lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555555555555555555555555555 1 1111111111 1111111111111 333333333333333333333333333333333 111 111111111 1111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333333333333333333333333333333333333333333 111111111 11111111111 111111111111111 11111111111 11111 2222222222 2222222222222222222222222222222 22222222222222 111111111111111111111 11111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222 22222222222222222222222222222222222222 1111111 11
lowQualScore : 1 111111111111111111111111111111 4 2 0 333 2 5555555555 4444 1111111111111 4 66666666 444444444444444444444444444444444 33 44 1 444 3333 2 1 5 2 22 222222222 1 555 11 99999999999999 4 1 1 333333 1111 222 44 2 11 1 44444 33 1 1 1 55555 33 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 66 33 1111 555555 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 33 4444444444444444444444444444444444444444444 444444444 4 00000000000 333333333333333 33333333333 88888 99999999 2 2 22 3333 33 4444 99999 7777 1 1 0 77 1 22 1 1 1 3333333333 1 222 1111111111111111111111111111111 1 222 77777777777777 1 3333 1 999999999999999999999 5555 11111111111111111 3333 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333 1 1 44444444444 555555555 3333 66666666666666666666666666666666666666 1 1 1 5 22 1111111 2 2 3 4 22 9999 4
lowQualScore : . .............................. . . . ... . .......... .... ............. . ........ ................................. .. .. . ... .... . . . . .. ......... . ... .. .............. . . . ...... .... ... .. . .. . ..... .. . . . ..... .. . ......................................................................................................................................................................... .. .. .. .... ...... . ....................................................................................... .. .. ........................................... ......... . ........... ............... ........... ..... ........ . . .. .... .. .... ..... .... . . . .. . .. . . . .......... . ... ............................... . ... .............. . .... . ..................... .... ................. .... . ............................................................................................................................................................................................................ ..... . . ........... ......... .... ...................................... . . . . .. ....... . . . . .. .... .
lowQualScore : 0 888888888888888888888888888888 3 1 5 555 0 3333333333 6666 3333333333333 1 11111111 666666666666666666666666666666666 11 44 3 222 6666 3 2 9 4 88 777777777 1 111 55 33333333333333 6 1 1 333333 3333 111 00 4 66 2 11111 99 2 2 2 55555 77 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 11 11 2222 888888 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 22 5555555555555555555555555555555555555555555 555555555 4 99999999999 333333333333333 77777777777 55555 22222222 0 0 88 5555 33 1111 44444 0000 8 8 8 11 8 88 8 8 8 3333333333 7 333 4444444444444444444444444444444 5 777 22222222222222 6 4444 6 444444444444444444444 0000 77777777777777777 5555 7 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77777 4 4 88888888888 777777777 4444 11111111111111111111111111111111111111 5 6 6 0 66 2222222 4 2 3 4 99 4444 4
consensus : NNNNNAACAAAATTNAN-T-GAT-NTGG-ACAACA----C----TGAAT-TT-G---T-CG---T-G---ACAA----AA------------GTGA-------ATTT---TG--T-----------------CA---T--G--AC--AA-AA-GTG---AATT-T-TG-T--C-G-------A-C---AAA--A------A-------TGAATT-TT-G------T--C-G---A--C-A--AA-ATTC----A-TTT-TT-G-TC-T---ACC-T-AAATATAAT-C---------TCT----NT---AT-G-CA-A----C----T--T--TT-----T-------T----GCC---C--------AT--T-G--------A-A---GT---------TN--A----A-ATT--AT-CA---T-----T---AG-TAA----AA----AACATTT--T--G--TC-C-GACAAA------ATTC-AATT----------N---TG-------AATT------ACA-----AACT-----------GAA------T-T-TTTT----CA--------TTTTG-GTATG--CAAA-------TTA----TAG-TT-TA--------------CAA-N-AATC-C-------AAA-TT------C----AA--------C-----NAA-------T--TTGC---N-TA--------C-AAA-A--T--C-CAC-TT---ATGT--T--A----C-A-AAAGTN-AAT-TC-T-G-T-C---A---A-GACAAAA-TTG--A-----------C----T-T------------T-T---GTC-T-------A--C-A-A----A-AG---------------------TG---AAT-----------------T----TT-GT--------AA--GAC----------------AAAA--TT--AATT------------------T-T---TG--------T--------AAT-T--------C-AT---G-------A------TCG-A--TTTT--G--T-------------------CGA--C-------C--------T---GAA-----T----TC----AT----TTT-T-GT---CGT--A--C---------AAAATT--C-A--------------------TTTTTG-TC--C----ACACAA-AAA-T-GAA-TTT--TG--AG---AACAAA-A-TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
Reference ( gi|3 ) : CGTGAAATAAAATTAAA-T-GAT-ATGG-ATAGCA----C----TGAAT-TT-G---T-CA---T-G---ACAA----AA------------GTGA-------ATTT---T---T-----------------CA---T--G--AC--AA-AG-GTG---AATT-T-TG-T--C-A-------A-C---AAA--A------A-------TGAATT-TT-G------T--T-G---A--C-A--AA-ATTC----A-TTT-TT-G-TC-T---ACC-T-AAATATAAT-C---------TCT----AC---AT-G-CA-A----C----T--T--TT-----T-------T----ACC---C--------AT--T-G--------A-A---GT---------TA--A----A-ATT--AT-CA---T-----T---AG-TAA----AAGTTAAACAGTT--T--G--TC-C-GACAAA------ATTC-AATT----------A---TG-------AATT------ACA----GAACT-----------GAA------T-T-TCTT----CA--------TTTTG-GTATG--CAAA-------TTA----TAG-TT-TA--------------CAA-T-AATT-T-------AAA-TT------C----AA--------C-----AAA-------T--CTGC---T-TA--------C-AAA-A--T--C-CAC-TT---ATGT--T--A----C-A-AAAGTT-AAT-TC-T-G-T-C---A---A-AACAAAA-TTG--A-----------C----T-G------------T-T---GTC-T-------A--A-A-A----A-AG---------------------TG---AAT-----------------T----TT-GT--------AA--GAC----------------AAAA--TC--AATT------------------T-T---TG--------T--------AAT-T--------C-AT---G-------A------TCG-G--TTTT--G--T-------------------TAA--C-------C--------T---GAA-----C----TC----AT----TTT-T-GT---TGT--A--C---------AAAATT--C-A--------------------TTTCTG-TC--C----ACACAA-AAA-T-GAA-TTT--TG--AG---AACAAA-A-TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|8 : AACAAAATT------GATCATGA-AT--CA----CAAAATTAAT-TT-G---T-CG---C-----ACAG----AA------------TT---------ATCT---T---T-----------------CA---GCAG--AC--AA-AA--TC---ACTT-T-TG-T--C-A-------T-G---ACA--A------A-------TTCACT-TT-G------T--A-G---A--C-A--AA-AGTC----A-ATT-TT-G-TC-T---GCC-T-
gi|4 : cctaaatataatttctttatgcaacttttttccgcattgcccaattaagttaaatactattagtaaaacattttgtccaacaaaattcaattatgaattttttcattttgtatgcaaattgagttcacaaaatccaaatcaacaatttgcatacaaaatccaaatatacaaagttaattctgtccagATAAAATCCAC-T---T-ATGGCACAAAA----A----TAAAT-TTTG---T-CA---T-G---ACAA----AA------------GTGA-------ATTT---TG--TCCGCCGAGATACTTTTGCG---T--G--ACG-AA-AT-ATG-----TT-TCTG-T--T-A-------T-T---AGT--T------A-------TAAATT-TT-G------T--T-G---AG-C-T--GA-ACTC----A-TTT-TT-G-TC-A---AAC-A-AAATgacctgaactcgatcatttttggttctacaaaattcaatttttgtccacacaaaaatagaatttttgagaacaaaatcacagagtccatttggcgcccc
gi|15 : acaaaattgacttttatcaacaaaaatgaatttcgccgtgacaaaattgatttttttctacttgaatataatcttatatagcaaatttattcatttgaagtgatcatgaataaaaacatacttttgtaagccaaaaggtttttgttataacagaattcaatttcgcccgacaagtttgtatcacaaaactaatttttgtcagaatatttttcactcttgtctgcaaattagtttacaaaatccaaagtatattaatttgcatACAAAATTGAA-T---T-TTGTCATGACA----CAAAGTGAAT-TTTG---T-CAA--T-G---ACAA----AA------------GTG----------------------------------------------------AA-AA-GTG---AATT-TCTG-TTGT-G-------A-C---AAA--A------G-------TGAATT-TTGG------T--C-A---A--C-A--AA-ATTT----A-TTT-TT-GCTC-C---ACA-T-AAAtcacttttggctacgcaaaattgaatttcaagtacgaaatcacgagagacccatttgtcgccccgt
gi|1 : AAAATTCAC-T-TTT-GTAG-ACAACA----G----TCAAT-TTTG---TTCT---T-G---ACAG----AA------------TTCA-------CTTT---T---TGTAA-------------CA---T--T--AT--AA----GTG---GATT-T-TG-T--A-A-------G-C---AAA----------------------T-TT-G------T--T-G------------A-ATTTTAGAA-TTT-TT-G-TA-T---AAC-T-AAgtgattttgtcaacaaaaattattttgtgt
gi|7 : gtggaattttgtcatgacaaaattgaatattgtcaacaaaattcattttttgtcttcataaagcgaattttgtcgcattgacaaaagtgaattttgtcgcgcgacaaatcgttaatttgttcaacaaaaataaattttgttgacaatattcattttttgtctacctaaataagatctcttcatgcaaaacttttttcccctttgaagtaaaacattatcatttagtaaaaaacagtttgtcgacaaaatttgattttgaattacagaactgaatttctttattttggtatgcccaaaAAATTCAACT-AAT-TTGC-ATA-CAAAATC----CAAAT-AT-G---T-TA----------CAA----AA------------GTTA-------ATTC---TG--TCCAGAGG----------CA------G--AC--AA-AA-TTG----ACT-T-TG-T--C-T-------A-C---CAA--A------G-------TGAA-T-TT-G------TCAT-G---A--C-A--AA-AGTG----A-TTTGTT-G-TC-T---GCT-G-AAAGATAAT-----------TCT---------GT-G-CG-A----CAAAAT--TAATT-----T-------TTGTGATT---C--------ATGAT-C--------A-ATTTGT---------TG--ACCTGA-ACTCGAT-CA---T-----T------------------------TT--T--G--TT-C-TACAAA------ATTC-ATTT----------T---TGTCC----A--C------ACA----AAAAT-----------GAA------T-T-TTTgccattgacaataatttgtaagacaaaaattgaaattatgtaaacaccaaaatcatttgtattacatgattcgcattttgttgaccttgaactcatttttgttgtacaaaaatcagttttgtccacacgaaaactgaatttttgagaacaaaatcaccaatagtccccattttggcgccc
gi|5 : ttcgtctacctaaatataatttctttatgcaactttttttccgcattgcccaattaagttaaattatcattagtaaaacatttgtccaacaaaatcaattatgaattttttcattttttgtatgcaaattagttcacaaaaatccATTAAT-TTGAG-GTAG-ACAAAA----A----TGAAT-TT-G---A-GT---T-G---ACGAC---AA------------TTCA-------CTTTG--T---T-----------------CA---T--G--AC--AA-AA-TTC---A-TT-T-TG-T--T-G-------A-C---AAA--A------T-------TCACTT-TT-GATTGTCT--T-G---A--C-A--AA-ATTC----gagaacaaaatcacaagagtccatttggcgccccg
gi|7 : AAA-TTGATCATGA-ATCACAAAAAT----TAATT-TT-G---T-CG---C-----ACAG----AA------------TT---------ATCT---T---T-----------------CA---GCAG--AC--AACAA-ATC---ACTT-T-TG-T--C-A-------T-G---ACA--A------A-------TTCACT-TT-G------G--TAG---A--C-A--AA-GT-C----A-ATT-TT-G-TC-T---GCC-T-atattgtacaatttttccccattgcctaattgaagttaattatcattaataaaaacattttgtccaacaaaagttaagaactgaattttgtcacactattttttttttttcatttttgtatgcaaatcagtgtccaaaaatccaaattcaactaatttgattacaaaatccacttatgttacaaaacttaattctgtcaatacaaaattgactgttgtctacaaaagtcaattttgttgacctgaactcatttttgttgtacaaaattcatttttgtcaacgcaaaaatgaattttaagaacaaaatcacaagagttccatgcatttggcgccccg
gi|6 : ttcgtctacctaaatataatttctttatgcaactttttttccgcattgcccaattaagttaaattatcattagtaaaacatttgtccaacaaaatcaattatgaattttttcattttttgtatgcaaattagttcacaaaaatccaaattcaactaatttgcatacaaaatccaaatatgttacaaaagttaattctgtccagTGT-ACAGCA----C----AAAAT-TT-GACTT-TT---T-GTCTACAA----A--------------TGA--------CTT---G---T-----------------CA---T-----AC--AA-AA-GTGTGAAATT-T-TG-T--C-T-------G-CTCGAAA--G------A-------T--ATT-TT-G------T--T-GCGAA--C-AGAAA-ATTA----A-TTT-TT-G-TG-T---TC------ATATAAA-T---------TTTGTTGAC---GT-T-GA-A----C----TCAT--TT-----T-------T----GTT---C------------T-A--------A----------------CA--A----A-AT----T-CA---T-----T------T-----------------TT--T--G--TC-A-CACAAA------ATTT-TATT----------T---TG-------AA--------ACA----AAgttgacctgaactcgatcatttttgttctacaaaattcatttttgtccacacaaaaatgaatttttgagaacaaaatcacaagagtccatttggcgccccg
gi|7 : tgtctactaaaataattctttattgcaattttgccgcattgccaatttaagttttaaattatcattagtaaataacattttgtcttaaccaaattcaattatgacttatttttcttcatttttggtatgcaattagttttacaacaaatccaaacttcaaagctaatttgcatacaaaatccaatacggtacaaagttattcG-ACAAAA----T----TGACT-TT-G---T-C----T-----ACCA----AA------------GTGA-------ATTT---G---T-----------------CA---T--G--AC--AA-AA-GTG---ATTTGT-TG-T--C-T-------G-CTG-AAA--G------A-------T-AATT-CT-G------TG-C-G---A--C-A--AA-ATTA----A-TTT-TT-G-Ttatcacaagtagtccatttggcgccccgt
gi|2 : ttcgtctacctaaatataatttctttatgcaactttttttccgcattgcccaattaagttaaattatcattagtaaaacatttgtccaacaaaatcaattatgaattttttcattttttgtatgcaaattagttcacaaaaatccaaattcaactaatttgcatacaaaatccaaatatgttacaaaagttaattctgtccagaggcaAACA----G----TGAATTTT-G---T--A---T-A---ACAA----AATTTACTTTTGGCATGACAAATTCATTT---TG--T-----------------CT---T--C--AC--AA-AG-CTG---AATT-T-TG-T--C-ACAAAAATA-C---AAA--A------A-------TGAATT-TT-G------T--T-G---A--C-A--AA-ATTC----A-TTT-TT-G-TC-TCTGACT-T-AAATAT-AT-C---------TCT----TC---AA-G-CACA----C----TAGT--TT-----T-------T-----CC---CATTGCCTAAT--T-G--------A-A---GT---------TA--A----A-ATT--AT-CA---T-----T---AG-TAA---------AAACAG-T--T--G--TC-C-GACAAA------ATTTAAATT----------A---TG-------AATTG-----ACA----GAACT-----------GAA--------T-TCTT----CAT-------TTTTG-GGAGG--CAAA-------TT-----TAGCTT-TA--------------CAA-A-AATTCT-------AAA-TT------C----AA--------C-----AAA-------T---TG----T-CA--------CAAAA-A--T--C-CAC-TT---ATGTG-G--A----C-A-AAAGTTAAATGTC-T-G-C---------A-AACAAAA-TTG--A-----------C----T-G------------T-T---GTC-T-------A--C-A-A----A-AGTGATTTTGTCATGACACAAAATG---AAT-----------------T----TT-GT--------AA--GAC----------------AAAA--TT--AA-T------------------T-T---TG--------T--------AAT-T--------CGAT---G-------A------TCG-A--TTTT--G--T-------------------TGA--C-------C--------T---GAA-----C----TC----AT----TTT-T-GT---TGT--gattcatgatcaatttgttgacctgaactcgatcatttttgttctacaaaattcatttttgtccacacaaaaatgaatttttgagaacaaaatcacaagagtccatttggcgccccg
gi|4 : gcagattttttcaaaaacccaatctgacaatttgttccacagactagaatacagatgtttataaaCA----C----T---T-TT-G---T-CA---T-G---ACAA----AA------------TTTA---------TT---T---T-----------------TG---T--G--CC--AT-AA-GTG---GATT-T-TA-T--A-T-------G-C---AAATTA------ATATACTTTGGATT-TT-G------T----------------AA-ACTA----A-TTT-
gi|15 : acaaaattgacttttatcaacaaaaatgaatttcgccgtgacaaaattgatttttttctacttgaatataatcttatatagcaaatttattcatttgaagtgatcatgaataaaaacatacttttgtaagccaaaaggtttttgttataacagaattcaatttcgcccgacaagtttgtatcacaaaactaatttttgtcagaatatttttcactcttgtctgcCA----C----T---T-TT-G---T-CA---TTG---ACAA----AA------------TTCA-------CTTTG--TG--T-----------------CA---T--G--AC--AA-AA-TTC---AATT-T-TG-T--aattttgtccgccgagatacttttgcgtgacgaaatatgtttctgttattagttataaattttgttgagctgaactcatttttgtcaaacaaaattcacttttggctacgcaaaattgaatttcaagtacgaaatcacgagagacccatttgtcgccccgt
gi|8 : ----TGAAT-TT-G---T-CA---T-G---ACAA----AA------------GTGA-------TTTT---G---T-----------------C----T--G---CTGAA-AG-AT----AATT-C-TG-TG-C-G-------A-C-----A--A------A-------TTAATT-TT-G---------T-G---ATTC-A--TG-A-TC----A-ATT-TT-G-TT-G---ACC-T-GAACTCGAT-CATTTTTGGTTCT----ACAAAAT-T-CA-A------------T--TT-----T-------T----GTC---C--------Aaaaagtgaatttctgttgtgacaaaagtgaattttggtcaacaaaatttatttttgctccacataaagtgattttgtcaacaaaaattattttgtgt
gi|1 : cctaaatataatttctttatgcaacttttttccgcattgcccaattaagttaaatactattagtaaaacattttgtccaacaaaattcaattatgaattttttcattttgtatgcaaattgagttcacaaaatccaaatcaacaatttgcatacaaaatccaaatatacaaagttaattctgtccagaggcagacaaaattgacttttgtctacaaagGAAT-TTTG---T-CGCATT-G---ACAA----AA------------GTGA-------ATTT---TG--T-----------------CG---C--GCGAC--AA-ATCGTT---AATT-T-GT-T--C-A-------A-C---AAA--A------A-------TAAATT-TT-G------T--T-G---A--C-A--AT-ATTC----A-TTT-TTTG-TC-T---ACC-T-AAATAAGAT-C---------TCT----TC---AT-G-CA-AAA--C----T--T--TT-----T-------T----CCC---C--------TT--T-G--------A-A---GT---------AA--A----ACATT--AT-CA---T-----TT--AG-TAA----AA----AACAGTT--T--G--TC---GACAAA------ATTT-GATT----------T---TG-------AATT------ACA----GAACT-----------GAA------T-T-TCTT----TA--------TTTTG-GTATGCCCAAA-------T------TAG-TTATA--------------CAA-A-AATT-CTA-----AAA-TT------C----AA--------C-----AAA-------T--TTGC---T-TA--------C-AAA-A--T--C-CAC-TTATAATGT--T--A----CAA-AAAGTG-AAT-TC-T-G-T-C---A---AGAACAAAA-TTG--A-----------C----T-G------------T-T---GTC-T-------A--C-A-A----A-AG---------------------TG---AATTTTGCCATTGACAATAAT----TT-GT--------AA--GACA---------------AAAA--TTGAAATTATGTAAACACCAAAATCAT-T---TG--------T--------ATT-A--------C-AT---G-------AT-----TCGCA--TTTT--G--T-------------------TGA--C-------CT-------T---GAA-----C----TC----AT----TTT-T-GT---TGT--A--C---------AAAAAT--C-A--------------------GTTTTG-TC--C----ACACGA-AAACT-GAATTTT--TG--AG---AACAAA-A-TCACCAAT-AGTCCC----CATTTTGGCGCCCcacaaaaatagaatttttgagaacaaaatcacagagtccatttggcgcccc
gi|5 : gtggaattttgtcatgacaaaattgaatattgtcaacaaaattcattttttgtcttcataaagcGAAT-TTTG---T-CA---A-G---ACAATCAAAA------------GTGA-------ATTT---TG--T-----------------CA---------AC--AA-AA--TG---AATT-T-TG-T--C-ATGA----A-C---AAA--G--------------TGAATTGTC-G------T--C-A---A--CTC--AA-ATTC----A-TTT-TT-G-TC-T---ACC-TCAAAT-TAAT-A---------TAT-----T---GT-A-CA-A----T----T--T--TTCCCCAT-------T----GCC---TA-------AT--T-G--------A-A---GT---------T--------A-ATT--AT-CA---T-----T---AA-TAA---------AAACATTT--T--G--TC-C-AACAAA------AGTT-AAGA----------AC--TG-------AATTTTGTC-AC-------ACT-------------ATTTTTTT-T-TTTT----CA--------TTTTT-GTATG--CAAA-------T------CAG-TG-TC--------------CAA-A-AATC-C-------AAA-TT------C----AA--------C-----TAA-------T--TTGA---T-TA--------C-AAA-A--T--C-CAC-TT---ATGT--T--A----C-A-AAACTT-AAT-TC-T-G-T-C---A---A-TACAAAA-TTG--A-----------C----T-G------------T-T---GTC-T-------A--C-A-A----A-AG---------------------TC---AAT-----------------T----TT-GT---------T--GAC--------------------------------------------------C---TG-----------------AAC-T--------C-AT-------------------------TTTT--G--T-------------------TGT--A-------C--------A---AAA-----T----TC----AT----TTT-T-GT-----------C---------AA----------------------------------------C----GCA--A-AAA-T-GAA-TTT--TA--AG---AACAAA-A-TCA-CAAG-AGT-TCCATGCA-TTTGGCGCCCCG
gi|1 : AT-TT-G---T-CG---C-GCG-ACAA----AA------------TTCA-------CTTT---TG--T-----------------CAATGC--G--AC--AA-AA-TTC---GCTT-TATG-A--A-G-------A-C---AAA--A------AA------TGAATT-TT-G------T--T-G---A--C-A--AT-ATTC----A-ATT-TT-G-TC-
gi|2 : gtggaattttgtcatT-TT-G---T-C----T-T---ACAA----AA------------TTCA--------TTT---TGTGT-----------------CA---T--G--AC--AA-AA--TC---ACTT-T-TG-T--A-G-------A-C---AAC--A------G-------TCAATT-TT-G------T--T-T---G--C-A--GACATTT----AACTT-TT-G-TC-C---ACA-T-AAGTG-GAT-T---------TTT----G-----T-GACA-A----T----T--T-------------------------------------GT--T-G--------A-A---TT---------TA--G----A-ATT----------T-----T---TG-TAA----A-GCTAAA---TT--T--GCCTC-C-CAAAAATGAAGAATTC-AGTT----------C---TGTC-----AATT-------CA----TAATTT----------AAA------T-T-TTGT----CGGACAACTGTTTT-----TA--CTAA-------TGA----TAA-TT-T-------------------T-AACT-T-------CAA-TTAGG---C----AA--------TGGGAAAAACTAG---T--GTGC---T-TG--------A-AGAGA--T--A-TAT-TT---AAGT--C--AGAGAC-A-AAAATG-AAT-TT-T-G-T-C---A---A---CAAAA-TTC--A-----------T----T-T------------T-T---GTA-TTTTTGTGA--C-A-A----A-AT---------------------TC---AGC-----------------T----TT-GTG-------AA--GAC----------------AAAA--TG--AA--------------------T-T---TG---------------------T--------C-AT---G-------------------------------------------------------C-------C--------A---AAA-----G----TA----AA----TTT-T-GT---TAT--A--C---------AAAATT--C-A--------------------CTcgttaatttgttcaacaaaaataaattttgttgacaatattcattttttgtctacctaaataagatctcttcatgcaaaacttttttcccctttgaagtaaaacattatcatttagtaaaaaacagtttgtcgacaaaatttgattttgaattacagaactgaatttctttattttggtatgcccaaattagttatacaaaaattctaaaattcaacaaatttgcttacaaaatccacttataatgttacaaaaagtgaattctgtcaagaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgaattttgccattgacaataatttgtaagacaaaaattgaaattatgtaaacaccaaaatcatttgtattacatgattcgcattttgttgaccttgaactcatttttgttgtacaaaaatcagttttgtccacacgaaaactgaatttttgagaacaaaatcaccaatagtccccattttggcgccc
gi|13 : gcagattttttcaaaaacccaatctgacaatttgttccacagactagaatacagatgtttataaaaacT-TT-G---T-CA---T-G---ACAC----AA------------GTGA-------ATTT---TG--T-----------------CA---------AC--AA-AA-ATG---AATC-T-TG-T--C-G-------A-C---ACA--A------attaattttgtaattcgatgatcgattttgttgacctgaactcatttttgttgt
gi|18 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggtaacaaaagtgaagtttgtcatgtcaaaaatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatT-TT-G---T-C----T-C---ACAA----AA------------GTGA-------A--T---T---T-----------------CA---T--G--AT--AA-AA-GTG---A--T-T-TG-T--C-A-------tttat
gi|4 : caaaattgtcatt---T-TA---T-GGC-ACAA----AA------------ATAA-------ATTT---TG--T-----------------CA---T--G--AC--AA-AA-GTG---AATT-T-TG-T--C-C-------G-C---CGA--G------A-------T-ACTT-TT-G------CG-T-G---A--C-G--AA-ATAT----G-TTT-CT-G-T--T---A-T-T-AGTTATAAtacc
gi|4 : acaaaattgacttttatcaacaaaaatgaatttcgccgtgacaaaattgatttttttctacttgaatataatcttatatagcaaatttattcatttgaagtgatcatgaataaaaacatacttttgtaagccaaaaggtttttgttataacagaattcaatttcgcccgacaagtttgtatcacaaaactaatttttgtcagaatatttttcactcttgtctgcaaattagtttacaaaatccaaagtatattaatttgcatataaaatccacA---T-A---ACAG----AA------------ACAT-------ATTT---CG--T-----------------CA---C--G---C--AA-AA-GT-----ATC-T-CG-G--C-GG------A-C---AAA--A------T-------TCACTT-TT-G------TCAT-G---A--C-A--AA-ATTT----A-TTT-TT-G-T------GCCAT-AAGTG-GAT-T---------T-T----AT---AT-G-CA-A----A----T--T--AA-----TA------T----ACT-------------T--T-G--------G-A---TT---------TTGTA----A-ACT--A---A---T-----TTGCAGACAA----GAGTGAAA-AATA--T-----TC-T-GACAAA------AATT-AGTT----------T---TGTGATACAAACTTGTCGGGCG----AAATT-----------GAA------T-TCTGTTATAACAAAAACC--TTTTG-GCTTA--CAAAAGTATGTTTT----TA--TT-CA--------------TGA-T-CACT-T-------CAA-AT------G----AA--------T-----AAA-------T--TTGC---TATA--------T-AAG-A--T--TATAT-TC---AAGTA-G--A----A-A-AAAATC-AAT-TT-T-G-T-C---A---C-GGCGAAA-TTC--A-----------T----T-T------------T-T---GTT-G-------A--T-A-A----A-AG---------------------TC---AAT-----------------T----TT-GT--------attttgttgagctgaactcatttttgtcaaacaaaattcacttttggctacgcaaaattgaatttcaagtacgaaatcacgagagacccatttgtcgccccgt
gi|5 : ---T-G---ACAA----AA------------ATGA-------ATTT---T---G-----------------TA---C--A--AC--AA-AA-ATG---AGTT-CAGG-T--C-A-------A-C---AAA--A------T-------TGACTT-TT-G------T--A-G---A--C-A--AC-AGTC----A-ATT-TT-G-Ttagttataaattttgttgagctgaactcatttttgtcaaacaaaattcacttttggctacgcaaaattgaatttcaagtacgaaatcacgagagacccatttgtcgccccgt
gi|4 : gaattttgtcaagacaatcaaaagtgaattttgtcaacaaaatgaattttgtcatgaacaaagtgaattgtcgtcaactcaaattcatttttgtctacctcaaattaatatattgtacaatttttccccattgcctaattgaagttaattatcattaataaaaacattttgtccaacaaaagttaagaactgaattttgtcacactattttttttttttcatttttgtatgcaaatcagtgtccaaaaatccaaattcaactaatttgattacaaaatccacttatgttacaaaacttaattctgtcaat-G---AAAA----AA------------ATCA-------ATTT---TG--T-----------------CA---C--G--GC--GA-AA-TTC---ATTT-T-TG-T--T-G-------A-T---AAA--A------G-------TCAATT-TT-G------T--acgcaaaaatgaattttaagaacaaaatcacaagagttccatgcatttggcgccccg
gi|9 : -G---ACAA----AA------------ATGA-------ATTT---T---G-----------------TA---G--A--AC--AA-AA-ATG---AATT-C-AGAT--C-A-------A-C---AAA--ATTGATCA-------TGAATC--------------------A--CTA--AA-ATTA----A--TT-TT-G-TCGT---AC----AAA-AT--T-C---------TCTTTCAGC---AG-A-CA-AAATTCA---C--T--TT-----T-------T----GTT---C--------A---T-G--------ACA---AT---------TT--A----A-AT----T-CA---CTTTTGT---AG-CAA----AAGTCA---ATTT--T--G--TC-TGGACGGA------ATTA-ACTT----------T---TG---------TA------ACA----TATTT-----------GGA------T-T-TT----------------------GTATG--C-AA-------T------TAG-TT-----------------GAA-T---TT-T-------GGA-TT------TTGTAAA--------C-----TAA-------T--TTGC---A-TAC-------C-AGA-A--T--tacttgaatataatcttatatagcaaatttattcatttgaagtgatcatgaataaaaacatacttttgtaagccaaaaggtttttgttataacagaattcaatttcgcccgacaagtttgtatcacaaaactaatttttgtcagaatatttttcactcttgtctgcaaattagtttacaaaatccaaagtatattaatttgcatataaaatccacttatggcacaaaaataaattttgtcatgacaaaagtgaattttgtccgccgagatacttttgcgtgacgaaatatgtttctgttattagttataaattttgttgagctgaactcatttttgtcaaacaaaattcacttttggctacgcaaaattgaatttcaagtacgaaatcacgagagacccatttgtcgccccgt
gi|9 : ctaaatataattctctttatgcaactttttaccgcgttgcccaattaagttttaaattatcattagtaaaaacattttgtccacaaaattcaattatgaattttttttc---ACAA----AA------------GTGA-------ATTTAAATTG-T-----------------CA---T--GA-ACA-AA-AA-GTG---AATT-T-TG-T--C-T-------G-CTG-AAA--G------A--------GAATT-TT-G------TA-C-G---A--C-A--AA-ATTA----A-TTT-TA-G-Tcacacaaaaatgaattttgagaacaaaatca
gi|15 : ctaaatataattctctttatgcaactttttaccgcgttgcccaattaagttttaaattatcattagtaaaaacattttgtccacaaaattcaattatgaattttttttcattctggtatgcaaattagtttacaaaatccaaaattcaactaattgcatacaaaatccaaatatgttacaaaagttaattccgtccagacaaaattgacttttgct---ACAA----AA-------------T-A-------ATTT---T---T-----------------GT---T--G--AC--AA-AA--TC---ACTT-TATG-T--G-G-------AGC---AAA--A------A-------TAAATT-TT-G------T--T-G---AC-C-A--AA-ATTC----A-CTT-TT-G-TC-----AC-----AACAGAA------------------------AT-T-CA-----------C--T--TT-----T-------C----AC--------------T--T---------------------------------------TT--GT-CA---T-----T---GA-CAA----AA-TT---CACTTTGT--G--TCAT-GACAAA------ATTC-AATT----------T---TG-------gattcatgatcaattttgttgatctgaattcatttttgttctacaaaattcatttttgtccacacaaaaatgaattttgagaacaaaatca
gi|4 : aCAA----AA------------GTGA-------ATTT---T---G-----------------TT---T--G--AC--AA-AA-ATG---AGTT-C-AGCT--C-A-------A-C---AAA--A------gt
gi|13 : acaaaattgacttttatcaacaaaaatgaatttcgccgtgacaaaattgatttttttctacttgaatataatcttatatagcaaatttattcatttgaagtgatcatgaataaaaacatacttttgtaagccaaaaggtttttgttataacagaattcaatttcgcccgacaagtttgtatcacaaaactaatttttgtcagaatatttttcactcttgtctgcaaattagtttacaaaatccaaagtatattaatttgcatataaaatccacttatggcacaaaaataaattttgtcatgacaaaagtgaattttgtccgccgagatacttttgcgtgacgaaatatgtttctgttattagttataaaA-------ATTT---TG--T-----------------CA---T--G--AC--AC-AA-GTG---AATT-T-TG-T--C-A-------A-C---AAA--A------A-------TGAATC-TT-G------T--C-G---A--C-A--CA-ATTT----A-Tgctacgcaaaattgaatttcaagtacgaaatcacgagagacccatttgtcgccccgt
gi|8 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggtaacaaaagtgaagtttgtcatgtcaaaaatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt--G--AC--AA-AA-TTG---ACTT-T-TG-T--C-T-------A-C---AAA--G--------------TGAATT-T--G------TCAT-G---A--C-A--AA-AGTG----A--TT-TT-G-TC-T---GCT-G-AAAGATAAT-----------TCT----GT---GC-GACA-A----A----T--TAATT-----T-------T----G------------------T-G--------A------T---------T--------C-ATG--AT-CAATTT-----T---GT-TGACCTGAACTCGATCATTT--TTGG--TT-C-TACAAA------ATTC-AATT----------
gi|4 : cctaaatataatttctttatgcaacttttttccgcattgcccaattaagttaaatactattagtaaaacattttgtccaacaaaattcaattatgaattttttcattttgtatgcaaattgagttcacaaaatccaaatcaacaatttgcatacaaaatccaaatatacaaagttaattctgtccagaggca--G--AA--AA-AA-ATC---AATT-T-TG-T--C-ACG-----G-C---GAA--A------T-------TCATTT-TT-G------T--T-G---A--T-A--AA-AGTC----A-ATT-TT-G-Ttttgtccacacaaaaatagaatttttgagaacaaaatcacagagtccatttggcgcccc
gi|4 : --AC--AA-AA-TTG---ACTT-T-TA-T--C-A-------A-C---AAA--A------A-------TGAATT-TC-G------CCGT-G---A--C-A--AA-ATTG----A-TTT-TT-T-TC-T---ACT-T-GAATATAAT-C---------T-T----AT---ATAG-CA-A----A----T--T--TA-----T-------T----------C--------AT--TTG--------A-A---GTGATCATGAATA--A----A-AAC--ATACT---T-----T---TG-TAA------GCCAAAAGGTT--TTTG--TTAT-AACAGA------ATTC-AATTTCGCCCGACAAGTTTG-------TATC------ACA----AAACTAATTTTTGTCAGAA------TAT-TTTT----CA--------CTCTT-GTCTG--CAAA-------TTA------G-TT-TA--------------CAA---AATC-C-------AAA-GT------A----TA--------T-----TAA-------T--TTGC---A-TA--------T-AAA-A--T--C-CAC-TT---ATGG--C--A----C-A-AAAATA-AAT-TT-T-G-T-C---A---T-GACAAAA-GTG--A-----------A----T-T------------T-T---GTC-C-------G--C-C-G----A-GA---------------------T----ACT-----------------T----TT-GC--------GT--GAC----------------GAAA--TA--TGTT------------------T-C---TG--------T--------TAT-T--------A-GT---T-------A------TAA-A--TTTT--G--T-------------------TGA--G-------C--------T---GAA-----C----TC----AT----TTT-T-GT---CAA--A--C---------AAAATT--C-A--------------------CTTTTG-GC--T----ACGCAA-AAT-T-GAA-TTT--CA--AG---TACGAA-A-TCA-CGAG-AGA-CC----CA-TTTGTCGCCCCGTtacttgaatataatcttatatagcaaatttattcatttgaagtgatcatgaataaaaacatacttttgtaagccaaaaggtttttgttataacagaattcaatttcgcccgacaagtttgtatcacaaaactaatttttgtcagaatatttttcactcttgtctgcaaattagtttacaaaatccaaagtatattaatttgcatataaaatccacttatggcacaaaaataaattttgtcatgacaaaagtgaattttgtccgccgagatacttttgcgtgacgaaatatgtttctgttattagttataaattttgttgagctgaactcatttttgtcaaacaaaattcacttttggctacgcaaaattgaatttcaagtacgaaatcacgagagacccatttgtcgccccgt
gi|13 : TA---AATT-G-TG-T--C-G-------A-C---AAG--A------T-------TCATTT-TT-G------T--T-G---A--C-A--AA-ATTC----A-CTT-GT-G-TC-
gi|13 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggtaacaaaagtgaagtttgtcatgtcaaaaatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaattttgtcat---AATT-T-TG-T--C-ATG-----A-C---ACA--A------G-------TGAATT-TT-G------T--C-A---A--C-A--AA-AATG----A-ATC-TT-G-TC-G---ACt
gi|18 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggtaacaaaagtgaagtttgtcatgtcaaaaatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTT-T-TG-T--CTC-------A-C---AAA--A------G-------TGAATT-TC-A---------T-G---A--T-A--AA-AGTG----A---T-TT-G-TCAT---ACC-acaatttat
gi|10 : caaaattgtcat-------A-C---AAA--A------A-------TGAATT-TT-G------T--C-C---A--C-A--AA-ATTA----A-TTT-TC-G-TC-T---ACC-T-TAATATAAT-C---------TCT----TT---AG-G-CA-A----C----T--T--TT-----T-------T-----CCGT-C--------AT--T-GTTCAATTTA-A---GT---------TT--A----A-ATT--AT-CA---T-----T---AG-TAA----AA-----ACATTT--T--G--TC-C-AACAAA-------TTC-AATT----------A---TG-------AATT------ACA----TAACA-----------GAT------T-T-TTTTT---CA--------TTTTG-GTATG--CAAA-------TTA------G-TT-TA--------------CAA-A-AATC-C-------AAA-TT------C----AA--------C-----TAA-------T--TTCC---A-TA--------C-AAA-A--T--C-CAA-TT---ATGT--T--A----C-A-AAAGTT-AAT-TC-T-G-T-CCAGA---A-AACA
gi|10 : -------A-C---GAA--A------A-------TTAATT-TT-G------T--G-G---A--C-A--AA-ATTC----A-TTT-TT-G-Ttcatggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|11 : -------A-C---GAA--A------A-------TTAATT-TT-G------T--G-G---A--C-A--AA-ATTC----A-TTT-Tctaccttaatataatctctttaggcaacttttttccgtcattgttcaatttaagtttaaattatcattagtaaaaacattttgtccaacaaattcaattatgaattacataacagattttttttcattttggtatgcaaattagtttacaaaaatccaaattcaactaatttccatacaaaatccaattatgttacaaaagttaattctgtccagaaaacatcatggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|11 : AA--A------A-------TGAATT-TT-G------T--C-C---A--C-A--AA-ATTA----A-TTT-TC-G-TC-T---ACC-T-TAATATAAT-C---------TCT----TT---AG-G-CA-A----C----T--T--TT-----T-------T----CCG---C--------AT--T-GTTCAATTTA-A---GT---------TT--A----A-ATT--AT-CA---T-----T---AG-TAA----AA-----ACATTT--T--G--TC-C-AACAAA-------TTC-AATT----------A---TG-------AATT------ACA----TAACA-----------GAT------T-T-TTTTT---CA--------TTTTG-GTATG--CAAA-------TTA------G-TT-TA--------------CAA-A-AATC-C-------AAA-TT------C----AA--------C-----TAA-------T--TTCC---A-TA--------C-AAA-A--T--C-CAA-TT---ATGT--T--A----C-A-AAAGTT-AAT-TC-T-G-T-CCAGA---A-AACActaccttaatataatctctttaggcaacttttttccgcattgttcaatttaagtttaaattatcattagtaaaaacattttgtccaacaaattcaattatgaattacataacagattttttttcattttggtatgcaaattagtttacaaaaatccaaattcaactaatttccatacaaaatccaattatgttacaaaagttaattctgtccagaaaacatcatggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|16 : TT-TT-G------T--A-G---A--C-A--AA-AGTC----A-ATT-TT-G-TC-T---GCC-tcatggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|14 : aatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----A-TTT-TC-G-TC-TTA-ACC-T-AAATATAAT-T---------TCT----TT---AT-G-CG-A----C----T--T--TT-----T-------T----TCCTTGC--------AT--T-GCCCAATTTA-A---GT---------TT--A----A-ATT--ATGCA---T---------AG-TAA-------TTTAACATTTG-T--G--TC-C-AACAAA-------TTC-AATT--------------------------------------------T-----------GAA------T-T-TTTT----CA--------TTTTG-GTATG--CAAA-------T------TAG-TT-CA--------------CA----AATC-C-------AAA-TT------C----AA--------C-----TAA-------T--TTGgt
gi|7 : aT-TC-G-TC-T---ACC-T-AAATATAAT-T---------TCT----TT---AT-G-CA-A----C----T--T--TT-----T-------T----TCCG--C--------AT--T-GCCCAATT-A-A---GT---------TA--A----A--TT--AT-CA---T-----T---AG-TAA----AA------CA-TT--T--G--TC-C-AACAAA------AT-C-AATT----------A---TG-------AATT------------------------------------------TTTT----CA--------TTTTTTGTATG--CAAA-------TTA------G-TT-CACAAAAATCCAAATTCAACT-AATT-TGCATACAAAA-TC------C----AAATATGTTAC-----AAAAGTTAATT--CTGT---C-CAGAGGCAGAC-AAA-A--T--T-GAC-TT----TGTC-T--A----C-C-AAAGTG-AAT-T--T-G-T-C---A---T-GACAAAA-GTG--A-----------T----TTG------------T-T---GTC-T-------GCTG-A-A----A-GA---------------------T----AAT-----------------T----CT-GT--------GC--GAC----------------AAAA--TT--AATT------------------T-T---TG--------T--------GAT-T--------C-AT---G-------A------TCA-A--TTT---G--T-------------------TGA--C-------C--------T---GAA-----C----TCGATCAT----TTT-T-GT---TCT--A--C---------AAAATT--C-A--------------------TTTTTG-TC--C----ACACAA-AAA-T-GAATTTT--TG--AG---AACAAA-A-TCA-CAAG-AGT--C----CA-TTTGGCGCCCCG
gi|6 : T-G-TC-T---AC--T-AAA-ATAATTC---------TTT----AT----T-G-CA-A----T----T--T--TGCCGCAT-------T----GCC---A--------AT--T-T--------A-A---GT---------TTT-A----A-ATT--AT-CA---T-----T---AG-TAA----A--T--AACATTT--T--G--TCTT-AACCAA------ATTC-AATT----------A---TG-------ACTT---------------ATT--------------------T-T-TCTT----CAT-------TTTTG-GTATG--C-AA-------T------TAGTTT-TA--------------CAA-CAAATC-C-------AAACTT------C----AAAG------C-----TAA-------T--TTGC---A-TA--------C-AAA-A--T--C-CAA--T---ACGG--T--A----C---AAAGTT--AT-TC-T-G-TAC---A---G-CACAAAATTTG--A-----------CTTTTT-GTCTACAAATGACT-T---GTCAT-------A--C-A-A----A-AG---------------------TGTGAAAT-----------------T----TT-GTCTGCTCGAAA--GATATTTTGTTGCGAACAGAAAA--TT--AATT------------------T-T---TG--------T---------GT-T--------C-AT-----------A------TAA-A--TTTT--G--T-------------------TGA--CG------T--------T---GAA-----C----TC----AT----TTT-T-GT---TCTA-A--C---------AAAATT--C-AT-------------------TTTTTG-T---C----ACACAA-AAT-T-TTA-TTT--TG--A----AACAAATA-TCA-CAAGTAGT--C----CA-TTTGGCGCCCCGT
gi|8 : CC-T-AAATATAAT-T---------TCT----TT---AT-G-CA-A----C----T--T--TT-----T-------T----CCG---C--------AT--T-GCCCAATT-A-A---GT---------TA--A----A---T--AC-TA---T-----T---AG-TAA----AA------CATTT--T--G--TC-C-AACAAA------ATTC-AATT----------A---TG-------AATT------------------------------------------TTTT----CA--------TTTTG--TATG--CAAA-------TTG-----AG-TT-CA--------------CAA---AATC-C-------AAA-T-------C----AA--------C-----AA--------T--TTGC---A-TA--------C-AAA-A--T--C-CAA-AT---AT-------A----C-A-AA-GTT-AAT-TC-T-G-T-CCAGAGGCA-GACAAAA-TTG--A-----------C----T-T------------T-T---GTC-T----------A-C-A----A-AG---------------------TG---AA------------------T----TT-GT--------CAT-GAC----------------AAAA--GT--GATT------------------T-TGTCTGCTGAAAGAT--------AAT-T--------CTGT---GCGACAA-A------TTA-A--TTTT--G--TGATTCATGATCAATTTTGTTGA--C-------C--------T---GAA-----CTCGATC----AT----TTT-TGGT---TCT--A--C---------AAAATT--CAA--------------------TTTTTG-TC--C----ACACAA-AAA-TAGAATTTT--TG--AG---AACAAA-A-TCA-C-AG-AGT--C----CA-TTTGGCGCCCC
gi|9 : C-T-AAATATAATTC---------TCT----TT---AT-G-CA-A----C----T--T--TT-----TACCGCGTT----GCC---C--------AA--T-T--------A-A---GT---------TTT-A----A-ATT--AT-CA---T-----T---AG-TAA----AA-----ACATTT--T--G--TC-C--ACAAA------ATTC-AATT----------A---TG-------AATT--------------------------------------T-T-TTTT----CA--------TTCTG-GTATG--CAAA-------TTA------G-TT-TA--------------CAA---AATC-C-------AAAATT------C----AA--------C-----TAA-------T---TGC---A-TA--------C-AAA-A--T--C-CAA-AT---ATGT--T--A----C-A-AAAGTT-AAT-TC-C-G-T-C---C---A-GACAAAA-TTG--A-----------C----T-T------------T-T---G-C-T-------A--C-A-A----A-AG---------------------TG---AAT-----------------TTAAATT-GT--------CATGAAC----------------AAAAAGTG--AATT------------------T-TGTCTG--------CTGAAAGAGAAT-TTTGTACGAC-AA---A-------A------TTA-A--TTTT--A--G-------------------TGATTC-------A--------T---GA-----------TC----AA----TTT-T-GT---TGA--T--C---------TGAATT--C-ATTTTTGTTCTACAAAATTCATTTTTG-TC--C----ACACAA-AAA-T-GAA-TTT--TG--AG---AACAAA-A-TCA-
gi|1 : -C-AACAAA------ATGCGAATC----------A---TG-------TAAT------ACA----AA--T-----------GA-----------------------------TTTTG-GT-------------------------G-TT-TA--------------CA--T-AATT-T-------CAA-TTTTTGTCT----TA--------C-----AAA-------TTATTGTCAAT-GG--------C-AAA-A--T--T-CAC-TT---TTGTA-G--A----C-A-ACAGTC-AAT-TT-T-GTT-C---T---T-GACAGAA-TTC--A-----------C----T--------------T-T---TTG-T-------A--A-C-ATTATA-AG---------------------TG---GAT-----------------T----TT-GT--------AA--G-C----------------A---------AATT------------------TGT---TG--------A--------ATT-T--------T-AG---A-------A------T------TTTT--G--TA------------------TAA----------C--------T---AA-----------------------TTT-G-GG---CAT--A--CCAAAATAAAGAAATT--C-A--------------------GTTCTG-T---A----ATTCAA-AAT-C-AAA-TTT--TG--TC---GACAAA-
gi|12 : gtggaattttgtcatgacaaaattgaatattgtcaacaaaattcattttttgtcttcataaagcgaattttgtcgcattgacaaaagtgaattttgtcgcgcgacaaatcgttaatttgttcaacaaaaataaattttgttgacaatattcattttttgtctacctaaataagatctcttcatgcaaaacttttttcccctttgaagtaaaacattatcatttagtaaaaaacag-GACAAA------ACTC-AATT----------T---TG-------TTTC------ACAAATGGGATTTTGTCA-----GAA------TAT-TTTT----TA--------TTTTT-GTTTA--CAAA-------TTA------G-T------------------CAA----ATT----------AA-T------------AA--------C-----TAA-------T--TTGC---A-AA--------C-AAG-A--T--A-AAC-TT---TTGA--T--A----C-A-ACATTG-AAT-TT-T-G-T-C---A---A-AACTAAaccttgaactcatttttgttgtacaaaaatcagttttgtccacacgaaaactgaatttttgagaacaaaatcaccaatagtccccattttggcgccc
gi|17 : tgtcataaaattctattttatga-----------GAA------T-T-TCTT----CA--------TTTTG-GTATG--CAAA-------TTACATGTAG-TT-TA--------------CAA-A-AATG-T-------AAA-TT------C----AA--------C-----AAA-------T--tgtgccttttccactgaataatacatgtacctttgtataaaaaaaattgtgatttgttacatatttt
gi|19 : -------AAA-TT------C----AA--------C-----AAA-------T--TTGC---T-TA--------C-AAA-A--T--C-CAC-t
gi|8 : ta-------T--TTGT---T-CT--------C-AAA-AATT--C-TAT-TT---TTGTG-TGGA----C-A-AAAATTGAAT-TT-T-G-T-A---G---A-ACCAAAA-ATG--A-----------T----C-GAG----------T-TCAGGTC-A-------A--C-A-A----A-AT---------------------TG---A-T-----------------C----AT-GA--------AT--CAC----------------AAAA--TT--AATT------------------TGT---CG--------C--------A------------C-AG---A-------A------TTA-T--CTTTCAG--C-------------------AGA--C--------------------AAA-----A----TC----AC----TTT-T-GT---CATG-A--C---------AAA-TT--C-A--------------------CTT-TG-T--------AGACAA-AAG-T-CAA-TTT--TG--
gi|15 : cctaaatataatttctttatgcaacttttttccgcattgcccaattaagttaaatactattagtaaaacattttgtccaacaaaattcaattatgaattttttcattttgtatgcaaattgagttcacaaaatccaaatcaacaatttgcatacaaaatccaaatatacaaagttaattctgtccagaggcaga-------T--TTGT---T-GA--------C-AAA-A--T----CACTTT---ATGT--GGAG----C-A-AAAATA-AAT-TT-T-G-T-T-------G-ACCAAAA-TTC--A-----------C----T-T------------T-T---GTCAC-------A--ACA-G----A-AATTCACTTT-------------TC---ACT-----------------T----TT-GT--------CATTGAC----------------AAAAT-TC--ACTT------------------T-G---TG---------------------T--------C-AT---G-------ACAAAATTCA-A--TTTT--G--T-------------------atcacagagtccatttggcgcccc
gi|1 : TGT---T-TA--------C-ATA-A--TTTC-AAT-TT---TTGTCTT--A----C-A-AA--TT-A----T-T-G-T-C---A---ATGGCAAAA-TTC--A-----------C----T-T------------T-T---GTA-G-------A--C-A-A----C-AG---------------------TC---AAT-----------------T----TT-GT--------TCTTGAC----------------AGAAT-TC--ACTT------------------T-T---TG--------T--------AACAT--------T-AT---A-------A------GTG-GA-TTTT--G--T-------------------AAG--CAAATTTGT--------T---GAA-----T----TTTAGAAT----TTT-T-GT---------------------ATAACT--A-A--------------------TT--TG-GG--C----ATACCA-AAA-T-AAA-aattattttgtgt
gi|15 : gtggaattttgtcatgacaaaattgaatattgtcaacaaaattcattttttgtcttcataaagcgaattttgtcgcattgacaaaagtgaattttgtcgcgcgacaaatcgttaatttgttcaacaaaaataaattttgttgacaatattcattttttgtctacctaaataagatctcttcatgcaaaacttttttcccctttgaagtaaaacattatcatttagtaaaaaacagtttgtcgacaaaatttgattttgaattacagaactgaatttcA--------C-AAA-A--T--T-GAA-TT---TTGT--C--ATGA-C-ACAAAGTG-AAT-TT-T-G-T-C---A---ATGACAAAA-GTG--AAAAGTGAATTTC----T-G------------T-T---GTG---------A--C-A-A----A-AG---------------------TG---AAT-----------------T----TTGGT--------CA---AC----------------AAAA--TT--TATT------------------T-T---TG--------C----------T-C--------C-ACATAA-------A------GTG-A--TTTT--G--T-------------------CAA--C-------A------------AAA-----A----TT----AT----TTTGT-GT---ccaaaatcatttgtattacatgattcgcattttgttgaccttgaactcatttttgttgtacaaaaatcagttttgtccacacgaaaactgaatttttgagaacaaaatcaccaatagtccccattttggcgccc
gi|13 : -TC---ATG------A----C-A-CAAGTG-AAT-TT-T-G-T-C---A---A---CAAAA-ATG--A-----------A----T-C------------T-T---GTC-
gi|5 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggtaacaaaagtgaagtttgtcatgtcaaaaatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaattttg--A----C-A-AAAATG-AGT-TCAG-G-T-C---A---A---CAAAA-TTG--A-----------C----T-T------------T-T---GTA-G-------A--C-A-A----C-AG---------------------TC---AAT-----------------T----TT-GT--------ATT-GAC----------------AGAA--TT--AAGT------------------T-T---TG--------T--------AA-----------C-AT---A-------A------GTG-GA-TTTT--G--T--------------------AA--T-------CAAATTAGTT---GAA-----T----TTGG--AT----TTT-T-G-----G---A--C---------A---CT--G-A--------------------TTT--G-----C----ATACAA-AAA-T-GAA-------A--AA---AAAAAA-A-Tgacacaatttat
gi|10 : gaattttgtcaagacaatcaaaagtgaattttgtcaacaaaatgaattttgtcatgaacaaagtgaattgtcgtcaactcaaattcatttttgtctacctcaaattaatatattgtacaatttttccccattgcctaattgaagttaattatcattaataaaaacattttgtccaacaaaagttaagaactgaattttgtcacact--A----C-A-AAAATG-AAT-TT-T-G-T-C---C---A---CAAAA-TTA--A-----------T----T-T------------T-C---GTC-T-------A--tgtacaaaattcatttttgtcaacgcaaaaatgaattttaagaacaaaatcacaagagttccatgcatttggcgccccg
gi|15 : --A----C-A-AAA--T-AAT-TT-TTG-T-T---G---A---CAAAA-TC---A-----------C----T-T------------TAT---GTG-G-------A--GCA-A----A-AA---------------------TA---AAT-----------------T----TT-GT--------TG--ACC----------------AAAA--TT--CACT------------------T-T---TG---------------------T--------C-AC---A-------A------CAG-A-----A--A--T-------------------TCA--C-------T--------T-----------T----TC----AC----TTT-T-GT---CATTGA--C---------AAAATT--C-AC-------------------TTTGTG-TC--A----TGACAA-AAT-T-CAA-TTT--TG--ccttaatataatctctttaggcaacttttttccgtcattgttcaatttaagtttaaattatcattagtaaaaacattttgtccaacaaattcaattatgaattacataacagattttttttcattttggtatgcaaattagtttacaaaaatccaaattcaactaatttccatacaaaatccaattatgttacaaaagttaattctgtccagaaaacatcatggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|16 : a---A-GACAAAA-TTG--A-----------C----T-T------------T-T---GTC-T-------A--C-A-A----A-AG---------------------Tgt
gi|15 : aatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcACAAAA-TTG--A-----------A----T-T------------T-T---GTCAT-------G--ACACA----A-AG---------------------TG---AAT-----------------T----TT-GTC-------AAT-GAC----------------AAAAG-TG--AAAA-------------------------G--------TG-------AAT-T------------------------------TCT-G--TTGT--G--A-------------------CAA------------------------AA-----G----TG----AA----TTT-T-GG---TCA--A--C---------AAAATT--T-A--------------------TTTTTGCTC--C----ACAT-A-AAG-T-G-A-TTT--TG--TC---AACAAA-A-
gi|9 : CAAAA-TTC--A-----------T----T-T------------T-T---GTG-TGG-----A--C-A-A----A-AA---------------------TG---AAT-----------------T----TT-GT--------AG--AACA---------------AAAA--TG--AATT------------------C-A---GA--------TC-------AA-----------C-AA---A-------A------TTG-A--TCAT--GAAT-------------------CA-----------C--------T---AAA-----A----TT----AA----TTT-T-GT---CGT--A--C---------AAAATT--C------------------------TCTT-TCAGC----AGACAA-AAT-T-CAC-TTT--Tattattttgtgt
gi|18 : ctaaatataattctctttatgcaactttttaccgcgttgcccaattaagttttaaattatcattagtaaaaacattttgtccacaaaattcaattatgaattttttttcattctggtatgcaaattagtttacaaaatccaaaattcaactaattgcatacaaaatccaaatatgttacaaaagttaattccgtccagacaaaattgacttttgctacaaaagtgaatttaaattgtcatgaacaCAAAA-TTGTCA-----------T----T-T------------T-T---GTC-T-------C--ACA-A----A-AG---------------------TG---AAT-----------------T----TC-AT------------GAT----------------AAAA--GT--GATT------------------T-agaacaaaatca
gi|7 : AAAA-TTC--A-----------T----T-T------------T-T---GTG-TGG-----A--C-A-A----A-AA---------------------TG---AAT-----------------T----TT-GT--------AG--AAC----------------AAA-------AATG------------------A-T---CG-----------------AGT-T--------C-AG---GTCAACAAA------TTG-A--TCAT--GAAT-------------------CA-----------C--------A---AAA-----A----TT----AA----TTT-T-GT---CGC--A--C---------AGAATT----A----------------------TCTT-TCAGC----AGACAACAAA-T-CAC-TTT--TGTCAT---GACAAA-T-TCA-Cgtcatacc
gi|2 : ttcgtctacctaaatataatttctttatgcaactttttttccgcattgcccaattaagttaaattatcattagtaaaacatttgtccaacaaaatcaattatgaattttttcattttttgtatgcaaattagttcacaaaaatccaaattcaactaatttgcatacaaaatccaaatatgttacaaaagttaattctgtccagaggcagacaaaattgactttgtctaccaaa----T-G------------T-T----TA-T-------A--A-A-A----ACAG---------------------TG---AAT-----------------T----TT-GT--------AT--AAC----------------AAAA--TT--TACT------------------T-T---TG---------------------G--------C-AT---G-------A----------------------------------------------------------------C---AAA-----T----TC----A-----TTT-T-GTC--TTC--A--C---------AAAGCT--G-A--------------------ATTTTG-TCA-CAAAAATACAA-AAA-T-GAA-TTT--TG--TT---GACAAA-A-Ttgagaacaaaatcacaagagtccatttggcgccccg
gi|12 : gcagattttttcaaaaacccaatctgacaatttgttccacagactagaatacaga-T---GTC---------A--T-A-A----A-AT---------------------TC---TAT-----------------T----TT-AT--------GA--GAC----------------AAAAC-TC--AA-T------------------T-T---TG--------T----------T-T--------C-AC---A-------A------ATG-GGATTTT--G--T-------------------CA------------------------GAATATTTT----TT----AT----TTT-T-GT---T-T--A--C---------AAAtcatttttgtctctgacttaaatatatctcttcaagcacactagtttttcccattgcctaattgaagttaaaattatcattagtaaaaacagttgtccgacaaaatttaaattatgaattgacagaactgaattcttcatttttgggaggcaaatttagctttacaaaaattctaaattcaacaaattgtcacaaaaatccacttatgtggacaaaagttaaatgtctgcaaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgattttgtcatgacacaaaatgaattttgtaagacaaaattaattttgtaattcgatgatcgattttgttgacctgaactcatttttgttgt
gi|1 : --A-A-A----A-AA---------------------TG---AAT-----------------A----TT-GT--------CA---AC----------------AAAA--TT--TATT------------------T-T---TG--------TTGAACA--AAT-T--------A-AC---G-------A------TTT-G--TCGC--G--C-------------------GA-----------C--------A---AAA-----T----TC----AC----TTT-T-GTCAATGCG-A--C---------AAAATT--C-GC-------------------TTTATG-AA--G----ACA-AA-AAA-T-GAA-TTT--TG--ttagtcaaattaataactaatttgcaaacaagataaacttttgatacaacattgaattttgtcaaaactaatgtgccttttccactgaataatacatgtacctttgtataaaaaaaattgtgatttgttacatatttt
gi|10 : gtggaattttgtcatgacaaaattgaatattgtcaa--GAC----------------AGAA--TT--AACT------------------T-T---TG--------T--------AA-----------C-AT---A-------A------TTG-GA-TTTT--G--TATGGAAA------------TTA--G-------T--------T---GAA-----T----TTGG--AT----TTT-T-GT----------------------AAACT--A-A--------------------TT--TG-----C----ATACCA-AAA-T-GAA-gtctacctaaataagatctcttcatgcaaaacttttttcccctttgaagtaaaacattatcatttagtaaaaaacagtttgtcgacaaaatttgattttgaattacagaactgaatttctttattttggtatgcccaaattagttatacaaaaattctaaaattcaacaaatttgcttacaaaatccacttataatgttacaaaaagtgaattctgtcaagaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgaattttgccattgacaataatttgtaagacaaaaattgaaattatgtaaacaccaaaatcatttgtattacatgattcgcattttgttgaccttgaactcatttttgttgtacaaaaatcagttttgtccacacgaaaactgaatttttgagaacaaaatcaccaatagtccccattttggcgccc
gi|11 : acaaaaatgaattttgtccacaaaattaattttcgtctaccttaatataatctctttaggcaacttttttccgtcattgttcaatttaagtttaaattatcattagtaaaaacattttgtccaacaaattcaattatgaattacataacagatttttt--GAC----------------AGAA--TT--AACT------------------T-T---TG--------T--------AA-----------C-AT---A-------A------TTG-GA-TTTT--G--TATGGAAA------------TTA--G-------T--------T---GAA-----T----TTGG--AT----TTT-T-GT----------------------AAACT--A-A--------------------TT--TG-----C----ATACCA-AAA-T-GAA-cagaaaacatcatggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|7 : aaaatgaattttgtccacaaaattaattttcgtctaccttaatataatctctttaggcaacttttttccgcattgttcaatttaagtttaaattatcattagtaaaaacattttgtccaacaaattcaattatgaattacataacagattttttG-A--TTTT--G--T-------------------T------------C--------TCAAAAA-----T----TC----AT----TTT-T-GTG--TGG--A--C---------AAAAAT--G-A--------------------ATTTTG-TA--G----A-ACAA-AAA-T-GAcagaaaacatcatggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|4 : ttcgtctacctaaatataatttctttatgcaactttttttccgcattgcccaattaagttaaattatcattagtaaaacatttgtccaacaaaatcaattatgaattttttcattttttgtatgcaaattagttcacaaaaatccaaattcaactaatttgcatacaaaatccaaatatgttacaaaagttaattctgtccagaggcagacaaaattgactttgtctaccaaagtgaatttgtcatgacaaaagtgatttgttgtctgctgaaagataattctgtgcgacaaaattaatttttgtgattcatgatcaatttgttgacctgaactcgaG-A--TTTC--G--T---------------------A--C-------T--------T---GAAA----T----TC----AA----TTT-T-GC----GT--AGCC---------AAAAGT--G-A--------------------ATTTTG-TT--T----G-ACAA-AAA-T-GAG-TTC------AGCTCAACAAA-A-Tacaagagtccatttggcgccccg
gi|7 : acaaaattgacttttatcaacaaaaatgaatttcgccgtgacaaaattgatttttttctacttgaatataatcttatatagcaaatttattcatttgaagtgatcatgaataaaaacatacttttgtaagccaaaaggtttttgttataacagaattcaatttcgcccgacaagtttgtatcacaaaactaatttttgtcagaatatttttcactcttgtctgcaaattagtttacaaaatccaaagtatattaatttgcatataaaatccacttatggcacaaaaataaattttgtcatgacaaaagtgaattttgtccgccgagatacttttgcgtgacgaaatatgtttctgttattagttataa--------T---GGA-----C----TC----TTGTGATTT-T-GT---TCT--C--A---------AAAATT--C-A--------------------TTTTTG-TG--T----GGACAA-AAA-T-GAA-TTT--TGT-AG---AACAAA-A-acgagagacccatttgtcgccccgt
gi|13 : ttcgtctacctaaatataatttctttatgcaactttttttccgcattgcccaattaagttaaattatcattagtaaaacatttgtccaacaaaatcaattatgaattttttcattttttgtatgcaaattagttcacaaaaatccaaattcaactaatttgcatacaaaatccaaatatgttacaaaagttaattctgtccagaggcagacaaaattgactttgtctaccaaagtgaatttgtcatgacaaaagtgatttgttgtctgctgaaagataattctgtgcgacaaaattaatttttgtgattcatgatcaatttgttgacctgaactcgatcatA-----T----TC----AT----TTT-T-GT---TG---A--C---------AAAATT--C-A--------------------CTTGTG-TC--A----TGACAA-AAtttggcgccccg
gi|15 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggtaacaaaagtgaagtttgtcatgtcaaaaatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaa----AT----TTT-T-GT---TG---A--C---------AAAAT---C-AC-------------------TTTATG-TG--G----A-GCAA-AAA-T-AAA-TTT--TGT-TG---ACCAAA-ATTCA-Ccttgtcgacacaatttat
gi|9 : acaaaattgaattttgtcatgacacaaagtgaattttgtcaatgacaaaagtgaaaagtgaatttctgttgtgacaaaa----TTT-T-GT---TCT-----C---------AAAATT--C-A--------------------TTTTTG-TG--T----GGACAA-AAA-T-GAA-TTT--TGT-AG---AACAAA-A-tattttgtgt
gi|18 : ctaaatataattctctttatgcaactttttaccgcgttgcccaattaagttttaaattatcattagtaaaaacattttgtccacaaaattcaattatgaattttttttcattctggtatgcaaattagtttacaaaatccaaaattcaactaattgcatacaaaatccaaatatgttacaaaagttaattccgtccagacaaaattgacttttgctacaaaagtgaatttaaattgtcatgaacaaaaagtgaattttgtctgctgaaagagaattttgtacgacaaaattaattttagtgattcatgatcaattttgttgatctgaattcat--C---------AAAATTGTC-A--------------------TTTTTG-TC--T-----CACAA-AAG-T-GAA-TTTCATG--AT---AAtca
gi|20 : -A-TTA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTAaagtgatttgtcatacc
gi|22 : -TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|21 : -TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 666666666666 1 1 1111 1111 111 111 6666666666666666666666666666666666666666 111111111111 11111111 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 22222222 1111 11111111 2222222222222222222222 222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333333333333333333333 11
lowQualScore : 1 1 333333333333 0 5 7 6 9999 1 4444 0 9999 4 1 3 333 4 55 4 0 3 000 2 33 3 888888 5 2 33 33 0000000000000000000000000000000000000000 888888888888 2 77777 5 2 777 44444444 2 2 111 2 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 5 333333 55 66666 33 88888888 5 2 7777 2 33 5 33 33 3 1 33 555 3 3 3 1 3 55555555 2 2 33 2 2 2 5 2 33 444 7777777777777777777777 555 444444 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 4 8 5555555555555555555555 4 3 4 00 8888 4
lowQualScore : . . ............ . . . . .... . .... . .... . . . ... . .. . . . ... . .. . ...... . . .. .. ........................................ ............ . ..... . . ... ........ . . ... . . ..................................................... . . ...... .. ..... .. ........ . . .... . .. . .. .. . . .. ... . . . . . ........ . . .. . . . . . .. ... ...................... ... ...... . ........................................................................................................................................................................................................................................................ . . . ...................... . . . .. .... .
lowQualScore : 0 0 333333333333 7 0 3 0 5555 0 2222 7 5555 4 9 1 333 0 55 0 2 3 444 9 66 8 222222 7 9 99 99 6666666666666666666666666666666666666666 444444444444 9 11111 7 9 999 66666666 7 7 444 7 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 0 000000 44 77777 77 99999999 7 9 1111 9 77 3 77 77 6 0 11 888 3 1 1 0 1 11111111 9 7 99 9 7 7 3 7 77 777 1111111111111111111111 000 111111 9 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 0 5555555555555555555555 0 6 0 66 5555 0
consensus : NNNNNAACAAAATTNANT--TTTGGC-T--ATAA-ACTGAATTTTGTCG---TGACAA----AAGTGAATTTTGTCATG--ACAAA-AGTGAATTTTGTC--GACAAAAATGAATT-TTGTCG--AC-AAAATTCATTTTC-GTCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTTT------AT-GCA-A--CT--TTT----------T-------TGCC--C-A-TT-G--------AAGT---------TN-AA-A-----TTAT-CATT-AGTAA---AA----A--ACATTT-T-GTC-CGACAAAATTC-AAT-TN-------------TGAATT---AC-A-AA-CT-----------GAA------T-TTTTT-CA------TTTTG-GTATG-----C--AAATTA----TAG-TT-TACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTGCATACAAAATCCACTT---ATGT-TAC-AAAAG-TTAAT-TCTGT-CA-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C--AAAA---GTGAAT-----------------T----TTG---TN-A--GAC-AAAA---TT-NAT------------------TT-T---T-G--------T---------A------------ATT--------C---A-T-G------A-TCG------ATTTTGT--C---GA--CC-TG----AACTCATTTT-TG----TCGT-A--C--AA---------------AAT----TCATT--TTTG--TC-C----ACA-------------------CAA-------------------AAA-T-GAA-TTTTG----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
Reference ( family-4009 ) : NNNNNAACAAAATTNANTGATNTGG-----ACAACACTGAATTT-GTCG---TGACAA----AAGTGAATTTTGTCATG--ACAAA-AGTGAATTTTGTC--GACAAAAATGAATT-TTGTCG--AC-AAAATTCATTTTT-GTCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTNT------AT-GCA-A--CT--TTT----------T-------TGCC--C-A-TT-G--------AAGT---------TN-AA-A-----TTAT-CATT-AGTAA---AA----A--ACATTT-T-GTC-CGACAAAATTC-AAT-TN-------------TGAATT---AC-A-AA-CT-----------GAA------T-TTTTT-CA------TTTTG-GTATG-----C--AAATTA----TAG-TT-TACAA-N--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CNAATTTGCNTACAAAATCCACTT---ATGT-TAC-AAAAG-TNAAT-TCTGT-CA-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C--AAAA---GTGAAT-----------------T----TTG---TA-A--GAC-AAAA---TT-AAT------------------TT-T---T-G--------T---------A------------ATT--------C---A-T-G------A-TCG------ATTTTGT--C---GA--CC-TG----AATTCATTTT-TG----TCGT-A--C--AA---------------AAT----TCATT--TTTG--TC-C----ACA-------------------CAA-------------------AAA-T-GAA-TTTTG----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|1 : G--AA-TTT-TGTCATGA-C--AAAA---TTGAAT-----------------A----TTG---TC-A---AC-AAAA---TT-CAT------------------TT-T---TTG--------T----------------------CTT--------C---A-TAA------A-GCGA-----ATTTTGT--C---GC--AT-TGACAAAAGTGAATTT-TG----TCGC-G--C--GAC--------------AAA----TCGTTAATTTG--TT-C----A-A-------------------CAA-------------------AAA-T-AAA-TTTTG----------------------
gi|1 : gtgAACAAAATTCATT--TTTTGTCTTCATAAAGC-GAATTTTGTCGCATTGACAA----AAGTGAATTTTGTCGCGCGACAAATCGTTAATTTGTTC--AACAAAAATAAATT-TTGTTG--AC-AATATTCATTTTTTGTCT---ACCT-AAATAAGAT-CTCTTC------AT-GCA-AAACT--TTT----------T-------TCCC--C-T-TT-G--------AAGT---------AA-AACA-----TTAT-CATTTAGTAA---AA----A--ACAGTT-T-GTC--GACAAAATTT-GAT-TT-------------TGAATT---AC-AGAA-CT-----------GAA------T-TTCTT-TA------TTTTG-GTATG-----CCCAAATTA------G-TTATACAA-A--AA-TTCTAAAA-TT--CAA--CAAATTTGCTTACAAAATCCACTTATAATGT-TACAAAAAG-TGAAT-TCTGT-CA-----AGAACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-C--AAAA---GTGAATTTTGCCATTGACAATAAT----TTG---TA-A--GACAAAAA---TTGAAA------------------TT-A---T-G--------T---------AAACACCAAAATCATTTGTATTA-C---A-T-G------ATTCGC-----ATTTTGT--T---GA--CCTTG----AACTCATTTT-TG----TTGT-A--C--AA---------------AAA----TCAGT--TTTG--TC-C----ACA-------------------CGA-------------------AAACT-GAATTTTTG----------------------AGAACAAA-ATCACCAAT-AGTCCC----CATTTTGGCGCCCttgacaatattcattttttgtctacctaaataagatctcttcatgcaaaacttttttcccctttgaagtaaaacattatcatttagtaaaaaacagtttgtcgacaaaatttgattttgaattacagaactgaatttctttattttggtatgcccaaattagttatacaaaaattctaaaattcaacaaatttgcttacaaaatccacttataatgttacaaaaagtgaattctgtcaagaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgaattttgccattgacaataatttgtaagacaaaaattgaaattatgtaaacaccaaaatcatttgtattacatgattcgcattttgttgaccttgaactcatttttgttgtacaaaaatcagttttgtccacacgaaaactgaatttttgagaacaaaatcaccaatagtccccattttggcgccc
gi|10 : gtggaattttgtcatgacaaaattgaatattgtcACAAAAATGAATT-TTGTCC--AC-AAAATTAATTTTC-GTCT---ACCT-TAATATAAT-CTCTTT------AG-GCA-A--CT--TTT----------T-------T-CCGTC-A-TT-GTTCAATTTAAGT---------TT-AA-A-----TTAT-CATT-AGTAA---AA----A---CATTT-T-GTC-CAACAAA-TTC-AAT-TA-------------TGAATT---AC-ATAA-CA-----------GAT------T-TTTTTTCA------TTTTG-GTATG-----C--AAATTA------G-TT-TACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTCCATACAAAATCCAATT---ATGT-TAC-AAAAG-TTAAT-TCTGT-CC-----AG-AAAACA-T
gi|11 : AAAATGAATT-TTGTCC--AC-AAAATTAATTTTC-GTCT---ACCT-TAATATAAT-CTCTTT------AG-GCA-A--CT--TTT----------T-------TCCG--C-A-TT-GTTCAATTTAAGT---------TT-AA-A-----TTAT-CATT-AGTAA---AA----A---CATTT-T-GTC-CAACAAA-TTC-AAT-TA-------------TGAATT---AC-ATAA-CA-----------GAT------T-TTTTTTCA------TTTTG-GTATG-----C--AAATTA------G-TT-TACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTCCATACAAAATCCAATT---ATGT-TAC-AAAAG-TTAAT-TCTGT-CC-----AG-AAAACA-Tcatggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|12 : ATTT-T-ATG-AGACAAAACTC-AAT-TT-------------TGTTTC---AC-A-AA-TG-----------GGA------T-TTTGT-CAGAATATTTTT---TAT------------TTT----T-G-TT-TACAA-ATTAG-TC---AAA-TTAATAA--CTAATTTGCAAACAAGATAAACTT---TTGA-TAC-AACAT-TGAAT-TTTGT-CA-----AA-ACTAAT-GTG--CC-TTT---TC-C-A-CTGAATA---ATACATGTACC------------T----TTG---TATA--AAA-AAAA---TT-catggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|13 : tgtcataaaattctG---TAACAA----AAGTGAAGTTTGTCATG--TCAAA-AATGgtgatttgttacatatttt
gi|13 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaagTA--ACAAA-AGTGAAGTTTGTCATGTCAAAAATGGNNN-NNNNNN--NN-NNNNNNNNNNNNN-NNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NNNNNN------NN-NNN-N--NN--NNN----------N-------NNNN--N-N-NN-N--------NNNN---------NN-NN-N-----NNNN-NNNN-NNTA---------------ATTT-T-GTCATGACACAAGTG-AAT-TT-------------TG--TCA--ACAA-AA-AT-----------GAA------T-CTTGT-Cgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaattttgtcatgacacaagtgaattttgtcaacaaaaatgaatcttgtcgacacaatttat
gi|13 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggAATTTTGTCATG--ACACA-AGTGAATTTTGTC--AACAAAAATGAATC-TTGTCG--AC-ACAATTTATgacacaatttat
gi|14 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggtaacaaaagtgaagtttgtcatgtcaaaaatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntATTTTC-GTCTTA-ACCT-AAATATAAT-TTCTTT------AT-GCG-A--CT--TTTTTTCCTTGCAT-------TGCC--CAA-TT-T--------AAGT---------TT-AA-A-----TTATGCA-T-AGTAAT--TT----A--ACATTTGT-GTC-CAAC-AAATTC-AAT-T--------------------------------T-----------GAA------T-TTTTT-CA------TTTTG-GTATG-----C--AAAT------TAG-TT-CACA-----AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG
gi|15 : aAC-AAAA--TAATT-TTTGT-T-------G-ACAAAA-TC---AC-TTTATGTG-G-AGC--AAAA---ATAAAT-----------------T----TTG---TT-G--ACC-AAAA---TT-CAC------------------TT-T---T-G--------TCACAACAGAA------------ATT--------C---ACT-T------T-TCA------CTTTTGT--CATTGA--CA--A----AATTCACTTTGTG----TCATGA--C--AA---------------AAT----TCAAT--TTTG--T
gi|16 : -----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C--AAAA---GTgt
gi|17 : aatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggc-----------GAA------T-TTCTT-CA------TTTTG-GTATG-----C--AAATTACATGTAG-TT-TACAA-A--AA-TGT--AAA-TT--CAA--CAAATT
gi|18 : CAAAA-TTGTCAT-TTT-TGTC-TCA-C--AAAA---GTGAAT-----------------T----TCA---T-----GAT-AAAA---GT-GAT------------------TT-
gi|18 : TTT-GTC----TCACAA----AAGTGAATT---TCATG--ATAAA-AGTGA--TTTGTC--gtcatacc
gi|19 : caaaattgtcatt--AAA-TT--CAA--CAAATTTGCTTACAAAATCCACatacc
gi|2 : ta--GACAAAAATGAATT-TTGTCA--AC-AAAATTCATTTTT-GT-----------------AT-TTTTGTGACAAAAT-TCA-G--C-----T----------T-------TG---------T-G--------AAGA---------CA-AA-ATGAATTTGT-CAT---GCCA---AA----AGTAAATTT-T-GTT-ATACAAAATTC-ACTGTT-------------T---TT---AT-A-AA-C--------------A------T-CTGT---A------TTCTA-GTCTGTGGAAC--AAATTG----T
gi|2 : gcagattttttcaaaaacccaatctg-TGTT-T-A-T--AAAAACAGTGAAT-----------------T----TTG---TA-T--AAC-AAAA---TT-TAC------------------TT-T---T-G---------------------------------G--------C---A-T-G------A------------------------------CA----AATTCA-TTT-TG----TCTTCA--C--AA---------------AGC----TGAAT--TTTG--TCACAAAAATA-------------------CAA-------------------AAA-T-GAA-TTTTG----------------------TTGACAAA-ATtctgacttaaatatatctcttcaagcacactagtttttcccattgcctaattgaagttaaaattatcattagtaaaaacagttgtccgacaaaatttaaattatgaattgacagaactgaattcttcatttttgggaggcaaatttagctttacaaaaattctaaattcaacaaattgtcacaaaaatccacttatgtggacaaaagttaaatgtctgcaaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgattttgtcatgacacaaaatgaattttgtaagacaaaattaattttgtaattcgatgatcgattttgttgacctgaactcatttttgttgt
gi|2 : gcagattttttcaaaaacccaatctgacaatttgttccacagactagaatacagaAACAAAATTTACT--TTTGGCATG-ACAA-ATTCATTTT-GTCT---TCACAA----AGCTGAATTTTGTCA-----CAAA-AAT-------------ACAAAAATGAATT-TTGTTG--AC-AAAATTCATTTTT-GTCTCTGACTT-AAATAT-AT-CTCTTC------AA-GCACA--CTAGTTTTTCCCA----T-------TGCC--TAA-TT-G--------AAGT---------TA-AA-A-----TTAT-CATT-AGT-A---AA----A--ACA-GT-T-GTC-CGACAAAATTTAAAT-TA-------------TGAATTG--AC-AGAA-CT-----------GAA--------TTCTT-CAT-----TTTTG-GGAGG-----C--AAATT-----TAGCTT-TACAA-A--AATTCT--AAA-TT--CAA--CAAATTGTCACA-AAAATCCACTT---ATGTGGAC-AAAAGTTAAATGTCTG--CA-----A--ACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-C--AAAA---GTG-AT-----------------T----TTGTCATG-A--CAC-AAAA---TG-AATTTTGTAAGACAAAATTAATT-T---T-G--------T---------A------------ATT--------CG--A-T-G------A-TCG------ATTTTGT--T---GA--CC-TG----AACTCATTTT-TG----TTGT-tcatttttgtctctgacttaaatatatctcttcaagcacactagtttttcccattgcctaattgaagttaaaattatcattagtaaaaacagttgtccgacaaaatttaaattatgaattgacagaactgaattcttcatttttgggaggcaaatttagctttacaaaaattctaaattcaacaaattgtcacaaaaatccacttatgtggacaaaagttaaatgtctgcaaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgattttgtcatgacacaaaatgaattttgtaagacaaaattaattttgtaattcgatgatcgattttgttgacctgaactcatttttgttgt
gi|20 : gcagattttttcaaaaacccaatctgacaatttgttccacagactagaatacagatgtttataaaaacagtgaattttgtat-ATTA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|21 : TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|22 : TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|3 : AATAAAATTAAATGATATGG-----ATAGCACTGAATTT-GTCA---TGACAA----AAGTGAATTTT-TCATG--ACAAA-GGTGAATTTTGTC--AACAAAAATGAATT-TTGTTG--AC-AAAATTCATTTTT-GTCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTAC------AT-GCA-A--CT--TTT----------T-------TACC--C-A-TT-G--------AAGT---------TA-AA-A-----TTAT-CATT-AGTAA---AAGTTAA--ACAGTT-T-GTC-CGACAAAATTC-AAT-TA-------------TGAATT---AC-AGAA-CT-----------GAA------T-TTCTT-CA------TTTTG-GTATG-----C--AAATTA----TAG-TT-TACAA-T--AA-TTT--AAA-TT--CAA--CAAATCTGCTTACAAAATCCACTT---ATGT-TAC-AAAAG-TTAAT-TCTGT-CA-----AA-ACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-A--AAAA---GTGAAT-----------------T----TTG---TA-A--GAC-AAAA---TC-AAT------------------TT-T---T-G--------T---------A------------ATT--------C---A-T-G------A-TCG------GTTTTGT--T---AA--CC-TG----AACTCATTTT-TG----TTGT-A--C--AA---------------AAT----TCATT--TCTG--TC-C----ACA-------------------CAA-------------------AAA-T-GAA-TTTTG----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|4 : cgtga--ACAAA-ATTGACTTTTATC--AACAAAAATGAATT-TCGCCGTGAC-AAAATTGATTTTT-TTCT---ACTT-GAATATAAT-CT-TAT------ATAGCA-A--AT--TTA----------T-------T-----C-A-TTTG--------AAGTGATCATGAATA-AA-A-----ACATACTTT-TGTAAGCCAA----A--AGGTTT-TTGTTATAACAGAATTC-AAT-TTCGCCCGACAAGTTTGTATC---AC-A-AAACTAATTTTTGTCAGAA------TATTTTT-CA------CTCTT-GTCTG-----C--AAATTA------G-TT-TACAA----AA-TCC--AAA-GT--ATA--TTAATTTGCATATAAAATCCACTT---ATGG-CAC-AAAAA-TAAAT-TTTGT-CA-----TG-ACAAAA-GTG--AA-TTT-TGTC-C-G-C--CGAG---AT-ACT-----------------T----TTG---CG-T--GAC-GAAA---TA-TGT------------------TT-C---T-G--------T---------T------------ATT--------A---G-T-T------A-TAA------ATTTTGT--T---GA--GC-TG----AACTCATTTT-TG----TCAA-A--C--AA---------------AAT----TCACT--TTTG--GC-T----ACG-------------------CAA-------------------AAT-T-GAA-TTTCA----------------------AGTACGAA-ATCA-CGAG-AGA-CC----CA-TTTGTCGCCCCGT
gi|5 : GAATTTTGTCA---AGACAATCAAAAGTGAATTTTGTCA----ACAAA-A-TGAATTTTGTCATGAACAAAGTGAATTGTCGTCA--ACTCAAATTCATTTTT-GTCT---ACCTCAAAT-TAAT-ATAT-T------GT-ACA-A--TT--TTTCCCCA-----T-------TGCC--T-AATT-G--------AAGT---------T---A-A-----TTAT-CATT-AATAA---AA-------ACATTT-T-GTC-CAACAAAAGTT-AAGAAC-------------TGAATTTTGTC-A-CA-CT-------------ATTTTTTT-TTTTT-CA------TTTTT-GTATG-----C--AAAT------CAG-TG-TCCAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTGATTACAAAATCCACTT---ATGT-TAC-AAAAC-TTAAT-TCTGT-CA-----AT-ACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-C--AAAA---GTCAAT-----------------T----TTG---T--T--GAC-----------------------------------C---T-G------------------A------------ACT--------C---A-T--------------------TTTTGT--T---GT--AC-AA----AATTCATTTT-TG----TCA-----------------------------------------------------ACG-------------------CAA-------------------AAA-T-GAA-TTTTA----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-TCCATGCA-TTTGGCGCCCCG
gi|6 : T-GTCT---AC-T-AAA-ATAAT--TCTTT------ATTGCA-A--TT--TTGCCGCA-----T-------TGCC--A-A-TT-T--------AAGT---------TTTAA-A-----TTAT-CATT-AGTAA---AT----A--ACATTT-T-GTCTTAACCAAATTC-AAT-TA-------------TGACTT---------A-TT--------------------T-TTCTT-CAT-----TTTTG-GTATG-----C---AAT------TAGTTT-TACAACA--AA-TCC--AAACTT--CAAAGCTAATTTGCATACAAAATCCAA-T---ACGG-TAC--AAAG-TT-AT-TCTGTACA-----GC-ACAAAATTTG--ACTTTT-TGTC-T-A-C--AAA-----TGA-------------------C----TTG---TC-A--TAC-AAAAGTGTG-AAA------------------TT-T---T-G---------------------------------T--------C-----T-G------C-TCGAAAGATATTTTGTTGC---GA--AC-AGAA--AATTAATTTT-TGTGT-TCAT-A--T--AAATTTTGTTGACGTTGAAC----TCATT--TTTG--TT-CTA--ACAAAATTCATTTTTTGTCACACAA-------------------AAT-T-TTA-TTTTG----------------------A-AACAAATATCA-CAAGTAGT--C----CA-TTTGGCGCCCCGT
gi|7 : TTC-GTCT---ACCT-AAATATAAT-TTCTTT------AT-GCA-A--CT--TTT----------T-------TTCCG-C-A-TT-GCCCAATT-AAGT---------T--AA-A-----TTAT-CATT-AGTAA---AA--------CATTT---GTC-CAACAAAAT-C-AAT-TA-------------TGAATT------------------------------------TTTT-CA------TTTTTTGTATG-----C--AAATTA------G-TT-CACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTGCATACAAAATCCAAAT---ATGT-TAC-AAAAG-TTAAT-TCTGTCCAGAGGCAG-ACAAAA-TTG--AC--TT-TGTC-T-A-C--CAAA---GTGAA------------------T----TTG---TC-AT-GAC-AAAA---GT-GAT------------------TTGT---T-G--------T----------------------CTG--------CTGAA-A-G------A-T-A------ATTCTGTG-C---GA--CA--A----AATTAATTTT-TGTGATTCAT-GATC--AATTTGTTGACCTG---AACTCGATCATT--TTTG--TT-C-----TA-------------------CAA-------------------AAT-T-CAT-TTTTGTCCACACAAAAATGAATTTTTGAGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT--C----CA-TTTGGCGCCCCG
gi|8 : CCT-AAATATAAT-TTCTTT------AT-GCA-A--CT--TTT----------T-------TCCG--C-A-TT-GCCCAATT-AAGT---------TA-AA--------TAC-TATT-AGT-----AA----A--ACATTT-T-GTC-CAACAAAATTC-AAT-TA-------------------------------T-----------GAA------T-TTTTT-CA------TTTT--GTATG-----C--AAATTG-----AG-TT-CACAA----AA-TCC--AAA--T--CAA--C-AATTTGCATACAAAATCCAAAT---A----TAC--AAAG-TTAAT-TCTGTCCAGAGGCAG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C---AAA---GTGAA------------------T----TTG---TC-AT-GAC-AAAA---GT-GAT------------------TT-TGTCT-GCTGAAAGAT---------A------------ATT--------CT--G-T-GCGACAAA-TTA------ATTTTGT------GATTCA-TG----A--TCAATTT-TG----TTG--A--CCTGA---------------ACTCGA-TCATT--TTTGGTTC-T----ACAAAATT--------------CAATTTTTGTCCACACAA----AAA-TAGAATTTTTG----------------------AGAACAAA-ATCA-C-AG-AGT--C----CA-TTTGGCGCCCC
gi|9 : CT-AAATATAATTCTCTTT------AT-GCA-A--CT--TTT----------TACCGCGTTGCC--C-A-AT-T--------AAGT---------TTTAA-A-----TTAT-CATT-AGTAA---AA----A---CATTT-T-GTC-C-ACAAAATTC-AAT-TA-------------TGAATT---------------------------------T-TTTTT-CA------TTCTG-GTATG-----C--AAATTA------G-TT-TACAA----AA-TCC--AAAATT--CAA--CTAATT-GCATACAAAATCCAAAT---ATGT-TAC-AAAAG-TTAAT-TCCGT-CC-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TG-C-T-A-C--AAAA---GTGAAT-----------------TTAAATTG---TC-ATGAAC-AAAAAG-TG-AAT------------------TT-TGTCT-G--------CTGAAAGAG-A------------ATTTTGTACGAC---A-A-A------A-TTA------ATTTTAG--T---GATTCA-TG----A--TCAATTT-TG----TTGA-T--C--TG---------------AAT----TCATT--TTTGT-TC-T----ACA-------------------AAATTCATTTTTGTCCACACAAAAA-T-GAA-TTTTG----------------------AGAACAAA-ATCA-
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 5555555 1111111 1111 1111 1111111111 11 6666666666666666666666666666666666666 111111111111 111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 33333333 11111 111 33333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11
lowQualScore : 1 1 33 2222222 0000000 5 7777 5 0000 4 6666 3 4 8888888888 55 66 3 3 88 3 0 3 3 3 3 999 2 33 6 44 3 44 1111111111111111111111111111111111111 999999999999 3 6 3 555 666666 2 2 8 2 1 2 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 5 333333 55 33 33333333 5 2 2 33 2 33 5 33 33 5 66666 2 77 555 3 3 3 555 3 3 9 44444 33 2 2 000 4444 88888888888 22222222 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 3 4 00 8888 4
lowQualScore : . . .. ....... ....... . .... . .... . .... . . .......... .. .. . . .. . . . . . . ... . .. . .. . .. ..................................... ............ . . . ... ...... . . . . . . . ..................................................... . . ...... .. .. ........ . . . .. . .. . .. .. . ..... . .. ... . . . ... . . . ..... .. . . ... .... ........... ........ . ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . . . .. .... .
lowQualScore : 0 0 88 0000000 5555555 1 2222 0 6666 4 5555 6 3 3333333333 55 55 6 6 66 6 7 3 3 1 1 666 7 44 2 22 1 22 2222222222222222222222222222222222222 222222222222 1 2 1 444 000000 9 9 6 7 5 9 9 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 3 999999 44 77 55555555 3 7 7 77 7 44 0 44 44 2 77777 9 00 444 1 1 1 444 1 1 2 33333 22 7 9 333 7777 88888888888 22222222 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 6 0 66 5555 0
consensus : NNNNNAACAAAATTCATT--TTTGG-C-T--ATAA-ATTG--AATTTTGTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-ATG--ACAAA-AGTGAA--------TTTTGT--C--GACAAAAATGAATT-TT-GTCG--AC-AAAATTCAT-T-TTCG-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTTTAT-GC--A-ACT--TTT------T-------TNCC---C-A-TT-G--CAATT-AAGT---------TN-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----AACATTT-T-GTC-CGACAAAATTC-AAT-TA-------------TGAATT---AC-A-AA-CT-----------GAA------T-TTTTT-CA------TTTTG-GTATG--CAAATTA----TAG-TT-TACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----CATAC-AAAATCCANTT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCTGT-CA-----AG-ACAAAA-TTGAC-TTTTGTC-T-AC--A-AAAGTGAAT-----T----TTGT-CAT-G--AC-AAAA---T--TGA--------TTT------------------T---T-G------------T------------AATT--------C-A-----TG-------A-TCG------A-TTTTG-T------CGA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTTTG---TCGTAC---A-A---------------AAT---T--C-ATT--T--TTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAAT-NAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
Reference ( family-4009 ) : NNNNNAACAAAATTNANT--TTTGG-C-T--ATAA-ACTG--AATTTTGTCG---TGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-ATG--ACAAA-AGTGAA--------TTTTGT--C--GACAAAAATGAATT-TT-GTCG--AC-AAAATTCAT-T-TTCG-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTTTAT-GC--A-ACT--TTT------T-------TGCC---C-A-TT-G--------AAGT---------TN-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----AACATTT-T-GTC-CGACAAAATTC-AAT-TN-------------TGAATT---AC-A-AA-CT-----------GAA------T-TTTTT-CA------TTTTG-GTATG--CAAATTA----TAG-TT-TACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----CATAC-AAAATCCACTT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCTGT-CA-----AG-ACAAAA-TTGAC-TTTTGTC-T-AC--A-AAAGTGAAT-----T----TTGT-NA--G--AC-AAAA---T--TNA--------TTT------------------T---T-G------------T------------AATT--------C-A-----TG-------A-TCG------A-TTTTG-T------CGA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTTTG---TCGTAC---A-A---------------AAT---T--C-ATT--T--TTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|1 : GAA-TTTTGTCATGAC--A-AAATTGAAT-----A----TTGT-CA-----AC-AAAA---T--TCA--------TTT------------------T---TTG------------T------------C-TT--------C-A-----TA-------AAGCG------AATTTTG-T------CGC--A-T--------TG--ACAAA-AGTG----AATTTTG---TCGCGC---G-AC--------------AAA---T--C-GTTAAT--TTG-TTC----A--------------A-------------------CAA-------------------AAAT-AAA-TTTTG-----------------------
gi|1 : gtgAACAAAATTCATT--TTTTGTC-TTCATAA-AGCG--AATTTTGTCGCATTGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-GCGCGACAAATCGTTAA--------TTTGTT--C--AACAAAAATAAATT-TT-GTTG--AC-AATATTCATTT-TTTG-TCT---ACCT-AAATAAGAT-CTCTTCAT-GCAAA-ACT--TTT------T-------TCCC---C-T-TT-G--------AAGT---------AA-AACATTAT-CATTTAGTAA---AA----AACAGTT-T-GT--CGACAAAATTT-GAT-TT-------------TGAATT---AC-AGAA-CT-----------GAA------T-TTCTT-TA------TTTTG-GTATGCCCAAAT------TAG-TTATACAA-A--AA-TTCTAAAA-TT--CAA--CAAATTTG-----CTTAC-AAAATCCACTTATAATGT-T-ACAAAAA---GTG-AAT-TCTGT-CA-----AGAACAAAA-TTGAC-TGTTGTC-T-AC--A-AAAGTGAAT-----T----TTGC-CATTG--AC-AA--------TAA----------T------------------T---T-G------------T------------AAGA--------C-AAAAATTG-------A---A------A-TTATG-T------AAA--CAC--------CA--A-----AATC----ATTTGTA---T--TAC---A-T---------------GAT---TCGC-ATT--TTGTTG-ACCTTGAACTCATTTTTGTTGTA-------------------CAA-------------------AAAT-CAG-TTTTGTCCACACGAAAACTGAATTTTTGAGAACAAA-ATCACCAAT-AGTCCC----CATTTTGGCGCCCttgacaatattcattttttgtctacctaaataagatctcttcatgcaaaacttttttcccctttgaagtaaaacattatcatttagtaaaaaacagtttgtcgacaaaatttgattttgaattacagaactgaatttctttattttggtatgcccaaattagttatacaaaaattctaaaattcaacaaatttgcttacaaaatccacttataatgttacaaaaagtgaattctgtcaagaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgaattttgccattgacaataatttgtaagacaaaaattgaaattatgtaaacaccaaaatcatttgtattacatgattcgcattttgttgaccttgaactcatttttgttgtacaaaaatcagttttgtccacacgaaaactgaatttttgagaacaaaatcaccaatagtccccattttggcgccc
gi|10 : gtggaattttgtcatgacaaaattgaatattgtcACAAAAATGAATT-TT-GTCC--AC-AAAATTAAT-T-TTCG-TCT---ACCT-TAATATAAT-CTCTTTAG-GC--A-ACT--TTT------T-------T-CCGT-C-A-TT-GTTCAATTTAAGT---------TT-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----A-CATTT-T-GTC-CAACAAA-TTC-AAT-TA-------------TGAATT---AC-ATAA-CA-----------GAT------T-TTTTTTCA------TTTTG-GTATG--CAAATTA------G-TT-TACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTC-----CATAC-AAAATCCAATT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCTGT-CC-----AG-AAAACA-T
gi|11 : AAAATGAATT-TT-GTCC--AC-AAAATTAAT-T-TTCG-TCT---ACCT-TAATATAAT-CTCTTTAG-GC--A-ACT--TTT------T-------TCCG---C-A-TT-GTTCAATTTAAGT---------TT-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----A-CATTT-T-GTC-CAACAAA-TTC-AAT-TA-------------TGAATT---AC-ATAA-CA-----------GAT------T-TTTTTTCA------TTTTG-GTATG--CAAATTA------G-TT-TACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTC-----CATAC-AAAATCCAATT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCTGT-CC-----AG-AAAACA-Tcatggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|12 : ATTT-T-ATG-AGACAAAACTC-AAT-TT-------------TGTTTC---AC-A-AA-TG-----------GGA------T-TTTGT-CAGAATATTTTT---TAT-------TTT----T-G-TT-TACAA-ATTAG-TC---AAA-TTAATAA--CTAATTTG-----CAAAC-AAGATAAACTT---TTGA-T-AC-AACA---TTG-AAT-TTTGT-CA-----AA-ACTAAT-GTGCC-TTT--TC-C-ACTGA-ATAATACATGTACCT----TTGTATA--A--AA-AAAA---TTGTGA--------TTT------------------catggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|13 : tgtcataaaattctG---TAACA-A----AAGTGAAGTTTGTC-ATG--TCAAA-AATGgttacatatttt
gi|13 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaagTA--ACAAA-AGTGAA--------GTTTGT--CATGTCAAAAATGGNNN-NN-NNNN--NN-NNNNNNNNN-N-NNNN-NNN---NNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNN-NN--N-NNN--NNN------N-------NNNN---N-N-NN-N--------NNNN---------NN-NN-NNNNN-NN-NNNNTA-------------ATTT-T-GTCATGACACAAGTG-AAT-TT-------------TG--TCA--ACAA-AA-AT-----------GAA------T-CTTGT-Cgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaattttgtcatgacacaagtgaattttgtcaacaaaaatgaatcttgtcgacacaatttat
gi|13 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggAATTTTGTC-ATG--ACACA-AGTGAA--------TTTTGT--C--AACAAAAATGAATC-TT-GTCG--AC-ACAATTTAT-gacacaatttat
gi|14 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggtaacaaaagtgaagtttgtcatgtcaaaaatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAT-T-TTCG-TCTTA-ACCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GC--G-ACT--TTT------T-------TTCCTTGC-A-TT-GCCCAATTTAAGT---------TT-AA-ATTATGCA-T-AGTAA---TTT---AACATTTGT-GTC-CAACAAA-TTC-AAT-T--------------------------------T-----------GAA------T-TTTTT-CA------TTTTG-GTATG--CAAAT------TAG-TT-CAC---A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----
gi|15 : a-ACAAAA-TTGAA-TTTTGTCATGAC--ACAAAGTGAAT-----T----TTGT-CAATG--AC-AAAA---G--TGAAAAGTGAATTTCTG---------------T---T-G------------T------------GA----------C-AAAAG-TG-------A----------A-TTTTGGT------CAA--C-A---------A--A-----ATTT----ATTTTTG---CTCCAC---ATA---------------AAG---T--G-A-T--T--TTG-T-C----A--------------A-------------------CAA-------------------AAAT-T-A-TTTTG-----------------------
gi|15 : AA-ATTG--AATTTTGTCA---TGACACA----AAGTGAATTTTGTCAATG--ACAAA-AGTGAAAAGTGAATTTCTGTTGT--GACAAAAGTGAATT-TTGGTCA--AC-AAAATTTAT-T-TTTGCTCC---ACAT-AAAtgt
gi|16 : aca-----AG-ACAAAA-TTGAC-TTTTGTC-T-AC--A-AAAGTgtgattttgtcaacaaaaattattttgtgt
gi|17 : aatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggc-----------GAA------T-TTCTT-CA------TTTTG-GTATG--CAAATTACATGTAG-TT-TACAA-A--AA-TGT--AAA-TT--CAA--CAAATT
gi|18 : AA-ATTGTCATTTTTGTC----TCACA-A----AAGTGAATT---TC-ATG--ATAAA-AGTGA----------TTTGT--C--
gi|19 : ca--AAA-TT--CAA--CAAATTTG-----CTTAC-AAAATCCACatacc
gi|2 : taG--CAGATT---------TT-TTCAA-A--AA-CCC--AA--TC--TGA--C-AATTTGTTCCACAGACTAGAATACAG-----ATGT-TTAT-AAAAACAGTG-AAT-TTTGT--A-----TA-ACAAAA-TTTAC-TTTTGGCATGAC--A-AA--TTCAT-----T----TTGT-CT--TC-AC-AAAG---C--TGA--------ATT------------------T---T-G------------TCACAAA------AATA--------C-AAAAA-TG-------A----------A-TTTTG-T------TGA--C-A---------A--A-----ATTC----ATTTTTG---TC
gi|2 : AACAAAATTCATT--TTTG----T--AT-----------TTTTGT------GACA-A----AATTCAGCTTTGTG-AAG--ACAAA-A-TGAA---------TTTGT--CATGCCAAAAGTAAATT-TT-GTTAT-AC-AAAATTCAC-TGTT---TTT---A--T-AAACATtctgacttaaatatatctcttcaagcacactagtttttcccattgcctaattgaagttaaaattatcattagtaaaaacagttgtccgacaaaatttaaattatgaattgacagaactgaattcttcatttttgggaggcaaatttagctttacaaaaattctaaattcaacaaattgtcacaaaaatccacttatgtggacaaaagttaaatgtctgcaaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgattttgtcatgacacaaaatgaattttgtaagacaaaattaattttgtaattcgatgatcgattttgttgacctgaactcatttttgttgt
gi|2 : gcagattttttcaaaaacccaatctgacaatttgttccacagactagaatacagAACAAAATTTACT--TTTGG-CATG-ACAA-ATTC--A-TTTTGTCT---TCACA-A----AGCTGAATTTTGTC-A-----CAAA-AAT-----------------------ACAAAAATGAATT-TT-GTTG--AC-AAAATTCAT-T-TTTG-TCTCTGACTT-AAATAT-AT-CTCTTCAA-GC--ACACTAGTTTTTCCCAT-------TGCC---TAA-TT-G--------AAGT---------TA-AA-ATTAT-CA-TTAGT-A---AA----AACA-GT-T-GTC-CGACAAAATTTAAAT-TA-------------TGAATTG--AC-AGAA-CT-----------GAA--------TTCTT-CAT-----TTTTG-GGAGG--CAAATT-----TAGCTT-TACAA-A--AATTCT--AAA-TT--CAA--CAAATTGT-----CACA--AAAATCCACTT---ATGTGG-AC-AAAA---GTTAAATGTCTG--CA-----A--ACAAAA-TTGAC-TGTTGTC-T-AC--A-AAAGTG-AT-----T----TTGT-CAT-GACAC-AAAA---T--GAA--------TTTTGTAAGACAAAATTAATTT---T-G------------T------------AATT--------CGA-----TG-------A-TCG------A-TTTTG-T------TGA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTTTG---TTGTgacaaaattcatttttgtctctgacttaaatatatctcttcaagcacactagtttttcccattgcctaattgaagttaaaattatcattagtaaaaacagttgtccgacaaaatttaaattatgaattgacagaactgaattcttcatttttgggaggcaaatttagctttacaaaaattctaaattcaacaaattgtcacaaaaatccacttatgtggacaaaagttaaatgtctgcaaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgattttgtcatgacacaaaatgaattttgtaagacaaaattaattttgtaattcgatgatcgattttgttgacctgaactcatttttgttgt
gi|20 : gcagattttttcaaaaacccaatctgacaatttgttccacagactagaatacagatgtttataaaaacagtgaattttgtat-ATTA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|21 : TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|22 : TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|3 : AATAAAATTAAATGATATGG------ATAGCACTG--AATTT-GTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTT-TC-ATG--ACAAA-GGTGAA--------TTTTGT--C--AACAAAAATGAATT-TT-GTTG--AC-AAAATTCAT-T-TTTG-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTACAT-GC--A-ACT--TTT------T-------TACC---C-A-TT-G--------AAGT---------TA-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AAGTTAAACAGTT-T-GTC-CGACAAAATTC-AAT-TA-------------TGAATT---AC-AGAA-CT-----------GAA------T-TTCTT-CA------TTTTG-GTATG--CAAATTA----TAG-TT-TACAA-T--AA-TTT--AAA-TT--CAA--CAAATCTG-----CTTAC-AAAATCCACTT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCTGT-CA-----AA-ACAAAA-TTGAC-TGTTGTC-T-AA--A-AAAGTGAAT-----T----TTGT-AA--G--AC-AAAA---T--CAA--------TTT------------------T---T-G------------T------------AATT--------C-A-----TG-------A-TCG------G-TTTTG-T------TAA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTTTG---TTGTAC---A-A---------------AAT---T--C-ATT--T--CTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|4 : cgtga--ACAAA-ATTGAC--------TTTTAT--C--AACAAAAATGAATT-TC-GCCGTGAC-AAAATTGAT-T-TTTT-TCT---ACTT-GAATATAAT-CT-TATATAGC--A-AAT--TTA------T-------T------C-A-TTTG--------AAGTGATCATGAATA-AA-AACATACT-TTTGTAAGCCAA----AAGGTTT-TTGTTATAACAGAATTC-AAT-TTCGCCCGACAAGTTTGTATC---AC-A-AAACTAATTTTTGTCAGAA------TATTTTT-CA------CTCTT-GTCTG--CAAATTA------G-TT-TACAA-A--A--TCC--AAA-GT--ATA--TTAATTTG-----CATAT-AAAATCCACTT---ATGG-C-AC-AAAA---ATA-AAT-TTTGT-CA-----TG-ACAAAA-GTGAA-TTTTGTC-C-GC--C-GAGAT-ACT-----T----TTGC-GT--G--AC-GAAA---T--ATG--------TTT------------------C---T-G------------T------------TATT--------A-G-----TT-------A-TAA------A-TTTTG-T------TGA--G-C--------TG--A-----ACTC----ATTTTTG---TCAAAC---A-A---------------AAT---T--C-ACT--T--TTG-GCT----AC-------------G-------------------CAA-------------------AATT-GAA-TTTCA-----------------------AGTACGAA-ATCA-CGAG-AGA-CC----CA-TTTGTCGCCCCGT
gi|5 : G--AATTTTGTCA---AGACA-ATCAAAAGTGAATTTTGTC-A----ACAAA-A-TGAA--------TTTTGT--CATGAACAAAGTGAATTGTC-GTCA--ACTCAAATTCAT-T-TTTG-TCT---ACCTCAAAT-TAAT-ATATT-GT-AC--A-ATT--TTTCCCCA-T-------TGCC---T-AATT-G--------AAGT---------T---A-ATTAT-CA-TTAATAA---AA-----ACATTT-T-GTC-CAACAAAAGTT-AAGAAC-------------TGAATTTTGTC-A-CA-CT-------------ATTTTTTT-TTTTT-CA------TTTTT-GTATG--CAAAT------CAG-TG-TCCAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----ATTAC-AAAATCCACTT---ATGT-T-AC-AAAA---CTT-AAT-TCTGT-CA-----AT-ACAAAA-TTGAC-TGTTGTC-T-AC--A-AAAGTCAAT-----T----TTGT-T---G--AC-------------------------------------------C---T-G-------------------------AACT--------C-A-----T---------------------TTTTG-T------TGT--A-C--------AA--A-----ATTC----ATTTTTG---TCA-ACGCAA-A---------------AAT---G--A-ATT--T--T----------------------------------------------AA-------------------GAAC-AAA--------------------------------------ATCA-CAAG-AGT-TCCATGCA-TTTGGCGCCCCG
gi|6 : G-TCT---AC-T-AAA-ATAAT--TCTTTATTGC--A-ATT--TTGCCGCA-T-------TGCC---A-A-TT-T--------AAGT---------TTTAA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AT----AACATTT-T-GTCTTAACCAAATTC-AAT-TA-------------TGACTT---------A-TT--------------------T-TTCTT-CAT-----TTTTG-GTATG--C-AAT------TAGTTT-TACAACA--AA-TCC--AAACTT--CAAAGCTAATTTG-----CATAC-AAAATCCAA-T---ACGG-T-AC--AAA---GTT--AT-TCTGTACA-----GC-ACAAAATTTGACTTTTTGTC-T-AC--A-AA--TGA-------C----TTGT-CA--T--AC-AAAAGTGT--GAA--------ATT------------------T---T-G----------------------------T--------C-------TG-------C-TCGAAAGATA-TTTTG-TTG----CGA--A-C--------AGAAA-----ATTA----ATTTTTGTGTTCATAT---A-AATTTTGTTGACGTTGAAC---T--C-ATT--T--TTG-TTCTA--AC-------------AAAATTCATTTTTTGTCACACAA-------------------AATT-TTA-TTTTG-----------------------A-AACAAATATCA-CAAGTAGT--C----CA-TTTGGCGCCCCGT
gi|7 : t-TTCG-TCT---ACCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GC--A-ACT--TTT------T-------TTCCG--C-A-TT-GCCCAATT-AAGT---------T--AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA------CATTT---GTC-CAACAAAAT-C-AAT-TA-------------TGAATT------------------------------------TTTT-CA------TTTTTTGTATG--CAAATTA------G-TT-CACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----CATAC-AAAATCCAAAT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCTGTCCAGAGGCAG-ACAAAA-TTGAC--TTTGTC-T-AC--C-AAAGTGAA------T----TTGT-CAT-G--AC-AAAA---G--TGA--------TTTG-----------------T---T-GTCTGCTGAAAGAT------------AATT--------CTG-----TGCGACAAAA-TTA------ATTTTTG-T-------GATTC-A--------TG--A-------TC----A-ATTTG---TTG-ACCT-G-A---------------ACTCGAT--C-ATT--T--TTG-TTC-----T-------------A-------------------CAA-------------------AATT-CAT-TTTTGTCCACACAAAAATGAATTTTTG-AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT--C----CA-TTTGGCGCCCCG
gi|8 : CCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GC--A-ACT--TTT------T-------TCCG---C-A-TT-GCCCAATT-AAGT---------TA-AA---TAC-TA-TTAGT-----AA----AACATTT-T-GTC-CAACAAAATTC-AAT-TA-------------------------------T-----------GAA------T-TTTTT-CA------TTTT--GTATG--CAAATTG-----AG-TT-CAC-A-A--AA-TCC--AAA--T--CAA--C-AATTTG-----CATAC-AAAATCCAAAT---A----T-AC--AAA---GTT-AAT-TCTGTCCAGAGGCAG-ACAAAA-TTGAC-TTTTGTC-T-AC----AAAGTGAA------T----TTGT-CAT-G--AC-AAAA---G--TGA--------TTT------------------TGTCT-GCTGAAAGA----T------------AATT--------CTG-----TGCGACAA-A-TTA------A-TTTTG-TGATTCATGA--T-CAATTTTGTTG--ACCTGAACTCGATCATTTTTGGT-TC-TAC---A-A---------------AAT---T--CAATT--T--TTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAATAGAATTTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-C-AG-AGT--C----CA-TTTGGCGCCCC
gi|9 : CT-AAATATAATTCTCTTTAT-GC--A-ACT--TTT------TACCGCGTTGCC---C-A-AT-T--------AAGT---------TTTAA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----A-CATTT-T-GTC-C-ACAAAATTC-AAT-TA-------------TGAATT---------------------------------T-TTTTT-CA------TTCTG-GTATG--CAAATTA------G-TT-TACAA-A--A--TCC--AAAATT--CAA--CTAATT-G-----CATAC-AAAATCCAAAT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCCGT-CC-----AG-ACAAAA-TTGAC-TTTTG-C-T-AC--A-AAAGTGAAT-----TTAAATTGT-CATGA--ACAAAAA---G--TGA--------ATT------------------T---T-G------------TCTGCTGAAAGAGAATTTTGTACGAC-A-----AA-------A-TTA------A-TTTTA-G------TGATTC-A--------TG--A-------TC----AATTTTG---TTGATC---T-G---------------AAT---T--C-ATT--T--TTGTTCT----AC-------------A-------------------AAATTCATTTTTGTCCACACAAAAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 666666 1 111 1111 1111 22222222 111111 111 11111 44444444444 11 1111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 555555555555555555555555555 11111111111 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44444444444444444444444444444444444 11111111 222222222222222 3333333333333333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11
lowQualScore : 3 4 88 444444 0 0 0 0 111 6 4444 5 1111 5 3 00000000 444444 4 4 66 4 1 3 3 111 3 33 6 3 555 3 4 55555 6666 11111111111 3 44 3 3 6 6 888 5555555555 33 2 2 55 2 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 333333 44 33 222222222222222222222222222 5 666 2 33 2 33 2 5555 55 777 4 444 66666 2 44 555 2 777 2 444 22 2 5555 2 77777777777 2 4 33 2 2 5 0 2 2 4444444 2 55 55555 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333333333333333333333333333333333 2 7777 3 33333333 55 999999999999999 777 55 4 55 55 3333333333333333333 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 3 4 00 8888 4
lowQualScore : . . .. ...... . . . . ... . .... . .... . . ........ ...... . . .. . . . . ... . .. . . ... . . ..... .... ........... . .. . . . . ... .......... .. . . .. . . ..................................................... . ...... .. .. ........................... . ... . .. . .. . .... .. ... . ... ..... . .. ... . ... . ... .. . .... . ........... . . .. . . . . . . ....... . .. ..... . ............................................................................. ................................... . .... . ........ .. ............... ... .. . .. .. ................... . .......................................................................... . . . .. .... .
lowQualScore : 7 7 33 000000 0 8 8 8 777 7 2222 7 2222 0 4 77777777 333333 4 4 11 4 9 6 6 444 1 66 7 1 111 1 0 55555 5555 00000000000 1 22 1 1 2 2 555 8888888888 99 9 9 88 7 9 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 000000 33 44 222222222222222222222222222 0 999 5 44 5 22 4 0000 66 444 4 111 22222 7 66 000 9 333 7 777 88 7 7777 7 22222222222 4 7 44 5 5 3 7 7 7 6666666 9 66 77777 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111111111111111111111 9 1111 3 11111111 55 000000000000000 000 55 0 55 55 3333333333333333333 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 6 0 66 5555 0
consensus : NNNNNAACAAAATTNANT--TTTGG-C-T--ATAA-ATTGAATTTTGTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-ATG--ACAAA-AGTGAA--------TTTTGT--C--GACAAAAATGAATT-TT-GTCG--AC-AAAATTCATTTTC-G-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTTTAT-GCA-A--CT-TTTTTCC-C---CATT----G--CC-AA-TT-AAGT-TN-AA-AT-TAT-CATT-AGTAA---AA----AA----CATT--T-T-GTC-CGACAAAATTC-AATT----------A---TGAATT---ACA-AA-CT-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTTG-GTATG--CAAATTA-----------------------TAG-TT---TACAA-A--AA-TCC--AAA-T----T--CAA---CTAATT---TG-----CATAC-AAAATCCANTT---ATGT-T---AC-AAAA---GTT-AAT-TC----T-GT-CA-----AG-A-CAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C-AAAAGTGAATTTTGTCA-TG--AC-AAAAT-TG---ATTT-T------------------T-G------------T---------AATTC-A-----TG-------A-TCG------A-TTTTGT------C---GA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TCGT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--TTGTCC----AC-------------ACAAAAATGA---------------------A--TTT----------------------TG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
Reference ( family-4009 ) : NNNNNAACAAAATTCATT--TTTGG-C-T--ATAA-ATTGAATTTTGTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-ATG--ACAAA-AGTGAA--------TTTTGT--C--GACAAAAATGAATT-TT-GTCG--AC-AAAATTCATTTTC-G-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTTTAT-GCA-A--CT-TTTTTNC-C---CATT----G--C--AA-TT-AAGT-TN-AA-AT-TAT-CATT-AGTAA---AA----AA----CATT--T-T-GTC-CGACAAAATTC-AATT----------A---TGAATT---ACA-AA-CT-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTTG-GTATG--CAAATTA-----------------------TAG-TT---TACAA-A--AA-TCC--AAA-T----T--CAA---CTAATT---TG-----CATAC-AAAATCCANTT---ATGT-T---AC-AAAA---GTT-AAT-TC----T-GT-CA-----AG-A-CAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C-AAAAGTGAATTTTGTCA-TG--AC-AAAAT-TG---ATTT-T------------------T-G------------T---------AATTC-A-----TG-------A-TCG------A-TTTTGT------C---GA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TCGT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--TTGTCC----AC-------------ACAAAAATNA---------------------A--TTT----------------------TG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|1 : G--AA-TTT-TGTCATGA-C-AAAATTGAATATTGTCA-----AC-AAAAT-TC---ATTT-T------------------TTG------------T---------C-TTC-A-----TA-------AAGCG------AATTTTGT------C---GC--A-T--------TG--ACAAA-AGTG----AATTT-TG---TCGC-GC--GAC--------------AAA---T--C-GTTAAT--TTGTTC----A--------------ACAAAAATAA---------------------A--TTT----------------------TG-----------------------
gi|1 : gtgAACAAAATTCATT--TTTTGTC-TTCATAA-AGCGAATTTTGTCGCATTGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-GCGCGACAAATCGTTAA--------TTTGTT--C--AACAAAAATAAATT-TT-GTTG--AC-AATATTCATTTTTTG-TCT---ACCT-AAATAAGAT-CTCTTCAT-GCA-AAACT-TTTTTCC-C---CTTT----G-----------AAGT-AA-AACAT-TAT-CATTTAGTAA---AA----AA----CAGT--T-T-GT--CGACAAAATTT-GATT----------T---TGAATT---ACAGAA-CT-----------GA-A------T-TTCTTTA------TTTTG-GTATGCCCAAAT-------------------------TAG-TTA--TACAA-A--AA-TTCTAAAA-T----T--CAA---CAAATT---TG-----CTTAC-AAAATCCACTTATAATGT-T---ACAAAAA---GTG-AAT-TC----T-GT-CA-----AGAA-CAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-C-AAAAGTGAATTTTGCCATTG--AC-AA----TA---A--T-T------------------T-G------------T---------AAGAC-AAAAATTG-------A---A------A-TTATGT------A---AA--CAC--------CA--A-----AATC----ATTTG-TA---T--T-AC--AT---------------GAT---TCGC-ATT--TTGTTGACCTTGAACTCATTTTTGTTGTACAAAAATCA---------------------G--TTT----------------------TGTCCACACGAAAACTGAATTTTTGAGAACAAA-ATCACCAAT-AGTCCC----CATTTTGGCGCCCttgacaatattcattttttgtctacctaaataagatctcttcatgcaaaacttttttcccctttgaagtaaaacattatcatttagtaaaaaacagtttgtcgacaaaatttgattttgaattacagaactgaatttctttattttggtatgcccaaattagttatacaaaaattctaaaattcaacaaatttgcttacaaaatccacttataatgttacaaaaagtgaattctgtcaagaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgaattttgccattgacaataatttgtaagacaaaaattgaaattatgtaaacaccaaaatcatttgtattacatgattcgcattttgttgaccttgaactcatttttgttgtacaaaaatcagttttgtccacacgaaaactgaatttttgagaacaaaatcaccaatagtccccattttggcgccc
gi|10 : gtggaattttgtcatgacaaaattgaatattgtcACAAAAATGAATT-TT-GTCC--AC-AAAATTAATTTTC-G-TCT---ACCT-TAATATAAT-CTCTTTAG-GCA-A--CT-TTTTTCCGT---CATT----GTTC--AA-TTTAAGT-TT-AA-AT-TAT-CATT-AGTAA---AA----A-----CATT--T-T-GTC-CAACAAA-TTC-AATT----------A---TGAATT---ACATAA-CA-----------GATT------T-TTTTTCA------TTTTG-GTATG--CAAAT-------------------------TAG-TT---TACAA-A--AA-TCC--AAA-T----T--CAA---CTAATT---TC-----CATAC-AAAATCCAATT---ATGT-T---AC-AAAA---GTT-AAT-TC----T-GT-CC-----AG-A-AAACA-T
gi|11 : AAAATGAATT-TT-GTCC--AC-AAAATTAATTTTC-G-TCT---ACCT-TAATATAAT-CTCTTTAG-GCA-A--CT-TTTTTCC-G---CATT----GTTC--AA-TTTAAGT-TT-AA-AT-TAT-CATT-AGTAA---AA----A-----CATT--T-T-GTC-CAACAAA-TTC-AATT----------A---TGAATT---ACATAA-CA-----------GATT------T-TTTTTCA------TTTTG-GTATG--CAAAT-------------------------TAG-TT---TACAA-A--AA-TCC--AAA-T----T--CAA---CTAATT---TC-----CATAC-AAAATCCAATT---ATGT-T---AC-AAAA---GTT-AAT-TC----T-GT-CC-----AG-A-AAACA-Tcatggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|12 : CA-A--TT-TTTTTT-------AT-----A--C--AA----AGGT----AC-ATGTAT-TATTCAGTGG---AA----AAGGCACATTAGT-T-TT---GACAAAATTC-AATG----------T---TGTAT-----CA-AA---------------A-G------T-TT----A------TCTTG-TT-TG--CAAATTA-------------------------G-TT-------------A-TT----AA-T----T--TGA---CTAATT---TG-----TAAAC-AAAAATAAAAA---ATAT-TCTGAC-AAAA---TCC-CAT-T-----T-GT-GA-----A--A-CAAAA-TTG--AG-TTT-TGTC-TCA-T-AAAATAGAATTTT---A-TG--AC-Acatggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|12 : ATT--T-T-ATG-AGACAAAACTC-AATT----------T---TGTTTC---ACA-AA-TG-----------GG-A------T-TTTGTCAGAATATTTTT---TAT-------TTT-----------------------T-G-TT---TACAA-ATTAG-TC---AAA-T----TAATAA---CTAATT---TG-----CAAAC-AAGATAAACTT---TTGA-T---AC-AACA---TTG-AAT-TT----T-GT-CA-----AA-A-CTAAT-GTG--CC-TTT-Ttgatttgttacatatttt
gi|13 : tgtcataaaattct---TAACA-A----AAGTGAAGTTTGTC-ATG--TCAAA-AATGccactgaataatacatgtacctttgtataaaaaaaattgtgatttgttacatatttt
gi|13 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggAATTTTGTC-ATG--ACACA-AGTGAA--------TTTTGT--C--AACAAAAATGAATC-TT-GTCG--AC-ACAATTTATgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaattttgtcatgacacaagtgaattttgtcaacaaaaatgaatcttgtcgacacaatttat
gi|14 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggtaacaaaagtgaagtttgtcatgtcaaaaatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntATTTTC-G-TCTTA-ACCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GCG-A--CT-TTTTTTC-CTTGCATT----GCCC--AATTT-AAGT-TT-AA-AT-TATGCA-T-AGTAAT--TT----AA----CATT--TGT-GTC-CAAC-AAATTC-AATT-------------------------------T-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTTG-GTATG--CAAAT-------------------------TAG-TT---CAC---A--AA-TCC--AAA-T----T--CAA---CTAATT---TG-----
gi|15 : a---AC-AAAA-----T-AAT-TT----TTGT-T-------G-A-CAAAA-TC---AC-TTTATGTG-G-AGC-AAAAATAAATTTTGT---TG--ACCAAAAT-TC---ACTT-T------------------T-G------------TCACAACAGAAATTC-AC----TT-------T-TCA------C-TTTTGT------CATTGA--C-A---------A--A-----ATTC----ACTTTGTG---TCATGAC--AA---------------AAT---T--C-AAT--T--TTGT
gi|15 : AA-ATTGAATTTTGTCA---TGACACA----AAGTGAATTTTGTCAATG--ACAAA-AGTGAAAAGTGAATTTCTGTTGT--GACAAAAGTGAATT-TTGGTCA--AC-AAAATTTATTTTT-GCTCC---ACAT-AAAgt
gi|16 : aca-----AG-A-CAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C-AAAAGTgtgattttgtcaacaaaaattattttgtgt
gi|17 : aatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggc-----------GA-A------T-TTCTTCA------TTTTG-GTATG--CAAATTACATG-------------------TAG-TT---TACAA-A--AA-TGT--AAA-T----T--CAA---CAAATT---
gi|18 : -CAAAA-TTGTCAT-TTT-TGTC-TCA-C-AAAAGTGAATT---TCA-TG--AT-AAAAG-TG---ATTT-
gi|19 : --AAA-T----T--CAA---CAAATT---TG-----CTTAC-AAAATCCAgtcatacc
gi|2 : taG--CAGATT----------------------------TT---TTCAA-A--AA-CCC--AA--T----C--TGA---C-AATT---TGTTCCACAGACTAGAATACAG-----ATGT-TT--AT-AAAAACAGTG-AAT-TT----T-GT--A-----TA-A-CAAAA-TTT--AC-TTT-TGGCATGA-C-AAA--TTCATTTTGTCT-TC--AC-AAAGC-TG---AATT-T------------------T-G------------TCACAAA---AATAC-AAAAA-TG-------A----------A-TTTTGT------T---GA--C-A---------A--A-----ATTC----ATTTT-TG---TCc
gi|2 : AACAAAATTTACT--TTTGG-CATG-ACAA-ATTCA-TTTTGTCT---TCACA-A----AGCTGAATTTTGTC-A-----CAAA-AAT-----------------------ACAAAAATGAATT-TT-GTTG--AC-AAAATTCATTTTT-G-TCTCTGACTT-AAATAT-AT-CTCTTCAA-GCACA--CTAGTTTTTC-C---CATT----G--CCTAA-TTGAAGT-TA-AA-AT-TAT-CATT-AGT-A---AA----AA----CA-G--T-T-GTC-CGACAAAATTTAAATT----------A---TGAATTG--ACAGAA-CT-----------GA-A--------TTCTTCAT-----TTTTG-GGAGG--CAAATT------------------------TAGCTT---TACAA-A--AATTCT--AAA-T----T--CAA---CAAATT---GT-----CACA--AAAATCCACTT---ATGTGG---AC-AAAA---GTTAAATGTC----T-G--CA-----A--A-CAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-C-AAAAGTG-ATTTTGTCA-TGACAC-AAAAT-GA---ATTT-TGTAAGACAAAATTAATTTT-G------------T---------AATTCGA-----TG-------A-TCG------A-TTTTGT------T---GA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TTGT-tctgacttaaatatatctcttcaagcacactagtttttcccattgcctaattgaagttaaaattatcattagtaaaaacagttgtccgacaaaatttaaattatgaattgacagaactgaattcttcatttttgggaggcaaatttagctttacaaaaattctaaattcaacaaattgtcacaaaaatccacttatgtggacaaaagttaaatgtctgcaaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgattttgtcatgacacaaaatgaattttgtaagacaaaattaattttgtaattcgatgatcgattttgttgacctgaactcatttttgttgt
gi|20 : gcagattttttcaaaaacccaatctgacaatttgttccacagactagaatacagatgtttataaaaacagtgaattttgtat-ATTA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|21 : TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|22 : TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|3 : AATAAAATTAAATGATATGG------ATAGCACTGAATTT-GTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTT-TC-ATG--ACAAA-GGTGAA--------TTTTGT--C--AACAAAAATGAATT-TT-GTTG--AC-AAAATTCATTTTT-G-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTACAT-GCA-A--CT-TTTTTAC-C---CATT----G-----------AAGT-TA-AA-AT-TAT-CATT-AGTAA---AAGTTAAA----CAGT--T-T-GTC-CGACAAAATTC-AATT----------A---TGAATT---ACAGAA-CT-----------GA-A------T-TTCTTCA------TTTTG-GTATG--CAAATTA-----------------------TAG-TT---TACAA-T--AA-TTT--AAA-T----T--CAA---CAAATC---TG-----CTTAC-AAAATCCACTT---ATGT-T---AC-AAAA---GTT-AAT-TC----T-GT-CA-----AA-A-CAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-A-AAAAGTGAATTTTGTAA--G--AC-AAAAT-CA---ATTT-T------------------T-G------------T---------AATTC-A-----TG-------A-TCG------G-TTTTGT------T---AA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TTGT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--CTGTCC----AC-------------ACAAAAATGA---------------------A--TTT----------------------TG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|4 : cgtga--ACAAA-ATTGAC--------TTTTAT--C--AACAAAAATGAATT-TC-GCCGTGAC-AAAATTGATTTTT-T-TCT---ACTT-GAATATAAT-CT-TATATAGCA-A--AT-TTATT-------CATTTGAAG--T--GA-TC-ATGAATA-AA-AA-CATACTTT-TGTAAGCCAA----AA----GGTT--T-TTGTTATAACAGAATTC-AATTTCGCCCGACAAGTTTGTATC---ACA-AAACTAATTTTTGTCAGA-A------TATTTTTCA------CTCTT-GTCTG--CAAATTA-------------------------G-TT---TACAA-A--A--TCC--AAA-G----T--ATA---TTAATT---TG-----CATAT-AAAATCCACTT---ATGG-C---AC-AAAA---ATA-AAT-TT----T-GT-CA-----TG-A-CAAAA-GTG--AA-TTT-TGTC-C-G-C-CGAGAT-ACTTTTG-CG-TG--AC-GAAATATG----TTT-C------------------T-G------------T---------TATTA-G-----TT-------A-TAA------A-TTTTGT------T---GA--G-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TCAA-AC--AA---------------AAT---T--C-ACT--T--TTGGCT----AC-------------GCAAAATTGA---------------------A--TTT----------------------CA-----------------------AGTACGAA-ATCA-CGAG-AGA-CC----CA-TTTGTCGCCCCGT
gi|5 : GAATTTTGTCA---AGACA-ATCAAAAGTGAATTTTGTC-A----ACAAA-A-TGAA--------TTTTGT--CATGAACAAAGTGAATTGTC-GTCA--ACTCAAATTCATTTTT-G-TCT---ACCTCAAAT-TAAT-ATATT-GT-ACA-A-----TTTTTCC-C---CATT----G--CCTAA-TTGAAGT-T---A-AT-TAT-CATT-AATAA---AA-----A----CATT--T-T-GTC-CAACAAAAGTT-AAGA----------AC--TGAATTTTGTCA-CA-CT--------------ATTTTTTT-TTTTTCA------TTTTT-GTATG--CAAAT-------------------------CAG-TG---TCCAA-A--AA-TCC--AAA-T----T--CAA---CTAATT---TG-----ATTAC-AAAATCCACTT---ATGT-T---AC-AAAA---CTT-AAT-TC----T-GT-CA-----AT-A-CAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-C-AAAAGTCAATTTTGT---TG--AC-----C-TG----------------------------------------------------AACTC-A-----T---------------------TTTTGT------T---GT--A-C--------AA--A-----ATTC----ATTTT-TG---TCA----------------------------------------------------AC-------------GCAAAAATGA---------------------A--TTT----------------------TA-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-TCCATGCA-TTTGGCGCCCCG
gi|6 : -G-TCT---AC-T-AAA-ATAAT--TCTTTATTGCA-A------TTTTGC-CG--CATT----G--CC-AA-TTTAAGT-TTTAA-AT-TAT-CATT-AGTAA---AT----AA----CATT--T-T-GTCTTAACCAAATTC-AATT----------A---TGACTT--------A-TT---------------------T-TTCTTCAT-----TTTTG-GTATG--C-AAT-------------------------TAGTTT---TACAACA--AA-TCC--AAACT----T--CAAAG-CTAATT---TG-----CATAC-AAAATCCAA-T---ACGG-T---AC--AAA---GTT--AT-TC----T-GTACA-----GC-A-CAAAATTTG--ACTTTT-TGTC-T-A-C-AAA--TGA--CTTGTCA-T---AC-AAAAG-TGTGAAATT-T------------------T-G-------------------------TC-------TG-------C-TCGAAAGATA-TTTTGTTG----C---GA--A-C--------AGAAA-----ATTA----ATTTT-TGTGTTCAT-AT--AAATTTTGTTGACGTTGAAC---T--C-ATT--T--TTGTTC----TA-------------ACAAAATTCATTTTTTGTCACACAAAATTTTA--TTT----------------------TG-----------------------A-AACAAATATCA-CAAGTAGT--C----CA-TTTGGCGCCCCGT
gi|7 : tTTC-G-TCT---ACCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GCA-A--CT-TTTTTTC-CG--CATT----G--CCCAA-TT-AAGT-T--AA-AT-TAT-CATT-AGTAA---AA----------CATT--T---GTC-CAACAAAAT-C-AATT----------A---TGAATT------------------------------------TTTTCA------TTTTTTGTATG--CAAATTA-------------------------G-TT---CACAA-A--AA-TCC--AAA-T----T--CAA---CTAATT---TG-----CATAC-AAAATCCAAAT---ATGT-T---AC-AAAA---GTT-AAT-TC----T-GTCCAGAGGCAG-A-CAAAA-TTG--AC--TT-TGTC-T-A-C-CAAAGTGAA-TTTGTCA-TG--AC-AAAAG-TG---ATTTGT------------------T-GTCTGCTGAAAGAT---------AATTCTG-----TGCGACAAAA-TTA------ATTTTTGT----------GATTC-A--------TG--A-------TC----A-ATT-TG---TTG--ACCTGA---------------ACTCGAT--C-ATT--T--TTGTTC-----T-------------ACAAAATTCA---------------------T--TTTTGTCCACACAAAAATGAATTTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT--C----CA-TTTGGCGCCCCG
gi|8 : CCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GCA-A--CT-TTTTTCC-G---CATT----GCCC--AA-TT-AAGT-TA-AA----TAC-TATT-AGT-----AA----AA----CATT--T-T-GTC-CAACAAAATTC-AATT----------A--------------------T-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTT--GTATG--CAAATTG------------------------AG-TT---CAC-A-A--AA-TCC--AAA------T--CAA---C-AATT---TG-----CATAC-AAAATCCAAAT---A----T---AC--AAA---GTT-AAT-TC----T-GTCCAGAGGCAG-A-CAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C--AAAGTGAA-TTTGTCA-TG--AC-AAAAG-TG---ATTT-TGTC---------------T-GCTGAAAGA----T---------AATTCTG-----TGCGACAA-A-TTA------A-TTTTGTGATTCAT---GA--T-CAATTTTGTTG--ACCTGAACTCGATCATTTT-TGGT-TC-T-AC--AA---------------AAT---T--CAATT--T--TTGTCC----AC-------------ACAAAAATAG---------------------AATTTT----------------------TG-----------------------AGAACAAA-ATCA-C-AG-AGT--C----CA-TTTGGCGCCCC
gi|9 : CT-AAATATAATTCTCTTTAT-GCA-A--CT-TTTTACC-G---CGTT----G--CCCAA-TT-AAGT-TTTAA-AT-TAT-CATT-AGTAA---AA----A-----CATT--T-T-GTC-C-ACAAAATTC-AATT----------A---TGAATT---------------------------------T-TTTTTCA------TTCTG-GTATG--CAAATTAGTTTACAAAATCCAAAATTCAACTAA-TTGCATACAA-A--A--TCC--AAA-TATGTTA-CAAAAGTTAATTCCGTC-----CAGAC-AAAATTGACTT---TTGC-T---AC-AAAA---GTG-AAT-TTAAATT-GT-CA-----TG-AACAAAAAGTG--AA-TTT-TGTC-T-G-CTGAAAGAGAATTTTGT-A-CG--AC-AAAAT-TA---ATTT-T------------------A-G------------T---------GATTC-A-----TG-------A-TCA------A-TTTTGT------T---GA--T-C--------TG--A-----ATTC----ATTTT-TG---TTCT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--TTGTCC----AC-------------ACAAAAATGA---------------------A--TTT----------------------TG-----------------------AGAACAAA-ATCA-
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 555555 111 1111 1111 22222222 111111 111 11111 33333333333 222222222222 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 33333333 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11
lowQualScore : 1 1 33 333333 8 8 000 5 4444 5 1111 5 3 00000000 444444 4 4 66 4 1 4 3 111 3 33 6 44 3 0 3 44444 22222222222 000000000000 3 6 3 999 111111 3 3 6 3 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 333333 55 33 33333333 5 2 2 33 2 33 5 33 33 5 66666 2 55 555 3 2 2 555 2 2 2 66666666 2 2 33 2 2 5 8 2 0 6666 3 77 6 77 77777 3 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 3 4 00 8888 4
lowQualScore : . . .. ...... . . ... . .... . .... . . ........ ...... . . .. . . . . ... . .. . .. . . . ..... ........... ............ . . . ... ...... . . . . . ..................................................... . ...... .. .. ........ . . . .. . .. . .. .. . ..... . .. ... . . . ... . . . ........ . . .. . . . . . . .... . .. . .. ..... . .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . . .. .... .
lowQualScore : 0 0 88 222222 0 0 000 7 2222 7 2222 0 4 77777777 333333 4 4 11 4 9 0 6 444 1 66 7 66 3 4 3 22222 00000000000 777777777777 3 7 3 222 555555 1 1 2 7 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 999999 44 77 55555555 3 7 7 77 7 44 0 44 44 2 77777 9 55 444 1 9 9 000 9 9 9 33333333 7 5 77 7 7 7 6 9 4 5555 1 33 2 55 77777 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 6 0 66 5555 0
consensus : NNNNNAACAAAATTNANT--TTTGG-C-TN-AT-AA-ATTGAATTTTGTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-ATG--ACAAA-AGTGAA--------TTTTGT--C--GACAAAAATGAATT-TT-GTCG--AC-AAAATTCAT-TTTCG-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTTTAT-GC--A-ACT-TTTTTCC-C---CATTG-C-C-AA-TT-AAGT---------TN-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----AACATTT-T-GTC-CGACAAAATTC-AATT----------A---TGAATT---ACA-AA-CT-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTTG-GTATG--CAAATT-----TAG-TT-TACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----CATAC-AAAATCCANTT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCT-GT-CA-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-CAAAAGTGAATT----TTGTCA-TG--AC-AAAAN-TG---ATTT-T------------------T-G------------T------------AATT--------C-A-----TG-------A-TCG------A-TTTTGT------C---GA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TCGT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--TTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
Reference ( family-4009 ) : NNNNNAACAAAATTNANT--TTTGG-C-T--AT-AA-ATTGAATTTTGTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-ATG--ACAAA-AGTGAA--------TTTTGT--C--GACAAAAATGAATT-TT-GTCG--AC-AAAATTCAT-TTTCG-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTTTAT-GC--A-ACT-TTTTTCC-C---CATTG-C-C-AA-TT-AAGT---------TN-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----AACATTT-T-GTC-CGACAAAATTC-AATT----------A---TGAATT---ACA-AA-CT-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTTG-GTATG--CAAATTA----TAG-TT-TACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----CATAC-AAAATCCANTT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCT-GT-CA-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-CAAAAGTGAATT----TTGTCA-TG--AC-AAAAT-TG---ATTT-T------------------T-G------------T------------AATT--------C-A-----TG-------A-TCG------A-TTTTGT------C---GA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TCGT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--TTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|1 : G--AA-TTT-TGTCATGA-CAAAATTGAATA----TTGTCA-----AC-AAAAT-TC---ATTT-T------------------TTG------------T------------C-TT--------C-A-----TA-------AAGCG------AATTTTGT------C---GC--A-T--------TG--ACAAA-AGTG----AATTT-TG---TCGC-GC--GAC--------------AAA---T--C-GTTAAT--TTG-TTC----A--------------A-------------------CAA-------------------AAAT-AAA-TTTTG-----------------------
gi|1 : gtgAACAAAATTCATT--TTTTGTC-TTCAT-AA-AGCGAATTTTGTCGCATTGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-GCGCGACAAATCGTTAA--------TTTGTT--C--AACAAAAATAAATT-TT-GTTG--AC-AATATTCATTTTTTG-TCT---ACCT-AAATAAGAT-CTCTTCAT-GCAAA-ACT-TTTTTCC-C---CTTTG-----------AAGT---------AA-AACATTAT-CATTTAGTAA---AA----AACAGTT-T-GT--CGACAAAATTT-GATT----------T---TGAATT---ACAGAA-CT-----------GA-A------T-TTCTTTA------TTTTG-GTATGCCCAAAT------TAG-TTATACAA-A--AA-TTCTAAAA-TT--CAA--CAAATTTG-----CTTAC-AAAATCCACTTATAATGT-T-ACAAAAA---GTG-AAT-TCT-GT-CA-----AGAACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-CAAAAGTGAATT----TTGCCATTG--AC-AA----TA---A--T-T------------------T-G------------T------------AAGA--------C-AAAAATTG-------A---A------A-TTATGT------A---AA--CAC--------CA--A-----AATC----ATTTG-TA---T--T-AC--AT---------------GAT---TCGC-ATT--TTGTTG-ACCTTGAACTCATTTTTGTTGTA-------------------CAA-------------------AAAT-CAG-TTTTGTCCACACGAAAACTGAATTTTTGAGAACAAA-ATCACCAAT-AGTCCC----CATTTTGGCGCCCttgacaatattcattttttgtctacctaaataagatctcttcatgcaaaacttttttcccctttgaagtaaaacattatcatttagtaaaaaacagtttgtcgacaaaatttgattttgaattacagaactgaatttctttattttggtatgcccaaattagttatacaaaaattctaaaattcaacaaatttgcttacaaaatccacttataatgttacaaaaagtgaattctgtcaagaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgaattttgccattgacaataatttgtaagacaaaaattgaaattatgtaaacaccaaaatcatttgtattacatgattcgcattttgttgaccttgaactcatttttgttgtacaaaaatcagttttgtccacacgaaaactgaatttttgagaacaaaatcaccaatagtccccattttggcgccc
gi|10 : gtggaattttgtcatgacaaaattgaatattgtcACAAAAATGAATT-TT-GTCC--AC-AAAATTAAT-TTTCG-TCT---ACCT-TAATATAAT-CTCTTTAG-GC--A-ACT-TTTTTCCGT---CATTG-TTC-AA-TTTAAGT---------TT-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----A-CATTT-T-GTC-CAACAAA-TTC-AATT----------A---TGAATT---ACATAA-CA-----------GATT------T-TTTTTCA------TTTTG-GTATG--CAAAT------TAG-TT-TACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTC-----CATAC-AAAATCCAATT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCT-GT-CC-----AG-AAAACA-T
gi|11 : AAAATGAATT-TT-GTCC--AC-AAAATTAAT-TTTCG-TCT---ACCT-TAATATAAT-CTCTTTAG-GC--A-ACT-TTTTTCC-G---CATTG-TTC-AA-TTTAAGT---------TT-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----A-CATTT-T-GTC-CAACAAA-TTC-AATT----------A---TGAATT---ACATAA-CA-----------GATT------T-TTTTTCA------TTTTG-GTATG--CAAAT------TAG-TT-TACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTC-----CATAC-AAAATCCAATT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCT-GT-CC-----AG-AAAACA-Tcatggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|12 : AACAAAATTGAGT--TTTGT-C-TC-ATAAA-ATAGAATTTT---A---TGACA-catggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|12 : ATTT-T-ATG-AGACAAAACTC-AATT----------T---TGTTTC---ACA-AA-TG-----------GG-A------T-TTTGTCAGAATATTTTT---TAT-------TTT----T-G-TT-TACAA-ATTAG-TC---AAA-TTAATAA--CTAATTTG-----CAAAC-AAGATAAACTT---TTGA-T-AC-AACA---TTG-AAT-TTT-GT-CA-----AA-ACTAAT-GTG--CC-TTT-Ttcacaaatgggattttgtcagaatattttttatttttgtttacaaattagtcaaattaataactaatttgcaaacaagataaacttttgatacaacattgaattttgtcaaaactaatgtgccttttccactgaataatacatgtacctttgtataaaaaaaattgtgatttgttacatatttt
gi|13 : tgtcataaaattct---TAACA-A----AAGTGAAGTTTGTC-ATG--TCAAA-AATGccactgaataatacatgtacctttgtataaaaaaaattgtgatttgttacatatttt
gi|13 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggAATTTTGTC-ATG--ACACA-AGTGAA--------TTTTGT--C--AACAAAAATGAATC-TT-GTCG--AC-ACAATTTAT-gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaattttgtcatgacacaagtgaattttgtcaacaaaaatgaatcttgtcgacacaatttat
gi|14 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggtaacaaaagtgaagtttgtcatgtcaaaaatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAT-TTTCG-TCTTA-ACCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GC--G-ACT-TTTTTTC-CTTGCATTGCC-C-AATTT-AAGT---------TT-AA-ATTATGCA--TAGTAAT--TT----AACATTTGT-GTC-CAAC-AAATTC-AATT-------------------------------T-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTTG-GTATG--CAAAT------TAG-TT-CAC---A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----
gi|15 : a-AC-AAAA-----T-AAT-TTTTGT-T-------G-ACAAAA-TC---AC-TTTATGTG-G-AGCAAAAATAAATT----TTGT---TG--ACCAAAAT-TC---ACTT-T------------------T-G------------TCACAACAGA---AATT--------C-AC----TT-------T-TCA------C-TTTTGT------CATTGA--C-A---------A--A-----ATTC----ACTTTGTG---TCATGAC--AA---------------AAT---T--C-AAT--T--TTG-T
gi|15 : -AA-ATTGAATTTTGTCA---TGACACA----AAGTGAATTTTGTCAATG--ACAAA-AGTGAAAAGTGAATTTCTGTTGT--GACAAAAGTGAATT-TTGGTCA--AC-AAAATTTAT-TTTTGCTCC---ACAT-AAAgt
gi|16 : aca-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-CAAAAGTgtgattttgtcaacaaaaattattttgtgt
gi|17 : aatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggc-----------GA-A------T-TTCTTCA------TTTTG-GTATG--CAAATTACATGTAG-TT-TACAA-A--AA-TGT--AAA-TT--CAA--CAAATT
gi|18 : CAAAA-TTGTCAT-TTT-TGTC-TCA-CAAAAGTGAATT-------TCA-TG--AT-AAAAG-TG---ATTT-
gi|19 : --AAA-TT--CAA--CAAATTTG-----CTTAC-AAAATCCAgtcatacc
gi|2 : taG--CAGATT---------TT-TTCAA-A--AA-CCC--AA--TC--TGA--C-AATTTGTTCCACAGACTAGAATACAG-----ATGT-TTAT-AAAAACAGTG-AAT-TTT-GT--A-----TA-ACAAAA-TTT--AC-TTT-TGGCATGA-CAAA--TTCATT----TTGTCT-TC--AC-AAAGC-TG---AATT-T------------------T-G------------TCACAAA------AATA--------C-AAAAA-TG-------A----------A-TTTTGT------T---GA--C-A---------A--A-----ATTC----ATTTT-TG---TCc
gi|2 : AACAAAATTTACT--TTTGG-CATG-AC-AA-ATTCA-TTTTGTCT---TCACA-A----AGCTGAATTTTGTC-A-----CAAA-AAT-----------------------ACAAAAATGAATT-TT-GTTG--AC-AAAATTCAT-TTTTG-TCTCTGACTT-AAATAT-AT-CTCTTCAA-GC--ACACTAGTTTTTC-C---CATTG-C-CTAA-TTGAAGT---------TA-AA-ATTAT-CA-TTAGT-A---AA----AACA-GT-T-GTC-CGACAAAATTTAAATT----------A---TGAATTG--ACAGAA-CT-----------GA-A--------TTCTTCAT-----TTTTG-GGAGG--CAAATT-----TAGCTT-TACAA-A--AATTCT--AAA-TT--CAA--CAAATTGT-----CACA--AAAATCCACTT---ATGTGG-AC-AAAA---GTTAAATGTCT-G--CA-----A--ACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-CAAAAGTG-ATT----TTGTCA-TGACAC-AAAAT-GA---ATTT-TGTAAGACAAAATTAATTTT-G------------T------------AATT--------CGA-----TG-------A-TCG------A-TTTTGT------T---GA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TTGT-tctgacttaaatatatctcttcaagcacactagtttttcccattgcctaattgaagttaaaattatcattagtaaaaacagttgtccgacaaaatttaaattatgaattgacagaactgaattcttcatttttgggaggcaaatttagctttacaaaaattctaaattcaacaaattgtcacaaaaatccacttatgtggacaaaagttaaatgtctgcaaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgattttgtcatgacacaaaatgaattttgtaagacaaaattaattttgtaattcgatgatcgattttgttgacctgaactcatttttgttgt
gi|20 : gcagattttttcaaaaacccaatctgacaatttgttccacagactagaatacagatgtttataaaaacagtgaattttgtat-ATTA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|21 : TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|22 : TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|3 : AATAAAATTAAATGATATGG------AT-AGCACTGAATTT-GTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTT-TC-ATG--ACAAA-GGTGAA--------TTTTGT--C--AACAAAAATGAATT-TT-GTTG--AC-AAAATTCAT-TTTTG-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTACAT-GC--A-ACT-TTTTTAC-C---CATTG-----------AAGT---------TA-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AAGTTAAACAGTT-T-GTC-CGACAAAATTC-AATT----------A---TGAATT---ACAGAA-CT-----------GA-A------T-TTCTTCA------TTTTG-GTATG--CAAATTA----TAG-TT-TACAA-T--AA-TTT--AAA-TT--CAA--CAAATCTG-----CTTAC-AAAATCCACTT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCT-GT-CA-----AA-ACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-AAAAAGTGAATT----TTGTAA--G--AC-AAAAT-CA---ATTT-T------------------T-G------------T------------AATT--------C-A-----TG-------A-TCG------G-TTTTGT------T---AA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TTGT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--CTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|4 : cgtga--ACAAA-ATTGAC--------TTTTAT--C--AACAAAAATGAATT-TC-GCCGTGAC-AAAATTGAT-TTTTT-TCT---ACTT-GAATATAAT-CT-TATATAGC--A-AAT-TTATTC-------ATT---------TG-AAGTGATCATGAATA-AA-AACATACT-TTTGTAAGCCAA----AAGGTTT-TTGTTATAACAGAATTC-AATTTCGCCCGACAAGTTTGTATC---ACA-AAACTAATTTTTGTCAGA-A------TATTTTTCA------CTCTT-GTCTG--CAAATTA------G-TT-TACAA-A--A--TCC--AAA-GT--ATA--TTAATTTG-----CATAT-AAAATCCACTT---ATGG-C-AC-AAAA---ATA-AAT-TTT-GT-CA-----TG-ACAAAA-GTG--AA-TTT-TGTC-C-G-CCGAGAT-ACTT----TTG-CG-TG--AC-GAAATATG----TTT-C------------------T-G------------T------------TATT--------A-G-----TT-------A-TAA------A-TTTTGT------T---GA--G-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TCAA-AC--AA---------------AAT---T--C-ACT--T--TTG-GCT----AC-------------G-------------------CAA-------------------AATT-GAA-TTTCA-----------------------AGTACGAA-ATCA-CGAG-AGA-CC----CA-TTTGTCGCCCCGT
gi|5 : GAATTTTGTCA---AGACA-ATCAAAAGTGAATTTTGTC-A----ACAAA-A-TGAA--------TTTTGT--CATGAACAAAGTGAATTGTC-GTCA--ACTCAAATTCAT-TTTTG-TCT---ACCTCAAAT-TAAT-ATATT-GT-AC--A-A---TTTTTCC-C---CATTG-C-CTAA-TTGAAGT---------T---A-ATTAT-CA-TTAATAA---AA-----ACATTT-T-GTC-CAACAAAAGTT-AAGA----------AC--TGAATTTTGTCA-CA-CT--------------ATTTTTTT-TTTTTCA------TTTTT-GTATG--CAAAT------CAG-TG-TCCAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----ATTAC-AAAATCCACTT---ATGT-T-AC-AAAA---CTT-AAT-TCT-GT-CA-----AT-ACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-CAAAAGTCAATT----TTGT---TG--AC-----C-TG-------------------------------------------------------AACT--------C-A-----T---------------------TTTTGT------T---GT--A-C--------AA--A-----ATTC----ATTTT-TG---TCA-----------------------------------------------------AC-------------G-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTA-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-TCCATGCA-TTTGGCGCCCCG
gi|6 : G-TCT---AC-T-AAA-ATAAT--TCTTTATTGC--A-A---TTTTGCC-G---CATTG-C-C-AA-TTTAAGT---------TTTAA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AT----AACATTT-T-GTCTTAACCAAATTC-AATT----------A---TGACTT--------A-TT---------------------T-TTCTTCAT-----TTTTG-GTATG--C-AAT------TAGTTT-TACAACA--AA-TCC--AAACTT--CAAAGCTAATTTG-----CATAC-AAAATCCAA-T---ACGG-T-AC--AAA---GTT--AT-TCT-GTACA-----GC-ACAAAATTTG--ACTTTT-TGTC-T-A-CAAA--TGA--C----TTGTCA-T---AC-AAAAG-TGTGAAATT-T------------------T-G----------------------------T--------C-------TG-------C-TCGAAAGATA-TTTTGTTG----C---GA--A-C--------AGAAA-----ATTA----ATTTT-TGTGTTCAT-AT--AAATTTTGTTGACGTTGAAC---T--C-ATT--T--TTG-TTCTA--AC-------------AAAATTCATTTTTTGTCACACAA-------------------AATT-TTA-TTTTG-----------------------A-AACAAATATCA-CAAGTAGT--C----CA-TTTGGCGCCCCGT
gi|7 : tTTCG-TCT---ACCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GC--A-ACT-TTTTTTC-CG--CATTG-C-CCAA-TT-AAGT---------T--AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA------CATTT---GTC-CAACAAAAT-C-AATT----------A---TGAATT------------------------------------TTTTCA------TTTTTTGTATG--CAAATTA------G-TT-CACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----CATAC-AAAATCCAAAT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCT-GTCCAGAGGCAG-ACAAAA-TTG--AC--TT-TGTC-T-A-CCAAAGTGAA-T----TTGTCA-TG--AC-AAAAG-TG---ATTTGT------------------T-GTCTGCTGAAAGAT------------AATT--------CTG-----TGCGACAAAA-TTA------ATTTTTGT----------GATTC-A--------TG--A-------TC----A-ATT-TG---TTG--ACCTGA---------------ACTCGAT--C-ATT--T--TTG-TTC-----T-------------A-------------------CAA-------------------AATT-CAT-TTTTGTCCACACAAAAATGAATTTTTG-AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT--C----CA-TTTGGCGCCCCG
gi|8 : CCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GC--A-ACT-TTTTTCC-G---CATTGCC-C-AA-TT-AAGT---------TA-AA---TAC-TA-TTAGT-----AA----AACATTT-T-GTC-CAACAAAATTC-AATT----------A--------------------T-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTT--GTATG--CAAATTG-----AG-TT-CAC-A-A--AA-TCC--AAA--T--CAA--C-AATTTG-----CATAC-AAAATCCAAAT---A----T-AC--AAA---GTT-AAT-TCT-GTCCAGAGGCAG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C-AAAGTGAA-T----TTGTCA-TG--AC-AAAAG-TG---ATTT-TGTC---------------T-GCTGAAAGA----T------------AATT--------CTG-----TGCGACAA-A-TTA------A-TTTTGTGATTCAT---GA--T-CAATTTTGTTG--ACCTGAACTCGATCATTTT-TGGT-TC-T-AC--AA---------------AAT---T--CAATT--T--TTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAATAGAATTTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-C-AG-AGT--C----CA-TTTGGCGCCCC
gi|9 : CT-AAATATAATTCTCTTTAT-GC--A-ACT-TTTTACC-G---CGTTG-C-CCAA-TT-AAGT---------TTTAA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----A-CATTT-T-GTC-C-ACAAAATTC-AATT----------A---TGAATT---------------------------------T-TTTTTCA------TTCTG-GTATG--CAAATTA------G-TT-TACAA-A--A--TCC--AAAATT--CAA--CTAATT-G-----CATAC-AAAATCCAAAT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCC-GT-CC-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TG-C-T-A-CAAAAGTGAATTTAAATTGTCA-TGA-ACAAAAAG-TG---AATT-T------------------T-G------------TCTGCTGAAAGAGAATTTTGTACGAC-A-----AA-------A-TTA------A-TTTTAG------T---GATTC-A--------TG--A-------TC----AATTT-TG---TTGA-TC--TG---------------AAT---T--C-ATT--T--TTGTTCT----AC-------------A-------------------AAATTCATTTTTGTCCACACAAAAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 33333 111 1111 111111 22222222 111111 111 11111 33333333333 222222222222 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 11111111 11111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11
lowQualScore : 1 1 33 11111 8 8 111 6 7777 666666 5 3 0 00000000 444444 4 4 66 4 1 4 3 111 3 33 6 44 3 0 44 44444 22222222222 000000000000 3 6 3 999 555555 444 6 3 4 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 333333 55 33 22222222 5 2 2 33 55 5 33 33 5 66666 2 55 555 5 2 555 2 2 2 66666666 2 2 33 2 2 5 7 2 33 777777 5555 1 2 2 5 2 99999 77777 2 555 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 3 4 00 8888 4
lowQualScore : . . .. ..... . . ... . .... ...... . . . ........ ...... . . .. . . . . ... . .. . .. . . .. ..... ........... ............ . . . ... ...... ... . . . . ..................................................... . ...... .. .. ........ . . . .. .. . .. .. . ..... . .. ... . . ... . . . ........ . . .. . . . . . .. ...... .... . . . . . ..... ..... . ... . ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . . . .. .... .
lowQualScore : 0 0 88 88888 0 0 777 7 0000 222222 7 0 7 77777777 333333 4 4 11 4 9 0 6 444 1 66 7 66 3 4 66 22222 00000000000 777777777777 3 7 3 222 666666 777 2 7 2 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 9 999999 44 77 77777777 3 7 7 77 99 0 44 44 2 77777 9 55 444 7 9 000 9 9 9 33333333 7 5 77 7 7 3 5 5 44 444444 7777 7 7 7 3 7 33333 44444 9 888 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 6 0 66 5555 0
consensus : NNNNNAACAAAATTNANT--TTTGGC--TCAT-AA-ATTGAATTTTGTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-ATG--ACAAA-AGTGAA--------TTTTGT--C--GACAAAAATGAATT-TT-GTCG--AC-AAAATTCAT-TTTCG-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTTTAT-GC--A-ACT--TTTTTCC-C---CATTG-C-C-AA-TT-AAGT---------TN-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----AACATTT-T-GTC-CGACAAAATTCAA-TT----------A---TGAATT---ACA-AA-CT-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTT-GGTATG--CAAATT-----TAG-TT-TACAA-A--AATCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----CATAC-AAAATCCANTT---ATGTT-AC-AAAA---GTTAA-T-TCT-GT-CA-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C--AAAAGTGAAT-----T----TTGTCA-TG-AC-A-AAA---N-TG---ATTT-T---T-G------------T------------AA-------------------TT--------C-A-----TG-------A-TCG------A-TTTTGT------C---GA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TCGT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--TTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
Reference ( family-4009 ) : NNNNNAACAAAATTNANT--TTTGGC--TNAT-AA-ATTGAATTTTGTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-ATG--ACAAA-AGTGAA--------TTTTGT--C--GACAAAAATGAATT-TT-GTCG--AC-AAAATTCAT-TTTCG-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTTTAT-GC--A-ACT--TTTTTCC-C---CATTG-C-C-AA-TT-AAGT---------TN-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----AACATTT-T-GTC-CGACAAAATTCAA-TT----------A---TGAATT---ACA-AA-CT-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTT-GGTATG--CAAATT-----TAG-TT-TACAA-A--AATCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----CATAC-AAAATCCANTT---ATGTT-AC-AAAA---GTTAA-T-TCT-GT-CA-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C--AAAAGTGAAT-----T----TTGTCA-TG-AC-A-AAA---N-TG---ATTT-T---T-G------------T------------AA-------------------TT--------C-A-----TG-------A-TCG------A-TTTTGT------C---GA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TCGT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--TTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|1 : G--AA-TTT-TGTCATGA-C--AAAATTGAAT-----A----TTGTCA----AC-A-AAA---T-TC---ATTT-T---TTG------------T------------C--------------------TT--------C-A-----TA-------AAGCG------AATTTTGT------C---GC--A-T--------TG--ACAAA-AGTG----AATTT-TG---TCGC-GC--GAC--------------AAA---T--C-GTTAAT--TTG-TTC----A--------------A-------------------CAA-------------------AAAT-AAA-TTTTG-----------------------
gi|1 : gtgAACAAAATTCATT--TTTTGTCTTCAT-AA-AGCGAATTTTGTCGCATTGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-GCGCGACAAATCGTTAA--------TTTGTT--C--AACAAAAATAAATT-TT-GTTG--AC-AATATTCATTTTTTG-TCT---ACCT-AAATAAGAT-CTCTTCAT-GCAAA-ACT--TTTTTCC-C---CTTTG-----------AAGT---------AA-AACATTAT-CATTTAGTAA---AA----AACAGTT-T-GT--CGACAAAATTTGA-TT----------T---TGAATT---ACAGAA-CT-----------GA-A------T-TTCTTTA------TTTT-GGTATGCCCAAA-T-----TAG-TTATACAA-A--AATTCTAAAA-TT--CAA--CAAATTTG-----CTTAC-AAAATCCACTTATAATGTT-ACAAAAA---GTGAA-T-TCT-GT-CA-----AGAACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-C--AAAAGTGAAT-----T----TTGCCATTG-AC-A-A-------TA---A--T-T---T-G------------T------------AA-------------------GA--------C-AAAAATTG-------A---A------A-TTATGT------A---AA--CAC--------CA--A-----AATC----ATTTG-TA---T--T-AC--AT---------------GAT---TCGC-ATT--TTGTTG-ACCTTGAACTCATTTTTGTTGTA-------------------CAA-------------------AAAT-CAG-TTTTGTCCACACGAAAACTGAATTTTTGAGAACAAA-ATCACCAAT-AGTCCC----CATTTTGGCGCCCttgacaatattcattttttgtctacctaaataagatctcttcatgcaaaacttttttcccctttgaagtaaaacattatcatttagtaaaaaacagtttgtcgacaaaatttgattttgaattacagaactgaatttctttattttggtatgcccaaattagttatacaaaaattctaaaattcaacaaatttgcttacaaaatccacttataatgttacaaaaagtgaattctgtcaagaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgaattttgccattgacaataatttgtaagacaaaaattgaaattatgtaaacaccaaaatcatttgtattacatgattcgcattttgttgaccttgaactcatttttgttgtacaaaaatcagttttgtccacacgaaaactgaatttttgagaacaaaatcaccaatagtccccattttggcgccc
gi|10 : gtggaattttgtcatgacaaaattgaatattgtcACAAAAATGAATT-TT-GTCC--AC-AAAATTAAT-TTTCG-TCT---ACCT-TAATATAAT-CTCTTTAG-GC--A-ACT--TTTTTCCGT---CATTG-TTC-AA-TTTAAGT---------TT-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA-----ACATTT-T-GTC-CAAC-AAATTCAA-TT----------A---TGAATT---ACATAA-CA-----------GATT------T-TTTTTCA------TTTT-GGTATG--CAAA-T-----TAG-TT-TACAA-A--AATCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTC-----CATAC-AAAATCCAATT---ATGTT-AC-AAAA---GTTAA-T-TCT-GT-CC-----AG-AAAACA-T
gi|11 : AAAATGAATT-TT-GTCC--AC-AAAATTAAT-TTTCG-TCT---ACCT-TAATATAAT-CTCTTTAG-GC--A-ACT--TTTTTCC-G---CATTG-TTC-AA-TTTAAGT---------TT-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA-----ACATTT-T-GTC-CAAC-AAATTCAA-TT----------A---TGAATT---ACATAA-CA-----------GATT------T-TTTTTCA------TTTT-GGTATG--CAAA-T-----TAG-TT-TACAA-A--AATCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTC-----CATAC-AAAATCCAATT---ATGTT-AC-AAAA---GTTAA-T-TCT-GT-CC-----AG-AAAACA-Tcatggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|12 : AACAAAATTGAGT--TTTGTC--TCATAAA-ATAGAATTTT---A---TGACA-catggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|12 : ATTT-T-ATG-AGACAAAACTCAA-TT----------T---TGTTTC---ACA-AA-TG-----------GG-A------T-TTTGTCAGAATATTTTT---TAT-------TT-----TTG-TT-TACAA-ATTAGTC---AAA-TTAATAA--CTAATTTG-----CAAAC-AAGATAAACTT---TTGAT-AC-AACA---TTGAA-T-TTT-GT-CA-----AA-ACTAAT-GTG--CC-TTT---TC-C-A-CTGAATAATACATGTACCT----TTGT-A-TA-AA-A-AAAATTG-TG---ATTT-tcacaaatgggattttgtcagaatattttttatttttgtttacaaattagtcaaattaataactaatttgcaaacaagataaacttttgatacaacattgaattttgtcaaaactaatgtgccttttccactgaataatacatgtacctttgtataaaaaaaattgtgatttgttacatatttt
gi|13 : tgtcataaaattct-A-C--AAAAGTGAAG-----T----TTGTCA-TG-TC-A-AAA---A-TG---gttacatatttt
gi|13 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggtaAATTTTGTC-ATG--ACACA-AGTGAA--------TTTTGT--C--AACAAAAATGAATC-TT-GTCG--AC-ACAATTTAT-gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaattttgtcatgacacaagtgaattttgtcaacaaaaatgaatcttgtcgacacaatttat
gi|14 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggtaacaaaagtgaagtttgtcatgtcaaaaatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAT-TTTCG-TCTTA-ACCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GC--G-ACT--TTTTTTC-CTTGCATTGCC-C-AATTT-AAGT---------TT-AA-ATTATGCA--TAGTAAT--TT----AACATTTGT-GTC-CAAC-AAATTCAA-TT-------------------------------T-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTT-GGTATG--CAAA-T-----TAG-TT-CAC---A--AATCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----
gi|15 : a-AC-AAAA-----TAA-T-TTTTGT-T-------G-ACAAAA-TC---AC-TTTATGTG-G-AGC--AAAAATAAAT-----T----TTGT---TG-ACCA-AAA---T-TC---ACTT-T---T-G------------TCACAACAGA---AA-------------------TT--------C-AC----TT-------T-TCA------C-TTTTGT------CATTGA--C-A---------A--A-----ATTC----ACTTTGTG---TCATGAC--AA---------------AAT---T--C-AAT--T--TTG-T
gi|15 : -AA-ATTGAATTTTGTCA---TGACACA----AAGTGAATTTTGTCAATG--ACAAA-AGTGAAAAGTGAATTTCTGTTGT--GACAAAAGTGAATT-TTGGTCA--AC-AAAATTTAT-TTTTGCTCC---ACAT-AAAgt
gi|16 : aca-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C--AAAAGTgtgattttgtcaacaaaaattattttgtgt
gi|17 : aatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggc-----------GA-A------T-TTCTTCA------TTTT-GGTATG--CAAATTACATGTAG-TT-TACAA-A--AATGT--AAA-TT--CAA--CAAATT
gi|18 : CAAAA-TTGTCAT-TTT-TGTC-TCA-C--AAAAGTGAAT-----T-------TCA-TG-AT-A-AAA---G-TG---ATTT-
gi|19 : --AAA-TT--CAA--CAAATTTG-----CTTAC-AAAATCCAgtcatacc
gi|2 : taG--CAGATT-----T---TT-T-CAA-A--AACCC--AA--TC--TGA--C-AATTTGTTCCACAGACTAGAATACAG-----ATGTTTAT-AAAAACAGTGAA-T-TTT-GT--A-----TA-ACAAAA-TTT--AC-TTT-TGGCATGA-C--AAA--TTCAT-----T----TTGTCT-TC-AC-A-AAG---C-TG---AATT-T---T-G------------TCACAAA------AA-------------------TA--------C-AAAAA-TG-------A----------A-TTTTGT------T---GA--C-A---------A--A-----ATTC----ATTTT-TG---TCc
gi|2 : AACAAAATTTACT--TTTGGCA-TGAC-AA-ATTCA-TTTTGTCT---TCACA-A----AGCTGAATTTTGTC-A-----CAAA-AAT-----------------------ACAAAAATGAATT-TT-GTTG--AC-AAAATTCAT-TTTTG-TCTCTGACTT-AAATATA-T-CTCTTCAA-GC--ACACTAGTTTTTCC-C----ATTG-C-CTAA-TTGAAGT---------TA-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----A-CAGTT---GTC-CGACAAAATTTAAATT----------A---TGAATTG--ACAGAA-CT-----------GA-A------T-TCTT-CA------TTTTTGGGAGG--CAAATT-----TAGCTT-TACAA-A--AATTCT-AAA-TT--CAA--CAAATTGT-----CACA--AAAATCCACTT---ATGTGGAC-AAAA---GTTAAATGTCT-G--CA-----A--ACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-C--AAAAGTG-AT-----T----TTGTCA-TG-AC-ACAAA---A-TG---AATT-T---T-G------------T------------AAGACAAAATTAATTTTGTAATT--------CGA-----TG-------A-TCG------A-TTTTGT------T---GA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TTGT-tctgacttaaatatatctcttcaagcacactagtttttcccattgcctaattgaagttaaaattatcattagtaaaaacagttgtccgacaaaatttaaattatgaattgacagaactgaattcttcatttttgggaggcaaatttagctttacaaaaattctaaattcaacaaattgtcacaaaaatccacttatgtggacaaaagttaaatgtctgcaaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgattttgtcatgacacaaaatgaattttgtaagacaaaattaattttgtaattcgatgatcgattttgttgacctgaactcatttttgttgt
gi|20 : gcagattttttcaaaaacccaatctgacaatttgttccacagactagaatacagatgtttataaaaacagtgaattttgtat-ATTA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|21 : TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|22 : TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|3 : AATAAAATTAAATGATATGG-----AT-AGCACTGAATTT-GTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTT-TC-ATG--ACAAA-GGTGAA--------TTTTGT--C--AACAAAAATGAATT-TT-GTTG--AC-AAAATTCAT-TTTTG-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTACAT-GC--A-ACT--TTTTTAC-C---CATTG-----------AAGT---------TA-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AAGTTAAACAGTT-T-GTC-CGACAAAATTCAA-TT----------A---TGAATT---ACAGAA-CT-----------GA-A------T-TTCTTCA------TTTT-GGTATG--CAAATTA----TAG-TT-TACAA-T--AATTT--AAA-TT--CAA--CAAATCTG-----CTTAC-AAAATCCACTT---ATGTT-AC-AAAA---GTTAA-T-TCT-GT-CA-----AA-ACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-A--AAAAGTGAAT-----T----TTGTAA--G-AC-A-AAA---T-CA---ATTT-T---T-G------------T------------AA-------------------TT--------C-A-----TG-------A-TCG------G-TTTTGT------T---AA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TTGT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--CTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|4 : cgtga--ACAAA-ATTGAC--------TTTTAT--C--AACAAAAATGAATT-TC-GCCGTGAC-AAAATTGAT-TTTTT-TCT---ACTT-GAATATAAT-CT-TATATAGC--A-AAT--TTATTC-------ATT---------TG-AAGTGATCATGAATA-AA-AACATACT-TTTGTAAGCCAA----AAGGTTT-TTGTTATAACAGAATTCAA-TTTCGCCCGACAAGTTTGTATC---ACA-AAACTAATTTTTGTCAGA-A------TATTTTTCA------CTCT-TGTCTG--CAAATT------AG-TT-TACAA-A--A-TCC--AAA-GT--ATA--TTAATTTG-----CATAT-AAAATCCACTT---ATGGC-AC-AAAA---ATAAA-T-TTT-GT-CA-----TG-ACAAAA-GTG--AA-TTT-TGTC-C-G-C--CGAGAT-ACT-----T----TTG-CG-TG-AC-G-AAA---TATG----TTT-C---T-G------------T------------TA-------------------TT--------A-G-----TT-------A-TAA------A-TTTTGT------T---GA--G-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TCAA-AC--AA---------------AAT---T--C-ACT--T--TTG-GCT----AC-------------G-------------------CAA-------------------AATT-GAA-TTTCA-----------------------AGTACGAA-ATCA-CGAG-AGA-CC----CA-TTTGTCGCCCCGT
gi|5 : GAATTTTGTCA---AGACA-ATCAAAAGTGAATTTTGTC-A----ACAAA-A-TGAA--------TTTTGT--CATGAACAAAGTGAATTGTC-GTCA--ACTCAAATTCAT-TTTTG-TCT---ACCTCAAAT-TAAT-ATATT-GT-AC--A-A----TTTTTCC-C---CATTG-C-CTAA-TTGAAGT---------T---A-ATTAT-CA-TTAATAA---AA-----ACATTT-T-GTC-CAACAAAAGTTAA-GA----------AC--TGAATTTTGTCA-CA-CT--------------ATTTTTTT-TTTTTCA------TTTT-TGTATG--CAAA-T-----CAG-TG-TCCAA-A--AATCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----ATTAC-AAAATCCACTT---ATGTT-AC-AAAA---CTTAA-T-TCT-GT-CA-----AT-ACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-C--AAAAGTCAAT-----T----TTGT---TG-AC---------C-TG----------------------------------------AA-------------------CT--------C-A-----T---------------------TTTTGT------T---GT--A-C--------AA--A-----ATTC----ATTTT-TG---TCA-----------------------------------------------------AC-------------G-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTA-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-TCCATGCA-TTTGGCGCCCCG
gi|6 : G-TCT---AC-T-AAA-ATAAT--TCTTTATTGC--A-A----TTTTGCC-G---CATTG-C-C-AA-TTTAAGT---------TTTAA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AT----AACATTT-T-GTCTTAACCAAATTCAA-TT----------A---TGACTT--------A-TT---------------------T-TTCTTCAT-----TTTT-GGTATG--CAA--T-----TAGTTT-TACAACA--AATCC--AAACTT--CAAAGCTAATTTG-----CATAC-AAAATCCAA-T---ACGGT-AC--AAA---GTT-A-T-TCT-GTACA-----GC-ACAAAATTTG--ACTTTT-TGTC-T-A-C--AAA--TGA-------C----TTGTCA-T--AC-A-AAA---G-TGTGAAATT-T---T-G-----------------------------------------------T--------C-------TG-------C-TCGAAAGATA-TTTTGTTG----C---GA--A-C--------AGAAA-----ATTA----ATTTT-TGTGTTCAT-AT--AAATTTTGTTGACGTTGAAC---T--C-ATT--T--TTG-TTCTA--AC-------------AAAATTCATTTTTTGTCACACAA-------------------AATT-TTA-TTTTG-----------------------A-AACAAATATCA-CAAGTAGT--C----CA-TTTGGCGCCCCGT
gi|7 : tTTCG-TCT---ACCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GC--A-ACT--TTTTTTC-CG--CATTG-C-CCAA-TT-AAGT---------T--AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA------CATTT---GTC-CAACAAAAT-CAA-TT----------A---TGAA-----------------------------------T-TTTTTCAT-----TTTT-TGTATG--CAAA-T-----TAG-TT-CACAA-A--AATCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----CATAC-AAAATCCAAAT---ATGTT-AC-AAAA---GTTAA-T-TCT-GTCCAGAGGCAG-ACAAAA-TTG--AC--TT-TGTC-T-A-C--CAAAGTGAA------T----TTGTCA-TG-AC-A-AAA---G-TG---ATTTGT---T-GTCTGCTGAAAGAT------------AA-------------------TT--------CTG-----TGCGACAAAA-TTA------ATTTTTGT----------GATTC-A--------TG--A-------TC----A-ATT-TG---TTG--ACCTGA---------------ACTCGAT--C-ATT--T--TTG-TTC-----T-------------A-------------------CAA-------------------AATT-CAT-TTTTGTCCACACAAAAATGAATTTTTG-AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT--C----CA-TTTGGCGCCCCG
gi|8 : CCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GC--A-ACT--TTTTTCC-G---CATTGCC-C-AA-TT-AAGT---------TA-AA---TAC-TA-TTAGT-----AA----AACATTT-T-GTC-CAACAAAATTCAA-TT----------A--------------------T-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTT--GTATG--CAAATT-----GAG-TT-CAC-A-A--AATCC--AAA--T--CAA--C-AATTTG-----CATAC-AAAATCCAAAT---A---T-AC--AAA---GTTAA-T-TCT-GTCCAGAGGCAG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C---AAAGTGAA------T----TTGTCA-TG-AC-A-AAA---G-TG---ATTT-TGTCT-GCTGAAAGA----T------------AA-------------------TT--------CTG-----TGCGACAA-A-TTA------A-TTTTGTGATTCAT---GA--T-CAATTTTGTTG--ACCTGAACTCGATCATTTT-TGGT-TC-T-AC--AA---------------AAT---T--CAATT--T--TTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAATAGAATTTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-C-AG-AGT--C----CA-TTTGGCGCCCC
gi|9 : CT-AAATATAATTCTCTTTAT-GC--A-ACT--TTTTACC-G---CGTTG-C-CCAA-TT-AAGT---------TTTAA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----A-CATTT-T-GTC-C-ACAAAATTCAA-TT----------A---TGAATT---------------------------------T-TTTTTCA------TTCT-GGTATG--CAAATT------AG-TT-TACAA-A--A-TCC--AAAATT--CAA--CTAATT-G-----CATAC-AAAATCCAAAT---ATGTT-AC-AAAA---GTTAA-T-TCC-GT-CC-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TG-C-T-A-C--AAAAGTGAAT-----TTAAATTGTCA-TGAACAA-AAA---G-TG---AATT-T---T-G------------TCTGCTGAAAGAGAA-------------------TTTTGTACGAC-A-----AA-------A-TTA------A-TTTTAG------T---GATTC-A--------TG--A-------TC----AATTT-TG---TTGA-TC--TG---------------AAT---T--C-ATT--T--TTGTTCT----AC-------------A-------------------AAATTCATTTTTGTCCACACAAAAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333 111 1111 111111 22222222 111111 111 11111 33333333333 222222222222 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 11111111 11111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11
lowQualScore : 1 1 33 000 2 8 8 111 6 7777 666666 5 3 0 00000000 444444 4 4 66 4 1 4 3 111 3 33 6 44 3 0 44 44444 22222222222 000000000000 3 6 3 999 555555 444 6 3 4 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 333333 55 33 22222222 5 2 2 33 55 5 33 33 5 66666 2 55 555 5 2 555 2 2 2 66666666 2 2 33 2 2 5 7 2 33 777777 5555 1 2 2 5 2 99999 77777 2 555 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 3 4 00 8888 4
lowQualScore : . . .. ... . . . ... . .... ...... . . . ........ ...... . . .. . . . . ... . .. . .. . . .. ..... ........... ............ . . . ... ...... ... . . . . ..................................................... . ...... .. .. ........ . . . .. .. . .. .. . ..... . .. ... . . ... . . . ........ . . .. . . . . . .. ...... .... . . . . . ..... ..... . ... . ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . . . .. .... .
lowQualScore : 0 0 88 222 5 0 0 777 7 0000 222222 7 0 7 77777777 333333 4 4 11 4 9 0 6 444 1 66 7 66 3 4 66 22222 00000000000 777777777777 3 7 3 222 666666 777 2 7 2 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 9 999999 44 77 77777777 3 7 7 77 99 0 44 44 2 77777 9 55 444 7 9 000 9 9 9 33333333 7 5 77 7 7 3 5 5 44 444444 7777 7 7 7 3 7 33333 44444 9 888 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 6 0 66 5555 0
consensus : NNNNNAACAAAATTNANT--TTTGGC--TCAT-AA-ATTGAATTTTGTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-ATG--ACAAA-AGTGAA--------TTTTGT--C--GACAAAAATGAATT-TT-GTCG--AC-AAAATTCAT-TTTCG-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTTTAT-GC--A-ACT--TTTTTCC-C---CATTG-C-C-AA-TT-AAGT---------TN-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----AACATTT-T-GTC-CGACAAAATTCAA-TT----------A---TGAATT---ACA-AA-CT-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTT-GGTATG--CAAATT-----TAG-TT-TACAA-A--AATCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----CATAC-AAAATCCANTT---ATGTT-AC-AAAA---GTTAA-T-TCT-GT-CA-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C--AAAAGTGAAT-----T----TTGTCA-TG-AC-A-AAA---N-TG---ATTT-T---T-G------------T------------AA-------------------TT--------C-A-----TG-------A-TCG------A-TTTTGT------C---GA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TCGT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--TTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
Reference ( family-4009 ) : NNNNNAACAAAATTNANT--TTTGGC--TCAT-AA-ATTGAATTTTGTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-ATG--ACAAA-AGTGAA--------TTTTGT--C--GACAAAAATGAATT-TT-GTCG--AC-AAAATTCAT-TTTCG-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTTTAT-GC--A-ACT--TTTTTCC-C---CATTG-C-C-AA-TT-AAGT---------TN-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----AACATTT-T-GTC-CGACAAAATTCAA-TT----------A---TGAATT---ACA-AA-CT-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTT-GGTATG--CAAATT-----TAG-TT-TACAA-A--AATCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----CATAC-AAAATCCANTT---ATGTT-AC-AAAA---GTTAA-T-TCT-GT-CA-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C--AAAAGTGAAT-----T----TTGTCA-TG-AC-A-AAA---N-TG---ATTT-T---T-G------------T------------AA-------------------TT--------C-A-----TG-------A-TCG------A-TTTTGT------C---GA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TCGT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--TTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|1 : G--AA-TTT-TGTCATGA-C--AAAATTGAAT-----A----TTGTCA----AC-A-AAA---T-TC---ATTT-T---TTG------------T------------C--------------------TT--------C-A-----TA-------AAGCG------AATTTTGT------C---GC--A-T--------TG--ACAAA-AGTG----AATTT-TG---TCGC-GC--GAC--------------AAA---T--C-GTTAAT--TTG-TTC----A--------------A-------------------CAA-------------------AAAT-AAA-TTTTG-----------------------
gi|1 : gtgAACAAAATTCATT--TTTTGTCTTCAT-AA-AGCGAATTTTGTCGCATTGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-GCGCGACAAATCGTTAA--------TTTGTT--C--AACAAAAATAAATT-TT-GTTG--AC-AATATTCATTTTTTG-TCT---ACCT-AAATAAGAT-CTCTTCAT-GCAAA-ACT--TTTTTCC-C---CTTTG-----------AAGT---------AA-AACATTAT-CATTTAGTAA---AA----AACAGTT-T-GT--CGACAAAATTTGA-TT----------T---TGAATT---ACAGAA-CT-----------GA-A------T-TTCTTTA------TTTT-GGTATGCCCAAA-T-----TAG-TTATACAA-A--AATTCTAAAA-TT--CAA--CAAATTTG-----CTTAC-AAAATCCACTTATAATGTT-ACAAAAA---GTGAA-T-TCT-GT-CA-----AGAACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-C--AAAAGTGAAT-----T----TTGCCATTG-AC-A-A-------TA---A--T-T---T-G------------T------------AA-------------------GA--------C-AAAAATTG-------A---A------A-TTATGT------A---AA--CAC--------CA--A-----AATC----ATTTG-TA---T--T-AC--AT---------------GAT---TCGC-ATT--TTGTTG-ACCTTGAACTCATTTTTGTTGTA-------------------CAA-------------------AAAT-CAG-TTTTGTCCACACGAAAACTGAATTTTTGAGAACAAA-ATCACCAAT-AGTCCC----CATTTTGGCGCCCttgacaatattcattttttgtctacctaaataagatctcttcatgcaaaacttttttcccctttgaagtaaaacattatcatttagtaaaaaacagtttgtcgacaaaatttgattttgaattacagaactgaatttctttattttggtatgcccaaattagttatacaaaaattctaaaattcaacaaatttgcttacaaaatccacttataatgttacaaaaagtgaattctgtcaagaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgaattttgccattgacaataatttgtaagacaaaaattgaaattatgtaaacaccaaaatcatttgtattacatgattcgcattttgttgaccttgaactcatttttgttgtacaaaaatcagttttgtccacacgaaaactgaatttttgagaacaaaatcaccaatagtccccattttggcgccc
gi|10 : gtggaattttgtcatgacaaaattgaatattgtcACAAAAATGAATT-TT-GTCC--AC-AAAATTAAT-TTTCG-TCT---ACCT-TAATATAAT-CTCTTTAG-GC--A-ACT--TTTTTCCGT---CATTG-TTC-AA-TTTAAGT---------TT-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA-----ACATTT-T-GTC-CAAC-AAATTCAA-TT----------A---TGAATT---ACATAA-CA-----------GATT------T-TTTTTCA------TTTT-GGTATG--CAAA-T-----TAG-TT-TACAA-A--AATCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTC-----CATAC-AAAATCCAATT---ATGTT-AC-AAAA---GTTAA-T-TCT-GT-CC-----AG-AAAACA-T
gi|11 : AAAATGAATT-TT-GTCC--AC-AAAATTAAT-TTTCG-TCT---ACCT-TAATATAAT-CTCTTTAG-GC--A-ACT--TTTTTCC-G---CATTG-TTC-AA-TTTAAGT---------TT-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA-----ACATTT-T-GTC-CAAC-AAATTCAA-TT----------A---TGAATT---ACATAA-CA-----------GATT------T-TTTTTCA------TTTT-GGTATG--CAAA-T-----TAG-TT-TACAA-A--AATCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTC-----CATAC-AAAATCCAATT---ATGTT-AC-AAAA---GTTAA-T-TCT-GT-CC-----AG-AAAACA-Tcatggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|12 : AACAAAATTGAGT--TTTGTC--TCATAAA-ATAGAATTTT---A---TGACA-catggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|12 : ATTT-T-ATG-AGACAAAACTCAA-TT----------T---TGTTTC---ACA-AA-TG-----------GG-A------T-TTTGTCAGAATATTTTT---TAT-------TT-----TTG-TT-TACAA-ATTAGTC---AAA-TTAATAA--CTAATTTG-----CAAAC-AAGATAAACTT---TTGAT-AC-AACA---TTGAA-T-TTT-GT-CA-----AA-ACTAAT-GTG--CC-TTT---TC-C-A-CTGAATAATACATGTACCT----TTGT-A-TA-AA-A-AAAATTG-TG---ATTT-tcacaaatgggattttgtcagaatattttttatttttgtttacaaattagtcaaattaataactaatttgcaaacaagataaacttttgatacaacattgaattttgtcaaaactaatgtgccttttccactgaataatacatgtacctttgtataaaaaaaattgtgatttgttacatatttt
gi|13 : tgtcataaaattct-A-C--AAAAGTGAAG-----T----TTGTCA-TG-TC-A-AAA---A-TG---gttacatatttt
gi|13 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggtaAATTTTGTC-ATG--ACACA-AGTGAA--------TTTTGT--C--AACAAAAATGAATC-TT-GTCG--AC-ACAATTTAT-gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaattttgtcatgacacaagtgaattttgtcaacaaaaatgaatcttgtcgacacaatttat
gi|14 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggtaacaaaagtgaagtttgtcatgtcaaaaatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAT-TTTCG-TCTTA-ACCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GC--G-ACT--TTTTTTC-CTTGCATTGCC-C-AATTT-AAGT---------TT-AA-ATTATGCA--TAGTAAT--TT----AACATTTGT-GTC-CAAC-AAATTCAA-TT-------------------------------T-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTT-GGTATG--CAAA-T-----TAG-TT-CAC---A--AATCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----
gi|15 : a-AC-AAAA-----TAA-T-TTTTGT-T-------G-ACAAAA-TC---AC-TTTATGTG-G-AGC--AAAAATAAAT-----T----TTGT---TG-ACCA-AAA---T-TC---ACTT-T---T-G------------TCACAACAGA---AA-------------------TT--------C-AC----TT-------T-TCA------C-TTTTGT------CATTGA--C-A---------A--A-----ATTC----ACTTTGTG---TCATGAC--AA---------------AAT---T--C-AAT--T--TTG-T
gi|15 : -AA-ATTGAATTTTGTCA---TGACACA----AAGTGAATTTTGTCAATG--ACAAA-AGTGAAAAGTGAATTTCTGTTGT--GACAAAAGTGAATT-TTGGTCA--AC-AAAATTTAT-TTTTGCTCC---ACAT-AAAgt
gi|16 : aca-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C--AAAAGTgtgattttgtcaacaaaaattattttgtgt
gi|17 : aatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggc-----------GA-A------T-TTCTTCA------TTTT-GGTATG--CAAATTACATGTAG-TT-TACAA-A--AATGT--AAA-TT--CAA--CAAATT
gi|18 : CAAAA-TTGTCAT-TTT-TGTC-TCA-C--AAAAGTGAAT-----T-------TCA-TG-AT-A-AAA---G-TG---ATTT-
gi|19 : --AAA-TT--CAA--CAAATTTG-----CTTAC-AAAATCCAgtcatacc
gi|2 : taG--CAGATT-----T---TT-T-CAA-A--AACCC--AA--TC--TGA--C-AATTTGTTCCACAGACTAGAATACAG-----ATGTTTAT-AAAAACAGTGAA-T-TTT-GT--A-----TA-ACAAAA-TTT--AC-TTT-TGGCATGA-C--AAA--TTCAT-----T----TTGTCT-TC-AC-A-AAG---C-TG---AATT-T---T-G------------TCACAAA------AA-------------------TA--------C-AAAAA-TG-------A----------A-TTTTGT------T---GA--C-A---------A--A-----ATTC----ATTTT-TG---TCc
gi|2 : AACAAAATTTACT--TTTGGCA-TGAC-AA-ATTCA-TTTTGTCT---TCACA-A----AGCTGAATTTTGTC-A-----CAAA-AAT-----------------------ACAAAAATGAATT-TT-GTTG--AC-AAAATTCAT-TTTTG-TCTCTGACTT-AAATATA-T-CTCTTCAA-GC--ACACTAGTTTTTCC-C----ATTG-C-CTAA-TTGAAGT---------TA-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----A-CAGTT---GTC-CGACAAAATTTAAATT----------A---TGAATTG--ACAGAA-CT-----------GA-A------T-TCTT-CA------TTTTTGGGAGG--CAAATT-----TAGCTT-TACAA-A--AATTCT-AAA-TT--CAA--CAAATTGT-----CACA--AAAATCCACTT---ATGTGGAC-AAAA---GTTAAATGTCT-G--CA-----A--ACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-C--AAAAGTG-AT-----T----TTGTCA-TG-AC-ACAAA---A-TG---AATT-T---T-G------------T------------AAGACAAAATTAATTTTGTAATT--------CGA-----TG-------A-TCG------A-TTTTGT------T---GA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TTGT-tctgacttaaatatatctcttcaagcacactagtttttcccattgcctaattgaagttaaaattatcattagtaaaaacagttgtccgacaaaatttaaattatgaattgacagaactgaattcttcatttttgggaggcaaatttagctttacaaaaattctaaattcaacaaattgtcacaaaaatccacttatgtggacaaaagttaaatgtctgcaaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgattttgtcatgacacaaaatgaattttgtaagacaaaattaattttgtaattcgatgatcgattttgttgacctgaactcatttttgttgt
gi|20 : gcagattttttcaaaaacccaatctgacaatttgttccacagactagaatacagatgtttataaaaacagtgaattttgtat-ATTA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|21 : TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|22 : TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|3 : AATAAAATTAAATGATATGG-----AT-AGCACTGAATTT-GTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTT-TC-ATG--ACAAA-GGTGAA--------TTTTGT--C--AACAAAAATGAATT-TT-GTTG--AC-AAAATTCAT-TTTTG-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTACAT-GC--A-ACT--TTTTTAC-C---CATTG-----------AAGT---------TA-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AAGTTAAACAGTT-T-GTC-CGACAAAATTCAA-TT----------A---TGAATT---ACAGAA-CT-----------GA-A------T-TTCTTCA------TTTT-GGTATG--CAAATTA----TAG-TT-TACAA-T--AATTT--AAA-TT--CAA--CAAATCTG-----CTTAC-AAAATCCACTT---ATGTT-AC-AAAA---GTTAA-T-TCT-GT-CA-----AA-ACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-A--AAAAGTGAAT-----T----TTGTAA--G-AC-A-AAA---T-CA---ATTT-T---T-G------------T------------AA-------------------TT--------C-A-----TG-------A-TCG------G-TTTTGT------T---AA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TTGT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--CTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|4 : cgtga--ACAAA-ATTGAC--------TTTTAT--C--AACAAAAATGAATT-TC-GCCGTGAC-AAAATTGAT-TTTTT-TCT---ACTT-GAATATAAT-CT-TATATAGC--A-AAT--TTATTC-------ATT---------TG-AAGTGATCATGAATA-AA-AACATACT-TTTGTAAGCCAA----AAGGTTT-TTGTTATAACAGAATTCAA-TTTCGCCCGACAAGTTTGTATC---ACA-AAACTAATTTTTGTCAGA-A------TATTTTTCA------CTCT-TGTCTG--CAAATT------AG-TT-TACAA-A--A-TCC--AAA-GT--ATA--TTAATTTG-----CATAT-AAAATCCACTT---ATGGC-AC-AAAA---ATAAA-T-TTT-GT-CA-----TG-ACAAAA-GTG--AA-TTT-TGTC-C-G-C--CGAGAT-ACT-----T----TTG-CG-TG-AC-G-AAA---TATG----TTT-C---T-G------------T------------TA-------------------TT--------A-G-----TT-------A-TAA------A-TTTTGT------T---GA--G-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TCAA-AC--AA---------------AAT---T--C-ACT--T--TTG-GCT----AC-------------G-------------------CAA-------------------AATT-GAA-TTTCA-----------------------AGTACGAA-ATCA-CGAG-AGA-CC----CA-TTTGTCGCCCCGT
gi|5 : GAATTTTGTCA---AGACA-ATCAAAAGTGAATTTTGTC-A----ACAAA-A-TGAA--------TTTTGT--CATGAACAAAGTGAATTGTC-GTCA--ACTCAAATTCAT-TTTTG-TCT---ACCTCAAAT-TAAT-ATATT-GT-AC--A-A----TTTTTCC-C---CATTG-C-CTAA-TTGAAGT---------T---A-ATTAT-CA-TTAATAA---AA-----ACATTT-T-GTC-CAACAAAAGTTAA-GA----------AC--TGAATTTTGTCA-CA-CT--------------ATTTTTTT-TTTTTCA------TTTT-TGTATG--CAAA-T-----CAG-TG-TCCAA-A--AATCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----ATTAC-AAAATCCACTT---ATGTT-AC-AAAA---CTTAA-T-TCT-GT-CA-----AT-ACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-C--AAAAGTCAAT-----T----TTGT---TG-AC---------C-TG----------------------------------------AA-------------------CT--------C-A-----T---------------------TTTTGT------T---GT--A-C--------AA--A-----ATTC----ATTTT-TG---TCA-----------------------------------------------------AC-------------G-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTA-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-TCCATGCA-TTTGGCGCCCCG
gi|6 : G-TCT---AC-T-AAA-ATAAT--TCTTTATTGC--A-A----TTTTGCC-G---CATTG-C-C-AA-TTTAAGT---------TTTAA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AT----AACATTT-T-GTCTTAACCAAATTCAA-TT----------A---TGACTT--------A-TT---------------------T-TTCTTCAT-----TTTT-GGTATG--CAA--T-----TAGTTT-TACAACA--AATCC--AAACTT--CAAAGCTAATTTG-----CATAC-AAAATCCAA-T---ACGGT-AC--AAA---GTT-A-T-TCT-GTACA-----GC-ACAAAATTTG--ACTTTT-TGTC-T-A-C--AAA--TGA-------C----TTGTCA-T--AC-A-AAA---G-TGTGAAATT-T---T-G-----------------------------------------------T--------C-------TG-------C-TCGAAAGATA-TTTTGTTG----C---GA--A-C--------AGAAA-----ATTA----ATTTT-TGTGTTCAT-AT--AAATTTTGTTGACGTTGAAC---T--C-ATT--T--TTG-TTCTA--AC-------------AAAATTCATTTTTTGTCACACAA-------------------AATT-TTA-TTTTG-----------------------A-AACAAATATCA-CAAGTAGT--C----CA-TTTGGCGCCCCGT
gi|7 : tTTCG-TCT---ACCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GC--A-ACT--TTTTTTC-CG--CATTG-C-CCAA-TT-AAGT---------T--AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA------CATTT---GTC-CAACAAAAT-CAA-TT----------A---TGAA-----------------------------------T-TTTTTCAT-----TTTT-TGTATG--CAAA-T-----TAG-TT-CACAA-A--AATCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----CATAC-AAAATCCAAAT---ATGTT-AC-AAAA---GTTAA-T-TCT-GTCCAGAGGCAG-ACAAAA-TTG--AC--TT-TGTC-T-A-C--CAAAGTGAA------T----TTGTCA-TG-AC-A-AAA---G-TG---ATTTGT---T-GTCTGCTGAAAGAT------------AA-------------------TT--------CTG-----TGCGACAAAA-TTA------ATTTTTGT----------GATTC-A--------TG--A-------TC----A-ATT-TG---TTG--ACCTGA---------------ACTCGAT--C-ATT--T--TTG-TTC-----T-------------A-------------------CAA-------------------AATT-CAT-TTTTGTCCACACAAAAATGAATTTTTG-AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT--C----CA-TTTGGCGCCCCG
gi|8 : CCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GC--A-ACT--TTTTTCC-G---CATTGCC-C-AA-TT-AAGT---------TA-AA---TAC-TA-TTAGT-----AA----AACATTT-T-GTC-CAACAAAATTCAA-TT----------A--------------------T-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTT--GTATG--CAAATT-----GAG-TT-CAC-A-A--AATCC--AAA--T--CAA--C-AATTTG-----CATAC-AAAATCCAAAT---A---T-AC--AAA---GTTAA-T-TCT-GTCCAGAGGCAG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C---AAAGTGAA------T----TTGTCA-TG-AC-A-AAA---G-TG---ATTT-TGTCT-GCTGAAAGA----T------------AA-------------------TT--------CTG-----TGCGACAA-A-TTA------A-TTTTGTGATTCAT---GA--T-CAATTTTGTTG--ACCTGAACTCGATCATTTT-TGGT-TC-T-AC--AA---------------AAT---T--CAATT--T--TTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAATAGAATTTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-C-AG-AGT--C----CA-TTTGGCGCCCC
gi|9 : CT-AAATATAATTCTCTTTAT-GC--A-ACT--TTTTACC-G---CGTTG-C-CCAA-TT-AAGT---------TTTAA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----A-CATTT-T-GTC-C-ACAAAATTCAA-TT----------A---TGAATT---------------------------------T-TTTTTCA------TTCT-GGTATG--CAAATT------AG-TT-TACAA-A--A-TCC--AAAATT--CAA--CTAATT-G-----CATAC-AAAATCCAAAT---ATGTT-AC-AAAA---GTTAA-T-TCC-GT-CC-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TG-C-T-A-C--AAAAGTGAAT-----TTAAATTGTCA-TGAACAA-AAA---G-TG---AATT-T---T-G------------TCTGCTGAAAGAGAA-------------------TTTTGTACGAC-A-----AA-------A-TTA------A-TTTTAG------T---GATTC-A--------TG--A-------TC----AATTT-TG---TTGA-TC--TG---------------AAT---T--C-ATT--T--TTGTTCT----AC-------------A-------------------AAATTCATTTTTGTCCACACAAAAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-
blockSeqs : G G GA CA C A C . C TCAA AATG . G AAGTGAAT TGTG G G TG T A . C CTG C TC A . C AG CTTG TTCAATTT GATCATGAATA . G . GCC GTTAAA GT A A A A TCGCCCGACAAGTTTGTATCACAAAACTAATTTTTGTCAGAA A GAATAT TG . TTACATGT C . C TT T C AA AG T TTCCA T AT . T . ACA A G T CCAGAGGC . T TC T A A C G TG TGTACC TAAA C T A C C ATTG TGAAA G GTC . TAAGACAAAAATTGAAATTATGTAAACACCAAAATCATTTGTATTACATGATTCGCATTTTGTTGACCTTGAACTCATTTTTGTTGTACAAAAATCAGTTTTGTCCACACGAAAACTGAATTTTTG T . T C CATG .
blockSeqs : T C . C G . . . . . ATG . G . CATG . . . . A . . TA . C T . . . GT TTCAATTT TTT . A . T AA TT T A A . ACTGAATTTTGTCACACTATTTTTT . T G . TTAT T . . . . A . . T . . AT . G . . . . . CCAGAGGC . . . . . . G . . T . C . . A . TA AT . . . TCTGCTCGAAAGATATTTTGTTGCGAACAGAAAATTAATTTTTGTGTTCATATAAATTTTGTTGACGTTGAACTCATTTTTGTTCTAACAAAATTCATTTTTTGTCACACAAAATTTTATTTTG . . . C . .
blockSeqs : A A . . . . . . . . ATG . A . CA . . . . T . . . . C . . . . CG CCCAATTT TTT . . . . AA T . G A . ATGAATTACATAACAGATT . T G . TTT . . . . . . . . T . . CT . . . . . . . ACA . . . . . . . . . G . C . . . . A AC . . . TCTGCTGAAAGATAATTCTGTGCGACAAAATTAATTTTTGTGATTCATGATCAATTTGTTGACCTGAACTCGATCATTTTTGTTCTACAAAATTCATTTTTGTCCACACAAAAATGAATTTTTG . . . C . .
blockSeqs : . . . . . A . G . CA . . . . T . . . . T . . . . G CCTAATTG TT . . . . AA T . A A . ATGAATTACATAACAGATT . . G . TTT . . . . . . . . T . . CT . . . . . . . CC . . . . . . . . . T . C . . . . T AT . . . CTGAAAGATAATTCTGTGCGACAAATTAATTTTGTGATTCATGATCAATTTTGTTGACCTGAACTCGATCATTTTTGGTTCTACAAAATTCAATTTTTGTCCACACAAAAATAGAATTTTTG . . . C . .
blockSeqs : . . A . T . CA . . . . C . . . . C . . . . C CCTAATTG TT . . . . AA T . G A . ATGAATTGACAGAACTGAA . . G . TTT . . . . . . . . A . . CT . . . . . . . CC . . . . . . . . . T . C . . . . G AA . . . TCTGCTGAAAGAGAATTTTGTACGACAAAATTAATTTTAGTGATTCATGATCAATTTTGTTGATCTGAATTCATTTTTGTTCTACAAAATTCATTTTTGTCCACACAAAAATGAATTTTG . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . C . . . . C CCAATTT TT . . . . A T . G C . ATGAATTACAGAACTGAA . . G . TTG . . . . . . . . A . . CT . . . . . . . CA . . . . . . . . . T . A . . . . C AA . . . TAATTCATGATCGGTTTTGTTAACCTGAACTCATTTTTGTTGTACAAAATTCATTTCTGTCCACACAAAAATGAATTTTG . . . T . .
blockSeqs : . . . . G . . . . C . . . . C CCCAATT TA . . . . A T . A A . TTGTTTCACAAATGGGA . . T . TT . . . . . . . . A . . CT . . . . . . . CA . . . . . . . . . T . C . . . . A AT . . . TTATTAGTTATAAATTTTGTTGAGCTGAACTCATTTTTGTCAAACAAAATTCACTTTTGGCTACGCAAAATTGAATTTCA . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . A . . . . G CCCAATT TA . . . . A T . A A . ATGACTTATT . . T . TT . . . . . . . . A . . AA . . . . . . . CA . . . . . . . . . T . C . . . . T AT . . . AACTCATTTTTGTTGTACAAAATTCATTTTTGTCAACGCAAAAATGAATTTTA . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . G CCCAATT TA . . . . A T . A A . ATGAATT . . G . TT . . . . . . . . T . . AA . . . . . . . CA . . . . . . . . . T . C . . . . C AT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . G TG T . . . . A T . A . . ATGAA . . T . TT . . . . . . . . T . . AA . . . . . . . CA . . . . . . . . . T . C . . . . G AA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . A . . ATGAA . . G . TC . . . . . . . . T . . G . . . . . . . CC . . . . . . . . . T . C . . . . G A . . .
blockSeqs : . . . . . . TGAA . . . . TT . . . . . . . . T . . A . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . G T .
blockSeqs : . . . . TT . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : *** ATG*** ** CCCAATTT*** AA**** ** ** *** C*
originalCons : NNNNNAACAAAATTNANT--TTTGGC--TCAT-AA-ATTGAATTTTGTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-ATG--ACAAA-AGTGAA--------TTTTGT--C--GACAAAAATGAATT-TT-GTCG--AC-AAAATTCAT-TTTCG-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTTTAT-GC--A-ACT--TTTTTCC-C---CATTG-C-C-AA-TT-AAGT---------TN-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----AACATTT-T-GTC-CGACAAAATTCAA-TT----------A---TGAATT---ACA-AA-CT-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTT-GGTATG--CAAATT-----TAG-TT-TACAA-A--AATCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----CATAC-AAAATCCANTT---ATGTT-AC-AAAA---GTTAA-T-TCT-GT-CA-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C--AAAAGTGAAT-----T----TTGTCA-TG-AC-A-AAA---N-TG---ATTT-T---T-G------------T------------AA-------------------TT--------C-A-----TG-------A-TCG------A-TTTTGT------C---GA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TCGT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--TTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
finalCons : NNNNNAACAAAATTNANT--TTTGGC--TCAT-AA-ATTGAATTTTGTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTTGTCATG---ACAAA-AGTGAA--------TTTTGT--C--GACAAAAATGAATT-TT-GTCG--AC-AAAATTCAT-TTTCG-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTTTAT-GC--A-ACT--TTTTTCC-C---CATTGCCCAATTT---AAGT---------TN-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AAAA----CATTT-T-GTC-CGACAAAATTCAA-TT----------A---TGAATT---ACA-AA-CT-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTT-GGTATG--CAAATT-----TAG-TT-TACAA-A--AATCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----CATAC-AAAATCCANTT---ATGTT-AC-AAAA---GTTAA-T-TCT-GT-CA-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C--AAAAGTGAAT-----T----TTGTCA-TG-AC-A-AAA---N-TG---ATTT-T---T-G------------T------------AA-------------------TT--------C-A-----TG-------A-TCG------A-TTTTGT------C---GA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TCGT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--TTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGTC-C----CA-TTTGGCGCCCCGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333 111 1111 222222 22222222 111111 111 11111 111111111111 11111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1111111 11111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11
lowQualScore : 1 1 33 000 2 8 8 111 6 7777 000000 5 3 0 00000000 444444 4 4 66 4 1 4 3 111 3 33 6 44 3 0 3 44444 555 3 66 3 777777777777 3 6 3 77777 7777 3 3 6 3 4 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 666666 2 33 5555555 5 2 0 2 33 2 55 2 33 33 5 66666 2 55 555 3 2 2 555 2 2 2 66666666 2 2 33 2 2 5 7 2 33 777777 5555 1 2 2 5 2 99999 77777 2 555 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 3 4 00 8888 4
lowQualScore : . . .. ... . . . ... . .... ...... . . . ........ ...... . . .. . . . . ... . .. . .. . . . ..... ... . .. . ............ . . . ..... .... . . . . . . ..................................................... . ...... . .. ....... . . . . .. . .. . .. .. . ..... . .. ... . . . ... . . . ........ . . .. . . . . . .. ...... .... . . . . . ..... ..... . ... . ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . . . .. .... .
lowQualScore : 0 0 88 222 5 0 0 777 7 0000 222222 7 0 7 77777777 333333 4 4 11 4 9 0 6 444 1 66 7 66 3 4 3 22222 111 2 44 3 333333333333 3 7 3 77777 1111 1 1 2 7 2 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 9 888888 5 77 8888888 3 7 8 7 77 7 99 5 44 44 2 77777 9 55 444 1 9 9 000 9 9 9 33333333 7 5 77 7 7 3 5 5 44 444444 7777 7 7 7 3 7 33333 44444 9 888 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 6 0 66 5555 0
consensus : NNNNNAACAAAATTNANT--TTTGGC--TCAT-AA-ATTGAATTTTGTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-ATG--ACAAA-AGTGAA--------TTTTGT--C--GACAAAAATGAATT-TT-GTCG--AC-AAAATTCAT-TTTCG-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTTTAT-GC--A-ACT-TTTTTCC-C---CATTGCCCAATTT-AAG-T---------TN-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----AACATTT-T-GTC-CGACAAAATTC-AATT----------A---TGAATT---ACA-AA-CT-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTTGGTATG--CAAATT-----TAG-TT-TACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----CATAC-AAAATCCANTT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCT-GT-CA-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C--AAAAGTGAAT-----T----TTGTCA-TG-AC-A-AAA---N-TG---ATTT-T---T-G------------T------------AA-------------------TT--------C-A-----TG-------A-TCG------A-TTTTGT------C---GA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TCGT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--TTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
Reference ( family-4009 ) : NNNNNAACAAAATTNANT--TTTGGC--TCAT-AA-ATTGAATTTTGTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-ATG--ACAAA-AGTGAA--------TTTTGT--C--GACAAAAATGAATT-TT-GTCG--AC-AAAATTCAT-TTTCG-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTTTAT-GC--A-ACT-TTTTTCC-C---CATTGCCCAATTT-AAG-T---------TN-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA----AACATTT-T-GTC-CGACAAAATTC-AATT----------A---TGAATT---ACA-AA-CT-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTTGGTATG--CAAATT-----TAG-TT-TACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----CATAC-AAAATCCANTT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCT-GT-CA-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C--AAAAGTGAAT-----T----TTGTCA-TG-AC-A-AAA---N-TG---ATTT-T---T-G------------T------------AA-------------------TT--------C-A-----TG-------A-TCG------A-TTTTGT------C---GA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TCGT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--TTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|1 : G--AA-TTT-TGTCATGA-C--AAAATTGAAT-----A----TTGTCA----AC-A-AAA---T-TC---ATTT-T---TTG------------T------------C--------------------TT--------C-A-----TA-------AAGCG------AATTTTGT------C---GC--A-T--------TG--ACAAA-AGTG----AATTT-TG---TCGC-GC--GAC--------------AAA---T--C-GTTAAT--TTG-TTC----A--------------A-------------------CAA-------------------AAAT-AAA-TTTTG-----------------------
gi|1 : gtgAACAAAATTCATT--TTTTGTCTTCAT-AA-AGCGAATTTTGTCGCATTGACA-A----AAGTGAATTTTGTC-GCGCGACAAATCGTTAA--------TTTGTT--C--AACAAAAATAAATT-TT-GTTG--AC-AATATTCATTTTTTG-TCT---ACCT-AAATAAGAT-CTCTTCAT-GCAAA-ACT-TTTTTCC-C---CTTTG---------AAG-T---------AA-AACATTAT-CATTTAGTAA---AA----AACAGTT-T-GT--CGACAAAATTT-GATT----------T---TGAATT---ACAGAA-CT-----------GA-A------T-TTCTTTA------TTTTGGTATGCCCAAA-T-----TAG-TTATACAA-A--AA-TTCTAAAA-TT--CAA--CAAATTTG-----CTTAC-AAAATCCACTTATAATGT-T-ACAAAAA---GTG-AAT-TCT-GT-CA-----AGAACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-C--AAAAGTGAAT-----T----TTGCCATTG-AC-A-A-------TA---A--T-T---T-G------------T------------AA-------------------GA--------C-AAAAATTG-------A---A------A-TTATGT------A---AA--CAC--------CA--A-----AATC----ATTTG-TA---T--T-AC--AT---------------GAT---TCGC-ATT--TTGTTG-ACCTTGAACTCATTTTTGTTGTA-------------------CAA-------------------AAAT-CAG-TTTTGTCCACACGAAAACTGAATTTTTGAGAACAAA-ATCACCAAT-AGTCCC----CATTTTGGCGCCCttgacaatattcattttttgtctacctaaataagatctcttcatgcaaaacttttttcccctttgaagtaaaacattatcatttagtaaaaaacagtttgtcgacaaaatttgattttgaattacagaactgaatttctttattttggtatgcccaaattagttatacaaaaattctaaaattcaacaaatttgcttacaaaatccacttataatgttacaaaaagtgaattctgtcaagaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgaattttgccattgacaataatttgtaagacaaaaattgaaattatgtaaacaccaaaatcatttgtattacatgattcgcattttgttgaccttgaactcatttttgttgtacaaaaatcagttttgtccacacgaaaactgaatttttgagaacaaaatcaccaatagtccccattttggcgccc
gi|10 : gtggaattttgtcatgacaaaattgaatattgtcACAAAAATGAATT-TT-GTCC--AC-AAAATTAAT-TTTCG-TCT---ACCT-TAATATAAT-CTCTTTAG-GC--A-ACT-TTTTTCCGT---CATTGTTCAATTT-AAG-T---------TT-AA-ATTAT-CA-TTAGT-A---AA----AACATTT-T-GTC-CAAC-AAATTC-AATT----------A---TGAATT---ACATAA-CA-----------GATT------T-TTTTTCA------TTTTGGTATG--CAAA-T-----TAG-TT-TACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTC-----CATAC-AAAATCCAATT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCT-GT-CC-----AG-AAAACA-T
gi|11 : AAAATGAATT-TT-GTCC--AC-AAAATTAAT-TTTCG-TCT---ACCT-TAATATAAT-CTCTTTAG-GC--A-ACT-TTTTTCC-G---CATTGTTCAATTT-AAG-T---------TT-AA-ATTAT-CA-TTAGT-A---AA----AACATTT-T-GTC-CAAC-AAATTC-AATT----------A---TGAATT---ACATAA-CA-----------GATT------T-TTTTTCA------TTTTGGTATG--CAAA-T-----TAG-TT-TACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTC-----CATAC-AAAATCCAATT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCT-GT-CC-----AG-AAAACA-Tcatggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|12 : AACAAAATTGAGT--TTTGTC--TCATAAA-ATAGAATTTT---A---TGACA-catggtttcaaggttatgtaaaaa
gi|12 : ATTT-T-ATG-AGACAAAACTC-AATT----------T---TGTTTC---ACA-AA-TG-----------GG-A------T-TTTGTCAGAATATTTTT--TAT-------TT-----TTG-TT-TACAA-ATTAG-TC---AAA-TTAATAA--CTAATTTG-----CAAAC-AAGATAAACTT---TTGA-T-AC-AACA---TTG-AAT-TTT-GT-CA-----AA-ACTAAT-GTG--CC-TTT---TC-C-A-CTGAATAATACATGTACCT----TTGT-A-TA-AA-A-AAAATTG-TG---ATTT-tcacaaatgggattttgtcagaatattttttatttttgtttacaaattagtcaaattaataactaatttgcaaacaagataaacttttgatacaacattgaattttgtcaaaactaatgtgccttttccactgaataatacatgtacctttgtataaaaaaaattgtgatttgttacatatttt
gi|13 : tgtcataaaattct-A-C--AAAAGTGAAG-----T----TTGTCA-TG-TC-A-AAA---A-TG---gttacatatttt
gi|13 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggtaAATTTTGTC-ATG--ACACA-AGTGAA--------TTTTGT--C--AACAAAAATGAATC-TT-GTCG--AC-ACAATTTAT-gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaattttgtcatgacacaagtgaattttgtcaacaaaaatgaatcttgtcgacacaatttat
gi|14 : gaaatcgtttcaaccaatcggcaagcggtttacaaacaaaggtaacaaaagtgaagtttgtcatgtcaaaaatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAT-TTTCG-TCTTA-ACCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GC--G-ACT-TTTTTTC-CTTGCATTGCCCAATTT-AAG-T---------TT-AA-ATTATGCA--TAGTAAT--TT----AACATTTGT-GTC-CAAC-AAATTC-AATT-------------------------------T-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTTGGTATG--CAAA-T-----TAG-TT-CAC---A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----
gi|15 : a-AC-AAAA-----T-AAT-TTTTGT-T-------G-ACAAAA-TC---AC-TTTATGTG-G-AGC--AAAAATAAAT-----T----TTGT---TG-ACCA-AAA---T-TC---ACTT-T---T-G------------TCACAACAGA---AA-------------------TT--------C-AC----TT-------T-TCA------C-TTTTGT------CATTGA--C-A---------A--A-----ATTC----ACTTTGTG---TCATGAC--AA---------------AAT---T--C-AAT--T--TTG-T
gi|15 : -AA-ATTGAATTTTGTCA---TGACACA----AAGTGAATTTTGTCAATG--ACAAA-AGTGAAAAGTGAATTTCTGTTGT--GACAAAAGTGAATT-TTGGTCA--AC-AAAATTTAT-TTTTGCTCC---ACAT-AAAgt
gi|16 : aca-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C--AAAAGTgtgattttgtcaacaaaaattattttgtgt
gi|17 : aatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggc-----------GA-A------T-TTCTTCA------TTTTGGTATG--CAAATTACATGTAG-TT-TACAA-A--AA-TGT--AAA-TT--CAA--CAAATT
gi|18 : CAAAA-TTGTCAT-TTT-TGTC-TCA-C--AAAAGTGAAT-----T-------TCA-TG-AT-A-AAA---G-TG---ATTT-
gi|19 : --AAA-TT--CAA--CAAATTTG-----CTTAC-AAAATCCAgtcatacc
gi|2 : taG--CAGATT-----T---TT-T-CAA-A--AA-CCC--AA--TC--TGA--C-AATTTGTTCCACAGACTAGAATACAG-----ATGT-TTAT-AAAAACAGTG-AAT-TTT-GT--A-----TA-ACAAAA-TTT--AC-TTT-TGGCATGA-C--AAA--TTCAT-----T----TTGTCT-TC-AC-A-AAG---C-TG---AATT-T---T-G------------TCACAAA------AA-------------------TA--------C-AAAAA-TG-------A----------A-TTTTGT------T---GA--C-A---------A--A-----ATTC----ATTTT-TG---TCc
gi|2 : AACAAAATTTACT--TTTGGCA-TGAC-AA-ATTCA-TTTTGTCT---TCACA-A----AGCTGAATTTTGTC------ACAAA-AAT-----------------------ACAAAAATGAATT-TT-GTTG--AC-AAAATTCAT-TTTTG-TCTCTGACTT-AAATAT-AT-CTCTTCAA-GC--ACACTAGTTTTTC-C---CATTGCCTAATTG-AAG-T---------TA-AA-ATTAT-CA-TTAGT-A---AA----AACA-GT-T-GTC-CGACAAAATTTAAATT----------A---TGAATTG--ACAGAA-CT-----------GA-A--------TTCTTCAT-----TTTTGGGAGG--CAAATT-----TAGCTT-TACAA-A--AATTCT--AAA-TT--CAA--CAAATTGT-----CACA--AAAATCCACTT---ATGTGG-AC-AAAA---GTTAAATGTCT-G--CA-----A--ACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-C--AAAAGTG-AT-----T----TTGTCA-TG-AC-ACAAA---A-TG---AATT-T---T-G------------T------------AAGACAAAATTAATTTTGTAATT--------CGA-----TG-------A-TCG------A-TTTTGT------T---GA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TTGT-tctgacttaaatatatctcttcaagcacactagtttttcccattgcctaattgaagttaaaattatcattagtaaaaacagttgtccgacaaaatttaaattatgaattgacagaactgaattcttcatttttgggaggcaaatttagctttacaaaaattctaaattcaacaaattgtcacaaaaatccacttatgtggacaaaagttaaatgtctgcaaacaaaattgactgttgtctacaaaagtgattttgtcatgacacaaaatgaattttgtaagacaaaattaattttgtaattcgatgatcgattttgttgacctgaactcatttttgttgt
gi|20 : gcagattttttcaaaaacccaatctgacaatttgttccacagactagaatacagatgtttataaaaacagtgaattttgtat-ATTA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|21 : TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|22 : TCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|3 : AATAAAATTAAATGATATGG-----AT-AGCACTGAATTT-GTCA---TGACA-A----AAGTGAATTTT-TC-ATG--ACAAA-GGTGAA--------TTTTGT--C--AACAAAAATGAATT-TT-GTTG--AC-AAAATTCAT-TTTTG-TCT---ACCT-AAATATAAT-CTCTACAT-GC--A-ACT-TTTTTAC-C---CATTG---------AAG-T---------TA-AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AAGTTAAACAGTT-T-GTC-CGACAAAATTC-AATT----------A---TGAATT---ACAGAA-CT-----------GA-A------T-TTCTTCA------TTTTGGTATG--CAAATTA----TAG-TT-TACAA-T--AA-TTT--AAA-TT--CAA--CAAATCTG-----CTTAC-AAAATCCACTT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCT-GT-CA-----AA-ACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-A--AAAAGTGAAT-----T----TTGTAA--G-AC-A-AAA---T-CA---ATTT-T---T-G------------T------------AA-------------------TT--------C-A-----TG-------A-TCG------G-TTTTGT------T---AA--C-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TTGT-AC--AA---------------AAT---T--C-ATT--T--CTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-CC----CA-TTTGGCGCCCCGTA
gi|4 : cgtga--ACAAA-ATTGAC--------TTTTAT--C--AACAAAAATGAATT-TC-GCCGTGAC-AAAATTGAT-TTTTT-TCT---ACTT-GAATATAAT-CT-TATATAGC--A-AAT-TTATTC---------------ATTTGAAG-TGATCATGAATA-AA-AACATACT-TTTGTAAGCCAA----AAGGTTT-TTGTTATAACAGAATTC-AATTTCGCCCGACAAGTTTGTATC---ACA-AAACTAATTTTTGTCAGA-A------TATTTTTCA------CTCTTGTCTG--CAAATT------AG-TT-TACAA-A--A--TCC--AAA-GT--ATA--TTAATTTG-----CATAT-AAAATCCACTT---ATGG-C-AC-AAAA---ATA-AAT-TTT-GT-CA-----TG-ACAAAA-GTG--AA-TTT-TGTC-C-G-C--CGAGAT-ACT-----T----TTG-CG-TG-AC-G-AAA---TATG----TTT-C---T-G------------T------------TA-------------------TT--------A-G-----TT-------A-TAA------A-TTTTGT------T---GA--G-C--------TG--A-----ACTC----ATTTT-TG---TCAA-AC--AA---------------AAT---T--C-ACT--T--TTG-GCT----AC-------------G-------------------CAA-------------------AATT-GAA-TTTCA-----------------------AGTACGAA-ATCA-CGAG-AGA-CC----CA-TTTGTCGCCCCGT
gi|5 : GAATTTTGTCA---AGACA-ATCAAAAGTGAATTTTGTC-A----ACAAA-A-TGAA--------TTTTGT--CATGAACAAAGTGAATTGTC-GTCA--ACTCAAATTCAT-TTTTG-TCT---ACCTCAAAT-TAAT-ATATT-GT-AC--A-A---TTTTTCC-C---CATTGCCTAATTG-AAG-T---------T---A-ATTAT-CA-TTAAT-A---AA----AACATTT-T-GTC-CAACAAAAGTT-AAGA----------AC--TGAATTTTGTCA-CA-CT--------------ATTTTTTT-TTTTTCA------TTTTTGTATG--CAAA-T-----CAG-TG-TCCAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----ATTAC-AAAATCCACTT---ATGT-T-AC-AAAA---CTT-AAT-TCT-GT-CA-----AT-ACAAAA-TTG--AC-TGT-TGTC-T-A-C--AAAAGTCAAT-----T----TTGT---TG-AC---------C-TG----------------------------------------AA-------------------CT--------C-A-----T---------------------TTTTGT------T---GT--A-C--------AA--A-----ATTC----ATTTT-TG---TCA-----------------------------------------------------AC-------------G-------------------CAA-------------------AAAT-GAA-TTTTA-----------------------AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT-TCCATGCA-TTTGGCGCCCCG
gi|6 : G-TCT---AC-T-AAA-ATAAT--TCTTTATTGC--A-A---TTTTGCC-G---CATTGCC-AATTT-AAG-T---------TTTAA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AT----AACATTT-T-GTCTTAACCAAATTC-AATT----------A---TGACTT--------A-TT---------------------T-TTCTTCAT-----TTTTGGTATG--CAA--T-----TAGTTT-TACAACA--AA-TCC--AAACTT--CAAAGCTAATTTG-----CATAC-AAAATCCAA-T---ACGG-T-AC--AAA---GTT--AT-TCT-GTACA-----GC-ACAAAATTTG--ACTTTT-TGTC-T-A-C--AAA--TGA-------C----TTGTCA-T--AC-A-AAA---G-TGTGAAATT-T---T-G-----------------------------------------------T--------C-------TG-------C-TCGAAAGATA-TTTTGTTG----C---GA--A-C--------AGAAA-----ATTA----ATTTT-TGTGTTCAT-AT--AAATTTTGTTGACGTTGAAC---T--C-ATT--T--TTG-TTCTA--AC-------------AAAATTCATTTTTTGTCACACAA-------------------AATT-TTA-TTTTG-----------------------A-AACAAATATCA-CAAGTAGT--C----CA-TTTGGCGCCCCGT
gi|7 : tTTCG-TCT---ACCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GC--A-ACT-TTTTTTC-CG--CATTGCCCAATT--AAG-T---------T--AA-ATTAT-CA-TTAGTAA---AA------CATTT---GTC-CAACAAAAT-C-AATT----------A---TGAA-----------------------------------T-TTTTTCAT-----TTTTTGTATG--CAAA-T-----TAG-TT-CACAA-A--AA-TCC--AAA-TT--CAA--CTAATTTG-----CATAC-AAAATCCAAAT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCT-GTCCAGAGGCAG-ACAAAA-TTG--AC--TT-TGTC-T-A-C--CAAAGTGAA------T----TTGTCA-TG-AC-A-AAA---G-TG---ATTTGT---T-GTCTGCTGAAAGAT------------AA-------------------TT--------CTG-----TGCGACAAAA-TTA------ATTTTTGT----------GATTC-A--------TG--A-------TC----A-ATT-TG---TTG--ACCTGA---------------ACTCGAT--C-ATT--T--TTG-TTC-----T-------------A-------------------CAA-------------------AATT-CAT-TTTTGTCCACACAAAAATGAATTTTTG-AGAACAAA-ATCA-CAAG-AGT--C----CA-TTTGGCGCCCCG
gi|8 : CCT-AAATATAAT-TTCTTTAT-GC--A-ACT-TTTTTCC-G---CATTGCCCAA-TT-AAG-T---------TA-AA---TAC-TA-TTAGT-----AA----AACATTT-T-GTC-CAACAAAATTC-AATT----------A--------------------T-----------GA-A------T-TTTTTCA------TTTT-GTATG--CAAATT-----GAG-TT-CAC-A-A--AA-TCC--AAA--T--CAA--C-AATTTG-----CATAC-AAAATCCAAAT---A----T-AC--AAA---GTT-AAT-TCT-GTCCAGAGGCAG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TGTC-T-A-C---AAAGTGAA------T----TTGTCA-TG-AC-A-AAA---G-TG---ATTT-TGTCT-GCTGAAAGA----T------------AA-------------------TT--------CTG-----TGCGACAA-A-TTA------A-TTTTGTGATTCAT---GA--T-CAATTTTGTTG--ACCTGAACTCGATCATTTT-TGGT-TC-T-AC--AA---------------AAT---T--CAATT--T--TTG-TCC----AC-------------A-------------------CAA-------------------AAATAGAATTTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-C-AG-AGT--C----CA-TTTGGCGCCCC
gi|9 : CT-AAATATAATTCTCTTTAT-GC--A-ACT-TTTTACC-G---CGTTGCCCAA-TT-AAGTT---------TT-AA-ATTAT-CA-TTAGT-A---AA----AACATTT-T-GTC-C-ACAAAATTC-AATT----------A---TGAATT---------------------------------T-TTTTTCA------TTCTGGTATG--CAAA-T-----TAG-TT-TAC-A-A--AA-TCCA-AAA-TT--CAA--CTAA-TTG-----CATAC-AAAATCCAAAT---ATGT-T-AC-AAAA---GTT-AAT-TCC-GT-CC-----AG-ACAAAA-TTG--AC-TTT-TG-C-T-A-C--AAAAGTGAAT-----TTAAATTGTCA-TGAACAA-AAA---G-TG---AATT-T---T-G------------TCTGCTGAAAGAGAA-------------------TTTTGTACGAC-A-----AA-------A-TTA------A-TTTTAG------T---GATTC-A--------TG--A-------TC----AATTT-TG---TTGA-TC--TG---------------AAT---T--C-ATT--T--TTGTTCT----AC-------------A-------------------AAATTCATTTTTGTCCACACAAAAAT-GAA-TTTTG-----------------------AGAACAAA-ATCA-