lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111 11 11 8888888888888888888 1111 11 22222 22222 2 1 111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222 2222222222222222 1 111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 3333333 1 111111
lowQualScore : 6 6 5 888 6 44444444444444444444444444444444444444444444444444 99 66 22 4 1111111111111111111 1 7 6666 999 55 7 7 3 88888 6 4 77 22222 0 0 3 777 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 55555 3333333333333333 66 55 1 000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 222222 99 6666666 6 7 6 2 6 777777 0
lowQualScore : . . . ... . .................................................. .. .. .. . ................... . . .... ... .. . . . ..... . . .. ..... . . . ... .............................................................................................................................................................................................................................................................................. . ..... ................ .. .. . ... ............................................................................................................. . ...... .. ....... . . . . . ...... .
lowQualScore : 0 0 0 000 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000 55 55 00 0 8888888888888888888 0 3 0000 333 77 3 0 7 33333 5 2 88 22222 2 0 3 777 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 88888 3333333333333333 11 99 9 000 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 444444 22 8888888 0 5 7 0 3 000000 7
consensus : TACTGAGCATCCAATGGGCCTTCTTTGTGGCTC-ACCAAACTTTTGAAATCCANGGAAACTTTCACATGTGGATCTAGGCCCANGTNNGGGAAAGGTTCATCANGTATTGAAAANGCATA-AT--TCAT----AATCTTCTGTATTTCTGGACATCNAGCAGNAAAACTGTTGGNA---TTATTATGAACAACTGGCC-GCCTACC-AAAA-TCGTG-A-ATTCGT-TCG----GTTAA--TTTTGTGACCCNGNNCANGGCTGCATTGATCATACGTTG----A-AAATGC-ATTA-C----T--TGCTTCA-AA--AAT---TTC--TC-TATT--CCTGNACATCAAGCG--NACAA-A---CTGT--G-ANCACATTACTAT--GAG-CAA-TGNGTTTT--CTTCTGANTGAA-CTC--GATATTC-CGTNA--CTTATC---------AG-ACTCAAATAG-AAA--NT-T--AT-TT---TT----GATGTG-----ATAAAACTTA-CTCT--C-CTAT-AAAAGAATTGTAAATT-ATCAATTGCGTATG---ATAGTCA--------NA-CNAATNTAT-----TG------ATCA---AG--TACA-AAGTAT-AAAAA-TGNGAAGTACGNAAAG-CACACANGTA----NCGC-AACGAT---TTCTAAAG-AT--NAAA--AA-T----GCGCATACTCAGGTGA-CCGTTAAGACCCAT--G--GCCCTTT
Reference ( gi|1 ) : TATTGAGCGTGCAATGAATCCTCTTTG---CTCTACCAAACTCCTGAATTCCAAAGAA-C---CA-----GGGTCGAGGTCTTGGTTGGGAGAAAGTTTATCATATATTGAAAACCCATA-AT-TTCATTAAAAATCTTTTGTATTTCTCGATATCCAACAGGAAAACTGTTTGCA---TCATTATGAGCAATTGGTC-TTCTACT-AAAA-TTGTG-A-ATTCATGTTACACGGTTAAGGTTCTG-GTCCCAGAATATAAACGCATTGATCGTATGTTG----ACAAATGC-ATTAAC----T--TGCTTCA-AA--AGT---TTC--TT-TATT--CCTGTACATCAAGCA--CACAA-A---TTAT--G-AGCA-ATCATTAT--GAG-CAT-TGGGTTTT--CTTCTAAATGAA-CT---GATATTC-TGTGAGGCTTAT----------AGAACCCAAACAA-AAA--CT-T--AT-TT---TT----GCTGTG-----ATAAAACTTA-CGCT--C-CTGT-AAAAGAATTGTAAATT-ATAAATTGTGTATG---ATAGTAA--------AA-CAAATGTAT-----TG------ATCA---AG--TACC-AAGTAT-AAGAACTGTAAATTACACAAAG-CACACAAGGA----ACAA-AACGATA--TTTTAAAG-GT--AAAA--AA-A----ATGCATATTCGGGTGA-CCGTTACGGCCCAT--G--CCCCTCT
gi|7 : TACTGAGCATCCAATGGGCCTTCTTTGTGGCTC----AAATTT-TGAAATCTATGGAAAC---TACATGTAGATCTAGGTCTATATAGGGGAAAAGTTCATCAAATATTGAAAAGGCATATAT-ATCATCACCAATCTTCTGTATTTCTGAACATCTAGCA-GAAAACTGCTGGCAATGTTATAATGAGCAACTGGCT-ATCTACC-A
gi|3 : ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-CTTTCA-----GGAT---GGCCCAGGTTCGGGAAAGGTTTATCATGTATTGAAAATGCA-------TC-------ATCCTCTGTGTTTCTGGTCCTTCAGCAAAAAAAC--TTTGTA---GTATTAT-AATAATTAATTGTCCTAATCAAAATTTGTGAA-ATTCGTCTCA-----------TTTTGTGACCCTGCTTAGGGCTGTATTGAACATACACTG----ACAAATGC-AT---C----T--T--TT---AA--AAT---TTC-----------CC--TCCATCAAGTG--CACAA-A---GTAT--
gi|6 : TA-ATCTTCAT---AAATCTTTTTTA---CTGGACATCATGCAGTCCAACTGTTGGAA---TTATTATAAACA--TGCGC-GCTTATTGAAAA-CCGTA-AGATTTAT-TTGCACTATTAtgtgtatccatgaatatggaaagtagaaaattgtatttctctgtgatgtgataagacttgctcttctatgaaagaatagcatattattgattgcatgtgata
gi|10 : tgaaaattataaatgATGACCAACTGGCC-GTCTACC-GAAA-TTGTG-A-ATT----------GGTTAA-------------AGGACATA----------TCGCATGTT-------------------C----T--TGTCCCA-GATAAGT---CTCGATCATATT--CCTGTACA-AAAGCA--CTCAACA---TT-T--GTACC---TCCCTTT--GAG-CAC-TGGGTTTT--CTACTAAAgaactcaaaaagcaaatttcaatttgctttgaagtgatgaaatttaactctcctatgaaaaaaatttaaactgataaattgtgtatgatagttatgtataccaatatatctattgtctaatacaaagtatatcaaattgaaaagta
gi|2 : GCATTGATTATTTGTTG----A-AAATGCTATTATA----TAATAC--CA-AA--AAGAAATTC--CC-CATGAACCT-TA-ATTAAGCA--GACTG-C---CTGTTCG-ATTACAT-ATGAT--GAG-CAA-TGTGTCTTTGCATTTGCCT--A-TT---GATAT----------CTTA------------------AAATAG-AAATTCC-C--AT-TTCG-TT----GTGGTGTC---ATAAAACTT---GCT--CAC-----AAATAATTTCAGATT-ATCAGTTGTTGATGGAAACAATAA--------TATCAAATG-ATG----TGTTTAACATCT---AG--TACA-GAGTAT-GCAAATGGTGGAGTACAAACAG-CAATCATGTA----ACAT-TATGAT---TTTTAAAG-AT--AAAA--CA-T----GCGCGCACTCAGGTGA-CCGTTTAGGTCCATAGG--CCTCTattggatact
gi|4 : gagttctcatcattgcaATAGATCATATGTTG----A-AAAT-C-ATTA---------TATTTTA-GA--AGA---TCC--TA-T-TT--CCTGGACGTCGAGCGAGCACAA--------------GCACATTCCTATCCAAA-CAA-TGAGCT----CTTCT---TGAAACTCG-GAT-TTT-TGTCA--TTTATC---------AG----TAAATGA-GAA--AT-T--ACATT---TC----GCTGTGATGTGATAAAACCTA-C-CTAGC-AT-T-AAAATGATGCTAAATT-ATCAATTGCGCATC---ATAATCA--------CG-CCAATTTAT-----CT------ATCATCTAG--TACA-AAGTATCAAGAA-TGAGAAGTGGTGAAAGCCACACGAGAGCTCTACAATCACG------TCTA-----T--AAAATTAA-AC---GCGCATACCGAAGTGA-CAGTTAAGACCtg
gi|5 : agTGATTATA-GTTGTGATAGAAATGC-A--AATGTTTT--TG--TCAGAA--AAT---GT----T-TACT--CTTGGACATTAGGCA--GACAA-AATGTT-T--G-CACA-ACTA--AA--GAGGTAA-AGAGTCCT--CTT-TGAA--AA-CTTTAAACATTCATTTGAC-CTGAT----------AGTACTCAAATAG-AAA--AT-C--GC-TG---T-----GATGTG-----ACTTAACTTA-CTCA--C-CCAT-AAAAGAGTTGGAAATC-ATCAACTGTGTATG---ATAGTCA--------TA-CTAATAATT-----TC------ATCAT--CGTCTACA-AAGTAT-GATAA
gi|6 : aggtctgaaccagggccttagttaaCTTCATAA--A------TC--TT-TTTT--ACTGGACATCATGCA--GTCCA-A---CTGT--T-GG-A-ATTATTAT--AAA-CATGCGCGCTT---------ATTGAA------AA----C-CGTAAGATTTATTTGCACTATTAGAACTCAAAAAGCAAA--TT-TCAAT-TTGCTTT----GAAGTG-----ATGAAATTTAACTCT--C-CTATGAAAAAAATT-TAAACTGATAAATTGTGTATG---ATAGTTATGTATACCAA-TATATCTAT-----TG-------TCT---AA--TACA-AAGTAT-Aaaa
gi|3 : tgaaaattataaatgtaatA-AAA--TTGT--AT-TT---CTCTGTGATGTG-----ATAAGACTTG-CTCT--T-CTAT-GAAAGAATAGCATATT-ATTGATTGCATGTG---ATAtcaaattgaaaagta
gi|8 : accaaacttttgaaatccaaggaactttcaggatggcccaggttcgggaaaggtttatcatgtattgaaaatgcatcatcctctgtgtttctggtccttcagcaaaaaaactttgtagtattataataattaattgtcctaatcaaaatttgtgaaattcgtctcattttgtgaccctgcttagggctgtattgaacatacactgacaaatgcatcttttaaaatttccctccatcaagtgcacaaagtattgtgtatccatgaatatggaaagtag-TT---GT----GATATG-----ATAAAACTTG-CTCT--C-CTAT-TAAAGGATAGTAAATT-ATCAATTGTGTGTG---ATAGTCA--------AT-CTAGTCCATCTTTCTG------CT-----GG--TACA-AAGTAT-AAAAA-TGGAAA--ATGTAAAG-TATGCAGGTA----GCGC-ACTGAT---TTTTAAAG-
gi|9 : gaacactgagaattaaatgcgaaattgcatttcaT-AAATGAATTGTAAAT---------GTGTACA---ATATTAG--------A-------GTAT------G------A--A---AG--TAGAGAAGTAT-AA--------AATT---------TACACATGTA----TTGC-AATGAT---TTCTAA-G-GTCCAAAA--AA-T----ATGCATACTCAGATGACCCATTAAGGCCAAT--GGACCCTTTT
gi|11 : tgaaatacaaAAAG-CACACAGGTA----ACAC-AATAAT---TTCTAAAGAGT--TAAA--AA-T----GTGCATACTAAGTTAA-TTGCTATG----AT--G--GGCCTCTgtatattgaaaat
gi|13 : ttaccaatttgtagatgtatgcaatttgaatatggtctttaatttatctagtacaaagtatgG-CACACAATTA----TTAC-ATTGAT---CTCTAAAG-AT--GAAA--AATT----GTGCATACTCATATGG-TTGTTAAGACCCAT--G--GACCTTTtgtctt
gi|15 : ACAATAATTTTCAAAG-AC--CAAA--AT-ATGTGATACTCACTCTGGTGA-CCATTTTGACCCAT--G--GCCtgttttgataa
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTACCAAGATTGTAGATGTATGCAATTGAATATGTCTTTAATTTATCTAGTACAAAGTATGAAAGCACAACAGGTAACACAATAATTTCTAAAGAGTTAAAAATGTGCATACTAAGTTAATTGCTATGATGGCCTCTTGT
Unaligned ( gi|14 ): CAAAACCATCAAAATCAATGTAATCTTGAAAAATCTTTTACTCCTGGGCATCAAGCAGTTGGACTATT
Unaligned ( gi|16 ): ATTTTTAAACTGTTCAATAGCGCGATGCTCAGGTGACTGTTAGGGTCCATGAGCCTCTTGTCATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 888888888888 11 777777777777777 1 1 222 111 1 1 1 11 66666666666666 1 3333333 222222222222222 2222222222222 1111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555555555555555 111111 1 1 111111 555555555555555555555555555555555555 111111 44444444444444444444444 111
lowQualScore : 2 000 3 6 6 1 000000000000 33 0 111 22 0 0 11 1 444444444444444 2 1 1 0 6 5 1 333 2 4 222 0 3 6 3 88 22222222222222 5 4 1 222 44 4 9 0000000 8 666666666666666 1 5 66 4444444444444 1 2 0000 333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 5 1 1111111111111111 5 6 3 555555 0 2 0 5 0 5 444444 111111111111111111111111111111111111 66 222222 777 00000000000000000000000 5 5 1 0 1 3 2 4 777 4 55 111 1 4 4 0 1 9999 4 4 8 77
lowQualScore : . ... . . . . ............ .. . ... .. . . .. . ............... . . . . . . . ... . . ... . . . . .. .............. . . . ... .. . . ....... . ............... . . .. ............. . . .... ... ............................................................................................................ . . . . ................ . . . ...... . . . . . . ...... .................................... .. ...... ... ....................... . . . . . . . . ... . .. ... . . . . . .... . . . ..
lowQualScore : 5 555 3 7 7 0 777777777777 77 7 333 00 7 7 77 0 222222222222222 5 2 0 8 5 0 0 333 5 5 222 0 3 0 3 33 77777777777777 5 0 0 777 77 7 6 0000000 0 111111111111111 4 0 99 1111111111111 4 8 6666 000 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 7 7 0 4444444444444444 7 7 7 888888 1 5 0 0 0 1 444444 000000000000000000000000000000000000 11 888888 888 33333333333333333333333 0 0 0 1 0 1 4 0 000 0 55 111 0 4 4 7 1 4444 4 0 6 55
consensus : TACTGAGCGTNCAATGGGCCCTCTTTGTGGCTC-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-CT-CCA-----GGATC-AGGTCTAGGTTGGGGAAAAGTTTATCATATATTGAAAACGCATA-AT-T-CATCA--AATCTTCTGTATTTCTGGACATCCAGCAGNAAAACTGTT-GCA---TTATTATGAGCAACTGGCCG-TCT-ACCAAAA-TTGTG-AATTC--GT-T---CGGTTAAGGTTCTGTGNCCCNGNNTATNGCCGCATTGATCATACGTTG-----ACAAATGC-A----TTA-CTTGCT-TCA-AA--AAT---TTC--TC-TATTCCTGGAC----ATCAAGCGNACAA---ANTGT--G-AGCACATCACTAT--G------AG-CAA--TGNGTTTT--CTT-CT-GA-AT-A----ACTC--G--ATATTC-T-T-A--C-TTATNAG-A-CTCAAAT-A-G-AAATT-C--ATTT---C--TGTG-ATGTGATAAAACTTA-CTCTCCTA----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-CAATTGTGTATG------ATAGT----CANACNA----ATNTA-T-----TNATCNT--AG--TACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GA-GAAGTACGGAAAG-CACA-CAGGTAACGCAATGAT-T---TCTA-AA--G-A-TNAAAA-AT-GCGCATACTCA----GGTGA-CCGTTANGGCCCATGG-NCCTCT
Reference ( family-3973 ) : TACTGAGCATCCAATGGGCCTTCTTTGTGGCTC-ACCAAACTTTTGAAATCCANGGAAACTTTCACATGTGGATCTAGGCCCANGTNNGGGAAAGGTTCATCANGTATTGAAAANGCATA-AT-T-CAT----AATCTTCTGTATTTCTGGACATCNAGCAGNAAAACTGTTGGNA---TTATTATGAACAACTGGCCG-CCT-ACCAAAA-TCGTG-AATTC--GT-T---CGGTTAA--TTTTGTGACCCNGNNCANGGCTGCATTGATCATACGTTG-----A-AAATGC-A----TTA-CTTGCT-TCA-AA--AAT---TTC--TC-TATTCCTGNAC----ATCAAGCGNACAA---ACTGT--G-ANCACATTACTAT--G------AG-CAA--TGNGTTTT--CTT-CT-GA-NTGA----ACTC--G--ATATTC-CGTNA--C-TTATCAG-A-CTCAAAT-A-G-AAANT-T--ATTT---T----TG-ATGTGATAAAACTTA-CTCTCCTA----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-CAATTGCGTATG------ATAGT----CANACNA----ATNTA-T-----TGATCA---AG--TACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GN-GAAGTACGNAAAG-CACA-CANGTANCGCAACGAT-T---TCTA-AA--G-A-TNAAAA-AT-GCGCATACTCA----GGTGA-CCGTTAAGACCCATGG-CCCTTT
gi|1 : TATTGAGCGTGCAATGAATCCTCTTTG---CTCTACCAAACTCCTGAATTCCAAAGAA----CCA-----GGGTCGAGGTCTTGGTTGGGAGAAAGTTTATCATATATTGAAAACCCATA-AT-TTCATTAAAAATCTTTTGTATTTCTCGATATCCAACAGGAAAACTGTTTGCA---TCATTATGAGCAATTGGTCT-TCT-ACTAAAA-TTGTG-AATTCATGT-TACACGGTTAAGGTTCTG-GTCCCAGAATATAAACGCATTGATCGTATGTTG-----ACAAATGC-A----TTAACTTGCT-TCA-AA--AGT---TTC--TT-TATTCCTGTAC----ATCAAGCACACAA---ATTAT--G-AGCA-ATCATTAT--G------AG-CAT--TGGGTTTT--CTT-CT-AA-ATGA----ACT---G--ATATTC-TGTGAGGC-TTATAGA-A-CCCAAAC-A-A-AAACT-T--ATTT---T----TG-CTGTGATAAAACTTA-CGCTCCTG----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-AAATTGTGTATG------ATAGT----AAAACAA----ATGTA-T-----TGATCA---AG--TACCA------AGT---AT-A--AGAACT-GT-AAATTACACAAAG-CACA-CAAGGAACAAAACGATAT---TTTA-AA--G-G-TAAAAA-AA-ATGCATATTCG----GGTGA-CCGTTACGGCCCATGC-CCCTCT
gi|10 : ATGACCAACTGGCCG-TCT-ACCGAAA-TTGTG-AATTG--GT-T---
gi|10 : -CTTGTC-CCA-GATAAGT---CTCGATCATATTCCTGTAC----A-AAAGCACTCAA---CATTT--G---TACCTCCCTTT--G------AG-CAC--TGGGTTTT--CTA-CT-AA----A----ATTG--G--ATACTaaaggacatatcgcatgttcttgtcccagataagtctcgatcatattcctgtacaaaagcactcaacatttgtacctccctttgagcactgggttttctactaaaattggatact
gi|11 : atgaccaactggccgtctaccgaaattgtgaattggttaaaggacatatcgcatgttTTGTAGATGT-ATGCAATT-TGAAT-------ATGGT----C-----------TTTAAT-----TTATCT---AG--TACAA------AGT---AT----------------------GAAAG-CACA-CAGGTAACACAATAAT-T---TCTA-AA--G-AGTTAAAA-AT-GTGCATACTAA----GTTAA-TTGCTATG----ATGG-GCCTCT
gi|12 : ttaccaatAAGA-TTGTAGATGT-ATGCAATTGAATATG----------T----C-----------TTTAAT-----TTATCT---AG--TACAA------AGT---AT----------------------GAAAG-CACAACAGGTAACACAATAAT-T---TCTA-AA--G-AGTTAAAA-AT-GTGCATACTAA----GTTAA-TTGCTATG----ATGG-CCTCTTtgtctt
gi|13 : ttaccG-CACA-CAATTATTACATTGAT-C---TCTA-AA--G-A-TGAAAA-ATTGTGCATACTCA----TATGG-TTGTTAAGACCCATGG-ACCTTTgt
gi|14 : CT-TGA-AA--AAT---CTT--T--TACTCCTGGGC----ATCAAGCtgttttgataa
gi|14 : caaaaccatcaaaatcaatgtaat----AATCTTTT--ACTCCTGGGCATCAAGCAGTTGGACTATTagttggactatt
gi|15 : caaaaccatcaaaatcaatgtaatcttgaaaCAATAAT-T---TTCA-AA--G-A-CCAAAATAT-GTG-ATACTCACTCTGGTGA-CCATTTTGACCCATGG-C
gi|16 : aAT-T---TTTA-AACTG-T-TCAATA-GC-GCG-ATGCTCA----GGTGA-CTGTTAGGGTCCATGA-GCCTCTtc
gi|2 : CATTGCAGCATTGATTATTTGTTG-----A-AAATGCTA----TTA-TATAATACCA-AA--AAGAAATTC--CC-CAT----GAACCTTAATTAAGCAGACTG---CCTGTTCG-ATTACAT-ATGAT--G------AG-CAA--TGTGTCTTTGCAT-TT-GC-CTA-------TT--G--ATAT----------C-TTA----------AAAT-A-G-AAATT-CCCATTT---CGTTGTG-GTGTCATAAAACTTG-CTCAC----------AAATAATTTCAGAT-T-AT-CAGTTGTTGATGGAAACAATAATAT--CAAATGA-----TGTG-T-----TTAACATCTAG--TACAG------AGT---AT-G--CAAA-T-GGTGGAGTACAAACAG-CAAT-CATGTAACATTATGAT-T---TTTA-AA--G-A-TAAAAC-AT-GCGCGCACTCA----GGTGA-CCGTTTAGGTCCATAG-GCCTCTtgtcatg
gi|3 : gagttctcat-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-CTTTCA-----GGAT---GGCCCAGGTTCGGGAAAGGTTTATCATGTATTGAAAATGCA------T-C-------ATCCTCTGTGTTTCTGGTCCTTCAGCAAAAAAACT-TT-GTA---GTATTAT-AATAATTAATTGTCCTAATCAAAATTTGTGAAATTC--GTCT---C-----A--TTTTGTGACCCTGCTTAGGGCTGTATTGAACATACACTG-----ACAAATGC-A----T---CTT--T-T---AA--AAT---TTC--CC----TC-----C----ATCAAGTGCACAAAGTATTGT--GTATC-CATGAATAT--GGAAAGTAG-AAAATTGTATTTC--TCT-GT-GATGTGATAAGACTT--G--CTCTTC-----------TATGAA-A----GAAT-A-G-CATAT-T--ATTGA--T----TGCATGTGATAtg
gi|4 : ATAGATCATATGTTG-----A-AAAT-C-A----TTA---TATT-TTA-GA--AGA---TCC--TA-T-TTCCTGGAC----GTCGAGCGAGCAC---A--------AGCACATTCCTATCCA------AA-CAA--TGAGCT----CTT-CTTGA----A----ACTC--GG-AT-TTT-TGTCA--T-TTATCAG-----TAAATGA-G-AAATTAC--ATTT---CGCTGTG-ATGTGATAAAACCTA-----CCTAGCATT-AAAATGATGCTAAAT-T-AT-CAATTGCGCATC------ATAAT----CACGCCA----ATTTA-T-----CTATCATCTAG--TACAA------AGT---ATCA--AGAA-T-GA-GAAGTGGTGAAAGCCACA-CGAG-AGCTCTACAAT-CACGTCTATAA--A-A-TT--AA-AC-GCGCATACCGA----AGTGA-CAGTTAAGACC
gi|5 : agTGATTATA-GTTGTGATAG-AAATGC-AAATGTT--TTTG---TCAGAA--AAT---GTT--T---ACTCTTGGAC----ATTAGGCAGACAA---AATGT--T-TGCACA--ACTAAA-G------AGGTAA--AGAGTCCT--CTT--T-GA-A--A----ACTTTAA--ACATTCATTTGA--C-CTGATAGTA-CTCAAAT-A-G-AAAAT-C--GCTG---T-----G-ATGTGACTTAACTTA-CTCACCCA----T-AAAAGAGTTGGAAAT-C-AT-CAACTGTGTATG------ATAGT----CATACTA----ATAAT-T-----TCATCAT--CGTCTACAA------AGTATGAT-A--AAAA-
gi|6 : aggtctgaaccagggccttagttaaCT-TCA-TA--AAT-----C--TT-TTTTACTGGAC----ATCATGCAGTCCA---ACTGTTGG-A----ATTATTAT--A------AA-CA---TGCGCG----CTTATT-GA-A--A----AC-C--GTAAGATTT-ATTTG--CACTATTAG-AACTCAAAA-A-GCAAATT-TCAATTTGCTT----TG-AAGTGATGAAATTTAACTCTCCTA----TGAAAAAAATT-TAAAC-TGAT-AAATTGTGTATG------ATAGTTATGTATACCAATATATCTA-T-----TG-TCT---AA--TACAA------AGT---AT-ATCAAAT-T-GA-AAAGTA
gi|7 : tgaaaattataaatgtaatTACTGAGCATCCAATGGGCCTTCTTTGTGGCTC-A---AA-TTTTGAAATCTATGGAAACT---ACATGTAGATCTAGGTCTATATAGGGGAAAAGTTCATCAAATATTGAAAAGGCATATATAT-CATCACCAATCTTCTGTATTTCTGAACATCTAGCAG-AAAACTGCTGGCAATGTTATAATGAGCAACTGGCTA-TCT-ACCA
gi|8 : AG-A-ATTAAAT-GCG-AAATTGC--ATTT---CATTGTG-ATATGATAAAACTTG-CTCTCCTA----T-TAAAGGATAGTAAAT-T-AT-CAATTGTGTGTG------ATAGT----CAATCTA----GTCCA-TCTTTCTGCT-----GG--TACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GG-AAA--ATGTAAAG-TATG-CAGGTAGCGCACTGAT-T---TTTA-AA--G-
gi|9 : gaacactgG--TACAATATTAGAGT---AT-G--AAAG-TAGA-GAAGTATAAAATT-TACA-CATGTATTGCAATGAT-T---TCTA-AG--GTC-CAAAAA-AT-ATGCATACTCA----GATGACCCATTAAGGCCAATGGACCCTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 4444444444444444 6666666666666666666 1 2 222 11 1 1 222222222222222222222222222222 11 11 11 111 1111 2222222222222222 2222222222222 1111 22222 11 1111 11 888888888888888888888888888888888888888888888 3333333 22 1111111 111111 2222222222 1 333 111111 44444444444444444444444 1111 111 1
lowQualScore : 1 000 3 6 6 6666666666666666 3 1111111111111111111 4 6 6 333 2 0 0 33 3 3 333333333333333333333333333333 44 1 1 55 00 3333 555 2222 7 5 5 8888888888888888 1 5 66 4444444444444 1 1 0000 333 6 1 44444 2 7 55 6 7 1 8888 00 6 777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 5 3333333 5 33 77 5 1 2222222 1 8 4 8 222222 66 2222222222 1 0 1 66 111 66 222222 777 00000000000000000000000 5 5 2 0 1 0000 4 4 55 111 1 4 4 0 1 9999 4 1 6 0
lowQualScore : . ... . . . ................ . ................... . . . ... . . . .. . . .............................. .. . . .. .. .... ... .... . . . ................ . . .. ............. . . .... ... . . ..... . . .. . . . .... .. . ............................................. . . . ....... . .. .. . . ....... . . . . ...... .. .......... . . . .. ... .. ...... ... ....................... . . . . . .... . . .. ... . . . . . .... . . . .
lowQualScore : 0 555 3 7 7 0000000000000000 7 0000000000000000000 0 7 7 333 5 2 2 88 3 3 777777777777777777777777777777 00 0 0 00 22 2222 555 1111 9 7 7 2222222222222222 4 0 99 1111111111111 4 4 6666 000 6 7 22222 5 8 88 7 5 0 0000 33 7 555555555555555555555555555555555555555555555 7 7 7 6666666 7 66 99 7 9 6666666 1 9 4 9 888888 11 6666666666 0 0 0 99 444 11 888888 888 66666666666666666666666 0 0 2 1 2 8888 0 0 55 111 0 4 4 7 1 4444 4 0 4 8
consensus : TACTGAGCGTNCAATGGGCCCTCTTTGTGGCTC-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-CT--CA---GGATC-AGGTCTAGGTTGGGGAAAAGTTTATCATATATTGAAAACGCATA-AT-T-CATCA--AA--TCTTCTGTATTTCTGGACATCCAGCAGGAAAACTGTT-GCA---TTATTATGAGCAACTGGCCGTCT--ACCAAAA-TTGTG-AATTC--GTC----GGTTAAG-------------GTTCTGTGTCCCAG-ATATAGCCGCATTGATCATA--CGTTG----ACAAAT-GC-A----T-TA-CTTGCT-TCA-AA--AAT---TTC--TC-TATTCCTGGAC----ATCAAGCGNACAAANTGT--GAGCACATCACTAT--GAG-CAATGNGTTTT--CTT-CT-GAA--AACTC--G--ATATTCATT-TG--G---C-TT-ATNAGA-CTCAAAT-A-G-AAA-TT-C--ATTT-C--T--GTGATGTGATAAAACTTG-CTCTCCTA----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-CAATTGCGTATG------ATA--GT----CANACTAATNTA-TTTAT--C--CTAG--TACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GA-GAAGTACGGAAAG-CACA-CAGGTAAC---ACAATGAT-TTCTA-AA--G-A-TNAAAA-AT-GCGCATACTCA----GGTGA-CCGTTANGGCCCATGGGCCTCT
Reference ( family-3973 ) : TACTGAGCGTNCAATGGGCCCTCTTTGTGGCTC-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-CTC-CA---GGATC-AGGTCTAGGTTGGGGAAAAGTTTATCATATATTGAAAACGCATA-AT-T-CATCA--AA--TCTTCTGTATTTCTGGACATCCAGCAGNAAAACTGTT-GCA---TTATTATGAGCAACTGGCCGTCT--ACCAAAA-TTGTG-AATTC--GTT---CGGTTAAG-------------GTTCTGTGNCCCNGNNTATNGCCGCATTGATCATA--CGTTG----ACAAAT-GC-A----T-TA-CTTGCT-TCA-AA--AAT---TTC--TC-TATTCCTGGAC----ATCAAGCGNACAAANTGT--GAGCACATCACTAT--GAG-CAATGNGTTTT--CTT-CT-GAAT-AACTC--G--ATATTC--T-T---A---C-TT-ATNAGA-CTCAAAT-A-G-AAA-TT-C--ATTT-C--T--GTGATGTGATAAAACTTA-CTCTCCTA----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-CAATTGTGTATG------ATA--GT----CANACNAATNTA-TTNAT--C--NTAG--TACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GA-GAAGTACGGAAAG-CACA-CAGGTAAC---GCAATGAT-TTCTA-AA--G-A-TNAAAA-AT-GCGCATACTCA----GGTGA-CCGTTANGGCCCATGGNCCTCT
gi|1 : TATTGAGCGTGCAATGAATCCTCTTTG---CTCTACCAAACTCCTGAATTCCAAAGAA-C---CA---GGGTCGAGGTCTTGGTTGGGAGAAAGTTTATCATATATTGAAAACCCATA-AT-TTCATTA--AAAATCTTTTGTATTTCTCGATATCCAACAGGAAAACTGTTTGCA---TCATTATGAGCAATTGGTCTTCT--ACTAAAA-TTGTG-AATTCATGTTACACGGTTAAG-------------GTTCTG-GTCCCAGAATATAAACGCATTGATCGTA--TGTTG----ACAAAT-GC-A----T-TAACTTGCT-TCA-AA--AGT---TTC--TT-TATTCCTGTAC----ATCAAGCACACAAATTAT--GAGCA-ATCATTAT--GAG-CATTGGGTTTT--CTT-CT-AAATGAACT---G--ATATTC--TGT---GAGGC-TT-ATAGAA-CCCAAAC-A-A-AAA-CT-T--ATTT-T--T--GC--TGTGATAAAACTTA-CGCTCCTG----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-AAATTGTGTATG------ATA--GT----AAAACAAATGTA-TTGAT--C--A-AG--TACCA------AGT---AT-A--AGAACT-GT-AAATTACACAAAG-CACA-CAAGGAAC---AAAACGATATTTTA-AA--G-G-TAAAAA-AA-ATGCATATTCG----GGTGA-CCGTTACGGCCCATGCCCCTCT
gi|10 : ATGACCAACTGGCCGTCT--ACCGAAA-TTGTG-AATT----------GGTTAAAGGACATATCGCATGTTCT-TGTCCCAG-ATA-AGTC---TCGATCATATTCCTGT----ACAAAA-GC-A----C-T
gi|10 : G----ACATATCGC-A----TGTT-CTTGTC-CCA-GATAAGT---CTCGATCATATTCCTGTAC----A-AAAGCACTCAACATTT--G--TACCTCCCTTT--GAG-CACTGGGTTTT--CTA-CT-AA---AATTG--G--ATACTcaacatttgtacctccctttgagcactgggttttctactaaaattggatact
gi|11 : atgaccaactggccgtctaccgaaattgtgaattggttaaagTTGTAGATGT-ATGCAATT-TGAAT-------ATG--GT----C-------TTTAATTTAT--C---TAG--TACAA------AGT---AT----------------------GAAAG-CACA-CAGGTAAC---ACAATAAT-TTCTA-AA--G-AGTTAAAA-AT-GTGCATACTAA----GTTAA-TTGCTATG----ATGGGCCTCT
gi|12 : ttaccaatAAGA-TTGTAGATGT-ATGCAATTGAATATG------------T----C-------TTTAATTTAT--C---TAG--TACAA------AGT---AT----------------------GAAAG-CACAACAGGTAAC---ACAATAAT-TTCTA-AA--G-AGTTAAAA-AT-GTGCATACTAA----GTTAA-TTGCTATG----ATGG-CCTCTtgtctt
gi|13 : ttaccG-CACA-CAATTATT---ACATTGAT-CTCTA-AA--G-A-TGAAAA-ATTGTGCATACTCA----TATGG-TTGTTAAGACCCATGGACCTTTtgt
gi|14 : CT-TGA-AA--AAT---CTT--T--TACTCCTGGGC----ATCAAGCtgttttgataa
gi|15 : caaaaccatcaaaatcaatgtaatCAATAAT-TTTCA-AA--G-A-CCAAAATAT-GTG-ATACTCACTCTGGTGA-CCATTTTGACCCATGG-CCTCagttggactatt
gi|16 : aAT-TTTTA-AACTG-T-TCAATA-GC-GCG-ATGCTCA----GGTGA-CTGTTAGGGTCCATGAGCCTCT
gi|2 : ATTGCAGCATTGATTATT--TGTTG----A-AAAT-GCTA----T-TA-TATAATACCA-AA--AAGAAATTC--CC-CAT----GAACCTTAATTAAGCAGACTGCCTGTTCGATTACAT-ATGAT--GAG-CAATGTGTCTTTGCAT-TT-GCCT-A--TT--G--ATAT--------------C-TT-A---------AAAT-A-G-AAA-TT-CCCATTT-CGTT--GTGGTGTCATAAAACTTG-CTCAC----------AAATAATTTCAGAT-T-AT-CAGTTGTTGATGGAAACAATAATAT----CAAA-TGATGTG-TTTAA--CATCTAG--TACAG------AGT---AT-G--CAAA-T-GGTGGAGTACAAACAG-CAAT-CATGTAAC---ATTATGAT-TTTTA-AA--G-A-TAAAAC-AT-GCGCGCACTCA----GGTGA-CCGTTTAGGTCCATAGGCCTCTtgtcatg
gi|3 : gagttctcatc-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-CTTTCA---GGAT---GGCCCAGGTTCGGGAAAGGTTTATCATGTATTGAAAATGCA------T-C-------A--TCCTCTGTGTTTCTGGTCCTTCAGCAAAAAAACT-TT-GTA---GTATTAT-AATAATTAATTGTCCTAATCAAAATTTGTGAAATTC--GTC------TCA----------------TTTTGTGACCCTGCTTAGGGCTGTATTGAACATA--CACTG----ACAAAT-GC-A----T----CTT--T-T---AA--AAT---TTC--CC----TC-----C----ATCAAGTGCACAAAGTAT--tg
gi|3 : AAGT-A-G-AAAATTGT--ATTT-C--TCTGTGATGTGATAAGACTTG-CTCTTCTA----T-GAAAGAATAGCATAT-T-AT-TGATTGCATGTG------ATA--tgtgtatccatgaatatggaaagtagaaaattgtatttctctgtgatgtgataagacttgctcttctatgaaagaatagcatattattgattgcatgtgata
gi|4 : accaaacttttgaaatccaaggaactttcaggatggcccaggttcgggaaaggtttatcatgtattgaaaatgcatcatcctctgtgtttctggtccttcagcaaaaaaactttgtagtattataataattaattgtcctaatcaaaatttgtgaaattcgtctcattttgtgaccctgcttagggctgtattgaacatacactgacaaatgcatcttttaaaatttccctccatcaagtgcacaaagtattgtgtatccatgaatatggaATAGATCATA--TGTTG----A-AAAT--C-A----T-TA---TATT-TTA-GA--AGA---TCC--TA-T-TTCCTGGAC----GTCGAGCGAGCACA-------AGCACATTCCTATCCAAA-CAATGAGCT----CTT-CTTGAA---ACTC--G--G-ATTT--T-TGTCA---T-TT-ATCAG----TAAATGA-G-AAA-TTAC--ATTT-CGCT--GTGATGTGATAAAACCTA-----CCTAGCATT-AAAATGATGCTAAAT-T-AT-CAATTGCGCATC------ATA--AT----CACGCCAATTTA-TCTAT--CATCTAG--TACAA------AGT---ATCA--AGAA-T-GA-GAAGTGGTGAAAGCCACA-CGAG-AGCTCTACAATCAC-GTCTATAA--A-A-TT--AA-AC-GCGCATACCGA----AGTGA-CAGTTAAGACC
gi|5 : agTGATTATA---GTTGTGATAGAAAT-GC-AAATGT-T--TTTG---TCAGAA--AAT---GTT--T---ACTCTTGGAC----ATTAGGCAGACAAAATGT--TTGCACA--ACTAAA-GAGGTAAAGAGTCCT--CTT--T-GAA--AACTTTAA--ACATTCATT-TG--A---C-CTGATAGTA-CTCAAAT-A-G-AAA-------ATCG-C--T--GTGATGTGACTTAACTTA-CTCACCCA----T-AAAAGAGTTGGAAAT-C-AT-CAACTGTGTATG------ATA--GT----CATACTAATAAT-TTCAT--C--ATCGTCTACAA------AGTATGAT-A--AAAA-
gi|6 : aggtctgaaccagggccttagttaaCT-TCA-TA--AAT-----C--TT-TTTTACTGGAC----ATCATGCAGTCCAACTGTTGGA----ATTATTAT--AAA-CA-TGCGCG----CTTATT-GAA--AAC-C--GTAAGATTTATT-T---G---CACT-ATTAGAACTCAAAA-A-GCAAA-TT-TCAATTTGC--T--TTGAAGTGATGAAATTTAACTCTCCTA----TGAAAAAAATT-TAAAC-TGAT-AAATTGTGTATG------ATA--GTTATGTATACCAATATA-TCTATTGT--CTAA--TACAA------AGT---AT-ATCAAAT-T-GA-AAAGTA
gi|7 : tgaaaattataaatgtaatTACTGAGCATCCAATGGGCCTTCTTTGTGGCTC-A---AA-TTTTGAAATCTATGGAAACTA-CATGTAGATCTAGGTCTATATAGGGGAAAAGTTCATCAAATATTGAAAAGGCATATATAT-CATCACCAA--TCTTCTGTATTTCTGAACATCTAGCAG-AAAACTGCTGGCAATGTTATAATGAGCAACTGGCTATCT--ACCA
gi|8 : TGAGA-ATTAAAT-GCG-AAA-TTGC--ATTT-CATT--GTGATATGATAAAACTTG-CTCTCCTA----T-TAAAGGATAGTAAAT-T-AT-CAATTGTGTGTG------ATA--GT----CAATCTAGTCCA-TCTTT--CTGCTGG--TACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GG-AAA--ATGTAAAG-TATG-CAGGTAGC---GCACTGAT-TTTTA-AA--G-
gi|9 : gaacacG--TACAATATTAGAGT---AT-G--AAAG-TAGA-GAAGTATAAAATT-TACA-CATGTATT---GCAATGAT-TTCTA-AG--GTC-CAAAAA-AT-ATGCATACTCA----GATGACCCATTAAGGCCAATGGACC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 55555555555555555 6666666666666666666 1 2 222 11 1 1 111111111111111111111111111111 11 2 11 111 1111 2222222222222222 2222222222222 1111 22222 11 3333333333333333333333333 2222222 111111111111 3333333 22 1111111 111111 222222222 4444444444 111111 44444444444444444444444 111
lowQualScore : 1 000 3 6 6 22222222222222222 3 1111111111111111111 2 6 6 333 2 0 0 33 3 3 333333333333333333333333333333 44 6 00 3333 555 2222 7 5 5 7777777777777777 1 5 66 4444444444444 1 1 0000 333 6 1 44444 2 7 55 6 7 1 7777777777777777777777777 88 0000000 8 888888888888 5 5 5 3333333 5 33 77 5 1 2222222 1 8 4 8 3 222222 222222222 1 0000000000 66 222222 777 00000000000000000000000 5 5 2 0 1 777 4 4 55 111 1 4 4 0 1 9999 4 1 6 4
lowQualScore : . ... . . . ................. . ................... . . . ... . . . .. . . .............................. .. . .. .... ... .... . . . ................ . . .. ............. . . .... ... . . ..... . . .. . . . ......................... .. ....... . ............ . . . ....... . .. .. . . ....... . . . . . ...... ......... . .......... .. ...... ... ....................... . . . . . ... . . .. ... . . . . . .... . . . .
lowQualScore : 0 555 3 7 7 33333333333333333 7 0000000000000000000 0 7 7 333 5 2 2 88 3 3 333333333333333333333333333333 00 7 55 2222 555 1111 9 7 7 3333333333333333 4 0 99 1111111111111 4 4 6666 000 6 7 22222 5 8 88 7 5 0 0000000000000000000000000 88 2222222 0 333333333333 7 7 7 6666666 7 66 99 7 9 6666666 1 9 4 9 4 888888 000000000 0 1111111111 11 888888 888 66666666666666666666666 0 0 2 1 2 888 0 0 55 111 0 4 4 7 1 4444 4 0 4 5
consensus : TACTGAGCGTNCAATGGGCCCTCTTTGTGGCTC-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-C--T-CA---GGATC-AGGTCTAGGTTGGGGAAAAGTTTATCATATATTGAAAACGCATA-AT-T-CATCA--AA--TCTTCTGTATTTCTGGACATCCAGCAGGAAAACTGTT-GCA---TTATTATGAGCAACTGGCCGTCT--ACCAAAA-TTGTG-AATTCGT------CGGTTAAG-------------GTTCTGTGTCCCAGA-TATAGCCGCATTGATCATA--CGTTG----ACAAAT-GC-A----T-T-ACTTGCT-TCA-AA--AAT---TTC--TC-TATTCCTGGAC----ATCAAGCGNACAAANTGT--GAGCACATCACTAT--GAG-CAATGNGTTTTCTT-CTGAA--AACTC--G--ATATTCATTT--GNC--CT-ATNAGA-C-TC---AAAT-A-G-AAA-TT-C--ATTT-C--T--GTGATGTGATAAAACTTG-CTCTCCTA----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-CAATTGCGTATG------ATAGT----CANACTAATNTATCT-AT--C--CTAG--TACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GA-GAAGTACGGAAAG-CACA-CAGGTAAC---ACAATGAT-TTCTA-AA--G-A-TNAAAA-AT-GCGCATACTCA----GGTGA-CCGTTANGGCCCATGGGCCTCT
Reference ( family-3973 ) : TACTGAGCGTNCAATGGGCCCTCTTTGTGGCTC-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-C--T-CA---GGATC-AGGTCTAGGTTGGGGAAAAGTTTATCATATATTGAAAACGCATA-AT-T-CATCA--AA--TCTTCTGTATTTCTGGACATCCAGCAGGAAAACTGTT-GCA---TTATTATGAGCAACTGGCCGTCT--ACCAAAA-TTGTG-AATTCGT------CGGTTAAG-------------GTTCTGTGTCCCAGA-TATAGCCGCATTGATCATA--CGTTG----ACAAAT-GC-A----T-T-ACTTGCT-TCA-AA--AAT---TTC--TC-TATTCCTGGAC----ATCAAGCGNACAAANTGT--GAGCACATCACTAT--GAG-CAATGNGTTTTCTT-CTGAA--AACTC--G--ATATTCATTT--GGC--TT-ATNAGA-C-TC---AAAT-A-G-AAA-TT-C--ATTT-C--T--GTGATGTGATAAAACTTG-CTCTCCTA----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-CAATTGCGTATG------ATAGT----CANACTAATNTATTT-AT--C--CTAG--TACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GA-GAAGTACGGAAAG-CACA-CAGGTAAC---ACAATGAT-TTCTA-AA--G-A-TNAAAA-AT-GCGCATACTCA----GGTGA-CCGTTANGGCCCATGGGCCTCT
gi|1 : TATTGAGCGTGCAATGAATCCTCTTTG---CTCTACCAAACTCCTGAATTCCAAAGAA-C----CA---GGGTCGAGGTCTTGGTTGGGAGAAAGTTTATCATATATTGAAAACCCATA-AT-TTCATTA--AAAATCTTTTGTATTTCTCGATATCCAACAGGAAAACTGTTTGCA---TCATTATGAGCAATTGGTCTTCT--ACTAAAA-TTGTG-AATTCATGTTACACGGTTAAG-------------GTTCTG-GTCCCAGAATATAAACGCATTGATCGTA--TGTTG----ACAAAT-GC-A----T-TAACTTGCT-TCA-AA--AGT---TTC--TT-TATTCCTGTAC----ATCAAGCACACAAATTAT--GAGCA-ATCATTAT--GAG-CATTGGGTTTTCTT-CTAAATGAACT---G--ATATTC-TGTGAGGC--TT-ATAGAA-C-CC---AAAC-A-A-AAA-CT-T--ATTT-T--T--GC--TGTGATAAAACTTA-CGCTCCTG----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-AAATTGTGTATG------ATAGT----AAAACAAATGTATTG-AT--C--A-AG--TACCA------AGT---AT-A--AGAACT-GT-AAATTACACAAAG-CACA-CAAGGAAC---AAAACGATATTTTA-AA--G-G-TAAAAA-AA-ATGCATATTCG----GGTGA-CCGTTACGGCCCATGCCCCTCT
gi|10 : ATGACCAACTGGCCGTCT--ACCGAAA-TTGTG-AATT----------GGTTAAAGGACATATCGCATGTTCT-TGTCCCAGA-TA-AGTC---TCGATCATATTCCTGT----ACAAAA-GC-A----C-T-
gi|10 : G----ACATATCGC-A----TGT-TCTTGTC-CCA-GATAAGT---CTCGATCATATTCCTGTAC----A-AAAGCACTCAACATTT--G--TACCTCCCTTT--GAG-CACTGGGTTTTCTA-CT-AA--AATTG--G--ATACTcaacatttgtacctccctttgagcactgggttttctactaaaattggatact
gi|11 : atgaccaactggccgtctaccgaaattgtgaattggttaaagTTGTAGATGT-ATGCAATT-TGAAT-------ATGGT----CTT--TAATTTAT----------CTAG--TACAA------AGT---AT----------------------GAAAG-CACA-CAGGTAAC---ACAATAAT-TTCTA-AA--G-AGTTAAAA-AT-GTGCATACTAA----GTTAA-TTGCTATG----ATGGGCCTCT
gi|12 : ttaccaatAAGA-TTGTAGATGT-ATGCAATTGAATATG----------T----CTT--TAATTTAT----------CTAG--TACAA------AGT---AT----------------------GAAAG-CACAACAGGTAAC---ACAATAAT-TTCTA-AA--G-AGTTAAAA-AT-GTGCATACTAA----GTTAA-TTGCTATG----AT-GGCCTCTtgtctt
gi|13 : ttaccG-CACA-CAATTATT---ACATTGAT-CTCTA-AA--G-A-TGAAAA-ATTGTGCATACTCA----TATGG-TTGTTAAGACCCATGGACCTTTtgt
gi|14 : CT-TGA-AA--AAT---CTT--T--TACTCCTGGGC----ATCAAGCtgttttgataa
gi|15 : caaaaccatcaaaatcaatgtaat---ACAATAAT-TTTCA-AA--G-A-CCAAAATAT-GTG-ATACTCACTCTGGTGA-CCATTTTGACCCAT-GGCCTCagttggactatt
gi|16 : AT-TTTTA-AACTG-T-TCAATA-GC-GCG-ATGCTCA----GGTGA-CTGTTAGGGTCCATGAGCCTCT
gi|2 : ATTGCAGCATTGATTATT--TGTTG----A-AAAT-GCTA----T-T-ATATAATACCA-AA--AAGAAATTC--CC-CAT----GAACCTTAATTAAGCAGACTGCCTGTTCGATTACAT-ATGAT--GAG-CAATGTGTCTT-----TG-------------------CATTT--G-C--CT-ATT-GA-TATCTTAAAAT-A-G-AAA-TT-CCCATTT-CGTT--GTGGTGTCATAAAACTTG-CTCAC----------AAATAATTTCAGAT-T-AT-CAGTTGTTGATGGAAACAATAATAT--CAAA-TGATGTGTTT-AA--CATCTAG--TACAG------AGT---AT-G--CAAA-T-GGTGGAGTACAAACAG-CAAT-CATGTAAC---ATTATGAT-TTTTA-AA--G-A-TAAAAC-AT-GCGCGCACTCA----GGTGA-CCGTTTAGGTCCATAGGCCTCTtgtcatg
gi|3 : gagttctcatc-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-CTTT-CA---GGAT---GGCCCAGGTTCGGGAAAGGTTTATCATGTATTGAAAATGCA------T-C-------A--TCCTCTGTGTTTCTGGTCCTTCAGCAAAAAAACT-TT-GTA---GTATTAT-AATAATTAATTGTCCTAATCAAAATTTGTGAAATTCGT------C--TCA----------------TTTTGTGACCCTGCTTAGGGCTGTATTGAACATA--CACTG----ACAAAT-GC-A----T----CTT--T-T---AA--AAT---TTC--CC----TC-----C----ATCAAGTGCACAAAGTAT--tg
gi|3 : ---AAGT-A-G-AAAATTGT--ATTT-C--TCTGTGATGTGATAAGACTTG-CTCTTCTA----T-GAAAGAATAGCATAT-T-AT-TGATTGCATGTG------ATAtgtgtatccatgaatatggaaagtagaaaattgtatttctctgtgatgtgataagacttgctcttctatgaaagaatagcatattattgattgcatgtgata
gi|4 : accaaacttttgaaatccaaggaactttcaggatggcccaggttcgggaaaggtttatcatgtattgaaaatgcatcatcctctgtgtttctggtccttcagcaaaaaaactttgtagtattataataattaattgtcctaatcaaaatttgtgaaattcgtctcattttgtgaccctgcttagggctgtattgaacatacactgacaaatgcatcttttaaaatttccctccatcaagtgcacaaagtattgtgtatccatgaatatggaATAGATCATA--TGTTG----A-AAAT--C-A----T-T-A--TATT-TTA-GA--AGA---TCC--TA-T-TTCCTGGAC----GTCGAGCGAGCACA-------AGCACATTCCTATCCAAA-CAATGAGCT--CTT-CTTGA--AACTC--G--G-ATT--TTT--GTCATTT-ATCAG-----T---AAATGA-G-AAA-TTAC--ATTT-CGCT--GTGATGTGATAAAACCTA-----CCTAGCATT-AAAATGATGCTAAAT-T-AT-CAATTGCGCATC------ATAAT----CACGCCAATTTATCT-AT--CATCTAG--TACAA------AGT---ATCA--AGAA-T-GA-GAAGTGGTGAAAGCCACA-CGAG-AGCTCTACAATCAC-GTCTATAA--A-A-TT--AA-AC-GCGCATACCGA----AGTGA-CAGTTAAGACC
gi|5 : agTGATTATA---GTTGTGATAGAAAT-GC-AAATGT-T--TTTG---TCAGAA--AAT---GTT--T---ACTCTTGGAC----ATTAGGCAGACAAAATGT--TTGCACA--ACTAAA-GAGGTAAAGAGTCCTCTT--TGAA--AACTTTAA--ACATTCATTT--GAC--CTGATAGTA-C-TC---AAAT-A-G-AAA-------ATCG-C--T--GTGATGTGACTTAACTTA-CTCACCCA----T-AAAAGAGTTGGAAAT-C-AT-CAACTGTGTATG------ATAGT----CATACTAATA-ATTTCAT--C--ATCGTCTACAA------AGTATGAT-A--AAAA-
gi|6 : aggtctgaaccagggccttagttaaCT-TCA-TA--AAT-----C--TT-TTTTACTGGAC----ATCATGCAGTCCAACTGTTGGA----ATTATTAT--AAA-CA-TGCGCG--CTTATTGAA--AAC-C--GTAAGATTTATTT--GCA--CT-ATTAGAAC-TC---AAAA-A-GCAAA-TT-TCAATTTGC--T--TTGAAGTGATGAAATTTAACTCTCCTA----TGAAAAAAATT-TAAAC-TGAT-AAATTGTGTATG------ATAGTTATGTATACCAATATATCT-ATTGT--CTAA--TACAA------AGT---AT-ATCAAAT-T-GA-AAAGTA
gi|7 : tgaaaattataaatgtaatTACTGAGCATCCAATGGGCCTTCTTTGTGGCTC-A---AA-TTTTGAAATCTATGGAAAC--TACATGTAGATCTAGGTCTATATAGGGGAAAAGTTCATCAAATATTGAAAAGGCATATATAT-CATCACCAA--TCTTCTGTATTTCTGAACATCTAGCA-GAAAACTGCTGGCAATGTTATAATGAGCAACTGGCTATCT--ACCA
gi|8 : TGAGA-A-TT---AAAT-GCG-AAA-TTGC--ATTT-CATT--GTGATATGATAAAACTTG-CTCTCCTA----T-TAAAGGATAGTAAAT-T-AT-CAATTGTGTGTG------ATAGT----CAATCTAGTCCATCT-TT--CTGCTGG--TACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GG-AAA--ATGTAAAG-TATG-CAGGTAGC---GCACTGAT-TTTTA-AA--G-
gi|9 : gaacacG--TACAATATTAGAGT---AT-G--AAAG-TAGA-GAAGTATAAAATT-TACA-CATGTATT---GCAATGAT-TTCTA-AG--GTC-CAAAAA-AT-ATGCATACTCA----GATGACCCATTAAGGCCAATGGACC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 55555555555555555 6666666666666666666 1 2 222 11 1 1 111111111111111111111111111111 11 2 11 111 1111 2222222222222222 2222222222222 1111 22222 11 3333333333333333333333333 1111111 111111111111 3333333 22 1111111 111111 222222222 333333333 111111 44444444444444444444444 111
lowQualScore : 1 000 3 6 6 22222222222222222 3 1111111111111111111 2 6 6 333 2 0 0 33 3 3 333333333333333333333333333333 44 6 00 3333 555 2222 7 5 5 7777777777777777 1 5 66 4444444444444 1 1 0000 333 6 1 44444 2 7 55 6 7 1 7777777777777777777777777 88 5555555 8 888888888888 5 5 5 3333333 5 33 77 5 1 2222222 1 8 4 8 3 222222 222222222 1 5 999999999 66 222222 777 00000000000000000000000 5 5 2 0 1 777 4 4 55 111 1 4 4 0 1 9999 4 1 6 4
lowQualScore : . ... . . . ................. . ................... . . . ... . . . .. . . .............................. .. . .. .... ... .... . . . ................ . . .. ............. . . .... ... . . ..... . . .. . . . ......................... .. ....... . ............ . . . ....... . .. .. . . ....... . . . . . ...... ......... . . ......... .. ...... ... ....................... . . . . . ... . . .. ... . . . . . .... . . . .
lowQualScore : 0 555 3 7 7 33333333333333333 7 0000000000000000000 0 7 7 333 5 2 2 88 3 3 333333333333333333333333333333 00 7 55 2222 555 1111 9 7 7 3333333333333333 4 0 99 1111111111111 4 4 6666 000 6 7 22222 5 8 88 7 5 0 0000000000000000000000000 88 8888888 0 333333333333 7 7 7 6666666 7 66 99 7 9 6666666 1 9 4 9 4 888888 000000000 0 0 888888888 11 888888 888 66666666666666666666666 0 0 2 1 2 888 0 0 55 111 0 4 4 7 1 4444 4 0 4 5
consensus : TACTGAGCGTNCAATGGGCCCTCTTTGTGGCTC-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-C--T-CA---GGATC-AGGTCTAGGTTGGGGAAAAGTTTATCATATATTGAAAACGCATA-AT-T-CATCA--AA--TCTTCTGTATTTCTGGACATCCAGCAGGAAAACTGTT-GCA---TTATTATGAGCAACTGGCCGTCT--ACCAAAA-TTGTG-AATTCGT------CGGTTAAG-------------GTTCTGTGTCCCAGA-TATAGCCGCATTGATCATA--CGTTG----ACAAAT-GC-A----T-T-ACTTGCT-TCA-AA--AAT---TTC--TC-TATTCCTGGAC----ATCAAGCGNACAAANTGT--GAGCACATCACTAT--GAG-CAATGNGTTTTCTT-CTGAA--AACTC--G--ATATTCATTT--GNC--CT-ATNAGA-C-TC---AAAT-A-G-AAA-TT-C--ATTT-C--T--GTGATGTGATAAAACTTG-CTCTCCTA----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-CAATTGCGTATG------ATAGT----CANACTAATNTATCT-AT--C--CTAG--TACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GA-GAAGTACGGAAAG-CACA-CAGGTAAC---ACAATGAT-TTCTA-AA--G-A-TNAAAA-A-TGCGCATACTCA----GGTGA-CCGTTANGGCCCATGGGCCTCT
Reference ( family-3973 ) : TACTGAGCGTNCAATGGGCCCTCTTTGTGGCTC-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-C--T-CA---GGATC-AGGTCTAGGTTGGGGAAAAGTTTATCATATATTGAAAACGCATA-AT-T-CATCA--AA--TCTTCTGTATTTCTGGACATCCAGCAGGAAAACTGTT-GCA---TTATTATGAGCAACTGGCCGTCT--ACCAAAA-TTGTG-AATTCGT------CGGTTAAG-------------GTTCTGTGTCCCAGA-TATAGCCGCATTGATCATA--CGTTG----ACAAAT-GC-A----T-T-ACTTGCT-TCA-AA--AAT---TTC--TC-TATTCCTGGAC----ATCAAGCGNACAAANTGT--GAGCACATCACTAT--GAG-CAATGNGTTTTCTT-CTGAA--AACTC--G--ATATTCATTT--GNC--CT-ATNAGA-C-TC---AAAT-A-G-AAA-TT-C--ATTT-C--T--GTGATGTGATAAAACTTG-CTCTCCTA----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-CAATTGCGTATG------ATAGT----CANACTAATNTATCT-AT--C--CTAG--TACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GA-GAAGTACGGAAAG-CACA-CAGGTAAC---ACAATGAT-TTCTA-AA--G-A-TNAAAA-A-TGCGCATACTCA----GGTGA-CCGTTANGGCCCATGGGCCTCT
gi|1 : TATTGAGCGTGCAATGAATCCTCTTTG---CTCTACCAAACTCCTGAATTCCAAAGAA-C----CA---GGGTCGAGGTCTTGGTTGGGAGAAAGTTTATCATATATTGAAAACCCATA-AT-TTCATTA--AAAATCTTTTGTATTTCTCGATATCCAACAGGAAAACTGTTTGCA---TCATTATGAGCAATTGGTCTTCT--ACTAAAA-TTGTG-AATTCATGTTACACGGTTAAG-------------GTTCTG-GTCCCAGAATATAAACGCATTGATCGTA--TGTTG----ACAAAT-GC-A----T-TAACTTGCT-TCA-AA--AGT---TTC--TT-TATTCCTGTAC----ATCAAGCACACAAATTAT--GAGCA-ATCATTAT--GAG-CATTGGGTTTTCTT-CTAAATGAACT---G--ATATTC-TGTGAGGC--TT-ATAGAA-C-CC---AAAC-A-A-AAA-CT-T--ATTT-T--T--GC--TGTGATAAAACTTA-CGCTCCTG----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-AAATTGTGTATG------ATAGT----AAAACAAATGTATTG-AT--C--A-AG--TACCA------AGT---AT-A--AGAACT-GT-AAATTACACAAAG-CACA-CAAGGAAC---AAAACGATATTTTA-AA--G-G-TAAAAA-A-AATGCATATTCG----GGTGA-CCGTTACGGCCCATGCCCCTCT
gi|10 : ATGACCAACTGGCCGTCT--ACCGAAA-TTGTG-AATT----------GGTTAAAGGACATATCGCATGTTCT-TGTCCCAGA-TA-AGTC---TCGATCATATTCCTGT----ACAAAA-GC-A----C-T-
gi|10 : G----ACATATCGC-A----TGT-TCTTGTC-CCA-GATAAGT---CTCGATCATATTCCTGTAC----A-AAAGCACTCAACATTT--G--TACCTCCCTTT--GAG-CACTGGGTTTTCTA-CT-AA--AATTG--G--ATACTcaacatttgtacctccctttgagcactgggttttctactaaaattggatact
gi|11 : atgaccaactggccgtctaccgaaattgtgaattggttaaagTTGTAGATGT-ATGCAATT-TGAAT-------ATGGT----CTT--TAATTTATCT-A---------G--TACAA------AGT---AT----------------------GAAAG-CACA-CAGGTAAC---ACAATAAT-TTCTA-AA--G-AGTTAAAA-A-TGTGCATACTAA----GTTAA-TTGCTATG----ATGGGCCTCT
gi|12 : ttaccaatAAGA-TTGTAGATGT-ATGCAATTGAATATG----------T----CTT--TAATTTATCT-A---------G--TACAA------AGT---AT----------------------GAAAG-CACAACAGGTAAC---ACAATAAT-TTCTA-AA--G-AGTTAAAA-A-TGTGCATACTAA----GTTAA-TTGCTATG----AT-GGCCTCTtgtctt
gi|13 : ttaccG-CACA-CAATTATT---ACATTGAT-CTCTA-AA--G-A-TGAAAA-ATTGTGCATACTCA----TATGG-TTGTTAAGACCCATGGACCTTTtgt
gi|14 : CT-TGA-AA--AAT---CTT--T--TACTCCTGGGC----ATCAAGCtgttttgataa
gi|15 : caaaaccatcaaaatcaatgtaat---ACAATAAT-TTTCA-AA--G-A-CCAAAATA-TGTG-ATACTCACTCTGGTGA-CCATTTTGACCCAT-GGCCTCagttggactatt
gi|16 : AT-TTTTA-AACTG-T-TCAATA-G-CGCG-ATGCTCA----GGTGA-CTGTTAGGGTCCATGAGCCTCT
gi|2 : ATTGCAGCATTGATTATT--TGTTG----A-AAAT-GCTA----T-T-ATATAATACCA-AA--AAGAAATTC--CC-CAT----GAACCTTAATTAAGCAGACTGCCTGTTCGATTACAT-ATGAT--GAG-CAATGTGTCTT-----TG-------------------CATTT--G-C--CT-ATT-GA-TATCTTAAAAT-A-G-AAA-TT-CCCATTT-CGTT--GTGGTGTCATAAAACTTG-CTCAC----------AAATAATTTCAGAT-T-AT-CAGTTGTTGATGGAAACAATAATAT--CAAA-TGATGTGTTT-AA--CATCTAG--TACAG------AGT---AT-G--CAAA-T-GGTGGAGTACAAACAG-CAAT-CATGTAAC---ATTATGAT-TTTTA-AA--G-A-TAAAAC-A-TGCGCGCACTCA----GGTGA-CCGTTTAGGTCCATAGGCCTCTtgtcatg
gi|3 : gagttctcatc-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-CTTT-CA---GGAT---GGCCCAGGTTCGGGAAAGGTTTATCATGTATTGAAAATGCA------T-C-------A--TCCTCTGTGTTTCTGGTCCTTCAGCAAAAAAACT-TT-GTA---GTATTAT-AATAATTAATTGTCCTAATCAAAATTTGTGAAATTCGT------C--TCA----------------TTTTGTGACCCTGCTTAGGGCTGTATTGAACATA--CACTG----ACAAAT-GC-A----T----CTT--T-T---AA--AAT---TTC--CC----TC-----C----ATCAAGTGCACAAAGTAT--tg
gi|3 : ---AAGT-A-G-AAAATTGT--ATTT-C--TCTGTGATGTGATAAGACTTG-CTCTTCTA----T-GAAAGAATAGCATAT-T-AT-TGATTGCATGTG------ATAtgtgtatccatgaatatggaaagtagaaaattgtatttctctgtgatgtgataagacttgctcttctatgaaagaatagcatattattgattgcatgtgata
gi|4 : accaaacttttgaaatccaaggaactttcaggatggcccaggttcgggaaaggtttatcatgtattgaaaatgcatcatcctctgtgtttctggtccttcagcaaaaaaactttgtagtattataataattaattgtcctaatcaaaatttgtgaaattcgtctcattttgtgaccctgcttagggctgtattgaacatacactgacaaatgcatcttttaaaatttccctccatcaagtgcacaaagtattgtgtatccatgaatatggaATAGATCATA--TGTTG----A-AAAT--C-A----T-T-A--TATT-TTA-GA--AGA---TCC--TA-T-TTCCTGGAC----GTCGAGCGAGCACA-------AGCACATTCCTATCCAAA-CAATGAGCT--CTT-CTTGA--AACTC--G--G-ATT--TTT--GTCATTT-ATCAG-----T---AAATGA-G-AAA-TTAC--ATTT-CGCT--GTGATGTGATAAAACCTA-----CCTAGCATT-AAAATGATGCTAAAT-T-AT-CAATTGCGCATC------ATAAT----CACGCCAATTTATCT-AT--CATCTAG--TACAA------AGT---ATCA--AGAA-T-GA-GAAGTGGTGAAAGCCACA-CGAG-AGCTCTACAATCAC-GTCTATAA--A-A-TT--AA-A-CGCGCATACCGA----AGTGA-CAGTTAAGACC
gi|5 : agTGATTATA---GTTGTGATAGAAAT-GC-AAATGT-T--TTTG---TCAGAA--AAT---GTT--T---ACTCTTGGAC----ATTAGGCAGACAAAATGT--TTGCACA--ACTAAA-GAGGTAAAGAGTCCTCTT--TGAA--AACTTTAA--ACATTCATTT--GAC--CTGATAGTA-C-TC---AAAT-A-G-AAA-------ATCG-C--T--GTGATGTGACTTAACTTA-CTCACCCA----T-AAAAGAGTTGGAAAT-C-AT-CAACTGTGTATG------ATAGT----CATACTAATA-ATTTCAT--C--ATCGTCTACAA------AGTATGAT-A--AAAA-
gi|6 : aggtctgaaccagggccttagttaaCT-TCA-TA--AAT-----C--TT-TTTTACTGGAC----ATCATGCAGTCCAACTGTTGGA----ATTATTAT--AAA-CA-TGCGCG--CTTATTGAA--AAC-C--GTAAGATTTATTT--GCA--CT-ATTAGAAC-TC---AAAA-A-GCAAA-TT-TCAATTTGC--T--TTGAAGTGATGAAATTTAACTCTCCTA----TGAAAAAAATT-TAAAC-TGAT-AAATTGTGTATG------ATAGTTATGTATACCAATATATCT-ATTGT--CTAA--TACAA------AGT---AT-ATCAAAT-T-GA-AAAGTA
gi|7 : tgaaaattataaatgtaatTACTGAGCATCCAATGGGCCTTCTTTGTGGCTC-A---AA-TTTTGAAATCTATGGAAAC--TACATGTAGATCTAGGTCTATATAGGGGAAAAGTTCATCAAATATTGAAAAGGCATATATAT-CATCACCAA--TCTTCTGTATTTCTGAACATCTAGCA-GAAAACTGCTGGCAATGTTATAATGAGCAACTGGCTATCT--ACCA
gi|8 : TGAGA-A-TT---AAAT-GCG-AAA-TTGC--ATTT-CATT--GTGATATGATAAAACTTG-CTCTCCTA----T-TAAAGGATAGTAAAT-T-AT-CAATTGTGTGTG------ATAGT----CAATCTAGTCCATCT-TT--CTGCTGG--TACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GG-AAA--ATGTAAAG-TATG-CAGGTAGC---GCACTGAT-TTTTA-AA--G-
gi|9 : gaacacG--TACAATATTAGAGT---AT-G--AAAG-TAGA-GAAGTATAAAATT-TACA-CATGTATT---GCAATGAT-TTCTA-AG--GTC-CAAAAA-A-TATGCATACTCA----GATGACCCATTAAGGCCAATGGACC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 55555555555555555 6666666666666666666 1 2 222 11 1 1 111111111111111111111111111111 11 2 11 111 1111 2222222222222222 2222222222222 1111 22222 11 3333333333333333333333333 1111111 111111111111 3333333 22 1111111 111111 222222222 333333333 111111 44444444444444444444444 111
lowQualScore : 1 000 3 6 6 22222222222222222 3 1111111111111111111 2 6 6 333 2 0 0 33 3 3 333333333333333333333333333333 44 6 00 3333 555 2222 7 5 5 7777777777777777 1 5 66 4444444444444 1 1 0000 333 6 1 44444 2 7 55 6 7 1 7777777777777777777777777 88 5555555 8 888888888888 5 5 5 3333333 5 33 77 5 1 2222222 1 8 4 8 3 222222 222222222 1 5 999999999 66 222222 777 00000000000000000000000 5 5 2 0 1 777 4 4 55 111 1 4 4 0 1 9999 4 1 6 4
lowQualScore : . ... . . . ................. . ................... . . . ... . . . .. . . .............................. .. . .. .... ... .... . . . ................ . . .. ............. . . .... ... . . ..... . . .. . . . ......................... .. ....... . ............ . . . ....... . .. .. . . ....... . . . . . ...... ......... . . ......... .. ...... ... ....................... . . . . . ... . . .. ... . . . . . .... . . . .
lowQualScore : 0 555 3 7 7 33333333333333333 7 0000000000000000000 0 7 7 333 5 2 2 88 3 3 333333333333333333333333333333 00 7 55 2222 555 1111 9 7 7 3333333333333333 4 0 99 1111111111111 4 4 6666 000 6 7 22222 5 8 88 7 5 0 0000000000000000000000000 88 8888888 0 333333333333 7 7 7 6666666 7 66 99 7 9 6666666 1 9 4 9 4 888888 000000000 0 0 888888888 11 888888 888 66666666666666666666666 0 0 2 1 2 888 0 0 55 111 0 4 4 7 1 4444 4 0 4 5
consensus : TACTGAGCGTNCAATGGGCCCTCTTTGTGGCTC-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-C--T-CA---GGATC-AGGTCTAGGTTGGGGAAAAGTTTATCATATATTGAAAACGCATA-AT-T-CATCA--AA--TCTTCTGTATTTCTGGACATCCAGCAGGAAAACTGTT-GCA---TTATTATGAGCAACTGGCCGTCT--ACCAAAA-TTGTG-AATTCGT------CGGTTAAG-------------GTTCTGTGTCCCAGA-TATAGCCGCATTGATCATA--CGTTG----ACAAAT-GC-A----T-T-ACTTGCT-TCA-AA--AAT---TTC--TC-TATTCCTGGAC----ATCAAGCGNACAAANTGT--GAGCACATCACTAT--GAG-CAATGNGTTTTCTT-CTGAA--AACTC--G--ATATTCATTT--GNC--CT-ATNAGA-C-TC---AAAT-A-G-AAA-TT-C--ATTT-C--T--GTGATGTGATAAAACTTG-CTCTCCTA----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-CAATTGCGTATG------ATAGT----CANACTAATNTATCT-AT--C--CTAG--TACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GA-GAAGTACGGAAAG-CACA-CAGGTAAC---ACAATGAT-TTCTA-AA--G-A-TNAAAA-A-TGCGCATACTCA----GGTGA-CCGTTANGGCCCATGGGCCTCT
Reference ( family-3973 ) : TACTGAGCGTNCAATGGGCCCTCTTTGTGGCTC-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-C--T-CA---GGATC-AGGTCTAGGTTGGGGAAAAGTTTATCATATATTGAAAACGCATA-AT-T-CATCA--AA--TCTTCTGTATTTCTGGACATCCAGCAGGAAAACTGTT-GCA---TTATTATGAGCAACTGGCCGTCT--ACCAAAA-TTGTG-AATTCGT------CGGTTAAG-------------GTTCTGTGTCCCAGA-TATAGCCGCATTGATCATA--CGTTG----ACAAAT-GC-A----T-T-ACTTGCT-TCA-AA--AAT---TTC--TC-TATTCCTGGAC----ATCAAGCGNACAAANTGT--GAGCACATCACTAT--GAG-CAATGNGTTTTCTT-CTGAA--AACTC--G--ATATTCATTT--GNC--CT-ATNAGA-C-TC---AAAT-A-G-AAA-TT-C--ATTT-C--T--GTGATGTGATAAAACTTG-CTCTCCTA----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-CAATTGCGTATG------ATAGT----CANACTAATNTATCT-AT--C--CTAG--TACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GA-GAAGTACGGAAAG-CACA-CAGGTAAC---ACAATGAT-TTCTA-AA--G-A-TNAAAA-A-TGCGCATACTCA----GGTGA-CCGTTANGGCCCATGGGCCTCT
gi|1 : TATTGAGCGTGCAATGAATCCTCTTTG---CTCTACCAAACTCCTGAATTCCAAAGAA-C----CA---GGGTCGAGGTCTTGGTTGGGAGAAAGTTTATCATATATTGAAAACCCATA-AT-TTCATTA--AAAATCTTTTGTATTTCTCGATATCCAACAGGAAAACTGTTTGCA---TCATTATGAGCAATTGGTCTTCT--ACTAAAA-TTGTG-AATTCATGTTACACGGTTAAG-------------GTTCTG-GTCCCAGAATATAAACGCATTGATCGTA--TGTTG----ACAAAT-GC-A----T-TAACTTGCT-TCA-AA--AGT---TTC--TT-TATTCCTGTAC----ATCAAGCACACAAATTAT--GAGCA-ATCATTAT--GAG-CATTGGGTTTTCTT-CTAAATGAACT---G--ATATTC-TGTGAGGC--TT-ATAGAA-C-CC---AAAC-A-A-AAA-CT-T--ATTT-T--T--GC--TGTGATAAAACTTA-CGCTCCTG----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-AAATTGTGTATG------ATAGT----AAAACAAATGTATTG-AT--C--A-AG--TACCA------AGT---AT-A--AGAACT-GT-AAATTACACAAAG-CACA-CAAGGAAC---AAAACGATATTTTA-AA--G-G-TAAAAA-A-AATGCATATTCG----GGTGA-CCGTTACGGCCCATGCCCCTCT
gi|10 : ATGACCAACTGGCCGTCT--ACCGAAA-TTGTG-AATT----------GGTTAAAGGACATATCGCATGTTCT-TGTCCCAGA-TA-AGTC---TCGATCATATTCCTGT----ACAAAA-GC-A----C-T-
gi|10 : G----ACATATCGC-A----TGT-TCTTGTC-CCA-GATAAGT---CTCGATCATATTCCTGTAC----A-AAAGCACTCAACATTT--G--TACCTCCCTTT--GAG-CACTGGGTTTTCTA-CT-AA--AATTG--G--ATACTcaacatttgtacctccctttgagcactgggttttctactaaaattggatact
gi|11 : atgaccaactggccgtctaccgaaattgtgaattggttaaagTTGTAGATGT-ATGCAATT-TGAAT-------ATGGT----CTT--TAATTTATCT-A---------G--TACAA------AGT---AT----------------------GAAAG-CACA-CAGGTAAC---ACAATAAT-TTCTA-AA--G-AGTTAAAA-A-TGTGCATACTAA----GTTAA-TTGCTATG----ATGGGCCTCT
gi|12 : ttaccaatAAGA-TTGTAGATGT-ATGCAATTGAATATG----------T----CTT--TAATTTATCT-A---------G--TACAA------AGT---AT----------------------GAAAG-CACAACAGGTAAC---ACAATAAT-TTCTA-AA--G-AGTTAAAA-A-TGTGCATACTAA----GTTAA-TTGCTATG----AT-GGCCTCTtgtctt
gi|13 : ttaccG-CACA-CAATTATT---ACATTGAT-CTCTA-AA--G-A-TGAAAA-ATTGTGCATACTCA----TATGG-TTGTTAAGACCCATGGACCTTTtgt
gi|14 : CT-TGA-AA--AAT---CTT--T--TACTCCTGGGC----ATCAAGCtgttttgataa
gi|15 : caaaaccatcaaaatcaatgtaat---ACAATAAT-TTTCA-AA--G-A-CCAAAATA-TGTG-ATACTCACTCTGGTGA-CCATTTTGACCCAT-GGCCTCagttggactatt
gi|16 : AT-TTTTA-AACTG-T-TCAATA-G-CGCG-ATGCTCA----GGTGA-CTGTTAGGGTCCATGAGCCTCT
gi|2 : ATTGCAGCATTGATTATT--TGTTG----A-AAAT-GCTA----T-T-ATATAATACCA-AA--AAGAAATTC--CC-CAT----GAACCTTAATTAAGCAGACTGCCTGTTCGATTACAT-ATGAT--GAG-CAATGTGTCTT-----TG-------------------CATTT--G-C--CT-ATT-GA-TATCTTAAAAT-A-G-AAA-TT-CCCATTT-CGTT--GTGGTGTCATAAAACTTG-CTCAC----------AAATAATTTCAGAT-T-AT-CAGTTGTTGATGGAAACAATAATAT--CAAA-TGATGTGTTT-AA--CATCTAG--TACAG------AGT---AT-G--CAAA-T-GGTGGAGTACAAACAG-CAAT-CATGTAAC---ATTATGAT-TTTTA-AA--G-A-TAAAAC-A-TGCGCGCACTCA----GGTGA-CCGTTTAGGTCCATAGGCCTCTtgtcatg
gi|3 : gagttctcatc-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-CTTT-CA---GGAT---GGCCCAGGTTCGGGAAAGGTTTATCATGTATTGAAAATGCA------T-C-------A--TCCTCTGTGTTTCTGGTCCTTCAGCAAAAAAACT-TT-GTA---GTATTAT-AATAATTAATTGTCCTAATCAAAATTTGTGAAATTCGT------C--TCA----------------TTTTGTGACCCTGCTTAGGGCTGTATTGAACATA--CACTG----ACAAAT-GC-A----T----CTT--T-T---AA--AAT---TTC--CC----TC-----C----ATCAAGTGCACAAAGTAT--tg
gi|3 : ---AAGT-A-G-AAAATTGT--ATTT-C--TCTGTGATGTGATAAGACTTG-CTCTTCTA----T-GAAAGAATAGCATAT-T-AT-TGATTGCATGTG------ATAtgtgtatccatgaatatggaaagtagaaaattgtatttctctgtgatgtgataagacttgctcttctatgaaagaatagcatattattgattgcatgtgata
gi|4 : accaaacttttgaaatccaaggaactttcaggatggcccaggttcgggaaaggtttatcatgtattgaaaatgcatcatcctctgtgtttctggtccttcagcaaaaaaactttgtagtattataataattaattgtcctaatcaaaatttgtgaaattcgtctcattttgtgaccctgcttagggctgtattgaacatacactgacaaatgcatcttttaaaatttccctccatcaagtgcacaaagtattgtgtatccatgaatatggaATAGATCATA--TGTTG----A-AAAT--C-A----T-T-A--TATT-TTA-GA--AGA---TCC--TA-T-TTCCTGGAC----GTCGAGCGAGCACA-------AGCACATTCCTATCCAAA-CAATGAGCT--CTT-CTTGA--AACTC--G--G-ATT--TTT--GTCATTT-ATCAG-----T---AAATGA-G-AAA-TTAC--ATTT-CGCT--GTGATGTGATAAAACCTA-----CCTAGCATT-AAAATGATGCTAAAT-T-AT-CAATTGCGCATC------ATAAT----CACGCCAATTTATCT-AT--CATCTAG--TACAA------AGT---ATCA--AGAA-T-GA-GAAGTGGTGAAAGCCACA-CGAG-AGCTCTACAATCAC-GTCTATAA--A-A-TT--AA-A-CGCGCATACCGA----AGTGA-CAGTTAAGACC
gi|5 : agTGATTATA---GTTGTGATAGAAAT-GC-AAATGT-T--TTTG---TCAGAA--AAT---GTT--T---ACTCTTGGAC----ATTAGGCAGACAAAATGT--TTGCACA--ACTAAA-GAGGTAAAGAGTCCTCTT--TGAA--AACTTTAA--ACATTCATTT--GAC--CTGATAGTA-C-TC---AAAT-A-G-AAA-------ATCG-C--T--GTGATGTGACTTAACTTA-CTCACCCA----T-AAAAGAGTTGGAAAT-C-AT-CAACTGTGTATG------ATAGT----CATACTAATA-ATTTCAT--C--ATCGTCTACAA------AGTATGAT-A--AAAA-
gi|6 : aggtctgaaccagggccttagttaaCT-TCA-TA--AAT-----C--TT-TTTTACTGGAC----ATCATGCAGTCCAACTGTTGGA----ATTATTAT--AAA-CA-TGCGCG--CTTATTGAA--AAC-C--GTAAGATTTATTT--GCA--CT-ATTAGAAC-TC---AAAA-A-GCAAA-TT-TCAATTTGC--T--TTGAAGTGATGAAATTTAACTCTCCTA----TGAAAAAAATT-TAAAC-TGAT-AAATTGTGTATG------ATAGTTATGTATACCAATATATCT-ATTGT--CTAA--TACAA------AGT---AT-ATCAAAT-T-GA-AAAGTA
gi|7 : tgaaaattataaatgtaatTACTGAGCATCCAATGGGCCTTCTTTGTGGCTC-A---AA-TTTTGAAATCTATGGAAAC--TACATGTAGATCTAGGTCTATATAGGGGAAAAGTTCATCAAATATTGAAAAGGCATATATAT-CATCACCAA--TCTTCTGTATTTCTGAACATCTAGCA-GAAAACTGCTGGCAATGTTATAATGAGCAACTGGCTATCT--ACCA
gi|8 : TGAGA-A-TT---AAAT-GCG-AAA-TTGC--ATTT-CATT--GTGATATGATAAAACTTG-CTCTCCTA----T-TAAAGGATAGTAAAT-T-AT-CAATTGTGTGTG------ATAGT----CAATCTAGTCCATCT-TT--CTGCTGG--TACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GG-AAA--ATGTAAAG-TATG-CAGGTAGC---GCACTGAT-TTTTA-AA--G-
gi|9 : gaacacG--TACAATATTAGAGT---AT-G--AAAG-TAGA-GAAGTATAAAATT-TACA-CATGTATT---GCAATGAT-TTCTA-AG--GTC-CAAAAA-A-TATGCATACTCA----GATGACCCATTAAGGCCAATGGACC
blockSeqs : C TGG . C C ACTACATGTAGATCT T TATATATCATCACCAA A G G ATG G TA T A GGTTAAAGGACATATCGCAT GT T TT CAGC TTC TGAT C C T TGTTCTTGTC C G TA CTCGATCATA C T CTTA ACT A T TCGAT C C CC G C G CTCTTTGAAAACTTTAAAC CA GTCAT G TGATATCTTA G C C TTCCC G GT CT A A GCATTA G G G G T GAAACA TATGTATAC T C ACATCTA TC TATTAG ATG GCAAATGGTGGAGTACAA C A G A TCT . T CT AG T T T C CTCT C T A G
blockSeqs : . . . CTTTCAGGAT G TCA . . . . G . . . CGTCTCA T . GG CTGT T . C . . TTATATAATA G . . AAATTCCCCA C G . AGA C G TGGA C T A . A T CTTATTGAAAACCGTAAG CA GAC . TAGAACTC . . . ATTGT . GC . . T TGA G G . G A . ATCAAA T . TCATCTA . . . CAAGAATGAGAAGTGGTG . . G A . . . . AG T . . C . . T A G
blockSeqs : . . A TC C . C . . AATGTTTTTG C . . CTTTTA C A . GCA G A TTG C T . . A A TTCTACTAAAATTGGAT TA GCA . AGTACTC . . . TTTCA . AT . . A TG T . . . T . CACGC G . TTGTCTA . . . GAAAGTAGAGAAGTATAA . . A T . . . . TC G . . C . . A G G
blockSeqs : T . G . . TTATATT T . . TCCTAT T G . GAG A G AG C . . . A A CTTCTTGAAACTCGG . GC . GAGAATT . . . TTAC . . . . T TA G . . . C . CATAC T . TCTGCTG . . . AAAAATGGAAAATGT . . T A . . . . A C . . C . . T G A
blockSeqs : . . . . . TCTTT C . . TTCCC C G . AGA C G G . . . . . C TTTG CAGT . . . TTGC . . . . T TT C . . . C . CAATC A . TCATC . . . G . . A G . . . . A C . . C . . G A G
blockSeqs : . . . . C . . GTTTA . G . AGT . . . . . . . . . . . . G . . . T . CTT A . . . . . G . . G G . . . . T A . . C . . A G .
blockSeqs : . . . CTTTT . . . G . . . T . CTT C . . . . . . . T T . . . . A T . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . A A . . . . . A .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : CTCTN******** TGA** CTTNTTGAAAATCGGAG******** CA GC***** TTNC*** ** TCGTCTA**
originalCons : TACTGAGCGTNCAATGGGCCCTCTTTGTGGCTC-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-C--T-CA---GGATC-AGGTCTAGGTTGGGGAAAAGTTTATCATATATTGAAAACGCATA-AT-T-CATCA--AA--TCTTCTGTATTTCTGGACATCCAGCAGGAAAACTGTT-GCA---TTATTATGAGCAACTGGCCGTCT--ACCAAAA-TTGTG-AATTCGT------CGGTTAAG-------------GTTCTGTGTCCCAGA-TATAGCCGCATTGATCATA--CGTTG----ACAAAT-GC-A----T-T-ACTTGCT-TCA-AA--AAT---TTC--TC-TATTCCTGGAC----ATCAAGCGNACAAANTGT--GAGCACATCACTAT--GAG-CAATGNGTTTTCTT-CTGAA--AACTC--G--ATATTCATTT--GNC--CT-ATNAGA-C-TC---AAAT-A-G-AAA-TT-C--ATTT-C--T--GTGATGTGATAAAACTTG-CTCTCCTA----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-CAATTGCGTATG------ATAGT----CANACTAATNTATCT-AT--C--CTAG--TACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GA-GAAGTACGGAAAG-CACA-CAGGTAAC---ACAATGAT-TTCTA-AA--G-A-TNAAAA-A-TGCGCATACTCA----GGTGA-CCGTTANGGCCCATGGGCCTCT
finalCons : TACTGAGCGTNCAATGGGCCCTCTTTGTGGCTC-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-C--T-CA---GGATC-AGGTCTAGGTTGGGGAAAAGTTTATCATATATTGAAAACGCATA-AT-T-CATCA--AA--TCTTCTGTATTTCTGGACATCCAGCAGGAAAACTGTT-GCA---TTATTATGAGCAACTGGCCGTCT--ACCAAAA-TTGTG-AATTCGT------CGGTTAAG-------------GTTCTGTGTCCCAGA-TATAGCCGCATTGATCATA--CGTTG----ACAAAT-GC-A----T-T-ACTTGCT-TCA-AA--AATCTCTN--------TTCCTGGAC----ATCAAGCGNACAAANTGTTGA--CACATCACTAT--GAG-CAATGNGTTCTTNTTGAAAATCGGAG--------ATTCATTTGC-----CT-ATNAGA-C-TC---AAAT-A-G-AAATTNC---ATTT-C--T--GTGATGTGATAAAACTTG-CTCTCCTA----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-CAATTGCGTATG------ATAGT----CANACTAATNTATCT-ATCGTCTA--G--TACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GA-GAAGTACGGAAAG-CACA-CAGGTAAC---ACAATGAT-TTCTA-AA--G-A-TNAAAA-A-TGCGCATACTCA----GGTGA-CCGTTANGGCCCATGGGCCTCT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 55555555555555555 6666666666666666666 1 2 222 11 1 1 111111111111111111111111111111 11 2 11 111 111111 333333333333333 11111 111111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 111111 2222222 1111 2222222 111111 44444444444444444444444 111
lowQualScore : 1 000 3 6 6 22222222222222222 3 1111111111111111111 2 6 6 333 2 0 0 33 3 3 333333333333333333333333333333 44 6 00 3333 555 666666 6 111111111111111 3 5 5 44444 999999 0 2222 11 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 5 1 2222222 1 8 4 8 3 222222 66 2222222 0000 1 0 3333333 222222 777 00000000000000000000000 5 5 2 0 1 777 4 4 55 111 1 4 4 0 1 9999 4 1 6 4
lowQualScore : . ... . . . ................. . ................... . . . ... . . . .. . . .............................. .. . .. .... ... ...... . ............... . . . ..... ...... . .... .. . .................................................................................................................. . . . ....... . . . . . ...... .. ....... .... . . ....... ...... ... ....................... . . . . . ... . . .. ... . . . . . .... . . . .
lowQualScore : 0 555 3 7 7 33333333333333333 7 0000000000000000000 0 7 7 333 5 2 2 88 3 3 333333333333333333333333333333 00 7 55 2222 555 000000 7 999999999999999 0 7 7 33333 111111 7 1111 77 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 7 9 6666666 1 9 4 9 4 888888 99 5555555 6666 0 1 6666666 888888 888 66666666666666666666666 0 0 2 1 2 888 0 0 55 111 0 4 4 7 1 4444 4 0 4 5
consensus : TACTGAGCGTNCAATGGGCCCTCTTTGTGGCTC-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-C--T-CA---GGATC-AGGTCTAGGTTGGGGAAAAGTTTATCATATATTGAAAACGCATA-AT-T-CATCA--AA--TCTTCTGTATTTCTGGACATCCAGCAGGAAAACTGTT-GCA---TTATTATGAGCAACTGGCCGTCT--ACCAAAA-TTGTG-AATTCGT------CGGTTAAG-------------GTTCTGTGTCCCAGA-TATAGCCGCATTGATCATA--CGTTG----ACAAATGC-A----TTA-CTTGCT-TCA-AAA-A-----TCTCTT-T--TCCTGGAC----ATCAAGCGGACAAANTGTT-GGC-ACATTACTAT--GAG-CAATGNGTTCTTCTTGAAAA--T---CG-AA-ATT-CATTTG---C-C---T-ATNAGA-C-TC---AAAT-A-G-AAATTNC-A-TTT-C--TGTGATGTGATAAAACTTG-CTCTCCTA----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-CAATTGCGTATG------ATAGT--CAN----ACTAA----TNTATCTATCGTCTAGTACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GA-GAAGTACGGAAAG-CACA-CAGGTAAC---ACAATGAT-TTCTA-AA--G-A-TNAAAA-AT-GCGCATACTCA----GGTGA-CCGTTANGGCCCATGGGCCTCT
Reference ( family-3973 ) : TACTGAGCGTNCAATGGGCCCTCTTTGTGGCTC-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-C--T-CA---GGATC-AGGTCTAGGTTGGGGAAAAGTTTATCATATATTGAAAACGCATA-AT-T-CATCA--AA--TCTTCTGTATTTCTGGACATCCAGCAGGAAAACTGTT-GCA---TTATTATGAGCAACTGGCCGTCT--ACCAAAA-TTGTG-AATTCGT------CGGTTAAG-------------GTTCTGTGTCCCAGA-TATAGCCGCATTGATCATA--CGTTG----ACAAATGC-A----TTA-CTTGCT-TCA-AAA-A-----TCTCTN-T--TCCTGGAC----ATCAAGCGNACAAANTGTT-GAC-ACATCACTAT--GAG-CAATGNGTTCTTNTTGAAAA--T---CG-GAGATT-CATTTG---C-C---T-ATNAGA-C-TC---AAAT-A-G-AAATTNC-A-TTT-C--TGTGATGTGATAAAACTTG-CTCTCCTA----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-CAATTGCGTATG------ATAGT--CAN----ACTAA----TNTATCTATCGTCTAGTACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GA-GAAGTACGGAAAG-CACA-CAGGTAAC---ACAATGAT-TTCTA-AA--G-A-TNAAAA-AT-GCGCATACTCA----GGTGA-CCGTTANGGCCCATGGGCCTCT
gi|1 : TATTGAGCGTGCAATGAATCCTCTTTG---CTCTACCAAACTCCTGAATTCCAAAGAA-C----CA---GGGTCGAGGTCTTGGTTGGGAGAAAGTTTATCATATATTGAAAACCCATA-AT-TTCATTA--AAAATCTTTTGTATTTCTCGATATCCAACAGGAAAACTGTTTGCA---TCATTATGAGCAATTGGTCTTCT--ACTAAAA-TTGTG-AATTCATGTTACACGGTTAAG-------------GTTCTG-GTCCCAGAATATAAACGCATTGATCGTA--TGTTG----ACAAATGC-A----TTAACTTGCT-TCA-AAA-G-----TTTCTT-TATTCCTGTAC----ATCAAGCACACAAATTATG-AGC-A-ATCATTAT--GAG-CATTGGGTT-TTCTTCTAAA--TGAACT-GATATT-C-TGTGAGGC-T---T-ATAGAA-C-CC---AAAC-A-A-AAACTT--A-TTT-T--TGC--TGTGATAAAACTTA-CGCTCCTG----T-AAAAGAATTGTAAAT-T-AT-AAATTGTGTATG------ATAGT--AAA----ACAAA----TGTATTGATCA---AGTACCA------AGT---AT-A--AGAACT-GT-AAATTACACAAAG-CACA-CAAGGAAC---AAAACGATATTTTA-AA--G-G-TAAAAA-AA-ATGCATATTCG----GGTGA-CCGTTACGGCCCATGCCCCTCT
gi|10 : ATGACCAACTGGCCGTCT--ACCGAAA-TTGTG-AATT----------GGTTAAAGGACATATCGCATGTTCT-TGTCCCAGA-TA-AGTC---TCGATCATATTCCTGT----ACAAAAGC-A----CT
gi|11 : TTGTAGATGT-ATGCAATT-TGAAT-------ATGGT--CTT------TAA----TTTATCTA-------GTACAA------AGT---AT----------------------GAAAG-CACA-CAGGTAAC---ACAATAAT-TTCTA-AA--G-AGTTAAAA-AT-GTGCATACTAA----GTTAA-TTGCTATG----ATGGGCCTCTcaacatttgtacctccctttgagcactgggttttctactaaaattggatact
gi|12 : ttaccaatAAGA-TTGTAGATGT-ATGCAATTGAATATG----------T--CTT------TAA----TTTATCTA-------GTACAA------AGT---AT----------------------GAAAG-CACAACAGGTAAC---ACAATAAT-TTCTA-AA--G-AGTTAAAA-AT-GTGCATACTAA----GTTAA-TTGCTATG----AT-GGCCTCTtgtctt
gi|13 : ttaccG-CACA-CAATTATT---ACATTGAT-CTCTA-AA--G-A-TGAAAA-ATTGTGCATACTCA----TATGG-TTGTTAAGACCCATGGACCTTTtgt
gi|14 : CT-TGA-AAA-A-----TCTTTTAC--TCCTGGGC----ATCAAGCtgttttgataa
gi|15 : caaaaccatcaaaatcaatgtaat---ACAATAAT-TTTCA-AA--G-A-CCAAAATAT-GTG-ATACTCACTCTGGTGA-CCATTTTGACCCAT-GGCCTCagttggactatt
gi|16 : AT-TTTTA-AACTG-T-TCAATA-GC-GCG-ATGCTCA----GGTGA-CTGTTAGGGTCCATGAGCCTCT
gi|2 : ATTGCAGCATTGATTATT--TGTTG----A-AAATGCTA----TTA-TATAATACCA-AAA-AGAAATTCCC-------CATGAACCTTAATTAAGCAGACTGCCTGTTCGATTACAT-ATGAT--GAG-CAATGTGT-CTT--TG--------------------CATTTG---C-C---T-ATT-GA-TATCTTAAAAT-A-G-AAATTCCCA-TTT-CGTTGTGGTGTCATAAAACTTG-CTCAC----------AAATAATTTCAGAT-T-AT-CAGTTGTTGATGGAAACAATAATATCAA----A-TGA----TGTGTTTAACATCTAGTACAG------AGT---AT-G--CAAA-T-GGTGGAGTACAAACAG-CAAT-CATGTAAC---ATTATGAT-TTTTA-AA--G-A-TAAAAC-AT-GCGCGCACTCA----GGTGA-CCGTTTAGGTCCATAGGCCTCTtgtcatg
gi|3 : gagttctcatc-ACCAAACTTTTGAAATCCAAGGAA-CTTT-CA---GGAT---GGCCCAGGTTCGGGAAAGGTTTATCATGTATTGAAAATGCA------T-C-------A--TCCTCTGTGTTTCTGGTCCTTCAGCAAAAAAACT-TT-GTA---GTATTAT-AATAATTAATTGTCCTAATCAAAATTTGTGAAATTCGT------C--TCA----------------TTTTGTGACCCTGCTTAGGGCTGTATTGAACATA--CACTG----ACAAATGC-A----T---CTT--T-T---AAA-A-----TTTCCC-T--C------C----ATCAAGTGCACAAAGTATT-G-T-GTAT--CCAT--G----AATATG--------GAAAG--T---AG-AAAATTGTATTTC---T-C---T-GTGA------------------------------------TGTGA-----TAAGACTTG-CTCTTCTA----T-GAAAGAATAGCATAT-T-AT-TGATTGCATGTG------ATAtg
gi|4 : ATAGATCATA--TGTTG----A-AAAT-C-A----TTA---TATT-TTA-GAAGA-----TCCTAT-T--TCCTGGAC----GTCGAGCGAGCACAA------GC-ACATTCCTATCCAAA-CAATGAGCTCTTCTTGAAAC--T---CG-GA--TT---TTTG---T-CATTT-ATCAG-----T---AAATGA-G-AAATTAC-A-TTT-CGCTGTGATGTGATAAAACCTA-----CCTAGCATT-AAAATGATGCTAAAT-T-AT-CAATTGCGCATC------ATAAT--CAC----GCCAA----TTTATCTATCATCTAGTACAA------AGT---ATCA--AGAA-T-GA-GAAGTGGTGAAAGCCACA-CGAG-AGCTCTACAATCAC-GTCTATAA--A-A-TT--AA-AC-GCGCATACCGA----AGTGA-CAGTTAAGACC
gi|5 : agTGATTATA---GTTGTGATAGAAATGC-AAATGTT--TTTG---TCAGAAA-A-----TGTTTA-C--TCTTGGAC----ATTAGGCAGACAAAATGTT-TGC-ACA--ACTAAA-GAGGTAAAGAGTCCTCTTTGAAAACTT---TA-AACATT-CATTTGA--C-C---TGATAGTA-C-TC---AAAT-A-G-AAA-----A-TCG-C--TGTGATGTGACTTAACTTA-CTCACCCA----T-AAAAGAGTTGGAAAT-C-AT-CAACTGTGTATG------ATAGT--CAT----ACTAATAATTTCATC-ATCGTC---TACAA------AGTATGAT-A--AAAA-
gi|6 : aggtctgaaccagggccttagttaaCT-TCA-TAA-A-----TCTTTT-T--TACTGGAC----ATCATGCAGTCCAACTGTT-GG--A-ATTATTAT--AAA-CA-TGCGCGCTTATTGAAAA--C---CGTAAGATT-TATTTG---CAC---T-ATTAGAAC-TC---AAAA-A-GCAAATTTC-AATTTGC--TTTGAAGTGATGAAATTTAACTCTCCTA----TGAAAAAAATT-TAAAC-TGAT-AAATTGTGTATG------ATAGT--TATGTATACCAA----TATATCTATTGTCTAATACAA------AGT---AT-ATCAAAT-T-GA-AAAGTA
gi|7 : tgaaaattataaatgtaatTACTGAGCATCCAATGGGCCTTCTTTGTGGCTC-A---AA-TTTTGAAATCTATGGAAAC--TACATGTAGATCTAGGTCTATATAGGGGAAAAGTTCATCAAATATTGAAAAGGCATATATAT-CATCACCAA--TCTTCTGTATTTCTGAACATCTAGCA-GAAAACTGCTGGCAATGTTATAATGAGCAACTGGCTATCT--ACCA
gi|8 : TGAGA-A-TT---AAAT-GCG-AAATTGC-A-TTT-CATTGTGATATGATAAAACTTG-CTCTCCTA----T-TAAAGGATAGTAAAT-T-AT-CAATTGTGTGTG------ATAGT--CAA----TCTAG----TCCATCTTTCTGCTGGTACAA------AGT---AT-A--AAAA-T-GG-AAA--ATGTAAAG-TATG-CAGGTAGC---GCACTGAT-TTTTA-AA--G-
gi|9 : gaacacGTACAATATTAGAGT---AT-G--AAAG-TAGA-GAAGTATAAAATT-TACA-CATGTATT---GCAATGAT-TTCTA-AG--GTC-CAAAAA-AT-ATGCATACTCA----GATGACCCATTAAGGCCAATGGACC