lowQualScore : 11111111111111 1111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 2 222 1 11 1 1 3333333 1 44444444444444 1111 1 11 11 3333333 11 11 22222 33333333 222222 3 11 11 22222222 111 11 222222 11 2222 1111 22222 55555555555555555555555555555555555555555555 11 22 2222222 1111 0000000000000000000000000000000000 11 1 11111 11111 4444444444444444 1111 222 11111111 111 222222 222222 222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 11 222 1111 11 22222222 1111 222222222222 0000000000000000 1111 22222222222 22222222 111111 111 1 111 77777777777777777777777777 11 2 555555555555555555555555555555555555555555555 11 11
lowQualScore : 2 33 0 777 0 33 0 4 0 2222222 0 22222222222222 1 0 9999 33 0 33 00 8 4444444 11 9 22 55555 66666666 3 888888 1 0 44 2 3 2 0 444 33 66666666 3 2 999 33 55 8 1 6 6 6 222222 8 33 1111 6 7777 00000 3 0 11111111111111111111111111111111111111111111 88 0 11 5 22 1111111 7777 0 7777777777777777777777777777777777 00 3 99 77777 55555 0000000000000000 6 6666 555 2 6 88888888 6 6 2 111 222222 0 555555 8 333333 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 444 11 88 222 8 8 6666 0 11 8 66666666 6 4444 555555555555 6 88 6 99 6666666666666666 1111 1 3 99 99 66666666666 33333333 3 555555 111 3 111 99999999999999999999999999 22 1 9 0 111111111111111111111111111111111111111111111 66 3 0 33 2 11
lowQualScore : . .. . ... . .. . . . ....... . .............. . . .... .. . .. .. . ....... .. . .. ..... ........ . ...... . . .. . . . . ... .. ........ . . ... .. .. . . . . . ...... . .. .... . .... ..... . . ............................................ .. . .. . .. ....... .... . .................................. .. . .. ..... ..... ................ . .... ... . . ........ . . . ... ...... . ...... . ...... . ............................................................................................................................................................. .. ... .. .. ... . . .... . .. . ........ . .... ............ . .. . .. ................ .... . . .. .. ........... ........ . ...... ... . ... .......................... .. . . . ............................................. .. . . .. . ..
lowQualScore : 0 88 0 555 0 88 0 2 5 5555555 0 55555555555555 2 2 5555 00 0 88 22 0 0000000 00 0 00 00000 22222222 2 888888 2 0 55 5 0 5 8 555 88 22222222 2 5 000 88 55 0 0 7 7 7 777777 0 00 2222 4 0000 00000 0 8 88888888888888888888888888888888888888888888 44 7 00 2 00 0000000 0000 8 7777777777777777777777777777777777 00 3 22 55555 22222 2222222222222222 7 5555 000 5 7 22222222 7 7 5 777 000000 8 222222 0 000000 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88 000 00 88 000 0 0 2222 6 00 0 66666666 7 2222 555555555555 7 88 7 22 5555555555555555 2222 7 2 88 22 88888888888 55555555 2 000000 777 3 777 33333333333333333333333333 77 0 0 0 444444444444444444444444444444444444444444444 55 2 2 88 5 22
consensus : TGCTGTTGACCA--GAAATATCCGAAAAAGG--TATCCCA-TTACTA--AAT-GTTGTAGTCATCGAGTTCTCGCT-------TTG-ATTNTTGCATTCTTTGGATGTAAATCGCAGTAAACGGGCT---AGCTCTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCCAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAGATTT------GGATAGTAAAAANTCCAAATCCGCAGNTTTGAGTCCAGATAGGNT--GTGTAAT---A--C-ATACACACATTTTT--TTTNGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC--GGCAAGGACAAAATC-GCTG-GTTTTGTTTACATNCATG----CCGGAT-----AGCCATAA--------CAGT-------CAA--C------G--TTACGCA---CCGGTACATTCCA--TTGCGGGACAGAGCATTG--GTATGAACCAC--CAGCAGCACAG------T------------T-------------GTGA-CAGC-ACAG--TTT---A-TA-C-C-AAACANG----AAANNN----GCTTTTT---ACA---AGAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGAA---AT---GG-CATCTATT--C---ACT-AAT------AACTT-TTGGAA-------TGC--GGAATAA-------CG---------------TGGAAG--------AGC------A--------TA--TCTCCTAC-GTACGATC-CTATGG--TCGCA----GTC--CT-CAGCTTGTAT-GA----CA------G-A-----AAGCGGT---GACA--TT-TTCCTCG--CCT-GGACC-AGTTTTGG---CATCTCC--TG-A--CA----TTG-ACA----ACA----GA-----CAA-AC-TT-G--CTTCAC---AA-T---------AACCAA--C-AGAAGATGT-TT--TCAA-----TC----AGCAT-AT-CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TCTG--------GTG-CAAA-G---CAC-ATCACCAGCCTGGACGCGGATAGGCNTTGCCGCCCCTNTGGCAACAAATGGTG-TCCGTCGAA-CG-TTAATTACAAAGAATC--AAGC-TCCAGTGG
Reference ( gi|2 ) : TGCCGTTGACCA--GAAATATC-GAAAAAG---TATCCCA-TTACTA--AAT-GCTGTTGTCATCGAGTTCTCGCT-------TTG-ATT--------------ATGTAAATCGCAGTAAACGGACT---GGCTTTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAATGTAACCAAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGT-AAATTTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--C-ATACACATATTTTT--TTTTGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC--AGCAAGGACAAAATT-GCTG-GTTTTGTTGACATGCATG----CTGGAT-----GGCTATAA--------CAGT-------CAA--C------G--TTACACA---CCATTGCATTCCA--TTACA--ACAGAGCAT-G--ATCTGAACC-C--CAGCAGCACA-------T------------T-------------GTGG-CAGC-ACAG--TTT---A-TA-C-C-AAACATG----AAAGCA----GCTGTTT---GCA---AAAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGAA---AT---GA-CATCCATT--C---ACT-AAT------AACTT-TTGGAA-------TAC--GGAATAA-------CG---------------TGGAAG--------AAC------A--------TA--TCTCCTAC-GTACAATC-CTACG---TCACA----GTC--CT-CAGCTT-----------CA------G-A-----AAGCGAT---GACA--TT-TTCCTC---CCT-GGACC-AGTTTTGG---TATCTCC--TG-A--CA----TTG-ACA----ACA----GA-----AAA-AC-CT-G--CTTCAC---AATT-TTTTTTTCAACCAA--C-AGAAGATGT-TT--TCAA-----TC----AGCAT-AT-CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TCTA--------GTGTCGAA-GG--CAC-ATCGCCAGTCTGAAT-TGGATA--C-------TCCTCTTGGCAACGAATGATA-TGCGTCAGATCGGTTAATTACAAAGAATC--AAGC-TCCAGTGG
gi|3 : TGCCGTTGACCA--GAAATATC-GAAAAAG---TATCCCA-TTACTA--AAT-GCTGTTGTCATCGAGTTCTCGCT-------TTG-ATT--------------ATGTAAATCGCAGTAAACGGACT---GGCTTTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAATGTAAC-AAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGT-AAATTTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--C-ATACACATATTTTT--TTTTGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC--AGCAAGGACAAAATT-GCTG-GTTTTGTTGACATGCATG----CTGGAT-----GGCTATAA--------CAGT-------CAA--C------G--TTACACA---CCATTGCATTCCA--TTACA--ACAGAGCAT-G--ATCTGAACC-C--CAGCAGCACA-------T------------T-------------GTGG-CAGC-ACAG--TTT---A-TA---C-AAA-ATG----AAAGCA----GCTGTTT---GCA---AAAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGAA---AT---GA-CATCCATT--C---ACT-AAT------AACTT-TTGGAA-------TAC--GGAATAA-------CG---------------TGGAAG--------AAC------A--------TA--TCTCCTAC-GTACAATC-CTACG---TCACA----GTC--CT-CAGCTT-----------CA------G-A-----AAGCGAT---GACA--TT-TTCCTC---CCT-GGACC-AGTTTTGG---TAT-TCC--TG-A--CA----TTG-ACA----ACA----GA-----AAA-AC-CT-G--CTTCAC---AATT-TTTTTTTCAACCAA--C-AGAAGAGTT-TT--TCAA-----TC----AGCAT-AT-CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TCTA--------
gi|1 : atgtcatcgctgcttcaaccctatgacgtaaatatatgcagcaagcttattcttcgaagtgtgaattatgggtctttaggaattcctTGCTGTTGACCA--GAAATATCCAAAAAAGGTATATCCCA-TTACTA--AAT-GTTGTAGCCGTCGAGTTCTCATTAGGAGTATTGTATTCTTGG---------ATGCAACCCACAGTAAACGGGCTCGTAGTTCTCACGCTGCTGA-TAAC--AACCATTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCTAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAGCTTT------GGGTAATAAAAAATCCAAATCCACAGCTTTGAGCCCAAAGAGGTT--GTGCAAC---A--T-ATACA-------TT--TGTGGTC-TTATGAT-A-C-TATC--GC--GGCAAGGACAAAATC-GCTG-TTTTTGTT----TACATT----CTGAAT-----AGCCATAA--------CAGTCATCAGGCAA--C------G--CTACATC---CCGGTACATTTCA--TTTCA--ACAGAGCAT-G--GTGTGAACC-C--CAGCAGCACA-------T------------N-------------G-GA-CAAA-CCTG--CTT-----CA-C-A-AAAC-CA----ACAGAA----TATGTTT---TCAATCAGAATG-TCAGCA---G-AACAAGG-TACCAG---AC---CAGCATCTGGTGGN---ACT-AAG------AACAT-TTGGAATTTGGAGTGC--AGAATAA-------TG---------------TGGAAG--------CAG------ATACCTGGGTA--TCTCCTAT-GTGCTATC-TAATG---TCAAA----ATC--TT-CAGCTTGTATGAA----CA------G-A-----AAACGCT---GACA--
gi|7 : TGCTGTTGACCA--GAAATATCCGAAAAAGG--TATCCCA-TTACTA--AAT-ATAGTAATCATCGAGTTCTCGCT-------TTG-ATTGTTGCATTCTTTGGATGAAAATCGCTGTAAACGGACT---AGCTCCCATGCTGCTGA-TAGCCTGAT-GTTCTAGTG------TTAATC--TATGAatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcctggcaacatatggtatttttcttaatacaaagaatcaagcaccagtggaagt
gi|11 : tgtcatggttgtttcaaacctatataacgtaaatataagtaacttattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattcagtttctTGCTGTTGACCATAGACATTTC-AGAAAAA---TATTCCAGTTACTATTAATTGATGTAATCATGGAGTTCTCATT-------GTG-ATTACTGCATTCTTTGAATGTTGATTCCAGTAACTTGGCT---AGCTCGTATGGTGCT
gi|4 : CTGAATAGC--AAC-CATTT-GTCCCTTTTTCAATTATTATAAGCTAACCCAGCTCGCTTCCCCATTTTTATGTGAAGTGGAAATTTTTTTGTGTTTTGTTAAAAATCCAAATCGGCAGCTTT-AGTCCAGATAAAATTCTTATAATGAAA--CAATACACA---TTTA--TTTGGTCTTTGTTAT-ATC-TATTTGGT--GACAAGG
gi|9 : TTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCCAAATTGG-----AATT--------AAGTGAAGA-CT------GGATAATAAAAATTACACATCCGCAGATTTGAGTCCAAACATTTC--GTGTAAT---AGGC-A-ACACACATTTTTAGTTTT---------AT-A-C-TATT--GCG-GGCAAGGACAAAATC-GTTG-GTTTTGTT----TACATT----CTGGAT-----AGCCATAA--------CACT-------CA-------------TCAGGCA---ACGTTACATTCgtatttgagacacattatttacagtctacgagcaaacgtaacagacccatgtagatatttatccagatgcggtttgtactgtgaatgcacacccgcaccaggaaatccacttatccaggatgtgacagcacaatttatattcaatcagccaagattgttttttacagcgccttgcataacattgaataccacattccccactaatcagttacggtgccagaaattaccaccacccacccccaccggaaagcagatctctactttcgctatggatttgcattccgtcctcagtctggcatgaaaagtaaagtagtgaattcctcctttggaccattttggtatctcacgtaccttggcaacatgacaatacaatgcttcaccaaaattacattatacaatataggagatattttcagagcataaggtaccagaccagcatctgagtcaaatcacagtctgcacgtagataccttgccgtccctgtggcacgactttactgtgtagaatcggttaattgcaagaatcaagcttccattg
gi|6 : a-TTATCATTA-CATATTC-GA--AACAAGGACAACATTCGCTG--CTTTGTTTACATTCATG-------GAT-----A-CCATAAACAGCCATCAGG-------CAATTC------GGTTTGTTCATCTCCGGTACATTTCA--TTGCGGGACAGAGCATTG--GTATGAACCAC--CAGCAGCACAGTCCACATACCAA-------T-------------GTGATCAGCGACAG--CTTTTGA-TA-C-CCAAACAAGGTATAAACTT----GCTTTTT---ACAC--AGAACT-T--GGA---GTAAG-ATG-TGGGGA---
gi|5 : ATCAT-A-C-TATT--TCGAAG-AAGGAACAAATC-GCTGCGCTTTGTTTACATTCATGGATACCATATTAACAGGCCAT----------CAGG-------CAA--TCGGTTTG--TT-CATC---CCGGTACATTTCA--TTGCGGGACAGAGCATTG--GTATGAACC-CACCAGCAGCACAG------TCCCACAACCAGAT-------------GTGA-CAGCGACAGCTTTT---A-TA-C-C-AAACAGG----AAACTT----GCTTTTT---ACAC--AGAACTGT--GGA---GTAAG-ATG-TGGGGATTAATTGGGG-CATCTATTT-C---ATTTAATCTATTCAAGTCATTGGAG-------TGC--ATA-TAATTGTGCCCA---------------TGGAAGCTAGAAGTAGCCCGGTTA--------TACTTCCCCTATTGTACGATC-TCATGA--TCACG----GTCTCCTGCAGCTTGTATCGAACCATA------G-ACCCCGAAGCTGTTCTGACAGTTTATTCCTCG--CCT-GGACC-AGTTTGGA---CAGCTCC--TG-AACCAT---TTG-ACA----ACAACACGA-----CAA-AC-TTGG--CTTCAC---A------------AACCAA--CTAGAAGATG--TT--TCAA-----TC----AGCA--ATGTC--TCAGAG--CACAAGGGTACC---AGACCAAGCA---TTTAGATTAGTGGTG-CAAACGT--CACAATCACCAGCCTGGAttaattggaacagggcaatctattcaaatctattcgtcattggagtgcgatataatttagatgcccagggaaagcagactgtggccccgttatcttcactaccttatgtgtgcacagatcttcatgtatcacggtcttcctgagcttatcgaaccctagagaagtcctgttctgacagtttttattcctcgttcctagaccagttttaggaacagctcctgacaccatttggacaacagacacacaagacttggctttcacaaatccaaactagaagagtgtttcaatcagcatatgcctatcagagcacaaggtacagaccagcatc
gi|10 : GCATTCCAGATTGCG--ACAGAGCAT-GCCGTATGAACCAC--CAGC-GCACA-------T------------CCACATACCAGATAGTGA-C-GC-ACAG--TTT---AATATC-C-AAACAGG----AAGAGACTTTGCTTTTTTACACA---AAACCT-T--TGGAAAGTAAC-ATGGTGGGAA---AT---GG-CATCTATT--C---ACT-AAT------GGCTC-TT
gi|4 : agctacgaaacacgttgcaacgtcaccggggtgatac------------T-------------GTGA-CAGC-ACAA--TTT---A-TA-TTC-AATCA-GCC--AAGATT----GTTTTTT---ACA---GCGCCT-T--GCA----TAAC-AT--TG---A---AT---AC-CA--CATT--CCCCACT-AAT------CAGTT-ACGG---------TGCCAGAAATTA-------CCACCACCCACCCCCACCGGAA---------AGC------A--------GA--TCTC-TAC-TT----TCGCTATGGATTTGCATTCCGTC--CT-CAGTCTGG---------CATGAAAAGTA-----AAGTAGT---GA-A--TT---CCTC---CTTTGGACC-A-TTTTGG---TATCTCA--CGTA--CC----TTG-GCA----ACAT---GA-----CAATACAAT-G--CTTCACCAAAATTACATTATACAAT--A--T-AGGAGATAT-TT--TCAG-----------AGCAT--------------------AAGGTACC---AGACC-AGCA---TCT---------GAGTCAA----------ATCA-CAGTCTGCACGTAGATA--CCTTGCCGTCCCTGTGGC-ACGACTT-TACTGTGTAGAATCGGTTAATTGC-AAGAATC--AAGCTTCCATTG
gi|8 : ctgaatagcaaccatttgtccctttttcaattattataagctaacccagctcgcttccccatttttatgtgaagtggaaatttttttgtgttttgttaaaaatccaaatcggcagctttagtccagataaaattcttataatgaaacaatacacatttatttggtctttgttatatctatttggtgacaagggtatttgagacacattatttacagtctacgagcaaacgtaacagacccatgtagatatttatccagatgcggtttgtactgtgaatgcacacccgcaccaggaaatccacttatccagga---GACA--GT-TTCCTC---CCT-GGACCCAGTTCTGG---AATCTCCCCTG-A--CC----TTG-ACACACAACA----GA-----CAA-AC-TT-G--CTTCAC---A------------AACCAA--C-AG-AGATGG-TTCATCAAGAAGCTTTTGAAGCATCGT-CC--TCAG-G--C---AAGGTACCCAGAGACCAAGCACATCCTG--------GTGGCAAA-AGTCTAC-ATCACCAGCTTGGAT-CGAATAGGCGTTG---CCCTTTTGGTAACA------G-TCCATTGAA--GTTTAA-TACACAAGATCGAGAGC-CCCAGTGG
gi|6 : -TTCCTCGTTCCT-AGACC-AGTTTTAGGAACAGCTCC--TG-A--CACCATTTGGACA----ACA----GACACACAAG-AC-TT-GGCTTTCAC---AAAT-----------CCAAACT-AGAAGA-GTGTT--TCAA-----TC----AGCAT-ATGCCTATCAGAGCAC---AAGGTA-C---AGACC-AGCA---TC
gi|1 : ttatcattacatattcgaaacaaggacaacattcgctgctttgtttacattcatggataccataaacagccatcaggcaattcggtttgttcatctccggtacatttcattgcgggacagagcattggtatgaaccaccagcagcacagtccacataccaatgtgatcagcgacagcttttgatacccaaacaaggtataaacttgctttttacacagaacttggagtaagatgtggggattaattggaacagggcaatctattcaaatctattcgtcattggagtgcgatataatttagatgcccagggaaagcagactgtggccccgttatcttcactaccttatgtgtgcacagatcttcatgtatcacggtcttcctgagcttatcgaaccctagagaagtcctgttctgacagttttta-ACA----TNG----GA-----CAA-AC-CT-G--CTTCAC---AA-----------AACCAA--C-AGAATATGT-TT--TCAA-----TC----AGAAT-GT-CA--GCAGAA--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TCTG--------GTG
gi|1 : tgctgttgaccagaaatatccaaaaaaggtatatcccattactaaatgttgtagccgtcgagttctcattaggagtattgtattcttggatgcaacccacagtaaacgggctcgtagttctcacgctgctgataacaaccattttgtttaatttataaggtaacctagatcggaattaagtggagctttgggtaataaaaaatccaaatccacagctttgagcccaaagaggttgtgcaacatatacatttgtggtcttatgatactatcgcggcaaggacaaaatcgctgtttttgtttacattctgaatagccataacagtcatcaggcaacgctacatcccggtacatttcatttcaacagagcatggtgtgaaccccagcagcCCTGGCAACATATGGTA-TTTTTC-------TTAAT-ACAAAGAATC--AAGC-ACCAGTGGgnactaagaacatttggaatttggagtgcagaataatgtggaagcagatacctgggtatctcctatgtgctatctaatgtcaaaatcttcagcttgtatgaacagaaaacgctgacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcctggcaacatatggtatttttcttaatacaaagaatcaagcaccagtggaagt
gi|15 : tgctgttgaccagaaatatccaaaaaaggtatatcccattactaaatgttgtagccgtcgagttctcattaggagtattgtattcttggatgcaacccacagtaaacgggctcgtagttctcacgctgctgataacaaccattttgtttaatttataaggtaacctagatcggaattaagtggagctttgggtaataaaaaatccaaatccacagctttgagcccaaagaggttgtgcaacatatacatttgtggtcttatgatactatcgcggcaaggacaaaatcgctgtttttgtttacattctgaatagccataacagtcatcaggcaacgctacatcccggtacatttcatttcaacagagcatggtgtgaaccccagcagcacatnggacaaacctgcttcacaaaaccaacagaatatgttttcaatcagaatgtcagcagaacaaggtaccagaccagcatctggtggnactaagaacatttggaatttggagtgcagaataatgtggaagcagatacctgggtatctcctatgtgctatctaatgtcaaaatcttcagcttgtatgaacagaaaacgctgacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagTGGCAACAAATGGTG-TCTGTCA---C--TTAATTACAAATAATG--AA-C-TCCAGTaagt
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TATAAGTAGCATTTTTTAGACGTAATAATCAGGGGTTTTGTCAGATGTGACCATAAAACGAACATTCAGTTTCTTGCTGTTGAAAAGATACATGCACATCCAAAAAGGTATCCCAT
Unaligned ( gi|13 ): TGTCATCGCTGCTTCAACCCTATGACGTAAATATATGCAGCAAGCTTATTCTTCGAAGTGTGAATTATGGGTCTTTAGGAATTCC
Unaligned ( gi|14 ): TAATACACAAGATCGAGAGCCCCAGTGGAAACAGTACCACGACATCACAGGATTTTGTATCGATTTAACGAGAACTTGTTCTG
Unaligned ( gi|16 ): ACGACATACCTCATGTTTGATCAACAAGAACTTGTTCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 11 1 11 44444444444444 111 11 2222222 22222 22222222 222222 111 11 111111 1 111 11111111111 1111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 222 1 22 99999999999999999999999999 1 11111 111 1111 1111111 111 1 11111111 333333333333333333 1111111111 111111 2222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222 111 22222 1111 111 66666666666666666666666 111111111111 33333333 222 1111 222 1111 2222 11111 777777777777777 111111 1111111 22222222222 11111111 111111 111 1 111 555555555555555555555555555555 222 55555555 1 1111 55555555 11
lowQualScore : 99 8888888 11 0 99 6 11 8 2 1 1 00000000000000 444 8 11 8 6 8888888 99 8 00000 99999999 0 333333 333 5 1 1 11 666666 0 1 666 1 6 0 5 5 5 11111111111 6 99 9999999 6 77777777777777777777777777777777777777777777777777 555555 77 99 888 5 99 1 22 99999999999999999999999999 5 1 77 33333 666 77 1 7777 5555555 000 1 0 5 11111111 5 5 0 333333333333333333 5 6666666666 5 666666 5 1111111 99 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 99 8888888 0 111 6 66666 3 4444 99 6 111 6 00000000000000000000000 555555555555 22222222 888 6 3333 99 6 000 6 99 4444 0000 66666 6 77 6 99 000000000000000 999999 1111111 1 3 99 99 66666666666 66666666 3 555555 111 3 111 000000000000000000000000000000 2 0 444 33333333 4 0 7777 3 99 11111111 11 0 11 8
lowQualScore : .. ....... .. . .. . .. . . . . .............. ... . .. . . ....... .. . ..... ........ . ...... ... . . . .. ...... . . ... . . . . . . ........... . .. ....... . .................................................. ...... .. .. ... . .. . .. .......................... . . .. ..... ... .. . .... ....... ... . . . ........ . . . .................. . .......... . ...... . ....... .. .......................................................................... .. .. ....... . ... . ..... . .... .. . ... . ....................... ............ ........ ... . .... .. . ... . .. .... .... ..... . .. . .. ............... ...... ....... . . .. .. ........... ........ . ...... ... . ... .............................. . . ... ........ . . .... . .. ........ .. . .. .
lowQualScore : 22 3333333 88 8 22 7 00 0 2 4 0 66666666666666 000 0 00 0 7 3333333 22 2 00000 00000000 8 000000 000 0 0 0 00 000000 6 4 666 0 7 1 7 7 7 44444444444 7 22 7777777 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000 000000 99 22 000 5 22 5 22 33333333333333333333333333 7 4 99 77777 666 99 0 9999 1111111 000 4 4 7 33333333 7 7 7 777777777777777777 7 1111111111 7 444444 7 7777777 22 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 22 3333333 3 777 7 22222 3 2222 22 7 777 7 00000000000000000000000 000000000000 66666666 333 7 8888 22 7 888 7 22 2222 8888 77777 7 00 7 22 555555555555555 222222 3333333 7 2 88 22 88888888888 88888888 2 000000 777 3 777 777777777777777777777777777777 5 2 777 77777777 0 8 6666 2 66 88888888 66 8 00 0
consensus : TGCCGTTGACCA--GA---A---ATATCCGAAAAAGGTAT--CCCA-TTACTA--AAT-GCTGTAGTCATCGAGTTCTCGCTTTGATTATTGCATTCTTTGGATGTAAATCGCAGTAAACGGACT---AGCTCTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCCAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGTAAAAATTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--CATACACACATTTTTTTTNGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC-G--G--CAAGGACAAAAT-CGCTG-GTTTTGTTTACATTCATGCTGGATAGCCATA---A--------CA-G----T-------CAA-----CG--TTACGCA---CCGG-----TAC--ATTCCA--TTGCG-AACAGAGCATTG--GTATGAACC-ACCAGCAGCACA------------GT------------TGTGA-CAGC-ACAG--TTT---A-TA-C-CAAAC--ANG----AAANNN----GCTTTTT---ACA-AGAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGA---A---A-T--------GGC-ATCTATT--C---A---CT-AAT------AACTT-TTGGAA-------TGC--GGAATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AG---C------A--------------TA--TCTC--CTAC-------GTAC---GATCCT-ACG-G--TCACG----GTC--CT-C---AG-CTTGTAT--G-AC---AG--A-----AAG--CGG---T---GACA--TT----TTCCTC---CCTGGACC-AGTTTTGG---TATCTCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAC-----AA-AC-TT-G--CTTCAC---AAT---------AAC------CA--A--C-AGAAGATGT-TT--TCAA-----TC----AGCAT-AT-CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TG-GT-GC--AAA-G---CAC-ATCACCAGCCTGGAT-CGGATA--C-TT--CGCCCCT-TGGCAACGAA--TGGTGTCCGTC-GAAC--GTTAATTACAAAGAATC--AAGC-TCCAGTGG
Reference ( family-423 ) : TGCTGTTGACCA--GA---A---ATATCCGAAAAAGGTAT--CCCA-TTACTA--AAT-GTTGTAGTCATCGAGTTCTCGCTTTGATTNTTGCATTCTTTGGATGTAAATCGCAGTAAACGGGCT---AGCTCTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCCAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAGATTT------GGATAGTAAAAANTCCAAATCCGCAGNTTTGAGTCCAGATAGGNT--GTGTAAT---A--CATACACACATTTTTTTTNGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC-G--G--CAAGGACAAAAT-CGCTG-GTTTTGTTTACATNCATGCCGGATAGCCATA---A--------CA-G----T-------CAA-----CG--TTACGCA---CCGG-----TAC--ATTCCA--TTGCGGGACAGAGCATTG--GTATGAACC-ACCAGCAGCACA------------GT------------TGTGA-CAGC-ACAG--TTT---A-TA-C-CAAAC--ANG----AAANNN----GCTTTTT---ACA-AGAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGA---A---A-T--------GGC-ATCTATT--C---A---CT-AAT------AACTT-TTGGAA-------TGC--GGAATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AG---C------A--------------TA--TCTC--CTAC-------GTAC---GATCCT-ATG-G--TCGCA----GTC--CT-C---AG-CTTGTAT--G-AC---AG--A-----AAG--CGG---T---GACA--TT----TTCCTCG--CCTGGACC-AGTTTTGG---CATCTCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAC-----AA-AC-TT-G--CTTCAC---AAT---------AAC------CA--A--C-AGAAGATGT-TT--TCAA-----TC----AGCAT-AT-CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TG-GT-GC--AAA-G---CAC-ATCACCAGCCTGGACGCGGATAGGCNTTGCCGCCCCTNTGGCAACAAA--TGGTGTCCGTC-GAAC--GTTAATTACAAAGAATC--AAGC-TCCAGTGG
gi|1 : TGCTGTTGACCA--GA---A---ATATCCAAAAAAGGTATATCCCA-TTACTA--AAT-GTTGTAGCCGTCGAGTTCTCATTAGGAGTATTGTATTCTT-GGATGCAACCCACAGTAAACGGGCTCGTAGTTCTCACGCTGCTGA-TAAC--AACCATTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCTAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAGCTTT------GGGTAATAAAAAATCCAAATCCACAGCTTTGAGCCCAAAGAGGTT--GTGCAAC---A--TATACA-------TTTGTGGTC-TTATGAT-A-C-TATC--GC-G--G--CAAGGACAAAAT-CGCTG-TTTTTGTTTACATT----CTGAATAGCCATA---A--------CA-G----TCATCAGGCAA-----CG--CTACATC---CCGG-----TAC--ATTTCA--TTTC--AACAGAGCA-TG--GTGTGAACC--CCAGCAGCACA-------------T------------NG-GA-CAAA-CCTG--CTT-----CA-C-AAAACCAACA----GAATAT----GTTTTCA---ATC-AGAATG-TCAGCA---G-AACAAGG-TACCA---G---ACC--------AGC-ATCTGGTGGN---A---CT-AAG------AACAT-TTGGAATTTGGAGTGC--AGAATAA-------TG---------------T---------GGAAGC-------AGATACCTGG--G--------------TA--TCTC--CTAT-------GTGC---TATCTA-AT--G--TCAAA----ATC--TT-C---AG-CTTGTAT--GAAC---AG--A-----AAA--CGC---T---GACA--
gi|1 : TGGCAACATA--TGGTATTTTTC--------TTAAT-ACAAAGAATC--AAGC-ACCAGTGGatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcctggcaacatatggtatttttcttaatacaaagaatcaagcaccagtggaagt
gi|10 : tgctgttgaccagaaatatccaaaaaaggtatatcccattactaaatgttgtagccgtcgagttctcattaggagtattgtattcttggatgcaacccacagtaaacgggctcgtagttctcacgctgctgataacaaccattttgtttaatttataaggtaacctagatcggaattaagtggagctttgggtaataaaaaatccaaatccacagctttgagcccaaagaggttgtgcaacatatacatttgtggtcttatgatactatcgcggcaaggacaaaatcgctgtttttgtttacattctgaatagccataacagtcatcaggcaacgctacatcccggtacatttcatttcaacagagcatggtgtgaaccccagcagcacatnggacaaacctgcttcacaaaaccaacagaatatgttttcaatcagaatgtcagcagaacaaggtaccagaccagcatctggtggnactaagaacatttggaatttggagtgcagaataatgtggaagcagatacctgggtatctcctatgtgctatctaatgtcaaaatcttcagcttgtatgaacagaaaacgctgacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagccA---A--------CACG----TTG-----CAA-----CG--T----CA---CCGGGGTGATACGCATTCCAGATTGCG--ACAGAGCAT-GCCGTATGAACC-ACCAGC-GCACATCCACATACCAGAT------------AGTGA-C-GC-ACAG--TTT---AATATC-CAAAC--AGG----AAGAGACTTTGCTTTTTTACACA-AAACCT-T--TGGAAAGTAAC-ATGGTGGGA---A---A-T--------GGC-ATCTATT--C---A---CT-AAT------GGCTC-TTaagt
gi|11 : agctacgaTGCTGTTGACCATAGA---C---ATTTCAGAAAAA--TAT--TCCAGTTACTATTAATTGATGTAATCATGGAGTTCTCATTGTGATTACTGCATTCTTTGAATGTTGATTCCAGTAACTTGGCT---AGCTCGTATGGTGCT
gi|12 : TGCTGTTGAAAA--GATACATGCACATCC-AAAAAGGTAT--CCCA-T
gi|15 : tataagtagcattttttagacgtaataatcaggggttttgtcagatgtgaccataaaacgaacattcagtttctTGGCAACAAA--TGGTGTCTGTC---AC---TTAATTACAAATAATG--AA-C-TCCAGT
gi|2 : TGCCGTTGACCA--GA---A---ATATC-GAAAAAG-TAT--CCCA-TTACTA--AAT-GCTGTTGTCATCGAGTTCTCGCTTTGATT--------------ATGTAAATCGCAGTAAACGGACT---GGCTTTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAATGTAACCAAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGTAAAT-TTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--CATACACATATTTTTTTTTGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC-A--G--CAAGGACAAAAT-TGCTG-GTTTTGTTGACATGCATGCTGGATGGCTATA---A--------CA-G----T-------CAA-----CG--TTACACA---CCAT-----TGC--ATTCCA--TTAC--AACAGAGCA-TG--ATCTGAACC--CCAGCAGCACA-------------T------------TGTGG-CAGC-ACAG--TTT---A-TA-C-CAAAC--ATG----AAAGCA----GCTGTTT---GCA-AAAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGA---A---A-T--------GAC-ATCCATT--C---A---CT-AAT------AACTT-TTGGAA-------TAC--GGAATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AA---C------A--------------TA--TCTC--CTAC-------GTAC---AATCCT-AC--G--TCACA----GTC--CT-C---AG-CTT---------C---AG--A-----AAG--CGA---T---GACA--TT----TTCCTC---CCTGGACC-AGTTTTGG---TATCTCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAA-----AA-AC-CT-G--CTTCAC---AATTTTTTTTTCAAC------CA--A--C-AGAAGATGT-TT--TCAA-----TC----AGCAT-AT-CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TA-GT-GTCGAAG-G---CAC-ATCGCCAGTCTGAAT-TGGATA--------CTCCTCT-TGGCAACGAA--TGATATGCGTCAGATCG-GTTAATTACAAAGAATC--AAGC-TCCAGTGGtgaagtct
gi|3 : TGCCGTTGACCA--GA---A---ATATC-GAAAAAG-TAT--CCCA-TTACTA--AAT-GCTGTTGTCATCGAGTTCTCGCTTTGATT--------------ATGTAAATCGCAGTAAACGGACT---GGCTTTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAATGTAACA-AGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGTAAAT-TTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--CATACACATATTTTTTTTTGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC-A--G--CAAGGACAAAAT-TGCTG-GTTTTGTTGACATGCATGCTGGATGGCTATA---A--------CA-G----T-------CAA-----CG--TTACACA---CCAT-----TGC--ATTCCA--TTAC--AACAGAGCA-TG--ATCTGAACC--CCAGCAGCACA-------------T------------TGTGG-CAGC-ACAG--TTT---A-TA---CAAA---ATG----AAAGCA----GCTGTTT---GCA-AAAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGA---A---A-T--------GAC-ATCCATT--C---A---CT-AAT------AACTT-TTGGAA-------TAC--GGAATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AA---C------A--------------TA--TCTC--CTAC-------GTAC---AATCCT-AC--G--TCACA----GTC--CT-C---AG-CTT---------C---AG--A-----AAG--CGA---T---GACA--TT----TTCCTC---CCTGGACC-AGTTTTGG---TAT-TCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAA-----AA-AC-CT-G--CTTCAC---AATTTTTTTTTCAAC------CA--A--C-AGAAGAGTT-TT--TCAA-----TC----AGCAT-AT-CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------T
gi|4 : atgtcatcgctgcttcaaccctatgacgtaaatatatgcagcaagcttattcttcgaagtgtgaattatgggtctttaggaattcctCTGAATAGC--AAC-CATTT-GTCCCTTTTTCAATTATTATAAGCTAACCCAGCTCGCTTCCCCATTTTTATGTGAAGTGGAAATTTTTTTGTGTTTTGTTAAAAATCCAAATCGGCAGCTTT-AGTCCAGATAAAATTCTTATAATGAAA--CA-ATACACA-TTTATTTGGTCTTTGTTAT-ATC-TATTTGGT-G--A--CAAGGa
gi|4 : ------------TGTGA-CAGC-ACAA--TTT---A-TA-TTCAATC--AGCC---AAGATT----GTTTTTT---ACA-GCGCCT-T--GCA----TAAC-AT--TG------A---A-T--------ACC-AC--ATT--CCCCA---CT-AAT------CAGTT-ACGG---------TGCCAGAAATTA-------CCACCACCCACCCCCACC---------GGAA---------AG---C------A--------------GA--TCTC---TAC-------TTTC---G---CT-ATG-GATTTGCATTCCGTC--CT-C---AGTCTGGCAT--G-AA---AAGTA-----AAG--TAG---T---GA-A--------TTCCTCC--TTTGGACC-A-TTTTGG---TATCTCA--CGTA---CC-TT--GGCA----ACAT---GAC-----AATACAAT-G--CTTCACCAAAAT---------TACATTATACAATA--T-AGGAGATAT-TT--TCAG-----------AGCAT--------------------AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TGAGT--C--AA----------ATCA-CAGTCTGCACGTAGATA--CCTTGCCGTCCCTGTGGC-ACGACTTTACTGT--GTA-GAATCGGTTAATTGC-AAGAATC--AAGCTTCCATTGgtatttgagacacattatttacagtctacgagcaaacgtaacagacccatgtagatatttatccagatgcggtttgtactgtgaatgcacacccgcaccaggaaatccacttatccaggatgtgacagcacaatttatattcaatcagccaagattgttttttacagcgccttgcataacattgaataccacattccccactaatcagttacggtgccagaaattaccaccacccacccccaccggaaagcagatctctactttcgctatggatttgcattccgtcctcagtctggcatgaaaagtaaagtagtgaattcctcctttggaccattttggtatctcacgtaccttggcaacatgacaatacaatgcttcaccaaaattacattatacaatataggagatattttcagagcataaggtaccagaccagcatctgagtcaaatcacagtctgcacgtagataccttgccgtccctgtggcacgactttactgtgtagaatcggttaattgcaagaatcaagcttccattg
gi|5 : ctgaatagcaaccatttgtccctttttcaattattataagctaacccagctcgcttccccatttttatgtgaagtggaaatttttttgtgttttgttaaaaatccaaatcggcagctttagtccagataaaattcttataatgaaacaatacacatttatttggtctttgttatatctatttggtgacaagggtatttgagacacattatttacagtctacgagcaaacgtaacagacccatgtagatatttatccagatgcggtttgtactgtgaatgcacacccgcaccaggaaatccacttatccaggaATCAT-A-C-TATT--TC-GAAG---AAGGAACAAAT-CGCTGCGCTTTGTTTACATTCATG---GATA-CCATATTAA--------CA-GGCCAT-------CAGGCAATCGGTTTGTTCATC-CCGG-----TAC--ATTTCA--TTGCGGGACAGAGCATTG--GTATGAACCCACCAGCAGCACA------------GTCCCACAACCAGATGTGA-CAGCGACAGCTTTT---A-TA-C-CAAAC--AGG----AAACTT----GCTTTTT---ACACAGAACTGT--GGA---GTAAG-ATG-TGGGG---ATTAA-TTGG-----GGC-ATCTATTT-C---A---TTTAATCTATTCAAGTCATTGGAG-------TGC--ATA-TAATTGTGCCCA---------------T---------GGAAGCTAGAAGTAG---CCCGGTTA--------------TACTTCCC--CTATT------GTAC---GATCTC-ATG-A--TCACG----GTCTCCTGC---AG-CTTGTATCGA-ACCATAG--ACCCCGAAG--CTG---TTCTGACAGTTTA---TTCCTCG--CCTGGACC-AGTTTGGA---CAGCTCC--TG-AAC-CATTT--GACA----ACAACACGAC-----AA-AC-TTGG--CTTCAC---A-----------AAC------CA--A--CTAGAAGATG--TT--TCAA-----TC----AGCA--ATGTC--TCAGAG--CACAAGGGTACC---AGACCAAGCA---TTTAGATTAGTG-GT-GC--AAACGT--CACAATCACCAGCCTGGA
gi|6 : -TTATCATTA-CATATT---C-G--AAACAAGGACAACATTCGCTG--CTTTGTTTACATTCATG---GATA-CCATA---AACAGCCATCA-G----G-------CAATT---CGGTTTGTTCATCTCCGG-----TAC--ATTTCA--TTGCGGGACAGAGCATTG--GTATGAACC-ACCAGCAGCACA------------GTCCACATACCAA-TGTGATCAGCGACAG--CTTTTGA-TACC-CAAAC--AAGGTATAAACTT----GCTTTTT---ACACAGAACT-T--GGA---GTAAG-ATG-TGGGGATTA---A-TTGGAACAGGGCAATCTATT--C---AAATCT-ATT------CGTCA-TTGGAG-------TGC--GATATAA-------TT---------------TAGATGCCCAGGGAA--------AG---C------AGACTGTGGCCCCGTTA--TCTTCACTACCTTATGTGTGCACAGATCTTCATGTA--TCACG----GTC--TT-CCTGAG-CTTATCG--A-ACCCTAG--AG----AAGTCCTGTTCT---GACAG-TTTTTATTCCTCGTTCCTAGACC-AGTTTTAGGAACAGCTCC--TG-ACACCA-TTTGGACA----ACA----GACACACAAG-AC-TT-GGCTTTCAC---AA----------ATC------CA--AACT-AGAAGA-GTGTT--TCAA-----TC----AGCAT-ATGCCTATCAGAGCAC---AAGGTA-C---AGACC-AGCA---TC--------
gi|7 : TGCTGTTGACCA--GA---A---ATATCCGAAAAAGGTAT--CCCA-TTACTA--AAT-ATAGTAATCATCGAGTTCTCGCTTTGATTGTTGCATTCTTTGGATGAAAATCGCTGTAAACGGACT---AGCTCCCATGCTGCTGA-TAGCCTGAT-GTTCTAGTG------TTAATC--TATGA
gi|8 : tgtcatggttgtttcaaacctatataacgtaaatataagtaacttattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattcagtttct---GACA--GT----TTCCTC---CCTGGACCCAGTTCTGG---AATCTCCCCTG-A---CC-TT--GACACACAACA----GAC-----AA-AC-TT-G--CTTCAC---A-----------AAC------CA--A--C-AG-AGATGG-TTCATCAAGAAGCTTTTGAAGCATCGT-CC--TCAG-G--C---AAGGTACCCAGAGACCAAGCACATCC--------TG-GTGGC--AAA-AGTCTAC-ATCACCAGCTTGGAT-CGAATAGGCGTT---GCCCTTTTGGTAACA--------GTCCATT-GAAG--TTTAA-TACACAAGATCGAGAGC-CCCAGTGG
gi|9 : TTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCCAAATTGG-----AATT--------AAGTGAAGA-CT------GGATAATAAAAATTACACATCCGCAGATTTGAGTCCAAACATTTC--GTGTAAT---AGGCA-ACACACA---TTTTTAGTT-TT---AT-A-C-TATT--GCGG--G--CAAGGACAAAAT-CGTTG-GTTTTGTTTACATT----CTGGATAGCCATA---A--------CA-C----T-------CA----------TCAGGCA---ACGT-----TAC--ATTC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGTCATCGCTGCTTCAACCCTATGACGTAAATATATGCAGCAAGCTTATTCTTCGAAGTGTGAATTATGGGTCTTTAGGAATTCC
Unaligned ( gi|14 ): TAATACACAAGATCGAGAGCCCCAGTGGAAACAGTACCACGACATCACAGGATTTTGTATCGATTTAACGAGAACTTGTTCTG
Unaligned ( gi|16 ): ACGACATACCTCATGTTTGATCAACAAGAACTTGTTCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 1 11 11 33333333333333 111 11 2222222 22222 22222222 222222 111 11 111111 1 111 11111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 222 1 22 99999999999999999999999999 1 11111 111 1111 1111111 111 1 11111111 333333333333333333 1111111111 111111 2222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222 111 2222222 111 66666666666666666666666 111111111111 11 2222 111 1111 222 1111 2222 11111 777777777777777 111111 1111111 22222222222 11111111 111111 111 1 111 555555555555555555555555555555 11 444444444 1 1111 55555555 11
lowQualScore : 11 5 5 11 8 11 8 1 1 1 11111111111111 444 8 11 8 6 8888888 99 8 00000 99999999 0 333333 333 0 1 11 666666 0 1 666 1 6 0 5 5 5 11111111111 6 99 99999 6 77777777777777777777777777777777777777777777777777 555555 77 99 444 5 99 1 22 99999999999999999999999999 5 1 77 33333 666 77 1 7777 5555555 000 1 0 5 11111111 5 5 0 333333333333333333 5 6666666666 5 666666 5 1111111 99 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 99 8888888 0 111 2 6 6666666 6 99 2 99 6 111 6 00000000000000000000000 555555555555 33 0000 888 6 6 2222 99 6 000 6 99 4444 0000 66666 6 77 6 99 000000000000000 999999 1111111 1 3 99 99 66666666666 66666666 3 555555 111 3 111 000000000000000000000000000000 2 0 7 88 666666666 0 8 0 7777 3 99 11111111 11 0 11 8
lowQualScore : .. . . .. . .. . . . . .............. ... . .. . . ....... .. . ..... ........ . ...... ... . . .. ...... . . ... . . . . . . ........... . .. ..... . .................................................. ...... .. .. ... . .. . .. .......................... . . .. ..... ... .. . .... ....... ... . . . ........ . . . .................. . .......... . ...... . ....... .. .......................................................................... .. .. ....... . ... . . ....... . .. . .. . ... . ....................... ............ .. .... ... . . .... .. . ... . .. .... .... ..... . .. . .. ............... ...... ....... . . .. .. ........... ........ . ...... ... . ... .............................. . . . .. ......... . . . .... . .. ........ .. . .. .
lowQualScore : 00 0 0 00 0 00 0 4 4 0 66666666666666 000 0 00 0 7 3333333 22 2 00000 00000000 8 000000 444 6 4 00 000000 6 4 666 0 7 1 7 7 7 44444444444 7 22 77777 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000 000000 99 22 333 5 22 5 22 33333333333333333333333333 7 4 99 77777 666 99 0 9999 1111111 000 4 4 7 33333333 7 7 7 777777777777777777 7 1111111111 7 444444 7 7777777 22 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 22 3333333 3 777 5 7 7777777 7 22 2 22 7 777 7 00000000000000000000000 000000000000 66 8888 333 7 7 0000 22 7 888 7 22 2222 8888 77777 7 00 7 22 555555555555555 222222 3333333 7 2 88 22 88888888888 88888888 2 000000 777 3 777 777777777777777777777777777777 5 2 3 33 777777777 0 0 8 6666 2 66 88888888 66 8 00 0
consensus : TGCCGTTGACCA--GAAATATCCGAAAAAGGTAT--CCCA-TTACTA--AAT-GCTGTAGTCATCGAGTTCTCGCTTTGATTATTGCATTCTTTGGATGTAAATCGCAGTAAACGGACT---AGCTCTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCCAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGTAAAAATTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--CATACACACATTTTTTTTNGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC-G--G--CAAGGACAAAAT-CGCTG-GTTTTGTTTACATTCATGCTGGATAGCCATA---A--------CA-G----T-------CAA-----CG--TTACGCA---CCGG-----TAC--ATTCCA--TTGCGA-ACAGAGCATTG--GTATGAACC-ACCAGCAGCACA------------GT------------TGTGA-CAGC-ACAG--TTT---A-TA-C-CAAAC--ANG----AAANNN----GCTTTTT---ACA-AGAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGA---A---A-T--------GGC-ATCTATT--C---A---CT-AAT------AACTT-TTGGAA-------TGC--GGAATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AG---C------A--------------TA--TCTC--CTAC-------GTAC---GATCCT-ACG-G---T-CA--CGGTC--CT-C---AG-CTTGTAT--G-AC---AG--A-----AAG--CGG---T---GACA--TT----TTCCTC---CCT-GGACC-AGTTTTGG---TATCTCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAC-----AA-AC-TT-G--CTTCAC---AAT---------AAC------CA--A--C-AGAAGATGT-TT--TCAA-----TC----AGCAT-AT-CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TG-GT-GC--AAA-G---CAC-ATCACCAGCCTGGATCG--GATA--CNT---CGCCC-CT-TGGCAACGAA--TGGTGTCCGTC-GAAC--GTTAATTACAAAGAATC--AAGC-TCCAGTGG
Reference ( family-423 ) : TGCCGTTGACCA--GAAATATCCGAAAAAGGTAT--CCCA-TTACTA--AAT-GCTGTAGTCATCGAGTTCTCGCTTTGATTATTGCATTCTTTGGATGTAAATCGCAGTAAACGGACT---AGCTCTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCCAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGTAAAAATTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--CATACACACATTTTTTTTNGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC-G--G--CAAGGACAAAAT-CGCTG-GTTTTGTTTACATTCATGCTGGATAGCCATA---A--------CA-G----T-------CAA-----CG--TTACGCA---CCGG-----TAC--ATTCCA--TTGCGA-ACAGAGCATTG--GTATGAACC-ACCAGCAGCACA------------GT------------TGTGA-CAGC-ACAG--TTT---A-TA-C-CAAAC--ANG----AAANNN----GCTTTTT---ACA-AGAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGA---A---A-T--------GGC-ATCTATT--C---A---CT-AAT------AACTT-TTGGAA-------TGC--GGAATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AG---C------A--------------TA--TCTC--CTAC-------GTAC---GATCCT-ACG-G---T-CA--CGGTC--CT-C---AG-CTTGTAT--G-AC---AG--A-----AAG--CGG---T---GACA--TT----TTCCTC---CCT-GGACC-AGTTTTGG---TATCTCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAC-----AA-AC-TT-G--CTTCAC---AAT---------AAC------CA--A--C-AGAAGATGT-TT--TCAA-----TC----AGCAT-AT-CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TG-GT-GC--AAA-G---CAC-ATCACCAGCCTGGATCG--GATA--CTT---CGCCC-CT-TGGCAACGAA--TGGTGTCCGTC-GAAC--GTTAATTACAAAGAATC--AAGC-TCCAGTGG
gi|1 : TGCTGTTGACCA--GAAATATCCAAAAAAGGTATATCCCA-TTACTA--AAT-GTTGTAGCCGTCGAGTTCTCATTAGGAGTATTGTATTCTT-GGATGCAACCCACAGTAAACGGGCTCGTAGTTCTCACGCTGCTGA-TAAC--AACCATTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCTAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAGCTTT------GGGTAATAAAAAATCCAAATCCACAGCTTTGAGCCCAAAGAGGTT--GTGCAAC---A--TATACA-------TTTGTGGTC-TTATGAT-A-C-TATC--GC-G--G--CAAGGACAAAAT-CGCTG-TTTTTGTTTACATT----CTGAATAGCCATA---A--------CA-G----TCATCAGGCAA-----CG--CTACATC---CCGG-----TAC--ATTTCA--TTTC-A-ACAGAGCA-TG--GTGTGAACC--CCAGCAGCACA-------------T------------NG-GA-CAAA-CCTG--CTT-----CA-C-AAAACCAACA----GAATAT----GTTTTCA---ATC-AGAATG-TCAGCA---G-AACAAGG-TACCA---G---ACC--------AGC-ATCTGGTGGN---A---CT-AAG------AACAT-TTGGAATTTGGAGTGC--AGAATAA-------TG---------------T---------GGAAGC-------AGATACCTGG--G--------------TA--TCTC--CTAT-------GTGC---TAT-CT-AAT-G---T-CA--AAATC--TT-C---AG-CTTGTAT--GAAC---AG--A-----AAA--CGC---T---GACA--
gi|1 : -CC-TGGCAACATA--TGGTATTTTTC--------TTAAT-ACAAAGAATC--AAGC-ACCAGTGGatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcctggcaacatatggtatttttcttaatacaaagaatcaagcaccagtggaagt
gi|10 : tgctgttgaccagaaatatccaaaaaaggtatatcccattactaaatgttgtagccgtcgagttctcattaggagtattgtattcttggatgcaacccacagtaaacgggctcgtagttctcacgctgctgataacaaccattttgtttaatttataaggtaacctagatcggaattaagtggagctttgggtaataaaaaatccaaatccacagctttgagcccaaagaggttgtgcaacatatacatttgtggtcttatgatactatcgcggcaaggacaaaatcgctgtttttgtttacattctgaatagccataacagtcatcaggcaacgctacatcccggtacatttcatttcaacagagcatggtgtgaaccccagcagcacatnggacaaacctgcttcacaaaaccaacagaatatgttttcaatcagaatgtcagcagaacaaggtaccagaccagcatctggtggnactaagaacatttggaatttggagtgcagaataatgtggaagcagatacctgggtatctcctatgtgctatctaatgtcaaaatcttcagcttgtatgaacagaaaacgctgacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagA---A--------CACG----TTG-----CAA-----CG--T----CA---CCGGGGTGATACGCATTCCAGATTGCGA--CAGAGCAT-GCCGTATGAACC-ACCAGC-GCACATCCACATACCAGAT------------AGTGA-C-GC-ACAG--TTT---AATATC-CAAAC--AGG----AAGAGACTTTGCTTTTTTACACA-AAACCT-T--TGGAAAGTAAC-ATGGTGGGA---A---A-T--------GGC-ATCTATT--C---A---CT-AAT------GGCTC-TTaagt
gi|11 : agctacgaTGCTGTTGACCATAGACATTTCAGAAAAA--TAT--TCCAGTTACTATTAATTGATGTAATCATGGAGTTCTCATTGTGATTACTGCATTCTTTGAATGTTGATTCCAGTAACTTGGCT---AGCTCGTATGGTGCT
gi|15 : -TGGCAACAAA--TGGTGTCTGTC---AC---TTAATTACAAATAATG--AA-C-TCCAGT
gi|2 : TGCCGTTGACCA--GAAATATC-GAAAAAG-TAT--CCCA-TTACTA--AAT-GCTGTTGTCATCGAGTTCTCGCTTTGATTAT--------------GTAAATCGCAGTAAACGGACT---GGCTTTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAATGTAACCAAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGTAAAT-TTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--CATACACATATTTTTTTTTGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC-A--G--CAAGGACAAAAT-TGCTG-GTTTTGTTGACATGCATGCTGGATGGCTATA---A--------CA-G----T-------CAA-----CG--TTACACA---CCAT-----TGC--ATTCCA--TTAC-A-ACAGAGCA-TG--ATCTGAACC--CCAGCAGCACA-------------T------------TGTGG-CAGC-ACAG--TTT---A-TA-C-CAAAC--ATG----AAAGCA----GCTGTTT---GCA-AAAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGA---A---A-T--------GAC-ATCCATT--C---A---CT-AAT------AACTT-TTGGAA-------TAC--GGAATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AA---C------A--------------TA--TCTC--CTAC-------GTAC---AATCCT-AC--G---T-CA--CAGTC--CT-C---AG-CTT---------C---AG--A-----AAG--CGA---T---GACA--TT----TTCCTC---CCT-GGACC-AGTTTTGG---TATCTCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAA-----AA-AC-CT-G--CTTCAC---AATTTTTTTTTCAAC------CA--A--C-AGAAGATGT-TT--TCAA-----TC----AGCAT-AT-CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TA-GT-GTCGAAG-G---CAC-ATCGCCAGTCTGAATTG--GATA--CT------CCT-CT-TGGCAACGAA--TGATATGCGTCAGATCG-GTTAATTACAAAGAATC--AAGC-TCCAGTGGtgaagtct
gi|3 : TGCCGTTGACCA--GAAATATC-GAAAAAG-TAT--CCCA-TTACTA--AAT-GCTGTTGTCATCGAGTTCTCGCTTTGATTAT--------------GTAAATCGCAGTAAACGGACT---GGCTTTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAATGTAACA-AGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGTAAAT-TTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--CATACACATATTTTTTTTTGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC-A--G--CAAGGACAAAAT-TGCTG-GTTTTGTTGACATGCATGCTGGATGGCTATA---A--------CA-G----T-------CAA-----CG--TTACACA---CCAT-----TGC--ATTCCA--TTAC-A-ACAGAGCA-TG--ATCTGAACC--CCAGCAGCACA-------------T------------TGTGG-CAGC-ACAG--TTT---A-TA---CAAA---ATG----AAAGCA----GCTGTTT---GCA-AAAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGA---A---A-T--------GAC-ATCCATT--C---A---CT-AAT------AACTT-TTGGAA-------TAC--GGAATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AA---C------A--------------TA--TCTC--CTAC-------GTAC---AATCCT-AC--G---T-CA--CAGTC--CT-C---AG-CTT---------C---AG--A-----AAG--CGA---T---GACA--TT----TTCCTC---CCT-GGACC-AGTTTTGG---TAT-TCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAA-----AA-AC-CT-G--CTTCAC---AATTTTTTTTTCAAC------CA--A--C-AGAAGAGTT-TT--TCAA-----TC----AGCAT-AT-CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------T
gi|4 : atgtcatcgctgcttcaaccctatgacgtaaatatatgcagcaagcttattcttcgaagtgtgaattatgggtctttaggaattcctCTGAATAGC--AAC-CATTT-GTCCCTTTTTCAATTATTATAAGCTAACCCAGCTCGCTTCCCCATTTTTATGTGAAGTGGAAATTTTTTTGTGTTTTGTTAAAAATCCAAATCGGCAGCTTT-AGTCCAGATAAAATTCTTATAATGAAA--CA-ATACACA-TTTATTTGGTCTTTGTTAT-ATC-TATTTGGT-G--A--CAAGGa
gi|4 : ------------TGTGA-CAGC-ACAA--TTT---A-TA-TTCAATC--AGCC---AAGATT----GTTTTTT---ACA-GCGCCT-T--GCA----TAAC-AT--TG------A---A-T--------ACC-AC--ATT--CCCCA---CT-AAT------CAGTT-ACGG---------TGCCAGAAATTA-------CCACCACCCACCCCCACC---------GGAA---------AG---C------A--------------GA--TCTC---TAC-------TTTC---G---CT-ATG-GATTTGCATTCCGTC--CT-C---AGTCTGGCAT--G-AA---AAGTA-----AAG--TAG---T---GA-A--TT------CCTC---CTTTGGACC-A-TTTTGG---TATCTCA--CGTA---CC-TT--GGCA----ACAT---GAC-----AATACAAT-G--CTTCACCAAAAT---------TACATTATACAATA--T-AGGAGATAT-TT--TCAG-----------AGCAT--------------------AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TGAGT--C--AA----------ATCA-CAGTCTGCA-CGTAGATA--CCTTGCCGTCC-CTGTGGC-ACGACTTTACTGT--GTA-GAATCGGTTAATTGC-AAGAATC--AAGCTTCCATTGgtatttgagacacattatttacagtctacgagcaaacgtaacagacccatgtagatatttatccagatgcggtttgtactgtgaatgcacacccgcaccaggaaatccacttatccaggatgtgacagcacaatttatattcaatcagccaagattgttttttacagcgccttgcataacattgaataccacattccccactaatcagttacggtgccagaaattaccaccacccacccccaccggaaagcagatctctactttcgctatggatttgcattccgtcctcagtctggcatgaaaagtaaagtagtgaattcctcctttggaccattttggtatctcacgtaccttggcaacatgacaatacaatgcttcaccaaaattacattatacaatataggagatattttcagagcataaggtaccagaccagcatctgagtcaaatcacagtctgcacgtagataccttgccgtccctgtggcacgactttactgtgtagaatcggttaattgcaagaatcaagcttccattg
gi|5 : ctgaatagcaaccatttgtccctttttcaattattataagctaacccagctcgcttccccatttttatgtgaagtggaaatttttttgtgttttgttaaaaatccaaatcggcagctttagtccagataaaattcttataatgaaacaatacacatttatttggtctttgttatatctatttggtgacaagggtatttgagacacattatttacagtctacgagcaaacgtaacagacccatgtagatatttatccagatgcggtttgtactgtgaatgcacacccgcaccaggaaatccacttatccaggaATCAT-A-C-TATT--TC-GAAG---AAGGAACAAAT-CGCTGCGCTTTGTTTACATTCATG---GATA-CCATATTAA--------CA-GGCCAT-------CAGGCAATCGGTTTGTTCATC-CCGG-----TAC--ATTTCA--TTGCGGGACAGAGCATTG--GTATGAACCCACCAGCAGCACA------------GTCCCACAACCAGATGTGA-CAGCGACAGCTTTT---A-TA-C-CAAAC--AGG----AAACTT----GCTTTTT---ACACAGAACTGT--GGA---GTAAG-ATG-TGGGG---ATTAA-TTGG-----GGC-ATCTATTT-C---A---TTTAATCTATTCAAGTCATTGGAG-------TGC--ATA-TAATTGTGCCCA---------------T---------GGAAGCTAGAAGTAG---CCCGGTTA--------------TACTTCCC--CTATT------GTAC---GATCTC-ATG-A---T-CA--CGGTCTCCTGC---AG-CTTGTATCGA-ACCATAG--ACCCCGAAG--CTG---TTCTGACAGTTTA---TTCCTCG--CCT-GGACC-AGTTTGGA---CAGCTCC--TG-AAC-CATTT--GACA----ACAACACGAC-----AA-AC-TTGG--CTTCAC---A-----------AAC------CA--A--CTAGAAGATG--TT--TCAA-----TC----AGCA--ATGTC--TCAGAG--CACAAGGGTACC---AGACCAAGCA---TTTAGATTAGTG-GT-GC--AAACGT--CACAATCACCAGCCTGGA
gi|6 : -TTATCATTA-CATATT---C-G--AAACAAGGACAACATTCGCTG--CTTTGTTTACATTCATG---GATA-CCATA---AACAGCCATCA-G----G-------CAATT---CGGTTTGTTCATCTCCGG-----TAC--ATTTCA--TTGCGGGACAGAGCATTG--GTATGAACC-ACCAGCAGCACA------------GTCCACATACCAA-TGTGATCAGCGACAG--CTTTTGA-TACC-CAAAC--AAGGTATAAACTT----GCTTTTT---ACACAGAACT-T--GGA---GTAAG-ATG-TGGGGATTA---A-TTGGAACAGGGCAATCTATT--C---AAATCT-ATT------CGTCA-TTGGAG-------TGC--GATATAA-------TT---------------TAGATGCCCAGGGAA--------AG---C------AGACTGTGGCCCCGTTA--TCTTCACTACCTTATGTGTGCACAGATCTTCATGTA---T-CA--CGGTC--TT-CCTGAG-CTTATCG--A-ACCCTAG--AG----AAGTCCTGTTCT---GACAG-TTTTTATTCCTCGTTCCT-AGACC-AGTTTTAGGAACAGCTCC--TG-ACACCA-TTTGGACA----ACA----GACACACAAG-AC-TT-GGCTTTCAC---AA----------ATC------CA--AACT-AGAAGA-GTGTT--TCAA-----TC----AGCAT-ATGCCTATCAGAGCAC---AAGGTA-C---AGACC-AGCA---TC--------
gi|7 : TGCTGTTGACCA--GAAATATCCGAAAAAGGTAT--CCCA-TTACTA--AAT-ATAGTAATCATCGAGTTCTCGCTTTGATTGTTGCATTCTTTGGATGAAAATCGCTGTAAACGGACT---AGCTCCCATGCTGCTGA-TAGCCTGAT-GTTCTAGTG------TTAATC--TATGA
gi|8 : tgtcatggttgtttcaaacctatataacgtaaatataagtaacttattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattcagtttct---GACA--GT----TTCCTC---CCT-GGACCCAGTTCTGG---AATCTCCCCTG-A---CC-TT--GACACACAACA----GAC-----AA-AC-TT-G--CTTCAC---A-----------AAC------CA--A--C-AG-AGATGG-TTCATCAAGAAGCTTTTGAAGCATCGT-CC--TCAG-G--C---AAGGTACCCAGAGACCAAGCACATCC--------TG-GTGGC--AAA-AGTCTAC-ATCACCAGCTTGGATCG--AATAGGCGT---TGCCCTTT-TGGTAACA--------GTCCATT-GAAG--TTTAA-TACACAAGATCGAGAGC-CCCAGTGG
gi|9 : TTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCCAAATTGG-----AATT--------AAGTGAAGA-CT------GGATAATAAAAATTACACATCCGCAGATTTGAGTCCAAACATTTC--GTGTAAT---AGGCA-ACACACA---TTTTTAGTT-TT---AT-A-C-TATT--GCGG--G--CAAGGACAAAAT-CGTTG-GTTTTGTTTACATT----CTGGATAGCCATA---A--------CA-C----T-------CA----------TCAGGCA---ACGT-----TAC--ATTC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TATAAGTAGCATTTTTTAGACGTAATAATCAGGGGTTTTGTCAGATGTGACCATAAAACGAACATTCAGTTTCTTGCTGTTGAAAAGATACATGCACATCCAAAAAGGTATCCCAT
Unaligned ( gi|13 ): TGTCATCGCTGCTTCAACCCTATGACGTAAATATATGCAGCAAGCTTATTCTTCGAAGTGTGAATTATGGGTCTTTAGGAATTCC
Unaligned ( gi|14 ): TAATACACAAGATCGAGAGCCCCAGTGGAAACAGTACCACGACATCACAGGATTTTGTATCGATTTAACGAGAACTTGTTCTG
Unaligned ( gi|16 ): ACGACATACCTCATGTTTGATCAACAAGAACTTGTTCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 1 11 11 33333333333333 111 11 2222222 22222 22222222 222222 111 11 111111 1 111 11111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 222 1 22 99999999999999999999999999 1 11111 111 1111 1111111 111 1 11111111 333333333333333333 1111111111 111111 2222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222 111 2222222 111 66666666666666666666666 111111111111 11 2222 111 1111 222 1111 2222 11111 777777777777777 111111 1111111 22222222222 11111111 111111 111 1 111 555555555555555555555555555555 11 444444444 1 1111 55555555 11
lowQualScore : 11 5 5 11 8 11 8 1 1 1 11111111111111 444 8 11 8 6 8888888 99 8 00000 99999999 0 333333 333 0 1 11 666666 0 1 666 1 6 0 5 5 5 11111111111 6 99 99999 6 77777777777777777777777777777777777777777777777777 555555 77 99 444 5 99 1 22 99999999999999999999999999 5 1 77 33333 666 77 1 7777 5555555 000 1 0 5 11111111 5 5 0 333333333333333333 5 6666666666 5 666666 5 1111111 99 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 99 8888888 0 111 2 6 6666666 6 99 2 99 6 111 6 00000000000000000000000 555555555555 33 0000 888 6 6 2222 99 6 000 6 99 4444 0000 66666 6 77 6 99 000000000000000 999999 1111111 1 3 99 99 66666666666 66666666 3 555555 111 3 111 000000000000000000000000000000 2 0 7 88 333333333 0 8 0 7777 3 99 11111111 11 0 11 8
lowQualScore : .. . . .. . .. . . . . .............. ... . .. . . ....... .. . ..... ........ . ...... ... . . .. ...... . . ... . . . . . . ........... . .. ..... . .................................................. ...... .. .. ... . .. . .. .......................... . . .. ..... ... .. . .... ....... ... . . . ........ . . . .................. . .......... . ...... . ....... .. .......................................................................... .. .. ....... . ... . . ....... . .. . .. . ... . ....................... ............ .. .... ... . . .... .. . ... . .. .... .... ..... . .. . .. ............... ...... ....... . . .. .. ........... ........ . ...... ... . ... .............................. . . . .. ......... . . . .... . .. ........ .. . .. .
lowQualScore : 00 0 0 00 0 00 0 4 4 0 66666666666666 000 0 00 0 7 3333333 22 2 00000 00000000 8 000000 444 6 4 00 000000 6 4 666 0 7 1 7 7 7 44444444444 7 22 77777 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000 000000 99 22 333 5 22 5 22 33333333333333333333333333 7 4 99 77777 666 99 0 9999 1111111 000 4 4 7 33333333 7 7 7 777777777777777777 7 1111111111 7 444444 7 7777777 22 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 22 3333333 3 777 5 7 7777777 7 22 2 22 7 777 7 00000000000000000000000 000000000000 66 8888 333 7 7 0000 22 7 888 7 22 2222 8888 77777 7 00 7 22 555555555555555 222222 3333333 7 2 88 22 88888888888 88888888 2 000000 777 3 777 777777777777777777777777777777 5 2 3 33 777777777 0 0 8 6666 2 66 88888888 66 8 00 0
consensus : TGCCGTTGACCA--GAAATATCCGAAAAAGGTAT--CCCA-TTACTA--AAT-GCTGTAGTCATCGAGTTCTCGCTTTGATTATTGCATTCTTTGGATGTAAATCGCAGTAAACGGACT---AGCTCTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCCAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGTAAAAATTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--CATACACACATTTTTTTTNGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC-G--G--CAAGGACAAAAT-CGCTG-GTTTTGTTTACATTCATGCTGGATAGCCATA---A--------CA-G----T-------CAA-----CG--TTACGCA---CCGG-----TAC--ATTCCA--TTGCGA-ACAGAGCATTG--GTATGAACC-ACCAGCAGCACA------------GT------------TGTGA-CAGC-ACAG--TTT---A-TA-C-CAAAC--ANG----AAANNN----GCTTTTT---ACA-AGAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGA---A---A-T--------GGC-ATCTATT--C---A---CT-AAT------AACTT-TTGGAA-------TGC--GGAATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AG---C------A--------------TA--TCTC--CTAC-------GTAC---GATCCT-ACG-G---T-CA--CGGTC--CT-C---AG-CTTGTAT--G-AC---AG--A-----AAG--CGG---T---GACA--TT----TTCCTC---CCT-GGACC-AGTTTTGG---TATCTCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAC-----AA-AC-TT-G--CTTCAC---AAT---------AAC------CA--A--C-AGAAGATGT-TT--TCAA-----TC----AGCAT-AT-CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TG-GT-GC--AAA-G---CAC-ATCACCAGCCTGGATCG--GATA--CNT---CGCCC-CT-TGGCAACGAA--TGGTGTCCGTC-GAAC--GTTAATTACAAAGAATC--AAGC-TCCAGTGG
Reference ( family-423 ) : TGCCGTTGACCA--GAAATATCCGAAAAAGGTAT--CCCA-TTACTA--AAT-GCTGTAGTCATCGAGTTCTCGCTTTGATTATTGCATTCTTTGGATGTAAATCGCAGTAAACGGACT---AGCTCTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCCAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGTAAAAATTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--CATACACACATTTTTTTTNGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC-G--G--CAAGGACAAAAT-CGCTG-GTTTTGTTTACATTCATGCTGGATAGCCATA---A--------CA-G----T-------CAA-----CG--TTACGCA---CCGG-----TAC--ATTCCA--TTGCGA-ACAGAGCATTG--GTATGAACC-ACCAGCAGCACA------------GT------------TGTGA-CAGC-ACAG--TTT---A-TA-C-CAAAC--ANG----AAANNN----GCTTTTT---ACA-AGAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGA---A---A-T--------GGC-ATCTATT--C---A---CT-AAT------AACTT-TTGGAA-------TGC--GGAATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AG---C------A--------------TA--TCTC--CTAC-------GTAC---GATCCT-ACG-G---T-CA--CGGTC--CT-C---AG-CTTGTAT--G-AC---AG--A-----AAG--CGG---T---GACA--TT----TTCCTC---CCT-GGACC-AGTTTTGG---TATCTCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAC-----AA-AC-TT-G--CTTCAC---AAT---------AAC------CA--A--C-AGAAGATGT-TT--TCAA-----TC----AGCAT-AT-CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TG-GT-GC--AAA-G---CAC-ATCACCAGCCTGGATCG--GATA--CNT---CGCCC-CT-TGGCAACGAA--TGGTGTCCGTC-GAAC--GTTAATTACAAAGAATC--AAGC-TCCAGTGG
gi|1 : TGCTGTTGACCA--GAAATATCCAAAAAAGGTATATCCCA-TTACTA--AAT-GTTGTAGCCGTCGAGTTCTCATTAGGAGTATTGTATTCTT-GGATGCAACCCACAGTAAACGGGCTCGTAGTTCTCACGCTGCTGA-TAAC--AACCATTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCTAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAGCTTT------GGGTAATAAAAAATCCAAATCCACAGCTTTGAGCCCAAAGAGGTT--GTGCAAC---A--TATACA-------TTTGTGGTC-TTATGAT-A-C-TATC--GC-G--G--CAAGGACAAAAT-CGCTG-TTTTTGTTTACATT----CTGAATAGCCATA---A--------CA-G----TCATCAGGCAA-----CG--CTACATC---CCGG-----TAC--ATTTCA--TTTC-A-ACAGAGCA-TG--GTGTGAACC--CCAGCAGCACA-------------T------------NG-GA-CAAA-CCTG--CTT-----CA-C-AAAACCAACA----GAATAT----GTTTTCA---ATC-AGAATG-TCAGCA---G-AACAAGG-TACCA---G---ACC--------AGC-ATCTGGTGGN---A---CT-AAG------AACAT-TTGGAATTTGGAGTGC--AGAATAA-------TG---------------T---------GGAAGC-------AGATACCTGG--G--------------TA--TCTC--CTAT-------GTGC---TAT-CT-AAT-G---T-CA--AAATC--TT-C---AG-CTTGTAT--GAAC---AG--A-----AAA--CGC---T---GACA--
gi|1 : -CC-TGGCAACATA--TGGTATTTTTC--------TTAAT-ACAAAGAATC--AAGC-ACCAGTGGatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcctggcaacatatggtatttttcttaatacaaagaatcaagcaccagtggaagt
gi|10 : tgctgttgaccagaaatatccaaaaaaggtatatcccattactaaatgttgtagccgtcgagttctcattaggagtattgtattcttggatgcaacccacagtaaacgggctcgtagttctcacgctgctgataacaaccattttgtttaatttataaggtaacctagatcggaattaagtggagctttgggtaataaaaaatccaaatccacagctttgagcccaaagaggttgtgcaacatatacatttgtggtcttatgatactatcgcggcaaggacaaaatcgctgtttttgtttacattctgaatagccataacagtcatcaggcaacgctacatcccggtacatttcatttcaacagagcatggtgtgaaccccagcagcacatnggacaaacctgcttcacaaaaccaacagaatatgttttcaatcagaatgtcagcagaacaaggtaccagaccagcatctggtggnactaagaacatttggaatttggagtgcagaataatgtggaagcagatacctgggtatctcctatgtgctatctaatgtcaaaatcttcagcttgtatgaacagaaaacgctgacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagA---A--------CACG----TTG-----CAA-----CG--T----CA---CCGGGGTGATACGCATTCCAGATTGCGA--CAGAGCAT-GCCGTATGAACC-ACCAGC-GCACATCCACATACCAGAT------------AGTGA-C-GC-ACAG--TTT---AATATC-CAAAC--AGG----AAGAGACTTTGCTTTTTTACACA-AAACCT-T--TGGAAAGTAAC-ATGGTGGGA---A---A-T--------GGC-ATCTATT--C---A---CT-AAT------GGCTC-TTaagt
gi|11 : agctacgaTGCTGTTGACCATAGACATTTCAGAAAAA--TAT--TCCAGTTACTATTAATTGATGTAATCATGGAGTTCTCATTGTGATTACTGCATTCTTTGAATGTTGATTCCAGTAACTTGGCT---AGCTCGTATGGTGCT
gi|15 : -TGGCAACAAA--TGGTGTCTGTC---AC---TTAATTACAAATAATG--AA-C-TCCAGT
gi|2 : TGCCGTTGACCA--GAAATATC-GAAAAAG-TAT--CCCA-TTACTA--AAT-GCTGTTGTCATCGAGTTCTCGCTTTGATTAT--------------GTAAATCGCAGTAAACGGACT---GGCTTTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAATGTAACCAAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGTAAAT-TTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--CATACACATATTTTTTTTTGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC-A--G--CAAGGACAAAAT-TGCTG-GTTTTGTTGACATGCATGCTGGATGGCTATA---A--------CA-G----T-------CAA-----CG--TTACACA---CCAT-----TGC--ATTCCA--TTAC-A-ACAGAGCA-TG--ATCTGAACC--CCAGCAGCACA-------------T------------TGTGG-CAGC-ACAG--TTT---A-TA-C-CAAAC--ATG----AAAGCA----GCTGTTT---GCA-AAAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGA---A---A-T--------GAC-ATCCATT--C---A---CT-AAT------AACTT-TTGGAA-------TAC--GGAATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AA---C------A--------------TA--TCTC--CTAC-------GTAC---AATCCT-AC--G---T-CA--CAGTC--CT-C---AG-CTT---------C---AG--A-----AAG--CGA---T---GACA--TT----TTCCTC---CCT-GGACC-AGTTTTGG---TATCTCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAA-----AA-AC-CT-G--CTTCAC---AATTTTTTTTTCAAC------CA--A--C-AGAAGATGT-TT--TCAA-----TC----AGCAT-AT-CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TA-GT-GTCGAAG-G---CAC-ATCGCCAGTCTGAATTG--GATA--CT------CCT-CT-TGGCAACGAA--TGATATGCGTCAGATCG-GTTAATTACAAAGAATC--AAGC-TCCAGTGGtgaagtct
gi|3 : TGCCGTTGACCA--GAAATATC-GAAAAAG-TAT--CCCA-TTACTA--AAT-GCTGTTGTCATCGAGTTCTCGCTTTGATTAT--------------GTAAATCGCAGTAAACGGACT---GGCTTTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAATGTAACA-AGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGTAAAT-TTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--CATACACATATTTTTTTTTGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC-A--G--CAAGGACAAAAT-TGCTG-GTTTTGTTGACATGCATGCTGGATGGCTATA---A--------CA-G----T-------CAA-----CG--TTACACA---CCAT-----TGC--ATTCCA--TTAC-A-ACAGAGCA-TG--ATCTGAACC--CCAGCAGCACA-------------T------------TGTGG-CAGC-ACAG--TTT---A-TA---CAAA---ATG----AAAGCA----GCTGTTT---GCA-AAAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGA---A---A-T--------GAC-ATCCATT--C---A---CT-AAT------AACTT-TTGGAA-------TAC--GGAATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AA---C------A--------------TA--TCTC--CTAC-------GTAC---AATCCT-AC--G---T-CA--CAGTC--CT-C---AG-CTT---------C---AG--A-----AAG--CGA---T---GACA--TT----TTCCTC---CCT-GGACC-AGTTTTGG---TAT-TCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAA-----AA-AC-CT-G--CTTCAC---AATTTTTTTTTCAAC------CA--A--C-AGAAGAGTT-TT--TCAA-----TC----AGCAT-AT-CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------T
gi|4 : atgtcatcgctgcttcaaccctatgacgtaaatatatgcagcaagcttattcttcgaagtgtgaattatgggtctttaggaattcctCTGAATAGC--AAC-CATTT-GTCCCTTTTTCAATTATTATAAGCTAACCCAGCTCGCTTCCCCATTTTTATGTGAAGTGGAAATTTTTTTGTGTTTTGTTAAAAATCCAAATCGGCAGCTTT-AGTCCAGATAAAATTCTTATAATGAAA--CA-ATACACA-TTTATTTGGTCTTTGTTAT-ATC-TATTTGGT-G--A--CAAGGa
gi|4 : ------------TGTGA-CAGC-ACAA--TTT---A-TA-TTCAATC--AGCC---AAGATT----GTTTTTT---ACA-GCGCCT-T--GCA----TAAC-AT--TG------A---A-T--------ACC-AC--ATT--CCCCA---CT-AAT------CAGTT-ACGG---------TGCCAGAAATTA-------CCACCACCCACCCCCACC---------GGAA---------AG---C------A--------------GA--TCTC---TAC-------TTTC---G---CT-ATG-GATTTGCATTCCGTC--CT-C---AGTCTGGCAT--G-AA---AAGTA-----AAG--TAG---T---GA-A--TT------CCTC---CTTTGGACC-A-TTTTGG---TATCTCA--CGTA---CC-TT--GGCA----ACAT---GAC-----AATACAAT-G--CTTCACCAAAAT---------TACATTATACAATA--T-AGGAGATAT-TT--TCAG-----------AGCAT--------------------AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TGAGT--C--AA----------ATCA-CAGTCTGCA-CGTAGATA--CCTTGCCGTCC-CTGTGGC-ACGACTTTACTGT--GTA-GAATCGGTTAATTGC-AAGAATC--AAGCTTCCATTGgtatttgagacacattatttacagtctacgagcaaacgtaacagacccatgtagatatttatccagatgcggtttgtactgtgaatgcacacccgcaccaggaaatccacttatccaggatgtgacagcacaatttatattcaatcagccaagattgttttttacagcgccttgcataacattgaataccacattccccactaatcagttacggtgccagaaattaccaccacccacccccaccggaaagcagatctctactttcgctatggatttgcattccgtcctcagtctggcatgaaaagtaaagtagtgaattcctcctttggaccattttggtatctcacgtaccttggcaacatgacaatacaatgcttcaccaaaattacattatacaatataggagatattttcagagcataaggtaccagaccagcatctgagtcaaatcacagtctgcacgtagataccttgccgtccctgtggcacgactttactgtgtagaatcggttaattgcaagaatcaagcttccattg
gi|5 : ctgaatagcaaccatttgtccctttttcaattattataagctaacccagctcgcttccccatttttatgtgaagtggaaatttttttgtgttttgttaaaaatccaaatcggcagctttagtccagataaaattcttataatgaaacaatacacatttatttggtctttgttatatctatttggtgacaagggtatttgagacacattatttacagtctacgagcaaacgtaacagacccatgtagatatttatccagatgcggtttgtactgtgaatgcacacccgcaccaggaaatccacttatccaggaATCAT-A-C-TATT--TC-GAAG---AAGGAACAAAT-CGCTGCGCTTTGTTTACATTCATG---GATA-CCATATTAA--------CA-GGCCAT-------CAGGCAATCGGTTTGTTCATC-CCGG-----TAC--ATTTCA--TTGCGGGACAGAGCATTG--GTATGAACCCACCAGCAGCACA------------GTCCCACAACCAGATGTGA-CAGCGACAGCTTTT---A-TA-C-CAAAC--AGG----AAACTT----GCTTTTT---ACACAGAACTGT--GGA---GTAAG-ATG-TGGGG---ATTAA-TTGG-----GGC-ATCTATTT-C---A---TTTAATCTATTCAAGTCATTGGAG-------TGC--ATA-TAATTGTGCCCA---------------T---------GGAAGCTAGAAGTAG---CCCGGTTA--------------TACTTCCC--CTATT------GTAC---GATCTC-ATG-A---T-CA--CGGTCTCCTGC---AG-CTTGTATCGA-ACCATAG--ACCCCGAAG--CTG---TTCTGACAGTTTA---TTCCTCG--CCT-GGACC-AGTTTGGA---CAGCTCC--TG-AAC-CATTT--GACA----ACAACACGAC-----AA-AC-TTGG--CTTCAC---A-----------AAC------CA--A--CTAGAAGATG--TT--TCAA-----TC----AGCA--ATGTC--TCAGAG--CACAAGGGTACC---AGACCAAGCA---TTTAGATTAGTG-GT-GC--AAACGT--CACAATCACCAGCCTGGA
gi|6 : -TTATCATTA-CATATT---C-G--AAACAAGGACAACATTCGCTG--CTTTGTTTACATTCATG---GATA-CCATA---AACAGCCATCA-G----G-------CAATT---CGGTTTGTTCATCTCCGG-----TAC--ATTTCA--TTGCGGGACAGAGCATTG--GTATGAACC-ACCAGCAGCACA------------GTCCACATACCAA-TGTGATCAGCGACAG--CTTTTGA-TACC-CAAAC--AAGGTATAAACTT----GCTTTTT---ACACAGAACT-T--GGA---GTAAG-ATG-TGGGGATTA---A-TTGGAACAGGGCAATCTATT--C---AAATCT-ATT------CGTCA-TTGGAG-------TGC--GATATAA-------TT---------------TAGATGCCCAGGGAA--------AG---C------AGACTGTGGCCCCGTTA--TCTTCACTACCTTATGTGTGCACAGATCTTCATGTA---T-CA--CGGTC--TT-CCTGAG-CTTATCG--A-ACCCTAG--AG----AAGTCCTGTTCT---GACAG-TTTTTATTCCTCGTTCCT-AGACC-AGTTTTAGGAACAGCTCC--TG-ACACCA-TTTGGACA----ACA----GACACACAAG-AC-TT-GGCTTTCAC---AA----------ATC------CA--AACT-AGAAGA-GTGTT--TCAA-----TC----AGCAT-ATGCCTATCAGAGCAC---AAGGTA-C---AGACC-AGCA---TC--------
gi|7 : TGCTGTTGACCA--GAAATATCCGAAAAAGGTAT--CCCA-TTACTA--AAT-ATAGTAATCATCGAGTTCTCGCTTTGATTGTTGCATTCTTTGGATGAAAATCGCTGTAAACGGACT---AGCTCCCATGCTGCTGA-TAGCCTGAT-GTTCTAGTG------TTAATC--TATGA
gi|8 : tgtcatggttgtttcaaacctatataacgtaaatataagtaacttattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattcagtttct---GACA--GT----TTCCTC---CCT-GGACCCAGTTCTGG---AATCTCCCCTG-A---CC-TT--GACACACAACA----GAC-----AA-AC-TT-G--CTTCAC---A-----------AAC------CA--A--C-AG-AGATGG-TTCATCAAGAAGCTTTTGAAGCATCGT-CC--TCAG-G--C---AAGGTACCCAGAGACCAAGCACATCC--------TG-GTGGC--AAA-AGTCTAC-ATCACCAGCTTGGATCG--AATAGGCGT---TGCCCTTT-TGGTAACA--------GTCCATT-GAAG--TTTAA-TACACAAGATCGAGAGC-CCCAGTGG
gi|9 : TTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCCAAATTGG-----AATT--------AAGTGAAGA-CT------GGATAATAAAAATTACACATCCGCAGATTTGAGTCCAAACATTTC--GTGTAAT---AGGCA-ACACACA---TTTTTAGTT-TT---AT-A-C-TATT--GCGG--G--CAAGGACAAAAT-CGTTG-GTTTTGTTTACATT----CTGGATAGCCATA---A--------CA-C----T-------CA----------TCAGGCA---ACGT-----TAC--ATTC
blockSeqs : TA A G . G TT T A A G TGCATTCTTTGAAT . A CT . A CCCTTTT AT A TTCCC TTTATGTG TTTTGT AAA A TC GAAA T T TTT T T T T A TGGTGA T CG CATGC G TTAACAGGCCATCAGGCAATCGGTTTGTTCATC GGGTGA GC GA GGG T CC A CA TCCACATACCAGAT T G CT TTGA TC . G GTAT AGACTTT TAC C G TGGAAA . G ATTAATTGGAACAG A CCCCA T CTATTC A . CA TTTAGATGCCCAGGGAAAGCAGACTGTGGCCCCGT CT CA CTTATGT ACA C C TGGATT G TT A TC G CTG T GTATCGAACCATAGACCCCG TCCTGTTCT GT TTTA GTT T C GAAC CC T CAC T TG CACA ACAC ACACA T AA G GC AATTTTTTTTTC ATTATA ATAT A G TG CA GAAGCTTTTGA ATGCCTA A CACA CAG A CAT TAGATTAGTGGTGCAAACGTCACA C T TA CCTTGCC T G ACTT G CT AGATCGG TT GA T
blockSeqs : . C . . . . . C T T TGCATTCTTTGGAT . . . . . G . C . . . AAT A . AGG T T TTT T . . . . TCGAAG . G CATGC G AACAGCCATCAGGCAATTCGGTTTGTTCATCT T . . GGG T . C A GTCCCACAACCAGA . G . AA TT . T C GCA . C . GCG . . ATTAATTGG . CAAAT . . . . . TTGTGCCCATGGAAGCTAGAAGTAGCCCGGTTA . . T . C . TGTA . . A . . . . ATCGAACCCTAGAG CTGTTCT G A G . . T . . AC . . . T . . C . . CAAAAT . AACT G T T . TC ATGTC A CAC . A . TGGTGGCAAAAGTCTAC C . . GGCGTT . . AA A GC GAATCGG TT . .
blockSeqs : . . . . . . . C T T . . . . . . . . C . . . TT A . A . C TT G . . . . CGAAA . G CATG G ACAGTCAACGTTACACA T . . GA T . C A GTCCACATACCAA . . . A CC . T . GCA . . . GCG . . AAT . TCA . . . . . CCACCACCCACCCCCACCGGAAAGCA . . . . C . TGA . . C . . . . GCATGAAAAGTA CGAT . . . . . T . . . . . . . . . T . . AA . ACT A T T . TC CGTCC A C . . . TGAGTCAA . . . AA C CC GAAGT TT . .
blockSeqs : . . . . . . . T A T . . . . . . . . . . . . TT T . A . C . A . . . . GCGGG . G CATG . ACAGTCAACGTTACACA G . . A . . A . T . . . A C . G . ATT . . . GCA . . AAT . CA . . . . . CGTGGAAGAACA . . . . C . CG . . G . . . . CAGA CGAT . . . . . C . . . . . . . . . T . . A . AC A T G . TC ATCC . C . . . . . . . AC T . .
blockSeqs : . . . . . . . GCAG . . C . ACACGTTGCAACGTCA G . . A . . A . T . . . A C . G . CTT . . . GGA . . AAT . CA . . . . . CGTGGAAGAACA . . . . . . CG . . G . . . . CAGA TAGT . . . . . A . . . . . . . . . T . . A . AC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . GCAG ACACTCATCAGGCA T . . . . A . . A . CTT . . . GGA . . AAT . CA . . . .
blockSeqCons : ** ************** *** TT* GCGG******* CATGC ACAGTCAACGGTTTGCGCA******************************* A* GCCCACAACCAGT************* A**** C** ** GCG***** AAT*************** CA******** ******* CGG**** GCATGAACAGAG*********** AAT************ ACT**** ATGCC*** GGACG*** TT
originalCons : TGCCGTTGACCA--GAAATATCCGAAAAAGGTAT--CCCA-TTACTA--AAT-GCTGTAGTCATCGAGTTCTCGCTTTGATTATTGCATTCTTTGGATGTAAATCGCAGTAAACGGACT---AGCTCTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCCAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGTAAAAATTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--CATACACACATTTTTTTTNGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC-G--G--CAAGGACAAAAT-CGCTG-GTTTTGTTTACATTCATGCTGGATAGCCATA---A--------CA-G----T-------CAA-----CG--TTACGCA---CCGG-----TAC--ATTCCA--TTGCGA-ACAGAGCATTG--GTATGAACC-ACCAGCAGCACA------------GT------------TGTGA-CAGC-ACAG--TTT---A-TA-C-CAAAC--ANG----AAANNN----GCTTTTT---ACA-AGAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGA---A---A-T--------GGC-ATCTATT--C---A---CT-AAT------AACTT-TTGGAA-------TGC--GGAATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AG---C------A--------------TA--TCTC--CTAC-------GTAC---GATCCT-ACG-G---T-CA--CGGTC--CT-C---AG-CTTGTAT--G-AC---AG--A-----AAG--CGG---T---GACA--TT----TTCCTC---CCT-GGACC-AGTTTTGG---TATCTCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAC-----AA-AC-TT-G--CTTCAC---AAT---------AAC------CA--A--C-AGAAGATGT-TT--TCAA-----TC----AGCAT-AT-CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TG-GT-GC--AAA-G---CAC-ATCACCAGCCTGGATCG--GATA--CNT---CGCCC-CT-TGGCAACGAA--TGGTGTCCGTC-GAAC--GTTAATTACAAAGAATC--AAGC-TCCAGTGG
finalCons : TGCCGTTGACCA--GAAATATCCGAAAAAGGTAT--CCCA-TTACTA--AAT-GCTGTAGTCATCGAGTTCTCGCTTTGATTAT--------------GTAAATCGCAGTAAACGGACT---AGCTCTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCCAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGTAAAAATTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--CATACACACATT-TTTTTNGTC-TTATCAT-A-C-TATTGCGG-------CAAGGACAAAAT-CGCTG-GTTTTGTTTACATTCATGCTGGATAGCCATAACAGTCAACGGTTTGCGCA-------------------------------CCGG-----TAC--ATTCCA--TTGCGA-ACAGAGCATTG--GTATGAACCA-CCAGCAGCACAGCCCACAACCAGT-------------TGTGA-CAGC-ACAG--TTTA----TAC--CAAAC--ANG----AAANNN----GCTTTTT---ACA-AGAACT-TGCG-----GTAAC-ATG-TGGGAAAT---------------GGC-ATCTATTCA--------CT-AAT------AACTT-TTGGAA-------TGC--GGAATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AG---C------A--------------TA--TCTC--CTAC-------GTAC---GATCCT-ACGG----T-CA--CGGTC--CT-C---AG-CTTGCATGAACAGAG-----------AAG--CGG---T---GACA--TT----TTCCTC---CCT-GGACC-AGTTTTGG---TATCTCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAC-----AA-AC-TT-G--CTTCACAAT------------AAC------CAACT----AGAAGATGT-TT--TCAA-----TC----AGCATATGCC---TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TG-GT-GC--AAA-G---CAC-ATCACCAGCCTGGATCG--GATA--CNT---CGCCC-CT-TGGCAACGAA--TGGTGTCCGTCGGACG---TTAATTACAAAGAATC--AAGC-TCCAGTGG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TATAAGTAGCATTTTTTAGACGTAATAATCAGGGGTTTTGTCAGATGTGACCATAAAACGAACATTCAGTTTCTTGCTGTTGAAAAGATACATGCACATCCAAAAAGGTATCCCAT
Unaligned ( gi|13 ): TGTCATCGCTGCTTCAACCCTATGACGTAAATATATGCAGCAAGCTTATTCTTCGAAGTGTGAATTATGGGTCTTTAGGAATTCC
Unaligned ( gi|14 ): TAATACACAAGATCGAGAGCCCCAGTGGAAACAGTACCACGACATCACAGGATTTTGTATCGATTTAACGAGAACTTGTTCTG
Unaligned ( gi|16 ): ACGACATACCTCATGTTTGATCAACAAGAACTTGTTCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 1 11 11 2222222 11111111111111 111 11 2222222 22222 22222222 222222 111 11 111111 1 11 11111111111 222222222222 1111 5555555555555555555555 111111 222 1 11 666666666666666666 1 111 1 111111 1111111 111 1 11111111 333333333333333 1111111 111111 2222222 111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222 111 2222222 111 5555555555555555555555555555555 1 2222 111 1111 222 1111 2222 11111 777777777777777 111111 22 33333333333333 111111 111 1 111 555555555555555555555555555555 11 444444444 1 1111 5555555 11
lowQualScore : 11 5 5 11 8 11 8 1 1 6666666 8 44444444444444 444 8 11 8 6 8888888 99 8 00000 99999999 0 333333 333 0 1 11 666666 0 1 66 77 6 0 5 5 5 11111111111 6 99 99999 6 666666666666 4444 0000000000000000000000 555555 77 99 444 5 99 1 77 111111111111111111 5 5 1 1 77 000 5 1 5 999999 5555555 000 1 0 5 11111111 5 5 0 333333333333333 5 5 77 6666666 666666 5 1111111 111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 99 333333333 0 111 2 6 6666666 6 99 2 99 6 111 6 6666666666666666666666666666666 1 3333 888 6 6 2222 99 6 000 6 99 4444 0000 66666 6 77 6 99 000000000000000 999999 6 22 1 3 99 99 3 3 77777777777777 3 555555 111 3 111 000000000000000000000000000000 2 0 7 88 333333333 0 8 0 7777 3 99 3333333 11 0 11 8
lowQualScore : .. . . .. . .. . . . ....... . .............. ... . .. . . ....... .. . ..... ........ . ...... ... . . .. ...... . . .. .. . . . . . ........... . .. ..... . ............ .... ...................... ...... .. .. ... . .. . .. .................. . . . . .. ... . . . ...... ....... ... . . . ........ . . . ............... . . .. ....... ...... . ....... ...... .......................................................................... .. .. ......... . ... . . ....... . .. . .. . ... . ............................... . .... ... . . .... .. . ... . .. .... .... ..... . .. . .. ............... ...... . .. . . .. .. . . .............. . ...... ... . ... .............................. . . . .. ......... . . . .... . .. ....... .. . .. .
lowQualScore : 00 0 0 00 0 00 0 4 4 0000000 0 00000000000000 000 0 00 0 7 3333333 22 2 00000 00000000 8 000000 444 6 4 00 000000 6 4 22 00 7 1 7 7 7 44444444444 7 22 77777 7 888888888888 2222 0000000000000000000000 000000 99 22 333 5 22 5 77 444444444444444444 7 7 4 4 99 000 7 4 7 666666 1111111 000 4 4 7 33333333 7 7 7 777777777777777 7 7 99 7777777 444444 7 7777777 777777 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 22 777777777 3 777 5 7 7777777 7 22 2 22 7 777 7 5555555555555555555555555555555 4 3333 333 7 7 0000 22 7 888 7 22 2222 8888 77777 7 00 7 22 555555555555555 222222 7 22 7 2 88 22 2 5 77777777777777 2 000000 777 3 777 777777777777777777777777777777 5 2 3 33 777777777 0 0 8 6666 2 66 8888888 66 8 00 0
consensus : TGCCGTTGACCA--GAAATATCCGAAAAAGGTAT--CCCA-TTACTA--AAT-GCTGTAGTCATCGAGTTCTCGCT-------TTG-ATT-TTGCATTCTTTG-ATGTAAATCGCAGTAAACGGACT---AGCTCTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCCAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGTAAAAATTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--CATACACACATTTTTTTNTGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC-G--G--CAAGGACAAAAT-CGCTG-GTTTTGTTTACATTCATGCTGGATAGCCATA---A--------CAG----TCAN-----CGG-TTACGC-A----CCGG-----TAC--ATTCCA--TTGCGA-ACAGAGCATTG--GTATGAACC-ACCAGCAGCACA--TCCAC--A-ACCAGN-T-GTGA-CAGC-ACAG--TTT---A-TA-C-CAAACAGG----AAANNN----GCTTTTT---ACA-AGAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGA---AA-T--------GGC-ATCTA-TT--C---A---CTAAT------AACTT-TTGGAA-------TGC--GGA-ATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AG---C------A--------------TA--TCTC--CTA-C-------GTAC---GATCCT-ACG-G---T-CA--CGG--TCCT-C---AG-CTTGTAT-GAAC---AGA----GAAG--CGG---TGACA-TT----TTCCTC---CCT-GGACC-AGTTTTGG---TATCTCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAC-----AA-AC-TT-G--CTTCAC---AAT---------AAC------C-AAC-TAGAAGATGT-TT--TCAATCAGCATATG---------CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TG-GT-GC--AAA-G---CAC-ATCACCAGCCTGGATCG--GATA--CNT---CGCCC-CT-TGGCAACGAA--TGGTGTCCGTCGAATCGGTTAATTACAAAGAATC--AAGC-TCCAGTGG
Reference ( family-423 ) : TGCCGTTGACCA--GAAATATCCGAAAAAGGTAT--CCCA-TTACTA--AAT-GCTGTAGTCATCGAGTTCTCGCT-------TTG-ATT--------------ATGTAAATCGCAGTAAACGGACT---AGCTCTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCCAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGTAAAAATTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--CATACACACATTTTTTTN-GTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC-G--G--CAAGGACAAAAT-CGCTG-GTTTTGTTTACATTCATGCTGGATAGCCATA---A--------CAG----TCAA-----CGGTTTGCGC-A----CCGG-----TAC--ATTCCA--TTGCGA-ACAGAGCATTG--GTATGAACC-ACCAGCAGCACAG-CCCAC--A-ACCAGT-T-GTGA-CAGC-ACAG--TTT---A-TA-C-CAAACANG----AAANNN----GCTTTTT---ACA-AGAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGA---AA-T--------GGC-ATCTA-TT--C---A---CTAAT------AACTT-TTGGAA-------TGC--GGA-ATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AG---C------A--------------TA--TCTC--CTA-C-------GTAC---GATCCT-ACG-G---T-CA--CGG--TCCT-C---AG-CTTGCAT-GAAC---AGA----GAAG--CGG---TGACA-TT----TTCCTC---CCT-GGACC-AGTTTTGG---TATCTCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAC-----AA-AC-TT-G--CTTCAC---AAT---------AAC------C-AAC-TAGAAGATGT-TT--TCAATCAGCATATG---------CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TG-GT-GC--AAA-G---CAC-ATCACCAGCCTGGATCG--GATA--CNT---CGCCC-CT-TGGCAACGAA--TGGTGTCCGTCGGAC--GTTAATTACAAAGAATC--AAGC-TCCAGTGG
gi|1 : TGCTGTTGACCA--GAAATATCCAAAAAAGGTATATCCCA-TTACTA--AAT-GTTGTAGCCGTCGAGTTCTCATTAGGAGTATTGTATTCTTGG---------ATGCAACCCACAGTAAACGGGCTCGTAGTTCTCACGCTGCTGA-TAAC--AACCATTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCTAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAGCTTT------GGGTAATAAAAAATCCAAATCCACAGCTTTGAGCCCAAAGAGGTT--GTGCAAC---A--TATACA------TTTGTG-GTC-TTATGAT-A-C-TATC--GC-G--G--CAAGGACAAAAT-CGCTG-TTTTTGTTTACATT----CTGAATAGCCATA---A--------CAG----TCAT-----CAGGCAACGCTACATCCCGG-----TAC--ATTTCA--TTTC-A-ACAGAGCA-TG--GTGTGAACC--CCAGCAGCACAT-NGGACA-A-ACCTGC-T--T------C-ACA---------A-AA-C-C-AACAG------AATAT----GTTTTCA---ATC-AGAATG-TCAGCA---G-AACAAGG-TACCA---GACC--------AGC-ATCTG-GTGGN---A---CTAAG------AACAT-TTGGAATTTGGAGTGC--AGA-ATAA-------TG---------------T---------GGAAGC-------AGATACCTGG--G--------------TA--TCTC--CTA-T-------GTGC---TAT-CT-AAT-G---T-CA--AAA--TCTT-C---AG-CTTGTAT-GAAC---AGA-----AAA--CGC---TGACA-
gi|1 : -CC-TGGCAACATA--TGGTATTTTTC-------TTAAT-ACAAAGAATC--AAGC-ACCAGTGGatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcctggcaacatatggtatttttcttaatacaaagaatcaagcaccagtggaagt
gi|10 : tgctgttgaccagaaatatccaaaaaaggtatatcccattactaaatgttgtagccgtcgagttctcattaggagtattgtattcttggatgcaacccacagtaaacgggctcgtagttctcacgctgctgataacaaccattttgtttaatttataaggtaacctagatcggaattaagtggagctttgggtaataaaaaatccaaatccacagctttgagcccaaagaggttgtgcaacatatacatttgtggtcttatgatactatcgcggcaaggacaaaatcgctgtttttgtttacattctgaatagccataacagtcatcaggcaacgctacatcccggtacatttcatttcaacagagcatggtgtgaaccccagcagcacatnggacaaacctgcttcacaaaaccaacagaatatgttttcaatcagaatgtcagcagaacaaggtaccagaccagcatctggtggnactaagaacatttggaatttggagtgcagaataatgtggaagcagatacctgggtatctcctatgtgctatctaatgtcaaaatcttcagcttgtatgaacagaaaacgctgacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagC-A----CCGGGGTGATACGCATTCCAGATTGCGA--CAGAGCAT-GCCGTATGAACC-ACCAGC-GCACA--TCCAC--ATACCAGA-TAGTGA-C-GC-ACAG--TTT---AATATC-CAAACAGG----AAGAGACTTTGCTTTTTTACACA-AAACCT-T--TGGAAAGTAAC-ATGGTGGGA---AA-T--------GGC-ATCTA-TT--C---A---CTAAT------GGCTC-TTaagt
gi|11 : agctacgaaacacgttgcaacgtTGCTGTTGACCATAGACATTTCAGAAAAA--TAT--TCCAGTTACTATTAATTGATGTAATCATGGAGTTCTCATT-------GTG-ATTACTGCATTCTTTGAATGTTGATTCCAGTAACTTGGCT---AGCTCGTATGGTGCT
gi|15 : -TGGCAACAAA--TGGTGTCTGTC--AC---TTAATTACAAATAATG--AA-C-TCCAGT
gi|2 : TGCCGTTGACCA--GAAATATC-GAAAAAG-TAT--CCCA-TTACTA--AAT-GCTGTTGTCATCGAGTTCTCGCT-------TTG-ATT--------------ATGTAAATCGCAGTAAACGGACT---GGCTTTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAATGTAACCAAGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGTAAAT-TTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--CATACACATATTTTTTTTTGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC-A--G--CAAGGACAAAAT-TGCTG-GTTTTGTTGACATGCATGCTGGATGGCTATA---A--------CAG----TCAA-----CG--TTACAC-A----CCAT-----TGC--ATTCCA--TTAC-A-ACAGAGCAT-G--ATCTGAACC--CCAGCAGCACA----------------T-T-GTGG-CAGC-ACAG--TTT---A-TA-C-CAAACATG----AAAGCA----GCTGTTT---GCA-AAAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGA---AA-T--------GAC-ATCCA-TT--C---A---CTAAT------AACTT-TTGGAA-------TAC--GGA-ATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AA---C------A--------------TA--TCTC--CTA-C-------GTAC---AATCCT-AC--G---T-CA--CAG--TCCT-C---AG-CTT--------C---AGA-----AAG--CGA---TGACA-TT----TTCCTC---CCT-GGACC-AGTTTTGG---TATCTCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAA-----AA-AC-CT-G--CTTCAC---AATTTTTTTTTCAAC------C-AAC--AGAAGATGT-TT--TCAATCAGCATAT----------CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TA-GT-GTCGAAG-G---CAC-ATCGCCAGTCTGAATTG--GATA--CT------CCT-CT-TGGCAACGAA--TGATATGCGTCAGATCGGTTAATTACAAAGAATC--AAGC-TCCAGTGGtgaagtct
gi|3 : TGCCGTTGACCA--GAAATATC-GAAAAAG-TAT--CCCA-TTACTA--AAT-GCTGTTGTCATCGAGTTCTCGCT-------TTG-ATT--------------ATGTAAATCGCAGTAAACGGACT---GGCTTTCATGCTGCTGA-TAGC--AAC-GTTTT-GT-------TTAATT--TATAATGTAACA-AGATCGG-----AATT--------AAGTGGAAATTT------GGATAGTAAAT-TTCCAAATCGGCAGATTTGAGTCCAGATAGGAT--GTGTAAT---A--CATACACATATTTTTTTTTGTC-TTATCAT-A-C-TATT--GC-A--G--CAAGGACAAAAT-TGCTG-GTTTTGTTGACATGCATGCTGGATGGCTATA---A--------CAG----TCAA-----CG--TTACAC-A----CCAT-----TGC--ATTCCA--TTAC-A-ACAGAGCAT-G--ATCTGAACC--CCAGCAGCACA----------------T-T-GTGG-CAGC-ACAG--TTT---A-TA-C--AAA-ATG----AAAGCA----GCTGTTT---GCA-AAAACT-T--GCG---GTAAC-ATG-TGGGA---AA-T--------GAC-ATCCA-TT--C---A---CTAAT------AACTT-TTGGAA-------TAC--GGA-ATAA-------CG---------------T---------GGAAG--------AA---C------A--------------TA--TCTC--CTA-C-------GTAC---AATCCT-AC--G---T-CA--CAG--TCCT-C---AG-CTT--------C---AGA-----AAG--CGA---TGACA-TT----TTCCTC---CCT-GGACC-AGTTTTGG---TAT-TCC--TG-A---CA-TT--GACA----ACA----GAA-----AA-AC-CT-G--CTTCAC---AATTTTTTTTTCAAC------C-AAC--AGAAGAGTT-TT--TCAATCAGCATAT----------CC--TCAGAG--C---AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------T
gi|4 : atgtcatcgctgcttcaaccctatgacgtaaatatatgcagcaagcttattcttcgaagtgtgaattatgggtctttaggaattcctCTGAATAGC--AAC-CATTT-GTCCCTTTTTCAATTATTATAAGCTAACCCAGCTCGCTTCCCCATTTTTATGTGAAGTGGAAATTTTTTTGTGTTTTGTTAAAAATCCAAATCGGCAGCTTT-AGTCCAGATAAAATTCTTATAATGAAA--CA-ATACACATTTATTTG-GTCTTTGTTAT-ATC-TATTTGGT-G--A--CAAGGa
gi|4 : C-ACCAGGA----AA-TCCACTTA-TCCAGGAT-GTGA-CAGC-ACAA--TTT---A-TA-TTCAATCAGCC---AAGATT----GTTTTTT---ACA-GCGCCT-T--GCA----TAAC-AT--TG------AA-T--------ACC-AC--A-TT--CCCCA---CTAAT------CAGTT-ACGG---------TGCCAGAA-ATTA-------CCACCACCCACCCCCACC---------GGAA---------AG---C------A--------------GA--TCTC---TA-C-------TTTC---G---CT-ATG-GATTTGCATTCCG--TCCT-C---AGTCTGGCAT-GAAA---AGT----AAAG--TAG---TGA-A-TT------CCTC---CTTTGGACC-A-TTTTGG---TATCTCA--CGTA---CC-TT--GGCA----ACAT---GAC-----AATACAAT-G--CTTCACCAAAAT---------TACATTATAC-AATATAGGAGATAT-TT--TCAG--AGCAT----------------------------AAGGTACC---AGACC-AGCA---TC--------TGAGT--C--AA----------ATCA-CAGTCTGCA-CGTAGATA--CCTTGCCGTCC-CTGTGGC-ACGACTTTACTGT--GTAGAATCGGTTAATTGC-AAGAATC--AAGCTTCCATTGgtatttgagacacattatttacagtctacgagcaaacgtaacagacccatgtagatatttatccagatgcggtttgtactgtgaatgcacacccgcaccaggaaatccacttatccaggatgtgacagcacaatttatattcaatcagccaagattgttttttacagcgccttgcataacattgaataccacattccccactaatcagttacggtgccagaaattaccaccacccacccccaccggaaagcagatctctactttcgctatggatttgcattccgtcctcagtctggcatgaaaagtaaagtagtgaattcctcctttggaccattttggtatctcacgtaccttggcaacatgacaatacaatgcttcaccaaaattacattatacaatataggagatattttcagagcataaggtaccagaccagcatctgagtcaaatcacagtctgcacgtagataccttgccgtccctgtggcacgactttactgtgtagaatcggttaattgcaagaatcaagcttccattg
gi|5 : ctgaatagcaaccatttgtccctttttcaattattataagctaacccagctcgcttccccatttttatgtgaagtggaaatttttttgtgttttgttaaaaatccaaatcggcagctttagtccagataaaattcttataatgaaacaatacacatttatttggtctttgttatatctatttggtgacaagggtatttgagacacattatttacagtctacgagcaaacgtaacagacccatgtagatatttatccagatgcggtttgtactgtgaatgcacacccgATCAT-A-C-TATT--TC-GAAG---AAGGAACAAAT-CGCTGCGCTTTGTTTACATTCATG---GATA-CCATATTAA--------CAGGCCATCAGGCAATCGGTTTGTTC-ATC--CCGG-----TAC--ATTTCA--TTGCGGGACAGAGCATTG--GTATGAACCCACCAGCAGCACAGTCCCAC--A-ACCAGA-T-GTGA-CAGCGACAGCTTTT---A-TA-C-CAAACAGG----AAACTT----GCTTTTT---ACACAGAACTGT--GGA---GTAAG-ATG-TGGGGATTAA-TTGG-----GGC-ATCTATTT--C---AT--TTAATCTATTCAAGTCATTGGAG-------TGC----ATATAATTGTGCCCA---------------T---------GGAAGCTAGAAGTAG---CCCGGTTA--------------TACTTCCC--CTATT-------GTAC---GATCTC-ATG-A---T-CA--CGGTCTCCTGC---AG-CTTGTATCGAACCATAGACCCCGAAG--CTGTTCTGACAGTTTA--TTCCTCG--CCT-GGACC-AGTTTGGA---CAGCTCC--TG-AAC-CATTT--GACA----ACAACACGAC-----AA-AC-TTGG--CTTCAC---A-----------AAC------C-AAC-TAGAAGATG--TT--TCAATCAGCA-ATG---------TC--TCAGAG--CACAAGGGTACC---AGACCAAGCA---TTTAGATTAGTG-GT-GC--AAACGT--CACAATCACCAGCCTGGA
gi|6 : -TTATCATTA-CATATT---C-G--AAACAAGGACAACATTCGCTG--CTTTGTTTACATTCATG---GATA-CCATA---AACAGCCATCAG----GCAATT---CGGTTTGTTC-ATCT-CCGG-----TAC--ATTTCA--TTGCGGGACAGAGCATTG--GTATGAACC-ACCAGCAGCACAG-TCCAC--ATACCAA--T-GTGATCAGCGACAG--CTTTTGA-TACC-CAAACAAGGTATAAACTT----GCTTTTT---ACACAGAACT-T--GGA---GTAAG-ATG-TGGGGATTAA-TTGGAACAGGGCAATCTA-TT--C---AAATCTATT------CGTCA-TTGGAG-------TGC--GAT-ATAA-------TT---------------TAGATGCCCAGGGAA--------AG---C------AGACTGTGGCCCCGTTA--TCTTCACTA-CCTTATGTGTGCACAGATCTTCATGTA---T-CA--CGG--TCTT-CCTGAG-CTT--ATCGAACCCTAGA----GAAGTCCTGTTCTGACAGTTTTTATTCCTCGTTCCT-AGACC-AGTTTTAGGAACAGCTCC--TG-ACACCA-TTTGGACA----ACA----GACACACAAG-AC-TT-GGCTTTCAC---AA----------ATC------CAAAC-TAGAAGA-GTGTT--TCAATCAGCATATG---------CCTATCAGAGCAC---AAGGTA-C---AGACC-AGCA---TC--------
gi|7 : TGCTGTTGACCA--GAAATATCCGAAAAAGGTAT--CCCA-TTACTA--AAT-ATAGTAATCATCGAGTTCTCGCT-------TTG-ATTGTTGCATTCTTTGGATGAAAATCGCTGTAAACGGACT---AGCTCCCATGCTGCTGA-TAGCCTGAT-GTTCTAGTG------TTAATC--TATGA
gi|8 : tgtcatggttgtttcaaacctatataacgtaaatataagtaacttattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattcagtttctGACA-GT----TTCCTC---CCT-GGACCCAGTTCTGG---AATCTCCCCTG-A---CC-TT--GACACACAACA----GAC-----AA-AC-TT-G--CTTCAC---A-----------AAC------C-AAC--AG-AGATGG-TTCATCAAGAAGCTTTTGAAGCATCGTCC--TCAG-G--C---AAGGTACCCAGAGACCAAGCACATCC--------TG-GTGGC--AAA-AGTCTAC-ATCACCAGCTTGGATCG--AATAGGCGT---TGCCCTTT-TGGTAACA--------GTCCATTGAAG--TTTAA-TACACAAGATCGAGAGC-CCCAGTGG
gi|9 : TTTT-GT-------TTAATT--TATAAGGTAACCCAAATTGG-----AATT--------AAGTGAAGA-CT------GGATAATAAAAATTACACATCCGCAGATTTGAGTCCAAACATTTC--GTGTAAT---AGGCA-ACACACA--TTTTTA-GTT-TT---AT-A-C-TATT--GCGG--G--CAAGGACAAAAT-CGTTG-GTTTTGTTTACATT----CTGGATAGCCATA---A--------CAC----TCAT-----CAG-----GC-A----ACGT-----TAC--ATTC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TATAAGTAGCATTTTTTAGACGTAATAATCAGGGGTTTTGTCAGATGTGACCATAAAACGAACATTCAGTTTCTTGCTGTTGAAAAGATACATGCACATCCAAAAAGGTATCCCAT
Unaligned ( gi|13 ): TGTCATCGCTGCTTCAACCCTATGACGTAAATATATGCAGCAAGCTTATTCTTCGAAGTGTGAATTATGGGTCTTTAGGAATTCC
Unaligned ( gi|14 ): TAATACACAAGATCGAGAGCCCCAGTGGAAACAGTACCACGACATCACAGGATTTTGTATCGATTTAACGAGAACTTGTTCTG
Unaligned ( gi|16 ): ACGACATACCTCATGTTTGATCAACAAGAACTTGTTCT