lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 3 55 1 44 1 1 4 1 1 55 1 444 33 4 1 1 2 11 33 5555 3333 33 1 1 22 1
lowQualScore : . . .. . .. . . . . . .. . ... .. . . . . .. .. .... .... .. . . .. .
lowQualScore : 5 0 00 4 77 4 4 1 4 4 88 3 222 22 0 3 3 6 44 00 2222 6666 00 2 2 22 5
consensus : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
Reference ( gi|18 ) : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|21 : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GA
gi|12 : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTCT-TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|14 : aATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG----A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|10 : taATTAA-A-TC-GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--TAA-G-C-CTTC--TT--TTTA---AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|23 : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTA-A-A-C-T-TA--T-T----C--T-A-G-C-CT-C--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|17 : aATTAA-A-T--GC-CC-G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TCG-T-A-G-C-CTTCC-TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACC
gi|11 : aATTAA-A-T--GC-C--G-ATAGA---C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTCTTTT--TTT----AAG--A-A----C-A-GGACCA-GAC
gi|32 : aATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A---T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-Gt
gi|30 : taATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A---T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-G
gi|7 : aATTAA-A-T--GC-C--G-TTAG--A-C-T-TA--T-T---TC--TGA-GCC-CTTC--TT--TTTA---AAG--A-A--TCC-A-GGACCA-GACcg
gi|9 : taATTAA-A-T--GC-CT-G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--TAA-G-C-CT----TT--CTT----AAG--A-AT-T-C-A-GGACCA-GAC
gi|22 : taATTAA-A-T--GCGC--G-TTAGA-A-C-T-T---T-T---TC--T-A-G-C-CTTT--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGAt
gi|4 : ATTAAGA-T--GC-C--G-TTAGA-AAC-T-TAG-T-T---TC--T-A-G-C-CTTCT-TT--TTT----AAG--ACA--T-C-A-GGACCA-accc
gi|3 : atATTAA-A-TCCGC-C--G-TTAGG-A-A-T-TAA-T-T---TC--T-A-G-CGCTTCC-TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACga
gi|24 : taATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-TATA--T-T---CC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AGA--C-A--T-C---GGACCA-
gi|20 : ATTAA-A-T--GC-C----TTAGA-A-C-T--A--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-ATTT-C-A--GACCA-
gi|25 : taATTAA-A-T--GC------TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G---CTTC---T--TTT----AAG--A-A--T-C-A--GACCA-GAC
gi|8 : taATTAA-AAT--GC-C--G-TTAGA-AAC-T-TA--T-T---TCGAT-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAGGAA-G--T-C-A--GACCA-GACt
gi|16 : ATTAA-A----GC----G-TTAGA-AAC-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TG--TTT----AAG----A--T-C-A-GGA-CA-GAC
gi|6 : taATTAA-AAT--GC------TTAGA-A-C-T-TAGTTAT---TC--T-A-G-C-CTCT--TT--CGT----AA---A-A--T-C-A-GGACCACGACt
gi|1 : taATTTA-A-T--GC-G--GGTTA-A-A-T-T-TA--T-T----C--T-ACG-C-CTTC--TT--TTTATAAAAG--A-A--T-CAA-GGACCA-ta
gi|15 : taTTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTCTGTT--TTT----AAG-------T-C-A--GACCG-GACatgac
gi|19 : aatTTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTCTGTT--TTT----AAG-------T-C-A--GACCG-GA
gi|28 : aatTTAA-A-T---C-C----TTAGA-A-CTT-TA--T-T---TC--T-A---C-CTTC---T--TTT----AAG-------T-C-A---ACCA-GAC
gi|29 : taatTAA-A-TT-GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TT--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----A----A-A--T-C-A--GACCA-GAt
gi|27 : -A-T--TC-C--T-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-CACTTC--TTC-TTT----AAGT-A-A--T-C-A-GGAC
gi|13 : -A-T--GC-CCTG-TTAGA-A-C-T-TA--T-TGGGCG--T-A-G-C-CATC--TTATTTT----AAG--A----T-C-AAGGACCA-GACagcct
gi|26 : C-C--G-T-AGATA-C-T-TAC-T-T---TC--T-A-G-C-CTTCT-TT--TTT----AAG--A-A--T---A-GGACCA-GA
gi|5 : atagc-C--G-TTAGA-A-A-T-TA--T-TAT-TC--T-A-G-C-CTTC--TT--CTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACa
gi|31 : taatttacaattgA--T-T---TG--T---G-T-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|34 : aattaaacatcaa-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACta
gi|33 : TTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACtag
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ATAATTAAAGCGTTAAAACTCTATTTCTCAGCGCTTGTCTTGTTTTGAAAATCTAGGACAGAC
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 2 44 1 44 1 1 4 1 1 55 1 444 33 3 1 1 2 11 22 5555 3333 22 1 1 11 1
lowQualScore : . . .. . .. . . . . . .. . ... .. . . . . .. .. .... .... .. . . .. .
lowQualScore : 4 9 88 3 55 3 3 0 3 3 66 3 000 11 9 3 3 5 11 99 0000 2222 99 2 2 88 4
consensus : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
Reference ( family-4061 ) : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|1 : ATTTA-A-T--GC-G--GGTTA-A-A-T-T-TA--T-T----C--T-ACG-C-CTTC--TT--TTTATAAAAG--A-A--T-CAA-GGACCA-
gi|10 : taATTAA-A-TC-GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--TAA-G-C-CTTC--TT--TTTA---AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACatgac
gi|11 : ATTAA-A-T--GC-C--G-ATAGA---C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTCTTTT--TTT----AAG--A-A----C-A-GGACCA-GAC
gi|12 : aATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTCT-TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACt
gi|13 : a-A-T--GC-CCTG-TTAGA-A-C-T-TA--T-TGGGCG--T-A-G-C-CATC--TTATTTT----AAG--A----T-C-AAGGACCA-GAC
gi|14 : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG----A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|15 : taTTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTCTGTT--TTT----AAG-------T-C-A--GACCG-GAC
gi|16 : aatATTAA-A----GC----G-TTAGA-AAC-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TG--TTT----AAG----A--T-C-A-GGA-CA-GAC
gi|17 : taATTAA-A-T--GC-CC-G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TCG-T-A-G-C-CTTCC-TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCt
gi|18 : aATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|19 : TTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTCTGTT--TTT----AAG-------T-C-A--GACCG-GA
gi|20 : aatATTAA-A-T--GC-C----TTAGA-A-C-T--A--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-ATTT-C-A--GACCA-
gi|21 : taATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GA
gi|22 : ATTAA-A-T--GCGC--G-TTAGA-A-C-T-T---T-T---TC--T-A-G-C-CTTT--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGA
gi|23 : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTA-A-A-C-T-TA--T-T----C--T-A-G-C-CT-C--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACaccc
gi|24 : aATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-TATA--T-T---CC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AGA--C-A--T-C---GGACCA-
gi|25 : ATTAA-A-T--GC------TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G---CTTC---T--TTT----AAG--A-A--T-C-A--GACCA-GAC
gi|26 : taC-C--G-T-AGATA-C-T-TAC-T-T---TC--T-A-G-C-CTTCT-TT--TTT----AAG--A-A--T---A-GGACCA-GAt
gi|27 : atagc-A-T--TC-C--T-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-CACTTC--TTC-TTT----AAGT-A-A--T-C-A-GGACa
gi|28 : TTAA-A-T---C-C----TTAGA-A-CTT-TA--T-T---TC--T-A---C-CTTC---T--TTT----AAG-------T-C-A---ACCA-GACagcct
gi|29 : taatTAA-A-TT-GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TT--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----A----A-A--T-C-A--GACCA-GAt
gi|3 : ATTAA-A-TCCGC-C--G-TTAGG-A-A-T-TAA-T-T---TC--T-A-G-CGCTTCC-TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|30 : taATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A---T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-G
gi|31 : aA--T-T---TG--T---G-T-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACcg
gi|32 : aattaaacatcaaATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A---T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-Gta
gi|33 : taTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|34 : -CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACtatgcga
gi|4 : ATTAAGA-T--GC-C--G-TTAGA-AAC-T-TAG-T-T---TC--T-A-G-C-CTTCT-TT--TTT----AAG--ACA--T-C-A-GGACCA-tag
gi|5 : at-C--G-TTAGA-A-A-T-TA--T-TAT-TC--T-A-G-C-CTTC--TT--CTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACga
gi|6 : taatttacaattgATTAA-AAT--GC------TTAGA-A-C-T-TAGTTAT---TC--T-A-G-C-CTCT--TT--CGT----AA---A-A--T-C-A-GGACCACGAC
gi|7 : taATTAA-A-T--GC-C--G-TTAG--A-C-T-TA--T-T---TC--TGA-GCC-CTTC--TT--TTTA---AAG--A-A--TCC-A-GGACCA-GACta
gi|8 : taATTAA-AAT--GC-C--G-TTAGA-AAC-T-TA--T-T---TCGAT-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAGGAA-G--T-C-A--GACCA-GAC
gi|9 : ATTAA-A-T--GC-CT-G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--TAA-G-C-CT----TT--CTT----AAG--A-AT-T-C-A-GGACCA-GAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ATAATTAAAGCGTTAAAACTCTATTTCTCAGCGCTTGTCTTGTTTTGAAAATCTAGGACAGAC
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 2 44 1 44 1 1 4 1 1 55 1 444 33 3 1 1 2 11 22 5555 3333 22 1 1 11 1
lowQualScore : . . .. . .. . . . . . .. . ... .. . . . . .. .. .... .... .. . . .. .
lowQualScore : 4 9 88 3 55 3 3 0 3 3 66 3 000 11 9 3 3 5 11 99 0000 2222 99 2 2 88 4
consensus : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
Reference ( family-4061 ) : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|1 : ATTTA-A-T--GC-G--GGTTA-A-A-T-T-TA--T-T----C--T-ACG-C-CTTC--TT--TTTATAAAAG--A-A--T-CAA-GGACCA-
gi|10 : taATTAA-A-TC-GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--TAA-G-C-CTTC--TT--TTTA---AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACatgac
gi|11 : ATTAA-A-T--GC-C--G-ATAGA---C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTCTTTT--TTT----AAG--A-A----C-A-GGACCA-GAC
gi|12 : aATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTCT-TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACt
gi|13 : a-A-T--GC-CCTG-TTAGA-A-C-T-TA--T-TGGGCG--T-A-G-C-CATC--TTATTTT----AAG--A----T-C-AAGGACCA-GAC
gi|14 : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG----A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|15 : taTTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTCTGTT--TTT----AAG-------T-C-A--GACCG-GAC
gi|16 : aatATTAA-A----GC----G-TTAGA-AAC-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TG--TTT----AAG----A--T-C-A-GGA-CA-GAC
gi|17 : taATTAA-A-T--GC-CC-G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TCG-T-A-G-C-CTTCC-TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCt
gi|18 : aATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|19 : TTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTCTGTT--TTT----AAG-------T-C-A--GACCG-GA
gi|20 : aatATTAA-A-T--GC-C----TTAGA-A-C-T--A--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-ATTT-C-A--GACCA-
gi|21 : taATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GA
gi|22 : ATTAA-A-T--GCGC--G-TTAGA-A-C-T-T---T-T---TC--T-A-G-C-CTTT--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGA
gi|23 : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTA-A-A-C-T-TA--T-T----C--T-A-G-C-CT-C--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACaccc
gi|24 : aATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-TATA--T-T---CC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AGA--C-A--T-C---GGACCA-
gi|25 : ATTAA-A-T--GC------TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G---CTTC---T--TTT----AAG--A-A--T-C-A--GACCA-GAC
gi|26 : taC-C--G-T-AGATA-C-T-TAC-T-T---TC--T-A-G-C-CTTCT-TT--TTT----AAG--A-A--T---A-GGACCA-GAt
gi|27 : atagc-A-T--TC-C--T-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-CACTTC--TTC-TTT----AAGT-A-A--T-C-A-GGACa
gi|28 : TTAA-A-T---C-C----TTAGA-A-CTT-TA--T-T---TC--T-A---C-CTTC---T--TTT----AAG-------T-C-A---ACCA-GACagcct
gi|29 : taatTAA-A-TT-GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TT--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----A----A-A--T-C-A--GACCA-GAt
gi|3 : ATTAA-A-TCCGC-C--G-TTAGG-A-A-T-TAA-T-T---TC--T-A-G-CGCTTCC-TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|30 : taATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A---T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-G
gi|31 : aA--T-T---TG--T---G-T-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACcg
gi|32 : aattaaacatcaaATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A---T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-Gta
gi|33 : taTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|34 : -CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACtatgcga
gi|4 : ATTAAGA-T--GC-C--G-TTAGA-AAC-T-TAG-T-T---TC--T-A-G-C-CTTCT-TT--TTT----AAG--ACA--T-C-A-GGACCA-tag
gi|5 : at-C--G-TTAGA-A-A-T-TA--T-TAT-TC--T-A-G-C-CTTC--TT--CTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACga
gi|6 : taatttacaattgATTAA-AAT--GC------TTAGA-A-C-T-TAGTTAT---TC--T-A-G-C-CTCT--TT--CGT----AA---A-A--T-C-A-GGACCACGAC
gi|7 : taATTAA-A-T--GC-C--G-TTAG--A-C-T-TA--T-T---TC--TGA-GCC-CTTC--TT--TTTA---AAG--A-A--TCC-A-GGACCA-GACta
gi|8 : taATTAA-AAT--GC-C--G-TTAGA-AAC-T-TA--T-T---TCGAT-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAGGAA-G--T-C-A--GACCA-GAC
gi|9 : ATTAA-A-T--GC-CT-G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--TAA-G-C-CT----TT--CTT----AAG--A-AT-T-C-A-GGACCA-GAC
blockSeqs : G A CC G CT . T A T A GT A GGG GA A . C A TT AT A GAA TT C . AG C
blockSeqs : . A C . C . . A . . C . AT G G . . G TG C A TA T . . G .
blockSeqs : . . T . T . . A . . A . . . A . . . TG . . AC . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . . . T . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : ****
originalCons : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
finalCons : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ATAATTAAAGCGTTAAAACTCTATTTCTCAGCGCTTGTCTTGTTTTGAAAATCTAGGACAGAC
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 2 44 1 44 1 1 4 1 1 55 1 444 33 3 1 1 2 11 22 5555 3333 22 1 1 11 1
lowQualScore : . . .. . .. . . . . . .. . ... .. . . . . .. .. .... .... .. . . .. .
lowQualScore : 4 9 88 3 55 3 3 0 3 3 66 3 000 11 9 3 3 5 11 99 0000 2222 99 2 2 88 4
consensus : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
Reference ( family-4061 ) : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|1 : ATTTA-A-T--GC-G--GGTTA-A-A-T-T-TA--T-T----C--T-ACG-C-CTTC--TT--TTTATAAAAG--A-A--T-CAA-GGACCA-
gi|10 : taATTAA-A-TC-GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--TAA-G-C-CTTC--TT--TTTA---AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACatgac
gi|11 : ATTAA-A-T--GC-C--G-ATAGA---C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTCTTTT--TTT----AAG--A-A----C-A-GGACCA-GAC
gi|12 : aATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTCT-TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACt
gi|13 : a-A-T--GC-CCTG-TTAGA-A-C-T-TA--T-TGGGCG--T-A-G-C-CATC--TTATTTT----AAG--A----T-C-AAGGACCA-GAC
gi|14 : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG----A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|15 : taTTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTCTGTT--TTT----AAG-------T-C-A--GACCG-GAC
gi|16 : aatATTAA-A----GC----G-TTAGA-AAC-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TG--TTT----AAG----A--T-C-A-GGA-CA-GAC
gi|17 : taATTAA-A-T--GC-CC-G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TCG-T-A-G-C-CTTCC-TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCt
gi|18 : aATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|19 : TTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTCTGTT--TTT----AAG-------T-C-A--GACCG-GA
gi|20 : aatATTAA-A-T--GC-C----TTAGA-A-C-T--A--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-ATTT-C-A--GACCA-
gi|21 : taATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GA
gi|22 : ATTAA-A-T--GCGC--G-TTAGA-A-C-T-T---T-T---TC--T-A-G-C-CTTT--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGA
gi|23 : ATTAA-A-T--GC-C--G-TTA-A-A-C-T-TA--T-T----C--T-A-G-C-CT-C--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACaccc
gi|24 : aATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A-C-TATA--T-T---CC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AGA--C-A--T-C---GGACCA-
gi|25 : ATTAA-A-T--GC------TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G---CTTC---T--TTT----AAG--A-A--T-C-A--GACCA-GAC
gi|26 : taC-C--G-T-AGATA-C-T-TAC-T-T---TC--T-A-G-C-CTTCT-TT--TTT----AAG--A-A--T---A-GGACCA-GAt
gi|27 : atagc-A-T--TC-C--T-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--T-A-G-CACTTC--TTC-TTT----AAGT-A-A--T-C-A-GGACa
gi|28 : TTAA-A-T---C-C----TTAGA-A-CTT-TA--T-T---TC--T-A---C-CTTC---T--TTT----AAG-------T-C-A---ACCA-GACagcct
gi|29 : taatTAA-A-TT-GC-C--G-TTAGA-A-C-T-TT--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----A----A-A--T-C-A--GACCA-GAt
gi|3 : ATTAA-A-TCCGC-C--G-TTAGG-A-A-T-TAA-T-T---TC--T-A-G-CGCTTCC-TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|30 : taATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A---T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-G
gi|31 : aA--T-T---TG--T---G-T-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACcg
gi|32 : aattaaacatcaaATTAA-A-T--GC-C--G-TTAGA-A---T-TA--T-T---TC--T-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-Gta
gi|33 : taTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GAC
gi|34 : -CTTC--TT--TTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACtatgcga
gi|4 : ATTAAGA-T--GC-C--G-TTAGA-AAC-T-TAG-T-T---TC--T-A-G-C-CTTCT-TT--TTT----AAG--ACA--T-C-A-GGACCA-tag
gi|5 : at-C--G-TTAGA-A-A-T-TA--T-TAT-TC--T-A-G-C-CTTC--TT--CTT----AAG--A-A--T-C-A-GGACCA-GACga
gi|6 : taatttacaattgATTAA-AAT--GC------TTAGA-A-C-T-TAGTTAT---TC--T-A-G-C-CTCT--TT--CGT----AA---A-A--T-C-A-GGACCACGAC
gi|7 : taATTAA-A-T--GC-C--G-TTAG--A-C-T-TA--T-T---TC--TGA-GCC-CTTC--TT--TTTA---AAG--A-A--TCC-A-GGACCA-GACta
gi|8 : taATTAA-AAT--GC-C--G-TTAGA-AAC-T-TA--T-T---TCGAT-A-G-C-CTTC--TT--TTT----AAGGAA-G--T-C-A--GACCA-GAC
gi|9 : ATTAA-A-T--GC-CT-G-TTAGA-A-C-T-TA--T-T---TC--TAA-G-C-CT----TT--CTT----AAG--A-AT-T-C-A-GGACCA-GAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ATAATTAAAGCGTTAAAACTCTATTTCTCAGCGCTTGTCTTGTTTTGAAAATCTAGGACAGAC