCG-----AACACA----------C------------CCTTCGCACTC----CCCTC---T----GTGTACGGGCCTGAATTGAATTGTtttacataagccgaatcccgattgacaattagaacacattgttgccattg
gi|6 : aaaatagGCAGGCCCGTG-CC-AGCC-TTATGTGGAAGGGG-TCGCG----------GATCATA---------C-G----AGTTAAT----TTAT---A-TCAATGTTCAG-----A---TGAAATCCG-AATT-----T----------AT-AGTGCATTTGC--TTT----------TGC--------------A------G--GA----AGTCGAATCCCAC----C----------C--C-ACCC---C-----C--T-CTGCCCTGTTACGACCCGCCCCGGCCCTGAAA---T--A---T----------AT-AC--GAAATTCAC-----AA--TGGAA-TCCGTATTAAATGCGTCTTGGGCCAAACTTTTCATTTCCAGT-AT-TAAAG-A------------GAAATTTATATT---------------CT---GTAAAATTACATTAT--TA-----------T-CAATATAGTCAGTTTCAGAGTGAAAACATTG-ATTTTAA-ATTGC-CT-TTtgtaaccgtaaacatgca
gi|7 : TGCA------A---GATTTTCGG-------CCA----AATTAAT----TAATG--AGTCAATGTACAG-----AAGCTAAAATCCG-ACTTGATATT---------GAA-AGTGCA-------TTTGCTTTT----TGC--------------AAAAAAGG--GG----GGGTA-------T----GAACCCCACACC--C-ACCC---CA----CAGT-TTG------TACG---------GG-CCTGACC---TTGA---TT---------ACAAC--GG---------ATAAA--TAAAA-TCCGTATTAA-TGCATC--------AA-T------------A-TT-TGATGTA------------A-AAT-----T------------------------G---------AT--AG-----------T-CAATG--------TTCATAGTGAAA---------------AGTAT-A--TTG--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGT-----G-T-----------GCGTTGC-AACTCA----------C------------C-------CCC----CCCCC---atcggcgagcggaggtaatg
gi|8 : catgaaacacgctgtG-CCCATT-CCCAGAT-TGCTGTGGAGGGCG-TTGCG------A---AATGTTAGG-------C-A----AATTAAT----TAAA---AGTCAATAAACAC-----TT--TGAAATCTG-AGTT-----T---------GAT-AGTGCACTTTGGTTTT----------TGC--------------A------A--GAGTACGAATG-------C----A----------C--CTACCTCCAC-----C--T-GTG------TA-G---------AG-TTTAACC---TG-A---T----------ACAGG--AA---ACATGGACAAA--T-AAA-TTCGTATTAATTGCGTCTT--A-C----------------AA-TT-CAAAG-A------------A-AAT-----TTATATCTG--------TT---GTAA---------AT--TACTAACTAGAAGT-CAATA--------TTCAGAGTAAAATC--CT-ACTTTAATAGTGC-AT-TTT--GCTTTGAACT--------G---G--GGGA-----G-T-----------Gcctcccttggactggactagtgtatttgaaactgcagttcatcc
gi|9 : cagG-CCCGTA-CTCAGAC-ATTTGTG---------TGCG------A---GATTATAGG-------C-A----CATTAAT----CAAT---AGTCAATGTACAG-----AA--TAAAATCCG-ACTT-----A---------AAT-GGTGCA-------TTT----------TGCTTTTTGCAGAGGG-A------G--GG----GGGT------------------------------------------------TG------AACGCA-------GG-CCCGACT---TG-A---T----------GCAAT--GT---GCACGGATAAA--TGAAA-TCGGTATTAATTGGGTCCTGAG-CAAA-TTTTC---TTCATA-TT-CAAAG-A------------GAAAT-----TT---------------gggttg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CCCGACTCAGAATTTGCTGGAGCGGGTGCGAGTTTTGTTGCACATTAATCAATTAGGTTATGTACAGGA
Alignments
lowQualScore : 1 666666666666666 11111 111 1111 111111111111 11111111111 1111111111 222222222222222 1111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333333333333333 11111111 11111111111 22222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 11111111 111 11111111111 6666666666666666666666666666666666 1111 111111 22222
lowQualScore : 3 777777777777777 1 7 55555 5 0 444 9999 0 8 8 8 3 3 555555555555 2 33333333333 0 1 44 1111111111 777777 66666 2 33 999999 33 8888 5 777 666666666 2 000000000000000 2 6666666 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 666666666666666666666 55555555 33 9999 3 3 4 1 1 4 666 555 99999999999 3 3 33333333333333 77777 11111111111111111111111111111111111111111111111111 3 333333333 1 1 55555 1111 2 2 33 555 11111111 3 111 3 55555555555 8888 9999999999999999999999999999999999 9999 7777 5 1 444444 44444 0
lowQualScore : . ............... . . ..... . . ... .... . . . . . . ............ . ........... . . .. .......... ...... ..... . .. ...... .. .... . ... ......... . ............... . ....... .................................................................................................................... . ..................... ........ .. .... . . . . . . ... ... ........... . . .............. ..... .................................................. . ......... . . ..... .... . . .. ... ........ . ... . ........... .... .................................. .... .... . . ...... ..... .
lowQualScore : 3 333333333333333 0 3 88888 0 8 000 6666 8 0 0 6 1 1 888888888888 9 66666666666 6 7 77 7777777777 777777 77777 7 77 666666 77 3333 3 333 666666666 9 666666666666666 7 4444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 777777777777777777777 88888888 55 2222 3 8 5 4 3 3 777 555 22222222222 6 6 11111111111111 77777 88888888888888888888888888888888888888888888888888 3 111111111 4 3 55555 6666 5 5 77 000 22222222 3 888 3 88888888888 5555 4444444444444444444444444444444444 4444 2222 0 4 444444 77777 2
consensus : TCAACA-TAGAAAGAAGGTGCA-CCCC-----TTGA-CGTANACTTGAAATGTTGTTACTTATTGAT-TAC-TTTTTGAACTGAAGCC---TTTGTAA---ATATGGCGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCCGTA-CCCAGAC-TT------------TTG-TGG-----------AGGGGG-GTG----------CG------AGAT-----TTTA-G--GC-G----AATT--GAT----TAA-T---AGTCAATGTACAG-----AG--TGAAATCCG-ACTT-----T---------AAT-AGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------G--GG----GGGTG-------C----G----------C--C-ACCC---C-----C--T-GTG------TACG---------GG-CCTGACT---T--A---T----------ACAAC--GG---NCACGGATAAA--TAAAA-TCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAAA-TTTTC---TTCAAA-NT-CAAAG-A------------G-AAT-----TT---------------CT---GTAA---------AT--TA-----------T-CAATG--------TTCAGAGTGAAATC--CG-ACTTTAATAGTGC-AT-TTT--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGGG-T-----------GCG----AACGCA-------------C------------C-------CCC----CCCCC----T-GGGTACGGGCC------TGNATT-AATTGTATT
Reference ( family-4235 ) : TCAACA-TAGAAAGAAGGTGCA-CCCC-----TTGA-CGTANACTTGAAATGTTGTTACTTATTGAT-TAC-TTTTTGAACTGAAGCC---TTTGTAA---ATATGGCGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCCGTA-CCCAGAC-TT------------TTG-TGG-----------AGGGGG-GTG----------CG------AGAT-----TTTA-G--GC-G----AATT--GAT----TAA-T---AGTCAATGTACAG-----AG--TGAAATCCG-ACTT-----T---------AAT-AGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------G--GG----GGGTG-------C----G----------C--C-ACCC---C-----C--T-GTG------TACG---------GG-CCTGACT---T--A---T----------ACAAC--GG---NCACGGATAAA--TAAAA-TCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAAA-TTTTC---TTCAAA-NT-CAAAG-A------------G-AAT-----TT---------------CT---GTAA---------AT--TA-----------T-CAATG--------TTCAGAGTGAAATC--CG-ACTTTAATAGTGC-AT-TTT--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGGG-T-----------GCG----AACGCA-------------C------------C-------CCC----CCCCC----T-GGGTACGGGCC------TGAATT-AATTGTATT
gi|1 : TCAAGA-TAGAAAGAAGGTGCA-C--------------ATACCCTTGAAATGTTGTTACTCATTGATATACATTTTTGAACTGAAGTC---TTTGTAA---ATATGGTGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCTGTA-CCCAGAC-TT------------TTG-AGG-----------AGGGAG-GTG----------TG------ATAT-----TTTA-A--GC-A----AATT--GAT----TAA-T---AGTCAATGTACAG-----TA--TGAAATCTG-ACTT-----G---------AAC-AGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------G--TG----GGGTG-------C----G----------C--C-ACCC---C-----C--T-GTG------TACG---------GT-CCTGACT---T--A---T----------ACAAC--GG---TCATGGATAAA--TAAAA-TCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAGA-TTTTC---TTCAAA-AA-CAAAG-A------------G-AAT-----TT---------------CT---GTAA---------AT--TA-----------C-CAATC--------TTCAGAGTAAAATT--TG-ACTTTAATAGTAC-AT-TTT--GTTGC---TT--------GC-AG--GGGGG-T-----------ACG----TACGCA-------------C------------C-------CCT----CCCCC----T-GGGTACGGGCC------TGGA---AATTATGTT
gi|10 : ----------C--C-ACCC---C-----T--T-GTG------TAAC---------GC-CCTAACT---G--A---T----------ACAAC---G---ACA-GGATAGAT-TAAAG-TCCGTGTTAATTGAGTC-TCAG-TAAA-TTTTC---TTTCAA-AT-CAA---A------------G-AAT-----TT---------------acattcggcacatcattctatgacttattgcagtgaaacattctc
gi|10 : ------------G-AGT-----CT---------------CA---GTAA---------AT--TT-----------T-C--T---------TTCAAA-TCAAA-----G-AATTTA-TATTGCTGTATTT--GATTT---TT--------GC-AG--GCGGG-T-----------GTT----AATGCA-------------CTTAACAACAACAC-------CCC----CCCCCTCCGT-GGGTACGGGCC------Tatattgctgtatttgatttttgcaggcgggtgttaatgcacttaacaacaacaccccccccctccgtgggtacgggcct
gi|11 : ccaccccttgtgtaacgccctaactgatacaacgacaggatagattaaagtccgtgttaatt-----------T-CAAAG--------TTCAGAGTGAAATC--TG-ACTTTAATCGTGC-AT-TTC--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGGA-T-----------GCG----AATGCA-----------------------------------------CCCCT----T-GTGTACGGGCC------TGA
gi|12 : atag-CCTG-CT---T------------------CAACATGG---ACACGGATAAA--CCAAA-TATGTATTAATTGGATTTTCAA-CCAA-TGTTC---T-CAAG-CTTCAAAG-A------------G-AAT-----TTACAACTTTACATTTGCT---GTAA---------AT--CA-----------T-TAATG--------TTCAGAATAAAATC--CG-ACTTGAATAGTGC-AT-TTT--GCTTtagagaaagctctttcaagttggagaagtaatcgttatcagtgtcttacaaattatggatggatgtcaacaag
gi|13 : aGTA-CCCAGAC-TT------------TTG-AGG-----------AAGGAG-GTG----------CA------ATAT-----TTTA-G--GC-A----AATT--GAT----TAT-T---AGTCAATGTAGAG-----AA--TGAAATCCG-ACTT-----T---------AAC-AGTGCC-------TTT----------TGCA-------------A------A--GG----GGGTG-------C----G----------
gi|14 : aggcccatacgTCAACA-TAGAAAGAAGGTGCA-TCCCCTCTCTTGATCGTAAACTTGAAATGGTTTTAATT-TTGAT-TAC-TTTTTGAACTGAAGCCTAATTCGTAA---CTATGACGTGCACCCTCTTAGA-AAGGCAG-GCCGaagtataagcatcgatgtcacctatacaagttt
gi|15 : AAACAGGTCTGTT-CGCAGAC-GT------------TTA-TGG-----------AGGGGT-GTG----------TG------GGTT-----TTTA-G--GA-GTGTTAATT--AATATACTAG-T---AGTCCATGTTCAG-----AG--TGAAATCGG-ACTT-----T---------AATCAG-GCG-------TAT----------TGC--------------aa
gi|16 : tctTGGAATC--TG-ACTTTA---GTAC-AT-TTT--GCTTT---TT--------AC-A---GCGGG-T-----------GCG----AATGCA-------------C------------C-------CCTCACACCCCC----T-GAGTATTGGCCCACTTTTGTATT-AATTTTAtttt
gi|17 : ttggaG-CCTGTA-CCCAGAC-TT------------TGG-AGG-----------AGGGAG-GTG----------CG------ATAT-----TT-A-G--GC-C----AATT--GAT----TGA-T---AATCAATGTACAG-----AG--T-AAATCTG-ACTT-----C---------AAC-ATTGCC-------TTT----------T-C--------------A------G--GG----GGG-G-------C----G----------aaaatgcagctgtatgcac
gi|18 : agAGTGAAATC--CG-ACTT-AATAGTGC-GT-TTT--GCTTT---TA--------GC-A---GGGGG-T-----------GCG----AACGC
gi|18 : tcaaatttgt-----AG--TGAAATCCG-ACTT---------------AAT-AGTGCG-------TTT----------TGCTTTT----------A------GCAGG----GGGTG-------C----G---------------A---------------------------AC-----------G-CCTGACTTGGT--A---T----------GTAA---GG---GGACGGATAAA--TAGCA-TCCGctgacttggtatgtaaggggacggataaatagcatccg
gi|19 : tcaaatttgt-AAT-----TA---------------CT---ATAA---------ATGATAA----------T-CATTG--------TTCAGAGTAAAACC--CG-ACATTAATAGTAC-AT-TTT--GCTTT---
gi|2 : tcagatttcaagagaatttatatcatatttactataG-CCCGTA-CCCAGGCTTT------------TTA-TGG-----------A-GGGG-GTG----------CC------GAAT-----TTTA-G--GT-G----AGTT--GAT----TAA-T---TGTCAGTATTCAG-----AC--TG-AATTCG-AC-T-----T---------AAT-A
gi|2 : gCAAAGTAAAATG--C--ACT---ATAGTGC-A----T--GCATA---TT--------GC-AGTAGGGGG-T-----------Gtcaccccctactgcaatatgcatgcactatagtgcattttactttgggttgaggggagggggggggtcccccccttctcctgagtatgggcctgcttgatgtacaagtcaacaactaacacggataaaaaaaaatatattgattgcatcttcagcatattttctttttgaggatttatgtttcctgtaatttcttgcatgaatagtcaatgtccaggataaaatccaactttgtgtattttgctttttgcagggggtgtaaatgcacccctcacacacccccccccccctggggtatgggcctgtatactggagtttcatca
gi|2 : ggcccgtacccaggctttttatggagggggtgccgaattttaggtgagttgattaattgtcagtattcagactgaattcgacttaatatAT-AGTGCA-------TTT----------TACTTTGGGTTGAGGGGA------G--GG----GGGGG-------G----T----------C--C-CCCC---CTTCTCC--T-GAG------TATG---------GG-CCTG-CT---TG-A---TGTACAAGTCAACAAC--TA---ACACGGATAAA--AAAAAAT--ATATTGATTGCATCTTCAG-CATA-TTTTC---TT-----TT-TGAGG-ATTTATGTTTCCTGTAAT-----TT---------------CTTGCATGA---------AT--AG-----------T-CAATG--------TCCAGGATAAAATC--CA-ACTTT----GTGT-AT-TTT--GCTTT---TT--------GC-A---GGGGG-T-----------GTA----AATGCACCCCTCACACACCC------------C-------CCC----CCCCC----TGGGGTATGGGCC------TGTATggttgaggggagggggggggtcccccccttctcctgagtatgggcctgcttgatgtacaagtcaacaactaacacggataaaaaaaaatatattgattgcatcttcagcatattttctttttgaggatttatgtttcctgtaatttcttgcatgaatagtcaatgtccaggataaaatccaactttgtgtattttgctttttgcagggggtgtaaatgcacccctcacacacccccccccccctggggtatgggcctgtatactggagtttcatca
gi|20 : ggcccgtacccaggctttttatggagggggtgccgaattttaggtgagttgattaattgtcagtattcagactgaattcgacttaatatcaccccctactgcaatatgcatgcactG-TGG-----------AGGGTGTGTG----------TG------GGAT-----TTTA-G--GC-G----AGT----AT----CAA-T---AGTAAATGTTCAG-----AG--TGAAATCCGAACTT-----T---------AAC-AGTGCA-------TTT----------actggagtttcatca
gi|20 : AATG--------TTCAGAGTGAAATC--CGAACTTTAACAGTGC-AT-TTCTAGCTTT---TT--------Gctagctttttg
gi|21 : gtggagggtgtgtgtgggattttaggcgagtatcaatagta-TTTTTCAATTGAAGCC---TTTTTAA----TATAACGTGCATCCTCTT-CA-AAAGTAG-
gi|22 : tGTGC-AT-TTT--GCTCT---TT--------GC-AA--GGGGGCT-----------GCA----AACGCACCCTGCACCC---C------------C-------CCC----CCCCC----T-ATACACGTGCC------TGgacaaaatgatgttacattcgacaaccgattt
gi|23 : -CCCG-A-CTCAGAA-TT------------TGC-TGG-----------AGCGGG--TG----------CG------AG-T-----TTT--GTTGC-A----CATT--AAT----CAATT---AGGTTATGTACAG-----ta
gi|24 : TCAACAGTAGAAAGAAGGTGCAACCCCG----TTGA-CGTAGACTTGAAATGTTGTTACTTATTga
gi|25 : aG-CCGGTA-CCCAGA------------------G-T---------------------TG----------TG------AGAT-----TTTT-G--GC-A----AATT--GAT----TAA-TTGCAGTCAATGTACAG-----atctctt
gi|26 : agAT-TTTTTGAAC-GTAACC---TTTGTAA---ATATGGCATACACCCTCTT-CA-AAAGCA
gi|3 : tatac-CCCGTA-CCCAGAC-AT------------TTG-TGG-----------AGGGGT-GTG----------TGTATGCAAGAT-----TT-A-G--GC-A----CATT--GAT----TAA-T---CATCAATGTACAG-----AG--TAAAATCC--ATTT-----TTTTTTTAAAAAT-AGTACA-------TTT----------TGCTTTTTGCA------A------G--GG----GGGGGGCAC---C----C----------C--C-ACCC---C-----C--T-ATG------TACG---------GG-CCT-ACT---TG-A---T----------ACAAC--GG---ATACGGGTAAA--TAAAA-CC-------------TCTTTAG-------------------A-TT-CAAAG-G------------G-AAT-----TCATATTTG--------CT---GTGA---------AT--TA-----------C-TAA----------TTAATAGT--CATC--CA-ATTTT-ATAGTGC-AT-TTT--GCTTT---AT--------GCAAG--GGGGG-G-----------GGG----GACGCA-------------C------------C-------CCA----CCCCCACT-T-GGGTACGGGCC------CG------ATTGTATTtac
gi|4 : tcaggtTTGAT-T----TTTT--ACTTAAGCT---TTTGTAAATTATATGGTGTTC-TCCTCTT-CACAAATCAATCCCGTGCCCCAGAC-TCAAGTCTATATCATTGATGGTGTTGATTCACAGGGAG-ATGAGGATAGAGATG------AGATGTGTTTTTAGG--GT-A----AATTTGAAT----TAATT---AGT-AGTGAATAG-----AG--TGAATT--G-ACTT-----TC--------AAC-AGTGCC-------GTT----------TGC--------------A------G--AG----GCGTG-------CGAATG----------CAAC-ACCC---CG----C--T--CG------CCCC---------AA-CTTGATA---T--ATATT----------ACAAC--TG---TTAATGATTAGCTCAAAA-T-CATTTTAATTGAGTCTTCAG-CGAA--TTTC---TTCACA-TT-CAAAG-A------------T-AAT-----TT---------------C-----CAA---------AT--GA-----------T-taagaatcattagaatatgtatatccggcattttttatcatgtcatgtcga
gi|5 : G-CCTGCA-CCAAGAA-TT------------TTG-TGA-----------AACGGG-GTG----------CG------GGAT-----TTTA-G--TC-G----A-----GATA---TAA-C---AGTCGATGATCAGCTCTGAG--TTAAACTCG-ACTT-----T---------GAT-AATTCA-------TTTGTTTTTTAATTG---------------A------T--GG----GGACC-------C----C----------C--C-CCCC---C-----C--TTATA------TACG---------GG-CCTGAGT--------------------------------------GATAAA----------CGTA--AA--GCGTCTTTAC-TAAA-TTTTT---GTCAAATAT-C-GAG-A------------T-AAT-----TCAAATA----------TT---TTAA---------AA--AA-----------TGCAATG--------TTCAGATTGACACT--TT-ATATCAATAGTTA-AG-TTT--GCTTT---TTTGCAAAGCGC-GGT-GGGGG-TGGGGGTGGGGGGCG----AACACA-------------C------------CCTTCGCACTC----CCCTC----T-GTGTACGGGCC------TGAATTGAATTGTtttacataagccgaatcccgattgacaattagaacacattgttgccattg
gi|6 : aaaatagGCAGGCCCGTG-CC-AGCC-TT------------ATG-TGG-----------AAGGGG-TCG----------CG-------GAT-----CATA-----C-G----AGTT--AAT----TTA-T---A-TCAATGTTCAG-----A---TGAAATCCG-AATT-----T----------AT-AGTGCATTTGC--TTT----------TGC--------------A------G--GA----AGTCGAATCCCAC----C----------C--C-ACCC---C-----C--T-CTGCCCTGTTACGACCCGCCCCGGCCCTGAAA---T--A---T----------AT-AC--GAAATTCAC-----AA--TGGAA-TCCGTATTAAATGCGTCTTGGGCCAAACTTTTCATTTCCAGT-AT-TAAAG-A------------GAAATTTATATT---------------CT---GTAAAATTACATTAT--TA-----------T-CAATATAGTCAGTTTCAGAGTGAAAACATTG-ATTTTAA-ATTGC-CT-TTtgtaaccgtaaacatgca
gi|7 : TG----------CA------AGAT-----TTTC-G--GCCA----AATT--AAT----TAA-TG--AGTCAATGTACAG-----AAGCTAAAATCCG-ACTTGATATT---------GAA-AGTGCA-------TTTGCTTTT----TGC--------------AAAAAAGG--GG----GGGTA-------T----GAACCCCACACC--C-ACCC---CA----CAGT-TTG------TACG---------GG-CCTGACC---TTGA---TT---------ACAAC--GG---------ATAAA--TAAAA-TCCGTATTAA-TGCATC--------AA-T------------A-TT-TGATGTA------------A-AAT-----T------------------------G---------AT--AG-----------T-CAATG--------TTCATAGTGAAA---------------AGTAT-A--TTG--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGTG-T-----------GCGTTGCAACTCA-------------C------------C-------CCC----CCCCC----atcggcgagcggaggtaatg
gi|8 : catgaaacacgctgtG-CCCATT-CCCAGAT-TG------------CTG-TGG-----------AGGGCG-TTG----------CG------AAAT-----GTTA-G--GC-A----AATT--AAT----TAA-A---AGTCAATAAACAC-----TT--TGAAATCTG-AGTT-----T---------GAT-AGTGCACTTTGGTTTT----------TGC--------------A------A--GAGTACGAATG-------C----A----------C--CTACCTCCAC-----C--T-GTG------TA-G---------AG-TTTAACC---TG-A---T----------ACAGG--AA---ACATGGACAAA--T-AAA-TTCGTATTAATTGCGTCTT--A-C----------------AA-TT-CAAAG-A------------A-AAT-----TTATATCTG--------TT---GTAA---------AT--TACTAACTAGAAGT-CAATA--------TTCAGAGTAAAATC--CT-ACTTTAATAGTGC-AT-TTT--GCTTTGAACT--------G---G--GGGAG-T-----------Gcctcccttggactggactagtgtatttgaaactgcagttcatcc
gi|9 : cagG-CCCGTA-CTCAGAC-AT------------TTG-TG--------------------TG----------CG------AGAT-----TATA-G--GC-A----CATT--AAT----CAA-T---AGTCAATGTACAG-----AA--TAAAATCCG-ACTT-----A---------AAT-GGTGCA-------TTT----------TGCTTTTTGCAGAGGG-A------G--GG----GGGT------------------------------------------------TG------AACGCA-------GG-CCCGACT---TG-A---T----------GCAAT--GT---GCACGGATAAA--TGAAA-TCGGTATTAATTGGGTCCTGAG-CAAA-TTTTC---TTCATA-TT-CAAAG-A------------GAAAT-----TT---------------gggttg
Alignments
lowQualScore : 1 666666666666666 11111 111 1111 111111111111 11111111111 1111111111 222222222222222 1111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333333333333333 11111111 11111111111 22222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 11111111 111 11111111111 6666666666666666666666666666666666 1111 111111 22222
lowQualScore : 3 777777777777777 1 7 55555 5 0 444 9999 0 8 8 8 3 3 555555555555 2 33333333333 0 1 44 1111111111 777777 66666 2 33 999999 33 8888 5 777 666666666 2 000000000000000 2 6666666 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 666666666666666666666 55555555 33 9999 3 3 4 1 1 4 666 555 99999999999 3 3 33333333333333 77777 11111111111111111111111111111111111111111111111111 3 333333333 1 1 55555 1111 2 2 33 555 11111111 3 111 3 55555555555 8888 9999999999999999999999999999999999 9999 7777 5 1 444444 11111 0
lowQualScore : . ............... . . ..... . . ... .... . . . . . . ............ . ........... . . .. .......... ...... ..... . .. ...... .. .... . ... ......... . ............... . ....... .................................................................................................................... . ..................... ........ .. .... . . . . . . ... ... ........... . . .............. ..... .................................................. . ......... . . ..... .... . . .. ... ........ . ... . ........... .... .................................. .... .... . . ...... ..... .
lowQualScore : 3 333333333333333 0 3 88888 0 8 000 6666 8 0 0 6 1 1 888888888888 9 66666666666 6 7 77 7777777777 777777 77777 7 77 666666 77 3333 3 333 666666666 9 666666666666666 7 4444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 777777777777777777777 88888888 55 2222 3 8 5 4 3 3 777 555 22222222222 6 6 11111111111111 77777 88888888888888888888888888888888888888888888888888 3 111111111 4 3 55555 6666 5 5 77 000 22222222 3 888 3 88888888888 5555 4444444444444444444444444444444444 4444 2222 0 4 444444 11111 2
consensus : TCAACA-TAGAAAGAAGGTGCA-CCCC-----TTGA-CGTANACTTGAAATGTTGTTACTTATTGAT-TAC-TTTTTGAACTGAAGCC---TTTGTAA---ATATGGCGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCCGTA-CCCAGAC-TT------------TTG-TGG-----------AGGGGG-GTG----------CG------AGAT-----TTTA-G--GC-G----AATT--GAT----TAA-T---AGTCAATGTACAG-----AG--TGAAATCCG-ACTT-----T---------AAT-AGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------G--GG----GGGTG-------C----G----------C--C-ACCC---C-----C--T-GTG------TACG---------GG-CCTGACT---T--A---T----------ACAAC--GG---NCACGGATAAA--TAAAA-TCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAAA-TTTTC---TTCAAA-NT-CAAAG-A------------G-AAT-----TT---------------CT---GTAA---------AT--TA-----------T-CAATG--------TTCAGAGTGAAATC--CG-ACTTTAATAGTGC-AT-TTT--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGGG-T-----------GCG----AACGCA-------------C------------C-------CCC----CCCCC----T-GGGTACGGGCC------TGTATT-AATTGTATT
Reference ( family-4235 ) : TCAACA-TAGAAAGAAGGTGCA-CCCC-----TTGA-CGTANACTTGAAATGTTGTTACTTATTGAT-TAC-TTTTTGAACTGAAGCC---TTTGTAA---ATATGGCGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCCGTA-CCCAGAC-TT------------TTG-TGG-----------AGGGGG-GTG----------CG------AGAT-----TTTA-G--GC-G----AATT--GAT----TAA-T---AGTCAATGTACAG-----AG--TGAAATCCG-ACTT-----T---------AAT-AGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------G--GG----GGGTG-------C----G----------C--C-ACCC---C-----C--T-GTG------TACG---------GG-CCTGACT---T--A---T----------ACAAC--GG---NCACGGATAAA--TAAAA-TCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAAA-TTTTC---TTCAAA-NT-CAAAG-A------------G-AAT-----TT---------------CT---GTAA---------AT--TA-----------T-CAATG--------TTCAGAGTGAAATC--CG-ACTTTAATAGTGC-AT-TTT--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGGG-T-----------GCG----AACGCA-------------C------------C-------CCC----CCCCC----T-GGGTACGGGCC------TGNATT-AATTGTATT
gi|1 : TCAAGA-TAGAAAGAAGGTGCA-C--------------ATACCCTTGAAATGTTGTTACTCATTGATATACATTTTTGAACTGAAGTC---TTTGTAA---ATATGGTGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCTGTA-CCCAGAC-TT------------TTG-AGG-----------AGGGAG-GTG----------TG------ATAT-----TTTA-A--GC-A----AATT--GAT----TAA-T---AGTCAATGTACAG-----TA--TGAAATCTG-ACTT-----G---------AAC-AGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------G--TG----GGGTG-------C----G----------C--C-ACCC---C-----C--T-GTG------TACG---------GT-CCTGACT---T--A---T----------ACAAC--GG---TCATGGATAAA--TAAAA-TCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAGA-TTTTC---TTCAAA-AA-CAAAG-A------------G-AAT-----TT---------------CT---GTAA---------AT--TA-----------C-CAATC--------TTCAGAGTAAAATT--TG-ACTTTAATAGTAC-AT-TTT--GTTGC---TT--------GC-AG--GGGGG-T-----------ACG----TACGCA-------------C------------C-------CCT----CCCCC----T-GGGTACGGGCC------TGGA---AATTATGTT
gi|10 : ----------C--C-ACCC---C-----T--T-GTG------TAAC---------GC-CCTAACT---G--A---T----------ACAAC---G---ACA-GGATAGAT-TAAAG-TCCGTGTTAATTGAGTC-TCAG-TAAA-TTTTC---TTTCAA-AT-CAA---A------------G-AAT-----TT---------------acattcggcacatcattctatgacttattgcagtgaaacattctc
gi|10 : ------------G-AGT-----CT---------------CA---GTAA---------AT--TT-----------T-C--T---------TTCAAA-TCAAA-----G-AATTTA-TATTGCTGTATTT--GATTT---TT--------GC-AG--GCGGG-T-----------GTT----AATGCA-------------CTTAACAACAACAC-------CCC----CCCCCTCCGT-GGGTACGGGCC------Tatattgctgtatttgatttttgcaggcgggtgttaatgcacttaacaacaacaccccccccctccgtgggtacgggcct
gi|11 : ccaccccttgtgtaacgccctaactgatacaacgacaggatagattaaagtccgtgttaatt-----------T-CAAAG--------TTCAGAGTGAAATC--TG-ACTTTAATCGTGC-AT-TTC--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGGA-T-----------GCG----AATGCA-----------------------------------------CCCCT----T-GTGTACGGGCC------TG
gi|12 : atag-CCTG-CT---T------------------CAACATGG---ACACGGATAAA--CCAAA-TATGTATTAATTGGATTTTCAA-CCAA-TGTTC---T-CAAG-CTTCAAAG-A------------G-AAT-----TTACAACTTTACATTTGCT---GTAA---------AT--CA-----------T-TAATG--------TTCAGAATAAAATC--CG-ACTTGAATAGTGC-AT-TTT--GCTTatagagaaagctctttcaagttggagaagtaatcgttatcagtgtcttacaaattatggatggatgtcaacaag
gi|13 : aGTA-CCCAGAC-TT------------TTG-AGG-----------AAGGAG-GTG----------CA------ATAT-----TTTA-G--GC-A----AATT--GAT----TAT-T---AGTCAATGTAGAG-----AA--TGAAATCCG-ACTT-----T---------AAC-AGTGCC-------TTT----------TGCA-------------A------A--GG----GGGTG-------C----G----------
gi|14 : aggcccatacgTCAACA-TAGAAAGAAGGTGCA-TCCCCTCTCTTGATCGTAAACTTGAAATGGTTTTAATT-TTGAT-TAC-TTTTTGAACTGAAGCCTAATTCGTAA---CTATGACGTGCACCCTCTTAGA-AAGGCAG-GCCGaagtataagcatcgatgtcacctatacaagttt
gi|15 : AAACAGGTCTGTT-CGCAGAC-GT------------TTA-TGG-----------AGGGGT-GTG----------TG------GGTT-----TTTA-G--GA-GTGTTAATT--AATATACTAG-T---AGTCCATGTTCAG-----AG--TGAAATCGG-ACTT-----T---------AATCAG-GCG-------TAT----------TGC--------------aa
gi|16 : tctTGGAATC--TG-ACTTTA---GTAC-AT-TTT--GCTTT---TT--------AC-A---GCGGG-T-----------GCG----AATGCA-------------C------------C-------CCTCACACCCCC----T-GAGTATTGGCCCACTTTTGTATT-AATTTTAtttt
gi|17 : ttggaG-CCTGTA-CCCAGAC-TT------------TGG-AGG-----------AGGGAG-GTG----------CG------ATAT-----TT-A-G--GC-C----AATT--GAT----TGA-T---AATCAATGTACAG-----AG--T-AAATCTG-ACTT-----C---------AAC-ATTGCC-------TTT----------T-C--------------A------G--GG----GGG-G-------C----G----------aaaatgcagctgtatgcac
gi|18 : agAGTGAAATC--CG-ACTT-AATAGTGC-GT-TTT--GCTTT---TA--------GC-A---GGGGG-T-----------GCG----AACGC
gi|18 : tcaaatttgt-----AG--TGAAATCCG-ACTT---------------AAT-AGTGCG-------TTT----------TGCTTTT----------A------GCAGG----GGGTG-------C----G---------------A---------------------------AC-----------G-CCTGACTTGGT--A---T----------GTAA---GG---GGACGGATAAA--TAGCA-TCCGctgacttggtatgtaaggggacggataaatagcatccg
gi|19 : tcaaatttgt-AAT-----TA---------------CT---ATAA---------ATGATAA----------T-CATTG--------TTCAGAGTAAAACC--CG-ACATTAATAGTAC-AT-TTT--GCTTT---
gi|2 : tcagatttcaagagaatttatatcatatttactataG-CCCGTA-CCCAGGCTTT------------TTA-TGG-----------A-GGGG-GTG----------CC------GAAT-----TTTA-G--GT-G----AGTT--GAT----TAA-T---TGTCAGTATTCAG-----AC--TG-AATTCG-AC-T-----T---------AAT-A
gi|2 : gCAAAGTAAAATG--C--ACT---ATAGTGC-A----T--GCATA---TT--------GC-AGTAGGGGG-T-----------Gtcaccccctactgcaatatgcatgcactatagtgcattttactttgggttgaggggagggggggggtcccccccttctcctgagtatgggcctgcttgatgtacaagtcaacaactaacacggataaaaaaaaatatattgattgcatcttcagcatattttctttttgaggatttatgtttcctgtaatttcttgcatgaatagtcaatgtccaggataaaatccaactttgtgtattttgctttttgcagggggtgtaaatgcacccctcacacacccccccccccctggggtatgggcctgtatactggagtttcatca
gi|2 : ggcccgtacccaggctttttatggagggggtgccgaattttaggtgagttgattaattgtcagtattcagactgaattcgacttaatatAT-AGTGCA-------TTT----------TACTTTGGGTTGAGGGGA------G--GG----GGGGG-------G----T----------C--C-CCCC---CTTCTCC--T-GAG------TATG---------GG-CCTG-CT---TG-A---TGTACAAGTCAACAAC--TA---ACACGGATAAA--AAAAAAT--ATATTGATTGCATCTTCAG-CATA-TTTTC---TT-----TT-TGAGG-ATTTATGTTTCCTGTAAT-----TT---------------CTTGCATGA---------AT--AG-----------T-CAATG--------TCCAGGATAAAATC--CA-ACTTT----GTGT-AT-TTT--GCTTT---TT--------GC-A---GGGGG-T-----------GTA----AATGCACCCCTCACACACCC------------C-------CCC----CCCCC----TGGGGTATGGGCC------TGTATggttgaggggagggggggggtcccccccttctcctgagtatgggcctgcttgatgtacaagtcaacaactaacacggataaaaaaaaatatattgattgcatcttcagcatattttctttttgaggatttatgtttcctgtaatttcttgcatgaatagtcaatgtccaggataaaatccaactttgtgtattttgctttttgcagggggtgtaaatgcacccctcacacacccccccccccctggggtatgggcctgtatactggagtttcatca
gi|20 : ggcccgtacccaggctttttatggagggggtgccgaattttaggtgagttgattaattgtcagtattcagactgaattcgacttaatatcaccccctactgcaatatgcatgcactG-TGG-----------AGGGTGTGTG----------TG------GGAT-----TTTA-G--GC-G----AGT----AT----CAA-T---AGTAAATGTTCAG-----AG--TGAAATCCGAACTT-----T---------AAC-AGTGCA-------TTT----------actggagtttcatca
gi|20 : AATG--------TTCAGAGTGAAATC--CGAACTTTAACAGTGC-AT-TTCTAGCTTT---TT--------Gctagctttttg
gi|21 : gtggagggtgtgtgtgggattttaggcgagtatcaatagta-TTTTTCAATTGAAGCC---TTTTTAA----TATAACGTGCATCCTCTT-CA-AAAGTAG-
gi|22 : tGTGC-AT-TTT--GCTCT---TT--------GC-AA--GGGGGCT-----------GCA----AACGCACCCTGCACCC---C------------C-------CCC----CCCCC----T-ATACACGTGCC------TGTAgacaaaatgatgttacattcgacaaccgattt
gi|23 : -CCCG-A-CTCAGAA-TT------------TGC-TGG-----------AGCGGG--TG----------CG------AG-T-----TTT--GTTGC-A----CATT--AAT----CAATT---AGGTTATGTACAG-----
gi|24 : TCAACAGTAGAAAGAAGGTGCAACCCCG----TTGA-CGTAGACTTGAAATGTTGTTACTTATTga
gi|25 : aG-CCGGTA-CCCAGA------------------G-T---------------------TG----------TG------AGAT-----TTTT-G--GC-A----AATT--GAT----TAA-TTGCAGTCAATGTACAG-----atctctt
gi|26 : agAT-TTTTTGAAC-GTAACC---TTTGTAA---ATATGGCATACACCCTCTT-CA-AAAGCA
gi|3 : tatac-CCCGTA-CCCAGAC-AT------------TTG-TGG-----------AGGGGT-GTG----------TGTATGCAAGAT-----TT-A-G--GC-A----CATT--GAT----TAA-T---CATCAATGTACAG-----AG--TAAAATCC--ATTT-----TTTTTTTAAAAAT-AGTACA-------TTT----------TGCTTTTTGCA------A------G--GG----GGGGGGCAC---C----C----------C--C-ACCC---C-----C--T-ATG------TACG---------GG-CCT-ACT---TG-A---T----------ACAAC--GG---ATACGGGTAAA--TAAAA-CC-------------TCTTTAG-------------------A-TT-CAAAG-G------------G-AAT-----TCATATTTG--------CT---GTGA---------AT--TA-----------C-TAA----------TTAATAGT--CATC--CA-ATTTT-ATAGTGC-AT-TTT--GCTTT---AT--------GCAAG--GGGGG-G-----------GGG----GACGCA-------------C------------C-------CCA----CCCCCACT-T-GGGTACGGGCC------CG------ATTGTATTtac
gi|4 : tcaggtTTGAT-T----TTTT--ACTTAAGCT---TTTGTAAATTATATGGTGTTC-TCCTCTT-CACAAATCAATCCCGTGCCCCAGAC-TCAAGTCTATATCATTGATGGTGTTGATTCACAGGGAG-ATGAGGATAGAGATG------AGATGTGTTTTTAGG--GT-A----AATTTGAAT----TAATT---AGT-AGTGAATAG-----AG--TGAATT--G-ACTT-----TC--------AAC-AGTGCC-------GTT----------TGC--------------A------G--AG----GCGTG-------CGAATG----------CAAC-ACCC---CG----C--T--CG------CCCC---------AA-CTTGATA---T--ATATT----------ACAAC--TG---TTAATGATTAGCTCAAAA-T-CATTTTAATTGAGTCTTCAG-CGAA--TTTC---TTCACA-TT-CAAAG-A------------T-AAT-----TT---------------C-----CAA---------AT--GA-----------T-taagaatcattagaatatgtatatccggcattttttatcatgtcatgtcga
gi|5 : G-CCTGCA-CCAAGAA-TT------------TTG-TGA-----------AACGGG-GTG----------CG------GGAT-----TTTA-G--TC-G----A-----GATA---TAA-C---AGTCGATGATCAGCTCTGAG--TTAAACTCG-ACTT-----T---------GAT-AATTCA-------TTTGTTTTTTAATTG---------------A------T--GG----GGACC-------C----C----------C--C-CCCC---C-----C--TTATA------TACG---------GG-CCTGAGT--------------------------------------GATAAA----------CGTA--AA--GCGTCTTTAC-TAAA-TTTTT---GTCAAATAT-C-GAG-A------------T-AAT-----TCAAATA----------TT---TTAA---------AA--AA-----------TGCAATG--------TTCAGATTGACACT--TT-ATATCAATAGTTA-AG-TTT--GCTTT---TTTGCAAAGCGC-GGT-GGGGG-TGGGGGTGGGGGGCG----AACACA-------------C------------CCTTCGCACTC----CCCTC----T-GTGTACGGGCC------TGAATTGAATTGTtttacataagccgaatcccgattgacaattagaacacattgttgccattg
gi|6 : aaaatagGCAGGCCCGTG-CC-AGCC-TT------------ATG-TGG-----------AAGGGG-TCG----------CG-------GAT-----CATA-----C-G----AGTT--AAT----TTA-T---A-TCAATGTTCAG-----A---TGAAATCCG-AATT-----T----------AT-AGTGCATTTGC--TTT----------TGC--------------A------G--GA----AGTCGAATCCCAC----C----------C--C-ACCC---C-----C--T-CTGCCCTGTTACGACCCGCCCCGGCCCTGAAA---T--A---T----------AT-AC--GAAATTCAC-----AA--TGGAA-TCCGTATTAAATGCGTCTTGGGCCAAACTTTTCATTTCCAGT-AT-TAAAG-A------------GAAATTTATATT---------------CT---GTAAAATTACATTAT--TA-----------T-CAATATAGTCAGTTTCAGAGTGAAAACATTG-ATTTTAA-ATTGC-CT-TTtgtaaccgtaaacatgca
gi|7 : TG----------CA------AGAT-----TTTC-G--GCCA----AATT--AAT----TAA-TG--AGTCAATGTACAG-----AAGCTAAAATCCG-ACTTGATATT---------GAA-AGTGCA-------TTTGCTTTT----TGC--------------AAAAAAGG--GG----GGGTA-------T----GAACCCCACACC--C-ACCC---CA----CAGT-TTG------TACG---------GG-CCTGACC---TTGA---TT---------ACAAC--GG---------ATAAA--TAAAA-TCCGTATTAA-TGCATC--------AA-T------------A-TT-TGATGTA------------A-AAT-----T------------------------G---------AT--AG-----------T-CAATG--------TTCATAGTGAAA---------------AGTAT-A--TTG--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGTG-T-----------GCGTTGCAACTCA-------------C------------C-------CCC----CCCCC----atcggcgagcggaggtaatg
gi|8 : catgaaacacgctgtG-CCCATT-CCCAGAT-TG------------CTG-TGG-----------AGGGCG-TTG----------CG------AAAT-----GTTA-G--GC-A----AATT--AAT----TAA-A---AGTCAATAAACAC-----TT--TGAAATCTG-AGTT-----T---------GAT-AGTGCACTTTGGTTTT----------TGC--------------A------A--GAGTACGAATG-------C----A----------C--CTACCTCCAC-----C--T-GTG------TA-G---------AG-TTTAACC---TG-A---T----------ACAGG--AA---ACATGGACAAA--T-AAA-TTCGTATTAATTGCGTCTT--A-C----------------AA-TT-CAAAG-A------------A-AAT-----TTATATCTG--------TT---GTAA---------AT--TACTAACTAGAAGT-CAATA--------TTCAGAGTAAAATC--CT-ACTTTAATAGTGC-AT-TTT--GCTTTGAACT--------G---G--GGGAG-T-----------Gcctcccttggactggactagtgtatttgaaactgcagttcatcc
gi|9 : cagG-CCCGTA-CTCAGAC-AT------------TTG-TG--------------------TG----------CG------AGAT-----TATA-G--GC-A----CATT--AAT----CAA-T---AGTCAATGTACAG-----AA--TAAAATCCG-ACTT-----A---------AAT-GGTGCA-------TTT----------TGCTTTTTGCAGAGGG-A------G--GG----GGGT------------------------------------------------TG------AACGCA-------GG-CCCGACT---TG-A---T----------GCAAT--GT---GCACGGATAAA--TGAAA-TCGGTATTAATTGGGTCCTGAG-CAAA-TTTTC---TTCATA-TT-CAAAG-A------------GAAAT-----TT---------------gggttg
Alignments
lowQualScore : 1 666666666666666 11111 111 1111 111111111111 11111111111 1111111111 222222222222222 1111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333333333333333 11111111 11111111111 22222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 11111111 111 11111111111 6666666666666666666666666666666666 1111 111111 22222
lowQualScore : 3 777777777777777 1 7 55555 5 0 444 9999 0 8 8 8 3 3 555555555555 2 33333333333 0 1 44 1111111111 777777 66666 2 33 999999 33 8888 5 777 666666666 2 000000000000000 2 6666666 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 666666666666666666666 55555555 33 9999 3 3 4 1 1 4 666 555 99999999999 3 3 33333333333333 77777 11111111111111111111111111111111111111111111111111 3 333333333 1 1 55555 1111 2 2 33 555 11111111 3 111 3 55555555555 8888 9999999999999999999999999999999999 9999 7777 5 1 444444 11111 0
lowQualScore : . ............... . . ..... . . ... .... . . . . . . ............ . ........... . . .. .......... ...... ..... . .. ...... .. .... . ... ......... . ............... . ....... .................................................................................................................... . ..................... ........ .. .... . . . . . . ... ... ........... . . .............. ..... .................................................. . ......... . . ..... .... . . .. ... ........ . ... . ........... .... .................................. .... .... . . ...... ..... .
lowQualScore : 3 333333333333333 0 3 88888 0 8 000 6666 8 0 0 6 1 1 888888888888 9 66666666666 6 7 77 7777777777 777777 77777 7 77 666666 77 3333 3 333 666666666 9 666666666666666 7 4444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 777777777777777777777 88888888 55 2222 3 8 5 4 3 3 777 555 22222222222 6 6 11111111111111 77777 88888888888888888888888888888888888888888888888888 3 111111111 4 3 55555 6666 5 5 77 000 22222222 3 888 3 88888888888 5555 4444444444444444444444444444444444 4444 2222 0 4 444444 11111 2
consensus : TCAACA-TAGAAAGAAGGTGCA-CCCC-----TTGA-CGTANACTTGAAATGTTGTTACTTATTGAT-TAC-TTTTTGAACTGAAGCC---TTTGTAA---ATATGGCGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCCGTA-CCCAGAC-TT------------TTG-TGG-----------AGGGGG-GTG----------CG------AGAT-----TTTA-G--GC-G----AATT--GAT----TAA-T---AGTCAATGTACAG-----AG--TGAAATCCG-ACTT-----T---------AAT-AGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------G--GG----GGGTG-------C----G----------C--C-ACCC---C-----C--T-GTG------TACG---------GG-CCTGACT---T--A---T----------ACAAC--GG---NCACGGATAAA--TAAAA-TCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAAA-TTTTC---TTCAAA-NT-CAAAG-A------------G-AAT-----TT---------------CT---GTAA---------AT--TA-----------T-CAATG--------TTCAGAGTGAAATC--CG-ACTTTAATAGTGC-AT-TTT--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGGG-T-----------GCG----AACGCA-------------C------------C-------CCC----CCCCC----T-GGGTACGGGCC------TGTATT-AATTGTATT
Reference ( family-4235 ) : TCAACA-TAGAAAGAAGGTGCA-CCCC-----TTGA-CGTANACTTGAAATGTTGTTACTTATTGAT-TAC-TTTTTGAACTGAAGCC---TTTGTAA---ATATGGCGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCCGTA-CCCAGAC-TT------------TTG-TGG-----------AGGGGG-GTG----------CG------AGAT-----TTTA-G--GC-G----AATT--GAT----TAA-T---AGTCAATGTACAG-----AG--TGAAATCCG-ACTT-----T---------AAT-AGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------G--GG----GGGTG-------C----G----------C--C-ACCC---C-----C--T-GTG------TACG---------GG-CCTGACT---T--A---T----------ACAAC--GG---NCACGGATAAA--TAAAA-TCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAAA-TTTTC---TTCAAA-NT-CAAAG-A------------G-AAT-----TT---------------CT---GTAA---------AT--TA-----------T-CAATG--------TTCAGAGTGAAATC--CG-ACTTTAATAGTGC-AT-TTT--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGGG-T-----------GCG----AACGCA-------------C------------C-------CCC----CCCCC----T-GGGTACGGGCC------TGTATT-AATTGTATT
gi|1 : TCAAGA-TAGAAAGAAGGTGCA-C--------------ATACCCTTGAAATGTTGTTACTCATTGATATACATTTTTGAACTGAAGTC---TTTGTAA---ATATGGTGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCTGTA-CCCAGAC-TT------------TTG-AGG-----------AGGGAG-GTG----------TG------ATAT-----TTTA-A--GC-A----AATT--GAT----TAA-T---AGTCAATGTACAG-----TA--TGAAATCTG-ACTT-----G---------AAC-AGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------G--TG----GGGTG-------C----G----------C--C-ACCC---C-----C--T-GTG------TACG---------GT-CCTGACT---T--A---T----------ACAAC--GG---TCATGGATAAA--TAAAA-TCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAGA-TTTTC---TTCAAA-AA-CAAAG-A------------G-AAT-----TT---------------CT---GTAA---------AT--TA-----------C-CAATC--------TTCAGAGTAAAATT--TG-ACTTTAATAGTAC-AT-TTT--GTTGC---TT--------GC-AG--GGGGG-T-----------ACG----TACGCA-------------C------------C-------CCT----CCCCC----T-GGGTACGGGCC------TGGA---AATTATGTT
gi|10 : ----------C--C-ACCC---C-----T--T-GTG------TAAC---------GC-CCTAACT---G--A---T----------ACAAC---G---ACA-GGATAGAT-TAAAG-TCCGTGTTAATTGAGTC-TCAG-TAAA-TTTTC---TTTCAA-AT-CAA---A------------G-AAT-----TT---------------acattcggcacatcattctatgacttattgcagtgaaacattctc
gi|10 : ------------G-AGT-----CT---------------CA---GTAA---------AT--TT-----------T-C--T---------TTCAAA-TCAAA-----G-AATTTA-TATTGCTGTATTT--GATTT---TT--------GC-AG--GCGGG-T-----------GTT----AATGCA-------------CTTAACAACAACAC-------CCC----CCCCCTCCGT-GGGTACGGGCC------Tatattgctgtatttgatttttgcaggcgggtgttaatgcacttaacaacaacaccccccccctccgtgggtacgggcct
gi|11 : ccaccccttgtgtaacgccctaactgatacaacgacaggatagattaaagtccgtgttaatt-----------T-CAAAG--------TTCAGAGTGAAATC--TG-ACTTTAATCGTGC-AT-TTC--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGGA-T-----------GCG----AATGCA-----------------------------------------CCCCT----T-GTGTACGGGCC------TG
gi|12 : atag-CCTG-CT---T------------------CAACATGG---ACACGGATAAA--CCAAA-TATGTATTAATTGGATTTTCAA-CCAA-TGTTC---T-CAAG-CTTCAAAG-A------------G-AAT-----TTACAACTTTACATTTGCT---GTAA---------AT--CA-----------T-TAATG--------TTCAGAATAAAATC--CG-ACTTGAATAGTGC-AT-TTT--GCTTatagagaaagctctttcaagttggagaagtaatcgttatcagtgtcttacaaattatggatggatgtcaacaag
gi|13 : aGTA-CCCAGAC-TT------------TTG-AGG-----------AAGGAG-GTG----------CA------ATAT-----TTTA-G--GC-A----AATT--GAT----TAT-T---AGTCAATGTAGAG-----AA--TGAAATCCG-ACTT-----T---------AAC-AGTGCC-------TTT----------TGCA-------------A------A--GG----GGGTG-------C----G----------
gi|14 : aggcccatacgTCAACA-TAGAAAGAAGGTGCA-TCCCCTCTCTTGATCGTAAACTTGAAATGGTTTTAATT-TTGAT-TAC-TTTTTGAACTGAAGCCTAATTCGTAA---CTATGACGTGCACCCTCTTAGA-AAGGCAG-GCCGaagtataagcatcgatgtcacctatacaagttt
gi|15 : AAACAGGTCTGTT-CGCAGAC-GT------------TTA-TGG-----------AGGGGT-GTG----------TG------GGTT-----TTTA-G--GA-GTGTTAATT--AATATACTAG-T---AGTCCATGTTCAG-----AG--TGAAATCGG-ACTT-----T---------AATCAG-GCG-------TAT----------TGC--------------aa
gi|16 : tctTGGAATC--TG-ACTTTA---GTAC-AT-TTT--GCTTT---TT--------AC-A---GCGGG-T-----------GCG----AATGCA-------------C------------C-------CCTCACACCCCC----T-GAGTATTGGCCCACTTTTGTATT-AATTTTAtttt
gi|17 : ttggaG-CCTGTA-CCCAGAC-TT------------TGG-AGG-----------AGGGAG-GTG----------CG------ATAT-----TT-A-G--GC-C----AATT--GAT----TGA-T---AATCAATGTACAG-----AG--T-AAATCTG-ACTT-----C---------AAC-ATTGCC-------TTT----------T-C--------------A------G--GG----GGG-G-------C----G----------aaaatgcagctgtatgcac
gi|18 : agAGTGAAATC--CG-ACTT-AATAGTGC-GT-TTT--GCTTT---TA--------GC-A---GGGGG-T-----------GCG----AACGC
gi|18 : tcaaatttgt-----AG--TGAAATCCG-ACTT---------------AAT-AGTGCG-------TTT----------TGCTTTT----------A------GCAGG----GGGTG-------C----G---------------A---------------------------AC-----------G-CCTGACTTGGT--A---T----------GTAA---GG---GGACGGATAAA--TAGCA-TCCGctgacttggtatgtaaggggacggataaatagcatccg
gi|19 : tcaaatttgt-AAT-----TA---------------CT---ATAA---------ATGATAA----------T-CATTG--------TTCAGAGTAAAACC--CG-ACATTAATAGTAC-AT-TTT--GCTTT---
gi|2 : tcagatttcaagagaatttatatcatatttactataG-CCCGTA-CCCAGGCTTT------------TTA-TGG-----------A-GGGG-GTG----------CC------GAAT-----TTTA-G--GT-G----AGTT--GAT----TAA-T---TGTCAGTATTCAG-----AC--TG-AATTCG-AC-T-----T---------AAT-A
gi|2 : gCAAAGTAAAATG--C--ACT---ATAGTGC-A----T--GCATA---TT--------GC-AGTAGGGGG-T-----------Gtcaccccctactgcaatatgcatgcactatagtgcattttactttgggttgaggggagggggggggtcccccccttctcctgagtatgggcctgcttgatgtacaagtcaacaactaacacggataaaaaaaaatatattgattgcatcttcagcatattttctttttgaggatttatgtttcctgtaatttcttgcatgaatagtcaatgtccaggataaaatccaactttgtgtattttgctttttgcagggggtgtaaatgcacccctcacacacccccccccccctggggtatgggcctgtatactggagtttcatca
gi|2 : ggcccgtacccaggctttttatggagggggtgccgaattttaggtgagttgattaattgtcagtattcagactgaattcgacttaatatAT-AGTGCA-------TTT----------TACTTTGGGTTGAGGGGA------G--GG----GGGGG-------G----T----------C--C-CCCC---CTTCTCC--T-GAG------TATG---------GG-CCTG-CT---TG-A---TGTACAAGTCAACAAC--TA---ACACGGATAAA--AAAAAAT--ATATTGATTGCATCTTCAG-CATA-TTTTC---TT-----TT-TGAGG-ATTTATGTTTCCTGTAAT-----TT---------------CTTGCATGA---------AT--AG-----------T-CAATG--------TCCAGGATAAAATC--CA-ACTTT----GTGT-AT-TTT--GCTTT---TT--------GC-A---GGGGG-T-----------GTA----AATGCACCCCTCACACACCC------------C-------CCC----CCCCC----TGGGGTATGGGCC------TGTATggttgaggggagggggggggtcccccccttctcctgagtatgggcctgcttgatgtacaagtcaacaactaacacggataaaaaaaaatatattgattgcatcttcagcatattttctttttgaggatttatgtttcctgtaatttcttgcatgaatagtcaatgtccaggataaaatccaactttgtgtattttgctttttgcagggggtgtaaatgcacccctcacacacccccccccccctggggtatgggcctgtatactggagtttcatca
gi|20 : ggcccgtacccaggctttttatggagggggtgccgaattttaggtgagttgattaattgtcagtattcagactgaattcgacttaatatcaccccctactgcaatatgcatgcactG-TGG-----------AGGGTGTGTG----------TG------GGAT-----TTTA-G--GC-G----AGT----AT----CAA-T---AGTAAATGTTCAG-----AG--TGAAATCCGAACTT-----T---------AAC-AGTGCA-------TTT----------actggagtttcatca
gi|20 : AATG--------TTCAGAGTGAAATC--CGAACTTTAACAGTGC-AT-TTCTAGCTTT---TT--------Gctagctttttg
gi|21 : gtggagggtgtgtgtgggattttaggcgagtatcaatagta-TTTTTCAATTGAAGCC---TTTTTAA----TATAACGTGCATCCTCTT-CA-AAAGTAG-
gi|22 : tGTGC-AT-TTT--GCTCT---TT--------GC-AA--GGGGGCT-----------GCA----AACGCACCCTGCACCC---C------------C-------CCC----CCCCC----T-ATACACGTGCC------TGTAgacaaaatgatgttacattcgacaaccgattt
gi|23 : -CCCG-A-CTCAGAA-TT------------TGC-TGG-----------AGCGGG--TG----------CG------AG-T-----TTT--GTTGC-A----CATT--AAT----CAATT---AGGTTATGTACAG-----
gi|24 : TCAACAGTAGAAAGAAGGTGCAACCCCG----TTGA-CGTAGACTTGAAATGTTGTTACTTATTga
gi|25 : aG-CCGGTA-CCCAGA------------------G-T---------------------TG----------TG------AGAT-----TTTT-G--GC-A----AATT--GAT----TAA-TTGCAGTCAATGTACAG-----atctctt
gi|26 : agAT-TTTTTGAAC-GTAACC---TTTGTAA---ATATGGCATACACCCTCTT-CA-AAAGCA
gi|3 : tatac-CCCGTA-CCCAGAC-AT------------TTG-TGG-----------AGGGGT-GTG----------TGTATGCAAGAT-----TT-A-G--GC-A----CATT--GAT----TAA-T---CATCAATGTACAG-----AG--TAAAATCC--ATTT-----TTTTTTTAAAAAT-AGTACA-------TTT----------TGCTTTTTGCA------A------G--GG----GGGGGGCAC---C----C----------C--C-ACCC---C-----C--T-ATG------TACG---------GG-CCT-ACT---TG-A---T----------ACAAC--GG---ATACGGGTAAA--TAAAA-CC-------------TCTTTAG-------------------A-TT-CAAAG-G------------G-AAT-----TCATATTTG--------CT---GTGA---------AT--TA-----------C-TAA----------TTAATAGT--CATC--CA-ATTTT-ATAGTGC-AT-TTT--GCTTT---AT--------GCAAG--GGGGG-G-----------GGG----GACGCA-------------C------------C-------CCA----CCCCCACT-T-GGGTACGGGCC------CG------ATTGTATTtac
gi|4 : tcaggtTTGAT-T----TTTT--ACTTAAGCT---TTTGTAAATTATATGGTGTTC-TCCTCTT-CACAAATCAATCCCGTGCCCCAGAC-TCAAGTCTATATCATTGATGGTGTTGATTCACAGGGAG-ATGAGGATAGAGATG------AGATGTGTTTTTAGG--GT-A----AATTTGAAT----TAATT---AGT-AGTGAATAG-----AG--TGAATT--G-ACTT-----TC--------AAC-AGTGCC-------GTT----------TGC--------------A------G--AG----GCGTG-------CGAATG----------CAAC-ACCC---CG----C--T--CG------CCCC---------AA-CTTGATA---T--ATATT----------ACAAC--TG---TTAATGATTAGCTCAAAA-T-CATTTTAATTGAGTCTTCAG-CGAA--TTTC---TTCACA-TT-CAAAG-A------------T-AAT-----TT---------------C-----CAA---------AT--GA-----------T-taagaatcattagaatatgtatatccggcattttttatcatgtcatgtcga
gi|5 : G-CCTGCA-CCAAGAA-TT------------TTG-TGA-----------AACGGG-GTG----------CG------GGAT-----TTTA-G--TC-G----A-----GATA---TAA-C---AGTCGATGATCAGCTCTGAG--TTAAACTCG-ACTT-----T---------GAT-AATTCA-------TTTGTTTTTTAATTG---------------A------T--GG----GGACC-------C----C----------C--C-CCCC---C-----C--TTATA------TACG---------GG-CCTGAGT--------------------------------------GATAAA----------CGTA--AA--GCGTCTTTAC-TAAA-TTTTT---GTCAAATAT-C-GAG-A------------T-AAT-----TCAAATA----------TT---TTAA---------AA--AA-----------TGCAATG--------TTCAGATTGACACT--TT-ATATCAATAGTTA-AG-TTT--GCTTT---TTTGCAAAGCGC-GGT-GGGGG-TGGGGGTGGGGGGCG----AACACA-------------C------------CCTTCGCACTC----CCCTC----T-GTGTACGGGCC------TGAATTGAATTGTtttacataagccgaatcccgattgacaattagaacacattgttgccattg
gi|6 : aaaatagGCAGGCCCGTG-CC-AGCC-TT------------ATG-TGG-----------AAGGGG-TCG----------CG-------GAT-----CATA-----C-G----AGTT--AAT----TTA-T---A-TCAATGTTCAG-----A---TGAAATCCG-AATT-----T----------AT-AGTGCATTTGC--TTT----------TGC--------------A------G--GA----AGTCGAATCCCAC----C----------C--C-ACCC---C-----C--T-CTGCCCTGTTACGACCCGCCCCGGCCCTGAAA---T--A---T----------AT-AC--GAAATTCAC-----AA--TGGAA-TCCGTATTAAATGCGTCTTGGGCCAAACTTTTCATTTCCAGT-AT-TAAAG-A------------GAAATTTATATT---------------CT---GTAAAATTACATTAT--TA-----------T-CAATATAGTCAGTTTCAGAGTGAAAACATTG-ATTTTAA-ATTGC-CT-TTtgtaaccgtaaacatgca
gi|7 : TG----------CA------AGAT-----TTTC-G--GCCA----AATT--AAT----TAA-TG--AGTCAATGTACAG-----AAGCTAAAATCCG-ACTTGATATT---------GAA-AGTGCA-------TTTGCTTTT----TGC--------------AAAAAAGG--GG----GGGTA-------T----GAACCCCACACC--C-ACCC---CA----CAGT-TTG------TACG---------GG-CCTGACC---TTGA---TT---------ACAAC--GG---------ATAAA--TAAAA-TCCGTATTAA-TGCATC--------AA-T------------A-TT-TGATGTA------------A-AAT-----T------------------------G---------AT--AG-----------T-CAATG--------TTCATAGTGAAA---------------AGTAT-A--TTG--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGTG-T-----------GCGTTGCAACTCA-------------C------------C-------CCC----CCCCC----atcggcgagcggaggtaatg
gi|8 : catgaaacacgctgtG-CCCATT-CCCAGAT-TG------------CTG-TGG-----------AGGGCG-TTG----------CG------AAAT-----GTTA-G--GC-A----AATT--AAT----TAA-A---AGTCAATAAACAC-----TT--TGAAATCTG-AGTT-----T---------GAT-AGTGCACTTTGGTTTT----------TGC--------------A------A--GAGTACGAATG-------C----A----------C--CTACCTCCAC-----C--T-GTG------TA-G---------AG-TTTAACC---TG-A---T----------ACAGG--AA---ACATGGACAAA--T-AAA-TTCGTATTAATTGCGTCTT--A-C----------------AA-TT-CAAAG-A------------A-AAT-----TTATATCTG--------TT---GTAA---------AT--TACTAACTAGAAGT-CAATA--------TTCAGAGTAAAATC--CT-ACTTTAATAGTGC-AT-TTT--GCTTTGAACT--------G---G--GGGAG-T-----------Gcctcccttggactggactagtgtatttgaaactgcagttcatcc
gi|9 : cagG-CCCGTA-CTCAGAC-AT------------TTG-TG--------------------TG----------CG------AGAT-----TATA-G--GC-A----CATT--AAT----CAA-T---AGTCAATGTACAG-----AA--TAAAATCCG-ACTT-----A---------AAT-GGTGCA-------TTT----------TGCTTTTTGCAGAGGG-A------G--GG----GGGT------------------------------------------------TG------AACGCA-------GG-CCCGACT---TG-A---T----------GCAAT--GT---GCACGGATAAA--TGAAA-TCGGTATTAATTGGGTCCTGAG-CAAA-TTTTC---TTCATA-TT-CAAAG-A------------GAAAT-----TT---------------gggttg
blockSeqs : G TCCCCTCTCTTGAT A A TAC G TAA ATTA A C G C T AAGTCTATATCA A TGTTGATTCAC A TG AGGATAGAGA TATGCA GTGTT G TT GTGTT TG ATAC T TGC CTCTGAG A TTTTTTTAAA C CTTTGGT GCTTTTTGCAAAAAAGGGGGGGTATGAACCCCACACCCACCCCACAGTTTGTACG C TGATGTACAAGTCA GAAATT CG CTCA A C T A T C CCA CTT ATTTCCAGTA T T TTTATGTTTCCTGT TTATA ATATCTGTTGTAAATTACTAACTAGAAG G ATAGTCAGT C T ATTG TAAT T A TA GAA TGCAAAGC A GTA C GGGGGTGGGGG TTGC CCCCTCACACACCCC CACA TCCG G G CACTTT AATTG
blockSeqs : . ACCCCGTTGA G . T C . C . . T . . . . . G G . . . . . CA . A T G AAGC . GATATT . TTTGC TGCAGGAAGTCGAATCCCACCCCACCCCCTCTGCCCTGTTACGACCCGCCCC . TGGTAT ATGGA CG TTA . A T G T C TA TT GTCAAATA . . GA . ACAACTTTACATTTGCTGTAAATCA . G G T CGA GAAT . . . . . . GT . . . CTTAACAACAACAC . ACT . T . TATT
blockSeqs : G . A . . G . . . . . A G . . . . . A . . . . AA . TC . . TACTTTGGGTTGAGGGGAGGGGGGGGGTCCCCCCCTTCTCCTGAGTATG . TATATT GGG CG CC . C T C T C CC TG TTTCAAA . . GA . CTGTAAAATTACATTATTA . G A T TG TAAT . . . . . . G . . . CCCTGCACCCCC . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G G . . . . . C . . . . AG . T . . TGCTTTTTGCAAGGGGGGGGGCACCCCCACCCCCTATGTACG . TTGATT TAA CG TA . C T A T T CA TT TTCACAT . . G . ATATTTGCTGTGAATTA . G G T CG TAAC . . . . . . G . . . CCCTTCGCA . . . G .
blockSeqs : . . . . . . T G . . . . . G . . . . AG . T . . GTTTTTTAATTGATGGGGACCCCCCCCCCCCTTATATACG . TGAT GGA AT AA . C A C T C CG TT TTCATAT . . G . AAATATTTTAAAAAA . G G C TG CAAT . . . . . . A . . . CC . . . T .
blockSeqs : . . . . . . G G . . . . . G . . . . AG . C . . TGCAAGAGTACGAATGCACCTACCTCCACCTGTGTAG . TGAT TGT TG TA . C T C T T TA TT TCAAGC . . G . CTATAAATGATAA . G A T CG TAAT . . . . . . G . . . CC . . . G .
blockSeqs : . . . . . . G A . . . . . A . . . . AC . T . . TGCAGAGGCGTGCGAATGCAACACCCCGCTCGCCCC . TGAT AAA CG TG . T T C T G CA T TTT . . G . CTTGCATGAATAG . G A T CG TAT . . . . . . G . . . CC . . . T .
blockSeqs : . . . . . . A G . . . . . A . . . . AG . T . . TGCTTTTTGCAGAGGGAGGGGGGTTGAACGCA . GAT GTG G TA . C . C C G C T AAT . . T . CAGTAAATTT . G A T CA AAT . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G T . . . . . A . . . . AG . T . . TGCTTTTAGCAGGGGGTGCGAAC . TAT GA C TG . . . G . . . . AT . . T . CCAAATGA . A G T CA TAT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G T . . . . . A . . . . AG . T . . . T GG . T . . . . . . . . AT . . A . GATAG . . G C TT TAA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . G . . . . TT . T . . . . . . . . . A . . . G A CT TA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . AA . A . . . G T G AT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . A . . . . A . C T . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TGAT***************** ATATTTGCGTAAATNA**********************************
originalCons : TCAACA-TAGAAAGAAGGTGCA-CCCC-----TTGA-CGTANACTTGAAATGTTGTTACTTATTGAT-TAC-TTTTTGAACTGAAGCC---TTTGTAA---ATATGGCGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCCGTA-CCCAGAC-TT------------TTG-TGG-----------AGGGGG-GTG----------CG------AGAT-----TTTA-G--GC-G----AATT--GAT----TAA-T---AGTCAATGTACAG-----AG--TGAAATCCG-ACTT-----T---------AAT-AGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------G--GG----GGGTG-------C----G----------C--C-ACCC---C-----C--T-GTG------TACG---------GG-CCTGACT---T--A---T----------ACAAC--GG---NCACGGATAAA--TAAAA-TCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAAA-TTTTC---TTCAAA-NT-CAAAG-A------------G-AAT-----TT---------------CT---GTAA---------AT--TA-----------T-CAATG--------TTCAGAGTGAAATC--CG-ACTTTAATAGTGC-AT-TTT--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGGG-T-----------GCG----AACGCA-------------C------------C-------CCC----CCCCC----T-GGGTACGGGCC------TGTATT-AATTGTATT
finalCons : TCAACA-TAGAAAGAAGGTGCA-CCCC-----TTGA-CGTANACTTGAAATGTTGTTACTTATTGAT-TAC-TTTTTGAACTGAAGCC---TTTGTAA---ATATGGCGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCCGTA-CCCAGAC-TT------------TTG-TGG-----------AGGGGG-GTG----------CG------AGAT-----TTTA-G--GC-G----AATT--GAT----TAA-T---AGTCAATGTACAG-----AG--TGAAATCCG-ACTT-----T---------AAT-AGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------G--GG----GGGTG-------C----G----------C--C-ACCC---C-----C--T-GTG------TACG---------GG-CCTGACTTGAT-----------------ACAAC--GG---NCACGGATAAA--TAAAA-TCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAAA-TTTTC---TTCAAA-NT-CAAAG-A------------G-AAT-----TTATATTTGCGTAAATNA----------------------------------T-CAATG--------TTCAGAGTGAAATC--CG-ACTTTAATAGTGC-AT-TTT--GCTTT---TT--------GC-AG--GGGGG-T-----------GCG----AACGCA-------------C------------C-------CCC----CCCCC----T-GGGTACGGGCC------TGTATT-AATTGTATT
Alignments
lowQualScore : 1 666666666666666 11111 111 1111 111111111111 11111111111 1111111111 222222222222222 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 111111111111111111 11111111 11111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111 11111111 111 11111111111 6666666666666666666666666666666666 1111 111111 22222
lowQualScore : 3 777777777777777 1 7 55555 5 0 444 9999 0 8 8 8 3 3 555555555555 2 33333333333 0 1 44 1111111111 777777 66666 2 33 999999 33 8888 5 777 666666666 2 000000000000000 2 6666666 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0000000 55 3 44 999999999999999999 6 55555555 33 99999 3 55 2 1 1 4 666 555 44444444444 3 0 3 6 44 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555555555 2 2 4444 333 2 2 555 22222222 3 111 3 55555555555 8888 9999999999999999999999999999999999 9999 7777 5 1 444444 11111 0
lowQualScore : . ............... . . ..... . . ... .... . . . . . . ............ . ........... . . .. .......... ...... ..... . .. ...... .. .... . ... ......... . ............... . ....... ..................................................................................................... ....... .. . .. .................. . ........ .. ..... . .. . . . . ... ... ........... . . . . .. .............................................................. ......... . . .... ... . . ... ........ . ... . ........... .... .................................. .... .... . . ...... ..... .
lowQualScore : 3 333333333333333 0 3 88888 0 8 000 6666 8 0 0 6 1 1 888888888888 9 66666666666 6 7 77 7777777777 777777 77777 7 77 666666 77 3333 3 333 666666666 9 666666666666666 7 4444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222 00 3 66 888888888888888888 7 88888888 55 33333 3 66 2 4 3 3 777 555 88888888888 3 3 3 7 66 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222 2 0 4444 666 7 7 444 11111111 3 888 3 88888888888 5555 4444444444444444444444444444444444 4444 2222 0 4 444444 11111 2
consensus : TCAACA-TAGAAAGAAGGTGCA-CCCC-----TTGA-CGTANACTTGAAATGTTGTTACTTATTGAT-TAC-TTTTTGAACTGAAGCC---TTTGTAA---ATATGGCGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCCGTA-CCCAGAC-TT------------TTG-TGG-----------AGGGGG-GTG----------CG------AGAT-----TTTA-G--GC-G----AATT--GAT----TAA-T---AGTCAATGTACAG-----AG--TGAAATCCG-ACTT-----T---------AAT-AGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------G--GG----GGGTG-------C----G----------CC-ACCC---C-----C--T-GTG------TACG--G---GCCT--GAC-TTG--A-------T----------ACA-AC--GG---NCACGGATAAA--T-AAAA-TCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAAA-TTTTC---TTCAAA-TT-CAAAG-AG-AATTT--ATA--------T---------------TTG-C-GTAA---------ATNA-----------T---CAATG--------TTCAGAGTGAAATC--CGACTTTAATAGTGC-AT-TTTGCTTT---TT--------GC-AG--GGGGG-T-----------GCG----AACGCA-------------C------------C-------CCC----CCCCC----T-GGGTACGGGCC------TGTATT-AATTGTATT
Reference ( family-4235 ) : TCAACA-TAGAAAGAAGGTGCA-CCCC-----TTGA-CGTANACTTGAAATGTTGTTACTTATTGAT-TAC-TTTTTGAACTGAAGCC---TTTGTAA---ATATGGCGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCCGTA-CCCAGAC-TT------------TTG-TGG-----------AGGGGG-GTG----------CG------AGAT-----TTTA-G--GC-G----AATT--GAT----TAA-T---AGTCAATGTACAG-----AG--TGAAATCCG-ACTT-----T---------AAT-AGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------G--GG----GGGTG-------C----G----------CC-ACCC---C-----C--T-GTG------TACG--G---GCCT--GAC-TTG--A-------T----------ACA-AC--GG---NCACGGATAAA--T-AAAA-TCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAAA-TTTTC---TTCAAA-NT-CAAAG-AG-AATTT--ATA--------T---------------TTG-C-GTAA---------ATNA-----------T---CAATG--------TTCAGAGTGAAATC--CGACTTTAATAGTGC-AT-TTTGCTTT---TT--------GC-AG--GGGGG-T-----------GCG----AACGCA-------------C------------C-------CCC----CCCCC----T-GGGTACGGGCC------TGTATT-AATTGTATT
gi|1 : TCAAGA-TAGAAAGAAGGTGCA-C--------------ATACCCTTGAAATGTTGTTACTCATTGATATACATTTTTGAACTGAAGTC---TTTGTAA---ATATGGTGTGCACCCTCTT-CA-AAAGCAG-CCTGTA-CCCAGAC-TT------------TTG-AGG-----------AGGGAG-GTG----------TG------ATAT-----TTTA-A--GC-A----AATT--GAT----TAA-T---AGTCAATGTACAG-----TA--TGAAATCTG-ACTT-----G---------AAC-AGTGCA-------TTT----------TGC--------------A------G--TG----GGGTG-------C----G----------CC-ACCC---C-----C--T-GTG------TACG--G---TCCT--GAC-TT---A-------T----------ACA-AC--GG---TCATGGATAAA--T-AAAA-TCCGTATTAATTGCGTCTTCAG-CAGA-TTTTC---TTCAAA-AA-CAAAG-AG-AATTT--CT-------------------------------GTAA---------ATTA-----------C---CAATC--------TTCAGAGTAAAATT--TGACTTTAATAGTAC-AT-TTTGTTGC---TT--------GC-AG--GGGGG-T-----------ACG----TACGCA-------------C------------C-------CCT----CCCCC----T-GGGTACGGGCC------TGGA---AATTATGTT
gi|10 : ----------CC-ACCC---C-----T--T-GTG------TAAC--G---CCCT--AAC-T-G--A-------T----------ACA-AC--G----ACA-GGATAGA--TTAAAG-TCCGTGTTAATTGAGTC-TCAG-TAAA-TTTTC---TTTCAA-AT-CAA---AG-AATTT--ATA--------T---------------Tacattcggcacatcattctatgacttattgcagtgaaacattctc
gi|10 : -GTAA---------ATTT-----------T---C--T---------TTCAAA-TCAAA-----GAATTTA-TATTGCTGTATTTGATTT---TT--------GC-AG--GCGGG-T-----------GTT----AATGCA-------------CTTAACAACAACAC-------CCC----CCCCCTCCGT-GGGTACGGGCC------Tgctgtatttgatttttgcaggcgggtgttaatgcacttaacaacaacaccccccccctccgtgggtacgggcct
gi|11 : ccaccccttgtgtaacgccctaactgatacaacgacaggatagattaaagtccgtgttaattgagtctca---------ATAG-----------T---CAAAG--------TTCAGAGTGAAATC--TGACTTTAATCGTGC-AT-TTCGCTTT---TT--------GC-AG--GGGGA-T-----------GCG----AATGCA-----------------------------------------CCCCT----T-GTGTACGGGCC------TG
gi|12 : AC-CTG--C-------T----------TCA-ACATGG---ACACGGATAAA--C-CAAA-TATGTATTAATTGGATTTTCAA-CCAA-TGTTC---T-CAAG-CTTCAAAG-AG-AATTT--ACAACTTTACAT---------------TTG-CTGTAA---------ATCA-----------T---TAATG--------TTCAGAATAAAATC--CGACTTGAATAGTGC-AT-TTTGCTTatagagaaagctctttcaagttggagaagtaatcgttatcagtgtcttacaaattatggatggatgtcaacaag
gi|13 : GTA-CCCAGAC-TT------------TTG-AGG-----------AAGGAG-GTG----------CA------ATAT-----TTTA-G--GC-A----AATT--GAT----TAT-T---AGTCAATGTAGAG-----AA--TGAAATCCG-ACTT-----T---------AAC-AGTGCC-------TTT----------TGCA-------------A------A--GG----GGGTG-------C----G----------
gi|14 : aggcccatacgTCAACA-TAGAAAGAAGGTGCA-TCCCCTCTCTTGATCGTAAACTTGAAATGGTTTTAATT-TTGAT-TAC-TTTTTGAACTGAAGCCTAATTCGTAA---CTATGACGTGCACCCTCTTAGA-AAGGCAG-GCCGaagtataagcatcgatgtcacctatacaagttt
gi|15 : AAACAGGTCTGTT-CGCAGAC-GT------------TTA-TGG-----------AGGGGT-GTG----------TG------GGTT-----TTTA-G--GA-GTGTTAATT--AATATACTAG-T---AGTCCATGTTCAG-----AG--TGAAATCGG-ACTT-----T---------AATCAG-GCG-------TAT----------TGC--------------aa
gi|16 : tctTGGAATC--TGACTTTA---GTAC-AT-TTTGCTTT---TT--------AC-A---GCGGG-T-----------GCG----AATGCA-------------C------------C-------CCTCACACCCCC----T-GAGTATTGGCCCACTTTTGTATT-AATTTTAtttt
gi|17 : ttggaG-CCTGTA-CCCAGAC-TT------------TGG-AGG-----------AGGGAG-GTG----------CG------ATAT-----TT-A-G--GC-C----AATT--GAT----TGA-T---AATCAATGTACAG-----AG--T-AAATCTG-ACTT-----C---------AAC-ATTGCC-------TTT----------T-C--------------A------G--GG----GGG-G-------C----G----------aaaatgcagctgtatgcac
gi|18 : agAGTGAAATC--CGACTT-AATAGTGC-GT-TTTGCTTT---TA--------GC-A---GGGGG-T-----------GCG----AACGC
gi|18 : tcaaatttgt-----AG--TGAAATCCG-ACTT---------------AAT-AGTGCG-------TTT----------TGCTTTT----------A------GCAGG----GGGTG-------C----G-------------A---------------------------AC-------GCCT--GAC-TTG--G-------T----------ATGTAA--GG---GGACGGATAAA--T-AGCA-TCCGctgacttggtatgtaaggggacggataaatagcatccg
gi|19 : tcaaatttgtTCAGA-TT-TCAAG-AG-AATTT--ATA--------TCATATTTACTATAAATTA-CTATAA---------ATGA-----------TAATCATTG--------TTCAGAGTAAAACC--CGACATTAATAGTAC-AT-TTTGCTTT---
gi|2 : G-CCCGTA-CCCAGGCTTT------------TTA-TGG-----------A-GGGG-GTG----------CC------GAAT-----TTTA-G--GT-G----AGTT--GAT----TAA-T---TGTCAGTATTCAG-----AC--TG-AATTCG-AC-T-----T---------AAT-A
gi|2 : gCAAAGTAAAATG--C-ACT---ATAGTGC-A----TGCATA---TT--------GC-AGTAGGGGG-T-----------Gtcaccccctactgcaatatgcatgcactatagtgcattttactttgggttgaggggagggggggggtcccccccttctcctgagtatgggcctgcttgatgtacaagtcaacaactaacacggataaaaaaaaatatattgattgcatcttcagcatattttctttttgaggatttatgtttcctgtaatttcttgcatgaatagtcaatgtccaggataaaatccaactttgtgtattttgctttttgcagggggtgtaaatgcacccctcacacacccccccccccctggggtatgggcctgtatactggagtttcatca
gi|2 : ggcccgtacccaggctttttatggagggggtgccgaattttaggtgagttgattaattgtcagtattcagactgaattcgacttaatatAT-AGTGCA-------TTT----------TACTTTGGGTTGAGGGGA------G--GG----GGGGG-------G----T----------CC-CCCC---CTTCTCC--T-GAG------TATG--G---GCCT--G-C-TTG--A-------TGTACAAGTCAACA-AC--TA---ACACGGATAAA--A-AAAAAT--ATATTGATTGCATCTTCAG-CATA-TTTTC---TTT----TT-----G-AG-GATTT--ATG--------TTTCCTGTAATTTC--TTG-C-ATGA---------ATAG-----------T---CAATG--------TCCAGGATAAAATC--CAACTTT----GTGT-AT-TTTGCTTT---TT--------GC-A---GGGGG-T-----------GTA----AATGCACCCCTCACACACCC------------C-------CCC----CCCCC----TGGGGTATGGGCC------TGTATggttgaggggagggggggggtcccccccttctcctgagtatgggcctgcttgatgtacaagtcaacaactaacacggataaaaaaaaatatattgattgcatcttcagcatattttctttttgaggatttatgtttcctgtaatttcttgcatgaatagtcaatgtccaggataaaatccaactttgtgtattttgctttttgcagggggtgtaaatgcacccctcacacacccccccccccctggggtatgggcctgtatactggagtttcatca
gi|20 : ggcccgtacccaggctttttatggagggggtgccgaattttaggtgagttgattaattgtcagtattcagactgaattcgacttaatatcaccccctactgcaatatgcatgcactG-TGG-----------AGGGTGTGTG----------TG------GGAT-----TTTA-G--GC-G----AGT----AT----CAA-T---AGTAAATGTTCAG-----AG--TGAAATCCGAACTT-----T---------AAC-AGTGCA-------TTT----------actggagtttcatca
gi|21 : -TTTTTCAATTGAAGCC---TTTTTAA----TATAACGTGCATCCTCTT-CA-AAAGTAG-ctagctttttg
gi|22 : tGTGC-AT-TTTGCTCT---TT--------GC-AA--GGGGGCT-----------GCA----AACGCACCCTGCACCC---C------------C-------CCC----CCCCC----T-ATACACGTGCC------TGTAgacaaaatgatgttacattcgacaaccgattt
gi|23 : -CCCG-A-CTCAGAA-TT------------TGC-TGG-----------AGCGGG--TG----------CG------AG-T-----TTT--GTTGC-A----CATT--AAT----CAATT---AGGTTATGTACAG-----
gi|24 : TCAACAGTAGAAAGAAGGTGCAACCCCG----TTGA-CGTAGACTTGAAATGTTGTTACTTATTga
gi|25 : aG-CCGGTA-CCCAGA------------------G-T---------------------TG----------TG------AGAT-----TTTT-G--GC-A----AATT--GAT----TAA-TTGCAGTCAATGTACAG-----atctctt
gi|26 : agAT-TTTTTGAAC-GTAACC---TTTGTAA---ATATGGCATACACCCTCTT-CA-AAAGCA
gi|3 : tatac-CCCGTA-CCCAGAC-AT------------TTG-TGG-----------AGGGGT-GTG----------TGTATGCAAGAT-----TT-A-G--GC-A----CATT--GAT----TAA-T---CATCAATGTACAG-----AG--TAAAATCC--ATTT-----TTTTTTTAAAAAT-AGTACA-------TTT----------TGCTTTTTGCA------A------G--GG----GGGGGGCAC---C----C----------CC-ACCC---C-----C--T-ATG------TACG--G---GCCT---AC-TTG--A-------T----------ACA-AC--GG---ATACGGGTAAA--T-AAAA-CC-------------TCTTTAG-------------------A-TT-CAAAG-GG-AATTC--ATA--------T---------------TTG-CTGTGA---------ATTA-----------C---TAA----------TTAATAGT--CATC--CAATTTT-ATAGTGC-AT-TTTGCTTT---AT--------GCAAG--GGGGG-G-----------GGG----GACGCA-------------C------------C-------CCA----CCCCCACT-T-GGGTACGGGCC------CG------ATTGTATTtac
gi|4 : tcaggtTTGAT-T----TTTT--ACTTAAGCT---TTTGTAAATTATATGGTGTTC-TCCTCTT-CACAAATCAATCCCGTGCCCCAGAC-TCAAGTCTATATCATTGATGGTGTTGATTCACAGGGAG-ATGAGGATAGAGATG------AGATGTGTTTTTAGG--GT-A----AATTTGAAT----TAATT---AGT-AGTGAATAG-----AG--TGAATT--G-ACTT-----TC--------AAC-AGTGCC-------GTT----------TGC--------------A------G--AG----GCGTG-------CGAATG----------CA-ACAC---C-----C--C-GCT------CGC--------CCC--AAC-TTG--ATATATATT----------ACA-AC--TG---TTAATGATTAGCTC-AAAA-T-CATTTTAATTGAGTCTTCAG-CGAA--TTTC---TTCACA-TT-CAAAG-AT-AATTT--taagaatcattagaatatgtatatccggcattttttatcatgtcatgtcga
gi|5 : G-CCTGCA-CCAAGAA-TT------------TTG-TGA-----------AACGGG-GTG----------CG------GGAT-----TTTA-G--TC-G----A-----GATA---TAA-C---AGTCGATGATCAGCTCTGAG--TTAAACTCG-ACTT-----T---------GAT-AATTCA-------TTTGTTTTTTAATTG---------------A------T--GG----GGACC-------C----C----------CC-CCCC---C-----C--TTATA------TACG--G---GCCT--GA--GTG--A-------T----------A-A-AC--G-----------TAAA---------------------GCGTCTTTAC-TAAA-TTTTT---GTCAAATAT-C-GAG-AT-AATTCAAATA--------T---------------TT-----TAA---------AAAA-----------TG--CAATG--------TTCAGATTGACACT--TTATATCAATAGTTA-AG-TTTGCTTT---TTTGCAAAGCGC-GGT-GGGGG-TGGGGGTGGGGGGCG----AACACA-------------C------------CCTTCGCACTC----CCCTC----T-GTGTACGGGCC------TGAATTGAATTGTccaaatgattttacataagccgaatcccgattgacaattagaacacattgttgccattg
gi|6 : aaaatagGCAGGCCCGTG-CC-AGCC-TT------------ATG-TGG-----------AAGGGG-TCG----------CG-------GAT-----CATA-----C-G----AGTT--AAT----TTA-T---A-TCAATGTTCAG-----A---TGAAATCCG-AATT-----T----------AT-AGTGCATTTGC--TTT----------TGC--------------A------G--GA----AGTCGAATCCCAC----C----------CC-ACCC---C-----C--T-CTGCCCTGTTACG--ACCCGCCCCGGCC-CTGAAA-------T----------ATATAC--GAAATTCAC-----AA--T-GGAA-TCCGTATTAAATGCGTCTTGGGCCAAACTTTTCATTTCCAGT-AT-TAAAG-AGAAATTT--ATA--------T---------------TC--T-GTAAAATTACATTATTA-----------T---CAATATAGTCAGTTTCAGAGTGAAAACATTGATTTTAA-ATTGC-CT-TTtgtaaccgtaaacatgca
gi|7 : TG----------CA------AGAT-----TTTC-G--GCCA----AATT--AAT----TAA-TG--AGTCAATGTACAG-----AAGCTAAAATCCG-ACTTGATATT---------GAA-AGTGCA-------TTTGCTTTT----TGC--------------AAAAAAGG--GG----GGGTA-------T----GAACCCCACACCC-ACCC---CA----CAGT-TTG------TACG--G---GCCT--GACCTTG--A-------TT---------ACA-AC--GG---------ATAAA--T-AAAA-TCCGTATTAA-TGCATC--------AA-T------------A-TT-TGATGTAA-AATTG--ATA----------------------------------------------G-----------T---CAATG--------TTCATAGTGAAA--------------AGTAT-A--TTGGCTTT---TT--------GC-AG--GGGTG-T-----------GCGTTGCAACTCA-------------C------------C-------CCC----CCCCC----atcggcgagcggaggtaatg
gi|8 : catgaaacacgctgtG-CCCATT-CCCAGAT-TG------------CTG-TGG-----------AGGGCG-TTG----------CG------AAAT-----GTTA-G--GC-A----AATT--AAT----TAA-A---AGTCAATAAACAC-----TT--TGAAATCTG-AGTT-----T---------GAT-AGTGCACTTTGGTTTT----------TGC--------------A------A--GAGTACGAATG-------C----A----------CCTACCTCCAC-----C--T-GTG------TA-G--A---GTTT--AAC-CTG--A-------T----------ACA-GG--AA---ACATGGACAAA--T--AAA-TTCGTATTAATTGCGTCTT--A-C----------------AA-TT-CAAAG-AA-AATTT--ATA--------T---------------CTGTT-GTAA---------ATTACTAACTAGAAGT---CAATA--------TTCAGAGTAAAATC--CTACTTTAATAGTGC-AT-TTTGCTTTGAACT--------G---G--GGGAG-T-----------Gcctcccttggactggactagtgtatttgaaactgcagttcatcc
gi|9 : cagG-CCCGTA-CTCAGAC-AT------------TTG-TG--------------------TG----------CG------AGAT-----TATA-G--GC-A----CATT--AAT----CAA-T---AGTCAATGTACAG-----AA--TAAAATCCG-ACTT-----A---------AAT-GGTGCA-------TTT----------TGCTTTTTGCAGAGGG-A------G--GG----GGGT----------------------------------------------TG------AACGCAG---GCCC--GAC-TTG--A-------T----------GCA-AT--GT---GCACGGATAAA--T-GAAA-TCGGTATTAATTGGGTCCTGAG-CAAA-TTTTC---TTCATA-TT-CAAAG-AGAAATTT--ATT--------T---------------TCG-C-gggttg