lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111111 1 1 1111 5555555555 1111 9999999999999 1 888888888888888 111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 11 55555555555555555555555555555555555555 111111111 2222222222222 1
lowQualScore : 999999 7 5 0000 5 7777777777 5 7 0000 5555555555555 0 6 88 7 0 9 222222222222222 555 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 4 000000 8 2 5 44 5 66666666666666666666666666666666666666 4 55 999999999 7777777777777 7 6
lowQualScore : ...... . . .... . .......... . . .... ............. . . .. . . . ............... ... . ............................................................................................................................................................................................................................................................................ . . ...... . . . .. . ...................................... . .. ......... ............. . .
lowQualScore : 222222 0 3 6666 0 9999999999 0 1 6666 0000000000000 2 5 00 3 7 0 222222222222222 555 7 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 4 777777 9 2 0 44 0 44444444444444444444444444444444444444 0 55 999999999 1111111111111 0 0
consensus : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTG----ACA-AAA-NACT----TAAA-TTCACA----TAGTTTTCACC---AGACA-A---CCCCCCCCCCCCCCCNCACACACGCATATACATACGCGCGCNCC-CCC----AAAACTA-AATATG-ATGAATGTTGAAAC----TA----AT----TA------AN-AAGTAA--AA------AC-----A-----GTA--------TAAATAA-----------CAC-TCTGA-GG--TATA-CT-TTTCTACT-GT---------TT-ATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TACATN--AAA-----------TTAT------T----AAANGT-G-CATTA-AA-A---TG------TA-A--TA------CC-G--TGTTA------TG-T-GT-----------NAT-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT---T---ACCC------C--TCTCCCACTAAC------TAT-TTGA--ATTTAG-----ATTTTT---A-T---CCG-ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
Reference ( gi|2 ) : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAAAGTATG----ACA-AAA-TACT---CTAAA-TTCGCA----TAGTTTTCACCTTGGGGCA-A---CCCCCCCCCCCCCCCCCACACACACACACACACACACAC-CACC-CCTT--TAAAACTA-AATATG-ATGAATGTTGAAAC----CA----AT----TA------CG-AGGTAA--AA------AC-----A-----GTA--------TAAATAA-----------CAC-TCTAACGGTCTATAACT-TTTCTACT-GC---------TT-GTTCACAA-ATGA-AA-GTG-TACATG--AAA----------TTTAT------T----AAAAGT-G-CATTA-AA-A---TG------TA-A--TA------CC-G--TGTTA------TG-T-GT-----------AAT-CGA-TGTTG----GATGA-CAGA-AACATACAGGAGT-TTT---T---ACCC------CA-TCTCCCATTAAC------TAT-TTGA--ATGTAG-----ATTTTT---A-T---CCA-ACATTGATCTTATGATTTTGCCC
gi|7 : GGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTG----ACA-AAA-AAAT-----AAA-TTCACA----TAGTTTTTACC------CA-AACCCCCCCCCCCCCCCCCACACACACACATATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATG-ATGAATGTTGAAACTAATCG----AT----TA------AC-AAGTAAACAA------ACG----A-----GTA--------TAAATAA-----------TAC-TCT----GTGTATA--T-TCTCTACT-ACATAATGTATTT-ATTCACAA-ATAA-AA-GAG-TACATT--AAA----------
gi|6 : ttaGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTG----ACA-AAA-AAAT-----AAA-TTACAA----TAGTTTTTACCC--AGAC------CCCCCCCCCCCACCCACACACACACATATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATG-ATGAA--TTGAAAC----TA----ATCGA-TA------AC-AAGTAAACAA------ACG----A-----GTA--------TAAATAA-----------TAC-TCT----GTGTAT---T-TCTCTACT-ACATAATGTTTTT-ATTCAAAA-ATAA-AA-GAG-TACA
gi|1 : tataatgaaattttaGAGGCGAGAAAATAATCAAAA--TCAATGCTTG----ACA-AAAATACT---T--AA-TTTACAATGTTGATTTCTACC----AGCA--------CCCCCCCCCCCCCCGCCCAGGC-CA-ATCCCCCCAC-CCCC-CCCGAAAAAAACTA-GATATGAATGAATGTTGAAACTAATCG----AT----TA------AGCAAACAA--AAAAATGTAC-----AATATTATA--------TAAATTG-----------CACTTCTGA-----TATACCT-TTTCTACCAGT---------TT-ATTAAATA-ATGA-AAGGTG-TATTTGCCAAA-----------TCAT------T----AAATG--G-TACTA-TA-ATACTG------GA-A--TA------TC-----ATTA------TG-T-GT------------AT-TGA-TGTTA----GATGAGCAGA-ATCTTACAG--GT-TTT---T---ATCCACCTGTCC-TCT-CCGTT--T------TATGTTAAGTATTTAG-----ATTTTT---A-T---CAC-ACATT
gi|5 : taaGGGGTGATA------TTAAAAGTTCAATGTCTG----ACA-ATA-AACTAAATTGAATTTCACA----TAGTTTTCATC--AAGACATA---TCCCCCAGCCCTCCCTCACtcatacttccttctgat
gi|15 : aaGGGGTGAGA------TCAAAAGTTTTATGTCTG----ACA-AAA-AA------TAGA-TTCACA----TAGTTTTCACggtgaatgttgaaaatatatatattgatcatcagtgtgtgaaaatcaatgttggatgacataaacttacaggagttttacatgtaactccctcccctaacttcatgtatttaaatttagattttttaaaaccagacattgatcat
gi|13 : taGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGGTCAACA-AAA--AC-------AA-TTCACA----TAGTTTTCACtactaaacatatat
gi|4 : acttagtTTCAATGTCAG----ACA-AAA-TACT-----AAA-TTCACA----TAGATTTCACCAAGAGCCT-A---CCTCCTCCCtataacatgatgaatgttgaaactaatggattaacaagtaaaaacatatgagtatactaataaat
gi|16 : TG----ACATAAA-T------CTAAA-TTCACA----CAGTTTTCATCttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatttagaaatgaaagtgtataatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|4 : agggaaaacattgaaatctaatatcAC-CTCCTCCCT--TAATACTA-AAGAAA-CTAAATG-----------------AT----TA------AG-AGGTAA--AT------AT-----G-----GTAGGAGTATATAAATAATTAATTAAATGCAC-TC---CG---TATACCT-CTTCT----GT---------TT-ATTTAGAA-ATGA-AA-GTG-TATAaacaccccag
gi|13 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctACTATAACATG-ATGAATGTTGAAAC----TAATGGAT----TA------AC-AAGTAA--AA------AC-----A------TA--------TGAGTAatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|3 : acttagtggcgagatcaaaagttcaatgtctggtcaacaaaaacaattcacatagttttcTA-AATAT--ATGAATGTTGAAAC----TA----AT----TAATTAACCA-AGATAT--AA-------T-----A-----AT---------TAAATG------------CAC-T--AATG--C-----CT-CGTTCACT-AT---------TT-ATTCTCAA-ATGAGAA-GTG-TATTTT--TAA----------ACTAT------TTTACAATAGT-A-TATTA-AA-A----G------CA-A--------------------A------T--T-GT-----------CAT----------------TGA-CAGGCAATTTACGAGAGT-TCC---T---CCCC------CC-CCCCCC-----C------CA--TTGA--ATTTAG-----ATTTTT---A-T---CT--ACATCGACTTTtactaataaat
gi|17 : caatctctaacaaagctagaattcacatagaattcaatgagaaatcccccaggagccccaaG-ATGAATGTTGAAAC----TA----ATCGACTA------AT-AAATAA--AA------ACATACGA-----GTA--------TAAtactgctc
gi|10 : ccG-AAGTAA--AA------GCTTACAA-----ATA--------TAAATAAAGCA-------CAC-TCCA------TGTA-CTGTTTCTACT-GT---------CT-GTTCACAA-ATGA-AA-GCG-T-TTTC--AAA-----------TTAT------T----ACACGT-A-CATTA-GA-A---TG------CA-A--T-------------T----------TG-T-GC-----------ATC-CAA-TGCTA----CATGT-CAG
gi|11 : actaaattacatgcagagaccccttcccctaaaCTGACGG-CTGTA-CT-TTTCAACT-GA---------TT-AT-CATAATATGC-A--GTG-GACATT--AAA-------------AT------C----A-----------TG-AG-A---TG------TA-A--TA------TC-A--T-TTA------TAATAGT-----------GATGCGAGTGTCG----GATGA-C--A-AACTTACAGAGGTGTTT---T---AACC----------CTCCTA-----------TAT-TTGA--TTCT-G-----ATTTTT-----T---CTG-AC-TTGATTT
gi|8 : T-GC---------TTTATTCACAA-AT---AA-GTGCTACATC--AAACTGCTGACTGTTT-T------T----AAAATG-G-TATTA-TATA---TGGTGATTTA-AGTCA------CAAG--TGTTT------TT-C-CC-----------TAT-CAA-TATCGTGCCGATGA-TAGA-AACGTACGGGAAG-CGT---T---ACCCA-----CACTCCCCCAC--AC------TAT-TTGA--ATTGAG-----ATTTTT---A-C---CCG-ACATTGCTATTTTGATCTCTCCC
gi|9 : atatacttgt-GT---------TT-ATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TACATG-----------------TATAGTACAT----AAAAGTCA-CATTG-AA-----TG------TACA--TAAAAAGAC-----TATAAACAAATTG-T-GT-----------AAT-CGA-TGTTG----GACAATCAAA-AATG-ACAGGAGT-TTT---G---ACCT------CG-TCCCC--TCAAG------TAT-TTGA--CTTTAGATTTTATTTTT---A-TCTGCCATATATAGATCTTTTGATC
gi|12 : AA----------TTTAT------T----TTATGT-GGCCTTA-AG-T---TG------TA------------CCAG--AGCTA------TG-T-GTGTATCATAATAAAT-TGA-TGTCC----GATGA-CTGA-AACTGGCGGGAAT-CTT---T---AT-------------TCCCACAAAC------TAC-TTAA--AT-CA------ATTTTT---A-T---TGG-ACATTGATCTca
gi|4 : TTAGAA-A---TG------AA-A-------------G--TGT-A------TAAT-AT-----------CAT-CGA-TGTCA----GATGA-CTGA-AACTTATGGGAGT-TTT-------AATC------CA-CCTCCCCCTAAC------TAT-TTGA--ATTTAA-----ATTTTT---ACT---TC------TGATCTT
gi|5 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatA-AA-A---TA------TATA--TA------TT-GATCATCAG-----TG-T-GTGAA--------AAT-CAA-TGTTG----GATGA-CATA-AACTTACAGGAGT-TTTACATGTAACTC------C---CTCCC-CTAACTTCATGTAT-TTAA--ATTTAG-----ATTTTTTAAA-A---CCAGACATTGATCgcttcttact
gi|7 : aaggggtgatattaaaagttcaatgtctgacaataaactaaattgaatttcacatagttttcatcaagacatatcccccagccctccctcacggtgaatgttgAAC------TAT-GTGA--ATTTAT-----TTTTTT---G-T---CAG-ACATTGAACTTTTGATCTTGCCCat
gi|6 : ttagAAC------TAT-TGTA--ATTTAT-----TTTTTT---G-T---CAG-ACATTGAACTTTTGATCTTGCCCtttacccaaacccccccccccccccccacacacacacatatacatacgcgcgcacaatttatgatgaatgttgaaactaatcgattaacaagtaaacaaacgagtataaataatactctgtgtatattctctactacataatgtatttattcacaaataaaagagtacattaaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GGGGATACTACTTTAAGTATACCAGGTACATCTTGGAGTCACAAGATTTTAACACCCCCCCCCCCCCCCCCCCACACACACAT
Alignments
lowQualScore : 111111 22222222222 4444444444444 444444444444444444 44444444444444 11 444444444444444444444444444444 555555555555555555555555 333333333333333333333 22222222222222 111 11111111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 222222222222222222222222222222 11111 1111111111111
lowQualScore : 666666 9999 77777777777 4 4 8888 55 4 5555555555555 7 2 0 7 0 0 6 1 777777777777777777 5 33333333333333 99 22 333333333333333333333333333333 0 333333333333333333333333 66 8 4 888 000000000000000000000 4 4 4 4 4 99999999999999 3 333 77777777777777 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 4 4 9999 8 2 4 4 11111 0 333333333333333333333333333333 4 66 0 11111 9999999999999 0
lowQualScore : ...... .... ........... . . .... .. . ............. . . . . . . . . .................. . .............. .. .. .............................. . ........................ .. . . ... ..................... . . . . . .............. . ... .............. . ....................................................... ... . . .... . . . . ..... . .............................. . .. . ..... ............. .
lowQualScore : 444444 4444 11111111111 0 0 5555 55 0 2222222222222 5 8 8 0 2 2 5 0 222222222222222222 7 99999999999999 99 22 444444444444444444444444444444 4 333333333333333333333333 11 9 4 666 222222222222222222222 0 0 0 0 0 00000000000000 9 888 88888888888888 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 4 4 4444 9 2 4 4 11111 9 666666666666666666666666666666 4 11 8 11111 0000000000000 1
consensus : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTG----ACAAAAA-AC----T-TAAA-TTCAC-A----TAGTTTT--CA-CC---AGACA-A---CCCCCCCCCCCCCCCNCACACACACATATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATG-ATGAATGTTGAAACTAAT-GA----T----TAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----GTA--------TAAATAA-----------CAC-TCTGA--G-T--ATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--C-----------AAATT---ATT----AAATGTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TACC--C---C-C---CTC-CCNCTAAC------TAT-TTGA--ATTTAG-----ATTTTT----ATCNG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
Reference ( family-4205 ) : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTG----ACAAAAN-AC----T-TAAA-TTCAC-A----TAGTTTT--CA-CC---AGACA-A---CCCCCCCCCCCCCCCNCACACACGCATATACATACGCGCGCNCCCCC-----AAAACTA-AATATG-ATGAATGTTGAAACTA----A----T----TAA-NAAGTAA--AA------AC-----A-----GTA--------TAAATAA-----------CAC-TCTGA-GG-T--ATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--N-----------AAATT---ATT----AAANGTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TACC--C---C-T---CTC-CCACTAAC------TAT-TTGA--ATTTAG-----ATTTTT----ATCCG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
gi|1 : GAGGCGAGAAAATAATCAAAA--TCAATGCTTG----ACAAAAATAC----T-TAA--TTTAC-AATGTTGATTTC--TA-CC---AG-CA-------CCCCCCCCCCCCC-CGCCCAGGC-CA---ATCCCCCCACCCCCCCCGAAAAAAACTA-GATATGAATGAATGTTGAAACTAATCGA----T----TAAGCAAACAA--AAAAATGTAC-----AATATTATA--------TAAATTG-----------CACTTCTGA----T--ATACCT-T--TTCTAC---------CAG---------TTTATTAAATA-ATGA-AAGGTG-TA-TTTGCC-----------AAATC---ATT----AAATG-G-TACTA-TAATACTG----GA-ATATC-----A--T-TA--T-----G-T-GT------------A---T-TGA-TGTTA----GATGAGCAGA-ATCTTACAG--GT-TTT-----TATCCAC---C-TGTCCTCTCCGTT--T------TATGTTAAGTATTTAG-----ATTTTT----ATCAC----ACATT
gi|10 : taaAA-GAAGTAA--AA------GCTTACAA-----ATA--------TAAATAAAGCA-------CAC-TCCA-----T--GTA-CTGT--TTCTAC---------T-G---------TCTGTTCACAA-ATGA-AA-GCG-T--TTT--C-----------AAATT---ATT----ACACGTA-CATTA-GAA---TG----CA-ATtcatacttccttctgat
gi|11 : actaaattacatgcagagaccccttcccctaCTGACGGCT--GTA-CT-T--TTCAAC---------T-G---------ATTAT-CATAATATGC-A--GTG-GA-CAT--T-----------AAA-----ATC----A----------TG-AGA---TG----TA-ATATC-A--T---T-TA--T-----AATAGTG-----------A---TGCGAGTGTCG----GATGA-C--A-AACTTACAGAGGTGTTT-----TAAC--C---C-T---C------CTA--------TAT-TTG---ATTCTG-----ATTTTT-----TCTG----AC-TTGATTTttgtgcatccaatgctacatgtcag
gi|12 : -----------AATTT---ATT----TTATGTGGCCTTA-AGT---TG----TA----CCAG--AG--C-TA--T-----G-T-GTGTATCATAATAAA---T-TGA-TGTCC----GATGA-CTGA-AACTGGCGGGAAT-CTT-----TAT--------------TC-CCACAAAC------TAC-TTAA--ATC--A-----ATTTTT----ATTGG----ACATTGATCT
gi|13 : GGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGGTCAACAAAA--AC--------AA-TTCAC-A----TAGTTTT--CA-CT---A
gi|13 : acttagtACTATAACATG-ATGAATGTTGAAACTAATGGA----T----TAA-CAAGTAA--AA------AC-----A------TA--------TGAGTAtaacatgatgaatgttgaaactaatggattaacaagtaaaaacatatgagtatactaataaat
gi|14 : acttagtggcgagatcaaaagttcaatgtctggtcaacaaaaacaattcacatagttttcC----T-TGGA-GTCAC-A----AGATTTTAACA-CC-------------CCCCCCCCCCCCCCCCCACACACACATtactaataaat
gi|15 : ggggatactactttaagtataccaggtacatGGGGTGAGA------TCAAAAGTTTTATGTCTG----ACAAAAA-A-------TAGA-TTCAC-A----TAGTTTT--CA-CT---A
gi|16 : taAAATCTAATATCTG----ACATAA--AT----C-TAAA-TTCAC-A----CAGTTTT--CA-TC---A-ACA-C---CCCctaaacatatat
gi|17 : agggaaaacattgG-ATGAATGTTGAAACTA----A----TCGACTAA-TAAATAA--AA------ACATACGA-----GTA--------TAAag
gi|2 : ccGGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAAAGTATG----ACAAAAT-AC----TCTAAA-TTCGC-A----TAGTTTT--CA-CCTTGGGGCA-A---CCCCCCCCCCCCCCCCCACACACACACACACACACACAC-CACCCCTTT---AAAACTA-AATATG-ATGAATGTTGAAACCA----A----T----TAC-GAGGTAA--AA------AC-----A-----GTA--------TAAATAA-----------CAC-TCTAACGG-TCTATAACT-T--TTCTAC---------T-G---------CTTGTTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--G-----------AAATTT--ATT----AAAAGTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GATGA-CAGA-AACATACAGGAGT-TTT-----TACC--C---CAT---CTC-CCATTAAC------TAT-TTGA--ATGTAG-----ATTTTT----ATCCA----ACATTGATCTTATGATTTTGCCC
gi|3 : CCCC-----AA---TA-AATAT--ATGAATGTTGAAACTA----A----T----TAATTAACCAA--GAT-----AT-----A-----ATAAT------TAAAT-G-----------CAC-T---A-------ATG-CC-TCGTTC-AC---------T-A---------TTTATTCTCAA-ATGAGAA-GTG-TATTTT--T-----------AAACT---ATTTTACAATAGTA-TATTA-AAA----G----CA-A---------------A--T-------T-GTC-----------A---T----------------TGA-CAGGCAATTTACGAGAGT-TCC-----TCCC--C---C-C---CCC-CCCCCA------------TTGA--ATTTAG-----ATTTTT----ATCT-----ACATCGA-CTTTT
gi|4 : caatctctaacaaagctagaattcacatagaattcaatgagaaatcccccaggagTTCAATGTCAG----ACAAAAT-AC----T--AAA-TTCAC-A----TAGATTT--CA-CC---A-AGA-G---CCTACCTCCTCCCactgctc
gi|4 : GAAACTA----AATGAT----TAA-GAGGTAA--AT------AT-----G-----GTAGGAGTATATAAATAATTAATTAAATGCAC-TCCG-----T--ATA-CC-T----CTTC---------T-G---------TTTATTTAGAA-ATGA-AA-GTG-TA-TAttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatttagaaatgaaagtgtataatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|4 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaaTTAGAAA---TG----AA-A-----G--TG--TATA--------A-T-ATC-----------A---T-CGA-TGTCA----GATGA-CTGA-AACTTATGGGAGT-TTT-----AATC--C---A-C---CTC-CCCCTAAC------TAT-TTGA--ATTTAA-----ATTTTT----A----------------CTTCTGATCTTGCatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|5 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatGGGGTGATA------TTAAAAGTTCAATGTCTG----ACAATAA-ACTAAAT-TGAATTTCAC-A----TAGTTTT--CA-TCA--AGACATA---TCCCCCAGCCCTCCCTCACttcttact
gi|5 : aaA-AAA---TA----TATATATT-GATCA--T-CAG-T-----G-T-GTG-----------AAAAT-CAA-TGTTG----GATGA-CATA-AACTTACAGGAGT-TTTACATGTAAC--T---C-C---CTC-CC-CTAACTTCATGTAT-TTAA--ATTTAG-----ATTTTTTAAAACCAG----ACATTGATCggtgaatgttgaaaatatatatattgatcatcagtgtgtgaaaatcaatgttggatgacataaacttacaggagttttacatgtaactccctcccctaacttcatgtatttaaatttagattttttaaaaccagacattgatcat
gi|6 : aaggggtgatattaaaagttcaatgtctgacaataaactaaattgaatttcacatagttttcatcaagacatatcccccagccctccctcacggtgaatgttgGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTG----ACAAAAA-AA------TAAA-TT-ACAA----TAGTTTT--TACCC---AGAC------CCCCCCCCCCCACCCACACACACACATATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATG-ATGAA--TTGAAACTA----A----TCGA-TAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----GTA--------TAAATAA-----------TAC-TCT----G-T--GTA-TT-T--CTCTAC---------T-ACATAATGTTTTTATTCAAAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAat
gi|7 : tataatgaaattttaGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTG----ACAAAAA-AA----T--AAA-TTCAC-A----TAGTTTT--TA-CC------CA-AACCCCCCCCCCCCCCCCCACACACACACATATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATG-ATGAATGTTGAAACTAATCGA----T----TAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----GTA--------TAAATAA-----------TAC-TCTG--TG-T--ATA--T-T--CTCTACTACATAATGT-A---------TTTATTCACAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAT--T-----------AAA
gi|8 : tta-T--ATA-CT-T--GT-TGC---------T------------TTATTCACAA-AT---AA-GTGCTA-CAT--C-----------AAACT---GCT----GACTGTT-T-TTA-AAA---TGGTATTATATATG-G--TGATT-TAAGTCACAAG-T-GTTTTTCCCT----A---T-CAA-TATCGTGCCGATGA-TAGA-AACGTACGGGAAG-CGT-----TACC--CACAC-T---CCC-CCAC--AC------TAT-TTGA--ATTGAG-----ATTTTT----ACCCG----ACATTGCTATTTTGATCTCTCCC
gi|9 : a-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--GTATAGTACATAAAAGTCACATT----GAATGTA-CATAA-AAAGACTA----TA-A-ACA-A---A--T-T---------G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GACAATCAAA-AA-TGACAGGAGT-TTT-----GACC--T---C-----GTC-CCCTCAAG------TAT-TTGA--CTTTAGATTTTATTTTT----ATCTGCCATATATAGATCTTTTGATCTC
Alignments
lowQualScore : 111111 2222222 4444444444444 111 444444444444444444 222 1111111111 55555555555555555555 33333333333 22222 333333333333333333333 22222222 111 1111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 1111111111 11111111 11111 1111111 111111
lowQualScore : 666666 4 66 4 3333333 4 4 8888 55 4 5555555555555 1 444 3 0 0 0 6 777777777777777777 5 666 2 99 2222222222 11111111111111111111 0 99999999999 5 99999 66 9999 66 000000000000000000000 4 4 4 4 4 55555555 777 3 333 66 66 4 6666 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 4 4 9999 8 2 4 4 11111 0 9999 4 6 8888888888 66666666 0 11111 2222222 000000 00 2
lowQualScore : ...... . .. . ....... . . .... .. . ............. . ... . . . . . .................. . ... . .. .......... .................... . ........... . ..... .. .... .. ..................... . . . . . ........ ... . ... .. .. . .... . ....................................................... ... . . .... . . . . ..... . .... . . .......... ........ . ..... ....... ...... .. .
lowQualScore : 444444 4 11 4 8888888 0 0 5555 55 0 2222222222222 0 000 8 8 2 2 5 222222222222222222 7 000 0 00 8888888888 99999999999999999999 4 33333333333 7 99999 11 8888 11 222222222222222222222 0 0 0 0 0 00000000 888 9 888 99 44 4 2222 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 4 4 4444 9 2 4 4 11111 9 1111 4 9 7777777777 11111111 8 11111 0000000 666666 22 5
consensus : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AC----T-TAAA-TTCAC-A----TAGTTTT--CA-CC---AGACA-A---CCCCCCCCCCCCCCCCCACACACA---CATATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATG-ATGAATGTTGAAACTAA-TCGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CAC-TCCGA--GT--ATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TACCCC-C-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----A--TCCG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
Reference ( family-4205 ) : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AC----T-TAAA-TTCAC-A----TAGTTTT--CA-CC---AGACA-A---CCCCCCCCCCCCCCCNCACACACA---CATATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATG-ATGAATGTTGAAACTAA-T-GATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CAC-TCTGA--GT--ATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TACCCC-C-CT-CCCNCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----A--TCNG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
gi|1 : GAGGCGAGAAAATAATCAAAA--TCAATGCTTGA-CA--AAAATAC----T-TAA--TTTAC-AATGTTGATTTC--TA-CC---AG-CA----------CCCCCCCCCCCCCCGCCCAGGCCA-----ATCCCCCCACCCCCCCCGAAAAAAACTA-GATATGAATGAATGTTGAAACTAA-TCGATTAAGCAAACAA--AAAAATGTAC-----AATATTA--------TATAAATTG-----------CACTTCTGA---T--ATACCT-T--TTCTAC---------CAG---------TTTATTAAATA-ATGA-AAGGTG-TA-TTTGC------CA---AATC---A--TTA-AAT-G-G-TACTA-TAATACTG----GA-ATATC-----A--T-TA--T-----G-T-GT------------A---T-TGA-TGTTA----GATGAGCAGA-ATCTTACAG--GT-TTT-----TATCCA-C-CTGTCCTCT--C------CGTTTTATGTTAAGTATTTAG-----ATTTTT----A--TCAC----ACATT
gi|10 : taaAA-GAAGTAA--AA------GCTTACAA-----A--------TATAAATAAAGCA-------CAC-TCCA----T--GTA-CTGT--TTCTAC---------T-G---------TCTGTTCACAA-ATGA-AA-GCG-T--TTT--------CA---AATT---A--TTA-CAC-GTA-CATTA-GAA---TG----CA-ATtcatacttccttctgat
gi|11 : actaaattacatgcagagaccccttcccctaT--GTA-CT-T--TTCAAC---------T-G---------ATTAT-CATAATATGC-A--GTG-GA-CAT--------TA---AA-----A--TCA------------TG-AGA---TG----TA-ATATC-A--T---T-TA--T-----AATAGTG-----------A---TGCGAGTGTCG----GATGA-C--A-AACTTACAGAGGTGTTT-----TAACCC-T-C------CTA--------TATTTG---------ATTCTG-----ATTTTT-------TCTG----AC-TTGATTTttgtgcatccaatgctacatgtcag
gi|12 : ctgacggcA---ATTT---A--TTT-TAT-GTGGCCTTA-AGT---TG----TA----CCAG--AG--C-TA--T-----G-T-GTGTATCATAATAAA---T-TGA-TGTCC----GATGA-CTGA-AACTGGCGGGAAT-CTT-----TAT-------T-CCCACAAAC------TACTTAA--------ATC--A-----ATTTTT----A--TTGG----ACATTGATCT
gi|13 : GGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGGTCAACAAAA-AC--------AA-TTCAC-A----TAGTTTT--CA-CT---A
gi|13 : acttagtACTATAACATG-ATGAATGTTGAAACTAA-TGGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A--------------TATGAGTAtaacatgatgaatgttgaaactaatggattaacaagtaaaaacatatgagtatactaataaat
gi|14 : acttagtggcgagatcaaaagttcaatgtctggtcaacaaaaacaattcacatagttttcC----T-TGGA-GTCAC-A----AGATTTTAACA-CC-------------CCCCCCCCCCCCCCCCCACACACA---CATtactaataaat
gi|15 : ggggatactactttaagtataccaggtacatGGGGTGAGA------TCAAAAGTTTTATGTCTGA-CA--AAAA-A-------TAGA-TTCAC-A----TAGTTTT--CA-CT---A
gi|16 : taAAATCTAATATCTGA-CA--TAAA-TC----T--AAA-TTCAC-A----CAGTTTT--CA-TC---A-ACA-C---CCCctaaacatatat
gi|17 : agggaaaacattgG-ATGAATGTTGAAACTAA-TCGACTAA-TAAATAA--AA------ACATACGA-----G--------TATAAag
gi|2 : ccGGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAAAGTATGA-CA--AAAT-AC----TCTAAA-TTCGC-A----TAGTTTT--CA-CCTTGGGGCA-A---CCCCCCCCCCCCCCCCCACACACA---CACACACACACACAC-CACCCCTTT---AAAACTA-AATATG-ATGAATGTTGAAACCAA-T----TAC-GAGGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CAC-TCTAACGGTCTATAACT-T--TTCTAC---------T-G---------CTTGTTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------GA---AATTT--A--TTA-AAA-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GATGA-CAGA-AACATACAGGAGT-TTT-----TACCCCAT-CT-CCCATTAAC------TATTTGA--------ATGTAG-----ATTTTT----A--TCCA----ACATTGATCTTATGATTTTGCCC
gi|3 : CCCC-----AA---TA-AATAT--ATGAATGTTGAAACTAATT-AATTAACCAAGATA--TA------AT-----A-----A--------T-TAAAT-G-----------CAC-T---A------ATG-CC-TCGTTC-AC---------T-A---------TTTATTCTCAA-ATGAGAA-GTG-TATTTT--------TA---AACT---ATTTTACAATAGTA-TATTA-AAA----G----CA-A---------------A--T-------T-GTC-----------A---T----------------TGA-CAGGCAATTTACGAGAGT-TCC-----TCCCCC-C-CC-CCCCCCA-----------TTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----A--TCT-----ACATCGA-CTTTT
gi|4 : caatctctaacaaagctagaattcacatagaattcaatgagaaatcccccaggagTTCAATGTCAGA-CA--AAAT-AC----T--AAA-TTCAC-A----TAGATTT--CA-CC---A-AGA-G---CCTACCTCCTCCCactgctc
gi|4 : GAAACTAAAT-GATTAA-GAGGTAA--AT------AT-----G-----GTAGGAGTATATAAATAATTAATTAAATGCAC-TCC----GT--ATA-C-----CTCTTC---------T-G---------TTTATTTAGAA-ATGA-AA-GTG-TA-TAttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatttagaaatgaaagtgtataatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|4 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaaTTAGAAA---TG----AA-A-----G--TG--TATA--------A-T-ATC-----------A---T-CGA-TGTCA----GATGA-CTGA-AACTTATGGGAGT-TTT-----AATCCA-C-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAA-----ATTTTT----ACTTCTG----ATCTTG--CTTCTatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|5 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatGGGGTGATA------TTAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--ATAA-ACTAAAT-TGAATTTCAC-A----TAGTTTT--CA-TCA--AGACATA---TCCCCCAGCCCTCCCTCACtact
gi|5 : aaTG-AAT-GT----TGA-AAA---TA----TATATATT-GATCA--T-CAG-T-----G-T-GTG-----------AAAAT-CAA-TGTTG----GATGA-CATA-AACTTACAGGAGT-TTTACATGTAACTC-C-CT-CCC-CTAACTTCATGTATTTAA--------ATTTAG-----ATTTTTTAAAA--CCAG----ACATTGATCggtgaatgttgaaaatatatatattgatcatcagtgtgtgaaaatcaatgttggatgacataaacttacaggagttttacatgtaactccctcccctaacttcatgtatttaaatttagattttttaaaaccagacattgatcat
gi|6 : aaggggtgatattaaaagttcaatgtctgacaataaactaaattgaatttcacatagttttcatcaagacatatcccccagccctccctcacggGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AA------TAAA-TT-ACAA----TAGTTTT--TACCC---AGAC------CCCCCCCCCCCACCCACACACACA---CATATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATG-ATGAA--TTGAAACTAA-TCGA-TAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----G--------TATAAATAA-----------TAC-TCTGT--GT--AT---T-T--CTCTAC---------T-ACATAATGTTTTTATTCAAAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAat
gi|7 : tataatgaaattttaGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AA----T--AAA-TTCAC-A----TAGTTTT--TA-CC------CA-AACCCCCCCCCCCCCCCCCACACACACA---CATATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATG-ATGAATGTTGAAACTAA-TCGATTAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----G--------TATAAATAA-----------TAC-TCTGT--GT--ATA--T-T--CTCTACTACATAATGT-A---------TTTATTCACAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAT--------TA---AA
gi|8 : ttaT--ATA-CT-T--GT-TGC---------T------------TTATTCACAA-AT---AA-GTGCTA-CAT--------CA---AACT---G--CTG-ACT-GTT-T-TTA-AAA---TGGTATTATATATG-G--TGATT-TAAGTCACAAG-T-GTTTTTCCCT----A---T-CAA-TATCGTGCCGATGA-TAGA-AACGTACGGGAAG-CGT-----TACCCA-CACT-CCCCCACAC------TATTTGA--------ATTGAG-----ATTTTT----A--CCCG----ACATTGCTATTTTGATCTCTCCC
gi|9 : a-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CATGTATAGTACATAAAAGTCACA--TTG-AAT-GTA-CATAA-AAAGACTA----TA-A-ACA-A---A--T-T---------G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GACAATCAAA-AA-TGACAGGAGT-TTT-----GACCTC-G-TC-CCCTC-AAG------TATTTGA--------CTTTAGATTTTATTTTT----A--TCTGCCATATATAGATCTTTTGATCTC
Alignments
lowQualScore : 111111 2222222 3333333333 111 444444444444444444 1111111111 55555555555555555555 33333333333 333333 333333333333333333333 22222222 111 1111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 11111111 11111111 11111 1111111111111
lowQualScore : 666666 4 66 4 3333333 4 4 8888 55 8 6666666666 6 444 3 0 0 0 6 777777777777777777 5 99 2222222222 11111111111111111111 0 99999999999 111111 66 9999 66 000000000000000000000 4 4 4 4 4 55555555 777 3 333 66 66 4 6666 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 4 4 9999 8 2 4 4 55555555555555 4 0 55555555 66666666 0 11111 9999999999999 0
lowQualScore : ...... . .. . ....... . . .... .. . .......... . ... . . . . . .................. . .. .......... .................... . ........... ...... .. .... .. ..................... . . . . . ........ ... . ... .. .. . .... . ....................................................... ... . . .... . . . . .............. . . ........ ........ . ..... ............. .
lowQualScore : 444444 4 11 4 8888888 0 0 5555 55 0 5555555555 7 000 8 8 2 2 5 222222222222222222 7 00 8888888888 99999999999999999999 4 33333333333 111111 11 8888 11 222222222222222222222 0 0 0 0 0 00000000 888 9 888 99 44 4 2222 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 4 4 4444 9 2 4 4 33333333333333 4 1 77777777 11111111 8 11111 0000000000000 1
consensus : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AC----T-TAAA-TTCAC-A----TAGTTTT--CA-CC---AGACA--CCCCCCCCCCCCCCCC-CACACACA---CATATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATG-ATGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCCGN--GT--ATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TACCCN-C-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----ATCNG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
Reference ( family-4205 ) : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AC----T-TAAA-TTCAC-A----TAGTTTT--CA-CC---AGACA-ACCCCCCCCCCCCCCCC-CACACACA---CATATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATG-ATGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCCGA--GT--ATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TACCCC-C-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----ATCCG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
gi|1 : GAGGCGAGAAAATAATCAAAA--TCAATGCTTGA-CA--AAAATAC----T-TAA--TTTAC-AATGTTGATTTC--TA-CC---AG-CA-------CCCCCCCCCCC-CCCGCCCAGGCCA-----ATCCCCCCACCCCCCCCGAAAAAAACTA-GATATGAATGAATGTTGAAACTAATCGATTAAGCAAACAA--AAAAATGTAC-----AATATTA--------TATAAATTG-----------CACTTCTG--AT--ATACCT-T--TTCTAC---------CAG---------TTTATTAAATA-ATGA-AAGGTG-TA-TTTGC------CA---AATC---A--TTA-AAT-G-G-TACTA-TAATACTG----GA-ATATC-----A--T-TA--T-----G-T-GT------------A---T-TGA-TGTTA----GATGAGCAGA-ATCTTACAG--GT-TTT-----TATCCA-C-CTGTCCTCT--C------CGTTTTATGTTAAGTATTTAG-----ATTTTT----ATCAC----ACATT
gi|10 : taaAA-GAAGTAA--AA------GCTTACAA-----A--------TATAAATAAAGCA-------CACTCCA----T--GTA-CTGT--TTCTAC---------T-G---------TCTGTTCACAA-ATGA-AA-GCG-T--TTT--------CA---AATT---A--TTA-CAC-GTA-CATTA-GAA---TG----CA-ATtcatacttccttctgat
gi|11 : actaaattacatgcagagaccccttcccctaT--GTA-CT-T--TTCAAC---------T-G---------ATTAT-CATAATATGC-A--GTG-GA-CAT--------TA---AA-----A--TCA------------TG-AGA---TG----TA-ATATC-A--T---T-TA--T-----AATAGTG-----------A---TGCGAGTGTCG----GATGA-C--A-AACTTACAGAGGTGTTT-----TAAC--------CCTCCTA--------TATTTG---------ATTCTG-----ATTTTT-----TCTG----AC-TTGATTTttgtgcatccaatgctacatgtcag
gi|12 : ctgacggcA---ATTT---A--TTT-TAT-GTGGCCTTA-AGT---TG----TA----CCAG--AG--C-TA--T-----G-T-GTGTATCATAATAAA---T-TGA-TGTCC----GATGA-CTGA-AACTGGCGGGAAT-CTT-----TAT-------T-CCCACAAAC------TACTTAA--------ATC--A-----ATTTTT----ATTGG----ACATTGATCT
gi|13 : GGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGGTCAACAAAA-AC--------AA-TTCAC-A----TAGTTTT--CA-CT---A
gi|13 : acttagtACTATAACATG-ATGAATGTTGAAACTAATGGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A--------------TATGAGTAtaacatgatgaatgttgaaactaatggattaacaagtaaaaacatatgagtatactaataaat
gi|14 : acttagtggcgagatcaaaagttcaatgtctggtcaacaaaaacaattcacatagttttcC----T-TGGA-GTCAC-A----AGATTTTAACA-CC----------CCCCCCCCCCCCCCCC-CACACACA---CATtactaataaat
gi|15 : ggggatactactttaagtataccaggtacatGGGGTGAGA------TCAAAAGTTTTATGTCTGA-CA--AAAA-A-------TAGA-TTCAC-A----TAGTTTT--CA-CT---A
gi|16 : taAAATCTAATATCTGA-CA--TAAA-TC----T--AAA-TTCAC-A----CAGTTTT--CA-TC---A-ACA-CCCCctaaacatatat
gi|17 : agggaaaacattgG-ATGAATGTTGAAACTAATCGACTAA-TAAATAA--AA------ACATACGA-----G--------TATAAag
gi|2 : ccGGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAAAGTATGA-CA--AAAT-AC----TCTAAA-TTCGC-A----TAGTTTT--CA-CCTTGGGGCA-ACCCCCCCCCCCCCCCC-CACACACA---CACACACACACACAC-CACCCCTTT---AAAACTA-AATATG-ATGAATGTTGAAAC----CAATTAC-GAGGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCTAACGGTCTATAACT-T--TTCTAC---------T-G---------CTTGTTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------GA---AATTT--A--TTA-AAA-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GATGA-CAGA-AACATACAGGAGT-TTT-----TACCCCAT-CT-CCCATTAAC------TATTTGA--------ATGTAG-----ATTTTT----ATCCA----ACATTGATCTTATGATTTTGCCC
gi|3 : CCCC-----AA---TA-AATAT--ATGAATGTTGAAACTAATTAATTAACCAAGATA--TA------AT-----A-----A--------T-TAAAT-G-----------CACT---A------ATG-CC-TCGTTC-AC---------T-A---------TTTATTCTCAA-ATGAGAA-GTG-TATTTT--------TA---AACT---ATTTTACAATAGTA-TATTA-AAA----G----CA-A---------------A--T-------T-GTC-----------A---T----------------TGA-CAGGCAATTTACGAGAGT-TCC-----TCCCCC-C-CC-CCCCCCA-----------TTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----ATCT-----ACATCGA-CTTTT
gi|4 : caatctctaacaaagctagaattcacatagaattcaatgagaaatcccccaggagTTCAATGTCAGA-CA--AAAT-AC----T--AAA-TTCAC-A----TAGATTT--CA-CC---A-AGA-GCCTACCTCCTCCCactgctc
gi|4 : GAAACTAAATGATTAA-GAGGTAA--AT------AT-----G-----GTAGGAGTATATAAATAATTAATTAAATGCACTCC----GT--ATA-C-----CTCTTC---------T-G---------TTTATTTAGAA-ATGA-AA-GTG-TA-TAttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatttagaaatgaaagtgtataatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|4 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaaTTAGAAA---TG----AA-A-----G--TG--TATA--------A-T-ATC-----------A---T-CGA-TGTCA----GATGA-CTGA-AACTTATGGGAGT-TTT-----AATCCA-C-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAA-----ATTTTT----A----------------CTTCTGATCTTGCatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|5 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatGGGGTGATA------TTAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--ATAA-ACTAAAT-TGAATTTCAC-A----TAGTTTT--CA-TCA--AGACATATCCCCCAGCCCTCCCT-CACttcttact
gi|5 : aaTG-AAT-GT----TGA-AAA---TA----TATATATT-GATCA--T-CAG-T-----G-T-GTG-----------AAAAT-CAA-TGTTG----GATGA-CATA-AACTTACAGGAGT-TTTACATGTAACTC-C-CT--CCCCTAACTTCATGTATTTAA--------ATTTAG-----ATTTTTTAAAACCAG----ACATTGATCggtgaatgttgaaaatatatatattgatcatcagtgtgtgaaaatcaatgttggatgacataaacttacaggagttttacatgtaactccctcccctaacttcatgtatttaaatttagattttttaaaaccagacattgatcat
gi|6 : aaggggtgatattaaaagttcaatgtctgacaataaactaaattgaatttcacatagttttcatcaagacatatcccccagccctccctcacggGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AA------TAAA-TT-ACAA----TAGTTTT--TACCC---AGAC---CCCCCCCCCCCACCCA-CACACACA---CATATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATG-ATGAA--TTGAAACTAATCGA-TAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----G--------TATAAATAA-----------TACTCTGT--GT--AT---T-T--CTCTAC---------T-ACATAATGTTTTTATTCAAAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAat
gi|7 : tataatgaaattttaGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AA----T--AAA-TTCAC-A----TAGTTTT--TACCC---AAAC---CCCCCCCCCCCCCCCCACACACACA---CATATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATG-ATGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----G--------TATAAATAA-----------TACTCTGT--GT--ATA--T-T--CTCTACTACATAATGT-A---------TTTATTCACAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAT--------TA---AA
gi|8 : ttaT--ATA-CT-T--GT-TGC---------T------------TTATTCACAA-AT---AA-GTGCTA-CAT--------CA---AACT---G--CTG-ACT-GTT-T-TTA-AAA---TGGTATTATATATG-G--TGATT-TAAGTCACAAG-T-GTTTTTCCCT----A---T-CAA-TATCGTGCCGATGA-TAGA-AACGTACGGGAAG-CGT-----TACCCA-CACT-CCCCCACAC------TATTTGA--------ATTGAG-----ATTTTT----ACCCG----ACATTGCTATTTTGATCTCTCCC
gi|9 : a-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CATGTATAGTACATAAAAGTCACA--TTG-AAT-GTA-CATAA-AAAGACTA----TA-A-ACA-A---A--T-T---------G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GACAATCAAA-AA-TGACAGGAGT-TTT-----GA-CCT-C-GT-CCCCTCAAG------TATTTGA--------CTTTAGATTTTATTTTT----ATCTGCCATATATAGATCTTTTGATCTC
Alignments
lowQualScore : 111111 2222222 111 111 444444444444444444 1111111111 55555555555555555555 33333333333 22222222 11111 333333333333333333333 22222222 111 1111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 11111111 11111111 11111 1111111 111111
lowQualScore : 666666 4 66 4 3333333 4 4 8888 4 555 44 77 77 1 444 6 0 0 6 777777777777777777 5 99 2222222222 11111111111111111111 0 99999999999 33333333 00000 66 000000000000000000000 4 4 4 4 4 55555555 777 3 333 66 66 4 6666 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 4 4 9999 8 2 4 4 33333333333333 4 0 55555555 66666666 0 11111 2222222 000000 00 2
lowQualScore : ...... . .. . ....... . . .... . ... .. .. .. . ... . . . . .................. . .. .......... .................... . ........... ........ ..... .. ..................... . . . . . ........ ... . ... .. .. . .... . ....................................................... ... . . .... . . . . .............. . . ........ ........ . ..... ....... ...... .. .
lowQualScore : 444444 4 11 4 8888888 0 0 5555 0 000 22 00 99 0 000 8 2 2 5 222222222222222222 7 00 8888888888 99999999999999999999 4 33333333333 22222222 66666 11 222222222222222222222 0 0 0 0 0 00000000 888 9 888 99 44 4 2222 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 4 4 4444 9 2 4 4 88888888888888 4 1 77777777 11111111 8 11111 0000000 666666 22 5
consensus : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AC----T-TAAA-TT-CACA----TAGTTTTCA-CC---AGACA-CCCCCCCC--CCCCCCCCCACACACA---CACATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATG-ATGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCC----GTGTATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TA-CCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----A--TCCG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
Reference ( family-4205 ) : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AC----T-TAAA-TT-CACA----TAGTTTTCA-CC---AGACA-CCCCCCCC--CCCCCCCCCACACACA---CATATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATG-ATGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCC----GNGTATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TA-CCCNC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----A--TCNG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
gi|1 : GAGGCGAGAAAATAATCAAAA--TCAATGCTTGA-CA--AAAATAC----T-TAA--TT-TACAATGTTGATTTCTA-CC---AG-CA-CCCC-------CCCCCCCCCCGCCCAGGCCA-----ATCCCCCCACCCCCCCCGAAAAAAACTA-GATATGAATGAATGTTGAAACTAATCGATTAAGCAAACAA--AAAAATGTAC-----AATATTA--------TATAAATTG-----------CACTTC----TGATATACCT-T--TTCTAC---------CAG---------TTTATTAAATA-ATGA-AAGGTG-TA-TTTGC------CA---AATC---A--TTA-AAT-G-G-TACTA-TAATACTG----GA-ATATC-----A--T-TA--T-----G-T-GT------------A---T-TGA-TGTTA----GATGAGCAGA-ATCTTACAG--GT-TTT-----TA-TCCAC-CTGTCCTCT--C------CGTTTTATGTTAAGTATTTAG-----ATTTTT----A--TCAC----ACATT
gi|10 : taaAA-GAAGTAA--AA------GCTTACAA-----A--------TATAAATAAAGCA-------CACTCC----ATGTA---CTGT--TTCTAC---------T-G---------TCTGTTCACAA-ATGA-AA-GCG-T--TTT--------CA---AATT---A--TTA-CAC-GTA-CATTA-GAA---TG----CA-ATtcatacttccttctgat
gi|11 : actaaattacatgcagagaccccttcccctaC----GGCTGTA-CT-T--TTCAAC---------T-G---------ATTAT-CATAATATGC-A--GTG-GA-CAT--------TA---AA-----A--TCA------------TG-AGA---TG----TA-ATATC-A--T---T-TA--T-----AATAGTG-----------A---TGCGAGTGTCG----GATGA-C--A-AACTTACAGAGGTGTTT-----TA-AC-------CCTCCTA--------TATTTG---------ATTCTG-----ATTTTT-------TCTG----AC-TTGATTTttgtgcatccaatgctacatgtcag
gi|12 : ctgaA---ATTT---A--TTT-TAT-GTGGCCTTA-AGT---TG----TA----CCAG--AG--C-TA--T-----G-T-GTGTATCATAATAAA---T-TGA-TGTCC----GATGA-CTGA-AACTGGCGGGAAT-CTT-----TA-T------T-CCCACAAAC------TACTTAA--------ATC--A-----ATTTTT----A--TTGG----ACATTGATCT
gi|13 : GGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGGTCAACAAAA-AC--------AA-TT-CACA----TAGTTTTCA-CT---A
gi|13 : acttagtACTATAACATG-ATGAATGTTGAAACTAATGGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A--------------TATGAGTAtaacatgatgaatgttgaaactaatggattaacaagtaaaaacatatgagtatactaataaat
gi|14 : acttagtggcgagatcaaaagttcaatgtctggtcaacaaaaacaattcacatagttttcC----T-TGGA-GT-CACA-----AGATTTTA--------ACA-CCCCCCCC--CCCCCCCCCCCACACA---CACATtactaataaat
gi|15 : ggggatactactttaagtataccaggtacatGGGGTGAGA------TCAAAAGTTTTATGTCTGA-CA--AAAA-A-------TAGA-TT-CACA----TAGTTTTCA-CT---A
gi|16 : taAAATCTAATATCTGA-CA--TAAA-TC----T--AAA-TT-CACA----CAGTTTTCA-TC---A-ACA-CCCCctaaacatatat
gi|17 : agggaaaacattgG-ATGAATGTTGAAACTAATCGACTAA-TAAATAA--AA------ACATACGA-----G--------TATAAag
gi|2 : ccGGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAAAGTATGA-CA--AAAT-AC----TCTAAA-TT-CGCA----TAGTTTTCA-CCTTGGGGCAACCCCCCCC--CCCCCCCCCACACACA---CACACACACACACAC-CACCCCTTT---AAAACTA-AATATG-ATGAATGTTGAAAC----CAATTAC-GAGGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCTAACGGTCTATAACT-T--TTCTAC---------T-G---------CTTGTTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------GA---AATTT--A--TTA-AAA-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GATGA-CAGA-AACATACAGGAGT-TTT-----TACCCCAT-CT-CCCATTAAC------TATTTGA--------ATGTAG-----ATTTTT----A--TCCA----ACATTGATCTTATGATTTTGCCC
gi|3 : CCCC-----AA---TA-AATAT--ATGAATGTTGAAACTAATTAATTAACCAAGATA--TA------AT-----A-----A--------T-TAAAT-G-----------CACTA---------ATG-CC-TCGTTC-AC---------T-A---------TTTATTCTCAA-ATGAGAA-GTG-TATTTT--------TA---AACT---ATTTTACAATAGTA-TATTA-AAA----G----CA-A---------------A--T-------T-GTC-----------A---T----------------TGA-CAGGCAATTTACGAGAGT-TCC-----TC-CCCCC-CC-CCCCCCA-----------TTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----A--TCT-----ACATCGA-CTTTT
gi|4 : caatctctaacaaagctagaattcacatagaattcaatgagaaatcccccaggagTTCAATGTCAGA-CA--AAAT-AC----T--AAA-TT-CACA----TAGATTTCA-CC---AAGAG-CCTACCTC--CTCCCactgctc
gi|4 : GAAACTAAATGATTAA-GAGGTAA--AT------AT-----G-----GTAGGAGTATATAAATAATTAATTAAATGCACTCC------GTATA-C-----CTCTTC---------T-G---------TTTATTTAGAA-ATGA-AA-GTG-TA-TAttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatttagaaatgaaagtgtataatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|4 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaaTTAGAAA---TG----AA-A-----G--TG--TATA--------A-T-ATC-----------A---T-CGA-TGTCA----GATGA-CTGA-AACTTATGGGAGT-TTT-----AA-TCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAA-----ATTTTT----ACTTCTG----ATCTTG--CTTCTatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|5 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatGGGGTGATA------TTAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--ATAA-ACTAAAT-TGAATTT-CACA----TAGTTTTCA-TCA--AGACA-TATCCCCCAGCCCTCCCTCACtact
gi|5 : aaTG-AAT-GT----TGA-AAA---TA----TATATATT-GATCA--T-CAG-T-----G-T-GTG-----------AAAAT-CAA-TGTTG----GATGA-CATA-AACTTACAGGAGT-TTTACATGTA-ACTCC-CT--CCCCTAACTTCATGTATTTAA--------ATTTAG-----ATTTTTTAAAA--CCAG----ACATTGATCggtgaatgttgaaaatatatatattgatcatcagtgtgtgaaaatcaatgttggatgacataaacttacaggagttttacatgtaactccctcccctaacttcatgtatttaaatttagattttttaaaaccagacattgatcat
gi|6 : aaggggtgatattaaaagttcaatgtctgacaataaactaaattgaatttcacatagttttcatcaagacatatcccccagccctccctcacggGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AA----T--AAA-TTACA-A----TAGTTTTTA-CCC--AGAC--CCCCCCCC--CCCACCCACACACACA---CATATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATG-ATGAA--TTGAAACTAATCGA-TAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----G--------TATAAATAA-----------TACTCT----GTGTAT---T-T--CTCTAC---------T-ACATAATGTTTTTATTCAAAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAat
gi|7 : tataatgaaattttaGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AA------TAAA-TT-CACA----TAGTTTTTACCC---AAACC-CCCCCCCC--CCCCCCCACACACACA---CATATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATG-ATGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----G--------TATAAATAA-----------TACTCT----GTGTATA--T-T--CTCTACTACATAATGT-A---------TTTATTCACAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAT--------TA---AA
gi|8 : ttaTATA-CT-T--GT-TGC---------T------------TTATTCACAA-AT---AA-GTGCTA-CAT--------CA---AACT---G--CTG-ACT-GTT-T-TTA-AAA---TGGTATTATATATG-G--TGATT-TAAGTCACAAG-T-GTTTTTCCCT----A---T-CAA-TATCGTGCCGATGA-TAGA-AACGTACGGGAAG-CGT-----TA-CCCACACT-CCCCCACAC------TATTTGA--------ATTGAG-----ATTTTT----A--CCCG----ACATTGCTATTTTGATCTCTCCC
gi|9 : a-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CATGTATAGTACATAAAAGTCACA--TTG-AAT-GTA-CATAA-AAAGACTA----TA-A-ACA-A---A--T-T---------G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GACAATCAAA-AA-TGACAGGAGT-TTT-----GA--CCTC-GT-CCCCTCAAG------TATTTGA--------CTTTAGATTTTATTTTT----A--TCTGCCATATATAGATCTTTTGATCTC
Alignments
lowQualScore : 111111 2222222 111111111 11 444444444444444444 1111111111 55555555555555555555 33333333333 222222 11111 333333333333333333333 22222222 111 1111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111111 11111111 11111111 11111 1111111111111
lowQualScore : 666666 4 66 4 3333333 4 4 8888 999999999 77 6 0 11 3 0 0 6 777777777777777777 5 99 2222222222 11111111111111111111 0 99999999999 666666 4 00000 66 000000000000000000000 4 4 4 4 4 55555555 777 3 333 66 66 4 6666 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 4 4 9999 8 2 4 4 111111111111111 4 0 55555555 66666666 0 11111 9999999999999 0
lowQualScore : ...... . .. . ....... . . .... ......... .. . . .. . . . . .................. . .. .......... .................... . ........... ...... . ..... .. ..................... . . . . . ........ ... . ... .. .. . .... . ....................................................... ... . . .... . . . . ............... . . ........ ........ . ..... ............. .
lowQualScore : 444444 4 11 4 8888888 0 0 5555 999999999 99 7 8 00 8 2 2 5 222222222222222222 7 00 8888888888 99999999999999999999 4 33333333333 333333 4 66666 11 222222222222222222222 0 0 0 0 0 00000000 888 9 888 99 44 4 2222 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 4 4 4444 9 2 4 4 444444444444444 4 1 77777777 11111111 8 11111 0000000000000 1
consensus : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AC----T-TAAA-TT-CACA----TAGTTTTCACC---AGACA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACAC--ATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCC----GTG-TATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TA-CCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----ATCNG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
Reference ( family-4205 ) : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AC----T-TAAA-TT-CACA----TAGTTTTCACC---AGACA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACAC--ATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCC----GTG-TATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TA-CCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----ATCCG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
gi|1 : GAGGCGAGAAAATAATCAAAA--TCAATGCTTGA-CA--AAAATAC----T-TAA--TT-TACAATGTTGATTTCTACC---AG-CA-CCCCCCCC--CCCCCCGCCCAGGC-----C--A---ATCCCCCCACCCCCCCCGAAAAAAACTA-GATATGAATGAATGTTGAAACTAATCGATTAAGCAAACAA--AAAAATGTAC-----AATATTA--------TATAAATTG-----------CACTTC-----TGATATACCT-T--TTCTAC---------CAG---------TTTATTAAATA-ATGA-AAGGTG-TA-TTTGC------CA---AATC---A--TTA-AAT-G-G-TACTA-TAATACTG----GA-ATATC-----A--T-TA--T-----G-T-GT------------A---T-TGA-TGTTA----GATGAGCAGA-ATCTTACAG--GT-TTT-----TA-TCCAC-CTGTCCTCT--C------CGTTTTATGTTAAGTATTTAG-----ATTTTT----ATCAC----ACATT
gi|10 : taaAA-GAAGTAA--AA------GCTTACAA-----A--------TATAAATAAAGCA-------CACTCC----ATG-TA---CTGT--TTCTAC---------T-G---------TCTGTTCACAA-ATGA-AA-GCG-T--TTT--------CA---AATT---A--TTA-CAC-GTA-CATTA-GAA---TG----CA-ATtcatacttccttctgat
gi|11 : actaaattacatgcagagaccccttccccta-TGTA-CT-T--TTCAAC---------T-G---------ATTAT-CATAATATGC-A--GTG-GA-CAT--------TA---AA-----A--TCA------------TG-AGA---TG----TA-ATATC-A--T---T-TA--T-----AATAGTG-----------A---TGCGAGTGTCG----GATGA-C--A-AACTTACAGAGGTGTTT-----TA----AC----CCTCCTA--------TATTTG---------ATTCTG-----ATTTTT-----TCTG----AC-TTGATTTttgtgcatccaatgctacatgtcag
gi|12 : ctgacggcA---ATTT---A--TTT-TAT-GTGGCCTTA-AGT---TG----TA----CCAG--AG--C-TA--T-----G-T-GTGTATCATAATAAA---T-TGA-TGTCC----GATGA-CTGA-AACTGGCGGGAAT-CTT-----TA-T------T-CCCACAAAC------TACTTAA--------ATC--A-----ATTTTT----ATTGG----ACATTGATCT
gi|13 : GGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGGTCAACAAAA-AC--------AA-TT-CACA----TAGTTTTCACT---A
gi|13 : acttagtACTATAACATGA-TGAATGTTGAAACTAATGGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A--------------TATGAGTAtaacatgatgaatgttgaaactaatggattaacaagtaaaaacatatgagtatactaataaat
gi|14 : acttagtggcgagatcaaaagttcaatgtctggtcaacaaaaacaattcacatagttttcC----T-TGGA-GT-CACA-----AGATTTTA-------ACA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCCCACACACAC--ATtactaataaat
gi|15 : ggggatactactttaagtataccaggtacatGGGGTGAGA------TCAAAAGTTTTATGTCTGA-CA--AAAA-A-------TAGA-TT-CACA----TAGTTTTCACT---A
gi|16 : taAAATCTAATATCTGA-CA--TAAA-TC----T--AAA-TT-CACA----CAGTTTTCATC---A-ACA-CCCCctaaacatatat
gi|17 : agggaaaacattgGA-TGAATGTTGAAACTAATCGACTAA-TAAATAA--AA------ACATACGA-----G--------TATAAag
gi|2 : ccGGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAAAGTATGA-CA--AAAT-AC----TCTAAA-TT-CGCA----TAGTTTTCACCTTGGGGCAACCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACAC--ACACACACACAC-CACCCCTTT---AAAACTA-AATATGA-TGAATGTTGAAAC----CAATTAC-GAGGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCTAACGGTC-TATAACT-T--TTCTAC---------T-G---------CTTGTTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------GA---AATTT--A--TTA-AAA-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GATGA-CAGA-AACATACAGGAGT-TTT-----TACCCCAT-CT-CCCATTAAC------TATTTGA--------ATGTAG-----ATTTTT----ATCCA----ACATTGATCTTATGATTTTGCCC
gi|3 : CCCC-----AA---TA-AATAT-A-TGAATGTTGAAACTAATTAATTAACCAAGATA--TA------AT-----A-----A--------T-TAAAT-G-----------CACTA----------ATG-CC-TCGTTC-AC---------T-A---------TTTATTCTCAA-ATGAGAA-GTG-TATTTT--------TA---AACT---ATTTTACAATAGTA-TATTA-AAA----G----CA-A---------------A--T-------T-GTC-----------A---T----------------TGA-CAGGCAATTTACGAGAGT-TCC-----TC-CCCCC-CC-CCCCCCA-----------TTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----ATCT-----ACATCGA-CTTTT
gi|4 : caatctctaacaaagctagaattcacatagaattcaatgagaaatcccccaggagTTCAATGTCAGA-CA--AAAT-AC----T--AAA-TT-CACA----TAGATTTCACC---AAGAG-CCTACCTC--CTCCCactgctc
gi|4 : GAAACTAAATGATTAA-GAGGTAA--AT------AT-----G-----GTAGGAGTATATAAATAATTAATTAAATGCACTCC------G-TATA-C-----CTCTTC---------T-G---------TTTATTTAGAA-ATGA-AA-GTG-TA-TAttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatttagaaatgaaagtgtataatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|4 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaaTTAGAAA---TG----AA-A-----G--TG--TATA--------A-T-ATC-----------A---T-CGA-TGTCA----GATGA-CTGA-AACTTATGGGAGT-TTT-----AA-TCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAA-----ATTTTT----A----------------CTTCTGATCTTGCatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|5 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatGGGGTGATA------TTAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--ATAA-ACTAAAT-TGAATTT-CACA----TAGTTTTCATCA--AGACA-TATCCCCCAGCCCTCC-CTCACttcttact
gi|5 : aaTG-AAT-GT----TGA-AAA---TA----TATATATT-GATCA--T-CAG-T-----G-T-GTG-----------AAAAT-CAA-TGTTG----GATGA-CATA-AACTTACAGGAGT-TTTACATGTA-ACTCC-CT--CCCCTAACTTCATGTATTTAA--------ATTTAG-----ATTTTTTAAAACCAG----ACATTGATCggtgaatgttgaaaatatatatattgatcatcagtgtgtgaaaatcaatgttggatgacataaacttacaggagttttacatgtaactccctcccctaacttcatgtatttaaatttagattttttaaaaccagacattgatcat
gi|6 : aaggggtgatattaaaagttcaatgtctgacaataaactaaattgaatttcacatagttttcatcaagacatatcccccagccctccctcacggGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AA----T--AAA-TTACA-A----TAGTTTTTACCC--AGAC--CCCCCCCC--CCCACC-CACACACACACAT--ATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATGA-TGAA--TTGAAACTAATCGA-TAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----G--------TATAAATAA-----------TACTCT----GTG-TAT---T-T--CTCTAC---------T-ACATAATGTTTTTATTCAAAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAat
gi|7 : tataatgaaattttaGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AA------TAAA-TT-CACA----TAGTTTTTACC---CAA-A-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACACATATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----G--------TATAAATAA-----------TACTCT----GTG-TATA--T-T--CTCTACTACATAATGT-A---------TTTATTCACAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAT--------TA---AA
gi|8 : tta-TATA-CT-T--GT-TGC---------T------------TTATTCACAA-AT---AA-GTGCTA-CAT--------CA---AACT---G--CTG-ACT-GTT-T-TTA-AAA---TGGTATTATATATG-G--TGATT-TAAGTCACAAG-T-GTTTTTCCCT----A---T-CAA-TATCGTGCCGATGA-TAGA-AACGTACGGGAAG-CGT-----TA-CCCACACT-CCCCCACAC------TATTTGA--------ATTGAG-----ATTTTT----ACCCG----ACATTGCTATTTTGATCTCTCCC
gi|9 : a-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CATGTATAGTACATAAAAGTCACA--TTG-AAT-GTA-CATAA-AAAGACTA----TA-A-ACA-A---A--T-T---------G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GACAATCAAA-AA-TGACAGGAGT-TTT-----GA-CCT-C-GT-CCCCTCAAG------TATTTGA--------CTTTAGATTTTATTTTT----ATCTGCCATATATAGATCTTTTGATCTC
Alignments
lowQualScore : 111111 2222222 111111111 11 444444444444444444 1111111111 55555555555555555555 33333333333 222222 11111 333333333333333333333 22222222 111 1111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111111 11111111 11111111 11111 1111111 111111
lowQualScore : 666666 4 66 4 3333333 4 4 8888 999999999 77 6 0 11 3 0 0 6 777777777777777777 5 99 2222222222 11111111111111111111 0 99999999999 666666 4 00000 66 000000000000000000000 4 4 4 4 4 55555555 777 3 333 66 66 4 6666 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 4 4 9999 8 2 4 4 111111111111111 4 0 55555555 66666666 0 11111 2222222 000000 00 2
lowQualScore : ...... . .. . ....... . . .... ......... .. . . .. . . . . .................. . .. .......... .................... . ........... ...... . ..... .. ..................... . . . . . ........ ... . ... .. .. . .... . ....................................................... ... . . .... . . . . ............... . . ........ ........ . ..... ....... ...... .. .
lowQualScore : 444444 4 11 4 8888888 0 0 5555 999999999 99 7 8 00 8 2 2 5 222222222222222222 7 00 8888888888 99999999999999999999 4 33333333333 333333 4 66666 11 222222222222222222222 0 0 0 0 0 00000000 888 9 888 99 44 4 2222 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 4 4 4444 9 2 4 4 444444444444444 4 1 77777777 11111111 8 11111 0000000 666666 22 5
consensus : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AC----T-TAAA-TT-CACA----TAGTTTTCACC---AGACA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACAC--ATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCC----GTG-TATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TA-CCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----A--TCCG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
Reference ( family-4205 ) : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AC----T-TAAA-TT-CACA----TAGTTTTCACC---AGACA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACAC--ATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCC----GTG-TATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TA-CCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----A--TCNG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
gi|1 : GAGGCGAGAAAATAATCAAAA--TCAATGCTTGA-CA--AAAATAC----T-TAA--TT-TACAATGTTGATTTCTACC---AG-CA-CCCCCCCC--CCCCCCGCCCAGGC-----C--A---ATCCCCCCACCCCCCCCGAAAAAAACTA-GATATGAATGAATGTTGAAACTAATCGATTAAGCAAACAA--AAAAATGTAC-----AATATTA--------TATAAATTG-----------CACTTC-----TGATATACCT-T--TTCTAC---------CAG---------TTTATTAAATA-ATGA-AAGGTG-TA-TTTGC------CA---AATC---A--TTA-AAT-G-G-TACTA-TAATACTG----GA-ATATC-----A--T-TA--T-----G-T-GT------------A---T-TGA-TGTTA----GATGAGCAGA-ATCTTACAG--GT-TTT-----TA-TCCAC-CTGTCCTCT--C------CGTTTTATGTTAAGTATTTAG-----ATTTTT----A--TCAC----ACATT
gi|10 : taaAA-GAAGTAA--AA------GCTTACAA-----A--------TATAAATAAAGCA-------CACTCC----ATG-TA---CTGT--TTCTAC---------T-G---------TCTGTTCACAA-ATGA-AA-GCG-T--TTT--------CA---AATT---A--TTA-CAC-GTA-CATTA-GAA---TG----CA-ATtcatacttccttctgat
gi|11 : actaaattacatgcagagaccccttccccta-TGTA-CT-T--TTCAAC---------T-G---------ATTAT-CATAATATGC-A--GTG-GA-CAT--------TA---AA-----A--TCA------------TG-AGA---TG----TA-ATATC-A--T---T-TA--T-----AATAGTG-----------A---TGCGAGTGTCG----GATGA-C--A-AACTTACAGAGGTGTTT-----TA----AC----CCTCCTA--------TATTTG---------ATTCTG-----ATTTTT-------TCTG----AC-TTGATTTttgtgcatccaatgctacatgtcag
gi|12 : ctgacggcA---ATTT---A--TTT-TAT-GTGGCCTTA-AGT---TG----TA----CCAG--AG--C-TA--T-----G-T-GTGTATCATAATAAA---T-TGA-TGTCC----GATGA-CTGA-AACTGGCGGGAAT-CTT-----TA-T------T-CCCACAAAC------TACTTAA--------ATC--A-----ATTTTT----A--TTGG----ACATTGATCT
gi|13 : GGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGGTCAACAAAA-AC--------AA-TT-CACA----TAGTTTTCACT---A
gi|13 : acttagtACTATAACATGA-TGAATGTTGAAACTAATGGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A--------------TATGAGTAtaacatgatgaatgttgaaactaatggattaacaagtaaaaacatatgagtatactaataaat
gi|14 : acttagtggcgagatcaaaagttcaatgtctggtcaacaaaaacaattcacatagttttcC----T-TGGA-GT-CACA-----AGATTTTA-------ACA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCCCACACACAC--ATtactaataaat
gi|15 : ggggatactactttaagtataccaggtacatGGGGTGAGA------TCAAAAGTTTTATGTCTGA-CA--AAAA-A-------TAGA-TT-CACA----TAGTTTTCACT---A
gi|16 : taAAATCTAATATCTGA-CA--TAAA-TC----T--AAA-TT-CACA----CAGTTTTCATC---A-ACA-CCCCctaaacatatat
gi|17 : agggaaaacattgGA-TGAATGTTGAAACTAATCGACTAA-TAAATAA--AA------ACATACGA-----G--------TATAAag
gi|2 : ccGGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAAAGTATGA-CA--AAAT-AC----TCTAAA-TT-CGCA----TAGTTTTCACCTTGGGGCAACCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACAC--ACACACACACAC-CACCCCTTT---AAAACTA-AATATGA-TGAATGTTGAAAC----CAATTAC-GAGGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCTAACGGTC-TATAACT-T--TTCTAC---------T-G---------CTTGTTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------GA---AATTT--A--TTA-AAA-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GATGA-CAGA-AACATACAGGAGT-TTT-----TACCCCAT-CT-CCCATTAAC------TATTTGA--------ATGTAG-----ATTTTT----A--TCCA----ACATTGATCTTATGATTTTGCCC
gi|3 : CCCC-----AA---TA-AATAT-A-TGAATGTTGAAACTAATTAATTAACCAAGATA--TA------AT-----A-----A--------T-TAAAT-G-----------CACTA----------ATG-CC-TCGTTC-AC---------T-A---------TTTATTCTCAA-ATGAGAA-GTG-TATTTT--------TA---AACT---ATTTTACAATAGTA-TATTA-AAA----G----CA-A---------------A--T-------T-GTC-----------A---T----------------TGA-CAGGCAATTTACGAGAGT-TCC-----TC-CCCCC-CC-CCCCCCA-----------TTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----A--TCT-----ACATCGA-CTTTT
gi|4 : caatctctaacaaagctagaattcacatagaattcaatgagaaatcccccaggagTTCAATGTCAGA-CA--AAAT-AC----T--AAA-TT-CACA----TAGATTTCACC---AAGAG-CCTACCTC--CTCCCactgctc
gi|4 : GAAACTAAATGATTAA-GAGGTAA--AT------AT-----G-----GTAGGAGTATATAAATAATTAATTAAATGCACTCC------G-TATA-C-----CTCTTC---------T-G---------TTTATTTAGAA-ATGA-AA-GTG-TA-TAttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatttagaaatgaaagtgtataatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|4 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaaTTAGAAA---TG----AA-A-----G--TG--TATA--------A-T-ATC-----------A---T-CGA-TGTCA----GATGA-CTGA-AACTTATGGGAGT-TTT-----AA-TCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAA-----ATTTTT----ACTTCTG----ATCTTG--CTTCTatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|5 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatGGGGTGATA------TTAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--ATAA-ACTAAAT-TGAATTT-CACA----TAGTTTTCATCA--AGACA-TATCCCCCAGCCCTCC-CTCACtact
gi|5 : aaTG-AAT-GT----TGA-AAA---TA----TATATATT-GATCA--T-CAG-T-----G-T-GTG-----------AAAAT-CAA-TGTTG----GATGA-CATA-AACTTACAGGAGT-TTTACATGTA-ACTCC-CT--CCCCTAACTTCATGTATTTAA--------ATTTAG-----ATTTTTTAAAA--CCAG----ACATTGATCggtgaatgttgaaaatatatatattgatcatcagtgtgtgaaaatcaatgttggatgacataaacttacaggagttttacatgtaactccctcccctaacttcatgtatttaaatttagattttttaaaaccagacattgatcat
gi|6 : aaggggtgatattaaaagttcaatgtctgacaataaactaaattgaatttcacatagttttcatcaagacatatcccccagccctccctcacggGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AA----T--AAA-TTACA-A----TAGTTTTTACCC--AGAC--CCCCCCCC--CCCACC-CACACACACACAT--ATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATGA-TGAA--TTGAAACTAATCGA-TAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----G--------TATAAATAA-----------TACTCT----GTG-TAT---T-T--CTCTAC---------T-ACATAATGTTTTTATTCAAAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAat
gi|7 : tataatgaaattttaGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AA------TAAA-TT-CACA----TAGTTTTTACC---CAA-A-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACACATATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----G--------TATAAATAA-----------TACTCT----GTG-TATA--T-T--CTCTACTACATAATGT-A---------TTTATTCACAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAT--------TA---AA
gi|8 : tta-TATA-CT-T--GT-TGC---------T------------TTATTCACAA-AT---AA-GTGCTA-CAT--------CA---AACT---G--CTG-ACT-GTT-T-TTA-AAA---TGGTATTATATATG-G--TGATT-TAAGTCACAAG-T-GTTTTTCCCT----A---T-CAA-TATCGTGCCGATGA-TAGA-AACGTACGGGAAG-CGT-----TA-CCCACACT-CCCCCACAC------TATTTGA--------ATTGAG-----ATTTTT----A--CCCG----ACATTGCTATTTTGATCTCTCCC
gi|9 : a-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CATGTATAGTACATAAAAGTCACA--TTG-AAT-GTA-CATAA-AAAGACTA----TA-A-ACA-A---A--T-T---------G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GACAATCAAA-AA-TGACAGGAGT-TTT-----GA-CCT-C-GT-CCCCTCAAG------TATTTGA--------CTTTAGATTTTATTTTT----A--TCTGCCATATATAGATCTTTTGATCTC
Alignments
lowQualScore : 111111 2222222 111111111 11 444444444444444444 1111111111 55555555555555555555 33333333333 222222 11111 333333333333333333333 22222222 111 1111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111111 11111111 11111111 11111 1111111111111
lowQualScore : 666666 4 66 4 3333333 4 4 8888 999999999 77 6 0 11 3 0 0 6 777777777777777777 5 99 2222222222 11111111111111111111 0 99999999999 666666 4 00000 66 000000000000000000000 4 4 4 4 4 55555555 777 3 333 66 66 4 6666 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 4 4 9999 8 2 4 4 111111111111111 4 0 55555555 66666666 0 11111 9999999999999 0
lowQualScore : ...... . .. . ....... . . .... ......... .. . . .. . . . . .................. . .. .......... .................... . ........... ...... . ..... .. ..................... . . . . . ........ ... . ... .. .. . .... . ....................................................... ... . . .... . . . . ............... . . ........ ........ . ..... ............. .
lowQualScore : 444444 4 11 4 8888888 0 0 5555 999999999 99 7 8 00 8 2 2 5 222222222222222222 7 00 8888888888 99999999999999999999 4 33333333333 333333 4 66666 11 222222222222222222222 0 0 0 0 0 00000000 888 9 888 99 44 4 2222 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 4 4 4444 9 2 4 4 444444444444444 4 1 77777777 11111111 8 11111 0000000000000 1
consensus : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AC----T-TAAA-TT-CACA----TAGTTTTCACC---AGACA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACAC--ATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCC----GTG-TATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TA-CCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----ATCNG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
Reference ( family-4205 ) : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AC----T-TAAA-TT-CACA----TAGTTTTCACC---AGACA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACAC--ATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCC----GTG-TATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TA-CCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----ATCCG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
gi|1 : GAGGCGAGAAAATAATCAAAA--TCAATGCTTGA-CA--AAAATAC----T-TAA--TT-TACAATGTTGATTTCTACC---AG-CA-CCCCCCCC--CCCCCCGCCCAGGC-----C--A---ATCCCCCCACCCCCCCCGAAAAAAACTA-GATATGAATGAATGTTGAAACTAATCGATTAAGCAAACAA--AAAAATGTAC-----AATATTA--------TATAAATTG-----------CACTTC-----TGATATACCT-T--TTCTAC---------CAG---------TTTATTAAATA-ATGA-AAGGTG-TA-TTTGC------CA---AATC---A--TTA-AAT-G-G-TACTA-TAATACTG----GA-ATATC-----A--T-TA--T-----G-T-GT------------A---T-TGA-TGTTA----GATGAGCAGA-ATCTTACAG--GT-TTT-----TA-TCCAC-CTGTCCTCT--C------CGTTTTATGTTAAGTATTTAG-----ATTTTT----ATCAC----ACATT
gi|10 : taaAA-GAAGTAA--AA------GCTTACAA-----A--------TATAAATAAAGCA-------CACTCC----ATG-TA---CTGT--TTCTAC---------T-G---------TCTGTTCACAA-ATGA-AA-GCG-T--TTT--------CA---AATT---A--TTA-CAC-GTA-CATTA-GAA---TG----CA-ATtcatacttccttctgat
gi|11 : actaaattacatgcagagaccccttccccta-TGTA-CT-T--TTCAAC---------T-G---------ATTAT-CATAATATGC-A--GTG-GA-CAT--------TA---AA-----A--TCA------------TG-AGA---TG----TA-ATATC-A--T---T-TA--T-----AATAGTG-----------A---TGCGAGTGTCG----GATGA-C--A-AACTTACAGAGGTGTTT-----TA----AC----CCTCCTA--------TATTTG---------ATTCTG-----ATTTTT-----TCTG----AC-TTGATTTttgtgcatccaatgctacatgtcag
gi|12 : ctgacggcA---ATTT---A--TTT-TAT-GTGGCCTTA-AGT---TG----TA----CCAG--AG--C-TA--T-----G-T-GTGTATCATAATAAA---T-TGA-TGTCC----GATGA-CTGA-AACTGGCGGGAAT-CTT-----TA-T------T-CCCACAAAC------TACTTAA--------ATC--A-----ATTTTT----ATTGG----ACATTGATCT
gi|13 : GGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGGTCAACAAAA-AC--------AA-TT-CACA----TAGTTTTCACT---A
gi|13 : acttagtACTATAACATGA-TGAATGTTGAAACTAATGGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A--------------TATGAGTAtaacatgatgaatgttgaaactaatggattaacaagtaaaaacatatgagtatactaataaat
gi|14 : acttagtggcgagatcaaaagttcaatgtctggtcaacaaaaacaattcacatagttttcC----T-TGGA-GT-CACA-----AGATTTTA-------ACA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCCCACACACAC--ATtactaataaat
gi|15 : ggggatactactttaagtataccaggtacatGGGGTGAGA------TCAAAAGTTTTATGTCTGA-CA--AAAA-A-------TAGA-TT-CACA----TAGTTTTCACT---A
gi|16 : taAAATCTAATATCTGA-CA--TAAA-TC----T--AAA-TT-CACA----CAGTTTTCATC---A-ACA-CCCCctaaacatatat
gi|17 : agggaaaacattgGA-TGAATGTTGAAACTAATCGACTAA-TAAATAA--AA------ACATACGA-----G--------TATAAag
gi|2 : ccGGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAAAGTATGA-CA--AAAT-AC----TCTAAA-TT-CGCA----TAGTTTTCACCTTGGGGCAACCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACAC--ACACACACACAC-CACCCCTTT---AAAACTA-AATATGA-TGAATGTTGAAAC----CAATTAC-GAGGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCTAACGGTC-TATAACT-T--TTCTAC---------T-G---------CTTGTTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------GA---AATTT--A--TTA-AAA-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GATGA-CAGA-AACATACAGGAGT-TTT-----TACCCCAT-CT-CCCATTAAC------TATTTGA--------ATGTAG-----ATTTTT----ATCCA----ACATTGATCTTATGATTTTGCCC
gi|3 : CCCC-----AA---TA-AATAT-A-TGAATGTTGAAACTAATTAATTAACCAAGATA--TA------AT-----A-----A--------T-TAAAT-G-----------CACTA----------ATG-CC-TCGTTC-AC---------T-A---------TTTATTCTCAA-ATGAGAA-GTG-TATTTT--------TA---AACT---ATTTTACAATAGTA-TATTA-AAA----G----CA-A---------------A--T-------T-GTC-----------A---T----------------TGA-CAGGCAATTTACGAGAGT-TCC-----TC-CCCCC-CC-CCCCCCA-----------TTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----ATCT-----ACATCGA-CTTTT
gi|4 : caatctctaacaaagctagaattcacatagaattcaatgagaaatcccccaggagTTCAATGTCAGA-CA--AAAT-AC----T--AAA-TT-CACA----TAGATTTCACC---AAGAG-CCTACCTC--CTCCCactgctc
gi|4 : GAAACTAAATGATTAA-GAGGTAA--AT------AT-----G-----GTAGGAGTATATAAATAATTAATTAAATGCACTCC------G-TATA-C-----CTCTTC---------T-G---------TTTATTTAGAA-ATGA-AA-GTG-TA-TAttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatttagaaatgaaagtgtataatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|4 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaaTTAGAAA---TG----AA-A-----G--TG--TATA--------A-T-ATC-----------A---T-CGA-TGTCA----GATGA-CTGA-AACTTATGGGAGT-TTT-----AA-TCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAA-----ATTTTT----A----------------CTTCTGATCTTGCatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|5 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatGGGGTGATA------TTAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--ATAA-ACTAAAT-TGAATTT-CACA----TAGTTTTCATCA--AGACA-TATCCCCCAGCCCTCC-CTCACttcttact
gi|5 : aaTG-AAT-GT----TGA-AAA---TA----TATATATT-GATCA--T-CAG-T-----G-T-GTG-----------AAAAT-CAA-TGTTG----GATGA-CATA-AACTTACAGGAGT-TTTACATGTA-ACTCC-CT--CCCCTAACTTCATGTATTTAA--------ATTTAG-----ATTTTTTAAAACCAG----ACATTGATCggtgaatgttgaaaatatatatattgatcatcagtgtgtgaaaatcaatgttggatgacataaacttacaggagttttacatgtaactccctcccctaacttcatgtatttaaatttagattttttaaaaccagacattgatcat
gi|6 : aaggggtgatattaaaagttcaatgtctgacaataaactaaattgaatttcacatagttttcatcaagacatatcccccagccctccctcacggGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AA----T--AAA-TTACA-A----TAGTTTTTACCC--AGAC--CCCCCCCC--CCCACC-CACACACACACAT--ATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATGA-TGAA--TTGAAACTAATCGA-TAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----G--------TATAAATAA-----------TACTCT----GTG-TAT---T-T--CTCTAC---------T-ACATAATGTTTTTATTCAAAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAat
gi|7 : tataatgaaattttaGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AA------TAAA-TT-CACA----TAGTTTTTACC---CAA-A-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACACATATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----G--------TATAAATAA-----------TACTCT----GTG-TATA--T-T--CTCTACTACATAATGT-A---------TTTATTCACAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAT--------TA---AA
gi|8 : tta-TATA-CT-T--GT-TGC---------T------------TTATTCACAA-AT---AA-GTGCTA-CAT--------CA---AACT---G--CTG-ACT-GTT-T-TTA-AAA---TGGTATTATATATG-G--TGATT-TAAGTCACAAG-T-GTTTTTCCCT----A---T-CAA-TATCGTGCCGATGA-TAGA-AACGTACGGGAAG-CGT-----TA-CCCACACT-CCCCCACAC------TATTTGA--------ATTGAG-----ATTTTT----ACCCG----ACATTGCTATTTTGATCTCTCCC
gi|9 : a-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CATGTATAGTACATAAAAGTCACA--TTG-AAT-GTA-CATAA-AAAGACTA----TA-A-ACA-A---A--T-T---------G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GACAATCAAA-AA-TGACAGGAGT-TTT-----GA-CCT-C-GT-CCCCTCAAG------TATTTGA--------CTTTAGATTTTATTTTT----ATCTGCCATATATAGATCTTTTGATCTC
Alignments
lowQualScore : 111111 2222222 111111111 11 444444444444444444 1111111111 55555555555555555555 33333333333 222222 11111 333333333333333333333 22222222 111 1111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111111 11111111 11111111 11111 1111111 111111
lowQualScore : 666666 4 66 4 3333333 4 4 8888 999999999 77 6 0 11 3 0 0 6 777777777777777777 5 99 2222222222 11111111111111111111 0 99999999999 666666 4 00000 66 000000000000000000000 4 4 4 4 4 55555555 777 3 333 66 66 4 6666 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 4 4 9999 8 2 4 4 111111111111111 4 0 55555555 66666666 0 11111 2222222 000000 00 2
lowQualScore : ...... . .. . ....... . . .... ......... .. . . .. . . . . .................. . .. .......... .................... . ........... ...... . ..... .. ..................... . . . . . ........ ... . ... .. .. . .... . ....................................................... ... . . .... . . . . ............... . . ........ ........ . ..... ....... ...... .. .
lowQualScore : 444444 4 11 4 8888888 0 0 5555 999999999 99 7 8 00 8 2 2 5 222222222222222222 7 00 8888888888 99999999999999999999 4 33333333333 333333 4 66666 11 222222222222222222222 0 0 0 0 0 00000000 888 9 888 99 44 4 2222 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 4 4 4444 9 2 4 4 444444444444444 4 1 77777777 11111111 8 11111 0000000 666666 22 5
consensus : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AC----T-TAAA-TT-CACA----TAGTTTTCACC---AGACA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACAC--ATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCC----GTG-TATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TA-CCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----A--TCCG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
Reference ( family-4205 ) : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AC----T-TAAA-TT-CACA----TAGTTTTCACC---AGACA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACAC--ATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCC----GTG-TATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TA-CCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----A--TCNG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
gi|1 : GAGGCGAGAAAATAATCAAAA--TCAATGCTTGA-CA--AAAATAC----T-TAA--TT-TACAATGTTGATTTCTACC---AG-CA-CCCCCCCC--CCCCCCGCCCAGGC-----C--A---ATCCCCCCACCCCCCCCGAAAAAAACTA-GATATGAATGAATGTTGAAACTAATCGATTAAGCAAACAA--AAAAATGTAC-----AATATTA--------TATAAATTG-----------CACTTC-----TGATATACCT-T--TTCTAC---------CAG---------TTTATTAAATA-ATGA-AAGGTG-TA-TTTGC------CA---AATC---A--TTA-AAT-G-G-TACTA-TAATACTG----GA-ATATC-----A--T-TA--T-----G-T-GT------------A---T-TGA-TGTTA----GATGAGCAGA-ATCTTACAG--GT-TTT-----TA-TCCAC-CTGTCCTCT--C------CGTTTTATGTTAAGTATTTAG-----ATTTTT----A--TCAC----ACATT
gi|10 : taaAA-GAAGTAA--AA------GCTTACAA-----A--------TATAAATAAAGCA-------CACTCC----ATG-TA---CTGT--TTCTAC---------T-G---------TCTGTTCACAA-ATGA-AA-GCG-T--TTT--------CA---AATT---A--TTA-CAC-GTA-CATTA-GAA---TG----CA-ATtcatacttccttctgat
gi|11 : actaaattacatgcagagaccccttccccta-TGTA-CT-T--TTCAAC---------T-G---------ATTAT-CATAATATGC-A--GTG-GA-CAT--------TA---AA-----A--TCA------------TG-AGA---TG----TA-ATATC-A--T---T-TA--T-----AATAGTG-----------A---TGCGAGTGTCG----GATGA-C--A-AACTTACAGAGGTGTTT-----TA----AC----CCTCCTA--------TATTTG---------ATTCTG-----ATTTTT-------TCTG----AC-TTGATTTttgtgcatccaatgctacatgtcag
gi|12 : ctgacggcA---ATTT---A--TTT-TAT-GTGGCCTTA-AGT---TG----TA----CCAG--AG--C-TA--T-----G-T-GTGTATCATAATAAA---T-TGA-TGTCC----GATGA-CTGA-AACTGGCGGGAAT-CTT-----TA-T------T-CCCACAAAC------TACTTAA--------ATC--A-----ATTTTT----A--TTGG----ACATTGATCT
gi|13 : GGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGGTCAACAAAA-AC--------AA-TT-CACA----TAGTTTTCACT---A
gi|13 : acttagtACTATAACATGA-TGAATGTTGAAACTAATGGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A--------------TATGAGTAtaacatgatgaatgttgaaactaatggattaacaagtaaaaacatatgagtatactaataaat
gi|14 : acttagtggcgagatcaaaagttcaatgtctggtcaacaaaaacaattcacatagttttcC----T-TGGA-GT-CACA-----AGATTTTA-------ACA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCCCACACACAC--ATtactaataaat
gi|15 : ggggatactactttaagtataccaggtacatGGGGTGAGA------TCAAAAGTTTTATGTCTGA-CA--AAAA-A-------TAGA-TT-CACA----TAGTTTTCACT---A
gi|16 : taAAATCTAATATCTGA-CA--TAAA-TC----T--AAA-TT-CACA----CAGTTTTCATC---A-ACA-CCCCctaaacatatat
gi|17 : agggaaaacattgGA-TGAATGTTGAAACTAATCGACTAA-TAAATAA--AA------ACATACGA-----G--------TATAAag
gi|2 : ccGGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAAAGTATGA-CA--AAAT-AC----TCTAAA-TT-CGCA----TAGTTTTCACCTTGGGGCAACCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACAC--ACACACACACAC-CACCCCTTT---AAAACTA-AATATGA-TGAATGTTGAAAC----CAATTAC-GAGGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCTAACGGTC-TATAACT-T--TTCTAC---------T-G---------CTTGTTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------GA---AATTT--A--TTA-AAA-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GATGA-CAGA-AACATACAGGAGT-TTT-----TACCCCAT-CT-CCCATTAAC------TATTTGA--------ATGTAG-----ATTTTT----A--TCCA----ACATTGATCTTATGATTTTGCCC
gi|3 : CCCC-----AA---TA-AATAT-A-TGAATGTTGAAACTAATTAATTAACCAAGATA--TA------AT-----A-----A--------T-TAAAT-G-----------CACTA----------ATG-CC-TCGTTC-AC---------T-A---------TTTATTCTCAA-ATGAGAA-GTG-TATTTT--------TA---AACT---ATTTTACAATAGTA-TATTA-AAA----G----CA-A---------------A--T-------T-GTC-----------A---T----------------TGA-CAGGCAATTTACGAGAGT-TCC-----TC-CCCCC-CC-CCCCCCA-----------TTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----A--TCT-----ACATCGA-CTTTT
gi|4 : caatctctaacaaagctagaattcacatagaattcaatgagaaatcccccaggagTTCAATGTCAGA-CA--AAAT-AC----T--AAA-TT-CACA----TAGATTTCACC---AAGAG-CCTACCTC--CTCCCactgctc
gi|4 : GAAACTAAATGATTAA-GAGGTAA--AT------AT-----G-----GTAGGAGTATATAAATAATTAATTAAATGCACTCC------G-TATA-C-----CTCTTC---------T-G---------TTTATTTAGAA-ATGA-AA-GTG-TA-TAttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatttagaaatgaaagtgtataatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|4 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaaTTAGAAA---TG----AA-A-----G--TG--TATA--------A-T-ATC-----------A---T-CGA-TGTCA----GATGA-CTGA-AACTTATGGGAGT-TTT-----AA-TCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAA-----ATTTTT----ACTTCTG----ATCTTG--CTTCTatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|5 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatGGGGTGATA------TTAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--ATAA-ACTAAAT-TGAATTT-CACA----TAGTTTTCATCA--AGACA-TATCCCCCAGCCCTCC-CTCACtact
gi|5 : aaTG-AAT-GT----TGA-AAA---TA----TATATATT-GATCA--T-CAG-T-----G-T-GTG-----------AAAAT-CAA-TGTTG----GATGA-CATA-AACTTACAGGAGT-TTTACATGTA-ACTCC-CT--CCCCTAACTTCATGTATTTAA--------ATTTAG-----ATTTTTTAAAA--CCAG----ACATTGATCggtgaatgttgaaaatatatatattgatcatcagtgtgtgaaaatcaatgttggatgacataaacttacaggagttttacatgtaactccctcccctaacttcatgtatttaaatttagattttttaaaaccagacattgatcat
gi|6 : aaggggtgatattaaaagttcaatgtctgacaataaactaaattgaatttcacatagttttcatcaagacatatcccccagccctccctcacggGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AA----T--AAA-TTACA-A----TAGTTTTTACCC--AGAC--CCCCCCCC--CCCACC-CACACACACACAT--ATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATGA-TGAA--TTGAAACTAATCGA-TAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----G--------TATAAATAA-----------TACTCT----GTG-TAT---T-T--CTCTAC---------T-ACATAATGTTTTTATTCAAAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAat
gi|7 : tataatgaaattttaGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AA------TAAA-TT-CACA----TAGTTTTTACC---CAA-A-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACACATATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----G--------TATAAATAA-----------TACTCT----GTG-TATA--T-T--CTCTACTACATAATGT-A---------TTTATTCACAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAT--------TA---AA
gi|8 : tta-TATA-CT-T--GT-TGC---------T------------TTATTCACAA-AT---AA-GTGCTA-CAT--------CA---AACT---G--CTG-ACT-GTT-T-TTA-AAA---TGGTATTATATATG-G--TGATT-TAAGTCACAAG-T-GTTTTTCCCT----A---T-CAA-TATCGTGCCGATGA-TAGA-AACGTACGGGAAG-CGT-----TA-CCCACACT-CCCCCACAC------TATTTGA--------ATTGAG-----ATTTTT----A--CCCG----ACATTGCTATTTTGATCTCTCCC
gi|9 : a-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CATGTATAGTACATAAAAGTCACA--TTG-AAT-GTA-CATAA-AAAGACTA----TA-A-ACA-A---A--T-T---------G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GACAATCAAA-AA-TGACAGGAGT-TTT-----GA-CCT-C-GT-CCCCTCAAG------TATTTGA--------CTTTAGATTTTATTTTT----A--TCTGCCATATATAGATCTTTTGATCTC
Alignments
lowQualScore : 111111 2222222 111111111 11 444444444444444444 1111111111 55555555555555555555 33333333333 222222 11111 333333333333333333333 22222222 111 1111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111111 11111111 11111111 11111 1111111111111
lowQualScore : 666666 4 66 4 3333333 4 4 8888 999999999 77 6 0 11 3 0 0 6 777777777777777777 5 99 2222222222 11111111111111111111 0 99999999999 666666 4 00000 66 000000000000000000000 4 4 4 4 4 55555555 777 3 333 66 66 4 6666 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 4 4 9999 8 2 4 4 111111111111111 4 0 55555555 66666666 0 11111 9999999999999 0
lowQualScore : ...... . .. . ....... . . .... ......... .. . . .. . . . . .................. . .. .......... .................... . ........... ...... . ..... .. ..................... . . . . . ........ ... . ... .. .. . .... . ....................................................... ... . . .... . . . . ............... . . ........ ........ . ..... ............. .
lowQualScore : 444444 4 11 4 8888888 0 0 5555 999999999 99 7 8 00 8 2 2 5 222222222222222222 7 00 8888888888 99999999999999999999 4 33333333333 333333 4 66666 11 222222222222222222222 0 0 0 0 0 00000000 888 9 888 99 44 4 2222 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 4 4 4444 9 2 4 4 444444444444444 4 1 77777777 11111111 8 11111 0000000000000 1
consensus : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AC----T-TAAA-TT-CACA----TAGTTTTCACC---AGACA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACAC--ATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCC----GTG-TATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TA-CCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----ATCNG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
Reference ( family-4205 ) : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AC----T-TAAA-TT-CACA----TAGTTTTCACC---AGACA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACAC--ATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCC----GTG-TATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TA-CCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----ATCCG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
gi|1 : GAGGCGAGAAAATAATCAAAA--TCAATGCTTGA-CA--AAAATAC----T-TAA--TT-TACAATGTTGATTTCTACC---AG-CA-CCCCCCCC--CCCCCCGCCCAGGC-----C--A---ATCCCCCCACCCCCCCCGAAAAAAACTA-GATATGAATGAATGTTGAAACTAATCGATTAAGCAAACAA--AAAAATGTAC-----AATATTA--------TATAAATTG-----------CACTTC-----TGATATACCT-T--TTCTAC---------CAG---------TTTATTAAATA-ATGA-AAGGTG-TA-TTTGC------CA---AATC---A--TTA-AAT-G-G-TACTA-TAATACTG----GA-ATATC-----A--T-TA--T-----G-T-GT------------A---T-TGA-TGTTA----GATGAGCAGA-ATCTTACAG--GT-TTT-----TA-TCCAC-CTGTCCTCT--C------CGTTTTATGTTAAGTATTTAG-----ATTTTT----ATCAC----ACATT
gi|10 : taaAA-GAAGTAA--AA------GCTTACAA-----A--------TATAAATAAAGCA-------CACTCC----ATG-TA---CTGT--TTCTAC---------T-G---------TCTGTTCACAA-ATGA-AA-GCG-T--TTT--------CA---AATT---A--TTA-CAC-GTA-CATTA-GAA---TG----CA-ATtcatacttccttctgat
gi|11 : actaaattacatgcagagaccccttccccta-TGTA-CT-T--TTCAAC---------T-G---------ATTAT-CATAATATGC-A--GTG-GA-CAT--------TA---AA-----A--TCA------------TG-AGA---TG----TA-ATATC-A--T---T-TA--T-----AATAGTG-----------A---TGCGAGTGTCG----GATGA-C--A-AACTTACAGAGGTGTTT-----TA----AC----CCTCCTA--------TATTTG---------ATTCTG-----ATTTTT-----TCTG----AC-TTGATTTttgtgcatccaatgctacatgtcag
gi|12 : ctgacggcA---ATTT---A--TTT-TAT-GTGGCCTTA-AGT---TG----TA----CCAG--AG--C-TA--T-----G-T-GTGTATCATAATAAA---T-TGA-TGTCC----GATGA-CTGA-AACTGGCGGGAAT-CTT-----TA-T------T-CCCACAAAC------TACTTAA--------ATC--A-----ATTTTT----ATTGG----ACATTGATCT
gi|13 : GGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGGTCAACAAAA-AC--------AA-TT-CACA----TAGTTTTCACT---A
gi|13 : acttagtACTATAACATGA-TGAATGTTGAAACTAATGGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A--------------TATGAGTAtaacatgatgaatgttgaaactaatggattaacaagtaaaaacatatgagtatactaataaat
gi|14 : acttagtggcgagatcaaaagttcaatgtctggtcaacaaaaacaattcacatagttttcC----T-TGGA-GT-CACA-----AGATTTTA-------ACA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCCCACACACAC--ATtactaataaat
gi|15 : ggggatactactttaagtataccaggtacatGGGGTGAGA------TCAAAAGTTTTATGTCTGA-CA--AAAA-A-------TAGA-TT-CACA----TAGTTTTCACT---A
gi|16 : taAAATCTAATATCTGA-CA--TAAA-TC----T--AAA-TT-CACA----CAGTTTTCATC---A-ACA-CCCCctaaacatatat
gi|17 : agggaaaacattgGA-TGAATGTTGAAACTAATCGACTAA-TAAATAA--AA------ACATACGA-----G--------TATAAag
gi|2 : ccGGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAAAGTATGA-CA--AAAT-AC----TCTAAA-TT-CGCA----TAGTTTTCACCTTGGGGCAACCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACAC--ACACACACACAC-CACCCCTTT---AAAACTA-AATATGA-TGAATGTTGAAAC----CAATTAC-GAGGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCTAACGGTC-TATAACT-T--TTCTAC---------T-G---------CTTGTTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------GA---AATTT--A--TTA-AAA-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GATGA-CAGA-AACATACAGGAGT-TTT-----TACCCCAT-CT-CCCATTAAC------TATTTGA--------ATGTAG-----ATTTTT----ATCCA----ACATTGATCTTATGATTTTGCCC
gi|3 : CCCC-----AA---TA-AATAT-A-TGAATGTTGAAACTAATTAATTAACCAAGATA--TA------AT-----A-----A--------T-TAAAT-G-----------CACTA----------ATG-CC-TCGTTC-AC---------T-A---------TTTATTCTCAA-ATGAGAA-GTG-TATTTT--------TA---AACT---ATTTTACAATAGTA-TATTA-AAA----G----CA-A---------------A--T-------T-GTC-----------A---T----------------TGA-CAGGCAATTTACGAGAGT-TCC-----TC-CCCCC-CC-CCCCCCA-----------TTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----ATCT-----ACATCGA-CTTTT
gi|4 : caatctctaacaaagctagaattcacatagaattcaatgagaaatcccccaggagTTCAATGTCAGA-CA--AAAT-AC----T--AAA-TT-CACA----TAGATTTCACC---AAGAG-CCTACCTC--CTCCCactgctc
gi|4 : GAAACTAAATGATTAA-GAGGTAA--AT------AT-----G-----GTAGGAGTATATAAATAATTAATTAAATGCACTCC------G-TATA-C-----CTCTTC---------T-G---------TTTATTTAGAA-ATGA-AA-GTG-TA-TAttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatttagaaatgaaagtgtataatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|4 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaaTTAGAAA---TG----AA-A-----G--TG--TATA--------A-T-ATC-----------A---T-CGA-TGTCA----GATGA-CTGA-AACTTATGGGAGT-TTT-----AA-TCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAA-----ATTTTT----A----------------CTTCTGATCTTGCatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|5 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatGGGGTGATA------TTAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--ATAA-ACTAAAT-TGAATTT-CACA----TAGTTTTCATCA--AGACA-TATCCCCCAGCCCTCC-CTCACttcttact
gi|5 : aaTG-AAT-GT----TGA-AAA---TA----TATATATT-GATCA--T-CAG-T-----G-T-GTG-----------AAAAT-CAA-TGTTG----GATGA-CATA-AACTTACAGGAGT-TTTACATGTA-ACTCC-CT--CCCCTAACTTCATGTATTTAA--------ATTTAG-----ATTTTTTAAAACCAG----ACATTGATCggtgaatgttgaaaatatatatattgatcatcagtgtgtgaaaatcaatgttggatgacataaacttacaggagttttacatgtaactccctcccctaacttcatgtatttaaatttagattttttaaaaccagacattgatcat
gi|6 : aaggggtgatattaaaagttcaatgtctgacaataaactaaattgaatttcacatagttttcatcaagacatatcccccagccctccctcacggGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AA----T--AAA-TTACA-A----TAGTTTTTACCC--AGAC--CCCCCCCC--CCCACC-CACACACACACAT--ATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATGA-TGAA--TTGAAACTAATCGA-TAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----G--------TATAAATAA-----------TACTCT----GTG-TAT---T-T--CTCTAC---------T-ACATAATGTTTTTATTCAAAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAat
gi|7 : tataatgaaattttaGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AA------TAAA-TT-CACA----TAGTTTTTACC---CAA-A-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACACATATACATACGCGCGCAC-----------AATT----TATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAAACAA------ACG----A-----G--------TATAAATAA-----------TACTCT----GTG-TATA--T-T--CTCTACTACATAATGT-A---------TTTATTCACAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAT--------TA---AA
gi|8 : tta-TATA-CT-T--GT-TGC---------T------------TTATTCACAA-AT---AA-GTGCTA-CAT--------CA---AACT---G--CTG-ACT-GTT-T-TTA-AAA---TGGTATTATATATG-G--TGATT-TAAGTCACAAG-T-GTTTTTCCCT----A---T-CAA-TATCGTGCCGATGA-TAGA-AACGTACGGGAAG-CGT-----TA-CCCACACT-CCCCCACAC------TATTTGA--------ATTGAG-----ATTTTT----ACCCG----ACATTGCTATTTTGATCTCTCCC
gi|9 : a-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CATGTATAGTACATAAAAGTCACA--TTG-AAT-GTA-CATAA-AAAGACTA----TA-A-ACA-A---A--T-T---------G-T-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GACAATCAAA-AA-TGACAGGAGT-TTT-----GA-CCT-C-GT-CCCCTCAAG------TATTTGA--------CTTTAGATTTTATTTTT----ATCTGCCATATATAGATCTTTTGATCTC
blockSeqs : . T AC . TAAATT T A . TTGGGGCAA AG . AT T G CCCTTTAAAACTAA . CC ACAA GGTAGGAGTA TTAATTAAATG TAACGG . AACT CG TACATAATGTT T G . C T GTATAGTA TAA T CAC TT CA A GGCC G TGGTATTATATATGGTGATTTAAGTCACAAGTGTTTTTCCCT AAA G G TGCC T T C G ACATGTAACTCCC . ACTTCATG . ATTTT TAAAACCAG
blockSeqs : . . . . TCT . . . AAGACA . . . C G CCCCAATAA . G ACAA TTACAAA AGCA CA . CTG . TACATAATGTA . . . . . . . T T . C . ACA . TGTACCAGAGCTATGTGTGTATCATAATAA . . . . . A . . TACCCCATC . AC . . ATCTGCCAT
blockSeqs : . . . . TT . . . AAGAG . . . T . AATT . C AA ATACGAG . TG . ACT . TG . . . . . . . T . . T . GCA . TATATATATTGATCATCAGTGTGTG . . . . . A . . TACCCACAC . AC . . ATTGG
blockSeqs : . . . . T . . . CAGAC . . . T AATT . T AA GAG . TG . GCC . TG . . . . . . . C . . A . ATA . TGTAATATCATTTATAATAGTG . . . . . T . . TCCCCCCC . AC . . ATCCA
blockSeqs : . . . . T . . . AACA . . . G AA GAG . C . ACT . TG . . . . . . . C . . A . ACA . TGTAATACCGTGTTATGTGTA . . . . . A . . AATCCACC . AC . . ACCCG
blockSeqs : . . . . T . . . CAAA . . G AA AG . . . AC . TA . . . . . . . G . . A . TT . GACTATAAACAAATTGTGTA . . . . . A . . GACCTCG . AG . . TCTG
blockSeqs : . . . T . . . ACA C TA AA . AT . TG . . . . . . . . . . A . . . TGAAAGTGTATAATATC . . . . . A . . TAAC . . . . ATCT
blockSeqs : . . . T . . . C AT A . T . T . . . . . . . . . . GCAAATTGTC . . . . . . . . TAT . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ****** T****** **** AAGACA*** CCCCAATT********** N* AA******** GAG***************** CG**** ACT** TG******************* ******** TACCCCACC****** AC****** ********
originalCons : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AC----T-TAAA-TT-CACA----TAGTTTTCACC---AGACA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACAC--ATACATACGCGCGCACCCCC-----AAAACTA-AATATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-CAAGTAA--AA------AC-----A-----G--------TATAAATAA-----------CACTCC----GTG-TATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TA-CCCAC-CT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----ATCNG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
finalCons : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-ACT------AAA-TT-CACA----TAGTTTTCACCAAGACA---CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACAC--ATACATACGCGCGCACCCCCAATT----------ATATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAAN-AAGTAAAA--------ACGAG-----------------TATAAATAA-----------CACTCCG----TG-TATACT--T--TTCTACTG-------------------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----G-T-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTTTACCCCACC------T-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----ATCNG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
Alignments
lowQualScore : 111111 111111 11111111111 6666666666666666666 444444444444444444444444444 11 33333333333 222222222 333333333333333333333 22222222 111 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222222222222 11111111 11111111 11111 1111111 111111
lowQualScore : 666666 4 55 55 55 4 111111 3 7777 77777777777 3 77 6 1 0 3 0 0 6 1111111111111111111 5 999 777 444444444444444444444444444 22 44444444444 222222222 99 4 888 000000000000000000000 4 4 4 4 4 55555555 777 3 333 66 66 4 6666 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 4 4 9999 8 2 4 4 666666666666666 4 0 55555555 66666666 0 11111 2222222 000000 00 2
lowQualScore : ...... . .. .. .. . ...... . .... ........... . .. . . . . . . . ................... . ... ... ........................... .. ........... ......... .. . ... ..................... . . . . . ........ ... . ... .. .. . .... . ...................................................... ... . . .... . . . . ............... . . ........ ........ . ..... ....... ...... .. .
lowQualScore : 444444 0 55 11 55 0 555555 6 7777 44444444444 6 99 7 0 8 8 2 2 5 2222222222222222222 7 999 888 666666666666666666666666666 22 44444444444 333333333 77 4 666 222222222222222222222 0 0 0 0 0 00000000 888 9 888 99 44 4 2222 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 4 4 4444 9 2 4 4 333333333333333 4 1 77777777 11111111 8 11111 0000000 666666 22 5
consensus : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-ACT--A-AA------TTCAC-A----TAGTTTTCACC--A--AGA---CA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACACATACATACGCGCGCACCCCC--AA---AATTAA-TATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-C-AAG---TAA--AA------AC----G-----A----GTATA--AATAA-----------CACTCC----GTG-TATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----GT-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TACCC-CACCT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----A--TCCG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
Reference ( family-4205 ) : GGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-ACT--A-AA------TTCAC-A----TAGTTTTCACC--A--AGA---CA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACACATACATACGCGCGCACCCCC-------AATTA--TATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-N-AAG---TAA--AA------AC----G-----A----GTATA--AATAA-----------CACTCC----GTG-TATA-CT-T--TTCTAC---------T-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------CA---AATT---A--TTA-AAT-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----GT-GTN-----------A---T-CGA-TGTCG----GATGA-CAGA-AACTTACGGGAGT-TTT-----TACCC-CACCT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----A--TCNG----ACATTGATCTTTTGATCTCGCCC
gi|1 : GAGGCGAGAAAATAATCAAAA--TCAATGCTTGA-CA--AAAATACT--T-AA------TTTAC-AATGTTGATTTCTACC--A--G-----CA-CCCCCCCC--CCCCCCGCCCAGGC-----CA---ATCCCCCCACCCCCCCCGAAAAAAACTAGATATGAATGAATGTTGAAACTAATCGATTAAGC-AAA---CAA--AAAAATGTAC----A-----ATATTATATA--AATTG-----------CACTTC-----TGATATACCT-T--TTCTAC---------CAG---------TTTATTAAATA-ATGA-AAGGTG-TA-TTTGC------CA---AATC---A--TTA-AAT-G-G-TACTA-TAATACTG----GA-ATATC-----A--T-TA--T-----GT-GT------------A---T-TGA-TGTTA----GATGAGCAGA-ATCTTACAG--GT-TTT-----TA-TC-CACCTGTCCTCT--C------CGTTTTATGTTAAGTATTTAG-----ATTTTT----A--TCAC----ACATT
gi|10 : taaAA-G-AAG---TAA--AAGCTT--AC----A-----A----ATATA--AATAAAGCA-------CACTCC----ATG-TA---CTGT--TTCTAC---------T-G---------TCTGTTCACAA-ATGA-AA-GCG-T--TTT--------CA---AATT---A--TTA-CAC-GTA-CATTA-GAA---TG----CA-ATtcatacttccttctgat
gi|11 : actaaattacatgcagagaccccttccccta-TGTA-CT-T--TTCAAC---------T-G---------ATTA-TCATAATATG--CA-GTG-GA-CAT--------TA---AA-----A--TCA------------TG-AGA---TG----TA-ATATC-A--T---T-TA--TA----ATAGTG-----------A---TGCGAGTGTCG----GATGA-C--A-AACTTACAGAGGTGTTT-----TA-----AC---CCTCCTA--------TATTTG---------ATTCTG-----ATTTTT-------TCTG----AC-TTGATTTttgtgcatccaatgctacatgtcag
gi|12 : ctgacggcA---ATTT---A--TTT-TAT-GTGGCCTTA-AGT---TG----TA----CCAG--AG--C-TA--T-----GT-GTGTATCATAATAAA---T-TGA-TGTCC----GATGA-CTGA-AACTGGCGGGAAT-CTT-----TAT-------T-CCCACAAAC------TACTTAA--------ATC--A-----ATTTTT----A--TTGG----ACATTGATCT
gi|13 : GGCGAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGGTCAACAAAA-AC-----AA------TTCAC-A----TAGTTTTCACT--A--TAA---CA-
gi|13 : acttagtATAA--CATGA-TGAATGTTGAAACTAATGGATTAA-C-AAG---TAA--AA------ACATATG-----A----GTATACTAATAA-----------tgatgaatgttgaaactaatggattaacaagtaaaaacatatgagtatactaataaat
gi|14 : acttagtggcgagatcaaaagttcaatgtctggtcaacaaaaacaattcacatagttttcactTCAC-A-----AGATTTTA---------A---CA-CCCCCCCC--CCCCCC-CCCCCACACACACATat
gi|15 : ggggatactactttaagtataccaggtacatcttggagGGGGTGAGA------TCAAAAGTTTTATGTCTGA-CA--AAAA-A-T--A-GA------TTCAC-A----TAGTTTTCACT--ACTAAA---CA-
gi|16 : taAAATCTAATATCTGA-CA--TAAA-TCT--A-AA------TTCAC-A----CAGTTTTCATC--A----A---CA-CCCCtatat
gi|17 : agggaaaacattgGA-TGAATGTTGAAACTAATCGACTAA-T-AAA---TAA--AAACAT--AC----G-----A----GTATA--Aag
gi|2 : ccGGGGCGAGA------TCAAAAGTTCAAAGTATGA-CA--AAAT-ACTCTA-AA------TTCGC-A----TAGTTTTCACCTTG--GGG---CAACCCCCCCC--CCCCCC-CCCACACACACACACACACACACAC-CACCCCTTTAA---AACTAAATATGA-TGAATGTTGAAAC----CAATTAC-G-AGG---TAA--AA------AC----------A----GTATA--AATAA-----------CACTCTAACGGTC-TATAACT-T--TTCTAC---------T-G---------CTTGTTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CAT--------GA---AATTT--A--TTA-AAA-GTG-CATTA-AAA---TG----TA-ATACC-G--TG--T-TA--T-----GT-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GATGA-CAGA-AACATACAGGAGT-TTT-----TACCC-CATCT-CCCATTAAC------TATTTGA--------ATGTAG-----ATTTTT----A--TCCA----ACATTGATCTTATGATTTTGCCC
gi|3 : CAATCTCTAA-CA--AAG---CT--AGAA------TTCAC-A----TAGAATTCAAT--G--AGA---AA-TCCCCC
gi|3 : CCCC-------AATAAA-TAT-A-TGAATGTTGAAACTAATTAATTAA-CCAAGATATAA--TA------AT------------------TA--AATG------------CACTA----------ATG-CC-TCGTTC-AC---------T-A---------TTTATTCTCAA-ATGAGAA-GTG-TATTTT--------TA---AACT---ATTTTACAATAGTA-TATTA-AAA----G----CA-A---------------A--T------T-GTC-----------A---T----------------TGA-CAGGCAATTTACGAGAGT-TCC-----T-CCC-CCCCC-CCCCCCA-----------TTGA--------ATTTAG-----ATTTTT----A--TCT-----ACATCGA-CTTTTaggagccccaataaatatatgaatgttgaaactaattaattaaccaagatataataattaaatgcactaatgcctcgttcactatttattctcaaatgagaagtgtatttttaaactattttacaatagtatattaaaagcaaattgtcattgacaggcaatttacgagagttcctccccccccccccccattgaatttagatttttatctacatcgacttttactgctc
gi|4 : caatctctaacaaagctagaattcacatagaattcaatgagaaatcccccaggagTTCAATGTCAGA-CA--AAAT-ACT--A-AA------TTCAC-A----TAGATTTCACC--A--AGAGCCTA-CCTCCTCC--Cactgctc
gi|4 : GAAACTAAATGATTAA-G-AGG---TAA--AT------AT----GGTAGGA----GTATATAAATAATTAATTAAATGCACTCC----GT---ATA-CC-T----CTTC---------T-G---------TTTATTTAGAA-ATGA-AA-GTG-TA-TAttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatttagaaatgaaagtgtataatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|4 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaaTTAGAAA---TG----AA-A-----G--TG--TATA--------AT-ATC-----------A---T-CGA-TGTCA----GATGA-CTGA-AACTTATGGGAGT-TTT------AATC-CACCT-CCCCCTAAC------TATTTGA--------ATTTAA-----ATTTTT----ACTTCTG----ATCTTG--CTTCTatatcatcgatgtcagatgactgaaacttatgggagttttaatccacctccccctaactatttgaatttaaatttttacttctgatcttgcttcttact
gi|5 : ttcaatgtcagacaaaatactaaattcacatagatttcaccaagagcctacctcctcccttaatactaaagaaactaaatgattaagaggtaaatatggtaggagtatataaataattaattaaatgcactccgtatacctcttctgtttatGGGGTGATA------TTAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--ATAA-ACT--A-AATTGAATTTCAC-A----TAGTTTTCATC--A--AGA---CA-TATCCCCCAGCCCTCC-CTCACtact
gi|5 : aaTG-AAT-GT----TGA-AAA---TA----TATATATT-GATCA--T-CAG-T-----GT-GTG-----------AAAAT-CAA-TGTTG----GATGA-CATA-AACTTACAGGAGT-TTTACATGTAACT-C-CCT--CCCCTAACTTCATGTATTTAA--------ATTTAG-----ATTTTTTAAAA--CCAG----ACATTGATCggtgaatgttgaaaatatatatattgatcatcagtgtgtgaaaatcaatgttggatgacataaacttacaggagttttacatgtaactccctcccctaacttcatgtatttaaatttagattttttaaaaccagacattgatcat
gi|6 : aaggggtgatattaaaagttcaatgtctgacaataaactaaattgaatttcacatagttttcatcaagacatatcccccagccctccctcacggGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AAT--A-AA------TT-ACAA----TAGTTTTTACC--C--AGA---C--CCCCCCCC--CCCACC-CACACACACACATATACATACGCGCGCA----C-------AATT---TATGA-TGAA--TTGAAACTAATCGA-TAA-C-AAG---TAAACAA------AC----G-----A----GTATA--AATAA-----------TACTCT----GTG-TAT---T-T--CTCTAC---------T-ACATAATGTTTTTATTCAAAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAat
gi|7 : tataatgaaattttaGGGGCAAGA------TCAAAAGTTCAATGTCTGA-CA--AAAA-AAT--A-AA------TTCAC-A----TAGTTTTTACC--C--AAA---CC-CCCCCCCC--CCCCCC-CACACACACACATATACATACGCGCGCA----C-------AATT---TATGA-TGAATGTTGAAACTAATCGATTAA-C-AAG---TAAACAA------AC----G-----A----GTATA--AATAA-----------TACTCT----GTG-TATA--T-T--CTCTACTACATAATGT-A---------TTTATTCACAA-ATAA-AA-GAG-TA-CAT--------TA---AA
gi|8 : tta-TATA-CT-T--GT-TGC---------T------------TTATTCACAA-AT---AA-GTGCTA-CAT--------CA---AACT---G--CTG-ACT-GTT-T-TTA-AAA---TGGTATTATATATG-G--TGATT-TAAGTCACAAGT-GTTTTTCCCT----A---T-CAA-TATCGTGCCGATGA-TAGA-AACGTACGGGAAG-CGT-----TACCCACAC-T-CCCCCACAC------TATTTGA--------ATTGAG-----ATTTTT----A--CCCG----ACATTGCTATTTTGATCTCTCCC
gi|9 : a-G---------TTTATTCACAA-ATGA-AA-GTG-TA-CATGTATAGTACATAAAAGTCACA--TTG-AAT-GTA-CATAA-AAAGACTA----TA-A-ACA-A---A--T-T---------GT-GTA-----------A---T-CGA-TGTTG----GACAATCAAA-AA-TGACAGGAGT-TTT-----GACCT-CG--T-CCCCTCAAG------TATTTGA--------CTTTAGATTTTATTTTT----A--TCTGCCATATATAGATCTTTTGATCTC