lowQualScore : 11111 666666666666666666666666666666666666 11111111 77777777777777777777777777777 1111111 1 1111 2222222 1 22222 11 8888888888888888888888888888 111111 55555555555555555555 111111 22222222 22 33333333 333 22 1111 11 1111111111 11111 111 1111 1111111 1 66666666666666666666666666666666666 3333333333333 11 1111 333 11 11 222222222 888888888888888888 11 111111 444444444444444444444444444444 2222222 11 4444444444 22222 11111111 1 1111 11111111 22 222222222222 2 1
lowQualScore : 1 77 5 999 5 33333 0 555555555555555555555555555555555555 77 11111111 77 66666666666666666666666666666 1 9999999 3 0000 666 6 1111111 99 99 1 6 6 22222 55 7 0 4444444444444444444444444444 3 555555 66666666666666666666 999999 44444444 6 11 5 11111111 5 5 0 0 000 5 5 66 5 66 4 4 66 88 6666 4 00 4444444444 66 55555 1 333 4 66 4 4 1111 1111111 3 4 4 99999999999999999999999999999999999 66 9999 6666666666666 1 4 4 00 66 4 1111 111 4 66 00 4 5 00 66 1 000000000 444444444444444444 5 77 6 11 77 66 5 77 5 666666 5 77 66 333333333333333333333333333333 5 6666666 66 33 2222222222 00000 66666666 3 3333 4 4 66666666 1 4 4 66 8 2 999999999999 666 2 3 7 3 88 3 3 55 7 3 55 3 5
lowQualScore : . .. . ... . ..... . .................................... .. ........ .. ............................. . ....... . .... ... . ....... .. .. . . . ..... .. . . ............................ . ...... .................... ...... ........ . .. . ........ . . . . ... . . .. . .. . . .. .. .... . .. .......... .. ..... . ... . .. . . .... ....... . . . ................................... .. .... ............. . . . .. .. . .... ... . .. .. . . .. .. . ......... .................. . .. . .. .. .. . .. . ...... . .. .. .............................. . ....... .. .. .......... ..... ........ . .... . . ........ . . . .. . . ............ ... . . . . .. . . .. . . .. . .
lowQualScore : 7 99 0 333 7 77777 1 111111111111111111111111111111111111 44 99999999 99 77777777777777777777777777777 7 7777777 3 0000 888 7 7777777 22 22 3 7 7 88888 88 3 1 3333333333333333333333333333 2 777777 55555555555555555555 222222 22222222 7 99 0 00000000 0 0 1 4 000 0 0 99 0 11 4 4 11 11 0000 4 66 3333333333 11 66666 9 999 4 44 4 4 4444 1111111 3 4 4 99999999999999999999999999999999999 11 4444 6666666666666 9 4 4 66 11 4 8888 777 4 11 66 4 0 11 99 7 000000000 111111111111111111 7 99 7 11 99 44 7 77 7 444444 7 99 99 111111111111111111111111111111 0 2222222 99 88 8888888888 55555 55555555 6 9999 8 4 88888888 1 0 0 88 0 3 999999999999 444 0 6 3 6 66 3 6 00 3 6 00 6 0
consensus : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTTTT-T---GTAAAAA-T---------------------TGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTGA-AT---G-----T---T--C-CC--A---GTAAAAGA--A--CTTT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-AA-------TGGG--TTT--TAGAGAAGTTCAA-TA-TTCA--T--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATACTA-TAT-G-T--A-ATAT--AAAA---TAAGAATATT--T-ATAAATTTACA-----A--AATCTATTGA------TACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG--ATA-NAATTTT-TATA--GAAAAG-T--T-C---TGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACG---AAA-G-CA-TTGGC-AA-A------------CATAT--GT-------G-ATGCA--CT----TATATA----GCAT-ATATTT-AT-AC--AC--T-A--T-ATA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TACTACTTA----TACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTTT--TTC-TT-T-GCTG-A------CC-C--CCCCCCCC--C---------------------CCTCTTCCTTTTCTA-T-TTA--AT--AAC--TT---CGCACA-TATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATAAT--A-TAT-AT----AAG-AGAAATTATTGT-TG-ATGTCA-TCGT-ATTATA-T-----TTAT-AATG---TGCATGCAT-GTA-TATAT-G--T-GA-AAGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAC
Reference ( gi|3 ) : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCC--TCCTGT-ACTTTT-T---GTAAAAA-T---------------------TGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTGA-A----G-----T---T--C-C---A---GTAAAAGA--A--ACTT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-AA-------TGGG--TTT--TAGAGAATTTCAA-TA-TTCA--T--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATA-TA-TAT-G-T--A-ATAT--AAAA---TAAGAATATT--T-ATAAATTTACA-----A--AAT---TTGA------TACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCAT-G-T-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AGA-ATA-TATTTTT-TATA--GAAAAG-T--T-C---TGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACG---AAA-G-CA-TTGGC-AA-A------------CA-----GT-------G-ATGCA--CT----TAT-TA----GCAT-ATATTT-AT-AC--AC--T-A--T-ATA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACGCTTCTACTTACATGTACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTTT--TTC-TT-T-GCTG-A------CC-C--CCCCCCTC--C---------------------CTTCTTC--TTTCTA-T-TAA--AT--AAC--TT---CA-AC--TATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATGAT--G-TAT-AT----AAA-AGAAATTATTGT-TG-ATGTCATTCGT-ATTATA-C-----TTATAAATG---TGCATGCAT-GTA-TATAT-G--TGGA-AAGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAACAAC
gi|2 : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TACTGT-ACTTTT-T---ATAAAA--T---------------------TGA---------CA----------------ATCATTTATTTG--TTGA-AT---G-----T---T--T-CCA-A---GTAAAAGA--A--CTTT-GGTGTA-T--AAA-T-GAAG-AA-------TGGA--TTT--TAGAGAAGTTCAA-TA-TTCA--T--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATG-T--------------------------------TATT--TGGTAAAC--------------AC---TTG----------TTGT--------AAAA-CAAT-TT-ATTT-TTGCG--A-TTGAATATAAAAAT-GGTCCTATATTGCATGG-T-GA-TA--TCCT-TAT--AAAGAT-G-ATCAT--AG--ATA-TAATTTT-TATG--TAAAAGTT--T-C---TGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACA---AAA-GACA-TTGGCAAA-A------------CATAT--GT-------G-CTGCA--CT----TACATA----GC-T-ATATTT-AT-AC--AC--T-A--T-ATAG--TT-T--AT--A-TAGTT-GTAT-TT--GTTTCCA-----C-TG-T-TTAC----TTAC-TAAACTTACAA-TAGAAAAT--TA-GGTT-TTTT--TTCTTT-T-GCTGCA------CC-C--CCCCCCCC--C---------------------CTCTTCC--TTTCTA-T-TTAGTAT--AAC--TT---TACACA-TATATTT-ATA-AAAAAAT------T-ATAAT--GATAT-AT----AAA-GCTAAATATTG--TG-ATGTCA-TCATAATTATATT-----TTAT-AAT----TCCATGCAT-GTA-TATAT-G--TGGAGAAGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACA
gi|5 : agaagggacttgttacttgggtttctaaatggaaataaaacaatattttattcagtgatgcagtgtggaagaaatagctgagattccctataaaataacctaggaatcaaaacttcactggcttcaattccaaattttgcatagaattatacctacaagctactatttatttcggtTATAATTCATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTTTT-T---GTAAAAA-TGACACGCACATTTTGTAAAAATGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATGTG--TTGA-AT---G-----T---T--T-CCA-A---GTAAAAGA--A--CTTT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-AA-------TGGG--GTT--TAGAGAAGTTCAA-TA-TTCA--A--TGT--AGCTTTGGCAGACAAGAAATACTA-TTTGG-TA-A-ATATG-AAAA---TAAAAATATT--T-ATAAGTTTA-A-----A--AATCTATTAA------TACTTGTT-G--T--AAAA-CAAT-TT-ATTT-TTG-C--ATGTAAATATAAAAGT-GTTTCTAAATTGTATGG-T-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATAAT--AG--ATA-TAATTTT-TATA--GAAAAGTT--T-C---TGT--T-----GTTACG---AAGT-TGT-AGA-TAAAA-T--AGAAT---G---AAAGG-CA--TGGC-AATA------------CATAT--GT-------G-ATGCT--CTATAGTA--TA----GCA--A-ACTT-AT-ACA-AC--T-A--T-ATGAC-TT-T--AT--GATAGTTGGTA--TT--GTTTTCATTC--A-TA-A-TTACA-TACTACTT-----TACAATTAGAACATCGTT-GAATAGTTT--TTC-TT-
gi|1 : atttttactttagatatTAAAGT-AA-AGA--CTC-CCT--TTCTGT-ACTTTTCT---GTAAAAAAT---------------------GGA---------TAT-AGAACACGT--ATGATCATTTATTTG--TTGAGA----G-----TGTTT--CGC---A---GTTAAAAATTA--ACTTTGGTGGATG--AATAT-GAAG-AAGTGTACATGTA--TCT--TAGAGAAGTTCAA-TA-TTCA--T--TGTC-AGC-TTGATAGACAAGG-ATACTAGTATGG-T--A-AGATTGAAAACAGTAAG-ATA-T--T-ATAGAATTACA-----AACAAT---CTGATTGCAGTACTTGTT-AGTT--AAAACCAA--TT-ATTT-TGC-G--A-GTAAATATAAAAATGGTTCCTTAATTGCATGG-T-GA-CA--TCC--TAT--TAAGGTCG-ATCAT--AG--ATAGTGATTTC-TATATTAGAAAG-T--T-T---CGCTGT-----GTTACA---AAG-------AA-T-TCA------------A---AAA-G-CA-TTGACAAA-A------------CA-----GTATTGTGGG-ATGCA--CT----TAA-TATAACGCTA-ATATTTCAT-AC--ATCGT-A--T-ATC---TTAT--AT--G-TAGTT-GTATGTT--GTTTTCAATTTAG-CG-G-TTACATAGCTACTTACA-----AA-TAGAACAT--TTCGAAA-TTTT--TTG-TTATGGCTG-A------CC-C--CCCCCCCC--CCCCCCCCCCCGCCCTTCGCCTCTTCCTT--TTCCTAGT-TTA--TTTAAAC--TTTCACG-AT--GATAGTTGAT--AAAAATACTGAACT-AT-AT--A-TAT-AT----AAAGAGACATTATTGT-TG-ATGTCA-CCGT-ATTATA-CAGTATTTAT-AATG---TTCATACAT-GTT-TATGT-G--T-GA-AAGAA--AT-A----AAGA--TT-AAACgatt
gi|6 : agcccaggaatcgtaaacttcactggctatcaattcaaacttctgcactttactaatatatacctaccgaagtactactattatatttacggtTAAAGTTAATAGA--TTATCCT--TCCTGT-ACTTTT-T---G-AAAAA-A---------------------TGA---------CAA-AGAA-ACAA--TTAATCATTTATTTGGTTTGA-AAT--G-----T---T--T-CCCAA---GT-AAAGA--A--CTTT-GGTGTA-G--AAT-TAGAAGAAA-------TGGT--TTT--TAGAGAAATTCAATTATTTCA--CG-TGT--AGC-TTGATAGACAAGGAATA-TA-T-T-GTT--ACATAT--GACA---TAAGAGTA------ATAAA-ATACA-----A--AATCTATTGA------TACTTGTTCG--T--AAAA-CAAT-TT-GTTT-TTT-GCTA-GTAAATATAAAAAT-GT--CT--ATTGCATGG-T-GA-CACTTACT-TAT---AAGGT-G-ATCAT--AG--ATA-CATTTTTATATA--GAAAAG-T--T-C---TGC--T-----GTT-CATCCAAGTGTGT-AGA-T-TTA-T--AG-AT-ATA---AGG-G-CA-TTGGC-AA-A------------CATATATGT-------A-ATG-A--CT----TATATC----G-ATCATATTT-AT-AC--AC--T-AAGA-ATAC--TT-T--AT--A-TAGTT-GTAT-TT--GTTTcccccaaaaagggaaaagaa
gi|4 : ctatttatttcggtTAAAGTTAAT-GA--TTCTCCTCTTCCTTTTACTCTT-TTCTGTAAAAA-A---------------------TGACCCCAACACCATGAGAA-ACAATTTTGATCA-TTA--TG--TTGA-AT---GCCGTTT---T--C-C---AAGCGTAAAAGA--ACTCCTTAGGTGT
gi|20 : atttttttttttggtgtttaTAAAGTTAATAGA--CTCTCCC--TCCTGT-ACTTTT-T---GTAAAAA-----------------------TGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTGA-AT---G-----T---TTCC-T---A---GTAAAAGA--tttcctttttttctttttttgctgttttgtattaaaaattgaaagaaataaagaatgggatttttagaaaagttcgatattcatgttgtttagctttgataaacaagtgatactatttggcaaatatgaaaataagaatattcatataaattaacaccaaaaaatctattgatacttgtgttaaaaacaaatttatttgctagtaaatataaaaatgtcctaagctgcatggtgaccatcactataaaggtgaatcatagatagaatttatagaaaagattccctcgcctgtgggttaaagttgtaagactttatagagaataatgaacaaggcagttgaccaagaaggcatatgtcagcatgcaactgtataacatatatttatacactaattactttatcggtagt
gi|7 : AAAGTAAATAGATACTC-CCC--TGCTGC-ACTTTT-----GCAAAAG-T----------------------GA---------CAT-AGAA-A--------ACCAT--GTTTG--TAGA-CTTGTG-----T---T--T-T---C---GGAAGAAA--G--AATT-GGTGGT-GCTAAT-C-GAAA-AT-------CTGG--TTTCTTGTCTAATTGTAA-TA-AACAAAT--T-C--AGCT--GATAGACAAGCAATA--A-TA
gi|4 : atcctaaatcaattctaatattctttaaaatataataaagggttgcaaagatttgtataatattttatataggatagaaaaagggtaccaatcacctctctttattaaaatggattgagaatggtgaactgtcaatgaggtagaatggaataaaatattcgagctccttttaaaataacaaaagagtcaaaacttcaacgttaacatatctagtattacttcatcgaacaatccccactaacaaattttttttataactgA-G--AAA-T-AAAG-AA-------TGGGATTTT--TAGAAAAGTTCGA-TA-TTCA--TGTTGTTTAGCTTTGATAAACAAGTGATACTA-TTT-G-GCAA-ATATG-AAAA---TAAGAATATTCAT-ATAAATTAACACCAAAA--AATCTATTGA------TACTTGT--G--TTAAAAA-CAAATTT-ATTTGCT-----A-GTAAATATAAAAAT-G-TCCTAAGCTGCATGG-T-GACCA--TCAC-TAT--AAAGGT-GAATCAT--AG--ATA-GA--ATT-TATA--GAAAAGAT--T-CCCTCGC--CTGTGGGTT--A---AAGT-TGTAAGACT-TTA-TAGAGAATAATGAACAAG-G-CAGTTGAC-CA-AGAAGGCATATGTCA-----GC---------ATGCA--AC----TGTATA----ACAT-ATATTT-AT-AC--AC--T-A--A-TTAC--TT-T--ATCGG-TAGTatttggtaaat
gi|10 : atttttttttttggtgtttataaagttaatgattctcctcttccttttactcttttctgtaaaaaatgaccccaacaccatgagaaacaattttgatcattatgttgaatgccgttttccaagcgtaaaagaactccttaggtgttttcctttttttctttttttgctgttttgtattaaaaattgaaATAGTTAAGGAA-------AT-GCT--A-GAAG--ACAA---TAAGAATATT--C-ATAAATT-ACA-----A--AATATATTGA------TATTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TTTATTT-TTG-CT-A-GTAAATATAAATAT-GTTCCTAAATTGCAT-GGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG--ATA-TGATTTT-TATA--GAAAAG-T--T-CT--TGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ATG---AAAGG-CA-TTGGCAAA-A------------CATAT--GT-------A-ATGCA--CT----TGTATA----AC-T-ATATTT-AT-AC--AC--T-A--T-ATAC--TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--ATTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TACTACT------TACAA-TAGAACAT--
gi|8 : tcA--TT-ATTT--------A---AAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCAT-GGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AGATATA--ATTTTT-TATA--GAAAAG-T--TCC---TGC--T------TTACAAC-AAGT-TGT-AA-----TAGT--AGAAT-ATG---AAAGG-CA-TTGGCGAA-A------------CATTAT-GT-------A-ATGCA--CT----TATATA----GC-T-ATATTA-TT-AC--AC--T-A--TCAAC---TT-T--AT--G-TAGTT-GTA--TT--GTTTTCAATT--A-CGAT-TTACA-TACTACTTA-------AA-TAGAACAT--TT-GAAA-TTTT--TT--TT-T-GCTG-A------CC-C--CCCCCCCCCTC---------------------CCTCTTCCTTTTCTA-TCTAT--AT--AACTTTT---CACAC--TATAGTT--------GATA------T-AT-AT--A-T-T-A-----AAG-AGAAATTAT--T-TG-ATGTCA-TCGT-ATATTA-T-----TTAT-AATG---TGCATGCATCGTA-TATAT-G--T-GC-AAGAA--ATAAAAC-AAGA--TT-AAACAAAAA
gi|11 : ttt--TT-ATTT-TTGCG--A-GTAA-TATAAGAGT-GTTCCTAA--TGTAT-GGTAGA-CA--TCCTGTATTAAAGGGT-G-ATCATGCAGA-CTA-AATTTTT-ACTA--GAAA-G-TCGT-C---TGC--TT----GTTACA---AAGT-TGA-ATA-T-ATA-TT-AGAAT-ACG---AAA-G-CA-GTTGC-AA-A-------------A-----CT---------ATGTAATCC----TAT-CA----TTAT-A-ATTT-ATTATTTAC--T-A--T-ATAATATT-C--ATA-G-TAGT--GTAC-TT--GTTTTCAATT--ACTG-TGTTACACTACTACTT-------CAA-TAGAACAT--TT-TAAT-TTTTCTTTC-TT-T-GCTG-A------CCTC--CCCCCCTC--C---------------------a
gi|9 : attAT--AAAGGT-G-ATCAT--AGA-ATA-GAATTTT-TATAC-GAAAAG-T--TCC---TGC--T-----G-TAC----AAGT-TG--AGA-T-TTA-T--AGAAC-ATG---AAG-G-CA-TT-GC-AACA------------TA-----AT-------GTAAGCA--CT----TGTATA----GC-T-ATAT-------C--AC--TAA--TAATA---CT-TTAAT--G-TA-TT-GTAT-TTTGGTTTTCAATT--ACTG---TTACA-TACTACTTAC-------A-TAGAACAT--TT-GAA--ATTT--TTC-TT-T-ACTG-ACTCCTCCC-C--CCCTCCTC--C---------------------TCTTTTCCTTTTCTA-TCTAT--AT--AACTTTT---CA-CA--TATAGTT-ATATAATAATA------TGATAAT--A-T-T-AT-----AG-AGAAATTATTGT-TG-ATGTCA-ACGT-ATTATA-------TTAT-AATG---TGCCT-CAT-GTA-TATATAG--T-GA-AAG-A--AT--AAC--AGA--TT--AACAAAAAat
gi|15 : cT-TTTT--TTC-CT-T--CTG-A------CC-CATCCCCCCTC--C---------------------CC-CTTCCTTTTCTA-T-TTA---T--AAC--TT---TC-ACA-TATAGTT-ATATAAGTATA--------ATAATTAG-TTT-CT------------ATCATTGC-TG-ATGTAATTTGT-TTTA-A-T-----TTAT-AATG-------TGCAT-GTA-TATAT-GT-TAAA-AAGAA--CT-CAAT-AAA----T-AAACAAa
gi|13 : -A------CC-C--CTTCCCTC--T---------------------TTCCTTG--TTTG-A-T-TAT--AT--AAA--TTG--CACAG--TATAGTT-ATT-AAAGCTA------T-ACAAT--A-TATTACTTCCAAG-AGAAATTATTGT-TG-ATGTAATCTGTGATTA-------------AAATG---TA----------A-GATAT-G--T-TA-AAGAATTAA-AAACAAAGAATTT-AAAAAAAAAat
gi|16 : ttttcttgccccccccttgagaac--C---------------------CCTCTTCCTTTTCTA-T-TTAT-AT--AAC--TT---TC-ACAATATAGTT-A-G-AAAAATA------T-ATTAT--A-TAT-AT----CAG-ATAAATTATTGT-TG-ATGTCA-TCGT-ATTATA-T-----TTAT-AATG---TGCATGCAT-GTA-TATGT-G--T-GA-AAAAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAA
gi|17 : --TTTCTA-T-TTAT-AT--AAC--TT---TC-ACA-TATAGTT-AGA-AAAAATA------T-ATGAT--A-TAT-AT----CAG-ATAAATTATTGT-TG-ATGTCA-TCGT-ATTATA-T-----TT-T-AATG---TGCATGCAT-GTA-TATGT-G--T-GA-AAAAA--AT-AAAC-AAGG--AT-AAACAAaa
gi|19 : tcctAT-AT----AAA-AGAGAATATTATGTGCATGTAA-TCGT-ATTACG-------TTATAAATGAATTGCATGC----TACTATAT-GGTTGGG-CAAAA--ATAAAAC-AAGA--GTAAAACAAAAAC
gi|21 : AAATTACTGT-TG-ATGTCAT-CGT-ATTATA-T-----TTATAA-TG---TACATGCAT-GTAATAGAT-G--TG-A-AAGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACA
gi|23 : acAATG---TCCATGCAT-GTA-TATAT-G--T-GA-AAGAA--AT-ACAC-AAGA--TT-
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTGAGATGACAGTATGGAACAAAATATTATGAGCTTCCCTTCAAAAAATAACCAACAGGGAAGTGAAACAATAAGGAAAAAAACCACCACACGAAAATCTAAACCTTCAATTGGCTTCAATCAAATTTTGATTTAGAATTAGAACCTTACAACACTAACTATTTTATTGCGGTTTTTTTACTTTT
Unaligned ( gi|14 ): AACAACTGCAGAAACAAAATTACAATGGATTCAATTTCAATTTCAAATGCTTCACAGACTATCTGCTACAAACTACTATTAAAATAAATGTGCTATTAAAGACTCTCCATTATGAGTTACCAGAGGCAAAAGATCATTTATTTTCAGAGTGTTTTCTAATCAAAGAGCTTTGGATCG
Unaligned ( gi|18 ): GAATCTAAACTTCAATGGCTTCAATTCAAAATTTTGCATAGAATTAGACCTACAAACTACTATTTATTTCGGTTAAAGAGCCCTATTAGAAATTGTTTTTATAAAAATAACAGATATTAA
Unaligned ( gi|22 ): AAACTTCACTGGCTTCAATTCAAAATTTTGTATATAATTATACC
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444 11111 111 222222222 1111 11111111 111111111 11 11 1 4444444444444444 111 11111 11111 11 22222222 222 1 111 11111 111 11111 1 1111111111111 1111 222 1111 111 1 333333333 222222222 333333333333333333333 11111 111111 22 22 111 11111 111111 11111
lowQualScore : 0 66 66 5 4444444444444444444444 00000 444 000000000 44 4 888 1 66 4 999999 8888 2 99999999 888 66 66 5 5 77 5 5 5 888888888 999 5 5 5 77 33 33 2 5 7 5 6666666666666666 000 9999 5 1 44444 77 0 5 77 5 33333 5 55 4 77777777 4 4 1 000 4 66 4 55 4 4 55 8 55 4 4 4 99 2 55 8 111 55 44444 222 4 0 4 4 4 4 4 55 77 44444 4 4 6 4 3333333333333 4 7777 4 4 4 4 9999 44 4 55 4 9999 888 4 55 99 4 4 88 66 0 2222 333 0 5 66 222222222 5 66 5 88 66 4 666 5 5 000000000 666666666666666666666 22222 4 222222 88 99 444 4 00000 222222 4 8 4 0 4 33333 55 3 7 3 99999 77 6 555 1 3 3 3 3 44 77 44 3 44 6 3 44 3
lowQualScore : . .. .. . ...................... ..... ... ......... .. . ... . .. . ...... .... . ........ ... .. .. . . .. . . . ......... ... . . . .. .. .. . . . . ................ ... .... . . ..... .. . . .. . ..... . .. . ........ . . . ... . .. . .. . . .. . .. . . . .. . .. . ... .. ..... ... . . . . . . . .. .. ..... . . . . ............. . .... . . . . .... .. . .. . .... ... . .. .. . . .. .. . .... ... . . .. ......... . .. . .. .. . ... . . ......... ..................... ..... . ...... .. .. ... . ..... ...... . . . . . ..... .. . . . ..... .. . ... . . . . . .. .. .. . .. . . .. .
lowQualScore : 4 99 99 0 4444444444444444444444 99999 999 000000000 88 4 222 9 11 4 999999 3333 4 00000000 000 11 99 0 7 99 7 7 7 777777777 666 7 7 7 99 66 66 0 0 6 0 0000000000000000 000 4444 1 7 33333 99 7 7 99 7 77777 7 00 4 00000000 4 4 9 000 4 11 4 55 0 0 55 0 00 0 0 0 55 0 55 0 000 55 00000 555 0 9 0 0 0 0 0 55 00 55555 0 0 0 0 9999999999999 0 5555 0 0 0 0 0000 99 0 55 0 7777 555 0 55 55 0 4 00 11 4 8888 444 0 0 99 666666666 0 99 7 66 11 4 666 0 0 000000000 888888888888888888888 55555 4 888888 33 33 222 4 88888 888888 4 1 0 8 0 22222 00 6 3 6 11111 33 7 888 0 3 3 3 3 66 99 66 3 66 7 3 66 3
consensus : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-TTGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-C--A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAA-TACTA-TNT-G-T--A-ATAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTACA-----A--AATCT-ATTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGGGTGAC-A--TCCT-TAT--AAAGGT-GA-TCAT--AG-ATA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-CT---GC--T-----GTTACA---AAGT-TGTA-GA-T-TTA-T-AGA--ATA-CGAA---A-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A----T-ATGT--G-ATGCACT-T-A-T-ATAGCAT--ATATTT-ATAC-AC--T-A--T-ATA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACTTA----TACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGAC-CC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTC-----TT-CCTTTTC------TATTTAT-ATAACTTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATAAT-ATAT-AT----AAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAC
Reference ( family-4137 ) : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-TTGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTCC-C--A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAA-TACTA-TAT-G-T--A-ATAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTACA-----A--AATCT-ATTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGGGTGAC-A--TCCT-TAT--AAAGGT-GA-TCAT--AG-ATA-NAA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-CT---GC--T-----GTTACA---AAGT-TGTA-GA-T-TTA-T-AGA--ATA-CGAA---A-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A----T-ATGT--G-ATGCACT-T-A-T-ATAGCAT--ATATTT-ATAC-AC--T-A--T-ATA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACTTA----TACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGAC-CC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTC-----TT-CCTTTTC------TATTTA--ATAACTTCGCAC-A-T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATAAT-ATAT-AT----AAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAC
gi|1 : TAAAGT-AA-AGA--CTC-CCT--TTCTGT-ACTT----------------------TTCT---GTAAAAAATGGA---------TAT-AGAACACGT--ATGATCATTTATTTG--TTG-A---GAGTG----TTTCGC--A---GTTA-AAAATTAACT--TT-GGTGGATG--AATAT-GAAG-A-AGTGTACATGTA--TCTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGTC-AGC-TTGATAGACAAGG-A-TACTAGTATGG-T--A-AGATTGAAAACAGTAAG-ATA-T--TATAGAATTACA-----AACAATCTGATTGCAGTACTTGTT-AGTT--AAAACCAA--TT-ATTT-TGC-G--A-GTAAATATAAAAATGGTTCCTTAATTGCAT-GGTGAC-A--TCC--TAT--TAAGGTCGA-TCAT--AG-ATAGTGA-TTTC-TA-TATTAGAAAG-T--T-TC---GCTGT-----GTTACA---AAG-------AA-T-TCA-------------AAA---A-G-CA-TTGACAAA-A-----C--AGTATT-GTGG--G-ATGCACT-TAA-T-ATAACGCTAATATTTCATAC-ATCGT-A--T-ATC---TTAT--AT--G-TAGTT-GTATGTT--GTTTTCAATTTAG-CG-G-TTACA-TAGCT--ACTTA----CA-AA-TAGAACAT--TTCGAAA-TTT--TTTG-TTATGGCTGAC-CC-CCCC---------CCCC--CCCCCCCCCCCGCCCTTCGCCTC-----TT-CCTTTTCCTAGTTTATTTA----AACTTT-CACGA-TGATAGTTGAT--AAAAATACTGAACT-AT-AT-ATAT-ATA---AAGAG--AC-ATTATTGTTGATGTCA-CCGT-ATTATACAGTA-TTTAT-AATG---TTCATACAT-GT-T-TATGT-G--T--G--AA-AGAA--AT-A----AAGA--TT-AAAC
gi|10 : agcccaggaatcgtaaacttcactggctatcaattcaaacttctgcactttactaatatatacctaccgaagtactactattatatttacggtATAGTTAAGGAAATGCTA-GA-----------AG--ACAA---TAAGAATATT--CATAAATT-ACA-----A--AATAT-ATTG--ATATTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TTTATTT-TTG-CT-A-GTAAATATAAATAT-GTTCCTAAATTGCATGG-TGAC-A--TCCT-TAT--AAAGGT-GA-TCAT--AG-ATA-TGA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-CTT--GC--T-----GTTACA---AAGT-TGTA-GA-T-TTA-T-AGA--ATA-TGAA---AGG-CA-TTGGCAAA-A-----C--A----T-ATGT--A-ATGCACT-T-G-T-ATAAC-T--ATATTT-ATAC-AC--T-A--T-ATAC--TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--ATTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACT------TACAA-TAGAACAT--cccccaaaaagggaaaagaa
gi|11 : tc--TT-ATTT-TTGCG--A-GTAA-TATAAGAGT-GTTCCTAA--TGTATGGTAGAC-A--TCCTGTATTAAAGGGT-GA-TCATGCAG-ACT-AAA-TTTT-TACTA--GAAA-G-TCGT-CT---GC--TT----GTTACA---AAGT-TGAA-TA-T-ATA-TTAGA--ATA-CGAA---A-G-CA-GTTGC-AA-A-----A--C----T-ATGT--A-ATCCTAT-C-A-TTATA--AT--TTATT--ATTT-AC--T-A--T-ATAATATT-C--ATA-G-TAGT--GTAC-TT--GTTTTCAATT--ACTG-TGTTACACTA-CT--ACTT-------CAA-TAGAACAT--TT-TAAT-TTTTCTTTC-TT-T-GCTGAC-CT-CCCC---------CCCT--C------------------C
gi|13 : attT--TTTC-TT---GC---C-CC-CCCCTTGAGAACACCCCTTC------------------CCTC-----TTTCCTTGTT------TGATTAT-ATAAATT-GCAC-AGT-ATAGTT-ATT-AAAGCTA------T-ACAAT-ATATTACTTCCAAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTAA-TC-----TG-----TG-ATTAA-AATG---TA-----------A-GATAT-G--T--T--AA-AGAATTAA-AAACAAAGAATTT-AAAAAAAAAat
gi|14 : -AGAG-GCAA--AAGATCATTTATTTT--CAG-A---G--TGT---TTTC-T--A---AT-C-AAAG--AGCT--TT-GG
gi|15 : aacaactgcagaaacaaaattacaatggattcaatttcaatttcaaatgcttcacagactatctgctacaaactactattaaaataaatgtgctattaaagactctccattatgagttaccT-TTT--TTTC-CT-T--CTGAC-CCATCCC---------CCCT--C------------------CCCC-----TT-CCTTTTC------TATTT---ATAACTTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-TAA---G------T-ATAAT-A-AT--T----AGTTT--CT-ATCATTGCTGATGTAATTTGT-TTTA------A-TTTAT-AATG-------TGCAT-GT-A-TATAT-G--TTAA--AA-AGAA--CT-CAAT-AAA----T-AAACAAAatcg
gi|16 : --C------------------CCTC-----TT-CCTTTTC------TATTTAT-ATAACTTT-CACAA-T-ATAGTT-A-G-AAAAATA------T-ATTAT-ATAT-AT----CAGAT--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATGT-G--T--G--AA-AAAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAt
gi|17 : T-CCTTTTC------TATTTAT-ATAACTTT-CAC-A-T-ATAGTT-AGA-AAAAATA------T-ATGAT-ATAT-AT----CAGAT--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTT-T-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATGT-G--T--G--AA-AAAA--AT-AAAC-AAGG--AT-AAACAA
gi|19 : -ATAT-AA----AAGAG--AATATTAT-GTGCATGTAA-TCGT-ATTA-----CG--TTATAAATGAATTGCATGC----T-ACTATAT-GGTT--G--GGCAAAA--ATAAAAC-AAGA--GTAAAACAAAAAC
gi|2 : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TACTGT-ACTT----------------------TT-T---AT-AAAA-TTGA---------CA----------------ATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-CA-A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-T--AAA-T-GAAG-A-A-------TGGA--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAA-TGTTA-TTT-G------GTA--------------AACACT--TG-----TTGTA-----A--AA-CA-ATT----TATTT-TT-G----------CGA--TT----------G--A-AT----ATAAAAAT-GGTCCTATATTGCAT-GGTGAT-A--TCCT-TAT--AAAGAT-GA-TCAT--AG-ATA-TAA-TTTT-TA-TG--TAAAAGTT--T-CT---GC--T-----GTTACA---AAGT-TGTA-GA-T-TTA-T-AGA--ATA-CAAA---A-GACA-TTGGCAAA-A-----C--A----T-ATGT--G-CTGCACT-T-A-C-ATAGC-T--ATATTT-ATAC-AC--T-A--T-ATAG--TT-T--AT--A-TAGTT-GTAT-TT--GTTTCCA-----C-TG-T-TTACT-TA-CTAAACT------TACAA-TAGAAAAT--TA-GGTT-TTT--TTTCTTT-T-GCTGCA-CC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTC-----TT-CC-TTTC------TATTTAGTATAACTTTACAC-A-T-ATATTT-ATA-AAAAAAT------T-ATAATGATAT-AT----AA-AGCTAA-A-TATTG-TGATGTCA-TCATAATTA-----TATTTTAT-AAT----TCCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--GGAGA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACA
gi|20 : agaagggacttgttacttgggtttctaaatggaaataaaacaatattttattcagtgatgcagtgtggaagaaatagctgagattccctataaaataacctaggaatcaaaacttcactggcttcaattccaaattttgcatagaattatacctacaagctactatttatttcggtTAAAGTTAATAGA--CTCTCCC--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-T-GA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TGT---TTCC-T--A---GT-A-AAAG--A
gi|21 : --AA-ATTACTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TACATGCAT-GTAA-TAGAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACA
gi|23 : acT-AATG---TCCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-ACAC-AAGA--TT-
gi|3 : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCC--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-TTGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A---G----TTCC----A---GT-A-AAAG--AAAC--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAATTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAA-TA-TA-TAT-G-T--A-ATAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTACA-----A--AAT----TTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCAT--GTGAC-A--TCCT-TAT--AAAGGT-GA-TCAT--AGAATA-TAT-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-CT---GC--T-----GTTACA---AAGT-TGTA-GA-T-TTA-T-AGA--ATA-CGAA---A-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A--------GT--G-ATGCACT-T-A-T--TAGCAT--ATATTT-ATAC-AC--T-A--T-ATA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACGCTT-CT--ACTTACATGTACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGAC-CC-CCCC---------CCTC--C------------------CTTC-----TT-C--TTTC------TATTAA--ATAACTTCA-AC---T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATGAT-GTAT-AT----AAAAG--AA-ATTATTGTTGATGTCATTCGT-ATTA-----TA-CTTATAAATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--TG-G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAACAAC
gi|4 : TAAAGTTAAT-GA--TTCTCCTCTTCCTTTTACTC----------------------TT-TTCTGTAAAAA-ATGACCCCAACACCATGAGAA-ACAATTTTGATCA-TTA--TG--TTG-A---A--TGCCGTTTTC-C--AAGCGT-A-AAAG--AACTCCTTAGGTGT
gi|4 : atttttttttttggtgtttaA-G--AAA-T-AAAG-A-A-------TGGGATTTTTAGAAAAGTT-CGA-TA-TTC--ATGTTGTTTAGCTTTGATAAACAAGTGA-TACTA-TTT-G-GCAA-ATATG-AAAA---TAAGAATATTCATATAAATTAACACCAAAA--AATCT-ATTG--ATACTTGT--G--TTAAAAA-CAAATTT-ATTTGCT-----A-GTAAATATAAAAAT-GT-CCTAAGCTGCATGG-TGACCA--TCAC-TAT--AAAGGT-GAATCAT--AG-ATA-GAA-TTT---A-TA--GAAAAGAT--T-CCCTCGC--CTGTGGGTTA-----AAGT-TGTAAGACT-TTA-T-AGAGAATAATGAACAAG-G-CAGTTGAC-CA-AGAAGGC--A----T-ATGTCAGCATGCAAC-T-G-T-ATAACAT--ATATTT-ATAC-AC--T-A--A-TTAC--TT-T--ATCGG-TAGTtttcctttttttctttttttgctgttttgtattaaaaattgaaagaaataaagaatgggatttttagaaaagttcgatattcatgttgtttagctttgataaacaagtgatactatttggcaaatatgaaaataagaatattcatataaattaacaccaaaaaatctattgatacttgtgttaaaaacaaatttatttgctagtaaatataaaaatgtcctaagctgcatggtgaccatcactataaaggtgaatcatagatagaatttatagaaaagattccctcgcctgtgggttaaagttgtaagactttatagagaataatgaacaaggcagttgaccaagaaggcatatgtcagcatgcaactgtataacatatatttatacactaattactttatcggtagt
gi|5 : atttttttttttggtgtttataaagttaatgattctcctcttccttttactcttttctgtaaaaaatgaccccaacaccatgagaaacaattttgatcattatgttgaatgccgttttccaagcgtaaaagaactccttaggtgttttcctttttttctttttttgctgttttgtattaaaaattgaaTATAATTCATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTTTTTGTAAAAATGACACGCACATTT-T---GTAAAAA--TGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATGTG--TTG-A---A--TG----TTTC-CA-A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--GTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AA--TGT--AGCTTTGGCAGACAAGAAA-TACTA-TTTGG-TA-A-ATATG-AAAA---TAAAAATATT--TATAAGTTTA-A-----A--AATCT-ATTA--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAAT-TT-ATTT-TTG-C--ATGTAAATATAAAAGT-GTTTCTAAATTGTAT-GGTGAC-A--TCCT-TAT--AAAGGT-GA-TAAT--AG-ATA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAGTT--T-CT---GT--T-----GTTACG---AAGT-TGTA-GA-TAAAA-T-AGA--AT---GAA---AGG-CA--TGGC-AATA-----C--A----T-ATGT--G-ATGCTCTAT-AGT-ATAGCA---A-ACTT-ATACAAC--T-A--T-ATGAC-TT-T--AT--GATAGTTGGTA--TT--GTTTTCATTC--A-TA-A-TTACA-TA-CT--ACTT-----TACAATTAGAACATCGTT-GAATAGTT--TTTC-TT-
gi|6 : atttttactttagatatTAAAGTTAATAGA--TTATCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---G-AAAAA-ATGA---------CAA-AGAA-ACAA--TTAATCATTTATTTGGTTTGAA---A--TG----TTTC-CCAA---GT---AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-TAGAAGAA-A-------TGGT--TTTTAGAGAAATT-CAATTATTTC--ACG-TGT--AGC-TTGATAGACAAGGAA-TA-TA-T-T-GTT--ACATAT--GACA---TAAGAGTA-----ATAAA-ATACA-----A--AATCT-ATTG--ATACTTGTTCG--T--AAAA-CAAT-TT-GTTT-TTT-GCTA-GTAAATATAAAAAT-GT--CT--ATTGCAT-GGTGAC-ACTTACT-TAT---AAGGT-GA-TCAT--AG-ATA-CAT-TTTTATA-TA--GAAAAG-T--T-CT---GC--T-----GTT-CATCCAAGTGTGTA-GA-T-TTA-T-AG---ATA-TAAG---G-G-CA-TTGGC-AA-A-----CATA----T-ATGT--A-ATG-ACT-T-A-T-ATCG-ATC-ATATTT-ATAC-AC--T-AAGA-ATAC--TT-T--AT--A-TAGTT-GTAT-TT--GTTTgatt
gi|7 : ctatttatttcggtAAAGTAAATAGATACTCCCCT--GC-TGC-ACTT----------------------TT-----GCAAAAG-T-GA---------CAT-AGAA-A--------ACCA--TGTTTG--TAG-ACTTG--TG----TTTT-C--G---GA-AGAAAG--AA----TT-GGTGGT-GCTAAT-C-GAAA-ATC-------TGGT--TTCTTGTCTAATTGTAA-TA-AACAAAT--T-C--AGC--TGATAGACAAGCAA-TAATA-
gi|8 : atcctaaatcaattctaatattctttaaaatataataaagggttgcaaagatttgtataatattttatataggatagaaaaagggtaccaatcacctctctttattaaaatggattgagaatggtgaactgtcaatgaggtagaatggaataaaatattcgagctccttttaaaataacaaaagagtcaaaacttcaacgttaacatatctagtattacttcatcgaacaatccccactaacaaattttttttataactgA--TT-ATTT--------A---AAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGG-TGAC-A--TCCT-TAT--AAAGGT-GA-TCAT--AG-ATA-TAATTTTT-TA-TA--GAAAAG-T--TCCT---GC--T------TTACAAC-AAGT-TGTA-A-----TAGT-AGA--ATA-TGAA---AGG-CA-TTGGCGAA-A-----C--AT---T-ATGT--A-ATGCACT-T-A-T-ATAGC-T--ATATTA-TTAC-AC--T-A--TCAAC---TT-T--AT--G-TAGTT-GTA--TT--GTTTTCAATT--A-CGAT-TTACA-TA-CT--ACTTA-------AA-TAGAACAT--TT-GAAA-TTT--TTT--TT-T-GCTGAC-CC-CCCC---------CCCCCTC------------------CCTC-----TT-CCTTTTC------TATCTAT-ATAACTTTTCAC-ACT-ATAGTT--------GATA------T-AT-AT-AT-T-A-----AAGAG--AA-ATTAT--TTGATGTCA-TCGT-ATAT-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCATCGT-A-TATAT-G--T--G--CA-AGAA--ATAAAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAatttggtaaat
gi|9 : tttAT--AAAGGT-GA-TCAT--AGAATA-GAA-TTTT-TA-TAC-GAAAAG-T--TCCT---GC--T-----G-TAC----AAGT-TG-A-GA-T-TTA-T-AGA--ACA-TGAA---G-G-CA-TT-GC--A-A-----C--A----TAATGT--A-A-GCACT-T-G-T-ATAGC-T--ATAT------C-AC--TAA--TAATA---CT-TTAAT--G-TA-TT-GTAT-TTTGGTTTTCAATT--ACTG---TTACA-TA-CT--ACTTA----C---A-TAGAACAT--TT-GAA--ATT--TTTC-TT-T-ACTGACTCC-TCCC---------CCCC--T------------------CCTCCTCTTTT-CCTTTTC------TATCTAT-ATAACTTTTCAC-A-T-ATAGTT-ATATAATAATA------TGATAAT-AT-T-AT-----AGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-ACGT-ATTA-----TA--TTAT-AATG---TGCCT-CAT-GT-A-TATATAG--T--G--AA-AG-A--AT--AAC--AGA--TT--AACAAAAAa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTGAGATGACAGTATGGAACAAAATATTATGAGCTTCCCTTCAAAAAATAACCAACAGGGAAGTGAAACAATAAGGAAAAAAACCACCACACGAAAATCTAAACCTTCAATTGGCTTCAATCAAATTTTGATTTAGAATTAGAACCTTACAACACTAACTATTTTATTGCGGTTTTTTTACTTTT
Unaligned ( gi|18 ): GAATCTAAACTTCAATGGCTTCAATTCAAAATTTTGCATAGAATTAGACCTACAAACTACTATTTATTTCGGTTAAAGAGCCCTATTAGAAATTGTTTTTATAAAAATAACAGATATTAA
Unaligned ( gi|22 ): AAACTTCACTGGCTTCAATTCAAAATTTTGTATATAATTATACC
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444 11111 111 222222222 1111 111111 111111111 11 11 1 333333333333333333333333 11111 11111 11 22222222 222 1 111 11111 111 11111 1 1111111111111 1111 222 1111 1 222222222 222222222 444444444444444444444 11 111 11111 111111 11111
lowQualScore : 0 66 66 5 4444444444444444444444 00000 444 000000000 44 4 888 1 66 4 999999 3333 4 999999 888 66 66 5 5 77 5 5 5 888888888 999 5 5 5 77 33 33 2 5 7 5 222222222222222222222222 9999 5 1 44444 77 0 5 77 5 33333 5 55 4 77777777 4 4 1 000 4 66 4 55 4 4 55 4 8 66 4 4 4 99 2 55 4 4 111 55 44444 222 4 0 4 4 4 4 4 55 77 44444 4 4 6 4 3333333333333 4 7777 4 4 4 4 9999 44 4 55 9999 4 888 4 55 99 4 4 88 66 0 2222 777 0 5 66 999999999 5 66 5 55 66 4 666 5 000000000 444444444444444444444 00 4 4 4 4 4 8 444 4 00000 222222 4 8 4 0 4 33333 55 3 7 3 99999 77 6 555 1 3 3 3 3 44 77 44 3 44 6 3 44 3
lowQualScore : . .. .. . ...................... ..... ... ......... .. . ... . .. . ...... .... . ...... ... .. .. . . .. . . . ......... ... . . . .. .. .. . . . . ........................ .... . . ..... .. . . .. . ..... . .. . ........ . . . ... . .. . .. . . .. . . .. . . . .. . .. . . ... .. ..... ... . . . . . . . .. .. ..... . . . . ............. . .... . . . . .... .. . .. .... . ... . .. .. . . .. .. . .... ... . . .. ......... . .. . .. .. . ... . ......... ..................... .. . . . . . . ... . ..... ...... . . . . . ..... .. . . . ..... .. . ... . . . . . .. .. .. . .. . . .. .
lowQualScore : 4 99 99 0 4444444444444444444444 99999 999 000000000 88 4 222 9 11 4 999999 9999 4 999999 000 11 99 0 7 99 7 7 7 777777777 666 7 7 7 99 66 66 0 0 6 0 000000000000000000000000 4444 1 7 33333 99 7 7 99 7 77777 7 00 4 00000000 4 4 9 000 4 11 4 55 0 0 55 0 0 22 0 0 0 55 0 55 0 0 000 55 00000 555 0 9 0 0 0 0 0 55 00 55555 0 0 0 0 9999999999999 0 5555 0 0 0 0 0000 99 0 55 7777 0 555 0 55 55 0 4 00 11 4 8888 222 0 0 99 666666666 0 99 7 88 11 4 666 0 000000000 444444444444444444444 66 4 4 4 4 4 9 222 4 88888 888888 4 1 0 8 0 22222 00 6 3 6 11111 33 7 888 0 3 3 3 3 66 99 66 3 66 7 3 66 3
consensus : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-TTGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-C--A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAA-TACT-A-TTTGGT--A-ATAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTACA-----A--AATCT-ATTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGGGTGAC-A--TCCT-TAT--AAAGGT-GA-TCAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C-T---GC--T-----GTTACA---AAGT-TGTA-GA-T-TTA-T-AGA--ATA-CGAA---A-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A----TA-TGT--G-ATGCACT-T-A-T-ATAGCAT--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACTTA----TACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATAAT-ATAT-AT----AAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAC
Reference ( family-4137 ) : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-TTGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-C--A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAA-TACT-A-TNT-GT--A-ATAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTACA-----A--AATCT-ATTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGGGTGAC-A--TCCT-TAT--AAAGGT-GA-TCAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C-T---GC--T-----GTTACA---AAGT-TGTA-GA-T-TTA-T-AGA--ATA-CGAA---A-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A----TA-TGT--G-ATGCACT-T-A-T-ATAGCAT--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACTTA----TACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATAAT-ATAT-AT----AAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAC
gi|1 : TAAAGT-AA-AGA--CTC-CCT--TTCTGT-ACTT----------------------TTCT---GTAAAAAATGGA---------TAT-AGAACACGT--ATGATCATTTATTTG--TTG-A---GAGTG----TTTCGC--A---GTTA-AAAATTAACT--TT-GGTGGATG--AATAT-GAAG-A-AGTGTACATGTA--TCTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGTC-AGC-TTGATAGACAAGG-A-TACT-AGTATGGT--A-AGATTGAAAACAGTAAG-ATA-T--TATAGAATTACA-----AACAATCTGATTGCAGTACTTGTT-AGTT--AAAACCAA--TT-ATTT-TGC-G--A-GTAAATATAAAAATGGTTCCTTAATTGCAT-GGTGAC-A--TCC--TAT--TAAGGTCGA-TCAT--AG-A-TAGTGA-TTTC-TA-TATTAGAAAG-T--T-T-C---GCTGT-----GTTACA---AAG-------AA-T-TCA-------------AAA---A-G-CA-TTGACAAA-A-----C--AGTATTG-TGG--G-ATGCACT-TAA-T-ATAACGCTAATATTTCATAC-ATCGTA--T-A-TC---TTAT--AT--G-TAGTT-GTATGTT--GTTTTCAATTTAG-CG-G-TTACA-TAGCT--ACTTA----CA-AA-TAGAACAT--TTCGAAA-TTT--TTTG-TTATGGCTGACCC-CCCC---------CCCC--CCCCCCCCCCCGCCCTTCGCCTCTT--CCTTTTCCTAGTTTA-TTTAAAC-TTT-CACGA-TGATAGTTGAT--AAAAATACTGAACT-AT-AT-ATAT-ATA---AAGAG--AC-ATTATTGTTGATGTCA-CCGT-ATTATACAGTA-TTTAT-AATG---TTCATACAT-GT-T-TATGT-G--T--G--AA-AGAA--AT-A----AAGA--TT-AAAC
gi|10 : agcccaggaatcgtaaacttcactggctatcaattcaaacttctgcactttactaatatatacctaccgaagtactactattatatttacggtATAGTTAAGGAAATGCT-A-----G---A-AGAC--AA-----TAAGAATATT--CATAAATT-ACA-----A--AATAT-ATTG--ATATTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TTTATTT-TTG-CT-A-GTAAATATAAATAT-GTTCCTAAATTGCATGG-TGAC-A--TCCT-TAT--AAAGGT-GA-TCAT--AG-A-TA-TGA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C-TT--GC--T-----GTTACA---AAGT-TGTA-GA-T-TTA-T-AGA--ATA-TGAA---AGG-CA-TTGGCAAA-A-----C--A----TA-TGT--A-ATGCACT-T-G-T-ATAAC-T--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TAC--TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--ATTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACT------TACAA-TAGAACAT--cccccaaaaagggaaaagaa
gi|11 : tc--TT-ATTT-TTGCG--A-GTAA-TATAAGAGT-GTTCCTAA--TGTATGGTAGAC-A--TCCTGTATTAAAGGGT-GA-TCATGCAG-ACTA--AA-TTTT-TACTA--GAAA-G-TCGT-C-T---GC--TT----GTTACA---AAGT-TGAA-TA-T-ATA-TTAGA--ATA-CGAA---A-G-CA-GTTGC-AA-A-----A--C----TA-TGT--A-ATCCTAT-C-A-TTATA--AT--TTATT--ATTT-AC--TA--T-A-TAATATT-C--ATA-G-TAGT--GTAC-TT--GTTTTCAATT--ACTG-TGTTACACTA-CT--ACTT-------CAA-TAGAACAT--TT-TAAT-TTTTCTTTC-TT-T-GCTGACCT-CCCC---------CCCT--C------------------C
gi|13 : attT--TTTC-TT---GC---CCC-CCCCTTGAGAACACCCCTTC------------------CCTCTTT-CCTTGT-TTG-ATTA-TAT-AAA-TTG-CAC-AGT-ATAGTT-ATT-AAAGCTA------T-ACAAT-ATATTACTTCCAAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTAA-TC-----TG-----TG-ATTAA-AATG---TA-----------A-GATAT-G--T--T--AA-AGAATTAA-AAACAAAGAATTT-AAAAAAAAAat
gi|14 : -AGAG-GCAA--AAGATCATTTATTTT--CAG-A---G--TGT---TTTC-T--A---AT-C-AAAG--AGCT--TT-GG
gi|15 : aacaactgcagaaacaaaattacaatggattcaatttcaatttcaaatgcttcacagactatctgctacaaactactattaaaataaatgtgctattaaagactctccattatgagttaccT-TTT--TTTC-CT-T--CTGACCCATCCC---------CCCT--C------------------CCCCTT--CCTTTT-CTA-TT---TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-TAA---G------T-ATAAT-A-AT--T----AGTTT--CT-ATCATTGCTGATGTAATTTGT-TTTA------A-TTTAT-AATG-------TGCAT-GT-A-TATAT-G--TTAA--AA-AGAA--CT-CAAT-AAA----T-AAACAAAatcg
gi|16 : --C------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CACAA-T-ATAGTT-A-G-AAAAATA------T-ATTAT-ATAT-AT----CAGAT--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATGT-G--T--G--AA-AAAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAt
gi|17 : T--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-AGA-AAAAATA------T-ATGAT-ATAT-AT----CAGAT--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTT-T-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATGT-G--T--G--AA-AAAA--AT-AAAC-AAGG--AT-AAACAA
gi|19 : -ATAT-AA----AAGAG--AATATTAT-GTGCATGTAA-TCGT-ATTA-----CG--TTATAAATGAATTGCATGC----T-ACTATAT-GGTT--G--GGCAAAA--ATAAAAC-AAGA--GTAAAACAAAAAC
gi|2 : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TACTGT-ACTT----------------------TT-T---AT-AAAA-TTGA---------CA----------------ATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-CA-A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-T--AAA-T-GAAG-A-A-------TGGA--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAA-TGTT-A-TTT-G-----GTA--------------AACACT--TG-----TTGTA-----A--AA-CA-ATT----TATTT-TT-G----------CGA--TT----------G--A-AT----ATAAAAAT-GGTCCTATATTGCAT-GGTGAT-A--TCCT-TAT--AAAGAT-GA-TCAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TG--TAAAAGTT--T-C-T---GC--T-----GTTACA---AAGT-TGTA-GA-T-TTA-T-AGA--ATA-CAAA---A-GACA-TTGGCAAA-A-----C--A----TA-TGT--G-CTGCACT-T-A-C-ATAGC-T--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TAG--TT-T--AT--A-TAGTT-GTAT-TT--GTTTCCA-----C-TG-T-TTACT-TA-CTAAACT------TACAA-TAGAAAAT--TA-GGTT-TTT--TTTCTTT-T-GCTGCACC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTCTT--CC-TTT-CTA-TTTAGTAT-AAC-TTTACAC-A-T-ATATTT-ATA-AAAAAAT------T-ATAATGATAT-AT----AA-AGCTAA-A-TATTG-TGATGTCA-TCATAATTA-----TATTTTAT-AAT----TCCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--GGAGA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACA
gi|20 : agaagggacttgttacttgggtttctaaatggaaataaaacaatattttattcagtgatgcagtgtggaagaaatagctgagattccctataaaataacctaggaatcaaaacttcactggcttcaattccaaattttgcatagaattatacctacaagctactatttatttcggtTAAAGTTAATAGA--CTCTCCC--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-T-GA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-CT-A---GT-A-AAAG--A
gi|21 : --AA-ATTACTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TACATGCAT-GTAA-TAGAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACA
gi|23 : acT-AATG---TCCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-ACAC-AAGA--TT-
gi|3 : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCC--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-TTGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A---G----TT-C-C--A---GT-A-AAAG--AAAC--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAATTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAA-TA-T-A-TAT-GT--A-ATAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTACA-----A--AAT----TTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCAT--GTGAC-A--TCCT-TAT--AAAGGT-GA-TCAT--AGAA-TA-TAT-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C-T---GC--T-----GTTACA---AAGT-TGTA-GA-T-TTA-T-AGA--ATA-CGAA---A-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A--------GT--G-ATGCACT-T-A-T--TAGCAT--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACGCTT-CT--ACTTACATGTACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCTC--C------------------CTTCTT--C--TTT-CTA--TTA-AAT-AAC-TTC-AAC---T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATGAT-GTAT-AT----AAAAG--AA-ATTATTGTTGATGTCATTCGT-ATTA-----TA-CTTATAAATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--TG-G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAACAAC
gi|4 : TAAAGTTAAT-GA--TTCTCCTCTTCCTTTTACTC----------------------TT-TTCTGTAAAAA-ATGACCCCAACACCATGAGAA-ACAATTTTGATCA-TTA--TG--TTG-A---A--TGCCGTTTTC-C--AAGCGT-A-AAAG--AACTCCTTAGGTGT
gi|4 : atttttttttttggtgtttaA-G--AAA-T-AAAG-A-A-------TGGGATTTTTAGAAAAGTT-CGA-TA-TTC--ATGTTGTTTAGCTTTGATAAACAAGTGA-TACT-A-TTT-GGCAA-ATATG-AAAA---TAAGAATATTCATATAAATTAACACCAAAA--AATCT-ATTG--ATACTTGT--G--TTAAAAA-CAAATTT-ATTTGCT-----A-GTAAATATAAAAAT-GT-CCTAAGCTGCATGG-TGACCA--TCAC-TAT--AAAGGT-GAATCAT--AG-A-TA-GAA-TTT---A-TA--GAAAAGAT--T-C-CCTCGC--CTGTGGGTTA-----AAGT-TGTAAGACT-TTA-T-AGAGAATAATGAACAAG-G-CAGTTGAC-CA-AGAAGGC--A----TA-TGTCAGCATGCAAC-T-G-T-ATAACAT--ATATTT-ATAC-AC--TA--A-T-TAC--TT-T--ATCGG-TAGTtttcctttttttctttttttgctgttttgtattaaaaattgaaagaaataaagaatgggatttttagaaaagttcgatattcatgttgtttagctttgataaacaagtgatactatttggcaaatatgaaaataagaatattcatataaattaacaccaaaaaatctattgatacttgtgttaaaaacaaatttatttgctagtaaatataaaaatgtcctaagctgcatggtgaccatcactataaaggtgaatcatagatagaatttatagaaaagattccctcgcctgtgggttaaagttgtaagactttatagagaataatgaacaaggcagttgaccaagaaggcatatgtcagcatgcaactgtataacatatatttatacactaattactttatcggtagt
gi|5 : atttttttttttggtgtttataaagttaatgattctcctcttccttttactcttttctgtaaaaaatgaccccaacaccatgagaaacaattttgatcattatgttgaatgccgttttccaagcgtaaaagaactccttaggtgttttcctttttttctttttttgctgttttgtattaaaaattgaaTATAATTCATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTTTTTGTAAAAATGACACGCACATTT-T---GTAAAAA--TGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATGTG--TTG-A---A--TG----TTTC-CA-A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--GTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AA--TGT--AGCTTTGGCAGACAAGAAA-TACT-A-TTTGGTA-A-ATATG-AAAA---TAAAAATATT--TATAAGTTTA-A-----A--AATCT-ATTA--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAAT-TT-ATTT-TTG-C--ATGTAAATATAAAAGT-GTTTCTAAATTGTAT-GGTGAC-A--TCCT-TAT--AAAGGT-GA-TAAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAGTT--T-C-T---GT--T-----GTTACG---AAGT-TGTA-GA-TAAAA-T-AGA--AT---GAA---AGG-CA--TGGC-AATA-----C--A----TA-TGT--G-ATGCTCTAT-AGT-ATAGCA---A-ACTT-ATACAAC--TA--T-A-TGAC-TT-T--AT--GATAGTTGGTA--TT--GTTTTCATTC--A-TA-A-TTACA-TA-CT--ACTT-----TACAATTAGAACATCGTT-GAATAGTT--TTTC-TT-
gi|6 : atttttactttagatatTAAAGTTAATAGA--TTATCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---G-AAAAA-ATGA---------CAA-AGAA-ACAA--TTAATCATTTATTTGGTTTGAA---A--TG----TTTC-CCAA---GT---AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-TAGAAGAA-A-------TGGT--TTTTAGAGAAATT-CAATTATTTC--ACG-TGT--AGC-TTGATAGACAAGGAA-TA-T-A-TTG-TT--ACATAT--GACA---TAAGAGTA-----ATAAA-ATACA-----A--AATCT-ATTG--ATACTTGTTCG--T--AAAA-CAAT-TT-GTTT-TTT-GCTA-GTAAATATAAAAAT-GT--CT--ATTGCAT-GGTGAC-ACTTACT-TAT---AAGGT-GA-TCAT--AG-A-TA-CAT-TTTTATA-TA--GAAAAG-T--T-C-T---GC--T-----GTT-CATCCAAGTGTGTA-GA-T-TTA-T-AG---ATA-TAAG---G-G-CA-TTGGC-AA-A-----CATA----TA-TGT--A-ATG-ACT-T-A-T-ATCG-ATC-ATATTT-ATAC-AC--TAAGA-A-TAC--TT-T--AT--A-TAGTT-GTAT-TT--GTTTgatt
gi|7 : ctatttatttcggtAAAGTAAATAGATACTCCCCT--GC-TGC-ACTT----------------------TT-----GCAAAAG-T-GA---------CAT-AGAA-A--------ACCA--TGTTTG--TAG-ACTTG--TG----TTTT-C--G---GA-AGAAAG--AA----TT-GGTGGT-GCTAAT-C-GAAA-ATC-------TGGT--TTCTTGTCTAATTGTAA-TA-AACAAAT--T-C--AGC--TGATAGACAAGCAA-TAATAA-TTTGGT--A-A
gi|8 : atcctaaatcaattctaatattctttaaaatataataaagggttgcaaagatttgtataatattttatataggatagaaaaagggtaccaatcacctctctttattaaaatggattgagaatggtgaactgtcaatgaggtagaatggaataaaatattcgagctccttttaaaataacaaaagagtcaaaacttcaacgttaacatatctagtattacttcatcgaacaatccccactaacaaattttttttataactgA--TT-ATTT--------A---AAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGG-TGAC-A--TCCT-TAT--AAAGGT-GA-TCAT--AG-A-TA-TAATTTTT-TA-TA--GAAAAG-T--TCC-T---GC--T------TTACAAC-AAGT-TGTA-A-----TAGT-AGA--ATA-TGAA---AGG-CA-TTGGCGAA-A-----C--AT---TA-TGT--A-ATGCACT-T-A-T-ATAGC-T--ATATTA-TTAC-AC--TA--TCA-AC---TT-T--AT--G-TAGTT-GTA--TT--GTTTTCAATT--A-CGAT-TTACA-TA-CT--ACTTA-------AA-TAGAACAT--TT-GAAA-TTT--TTT--TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCCCCTC------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TCTA-TAT-AACTTTT-CAC-ACT-ATAGTT--------GATA------T-AT-AT-AT-T-A-----AAGAG--AA-ATTAT--TTGATGTCA-TCGT-ATAT-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCATCGT-A-TATAT-G--T--G--CA-AGAA--ATAAAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAat
gi|9 : tttAT--AAAGGT-GA-TCAT--AG-AATA-GAA-TTTT-TA-TAC-GAAAAG-T--T-CCT---GC--T-----GT-ACA---A-GT-TG-A-GA-T-TTA-T-AGA--ACA-TGAA---G-G-CA-TTG-C-AA-------C--A----TAATGT--A-A-GCACT-T-G-T-ATAGC-T--ATAT------C-AC--TAA-T-AATA---CT-TTAAT--G-TA-TT-GTAT-TTTGGTTTTCAATT--ACTG-T-T-ACA-TA-CT--ACTTA----CA----TAGAACAT--TT-GAAA-TTT--TT-C-TT-T-ACTGACTC-CTCC---------CCCC--CTCCT--------------CCTCTTTTCCTTTT-CTA-TCTA-TAT-AAC-TTTTCAC-A-T-ATAGTT-ATATAATAATA------TGATAAT-AT-T-AT-----AGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-ACGT-ATTA-----TA--TTAT-AATG---TGCCT-CAT-GT-A-TATATAG--T--G--AA-AG-A--AT--AAC--AGA--TT--AACAAAAAa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTGAGATGACAGTATGGAACAAAATATTATGAGCTTCCCTTCAAAAAATAACCAACAGGGAAGTGAAACAATAAGGAAAAAAACCACCACACGAAAATCTAAACCTTCAATTGGCTTCAATCAAATTTTGATTTAGAATTAGAACCTTACAACACTAACTATTTTATTGCGGTTTTTTTACTTTT
Unaligned ( gi|18 ): GAATCTAAACTTCAATGGCTTCAATTCAAAATTTTGCATAGAATTAGACCTACAAACTACTATTTATTTCGGTTAAAGAGCCCTATTAGAAATTGTTTTTATAAAAATAACAGATATTAA
Unaligned ( gi|22 ): AAACTTCACTGGCTTCAATTCAAAATTTTGTATATAATTATACC
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444 11111 111 222222222 1111 111111 111111111 11 11 1 1 1 22 111 11111 11111 11 22222222 2 1 111 11111 111 1 1 1111111111111 1111 222 1111 1 222222222 222222222 444444444444444444444 11 111 11111 111111 11111
lowQualScore : 0 66 66 5 4444444444444444444444 00000 444 000000000 44 4 888 1 66 4 999999 3333 4 999999 888 66 66 5 5 77 5 5 5 888888888 999 5 5 5 77 33 33 2 0 0 5 1 5 1 5 22 000 9999 5 1 44444 77 0 5 77 5 33333 5 55 4 77777777 4 4 3 3 4 66 4 55 4 4 55 4 8 66 4 4 4 99 2 55 4 111 4 55 44444 0 222 4 44 4 4 4 99 7777777 2 4 4 6 4 3333333333333 4 7777 4 4 4 4 9999 44 4 55 9999 4 888 4 55 99 4 4 88 66 0 2222 777 0 5 66 999999999 5 66 5 55 66 4 666 5 000000000 444444444444444444444 00 4 4 4 4 4 8 444 4 00000 222222 4 8 4 0 4 33333 55 3 7 3 99999 77 6 555 1 3 3 3 3 44 77 44 3 44 6 3 44 3
lowQualScore : . .. .. . ...................... ..... ... ......... .. . ... . .. . ...... .... . ...... ... .. .. . . .. . . . ......... ... . . . .. .. .. . . . . . . . . .. ... .... . . ..... .. . . .. . ..... . .. . ........ . . . . . .. . .. . . .. . . .. . . . .. . .. . ... . .. ..... . ... . .. . . . .. ....... . . . . . ............. . .... . . . . .... .. . .. .... . ... . .. .. . . .. .. . .... ... . . .. ......... . .. . .. .. . ... . ......... ..................... .. . . . . . . ... . ..... ...... . . . . . ..... .. . . . ..... .. . ... . . . . . .. .. .. . .. . . .. .
lowQualScore : 4 99 99 0 4444444444444444444444 99999 999 000000000 88 4 222 9 11 4 999999 9999 4 999999 000 11 99 0 7 99 7 7 7 777777777 666 7 7 7 99 66 66 0 1 1 7 4 7 4 7 55 000 4444 1 7 33333 99 7 7 99 7 77777 7 00 4 00000000 4 4 3 9 4 11 4 55 0 0 55 0 0 22 0 0 0 55 0 55 0 000 0 55 00000 8 555 0 99 0 0 0 55 1111111 0 0 0 0 0 9999999999999 0 5555 0 0 0 0 0000 99 0 55 7777 0 555 0 55 55 0 4 00 11 4 8888 222 0 0 99 666666666 0 99 7 88 11 4 666 0 000000000 444444444444444444444 66 4 4 4 4 4 9 222 4 88888 888888 4 1 0 8 0 22222 00 6 3 6 11111 33 7 888 0 3 3 3 3 66 99 66 3 66 7 3 66 3
consensus : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-TTGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-C--A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATACT-ATT-TGGT-A-ATAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTAC-----AA--AATCT-ATTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCAT-GGTGA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C---T-GC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACG---AAA-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A----TA-TGT--G-ATGCACT-T-A-T-ATAGCAT--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACTTA----TACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATAAT-ATAT-AT----AAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAC
Reference ( family-4137 ) : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-TTGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-C--A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATACT-ATT-TGGT-A-ATAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTAC-----AA--AATCT-ATTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGGGTGA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C---T-GC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACG---AAA-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A----TA-TGT--G-ATGCACT-T-A-T-ATAGCAT--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACTTA----TACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATAAT-ATAT-AT----AAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAC
gi|1 : TAAAGT-AA-AGA--CTC-CCT--TTCTGT-ACTT----------------------TTCT---GTAAAAAATGGA---------TAT-AGAACACGT--ATGATCATTTATTTG--TTG-A---GAGTG----TTTCGC--A---GTTA-AAAATTAACT--TT-GGTGGATG--AATAT-GAAG-A-AGTGTACATGTA--TCTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGTC-AGC-TTGATAGACAAGG-ATACT-AGTATGGT-A-AGATTGAAAACAGTAAG-ATA-T--TATAGAATTAC-----AAACAATCTGATTGCAGTACTTGTT-AGTT--AAAACCAA--TT-ATTT-TGC-G--A-GTAAATATAAAAATGGTTCCTTAATTGCAT-GGTGA-CA--TCC--TAT--TAAGGTCG-ATCAT--AG-A-TAGTGA-TTTC-TA-TATTAGAAAG-T--T-T---C-GCTGT-----GTTACA---AAG-------AA-T-TCA------------A---AAA-G-CA-TTGACAAA-A-----C--AGTATTG-TGG--G-ATGCACT-TAA-T-ATAACGCTAATATTTCATAC-ATCGTA--T-A-TC---TTAT--AT--G-TAGTT-GTATGTT--GTTTTCAATTTAG-CG-G-TTACA-TAGCT--ACTTA----CA-AA-TAGAACAT--TTCGAAA-TTT--TTTG-TTATGGCTGACCC-CCCC---------CCCC--CCCCCCCCCCCGCCCTTCGCCTCTT--CCTTTTCCTAGTTTA-TTTAAAC-TTT-CACGA-TGATAGTTGAT--AAAAATACTGAACT-AT-AT-ATAT-ATA---AAGAG--AC-ATTATTGTTGATGTCA-CCGT-ATTATACAGTA-TTTAT-AATG---TTCATACAT-GT-T-TATGT-G--T--G--AA-AGAA--AT-A----AAGA--TT-AAAC
gi|10 : agcccaggaatcgtaaacttcactggctatcaattcaaacttctgcactttactaatatatacctaccgaagtactactattatatttacggtAA---TAAGAATATT--CATAAATT-AC-----AA--AATAT-ATTG--ATATTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TTTATTT-TTG-CT-A-GTAAATATAAATAT-GTTCCTAAATTGCATGG-TGA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-TGA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C---TTGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ATG---AAAGG-CA-TTGGCAAA-A-----C--A----TA-TGT--A-ATGCACT-T-G-T-ATAAC-T--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TAC--TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--ATTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACT------TACAA-TAGAACAT--cccccaaaaagggaaaagaa
gi|11 : tcatagttaaggaaatgctagaagac--TT-ATTT-TTGCG--A-GTAA-TATAAGAGT-GTTCCTAA--TGTATGGTAGA-CA--TCCTGTATTAAAGGGT-G-ATCATGCAG-ACTA--AA-TTTT-TACTA--GAAA-G-TCGT-C---T-GC--TT----GTTACA---AAGT-TGA-ATA-T-ATA-TT-AGAAT-ACG---AAA-G-CA-GTTGC-AA-A-----A--C----TA-TGT--A-ATCCTAT-C-A-TTATA--AT--TTATT--ATTT-AC--TA--T-A-TAATATT-C--ATA-G-TAGT--GTAC-TT--GTTTTCAATT--ACTG-TGTTACACTA-CT--ACTT-------CAA-TAGAACAT--TT-TAAT-TTTTCTTTC-TT-T-GCTGACCT-CCCC---------CCCT--C------------------C
gi|13 : attT--TTTC-TT---GC---CCC-CCCCTTGAGAACACCCCTTC------------------CCTCTTT-CCTTGT-TTG-ATTA-TAT-AAA-TTG-CAC-AGT-ATAGTT-ATT-AAAGCTA------T-ACAAT-ATATTACTTCCAAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTAA-TC-----TG-----TG-ATTAA-AATG---TA-----------A-GATAT-G--T--T--AA-AGAATTAA-AAACAAAGAATTT-AAAAAAAAAat
gi|14 : -AGAG-GCAA--AAGATCATTTATTTT--CAG-A---G--TGT---TTTC-T--A---AT-C-AAAG--AGCT--TT-GG
gi|15 : aacaactgcagaaacaaaattacaatggattcaatttcaatttcaaatgcttcacagactatctgctacaaactactattaaaataaatgtgctattaaagactctccattatgagttaccT-TTT--TTTC-CT-T--CTGACCCATCCC---------CCCT--C------------------CCCCTT--CCTTTT-CTA-TT---TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-TAA---G------T-ATAAT-A-AT--T----AGTTT--CT-ATCATTGCTGATGTAATTTGT-TTTA------A-TTTAT-AATG-------TGCAT-GT-A-TATAT-G--TTAA--AA-AGAA--CT-CAAT-AAA----T-AAACAAAatcg
gi|16 : --C------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CACAA-T-ATAGTT-A-G-AAAAATA------T-ATTAT-ATAT-AT----CAGAT--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATGT-G--T--G--AA-AAAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAt
gi|17 : T--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-AGA-AAAAATA------T-ATGAT-ATAT-AT----CAGAT--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTT-T-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATGT-G--T--G--AA-AAAA--AT-AAAC-AAGG--AT-AAACAA
gi|19 : -ATAT-AA----AAGAG--AATATTAT-GTGCATGTAA-TCGT-ATTA-----CG--TTATAAATGAATTGCATGC----T-ACTATAT-GGTT--G--GGCAAAA--ATAAAAC-AAGA--GTAAAACAAAAAC
gi|2 : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TACTGT-ACTT----------------------TT-T---AT-AAAA-TTGA---------CA----------------ATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-CA-A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-T--AAA-T-GAAG-A-A-------TGGA--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATGTT-ATT-TGGT-A------------------AACACT--TG-----TTGT-----AA--AA-CA-ATT----TATTT-TT-G----------CGA--TT----------G--A-ATA----TAAAAAT-GGTCCTATATTGCAT-GGTGA-TA--TCCT-TAT--AAAGAT-G-ATCAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TG--TAAAAGTT--T-C---T-GC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACA---AAA-GACA-TTGGCAAA-A-----C--A----TA-TGT--G-CTGCACT-T-A-C-ATAGC-T--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TAG--TT-T--AT--A-TAGTT-GTAT-TT--GTTTCCA-----C-TG-T-TTACT-TA-CTAAACT------TACAA-TAGAAAAT--TA-GGTT-TTT--TTTCTTT-T-GCTGCACC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTCTT--CC-TTT-CTA-TTTAGTAT-AAC-TTTACAC-A-T-ATATTT-ATA-AAAAAAT------T-ATAATGATAT-AT----AA-AGCTAA-A-TATTG-TGATGTCA-TCATAATTA-----TATTTTAT-AAT----TCCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--GGAGA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACA
gi|20 : agaagggacttgttacttgggtttctaaatggaaataaaacaatattttattcagtgatgcagtgtggaagaaatagctgagattccctataaaataacctaggaatcaaaacttcactggcttcaattccaaattttgcatagaattatacctacaagctactatttatttcggtTAAAGTTAATAGA--CTCTCCC--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-T-GA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-CT-A---GT-A-AAAG--A
gi|21 : --AA-ATTACTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TACATGCAT-GTAA-TAGAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACA
gi|23 : acT-AATG---TCCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-ACAC-AAGA--TT-
gi|3 : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCC--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-TTGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A---G----TT-C-C--A---GT-A-AAAG--AAAC--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAATTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATA-T-ATA-T-GT-A-ATAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTAC-----AA--AAT----TTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCAT--GTGA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AGAA-TA-TAT-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C---T-GC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACG---AAA-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A--------GT--G-ATGCACT-T-A-T--TAGCAT--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACGCTT-CT--ACTTACATGTACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCTC--C------------------CTTCTT--C--TTT-CTA--TTA-AAT-AAC-TTC-AAC---T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATGAT-GTAT-AT----AAAAG--AA-ATTATTGTTGATGTCATTCGT-ATTA-----TA-CTTATAAATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--TG-G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAACAAC
gi|4 : TAAAGTTAAT-GA--TTCTCCTCTTCCTTTTACTC----------------------TT-TTCTGTAAAAA-ATGACCCCAACACCATGAGAA-ACAATTTTGATCA-TTA--TG--TTG-A---A--TGCCGTTTTC-C--AAGCGT-A-AAAG--AACTCCTTAGGTGT
gi|4 : atttttttttttggtgtttaA-G--AAA-T-AAAG-A-A-------TGGGATTTTTAGAAAAGTT-CGA-TA-TTC--ATGTTGTTTAGCTTTGATAAACAAGTGATACT-ATT-TGGCAA-ATATG-AAAA---TAAGAATATTCATATAAATTAACACCAAAA--AATCT-ATTG--ATACTTG-T-G--TTAAAAA-CAAATTT-ATTTGCT-----A-GTAAATATAAAAAT-G-TCCTAAGCTGCAT-GGTGACCA--TCAC-TAT--AAAGGT-GAATCAT--AG-A-TA-GAA---TT-TA-TA--GAAAAGAT--T-CCCTC-GC--CTGTGGGTT--A---AAGT-TGTAAGACT-TTA-TAGAGAATAATGAACAAG-G-CAGTTGAC-CA-AGAAGGC--A----TA-TGTCAGCATGCAAC-T-G-T-ATAACAT--ATATTT-ATAC-AC--TA--A-T-TAC--TT-T--ATCGG-TAGTtttcctttttttctttttttgctgttttgtattaaaaattgaaagaaataaagaatgggatttttagaaaagttcgatattcatgttgtttagctttgataaacaagtgatactatttggcaaatatgaaaataagaatattcatataaattaacaccaaaaaatctattgatacttgtgttaaaaacaaatttatttgctagtaaatataaaaatgtcctaagctgcatggtgaccatcactataaaggtgaatcatagatagaatttatagaaaagattccctcgcctgtgggttaaagttgtaagactttatagagaataatgaacaaggcagttgaccaagaaggcatatgtcagcatgcaactgtataacatatatttatacactaattactttatcggtagt
gi|5 : atttttttttttggtgtttataaagttaatgattctcctcttccttttactcttttctgtaaaaaatgaccccaacaccatgagaaacaattttgatcattatgttgaatgccgttttccaagcgtaaaagaactccttaggtgttttcctttttttctttttttgctgttttgtattaaaaattgaaTATAATTCATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTTTTTGTAAAAATGACACGCACATTT-T---GTAAAAA--TGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATGTG--TTG-A---A--TG----TTTC-CA-A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--GTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AA--TGT--AGCTTTGGCAGACAAGAAATACT-ATT-TGGTAA-ATATG-AAAA---TAAAAATATT--TATAAGTTTA------AA--AATCT-ATTA--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAAT-TT-ATTT-TTG-C--ATGTAAATATAAAAGT-GTTTCTAAATTGTAT-GGTGA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATAAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAGTT--T-C---T-GT--T-----GTTACG---AAGT-TGT-AGA-TAAAA-T--AGAAT---G---AAAGG-CA--TGGC-AATA-----C--A----TA-TGT--G-ATGCTCTAT-AGT-ATAGCA---A-ACTT-ATACAAC--TA--T-A-TGAC-TT-T--AT--GATAGTTGGTA--TT--GTTTTCATTC--A-TA-A-TTACA-TA-CT--ACTT-----TACAATTAGAACATCGTT-GAATAGTT--TTTC-TT-
gi|6 : atttttactttagatatTAAAGTTAATAGA--TTATCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---G-AAAAA-ATGA---------CAA-AGAA-ACAA--TTAATCATTTATTTGGTTTGAA---A--TG----TTTC-CCAA---GT---AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-TAGAAGAA-A-------TGGT--TTTTAGAGAAATT-CAATTATTTC--ACG-TGT--AGC-TTGATAGACAAGGAATA-T-A-T-TGTT-ACATAT--GACA---TAAGAGTA-----ATAAA-ATAC-----AA--AATCT-ATTG--ATACTTGTTCG--T--AAAA-CAAT-TT-GTTT-TTT-GCTA-GTAAATATAAAAAT-GT--CT--ATTGCAT-GGTGA-CACTTACT-TAT---AAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-CAT-TTTTATA-TA--GAAAAG-T--T-C---T-GC--T-----GTT-CATCCAAGTGTGT-AGA-T-TTA-T--AG-AT-ATA---AGG-G-CA-TTGGC-AA-A-----CATA----TA-TGT--A-ATG-ACT-T-A-T-ATCG-ATC-ATATTT-ATAC-AC--TAAGA-A-TAC--TT-T--AT--A-TAGTT-GTAT-TT--GTTTgatt
gi|7 : ctatttatttcggtAAAGTAAATAGATACTCCCCT--GC-TGC-ACTT----------------------TT-----GCAAAAG-T-GA---------CAT-AGAA-A--------ACCA--TGTTTG--TAG-ACTTG--TG----TTTT-C--G---GA-AGAAAG--AA----TT-GGTGGT-GCTAAT-C-GAAA-ATC-------TGGT--TTCTTGTCTAATTGTAA-TA-AACAAAT--T-C--AGC--TGATAGACAAGCAATAATAATT-TGGT-A-A
gi|8 : atcctaaatcaattctaatattctttaaaatataataaagggttgcaaagatttgtataatattttatataggatagaaaaagggtaccaatcacctctctttattaaaatggattgagaatggtgaactgtcaatgaggtagaatggaataaaatattcgagctccttttaaaataacaaaagagtcaaaacttcaacgttaacatatctagtattacttcatcgaacaatccccactaacaaattttttttataactgA--TT-ATTT--------A---AAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGG-TGA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-TAATTTTT-TA-TA--GAAAAG-T--TCC---T-GC--T------TTACAAC-AAGT-TGT-AA-----TAGT--AGAAT-ATG---AAAGG-CA-TTGGCGAA-A-----C--AT---TA-TGT--A-ATGCACT-T-A-T-ATAGC-T--ATATTA-TTAC-AC--TA--TCA-AC---TT-T--AT--G-TAGTT-GTA--TT--GTTTTCAATT--A-CGAT-TTACA-TA-CT--ACTTA-------AA-TAGAACAT--TT-GAAA-TTT--TTT--TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCCCCTC------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TCTA-TAT-AACTTTT-CAC-ACT-ATAGTT--------GATA------T-AT-AT-AT-T-A-----AAGAG--AA-ATTAT--TTGATGTCA-TCGT-ATAT-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCATCGT-A-TATAT-G--T--G--CA-AGAA--ATAAAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAat
gi|9 : tttAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-AATA-GAA-TTTT-TA-TAC-GAAAAG-T--T-CC--T-GC--T-----GT-ACA---A-GT-TG--AGA-T-TTA-T--AGAAC-ATG---AAG-G-CA-TTG-C-AA-------C--A----TAATGT--A-A-GCACT-T-G-T-ATAGC-T--ATAT------C-AC--TAA-T-AATA---CT-TTAAT--G-TA-TT-GTAT-TTTGGTTTTCAATT--ACTG-T-T-ACA-TA-CT--ACTTA----CA----TAGAACAT--TT-GAAA-TTT--TT-C-TT-T-ACTGACTC-CTCC---------CCCC--CTCCT--------------CCTCTTTTCCTTTT-CTA-TCTA-TAT-AAC-TTTTCAC-A-T-ATAGTT-ATATAATAATA------TGATAAT-AT-T-AT-----AGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-ACGT-ATTA-----TA--TTAT-AATG---TGCCT-CAT-GT-A-TATATAG--T--G--AA-AG-A--AT--AAC--AGA--TT--AACAAAAAa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTGAGATGACAGTATGGAACAAAATATTATGAGCTTCCCTTCAAAAAATAACCAACAGGGAAGTGAAACAATAAGGAAAAAAACCACCACACGAAAATCTAAACCTTCAATTGGCTTCAATCAAATTTTGATTTAGAATTAGAACCTTACAACACTAACTATTTTATTGCGGTTTTTTTACTTTT
Unaligned ( gi|18 ): GAATCTAAACTTCAATGGCTTCAATTCAAAATTTTGCATAGAATTAGACCTACAAACTACTATTTATTTCGGTTAAAGAGCCCTATTAGAAATTGTTTTTATAAAAATAACAGATATTAA
Unaligned ( gi|22 ): AAACTTCACTGGCTTCAATTCAAAATTTTGTATATAATTATACC
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444 11111 111 222222222 1111 111111 111111111 11 11 1 1 22 111 11111 11111 11 22222222 1 111 11111 111 1 1 1111111111111 1111 222 1111 1 222222222 222222222 444444444444444444444 11 111 11111 111111 11111
lowQualScore : 0 66 66 5 4444444444444444444444 00000 444 000000000 44 4 888 1 66 4 999999 3333 4 999999 888 66 66 5 5 77 5 5 5 888888888 999 5 5 5 77 33 33 2 0 0 5 1 5 0 5 999 22 000 9999 5 1 44444 77 0 5 77 5 33333 5 00 8 77777777 4 4 4 4 66 4 55 4 4 55 4 8 66 4 4 4 99 2 55 4 555 55 44444 0 222 4 44 4 4 4 99 7777777 2 4 4 6 4 3333333333333 4 7777 4 4 4 4 9999 44 4 55 9999 4 888 4 55 99 4 4 88 66 0 2222 777 0 5 66 999999999 5 66 5 55 66 4 666 5 000000000 444444444444444444444 00 4 4 4 4 4 8 444 4 00000 222222 4 8 4 0 4 33333 55 3 7 3 99999 77 6 555 1 3 3 3 3 44 77 44 3 44 6 3 44 3
lowQualScore : . .. .. . ...................... ..... ... ......... .. . ... . .. . ...... .... . ...... ... .. .. . . .. . . . ......... ... . . . .. .. .. . . . . . . . . ... .. ... .... . . ..... .. . . .. . ..... . .. . ........ . . . . .. . .. . . .. . . .. . . . .. . .. . ... .. ..... . ... . .. . . . .. ....... . . . . . ............. . .... . . . . .... .. . .. .... . ... . .. .. . . .. .. . .... ... . . .. ......... . .. . .. .. . ... . ......... ..................... .. . . . . . . ... . ..... ...... . . . . . ..... .. . . . ..... .. . ... . . . . . .. .. .. . .. . . .. .
lowQualScore : 4 99 99 0 4444444444444444444444 99999 999 000000000 88 4 222 9 11 4 999999 9999 4 999999 000 11 99 0 7 99 7 7 7 777777777 666 7 7 7 99 66 66 0 1 1 7 4 7 7 7 444 55 000 4444 1 7 33333 99 7 7 99 7 77777 7 66 9 00000000 4 4 4 4 11 4 55 0 0 55 0 0 22 0 0 0 55 0 55 0 000 55 00000 8 555 0 99 0 0 0 55 1111111 0 0 0 0 0 9999999999999 0 5555 0 0 0 0 0000 99 0 55 7777 0 555 0 55 55 0 4 00 11 4 8888 222 0 0 99 666666666 0 99 7 88 11 4 666 0 000000000 444444444444444444444 66 4 4 4 4 4 9 222 4 88888 888888 4 1 0 8 0 22222 00 6 3 6 11111 33 7 888 0 3 3 3 3 66 99 66 3 66 7 3 66 3
consensus : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-TTGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-C--A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATACT-ATT-TGGT-A-A-TAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTAC-----AA--AATCT-ATTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C---TGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACG---AAA-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A----TA-TGT--G-ATGCACT-T-A-T-ATAGCAT--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACTTA----TACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATAAT-ATAT-AT----AAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAC
Reference ( family-4137 ) : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-TTGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-C--A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATACT-ATT-TGGT-A-A-TAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTAC-----AA--AATCT-ATTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C---TGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACG---AAA-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A----TA-TGT--G-ATGCACT-T-A-T-ATAGCAT--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACTTA----TACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATAAT-ATAT-AT----AAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAC
gi|1 : TAAAGT-AA-AGA--CTC-CCT--TTCTGT-ACTT----------------------TTCT---GTAAAAAATGGA---------TAT-AGAACACGT--ATGATCATTTATTTG--TTG-A---GAGTG----TTTCGC--A---GTTA-AAAATTAACT--TT-GGTGGATG--AATAT-GAAG-A-AGTGTACATGTA--TCTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGTC-AGC-TTGATAGACAAGG-ATACT-AGTATGGT-A-A-GATTGAAAACAGTAAG-ATA-T--TATAGAATTAC-----AAACAATCTGATTGCAGTACTTGTT-AGTT--AAAACCAA--TT-ATTT-TGC-G--A-GTAAATATAAAAATGGTTCCTTAATTGCATGGT-GA-CA--TCC--TAT--TAAGGTCG-ATCAT--AG-A-TAGTGA-TTTC-TA-TATTAGAAAG-T--T-T---CGCTGT-----GTTACA---AAG-------AA-T-TCA------------A---AAA-G-CA-TTGACAAA-A-----C--AGTATTG-TGG--G-ATGCACT-TAA-T-ATAACGCTAATATTTCATAC-ATCGTA--T-A-TC---TTAT--AT--G-TAGTT-GTATGTT--GTTTTCAATTTAG-CG-G-TTACA-TAGCT--ACTTA----CA-AA-TAGAACAT--TTCGAAA-TTT--TTTG-TTATGGCTGACCC-CCCC---------CCCC--CCCCCCCCCCCGCCCTTCGCCTCTT--CCTTTTCCTAGTTTA-TTTAAAC-TTT-CACGA-TGATAGTTGAT--AAAAATACTGAACT-AT-AT-ATAT-ATA---AAGAG--AC-ATTATTGTTGATGTCA-CCGT-ATTATACAGTA-TTTAT-AATG---TTCATACAT-GT-T-TATGT-G--T--G--AA-AGAA--AT-A----AAGA--TT-AAAC
gi|10 : agcccaggaatcgtaaacttcactggctatcaattcaaacttctgcactttactaatatatacctaccgaagtactactattatatttacggtAA---TAAGAATATT--CATAAATT-AC-----AA--AATAT-ATTG--ATATTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TTTATTT-TTG-CT-A-GTAAATATAAATAT-GTTCCTAAATTGCATGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-TGA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-CT--TGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ATG---AAAGG-CA-TTGGCAAA-A-----C--A----TA-TGT--A-ATGCACT-T-G-T-ATAAC-T--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TAC--TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--ATTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACT------TACAA-TAGAACAT--cccccaaaaagggaaaagaa
gi|11 : tcatagttaaggaaatgctagaagac--TT-ATTT-TTGCG--A-GTAA-TATAAGAGT-GTTCCTAA--TGTATGGTAGA-CA--TCCTGTATTAAAGGGT-G-ATCATGCAG-ACTA--AA-TTTT-TACTA--GAAA-G-TCGT-C---TGC--TT----GTTACA---AAGT-TGA-ATA-T-ATA-TT-AGAAT-ACG---AAA-G-CA-GTTGC-AA-A-----A--C----TA-TGT--A-ATCCTAT-C-A-TTATA--AT--TTATT--ATTT-AC--TA--T-A-TAATATT-C--ATA-G-TAGT--GTAC-TT--GTTTTCAATT--ACTG-TGTTACACTA-CT--ACTT-------CAA-TAGAACAT--TT-TAAT-TTTTCTTTC-TT-T-GCTGACCT-CCCC---------CCCT--C------------------C
gi|13 : attT--TTTC-TT---GC---CCC-CCCCTTGAGAACACCCCTTC------------------CCTCTTT-CCTTGT-TTG-ATTA-TAT-AAA-TTG-CAC-AGT-ATAGTT-ATT-AAAGCTA------T-ACAAT-ATATTACTTCCAAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTAA-TC-----TG-----TG-ATTAA-AATG---TA-----------A-GATAT-G--T--T--AA-AGAATTAA-AAACAAAGAATTT-AAAAAAAAAat
gi|14 : -AGAG-GCAA--AAGATCATTTATTTT--CAG-A---G--TGT---TTTC-T--A---AT-C-AAAG--AGCT--TT-GG
gi|15 : aacaactgcagaaacaaaattacaatggattcaatttcaatttcaaatgcttcacagactatctgctacaaactactattaaaataaatgtgctattaaagactctccattatgagttaccT-TTT--TTTC-CT-T--CTGACCCATCCC---------CCCT--C------------------CCCCTT--CCTTTT-CTA-TT---TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-TAA---G------T-ATAAT-A-AT--T----AGTTT--CT-ATCATTGCTGATGTAATTTGT-TTTA------A-TTTAT-AATG-------TGCAT-GT-A-TATAT-G--TTAA--AA-AGAA--CT-CAAT-AAA----T-AAACAAAatcg
gi|16 : --C------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CACAA-T-ATAGTT-A-G-AAAAATA------T-ATTAT-ATAT-AT----CAGAT--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATGT-G--T--G--AA-AAAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAt
gi|17 : T--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-AGA-AAAAATA------T-ATGAT-ATAT-AT----CAGAT--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTT-T-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATGT-G--T--G--AA-AAAA--AT-AAAC-AAGG--AT-AAACAA
gi|19 : -ATAT-AA----AAGAG--AATATTAT-GTGCATGTAA-TCGT-ATTA-----CG--TTATAAATGAATTGCATGC----T-ACTATAT-GGTT--G--GGCAAAA--ATAAAAC-AAGA--GTAAAACAAAAAC
gi|2 : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TACTGT-ACTT----------------------TT-T---AT-AAAA-TTGA---------CA----------------ATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-CA-A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-T--AAA-T-GAAG-A-A-------TGGA--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATGTT-ATT-TGGT-A-------------------AACACT--TG-----TTGT-----AA--AA-CA-ATT----TATTT-TT-G----------CGA--TT----------G--A-ATA----TAAAAAT-GGTCCTATATTGCATGGT-GA-TA--TCCT-TAT--AAAGAT-G-ATCAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TG--TAAAAGTT--T-C---TGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACA---AAA-GACA-TTGGCAAA-A-----C--A----TA-TGT--G-CTGCACT-T-A-C-ATAGC-T--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TAG--TT-T--AT--A-TAGTT-GTAT-TT--GTTTCCA-----C-TG-T-TTACT-TA-CTAAACT------TACAA-TAGAAAAT--TA-GGTT-TTT--TTTCTTT-T-GCTGCACC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTCTT--CC-TTT-CTA-TTTAGTAT-AAC-TTTACAC-A-T-ATATTT-ATA-AAAAAAT------T-ATAATGATAT-AT----AA-AGCTAA-A-TATTG-TGATGTCA-TCATAATTA-----TATTTTAT-AAT----TCCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--GGAGA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACA
gi|20 : agaagggacttgttacttgggtttctaaatggaaataaaacaatattttattcagtgatgcagtgtggaagaaatagctgagattccctataaaataacctaggaatcaaaacttcactggcttcaattccaaattttgcatagaattatacctacaagctactatttatttcggtTAAAGTTAATAGA--CTCTCCC--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-T-GA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-CT-A---GT-A-AAAG--A
gi|21 : --AA-ATTACTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TACATGCAT-GTAA-TAGAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACA
gi|23 : acT-AATG---TCCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-ACAC-AAGA--TT-
gi|3 : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCC--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-TTGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A---G----TT-C-C--A---GT-A-AAAG--AAAC--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAATTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATA-T-ATA-TG-T-A-A-TAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTAC-----AA--AAT----TTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCAT-GT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AGAA-TA-TAT-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C---TGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACG---AAA-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A--------GT--G-ATGCACT-T-A-T--TAGCAT--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACGCTT-CT--ACTTACATGTACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCTC--C------------------CTTCTT--C--TTT-CTA--TTA-AAT-AAC-TTC-AAC---T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATGAT-GTAT-AT----AAAAG--AA-ATTATTGTTGATGTCATTCGT-ATTA-----TA-CTTATAAATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--TG-G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAACAAC
gi|4 : TAAAGTTAAT-GA--TTCTCCTCTTCCTTTTACTC----------------------TT-TTCTGTAAAAA-ATGACCCCAACACCATGAGAA-ACAATTTTGATCA-TTA--TG--TTG-A---A--TGCCGTTTTC-C--AAGCGT-A-AAAG--AACTCCTTAGGTGT
gi|4 : atttttttttttggtgtttaA-G--AAA-T-AAAG-A-A-------TGGGATTTTTAGAAAAGTT-CGA-TA-TTC--ATGTTGTTTAGCTTTGATAAACAAGTGATACT-ATT-TGGCAA-A-TATG-AAAA---TAAGAATATTCATATAAATTAACACCAAAA--AATCT-ATTG--ATACTTG-T-G--TTAAAAA-CAAATTT-ATTTGCT-----A-GTAAATATAAAAAT-G-TCCTAAGCTGCATGGT-GACCA--TCAC-TAT--AAAGGT-GAATCAT--AG-A-TA-GAA---TT-TA-TA--GAAAAGAT--T-CCCTCGC--CTGTGGGTT--A---AAGT-TGTAAGACT-TTA-TAGAGAATAATGAACAAG-G-CAGTTGAC-CA-AGAAGGC--A----TA-TGTCAGCATGCAAC-T-G-T-ATAACAT--ATATTT-ATAC-AC--TA--A-T-TAC--TT-T--ATCGG-TAGTtttcctttttttctttttttgctgttttgtattaaaaattgaaagaaataaagaatgggatttttagaaaagttcgatattcatgttgtttagctttgataaacaagtgatactatttggcaaatatgaaaataagaatattcatataaattaacaccaaaaaatctattgatacttgtgttaaaaacaaatttatttgctagtaaatataaaaatgtcctaagctgcatggtgaccatcactataaaggtgaatcatagatagaatttatagaaaagattccctcgcctgtgggttaaagttgtaagactttatagagaataatgaacaaggcagttgaccaagaaggcatatgtcagcatgcaactgtataacatatatttatacactaattactttatcggtagt
gi|5 : atttttttttttggtgtttataaagttaatgattctcctcttccttttactcttttctgtaaaaaatgaccccaacaccatgagaaacaattttgatcattatgttgaatgccgttttccaagcgtaaaagaactccttaggtgttttcctttttttctttttttgctgttttgtattaaaaattgaaTATAATTCATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTTTTTGTAAAAATGACACGCACATTT-T---GTAAAAA-T-GA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATGTG--TTG-A---A--TG----TTTC-C--AA--GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--GTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AA--TGT--AGCTTTGGCAGACAAGAAATACT-ATT-TGGT-A-AATATG-AAAA---TAAAAATATT--TATAAGTTTA------AA--AATCT-ATTA--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TTTATTT-TTG-C--ATGTAAATATAAAAGT-GTTTCTAAATTGTATGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATAAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAGTT--T-C---TGT--T-----GTTACG---AAGT-TGT-AGA-TAAAA-T--AGAAT---G---AAAGG-CA--TGGC-AATA-----C--A----TA-TGT--G-ATGCTCTAT-AGT-ATAGCA---A-ACTT-ATACAAC--TA--T-A-TGAC-TT-T--AT--GATAGTTGGTA--TT--GTTTTCATTC--A-TA-A-TTACA-TA-CT--ACTT-----TACAATTAGAACATCGTT-GAATAGTT--TTTC-TT-
gi|6 : atttttactttagatatTAAAGTTAATAGA--TTATCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---G-AAAAA-ATGA---------CAA-AGAA-ACAA--TTAATCATTTATTTGGTTTGAA---A--TG----TTTC-CCAA---GT---AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-TAGAAGAA-A-------TGGT--TTTTAGAGAAATT-CAATTATTTC--ACG-TGT--AGC-TTGATAGACAAGGAATA-T-A-T-TGTT-ACA-TAT--GACA---TAAGAGTA-----ATAAA-ATAC-----AA--AATCT-ATTG--ATACTTGTTCG--T--AAAA-CAAT-TT-GTTT-TTT-GCTA-GTAAATATAAAAAT-GT--CT--ATTGCATGGT-GA-CACTTACT-TAT---AAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-CAT-TTTTATA-TA--GAAAAG-T--T-C---TGC--T-----GTT-CATCCAAGTGTGT-AGA-T-TTA-T--AG-AT-ATA---AGG-G-CA-TTGGC-AA-A-----CATA----TA-TGT--A-ATG-ACT-T-A-T-ATCG-ATC-ATATTT-ATAC-AC--TAAGA-A-TAC--TT-T--AT--A-TAGTT-GTAT-TT--GTTTgatt
gi|7 : ctatttatttcggtAAAGTAAATAGATACTCCCCT--GC-TGC-ACTT----------------------TT-----GCAAAAG-T-GA---------CAT-AGAA-A--------ACCA--TGTTTG--TAG-ACTTG--TG----TTTT-C--G---GA-AGAAAG--AA----TT-GGTGGT-GCTAAT-C-GAAA-ATC-------TGGT--TTCTTGTCTAATTGTAA-TA-AACAAAT--T-C--AGC--TGATAGACAAGCAATAATAATT-TGGT-A-A-
gi|8 : atcctaaatcaattctaatattctttaaaatataataaagggttgcaaagatttgtataatattttatataggatagaaaaagggtaccaatcacctctctttattaaaatggattgagaatggtgaactgtcaatgaggtagaatggaataaaatattcgagctccttttaaaataacaaaagagtcaaaacttcaacgttaacatatctagtattacttcatcgaacaatccccactaacaaattttttttataactgA--TT-ATTT--------A---AAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-TAATTTTT-TA-TA--GAAAAG-T--TCC---TGC--T------TTACAAC-AAGT-TGT-AA-----TAGT--AGAAT-ATG---AAAGG-CA-TTGGCGAA-A-----C--AT---TA-TGT--A-ATGCACT-T-A-T-ATAGC-T--ATATTA-TTAC-AC--TA--TCA-AC---TT-T--AT--G-TAGTT-GTA--TT--GTTTTCAATT--A-CGAT-TTACA-TA-CT--ACTTA-------AA-TAGAACAT--TT-GAAA-TTT--TTT--TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCCCCTC------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TCTA-TAT-AACTTTT-CAC-ACT-ATAGTT--------GATA------T-AT-AT-AT-T-A-----AAGAG--AA-ATTAT--TTGATGTCA-TCGT-ATAT-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCATCGT-A-TATAT-G--T--G--CA-AGAA--ATAAAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAat
gi|9 : tttAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-AATA-GAA-TTTT-TA-TAC-GAAAAG-T--T-CC--TGC--T-----GT-ACA---A-GT-TG--AGA-T-TTA-T--AGAAC-ATG---AAG-G-CA-TTG-C-AA-------C--A----TAATGT--A-A-GCACT-T-G-T-ATAGC-T--ATAT------C-AC--TAA-T-AATA---CT-TTAAT--G-TA-TT-GTAT-TTTGGTTTTCAATT--ACTG-T-T-ACA-TA-CT--ACTTA----CA----TAGAACAT--TT-GAAA-TTT--TT-C-TT-T-ACTGACTC-CTCC---------CCCC--CTCCT--------------CCTCTTTTCCTTTT-CTA-TCTA-TAT-AAC-TTTTCAC-A-T-ATAGTT-ATATAATAATA------TGATAAT-AT-T-AT-----AGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-ACGT-ATTA-----TA--TTAT-AATG---TGCCT-CAT-GT-A-TATATAG--T--G--AA-AG-A--AT--AAC--AGA--TT--AACAAAAAa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTGAGATGACAGTATGGAACAAAATATTATGAGCTTCCCTTCAAAAAATAACCAACAGGGAAGTGAAACAATAAGGAAAAAAACCACCACACGAAAATCTAAACCTTCAATTGGCTTCAATCAAATTTTGATTTAGAATTAGAACCTTACAACACTAACTATTTTATTGCGGTTTTTTTACTTTT
Unaligned ( gi|18 ): GAATCTAAACTTCAATGGCTTCAATTCAAAATTTTGCATAGAATTAGACCTACAAACTACTATTTATTTCGGTTAAAGAGCCCTATTAGAAATTGTTTTTATAAAAATAACAGATATTAA
Unaligned ( gi|22 ): AAACTTCACTGGCTTCAATTCAAAATTTTGTATATAATTATACC
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444 11111 111 222222222 1111 111111 111111111 11 11 1 1 22 111 11111 11111 11 22222222 1 111 11111 111 1 1 1111111111111 1111 222 1111 1 222222222 222222222 444444444444444444444 11 111 11111 111111 11111
lowQualScore : 0 66 66 5 4444444444444444444444 00000 444 000000000 44 4 888 1 66 4 999999 3333 4 999999 888 66 66 5 5 77 5 5 5 888888888 999 5 5 5 77 33 33 2 0 0 5 1 5 0 5 999 22 000 9999 5 1 44444 77 0 5 77 5 33333 5 00 8 77777777 4 4 4 4 66 4 55 4 4 55 4 8 66 4 4 4 99 2 55 4 555 55 44444 0 222 4 44 4 4 4 99 7777777 2 4 4 6 4 3333333333333 4 7777 4 4 4 4 9999 44 4 55 9999 4 888 4 55 99 4 4 88 66 0 2222 777 0 5 66 999999999 5 66 5 55 66 4 666 5 000000000 444444444444444444444 00 4 4 4 4 4 8 444 4 00000 222222 4 8 4 0 4 33333 55 3 7 3 99999 77 6 555 1 3 3 3 3 44 77 44 3 44 6 3 44 3
lowQualScore : . .. .. . ...................... ..... ... ......... .. . ... . .. . ...... .... . ...... ... .. .. . . .. . . . ......... ... . . . .. .. .. . . . . . . . . ... .. ... .... . . ..... .. . . .. . ..... . .. . ........ . . . . .. . .. . . .. . . .. . . . .. . .. . ... .. ..... . ... . .. . . . .. ....... . . . . . ............. . .... . . . . .... .. . .. .... . ... . .. .. . . .. .. . .... ... . . .. ......... . .. . .. .. . ... . ......... ..................... .. . . . . . . ... . ..... ...... . . . . . ..... .. . . . ..... .. . ... . . . . . .. .. .. . .. . . .. .
lowQualScore : 4 99 99 0 4444444444444444444444 99999 999 000000000 88 4 222 9 11 4 999999 9999 4 999999 000 11 99 0 7 99 7 7 7 777777777 666 7 7 7 99 66 66 0 1 1 7 4 7 7 7 444 55 000 4444 1 7 33333 99 7 7 99 7 77777 7 66 9 00000000 4 4 4 4 11 4 55 0 0 55 0 0 22 0 0 0 55 0 55 0 000 55 00000 8 555 0 99 0 0 0 55 1111111 0 0 0 0 0 9999999999999 0 5555 0 0 0 0 0000 99 0 55 7777 0 555 0 55 55 0 4 00 11 4 8888 222 0 0 99 666666666 0 99 7 88 11 4 666 0 000000000 444444444444444444444 66 4 4 4 4 4 9 222 4 88888 888888 4 1 0 8 0 22222 00 6 3 6 11111 33 7 888 0 3 3 3 3 66 99 66 3 66 7 3 66 3
consensus : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-TTGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-C--A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATACT-ATT-TGGT-A-A-TAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTAC-----AA--AATCT-ATTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C---TGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACG---AAA-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A----TA-TGT--G-ATGCACT-T-A-T-ATAGCAT--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACTTA----TACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATAAT-ATAT-AT----AAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAC
Reference ( family-4137 ) : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-TTGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-C--A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATACT-ATT-TGGT-A-A-TAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTAC-----AA--AATCT-ATTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C---TGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACG---AAA-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A----TA-TGT--G-ATGCACT-T-A-T-ATAGCAT--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACTTA----TACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATAAT-ATAT-AT----AAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAC
gi|1 : TAAAGT-AA-AGA--CTC-CCT--TTCTGT-ACTT----------------------TTCT---GTAAAAAATGGA---------TAT-AGAACACGT--ATGATCATTTATTTG--TTG-A---GAGTG----TTTCGC--A---GTTA-AAAATTAACT--TT-GGTGGATG--AATAT-GAAG-A-AGTGTACATGTA--TCTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGTC-AGC-TTGATAGACAAGG-ATACT-AGTATGGT-A-A-GATTGAAAACAGTAAG-ATA-T--TATAGAATTAC-----AAACAATCTGATTGCAGTACTTGTT-AGTT--AAAACCAA--TT-ATTT-TGC-G--A-GTAAATATAAAAATGGTTCCTTAATTGCATGGT-GA-CA--TCC--TAT--TAAGGTCG-ATCAT--AG-A-TAGTGA-TTTC-TA-TATTAGAAAG-T--T-T---CGCTGT-----GTTACA---AAG-------AA-T-TCA------------A---AAA-G-CA-TTGACAAA-A-----C--AGTATTG-TGG--G-ATGCACT-TAA-T-ATAACGCTAATATTTCATAC-ATCGTA--T-A-TC---TTAT--AT--G-TAGTT-GTATGTT--GTTTTCAATTTAG-CG-G-TTACA-TAGCT--ACTTA----CA-AA-TAGAACAT--TTCGAAA-TTT--TTTG-TTATGGCTGACCC-CCCC---------CCCC--CCCCCCCCCCCGCCCTTCGCCTCTT--CCTTTTCCTAGTTTA-TTTAAAC-TTT-CACGA-TGATAGTTGAT--AAAAATACTGAACT-AT-AT-ATAT-ATA---AAGAG--AC-ATTATTGTTGATGTCA-CCGT-ATTATACAGTA-TTTAT-AATG---TTCATACAT-GT-T-TATGT-G--T--G--AA-AGAA--AT-A----AAGA--TT-AAAC
gi|10 : agcccaggaatcgtaaacttcactggctatcaattcaaacttctgcactttactaatatatacctaccgaagtactactattatatttacggtAA---TAAGAATATT--CATAAATT-AC-----AA--AATAT-ATTG--ATATTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TTTATTT-TTG-CT-A-GTAAATATAAATAT-GTTCCTAAATTGCATGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-TGA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-CT--TGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ATG---AAAGG-CA-TTGGCAAA-A-----C--A----TA-TGT--A-ATGCACT-T-G-T-ATAAC-T--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TAC--TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--ATTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACT------TACAA-TAGAACAT--cccccaaaaagggaaaagaa
gi|11 : tcatagttaaggaaatgctagaagac--TT-ATTT-TTGCG--A-GTAA-TATAAGAGT-GTTCCTAA--TGTATGGTAGA-CA--TCCTGTATTAAAGGGT-G-ATCATGCAG-ACTA--AA-TTTT-TACTA--GAAA-G-TCGT-C---TGC--TT----GTTACA---AAGT-TGA-ATA-T-ATA-TT-AGAAT-ACG---AAA-G-CA-GTTGC-AA-A-----A--C----TA-TGT--A-ATCCTAT-C-A-TTATA--AT--TTATT--ATTT-AC--TA--T-A-TAATATT-C--ATA-G-TAGT--GTAC-TT--GTTTTCAATT--ACTG-TGTTACACTA-CT--ACTT-------CAA-TAGAACAT--TT-TAAT-TTTTCTTTC-TT-T-GCTGACCT-CCCC---------CCCT--C------------------C
gi|13 : attT--TTTC-TT---GC---CCC-CCCCTTGAGAACACCCCTTC------------------CCTCTTT-CCTTGT-TTG-ATTA-TAT-AAA-TTG-CAC-AGT-ATAGTT-ATT-AAAGCTA------T-ACAAT-ATATTACTTCCAAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTAA-TC-----TG-----TG-ATTAA-AATG---TA-----------A-GATAT-G--T--T--AA-AGAATTAA-AAACAAAGAATTT-AAAAAAAAAat
gi|14 : -AGAG-GCAA--AAGATCATTTATTTT--CAG-A---G--TGT---TTTC-T--A---AT-C-AAAG--AGCT--TT-GG
gi|15 : aacaactgcagaaacaaaattacaatggattcaatttcaatttcaaatgcttcacagactatctgctacaaactactattaaaataaatgtgctattaaagactctccattatgagttaccT-TTT--TTTC-CT-T--CTGACCCATCCC---------CCCT--C------------------CCCCTT--CCTTTT-CTA-TT---TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-TAA---G------T-ATAAT-A-AT--T----AGTTT--CT-ATCATTGCTGATGTAATTTGT-TTTA------A-TTTAT-AATG-------TGCAT-GT-A-TATAT-G--TTAA--AA-AGAA--CT-CAAT-AAA----T-AAACAAAatcg
gi|16 : --C------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CACAA-T-ATAGTT-A-G-AAAAATA------T-ATTAT-ATAT-AT----CAGAT--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATGT-G--T--G--AA-AAAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAt
gi|17 : T--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-AGA-AAAAATA------T-ATGAT-ATAT-AT----CAGAT--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTT-T-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATGT-G--T--G--AA-AAAA--AT-AAAC-AAGG--AT-AAACAA
gi|19 : -ATAT-AA----AAGAG--AATATTAT-GTGCATGTAA-TCGT-ATTA-----CG--TTATAAATGAATTGCATGC----T-ACTATAT-GGTT--G--GGCAAAA--ATAAAAC-AAGA--GTAAAACAAAAAC
gi|2 : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TACTGT-ACTT----------------------TT-T---AT-AAAA-TTGA---------CA----------------ATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-CA-A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-T--AAA-T-GAAG-A-A-------TGGA--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATGTT-ATT-TGGT-A-------------------AACACT--TG-----TTGT-----AA--AA-CA-ATT----TATTT-TT-G----------CGA--TT----------G--A-ATA----TAAAAAT-GGTCCTATATTGCATGGT-GA-TA--TCCT-TAT--AAAGAT-G-ATCAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TG--TAAAAGTT--T-C---TGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACA---AAA-GACA-TTGGCAAA-A-----C--A----TA-TGT--G-CTGCACT-T-A-C-ATAGC-T--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TAG--TT-T--AT--A-TAGTT-GTAT-TT--GTTTCCA-----C-TG-T-TTACT-TA-CTAAACT------TACAA-TAGAAAAT--TA-GGTT-TTT--TTTCTTT-T-GCTGCACC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTCTT--CC-TTT-CTA-TTTAGTAT-AAC-TTTACAC-A-T-ATATTT-ATA-AAAAAAT------T-ATAATGATAT-AT----AA-AGCTAA-A-TATTG-TGATGTCA-TCATAATTA-----TATTTTAT-AAT----TCCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--GGAGA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACA
gi|20 : agaagggacttgttacttgggtttctaaatggaaataaaacaatattttattcagtgatgcagtgtggaagaaatagctgagattccctataaaataacctaggaatcaaaacttcactggcttcaattccaaattttgcatagaattatacctacaagctactatttatttcggtTAAAGTTAATAGA--CTCTCCC--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-T-GA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-CT-A---GT-A-AAAG--A
gi|21 : --AA-ATTACTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TACATGCAT-GTAA-TAGAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACA
gi|23 : acT-AATG---TCCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-ACAC-AAGA--TT-
gi|3 : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCC--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-TTGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A---G----TT-C-C--A---GT-A-AAAG--AAAC--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAATTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATA-T-ATA-TG-T-A-A-TAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTAC-----AA--AAT----TTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCAT-GT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AGAA-TA-TAT-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C---TGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACG---AAA-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A--------GT--G-ATGCACT-T-A-T--TAGCAT--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACGCTT-CT--ACTTACATGTACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCTC--C------------------CTTCTT--C--TTT-CTA--TTA-AAT-AAC-TTC-AAC---T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATGAT-GTAT-AT----AAAAG--AA-ATTATTGTTGATGTCATTCGT-ATTA-----TA-CTTATAAATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--TG-G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAACAAC
gi|4 : TAAAGTTAAT-GA--TTCTCCTCTTCCTTTTACTC----------------------TT-TTCTGTAAAAA-ATGACCCCAACACCATGAGAA-ACAATTTTGATCA-TTA--TG--TTG-A---A--TGCCGTTTTC-C--AAGCGT-A-AAAG--AACTCCTTAGGTGT
gi|4 : atttttttttttggtgtttaA-G--AAA-T-AAAG-A-A-------TGGGATTTTTAGAAAAGTT-CGA-TA-TTC--ATGTTGTTTAGCTTTGATAAACAAGTGATACT-ATT-TGGCAA-A-TATG-AAAA---TAAGAATATTCATATAAATTAACACCAAAA--AATCT-ATTG--ATACTTG-T-G--TTAAAAA-CAAATTT-ATTTGCT-----A-GTAAATATAAAAAT-G-TCCTAAGCTGCATGGT-GACCA--TCAC-TAT--AAAGGT-GAATCAT--AG-A-TA-GAA---TT-TA-TA--GAAAAGAT--T-CCCTCGC--CTGTGGGTT--A---AAGT-TGTAAGACT-TTA-TAGAGAATAATGAACAAG-G-CAGTTGAC-CA-AGAAGGC--A----TA-TGTCAGCATGCAAC-T-G-T-ATAACAT--ATATTT-ATAC-AC--TA--A-T-TAC--TT-T--ATCGG-TAGTtttcctttttttctttttttgctgttttgtattaaaaattgaaagaaataaagaatgggatttttagaaaagttcgatattcatgttgtttagctttgataaacaagtgatactatttggcaaatatgaaaataagaatattcatataaattaacaccaaaaaatctattgatacttgtgttaaaaacaaatttatttgctagtaaatataaaaatgtcctaagctgcatggtgaccatcactataaaggtgaatcatagatagaatttatagaaaagattccctcgcctgtgggttaaagttgtaagactttatagagaataatgaacaaggcagttgaccaagaaggcatatgtcagcatgcaactgtataacatatatttatacactaattactttatcggtagt
gi|5 : atttttttttttggtgtttataaagttaatgattctcctcttccttttactcttttctgtaaaaaatgaccccaacaccatgagaaacaattttgatcattatgttgaatgccgttttccaagcgtaaaagaactccttaggtgttttcctttttttctttttttgctgttttgtattaaaaattgaaTATAATTCATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTTTTTGTAAAAATGACACGCACATTT-T---GTAAAAA-T-GA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATGTG--TTG-A---A--TG----TTTC-C--AA--GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--GTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AA--TGT--AGCTTTGGCAGACAAGAAATACT-ATT-TGGT-A-AATATG-AAAA---TAAAAATATT--TATAAGTTTA------AA--AATCT-ATTA--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TTTATTT-TTG-C--ATGTAAATATAAAAGT-GTTTCTAAATTGTATGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATAAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAGTT--T-C---TGT--T-----GTTACG---AAGT-TGT-AGA-TAAAA-T--AGAAT---G---AAAGG-CA--TGGC-AATA-----C--A----TA-TGT--G-ATGCTCTAT-AGT-ATAGCA---A-ACTT-ATACAAC--TA--T-A-TGAC-TT-T--AT--GATAGTTGGTA--TT--GTTTTCATTC--A-TA-A-TTACA-TA-CT--ACTT-----TACAATTAGAACATCGTT-GAATAGTT--TTTC-TT-
gi|6 : atttttactttagatatTAAAGTTAATAGA--TTATCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---G-AAAAA-ATGA---------CAA-AGAA-ACAA--TTAATCATTTATTTGGTTTGAA---A--TG----TTTC-CCAA---GT---AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-TAGAAGAA-A-------TGGT--TTTTAGAGAAATT-CAATTATTTC--ACG-TGT--AGC-TTGATAGACAAGGAATA-T-A-T-TGTT-ACA-TAT--GACA---TAAGAGTA-----ATAAA-ATAC-----AA--AATCT-ATTG--ATACTTGTTCG--T--AAAA-CAAT-TT-GTTT-TTT-GCTA-GTAAATATAAAAAT-GT--CT--ATTGCATGGT-GA-CACTTACT-TAT---AAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-CAT-TTTTATA-TA--GAAAAG-T--T-C---TGC--T-----GTT-CATCCAAGTGTGT-AGA-T-TTA-T--AG-AT-ATA---AGG-G-CA-TTGGC-AA-A-----CATA----TA-TGT--A-ATG-ACT-T-A-T-ATCG-ATC-ATATTT-ATAC-AC--TAAGA-A-TAC--TT-T--AT--A-TAGTT-GTAT-TT--GTTTgatt
gi|7 : ctatttatttcggtAAAGTAAATAGATACTCCCCT--GC-TGC-ACTT----------------------TT-----GCAAAAG-T-GA---------CAT-AGAA-A--------ACCA--TGTTTG--TAG-ACTTG--TG----TTTT-C--G---GA-AGAAAG--AA----TT-GGTGGT-GCTAAT-C-GAAA-ATC-------TGGT--TTCTTGTCTAATTGTAA-TA-AACAAAT--T-C--AGC--TGATAGACAAGCAATAATAATT-TGGT-A-A-
gi|8 : atcctaaatcaattctaatattctttaaaatataataaagggttgcaaagatttgtataatattttatataggatagaaaaagggtaccaatcacctctctttattaaaatggattgagaatggtgaactgtcaatgaggtagaatggaataaaatattcgagctccttttaaaataacaaaagagtcaaaacttcaacgttaacatatctagtattacttcatcgaacaatccccactaacaaattttttttataactgA--TT-ATTT--------A---AAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-TAATTTTT-TA-TA--GAAAAG-T--TCC---TGC--T------TTACAAC-AAGT-TGT-AA-----TAGT--AGAAT-ATG---AAAGG-CA-TTGGCGAA-A-----C--AT---TA-TGT--A-ATGCACT-T-A-T-ATAGC-T--ATATTA-TTAC-AC--TA--TCA-AC---TT-T--AT--G-TAGTT-GTA--TT--GTTTTCAATT--A-CGAT-TTACA-TA-CT--ACTTA-------AA-TAGAACAT--TT-GAAA-TTT--TTT--TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCCCCTC------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TCTA-TAT-AACTTTT-CAC-ACT-ATAGTT--------GATA------T-AT-AT-AT-T-A-----AAGAG--AA-ATTAT--TTGATGTCA-TCGT-ATAT-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCATCGT-A-TATAT-G--T--G--CA-AGAA--ATAAAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAat
gi|9 : tttAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-AATA-GAA-TTTT-TA-TAC-GAAAAG-T--T-CC--TGC--T-----GT-ACA---A-GT-TG--AGA-T-TTA-T--AGAAC-ATG---AAG-G-CA-TTG-C-AA-------C--A----TAATGT--A-A-GCACT-T-G-T-ATAGC-T--ATAT------C-AC--TAA-T-AATA---CT-TTAAT--G-TA-TT-GTAT-TTTGGTTTTCAATT--ACTG-T-T-ACA-TA-CT--ACTTA----CA----TAGAACAT--TT-GAAA-TTT--TT-C-TT-T-ACTGACTC-CTCC---------CCCC--CTCCT--------------CCTCTTTTCCTTTT-CTA-TCTA-TAT-AAC-TTTTCAC-A-T-ATAGTT-ATATAATAATA------TGATAAT-AT-T-AT-----AGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-ACGT-ATTA-----TA--TTAT-AATG---TGCCT-CAT-GT-A-TATATAG--T--G--AA-AG-A--AT--AAC--AGA--TT--AACAAAAAa
blockSeqs : TA CT T TTTGTAAAAATGACACGCACAT TTCT TT CCCCAACAC TG . TTT T GT A CTTG CCGT . AAGC AG . CC A . CT . A A TC GAT G T T AA GT TT T T A T . A AA G . TTCA T T ACCAA . . . C TTA . AT T TTTGCT T . A C CT G TA . A GC A C T T A C C T CG C CCT . TGTGG TCC G TA C A G AG AATGAAC G A G A T GAAGGCA A CAGC A . G T ATC T A . AGA A ATA . TA CG A G T TG AC TG C . AA TACATGTAC T CG . TA TC T T A TTGAGAACA CTCCT TT . . G . T A AG . ATAT . G A G T TTCCA CT T T A . TT A AAT A C A C A GT TA GA C TT A A AT A
blockSeqs : . . . . T TT . T . A T . . G T . CAA C . . . . . . . . A A . . . . G . T C . T . . CA G . TT T T . . . . . T . T T TTGCT . . . . . . . . . . . A T . . . . A . . T . T AC . T . . . T ATG G . . A . CATA . A . . . . AT T . . TC . AC . . A . . C . AC AT C . . TTAC . . . T . . T . . TTC T . . . . . T AA . ATT . . A . . A . . T . . A A . G . . . . . G . . . A . . .
blockSeqs : . . . . T AT . T . T T . . A . . AA A . . . . . . . . A G . . . . . . T C . T . . A . . CT T A . . . . . T . . . TTGCG . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . C . . . . A . . . . ACG G . . G . CAT . A . . . . AT T . . AT . C . . . . . T . A T . . . TACA . . . T . . T . . CTC . . . . . . . AC . ATA . . T . . C . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T AT . T . T T . . A . . TA A . . . . . . . . A G . . . . . . T A . T . . A . . TT T T . . . . . T . . . TTGG . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . T . . . . ACA . . . . . CA . G . . . . AT T . . T . G . . . . . T . C T . . . TAC . . . T . . T . . C . . . . . . . A . AGA . . G . . C . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T T . A . T T . . A . . AA A . . . . . . . . A T . . . . . . . . . T . . A . . TT . T . . . . . T . . . TTGC . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T . . . . ACG . . . . . AC . G . . . . T T . . T . C . . . . . T . A T . . . TAC . . . T . . T . . C . . . . . . . A . ATA . . A . . A . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T T . T . T T . . A . . A A . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GCT . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . ATA . . . . . CA . G . . . . T T . . T . C . . . . . T . A A . . . TC . . . A . . T . . C . . . . . . . A . ATA . . G . . A . . . . . T . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . A . . A A . . . . . G . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T . . . . ATG . . . . . CA . A . . . . A A . . T . . . . . . . . . A T . . . TA . . A . . . . . C . . . . . . . A . AG . . A . . A . . . . . C . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . T . . . . ATG . . . . . CA . A . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . CA . A . . . . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : T**** NT* A***** A** ** A******** ** ** *** TT** ** ** T**** TTGC**** T* ** ** T* ACG**** CA*********** T*** T* ** C** T* A*** T** C******************** A** ****** A**** *****
originalCons : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-TTGA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-C--A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATACT-ATT-TGGT-A-A-TAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTAC-----AA--AATCT-ATTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAA--TT-ATTT-TTG-G--A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C---TGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACG---AAA-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A----TA-TGT--G-ATGCACT-T-A-T-ATAGCAT--ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TA---TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACTTA----TACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATAAT-ATAT-AT----AAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAC
finalCons : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TTT----GTAAAAANT-GA---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-AA-----TG----TTTC-C--A---GTA--AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-AA--------TGGG--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATACT-ATT-TGGT-A-A-TAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTAC-----AA--AATCT-ATTG--ATACTTGTT-GT----AAAA-CAA--TT-ATTTTTGC----A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TAT-AA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C---TGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAATACG----AAA-G-CA-TTGGC-AA-ACA-----------TA-TGT--G-ATGCACT-T-A-T-ATAGCT---ATATTT-ATAC-AC--TA--T-A-TAC--TT-T--AT--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATTA---TG-T-TTACA-TA-CT--ACTTA----TACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TTT--GCTGACCC-CCCC---------CCCCC--------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CACA--T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATAAT-ATAT-ATA----AGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTGAGATGACAGTATGGAACAAAATATTATGAGCTTCCCTTCAAAAAATAACCAACAGGGAAGTGAAACAATAAGGAAAAAAACCACCACACGAAAATCTAAACCTTCAATTGGCTTCAATCAAATTTTGATTTAGAATTAGAACCTTACAACACTAACTATTTTATTGCGGTTTTTTTACTTTT
Unaligned ( gi|18 ): GAATCTAAACTTCAATGGCTTCAATTCAAAATTTTGCATAGAATTAGACCTACAAACTACTATTTATTTCGGTTAAAGAGCCCTATTAGAAATTGTTTTTATAAAAATAACAGATATTAA
Unaligned ( gi|22 ): AAACTTCACTGGCTTCAATTCAAAATTTTGTATATAATTATACC
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444 11111 1 222222222 1111 111111 111111111 11 11 1 1 22 111 1111 11111 11 2 1 111 11111 111 1 1111111111111 111 1111 1 222222222 222222222 444444444444444444444 11 111 11111 111111 11111
lowQualScore : 0 66 66 5 4444444444444444444444 00000 0 5 000000000 44 4 888 1 66 4 999999 3333 4 999999 888 66 66 5 5 77 5 5 5 888888888 999 5 5 5 77 33 33 2 0 0 5 1 5 0 5 5 5 77 111 1111 3 3 66666 99 2 6 77 5 77 77 5 99 6 4 4 4 4 66 4 55 4 4 55 4 8 66 4 4 4 99 2 55 4 111 4 55 44444 0 222 4 44 4 4 4 99 7777777 8 8 4 2 4 7777777777777 4 7777 4 4 4 4 55 111 44 4 99 4 4 4 55 4 4 99 4 4 88 66 0 2222 777 0 5 66 999999999 5 66 5 55 66 4 666 5 000000000 444444444444444444444 00 4 4 4 4 4 8 444 4 00000 222222 4 8 4 0 4 33333 55 3 7 3 99999 77 6 555 1 3 3 3 3 44 77 44 3 44 6 3 44 3
lowQualScore : . .. .. . ...................... ..... . . ......... .. . ... . .. . ...... .... . ...... ... .. .. . . .. . . . ......... ... . . . .. .. .. . . . . . . . . . . .. ... .... . . ..... .. . . .. . .. .. . .. . . . . . .. . .. . . .. . . .. . . . .. . .. . ... . .. ..... . ... . .. . . . .. ....... . . . . . ............. . .... . . . . .. ... .. . .. . . . .. . . .. . . .. .. . .... ... . . .. ......... . .. . .. .. . ... . ......... ..................... .. . . . . . . ... . ..... ...... . . . . . ..... .. . . . ..... .. . ... . . . . . .. .. .. . .. . . .. .
lowQualScore : 4 99 99 0 4444444444444444444444 99999 8 0 000000000 88 4 222 9 11 4 999999 9999 4 999999 000 11 99 0 7 99 7 7 7 777777777 666 7 7 7 99 66 66 0 1 1 7 4 7 7 7 7 7 00 777 5555 5 5 77777 22 5 7 99 7 99 99 7 44 7 4 4 4 4 11 4 55 0 0 55 0 0 22 0 0 0 55 0 55 0 000 0 55 00000 8 555 0 99 0 0 0 55 1111111 0 0 0 0 0 9999999999999 0 5555 0 0 0 0 55 999 99 0 55 0 0 0 55 0 0 55 0 4 00 11 4 8888 222 0 0 99 666666666 0 99 7 88 11 4 666 0 000000000 444444444444444444444 66 4 4 4 4 4 9 222 4 88888 888888 4 1 0 8 0 22222 00 6 3 6 11111 33 7 888 0 3 3 3 3 66 99 66 3 66 7 3 66 3
consensus : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAANTG-A---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-C--A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATACT-ATT-TGGT-A-A-TATG-AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTAC-----AA--AATCT-ATTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAATTT-ATTTTTGC-A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C---T-GC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACG---AAA-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A----TA-TGT--G-ATGCACT-T-A-T-ATA--GC-T-ATATTT-ATAC-ACTA--TA-T-A-CT--T-TA-T--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACTTA----TACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATAAT-ATAT-AT----AAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAC
Reference ( family-4137 ) : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAANTG-A---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-C--A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATACT-ATT-TGGT-A-A-TAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTAC-----AA--AATCT-ATTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAATT--ATTTTTGC-A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C---T-GC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACG---AAA-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A----TA-TGT--G-ATGCACT-T-A-T-ATA--GC-T-ATATTT-ATAC-ACTA--TA-T-A-CT--T-TA-T--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACTTA----TACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATAAT-ATAT-AT----AAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAC
gi|1 : TAAAGT-AA-AGA--CTC-CCT--TTCTGT-ACTT----------------------TTCT---GTAAAAAATGGA---------TAT-AGAACACGT--ATGATCATTTATTTG--TTG-A---GAGTG----TTTCGC--A---GTTA-AAAATTAACT--TT-GGTGGATG--AATAT-GAAG-A-AGTGTACATGTA--TCTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGTC-AGC-TTGATAGACAAGG-ATACT-AGTATGGT-A-A-GATTGAAAACAGTAAG-ATA-T--TATAGAATTAC-----AAACAATCTGATTGCAGTACTTGTT-AGTT--AAAACCAATT--A-TTTTGCGA-GTAAATATAAAAATGGTTCCTTAATTGCATGGT-GA-CA--TCC--TAT--TAAGGTCG-ATCAT--AG-A-TAGTGA-TTTC-TA-TATTAGAAAG-T--T-T---C-GCTGT-----GTTACA---AAG-------AA-T-TCA------------A---AAA-G-CA-TTGACAAA-A-----C--AGTATTG-TGG--G-ATGCACT-TAA-T-ATAACGC-TAATATTTCATAC-ATCG--TA-T-ATCT--TATA-T--G-TAGTT-GTATGTT--GTTTTCAATTTAG-CG-G-TTACA-TAGCT--ACTTA----CA-AA-TAGAACAT--TTCGAAA-TTT--TTTG-TTATGGCTGACCC-CCCC---------CCCC--CCCCCCCCCCCGCCCTTCGCCTCTT--CCTTTTCCTAGTTTA-TTTAAAC-TTT-CACGA-TGATAGTTGAT--AAAAATACTGAACT-AT-AT-ATAT-ATA---AAGAG--AC-ATTATTGTTGATGTCA-CCGT-ATTATACAGTA-TTTAT-AATG---TTCATACAT-GT-T-TATGT-G--T--G--AA-AGAA--AT-A----AAGA--TT-AAAC
gi|10 : agcccaggaatcgtaaacttcactggctatcaattcaaacttctgcactttactaatatatacctaccgaagtactactattatatttacggtAA---TAAGAATATT--CATAAATT-AC-----AA--AATAT-ATTG--ATATTTGTT-G--T--AAAA-CAATTT-ATTTTTGCTA-GTAAATATAAATAT-GTTCCTAAATTGCATGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-TGA-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C---TTGC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ATG---AAA-GGCA-TTGGC-AA-AA----C--A----TA-TGT--A-ATGCACT-T-G-T-ATA--AC-T-ATATTT-ATAC-ACTA--TA-T-A-CT--T-TA-T--G-TAGTT-GTAT-TT--ATTTTCAATT--A-TG-T-TTACA-TA-CT--ACT------TACAA-TAGAACAT--cccccaaaaagggaaaagaa
gi|11 : tcatagttaaggaaatgctagaagacTT--ATTTTTGCGA-GTAA-TATAAGAGT-GTTCCTAA--TGTATGGTAGA-CA--TCCTGTATTAAAGGGT-G-ATCATGCAG-ACTA--AA-TTTT-TACTA--GAAA-G-TCGT-C---T-GC--TT----GTTACA---AAGT-TGA-ATA-T-ATA-TT-AGAAT-ACG---AAA-G-CA-GTTGC-AA-A-----A--C----TA-TGT--A-ATCCTAT-C-A-TTATA--AT-T--TATT--ATTT-ACTA--TA-T-A-ATATT-CA-TA-G-TAGT--GTAC-TT--GTTTTCAATT--ACTG-TGTTACACTA-CT--ACTT-------CAA-TAGAACAT--TT-TAAT-TTTTCTTTC-TT-T-GCTGACCT-CCCC---------CCCT--C------------------C
gi|13 : attT--TTTC-TT---GC---CCC-CCCCTTGAGAACACCCCTTC------------------CCTCTTT-CCTTGT-TTG-ATTA-TAT-AAA-TTG-CAC-AGT-ATAGTT-ATT-AAAGCTA------T-ACAAT-ATATTACTTCCAAGAG--AA-ATTATTGTTGATGTAA-TC-----TG-----TG-ATTAA-AATG---TA-----------A-GATAT-G--T--T--AA-AGAATTAA-AAACAAAGAATTT-AAAAAAAAAat
gi|14 : -AGAG-GCAA--AAGATCATTTATTTT--CAG-A---G--TGT---TTTC-T--A---AT-C-AAAG--AGCT--TT-GG
gi|15 : aacaactgcagaaacaaaattacaatggattcaatttcaatttcaaatgcttcacagactatctgctacaaactactattaaaataaatgtgctattaaagactctccattatgagttaccT-TTT--TTTC-CT-T--CTGACCCATCCC---------CCCT--C------------------CCCCTT--CCTTTT-CTA-TT---TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-ATA-TAA---G------T-ATAAT-A-AT--T----AGTTT--CT-ATCATTGCTGATGTAATTTGT-TTTA------A-TTTAT-AATG-------TGCAT-GT-A-TATAT-G--TTAA--AA-AGAA--CT-CAAT-AAA----T-AAACAAAatcg
gi|16 : --C------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CACAA-T-ATAGTT-A-G-AAAAATA------T-ATTAT-ATAT-AT----CAGAT--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATGT-G--T--G--AA-AAAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAAAAt
gi|17 : T--CCTTTT-CTA-TTTA-TAT-AAC-TTT-CAC-A-T-ATAGTT-AGA-AAAAATA------T-ATGAT-ATAT-AT----CAGAT--AA-ATTATTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTT-T-AATG---TGCATGCAT-GT-A-TATGT-G--T--G--AA-AAAA--AT-AAAC-AAGG--AT-AAACAA
gi|19 : -ATAT-AA----AAGAG--AATATTAT-GTGCATGTAA-TCGT-ATTA-----CG--TTATAAATGAATTGCATGC----T-ACTATAT-GGTT--G--GGCAAAA--ATAAAAC-AAGA--GTAAAACAAAAAC
gi|2 : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCT--TACTGT-ACTT----------------------TT-T---AT-AAAATTG-A---------CA----------------ATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-CA-A---GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-T--AAA-T-GAAG-A-A-------TGGA--TTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATGTT-ATT-TGGT-A-A-
gi|2 : agaagggacttgttacttgggtttctaaatggaaataaaacaatattttattcagtgatgcagtgtggaagaaatagctgagattccctataaaataacctaggaatcaaaacttcactggcttcaattccaaattttgcatagaattatacctacaagctactatttatttcggt--ACACTTGTT-G--T--AAAA-CAATTT-ATTTTTGCGA-TTGAATATAAAAAT-GGTCCTATATTGCATGGT-GA-TA--TCCT-TAT--AAAGAT-G-ATCAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TG--TAAAAGTT--T-C---T-GC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACA---AAA-GACA-TTGGCAAA-A-----C--A----TA-TGT--G-CTGCACT-T-A-C-ATA--GC-T-ATATTT-ATAC-ACTA--TA-T-A-GT--T-TA-T--A-TAGTT-GTAT-TT--GTTTCCA-----C-TG-T-TTACT-TA-CTAAACT------TACAA-TAGAAAAT--TA-GGTT-TTT--TTTCTTT-T-GCTGCACC-CCCC---------CCCC--C------------------CCTCTT--CC-TTT-CTA-TTTAGTAT-AAC-TTTACAC-A-T-ATATTT-ATA-AAAAAAT------T-ATAATGATAT-AT----AA-AGCTAA-A-TATTG-TGATGTCA-TCATAATTA-----TATTTTAT-AAT----TCCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--GGAGA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAacacttgttgtaaaacaatttatttttgcgattgaatataaaaatggtcctatattgcatggtgatatccttataaagatgatcatagatataatttttatgtaaaagtttctgctgttacaaagttgtagatttatagaatacaaaagacattggcaaaacatatgtgctgcacttacatagctatatttatacactatatagtttatatagttgtatttgtttccactgtttacttactaaacttacaatagaaaattaggttttttttcttttgctgcaccccccccccccctcttcctttctatttagtataactttacacatatatttataaaaaaattataatgatatataaagctaaatattgtgatgtcatcataattatattttataattccatgcatgtatatatgtggagaagaaataaacaagattaaaca
gi|20 : agaagggacttgttacttgggtttctaaatggaaataaaacaatattttattcagtgatgcagtgtggaagaaatagctgagattccctataaaataacctaggaatcaaaacttcactggcttcaattccaaattttgcatagaattatacctacaagctactatttatttcggttaaagttaatagactctccttactgtactttttataaaattgacaatcatttatttgttgaatgtttccaagtaaaagaactttggtgtataaatgaagaatggattttagagaagttcaatattcattgtagctttgatagacaaggaatgttatttggtaaTAAAGTTAATAGA--CTCTCCC--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAA-TG-A---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A--TG----TTTC-CT-A---GT-A-AAAG--A
gi|21 : --AA-ATTACTGTTGATGTCA-TCGT-ATTA-----TA-TTTAT-AATG---TACATGCAT-GTAA-TAGAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACA
gi|23 : acT-AATG---TCCATGCAT-GT-A-TATAT-G--T--G--AA-AGAA--AT-ACAC-AAGA--TT-
gi|3 : TAAAGTTAATAGA--CTCTCCC--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---GTAAAAATTG-A---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATTTG--TTG-A---A---G----TT-C-C--A---GT-A-AAAG--AAAC--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--TTTTAGAGAATTT-CAA-TA-TTC--AT--TGT--AGCTTTGATAGACAAGGAATA-T-ATA-TG-T-A-A-TAT--AAAA---TAAGAATATT--TATAAATTTAC-----AA--AAT----TTG--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAATT--ATTTTTGG-A-GTAAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCAT-GT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AGAA-TA-TAT-TTTT-TA-TA--GAAAAG-T--T-C---T-GC--T-----GTTACA---AAGT-TGT-AGA-T-TTA-T--AGAAT-ACG---AAA-G-CA-TTGGC-AA-A-----C--A--------GT--G-ATGCACT-T-A-T--TA--GCAT-ATATTT-ATAC-ACTA--TA-T-A--T--T-TA-T--G-TAGTT-GTAT-TT--GTTTTCAATT--A-TG-T-TTACGCTT-CT--ACTTACATGTACAA-TAGAACAT--TT-GAAT-TTT--TTTC-TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCTC--C------------------CTTCTT--C--TTT-CTA--TTA-AAT-AAC-TTC-AAC---T-ATAGTT-ATA-AAAAATA------T-ATGAT-GTAT-AT----AAAAG--AA-ATTATTGTTGATGTCATTCGT-ATTA-----TA-CTTATAAATG---TGCATGCAT-GT-A-TATAT-G--TG-G--AA-AGAA--AT-AAAC-AAGA--TT-AAACAACAAC
gi|4 : TAAAGTTAAT-GA--TTCTCCTCTTCCTTTTACTC----------------------TT-TTCTGTAAAAAATG-ACCCCAACACCATGAGAA-ACAATTTTGATCA-TTA--TG--TTG-A---A--TGCCGTTTTC-C--AAGCGT-A-AAAG--AACTCCTTAGGTGT
gi|4 : atttttttttttggtgtttaA-G--AAA-T-AAAG-A-A-------TGGGATTTTTAGAAAAGTT-CGA-TA-TTC--ATGTTGTTTAGCTTTGATAAACAAGTGATACT-ATT-TGGCAA-A-TATG-AAAA---TAAGAATATTCATATAAATTAACACCAAAA--AATCT-ATTG--ATACTTG-T-G--TTAAAAA-CAAAT--TTATTTGCTA-GTAAATATAAAAAT-G-TCCTAAGCTGCATGGT-GACCA--TCAC-TAT--AAAGGT-GAATCAT--AG-A-TA-GAA---TT-TA-TA--GAAAAGAT--T-CCCTC-GC--CTGTGGGTT--A---AAGT-TGTAAGACT-TTA-TAGAGAATAATGAACAAG-G-CAGTTGAC-CA-AGAAGGC--A----TA-TGTCAGCATGCAAC-T-G-T-ATA--ACAT-ATATTT-ATAC-ACTA--AT-T-A-CT--T-TA-TCGG-TAGTtttcctttttttctttttttgctgttttgtattaaaaattgaaagaaataaagaatgggatttttagaaaagttcgatattcatgttgtttagctttgataaacaagtgatactatttggcaaatatgaaaataagaatattcatataaattaacaccaaaaaatctattgatacttgtgttaaaaacaaatttatttgctagtaaatataaaaatgtcctaagctgcatggtgaccatcactataaaggtgaatcatagatagaatttatagaaaagattccctcgcctgtgggttaaagttgtaagactttatagagaataatgaacaaggcagttgaccaagaaggcatatgtcagcatgcaactgtataacatatatttatacactaattactttatcggtagt
gi|5 : atttttttttttggtgtttataaagttaatgattctcctcttccttttactcttttctgtaaaaaatgaccccaacaccatgagaaacaattttgatcattatgttgaatgccgttttccaagcgtaaaagaactccttaggtgttttcctttttttctttttttgctgttttgtattaaaaattgaaTATAATTCATAGA--CTCTCCT--TCCTGT-ACTTTTTGTAAAAATGACACGCACATTT-T---GTAAAAA-TG-A---------CAT-AGAA-ACAA--TTGATCATTTATGTG--TTG-A---A--TG----TTTC-C--AA--GT-A-AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-T-GAAG-A-A-------TGGG--GTTTAGAGAAGTT-CAA-TA-TTC--AA--TGT--AGCTTTGGCAGACAAGAAATACT-ATT-TGGT-A-AATATG-AAAA---TAAAAATATT--TATAAGTTTA------AA--AATCT-ATTA--ATACTTGTT-G--T--AAAA-CAATTT-ATTTTTGC-ATGTAAATATAAAAGT-GTTTCTAAATTGTATGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATAAT--AG-A-TA-TAA-TTTT-TA-TA--GAAAAGTT--T-C---T-GT--T-----GTTACG---AAGT-TGT-AGA-TAAAA-T--AGAAT---G---AAAGG-CA--TGGC-AATA-----C--A----TA-TGT--G-ATGCTCTAT-AGT-ATA--GC---AAACTT-ATACAACTA--TA-TGA-CT--T-TA-T--GATAGTTGGTA--TT--GTTTTCATTC--A-TA-A-TTACA-TA-CT--ACTT-----TACAATTAGAACATCGTT-GAATAGTT--TTTC-TT-
gi|6 : atttttactttagatatTAAAGTTAATAGA--TTATCCT--TCCTGT-ACTT----------------------TT-T---G-AAAAAATG-A---------CAA-AGAA-ACAA--TTAATCATTTATTTGGTTTGAA---A--TG----TTTC-CCAA---GT---AAAG--AACT--TT-GGTGTA-G--AAT-TAGAAGAA-A-------TGGT--TTTTAGAGAAATT-CAATTATTTC--ACG-TGT--AGC-TTGATAGACAAGGAATA-T-A-T-TGTT-ACA-TAT--GACA---TAAGAGTA-----ATAAA-ATAC-----AA--AATCT-ATTG--ATACTTGTTCG--T--AAAA-CAATTTGTTTTTTGCTA-GTAAATATAAAAAT-GT--CT--ATTGCATGGT-GA-CACTTACT-TAT---AAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-CAT-TTTTATA-TA--GAAAAG-T--T-C---T-GC--T-----GTT-CATCCAAGTGTGT-AGA-T-TTA-T--AG-AT-ATA---AGG-G-CA-TTGGC-AA-A-----CATA----TA-TGT--A-ATG-ACT-T-A-T-ATC--GA-TCATATTT-ATAC-ACTAAGAA-T-A-CT--T-TA-T--A-TAGTT-GTAT-TT--GTTTgatt
gi|7 : ctatttatttcggtAAAGTAAATAGATACTCCCCT--GC-TGC-ACTT----------------------TT-----GCAAAA-GTG-A---------CAT-AGAA-A--------ACCA--TGTTTG--TAG-ACTTG--TG----TTTT-C--G---GA-AGAAAG--AA----TT-GGTGGT-GCTAAT-C-GAAA-ATC-------TGGT--TTCTTGTCTAATTGTAA-TA-AACAAAT--T-C--AGC--TGATAGACAAGCAATAATAATT-TGGT-A-A-
gi|8 : atcctaaatcaattctaatattctttaaaatataataaagggttgcaaagatttgtataatattttatataggatagaaaaagggtaccaatcacctctctttattaaaatggattgagaatggtgaactgtcaatgaggtagaatggaataaaatattcgagctccttttaaaataacaaaagagtcaaaacttcaacgttaacatatctagtattacttcatcgaacaatccccactaacaaattttttttataactgATT--ATTT-----A---AAATATAAAAAT-GTTCCTAAATTGCATGGT-GA-CA--TCCT-TAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-A-TA-TAATTTTT-TA-TA--GAAAAG-T--TCC---T-GC--T------TTACAAC-AAGT-TGT-AA-----TAGT--AGAAT-ATG---AAAGG-CA-TTGGCGAA-A-----C--AT---TA-TGT--A-ATGCACT-T-A-T-ATA--GC-T-ATATTA-TTAC-ACTA--TC-A-A-CT--T-TA-T--G-TAGTT-GTA--TT--GTTTTCAATT--A-CGAT-TTACA-TA-CT--ACTTA-------AA-TAGAACAT--TT-GAAA-TTT--TTT--TT-T-GCTGACCC-CCCC---------CCCCCTC------------------CCTCTT--CCTTTT-CTA-TCTA-TAT-AACTTTT-CAC-ACT-ATAGTT--------GATA------T-AT-AT-AT-T-A-----AAGAG--AA-ATTAT--TTGATGTCA-TCGT-ATAT-----TA-TTTAT-AATG---TGCATGCATCGT-A-TATAT-G--T--G--CA-AGAA--ATAAAAC-AAGA--TT-AAACAAAAAat
gi|9 : tttAT--AAAGGT-G-ATCAT--AG-AATA-GAA-TTTT-TA-TAC-GAAAAG-T--T-CC--T-GC--T-----GT-ACA---A-GT-TG--AGA-T-TTA-T--AGAAC-ATG---AAG-G-CA-TTG-C-AA-------C--A----TAATGT--A-A-GCACT-T-G-T-ATA--GC-T-ATAT------C-ACTAA-TAAT-A-CT--T-TAAT--G-TA-TT-GTAT-TTTGGTTTTCAATT--ACTG-T-T-ACA-TA-CT--ACTTA----CA----TAGAACAT--TT-GAAA-TTT--TT-C-TT-T-ACTGACTC-CTCC---------CCCC--CTCCT--------------CCTCTTTTCCTTTT-CTA-TCTA-TAT-AAC-TTTTCAC-A-T-ATAGTT-ATATAATAATA------TGATAAT-AT-T-AT-----AGAG--AA-ATTATTGTTGATGTCA-ACGT-ATTA-----TA--TTAT-AATG---TGCCT-CAT-GT-A-TATATAG--T--G--AA-AG-A--AT--AAC--AGA--TT--AACAAAAAa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTGAGATGACAGTATGGAACAAAATATTATGAGCTTCCCTTCAAAAAATAACCAACAGGGAAGTGAAACAATAAGGAAAAAAACCACCACACGAAAATCTAAACCTTCAATTGGCTTCAATCAAATTTTGATTTAGAATTAGAACCTTACAACACTAACTATTTTATTGCGGTTTTTTTACTTTT
Unaligned ( gi|18 ): GAATCTAAACTTCAATGGCTTCAATTCAAAATTTTGCATAGAATTAGACCTACAAACTACTATTTATTTCGGTTAAAGAGCCCTATTAGAAATTGTTTTTATAAAAATAACAGATATTAA
Unaligned ( gi|22 ): AAACTTCACTGGCTTCAATTCAAAATTTTGTATATAATTATACC