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lowQualScore                  :       7        66666666 5   2 2  2  2 2  555   22  1   33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1    55555  222 1 22  1 1  88888888  555 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222 1 4444444  11 1    66666666 1 4444444  2 666666  22       88888 1 4  2222 999999999999999999999999999 1  1 22 1 1   77777  1 1  1 8 4 555 1 00   2     
lowQualScore                  :       .        ........ .   . .  .  . .  ...   ..  .   ................................................................. .    .....  ... . ..  . .  ........  ... ................................................................................................ ... . .......  .. .    ........ . .......  . ......  ..       ..... . .  .... ........................... .  . .. . .   .....  . .  . . . ... . ..   .     
lowQualScore                  :       0        11111111 5   2 2  0  0 0  777   33  7   88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6    11111  666 5 00  4 4  00000000  222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 4 5555555  99 4    66666666 4 6666666  0 111111  00       88888 5 0  9999 333333333333333333333333333 6  6 22 6 6   00000  8 8  8 5 6 222 9 88   1     
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Reference ( gi|4 )            :    TCTAATTTTAGC-A-GTCTAACTCA-A-AT-TT-T-AGTG-GCT--TT-GGC-A---G------AAA----A--GCA-----A-G----TCTGC--T-------AAT-TCCT--A--G-TTGCGG---TA---A-A--AT-A-TG--------AA---A--T-T--C----T----T-----TA----TC-A----A-A-C---CACTCTT-ATACA-TAGAA---G-A---A----T---C-------A-----A---A-T-------CA--T-GATT--------A-CA------CCAA------AT--AGTGCAT--T--A-GTTC---CAT-------C---TGC--CCCA-A-A--T-TT-A--A-A-TAT-----GC-T-AA-AGTGA---G-T-CACA-TACAG
gi|2                          :    TCTTATTTTAGC-A-GGATAATGTA----T-TT-T-AGCA-ACT--TT--GC-A---G------GAA----AATGCA-----G-GA---ACTGCTAT-------AAT-TCAT--G--G-CTAC-T---TA---G-A--AT-A-TG--------AA---A----T--C----A----C-----TA----T-------A-G-C---CATTTAC-ATACA-CAGAA---G-A---A----G---C-------ACT---A---A----------------GTT--------A-CAAATTTTCC-A------AT--GGTAC----------TTC---AAT-------C---AGCATCTTA-C-A--T-GT-A--GCA-TATAG---GC-T-AA-AATGA---G-TACACA-TA
gi|1                          : gtgtCTTATCTTAGC-A-A---GATTCA-A-AT-TG-T-AGCA-CCT--TT-AGC-A---GTGAAACAAA----A--G-A-----A-A----T-TGG--T-------AATATTTTGAA--G-TTACGC---TG---A-A--AA-A-TG--------AA---A--T-T--C----T----C-----TA----TT-C----A-T-C---CATTC-T-A-ACA-GAGAA---A-G---A----G---CGCTATTAA-----A---A-T-------CG--T--ATTCAGTTACAA-CA------CTAA------AC--AAAGTAT--C--A-GCTT---TAA-------C---TGC--ACCA-A-AT-T-TT-A--T-A-TGC-----GC-T-AT-GTTAA---G-CACACA-TACAGtggtacactg
gi|19                         :    aCTTATTTTAGC-T-G---GATTAA-A-AT-TT-TTGGCA-GCT--TT-GGT-G---G------TGA----A--ACG-----A-A----T--AC--T-------TAT-TTAT--G--G-TTGCAA---TG---A-A--AT-A-TC--------AA---T--T-T--T----T----T-----CA----T--------------------TT-ATCCAATAGCT---A-A---A----T-----------------------T-------CA--T-GGTT--------A-CA------CCAA------AT--ACT--AT--C--A-ACTA---TAA-------A---TGT--GCCA-A-ATTT-TT-A--A-A-TAC-----GC-T-AA-AATAA---A-T--ACA-
gi|5                          :  gtaCTTATTTCAGC-AAG---GATTTG-A-GT-TT-T-AGCA-GCT--TT-TGT-T---G------TGA----T--GTA-----A-G----AGTGC--T-------GATATATT--G--A-TTTTGC---TG---A-A--AT-G-TG--------AA---A--A-T--C----T----C-----TC----TT-C----A-T-T---GATTATC-AAACA-CAAAT---C-A---AGC--T---CT------A-----A---G-T-------CG--T-GACT--------A-CG------CCAA------AT--AGTGTAT--T--A-GCTC---TGA-------T---TG-----CA-T-A--T-TT-A--G-A-TAT-----AC-A-AA-AATAA---A-TATACA-TAC
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gi|11                         :      taATATTA-C-A-ATATAGCTTG-A-TTCTT-T-AGCA-GCT--TT-GGT-G---G------TGA----A---TA-----A-G----AGTGC--T-------ACT-TTAT--ATAA-TTACTC---TA---A-A--AT-A-TG--------AA---C--A-T--C----T----C-----CA----TC--------------CATTATC-ATACA-TAGAA---G-A---A----G---TGCA----A-----A---A-T-------TG--G-AATT--------A-CT------TCAA------AT--AGTGCAT--C--A-GCTC---TA--------------------A-A-T--T-TT-A--A-A-TAC-----GC-TAAA-AAAAA---G-TACACA-TACAGgtataa
gi|24                         :       cATTTTAGC-G-G---GATTCT-ATAT-TT-T-AGCGCGCT--TT-GACTA---T------AA---------------------------T--T-------AAT-TTCC--------CGCGC---TC---A-A--AT-A-TG--------AA---AAGT-T--C----TAG--T-----TT----TC-T----A-T-T---C-CTTCT-A-ACA-TAGAA---G-A--------T---CCT-----A-----A---A-T-------CA--T-GGCT--------A-CG------CCAA------AC--AGTGCAC--T--A-GATC---ta
gi|23                         :     tgtATGTTAGC-T-G---GATTCA-A-AT-TG-T-AGTG-GTT--TTAGGC-A---G------TGA----A--GCA-----A-G----AGCAC--C-------AAT-ATGT--A--G-CAGCAC---CA---A-A--AT-A-TC--------AA---A--T-T------------------------------------------CCCTT-GT-----------------------------------A-----A---A-T-------CC--T-GATT--------A-TG------CCAA------AT--TTTGCAT--T-----TTT---GATCAGAAAAC---TGC--ATCA-A-AT-T-TT-A--A-A-GGC-----AC-T-AA-AGTAA---A-TACACggcggttgctgatactttaaatctg
gi|26                         :        tTTTTAGT-G-G---GATTAA-A-AT-TC-T-AGCA-GCT--TT-GGT-AGTGG------AAA----A--ATA------------TTTG------------AT-T--------G-T----G---TT---A-A--AT-A-TG--------AA---A--T-T--TCCTAT----T-----TA----TCTA----T-A-T---CAC---C-ATACG-TAGAA---G-T---G----C---T-------A-----A---A-T-------TA--T-TATT--------A-CG------CC--------------TGCAT--C--A-GCTC---TGA-------C---TGC--ACTA-A-A--T-CA-A--A-A-Tt
gi|25                         :         cTTTAGCCA-G----ATTCATA-CT-TT-T-AATG-ACC--TT-GGC-T---G------TAA----A--CCACCACGA-G----T--GC--T-------A----TCT--A--G-TGGAAGCACTA---A-T--AC-G-TG--------AA---A--A-T--C----T----C-----TA----TT-T----A-T-C---TATTATC-AAACA-CAGCA---C-ATGTG----C---T-------A-----A---A-T-------TA--T-GATT--------A-CA------TCAA------AT--TGTGCAT--T--A-GGTC---CAG-------C---TGA--CCtatacacacgct
gi|3                          :      ttagTTTAGCGA-G----ATTCA-A-AT-TA-T-AGT--------T-GGC-A---G------TGA----G--ACA-----A-G----C--AC--T-------GAT-TAAT--A--G-TTGTGG---TA---G-A--GT-A-TC--------AA---A--A-T--A----T----A-----TA----TT-C----A-T-C---CATTATC-AAACA-AAGATTCTG-A---A--------C-------A-----A---G-TGCTGAGACA--T-AATT--------A-CA------CTTG------AT--AGTGCAG--C--A-GCTC---CTG-------T---TGA--ACCA-ATG--T-TT-A--G-A-T
gi|30                         :             AGC-A-GGCT---TCA-A-AT-TT-T-AGCA-GCT--TT-GGC-ATT-G-------AA----A--CCA-----A-G----TGTGC--T-------AAT-TTAT--G--G-TTGTGA---T----A-A--AT-A-TGA-------AA---A--T-C--C----C----T-----TA----tcatgtactccaaacttaagtacacagtcatacag
gi|10                         :                       cATTCA-A-CT-GT-T-AGCA-GCT--TT-GGT-G---C------TGA----A--GCA-----A-G----CACAC--T-------AAT-TATT--A--G-TTGTGT---TG---A-TTTAT-C-TT--------AATCTA--T-T-------T----T-----TA----TC--------------TATCCTT-ACACA-TAGAA---A-A---A----A---C-------ACAG--A---A-T-------CA--T-GATT--------A-CG------CTGA------AT--AGTCCAT--C--A-GCTT---CAA-------C---TGT--GCTA-A-AT-T-TT-G--A-T-TAC-----TC-C-AA-AATAA---A-TGTGCA-TACAGggcctatccattattaatcacaaaacaagtgtg
gi|13                         :                 tagtgggATTCA-C-AT-TT-T-TGCT-CCT--TT-GGT-GAT-G------AAATGGGA--GCA-----A-A-------------------AAT-CTAT--G--A-CTGCAG---TA---A-T--AT-T-TT--------AATTAA--T-T--C----T----T-----TT----TT-C----A-T-C---CATTACC-ACACA-TAGAA---GTA---ACG--C---T-------A-----A---C-T-------CA--T-GATT--------G-AA------CC-A------AT------CAT--C--A-GCTCCGACGT-------CGATTGC--GGCA-A-A--T-TT-A--A-A-Tt
gi|9                          :                   tttgcaggCA-C-AT-TT-C-AGTA-ACC--TC-GGT-A---G------TGA----A--GCA-----A-GAGTGCATGC--T-------ACT-TTAT--G--G-TTGTGC---TATTTACG--AT-A-TA--------AA---A--T-T-------T----C-----TA----TT-T----G-A-CATCCATTATC-ATACA-TAGCA---G-A---A----G---T-------ACAA--A---A-T-------CA--T--ATT--------AATG------CCAA------AT--AGAGCAT--C--AGGTTC---GAT-----------TGC--ACCA-ATT--T-TT-A--G-A-CAT-----G--T-AA-AATAAT--G-A-CACA-TAtcttataaatatgtacaca
gi|8                          :                      agatcCA-A-AT-TT-T-AGCA-G-----T-GAA-G---G------CAA----A----A-----A-G----TT--C--T-------CAT-TTAA--A--A-TTGCTC---TA---A-A--AT-A-TA--------AA---A--T-T--T----T----TGGTTTTG----TT--------------CATTATCCATACA-TACAA---G-A---GGTG-C---T-------A-----A---A-T-------TA--TTGATT--------A-CA------CTAA-------T--AGAGCAT--C--A-TTTC---CAA-------C---GGA--A--A-A-A--T-TT-G--A-A-TAT-----AC-T-AG-ATTAA---G-T-ACCA-TACAGg
gi|6                          :     ttgtaattgtgttaacgagataCA-A-AT-TT-T-AGCA-G----TT-G----------------A----A--GCA-----A-AA---TGTTC--T-------CAT-TTTA--A--GATTGCT----TA---A-A--AT-A-TA--------AA---A--T----C----T----T-----TGGCTTTT-G----G-T-T---CATTATTCATACA-TACAA---G-A---GGTGCT---CT------A-----A---A-T-------TAATT-GATT--------A-CA------CT-A------AT--AGAGCAT--C--A-TTTC---CAA-------C---GGA--C----A-A--T-TT-G--A-ATTAT-----A--T-AG-ATTAA---G-T-ACCATTACAG
gi|29                         :           aattgtgttaacgagata-A-AT-TT-T-AGCG-CCT--TT-G-C-A---GT-----AAG----A--G----------------TGC--T-------AAA-TTAT--G--G-CTACGC---TA---A-A--AT-A-TG--------t
gi|22                         :           ggaagttctgtatttgtagtgtT-TTAT-AGTA-CCT--TT-GAT-G---G------TAA----A--GCAGG---A-G----CC--C--T-------AAC----------G-TTTGGG---TA---A-T--AC-A-TG--------AA---A--A-T--C----T----C-----TT----TT-T----G-T-C---CTTTATC-ATACT-TTGAT---G-ATT-A----TGC-C-------A-----A---A-T--------A----GACT--------G-----------AA------AT--AGTGTAT--T--G-GCTC---CAG-------C---TGC--ACCA-A-AT-T-TT-G--A-A-TATTCAGCAC-T-AA-AATAA---A-TACACA-gctacgctaaattaagaaattacacggagaagaagcgctaa
gi|12                         :                                 t-TT-A-AGTG-GTTAATT-GGC-G---G------GGA----G--GCA-----ACA----TCTACA-TGAGCACAAAT-TCAT--T--G-TTATGC---TA---G-A--AT-A-TG--------A----------------------T-----T-----TT-A----A-A-C----AGTATC-TTACA-TTCAA---G-A---AGC--T---T-------A-----A---AGT-------CA--T-GCTT--------A-TT------CCAA------AT--AATGCAT--CAGA-GTGC---CAA-------C---TGT--GCCA-A-A--TGTT-A--G-A-TAT-----AC-A-AA-ATTAA---G-T--ACA-TAaat
gi|28                         :                                          TA-GCC--TT-GTC-T---G------AA--------GTA-----A-A----CATGC--T-------AGT-CTAT--G--G-TTGTGC---TA---A-A--ATTA-CA--------AA---A--A-T--C----T----T-----TA----TT-T----A-T-C---CTTTATC-ATACA-TAAGA---G-A---A----TTGCT-------A-----A---A-T-------CA--tgcactgtaaatgt
gi|15                         :                                               T--TT-AGC-A---G------TGA----A--GCA-----A-A----AGTTC--T-------CAT-TTA---A--A-TTGCTC---TA---A-A--AT-A-TA--------AA---A--T-T--T----TGGTTT-----TG----TT--------------CATTATC-ATACA-TACAA---G-A---GGTG-C---T-------A-----A---A-T-------TA--T-GATT--------A-CA------CTAA------AT--AGAGCAT--C--A-TTTC---CAA-------C---TGTG-TGAA-A-A--T-TT-G--A-A-TAT-----AC-T-AG-AATAA---G-T-ACCA-TACAGagttcaagttgctccaaaagag
gi|16                         :                          ttgtgttaacgagatacaaatT--TT-AGC-G---G------TGA----A--GCA-----A-G----AGTGA--T-------AAT-CTAT--G--G-TTGCCC---TA---A-A--AT-A-TGTTGAATCTAA---A--TGT--CA---G----T-----TA----TC-A----A-A-C-----------AT-CA-----A---G-T---G----C---T-------A-----A---A-C-------CA--T-GATT--------A-CA------CCTA------AT--ACTGCTT--C--A-GATC---TAA-------T---TAT--GCAA-A-AG-T-TT-G--A-A-TAC-----AT-T-AA-AATAA---G-TCCACA-TCCAt
gi|31                         :                      gtatgtggacttatcacgattcgtat--TT-GGC-A---G------GAA----A--GCA-----A-G----GGCAC--T-------AAT-CTCT--A--G-TTGCAC---TA---A-A--AT-G-TG--------AA---A--T-TATC----TG---T-----TA----TC-A----A------------------CA-AGGAG---A-A---A----TTG-C-------A-----A---A-T-------CG--T--ATTG-------A-CA------CCAACT----AT--AG
gi|18                         :                                                                                                                   T--G--G-TTGTGC---TA---A-A--AT-A-GGG-------AA---A--T-T--T----TAGGTT-----TA----TC-A----ATA-T---CATGCTT-GTA----ACAA---G-T---G----C---T-------C-----A---T-T-------TG--T-GATT--------T-CA------CCAA------AT--AGTGTATCAT--A-G-------GT-------G---TG---ACTA-A-ATTT-TT-G--G-A-TAT-----GCGT-AAGAATGA---G---CAAA-TACAG
gi|17                         :                                                                                        atttagcatctgtggttatgcatcaaaagcactataTGCAC---TA---A-A--AT-C-TG--------AA---AA-TAT--C----T----T-----TA----TC--------------CATTATC-ATGCA-TAAAAA--G-C---G----C---C-------A-----A---A-T-------CA--T-G-TA--------A-CG------CCAA------AC--AGTGAAT--CG-A-CTTC---TGT-----------TG---CACA-A-ACTT-TT-A--G-A-TAC-----GC-T-AA-AATtatt
gi|14                         :                                                               gtacatgtacttattttggcggcattcatatattagcaccagtgttgctgagacagaggtggtacc---TA---A-A--AT-AGTA--------AA---A--T-T--TGA--C----T-----TG----TC--------------TACTCTC-TTGCA-TAGAA---G----------------------------------------------T-GATT----------CA------CCAA------ATTGTGTGTAT--A--A-ACTT---CAA-------T---TGC--ATCA-A-AATT-TT-G--G-A-TTT-----GC-T-AA-AACAA---G-T-aga
gi|7                          :                                                            tatgtatattactattttagcgtgattcatatttgaacacctgaagcaatgaagctatagagcttttctatacctatatc--AT-A-T----------A---A--T-TTCC----T----T-----CA----TT-ACATGA-ATC---CATTCTT-ATTCA-AGGAA---A-A---C----G---C-------A-----ATGAA-T-------CA--T-GAGT--------A-TG------CCAATTTCATGT--AGTGCAT--T--A-ACTC---CAA-------C---TAC--GCCA-A-A--T-TCAA--A-A-TAT-----GT-T-AA-AATTA---GTT-CACA-TATAGa
gi|21                         :                                                                                                                     tgggagatcaaaatattaacgactttgacgatgaaactatacattgtgttg--C----T----C-----TA----TC-A----A---------TTATT-ATACG-TAAAG---G-A---G----TG--C-------AG----A---A-T-------CA--T-GACT--------A-CG------CTGA------AT--AGTGTAT--C--A-GCTA---TAT--------------------------T-CT-A--A-A-TAT-----GC-T-AA-A-TCA---T-T-TACA-CATAGtaccgattc
gi|32                         :                                                                                                                                                 atgtgtactcattttagcggaattcatatttagcgcattctatcgctaagtcaaatgttcgtgaaaatggtaTACA-TAGAA---A-T---G----T---T-------ATGCTAA---A-T-------TA--T-GATT--------A-TG------CTGC------AT--AGT--AT--C--A-GCTC---AAA-------T---TGC--ACCA-A-AT-T-TT-A--G-A-TAC-----AC-T-AA-AATAA---G---CACA-CAagtat
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                    ttatcgtCA-CAGAA---G-C---G----C---T-------A-----A---A-T-------TA--T-AATT--------A-CG------TAAA------GT--AGAACAT--A--A-ACCC---TGA-------C---TGC--ACGATG-C--T-TT-A--A-A-CAC-----GC-T-AA-AATAAAAAG-TACACA-TACAgt

Unaligned ( gi|27 ): TCTCTTATTGTAGCGGGATTCATGTTTCAGCACCTTTGGTGATGAAGCAAGTGTACTTGTGTATTGTCACACTTAAACATGAAAATCTCTGTTCATTCATTATCCTACACAACAAATGCAGCG

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lowQualScore                  :                             ......      .....    . .   ...  ..  .   ...   ... . .. ...................... ..   . ..  . . ..     ...  ... . .. .  .  .. ... ... ................................................ ... .   . .  ..    ...  . .........  ....................... ...  .   ..     ........ . .  . ......       .......   ..   .      ......  ....... . . .. . . . ..  ......  .....   . . . .  . ...  . . .. ....  .     
lowQualScore                  :                             999999      55555    4 4   666  88  3   222   333 3 88 4444444444444444444444 88   3 66  3 3 55     333  333 3 88 3  6  11 333 333 777777777777777777777777777777777777777777777777 777 3   3 3  44    555  3 777777777  00000000000000000000000 555  3   22     44444444 4 5  6 999999       6666666   00   4      777777  8888888 5 1 77 5 5 5 11  000000  00000   6 6 6 6  6 888  7 7 22 7777  8     
consensus                     :                 TCTTATTTTAGCG-G---GATTCA-A---ATTT-T-AGCG-GCT--TT-GGCGGTGAA-G-C-A--A-----G----NG----CG----C--TAA-T-TTA-T-G--GTTGCG-CTA---A-A--A-TA-TG--A---A---A--------T-T-----C--T----TTA----TT----A--C-------C---A-TTA-T-CAT-ACAT---AG-A---------AG----A----G-----C-T-----A---AA-TCA--TGATT--------A-CGCCAA------ATAGTGC-------ATC--AGC-TCCAAC------TGC-G-C-CA-A-A--T-T-T-A--AA------TA-----CGC-T-A-A-AA-T---AA-G-TACA----CA-TACAG
Reference ( family-4141 )     :                 TCTTATTTTAGCA-G---GATTCA-A---ATTT-T-AGCG-GCT--TT-GGCGGNGAA-G-C-A--A-----G----CG----TG----C--TAA-T-TTA-T-G--GTTGCG-CTA---A-A--A-TA-TG--A---A---A--------T-T-----C--T----TTA----TT----A--C-------C---A-TTA-T-CAT-ACAT---AG-A---------AG----A----G-----C-C-----A---AA-TCA--TGATT--------A-CGCCAA------ATAGTGC-------ATC--AGC-TCCAAC------TGC-G-C-CA-A-A--T-T-T-A--AA------TA-----CGC-T-A-A-AA-T---AA-G-T-CA----CA-TACAG
gi|1                          :                  CTTATCTTAGCA-A---GATTCA-A---ATTG-T-AGCA-CCT--TT-AGCAGTGAA-A-C-A--A-----A----AGAAATTG----G--TAA-TATTT-T-GAAGTTACG-CTG---A-A--A-AA-TG--A---A---A--------T-T-----C--T----CTA----TTC---AT-C-------C---A-TTC-T--A--ACAG---AGAA---------AG----A----G-----CGCTATTAA---AA-TCG--T-ATTCAGTTACAA-CACTAA------ACAAAGT-------ATC--AGC-TTTAAC------TGC-A-C-CA-A-AT-T-T-T-A--TA------TG-----CGC-T-A-T-GT-T---AA-G-CACA----CA-TACAG
gi|10                         :                        aTAGTG-G---GATTCA-A---CTGT-T-AGCA-GCT--TT-GGTGCTGAA-G-C-A--A-----G----CA----CA----C--TAA-T-TAT-T-A--GTTGTG-TTG---A-TTTA-TC-TT--A---ATCTA--------T-T--------T----TTA----T--------C-------T---A-TCC-T-TAC-ACAT---AG-A---------AA----A----A-----A-C-----ACAGAA-TCA--TGATT--------A-CGCTGA------ATAGTCC-------ATC--AGC-TTCAAC------TGT-G-C-TA-A-AT-T-T-T-G--AT------TA-----CTC-C-A-A-AA-T---AA-A-TGTG----CA-TACAG
gi|11                         :                         TAGCT-T---GATTC--------TT-T-AGCA-GCT--TT-GGTGGTGAA---T-A--A-----G----AG----TG----C--TAC-T-TTA-T-ATAATTACT-CTA---A-A--A-TA-TG--A---A---C--------A-T-----C--T----CCA----T--------C-------C---A-TTA-T-CAT-ACAT---AG-A---------AG----AAGT-G-----C-A-----A---AA-TTG--GAATT--------A-CTTCAA------ATAGTGC-------ATC--AGC-TCTAAA------T---------------T-T-T-A--AA------TA-----CGC-TAA-A-AA-A---AA-G-TACA----CA-TACAGt
gi|12                         :                                    catattacaataTT-A-AGTG-GTTAATT-GGCGGGGAG-G-C-A--ACATCTA----CA----TGAGCAC--AAA-T-TCA-T-T--GTTATG-CTA---G-A--A-TA-TG--A------------------------T--T----TTA----------A--A-------C---A-GTA-T-CTT-ACAT---TC-A---------AG----AA---G-----C-TTA---A---AG-TCA--TGCTT--------A-TTCCAA------ATAATGC-------ATCAGAGT-GCCAAC------TGT-G-C-CA-A-A--TGT-T-A--GA------TA-----TAC-A-A-A-AT-T---AA-G-T--A----CA-TAta
gi|13                         :                       TTT-GCA-G---GATTCA-C---ATTT-T-TGCT-CCT--TT-GGTGATGAA-A-T-G--G-----G----AG----CA----A--AAA-T-CTA-T-G--ACTGCA-GTA---A-T--A-TT-TT--AATTA---A--------T-T-----C--T----TTT----TTC---AT-C-------C---A-TTA-C-CAC-ACAT---AG-A---------AGT---AAC--G-----C-T-----A---AC-TCA--TGATT--------G-AACC-A------AT----C-------ATC--AGC-TCCGACGTCGATTGC-G-G-CA-A-A--T-T-T-A--AA------TT-----C-T-T-ATA-AA-T---AT-G-TACA----CA-tgcactgtaaatgt
gi|14                         :                    TATTTTAGCG-T---GATTCA-T---ATTT-G-AACA-CCT--GA-AGCAATGAA-G-C-T--A-----T----AG----AG----C--TTT-T-CTA-T-A--CCTATATCTA---A-A--A-TAGTA--A---A---A--------T-T-----TGAC----TTG----T--------C-------T---A-CTC-T-CTT-GCAT---AG-A---------AG-----------------------------------TGATT----------CACCAA------ATTGTGTGT-----ATA--AAC-TTCAAT------TGC-A-T-CA-A-AATT-T-T-G--GA------TT-----TGC-T-A-A-AA-C---AA-G-T-
gi|15                         :       tatgtatattacTTGTGTTAACG-A---GATACA-A---ATTT-T-AGCA-G------------TGAA-G-C-A--A-----A----AG----TT----C--TCA-T-TTA---A--ATTGCT-CTA---A-A--A-TA-TA--A---A---A--------T-T-----T--TGGTTTTG----TT---------------C---A-TTA-T-CAT-ACAT---AC-A---------AG----A----GGTG--C-T-----A---AA-TTA--TGATT--------A-CACTAA------ATAGAGC-------ATC--ATT-TCCAAC------TGT-G-TGAA-A-A--T-T-T-G--AA------TA-----TAC-T-A-G-AA-T---AA-G-T-AC----CA-TACAGa
gi|16                         :                        TTATCA-C---GATTCG-T---ATTT-T-A-------------GCGGTGAA-G-C-A--A-----G----AG----TG----A--TAA-T-CTA-T-G--GTTGCC-CTA---A-A--A-TA-TGTTG---A---A--------T----------C----TAA----AT----G--T-------C---AGTTA-T-CAA-ACAT----C-A---------AG----T----G-----C-T-----A---AA-CCA--TGATT--------A-CACCTA------ATACTGC-------TTC--AGA-TCTAAT------TAT-G-C-AA-A-AG-T-T-T-G--AA------TA-----CAT-T-A-A-AA-T---AA-G-TCCA----CA-TCCAt
gi|17                         :        gtatgtggacCTTATTTTGGCG-G---CATTCA-T---ATAT-T-AGCA-CCA--GT-GTTGCTGAG-A-C-A--G-----A----GG----TG----G--TAC-C-T-----------GCA-CTA---A-A--A-TC-TG--A---A---AA-------TAT-----C--T----TTA----T--------C-------C---A-TTA-T-CAT-GCATA--AA-A---------AG----C----G-----C-C-----A---AA-TCA--TG-TA--------A-CGCCAA------ACAGTGA-------ATC--GAC-TTCTGT------TGC-A---CA-A-ACTT-T-T-A--GA------TA-----CGC-T-A-A-AA-T---A
gi|18                         :                                       gtacatgtaTT-T-AGCA-TCT--GT-GGTTATGCA-T-C-A--A-----A----AG----CA----C--TA-----TA-T-G--GTTGTG-CTA---A-A--A-TAGGG--A---A---A--------T----------T----TTAGGT-TT----A--T-------C---A-ATA-T-CAT-GCTTGTAAC-A---------AG----T----G-----C-T-----C---AT-TTG--TGATT--------T-CACCAA------ATAGTGT-------ATC--A-----TAGG------TGT-GAC-TA-A-ATTT-T-T-G--GA------TA-----TGCGT-A-AGAA-T---GA-G---CA----AA-TACAGga
gi|19                         :                 aCTTATTTTAGCT-G---GATTAA-A---ATTT-TTGGCA-GCT--TT-GGTGGTGAA-A-C-G--A-----A----------TA----C--TTA-T-TTA-T-G--GTTGCA-ATG---A-A--A-TA-TC--A---A---T--------T-T-----T--T----TCA----T----------------------TTA-T-C----C--------A---------AT----A----G-----C-T-----A---AATTCA--TGGTT--------A-CACCAA------ATACT---------ATC--AAC-TATAAA------TGT-G-C-CA-A-ATTT-T-T-A--AA------TA-----CGC-T-A-A-AA-T---AA-A-T--A----CA-tatt
gi|2                          :              gtaTCTTATTTTAGCA-G---GAT--A-ATGTATTT-T-AGCA-ACT--TT-GCAGGAAAATG-C-A--G-----GAA--C-----TG----CTATAA-T-TCA-T-G--GCTAC--TTA---G-A--A-TA-TG--A---A---A----------T-----C--A----CTA----TA----G--C-------C---A-TTT-A-CAT-ACAC---AG-A---------AG----AAGC-A-----C-T-----A---AG-TTA--CAAAT--------T-TTCC-A------ATGGTACTTCA---ATC--AGCATCTTACA-----TGTAG-C------A--T---------A------TA-----GGC-T-A-A-AA-T---GA-G-TACA----CA-TA
gi|20                         :              gtgtCTTATTTTAGCG-A---GATCCA-A---ATTT-T-TGTG-GTT--C----------A-G-T-A--A-----A----AG----TG----C--TGA-T-TTA-T-G--GTTCCA-CCA---A-A--A-TA-TG--A---A---A--------A-T-----C--T----CTA----TT----GATC-------C---A-TTA-A-GAG-ACGT----------------AG----A----G-----C-A-----A---GG-ACA--AG------------------A------ATAGGGC-------ATC--AGC-TCCAAC------TGG-G-C-C--A-T--T-T-T-ATTAA------TG-----CGC-A-A-A-AA-T---GA-G-T--A----CA-tggtacactg
gi|21                         :                taCTCATTTTAGCG-G---AATTCA-T---ATTT---AGCGCATT--CT-ATCGCTAAG-T-C-A--A---------------------------------A-T-G--TTCGTG---A---A-A--A-TG-------------G--------T-A-----C--T----CTA----TC----A--------------A-TTA-T-TAT-ACGT---AA-A---------GG----A----G-----TGC-----AG--AA-TCA--TGACT--------A-CGCTGA------ATAGTGT-------ATC--AGC-T--------------------A-T-A--T-TCT-A--AA------TA-----TGC-T---A-AA-T---CA-T-T-TA----CA-CATAGgtataa
gi|22                         :                                        atgtgtaTTTAT-AGTA-CCT--TT-GATGGTAAA-G-C-A--G-----G----AG----CC----C--TAA-C-------G--TTTGGG--TA---A-T--A-CA-TG--A---A---A--------A-T-----C--TC---TTT----TT----GT-C-------C---T-TTA-T-CAT-ACTT---TG-A---------TG----ATTATG-----C-C-----A---AA-T-A---GACT--------G-----AA------ATAGTGT-------ATT--GGC-TCCAGC------TGC-A-C-CA-A-AT-T-T-T-G--AA------TATTCAGCAC-T-A-A-AA-T---AA-A-TACA----CA-agtat
gi|23                         :                   tTATGTTAGCT-G---GATTCA-A---ATTG-T-AGTG-GTT--TTAGGCAGTGAA-G-C-A--A-----G----AG----CA----C--CAA-T-ATG-T-A--GCAGCA-CCA---A-A--A-TA-TC--A---A---A--------T-T-----C-----------------------C-------C-----TTG-T--------------------------------------------------A---AA-TCC--TGATT--------A-TGCCAA------ATTTTGCATTTTTGATC--AG---AAAAC------TGC-A-T-CA-A-AT-T-T-T-A--AA------GG-----CAC-T-A-A-AG-T---AA-A-TACA----Caat
gi|24                         :                    TATTTTAGCG-G---GATTCT-AT--ATTT-T-AGCGCGCT--TT-GACTATAA--------------------------------T--TAA-T-TTC-C------CGCG-CTC---A-A--A-TA-TG--A---A---AAGTTCTAGT-T-----T--T----CTA----TT----C--C-------T---T-CTA-------ACAT---AG-A---------AG----A----T-----C-CT----A---AA-TCA--TGGCT--------A-CGCCAA------ACAGTGC-------ACT--AGA-TCt
gi|25                         :                 tgTTAGTTTAGCC-A---GATTCATA---CTTT-T-AATG-ACC--TT-GGCTGTAAA-C-C-ACCAC----G----AG----TG----C--TA--T-CTAGT-G--GAAGCA-CTA---A-T--A-CG-TG--A---A---A--------A-T-----C--T----CTA----TTT---A--T-------CT--A-TTA-T-CAA-ACAC---AG-C---------AC----ATGT-G-----C-T-----A---AA-TTA--TGATT--------A-CATCAA------ATTGTGC-------ATT--AGG-TCCAGC------TGggcggttgctgatactttaaatctg
gi|26                         :                      TTTTAGTG-G---GATTAA-A---ATTC-T-AGCA-GCT--TT-GGTAGTGGA-----A--A--------------------------AA-T-ATT-T-G--ATTGTG-TT----A-A--A-TA-TG--A---A---A--------T-T-----T--C----CTAT---TT----A--T-------CTATA-TCA-C-CAT-ACGT---AG-A---------AG----T----G-----C-T-----A---AA-TTA--TTATT--------A-CGCC------------TGC-------ATC--AGC-TCTGAC------TGC-A-C-TA-A-A--T-C-A-A--AA------Tacc
gi|27                         :                cTCTTATTGTAGCG-G---GATTCA-T---GTTT-C-AGCA-CCT--TT-GGTGATGAA-G-C-A--A-----G----TG----TA----C--TTG-T-GTA-T-T--GTCACA-CTT---A-A--A-CA-TG--A---A---A--------A-T-----C--T----CTG----TTC---AT-T-------C---A-TTA-T-CCT-ACAC---Atatacacacgct
gi|28                         :                                                       tc-GCC--TT-GTC--TGAA-G-T-A--A-----A----CA----TG----C--TAG-T-CTA-T-G--GTTGTG-CTA---A-A--ATTA-CA--A---A---A--------A-T-----C--T----TTAT---TT----AT-C-------C---T-TTA-T-CAT-ACAT---AA-G---------AG----AATT-G-----C-T-----A---AA-TCA--acaaatgcagcg
gi|29                         :                                       ta-A---ATTT-T-AGCG-CCT--TT-G-C-----A-G-T-A--A-----G----AG----TG----C--TAA-A-TTA-T-G--GCTACG-CTA---A-A--A-TA-TG--agttcaagttgctccaaaagag
gi|3                          : ggaagttctgtatttgtagtgtTTTAGCG-A---GATTCA-A---ATTA-T-AG--------TT-GGCAGTGAG-A-C-A--A-----G----CA----------C--TGA-T-TAA-T-A--GTTGTG-GTA---G-A--G-TA-TC--A---A---A--------A-T-----A--T----ATA----TTC---AT-C-------C---A-TTA-T-CAA-ACAA---AG-ATTCTGAACAAG----T----G-----C-T-----G---AG-ACA--TAATT--------A-CACTTG------ATAGTGC-------AGC--AGC-TCCTGT------TGA-A-C-CA-ATG--T-T-T-A--GATTCATGTA-----CTC-C-A-A-ACTT---AA-G-TACACAGTCA-TACAGgctacgctaaattaagaaattacacggagaagaagcgctaa
gi|30                         :                          AGCA-G---GCTTCA-A---ATTT-T-AGCA-GCT--TT-GGCATTGAA-ACC-A--A-----G----TG----TG----C--TAA-T-TTA-T-G--GTTGTG-AT----A-A--A-TA-TGA-A---A---A--------T-C-----C--C----TTAGGC-CT----AT-C-------C---A-TTA-T-TA
gi|31                         :                                                            c--TT-GGCAGGAAA-G-C-A--A-----G----GG----CA----C--TAA-T-CTC-T-A--GTTGCA-CTA---A-A--A-TG-TG--A---A---A--------T-T-----A--T----CTG----TT----A--T-------C---A-----------ACA----AG-G---------AG----AAATTG-------C-----A---AA-TCG--T-ATTG-------A-CACCAACT----ATAGatcacaaaacaagtgtg
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                     -TTA-T-CGTTACAT---AG-A---------AATGTTAT---G-----C-T-----A---AA-TTA--TGATT--------A-TGCTGC------ATAGT---------ATC--AGC-TCAAAT------TGC-A-C-CA-A-AT-T-T-T-A--GA------TA-----CAC-T-A-A-AA-T---AA-G---CA----CA-CA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                 CAC---AG-A---------AG----C----G-----C-T-----A---AA-TTA--TAATT--------A-CGTAAA------GTAGAAC-------ATA--AAC-CCTGAC------TGC-A-C-GATG-C--T-T-T-A--AA------CA-----CGC-T-A-A-AA-TAAAAA-G-TACA----CA-TACAgt
gi|4                          :                 TCTAATTTTAGCA-GTCTAACTCA-A---ATTT-T-AGTG-GCT--TT-GGCAGAAAA-G-C-A--A-----G----TC----TG----C--TAA-T-TCC-T-A--GTTGCG-GTA---A-A--A-TA-TG--A---A---A--------T-T-----C--T----TTA----TC----AAAC-------C---A-CTC-T-TAT-ACAT---AG-A---------AG----A----A-----T-C-----A---AA-TCA--TGATT--------A-CACCAA------ATAGTGC-------ATT--AGT-TCCATC------TGC-C-C-CA-A-A--T-T-T-A--AA------TA-----TGC-T-A-A-AG-T---GA-G-T-CA----CA-TACAGata
gi|5                          :                  CTTATTTCAGCAAG---GATTTG-A---GTTT-T-AGCA-GCT--TT-TGTTGTGAT-G-T-A--A-----G----AG----TG----C--TGA-T-ATA-TTG--ATTTTG-CTG---A-A--A-TG-TG--A---A---AATCT----C-T-----C--T----TCA----TT----G--------------A-TTA-T-CAA-ACAC---AA-ATCA------AG----C----T-----C-T-----A---AG-TCG--TGACT--------A-CGCCAA------ATAGTGT-------ATT--AGC-TCTGAT------TG------CA-T-A--T-T-T-A--GA------TA-----TAC-A-A-A-AA-T---AA-A-TATA----CA-TAC
gi|6                          :                 taTTGTGTTAACG-A---GATACA-A---ATTT-T-AGCA-GTT-----------GAA-G-CAA--A-----A----TG----TT----C--TCATT-TTA-A-G--ATTGC--TTA---A-A--A-TA-TA--A---A---A----------T-----C--T----TTGGCTTTT----GGTT-------C---A-TTATT-CAT-ACAT---AC-A---------AG----A----GGTGCTC-T-----A---AA-TTAATTGATT--------A-CACT-A------ATAGAGC-------ATC--ATT-TCCAAC-------GG-A-C----A-A--T-T-T-G--AAT-----TA-----TA--T-A-G-AT-T---AA-G-T-AC----CATTACAG
gi|7                          :                              aa---GATCAA-A---ATAT-T-AACG-ACT--TT-GACGATGAA-A-C-T--A-------------------------TAC-A-TTG-T-G---TTG--------------A-TA-T-------A---A--------T-TTC---C--T----TCA----TT----A--CATGAATCC---A-TTC-T-TAT-TCAA---GG-A---------AA----AC---G-----C-A-----ATG-AA-TCA--TGAGT--------A-TGCCAATTTCATGTAGTGC-------ATT--AAC-TCCAAC------TAC-G-C-CA-A-A--T-T-CAA--AA------TA-----TGT-T-A-A-AA-T---TA-GTT-CA----CA-TATAGt
gi|8                          :              tgggaTTGTGTTAACG-A---GATACA-A---ATTT-T-AGCA-G-----T-GAAGGCAAA-----A--A-----G----------TT----C--TCA-T-TTA-A-A--ATTGCT-CTA---A-A--A-TA-TA--A---A---A--------T-TTTTGGT--T----TTG----TT---------------C---A-TTA-TCCAT-ACAT---AC-A---------AG----AGGT-G-----C-T-----A---AA-TTAT-TGATT--------A-CACT-A------ATAGAGC-------ATC--ATT-TCCAAC------GGA-A----A-A-A--T-T-T-G--AA------TA-----TAC-T-A-G-AT-T---AA-G-T-AC----CA-TACAGtaccgattc
gi|9                          :                          ttgtaa---GATCCA-C---ATTT-C-AGTA-ACC--TC-GGTAGTGAA-G-C-A--A-----GAGTGCA----TG----C--TAC-T-TTA-T-G--GTTGTG-CTATTTACG--A-TA-TA--A---A---A--------T-T--------T----CTA----TTTGACAT-C-------C---A-TTA-T-CAT-ACAT---AG-C---------AG----A----AGTA--C-A-----A---AA-TCA--T-ATT--------AATGCCAA------ATAGAGC-------ATC--AGG-TTCGAT------TGC-A-C-CA-ATT--T-T-T-A--GA------CA-----TG--T-A-A-AA-T---AATG-A-CA----CA-TA

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lowQualScore                  :                                       . ...      . ...    . .   ...  ..  .   ..    ... . .. .................... ....   . ..  .. . ..  ...   ...  ... . .. .  .  .. ... ... ................................................ ... .   . .  ..    ...  . .........  ............... ....... ...  .   ..     ........ . .  . ......       .......   ..   .      ......  ....... . . .. . . . ..  ......  .....   . . . .  . ...       ....  .     
lowQualScore                  :                                       7 999      6 444    4 4   666  88  3   11    777 3 88 77777777777777777777 5555   3 66  11 3 55  333   333  333 3 88 3  3  44 333 333 777777777777777777777777777777777777777777777777 777 3   3 3  44    555  3 777777777  444444444444444 9999999 777  3   22     44444444 4 5  6 999999       6666666   00   4      777777  8888888 5 1 22 5 5 1 11  000000  00000   6 6 6 6  6 888       7777  0     
consensus                     :                          TCTTATTTTAGCG-G---GATTCA-A---ATTT-T-AGCG-GCT--TT-GGCGGTGAA-G-C-A--A---------GA-G----C-GC----TAA-T-TTA--T-G--GT---TGCG-CTA---A-A--A-TA-TG--A---A---A--------T-T-----C--T----TTA----TT----A--C-------C---A-TTA-T-CAT-ACAT---AG-A---------AG----A----G-----C--T----A---AA-TCA--TGATT--------A-CGCCAA------ATAGTGC-------ATC--AGC-TCCAAC------TGC-G-C-CA-A-A--T-T-T-A--AA------TA-----CGC-T-A-A-AA-T---AAGTACA----CA-TACAG
Reference ( family-4141 )     :                          TCTTATTTTAGCG-G---GATTCA-A---ATTT-T-AGCG-GCT--TT-GGCGGTGAA-G-C-A--A---------GN-G----C-GC----TAA-T-TTA--T-G--GT---TGCG-CTA---A-A--A-TA-TG--A---A---A--------T-T-----C--T----TTA----TT----A--C-------C---A-TTA-T-CAT-ACAT---AG-A---------AG----A----G-----C--T----A---AA-TCA--TGATT--------A-CGCCAA------ATAGTGC-------ATC--AGC-TCCAAC------TGC-G-C-CA-A-A--T-T-T-A--AA------TA-----CGC-T-A-A-AA-T---AAGTACA----CA-TACAG
gi|1                          :                           CTTATCTTAGCA-A---GATTCA-A---ATTG-T-AGCA-CCT--TT-AGCAGTGAA-A-C-A--A---------AA-GAAATT-GG----TAA-TATTT--T-GAAGT---TACG-CTG---A-A--A-AA-TG--A---A---A--------T-T-----C--T----CTA----TTC---AT-C-------C---A-TTC-T--A--ACAG---AGAA---------AG----AGC--G-----C--TATTAA---AA-TCG--T-ATTCAGTTACAA-CACTAA------ACAAAGT-------ATC--AGC-TTTAAC------TGC-A-C-CA-A-AT-T-T-T-A--TA------TG-----CGC-T-A-T-GT-T---AAGCACA----CA-TACAG
gi|10                         :                                 aTAGTG-G---GATTCA-A---CTGT-T-AGCA-GCT--TT-GGTGCTGAA-G-C-A--A---------GC-A----C-AC----TAA-T-TAT--T-A--GT---TGTG-TTG---A-TTTA-TC-TT--A---ATCTA--------T-T--------T----TTA----T--------C-------T---A-TCC-T-TAC-ACAT---AG-A---------AA----A----A-----A--C----ACAGAA-TCA--TGATT--------A-CGCTGA------ATAGTCC-------ATC--AGC-TTCAAC------TGT-G-C-TA-A-AT-T-T-T-G--AT------TA-----CTC-C-A-A-AA-T---AAATGTG----CA-TACAG
gi|11                         :                                  TAGCT-T---GATTC--------TT-T-AGCA-GCT--TT-GGTGGTGAA---T-A--A---------GA-G----T-GC----TAC-T-TTA--T-ATAAT---TACT-CTA---A-A--A-TA-TG--A---A---C--------A-T-----C--T----CCA----T--------C-------C---A-TTA-T-CAT-ACAT---AG-A---------AG----AAGT-G-----C--A----A---AA-TTG--GAATT--------A-CTTCAA------ATAGTGC-------ATC--AGC-TCTAAA------T---------------T-T-T-A--AA------TA-----CGC-TAA-A-AA-A---AAGTACA----CA-TACAGt
gi|12                         :                                             catattacaataTT-A-AGTG-GTTAATT-GGCGGGGAG-G-C-A--ACATCTACATGA-G----C-AC----AAA-T-TCA--T-T--GT---TATG-CTA---G-A--A-TA-TG--A------------------------T--T----TTA----------A--A-------C---A-GTA-T-CTT-ACAT---TC-A---------AG----AA---G-----C--TTA--A---AG-TCA--TGCTT--------A-TTCCAA------ATAATGC-------ATCAGAGT-GCCAAC------TGT-G-C-CA-A-A--TGT-T-A--GA------TA-----TAC-A-A-A-AT-T---AAGTACA----TA-TGCAta
gi|13                         :                                TTT-GCA-G---GATTCA-C---ATTT-T-TGCT-CCT--TT-GGTGATGAA-A-T-G--G---------GA-G----C-AA----AAA-T-CTA--T-G--AC---TGCA-GTA---A-T--A-TT-TT--AATTA---A--------T-T-----C--T----TTT----TTC---AT-C-------C---A-TTA-C-CAC-ACAT---AG-A---------AGT---AAC--G-----C--T----A---AC-TCA--TGATT--------G-AACC-A------AT----C-------ATC--AGC-TCCGACGTCGATTGC-G-G-CA-A-A--T-T-T-A--AA------TT-----C-T-T-ATA-AA-T---ATGTACA----CA-ctgtaaatgt
gi|14                         :                             TATTTTAGCG-T---GATTCA-T---ATTT-G-AACA-CCT--GA-AGCAATGAA-G-C-T--A---------TA-G----A-GC----TTT-T-CTA--T-A--CC---TATATCTA---A-A--A-TAGTA--A---A---A--------T-T-----TGAC----TTG----T--------C-------T---A-CTC-T-CTT-GCAT---AG-A---------AG-----------------------------------TGATT----------CACCAA------ATTGTGTGT-----ATA--AAC-TTCAAT------TGC-A-T-CA-A-AATT-T-T-G--GA------TT-----TGC-T-A-A-AA-C---AAGTA
gi|15                         :                tatgtatattacTTGTGTTAACG-A---GATACA-A---ATTT-T-AGCA-G------------TGAA-G-C-A--A---------AA-G----T-TC----TCA-T-TTA----A--AT---TGCT-CTA---A-A--A-TA-TA--A---A---A--------T-T-----T--TGGTTTTG----TT---------------C---A-TTA-T-CAT-ACAT---AC-A---------AG----A----GGTG--C--T----A---AA-TTA--TGATT--------A-CACTAA------ATAGAGC-------ATC--ATT-TCCAAC------TGT-G-TGAA-A-A--T-T-T-G--AA------TA-----TAC-T-A-G-AA-T---AAGTAC-----CA-TACAG
gi|16                         :                                                                     T--TT-AGCGGTGAA-G-C-A--A---------GA-G----T-GA----TAA-T-CTA--T-G--GT---TGCC-CTA---A-A--A-TA-TGTTG---A---A--------T----------C----TAA----AT----G--T-------C---AGTTA-T-CAA-ACAT----C-A---------AG----T----G-----C--T----A---AA-CCA--TGATT--------A-CACCTA------ATACTGC-------TTC--AGA-TCTAAT------TAT-G-C-AA-A-AG-T-T-T-G--AA------TA-----CAT-T-A-A-AA-T---AAGTCCA----CA-TCCAt
gi|17                         : gtatgtggacttatcacgattcgtatCTTATTTTGGCG-G---CATTCA-T---ATAT-T-AGCA-CCA--GT-GTTGCTGAG-A-C-A--G---------AG-G-----------------------T-G--GTACCTGCA-CTA---A-A--A-TC-TG--A---A---AA-------TAT-----C--T----TTA----T--------C-------C---A-TTA-T-CAT-GCATA--AA-A---------AG----C----G-----C--C----A---AA-TCA--TG-TA--------A-CGCCAA------ACAGTGA-------ATC--GAC-TTCTGT------TGC-A---CA-A-ACTT-T-T-A--GA------TA-----CGC-T-A-A-AA-T---A
gi|18                         :                                                gtacatgtaTT-T-AGCA-TCT--GT-GGTTATGCA-T-C-A--A---------AA-G----C-AC----TA-----TA--T-G--GT---TGTG-CTA---A-A--A-TA-GGG-A---A---A--------T-T-------------TTAGGT-TT----A--T-------C---A-ATA-T-CAT-GCTTGTAAC-A---------AG----T----G-----C--T----C---AT-TTG--TGATT--------T-CACCAA------ATAGTGT-------ATC--A-----TAGG------TGT-GAC-TA-A-ATTT-T-T-G--GA------TA-----TGCGT-A-AGAA-T---GAG--CA----AA-TACAGga
gi|19                         :                          aCTTATTTTAGCT-G---GATTAA-A---ATTT-TTGGCA-GCT--TT-GGTGGTGAA-A-C--------------GA-A----T-AC----TTA-T-TTA--T-G--GT---TGCA-ATG---A-A--A-TA-TC--A---A---T--------T-T-----T--T----TCA----T----------------------TTA-T-C----C--------A---------AT----A----G-----C--T----A---AATTCA--TGGTT--------A-CACCAA------ATACT---------ATC--AAC-TATAAA------TGT-G-C-CA-A-ATTT-T-T-A--AA------TA-----CGC-T-A-A-AA-T---AAATACA----tatt
gi|2                          :                       gtaTCTTATTTTAGCA-G---GAT--A-ATGTATTT-T-AGCA-ACT--TT-GCAGGAAAATG-C-A--G---------GA-A----CTGCTA--TAA-T-TCA--T-G--GC---TAC--TTA---G-A--A-TA-TG--A---A---A----------T-----C--A----CTA----TA----G--C-------C---A-TTT-A-CAT-ACAC---AG-A---------AG----AAGC-A-----C--T----A---AG-TTA--CAAAT--------T-TTCC-A------ATGGTACTTCA---ATC--AGCATCTTACA-----TGTAG-C------A--T---------A------TA-----GGC-T-A-A-AA-T---GAGTACA----CA-TA
gi|20                         :                       gtgtCTTATTTTAGCG-A---GATCCA-A---ATTT-T-TGTG-GTT--C----------A-G-T-A--A---------AA-G----T-GC----TGA-T-TTA--T-G--GT---TCCA-CCA---A-A--A-TA-TG--A---A---A--------A-T-----C--T----CTA----TT----GATC-------C---A-TTA-A-GAG-ACGT----------------AG----A----G-----C--A----A---GG-ACA--AG------------------A------ATAGGGC-------ATC--AGC-TCCAAC------TGG-G-C-C--A-T--T-T-T-ATTAA------TG-----CGC-A-A-A-AA-T---GAGTACA----tggtacactg
gi|21                         :                         taCTCATTTTAGCG-G---AATTCA-T---ATTT---AGCG--CA--TT---CTAT-----------------------------C-GC----TAA-G-TCAAAT-G--TT---CGTG---A---A-A--A-TG-------------G--------T-A-----C--T----CTA----TC----A--------------A-TTA-T-TAT-ACGT---AA-A---------GG----A----GTG---C--A----G---AA-TCA--TGACT--------A-CGCTGA------ATAGTGT-------ATC--AGC-T--------------------A-T-A--T-TCT-A--AA------TA-----TGC-T-A-A-AT-C---ATTTACA----CA-TAGAGgtataa
gi|22                         :                                                 atgtgtaTTTAT-AGTA-CCT--TT-GATGGTAAA-G-C-A--G---------GA-G----C-CC----TAA-C--------G--TT---TGGG--TA---A-T--A-CA-TG--A---A---A--------A-T-----C--TC---TTT----TT----GT-C-------C---T-TTA-T-CAT-ACTT---TG-A---------TG----ATTATG-----C--C----A---AA-T-A---GACT--------G-----AA------ATAGTGT-------ATT--GGC-TCCAGC------TGC-A-C-CA-A-AT-T-T-T-G--AA------TATTCAGCAC-T-A-A-AA-T---AAATACA----CA-tat
gi|23                         :                            tTATGTTAGCT-G---GATTCA-A---ATTG-T-AGTG-GTT--TTAGGCAGTGAA-G-C-A--A---------GA-G----C-AC----CAA-T-ATG--T-A--GC---AGCA-CCA---A-A--A-TA-TC--A---A---A--------T-T-----C-----------------------C-------C-----TTG-----------------------------------------------T----A---AA-TCC--TGATT--------A-TGCCAA------ATTTTGCATTTTTGATC--AG---AAAAC------TGC-A-T-CA-A-AT-T-T-T-A--AA------GG-----CAC-T-A-A-AG-T---AAATACA----Caat
gi|24                         :                             TATTTTAGCG-G---GATTCT-AT--ATTT-T-AGCGCGCT--TT-GACTATAA------------------------------T----TAA-T-TTC--C---------CGCG-CTC---A-A--A-TA-TG--A---A---AAGTTCTAGT-T-----T--T----CTA----TT----C--C-------T---T-CTA-------ACAT---AG-A---------AG----A----T-----CC-T----A---AA-TCA--TGGCT--------A-CGCCAA------ACAGTGC-------ACT--AGA-TCt
gi|25                         :                          tgTTAGTTTAGCC-A---GATTCATA---CTTT-T-AATG-ACC--TT-GGCTGTAAA-C-C-ACCAC--------GA-G----T-GC----TA--T-CTAG-T-G--GA---AGCA-CTA---A-T--A-CG-TG--A---A---A--------A-T-----C--T----CTA----TTT---A--T-------CT--A-TTA-T-CAA-ACAC---AG-C---------AC----ATGT-G-----C--T----A---AA-TTA--TGATT--------A-CATCAA------ATTGTGC-------ATT--AGG-TCCAGC------TGggcggttgctgatactttaaatctg
gi|26                         :                               TTTTAGTG-G---GATTAA-A---ATTC-T-AGCA-GCT--TT-GGTAGTGGA-----A--A--------------------------AA-T-ATT--T-G--AT---TGTG-TT----A-A--A-TA-TG--A---A---A--------T-T-----T--C----CTAT---TT----A--T-------CTATA-TCA-C-CAT-ACGT---AG-A---------AG----T----G-----C--T----A---AA-TTA--TTATT--------A-CGCC------------TGC-------ATC--AGC-TCTGAC------TGC-A-C-TA-A-A--T-C-A-A--AA------Tacc
gi|27                         :                         cTCTTATTGTAGCG-G---GATTCA-T---GTTT-C-AGCA-CCT--TT-GGTGATGAA-G-C-A--A---------GT-G----T-AC----TTG-T-GTA--T-T--GT---CACA-CTT---A-A--A-CA-TG--A---A---A--------A-T-----C--T----CTG----TTC---AT-T-------C---A-TTA-T-CCT-ACAC---Atatacacacgct
gi|28                         :                                                                tc-GCC--TT-GTC--TGAA-G-T-A--A---------AC-A----T-GC----TAG-T-CTA--T-G--GT---TGTG-CTA---A-A--ATTA-CA--A---A---A--------A-T-----C--T----TTAT---TT----AT-C-------C---T-TTA-T-CAT-ACAT---AA-G---------AG----AATT-G-----C--T----A---AA-TCA--acaaatgcagcg
gi|29                         :                                                ta-A---ATTT-T-AGCG-CCT--TT-G-CAGT--------A--A---------GA-G----T-GC----TAA-A-TTA--T-G--GC---TACG-CTA---A-A--A-TA-TG--agttcaagttgctccaaaagag
gi|3                          :          ggaagttctgtatttgtagtgtTTTAGCG-A---GATTCA-A---ATTA-T-AG--------TT-GGCAGTGAG-A-C-A--A---------G-------C-AC----TGA-T-TAA--T-A--GT---TGTG-GTA---G-A--G-TA-TC--A---A---A--------A-T-----A--T----ATA----TTC---AT-C-------C---A-TTA-T-CAA-ACAA---AG-ATTCTGAACAAG----T----G-----C--T----G---AG-ACA--TAATT--------A-CACTTG------ATAGTGC-------AGC--AGC-TCCTGT------TGA-A-C-CA-ATG--T-T-T-A--GATTCATGTA-----CTC-C-A-A-ACTT---AAGTACACAGTCA-TACAGgctacgctaaattaagaaattacacggagaagaagcgctaa
gi|30                         :                                   AGCA-G---GCTTCA-A---ATTT-T-AGCA-GCT--TT-GGCATTGAA-ACC-A--A---------GT-G----T-GC----TAA-T-TTA--T-G--GT---TGTG-AT----A-A--A-TA-TGA-A---A---A--------T-C-----C--C----TTAGGC-CT----AT-C-------C---A-TTA-T-TA
gi|31                         :                                                                     c--TT-GGCAGGAAA-G-C-A--A---------GG-G----C-AC----TAA-T-CTC--T-A--GT---TGCA-CTA---A-A--A-TG-TG--A---A---A--------T-T-----A--T----CTG----TT----A--T-------C---A-----------ACA----AG-G---------AG----AAATTG-----C-------A---AA-TCG--T-ATTG-------A-CACCAACT----ATAGatcacaaaacaagtgtg
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                  -TTA-T-CGTTACAT---AG-A---------AATGTTAT---G-----C--T----A---AA-TTA--TGATT--------A-TGCTGC------ATAGT---------ATC--AGC-TCAAAT------TGC-A-C-CA-A-A--T-T-TTA--GA------TA-----CAC-T-A-A-AA-T---AAGCACA----CA-
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                              CAC---AG-A---------AG----C----G-----C--T----A---AA-TTA--TAATT--------A-CGTAAA------GTAGAAC-------ATA--AAC-CCTGAC------TGC-A-C-GATG-C--T-T-T-A--AA------CA-----CGC-T-A-A-AA-TAAAAAGTACA----CA-TACAgt
gi|4                          :                          TCTAATTTTAGCA-GTCTAACTCA-A---ATTT-T-AGTG-GCT--TT-GGCAGAAAA-G-C-A--A---------GT-C----T-GC----TAA-T-TCC--T-A--GT---TGCG-GTA---A-A--A-TA-TG--A---A---A--------T-T-----C--T----TTA----TC----AAAC-------C---A-CTC-T-TAT-ACAT---AG-A---------AG----A----A-----T--C----A---AA-TCA--TGATT--------A-CACCAA------ATAGTGC-------ATT--AGT-TCCATC------TGC-C-C-CA-A-A--T-T-T-A--AA------TA-----TGC-T-A-A-AG-T---GAGT-CA----CA-TACAGata
gi|5                          :                           CTTATTTCAGCAAG---GATTTG-A---GTTT-T-AGCA-GCT--TT-TGTTGTGAT-G-T-A--A---------GA-G----T-GC----TGA-T-ATA--TTG--AT---TTTG-CTG---A-A--A-TG-TG--A---A---AATCT----C-T-----C--T----TCA----TT----G--------------A-TTA-T-CAA-ACAC---AA-ATCA------AG----C----T-----C--T----A---AG-TCG--TGACT--------A-CGCCAA------ATAGTGT-------ATT--AGC-TCTGAT------TG------CA-T-A--T-T-T-A--GA------TA-----TAC-A-A-A-AA-T---AAATATA----CA-TAC
gi|6                          :                          taTTGTGTTAACG-A---GATACA-A---ATTT-T-AGCA-GT-----------TGAA-G-CAA--A---------AT-G----T-TC----TCATT-TTA--A-G--AT---TGC--TTA---A-A--A-TA-TA--A---A---A----------T-----C--T----TTGGCTTTT----GGTT-------C---A-TTATT-CAT-ACAT---AC-A---------AG----A----GGTGCTC--T----A---AA-TTAATTGATT--------A-CACT-A------ATAGAGC-------ATC--ATT-TCCAAC-------GG-A-C----A-A--T-T-T-G--AAT-----TA-----TA--T-A-G-AT-T---AAGTAC-----CATTACAG
gi|7                          :                                    aaG-A---GATCAA-A---ATAT-T-AACG-ACT--TT-GACGATGAA-A-C-T--A-------------------------TAC-A-TTG--T-G---T---TG--------------A-TA-T-------A---A--------T-TTC---C--T----TCA----TT----A--CATGAATCC---A-TTC-T-TAT-TCAA---GG-A---------AA----AC---G-----CAAT----G---AA-TCA--TGAGT--------A-TGCCAATTTCATGTAGTGC-------ATT--AAC-TCCAAC------TAC-G-C-CA-A-A--T-T-CAA--AA------TA-----TGT-T-A-A-AA-T---TAGTTCA----CA-TATAGt
gi|8                          :                         tggTTGTGTTAACG-A---GATACA-A---ATTT-T-AGCA-G------------TGAA-GGC-A--A---------AAAG----T-TC----TCA-T-TTA--A-A--AT---TGCT-CTA---A-A--A-TA-TA--A---A---A--------T-TTTTGGT--T----TTG----TT---------------C---A-TTA-TCCAT-ACAT---AC-A---------AG----AGGT-G-----C--T----A---AA-TTAT-TGATT--------A-CACT-A------ATAGAGC-------ATC--ATT-TCCAAC------GGA-A----A-A-A--T-T-T-G--AA------TA-----TAC-T-A-G-AT-T---AAGTAC-----CA-TACAGtaccgattc
gi|9                          :                                   ttgtaa---GATCCA-C---ATTT-C-AGTA-ACC--TC-GGTAGTGAA-G-C-A--A---------GA-G----T-GCATGCTAC-T-TTA--T-G--GT---TGTG-CTATTTACG--A-TA-TA--A---A---A--------T-T--------T----CTA----TTTGACAT-C-------C---A-TTA-T-CAT-ACAT---AG-C---------AG----A----A-----G--T----ACAAAA-TCA--T-ATT--------AATGCCAA------ATAGAGC-------ATC--AGG-TTCGAT------TGC-A-C-CA-ATT--T-T-T-A--GA------CA-----TG--T-A-A-AA-T---AATGACA----CA-TA

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consensus                     :                          TCTTATTTTAGCG-G---GATTCA-A---ATTT-T-AGCG-GCT--TT-GGCGGTGAA-G-CA--A---------GA-G----C-GC----TAA-T-TTA--T-G--GT---TGCG-CTA---A-A--A-TA-TG--A---A---A--------T-T-----C--T----TTA----TT----A--C-------C---A-TTA-T-CAT-ACAT---AG-A---------AG----A----G-----C--T----A---AA-TCA--TGATT--------A-CGCCAA------AT--AGTGC-------ATC--AGC-TCCAAC------TGC-G-C-CA-A-A--T-T-T-A--AA------TA-----CGC-T-A-A-AA-T---AAGTACA----CA-TACAG
Reference ( family-4141 )     :                          TCTTATTTTAGCG-G---GATTCA-A---ATTT-T-AGCG-GCT--TT-GGCGGTGAA-G-CA--A---------GA-G----C-GC----TAA-T-TTA--T-G--GT---TGCG-CTA---A-A--A-TA-TG--A---A---A--------T-T-----C--T----TTA----TT----A--C-------C---A-TTA-T-CAT-ACAT---AG-A---------AG----A----G-----C--T----A---AA-TCA--TGATT--------A-CGCCAA------AT--AGTGC-------ATC--AGC-TCCAAC------TGC-G-C-CA-A-A--T-T-T-A--AA------TA-----CGC-T-A-A-AA-T---AAGTACA----CA-TACAG
gi|1                          :                           CTTATCTTAGCA-A---GATTCA-A---ATTG-T-AGCA-CCT--TT-AGCAGTGAA-A-CA--A---------AA-GAAATT-GG----TAA-TATTT--T-GAAGT---TACG-CTG---A-A--A-AA-TG--A---A---A--------T-T-----C--T----CTA----TTC---AT-C-------C---A-TTC-T--A--ACAG---AGAA---------AG----AGC--G-----C--TATTAA---AA-TCG--T-ATTCAGTTACAA-CACTAA------AC--AAAGT-------ATC--AGC-TTTAAC------TGC-A-C-CA-A-AT-T-T-T-A--TA------TG-----CGC-T-A-T-GT-T---AAGCACA----CA-TACAG
gi|10                         :                                 aTAGTG-G---GATTCA-A---CTGT-T-AGCA-GCT--TT-GGTGCTGAA-G-CA--A---------GC-A----C-AC----TAA-T-TAT--T-A--GT---TGTG-TTG---A-TTTA-TC-TT--A---ATCTA--------T-T--------T----TTA----T--------C-------T---A-TCC-T-TAC-ACAT---AG-A---------AA----A----A-----A--C----ACAGAA-TCA--TGATT--------A-CGCTGA------AT--AGTCC-------ATC--AGC-TTCAAC------TGT-G-C-TA-A-AT-T-T-T-G--AT------TA-----CTC-C-A-A-AA-T---AAATGTG----CA-TACAG
gi|11                         :                                  TAGCT-T---GATTC--------TT-T-AGCA-GCT--TT-GGTGGTGAA---TA--A---------GA-G----T-GC----TAC-T-TTA--T-ATAAT---TACT-CTA---A-A--A-TA-TG--A---A---C--------A-T-----C--T----CCA----T--------C-------C---A-TTA-T-CAT-ACAT---AG-A---------AG----AAGT-G-----C--A----A---AA-TTG--GAATT--------A-CTTCAA------AT--AGTGC-------ATC--AGC-TCTAAA------T---------------T-T-T-A--AA------TA-----CGC-TAA-A-AA-A---AAGTACA----CA-TACAGt
gi|12                         :                                             catattacaataTT-A-AGTG-GTTAATT-GGCGGGGAG-G-CA--ACATCTACATGA-G----C-AC----AAA-T-TCA--T-T--GT---TATG-CTA---G-A--A-TA-TG--A------------------------T--T----TTA----------A--A-------C---A-GTA-T-CTT-ACAT---TC-A---------AG----AA---G-----C--TTA--A---AG-TCA--TGCTT--------A-TTCCAA------AT--AATGC-------ATCAGAGT-GCCAAC------TGT-G-C-CA-A-A--TGT-T-A--GA------TA-----TAC-A-A-A-AT-T---AAGTACA----TA-TGCAta
gi|13                         :                                TTT-GCA-G---GATTCA-C---ATTT-T-TGCT-CCT--TT-GGTGATGAA-A-TG--G---------GA-G----C-AA----AAA-T-CTA--T-G--AC---TGCA-GTA---A-T--A-TT-TT--AATTA---A--------T-T-----C--T----TTT----TTC---AT-C-------C---A-TTA-C-CAC-ACAT---AG-A---------AGT---AAC--G-----C--T----A---AC-TCA--TGATT--------G-AACC-A------AT------C-------ATC--AGC-TCCGACGTCGATTGC-G-G-CA-A-A--T-T-T-A--AA------TT-----C-T-T-ATA-AA-T---ATGTACA----CA-ctgtaaatgt
gi|14                         :                             TATTTTAGCG-T---GATTCA-T---ATTT-G-AACA-CCT--GA-AGCAATGAA-G-CT--A---------TA-G----A-GC----TTT-T-CTA--T-A--CC---TATATCTA---A-A--A-TAGTA--A---A---A--------T-T-----TGAC----TTG----T--------C-------T---A-CTC-T-CTT-GCAT---AG-A---------AG-----------------------------------TGATT----------CACCAA------ATTGTGTGT-------ATA--AAC-TTCAAT------TGC-A-T-CA-A-AATT-T-T-G--GA------TT-----TGC-T-A-A-AA-C---AAGTA
gi|15                         :                tatgtatattacTTGTGTTAACG-A---GATACA-A---ATTT-T-AGCA-G------------TGAA-G-CA--A---------AA-G----T-TC----TCA-T-TTA----A--AT---TGCT-CTA---A-A--A-TA-TA--A---A---A--------T-T-----T--TGGTTTTG----TT---------------C---A-TTA-T-CAT-ACAT---AC-A---------AG----A----GGTG--C--T----A---AA-TTA--TGATT--------A-CACTAA------AT--AGAGC-------ATC--ATT-TCCAAC------TGT-G-TGAA-A-A--T-T-T-G--AA------TA-----TAC-T-A-G-AA-T---AAGTAC-----CA-TACAG
gi|16                         :                                                                     T--TT-AGCGGTGAA-G-CA--A---------GA-G----T-GA----TAA-T-CTA--T-G--GT---TGCC-CTA---A-A--A-TA-TGTTG---A---A--------T----------C----TAA----AT----G--T-------C---AGTTA-T-CAA-ACAT----C-A---------AG----T----G-----C--T----A---AA-CCA--TGATT--------A-CACCTA------AT--ACTGC-------TTC--AGA-TCTAAT------TAT-G-C-AA-A-AG-T-T-T-G--AA------TA-----CAT-T-A-A-AA-T---AAGTCCA----CA-TCCAt
gi|17                         : gtatgtggacttatcacgattcgtatCTTATTTTGGCG-G---CATTCA-T---ATAT-T-AGCA-CCA--GT-GTTGCTGAG-A-CA------------GA-G--------------------G--T-G--GTACCTGCA-CTA---A-A--A-TC-TG--A---A---AA-------TAT-----C--T----TTA----T--------C-------C---A-TTA-T-CAT-GCATA--AA-A---------AG----C----G-----C--C----A---AA-TCA--TG-TA--------A-CGCCAA------AC--AGTGA-------ATC--GAC-TTCTGT------TGC-A---CA-A-ACTT-T-T-A--GA------TA-----CGC-T-A-A-AA-T---A
gi|18                         :                                                gtacatgtaTT-T-AGCA-TCT--GT-GGTTATGCA-T-CA--A---------AA-G----C-AC----TA-----TA--T-G--GT---TGTG-CTA---A-A--A-TA-GGG-A---A---A--------T-T-------------TTAGGT-TT----A--T-------C---A-ATA-T-CAT-GCTTGTAAC-A---------AG----T----G-----C--T----C---AT-TTG--TGATT--------T-CACCAA------AT--AGTGT-------ATC--A-----TAGG------TGT-GAC-TA-A-ATTT-T-T-G--GA------TA-----TGCGT-A-AGAA-T---GAG--CA----AA-TACAGga
gi|19                         :                          aCTTATTTTAGCT-G---GATTAA-A---ATTT-TTGGCA-GCT--TT-GGTGGTGAA-A-C-------------GA-A----T-AC----TTA-T-TTA--T-G--GT---TGCA-ATG---A-A--A-TA-TC--A---A---T--------T-T-----T--T----TCA----T----------------------TTA-T-C----C--------A---------AT----A----G-----C--T----A---AATTCA--TGGTT--------A-CACCAA------AT--ACT---------ATC--AAC-TATAAA------TGT-G-C-CA-A-ATTT-T-T-A--AA------TA-----CGC-T-A-A-AA-T---AAATACA----tatt
gi|2                          :                       gtaTCTTATTTTAGCA-G---GAT--A-ATGTATTT-T-AGCA-ACT--TT-GCAGGAAAATG-CA--G---------GA-A----CTGCTA--TAA-T-TCA--T-G--GC---TAC--TTA---G-A--A-TA-TG--A---A---A----------T-----C--A----CTA----TA----G--C-------C---A-TTT-A-CAT-ACAC---AG-A---------AG----AAGC-A-----C--T----A---AG-TTA--CAAAT--------T-TTCC-A------AT--GGTACTTCA---ATC--AGCATCTTACA-----TGTAG-C------A--T---------A------TA-----GGC-T-A-A-AA-T---GAGTACA----CA-TA
gi|20                         :                       gtgtCTTATTTTAGCG-A---GATCCA-A---ATTT-T-TGTG-GTT--C----------A-G-TA--A---------AA-G----T-GC----TGA-T-TTA--T-G--GT---TCCA-CCA---A-A--A-TA-TG--A---A---A--------A-T-----C--T----CTA----TT----GATC-------C---A-TTA-A-GAG-ACGT----------------AG----A----G-----C--A----A---GG-ACA--AG------------------A------AT--AGGGC-------ATC--AGC-TCCAAC------TGG-G-C-C--A-T--T-T-T-ATTAA------TG-----CGC-A-A-A-AA-T---GAGTACA----tggtacactg
gi|21                         :                         taCTCATTTTAGCG-G---AATTCA-T---ATTT---AGCG--CA--TT---CTAT----------------------------C-GC----TAA-G-TCAAAT-G--TT---CGTG---A---A-A--A-TG-------------G--------T-A-----C--T----CTA----TC----A--------------A-TTA-T-TAT-ACGT---AA-A---------GG----A----GTG---C--A----G---AA-TCA--TGACT--------A-CGCTGA------AT--AGTGT-------ATC--AGC-T--------------------A-T-A--T-TCT-A--AA------TA-----TGC-T-A-A-AT-C---ATTTACA----CA-TAGAGgtataa
gi|22                         :                                                 atgtgtaTTTAT-AGTA-CCT--TT-GATGGTAAA-G-CA--G---------GA-G----C-CC----TAA-C--------G--TT---TGGG--TA---A-T--A-CA-TG--A---A---A--------A-T-----C--TC---TTT----TT----GT-C-------C---T-TTA-T-CAT-ACTT---TG-A---------TG----ATTATG-----C--C----A---AA-T-A---GACT--------G-----AA------AT--AGTGT-------ATT--GGC-TCCAGC------TGC-A-C-CA-A-AT-T-T-T-G--AA------TATTCAGCAC-T-A-A-AA-T---AAATACA----CA-tat
gi|23                         :                            tTATGTTAGCT-G---GATTCA-A---ATTG-T-AGTG-GTT--TTAGGCAGTGAA-G-CA--A---------GA-G----C-AC----CAA-T-ATG--T-A--GC---AGCA-CCA---A-A--A-TA-TC--A---A---A--------T-T-----C-----------------------C-------C-----TTG-----------------------------------------------T----A---AA-TCC--TGATT--------A-TGCCAA------AT--TTTGCATTTTTGATC--AG---AAAAC------TGC-A-T-CA-A-AT-T-T-T-A--AA------GG-----CAC-T-A-A-AG-T---AAATACA----Caat
gi|24                         :                             TATTTTAGCG-G---GATTCT-AT--ATTT-T-AGCGCGCT--TT-GACTATAA-----------------------------T----TAA-T-TTC--C---------CGCG-CTC---A-A--A-TA-TG--A---A---AAGTTCTAGT-T-----T--T----CTA----TT----C--C-------T---T-CTA-------ACAT---AG-A---------AG----A----T-----CC-T----A---AA-TCA--TGGCT--------A-CGCCAA------AC--AGTGC-------ACT--AGA-TCt
gi|25                         :                          tgTTAGTTTAGCC-A---GATTCATA---CTTT-T-AATG-ACC--TT-GGCTGTAAA-C-CACCAC--------GA-G----T-GC----TA--T-CTAG-T-G--GA---AGCA-CTA---A-T--A-CG-TG--A---A---A--------A-T-----C--T----CTA----TTT---A--T-------CT--A-TTA-T-CAA-ACAC---AG-C---------AC----ATGT-G-----C--T----A---AA-TTA--TGATT--------A-CATCAA------AT--TGTGC-------ATT--AGG-TCCAGC------TGggcggttgctgatactttaaatctg
gi|26                         :                               TTTTAGTG-G---GATTAA-A---ATTC-T-AGCA-GCT--TT-GGTAGTGGA----A--A--------------------------AA-T-ATT--T-G--AT---TGTG-TT----A-A--A-TA-TG--A---A---A--------T-T-----T--C----CTAT---TT----A--T-------CTATA-TCA-C-CAT-ACGT---AG-A---------AG----T----G-----C--T----A---AA-TTA--TTATT--------A-CGCC--------------TGC-------ATC--AGC-TCTGAC------TGC-A-C-TA-A-A--T-C-A-A--AA------Tacc
gi|27                         :                         cTCTTATTGTAGCG-G---GATTCA-T---GTTT-C-AGCA-CCT--TT-GGTGATGAA-G-CA--A---------GT-G----T-AC----TTG-T-GTA--T-T--GT---CACA-CTT---A-A--A-CA-TG--A---A---A--------A-T-----C--T----CTG----TTC---AT-T-------C---A-TTA-T-CCT-ACAC---Atatacacacgct
gi|28                         :                                                                tc-GCC--TT-GTC--TGAA-G-TA--A---------AC-A----T-GC----TAG-T-CTA--T-G--GT---TGTG-CTA---A-A--ATTA-CA--A---A---A--------A-T-----C--T----TTAT---TT----AT-C-------C---T-TTA-T-CAT-ACAT---AA-G---------AG----AATT-G-----C--T----A---AA-TCA--acaaatgcagcg
gi|29                         :                                                ta-A---ATTT-T-AGCG-CCT--TT-G-CAGT-------A--A---------GA-G----T-GC----TAA-A-TTA--T-G--GC---TACG-CTA---A-A--A-TA-TG--agttcaagttgctccaaaagag
gi|3                          :          ggaagttctgtatttgtagtgtTTTAGCG-A---GATTCA-A---ATTA-T-AG--------TT-GGCAGTGAG-A-CA--A---------G-------C-AC----TGA-T-TAA--T-A--GT---TGTG-GTA---G-A--G-TA-TC--A---A---A--------A-T-----A--T----ATA----TTC---AT-C-------C---A-TTA-T-CAA-ACAA---AG-ATTCTGAACAAG----T----G-----C--T----G---AG-ACA--TAATT--------A-CACTTG------AT--AGTGC-------AGC--AGC-TCCTGT------TGA-A-C-CA-ATG--T-T-T-A--GATTCATGTA-----CTC-C-A-A-ACTT---AAGTACACAGTCA-TACAGgctacgctaaattaagaaattacacggagaagaagcgctaa
gi|30                         :                                   AGCA-G---GCTTCA-A---ATTT-T-AGCA-GCT--TT-GGCATTGAA-ACCA--A---------GT-G----T-GC----TAA-T-TTA--T-G--GT---TGTG-AT----A-A--A-TA-TGA-A---A---A--------T-C-----C--C----TTAGGC-CT----AT-C-------C---A-TTA-T-TA
gi|31                         :                                                                     c--TT-GGCAGGAAA-G-CA--A---------GG-G----C-AC----TAA-T-CTC--T-A--GT---TGCA-CTA---A-A--A-TG-TG--A---A---A--------T-T-----A--T----CTG----TT----A--T-------C---A-----------ACA----AG-G---------AG----AAATTG-----C-------A---AA-TCG--T-ATTG-------A-CACCAACT----AT--AGatcacaaaacaagtgtg
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                 -TTA-T-CGTTACAT---AG-A---------AATGTTAT---G-----C--T----A---AA-TTA--TGATT--------A-TGCTGC------AT--AGT---------ATC--AGC-TCAAAT------TGC-A-C-CA-A-A--T-T-TTA--GA------TA-----CAC-T-A-A-AA-T---AAGCACA----CA-
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                             CAC---AG-A---------AG----C----G-----C--T----A---AA-TTA--TAATT--------A-CGTAAA------GT--AGAAC-------ATA--AAC-CCTGAC------TGC-A-C-GATG-C--T-T-T-A--AA------CA-----CGC-T-A-A-AA-TAAAAAGTACA----CA-TACAgt
gi|4                          :                          TCTAATTTTAGCA-GTCTAACTCA-A---ATTT-T-AGTG-GCT--TT-GGCAGAAAA-G-CA--A---------GT-C----T-GC----TAA-T-TCC--T-A--GT---TGCG-GTA---A-A--A-TA-TG--A---A---A--------T-T-----C--T----TTA----TC----AAAC-------C---A-CTC-T-TAT-ACAT---AG-A---------AG----A----A-----T--C----A---AA-TCA--TGATT--------A-CACCAA------AT--AGTGC-------ATT--AGT-TCCATC------TGC-C-C-CA-A-A--T-T-T-A--AA------TA-----TGC-T-A-A-AG-T---GAGT-CA----CA-TACAGata
gi|5                          :                           CTTATTTCAGCAAG---GATTTG-A---GTTT-T-AGCA-GCT--TT-TGTTGTGAT-G-TA--A---------GA-G----T-GC----TGA-T-ATA--TTG--AT---TTTG-CTG---A-A--A-TG-TG--A---A---AATCT----C-T-----C--T----TCA----TT----G--------------A-TTA-T-CAA-ACAC---AA-ATCA------AG----C----T-----C--T----A---AG-TCG--TGACT--------A-CGCCAA------AT--AGTGT-------ATT--AGC-TCTGAT------TG------CA-T-A--T-T-T-A--GA------TA-----TAC-A-A-A-AA-T---AAATATA----CA-TAC
gi|6                          :                          taTTGTGTTAACG-A---GATACA-A---ATTT-T-AGCA-GT-----------TGAA-G-CA--A---------AATG----T-TC----TCATT-TTA--A-G--AT---TGC--TTA---A-A--A-TA-TA--A---A---A----------T-----C--T----TTGGCTTTT----GGTT-------C---A-TTATT-CAT-ACAT---AC-A---------AG----A----GGTGCTC--T----A---AA-TTAATTGATT--------A-CACT-A------AT--AGAGC-------ATC--ATT-TCCAAC-------GG-A-C----A-A--T-T-T-G--AAT-----TA-----TA--T-A-G-AT-T---AAGTAC-----CATTACAG
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