lowQualScore : 111 11 1 11 333333 11111 333333333 66666 2222 1 1111 22 111 22222 1 444444444444444444444 222 111111111 2 888888888888888888888888888888888888888888 2222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 1 222222 333333 111 111 1111111111 11111 4 1 555555555555 2 1111 111 88888
lowQualScore : 3 3 4 6666 333 55 66 3 5 33 3 3 55 22 3 4 222222 33333 3 111111111 22222 3 3333 1 3 55 7 0000 555 00 88888 3 3 2 777 88888 3 3 3 99999 3 3 44 55 3 9 44 000000000000000000000 4 555 333 55 7777 3 777 3 555555555 88888 4 7 3 3 3 7 55 000000000000000000000000000000000000000000 777 4 2222 1 777 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 66 0 333333 666666 5 66 333 5 66 2 111 5 5 9999999999 22222 6 6 0 6 3 6 2 000000000000 0 2 7777 666 5 00000 6
lowQualScore : . . . .... ... .. .. . . .. . . .. .. . . ...... ..... . ......... ..... . .... . . .. . .... ... .. ..... . . . ... ..... . . . ..... . . .. .. . . .. ..................... . ... ... .. .... . ... . ......... ..... . . . . . . .. .......................................... ... . .... . ... . .................................................... .... .. . ...... ...... . .. ... . .. . ... . . .......... ..... . . . . . . . ............ . . .... ... . ..... .
lowQualScore : 1 1 0 5555 888 66 22 1 0 99 3 6 00 44 6 0 555555 99999 5 111111111 11111 6 0000 2 6 00 3 4444 888 00 33333 3 3 5 555 33333 3 3 3 33333 3 3 66 00 6 0 99 222222222222222222222 0 444 666 00 6666 6 000 6 000000000 44444 0 8 6 6 6 7 00 999999999999999999999999999999999999999999 000 0 6666 1 888 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 0000 99 0 111111 999999 0 99 888 0 99 5 444 0 0 1111111111 55555 7 7 0 7 3 7 8 555555555555 0 8 4444 111 8 00000 7
consensus : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGNAT----TTTG---AAG-AT-CTCG-AGTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C--AA-AGCT-AA-TC--A---AAATAAAATCCTGGATCAGAAATCGTCTCTTT--T--AGC-TATTTA--GC-CAC-TTAA-TTTGTTGAAAAA-TCA--TCTACCTGAGGCTGCG----GACA---A-TCGAA-----TTC-T-ACGCCAGTTTACTTCCCT-----TTAGC-A-A-TTTGACGTCA--TC-AGAGA-C-AT--TCGCG--AGAGA-CATGGAAGA-AAGC-----------A---------G-AAT-A-GCTAGC-GC--GNA--GGGTTT-ATTACATG-CGACTTG-AAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGC-AA-TAAA-GTCA-GGCCAGGGA--TTG-AG--C-AT----GTA---T---T----T--C---------CCCCCAG---GA-ATCC-G--ACATTT---AG-AAAGA--AC-T----TGTC---C-----CTTC----GA-A--TCGAA----------AAGA-GACGG--TTTT-GAACC------CTCCG------AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGTTN--GC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCGCCC-T-CAAC-CCA-AT-GAAA-AATAAATA-CANN-AATATNTTATTTCCCGCCGATTACC-TCATAA-GGGTCGACTGTTTCTACAAACACCCACCCC
Reference ( gi|1 ) : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGGAT----TTTG---AAA-AT-ATCG-ACTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C--AA-TGCT-AA-TCAAA---AAATAAAATCCTAAACAAGAAATCGTCTCTTT--T--A-C-TATTTACTGA-CAC-TTAATTTTGTTGAAAAA-TCA--TCTACCTGAGGCTGCG----GACA---ATTCGAA-----TTC-T-ACGCCAGTTTACTTCCCT-----TTAGC-A-A-TTTGACGTCA--T--AGAGA-C-AT--TCGCG--AGAGA-CTTGGAAGA-AAGC-----------A---------G-AAT-A-GCTA-C-GC--GGA--GGGTTT-ATTACATG-CGACTTG-AAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGCGAA-TAAA-GTCA-GACCAGGGA--TT--AG--C-A-----GTA---T---C----C--C---------CCTCCAG---GA-ATCC-C--ACATTT---AG-AAAGA--AC-T----TGTC---C-----CTTC----GA-A--TCGAA----------AAGA-GATGG--TTTT-GAACC------CTCCGC-----AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGTTC--GC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCACCC-T-CAACACCA-AT-GAAA-GATAAATA-CATC-AATATTTTATTT-CTGCCGATTACC-TCATAA-GAGTCGACTGTTTCTA-----ACCCCCCCC
gi|6 : AAAGGTCAATTA-GA-ATATAT----TTTG---AAG-AT-CTCA-AGTTTTCTT-CATT-GAACATTTCG-C--AA-AGCT-AA-TC------AAATTAAATCATGGATCAGAAATCGTCTCTTT--C--AGC-TATTTA--GC-CAC-TTAA-TTTGTTGAAAAA-TCA--TATAGATGAGA-TGTG----CACAGACAGTCGAA-----TTT-T-AAGTCAG-TTACTTCCCT-----TTGGT-A-A-TTTTACATCA--TC-AGAGA-C-AT--TCGCG--AGAGA-CACGGAAGA-AAGT-----------T---------G-AAT-G-GCTA---GCTTGCC--GGGTTT-GTTACATG-CAACTTC-AAA----TG-C-ATTGTC--TT-A-ACTGCAC-AG-TGAA-GTCA-GTCCAGGGA--TT--GA--CTATGTACATA---T---G----T--T---------CCCCCAG---GA-ATCC-A--ATATTT---AG-AAAGA--TT-T----GGTC---T-----CTTT----G--A--TTGGA----------AAGA----GG--TTTT-GAATT------CTCCA------AG-CA--CA---GTA-AAC--TC----A--GC-GA-CATAAAA----TTT-----TCCTAC
gi|2 : tAAAGGTCAAGTA-TA-ATGAAT----TTTG---AAG-AT-CTCG-AGTTTTCTT-GA-T-AAACACTTTG-C--AA-TGCT-AA-TC--A---AAATAAAATCCTGAATCAGAGGTCGTCTCTTT--T--AGC-TATTTA--GC-CAC-TTGA-TTTGTTGAAAAA-TCGATTCTACCTGAGGCTGCGCGGTGACA---AGTCATA-----TTCTT-ACGTCCATT--CTTGTCTGTTTGTTAGC-AGA-TTTGACGTCA--T--ACAGAGC-ATAGTCGTG--AGAGAGCATGGAAGA-AAGCT----------AATTGATACTG-AAT---GCTG-C-GC--GGAGTGAGTTTGATTACATG-TG------------------GTCGTCCTTT-A-ATTACGCGAAGTAAATGTCAGGGCCAGGAAGTTT--CG--C-A-----GTG---T---A----T--TTGGAGTGTGCGTCCAGTGTGAGATGC-TGAACTTTTGTAAG-AAGGAGTAC-TGGTCTATC---C-----CTTC----GG-ACGTCGAA----------AAGA-GACGG--TTTTGGAACCGCTCGGCTCCG------AG-CT--CA---GTAGAATGGTCTTTTA--GCGGA-C-----AG---TTT-----CCCTAACGCCCGTGCGAC-CGA-GTGGAAA-GATAt
gi|8 : AAAGGTCAAGTA-TA-ATAT-T----TTTG---AAG-AT-CTCG-AATTTTCTA-GATT-AAA---------------GCT-AA-TC--A---AAATAATATTCTGGACTATAAATTGTCTCTTTGAT--A---TATTTA--GC-CACTTTAA--GTGCTGAAAAG-CCA--TCTATCTGA-GCCGCG----GAC-----TTACAA-----TTC-T-AAGTCAGTT--------------------A-A-TTTGACATCA--TC-ATATA-C-AT--TTTCG--AGAGG-C-----ACATAATC-----------C---------G-AAT-ATG--A-C-TT--GAA--A---------ACATA------TG-CAG----TG-T-GCTGTC--TT-A-ATTGCAC-AA-GAAT-GTCG-GACCAGGGA--TTG-AG--C-AT----GTA---T---TTTTGT--T---------CACCCAG---GA-ACCT-G--ACGATT---AA-AAAGAT-AT-T----TA-C---T-----GTTC----G--A--TTGAA----------AAGA-CACGG--TTTTAGAACC------CTCCG------AA-CA--CATATTTA-AAC--TCTGTTG--GC-GA-C-----A----TTT-----c
gi|11 : AAAGGTCAAGTAGTATATTTTT----TTTAT--AAG-GT-CTCGGAGTTTTTTC-TACTCAGACACTTCA-C--AG-AGCT-AA-ATAAATCAAAATAAAATCCCGGATCAAAATTTGTCTCGTT--G--A---TATATA--AACCAC-TTAA----------------A--TCTACCTG-CACCGCG----GACA---ATC--AACTATCTTT-T-AAA--AG-TTATTTCCCT-----TTAGT-A-A-TTTGATGTCA--TCAAGAGA-C-A----CGC----CAGA-C---GAAGA----T-----------A---------T-ACT-A-GAT--C-GC-------AGGCTT-GTT--------ACTTG-AAAATGGTG-CTGTTGCC-----A-ATTAC---AG-TAAG-G--G-G--CAGGGA--TT--GGGTA-A-----ATA---T---------------------TGTTTAG---GG-ATCC-G--AAATTT---AT-AAAG
gi|21 : AAAGGTCATGTA-TA-ATGGAT----TTTG---AAG-AT-CTCG-AGTTTTg
gi|7 : tAAGGTCAAGTA-TA-ATGGAT----TTTG---GAAGATGATCG-AATTTTCTTTGATT-AAACACTTCGGC--AAATGCTTAA-T---G---AAATAAAATCCTGATCAGCCAATCGTCTCTTT--TTAG-C-TATTTTCC-----C-TTAATTT-GTTGAAAAAATCA--TCTACCTGAGCCTGCG----GACG---AATCGAA-----TTC-TAACGCCAG-TCACTTCCCT-----TTAGCAA-A-TTTGACGTCAATC--AGAGC-CAAT--TCGCGGAAGAGA-CTTGGAAAA-AGGC-----------A---------GAAAT-A-GCTAGCGGC--GGA--GGGTTT-A-TACATGCCGACTTGAAAA----TGAC-GTCGTC--TT-A-ATTACGCAAA--AAA-GTCA-G-CCA-GGA--TTGAAG--C-AT----GTA---T---C----C--C---------CCTCCAG---GG-AATC-C--AAA------AG-AAAGA--ACTT----TGTCCCTC-----CTTC----GAGA--TCGAA----------AAGA-GACGG--TTTT-GAACC------CTCCG
gi|10 : AAGGTAAAGTA-TA-ATGGAT----TTTA---AAG-AT-CTCG-AAATTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C--AA-AGCT-AA-TC--A---AAATACAATCCTGAATCAGAAATCGTCTCTTT--T--AGC-TATTTA--GC-CAC-TTAA-CTTGTTGAAAAA-TCC--TCTACCTGA-GCTGCG----AACA---A-TCGAA-----TTC-T-ACGCCAG-TTACTTCCCT-----CTAGC-A-A-TTTGACGTCA--TC-AGAGA-C-AT--TCGTG--AGATA-CATGGAAGA-AAGC-----------A---------G-AATAA-GCTAGC-GC--GCA--GGGTTT-ATTACATG-CGACTTG-AAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGC-AA-TAAA-GTCA-GGCCAGCAA--TTG-AG--C-AT----GTA---T---ag
gi|5 : AAAGTCAA----CA-ATGTAG----TTT----AGA-AT-CTCG-AATTTC-------T-AAACACTTCG-CCAAA-TGCT-AAATCAAA---TATAAAAATCCTAT-CAA-AAATCG-CTCTTT--A--G-C-TATTTAC----CAC-TTAATTTTG---AAAAA-TCA--CC-AC-----ACTGCTC---AACA---AT-CAA-------TC-T-AC-CCACCTTACTCCACT-----TTAGC-A-AATTTGACA-CA--C--A---A-C-AT--TC-CG--AAA-A-CATGAAA----AGC-----------A---------G-AAT-A-GCTA---GC--GGC--GAGGTT-ATTACATG-C-ACT-G-AAA-------------------------ACGC-AA-TAAA-GGCA--ACCAG--A--TT--A---C-A-----GTA---T---T----TT-C---------CCCCCAG---GA-ATCC-G--ACAATT---AA-AAA----AC-T----T--C---C-----CTTC----TG-A--TTGAA----------AAGA---TGG--TTT---AACC------CT---------AGACT--C----GTA-AAT--TCT---C--GC-GA-C-----A----T-------CCCTACCACCC-T-CAAC-CCA-AT-GAAACAATAAATAGTAGA-AATA-TGTATTT-CTGCCG-TTACC-TTTCAA-AGGTCGAC-GTTTCTACAAACACCCCACCC
gi|20 : AAGGTCAATTA-TA-ATGGGT----TTTG---AAG-AT-CTCG-AATTTTCTT-GATT-c
gi|15 : AGGTCAAGT------TGGATATGTTTTG---AAA-AT-CTCG-AGTTT-CTG-GACT-AACCTATTCA-G--AG-CACG-GA-CCAAA---A--TGAAACCTTGTATCAAAAATTGTCCATTT--G--A-TGTAATTG--GC-CAC-TTAATGT-GTTGAAAAA-TCA--TCAAACTGAGCCC-CG----GAAA---A--CCAA-----TTT-C----CCAGTC-ACTTCCAT-----TTAGT-A-A-TTTGAAGTCA--TC-AGATA-C-AT--TCTCG--AGAGA-C
gi|19 : tatAGCTCAAGCT-GA-AT--AT----TTTGTTCAAG-GT-CTCA-AGTTTTGTA-GATT-AAACACTTCA-C--AA-AGCT-a
gi|4 : CAAGTA-TA-ATGTAT----TTTTTTTAAG-AT-CTCG-AGTTTTCTT-GATT-AAGCACTTCG-C--AC-AGCT-AT-TC--A---AAATTAAATCCTGGATCAAAAGTCCTCTCCTT--T--AGC-TAATTA--GC-CGC-TTAA-TTTGGTGAAAAA-TCA--TCTACCTGA-GCTGCG----GACA---A-TCGAA-----TCC-T-AAGCCAG-TTATTTCCCT-----TAAGC-A-A-TTTGACGTCA--TC-AGAAA-C-AT--TCGCG--AGAGA-CACGGAAGA-AAGT-----------T---------G-AAT-A-GCTAGC-GC--GCA--GGGT---------------CTTG-AAA----TG-C-GTCGTC--TTCATATTGCGC-AA-TACA-GTCA-GGCCAGGGA--TTG-AA--C-AT----GTA---TTTGT----T--C---------CCCCCAG---GA-ATCC-G--ACATTT---AG-AAAGA--TA-T----GATC---C-----C---------------------------------GACGG--TTTT-GAACC------CTCCG------AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGTTT--GC-AA-C-----A----TTT-----CCCTACCGCCC-T-CAAC-CAA-AT-GGAA-AATA----------------TTATTTCCCGCCGATTATC-T--TAATAAGTCAACTGTTT
gi|9 : cAAGTA-AA-ATGAAT----TTTG---AAG-AT-CTCG-AGTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C--AA-AGCT-AA-TC--A---AAATAAAATCCTGAATAAGAAATCGTCTCTTT--T--AGC-TATTTA--GC-CAC-TTAA-TTTGTTGAAAAA-TCA--TCTACCTGA-GCTGGG----GACA---A-TCGAA-----TTC-T-ACGCCAG-TTACTTCCCT-----TTAGC-A-A-TTT-ACGTCA--TC-AGAGA-C-AT--TCGCA--AGAGA-CATGGAAGA-TAGCTATACTATACTA---------T-AGT-A-GCTAGC-GC--GCA--GGGTTT-ATTACAAG-CGACTTG-AAA----TG-T-GTCGCC--TT-A-ATTACGC-AA-TAAA-GGCA-GGCCAGAGA--TTG-AG--C-AT----GCATTTT---T----T--C---------CCT-CAG---GA-ATCC-G--ACATat
gi|3 : CCTGAATCAGAAATCGTCTCTTT--T--A-GATATCTA--GC-CAC-TTAATTT-GTTGAAAAA-TCA--CATACCTGA-GCTGCG----GACA---A-TCGAA-----TTC-T-ACGCCAGTT
gi|12 : TGTG----GACA---AT-AGAA-----TCC-T-AAGCCAGTT-ACTTCCCT-----TTAGC-A-A-TTTGACGTCA--TC-AGAGT-A-AT--TCGCA--AGACA-CATGGAAGA-AAGC-----------T---------G-AAT-A-GCTAGC-AC--GCA--GGATTT-ATTACATG-CGACTTG-AAA---------------------------------TAAA-GTCA-GACCAGGGA--TTG-AG--C-AT----GTA---T---T----TGTT---------TCTTCAG---GA-ATCC-G--ACATTT---AG-AAAGA--TC-T----GGTC---C-----CTTC----GA----TTGAA----------AAGA-GACCG--TTTT-GAACC------CCCCGT------G-CT--CA---GTA-AAT--TCTGTTATAGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCACCC-T-CAAC-CCATATCGAAC-GATAAATA-atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggagggtttattacatgcgacttgaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngccgattaccatcataagtcgactgtttctacacctacccacccaccc
gi|16 : TTACTTTCCT-----TTGGT-A-A-TTTGACGTCAT-T--AGAGA-C-AC--Tgcctaattacatgt
gi|3 : gtcaagttgaacatgattgaaagagtttgtgctttctggtttttgtacttcacaaacctaatgaaatgctgaatcataaatagtaattttaaaacggtgaacgtattcaaattggtatcaaaatttctatgtgctccacaaccaatctatttacatacaag-GC--GGA--GGGTTT-ATTACATG-CGACTTG-AAA----TG-t
gi|13 : cctgaatcagaaatcgtctcttttagatatctagccacttaatttgttgaaaaatcacatacctgagctgcggacaatcgaattctacgccagttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGC-AA-TAAA-GTCA-GACCAGGGA--TT--annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngccgattaccatcataagtcgactgtttctacacctacccacccaccc
gi|14 : CCAG---GA-ATTCACG-ACATTT---AGTAAAGA--AT-TCTT-TGTC---CTTACCCTTCTGTAGA-A--TCAGACAAATGCTATAAGACGATGGGGTTTC-AAACCTCC---CTCCCCCAGAAAG-CCTCCAT--GTA-AAT--TCTGTTC--GG-GAGC-----AATGGTCTCTAGACCTTACCACCC-T-CAAC-CCA-AT-GAAA-AATAAATA-CATTGAATATGTTATTTCCTGCCGATTACCTTCATAA-Ggagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagctcagtaaattctgttcgcgacatttccctaccaccctcaacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctacaaacacccacccc
gi|13 : cccctttcctac-----AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGTTC--GC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCACCC-T-CAAC-CCN-NN-NNNN-NNNNNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNTTTCTACAAACACCCACCCC
gi|3 : cgcaataaagtcagaccagggattgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagGCCGATTACCATCATAA-G--TCGACTGTTTCTAC----ACCTACCC
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CAAGTTGAATATCTCGAGTTTTCTAGATTACATACTTTACAAAGCTAAATAAATCAACACAAAGTCCTGGG
Unaligned ( gi|18 ): GAAAATCATGCAGTGTGCTACTTTGAATTGCACTATAAAGTCAGGTCAAGGATTAATTATGTATTT
Alignments
lowQualScore : 111 11111 11111 111 1111 111 333333333333333333333 111111111 222222222222222 11 222222 11111 2222222222 111111 11111 222222 111111 111 1111111111 11111 1 222222 1 1 11 1
lowQualScore : 22 2 1 333 2 2 44 2 2 2 5 33 00000 00000 3 44 3 4 3 88 5555 3 3 3 3 44 3 999 2 0000 2 2 2 2 999999 2 33 2 444 77777 3 6 3 3 3 3 44 44 44 3 777777777777777777777 3 3 6 4 44 3 55 222222222 55555 3 77 3 3 4 3 3 3 3 7777 44 111111111111111 3 666 3 3 3 55 3 0 777 4 00 666666 11111 777 2222222222 4 4 222222 11111 8 000000 111111 4 4 66 222 4 66 1 66 1 4 4 6666666666 11111 1 5 5 5 5 1 5 0 000000 66 2 1 0 3 6 33 2 2 666 0
lowQualScore : .. . . ... . . .. . . . . .. ..... ..... . .. . . . .. .... . . . . .. . ... . .... . . . . ...... . .. . ... ..... . . . . . . .. .. .. . ..................... . . . . .. . .. ......... ..... . .. . . . . . . . .... .. ............... . ... . . . .. . . ... . .. ...... ..... ... .......... . . ...... ..... . ...... ...... . . .. ... . .. . .. . . . .......... ..... . . . . . . . . ...... .. . . . . . .. . . ... .
lowQualScore : 88 7 9 888 5 5 77 7 9 9 7 99 00000 88888 1 22 1 0 1 55 5555 1 1 1 1 22 1 444 9 0000 9 9 9 9 222222 9 66 9 444 77777 1 2 1 1 1 1 22 66 66 3 999999999999999999999 6 6 7 2 66 3 11 555555555 77777 3 33 1 1 5 1 1 1 3 1111 22 333333333333333 6 444 6 6 6 00 6 2 000 0 66 111111 11111 888 6666666666 4 4 888888 11111 9 666666 555555 0 0 11 222 4 11 9 11 0 4 4 0000000000 11111 4 7 7 7 7 4 7 8 555555 66 2 8 8 3 7 22 8 5 222 0
consensus : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGNATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TCAAA-A--TAAAA-TCCTGGATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTAATTT-GTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-GC-TGCG----GAC-AA-T-CG-A---A--TTC-TA-CGC-CAGTTTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CATGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-T-AGCTAGCG-CGCA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GTCA-GGCCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---T-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--ACT----T-GTCC-----CT---TC----GA-A--TC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TCGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCGCCC-T-CAAC-CCA-AT-GAAA-GATAAATA-CA-TNAATATGTTATTTCCTGCCGATTACC-TC-ATAAGGGTCGACTGTTTCTACAAACA-CCCACCCC
Reference ( family-4160 ) : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGNATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TCAAA-A--TAAAA-TCCTGGATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTAATTT-GTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGAGGC-TGCG----GAC-AA-T-CG-A---A--TTC-TA-CGC-CAGTTTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CATGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-T-AGCTAGCG-CGNA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GTCA-GGCCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---T-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--ACT----T-GTCC-----CT---TC----GA-A--TC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TNGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCGCCC-T-CAAC-CCA-AT-GAAA-AATAAATA-CA-NNAATATNTTATTTCCCGCCGATTACC-TC-ATAAGGGTCGACTGTTTCTACAAACA-CCCACCCC
gi|1 : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGGATTTTG---AAAATA-TCG-ACTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAT-GC--T-----AA-----TCAAA-AAATAAAA-TCCTAAACAAGA-AATCGTCTCTTTT-A-CTATTTACTG-A-CACTTAATTTTGTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGAGGC-TGCG----GAC-AA-TTCG-A---A--TTC-TA-CGC-CAGTTTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T---AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CTTGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-T-AGCTA-CG-CGGA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGCG-AATAAA-GTCA-GACCAGGGA-TT--A-GCA--G----TA--T---C-------C--CCC-TCCAG---G-A-AT-CC--C-ACATTT---AG-AAAGA--ACT----T-GTCC-----CT---TC----GA-A--TC-GA-AAA------GAGATG-----GTTTT-GAACC------CTCC------GCAG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TCGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCACCC-T-CAACACCA-AT-GAAA-GATAAATA-CA-TCAATATTTTATTT-CTGCCGATTACC-TC-ATAAGAGTCGACTGTTTCTA-----A-CCCCCCCC
gi|10 : AAGGTAAAGTA-TA-ATGGATTTTA---AAGATC-TCG-AAATTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TCAAA-A--TACAA-TCCTGAATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTAACTT-GTTG-AAAAA-TCC--TCTAC-CTGA-GC-TGCG----AAC-AA-T-CG-A---A--TTC-TA-CGC-CAG-TTACTTCCCT-----CTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGTG--AGAT--A-CATGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-TAAGCTAGCG-CGCA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GTCA-GGCCAGCAA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---
gi|11 : AAAGGTCAAGTAGTATATTTTTTTTAT--AAGGTC-TCGGAGTTTTTTC-TACTCAGACACTTCA-C-AGA-GC--T-----AAATAAATCAAA-A--TAAAA-TCCCGGATCAAA-ATTTGTCTCGTT---GATATATA--AAC-CACTTAA-----------------A--TCTAC-CTGCA-C-CGCG----GAC-AA-T-CA-ACT-ATCTTT-TA-AA---AG-TTATTTCCCT-----TTAGTA-A-TTTGATGTCA-T-CAAGAGACA-----CGC----CAG--A-C---GAAGA--------------------------TA-T-A-CTAGAT-CGCA---GGCTT-GTT--------ACTTGAAAATGGTG-CTGTTGCC-----A-ATTA--C--AGTAAG-G----GG-CAGGGA-TTG-G-GTA-AA----TA--T---T------------G-TTTAG---G-G-AT-CC--G-AAATTT---AT-AAAG
gi|12 : -TGTG----GAC-AA-T-AG-A---A--TCC-TA-AGC-CAGTT-ACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGTAA-T--TCGCA--AGAC--A-CATGGAAGAAAGC-----------T---------GAA-T-AGCTAGCA-CGCA--GGATTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----T-----------------------------AAA-GTCA-GACCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---T-------TGTTTC-TTCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--TCT----G-GTCC-----CT---TC----GA----TT-GA-AAA------GAGACC-----GTTTT-GAACC------CCCC------G-TG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGTTATAGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCACCC-T-CAAC-CCATATCGAAC-GATAAATA-g
gi|13 : CGC--AATAAA-GTCA-GACCAGGGA-TTG-A-Ggcctaattacatgt
gi|13 : ------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TCGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCACCC-T-CAAC-CC--NN-NNNN-NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNTTTCTACAAACA-CCCACCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagctcagtaaattctgttcgcgacatttccctaccaccctcaacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctacaaacacccacccc
gi|14 : cgcaataaagtcagaccagggattgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna--T---T-------T--CCTACCCAG---G-A-AT-TCACG-ACATTT---AGTAAAGA--ATTCTT-T-GTCCTTACCCT---TCTGTAGA-A--TCAGACAAATGCTATAAGACGATGGGGTTTC-AAACCTCC---CTCCCCCAGAA-AG-CCTCCAT--GTA-AAT--TCTGT--TCGG-GAGC-----AATGGTCTCTAGACCTTACCACCC-T-CAAC-CCA-AT-GAAA-AATAAATA-CATTGAATATGTTATTTCCTGCCGATTACCTTC-ATAAG
gi|15 : ccccAGGTCAAGTT-GG-ATATGTTTTG---AAAATC-TCG-AGTTT-CTG-GACT-AACCTATTC----AGA-GCACG-----GA-----CCAAA-A--TGAAA-CCTTGTATCAAA-AATTGTCCATTTG-ATGTAATTG--G-C-CACTTAATGT-GTTG-AAAAA-TCA--TCAAA-CTGA-GC-CCCG----GAA-AA-C-CA-A---T--TTC------C-CAG-TCACTTCCAT-----TTAGTA-A-TTTGAAGTCA-T-C-AGATACA-T--TCTCG--AGAG--A-CA
gi|16 : tatGTCAAGTT-GA-ACATGATTGA---AAGAGT-TTG-TGCTTTCTG-GTTT-TTGTACTTCA-C-AAA-CC--T-----AA-----T---------GAAA-TGCTGAATCATA-AATAGTAATTTTA-AAACGGTGA--A-CGTATTCAAATT-GGTATCAAAA-TT---TCTAT-GTG---C-TCC------AC-AA-C-CA-ATCTA--TT--TA-CATACAAGTTACTTTCCT-----TTGGTA-A-TTTGACGTCA-T-T-AGAGACA-C--T
gi|17 : TTG---AATATC-TCG-AGTTTTCTA-GATT-ACATACTTTA-C-AAA-GC--TAAATAAA-----TCAAC-A--CAAAG-TCCTGGt
gi|18 : caag-A-ATTGCAC--TATAAA-GTCA-GGTCAAGGA-TTA-A-TTA-TG----TA--T---T-------T--g
gi|19 : gaaaatcatgcagtgtgctactttgAGCTCAAGCT-GA-AT--ATTTTGTTCAAGGTC-TCA-AGTTTTGTA-GATT-AAACACTTCA-C-AAA-GC--T-----
gi|2 : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGAATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GAT--AAACACTTTG-C-AAT-GC--T-----AA-----TCAAA-A--TAAAA-TCCTGAATCAGA-GGTCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTGATTT-GTTG-AAAAA-TCGATTCTAC-CTGAGGC-TGCGCGGTGAC-AAGT-CA-T---A--TTCTTA-CGT-CCATT--CTTGTCTGTTTGTTAGCAGA-TTTGACGTCA-TAC-AGAG-CA-TAGTCGTG--AGAG--AGCATGGAAGAAAGCT----------AATTGATACTGAA-T--GCT-GCG-CGGAGTGAGTTTGATTACATGT-G-----------------GTCGTCCTTT-A-ATTACGCGAAGTAAATGTCAGGGCCAGGAAGTTT-C-GCAGTG----TA--T---TTGGAGTGT--GCG-TCCAGTGTG-AGATGCT--GAACTTTTGTAAG-AAGGAGTACTGGTCT-ATCC-----CT---TC----GG-ACGTC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTTGGAACCGCTCGGCTCC------G-AG-CT--CA---GTAGAATGGTCTTT--TAGCGGA-C-----AG---TTT-----CCCTAACGCCCGTGCGAC-CGA-GTGGAAA-GATA
gi|20 : AAGGTCAATTA-TA-ATGGGTTTTG---AAGATC-TCG-AATTTTCTT-GATT-c
gi|21 : AAAGGTCATGTA-TA-ATGGATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTT
gi|3 : tCCTGAATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGATATCTA--G-C-CACTTAATTT-GTTG-AAAAA-TCA--CATAC-CTGA-GC-TGCG----GAC-AA-T-CG-A---A--TTC-TA-CGC-CAGTT
gi|3 : G-CGGA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggagggtttattacatgcgacttgaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngccgattaccatcataagtcgactgtttctacacctacccacccaccc
gi|3 : cctgaatcagaaatcgtctcttttagatatctagccacttaatttgttgaaaaatcacatacctgagctgcggacaatcgaattctacgccagttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCCGATTACCATC-ATAAG--TCGACTGTTTCTACACCTA-CCCACCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngccgattaccatcataagtcgactgtttctacacctacccacccaccc
gi|4 : cctgaatcagaaatcgtctcttttagatatctagccacttaatttgttgaaaaatcacatacctgagctgcggacaatcgaattctacgccagttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggagggtttattacatgcgacttgaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAGTA-TA-ATGTATTTTTTTTAAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAGCACTTCG-C-ACA-GC--T-----AT-----TCAAA-A--TTAAA-TCCTGGATCAAA-AGTCCTCTCCTTT-AGCTAATTA--G-C-CGCTTAATTT-GGTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-GC-TGCG----GAC-AA-T-CG-A---A--TCC-TA-AGC-CAG-TTATTTCCCT-----TAAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAAACA-T--TCGCG--AGAG--A-CACGGAAGAAAGT-----------T---------GAA-T-AGCTAGCG-CGCA--GGGT---------------CTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TTCATATTGCGC--AATACA-GTCA-GGCCAGGGA-TTG-A-ACA-TG----TA--TTTGT-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--TAT----G-ATCC-----C---------------------------------GACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TTGC-AA-C-----A----TTT-----CCCTACCGCCC-T-CAAC-CAA-AT-GGAA-AATA----------------TTATTTCCCGCCGATTATC-TTAATAA--GTCAACTGTTTaccc
gi|5 : cAAAGTCAA----CA-ATGTAGTTTA---GA-ATC-TCG-AATTTC-------T-AAACACTTCG-CCAAATGC--T-----AAA----TCAAATA--TAAAAATCCT--ATCAAA-AATCG-CTCTTT--AGCTATTTA----C-CACTTAATTT---TG-AAAAA-TCA--CC-ACACTG---C-T-CA-----AC-AA-T-CA-A-------TC-TA-C-C-CACCTTACTCCACT-----TTAGCA-AATTTGACA-CA---C-A---ACA-T--TC-CG--AAA---A-CATGAAA---AGC-----------A---------GAA-T-AGCTAGCGGCG-A--GG--TT-ATTACATGC--ACT-GAAA-------------------------ACGC--AATAAA-GGCA-A-CCAG--A-TTACA-GTA-T---------T---T-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACAATT------AAAAA--ACT-------TCC-----CT---TC----TG-A--TT-GA-AA--------AGATG-----GTTT---AACC------CT----------AGACT--C----GTA-AAT--TC-----TCGC-GA-C-----A------T-----CCCTACCACCC-T-CAAC-CCA-AT-GAAACAATAAATAGTA-GAAATATG-TATTT-CTGCCG-TTACC-TT-TCAAAGGTCGAC-GTTTCTACAAACACCCCACCCCat
gi|6 : AAAGGTCAATTA-GA-ATATATTTTG---AAGATC-TCA-AGTTTTCTT-CATT-GAACATTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TCAAA-T--TAAA--TCATGGATCAGA-AATCGTCTCTTTC-AGCTATTTA--G-C-CACTTAATTT-GTTG-AAAAA-TCA--TATAG-ATGAGATGTGCACA--GAC-AG-T-CG-A---A--TTT-TA-AGT-CAGTT-ACTTCCCT-----TTGGTA-A-TTTTACATCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CACGGAAGAAAGT-----------T---------GAA-T-GGCTAGCT-TGCC--GGGTTT-GTTACATGC-AACTTCAAA----TG-C-ATTGTC--TT-A-ACTGCAC--AGTGAA-GTCA-GTCCAGGGA-TTG-A-CTA-TGTACATA--T---G-------T--TCC-CCCAG---G-A-AT-CC--A-ATATTT---AG-AAAGA--TTT----G-GTCT-----CT---TT----G--A--TT-GG-AAA------GA---G-----GTTTT-GAATT------CTCC------A-AG-CA--CA---GTA-AAC--TC------AGC-GA-CATAAAA----TTT-----TCCTAC
gi|7 : tAAGGTCAAGTA-TA-ATGGATTTTGG--AAGATGATCG-AATTTTCTTTGATT-AAACACTTCGGC-AAATGC--TT----AA-----T-GAA-A--TAAAA-TCCTG-ATCAGCCAATCGTCTCTTTTTAGCTATTT-----T-CCCTTAATTT-GTTG-AAAAAATCA--TCTAC-CTGAGCC-TGCG----GACGAA-T-CG-A---A--TTC-TAACGC-CAGTC-ACTTCCCT-----TTAGCA-AATTTGACGTCAAT-C-AGAGCCAAT--TCGCGGAAGAG--A-CTTGGAAAAAGGC-----------A---------GAAAT-AGCTAGCGGCGGA--GGGTTT-AT-ACATGCCGACTTGAAAA---TGAC-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AAAAAA-GTCA-G-CCAGG-A-TTG-AAGCA-TG----TA--T---C-------C--CCC-TCCAG---GGA-AT-CC--A-A-A------AG-AAAGA--ACT----TTGTCC-----CTCCTTC----GAGA--TC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-t
gi|8 : AAAGGTCAAGTA-TA-ATAT-TTTTG---AAGATC-TCG-AATTTTCTA-GATT-AAA--------------GC--T-----AA-----TCAAA-A--TAATA-TTCTGGACTATA-AATTGTCTCTTTG-ATATATTTA--G-C-CACTTTAAGT-GCTG-AAAAG-CCA--TCTAT-CTGA-GC-CGCG----GAC----T-TACA---A--TTC-TA-AGT-CAGTT-------------------A-A-TTTGACATCA-T-C-ATATACA-T--TTTCG--AGAGGCA-CAT------AATC-----------C---------GAA-T-A--TGACT-TGAA--A---------ACATA------TGCAG----TG-T-GCTGTC--TT-A-ATTGCAC--AAGAAT-GTCG-GACCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---TTTTG---T--TCA-CCCAG---G-A-AC-CT--G-ACGATT---AA-AAAGAT-ATT----T-A-CT-----GT---TC----G--A--TT-GA-AAA------GACACG-----GTTTTAGAACC------CTCC------G-AA-CA--CATATTTA-AAC--TCTGT--TGGC-GA-C-----A----TTT-----
gi|9 : AAGTA-AA-ATGAATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TCAAA-A--TAAAA-TCCTGAATAAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTAATTT-GTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-GC-TGGG----GAC-AA-T-CG-A---A--TTC-TA-CGC-CAG-TTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTT-ACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCA--AGAG--A-CATGGAAGATAGCTATACTATACTA---------TAG-T-AGCTAGCG-CGCA--GGGTTT-ATTACAAGC-GACTTGAAA----TG-T-GTCGCC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GGCA-GGCCAGAGA-TTG-A-GCA-TG----CATTT---T-------T--TCC-CTCAG---G-A-AT-CC--G-ACAT
Alignments
lowQualScore : 111 11111 11111 1111 111 333333333333333333333 111111111 222222222222222 11 222222 11111 2222222222 111111 11111 222222 111111 111 1111111111 11111 1 111111 1 1 11 1
lowQualScore : 22 2 1 333 2 2 44 2 2 2 5 33 00000 00000 3 44 3 4 3 88 5555 3 3 3 3 44 3 3 3 2 2222 2 2 2 2 999999 2 33 2 444 77777 3 6 3 3 3 3 44 44 44 3 777777777777777777777 3 3 3 0 44 3 55 222222222 55555 3 77 3 3 4 3 3 3 3 7777 44 111111111111111 3 666 3 3 3 55 3 0 777 4 00 666666 11111 777 2222222222 4 4 222222 11111 8 000000 111111 4 4 66 222 4 66 1 66 2 4 4 6666666666 11111 1 5 5 5 5 1 5 0 999999 55 2 0 3 6 33 2 2 666 0
lowQualScore : .. . . ... . . .. . . . . .. ..... ..... . .. . . . .. .... . . . . .. . . . . .... . . . . ...... . .. . ... ..... . . . . . . .. .. .. . ..................... . . . . .. . .. ......... ..... . .. . . . . . . . .... .. ............... . ... . . . .. . . ... . .. ...... ..... ... .......... . . ...... ..... . ...... ...... . . .. ... . .. . .. . . . .......... ..... . . . . . . . . ...... .. . . . . .. . . ... .
lowQualScore : 88 7 9 888 5 5 77 7 9 9 7 99 00000 88888 1 22 1 0 1 55 5555 1 1 1 1 22 1 1 1 9 1111 9 9 9 9 222222 9 66 9 444 77777 1 2 1 1 1 1 22 66 66 3 999999999999999999999 6 6 3 4 66 3 11 555555555 77777 3 33 1 1 5 1 1 1 3 1111 22 333333333333333 6 444 6 6 6 00 6 2 000 0 66 111111 11111 888 6666666666 4 4 888888 11111 9 666666 555555 0 0 11 222 4 11 9 11 9 4 4 0000000000 11111 4 7 7 7 7 4 7 8 333333 00 2 8 3 7 22 8 5 222 0
consensus : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGNATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TCAAA-A--TAAAA-TCCTGGATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTAATTT-GTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-G-C-TGCG----GAC-AA-T-CG-A---A--TTC-TA-CGC-CAGTTTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CATGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-T-AGCTAGCG-CGCA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GTCA-GGCCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---T-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--ACT----T-GTCC-----CT---TC----GA-A--TC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TCGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCGCCC-T-CAAC-CCA-AT-GAAA-GATAAATA-CA-TNAATATGTTATTTCCTGCCGATTACC-TC-ATAAGGGTCGACTGTTTCTACAAACA-CCCACCCC
Reference ( family-4160 ) : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGNATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TCAAA-A--TAAAA-TCCTGGATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTAATTT-GTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-G-C-TGCG----GAC-AA-T-CG-A---A--TTC-TA-CGC-CAGTTTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CATGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-T-AGCTAGCG-CGCA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GTCA-GGCCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---T-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--ACT----T-GTCC-----CT---TC----GA-A--TC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TCGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCGCCC-T-CAAC-CCA-AT-GAAA-GATAAATA-CA-TNAATATGTTATTTCCTGCCGATTACC-TC-ATAAGGGTCGACTGTTTCTACAAACA-CCCACCCC
gi|1 : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGGATTTTG---AAAATA-TCG-ACTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAT-GC--T-----AA-----TCAAA-AAATAAAA-TCCTAAACAAGA-AATCGTCTCTTTT-A-CTATTTACTG-A-CACTTAATTTTGTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-GGC-TGCG----GAC-AA-TTCG-A---A--TTC-TA-CGC-CAGTTTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T---AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CTTGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-T-AGCTA-CG-CGGA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGCG-AATAAA-GTCA-GACCAGGGA-TT--A-GCA--G----TA--T---C-------C--CCC-TCCAG---G-A-AT-CC--C-ACATTT---AG-AAAGA--ACT----T-GTCC-----CT---TC----GA-A--TC-GA-AAA------GAGATG-----GTTTT-GAACC------CTCC------GCAG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TCGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCACCC-T-CAACACCA-AT-GAAA-GATAAATA-CA-TCAATATTTTATTT-CTGCCGATTACC-TC-ATAAGAGTCGACTGTTTCTA-----A-CCCCCCCC
gi|10 : AAGGTAAAGTA-TA-ATGGATTTTA---AAGATC-TCG-AAATTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TCAAA-A--TACAA-TCCTGAATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTAACTT-GTTG-AAAAA-TCC--TCTAC-CTGA-G-C-TGCG----AAC-AA-T-CG-A---A--TTC-TA-CGC-CAG-TTACTTCCCT-----CTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGTG--AGAT--A-CATGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-TAAGCTAGCG-CGCA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GTCA-GGCCAGCAA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---
gi|11 : AAAGGTCAAGTAGTATATTTTTTTTAT--AAGGTC-TCGGAGTTTTTTC-TACTCAGACACTTCA-C-AGA-GC--T-----AAATAAATCAAA-A--TAAAA-TCCCGGATCAAA-ATTTGTCTCGTT---GATATATA--AAC-CACTTAA-----------------A--TCTAC-CTGC-A-C-CGCG----GAC-AA-T-CA-ACT-ATCTTT-TA-AA---AG-TTATTTCCCT-----TTAGTA-A-TTTGATGTCA-T-CAAGAGACA-----CGC----CAG--A-C---GAAGA--------------------------TA-T-A-CTAGAT-CGCA---GGCTT-GTT--------ACTTGAAAATGGTG-CTGTTGCC-----A-ATTA--C--AGTAAG-G----GG-CAGGGA-TTG-G-GTA-AA----TA--T---T------------G-TTTAG---G-G-AT-CC--G-AAATTT---AT-AAAG
gi|12 : -TGTG----GAC-AA-T-AG-A---A--TCC-TA-AGC-CAGTT-ACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGTAA-T--TCGCA--AGAC--A-CATGGAAGAAAGC-----------T---------GAA-T-AGCTAGCA-CGCA--GGATTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----T-----------------------------AAA-GTCA-GACCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---T-------TGTTTC-TTCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--TCT----G-GTCC-----CT---TC----GA----TT-GA-AAA------GAGACC-----GTTTT-GAACC------CCCC------G-TG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGTTATAGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCACCC-T-CAAC-CCATATCGAAC-GATAAATA-g
gi|13 : CGC--AATAAA-GTCA-GACCAGGGA-TTG-A-Ggcctaattacatgt
gi|13 : ------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TCGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCACCC-T-CAAC-CC--NN-NNNN-NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNTTTCTACAAACA-CCCACCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagctcagtaaattctgttcgcgacatttccctaccaccctcaacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctacaaacacccacccc
gi|14 : cgcaataaagtcagaccagggattgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna--T---T-------T--CCTACCCAG---G-A-AT-TCACG-ACATTT---AGTAAAGA--ATTCTT-T-GTCCTTACCCT---TCTGTAGA-A--TCAGACAAATGCTATAAGACGATGGGGTTTC-AAACCTCC---CTCCCCCAGAA-AG-CCTCCAT--GTA-AAT--TCTGT--TCGG-GAGC-----AATGGTCTCTAGACCTTACCACCC-T-CAAC-CCA-AT-GAAA-AATAAATA-CATTGAATATGTTATTTCCTGCCGATTACCTTC-ATAAG
gi|15 : ccccAGGTCAAGTT-GG-ATATGTTTTG---AAAATC-TCG-AGTTT-CTG-GACT-AACCTATTC----AGA-GCACG-----GA-----CCAAA-A--TGAAA-CCTTGTATCAAA-AATTGTCCATTTG-ATGTAATTG--G-C-CACTTAATGT-GTTG-AAAAA-TCA--TCAAA-CTGA-G-C-CCCG----GAA-AA-C-CA-A---T--TTC------C-CAG-TCACTTCCAT-----TTAGTA-A-TTTGAAGTCA-T-C-AGATACA-T--TCTCG--AGAG--A-CA
gi|16 : tatGTCAAGTT-GA-ACATGATTGA---AAGAGT-TTG-TGCTTTCTG-GTTT-TTGTACTTCA-C-AAA-CC--T-----AA-----T---------GAAA-TGCTGAATCATA-AATAGTAATTTTA-AAACGGTGA--A-CGTATTCAAATT-GGTATCAAAA-TT---TCTA---TGT-G-C-TCC------AC-AA-C-CA-ATCTA--TT--TA-CATACAAGTTACTTTCCT-----TTGGTA-A-TTTGACGTCA-T-T-AGAGACA-C--T
gi|17 : TTG---AATATC-TCG-AGTTTTCTA-GATT-ACATACTTTA-C-AAA-GC--TAAATAAA-----TCAAC-A--CAAAG-TCCTGGt
gi|18 : caag-A-ATTGCAC--TATAAA-GTCA-GGTCAAGGA-TTA-A-TTA-TG----TA--T---T-------T--g
gi|19 : gaaaatcatgcagtgtgctactttgAGCTCAAGCT-GA-AT--ATTTTGTTCAAGGTC-TCA-AGTTTTGTA-GATT-AAACACTTCA-C-AAA-GC--T-----
gi|2 : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGAATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GAT--AAACACTTTG-C-AAT-GC--T-----AA-----TCAAA-A--TAAAA-TCCTGAATCAGA-GGTCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTGATTT-GTTG-AAAAA-TCGATTCTAC-CTGAGG-C-TGCGCGGTGAC-AAGT-CA-T---A--TTCTTA-CGT-CCATT--CTTGTCTGTTTGTTAGCAGA-TTTGACGTCA-TAC-AGAG-CA-TAGTCGTG--AGAG--AGCATGGAAGAAAGCT----------AATTGATACTGAA-T--GCT-GCG-CGGAGTGAGTTTGATTACATGT-G-----------------GTCGTCCTTT-A-ATTACGCGAAGTAAATGTCAGGGCCAGGAAGTTT-C-GCAGTG----TA--T---TTGGAGTGT--GCG-TCCAGTGTG-AGATGCT--GAACTTTTGTAAG-AAGGAGTACTGGTCT-ATCC-----CT---TC----GG-ACGTC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTTGGAACCGCTCGGCTCC------G-AG-CT--CA---GTAGAATGGTCTTT--TAGCGGA-C-----AG---TTT-----CCCTAACGCCCGTGCGAC-CGA-GTGGAAA-GATA
gi|20 : AAGGTCAATTA-TA-ATGGGTTTTG---AAGATC-TCG-AATTTTCTT-GATT-c
gi|21 : AAAGGTCATGTA-TA-ATGGATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTT
gi|3 : tCCTGAATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGATATCTA--G-C-CACTTAATTT-GTTG-AAAAA-TCA--CATAC-CTGA-G-C-TGCG----GAC-AA-T-CG-A---A--TTC-TA-CGC-CAGTT
gi|3 : G-CGGA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggagggtttattacatgcgacttgaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngccgattaccatcataagtcgactgtttctacacctacccacccaccc
gi|3 : cctgaatcagaaatcgtctcttttagatatctagccacttaatttgttgaaaaatcacatacctgagctgcggacaatcgaattctacgccagttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCCGATTACCATC-ATAAG--TCGACTGTTTCTACACCTA-CCCACCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngccgattaccatcataagtcgactgtttctacacctacccacccaccc
gi|4 : cctgaatcagaaatcgtctcttttagatatctagccacttaatttgttgaaaaatcacatacctgagctgcggacaatcgaattctacgccagttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggagggtttattacatgcgacttgaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAGTA-TA-ATGTATTTTTTTTAAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAGCACTTCG-C-ACA-GC--T-----AT-----TCAAA-A--TTAAA-TCCTGGATCAAA-AGTCCTCTCCTTT-AGCTAATTA--G-C-CGCTTAATTT-GGTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-G-C-TGCG----GAC-AA-T-CG-A---A--TCC-TA-AGC-CAG-TTATTTCCCT-----TAAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAAACA-T--TCGCG--AGAG--A-CACGGAAGAAAGT-----------T---------GAA-T-AGCTAGCG-CGCA--GGGT---------------CTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TTCATATTGCGC--AATACA-GTCA-GGCCAGGGA-TTG-A-ACA-TG----TA--TTTGT-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--TAT----G-ATCC-----C---------------------------------GACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TTGC-AA-C-----A----TTT-----CCCTACCGCCC-T-CAAC-CAA-AT-GGAA-AATA----------------TTATTTCCCGCCGATTATC-TTAATAA--GTCAACTGTTTaccc
gi|5 : cAAAGTCAA----CA-ATGTAGTTTA---GA-ATC-TCG-AATTTC-------T-AAACACTTCG-CCAAATGC--T-----AAA----TCAAATA--TAAAAATCCT--ATCAAA-AATCG-CTCTTT--AGCTATTTA----C-CACTTAATTT---TG-AAAAA-TCA--CC-ACACTG----C-T-CA-----AC-AA-T-CA-A-------TC-TA-C-C-CACCTTACTCCACT-----TTAGCA-AATTTGACA-CA---C-A---ACA-T--TC-CG--AAA---A-CATGAAA---AGC-----------A---------GAA-T-AGCTAGCG--GCG--AGGTT--ATTACATGC--ACT-GAAA-------------------------ACGC--AATAAA-GGCA-A-CCAG--A-TTACA-GTA-T---------T---T-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACAATT------AAAAA--ACT-------TCC-----CT---TC----TG-A--TT-GA-AA--------AGATG-----GTTT---AACC------CT----------AGACT--C----GTA-AAT--TC-----TCGC-GA-C-----A------T-----CCCTACCACCC-T-CAAC-CCA-AT-GAAACAATAAATAGTA-GAAATATG-TATTT-CTGCCG-TTACC-TT-TCAAAGGTCGAC-GTTTCTACAAACACCCCACCCCat
gi|6 : AAAGGTCAATTA-GA-ATATATTTTG---AAGATC-TCA-AGTTTTCTT-CATT-GAACATTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TCAAA-T--TAAA--TCATGGATCAGA-AATCGTCTCTTTC-AGCTATTTA--G-C-CACTTAATTT-GTTG-AAAAA-TCA--TATAG-ATGA-G-A-TGTGCACAGAC-AG-T-CG-A---A--TTT-TA-AGT-CAGTT-ACTTCCCT-----TTGGTA-A-TTTTACATCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CACGGAAGAAAGT-----------T---------GAA-T-GGCTAGCT-TGCC--GGGTTT-GTTACATGC-AACTTCAAA----TG-C-ATTGTC--TT-A-ACTGCAC--AGTGAA-GTCA-GTCCAGGGA-TTG-A-CTA-TGTACATA--T---G-------T--TCC-CCCAG---G-A-AT-CC--A-ATATTT---AG-AAAGA--TTT----G-GTCT-----CT---TT----G--A--TT-GG-AAA------GA---G-----GTTTT-GAATT------CTCC------A-AG-CA--CA---GTA-AAC--TC------AGC-GA-CATAAAA----TTT-----TCCTAC
gi|7 : tAAGGTCAAGTA-TA-ATGGATTTTGG--AAGATGATCG-AATTTTCTTTGATT-AAACACTTCGGC-AAATGC--TT----AA-----T-GAA-A--TAAAA-TCCTG-ATCAGCCAATCGTCTCTTTTTAGCTATTT-----T-CCCTTAATTT-GTTG-AAAAAATCA--TCTAC-CTGA-G-CCTGCG----GACGAA-T-CG-A---A--TTC-TAACGC-CAGTC-ACTTCCCT-----TTAGCA-AATTTGACGTCAAT-C-AGAGCCAAT--TCGCGGAAGAG--A-CTTGGAAAAAGGC-----------A---------GAAAT-AGCTAGCGGCGGA--GGGTTT-AT-ACATGCCGACTTGAAAA---TGAC-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AAAAAA-GTCA-G-CCAGG-A-TTG-AAGCA-TG----TA--T---C-------C--CCC-TCCAG---GGA-AT-CC--A-A-A------AG-AAAGA--ACT----TTGTCC-----CTCCTTC----GAGA--TC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-t
gi|8 : AAAGGTCAAGTA-TA-ATAT-TTTTG---AAGATC-TCG-AATTTTCTA-GATT-AAA--------------GC--T-----AA-----TCAAA-A--TAATA-TTCTGGACTATA-AATTGTCTCTTTG-ATATATTTA--G-C-CACTTTAAGT-GCTG-AAAAG-CCA--TCTAT-CTGA-G-C-CGCG----GAC----T-TACA---A--TTC-TA-AGT-CAGTT-------------------A-A-TTTGACATCA-T-C-ATATACA-T--TTTCG--AGAGGCA-CAT------AATC-----------C---------GAA-T-A--TGAC-----------TTG-AAAACATA------TGCAG----TG-T-GCTGTC--TT-A-ATTGCAC--AAGAAT-GTCG-GACCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---TTTTG---T--TCA-CCCAG---G-A-AC-CT--G-ACGATT---AA-AAAGAT-ATT----T-A-CT-----GT---TC----G--A--TT-GA-AAA------GACACG-----GTTTTAGAACC------CTCC------G-AA-CA--CATATTTA-AAC--TCTGT--TGGC-GA-C-----A----TTT-----
gi|9 : AAGTA-AA-ATGAATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TCAAA-A--TAAAA-TCCTGAATAAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTAATTT-GTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-G-C-TGGG----GAC-AA-T-CG-A---A--TTC-TA-CGC-CAG-TTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTT-ACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCA--AGAG--A-CATGGAAGATAGCTATACTATACTA---------TAG-T-AGCTAGCG-CGCA--GGGTTT-ATTACAAGC-GACTTGAAA----TG-T-GTCGCC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GGCA-GGCCAGAGA-TTG-A-GCA-TG----CATTT---T-------T--TCC-CTCAG---G-A-AT-CC--G-ACAT
Alignments
lowQualScore : 111 11111 11111 1111 111 333333333333333333333 111111111 222222222222222 11 222222 11111 2222222222 111111 11111 222222 111111 111 1111111111 11111 1 111111 1 1 11 1
lowQualScore : 22 2 1 333 2 2 44 2 2 2 5 33 00000 00000 3 44 3 4 3 88 5555 3 3 3 3 44 3 3 3 2 2222 2 2 2 2 999999 2 33 2 444 77777 3 6 3 3 3 3 44 44 44 3 777777777777777777777 3 3 3 0 44 3 55 222222222 55555 3 77 3 3 4 3 3 3 3 7777 44 111111111111111 3 666 3 3 3 55 3 0 777 4 00 666666 11111 777 2222222222 4 4 222222 11111 8 000000 111111 4 4 66 222 4 66 1 66 2 4 4 6666666666 11111 1 5 5 5 5 1 5 0 999999 55 2 0 3 6 33 2 2 666 0
lowQualScore : .. . . ... . . .. . . . . .. ..... ..... . .. . . . .. .... . . . . .. . . . . .... . . . . ...... . .. . ... ..... . . . . . . .. .. .. . ..................... . . . . .. . .. ......... ..... . .. . . . . . . . .... .. ............... . ... . . . .. . . ... . .. ...... ..... ... .......... . . ...... ..... . ...... ...... . . .. ... . .. . .. . . . .......... ..... . . . . . . . . ...... .. . . . . .. . . ... .
lowQualScore : 88 7 9 888 5 5 77 7 9 9 7 99 00000 88888 1 22 1 0 1 55 5555 1 1 1 1 22 1 1 1 9 1111 9 9 9 9 222222 9 66 9 444 77777 1 2 1 1 1 1 22 66 66 3 999999999999999999999 6 6 3 4 66 3 11 555555555 77777 3 33 1 1 5 1 1 1 3 1111 22 333333333333333 6 444 6 6 6 00 6 2 000 0 66 111111 11111 888 6666666666 4 4 888888 11111 9 666666 555555 0 0 11 222 4 11 9 11 9 4 4 0000000000 11111 4 7 7 7 7 4 7 8 333333 00 2 8 3 7 22 8 5 222 0
consensus : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGNATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TCAAA-A--TAAAA-TCCTGGATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTAATTT-GTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-G-C-TGCG----GAC-AA-T-CG-A---A--TTC-TA-CGC-CAGTTTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CATGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-T-AGCTAGCG-CGCA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GTCA-GGCCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---T-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--ACT----T-GTCC-----CT---TC----GA-A--TC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TCGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCGCCC-T-CAAC-CCA-AT-GAAA-GATAAATA-CA-TNAATATGTTATTTCCTGCCGATTACC-TC-ATAAGGGTCGACTGTTTCTACAAACA-CCCACCCC
Reference ( family-4160 ) : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGNATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TCAAA-A--TAAAA-TCCTGGATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTAATTT-GTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-G-C-TGCG----GAC-AA-T-CG-A---A--TTC-TA-CGC-CAGTTTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CATGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-T-AGCTAGCG-CGCA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GTCA-GGCCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---T-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--ACT----T-GTCC-----CT---TC----GA-A--TC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TCGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCGCCC-T-CAAC-CCA-AT-GAAA-GATAAATA-CA-TNAATATGTTATTTCCTGCCGATTACC-TC-ATAAGGGTCGACTGTTTCTACAAACA-CCCACCCC
gi|1 : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGGATTTTG---AAAATA-TCG-ACTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAT-GC--T-----AA-----TCAAA-AAATAAAA-TCCTAAACAAGA-AATCGTCTCTTTT-A-CTATTTACTG-A-CACTTAATTTTGTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-GGC-TGCG----GAC-AA-TTCG-A---A--TTC-TA-CGC-CAGTTTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T---AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CTTGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-T-AGCTA-CG-CGGA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGCG-AATAAA-GTCA-GACCAGGGA-TT--A-GCA--G----TA--T---C-------C--CCC-TCCAG---G-A-AT-CC--C-ACATTT---AG-AAAGA--ACT----T-GTCC-----CT---TC----GA-A--TC-GA-AAA------GAGATG-----GTTTT-GAACC------CTCC------GCAG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TCGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCACCC-T-CAACACCA-AT-GAAA-GATAAATA-CA-TCAATATTTTATTT-CTGCCGATTACC-TC-ATAAGAGTCGACTGTTTCTA-----A-CCCCCCCC
gi|10 : AAGGTAAAGTA-TA-ATGGATTTTA---AAGATC-TCG-AAATTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TCAAA-A--TACAA-TCCTGAATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTAACTT-GTTG-AAAAA-TCC--TCTAC-CTGA-G-C-TGCG----AAC-AA-T-CG-A---A--TTC-TA-CGC-CAG-TTACTTCCCT-----CTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGTG--AGAT--A-CATGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-TAAGCTAGCG-CGCA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GTCA-GGCCAGCAA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---
gi|11 : AAAGGTCAAGTAGTATATTTTTTTTAT--AAGGTC-TCGGAGTTTTTTC-TACTCAGACACTTCA-C-AGA-GC--T-----AAATAAATCAAA-A--TAAAA-TCCCGGATCAAA-ATTTGTCTCGTT---GATATATA--AAC-CACTTAA-----------------A--TCTAC-CTGC-A-C-CGCG----GAC-AA-T-CA-ACT-ATCTTT-TA-AA---AG-TTATTTCCCT-----TTAGTA-A-TTTGATGTCA-T-CAAGAGACA-----CGC----CAG--A-C---GAAGA--------------------------TA-T-A-CTAGAT-CGCA---GGCTT-GTT--------ACTTGAAAATGGTG-CTGTTGCC-----A-ATTA--C--AGTAAG-G----GG-CAGGGA-TTG-G-GTA-AA----TA--T---T------------G-TTTAG---G-G-AT-CC--G-AAATTT---AT-AAAG
gi|12 : -TGTG----GAC-AA-T-AG-A---A--TCC-TA-AGC-CAGTT-ACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGTAA-T--TCGCA--AGAC--A-CATGGAAGAAAGC-----------T---------GAA-T-AGCTAGCA-CGCA--GGATTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----T-----------------------------AAA-GTCA-GACCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---T-------TGTTTC-TTCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--TCT----G-GTCC-----CT---TC----GA----TT-GA-AAA------GAGACC-----GTTTT-GAACC------CCCC------G-TG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGTTATAGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCACCC-T-CAAC-CCATATCGAAC-GATAAATA-g
gi|13 : CGC--AATAAA-GTCA-GACCAGGGA-TTG-A-Ggcctaattacatgt
gi|13 : ------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TCGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCACCC-T-CAAC-CC--NN-NNNN-NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNTTTCTACAAACA-CCCACCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagctcagtaaattctgttcgcgacatttccctaccaccctcaacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctacaaacacccacccc
gi|14 : cgcaataaagtcagaccagggattgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna--T---T-------T--CCTACCCAG---G-A-AT-TCACG-ACATTT---AGTAAAGA--ATTCTT-T-GTCCTTACCCT---TCTGTAGA-A--TCAGACAAATGCTATAAGACGATGGGGTTTC-AAACCTCC---CTCCCCCAGAA-AG-CCTCCAT--GTA-AAT--TCTGT--TCGG-GAGC-----AATGGTCTCTAGACCTTACCACCC-T-CAAC-CCA-AT-GAAA-AATAAATA-CATTGAATATGTTATTTCCTGCCGATTACCTTC-ATAAG
gi|15 : ccccAGGTCAAGTT-GG-ATATGTTTTG---AAAATC-TCG-AGTTT-CTG-GACT-AACCTATTC----AGA-GCACG-----GA-----CCAAA-A--TGAAA-CCTTGTATCAAA-AATTGTCCATTTG-ATGTAATTG--G-C-CACTTAATGT-GTTG-AAAAA-TCA--TCAAA-CTGA-G-C-CCCG----GAA-AA-C-CA-A---T--TTC------C-CAG-TCACTTCCAT-----TTAGTA-A-TTTGAAGTCA-T-C-AGATACA-T--TCTCG--AGAG--A-CA
gi|16 : tatGTCAAGTT-GA-ACATGATTGA---AAGAGT-TTG-TGCTTTCTG-GTTT-TTGTACTTCA-C-AAA-CC--T-----AA-----T---------GAAA-TGCTGAATCATA-AATAGTAATTTTA-AAACGGTGA--A-CGTATTCAAATT-GGTATCAAAA-TT---TCTA---TGT-G-C-TCC------AC-AA-C-CA-ATCTA--TT--TA-CATACAAGTTACTTTCCT-----TTGGTA-A-TTTGACGTCA-T-T-AGAGACA-C--T
gi|17 : TTG---AATATC-TCG-AGTTTTCTA-GATT-ACATACTTTA-C-AAA-GC--TAAATAAA-----TCAAC-A--CAAAG-TCCTGGt
gi|18 : caag-A-ATTGCAC--TATAAA-GTCA-GGTCAAGGA-TTA-A-TTA-TG----TA--T---T-------T--g
gi|19 : gaaaatcatgcagtgtgctactttgAGCTCAAGCT-GA-AT--ATTTTGTTCAAGGTC-TCA-AGTTTTGTA-GATT-AAACACTTCA-C-AAA-GC--T-----
gi|2 : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGAATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GAT--AAACACTTTG-C-AAT-GC--T-----AA-----TCAAA-A--TAAAA-TCCTGAATCAGA-GGTCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTGATTT-GTTG-AAAAA-TCGATTCTAC-CTGAGG-C-TGCGCGGTGAC-AAGT-CA-T---A--TTCTTA-CGT-CCATT--CTTGTCTGTTTGTTAGCAGA-TTTGACGTCA-TAC-AGAG-CA-TAGTCGTG--AGAG--AGCATGGAAGAAAGCT----------AATTGATACTGAA-T--GCT-GCG-CGGAGTGAGTTTGATTACATGT-G-----------------GTCGTCCTTT-A-ATTACGCGAAGTAAATGTCAGGGCCAGGAAGTTT-C-GCAGTG----TA--T---TTGGAGTGT--GCG-TCCAGTGTG-AGATGCT--GAACTTTTGTAAG-AAGGAGTACTGGTCT-ATCC-----CT---TC----GG-ACGTC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTTGGAACCGCTCGGCTCC------G-AG-CT--CA---GTAGAATGGTCTTT--TAGCGGA-C-----AG---TTT-----CCCTAACGCCCGTGCGAC-CGA-GTGGAAA-GATA
gi|20 : AAGGTCAATTA-TA-ATGGGTTTTG---AAGATC-TCG-AATTTTCTT-GATT-c
gi|21 : AAAGGTCATGTA-TA-ATGGATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTT
gi|3 : tCCTGAATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGATATCTA--G-C-CACTTAATTT-GTTG-AAAAA-TCA--CATAC-CTGA-G-C-TGCG----GAC-AA-T-CG-A---A--TTC-TA-CGC-CAGTT
gi|3 : G-CGGA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggagggtttattacatgcgacttgaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngccgattaccatcataagtcgactgtttctacacctacccacccaccc
gi|3 : cctgaatcagaaatcgtctcttttagatatctagccacttaatttgttgaaaaatcacatacctgagctgcggacaatcgaattctacgccagttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCCGATTACCATC-ATAAG--TCGACTGTTTCTACACCTA-CCCACCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngccgattaccatcataagtcgactgtttctacacctacccacccaccc
gi|4 : cctgaatcagaaatcgtctcttttagatatctagccacttaatttgttgaaaaatcacatacctgagctgcggacaatcgaattctacgccagttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggagggtttattacatgcgacttgaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAGTA-TA-ATGTATTTTTTTTAAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAGCACTTCG-C-ACA-GC--T-----AT-----TCAAA-A--TTAAA-TCCTGGATCAAA-AGTCCTCTCCTTT-AGCTAATTA--G-C-CGCTTAATTT-GGTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-G-C-TGCG----GAC-AA-T-CG-A---A--TCC-TA-AGC-CAG-TTATTTCCCT-----TAAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAAACA-T--TCGCG--AGAG--A-CACGGAAGAAAGT-----------T---------GAA-T-AGCTAGCG-CGCA--GGGT---------------CTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TTCATATTGCGC--AATACA-GTCA-GGCCAGGGA-TTG-A-ACA-TG----TA--TTTGT-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--TAT----G-ATCC-----C---------------------------------GACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TTGC-AA-C-----A----TTT-----CCCTACCGCCC-T-CAAC-CAA-AT-GGAA-AATA----------------TTATTTCCCGCCGATTATC-TTAATAA--GTCAACTGTTTaccc
gi|5 : cAAAGTCAA----CA-ATGTAGTTTA---GA-ATC-TCG-AATTTC-------T-AAACACTTCG-CCAAATGC--T-----AAA----TCAAATA--TAAAAATCCT--ATCAAA-AATCG-CTCTTT--AGCTATTTA----C-CACTTAATTT---TG-AAAAA-TCA--CC-ACACTG----C-T-CA-----AC-AA-T-CA-A-------TC-TA-C-C-CACCTTACTCCACT-----TTAGCA-AATTTGACA-CA---C-A---ACA-T--TC-CG--AAA---A-CATGAAA---AGC-----------A---------GAA-T-AGCTAGCG--GCG--AGGTT--ATTACATGC--ACT-GAAA-------------------------ACGC--AATAAA-GGCA-A-CCAG--A-TTACA-GTA-T---------T---T-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACAATT------AAAAA--ACT-------TCC-----CT---TC----TG-A--TT-GA-AA--------AGATG-----GTTT---AACC------CT----------AGACT--C----GTA-AAT--TC-----TCGC-GA-C-----A------T-----CCCTACCACCC-T-CAAC-CCA-AT-GAAACAATAAATAGTA-GAAATATG-TATTT-CTGCCG-TTACC-TT-TCAAAGGTCGAC-GTTTCTACAAACACCCCACCCCat
gi|6 : AAAGGTCAATTA-GA-ATATATTTTG---AAGATC-TCA-AGTTTTCTT-CATT-GAACATTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TCAAA-T--TAAA--TCATGGATCAGA-AATCGTCTCTTTC-AGCTATTTA--G-C-CACTTAATTT-GTTG-AAAAA-TCA--TATAG-ATGA-G-A-TGTGCACAGAC-AG-T-CG-A---A--TTT-TA-AGT-CAGTT-ACTTCCCT-----TTGGTA-A-TTTTACATCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CACGGAAGAAAGT-----------T---------GAA-T-GGCTAGCT-TGCC--GGGTTT-GTTACATGC-AACTTCAAA----TG-C-ATTGTC--TT-A-ACTGCAC--AGTGAA-GTCA-GTCCAGGGA-TTG-A-CTA-TGTACATA--T---G-------T--TCC-CCCAG---G-A-AT-CC--A-ATATTT---AG-AAAGA--TTT----G-GTCT-----CT---TT----G--A--TT-GG-AAA------GA---G-----GTTTT-GAATT------CTCC------A-AG-CA--CA---GTA-AAC--TC------AGC-GA-CATAAAA----TTT-----TCCTAC
gi|7 : tAAGGTCAAGTA-TA-ATGGATTTTGG--AAGATGATCG-AATTTTCTTTGATT-AAACACTTCGGC-AAATGC--TT----AA-----T-GAA-A--TAAAA-TCCTG-ATCAGCCAATCGTCTCTTTTTAGCTATTT-----T-CCCTTAATTT-GTTG-AAAAAATCA--TCTAC-CTGA-G-CCTGCG----GACGAA-T-CG-A---A--TTC-TAACGC-CAGTC-ACTTCCCT-----TTAGCA-AATTTGACGTCAAT-C-AGAGCCAAT--TCGCGGAAGAG--A-CTTGGAAAAAGGC-----------A---------GAAAT-AGCTAGCGGCGGA--GGGTTT-AT-ACATGCCGACTTGAAAA---TGAC-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AAAAAA-GTCA-G-CCAGG-A-TTG-AAGCA-TG----TA--T---C-------C--CCC-TCCAG---GGA-AT-CC--A-A-A------AG-AAAGA--ACT----TTGTCC-----CTCCTTC----GAGA--TC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-t
gi|8 : AAAGGTCAAGTA-TA-ATAT-TTTTG---AAGATC-TCG-AATTTTCTA-GATT-AAA--------------GC--T-----AA-----TCAAA-A--TAATA-TTCTGGACTATA-AATTGTCTCTTTG-ATATATTTA--G-C-CACTTTAAGT-GCTG-AAAAG-CCA--TCTAT-CTGA-G-C-CGCG----GAC----T-TACA---A--TTC-TA-AGT-CAGTT-------------------A-A-TTTGACATCA-T-C-ATATACA-T--TTTCG--AGAGGCA-CAT------AATC-----------C---------GAA-T-A--TGAC-----------TTG-AAAACATA------TGCAG----TG-T-GCTGTC--TT-A-ATTGCAC--AAGAAT-GTCG-GACCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---TTTTG---T--TCA-CCCAG---G-A-AC-CT--G-ACGATT---AA-AAAGAT-ATT----T-A-CT-----GT---TC----G--A--TT-GA-AAA------GACACG-----GTTTTAGAACC------CTCC------G-AA-CA--CATATTTA-AAC--TCTGT--TGGC-GA-C-----A----TTT-----
gi|9 : AAGTA-AA-ATGAATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TCAAA-A--TAAAA-TCCTGAATAAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTAATTT-GTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-G-C-TGGG----GAC-AA-T-CG-A---A--TTC-TA-CGC-CAG-TTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTT-ACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCA--AGAG--A-CATGGAAGATAGCTATACTATACTA---------TAG-T-AGCTAGCG-CGCA--GGGTTT-ATTACAAGC-GACTTGAAA----TG-T-GTCGCC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GGCA-GGCCAGAGA-TTG-A-GCA-TG----CATTT---T-------T--TCC-CTCAG---G-A-AT-CC--G-ACAT
blockSeqs : GT T G TTC A G TT C G C T AC AAATA ATAAA T . A A C TT AA G . T A AT A G . C CGGT G G . C CTATC T AC A GTT GTTTG G A A A A A AG GA GC G TATACTATACTA A A G GT G CG ATGGTGCT CTTT T GA T G G G C A G TACA TT TTGGAGTGTG A TGT G G G AC A GTA T GT GGTCT TTACC CCT TGTAGAA A C TGCTAT ATGGG G GCTCGG CCCAGA . A TC TAT G GG T TA A G G ATAAAA CTAGA A G G . T C C CATTG NN N T A NN N C AAC C
blockSeqs : T . T TTT . . T . . . T . T A . . . G . T G . . . . . . . . . CACA . . . . TCTA . C . CTT . . A . . . . . . . . TAATTGATACT . . . . . G ATGAC TTC . . . . G . . . . . . TTTTGTT . . . . . . . . . T CTTT . . GGACG . . . . A TCC . . . . T . . T . C . . AATGG . A . . . . G . GTAGA GT C A . AG T C CCT .
blockSeqs : G . T T . . C . . . . . . . . . . T . G G . . . . . . . . . . . . . . A . A . TT . . . . . . . . . . . A . . . . . G TGC TT . . . . A . . . . . . TTGTTC . . . . . . . . . . TT . . GAGA . . . . . . . . . . . . . T . C . . AG . A . . . . . . NNNN T C . . G T C AAC .
blockSeqs : G . T G . . G . . . . . . . . . . A . A A . . . . . . . . . . . . . . A . A . TT . . . . . . . . . . . T . . . . . G TGC TT . . . . A . . . . . . TTGTT . . . . . . . . . . G . . TGA . . . . . . . . . . . . . T . A . . A . G . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : G . A . . . G . . . . . . . . . . G . T G . . . . . . . . . . . . . . T . C . TT . . . . . . . . . . . T . . . . . G TGC TT . . . . G . . . . . . TTC . . . . . . . . . . G . . GA . . . . . . . . . . . . . T . T . . A . G . . . . . . . .
blockSeqs : T . G . . . A . . . . . . . . . . A . T G . . . . . . . . . . . . . . A . C . TC . . . . . . . . . . . A . . . . . A TGT TT . . . . G . . . . . . TTC . . . . . . . . . . G . . GA . . . . . . . . . . . . . T . C . . A . A . . . . . .
blockSeqs : T . G . . . A . . . . . . . . . . A . T G . . . . . . . . . . . . . . A . C . TT . . . . . . . . . . . T . . . . . G TGT TT . . . . G . . . . . . GTT . . . . . . . . . . T . . GA . . . . . . . . . . . . . . . A . . A .
blockSeqs : T . T . . . T . . . . . . . . . . G . C G . . . . . . . . . . . . . . A . A . TT . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . T . . . . . . CCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . A .
blockSeqs : T . T . . . T . . . . . . . . . . G . G G . . . . . . . . . . . . . . A . C . TT . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . A . . . . . . TTT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . T . . . T . . . . . . . . . . G . T G . . . . . . . . . . . . . . A . A . TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : G . G . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . TT . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . A . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ** G*** TT* ** GA******** G***** GT
originalCons : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGNATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TCAAA-A--TAAAA-TCCTGGATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTAATTT-GTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-G-C-TGCG----GAC-AA-T-CG-A---A--TTC-TA-CGC-CAGTTTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CATGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-T-AGCTAGCG-CGCA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GTCA-GGCCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---T-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--ACT----T-GTCC-----CT---TC----GA-A--TC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TCGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCGCCC-T-CAAC-CCA-AT-GAAA-GATAAATA-CA-TNAATATGTTATTTCCTGCCGATTACC-TC-ATAAGGGTCGACTGTTTCTACAAACA-CCCACCCC
finalCons : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGNATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TCAAA-A--TAAAA-TCCTGGATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTAG---C-CACTTAATTT-GTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-G-C-TGCG----GAC-AA-T-CG-A---A--TTC-TA-CGC-CAGTT-ACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CATGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-T-AGCTAGCG-CGCA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GTCA-GGCCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---T-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--ACT----T-GTCC-----CT---TCGA--------TC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TCGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCGCCC-T-CAAC-CCA-AT-GAAA-GATAAATAG-----AATATGTTATTTCCTGCCGATTACC-TC-ATAAGGGTCGACTGTTTCTACAAACA-CCCACCCC
Alignments
lowQualScore : 111 11111 11111 1111 333333333333333333333 111111111 222222222222222 11 222222 11111 333333333 111111 11111 222222 111111 111 1111111111 11111 1 444444444 1 1 11 1
lowQualScore : 22 2 1 333 2 2 44 2 2 2 5 33 00000 00000 44 3 3 4 3 88 5555 3 3 3 3 44 3 6 2 2222 33 2 5 2 33 33 2 44 5 77777 3 6 3 3 3 3 44 44 44 3 777777777777777777777 3 3 3 0 44 3 55 222222222 55555 3 77 3 3 4 3 3 3 3 7777 44 111111111111111 3 666 3 3 3 55 3 0 777 4 00 666666 11111 333333333 4 4 222222 11111 8 000000 111111 4 4 66 222 4 66 1 66 2 4 4 6666666666 11111 1 5 5 5 77 5 1 5 0 000000000 55 2 0 3 6 33 2 2 666 0
lowQualScore : .. . . ... . . .. . . . . .. ..... ..... .. . . . . .. .... . . . . .. . . . .... .. . . . .. .. . .. . ..... . . . . . . .. .. .. . ..................... . . . . .. . .. ......... ..... . .. . . . . . . . .... .. ............... . ... . . . .. . . ... . .. ...... ..... ......... . . ...... ..... . ...... ...... . . .. ... . .. . .. . . . .......... ..... . . . . .. . . . . ......... .. . . . . .. . . ... .
lowQualScore : 88 7 9 888 5 5 77 7 9 9 7 99 00000 88888 22 1 1 0 1 55 5555 1 1 1 1 22 1 2 9 1111 99 9 7 9 99 99 9 77 7 77777 1 2 1 1 1 1 22 66 66 3 999999999999999999999 6 6 3 4 66 3 11 555555555 77777 3 33 1 1 5 1 1 1 3 1111 22 333333333333333 6 444 6 6 6 00 6 2 000 0 66 111111 11111 444444444 4 4 888888 11111 9 666666 555555 0 0 11 222 4 11 9 11 9 4 4 0000000000 11111 4 7 7 7 99 7 4 7 8 222222222 00 2 8 3 7 22 8 5 222 0
consensus : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGNATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TC--AAA-ATAAAA-TCCTGGATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTAA-TTTGTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-GC-TGCG----GA--C-AA-TCG-A--AT--TC-TA-CGCCAG-TTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CATGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-T-AGCTAGCG-CGCA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GTCA-GGCCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---T-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--ACT----T-GTCC-----CTTC-----G---ATC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TCGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCGCCC-T-CAAC-CC--A-AT-GAAA-GATAAATA----G----AATATGTTATTTCCTGCCGATTACC-TC-ATAAGGGTCGACTGTTTCTACAAACA-CCCACCCC
Reference ( family-4160 ) : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGNATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TC--AAA-ATAAAA-TCCTGGATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTAA-TTTGTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-GC-TGCG----GA--C-AA-TCG-A--AT--TC-TA-CGCCAG-TTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CATGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-T-AGCTAGCG-CGCA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GTCA-GGCCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---T-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--ACT----T-GTCC-----CTTC-----G---ATC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TCGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCGCCC-T-CAAC-CC--A-AT-GAAA-GATAAATA----G----AATATGTTATTTCCTGCCGATTACC-TC-ATAAGGGTCGACTGTTTCTACAAACA-CCCACCCC
gi|1 : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGGATTTTG---AAAATA-TCG-ACTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAT-GC--T-----AA-----TCAAAAA-ATAAAA-TCCTAAACAAGA-AATCGTCTCTTTT-A-CTATTTACTG-A-CACTTAATTTTGTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGAGGC-TGCG----GA--C-AATTCG-A--AT--TC-TA-CGCCAGTTTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T---AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CTTGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-T-AGCTA-CG-CGGA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGCG-AATAAA-GTCA-GACCAGGGA-TT--A-GCA--G----TA--T---C-------C--CCC-TCCAG---G-A-AT-CC--C-ACATTT---AG-AAAGA--ACT----T-GTCC-----CTTC-----GA--ATC-GA-AAA------GAGATG-----GTTTT-GAACC------CTCC------GCAG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TCGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCACCC-T-CAACACC--A-AT-GAAA-GATAAATACAT-C----AATATTTTATTT-CTGCCGATTACC-TC-ATAAGAGTCGACTGTTTCTA-----A-CCCCCCCC
gi|10 : AAGGTAAAGTA-TA-ATGGATTTTA---AAGATC-TCG-AAATTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TC--AAA-ATACAA-TCCTGAATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTAA-CTTGTTG-AAAAA-TCC--TCTAC-CTGA-GC-TGCG----AA--C-AA-TCG-A--AT--TC-TA-CGCCAG-TTACTTCCCT-----CTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGTG--AGAT--A-CATGGAAGAAAGC-----------A---------GAA-TAAGCTAGCG-CGCA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GTCA-GGCCAGCAA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---
gi|11 : AAAGGTCAAGTAGTATATTTTTTTTAT--AAGGTC-TCGGAGTTTTTTC-TACTCAGACACTTCA-C-AGA-GC--T-----AAATAAATC--AAA-ATAAAA-TCCCGGATCAAA-ATTTGTCTCGTT---GATATATA--AAC-CACTTAA-----------------A--TCTAC-CTGC-AC-CGCG----GA--C-AA-TCA-ACTATCTTT-TA-AA--AG-TTATTTCCCT-----TTAGTA-A-TTTGATGTCA-T-CAAGAGACA-----CGC----CAG--A-C---GAAGA--------------------------TA-T-A-CTAGAT-CGCA---GGCTT-GTT--------ACTTGAAAATGGTG-CTGTTGCC-----A-ATTA--C--AGTAAG-G----GG-CAGGGA-TTG-G-GTA-AA----TA--T---T------------G-TTTAG---G-G-AT-CC--G-AAATTT---AT-AAAG
gi|12 : -TGTG----GA--C-AA-TAG-A--AT--CC-TA-AGCCAG-TTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAGTAA-T--TCGCA--AGAC--A-CATGGAAGAAAGC-----------T---------GAA-T-AGCTAGCA-CGCA--GGATTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----T-----------------------------AAA-GTCA-GACCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---T-------TGTTTC-TTCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--TCT----G-GTCC-----CTTC-----G---ATT-GA-AAA------GAGACC-----GTTTT-GAACC------CCCC------G-TG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGTTATAGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCACCC-T-CAAC-CC--ATATCGAAC-GATAAATA----G----g
gi|13 : CGC--AATAAA-GTCA-GACCAGGGA-TTG-A-Gcctaattacatgt
gi|13 : ------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TCGC-GA-C-----A----TTT-----CCCTACCACCC-T-CAAC-CCNNN-NN-NNNN-NNNNNNNN----N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNTTTCTACAAACA-CCCACCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagctcagtaaattctgttcgcgacatttccctaccaccctcaacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctacaaacacccacccc
gi|14 : cgcaataaagtcagaccagggattgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna--T---T-------T--CCTACCCAG---G-A-AT-TCACG-ACATTT---AGTAAAGA--ATTCTT-T-GTCCTTACCCTTCTGTAGA---ATCAGACAAATGCTATAAGACGATGGGGTTTC-AAACCTCC---CTCCCCCAGAA-AG-CCTCCAT--GTA-AAT--TCTGT--TCGG-GAGC-----AATGGTCTCTAGACCTTACCACCC-T-CAAC-CC--A-AT-GAAA-AATAAATACATTG----AATATGTTATTTCCTGCCGATTACCTTC-ATAAG
gi|15 : ccccAGGTCAAGTT-GG-ATATGTTTTG---AAAATC-TCG-AGTTT-CTG-GACT-AACCTATTC----AGA-GCACG-----GA-----CC--AAA-ATGAAA-CCTTGTATCAAA-AATTGTCCATTTG-ATGTAATTG--G-C-CACTTAA-TGTGTTG-AAAAA-TCA--TCAAA-CTGA-GC-CCCG----GA--A-AA-CCA-A--TT--TC------CCAG-TCACTTCCAT-----TTAGTA-A-TTTGAAGTCA-T-C-AGATACA-T--TCTCG--AGAG--A-CA
gi|16 : tatGTCAAGTT-GA-ACATGATTGA---AAGAGT-TTG-TGCTTTCTG-GTTT-TTGTACTTCA-C-AAA-CC--T-----AA-----T---------GAAA-TGCTGAATCATA-AATAGTAATTTTA-AAACGGTGA--A-CGTATTCAA-ATTGGTATCAAAA-TT---TCTA---TGT-GC-TCCA----CAACC-AA-TCT-A--TT--TA-CA-TACAAG-TTACTTTCCT-----TTGGTA-A-TTTGACGTCA-T-T-AGAGACA-C--T
gi|17 : TTG---AATATC-TCG-AGTTTTCTA-GATT-ACATACTTTA-C-AAA-GC--TAAATAAA-----TC--AAC-ACAAAG-TCCTGGt
gi|18 : caag-A-ATTGCAC--TATAAA-GTCA-GGTCAAGGA-TTA-A-TTA-TG----TA--T---T-------T--g
gi|19 : gaaaatcatgcagtgtgctactttgAGCTCAAGCT-GA-AT--ATTTTGTTCAAGGTC-TCA-AGTTTTGTA-GATT-AAACACTTCA-C-AAA-GC--T-----
gi|2 : AAAGGTCAAGTA-TA-ATGAATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GAT--AAACACTTTG-C-AAT-GC--T-----AA-----TC--AAA-ATAAAA-TCCTGAATCAGA-GGTCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTGA-TTTGTTG-AAAAA-TCGATTCTAC-CTGAGGC-TGCGCGGTGA--C-AAGTCA-T--AT--TCTTA-CGTCCA-TT-CTTGTCTGTTTGTTAGCAGA-TTTGACGTCA-TAC-AGAG-CA-TAGTCGTG--AGAG--AGCATGGAAGAAAGCT----------AATTGATACTGAA-T--GCT-GCG-CGGAGTGAGTTTGATTACATGT-G-----------------GTCGTCCTTT-A-ATTACGCGAAGTAAATGTCAGGGCCAGGAAGTTT-C-GCAGTG----TA--T---TTGGAGTGT--GCG-TCCAGTGTG-AGATGCT--GAACTTTTGTAAG-AAGGAGTACTGGTCT-ATCC-----CTTC-----GGACGTC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTTGGAACCGCTCGGCTCC------G-AG-CT--CA---GTAGAATGGTCTTT--TAGCGGA-C-----AG---TTT-----CCCTAACGCCCGTGCGAC-CG--A-GTGGAAA-GATA
gi|20 : AAGGTCAATTA-TA-ATGGGTTTTG---AAGATC-TCG-AATTTTCTT-GATT-c
gi|21 : AAAGGTCATGTA-TA-ATGGATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTT
gi|3 : tCCTGAATCAGA-AATCGTCTCTTTT-AGATATCTA--G-C-CACTTAA-TTTGTTG-AAAAA-TCA--CATAC-CTGA-GC-TGCG----GA--C-AA-TCG-A--AT--TC-TA-CGCCAG-TTA
gi|3 : G-CGGA--GGGTTT-ATTACATGC-GACTTGAAA----TG-tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggagggtttattacatgcgacttgaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngccgattaccatcataagtcgactgtttctacacctacccacccaccc
gi|3 : cctgaatcagaaatcgtctcttttagatatctagccacttaatttgttgaaaaatcacatacctgagctgcggacaatcgaattctacgccagttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCCGATTACCATC-ATAAG--TCGACTGTTTCTACACCTA-CCCACCCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngccgattaccatcataagtcgactgtttctacacctacccacccaccc
gi|4 : cctgaatcagaaatcgtctcttttagatatctagccacttaatttgttgaaaaatcacatacctgagctgcggacaatcgaattctacgccagttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggagggtttattacatgcgacttgaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAGTA-TA-ATGTATTTTTTTTAAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAGCACTTCG-C-ACA-GC--T-----AT-----TC--AAA-ATTAAA-TCCTGGATCAAA-AGTCCTCTCCTTT-AGCTAATTA--G-C-CGCTTAA-TTTGGTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-GC-TGCG----GA--C-AA-TCG-A--AT--CC-TA-AGCCAG-TTATTTCCCT-----TAAGCA-A-TTTGACGTCA-T-C-AGAAACA-T--TCGCG--AGAG--A-CACGGAAGAAAGT-----------T---------GAA-T-AGCTAGCG-CGCA--GGGT---------------CTTGAAA----TG-C-GTCGTC--TTCATATTGCGC--AATACA-GTCA-GGCCAGGGA-TTG-A-ACA-TG----TA--TTTGT-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACATTT---AG-AAAGA--TAT----G-ATCC-----C------------------------------GACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-CT--CA---GTA-AAT--TCTGT--TTGC-AA-C-----A----TTT-----CCCTACCGCCC-T-CAAC-CA--A-AT-GGAA-AATA-------------------TTATTTCCCGCCGATTATC-TTAATAA--GTCAACTGTTTaccc
gi|5 : cAAAGTCAA----CA-ATGTAGTTTA---GA-ATC-TCG-AATTTC-------T-AAACACTTCG-CCAAATGC--T-----AAA----TC--AAATATAAAAATCCT--ATCAAA-AATCG-CTCTTT--AGCTATTTA----C-CACTTAA-TTT--TG-AAAAA-TCA--CC-ACACTG---C-T-CA-----A--C-AA-TCA-A------TC-TA-C-CCACCTTACTCCACT-----TTAGCA-AATTTGACA-CA---C-A---ACA-T--TC-CG--AAA---A-CATGAAA---AGC-----------A---------GAA-T-AGCTAGCG--GCG--AGGTT--ATTACATGC--ACT-GAAA-------------------------ACGC--AATAAA-GGCA-A-CCAG--A-TTACA-GTA-T---------T---T-------T--CCC-CCCAG---G-A-AT-CC--G-ACAATT------AAAAA--ACT-------TCC-----CTTCT----G---ATT-GA-AA--------AGATG-----GTTT---AACC------CT----------AGACT--C----GTA-AAT--TC-----TCGC-GA-C-----A------T-----CCCTACCACCC-T-CAAC-CC--A-AT-GAAACAATAAATA----GTAGAAATATG-TATTT-CTGCCG-TTACC-TT-TCAAAGGTCGAC-GTTTCTACAAACACCCCACCCCat
gi|6 : AAAGGTCAATTA-GA-ATATATTTTG---AAGATC-TCA-AGTTTTCTT-CATT-GAACATTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TC--AAA-TTAAA--TCATGGATCAGA-AATCGTCTCTTTC-AGCTATTTA--G-C-CACTTAA-TTTGTTG-AAAAA-TCA--TATAG-ATGA-GA-TGTGCACAGA--C-AG-TCG-A--AT--TT-TA-AGTCAG-TTACTTCCCT-----TTGGTA-A-TTTTACATCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCG--AGAG--A-CACGGAAGAAAGT-----------T---------GAA-T-GGCTAGCT-TGCC--GGGTTT-GTTACATGC-AACTTCAAA----TG-C-ATTGTC--TT-A-ACTGCAC--AGTGAA-GTCA-GTCCAGGGA-TTG-A-CTA-TGTACATA--T---G-------T--TCC-CCCAG---G-A-AT-CC--A-ATATTT---AG-AAAGA--TTT----G-GTCT-----CTTT-----G---ATT-GG-AAA------GA---G-----GTTTT-GAATT------CTCC------A-AG-CA--CA---GTA-AAC--TC------AGC-GA-CATAAAA----TTT-----TCCTAC
gi|7 : tAAGGTCAAGTA-TA-ATGGATTTTGG--AAGATGATCG-AATTTTCTTTGATT-AAACACTTCGGC-AAATGC--TT----AA-----T---GAA-ATAAAA-TCCTG-ATCAGCCAATCGTCTCTTTTTAGCTATTT-----T-CCCTTAA-TTTGTTG-AAAAAATCA--TCTAC-CTGA-GCCTGCG----GA--CGAA-TCG-A--AT--TC-TAACGCCAG-TCACTTCCCT-----TTAGCA-AATTTGACGTCAAT-C-AGAGCCAAT--TCGCGGAAGAG--A-CTTGGAAAAAGGC-----------A---------GAAAT-AGCTAGCGGCGGA--GGGTTT-AT-ACATGCCGACTTGAAAA---TGAC-GTCGTC--TT-A-ATTACGC--AAAAAA-GTCA-G-CCAGG-A-TTG-AAGCA-TG----TA--T---C-------C--CCC-TCCAG---GGA-AT-CC--A-A-A------AG-AAAGA--ACT----TTGTCC-----CTCCTTCGAG---ATC-GA-AAA------GAGACG-----GTTTT-GAACC------CTCC------G-AG-t
gi|8 : AAAGGTCAAGTA-TA-ATAT-TTTTG---AAGATC-TCG-AATTTTCTA-GATT-AAA--------------GC--T-----AA-----TC--AAA-ATAATA-TTCTGGACTATA-AATTGTCTCTTTG-ATATATTTA--G-C-CACTTTA-AGTGCTG-AAAAG-CCA--TCTAT-CTGA-GC-CGCG----GA--C----TTACA--AT--TC-TA-AGTCAG-TTA-------------------A-TTTGACATCA-T-C-ATATACA-T--TTTCG--AGAGGCA-CAT------AATC-----------C---------GAA-T-A--TGAC-----------TTG-AAAACATA------TGCAG----TG-T-GCTGTC--TT-A-ATTGCAC--AAGAAT-GTCG-GACCAGGGA-TTG-A-GCA-TG----TA--T---TTTTG---T--TCA-CCCAG---G-A-AC-CT--G-ACGATT---AA-AAAGAT-ATT----T-A-CT-----GTTC-----G---ATT-GA-AAA------GACACG-----GTTTTAGAACC------CTCC------G-AA-CA--CATATTTA-AAC--TCTGT--TGGC-GA-C-----A----TTT-----
gi|9 : AAGTA-AA-ATGAATTTTG---AAGATC-TCG-AGTTTTCTT-GATT-AAACACTTCG-C-AAA-GC--T-----AA-----TC--AAA-ATAAAA-TCCTGAATAAGA-AATCGTCTCTTTT-AGCTATTTA--G-C-CACTTAA-TTTGTTG-AAAAA-TCA--TCTAC-CTGA-GC-TGGG----GA--C-AA-TCG-A--AT--TC-TA-CGCCAG-TTACTTCCCT-----TTAGCA-A-TTT-ACGTCA-T-C-AGAGACA-T--TCGCA--AGAG--A-CATGGAAGATAGCTATACTATACTA---------TAG-T-AGCTAGCG-CGCA--GGGTTT-ATTACAAGC-GACTTGAAA----TG-T-GTCGCC--TT-A-ATTACGC--AATAAA-GGCA-GGCCAGAGA-TTG-A-GCA-TG----CATTT---T-------T--TCC-CTCAG---G-A-AT-CC--G-ACAT