lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11111111111 11 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 1111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 111 11 1 22 5555555555555555555 1 1 222 33333333333333333 111111
lowQualScore : 0 6 555 1 66 0 2 1 22222222222 2 88 66 888 77 5 0 5 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 5 77 2222 6 66 5 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9999 6 666 77 0 44 6666666666666666666 2 1 7 0 333 99999999999999999 888888 9 3 8 6
lowQualScore : . . ... . .. . . . ........... . .. .. ... .. . . . ................................................................................................. .. . .. .... . .. . . ............................................................................................................................................................................................................................................................................... .... . ... .. . .. ................... . . . . ... ................. ...... . . . .
lowQualScore : 0 0 999 4 99 2 0 5 33333333333 2 88 99 888 22 0 1 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 77 7 99 1111 5 11 2 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5555 0 222 00 0 88 5555555555555555555 0 2 0 0 888 22222222222222222 777777 7 7 3 7
consensus : GTC-TTCGTTTATAC-A-AAAAAGTAA--ACAAACACTGAG-AAA--TA-GAAATCACTTGCACCGCGC--A---A-GGAT-TCAC-TTAG----CAACANACT---AACGAAGCGT-AACCGAAG--AA----C-GCCGTCTTGGCC--------AAAATACCCGCCATCTTGGCTNT-TCTT-GCATAGCCGAAGCATGT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGGTG--GAGTTT-GCA---ANA--A-TCTTGATAACAGA----AGATAT-GTGTAGG-T------------------GCAGTA-CA-------AA------ATCGAN----T-------------------TTTGAGTCGCTCCGACAGAAAG------------------TNTTT---G---AAAAT-TTAAAT----CCTGA--AT-TCACACAAAATAC----A---T--A-----TG-----TA--C-CAGAAAATGCNNCACG-ATT--T--GGGT-N--GTTTTGATTTTATAAAA--NTTTC-GAAC-TACATTNTAAC-T--A-----A------CCATAACACGCAGCATTGTTGC-CAATATAAATCCGACACGGTAAAATATG------TAAGCA--AT--TCACANATTGCAATC
Reference ( gi|1 ) : GTC-TTTGTTTGTAC-A-AAAAAGTAA--ACAAATACTGAG-AAA--TA-AAAATCATATGCACCGCGC--A---A-GGAT-TCAC-TTAA----CAGCAGACT---GAGGAAGTGTGAATTGAAA--AACC--CCACCATCTTAGCTAATCTCATAAAATACCCACCATCATAGCTAA-TCT---CATAGCCATAGCATGT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTAAAAACACAAGGTG--GAGCTT-GTA---AAAT-AGTCTTGATAACAGG----GGATAT-GTGTAGG-T------------------GCAGTG-CA-------AA------ATTGAC----T-------------------TTTAAGTTGCTCCGTCAGAAAG------------------TTTTT---A---AAAAT-CTAAAT----CCTGA--AT-TCACACAAAATA-----A---T--A-----TG-----TA--C-CAGAAAATGCTATATG-ATT--T--AAATGA--GTTTTGGTTTTATGAAA--GTTTT-AAAC-TACATAGTAAC-T--A-----A------TCATAGCATGCTGCATTGTTGC-CATTATAAATCCGACACAATAGAATATG------TAAGCA--AT--TCATAGAATGCAATCC
gi|3 : GTC-CTTCTTTATAC-A-AGAAC-TAA--ACAAACATGGAG-AAG--TA-GAAATCACTTGCACCGCGC--A---A-GGAT-TCAT-TTAG----CAACATACA---AACGAAG-GTCGACTGAGAC-AA----CTGCTATCTTGGC---TCT-------TACC-----------------------ATAGCCGAAACCTGT-AC--TTT----ATTCATTAAATATGAAAACACAGGGT
gi|5 : caaaaagaaaaaactacacggtacagGTC-TTCGTTTATAC-A-CAAA-GTGA--A---ATACTTAG-AAA--TA-GAAATaatttaacaacgaattataacatagacttttagacgctcctacagaaagaaacggaaagttgtttttttaaagattgaaacccgacaaaaaatcataaaaaacccagcaaatcagcatgcattcctagtgttttgttttatatatctttcaaaatacattctaactttctataatatacagc
gi|16 : aaGTCATTTGTTTAAAA-C-AAATAGTAAGTATAAGCATTGAATAAATTTATAGAATCACTTGCGCTGCGCAAA---A-AGATATCACATTAG----CAAAACACTACCGACGAAGCGTGAattttagaatagaagatttatttaaagtaacaatacaccacaagctacaaggatccacttagcaacatgtgagactaacaaactaaactgccatagtggctcttcacttaatcaatgatagtacttttaaaactgatcaaatttaaaaacacaaggtaatgagtttgcatcaactcttgatcataaaagatatgtgtaagctacatatatagatctaatgttttctccatagtgatcagtcactctgacaggaagtaaca
gi|4 : tacaacgtacaaC-TCTGTTTATAC-ACAAAAAGTGA--ACA----CTGA----------------ATATGCACCGTGC--A---A------TCAT-TTCA----CA------T---AACAAAATGC----TAAAG--AAGCAACGACCG----AG----------AAAA---CCGCCATCTTGACTCT-CCG---CATAAACGAGACATGT-AC--TGT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGATG--AAGCTTCACC---GAA----TCTTGATGACAGA----AGATAT-ATGTAGG-T-------------------CAATA-TACATTCCTAAT-----ATTTAC----TTCACGGTGCAAGGTCGACTTTTGAGTCGCTCCAATAGAAAGTAATAGGAAGCGATTTTCTTTTT--------AAAT-ATAAA-----CCTGA--CA-TCGCACAAAATA-----C---TGCA-----TG-----TA--T-CA-AACATGCTACACA-ATT--ctgagaca
gi|2 : TCGTTTATACGA-AAAAAGCAA---CAAATTCTGAG-AAA--TA-GAAATTACTTGCACTCAGC--A---ACAGAT-TAAC-
gi|13 : TAC-A-CAAGAGTAA--ACAGATACT---------------------TTCACCGCGC--ACTAA-GGAT-CC-C-TTAG----CTGGAGAC---------------AATCGAAG------------CGTC--AACCAA----AAAAAATCCCCGACAT----GCTGACTCTTCGCATATCCTAAGTATGT-AC--TTC----ATTGTTCAAATTTGAAAAagagtcgatcgagagattctttgctcagccggagcattttactttatcaatcaaatttaaaaacacaaagtgggatttgcaatgaatcttgatgacaggctatggagagctacagatgtatgactaatgttttattcacagctttttgaatccctccgacagatttttaaaaaaaatttaagcctaacatctcacgtatcgcatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataattccgacacattaaaatatgcagatctaagcagtattcaaagaataatctcca
gi|19 : AT-A-GAAAAGCAA--ATAAACACTGAG-AAG--CA-GAAATTACTTGCGTCGCGC--A---A-AGAT-TCAC-TTGG----CGACAAACT---AACAAAGtta
gi|18 : --ACAAACACGGTG-AAA--TA-GAAATTACTTACACCGCGC--A---A-GGAT-TTCC-TTAATTAGCAACACATC---AACGAGGTGTAAA---AAAGGAA------GCCATCTTGGTTcatctaccgagagaa
gi|7 : A-AAAATCACTTGCACCGCGC--A---A-GAAG-TCAC-TT-A----CAACAca
gi|3 : tcatacgggaaaaaaaaattacgctgcacaatcttgtctagataTGAGACAACTGCTATCTTGGCTCT-TAC---CATAGCCGAAACCTGT-AC--TTT----ATTCATTAAATATGAAAACACAGG------------GTA---A--------TT--TAACAAC----GAAT----------------------------------TA-TA-------AC------ATAGAC----T-------------------TTTA-GACGCTCCTACAGAAAGAAACGGAAAGTTGTT---TTTTT---A---AAGAT-TGAAAC----CC-GA--------CAAAAAATC-----A---T--A-----AA-----AAACC-CAGCAAAT-CAGCATGCATTCCT--A---GT--GTTTTG-TTTTATATAT--CTTTC-AAAA-TACATTCTAAC-T--tagagtctaccgagaaatataccattatttgttctttgcacaacagagcatgtataacttattgatcaaattttaaacgtaagatggagtttgcaacgaaacttgataccacaagattcatg
gi|7 : caaaaagaaaaaactacacggtacaggtccttctttatacaagaactaaacaaacatggagaagtagaaatcacttgcaccgcgcaaggattcatttagcaacatacaaacgaaggtcgacAAATAT--ACCATTAT--TTGT-TCTTTGCACAAC-AGAGCATGT-ATAACTT----ATTGATCAAATTT-TAAACGTAAGATG--GAGTTT-GCAACGAAA-----CTTGATACCACA----AGATttctataatatacagc
gi|2 : tcatacgggaaaaaaaaattacgctgcacaatcttgtctagataaaaaatcacttgcaccgcgcaagaagtcacttacaacatagagtctaccgagAGCCGGAGCATTTTAC--TTT----ATCAATCAAATTTAAAAACACAAAGTG--GGATTT-GC-----AATGAATCTTGATGACAGGCTATGGAGAG-CTACAGA-T------------------GTA-TGACT-------AATGTTTTATTCACAGCTT-------------------TTTGAATCCCTCCGACAGA---------------------TTTTTAAAA---AAAAT-TTAAG-----CCTAAC-ATCTCACtcatg
gi|5 : tcgtttatacgaaaaaagcaacaaattctgagaaatagaaattacttgcactcagcaacagattaacagagtcgatcgagagattctttgctcGT-AC--TTTTAAAACTGATCAAATTTAAAAACACAAGGTAATGAGTTT-GCA---TCA--ACTCTTGATCATAAA----AGATAT-GTGTAAG-gtatcgcatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataattccgacacattaaaatatgcagatctaagcagtattcaaagaataatctcca
gi|12 : aagtcttcgtttatacacaaagtgaaatacttagaaatagaaatattttagaatagaagatttatttaaagtaacaatacaccacaagctacaaggatccacttagcaacatgtgagactaacaaactaaactgccatagtggctcttcacttaatcaatgataTTTGATAACATAAGATG--GAGTTC-GCA---ACG--AATCTCAATATCAGA----AGATAT-CTGGAGC-T-------------------------TA-------AG------ATTGAC----T-------------------TTGAAG---CTCCGACAGAAAG------------------CATGA---G---AAAATGTTAGAT----C-TGA--CA-TCGCACGAAG-A-----ACGTT--A-----TG-----TA--C-CAGAAAACGTGATATG-ctacatatatagatctaatgttttctccatagtgatcagtcactctgacaggaagtaaca
gi|6 : CAAAGCG--AAGTTT-GCA---ACAT-A-TATTGATAACAAA----ATATGT-ATATAGG-CTAAATACACATTGAGACCGCAGGA-CA-------AA------TTTGAA----T-------------------TTTGAGACACTCCTACGGAAAA------------------TAT-----G---AGAAT-GT---------TTAA--TT-TTAGGCA---TG-----A---T--A-----T------CA--CACAAAAAGT-CTTCA---ATT--T--GAGTTGTTGTTTTTTTCTTTTAAAA--TTTCTGAAACGTACATGTTGAT-T--A-----AAACTGCTCATAACAAGCAGCATTGTCGT-CAAT-TAAATCCAACACGGTAAAAT--G------TAAGCA--AT--TTACATATTGCAGTC
gi|14 : AAGTG--GAGTTT-GCACC-GAAT----CTTGAGTGTAGG----GTGCATAGTTTACT-TC-----------------ACAGCA-CA-------AG------ATCGAA----T-------------------TTAGAGTCATGCCGTCCAAAAG------------------T-------AGCGAAAAT-CAAAAT----TTAGGCCAT-T-ACACAAAATAC----G---TC-A-----TGCAGTCTA--C-CAGA
gi|11 : cGGTG--AAGTTT-GCA---ACA--AATCTTGATAACATA----AGATAT-GTATAGACT------------------ACA-TG-TA-------AA------c
gi|11 : CAGCA-CG-------AG------ATCGAA----T-------------------TTTGAGTTGCCCGATTAGAAAG------------------TGTCA---G---AAATT-TTAAATTTAGCCTTT--ACATCACACAAAAtatgtagacctaacgttttcttttcagcacgagatcgaattttgagttgcccgattagaaagtgtcagaaattttaaatttagcctttacatcacacaaaaa
gi|8 : ggtgaagtttgcaacaaatcttgataacataagatatgtatagactacatgtaaatatgtagacctaacgttttctttt-CA-------AA------ATCGAA----T-------------------TTAAAGTCACTTCGACTGAAAG------------------TACTT---G---AGAGT-TTAGAT----T-TAA--AT--AACACAGAATACTTGAA---T--ACTTCATG-----TA--C-AGGAAAATGCACCATG-AT---------------TTTTGATTTTATAAAACTGTTTT---GC-TACATTATAAT-TTAG-----A------T--TAGGATGCAGCATTTTTTCACAAT-TAAATa
gi|10 : ACACAAAATAC----A---TC-A-----TG-----TA--C-CAGAAAATACTACACG-ATT--TCCGGGT-A--GTT---ATTTCACAAAA--GTTTC-GAAC-TACATTATAACTT--AGATGTA------CCATAACACGCAGCGTTGCTGT-AAATATAAATCCGACAC--T---GTATG------TCAGCA--ATACTCACAAATTGCGAT
gi|21 : -----A------CCATAACATGCAGCATTGTTGC-CAATTTAAATCCGATACAGTAAA
gi|2 : ATAATTCCGACACATTAAAATATGCAGATCTAAGCAGTAT--TCAAAGAAT--AATCca
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GATTTGACATTAAGTAAAATATGCTACAAGGTGTAGAACAATGCAATGTAATCTACAGGATTCGTTTTCAGAAAAGCTTTATAATAGATTTCCATTTACTAAAACATGCATCGCTATCCCTGTCAAATTCGACGCATTGAAATATGTATGTAATATTCACATGTCAATTGT
Unaligned ( gi|15 ): CAAAAAGACAGATCTACATTGTGCAATTCCTAGCTAACAGAAATATAAACAAACATCTATGAATAGAAATCACTTACAATGCAGAAGAATTCGGTGAGCAACAATATGAAGTGTTGACAGTGAAGGACACAC
Unaligned ( gi|17 ): AAGATTTACTTTGAAGTCCCTCTTAACAGAAAGTATGGGAAAGTTGTCTTCTTTTGATATCACACAAAAAACCTTTTTACACTCATGTACCAGGAAATGCAATA
Unaligned ( gi|20 ): TGCGATTTTTTATTTCTTATTTTTTGCAAGTTTTAAATTAAATCGAAACTTACCACAGCTATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333333333 11111111111 1111 111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 44444 1111 2222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333333333333333333 1111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444444444444444444444444 11111 111 55555555555555555555555555555555 111 111111 333333333333333 1 11 11
lowQualScore : 8 5 5 3 66 99 3333333333333333 666 77777777777 99999 55 666 3 3 1111 1 222222 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 999 1 22222 0 3 5 5 77 2222 1 55 4444444444 777 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888 1 3 7777777777777777777 0 9999999999999 3 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 111111111111111111111111 11111 66 4 2 22 000 66666666666666666666666666666666 6 000 777777 1 777777777777777 5 2 6 4 6 4 0 9 33 33 1 3
lowQualScore : . . . . .. .. ................ ... ........... ..... .. ... . . .... . ...... . ................................................... . ... . ..... . . . . .. .... . .. .......... ... ............................................................................................ ..... . . ................... . ............. . . .................................................................. . ........................ ..... .. . . .. ... ................................ . ... ...... . ............... . . . . . . . . .. .. . .
lowQualScore : 0 0 0 4 11 55 5555555555555555 222 33333333333 11111 00 444 6 6 4444 0 555555 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 555 0 77777 4 9 7 7 99 1111 4 55 2222222222 000 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 77777 0 6 6666666666666666666 2 0000000000000 6 6 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 333333333333333333333333 11111 11 4 9 00 111 00000000000000000000000000000000 7 222 555555 0 888888888888888 0 5 7 2 7 6 8 2 88 88 0 2
consensus : GTC-TTCGTTTATAC-A-AAAAAGTAA--ACAAACACTGAG--AA----------------ATAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C--A---AGGAT-T-CAC----TTAGCAACANACTA---ACGAAGCG-T-A-AC--CGA-AGAAC---G-CCGTC--GGCTAA--------AATACCCGCCATC-NTGGCTCTT-C---GCATAGCCGAAGCAT-GT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGGTG--GAGTTTGCA-A-C-A--A-TCTTGATAAC---AGA-------AGAT---------AT-G------TGTAGG--------------T------------------GCAGTACA-------AG------ATC----GANT-TT----T--------G-----AGTCG------------CTCC-GA-CAGAAAG---------------TATTN---GAAAA----------T-TTAAAT-----CCT-----GA--AN-TCACACAAAA--------TA-C----G-T-----ATG-----TA--CCAGAA-AATGCNACACG-ATT--T--A--GG--T-NGTT---TT--GA----TTTTATAA-AA--GTTTCGAA-C-TACATTNTAACT---A---A------CCATAACATGCAGCGTTGTCGC-CAAT-T-AAATCCGACACAGTAAAATATGTAAGCA--AT--TCACANATTGCAATC
Reference ( family-415 ) : GTC-TTCGTTTATAC-A-AAAAAGTAA--ACAAACACTGAG--AA----------------ATAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C--A---AGGAT-T-CAC----TTAGCAACANACTA---ACGAAGCG-T-A-AC--CGA-AGAAC---G-CCGTCTTGGCCAA--------AATACCCGCCATC-TTGGCTNTT-CTT-GCATAGCCGAAGCAT-GT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGGTG--GAGTTTGCA-A-N-A--A-TCTTGATAAC---AGA-------AGAT---------AT-G------TGTAGG--------------T------------------GCAGTACA-------AA------ATC----GANT-TT----T--------G-----AGTCG------------CTCC-GA-CAGAAAG---------------TNTTT---GAAAA----------T-TTAAAT-----CCT-----GA--AT-TCACACAAAA--------TA-C----A-T-----ATG-----TA--CCAGAA-AATGCNNCACG-ATT--T--G--GG--T-NGTT---TT--GA----TTTTATAA-AA--NTTTCGAA-C-TACATTNTAACT---A---A------CCATAACACGCAGCATTGTTGC-CAATAT-AAATCCGACACGGTAAAATATGTAAGCA--AT--TCACANATTGCAATC
gi|1 : GTC-TTTGTTTGTAC-A-AAAAAGTAA--ACAAATACTGAG--AA----------------ATAAAAA--TCATATG-----------CACCGCG-----C--A---AGGAT-T-CAC----TTAACAGCAGACTG---AGGAAGTG-TGA-AT--TGA-AAAACCCCA-CCATCTTAGCTAATCTCATAAAATACCCACCATC-ATAGCTAAT-CT---CATAGCCATAGCAT-GT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTAAAAACACAAGGTG--GAGCTTGTA-A-A-ATAG-TCTTGATAAC---AGG-------GGAT---------AT-G------TGTAGG--------------T------------------GCAGTGCA-------AA------ATT----GACT-TT----T--------A-----AGTTG------------CTCC-GT-CAGAAAG---------------TTTTT---AAAAA----------T-CTAAAT-----CCT-----GA--AT-TCACACAAAA--------TA------A-T-----ATG-----TA--CCAGAA-AATGCTATATG-ATT--T--A--AA--TGAGTT---TT--GG----TTTTATGA-AA--GTTTTAAA-C-TACATAGTAACT---A---A------TCATAGCATGCTGCATTGTTGC-CATTAT-AAATCCGACACAATAGAATATGTAAGCA--AT--TCATAGAATGCAATC
gi|10 : ACACAAAA--------TA-C----A-TC----ATG-----TA--CCAGAA-AATACTACACG-ATT--TCCG--GG--T-AGTT--------A----TTTCACAA-AA--GTTTCGAA-C-TACATTATAACTTAGATGTA------CCATAACACGCAGCGTTGCTGT-AAATAT-AAATCCGACACTG-----TATGTCAGCA--ATACTCACAAATTGCGATc
gi|11 : GGTG--AAGTTTGCA-A-C-A--AATCTTGATAACATAAGATATGTATAGACTACATGTAAAT-A------TGTAGACCTAACGTTTTCTTT------------------TCAGCACG-------AG------ATC----GAAT-TT----T--------G-----AGTTG------------C-CC-GATTAGAAAG---------------TGTCA---GAAAT----------T-TTAAATTTAG-CCT-----TT--ACATCACACAAAA--------
gi|12 : TTTGATAACATAAGATG--GAGTTCGCA-A-CGA--A-TCTCAATATC---AGA-------AGAT---------AT-C------TGGAGC--------------T------------------------TA-------AG------ATT----GACT-TT-------------G-----AA--G------------CTCC-GA-CAGAAAG---------------CATGA---GAAAA----------TGTTAGAT------CT-----GA--CA-TCGCACGAAG--------AA-C----GTT-----ATG-----TA--CCAGAA-AACGa
gi|13 : GAGT-AA----------------ACAGA-----TACTTT-----------CACCGCG-----C--ACTAAGGAT-C-C-C----TTAGCTGGAGACAA---TCGAAGCG-TCA-AC--CAA-AAAA---------------------------AATCCCCGACATG-CTGACTCTT-C---GCATATCCTAAGTAT-GT-AC--TTC----ATTGTTCAAATTTGAAAAtgatatg
gi|14 : tacacaaAAGTG--GAGTTTGCA-C-CGA--A-TCTTGAGTGT---AGG-------GTGC---------ATAG------TTTACT--------------TC-----------------ACAGCACA-------AG------ATC----GAAT-TT----A--------G-----AGTCA------------TGCC-GT-CCAAAAG---------------TAGC----GAAAA----------T-CAAAAT-----TTA-----GGCCAT-T-ACACAAAA--------TA-C----G-TC----ATGCAGTCTA--CCAGAtta
gi|15 : cAC-A-GAAATATAA--ACAAACATCTAT--GA----------------ATAGAAA--TCACTTA-----------CAATGCA-----G--A---AGAAT-T-CGG----TGAGCAACAA--T----ATGAAGTGTT-G-ACAGTGA-AGGAC---A-Cc
gi|16 : caaaaagacagatctacattgtgcaattcctagctaGTCATTTGTTTAAAA-C-AAATAGTAAGTATAAGCATTGAATAAATTT-------------ATAGAA---TCACTTG-----------CGCTGCG-----CAAA---AAGATAT-CACA---TTAGCAAAACACTACCGACGAAGCG-T-G-AC--TGA-ac
gi|17 : tacaacgtacaaA-------AG------ATT----TACT-TT----G--------A-----AGTCC------------CTCTTAA-CAGAAAG---------------TATGG---GAAAG----------T-T---GT-----CTTCTTTTGA--TA-TCACACAAAAAACCTTTTTA-C----A-CTC---ATG-----TA--CCAGGA-AATGCAATAgaca
gi|18 : --ACAAACACGGTG--AA----------------ATAGAAA--TTACTTA-----------CACCGCG-----C--A---AGGAT-T-TCCTTAATTAGCAACACATCA---ACGAGGTG-T-A-A---AAA-AGGAA---G-CCATCTTGG
gi|19 : AT-A-GAAAAGCAA--ATAAACACTGAG--AA----------------GCAGAAA--TTACTTG-----------CGTCGCG-----C--A---AAGAT-T-CAC----TTGGCGACAAACTA---ACAAAGCA-T-CTAC--CGAGAGAAttca
gi|2 : TCGTTTATACGA-AAAAAGCAA---CAAATTCTGAG--AA----------------ATAGAAA--TTACTTG--------------------------------------CAC----TCAGCAACAGATTA---ACAGAG
gi|2 : TT-CTTTGCTCAGCCGGAGCAT-TTTAC--TTT----ATCAATCAAATTTAAAAACACAAAGTG--GGATTTGCA-ATG-A--A-TCTTGATGAC---AG---------GCT---------AT-GGAGAGCTACAGA--------------T------------------GTATGACT-------AATGTTTTATTCACAGCTT-TT----T--------G-----AATCC------------CTCC-GA-CAGA------------------TTTTTAAAAAAAA----------T-TTAAG------CCT-----AAC-ATCTCACtcgatcgagagattctttgctcagccggagcattttactttatcaatcaaatttaaaaacacaaagtgggatttgcaatgaatcttgatgacaggctatggagagctacagatgtatgactaatgttttattcacagctttttgaatccctccgacagatttttaaaaaaaatttaagcctaacatctcacgtatcgcatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataattccgacacattaaaatatgcagatctaagcagtattcaaagaataatctcca
gi|21 : tcgtttatacgaaaaaagcaacaaattctgagaaatagaaattacttgcactcagcaacagattaacagagtcgatcgagaga---A------CCATAACATGCAGCATTGTTGC-CAATTT-AAATCCGATACAGTAAAgtatcgcatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataattccgacacattaaaatatgcagatctaagcagtattcaaagaataatctcca
gi|3 : C-TTC-TTTATAC-A-AGAAC-TAA--ACAAACATGGAG--AA----------------GTAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C--A---AGGAT-T-CAT----TTAGCAACATACAA---ACGAAG---------------------------GTC--GACTGA--------GACAACTGCTATC-TTGGCTCTTAC----CATAGCCGAAACCT-GT-AC--TTT----ATTCATTAAATATGAAAACACAGGGT-----------------A--A-T-TTAACAAC----GA---------AT--------------------------------------------------------------TATA-------AC------ATA----GACT-TT----T--------------AGACG------------CTCC-TA-CAGAAAGAAACGGAAAGTTGTTTTTTT---AAAGA----------T-TGAAA------CCC-----G--------ACAAAAAA--------T--C----A-T-----AAA-----AAACCCAGCA-AAT-CAGCATGCATTCCT--A--G-----TGTT---TT--G-----TTTTATAT-AT--CTTTCAAA-A-TACATTCTAACT---T---T------CTATAATATACAGCca
gi|4 : caaaaagaaaaaactacacggtacaggtcC-TCTGTTTATAC-ACAAAAAGTGA--ACA----CTGA---------------------ATA-----------TG-----------CACCGTG-----C--A---ATCAT-TTCAC----ATAACAAAATGCTA---AAGAAGC----------------AAC---GACCG----AG--AA--------AA---CCGCCATC-TTGACTCTC-C---GCATAAACGAGACAT-GT-AC--TGT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGATG--AAGCTT-CACC-G-A--A-TCTTGATGAC---AGA-------AGAT---------AT-A------TGTAGG--------------T-------------------CAATATACATTCCTAAT-----ATT----TACT-TCACGGT--------GCAA--GGTCGACTTTTGAGTCGCTCC-AA-TAGAAAG---------------TAATA---GGAAGCGATTTTCTTT-TTAAATATAAACCT-----GA--CA-TCGCACAAAA--------TA-CT---G-C-----ATG-----TA--TCA-AA-CATGCTACACA-ATT--
gi|5 : GTC-TTCGTTTATAC-A-CAAA-GTGA--A---ATACTTAG--AAATAGAAATATTTTAGAATAGAAGATTTATTTAAAGTAACAATACACCACAAGCTAC--A---AGGAT-C-CAC----TTAGCAACATGT-------GAGAC--T-A-AC--------AA--------------ACTAA--------A----CTGCCATA-GTGGCTCTT-C---ACTTAATCAATG-ATAGT-AC--TTTTAAAACTGATCAAATTTAAAAACACAAGGTAATGAGTTTGCA-T-C-A--ACTCTTGATCAT---AAA-------AGAT---------AT-G------TGTAAGC-------------T------------------ACA-TATAT------AG------ATC----TAATGTT----TTCTCCATAGTGATCAGTCA------------CTCT-GA-CAGGAAG---------------T
gi|6 : aaCAAAGCG--AAGTTTGCA-A-C-AT-A-TATTGATAAC---AAA-------ATAT---------GT-A------TATAGG--------------CTAAATACACATTGAGACCGCAGGACA-------AA------TTT----GAAT-TT----T--------G-----AGACA------------CTCC-TA-CGGAAAA---------------TAT-----GAGAA----------TGTTTAAT------------------T-TTAGGCATGA--------TATC----A-C-----A------------CAAAA-AGT-CTTCA---ATT--T--G--AG--T-TGTTGTTTT--TT----TCTTTTAA-AA--TTTCTGAAACGTACATGTTGATT---A---AAACTGCTCATAACAAGCAGCATTGTCGT-CAAT-T-AAATCCAACACGGTAAA--ATGTAAGCA--AT--TTACATATTGCAGTCaaca
gi|7 : AAAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C--A---AGAAG-T-CAC----TTA-CAACATA---------GAGTC-T-A--C--CGA-GAAAT---------------------------ATACC----ATTATTTGTTCTT---T-GCACAACAGA-GCAT-GT-ATAACTT----ATTGATCAAATTTTAAA-CGTAAGATG--GAGTTTGCA-ACG-A--A-ACTTGATACC---ACA-------AGAT---------
gi|8 : tcatacgggaaaaaaaaattacgctgcacaatcttgtctagataCA-------AA------ATC----GAAT-TT----A--------A-----AGTCA------------CTTC-GA-CTGAAAG---------------TACTT---GAGAG----------T-TTAGAT-------T-----TA--AA-TAACACAGAA--------TA-CTTGAA-TACTTCATG-----TA--CAGGAA-AATGCACCATG-AT-----------------TT---TT--GA----TTTTATAA-AACTGTTTTG---C-TACATTATAATT---T---A------GATTAGGATGCAGCATTTTTTCACAAT-T-AAATtcatg
gi|9 : AGAACAATGCAATGTA-ATC--T--ACAGGATT-CGTT---TTCAGAAAAGCTTTATAATAG--ATTTC--------CATTT--ACT---A---A----------AACATGCATCGCTATC-C-C--TGTCAAATTCGACGCATTGAAATATGTATGTAATAT--TCACATGT--CAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGCGATTTTTTATTTCTTATTTTTTGCAAGTTTTAAATTAAATCGAAACTTACCACAGCTATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333333333 11111111111 1111 1111111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 2 2222222222222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222222222222 111111 3333333333333333333333333333333333333333333 55555555555555 11111 5555555555 1 111 2222222222222 1 11 11
lowQualScore : 8 5 5 3 66 99 3333333333333333 666 77777777777 99999 55 666 3 3 1111 1111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 555 1 5 1 3 0 3 5 5 77 2222 1 55 4 55 4 4 8 777 1111111111111111111111 55 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 666 1 3 333333333333333 0 0 3 3 444444 8888888888888888888888888888888888888888888 55 2 44444444444444 11111 66 4 2 1 888 77 2222222222 0 99 0 3 111 1 6 9999999999999 0 33 6 6 3 0 9 33 33 1 3
lowQualScore : . . . . .. .. ................ ... ........... ..... .. ... . . .... ............. ................................................... ... . . . . . . . . .. .... . .. . .. . . . ... ...................... .. ........................................................... ... . . ............... . . . . ...... ........................................... .. . .............. ..... .. . . . ... .. .......... . .. . . ... . . ............. . .. . . . . . .. .. . .
lowQualScore : 0 0 0 4 11 55 5555555555555555 222 33333333333 11111 00 444 6 6 4444 3333333333333 111111111111111111111111111111111111111111111111111 444 0 7 7 0 4 9 7 7 99 1111 4 55 0 55 0 0 0 000 0000000000000000000000 33 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444 0 6 555555555555555 2 4 6 6 222222 6666666666666666666666666666666666666666666 00 2 00000000000000 11111 11 4 9 0 444 99 7777777777 3 22 7 5 777 0 7 4444444444444 7 22 7 7 3 8 2 88 88 0 2
consensus : GTC-TTCGTTTATAC-A-AAAAAGTAA--ACAAACACTGAG--AA----------------ATAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C--A---AGGAT-T-CAC----TTAGCAACAN-----ACTA---ACGAAGCG-T-A-AC--CGA-AGAA---C--CCGTC--GGC--------TAAAATACCCGCCATCNTG-GCTCTTCGCATAGCCGAAGCA-T-GTAC--TTT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGGTG--GAGTTT-GC--AACGA-A-TCTTGATAAC---AGA-------AGAT---------AT-GTGTAGG--------------T------------------ACAG-CGCA-AGA------------TC---GANT-TTT--------G-----AGTCGCTCC-GA-CAGAAAGTATN---NGAA-----AG----------T-TTAAAT-----CCT-----GACA-TC--ACACAAAATAC-G-T----------ATG-----TA--CCAGAA-AATGCNACACG-ATT--T--AG--GT-NGTTTTGNTTTTATAAAA--GTTTCGAA-C-TACATTNTAAC-TN-----A------CCATAACATGCAGCGTTGTCGC-CAA-T-TAAATCCGACACAGTAAAATATGTAAGCA--AT--TCACANATTGCAATC
Reference ( family-415 ) : GTC-TTCGTTTATAC-A-AAAAAGTAA--ACAAACACTGAG--AA----------------ATAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C--A---AGGAT-T-CAC----TTAGCAACAN-----ACTA---ACGAAGCG-T-A-AC--CGA-AGAA---CG-CCGTC--GGC--------TAAAATACCCGCCATCNTG-GCTCTTCGCATAGCCGAAGCA-T-GTAC--TTT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGGTG--GAGTTT-GC--AAC-A-A-TCTTGATAAC---AGA-------AGAT---------AT-GTGTAGG--------------T------------------GCAG-TACA-AGA------------TC---GANT-TTT--------G-----AGTCGCTCC-GA-CAGAAAGTATT---NGAA-----AA----------T-TTAAAT-----CCT-----GAAN-TC--ACACAAAATAC-G-T----------ATG-----TA--CCAGAA-AATGCNACACG-ATT--T--AG--GT-NGTTTTGATTTTATAAAA--GTTTCGAA-C-TACATTNTAAC-TA-----A------CCATAACATGCAGCGTTGTCGC-CAA-T-TAAATCCGACACAGTAAAATATGTAAGCA--AT--TCACANATTGCAATC
gi|1 : GTC-TTTGTTTGTAC-A-AAAAAGTAA--ACAAATACTGAG--AA----------------ATAAAAA--TCATATG-----------CACCGCG-----C--A---AGGAT-T-CAC----TTAACAGCAG-----ACTG---AGGAAGTG-TGA-AT--TGA-AAAACCCCA-CCATCTTAGCTAATCTCATAAAATACCCACCATCATA-GCTAATCTCATAGCCATAGCA-T-GTAC--TTT----ATTGATCAAATTTAAAAACACAAGGTG--GAGCTT-GTAAAAT-A-G-TCTTGATAAC---AGG-------GGAT---------AT-GTGTAGG--------------T------------------GCAG-TGCA-AAA------------TT---GACT-TTT--------A-----AGTTGCTCC-GT-CAGAAAGTTTT---TAAA-----AA----------T-CTAAAT-----CCT-----GAAT-TC--ACACAAAATA--A-T----------ATG-----TA--CCAGAA-AATGCTATATG-ATT--T--AA--ATGAGTTTTGGTTTTATGAAA--GTTTTAAA-C-TACATAGTAAC-TA-----A------TCATAGCATGCTGCATTGTTGC-CAT-TATAAATCCGACACAATAGAATATGTAAGCA--AT--TCATAGAATGCAATC
gi|10 : --ACACAAAATAC-A-TC---------ATG-----TA--CCAGAA-AATACTACACG-ATT--TCCGG--GT-AGTT---ATTTCACAAAA--GTTTCGAA-C-TACATTATAACTTAGATGTA------CCATAACACGCAGCGTTGCTGT-AAA-TATAAATCCGACACTG-----TATGTCAGCA--ATACTCACAAATTGCGATc
gi|11 : GGTG--AAGTTT-GC--AAC-A-AATCTTGATAACATAAGATATGTATAGACTACATGTAAAT-ATGTAGACCTAACGTTTTCTTT------------------TCAG-CACG-AGA------------TC---GAAT-TTT--------G-----AGTTGC-CC-GATTAGAAAGTGTC---AGAA-----AT----------T-TTAAATTTAGCCTT-----TACA-TC--ACACAAAA
gi|12 : TTTGATAACATAAGATG--GAGTTC-GC--AACGA-A-TCTCAATATC---AGA-------AGAT---------AT-CTGGAGC--------------T-------------------------TA-AGA------------TT---GACT-TT---------G-----AA--GCTCC-GA-CAGAAAGCATG---AGAA-----AA----------TGTTAGAT------CT-----GACA-TC--GCACGAAGAAC-GTT----------ATG-----TA--CCAGAA-AACGTGATATG-a
gi|13 : GAGT-AA----------------ACAGA-----TACTTT-----------CACCGCG-----C--ACTAAGGAT-C-C-C----TTAGCTGGAG-----ACAA---TCGAAGCG-TCA-AC--CAA-AAAA---------------------------AATCCCCGACATGCTG-ACTCTTCGCATATCCTAAGTA-T-GTAC--TTC----ATTGTTCAAATTTGAAAA
gi|14 : tacacaaAAGTG--GAGTTT-GC--ACCGA-A-TCTTGAGTGT---AGG-------GTGC---------ATAGTTTACT--------------TC-----------------ACAG-CACA-AGA------------TC---GAAT-TTA--------G-----AGTCATGCC-GT-CCAAAAGTAG----CGAA-----AA----------T-CAAAAT-----TTA-----GGCCATT--ACACAAAATAC-G-TC---------ATGCAGTCTA--CCAGAtta
gi|15 : cAC-A-GAAATATAA--ACAAACATCTAT--GA----------------ATAGAAA--TCACTTA-----------CAATGCA-----G--A---AGAAT-T-CGG----TGAGCAACAA-------T----ATGAAGTGTT-G-ACAGTGA-AGGA---CA-Cc
gi|16 : caaaaagacagatctacattgtgcaattcctagctaGTCATTTGTTTAAAA-C-AAATAGTAAGTATAAGCATTGAATAAATTT-------------ATAGAA---TCACTTG-----------CGCTGCG-----CAAA---AAGATAT-CACA---TTAGCAAAAC-----ACTACCGACGAAGCG-T-G-AC--TGA-ac
gi|17 : tacaacgtacaaA-AGA------------TT---TACT-TTG--------A-----AGTCCCTCTTAA-CAGAAAGTATG---GGAA-----AG----------T-T---GT-----CTTCTTTTGATA-TC--ACACAAAAAAC-C-TTTTTACACTCATG-----TA--CCAGGA-AATGCAATAgaca
gi|18 : --ACAAACACGGTG--AA----------------ATAGAAA--TTACTTA-----------CACCGCG-----C--A---AGGAT-T-TCCTTAATTAGCAACAC-----ATCA---ACGAGGTG-T-A-A---AAA-AGGA---AG-CCATC--
gi|19 : AT-A-GAAAAGCAA--ATAAACACTGAG--AA----------------GCAGAAA--TTACTTG-----------CGTCGCG-----C--A---AAGAT-T-CAC----TTGGCGACAA-----ACTA---ACAAAGCA-T-CTAC--CGAGAGAA---ttggttca
gi|2 : TCGTTTATACGA-AAAAAGCAA---CAAATTCTGAG--AA----------------ATAGAAA--TTACTTG--------------------------------------CAC----TCAGCAACAG-----ATTA---AC--AGAG-T-------CGA--------------TC--GA----------GAGAT--------TCTTT-GCTC-------AGCCGGAGCATT-TTAC--TTT----ATCAATCAAATTTAAAAACACAAAGTG--GGATTT-GC--AATGA-A-TCTTGATGAC---AG---------GCT---------AT-GGAGAGC--------------T------------------ACAGATGTA-TGACTAATGTTTTATTCACAGCTT-TTT--------G-----AATCCCTCC-GA-CAGA---TTTTTAAAAAA-----AA----------T-TTAAG------CCT-----AACA-TC--TCAC
gi|21 : -----A------CCATAACATGCAGCATTGTTGC-CAATT-TAAATCCGATACAGTAAAgtatcgcatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataattccgacacattaaaatatgcagatctaagcagtattcaaagaataatctcca
gi|3 : C-TTC-TTTATAC-A-AGAAC-TAA--ACAAACATGGAG--AA----------------GTAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C--A---AGGAT-T-CAT----TTAGCAACAT-----ACAA---ACGAAG---------------------------GTC--GAC--------TGAGACAACTGCTATCTTG-GCTCTTACCATAGCCGAAACC-T-GTAC--TTT----ATTCATTAAATATGAAAACACAGGGT----AATTTAAC--AACGA-A-TT---ATAAC---A----------------------------TAG-----------------------------------------------------------------ACT-TTT--------------AGACGCTCC-TA-CAGAAAGAAAC---GGAA-----AGTTGTTTT---T-TTAAAG-----ATT-----GAAA-CCCGACAAAAAAT-C-A-T----------AAA-----AAACCCAGCA-AAT-CAGCATGCATTCCT--AG-----TGTTTTG-TTTTATATAT--CTTTCAAA-A-TACATTCTAAC-TT-----T------CTATAATATACAGCca
gi|4 : caaaaagaaaaaactacacggtacaggtcC-TCTGTTTATAC-ACAAAAAGTGA--ACA----CTGA---------------------ATA-----------TG-----------CACCGTG-----C--A---ATCAT-TTCAC----ATAACAAAAT-----GCTA---AAGAAGC----------------AA---CGACCG----AG----------AAAA---CCGCCATCTTG-ACTCTCCGCATAAACGAGACA-T-GTAC--TGT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGATG--AAGCTT--C--ACCGA-A-TCTTGATGAC---AGA-------AGAT---------AT-ATGTAGG--------------T-------------------CAA-TATA-
gi|4 : CGG-TGCA-AGG------------TC---GACT-TTT--------G-----AGTCGCTCC-AA-TAGAAAGTAAT---AGGA-----AGCGATTTTCTTT-TTAAATATAAACCT-----GACA-TC--GCACAAAATACTG-C----------ATG-----TA--TCA-AA-CATGCTACACA-ATT--cattcctaatatttacttcacggtgcaaggtcgacttttgagtcgctccaatagaaagtaataggaagcgattttctttttaaatataaacctgacatcgcacaaaatactgcatgtatcaaacatgctacacaatt
gi|5 : ctctgtttatacacaaaaagtgaacactgaatatgcaccgtgcaatcatttcacataacaaaatgctaaagaagcaacgaccgagaaaaccgccatcttgactctccgcataaacgagacatgtactgtattgatcaaatttgaaaacgcaagatgaagcttcaccgaatcttgatgacagaagatatatgtaggtcaatatacattcctaatatttacttcaGTC-TTCGTTTATAC-A-CAAA-GTGA--A---ATACTTAG--AAATAGAAATATTTTAGAATAGAAGATTTATTTAAAGTAACAATACACCACAAGCTAC--A---AGGAT-C-CAC----TTAGCAACATGTGAGACTA---ACAAA-----------------------------------C--------TAAA----CTGCCATAGTG-GCTCTTCACTTAATCAATG-A-TAGTAC--TTTTAAAACTGATCAAATTTAAAAACACAAGGTAATGAGTTT-GC--ATC-A-ACTCTTGATCAT---AAA-------AGAT---------AT-GTGTAAGC-------------T------------------ACA--TATATAGA------------TC---TAATGTTTTCTCCATAGTGATCAGTCACTCT-GA-CAGGAAGTA
gi|6 : aaCAAAGCG--AAGTTT-GC--AAC-ATA-TATTGATAAC---AAA-------ATAT---------GT-ATATAGG--------------CTAAATACACATTGAGACCGCAG-GACA-AAT------------TT---GAAT-TTT--------G-----AGACACTCC-TA-CGGAAAATATG---AGAATGTTTAA----------T-TTTAGG-----CAT-----GATA-TC--ACACAAAA------------------------------------AGT-CTTCA---ATT--TG-AGTTGT-TGTTTTTTTCTTTTAAAA--TTTCTGAAACGTACATGTTGAT-TA-----AAACTGCTCATAACAAGCAGCATTGTCGT-CAA-T-TAAATCCAACACGGTAAA--ATGTAAGCA--AT--TTACATATTGCAGTCaca
gi|7 : AAAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C--A---AGAAG-T-CAC----TTA-CAACAT-----A---------GAGTC-T-A--C--CGA-GAAA---T------------------------ATACC----ATTATTTGTTCTTTGCACAACAGA-GCA-T-GTATAACTT----ATTGATCAAATTTTAAA-CGTAAGATG--GAGTTT-GC--AACGA-A-ACTTGATACC---ACA-------AGAT---------
gi|8 : tcatacgggaaaaaaaaattacgctgcacaatcttgtctagataCA-AAA------------TC---GAAT-TTA--------A-----AGTCACTTC-GA-CTGAAAGTACT---TGAG-----AG----------T-TTAGAT-------T-----TAAA-TA--ACACAGAATAC-T-TGAATACTTC-ATG-----TA--CAGGAA-AATGCACCATG-ATT--T-------------TTGATTTTATAAAACTGTTTTG---C-TACATTATAAT-TT-----A------GATTAGGATGCAGCATTTTTTCACAA-T-TAAATtcatg
gi|9 : AGAACAATGCAATGTA-ATC--T--AC--A--GGATTCGTTTTCAGAAAA--GCTTTATA-A-TAGATTTCCAT-TT-----A------CTAAAACATGCATCGCTATC-C-CTG-T-CAAATTCGACGCATTGAAATATGTATGTAATAT--TCACATGT--CAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGCGATTTTTTATTTCTTATTTTTTGCAAGTTTTAAATTAAATCGAAACTTACCACAGCTATG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333333333 11111111111 1111 1111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222222222 111111 444444444444444444444444444444 55555555555555555555555555555555555555 5555555555 111 111111 2222222 1 11 11
lowQualScore : 8 5 5 3 66 99 3333333333333333 666 77777777777 99999 55 666 3 3 1111 5555555555555 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999 555 66 5 0 3 5 5 77 2222 1 55 4 4 222222222222 4 55 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 666 1 3 11111111111111 0 0 3 3 111111 888888888888888888888888888888 3 44 11111111111111111111111111111111111111 55 4 2 1 888 77 2222222222 7 99 0 3 111 1 999999 0000000 0 33 6 6 3 0 9 33 33 1 3
lowQualScore : . . . . .. .. ................ ... ........... ..... .. ... . . .... ............. . .................................................. ... .. . . . . . .. .... . .. . . ............ . .. ....................................................................................... ... . . .............. . . . . ...... .............................. . .. ...................................... .. . . . ... .. .......... . .. . . ... . ...... ....... . .. . . . . . .. .. . .
lowQualScore : 0 0 0 4 11 55 5555555555555555 222 33333333333 11111 00 444 6 6 4444 7777777777777 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888 444 00 7 4 9 7 7 99 1111 4 55 0 0 000000000000 0 33 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 0 6 22222222222222 2 4 6 6 666666 222222222222222222222222222222 6 66 99999999999999999999999999999999999999 55 4 9 0 444 99 7777777777 5 22 7 5 777 0 222222 2222222 7 22 7 7 3 8 2 88 88 0 2
consensus : GTC-TTCGTTTATAC-A-AAAAAGTAA--ACAAACACTGAG--AA----------------ATAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C--A---AGGAT-T-CAC----TTAGCAACAN-----ACTA---ACGAAGCG-T-A-AC--CGA-AGAA-CC----GTC--GGCTAA--------AATACCCGCCATCNTG-GCTCTTCGCATAGCCGAAGCAT-GT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGGTG--GAGTTT-GCAACG-AATCTTGATAACA---GA-------AGA-TAT-GTGTAGG-----T--------------------------A----------------------CA------G--CGCA-AGA------------TC---GANT-TTT--------G-----AGTCGCTCC-GA-CAGAAAGTAT---NNGAAAG----------T-TTAAAT-----C-----CTGAC-ATC--ACACAAAA--------TAC-G--T---------A-----TG-----TA--CCAGAA-AATGCNACACG-ATT--T--AG--GT-NGTTTTGNTTTTATAAAA--GTTTCGAA-C-TACATTNT------AACT------TACCATAACATGCAGCGTTGTCGC-CAA-T-TAAATCCGACACAGTAAAATATGTAAGCA--AT--TCACANATTGCAATC
Reference ( family-415 ) : GTC-TTCGTTTATAC-A-AAAAAGTAA--ACAAACACTGAG--AA----------------ATAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C--A---AGGAT-T-CAC----TTAGCAACAN-----ACTA---ACGAAGCG-T-A-AC--CGA-AGAACCC----GTC--GGCTAA--------AATACCCGCCATCNTG-GCTCTTCGCATAGCCGAAGCAT-GT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGGTG--GAGTTT-GCAACG-AATCTTGATAACA---GA-------AGA-TAT-GTGTAGG-----T--------------------------A----------------------CA------G--CGCA-AGA------------TC---GANT-TTT--------G-----AGTCGCTCC-GA-CAGAAAGTAT---NNGAAAG----------T-TTAAAT-----C-----CTGAC-ATC--ACACAAAA--------TAC-G--T---------A-----TG-----TA--CCAGAA-AATGCNACACG-ATT--T--AG--GT-NGTTTTGNTTTTATAAAA--GTTTCGAA-C-TACATTNT------AACT------NACCATAACATGCAGCGTTGTCGC-CAA-T-TAAATCCGACACAGTAAAATATGTAAGCA--AT--TCACANATTGCAATC
gi|1 : GTC-TTTGTTTGTAC-A-AAAAAGTAA--ACAAATACTGAG--AA----------------ATAAAAA--TCATATG-----------CACCGCG-----C--A---AGGAT-T-CAC----TTAACAGCAG-----ACTG---AGGAAGTG-TGA-AT--TGA-AAAACCCCACCATCTTAGCTAATCTCATAAAATACCCACCATCATA-GCTAATCTCATAGCCATAGCAT-GT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTAAAAACACAAGGTG--GAGCTT-GTAAAATAGTCTTGATAACA---GG-------GGA-TAT-GTGTAGG-----T--------------------------G----------------------CA------G--TGCA-AAA------------TT---GACT-TTT--------A-----AGTTGCTCC-GT-CAGAAAGTTT---TTAAAAA----------T-CTAAAT-----C-----CTGAA-TTC--ACACAAAA--------TA--A--T---------A-----TG-----TA--CCAGAA-AATGCTATATG-ATT--T--AA--ATGAGTTTTGGTTTTATGAAA--GTTTTAAA-C-TACATAGT------AACT------AATCATAGCATGCTGCATTGTTGC-CAT-TATAAATCCGACACAATAGAATATGTAAGCA--AT--TCATAGAATGCAATC
gi|10 : --ACACAAAA--------TAC-A--TC--------A-----TG-----TA--CCAGAA-AATACTACACG-ATT--TCCGG--GT-AGTT---ATTTCACAAAA--GTTTCGAA-C-TACATTAT------AACTTAGATGTACCATAACACGCAGCGTTGCTGT-AAA-TATAAATCCGACACTG-----TATGTCAGCA--ATACTCACAAATTGCGATc
gi|11 : GGTG--AAGTTT-GCAACA-AATCTTGATAACATAAGATATGTATAGACTAC-ATGTAAA-----T--------------------------ATGTAGACCTAACGTTTTCTTTTCA------G--CACG-AGA------------TC---GAAT-TTT--------G-----AGTTGC-CC-GATTAGAAAGTGT---CAGAAAT----------T-TTAAATTTAGCC-----TTTAC-ATC--ACACAAAA--------
gi|12 : TTTGATAACATAAGATG--GAGTTC-GCAACG-AATCTCAATATCA---GA-------AGA-TAT-CTG--G---------------------------------------------------------A------G--CTTA-AGA------------TT---GAC--TTT--------G-----AA--GCTCC-GA-CAGAAAGCAT---GAGAAAA----------TGTTAGAT-----------CTGAC-ATC--GCACGAAG--------AAC-GT-T---------A-----TG-----TA--CCAGAA-AACGTGATATG-a
gi|13 : GAGT-AA----------------ACAGA-----TACTTT-----------CACCGCG-----C--ACTAAGGAT-C-C-C----TTAGCTGGAG-----ACAA---TCGAAGCG-TCA-AC--CAA-AAAA--------------------------AATCCCCGACATGCTG-ACTCTTCGCATATCCTAAGTAT-GT-AC--TTC----ATTGTTCAAATTTGAAAA
gi|14 : tacacaaAAGTG--GAGTTT-GCACCG-AATCTTGAGTGTA---GG-------GTG-CATAGTTTACT-----TC-------------------------A----------------------CA------G--CACA-AGA------------TC---GAAT-TTA--------G-----AGTCATGCC-GT-CCAAAAGTA----GCGAAAA----------T-CAAAAT-----T-----TAGGCCATT--ACACAAAA--------TAC-G--TC--------A-----TGCAGTCTA--CCAGAtta
gi|15 : cAC-A-GAAATATAA--ACAAACATCTAT--GA----------------ATAGAAA--TCACTTA-----------CAATGCA-----G--A---AGAAT-T-CGG----TGAGCAACAA-------T----ATGAAGTGTT-G-ACAGTGA-AGGACc
gi|16 : caaaaagacagatctacattgtgcaattcctagctaGTCATTTGTTTAAAA-C-AAATAGTAAGTATAAGCATTGAATAAATTT-------------ATAGAA---TCACTTG-----------CGCTGCG-----CAAA---AAGATAT-CACA---TTAGCAAAAC-----ACTACCGACGAAGCG-T-G-AC--TGA-acac
gi|17 : tacaacgtacaaA-AGA------------TT---TACT-TTG--------A-----AGTCCCTCTTAA-CAGAAAGTAT---GGGAAAG----------T-T---GT-----CTTCTTTTGAT-ATC--ACACAAAAAACCTTTTTAC-ACTC---------A-----TG-----TA--CCAGGA-AATGCAATAgaca
gi|18 : --ACAAACACGGTG--AA----------------ATAGAAA--TTACTTA-----------CACCGCG-----C--A---AGGAT-T-TCCTTAATTAGCAACAC-----ATCA---ACGAGGTG-T-A-AA--AAA-GGAAGCC----ATC--
gi|19 : AT-A-GAAAAGCAA--ATAAACACTGAG--AA----------------GCAGAAA--TTACTTG-----------CGTCGCG-----C--A---AAGAT-T-CAC----TTGGCGACAA-----ACTA---ACAAAGCA-T-CTAC--CGAGAGAAttggttca
gi|2 : TCGTTTATACGA-AAAAAGCAA---CAAATTCTGAG--AA----------------ATAGAAA--TTACTTG-----------C---------------------------AC----TCAGCAACAG-----ATT---------------A-AC------AGA--------GTC--GATCGA--------GA-------------G-ATTCTTTGCTCAGCCGGAGCAT-TTTAC--TTT----ATCAATCAAATTTAAAAACACAAAGTG--GGATTT-GCAATG-AATCTTGATGACA---G---------GC-TAT-GGAGAGC-----T--------------------------A----------------------CA------GA-TGTA-TGACTAATGTTTTATTCACAGCTT-TTT--------G-----AATCCCTCC-GA-CAGA---TTTTTAAAAAAAA----------T-TTAAG------C-----CTAAC-ATC--TCAC
gi|21 : ACCATAACATGCAGCATTGTTGC-CAATT-TAAATCCGATACAGTAAAgtatcgcatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataattccgacacattaaaatatgcagatctaagcagtattcaaagaataatctcca
gi|3 : C-TTC-TTTATAC-A-AGAAC-TAA--ACAAACATGGAG--AA----------------GTAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C--A---AGGAT-T-CAT----TTAGCAACAT-----ACAA---ACGAAG--------------------------GTC--GACTGA--------GACAACTGCTATCTTG-GCTCTTACCATAGCCGAAACCT-GT-AC--TTT----ATTCATTAAATATGAAAACACAGGGT----AATTTAACAACG-AATT---ATAACA-----------------------TAG---------------------------------------------------------------------------------------------ACT-TTT--------------AGACGCTCC-TA-CAGAAAGAAA---CGGAAAGTTGTTTT---T-TTAAAG-----A-----TTGAA-ACCCGACAAAAAA--------T-C-A--T---------A-----AA-----AAACCCAGCA-AAT-CAGCATGCATTCCT--AG-----TGTTTTG-TTTTATATAT--CTTTCAAA-A-TACATTCT------AACT------TTCTATAATATACAGCca
gi|4 : caaaaagaaaaaactacacggtacaggtcC-TCTGTTTATAC-ACAAAAAGTGA--ACA----CTGA---------------------ATA-----------TG-----------CACCGTG-----C--A---ATCAT-TTCAC----ATAACAAAAT-----GCTA---AAGAAGC----A-AC-------GA--CC----G----AG--AA--------AA---CCGCCATCTTG-ACTCTCCGCATAAACGAGACAT-GT-AC--TGT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGATG--AAGCTT--CACCG-AATCTTGATGACA---GA-------AGA-TAT-ATGTAGG-----TCAATATACATTCCTAATATTTACTTCA----------------------CG------G--TGCA-AGG------------TC---GACT-TTT--------G-----AGTCGCTCC-AA-TAGAAAGTAA---TAGGAAGCGATTTTCTTT-TTAAATATAAAC-----CTGAC-ATC--GCACAAAA--------TACTG--C---------A-----TG-----TA--TCA-AA-CATGCTACACA-ATT--
gi|5 : GTC-TTCGTTTATAC-A-CAAA-GTGA--A---ATACTTAG--AAATAGAAATATTTTAGAATAGAAGATTTATTTAAAGTAACAATACACCACAAGCTAC--A---AGGAT-C-CAC----TTAGCAACATGTGAGACTA---ACAAA----------------------------------CTAA--------A----CTGCCATAGTG-GCTCTTCACTTAATCAATG-ATAGT-AC--TTTTAAAACTGATCAAATTTAAAAACACAAGGTAATGAGTTT-GCATCA-ACTCTTGATCATA---AA-------AGA-TAT-GTGTAAGC----T--------------------------A----------------------CA---------TATATAGA------------TC---TAATGTTTTCTCCATAGTGATCAGTCACTCT-GA-CAGGAAGTA
gi|6 : aaCAAAGCG--AAGTTT-GCAACA-TATATTGATAACA---AA-------ATA-TGT-ATATAGGCTAAAT--------------------------A----------------------CACATTGAGACCGCA-GGACAAAT-------TT---GAAT-TTT--------G-----AGACACTCC-TA-CGGAAAATAT---GAGAATG----------T-TTAATTTTAGGC-----ATGAT-ATC--ACACAAAA-------------------------------------------------AGT-CTTCA---ATT--TG-AGTTGT-TGTTTTTTTCTTTTAAAA--TTTCTGAAACGTACATGTTGATTAAAACT------GCTCATAACAAGCAGCATTGTCGT-CAA-T-TAAATCCAACACGGTAAA--ATGTAAGCA--AT--TTACATATTGCAGTCaca
gi|7 : AAAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C--A---AGAAG-T-CAC----TTA-CAACAT-----A---------GAGTC-T-A--C--CGA-GAAAT--------------------------ATACC----ATTATTTGTTCTTTGCACAACAGA-GCAT-GT-ATAACTT----ATTGATCAAATTTTAAA-CGTAAGATG--GAGTTT-GCAACG-AAACTTGATACCA---CA-------AGA-T
gi|8 : tcatacgggaaaaaaaaattacgctgcacaatcttgtctagataCA-AAA------------TC---GAAT-TTA--------A-----AGTCACTTC-GA-CTGAAAGTAC---TTGAGAG----------T-TTAGAT------------TTAA-ATA--ACACAGAA--------TAC-T--TGAATACTTCA-----TG-----TA--CAGGAA-AATGCACCATG-ATT--T-------------TTGATTTTATAAAACTGTTTTG---C-TACATTAT------AATT------TAGATTAGGATGCAGCATTTTTTCACAA-T-TAAATtcatg
gi|9 : TGAC-ATT--AAGTAAAA--------TAT-GC-T---------ACAAGGTG-----TA-----GAACAATGCAATGTA-ATC--T--AC--A--GGATTCGTTTTCAGAAAA--GCTTTATA-A-TAGATTTC------CATT------TACTAAAACATGCATCGCTATC-C-CTG-T-CAAATTCGACGCATTGAAATATGTATGTAATAT--TCACATGT--CAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGCGATTTTTTATTTCTTATTTTTTGCAAGTTTTAAATTAAATCGAAACTTACCACAGCTATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333333333 11111111111 111111111 1111 1111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222222222 111111 4444444444444444444444444444444 555555555555555555555555555 5555555555 111 111111 111111 1 11 11
lowQualScore : 8 5 5 3 66 99 3333333333333333 666 77777777777 555555555 3 3 1 1111 5555555555555 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111 555 66 5 0 3 5 5 77 2222 1 55 4 4 222222222222 4 55 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 666 1 3 11111111111111 0 0 3 3 111111 0000000000000000000000000000000 3 44 1 444444444444444444444444444 55 4 2 1 888 77 2222222222 7 99 0 3 111 1 999999 999999 0 33 6 6 3 0 9 33 33 1 3
lowQualScore : . . . . .. .. ................ ... ........... ......... . . . .... ............. . ................................................... ... .. . . . . . .. .... . .. . . ............ . .. ....................................................................................... ... . . .............. . . . . ...... ............................... . .. . ........................... .. . . . ... .. .......... . .. . . ... . ...... ...... . .. . . . . . .. .. . .
lowQualScore : 0 0 0 4 11 55 5555555555555555 222 33333333333 000000000 6 6 2 4444 7777777777777 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333 444 00 7 4 9 7 7 99 1111 4 55 0 0 000000000000 0 33 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 0 6 22222222222222 2 4 6 6 666666 7777777777777777777777777777777 6 66 1 222222222222222222222222222 55 4 9 0 444 99 7777777777 5 22 7 5 777 0 222222 222222 7 22 7 7 3 8 2 88 88 0 2
consensus : GTC-TTCGTTTATAC-A-AAAAAGTAA--ACAAACACTGAG--AA----------------ATAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C---AAGGAT-T-CAC----TTAGCAACAN-----ACTA---ACGAAGCG-T-A-AC--CGA-AGAA-CC-----GTC--GGCTAA--------AATACCCGCCATCNTG-GCTCTTCGCATAGCCGAAGCAT-GT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGGTG--GAGTTT-GCAACG-AATCTTGATAACA---GA-------AGA-TAT-GTGTAGG-----T--------------------------A----------------------CA------G--CGCA-AGA------------TC---GANT-TTT--------G-----AGTCGCTCC-GA-CAGAAAGTAT---NNGAAAG----------T-TTAAAT-----CCT-----GAC-ATC--ACACAAAATAC-G-T----------A-----TG-----TA--CCAGAA-AATGCNACACG-ATT--T--AG--GT-NGTTTTGNTTTTATAAAA--GTTTCGAA-C-TACATTNT------AACT------TACCATAACATGCAGCGTTGTCGC-CAA-T-TAAATCCGACACAGTAAAATATGTAAGCA--AT--TCACANATTGCAATC
Reference ( family-415 ) : GTC-TTCGTTTATAC-A-AAAAAGTAA--ACAAACACTGAG--AA----------------ATAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C---AAGGAT-T-CAC----TTAGCAACAN-----ACTA---ACGAAGCG-T-A-AC--CGA-AGAA-CC-----GTC--GGCTAA--------AATACCCGCCATCNTG-GCTCTTCGCATAGCCGAAGCAT-GT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGGTG--GAGTTT-GCAACG-AATCTTGATAACA---GA-------AGA-TAT-GTGTAGG-----T--------------------------A----------------------CA------G--CGCA-AGA------------TC---GANT-TTT--------G-----AGTCGCTCC-GA-CAGAAAGTAT---NNGAAAG----------T-TTAAAT-----CCT-----GAC-ATC--ACACAAAATAC-G-T----------A-----TG-----TA--CCAGAA-AATGCNACACG-ATT--T--AG--GT-NGTTTTGNTTTTATAAAA--GTTTCGAA-C-TACATTNT------AACT------TACCATAACATGCAGCGTTGTCGC-CAA-T-TAAATCCGACACAGTAAAATATGTAAGCA--AT--TCACANATTGCAATC
gi|1 : GTC-TTTGTTTGTAC-A-AAAAAGTAA--ACAAATACTGAG--AA----------------ATAAAAA--TCATATG-----------CACCGCG-----C---AAGGAT-T-CAC----TTAACAGCAG-----ACTG---AGGAAGTG-TGA-AT--TGA-AAAA-CCCCACCATCTTAGCTAATCTCATAAAATACCCACCATCATA-GCTAATCTCATAGCCATAGCAT-GT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTAAAAACACAAGGTG--GAGCTT-GTAAAATAGTCTTGATAACA---GG-------GGA-TAT-GTGTAGG-----T--------------------------G----------------------CA------G--TGCA-AAA------------TT---GACT-TTT--------A-----AGTTGCTCC-GT-CAGAAAGTTT---TTAAAAA----------T-CTAAAT-----CCT-----GAA-TTC--ACACAAAATA--A-T----------A-----TG-----TA--CCAGAA-AATGCTATATG-ATT--T--AA--ATGAGTTTTGGTTTTATGAAA--GTTTTAAA-C-TACATAGT------AACT------AATCATAGCATGCTGCATTGTTGC-CAT-TATAAATCCGACACAATAGAATATGTAAGCA--AT--TCATAGAATGCAATC
gi|10 : --ACACAAAATAC-A-TC---------A-----TG-----TA--CCAGAA-AATACTACACG-ATT--TCCGG--GT-AGTT---ATTTCACAAAA--GTTTCGAA-C-TACATTAT------AACTTAGATGTACCATAACACGCAGCGTTGCTGT-AAA-TATAAATCCGACACTG-----TATGTCAGCA--ATACTCACAAATTGCGATc
gi|11 : GGTG--AAGTTT-GCAACA-AATCTTGATAACATAAGATATGTATAGACTAC-ATGTAAA-----T--------------------------ATGTAGACCTAACGTTTTCTTTTCA------G--CACG-AGA------------TC---GAAT-TTT--------G-----AGTTGC-CC-GATTAGAAAGTGT---CAGAAAT----------T-TTAAATTTAGCCTT-----TAC-ATC--ACACAAAA
gi|12 : TTTGATAACATAAGATG--GAGTTC-GCAACG-AATCTCAATATCA---GA-------AGA-TAT-CTG--G---------------------------------------------------------A------G--CTTA-AGA------------TT---GAC--TTT--------G-----AA--GCTCC-GA-CAGAAAGCAT---GAGAAAA----------TGTTAGAT------CT-----GAC-ATC--GCACGAAGAAC-GTT----------A-----TG-----TA--CCAGAA-AACGTGATATG-a
gi|13 : GAGT-AA----------------ACAGA-----TACTTT-----------CACCGCG-----CACTAAGGAT-C-C-C----TTAGCTGGAG-----ACAA---TCGAAGCG-TCA-AC--CAA-AA-------------------AA--------AATCCCCGACATGCTG-ACTCTTCGCATATCCTAAGTAT-GT-AC--TTC----ATTGTTCAAATTTGAAAA
gi|14 : tacacaaAAGTG--GAGTTT-GCACCG-AATCTTGAGTGTA---GG-------GTG-CATAGTTTACT-----TC-------------------------A----------------------CA------G--CACA-AGA------------TC---GAAT-TTA--------G-----AGTCATGCC-GT-CCAAAAGTA----GCGAAAA----------T-CAAAAT-----TTA-----GGCCATT--ACACAAAATAC-G-TC---------A-----TGCAGTCTA--CCAGAtta
gi|15 : cAC-A-GAAATATAA--ACAAACATCTAT--GA----------------ATAGAAA--TCACTTA-----------CAATGCA-----G---AAGAAT-T-CGG----TGAGCAACAA-------T----ATGAAGTGTT-G-ACAGTGA-AGGA-Cc
gi|16 : caaaaagacagatctacattgtgcaattcctagctaGTCATTTGTTTAAAA-C-AAATAGTAAGTATAAGCATTGAATAAATTT-------------ATAGAA---TCACTTG-----------CGCTGCG-----CAA-AAAGATAT-CACA---TTAGCAAAAC-----ACTACCGACGAAGCG-T-G-AC--TGA-acac
gi|17 : tacaacgtacaaA-AGA------------TT---TACT-TTG--------A-----AGTCCCTCTTAA-CAGAAAGTAT---GGGAAAG----------T-T---GT-----CTTCTTTTGAT-ATC--ACACAAAAAAC-C-TTTTTACACTCA-----TG-----TA--CCAGGA-AATGCAATAgaca
gi|18 : --ACAAACACGGTG--AA----------------ATAGAAA--TTACTTA-----------CACCGCG-----C---AAGGAT-T-TCCTTAATTAGCAACAC-----ATCA---ACGAGGTG-T-A-AA--AAA-GGAAGCC-----ATC--
gi|19 : AT-A-GAAAAGCAA--ATAAACACTGAG--AA----------------GCAGAAA--TTACTTG-----------CGTCGCG-----C---AAAGAT-T-CAC----TTGGCGACAA-----ACTA---ACAAAGCA-T-CTAC--CGAGAGAA-ttggttca
gi|2 : TCGTTTATACGA-AAAAAGCAA---CAAATTCTGAG--AA----------------ATAGAAA--TTACTTG-----------CA-------------------------C----TCAGCAACAG-----ATT---------------A-AC------AGA---------GTC--GATCGA--------GA-------------G-ATTCTTTGCTCAGCCGGAGCAT-TTTAC--TTT----ATCAATCAAATTTAAAAACACAAAGTG--GGATTT-GCAATG-AATCTTGATGACA---G---------GC-TAT-GGAGAGC-----T--------------------------A----------------------CA------GA-TGTA-TGACTAATGTTTTATTCACAGCTT-TTT--------G-----AATCCCTCC-GA-CAGA---TTTTTAAAAAAAA----------T-TTAAG------CCT-----AAC-ATC--TCAC
gi|21 : ACCATAACATGCAGCATTGTTGC-CAATT-TAAATCCGATACAGTAAAgtatcgcatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataattccgacacattaaaatatgcagatctaagcagtattcaaagaataatctcca
gi|3 : C-TTC-TTTATAC-A-AGAAC-TAA--ACAAACATGGAG--AA----------------GTAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C---AAGGAT-T-CAT----TTAGCAACAT-----ACAA---ACGAAG---------------------------GTC--GACTGA--------GACAACTGCTATCTTG-GCTCTTACCATAGCCGAAACCT-GT-AC--TTT----ATTCATTAAATATGAAAACACAGGGT----AATTTAACAACG-AATT---ATAACA-----------------------TAG---------------------------------------------------------------------------------------------ACT-TTT--------------AGACGCTCC-TA-CAGAAAGAAA---CGGAAAGTTGTTTT---T-TTAAAG-----ATT-----GAA-ACCCGACAAAAAAT-C-A-T----------A-----AA-----AAACCCAGCA-AAT-CAGCATGCATTCCT--AG-----TGTTTTG-TTTTATATAT--CTTTCAAA-A-TACATTCT------AACT------TTCTATAATATACAGCca
gi|4 : caaaaagaaaaaactacacggtacaggtcC-TCTGTTTATAC-ACAAAAAGTGA--ACA----CTGA---------------------ATA-----------TG-----------CACCGTG-----C---AATCAT-TTCAC----ATAACAAAAT-----GCTA---AAGAAGC----A-AC--------GA-CC-----G----AG--AA--------AA---CCGCCATCTTG-ACTCTCCGCATAAACGAGACAT-GT-AC--TGT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGATG--AAGCTT--CACCG-AATCTTGATGACA---GA-------AGA-TAT-ATGTAGG-----TCAATATACATTCCTAATATTTACTTCA----------------------CG------G--TGCA-AGG------------TC---GACT-TTT--------G-----AGTCGCTCC-AA-TAGAAAGTAA---TAGGAAGCGATTTTCTTT-TTAAATATAAACCT-----GAC-ATC--GCACAAAATACTG-C----------A-----TG-----TA--TCA-AA-CATGCTACACA-ATT--
gi|5 : GTC-TTCGTTTATAC-A-CAAA-GTGA--A---ATACTTAG--AAATAGAAATATTTTAGAATAGAAGATTTATTTAAAGTAACAATACACCACAAGCTAC---AAGGAT-C-CAC----TTAGCAACATGTGAGACTA---ACAAA-----------------------------------CTAA--------A----CTGCCATAGTG-GCTCTTCACTTAATCAATG-ATAGT-AC--TTTTAAAACTGATCAAATTTAAAAACACAAGGTAATGAGTTT-GCATCA-ACTCTTGATCATA---AA-------AGA-TAT-GTGTAAGC----T--------------------------A----------------------CA---------TATATAGA------------TC---TAATGTTTTCTCCATAGTGATCAGTCACTCT-GA-CAGGAAGTA
gi|6 : aaCAAAGCG--AAGTTT-GCAACA-TATATTGATAACA---AA-------ATA-TGT-ATATAGGCTAAAT--------------------------A----------------------CACATTGAGACCGCA-GGACAAAT-------TT---GAAT-TTT--------G-----AGACACTCC-TA-CGGAAAATAT---GAGAATG----------T-TTAATTTTAGGCAT-----GAT-ATC--ACACAAAA-----------------------------------------AGT-CTTCA---ATT--TG-AGTTGT-TGTTTTTTTCTTTTAAAA--TTTCTGAAACGTACATGTTGATTAAAACT------GCTCATAACAAGCAGCATTGTCGT-CAA-T-TAAATCCAACACGGTAAA--ATGTAAGCA--AT--TTACATATTGCAGTCaca
gi|7 : AAAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C---AAGAAG-T-CAC----TTA-CAACAT-----A---------GAGTC-T-A--C--CGA-GAAA-T--------------------------ATACC----ATTATTTGTTCTTTGCACAACAGA-GCAT-GT-ATAACTT----ATTGATCAAATTTTAAA-CGTAAGATG--GAGTTT-GCAACG-AAACTTGATACCA---CA-------AGA-T
gi|8 : tcatacgggaaaaaaaaattacgctgcacaatcttgtctagataCA-AAA------------TC---GAAT-TTA--------A-----AGTCACTTC-GA-CTGAAAGTAC---TTGAGAG----------T-TTAGAT-------T-----TAA-ATA--ACACAGAATAC-T-TGAATACTTC-A-----TG-----TA--CAGGAA-AATGCACCATG-ATT--T-------------TTGATTTTATAAAACTGTTTTG---C-TACATTAT------AATT------TAGATTAGGATGCAGCATTTTTTCACAA-T-TAAATtcatg
gi|9 : T-----GAC-ATT--AAGTAAAATAT-GCT----------ACAAGGTG-----TA-----GAACAATGCAATGTA-ATC--T--AC--A--GGATTCGTTTTCAGAAAA--GCTTTATA-A-TAGATTTC------CATT------TACTAAAACATGCATCGCTATC-C-CTG-T-CAAATTCGACGCATTGAAATATGTATGTAATAT--TCACATGT--CAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGCGATTTTTTATTTCTTATTTTTTGCAAGTTTTAAATTAAATCGAAACTTACCACAGCTATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333333333 11111111111 111111111 1111 1111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222222222 111111 4444444444444444444444444444444 555555555555555555555555555 5555555555 111 111111 111111 1 11 11
lowQualScore : 8 5 5 3 66 99 3333333333333333 666 77777777777 555555555 3 3 1 1111 5555555555555 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111 555 66 5 0 3 5 5 77 2222 1 55 4 4 222222222222 4 55 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 666 1 3 11111111111111 0 0 3 3 111111 0000000000000000000000000000000 3 44 1 444444444444444444444444444 55 4 2 1 888 77 2222222222 7 99 0 3 111 1 999999 999999 0 33 6 6 3 0 9 33 33 1 3
lowQualScore : . . . . .. .. ................ ... ........... ......... . . . .... ............. . ................................................... ... .. . . . . . .. .... . .. . . ............ . .. ....................................................................................... ... . . .............. . . . . ...... ............................... . .. . ........................... .. . . . ... .. .......... . .. . . ... . ...... ...... . .. . . . . . .. .. . .
lowQualScore : 0 0 0 4 11 55 5555555555555555 222 33333333333 000000000 6 6 2 4444 7777777777777 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333 444 00 7 4 9 7 7 99 1111 4 55 0 0 000000000000 0 33 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 0 6 22222222222222 2 4 6 6 666666 7777777777777777777777777777777 6 66 1 222222222222222222222222222 55 4 9 0 444 99 7777777777 5 22 7 5 777 0 222222 222222 7 22 7 7 3 8 2 88 88 0 2
consensus : GTC-TTCGTTTATAC-A-AAAAAGTAA--ACAAACACTGAG--AA----------------ATAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C---AAGGAT-T-CAC----TTAGCAACAN-----ACTA---ACGAAGCG-T-A-AC--CGA-AGAA-CC-----GTC--GGCTAA--------AATACCCGCCATCNTG-GCTCTTCGCATAGCCGAAGCAT-GT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGGTG--GAGTTT-GCAACG-AATCTTGATAACA---GA-------AGA-TAT-GTGTAGG-----T--------------------------A----------------------CA------G--CGCA-AGA------------TC---GANT-TTT--------G-----AGTCGCTCC-GA-CAGAAAGTAT---NNGAAAG----------T-TTAAAT-----CCT-----GAC-ATC--ACACAAAATAC-G-T----------A-----TG-----TA--CCAGAA-AATGCNACACG-ATT--T--AG--GT-NGTTTTGNTTTTATAAAA--GTTTCGAA-C-TACATTNT------AACT------TACCATAACATGCAGCGTTGTCGC-CAA-T-TAAATCCGACACAGTAAAATATGTAAGCA--AT--TCACANATTGCAATC
Reference ( family-415 ) : GTC-TTCGTTTATAC-A-AAAAAGTAA--ACAAACACTGAG--AA----------------ATAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C---AAGGAT-T-CAC----TTAGCAACAN-----ACTA---ACGAAGCG-T-A-AC--CGA-AGAA-CC-----GTC--GGCTAA--------AATACCCGCCATCNTG-GCTCTTCGCATAGCCGAAGCAT-GT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGGTG--GAGTTT-GCAACG-AATCTTGATAACA---GA-------AGA-TAT-GTGTAGG-----T--------------------------A----------------------CA------G--CGCA-AGA------------TC---GANT-TTT--------G-----AGTCGCTCC-GA-CAGAAAGTAT---NNGAAAG----------T-TTAAAT-----CCT-----GAC-ATC--ACACAAAATAC-G-T----------A-----TG-----TA--CCAGAA-AATGCNACACG-ATT--T--AG--GT-NGTTTTGNTTTTATAAAA--GTTTCGAA-C-TACATTNT------AACT------TACCATAACATGCAGCGTTGTCGC-CAA-T-TAAATCCGACACAGTAAAATATGTAAGCA--AT--TCACANATTGCAATC
gi|1 : GTC-TTTGTTTGTAC-A-AAAAAGTAA--ACAAATACTGAG--AA----------------ATAAAAA--TCATATG-----------CACCGCG-----C---AAGGAT-T-CAC----TTAACAGCAG-----ACTG---AGGAAGTG-TGA-AT--TGA-AAAA-CCCCACCATCTTAGCTAATCTCATAAAATACCCACCATCATA-GCTAATCTCATAGCCATAGCAT-GT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTAAAAACACAAGGTG--GAGCTT-GTAAAATAGTCTTGATAACA---GG-------GGA-TAT-GTGTAGG-----T--------------------------G----------------------CA------G--TGCA-AAA------------TT---GACT-TTT--------A-----AGTTGCTCC-GT-CAGAAAGTTT---TTAAAAA----------T-CTAAAT-----CCT-----GAA-TTC--ACACAAAATA--A-T----------A-----TG-----TA--CCAGAA-AATGCTATATG-ATT--T--AA--ATGAGTTTTGGTTTTATGAAA--GTTTTAAA-C-TACATAGT------AACT------AATCATAGCATGCTGCATTGTTGC-CAT-TATAAATCCGACACAATAGAATATGTAAGCA--AT--TCATAGAATGCAATC
gi|10 : --ACACAAAATAC-A-TC---------A-----TG-----TA--CCAGAA-AATACTACACG-ATT--TCCGG--GT-AGTT---ATTTCACAAAA--GTTTCGAA-C-TACATTAT------AACTTAGATGTACCATAACACGCAGCGTTGCTGT-AAA-TATAAATCCGACACTG-----TATGTCAGCA--ATACTCACAAATTGCGATc
gi|11 : GGTG--AAGTTT-GCAACA-AATCTTGATAACATAAGATATGTATAGACTAC-ATGTAAA-----T--------------------------ATGTAGACCTAACGTTTTCTTTTCA------G--CACG-AGA------------TC---GAAT-TTT--------G-----AGTTGC-CC-GATTAGAAAGTGT---CAGAAAT----------T-TTAAATTTAGCCTT-----TAC-ATC--ACACAAAA
gi|12 : TTTGATAACATAAGATG--GAGTTC-GCAACG-AATCTCAATATCA---GA-------AGA-TAT-CTG--G---------------------------------------------------------A------G--CTTA-AGA------------TT---GAC--TTT--------G-----AA--GCTCC-GA-CAGAAAGCAT---GAGAAAA----------TGTTAGAT------CT-----GAC-ATC--GCACGAAGAAC-GTT----------A-----TG-----TA--CCAGAA-AACGTGATATG-a
gi|13 : GAGT-AA----------------ACAGA-----TACTTT-----------CACCGCG-----CACTAAGGAT-C-C-C----TTAGCTGGAG-----ACAA---TCGAAGCG-TCA-AC--CAA-AA-------------------AA--------AATCCCCGACATGCTG-ACTCTTCGCATATCCTAAGTAT-GT-AC--TTC----ATTGTTCAAATTTGAAAA
gi|14 : tacacaaAAGTG--GAGTTT-GCACCG-AATCTTGAGTGTA---GG-------GTG-CATAGTTTACT-----TC-------------------------A----------------------CA------G--CACA-AGA------------TC---GAAT-TTA--------G-----AGTCATGCC-GT-CCAAAAGTA----GCGAAAA----------T-CAAAAT-----TTA-----GGCCATT--ACACAAAATAC-G-TC---------A-----TGCAGTCTA--CCAGAtta
gi|15 : cAC-A-GAAATATAA--ACAAACATCTAT--GA----------------ATAGAAA--TCACTTA-----------CAATGCA-----G---AAGAAT-T-CGG----TGAGCAACAA-------T----ATGAAGTGTT-G-ACAGTGA-AGGA-Cc
gi|16 : caaaaagacagatctacattgtgcaattcctagctaGTCATTTGTTTAAAA-C-AAATAGTAAGTATAAGCATTGAATAAATTT-------------ATAGAA---TCACTTG-----------CGCTGCG-----CAA-AAAGATAT-CACA---TTAGCAAAAC-----ACTACCGACGAAGCG-T-G-AC--TGA-acac
gi|17 : tacaacgtacaaA-AGA------------TT---TACT-TTG--------A-----AGTCCCTCTTAA-CAGAAAGTAT---GGGAAAG----------T-T---GT-----CTTCTTTTGAT-ATC--ACACAAAAAAC-C-TTTTTACACTCA-----TG-----TA--CCAGGA-AATGCAATAgaca
gi|18 : --ACAAACACGGTG--AA----------------ATAGAAA--TTACTTA-----------CACCGCG-----C---AAGGAT-T-TCCTTAATTAGCAACAC-----ATCA---ACGAGGTG-T-A-AA--AAA-GGAAGCC-----ATC--
gi|19 : AT-A-GAAAAGCAA--ATAAACACTGAG--AA----------------GCAGAAA--TTACTTG-----------CGTCGCG-----C---AAAGAT-T-CAC----TTGGCGACAA-----ACTA---ACAAAGCA-T-CTAC--CGAGAGAA-ttggttca
gi|2 : TCGTTTATACGA-AAAAAGCAA---CAAATTCTGAG--AA----------------ATAGAAA--TTACTTG-----------CA-------------------------C----TCAGCAACAG-----ATT---------------A-AC------AGA---------GTC--GATCGA--------GA-------------G-ATTCTTTGCTCAGCCGGAGCAT-TTTAC--TTT----ATCAATCAAATTTAAAAACACAAAGTG--GGATTT-GCAATG-AATCTTGATGACA---G---------GC-TAT-GGAGAGC-----T--------------------------A----------------------CA------GA-TGTA-TGACTAATGTTTTATTCACAGCTT-TTT--------G-----AATCCCTCC-GA-CAGA---TTTTTAAAAAAAA----------T-TTAAG------CCT-----AAC-ATC--TCAC
gi|21 : ACCATAACATGCAGCATTGTTGC-CAATT-TAAATCCGATACAGTAAAgtatcgcatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataattccgacacattaaaatatgcagatctaagcagtattcaaagaataatctcca
gi|3 : C-TTC-TTTATAC-A-AGAAC-TAA--ACAAACATGGAG--AA----------------GTAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C---AAGGAT-T-CAT----TTAGCAACAT-----ACAA---ACGAAG---------------------------GTC--GACTGA--------GACAACTGCTATCTTG-GCTCTTACCATAGCCGAAACCT-GT-AC--TTT----ATTCATTAAATATGAAAACACAGGGT----AATTTAACAACG-AATT---ATAACA-----------------------TAG---------------------------------------------------------------------------------------------ACT-TTT--------------AGACGCTCC-TA-CAGAAAGAAA---CGGAAAGTTGTTTT---T-TTAAAG-----ATT-----GAA-ACCCGACAAAAAAT-C-A-T----------A-----AA-----AAACCCAGCA-AAT-CAGCATGCATTCCT--AG-----TGTTTTG-TTTTATATAT--CTTTCAAA-A-TACATTCT------AACT------TTCTATAATATACAGCca
gi|4 : caaaaagaaaaaactacacggtacaggtcC-TCTGTTTATAC-ACAAAAAGTGA--ACA----CTGA---------------------ATA-----------TG-----------CACCGTG-----C---AATCAT-TTCAC----ATAACAAAAT-----GCTA---AAGAAGC----A-AC--------GA-CC-----G----AG--AA--------AA---CCGCCATCTTG-ACTCTCCGCATAAACGAGACAT-GT-AC--TGT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGATG--AAGCTT--CACCG-AATCTTGATGACA---GA-------AGA-TAT-ATGTAGG-----TCAATATACATTCCTAATATTTACTTCA----------------------CG------G--TGCA-AGG------------TC---GACT-TTT--------G-----AGTCGCTCC-AA-TAGAAAGTAA---TAGGAAGCGATTTTCTTT-TTAAATATAAACCT-----GAC-ATC--GCACAAAATACTG-C----------A-----TG-----TA--TCA-AA-CATGCTACACA-ATT--
gi|5 : GTC-TTCGTTTATAC-A-CAAA-GTGA--A---ATACTTAG--AAATAGAAATATTTTAGAATAGAAGATTTATTTAAAGTAACAATACACCACAAGCTAC---AAGGAT-C-CAC----TTAGCAACATGTGAGACTA---ACAAA-----------------------------------CTAA--------A----CTGCCATAGTG-GCTCTTCACTTAATCAATG-ATAGT-AC--TTTTAAAACTGATCAAATTTAAAAACACAAGGTAATGAGTTT-GCATCA-ACTCTTGATCATA---AA-------AGA-TAT-GTGTAAGC----T--------------------------A----------------------CA---------TATATAGA------------TC---TAATGTTTTCTCCATAGTGATCAGTCACTCT-GA-CAGGAAGTA
gi|6 : aaCAAAGCG--AAGTTT-GCAACA-TATATTGATAACA---AA-------ATA-TGT-ATATAGGCTAAAT--------------------------A----------------------CACATTGAGACCGCA-GGACAAAT-------TT---GAAT-TTT--------G-----AGACACTCC-TA-CGGAAAATAT---GAGAATG----------T-TTAATTTTAGGCAT-----GAT-ATC--ACACAAAA-----------------------------------------AGT-CTTCA---ATT--TG-AGTTGT-TGTTTTTTTCTTTTAAAA--TTTCTGAAACGTACATGTTGATTAAAACT------GCTCATAACAAGCAGCATTGTCGT-CAA-T-TAAATCCAACACGGTAAA--ATGTAAGCA--AT--TTACATATTGCAGTCaca
gi|7 : AAAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C---AAGAAG-T-CAC----TTA-CAACAT-----A---------GAGTC-T-A--C--CGA-GAAA-T--------------------------ATACC----ATTATTTGTTCTTTGCACAACAGA-GCAT-GT-ATAACTT----ATTGATCAAATTTTAAA-CGTAAGATG--GAGTTT-GCAACG-AAACTTGATACCA---CA-------AGA-T
gi|8 : tcatacgggaaaaaaaaattacgctgcacaatcttgtctagataCA-AAA------------TC---GAAT-TTA--------A-----AGTCACTTC-GA-CTGAAAGTAC---TTGAGAG----------T-TTAGAT-------T-----TAA-ATA--ACACAGAATAC-T-TGAATACTTC-A-----TG-----TA--CAGGAA-AATGCACCATG-ATT--T-------------TTGATTTTATAAAACTGTTTTG---C-TACATTAT------AATT------TAGATTAGGATGCAGCATTTTTTCACAA-T-TAAATtcatg
gi|9 : T-----GAC-ATT--AAGTAAAATAT-GCT----------ACAAGGTG-----TA-----GAACAATGCAATGTA-ATC--T--AC--A--GGATTCGTTTTCAGAAAA--GCTTTATA-A-TAGATTTC------CATT------TACTAAAACATGCATCGCTATC-C-CTG-T-CAAATTCGACGCATTGAAATATGTATGTAATAT--TCACATGT--CAAT
blockSeqs : A G C T GT TA ATAGAAATATTTTAGA GAT AAGTAACAATA AGCTAC A T G TTAA TGTGAGACTA CGTCAACCAAAAAAAATCC CGA GC T A A T AA TAAA A AT A . TAAGATATGTAT C AG GTCAATATACATTCCTAATATTTACTTCACGGTGCAAGG ACA A G TCTCCATAGTGATC T T TTTAAA CGATTTTCTTTTTAAATATAAACCT C CG T CTTTTTACACTCATG AC C A T TGC CC GAGTTGTT A CT A ACG A GATTAA TAGATG TG A T A A AT AC A T
blockSeqs : . . . A . T TTT A . CACT . . A A CACTACCG AACAGAGTCGATCGAGA TGC CT . A . . . . A . . . GA . A ATATGTAGACCTAACGTTTTCTTTTCAGCACGAGA . C . G . . TCA TTGTTTTTTTAAAGATT . . A TTGAATACTTCATG . . G G CG . CCGGGTA T . A C C . . TG . . . . . . T T
blockSeqs : . . . A . . . A . CAA . . C . GACAA TCTACCGAGAAATATAC CGC CT . A . . . . A . . . GG . C GCTAAATACACATTGAGACCGCAGGACAAAT . A . G . . TGA TTTAAATTTAGCCTT . . T GTCATGCAGTC . . G A TG . ACAG A . A A T . . CG . . . . . . T .
blockSeqs : . . . A . . . A . G . . A . CATCA CAACGACCGAGAAAA TGC AG . G . . . . G . . . GA . G CTACAGATGTATGACTAATGTTTTAT . C . G . . TGG TTTAATTTTAGGCAT . . A GCTACAAGGTG . . G A CA . AGT T . T C A . . TT . . .
blockSeqs : . . C . . . A . C . . A . AACTA GTCGACTGAGACAA . TA . T . . . . A . . . AA . A TTCACAGCACAAGA . T . A . . ACG TTGTCTTCTTTT . . T ATCATG . . G T TG . . . . . A T . . C . . .
blockSeqs : . . A . . . A . C . . A . TACAA CTAAA . . . . . . . . G . . . AA . G GCTACATATATAGA . C . G . . ATA TGTTAGATCT . . T GTTATG . . G T TA .
blockSeqs : . . . . . . A . C . . A . TGCTA . . . CA . A AGCTTAAGA . C . G . . TGA TCAAAATTTA . . T TGCATG . . . A .
blockSeqs : . . . . . C . . A . GATT . . . G . . . . A . G . . CTT TTTAAGCCT . . T ATAAA . . . A
blockSeqs : . . . . C . . . . AT . . . . . . A . A . . GC TTTAGATT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TA . A . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : GTCATG********************* AGT*******
originalCons : GTC-TTCGTTTATAC-A-AAAAAGTAA--ACAAACACTGAG--AA----------------ATAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C---AAGGAT-T-CAC----TTAGCAACAN-----ACTA---ACGAAGCG-T-A-AC--CGA-AGAA-CC-----GTC--GGCTAA--------AATACCCGCCATCNTG-GCTCTTCGCATAGCCGAAGCAT-GT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGGTG--GAGTTT-GCAACG-AATCTTGATAACA---GA-------AGA-TAT-GTGTAGG-----T--------------------------A----------------------CA------G--CGCA-AGA------------TC---GANT-TTT--------G-----AGTCGCTCC-GA-CAGAAAGTAT---NNGAAAG----------T-TTAAAT-----CCT-----GAC-ATC--ACACAAAATAC-G-T----------A-----TG-----TA--CCAGAA-AATGCNACACG-ATT--T--AG--GT-NGTTTTGNTTTTATAAAA--GTTTCGAA-C-TACATTNT------AACT------TACCATAACATGCAGCGTTGTCGC-CAA-T-TAAATCCGACACAGTAAAATATGTAAGCA--AT--TCACANATTGCAATC
finalCons : GTC-TTCGTTTATAC-A-AAAAAGTAA--ACAAACACTGAG--AA----------------ATAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C---AAGGAT-T-CAC----TTAGCAACAN-----ACTA---ACGAAGCG-T-A-AC--CGA-AGAA-CC-----GTC--GGCTAA--------AATACCCGCCATCNTG-GCTCTTCGCATAGCCGAAGCAT-GT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGGTG--GAGTTT-GCAACG-AATCTTGATAACA---GA-------AGA-TAT-GTGTAGG-----T--------------------------A----------------------CA------G--CGCA-AGA------------TC---GANT-TTT--------G-----AGTCGCTCC-GA-CAGAAAGTAT---NNGAAAG----------T-TTAAAT-----CCT-----GAC-ATC--ACACAAAATACGTCATG---------------------TA--CCAGAA-AATGCNACACG-ATT--TAGT-------GTTTTGNTTTTATAAAA--GTTTCGAA-C-TACATTNT------AACT------TACCATAACATGCAGCGTTGTCGC-CAA-T-TAAATCCGACACAGTAAAATATGTAAGCA--AT--TCACANATTGCAATC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGCGATTTTTTATTTCTTATTTTTTGCAAGTTTTAAATTAAATCGAAACTTACCACAGCTATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333333333 11111111111 111111111 1111 1111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 222222222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222222 111111 3333333333333333333333333333333 111111 1111111111111 11111 11111 4444444444 111 111111 111111 1 11 11
lowQualScore : 8 5 5 3 66 99 3333333333333333 666 77777777777 555555555 3 3 1 1111 5555555555555 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111 555 66 5 0 3 5 5 77 2222 1 55 4 4 222222222222 4 55 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 666 1 3 333333333333333 0 0 3 3 111111 8888888888888888888888888888888 3 000000 8888888888888 00000 00000 8888 4 0 1 2 5 77 9999999999 7 99 0 3 111 1 999999 999999 0 33 6 6 3 0 9 33 33 1 3
lowQualScore : . . . . .. .. ................ ... ........... ......... . . . .... ............. . ................................................... ... .. . . . . . .. .... . .. . . ............ . .. ....................................................................................... ... . . ............... . . . . ...... ............................... . ...... ............. ..... ..... .... . . . . . .. .......... . .. . . ... . ...... ...... . .. . . . . . .. .. . .
lowQualScore : 0 0 0 4 11 55 5555555555555555 222 33333333333 000000000 6 6 2 4444 7777777777777 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333 444 00 7 4 9 7 7 99 1111 4 55 0 0 000000000000 0 33 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 0 6 555555555555555 2 4 6 6 666666 7777777777777777777777777777777 6 555555 2222222222222 00000 00000 5555 4 1 0 0 0 99 2222222222 5 22 7 5 777 0 222222 222222 7 22 7 7 3 8 2 88 88 0 2
consensus : GTC-TTCGTTTATAC-A-AAAAAGTAA--ACAAACACTGAG--AA----------------ATAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C---AAGGAT-T-CAC----TTAGCAACAN-----ACTA---ACGAAGCG-T-A-AC--CGA-AGAA-CC-----GTC--GGCTAA--------AATACCCGCCATCNTG-GCTCTTCGCATAGCCGAAGCAT-GT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGGTG--GAGTTT-GCAACG-AATCTTGATAACA---GA-------AGA-TAT-GTGTAGG-----T--------------------------A----------------------CA------G--CGCA-AGA------------TC---GANT-TTT--------G-----AGTCGCTCC-GA-CAGAAAGTAT---NNGAAAG----------T-TTAAAT-----CCT-----GAC-ATCACACAA------AA--------TACG-TCA-----TG-----TA----CCAGAA-AATGCAACATG-ATT--T---A---GT-GTTTTGNTTTTATAAAA--GTTTCGAA-C-TACATTNT------AACT------TACCATAACATGCAGCGTTGTCGC-CAA-T-TAAATCCGACACAGTAAAATATGTAAGCA--AT--TCACANATTGCAATC
Reference ( family-415 ) : GTC-TTCGTTTATAC-A-AAAAAGTAA--ACAAACACTGAG--AA----------------ATAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C---AAGGAT-T-CAC----TTAGCAACAN-----ACTA---ACGAAGCG-T-A-AC--CGA-AGAA-CC-----GTC--GGCTAA--------AATACCCGCCATCNTG-GCTCTTCGCATAGCCGAAGCAT-GT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGGTG--GAGTTT-GCAACG-AATCTTGATAACA---GA-------AGA-TAT-GTGTAGG-----T--------------------------A----------------------CA------G--CGCA-AGA------------TC---GANT-TTT--------G-----AGTCGCTCC-GA-CAGAAAGTAT---NNGAAAG----------T-TTAAAT-----CCT-----GAC-ATCACACAA------AA--------TACG-TCA-----TG-----TA----CCAGAA-AATGCNACACG-ATT--T---A---GT-GTTTTGNTTTTATAAAA--GTTTCGAA-C-TACATTNT------AACT------TACCATAACATGCAGCGTTGTCGC-CAA-T-TAAATCCGACACAGTAAAATATGTAAGCA--AT--TCACANATTGCAATC
gi|1 : GTC-TTTGTTTGTAC-A-AAAAAGTAA--ACAAATACTGAG--AA----------------ATAAAAA--TCATATG-----------CACCGCG-----C---AAGGAT-T-CAC----TTAACAGCAG-----ACTG---AGGAAGTG-TGA-AT--TGA-AAAA-CCCCACCATCTTAGCTAATCTCATAAAATACCCACCATCATA-GCTAATCTCATAGCCATAGCAT-GT-AC--TTT----ATTGATCAAATTTAAAAACACAAGGTG--GAGCTT-GTAAAATAGTCTTGATAACA---GG-------GGA-TAT-GTGTAGG-----T--------------------------G----------------------CA------G--TGCA-AAA------------TT---GACT-TTT--------A-----AGTTGCTCC-GT-CAGAAAGTTT---TTAAAAA----------T-CTAAAT-----CCT-----GAA-TTCACACAA------AA--------TA-A-T-A-----TG-----TA----CCAGAA-AATGCTATATG-ATT--T---AAATGA-GTTTTGGTTTTATGAAA--GTTTTAAA-C-TACATAGT------AACT------AATCATAGCATGCTGCATTGTTGC-CAT-TATAAATCCGACACAATAGAATATGTAAGCA--AT--TCATAGAATGCAATC
gi|10 : ACACAA------AA--------TACA-TCA-----TG-----TA----CCAGAA-AATACTACACG-ATT--TCCGG---GTAGTT---ATTTCACAAAA--GTTTCGAA-C-TACATTAT------AACTTAGATGTACCATAACACGCAGCGTTGCTGT-AAA-TATAAATCCGACACTG-----TATGTCAGCA--ATACTCACAAATTGCGATc
gi|11 : GGTG--AAGTTT-GCAACA-AATCTTGATAACATAAGATATGTATAGACTAC-ATGTAAA-----T--------------------------ATGTAGACCTAACGTTTTCTTTTCA------G--CACG-AGA------------TC---GAAT-TTT--------G-----AGTTGC-CC-GATTAGAAAGTGT---CAGAAAT----------T-TTAAATTTAGCCTT-----TAC-ATCACACAA------AA--------
gi|12 : TTTGATAACATAAGATG--GAGTTC-GCAACG-AATCTCAATATCA---GA-------AGA-TAT-CTG---G--------------------------------------------------------A------G--CTTA-AGA------------TT---GACT-TT---------G-----AA--GCTCC-GA-CAGAAAGCAT---GAGAAAA----------TGTTAGAT------CT-----GAC-ATCGCACGA------AG--------AACG-TTA-----TG-----TA----CCAGAA-AACGTGATATG-a
gi|13 : GAGT-AA----------------ACAGA-----TACTTT-----------CACCGCG-----CACTAAGGAT-C-C-C----TTAGCTGGAG-----ACAA---TCGAAGCG-TCA-AC--CAA-AA-------------------AA--------AATCCCCGACATGCTG-ACTCTTCGCATATCCTAAGTAT-GT-AC--TTC----ATTGTTCAAATTTGAAAA
gi|14 : tacacaaAAGTG--GAGTTT-GCACCG-AATCTTGAGTGTA---GG-------GTG-CATAGTTTACT-----TC-------------------------A----------------------CA------G--CACA-AGA------------TC---GAAT-TTA--------G-----AGTCATGCC-GT-CCAAAAGTA----GCGAAAA----------T-CAAAAT-----TTA-----GGCCATTACACAA------AA--------TACG-TCA-----TGCAGTCTA----CCAGAtta
gi|15 : cAC-A-GAAATATAA--ACAAACATCTAT--GA----------------ATAGAAA--TCACTTA-----------CAATGCA-----G---AAGAAT-T-CGG----TGAGCAACAA-------T----ATGAAGTGTT-G-ACAGTGA-AGGA-Cc
gi|16 : caaaaagacagatctacattgtgcaattcctagctaGTCATTTGTTTAAAA-C-AAATAGTAAGTATAAGCATTGAATAAATTT-------------ATAGAA---TCACTTG-----------CGCTGCG-----CAA-AAAGATAT-CACA---TTAGCAAAAC-----ACTACCGACGAAGCG-T-G-AC--TGA-acac
gi|17 : tacaacgtacaaA-AGA------------TT---TACT-TTG--------A-----AGTCCCTCTTAA-CAGAAAGTAT---GGGAAAG----------T-T---GT-----CTTCTTTTGAT-ATCACACAA------AAAACCTTTTTACACTCA-----TG-----TA----CCAGGA-AATGCAATAgaca
gi|18 : --ACAAACACGGTG--AA----------------ATAGAAA--TTACTTA-----------CACCGCG-----C---AAGGAT-T-TCCTTAATTAGCAACAC-----ATCA---ACGAGGTG-T-A-AA--AAA-GGAAGCC-----ATC--
gi|19 : AT-A-GAAAAGCAA--ATAAACACTGAG--AA----------------GCAGAAA--TTACTTG-----------CGTCGCG-----C---AAAGAT-T-CAC----TTGGCGACAA-----ACTA---ACAAAGCA-T-CTAC--CGAGAGAA-ttggttca
gi|2 : TCGTTTATACGA-AAAAAGCAA---CAAATTCTGAG--AA----------------ATAGAAA--TTACTTG-----------CA-------------------------C----TCAGCAACAG-----ATT---------------A-AC------AGA---------GTC--GATCGA--------GA-------------G-ATTCTTTGCTCAGCCGGAGCAT-TTTAC--TTT----ATCAATCAAATTTAAAAACACAAAGTG--GGATTT-GCAATG-AATCTTGATGACA---G---------GC-TAT-GGAGAGC-----T--------------------------A----------------------CA------GA-TGTA-TGACTAATGTTTTATTCACAGCTT-TTT--------G-----AATCCCTCC-GA-CAGA---TTTTTAAAAAAAA----------T-TTAAG------CCT-----AAC-ATCTCAC
gi|21 : ACCATAACATGCAGCATTGTTGC-CAATT-TAAATCCGATACAGTAAAgtatcgcatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataattccgacacattaaaatatgcagatctaagcagtattcaaagaataatctcca
gi|3 : C-TTC-TTTATAC-A-AGAAC-TAA--ACAAACATGGAG--AA----------------GTAGAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C---AAGGAT-T-CAT----TTAGCAACAT-----ACAA---ACGAAG---------------------------GTC--GACTGA--------GACAACTGCTATCTTG-GCTCTTACCATAGCCGAAACCT-GT-AC--TTT----ATTCATTAAATATGAAAACACAGGGT----AATTTAACAACG-AATT---ATAACA-----------------------TAG---------------------------------------------------------------------------------------------ACT-TTT--------------AGACGCTCC-TA-CAGAAAGAAA---CGGAAAGTTGTTTT---T-TTAAAG-----ATT-----GAA-ACCCGACAA------AA--------AA---TCA-----TA-----AAAAACCCAGCA-AAT-CAGCATGCATTCCT---A---GT-GTTTTG-TTTTATATAT--CTTTCAAA-A-TACATTCT------AACT------TTCTATAATATACAGCca
gi|4 : caaaaagaaaaaactacacggtacaggtcC-TCTGTTTATAC-ACAAAAAGTGA--ACA----CTGA---------------------ATA-----------TG-----------CACCGTG-----C---AATCAT-TTCAC----ATAACAAAAT-----GCTA---AAGAAGC----A-AC--------GA-CC-----G----AG--AA--------AA---CCGCCATCTTG-ACTCTCCGCATAAACGAGACAT-GT-AC--TGT----ATTGATCAAATTTGAAAACGCAAGATG--AAGCTT--CACCG-AATCTTGATGACA---GA-------AGA-TAT-ATGTAGG-----TCAATATACATTCCTAATATTTACTTCA----------------------CG------G--TGCA-AGG------------TC---GACT-TTT--------G-----AGTCGCTCC-AA-TAGAAAGTAA---TAGGAAGCGATTTTCTTT-TTAAATATAAACCT-----GAC-ATCGCACAA------AA--------TACT-GCA-----TG-----TA----TCA-AA-CATGCTACACA-ATT--
gi|5 : GTC-TTCGTTTATAC-A-CAAA-GTGA--A---ATACTTAG--AAATAGAAATATTTTAGAATAGAAGATTTATTTAAAGTAACAATACACCACAAGCTAC---AAGGAT-C-CAC----TTAGCAACATGTGAGACTA---ACAAA-----------------------------------CTAA--------A----CTGCCATAGTG-GCTCTTCACTTAATCAATG-ATAGT-AC--TTTTAAAACTGATCAAATTTAAAAACACAAGGTAATGAGTTT-GCATCA-ACTCTTGATCATA---AA-------AGA-TAT-GTGTAAGC----T--------------------------A----------------------CA---------TATATAGA------------TC---TAATGTTTTCTCCATAGTGATCAGTCACTCT-GA-CAGGAAGTA
gi|6 : aaCAAAGCG--AAGTTT-GCAACA-TATATTGATAACA---AA-------ATA-TGT-ATATAGGCTAAAT--------------------------A----------------------CACATTGAGACCGCA-GGACAAAT-------TT---GAAT-TTT--------G-----AGACACTCC-TA-CGGAAAATAT---GAGAATG----------T-TTAATTTTAGGCAT-----GAT-ATCACACAA------AA---------A-G-TC----------------------------TTCAATTTG-AGT--T---G---TT-GTTTTTTTCTTTTAAAA--TTTCTGAAACGTACATGTTGATTAAAACT------GCTCATAACAAGCAGCATTGTCGT-CAA-T-TAAATCCAACACGGTAAA--ATGTAAGCA--AT--TTACATATTGCAGTCaca
gi|7 : AAAAA--TCACTTG-----------CACCGCG-----C---AAGAAG-T-CAC----TTA-CAACAT-----A---------GAGTC-T-A--C--CGA-GAAA-T--------------------------ATACC----ATTATTTGTTCTTTGCACAACAGA-GCAT-GT-ATAACTT----ATTGATCAAATTTTAAA-CGTAAGATG--GAGTTT-GCAACG-AAACTTGATACCA---CA-------AGA-T
gi|8 : tcatacgggaaaaaaaaattacgctgcacaatcttgtctagataCA-AAA------------TC---GAAT-TTA--------A-----AGTCACTTC-GA-CTGAAAGTAC---TTGAGAG----------T-TTAGAT-----TTA-----AAT-AACACAGAATACTTGAA--------TACT-TCA-----TG-----TA----CAGGAA-AATGCACCATG-ATT--T-------------TTGATTTTATAAAACTGTTTTG---C-TACATTAT------AATT------TAGATTAGGATGCAGCATTTTTTCACAA-T-TAAATtcatg
gi|9 : T-----GAC-ATTAAGTAA------AA--------TATG-CTACAAGGTG-----TA-------GAACAATGCAATGTA-ATC--T---ACA-G--GATTCGTTTTCAGAAAA--GCTTTATA-A-TAGATTTC------CATT------TACTAAAACATGCATCGCTATC-C-CTG-T-CAAATTCGACGCATTGAAATATGTATGTAATAT--TCACATGT--CAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGCGATTTTTTATTTCTTATTTTTTGCAAGTTTTAAATTAAATCGAAACTTACCACAGCTATG