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Reference ( gi|1 )            :                                                                                                                                                                     TATTAAATACGTCACGGATACGTGTGTTAGCTGAGCA-TT-AGGAGTTAAAGAGTCGCAGAGA-TG-GAGAACAACGACGCTGACTTATATGTATGATTA-TGT-ATTCTGAATCCATCGTTCGAGAGAATGCGCCTTCTTAGTTAGCA--CATCAAAA--T--GAGGAAGAGCCA-TCCATTTCCATATCCAAATGAT-ACTA-TATAAATGCTGGGATGGATCTCGTTTTGACTTTGAACATC--AGCTA--GATCTCAACTGC-ATGTGGTAAAAGAGAGGCTGCCTCAGATGATTAAAAATGATTGG-ATAGATCAGCCCAAATCAGCAATCTTAACTTT-ATGA--AAGCGTGCTTATAATAAA-------CTAGA--GAGCTGATTCCTCGTGATGATAGGTGCATTGAG--AGCCCAATCTTTTGTATAATAATCTAAATTGGTTAATTATTTTATTCTAGCATATGTTGCA--AACAACATTACCCCCCCTACCCCCCACTTCCCCGCTCCCCCCCCCCTGAATTTTATTGAAATCGCGAGAATACGTTGTCTAGTCTCAATATTAT----TAAGTTCTGAGGGTATTTCTTCAAAAGGGCTTATTTTGTGTTAGTTTGGAC-TTTTGAGTATGTAAGACATAGTTGATATGCATAAGAAAATTAGGTTTTCAAGATCAAGTG------ATAATTTATTAAAAATAAAGG--GGGCGGATTGAAACTAGCACCTGTGCTCCCTTCTGT-ATTTAACAAAATTTATATGAAATCGCTTTTAATGTTATCAGGATTTTTCTTTGTCAAAGACTTTTTTTTAAATGTCAATAATTA--GATATTATGAAT-GTAATTAACTTCCTATGCACCT--TATACATATATTATTG-TGG--ATATAGGCCCATTTAATGTTCAACATACATGT------ATG------CTGCATAAG-AC-CAG--TAAGTTAAAAT-AGTAACAAAAATGGAATATTTCAGAGAAGTTTTATCTAAATAATGTGAAAAATTTCTTTCACCCAATTTTCATAACAGCAGGAAGTTAGATGATCAATTTATCAGCCCAA-TTAAAA-CCAGCCCTTCTTC-TCCT---ACCGTCTTATATGTACATGTAT-ATAGATCTATATGCATTCGATAGTCC---TGAACCGTTTC-TCGA---ACAGAATATAATTAAGTTT-CCGCGAATTTTATGAAACCATTCTAAATCAGTCACAGATTACTGTATTTTTAACTATACCACTACTCAACTGAATTAAATAATT-ATGTCAGCCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCACT--TTTCTTATGTTGTATGAGGGATGCAC----TATT----TTGTTG-----GTGTGATTTCT--CTGGTGAGGA-AC--AT-CC--ATTCCCTTGCAAAGA
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CCCCCCCTTTGAATTTAA--GAAATCGCGAG-ATACGTTGTCTCG-CTCAAttgaatttaagaaatcgcgagatacgttgtctcgctcaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ttccatgccataattctaataaatgctgggatggattgttttaacttgaaaatatctagattcaactgcaccggcagtgctcagaaaaacattgggatagatcagagatatgcaaccactttgaactgtacatatattagagtaatccccagatggagaatctcatgaagggtttgaggaagccaatcttttgcataatatcaagtgtgaatgatttattcagcatatgttgcaaagaacaATTTATATTAAATCGCTTTTAATGATATCGGGATTTTTCTTTGTCAAAGAATTTTTTTTA--TGTCAAAAATTA--AATAT---------------ATTTCCTATGCACCT--TATA------TTATTG-TGGTAATAT-------TTTAAAAA-CAACTTACATGT------ATATATGTCCTGCAGAAG-AC-CGG--T---TTGA--T-GGTAACACAGCTGAAATATTTCATAGA-----TATCTAAATTACGTGAAAAATTTCATTCACACAATTTTCATAACAGCAGAAAGTTAAATGATCCATTTTTCTGCCCGA-TTAAAA-C-AGCCCCTCTTC-TCCT---GCCGTCTTAT-------TCTAT-A-AG-----TATGCATTCGATAG-------GAACCATTTC-TCGA---ACAGAATATAAATAAGTTTTCCGCGAATTTAATGAAACCGTTCTAAATCAACCACTGATTACTGTATTCTTAATTATCTCACTACTCAACTGAATTAAATAA-C-ATG-CAGCCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCGCT--TTTCTTATGTTGTA--AGGGACGCAC----TGTT----TTGTAG-----GTGCAATTTCT--CCGGTGGAGA-ACATAT-AT--ATTCCCTTACAAAGA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TGATTAATGGTAT-ATGGATTGAAGTTGACTTCCTGTGCACAGGATATACATATA-TATTGTTGA--ATATA-GCC--TT--ATGTTCAACATG-ATGTGGCCTGGTG------CTGCATGGGAACGCAGTATAAGT--AGATAAATAACAAAACTCAAA-ATTTCAatgatacctctcagtgaactgattattaattaagaacacggaattccaatatagtggttcgttatttaaactccatttgatagcaatcgtgtgtaaattgtttctcacattaatagcatggattgaggggggggggctgcaaatctttccgctaaaaa
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tgattaatggtatatggattgaagttgacttcctgtgcacaggatatacatatatattgttgaatatagccttatgttcaacatgatgtggcctggtgctgcatgggaacgcagtataagtagataaataacaaaactcaaaatttcacgtgtagtgagtgattcaggtgatggattgtagaatatgagtgttAT-ATACATGTATATGCATTCGATAGTCC---TGAACCGTTTC-TCGAATTACAGAATATA--TAAA-TT-CCGCGAATTTTATGAAACCGTTCTAAATCAGTCACTGATTACTtcaagcttctcaagtgaatccatatcc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ataactgtactgaatcaacttttaatataaaAACCGTGTC-TTGA---ACAGAATATGGTAAAGTTT-TC-CGAAATTTATGAAACCGTTCTAAATCAACCACTGATTACTGTATTTTTATTTATCTCACTACTCAAGTGAATTAAATAATT-ATGTCAGCTT-TCTCTTTTGACAAACGCAGTCTACT--TTTCTTATGTTGCA--AATGACGCACTGCGTGTT----TTGTTGGGGTCGTATCATTTCT--CCGTTGAGGA-ATA-AT-CC--ATT-CCTAGCAAAGA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CAACTGAATTAAATAATT-ATGTCCACCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCACT--TTT-TTATGTTGTA--AGGGACGCAC----TGTA----TTGTTG-----GTGCGATTTCT--CCGGTGAGAA-AC--AA-CCATATTCCCTTGCAatgaaactgtcccagcgaaaatgaaaattaatttaagatacgaatttcaatagttttctcgcctattaaaaactctatttcgaattaacaatagtgtgtaactggtttctcatatcacatgtatagctaatttaataaaaatagtttaactaacaattaatcctgcttacgaatgcctgctctgtctttccttgagaaaacacgtgtaaagacaaaataagtcatatgtgaggattacacattgccctgcaactgcgaaattttgcaactattttctctatattactcttgagactacagtcaaaaatgtcttacgtctcaacatattgtagacttcatatccgattttcgtatttttacttgattcggatcaggtgtgtaatgttcgctatttcgtaacttatcttggaacagaagatcagaactggggggaagctcatatcattttactccttgattataaacactatagaactttagtatatgtgacatgctcccaaccctttttta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ccaAACT-AATTAAATAATTTATGTCAACCTCTTTCGTTTGACAAACGCAG-CCGCT--TTTCTTATGTTGT---AAGGATGCAC----TGTT----T--TTG-----TTTTGTTTTCT--C-GGTGAGGAGAC--ATCCC--ATTTCCCTGCAAAGA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CAGCCT-TCCTTTTTGACAAA---AG-----------CTTATGTTGTA--AGGGACACAC----TGTTATAATTGTTG-----GTGCAATTTCTTCCTTGCAAAGA-Aaaccatacgccgacgaatgaatattgaaacacggaattcaatagctttaattccattcgatataacaatcgttgtgtaaactgtttctcgcattaataacatggaagggggactggaaatattttccgctaaaaggtaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CAC----TGTTG---TTGTTG-----GTGCGATTT-T--C-GGTGAGGA-AG--AT-CC--AT---CTTTCAAAGAtgataagtcccagcgaaatgaatatcaattaagaacacagaattccaattaaactccattcgataacaatcaagtgtaaactttttctcacattaatagcatggtttagatctgtacttgaggggggggggggggcggctgctaactctttctccgctaaaaaataa
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): GATAAGCTACGGCGGGTTTACATACAAACTAATATCACCAAATTTATTTTCTTAAAACTCGATCTAAATCGGTGCGGTAATTCCCGAGATAATCAAACACCTCTATTTCCACCTGCAAAAACGATCGATATCCTTCGAATTGCAACTTCCGATTAAAATGTAATCGAAGTAAATGAGTCATAAATGTGTTTACAACTTAGAAGTTGGTGGCGGGGAGTGGATGATGATGCTGCTAATCACGATAATTATGATCGCTCATCAAATAATGGCTCTATTAGCGCATCAAGGTGTGAGAAAGAATCATTTTAATGTTATAATACTAAT
Unaligned ( gi|11 ): GCACATCCATACCCTAGCAAAATATGATAAGTCCCGGCGAAATGAATATTAATCAAGTACACTGTATTCCAATAGTTTTCTTTATTTTAAACCCCAGTCGATAACTATCGTATGTAATCTGTTTATCACATTAATACATGTAGTAACATGGATTGAGAAGAAAAAAAAGGGGGGGGGGGTTATTTTGCTAAAGATA
Unaligned ( gi|13 ): TAAACATAAGCGCACAAGATTTTACACACAAGCTAATTAATGTATATCAAACTTATTTTCTTAAACATGGCTGGTGAAACACGATAAATATCCGTGCAGTAATTCTGGTAGTATAAGCGGTATCAAACTGGACATATCATATTTTCTACTTCTGGATTAAGCGGAAATCGATATCTTCTAAGATGAAAC
Unaligned ( gi|16 ): AATACAAGTTAAATATGTAAAACCGAGTAATCTTCCTTTGATGAGGGACATGTGTTTTTTGTCACATTAATATTCGCATGGTCAGTCATCTAAGTCTGTAAAGTTGGGAGGGGGGGGGGGGGGGG
Unaligned ( gi|18 ): AACATTTCTGTTTGCACGTGCAAAAAACGATCGATTTTCTTCGAAGTGCAACTTCCGGTTTAAA






Alignments
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Reference ( family-4222 )     :                                                                                                                                                                                              NNTTAATGACGTCAC---TANGTGTGTTTACTTACTACTTGAGGAGCTAAAG---CGCGGAGAGTGTGNGAAAAAGGACGCTG--TTACGTATATNACTACTGN-TA-TTCT-AATCCNTCGTCCGAAACGATGTGCCTTCCT-GTTAGCA--CATCAAGA-T-T-GAGGAAGA---ATTCATTTCCATGC-C---ATGAT-ACTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATTT-GTTTTGAC-TT-GAA---CAT-ANCTAC-GAT-TCAACTGCACGCGGCA--------GCTGCTTCAGA-----AAAAAC-ATTGGNATAGATNAG---AGATNTGCAACCTTA-CTTTGATGGGTAACCGTACNCANANTAGAGTAATCCCCGGATGGAG--AAT--CTCATGANGA-AGGTGC-TTGAGGAAGCCNAATCTTTTGCATAATAATC-AAGTTGGTNAATGATTTTATTC-AGCATNNGTTGCAG-CAANAACACNCCCNCNACCCCC-C---------CCCCCCCCCCCCCGANTTNNAC-GAGATCGCGAGAATACGTTGTCTCG-CTNAATATTATAGCAGAAGTAC---GGGTATTTTTTCAAAATGGCTTATTTTGTGTTAATTTGGACCTTTTGAGTATGCAAGACATTGTTGATATGCATAAGATAATTAAATTTTCAAATTTGAGTGTTACTAGTAATTTAT--AAAGTGGGGGATGGGATGATTGAAACTAGCACCTGTGCTCCCTTCTGTAATTTAACATAATTTATATTAAATCGCTTTTAATGATATCGGGATTTTTCTTTGTCAAAGAATTTTTTTTA--TGTCAANGATTAATGGTAT-ATGGATTGAAGTTGACTTCCTGTGCACNNGATATACATATATTATTGTTGGTAATATAG--CC-TTTAANGNTCAACNTGCATGTGGCCTGGTGTATGTCCTGCANGGGAACGCGGTATAAGTTGAGATAGGTAACANAGCTNAAATATTTCATAGA-----TATCTAAATTACGTGAAAAATTTCATTCACACAATTTTCATAACAGCAGAAAGTTAAATGATCCATTTTTCNGCCCGAGTTAAAAACCAGCCCCTCTTCGTCCTTTCGCCGTCTTAT-TATA-A--TNTA-TATA----TATATGCATTCGATAGTCC---TGAACCGTTTC-TCGA---ACAGAATATAATTAAG-TTTCCGCGAATTTTATGAAACCGTTCTAAATCAGCCACTGATTACTGTATTTTTAATTATCTCACTACTCAACTGAATTAAATAATT-ATGTCAGCCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCGCT--TTTCTTATGTTGTA--AGGGACGCAC----TGTT----TTGTTGGTG-CG----ATTTCTCCGGTGAGGA-ACA-ATC-CATTCCCTTGCAAAGA
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ccttgcacctgcaaaaaggaagtacatcgtctggtaatcgaagtaTTTTAA-TATA-AAATATA-CATG----TATATGCATTCGATAGTCC---TGAACCGTTTC-TCGAATTACAGAATATA--TAAA--TTCCGCGAATTTTATGAAACCGTTCTAAATCAGTCACTGATTACT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ataactgtactgaatcaacCAACTGAATTAAATAATT-ATGTCCACCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCACT--TTT-TTATGTTGTA--AGGGACGCAC----TGTA----TTGTTGGTG-CG----ATTTCTCCGGTGAGAA-ACA-ACCATATTCCCTTGCA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ccaCAC----TGTTG---TTGTTGGTG-CG----ATT--TTCGGTGAGGA-A-G-ATC-CAT---CTTTCAAAGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                         aagaaatTTAATGACGTCA----TAAGTGTGTTTAC-----AATTGAGGAGCTAAAG----GCGGAAAGTG-GAAAAAAAAAAC-CTG-----CATATATCACTA-TAT-TA-TTCT-AATCCCTCGTC--AAACGATG-GCTT-----GCTAGCA--CATCAAGA-T-TTGAGGAAGA---AT-CATTTCAATGC-C---ATGAT-ACTA-ATAGAAATGCTGGGATGTG--TT-GTTTTGAC-CT-GAA---CAT-AGTTACAGAT-TCAACTGC-CATG-TA--------GCTGCT--AAA-----AAAAAT-ATTGATATAGATAAG---AAATCTGCAACTT---CTTTGATG--------------------AGTAATCCTCAGAAGGAG--AAT-----ATGATAA-AGG-GC-TTGAGGAAGCCAAATCTTTTGTATAATA-TC-AA-TTG-TTAATGATTT-ATTC-AGCATTAGTTGCAG-CAACAA-ACACCCACGACCCC-CC---------CCCCCCCCCCCCCGATTTGTAC-GAGATCGCGAG-ATACGTTGTCTCG-CTAAATATTATAGCAGAAGTAC---GGGTATTTTTTCAAAATGGCTTATTTTGTGTTAATTTGGACCTTTTGAGTATGCAAGACATTGTTGATATGCATAAGATAATTAAATTTTCAAATTTGAGTGTTACTAGTAATTTAT--AAAGTGGGGGATGGGATGATTGAAACTAGCACCTGTGCTCCCTTCTGTAATTTAACATAATTTATATatacatacgtccgacgaaatgaaagtttat
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATTTATATTAAATCGCTTTTAATGATATCGGGATTTTTCTTTGTCAAAGAATTTTTTTTA--TGTCAAAAATTAA----AT-AT------------ATTTCCTATGCACCT--------TATATTATTGT-GGTAATAT-------TTTAAAAA-CAACTTACATGTA------TATATGTCCTGCAGAAGA-C-CGGT-----TTGA--T-GGTAACACAGCTGAAATATTTCATAGA-----TATCTAAATTACGTGAAAAATTTCATTCACACAATTTTCATAACAGCAGAAAGTTAAATGATCCATTTTTCTGCCCGA-TTAAAA--CAGCCCCTCTTC-TCCT---GCCGTCTTAT-----------TC-TATA----AGTATGCATTCGATAG-------GAACCATTTC-TCGA---ACAGAATATAAATAAGTTTTCCGCGAATTTAATGAAACCGTTCTAAATCAACCACTGATTACTGTATTCTTAATTATCTCACTACTCAACTGAATTAAATAA-C-ATG-CAGCCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCGCT--TTTCTTATGTTGTA--AGGGACGCAC----TGTT----TTGTAGGTG-CA----ATTTCTCCGGTGGAGA-ACATATA-TATTCCCTTACAAAGAatgaaactgtcccagcgaaaatgaaaattaatttaagatacgaatttcaatagttttctcgcctattaaaaactctatttcgaattaacaatagtgtgtaactggtttctcatatcacatgtatagctaatttaataaaaatagtttaactaacaattaatcctgcttacgaatgcctgctctgtctttccttgagaaaacacgtgtaaagacaaaataagtcatatgtgaggattacacattgccctgcaactgcgaaattttgcaactattttctctatattactcttgagactacagtcaaaaatgtcttacgtctcaacatattgtagacttcatatccgattttcgtatttttacttgattcggatcaggtgtgtaatgttcgctatttcgtaacttatcttggaacagaagatcagaactggggggaagctcatatcattttactccttgattataaacactatagaactttagtatatgtgacatgctcccaaccctttttta
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gi|6                          : tgattaatggtatatggattgaagttgacttcctgtgcacaggatatacatatatattgttgaatatagccttatgttcaacatgatgtggcctggtgctgcatgggaacgcagtataagtagataaataacaaaactcaaaatttcacgtgtagtgagtgattcaggtgatggattgtagaatatgagtgTTAATGACGTCAC----ACGTGTGT---CTTACTACTT-AGGAGTTAAAG---CG---AGAGTGTGTGAAAAAGGACGCTG--TTATG-----AATTACTGGATA-TTC---AT--TTCG-----------GTATCTTCCTCGTTAGCAATCATCAAAA-T-T-GAGGAAGA---ATTCATTTCCATGTTC---ATGACCACTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATTT-GTTTTGACTTT-GAACATCAT-AACTAC-GAT-TCAACTGCACtcaagcttctcaagtgaatccatatcc
gi|7                          :                  gataaacttagcaaggtttttacataaaagctaatatgattgaagcttatttttttttaaattatttggtggagactctgatattttcatttgaaaactcgtttactcgaaacacactccacgtttttcactgtgcataagcgcccaaatcctctcagttgcaattctgtgttaagAATGA-GTCA----TAAATGTGTTTAC--A--ACTT-AGAAGTTGGTG----GCGGGGAGTGGATGA----TGATGCTG--CTA-----ATCAC----GA-TAATTAT-GATCGCTCATC--AAATAATG-GCT---CT-ATTAGCG--CATCAAGG-TGT-GAGAAAGA---AT-CATTTTAATGT-T---ATAAT-ACTA-ATcg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                          gataagctacggcgggtttacatacaaactaatatcaccaaatttattttcttaaaactcgatctaaatcggtgcggtaattcccgagataatcaaacacctctatttccacctgcaaaaacgatcgatatccttcgaattgcaacttccgattaaaatgtaatcgaagtaTTCCATGC-C---ATAAT-TCTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATT--GTTTTAAC-TT-GAA---AAT-ATCTA--GAT-TCAACTGCAC-CGGCA--------G-TGCT-CAGA-----AAAA-C-ATTGGGATAGATCAG---AGATATGCAACC--A-CTTTGA------ACTGTACATATATTAGAGTAATCCCCAGATGGAG--AAT--CTCATGAAG---GGT---TTGAGGAAGCC-AATCTTTTGCATAAT-ATC-AAGT--GTGAATGA-TTTATTC-AGCATATGTTGCA---AAGAACA----------------------------CCCCCCCTTTGAATTTAA--GAAATCGCGAG-ATACGTTGTCTCG-CTCAA
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|13 ): TAAACATAAGCGCACAAGATTTTACACACAAGCTAATTAATGTATATCAAACTTATTTTCTTAAACATGGCTGGTGAAACACGATAAATATCCGTGCAGTAATTCTGGTAGTATAAGCGGTATCAAACTGGACATATCATATTTTCTACTTCTGGATTAAGCGGAAATCGATATCTTCTAAGATGAAAC
Unaligned ( gi|16 ): AATACAAGTTAAATATGTAAAACCGAGTAATCTTCCTTTGATGAGGGACATGTGTTTTTTGTCACATTAATATTCGCATGGTCAGTCATCTAAGTCTGTAAAGTTGGGAGGGGGGGGGGGGGGGG
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Reference ( family-4222 )     :                                                                                                                                                                                              NNTTAATGACGTCAC---TAAGTGTGT-TTACTAA-C-TTAGGAGTTAAAG---CGCGGAGAGTGGGNGAAAAANGACGCTG--TTAT-AT-TATCACTATGNTAATTCTGA-TCNCTCGTC--AGAC-GATGCGCCTTCCT-GTTAGCA--CATCAAGA-T-T-GAGGAAGA---ATTCATTTCNATGC-C---ATGAT-ACTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATTT-GTTTTGAC-TT-GAA---CAT-AGCTAC-GAT-TCAACTGCACGCGGTA--------GCTGC-TCAGA-----AAAAAT-ATT-GG-ATAGATCAG---AAATCTGCAACCT--ACTTTGATGA---C-GTGC-TATA-TAGAGTAATCCCCAGA-GGAGAATC-TCATGATGA-AGGTGC-TTGAGGAAGCC-AA-TCTTTTGTATAATAATC-AAGTTGGTTAATGATTTTATTC-AGCATATGTTGCAGCAACAACA-------------CCCCCACC-CCCCC---CCCC---CCCCCCCGAATTTTAC-GAAATCGCGAGA-TACGTTGTCTCG-CTCAATATTATAGCANAAGTNCTGAGGGTATTTCTTCAAAANGGCTTATTTTGTGTTAGTTTGGACCTTTTGAGTATGCAAGACATNGTTGATATGCATAAGANAATTAGGTTTTCAAGNTCGAGTGTTACTAGTAATTTATTAAAAGTGGGGGATGGGNNGATTGAAACTAGCACCTGTGCTCCCTTCTGTAATTTAACANAATTTATATNAAATCGCTTTTAATGNTATCGGGATTTTTCTTTGTCAAAGANTTTTTTTTAAATGTCAANAATTAA-GGTAT-ATGGAT--G-AGTTGACTTCCTATGCACCT--TATACATATATTATTGTGG-AATATAG--CC-TTTAATGTTCAACATACATGTG---TG-ATG--CTGCATAAGACCG----GTAAGTTGAGATAGGTAACAAAACTGAAATATTTCANAGAAGTTTTATCTAAATNACGTGAAAAATTTCNTTCACNCAATTTTCATAACAGCAGGAAGTTAGATGATCNATTTTTCGGCCCGAGTTAAAAACCAGCCCTTCTTC-TCCT---GCCGTCTTAT-TATA-A--TATA-TATA----TATATGCATTCGATAGTCC---TGAACCGTTTC-TCGA---ACAGAATATAATTAAGTTT-CCGCGAATTTTATGAAACCGTTCTAAATCAGTCACTGATTACTGTATTTTTAATTATNTCACTACTCAACTGAATTAAATAATT-ATGTCAGCCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCGCT--TTTCTTATGTTGTA--AGGGACGCAC----TGTT----TTGTTGGTG-CG----ATTTCTCCGGTGAGGA-ACA-ATC-CATTCCCTTGCAAAGA
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ccttgcacctgcaaaaaggaagtacatcgtctggtaatcgaagtaTTTTAA-TATA-AAATATA-CATG----TATATGCATTCGATAGTCC---TGAACCGTTTC-TCGAATTACAGAATATA--TAAA-TT-CCGCGAATTTTATGAAACCGTTCTAAATCAGTCACTGATTACT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ataactgtactgaatcaacCAACTGAATTAAATAATT-ATGTCCACCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCACT--TTT-TTATGTTGTA--AGGGACGCAC----TGTA----TTGTTGGTG-CG----ATTTCTCCGGTGAGAA-ACA-ACCATATTCCCTTGCA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ccaCAC----TGTTG---TTGTTGGTG-CG----ATT--TTCGGTGAGGA-A-G-ATC-CAT---CTTTCAAAGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                         aagaaatTTAATGACGTCA----TAAGTGTGT-TTAC-AA-T-TGAGGAGCTAAAG----GCGGAAAGTGGAAAAAAAAA-AC-CTG--C-AT-AT--ATCACTATATTA-TTCTAA-TCCCTCGTC--AAAC-GATG-GCTT-----GCTAGCA--CATCAAGA-T-TTGAGGAAGA---AT-CATTTCAATGC-C---ATGAT-ACTA-ATAGAAATGCTGGGATGTG--TT-GTTTTGAC-CT-GAA---CAT-AGTTACAGAT-TCAACTGC-CATG-TA--------GCTGC-T-AAA-----AAAAAT-ATT-GATATAGATAAG---AAATCTGCAACTT---CTTTGATGA-------------------GTAATCCTCAGAAGGAGAAT----ATGATAA-AGG-GC-TTGAGGAAGCC-AAATCTTTTGTATAATA-TC-AA-TTG-TTAATGATTT-ATTC-AGCATTAGTTGCAGCAACAA-A-------------CACCCACGACCCCC---CCCCCCCCCCCCCCGATTTGTAC-GAGATCGCGAGA-TACGTTGTCTCG-CTAAATATTATAGCAGAAGTAC---GGGTATTTTTTCAAAATGGCTTATTTTGTGTTAATTTGGACCTTTTGAGTATGCAAGACATTGTTGATATGCATAAGATAATTAAATTTTCAAATTTGAGTGTTACTAGTAATTTAT--AAAGTGGGGGATGGGATGATTGAAACTAGCACCTGTGCTCCCTTCTGTAATTTAACATAATTTATATatacatacgtccgacgaaatgaaagtttat
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gi|6                          : tgattaatggtatatggattgaagttgacttcctgtgcacaggatatacatatatattgttgaatatagccttatgttcaacatgatgtggcctggtgctgcatgggaacgcagtataagtagataaataacaaaactcaaaatttcacgtgtagtgagtgattcaggtgatggattgtagaatatgagtgTTAATGACGTCAC----ACGTGTGTCTTACTA--C-TTAGGAGTTAAAG---CG---AGAGTGTGTGAAAAAGGACGCTG--TTATGA---ATTACTG-GATA-TTC--A-TT--TCG------------GTATCTTCCTCGTTAGCAATCATCAAAA-T-T-GAGGAAGA---ATTCATTTCCATGTTC---ATGACCACTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATTT-GTTTTGACTTT-GAACATCAT-AACTAC-GAT-TCAACTGCACtcaagcttctcaagtgaatccatatcc
gi|7                          :                  gataaacttagcaaggtttttacataaaagctaatatgattgaagcttatttttttttaaattatttggtggagactctgatattttcatttgaaaactcgtttactcgaaacacactccacgtttttcactgtgcataagcgcccaaatcctctcagttgcaattctgtgttaagAATGA-GTCA----TAAATGTGT-TTAC-AA-C-TTAGAAGTTGGTG----GCGGGGAGTGGATGA----TGATGCTG--CTA------ATCAC---GATAATTATGA-TCGCTCATC--AAAT-AATG-GCT---CT-ATTAGCG--CATCAAGG-TGT-GAGAAAGA---AT-CATTTTAATGT-T---ATAAT-ACTA-ATcg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                         gataagctacggcgggtttacatacaaactaatatcaccaaatttattttcttaaaactcgatctaaatcggtgcggtaattcccgagataatcaaacacctctatttccacctgcaaaaacgatcgatatccttcgaattgcaacttccgattaaaatgtaatcgaagtaTTCCATGC-C---ATAAT-TCTA-ATA--AATGCTGGGATG-GA-TT-GTTTTAAC-TT-GAA---AAT-ATCTA--GAT-TCAACTGCAC-CGGCA--------G-TGC-TCAG------AAAAAC-ATTGGG-ATAGATCAG---AGATATGCAACC---ACTTTGA--A---CTGTACATATATTAGAGTAATCCCCAGATGGAGAATC-TC---ATGA-AGG-GT-TTGAGGAAGCC-AA-TCTTTTGCATAAT-ATC-AAGT--GTGAATGA-TTTATTC-AGCATATGTTGCA--AAGAACA-------------------------------CCC---CCCCTTTGAA-TTTAA-GAAATCGCGAGA-TACGTTGTCTCG-CTCAA
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GCACATCCATACCCTAGCAAAATATGATAAGTCCCGGCGAAATGAATATTAATCAAGTACACTGTATTCCAATAGTTTTCTTTATTTTAAACCCCAGTCGATAACTATCGTATGTAATCTGTTTATCACATTAATACATGTAGTAACATGGATTGAGAAGAAAAAAAAGGGGGGGGGGGTTATTTTGCTAAAGATA
Unaligned ( gi|13 ): TAAACATAAGCGCACAAGATTTTACACACAAGCTAATTAATGTATATCAAACTTATTTTCTTAAACATGGCTGGTGAAACACGATAAATATCCGTGCAGTAATTCTGGTAGTATAAGCGGTATCAAACTGGACATATCATATTTTCTACTTCTGGATTAAGCGGAAATCGATATCTTCTAAGATGAAAC
Unaligned ( gi|16 ): AATACAAGTTAAATATGTAAAACCGAGTAATCTTCCTTTGATGAGGGACATGTGTTTTTTGTCACATTAATATTCGCATGGTCAGTCATCTAAGTCTGTAAAGTTGGGAGGGGGGGGGGGGGGGG
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Reference ( family-4222 )     :                                                                                                                                                                                              NNTTAATGACGTCAC---TAAGTGTGT-TTACTAA-C-TTAGGAGTTAAAG---CGCGGAGAGTGGGNGAAAAANGACGCTG--TTAT-AT-TATCACT--ATGTTAATTCTGA-TCNCTCGTC--AGACGATG-GCCTTCCT-GTTAGCA--CATCAAGA-T-T-GAGGAAGA---ATTCATTTCNATGC-C---ATGAT-ACTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATTT-GTTTTGAC-TT-GAA---CAT-AGCTAC-GAT-TCAACTGCACGCGGTA--------GCTGC-TCAGA-----AAAAAT-ATTGG-ATAGATCAG---AAATCTGCAACCT--ACTTTGATGA---C-GTGCTTATA----GGTAATCCNCAGA-GGAGAATC-TCGTGATGA-AGG-GC-TTGAGGAAGCC-AA-TCTTTTGTATAATAATC-AAGTTGGTTAATGATTTTATTC-AGCATATGTTGCA--AAC-AACA-------CCC----CACCCCCC-----------CCCCCCCCCCCGAATTTTAC-GAAATCGCGAGA-TACGTTGTCTCG-CTCAATATTATAGCANAAGTNCTGAGGGTATTTCTTCAAAANGGCTTATTTTGTGTTAGTTTGGACCTTTTGAGTATGCAAGACATNGTTGATATGCATAAGANAATTAGGTTTTCAAGNTCGAGTGTTACTAGTAATTTATTAAAAGTGGGGGATGGGNNGATTGAAACTAGCACCTGTGCTCCCTTCTGTAATTTAACANAATTTATATNAAATCGCTTTTAATGNTATCGGGATTTTTCTTTGTCAAAGANTTTTTTTTAAATGTCAANAATTAA-GGTAT-ATGGAT--G-AGTTGACTTCCTATGCACCT--TATACATATATTATTGTGG-AATATAG--CC-TTTAATGTTCAACATACATGTG---TG-ATG--CTGCATAAGACCG----GTAAGTTGAGATAGGTAACAAAACTGAAATATTTCANAGAAGTTTTATCTAAATNACGTGAAAAATTTCNTTCACNCAATTTTCATAACAGCAGGAAGTTAGATGATCNATTTTTCGGCCCGA-TTAAAA-CCAGCCCTTCTTC-TCCT---GCCGTCTTAT-TATA-A--TATA-TATA----TATATGCATTCGATAGTCC---TGAACCGTTTC-TCGA---ACAGAATATAATTAAGTTT-CCGCGAATTTTATGAAACCGTTCTAAATCAGTCACTGATTACTGTATTTTTAATTATNTCACTACTCAACTGAATTAAATAATT-ATGTCAGCCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCGCT--TTTCTTATGTTGTA--AGGGACGCAC----TGTT----TTGTTGGTG-CG----ATTTCTCCGGTGAGGA-ACA-ATC-CATTCCCTTGCAAAGA
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ccttgcacctgcaaaaaggaagtacatcgtctggtaatcgaagtaTTTTAA-TATA-AAATATA-CATG----TATATGCATTCGATAGTCC---TGAACCGTTTC-TCGAATTACAGAATATA--TAAA-TT-CCGCGAATTTTATGAAACCGTTCTAAATCAGTCACTGATTACT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ataactgtactgaatcaacCAACTGAATTAAATAATT-ATGTCCACCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCACT--TTT-TTATGTTGTA--AGGGACGCAC----TGTA----TTGTTGGTG-CG----ATTTCTCCGGTGAGAA-ACA-ACCATATTCCCTTGCA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ccaCAC----TGTTG---TTGTTGGTG-CG----ATT--TTCGGTGAGGA-A-G-ATC-CAT---CTTTCAAAGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                         aagaaatTTAATGACGTCA----TAAGTGTGT-TTAC-AA-T-TGAGGAGCTAAAG----GCGGAAAGTGGAAAAAAAAA-AC-CTG--C-AT-AT--ATCACT--ATATTA-TTCTAA-TCCCTCGTC--AAACGATG-GCTT-----GCTAGCA--CATCAAGA-T-TTGAGGAAGA---AT-CATTTCAATGC-C---ATGAT-ACTA-ATAGAAATGCTGGGATGTG--TT-GTTTTGAC-CT-GAA---CAT-AGTTACAGAT-TCAACTGC-CATG-TA--------GCTGC-T-AAA-----AAAAAT-ATTGATATAGATAAG---AAATCTGCAACTT---CTTTGATGA-------------------GTAATCCTCAGAAGGAGAAT----ATGATAA-AGG-GC-TTGAGGAAGCC-AAATCTTTTGTATAAT-ATC-AA-TT-GTTAATGA-TTTATTC-AGCATTAGTTGCAGCAACAAACA-------CCCACGACCCCCCCC-----------CCCCCCCCCCCGATTTGTAC-GAGATCGCGAGA-TACGTTGTCTCG-CTAAATATTATAGCAGAAGTAC---GGGTATTTTTTCAAAATGGCTTATTTTGTGTTAATTTGGACCTTTTGAGTATGCAAGACATTGTTGATATGCATAAGATAATTAAATTTTCAAATTTGAGTGTTACTAGTAATTTAT--AAAGTGGGGGATGGGATGATTGAAACTAGCACCTGTGCTCCCTTCTGTAATTTAACATAATTTATATatacatacgtccgacgaaatgaaagtttat
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gi|6                          : tgattaatggtatatggattgaagttgacttcctgtgcacaggatatacatatatattgttgaatatagccttatgttcaacatgatgtggcctggtgctgcatgggaacgcagtataagtagataaataacaaaactcaaaatttcacgtgtagtgagtgattcaggtgatggattgtagaatatgagtgTTAATGACGTCAC----ACGTGTGTCTTACTA--C-TTAGGAGTTAAAG---CG---AGAGTGTGTGAAAAAGGACGCTG--TTATGA---ATTACTGGATATTCATTTCGG-T---------------AT----CTTCCTCGTTAGCAATCATCAAAA-T-T-GAGGAAGA---ATTCATTTCCATGTTC---ATGACCACTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATTT-GTTTTGACTTT-GAACATCAT-AACTAC-GAT-TCAACTGCACtcaagcttctcaagtgaatccatatcc
gi|7                          :                  gataaacttagcaaggtttttacataaaagctaatatgattgaagcttatttttttttaaattatttggtggagactctgatattttcatttgaaaactcgtttactcgaaacacactccacgtttttcactgtgcataagcgcccaaatcctctcagttgcaattctgtgttaagAATGA-GTCA----TAAATGTGT-TTAC-AA-C-TTAGAAGTTGGTG----GCGGGGAGTGGATGA----TGATGCTG--CTA------ATCACG--AT---AATTATGA-TCGCTCATC--AAATAATG-GCT---CT-ATTAGCG--CATCAAGG-TGT-GAGAAAGA---AT-CATTTTAATGT-T---ATAAT-ACTA-ATcg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                          gataagctacggcgggtttacatacaaactaatatcaccaaatttattttcttaaaactcgatctaaatcggtgcggtaattcccgagataatcaaacacctctatttccacctgcaaaaacgatcgatatccttcgaattgcaacttccgattaaaatgtaatcgaagtaTTCCATGC-C---ATAAT-TCTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATT--GTTTTAAC-TT-GAA---AAT-ATCTA--GAT-TCAACTGCAC-CGGCA--------G-TGC-TCAGA-----AAAA-C-ATTGGGATAGATCAG---AGATATGCAACC---ACTTTGA--A---CTGTACATATATTAGAGTAATCCCCAGATGGAGAATC-TC---ATGA-AGG-GT-TTGAGGAAGCC-AA-TCTTTTGCATAATA-TC-AAGT--GTGAATGATTT-ATTC-AGCATATGTTGCA--AAG-AACA-------CCC----C-----------------------CCCTTTGAA-TTTAA-GAAATCGCGAGA-TACGTTGTCTCG-CTCAA
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|13 ): TAAACATAAGCGCACAAGATTTTACACACAAGCTAATTAATGTATATCAAACTTATTTTCTTAAACATGGCTGGTGAAACACGATAAATATCCGTGCAGTAATTCTGGTAGTATAAGCGGTATCAAACTGGACATATCATATTTTCTACTTCTGGATTAAGCGGAAATCGATATCTTCTAAGATGAAAC
Unaligned ( gi|16 ): AATACAAGTTAAATATGTAAAACCGAGTAATCTTCCTTTGATGAGGGACATGTGTTTTTTGTCACATTAATATTCGCATGGTCAGTCATCTAAGTCTGTAAAGTTGGGAGGGGGGGGGGGGGGGG
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Reference ( family-4222 )     :                                                                                                                                                                                              NNTTAATGACGTCAC---TAAGTGTGT-TTACTAA-C-TTAGGAGTTAAAG---CGCGGAGAGTGGGNGAAAAANGACGCTG--TTAT-AT-TATCACT--ATGTTAATTNTGA-TCNCTCGTC--AGACGATG-GCTTTCCT-GTTAGCA--CATCAAGA-T-T-GAGGAAGA---ATTCATTTCNATGC-C---ATGAT-ACTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATTT-GTTTTGAC-TT-GAA---CAT-AGCTAC-GAT-TCAACTGCACGCGGTA--------GCTGC-TCAGA-----AAAAAT-ATTGG-ATAGATCAG---AAATCTGCAACCT--ACTTTGATGA---C-GTGC-T-ATA----AGTAATCCNCAGA-GGAGAATC-TCGTGATGA-AGG-GC-TTGAGGAAGCC-AA-TCTTTTGTATAATAATC-AAGTTG-TTAATGATTTTATTC-AGCATATGTTGCA--AACAA-C---ACCCCC--CC--CCCC--------------CCC---CCCCCCCGAATTTTA-CGAAATCGCGAG-ATACGTTGTCTCG-CTCAATATTATAGCANAAGTNCTGAGGGTATTTCTTCAAAANGGCTTATTTTGTGTTAGTTTGGACCTTTTGAGTATGCAAGACATNGTTGATATGCATAAGANAATTAGGTTTTCAAGNTCGAGTGTTACTAGTAATTTATTAAAAGTGGGGGATGGGNNGATTGAAACTAGCACCTGTGCTCCCTTCTGTAATTTAACANAATTTATATNAAATCGCTTTTAATGNTATCGGGATTTTTCTTTGTCAAAGANTTTTTTTTAAATGTCAANAATTAA-GGTA-TATGGAT--G-AGTTGACTTCCTATGCACCT--TATACATATATTATTGTGG-AATATA-GCC--TTTAATGTTCAACATACATGTG---TG-ATG--CTGCATAAGACCG----GTAAGTTGAGATAGGTAACAAAACTGAAATATTTCANAGAAGTTTTATCTAAATNACGTGAAAAATTTCNTTCACNCAATTTTCATAACAGCAGGAAGTTAGATGATCNATTTTTCGGCCCGA-TTAAAA-CCAGCCCTTCTTC-TCCT---GCCGTCTTAT-TATA-A--TATA-TATA----TATATGCATTCGATAGTCC---TGAACCGTTTC-TCGA---ACAGAATATAATTAAGTTT-CCGCGAATTTTATGAAACCGTTCTAAATCAGTCACTGATTACTGTATTTTTAATTATNTCACTACTCAACTGAATTAAATAATT-ATGTCAGCCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCGCT--TTTCTTATGTTGTA--AGGGACGCAC----TGTT----TTGTTGGTG-CG----ATTTCTCCGGTGAGGA-ACA-ATC-CATTCCCTTGCAAAGA
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                  AATGATATCA----TAAGTGTGT-TTAC-AA-C-TTAGAAGTTGGA----TACGGTGAGTGGGGGGGG--GGGTGCTG--TT------TATCAC-----GTTAATTATGA-TCGCTCGT---AGGC--TG-ACTT-----GTTAGTA--CATCAAGATT-T-GAGGAGGA---A-TCATTTCAATGC-C---ATAAT-Acttgcaaagaatgataagtcccagcgaaatgaatatcaattaagaacacagaattccaattaaactccattcgataacaatcaagtgtaaactttttctcacattaatagcatggtttagatctgtacttgaggggggggggggggcggctgctaactctttctccgctaaaaaataa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ccttgcacctgcaaaaaggaagtacatcgtctggtaatcgaagtaTTTTAA-TATA-AAATATA-CATG----TATATGCATTCGATAGTCC---TGAACCGTTTC-TCGAATTACAGAATATA--TAAA-TT-CCGCGAATTTTATGAAACCGTTCTAAATCAGTCACTGATTACT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ataactgtactgaatcaacCAACTGAATTAAATAATT-ATGTCCACCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCACT--TTT-TTATGTTGTA--AGGGACGCAC----TGTA----TTGTTGGTG-CG----ATTTCTCCGGTGAGAA-ACA-ACCATATTCCCTTGCA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ccaCAC----TGTTG---TTGTTGGTG-CG----ATT--TTCGGTGAGGA-A-G-ATC-CAT---CTTTCAAAGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                         aagaaatTTAATGACGTCA----TAAGTGTGT-TTAC-AA-T-TGAGGAGCTAAAG----GCGGAAAGTGGAAAAAAAAA-AC-CTG--C-AT-AT--ATCACT--ATATTA-TTCTAA-TCCCTCGTC--AAACGATG-GCTT-----GCTAGCA--CATCAAGA-T-TTGAGGAAGA---AT-CATTTCAATGC-C---ATGAT-ACTA-ATAGAAATGCTGGGATGTG--TT-GTTTTGAC-CT-GAA---CAT-AGTTACAGAT-TCAACTGC-CATG-TA--------GCTGC-T-AAA-----AAAAAT-ATTGATATAGATAAG---AAATCTGCAACTT---CTTTGATGA--------------------GTAATCCTCAGAAGGAGAAT----ATGATAA-AGG-GC-TTGAGGAAGCC-AAATCTTTTGTATAATA-TC-AA-TTG-TTAATGATTT-ATTC-AGCATTAGTTGCAGCAACAAAC---ACCCACGACC--CCCC--------------CCCCCCCCCCCCCGATTTGTA-CGAGATCGCGAG-ATACGTTGTCTCG-CTAAATATTATAGCAGAAGTAC---GGGTATTTTTTCAAAATGGCTTATTTTGTGTTAATTTGGACCTTTTGAGTATGCAAGACATTGTTGATATGCATAAGATAATTAAATTTTCAAATTTGAGTGTTACTAGTAATTTAT--AAAGTGGGGGATGGGATGATTGAAACTAGCACCTGTGCTCCCTTCTGTAATTTAACATAATTTATATatacatacgtccgacgaaatgaaagtttat
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gi|6                          : tgattaatggtatatggattgaagttgacttcctgtgcacaggatatacatatatattgttgaatatagccttatgttcaacatgatgtggcctggtgctgcatgggaacgcagtataagtagataaataacaaaactcaaaatttcacgtgtagtgagtgattcaggtgatggattgtagaatatgagtgTTAATGACGTCAC----ACGTGTGTCTTACTA--C-TTAGGAGTTAAAG---CG---AGAGTGTGTGAAAAAGGACGCTG--TTATGA---ATTACTGGATATTCATTTCGG-T---------------AT---CTTCCTC-GTTAGCAATCATCAAAA-T-T-GAGGAAGA---ATTCATTTCCATGTTC---ATGACCACTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATTT-GTTTTGACTTT-GAACATCAT-AACTAC-GAT-TCAACTGCACtcaagcttctcaagtgaatccatatcc
gi|7                          :                  gataaacttagcaaggtttttacataaaagctaatatgattgaagcttatttttttttaaattatttggtggagactctgatattttcatttgaaaactcgtttactcgaaacacactccacgtttttcactgtgcataagcgcccaaatcctctcagttgcaattctgtgttaagAATGA-GTCA----TAAATGTGT-TTAC-AA-C-TTAGAAGTTGGTG----GCGGGGAGTGGATGA----TGATGCTG--CTA------ATCACG--AT---AATTATGA-TCGCTCATC--AAATAATG-GCT---CT-ATTAGCG--CATCAAGG-TGT-GAGAAAGA---AT-CATTTTAATGT-T---ATAAT-ACTA-ATcg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                          gataagctacggcgggtttacatacaaactaatatcaccaaatttattttcttaaaactcgatctaaatcggtgcggtaattcccgagataatcaaacacctctatttccacctgcaaaaacgatcgatatccttcgaattgcaacttccgattaaaatgtaatcgaagtaTTCCATGC-C---ATAAT-TCTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATT--GTTTTAAC-TT-GAA---AAT-ATCTA--GAT-TCAACTGCAC-CGGCA--------G-TGC-TCAGA-----AAAA-C-ATTGGGATAGATCAG---AGATATGCAACC---ACTTTGA--A---CTGTACAT-ATATTAGAGTAATCCCCAGATGGAGAATC-TC---ATGA-AGG-GT-TTGAGGAAGCC-AA-TCTTTTGCATAATA-TC-AAGT-G-TGAATGATTT-ATTC-AGCATATGTTGCA--AAGAA-C---ACCCCC--------------------------------CCTTTGAA-TTTA-AGAAATCGCGAG-ATACGTTGTCTCG-CTCAA
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|13 ): TAAACATAAGCGCACAAGATTTTACACACAAGCTAATTAATGTATATCAAACTTATTTTCTTAAACATGGCTGGTGAAACACGATAAATATCCGTGCAGTAATTCTGGTAGTATAAGCGGTATCAAACTGGACATATCATATTTTCTACTTCTGGATTAAGCGGAAATCGATATCTTCTAAGATGAAAC
Unaligned ( gi|16 ): AATACAAGTTAAATATGTAAAACCGAGTAATCTTCCTTTGATGAGGGACATGTGTTTTTTGTCACATTAATATTCGCATGGTCAGTCATCTAAGTCTGTAAAGTTGGGAGGGGGGGGGGGGGGGG
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Reference ( family-4222 )     :                                                                                                                                                                                              NNTTAATGACGTCAC---TAAGTGTGT-TTACTAA-C-TTAGGAGTTAAAG---CGCGGAGAGTGGGNGAAAAANGACGCTG--TTAT-AT-TATCACT--ATGTTAATTNTGA-TCNCTCGTC--AGACGATG-GC-TTCTC-GTTAGCA--CATCAAGA-T-T-GAGGAAGA---ATTCATTTCNATGC-C---ATGAT-ACTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATTT-GTTTTGAC-TT-GAA---CAT-AGCTAC-GAT-TCAACTGCACGCGGTA--------GCTGC-TCAGA-----AAAAAT-ATTGG-ATAGATCAG---AAATCTGCAACCT--ACTTTGATGA---C-GTGC-T-ATA----AGTAATCCNCAGA-GGAGAATC-TCGTGATGA-AGG-GC-TTGAGGAAGCC-AA-TCTTTTGTATAATA-TC-AAGTTG-TTAATGATTT-ATTC-AGCATATGTTGCA--AACAA-C---ACCCCC--CC--CCCC--------------CCC---CCCCCCCGAATTTTA-CGAAATCGCGAG-ATACGTTGTCTCG-CTCAATATTATAGCANAAGTNCTGAGGGTATTTCTTCAAAANGGCTTATTTTGTGTTAGTTTGGACCTTTTGAGTATGCAAGACATNGTTGATATGCATAAGANAATTAGGTTTTCAAGNTCGAGTGTTACTAGTAATTTATTAAAAGTGGGGGATGGGNNGATTGAAACTAGCACCTGTGCTCCCTTCTGTAATTTAACANAATTTATATNAAATCGCTTTTAATGNTATCGGGATTTTTCTTTGTCAAAGANTTTTTTTTAAATGTCAANAATTAA-GGTA-TATGGAT--G-AGTTGACTTCCTATGCACCT--TATACATATATTATTGTGG-AATATA-GCC--TTTAATGTTCAACATACATGTG---TG-ATG--CTGCATAAGACCG----GTAAGTTGAGATAGGTAACAAAACTGAAATATTTCANAGAAGTTTTATCTAAATNACGTGAAAAATTTCNTTCACNCAATTTTCATAACAGCAGGAAGTTAGATGATCNATTTTTCGGCCCGA-TTAAAA-CCAGCCCTTCTTC-TCCT---GCCGTCTTAT-TATA-A--TATA-TATA----TATATGCATTCGATAGTCC---TGAACCGTTTC-TCGA---ACAGAATATAATTAAGTTT-CCGCGAATTTTATGAAACCGTTCTAAATCAGTCACTGATTACTGTATTTTTAATTATNTCACTACTCAACTGAATTAAATAATT-ATGTCAGCCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCGCT--TTTCTTATGTTGTA--AGGGACGCAC----TGTT----TTGTTGGTG-CG----ATTTCTCCGGTGAGGA-ACA-ATC-CATTCCCTTGCAAAGA
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                  AATGATATCA----TAAGTGTGT-TTAC-AA-C-TTAGAAGTTGGA----TACGGTGAGTGGGGGGGG--GGGTGCTG--TT------TATCAC-----GTTAATTATGA-TCGCTCGT---AGGC--TG-AC-TT----GTTAGTA--CATCAAGATT-T-GAGGAGGA---A-TCATTTCAATGC-C---ATAAT-Acttgcaaagaatgataagtcccagcgaaatgaatatcaattaagaacacagaattccaattaaactccattcgataacaatcaagtgtaaactttttctcacattaatagcatggtttagatctgtacttgaggggggggggggggcggctgctaactctttctccgctaaaaaataa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ccttgcacctgcaaaaaggaagtacatcgtctggtaatcgaagtaTTTTAA-TATA-AAATATA-CATG----TATATGCATTCGATAGTCC---TGAACCGTTTC-TCGAATTACAGAATATA--TAAA-TT-CCGCGAATTTTATGAAACCGTTCTAAATCAGTCACTGATTACT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ataactgtactgaatcaacCAACTGAATTAAATAATT-ATGTCCACCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCACT--TTT-TTATGTTGTA--AGGGACGCAC----TGTA----TTGTTGGTG-CG----ATTTCTCCGGTGAGAA-ACA-ACCATATTCCCTTGCA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ccaCAC----TGTTG---TTGTTGGTG-CG----ATT--TTCGGTGAGGA-A-G-ATC-CAT---CTTTCAAAGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                         aagaaatTTAATGACGTCA----TAAGTGTGT-TTAC-AA-T-TGAGGAGCTAAAG----GCGGAAAGTGGAAAAAAAAA-AC-CTG--C-AT-AT--ATCACT--ATATTA-TTCTAA-TCCCTCGTC--AAACGATG-GC-TT----GCTAGCA--CATCAAGA-T-TTGAGGAAGA---AT-CATTTCAATGC-C---ATGAT-ACTA-ATAGAAATGCTGGGATGTG--TT-GTTTTGAC-CT-GAA---CAT-AGTTACAGAT-TCAACTGC-CATG-TA--------GCTGC-T-AAA-----AAAAAT-ATTGATATAGATAAG---AAATCTGCAACTT---CTTTGATGA--------------------GTAATCCTCAGAAGGAGAAT----ATGATAA-AGG-GC-TTGAGGAAGCC-AAATCTTTTGTATAATA-TC-AA-TTG-TTAATGATTT-ATTC-AGCATTAGTTGCAGCAACAAAC---ACCCACGACC--CCCC--------------CCCCCCCCCCCCCGATTTGTA-CGAGATCGCGAG-ATACGTTGTCTCG-CTAAATATTATAGCAGAAGTAC---GGGTATTTTTTCAAAATGGCTTATTTTGTGTTAATTTGGACCTTTTGAGTATGCAAGACATTGTTGATATGCATAAGATAATTAAATTTTCAAATTTGAGTGTTACTAGTAATTTAT--AAAGTGGGGGATGGGATGATTGAAACTAGCACCTGTGCTCCCTTCTGTAATTTAACATAATTTATATatacatacgtccgacgaaatgaaagtttat
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gi|6                          : tgattaatggtatatggattgaagttgacttcctgtgcacaggatatacatatatattgttgaatatagccttatgttcaacatgatgtggcctggtgctgcatgggaacgcagtataagtagataaataacaaaactcaaaatttcacgtgtagtgagtgattcaggtgatggattgtagaatatgagtgTTAATGACGTCAC----ACGTGTGTCTTACTA--C-TTAGGAGTTAAAG---CG---AGAGTGTGTGAAAAAGGACGCTG--TTATGA---ATTACTGGATATTCATTTCGG-TATCT------------------TCCTC-GTTAGCAATCATCAAAA-T-T-GAGGAAGA---ATTCATTTCCATGTTC---ATGACCACTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATTT-GTTTTGACTTT-GAACATCAT-AACTAC-GAT-TCAACTGCACtcaagcttctcaagtgaatccatatcc
gi|7                          :                  gataaacttagcaaggtttttacataaaagctaatatgattgaagcttatttttttttaaattatttggtggagactctgatattttcatttgaaaactcgtttactcgaaacacactccacgtttttcactgtgcataagcgcccaaatcctctcagttgcaattctgtgttaagAATGA-GTCA----TAAATGTGT-TTAC-AA-C-TTAGAAGTTGGTG----GCGGGGAGTGGATGA----TGATGCTG--CTA------ATCACG--AT---AATTATGA-TCGCTCATC--AAATAATG-GC-T-CT--ATTAGCG--CATCAAGG-TGT-GAGAAAGA---AT-CATTTTAATGT-T---ATAAT-ACTA-ATcg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                          gataagctacggcgggtttacatacaaactaatatcaccaaatttattttcttaaaactcgatctaaatcggtgcggtaattcccgagataatcaaacacctctatttccacctgcaaaaacgatcgatatccttcgaattgcaacttccgattaaaatgtaatcgaagtaTTCCATGC-C---ATAAT-TCTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATT--GTTTTAAC-TT-GAA---AAT-ATCTA--GAT-TCAACTGCAC-CGGCA--------G-TGC-TCAGA-----AAAA-C-ATTGGGATAGATCAG---AGATATGCAACC---ACTTTGA--A---CTGTACAT-ATATTAGAGTAATCCCCAGATGGAGAATC-TC---ATGA-AGG-GT-TTGAGGAAGCC-AA-TCTTTTGCATAATA-TC-AAGT-G-TGAATGATTT-ATTC-AGCATATGTTGCA--AAGAA-C---ACCCCC--------------------------------CCTTTGAA-TTTA-AGAAATCGCGAG-ATACGTTGTCTCG-CTCAA
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|13 ): TAAACATAAGCGCACAAGATTTTACACACAAGCTAATTAATGTATATCAAACTTATTTTCTTAAACATGGCTGGTGAAACACGATAAATATCCGTGCAGTAATTCTGGTAGTATAAGCGGTATCAAACTGGACATATCATATTTTCTACTTCTGGATTAAGCGGAAATCGATATCTTCTAAGATGAAAC
Unaligned ( gi|16 ): AATACAAGTTAAATATGTAAAACCGAGTAATCTTCCTTTGATGAGGGACATGTGTTTTTTGTCACATTAATATTCGCATGGTCAGTCATCTAAGTCTGTAAAGTTGGGAGGGGGGGGGGGGGGGG
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Reference ( family-4222 )     :                                                                                                                                                                                              NNTTAATGACGTCAC---TAAGTGTGT-TTACTAA-C-TTAGGAGTTAAAG---CGCGGAGAGTGGGNGAAAAANGACGCTG--TTAT-AT-TATCACT--ATGTTAATTNTGA-TCNCTCGTC--AGACGATG-GC-TTCT--GTTAGCA--CATCAAGA-T-T-GAGGAAGA---ATTCATTTCNATGC-C---ATGAT-ACTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATTT-GTTTTGAC-TT-GAA---CAT-AGCTAC-GAT-TCAACTGCACGCGGTA--------GCTGC-TCAGA-----AAAAAT-ATTGG-ATAGATCAG---AAATCTGCAACCT--ACTTTGATGA---C-GTGC-T-ATA----AGTAATCCNCAGA-GGAGAATC-TCGTGATGA-AGG-GC-TTGAGGAAGCC-AA-TCTTTTGTATAATA-TC-AAGTTG-TTAATGATTT-ATTC-AGCATATGTTGCA--AACAA-C---ACCCCC--CC--CCCC--------------CCC---CCCCCCCGAATTTTA-CGAAATCGCGAG-ATACGTTGTCTCG-CTCAATATTATAGCANAAGTNCTGAGGGTATTTCTTCAAAANGGCTTATTTTGTGTTAGTTTGGACCTTTTGAGTATGCAAGACATNGTTGATATGCATAAGANAATTAGGTTTTCAAGNTCGAGTGTTACTAGTAATTTATTAAAAGTGGGGGATGGGNNGATTGAAACTAGCACCTGTGCTCCCTTCTGTAATTTAACANAATTTATATNAAATCGCTTTTAATGNTATCGGGATTTTTCTTTGTCAAAGANTTTTTTTTAAATGTCAANAATTAA-GGTA-TATGGAT--G-AGTTGACTTCCTATGCACCT--TATACATATATTATTGTGG-AATATA-GCC--TTTAATGTTCAACATACATGTG---TG-ATG--CTGCATAAGACCG----GTAAGTTGAGATAGGTAACAAAACTGAAATATTTCANAGAAGTTTTATCTAAATNACGTGAAAAATTTCNTTCACNCAATTTTCATAACAGCAGGAAGTTAGATGATCNATTTTTCGGCCCGA-TTAAAA-CCAGCCCTTCTTC-TCCT---GCCGTCTTAT-TATA-A--TATA-TATA----TATATGCATTCGATAGTCC---TGAACCGTTTC-TCGA---ACAGAATATAATTAAGTTT-CCGCGAATTTTATGAAACCGTTCTAAATCAGTCACTGATTACTGTATTTTTAATTATNTCACTACTCAACTGAATTAAATAATT-ATGTCAGCCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCGCT--TTTCTTATGTTGTA--AGGGACGCAC----TGTT----TTGTTGGTG-CG----ATTTCTCCGGTGAGGA-ACA-ATC-CATTCCCTTGCAAAGA
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                  AATGATATCA----TAAGTGTGT-TTAC-AA-C-TTAGAAGTTGGA----TACGGTGAGTGGGGGGGG--GGGTGCTG--TT------TATCAC-----GTTAATTATGA-TCGCTCGT---AGGC--TG-AC-TT----GTTAGTA--CATCAAGATT-T-GAGGAGGA---A-TCATTTCAATGC-C---ATAAT-Acttgcaaagaatgataagtcccagcgaaatgaatatcaattaagaacacagaattccaattaaactccattcgataacaatcaagtgtaaactttttctcacattaatagcatggtttagatctgtacttgaggggggggggggggcggctgctaactctttctccgctaaaaaataa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ccttgcacctgcaaaaaggaagtacatcgtctggtaatcgaagtaTTTTAA-TATA-AAATATA-CATG----TATATGCATTCGATAGTCC---TGAACCGTTTC-TCGAATTACAGAATATA--TAAA-TT-CCGCGAATTTTATGAAACCGTTCTAAATCAGTCACTGATTACT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ataactgtactgaatcaacCAACTGAATTAAATAATT-ATGTCCACCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCACT--TTT-TTATGTTGTA--AGGGACGCAC----TGTA----TTGTTGGTG-CG----ATTTCTCCGGTGAGAA-ACA-ACCATATTCCCTTGCA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ccaCAC----TGTTG---TTGTTGGTG-CG----ATT--TTCGGTGAGGA-A-G-ATC-CAT---CTTTCAAAGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                         aagaaatTTAATGACGTCA----TAAGTGTGT-TTAC-AA-T-TGAGGAGCTAAAG----GCGGAAAGTGGAAAAAAAAA-AC-CTG--C-AT-AT--ATCACT--ATATTA-TTCTAA-TCCCTCGTC--AAACGATG-GC-TT----GCTAGCA--CATCAAGA-T-TTGAGGAAGA---AT-CATTTCAATGC-C---ATGAT-ACTA-ATAGAAATGCTGGGATGTG--TT-GTTTTGAC-CT-GAA---CAT-AGTTACAGAT-TCAACTGC-CATG-TA--------GCTGC-T-AAA-----AAAAAT-ATTGATATAGATAAG---AAATCTGCAACTT---CTTTGATGA--------------------GTAATCCTCAGAAGGAGAAT----ATGATAA-AGG-GC-TTGAGGAAGCC-AAATCTTTTGTATAATA-TC-AA-TTG-TTAATGATTT-ATTC-AGCATTAGTTGCAGCAACAAAC---ACCCACGACC--CCCC--------------CCCCCCCCCCCCCGATTTGTA-CGAGATCGCGAG-ATACGTTGTCTCG-CTAAATATTATAGCAGAAGTAC---GGGTATTTTTTCAAAATGGCTTATTTTGTGTTAATTTGGACCTTTTGAGTATGCAAGACATTGTTGATATGCATAAGATAATTAAATTTTCAAATTTGAGTGTTACTAGTAATTTAT--AAAGTGGGGGATGGGATGATTGAAACTAGCACCTGTGCTCCCTTCTGTAATTTAACATAATTTATATatacatacgtccgacgaaatgaaagtttat
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gi|6                          : tgattaatggtatatggattgaagttgacttcctgtgcacaggatatacatatatattgttgaatatagccttatgttcaacatgatgtggcctggtgctgcatgggaacgcagtataagtagataaataacaaaactcaaaatttcacgtgtagtgagtgattcaggtgatggattgtagaatatgagtgTTAATGACGTCAC----ACGTGTGTCTTACTA--C-TTAGGAGTTAAAG---CG---AGAGTGTGTGAAAAAGGACGCTG--TTATGA---ATTACTGGATATTCATTTCGG-TATCTT---------------C-CTC---GTTAGCAATCATCAAAA-T-T-GAGGAAGA---ATTCATTTCCATGTTC---ATGACCACTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATTT-GTTTTGACTTT-GAACATCAT-AACTAC-GAT-TCAACTGCACtcaagcttctcaagtgaatccatatcc
gi|7                          :                  gataaacttagcaaggtttttacataaaagctaatatgattgaagcttatttttttttaaattatttggtggagactctgatattttcatttgaaaactcgtttactcgaaacacactccacgtttttcactgtgcataagcgcccaaatcctctcagttgcaattctgtgttaagAATGA-GTCA----TAAATGTGT-TTAC-AA-C-TTAGAAGTTGGTG----GCGGGGAGTGGATGA----TGATGCTG--CTA------ATCACG--AT---AATTATGA-TCGCTCATC--AAATAATG-GC-T-CT--ATTAGCG--CATCAAGG-TGT-GAGAAAGA---AT-CATTTTAATGT-T---ATAAT-ACTA-ATcg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                          gataagctacggcgggtttacatacaaactaatatcaccaaatttattttcttaaaactcgatctaaatcggtgcggtaattcccgagataatcaaacacctctatttccacctgcaaaaacgatcgatatccttcgaattgcaacttccgattaaaatgtaatcgaagtaTTCCATGC-C---ATAAT-TCTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATT--GTTTTAAC-TT-GAA---AAT-ATCTA--GAT-TCAACTGCAC-CGGCA--------G-TGC-TCAGA-----AAAA-C-ATTGGGATAGATCAG---AGATATGCAACC---ACTTTGA--A---CTGTACAT-ATATTAGAGTAATCCCCAGATGGAGAATC-TC---ATGA-AGG-GT-TTGAGGAAGCC-AA-TCTTTTGCATAATA-TC-AAGT-G-TGAATGATTT-ATTC-AGCATATGTTGCA--AAGAA-C---ACCCCC--------------------------------CCTTTGAA-TTTA-AGAAATCGCGAG-ATACGTTGTCTCG-CTCAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AACT-AATTAAATAATTTATGTCAACCTCTTTCGTTTGACAAACGCAG-CCGCT--TTTCTTATGTTGTA--A-GGATGCAC----TGTT----T--TTGTTT-TG----TTTTCT-CGGTGAGGAGACA-TCC-CATTTCCCTGCAAAGA


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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                  AATGATATCA----TAAGTGTGT-TTAC--AAC-TTAGAAGTTGGA----TACGGTGAGTGGGGG--GGGGGGTGCTG--T-TT---AT-CAC--GTT-A----ATTATGA-TCGCTCGT-----AGGC--TG-ACT-T-----GTTAGTA--CATCAAGATT-T-GAGGAGGA---AT-C-ATTTCAATGC-C---ATAAT-Acttgcaaagaatgataagtcccagcgaaatgaatatcaattaagaacacagaattccaattaaactccattcgataacaatcaagtgtaaactttttctcacattaatagcatggtttagatctgtacttgaggggggggggggggcggctgctaactctttctccgctaaaaaataa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ccttgcacctgcaaaaaggaagtacatcgtctggtaatcgaagtaTTTTAA-TATA-AAATATA-CATG----TATATGCATTCGATAGTCC---TGAACCGTTTC-TCGAATTACAGAATATA--TAAA-TT-CCGCGAATTTTATGAAACCGTTCTAAATCAGTCACTGATTACT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ataactgtactgaatcaacCAACTGAATTAAATAATT-ATGTCCACCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCACT--TTT-TTATGTTGTA--AGGGACGCAC----TGTA----TTGTTGGTG-CG----ATTTCTCCGGTGAGAA-ACA-ACCATATTCCCTTGCA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ccaCAC----TGTTG---TTGTTGGTG-CG----ATT--TTCGGTGAGGA-A-G-ATC-CAT---CTTTCAAAGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                         aagaaatTTAATGACGTCA----TAAGTGTGT-TTAC--AAT-TGAGGAGCTAAAG----GCGGAAAGTGGAAAAAAAAA-AC-CTG--CATAT--AT-CAC--TAT-AT-T-ATTCTAA-TCCCTCGTC----AAACGATG-GCT-T-----GCTAGCA--CATCAAGA-T-TTGAGGAAGA---AT-C-ATTTCAATGC-C---ATGAT-ACTA-ATAGAAATGCTGGGATGTG--TT-GTTTTGAC-CT-GAA---CAT-AGTTACAGAT-TCAACTGC-CATG-TA--------GCTGC-T-AAA-----AAAAAT-ATTGATATAGATAAG---AAATCTGCAACTT---CTTTGATGA--------------------GTAATCCTCAGAAGGAGAAT----ATGATAA-AGG-GC-TTGAGGAAGCC-AAATCTTTTGTATAATA-TC-AA-TTG-TTAATGATTT-ATTC-AGCATTAGTTGCAGCAACAAAC---ACCCACGACC--CCCC--------------CCCCCCCCCCCCCGATTTGTA-CGAGATCGCGAG-ATACGTTGTCTCG-CTAAATATTATAGCAGAAGTAC---GGGTATTTTTTCAAAATGGCTTATTTTGTGTTAATTTGGACCTTTTGAGTATGCAAGACATTGTTGATATGCATAAGATAATTAAATTTTCAAATTTGAGTGTTACTAGTAATTTAT--AAAGTGGGGGATGGGATGATTGAAACTAGCACCTGTGCTCCCTTCTGTAATTTAACATAATTTATATatacatacgtccgacgaaatgaaagtttat
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATTTATATTAAATCGCTTTTAATGATATCGGGATTTTTCTTTGTCAAAGAATTTTTTTTA--TGTCAAAAATTAA-A-TA-TAT---------------TTCCTATGCACCT--TATA------TTATTGTGGTAATAT-------TTTAAAAA-CAACTTACATGTA---TATATGTCCTGCAGAAGACCG----GT---TTGA--T-GGTAACACAGCTGAAATATTTCATAGA-----TATCTAAATTACGTGAAAAATTTCATTCACACAATTTTCATAACAGCAGAAAGTTAAATGATCCATTTTTCTGCCCGA-TTAAAA-C-AGCCCCTCTTC-TCCT---GCCGTCTTAT-TCTA-----------TA----AGTATGCATTCGATAG-------GAACCATTTC-TCGA---ACAGAATATAAATAAGTTTTCCGCGAATTTAATGAAACCGTTCTAAATCAACCACTGATTACTGTATTCTTAATTATCTCACTACTCAACTGAATTAAATAAC--ATG-CAGCCT-TCTCTTTTGACAAACGCAGGCCGCT--TTTCTTATGTTGTA--AGGGACGCAC----TGTT----TTGTAGGTG-CA----ATTTCTCCGGTGGAGA-ACATATA-TATTCCCTTACAAAGAatgaaactgtcccagcgaaaatgaaaattaatttaagatacgaatttcaatagttttctcgcctattaaaaactctatttcgaattaacaatagtgtgtaactggtttctcatatcacatgtatagctaatttaataaaaatagtttaactaacaattaatcctgcttacgaatgcctgctctgtctttccttgagaaaacacgtgtaaagacaaaataagtcatatgtgaggattacacattgccctgcaactgcgaaattttgcaactattttctctatattactcttgagactacagtcaaaaatgtcttacgtctcaacatattgtagacttcatatccgattttcgtatttttacttgattcggatcaggtgtgtaatgttcgctatttcgtaacttatcttggaacagaagatcagaactggggggaagctcatatcattttactccttgattataaacactatagaactttagtatatgtgacatgctcccaaccctttttta
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gi|6                          : tgattaatggtatatggattgaagttgacttcctgtgcacaggatatacatatatattgttgaatatagccttatgttcaacatgatgtggcctggtgctgcatgggaacgcagtataagtagataaataacaaaactcaaaatttcacgtgtagtgagtgattcaggtgatggattgtagaatatgagtgTTAATGACGTCA----CACGTGTGTCTTAC--TAC-TTAGGAGTTAAAG---CG---AGAGTGTGTGAAAAAGGACGCTG--T-TATGAAT-TACTGGAT-AT-TCATTTCGG-TATCT--TC--------------CT-C-----GTTAGCAATCATCAAAA-T-T-GAGGAAGA---ATTC-ATTTCCATGTTC---ATGACCACTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATTT-GTTTTGACTTT-GAACATCAT-AACTAC-GAT-TCAACTGCACtcaagcttctcaagtgaatccatatcc
gi|7                          :                  gataaacttagcaaggtttttacataaaagctaatatgattgaagcttatttttttttaaattatttggtggagactctgatattttcatttgaaaactcgtttactcgaaacacactccacgtttttcactgtgcataagcgcccaaatcctctcagttgcaattctgtgttaagAATGA-GTCA----TAAATGTGT-TTAC--AAC-TTAGAAGTTGGTG----GCGGGGAGTGGATG----ATGATGCTG--C-TA---AT-CAC--GAT-A----ATTATGA-TCGCTCATC----AAATAATG-GCTCT-----ATTAGCG--CATCAAGG-TGT-GAGAAAGA---AT-C-ATTTTAATGT-T---ATAAT-ACTA-ATcg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                               gataagctacggcgggtttacatacaaactaatatcaccaaatttattttcttaaaactcgatctaaatcggtgcggtaattcccgagataatcaaacacctctatttccacctgcaaaaacgatcgatatccttcgaattgcaacttccgattaaaatgtaatcgaagtaTTCCATGC-C---ATAAT-TCTA-ATA--AATGCTGGGATG-GATT--GTTTTAAC-TT-GAA---AAT-ATCTA--GAT-TCAACTGCAC-CGGCA--------G-TGC-TCAGA-----AAAA-C-ATTGGGATAGATCAG---AGATATGCAACC---ACTTTGA--A---CTGTACAT-ATATTAGAGTAATCCCCAGATGGAGAATC-TC---ATGA-AGG-GT-TTGAGGAAGCC-AA-TCTTTTGCATAATA-TC-AAGT-G-TGAATGATTT-ATTC-AGCATATGTTGCA--AAGAA-C---ACCCCC--------------------------------CCTTTGAA-TTTA-AGAAATCGCGAG-ATACGTTGTCTCG-CTCAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AACT-AATTAAATAATTTATGTCAACCTCTTTCGTTTGACAAACGCAG-CCGCT--TTTCTTATGTTGTA--A-GGATGCAC----TGTT----T--TTGTTT-TG----TTTTCT-CGGTGAGGAGACA-TCC-CATTTCCCTGCAAAGA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GCACATCCATACCCTAGCAAAATATGATAAGTCCCGGCGAAATGAATATTAATCAAGTACACTGTATTCCAATAGTTTTCTTTATTTTAAACCCCAGTCGATAACTATCGTATGTAATCTGTTTATCACATTAATACATGTAGTAACATGGATTGAGAAGAAAAAAAAGGGGGGGGGGGTTATTTTGCTAAAGATA
Unaligned ( gi|13 ): TAAACATAAGCGCACAAGATTTTACACACAAGCTAATTAATGTATATCAAACTTATTTTCTTAAACATGGCTGGTGAAACACGATAAATATCCGTGCAGTAATTCTGGTAGTATAAGCGGTATCAAACTGGACATATCATATTTTCTACTTCTGGATTAAGCGGAAATCGATATCTTCTAAGATGAAAC
Unaligned ( gi|16 ): AATACAAGTTAAATATGTAAAACCGAGTAATCTTCCTTTGATGAGGGACATGTGTTTTTTGTCACATTAATATTCGCATGGTCAGTCATCTAAGTCTGTAAAGTTGGGAGGGGGGGGGGGGGGGG
Unaligned ( gi|18 ): AACATTTCTGTTTGCACGTGCAAAAAACGATCGATTTTCTTCGAAGTGCAACTTCCGGTTTAAA