lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 1111 111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 555555555555555555555555 22 11 1111 2222 333333 222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 22222 11111 2222222 2 11 1 333333333 11 22222222222222222222222222222222222 1 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 11 2222 666666 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55555 222222222222222222222222 00 22 9999 99 3333 3 222222 1 333333 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 777 11111 00000 9 8 5555555 1 33 6 7 0 2 6 666666666 99 0 33 0 00000000000000000000000000000000000 3 1 9999 0 3 6 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : .. .... ...... ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ..... ........................ .. .. .... .. .... . ...... . ...... ......................................................................... . ... ..... ..... . . ....... . .. . . . . . ......... .. . .. . ................................... . . .... . . . . ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
lowQualScore : 00 1111 444444 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00000 000000000000000000000000 88 22 8888 44 8888 6 666666 8 000000 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 888 88888 22222 6 8 8888888 2 88 5 0 2 5 0 555555555 88 8 88 2 11111111111111111111111111111111111 2 0 3333 7 8 5 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
consensus : NACGCGGGCATG----TTAA------GGCAGGTCATA-TCCCTCTA--T--ATGCAC--GTT---AATTCCNCAATCATTNAAATNCG-TCCTAT-T-A-AGACAG---GGAACTNC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GGTGT--TT-ACATGAGAT-TATT---TTGTATCATA-CA--------GTCAACGTGACAAGTATGCGCT-T-CCGTA-T--GACGTCATTACATNANTGTTATAAAT-AGATCACGAATG----T-NCCTNAA-TAGAAA-ATGAA----AA---A-A---AN-CACA--C--TACCCCAAGA--TTTAAA--CATCGATCTAAC-----TGGCGATNANNACG--NTA-AAGT-CA---CCCGAAGTTTATCA-GAAGT---GC-AGCTAGAAT-CCNACCGCTTTCA-GTAAGAAATGATTA------TTAA--ANAA-----TCT----AA-TCACG-ANTNCGTCGA-NT--C-GC---------GCACAT--TGTACACTGATCTTCTATAATTTTCTTTAAAAGTT-TTC-AT-AACAGACGATTCTAGC-NGTA--ATTGTTGT--GTACGTTAGGTTATGACNTTTCNAACNGG-TGCGNAAAAAGG--CTCAA-A-ACGTG-GTG-----TGT----TA--C----T-TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTACGACAGAGGAAAATCGGAT------------CGAT----ATAC-AA-T-----------TTTTCTNNATTGAACGAAATTGTCAATG-AATGA--AGN-AAC-AACCTTCATAATATCGAT--AAAGTCTCAGTGCT--G-G--T--TTGGTATA-ATATTCCGT-GGCATATACG-CATATCAAAT--A-C-TC--CAT-ATTTTCTCGAT-A-TTTACAATCACACATTGAA-CAGATTC--T-------T--CATGT------GTCATCGTT-C-ATGTATAG-TTA-------TGACGTCAT-CAGTTTA-CTTTCA-TGTCGATTCAGA-ACAAATTACANNACAG---CAGTANAACATTTCGTT--ATTTCTTTTGATCTT-ATAG-CTG-CATACT-T--ATTAAACTTAACATGAAATAAAATTCANAATTNTATATANACACNTATTGATATANCGGTATTTTTTGTTAGCTTATTTTTTCAGTTACGACGTCACATTGTTTCGNGG-----ATCCCAGCAAAGATTTTCATGACCTGTCTTAATTAATGTA-CCGT--ATGCGCCAACATAAAAT
Reference ( gi|1 ) : GACGCGGGTATG----TTAA------GACAGGTCATACTCTCTCTA--T--ATGCAC--GTT---ATTTCCTTGATAATTTAAATATG-TCCTGT-TAAGAAACAG---GGAACTTC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GGCGA--CT-GCGTGAGAT-TCTT---TTGTATCATATCAA----GATATCAACATAAAAAGTATGTGCT-T-CCGTA-T--GACGCCATTGCATGGGTCTTATGAAT-AGATCAGGAATG----T-TCCTGTA-TAGAAA-ATGAA----AA---A-A---AC-CAGA--C--TACCCTGAGA--TTCAGA--CATTGATCTAAC-----TAGCGATTATTACA--GTA-AAG--CA---CCCATAGTTTATCA-AAAGT---AC-AGCTAGAAT-TCGACAGCTTT-A-GCAAGAAATAATTA------TTAA--AGAA-----TTT----AACTCATA-ACTCTCTCGA-GT--T-GT---------GCACAT-GTGTACAGTGGTCTTTCATAATTTTCTTTAAATGTG-TTT-AT-AACGGACGATTGTAGC-AGTA--ATTGGTGT--GTACGTTTGGTTATGACCTCT-AAACCGT-TGTGGAAAAAGG--CTCAA-------G-GTG-----TAT----CA--C----T-TTTGCAGTTTTATT--TTAGTGTACGAAAGAGGTAAATCGGAT------------TGAC----ATGC----------------TTTTCTAAATAAAATGAAATTGTCAATG-AATAA--AAGCAACTAACTTTCATCATATCGAT--AAAATATTTGTTCT--ACGCATATTTGGTGTATATATTCCAT-AGCATATATA-TATATCAAAT--A-C-TC--CAC-ATTTTGTTGAT-A-TTTAC---------TTGA--CAGAGTC--A-------C--CGAAT------GCCATCGTCACGATGTGTAG-CTACATTGTTTGACGTCAT-CAGTTTA-TTTTCA-TGTTGA-ACAGA-ATAAATTACAAGACAG---CAGCATAGCATTTCGA---ATTTCTTTTGATCTTCGTAG-CTG-AATAGTATGGATTAAGATTAA-ATGAAATTAAATTCGGAATTA-----AAACACATACT----TAGCCAT-T---------GCTTA---TTTCAATTGTGACGTCACA-CGTTTCGCGGACTTAATCCCACTAGAAAATTTCATGAATTGC----GTTAACGTACCCGTGGATACGTGAA-AGAAAATA
gi|12 : ATGCGGGTATGCATGTAAA------GACAAGTT----TTGCTCCA--TTGATGCAC--GCT---A--------ATAACTCAATTATG-A---AT-TTAGAGACAC---GTAACTTC-TAACTTTGAAGAA-----AAAAAT-----T-GGCGT--TT-ACATGAAAT-TATG---TTGTATCATA-----------A-CAACGTGACAAGTATTTGCT-T-CAGTA-T--GACATCATTACACAAGTGTTATGAAT-AGATAACAAATG----G-TCCTTAA-TAAAAA-A
gi|18 : ACCCGGGTATG----TTAAAACTAAGGCAGGTCATATTCTATTTATGT--ATGGAA--ATT---A---CCTAAGT--TTTAGATTCGATCATA---AACAAA-AGGACGGAGCTAC-TAACGT-----ACT----AAAAATAGTCTC-CGTGT--TT-ACGCGAGAC-CATT---TTGTATCGGGTCAATTTTGATGTTAAa
gi|21 : ACGAGGGC--G----TTAA------GACTGTTCAAA----CTCCA--T--ATGCGCGTGTT---ACTTCCat
gi|24 : aaccgattgcctcagcatttatcagctctttatcagaCGCAGGGATG----TTAA------AACAAGTCATACTCCATTTA--C---T-CAC--GTT---ATTTCCacaggcaaccgataa
gi|9 : GGGTATT----TTAA------GGCAAGTCAT-----CGCTA--TTCAGGCTT--GTT---AATTGCACGGTCATTTAAATCCA-TACAGT------GGCAG---GGAATTGT-TATTTT-----AG-----AACA---------GGTGT--TT-ACATGAGAT-AATT---TTGCATCATAACAT----GG------CATA-----TATGTGCA-T-TCATA-A--GGCATCATTACATAAATGTTATAAAC-ATATTACAAATG----T--ACTGTAATAGAAA-TTGAA----AA---A-AAGTAA-CACA--C--TACCCCAGGA--TTTAAA--CAACGATCTA
gi|10 : atggGGGCGTG----TTAA------AGTAGGTTATACTCCATCGA--T----GAAC--GTTTAAAATTCCGCAATCAATAAAGTATG-TCCTAT-ACAGAGGCAA---GGAACTAG-CAATTTGA---AA-----AAAAATA-TTTT------------------ATATATT---TTGTATTATA--A----------CAACAT--GACGTATA-G------CGTA-T-----GCC---------GTCT--TCAAT-ATGTCACGAAGG----TATTTTG-A-TAGAAA-ATGAA----Aca
gi|20 : caaccgatagcccaaatatccatcagctctttatcagcatgagggtgaGGGCATG----TTAA------GGCAGGCCATAAT-TCATTG-----ATGCAA--GTT---TATTCCTCAATCATTAAAATTGG-TCGTAT-T---------------GCTTCGGAATTTA----AA-----AAAAATA------GGT----CTAACATGAGAT-TATT---TT-TATCATAACA
gi|19 : tatgcaaTG-TCCTACATAA-AGAGAG---AAAACTAC-TAATTT-----TAT----GAAACTA-TTTTAGGTGT--TT-ACATGAGAA-TATTGATTTGTATCATAACAA----CAT
gi|5 : cgcgggtaaggtcctataaatatttatgattccatttatgcacgttAACTTT-CAAC-------AA-----AAAAATA-ATTT-GG-GAGTTT-ATATCAAAT-TATT---TTGCATGATA--------AACGTCAA-GTGACAAGTATGTGCT-TCCCGTA-T--GACG----TGAA-------AATGAGTAAGATCATGATGG----A-CCCTTAA-TAGAGATATTAA----AC---G-T---AG-CACA--T--TAACCT-AGAATTTTAAA--CCCCGATCTGGC-----TAGCAA----TACG--TCA-AAGTTTAT--CTC----TTTATTATGCAGTTGGACAAGCTA-AAT-CCATCGTTTTC-A-GTAAACGATCATAT------TTAA--AAAA-----TTTGGAAAACTAAC--ATTTTTTCAA-GT--CAGC---------GCACAT--TGC-TAATG---TTAC-TGATCTACTTTAAAAATG-TTTCATAAACTGACGAgac
gi|3 : ttACTT-----AACGTTTGAAAATA-TTTT-GTT-----T-ACGTGAGAA-CATT---TTGTATCGTA-----------ACCA-CGTGACAAATATGCGAA-T-CCGTA-T--CACGCTATT--ATTGCTGTTAAAAAT-ATATCACGAATG----A-ACCTTAA-CAGAAC-ATGAT----GACGTATA---AC----A--C--TACCCCAAGGC-TTTAAAATCATTGATCTAAC-----CGGCGATGATAACG--TTA-AAG--CA---CCCACACTTTATTA-GATGT---GC-TGCTAGATT-CTTATCGCTTTCA-TTGGGAAATAACTA------TCAA--AT-A-----TCT----AAA-CATG-ACACCAT-GATAT--C-CT---------G-ATAT--TCTACACTGATTTTCTAGATTTTTCTTTTGATTTT-TTT-TT-TACAAATGATTCTAGC-AGCAGTATTA--GT--GTACGTTAGTTGATTACATTT-TATCCTG-TGCGTAAAAAGG--CTCAA-------A-ATA-----CAT----GAAGC---------GTAGTGTTATTCATTAGCATATGAGAGAGGAAAATCAGA
gi|7 : ctTGAGAA-CATT---TTTTATCATAT----------GT--ACATGTA---TATGCACT-T-CGGTA-T--TATGTCTTTGCATTACTGTTA-AAAT-TGATCACAAAAG----T-ACCT------------T--------A---A-A---GCTCAAGTTC--TACAT---AA--TTTAAA--CATTGATTCTAC-----TAGCGATAACAATG--GTA-AAA--AAAAACCTGAAGTTTATCG-AAAGT---GC-TGCTAGAAT-CTTACCGCTTTCA-GT-ATATATGATTA------TCAA--A
gi|13 : tttggtaaTT---TTGTATCATA-----------A-CAATGTGACAAATGTGTGATAT-CCGTAATCAGATGTCATTACATCATTGTTATAGAT-AGATCGTGAATGTTGTT-TATTGGG-TAGAAA-ATGAATTTTAA---C-AGT-AT-AACA--CTATACCCT-AGC--T--AG-------GGTTTAACAGCTATGGTGATTGGTAAAACGTACAAGTACA---CCCAAAGTTTAcactgaaacatgaaaccatctcatgttaacgttcaggaacatcctaaagggttttctttggaagttctcttaacatatgatttta
gi|23 : gactttttaaaactattttgagtaaaGTTTATCA-GAAGT---GC-AGTTAGAAT-CCAACAGCTTTCA-GTAAGAAATAATTA------TTAA--A-AA-----TCT----AA
gi|6 : C-AGCTAGAATATC-ACAGCCTC-CTGTAAGAAATGATTAAAAATCTTAATTAGAACAACCTCC----AA-TCACACAGTATGTCGA-CTGAT-GTTCTCTAATCACACATTATGTCAACTTATCTTCTATAATTTTCTGTAAAAGTT-TTC-AC-CATTGATGATTCTAGT-TGTA--ATTGTTTTTTATACATCATATTATGACCTTTCAAACGGTCTGCAAAAACATG--CGAAA-------ACGTT-----TGT----TA--C----T-TT-GCAGTTTTATT--TCAGTGTATCACAGAGGAAAATCGGAT------------CTAT----A---------------------TTCCAAATGAAAC--AATTTTCAAT----TAA--AGTAAATTACCTTTacataccaccttatcca
gi|4 : ACACCGATCTTCTGTAATTTTCTTCAAAAGTT-TTC-AT-AACAGACGCTTCTAGCTAG-A--ATTGTTGT--GTAC-TTAGGTTGTGATGTTT-TAAACGG-TATGCAAAATGGCTCTCAAAATATGTG-GTGTGGTTTGT----TA--A----TGTTTGCAATCTCATT--TTAGTGTACGATAGAGGTAATTCTGAT------------GGAT----ATACTAAATGGGGTGGATTTTTTTCTTCATTAAACTAAATTGTCAATG-AATAA--
gi|14 : ttattcTTTAAA-GTAATTC-AC-AATAGACGATTGTAGC-TTTG--ATTGCTGT--GTATGTTAGGTTATGACCTTTCAAACAGGATATGG--AGAGT--CTTAATAAACGTG-CTG-----TATAGTGTG--CTTTTT-TTTCCAGTTTCATT--CCAGTGTACTGCAGATGAACATCAGAT------------CGAT----ATA---------------------CTAAATGGGACGATATTTTCGTTGAAATAA--Attcatatcatcaacaaatgcactatttcaaacattcatattttattgatgtttattaggcacagttaataaattctaaatatatgtgtcatcgttgcgatgtataattatgacgacatcagttttttttatatcgatcagacagaacaacacagcaccagtatagtattttgtatt
gi|2 : A--C----T-TTTGTGTTTCTATT--T-GGTATATGACAAAGG-ACGCTGGACAACAG-------TGGCTAAAATGCAAACTT----------TCTTCTG--TTGAAGAAGATTGTCAATG-AATGGTTAAG-----AACCTTCATAATATTGAT--TAAGTCTCAGTGCT--G----TAATTGGTAC---TATTCCAT-GGCATATAGG-CATA--AAAT--AAC-TTGTCAT-ATTTTCTCAAT-AATTTACAATCACACATTGAA-CAGATTC--T-------TTTCATGT------GTCATCGTTCTTATATATAG-TTA-------TGA----ATACGGTTTA-CTTTCC-TGTTGA-TCAGA-------CACA---CAG---TA--AGAACATTCTAT---ATTTCTTTTGATCTT-ATAG-TTG-CATACT-T--ATTAAACTTAACATGAAATAAAATTT-TAATTATATATATACACTTATTGATATATCTAT-TTTTTTGTTAGTTTATTTTTTCAATTATGATGTCATATTGTTTCAGGG---------CA----AGATTTTCATGACCTGTCTTAATTAATGTA-CCGT--ATGCGCCAACATAAAATttattgatgagtaaaat
gi|17 : ctattttggtA--C----T-TTTGCATTTTT-TT--TCAGTGTATGACAGAGGAAAATCAGACTTTCATTCAGAATGGA----ATAT----------------TTTTTTTTATTGAGCAAAATTGTCAAAA-AATGT--CGTCAACATATTTTCATAATACCGAT--AAA-------TTCTCAACG----TTTCGCATATATAATATGT-GGCATATAT--T---TTAAAG--A-T-TC--TAT-ATgt
gi|8 : ctgtttttagATTGTCAATGTAATGGTTAAG-----AACCT-CATAGTATTGATCTAAAGTCTCAGTGCT----GTAT---TGGTGTA-ACATTCCAT-GGCATATA-G-CATA-CAAATAAA-CGTC--CACTATTTTCTCAATAA-TTTACAATCACACATTGAATCAGATTCTTT-------T--CATGT------GTCATCGTT-C--TCTATAGAATATA-TGTATGA---CAT-ACGTTTACTTTCCACTGTTGATTCAG------ATTACCACACAG---TA--AGAACGATTCTATATATTCTTTTTGATCTTAATAGTCTGCCATACT-T--ATTAAACTTAACATGAAATAAAATT
gi|4 : gATAT--CATCAACAAATGCACTATTTCAAAC--A-T-TC---AT-ATTTTATTGAT-G-TTTAT---------TAGG--CACAGTT--AATAAATTC--TAAATATATGTGTCATCGTTGCGATGTATAA-TTA-------TGACGACAT-CAGTTT--TTTTTA-TATCGA-TCAG--ACAGA--ACAACACAGCACCAGTATAGTATTTTGT---ATT
gi|15 : ttattcacaccgatcttctgtaattttcttcaaaagttttcataacagacgcttctagctagaattgttgtgtacttaggttgtgatgttttaaacggtatgcaaaatggctctcaaaatatgtggtgtggtttgttaatgtttgcaatctcattttagtgtacgatagaggtaattctgatggatatactaaatggggtggatttttttcttcattaaactaaattgtcaatgaataattcTGTATAG-TTA-------TGACGTCAT-CAGTTTA-CTTTTT-TATCGA-TCAGACACAAATTACACGACAG---CAGTATAAAATTTCGT---ATTTCTTTCGTTCTT-GTAA-CT------CTGTGGTTT---ATCCT-ATGAAAATAAAATCAGAATTT-----AG--ATATATT----TAGTGGTAT---------ACTTA---TTTCAGTTACGACGTCACA-----TTGT-------ATCCCAGCAAAAATTTTCAT
gi|22 : GTCAA-CAGTTCA-GGATCA-TGTTGATCCAAC-ACAAATTACACGACAG---AAGTACAACATTT--AT--ATTTCTTTTAATTTTac
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTACTAAATTCTACAATTTTGGATGTTTACATGAAAATAGATTGCATCAGCAACATGGCAAATATGCAATTCGGTATGGGGTCATTACATGTCTGTTACAGATAGAACAAGAATGCTATCTTCATGAGAAAGTATAACACTACTCATGGGCTTAAATATTGATTAAATTGGCGATGAACTGTTGGTAGAATCCTACAGTTGTCAGTAAGAAATGTTTAACAAACATCTGAACA
Unaligned ( gi|16 ): TGCACCATTAATGCTACAAAAATTGTAGTAATTCTTTTAAGAATTGTCGACAAAGAAGGTGAGCTACTACCTTTTAAAAAACTCTTTCGGTGTTTACATTCAGGAATATTTTTGTATCATAACAACGATGACAAATATTTGGGCGCATATTGTATGACGTTATAATAGAATCACGAAATGACACCTTAACAGAAAA
Unaligned ( gi|25 ): GAAAAAGTAACACAATACATAATGCAAAATCTCATTTATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 111111 4444444444444 4444444444444444444444444444444 333333333333 7777777777 444444444444 1111111 111111111 2222222 4444444 11 111 3333333333 11 666666666666666666666666666666666666666666666 222222 111 11 11 1 11 44444444444444444444444444 22222222 1111111 99999999999999999999999999999 1111 11 555555555555555 11 5555555555555 2222 11 22222 11 11 11 2 22222222 1 44444444 44444 1111 2222222 22222 11 4444 1 1 11 1 1111 1 11 3333333333333 1111111111111111111111111111111 55555555555555555555 2222 2 22 1
lowQualScore : 22222 666666 9999999999999 888 5 1 2 5 44 2222222222222222222222222222222 1 4 111111111111 0 55 3 66666 44 5 555 3 4444444444 3 11 8888 3 99999 4 55 222 9999999999 4 4 999 1 8888 4 4 2 555555555555 11 2222222 555555555 77 66 1 1111111 8 8 0000000 55 6 111 77 6 4 7 5555555555 5 11 666666666666666666666666666666666666666666666 8 111111 1 6 1 3 111 5 999 5 0 1 1 0 11 8 3 1 44 6 8 44 11 11 8 99999999999999999999999999 8888888 77 4 00000000 5 0 8888888 8888 33333333333333333333333333333 5555 33 5 777777777777777 11 0 1111111111111 1111 33 3 2 44444 22 99 8 11 3 8 2 0 22222222 3 0 77777777 77777 3333 6666666 8 3 3 6 8888 0 77777 88 66 44 88 1 6 0000 6 0 00 0 0 4444 3 0 3 8 0 3 33 0000000000000 6666666666666666666666666666666 0 0 7 44444444444444444444 0 2 4444 0 77 2 5 3
lowQualScore : ..... ...... ............. ... . . . . .. ............................... . . ............ . .. . ..... .. . ... . .......... . .. .... . ..... . .. ... .......... . . ... . .... . . . ............ .. ....... ......... .. .. . ....... . . ....... .. . ... .. . . . .......... . .. ............................................. . ...... . . . . ... . ... . . . . . .. . . . .. . . .. .. .. . .......................... ....... .. . ........ . . ....... .... ............................. .... .. . ............... .. . ............. .... .. . . ..... .. .. . .. . . . . ........ . . ........ ..... .... ....... . . . . .... . ..... .. .. .. .. . . .... . . .. . . .... . . . . . . .. ............. ............................... . . . .................... . . .... . .. . . .
lowQualScore : 66666 444444 3333333333333 888 0 0 3 3 44 4444444444444444444444444444444 0 4 555555555555 7 88 3 33333 66 1 444 1 4444444444 6 44 5555 0 11111 0 55 000 4444444444 0 0 111 0 5555 0 0 5 222222222222 77 3333333 444444444 99 66 7 8888888 8 0 0000000 44 7 777 99 6 3 1 0000000000 7 66 777777777777777777777777777777777777777777777 0 333333 0 7 7 2 777 4 666 7 6 0 0 8 00 0 2 0 22 6 0 22 88 00 0 99999999999999999999999999 0000000 99 0 77777777 7 4 6666666 2222 88888888888888888888888888888 0000 00 7 777777777777777 00 2 2222222222222 2222 22 2 0 66666 00 00 0 00 2 0 5 0 88888888 2 0 22222222 00000 0000 0000000 0 2 7 7 0000 7 55555 00 33 33 22 0 7 2222 0 0 22 0 2 8888 2 8 2 8 0 2 33 7777777777777 7777777777777777777777777777777 7 7 3 77777777777777777777 7 5 0000 0 55 5 0 0
consensus : NACGCGGG----CATGTTAA------GGCAGGTCATA-TT-CTCTATT-ATGCACGTT---AATT-CCTCGATCATTNAAATNCG-TCCTA--TTA-A------GA--CAGG-GAACTNC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-T-GTTTACAT--GAGANTAT---TTT-GTATCATA---A-G----CAACG-TGACAAGTAT----GCGCT-T-CCGTA-T--GACGTCATTACATNANTGTTATAAATAGA-TCACGAA-TG-TACCTTA----AT-AGAAA-ATGAA----AANA---ANCACA----C--TACCCTA---GGG-TTTAAA--CATCGATCTAACTGGCGAT---NATAACGNTA-AAG-T-CA--CCCGNAGTTTATCA-GAAGT---GC-NGCTAGAATCCNACAGCTTTCAGTAAGAAATGATTA----------TCA-AACAATCT----AA-ACACG-ANTCCGTCGA-GT--C-G---------CGC--ACAT-TGTAC--ACTGATCTT-CTATAA---TTTTCTTTAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGATTCTAGCTGTAATTG--TT-GTGTACGTTAGGTTATGACCTTTCAAACCGG-TGTGNAAAAAGG--CTC-A--AAATACGTG-------GTG-----TG-TTACT-TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTACGACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCGATATGC--A--A------------T---------TTTTCTTC-GTTGAACNAAATTGTCAATG-AAT-GAAG-T-AA--A--ACCTTCATAATATCGAT--AAAGTCTCAGTGCTG-----GT--TTGG----TGTA-ATATTCCATGGCATATA-GC-ATATCAAATA-AC-T--CCA-TATTTTNTCGATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCTTT---T-CATGTGTCATCGTTGCG-ATGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-CA-TGTCGATT---CAGA-ACAAATTACANNACAGCAGTATAAC-ATTTCG--TATTTCTTTTGATCTT-ATAG-CTG-CGT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTCGGAATTATA-ATA-ACAC-TATT----TAGC--TA-TT--------GCTTA---TTTCAATTACGACGTCACATCGTTTCG-GG-----ATCCCA-CAAAAATTTTCATGANCTGCCTTAGTTAACGTACCCGTGGATGCGCGAACANAAAAT
Reference ( family-4209 ) : NACGCGGG----CATGTTAA------GGCAGGTCATA-TCCCTCTAT--ATGCACGTT---AATT-CCNCAATCATTNAAATNCG-TCCTA--TTA-A------GA--CAGG-GAACTNC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-T-GTTTACAT--GAGATTAT---TTT-GTATCATAC--A-G---TCAACG-TGACAAGTAT----GCGCT-T-CCGTA-T--GACGTCATTACATNANTGTTATAAATAGA-TCACGAA-TG-TNCCTNA----AT-AGAAA-ATGAA----AAAA---ANCACA----C--TACCCCA---AGA-TTTAAA--CATCGATCTAACTGGCGAT---NANNACGNTA-AAG-T-CA--CCCGAAGTTTATCA-GAAGT---GC-AGCTAGAATCCNACCGCTTTCAGTAAGAAATGATTA----------TTA-AANAATCT----AA-TCACG-ANTNCGTCGA-NT--C-G---------CGC--ACAT-TGTAC--ACTGATCTT-CTATAA---TTTTCTTTAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGATTCTAGCNGTAATTG--TT-GTGTACGTTAGGTTATGACNTTTCNAACNGG-TGCGNAAAAAGG--CTC-A--AA--ACGTG-------GTG-----TG-TTACT-TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTACGACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCGATATAC--A--A------------T---------TTTTCTNN-ATTGAACGAAATTGTCAATG-AAT-GAAG-N-AAC-A--ACCTTCATAATATCGAT--AAAGTCTCAGTGCTG-----GT--TTGG----TATA-ATATTCCGTGGCATATACGC-ATATCAAAT--AC-T--CCA-TATTTTCTCGAT-ATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTC--T---T-CATGTGTCATCGTT-C--ATGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-CA-TGTCGATT---CAGA-ACAAATTACANNACAGCAGTANAAC-ATTTCGT-TATTTCTTTTGATCTT-ATAG-CTG-CAT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTCANAATTNTATATANACACNTATTGATATANCGGTA-TTTTTTGTTAGCTTATTTTTTCAGTTACGACGTCACATTGTTTCGNGG-----ATCCCAGCAAAGATTTTCATGACCTGTCTTAATTAATGTA-CCGT--ATGCGCCAACATAAAAT
gi|1 : ACGCGGG----TATGTTAA------GACAGGTCATACTCTCTCTAT--ATGCACGTT---ATTT-CCTTGATAATTTAAATATG-TCCTG--TTA-A------GAAACAGG-GAACTTC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-C-GACTGCGT--GAGATTCT---TTT-GTATCATATCAA-GATATCAACA-TAAAAAGTAT----GTGCT-T-CCGTA-T--GACGCCATTGCATGGGTCTTATGAATAGA-TCAGGAA-TG-TTCCTGT----AT-AGAAA-ATGAA----AAAA---ACCAGA----C--TACCCTG---AGA-TTCAGA--CATTGATCTAACTAGCGAT---TATTACAGTA-AAG---CA--CCCATAGTTTATCA-AAAGT---AC-AGCTAGAATTCGACAGCTTT-AGCAAGAAATAATTA----------TTA-AAGAATTT----AACTCATA-ACTCTCTCGA-GT--T-G---------TGC--ACATGTGTAC--AGTGGTCTT-TCATAA---TTTTCTTTAAATGT-G-TTTAT-AACGGACGATTGTAGCAGTAATTG--GT-GTGTACGTTTGGTTATGACCTCT-AAACCGT-TGTGGAAAAAGG--CTC-A--A-------G-------GTG-----TA-TCACT-TTTGCAGTTTTATT--TTAGTGTACGAAAGAGGT--------AA-ATCGGA-------TTGACATGC----------------------------TTTTCTAA-ATAAAATGAAATTGTCAATG-AATAAAAG-C-AACTA--ACTTTCATCATATCGAT--AAAATATTTGTTCTACGCATAT--TTGG----TGTATATATTCCATAGCATATATAT-ATATCAAAT--AC-T--CCA-CATTTTGTTGAT-ATTTAC-----------TTG-A-CAGAGTC--A---C-CGAATGCCATCGTCACG-ATGTGTAG--C-TACATTGTTTG-ACGTCAT-CAGTTTATTTT-CA-TGTTGA-A---CAGA-ATAAATTACAAGACAGCAGCATAGC-ATTTCG--AATTTCTTTTGATCTTCGTAG-CTG-AAT-AGTATGGATTAAGATTAA-ATG-AAATTAAATTCGGAATTA-----AAACACATACT----TAGC--CA-TT--------GCTTA---TTTCAATTGTGACGTCACA-CGTTTCGCGGACTTAATCCCACTAGAAAATTTCATGAATTGC----GTTAACGTACCCGTGGATACGTGAA-AGAAAAT
gi|10 : gGGG----CGTGTTAA------AGTAGGTTATA----CTCCATCGATGAACGTTTAAAATT-CCGCAATCAATAAAGTATG-TCCTA--TAC-A------GAGGCAAG-GAACTAG-CAATTTGA---AA-----AAAAATA-TTTT-A-------TA----------TAT---TTT-GTATTATA---A------CAACA-TGAC--GTAT----A-G------CGTA-T--GCCGTC-TT-C------------AATATG-TCACGAA-GG-TATTTTG----AT-AGAAA-ATGAA----Aa
gi|11 : caaccgatagcccaaatatccatcagctctttatcagcatgagggtgaA-TTTT-GGAT-GTTTACAT--GAAAATAG---ATT-GCATCA-------G----CAACA-TGGCAAATAT----GCAAT-T-CGGTA-T--GGGGTCATTACATGTCTGTTACAGATAGA-ACAAGAA-TGCTATCTTC----ATGAGAAA-GT--------------ATAACA----C--TACTCAT---GGG-CTTAAA--TATTGATTAAATTGGCGAT---GA
gi|11 : ctactaaattctaca-GAACT---GT-TGGTAGAATCCTACAGTTGTCAGTAAGAAATGTTTA----------ACA-AAC-ATCT----GA-ACAactgttggtagaatcctacagttgtcagtaagaaatgtttaacaaacatctgaaca
gi|12 : ctactaaattctacaattttggatgtttacatgaaaatagattgcatcagcaacatggcaaatatgcaattcggtatggggtcattacatgtctgttacagatagaacaagaatgctatcttcatgagaaagtataacactactcatgggcttaaatattgattaaattggcgatATGCGGGTATGCATGTAAA------GACAAGTT----TTGCTCCATTGATGCACGCT---AATA-ACTCAATTAT--GAAT-----------TTAGA------GA--CACG-TAACTTC-TAACTTTGAAGAA-----AAAAAT-----T-GG-C-GTTTACAT--GAAATTAT---GTT-GTATCATA---A------CAACG-TGACAAGTAT----TTGCT-T-CAGTA-T--GACATCATTACACAAGTGTTATGAATAGA-TAACAAA-TG-GTCCTTA----AT-AAAAA-A
gi|13 : AT---TTT-GTATCATA---A------CAATG-TGACAAATGT----GTGATAT-CCGTAATCAGATGTCATTACATCATTGTTATAGATAGA-TCGTGAA-TG-TTGTTTATTGGGT-AGAAA-ATGAATTTTAACAGT-ATAACA----CTATACCCTAGCTAGG-GTTTAA--CA--G--CTA--TGGTGATTGGTAAAACG-TACAAG-TACA--CCCAAAGTTTAa
gi|14 : gactttttaaaactattttgagtaaTTTAAA-GT-AATTCAC-AATAGACGATTGTAGCTTTGATTG--CT-GTGTATGTTAGGTTATGACCTTTCAAACAGGATATGG--AGAGT--CTT-AATAA--ACGTGCTGTATAGTG-----TGCTTTTT-TTTCCAGTTTCATT--CCAGTGTACTGCAGATGA--------AC-ATCAGA-------TCGATATACTAA--A------------TGGGACGATATTTTC----GTTGAAATAAATTATTGATG-AGT-AAA
gi|15 : TGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-TT-TATCGA-T---CAGACACAAATTACACGACAGCAGTATAAA-ATTTCG--TATTTCTTTCGTTCTT-GTAA-CTC-TGTGGTT-T--ATC---CT----ATGAAAATAAAA-TCAGAATT-TAGATA------TATT----TAGTGGTA-T---------ACTTA---TTTCAGTTACGACGTCACATTGT------------ATCCCAGCAAAAATTTTCATat
gi|16 : A-A------GA---AGGTGAGCTAC-TACCTTTT---AA-----AAAACTC-TTTC-GG-T-GTTTACATTCAGGAATAT---TTTTGTATCATA---A------CAACGATGACAAATATTTGGGCGCA-TATTGTA-T--GACGTTAT---------------AATAGAATCACGAAATGACACCTTA----AC-AGAAA-Aac
gi|17 : tgcaccattaatgctacaaaaattgtagtaattcttttaagaattgtcgacaACT-TTTGCATTTTT-TT--TCAGTGTATGACAGAGGA--------AA-ATCAGACTTTCATTCAGAATGG--AATA------------T---------TTTTTTTT-ATTGAGCAAAATTGTCAAAA-AAT-GTCGTC-AAC-AT-ATTTTCATAATACCGAT--AAATTCTCAAC---------GT--TTCGCATATATA-ATAT---GTGGCATAT-----ATTTTAAAG--AT-T--CTA-TAT
gi|18 : ctgtttttagACCCGGG----TATGTTAAAACTAAGGCAGGTCATA-T---TCTATTTATGTATGGA---AATTACCTAAGT--TTTAGATTCGATCATA----A-ACAAAAGGA--C--G-GAGCTAC-TAACGT-----ACT----AAAAATAGTCTC-CG-T-GTTTACGC--GAGACCAT---TTT-GTATC
gi|19 : T---GATT-CCAT--TTATGCACGTTTG-TCCTACATAA-A------GA--GAGA-AAACTAC-TAATTT-----TAT----GAAACTA-TTTTAGG-T-GTTTACAT--GAGAATATTGATTT-GTATCATA---A------CAACA-TGACgggtcaattttgatgttaaat
gi|2 : cgcgggtaaggtcctataaatattta-----TG-GTACT-TTTGTGTTTCTATT--T-GGTATATGACAAAGGACGCTGGACAACAGTGGC-------TAAA-ATGC--A--A------------A---------CTTTCTTCTGTTGAAGAAGATTGTCAATG-AAT-G--G-TTAAG-A--ACCTTCATAATATTGAT--TAAGTCTCAGTGCT------GTAATTGG----TAC---TATTCCATGGCATATAGGC-ATA--AAATA-AC-TTGTCA-TATTTTCTCAATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCTTT---T-CATGTGTCATCGTT-CTTATATATAG--T-TA-------TG-A----ATACGGTTTACTTT-CC-TGTTGA-T---CAG--ACA--------CACAGTA--AGAAC-ATTCTA--TATTTCTTTTGATCTT-ATAG-TTG-CAT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTT-TAATTATATATATACACTTATTGATATATC--TATTTTTTTGTTAGTTTATTTTTTCAATTATGATGTCATATTGTTTCAGGG-------C------AAGATTTTCATGACCTGTCTTAATTAATGTA-CCGT--ATGCGCCAACATAAAAT
gi|20 : ctatttGGG----CATGTTAA------GGCAGGCCATA-ATTCATTG---ATGCAAGTT---TATT-CCTCAATCATTAAAATTGG-TCGTA--TT--------------------GCTTCGGAATTTA----AA-----AAAAATA------GG-T--CTAACAT--GAGATTAT---TTT--TATCATAgt
gi|22 : tatgcaaGTCAA-CAGTTCAGGAT-CA-TGTTGATC---CAAC-ACAAATTACACGACAGAAGTACAAC-ATTTA---TATTTCTTTTAATTTT-Aaca
gi|23 : GTTTATCA-GAAGT---GC-AGTTAGAATCCAACAGCTTTCAGTAAGAAATAATTA----------TTA-AA-AATCT----AA-ACAatacatgtaactttactgt
gi|24 : CGCAGG----GATGTTAA------AACAAGTCATA-CTCCATT-T--ACTCACGTT---ATTT-CCtaccaccttatcca
gi|3 : ACTT-----AACGTTTGAAAATA-TTTT-G-----TTTACGT--GAGAACAT---TTT-GTATCGTA---A------CCACG-TGACAAATAT----GCGAA-T-CCGTA-T--CACGCTATTA--TTGCTGTTAAAAATATA-TCACGAA-TG-AACCTTA----AC-AGAAC-ATGAT----GACGT--ATAACA----C--TACCCCA---AGGCTTTAAAATCATTGATCTAACCGGCGAT---GATAACGTTA-AAG---CA--CCCACACTTTATTA-GATGT---GC-TGCTAGATTCTTATCGCTTTCATTGGGAAATAACTA----------TCA-AAT-ATCT----AA-ACATG-ACACCAT-GATAT--C-C---------TG---ATAT-TCTAC--ACTGATTTT-CTAGAT---TTTTCTTTTGATTT-T-TTTTT-TACAAATGATTCTAGCAGCAG-TA--TTAGTGTACGTTAGTTGATTACATTT-TATCCTG-TGCGTAAAAAGG--CTC-A--AAATACATG-------AAG-----CG-T----------AGTGTTATTCATTAGCATATGAGAGAGGA--------AA-ATCAGA-------
gi|4 : ctAC--ACCGATCTT-CTGTAA---TTTTCTTCAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGCTTCTAGCTAGAATTG--TT-GTGTAC-TTAGGTTGTGATGTTTTAAAC-GG-TATGCAAAATGGCTCTC-A--AAATATGTG-------GTGTGGTTTG-TTAATGTTTGCAATCTCATT--TTAGTGTACGATAGAGGT--------AA-TTCTGA-------TGGATATACT-A--AATGGGGTGGATTT---------TTTTCTTC-ATTAAACTAAATTGTCAATG-AAT-AA---------------TTCATATCATCAAC--AAA
gi|4 : ttattcCAAATGCACTATTTCAAAC--AT-T--C-A-TATTTTATTGAT-GTTTA---TTAGGCACAGTTAA-TAAATTC--TAAATATATGTGTCATCGTTGCG-ATGTATAA--T-TA-------TG-ACGACAT-CAGTTT-TTTT-TA-TATCGATCAGACAGA-ACAA--CACAGCAC--CAGTATAGT-ATTTTG--TATTtgcactatttcaaacattcatattttattgatgtttattaggcacagttaataaattctaaatatatgtgtcatcgttgcgatgtataattatgacgacatcagttttttttatatcgatcagacagaacaacacagcaccagtatagtattttgtatt
gi|5 : ttattcacaccgatcttctgtaattttcttcaaaagttttcataacagacgcttctagctagaattgttgtgtacttaggttgtgatgttttaaacggtatgcaaaatggctctcaaaatatgtggtgtggtttgttaatgtttgcaatctcattttagtgtacgatagaggtaattctgatggatatactaaatggggtggatttttttcttcattaaactaaattgtcaatgaataattcatatcatcaaAACTTT-CAAC-------AA-----AAAAATA-ATTT-GG-GAGTTTATAT--CAAATTAT---TTT-GCATGATAA--ACG---TCAA-G-TGACAAGTAT----GTGCT-TCCCGTA-T--GACGTGA--AAATGAGTA--------AGA-TCATGAT-GG-ACCCTTA----AT-AGAGATATTAA----ACGT---AGCACA----T--TAACCTA---GAATTTTAAA--CCCCGATCTGGCTAGCAAT-------ACGTCA-AAGTT-TAT-CTC----TTTATTATGCAGTTGGACAAGCTA-AATCC-ATCGTTTTCAGT---AAACGATCATAT-------TTA-AAAAATTTGGAAAA-CTAAC-ATTTTTTCAA-GT--CAG---------CGC--ACAT-TG------CTAATGTTAC--TGA---TCTACTTTAAAAATGT-TTCATAAACTGACGA
gi|6 : ttC-AGCTAGAATATCACAGCCTCCTGTAAGAAATGATTAAAAATCTTAATTAGAACAACCTCC--AA-TCACACAGTATGTCGA-CTGAT-GTTCTCTAATCAC--ACAT-TATGTCAACTTATCTT-CTATAA---TTTTCTGTAAAAGT-T-TTCAC-CATTGATGATTCTAGTTGTAATTGTTTT-TTATACATCATATTATGACCTTTCAAAC-GG-TCTGCAAAAACA--TGCGA--AA--ACGT---------T------TG-TTAC--TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTATCACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TC--TATA-------------------------------TTCCAA-ATGAAAC--AATTTTCAAT----T-AAAG-T-AA--ATTACCTT
gi|7 : TTT-GG-T-A-----AT--GAGAACAT---TTT-TTATCATAT----G---T--ACA-TG-TA--TAT----GCACT-T-CGGTA-T--TATGTCTTTGCATTACTGTTA-AAATTGA-TCACAAA-AG-TACCTTA----A------------------------AGCTCAAGTTC--TAC---A---TAA-TTTAAA--CATTGATTCTACTAGCGAT---AACAATGGTA-AAA-A-AAAACCTGAAGTTTATCG-AAAGT---GC-TGCTAGAATCTTACCGCTTTCAGT-ATATATGATTA----------TCA-AACA--CTG---AA-ACATG-AAACCATC----T--C-A---------TGTTAACGT-T---C--AGGAACATC-CTA-AAGGGTTTTCTTTGGAAGT-T-CTCTT-AACATATGATTTTAt
gi|8 : ATTGTCAATGTAAT-G--G-TTAAG-A--ACCT-CATAGTATTGATCTAAAGTCTCAGTGCTG-----TA--TTGG----TGTA-ACATTCCATGGCATATA-GC-ATA-CAAATAAACGT--CCACTATTTTCTCAATAATTTACAATCA--CACATTGAATCAGATTCTTT---T-CATGTGTCATCGTT-C---TCTATAGAATATA-------TGTATGACAT-ACGTTTACTTTCCACTGTTGATT---CAG------ATTACCACACAGTA--AGAACGATTCTATATATTCTTTTTGATCTTAATAGTCTGCCAT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATT
gi|9 : gGGG----TATTTTAA------GGCAAGTCAT-----CGCTATTCAGGCTTGTT---AATT-GCACGGTCATTTAAATCCA-TACAG--T----------GG--CAGG-GAATTGT-TATTTT-----AG-----AACA---------GG-T-GTTTACAT--GAGATAAT---TTT-GCATCATA------------ACA-TGGCATATAT----GTGCA-T-TCATA-A--GGCATCATTACATAAATGTTATAAACATA-TTACAAA-TG-TACTGTA----AT-AGAAA-TTGAA----AAAAAGTAACACA----C--TACCCCA---GGA-TTTAAA--CAACGATCTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AACCGATTGCCTCAGCATTTATCAGCTCTTTATCAGAACGAGGGCGTTAAGACTGTTCAAACTCCATATGCGCGTGTTACTTCCACAGGCAACCGATAA
Unaligned ( gi|25 ): GAAAAAGTAACACAATACATAATGCAAAATCTCATTTATTT
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 33333333333333 111 4444444444444444444444444444444 333333333333 222222222 333333333333333 1111111 1111 222222222 3333333 1111 111 3333333333333 55555555555555555555555555555555555555555555555 222222 111 11 1 11 33333333333333333333333 22222222 1111111 99999999999999999999999999 11 5555555555555555 11 666666666666666666666 1111 3333333333333333333 1 1111111 1 222222 111 1111 2222222 22222 11 1 1 11111 1111 1 1 999999999999999999999999999999999999999 222 777777777777777777777 2222 1 11 1
lowQualScore : 22222 666666 22222222222222 000 5 0 5 3 2222222222222222222222222222222 1 4 111111111111 0 55 3 66666 44 1 555 3 999999999 88 3 0 8888 3 777 4 4 4 55 222 9999999999 4 4 8 4 8888 4 4 2 666666666666666 2222222 2222 2 5 5 77 66 1 777777777 7 6 4444444 4444 666 111 66 1 4 7 2222222222222 999 99999999999999999999999999999999999999999999999 8 111111 1 6 1 3 111 5 999 5 0 1 1 0 11 8 3 77 0 8 1 11 11 77777777777777777777777 8888888 77 4 00000000 5 0 8888888 1 6 00000000000000000000000000 999 00 5 4444444444444444 11 8 1 222222222222222222222 3 88 0 0 8888 3333333333333333333 1 5 3 4444444 3 0 111111 2 555 3333 6666666 8 3 3 6 8888 0 77777 88 66 44 88 1 6 6 6 8 6 0 33333 0 4444 3 0 3 8 0 3 2 444444444444444444444444444444444444444 333 0 88 111111111111111111111 1 4444 5 77 2 5 1
lowQualScore : ..... ...... .............. ... . . . . ............................... . . ............ . .. . ..... .. . ... . ......... .. . . .... . ... . . . .. ... .......... . . . . .... . . . ............... ....... .... . . . .. .. . ......... . . ....... .... ... ... .. . . . ............. ... ............................................... . ...... . . . . ... . ... . . . . . .. . . .. . . . .. .. ....................... ....... .. . ........ . . ....... . . .......................... ... .. . ................ .. . . ..................... . .. . . .... ................... . . . ....... . . ...... . ... .... ....... . . . . .... . ..... .. .. .. .. . . . . . . . ..... . .... . . . . . . . ....................................... ... . .. ..................... . .... . .. . . .
lowQualScore : 66666 444444 00000000000000 000 7 7 2 3 4444444444444444444444444444444 0 4 555555555555 7 88 3 33333 22 0 444 1 777777777 66 6 5 5555 0 777 0 0 0 55 000 4444444444 0 0 0 0 5555 0 0 5 222222222222222 3333333 1111 4 7 7 99 66 7 000000000 5 7 3333333 3333 000 777 77 0 9 1 3333333333333 666 88888888888888888888888888888888888888888888888 0 333333 0 7 7 2 777 4 666 7 6 0 4 8 00 0 2 22 0 0 4 88 00 77777777777777777777777 0000000 99 0 77777777 7 4 6666666 0 0 77777777777777777777777777 888 33 7 0000000000000000 00 2 0 666666666666666666666 2 66 8 8 2222 6666666666666666666 0 5 2 2222222 2 0 888888 5 555 0000 0000000 0 2 7 7 0000 7 55555 00 33 33 22 5 7 3 7 0 0 0 22222 2 8888 2 8 2 8 0 2 0 333333333333333333333333333333333333333 333 7 00 000000000000000000000 0 0000 0 55 5 0 0
consensus : NACGCGGG----CATGTTAA------GGCAGGTCATA-TTCTCCA-T-TGATGCACGTT---AATT-CCTCGATCATTTAAATNCG-TCCTA--TTA-A------GA--CAGG-GAACTNC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-T-GTTTACAT--GAGANTAT---TTT-GTATCATA---A-----CA--ACG-TGACAAGTAT----GCGCT-T-CC-GTA-T--GACGTCATTACATNANTGTTATAAATAGA-TCACGAA-TG-TACC-TTA----AT-AGAAA-ATGAA----AANA---ANCACA----C--TACC----CTAGGG-TTT-AAA--CATCGATCTAACTGGCGAT---NA--TAACGGTA-AAGT-C-A--CC-CANAGTTTATCA-G-AAGT---GCN-GCTAGAATCCNACAGCTTTCAGTAAGAAATGATTA----TC-------AAACAATCT---AA--A-C--ACGANTCCGTCGA-GT--C-G---------CGC--ACAT-TGTAC--ACTGATCTT-CTATAA---TTTTCTTTAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGATTCTAGCTGTAATTG--TT-GTGTACGTTAGGTTATGACCTTTCAAACCGG-TGTGNAAAAAGG--CTCAAAATACGTG-------GTG-----TG-TTACT-TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTACGACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCGATATGCT-A--A------------TT------TTTCTTC-GTTGAANNAAATTGTCAATG-AAT-GAAGT--AA--A---ACCTTCATAATATCGAT--AAAGTCTCAGTGCTG------T--TTGG----TGTA-ATATTCCATGGCATATA-G-CATATCAAAT-AAC-TC--CA-TATTTTNTCGATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TNTCATGTGTCATCGTTNCGATGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-CA-TGTCGATT---CAGA-ACAAATTACANNACAGCAGTATAAC-ATTTCGTAT-TTC-TTTTGATCTT-ATAG-CTG-CGT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTCGGAATTATA-ATA-ACAC-TATT----TAGCNAT-T---------GCTTA---TTTCAATTACGACGTCACATCGTTTCG-GG-----ATCCCA-C-AAAAATTTTCATGANCTGCCTTAGTTAACGTACCCGTGGATGCGCGAACANAAAAT
Reference ( family-4209 ) : NACGCGGG----CATGTTAA------GGCAGGTCATA-TTCTCTA-T-T-ATGCACGTT---AATT-CCTCGATCATTNAAATNCG-TCCTA--TTA-A------GA--CAGG-GAACTNC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-T-GTTTACAT--GAGANTAT---TTT-GTATCATA---AG----CA--ACG-TGACAAGTAT----GCGCT-T-CC-GTA-T--GACGTCATTACATNANTGTTATAAATAGA-TCACGAA-TG-TACC-TTA----AT-AGAAA-ATGAA----AANA---ANCACA----C--TACC----CTAGGG-TTT-AAA--CATCGATCTAACTGGCGAT---NA--TAACGNTA-AAGT-C-A--CC-CGNAGTTTATCA-G-AAGT---GCN-GCTAGAATCCNACAGCTTTCAGTAAGAAATGATTA----TC-------AAACAATCT---AA--A-C--ACGANTCCGTCGA-GT--C-G---------CGC--ACAT-TGTAC--ACTGATCTT-CTATAA---TTTTCTTTAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGATTCTAGCTGTAATTG--TT-GTGTACGTTAGGTTATGACCTTTCAAACCGG-TGTGNAAAAAGG--CTCAAAATACGTG-------GTG-----TG-TTACT-TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTACGACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCGATATGC--A--A------------TT------TTTCTTC-GTTGAACNAAATTGTCAATG-AAT-GAAGT--AA--A---ACCTTCATAATATCGAT--AAAGTCTCAGTGCTG-----GT--TTGG----TGTA-ATATTCCATGGCATATA-G-CATATCAAAT-AAC-TC--CA-TATTTTNTCGATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TTTCATGTGTCATCGTTGCGATGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-CA-TGTCGATT---CAGA-ACAAATTACANNACAGCAGTATAAC-ATTTCGTAT-TTC-TTTTGATCTT-ATAG-CTG-CGT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTCGGAATTATA-ATA-ACAC-TATT----TAGCTAT-T---------GCTTA---TTTCAATTACGACGTCACATCGTTTCG-GG-----ATCCCA-C-AAAAATTTTCATGANCTGCCTTAGTTAACGTACCCGTGGATGCGCGAACANAAAAT
gi|1 : ACGCGGG----TATGTTAA------GACAGGTCATA-CTCTCTC-TAT-ATGCACGTT---ATTT-CCTTGATAATTTAAATATG-TCCTG--TTA-A------GAAACAGG-GAACTTC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-C-GACTGCGT--GAGATTCT---TTT-GTATCATATCAAGATATCA--ACA-TAAAAAGTAT----GTGCT-T-CC-GTA-T--GACGCCATTGCATGGGTCTTATGAATAGA-TCAGGAA-TG-TTCC-TGT----AT-AGAAA-ATGAA----AAAA---ACCAGA----C--TACC----CTGAGA-TTC-AGA--CATTGATCTAACTAGCGAT---TA--TTACAGTA-AAG--C-A--CC-CATAGTTTATCA-A-AAGT---ACA-GCTAGAATTCGACAGCTTT-AGCAAGAAATAATTA----TT-------AAAGAATTT---AA--CTC--ATAACTCTCTCGA-GT--T-G---------TGC--ACATGTGTAC--AGTGGTCTT-TCATAA---TTTTCTTTAAATGT-G-TTTAT-AACGGACGATTGTAGCAGTAATTG--GT-GTGTACGTTTGGTTATGACCTCT-AAACCGT-TGTGGAAAAAGG--CTCAA-------G-------GTG-----TA-TCACT-TTTGCAGTTTTATT--TTAGTGTACGAAAGAGGT--------AA-ATCGGA-------TTGACATGC-------------------T------TTTCTAA-ATAAAATGAAATTGTCAATG-AATAAAAGC--AACTA---ACTTTCATCATATCGAT--AAAATATTTGTTCTACGCATAT--TTGG----TGTATATATTCCATAGCATATATA-TATATCAAAT--AC-TC--CA-CATTTTGTTGAT-ATTTAC-----------TTG-A-CAGAGTC-----ACCGAATGCCATCGTCACGATGTGTAG--C-TACATTGTTTG-ACGTCAT-CAGTTTATTTT-CA-TGTTGA-A---CAGA-ATAAATTACAAGACAGCAGCATAGC-ATTTCGAAT-TTC-TTTTGATCTTCGTAG-CTG-AAT-AGTATGGATTAAGATTAA-ATG-AAATTAAATTCGGAATTA-A---A-ACACATACT----TAGCCAT-T---------GCTTA---TTTCAATTGTGACGTCACA-CGTTTCGCGGACTTAATCCCA-CTAGAAAATTTCATGAATTGC----GTTAACGTACCCGTGGATACGTGAA-AGAAAAT
gi|10 : gGGG----CGTGTTAA------AGTAGGTTATA---CTCCA-T-CGATGAACGTTTAAAATT-CCGCAATCAATAAAGTATG-TCCTA--TAC-A------GAGGCAAG-GAACTAG-CAATTTGA---AA-----AAAAATA-TTTT------------AT------ATAT---TTT-GTATTATA---A-----CA--ACA-TGAC--GTAT----A-G------C-GTA-T--GCCGTC-TT-C------------AATATG-TCACGAA-GG-TATT-TTG----AT-AGAAA-ATGAA----Aa
gi|11 : caaccgatagcccaaatatccatcagctctttatcagcatgagggtgaA-TTTT-GGAT-GTTTACAT--GAAAATAG---ATT-GCATCA------G----CA--ACA-TGGCAAATAT----GCAAT-T-CG-GTA-T--GGGGTCATTACATGTCTGTTACAGATAGA-ACAAGAA-TGCTATC-TTC----ATGAGAAA-GT--------ATA------ACA----C--TACT----CATGGG-CTT-AAA--TATTGATTAAATTGGCGAT---GAACTGTTGGTA-GAAT------CC-TACAG-TTGTCA-GTAAG
gi|11 : ctactaaattctaca-G-AACT---GTT-GGTAGAATCCTACAGTTGTCAGTAAGAAATGTTTA----AC-------AAAC-ATCT---GA--A-C--Aaaatgtttaacaaacatctgaaca
gi|12 : ctactaaattctacaattttggatgtttacatgaaaatagattgcatcagcaacatggcaaatatgcaattcggtatggggtcattacatgtctgttacagatagaacaagaatgctatcttcatgagaaagtataacactactcatgggcttaaatattgattaaattggcgatATGCGGGTATGCATGTAAA------GACAAGT--TT-TGCTCCA-T-TGATGCACGCT---AATA-ACTCAATTAT--GAAT-----------TTAGA------GA--CACG-TAACTTC-TAACTTTGAAGAA-----AAAAAT-----T-GG-C-GTTTACAT--GAAATTAT---GTT-GTATCATA---A-----CA--ACG-TGACAAGTAT----TTGCT-T-CA-GTA-T--GACATCATTACACAAGTGTTATGAATAGA-TAACAAA-TG-GTCC-TTA----AT-AAAAA-A
gi|13 : T--GAGTAAAT---TTT-GTATCATA---A-----CA--ATG-TGACAAATGT----GTGATAT-CC-GTAATCAGATGTCATTACATCATTGTTATAGATAGA-TCGTGAA-TG-TTGT-TTATTGGGT-AGAAA-ATGAATTTTAACAGT-ATAACA----CTATACCCTAGCTAGGG-TTT--AA--CA--G--CTA--TGGTGATTGGTA--AAACG-TACAAGTAC-A--CC-CAAAGTTTAa
gi|14 : gactttttaaaactatttTTTAAA-GT-AATTCAC-AATAGACGATTGTAGCTTTGATTG--CT-GTGTATGTTAGGTTATGACCTTTCAAACAGGATATGG--AGAGT--CTTAATAAACGTGCTGTATAGTG-----TGCTTTTT-TTTCCAGTTTCATT--CCAGTGTACTGCAGATGA--------AC-ATCAGA-------TCGATATACTAA--A------------TGGGACGATATTTTC-GTTGAAATAAATTATTGATG-AGT-AAAAT--
gi|15 : TGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-TT-TATCGA-T---CAGACACAAATTACACGACAGCAGTATAAA-ATTTCGTAT-TTC-TTTCGTTCTT-GTAA-CTC-TGTGGTT-T--ATC---CT----ATGAAAATAAAA-TCAGAATT-TAGATA------TATT----TAGTGGTAT---------ACTTA---TTTCAGTTACGACGTCACATTGT------------ATCCCAGC-AAAAATTTTCAT
gi|16 : A-A------GA---AGGTGAGCTAC-TACCTTTT---AA-----AAAACTC-TTTC-GG-T-GTTTACATTCAGGAATAT---TTTTGTATCATA---A-----CA--ACGATGACAAATATTTGGGCGCA-TATT-GTA-T--GACGTTAT---------------AATAGAATCACGAAATGACACC-TTA----AC-AGAAA-Aac
gi|17 : tgcaccattaatgctacaaaaattgtagtaattcttttaagaattgtcgacaACT-TTTGCATTTTT-TT--TCAGTGTATGACAGAGGA--------AA-ATCAGACTTTCATTCAGAATGG--AATA------------TT------TTTTTTT-ATTGAGCAAAATTGTCAAAA-AAT-GTCGT--CA--ACATATTTTCATAATACCGAT--AAATTCTCAAC---------GT--TTCGCATATATA-ATAT---GTGGCATAT-----ATTTTAAA--GAT-TC--TA-TAT
gi|18 : ctgtttttagACCCGGG----TATGTTAAAACTAAGGCAGGTCATA-TTCTAT--T-T-ATGTATGGA---AATTACCTAAGT--TTTAGATTCGATCATA----A-ACAAAAGGA--C--G-GAGCTAC-TAACGT-----ACT----AAAAATAGTCTC-CG-T-GTTTACGC--GAGACCAT---TTT-GTATC
gi|19 : TTTG-TCCTACATAA-A------GA--GAGA-AAACTAC-TAATTT-----TAT----GAAACTA-TTTTAGG-T-GTTTACAT--GAGAATATTGATTT-GTATCATA---A-----CA--ACA-TGACgggtcaattttgatgttaaat
gi|2 : cgcgggtaaggtcctataaatatttatgattccatttatgcacg-----TG-GTACT-TTTGTGTTTCTATT--T-GGTATATGACAAAGGACGCTGGACAACAGTGGC-------TAAA-ATGC--A--A------------AC------TTTCTTCTGTTGAAGAAGATTGTCAATG-AAT-G--GTTAAG--A---ACCTTCATAATATTGAT--TAAGTCTCAGTGCTG------TAATTGG----T--A-CTATTCCATGGCATATA-GGCATA--AAAT-AAC-TTGTCA-TATTTTCTCAATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TTTCATGTGTCATCGTTCTTATATATAG--T-TA-------TG-A----ATACGGTTTACTTT-CC-TGTTGA-T---CAG--ACA--------CACAGTA--AGAAC-ATTCTATAT-TTC-TTTTGATCTT-ATAG-TTG-CAT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTT-TAATTATATATATACACTTATTGATATATCTAT-TTTTTTGTTAGTTTATTTTTTCAATTATGATGTCATATTGTTTCA-GG-----GC--------AAGATTTTCATGACCTGTCTTAATTAATGTA-CCGT--ATGCGCCAACATAAAAT
gi|20 : ctatttGGG----CATGTTAA------GGCAGGCCATAATTC---A-T-TGATGCAAGTT---TATT-CCTCAATCATTAAAATTGG-TCGTA--TT--------------------GCTTCGGAATTTA----AA-----AAAAATA------GG-T--CTAACAT--GAGATTAT---TTT--TATCATA---Agt
gi|22 : tatgcaaGTCAA-CAGTTCAGGAT-CA-TGTTGATC---CAAC-ACAAATTACACGACAGAAGTACAAC-ATTT-ATAT-TTC-TTTTAATTTT-Aca
gi|23 : GTTTATCA-G-AAGT---GCA-GTTAGAATCCAACAGCTTTCAGTAAGAAATAATTA----TT-------AAA-AATCT---AA--A-C--Aatacatgtaactttactgt
gi|24 : CGCAGG----GATGTTAA------AACAAGTCATA---CTCCATT-T-ACTCACGTT---ATTT-CCtaccaccttatcca
gi|3 : ACTT-----AACGTTTGAAAATA-TTTT-G-----TTTACGT--GAGAACAT---TTT-GTATCGTA---AC----CA---CG-TGACAAATAT----GCGAA-T-CC-GTA-T--CACGCTATTA--TTGCTGTTAAAAATATA-TCACGAA-TG-AACC-TTA----AC-AGAAC-ATGAT----GACGT--ATAACA----C--TACC----CCAAGGCTTT-AAAATCATTGATCTAACCGGCGAT---GA--TAACGTTA-AAG--C-A--CC-CACACTTTATTA-G-ATGT---GCT-GCTAGATTCTTATCGCTTTCATTGGGAAATAACTA----TC-------AAATA-TCT---AA--A-C--ATGACACCAT-GATAT--C-C---------TG---ATAT-TCTAC--ACTGATTTT-CTAGAT---TTTTCTTTTGATTT-T-TTTTT-TACAAATGATTCTAGCAGCAGT-A--TTAGTGTACGTTAGTTGATTACATTTT-ATCCTG-TGCGTAAAAAGG--CTCAAAATACATG-------AAG-----CG-T----------AGTGTTATTCATTAGCATATGAGAGAGGA--------AA-ATCAGA-------
gi|4 : ctAC--ACCGATCTT-CTGTAA---TTTTCTTCAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGCTTCTAGCTAGAATTG--TT-GTGTAC-TTAGGTTGTGATGTTTTAAA-CGG-TATGCAAAATGGCTCTCAAAATATGTG-------GTGTGGTTTG-TTAATGTTTGCAATCTCATT--TTAGTGTACGATAGAGGT--------AA-TTCTGA-------TGGATATACT-A--AATGGGGTGGATTTT------TTTCTTC-ATTAAACTAAATTGTCAATG-AAT-AA----------------TTCATATCATCAAC--AAA-----------------------------TGCA-CTATTTCA--------A-A-CAT-TCA---------------TATTTTATTGAT-GTTT---ATTAGGCACAGTTAA-TAAATTCTAAATAT-ATGTGTCATCGTTGCGATGTATAA--T-TA-------TG-ACGACAT-CAGTTT-TTTT-TA-TATCGATCAGACAGA-ACAA--CACAGCAC--CAGTATAGT-ATTTTGTAT-T
gi|5 : ttattcAACTTT-CAAC-------AA-----AAAAATA-ATTT-GG-GAGTTTATAT--CAAATTAT---TTT-GCATGATA---AA----CGTCAAG-TGACAAGTAT----GTGCT-T-CCCGTA-T--GACGTGA--AAATGAGTA--------AGA-TCATGA--TG-GACCCTTA----AT-AGAGATATTAA----ACGT---AGCACA----T--TAAC----CTAGAA-TTTTAAA--CCCCGATCTGGCTAGCAAT---------ACGTCA-AAGT-TTA--TCTC----TTTATTATG-CAGTTGGACAAGCTA-AATCCATC-GTTTTCAGT---AAACGATCATAT-TT-------AAAAAATTTGGAAA--A-CTAAC-ATTTTTTCAA-GT--CAG---------CGC--ACAT-TG------CTAATGTTAC--TGA---TCTACTTTAAAAATGT-TTCATAAACTGACGA
gi|6 : ttCA-GCTAGAATATCACAGCCTCCTGTAAGAAATGATTAAAAATCTTAATTAGAACAACCTCC-AATCA-C--AC-AGTATGTCGA-CTGAT-GTTCTCTAATCAC--ACAT-TATGTCAACTTATCTT-CTATAA---TTTTCTGTAAAAGT-T-TTCAC-CATTGATGATTCTAGTTGTAATTGTTTT-TTATACATCATATTATGACCTTTCAAA-CGG-TCTGCAAAAACA--TGCGAAA-ACGT---------T------TG-TTAC--TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTATCACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCTATATTCCAA--A------------------------------TGAA-ACAATTTTCAAT----T-AAAGT--AA--ATT-ACCTT
gi|7 : TTT-GG-T-A-----AT--GAGAACAT---TTT-TTATCATA---TG----TAC-ATG-TA-----TAT----GCACT-T-CG-GTA-T--TATGTCTTTGCATTACTGTTA-AAATTGA-TCACAAA-AG-TACC-TTA----A------------------------AGCTCAAGTTC--TAC-------ATAA-TTT-AAA--CATTGATTCTACTAGCGAT---AA--CAATGGTA-AAAA-A-AAACC-TGAAGTTTATCG-A-AAGT---GCT-GCTAGAATCTTACCGCTTTCAGT-ATATATGATTA----TC-------AAACA--CTG--AA--A-C--ATGAAACCATC----T--C-A---------TGTTAACGT-T---C--AGGAACATC-CTA-AAGGGTTTTCTTTGGAAGT-T-CTCTT-AACATATGATTTTAt
gi|8 : ATTGTCAATGTAAT-G--GTTAAG--A---ACCT-CATAGTATTGATCTAAAGTCTCAGTGCTG-----TA--TTGG----TGTA-ACATTCCATGGCATATA-G-CATA-CAAATAAACGTC--CACTATTTTCTCAATAATTTACAATCA--CACATTGAATCAGATTCT---TTTCATGTGTCATCGTT-C--TCTATAGAATATA-------TGTATGACAT-ACGTTTACTTTCCACTGTTGATT---CAG------ATTACCACACAGTA--AGAACGATTCTATATATTCTTTTTGATCTTAATAGTCTGCCAT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATT
gi|9 : gGGG----TATTTTAA------GGCAAGTCAT----CGCTA-T-TCAGGCTTGTT---AATT-GCACGGTCATTTAAATCCA-TACAG--T----------GG--CAGG-GAATTGT-TATTTT-----AG-----AACA---------GG-T-GTTTACAT--GAGATAAT---TTT-GCATCATA---A----------CA-TGGCATATAT----GTGCA-T-TC-ATA-A--GGCATCATTACATAAATGTTATAAACATA-TTACAAA-TG-TACT-GTA----AT-AGAAA-TTGAA----AAAAAGTAACACA----C--TACC----CCAGGA-TTT-AAA--CAACGATCTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AACCGATTGCCTCAGCATTTATCAGCTCTTTATCAGAACGAGGGCGTTAAGACTGTTCAAACTCCATATGCGCGTGTTACTTCCACAGGCAACCGATAA
Unaligned ( gi|25 ): GAAAAAGTAACACAATACATAATGCAAAATCTCATTTATTT
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 2222 111 4444444444444444444444444444444 333333333333 111111111111 1111 1111 333333333333333 1111111 1111 1 222222222 4444444 111 3333333333333 11 55555555555555555555555555555555555555555555555 222222 111 11 1 11 33333333333333333333333 22222222 1111111 6666666666666666666666666666666666 5555555555555555 11 4444444444444444444444 1111 3333333333333333333 1 1111111 1 2222 111 1111 2222222 111 22222 1111111 111 1 11111 1111 1 1 999999999999999999999999999999999999999 222 777777777777777777777 2222 1 11 1
lowQualScore : 22222 666666 2222 333 4 000 5 0 5 3 2222222222222222222222222222222 1 4 111111111111 0 55 3 66666 44 1 3 555 777777777777 3 4444 3 9999 4 4 55 6 9999999999 4 4 0000 8888 4 4 2 666666666666666 2222222 2222 2 1 77 66 1 777777777 1 6 1111111 55 666 111 66 1 4 7 2222222222222 11 99999999999999999999999999999999999999999999999 8 111111 1 6 1 3 111 5 999 5 0 1 1 0 11 8 3 77 0 8 1 11 11 77777777777777777777777 8888888 77 4 00000000 5 0 8888888 1 6 9999999999999999999999999999999999 22 5 4444444444444444 11 8 1 9999999999999999999999 3 88 0 0 8888 3333333333333333333 1 5 3 4444444 3 0 0000 1 2 000 3333 6666666 8 3 3 6 222 0 77777 1111111 44 88 1 6 6 6 8 333 0 33333 0 4444 3 0 3 8 0 3 2 111111111111111111111111111111111111111 333 0 88 111111111111111111111 1 4444 5 77 2 5 1
lowQualScore : ..... ...... .... ... . ... . . . . ............................... . . ............ . .. . ..... .. . . ... ............ . .... . .... . . .. . .......... . . .... .... . . . ............... ....... .... . . .. .. . ......... . . ....... .. ... ... .. . . . ............. .. ............................................... . ...... . . . . ... . ... . . . . . .. . . .. . . . .. .. ....................... ....... .. . ........ . . ....... . . .................................. .. . ................ .. . . ...................... . .. . . .... ................... . . . ....... . . .... . . ... .... ....... . . . . ... . ..... ....... .. .. . . . . . ... . ..... . .... . . . . . . . ....................................... ... . .. ..................... . .... . .. . . .
lowQualScore : 66666 444444 7777 999 3 000 7 7 2 7 4444444444444444444444444444444 0 4 555555555555 7 88 3 33333 22 0 1 444 666666666666 6 0000 0 1111 0 0 55 2 4444444444 0 0 7777 5555 0 0 5 222222222222222 3333333 1111 4 4 99 66 7 000000000 0 7 0000000 00 000 777 77 0 9 1 3333333333333 66 88888888888888888888888888888888888888888888888 0 333333 0 7 7 2 777 4 666 7 6 0 4 8 00 0 2 22 0 0 4 88 00 77777777777777777777777 0000000 99 0 77777777 7 4 6666666 0 0 0000000000000000000000000000000000 00 7 0000000000000000 00 2 0 0000000000000000000000 2 66 8 8 2222 6666666666666666666 0 5 2 2222222 2 0 8888 0 5 000 0000 0000000 0 2 7 7 777 7 55555 2222222 33 22 5 7 3 7 0 000 0 22222 2 8888 2 8 2 8 0 2 0 333333333333333333333333333333333333333 333 7 00 000000000000000000000 0 0000 0 55 5 0 0
consensus : NACGCGGG----CATGTTAA------GGCAGGTCATA-TTCTCCATTNATGCACGTT---AATT-CCTCGATCATTTAAATNCG-TCCTA--TTA-A------GA--CAGG-GAACTNC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-T-GTTTACAT--GAGANTA-T---TTTGTATCATA-------A----CAACG-TGACAAGTAT----GCGC-T-T-CCGTA-T--GACGTCATTACATNANTGTTATAAATAG-ATCACG-AATG-TA-CCTTA----AT-AGAAA-ATGAA----AANA---ANCACA----C--TACC----CTAGGG-TTTAAA--CATCGATCTAACTGGCGAT---NA--TAACGGTA-AAG-T-CA--CCCANAGTTTATCA-G-AAGT---GC-NGCTAGAATCCNACAGCTTTCAGTAAGAAATGATTA----TC-------AAACAATCT---AA--A-C--ACGANTCCGTCGA-GT--C-G---------CGC--ACAT-TGTAC--ACTGATCTT-CTATAA---TTTTCTTTAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGATTCTAGCTGTAATTG--TT-GTGTACGTTAGGTTATGACCTTTCAAACCGG-TGTGNAAAAAGG--CTCAAAATACGTG-------GTG-----TG-TTACT-TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTACGACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCGATATGCNA-A-------------T-------TTTCTTC-GTTGAANNAAATTGTCAATG-AAT-GAAGT--AA--A---ACCTTCATAATATCGAT--AAAGTCTCAGT-----GC-TGTA-TTGG----TGTA-ATATTCCATGGCATATA-G-CATATCAAATAA-C-TC--CA-TATTTTNTCGATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TNTCATGTGTCATCGTTNCGATGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTTC-A-TGTCGATT---CAGA-ACAAATTACANNACAGCAGTATAAC-ATTTCGTAT-TTCTTTT-GATCTT-A-TAG-CTGC-GT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTCGGAATTATA-ATA-ACAC-TATT----TAGCNAT-T---------GCTTA---TTTCAATTACGACGTCACATCGTTTCG-GG-----ATCCCA-C-AAAAATTTTCATGANCTGCCTTAGTTAACGTACCCGTGGATGCGCGAACANAAAAT
Reference ( family-4209 ) : NACGCGGG----CATGTTAA------GGCAGGTCATA-TTCTCCATTGATGCACGTT---AATT-CCTCGATCATTTAAATNCG-TCCTA--TTA-A------GA--CAGG-GAACTNC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-T-GTTTACAT--GAGANTA-T---TTTGTATCATA-------A----CAACG-TGACAAGTAT----GCGC-T-T-CCGTA-T--GACGTCATTACATNANTGTTATAAATAG-ATCACG-AATG-TA-CCTTA----AT-AGAAA-ATGAA----AANA---ANCACA----C--TACC----CTAGGG-TTTAAA--CATCGATCTAACTGGCGAT---NA--TAACGGTA-AAG-T-CA--CCCANAGTTTATCA-G-AAGT---GC-NGCTAGAATCCNACAGCTTTCAGTAAGAAATGATTA----TC-------AAACAATCT---AA--A-C--ACGANTCCGTCGA-GT--C-G---------CGC--ACAT-TGTAC--ACTGATCTT-CTATAA---TTTTCTTTAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGATTCTAGCTGTAATTG--TT-GTGTACGTTAGGTTATGACCTTTCAAACCGG-TGTGNAAAAAGG--CTCAAAATACGTG-------GTG-----TG-TTACT-TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTACGACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCGATATGCTA-A------------TT-------TTTCTTC-GTTGAANNAAATTGTCAATG-AAT-GAAGT--AA--A---ACCTTCATAATATCGAT--AAAGTCTCAGT-----GC-TGT--TTGG----TGTA-ATATTCCATGGCATATA-G-CATATCAAATAA-C-TC--CA-TATTTTNTCGATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TNTCATGTGTCATCGTTNCGATGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTTC-A-TGTCGATT---CAGA-ACAAATTACANNACAGCAGTATAAC-ATTTCGTAT-TTCTTTT-GATCTT-A-TAG-CTGC-GT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTCGGAATTATA-ATA-ACAC-TATT----TAGCNAT-T---------GCTTA---TTTCAATTACGACGTCACATCGTTTCG-GG-----ATCCCA-C-AAAAATTTTCATGANCTGCCTTAGTTAACGTACCCGTGGATGCGCGAACANAAAAT
gi|1 : ACGCGGG----TATGTTAA------GACAGGTCATA-CTCTCTCTATATGCACGTT---ATTT-CCTTGATAATTTAAATATG-TCCTG--TTA-A------GAAACAGG-GAACTTC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-C-GACTGCGT--GAGATTC-T---TTTGTATCATATCAAGATAT---CAACA-TAAAAAGTAT----GTGC-T-T-CCGTA-T--GACGCCATTGCATGGGTCTTATGAATAG-ATCAGG-AATG-TT-CCTGT----AT-AGAAA-ATGAA----AAAA---ACCAGA----C--TACC----CTGAGA-TTCAGA--CATTGATCTAACTAGCGAT---TA--TTACAGTA-AAG---CA--CCCATAGTTTATCA-A-AAGT---AC-AGCTAGAATTCGACAGCTTT-AGCAAGAAATAATTA----TT-------AAAGAATTT---AA--CTC--ATAACTCTCTCGA-GT--T-G---------TGC--ACATGTGTAC--AGTGGTCTT-TCATAA---TTTTCTTTAAATGT-G-TTTAT-AACGGACGATTGTAGCAGTAATTG--GT-GTGTACGTTTGGTTATGACCTCT-AAACCGT-TGTGGAAAAAGG--CTCAA-------G-------GTG-----TA-TCACT-TTTGCAGTTTTATT--TTAGTGTACGAAAGAGGT--------AA-ATCGGA-------TTGACATGC-----------------T-------TTTCTAA-ATAAAATGAAATTGTCAATG-AATAAAAGC--AACTA---ACTTTCATCATATCGAT--AAAATATTTGTTCTACGCATAT--TTGG----TGTATATATTCCATAGCATATATA-TATATCAAAT-A-C-TC--CA-CATTTTGTTGAT-ATTTAC-----------TTG-A-CAGAGTC-----ACCGAATGCCATCGTCACGATGTGTAG--C-TACATTGTTTG-ACGTCAT-CAGTTTATTTTC-A-TGTTGA-A---CAGA-ATAAATTACAAGACAGCAGCATAGC-ATTTCGAAT-TTCTTTT-GATCTTCG-TAG-CTGA-AT-AGTATGGATTAAGATTAA-ATG-AAATTAAATTCGGAATTA-A---A-ACACATACT----TAGCCAT-T---------GCTTA---TTTCAATTGTGACGTCACA-CGTTTCGCGGACTTAATCCCA-CTAGAAAATTTCATGAATTGC----GTTAACGTACCCGTGGATACGTGAA-AGAAAAT
gi|10 : gGGG----CGTGTTAA------AGTAGGTTATA---CTCCATCGATGAACGTTTAAAATT-CCGCAATCAATAAAGTATG-TCCTA--TAC-A------GAGGCAAG-GAACTAG-CAATTTGA---AA-----AAAAATA-TTTT------------AT------ATA-T---TTTGTATTATA-------A----CAACA-TGAC--GTAT----A-G-------CGTA-T--GCCGTC-TT-C------------AATAT-GTCACG-AAGG-TA-TTTTG----AT-AGAAA-ATGAA----Aa
gi|11 : caaccgatagcccaaatatccatcagctctttatcagcatgagggtgaA-TTTT-GGAT-GTTTACAT--GAAAATA-G---ATTGCATCA---------G----CAACA-TGGCAAATAT----GCAA-T-T-CGGTA-T--GGGGTCATTACATGTCTGTTACAGATAG-AACAAG-AATGCTA-TCTTC----ATGAGAAA-GT--------ATA------ACA----C--TACT----CATGGG-CTTAAA--TATTGATTAAATTGGCGAT---GAACTGTTGGTA-GAA-T-----CCTACAG-TTGTCA-GTAAG
gi|11 : ctactaaattctaca-G-AACT---GT-TGGTAGAATCCTACAGTTGTCAGTAAGAAATGTTTA----AC-------AAAC-ATCT---GA--A-C--Aaaatgtttaacaaacatctgaaca
gi|12 : ctactaaattctacaattttggatgtttacatgaaaatagattgcatcagcaacatggcaaatatgcaattcggtatggggtcattacatgtctgttacagatagaacaagaatgctatcttcatgagaaagtataacactactcatgggcttaaatattgattaaattggcgatATGCGGGTATGCATGTAAA------GACAAGT--TT-TGCTCCATTGATGCACGCT---AATA-ACTCAATTAT--GAAT-----------TTAGA------GA--CACG-TAACTTC-TAACTTTGAAGAA-----AAAAAT-----T-GG-C-GTTTACAT--GAAATTA-T---GTTGTATCATA-------A----CAACG-TGACAAGTAT----TTGC-T-T-CAGTA-T--GACATCATTACACAAGTGTTATGAATAG-ATAACA-AATG-GT-CCTTA----AT-AAAAA-A
gi|13 : T--GAGTAAA-T---TTTGTATCATA-------A----CAATG-TGACAAATGT----GTGA-TAT-CCGTAATCAGATGTCATTACATCATTGTTATAGATAG-ATCGTG-AATG-TT-GTTTATTGGGT-AGAAA-ATGAATTTTAACAGT-ATAACA----CTATACCCTAGCTAGGG-TTT-AA--CA--G--CTA--TGGTGATTGGTA--AAAC-GTACAAG-TACA--CCCAAAGTTTAa
gi|14 : gactttttaaaactatttTTTAAA-GT-AATTCAC-AATAGACGATTGTAGCTTTGATTG--CT-GTGTATGTTAGGTTATGACCTTTCAAACAGGATATGG--AGAGT--CTTAATAAACGTGCTGTATAGTG-----TGCTTTTT-TTTCCAGTTTCATT--CCAGTGTACTGCAGATGA--------AC-ATCAGA-------TCGATATACTA-A------------ATGGGACGATATTTTC-GTTGAAATAAATTATTGATG-AGT-AAAAT--
gi|15 : TGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTTT-T-TATCGA-T---CAGACACAAATTACACGACAGCAGTATAAA-ATTTCGTAT-TTCTTTC-GTTCTT-G-TAA-CTCT-GTGGTT-T--ATC---CT----ATGAAAATAAAA-TCAGAATT-TAGATA------TATT----TAGTGGTAT---------ACTTA---TTTCAGTTACGACGTCACATTGT------------ATCCCAGC-AAAAATTTTCAT
gi|16 : A-A------GA---AGGTGAGCTAC-TACCTTTT---AA-----AAAACTC-TTTC-GG-T-GTTTACATTCAGGAATATT---TTTGTATCATA-------A----CAACGATGACAAATATTTGGGCGCAT-A-TTGTA-T--GACGTTAT---------------AATAGAATCACGAAATGACA-CCTTA----AC-AGAAA-Aac
gi|17 : tgcaccattaatgctacaaaaattgtagtaattcttttaagaattgtcgacaACT-TTTGCATTTTT-TT--TCAGTGTATGACAGAGGA--------AA-ATCAGACTTTCATTCAGAATGGAATA------------TT-------TTTTTTT-ATTGAGCAAAATTGTCAAAA-AAT-GTCGT--CA--ACATATTTTCATAATACCGAT--AAATTCTCAA---------CGT--TTCGCATATATA-ATAT---GTGGCATAT-----ATTTTAAA-GA-T-TC--TA-TAT
gi|18 : ctgtttttagACCCGGG----TATGTTAAAACTAAGGCAGGTCATA-TTCT--ATTTATGTATGGA---AATTACCTAAGT--TTTAGATTCGATCATA----A-ACAAAAGGA--C--G-GAGCTAC-TAACGT-----ACT----AAAAATAGTCTC-CG-T-GTTTACGC--GAGACCA-T---TTTGTATC
gi|19 : TTTG-TCCTACATAA-A------GA--GAGA-AAACTAC-TAATTT-----TAT----GAAACTA-TTTTAGG-T-GTTTACAT--GAGAATA-TTGATTTGTATCATA-------A----CAACA-TGACgggtcaattttgatgttaaat
gi|2 : cgcgggtaaggtcctataaatatttatgattccatttatgcacg-----TG-GTACT-TTTGTGTTTCTATT--T-GGTATATGACAAAGGACGCTGGACAACAGTGGC-------TAAA-ATGCAA-A------------CT-------TT-CTTCTGTTGAAGAAGATTGTCAATG-AAT-G--GTTAAG--A---ACCTTCATAATATTGAT--TAAGTCTCAGT-----GC-TGTAATTGG----T--A-CTATTCCATGGCATATA-GGCATA--AAATAA-C-TTGTCA-TATTTTCTCAATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TTTCATGTGTCATCGTTCTTATATATAG--T-TA-------TG-A----ATACGGTTTACTTTC-C-TGTTGA-T---CAG--ACA--------CACAGTA--AGAAC-ATTCTATAT-TTCTTTT-GATCTT-A-TAG-TTGC-AT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTT-TAATTATATATATACACTTATTGATATATCTAT-TTTTTTGTTAGTTTATTTTTTCAATTATGATGTCATATTGTTTCA-GG-----GC--------AAGATTTTCATGACCTGTCTTAATTAATGTA-CCGT--ATGCGCCAACATAAAAT
gi|20 : ctatttGGG----CATGTTAA------GGCAGGCCATAATTC---ATTGATGCAAGTT---TATT-CCTCAATCATTAAAATTGG-TCGTA--TT--------------------GCTTCGGAATTTA----AA-----AAAAATA------GG-T--CTAACAT--GAGATTA-T---TTT-TATCATA-------A----CAgt
gi|22 : tatgcaaGTCAA-CAGTTCAGGATC-A-TGTTGATC---CAAC-ACAAATTACACGACAGAAGTACAAC-ATTT-ATAT-TTCTTTT-AATTTT-A-
gi|23 : GTTTATCA-G-AAGT---GC-AGTTAGAATCCAACAGCTTTCAGTAAGAAATAATTA----TT-------AAA-AATCT---AA--A-C--Aatacatgtaactttactgt
gi|24 : CGCAGG----GATGTTAA------AACAAGTCATA---CTCCATTTACTCACGTT---ATTT-CCtaccaccttatcca
gi|3 : ACTT-----AACGTTTGAAAATA-TTTT-G-----TTTACGT--GAGAACA-T---TTTGTATCGTA-------A----CCACG-TGACAAATAT----GCGA-A-T-CCGTA-T--CACGCTATT--ATTGCTGTTAAAAATAT-ATCACG-AATG-AA-CCTTA----AC-AGAAC-ATGAT----GACGT--ATAACA----C--TACC----CCAAGGCTTTAAAATCATTGATCTAACCGGCGAT---GA--TAACGTTA-AAG---CA--CCCACACTTTATTA-G-ATGT---GC-TGCTAGATTCTTATCGCTTTCATTGGGAAATAACTA----TC-------AAAT-ATCT---AA--A-C--ATGACACCAT-GATAT--C-C---------TG---ATAT-TCTAC--ACTGATTTT-CTAGAT---TTTTCTTTTGATTT-T-TTTTT-TACAAATGATTCTAGCAGCAG-TA--TTAGTGTACGTTAGTTGATTACATTTT-ATCCTG-TGCGTAAAAAGG--CTCAAAATACATG-------AAG-----CG-T----------AGTGTTATTCATTAGCATATGAGAGAGGA--------AA-ATCAGA-------
gi|4 : ctAC--ACCGATCTT-CTGTAA---TTTTCTTCAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGCTTCTAGCTAGAATTG--TT-GTGTAC-TTAGGTTGTGATGTTTTAAA-CGG-TATGCAAAATGGCTCTCAAAATATGTG-------GTGTGGTTTG-TTAATGTTTGCAATCTCATT--TTAGTGTACGATAGAGGT--------AA-TTCTGA-------TGGATATACTA-AATGGGGTGGATTTT-------TTTCTTC-ATTAAACTAAATTGTCAATG-AAT-AA----------------TTCATATCATCAAC--AAA-----------------------------TGCA-CTATTTCA--------A-A-CAT-TCA---------------TATTTTATTGAT-GTTT---ATTAGGCACAGTTAA-TAAATTCTAAATAT-ATGTGTCATCGTTGCGATGTATAA--T-TA-------TG-ACGACAT-CAGTTT-TTTTT-A-TATCGATCAGACAGA-ACAA--CACAGCAC--CAGTATAGT-ATTTTGTAT-T
gi|5 : ttattcAACTTT-CAAC-------AA-----AAAAATA-ATTT-GG-GAGTTTATAT--CAAATTA-T---TTTGCATGATA-------AACGTCAA-G-TGACAAGTAT----GTGC-T-TCCCGTA-T--GACGTGA--AAATGAGTA--------AG-ATCATG--ATG-GACCCTTA----AT-AGAGATATTAA----ACGT---AGCACA----T--TAAC----CTAGAATTTTAAA--CCCCGATCTGGCTAGCAAT---------ACGTCA-AAGTT-TAT-CTC----TTTATTATG-CAGTTGGACAAGCTA-AATCCATC-GTTTTCAGT---AAACGATCATAT-TT-------AAAAAATTTGGAAA--A-CTAAC-ATTTTTTCAA-GT--CAG---------CGC--ACAT-TG------CTAATGTTAC--TGA---TCTACTTTAAAAATGT-TTCATAAACTGACGA
gi|6 : ttC-AGCTAGAATATCACAGCCTCCTGTAAGAAATGATTAAAAATCTTAATTAGAACAACCTCC-AATCA-C--AC-AGTATGTCGA-CTGAT-GTTCTCTAATCAC--ACAT-TATGTCAACTTATCTT-CTATAA---TTTTCTGTAAAAGT-T-TTCAC-CATTGATGATTCTAGTTGTAATTGTTTT-TTATACATCATATTATGACCTTTCAAA-CGG-TCTGCAAAAACA--TGCGAAA-ACGT---------T------TG-TTAC--TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTATCACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCTATATTCCA-A------------------------------ATGAAAC-AATTTTCAAT----T-AAAGT--AA--ATT-ACCTT
gi|7 : TTT-GG-T-A-----AT--GAGAACA-T---TTTTTATCATA---------------TG-T-ACATGTATAT--GCAC-T-T-CGGTA-T--TATGTCTTTGCATTACTGTTA-AAATTG-ATCACA-AAAG-TA-CCTTA----A------------------------AGCTCAAGTTC--TAC-------ATAA-TTTAAA--CATTGATTCTACTAGCGAT---AA--CAATGGTA-AAA-A-AAAACCTGAAGTTTATCG-A-AAGT---GC-TGCTAGAATCTTACCGCTTTCAGT-ATATATGATTA----TC-------AAACA--CTG--AA--A-C--ATGAAACCATC----T--C-A---------TGTTAACGT-T---C--AGGAACATC-CTA-AAGGGTTTTCTTTGGAAGT-T-CTCTT-AACATATGATTTTAt
gi|8 : ATTGTCAATGTAAT-G--GTTAAG--A---ACCT-CATAGTATTGATCTAAAGTCTCAGT-----GC-TGTA-TTGG----TGTA-ACATTCCATGGCATATA-G-CATA-CAAATAAACGTC--CACTATTTTCTCAATAATTTACAATCA--CACATTGAATCAGATTCT---TTTCATGTGTCATCGTTC---TCTATAGAATATA-------TGTATGACAT-ACGTTTACTTTCCACTGTTGATT---CAGA------TTACCACACAGTA--AGAACGATTCTATATATTCTTTTTGATCTT-AATAGTCTGCCAT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATT
gi|9 : gGGG----TATTTTAA------GGCAAGTCAT----CGCTATTCAGGCTTGTT---AATT-GCACGGTCATTTAAATCCA-TACAG--T----------GG--CAGG-GAATTGT-TATTTT-----AG-----AACA---------GG-T-GTTTACAT--GAGATAA-T---TTTGCATCATA-------A----CA----TGGCATATAT----GTGC-A-T-TCATA-A--GGCATCATTACATAAATGTTATAAACAT-ATTACA-AATG-TA-CTGTA----AT-AGAAA-TTGAA----AAAAAGTAACACA----C--TACC----CCAGGA-TTTAAA--CAACGATCTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AACCGATTGCCTCAGCATTTATCAGCTCTTTATCAGAACGAGGGCGTTAAGACTGTTCAAACTCCATATGCGCGTGTTACTTCCACAGGCAACCGATAA
Unaligned ( gi|25 ): GAAAAAGTAACACAATACATAATGCAAAATCTCATTTATTT
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 2222 4444444444444444444444444444444 333333333333 111111111111 1111 1111 333333333333333 1111111 1111 1 222222222 4444444 111 3333333333333 11 55555555555555555555555555555555555555555555555 222222 111 11 1 11 33333333333333333333333 22222222 1111111 7777777777777777777777777 5555555555555555 11 4444444444444 111 3333333333333333333 1 1111111 1 2222 111 1111 2222222 22222 11 1 1 11111 1111 1 1 999999999999999999999999999999999999999 222 777777777777777777777 2222 1 11 1
lowQualScore : 22222 666666 2222 0 0 1 99999 5 333 99999 4444444444444444444444444444444 1 4 111111111111 0 55 3 66666 44 1 555 3 777777777777 3 4444 3 99999 4 55 6 9999999999 4 4 0000 8888 4 4 2 666666666666666 2222222 2222 2 1 77 66 1 777777777 1 6 1111111 55 666 111 66 1 4 7 2222222222222 11 99999999999999999999999999999999999999999999999 8 111111 1 6 1 3 111 5 999 5 0 1 1 0 11 8 3 77 0 8 1 11 11 77777777777777777777777 8888888 77 4 00000000 5 0 8888888 1 6 5555555555555555555555555 999 22 5 4444444444444444 11 8 1 6666666666666 88 0 0 888 3333333333333333333 1 5 3 4444444 3 0 0000 1 2 000 3333 6666666 8 3 3 6 8888 0 77777 88 66 44 88 1 6 6 6 8 6 0 33333 0 4444 3 0 3 8 0 3 2 111111111111111111111111111111111111111 333 0 88 111111111111111111111 1 4444 5 77 2 5 1
lowQualScore : ..... ...... .... . . . ..... . ... ..... ............................... . . ............ . .. . ..... .. . ... . ............ . .... . ..... . .. . .......... . . .... .... . . . ............... ....... .... . . .. .. . ......... . . ....... .. ... ... .. . . . ............. .. ............................................... . ...... . . . . ... . ... . . . . . .. . . .. . . . .. .. ....................... ....... .. . ........ . . ....... . . ......................... ... .. . ................ .. . . ............. .. . . ... ................... . . . ....... . . .... . . ... .... ....... . . . . .... . ..... .. .. .. .. . . . . . . . ..... . .... . . . . . . . ....................................... ... . .. ..................... . .... . .. . . .
lowQualScore : 66666 444444 7777 1 2 0 66666 0 777 33333 4444444444444444444444444444444 0 4 555555555555 7 88 3 33333 22 0 444 1 666666666666 6 0000 0 11111 0 55 2 4444444444 0 0 7777 5555 0 0 5 222222222222222 3333333 1111 4 4 99 66 7 000000000 0 7 0000000 00 000 777 77 0 9 1 3333333333333 66 88888888888888888888888888888888888888888888888 0 333333 0 7 7 2 777 4 666 7 6 0 4 8 00 0 2 22 0 0 4 88 00 77777777777777777777777 0000000 99 0 77777777 7 4 6666666 0 0 8888888888888888888888888 888 00 7 0000000000000000 00 2 0 2222222222222 66 8 8 222 6666666666666666666 0 5 2 2222222 2 0 8888 0 5 000 0000 0000000 0 2 7 7 0000 7 55555 00 33 33 22 5 7 3 7 0 0 0 22222 2 8888 2 8 2 8 0 2 0 333333333333333333333333333333333333333 333 7 00 000000000000000000000 0 0000 0 55 5 0 0
consensus : NACGCGGG----CATGTTAA------GGCAGGTCATA-TTCTCCATTNATGCACGTT---AATT-CCTCGATCATTTAAATNCG-TCCTA--TTA-A------GA--CAGG-GAACTNC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-T-GTTTACAT--GAGANTATT---TT-GTATCATA-------A----CAACG-TGACAAGTAT----GCGCT-T-CCGTA-T--GACGTCATTACATNANTGTTATAAATAGA-TCACGAA-TG-TA-CCTTA----AT-AGAAA-ATGAA----AANA---ANCACA----C--TACC----CTAGGG-TTTAAA--CATCGATCTAACTGGCGAT---NA--TAACGGTA-AAG-T-CA--CCCANAGTTTATCA-G-AAGT---GC-NGCTAGAATCCNACAGCTTTCAGTAAGAAATGATTA----TC-------AAACAATCT---AA--A-C--ACGANTCCGTCGA-GT--C-G---------CGC--ACAT-TGTAC--ACTGATCTT-CTATAA---TTTTCTTTAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGATTCTAGCTGTAATTG--TT-GTGTACGTTAGGTTATGACCTTTCAAACCGG-TGTGNAAAAAGG--CTCAAAATACGTG-------GTG-----TG-TTACT-TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTACGACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCGATATGC-NAA-------------T-------TTTCTTC-GTTGAANNAAATTGTCAATG-AAT-GAAGT--AA--A---ACCTTCATAATATCGAT--AAAGTCTCAGTGCT-CGC-A---TTGGTGTA-ATATTCCATGGCATATA-GCATATCAAAT-AAC-T--CCA-TATTTTNTCGATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TNTCATGTGTCATCGTTNCGATGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-CA-TGTCGATT---CAGA-ACAAATTACANNACAGCAGTATAAC-ATTTCGTAT-TTC-TTTTGATCTT-ATAG-CTG-CGT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTCGGAATTATA-ATA-ACAC-TATT----TAGCNAT-T---------GCTTA---TTTCAATTACGACGTCACATCGTTTCG-GG-----ATCCCA-C-AAAAATTTTCATGANCTGCCTTAGTTAACGTACCCGTGGATGCGCGAACANAAAAT
Reference ( family-4209 ) : NACGCGGG----CATGTTAA------GGCAGGTCATA-TTCTCCATTNATGCACGTT---AATT-CCTCGATCATTTAAATNCG-TCCTA--TTA-A------GA--CAGG-GAACTNC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-T-GTTTACAT--GAGANTATT---TT-GTATCATA-------A----CAACG-TGACAAGTAT----GCGCT-T-CCGTA-T--GACGTCATTACATNANTGTTATAAATAGA-TCACGAA-TG-TA-CCTTA----AT-AGAAA-ATGAA----AANA---ANCACA----C--TACC----CTAGGG-TTTAAA--CATCGATCTAACTGGCGAT---NA--TAACGGTA-AAG-T-CA--CCCANAGTTTATCA-G-AAGT---GC-NGCTAGAATCCNACAGCTTTCAGTAAGAAATGATTA----TC-------AAACAATCT---AA--A-C--ACGANTCCGTCGA-GT--C-G---------CGC--ACAT-TGTAC--ACTGATCTT-CTATAA---TTTTCTTTAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGATTCTAGCTGTAATTG--TT-GTGTACGTTAGGTTATGACCTTTCAAACCGG-TGTGNAAAAAGG--CTCAAAATACGTG-------GTG-----TG-TTACT-TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTACGACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCGATATGC-NAA-------------T-------TTTCTTC-GTTGAANNAAATTGTCAATG-AAT-GAAGT--AA--A---ACCTTCATAATATCGAT--AAAGTCTCAGTGCT--GT-A---TTGGTGTA-ATATTCCATGGCATATA-GCATATCAAAT-AAC-T--CCA-TATTTTNTCGATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TNTCATGTGTCATCGTTNCGATGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-CA-TGTCGATT---CAGA-ACAAATTACANNACAGCAGTATAAC-ATTTCGTAT-TTC-TTTTGATCTT-ATAG-CTG-CGT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTCGGAATTATA-ATA-ACAC-TATT----TAGCNAT-T---------GCTTA---TTTCAATTACGACGTCACATCGTTTCG-GG-----ATCCCA-C-AAAAATTTTCATGANCTGCCTTAGTTAACGTACCCGTGGATGCGCGAACANAAAAT
gi|1 : ACGCGGG----TATGTTAA------GACAGGTCATA-CTCTCTCTATATGCACGTT---ATTT-CCTTGATAATTTAAATATG-TCCTG--TTA-A------GAAACAGG-GAACTTC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-C-GACTGCGT--GAGATTCTT---TT-GTATCATATCAAGATAT---CAACA-TAAAAAGTAT----GTGCT-T-CCGTA-T--GACGCCATTGCATGGGTCTTATGAATAGA-TCAGGAA-TG-TT-CCTGT----AT-AGAAA-ATGAA----AAAA---ACCAGA----C--TACC----CTGAGA-TTCAGA--CATTGATCTAACTAGCGAT---TA--TTACAGTA-AAG---CA--CCCATAGTTTATCA-A-AAGT---AC-AGCTAGAATTCGACAGCTTT-AGCAAGAAATAATTA----TT-------AAAGAATTT---AA--CTC--ATAACTCTCTCGA-GT--T-G---------TGC--ACATGTGTAC--AGTGGTCTT-TCATAA---TTTTCTTTAAATGT-G-TTTAT-AACGGACGATTGTAGCAGTAATTG--GT-GTGTACGTTTGGTTATGACCTCT-AAACCGT-TGTGGAAAAAGG--CTCAA-------G-------GTG-----TA-TCACT-TTTGCAGTTTTATT--TTAGTGTACGAAAGAGGT--------AA-ATCGGA-------TTGACATGC-----------------T-------TTTCTAA-ATAAAATGAAATTGTCAATG-AATAAAAGC--AACTA---ACTTTCATCATATCGAT--AAAATATTTGTTCTACGC-ATATTTGGTGTATATATTCCATAGCATATATATATATCAAAT--AC-T--CCA-CATTTTGTTGAT-ATTTAC-----------TTG-A-CAGAGTC-----ACCGAATGCCATCGTCACGATGTGTAG--C-TACATTGTTTG-ACGTCAT-CAGTTTATTTT-CA-TGTTGA-A---CAGA-ATAAATTACAAGACAGCAGCATAGC-ATTTCGAAT-TTC-TTTTGATCTTCGTAG-CTG-AAT-AGTATGGATTAAGATTAA-ATG-AAATTAAATTCGGAATTA-A---A-ACACATACT----TAGCCAT-T---------GCTTA---TTTCAATTGTGACGTCACA-CGTTTCGCGGACTTAATCCCA-CTAGAAAATTTCATGAATTGC----GTTAACGTACCCGTGGATACGTGAA-AGAAAAT
gi|10 : gGGG----CGTGTTAA------AGTAGGTTATA---CTCCATCGATGAACGTTTAAAATT-CCGCAATCAATAAAGTATG-TCCTA--TAC-A------GAGGCAAG-GAACTAG-CAATTTGA---AA-----AAAAATA-TTTT------------AT------ATATT---TT-GTATTATA-------A----CAACA-TGAC--GTAT----A-G------CGTA-T--GCCGTC-TT-C------------AATATG-TCACGAA-GG-TA-TTTTG----AT-AGAAA-ATGAA----Aa
gi|11 : caaccgatagcccaaatatccatcagctctttatcagcatgagggtgaA-TTTT-GGAT-GTTTACAT--GAAAATAGA---TT-GCATCA---------G----CAACA-TGGCAAATAT----GCAAT-T-CGGTA-T--GGGGTCATTACATGTCTGTTACAGATAGA-ACAAGAA-TGCTA-TCTTC----ATGAGAAA-GT--------ATA------ACA----C--TACT----CATGGG-CTTAAA--TATTGATTAAATTGGCGAT---GAACTGTTGGTA-GAA-T-----CCTACAG-TTGTCA-GTAAG
gi|11 : ctactaaattctaca-G-AACT---GT-TGGTAGAATCCTACAGTTGTCAGTAAGAAATGTTTA----AC-------AAAC-ATCT---GA--A-C--Aaaatgtttaacaaacatctgaaca
gi|12 : ctactaaattctacaattttggatgtttacatgaaaatagattgcatcagcaacatggcaaatatgcaattcggtatggggtcattacatgtctgttacagatagaacaagaatgctatcttcatgagaaagtataacactactcatgggcttaaatattgattaaattggcgatATGCGGGTATGCATGTAAA------GACAAGT--TT-TGCTCCATTGATGCACGCT---AATA-ACTCAATTAT--GAAT-----------TTAGA------GA--CACG-TAACTTC-TAACTTTGAAGAA-----AAAAAT-----T-GG-C-GTTTACAT--GAAATTATG---TT-GTATCATA-------A----CAACG-TGACAAGTAT----TTGCT-T-CAGTA-T--GACATCATTACACAAGTGTTATGAATAGA-TAACAAA-TG-GT-CCTTA----AT-AAAAA-A
gi|13 : T--GAGTAAATT---TT-GTATCATA-------A----CAATG-TGACAAATGT----GTGATAT-CCGTAATCAGATGTCATTACATCATTGTTATAGATAGA-TCGTGAA-TG-TT-GTTTATTGGGT-AGAAA-ATGAATTTTAACAGT-ATAACA----CTATACCCTAGCTAGGG-TTT-AA--CA--G--CTA--TGGTGATTGGTA--AAAC-GTACAAG-TACA--CCCAAAGTTTAa
gi|14 : gactttttaaaactatttTTTAAA-GT-AATTCAC-AATAGACGATTGTAGCTTTGATTG--CT-GTGTATGTTAGGTTATGACCTTTCAAACAGGATATGG--AGAGT--CTTAATAAACGTGCTGTATAGTG-----TGCTTTTT-TTTCCAGTTTCATT--CCAGTGTACTGCAGATGA--------AC-ATCAGA-------TCGATATACTAAA-------------TGGGACGATATTTTC-GTTGAAATAAATTATTGATG-AGT-AAAAT--
gi|15 : TGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-TT-TATCGA-T---CAGACACAAATTACACGACAGCAGTATAAA-ATTTCGTAT-TTC-TTTCGTTCTT-GTAA-CTC-TGTGGTT-T--ATC---CT----ATGAAAATAAAA-TCAGAATT-TAGATA------TATT----TAGTGGTAT---------ACTTA---TTTCAGTTACGACGTCACATTGT------------ATCCCAGC-AAAAATTTTCAT
gi|16 : A-A------GA---AGGTGAGCTAC-TACCTTTT---AA-----AAAACTC-TTTC-GG-T-GTTTACATTCAGGAATATT---TTTGTATCATA-------A----CAACGATGACAAATATTTGGGCGCA-TATTGTA-T--GACGTTAT---------------AATAGAATCACGAAATGACA-CCTTA----AC-AGAAA-Aac
gi|17 : tgcaccattaatgctacaaaaattgtagtaattcttttaagaattgtcgacaACT-TTTGCATTTTT-TT--TCAGTGTATGACAGAGGA--------AA-ATCAGACTTTCATTCAGAATG--GAA-------------TATT----TTTTTTT-ATTGAGCAAAATTGTCAAAA-AAT-GTCGT--CA--ACATATTTTCATAATACCGAT--AAATTCTCAACGTTTCGC-A---T--ATATA-ATAT---GTGGCATAT----ATTTTAAA--GAT-T--CTA-TAT
gi|18 : ctgtttttagACCCGGG----TATGTTAAAACTAAGGCAGGTCATA-TTCT--ATTTATGTATGGA---AATTACCTAAGT--TTTAGATTCGATCATA----A-ACAAAAGGA--C--G-GAGCTAC-TAACGT-----ACT----AAAAATAGTCTC-CG-T-GTTTACGC--GAGACCATT---TT-GTATC
gi|19 : TCCATTTATGCACGTT-------------------------TG-TCCTACATAA-A------GA--GAGA-AAACTAC-TAATTT-----TAT----GAAACTA-TTTTAGG-T-GTTTACAT--GAGAATATTGATTT-GTATCATA-------A----CAACA-TGACgggtcaattttgatgttaaat
gi|2 : cgcgggtaaggtcctataaatatttatgat-----TG-GTACT-TTTGTGTTTCTATT--T-GGTATATGACAAAGGACGCTGGACAACAGTGGC-------TAAA-ATGC-AAA-------------C-------TTTCTTCTGTTGAAGAAGATTGTCAATG-AAT-G--GTTAAG--A---ACCTTCATAATATTGAT--TAAGTCTCAGTGCT--GTAA---TTG--GTA-CTATTCCATGGCATATAGGCATA--AAAT-AAC-TTGTCA-TATTTTCTCAATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TTTCATGTGTCATCGTTCTTATATATAG--T-TA-------TG-A----ATACGGTTTACTTT-CC-TGTTGA-T---CAG--ACA--------CACAGTA--AGAAC-ATTCTATAT-TTC-TTTTGATCTT-ATAG-TTG-CAT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTT-TAATTATATATATACACTTATTGATATATCTAT-TTTTTTGTTAGTTTATTTTTTCAATTATGATGTCATATTGTTTCA-GG-----GC--------AAGATTTTCATGACCTGTCTTAATTAATGTA-CCGT--ATGCGCCAACATAAAAT
gi|20 : ctatttGGG----CATGTTAA------GGCAGGCCATAATTC---ATTGATGCAAGTT---TATT-CCTCAATCATTAAAATTGG-TCGTA--TT--------------------GCTTCGGAATTTA----AA-----AAAAATA------GG-T--CTAACAT--GAGATTATT---TT--TATCATA-------A----CAgt
gi|22 : tatgcaaGTCAA-CAGTTCAGGAT-CA-TGTTGATC---CAAC-ACAAATTACACGACAGAAGTACAAC-ATTT-ATAT-TTC-TTTTAATTTT-A
gi|23 : GTTTATCA-G-AAGT---GC-AGTTAGAATCCAACAGCTTTCAGTAAGAAATAATTA----TT-------AAA-AATCT---AA--A-C--Aatacatgtaactttactgt
gi|24 : CGCAGG----GATGTTAA------AACAAGTCATA---CTCCATTTACTCACGTT---ATTT-CCtaccaccttatcca
gi|3 : ACTT-----AACGTTTGAAAATA-TTTT-G-----TTTACGT--GAGAACATT---TT-GTATCGTA-------A----CCACG-TGACAAATAT----GCGAA-T-CCGTA-T--CACGCTATT--ATTGCTGTTAAAAATATA-TCACGAA-TG-AA-CCTTA----AC-AGAAC-ATGAT----GACGT--ATAACA----C--TACC----CCAAGGCTTTAAAATCATTGATCTAACCGGCGAT---GA--TAACGTTA-AAG---CA--CCCACACTTTATTA-G-ATGT---GC-TGCTAGATTCTTATCGCTTTCATTGGGAAATAACTA----TC-------AAAT-ATCT---AA--A-C--ATGACACCAT-GATAT--C-C---------TG---ATAT-TCTAC--ACTGATTTT-CTAGAT---TTTTCTTTTGATTT-T-TTTTT-TACAAATGATTCTAGCAGCAG-TA--TTAGTGTACGTTAGTTGATTACATTTT-ATCCTG-TGCGTAAAAAGG--CTCAAAATACATG-------AAG-----CG-T----------AGTGTTATTCATTAGCATATGAGAGAGGA--------AA-ATCAGA-------
gi|4 : ctAC--ACCGATCTT-CTGTAA---TTTTCTTCAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGCTTCTAGCTAGAATTG--TT-GTGTAC-TTAGGTTGTGATGTTTTAAA-CGG-TATGCAAAATGGCTCTCAAAATATGTG-------GTGTGGTTTG-TTAATGTTTGCAATCTCATT--TTAGTGTACGATAGAGGT--------AA-TTCTGA-------TGGATATAC-TAAATGGGGTGGATTTT-------TTTCTTC-ATTAAACTAAATTGTCAATG-AAT-AA----------------TTCATATCATCAAC--AAA------------------------TGCA-CTATTTCA--------A-ACAT-TCA---------------TATTTTATTGAT-GTTT---ATTAGGCACAGTTAA-TAAATTCTAAATAT-ATGTGTCATCGTTGCGATGTATAA--T-TA-------TG-ACGACAT-CAGTTT-TTTT-TA-TATCGATCAGACAGA-ACAA--CACAGCAC--CAGTATAGT-ATTTTGTAT-T
gi|5 : ttattcAACTTT-CAAC-------AA-----AAAAATA-ATTT-GG-GAGTTTATAT--CAAATTATT---TT-GCATGATA-------AACGTCAA-G-TGACAAGTAT----GTGCT-TCCCGTA-T--GACGTGA--AAATGAGTA--------AGA-TCATG-A-TG-GACCCTTA----AT-AGAGATATTAA----ACGT---AGCACA----T--TAAC----CTAGAATTTTAAA--CCCCGATCTGGCTAGCAAT---------ACGTCA-AAGTT-TAT-CTC----TTTATTATG-CAGTTGGACAAGCTA-AATCCATC-GTTTTCAGT---AAACGATCATAT-TT-------AAAAAATTTGGAAA--A-CTAAC-ATTTTTTCAA-GT--CAG---------CGC--ACAT-TG------CTAATGTTAC--TGA---TCTACTTTAAAAATGT-TTCATAAACTGACGA
gi|6 : ttC-AGCTAGAATATCACAGCCTCCTGTAAGAAATGATTAAAAATCTTAATTAGAACAACCTCC-AATCA-C--AC-AGTATGTCGA-CTGAT-GTTCTCTAATCAC--ACAT-TATGTCAACTTATCTT-CTATAA---TTTTCTGTAAAAGT-T-TTCAC-CATTGATGATTCTAGTTGTAATTGTTTT-TTATACATCATATTATGACCTTTCAAA-CGG-TCTGCAAAAACA--TGCGAAA-ACGT---------T------TG-TTAC--TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTATCACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCTATATTC-CAA------------------------------ATGAAAC-AATTTTCAAT----T-AAAGT--AA--ATT-ACCTT
gi|7 : TTT-GG-T-A-----AT--GAGAACATT---TT-TTATCATA---------------TG-T-ACATGTATAT--GCACT-T-CGGTA-T--TATGTCTTTGCATTACTGTTA-AAATTGA-TCACAAA-AG-TA-CCTTA----A------------------------AGCTCAAGTTC--TAC-------ATAA-TTTAAA--CATTGATTCTACTAGCGAT---AA--CAATGGTA-AAA-A-AAAACCTGAAGTTTATCG-A-AAGT---GC-TGCTAGAATCTTACCGCTTTCAGT-ATATATGATTA----TC-------AAACA--CTG--AA--A-C--ATGAAACCATC----T--C-A---------TGTTAACGT-T---C--AGGAACATC-CTA-AAGGGTTTTCTTTGGAAGT-T-CTCTT-AACATATGATTTTAt
gi|8 : ATTGTCAATGTAAT-G--GTTAAG--A---ACCT-CATAGTATTGATCTAAAGTCTCAGTGCT--GT-A---TTGGTGTA-ACATTCCATGGCATATA-GCATA-CAAATAAACGT--CCACTATTTTCTCAATAATTTACAATCA--CACATTGAATCAGATTCT---TTTCATGTGTCATCGTTC---TCTATAGAATATA-------TGTATGACAT-ACGTTTACTTTCCACTGTTGATT---CAG------ATTACCACACAGTA--AGAACGATTCTATATATTCTTTTTGATCTTAATAGTCTGCCAT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATT
gi|9 : gGGG----TATTTTAA------GGCAAGTCAT----CGCTATTCAGGCTTGTT---AATT-GCACGGTCATTTAAATCCA-TACAG--T----------GG--CAGG-GAATTGT-TATTTT-----AG-----AACA---------GG-T-GTTTACAT--GAGATAATT---TT-GCATCATA-------A----CA----TGGCATATAT----GTGCA-T-TCATA-A--GGCATCATTACATAAATGTTATAAACATA-TTACAAA-TG-TA-CTGTA----AT-AGAAA-TTGAA----AAAAAGTAACACA----C--TACC----CCAGGA-TTTAAA--CAACGATCTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AACCGATTGCCTCAGCATTTATCAGCTCTTTATCAGAACGAGGGCGTTAAGACTGTTCAAACTCCATATGCGCGTGTTACTTCCACAGGCAACCGATAA
Unaligned ( gi|25 ): GAAAAAGTAACACAATACATAATGCAAAATCTCATTTATTT
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 2222 4444444444444444444444444444444 333333333333 111111111111 1111 1111 333333333333333 1111111 1111 1 222222222 4444444 111 3333333333333 11 55555555555555555555555555555555555555555555555 222222 111 11 1 11 33333333333333333333333 22222222 1111111 7777777777777777777777777 5555555555555555 11 1 22222222 1 22222 11 222222 11 11 22222222 1 2222 111 1111 2222222 22222 11 1 1 11111 1111 1 1 999999999999999999999999999999999999999 222 777777777777777777777 2222 1 11 1
lowQualScore : 22222 666666 2222 0 0 1 99999 5 333 99999 4444444444444444444444444444444 1 4 111111111111 0 55 3 66666 44 1 555 3 777777777777 3 4444 3 99999 4 55 6 9999999999 4 4 0000 8888 4 4 2 666666666666666 2222222 2222 2 1 77 66 1 777777777 1 6 1111111 55 666 111 66 1 4 7 2222222222222 11 99999999999999999999999999999999999999999999999 8 111111 1 6 1 3 111 5 999 5 0 1 1 0 11 8 3 77 0 8 1 11 11 77777777777777777777777 8888888 77 4 00000000 5 0 8888888 1 6 5555555555555555555555555 999 22 5 4444444444444444 11 0 0 33333333 3 6 0 3 33333 22 222222 11 8 1 00 22222222 3 0 0000 1 2 000 3333 6666666 8 3 3 6 8888 0 77777 88 66 44 88 1 6 6 6 8 6 0 33333 0 4444 3 0 3 8 0 3 2 111111111111111111111111111111111111111 333 0 88 111111111111111111111 1 4444 5 77 2 5 1
lowQualScore : ..... ...... .... . . . ..... . ... ..... ............................... . . ............ . .. . ..... .. . ... . ............ . .... . ..... . .. . .......... . . .... .... . . . ............... ....... .... . . .. .. . ......... . . ....... .. ... ... .. . . . ............. .. ............................................... . ...... . . . . ... . ... . . . . . .. . . .. . . . .. .. ....................... ....... .. . ........ . . ....... . . ......................... ... .. . ................ .. . . ........ . . . . ..... .. ...... .. . . .. ........ . . .... . . ... .... ....... . . . . .... . ..... .. .. .. .. . . . . . . . ..... . .... . . . . . . . ....................................... ... . .. ..................... . .... . .. . . .
lowQualScore : 66666 444444 7777 1 2 0 66666 0 777 33333 4444444444444444444444444444444 0 4 555555555555 7 88 3 33333 22 0 444 1 666666666666 6 0000 0 11111 0 55 2 4444444444 0 0 7777 5555 0 0 5 222222222222222 3333333 1111 4 4 99 66 7 000000000 0 7 0000000 00 000 777 77 0 9 1 3333333333333 66 88888888888888888888888888888888888888888888888 0 333333 0 7 7 2 777 4 666 7 6 0 4 8 00 0 2 22 0 0 4 88 00 77777777777777777777777 0000000 99 0 77777777 7 4 6666666 0 0 8888888888888888888888888 888 00 7 0000000000000000 00 2 0 88888888 2 5 0 2 88888 00 666666 00 0 0 22 88888888 2 0 8888 0 5 000 0000 0000000 0 2 7 7 0000 7 55555 00 33 33 22 5 7 3 7 0 0 0 22222 2 8888 2 8 2 8 0 2 0 333333333333333333333333333333333333333 333 7 00 000000000000000000000 0 0000 0 55 5 0 0
consensus : NACGCGGG----CATGTTAA------GGCAGGTCATA-TTCTCCATTNATGCACGTT---AATT-CCTCGATCATTTAAATNCG-TCCTA--TTA-A------GA--CAGG-GAACTNC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-T-GTTTACAT--GAGANTAT---TTT-GTATCATA-------A----CAACG-TGACAAGTAT----GCGCT-T-CCGTA-T--GACGTCATTACATNANTGTTATAAATAGA-TCACGAA-TG-TA-CCTTA----AT-AGAAA-ATGAA----AANA---ANCACA----C--TACC----CTAGGG-TTTAAA--CATCGATCTAACTGGCGAT---NA--TAACGGTA-AAG-T-CA--CCCANAGTTTATCA-G-AAGT---GC-NGCTAGAATCCNACAGCTTTCAGTAAGAAATGATTA----TC-------AAACAATCT---AA--A-C--ACGANTCCGTCGA-GT--C-G---------CGC--ACAT-TGTAC--ACTGATCTT-CTATAA---TTTTCTTTAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGATTCTAGCTGTAATTG--TT-GTGTACGTTAGGTTATGACCTTTCAAACCGG-TGTGNAAAAAGG--CTCAAAATACGTG-------GTG-----TG-TTACT-TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTACGACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCGATATGC-NAA-------------T-------TTTCTTC-GTTGAANNAAATTGTCAATG-AAT-GAAGT--AA--A---ACCTTCATAATATCGAT--AAAGTCTCAGTG-CT-CGCA---TTGGTGTA-ATATTCCATGGCATATA-G-CATATCAAATAA-C-TC--CA-TATTTTNTCGATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TNTCATGTGTCATCGTTNCGATGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-CA-TGTCGATT---CAGA-ACAAATTACANNACAGCAGTATAAC-ATTTCGTAT-TTC-TTTTGATCTT-ATAG-CTG-CGT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTCGGAATTATA-ATA-ACAC-TATT----TAGCNAT-T---------GCTTA---TTTCAATTACGACGTCACATCGTTTCG-GG-----ATCCCA-C-AAAAATTTTCATGANCTGCCTTAGTTAACGTACCCGTGGATGCGCGAACANAAAAT
Reference ( family-4209 ) : NACGCGGG----CATGTTAA------GGCAGGTCATA-TTCTCCATTNATGCACGTT---AATT-CCTCGATCATTTAAATNCG-TCCTA--TTA-A------GA--CAGG-GAACTNC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-T-GTTTACAT--GAGANTAT---TTT-GTATCATA-------A----CAACG-TGACAAGTAT----GCGCT-T-CCGTA-T--GACGTCATTACATNANTGTTATAAATAGA-TCACGAA-TG-TA-CCTTA----AT-AGAAA-ATGAA----AANA---ANCACA----C--TACC----CTAGGG-TTTAAA--CATCGATCTAACTGGCGAT---NA--TAACGGTA-AAG-T-CA--CCCANAGTTTATCA-G-AAGT---GC-NGCTAGAATCCNACAGCTTTCAGTAAGAAATGATTA----TC-------AAACAATCT---AA--A-C--ACGANTCCGTCGA-GT--C-G---------CGC--ACAT-TGTAC--ACTGATCTT-CTATAA---TTTTCTTTAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGATTCTAGCTGTAATTG--TT-GTGTACGTTAGGTTATGACCTTTCAAACCGG-TGTGNAAAAAGG--CTCAAAATACGTG-------GTG-----TG-TTACT-TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTACGACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCGATATGC-NAA-------------T-------TTTCTTC-GTTGAANNAAATTGTCAATG-AAT-GAAGT--AA--A---ACCTTCATAATATCGAT--AAAGTCTCAGTG-CT-CGCA---TTGGTGTA-ATATTCCATGGCATATA-G-CATATCAAATAA-C-TC--CA-TATTTTNTCGATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TNTCATGTGTCATCGTTNCGATGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-CA-TGTCGATT---CAGA-ACAAATTACANNACAGCAGTATAAC-ATTTCGTAT-TTC-TTTTGATCTT-ATAG-CTG-CGT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTCGGAATTATA-ATA-ACAC-TATT----TAGCNAT-T---------GCTTA---TTTCAATTACGACGTCACATCGTTTCG-GG-----ATCCCA-C-AAAAATTTTCATGANCTGCCTTAGTTAACGTACCCGTGGATGCGCGAACANAAAAT
gi|1 : ACGCGGG----TATGTTAA------GACAGGTCATA-CTCTCTCTATATGCACGTT---ATTT-CCTTGATAATTTAAATATG-TCCTG--TTA-A------GAAACAGG-GAACTTC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-C-GACTGCGT--GAGATTCT---TTT-GTATCATATCAAGATAT---CAACA-TAAAAAGTAT----GTGCT-T-CCGTA-T--GACGCCATTGCATGGGTCTTATGAATAGA-TCAGGAA-TG-TT-CCTGT----AT-AGAAA-ATGAA----AAAA---ACCAGA----C--TACC----CTGAGA-TTCAGA--CATTGATCTAACTAGCGAT---TA--TTACAGTA-AAG---CA--CCCATAGTTTATCA-A-AAGT---AC-AGCTAGAATTCGACAGCTTT-AGCAAGAAATAATTA----TT-------AAAGAATTT---AA--CTC--ATAACTCTCTCGA-GT--T-G---------TGC--ACATGTGTAC--AGTGGTCTT-TCATAA---TTTTCTTTAAATGT-G-TTTAT-AACGGACGATTGTAGCAGTAATTG--GT-GTGTACGTTTGGTTATGACCTCT-AAACCGT-TGTGGAAAAAGG--CTCAA-------G-------GTG-----TA-TCACT-TTTGCAGTTTTATT--TTAGTGTACGAAAGAGGT--------AA-ATCGGA-------TTGACATGC-----------------T-------TTTCTAA-ATAAAATGAAATTGTCAATG-AATAAAAGC--AACTA---ACTTTCATCATATCGAT--AAAATATTTGTT-CTACGCATATTTGGTGTATATATTCCATAGCATATATA-TATATCAAAT-A-C-TC--CA-CATTTTGTTGAT-ATTTAC-----------TTG-A-CAGAGTC-----ACCGAATGCCATCGTCACGATGTGTAG--C-TACATTGTTTG-ACGTCAT-CAGTTTATTTT-CA-TGTTGA-A---CAGA-ATAAATTACAAGACAGCAGCATAGC-ATTTCGAAT-TTC-TTTTGATCTTCGTAG-CTG-AAT-AGTATGGATTAAGATTAA-ATG-AAATTAAATTCGGAATTA-A---A-ACACATACT----TAGCCAT-T---------GCTTA---TTTCAATTGTGACGTCACA-CGTTTCGCGGACTTAATCCCA-CTAGAAAATTTCATGAATTGC----GTTAACGTACCCGTGGATACGTGAA-AGAAAAT
gi|10 : gGGG----CGTGTTAA------AGTAGGTTATA---CTCCATCGATGAACGTTTAAAATT-CCGCAATCAATAAAGTATG-TCCTA--TAC-A------GAGGCAAG-GAACTAG-CAATTTGA---AA-----AAAAATA-TTTT------------AT------ATAT---TTT-GTATTATA-------A----CAACA-TGAC--GTAT----A-G------CGTA-T--GCCGTC-TT-C------------AATATG-TCACGAA-GG-TA-TTTTG----AT-AGAAA-ATGAA----Aa
gi|11 : caaccgatagcccaaatatccatcagctctttatcagcatgagggtgaA-TTTT-GGAT-GTTTACAT--GAAAATAG---ATT-GCATCA---------G----CAACA-TGGCAAATAT----GCAAT-T-CGGTA-T--GGGGTCATTACATGTCTGTTACAGATAGA-ACAAGAA-TGCTA-TCTTC----ATGAGAAA-GT--------ATA------ACA----C--TACT----CATGGG-CTTAAA--TATTGATTAAATTGGCGAT---GAACTGTTGGTA-GAA-T-----CCTACAG-TTGTCA-GTAAG
gi|11 : ctactaaattctaca-G-AACT---GT-TGGTAGAATCCTACAGTTGTCAGTAAGAAATGTTTA----AC-------AAAC-ATCT---GA--A-C--Aaaatgtttaacaaacatctgaaca
gi|12 : ctactaaattctacaattttggatgtttacatgaaaatagattgcatcagcaacatggcaaatatgcaattcggtatggggtcattacatgtctgttacagatagaacaagaatgctatcttcatgagaaagtataacactactcatgggcttaaatattgattaaattggcgatATGCGGGTATGCATGTAAA------GACAAGT--TT-TGCTCCATTGATGCACGCT---AATA-ACTCAATTAT--GAAT-----------TTAGA------GA--CACG-TAACTTC-TAACTTTGAAGAA-----AAAAAT-----T-GG-C-GTTTACAT--GAAATTAT---GTT-GTATCATA-------A----CAACG-TGACAAGTAT----TTGCT-T-CAGTA-T--GACATCATTACACAAGTGTTATGAATAGA-TAACAAA-TG-GT-CCTTA----AT-AAAAA-A
gi|13 : T--GAGTAAAT---TTT-GTATCATA-------A----CAATG-TGACAAATGT----GTGATAT-CCGTAATCAGATGTCATTACATCATTGTTATAGATAGA-TCGTGAA-TG-TT-GTTTATTGGGT-AGAAA-ATGAATTTTAACAGT-ATAACA----CTATACCCTAGCTAGGG-TTT-AA--CA--G--CTA--TGGTGATTGGTA--AAAC-GTACAAG-TACA--CCCAAAGTTTAa
gi|14 : gactttttaaaactatttTTTAAA-GT-AATTCAC-AATAGACGATTGTAGCTTTGATTG--CT-GTGTATGTTAGGTTATGACCTTTCAAACAGGATATGG--AGAGT--CTTAATAAACGTGCTGTATAGTG-----TGCTTTTT-TTTCCAGTTTCATT--CCAGTGTACTGCAGATGA--------AC-ATCAGA-------TCGATATACTAAA-------------TGGGACGATATTTTC-GTTGAAATAAATTATTGATG-AGT-AAAAT--
gi|15 : TGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-TT-TATCGA-T---CAGACACAAATTACACGACAGCAGTATAAA-ATTTCGTAT-TTC-TTTCGTTCTT-GTAA-CTC-TGTGGTT-T--ATC---CT----ATGAAAATAAAA-TCAGAATT-TAGATA------TATT----TAGTGGTAT---------ACTTA---TTTCAGTTACGACGTCACATTGT------------ATCCCAGC-AAAAATTTTCAT
gi|16 : A-A------GA---AGGTGAGCTAC-TACCTTTT---AA-----AAAACTC-TTTC-GG-T-GTTTACATTCAGGAATAT---TTTTGTATCATA-------A----CAACGATGACAAATATTTGGGCGCA-TATTGTA-T--GACGTTAT---------------AATAGAATCACGAAATGACA-CCTTA----AC-AGAAA-Aac
gi|17 : tgcaccattaatgctacaaaaattgtagtaattcttttaagaattgtcgacaACT-TTTGCATTTTT-TT--TCAGTGTATGACAGAGGA--------AA-ATCAGACTTTCATTCAGAATG--GAATAT----------T-------TTTTTTT-ATTGAGCAAAATTGTCAAAA-AAT-GTCGT--CA--ACATATTTTCATAATACCGAT--AAATTCTCAACGTTT-CGCA---T--ATATA-ATAT---GTGGCATAT-----ATTTTAAA-GA-T-TC--TA-TAT
gi|18 : ctgtttttagACCCGGG----TATGTTAAAACTAAGGCAGGTCATA-TTCT--ATTTATGTATGGA---AATTACCTAAGT--TTTAGATTCGATCATA----A-ACAAAAGGA--C--G-GAGCTAC-TAACGT-----ACT----AAAAATAGTCTC-CG-T-GTTTACGC--GAGACCAT---TTT-GTATC
gi|19 : TCCATTTATGCACGTT-------------------------TG-TCCTACATAA-A------GA--GAGA-AAACTAC-TAATTT-----TAT----GAAACTA-TTTTAGG-T-GTTTACAT--GAGAATATTGATTT-GTATCATA-------A----CAACA-TGACgggtcaattttgatgttaaat
gi|2 : cgcgggtaaggtcctataaatatttatgat-----TG-GTACT-TTTGTGTTTCTATT--T-GGTATATGACAAAGGACGCTGGACAACAGTGGC-------TAAA-ATGC-AAA-------------C-------TTTCTTCTGTTGAAGAAGATTGTCAATG-AAT-G--GTTAAG--A---ACCTTCATAATATTGAT--TAAGTCTCAGTG-CT-GTAA---TTGGT--A-CTATTCCATGGCATATA-GGCATA--AAATAA-C-TTGTCA-TATTTTCTCAATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TTTCATGTGTCATCGTTCTTATATATAG--T-TA-------TG-A----ATACGGTTTACTTT-CC-TGTTGA-T---CAG--ACA--------CACAGTA--AGAAC-ATTCTATAT-TTC-TTTTGATCTT-ATAG-TTG-CAT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTT-TAATTATATATATACACTTATTGATATATCTAT-TTTTTTGTTAGTTTATTTTTTCAATTATGATGTCATATTGTTTCA-GG-----GC--------AAGATTTTCATGACCTGTCTTAATTAATGTA-CCGT--ATGCGCCAACATAAAAT
gi|20 : ctatttGGG----CATGTTAA------GGCAGGCCATAATTC---ATTGATGCAAGTT---TATT-CCTCAATCATTAAAATTGG-TCGTA--TT--------------------GCTTCGGAATTTA----AA-----AAAAATA------GG-T--CTAACAT--GAGATTAT---TTT--TATCATA-------A----CAgt
gi|22 : tatgcaaGTCAA-CAGTTCAGGAT-CA-TGTTGATC---CAAC-ACAAATTACACGACAGAAGTACAAC-ATTT-ATAT-TTC-TTTTAATTTT-A
gi|23 : GTTTATCA-G-AAGT---GC-AGTTAGAATCCAACAGCTTTCAGTAAGAAATAATTA----TT-------AAA-AATCT---AA--A-C--Aatacatgtaactttactgt
gi|24 : CGCAGG----GATGTTAA------AACAAGTCATA---CTCCATTTACTCACGTT---ATTT-CCtaccaccttatcca
gi|3 : ACTT-----AACGTTTGAAAATA-TTTT-G-----TTTACGT--GAGAACAT---TTT-GTATCGTA-------A----CCACG-TGACAAATAT----GCGAA-T-CCGTA-T--CACGCTATT--ATTGCTGTTAAAAATATA-TCACGAA-TG-AA-CCTTA----AC-AGAAC-ATGAT----GACGT--ATAACA----C--TACC----CCAAGGCTTTAAAATCATTGATCTAACCGGCGAT---GA--TAACGTTA-AAG---CA--CCCACACTTTATTA-G-ATGT---GC-TGCTAGATTCTTATCGCTTTCATTGGGAAATAACTA----TC-------AAAT-ATCT---AA--A-C--ATGACACCAT-GATAT--C-C---------TG---ATAT-TCTAC--ACTGATTTT-CTAGAT---TTTTCTTTTGATTT-T-TTTTT-TACAAATGATTCTAGCAGCAG-TA--TTAGTGTACGTTAGTTGATTACATTTT-ATCCTG-TGCGTAAAAAGG--CTCAAAATACATG-------AAG-----CG-T----------AGTGTTATTCATTAGCATATGAGAGAGGA--------AA-ATCAGA-------
gi|4 : ctAC--ACCGATCTT-CTGTAA---TTTTCTTCAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGCTTCTAGCTAGAATTG--TT-GTGTAC-TTAGGTTGTGATGTTTTAAA-CGG-TATGCAAAATGGCTCTCAAAATATGTG-------GTGTGGTTTG-TTAATGTTTGCAATCTCATT--TTAGTGTACGATAGAGGT--------AA-TTCTGA-------TGGATATAC-TAAATGGGGTGGATTTT-------TTTCTTC-ATTAAACTAAATTGTCAATG-AAT-AA----------------TTCATATCATCAAC--AAA
gi|4 : ttattcATTTCAAACA----TT--CA-TATTTTATTGATG-TTTA---TTAGGCACAGTTAA-TAAATTCTAAATAT-ATGTGTCATCGTTGCGATGTATAA--T-TA-------TG-ACGACAT-CAGTTT-TTTT-TA-TATCGATCAGACAGA-ACAA--CACAGCAC--CAGTATAGT-ATTTTGTAT-Ttgcactatttcaaacattcatattttattgatgtttattaggcacagttaataaattctaaatatatgtgtcatcgttgcgatgtataattatgacgacatcagttttttttatatcgatcagacagaacaacacagcaccagtatagtattttgtatt
gi|5 : ttattcacaccgatcttctgtaattttcttcaaaagttttcataacagacgcttctagctagaattgttgtgtacttaggttgtgatgttttaaacggtatgcaaaatggctctcaaaatatgtggtgtggtttgttaatgtttgcaatctcattttagtgtacgatagaggtaattctgatggatatactaaatggggtggatttttttcttcattaaactaaattgtcaatgaataattcatatcatcaacaaatgcactAACTTT-CAAC-------AA-----AAAAATA-ATTT-GG-GAGTTTATAT--CAAATTAT---TTT-GCATGATA-------AACGTCAA-G-TGACAAGTAT----GTGCT-TCCCGTA-T--GACGTGA--AAATGAGTA--------AGA-TCATG-A-TG-GACCCTTA----AT-AGAGATATTAA----ACGT---AGCACA----T--TAAC----CTAGAATTTTAAA--CCCCGATCTGGCTAGCAAT---------ACGTCA-AAGTT-TAT-CTC----TTTATTATG-CAGTTGGACAAGCTA-AATCCATC-GTTTTCAGT---AAACGATCATAT-TT-------AAAAAATTTGGAAA--A-CTAAC-ATTTTTTCAA-GT--CAG---------CGC--ACAT-TG------CTAATGTTAC--TGA---TCTACTTTAAAAATGT-TTCATAAACTGACGA
gi|6 : ttC-AGCTAGAATATCACAGCCTCCTGTAAGAAATGATTAAAAATCTTAATTAGAACAACCTCC-AATCA-C--AC-AGTATGTCGA-CTGAT-GTTCTCTAATCAC--ACAT-TATGTCAACTTATCTT-CTATAA---TTTTCTGTAAAAGT-T-TTCAC-CATTGATGATTCTAGTTGTAATTGTTTT-TTATACATCATATTATGACCTTTCAAA-CGG-TCTGCAAAAACA--TGCGAAA-ACGT---------T------TG-TTAC--TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTATCACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCTATATTC-CAA------------------------------ATGAAAC-AATTTTCAAT----T-AAAGT--AA--ATT-ACCTT
gi|7 : TTT-GG-T-A-----AT--GAGAACAT---TTT-TTATCATA---------------TG-T-ACATGTATAT--GCACT-T-CGGTA-T--TATGTCTTTGCATTACTGTTA-AAATTGA-TCACAAA-AG-TA-CCTTA----A------------------------AGCTCAAGTTC--TAC-------ATAA-TTTAAA--CATTGATTCTACTAGCGAT---AA--CAATGGTA-AAA-A-AAAACCTGAAGTTTATCG-A-AAGT---GC-TGCTAGAATCTTACCGCTTTCAGT-ATATATGATTA----TC-------AAACA--CTG--AA--A-C--ATGAAACCATC----T--C-A---------TGTTAACGT-T---C--AGGAACATC-CTA-AAGGGTTTTCTTTGGAAGT-T-CTCTT-AACATATGATTTTAt
gi|8 : ATTGTCAATGTAAT-G--GTTAAG--A---ACCT-CATAGTATTGATCTAAAGTCTCAGTG-CT--GTA---TTGGTGTA-ACATTCCATGGCATATA-G-CATA-CAAATAAACGTC--CACTATTTTCTCAATAATTTACAATCA--CACATTGAATCAGATTCT---TTTCATGTGTCATCGTTC---TCTATAGAATATA-------TGTATGACAT-ACGTTTACTTTCCACTGTTGATT---CAG------ATTACCACACAGTA--AGAACGATTCTATATATTCTTTTTGATCTTAATAGTCTGCCAT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATT
gi|9 : gGGG----TATTTTAA------GGCAAGTCAT----CGCTATTCAGGCTTGTT---AATT-GCACGGTCATTTAAATCCA-TACAG--T----------GG--CAGG-GAATTGT-TATTTT-----AG-----AACA---------GG-T-GTTTACAT--GAGATAAT---TTT-GCATCATA-------A----CA----TGGCATATAT----GTGCA-T-TCATA-A--GGCATCATTACATAAATGTTATAAACATA-TTACAAA-TG-TA-CTGTA----AT-AGAAA-TTGAA----AAAAAGTAACACA----C--TACC----CCAGGA-TTTAAA--CAACGATCTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AACCGATTGCCTCAGCATTTATCAGCTCTTTATCAGAACGAGGGCGTTAAGACTGTTCAAACTCCATATGCGCGTGTTACTTCCACAGGCAACCGATAA
Unaligned ( gi|25 ): GAAAAAGTAACACAATACATAATGCAAAATCTCATTTATTT
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 2222 4444444444444444444444444444444 333333333333 111111111111 1111 1111 333333333333333 1111111 1111 1 222222222 4444444 111 3333333333333 11 55555555555555555555555555555555555555555555555 222222 111 11 1 11 33333333333333333333333 22222222 1111111 7777777777777777777777777 5555555555555555 11 1 22222222 1 22222 11 222222 11 11 22222222 1 2222 111 1111 2222222 22222 11 1 1 11111 1111 1 1 999999999999999999999999999999999999999 222 777777777777777777777 2222 1 11 1
lowQualScore : 22222 666666 2222 0 0 1 99999 5 333 99999 4444444444444444444444444444444 1 4 111111111111 0 55 3 66666 44 1 555 3 777777777777 3 4444 3 99999 4 55 6 9999999999 4 4 0000 8888 4 4 2 666666666666666 2222222 2222 2 1 77 66 1 777777777 1 6 1111111 55 666 111 66 1 4 7 2222222222222 11 99999999999999999999999999999999999999999999999 8 111111 1 6 1 3 111 5 999 5 0 1 1 0 11 8 3 77 0 8 1 11 11 77777777777777777777777 8888888 77 4 00000000 5 0 8888888 1 6 5555555555555555555555555 999 22 5 4444444444444444 11 0 0 33333333 3 6 0 3 33333 22 222222 11 8 1 00 22222222 3 0 0000 1 2 000 3333 6666666 8 3 3 6 8888 0 77777 88 66 44 88 1 6 6 6 8 6 0 33333 0 4444 3 0 3 8 0 3 2 111111111111111111111111111111111111111 333 0 88 111111111111111111111 1 4444 5 77 2 5 1
lowQualScore : ..... ...... .... . . . ..... . ... ..... ............................... . . ............ . .. . ..... .. . ... . ............ . .... . ..... . .. . .......... . . .... .... . . . ............... ....... .... . . .. .. . ......... . . ....... .. ... ... .. . . . ............. .. ............................................... . ...... . . . . ... . ... . . . . . .. . . .. . . . .. .. ....................... ....... .. . ........ . . ....... . . ......................... ... .. . ................ .. . . ........ . . . . ..... .. ...... .. . . .. ........ . . .... . . ... .... ....... . . . . .... . ..... .. .. .. .. . . . . . . . ..... . .... . . . . . . . ....................................... ... . .. ..................... . .... . .. . . .
lowQualScore : 66666 444444 7777 1 2 0 66666 0 777 33333 4444444444444444444444444444444 0 4 555555555555 7 88 3 33333 22 0 444 1 666666666666 6 0000 0 11111 0 55 2 4444444444 0 0 7777 5555 0 0 5 222222222222222 3333333 1111 4 4 99 66 7 000000000 0 7 0000000 00 000 777 77 0 9 1 3333333333333 66 88888888888888888888888888888888888888888888888 0 333333 0 7 7 2 777 4 666 7 6 0 4 8 00 0 2 22 0 0 4 88 00 77777777777777777777777 0000000 99 0 77777777 7 4 6666666 0 0 8888888888888888888888888 888 00 7 0000000000000000 00 2 0 88888888 2 5 0 2 88888 00 666666 00 0 0 22 88888888 2 0 8888 0 5 000 0000 0000000 0 2 7 7 0000 7 55555 00 33 33 22 5 7 3 7 0 0 0 22222 2 8888 2 8 2 8 0 2 0 333333333333333333333333333333333333333 333 7 00 000000000000000000000 0 0000 0 55 5 0 0
consensus : NACGCGGG----CATGTTAA------GGCAGGTCATA-TTCTCCATTNATGCACGTT---AATT-CCTCGATCATTTAAATNCG-TCCTA--TTA-A------GA--CAGG-GAACTNC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-T-GTTTACAT--GAGANTAT---TTT-GTATCATA-------A----CAACG-TGACAAGTAT----GCGCT-T-CCGTA-T--GACGTCATTACATNANTGTTATAAATAGA-TCACGAA-TG-TA-CCTTA----AT-AGAAA-ATGAA----AANA---ANCACA----C--TACC----CTAGGG-TTTAAA--CATCGATCTAACTGGCGAT---NA--TAACGGTA-AAG-T-CA--CCCANAGTTTATCA-G-AAGT---GC-NGCTAGAATCCNACAGCTTTCAGTAAGAAATGATTA----TC-------AAACAATCT---AA--A-C--ACGANTCCGTCGA-GT--C-G---------CGC--ACAT-TGTAC--ACTGATCTT-CTATAA---TTTTCTTTAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGATTCTAGCTGTAATTG--TT-GTGTACGTTAGGTTATGACCTTTCAAACCGG-TGTGNAAAAAGG--CTCAAAATACGTG-------GTG-----TG-TTACT-TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTACGACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCGATATGC-NAA-------------T-------TTTCTTC-GTTGAANNAAATTGTCAATG-AAT-GAAGT--AA--A---ACCTTCATAATATCGAT--AAAGTCTCAGTG-CT-CGCA---TTGGTGTA-ATATTCCATGGCATATA-G-CATATCAAATAA-C-TC--CA-TATTTTNTCGATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TNTCATGTGTCATCGTTNCGATGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-CA-TGTCGATT---CAGA-ACAAATTACANNACAGCAGTATAAC-ATTTCGTAT-TTC-TTTTGATCTT-ATAG-CTG-CGT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTCGGAATTATA-ATA-ACAC-TATT----TAGCNAT-T---------GCTTA---TTTCAATTACGACGTCACATCGTTTCG-GG-----ATCCCA-C-AAAAATTTTCATGANCTGCCTTAGTTAACGTACCCGTGGATGCGCGAACANAAAAT
Reference ( family-4209 ) : NACGCGGG----CATGTTAA------GGCAGGTCATA-TTCTCCATTNATGCACGTT---AATT-CCTCGATCATTTAAATNCG-TCCTA--TTA-A------GA--CAGG-GAACTNC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-T-GTTTACAT--GAGANTAT---TTT-GTATCATA-------A----CAACG-TGACAAGTAT----GCGCT-T-CCGTA-T--GACGTCATTACATNANTGTTATAAATAGA-TCACGAA-TG-TA-CCTTA----AT-AGAAA-ATGAA----AANA---ANCACA----C--TACC----CTAGGG-TTTAAA--CATCGATCTAACTGGCGAT---NA--TAACGGTA-AAG-T-CA--CCCANAGTTTATCA-G-AAGT---GC-NGCTAGAATCCNACAGCTTTCAGTAAGAAATGATTA----TC-------AAACAATCT---AA--A-C--ACGANTCCGTCGA-GT--C-G---------CGC--ACAT-TGTAC--ACTGATCTT-CTATAA---TTTTCTTTAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGATTCTAGCTGTAATTG--TT-GTGTACGTTAGGTTATGACCTTTCAAACCGG-TGTGNAAAAAGG--CTCAAAATACGTG-------GTG-----TG-TTACT-TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTACGACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCGATATGC-NAA-------------T-------TTTCTTC-GTTGAANNAAATTGTCAATG-AAT-GAAGT--AA--A---ACCTTCATAATATCGAT--AAAGTCTCAGTG-CT-CGCA---TTGGTGTA-ATATTCCATGGCATATA-G-CATATCAAATAA-C-TC--CA-TATTTTNTCGATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TNTCATGTGTCATCGTTNCGATGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-CA-TGTCGATT---CAGA-ACAAATTACANNACAGCAGTATAAC-ATTTCGTAT-TTC-TTTTGATCTT-ATAG-CTG-CGT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTCGGAATTATA-ATA-ACAC-TATT----TAGCNAT-T---------GCTTA---TTTCAATTACGACGTCACATCGTTTCG-GG-----ATCCCA-C-AAAAATTTTCATGANCTGCCTTAGTTAACGTACCCGTGGATGCGCGAACANAAAAT
gi|1 : ACGCGGG----TATGTTAA------GACAGGTCATA-CTCTCTCTATATGCACGTT---ATTT-CCTTGATAATTTAAATATG-TCCTG--TTA-A------GAAACAGG-GAACTTC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-C-GACTGCGT--GAGATTCT---TTT-GTATCATATCAAGATAT---CAACA-TAAAAAGTAT----GTGCT-T-CCGTA-T--GACGCCATTGCATGGGTCTTATGAATAGA-TCAGGAA-TG-TT-CCTGT----AT-AGAAA-ATGAA----AAAA---ACCAGA----C--TACC----CTGAGA-TTCAGA--CATTGATCTAACTAGCGAT---TA--TTACAGTA-AAG---CA--CCCATAGTTTATCA-A-AAGT---AC-AGCTAGAATTCGACAGCTTT-AGCAAGAAATAATTA----TT-------AAAGAATTT---AA--CTC--ATAACTCTCTCGA-GT--T-G---------TGC--ACATGTGTAC--AGTGGTCTT-TCATAA---TTTTCTTTAAATGT-G-TTTAT-AACGGACGATTGTAGCAGTAATTG--GT-GTGTACGTTTGGTTATGACCTCT-AAACCGT-TGTGGAAAAAGG--CTCAA-------G-------GTG-----TA-TCACT-TTTGCAGTTTTATT--TTAGTGTACGAAAGAGGT--------AA-ATCGGA-------TTGACATGC-----------------T-------TTTCTAA-ATAAAATGAAATTGTCAATG-AATAAAAGC--AACTA---ACTTTCATCATATCGAT--AAAATATTTGTT-CTACGCATATTTGGTGTATATATTCCATAGCATATATA-TATATCAAAT-A-C-TC--CA-CATTTTGTTGAT-ATTTAC-----------TTG-A-CAGAGTC-----ACCGAATGCCATCGTCACGATGTGTAG--C-TACATTGTTTG-ACGTCAT-CAGTTTATTTT-CA-TGTTGA-A---CAGA-ATAAATTACAAGACAGCAGCATAGC-ATTTCGAAT-TTC-TTTTGATCTTCGTAG-CTG-AAT-AGTATGGATTAAGATTAA-ATG-AAATTAAATTCGGAATTA-A---A-ACACATACT----TAGCCAT-T---------GCTTA---TTTCAATTGTGACGTCACA-CGTTTCGCGGACTTAATCCCA-CTAGAAAATTTCATGAATTGC----GTTAACGTACCCGTGGATACGTGAA-AGAAAAT
gi|10 : gGGG----CGTGTTAA------AGTAGGTTATA---CTCCATCGATGAACGTTTAAAATT-CCGCAATCAATAAAGTATG-TCCTA--TAC-A------GAGGCAAG-GAACTAG-CAATTTGA---AA-----AAAAATA-TTTT------------AT------ATAT---TTT-GTATTATA-------A----CAACA-TGAC--GTAT----A-G------CGTA-T--GCCGTC-TT-C------------AATATG-TCACGAA-GG-TA-TTTTG----AT-AGAAA-ATGAA----Aa
gi|11 : caaccgatagcccaaatatccatcagctctttatcagcatgagggtgaA-TTTT-GGAT-GTTTACAT--GAAAATAG---ATT-GCATCA---------G----CAACA-TGGCAAATAT----GCAAT-T-CGGTA-T--GGGGTCATTACATGTCTGTTACAGATAGA-ACAAGAA-TGCTA-TCTTC----ATGAGAAA-GT--------ATA------ACA----C--TACT----CATGGG-CTTAAA--TATTGATTAAATTGGCGAT---GAACTGTTGGTA-GAA-T-----CCTACAG-TTGTCA-GTAAG
gi|11 : ctactaaattctaca-G-AACT---GT-TGGTAGAATCCTACAGTTGTCAGTAAGAAATGTTTA----AC-------AAAC-ATCT---GA--A-C--Aaaatgtttaacaaacatctgaaca
gi|12 : ctactaaattctacaattttggatgtttacatgaaaatagattgcatcagcaacatggcaaatatgcaattcggtatggggtcattacatgtctgttacagatagaacaagaatgctatcttcatgagaaagtataacactactcatgggcttaaatattgattaaattggcgatATGCGGGTATGCATGTAAA------GACAAGT--TT-TGCTCCATTGATGCACGCT---AATA-ACTCAATTAT--GAAT-----------TTAGA------GA--CACG-TAACTTC-TAACTTTGAAGAA-----AAAAAT-----T-GG-C-GTTTACAT--GAAATTAT---GTT-GTATCATA-------A----CAACG-TGACAAGTAT----TTGCT-T-CAGTA-T--GACATCATTACACAAGTGTTATGAATAGA-TAACAAA-TG-GT-CCTTA----AT-AAAAA-A
gi|13 : T--GAGTAAAT---TTT-GTATCATA-------A----CAATG-TGACAAATGT----GTGATAT-CCGTAATCAGATGTCATTACATCATTGTTATAGATAGA-TCGTGAA-TG-TT-GTTTATTGGGT-AGAAA-ATGAATTTTAACAGT-ATAACA----CTATACCCTAGCTAGGG-TTT-AA--CA--G--CTA--TGGTGATTGGTA--AAAC-GTACAAG-TACA--CCCAAAGTTTAa
gi|14 : gactttttaaaactatttTTTAAA-GT-AATTCAC-AATAGACGATTGTAGCTTTGATTG--CT-GTGTATGTTAGGTTATGACCTTTCAAACAGGATATGG--AGAGT--CTTAATAAACGTGCTGTATAGTG-----TGCTTTTT-TTTCCAGTTTCATT--CCAGTGTACTGCAGATGA--------AC-ATCAGA-------TCGATATACTAAA-------------TGGGACGATATTTTC-GTTGAAATAAATTATTGATG-AGT-AAAAT--
gi|15 : TGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-TT-TATCGA-T---CAGACACAAATTACACGACAGCAGTATAAA-ATTTCGTAT-TTC-TTTCGTTCTT-GTAA-CTC-TGTGGTT-T--ATC---CT----ATGAAAATAAAA-TCAGAATT-TAGATA------TATT----TAGTGGTAT---------ACTTA---TTTCAGTTACGACGTCACATTGT------------ATCCCAGC-AAAAATTTTCAT
gi|16 : A-A------GA---AGGTGAGCTAC-TACCTTTT---AA-----AAAACTC-TTTC-GG-T-GTTTACATTCAGGAATAT---TTTTGTATCATA-------A----CAACGATGACAAATATTTGGGCGCA-TATTGTA-T--GACGTTAT---------------AATAGAATCACGAAATGACA-CCTTA----AC-AGAAA-Aac
gi|17 : tgcaccattaatgctacaaaaattgtagtaattcttttaagaattgtcgacaACT-TTTGCATTTTT-TT--TCAGTGTATGACAGAGGA--------AA-ATCAGACTTTCATTCAGAATG--GAATAT----------T-------TTTTTTT-ATTGAGCAAAATTGTCAAAA-AAT-GTCGT--CA--ACATATTTTCATAATACCGAT--AAATTCTCAACGTTT-CGCA---T--ATATA-ATAT---GTGGCATAT-----ATTTTAAA-GA-T-TC--TA-TAT
gi|18 : ctgtttttagACCCGGG----TATGTTAAAACTAAGGCAGGTCATA-TTCT--ATTTATGTATGGA---AATTACCTAAGT--TTTAGATTCGATCATA----A-ACAAAAGGA--C--G-GAGCTAC-TAACGT-----ACT----AAAAATAGTCTC-CG-T-GTTTACGC--GAGACCAT---TTT-GTATC
gi|19 : TCCATTTATGCACGTT-------------------------TG-TCCTACATAA-A------GA--GAGA-AAACTAC-TAATTT-----TAT----GAAACTA-TTTTAGG-T-GTTTACAT--GAGAATATTGATTT-GTATCATA-------A----CAACA-TGACgggtcaattttgatgttaaat
gi|2 : cgcgggtaaggtcctataaatatttatgat-----TG-GTACT-TTTGTGTTTCTATT--T-GGTATATGACAAAGGACGCTGGACAACAGTGGC-------TAAA-ATGC-AAA-------------C-------TTTCTTCTGTTGAAGAAGATTGTCAATG-AAT-G--GTTAAG--A---ACCTTCATAATATTGAT--TAAGTCTCAGTG-CT-GTAA---TTGGT--A-CTATTCCATGGCATATA-GGCATA--AAATAA-C-TTGTCA-TATTTTCTCAATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TTTCATGTGTCATCGTTCTTATATATAG--T-TA-------TG-A----ATACGGTTTACTTT-CC-TGTTGA-T---CAG--ACA--------CACAGTA--AGAAC-ATTCTATAT-TTC-TTTTGATCTT-ATAG-TTG-CAT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTT-TAATTATATATATACACTTATTGATATATCTAT-TTTTTTGTTAGTTTATTTTTTCAATTATGATGTCATATTGTTTCA-GG-----GC--------AAGATTTTCATGACCTGTCTTAATTAATGTA-CCGT--ATGCGCCAACATAAAAT
gi|20 : ctatttGGG----CATGTTAA------GGCAGGCCATAATTC---ATTGATGCAAGTT---TATT-CCTCAATCATTAAAATTGG-TCGTA--TT--------------------GCTTCGGAATTTA----AA-----AAAAATA------GG-T--CTAACAT--GAGATTAT---TTT--TATCATA-------A----CAgt
gi|22 : tatgcaaGTCAA-CAGTTCAGGAT-CA-TGTTGATC---CAAC-ACAAATTACACGACAGAAGTACAAC-ATTT-ATAT-TTC-TTTTAATTTT-A
gi|23 : GTTTATCA-G-AAGT---GC-AGTTAGAATCCAACAGCTTTCAGTAAGAAATAATTA----TT-------AAA-AATCT---AA--A-C--Aatacatgtaactttactgt
gi|24 : CGCAGG----GATGTTAA------AACAAGTCATA---CTCCATTTACTCACGTT---ATTT-CCtaccaccttatcca
gi|3 : ACTT-----AACGTTTGAAAATA-TTTT-G-----TTTACGT--GAGAACAT---TTT-GTATCGTA-------A----CCACG-TGACAAATAT----GCGAA-T-CCGTA-T--CACGCTATT--ATTGCTGTTAAAAATATA-TCACGAA-TG-AA-CCTTA----AC-AGAAC-ATGAT----GACGT--ATAACA----C--TACC----CCAAGGCTTTAAAATCATTGATCTAACCGGCGAT---GA--TAACGTTA-AAG---CA--CCCACACTTTATTA-G-ATGT---GC-TGCTAGATTCTTATCGCTTTCATTGGGAAATAACTA----TC-------AAAT-ATCT---AA--A-C--ATGACACCAT-GATAT--C-C---------TG---ATAT-TCTAC--ACTGATTTT-CTAGAT---TTTTCTTTTGATTT-T-TTTTT-TACAAATGATTCTAGCAGCAG-TA--TTAGTGTACGTTAGTTGATTACATTTT-ATCCTG-TGCGTAAAAAGG--CTCAAAATACATG-------AAG-----CG-T----------AGTGTTATTCATTAGCATATGAGAGAGGA--------AA-ATCAGA-------
gi|4 : ctAC--ACCGATCTT-CTGTAA---TTTTCTTCAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGCTTCTAGCTAGAATTG--TT-GTGTAC-TTAGGTTGTGATGTTTTAAA-CGG-TATGCAAAATGGCTCTCAAAATATGTG-------GTGTGGTTTG-TTAATGTTTGCAATCTCATT--TTAGTGTACGATAGAGGT--------AA-TTCTGA-------TGGATATAC-TAAATGGGGTGGATTTT-------TTTCTTC-ATTAAACTAAATTGTCAATG-AAT-AA----------------TTCATATCATCAAC--AAA
gi|4 : ttattcATTTCAAACA----TT--CA-TATTTTATTGATG-TTTA---TTAGGCACAGTTAA-TAAATTCTAAATAT-ATGTGTCATCGTTGCGATGTATAA--T-TA-------TG-ACGACAT-CAGTTT-TTTT-TA-TATCGATCAGACAGA-ACAA--CACAGCAC--CAGTATAGT-ATTTTGTAT-Ttgcactatttcaaacattcatattttattgatgtttattaggcacagttaataaattctaaatatatgtgtcatcgttgcgatgtataattatgacgacatcagttttttttatatcgatcagacagaacaacacagcaccagtatagtattttgtatt
gi|5 : ttattcacaccgatcttctgtaattttcttcaaaagttttcataacagacgcttctagctagaattgttgtgtacttaggttgtgatgttttaaacggtatgcaaaatggctctcaaaatatgtggtgtggtttgttaatgtttgcaatctcattttagtgtacgatagaggtaattctgatggatatactaaatggggtggatttttttcttcattaaactaaattgtcaatgaataattcatatcatcaacaaatgcactAACTTT-CAAC-------AA-----AAAAATA-ATTT-GG-GAGTTTATAT--CAAATTAT---TTT-GCATGATA-------AACGTCAA-G-TGACAAGTAT----GTGCT-TCCCGTA-T--GACGTGA--AAATGAGTA--------AGA-TCATG-A-TG-GACCCTTA----AT-AGAGATATTAA----ACGT---AGCACA----T--TAAC----CTAGAATTTTAAA--CCCCGATCTGGCTAGCAAT---------ACGTCA-AAGTT-TAT-CTC----TTTATTATG-CAGTTGGACAAGCTA-AATCCATC-GTTTTCAGT---AAACGATCATAT-TT-------AAAAAATTTGGAAA--A-CTAAC-ATTTTTTCAA-GT--CAG---------CGC--ACAT-TG------CTAATGTTAC--TGA---TCTACTTTAAAAATGT-TTCATAAACTGACGA
gi|6 : ttC-AGCTAGAATATCACAGCCTCCTGTAAGAAATGATTAAAAATCTTAATTAGAACAACCTCC-AATCA-C--AC-AGTATGTCGA-CTGAT-GTTCTCTAATCAC--ACAT-TATGTCAACTTATCTT-CTATAA---TTTTCTGTAAAAGT-T-TTCAC-CATTGATGATTCTAGTTGTAATTGTTTT-TTATACATCATATTATGACCTTTCAAA-CGG-TCTGCAAAAACA--TGCGAAA-ACGT---------T------TG-TTAC--TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTATCACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCTATATTC-CAA------------------------------ATGAAAC-AATTTTCAAT----T-AAAGT--AA--ATT-ACCTT
gi|7 : TTT-GG-T-A-----AT--GAGAACAT---TTT-TTATCATA---------------TG-T-ACATGTATAT--GCACT-T-CGGTA-T--TATGTCTTTGCATTACTGTTA-AAATTGA-TCACAAA-AG-TA-CCTTA----A------------------------AGCTCAAGTTC--TAC-------ATAA-TTTAAA--CATTGATTCTACTAGCGAT---AA--CAATGGTA-AAA-A-AAAACCTGAAGTTTATCG-A-AAGT---GC-TGCTAGAATCTTACCGCTTTCAGT-ATATATGATTA----TC-------AAACA--CTG--AA--A-C--ATGAAACCATC----T--C-A---------TGTTAACGT-T---C--AGGAACATC-CTA-AAGGGTTTTCTTTGGAAGT-T-CTCTT-AACATATGATTTTAt
gi|8 : ATTGTCAATGTAAT-G--GTTAAG--A---ACCT-CATAGTATTGATCTAAAGTCTCAGTG-CT--GTA---TTGGTGTA-ACATTCCATGGCATATA-G-CATA-CAAATAAACGTC--CACTATTTTCTCAATAATTTACAATCA--CACATTGAATCAGATTCT---TTTCATGTGTCATCGTTC---TCTATAGAATATA-------TGTATGACAT-ACGTTTACTTTCCACTGTTGATT---CAG------ATTACCACACAGTA--AGAACGATTCTATATATTCTTTTTGATCTTAATAGTCTGCCAT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATT
gi|9 : gGGG----TATTTTAA------GGCAAGTCAT----CGCTATTCAGGCTTGTT---AATT-GCACGGTCATTTAAATCCA-TACAG--T----------GG--CAGG-GAATTGT-TATTTT-----AG-----AACA---------GG-T-GTTTACAT--GAGATAAT---TTT-GCATCATA-------A----CA----TGGCATATAT----GTGCA-T-TCATA-A--GGCATCATTACATAAATGTTATAAACATA-TTACAAA-TG-TA-CTGTA----AT-AGAAA-TTGAA----AAAAAGTAACACA----C--TACC----CCAGGA-TTTAAA--CAACGATCTA
blockSeqs : TATGC AACTAA AATT G TAAAA A GCA CAATA TCGATCATAAACAAAAGGACG A G TGAAGAA GT A ATGT TC A TGA T AACGT A TTGG C ATAT A CA A GTCTGTTACA A A CTA TTGG G T G ATTTTAACAGTATA AGTTC CTAG A C AT TT A TGGTAAA G C TTTAT AC GT TGG AA T A A AAAATCTTAATTA AA CCAATCACACAGTATGTCGACTGATGTTCTCTAATCAC . ATGTCA T A T G GGG T AA A G T TT A G CA C A A TA CT TAAACGTGCTGTATAGTG CTTTTT CA C CGCTGGAC C CTTTCAT C T TAAATGGGGTGGATTTT CTG AT T GTCGTCAACAT CT T CGCA T A . T AGGC TT TAAACG GT C C AA CAATCA A T TAAA T C CTT AATA . T C T A CCAC TCAGA AC AA CG GT T G C A T A T TGTG T A T C A T A ATATATATACACTTATTGATATATCTATTTTTTTGTTA TTT TT ATCCCAGC C CTTA . . C C T
blockSeqs : C . TTG G AA . TCA CATTA ATGTCCTATACAGAGGCAAG T . AACGTTT T . GAGT . A . . A . AT T CATA . . A AAGTGTTATG . . ACA . . . G AAAAAAGTAAC CTA . T T . TT A GAACTG G . AAAAA AA TG . T A A A TATTT CA GGAAAACTAACATTTTTTCAAGTCAGCGC . CTAC C . T T . A GT . C A . . G TA C . G CA . AATATGTGGTGTGGTT TTAATG . C . . . C A TAAATGGGACGA CG CA . AAAGTAAATT . . GTAA T G . T AGC TT TAAC . . A AA CAATCA A . T A C GCG T . . C T . TT TC C AA CG GT G . T . . . . CCAT T A T C . T . TAGATATATTTAGTGGTAT . TT TTCAGGGC
blockSeqs : T . ATT T AA . TAA CATTT TGTCCTACATAAAGAGAGA A . GAAA T . CGT . T . . G . . T CTTC . . A CATTGTTATA . . GAC . . . G TGACGTATA C . C . . CC G GATA G . TACA AC G . A T C G AC CA GAAACATGAAACCATCTCATGTTA . G G . T T . A T . C T . . A CA . . A CA . AATACATGAAG GTACT . T . . . A T GAATATT TA GA . GGTTAAGA . . GTA . . . . . A GAT . . C G TTAGG A . T T . C T . . T A . CC TT A A GC GT C . T . . . . CAT T . . . . .
blockSeqs : C . A T TA . TCA TAT CCATACAGTGGCAGG A . TTAA T . TGT . A . . A . . C ATT . . A TGCTGTTAAA . . TA . . . T AACGTAGC C . T . . TT A AACA G . CA GA G . T A A A TT C AAACATGACACCATGATATCCTG . C C . T T . A T . C T . . . T . . C G . AAACGTT TTAC . T . . . G T AAAC CA CT . GGTTAAGA . A CA . . T . . . A . CA T . A AC . T . T . . .
blockSeqs : G . A G AT . ACG TTT TTAGAGACACG A . ACT T . TGT . A . . A . . C CTT . . G AAATGTTATA . . GT . . . G ATA T . C . . AC . . . . T . G . A C C . TC A A . . . . A T . T T . C . . . C . CAA . AC . AA . . TA T . . C . G . . .
blockSeqs : T . . T AA . . . TGGTCGTATT T . TAT T . TGT . C . . A . . T AAT . . A TACTGTTAA . . TT . . . . AGC C . . . . . A T T . . TC T . T . . . . . . .
blockSeqs : C . . T . AAA A . TGT . A . . A . . C CTT . . . GAGTA . . AA . . . .
blockSeqs : G . AA . . TC . T . . A . . T CAT . . . . . . TA . . .
blockSeqs : AG . . TA . A . . A . . . . . . . . . . TA . . .
blockSeqs : . . T . T . . A .
blockSeqs : . . . A . . .
blockSeqs : . T . .
blockSeqCons : AT** TTGTCNTATACAGAGGNACG*********** TAA********* A*********** AACAGTANN****** TNA**** NAACACACACATGTCATGTTA************************** TGC*** CA AACACGTGG************** TTAN*** NAAATG******************* GGTNAANA******** ******* A*
originalCons : NACGCGGG----CATGTTAA------GGCAGGTCATA-TTCTCCATTNATGCACGTT---AATT-CCTCGATCATTTAAATNCG-TCCTA--TTA-A------GA--CAGG-GAACTNC-TAACTT-----AA-----AAAAATA-TTTT-GG-T-GTTTACAT--GAGANTAT---TTT-GTATCATA-------A----CAACG-TGACAAGTAT----GCGCT-T-CCGTA-T--GACGTCATTACATNANTGTTATAAATAGA-TCACGAA-TG-TA-CCTTA----AT-AGAAA-ATGAA----AANA---ANCACA----C--TACC----CTAGGG-TTTAAA--CATCGATCTAACTGGCGAT---NA--TAACGGTA-AAG-T-CA--CCCANAGTTTATCA-G-AAGT---GC-NGCTAGAATCCNACAGCTTTCAGTAAGAAATGATTA----TC-------AAACAATCT---AA--A-C--ACGANTCCGTCGA-GT--C-G---------CGC--ACAT-TGTAC--ACTGATCTT-CTATAA---TTTTCTTTAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGATTCTAGCTGTAATTG--TT-GTGTACGTTAGGTTATGACCTTTCAAACCGG-TGTGNAAAAAGG--CTCAAAATACGTG-------GTG-----TG-TTACT-TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTACGACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCGATATGC-NAA-------------T-------TTTCTTC-GTTGAANNAAATTGTCAATG-AAT-GAAGT--AA--A---ACCTTCATAATATCGAT--AAAGTCTCAGTG-CT-CGCA---TTGGTGTA-ATATTCCATGGCATATA-G-CATATCAAATAA-C-TC--CA-TATTTTNTCGATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TNTCATGTGTCATCGTTNCGATGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-CA-TGTCGATT---CAGA-ACAAATTACANNACAGCAGTATAAC-ATTTCGTAT-TTC-TTTTGATCTT-ATAG-CTG-CGT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTCGGAATTATA-ATA-ACAC-TATT----TAGCNAT-T---------GCTTA---TTTCAATTACGACGTCACATCGTTTCG-GG-----ATCCCA-C-AAAAATTTTCATGANCTGCCTTAGTTAACGTACCCGTGGATGCGCGAACANAAAAT
finalCons : NACGCGGG----CATGTTAA------GGCAGGTCATAT--CTCCATTNATGCACGTT---AATT-CCTCGATCATTTAAATTTGTCNTATACAGAGGNACG-----------GAACTNC-TAACTTTAA---------AAAAATA-TTTT-GG-T-GTTTACAT--GAGANTAT---TTT-GTATCATAA-----------CAACG-TGACAAGTAT----GCGCT-T-CCGTA-T--GACGTCATTACATNANTGTTATAAATAGA-TCACGAA-TG-TA-CCTTA----AT-AGAAA-ATGAAACAGTANN------ACA----C--TACC----CTAGGG-TTTAAA--CATCGATCTAACTGGCGAT---NA--TAACGGTA-AAGTNA----CCCANAGTTTATCA-G-AAGT---GC-NGCTAGAATCCNACAGCTTTCAGTAAGAAATGATTA----TC-------AAACAATCTNAACACACACATGTCATGTTA--------------------------ACAT-TTGC---ACTGATCTT-CTATAA---TTTTCTTTAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGATTCTAGCTGTAATTG--TT-GTGTACGTTAGGTTATGACCTTTCAAACCGG-TGTGNAAAAAGG--CTCAAAACACGTGG--------------TGTTAN---TTTGCAGTTTTATT--TCAGTGTACGACAGAGGA--------AA-ATCGGA-------TCGATATGCNAAATG-------------------TTTCTTC-GTTGAANNAAATTGTCAATG-AATGGTNAANA--------ACCTTCATAATATCGAT--AAAGTCTCAGTG-CT-CGCA---TTGGTGTA-ATATTCCATGGCATATA-G-CATATCAAATAA-C-TC--CA-TATTTTNTCGATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TNTCATGTGTCATCGTTNCGATGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-CA-TGTCGATT---CAGA-ACAA-TTACANNACAGCAGTATAAC-ATTTCGTAT-TTC-TTTTGATCTT-ATAG-CTG-CGT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTCGGAATTATA-ATA-ACAC-TATT----TAGCNAT-T---------GCTTA---TTTCAATTACGACGTCACATCGTTTCG-GG-----ATCCCA-C-AAAAATTTTCATGANCTGCCTTAGTTAACGTACCCGTGGATGCGCGAACANAAAAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AACCGATTGCCTCAGCATTTATCAGCTCTTTATCAGAACGAGGGCGTTAAGACTGTTCAAACTCCATATGCGCGTGTTACTTCCACAGGCAACCGATAA
Unaligned ( gi|25 ): GAAAAAGTAACACAATACATAATGCAAAATCTCATTTATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 111111 333333 1111111 111111111111 1111 111111111111 1111 1111 222222222222 1111 11 222222222 4444444 111 3333333333333 11 111 0000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 111 11 11 11 55555555555555555555555555555555 1111111 77777777777777777777 222222 111 11 1 22222222 1 22222 11 222222 11 11 22222222 1 2222 111 1111 2222222 22222222222222222 1 1 11111 1111 1 1 999999999999999999999999999999999999999 222 777777777777777777777 2222 1 11 1
lowQualScore : 22222 666666 333333 2 5 6666666 999999 5 55 6 1 5 000000000000 22 5 5 4 555 6666 4 44 3 99999 44 1 555 3 777777777777 3 4444 3 99999 4 55 6 9999999999 4 4 0000 8888 4 777777777777 22 77 2222 11 77 66 1 777777777 1 6 3333333 55 666 111 66 1 4 7 2222222222222 11 222 66 6 6666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 6 1 3 111 5 999 5 0 1 1 0 8 11 3 77 5 8 1 11 11 77 00000000000000000000000000000000 77 4 0 8888888 0 6 33333333333333333333 999 22 5 222222 3 333 11 0 0 33333333 3 6 0 3 33333 22 222222 11 8 1 00 22222222 3 0 0000 1 2 000 3333 6666666 8 3 3 6 8888 0 88888888888888888 44 88 1 6 6 6 8 6 0 33333 0 4444 3 0 3 8 0 3 2 111111111111111111111111111111111111111 333 0 88 111111111111111111111 1 4444 5 77 2 5 1
lowQualScore : ..... ...... ...... . . ....... ...... . .. . . . ............ .. . . . ... .... . .. . ..... .. . ... . ............ . .... . ..... . .. . .......... . . .... .... . ............ .. .. .... .. .. .. . ......... . . ....... .. ... ... .. . . . ............. .. ... .. . ................................................. .... . . . ... . ... . . . . . . .. . .. . . . .. .. .. ................................ .. . . ....... . . .................... ... .. . ...... . ... .. . . ........ . . . . ..... .. ...... .. . . .. ........ . . .... . . ... .... ....... . . . . .... . ................. .. .. . . . . . . . ..... . .... . . . . . . . ....................................... ... . .. ..................... . .... . .. . . .
lowQualScore : 66666 444444 333333 8 0 2222222 999999 0 77 6 9 7 666666666666 11 6 3 0 555 4444 2 88 1 33333 22 0 444 1 666666666666 6 0000 0 11111 0 55 2 4444444444 0 0 7777 5555 0 111111111111 00 99 1111 99 99 66 7 000000000 0 7 3333333 00 000 777 77 0 9 1 3333333333333 66 444 44 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555 8888 7 7 2 777 4 666 7 6 0 4 8 0 00 2 22 0 0 4 88 00 22 99999999999999999999999999999999 99 0 4 6666666 3 7 77777777777777777777 888 00 7 888888 3 555 00 2 0 88888888 2 5 0 2 88888 00 666666 00 0 0 22 88888888 2 0 8888 0 5 000 0000 0000000 0 2 7 7 0000 7 33333333333333333 33 22 5 7 3 7 0 0 0 22222 2 8888 2 8 2 8 0 2 0 333333333333333333333333333333333333333 333 7 00 000000000000000000000 0 0000 0 55 5 0 0
consensus : NACGCGGG----CATGTTAA------GGCAGGTCATA----CTCCATTNATGC-AC-------GT--T---AATT-CCTCGATCATTTAA-ATTTG-TCCTATACAGAGGCAGGGAACTACT-AAC-TTT----AAAAAAATA-TTTT-GG-T-GTTTACAT--GAGANTAT---TTT-GTATCATA-------A----CAACG-TGACAAGTAT----GCGCT-T-CCGTA-T--GACGTCATTACATNANTGTTATAAATAGA-TCACGAA-TG-TA-CCTTA----ATAGAAA-ATG--A-----AACAGTANNACAC--TACC----CTAGGG-TTTAAA--CATCGATCTAACTGGCGAT---NA--TAACGGTA-AAG-T-CA--CCCANAGTTTATCA-G-AAGT---GC-NGCTAGAATCCNACAGCTTTCAGTAAGAAATGATTA----TC-------AAACAATCT-G-AA-CAC-ACAA---CA---TNTC-----ATGTT--------A----ACATT-C--GC--AC--TGATCTT-CTATAA---TTTTCTTTAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGATTCTAGCTGTAATTGTT-GT--GTACGTTAGGTTATGACCTTTCAAACCGG-TGTGNAAAAAGG--CTCAAAATACGTGG-------TGT-TA---TTTG----------CAGTTTTATT--TCAGTGTACGACAGAGGAAAATCGGA-------TCGATA-TG--CNAAATG-GA--------TTTCTTC-GTTGAANNAAATTGTCAATG-AAT---G--GTNAANA-ACCTTCATAATATCGAT--AAAGTCTCAGTG-CT-CGCA---TTGGTGTA-ATATTCCATGGCATATA-G-CATATCAAAT-AAC-TC--CA-TATTTTNTCGATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TNTCATGTGTCATCGTTNCGATGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-CA-TGTCGATC---CAGA-AC-AA-TTACANNACAGCAGTATAAC-ATTTCGTAT-TTC-TTTTGATCTT-ATAG-CTG-CGT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTCGGAATTATA-ATA-ACAC-TATT----TAGCNAT-T---------GCTTA---TTTCAATTACGACGTCACATCGTTTCG-GG-----ATCCCA-C-AAAAATTTTCATGANCTGCCTTAGTTAACGTACCCGTGGATGCGCGAACANAAAAT
Reference ( family-4209 ) : NACGCGGG----CATGTTAA------GGCAGGTCATA---TCTCCATTNATGC-AC-------GT--T---AATT-CCTCGATCATTTAA-ATTTG-TCNTATACAGAGGNACGGAACTNCT-AAC-TTT----AAAAAAATA-TTTT-GG-T-GTTTACAT--GAGANTAT---TTT-GTATCATA-------A----CAACG-TGACAAGTAT----GCGCT-T-CCGTA-T--GACGTCATTACATNANTGTTATAAATAGA-TCACGAA-TG-TA-CCTTA----ATAGAAA-ATG--A-----AACAGTANNACAC--TACC----CTAGGG-TTTAAA--CATCGATCTAACTGGCGAT---NA--TAACGGTA-AAG-T-NA--CCCANAGTTTATCA-G-AAGT---GC-NGCTAGAATCCNACAGCTTTCAGTAAGAAATGATTA----TC-------AAACAATCT-N-AA-CAC-ACA----CA---TGTC-----ATGTT--------A----ACATT-T--GC--AC--TGATCTT-CTATAA---TTTTCTTTAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGATTCTAGCTGTAATTGTT-GT--GTACGTTAGGTTATGACCTTTCAAACCGG-TGTGNAAAAAGG--CTCAAAACACGTGG-------TGT-TA--NTTTG----------CAGTTTTATT--TCAGTGTACGACAGAGGAAAATCGGA-------TCGATA-TG--CNAAATG-----------TTTCTTC-GTTGAANNAAATTGTCAATG-AAT---G--GTNAANA-ACCTTCATAATATCGAT--AAAGTCTCAGTG-CT-CGCA---TTGGTGTA-ATATTCCATGGCATATA-G-CATATCAAAT-AAC-TC--CA-TATTTTNTCGATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TNTCATGTGTCATCGTTNCGATGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-CA-TGTCGATT---CAGA-AC-AA-TTACANNACAGCAGTATAAC-ATTTCGTAT-TTC-TTTTGATCTT-ATAG-CTG-CGT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTCGGAATTATA-ATA-ACAC-TATT----TAGCNAT-T---------GCTTA---TTTCAATTACGACGTCACATCGTTTCG-GG-----ATCCCA-C-AAAAATTTTCATGANCTGCCTTAGTTAACGTACCCGTGGATGCGCGAACANAAAAT
gi|1 : ACGCGGG----TATGTTAA------GACAGGTCATACTCTCTCTAT--ATGC-AC-------GT--T---ATTT-CCTTGATAATTTAA-ATATG-TCCTGTTAAGAAACAGGGAACTTCT-AAC-TT-----AAAAAAATA-TTTT-GG-C-GACTGCGT--GAGATTCT---TTT-GTATCATATCAAGATAT---CAACA-TAAAAAGTAT----GTGCT-T-CCGTA-T--GACGCCATTGCATGGGTCTTATGAATAGA-TCAGGAA-TG-TT-CCTGT----ATAGAAA-ATG--A-----AAAAA-ACCAGAC--TACC----CTGAGA-TTCAGA--CATTGATCTAACTAGCGAT---TA--TTACAGTA-AAG---CA--CCCATAGTTTATCA-A-AAGT---AC-AGCTAGAATTCGACAGCTTT-AGCAAGAAATAATTA----TT-------AAAGAAT-T-T-AA-CTC-ATAACT-C----TCTC-----GAGTT--------GTGC-ACATG-T--GT--ACAGTGGTCTT-TCATAA---TTTTCTTTAAATGT-G-TTTAT-AACGGACGATTGTAGCAGTAATTGGT-GT--GTACGTTTGGTTATGACCTCT-AAACCGT-TGTGGAAAAAGG--CTCAAG----GT-G-------TAT-CAC-TTTTG----------CAGTTTTATT--TTAGTGTACGAAAGAGGTAAATCGGA-------TTGACA-TG--CT----------------TTTCTAA-ATAAAATGAAATTGTCAATG-AATAAAA--GCAACTA-ACTTTCATCATATCGAT--AAAATATTTGTT-CTACGCATATTTGGTGTATATATTCCATAGCATATATA-TATATCAAAT--AC-TC--CA-CATTTTGTTGAT-ATTTAC-----------TTG-A-CAGAGTC-----ACCGAATGCCATCGTCACGATGTGTAG--C-TACATTGTTTG-ACGTCAT-CAGTTTATTTT-CA-TGTTGA-A---CAGA-ATAAA-TTACAAGACAGCAGCATAGC-ATTTCGAAT-TTC-TTTTGATCTTCGTAG-CTG-AAT-AGTATGGATTAAGATTAA-ATG-AAATTAAATTCGGAATTA-A---A-ACACATACT----TAGCCAT-T---------GCTTA---TTTCAATTGTGACGTCACA-CGTTTCGCGGACTTAATCCCA-CTAGAAAATTTCATGAATTGC----GTTAACGTACCCGTGGATACGTGAA-AGAAAAT
gi|10 : gGGG----CGTGTTAA------AGTAGGTTATA----CTCCATCGATGA-AC-------GT--TTAAAATT-CCGCAATCAATAAA-GTATG-TCCTATACAGAGGCAAGGAACTAGC-AA--TTTGA--AAAAAAATA-TTTT------------AT------ATAT---TTT-GTATTATA-------A----CAACA-TGAC--GTAT----A-G------CGTA-T--GCCGTC-TT-C------------AATATG-TCACGAA-GG-TA-TTTTG----ATAGAAA-ATG--A-----AAa
gi|11 : caaccgatagcccaaatatccatcagctctttatcagcatgagggtgaA-TTTT-GGAT-GTTTACAT--GAAAATAG---ATT-GCATCA---------G----CAACA-TGGCAAATAT----GCAAT-T-CGGTA-T--GGGGTCATTACATGTCTGTTACAGATAGA-ACAAGAA-TGCTA-TCTTC----AT-GAGA-A-------------AGTATAACAC--TACT----CATGGG-CTTAAA--TATTGATTAAATTGGCGAT---GAACTGTTGGTA-GAA-T-----CCTACAG-TTGTCA-GTAAG
gi|11 : ctactaaattctaca-G-AACT---GT-TGGTAGAATCCTACAGTTGTCAGTAAGAAATGTTTA----AC-------AAAC-ATCT-G-AA-CAaaatgtttaacaaacatctgaaca
gi|12 : ctactaaattctacaattttggatgtttacatgaaaatagattgcatcagcaacatggcaaatatgcaattcggtatggggtcattacatgtctgttacagatagaacaagaatgctatcttcatgagaaagtataacactactcatgggcttaaatattgattaaattggcgatATGCGGGTATGCATGTAAA------GACAAGTTTTG----CTCCATTGATGC-AC-------GC--T---AATA-ACTCAATTAT--GA-ATTT----------AGAGACACGTAACTTCT-AAC-TTT----GAAGAAAAA-AATT-GG-C-GTTTACAT--GAAATTAT---GTT-GTATCATA-------A----CAACG-TGACAAGTAT----TTGCT-T-CAGTA-T--GACATCATTACACAAGTGTTATGAATAGA-TAACAAA-TG-GT-CCTTA----ATAAAAA-A
gi|13 : AC-TTT----TTAAAACTA-TTTT-G---------------AGTAAAT---TTT-GTATCATA-------A----CAATG-TGACAAATGT----GTGATAT-CCGTAATCAGATGTCATTACATCATTGTTATAGATAGA-TCGTGAA-TG-TT-GTTTATTGGGTAGAAA-ATG--AATTTTAACAGTATAACACTATACCCTAGCTAGGG-TTT-AA--CA--G--CTA--TGGTGATTGGTA--AAAC-GTACAAG-TACA--CCCAAAGTTTAa
gi|14 : gTTTAAA-GT-AATTCAC-AATAGACGATTGTAGCTTTGATTGCT-GT--GTATGTTAGGTTATGACCTTTCAAACAGGATATGG--AGAGT--CTTAATAAACGTGC-------TGTATA--GTGTGCTTTTTTTTCCAGTTTCATT--CCAGTGTACTGCAGATGAACATCAGA-------TCGATA-TA--CTAAATGGGACGA-----TATTTTC-GTTGAAATAAATTATTGATG-AGT---
gi|15 : TGTATAG--T-TA-------TG-ACGTCAT-CAGTTTACTTT-TT-TATCGAT----CAGACAC-AAATTACACGACAGCAGTATAAA-ATTTCGTAT-TTC-TTTCGTTCTT-GTAA-CTC-TGTGGTT-T--ATC---CT----ATGAAAATAAAA-TCAGAATT-TAGATA------TATT----TAGTGGTAT---------ACTTA---TTTCAGTTACGACGTCACATTGT------------ATCCCAGC-AAAAATTTTCATaaaat
gi|16 : CCATTAATGCTACAAAAATTGTAGT---AATT-CTT-------TTAAGAATTG-TCG---ACAAAGAAGGTGAGCTACT-ACC-TTTT---AAAAAACTC-TTTC-GG-T-GTTTACATTCAGGAATAT---TTTTGTATCATA-------A----CAACGATGACAAATATTTGGGCGCA-TATTGTA-T--GACGTTAT---------------AATAGAATCACGAAATGACA-CCTTA----ACAGAAA-Aac
gi|17 : tgcaTTTG----------CATTTTT-TT--TCAGTGTATGACAGAGGAAAATCAGACTTTCATTCAGAA-TG--GAATATT-----------TTTTTTT-ATTGAGCAAAATTGTCAAAA-AAT---GTCGTCAACATATTTTCATAATACCGAT--AAATTCTCAACGTTT-CGCA---T--ATATA-ATAT---GTGGCATAT-----ATTTTAAA--GAT-TC--TA-TAT
gi|18 : ctgtttttagactACCCGGG----TATGTTAAAACTAAGGCAGGTCATA---T-TCTATTTATGT-AT-------GG--A---AATTACCTAAGT--TTTAG-ATTCGATCATAAACAAAAGGACGGAGCTACT-AAC-GTA----CTAAAAATAGTCTC-CG-T-GTTTACGC--GAGACCAT---TTT-GTATC
gi|19 : TTTG-TCCTACATAAAGAGAGAAAACTACT-AAT-TTT----ATGAAACTA-TTTTAGG-T-GTTTACAT--GAGAATATTGATTT-GTATCATA-------A----CAACA-TGACgggtcaattttgatgttaaat
gi|2 : cgcgggtaaggtcctataaatatttatgattccatttatgcacgTGG-------TAC-T----TTTG----------TGTTTCTATT--T-GGTATATGACAAAGGACGCT-GGA--------CAACAGTGGCTAAAATGCAAAC------TTTCTTCTGTTGAAGAAGATTGTCAATG-AAT---G--GTTAAGA-ACCTTCATAATATTGAT--TAAGTCTCAGTG-CT-GTAA---TTGGT--A-CTATTCCATGGCATATA-GGCATA--AAAT-AAC-TTGTCA-TATTTTCTCAATAATTTACAATCA--CACATTGAA-CAGATTCT---TTTCATGTGTCATCGTTCTTATATATAG--T-TA-------TG-A----ATACGGTTTACTTT-CC-TGTTGA-T---CAG--AC-A--------CACAGTA--AGAAC-ATTCTATAT-TTC-TTTTGATCTT-ATAG-TTG-CAT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATTT-TAATTATATATATACACTTATTGATATATCTAT-TTTTTTGTTAGTTTATTTTTTCAATTATGATGTCATATTGTTTCA-GG-----GC--------AAGATTTTCATGACCTGTCTTAATTAATGTA-CCGT--ATGCGCCAACATAAAAT
gi|20 : ctatttGGG----CATGTTAA------GGCAGGCCATA----ATTCATTGATGC-AA-------GT--T---TATT-CCTCAATCATTAAA-ATTGG-TCGTAT----TGCTTCGGAATT--T-A----------AAAAAAATA------GG-T--CTAACAT--GAGATTAT---TTT--TATCATA-------A----CAgt
gi|22 : tatgcaaGTCAA-CAGTTCAGGAT-CA-TGTTGATC---CAAC-AC-AAATTACACGACAGAAGTACAAC-ATTT-ATAT-TTC-TTTTAATTTT-A
gi|23 : GTTTATCA-G-AAGT---GC-AGTTAGAATCCAACAGCTTTCAGTAAGAAATAATTA----TT-------AAA-AATCT-A-AA-CAT-ACatacatgtaactttactgt
gi|24 : CGCAGG----GATGTTAA------AACAAGTCATA----CTCCATTTACTC-AC-------GT--T---ATTT-CCcaccttatcca
gi|3 : CTACTTAACGTTT----GAAAA--TA-TTTT-G-----TTTACGT--GAGAACAT---TTT-GTATCGTA-------A----CCACG-TGACAAATAT----GCGAA-T-CCGTA-T--CACGCTATT--ATTGCTGTTAAAAATATA-TCACGAA-TG-AA-CCTTA----ACAGAAC-ATG--AT----GAC-GTATAACAC--TACC----CCAAGGCTTTAAAATCATTGATCTAACCGGCGAT---GA--TAACGTTA-AAG---CA--CCCACACTTTATTA-G-ATGT---GC-TGCTAGATTCTTATCGCTTTCATTGGGAAATAACTA----TC-------AAAT-ATCT-A-AA-CATGACAC---CA---TGAT-----ATCCT--------G----ATATTCT--AC--AC--TGATTTT-CTAGAT---TTTTCTTTTGATTT-T-TTTTT-TACAAATGATTCTAGCAGCAG-TATTAGT--GTACGTTAGTTGATTACATTTT-ATCCTG-TGCGTAAAAAGG--CTCAAAATACATGA-------AG---------CG----------TAGTGTTATTCATTAGCATATGAGAGAGGAAAATCAGA-------
gi|4 : ATT-C--AC--AC--CGATCTT-CTGTAA---TTTTCTTCAAAAGT-T-TTCAT-AACAGACGCTTCTAGCTAGAATTGTT-GT--GTAC-TTAGGTTGTGATGTTTTAAA-CGG-TATGCAAAATGGCTCTCAAAATATGTGGTGTGGTTTGT-TAATGTTTG----------CAATCTCATT--TTAGTGTACGATAGAGGTAATTCTGA-------TGGATA-TA--CTAAATGGGGTGGATTTTTTTCTTC-ATTAAACTAAATTGTCAATG-AAT---------AA------TTCATATCATCAAC--AAA
gi|4 : ttATTTCAAAC-A---TT--CA-TATTTTATTGATG-TTTA---TTAGGCACAGTTAA-TAAATTCTAAATAT-ATGTGTCATCGTTGCGATGTATAA--T-TA-------TG-ACGACAT-CAGTTT-TTTT-TA-TATCGATCAGACAGA-AC-AA--CACAGCAC--CAGTATAGT-ATTTTGTAT-Ttgcactatttcaaacattcatattttattgatgtttattaggcacagttaataaattctaaatatatgtgtcatcgttgcgatgtataattatgacgacatcagttttttttatatcgatcagacagaacaacacagcaccagtatagtattttgtatt
gi|5 : ttattcacaccgatcttctgtaattttcttcaaaagttttcataacagacgcttctagctagaattgttgtgtacttaggttgtgatgttttaaacggtatgcaaaatggctctcaaaatatgtggtgtggtttgttaatgtttgcaatctcattttagtgtacgatagaggtaattctgatggatatactaaatggggtggatttttttcttcattaaactaaattgtcaatgaataattcatatcatcaacaaatgcactT-AAC-TTTCAACAAAAAAATA-ATTT-GG-GAGTTTATAT--CAAATTAT---TTT-GCATGATA-------AACGTCAA-G-TGACAAGTAT----GTGCT-TCCCGTA-T--GACGTGA--AAATGAGTA--------AGA-TCATG-A-TG-GACCCTTA----ATAGAGATATT--A-----AAC-GTAGCACAT--TAAC----CTAGAATTTTAAA--CCCCGATCTGGCTAGCAAT---------ACGTCA-AAGTT-TAT-CTC----TTTATTATG-CAGTTGGACAAGCTA-AATCCATC-GTTTTCAGT---AAACGATCATAT-TT-------AAAAAATTTGG-AA-AAC-TAA----CATTTTTTC-----AAGTC--------AGCGCACATT--------GC--TAATGTTAC--TGA---TCTACTTTAAAAATGT-TTCATAAACTGACGA
gi|6 : tC-AGCTAGAATATCACAGCCTCCTGTAAGAAATGATTAAAAATCTTAATTAGAACAACCT-CCAATCAC-ACAG---TA---TGTCGACTGATGTTCTCTAATCAC---ACATTAT--GTCAAC--TTATCTT-CTATAA---TTTTCTGTAAAAGT-T-TTCAC-CATTGATGATTCTAGTTGTAATTGTT-TTTTATACATCATATTATGACCTTTCAAAC-GG-TCTGCAAAAACA--TGCGAAA-ACGTT--------TGT-TA--CTTTG----------CAGTTTTATT--TCAGTGTATCACAGAGGAAAATCGGA-------TCTATA-TT--CCAAA-----------------------TGAAAC-AATTTTCAATT-AA----A--GTAAATT-ACCTT
gi|7 : TTT-GG-T-A-----AT--GAGAACAT---TTT-TTATCATA---------------TG-T-ACATGTATAT--GCACT-T-CGGTA-T--TATGTCTTTGCATTACTGTTA-AAATTGA-TCACAAA-AG-TA-CCTTA----A----AG-CTC--A-----A---GTTCTACA------------TAA---TTTAAA--CATTGATTCTACTAGCGAT---AA--CAATGGTA-AAA-A-AAAACCTGAAGTTTATCG-A-AAGT---GC-TGCTAGAATCTTACCGCTTTCAGT-ATATATGATTA----TC-------AAACA--CT-G-AA--AC-ATGAAACCA---TCTC-----ATGTT--------A----ACGTT-CAGGA--AC----ATC---CTA-AAGGGTTTTCTTTGGAAGT-T-CTCTT-AACATATGATTTTAt
gi|8 : ATTGTCAATGTAAT---G--GTTAAGA-ACCT-CATAGTATTGATCTAAAGTCTCAGTG-CT--GTA---TTGGTGTA-ACATTCCATGGCATATA-G-CATA-CAAATAAACGTC--CACTATTTTCTCAATAATTTACAATCA--CACATTGAATCAGATTCT---TTTCATGTGTCATCGTTC---TCTATAGAATATA-------TGTATGACAT-ACGTTTACTTTCCACTGTTGATT---CAG------A-TTACCACACAGTA--AGAACGATTCTATATATTCTTTTTGATCTTAATAGTCTGCCAT-ACT-T--ATTAAACTTAACATG-AAATAAAATT
gi|9 : gGGG----TATTTTAA------GGCAAGTCAT-----CGCTATTCAGGC-TT-------GT--T---AATT-GCACGGTCATTTAA-AT------CCATACAGTGGCAGGGAATTGTT-A-T-TTT----AGAACA---------GG-T-GTTTACAT--GAGATAAT---TTT-GCATCATA-------A----CA----TGGCATATAT----GTGCA-T-TCATA-A--GGCATCATTACATAAATGTTATAAACATA-TTACAAA-TG-TA-CTGTA----ATAGAAA-TTGAAA-----AAAAGTAACACAC--TACC----CCAGGA-TTTAAA--CAACGATCTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AACCGATTGCCTCAGCATTTATCAGCTCTTTATCAGAACGAGGGCGTTAAGACTGTTCAAACTCCATATGCGCGTGTTACTTCCACAGGCAACCGATAA
Unaligned ( gi|25 ): GAAAAAGTAACACAATACATAATGCAAAATCTCATTTATTT