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lowQualScore                  :             5555  66  2     7 00    2  7 7 7 3    77 333 0  666 9  22   22  8 333  9   8888 9 8888  333  1111  9 44 22 666 8 22 22 11  9 333333  11 11 555 5555 9 444444444   00 22 8 99  444 8 9999  11 11 11 8 22 9 22 9 99 8 9 0000000 666  7 22 7 99 22222222   8 9 11 9  11 777777  111111 666 00   33333  9  4444   777 44444 0 0 0 2222  888  777777777 55 1 1 44  0 1 44  0000 0 0  2222 55 000000000000   0 0 0 0 55555 0 0  0  0  0 2222222 2222222 0  44 888 44 0   0  0  55555 0  0  0 888  0 2222  44  0  1 0  99 22222222222    55  2 2     
consensus                     :   AAGGCTGCCTA---AAG-TTAATTCT-A--CGTTTAA-C-G-T-CACC-TC---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A----GG---GA----GG-G--A--G---G-G--G--A--AA-A----A-TA--A--A---C---AA-A---------CAA--A--A-A--TT---T-T----AA--A--C--A-C--A-T--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T-C-A----CA---CA--------TT--G-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AAT-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T----GA--CC-AA-A-AA--A--A--G---T-AATA--TG-T-CAAAG
Reference ( gi|6 )            :   AAGGCTGCCTT---AAA-TTCATTCT-A--CGTTCAA-C-G-T-CACC-GC---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A----GG---GA----GG-G--A--G---G-G--G--A--AA-A----C-TA--A--A---C---CA-A---------CAA--A--A-A--TT---T-T----AA--A--C--A-C--A-T--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T-C-A----CA---CA--------AT--G-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AAT-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T----GA--CC-AA-A-AA--A--A-TA---T-AATA--TG-T-CAAAG
gi|10                         :   AAGGCTGCCTA---AAG-TTAATTCT----CTTTTAATC-G-T-CGCC-TC---A-AA---A--T--TCA--AA-AA--CC-TA------------GT---GA----GG-G--A--A---G-G--G--A--AA-A----A-TA--A--A---C---AG-A---------CAA--A--A-A--TT---TAT----AA----------C--A-T--T-T--G-T-G-------T---TT-A--T-AT-G--------AAA-A-T--T-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AAA---CAA---A-----T-T-C-A----CA----A--------TT--G-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----A--T-----AG-----ATA-T-T-C-A-----A-G-T---------------------------------------AAT-C---C-----T-AA-TT-T---AG-TG---GA--CC-AA-A-AAGTA--A-TA---T--ATAGTTG-T-CAAAG
gi|36                         :   AAGGTTGC--T---AAG-TTGATTCT-AG-CGTTTAA-C-G-T-CACC-TC---A-AA---A-AA--TCT--CA-A---CC--AT----G-A----GG----A----GG-G--A--C---G-GTAA--A--AA-A----A-TA--A--A---C---AA-A---------CAA--A--A-A--TT---T-T----AA--A--C--A-A--A-T--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T----G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---C--CAGTGGACTC-AA----AAA---T-----T-
gi|5                          :   tAGGCTGCCTA---AAG-TTAATTCT-A--CGTTTAA-T-G-T-CACC-GC---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---TC-TAT----G-A----GGA--GG----GG-G--A--A---G-G--G--A--AA-A----A-TA--A--A---C---AA-A---------CAA--A--A-A--TT---T-T----AA--A--C--A-C--A-T--C-TT-G-T-A-------T---TT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T-C-A----CA---CA--------TT--GGA-A--TA-C-A--CA----T-T-GC----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AAT-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T----GA--CC-AA-A-AA--A--A--G---T-AATA--TG-T-CAAAG
gi|3                          :  ttAGGCTGCCTA---AAG-TTAATTCTCA--CGTT-AA-C-A-TACACC--C---A-AA------T--TCA--AA-AAAAC---AT----G-AT---GG---GACG--GG-G--A--GCGGG-G--G--A--AA-A----A-AA--A--ATAAC---CA-AA--------CAA--A--A-AAATT---T-T----AA--AA-C--G-C--A-T--G-TT-G-T-A-------T---T--A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--CC-----TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T-C-A----CA---CA--------CTCGA-A-A--TA-C-A--TA----T-T-GT----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-A-TCCAA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AAT-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T----GA--CC-CC-A-AA--A--G-TA-----ATTA--TG-T-
gi|7                          :   tAGGCTGCCTA---AAG-TTTAATTT-A--CGTTTAAAC-GGT-CACC-TC---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---TC-TAT----G-A----GG---GA----GG-G----------------------------T-TA--A--A---T----A-A---------GAA--A--C-A--CT---T-T----AA--A--C--A-C--A-T--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--G------TA------CGTAT--CAA-----TC-AA----CAT---T-----T-A-C-A----TC---CT--------GC--G-A-A--TA-C-A--CAAT--T-T-GT----A--T-----AT-----ATA-T-T-C-A-----A-G-TC--A-AG-T-------A-------G-AT--T---A--A-ATT-CA-CT-----CAAA-TT-TA--AG-T----GA--CC-AACA-AA--A--A-AG---T-AATA--TG-T-CAAAaa
gi|12                         :    AGGCTGCCTA---AAG-TTAATTTT-A--CGTT-AA-C-A-T--GCC-TA---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A----GG---GA----GG-G--A--A---A-------A--AA-A-------A--A--G---C---AA-A---------CAA--A--A-A--T------------------------------------G-T---------T---TT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAAATAT-----T-T--------------A--------A---A-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----A--T-----G------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------T-AT--T---G--A-AAT-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-TGCCAGA--CC-AA-A-AA--A-----G---T-AATA--TG-t
gi|2                          :   tAGGCTGACTCTACAAA-TAC-TTCT-A--TGTTTAA-CTG-T-CACC-TC---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TGT------------T---GA----GG-G--A--G---G-G--G--G--AA-A----T-TA--A--A---C------------------A--A--A-A--TTTTAT-T----AA--A--C--A-C--A-T--G-TC-C-T-A-------T---TT-AG-T-A--G--------CAA-A-A--A-AC--C------TACTT---T---T--CAA-----TC-AAC---CAA---T-----TGG-C-A----CA---C---------AT--G-A-A--TG-C-A--CATTTGT-T-AT----AT-T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-GTTC-AATGG-C-------AT------A-AT--TTAGA--A-AATACATCC-----C-AA-TT-C---AG-T----GA--CCTAATA-AA--A--A-GT---T-AATA--TG-T-CA
gi|37                         :  ctAGGTTGCCTA---AAAGTTGATTCT-AG-CGTTTAAAC-G-T-CACC-TC---A-AA---A-AA--TCT--CA-A---CC--AT----G-A----TG---GA----GG-G--A--G---G-T--A--A--AA-A----A-TA--A--A---C---AA-A----------AA--A--A-A--TT---T-T----AA--A--CC-A-A--A-T--G-T--G-T-A-------T---TT----T-AT-G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---C--CAG-----TG-AA----C
gi|64                         :    AGGCTGCTTA---AAG-TTAATTCT-A--CGTTTA
gi|4                          : agttGGCTGCCA----AAA-GTAATT-T-A--CGTTTAAAC-G-TACATG-TC---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---C--TAT------A----GG---GA----GG-G--A--G---A-G--G--AT-AA-A----TATA--A--A---C---AATA---------CAA--A--A-A--TT---T------AA--A--C--A-C--A-T--G-T--T-T-A-------T---TT-A--T-A--G--------AAA---T--C-AC---------TA------T---TT-CAA-----TCTAAT---CAA---T-----T-T-C-A----CA---CATTTGAATGAT--G-A-T--TA---A--CA----T-T-GT----AA-T-----A------AGA-TAT-C-A-----A-G-TC-CA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AAT-AA-CC-----A-AA-TT-T---AG-T----GA--CC-AA-A-AA--A--A-AG---T-AATA--TG-T-CA
gi|9                          :          CCTA---AAG-TTAAGTCT-A--CGTTTAA-C-G-T-CTCC-TC---A-AA---AAAT--TCA--AA-A---CC-TAC----G-A----GA---GA----GG-G--A--A---G-G--G--A--GA--------TA--A--A---C---AA-A---------CAA--ATTATT--TT---T-T----AA--A--C--A-C--A-T--T-T--G-T-A-------T---TTAA--T-A--G----------A-A-T--C-AC--C------T-------T---T--CAA-----TC-AA----CAA---G-----T-T-T-A----CA---CA--------TT--G-ATAC-TA-C-A--CA----T-T-GTAA--A--T-----A------ATA-T-T----------------------T-------A-------A-AT--T---GAAA-AAT-CA-TC-----C-AA-GT-T---AG-T----GA--GC-AA-A-AAT-A--G-T----T-AATA--TG-T-CAAA
gi|8                          :           ctT---AAG-TTAATTCT-A--CGTTTAA-T---T-CACC-TC---AGAA---A-AT--TCA--AA-A---CT-T------G-A----GG---GA----GG-A---------G-G--G--ATTAA-A----T-----A--A---C---AA-A---------CAAC-A--ATA--TT---T-T----AAG-A--C--A-C--G-T--G-T--A-T-A-------T---TT-A--T-AAAG--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---TGTCGA-----TC-ATT---CAA---T-----T-T-A-A----CA---CA---------T--G-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AT-AG-T-------T-------A-AT--T---G--AGAAT-CGCCC-----C-AA-TT-T---GT-T----GA--CC-AA-A-AA--G--G-T-------ATA--TG-T-CAA
gi|15                         :                       cATTCT-AAACGTTTAA-C-G-T-CACT--C---A-AA---A-AT--TCA--GA-A---AC-TAT----G-A----GG---GA----GG-G--A--G---G-G--G--A--AA-A------TA--A--A---C---AA-A---------CAAT-A--A-A--TTC--T-T----AA--A--A--C-C--G-T--G-T--A-T-G-------T---TA-A--T-A--T--------GAA-A-T----A----------TA------T---T----A-----TC-AA----CAA---T-----A-T-T-A----CATTGCA--------AT--G-A-A--CA-C-A--T-----T-T-TT----A--T-----A------A-A---T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------AT------A-AT--T---G--A-A---TA--C-----C-AA-TT-T---A
gi|21                         :          gattaggtgcctaaggTCT-A--CGTTTAA-C-T-T-CACC-TA---A-AA---A-AT--TCA-------------------------------------------------------------AA-A----T-TA--A--A---C---AA-A---------CAA--A--A-A--TT---T-T----AA--A--C--A-C--A-T--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T-C-A----CA---CA--------TT--C-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----A--T-----A------ATATT-T-C-A-----A-G-TC-AA-CG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AAT-CA-CC-----T-AA-TC-T---AG-A----GA--CC-AA-A-AA--A--A-AAG--T-AATA--TG-T-CAAA
gi|48                         :                           CT-A--CGTTTAA-C-G-T-CACC-TC---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---AG-TAT----------------GA----GG-G--A--G---G-G--G--A--AA-A----A-TA--A--A---C---AA-T---------CAA--A--A-A--TT---T-T----AA--A--C--A-tta
gi|1                          :                           taggctgcTTTAA-C-G-T-CACCAGCTTAA-AAGATA-AT--TAA--AA-AA--CC-TAT----GTA----GG---GA----GG-GGGA--G---G-G--G--A--AA-AAAAAT-TA--ATAA---C---TA-AA--------CAA--A--A-AATTC---T-T----AA--A--C--ATC--A-T--G-T--GAT-A-------T---TA-A--TTA--C--------GAA-A-T--A-TC--CAA----TA------T---TT-CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-TTC-AATGGCA---CA--------TA--G-A-A---A-C-AATCA----T-T-G-----G--T-----ACTTCACATA-T-T-C-A-----A-G-TC--A-AG-T-------A-------AGAT--T---G--A-AAT-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T----GACGCC-AA-A-AA--A-----G---T-AATA--TGTT-CAA
gi|16                         :                      ggctgtcctatacgttttaaatcacacagttC---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A----GG---GA----GA-G--A--G---GAG--G--A--AA-A----A-TA--A--A---C---AA-A---------CAA--A--A-A--TT---T-T----AA--A--C--A-C--A-T--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T-C-A----CA---CA--------TT--G-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------G-------A-AT--T---G--A-ATT-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T----GA--CC----C-AA--A--A-TAG--T-TATA--TG-T-CAAAG
gi|32                         :                                                   ctC---A-AA---A-AT--TCAGAAA-A---CG-TAT----G-A----GG---GG----GG-G--A--G---G-G--G--A--AA-A----A-TA--A-----------------------CAA--A--A-A--TT---T-T----AA-----C--A-C--A-C--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T-A--G--------GAATA-T--T-AC--C------TA------T---T--CA------TC-AA----CAA---T-----T-T-C-A----AA---TA---------T--A-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----A--T-----G------ATA-T-T-C---------------A-AG-T-------A-------A-ATG-T---G----AAT-CA-CCA----C-AG-CTGC---AG-T----GA--TC-AA-A-AA--A--G--A---T-AATA--TG-T-
gi|14                         :                                                     C---A-TA---A-AT--TCA--AATA---CC-TAT----G-A----GGT--GA----GG-G--A--G---G-G--T--C--AA-A----------A--A---T---TA-A---------CAA--A--A-----T---T-T----AA--AATC--A-A--A-G--G-T--G-T-A-------T---TTGA--T-A--G--------AAA---T--C-AC--C------TA------T---T--TAA-----TC-AA-----GA---T-----T-T-CAA----AA---TA--------CT--A-A-AATTA-TAA--CA----T-TGGT----A--T-----G------ATA-T-TCC-A-----ATG-TC-AG-AG-T---------------A-AC--T---G--A-AAT-TA-CCGCCCAC-AG-TT-TTAAAG------AA--CC-AG-A-AA--A--T-TA-----AATA--
gi|33                         :                                                     C---A-AA---A-AT---CA--AATA---CC-TAT----G-A----GG---AA----GG-G--A--------------A--AA-A----A-TA--A--A---A---CA-AAT-------CAA--A--------T---T-T----AA--------A-C--A-T--T-T--G-T-A-------T---TT-A--T-G--C--------AAA-A-TG-T-AC----------A----------T--CAA-----TC-AA-----AA---T-----T-C-C-----------CA--------TT--G-A-A--TA---A--CAAC--T-T-GTTTTAA--T-----AG-----ATA-T-T-C-A-----A-G-T-------------------------------------A-AGT-CA--C-----T-AA-TTGT---AG-T----GA--CC-AA-A-AA--GGTA-TA---T-AGTA--Taca
gi|19                         :                                                      ---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A----GG---GA----GG-G--A--G---G-G--G--G--AA-A----A-TA--A--A---C---AA-A---------CTA--C--A-A--TT---T-T----AA--A--C--A-C--A-T--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--G------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T-C-A----CA---CA--------TT--G-A-A--TA-T-A--CA----T-T-GT----A--T-----A------ATA-T-T-A-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AAT-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T----GA--CC-AA-A-AA--A--A-AA---GAAATA--TG-T-GAAAGtggccatagt
gi|20                         :                                                      ---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-C----GG---GA----GG-G--A--G---G-G--G--A--AA-A----A-TA--A--A---C---AA-A---------CAA-----------T---T-T----AA--A--C--A-C--A-T--G-T--G-T-ACCGGGTAT---TA-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T-C-A----CA---CA--------TT--G-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AAT-CA-TC-----C-AA-TT-T---AG-T----GA--CC-AA-A-AA--A--A--G---T-AATA--TG-T-CAAA
gi|27                         :                                                      ---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A----GG---GA----GG-G--A--G---A-G--G--A--AA-A----A-TA--A--A---C---AA-A---------GAA--A--A-A--TT---T-T----AA--A--C--A-C--A-------------A-------T---TT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAG---T-----T-T-C-A----CA---CA--------TT--G-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AAT-AA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T----GA--CC-AA-A-AA--------G---T-AATA--TG-T-CAAA
gi|22                         :                                                      ---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A----GG---GA----GA-G--A--G---G-G--C--A--AATA----T-AA--A--A---A---AA-A---------CAA--G--A-A--TT---T-T----AA--A--C--A-T--A-G--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AA--C------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T-C-A----CA---CA--------TT--G-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GC----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AAT-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-A----GA--CC-AA-A-AT--A--A--G---T-AATA--TG-T-CAAAG
gi|31                         :                                                      ---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A----GG---GA----GG-G--A--G---T-G--G--A--AA-A----A-TA--A--A---C-----------------AA--A--A-A--T-----------------------C--A-T--G-T--G-T-A-------T---TT-T--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAG---T-----T-T-C-A----CA---CA--------TT--G-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---A--A-AAT-CA-AC-----T-AA-TT-T---AG-T----GA--CC-AA-A-AA--A--A--G---T-AATA--TG-T-CGAAG
gi|23                         :                                                      ---A-AA---A-AT--TCT--AA-A---CC-TAT----G-A----GG---GAAGGAGG-G--A--G---G-G--G--G--AA-A------TA--A--A---C---AA-A---------CAA--A--A----TT---T-T----AA--A--C--A-C--A-G--G-T--G-T-A-------T---AT-T--T-A--G--------AAA-G-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AAA---CAA---T-----T-T-C-A----CA---CA--------CT--G-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----A--TA----A------ATATT-T-C---------G-TC-AA-AG-T-------C-------A-AT--T---G--A-AAT-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T----GA--CC-AA-A-AA--A-----G---T-AATA--TG-T-CAAA
gi|40                         :                                                      ---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-AAT----A-A----GG---GA----GG-G--A--G---G-G--G--A--AA-A----T-TA--A--A---C---AA-A---------CAA--A--A-A--CT---T-T----AA--A--C--A-C--A-T--G-T--G-T-A-------T---AT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T-C-A----CA---AA--------TT--A-A-A--TA-C-A--CA----T-T-AT----A--
gi|35                         :                                                      ---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A----GG---GA----GG-G--A--G---G-G--G--A--AA-A----A-TA--A--A---C--------------------------A--TT---T-TTTTTAA--A--C--A-T--A-T--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----T----------A---T-----T-----------------------------A-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----A--T-----G------ATA-T-T-C-A-----A-G-T----------------A-------A-AT--T---G--A-CAA-CA-CC-----C-AG-CT-G---AG-T----GA--CC-AA-A-AA--A--G-TA---
gi|29                         :                                                      ---A-AA---A-AC--TCA--AA-A---TC-TAT----G-A----GG---GA----GG-G--A--G---G-G--G--A--AA-A----A-TA--A--A---T---AA-A---------CAA--A--A-A--AT---T-T-----A--A--C--A-CCAG-T--G-T--GAT-A-------T---TT-A--TAA--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC--A----TAA---T-----T-G-C-A----AA---TA--------TT--A-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----AATT-----G------ATA-T-A-C-------A-G-CC-AA-GT-T-------A-------G-AT--T---T--A-AAT-CA-CC-----C--A-TT-T---AG-T----AA--GC-AA-A-AA--atactg
gi|45                         :                                                      ---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A----GG---GA----GA-G--A--G---G-A--G--A--AA-A------------------------A---------CG----------------T-T----AA--A--C--A-C--A-T--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T-C-A----CA---gtaat
gi|46                         :                                                      ---A-AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A----GG---GA----GG-G--A--G---G-G--G--G--AA-A----A-TA--A--A---C---AA-A---------CAA--A--A-A--AT---T-T----AA--A--C--A-C--A-T--G-C--G-T-A-------T---TT-A--T-A--
gi|39                         :                                                      ---A-AT---A-AT--TCA--AA-----CC-TAT----G-A----GG----A----GG-G--A--G---G-A--G--A--AT-A----T-TATAA--A---C---AA-A---------CAA--A--A-A--TT---T-T----AA--A--C--AAT--A-T--G-TTTG-T-A-------T---TTTA--T-A--G--------AAA---T--C-AC--C-------A------T---T--CAA-----TC-AA----CAAT--T-----T-T-C-A----CA---TA--------TTA-A-A-A--TACC-A--CT----T-T-GT----catgtttagctcttc
gi|24                         :                                                          -AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TATATATG-A----GG---GA----GG-G--A--G---G-G--G--A--AA-A------TA--A--A---C---AA-A---------CCA--A--A-A--TT---T-T----AA--A--C--A------T--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T-C-A----CA---CA--------TT--G-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----A--T-----G------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AAT-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T----GA--CC-AA-A-AA--A--A--G---T-AATA--TG-T-CAAAG
gi|18                         :                                                          -AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A----GG---GA----GG-G--ATCA---A-G--G--A--AA-A----A-TA--A--A---C---AA-A---------CTA--A--C-A--TT---T-T----AA--A--C--A-C--A-TATG-T--G-T-A-------T---TT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T-C-A----CA---CA--------TT--G-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-A-TCAAA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AAT-CA-CC-----T-AA-TT-T---AG-T----GA--CC-AA-A-AA--A-----G---T-AATA--TG-T-CAAA
gi|30                         :                                                          -AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TAG----A-A----GG---GA----GG-G--A--G---G-G--G--A--AA-A----A-TA--A--A---C-----------------AA--A--A-A--TT---T------AA--A--C--A-A--A-T--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AG--C------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T-C-A----AA---TA--------TT--A-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----A--T-----G------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------G-AT--T---G--A-AAT-CG-AC-----T-AA-TT-T---AG-T----GA--CC-AA-A-AA--A--A-AAAAGT-AATA--
gi|26                         :                                                          -AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TAT----A-A----GG---GA----GG-G--A--G---G-G--G--A--AA-A----A-TA--A--A---C---AA-A---------CAA--A--A-A--TT---G-T----AA--A--C--A-T--A-T--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--TAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T-C-A----AA---TA--------TC--A-A-A--TA-C-A--CAT---T-T-GT----A--T-----G------ATA-T-T-C---------------A-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-CAT-CA-CC-----A-AA-CT-G---AG-T----GA--CC-AA-G-AA--T--G-TA---A-TATA--TG-T-CAAA
gi|17                         :                                                          -AA---A-AC--TCA--AA-A---C--TAT----G-A----GG---GA----GG-G--A--G---G-G--GGAA--AA-A----T-AA--A--A---C---AA-A---------CAA--A--A-A---T---T-T----AA--A--C----C--AGT--GAT--G-T-A-------T---TT-A--T-A--G---------AA-A-T--C-ACAGC------TA------T---G--CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T-A-A----AA---TA--------TT--A-A-A--TA-C-C--CA----T-T-GT----A--T------------GTA-A-A-C-A-----A-G-CC-AA-AGAT-------ACCGGTACG-AT--T---G--A-ATT-CA-CC-----A-CA-TT-T---AG-T----AA--CC-AA-A-AA--A--AGTA-----AATA--TG-
gi|44                         :                                                          -AA---A-AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A----AG---GG----GG-G--A--G---G-G--G--A--AA-A----A-TA--A--G---C---AA-A---------CAA--A--A-A--TT---T-T----AA--A--C--G-C-------G-T--G-T-A-------T---TA-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--CTACATGTA------T---T--CAG-----TC-AA----CA
gi|28                         :                                                          -AA---A-ATACTCA--AA--------TAC----G-ACGGGGG---GA----GG-GTCA--G---G-G--G--G--AA-A------TA--AT-A---A---CA-A---------AAA--A--A-A--TT---T-T----A---------T-C--G-T--G-T----T-A-------TTAATT-A--T-A--G---------AA-A-T--C-AC-----------------T---T--CAA-----TC-AAC---CAAT--T-----T-T-C-A-----A---TA--------TT--A-A-A--TA-C-A--CA---------T----G--T-----G------AGA-T-T-CGA-----A-G-TC-AA-AG-TA------A-------A-AG--T---G--A-AAT-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T----GA--CC-CA-A-A---------A---T-AA-----G-T-CAAA
gi|43                         :                                                          -AA---A-ATC-TCA--A------CC-TAT----G-A----GT---GA----GG-G--A--G---GTA--A--A--AA-A----A-TA--A--A---C---AA-A---------CAA--A--A-A--TT---T-T----AA--A--C--A-A--A-T--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T-T--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---C--CAG-----T
gi|60                         :                                                          -AA---A-AT--TCA--AA-C---CC-TAC----G-A----GG---GA----GG-G--A--G---G-G--G--T--AA-A----A-TA--A--A---C---gactcaaaaat
gi|25                         :                                                            A---A-AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A----GG---GA----GG-G--A--G---G-G--G--G--AA-A----A-TA--A--A---C---AA-A---------CAA--A--A-A--TT---T-T----AA--A--C--A-C--A-T--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T-A--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T-C-A----CA---TA--------TC--A-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GT----A--TC----A------ATA-C-T---A-----A-G-TC-AA-AG---------A-------A-AT--T---G--A-ACT-T--CC-----C-AATTT-T---AGTT----GA--CC-AA-A-AA--A--A--G---T-AATA--TG-T-
gi|13                         :                                                            A---A-AT--TCA--AA-A---CCCTAT----G-A----GG---A------G-G--A--G---G-T--A--A--A---------TAT-A--A---C---AA-A---------CAA--A--A-A--TT---T-T----AA--A--CATA-C--A-G--G-TG-G-TAA-------T---TT-A--T-A--G--------AAA-ATT--C-ATG-C------TA------T---T--CAA-----TC-AAC---CAA---TTAAAAT-T-C-A----CA---CA--------TT--G-A-A--TA-C-A--CA----T-T--T----G--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AATAG-T-------AC------A-AT--T---GA-A-AAT-CA-CC-----C-AA-TT-T----G-T----GA--CC-AA-G-AT--A--A--G---T-AATA--TG-T-CAAtca
gi|11                         :                                                            A---A-AT---CA--AA-A-------AT----G-A----GAAGAGA----GGAG--A--A---G-G--G--A--AT-A----CATA--A--A---C---AA-AA--------CAA--A--A-GATTT---T-T----AAATA--C--A-C--A-A--G-T--G---A-------T---TT----T-G--G--------TGA-A-T----AC--T------TA------T---T--CAC-----TA-AATTTCCAA---T-----T-C-C-A----T--------------AT--GCA-A--TA-CAA--CA----T-TCGT----A--TCACACA------GTA-T-T-T-GAAGACA-G-TC-TA-CG-TATATGTCA-------A-ATTAT---G--A-AAT-AA-CC-----C-AA--T-T---AG-T----GA--CC-AA-A-AA--A--G--G---T-AATA--TG-T-CAg
gi|49                         :                                                            A---A-AT--TCA--AA-G---CC-TAT----G-A----GG---GA----GG-G--A--------------A--AA-A------TA--A--G---C---AA-A---------GAA--A--A-GTTTT---T-T----GA--A--A--A-T--A-T---------T-A-------T---TT-GATT-A--G--------AAA-T-T--C-AT--C------TA------T---
gi|38                         :                                                                               ---CT-TATC---G-A----GG---GA----GG-G--A--G---G-G--G--G--AA------C-TA--A--A---CATACA-AAAAAAGAAACAATAA--A-A--TT---CAT----AA--A-----G-C--A-A--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T-A--GTACAGCTTAAATA-TTTC-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AAT---CGA---T-----T-T-
gi|34                         :                                                                                                                                 --A--AA-A----C--A--A--A---C---T------------CAA--A--A-A--TT---T-A----AA--A--C--A-C--A-T--G-T--G-T-A-------T---TT-A--T-------------AAA-A-T--CAAC--C------TA------T---TC-CAA-----T--AT----CAA---T-----T-T-C-A----CA---CA--------TT--C-A-A--TA-C-A--CA----T-T-GTCAG-A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-CG-T-------A-------A-AT--T---G----AAT-CA-CC-----T-AA-TT-T---AG-A----TA--CC-AA-A-AA--A--A--G---T-AATA--TG-T-CAAaaagtattatttaca
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                aattt-A--G--------AAA-A-T--C-AC--C------TA------T---T--CAA-----TC-AA----CAA---T-----T-T------------------------T--A-A-A--TA-C-A--CA----T-T-AT----A--T-----G------ATA-T-T-C-A-----A----C-------T-------A-------A-AT--T---G--A-AAT-CA-CC-----C-AA-CC-G---AG-T----GA--CT-AA-A-AA--A-----G---T-AATA--TG-T-CAAA
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Unaligned ( gi|58 ): AAGAGTTATCTGCCCCTGACATCAGTTTGAAAAGCATCATGAATG
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Reference ( family-4122 )     :    AAGGCTG--CCTA-AA-GTT---AATTCT-A--CG---TTTAA-C-G-T-CACC---TC-A-AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A-GG---GA--GG-G--A--G---G-G-----G-A-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-A-C--AA--A--A-A--TT---T-TAA--A-C-A--C--A-T--G--T-G-TA-------TT---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----T-C-A----CA---CATT---G-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GT----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AA-T-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T-GAC-C----A----A-AAAA-A-G--T-A--A-TA------TG-T-CAAAG
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gi|12                         :     AGGCTG--CCTA-AA-GTT---AATTTT-A--CG---TT-AA-C-A-T--GCC---TA-A-AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A-GG---GA--GG-G--A----------------A-A-A-----------A--A-------AA-A--G-C-AA-A-C--AA--A--A-A--T-------------------------------G-T--------TT---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA------------------A---TATTTAAA-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GT----A--T-----G------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------T-AT--T---G--A-AA-T-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T-G-C-C----AGACCA-AAAA-A-G--T-A--A-TA------TG-
gi|13                         :                                                                  tAA----AT--TCA--AA-A---CCCTAT----G-A-GG-------------A--G---G-A-----G-G-T-A-----------A--A-------TATA--A-C-AA-A-C--AA--A--A-A--TT---T-TAA--A-C-ATAC--A-G--G--T-GGTAA------TT---T-A--T-A--G--------AAA-ATT-CA-TG-C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----CCAA-TTAAAATT-C-A----CA---CATT---G-A-A--T----A-C--A--CA----TT--T----G--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AATAG-T-------AC------A-AT--T---G--A-AAAT-CA-CC-----C-AA-TT-T----G-T-GAC-C----A----A-GATA-A-G--T-A--A-TA------TG-T-CAA
gi|14                         :                                                              C-A-TAA----AT--TCA--AATA---CC-TAT----G-A-GGT--GA--GG-G--A--G---G-G-----TCA-A-A-----------A--A-------TT-A--A-C-AA-A-------------A--TT---T-AAA--ATC-A--A--A-G--G--T-G-TA-------TT---TGA--T-A--G--------AAA--T--CA-C--C------TA------T---T--T-AA-----TC-AA------GA-TT-----T-CAA----AA---TACT---A-A-AATT----A-TA-A--CA----TTGGT----A--T-----G------ATA-T-TCC-A-----ATG-TC-AG-AG-T---------------A-AC--T---G--A-AA-T-TA-CCGCCCAC-AG-TT-TTAAAG---AAC-C----A----G-AAAA-g
gi|15                         :     AGG-TG--CCTA-AG-G------ATTCT-AAACG---TTTAA-C-G-T-CAC----TC-A-AAA----AT--TCA--GA-A---AC-TAT----G-A-GG---GA--GG-G--A--G---G-G-----G---A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-A-C--AAT-A--A-A--TTC--T-TAA--A-A-C--C--G-T--G--T-A-TG-------TT---A-A--T-A--T--------GAA-AT---A-----------TA------T---T-----A-----TC-AA----C-AA-TA-----T-T-A----CATTGCAAT---G-A-A--C----A-C--A--T-----TT-TT----A--T-----A------A-A---T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------AT------A-AT--T---G--A-A----TA--C-----C-AA-TT-T---Attaaataaca
gi|16                         :                                                     gattC---TC-A-AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A-GG---GA--GA-G--A--G---GAG-----G-A-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-A-C--AA--A--A-A--TT---T-TAA--A-C-A--C--A-T--G--T-G-TA-------TT---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----T-C-A----CA---CATT---G-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GT----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------G-------A-AT--T---G--A-AT-T-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T-GAC-C----C----A-AAAT-A-G--T-T--A-TA------TG-T-CAAAG
gi|17                         :                                                                 -AAA----AC--TCA--AA-A---C--TAT----G-A-GG---GA--GG-G--A--G---G-G-----GGA-A-A-----------A--A-------TA-A--AAC-AA-A-C--AA--A--A-A---T---T-TAA--A-C----C--AGT--GA-T-G-TA-------TT---T-A--T-A--G---------AA-AT--CA-CAGC------TA------T---G--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----T-A-A----AA---TATT---A-A-A--T----A-C--C--CA----TT-GT----A--T------------GTA-A-A-C-A-----A-G-CC-AA-AGAT-------ACCGGTACG-AT--T---G--A-AT-T-CA-CC-----A-CA-TT-T---AG-T-AAC-C----A----A-AAAA-A-G--TAA--A-TA------TG-
gi|18                         :                                                                 -AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A-GG---GA--GG-G--ATCA---A-G-----G-A-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-A-C--TA--A--C-A--TT---T-TAA--A-C-A--C--A-TATG--T-G-TA-------TT---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----T-C-A----CA---CATT---G-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GT----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-A-TCAAA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AA-T-CA-CC-----T-AA-TT-T---AG-T-GAC-C---------A-AAAA-A-G--T-A--A-TA------TG-T-CAAA
gi|19                         :                                                               -A-AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A-GG---GA--GG-G--A--G---G-G-----G-G-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-A-C--TA--C--A-A--TT---T-TAA--A-C-A--C--A-T--G--T-G-TA-------TT---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--G------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----T-C-A----CA---CATT---G-A-A--T----A-T--A--CA----TT-GT----A--T-----A------ATA-T-T-A-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AA-T-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T-GAC-CAA--A----A-AAAA-A-G--A-A--A-TA------TG-T-GAAAG
gi|2                          :     AGGCTGACTCTA-CA-AAT---ACTTCT-A--TG---TTTAA-CTG-T-CACC---TC-A-AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TGT---------T---GA--GG-G--A--G---G-G-----G-G-A-A-----------A--T-------TA-A--A-C----------A--A--A-A--TTTTAT-TAA--A-C-A--C--A-T--G--TCC-TA-------TT---T-AG-T-A--G--------CAA-AA--AA-C--C------TACTT---T---T--C-AA-----TC-AAC---C-AA-TTG----G-C-A----CA---CA-T---G-A-A--T----G-C--A--CATTTGTT-AT----AT-T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-GTTC-AATGG-C-------AT------A-AT--TTAGA--A-AA-TACATCC-----C-AA-TT-C---AG-T-GAC-CT---A----ATAAAA-A-GT-T-A--A-TA------TG-T-CA
gi|20                         :                                                             ct-A-AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-C-GG---GA--GG-G--A--G---G-G-----G-A-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-A-C--AA-----------T---T-TAA--A-C-A--C--A-T--G--T-G-TACCGGGTATT---A-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----T-C-A----CA---CATT---G-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GT----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AA-T-CA-TC-----C-AA-TT-T---AG-T-GAC-C----A----A-AAAA-A-G--T-A--A-TA------TG-T-CAAA
gi|21                         :                              TCT-A--CG---TTTAA-C-T-T-CACC---TA-A-AAA----AT--TCA--AA-A---T------------------------------------------------------------------------TA-A--A-C-AA-A-C--AA--A--A-A--TT---T-TAA--A-C-A--C--A-T--G--T-G-TA-------TT---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----T-C-A----CA---CATT---C-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GT----A--T-----A------ATATT-T-C-A-----A-G-TC-AA-CG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AA-T-CA-CC-----T-AA-TC-T---AG-A-GAC-CAA--A----A-AAAA-A-G--T-A--A-TA------TG-T-CAAA
gi|22                         :                                                               -A-AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A-GG---GA--GA-G--A--G---G-G-----C-A-A-A-----------T--A-------TA-A--A-A-AA-AAC--AA--G--A-A--TT---T-TAA--A-C-A--T--A-G--G--T-G-TA-------TT---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-A--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----T-C-A----CA---CATT---G-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GC----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AA-T-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-A-GAC-C----A----A-AATA-A-G--T-A--A-TA------TG-T-CAAAGtta
gi|23                         :                                                               -A-AAA----AT--TCT--AA-A---CC-TAT----G-A-GG---GA--AG-G--A--G---G-GAGG--G-G-G-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-A-C--AA--A--A----TT---T-TAA--A-C-A--C--A-G--G--T-G-TA-------TA---T-T--T-A--G--------AAA-GT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AAA---C-AA-TT-----T-C-A----CA---CACT---G-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GT----A--TA----A------ATATT-T-C---------G-TC-AA-AG-T-------C-------A-AT--T---G--A-AA-T-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T-GAC-C---------A-AAAA-A-G--T-A--A-TA------TG-T-CAAA
gi|24                         :                                                                 -AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TATATATG-A-GG---GA--GG-G--A--G---G-G-----G-A-A-A-----------A----------TA-A--A-C-AA-A-C--CA--A--A-A--TT---T-TAA--A-C-A-------T--G--T-G-TA-------TT---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----T-C-A----CA---CATT---G-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GT----A--T-----G------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AA-T-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T-GAC-C----A----A-AAAA-A-G--T-A--A-TA------TG-T-CAAAG
gi|25                         :                                                                   AA----AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A-GG---GA--GG-G--A--G---G-G-----G-G-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-A-C--AA--A--A-A--TT---T-TAA--A-C-A--C--A-T--G--T-G-TA-------TT---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----T-C-A----CA---TATC---A-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GT----A--TC----A------ATA-C-T---A-----A-G-TC-AA-AG---------A-------A-AT--T---G--A-AC-T-T--CC-----C-AATTT-T---AGTT-GAC-C----A----A-AAAA-A-G--T-A--A-TA------TG-T-
gi|26                         :                                                                 -AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TAT----A-A-GG---GA--GG-G--A--G---G-G-----G-A-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-A-C--AA--A--A-A--TT---G-TAA--A-C-A--T--A-T--G--T-G-TA-------TT---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--T-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----T-C-A----AA---TATC---A-A-A--T----A-C--A--CAT---TT-GT----A--T-----G------ATA-T-T-C---------------A-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-CA-T-CA-CC-----A-AA-CT-G---AG-T-GAC-C---------A-AGAA-T-G--T-AATA-TA------TG-T-CAAAtca
gi|27                         :                                                               -A-AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A-GG---GA--GG-G--A--G---A-G-----G-A-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-A-G--AA--A--A-A--TT---T-TAA--A-C-A--C--A------------A-------TT---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AG-TT-----T-C-A----CA---CATT---G-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GT----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AA-T-AA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T-GAC-C-----------AAAA-A-G--T-A--A-TA------TG-T-CAAA
gi|28                         :                                                                 -AAA----ATACTCA--AA--------TAC----G-A-CG---GG--GG-G--A--G---G-GTCAGGG-G-G-A-----------A--A-------TA-ATAA-C-AA-A----AA--A--A-A--TT---T-TAT---------C--G-T--G--T---TA-------TTAATT-A--T-A--G--------AAA--T--CA-C-----------------T---T--C-AA-----TC-AA----CCAA-TT-----TTC-A-----A---TATT---A-A-A--T----A-C--A--CA--------T----G--T-----G------AGA-T-T-CGA-----A-G-TC-AA-AG-TA------A-------A-AG--T---G--A-AA-T-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T-GAC-C----C----A-AAA-------T-A--A----------G-T-CAAA
gi|29                         :                                                               -A-AAA----AC--TCA--AA-A---TC-TAT----G-A-GG---GA--GG-G--A--G---G-G-----G-A-A-A-----------A--A-------TA-A--A-T-AA-A-C--AA--A--A-A--AT---T-T-A--A-C-A--CCAG-T--G--T-GATA-------TT---T-A--TAA--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC--A----T-AA-TT-----G-C-A----AA---TATT---A-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GT----AATT-----G------ATA-T-A-C-------A-G-CC-AA-GT-T-------A-------G-AT--T---T--A-AA-T-CA-CC-----C--A-TT-T---AG-T-AAG-C-----------AAAA-A-G--T-A--A-T
gi|3                          :     AGGCTG--CCTA-AA-GTT---AATTCTCA--CG---TT-AA-C-A-TACACC---C-----AA----AT--TCA--AA-AAAAC---AT----G-ATGG---GACGGG-G--A--GCGGG-G-----G-A-A-A-----------A--AAAAA---TA-A--C-C-AA-A-C--AA--A--A-AAATT---T-TAA--AAC-G--C--A-T--G--TTG-TA-------TT-----A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--CC-----TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----T-C-A----CA---CACTCG-A-A-A--T----A-C--A--TA----TT-GT----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-A-TCCAA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AA-T-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T-GAC-C---------C-CAAA-A-G--T-A--ATTA------TG-T-
gi|30                         :                                                                t-AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TAG----A-A-GG---GA--GG-G--A--G---G-G-----G-A-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-A-----------A-A--TT---T--AA--A-C-A--A--A-T--G--T-G-TA-------TT---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-G--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----T-C-A----AA---TATT---A-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GT----A--T-----G------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------G-AT--T---G--A-AA-T-CG-AC-----T-AA-TT-T---AG-T-GAC-CAAAAA----A-AAAA-A-G--T-A--A-TA------aa
gi|31                         :                                                               -A-AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A-GG---GA--GG-G--A--G---T-G-----G-A-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-A-----------A-A--T------------------C--A-T--G--T-G-TA-------TT---T-T--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AG-TT-----T-C-A----CA---CATT---G-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GT----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---A--A-AA-T-CA-AC-----T-AA-TT-T---AG-T-GAC-C----A----A-AAAA-A-G--T-A--A-TA------TG-T-CGAAG
gi|32                         :                                                              C-A-AAA----AT--TCAGAAA-A---CG-TAT----G-A-GG---GG--GG-G--A--G---G-G-----G-A-A-A-----------A--A-------T----------A-A-C--AA--A--A-A--TT---T-T-A--A-C-A--C--A-C--G--T-G-TA-------TT---T-A--T-A--G--------GAATAT--TA-C--C------TA------T---T--C--A-----TC-AA----C-AA-TT-----T-C-A----AA---TA-T---A-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GT----A--T-----G------ATA-T-T-C---------------A-AG-T-------A-------A-ATG-T---G----AA-T-CA-CCA----C-AG-CTGC---AG-T-GAT-C----A----A-AAAA-G-A--T-A--A-TA------TG-T-
gi|33                         :                                                              C-A-AAA----AT---CA--AATA---CC-TAT----G-A-GG---AA--GG-G--A----------------A-A-A-----------A--A-------TA-A--AAC-AA-ATC--AA--A--------T---T-TAA--A-C-A-------T--T--T-G-TA-------TT---T-A--T-G--C--------AAA-ATG-TA-C----------A------T------C-AA-----TC-AA------AA-TT-----C-C-----------CATT---G-A-A--T----A----A--CAAC--TT-GTTTTAA--T-----AG-----ATA-T-T-C-A-----A-G-T-------------------------------------A-AG-T-CA-CT-------AA-TTGT---AG-T-GAC-C----A----A-AAA
gi|34                         :                                                                                                                                                                   A-A--A-C-AA-A-CTCAA--A--A-A--TT---T-AAA--A-C-A--C--A-T--G--T-G-TA-------TT---T-A--T-A------------AA-AT--CAAC--C------TA------T---T--CCAA-----T--AT----C-AA-TT-----T-C-A----CA---CATT---C-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GTCAG-A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-CG-T-------A-------A-AT--T---G--A-A--T-CA-CC-----T-AA-TT-T---AG-A-TAC-C----A----A-AAAA-A-G--T-A--A-TA------TG-T-CAAggtatatagtattggccatagt
gi|35                         :                                                         aattta-A-AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A-GG---GA--GG-G--A--G---G-G-----G-A-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AT-T-T--T-----------TT---T-TAA--A-C-A--T--A-T--G--T-G-TA-------TT---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----T-----------------------------------ATT---A-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GT----A--T-----G------ATA-T-T-C---------------A-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-CA-A-CA-CC-----C-AG-CT-G---AG-T-GAC-C---------A-AAAA-A-G--T-A--A-TA------
gi|36                         :    AAGGTTG--CT---AA-GTT---GATTCT-AG-CG---TTTAA-C-G-T-CACC---TC-A-AAA----AA--TCT--CA-A---CC--AT----G-A--G---GA--GG-G--A--C---G-GTA---A-A-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-A-C--AA--A--A-A--TT---T-TAA--A-C-A--A--A-T--G--T-G-TA-------TT---T-A--T----G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---C--C-AGTGGACTC-AA----A-AA-TT-----ctg
gi|37                         :    tAGGTTG--CCTA-AAAGTT---GATTCT-AG-CG---TTTAAAC-G-T-CACC---TC-A-AAA----AA--TCT--CA-A---CC--AT----G-A-TG---GA--GG-G--A--G---G-T-----A-A-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-A----AA--A--A-A--TT---T-TAA--ACC-A--A--A-T--G--T-G-TA-------TT---T----T-AT-G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---C--C-AG-----TG-AA----C-
gi|38                         :                                                                                      ---CT-TATC---G-A-GG---GA--GG-G--A--G---G-G-----G-G-A-ACTAAACATACAA--A-------AA-A--A-G-AA-A-C--AATAA--A-A--TT---CATAA--A---G--C--A-A--G--T-G-TA-------TT---T-A--T-A--GTACAGCTTAAATATTTCA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AAT---C-GA-TT-----T-
gi|39                         :                                                               -A-ATA----AT--TCA--AA-----CC-TAT----G-A-GG----A--GG-G--A--G---G-A-----G-A-A-T-----------ATTA-------TA-A--A-C-AA-A-C--AA--A--A-A--TT---T-TAA--A-CAA--T--A-T--GTTT-G-TAT------TT---T-A--T-A--G---------AA-AT--CA-C--C-------A------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AATTT-----T-C-A----CA---TATTA--A-A-A--T----ACC--A--CT----TT-GT----aaagtattatttaca
gi|4                          :      GGCTG--CCAA-AA-GT----AATT-T-A--CG---TTTAAAC-G-TACATG---TC-A-AAA----AT--TCA--AA-A---C--TAT------A-GG---GA--GG-G--A--G---A-G-----G-ATA-A-----------AT-A-------TA-A--A-C-AATA-C--AA--A--A-A--TT---T--AA--A-C-A--C--A-T--G--T-T-TA-------TT---T-A--T-A--G--------AAA--T--CA-C---------TA------T---TT-C-AA-----TCTAAT---C-AA-TT-----T-C-A----CA---CATTT--G-A-A--TGATGA-TTAA--CA----TT-GT----AA-T-----A------AGA-TAT-C-A-----A-G-TC-CA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AA-T-AA-CC-----A-AA-TT-T---AG-T-GAC-CA---A----A-AAAA-A-G--T-A--A-TA------TG-T-CA
gi|40                         :                                                               -A-AAA----AT--TCA--AA-A---CC-AAT----A-A-GG---GA--GG-G--A--G---G-G-----G-A-A-A-----------A--T-------TA-A--A-C-AA-A-C--AA--A--A-A--CT---T-TAA--A-C-A--C--A-T--G--T-G-TA-------TA---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----T-C-A----CA---AATT---A-A-A--T----A-C--A--CA----TT-AT----A--
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                      -A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TACGAGTAT---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----A-C------CA---CATG---A-A-A--T----A-C--A--TA----T--GT----A--T-----A------A-A-T-T-C-A-------G-TC-AA-G----------A-------A-AT--T---G--A-AA-T--A-CC-----C-AA-CG-T---AG-T-GAC-C----A----A-AAAA-A-G--T-A--A-TA-------G-T-CAA
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                      -A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT---------------------TT---A-A-A--T----A-C--A--CA----TT-AT----A--T-----G------ATA-T-T-C-A-----A----C-------T-------A-------A-AT--T---G--A-AA-T-CA-CC-----C-AA-CC-G---AG-T-GAC-T---------A-AAAA-A-G--T-A--A-TA------TG-T-CAAAgt
gi|43                         :                                                                 -AAA----ATC-TCA--A------CC-TAT----G-A-GT---GA--GG-G--A--G---GTA-----A-A-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-A-C--AA--A--A-A--TT---T-TAA--A-C-A--A--A-T--G--T-G-TA-------TT---T-A--T-T--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---C--C-AG-----Tt
gi|44                         :                                                                 -AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A-AG---GG--GG-G--A--G---G-G-----G-A-A-A-----------A--A-------TA-A--G-C-AA-A-C--AA--A--A-A--TT---T-TAA--A-C-G--C-------G--T-G-TA-------TT---A-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--CTACATGTA------T---T--C-AG-----TC-AA----C-Agactcaaaaat
gi|45                         :                                                               -A-AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A-GG---GA--GA-G--A--G---G-A-----G-A-A-A-----------A--A-------CG---------------------------------T-TAA--A-C-A--C--A-T--G--T-G-TA-------TT---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----T-C-A----CA---
gi|46                         :                                                               -A-AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A-GG---GA--GG-G--A--G---G-G-----G-G-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-A-C--AA--A--A-A--AT---T-TAA--A-C-A--C--A-T--G--C-G-TA-------TT---T-A--T-A--
gi|48                         :                               CT-A--CG---TTTAA-C-G-T-CACC---TC-A-AAA----AT--TCA--AA-A---AG-TAT-------------GA--GG-G--A--G---G-G-----G-A-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-T-C--AA--A--A-A--TT---T-TAA--A-C-A--catgtttagctcttc
gi|49                         :                                                           taggctgcAA----AT--TCA--AA-G---CC-TAT----G-A-GG---GA---------------G-G-----G-A-A-A-----------A--A-------TA-A--G-C-AA-A-G--AA--A--A-GTTTT---T-TGA--A-A-A--T--A-T---------TA-------TT---T-GATT-A--G--------AAA-TT--CA-T--C------TA------T---
gi|5                          :     AGGCTG--CCTA-AA-GTT---AATTCT-A--CG---TTTAA-T-G-T-CACC---GC-A-AAA----AT--TCA--AA-A---TC-TAT----G-A-GGA--GG--GG-G--A--A---G-G-----G-A-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-AA-A-C--AA--A--A-A--TT---T-TAA--A-C-A--C--A-T--C--TTG-TA-------TT---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----T-C-A----CA---CATT---GGA-A--T----A-C--A--CA----TT-GC----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AA-T-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T-GAC-C----A----A-AAAA-A-G--T-A--A-TA------TG-T-CAAAG
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tt-GT----A--T-----A-------TA-T-T-C-A-----A-G-TCCAA-AG-T-------A-------A-ATG-T---G--A-AA-T-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T-GAC-C----A----A-AAAACA-G--TAA--A-TA------TG-TCCAAAG
gi|51                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              g--T----A-C--A--CA----TT-AC----A--TGT---A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AA-T-CA-CC-----------------AG-C-GAC-C----A----A-AAAC-A-GTAT-A--A-TA------TG-T-AAAAGt
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AA-T-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T-GAC-C----A----A-ATAA-A-G--T-AATA-TA------TG-T-CAAAG
gi|53                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-TT------A-------A-AT--T---A--A-AA-T-CA-CC-----C-AA-TT-----AG---AAC-C----A----A-AAAA-A-A--T-A--A-TA------TG-T-TAAAGt
gi|6                          :    AAGGCTG--CCTT-AA-ATT---CATTCT-A--CG---TTCAA-C-G-T-CACC---GC-A-AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TAT----G-A-GG---GA--GG-G--A--G---G-G-----G-A-A-A-----------A--C-------TA-A--A-C-CA-A-C--AA--A--A-A--TT---T-TAA--A-C-A--C--A-T--G--T-G-TA-------TT---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--C------TA------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-TT-----T-C-A----CA---CAAT---G-A-A--T----A-C--A--CA----TT-GT----A--T-----A------ATA-T-T-C-A-----A-G-TC-AA-AG-T-------A-------A-AT--T---G--A-AA-T-CA-CC-----C-AA-TT-T---AG-T-GAC-C----A----A-AAAA-ATA--T-A--A-TA------TG-T-CAAAG
gi|60                         :                                                                 -AAA----AT--TCA--AA-C---CC-TAC----G-A-GG---GA--GG-G--A--G---G-G-----G-T-A-A-----------A--A-------TA-A--A-C-
gi|64                         :     AGGCTG--CTTA-AA-GTT---AATTCT-A--CG---TTTA
gi|7                          : agttAGGCTG--CCTA-AA-GTTT--AATT-T-A--CG---TTTAAAC-GGT-CACC---TC-A-AAA----AT--TCA--AA-A---TC-TAT----G-A-GG---GA--GG-G--T-------------------------------------------TA-A--A-T-AA-G----AA--A--C-A--CT---T-TAA--A-C-A--C--A-T--G--T-G-TA-------TT---T-A--T-A--G--------AAA-AT--CA-C--G------TA------CGTAT--C-AA-----TC-AA----C-A---T-----T-T-A----CA---TCCTGC-G-A-A--T----A-C--A--CAAT--TT-GT----A--T-----AT-----ATA-T-T-C-A-----A-G-TC--A-AG-T-------A-------G-AT--T---A--A-AT-T-CA-CT-----CAAA-TT-TA--AG-T-GAC-C----AAC--A-AAAA-A-G--T-A--A-TA------TG-T-CAAA
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gi|9                          :         ct--CCTA-AA-GTT---AAGTCT-A--CG---TTTAA-C-G-T-CTCC---TCAA-AAA----AT--TCA--AA-A---CC-TAC----G-A-GA---GA--GG-G--A--A---G-G-----G-----A-----------G--A-------TA-A--A-C-AA-A-C--AA--ATTATT--TT---T-TAA--A-C-A--C--A-T--T--T-G-TA-------TT---TAA--T-A--G----------A-AT--CA-C--C------T-------T---T--C-AA-----TC-AA----C-AA-GT-----T-T-A----CA---CATT---G-ATAC-T----A-C--A--CA----TT-GTAA--A--T-----A------ATA-T-T----------------------T-------A-------A-AT--T---GAAA-AA-T-CA-TC-----C-AA-GT-T---AG-T-GAG-C----A----A-AAAT-A-GT-T-A--A-TA------TG-T-CAAA