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Reference ( gi|6 ) : CAGGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ACGCGG--GTTCG----ATGGAATTGGTATGCGGGTTCG-GTT-CTT-T-----ACC--A---TTGATTTC-ACTGTGCGGGTAAATA-A-----TTC---AGGAGATATT-TCCCC-TGAAAAT----TGC-AAA-----TA-TCAG-AA--AA------GTA--------------------------C--------------------A--------------T-----------------------TC-TA-T----CT--ACT---TAT-------ATT-AT-G-TAATGATACATGTATAAG-TAAGC---TA-------T-A-------GGAGT-CGG--T-AACA--TTTGTGGAC-A-GTGAG--G-G-AAC---AT-CCTCTCCAGTCG-CATATT--T--AC-----A-CAAGT-----ATTTC--CTC--T---A-T--ATT-GAAT-G-TTCTTGTA----CCTATC--TA---TAA-TTT--T-G--ACA-G-GTG---C--------G--T--TTA--TATAT----AGA--A-AT-GA-TA-TTT-AA-CC-A--CT-TATA--ACA---CT---TTCTGA--GT-G-----C-TTTA---A-T-TGG----G----A-----AT-A-A-A----CA-GG------TTATTT-TAAATTTGATG-TTACA---TTCAT-TGTTGGTGAGC--GG-G--TTCAG-TTCATG---GTT-GG--TA-TGA--GGGTTCG-----A-C-----GCTGTT------------CAA---TA--AA-C-CCCAATTTT--GAAAGGTTTATGTGTTTGTTTC-TTTGTCATTTGCCTCATATCTTTA--TTTCC--------CTTG--TAA-TTGAC-CATA-TAGCAAGTA-T-GACTGCATCATCACTTAACA
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9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-421 ) : CGGGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ACGCGG--GTTCGGTGGA-GT-TGGAACGCGGG------TTCG-G-----TTCTT-T-----AC-------C----ATT-GATTTC-ACTGTGCGGGTAAAT-A------TT-------TCA--GGAGATATTTCCCC-TAAATAT-TG---C----------AAA-TA-------TCA-----------G-A--------------------------AA--------------------------AGT-------N---------CA--------------T-TC-TA-T----CTACT---TAT-------ATT-AT-G-TAATGATA---GTA-AAA-TAAG-C----TA-------T---A-------GGAGTCGG-GAACA--TT---CGTGGAC-A-GTGAG-G-GCACCAT--CCTCTCCAGTCG-CATATT------------T--AC----A-CAAAT-TTCTCCTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTCTTGTA----CCTATC--TA---TAA-TTT--T-G--AC-A-G-G--GACT--------TTTA-T-ATATG--GA--AA--T-GA-TA--TTCG-A-CC-A--CT-T-AGA--ACA---CT---TTCTGA--GT-G-----C-TTT-A---AT-TGG----G----A-----AT-A-A-A----CA-GG-T-TATTTT---TTCG----ATGNT---AAATTCA-T-TG-----TTGGT-GCGC--GG-GTTC-GG-TTCATG---GTTGG--TA-TGAG--GGTTCG--A-----CG-CCGTTTTACA-T-----T-A--G-AGCAATAA--A-C-CCCAATTTT--GAAAGGTTTATGTGTTTGTTTC-TTTGTCATTTGCCTCATATCTTCA--TTTCC--------CTTG--TAA-NTGAC-CATA-TAGCAGGTA-T-GACTGCATCATCACTTAACA
gi|1 : -T-CAAC-GCAAACAT-AC-CGG--GTTCGGTGCA-GT-TGGTACGCGGG------TTCGTG-----TGCTT-T-----AC-------C----ATC-GATTTC-ACGGTGCGGGTAAAT-AC-----TT-------TCATAAGAGACATTTCTCC-TAAATAT-TG---CAAATATCAGAAAG-TACATGTG-TCACCATGGTTGTCG-G--------------------------AG--------------------------AAT-------C---------CA--------------T-TC-T--T----C-ACTCACTAT-------ATT-AT-GGCAACGGAA---ATA-GAAGTAAG-G----CA-------T---AAAGAGACGAAGCCGACGAACA--TT---CGTGGAC-AAGTGAG-GTGCACCATG-CCTCTCCGGTCG-CATATTACTATTCTGAACC--ACTG--A-CCAATCTTCTCTTT-CA-TTTATTCGAAT-G-TT-TTA-A----CCTGTC--TA---TAC-TTT--T-GTAGC-A-G-G---ACT--------TTAAGT-CTATG--GA--AA--T-GA-TA--T-CGCA-TC-A--CT-TTAGA--A-A---CTCTTTTCTGA--GT-G-----C-TTT-A---AT-TTGT---G----A-----ATTA-A-A----CA-GGGT-TATATT---T--G----ATGAT---AAATTCA-T--G-----TTGGT-ACGCAAGGCGTTC-GG-T-CATG----TTGG--TA-TGAG--GGTTCG--A-----CG-CCGTTTTACT-T-----TTA--G-AGCAATAA--AAC-CCCAATTTCTGGAAAGGTTTATGTGTTTGTTTC-TT-GTCATTTGCCTCATATCTTTA--TTTCC--------TT
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gi|11 : GT-C-CAAT-ACAA-CAT-ACGCGG--ATTCGGTGGG-GT-TGGAACGAGGG------TTCG-------TTTTT-T-----AA-------C----ATT-GATTCC-ACTATGTGGGTAAAT-A------TT-------TTA--GGAGATATTTTCCC-TAAATAT-TG---C----------AA--TA-------TTA-----------G-AAAAGGTAATGTGCTCACGTTTTGGAGAG--------------------------AGT-------C---------TA--------------T-TC-TA-T----CTACC---TAT-------ATT-AT-G-TAATAATA---G---AAA-TAAT-A----TT-------T---A-------GGAGTTGG-GAACA--TT---CATAGAC-A-ATGAG-G-GTACTAT--CCTCTCCAGTCG-CATTTT------------T--GC----A-CAAAT-GTCTACTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTGTTGTA----CCTGTC--TA---TAA-TTT--T-G--AA-T-G-G--GACT--------TTTA-T-TTATG--GA--AA--T-TA-TA--TT-A-A-CC-A--CT-T-GGG--ACA---CT---TTCTGA--GT-A-----C-TTT-A---AT-TGA----G----A-----AG-A-A-A----CA-GG-T-GA---T---TTCG----ATGTT---AAATTCA-T-TG-----TTGGT-GCtacataatactttttacataatatattgtctgagatttatgaacagcaaatagcagtgcatgtcgtgcccatgtgaattgatcggtgtattg
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gi|22 : gttgCGTGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ACGCGG--GTTCGATGGA-AT--GGAACGCGGG------TTCG-G-----TTTTT-T-----AC-------CTTAAATTTGATTTC-ACTGTGCAAGTAAGT-ACATGTATT-------TCA--GGATATATTTTCCC-TAAATAT-TG---C----------AAA-TA-------TCA-----------GAA--------------------------AA--------------------------AGT-------A---------C
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gi|23 : caccgtgttcaacgcaacatacgcgggttcgatggaatggaacgcgggttcggttttttaccttaaatttgatttcactgtgcaagtaagtacatgtatttcaggatatattttccctaaatattgcaaatatcagaaaaagtactgtgctcacgagttttaggagagtccaatgaataattcttGGAT-T-CAAC-ACAA-CAT-GTGCGG--TTTCGGTGAA-GT-TGGAACGAGAA------TTTG-GTTTTTTTTTT-T-----A--------C----ATT-GATTGC-TCTGCGCAGGTAAGT-A---------------TCG--GGAGATATTTCCTC-TAAATAC-TG---TA---------AAA-TA-------TCA-----------G-A--------------------------AA--------------------------AGT-------
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gi|42 : ccAGTCCG-GAAAG--TT---CCCAGAT-A-GTGAG-T-GTACCAT--CCTCTCTTATCG-CATATT------------CCAAC----A-C
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gi|45 : cA-TA--TCTG-A-CC-A--CT-T-GGA--ACT---CT---TTCTGA--GT-A-----C-TTT-A---AT-TGT----G----A-----AT-
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gi|47 : -CC-A--CT-T-AAA--ACA---CT---TTCTGA--GT-G-----C-TTT-G---GT-TGG----G----A-----A
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7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus : CGGGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ACGCGG--GTTCGGTGGA-GT-TGGAACGCGGG------TTCG-G-----TTCTT-T-----AC-------C----ATT-GATTTC-ACTGTGCGGGTAAAT-A------TT-------TCA--GGAGATATTTCCCC-TAAATAT-TG---C----------AAA-TA-------TCA-----------G-A--------------------------AA--------------------------AGT-------N---------CA--------------T-TC-TA-T----CTACT---TAT-------ATT-AT-G-TAATGATA---GTA-AAA-TAAG-C----TA-------T---A-------GGAGTCGG-GAACA--TT---CGTGGAC-A-GTGAG-G-GCACCAT--CCTCTCCAGTCG-CATATT------------T--AC----A-CAAAT-TTCTCCTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTCTTGTA----CCTATC--TA---TAA-TTT--T-G--AC-A-G-G--GACT--------TTTA-T-ATATG--GA--AA--T-GA-TA--TTC-G-A-CC-A--CT-T-AGA--ACA---CT---TTCTGA--GT-G-----C-TTTA---A-T-TGG----G----A-----AT-A-A-A----CA-GG-T-TATTT----TTTGAT------GNTAAA---TTCAT-TG-----TTGGT-GCGC--GG-GTTCGG-TTCATG---GTTGG--TA-TGAG--GGTTCG--A-----CG-CCGTTTTACA-T-----T-A--G-AGCAATAA--A-C-CCCAATTTT--GAAAGGTTTATGTGTTTGTTTC-TTTGTCATTTGCCTCATATCTTCA--TTTCC--------CTTG--TAA-NTGAC-CATA-TAGCAGGTA-T-GACTGCATCATCACTTAACA
Reference ( family-421 ) : CGGGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ACGCGG--GTTCGGTGGA-GT-TGGAACGCGGG------TTCG-G-----TTCTT-T-----AC-------C----ATT-GATTTC-ACTGTGCGGGTAAAT-A------TT-------TCA--GGAGATATTTCCCC-TAAATAT-TG---C----------AAA-TA-------TCA-----------G-A--------------------------AA--------------------------AGT-------N---------CA--------------T-TC-TA-T----CTACT---TAT-------ATT-AT-G-TAATGATA---GTA-AAA-TAAG-C----TA-------T---A-------GGAGTCGG-GAACA--TT---CGTGGAC-A-GTGAG-G-GCACCAT--CCTCTCCAGTCG-CATATT------------T--AC----A-CAAAT-TTCTCCTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTCTTGTA----CCTATC--TA---TAA-TTT--T-G--AC-A-G-G--GACT--------TTTA-T-ATATG--GA--AA--T-GA-TA--TTC-G-A-CC-A--CT-T-AGA--ACA---CT---TTCTGA--GT-G-----C-TTTA---A-T-TGG----G----A-----AT-A-A-A----CA-GG-T-TATTT----TTTGAT------GNTAAA---TTCAT-TG-----TTGGT-GCGC--GG-GTTCGG-TTCATG---GTTGG--TA-TGAG--GGTTCG--A-----CG-CCGTTTTACA-T-----T-A--G-AGCAATAA--A-C-CCCAATTTT--GAAAGGTTTATGTGTTTGTTTC-TTTGTCATTTGCCTCATATCTTCA--TTTCC--------CTTG--TAA-NTGAC-CATA-TAGCAGGTA-T-GACTGCATCATCACTTAACA
gi|1 : -T-CAAC-GCAAACAT-AC-CGG--GTTCGGTGCA-GT-TGGTACGCGGG------TTCGTG-----TGCTT-T-----AC-------C----ATC-GATTTC-ACGGTGCGGGTAAAT-AC-----TT-------TCATAAGAGACATTTCTCC-TAAATAT-TG---CAAATATCAGAAAG-TACATGTG-TCACCATGGTTGTCG-G--------------------------AG--------------------------AAT-------C---------CA--------------T-TC-T--T----C-ACTCACTAT-------ATT-AT-GGCAACGGAA---ATA-GAAGTAAG-G----CA-------T---AAAGAGACGAAGCCGACGAACA--TT---CGTGGAC-AAGTGAG-GTGCACCATG-CCTCTCCGGTCG-CATATTACTATTCTGAACC--ACTG--A-CCAATCTTCTCTTT-CA-TTTATTCGAAT-G-TT-TTA-A----CCTGTC--TA---TAC-TTT--T-GTAGC-A-G-G---ACT--------TTAAGT-CTATG--GA--AA--T-GA-TA--T-C-GCA-TC-A--CT-TTAGA--A-A---CTCTTTTCTGA--GT-G-----C-TTTA---A-T-TTGT---G----A-----ATTA-A-A----CA-GGGT-TATAT----TT-GAT------GATAAA---TTCAT--G-----TTGGT-ACGCAAGGCGTTCGG-T-CATG----TTGG--TA-TGAG--GGTTCG--A-----CG-CCGTTTTACT-T-----TTA--G-AGCAATAA--AAC-CCCAATTTCTGGAAAGGTTTATGTGTTTGTTTC-TT-GTCATTTGCCTCATATCTTTA--TTTCC--------TT
gi|10 : acgT---CGTGGAC-A-GTGAG-G-GCACCATGTTCTCCCCTGTCG-CATATT------------C--AC----A-TACAT-TTCTCTTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTTTTGTA----CCTGTC--TA---TAC-TTC--T-G--AC-A-G-G--GACT--------TTTA-T-GTATG--GA--AA--T-GA-TA--TCT-G-A-CC-A--CT-T-AGA--ACT---CT---TTCTGA--GT-G-----C-TTTA---A-T-TGT----G----A-----AT-A-A-A----CA-GG-T-TATTT----T--GAT------GATAAA---TTCAA-TG-----TTGGT-ACGC--GG-GTTCGG-TTCATG---GTTGG--TA-TGAG--GGTTCG--A-----CG-CCGTTTTACA-T-----TTA--G-AGCAATAA--A-C-CCCAATTCT--GAAAGGTTTATGTGTTTGTTTC-TTTGCCATTT------------------TCC--------GTTG--TAA-GTGGC-CATA-TAACAGGCA-T-GCCTGCATCATCACTTAACAaattctgccaccatcacttaaacactcaagattttttttacgtcgttaattaattattattgttctaaaaagcattcaagtcgatccgtgaacagcaatctagttgtttgcccatgtgctttgatctgtgcttgatcataacacgttccgtttatcattcatgcaaatattggagggttgaaagagggggagggaggatgaggtggaagcctatagtttaaaaataatccttaaagcactatacgtccctttcatc
gi|11 : GT-C-CAAT-ACAA-CAT-ACGCGG--ATTCGGTGGG-GT-TGGAACGAGGG------TTCG-------TTTTT-T-----AA-------C----ATT-GATTCC-ACTATGTGGGTAAAT-A------TT-------TTA--GGAGATATTTTCCC-TAAATAT-TG---C----------AA--TA-------TTA-----------G-AAAAGGTAATGTGCTCACGTTTTGGAGAG--------------------------AGT-------C---------TA--------------T-TC-TA-T----CTACC---TAT-------ATT-AT-G-TAATAATA---G---AAA-TAAT-A----TT-------T---A-------GGAGTTGG-GAACA--TT---CATAGAC-A-ATGAG-G-GTACTAT--CCTCTCCAGTCG-CATTTT------------T--GC----A-CAAAT-GTCTACTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTGTTGTA----CCTGTC--TA---TAA-TTT--T-G--AA-T-G-G--GACT--------TTTA-T-TTATG--GA--AA--T-TA-TA--TT--A-A-CC-A--CT-T-GGG--ACA---CT---TTCTGA--GT-A-----C-TTTA---A-T-TGA----G----A-----AG-A-A-A----CA-GG-T-GA--T----TTCGAT------GTTAAA---TTCAT-TG-----TTGGT-GCtacataatactttttacataatatattgtctgagatttatgaacagcaaatagcagtgcatgtcgtgcccatgtgaattgatcggtgtattg
gi|12 : GGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ATGCGG--GTTCGGTGGA-GT-TGGAACGCGGG------TTCT-T-----TTTTT-TTTTTAAC-------C----ATG-GATTTT-ACTGTGTCGGTAAAT-A------TT-------TCA--CGGTATATTTTTCCATAAACAT-TG---C----------AAA-TA-------TGA-----------G-A--------------------------AA--------------------------AGT-------AGGGAGAGTCCA--------------T-TA-TA-T----TTACT---AAT-------ATT-AT-G-TAATG------GTACAAA-TAAG-C----TA-------TTATA-------GGAGTCCG-GAAC-------------------TGAA-G-GCACCAT--CCTTTCCAGTCG-CATATT------------A--GC----A-CAAAT-TTCTCCTC-CA-T--ATT-GAAT-G-TTCTTGTA----CCTATC------------------G--AT-A-G-G--GGCT--------ATTG-T-ATATG--GA--AA--T-TA-TA--TTT-C-A-CC-T--CT-T-ATA--ACA---CT---TTCTGA--GT-T-----T-CTTA---T-C-TGG----G----A-----AT-A-A-A----CA-GG-T-TATTT----TC--AT------GATAAA---TTCAT-TG-----atgca
gi|13 : T-ACGCGG--GTTCGGTGGA-GT-TGGTACGTGGG------TTCG-G-----TTATT-T-----AC-------C----TTT-GATTTC-ACGGTGCGGGTAAAT-A------TT-------TCA--AGATGTATTTCCTC-TAAATCT-TG---C----------AAA-TA-------TCA-----------G-A--------------------------AAAGTAATGTGCTCACGGGTTGTCGGGGAGT-------C---------CA--------------T-TC-TA-T----CTACT---TAT-------ATT-AT-G-TAATGATA-----A-ACG-TAAG-C----TA-------A---A-------GGAGTCGG-GAACA--TT---CGTGGAC-A-GTGAG-G-GCACCAT--CCTCTCCGGTCG-CATATT------------C--AC----A-CAAAT-TTCTCCTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTCTTGTA----CCTGTC--TA---TAA-TTT--T-G--AC-A-G-G--GACT--------TTTA-T-ATCT------------------------G-A-CC-A--CT-T-AGA--ACA---CT---TTATGA--GT-G-----C-TTTG---A-T-TGG----G----A-----AT-A-A-
gi|14 : AAT-TTCCTCCC-TAGT--ATT-GACTCG-TTCTTGTAATAGTTTA-C--TA----AA-TGT--T-GG-AC-TTG-G--AACTAT------TTTA-T-GTACGAGGA--AAGAT-GAATA--TTC-A-A-CC-T--TT-T-AGACGACA----T---TTCTGAAAGT-G-----T-TTTACCTG-T-TGG----A----A-----AT-ATA-A----CA-AG-CCTACTT----TATCATAAAATGGTTAAAAGGTCAAT-TG-----TCGAT-GCG------GTTCAG-GGC--G---GTTGG--TACTGAACAGGTTCG--AACGATCGGCCGTTTTACA-TA----T-A--G-AGCAATAACAA-C-T---ATTTT--GAAAGGCTT-TGT
gi|15 : atatAAT-TTCCTCCC-TAGT--ATT-GACTCG-TTCTTGTAATAGTTTA-C--TA----AA-TGT--T-GG-AC-TTG-G--AACTAT------TTTA-T-GTACGAGGA--AAGAT-GAATA--TTC-A-A-CC-T--TT-T-AGACGACA----T---TTCTGAAAGT-G-----T-TTTACCTG-T-TGG----A----A-----AT-ATA-A----CA-AG-CCTACTT----TATCATAAAATGGTTAAAAGGTCAAT-TG-----TCGAT-GCG------GTTCAG-GGC--G---GTTGG--TACTGAACAGGTTCG--AACGATCGGCCGTTTTACA-TA----T-A--G-AGCAATAACAA-C-T---ATTTT--GAAAGGCTT-TGT
gi|17 : atat-C----TA-----------A-------GGAGTCGG-GAACA--TT---CGTGGACTA-GTGAG-G-GCACCAT--CCTCTCCAGT-G-CATATT------------T--AC----A-CAAAA-TTCTCCT-------------------------TA----CGTATC---A---TAA-ATTCCT-G--AC-A-G-GTGGGTA--------TTTA-C-ACATT---A--AA--T-GA-TA--TTTTA-A-CC-A--CA-T-AGAG-ACA---CTG--TTCTGA--GT-G-----C-CTTA---AAT-TGA----G----A-----AT-A-A-A----AA-GG-T-T---T----TTTCAT------GGTAAA---TTCCT-TG-----TTGGT-ATGC--GG-GTTTGGGTTCATG---GTTGG--TA-TGAG--GGTTCG--AC----CG-CCGTTTT
gi|18 : CTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTCATGAA----CCTATC--GA---TA------------------------CT--------TTTA-T-GCATG--GA--AA--T-GA-TA--TTC-A-A-CC-G--CT-T-GAA--GCA---CT---TCCTGA--AT-A-----C-TTTA---A-T-TTG----G----AATGATAT-A-A-A----CA-GGCT-TATTT----TC--AT------GGTAAA---TTCAC------------------------TTCGA-TTCATG---GTTGG--TA-TGAG--GCTTCG--A-----TG-CCATTATACATT-----T-A--A-CGCAATAA-------CTAATCTT--AAcc
gi|19 : -----------G-G--------------------------AG--------------------------AGT-------T---------CA--------------T-TC-TA-T----CTACT---TAT-------ATT-TT-G-TAATGATA---G---AAA-TAAG-C----TACAATGTAT---A-------GGAGTCGG-GAACA--TT---CGTGGAC-A-GTGAG-G-G-----T--CCTC---AGTCG-CATTTT------------T--AC----A-CACAT-TTCTACTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTCTTGTA----CCTATC--TA---TAA-TTT--T-G--AC-T-G-G--AACT--------TTTA-T-ACATG--GA--AA--T-GA-TA--TTC-A-A-CC-T--CT-T-ACA--ACA---CT---TTCTGA--GT-G-----C-TTTA---A-T-ttgctcgtatacaacagtacatttgttcgttttt
gi|2 : gttgttCGGGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ACACAG--GTTCGGTGGA-GT-TGGAACGAGGG------TTCG-T-----TTTTT-TTTAA-AA-------C----ATT-GATTCC-ACTGTGCAAGTAAAT-A------ATGCAAATATCA--GAAAGTAATGTGCT-CACGTGT-TG---------------------------TC------------G-A--------------------------AA--------------------------AGT-------T---------TA--------------C-TC-TA-T----CTACT---AAC-------ATT-TT-G-TAATGACA-----A-AAA-TAAG-C----TA-------T---A-------GGAGTCGA-GAATA--TA---TGTGGAC-G-ATGAA-G-GTACCAT--CCCCTCCAATCG-CTTATT------------T--AC----A-CAAAT-TTCTTCTC-CA-T--ATT-GAAA-G-TTCTTAGA----CCTATC--TA---TAA-GTT--T-G--AC-A-G-G--GACTTTTTATAATTTA-T-ACATG--GA--AA--T-GA-TA--CTC-A-A-CC-A--CT-T-AGA--ACA---CT---TCCTGA--GT-A-----C-TTTA---A-T-TGG----A----A-----AT-A-A-A----CA-AG-T-AA--T----TTTGAT------GGTAAG---TTAAT-TG-----TTGAT-GTGG--GG-GTTCGG-TTCATG---GTTGG--TA-TAAG--GGTTCG--A-----CG-CCTTTATACATT-----T-G--G-AGCAACGA--A-C-CCCAA--TT--G-------TATG---TTG--TC-TTTA-CATTTGCCTCGTAATTTTGTTTTTCC--------CCTG--TAA--TGACGCCTA-TAGCAGGTA-TCGACTGC-TCATCACTTAgg
gi|20 : -----------G-A--------------------------GG--------------------------AGT-------T---------CA--------------TGTCATA-T----CTACT---TAT-------ATT--T-G-TAATGATA---G---AAA-TAAGACAATGTA-------T---A-------GGAGTCGG--AACA--TT---CGTGGAC-A-GTGAG-G-A----GT--CCTC---AGTCG-CAT-TT------------T--AC----AACACAT-TTA--CTCATA-T--ATT-GAAT-G-TTCTTGTA----CCTATCTATA---TAA-TTT--TGG--AC-T-G-G--AACT--------TTTA-T-ACATG--G---AA--T--A-TACTTTC-A-A-CC-T--CTGT-ACA--ACA---CTA--TTCTGA--GT-G-----CATTTA---A-T-caatacatgtatactcagccgacttatacgtattgtgtaagcattcagattcgttaacagtaagttagtagagtaacgtgtccttgtgaattgatctgggtattgtcaacaaacacctccattttcatcatatgggggaagggggggggggtagtaggagccatactgtaaaaaaaaaaagatcctcaaagtaaccactaagttttctcta
gi|22 : gttgCGTGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ACGCGG--GTTCGATGGA-AT--GGAACGCGGG------TTCG-G-----TTTTT-T-----AC-------CTTAAATTTGATTTC-ACTGTGCAAGTAAGT-ACATGTATT-------TCA--GGATATATTTTCCC-TAAATAT-TG---C----------AAA-TA-------TCA-----------GAA--------------------------AA--------------------------AGT-------A---------C
gi|22 : cac----CA-GG-T-TATTT----TC--AT------GATAAA---TTCAT-TG-----TTtgtgctcacgagttttaggagagtccaatgaataattcttaacaatgaatttatcatgaaaataacctg
gi|23 : caccgtgttcaacgcaacatacgcgggttcgatggaatggaacgcgggttcggttttttaccttaaatttgatttcactgtgcaagtaagtacatgtatttcaggatatattttccctaaatattgcaaatatcagaaaaagtactgtgctcacgagttttaggagagtccaatgaataattcttGGAT-T-CAAC-ACAA-CAT-GTGCGG--TTTCGGTGAA-GT-TGGAACGAGAA------TTTG-GTTTTTTTTTT-T-----A--------C----ATT-GATTGC-TCTGCGCAGGTAAGT-A---------------TCG--GGAGATATTTCCTC-TAAATAC-TG---TA---------AAA-TA-------TCA-----------G-A--------------------------AA--------------------------AGT-------
gi|26 : ctGTTTATGTGTTTGTTTC-TTCGTCATTTACCTC--ATCTTCG--TTTTCTGTATGTACATGTATAA-GTGAC-CATA-TAA-AAGTA-T-GACTGCATatgtgatcacgggttgttggaaagtccattacattttataatattttgtaat
gi|27 : -AGCAATAA--A-C-TCCAGTTTT--GAAAAGTTTGTGTGAAGGTT---------AATTGCCAGGTATCTTCC--TTTTT--------CTTG--TAA--------ATA-TAA-AGGTACT-GACTGCACCATCGGTGAACAaacacatttttaaaacatatcacaagacattctatgtgttaatgtcggagatttgtgaacagcaagttaattagta
gi|29 : -TG-------TCG-----------G-A--------------------------GA--------------------------A-T-------C---------CA--------------T-TC-TA-T----CTCCT---TATCAGCTTAAGC-AT-G-TAGTGATA---G---AAA-TAAG-C----TA-------TT--A-------GGAGTCGG-GAACA--TT---CGTGGAC-A-tgtatcggactttttacgtaccaacattgtgcaataattcacattcgtgaacatc
gi|3 : aaataagtgttcacggatATG--GA--AA--T-GA-TA--TTT-A-A-TC-A--CT-T------------------TCTGA--GT-A-----C-TTTA---A-T-TGG----A----G-----AT-A-A-A----CA-AG-A-TATTT----T--GAT------GTTAAT---TTCAT-TG-----TTGGT-ACGT--GA-GTTCGG-TTCATG---TTGGG--TA-TGAG--GATTGA--A-----CG-CCGTTTTACA-T-----TCA--A-AACTAGGA--A-C-CCCTATTTT--GAAAGCTTTATGAGTTTGTTTC-TTTGTTATTTGCCTCATATCTTCA--TTTTC--------CTTG--AGA-ATTAT-TGTA-TAGCAAGGA-T-ATCTGCATCATCACTTAACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacaaat
gi|30 : -------T---A-------GGAGACGA-AAACA--TT---CGTTAAC-A-GTGAG-G-ATACCAT--CCTCTTCAGTGG-CATATT------------T--AC----A-CAAAT-TTCTCCTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TCCTTGGA----CCTATC--AG---TAA-TTT--T-G--AC-A-G-G--GACT--------CGTA-TGATAT----A--TA--T-TA-TA--Ttcacagacttttcacgtgatgatattatctaagcattcaaattcttgaacagcaattaagcagatttgcatgtgccaatgtccattgtgcattgtcattaaacgcctccattttcatcatgcaaatatcggggaggtcggttcgttttggaagccttattgtaaaacagaaatgatcctaaaagtactaagtcaccttcccctttaataatatgcgctaatttttaccgaacatctttatagtctgaaggagactataagttattctacttcaaaaatgaaagaagaaaattgaagggaactatatatactaattccctaccaccgtctgtctctttttagtctttctatccgtt
gi|31 : C-------C----ATC-GATTTC-AATGTGCCGGTAAAT-A------TA-------TCA--GGAGATAGTTCCCC-TTAATAT-TG---C----------AAA-TA-------TTA-----------G-A--------------------------AA--------------------------GGTAATGTGCC---------CACGGGTTGTCAGAGTC-TC-TATT----CTATT---TATGTAC---ATT-TT-G-TAATGATA---G---AAA-TAAg
gi|32 : TTA---A-T-TGG----G----A-----AA-A-ACA----CA-GG-T-TATAT----TTTGAT------GATAAA---TTCAT-TG-----TTGGT-GCGG--GG-AATCGG-TTCATG---GTTGG--TA-TGAG--GGTTCG--A-----CG-CCGTTTTATATT-----T-A--G-AGCAATAA--A---CCCAATTTT--GAAAAGTTTAa
gi|33 : CT--------CTTA-A-GTATG--GA--AA--TAGA-TA--TCT-G-A-TCTA--CT-T-A----ACT---CT---TTCTGA--GT-GCTGCCC-TTCAC--A-T-TTGTCTTGCAACA-----AT-A-ATA----CA-GGTT-TATTT----TTTGAT------
gi|34 : CGCGT-T-CAAC-GCAA-CAC-ACGCGG--GTTGGGTGGA-GT-TGGAACGCGGG------TTCG-G-----TTCTT-T-----AC-------C----ATT-GATTTC-ACTGTGCGGttggcagagagaggtccaatgtt
gi|35 : CGCGT-T-CAAC-GCAA-CAC-ACGCGG--GTTGGGTGGA-GT-TGGAACGCGGG------TTCG-G-----TTCTT-T-----AC-------C----ATT-GATTTC-ACTGTGCGGtttcggtacaagaagatagctttcttcca
gi|37 : CGCGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ATGTGG--GTTCGGTGGA-GT-TTGAACGCAGG------TTCG-G-----TTCTT-T-----AC-------C----ATT-GATTTC-ATTGTGCGGGTAAAT-A------TT-------TCA--Gtttcggtacaagaagatagctttcttcc
gi|38 : cacCGCGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ATG-GG--GTTCGGTG-A-GT-TTGAACGCAGG------TTCG-G-----TTCTTCT-----AC-------C----ATT-GATTTC-ATTGTGCGGGGTAAT-A------TT-------TCA--GG
gi|39 : -AGA--ACT---CT---TTCTGA--GT-A-----T-TTTA---A-T-TGT----G----A-----AA-A-A-AAAACCA-GG-T-TA--T----TTTGA------------------------------------CGC--GG-GGTCGG-TTCATG---GTTGG--TA-TGAG--GG
gi|4 : TA---A-T-TGG----G----A-----AT-A-A-A----CA-AG-T-TGTTT----TC--AC------GATAAA---TTCAA-TG-----TTGAA-GCAG--GA-GTTCAG-TTCA------------------G--GGTTCG--A-----CA-CCATTGTACA-TGTACAT-ACTG-AACAATAA--A-C-CCCAGTTTT--GAAAGGTTTATGTGTTTGTTTC-TTTGTCTTTTGCCTCATATCTTCA--TTTTCCTTAA---CTTA--TAG-ATAAC-CATA-AAATAGGTA-T-GACTGCATCATCAGTTAACA
gi|40 : ataGGT-TGCAACCGCAAACAT-AC-CGTCCGTTTGGTGGA-GT-GAGTACGAGGT------TTCG-AT----TTCTT-T-----AA-------C----ATT-GATTCC-tatatacatgtataagatattttacttgctaatattgtataagcattcggatttgtgaacaggaagtaactagggtcgtacccttttgaattgatcagtgtatttgtcaataagcacttacgttttcatcatgcaattatttgggagtggagtggaagctatatcgtaaaaaacacaaccacttcgaggaatcctaaaaggtacactaagtctcctctctgtaatgatatgcgccgatttgcaccgaacattctcatagtcttcatccggaaaactgaaggagacagttagttaaaaccgaagggagctgtacgctttccatacctccgtctgccaattgttagtctttctatccgtcattccattcagt
gi|41 : ccGGT-TGCAACCGCAAACAT-AC-CGTCCGTTTGGTGGA-GT-GAGTACGAGGT------TTCG-AT----TTCTT-T-----AA-------C----ATT-GATTCC-
gi|42 : ccAGTCCG-GAAAG--TT---CCCAGAT-A-GTGAG-T-GTACCAT--CCTCTCTTATCG-CATATT------------CCAAC----A-C
gi|43 : ---A-T-TGG----G----A-----AT-A-A-A----CA-GG-T-TA--T----TTTGAT------AATAAA---TTCAT-TGTTGCCTTGGT-GCGG--GG-
gi|45 : cA-TA--TCT-G-A-CC-A--CT-T-GGA--ACT---CT---TTCTGA--GT-A-----C-TTTA---A-T-TGT----G----A-----AT-
gi|46 : tT-T-AAAT-ATAA-AAT-ACGCGG--GTTCGGTGGA-GT-TGAAACGCGGA------CTCG-
gi|47 : -CC-A--CT-T-AAA--ACA---CT---TTCTGA--GT-G-----C-TTTG---G-T-TGG----G----A-----A
gi|48 : gA-TAAG-C----TA-------T---A-------GGAGTCGG-GAACAATTT---CGTGGAC-A-GT
gi|49 : TACA---TTCAT-TG-----TTGGT-GCGC--GG-GTTCGG-TTCATG---
gi|5 : GT-T-CAAC-GCAA-CATTACGCGG--GTTCGATGGA-AT-TT--ATGCGGC------GTCG-G-----TTCTT-T-----AC-------C----ATT-GATTTC-ACTGTGCGGGTAAAT-A------AT-------TCA--GGAGATATTTCCCC-TGAAAATGTG---C----------AAA-TAT------TCA-----------G-A--------------------------AA--------------------------AGT-------A---------CA--------------T-TC-T--T----CTACT---TAT-------ATTAATAG-TAATGATACATGTATAAG-TAAG-C----TAT------T---A-------GGAGTCGT---ACA--TT---TGTGGAC-A-GTGAG-G-GAAC--T--CCTCTCCAGTCGCCATATT------------T--AC----A-CAAGT-ATTTCCTC-T--T--ATT-GAAT-GTTTCTTGTA----CCTATC--TA---TAATTTT--T-G--AC-A-GTG--TGCG--------TTTA-T-ATATA--GA--AA----GA-TAT-TTT-A-A-CC-A--CG-T-ATA--ACA---CT---TTCTGA--GTGG-----C-TTTA---A-T-TGGC---G----A-----ATAA-A-A----CAGGG-T-TAGGT----TTTGAT------GTGACA---TTCA--TG-----TTGGT-GAGC--GG-GTTCAGTTTCATG---GTTGGTTTA-TGA----GTTCGAAA-----CG-CTGTT---------------------CAATAA--A---CCCAATTTT--GAAAGGTTTATGTG-TTGTTTCTTTTGTCATTT-CCTCATATCTTTA--TTTCC--------CTTG--TAACTTGAC-CATATTAGCAAGTA-T-GACTGCATCATCACTTAA
gi|6 : CAGGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ACGCGG--GTTCGATGGA-AT-TGGTATGCGGG------TTCG-G-----TTCTT-T-----AC-------C----ATT-GATTTC-ACTGTGCGGGTAAAT-A------AT-------TCA--GGAGATATTTCCCC-TGAAAAT-TG---C----------AAA-TA-------TCA-----------G-A--------------------------AA--------------------------AGT-------A---------CA--------------T-TC-TA-T----CTACT---TAT-------ATT-AT-G-TAATGATACATGTATAAG-TAAG-C----TA-------T---A-------GGAGTCGG-TAACA--TT---TGTGGAC-A-GTGAG-G-G-AACAT--CCTCTCCAGTCG-CATATT------------T--AC----A-CAAGT-ATTTCCTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTCTTGTA----CCTATC--TA---TAA-TTT--T-G--AC-A-G-G--TGCG--------TTTA-T-ATATA--GA--AA--T-GA-TA--TTT-A-A-CC-A--CT-T-ATA--ACA---CT---TTCTGA--GT-G-----C-TTTA---A-T-TGG----G----A-----AT-A-A-A----CA-GG-T-TATTTTAAATTTGAT------GTTACA---TTCAT-TG-----TTGGT-GAGC--GG-GTTCAG-TTCATG---GTTGG--TA-TGAG--GGTTCG--A-----CG-CTGTT---------------------CAATAA--A-C-CCCAATTTT--GAAAGGTTTATGTGTTTGTTTC-TTTGTCATTTGCCTCATATCTTTA--TTTCC--------CTTG--TAA-TTGAC-CATA-TAGCAAGTA-T-GACTGCATCATCACTTAACAat
gi|7 : GGGTAT-CAAT-CCAA-CAG-ATGCGGA-GTTTG-TGGA-AT-TAATAGATAGG------TCTG-T-----TTTTT-T-----AA-------C----ATT-GATTTCCAATGTGCGGGTACACCA------TT-------TCT-------TATT--CCC-TGA-TAT-TAGGAT----------AAAGTAATGTTGCTCA-----------G-T--------------------------GA--------------------------A-T-------G----------G--------------T-TT-TG-TGGGATTAGT---CAT-------AGT-GC-G-CAATGGT----GTA-TAA-TTAG-A----TA-------T---G-------GGAGTTCG-GAATA--CTATACATGGGCCG-GCTAGCA-GTACCAT--CTTCTCTAGTCA-CATATT------------T--ACAATAA-TAAA---TCTCATG-TA-T--CT---AAT-G-TTCTTGGA----ACTA----TAGGTTGC-TTC--TAG--ACAA-G-G--GATC--------GTAA-T-ATATG--GGCTAT--C-GA-TA--GTC-A-ATCC-AGCTT-T-AGA--ACAACTTT---TTTTAA--AT-------T-TTTA---A-TGTGG----G----A-----AT-T-A-A----TG-GG-T-TAGTT----ATAAAT------GATAAA---TTCATGTG-----TTGATAGCGA--GG-TTTCGG-TTCATGCTAGTT----TT-TGAA--GGTTC---A-----CG-CCATTTTACA-T-----A-A--GAAGCAATAA--G-CACCCATTCTT--AGAAGGTTTGTGTGTTTGCTTC---------TTGTCTCATATGTTCA--TTTTA--------CTT
gi|8 : TTCGGTGGACGTCTGGAACGCAAGCGCTAATGCG-G-----TTTTT-T-----ATTTTTAAAC----AGT-GATTCC-ACtt
gi|9 : tgaggacctatgttttctaactcgaaggtctgcgccacatttgtgtagataattgtggcttgccatcaagagtaaagggtttaccatatgagtccaacatttacgcaaacatgagtgcgaacattctgtgaattgcgcgcgtgtctgaattcccgtggtgcaatgtcactttaatggttactctcgtatgaaccaaaacattttactagagtctgctaatatgattcatttcacatcgggacgtcagtagccttgaacgtttaagatgtaataggtgttcccatgtttgtaccctgcaactattcgttacaaacgagcctgggaacggagttgtgcacgctaactacctcttacacagcagttTTCGGTGGACGTCTGGAACGCAAGCGCTAATGCG-G-----TTTTT-T-----ATTTTTAAAC----AGT-GATTCC-ACgatgaaagaatagagatgccacatatc
blockSeqs : A G C A T CC C C CGCTAA GTTTTT C ATTTTTAAA TTAA T C C ATGCAAATA . A G GGAT G TTAGAAAAGGTAATGTGCTCACGTTTTGGAGAGAGTCTA G A AT GGGA . CAGCTTA AA A . CATGTAT . A AATG CAATGTATA . AT ATA T . C . C GT C CCA AATA A . A G . . C T ATAG TAT GGT AT CC G G TT T TGG TTTTATAA . G AG CT GA A A CT TTA T AGC G . G CG ACT G AA GCTGCC A CCT A G TCTT CAAC ATGAT A T C AAAC G C C TT TAAA TCG AAAATG A AGG G TTGCC A C . G CTA TT C CA AA ACGAT G T TGTACATACT A CAAC . T T C G G TT TGTATGTA TA CT G T C C C
blockSeqs : . G C A . CC C C CGCTAA AT . ATTTTTAAA . . . . CATGTATT . . . TA . TCAGAAAAGTAATGTGCTCACGGGTTGTCGGGGAGTCCA . . A . . GTAC A . . CATGTAT . . . TTATA . . . C . . . T . . C . . . . G . . C . ATAG T . C . A G TT . G AT . . AG . GA . A T TG . TA . . G CG . A AA GG . CCT . . C . . . T T . . T C TT . ATC AAAATG T AGG . . . C . T . . C CA . ACGAT G T TTTA . CAAC . . T T A G . CTTAA . G . . C . .
blockSeqs : . . . . . A . . . AT . TTTTAAC . . . . TT . . . C . TTAGAAAGGTAATGTGCCCACGGGTTGTCAGAGT . . A . . . A . . GTAC . . . TTA . . . . . . . C . . T . . . . . . . . . . T . A . . . AA . G AT . . . . . . . . TC . A . . T G . . . G . C . . . . . . . . . . . . CT . ATC . A . . . . G . . . . . . . C . T TATA . GCA . . C T G A . . . A . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . TTAAAA . . . . TT . . . C . TGAGAAAAGTAGGGAGAGTCCA . . A . . . A . . GTA . . . TTA . . . . . . . C . . A . . . . . . . . . . T . A . . . A . G . . . . . . . . . CA . A . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . CT . TTC . T . . . . T . . . . . . . . . T TATA . AC . . T T G A . . . A . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . AA . . . . TT . . . C . ATGTTGCTCAGTGAATGG . . A . . . T . . G . . . TA . . . . . . . C . . C . . . . . . . . . . T . A . . . T . G . . . . . . . . . CA . T . . G . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TT . TTG . T . . . . G . . . . . . . . . A TTTA . AC . . T T G A . . . T . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . AC . . . . TA . . . C . TTCAGAAAAGTACA . . A . . . T . . A . . . AA . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . . T . A . . . A . A . . . . . . . . . CA . A . . G . . . . G . . . . . . . . . . . . . . TT . TTG . G . . . . C . . . . . . . . . A TTTG . AC . . T T G A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . AC . . . . TT . . . C . TCAGAAAAGTACA . . A . . . A . . G . . . TA . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . . G . A . . . A . A . . . . . . . . . CA . T . . G . . . . G . . . . . . . . . . . . . . TT . TTG . G . . . . G . . . . . . . . . T TTCA . AC . . T . G A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . AC . . . . TT . . . C . TCGAAAAGTTTA . . A . . . T . . A . . . TA . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . . T . A . . . A . A . . . . . . . . . CA . T . . A . . . . G . . . . . . . . . . . . . . TA . TTG . G . . . . G . . . . . . . . . T TTTA . AC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . AC . . . . AT . . . C . TCGGAGAATCCA . . A . . . A . . G . . . TA . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . T . A . . . T . G . . . . . . . . . CA . A . . C . . . . G . . . . . . . . . . . . . . TT . TTG . A . . . . C . . . . . . . . . G TAA . AC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . AC . . . . AT . . . . . . . G . . . G . . G . . . TA . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . . A . A . . . A . A . . . . . . . . . TA . G . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . TT . TTG . T . . . . C . . . . . . . . . T . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . AC . . . . TT . . . . . . . . . . . G . . . TA . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . A . . . T . G . . . . . . . . . TG . T . . C . . . . G . . . . . . . . . . . . . . GG . TTG . A . . . . C . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . AA . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . A . . . A . T . . . . . . . . . TG . A . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . TT . TAA . A . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . AA . . . A . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . C . . . A . T . . . . . . . . . TA . T . . G . . . . G . . . . . . . . . . . . . . GT . G . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . G . . . . . . . . . TA . A . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . C . T . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . G . AA . . . . . . . . . . . . A . A . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . G . A . . G . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : G****** TT************* ** C************* A* *** G****** TA***************** ** T************** **** ** ** G** CA** *** **** TTG C** AC**** **
originalCons : CGGGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ACGCGG--GTTCGGTGGA-GT-TGGAACGCGGG------TTCG-G-----TTCTT-T-----AC-------C----ATT-GATTTC-ACTGTGCGGGTAAAT-A------TT-------TCA--GGAGATATTTCCCC-TAAATAT-TG---C----------AAA-TA-------TCA-----------G-A--------------------------AA--------------------------AGT-------N---------CA--------------T-TC-TA-T----CTACT---TAT-------ATT-AT-G-TAATGATA---GTA-AAA-TAAG-C----TA-------T---A-------GGAGTCGG-GAACA--TT---CGTGGAC-A-GTGAG-G-GCACCAT--CCTCTCCAGTCG-CATATT------------T--AC----A-CAAAT-TTCTCCTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTCTTGTA----CCTATC--TA---TAA-TTT--T-G--AC-A-G-G--GACT--------TTTA-T-ATATG--GA--AA--T-GA-TA--TTC-G-A-CC-A--CT-T-AGA--ACA---CT---TTCTGA--GT-G-----C-TTTA---A-T-TGG----G----A-----AT-A-A-A----CA-GG-T-TATTT----TTTGAT------GNTAAA---TTCAT-TG-----TTGGT-GCGC--GG-GTTCGG-TTCATG---GTTGG--TA-TGAG--GGTTCG--A-----CG-CCGTTTTACA-T-----T-A--G-AGCAATAA--A-C-CCCAATTTT--GAAAGGTTTATGTGTTTGTTTC-TTTGTCATTTGCCTCATATCTTCA--TTTCC--------CTTG--TAA-NTGAC-CATA-TAGCAGGTA-T-GACTGCATCATCACTTAACA
finalCons : CGGGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ACGCGG--GTTCGGTGGA-GT-TGGAACGCGGG------TTCGG------TTCTT-T-----AC-------C----ATT-GATTTC-ACTGTGCGGGTAAAT-ATT-------------TCA--GGAGATATTTCCCC-TAAATAT-TGC-------------AAA-TA-------TCA-----------G-A--------------------------AA--------------------------AGT-------N---------CA--------------T-TC-TA-T----CTACT---TAT-------ATT-AT-G-TAATGATAG------AAA-TAAG-C----TATA-----------------GGAGTCGG-GAACA--TT---CGTGGAC-A-GTGAG-G-GCACCAT--CCTCTCCAGTCG-CATATTT--------------AC----A-CAAAT-TTCTCCTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTCTTGTA----CCTATC--TA---TAA-TTT--T-G--AC-A-G-GG--ACT--------TTTA-T-ATATG--GA--AA--T-GA-TA--TTCA--A-CC-A--CT-T-AGA--ACA---CT---TTCTGA--GT-G-----C-TTTA---A-T-TGG----G----A-----AT-A-A-A----CA-GG-T-TATTT----TTTGAT------GNTAAA---TTCAT-TG-----TTGGT-GCGC--GG-GTTCGG-TTCATG---GTTGG--TA-TGAG--GGTTCG--A-----CG-CCGTTTTACA-T-----T-A--G-AGCAATAAAC----CCCAATTTT--GAAAGGTTTATGTGTTTGTTTC-TTTGTCATTTGCCTCATATCTTCA--TTTCC--------CTTG--TAA-NTGAC-CATA-TAGCAGGTA-T-GACTGCATCATCACTTAACA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGGTCAATAAGCACTTCCGTTTGCAAATTGTTGGGGATGGGGTGGAAGCCTTATTGTAAAATAAAAAGATCCTAAAAGCATTAAATCTCCTCTCTGTAATAATATGCGCTAATTTTCACCGAACATCTTTACAGCCCTCTACCGGAAAAGTGAAGGAGACTAGTTATTCTACTTCAATCATGAAAGAACAAAAAACTGAAGGAAATTGTACGCTTTCCATACCACCGTCTGTCTCTTTTAAGTCTTTCTAACCGT
Unaligned ( gi|21 ): TGAGGACCTATTCTAACCCGGGTCTCCACTACGTGGTTGTTGCATCGGTAAGATACATTATATACAGCGCCATGACCAATTTACGCAATGGCGACGTTCTTGTTGCGCGCTTCGATCAGGCTCTACTTATATATCATGTTGGCCAAAACATTTTTATAGAGTTGAATTCACACCGGAAGTGACGTTAATGTTAGGTTTTTGTCGTCTGCACTCTTAAA
Unaligned ( gi|24 ): GGTAAGAGTGTGCGCTAATCTTTATAGTCCTCTACCAGAAAACTGAAACAGAGTGTTTAGTTACTCCACTTCAAAAATGAGAGAACAATCACTGAAGGGAACTGGTCACCTTCCCTACCGAAACTGGTCACCTTCCCTACCAATGTCCGTCTCTTTTTAATCTTTCTATCCGTCG
Unaligned ( gi|25 ): TTCTGTTGTAAAGTTACACTGCATATATAGTGCTATCGCCTGCATCATCACCTTCACACTTACCATATCGTAATAGACTTTATTGTACTTATGCTTATTACATATTGTCTGTAGATTCATGTTATATCATCTAAATAGTCTAGATTGGCAACAGTGGATGTTGTGTCTATATGA
Unaligned ( gi|28 ): CGCAACAGCGACGTTCCTGTTGCTCGCTTCGATCAGGCAATGGGCGATAACTCTAATGTACATGTATCATCTTAGCCAAAAACATTTTTAATAGAGTTGCCTTCACATCGGAAGTGACATGTCGTCTGCACTCTGAAA
Unaligned ( gi|36 ): TTAAGTATATTGTATAAGCATTCAGATTCGTGACAGCACGTTAGCAGAGTTGTACGCATGTGAATCGACCTGTGAATTGTCAATGAACGCCTCCATTTT
Unaligned ( gi|44 ): TTAACAAACACTTCAATCTTCATTTTTTGGGGGGAGGAGGGGGGGGTA
Alignments
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Reference ( family-421 ) : CGGGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ACGCGG--GTTCGGTGGA-GT-TGGAACGCGGG------TTCG-G-----TTCTT-T-----AC-------C----ATT-GATTTC-ACTGTGCGGGTAAAT-A------TT-------TCA--GGAGATATTTCCCC-TAAATAT-TG---C----------AAA-TA-------TCA-----------G-A--------------------------AA--------------------------AGT-------N---------CA--------------T-TC-TA-T----CTACT---TAT-------ATT-AT-G-TAATG---ATA---G---A-AATAAG-C----TA-------T---A-------GGAGTCGG-GAACA--TT---CGTGGAC-A-GTGAG-G-GCACCAT--CCTCTCCAGTCG-CATATT------------T--AC----A-CAAAT-TTCTCCTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTCTTGTA----CCTATC--TA---TAA-TTT--T-G--AC-A-G-G--GACT--------TTTA-T-ATATG--GA--AA--T-GA-TA--TTC-AA-CC-A--CT-T-AGA--ACA---CT---TTCTG--AGT-G-----C-TTTA---A-T-TGG----G----A-----AT-A-A-A----CA-GG-TTATTT----TTTGAT------GNTAAA---TTCAT-TG-----TTGGT-GCGC--GG-GTTCGG-TTCATG---GTTGG--TA-TGA--GGGTTCG--A-C-----GCCGTTTTACA-T-----T-A--G-AGCAATAAA-C-CCCAATTTT--GAAAGGTTTATGTGTTTGTTTC-TTTGTCATTTGCCTCATATCTTCA--TTTCC--------CTTG--TAA-NTGAC-CATA-TAGCAGGTA-T-GACTGCATCATCACTTAACA
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gi|10 : acgT---CGTGGAC-A-GTGAG-G-GCACCATGTTCTCCCCTGTCG-CATATT------------C--AC----A-TACAT-TTCTCTTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTTTTGTA----CCTGTC--TA---TAC-TTC--T-G--AC-A-G-G--GACT--------TTTA-T-GTATG--GA--AA--T-GA-TA--TCT-GA-CC-A--CT-T-AGA--ACT---CT---TTCTG--AGT-G-----C-TTTA---A-T-TGT----G----A-----AT-A-A-A----CA-GG-TTATTT----T--GAT------GATAAA---TTCAA-TG-----TTGGT-ACGC--GG-GTTCGG-TTCATG---GTTGG--TA-TGA--GGGTTCG--A-C-----GCCGTTTTACA-T-----TTA--G-AGCAATAAA-C-CCCAATTCT--GAAAGGTTTATGTGTTTGTTTC-TTTGCCATTT------------------TCC--------GTTG--TAA-GTGGC-CATA-TAACAGGCA-T-GCCTGCATCATCACTTAACAaattctgccaccatcacttaaacactcaagattttttttacgtcgttaattaattattattgttctaaaaagcattcaagtcgatccgtgaacagcaatctagttgtttgcccatgtgctttgatctgtgcttgatcataacacgttccgtttatcattcatgcaaatattggagggttgaaagagggggagggaggatgaggtggaagcctatagtttaaaaataatccttaaagcactatacgtccctttcatc
gi|11 : GT-C-CAAT-ACAA-CAT-ACGCGG--ATTCGGTGGG-GT-TGGAACGAGGG------TTCG-------TTTTT-T-----AA-------C----ATT-GATTCC-ACTATGTGGGTAAAT-A------TT-------TTA--GGAGATATTTTCCC-TAAATAT-TG---C----------AA--TA-------TTA-----------G-AAAAGGTAATGTGCTCACGTTTTGGAGAG--------------------------AGT-------C---------TA--------------T-TC-TA-T----CTACC---TAT-------ATT-AT-G-TAATA---ATA---G---A-AATAAT-A----TT-------T---A-------GGAGTTGG-GAACA--TT---CATAGAC-A-ATGAG-G-GTACTAT--CCTCTCCAGTCG-CATTTT------------T--GC----A-CAAAT-GTCTACTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTGTTGTA----CCTGTC--TA---TAA-TTT--T-G--AA-T-G-G--GACT--------TTTA-T-TTATG--GA--AA--T-TA-TA--TT--AA-CC-A--CT-T-GGG--ACA---CT---TTCTG--AGT-A-----C-TTTA---A-T-TGA----G----A-----AG-A-A-A----CA-GG-TGA--T----TTCGAT------GTTAAA---TTCAT-TG-----TTGGT-GCtacataatactttttacataatatattgtctgagatttatgaacagcaaatagcagtgcatgtcgtgcccatgtgaattgatcggtgtattg
gi|12 : GGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ATGCGG--GTTCGGTGGA-GT-TGGAACGCGGG------TTCT-T-----TTTTT-TTTTTAAC-------C----ATG-GATTTT-ACTGTGTCGGTAAAT-A------TT-------TCA--CGGTATATTTTTCCATAAACAT-TG---C----------AAA-TA-------TGA-----------G-A--------------------------AA--------------------------AGT-------AGGGAGAGTCCA--------------T-TA-TA-T----TTACT---AAT-------ATT-AT-G-TAATG---GTA---C---A-AATAAG-C----TA-------TTATA-------GGAGTCCG-GAAC-------------------TGAA-G-GCACCAT--CCTTTCCAGTCG-CATATT------------A--GC----A-CAAAT-TTCTCCTC-CA-T--ATT-GAAT-G-TTCTTGTA----CCTATC------------------G--AT-A-G-G--GGCT--------ATTG-T-ATATG--GA--AA--T-TA-TA--TTT-CA-CC-T--CT-T-ATA--ACA---CT---TTCTG--AGT-T-----T-CTTA---T-C-TGG----G----A-----AT-A-A-A----CA-GG-TTATTT----TC--AT------GATAAA---TTCAT-TG-----atgca
gi|13 : T-ACGCGG--GTTCGGTGGA-GT-TGGTACGTGGG------TTCG-G-----TTATT-T-----AC-------C----TTT-GATTTC-ACGGTGCGGGTAAAT-A------TT-------TCA--AGATGTATTTCCTC-TAAATCT-TG---C----------AAA-TA-------TCA-----------G-A--------------------------AAAGTAATGTGCTCACGGGTTGTCGGGGAGT-------C---------CA--------------T-TC-TA-T----CTACT---TAT-------ATT-AT-G-TAATG---ATA---A---A-CGTAAG-C----TA-------A---A-------GGAGTCGG-GAACA--TT---CGTGGAC-A-GTGAG-G-GCACCAT--CCTCTCCGGTCG-CATATT------------C--AC----A-CAAAT-TTCTCCTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTCTTGTA----CCTGTC--TA---TAA-TTT--T-G--AC-A-G-G--GACT--------TTTA-T-ATCTG------------------------A-CC-A--CT-T-AGA--ACA---CT---TTATG--AGT-G-----C-TTTG---A-T-TGG----G----A-----AT-A-A-
gi|14 : AAT-TTCCTCCC-TAGT--ATT-GACTCG-TTCTTGTAATAGTTTA-C--TA----AA-TGT--T-GG-AC-TTG-G--AACTAT------TTTA-T-GTACGAGGA--AAGAT-GAATA--TTC-AA-CC-T--TT-T-AGACGACA----T---TTCTGAAAGT-G-----T-TTTACCTG-T-TGG----A----A-----AT-ATA-A----CA-AGCCTACTT----TATCATAAAATGGTTAAAAGGTCAAT-TG-----TCGAT-GC-----G-GTTCAG-GGC--G---GTTGG--TACTGAACAGGTTCGA-A-CGATCGGCCGTTTTACA-TA----T-A--G-AGCAAT-AA-C-AACTATTTT--GAAAGGCTT-TGT
gi|15 : atatAAT-TTCCTCCC-TAGT--ATT-GACTCG-TTCTTGTAATAGTTTA-C--TA----AA-TGT--T-GG-AC-TTG-G--AACTAT------TTTA-T-GTACGAGGA--AAGAT-GAATA--TTC-AA-CC-T--TT-T-AGACGACA----T---TTCTGAAAGT-G-----T-TTTACCTG-T-TGG----A----A-----AT-ATA-A----CA-AGCCTACTT----TATCATAAAATGGTTAAAAGGTCAAT-TG-----TCGAT-GC-----G-GTTCAG-GGC--G---GTTGG--TACTGAACAGGTTCGA-A-CGATCGGCCGTTTTACA-TA----T-A--G-AGCAAT-AA-C-AACTATTTT--GAAAGGCTT-TGT
gi|17 : atat-C----TA-----------A-------GGAGTCGG-GAACA--TT---CGTGGACTA-GTGAG-G-GCACCAT--CCTCTCCAGT-G-CATATT------------T--AC----A-CAAAA-TTCTCCT-------------------------TA----CGTATC---A---TAA-ATTCCT-G--AC-A-G-GTGGGTA--------TTTA-C-ACATT---A--AA--T-GA-TA--TTTTAA-CC-A--CA-T-AGAG-ACA---CTG--TTCTG--AGT-G-----C-CTTA---AAT-TGA----G----A-----AT-A-A-A----AA-GG-TT---T----TTTCAT------GGTAAA---TTCCT-TG-----TTGGT-ATGC--GG-GTTTGGGTTCATG---GTTGG--TA-TGA--GGGTTCG--ACC-----GCCGTTTT
gi|18 : CTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTCATGAA----CCTATC--GA---TA------------------------CT--------TTTA-T-GCATG--GA--AA--T-GA-TA--TTC-AA-CC-G--CT-T-GAA--GCA---CT---TCCTG--AAT-A-----C-TTTA---A-T-TTG----G----AATGATAT-A-A-A----CA-GGCTTATTT----TC--AT------GGTAAA---TTCAC------------------------TTCGA-TTCATG---GTTGG--TA-TGA--GGCTTCG--A-T-----GCCATTATACATT-----T-A--A-CGCAATAA-----CTAATCTT--AAcc
gi|19 : -----------G-G--------------------------AG--------------------------AGT-------T---------CA--------------T-TC-TA-T----CTACT---TAT-------ATT-TT-G-TAATG---ATA---G---A-AATAAG-C----TACAATGTAT---A-------GGAGTCGG-GAACA--TT---CGTGGAC-A-GTGAG-G-G-----T--CCTC---AGTCG-CATTTT------------T--AC----A-CACAT-TTCTACTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTCTTGTA----CCTATC--TA---TAA-TTT--T-G--AC-T-G-G--AACT--------TTTA-T-ACATG--GA--AA--T-GA-TA--TTC-AA-CC-T--CT-T-ACA--ACA---CT---TTCTG--AGT-G-----C-TTTA---A-T-ttgctcgtatacaacagtacatttgttcgttttt
gi|2 : gttgttCGGGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ACACAG--GTTCGGTGGA-GT-TGGAACGAGGG------TTCG-T-----TTTTT-TTTAA-AA-------C----ATT-GATTCC-ACTGTGCAAGTAAAT-A------ATGCAAATATCA--GAAAGTAATGTGCT-CACGTGT-TG---------------------------TC------------G-A--------------------------AA--------------------------AGT-------T---------TA--------------C-TC-TA-T----CTACT---AAC-------ATT-TT-G-TAATG---ACA---A---A-AATAAG-C----TA-------T---A-------GGAGTCGA-GAATA--TA---TGTGGAC-G-ATGAA-G-GTACCAT--CCCCTCCAATCG-CTTATT------------T--AC----A-CAAAT-TTCTTCTC-CA-T--ATT-GAAA-G-TTCTTAGA----CCTATC--TA---TAA-GTT--T-G--AC-A-G-G--GACTTTTTATAATTTA-T-ACATG--GA--AA--T-GA-TA--CTC-AA-CC-A--CT-T-AGA--ACA---CT---TCCTG--AGT-A-----C-TTTA---A-T-TGG----A----A-----AT-A-A-A----CA-AG-TAA--T----TTTGAT------GGTAAG---TTAAT-TG-----TTGAT-GTGG--GG-GTTCGG-TTCATG---GTTGG--TA-TAA--GGGTTCG--A-C-----GCCTTTATACATT-----T-G--G-AGCAACGAA-C-CCCAA--TT--G-------TATG---TTG--TC-TTTA-CATTTGCCTCGTAATTTTGTTTTTCC--------CCTG--TAA--TGACGCCTA-TAGCAGGTA-TCGACTGC-TCATCACTTAgg
gi|20 : -----------G-A--------------------------GG--------------------------AGT-------T---------CA--------------TGTCATA-T----CTACT---TAT-------ATT--T-G-TAATG---ATA---G---A-AATAAGACAATGTA-------T---A-------GGAGTCGG--AACA--TT---CGTGGAC-A-GTGAG-G-A----GT--CCTC---AGTCG-CAT-TT------------T--AC----AACACAT-TTA--CTCATA-T--ATT-GAAT-G-TTCTTGTA----CCTATCTATA---TAA-TTT--TGG--AC-T-G-G--AACT--------TTTA-T-ACATG--G---AA--T--A-TACTTTC-AA-CC-T--CTGT-ACA--ACA---CTA--TTCTG--AGT-G-----CATTTA---A-T-caatacatgtatactcagccgacttatacgtattgtgtaagcattcagattcgttaacagtaagttagtagagtaacgtgtccttgtgaattgatctgggtattgtcaacaaacacctccattttcatcatatgggggaagggggggggggtagtaggagccatactgtaaaaaaaaaaagatcctcaaagtaaccactaagttttctcta
gi|22 : gttgCGTGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ACGCGG--GTTCGATGGA-AT--GGAACGCGGG------TTCG-G-----TTTTT-T-----AC-------CTTAAATTTGATTTC-ACTGTGCAAGTAAGT-ACATGTATT-------TCA--GGATATATTTTCCC-TAAATAT-TG---C----------AAA-TA-------TCA-----------GAA--------------------------AA--------------------------AGT-------A---------C
gi|22 : cac----CA-GG-TTATTT----TC--AT------GATAAA---TTCAT-TG-----TTtgtgctcacgagttttaggagagtccaatgaataattcttaacaatgaatttatcatgaaaataacctg
gi|23 : caccgtgttcaacgcaacatacgcgggttcgatggaatggaacgcgggttcggttttttaccttaaatttgatttcactgtgcaagtaagtacatgtatttcaggatatattttccctaaatattgcaaatatcagaaaaagtactgtgctcacgagttttaggagagtccaatgaataattcttGGAT-T-CAAC-ACAA-CAT-GTGCGG--TTTCGGTGAA-GT-TGGAACGAGAA------TTTG-GTTTTTTTTTT-T-----A--------C----ATT-GATTGC-TCTGCGCAGGTAAGT-A---------------TCG--GGAGATATTTCCTC-TAAATAC-TG---TA---------AAA-TA-------TCA-----------G-A--------------------------AA--------------------------AGT-------
gi|26 : ctGTTTATGTGTTTGTTTC-TTCGTCATTTACCTC--ATCTTCG--TTTTCTGTATGTACATGTATAA-GTGAC-CATA-TAA-AAGTA-T-GACTGCATatgtgatcacgggttgttggaaagtccattacattttataatattttgtaat
gi|27 : -AGCAATAAA-C-TCCAGTTTT--GAAAAGTTTGTGTGAAGGTT---------AATTGCCAGGTATCTTCC--TTTTT--------CTTG--TAA--------ATA-TAA-AGGTACT-GACTGCACCATCGGTGAACAaacacatttttaaaacatatcacaagacattctatgtgttaatgtcggagatttgtgaacagcaagttaattagta
gi|29 : -TG-------TCG-----------G-A--------------------------GA--------------------------A-T-------C---------CA--------------T-TC-TA-T----CTCCT---TATCAGCTTAAGC-AT-G-TAGTG---ATA---G---A-AATAAG-C----TA-------TT--A-------GGAGTCGG-GAACA--TT---CGTGGAC-A-tgtatcggactttttacgtaccaacattgtgcaataattcacattcgtgaacatc
gi|3 : aaataagtgttcacggatATG--GA--AA--T-GA-TA--TTT-AA-TC-A--CT-T------------------TCTG--AGT-A-----C-TTTA---A-T-TGG----A----G-----AT-A-A-A----CA-AG-ATATTT----T--GAT------GTTAAT---TTCAT-TG-----TTGGT-ACGT--GA-GTTCGG-TTCATG---TTGGG--TA-TGA--GGATTGA--A-C-----GCCGTTTTACA-T-----TCA--A-AACTAGGAA-C-CCCTATTTT--GAAAGCTTTATGAGTTTGTTTC-TTTGTTATTTGCCTCATATCTTCA--TTTTC--------CTTG--AGA-ATTAT-TGTA-TAGCAAGGA-T-ATCTGCATCATCACTTAACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacaaat
gi|30 : -------T---A-------GGAGACGA-AAACA--TT---CGTTAAC-A-GTGAG-G-ATACCAT--CCTCTTCAGTGG-CATATT------------T--AC----A-CAAAT-TTCTCCTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TCCTTGGA----CCTATC--AG---TAA-TTT--T-G--AC-A-G-G--GACT--------CGTA-TGATAT----A--TA--T-TA-TA--Ttcacagacttttcacgtgatgatattatctaagcattcaaattcttgaacagcaattaagcagatttgcatgtgccaatgtccattgtgcattgtcattaaacgcctccattttcatcatgcaaatatcggggaggtcggttcgttttggaagccttattgtaaaacagaaatgatcctaaaagtactaagtcaccttcccctttaataatatgcgctaatttttaccgaacatctttatagtctgaaggagactataagttattctacttcaaaaatgaaagaagaaaattgaagggaactatatatactaattccctaccaccgtctgtctctttttagtctttctatccgtt
gi|31 : C-------C----ATC-GATTTC-AATGTGCCGGTAAAT-A------TA-------TCA--GGAGATAGTTCCCC-TTAATAT-TG---C----------AAA-TA-------TTA-----------G-A--------------------------AA--------------------------GGTAATGTGCC---------CACGGGTTGTCAGAGTC-TC-TATT----CTATT---TATGTAC---ATT-TT-G-TAATG---ATA---G---A-AATAAg
gi|32 : TTA---A-T-TGG----G----A-----AA-A-ACA----CA-GG-TTATAT----TTTGAT------GATAAA---TTCAT-TG-----TTGGT-GCGG--GG-AATCGG-TTCATG---GTTGG--TA-TGA--GGGTTCG--A-C-----GCCGTTTTATATT-----T-A--G-AGCAATAAA---CCCAATTTT--GAAAAGTTTAa
gi|33 : CT--------CTTA-A-GTATG--GA--AA--TAGA-TA--TCT-GA-TCTA--CT-T-A----ACT---CT---TTCTG--AGT-GCTGCCC-TTCAC--A-T-TTGTCTTGCAACA-----AT-A-ATA----CA-GGTTTATTT----TTTGAT------
gi|34 : CGCGT-T-CAAC-GCAA-CAC-ACGCGG--GTTGGGTGGA-GT-TGGAACGCGGG------TTCG-G-----TTCTT-T-----AC-------C----ATT-GATTTC-ACTGTGCGGttggcagagagaggtccaatgtt
gi|35 : CGCGT-T-CAAC-GCAA-CAC-ACGCGG--GTTGGGTGGA-GT-TGGAACGCGGG------TTCG-G-----TTCTT-T-----AC-------C----ATT-GATTTC-ACTGTGCGGtttcggtacaagaagatagctttcttcca
gi|37 : CGCGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ATGTGG--GTTCGGTGGA-GT-TTGAACGCAGG------TTCG-G-----TTCTT-T-----AC-------C----ATT-GATTTC-ATTGTGCGGGTAAAT-A------TT-------TCA--Gtttcggtacaagaagatagctttcttcc
gi|38 : cacCGCGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ATG-GG--GTTCGGTG-A-GT-TTGAACGCAGG------TTCG-G-----TTCTTCT-----AC-------C----ATT-GATTTC-ATTGTGCGGGGTAAT-A------TT-------TCA--GG
gi|39 : -AGA--ACT---CT---TTCTG--AGT-A-----T-TTTA---A-T-TGT----G----A-----AA-A-A-AAAACCA-GG-TTA--T----TTTGA------------------------------------CGC--GG-GGTCGG-TTCATG---GTTGG--TA-TGA--GGG
gi|4 : TA---A-T-TGG----G----A-----AT-A-A-A----CA-AG-TTGTTT----TC--AC------GATAAA---TTCAA-TG-----TTGAA-GCAG--GA-GTTCAG-TTCA--------------------GGGTTCG--A-C-----ACCATTGTACA-TGTACAT-ACTG-AACAATAAA-C-CCCAGTTTT--GAAAGGTTTATGTGTTTGTTTC-TTTGTCTTTTGCCTCATATCTTCA--TTTTCCTTAA---CTTA--TAG-ATAAC-CATA-AAATAGGTA-T-GACTGCATCATCAGTTAACA
gi|40 : ataGGT-TGCAACCGCAAACAT-AC-CGTCCGTTTGGTGGA-GT-GAGTACGAGGT------TTCG-AT----TTCTT-T-----AA-------C----ATT-GATTCC-tatatacatgtataagatattttacttgctaatattgtataagcattcggatttgtgaacaggaagtaactagggtcgtacccttttgaattgatcagtgtatttgtcaataagcacttacgttttcatcatgcaattatttgggagtggagtggaagctatatcgtaaaaaacacaaccacttcgaggaatcctaaaaggtacactaagtctcctctctgtaatgatatgcgccgatttgcaccgaacattctcatagtcttcatccggaaaactgaaggagacagttagttaaaaccgaagggagctgtacgctttccatacctccgtctgccaattgttagtctttctatccgtcattccattcagt
gi|41 : ccGGT-TGCAACCGCAAACAT-AC-CGTCCGTTTGGTGGA-GT-GAGTACGAGGT------TTCG-AT----TTCTT-T-----AA-------C----ATT-GATTCC-
gi|42 : ccAGTCCG-GAAAG--TT---CCCAGAT-A-GTGAG-T-GTACCAT--CCTCTCTTATCG-CATATT------------CCAAC----A-C
gi|43 : ---A-T-TGG----G----A-----AT-A-A-A----CA-GG-TTA--T----TTTGAT------AATAAA---TTCAT-TGTTGCCTTGGT-GCGG--GG-
gi|45 : cA-TA--TCT-GA-CC-A--CT-T-GGA--ACT---CT---TTCTG--AGT-A-----C-TTTA---A-T-TGT----G----A-----AT-
gi|46 : tT-T-AAAT-ATAA-AAT-ACGCGG--GTTCGGTGGA-GT-TGAAACGCGGA------CTCG-
gi|47 : -CC-A--CT-T-AAA--ACA---CT---TTCTG--AGT-G-----C-TTTG---G-T-TGG----G----A-----A
gi|48 : gATAAG-C----TA-------T---A-------GGAGTCGG-GAACAATTT---CGTGGAC-A-GT
gi|49 : TACA---TTCAT-TG-----TTGGT-GCGC--GG-GTTCGG-TTCATG---
gi|5 : GT-T-CAAC-GCAA-CATTACGCGG--GTTCGATGGA-AT-TT--ATGCGGC------GTCG-G-----TTCTT-T-----AC-------C----ATT-GATTTC-ACTGTGCGGGTAAAT-A------AT-------TCA--GGAGATATTTCCCC-TGAAAATGTG---C----------AAA-TAT------TCA-----------G-A--------------------------AA--------------------------AGT-------A---------CA--------------T-TC-T--T----CTACT---TAT-------ATTAATAG-TAATG---ATACATGTATA-AGTAAG-C----TAT------T---A-------GGAGTCGT---ACA--TT---TGTGGAC-A-GTGAG-G-GAAC--T--CCTCTCCAGTCGCCATATT------------T--AC----A-CAAGT-ATTTCCTC-T--T--ATT-GAAT-GTTTCTTGTA----CCTATC--TA---TAATTTT--T-G--AC-A-GTG--TGCG--------TTTA-T-ATATA--GA--AA----GA-TAT-TTT-AA-CC-A--CG-T-ATA--ACA---CT---TTCTG--AGTGG-----C-TTTA---A-T-TGGC---G----A-----ATAA-A-A----CAGGG-TTAGGT----TTTGAT------GTGACA---TTCA--TG-----TTGGT-GAGC--GG-GTTCAGTTTCATG---GTTGGTTTA-TGA----GTTCGAAA-C-----GCTGTT---------------------CAATAAA---CCCAATTTT--GAAAGGTTTATGTG-TTGTTTCTTTTGTCATTT-CCTCATATCTTTA--TTTCC--------CTTG--TAACTTGAC-CATATTAGCAAGTA-T-GACTGCATCATCACTTAA
gi|6 : CAGGT-T-CAAC-GCAA-CAT-ACGCGG--GTTCGATGGA-AT-TGGTATGCGGG------TTCG-G-----TTCTT-T-----AC-------C----ATT-GATTTC-ACTGTGCGGGTAAAT-A------AT-------TCA--GGAGATATTTCCCC-TGAAAAT-TG---C----------AAA-TA-------TCA-----------G-A--------------------------AA--------------------------AGT-------A---------CA--------------T-TC-TA-T----CTACT---TAT-------ATT-AT-G-TAATG---ATACATGTATA-AGTAAG-C----TA-------T---A-------GGAGTCGG-TAACA--TT---TGTGGAC-A-GTGAG-G-G-AACAT--CCTCTCCAGTCG-CATATT------------T--AC----A-CAAGT-ATTTCCTC-TA-T--ATT-GAAT-G-TTCTTGTA----CCTATC--TA---TAA-TTT--T-G--AC-A-G-G--TGCG--------TTTA-T-ATATA--GA--AA--T-GA-TA--TTT-AA-CC-A--CT-T-ATA--ACA---CT---TTCTG--AGT-G-----C-TTTA---A-T-TGG----G----A-----AT-A-A-A----CA-GG-TTATTTTAAATTTGAT------GTTACA---TTCAT-TG-----TTGGT-GAGC--GG-GTTCAG-TTCATG---GTTGG--TA-TGA--GGGTTCG--A-C-----GCTGTT---------------------CAATAAA-C-CCCAATTTT--GAAAGGTTTATGTGTTTGTTTC-TTTGTCATTTGCCTCATATCTTTA--TTTCC--------CTTG--TAA-TTGAC-CATA-TAGCAAGTA-T-GACTGCATCATCACTTAACAat
gi|7 : GGGTAT-CAAT-CCAA-CAG-ATGCGGA-GTTTG-TGGA-AT-TAATAGATAGG------TCTG-T-----TTTTT-T-----AA-------C----ATT-GATTTCCAATGTGCGGGTACACCA------TT-------TCT-------TATT--CCC-TGA-TAT-TAGGAT----------AAAGTAATGTTGCTCA-----------G-T--------------------------GA--------------------------A-T-------G----------G--------------T-TT-TG-TGGGATTAGT---CAT-------AGT-GC-G-CAATG---GTG---T---ATAATTAG-A----TA-------T---G-------GGAGTTCG-GAATA--CTATACATGGGCCG-GCTAGCA-GTACCAT--CTTCTCTAGTCA-CATATT------------T--ACAATAA-TAAA---TCTCATG-TA-T--CT---AAT-G-TTCTTGGA----ACTA----TAGGTTGC-TTC--TAG--ACAA-G-G--GATC--------GTAA-T-ATATG--GGCTAT--C-GA-TA--GTC-AATCC-AGCTT-T-AGA--ACAACTTT---TTTTA--AAT-------T-TTTA---A-TGTGG----G----A-----AT-T-A-A----TG-GG-TTAGTT----ATAAAT------GATAAA---TTCATGTG-----TTGATAGCGA--GG-TTTCGG-TTCATGCTAGTT----TT-TGA--AGGTTC---A-C-----GCCATTTTACA-T-----A-A--GAAGCAATAAG-CACCCATTCTT--AGAAGGTTTGTGTGTTTGCTTC---------TTGTCTCATATGTTCA--TTTTA--------CTT
gi|8 : TTCGGTGGACGTCTGGAACGCAAGCGCTAATGCG-G-----TTTTT-T-----ATTTTTAAAC----AGT-GATTCC-ACtt
gi|9 : tgaggacctatgttttctaactcgaaggtctgcgccacatttgtgtagataattgtggcttgccatcaagagtaaagggtttaccatatgagtccaacatttacgcaaacatgagtgcgaacattctgtgaattgcgcgcgtgtctgaattcccgtggtgcaatgtcactttaatggttactctcgtatgaaccaaaacattttactagagtctgctaatatgattcatttcacatcgggacgtcagtagccttgaacgtttaagatgtaataggtgttcccatgtttgtaccctgcaactattcgttacaaacgagcctgggaacggagttgtgcacgctaactacctcttacacagcagttTTCGGTGGACGTCTGGAACGCAAGCGCTAATGCG-G-----TTTTT-T-----ATTTTTAAAC----AGT-GATTCC-ACgatgaaagaatagagatgccacatatc
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGGTCAATAAGCACTTCCGTTTGCAAATTGTTGGGGATGGGGTGGAAGCCTTATTGTAAAATAAAAAGATCCTAAAAGCATTAAATCTCCTCTCTGTAATAATATGCGCTAATTTTCACCGAACATCTTTACAGCCCTCTACCGGAAAAGTGAAGGAGACTAGTTATTCTACTTCAATCATGAAAGAACAAAAAACTGAAGGAAATTGTACGCTTTCCATACCACCGTCTGTCTCTTTTAAGTCTTTCTAACCGT
Unaligned ( gi|21 ): TGAGGACCTATTCTAACCCGGGTCTCCACTACGTGGTTGTTGCATCGGTAAGATACATTATATACAGCGCCATGACCAATTTACGCAATGGCGACGTTCTTGTTGCGCGCTTCGATCAGGCTCTACTTATATATCATGTTGGCCAAAACATTTTTATAGAGTTGAATTCACACCGGAAGTGACGTTAATGTTAGGTTTTTGTCGTCTGCACTCTTAAA
Unaligned ( gi|24 ): GGTAAGAGTGTGCGCTAATCTTTATAGTCCTCTACCAGAAAACTGAAACAGAGTGTTTAGTTACTCCACTTCAAAAATGAGAGAACAATCACTGAAGGGAACTGGTCACCTTCCCTACCGAAACTGGTCACCTTCCCTACCAATGTCCGTCTCTTTTTAATCTTTCTATCCGTCG
Unaligned ( gi|25 ): TTCTGTTGTAAAGTTACACTGCATATATAGTGCTATCGCCTGCATCATCACCTTCACACTTACCATATCGTAATAGACTTTATTGTACTTATGCTTATTACATATTGTCTGTAGATTCATGTTATATCATCTAAATAGTCTAGATTGGCAACAGTGGATGTTGTGTCTATATGA
Unaligned ( gi|28 ): CGCAACAGCGACGTTCCTGTTGCTCGCTTCGATCAGGCAATGGGCGATAACTCTAATGTACATGTATCATCTTAGCCAAAAACATTTTTAATAGAGTTGCCTTCACATCGGAAGTGACATGTCGTCTGCACTCTGAAA
Unaligned ( gi|36 ): TTAAGTATATTGTATAAGCATTCAGATTCGTGACAGCACGTTAGCAGAGTTGTACGCATGTGAATCGACCTGTGAATTGTCAATGAACGCCTCCATTTT
Unaligned ( gi|44 ): TTAACAAACACTTCAATCTTCATTTTTTGGGGGGAGGAGGGGGGGGTA