lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333333 11111 44444444444444444444444444444 11 66666666 1 333 444444 2 1 111 77777777777777777777777 2 3 111 22222 4444444444444444 11 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333 4444444 1111 2222 4444 4444444444444444444444444444444 444444444 11111111111 1111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 55555555 11 22 4 11111 2 333 6666666666666 0000000000000000000 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 0 6 1 55 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 6 2222222 77 4 66 8 4 00000 55 00000000000000000000000000000 7 44 1 44444444 7 000 2 111111 4 3 5 777 33333333333333333333333 8 8 4 8 8 0 444 11111 4444444444444444 3 88 2 1 3 8 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 5 8888 77 4444444 1 77 0000 3 5 0000 777 4 6666 4 3333333333333333333333333333333 3 77 88 666 55 2 3 000000000 44 7777 3 6 3 3 3 3 22222222222 4444444444 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 44444 66 3 11111111 3 11 55 0 99999 3 666 444 6666666666666 5555555555555555555 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : . . . .. ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . . ....... .. . .. . . ..... .. ............................. . .. . ........ . ... . ...... . . . ... ....................... . . . . . . ... ..... ................ . .. . . . . ........................................................................................................................................................................................... . . .... .. ....... . .. .... . . .... ... . .... . ............................... . .. .. ... .. . . ......... .. .... . . . . . . ........... .......... . ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . ..... .. . ........ . .. .. . ..... . ... ... ............. ................... . ................................................................................................................................................................................................................................................
lowQualScore : 0 0 9 55 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 6 4444444 22 0 55 0 0 00000 55 44444444444444444444444444444 3 77 0 22222222 0 000 5 000000 7 2 0 555 00000000000000000000000 0 0 0 0 0 2 000 22222 2222222222222222 2 22 5 5 2 8 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 7 7777 99 5555555 0 99 2222 2 7 2222 000 0 8888 0 3333333333333333333333333333333 6 33 00 444 00 3 1 333333333 22 0000 3 7 3 3 3 3 22222222222 6666666666 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 00000 11 2 66666666 2 22 55 0 33333 3 777 555 0000000000000 0000000000000000000 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATATTTATACATAA--TTGATTCC-----G-----CN---CGAC-A--AG---TATG---TG-G-TC---GA-AACCC-A-TT-GAT-AA-----T-CTAT-A-TAA--CGGTAT--ACATG--TA---C-T-T----CCACC-TTCG-C-TCTC-------C-TCC--------------TG-------T-ACA-------ACCAA--A----T-T--G-AA-AGA-AAGAACAA-AGTC-A---------ATAG-TG-TAT-----T-G-TTGCA-CTTTGCCAC--TAGCG-TGACTTTAA-T-A-TGA-T--------TTAT-AC--TGAA-A---T-T--ATA---TTT---AATG----T-AA-TA--T---A-A-----------T--G-A----AT-T---AA--T------AATCCA------T-A-N-----A-------TG-G-TTGT--TCAA---TAATA---TTG-AT-G---AAA--NTA-TG--A-T-TTTG-A--TA---CNGA--AT---AA-TAA-A-AGAT-A-N--ACACAT-AATGATT-AT----GA-ATT-A-C--A-A-AT--T-AACT--A-TAG-TT------AT-----A-C-------A---TGAC-GT-AATCGTT--ACA--TCA-TA-T-CCAAAGATCATA-CTCC-TT-----GT--GGTCTGAAACCA-GC---ACCG-TAT-ACA--TA----GTATAAAATAACGACAACAT-A-C-TGAGGAAAGGTAGGAGGNGCGGAGGTGGT-GAAAAATTCCAATAACTTCAAAACCGAT---GT-TGATTCT-TGCGGCGTCCT-GAAAGAGAATGA-AG-AAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGAACNAAAAG----ATATTTCCCGCGAAATGAATTCATTGGTCCCAGAC-GAGCTCATAACCANTC---CACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAG-C-CGGCGTGGAAAGA-ATGGCGA-CTC-TG---A-------C--N--TTTACG---AG-GCGCAT----TC-TTGG--AATCCTGCTGCT---T-TG-CGC-T-ANC--TTTGC-TGA-TG-------CGACGGTAAA-----CAA-TGCACAAT-CAAT--ATA--TATAAATCATTTTAAGC-TCGCTT--AAA-T--TNTT-TTATACATAATTGATTCCG---CCCG-AC-GCA-AGTGTGG-T-TCG--A-AACCC--AATTG------ATAA-TCTA-TA-T---AA--CGTAT-A-----ACGTG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC-----A-A-T-A--T----GAA-A-GA-A-GAA-CAA-GG-TC------ATG----------AG-TGT-ATGTTGCA--CTTTGCCACTAGN-CGTG--A--CTTTTAATNATG----AT--ATA-ACTGAA-ANT-T---NA-TATT-------------TAATGTA----A-T---------------ATA----A---AT-------T-----T--A-A-T-------ANTCAT-A--------A-TG---GTT-GTC-AA---TAAT--A-TTGAT--G----AA--T-A-T---G-AT-TTTTGATAC-C---GACAT---AA-TAA------A------GAATGA-CCACATAT--ATGATTTATGA---AT-TAC---A-AAT--TTAACT-A------TA------GTT-------A-----TA-C-AT-GACG-T-AATCGTTAC--A--TCG-TAAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-----TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGATTTGA------TTNAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGAC-CCCAA-G-AGAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCNGNCCGCAA-AGTGCANACACTTACAT-ANCACAAACAACTATCATATCAAATACAGATGCACACTCCNTTACATGCAGGTNCAACAAAAGAANATAAAGACAGATTAAAA-TTACGNAA-TATTTGAAAACGATCCNAATNATATCNCCCAGCAAATACNNTTGGAATTATGTGAGTGAGA---ACGNCAGGANGTGNACGTATGTTCCTGGGATAGTGATA---TAGAGTGTACCGTCAAGGGGAATAAAACATAAAACTGCACTAGTATTGATTTTAGGACAGTGTTTTCCAAAGCTAAGTGAATAA
Reference ( gi|1 ) : TACATCACGACAAAAGTGCAGACAGTGCATATTT-TACATTTATACATAA--TTGATTCC-----G-----CG---CGA--A--AG---TTTG---TG-G-TT---GA-AACCC-A-TT-GAT-A------T-CTAT-A-TAA--CGGTAT--ACATG--TA---CATGTA-AACCACT-TTCG-C-TCTC-------C-TCC--------------TG-------T-ACA-------ACCAA--A---GT-T--G-AA-AGA-AAGAACAA-AGTC-A---------ATAG-TG-TAT-----T-G-TTGCA-TTTTGCCAC--TAGCG-TGACTTTAA-T-A-TGA-TAG------TTAT-AC--TGAA-A---T-T--ATA---TTT---AATG----T-A--CA--T---A-G-----------T--G-A----AT-T---AA--T------AATCTA------T-A-T-----A-------TG-G-TTGT--TCAA---TAATA---TTG-AT-G---AAA--TTA-TG--A-G-TTTG-AG-TA---CCGA--AT---AA-TAA-A-AGAT-A-C--ACACAT-AATGATT-AT----GA-ATTGA-C--A-ACAT--T-AACT--A-TAG-TT------A------A-C-------A---TGAC-GT-AATCCTT-CACA--TCA-TA-T-CCAAAGATCATA-CTCC-TT-----GT--GGTCTGAAACCAGGCAAAACCG-CAT-ACA--TACAGAATATAAAATAATAACAACATAAAC-T--GGAATGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGTAGAAAAATTCCAATTACTTCAAAACCGAT---GTCTGATGCT-TGCGG-GTCCT-ACAAGAGAATGA-AG-A-GCG-ACGCG-ATCACTGACA---AAGAACCATAAG---TATATTCCCCGCCAAATGAATTCATTGGTCCCAGACAGAGCTCATCACTGTTTCCGCACGCGCTGACAAAT-TGGCGCTCACTGCATAG-C-GTGC-TGG-A-GA-ATGGTAA-C-C-TG---A-------C--T--TTTACG---AG-GCGCAT----TC-TTGG--AATCCTGCCGCT---T-TG-CGC-T-AAC--TTTGT-TGA-TG-------CGATC-TAAA-----T-A-TGCACAAT-CAATCTATA--TATAAATTATTT--AGCTTCGCTT--AAA-T--TCTT-TTATACATCAT-GATTCCG---CCCG-A--G-A-AGTGTG--T-TTG--A-AACTC--A-TTG------A-AA-TCTA-TA-T---AA--CGTAT-A-----ACGTG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC-----A-A-T-A--T----GAA-A-GA-ATGAA-CAA-AT-TC------ATG----------AG-TGT-ATGTTGCATTCTTTGCCACTATC-CATG--A--CTTTTAATAATG----AT--ATA-ACTGAA-AAT-T---AA-TATT-------------TAATGTA----A-T---------------ATG----A---AT-------T-----T--A-A-T-------ACTCAT-A--------A-TG---GTT-GTC-AA---TAATC-A-TTGAT--G----AA--T-A-T---G-AT-TTTTGATAC-C---GACAT---AA-CAA------A------GAATGA-CCACATAT--ATGATTTATGA---AT-TAC---A-AAT--TTAACT-A------TA------GCT-------A-----TA-C-ATCGACG-T-AATCCTTCC-CA--TCAATAAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-----TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG-------CTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGACGCCCAA-G-AGAAGAGGGGGCGAAAAGAAAGGCTGCCTGAAACAGTGAGAACATTTAC-TCAACACAAA----TATCATA-CAAATACAGATGTACACT-TCTT-------GGTGC-ACAAAAG-ATAT-AAGACAGATTAAAATTTA-GTAACTA-TTGAAAACAAT-CAAATCATATCCCCAAACAAA---CTTTGGA--TATA-GAATGAGATTGACGCCAGGAAATAAGCACATGTTCCTTGGAAAGTGAAAAATTAG-GT-TAC--TCCAGGG--ATATAACATATGCCTGT-TTCTTATTGATT--------GTGTTTCC--AAGC--AGGAAATAAACTATTA
gi|9 : ATATTTATATATTTTTAT-TAACATTGATTCC-----A-----TC---CGA--ACAAG---TATG---AT-C-TC---TA-AACCG-A-CT-GAT-A------C-TCATTA-TGA--TA-TAT--ACATG--TA---CATGTA---CCGCC-TCCG-C-TTTC-------C-TAC---------------G-------C-ACA--------CTAG--AT--AT-T--A-AA-A------AACAA--GTC-A---------A-AG-TG-TACATGTAT-G-TTGCA-CTCTGCCAC--AAGCG-TGA-TTTAATT-A-TGA----------TTGA-AC--TGAATA---T-TTGATATTGTTC---AAAG----CAA--TA--T---G-A-----------T--GTA----AT-TATAAA--T------AGACTAGTTAGGT-A-CTAATAA-------TG-T-TTGT--T-AA---T-CTA---TTG-AT-C---AAA--ATA-TT--A---TTTT-AA-TA---CAGA--ATTTAAA-AAA-A-AAAT-G-C--GCA-ATCAATGA-T-AT----GA-AT
gi|15 : atcgataaaATATTTATCCATAA--TTTGTTCT-----A-----CA---TGA--C-------CTTG---TGTG-TTACCGA-AGTAC-A-T---AT-A------A-TTAT---TAT--TTGTATTGAGACG--TAGAACACGTATACCCACG-TT-A-C-CCTC-------CATTC--------------TG-------T-ACA---------------------T--------------AACAA--GTC-A----------TGA-CG-TAT-------G-TTGTA-CATTGCCAC--CAACG-TGACTTCAaa
gi|2 : aataTTTATACATAA--TTGATTCC-----GGTACCCGTATCGAT-A--A------TG---TG-A-TG---GG-AG----A-TT-GGT-AAGCAAAT--TAT-AGTAAATCG-TAT---TAGT--TA---C-TGT----CCACT-T-CG-C-TCTTGAAATGGC-TTG--------------TA-------TCATA-------ACCAA--AATCAT-T--G-AATAGA-AAAAACAA-GTTCTAT--------ATAA-TGATGT-----T-ATTTGCA-CTTTG-CACTTTAGCG-TGACTTT-A-T-A-T---TGA------TCAT-ACTTTGAA-AT--T-T--ATA---------AAT-------------------------------------A----AT-T---AA--T------CATC-A------T-AGG-----A-------TG-GTTTGT--CCAA---TAATA---TTG-AT-G---AAAATTTA--GATA-T-TTTG-A--TA---ACAG--AT---AATTAATA-TGA--A-C---CACAT-ACTGA-T-AT----GA-ATTAA--------AT--T-AACT--A-TAG-TT------AT-----ACC-------AT--TGACGGT-AATCTTT-AACA--T-A-TA-T-CCAAAGATCATA-CTCC-TT-----GTGGGGTCTGAAAtcagtgttcata
gi|4 : aatgaaaaaatatctctacaataatctttgtcttcaaacgatactgttgattctgcggcgtctgagagaatgaagaagcgacgcgatcctgacaaagacacaagagtattgtcgcgaattgaattcattggtccagacgatctcatcactttttccacgacccatatggcgctcaggcatagccggcgtggaagacatggtaagtctgaactttacccccaggcaataaaatcgttggatcgcgcttatgacgcctaacacgattgatgataggactgattgtaaaatctgtatgcacaatgccattatataaattattttaagcttgcctttaaaatgctctTTTATTCATAA--T-GATTCC-----G-----CC---CGACCA--AG---T--A---TG-A-TCCC-AA-AATCCGA-CT-GAA-AA-----T-CATT-A-TAA--CG-TAT--ACATG--TA---C---------CACC-TTCG-C-TCTT-------C-T-----------------G-------T-AGAT------ACCAA--A---TG-T--G-AA-ATA-AA-AACAA--GTC-A----------TAG-TG-TAT-------A-TTGCA-CTTTGCCAC--CAGCA-TGACTTTAT-TTA-TGA-TTGAACTGACTAT--T--TGGA-A---T-T--------TTT---AATG----T-AA-TA--T---G-A-----------T--GTA----AT-TTTAAA--T------AGT-TA------T-A-T-----AATAATGATA-G-TTGT---CAA---TAATA---TTG-ATTG---AAA--T-A-TG--A-T-TTTG-A--TA---CC----------------------------ACACAT----GAGT-AT----GG--TTTA-C--A-A-AT--T-AATT--A-TAG-CT------GC-----A-C-------A---TGAC-GT-AATCATT--ACA--TCA-GA-C-CTAAAGATCATA-CTCT-TT-----GT--CGTCTGAAACCacgcatgattagattgaactttttaatcaagttcagacccaaggagagggggaggaaaggtagccgcaagtgcaacatttacatcacatcatacaaatacagatgtacactctattaggtgcaacaaaagaatataagacgattaaaattaggaatatttgaaaaatccaatcattcactcaataaatacttttggaattatgtgagtgagaacggtaaaatataaaggtatgtttctgggatagtgatatagagtgtaccgtcaaggggaataaaacataaaactgcactagtattgattttaggacagtgttttccaaagctaagtgaataactctatca
gi|5 : aaatgcgcaatcaatgatatgaataatttgaagctcacttaaaattatTTTATACATAA--TTGATT-C-----G-----C----CGACGA--AG-----TG---TG-GTTT---GACAACCCAA-TT-GATAA------T-CGAT---TAA--C-GT-T--ACATGGTTA---CGT--------ACTGTTCGAC-TCT------------C--------------TG-------T-AAT-------ACCAA--A----T-T--GAAA-AGACACGAAC-A-TGTC-ATG-------TTAGCTG-TG------T-G-TTGCACCTTTG-CAC--TAGCGTTGACTTTAA-TAA-TGA-T--------TCATAAA--TGAA-T---T-TAAATA---TTT---AATG----T-AATCA--T---A-GAATGTCACCCAT--A-A----ATAT---AA--TTAAATAAATTCA------TAA-T-----G-------TGTA-TTGG--TCA-----AATACATTTG-AT-GGACAAA--TAA-TG--A-ATTTTG-GA-TACGCCCGGGCAT---AA-TTA-T-AGTG-AGC--TCACAT--ATGATT-AT----GA-AT--A-CCGA-AGAT--TAAACTA-A-TAA-TTTTATTGG------A-C-------ACATTGAC-GT-AATTCTT-TACATTTCA-TAGTGCTAGACA-CATACCTCCTTT-----GT--GGT-TGAAAC---GC-AAACCGATAG-ACAATTAGAGAATAATAAAT-ATAACAAAATAAAC-gccatgaatttgattaaactttttaaattaagttcagaccccaaggagaagaagggcgaaagaaaagcaagccgcaaagtgcatacagttgtacacacataa
gi|24 : tTTTATACATAA--TTGAATCC-----G-----CC---CGACGA--AG-----TG---TG-GTTT---GA-AACCCAA-TT-GATAA------T-CTAT-A-TAA--C-GTAT--ACATG--Tacgagggtagaagtttgtaggggctcggttaggtatgg
gi|14 : aaaatgtTTATTCAGAA--TC-ATTCC-----G-----TT---CGACCA--AG---TATGATCTG-G-------A-AAACC-G-TT--AT-A------T-CT-------------TAT--ACA-G--TA---C--------CCACC-TTCG-CCTCTC-------C-TTC--------------TGATGAATAT-ACATGGAATTACCAA-------T-TACG-AA-AGA-AAAA--GA-AGTC-ATGTCTGTACACAA-GG-TAT-----T---TTGCA-CTTTGTCCC--TAGCA-TGAC--TAATT-A-TGA----------TTAA-AC--TGAA-GAGTT-T--ATA---TTT---ga
gi|20 : taaaatttaccgttcATAA--TTGATTCCAGTATG-----CA---TGC--A--AGCGCTATG---TG-GATTAC-GT-AGCCC-G-TTCGAT-G------TACTAT-A------CCGTAT--------------CATCT----CCA------------TC-------T-TCC--------------AG-------T-ACA-------ACTAA--A----------------A-CAAAACAA-G--------------ACAC-TG-TAT-------G-TTGCA-CTTTGCCAC--CAGCG-TGACTTTAG-T-ttc
gi|8 : A--TTGATTCC-----GGC---CGA--CGA--A--AG---TGTG---GG-T-TT---GA-AACCC-AATT-GAT-AA-----T-CTAT---TAA--CGTTAC--A---G--TA---C--------CTACC-TTCG-C-T------------TCCG-------------TG-------T-ACA-------ACCAAATA---TC-T--G-AA------AGAAAGG-AG---A---------GCAG-T--CAT-----TAG-TT-TA-T------AA--TAG----------AA-T-AATGA-AAT------TTAT-AT--T--A-A---TGT--ATA---TATGA-AATG----T-AACCA--T---A-A----------------AT---AT-T---AAATT------AATTCA------T-A-A-----A-------TG-G-TT----TCAA---TAA-A---TTG-AT-G---AAA--ATAGTG--ACA-TTTG-CCCTA---CGTA--AT---AAATAA-ACAGA--A-G--ACACAT-ATTGATT-AT----GA--TC---C--ATACAC--G-AA-T--ACTAG-TT------A------T-C-------A---TGAC-GT-AATCCTT--ACAG-TCGCTA-T-CCAAAGAT-ATACCTCC-TT-----GT--Gt
gi|10 : ataagatgttatttttgtaacctA--TTGATTCC-----GGC---CGA--CGA--A--AG---TGTG---GG-T-TT---GA-AACCCAA-TT-GATAA------T-CTAT---TAA--CGTTAC--A---G--TA---C--------CTACC-TTCG-C-T------------TCCG-------------TG-------T-ACA-------ACCAA--AT--ATCT--G-AA-AGA-AAGGAGAGCAGTC-A---------TTAG-TT-TAT----------------------AA--TAG----------AA-TAA-TGA-AAT------TTAT-AT--T--A-A---TGT--ATA---TATGA-AATG----T-AACCA--TA--A-A-----------T---------AT-T---AAATT------AATTCA------T-A-A-----A-------TG-G-T--T--TCAA---TAA-A---TTG-AT-G---AAA--ATAGTG--ACA-TTTGCCC-TA---CGTA--ATA--AA-TAA-ACAGA--A-G--ACACAT-ATTGATT-AT----GA-c
gi|18 : taagatgttatttttgtaacct-----G-----CC---CGACGA--AG---T--G---TG-G-TTT--GA-AACCC-AATT-GAT-AA-----T-CTAT-A-TAA--CG-TAT--ACATG--TA---C---------CACC-TTCG-C-T----------C-TCC--------------TG-------T-ACAT------ACCAA--A---TA-T--G-AA-AG--AAGAAC-A-AGTC-----------ATAG-TG-TA------T-G-TTGCA-CTTTGCCAC--TAGTG-TGACTTTAA-T-A-TG---GG------TTAT-AT-----A-A---T-T---TA----TT---AATtccatacacgaa
gi|7 : --A--AG---TATG---AT-A-TC---GA-AACCCGA-CT-GAT-AA-----T-CT-T-A-AAA--CG-TAT--ACATG--TA---C---------CACC-TTTG-C-TCGC-------C-TTCACAAGAGATCTACTTA-------T-AAA-------AC-----A---G-----G-AC-AGA-AA-AACAG--GTC-A----------TAA-TG-TAT-------G-TTGCG-CTTTGCCAT--TAGCG-TGA--TTGA-A-G-TGA---------------A----GAG-T---T-T--ATA---TTTTCCAATA----TGA--TA--T---G-C-----------T--G-----------------T------AAT-TA------T-A-A-----A-------TA-G-T------CAGG--TAATA---ATG-AT------AG--TTG-TC--A----TTG-C--TG---TTGA--TC---AA-AAT-A-TGAT-T-TTGATATAG-AATGATTCAC----CA-A---A-C--A-ACGC----------G-T---TT------C------A-C-------A---TGAC-GT-AATCGTT--ACA--TCA-GA-T-CTAAAGACCATA-CTCC-TT-----GT--GGTCTGAAACCagt
gi|3 : tctgccctaccGTAT--ACG-G--TA---CGTGTA---CCACC-TTCG-C-TCTC-------C--AG--------------TA-------C-ACA-------AC--A--A---GTGT--G-AA-AGA-AA--ATCA-AGTC-A----------TAG-TG-TAT-------G-TTGCA-CTTTGCCAC--TAGCG-TGATTTTAA-TTA-TGA-T---------TGA-AC--TGAATA---T-T--TAA---TTT---GATGCAATT-A--TAACT---A-G-----------TTCG-A----GG-T---AA--T------AAC-----------A-------A-------TG-G-TTGT---CGA---TGATA---TTG-AT-C---AAA--ATA-TG--A-T-TTTG-A--TG---CAGA--AT---AA-TAA-A-ACAT-G-A--GTACAT-A-TGATT-AT----GA--TTTA-C--A-A-AT--T-AATT--A-TAG-CT------AGGCTATA-C-------A---TGAC-GC-AATCGTTATATA--TCA-GA-T-CCAAAGATCATA-CTCA-TA-----GT--GGTCTGAAACCAgccatggactcgaataaatattaatctgtttaatcaagttcagaatcca
gi|13 : t-T-A-TGAATAG-----------AC--TGAA-AATGT-T--ATA---TTT---A-TG----T-A--TA--TTGTATG-----------T--A-ACAATAT-T---AA--T------AATC----------A-T-----A-------TG-G-TTGT---CAAATGTAATA---TTG-AT-A---GAA--TTA-TG--A-T-TTTG-A--TA---CCGA--AT---AA-ATA-G-CGATGA-C--A-ATAT-GAT--TT-AT----GA-ATTGA----A-AAAT--T-AACTA-A-TAATTT------A------A-CTAGTAGTA---TGAC-ATCAATCATT--AC---TCA-AA-T--CAAAGATCATA---TC-TT-----GT--GGTCTGAAacatggacttgattaaacattttttaatcaagttcagaccccaagaagaagaggggcgagaggaaggctagccgcaaagtgcatacacttacatacacaaacaactatatatcaaatacaaatgcatacccttacatgcaggttcaaaaagaaataaaaatagattatacgtaagaaaacgatccaaataatatccccgcaaagattatatgaataccaggaagtgtacatatgttcctaggatag
gi|6 : T---GATG----T-AATTA--T---A-A-----------C--T-A----GT-T---AAG-T------AA-CAA------T-A-------A-------TG-G-TCGT---CAA---TAATA---T-G-AT----------------------TTTG-A--TA---CAGA--AT---AA-TAA-A-ACATTA-C---CACCT-T-TGACT-AT----GA--TTTA-C--A-A-AC--T-AAAT--A-TAG-TT------AT-----A-C-------A---TGAC-GT-AATCGTT---------A-TA-T----AAGATCAAA-CTCC-TTCAGTTGT--GGTTTGAGACC----------G-CAT-CC----------TATAAAA-AATGACAACAT--------GGAAAGGT-GGAGGGGCGGAGG------AATAATTCCAAT--------AAC---T---GTTT-ATTC--TGCGGCATCCG-GAAAGAGAGTGA-AG-A-----------AT-AATGACA---ATGAA--AAAAG----------------AGATGAATCCATTGG-CCCAGAC-GAGCCC-TAACCATTC---CACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGACATGGCC-GGCC-TGGAA-GA-ATGGCAA------G---AATGGTAGC--C--CTTACA---AGTGCTAAT----GG-TAGGGTAGCCCTTGCGCTAACT-TG-CGA-TGAACAATTTGTATGGTTG-------CGACCGTAAA-----CAA-TCCACAAT-TGATATATGTTTACAAATCATTT--cggcatgatctgttgaacctttt
gi|21 : tatctgatattttccaacgtagca---AG--T------AATACA------T-G-T-----A-------TG-A-T-GTAATCAT---AAATA---TTGGAC-C---AAA--ATA-TG--A-T-TTTG-A--TA---CAGA--AT---AA-TAA-A-ACAT-G-G--CCACAT--ATAATT-CT-----------A-T--A---AT--T-AACT--A-TAG-CT------AT-----A-G-------A---TGAT-GT-AATCt
gi|16 : caaA-A-AGAC-A-A--A---AT-AATGGTT-ATCAATGATATTGATC--A-AAATGTT-ATTTTGA-T-G-TT------A------AAC-------A---TGAC-GT-AATCATT-CA------------------GATTATA-CTCC-TT-----GA--GGTCTGAA---AAGC---ATCT-TATAACA--TAT---GT-TAAAATAACGGCAACATTACCATGAGGAAAGGTAG-AGGTGCGGAGGTGGT
gi|25 : --A-TAG-TT------AT-----A-C-------A---TGAC-GT-AATCCTT--ACA--TCG-TA-T-CCAAAGATCATA-CTCC-TT-----GT--GGTCTgtgaataa
gi|12 : GAAAAATTCCAATAACTTCAAAAC-GAT---GT-TGATTCT--ACGGCGTCCT-GAAAGAGAATGA-AG-AAGCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGAACAAAGAG----ATATTTCCCGCGAAATGAATTCATTGGT--CAGAT-GAGCTCATAACCAATC---CACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAG-C-CGGCGTGGAA-GA-ATGGTGA-CTT-TG---A-------CA-A--TTTAC----CG-GCGCAT----TC-TTGG---ATCC-GC--CT---T-AG-CGC-T-ATC---TTG--TGA-TG-------GGATG-TAAA-----TAA-TGCACAAT-CAATC--TA--TATAAATTATTTTAAGC-TCGCTT--AAA-T--TCTT-TT
gi|11 : AAAAATTCCAATAACTTCAAAACCGAT---GT-TGAT--TATACGGCGTTCTGAAAAGAGAATGA-AGAA-GCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGAACAAAGAG----ATATTTCCCGCGAAATGAATTCA-TGGT-CCAGATGAGGCTCATAACCAATC---CACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAG-C-CGGCGTGGAA-GA-ATGGTGA-CTT-TG---A-------CAAA--TTTAC----CG-GCGCAT----TC-TTGG---ATCC-GC--CT---T-AG-CGC-T-ATC---TTG--TGA-TG-------GGATG-TAAA-----TAA-TGCACAAT-CAATC--TA--TATAAATTATTTTAAGC-TCGCTT--AAA-T--T
gi|2 : gaCTTCAAA--CGATACTGT-TGATTCT--GCGGCGTCT----GAGAGAATGA-AG-AAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGA--CACAAG---AGTATTGTC-GCGAATTGAATTCATTGGTCC-AGAC-GATCTCATCACTTTTTCCAC-------GACCCATATGGCGCTCAG-GCATAG-C-CGGCGTGG-AAGACATGGTAAGT-C-TG---A-------A--C--TTTACCCCCAG-GCA-ATAAAATCGTTGG--A-TC--GC-GCT---TATGACGCCT-AAC--ACGAT-TGA-TGATAGGACTGATTGTAAAATCTGT-A-TGCACAATGCCAT---TA--TATAAATTATTTTAAGCTTGCCTTTAAAA-TGCTCTT-TTATACATAATTGATTCCGGTACCCGTATCG-ATAATGTG--A-TGG--G-AG-----A-TTGGTAAGCA-AA-T-TA-TAGT---AAATCGTATTAGTT--AC-TG--T----C-C-AC--TT-CG-C-TC--TTGAAATGGCTT----------GTATCA-------T------AACC-----A-A-A-A--TCATTGAATA-GA-AAAAA-CAA-GT-TCTATATAATG----------A--TGTTAT-TTGCA--CTTTGC-ACTTTAGCGTG--A--CTTT--ATATTG----ATC-ATA--CT------T-T---GA-AATT-------------TA---TA----A-----------------ATA----A------------T-----T--A-A-T-------CATCAT-AGG------A-TG---GTTTGTCCAA---TAAT--A-TTGAT--G----AA--A-A-TTTAG-ATATTTTGATAA-C----AGAT---AA-TTA------A------TA-TGAACCACATAC---TGAT--ATGA---AT-TA------AAT--T-AACT-A------TA------GTT-------A-----TA-CCATTGACGGT-AATCTTTAA-CA--T--ATA-T-CCAAAGA--TCATA-CTCC-----TTGTGGGGTCTGAAAACGC-ATG-ATTAGA------TTGAAC--TTTTTAATC-AAGTTCAGAC--CCAA-G-G--AGAGGGGG----AGGAAAGGTAGCC-GCAA--GTGC-AACATTTAC---ATCACA--------TCATA-CAAATACAGATGTACACTCTATTA------GGTGCAACAAAAGAATAT-AAGAC-GATTAAAA-TTA-GGAA-TATTTGAAA--AAT-CCAATCAT-TCACTCAATAAATACTTTTGGAATTATGTGAGTGAGA---ACGGTAAAATATAAAGGTATGTTTCTGGGATAGTGATA---TAGAGTGTACCGTCAAGGGGAATAAAACATAAAACTGCACTAGTATTGATTTTAGGACAGTGTTTTCCAAAGCTAAGTGAATAAtc
gi|23 : aatgaaaaaatatctctacaataatctttgtAGGAGAATGACAG-AAGCGGACGCGTATC-CTGACAGAAAAGAACCA-AAGAGATAT-TTTCCCGCGAAATGActctatca
gi|17 : ataccgcgcggCAAATACGGCGCACACGATTTAG-C-CGGCCTGG-AAGA-ATGACAC-CTC-TG---G-------C--TACTTTACG------GTGCGT----TC-TTGG--A--CCTTCT--C---T-TG-CTC-T-ATC--TC-GC--GA-TG-------CAAAG-AAAA-----C-AATGCACAAT-CAA--TACA--TCTAAAACATTT--gctgagttgagagtgcagatga
gi|19 : taattggccaagacgtgttcctagccctcccacgacGGCACTCACGAGATAG-CCGACC-TGA-AAGA-ACGGCAA-C-CCTGGATA-------C--T--GT-ACA---AG--CGCA------C-TTG--------TACTATT---T-TA-CGA-TGAACAATTTAC---A-TGGTTT---CAACCGTAAA-----CGA-TGCACAAT-CAA--CATA--TAT-AATCATTTTAAGC-GCGCTT--AAA-
gi|4 : atac-A-TGCGCAAT-CAATG---A--TATGAATAATTTGAAGCT-CACTT--AAAAT--TATT-TTATTCATAAT-GATTCCG---CCCG-A--CCA-AGTATGA-T-CCC--A-AAATCCGA-CTG------A-AAATCAT-TA-T---AA--CGTAT-A------CATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------TCT----------GTA-GA-------T------A-CCA----A-A-T-G--T----GAA-A-TA-A-AAA-CAA-G--TC------AT-----------AG-TGT-ATATTGCA--CTTTGCCACCA-G-CATG--A--C-TTTATTTATG----AT--TGA-ACTGAC-TAT-TTGGAA-TTTT-------------TAATGTA----A-T---------------ATGATGTA---AT-------T-----TTAA-A-T-------AGTTAT-ATAATAATGA-TA---GTT-GTC-AA---TAAT--A-TTGATTGA----AA--T-A-T---G-A--TTTTGATAC-C----ACAC------------------------ATGA-------GT--ATGGT----------T-TAC---A-AA---TTAATT-A------TA------GCT-------G-----CA-C-AT-GACG-T-AATCATT-A-CA--TCA--GAC-CTAA--AGATCATA-CTCT-----TTGTCG--TCTGAAACCGCCATGAATTTG-------ATTAAA-CTTTTTAAATTAAGTTCAGAC-CCCAAGG-AGAAGA-AGGGCG-AAAGAAAAGCa
gi|9 : aaATAAAATATTT--A--------T--ATA-T--TTTTATTA-ACAT--T-GATTCCA---TCCG-A--ACA-AGTATGATC-TCT--A-AACCG--A-CTG------A-TA-CTCATTA-T---GA--TATAT-ACATGTACATG--TA---C-C-GCC-TC-CG-C-TT--T--------CCT----------ACG-CA-------C------A-CT-----AGA-T-A--T----TAA-A-AA-ACAAGTCAA-AG-T-------GTA----------CA-TGT-ATGTTGCA--CTCTGCCAC-AAG-CGTG--A----TTTAATTATG----AT--TGA-ACTGAATATT-T---GA-TATTGTTCAAAGCAATATGATGTA----ATT---------------ATA----A---ATAGACTAGT-----T--AGG-T-------ACTAAT-A--------A-TG---TTT-GT-------TAATCTA-TTGATCAA----AA--T-A-T---T-A--TTTTAATAC-A---GA-ATTTAAA-AAA------A------AAATG---CGCA-ATCAATGA--TATGA---AT-aagccgcaaagtgcatacagttgtacacacataa
gi|24 : atcg--AAA-A--TGTT-TTATACATAATTGAATCCG---CCCG-AC-G-A-AGTGTGG-T-TTG--A-AACCC--AATTG------ATAA-TCTA-TA-T---AA--CGTAT-AC----ATGTG--aa
gi|5 : TT-TTATACATAATTGATTC-G---CC-G-AC-G-A-AGTGTGG-T-TTG--ACAACCC--AATTG------ATAA-TCGA-T--T---AA--CGT-T-A------CATGGTTA---CGT-ACTGTT-CGAC-TC--T--------C-T----------GTA--A-------T------A-CC-----A-A-A-T--T----GAA-AAGACACGAA-CA---TGTC------ATGTT--------AGCTGT-GTGTTGCAC-CTTTGC-ACTAGC-GTTG--A--CTTT-AATAATG----ATTCATA-AATGAA-TTT-A---AA-TATT-------------TAATGTA----A-TCATAGAATGTCACCCATA----A---AT-------A-----T--A-A-TTAAATAAATTCAT-A--------A-TGTGTATTGGTCAAA---TA--C-ATTTGAT--GGACAAA--TAA-T---GAAT-TTTGGATACGCCCGGGCAT---AATTAT------A------G--TGA-GCTCACAT--ATGA-TTATGA---A--TACCGAA-GAT--TAAACTAA------TA------ATTTTATTGGA-----CA-C-ATTGACG-T-AATTCTTTA-CATTTC-ATAGTGCTAGACA---CATACCTCCT----TTGTGG--T-TGAAACa
gi|14 : TC-TTATTCAGAAT-CATTCCG---TTCG-A--CCA-AGTATGA-T-CTGGAA-AAC-C--G-TT-------A-TA-TCT--TA-T---AC--AGTAC-------------------C-C-ACC-TT-CG-CCTC--T--------CCTTCTGATGAATATA-CA-------TGGAATTA-CC-----A-A-TTA--C----GAA-A-GA-A--AA-AGA-AG-TC------ATGTCTGTACACAAG--GT-ATTTTGCA--CTTTGTCCCTAGC--ATG--A--CT---AATTATG----AT--TAA-ACTGAAGAGT-T---TA-TATT-------------Tgcaaaccgatagacaattagagaataataaatataacaaaataaacacgagggtagaagtttgtaggggctcggttaggtatgg
gi|8 : taaaatttaccgtT-GATTCCG---GCCG-ACGA-A-AGTGTGGGT-TTG--A-AACCC--AATTG------ATAA-TCTA-T--T---AA--CGT-T-A------CA-G--TA---C-CTACC-TT-CG-C-TT--C--------CGT----------GTA-CA--------------A-CC-----A-AAT-A--TCT--GAA-A-GA-AAGGA-GAGCAG-TC------ATT----------AG-TTT-ATAATA--------G--AATA----ATG--AAATTTATATTAATGT---AT--ATA---TGAA-ATG-T---AA-CC-----------------ATA-A----A-T---------------ATT----A---AA-------T-----T--A-A-T---------TCAT-A--------AATG---GTT--TC-AA---TAA---A-TTGAT--G----AAAAT-AGT---G-AC-ATTTGC--C-C---TACGT---AA-TAA------ATAAACAGAA-GA-C-ACATAT---TGATT-ATGATCCATACAC---G-AAT-----ACT-A--------------GTT-------A-----T--C-AT-GACG-T-AATCCTTAC-AG--TCGCT-AT-CCAAAGA---TATACCTCC-----TTGTGttc
gi|10 : ataagatgttatttttgtaacctatT-GATTCCG---GCCG-ACGA-A-AGTGTGGGT-TTG--A-AACCC--AATTG------ATAA-TCTA-T--T---AA--CGT-T-A------CA-G--TA---C-CTACC-TT-CG-C-TT--C--------CGT----------GTA-CA--------------A-CCA----A-A-T-ATCT----GAA-A-GA-AAGGA-GAGCAG-TC------ATT----------AG-TTT-ATAATA--------G--AATA----ATGAAA--TTTATATTAATGT---AT--ATA---TGAA-ATG-T---AACCA---------------TA----A----A-T---------------ATT----A---AA-------T-----T--A-A-T---------TCATAA--------A-TG---GTT--TC-AA---TAA---A-TTGAT--GAA--AA--T-AGT---G-AC-ATTTG--CC-C---TACGT---AA-TAAATAAACA------GAA-GA--CACATAT---TGA-TTATGA---c
gi|7 : taagatgttatttttgtaacctatTCTG---CCCT-A--CCA-AGTATGA-TATCG--A-AACCCG-A-CTG------ATAA-TCT--TA-A---AA--CGTAT-A------CATG--TA---C-C-ACC-TT-TG-C-TC--G--------CCT----------TCA-CAAGAGATCT------A-CTTATAAA-A-C-A--G----GAC-A-GA-A-AAA-CAG-GT--C------ATA----------A--TGT-ATGTTGCG--CTTTGCCATTAGC--GTG--A-----TTGA-AGTG----A-----------AG-AGT-T---TA-TATT-------------T--TCCA----A-T---------------ATG----A------------------T--A---T-------GCT-GT-A--------A-T------T-ATA-AA---TAGTC-A---GGT-------AA--T-AAT---G-AT-AGTTGTCAT-T---GCTGT-------------------------TGA-TCAAA-AT--ATGATTT-TGA------TAT---AGAATGATTCACC-A------AACAACGCGTT-------T-----CA-C-AT-GACG-T-AATCGTTAC--A--TCAG--AT-CTAAAGA--CCATA-CTCC-----TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTCGAATAAATATTAAT-CTGTTTAAT-CAAGTTCAGAtccatacacgaa
gi|18 : G---CCCG-AC-G-A-AGTGTGG-T-TTG--A-AACCC--AATTG------ATAA-TCTA-TA-T---AA--CGTAT-A------CATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CCA----A-A-T-A--T----GAA-A-GA-A-GAA-CAA-G--TC------AT-----------AG-TGT-ATGTTGCA--CTTTGCCACTA-G-TGTG--A--C-TTTAAT-ATGGGTTAT--ATA-ATTT----AT-T---AA-TAatcca
gi|15 : A-TTTG-TA-TTGAGA--CGTAG-A-----ACACG--TATACC-C-ACG-TTACC-C-TCCAT--------TCT----------GTA-CA-------T------A-----------------------------------A-CAA-GT--C------ATG----------A--CGT-ATGTTGTA--CATTGCCACCA-A-CGTG--A--CTTgt
gi|3 : aataatatttatccataatttgttctacatgaccttgtgtgttaccgaagtacatataattattGTAT-ACGGT-ACGTG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCA----------GTA-CA-------C------A-AC-----A-AGT-G--T----GAA-A-GA-A--AA-TCA-AG-TC------AT-----------AG-TGT-ATGTTGCA--CTTTGCCACTAGC--GTG--A---TTTTAATTATG----AT--TGA-ACTGAA-TAT-T---TA--ATT-------------TGATGCA----A-TT--------------ATA----ACTAGT-------TCGAGGT--A-A-T-------A---AC-A--------A-TG---GTT-GTC-GA---TGAT--A-TTGATCAA----AA--T-A-T---G-AT-TTT-GATGC-A---GA-AT---AA-TAA------A------ACATGA-GTACATAT----GATT-ATGA---TT-TAC---A-AAT--T-AATT-A------TA------GCT-------AGGCTATA-C-AT-GACG-C-AATCGTTATATA--TCAG--AT-CCAAAGA--TCATA-CTCA-----TAGTGG--TCTGAAACCAACATGGACTTGA------TTAAACATTTTTTAAT-CAAGTTCAGAC-CCCAA-GAAGAAGA-GGGGCG-AGAGGAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCATACACTTACAT--ACACAAACAACTAT-ATATCAAATACAAATGCATAC--CCTTACATGCAGGTTC-A-AAAAG-AAATAAAAATAGATTA-----TACGTAA------GAAAACGATCCAAATAATATCCCC--GCAAA---GATT--A--TAT--GAAT---------ACCAGGAAGTGTACATATGTTCCTAGGATAGcatcagtgttcata
gi|20 : tTAT-A-----CCGTA--T------C-ATC-TC-CA-T-CT--T--------CCA----------GTA-CA--------------A-CT-----A-A-A-A--C----AAA-A-CA-A--GA-CA------C----------------------TGT-ATGTTGCA--CTTTGCCACCA-G-CGTG--A--CTTT
gi|13 : ataattgattccagtatgcatgcaagcgctatgtggattacgtagcccgttcgatgtacATG----A---ATAGACTGAA-AATGT---TA-TATT-------------TA-TGTATATTG-T---------------ATGTAACA---ATA------T-----T--A-A-T-------AATCAT-A----------TG---GTT-GTC-AAATGTAAT--A-TTGATA-G----AA--TTA-T---G-AT-TTT-GATAC-C---GA-------A-TAA------A------TAGCGA-TGACA-AT--ATGATTTATGA---AT-TGA---A-AAA--TTAACT-AATAATTTA------ACT-------AG----TAGT-AT-GACA-TCAATCATTAC-----TCA--AAT-C---AAAGATCATA---TC-----TTGTGG--TCTGAA--CGGCAT-GATCTG-------TTGAAC-CTTTTagtt
gi|6 : t-------------TGATGTA----A-TT--------------ATA----A---CTAG-----T-----T--A-AGT-------AACAAT-A--------A-TG---GTC-GTC-AA---TAAT-------AT--G----A----------------TTTTGATAC-A---GA-AT---AA-TAA------A------ACATTA-CCACCT-T---TGA-CTATGA---TT-TAC---A-AA---CTAAAT-A------TA------GTT-------A-----TA-C-AT-GACG-T-AATCGTT----A--T--ATA---------AGATCAAA-CTCCTTCAGTTGTGG--TTTGAGACCGC
gi|16 : tatctgatattttccaacgtagcaAT-A--------A-TG---GTT-ATC-AA---TGAT--A-TTGAT--C----AA--A-A-T---G-TTATTTTGATGT-TA--AACAT---GA-Catcctataaaaaatgacaacatggaaaggtggaggggcggaggaataattccaataactgtttattctgcggcatccggaaagagagtgaagaataatgacaatgaaaaaagagatgaatccattggcccagacgagccctaaccattccacgaccaaatatggcgctcacgacatggccggcctggaagaatggcaagaatggtagcccttacaagtgctaatggtagggtagcccttgcgctaacttgcgatgaacaatttgtatggttgcgaccgtaaacaatccacaattgatatatgtttacaaatcatttt
gi|21 : aaagacaaa----AA--T-A-T---G-AT-TTT-GATAC-A---GA-AT---AA-TAA------A------ACATGG-CCACATAT--A--ATT---------C-TAT---A-A----TTAACT-A------TA------GCT-------A-----TA-G-AT-GATG-T-AATCgtaatcattcagattatactccttgaggtctgaaaagcatcttataacatatgttaaaataacggcaacattaccatgaggaaaggtagaggtgcggaggtggtgtgaataa
gi|25 : caaagtaatacatgtatgatgtaatcataaatattggaccaa-A------TA------GTT-------A-----TA-C-AT-GACG-T-AATCCTTAC--A--TCG-TA-T-CCAAAGA--TCATA-CTCC-----TTGTGG--TCT
gi|16 : ------GTT-------A-----AA-C-AT-GACG-T-AATCATTC---------------------AGATTATA-CTCC-----TTGAGG--TCTGAAA
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TCCGGGAACTACAAGATGATTCTCAATCTACGGCGTTCAGAAAAAAATGGCGAGAGCGACACATTGCTCATAGAGATCAAAGTGGGGAATGGTCCGTAAAATAAATCCATTGG
Unaligned ( gi|26 ): CCCTCAAAGAACAAAGAGATATTTCCCGCGAAATGAGTGAGTGAGAGTGCAGATGA
Unaligned ( gi|27 ): GTAAACAATGCACAATCAACATATATAATCATTTTAAGCGCGCTTAAAA
Unaligned ( gi|28 ): GCTAGCCGCAAAGTGCAAACATTTACATACACAACAA
Alignments
lowQualScore : 1 11111111 11111 3333 111 2222222222 1 1 2222222 111 5555555555 3333333333333333333 2222222 44444444 1111 33333333333 3333333 222 1 111 2222222222222 111 11 2222 333333 22 111 22222222 4444444444444 1 1 22222 111 1 111 111 4444444444 111 222222222222 22222 11111 88888888888888888888 55555555555 33 111111 111 11 2222222 111 111 22 111 11 111 111 1 222 33333 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 2222 1111 11111 1111 3333333 111111111111 1111111 222222222222222 1111 11 111111 2222222 11 2 11 222222222222222222222 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1111 111 3333333 1 111 1 444444444444444444444444444444 11 1111 111 1 4444444444444 1 2222222 22 22222222 11 111 1 1 22 2222222 2 55555555 11 1 1 3333 11 1 1 44444 2222222 11 333 1 1 11 11 1 33333333 11 11
lowQualScore : 5 4 2 88888888 66666 44 0000 111 0 9999999999 3 6 5 3 3333333 222 8888888888 7777777777777777777 1111111 11111111 9999 00000000000 8888888 1 1 1 77 555 3 1 111 6 6666666666666 444 1 88 4444 333333 55 222 7 6 99999999 6 1111111111111 6 2 3 3 3 44444 1 888 6 1 7 1 0 222 0 0 000 3333333333 8 444 0 99 3 3 8 888888888888 0 3 8 00000 55555 44444444444444444444 7 7 0 99999999999 88 1 111111 444 11 6666666 0 000 444 8 11 6 6 7 6 6 6 000 33 5 77 5 0 44 2 6 6 3 22 6 111 6 111 7 9 77 55 5 222 5 00000 5 0 2222 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 11111 4 999 9999 3 0 5 888 9999 1 7 888 5 8888 5 3333 5 0 00000 0 0000 2 5 888 66 0000000 6 66 888 5 66 5 5 999999999999 5 6666666 5 666666666666666 5 4444 5 66 444444 1111111 11 66 5 5 44 1 8 333333333333333333333 5 777 0 000 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 5 1111 5 000 8888888 1 000 5 5 5 666666666666666666666666666666 5 22 5 0000 555 1 8888888888888 5 5 5 1 5 5 5 5 555 77 9999999 5 4 33 5 5 77 1 44444444 1 888 66 8 444 0 2 0 999 88 8 4 88 2222222 6 3 0 6 1 55555555 1 44 7 4 7 7 7 7 5 1 5555 00 6 4 1 7 1 5 0 88888 7 88 0 6666666 22 11 11 0 3 4 555 5 5 77 3 88 4 555 5 55 55555555 88 88 3
lowQualScore : . . . ........ ..... .. .... ... . .......... . . . . ....... ... .......... ................... ....... ........ .... ........... ....... . . . .. ... . . ... . ............. ... . .. .... ...... .. ... . . ........ . ............. . . . . . ..... . ... . . . . . ... . . ... .......... . ... . .. . . . ............ . . . ..... ..... .................... . . . ........... .. . ...... ... .. ....... . ... ... . .. . . . . . . ... .. . .. . . .. . . . . .. . ... . ... . . .. .. . ... . ..... . . .... . .............................................................. . ..... . ... .... . . . ... .... . . ... . .... . .... . . ..... . .... . . ... .. ....... . .. ... . .. . . ............ . ....... . ............... . .... . .. ...... ....... .. .. . . .. . . ..................... . ... . ... . ................................................................................ . . .... . ... ....... . ... . . . .............................. . .. . .... ... . ............. . . . . . . . . ... .. ....... . . .. . . .. . ........ . ... .. . ... . . . ... .. . . .. ....... . . . . . ........ . .. . . . . . . . . .... .. . . . . . . . ..... . .. . ....... .. .. .. . . . ... . . .. . .. . ... . .. ........ .. .. .
lowQualScore : 5 0 2 99999999 77777 77 0000 777 3 0000000000 3 7 7 5 7777777 888 0000000000 7777777777777777777 7777777 55555555 2222 55555555555 8888888 0 5 0 77 222 3 4 888 0 6666666666666 000 4 33 8888 666666 00 000 5 7 22222222 7 5555555555555 7 5 3 3 3 00000 0 333 7 4 1 0 7 999 1 7 000 4444444444 0 000 8 22 2 5 2 000000000000 8 2 0 00000 77777 00000000000000000000 3 3 7 33333333333 77 0 333333 000 00 0000000 8 666 000 0 22 7 7 3 7 7 7 000 77 7 11 7 7 00 5 7 7 2 88 7 777 7 777 9 0 99 99 7 444 7 99999 7 7 1111 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 11111 4 666 4444 6 1 7 888 5555 0 3 888 0 1111 4 9999 0 2 88888 4 6666 2 0 888 99 9999999 2 11 888 0 44 0 0 222222222222 0 2222222 0 555555555555555 0 9999 0 44 444444 1111111 99 99 4 0 99 4 6 111111111111111111111 0 999 4 000 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 7 7777 7 000 3333333 4 000 7 7 4 444444444444444444444444444444 0 00 0 7777 333 4 3333333333333 7 7 7 4 7 7 7 3 999 99 0000000 7 0 33 7 7 99 0 22222222 0 777 44 0 000 0 5 0 444 88 8 6 00 5555555 7 7 7 7 0 77777777 0 77 3 0 3 3 3 3 0 0 0000 33 7 0 0 3 0 0 7 77777 3 00 7 3333333 33 77 77 7 7 0 000 5 0 55 0 00 0 555 5 55 00000000 00 55 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATNTTTGTAACATAA--TTGATTCC-----GNCCGA-C--AAG---TATGNGN--T-C--GAAACCCG-TT-GATA-TCTATATAACGNTATACATGTAC----------CCACCTTCGC-TCTCCTCC-TG-------TACA-------ACCAAA-T---T--GAAAGAAAGAACAA-AGTCA---------ATAGTGTAT-----TGTTGCACTTTGCCACTAGCGTGACTTTAA-TATGAT--TTATACTGAA-A---TGT--ATA---TTT--AATGTAA-C-ATAA-TG-A-ATTAAA-TAATCCATANA-TGGTT--GT--TC-AATAA------------TATTG-ATGAAAATA-TGAT-TTTG--A--TACGGAAT---AA-TAAA-AGATAGACACAT-AATGATTATGA---AT--T-A-----CAA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCC-----TTGTGGTCTGAAACCAG-CA---TC-CAT-ACATAC---GTATAAAATAACGACAACA-TA--C--TG-GGAAAGGT--GAGGGGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTCTTGCGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGAACNAAG-AG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGTCCCAGAC-GA-GCTCATAACCGTT-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCTCACGGCATAGCCGGCNTGGAAAGAATGGC--GACT-CTG-AC--NTT-TAC----AG-GCGCAT----TC-TTGG--AATCCT---GCTGCTT-TG-CGC-T-ANC--T---TTGC-TGA-TG----CGA-C-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ATA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATAATTGATTCCG---CCCG-A-CGCAAGTGTGGT-TC-GA-AACCCG----ATTGATAATC----TATA-T---AA--CGTAT-A----ACATG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------CCTGTA-CA-------TA-CC-----AA-TAT----GAA-AGAA---GAA-CAAGGTC------ATG--A-G-TGTATGTTGCA--CTTTGCCACT--AG-CG-TGACTTTTAATAATG----AT--ATA-ACTGAA-ANT-T--NATATTT---AATGTA------AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAA-TAAANAATGA-NCACATATATGATTTATGAATTAC---AAATTTAACT-ATAGCT-------A-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCNTT-A-CA--TC-ATA-AT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG-AT-----TGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGAC-CCCAA-G-AGAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCANACATTTACATA-CACAAACAA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTCCNTTA------GGTGCAACAAAAGAATATAAAGACAGATTAAAATTA-GTAA-TA-TTGAAAACGATCCAAATCATATCCCC-AACAAA---CTTTGGAATTATATGAATGAGA---ACG-CAGGAAATAAACGTATGTTCCTNGGATAGTGANAAATTAGAGTGTACCGTCNAGGGGAATANAACATANGNCTGCACTNNTATTGATTTTAGGACAGTGTTTCCCAAAGCTAAGNGAATAA
Reference ( family-3925 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATATTTATA-CATAA--TTGATTCC-----GCNCGA-C--AAG---TATGTGG--T-C--GAAACCCA-TT-GATAATCTATATAACGGTATACATGTAC---TT-----CCACCTTCGC-TCTCCTCC-TG-------TACA-------ACCAAA-T---T--GAAAGAAAGAACAA-AGTCA---------ATAGTGTAT-----TGTTGCACTTTGCCACTAGCGTGACTTTAA-TATGAT--TTATACTGAA-A---T-T--ATA---TTT--AATGTAA-T-ATAA-TG-A-ATTAA--TAATCCATANA-TGGTT--GT--TC-AATAA------------TATTG-ATGAAANTA-TGAT-TTTG--A--TACNGAAT---AA-TAAA-AGATANACACAT-AATGATTATGA---AT--T-A-----CAA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCGTT-ACA-TCA-TATCCAAAGATCATA-CTCC-----TTGTGGTCTGAAACCAG-CA---CCGTAT-ACATA----GTATAAAATAACGACAACA-TA--C--TGAGGAAAGGTAGGAGGNGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTCTTGCGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGAACNAAA-AG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGTCCCAGAC-GA-GCTCATAACCANT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAGCCGGCGTGGAAAGAATGGC--GACT-CTG-AC--NTT-TACG---AG-GCGCAT----TC-TTGG--AATCCT---GCTGCTT-TG-CGC-T-ANC--T---TTGC-TGA-TG----CGA-C-G---GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ATA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TNTTTTATACATAATTGATTCCG---CCCG-A-CGCAAGTGTGGT-TC-GA-AACCCA----ATTGATAATC----TATA-T---AA--CGTAT-A----ACGTG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------CCTGTA-CA-------TA-CC-----AA-TAT----GAA-AGAA---GAA-CAAGGTC------ATG--A-G-TGTATGTTGCA--CTTTGCCACT--AGNCG-TGACTTTTAATNATG----AT--ATA-ACTGAA-ANT-T--NATATTT---AATGTA------AT---------------ATA----A---AT-T-T--AA--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAA-TAAAGAATGA-CCACATATATGATTTATGAATTAC---AAATTTAACT-ATAGTT-------A-----TA-C-A-T-GACG-T-AA-TCGTT-A-CA--TC-GTA-AT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGATTTG-AT-----TNAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGAC-CCCAA-G-AGAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCNGNCCGCAA-AGTGCANACACTTACATANCACAAACAACTATCATATCAAATACAGATGCACACTCCNTTACATGCAGGTNCAACAAAAGAANATAAAGACAGATTAAAATTACGNAA-TATTTGAAAACGATCCNAATNATATCNCCCAGCAAATACNNTTGGAATTATGTGAGTGAGA---ACGNCAGGANGTGNACGTATGTTCCTGGGATAGTGATA---TAGAGTGTACCGTCAAGGGGAATAAAACATAAAACTGCACTAGTATTGATTTTAGGACAGTGTTTTCCAAAGCTAAGTGAATAA
gi|1 : ATATTT-TACATTTATA-CATAA--TTGATTCC-----GCGCGA----AAG---TTTGTGG--T-T--GAAACCCA-TT-GATA-TCTATATAACGGTATACATGTAC---ATGTAAACCACTTTCGC-TCTCCTCC-TG-------TACA-------ACCAAAGT---T--GAAAGAAAGAACAA-AGTCA---------ATAGTGTAT-----TGTTGCATTTTGCCACTAGCGTGACTTTAA-TATGATAGTTATACTGAA-A---T-T--ATA---TTT--AATGTA--C-ATAG-TG-A-ATTAA--TAATCTATATA-TGGTT--GT--TC-AATAA------------TATTG-ATGAAATTA-TGAG-TTTG--AG-TACCGAAT---AA-TAAA-AGATACACACAT-AATGATTATGA---AT--TGA-----CAACA---TTAACT--ATAGTTA-ACATGACGTAATCCTTCACA-TCA-TATCCAAAGATCATA-CTCC-----TTGTGGTCTGAAACCAGGCAAAACCGCAT-ACATACAGAATATAAAATAATAACAACA-TAAAC--TG--GAATGGT--GAGGGGCGGAGGTGGTAGAAAAAT---TC--CAATTA-------CTTCAAAACCGAT---GTCTGATGCTTGCGG-GTCCTA-CAAGAGAATGA-AGA-GCG-ACGCG-ATCACTGACA---AAGAACCATA-AGTATATTC-CCCGCCAAATGAATTCATTGGTCCCAGACAGA-GCTCATCACTGTT-TCCGCACGCGCTGACAAAT-TGGCGCTCACTGCATAGCGTGC-TGGA--GAATGGT--AAC--CTG-AC--TTT-TACG---AG-GCGCAT----TC-TTGG--AATCCT---GCCGCTT-TG-CGC-T-AAC--T---TTGT-TGA-TG----CGATC------TAAATA------TGCACAAT-CAATCTATA----TATAAATTATTT--AGCTTCGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATCAT-GATTCCG---CCCG-A--G-AAGTGTG-T-TT-GA-AACTCA-----TTGA-AATC----TATA-T---AA--CGTAT-A----ACGTG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------CCTGTA-CA-------TA-CC-----AA-TAT----GAA-AGAAT--GAA-CAAATTC------ATG--A-G-TGTATGTTGCATTCTTTGCCACT--ATCCA-TGACTTTTAATAATG----AT--ATA-ACTGAA-AAT-T--AATATTT---AATGTA------AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ACTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAATCA---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAA-CAAAGAATGA-CCACATATATGATTTATGAATTAC---AAATTTAACT-ATAGCT-------A-----TA-C-A-TCGACG-T-AA-TCCTTCC-CA--TCAATA-AT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG--C-----TGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGACGCCCAA-G-AGAAGAGGGGGCGAAAAGAAAGGCTGCCTGAAACAGTGAGAACATTTACTCAACACAAA----TATCATA-CAAATACAGATGTACACTTCTT--------GGTGC-ACAAAAG-ATAT-AAGACAGATTAAAATTTAGTAACTA-TTGAAAACAAT-CAAATCATATCCCCAAACAAA---CTTTGGA--TATA-GAATGAGATTGACGCCAGGAAATAAGCACATGTTCCTTGGAAAGTGAAAAATTAG-GT-TAC--TCCAGGG--ATATAACATATGCCTGT-TTCTTATTGATT--------GTGTTTCC--AAGC--AGGAAATAA
gi|10 : tacatcacgacaaaagtgcagacagtgcTATTTTTGTAACCTA---TTGATTCC-----GGCCGA-CGAAAG---TGTGGGT--T-T--GAAACCCAATT-GATAATCTAT-TAACGTTACA---GTAC----------CTACCTTCGC-T----TCCGTG-------TACA-------ACCAAA-TATCT--GAAAGAAAGGAGAGCAGTCA---------TTAGTTTAT-------------------AATAG---AA---TAA-TGAAAT--TTATATT--A-A---TGT--ATA---TATGAAATGTAACC-ATAA----ATATTAAATTAATTCATAAA-TGGT----T--TC-AATAA-------------ATTG-ATGAAAATAGTGACATTTGCCC--TACGTAATA--AA-TAAACAGA-AGACACAT-ATTGATTATGA---actatta
gi|11 : taagatgtAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTA-TACGGCGTTCTGAAAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGAACAAAG-AG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCA-TGGT-CCAGAT-GAGGCTCATAACCAAT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAGCCGGCGTGG-AAGAATGGT--GACT-TTG-ACAAATT-TAC----CG-GCGCAT----TC-TTGG---ATCC----GC--CTT-AG-CGC-T-ATC------TTG--TGA-TG----GGA-T-----GTAAATA-----ATGCACAAT-CAAT--CTA----TATAAATTATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--Ttccatacacgaa
gi|12 : ga-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAAC-GAT---GT-TGATTCT-ACGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGAACAAAG-AG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGT--CAGAT-GA-GCTCATAACCAAT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAGCCGGCGTGG-AAGAATGGT--GACT-TTG-ACA-ATT-TAC----CG-GCGCAT----TC-TTGG---ATCC----GC--CTT-AG-CGC-T-ATC------TTG--TGA-TG----GGA-T-----GTAAATA-----ATGCACAAT-CAAT--CTA----TATAAATTATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTtc
gi|13 : ATG----A---ATAGACTGAA-AATGT--TATATTT---A-TGTATATTGTAT---------------GTA----ACA-ATAT-T--AA--T-------AATCA-----TA---------TG---GTT-GTC-AAATGTAAT-A---TTGATA-G----AATTAT---G-AT-TTT-GATAC-C---GA----A-TAAATAGCGA-TGACA-ATATGATTTATGAATTGA---AAAATTAACTAATAATTTAACTA-G-----TAGT-A-T-GACA-TCAA-TCATT-A-C---TC-A-A-AT-C---AAAGATCATA---TC-TTGTGG--TCTGAA--CGGCAT-GATCTG--T-----TGAAC-CTTTT
gi|14 : tTTATT-CAGAA--TC-ATTCC-----GTTCGA-CC-AAG---TATG--A--T-CTGGAAAACCG-TT--ATA-TCT---------TATACA-GTAC----------CCACCTTCGCCTCTCCTTC-TGATGAATATACATGGAATTACCAA--T---TACGAAAGAAAAAG--A-AGTCATGTCTGTACACAAGGTAT-----T-TTGCACTTTGTCCCTAGCATGAC--TAATTATGA---TTAAACTGAA-GAGTT-T--ATA---TTT--
gi|15 : taaaatttaccgttcTTTATCCATAATTTGTTCTA---CATG-A-C-CTTGTGTGTTACC-GA-AGTACATATAATT-ATTATT----TGTA-TTGAGA--CGTAG-A----ACACG--TATACC-CACG-TTACC-CTCCAT--------TCTGTA-CA-------TA-------------------------------A-CAAG-TC------ATG--A---CGTATGTTGTA--CATTGCCACC--A-ACG-TGACTTttc
gi|16 : aataataAA-AGACAAA---AT-AATGGTTATCA---ATGAT-ATTGATCAA-AATGTTATTTTGAT-GTTAAACATGACGTAATCATT-------------CA--GATTATA-CTCC-----TTGAGGTCTGAAA--AG-CA---TCTTATAACATAT---GT-TAAAATAACGGCAACATTA--CCATGAGGAAAGGTA-GAGGTGCGGAGGTGGT-Gcatcagtgttcata
gi|17 : ATTGG-CCAAGAC-GT-GTTCCTAGCCCTC-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCACACGATTTAGCCGGCCTGG-AAGAATGAC--ACCT-CTG-GCTACTT-TAC-----G-GTGCGT----TC-TTGG--A--CCT---TCT--CT-TG-CTC-T-ATC------TCGC--GA-TG----CAA-A-G---A-AAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ACA----TCTAAAACATTTtgaataa
gi|18 : taG---CCCG-A-CG-AAGTGTGGT-TT-GA-AACCCA----ATTGATAATC----TATA-T---AA--CGTAT------ACATG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------CCTGTA-CA-------TA-CCA----AA-TAT----GAA-AGAA---GAA-CAA-GTC------AT---A-G-TGTATGTTGCA--CTTTGCCACT--AGT-G-TGAC-TTTAAT-ATGGGTTAT--ATA-ATTTA----T-T--AATA
gi|19 : ATACGGCACTCACGAGATAGCCGACCTG-AAAGAACGGC--AACC-CTGGAT--ACTGTACA---AG--CGCA------C-TTG--------T---ACTATTT-TA-CGA-TGAACAAT---TTAC---A-TGGTTTCAA-C-C---GTAAACG-----ATGCACAAT-CAAC--ATA----TAT-AATCATTTTAAGCG-CGCTT---AAA-gt
gi|2 : AAAAATATCTCTACAATAATCTTTGTCTTCAAA--CGATACTGT-TGATTCT-GCGGCGTC-TG-A--GAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGACACAAG-AG--TATTG-TC-GCGAATTGAATTCATTGGTCC-AGAC-GA-TCTCATCACTTTTTCC---ACG-AC---CCA-TATGGCGCTCA-GGCATAGCCGGCGTGGAAGACATGGT--AAGT-CTG-AA--CTT-TACCCCCAG-GCA-ATAAAATCGTTGG--A-TC-----GC-GCTTATGACGCCT-AAC--ACGATTGA-TGA-TA----GGA-CTGATTGTAAA-ATCTGTATGCACAATGCCAT---TA----TATAAATTATTTTAAGCT-TGCCTTTAAAA-TGCTCTTTTATACATAATTGATTCCGGTACCCGTATCGATAATGTGAT-GG-GA-GA---------TTGGTAAGCAAATTATAGT---AAATCGTATTAGTT-AC-TG--T----C-CAC--TT-CG-CTC--TTGAAATGGCTTGTATCA-------TAACC-----AA-AATCATTGAATAGAA---AAAACAAGTTCTATATAATG--ATG-T-TAT-TTGCA--CTTTGC-ACTTTAG-CG-TGACTTT--ATATTG----ATC-ATA--CT------T-T--GAAATTT---A---TA------A----------------ATA----A------T-T--AA--T-------CATCA-----TAGG------ATG---GTTTGTCCAA---TAAT-A---TTGAT--G----AAA-ATTTAG-ATATTTTGATAA-C----AGATAA-TTAATA-TGAACCACATAC-TGAT--ATGAATTA-----AATT-AACT-ATAGTT-------A-----TA-CCA-TTGACGGT-AA-TCTTT-AACA--T--ATA--T-CCAAAGA--TCATA-CTCC-TTGTGGGGTCTGAAAACGC-ATG-ATTAG-AT-----TGAAC--TTTTTAATC-AAGTTCAGAC-CC----A-AGGAGA-GGGG---GAGGAAAGGTAG-CCGCAA--GTGCA-ACATTTACAT--CACA--------TCATA-CAAATACAGATGTACACTCTATTA------GGTGCAACAAAAGAATATAA-GAC-GATTAAAATTA-GGAA-TATTTGAAAA--ATCC-AATCAT-TCACTCAATAAATACTTTTGGAATTATGTGAGTGAGA---ACGGTAAAATATAAAGGTATGTTTCTGGGATAGTGATA---TAGAGTGTACCGTCAAGGGGAATAAAACATAAAACTGCACTAGTATTGATTTTAGGACAGTGTTTTCCAAAGCTAAGTGAATAAa
gi|20 : aatgaATAA--TTGATTCCAGTATGCATG--C--AAGCGCTATGTGGATTAC--GTAGCCCG-TTCGATGTACTATA---CCGTAT-CAT-------CT-----CCATCTTC----------C-AG-------TACA-------ACTAAA-------------ACAAAACAA-G-------------ACACTGTAT------GTTGCACTTTGCCACCAGCGTGACTTTAG-Tctctatca
gi|21 : AG--TAATACATGTA-TGAT---GTAATC-ATAAA------------TATTGGACCAAAATA-TGAT-TTTG--A--TACAGAAT---AA-TAAA-ACATGGCCACAT--ATAATTCT-----AT------------A-A---TTAACT--ATAGCTATAGATGATGTAATCt
gi|23 : caaG-GAGGAGAATGACAGAAGCGGACGCGTATC-CTGACAGAAAAGAACCAAAGAG-ATATTTTCCCGCGAAATGA
gi|24 : ataccgcgc---AAA-A--TGTTTTATACATAATTGAATCCG---CCCG-A-CG-AAGTGTGGT-TT-GA-AACCCA----ATTGATAATC----TATA-T---AA--CGTAT------ACATG--Tgctgagttgagagtgcagatga
gi|25 : --ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCC-----TTGTGGTCTga
gi|26 : CA---AAGAACAAAG-AG-ATATTT-CCCGCGAAATGAGT
gi|27 : ccct---GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAC--ATA----TAT-AATCATTTTAAGCG-CGCTT---AAA-gagtgagagtgcagatga
gi|28 : GCTAGCCGCAA-AGTGCAAACATTTACATA-CAC-AACAAa
gi|3 : GTAT-ACGGTACGTG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------CCAGTA-CA-------CA-AC-----AAGTGT----GAA-AGAA---AAT-CAAG-TC------AT---A-G-TGTATGTTGCA--CTTTGCCACT--AG-CG-TGA-TTTTAATTATG----AT--TGA-ACTGAA-TAT-T--TA-ATTT---GATGCA------ATT--------------ATA----ACTAGT-T-C--GAGGT-------AATAA-----CA--------ATG---GTT-GTC-GA---TGAT-A---TTGATCAA----AAT-AT---G-AT-TTT-GATGC-A---GA-ATAA-TAAAACATGA-GTACATAT--GATT-ATGATTTAC---AAATT-AATT-ATAGCT-------AGGCTATA-C-A-T-GACG-C-AA-TCGTT-A-TA--TA-TCAGAT-CCAAAGA--TCATA-CTCA-TAGTGG--TCTGAAACCAACATGGACTTG-AT-----TAAACATTTTTTAAT-CAAGTTCAGAC-CCCAA-GAAGAAGA-GGGGCG-AGAGGAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCATACACTTACATA-CACAAACAACTAT-ATATCAAATACAAATGCATA--CCCTTACATGCAGGTTCA--AAAAGAA-ATAAAAATAGATTA----TACGTAA------GAAAACGATCCAAATAATATCCCC--GCAAA---------GATTATATGAAT-------AC--CAGGAAGTGTACATATGTTCCTAGGATAG
gi|4 : tA-----ATGCGCAAT-CAAT--G-A----TATGAATAATTTGAAGCT-CACTT---AAAAT--TATTTTATTCATAAT-GATTCCG---CCCG-A-C-CAAGTATGAT-CCCAA-AATCCG----ACTGAAAATC----ATTA-T---AA--CGTAT-A-----CATG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------TCTGTA-GA-------TA-CCA----AA-TGT----GAA-ATAA---AAA-CAA-GTC------AT---A-G-TGTATATTGCA--CTTTGCCACC--AG-CA-TGAC-TTTATTTATG----AT--TGA-ACTGACTATT-TGGAATTTTT---AATGTA------AT---------------ATGATGTA---AT-T-TTAAA--T-------AGTTA-----TATAATAATGATA---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGATTGA----AAT-AT---G-A--TTTTGATAC-C----ACAC---------ATGA-------GTATGGT-------TTAC---AAA-TTAATT-ATAGCT-------G-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCATT-A-CA--TC-A-G-AC-CTAA--AGATCATA-CTCT-TTGTCG--TCTGAAACCGCCATGAATTTG-AT-----TAAA--CTTTTTAAATTAAGTTCAGAC-CCCAAGG-AGAAGA-AGGGCG-AAAGAAAAGCAAGCCGCAA-AGTGCATACAGTTGTACA-CACA
gi|5 : aTTTTATACATAATTGATT-CG----CCG-A-CG-AAGTGTGGT-TT-GACAACCCA----ATTGATAATC----GAT--T---AA--CGT-T------ACATGGTTA---CGTACTGTT-CGACTC--T---------CTGTA--A-------TA-CC-----AA-ATT----GAA-AAGACACGAA-C-ATGTC------ATGTTA-GCTGTGTGTTGCAC-CTTTG-CACT--AG-CGTTGAC-TTTAATAATG----ATTCATA-AATGAA-TTT-A--AATATTT---AATGTA------ATCATAGAATGTCACCCATA----A---AT-A-T--AA--TTAAATAAATTCA-----TA--------ATGTGTATTGGTC-A-----AAT-ACATTTGAT--GGACAAATAAT---GAAT-TTTGGATACGCCCGGGCATAATTATAG--TGA-GCTCACATATGA-TTATGAA-TACCGAAGATTAAACTAATAATTTTATTGGA-----CA-C-ATT-GACG-T-AATTCTTT-A-CATTTC-ATA-GTGCTAGACA---CATACCTCCTTTGTGG--T-TGAAACtaa
gi|6 : T--GATGTAA-TTATAA-CT-A-GTTAAG-TAA-CAATA-A-TGGTC--GT---C-AATAA------------TAT--------------GAT-TTTG--A--TACAGAAT---AA-TAAA-ACATTACCACCT-T-TGACTATGA---TT--T-A-----CAA-A---CTAAAT--ATAGTTATACATGACGTAATCGTT-ATA-T---------AAGATCAAA-CTCCTTCAGTTGTGGTTTGAGACC-G-CA---TC------C--------TATAAAA-AATGACAACA-T---------GGAAAGGT-GGAGGGGCGGAG------GAATAAT---TC--CAATAA-------C-----------T---GT-TTATTC-TGCGGCATCCGG-AAAGAGAGTGA-AGA-----------ATA-ATGACA---ATGAA--AAA-A--------------GAGATGAATCCATTGG-CCCAGAC-GA-GCCC-TAACCATT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGACATGGCCGGCCTGG-AAGAATGGCAAGAATGGTA-GC--CCT-TACA---AGTGCTAAT----GG-TAGGGTAGCCCTTGCGCTAACT-TG-CGA-TGAACAAT---TTGTATGGTTG----CGA-C-C---GTAAACA-----ATCCACAAT-TGAT--ATATGTTTACAAATCATTTTgcaaaccgatagacaattagagaataataaatataacaaaataaacacgagggtagaagtttgtaggggctcggttaggtatgg
gi|7 : tatctgatattttccaacgtagcaTCTG---CCCT-A-C-CAAGTATGATATC-GA-AACCCG----ACTGATAATC----T-TA-A---AA--CGTAT-A-----CATG--TA---C-CACC-TT-TG-CTC--G--------CCTTCA-CAAGAGATCTA-CTTATAAAA-CAG----GAC-AGAA---AAA-CA-GGTC------ATA--A---TGTATGTTGCG--CTTTGCCATT--AG-CG-TGA--TTGAA--GTG----A-----------AG-AGT-T--TATATTTTCCAATATG------AT---------------ATGCTGTA---AT-TAT--AAA-T-------AGTCAGGTAATA--------ATGATAGTT-GTC-AT---TGCT-G---TTGATCAA----AAT-AT---G-AT-TTT-----------GATATA----------GA---------ATGATTCACCAA--AC---AAC----GC-----GTT-------T-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCGTT-A-CA--TC-A-G-AT-CTAAAGA--CCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTCGAATAAATATTAAT-CTGTTTAAT-CAAGTTCAGAA-TCCA
gi|8 : TATTTTTGTAACCTA---TTGATTCC-----GGCCGA-CGAAAG---TGTGGGT--T-T--GAAACCCAATT-GATAATCTAT-TAACGTTACA---GTAC----------CTACCTTCGC-T----TCCGTG-------TACA-------ACCAAA-TATCT--GAAAGAAAGGAGAGCAGTCA---------TTAGTTTAT-------------------AATAG---AA---TAA-TGAAAT--TTATATT--A-A---TGT--ATA---TATGAAATGTAA-CCATAAAT----ATTAAATTAATTCATAAA-TGGTT------TC-AATAA-------------ATTG-ATGAAAATAGTGACATTTG--CCCTACGTAAT---AAATAAACAGA-AGACACAT-ATTGATTATGATCCATA-C-A-----CGA-A---T--ACT--A--GTTAT-CATGACGTAATCCTT-ACAGTCGCTATCCAAAGAT-ATACCTCC-----TTGTG
gi|9 : ataagatgtATATTTATATATTTTTA-T-TAACATTGATTCC-----ATCCGAAC--AAG---TATGATC--T-C--TAAACCGA-CT-GATACTCATTATGAT-ATATACATGTACATGTA-----CCGCCTCCGC-TTTCCTAC--G-------CAC--------ACTAGA-T--------ATTAAAAAAC-A-AGTCA---------A-AGTGTACATGTATGTTGCACTCTGCCACAAGCGTGA-TTTAATTATGAT--TGA-ACTGAATA---T-TTGATATTGTTC--AAAGCAA-T-ATGA-TGTA-ATT-A--TAA---ATAGACTAGTTAGGT--ACTAATAATGTTTGTTAATCTATTG-ATCAAAATA-TTAT-TTTA--A--TACAGAATTTAAA-AAAA-AAATGCGCA-ATCAATGA-TATGA---AT--c
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TCCGGGAACTACAAGATGATTCTCAATCTACGGCGTTCAGAAAAAAATGGCGAGAGCGACACATTGCTCATAGAGATCAAAGTGGGGAATGGTCCGTAAAATAAATCCATTGG
Alignments
lowQualScore : 1 111111 3333 111 22 222 4444444 11 3333333333 22222222 333333 11111 33333333333 66666666666666666666666666666666 1 111 2222 1 111 11 2222 333333 11 11 3333333333 11111 1 1 22222 111 1 111 111 4444444444 111 222222 22222 11111 77777777777777777777 55555555555 111 11111 111 11 2222222 111 111 22 111 11 11 111 111 1 222 22222 1111 4444444444444444444444444444444444444 222 11111 2222222 11111 2222 11111 11111 11111 1111111 3333333 11111111111 333333333333333333333333333 1111 111 111111 2222222 222222222222222222222 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1111 111 3333333 1 111 1 3333333333333333333 2222222 11 1111 111 11111111 3333333333333 1 222222 22 22222222 11 1 1 1 1 111 2222222 1 22222 1 1111 1 333333 11 1 22 3333 44444444444 222 1 1 11 11 1 33333333 11 11
lowQualScore : 5 1 0 666666 1 8888 2 222 4 888 8 8 0 33 88 111 6666666 8 33 2222222222 66666666 88 999999 99999 77777777777 33333333333333333333333333333333 6 1 111 6 1111 8 0 8 444 1 88 1111 333333 11 00 6 3 99 4444444444 66666 7 6 2 3 3 44444 2 888 6 1 777 0 222 0 0 000 3333333333 8 444 0 99 3 3 5 8 000000 0 3 8 00000 55555 66666666666666666666 7 7 0 77777777777 6 666 33333 444 11 6666666 0 000 444 8 11 6 6 6 6 6 000 1 5 00 5 0 44 2 6 6 3 6 6 111 6 111 1 6 9 77 55 5 222 5 22222 77 2222 5 8888888888888888888888888888888888888 333 5 22222 4444444 2 11111 4 999 9999 3 0 5 888 9999 5 44 777 8 3333 11111 88 44444 4 22222 1111111 4 777 66 3333333 55 9999 4 44 4 4 88888888888 4 222222222222222222222222222 4 0 7777 4 666 222222 6666666 66 4 1 66 4 4 55 5 5 333333333333333333333 5 777 0 000 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 5 1111 5 000 8888888 1 000 5 5 5 4444444444444444444 2222222 5 22 5 0000 000 1 8 66666666 5555555555555 5 5 5 1 5 5 5 1 555 77 000000 0 5 4 33 5 5 77 1 99999999 3 888 66 8 0 0 0 2 0 88 8 0 111 5555555 6 3 6 1 7 66666 2 7 7 7 8888 3 111111 00 6 7 7 3 00 5555 7 7 00000000000 0 1 1 111 5 5 77 1 88 1 1 1 5 22 55555555 88 88 1
lowQualScore : . . . ...... . .... . ... . ... . . . .. .. ... ....... . .. .......... ........ .. ...... ..... ........... ................................ . . ... . .... . . . ... . .. .... ...... .. .. . . .. .......... ..... . . . . . ..... . ... . . ... . ... . . ... .......... . ... . .. . . . . ...... . . . ..... ..... .................... . . . ........... . ... ..... ... .. ....... . ... ... . .. . . . . . ... . . .. . . .. . . . . . . ... . ... . . . .. .. . ... . ..... .. .... . ..................................... ... . ..... ....... . ..... . ... .... . . . ... .... . .. ... . .... ..... .. ..... . ..... ....... . ... .. ....... .. .... . .. . . ........... . ........................... . . .... . ... ...... ....... .. . . .. . . .. . . ..................... . ... . ... . .............................................................................. . . .... . ... ....... . ... . . . ................... ....... . .. . .... ... . . ........ ............. . . . . . . . . ... .. ...... . . . .. . . .. . ........ . ... .. . . . . . . .. . . ... ....... . . . . . ..... . . . . .... . ...... .. . . . . .. .... . . ........... . . . ... . . .. . .. . . . . .. ........ .. .. .
lowQualScore : 5 0 2 888888 0 0000 2 000 6 888 0 0 8 44 88 000 0000000 0 88 8888888888 88888888 88 888888 66666 22222222222 66666666666666666666666666666666 0 4 888 0 6666 0 0 0 000 4 33 2222 666666 00 88 7 5 22 2222222222 55555 3 7 5 3 3 00000 2 333 7 4 999 7 999 1 7 000 4444444444 0 000 8 22 2 5 0 0 666666 8 2 0 00000 77777 00000000000000000000 3 3 7 33333333333 7 777 00000 000 00 0000000 8 666 000 0 22 7 7 7 7 7 000 0 7 77 7 7 00 5 7 7 2 3 7 777 7 777 4 6 0 99 99 7 444 7 77777 99 1111 7 6666666666666666666666666666666666666 111 7 99999 4444444 2 11111 4 666 4444 6 1 7 888 5555 0 77 888 9 4444 11111 11 77777 4 11111 4444444 4 888 11 3333333 55 7777 4 66 4 4 66666666666 4 000000000000000000000000000 4 1 7777 4 000 888888 6666666 11 4 1 11 4 4 77 0 4 111111111111111111111 0 999 4 000 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 7 7777 7 000 3333333 4 000 7 7 4 3333333333333333333 4444444 0 00 0 7777 000 7 7 66666666 1111111111111 7 7 7 4 7 7 7 0 999 99 777777 1 7 0 33 7 7 99 0 00000000 7 777 44 0 0 0 0 5 0 88 8 8 888 8888888 7 3 7 0 3 77777 3 3 3 3 7777 3 000000 33 7 3 3 3 77 3333 3 3 77777777777 7 0 0 555 5 0 55 0 00 0 0 0 5 00 00000000 00 55 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATNTTTGTAACNTAATTGATTCCGNCCGA-CGAAAGTGTGGGCTTGAAACCC-A-TTGAT-A-TCTAT-ATAACGNTATACATGTACATGTA--CCACCTTCGC-TCTCCTCCGTG-------TACA-------ACCAAA-TATCT--GAAAGAAAGAANAACAGTCA---------ATAGTGTAT-----TGTTGCACTTTGCCACTAGCGTGACTTTAATTATGAT--TTATACTGA--A-ATNT-ATA---TTT--AATGTAA-C-ATAA-TG-A-AT--TAAA-T-AATCCA--TA---------AATGGTTGT--TCAATAATATTG-ATGAAAATA-TGAT-TTTG--A--TACGGAAT---AA-TAAA-AGATAGACACAT-AATGATTATGA---AT--T-A-----CAA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAG-CA---TC-CAT-ACATACG---TATAAAATAACGACAACA-TA--C--TG-GGAAAGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTCTTGCGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGAACAAA-GAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGTCCCAGAC-GA-GCTCATAACCGTT-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCTCACGGCATAGCCGGCNTGGAAAGAATGGC--GACT-CT-GAC--NTT-TAC----AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCTGCTT-TG-CGC-T-ANC--T---TTGC-TGA-TG----CGA-C-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ATA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATAATTGATTCC-G---CCCG-A-CGCAAG-----TGTGG-T-T-C-GA-AACCCG----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACATG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------CCTGTA-CA-------TA-CC-----AA-TAT----GAA-AGAA---GAA-CAAGGTC------ATG--A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-GT-GACTTTTAATAATG----AT--ATA-ACTGAA-ANT-T--NATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAATAAATAATGAGC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCNTT-A-CA--T--C-ATGAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG-------ATTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGAC-CCCAA-GA-GAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCANACATTTACAT--ACACAAACAA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTCCNTTAGGTGCAA---CAAAAGGATATAAAGACAGATTAAAA-TTA-GTAA-TATT-GAAAACGATCCAAATCATATC-CCC-AACAAAC---TTTGGAATTATATGAATGAGA---ACG-CAGGAAATAAACGTATGTTCCTNGGATAGTGANAAATTAGAGTGTACCGTCNAGGGGAATANAACATANGNCTGCACTNNTATTGATTTTAGGACAGTGTTTCCCAAAGCTAAGNGAATAA
Reference ( family-3925 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATNTTTGTAACATAATTGATTCCGNCCGA-C--AAGTATGNGNTCGAAACCC-G-TTGAT-A-TCTAT-ATAACGNTATACATGTAC-------CCACCTTCGC-TCTCCTCC-TG-------TACA-------ACCAAA-T---T--GAAAGAAAGAACAA-AGTCA---------ATAGTGTAT-----TGTTGCACTTTGCCACTAGCGTGACTTTAA-TATGAT--TTATACTGA--A-ATGT-ATA---TTT--AATGTAA-C-ATAA-TG-A-AT--TAAA-T-AATCCA--TA---------NATGGTTGT--TCAATAATATTG-ATGAAAATA-TGAT-TTTG--A--TACGGAAT---AA-TAAA-AGATAGACACAT-AATGATTATGA---AT--T-A-----CAA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAG-CA---TC-CAT-ACATACG---TATAAAATAACGACAACA-TA--C--TG-GGAAAGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTCTTGCGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGAACNAA-GAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGTCCCAGAC-GA-GCTCATAACCGTT-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCTCACGGCATAGCCGGCNTGGAAAGAATGGC--GACT-CT-GAC--NTT-TAC----AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCTGCTT-TG-CGC-T-ANC--T---TTGC-TGA-TG----CGA-C-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ATA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATAATTGATTCC-G---CCCG-A-CGCAAG-----TGTGG-T-T-C-GA-AACCCG----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACATG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------CCTGTA-CA-------TA-CC-----AA-TAT----GAA-AGAA---GAA-CAAGGTC------ATG--A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-GT-GACTTTTAATAATG----AT--ATA-ACTGAA-ANT-T--NATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAATAAANAATGANC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCNTT-A-CA--T--C-ATAAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG-------ATTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGAC-CCCAA-GA-GAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCANACATTTACAT--ACACAAACAA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTCCNTTAGGTGCAA---CAAAAGAATATAAAGACAGATTAAAA-TTA-GTAA-TATT-GAAAACGATCCAAATCATATC-CCC-AACAAAC---TTTGGAATTATATGAATGAGA---ACG-CAGGAAATAAACGTATGTTCCTNGGATAGTGANAAATTAGAGTGTACCGTCNAGGGGAATANAACATANGNCTGCACTNNTATTGATTTTAGGACAGTGTTTCCCAAAGCTAAGNGAATAA
gi|1 : ATATTT-TACATTTATA-CATAATTGATTCCGCGCGA----AAGTTTGTGGTTGAAACCC-A-TTGAT-A-TCTAT-ATAACGGTATACATGTACATGTAAACCACTTTCGC-TCTCCTCC-TG-------TACA-------ACCAAAGT---T--GAAAGAAAGAACAA-AGTCA---------ATAGTGTAT-----TGTTGCATTTTGCCACTAGCGTGACTTTAA-TATGATAGTTATACTGA--A-AT-T-ATA---TTT--AATGTA--C-ATAG-TG-A-AT--TAA--T-AATCTA--TA---------TATGGTTGT--TCAATAATATTG-ATGAAATTA-TGAG-TTTG--AG-TACCGAAT---AA-TAAA-AGATACACACAT-AATGATTATGA---AT--TGA-----CAACA---TTAACT--ATAGTTA-ACATGACGTAATCCTTCACA-TCA-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAGGCAAAACCGCAT-ACATACAGAATATAAAATAATAACAACA-TAAAC--TG-G-AATGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGTAGAAAAAT---TC--CAATTA-------CTTCAAAACCGAT---GTCTGATGCTTGCGG-GTCCTA-CAAGAGAATGA-AGA-GCG-ACGCG-ATCACTGACA---AAGAACCAT-AAGTATATTC-CCCGCCAAATGAATTCATTGGTCCCAGACAGA-GCTCATCACTGTT-TCCGCACGCGCTGACAAAT-TGGCGCTCACTGCATAGCGTGC-TGGA--GAATGGT--AAC--CT-GAC--TTT-TACG---AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCCGCTT-TG-CGC-T-AAC--T---TTGT-TGA-TG----CGA-T-----CTAAATA------TGCACAAT-CAATCTATA----TATAAATTATTT--AGCTTCGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATCAT-GATTCC-G---CCCG-A--G-AAG-----TGTG--T-T-T-GA-AACTC-----ATTGA-AATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACGTG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------CCTGTA-CA-------TA-CC-----AA-TAT----GAA-AGAAT--GAA-CAAATTC------ATG--A-G-TGTATGTTGCATTC-TTTGCCACT--ATCCAT-GACTTTTAATAATG----AT--ATA-ACTGAA-AAT-T--AATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ACTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAATCA---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAACAAAGAATGACC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----TA-C-A-TCGACG-T-AA-TCCTTCC-CA--T--CAATAAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG--------CTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGACGCCCAA-GA-GAAGAGGGGGCGAAAAGAAAGGCTGCCTGAAACAGTGAGAACATTTAC-TCAACACA---AA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTTCTT--GGTGC-A---CAAAAG-ATAT-AAGACAGATTAAAATTTA-GTAACTATT-GAAAACAAT-CAAATCATATC-CCCAAACAAAC---TTTGGA--TATA-GAATGAGATTGACGCCAGGAAATAAGCACATGTTCCTTGGAAAGTGAAAAATTAG-GT-TAC--TCCAGGG--ATATAACATATGCCTGT-TTCTTATTGATT--------GTGTTTCC--AAGC--AGGAAATAA
gi|10 : tacatcacgacaaaagtgcagacagtgcTATTTTTGTAACCTA-TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAA-TTGATAA-TCTAT--TAACGTTACA---GTAC-------CTACCTTCGC-T----TCCGTG-------TACA-------ACCAAA-TATCT--GAAAGAAAGGAGAGCAGTCA---------TTAGTTTAT-------------------AATAG---AA---TAA-TGAAAT--TTATATT----A-ATGT-ATA---TATGAAATGTAACC-ATAA----ATAT--TAAATT-AATTCA--TA---------AATGGT--T--TCAATAA-ATTG-ATGAAAATAGTGACATTTGCCC--TACGTAATA--AA-TAAACAGA-AGACACAT-ATTGATTATGA---actatta
gi|11 : taagatgtAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTA-TACGGCGTTCTGAAAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGAACAAA-GAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCA-TGGT-CCAGAT-GAGGCTCATAACCAAT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAGCCGGCGTGG-AAGAATGGT--GACT-TT-GACAAATT-TAC----CGGCGC--AT----TC-TTGG---ATCC----GC--CTT-AG-CGC-T-ATC------TTG--TGA-TG----GGA-T-----GTAAATA-----ATGCACAAT-CAAT--CTA----TATAAATTATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--Ttccatacacgaa
gi|12 : ga-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAAC-GAT---GT-TGATTCT-ACGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGAACAAA-GAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGT--CAGAT-GA-GCTCATAACCAAT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAGCCGGCGTGG-AAGAATGGT--GACT-TT-GACA-ATT-TAC----CGGCGC--AT----TC-TTGG---ATCC----GC--CTT-AG-CGC-T-ATC------TTG--TGA-TG----GGA-T-----GTAAATA-----ATGCACAAT-CAAT--CTA----TATAAATTATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTtc
gi|13 : ATG----A---ATAGACTGAA-AATGT--TATATTT---A-TGTATATTGT---------------ATGTAACA---ATAT-T--AA--T-------AATCA-----TA---------TG---GTT-GTC-AAATGTAAT-A---TTGATA-G----AATTAT---G-AT-TTT-GATAC-C---GA----ATAAATAGCGATG-ACA-ATATGATTTATGAATTGA---AA---AATTAACT-AATAATTTAACT-------AG----TAGT-A-T-GACA-TCAA-TCATT-A-C---T--C-A-AAT-C---AAAGATCATA---TC-TTGTGG--TCTGAA--CGGCAT-GATCTG--------TTGAAC-CTTTT
gi|14 : tATTCCGTTCGA-CC-AAGTATGATCTGGAAAACC-G-TT-AT-A-TCT----------TATACA-GTAC-------CCACCTTCGCCTCTCCTTC-TGATGAATATACATGGAATTACCAA--T---TACGAAAGAAAAAG--A-AGTCATGTCTGTACACAAGGTAT-----T-TTGCACTTTGTCCCTAGCATGAC--TAATTATGA---TTAAACTGAAGA-GTTT-ATA---TTT--
gi|15 : taaaatttaccgttcttattcagaatcTTTATCCATAATTTGTTCT-A---CATG-A-C-CTTG-----TGTGT-TAC-C-GA-AGTACATATAATT-ATTATT----TG-TA-TTGAGA--CGTAG-A----ACACG--TATACC-CACG-TTACC-CTCCAT--------TCTGTA-CA-------TA-------------------------------A-CAAG-TC------ATG--A---CGTATGTTGTA--C-ATTGCCACC--AAC-GT-GACTTttc
gi|16 : aataataAA-AGACAAA---AT-AATGGTTATCA---ATGAT-ATTGATCAA-AATGTTATTTTGAT-GTTAAACATGACGTAATC-------------ATTCA--GATTATA-CTCCTT-----GAGGTCTGAAA--AG-CA---TCTTATAACATATG---T-TAAAATAACGGCAACATTA--CCATGAGGAAAGGTAG-AGGTGCGGAGGTGGT-Gcatcagtgttcata
gi|17 : ATTGG-CCAAGAC-GT-GTTCCTAGCCCTC-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCACACGATTTAGCCGGCCTGG-AAGAATGAC--ACCT-CT-GGCTACTT-TAC-----GGTGC--GT----TC-TTGG--A--CCT---TCT--CT-TG-CTC-T-ATC------TCGC--GA-TG----CAA-A-----GAAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ACA----TCTAAAACATTTtgaataa
gi|18 : ta-G---CCCG-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GA-AACCCA----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT------ACATG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------CCTGTA-CA-------TA-CCA----AA-TAT----GAA-AGAA---GAA-CAA-GTC------AT---A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGT-GT-GAC-TTTAAT-ATGGGTTAT--ATA-ATTTA----T-T--AATA
gi|19 : ATACGGCACTCACGAGATAGCCGACCT-GAAAGAACGGC--AACC-CTGGAT--ACTGTAC----AAGCGC--A------C-TTG--------T---ACTATTT-TA-CGA-TGAACAAT---TTAC---A-TGGTTTCAACC-----GTAAACG-----ATGCACAAT-CAAC--ATA----TAT-AATCATTTTAAGCG-CGCTT---AAA-gt
gi|2 : AAAAATATCTCTACAATAATCTTTGTCTTCAAA--CGATACTGT-TGATTCT-GCGGCGTC-TG-A--GAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGACACAA-GAG--TATTG-TC-GCGAATTGAATTCATTGGTCC-AGAC-GA-TCTCATCACTTTTTCC---ACG-AC---CCA-TATGGCGCTCA-GGCATAGCCGGCGTGGAAGACATGGT--AAGT-CT-GAA--CTT-TACCCCCAGGCA---ATAAAATCGTTGG--A-TC-----GC-GCTTATGACGCCT-AAC--ACGATTGA-TGA-TA----GGA-CTGATTGTAAA-ATCTGTATGCACAATGCCAT---TA----TATAAATTATTTTAAGCT-TGCCTTTAAAA-TGCTCTTTTATACATAATTGATTCC-GGTACCCGTATCGATAA-----TGTGA-T-G-G-GA------G----ATTGGTAAGCAAATTA-TAGT---AAATCGTATTAGTT-AC-TG--T----C-CAC--TT-CG-CTC--TTGAAATGGCTTGTATCA-------TAACC-----AA-AATCATTGAATAGAA---AAAACAAGTTCTATATAATG--ATG-T-TAT-TTGCA--C-TTTGC-ACTTTAGC-GT-GACTTT--ATATTG----ATC-ATA--CT------T-T--GAAATTT---A---TA----A----------------ATA----A------T-T--AA--T-------CATCA-----TAGG------ATG---GTTTGTCCAA---TAAT-A---TTGAT--G----AAA-ATTTAG-ATATTTTGATAA-C----AGATAATTAATA-TGAACCACATAC-TGAT--ATGAATTA-----A---ATT-AACT-A------TAGTT-------A-----TA-CCA-TTGACGGT-AA-TCTTT-AACA--T----ATA-T-CCAAAGA--TCATA-CTCC-TTGTGGGGTCTGAAAACGC-ATG-ATTAG-------ATTGAAC--TTTTTAATC-AAGTTCAGAC-CC----AA-GGAGA-GGGG---GAGGAAAGG-TAGCCGCAA--GTGCA-ACATTTACAT---CACA--------TCATA-CAAATACAGATGTACACTCTATTAGGTGCAA---CAAAAGAATATAA-GAC-GATTAAAA-TTA-GGAA-TATTTGAAAA--ATCCAA-TCAT-TCACTC-AATAAATACTTTTGGAATTATGTGAGTGAGA---ACGGTAAAATATAAAGGTATGTTTCTGGGATAGTGATA---TAGAGTGTACCGTCAAGGGGAATAAAACATAAAACTGCACTAGTATTGATTTTAGGACAGTGTTTTCCAAAGCTAAGTGAATAAa
gi|20 : aatgaATAATTGATTCCAG---TATGCA-TGCAAGCGCTATGTGGAT-TAC-GT-AGCCCG----TTCGATG-------TACTA-T---AC--CGTAT-------CATC--T----C-CATC-TT-C-----------------CAGTA-CA--------A-CT-----AA----------A-ACAA----AA-CAAGA-C------AC-------TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACC--AGC-GT-GACTTTctctatca
gi|21 : AAG-T-AATACA--TG---------TATGAT-GTAATCATAAATATTGGACCAAAATA-TGAT-TTTG--A--TACAGAAT---AA-TAAA-ACATGGCCACAT--ATAATTCT-----AT------------A-A---TTAACT--ATAGCTATAGATGATGTAATCagtt
gi|23 : caG-GAGGAGAATGACAGAAGCGGACGCGTATC-CTGACAGAAAAGAACCAAAGAG-ATATTTTCCCGCGAAATGA
gi|24 : ataccgcgc---AAA-A--TGTTTTATACATAATTGAATCC-G---CCCG-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GA-AACCCA----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT------ACATG--Tgctgagttgagagtgcagatga
gi|25 : --ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTga
gi|26 : CA---AAGAACAAA-GAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAGT
gi|27 : ccct-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAC--ATA----TAT-AATCATTTTAAGCG-CGCTT---AAA-gagtgagagtgcagatga
gi|28 : GCTAGCCGCAA-AGTGCAAACATTTACAT--ACAC-AACAA-a
gi|3 : GTAT-ACGGTACGTG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------CCAGTA-CA-------CA-AC-----AAGTGT----GAA-AGAA---AAT-CAAG-TC------AT---A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-GT-GA-TTTTAATTATG----AT--TGA-ACTGAA-TAT-T--TA-ATTT---GATGCA----ATT--------------ATA----ACTAGT-T-C--GAGGT-------AATAA-----CA--------ATG---GTT-GTC-GA---TGAT-A---TTGATCAA----AAT-AT---G-AT-TTT-GATGC-A---GA-ATAATAAAACATGAGT-ACATAT--GATT-ATGATTTAC---AA---ATT-AATT-A------TAGCT-------AGGCTATA-C-A-T-GACG-C-AA-TCGTT-A-TA--TATC-A-GAT-CCAAAGA--TCATA-CTCA-TAGTGG--TCTGAAACCAACATGGACTTG-------ATTAAACATTTTTTAATC-AAGTTCAGAC-CCCAA-GAAGAAGA-GGGGCG-AGAGGAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCATACACTTACAT--ACACAAACAACTAT-ATATCAAATACAAATGCATA--CCCTTACATGCAGGTTCAAAAAGAAATAAAAATAGATTA-----TACGTAA------GAAAACGATCCAAATAATATC-CCC--GCAAA---------GATTATATGAAT-------AC--CAGGAAGTGTACATATGTTCCTAGGATAG
gi|4 : tA-----ATGCGCAAT-CAAT--G-A----TATGAATAATTTGAAGCT-CACTT---AAAAT--TATTTTATTCATAAT-GATTCC-G---CCCG-A-C-CAAG-----TATGA-T-C-CCAA-AATCCG----ACTGAAAATC----AT-TA-T---AA--CGTAT-A-----CATG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------TCTGTA-GA-------TA-CCA----AA-TGT----GAA-ATAA---AAA-CAA-GTC------AT---A-G-TGTATATTGCA--C-TTTGCCACC--AGC-AT-GAC-TTTATTTATG----AT--TGA-ACTGACTATT-TGGAATTTTT---AATGTA----AT---------------ATGATGTA---AT-T-TTAAA--T-------AGTTA-----TATAATAATGATA---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGATTGA----AAT-AT---G-A--TTTTGATAC-C----ACAC--------ATGAG-------TATGGT-------TTAC---AA---A-TTAATT-A------TAGCT-------G-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCATT-A-CA--T--C-A-GAC-CTAA--AGATCATA-CTCT-TTGTCG--TCTGAAACCGCCATGAATTTG-------ATTAAA--CTTTTTAAATTAAGTTCAGAC-CCCAAGGA-GAAGA-AGGGCG-AAAGAAAAGCAAGCCGCAA-AGTGCATACAGTTGTAC--ACACA
gi|5 : aTTTTATACATAATTGATTC--G---CC-G-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GACAACCCA----ATTGATAATC----GA-T--T---AA--CGT-T-A-----CATGGTTA---CGTACTGTT-CGACTC--T--------C-TGTA--A-------TA-CC-----AA-ATT----GAA-AAGACACGAA-CA-TGTC------ATGTTA-GCTGTGTGTTGCA--CCTTTGC-ACT--AGC-GTTGACTTT-AATAATG----ATTCATA-AATGAA-TTT-A--AATATTT---AATGTA----ATCATAGAATGTCACCCATA----A---AT-A-T--AA--TTAAATAAATTCA-----TA--------ATGTGTATTGGTC-A-----AAT-ACATTTGAT--GGACAAATAAT---GAAT-TTTGGATACGCCCGGGCATAAT-TATAGTGAGC-TCACATATGA-TTATGAA-TACCGAAG---ATTAAACTAA------TAATTTTATTGGA-----CA-C-ATT-GACG-T-AATTCTTT-A-CATTT--C-ATAGTGCTAGACA---CATACCTCCTTTGTGG--T-TGAAACtaa
gi|6 : T--GATGTAA-TTATAA-CT-A-GT--TAAG-T-AA-CAA--TA----------ATGGTCGT---CAATAATAT--------------GAT-TTTG--A--TACAGAAT---AA-TAAA-ACATTACCACCT-T-TGACTATGA---TT--T-A-----CAA-A---CTAAAT--ATAGTTATACATGACGTAATCGTT-ATA-T---------AAGATCAAA-CTCCTTCAGTTGTGGTTTGAGACC-G-CA---TC-C-------------TATAAAA-AATGACAACA-T---------GGAAAGGT-GGAGGGGCGGAGG------AATAAT---TC--CAATAA-------CT--------------GT-TTATTCT-GCGGCATCCGG-AAAGAGAGTGA-AGAA-----------TA-ATGACA---ATGAAAAAA-GAG----------------ATGAATCCATTGG-CCCAGAC-GA-GCCC-TAACCATT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGACATGGCCGGCCTGG-AAGAATGGCAAGAATGGT-AGC--CCT-TAC----AAGTGCTAAT----GG-TAGGGTAGCCCTTGCGCTAACT-TG-CGA-TGAACAAT---TTGTATGGTTG----CGACC-----GTAAACA-----ATCCACAAT-TGAT--ATATGTTTACAAATCATTTTgcaaaccgatagacaattagagaataataaatataacaaaataaacacgagggtagaagtttgtaggggctcggttaggtatgg
gi|7 : tatctgatattttccaacgtagcaTCT-G---CCCT-A-C-CAAG-----TATGA-TAT-C-GA-AACCCG----ACTGATAATC----T--TA-A---AA--CGTAT-A-----CATG--TA---C-CACC-TT-TG-CTC--G--------CCTTCA-CAAGAGATCTA-CTTATAAAA-CAG----GAC-AGAA---AAA-CA-GGTC------ATA--A---TGTATGTTGCG--C-TTTGCCATT--AGC-GT-GA---TTGA-AGTG----A-----------AG-AGT-T--TATATTTTCCAATATG----AT---------------ATGCTGTA---AT-TAT--AAA-T-------AGTCAGGTAATA--------ATGATAGTT-GTC-AT---TGCT-G---TTGATCAA----AAT-AT---G-AT-TTT-----------GATATA---------GA---------ATGATTCACCAA--AC---AACGCGTTT------------------------------CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCGTT-A-CA--T--C-A-GAT-CTAAAGA--CCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTCGAATAAATATT-AAT-CTGTTTAAT-CAAGTTCAGAA-TCCA
gi|8 : TATTTTTGTAACCTA-TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCC-AATTGAT-AATCTAT--TAACGTTACA---GTAC-------CTACCTTCGC-T----TCCGTG-------TACA-------ACCAAA-TATCT--GAAAGAAAGGAGAGCAGTCA---------TTAGTTTAT-------------------AATAG---AA---TAA-TGAAAT--TTATATT----A-ATGT-ATA---TATGAAATGTAA-CCATAAAT----AT--TAAA-TTAATTCA--TA---------AATGGTT----TCAATAA-ATTG-ATGAAAATAGTGACATTTG--CCCTACGTAAT---AAATAAACAGA-AGACACAT-ATTGATTATGATCCATA-C-A-----CGA-A---T--ACT--A--GTTAT-CATGACGTAATCCTT-ACAGTCGCTATCCAAAGAT-ATACCTCCTT-----GTG
gi|9 : ataagatgtATATTTATATATTTTTATTAACATTGATTCCATCCGAAC--AAGTATGATCTCTAAACCG-A-CTGAT-A-CTCATTATGAT-ATATACATGTACATGTA--CCGCCTCCGC-TTTCCTAC--G-------CACA--------CTAGA-T--------ATTAAAAAACAA--GTCA---------A-AGTGTACATGTATGTTGCACTCTGCCACAAGCGTGA-TTTAATTATGAT--TGA-ACTGA--ATATTTGATATTGTTC--AAAGCAA-T-ATGA-TGTA-ATTATAAA-T-AGACTAGTTAGGTACTAATAATGTTTGT--T-AAT-CTATTG-ATCAAAATA-TTAT-TTTA--A--TACAGAATTTAAA-AAAA-AAATGCGCA-ATCAATGA-TATGA---AT--c
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TCCGGGAACTACAAGATGATTCTCAATCTACGGCGTTCAGAAAAAAATGGCGAGAGCGACACATTGCTCATAGAGATCAAAGTGGGGAATGGTCCGTAAAATAAATCCATTGG
Alignments
lowQualScore : 1 1 222 1 1 22 222 5555555 11 3333333 22222222 11 22 33333333333 666666666666666666666666666666666 1 22222222 2222 1 111 333 1111 3333333333 11 222222222 222222222 1 1 22222 111 1 111 111 4444444444 111 222222 22222 11111 77777777777777777777 55555555555 111 11111 111 11 2222222 111 111 22 111 11 11 111 111 1 222 22222 1111 4444444444444444444444444444444444444 222 11111 2222222 11111 2222 11111 11111 11111 1111111 3333333 11111111111 333333333333333333333333333 1111 111 111111 2222222 222222222222222222222 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1111 111 3333333 1 111 1 3333333333333333333 2222222 11 1111 111 11111111 3333333333333 1 2222222 22 22222222 11 111 1 1 111 2222222 1 22222 1 1111 1 333333 11 1 22 3333 44444444444 222 1 1 11 11 1 33333333 11 11
lowQualScore : 5 1 0 5 1 999 8 88 5 0 1 222 6 6 0 33 88 111 2222222 8 33 6666666 66666666 0 88 3 1 11 77777777777 777777777777777777777777777777777 1 44444444 6 1111 6 7 3 111 000 3333 8888888888 22 6 55 99 666666666 555555555 7 6 2 6 3 3 44444 2 888 6 1 777 0 222 0 0 000 3333333333 8 444 0 99 3 3 5 8 000000 0 3 8 00000 55555 66666666666666666666 7 7 0 77777777777 6 666 33333 444 11 6666666 0 000 444 8 11 6 6 6 6 6 000 5 5 1 00 5 0 44 2 6 6 3 6 6 111 6 111 1 6 9 77 55 5 222 5 22222 77 2222 5 8888888888888888888888888888888888888 333 5 22222 4444444 2 11111 4 999 9999 3 0 5 888 9999 5 44 777 8 3333 11111 88 44444 4 22222 1111111 4 777 66 3333333 55 9999 4 44 4 4 88888888888 4 222222222222222222222222222 4 0 7777 4 666 222222 6666666 66 4 1 66 4 4 55 5 5 333333333333333333333 5 777 0 000 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 5 1111 5 000 8888888 1 000 5 5 5 4444444444444444444 2222222 5 22 5 0000 000 1 8 66666666 5555555555555 5 5 5 1 5 5 5 1 555 77 4444444 5 4 33 5 5 77 1 99999999 3 888 66 8 444 0 2 0 88 8 0 111 5555555 6 3 6 1 7 66666 2 7 7 7 8888 3 111111 00 6 7 7 3 00 5555 7 7 00000000000 0 1 1 111 5 5 77 1 88 1 1 1 5 22 55555555 88 88 1
lowQualScore : . . . . . ... . .. . . . ... . . . .. .. ... ....... . .. ....... ........ . .. . . .. ........... ................................. . ........ . .... . . . ... ... .... .......... .. . .. .. ......... ......... . . . . . . ..... . ... . . ... . ... . . ... .......... . ... . .. . . . . ...... . . . ..... ..... .................... . . . ........... . ... ..... ... .. ....... . ... ... . .. . . . . . ... . . . .. . . .. . . . . . . ... . ... . . . .. .. . ... . ..... .. .... . ..................................... ... . ..... ....... . ..... . ... .... . . . ... .... . .. ... . .... ..... .. ..... . ..... ....... . ... .. ....... .. .... . .. . . ........... . ........................... . . .... . ... ...... ....... .. . . .. . . .. . . ..................... . ... . ... . .............................................................................. . . .... . ... ....... . ... . . . ................... ....... . .. . .... ... . . ........ ............. . . . . . . . . ... .. ....... . . .. . . .. . ........ . ... .. . ... . . . .. . . ... ....... . . . . . ..... . . . . .... . ...... .. . . . . .. .... . . ........... . . . ... . . .. . .. . . . . .. ........ .. .. .
lowQualScore : 5 0 2 5 0 222 8 88 0 8 4 888 0 0 8 44 88 000 6666666 0 88 2222222 88888888 8 88 2 0 88 22222222222 444444444444444444444444444444444 2 88888888 0 6666 7 5 3 777 000 0000 0000000000 33 7 88 22 777777777 222222222 3 7 5 7 3 3 00000 2 333 7 4 999 7 999 1 7 000 4444444444 0 000 8 22 2 5 0 0 666666 8 2 0 00000 77777 00000000000000000000 3 3 7 33333333333 7 777 00000 000 00 0000000 8 666 000 0 22 7 7 7 7 7 000 7 7 7 77 7 7 00 5 7 7 2 3 7 777 7 777 4 6 0 99 99 7 444 7 77777 99 1111 7 6666666666666666666666666666666666666 111 7 99999 4444444 2 11111 4 666 4444 6 1 7 888 5555 0 77 888 9 4444 11111 11 77777 4 11111 4444444 4 888 11 3333333 55 7777 4 66 4 4 66666666666 4 000000000000000000000000000 4 1 7777 4 000 888888 6666666 11 4 1 11 4 4 77 0 4 111111111111111111111 0 999 4 000 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 7 7777 7 000 3333333 4 000 7 7 4 3333333333333333333 4444444 0 00 0 7777 000 7 7 66666666 1111111111111 7 7 7 4 7 7 7 0 999 99 7777777 7 0 33 7 7 99 0 00000000 7 777 44 0 000 0 5 0 88 8 8 888 8888888 7 3 7 0 3 77777 0 3 3 3 7777 3 000000 33 7 3 3 3 77 3333 3 3 77777777777 7 0 0 555 5 0 55 0 00 0 0 0 5 00 00000000 00 55 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATNTTTGTAACCTAA--TTGATTCCGNCCGA-CGAAAGTGTGGGCTTGAAACCCAATTGATAATCTAT-ATAACGNTATACATGTACATGTA--CCACCTTCGC-TCTCCTCC------GTGTACA-------ACCAAATATCTGAAAGAAAGAAGAGCAGTCA---------ATAGTGTAT-----TGTTGCACTTTGCCACTAGCGTGACTTTAATNATG--A--T--TTATACTGA--A-ATNT-ATA---TTT---AATGTAA-C-ATAA-TG-A-AT--TAAA-T-AATTCA--TA---------AATGGTT--GT--T-CAATAATATTG-ATNAA-AATA-TGAT-TTTG--A--TACGGAAT---AA-TAAA-AGATAGACACAT-AATGATTATGA---AT--T-A-----CAA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAG-CA---TC-CAT-ACATACG---TATAAAATAACGACAACA-TA--C--TG-GGAAAGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTCTTGCGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGTCCCAGAC-GA-GCTCATAACCGTT-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCTCACGGCATAGCCGGCNTGGAAAGAATGGC--GACT-CT-GAC--NTT-TAC----AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCTGCTT-TG-CGC-T-ANC--T---TTGC-TGA-TG----CGA-C-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ATA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATAATTGATTCC-G---CCCG-A-CGCAAG-----TGTGG-T-T-C-GA-AACCCG----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACATG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------CCTGTA-CA-------TA-CC-----AA-TAT----GAA-AGAA---GAA-CAAGGTC------ATG--A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-GT-GACTTTTAATAATG----AT--ATA-ACTGAA-ANT-T--NATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAATAAATAATGAGC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCNTT-A-CA--T--C-ATGAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG-------ATTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGAC-CCCAA-G-AGAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCANACATTTACAT--ACACAAACAA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTCCNTTAGGTGCAA---CAAAAGGATATAAAGACAGATTAAAA-TTA-GTAA-TATT-GAAAACGATCCAAATCATATC-CCC-AACAAAC---TTTGGAATTATATGAATGAGA---ACG-CAGGAAATAAACGTATGTTCCTNGGATAGTGANAAATTAGAGTGTACCGTCNAGGGGAATANAACATANGNCTGCACTNNTATTGATTTTAGGACAGTGTTTCCCAAAGCTAAGNGAATAA
Reference ( family-3925 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATNTTTGTAACNTAA--TTGATTCCGNCCGA-CGAAAGTGTGGGCTTGAAACCCA-TTGATA-TCTAT-ATAACGNTATACATGTACATGTA--CCACCTTCGC-TCTCCTCC------GTGTACA-------ACCAAATATCTGAAAGAAAGAANAACAGTCA---------ATAGTGTAT-----TGTTGCACTTTGCCACTAGCGTGACTTTAATTATG--A--T--TTATACTGA--A-ATNT-ATA---TTT---AATGTAA-C-ATAA-TG-A-AT--TAAA-T-AATCCA--TA---------AATGGTT--GT--T-CAATAATATTG-ATGAA-AATA-TGAT-TTTG--A--TACGGAAT---AA-TAAA-AGATAGACACAT-AATGATTATGA---AT--T-A-----CAA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAG-CA---TC-CAT-ACATACG---TATAAAATAACGACAACA-TA--C--TG-GGAAAGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTCTTGCGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGTCCCAGAC-GA-GCTCATAACCGTT-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCTCACGGCATAGCCGGCNTGGAAAGAATGGC--GACT-CT-GAC--NTT-TAC----AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCTGCTT-TG-CGC-T-ANC--T---TTGC-TGA-TG----CGA-C-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ATA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATAATTGATTCC-G---CCCG-A-CGCAAG-----TGTGG-T-T-C-GA-AACCCG----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACATG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------CCTGTA-CA-------TA-CC-----AA-TAT----GAA-AGAA---GAA-CAAGGTC------ATG--A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-GT-GACTTTTAATAATG----AT--ATA-ACTGAA-ANT-T--NATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAATAAATAATGAGC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCNTT-A-CA--T--C-ATGAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG-------ATTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGAC-CCCAA-G-AGAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCANACATTTACAT--ACACAAACAA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTCCNTTAGGTGCAA---CAAAAGGATATAAAGACAGATTAAAA-TTA-GTAA-TATT-GAAAACGATCCAAATCATATC-CCC-AACAAAC---TTTGGAATTATATGAATGAGA---ACG-CAGGAAATAAACGTATGTTCCTNGGATAGTGANAAATTAGAGTGTACCGTCNAGGGGAATANAACATANGNCTGCACTNNTATTGATTTTAGGACAGTGTTTCCCAAAGCTAAGNGAATAA
gi|1 : ATATTT-TACATTTATA-CATAA--TTGATTCCG--CG--CGAAAGTTTGTGGTTGAAACCCA-TTGATA-TCTAT-ATAACGGTATACATGTACATGTAAACCACTTTCGC-TCTCCTCC-------TGTACA-------ACCAAA-GT-TGAAAGAAAGAACAA-AGTCA---------ATAGTGTAT-----TGTTGCATTTTGCCACTAGCGTGACTTTAAT-ATG--A--TAGTTATACTGA--A-AT-T-ATA---TTT---AATGTA--C-ATAG-TG-A-AT--TAA--T-AATCTA--TA---------TATGGTT--GT--T-CAATAATATTG-ATGAA-ATTA-TGAG-TTTG--AG-TACCGAAT---AA-TAAA-AGATACACACAT-AATGATTATGA---AT--TGA-----CAACA---TTAACT--ATAGTTA-ACATGACGTAATCCTTCACA-TCA-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAGGCAAAACCGCAT-ACATACAGAATATAAAATAATAACAACA-TAAAC--TG-G-AATGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGTAGAAAAAT---TC--CAATTA-------CTTCAAAACCGAT---GTCTGATGCTTGCGG-GTCCTA-CAAGAGAATGA-AGA-GCG-ACGCG-ATCACTGACA---AAGA-AC-CATAAGTATATTC-CCCGCCAAATGAATTCATTGGTCCCAGACAGA-GCTCATCACTGTT-TCCGCACGCGCTGACAAAT-TGGCGCTCACTGCATAGCGTGC-TGGA--GAATGGT--AAC--CT-GAC--TTT-TACG---AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCCGCTT-TG-CGC-T-AAC--T---TTGT-TGA-TG----CGA-T-----CTAAATA------TGCACAAT-CAATCTATA----TATAAATTATTT--AGCTTCGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATCAT-GATTCC-G---CCCG-A--G-AAG-----TGTG--T-T-T-GA-AACTC-----ATTGA-AATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACGTG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------CCTGTA-CA-------TA-CC-----AA-TAT----GAA-AGAAT--GAA-CAAATTC------ATG--A-G-TGTATGTTGCATTC-TTTGCCACT--ATCCAT-GACTTTTAATAATG----AT--ATA-ACTGAA-AAT-T--AATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ACTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAATCA---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAACAAAGAATGACC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----TA-C-A-TCGACG-T-AA-TCCTTCC-CA--T--CAATAAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG--------CTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGACGCCCAA-G-AGAAGAGGGGGCGAAAAGAAAGGCTGCCTGAAACAGTGAGAACATTTAC-TCAACACA---AA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTTCTT--GGTGC-A---CAAAA-GATAT-AAGACAGATTAAAATTTA-GTAACTATT-GAAAACAAT-CAAATCATATC-CCCAAACAAAC---TTTGGA--TATA-GAATGAGATTGACGCCAGGAAATAAGCACATGTTCCTTGGAAAGTGAAAAATTAG-GT-TAC--TCCAGGG--ATATAACATATGCCTGT-TTCTTATTGATT--------GTGTTTCC--AAGC--AGGAAATAA
gi|10 : tacatcacgacaaaagtgcagacagtgcTATTTTTGTAACCTA---TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTAT--TAACGTTACA---GTAC-------CTACCTTCGC-T----TCC------GTGTACA-------ACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCA---------TTAGTTTAT-------------------AATAG---------AATAATGAAA--T--TTATATT----A-ATGT-ATA---TATGA-AATGTAACC-ATAA----ATAT--TAAATT-AATTCA--TA---------AATGGT----T--T-CAATAA-ATTG-ATGAA-AATAGTGACATTTGCCC--TACGTAATA--AA-TAAACAGA-AGACACAT-ATTGATTATGA---actatta
gi|11 : taagatgtAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTA-TACGGCGTTCTGAAAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCA-TGGT-CCAGAT-GAGGCTCATAACCAAT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAGCCGGCGTGG-AAGAATGGT--GACT-TT-GACAAATT-TAC----CGGCGC--AT----TC-TTGG---ATCC----GC--CTT-AG-CGC-T-ATC------TTG--TGA-TG----GGA-T-----GTAAATA-----ATGCACAAT-CAAT--CTA----TATAAATTATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--Ttccatacacgaa
gi|12 : ga-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAAC-GAT---GT-TGATTCT-ACGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGT--CAGAT-GA-GCTCATAACCAAT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAGCCGGCGTGG-AAGAATGGT--GACT-TT-GACA-ATT-TAC----CGGCGC--AT----TC-TTGG---ATCC----GC--CTT-AG-CGC-T-ATC------TTG--TGA-TG----GGA-T-----GTAAATA-----ATGCACAAT-CAAT--CTA----TATAAATTATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTtc
gi|13 : ATG----A---ATAGACTGAA-AATGT--TATATTT---A-TGTATATTGT---------------ATGTAACA---ATAT-T--AA--T-------AATCA-----TA---------TG---GTT-GTC-AAATGTAAT-A---TTGATA-G----AATTAT---G-AT-TTT-GATAC-C---GA----ATAAATAGCGATG-ACA-ATATGATTTATGAATTGA---AA---AATTAACT-AATAATTTAACT-------AG----TAGT-A-T-GACA-TCAA-TCATT-A-C---T--C-A-AAT-C---AAAGATCATA---TC-TTGTGG--TCTGAA--CGGCAT-GATCTG--------TTGAAC-CTTTT
gi|14 : tATTCCGTTCGA-CCAA-GTATGATCTGGAAAACCG-TT-ATA-TCT----------TATACA-GTAC-------CCACCTTCGCCTCTCCTTCTGATGAATATACATGGAATTACCAATTAC--GAAAGAAA-AAGAA--GTCATGTCTGTACACAAGGTAT-----T-TTGCACTTTGTCCCTAGCATGAC--TAATTATG--A-----TTAAACTGAAGA-GTTT-ATA---TTT---
gi|15 : taaaatttaccgttcttattcagaatcTTTATCCATAATTTGTTCT-A---CATG-A-C-CTTG-----TGTGT-TAC-C-GA-AGTACATATAATT-ATTATT----TG-TA-TTGAGA--CGTAG-A----ACACG--TATACC-CACG-TTACC-CTCCAT--------TCTGTA-CA-------TA-------------------------------A-CAAG-TC------ATG--A---CGTATGTTGTA--C-ATTGCCACC--AAC-GT-GACTTttc
gi|16 : aataataAA-AGACAAA---AT-AATGGTTATCA---ATGAT-ATTGATCAA-AATGTTATTTTGAT-GTTAAACATGACGTAATC-------------ATTCA--GATTATA-CTCCTT-----GAGGTCTGAAA--AG-CA---TCTTATAACATATG---T-TAAAATAACGGCAACATTA--CCATGAGGAAAGGTAG-AGGTGCGGAGGTGGT-Gcatcagtgttcata
gi|17 : ATTGG-CCAAGAC-GT-GTTCCTAGCCCTC-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCACACGATTTAGCCGGCCTGG-AAGAATGAC--ACCT-CT-GGCTACTT-TAC-----GGTGC--GT----TC-TTGG--A--CCT---TCT--CT-TG-CTC-T-ATC------TCGC--GA-TG----CAA-A-----GAAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ACA----TCTAAAACATTTtgaataa
gi|18 : ta-G---CCCG-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GA-AACCCA----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT------ACATG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------CCTGTA-CA-------TA-CCA----AA-TAT----GAA-AGAA---GAA-CAA-GTC------AT---A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGT-GT-GAC-TTTAAT-ATGGGTTAT--ATA-ATTTA----T-T--AATA
gi|19 : ATACGGCACTCACGAGATAGCCGACCT-GAAAGAACGGC--AACC-CTGGAT--ACTGTAC----AAGCGC--A------C-TTG--------T---ACTATTT-TA-CGA-TGAACAAT---TTAC---A-TGGTTTCAACC-----GTAAACG-----ATGCACAAT-CAAC--ATA----TAT-AATCATTTTAAGCG-CGCTT---AAA-gt
gi|2 : AAAAATATCTCTACAATAATCTTTGTCTTCAAA--CGATACTGT-TGATTCT-GCGGCGTC-TG-A--GAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGACAC-AA-GAG--TATTG-TC-GCGAATTGAATTCATTGGTCC-AGAC-GA-TCTCATCACTTTTTCC---ACG-AC---CCA-TATGGCGCTCA-GGCATAGCCGGCGTGGAAGACATGGT--AAGT-CT-GAA--CTT-TACCCCCAGGCA---ATAAAATCGTTGG--A-TC-----GC-GCTTATGACGCCT-AAC--ACGATTGA-TGA-TA----GGA-CTGATTGTAAA-ATCTGTATGCACAATGCCAT---TA----TATAAATTATTTTAAGCT-TGCCTTTAAAA-TGCTCTTTTATACATAATTGATTCC-GGTACCCGTATCGATAA-----TGTGA-T-G-G-GA------G----ATTGGTAAGCAAATTA-TAGT---AAATCGTATTAGTT-AC-TG--T----C-CAC--TT-CG-CTC--TTGAAATGGCTTGTATCA-------TAACC-----AA-AATCATTGAATAGAA---AAAACAAGTTCTATATAATG--ATG-T-TAT-TTGCA--C-TTTGC-ACTTTAGC-GT-GACTTT--ATATTG----ATC-ATA--CT------T-T--GAAATTT---A---TA----A----------------ATA----A------T-T--AA--T-------CATCA-----TAGG------ATG---GTTTGTCCAA---TAAT-A---TTGAT--G----AAA-ATTTAG-ATATTTTGATAA-C----AGATAATTAATA-TGAACCACATAC-TGAT--ATGAATTA-----A---ATT-AACT-A------TAGTT-------A-----TA-CCA-TTGACGGT-AA-TCTTT-AACA--T----AT-AT-CCAAAGA--TCATA-CTCC-TTGTGGGGTCTGAAAACGC-ATG-ATTAG-------ATTGAAC--TTTTTAATC-AAGTTCAGAC-CC----A-AGGAGA-GGGG---GAGGAAAGG-TAGCCGCAA--GTGCA-ACATTTACAT---CACA--------TCATA-CAAATACAGATGTACACTCTATTAGGTGCAA---CAAAAGAATATAA-GAC-GATTAAAA-TTA-GGAA-TATTTGAAAA--ATCCAA-TCAT-TCACTC-AATAAATACTTTTGGAATTATGTGAGTGAGA---ACGGTAAAATATAAAGGTATGTTTCTGGGATAGTGATA---TAGAGTGTACCGTCAAGGGGAATAAAACATAAAACTGCACTAGTATTGATTTTAGGACAGTGTTTTCCAAAGCTAAGTGAATAAa
gi|20 : aatgaATAATTGATTCCAG---TATGCA-TGCAAGCGCTATGTGGAT-TAC-GT-AGCCCG----TTCGATG-------TACTA-T---AC--CGTAT-------CATC--T----C-CATC-TT-C-----------------CAGTA-CA--------A-CT-----AA----------A-ACAA----AA-CAAGA-C------AC-------TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACC--AGC-GT-GACTTTctctatca
gi|21 : AAG-T-AATACA--TG---------TATGAT---GTAAT-CATAAATATTGGACCAA-AATA-TGAT-TTTG--A--TACAGAAT---AA-TAAA-ACATGGCCACAT--ATAATTCT-----AT------------A-A---TTAACT--ATAGCTATAGATGATGTAATCagtt
gi|23 : caG-GAGGAGAATGACAGAAGCGGACGCGTATC-CTGACAGAAAAGA-ACCAAAGAG-ATATTTTCCCGCGAAATGA
gi|24 : ataccgcgc---AAA-A--TGTTTTATACATAATTGAATCC-G---CCCG-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GA-AACCCA----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT------ACATG--Tgctgagttgagagtgcagatga
gi|25 : --ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTga
gi|26 : CA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAGT
gi|27 : ccct-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAC--ATA----TAT-AATCATTTTAAGCG-CGCTT---AAA-gagtgagagtgcagatga
gi|28 : GCTAGCCGCAA-AGTGCAAACATTTACAT--ACAC-AACAA-a
gi|3 : GTAT-ACGGTACGTG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------CCAGTA-CA-------CA-AC-----AAGTGT----GAA-AGAA---AAT-CAAG-TC------AT---A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-GT-GA-TTTTAATTATG----AT--TGA-ACTGAA-TAT-T--TA-ATTT---GATGCA----ATT--------------ATA----ACTAGT-T-C--GAGGT-------AATAA-----CA--------ATG---GTT-GTC-GA---TGAT-A---TTGATCAA----AAT-AT---G-AT-TTT-GATGC-A---GA-ATAATAAAACATGAGT-ACATAT--GATT-ATGATTTAC---AA---ATT-AATT-A------TAGCT-------AGGCTATA-C-A-T-GACG-C-AA-TCGTT-A-TA--TATC-A-GAT-CCAAAGA--TCATA-CTCA-TAGTGG--TCTGAAACCAACATGGACTTG-------ATTAAACATTTTTTAAT-CAAGTTCAGAC-CCCAA-GAAGAAGA-GGGGCG-AGAGGAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCATACACTTACAT--ACACAAACAACTAT-ATATCAAATACAAATGCATA--CCCTTACATGCAGGTTCAAAAAGAAATAAAAATAGATTA-----TACGTAA------GAAAACGATCCAAATAATATC-CCC--GCAAA---------GATTATATGAAT-------AC--CAGGAAGTGTACATATGTTCCTAGGATAG
gi|4 : tA-----ATGCGCAAT-CAAT--G-A----TATGAATAATTTGAAGCT-CACTT---AAAAT--TATTTTATTCATAAT-GATTCC-G---CCCG-A-C-CAAG-----TATGA-T-C-CCAA-AATCCG----ACTGAAAATC----AT-TA-T---AA--CGTAT-A-----CATG--TA---C-CACC-TT-CG-CTC--T--------TCTGTA-GA-------TA-CCA----AA-TGT----GAA-ATAA---AAA-CAA-GTC------AT---A-G-TGTATATTGCA--C-TTTGCCACC--AGC-AT-GAC-TTTATTTATG----AT--TGA-ACTGACTATT-TGGAATTTTT---AATGTA----AT---------------ATGATGTA---AT-T-TTAAA--T-------AGTTA-----TATAATAATGATA---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGATTGA----AAT-AT---G-A--TTTTGATAC-C----ACAC--------ATGAG-------TATGGT-------TTAC---AA---A-TTAATT-A------TAGCT-------G-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCATT-A-CA--T--C-A-GAC-CTAA--AGATCATA-CTCT-TTGTCG--TCTGAAACCGCCATGAATTTG-------ATTAAA--CTTTTTAAATTAAGTTCAGAC-CCCAAGG-AGAAGA-AGGGCG-AAAGAAAAGCAAGCCGCAA-AGTGCATACAGTTGTAC--ACACA
gi|5 : aTTTTATACATAATTGATTC--G---CC-G-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GACAACCCA----ATTGATAATC----GA-T--T---AA--CGT-T-A-----CATGGTTA---CGTACTGTT-CGACTC--T--------C-TGTA--A-------TA-CC-----AA-ATT----GAA-AAGACACGAA-CA-TGTC------ATGTTA-GCTGTGTGTTGCA--CCTTTGC-ACT--AGC-GTTGACTTT-AATAATG----ATTCATA-AATGAA-TTT-A--AATATTT---AATGTA----ATCATAGAATGTCACCCATA----A---AT-A-T--AA--TTAAATAAATTCA-----TA--------ATGTGTATTGGTC-A-----AAT-ACATTTGAT--GGACAAATAAT---GAAT-TTTGGATACGCCCGGGCATAAT-TATAGTGAGC-TCACATATGA-TTATGAA-TACCGAAG---ATTAAACTAA------TAATTTTATTGGA-----CA-C-ATT-GACG-T-AATTCTTT-A-CATTT--C-ATAGTGCTAGACA---CATACCTCCTTTGTGG--T-TGAAACtaa
gi|6 : -ATCTGATA---TTTTCCAACGTAG-C-ATGA-TG------------T-AATT-A--TA---------ACTAGTTAAGT--AACAATAATGGTC-GTCAATAATA-TGAT-TTTG--A--TACAGAAT---AA-TAAA-ACATTACCACCT-T-TGACTATGA---TT--T-A-----CAA-A---CTAAAT--ATAGTTATACATGACGTAATCGTT-ATA-T---------AAGATCAAA-CTCCTTCAGTTGTGGTTTGAGACC-G-CA---TC-C-------------TATAAAA-AATGACAACA-T---------GGAAAGGT-GGAGGGGCGGAGG------AATAAT---TC--CAATAA-------CT--------------GT-TTATTCT-GCGGCATCCGG-AAAGAGAGTGA-AGAA-----------TA-ATGACA---ATGA-AA-AAAGAG----------------ATGAATCCATTGG-CCCAGAC-GA-GCCC-TAACCATT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGACATGGCCGGCCTGG-AAGAATGGCAAGAATGGT-AGC--CCT-TAC----AAGTGCTAAT----GG-TAGGGTAGCCCTTGCGCTAACT-TG-CGA-TGAACAAT---TTGTATGGTTG----CGACC-----GTAAACA-----ATCCACAAT-TGAT--ATATGTTTACAAATCATTTTgcaaaccgatagacaattagagaataataaatataacaaaataaacacgagggtagaagtttgtaggggctcggttaggtatgg
gi|7 : tTCT-G---CCCT-A-C-CAAG-----TATGA-TAT-C-GA-AACCCG----ACTGATAATC----T--TA-A---AA--CGTAT-A-----CATG--TA---C-CACC-TT-TG-CTC--G--------CCTTCA-CAAGAGATCTA-CTTATAAAA-CAG----GAC-AGAA---AAA-CA-GGTC------ATA--A---TGTATGTTGCG--C-TTTGCCATT--AGC-GT-GA---TTGA-AGTG----A-----------AG-AGT-T--TATATTTTCCAATATG----AT---------------ATGCTGTA---AT-TAT--AAA-T-------AGTCAGGTAATA--------ATGATAGTT-GTC-AT---TGCT-G---TTGATCAA----AAT-AT---G-AT-TTT-----------GATATA---------GA---------ATGATTCACCAA--AC---AACGCGTTT------------------------------CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCGTT-A-CA--T--C-A-GAT-CTAAAGA--CCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTCGAATAAATATT-AAT-CTGTTTAAT-CAAGTTCAGAA-TCCA
gi|8 : TATTTTTGTAACCTA---TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTAT--TAACGTTACA---GTAC-------CTACCTTCGC-T----TCC------GTGTACA-------ACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCA---------TTAGTTTAT-------------------AATAG---------AATAATG--AAAT--TTATATT----A-ATGT-ATA---TATGA-AATGTAA-CCATAAAT----AT--TAAA-TTAATTCA--TA---------AATGGTT------T-CAATAA-ATTG-ATGAA-AATAGTGACATTTG--CCCTACGTAAT---AAATAAACAGA-AGACACAT-ATTGATTATGATCCATA-C-A-----CGA-A---T--ACT--A--GTTAT-CATGACGTAATCCTT-ACAGTCGCTATCCAAAGAT-ATACCTCCTT-----GTG
gi|9 : ataagatgtATATTTATATATTTTTA--TTAACATTGATTCCATCCGAAC--AAGTATGATCTCTAAACCGA-CTGATA-CTCATTATGAT-ATATACATGTACATGTA--CCGCCTCCGC-TTTCCTAC--------GCAC--------ACTAGATATT------AAAAAACA--AGTCA---------A-AGTGTACATGTATGTTGCACTCTGCCACAAGCGTGA-TTTAATTATG--A--T--TGA-ACTGA--ATATTTGATATTGTTC---AAAGCAA-T-ATGA-TGTA-ATTATAAA-T-AGACTAGTTAGGTACTAATAATGTTT--GT--T--AAT-CTATTG-ATCAA-AATA-TTAT-TTTA--A--TACAGAATTTAAA-AAAA-AAATGCGCA-ATCAATGA-TATGA---AT--c
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TCCGGGAACTACAAGATGATTCTCAATCTACGGCGTTCAGAAAAAAATGGCGAGAGCGACACATTGCTCATAGAGATCAAAGTGGGGAATGGTCCGTAAAATAAATCCATTGG
Alignments
lowQualScore : 1 1 222 1 11 1 222 4444444 2222 1 1 1111111 11 555555555555555555555555555555555 222222 11 1 333333333 11 5555555555555555555555555555 222222222 1 1 2222 222 1 111 111 4444444444 111 111 222222 22222 11111 77777777777777777777 55555555555 111 11111 111 11 2222222 111 111 22 111 11 11 111 111 1 222 22222 1111 4444444444444444444444444444444444444 222 11111 2222222 11111 2222 11111 11111 3333333 222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333 1111 111 111111 333333333333333 111111111111111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1111 111 3333333 1 111 1 3333333333333333333 2222222 11 1111 111 11111111 3333333333333 1 2222222 22 22222222 11 1 1 1 1 111 2222222 1 22222 1 1111 1 333333 11 1 22 3333 44444444444 222 1 1 11 11 1 33333333 11 11
lowQualScore : 5 1 0 5 0 999 0 33 2 0 0 4 2 3 9 5 33 111 0000000 7777 5 3 3 5 2222222 22 999999999999999999999999999999999 8 444444 0 88 8 8 6 666666666 99 9999999999999999999999999999 5 1 555555555 7 6 1 6 3 3 4444 2 555 1 777 0 222 0 0 000 3333333333 8 444 0 000 3 5 8 000000 0 3 8 00000 55555 66666666666666666666 7 7 0 77777777777 6 666 33333 444 11 6666666 0 000 444 8 11 6 6 6 6 6 000 5 5 1 00 5 0 44 2 6 6 3 6 6 111 6 111 1 6 9 77 55 5 222 5 22222 77 2222 5 8888888888888888888888888888888888888 333 5 22222 4444444 2 11111 4 999 9999 3 0 5 888 9999 1 5 4 777 8 3333 00000 77 77777 4 99999 0 8888 4 4 777 55 3333333 55 7777 4 4 4 4 4 4 111111111111111111111111 4 7777777777777777777777777777777777 4 6666 4 666 111111 888888888888888 55 4 55 4 4 8 3 6 888888888888888888888 4 777 888 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 5 1111 5 000 8888888 1 000 5 5 5 4444444444444444444 2222222 5 22 5 0000 000 1 8 66666666 5555555555555 5 5 5 1 5 5 5 1 555 77 4444444 5 4 33 5 5 77 1 99999999 3 888 66 8 0 0 0 2 0 88 8 0 111 5555555 6 3 6 1 7 66666 2 7 7 7 8888 3 111111 00 6 7 7 3 00 5555 7 7 00000000000 0 1 1 111 5 5 77 1 88 1 1 1 5 22 55555555 88 88 1
lowQualScore : . . . . . ... . .. . . . . . . . . .. ... ....... .... . . . . ....... .. ................................. . ...... . .. . . . ......... .. ............................ . . ......... . . . . . . .... . ... . ... . ... . . ... .......... . ... . ... . . . ...... . . . ..... ..... .................... . . . ........... . ... ..... ... .. ....... . ... ... . .. . . . . . ... . . . .. . . .. . . . . . . ... . ... . . . .. .. . ... . ..... .. .... . ..................................... ... . ..... ....... . ..... . ... .... . . . ... .... . . . ... . .... ..... .. ..... . ..... . .... . . ... .. ....... .. .... . . . . . . ........................ . .................................. . .... . ... ...... ............... .. . .. . . . . . ..................... . ... ... . .............................................................................. . . .... . ... ....... . ... . . . ................... ....... . .. . .... ... . . ........ ............. . . . . . . . . ... .. ....... . . .. . . .. . ........ . ... .. . . . . . . .. . . ... ....... . . . . . ..... . . . . .... . ...... .. . . . . .. .... . . ........... . . . ... . . .. . .. . . . . .. ........ .. .. .
lowQualScore : 5 0 2 5 2 222 8 22 5 2 2 2 5 2 2 5 55 000 8888888 0000 0 2 2 0 5555555 00 000000000000000000000000000000000 8 888888 8 00 0 8 0 444444444 88 0000000000000000000000000000 2 7 222222222 3 7 0 7 3 3 0000 2 000 4 999 7 999 1 7 000 4444444444 0 000 8 000 5 0 0 666666 8 2 0 00000 77777 00000000000000000000 3 3 7 33333333333 7 777 00000 000 00 0000000 8 666 000 0 22 7 7 7 7 7 000 7 7 7 77 7 7 00 5 7 7 2 3 7 777 7 777 4 6 0 99 99 7 444 7 77777 99 1111 7 6666666666666666666666666666666666666 111 7 99999 4444444 2 11111 4 666 4444 6 1 7 888 5555 9 1 0 000 0 1111 00000 99 88888 0 99999 9 5555 0 0 000 55 1111111 00 8888 0 0 0 0 0 0 888888888888888888888888 0 5555555555555555555555555555555555 0 5555 0 555 555555 555555555555555 55 0 55 0 0 1 2 9 777777777777777777777 4 111 888 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 7 7777 7 000 3333333 4 000 7 7 4 3333333333333333333 4444444 0 00 0 7777 000 7 7 66666666 1111111111111 7 7 7 4 7 7 7 0 999 99 7777777 7 0 33 7 7 99 0 00000000 7 777 44 0 0 0 0 5 0 88 8 8 888 8888888 7 3 7 0 3 77777 0 3 3 3 7777 3 000000 33 7 3 3 3 77 3333 3 3 77777777777 7 0 0 555 5 0 55 0 00 0 0 0 5 00 00000000 00 55 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATNTTTGTAACCTAA--TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTATATAACGNTACACATGTACATGTA--CCACCTTCGCTCTCCTCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCANTAGTGTAT-----TGTTGCACTTTGCCACTAGCGTGACTTTAATAATGAAAT--TTATACTGAA-ATNTGATA---TTTGA-AATGTAACCATAATG-ATAT--TAAA-TA------------ATTCATAAATGGTT--GT--T-CAATAATATTG-ATNAA-AATA-TGAT-TTTG--A-TACGGAAT---AATAAA-AGATAGACACAT-AATGATTATGA---AT--T-A-----CAA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAG-CA---TC-CAT-ACATACG---TATAAAATAACGACAACA-TA--C--TG-GGAAAGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTCTTGCGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGTCCCAGAC-GA-GCTCATAACCGTT-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCTCACGGCATAGCCGGCNTGGAAAGAATGGC--GACT-CT-GAC--NTT-TAC----AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCTGCTT-TG-CGC-T-ANC--T---TTGC-TGA-TG----CGA-C-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ATA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATAATTGATTCC-G---CCCG-A-CGCAAG-----TGTGG-T-T-C-GA-AACCCG----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC-----AA-T-AT----GAA-AGAA---AAA-CAAGGTC------ATG----------A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-GT-GACTTTTAATNATG----AT--ATA-ACTGAA-ANT-T--NATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAATAAATAATGAGC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCNTT-A-CA--T--C-ATGAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG-------ATTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGAC-CCCAA-GA-GAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCANACATTTACAT--ACACAAACAA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTCCNTTAGGTGCAA---CAAAAGGATATAAAGACAGATTAAAA-TTA-GTAA-TATT-GAAAACGATCCAAATCATATC-CCC-AACAAAC---TTTGGAATTATATGAATGAGA---ACG-CAGGAAATAAACGTATGTTCCTNGGATAGTGANAAATTAGAGTGTACCGTCNAGGGGAATANAACATANGNCTGCACTNNTATTGATTTTAGGACAGTGTTTCCCAAAGCTAAGNGAATAA
Reference ( family-3925 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATNTTTGTAACCTAA--TTGATTCCGNCCGA-CGAAAGTGTGGGCTTGAAACCCAATTGATAATCTATATAACGNTATACATGTACATGTA--CCACCTTCGCTCTCCTCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGAAGAGCAGTCAATAGTGTAT-----TGTTGCACTTTGCCACTAGCGTGACTTTAATNATG--AT--TTATACTGAA-ATNT-ATA---TTT---AATGTAA-CATAATG-A-AT--TAAA-TA------------ATTCATAAATGGTT--GT--T-CAATAATATTG-ATNAA-AATA-TGAT-TTTG--A-TACGGAAT---AATAAA-AGATAGACACAT-AATGATTATGA---AT--T-A-----CAA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAG-CA---TC-CAT-ACATACG---TATAAAATAACGACAACA-TA--C--TG-GGAAAGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTCTTGCGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGTCCCAGAC-GA-GCTCATAACCGTT-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCTCACGGCATAGCCGGCNTGGAAAGAATGGC--GACT-CT-GAC--NTT-TAC----AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCTGCTT-TG-CGC-T-ANC--T---TTGC-TGA-TG----CGA-C-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ATA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATAATTGATTCC-G---CCCG-A-CGCAAG-----TGTGG-T-T-C-GA-AACCCG----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC-----AA-T-AT----GAA-AGAA---GAA-CAAGGTC------ATG----------A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-GT-GACTTTTAATAATG----AT--ATA-ACTGAA-ANT-T--NATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAATAAATAATGAGC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCNTT-A-CA--T--C-ATGAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG-------ATTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGAC-CCCAA-GA-GAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCANACATTTACAT--ACACAAACAA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTCCNTTAGGTGCAA---CAAAAGGATATAAAGACAGATTAAAA-TTA-GTAA-TATT-GAAAACGATCCAAATCATATC-CCC-AACAAAC---TTTGGAATTATATGAATGAGA---ACG-CAGGAAATAAACGTATGTTCCTNGGATAGTGANAAATTAGAGTGTACCGTCNAGGGGAATANAACATANGNCTGCACTNNTATTGATTTTAGGACAGTGTTTCCCAAAGCTAAGNGAATAA
gi|1 : ATATTT-TACATTTATA-CATAA--TTGATTCCG--CG--CGAAAGTTTGTGGTTGAAACCCA-TTGATA-TCTATATAACGGTATACATGTACATGTAAACCACTTTCGCTCTCCTCC-TGTACAACCAAA-GT-TGAAAGAAAGAACAA-AGTCAATAGTGTAT-----TGTTGCATTTTGCCACTAGCGTGACTTTAAT-ATG--ATAGTTATACTGAA-AT-T-ATA---TTT---AATGTA--CATAGTG-A-AT--TAA--TA------------ATCTATATATGGTT--GT--T-CAATAATATTG-ATGAA-ATTA-TGAG-TTTG--AGTACCGAAT---AATAAA-AGATACACACAT-AATGATTATGA---AT--TGA-----CAACA---TTAACT--ATAGTTA-ACATGACGTAATCCTTCACA-TCA-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAGGCAAAACCGCAT-ACATACAGAATATAAAATAATAACAACA-TAAAC--TG-G-AATGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGTAGAAAAAT---TC--CAATTA-------CTTCAAAACCGAT---GTCTGATGCTTGCGG-GTCCTA-CAAGAGAATGA-AGA-GCG-ACGCG-ATCACTGACA---AAGA-AC-CATAAGTATATTC-CCCGCCAAATGAATTCATTGGTCCCAGACAGA-GCTCATCACTGTT-TCCGCACGCGCTGACAAAT-TGGCGCTCACTGCATAGCGTGC-TGGA--GAATGGT--AAC--CT-GAC--TTT-TACG---AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCCGCTT-TG-CGC-T-AAC--T---TTGT-TGA-TG----CGA-T-----CTAAATA------TGCACAAT-CAATCTATA----TATAAATTATTT--AGCTTCGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATCAT-GATTCC-G---CCCG-A--G-AAG-----TGTG--T-T-T-GA-AACTC-----ATTGA-AATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACGTG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC-----AA-T-AT----GAA-AGAAT--GAA-CAAATTC------ATG----------A-G-TGTATGTTGCATTC-TTTGCCACT--ATCCAT-GACTTTTAATAATG----AT--ATA-ACTGAA-AAT-T--AATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ACTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAATCA---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAACAAAGAATGACC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----TA-C-A-TCGACG-T-AA-TCCTTCC-CA--T--CAATAAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG--------CTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGACGCCCAA-GA-GAAGAGGGGGCGAAAAGAAAGGCTGCCTGAAACAGTGAGAACATTTAC-TCAACACA---AA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTTCTT--GGTGC-A---CAAAA-GATAT-AAGACAGATTAAAATTTA-GTAACTATT-GAAAACAAT-CAAATCATATC-CCCAAACAAAC---TTTGGA--TATA-GAATGAGATTGACGCCAGGAAATAAGCACATGTTCCTTGGAAAGTGAAAAATTAG-GT-TAC--TCCAGGG--ATATAACATATGCCTGT-TTCTTATTGATT--------GTGTTTCC--AAGC--AGGAAATAA
gi|10 : tacatcacgacaaaagtgcagacagtgcTATTTTTGTAACCTA---TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTAT-TAACGTTACA---GTAC-------CTACCTTCGCT----TCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCATTAGTTTAT-------------------AATAG---------AATAATGAAAT--TTATATT--A-ATGT-ATA---TATGA-AATGTAACCATAA---ATAT--TAAATTA------------ATTCATAAATGGT----T--T-CAATAA-ATTG-ATGAA-AATAGTGACATTTGCCC-TACGTAATA--AATAAACAGA-AGACACAT-ATTGATTATGA---actatta
gi|11 : taagatgtAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTA-TACGGCGTTCTGAAAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCA-TGGT-CCAGAT-GAGGCTCATAACCAAT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAGCCGGCGTGG-AAGAATGGT--GACT-TT-GACAAATT-TAC----CGGCGC--AT----TC-TTGG---ATCC----GC--CTT-AG-CGC-T-ATC------TTG--TGA-TG----GGA-T-----GTAAATA-----ATGCACAAT-CAAT--CTA----TATAAATTATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--Ttccatacacgaa
gi|12 : ga-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAAC-GAT---GT-TGATTCT-ACGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGT--CAGAT-GA-GCTCATAACCAAT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAGCCGGCGTGG-AAGAATGGT--GACT-TT-GACA-ATT-TAC----CGGCGC--AT----TC-TTGG---ATCC----GC--CTT-AG-CGC-T-ATC------TTG--TGA-TG----GGA-T-----GTAAATA-----ATGCACAAT-CAAT--CTA----TATAAATTATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTtc
gi|13 : ATG----A---ATAGACTGAA-AATGT--TATATTT---A-TGTATATTGT---------------ATGTAACA---ATAT-T--AA--T-------AATCA-----TA---------TG---GTT-GTC-AAATGTAAT-A---TTGATA-G----AATTAT---G-AT-TTT-GATAC-C---GA----ATAAATAGCGATG-ACA-ATATGATTTATGAATTGA---AA---AATTAACT-AATAATTTAACT-------AG----TAGT-A-T-GACA-TCAA-TCATT-A-C---T--C-A-AAT-C---AAAGATCATA---TC-TTGTGG--TCTGAA--CGGCAT-GATCTG--------TTGAAC-CTTTT
gi|14 : tTCTTATTCAGAATC-ATTCC-G---TTCG-A-C-CAAG-----TATGA-TCT-G-GA-AAACCG-------------T----TA-TA-T-------CTTAT-A-----CA-G--TA---C-CCACC-TT-CG-CCTC--T--------CCTTCTGATGAATATA-CA-------TGGAATTA-CC-----AA-TTAC----GAA-AGAA---AAA-GAAG-TC------ATGTCTGTACACAA-G--GTATTTTGCA--C-TTTGTCCCT--AGC-AT-GAC---TAATTATG----AT--TAA-ACTGAAGAGT-T--TATATTT---
gi|15 : taaaatttaccgtTTTATCCATAATTTGTTCT-A---CATG-A-C-CTTG-----TGTGT-TAC-C-GA-AGTACATATAATT-ATTATT----TG-TA-TTGAGA--CGTAG-A----ACACG--TATACC-C-ACG-TTACC-C-TCCAT--------TCT----------GTA-CA-------T------A--------------------------------A-CAAG-TC------ATG----------A---CGTATGTTGTA--C-ATTGCCACC--AAC-GT-GACTTttc
gi|15 : aataataAGTCA-TGACGTAT------GTTGTACATTGCCACCAACGTGACTTCATCAGTG---T--TCATAcatcagtgttcata
gi|16 : aataatatttatccataatttgttctacatgaccttgtgtgttaccgaagtacatataattattatttgtattgagacgtagaacacgtatacccacgttaccctccattctgtacataacaAA-AGACAAA---AT-AATGGTTATCA---ATGAT-ATTGATCAA-AATGTTATTTTGAT-GTTAAACATGACGTAATC-------------ATTCA--GATTATA-CTCCTT-----GAGGTCTGAAA--AG-CA---TCTTATAACATATG---T-TAAAATAACGGCAACATTA--CCATGAGGAAAGGTAG-AGGTGCGGAGGTGGT-G
gi|17 : ATTGG-CCAAGAC-GT-GTTCCTAGCCCTC-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCACACGATTTAGCCGGCCTGG-AAGAATGAC--ACCT-CT-GGCTACTT-TAC-----GGTGC--GT----TC-TTGG--A--CCT---TCT--CT-TG-CTC-T-ATC------TCGC--GA-TG----CAA-A-----GAAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ACA----TCTAAAACATTTtgaataa
gi|18 : ta-G---CCCG-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GA-AACCCA----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT------ACATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CCA----AA-T-AT----GAA-AGAA---GAA-CAA-GTC------AT-----------A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGT-GT-GAC-TTTAAT-ATGGGTTAT--ATA-ATTTA----T-T--AATA
gi|19 : ATACGGCACTCACGAGATAGCCGACCT-GAAAGAACGGC--AACC-CTGGAT--ACTGTAC----AAGCGC--A------C-TTG--------T---ACTATTT-TA-CGA-TGAACAAT---TTAC---A-TGGTTTCAACC-----GTAAACG-----ATGCACAAT-CAAC--ATA----TAT-AATCATTTTAAGCG-CGCTT---AAA-gt
gi|2 : AAAAATATCTCTACAATAATCTTTGTCTTCAAA--CGATACTGT-TGATTCT-GCGGCGTC-TG-A--GAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGACAC-AA-GAG--TATTG-TC-GCGAATTGAATTCATTGGTCC-AGAC-GA-TCTCATCACTTTTTCC---ACG-AC---CCA-TATGGCGCTCA-GGCATAGCCGGCGTGGAAGACATGGT--AAGT-CT-GAA--CTT-TACCCCCAGGCA---ATAAAATCGTTGG--A-TC-----GC-GCTTATGACGCCT-AAC--ACGATTGA-TGA-TA----GGA-CTGATTGTAAA-ATCTGTATGCACAATGCCAT---TA----TATAAATTATTTTAAGCT-TGCCTTTAAAA-TGCTCTTTTATACATAATTGATTCC-GGTACCCGTATCGATAA-----TGTGA-T-G-G-GA------G----ATTGGTAAGCAAATTA-TAGT---AAATCGTATTAGTT-AC-TG--T----C-C-AC--TT-CG-C-TC--TTGAAATGGCTT----------GTATCA-------T------AACC-----AA-A-ATCATTGAATAGAA---AAAACAAGTTCTATATAATG----------ATG-T-TAT-TTGCA--C-TTTGC-ACTTTAGC-GT-GACTTT--ATATTG----ATC-ATA--CT------T-T--GAAATTT---A---TA----A----------------ATA----A------T-T--AA--T-------CATCA-----TAGG------ATG---GTTTGTCCAA---TAAT-A---TTGAT--G----AAA-ATTTAG-ATATTTTGATAA-C----AGATAATTAATA-TGAACCACATAC-TGAT--ATGAATTA-----A---ATT-AACT-A------TAGTT-------A-----TA-CCA-TTGACGGT-AA-TCTTT-AACA--T----AT-AT-CCAAAGA--TCATA-CTCC-TTGTGGGGTCTGAAAACGC-ATG-ATTAG-------ATTGAAC--TTTTTAATC-AAGTTCAGAC-CC----AA-GGAGA-GGGG---GAGGAAAGG-TAGCCGCAA--GTGCA-ACATTTACAT---CACA--------TCATA-CAAATACAGATGTACACTCTATTAGGTGCAA---CAAAAGAATATAA-GAC-GATTAAAA-TTA-GGAA-TATTTGAAAA--ATCCAA-TCAT-TCACTC-AATAAATACTTTTGGAATTATGTGAGTGAGA---ACGGTAAAATATAAAGGTATGTTTCTGGGATAGTGATA---TAGAGTGTACCGTCAAGGGGAATAAAACATAAAACTGCACTAGTATTGATTTTAGGACAGTGTTTTCCAAAGCTAAGTGAATAAa
gi|20 : aatgaATAATTGATTCCAG---TATGCA-TGCAAGCGCTATGTGGAT-TAC-GT-AGCCCG----TTCGATG-------TACTA-T---AC--CGTAT-------CATC--T----C-C-ATC-TT-C------------------CA----------GTA-CA--------------A-CT-----AA-----------A-ACAA----AA-CAAGA-C------AC---------------TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACC--AGC-GT-GACTTTctctatca
gi|21 : AAG-TA------------ATACATGTATGAT---GTAAT-CATAAATATTGGACCAA-AATA-TGAT-TTTG--A-TACAGAAT---AATAAA-ACATGGCCACAT--ATAATTCT-----AT------------A-A---TTAACT--ATAGCTATAGATGATGTAATCagtt
gi|23 : caG-GAGGAGAATGACAGAAGCGGACGCGTATC-CTGACAGAAAAGA-ACCAAAGAG-ATATTTTCCCGCGAAATGA
gi|24 : ataccgcgc---AAA-A--TGTTTTATACATAATTGAATCC-G---CCCG-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GA-AACCCA----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT------ACATG--Tgctgagttgagagtgcagatga
gi|25 : --ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTga
gi|26 : CA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAGT
gi|27 : ccct-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAC--ATA----TAT-AATCATTTTAAGCG-CGCTT---AAA-gagtgagagtgcagatga
gi|28 : GCTAGCCGCAA-AGTGCAAACATTTACAT--ACAC-AACAA-a
gi|3 : GTAT-ACGGTACGTG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCA----------GTA-CA-------C------A-AC-----AAGT-GT----GAA-AGAA---AAT-CAAG-TC------AT-----------A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-GT-GA-TTTTAATTATG----AT--TGA-ACTGAA-TAT-T--TA-ATTT---GATGCA----ATT--------------ATA----ACTAGT-T-C--GAGGT-------AATAA-----CA--------ATG---GTT-GTC-GA---TGAT-A---TTGATCAA----AAT-AT---G-AT-TTT-GATGC-A---GA-ATAATAAAACATGAGT-ACATAT--GATT-ATGATTTAC---AA---ATT-AATT-A------TAGCT-------AGGCTATA-C-A-T-GACG-C-AA-TCGTT-A-TA--TATC-A-GAT-CCAAAGA--TCATA-CTCA-TAGTGG--TCTGAAACCAACATGGACTTG-------ATTAAACATTTTTTAATC-AAGTTCAGAC-CCCAA-GAAGAAGA-GGGGCG-AGAGGAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCATACACTTACAT--ACACAAACAACTAT-ATATCAAATACAAATGCATA--CCCTTACATGCAGGTTCAAAAAGAAATAAAAATAGATTA-----TACGTAA------GAAAACGATCCAAATAATATC-CCC--GCAAA---------GATTATATGAAT-------AC--CAGGAAGTGTACATATGTTCCTAGGATAG
gi|4 : tA-----ATGCGCAAT-CAAT--G-A----TATGAATAATTTGAAGCT-CACTT---AAAAT--TATTTTATTCATAAT-GATTCC-G---CCCG-A-C-CAAG-----TATGA-T-C-CCAA-AATCCG----ACTGAAAATC----AT-TA-T---AA--CGTAT-A-----CATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------TCT----------GTA-GA-------T------A-CCA----AA-T-GT----GAA-ATAA---AAA-CAA-GTC------AT-----------A-G-TGTATATTGCA--C-TTTGCCACC--AGC-AT-GAC-TTTATTTATG----AT--TGA-ACTGACTATT-TGGAATTTTT---AATGTA----AT---------------ATGATGTA---AT-T-TTAAA--T-------AGTTA-----TATAATAATGATA---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGATTGA----AAT-AT---G-A--TTTTGATAC-C----ACAC--------ATGAG-------TATGGT-------TTAC---AA---A-TTAATT-A------TAGCT-------G-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCATT-A-CA--T--C-A-GAC-CTAA--AGATCATA-CTCT-TTGTCG--TCTGAAACCGCCATGAATTTG-------ATTAAA--CTTTTTAAATTAAGTTCAGAC-CCCAAGGA-GAAGA-AGGGCG-AAAGAAAAGCAAGCCGCAA-AGTGCATACAGTTGTAC--ACACA
gi|5 : aTTTTATACATAATTGATTC--G---CC-G-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GACAACCCA----ATTGATAATC----GA-T--T---AA--CGT-T-A-----CATGGTTA---CGT-ACTGTT-CGAC-TC--T--------C-T----------GTA--A-------T------A-CC-----AA-A-TT----GAA-AAGACACGAA-CA-TGTC------ATGTT--------A-GCTGTGTGTTGCA--CCTTTGC-ACT--AGC-GTTGACTTT-AATAATG----ATTCATA-AATGAA-TTT-A--AATATTT---AATGTA----ATCATAGAATGTCACCCATA----A---AT-A-T--AA--TTAAATAAATTCA-----TA--------ATGTGTATTGGTC-A-----AAT-ACATTTGAT--GGACAAATAAT---GAAT-TTTGGATACGCCCGGGCATAAT-TATAGTGAGC-TCACATATGA-TTATGAA-TACCGAAG---ATTAAACTAA------TAATTTTATTGGA-----CA-C-ATT-GACG-T-AATTCTTT-A-CATTT--C-ATAGTGCTAGACA---CATACCTCCTTTGTGG--T-TGAAACtaa
gi|6 : -ATCTGATA---TTTTCCAACGTAG-CATGATG------------TA------------ATT-ATAACTAGTTAAGT--AACAATAATGGTC-GTCAATAATA-TGAT-TTTG--A-TACAGAAT---AATAAA-ACATTACCACCT-T-TGACTATGA---TT--T-A-----CAA-A---CTAAAT--ATAGTTATACATGACGTAATCGTT-ATA-T---------AAGATCAAA-CTCCTTCAGTTGTGGTTTGAGACC-G-CA---TC-C-------------TATAAAA-AATGACAACA-T---------GGAAAGGT-GGAGGGGCGGAGG------AATAAT---TC--CAATAA-------CT--------------GT-TTATTCT-GCGGCATCCGG-AAAGAGAGTGA-AGAA-----------TA-ATGACA---ATGA-AA-AAAGAG----------------ATGAATCCATTGG-CCCAGAC-GA-GCCC-TAACCATT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGACATGGCCGGCCTGG-AAGAATGGCAAGAATGGT-AGC--CCT-TAC----AAGTGCTAAT----GG-TAGGGTAGCCCTTGCGCTAACT-TG-CGA-TGAACAAT---TTGTATGGTTG----CGACC-----GTAAACA-----ATCCACAAT-TGAT--ATATGTTTACAAATCATTTTgcaaaccgatagacaattagagaataataaatataacaaaataaacacgagggtagaagtttgtaggggctcggttaggtatgg
gi|7 : tTCT-G---CCCT-A-C-CAAG-----TATGA-TAT-C-GA-AACCCG----ACTGATAATC----T--TA-A---AA--CGTAT-A-----CATG--TA---C-C-ACC-TT-TG-C-TC--G--------CCT----------TCA-CAAGAGATCT------A-CTTATAAAA-C-AG----GAC-AGAA---AAA-CA-GGTC------ATA----------A---TGTATGTTGCG--C-TTTGCCATT--AGC-GT-GA---TTGA-AGTG----A-----------AG-AGT-T--TATATTTTCCAATATG----AT---------------ATGCTGTA---AT-TAT--AAA-T-------AGTCAGGTAATA--------ATGATAGTT-GTC-AT---TGCT-G---TTGATCAA----AAT-AT---G-AT-TTT-----------GATATA---------GA---------ATGATTCACCAA--AC---AACGCGTTT------------------------------CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCGTT-A-CA--T--C-A-GAT-CTAAAGA--CCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTCGAATAAATATT-AAT-CTGTTTAAT-CAAGTTCAGAA-TCCA
gi|8 : TATTTTTGTAACCTA---TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTAT-TAACGTTACA---GTAC-------CTACCTTCGCT----TCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCATTAGTTTAT-------------------AATAG---------AATAATGAAAT--TTATATT--A-ATGT-ATA---TATGA-AATGTAACCATAA---ATAT--TAAATTA------------ATTCATAAATGGT----T--T-CAATAA-ATTG-ATGAA-AATAGTGACATTTGCCC-TACGTAATA--AATAAACAGA-AGACACAT-ATTGATTATGATCCATA-C-A-----CGA-A---T--AC----TAGTTAT-CATGACGTAATCCTT-ACAGTCGCTATCCAAAGAT-ATACCTCCTT-----GTG
gi|9 : ataagatgtATATTTATATATTTTTA--TTAACATTGATTCCATCCGAAC--AAGTATGATCTCTAAACC-GACTGATACTCATTATGAT-ATATACATGTACATGTA--CCGCCTCCGCTTTCCTAC--GCAC-ACTAGATAT-TAAAAAACA-------AGTCAA-AGTGTACATGTATGTTGCACTCTGCCACAAGCGTGA-TTTAATTATG--AT--TGA-ACTGAATATTTGATATTGTTC---AAAGCAA-TATGATGTA-ATTATAAA-TAGACTAGTTAGGTACTAAT-AATGTTT--GT--T--AAT-CTATTG-ATCAA-AATA-TTAT-TTTA--A-TACAGAATTTAAAAAAA-AAATGCGCA-ATCAATGA-TATGA---AT--c
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TCCGGGAACTACAAGATGATTCTCAATCTACGGCGTTCAGAAAAAAATGGCGAGAGCGACACATTGCTCATAGAGATCAAAGTGGGGAATGGTCCGTAAAATAAATCCATTGG
Alignments
lowQualScore : 1 1 222 11 1 222 4444444 2222 1 1 555555555555555555555555555555555 1111 11 111 44444444444444444 44444444444444444 222222222 1 1 2222 222 1 111 111 4444444444 111 111 222222 22222 11111 77777777777777777777 55555555555 111 11111 111 11 2222222 111 111 22 111 11 11 111 111 1 222 22222 1111 4444444444444444444444444444444444444 222 11111 2222222 11111 2222 11111 11111 3333333 222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333 111 111111 333333333333333 1 111111111111111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1111 111 3333333 1 111 1 3333333333333333333 2222222 11 1111 111 11111111 3333333333333 1 2222222 22 22222222 11 111 1 1 111 2222222 1 22222 1 1111 1 333333 11 1 22 3333 44444444444 222 1 1 11 11 1 33333333 11 11
lowQualScore : 5 1 0 5 0 999 8 33 2 0 0 0 2 3 9 5 33 111 0000000 7777 5 3 3 5 22 2 99 99 999999999999999999999999999999999 3 2222 88 8 666 55555555555555555 555 00000000000000000 5 1 555555555 7 6 1 6 3 3 4444 2 555 1 777 0 222 0 0 000 3333333333 8 444 0 000 3 5 8 000000 0 3 8 00000 55555 66666666666666666666 7 7 0 77777777777 6 666 33333 444 11 6666666 0 000 444 8 11 6 6 6 6 6 000 5 5 1 00 5 0 44 2 6 6 3 6 6 111 6 111 1 6 9 77 55 5 222 5 22222 77 2222 5 8888888888888888888888888888888888888 333 5 22222 3333333 2 11111 4 999 9999 3 0 5 888 9999 1 5 4 777 8 3333 00000 77 77777 4 99999 0 8888 4 4 777 55 3333333 55 7777 4 4 4 4 4 4 111111111111111111111111 4 7777777777777777777777777777777777 4 4 5555 4 666 111111 888888888888888 55 4 55 4 4 3 0 7 888888888888888888888 4 777 888 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 5 1111 5 000 8888888 1 000 5 5 5 4444444444444444444 2222222 5 22 5 0000 000 1 8 66666666 5555555555555 5 5 5 1 5 5 5 1 555 77 4444444 5 4 33 5 5 77 1 99999999 3 888 66 8 444 0 2 0 88 8 0 111 5555555 6 3 6 1 7 66666 2 7 7 7 8888 3 111111 00 6 7 7 3 00 5555 7 7 00000000000 0 1 1 111 5 5 77 1 88 1 1 1 5 22 55555555 88 88 1
lowQualScore : . . . . . ... . .. . . . . . . . . .. ... ....... .... . . . . .. . .. .. ................................. . .... .. . ... ................. ... ................. . . ......... . . . . . . .... . ... . ... . ... . . ... .......... . ... . ... . . . ...... . . . ..... ..... .................... . . . ........... . ... ..... ... .. ....... . ... ... . .. . . . . . ... . . . .. . . .. . . . . . . ... . ... . . . .. .. . ... . ..... .. .... . ..................................... ... . ..... ....... . ..... . ... .... . . . ... .... . . . ... . .... ..... .. ..... . ..... . .... . . ... .. ....... .. .... . . . . . . ........................ . .................................. . . .... . ... ...... ............... .. . .. . . . . . ..................... . ... ... . .............................................................................. . . .... . ... ....... . ... . . . ................... ....... . .. . .... ... . . ........ ............. . . . . . . . . ... .. ....... . . .. . . .. . ........ . ... .. . ... . . . .. . . ... ....... . . . . . ..... . . . . .... . ...... .. . . . . .. .... . . ........... . . . ... . . .. . .. . . . . .. ........ .. .. .
lowQualScore : 5 0 2 5 2 222 8 22 5 2 2 8 5 2 2 5 55 000 8888888 0000 0 2 2 0 88 5 00 66 000000000000000000000000000000000 8 8888 00 0 888 00000000000000000 222 00000000000000000 2 7 222222222 3 7 0 7 3 3 0000 2 000 4 999 7 999 1 7 000 4444444444 0 000 8 000 5 0 0 666666 8 2 0 00000 77777 00000000000000000000 3 3 7 33333333333 7 777 00000 000 00 0000000 8 666 000 0 22 7 7 7 7 7 000 7 7 7 77 7 7 00 5 7 7 2 3 7 777 7 777 4 6 0 99 99 7 444 7 77777 99 1111 7 6666666666666666666666666666666666666 111 7 99999 6666666 2 11111 4 666 4444 6 1 7 888 5555 9 1 0 000 0 1111 00000 99 88888 0 99999 9 5555 0 0 000 55 1111111 00 8888 0 0 0 0 0 0 888888888888888888888888 0 5555555555555555555555555555555555 0 0 9999 0 555 555555 555555555555555 55 0 55 0 0 0 1 6 777777777777777777777 4 111 888 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 7 7777 7 000 3333333 4 000 7 7 4 3333333333333333333 4444444 0 00 0 7777 000 7 7 66666666 1111111111111 7 7 7 4 7 7 7 0 999 99 7777777 7 0 33 7 7 99 0 00000000 7 777 44 0 000 0 5 0 88 8 8 888 8888888 7 3 7 0 3 77777 0 3 3 3 7777 3 000000 33 7 3 3 3 77 3333 3 3 77777777777 7 0 0 555 5 0 55 0 00 0 0 0 5 00 00000000 00 55 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATNTTTGTAACCTAA--TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTATATAACGNTACACATGTACATGTA--CCACCTTCGCTCTCCTCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCANTAGTGTAT-----TGTTGCACTTTGCCACTAGCGTGACTTTAATAATGAAATTTATACTGAA-ATNTGATAT--TTNA-A---------ATGTAACCATAATGATA------TTAAG-TAATTCATAAATGGTT--GT--T-CAATAATATTG-ATNAA-AATA-TGAT-TTTG--A-TACGGAAT---AATAAA-AGATAGACACAT-AATGATTATGA---AT--T-A-----CAA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAG-CA---TC-CAT-ACATACG---TATAAAATAACGACAACA-TA--C--TG-GGAAAGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTCTTGCGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGTCCCAGAC-GA-GCTCATAACCGTT-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCTCACGGCATAGCCGGCNTGGAAAGAATGGC--GACT-CTG-AC--NTT-TAC----AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCTGCTT-TG-CGC-T-ANC--T---TTGC-TGA-TG----CGA-C-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ATA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATAATTGATTCC-G---CCCG-A-CGCAAG-----TGTGG-T-T-C-GA-AACCCG----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC-----AA-T-AT----GAA-A-GAA-A--AA-CAAGGTC------ATG----------A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-G-TGACTTTTAATNATG----AT--ATA-ACTGAA-ANT-T--NATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAATAAATAATGAGC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCNTT-A-CA--T--C-ATGAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG-------ATTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGAC-CCCAA-G-AGAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCANACATTTACAT--ACACAAACAA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTCCNTTAGGTGCAA---CAAAAGGATATAAAGACAGATTAAAA-TTA-GTAA-TATT-GAAAACGATCCAAATCATATC-CCC-AACAAAC---TTTGGAATTATATGAATGAGA---ACG-CAGGAAATAAACGTATGTTCCTNGGATAGTGANAAATTAGAGTGTACCGTCNAGGGGAATANAACATANGNCTGCACTNNTATTGATTTTAGGACAGTGTTTCCCAAAGCTAAGNGAATAA
Reference ( family-3925 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATNTTTGTAACCTAA--TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTATATAACGNTACACATGTACATGTA--CCACCTTCGCTCTCCTCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCANTAGTGTAT-----TGTTGCACTTTGCCACTAGCGTGACTTTAATAATGAAATTTATACTGAA-ATNTGATAT--TTGA-A---------ATGTAACCATAATGATA------TTAAA-TAATTCATAAATGGTT--GT--T-CAATAATATTG-ATNAA-AATA-TGAT-TTTG--A-TACGGAAT---AATAAA-AGATAGACACAT-AATGATTATGA---AT--T-A-----CAA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAG-CA---TC-CAT-ACATACG---TATAAAATAACGACAACA-TA--C--TG-GGAAAGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTCTTGCGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGTCCCAGAC-GA-GCTCATAACCGTT-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCTCACGGCATAGCCGGCNTGGAAAGAATGGC--GACT-CTG-AC--NTT-TAC----AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCTGCTT-TG-CGC-T-ANC--T---TTGC-TGA-TG----CGA-C-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ATA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATAATTGATTCC-G---CCCG-A-CGCAAG-----TGTGG-T-T-C-GA-AACCCG----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC-----AA-T-AT----GAA-A-GAA-A--AA-CAAGGTC------ATG----------A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-G-TGACTTTTAATNATG----AT--ATA-ACTGAA-ANT-T--NATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAATAAATAATGAGC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCNTT-A-CA--T--C-ATGAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG-------ATTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGAC-CCCAA-G-AGAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCANACATTTACAT--ACACAAACAA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTCCNTTAGGTGCAA---CAAAAGGATATAAAGACAGATTAAAA-TTA-GTAA-TATT-GAAAACGATCCAAATCATATC-CCC-AACAAAC---TTTGGAATTATATGAATGAGA---ACG-CAGGAAATAAACGTATGTTCCTNGGATAGTGANAAATTAGAGTGTACCGTCNAGGGGAATANAACATANGNCTGCACTNNTATTGATTTTAGGACAGTGTTTCCCAAAGCTAAGNGAATAA
gi|1 : ATATTT-TACATTTATA-CATAA--TTGATTCCG--CG--CGAAAGTTTGTGGTTGAAACCCA-TTGATA-TCTATATAACGGTATACATGTACATGTAAACCACTTTCGCTCTCCTCC-TGTACAACCAAA-GT-TGAAAGAAAGAACAA-AGTCAATAGTGTAT-----TGTTGCATTTTGCCACTAGCGTGACTTTAATA-TGATAGTTATACTGAA-ATT--ATAT--TT---A---------ATGTA--CATAGTGA-A------TTAA--TAATCTATATATGGTT--GT--T-CAATAATATTG-ATGAA-ATTA-TGAG-TTTG--AGTACCGAAT---AATAAA-AGATACACACAT-AATGATTATGA---AT--TGA-----CAACA---TTAACT--ATAGTTA-ACATGACGTAATCCTTCACA-TCA-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAGGCAAAACCGCAT-ACATACAGAATATAAAATAATAACAACA-TAAAC--TG-G-AATGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGTAGAAAAAT---TC--CAATTA-------CTTCAAAACCGAT---GTCTGATGCTTGCGG-GTCCTA-CAAGAGAATGA-AGA-GCG-ACGCG-ATCACTGACA---AAGA-AC-CATAAGTATATTC-CCCGCCAAATGAATTCATTGGTCCCAGACAGA-GCTCATCACTGTT-TCCGCACGCGCTGACAAAT-TGGCGCTCACTGCATAGCGTGC-TGGA--GAATGGT--AAC--CTG-AC--TTT-TACG---AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCCGCTT-TG-CGC-T-AAC--T---TTGT-TGA-TG----CGA-T-----CTAAATA------TGCACAAT-CAATCTATA----TATAAATTATTT--AGCTTCGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATCAT-GATTCC-G---CCCG-A--G-AAG-----TGTG--T-T-T-GA-AACTC-----ATTGA-AATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACGTG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC-----AA-T-AT----GAA-A-GAATG--AA-CAAATTC------ATG----------A-G-TGTATGTTGCATTC-TTTGCCACT--ATCCA-TGACTTTTAATAATG----AT--ATA-ACTGAA-AAT-T--AATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ACTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAATCA---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAACAAAGAATGACC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----TA-C-A-TCGACG-T-AA-TCCTTCC-CA--T--CAATAAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG--------CTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGACGCCCAA-G-AGAAGAGGGGGCGAAAAGAAAGGCTGCCTGAAACAGTGAGAACATTTAC-TCAACACA---AA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTTCTT--GGTGC-A---CAAAA-GATAT-AAGACAGATTAAAATTTA-GTAACTATT-GAAAACAAT-CAAATCATATC-CCCAAACAAAC---TTTGGA--TATA-GAATGAGATTGACGCCAGGAAATAAGCACATGTTCCTTGGAAAGTGAAAAATTAG-GT-TAC--TCCAGGG--ATATAACATATGCCTGT-TTCTTATTGATT--------GTGTTTCC--AAGC--AGGAAATAA
gi|10 : tacatcacgacaaaagtgcagacagtgcTATTTTTGTAACCTA---TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTAT-TAACGTTACA---GTAC-------CTACCTTCGCT----TCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCATTAGTTTAT-------------------AATAG---------AATAATGAAATTTATATT--A-ATGT-ATAT--ATGA-A---------ATGTAACCATAA--ATA------TTAAATTAATTCATAAATGGT----T--T-CAATAA-ATTG-ATGAA-AATAGTGACATTTGCCC-TACGTAATA--AATAAACAGA-AGACACAT-ATTGATTATGA---actatta
gi|11 : taagatgtAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTA-TACGGCGTTCTGAAAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCA-TGGT-CCAGAT-GAGGCTCATAACCAAT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAGCCGGCGTGG-AAGAATGGT--GACT-TTG-ACAAATT-TAC----CGGCGC--AT----TC-TTGG---ATCC----GC--CTT-AG-CGC-T-ATC------TTG--TGA-TG----GGA-T-----GTAAATA-----ATGCACAAT-CAAT--CTA----TATAAATTATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--Ttccatacacgaa
gi|12 : ga-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAAC-GAT---GT-TGATTCT-ACGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGT--CAGAT-GA-GCTCATAACCAAT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAGCCGGCGTGG-AAGAATGGT--GACT-TTG-ACA-ATT-TAC----CGGCGC--AT----TC-TTGG---ATCC----GC--CTT-AG-CGC-T-ATC------TTG--TGA-TG----GGA-T-----GTAAATA-----ATGCACAAT-CAAT--CTA----TATAAATTATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTtc
gi|13 : ATG----A---ATAGACTGAA-AATGT--TATATTT---A-TGTATATTGT---------------ATGTAACA---ATAT-T--AA--T-------AATCA-----TA---------TG---GTT-GTC-AAATGTAAT-A---TTGATA-G----AATTAT---G-AT-TTT-GATAC-C---GA----ATAAATAGCGATG-ACA-ATATGATTTATGAATTGA---AA---AATTAACT-AATAATTTAACT-------AG----TAGT-A-T-GACA-TCAA-TCATT-A-C---T--C-A-AAT-C---AAAGATCATA---TC-TTGTGG--TCTGAA--CGGCAT-GATCTG--------TTGAAC-CTTTT
gi|14 : tTCTTATTCAGAATC-ATTCC-G---TTCG-A-C-CAAG-----TATGA-TCT-G-GA-AAACCG-------------T----TA-TA-T-------CTTAT-A-----CA-G--TA---C-CCACC-TT-CG-CCTC--T--------CCTTCTGATGAATATA-CA-------TGGAATTA-CC-----AA-TTAC----GAA-A-GAA-A--AA-GAAG-TC------ATGTCTGTACACAA-G--GTATTTTGCA--C-TTTGTCCCT--AGC-A-TGAC---TAATTATG----AT--TAA-ACTGAAGAGT-T--TATATTT---
gi|15 : taaaatttaccgtTTTATCCATAATTTGTTCT-A---CATG-A-C-CTTG-----TGTGT-TAC-C-GA-AGTACATATAATT-ATTATT----TG-TA-TTGAGA--CGTAG-A----ACACG--TATACC-C-ACG-TTACC-C-TCCAT--------TCT----------GTA-CA-------T------A---------------------------------A-CAAG-TC------ATG----------A---CGTATGTTGTA--C-ATTGCCACC--AAC-G-TGACTTttc
gi|15 : aataataAGTCA-TGACGTAT------GTTGTACATTGCCACCAACGTGACTTCATCAGTG---TTCATAcatcagtgttcata
gi|16 : aataatatttatccataatttgttctacatgaccttgtgtgttaccgaagtacatataattattatttgtattgagacgtagaacacgtatacccacgttaccctccattctgtacataacaAA-AGACAAA---AT-AATGGTTATCA---ATGAT-ATTGATCAA-AATGTTATTTTGAT-GTTAAACATGACGTAATC-------------ATTCA--GATTATA-CTCCTT-----GAGGTCTGAAA--AG-CA---TCTTATAACATATG---T-TAAAATAACGGCAACATTA--CCATGAGGAAAGGTAG-AGGTGCGGAGGTGGT-G
gi|17 : ATTGG-CCAAGAC-GT-GTTCCTAGCCCTC-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCACACGATTTAGCCGGCCTGG-AAGAATGAC--ACCT-CTG-GCTACTT-TAC-----GGTGC--GT----TC-TTGG--A--CCT---TCT--CT-TG-CTC-T-ATC------TCGC--GA-TG----CAA-A-----GAAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ACA----TCTAAAACATTTtgaataa
gi|18 : ta-G---CCCG-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GA-AACCCA----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT------ACATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CCA----AA-T-AT----GAA-A-GAA-G--AA-CAA-GTC------AT-----------A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGT-G-TGAC-TTTAAT-ATGGGTTAT--ATA-ATTTA----T-T--AATA
gi|19 : ATACGGCACTCACGAGATAGCCGACCTG-AAAGAACGGC--AACC-CTGGAT--ACTGTAC----AAGCGC--A------C-TTG--------T---ACTATTT-TA-CGA-TGAACAAT---TTAC---A-TGGTTTCAA-CC----GTAAACG-----ATGCACAAT-CAAC--ATA----TAT-AATCATTTTAAGCG-CGCTT---AAA-gt
gi|2 : AAAAATATCTCTACAATAATCTTTGTCTTCAAA--CGATACTGT-TGATTCT-GCGGCGTC-TG-A--GAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGACAC-AA-GAG--TATTG-TC-GCGAATTGAATTCATTGGTCC-AGAC-GA-TCTCATCACTTTTTCC---ACG-AC---CCA-TATGGCGCTCA-GGCATAGCCGGCGTGGAAGACATGGT--AAGT-CTG-AA--CTT-TACCCCCAGGCA---ATAAAATCGTTGG--A-TC-----GC-GCTTATGACGCCT-AAC--ACGATTGA-TGA-TA----GGA-CTGATTGTAAA-ATCTGTATGCACAATGCCAT---TA----TATAAATTATTTTAAGCT-TGCCTTTAAAA-TGCTCTTTTATACATAATTGATTCC-GGTACCCGTATCGATAA-----TGTGA-T-G-G-GA------G----ATTGGTAAGCAAATTA-TAGT---AAATCGTATTAGTT-AC-TG--T----C-C-AC--TT-CG-C-TC--TTGAAATGGCTT----------GTATCA-------T------AACC-----AA-A-ATCATTGAATA-GAA-A--AAACAAGTTCTATATAATG----------ATG-T-TAT-TTGCA--C-TTTGC-ACTTTAGC-G-TGACTTT--ATATTG----ATC-ATA--CT------T-T--GAAATTT---A---TA----A----------------ATA----A------T-T--AA--T-------CATCA-----TAGG------ATG---GTTTGTCCAA---TAAT-A---TTGAT--G----AAA-ATTTAG-ATATTTTGATAA-C----AGATAATTAATA-TGAACCACATAC-TGAT--ATGAATTA-----A---ATT-AACT-A------TAGTT-------A-----TA-CCA-TTGACGGT-AA-TCTTT-AACA--T----AT-AT-CCAAAGA--TCATA-CTCC-TTGTGGGGTCTGAAAACGC-ATG-ATTAG-------ATTGAAC--TTTTTAATC-AAGTTCAGAC-CC----A-AGGAGA-GGGG---GAGGAAAGG-TAGCCGCAA--GTGCA-ACATTTACAT---CACA--------TCATA-CAAATACAGATGTACACTCTATTAGGTGCAA---CAAAAGAATATAA-GAC-GATTAAAA-TTA-GGAA-TATTTGAAAA--ATCCAA-TCAT-TCACTC-AATAAATACTTTTGGAATTATGTGAGTGAGA---ACGGTAAAATATAAAGGTATGTTTCTGGGATAGTGATA---TAGAGTGTACCGTCAAGGGGAATAAAACATAAAACTGCACTAGTATTGATTTTAGGACAGTGTTTTCCAAAGCTAAGTGAATAAa
gi|20 : aatgaATAATTGATTCCAG---TATGCA-TGCAAGCGCTATGTGGAT-TAC-GT-AGCCCG----TTCGATG-------TACTA-T---AC--CGTAT-------CATC--T----C-C-ATC-TT-C------------------CA----------GTA-CA--------------A-CT-----AA-------------A-ACA-A--AA-CAAGA-C------AC---------------TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACC--AGC-G-TGACTTTctctatca
gi|21 : AAG-TAATACATGTATGAT---GTAAT-CATAAATATTGGACCAA-AATA-TGAT-TTTG--A-TACAGAAT---AATAAA-ACATGGCCACAT--ATAATTCT-----AT------------A-A---TTAACT--ATAGCTATAGATGATGTAATCagtt
gi|23 : caG-GAGGAGAATGACAGAAGCGGACGCGTATC-CTGACAGAAAAGA-ACCAAAGAG-ATATTTTCCCGCGAAATGA
gi|24 : ataccgcgc---AAA-A--TGTTTTATACATAATTGAATCC-G---CCCG-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GA-AACCCA----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT------ACATG--Tgctgagttgagagtgcagatga
gi|25 : --ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTga
gi|26 : CA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAGT
gi|27 : ccct-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAC--ATA----TAT-AATCATTTTAAGCG-CGCTT---AAA-gagtgagagtgcagatga
gi|28 : GCTAGCCGCAA-AGTGCAAACATTTACAT--ACAC-AACAA-a
gi|3 : GTAT-ACGGTACGTG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCA----------GTA-CA-------C------A-AC-----AAGT-GT----GAA-A-GAA-A--AT-CAAG-TC------AT-----------A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-G-TGA-TTTTAATTATG----AT--TGA-ACTGAA-TAT-T--TA-ATTT---GATGCA----ATT--------------ATA----ACTAGT-T-C--GAGGT-------AATAA-----CA--------ATG---GTT-GTC-GA---TGAT-A---TTGATCAA----AAT-AT---G-AT-TTT-GATGC-A---GA-ATAATAAAACATGAGT-ACATAT--GATT-ATGATTTAC---AA---ATT-AATT-A------TAGCT-------AGGCTATA-C-A-T-GACG-C-AA-TCGTT-A-TA--TATC-A-GAT-CCAAAGA--TCATA-CTCA-TAGTGG--TCTGAAACCAACATGGACTTG-------ATTAAACATTTTTTAAT-CAAGTTCAGAC-CCCAA-GAAGAAGA-GGGGCG-AGAGGAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCATACACTTACAT--ACACAAACAACTAT-ATATCAAATACAAATGCATA--CCCTTACATGCAGGTTCAAAAAGAAATAAAAATAGATTA-----TACGTAA------GAAAACGATCCAAATAATATC-CCC--GCAAA---------GATTATATGAAT-------AC--CAGGAAGTGTACATATGTTCCTAGGATAG
gi|4 : tA-----ATGCGCAAT-CAAT--G-A----TATGAATAATTTGAAGCT-CACTT---AAAAT--TATTTTATTCATAAT-GATTCC-G---CCCG-A-C-CAAG-----TATGA-T-C-CCAA-AATCCG----ACTGAAAATC----AT-TA-T---AA--CGTAT-A-----CATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------TCT----------GTA-GA-------T------A-CCA----AA-T-GT----GAA-A-TAA-A--AA-CAA-GTC------AT-----------A-G-TGTATATTGCA--C-TTTGCCACC--AGC-A-TGAC-TTTATTTATG----AT--TGA-ACTGACTATT-TGGAATTTTT---AATGTA----AT---------------ATGATGTA---AT-T-TTAAA--T-------AGTTA-----TATAATAATGATA---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGATTGA----AAT-AT---G-A--TTTTGATAC-C----ACAC--------ATGAG-------TATGGT-------TTAC---AA---A-TTAATT-A------TAGCT-------G-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCATT-A-CA--T--C-A-GAC-CTAA--AGATCATA-CTCT-TTGTCG--TCTGAAACCGCCATGAATTTG-------ATTAAA--CTTTTTAAATTAAGTTCAGAC-CCCAAGG-AGAAGA-AGGGCG-AAAGAAAAGCAAGCCGCAA-AGTGCATACAGTTGTAC--ACACA
gi|5 : aTTTTATACATAATTGATTC--G---CC-G-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GACAACCCA----ATTGATAATC----GA-T--T---AA--CGT-T-A-----CATGGTTA---CGT-ACTGTT-CGAC-TC--T--------C-T----------GTA--A-------T------A-CC-----AA-A-TT----GAA-AAGAC-ACGAA-CA-TGTC------ATGTT--------A-GCTGTGTGTTGCA--CCTTTGC-ACT--AGC-GTTGAC-TTTAATAATG----ATTCATA-AATGAA-TTT-A--AATATTT---AATGTA----ATCATAGAATGTCACCCATA----A---AT-A-T--AA--TTAAATAAATTCA-----TA--------ATGTGTATTGGTC-A-----AAT-ACATTTGAT--GGACAAATAAT---GAAT-TTTGGATACGCCCGGGCATAAT-TATAGTGAGC-TCACATATGA-TTATGAA-TACCGAAG---ATTAAACTAA------TAATTTTATTGGA-----CA-C-ATT-GACG-T-AATTCTTT-A-CATTT--C-ATAGTGCTAGACA---CATACCTCCTTTGTGG--T-TGAAACtaa
gi|6 : -ATCTGATAT--TTTCCA---------ACGTAGC----ATGATG------T------AATT-ATAACTAGTTAAGT--AACAATAATGGTC-GTCAATAATA-TGAT-TTTG--A-TACAGAAT---AATAAA-ACATTACCACCT-T-TGACTATGA---TT--T-A-----CAA-A---CTAAAT--ATAGTTATACATGACGTAATCGTT-ATA-T---------AAGATCAAA-CTCCTTCAGTTGTGGTTTGAGACC-G-CA---TC-C-------------TATAAAA-AATGACAACA-T---------GGAAAGGT-GGAGGGGCGGAGG------AATAAT---TC--CAATAA-------CT--------------GT-TTATTCT-GCGGCATCCGG-AAAGAGAGTGA-AGAA-----------TA-ATGACA---ATGA-AA-AAAGAG----------------ATGAATCCATTGG-CCCAGAC-GA-GCCC-TAACCATT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGACATGGCCGGCCTGG-AAGAATGGCAAGAATGGTA-GC--CCT-TAC----AAGTGCTAAT----GG-TAGGGTAGCCCTTGCGCTAACT-TG-CGA-TGAACAAT---TTGTATGGTTG----CGACC-----GTAAACA-----ATCCACAAT-TGAT--ATATGTTTACAAATCATTTTgcaaaccgatagacaattagagaataataaatataacaaaataaacacgagggtagaagtttgtaggggctcggttaggtatgg
gi|7 : tTCT-G---CCCT-A-C-CAAG-----TATGA-TAT-C-GA-AACCCG----ACTGATAATC----T--TA-A---AA--CGTAT-A-----CATG--TA---C-C-ACC-TT-TG-C-TC--G--------CCT----------TCA-CAAGAGATCT------A-CTTATAAAA-C-AG----GAC-A-GAA-A--AA-CA-GGTC------ATA----------A---TGTATGTTGCG--C-TTTGCCATT--AGC-G-TGA--TTGAA--GTG----A-----------AG-AGT-T--TATATTTTCCAATATG----AT---------------ATGCTGTA---AT-TAT--AAA-T-------AGTCAGGTAATA--------ATGATAGTT-GTC-AT---TGCT-G---TTGATCAA----AAT-AT---G-AT-TTT-----------GATATA---------GA---------ATGATTCACCAA--AC---AACGCGTTT------------------------------CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCGTT-A-CA--T--C-A-GAT-CTAAAGA--CCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTCGAATAAATATT-AAT-CTGTTTAAT-CAAGTTCAGAA-TCCA
gi|8 : TATTTTTGTAACCTA---TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTAT-TAACGTTACA---GTAC-------CTACCTTCGCT----TCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCATTAGTTTAT-------------------AATAG---------AATAATGAAATTTATATT--A-ATGT-ATAT--ATGA-A---------ATGTAACCATAA--ATA------TTAAATTAATTCATAAATGGT----T--T-CAATAA-ATTG-ATGAA-AATAGTGACATTTGCCC-TACGTAATA--AATAAACAGA-AGACACAT-ATTGATTATGATCCATA-C-A-----CGA-A---T--AC----TAGTTAT-CATGACGTAATCCTT-ACAGTCGCTATCCAAAGAT-ATACCTCCTT-----GTG
gi|9 : ataagatgtATATTTATATATTTTTA--TTAACATTGATTCCATCCGAAC--AAGTATGATCTCTAAACC-GACTGATACTCATTATGAT-ATATACATGTACATGTA--CCGCCTCCGCTTTCCTAC--GCAC-ACTAGATAT-TAAAAAACA-------AGTCAA-AGTGTACATGTATGTTGCACTCTGCCACAAGCGTGA-TTTAATTATGA---TTGAACTGAATATTTGATATTGTTCA-AAGCAATATGATGTAATTATAA--ATAGACTAGTTAGG-T-ACTAAT-AATGTTT--GT--T--AAT-CTATTG-ATCAA-AATA-TTAT-TTTA--A-TACAGAATTTAAAAAAA-AAATGCGCA-ATCAATGA-TATGA---AT--c
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TCCGGGAACTACAAGATGATTCTCAATCTACGGCGTTCAGAAAAAAATGGCGAGAGCGACACATTGCTCATAGAGATCAAAGTGGGGAATGGTCCGTAAAATAAATCCATTGG
Alignments
lowQualScore : 1 1 222 11 1 222 4444444 2222 1 1 555555555555555555555555555555555 1111 11 111 44444444444444444 44444444444444444 222222222 1 1 2222 222 1 111 111 4444444444 111 111 222222 22222 11111 77777777777777777777 55555555555 111 11111 111 11 2222222 111 111 22 111 11 11 111 111 1 222 22222 1111 4444444444444444444444444444444444444 222 11111 2222222 11111 2222 11111 11111 3333333 222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333 111 111111 333333333333333 1 111111111111111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1111 111 3333333 1 111 1 3333333333333333333 2222222 11 1111 111 11111111 3333333333333 1 2222222 22 22222222 11 111 1 1 111 2222222 1 22222 1 1111 1 333333 11 1 22 3333 44444444444 222 1 1 11 11 1 33333333 11 11
lowQualScore : 5 1 0 5 0 999 8 33 2 0 0 0 2 3 9 5 33 111 0000000 7777 5 3 3 5 22 2 99 99 999999999999999999999999999999999 3 2222 88 8 666 33333333333333333 555 22222222222222222 5 1 555555555 7 6 1 6 3 3 4444 2 555 1 777 0 222 0 0 000 3333333333 8 444 0 000 3 5 8 000000 0 3 8 00000 55555 66666666666666666666 7 7 0 77777777777 6 666 33333 444 11 6666666 0 000 444 8 11 6 6 6 6 6 000 5 5 1 00 5 0 44 2 6 6 3 6 6 111 6 111 1 6 9 77 55 5 222 5 22222 77 2222 5 8888888888888888888888888888888888888 333 5 22222 4444444 2 11111 4 999 9999 3 0 5 888 9999 1 5 4 777 8 3333 00000 77 77777 4 99999 0 8888 4 4 777 55 3333333 55 7777 4 4 4 4 4 4 111111111111111111111111 4 7777777777777777777777777777777777 4 4 5555 4 666 111111 888888888888888 55 4 55 4 4 3 0 7 888888888888888888888 4 777 888 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 5 1111 5 000 8888888 1 000 5 5 5 4444444444444444444 2222222 5 22 5 0000 000 1 8 66666666 5555555555555 5 5 5 1 5 5 5 1 555 77 4444444 5 4 33 5 5 77 1 99999999 3 888 66 8 444 0 2 0 88 8 0 111 5555555 6 3 6 1 7 66666 2 7 7 7 8888 3 111111 00 6 7 7 3 00 5555 7 7 00000000000 0 1 1 111 5 5 77 1 88 1 1 1 5 22 55555555 88 88 1
lowQualScore : . . . . . ... . .. . . . . . . . . .. ... ....... .... . . . . .. . .. .. ................................. . .... .. . ... ................. ... ................. . . ......... . . . . . . .... . ... . ... . ... . . ... .......... . ... . ... . . . ...... . . . ..... ..... .................... . . . ........... . ... ..... ... .. ....... . ... ... . .. . . . . . ... . . . .. . . .. . . . . . . ... . ... . . . .. .. . ... . ..... .. .... . ..................................... ... . ..... ....... . ..... . ... .... . . . ... .... . . . ... . .... ..... .. ..... . ..... . .... . . ... .. ....... .. .... . . . . . . ........................ . .................................. . . .... . ... ...... ............... .. . .. . . . . . ..................... . ... ... . .............................................................................. . . .... . ... ....... . ... . . . ................... ....... . .. . .... ... . . ........ ............. . . . . . . . . ... .. ....... . . .. . . .. . ........ . ... .. . ... . . . .. . . ... ....... . . . . . ..... . . . . .... . ...... .. . . . . .. .... . . ........... . . . ... . . .. . .. . . . . .. ........ .. .. .
lowQualScore : 5 0 2 5 2 222 8 22 5 2 2 8 5 2 2 5 55 000 8888888 0000 0 2 2 0 88 5 00 66 000000000000000000000000000000000 8 8888 00 0 888 88888888888888888 222 11111111111111111 2 7 222222222 3 7 0 7 3 3 0000 2 000 4 999 7 999 1 7 000 4444444444 0 000 8 000 5 0 0 666666 8 2 0 00000 77777 00000000000000000000 3 3 7 33333333333 7 777 00000 000 00 0000000 8 666 000 0 22 7 7 7 7 7 000 7 7 7 77 7 7 00 5 7 7 2 3 7 777 7 777 4 6 0 99 99 7 444 7 77777 99 1111 7 6666666666666666666666666666666666666 111 7 99999 4444444 2 11111 4 666 4444 6 1 7 888 5555 9 1 0 000 0 1111 00000 99 88888 0 99999 9 5555 0 0 000 55 1111111 00 8888 0 0 0 0 0 0 888888888888888888888888 0 5555555555555555555555555555555555 0 0 9999 0 555 555555 555555555555555 55 0 55 0 0 0 1 6 777777777777777777777 4 111 888 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 7 7777 7 000 3333333 4 000 7 7 4 3333333333333333333 4444444 0 00 0 7777 000 7 7 66666666 1111111111111 7 7 7 4 7 7 7 0 999 99 7777777 7 0 33 7 7 99 0 00000000 7 777 44 0 000 0 5 0 88 8 8 888 8888888 7 3 7 0 3 77777 0 3 3 3 7777 3 000000 33 7 3 3 3 77 3333 3 3 77777777777 7 0 0 555 5 0 55 0 00 0 0 0 5 00 00000000 00 55 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATNTTTGTAACCTAA--TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTATATAACGNTACACATGTACATGTA--CCACCTTCGCTCTCCTCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCANTAGTGTAT-----TGTTGCACTTTGCCACTAGCGTGACTTTAATAATGAAATTTATACTGAA-ATNTGATAT--TTNA-A---------ATGTAACCATAATGATA------TTAAG-TAATTCATAAATGGTT--GT--T-CAATAATATTG-ATNAA-AATA-TGAT-TTTG--A-TACGGAAT---AATAAA-AGATAGACACAT-AATGATTATGA---AT--T-A-----CAA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAG-CA---TC-CAT-ACATACG---TATAAAATAACGACAACA-TA--C--TG-GGAAAGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTCTTGCGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGTCCCAGAC-GA-GCTCATAACCGTT-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCTCACGGCATAGCCGGCNTGGAAAGAATGGC--GACT-CT-GAC--NTT-TAC----AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCTGCTT-TG-CGC-T-ANC--T---TTGC-TGA-TG----CGA-C-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ATA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATAATTGATTCC-G---CCCG-A-CGCAAG-----TGTGG-T-T-C-GA-AACCCG----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC-----AA-T-AT----GAA-A-GAA-A--AA-CAAGGTC------ATG----------A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-G-TGACTTTTAATNATG----AT--ATA-ACTGAA-ANT-T--NATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAATAAATAATGAGC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCNTT-A-CA--T--C-ATGAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG-------ATTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGAC-CCCAA-G-AGAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCANACATTTACAT--ACACAAACAA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTCCNTTAGGTGCAA---CAAAAGGATATAAAGACAGATTAAAA-TTA-GTAA-TATT-GAAAACGATCCAAATCATATC-CCC-AACAAAC---TTTGGAATTATATGAATGAGA---ACG-CAGGAAATAAACGTATGTTCCTNGGATAGTGANAAATTAGAGTGTACCGTCNAGGGGAATANAACATANGNCTGCACTNNTATTGATTTTAGGACAGTGTTTCCCAAAGCTAAGNGAATAA
Reference ( family-3925 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATNTTTGTAACCTAA--TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTATATAACGNTACACATGTACATGTA--CCACCTTCGCTCTCCTCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCANTAGTGTAT-----TGTTGCACTTTGCCACTAGCGTGACTTTAATAATGAAATTTATACTGAA-ATNTGATAT--TTNA-A---------ATGTAACCATAATGATA------TTAAG-TAATTCATAAATGGTT--GT--T-CAATAATATTG-ATNAA-AATA-TGAT-TTTG--A-TACGGAAT---AATAAA-AGATAGACACAT-AATGATTATGA---AT--T-A-----CAA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAG-CA---TC-CAT-ACATACG---TATAAAATAACGACAACA-TA--C--TG-GGAAAGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTCTTGCGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGTCCCAGAC-GA-GCTCATAACCGTT-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCTCACGGCATAGCCGGCNTGGAAAGAATGGC--GACT-CT-GAC--NTT-TAC----AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCTGCTT-TG-CGC-T-ANC--T---TTGC-TGA-TG----CGA-C-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ATA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATAATTGATTCC-G---CCCG-A-CGCAAG-----TGTGG-T-T-C-GA-AACCCG----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC-----AA-T-AT----GAA-A-GAA-A--AA-CAAGGTC------ATG----------A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-G-TGACTTTTAATNATG----AT--ATA-ACTGAA-ANT-T--NATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAATAAATAATGAGC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCNTT-A-CA--T--C-ATGAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG-------ATTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGAC-CCCAA-G-AGAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCANACATTTACAT--ACACAAACAA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTCCNTTAGGTGCAA---CAAAAGGATATAAAGACAGATTAAAA-TTA-GTAA-TATT-GAAAACGATCCAAATCATATC-CCC-AACAAAC---TTTGGAATTATATGAATGAGA---ACG-CAGGAAATAAACGTATGTTCCTNGGATAGTGANAAATTAGAGTGTACCGTCNAGGGGAATANAACATANGNCTGCACTNNTATTGATTTTAGGACAGTGTTTCCCAAAGCTAAGNGAATAA
gi|1 : ATATTT-TACATTTATA-CATAA--TTGATTCCG--CG--CGAAAGTTTGTGGTTGAAACCCA-TTGATA-TCTATATAACGGTATACATGTACATGTAAACCACTTTCGCTCTCCTCC-TGTACAACCAAA-GT-TGAAAGAAAGAACAA-AGTCAATAGTGTAT-----TGTTGCATTTTGCCACTAGCGTGACTTTAATA-TGATAGTTATACTGAA-ATT--ATAT--TT---A---------ATGTA--CATAGTGA-A------TTAA--TAATCTATATATGGTT--GT--T-CAATAATATTG-ATGAA-ATTA-TGAG-TTTG--AGTACCGAAT---AATAAA-AGATACACACAT-AATGATTATGA---AT--TGA-----CAACA---TTAACT--ATAGTTA-ACATGACGTAATCCTTCACA-TCA-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAGGCAAAACCGCAT-ACATACAGAATATAAAATAATAACAACA-TAAAC--TG-G-AATGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGTAGAAAAAT---TC--CAATTA-------CTTCAAAACCGAT---GTCTGATGCTTGCGG-GTCCTA-CAAGAGAATGA-AGA-GCG-ACGCG-ATCACTGACA---AAGA-AC-CATAAGTATATTC-CCCGCCAAATGAATTCATTGGTCCCAGACAGA-GCTCATCACTGTT-TCCGCACGCGCTGACAAAT-TGGCGCTCACTGCATAGCGTGC-TGGA--GAATGGT--AAC--CT-GAC--TTT-TACG---AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCCGCTT-TG-CGC-T-AAC--T---TTGT-TGA-TG----CGA-T-----CTAAATA------TGCACAAT-CAATCTATA----TATAAATTATTT--AGCTTCGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATCAT-GATTCC-G---CCCG-A--G-AAG-----TGTG--T-T-T-GA-AACTC-----ATTGA-AATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACGTG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC-----AA-T-AT----GAA-A-GAATG--AA-CAAATTC------ATG----------A-G-TGTATGTTGCATTC-TTTGCCACT--ATCCA-TGACTTTTAATAATG----AT--ATA-ACTGAA-AAT-T--AATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ACTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAATCA---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAACAAAGAATGACC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----TA-C-A-TCGACG-T-AA-TCCTTCC-CA--T--CAATAAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG--------CTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGACGCCCAA-G-AGAAGAGGGGGCGAAAAGAAAGGCTGCCTGAAACAGTGAGAACATTTAC-TCAACACA---AA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTTCTT--GGTGC-A---CAAAA-GATAT-AAGACAGATTAAAATTTA-GTAACTATT-GAAAACAAT-CAAATCATATC-CCCAAACAAAC---TTTGGA--TATA-GAATGAGATTGACGCCAGGAAATAAGCACATGTTCCTTGGAAAGTGAAAAATTAG-GT-TAC--TCCAGGG--ATATAACATATGCCTGT-TTCTTATTGATT--------GTGTTTCC--AAGC--AGGAAATAA
gi|10 : tacatcacgacaaaagtgcagacagtgcTATTTTTGTAACCTA---TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTAT-TAACGTTACA---GTAC-------CTACCTTCGCT----TCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCATTAGTTTAT-------------------AATAG---------AATAATGAAATTTATATT--A-ATGT-ATAT--ATGA-A---------ATGTAACCATAA--ATA------TTAAATTAATTCATAAATGGT----T--T-CAATAA-ATTG-ATGAA-AATAGTGACATTTGCCC-TACGTAATA--AATAAACAGA-AGACACAT-ATTGATTATGA---actatta
gi|11 : taagatgtAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTA-TACGGCGTTCTGAAAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCA-TGGT-CCAGAT-GAGGCTCATAACCAAT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAGCCGGCGTGG-AAGAATGGT--GACT-TT-GACAAATT-TAC----CGGCGC--AT----TC-TTGG---ATCC----GC--CTT-AG-CGC-T-ATC------TTG--TGA-TG----GGA-T-----GTAAATA-----ATGCACAAT-CAAT--CTA----TATAAATTATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--Ttccatacacgaa
gi|12 : ga-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAAC-GAT---GT-TGATTCT-ACGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGT--CAGAT-GA-GCTCATAACCAAT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAGCCGGCGTGG-AAGAATGGT--GACT-TT-GACA-ATT-TAC----CGGCGC--AT----TC-TTGG---ATCC----GC--CTT-AG-CGC-T-ATC------TTG--TGA-TG----GGA-T-----GTAAATA-----ATGCACAAT-CAAT--CTA----TATAAATTATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTtc
gi|13 : ATG----A---ATAGACTGAA-AATGT--TATATTT---A-TGTATATTGT---------------ATGTAACA---ATAT-T--AA--T-------AATCA-----TA---------TG---GTT-GTC-AAATGTAAT-A---TTGATA-G----AATTAT---G-AT-TTT-GATAC-C---GA----ATAAATAGCGATG-ACA-ATATGATTTATGAATTGA---AA---AATTAACT-AATAATTTAACT-------AG----TAGT-A-T-GACA-TCAA-TCATT-A-C---T--C-A-AAT-C---AAAGATCATA---TC-TTGTGG--TCTGAA--CGGCAT-GATCTG--------TTGAAC-CTTTT
gi|14 : tTCTTATTCAGAATC-ATTCC-G---TTCG-A-C-CAAG-----TATGA-TCT-G-GA-AAACCG-------------T----TA-TA-T-------CTTAT-A-----CA-G--TA---C-CCACC-TT-CG-CCTC--T--------CCTTCTGATGAATATA-CA-------TGGAATTA-CC-----AA-TTAC----GAA-A-GAA-A--AA-GAAG-TC------ATGTCTGTACACAA-G--GTATTTTGCA--C-TTTGTCCCT--AGC-A-TGAC---TAATTATG----AT--TAA-ACTGAAGAGT-T--TATATTT---
gi|15 : taaaatttaccgtTTTATCCATAATTTGTTCT-A---CATG-A-C-CTTG-----TGTGT-TAC-C-GA-AGTACATATAATT-ATTATT----TG-TA-TTGAGA--CGTAG-A----ACACG--TATACC-C-ACG-TTACC-C-TCCAT--------TCT----------GTA-CA-------T------A---------------------------------A-CAAG-TC------ATG----------A---CGTATGTTGTA--C-ATTGCCACC--AAC-G-TGACTTttc
gi|15 : aataataAGTCA-TGACGTAT------GTTGTACATTGCCACCAACGTGACTTCATCAGTG---TTCATAcatcagtgttcata
gi|16 : aataatatttatccataatttgttctacatgaccttgtgtgttaccgaagtacatataattattatttgtattgagacgtagaacacgtatacccacgttaccctccattctgtacataacaAA-AGACAAA---AT-AATGGTTATCA---ATGAT-ATTGATCAA-AATGTTATTTTGAT-GTTAAACATGACGTAATC-------------ATTCA--GATTATA-CTCCTT-----GAGGTCTGAAA--AG-CA---TCTTATAACATATG---T-TAAAATAACGGCAACATTA--CCATGAGGAAAGGTAG-AGGTGCGGAGGTGGT-G
gi|17 : ATTGG-CCAAGAC-GT-GTTCCTAGCCCTC-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCACACGATTTAGCCGGCCTGG-AAGAATGAC--ACCT-CT-GGCTACTT-TAC-----GGTGC--GT----TC-TTGG--A--CCT---TCT--CT-TG-CTC-T-ATC------TCGC--GA-TG----CAA-A-----GAAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ACA----TCTAAAACATTTtgaataa
gi|18 : ta-G---CCCG-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GA-AACCCA----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT------ACATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CCA----AA-T-AT----GAA-A-GAA-G--AA-CAA-GTC------AT-----------A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGT-G-TGAC-TTTAAT-ATGGGTTAT--ATA-ATTTA----T-T--AATA
gi|19 : ATACGGCACTCACGAGATAGCCGACCT-GAAAGAACGGC--AACC-CTGGAT--ACTGTAC----AAGCGC--A------C-TTG--------T---ACTATTT-TA-CGA-TGAACAAT---TTAC---A-TGGTTTCAACC-----GTAAACG-----ATGCACAAT-CAAC--ATA----TAT-AATCATTTTAAGCG-CGCTT---AAA-gt
gi|2 : AAAAATATCTCTACAATAATCTTTGTCTTCAAA--CGATACTGT-TGATTCT-GCGGCGTC-TG-A--GAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGACAC-AA-GAG--TATTG-TC-GCGAATTGAATTCATTGGTCC-AGAC-GA-TCTCATCACTTTTTCC---ACG-AC---CCA-TATGGCGCTCA-GGCATAGCCGGCGTGGAAGACATGGT--AAGT-CT-GAA--CTT-TACCCCCAGGCA---ATAAAATCGTTGG--A-TC-----GC-GCTTATGACGCCT-AAC--ACGATTGA-TGA-TA----GGA-CTGATTGTAAA-ATCTGTATGCACAATGCCAT---TA----TATAAATTATTTTAAGCT-TGCCTTTAAAA-TGCTCTTTTATACATAATTGATTCC-GGTACCCGTATCGATAA-----TGTGA-T-G-G-GA------G----ATTGGTAAGCAAATTA-TAGT---AAATCGTATTAGTT-AC-TG--T----C-C-AC--TT-CG-C-TC--TTGAAATGGCTT----------GTATCA-------T------AACC-----AA-A-ATCATTGAATA-GAA-A--AAACAAGTTCTATATAATG----------ATG-T-TAT-TTGCA--C-TTTGC-ACTTTAGC-G-TGACTTT--ATATTG----ATC-ATA--CT------T-T--GAAATTT---A---TA----A----------------ATA----A------T-T--AA--T-------CATCA-----TAGG------ATG---GTTTGTCCAA---TAAT-A---TTGAT--G----AAA-ATTTAG-ATATTTTGATAA-C----AGATAATTAATA-TGAACCACATAC-TGAT--ATGAATTA-----A---ATT-AACT-A------TAGTT-------A-----TA-CCA-TTGACGGT-AA-TCTTT-AACA--T----AT-AT-CCAAAGA--TCATA-CTCC-TTGTGGGGTCTGAAAACGC-ATG-ATTAG-------ATTGAAC--TTTTTAATC-AAGTTCAGAC-CC----A-AGGAGA-GGGG---GAGGAAAGG-TAGCCGCAA--GTGCA-ACATTTACAT---CACA--------TCATA-CAAATACAGATGTACACTCTATTAGGTGCAA---CAAAAGAATATAA-GAC-GATTAAAA-TTA-GGAA-TATTTGAAAA--ATCCAA-TCAT-TCACTC-AATAAATACTTTTGGAATTATGTGAGTGAGA---ACGGTAAAATATAAAGGTATGTTTCTGGGATAGTGATA---TAGAGTGTACCGTCAAGGGGAATAAAACATAAAACTGCACTAGTATTGATTTTAGGACAGTGTTTTCCAAAGCTAAGTGAATAAa
gi|20 : aatgaATAATTGATTCCAG---TATGCA-TGCAAGCGCTATGTGGAT-TAC-GT-AGCCCG----TTCGATG-------TACTA-T---AC--CGTAT-------CATC--T----C-C-ATC-TT-C------------------CA----------GTA-CA--------------A-CT-----AA-------------A-ACA-A--AA-CAAGA-C------AC---------------TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACC--AGC-G-TGACTTTctctatca
gi|21 : AAG-TAATACATGTATGAT---GTAAT-CATAAATATTGGACCAA-AATA-TGAT-TTTG--A-TACAGAAT---AATAAA-ACATGGCCACAT--ATAATTCT-----AT------------A-A---TTAACT--ATAGCTATAGATGATGTAATCagtt
gi|23 : caG-GAGGAGAATGACAGAAGCGGACGCGTATC-CTGACAGAAAAGA-ACCAAAGAG-ATATTTTCCCGCGAAATGA
gi|24 : ataccgcgc---AAA-A--TGTTTTATACATAATTGAATCC-G---CCCG-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GA-AACCCA----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT------ACATG--Tgctgagttgagagtgcagatga
gi|25 : --ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTga
gi|26 : CA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAGT
gi|27 : ccct-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAC--ATA----TAT-AATCATTTTAAGCG-CGCTT---AAA-gagtgagagtgcagatga
gi|28 : GCTAGCCGCAA-AGTGCAAACATTTACAT--ACAC-AACAA-a
gi|3 : GTAT-ACGGTACGTG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCA----------GTA-CA-------C------A-AC-----AAGT-GT----GAA-A-GAA-A--AT-CAAG-TC------AT-----------A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-G-TGA-TTTTAATTATG----AT--TGA-ACTGAA-TAT-T--TA-ATTT---GATGCA----ATT--------------ATA----ACTAGT-T-C--GAGGT-------AATAA-----CA--------ATG---GTT-GTC-GA---TGAT-A---TTGATCAA----AAT-AT---G-AT-TTT-GATGC-A---GA-ATAATAAAACATGAGT-ACATAT--GATT-ATGATTTAC---AA---ATT-AATT-A------TAGCT-------AGGCTATA-C-A-T-GACG-C-AA-TCGTT-A-TA--TATC-A-GAT-CCAAAGA--TCATA-CTCA-TAGTGG--TCTGAAACCAACATGGACTTG-------ATTAAACATTTTTTAAT-CAAGTTCAGAC-CCCAA-GAAGAAGA-GGGGCG-AGAGGAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCATACACTTACAT--ACACAAACAACTAT-ATATCAAATACAAATGCATA--CCCTTACATGCAGGTTCAAAAAGAAATAAAAATAGATTA-----TACGTAA------GAAAACGATCCAAATAATATC-CCC--GCAAA---------GATTATATGAAT-------AC--CAGGAAGTGTACATATGTTCCTAGGATAG
gi|4 : tA-----ATGCGCAAT-CAAT--G-A----TATGAATAATTTGAAGCT-CACTT---AAAAT--TATTTTATTCATAAT-GATTCC-G---CCCG-A-C-CAAG-----TATGA-T-C-CCAA-AATCCG----ACTGAAAATC----AT-TA-T---AA--CGTAT-A-----CATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------TCT----------GTA-GA-------T------A-CCA----AA-T-GT----GAA-A-TAA-A--AA-CAA-GTC------AT-----------A-G-TGTATATTGCA--C-TTTGCCACC--AGC-A-TGAC-TTTATTTATG----AT--TGA-ACTGACTATT-TGGAATTTTT---AATGTA----AT---------------ATGATGTA---AT-T-TTAAA--T-------AGTTA-----TATAATAATGATA---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGATTGA----AAT-AT---G-A--TTTTGATAC-C----ACAC--------ATGAG-------TATGGT-------TTAC---AA---A-TTAATT-A------TAGCT-------G-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCATT-A-CA--T--C-A-GAC-CTAA--AGATCATA-CTCT-TTGTCG--TCTGAAACCGCCATGAATTTG-------ATTAAA--CTTTTTAAATTAAGTTCAGAC-CCCAAGG-AGAAGA-AGGGCG-AAAGAAAAGCAAGCCGCAA-AGTGCATACAGTTGTAC--ACACA
gi|5 : aTTTTATACATAATTGATTC--G---CC-G-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GACAACCCA----ATTGATAATC----GA-T--T---AA--CGT-T-A-----CATGGTTA---CGT-ACTGTT-CGAC-TC--T--------C-T----------GTA--A-------T------A-CC-----AA-A-TT----GAA-AAGAC-ACGAA-CA-TGTC------ATGTT--------A-GCTGTGTGTTGCA--CCTTTGC-ACT--AGC-GTTGAC-TTTAATAATG----ATTCATA-AATGAA-TTT-A--AATATTT---AATGTA----ATCATAGAATGTCACCCATA----A---AT-A-T--AA--TTAAATAAATTCA-----TA--------ATGTGTATTGGTC-A-----AAT-ACATTTGAT--GGACAAATAAT---GAAT-TTTGGATACGCCCGGGCATAAT-TATAGTGAGC-TCACATATGA-TTATGAA-TACCGAAG---ATTAAACTAA------TAATTTTATTGGA-----CA-C-ATT-GACG-T-AATTCTTT-A-CATTT--C-ATAGTGCTAGACA---CATACCTCCTTTGTGG--T-TGAAACtaa
gi|6 : -ATCTGATAT--TTTCCA---------ACGTAGC----ATGAT-----------G-TAATT-ATAACTAGTTAAGT--AACAATAATGGTC-GTCAATAATA-TGAT-TTTG--A-TACAGAAT---AATAAA-ACATTACCACCT-T-TGACTATGA---TT--T-A-----CAA-A---CTAAAT--ATAGTTATACATGACGTAATCGTT-ATA-T---------AAGATCAAA-CTCCTTCAGTTGTGGTTTGAGACC-G-CA---TC-C-------------TATAAAA-AATGACAACA-T---------GGAAAGGT-GGAGGGGCGGAGG------AATAAT---TC--CAATAA-------CT--------------GT-TTATTCT-GCGGCATCCGG-AAAGAGAGTGA-AGAA-----------TA-ATGACA---ATGA-AA-AAAGAG----------------ATGAATCCATTGG-CCCAGAC-GA-GCCC-TAACCATT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGACATGGCCGGCCTGG-AAGAATGGCAAGAATGGT-AGC--CCT-TAC----AAGTGCTAAT----GG-TAGGGTAGCCCTTGCGCTAACT-TG-CGA-TGAACAAT---TTGTATGGTTG----CGACC-----GTAAACA-----ATCCACAAT-TGAT--ATATGTTTACAAATCATTTTgcaaaccgatagacaattagagaataataaatataacaaaataaacacgagggtagaagtttgtaggggctcggttaggtatgg
gi|7 : tTCT-G---CCCT-A-C-CAAG-----TATGA-TAT-C-GA-AACCCG----ACTGATAATC----T--TA-A---AA--CGTAT-A-----CATG--TA---C-C-ACC-TT-TG-C-TC--G--------CCT----------TCA-CAAGAGATCT------A-CTTATAAAA-C-AG----GAC-A-GAA-A--AA-CA-GGTC------ATA----------A---TGTATGTTGCG--C-TTTGCCATT--AGC-G-TGA--TTGAA--GTG----A-----------AG-AGT-T--TATATTTTCCAATATG----AT---------------ATGCTGTA---AT-TAT--AAA-T-------AGTCAGGTAATA--------ATGATAGTT-GTC-AT---TGCT-G---TTGATCAA----AAT-AT---G-AT-TTT-----------GATATA---------GA---------ATGATTCACCAA--AC---AACGCGTTT------------------------------CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCGTT-A-CA--T--C-A-GAT-CTAAAGA--CCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTCGAATAAATATT-AAT-CTGTTTAAT-CAAGTTCAGAA-TCCA
gi|8 : TATTTTTGTAACCTA---TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTAT-TAACGTTACA---GTAC-------CTACCTTCGCT----TCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCATTAGTTTAT-------------------AATAG---------AATAATGAAATTTATATT--A-ATGT-ATAT--ATGA-A---------ATGTAACCATAA--ATA------TTAAATTAATTCATAAATGGT----T--T-CAATAA-ATTG-ATGAA-AATAGTGACATTTGCCC-TACGTAATA--AATAAACAGA-AGACACAT-ATTGATTATGATCCATA-C-A-----CGA-A---T--AC----TAGTTAT-CATGACGTAATCCTT-ACAGTCGCTATCCAAAGAT-ATACCTCCTT-----GTG
gi|9 : ataagatgtATATTTATATATTTTTA--TTAACATTGATTCCATCCGAAC--AAGTATGATCTCTAAACC-GACTGATACTCATTATGAT-ATATACATGTACATGTA--CCGCCTCCGCTTTCCTAC--GCAC-ACTAGATAT-TAAAAAACA-------AGTCAA-AGTGTACATGTATGTTGCACTCTGCCACAAGCGTGA-TTTAATTATGA---TTGAACTGAATATTTGATATTGTTCA-AAGCAATATGATGTAATTATAA--ATAGACTAGTTAGG-T-ACTAAT-AATGTTT--GT--T--AAT-CTATTG-ATCAA-AATA-TTAT-TTTA--A-TACAGAATTTAAAAAAA-AAATGCGCA-ATCAATGA-TATGA---AT--c
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TCCGGGAACTACAAGATGATTCTCAATCTACGGCGTTCAGAAAAAAATGGCGAGAGCGACACATTGCTCATAGAGATCAAAGTGGGGAATGGTCCGTAAAATAAATCCATTGG
Alignments
lowQualScore : 1 1 222 11 1 222 4444444 2222 1 1 555555555555555555555555555555555 1111 11 111 44444444444444444 44444444444444444 222222222 1 1 2222 222 1 111 111 4444444444 111 111 222222 22222 11111 77777777777777777777 55555555555 111 11111 111 11 2222222 111 111 22 111 11 11 111 111 1 222 22222 1111 4444444444444444444444444444444444444 222 11111 2222222 11111 2222 11111 11111 3333333 222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333 111 111111 333333333333333 1 111111111111111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1111 111 3333333 1 111 1 3333333333333333333 2222222 11 1111 111 11111111 3333333333333 1 2222222 22 22222222 11 111 1 1 111 2222222 1 22222 1 1111 1 333333 11 1 22 3333 44444444444 222 1 1 11 11 1 33333333 11 11
lowQualScore : 5 1 0 5 0 999 8 33 2 0 0 0 2 3 9 5 33 111 0000000 7777 5 3 3 5 22 2 99 99 999999999999999999999999999999999 3 2222 88 8 666 33333333333333333 555 22222222222222222 5 1 555555555 7 6 1 6 3 3 4444 2 555 1 777 0 222 0 0 000 3333333333 8 444 0 000 3 5 8 000000 0 3 8 00000 55555 66666666666666666666 7 7 0 77777777777 6 666 33333 444 11 6666666 0 000 444 8 11 6 6 6 6 6 000 5 5 1 00 5 0 44 2 6 6 3 6 6 111 6 111 1 6 9 77 55 5 222 5 22222 77 2222 5 8888888888888888888888888888888888888 333 5 22222 4444444 2 11111 4 999 9999 3 0 5 888 9999 1 5 4 777 8 3333 00000 77 77777 4 99999 0 8888 4 4 777 55 3333333 55 7777 4 4 4 4 4 4 111111111111111111111111 4 7777777777777777777777777777777777 4 4 5555 4 666 111111 888888888888888 55 4 55 4 4 3 0 7 888888888888888888888 4 777 888 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 5 1111 5 000 8888888 1 000 5 5 5 4444444444444444444 2222222 5 22 5 0000 000 1 8 66666666 5555555555555 5 5 5 1 5 5 5 1 555 77 4444444 5 4 33 5 5 77 1 99999999 3 888 66 8 444 0 2 0 88 8 0 111 5555555 6 3 6 1 7 66666 2 7 7 7 8888 3 111111 00 6 7 7 3 00 5555 7 7 00000000000 0 1 1 111 5 5 77 1 88 1 1 1 5 22 55555555 88 88 1
lowQualScore : . . . . . ... . .. . . . . . . . . .. ... ....... .... . . . . .. . .. .. ................................. . .... .. . ... ................. ... ................. . . ......... . . . . . . .... . ... . ... . ... . . ... .......... . ... . ... . . . ...... . . . ..... ..... .................... . . . ........... . ... ..... ... .. ....... . ... ... . .. . . . . . ... . . . .. . . .. . . . . . . ... . ... . . . .. .. . ... . ..... .. .... . ..................................... ... . ..... ....... . ..... . ... .... . . . ... .... . . . ... . .... ..... .. ..... . ..... . .... . . ... .. ....... .. .... . . . . . . ........................ . .................................. . . .... . ... ...... ............... .. . .. . . . . . ..................... . ... ... . .............................................................................. . . .... . ... ....... . ... . . . ................... ....... . .. . .... ... . . ........ ............. . . . . . . . . ... .. ....... . . .. . . .. . ........ . ... .. . ... . . . .. . . ... ....... . . . . . ..... . . . . .... . ...... .. . . . . .. .... . . ........... . . . ... . . .. . .. . . . . .. ........ .. .. .
lowQualScore : 5 0 2 5 2 222 8 22 5 2 2 8 5 2 2 5 55 000 8888888 0000 0 2 2 0 88 5 00 66 000000000000000000000000000000000 8 8888 00 0 888 88888888888888888 222 11111111111111111 2 7 222222222 3 7 0 7 3 3 0000 2 000 4 999 7 999 1 7 000 4444444444 0 000 8 000 5 0 0 666666 8 2 0 00000 77777 00000000000000000000 3 3 7 33333333333 7 777 00000 000 00 0000000 8 666 000 0 22 7 7 7 7 7 000 7 7 7 77 7 7 00 5 7 7 2 3 7 777 7 777 4 6 0 99 99 7 444 7 77777 99 1111 7 6666666666666666666666666666666666666 111 7 99999 4444444 2 11111 4 666 4444 6 1 7 888 5555 9 1 0 000 0 1111 00000 99 88888 0 99999 9 5555 0 0 000 55 1111111 00 8888 0 0 0 0 0 0 888888888888888888888888 0 5555555555555555555555555555555555 0 0 9999 0 555 555555 555555555555555 55 0 55 0 0 0 1 6 777777777777777777777 4 111 888 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 7 7777 7 000 3333333 4 000 7 7 4 3333333333333333333 4444444 0 00 0 7777 000 7 7 66666666 1111111111111 7 7 7 4 7 7 7 0 999 99 7777777 7 0 33 7 7 99 0 00000000 7 777 44 0 000 0 5 0 88 8 8 888 8888888 7 3 7 0 3 77777 0 3 3 3 7777 3 000000 33 7 3 3 3 77 3333 3 3 77777777777 7 0 0 555 5 0 55 0 00 0 0 0 5 00 00000000 00 55 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATNTTTGTAACCTAA--TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTATATAACGNTACACATGTACATGTA--CCACCTTCGCTCTCCTCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCANTAGTGTAT-----TGTTGCACTTTGCCACTAGCGTGACTTTAATAATGAAATTTATACTGAA-ATNTGATAT--TTNA-A---------ATGTAACCATAATGATA------TTAAG-TAATTCATAAATGGTT--GT--T-CAATAATATTG-ATNAA-AATA-TGAT-TTTG--A-TACGGAAT---AATAAA-AGATAGACACAT-AATGATTATGA---AT--T-A-----CAA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAG-CA---TC-CAT-ACATACG---TATAAAATAACGACAACA-TA--C--TG-GGAAAGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTCTTGCGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGTCCCAGAC-GA-GCTCATAACCGTT-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCTCACGGCATAGCCGGCNTGGAAAGAATGGC--GACT-CT-GAC--NTT-TAC----AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCTGCTT-TG-CGC-T-ANC--T---TTGC-TGA-TG----CGA-C-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ATA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATAATTGATTCC-G---CCCG-A-CGCAAG-----TGTGG-T-T-C-GA-AACCCG----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC-----AA-T-AT----GAA-A-GAA-A--AA-CAAGGTC------ATG----------A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-G-TGACTTTTAATNATG----AT--ATA-ACTGAA-ANT-T--NATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAATAAATAATGAGC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCNTT-A-CA--T--C-ATGAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG-------ATTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGAC-CCCAA-G-AGAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCANACATTTACAT--ACACAAACAA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTCCNTTAGGTGCAA---CAAAAGGATATAAAGACAGATTAAAA-TTA-GTAA-TATT-GAAAACGATCCAAATCATATC-CCC-AACAAAC---TTTGGAATTATATGAATGAGA---ACG-CAGGAAATAAACGTATGTTCCTNGGATAGTGANAAATTAGAGTGTACCGTCNAGGGGAATANAACATANGNCTGCACTNNTATTGATTTTAGGACAGTGTTTCCCAAAGCTAAGNGAATAA
Reference ( family-3925 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATNTTTGTAACCTAA--TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTATATAACGNTACACATGTACATGTA--CCACCTTCGCTCTCCTCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCANTAGTGTAT-----TGTTGCACTTTGCCACTAGCGTGACTTTAATAATGAAATTTATACTGAA-ATNTGATAT--TTNA-A---------ATGTAACCATAATGATA------TTAAG-TAATTCATAAATGGTT--GT--T-CAATAATATTG-ATNAA-AATA-TGAT-TTTG--A-TACGGAAT---AATAAA-AGATAGACACAT-AATGATTATGA---AT--T-A-----CAA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAG-CA---TC-CAT-ACATACG---TATAAAATAACGACAACA-TA--C--TG-GGAAAGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTCTTGCGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGTCCCAGAC-GA-GCTCATAACCGTT-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCTCACGGCATAGCCGGCNTGGAAAGAATGGC--GACT-CT-GAC--NTT-TAC----AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCTGCTT-TG-CGC-T-ANC--T---TTGC-TGA-TG----CGA-C-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ATA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATAATTGATTCC-G---CCCG-A-CGCAAG-----TGTGG-T-T-C-GA-AACCCG----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC-----AA-T-AT----GAA-A-GAA-A--AA-CAAGGTC------ATG----------A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-G-TGACTTTTAATNATG----AT--ATA-ACTGAA-ANT-T--NATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAATAAATAATGAGC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCNTT-A-CA--T--C-ATGAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG-------ATTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGAC-CCCAA-G-AGAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCANACATTTACAT--ACACAAACAA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTCCNTTAGGTGCAA---CAAAAGGATATAAAGACAGATTAAAA-TTA-GTAA-TATT-GAAAACGATCCAAATCATATC-CCC-AACAAAC---TTTGGAATTATATGAATGAGA---ACG-CAGGAAATAAACGTATGTTCCTNGGATAGTGANAAATTAGAGTGTACCGTCNAGGGGAATANAACATANGNCTGCACTNNTATTGATTTTAGGACAGTGTTTCCCAAAGCTAAGNGAATAA
gi|1 : ATATTT-TACATTTATA-CATAA--TTGATTCCG--CG--CGAAAGTTTGTGGTTGAAACCCA-TTGATA-TCTATATAACGGTATACATGTACATGTAAACCACTTTCGCTCTCCTCC-TGTACAACCAAA-GT-TGAAAGAAAGAACAA-AGTCAATAGTGTAT-----TGTTGCATTTTGCCACTAGCGTGACTTTAATA-TGATAGTTATACTGAA-ATT--ATAT--TT---A---------ATGTA--CATAGTGA-A------TTAA--TAATCTATATATGGTT--GT--T-CAATAATATTG-ATGAA-ATTA-TGAG-TTTG--AGTACCGAAT---AATAAA-AGATACACACAT-AATGATTATGA---AT--TGA-----CAACA---TTAACT--ATAGTTA-ACATGACGTAATCCTTCACA-TCA-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAGGCAAAACCGCAT-ACATACAGAATATAAAATAATAACAACA-TAAAC--TG-G-AATGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGTAGAAAAAT---TC--CAATTA-------CTTCAAAACCGAT---GTCTGATGCTTGCGG-GTCCTA-CAAGAGAATGA-AGA-GCG-ACGCG-ATCACTGACA---AAGA-AC-CATAAGTATATTC-CCCGCCAAATGAATTCATTGGTCCCAGACAGA-GCTCATCACTGTT-TCCGCACGCGCTGACAAAT-TGGCGCTCACTGCATAGCGTGC-TGGA--GAATGGT--AAC--CT-GAC--TTT-TACG---AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCCGCTT-TG-CGC-T-AAC--T---TTGT-TGA-TG----CGA-T-----CTAAATA------TGCACAAT-CAATCTATA----TATAAATTATTT--AGCTTCGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATCAT-GATTCC-G---CCCG-A--G-AAG-----TGTG--T-T-T-GA-AACTC-----ATTGA-AATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACGTG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC-----AA-T-AT----GAA-A-GAATG--AA-CAAATTC------ATG----------A-G-TGTATGTTGCATTC-TTTGCCACT--ATCCA-TGACTTTTAATAATG----AT--ATA-ACTGAA-AAT-T--AATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ACTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAATCA---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAACAAAGAATGACC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----TA-C-A-TCGACG-T-AA-TCCTTCC-CA--T--CAATAAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG--------CTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGACGCCCAA-G-AGAAGAGGGGGCGAAAAGAAAGGCTGCCTGAAACAGTGAGAACATTTAC-TCAACACA---AA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTTCTT--GGTGC-A---CAAAA-GATAT-AAGACAGATTAAAATTTA-GTAACTATT-GAAAACAAT-CAAATCATATC-CCCAAACAAAC---TTTGGA--TATA-GAATGAGATTGACGCCAGGAAATAAGCACATGTTCCTTGGAAAGTGAAAAATTAG-GT-TAC--TCCAGGG--ATATAACATATGCCTGT-TTCTTATTGATT--------GTGTTTCC--AAGC--AGGAAATAA
gi|10 : tacatcacgacaaaagtgcagacagtgcTATTTTTGTAACCTA---TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTAT-TAACGTTACA---GTAC-------CTACCTTCGCT----TCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCATTAGTTTAT-------------------AATAG---------AATAATGAAATTTATATT--A-ATGT-ATAT--ATGA-A---------ATGTAACCATAA--ATA------TTAAATTAATTCATAAATGGT----T--T-CAATAA-ATTG-ATGAA-AATAGTGACATTTGCCC-TACGTAATA--AATAAACAGA-AGACACAT-ATTGATTATGA---actatta
gi|11 : taagatgtAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTA-TACGGCGTTCTGAAAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCA-TGGT-CCAGAT-GAGGCTCATAACCAAT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAGCCGGCGTGG-AAGAATGGT--GACT-TT-GACAAATT-TAC----CGGCGC--AT----TC-TTGG---ATCC----GC--CTT-AG-CGC-T-ATC------TTG--TGA-TG----GGA-T-----GTAAATA-----ATGCACAAT-CAAT--CTA----TATAAATTATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--Ttccatacacgaa
gi|12 : ga-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAAC-GAT---GT-TGATTCT-ACGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGT--CAGAT-GA-GCTCATAACCAAT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAGCCGGCGTGG-AAGAATGGT--GACT-TT-GACA-ATT-TAC----CGGCGC--AT----TC-TTGG---ATCC----GC--CTT-AG-CGC-T-ATC------TTG--TGA-TG----GGA-T-----GTAAATA-----ATGCACAAT-CAAT--CTA----TATAAATTATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTtc
gi|13 : ATG----A---ATAGACTGAA-AATGT--TATATTT---A-TGTATATTGT---------------ATGTAACA---ATAT-T--AA--T-------AATCA-----TA---------TG---GTT-GTC-AAATGTAAT-A---TTGATA-G----AATTAT---G-AT-TTT-GATAC-C---GA----ATAAATAGCGATG-ACA-ATATGATTTATGAATTGA---AA---AATTAACT-AATAATTTAACT-------AG----TAGT-A-T-GACA-TCAA-TCATT-A-C---T--C-A-AAT-C---AAAGATCATA---TC-TTGTGG--TCTGAA--CGGCAT-GATCTG--------TTGAAC-CTTTT
gi|14 : tTCTTATTCAGAATC-ATTCC-G---TTCG-A-C-CAAG-----TATGA-TCT-G-GA-AAACCG-------------T----TA-TA-T-------CTTAT-A-----CA-G--TA---C-CCACC-TT-CG-CCTC--T--------CCTTCTGATGAATATA-CA-------TGGAATTA-CC-----AA-TTAC----GAA-A-GAA-A--AA-GAAG-TC------ATGTCTGTACACAA-G--GTATTTTGCA--C-TTTGTCCCT--AGC-A-TGAC---TAATTATG----AT--TAA-ACTGAAGAGT-T--TATATTT---
gi|15 : taaaatttaccgtTTTATCCATAATTTGTTCT-A---CATG-A-C-CTTG-----TGTGT-TAC-C-GA-AGTACATATAATT-ATTATT----TG-TA-TTGAGA--CGTAG-A----ACACG--TATACC-C-ACG-TTACC-C-TCCAT--------TCT----------GTA-CA-------T------A---------------------------------A-CAAG-TC------ATG----------A---CGTATGTTGTA--C-ATTGCCACC--AAC-G-TGACTTttc
gi|15 : aataataAGTCA-TGACGTAT------GTTGTACATTGCCACCAACGTGACTTCATCAGTG---TTCATAcatcagtgttcata
gi|16 : aataatatttatccataatttgttctacatgaccttgtgtgttaccgaagtacatataattattatttgtattgagacgtagaacacgtatacccacgttaccctccattctgtacataacaAA-AGACAAA---AT-AATGGTTATCA---ATGAT-ATTGATCAA-AATGTTATTTTGAT-GTTAAACATGACGTAATC-------------ATTCA--GATTATA-CTCCTT-----GAGGTCTGAAA--AG-CA---TCTTATAACATATG---T-TAAAATAACGGCAACATTA--CCATGAGGAAAGGTAG-AGGTGCGGAGGTGGT-G
gi|17 : ATTGG-CCAAGAC-GT-GTTCCTAGCCCTC-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCACACGATTTAGCCGGCCTGG-AAGAATGAC--ACCT-CT-GGCTACTT-TAC-----GGTGC--GT----TC-TTGG--A--CCT---TCT--CT-TG-CTC-T-ATC------TCGC--GA-TG----CAA-A-----GAAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ACA----TCTAAAACATTTtgaataa
gi|18 : ta-G---CCCG-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GA-AACCCA----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT------ACATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CCA----AA-T-AT----GAA-A-GAA-G--AA-CAA-GTC------AT-----------A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGT-G-TGAC-TTTAAT-ATGGGTTAT--ATA-ATTTA----T-T--AATA
gi|19 : ATACGGCACTCACGAGATAGCCGACCT-GAAAGAACGGC--AACC-CTGGAT--ACTGTAC----AAGCGC--A------C-TTG--------T---ACTATTT-TA-CGA-TGAACAAT---TTAC---A-TGGTTTCAACC-----GTAAACG-----ATGCACAAT-CAAC--ATA----TAT-AATCATTTTAAGCG-CGCTT---AAA-gt
gi|2 : AAAAATATCTCTACAATAATCTTTGTCTTCAAA--CGATACTGT-TGATTCT-GCGGCGTC-TG-A--GAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGACAC-AA-GAG--TATTG-TC-GCGAATTGAATTCATTGGTCC-AGAC-GA-TCTCATCACTTTTTCC---ACG-AC---CCA-TATGGCGCTCA-GGCATAGCCGGCGTGGAAGACATGGT--AAGT-CT-GAA--CTT-TACCCCCAGGCA---ATAAAATCGTTGG--A-TC-----GC-GCTTATGACGCCT-AAC--ACGATTGA-TGA-TA----GGA-CTGATTGTAAA-ATCTGTATGCACAATGCCAT---TA----TATAAATTATTTTAAGCT-TGCCTTTAAAA-TGCTCTTTTATACATAATTGATTCC-GGTACCCGTATCGATAA-----TGTGA-T-G-G-GA------G----ATTGGTAAGCAAATTA-TAGT---AAATCGTATTAGTT-AC-TG--T----C-C-AC--TT-CG-C-TC--TTGAAATGGCTT----------GTATCA-------T------AACC-----AA-A-ATCATTGAATA-GAA-A--AAACAAGTTCTATATAATG----------ATG-T-TAT-TTGCA--C-TTTGC-ACTTTAGC-G-TGACTTT--ATATTG----ATC-ATA--CT------T-T--GAAATTT---A---TA----A----------------ATA----A------T-T--AA--T-------CATCA-----TAGG------ATG---GTTTGTCCAA---TAAT-A---TTGAT--G----AAA-ATTTAG-ATATTTTGATAA-C----AGATAATTAATA-TGAACCACATAC-TGAT--ATGAATTA-----A---ATT-AACT-A------TAGTT-------A-----TA-CCA-TTGACGGT-AA-TCTTT-AACA--T----AT-AT-CCAAAGA--TCATA-CTCC-TTGTGGGGTCTGAAAACGC-ATG-ATTAG-------ATTGAAC--TTTTTAATC-AAGTTCAGAC-CC----A-AGGAGA-GGGG---GAGGAAAGG-TAGCCGCAA--GTGCA-ACATTTACAT---CACA--------TCATA-CAAATACAGATGTACACTCTATTAGGTGCAA---CAAAAGAATATAA-GAC-GATTAAAA-TTA-GGAA-TATTTGAAAA--ATCCAA-TCAT-TCACTC-AATAAATACTTTTGGAATTATGTGAGTGAGA---ACGGTAAAATATAAAGGTATGTTTCTGGGATAGTGATA---TAGAGTGTACCGTCAAGGGGAATAAAACATAAAACTGCACTAGTATTGATTTTAGGACAGTGTTTTCCAAAGCTAAGTGAATAAa
gi|20 : aatgaATAATTGATTCCAG---TATGCA-TGCAAGCGCTATGTGGAT-TAC-GT-AGCCCG----TTCGATG-------TACTA-T---AC--CGTAT-------CATC--T----C-C-ATC-TT-C------------------CA----------GTA-CA--------------A-CT-----AA-------------A-ACA-A--AA-CAAGA-C------AC---------------TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACC--AGC-G-TGACTTTctctatca
gi|21 : AAG-TAATACATGTATGAT---GTAAT-CATAAATATTGGACCAA-AATA-TGAT-TTTG--A-TACAGAAT---AATAAA-ACATGGCCACAT--ATAATTCT-----AT------------A-A---TTAACT--ATAGCTATAGATGATGTAATCagtt
gi|23 : caG-GAGGAGAATGACAGAAGCGGACGCGTATC-CTGACAGAAAAGA-ACCAAAGAG-ATATTTTCCCGCGAAATGA
gi|24 : ataccgcgc---AAA-A--TGTTTTATACATAATTGAATCC-G---CCCG-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GA-AACCCA----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT------ACATG--Tgctgagttgagagtgcagatga
gi|25 : --ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTga
gi|26 : CA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAGT
gi|27 : ccct-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAC--ATA----TAT-AATCATTTTAAGCG-CGCTT---AAA-gagtgagagtgcagatga
gi|28 : GCTAGCCGCAA-AGTGCAAACATTTACAT--ACAC-AACAA-a
gi|3 : GTAT-ACGGTACGTG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCA----------GTA-CA-------C------A-AC-----AAGT-GT----GAA-A-GAA-A--AT-CAAG-TC------AT-----------A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-G-TGA-TTTTAATTATG----AT--TGA-ACTGAA-TAT-T--TA-ATTT---GATGCA----ATT--------------ATA----ACTAGT-T-C--GAGGT-------AATAA-----CA--------ATG---GTT-GTC-GA---TGAT-A---TTGATCAA----AAT-AT---G-AT-TTT-GATGC-A---GA-ATAATAAAACATGAGT-ACATAT--GATT-ATGATTTAC---AA---ATT-AATT-A------TAGCT-------AGGCTATA-C-A-T-GACG-C-AA-TCGTT-A-TA--TATC-A-GAT-CCAAAGA--TCATA-CTCA-TAGTGG--TCTGAAACCAACATGGACTTG-------ATTAAACATTTTTTAAT-CAAGTTCAGAC-CCCAA-GAAGAAGA-GGGGCG-AGAGGAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCATACACTTACAT--ACACAAACAACTAT-ATATCAAATACAAATGCATA--CCCTTACATGCAGGTTCAAAAAGAAATAAAAATAGATTA-----TACGTAA------GAAAACGATCCAAATAATATC-CCC--GCAAA---------GATTATATGAAT-------AC--CAGGAAGTGTACATATGTTCCTAGGATAG
gi|4 : tA-----ATGCGCAAT-CAAT--G-A----TATGAATAATTTGAAGCT-CACTT---AAAAT--TATTTTATTCATAAT-GATTCC-G---CCCG-A-C-CAAG-----TATGA-T-C-CCAA-AATCCG----ACTGAAAATC----AT-TA-T---AA--CGTAT-A-----CATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------TCT----------GTA-GA-------T------A-CCA----AA-T-GT----GAA-A-TAA-A--AA-CAA-GTC------AT-----------A-G-TGTATATTGCA--C-TTTGCCACC--AGC-A-TGAC-TTTATTTATG----AT--TGA-ACTGACTATT-TGGAATTTTT---AATGTA----AT---------------ATGATGTA---AT-T-TTAAA--T-------AGTTA-----TATAATAATGATA---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGATTGA----AAT-AT---G-A--TTTTGATAC-C----ACAC--------ATGAG-------TATGGT-------TTAC---AA---A-TTAATT-A------TAGCT-------G-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCATT-A-CA--T--C-A-GAC-CTAA--AGATCATA-CTCT-TTGTCG--TCTGAAACCGCCATGAATTTG-------ATTAAA--CTTTTTAAATTAAGTTCAGAC-CCCAAGG-AGAAGA-AGGGCG-AAAGAAAAGCAAGCCGCAA-AGTGCATACAGTTGTAC--ACACA
gi|5 : aTTTTATACATAATTGATTC--G---CC-G-A-CG-AAG-----TGTGG-T-T-T-GACAACCCA----ATTGATAATC----GA-T--T---AA--CGT-T-A-----CATGGTTA---CGT-ACTGTT-CGAC-TC--T--------C-T----------GTA--A-------T------A-CC-----AA-A-TT----GAA-AAGAC-ACGAA-CA-TGTC------ATGTT--------A-GCTGTGTGTTGCA--CCTTTGC-ACT--AGC-GTTGAC-TTTAATAATG----ATTCATA-AATGAA-TTT-A--AATATTT---AATGTA----ATCATAGAATGTCACCCATA----A---AT-A-T--AA--TTAAATAAATTCA-----TA--------ATGTGTATTGGTC-A-----AAT-ACATTTGAT--GGACAAATAAT---GAAT-TTTGGATACGCCCGGGCATAAT-TATAGTGAGC-TCACATATGA-TTATGAA-TACCGAAG---ATTAAACTAA------TAATTTTATTGGA-----CA-C-ATT-GACG-T-AATTCTTT-A-CATTT--C-ATAGTGCTAGACA---CATACCTCCTTTGTGG--T-TGAAACtaa
gi|6 : -ATCTGATAT--TTTCCA---------ACGTAGC----ATGAT-----------G-TAATT-ATAACTAGTTAAGT--AACAATAATGGTC-GTCAATAATA-TGAT-TTTG--A-TACAGAAT---AATAAA-ACATTACCACCT-T-TGACTATGA---TT--T-A-----CAA-A---CTAAAT--ATAGTTATACATGACGTAATCGTT-ATA-T---------AAGATCAAA-CTCCTTCAGTTGTGGTTTGAGACC-G-CA---TC-C-------------TATAAAA-AATGACAACA-T---------GGAAAGGT-GGAGGGGCGGAGG------AATAAT---TC--CAATAA-------CT--------------GT-TTATTCT-GCGGCATCCGG-AAAGAGAGTGA-AGAA-----------TA-ATGACA---ATGA-AA-AAAGAG----------------ATGAATCCATTGG-CCCAGAC-GA-GCCC-TAACCATT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGACATGGCCGGCCTGG-AAGAATGGCAAGAATGGT-AGC--CCT-TAC----AAGTGCTAAT----GG-TAGGGTAGCCCTTGCGCTAACT-TG-CGA-TGAACAAT---TTGTATGGTTG----CGACC-----GTAAACA-----ATCCACAAT-TGAT--ATATGTTTACAAATCATTTTgcaaaccgatagacaattagagaataataaatataacaaaataaacacgagggtagaagtttgtaggggctcggttaggtatgg
gi|7 : tTCT-G---CCCT-A-C-CAAG-----TATGA-TAT-C-GA-AACCCG----ACTGATAATC----T--TA-A---AA--CGTAT-A-----CATG--TA---C-C-ACC-TT-TG-C-TC--G--------CCT----------TCA-CAAGAGATCT------A-CTTATAAAA-C-AG----GAC-A-GAA-A--AA-CA-GGTC------ATA----------A---TGTATGTTGCG--C-TTTGCCATT--AGC-G-TGA--TTGAA--GTG----A-----------AG-AGT-T--TATATTTTCCAATATG----AT---------------ATGCTGTA---AT-TAT--AAA-T-------AGTCAGGTAATA--------ATGATAGTT-GTC-AT---TGCT-G---TTGATCAA----AAT-AT---G-AT-TTT-----------GATATA---------GA---------ATGATTCACCAA--AC---AACGCGTTT------------------------------CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCGTT-A-CA--T--C-A-GAT-CTAAAGA--CCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTCGAATAAATATT-AAT-CTGTTTAAT-CAAGTTCAGAA-TCCA
gi|8 : TATTTTTGTAACCTA---TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTAT-TAACGTTACA---GTAC-------CTACCTTCGCT----TCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCATTAGTTTAT-------------------AATAG---------AATAATGAAATTTATATT--A-ATGT-ATAT--ATGA-A---------ATGTAACCATAA--ATA------TTAAATTAATTCATAAATGGT----T--T-CAATAA-ATTG-ATGAA-AATAGTGACATTTGCCC-TACGTAATA--AATAAACAGA-AGACACAT-ATTGATTATGATCCATA-C-A-----CGA-A---T--AC----TAGTTAT-CATGACGTAATCCTT-ACAGTCGCTATCCAAAGAT-ATACCTCCTT-----GTG
gi|9 : ataagatgtATATTTATATATTTTTA--TTAACATTGATTCCATCCGAAC--AAGTATGATCTCTAAACC-GACTGATACTCATTATGAT-ATATACATGTACATGTA--CCGCCTCCGCTTTCCTAC--GCAC-ACTAGATAT-TAAAAAACA-------AGTCAA-AGTGTACATGTATGTTGCACTCTGCCACAAGCGTGA-TTTAATTATGA---TTGAACTGAATATTTGATATTGTTCA-AAGCAATATGATGTAATTATAA--ATAGACTAGTTAGG-T-ACTAAT-AATGTTT--GT--T--AAT-CTATTG-ATCAA-AATA-TTAT-TTTA--A-TACAGAATTTAAAAAAA-AAATGCGCA-ATCAATGA-TATGA---AT--c
blockSeqs : A T A ACA G AA G C A A A GT CAT ATGTA TTCC G A T C GG G GC TT ATGTATGTTGCACTCTGCCACAAGCGTGATTT A AAAT GA T CTG TGTTCAAAGCAATATG ACC ATAGACTAGTTAGG C A TAAGTAA T G G T G A CCC G TTA C CAA CAA TCC GATATTGAT . ATG TTG A C . GTCGCT T C CAGTT CCG TCTTATAACATATG A T TTACCATGA G AG TGGT ATC TA TCTTTGT ACC ACT . T A C G T . GAA C C A A T TC C . G A A T . . . T G A AA TG G AAA G CCCCA TA AAAA G GTAGCCCTTGCGCTAACTTGCGATGAACAAT TAT T GTTTC CTGATT T TCTGT G C TGTT A . TTA TGC T C A GTA T TCGA CGCTA GA CTG C ATATA AAAT C G TGA AT TAGTTA GT ATAC G C G A A C TCCTTCTGATGAAT T AGAGATCTACTTATAAAACAG T A ACG A AGT TATATA GTCTGTACACAAG . C TT . T T T ATTCATAAATGAATT G GGA TCC A ATCATAGAATGTCACCCATAAATATAATTAAATAAATTCATAATGTGT T C AATG . CAT GGACA T TTA A A T GCCCGGGCATAATTATAG ACCACAT A TT T CCGA CGC A T AATAATT TTATTGGA G C T T G C T A AA TT ATCAG G C GA C T GG G AATAAATA G CAT TT . GA . C . A A A AAACAAC C T C A T AGGTT G A A A AAA C TATTT CG C A A A A TACT A T GAGAACGG G T . A G CG A GA A A A A AG TTAGGACA CA TA T
blockSeqs : T A . G A G C A A . GT . . . G A T C GG G GC TT GTTGTACATTGCCACCAACGTGACTTC G AAAT . . TTG TTTCCA ACC ATATTAAAT C G GTAAT T . C . G A CCC A A C TGG AT . ACA . . T T G . TCGT C . . AG TCC . . T G GG . . . . AC . . T . . . . . . . . A A . T C . . A A . . . . T G A . T . TAC . C . . . ATCGCGCTTATGACGCCTAACACGA AT . G CC T . . C . A . . AT C T . . C TGC . A ACC . G . . . . . ACGGTA . A . . . . . . TTGAAATGGCTT . TGGAATTACCAATTAC . . A . AGA . GTTAGC . . . . . T A ATTAAACTGAAGAG . T . A ATATGATGTAATTTTAAATAGTTATATAATAATGATA G . A . . CAA A . . . T AGAATAATAAAACA GTACAT A TT T A . T T AA AGGCTA . . . . . . . T A . CATA . C GA . . . G A G CC C . GG . C . A T A AACAA . . . C T AA A A . . . . . . C . . . . . A T AC A
blockSeqs : A . . T A . . A C . A . . . . . T . . . . T AATAG A T . . GT ATGAA ATT ATATTAAAT C A TGTT T . C . . . A A A . TTA AA . TA . . T T C . T C . . . . . C . . T . . . . . . . . A A . T A . . C C . . . . C C . . T . AA . C . . . TACTATTTTACGATGAACAAT T . G CC C . . A . A . . T A T . . . CC . T TAC . A . . . . . AA . A . . . . . . CATTCT . TAACCAAAATCATT . . G . AG . GATG . . . . . T T GGTTATATAATTTA . T . A ATATGCTGTAATTATAAATAGTCAGGTAATAATGATA . . A . . TGA . . . . G CAGATAATTAATA GCTCAC A TC T C . T A A AG . . . . . . . G A . CAA . T . . . . A A A TC C . A . . . A T A A
blockSeqs : A AATAG A A . GT ATGAA GC TGATG A A TT . . G . . . A G . . TGC AT . . . . . T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A A . C C . . A T . . . . C C . . T . A . A . . . ATCCGCCTTAGCGCTATC T . C T C . . A . A . . T A T . . . CC . G CCC . G . . . . . A . A . . . . . . TCCT . TACCAAATAT . . A . AG . GA . . . . . T T ATTGAACTGACTAT . A . A TATTGTATGTAACAATATTAATAATCATATG . . A . . CAA . . . . . CGAATAAATAG TGACA A T T C . T T A A . . . . . . . A A . CAG . T . . . . G A A C C . . . .
blockSeqs : . . TT . . C . . . A A . . AG A . T . . . . . . . . A . . C . . . . A . . . . T G . . C . C . A . . . ATCCGCCTTAGCGCTATC C . G T C . . A . G . . A T T . . . CG . A ATC . G . . . . . A . A . . . . . . TCCA . CAACAAGTGT . . A . AG . AG . . . . . . A AATAGACTGAAAA . G . . ATTATAACTAGTTCGAGGTAATAACAATG . . T . . AG . . . . . CACACA G . . . C . T . A G . . . . . . . T A . CAG . T . . . . . . . C
blockSeqs : . AG T . . . . . . . T C . . T . C . . . . . ACCTTCTCTTGCTCTATC C . C A C . . G . A . . A T . . . CG . G TT . A . . . . . A . A . . . . . . TTCT . TACCAAATGT . . A . AG . AG . . . . . . . ATTGAACTGAATA . T . . AATAATTAATCATCATAGGATG . . . . . G . . . . . GATATA . . . . . . . . . . . . . . . . . G A . AT . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . CC . A GG . G . . . . . A . A . . . . . . GCCT . TACCAAATT . . A . AG . AG . . . . . . . ATCATACT . A .
blockSeqs : . . . . . . . . CG . G TT . A . . . . . A . . . . . . . . TCT . ACTAA . . A . TG . AA . . . . . . AAGAG . T
blockSeqs : . . . CC . A TT . G . . . . . A . . . . . . . . CA . TA . . . . GG . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : AATAG**************************** AT** NTG ATNCG************ ACC ATATTAAN********* TAAT***** A*** GCA******* T***** C** T* A* C* *** *** T* N**** ATCCGCTTTNGCGCTATCG****************** C** A** CC** G* NCC** G**** A****** TACCAAACGT************************ A*** AG* AG************* ** ATTAAACTGAATA******** GA***** CGGATAATTATA******* A** CAG**** ** A******* C* A* A**
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATNTTTGTAACCTAA--TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTATATAACGNTACACATGTACATGTA--CCACCTTCGCTCTCCTCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCANTAGTGTAT-----TGTTGCACTTTGCCACTAGCGTGACTTTAATAATGAAATTTATACTGAA-ATNTGATAT--TTNA-A---------ATGTAACCATAATGATA------TTAAG-TAATTCATAAATGGTT--GT--T-CAATAATATTG-ATNAA-AATA-TGAT-TTTG--A-TACGGAAT---AATAAA-AGATAGACACAT-AATGATTATGA---AT--T-A-----CAA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACA-TCG-TATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAG-CA---TC-CAT-ACATACG---TATAAAATAACGACAACA-TA--C--TG-GGAAAGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTCTTGCGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGTCCCAGAC-GA-GCTCATAACCGTT-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCTCACGGCATAGCCGGCNTGGAAAGAATGGC--GACT-CT-GAC--NTT-TAC----AGGCGC--AT----TC-TTGG--AATCCT---GCTGCTT-TG-CGC-T-ANC--T---TTGC-TGA-TG----CGA-C-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ATA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATAATTGATTCC-G---CCCG-A-CGCAAG-----TGTGG-T-T-C-GA-AACCCG----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTAT-A----ACATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC-----AA-T-AT----GAA-A-GAA-A--AA-CAAGGTC------ATG----------A-G-TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-G-TGACTTTTAATNATG----AT--ATA-ACTGAA-ANT-T--NATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGAT--G----AAT-AT---G-AT-TTTTGATAC-C---GACATAATAAATAATGAGC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCNTT-A-CA--T--C-ATGAT-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG-------ATTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGAC-CCCAA-G-AGAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCANACATTTACAT--ACACAAACAA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTCCNTTAGGTGCAA---CAAAAGGATATAAAGACAGATTAAAA-TTA-GTAA-TATT-GAAAACGATCCAAATCATATC-CCC-AACAAAC---TTTGGAATTATATGAATGAGA---ACG-CAGGAAATAAACGTATGTTCCTNGGATAGTGANAAATTAGAGTGTACCGTCNAGGGGAATANAACATANGNCTGCACTNNTATTGATTTTAGGACAGTGTTTCCCAAAGCTAAGNGAATAA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATNTTTGTAACCTAA--TTGATTCCGGCCGA-CGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTATATAACGNTACACATGTACATGTA--CCACCTTCGCTCTCCTCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCANTAGTGTATAATAG----------------------------AATAATGAT--TTATACTGAA-ATNTGATATATNCG------------ATGTAACCATAAATATTAAN---------TAATTCATAAATGGTTAAT-----CAATAATATTG-ATNAA-AATA-TGAT-TTTGA---TACGGAAT---AATAAA-AGATAGACACAT-AATGATTATGA---ATGCA-------CAA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCCTT-ACAT-----ATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAG-CA---TC-CAT-ACATACG---TATAAAATAACGACAACA-TA--C--TG-GGAAAGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAC--GAT---GT-TGATTCT-GCGGCGTCCTG-AAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAGA-TATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGGC-CCAGAC-GA-GCTCATAACCGTT-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCTCACGGCATAGCCGGCNTGGAAAGAATGGC--GACT-CT-GAC--NTT-TACN----GGCGC--AT----TC-TTGGATCCGCTTTNGCGCTATCG------------------TTGC--GA-TG----CGA-C-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAATA--TA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTATACATAATTGATTCC-G---CCCG-ACC--AAG-----TGTGG-TNCC--GA-AACCCG----ATTGATAATC----TA-TA-T---AA--CGTATA------CATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CATACCAAACGT------------------------GAA-A-GAAA---AA-CAAG-TC------ATAG-------------TGTATGTTGCA--C-TTTGCCACT--AGC-G-TGACTTTTAATNATGATTAAACTGAATA--------T-T--NATATTT---AATGTA----AT---------------ATG----A---AT-T-T--AA--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-GTC-AA---TAAT-A---TTGATGA-----AAT-AT---G-AT-TTTTGATACCGGATAATTATA-------TGAGC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TAGCT-------A-----CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCNTTA--CA--TCAG----AT-CCAAAGA--TCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTGA-------TTGAAC-CTTTTTAATC-AAGTTCAGAC-CCCAA-G-AGAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCTAGCCGCAAA-GTGCANACATTTACATA--CACAAACAA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTCCNTTAGGTGCAA---CAAAAGGATATAAAGACAGATTAAAA-TTA-GTAA-TATT-GAAAACGATCCAAATCATATC-CCC-AACAAAC---TTTGGAATTATATGAATGAGA---ACG-CAGGAAATAAACGTATGTTCCTNGGATAGTGANAAATTAGAGTGTACCGTCNAGGGGAATANAACATANGNCTGCACTNNTATTGATTTTAGGACAGTGTTTCCCAAAGCTAAGNGAATAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TCCGGGAACTACAAGATGATTCTCAATCTACGGCGTTCAGAAAAAAATGGCGAGAGCGACACATTGCTCATAGAGATCAAAGTGGGGAATGGTCCGTAAAATAAATCCATTGG
Alignments
lowQualScore : 4 2 2 333 6666666 4444 9999999999999999999999999999 333333 33333333 2222 22222 1 11 1 1111 1 11 3333 1 1 11 44444444444444 111 111 4444444444444444 22222 11111 77777777777777777777 55555555555 111 11111 111 11 2222222 33 111 111 11 11 111 111 1 222 22222 1111 22222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 222 1111111 1111111 111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222 2222222222222222222222 11 1111111 1 2222222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 22222222 111 22222 111 5555555555555555555555555555555555555 11 1111 11111 333333333333333333333333333 1 22222222 11 111 1 1 111 2222222 1 22222 1 1111 1 333333 11 1 22 3333 44444444444 222 1 1 11 11 1 33333333 11 11
lowQualScore : 0 1 7 3 6 7 7 7 3 1 777 9999999 0 3333 6 7 6 6 1 6 3333333333333333333333333333 7 777777 0 22222222 3333 7 2 00000 6 8 3 1 8 99 0 8 5555 8 6 77 0000 1 6 3 9 11 2 77777777777777 6 111 0 000 3 5 1111111111111111 0 5 3 8 00000 55555 66666666666666666666 7 7 0 77777777777 6 666 33333 444 11 6666666 0 00 444 8 8 6 6 6 6 6 000 5 5 1 00 5 0 00 6 6 3 6 6 111 6 111 1 6 9 77 55 5 222 5 44444 77 2222 5 44444444 5 6 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 11111 4 999 9999 3 0 5 777 4 77 1 777 3 99999 666 3 1 55 99999 55 111 3 88888 7777777 3 3 9999999 0000000 44 666 3 3 3 3 3 3 666666666666666666666666 3 9999999999999999999999999999999 6666 3 55 3 3 7777 5555555555555555555555 7777 55 3 55 3 3 22 4 6 4 3333333 3 2 4 8888 4444444444444 777 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 22222 55555555 777 5 5 5 99999 5 888 5 44444 888 5 999 6 8888888888888888888888888888888888888 55 3 0000 11111 1 111111111111111111111111111 5 5 5 1 5 5 5 1 77 555 77 999 5 5 77 0 5 5 77 1 99999999 3 00 8 8 444 0 2 0 88 8 0 111 5555555 6 3 6 1 7 66666 2 7 7 7 8888 3 111111 00 6 7 7 3 00 5555 7 7 00000000000 0 1 1 111 5 5 77 1 88 1 1 1 5 22 55555555 88 88 1
lowQualScore : . . . . . . . . . . ... ....... . .... . . . . . . ............................ . ...... . ........ .... . . ..... . . . . . .. . . .... . . .. .... . . . . .. . .............. . ... . ... . . ................ . . . . ..... ..... .................... . . . ........... . ... ..... ... .. ....... . .. ... . . . . . . . ... . . . .. . . .. . . . . . ... . ... . . . .. .. . ... . ..... .. .... . ........ . . . ..................................................... . ..... . ... .... . . . ... . .. . ... . ..... ... . . .. ..... .. ... . ..... ....... . . ....... ....... .. ... . . . . . . ........................ . ............................... .... . .. . . .... ...................... .... .. . .. . . .. . . . ....... . . . .... ............. ... . ......................................................... . ..... ........ ... . . . ..... . ... . ..... ... . ... . ..................................... .. . .... ..... . ........................... . . . . . . . . .. ... .. ... . . .. . . . .. . ........ . .. . . ... . . . .. . . ... ....... . . . . . ..... . . . . .... . ...... .. . . . . .. .... . . ........... . . . ... . . .. . .. . . . . .. ........ .. .. .
lowQualScore : 0 0 3 7 7 3 3 3 7 0 333 7777777 7 7777 7 3 7 7 0 7 7777777777777777777777777777 3 000000 7 33333333 5555 0 5 88888 0 8 2 4 0 44 6 0 0000 0 0 88 6666 4 0 3 8 33 5 55555555555555 7 777 8 000 5 0 6666666666666666 8 6 2 0 00000 77777 00000000000000000000 3 3 7 33333333333 7 777 00000 000 00 0000000 8 00 000 0 0 7 7 7 7 7 000 7 7 7 77 7 7 33 7 7 2 3 7 777 7 777 4 6 0 99 99 7 444 7 44444 99 1111 7 44444444 7 6 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 11111 4 666 4444 6 1 7 888 4 99 0 444 6 11111 444 6 4 00 11111 55 555 6 11111 9999999 3 3 9999999 1111111 66 444 6 6 6 6 6 6 444444444444444444444444 6 1111111111111111111111111111111 8888 6 00 6 6 7777 0000000000000000000000 7777 00 6 00 6 6 44 6 9 0 6666666 4 0 0 0000 4444444444444 888 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 55555 00000000 555 0 0 0 88888 0 888 0 88888 888 0 444 2 8888888888888888888888888888888888888 66 2 7777 99999 7 333333333333333333333333333 7 7 7 4 7 7 7 0 99 999 99 666 7 7 99 1 7 7 99 0 00000000 7 33 0 0 000 0 5 0 88 8 8 888 8888888 7 3 7 0 3 77777 0 3 3 3 7777 3 000000 33 7 3 3 3 77 3333 3 3 77777777777 7 0 0 555 5 0 55 0 00 0 0 0 5 00 00000000 00 55 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTT-TATTTTTGTAACCTA-TTGATTCCGGCCGACGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTAT-TAACGTTACA---GTAC-------CTACCTTCGCT----TCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCATTAGTTTAT--------------AATAG---------AATAATGAAAT--TTATATT--AATGT-ATATATNN-AATGTAACCATAA--ATATTAAANTAATTCATAAATGGT-TAATCAATAATATTG-ATG---AA-AATAGTGACATTTGCCA-TACGGAATAAATAAA-AGATAGACACATAATGATTATGA---ATN-CA-----CGA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCCTT---A-CA-----T---ATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAG-CA---TC-CAT-ACATACG---TATAAAATAACGACAACA-TA--C--TG-GGAAAGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTCT-GCGGCGTCCTGAAA-GAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGG-CCCAGAC-GA-GCTCATAACCGTT-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCTCACGGCATAGCCGGCNTGGAAAGAATGGC--GACT-CTG-AC--NTT-TACC----GGCGC--AT----TC-TTGGA----T-C-CGCCT-TNGCGC-T-----ANC----TTG-C-GA-----------------TG----CGA-C-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ATA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTAT--ACATAATTGATTCC-----G---CCCG-ACCAA--G-----TGTGG-TNTCGA-AACCCG----ATTGATAATC-------TA-TA-T---AA--CGTAT-----A-CATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC----AAA--TAT-GAA-A-GAA-A--AA-CAAGT-C----AT---A---G------T-------GTATGTT----GCA--C-TTTGCCACT--AGC-GT-GACTTTTAATNAT-GATT---G---AACTGAANA-T-T---NATATT-------------T---AATGTA----A-T---------------ATG----AAT-------T-T--A-A--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-G-TC-AA---TAAT-A---TTGA-TCG---AAA---TA-TGA-T-TTTTGATAC---CGG--AT-----AAT--NA--TA-TGAGC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TA-----GCT-------A-CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCNT--T-A-CA--TCA--GA-T-CCAA--AGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG-------ATTGAAC-CTTTTTAAT-CAAGTTCAGAC-CCCAA-G-AGAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCANACATTTACAT--ACACAAACAA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTCCNTTAGGTGCAA---CAAAAGGATATAAAGACAGATTAAAA-TTA-GTAA-TATT-GAAAACGATCCAAATCATATC-CCC-AACAAAC---TTTGGAATTATATGAATGAGA---ACG-CAGGAAATAAACGTATGTTCCTNGGATAGTGANAAATTAGAGTGTACCGTCNAGGGGAATANAACATANGNCTGCACTNNTATTGATTTTAGGACAGTGTTTCCCAAAGCTAAGNGAATAA
Reference ( family-3925 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTTATATNTTTGTAACCTAATTGATTCCGGCCGACGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTATATAACGNTACACATGTACATGTA--CCACCTTCGCTCTCCTCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCANTAGTGTAT--------------AATAG---------AATAATG--AT--TTATACTGAAATNTGATATATNC-GATGTAACCATAA--ATATT-AANTAATTCATAAATGGT-TAATCAATAATATTG-ATN---AA-AATA-TGAT-TTTG--A-TACGGAAT-AATAAA-AGATAGACACATAATGATTATGA---ATG-CA-----CAA-A---TTAACT--ATAGTTATACATGACGTAATCCTT---A-CA-----T---ATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAG-CA---TC-CAT-ACATACG---TATAAAATAACGACAACA-TA--C--TG-GGAAAGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGT-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAA--CGAT---GT-TGATTCT-GCGGCGTCCTGAAA-GAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGG-CCCAGAC-GA-GCTCATAACCGTT-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCTCACGGCATAGCCGGCNTGGAAAGAATGGC--GACT-CTG-AC--NTT-TACN----GGCGC--AT----TC-TTGGA----T-C-CGCTT-TNGCGC-T-----ATCG---TTG-C-GA-----------------TG----CGA-C-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ATA----TATAAATCATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTAT--ACATAATTGATTCC-----G---CCCG-ACCAA--G-----TGTGG-TNCCGA-AACCCG----ATTGATAATC-------TA-TA-T---AA--CGTAT-----A-CATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC----AAA--CGT-GAA-A-GAA-A--AA-CAAGT-C----AT---A---G------T-------GTATGTT----GCA--C-TTTGCCACT--AGC-GT-GACTTTTAATNAT-GATT---A---AACTGAATA-T-T---NATATT-------------T---AATGTA----A-T---------------ATG----AAT-------T-T--A-A--T-------ANTCA-----TA--------ATG---GTT-G-TC-AA---TAAT-A---TTGA-T-G---AAA---TA-TGA-T-TTTTGATAC---CGG--AT-----AAT--TA--TA-TGAGC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TA-----GCT-------A-CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCNT--T-A-CA--TCA--GA-T-CCAA--AGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG-------ATTGAAC-CTTTTTAAT-CAAGTTCAGAC-CCCAA-G-AGAAGA-GGGGCG-AAAGAAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCANACATTTACAT--ACACAAACAA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTCCNTTAGGTGCAA---CAAAAGGATATAAAGACAGATTAAAA-TTA-GTAA-TATT-GAAAACGATCCAAATCATATC-CCC-AACAAAC---TTTGGAATTATATGAATGAGA---ACG-CAGGAAATAAACGTATGTTCCTNGGATAGTGANAAATTAGAGTGTACCGTCNAGGGGAATANAACATANGNCTGCACTNNTATTGATTTTAGGACAGTGTTTCCCAAAGCTAAGNGAATAA
gi|1 : ATATTT-TACATTTATA-CATAATTGATTCCG--CG-CGAAAGTTTGTGGTTGAAACCCA-TTGATA-TCTATATAACGGTATACATGTACATGTAAACCACTTTCGCTCTCCTCC-TGTACAACCAAA-GT-TGAAAGAAAGAACAA-AGTCAATAGTGTATTGTTGCATTTTGCCACTAGCGTGACTTTAATA-TG--ATAGTTATACTGAAAT----TATATTT-AATGTA--CATAGTGA-ATT-AA-TAATCTATATATGGT-TGTTCAATAATATTG-ATG---AA-ATTA-TGAG-TTTG--AGTACCGAAT-AATAAA-AGATACACACATAATGATTATGA---ATT-GA-----CAACA---TTAACT--ATAGTTA-ACATGACGTAATCCTTCACATCA-----T---ATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTGAAACCAGGCAAAACCGCAT-ACATACAGAATATAAAATAATAACAACA-TAAAC--TG-G-AATGGT-G-AGGGGCGGAGGTGGTAGAAAAAT---TC--CAATTA-------CTTCAAAACCGAT---GTCTGATGCTTGCGG-GTCCTACAA-GAGAATGA-AGA-GCG-ACGCG-ATCACTGACA---AAGA-AC-CATAAGTATATTC-CCCGCCAAATGAATTCATTGGTCCCAGACAGA-GCTCATCACTGTT-TCCGCACGCGCTGACAAAT-TGGCGCTCACTGCATAGCGTGC-TGGA--GAATGGT--AAC--CTG-AC--TTT-TACGA---GGCGC--AT----TC-TTGGAATCCTGC-CGCTT-T-GCGC-T-----AACT---TTG-TTGA-----------------TG----CGA-T-----CTAAATA------TGCACAAT-CAATCTATA----TATAAATTATTT--AGCTTCGCTT---AAA-T--TCTTTTAT--ACATCAT-GATTCC-----G---CCCG-AG-AA--G-----TGTGT-TT--GA-AACTC-----ATTGA-AATC-------TA-TA-T---AA--CGTAT-----AACGTG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC----AA---TAT-GAA-A-GAATG--AA-CAAATTC----ATG--A---G------T-------GTATGTT----GCATTC-TTTGCCACT--ATCCAT-GACTTTTAATAAT-GATA---T---AACTGAAAA-T-T---AATATT-------------T---AATGTA----A-T---------------ATG----AAT-------T-T--A-A--T-------ACTCA-----TA--------ATG---GTT-G-TC-AA---TAATCA---TTGA-T-G----AA---TA-TGA-T-TTTTGATAC---CGAC-AT-----AAC--AAAGAA-TGACC-ACATATATGATTTATGAATTAC---AA---ATTTAACT-A------TA-----GCT-------A-TA-C-A-TCGACG-T-AA-TCCT--TCC-CA--TCAATAA-T-CCAAAGAGATCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTTG--------CTGAAC-CTTTTTAATCCAAGTTCAGACGCCCAA-G-AGAAGAGGGGGCGAAAAGAAAGGCTGCCTGAAACAGTGAGAACATTTAC-TCAACACA---AA-TATCATA-CAAATACAGATGTACACTTCTT--GGTGC-A---CAAAA-GATAT-AAGACAGATTAAAATTTA-GTAACTATT-GAAAACAAT-CAAATCATATC-CCCAAACAAAC---TTTGGA--TATA-GAATGAGATTGACGCCAGGAAATAAGCACATGTTCCTTGGAAAGTGAAAAATTAG-GT-TAC--TCCAGGG--ATATAACATATGCCTGT-TTCTTATTGATT--------GTGTTTCC--AAGC--AGGAAATAA
gi|10 : tacatcacgacaaaagtgcagacagtgcTATTTTTGTAACCTA-TTGATTCCGGCCGACGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTAT-TAACGTTACA---GTAC-------CTACCTTCGCT----TCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCATTAGTTTAT--------------AATAG---------AATAATGAAAT--TTATATT--AATGT-ATATATGA-AATGTAACCATAA--ATATTAAATTAATTCATAAATGGT-T--TCAATAA-ATTG-ATG---AA-AATAGTGACATTTGCCC-TACGTAATAAATAAACAGA-AGACACATATTGATTATGATCCATA-CA-----CGA-A---actatta
gi|11 : taagatgtAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAACCGAT---GT-TGATTAT-ACGGCGTTCTGAAAAGAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCA-TGG-TCCAGAT-GAGGCTCATAACCAAT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAGCCGGCGTGG-AAGAATGGT--GACT-TTG-ACAAATT-TACC----GGCGC--AT----TC-TTGGA----T-C-CGCCT-TAGCGC-T-----ATC----TTG-T-GA-----------------TG----GGA-T-----GTAAATA-----ATGCACAAT-CAAT--CTA----TATAAATTATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--T
gi|12 : ga-GAAAAAT---TC--CAATAA-------CTTCAAAA-CGAT---GT-TGATTCT-ACGGCGTCCTGAAA-GAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ACC-CTGACA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAATTCATTGG--TCAGAT-GA-GCTCATAACCAAT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGGCATAGCCGGCGTGG-AAGAATGGT--GACT-TTG-ACA-ATT-TACC----GGCGC--AT----TC-TTGGA----T-C-CGCCT-TAGCGC-T-----ATC----TTG-T-GA-----------------TG----GGA-T-----GTAAATA-----ATGCACAAT-CAAT--CTA----TATAAATTATTTTAAGCT-CGCTT---AAA-T--TCTTTTtc
gi|13 : AT-GAAT---A---GACTGAAAA-TGT---TATATT-------------T---A-TGTATATTG-T---------------ATGTAACAATA------T-T--A-A--T-------AATCA-----TA---------TG---GTT-G-TC-AAATGTAAT-A---TTGA-TAG---AAT---TA-TGA-T-TTT-GATAC---CGA--AT-----AA----A--TAGCGATG-ACA-ATATGATTTATGAATTGA---AA---AATTAACT-AATAATTTA-----ACT-------AGTAGT-A-T-GACA-TCAA-TCAT--T-A-C---TCA--AA-T--CAA--AGATCATA---TC-TTGTGG--TCTGAA--CGGCAT-GATCTG--------TTGAAC-CTTTT
gi|14 : tTCTTAT--TCAGAATC-ATTCC-----G---TTCG-ACCAA--G-----TATGA-TCTGGA-AAACCG-------------T-------TA-TA-T-------CTTAT-----A-CA-G--TA---C-CCACC-TT-CG-CCTC--T--------CCTTCTGATGAATATA-CA-------TGGAATTA-CC----AAT--TAC-GAA-A-GAA-A--AA-GAAGT-C----AT---GTCTG------TACACAAGGTATTTT----GCA--C-TTTGTCCCT--AGC-AT-GAC---TAATTAT-GATT---A---AACTGAAGAGT-T---TATATT-------------T---
gi|15 : taaaatttaccgtTTTAT--CCATAATTTGTTCT-----A---CATG-ACCTT--G-----TGTGT-TACCGA-AGTACATATAATT-ATTATT-------TG-TA-TTGAGA--CGTAG-----AACACG--TATACC-C-ACG-TTACC-C-TCCAT--------TCT----------GTA-CA-------T------A------------------------------A-CAAGT-C----AT---G---A------C-------GTATGTT----GTA--C-ATTGCCACC--AAC-GT-GACTTttc
gi|16 : aataataAA-AGACAAA---ATAATGGTTATCA---ATGATATTGATCAA-AATGTTATTTTGAT-GTTAAACATGACGTAATC-------------------ATTCA--GATTATA-CTCCTT-----GAGGTCTGAAA--AG-CA---TCTTATAACATATG---T-TAAAATAACGGCAACATTA--CCATGAGGAAAGGTAG-AGGTGCGGAGGTGGT-Gcatcagtgttcata
gi|17 : ATTGG-CCAAGAC-GT-GTTCCTAGCCCTC-CC---ACG-AC---CAAATACGGCGCACACGATTTAGCCGGCCTGG-AAGAATGAC--ACCT-CTG-GCTACTT-TAC-----GGTGC--GT----TC-TTGGA----C-C-TTCTC-TTGCTC-T-----ATC----TCG-C-GA-----------------TG----CAA-A-----GAAAACA-----ATGCACAAT-CAAT--ACA----TCTAAAACATTTtgaataa
gi|18 : ta-----G---CCCG-ACGAA--G-----TGTGG-TTT-GA-AACCCA----ATTGATAATC-------TA-TA-T---AA--CGTAT-----A-CATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCT----------GTA-CA-------T------A-CC----AAA--TAT-GAA-A-GAA-G--AA-CAAGT-C----AT---A---G------T-------GTATGTT----GCA--C-TTTGCCACT--AGT-GT-GAC-TTTAAT-ATGGGTT---ATATAATT---TA-T-T---AATA
gi|19 : ATACGGCACTCACGAGATAGCCGACCTG-AAAGAACGGC--AACC-CTGGAT--ACTGTACA----AGCGC--A------C-TTGTA--------CTATT-TTACGA-TGAACAAT-----TTA-C--A-----------------TGGTTTCAA-CC----GTAAACG-----ATGCACAAT-CAAC--ATA----TAT-AATCATTTTAAGCG-CGCTT---AAA-gt
gi|2 : AAAAATATCTCTACAATAATCTTTGTCTTCAAA--CGATACTGT-TGATTCT-GCGGCGTC-TGA---GAGAATGA-AGAAGCG-ACGCG-ATC-CTGACA---AAGACAC-AA-GAG--TATTG-TC-GCGAATTGAATTCATTGG-TCCAGAC-GA-TCTCATCACTTTTTCC---ACG-AC---CCA-TATGGCGCTCA-GGCATAGCCGGCGTGGAAGACATGGT--AAGT-CTG-AA--CTT-TACCCCCAGGCA---ATAAAATCGTTGGA----T-CGCGCTTATGACGCCT-----AACACGATTGAT-GA-----------------TA----GGA-CTGATTGTAAA-ATCTGTATGCACAATGCCAT---TA----TATAAATTATTTTAAGCT-TGCCTTTAAAA-TGCTCTTTTAT--ACATAATTGATTCC-----GGTACCCGTATCGATAA-----TGTGA-TG--GG-A----G----ATTGGTAAGCAAAT---TA-TAGT---AAATCGTATTAGTTA-C-TG--T----C-C-AC--TT-CG-C-TC--TTGAAATGGCTT----------GTATCA-------T------AACC----AAAATCATTGAATA-GAA-A--AAACAAGT-TCTATAT---A---A------T-------G-ATGTTATTTGCA--C-TTTGC-ACTTTAGC-GT-GACTTT--ATATT-GATC---A---TACT------T-T---GAAATT-------------T---A---TA----A-----------------ATA----A---------T-T--A-A--T-------CATCA-----TAGG------ATG---GTTTG-TCCAA---TAAT-A---TTGA-T-G---AAAATTTA--GA-TATTTTGATAA---CAG--AT-----AAT--TAA-TA-TGAACCACATAC-TGAT--ATGAATTA-----A---ATT-AACT-A------TA-----GTT-------A-TA-CCA-TTGACGGT-AA-TCTT--T-AACA--T-A--TA-T-CCAA--AGATCATA-CTCC-TTGTGGGGTCTGAAAACGC-ATG-ATTAG-------ATTGAAC--TTTTTAAT-CAAGTTCAGAC-CC----A-AGGAGA-GGGG---GAGGAAAGG-TAGCCGCAA--GTGCA-ACATTTACAT---CACA--------TCATA-CAAATACAGATGTACACTCTATTAGGTGCAA---CAAAAGAATATAA-GAC-GATTAAAA-TTA-GGAA-TATTTGAAAA--ATCCAA-TCAT-TCACTC-AATAAATACTTTTGGAATTATGTGAGTGAGA---ACGGTAAAATATAAAGGTATGTTTCTGGGATAGTGATA---TAGAGTGTACCGTCAAGGGGAATAAAACATAAAACTGCACTAGTATTGATTTTAGGACAGTGTTTTCCAAAGCTAAGTGAATAAa
gi|20 : aatgaATAATTGATTCCAGTATG---CATG---CAA--GCGCTATGTGGATTACGT-AGCCCG----TTCGATG----------TACTA-T---AC--CGTAT-------CATC--T----C-C-ATC-TT-C------------------CA----------GTA-CA--------------A-CT----AAAA-C-----------A-A--AA-CAAG-------AC---A---C------T-------GTATGTT----GCA--C-TTTGCCACC--AGC-GT-GACTTTctctatca
gi|21 : -AAGTAATACATGTATGATGTAATCATAAATATTGGACC---AA-AATA-TGAT-TTTG--A-TACAGAAT-AATAAA-ACATGGCCACAT-ATAATTCT-----AT-----------A-A---TTAACT--ATAGCTATAGATGATGTAATCagtt
gi|23 : caGGAG-GAGAATGACAGAAGCGGACGCGTATC-CTGACAGAAAAGA-ACCAAAGAG-ATATTTTCCCGCGAAATGA
gi|24 : ataccgcgc---AAA-A--TGTTTTAT--ACATAATTGAATCC-----G---CCCG-ACGAA--G-----TGTGG-TTT-GA-AACCCA----ATTGATAATC-------TA-TA-T---AA--CGTAT-----A-CATG--Tgctgagttgagagtgcagatga
gi|25 : --ATAGTTATACATGACGTAATCCTT---A-CA-----TCGTATCCAAAGATCATA-CTCCTT-----GTGGTCTga
gi|26 : CA---AAGA-AC-AAAGAG-ATATTT-CCCGCGAAATGAGT
gi|27 : ccct-----GTAAACA-----ATGCACAAT-CAAC--ATA----TAT-AATCATTTTAAGCG-CGCTT---AAA-gagtgagagtgcagatga
gi|28 : GCTAGCCGCAA-AGTGCAAACATTTACAT--ACAC-AACAA-a
gi|3 : -------TG-TA-T---A---CG-GT-----A-CGTG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------CCA----------GTA-CA-------C------A-AC----AAG--TGT-GAA-A-GAA-A--AT-CAAGT-C----AT---A---G------T-------GTATGTT----GCA--C-TTTGCCACT--AGC-GT-GA-TTTTAATTAT-GATT---G---AACTGAATA-T-T---TA-ATT-------------T---GATGCA----ATT---------------ATAACT-AGT-------T-C--G-AGGT-------AATAA-----CA--------ATG---GTT-G-TC-GA---TGAT-A---TTGA-TCA---AAA---TA-TGA---TTTTGATGC---AGA--AT-----AATAAAA--CA-TGAGT-AC--ATATGA-TTATGATTTAC---AA---A-TTAATT-A------TAGCTAGGCT-------A-TA-C-A-T-GACG-C-AA-TCGTTAT-A-TA--TCA--GA-T-CCAA--AGATCATA-CTCA-TAGTGG--TCTGAAACCAACATGGACTTG-------ATTAAACATTTTTTAAT-CAAGTTCAGAC-CCCAA-GAAGAAGA-GGGGCG-AGAGGAAGGCTAGCCGCAA-AGTGCATACACTTACAT--ACACAAACAACTAT-ATATCAAATACAAATGCATA--CCCTTACATGCAGGTTCAAAAAGAAATAAAAATAGATTA-----TACGTAA------GAAAACGATCCAAATAATATC-CCC--GCAAA---------GATTATATGAAT-------AC--CAGGAAGTGTACATATGTTCCTAGGATAG
gi|4 : A-----ATGCGCAAT-CAAT--G-A----TATGAATAATTTGAAGCT-CACTT---AAAAT--TATTTTAT--TCATAAT-GATTCC-----G---CCCG-ACCAA--G-----TATGA-TCCCAA-AATCCG----ACTGAAAATC-------AT-TA-T---AA--CGTAT-----A-CATG--TA---C-C-ACC-TT-CG-C-TC--T--------TCT----------GTA-GA-------T------A-CC----AAA--TGT-GAA-A-TAA-A--AA-CAAGT-C----AT---A---G------T-------GTATATT----GCA--C-TTTGCCACC--AGC-AT-GAC-TTTATTTAT-GATT---G---AACTGACTA-T-TTGGAATTTT-------------T---AATGTA----A-T---------------ATGATGTAAT-------T-TTAA-A--T-------AGTTA-----TATAATAATGATA---GTT-G-TC-AA---TAAT-A---TTGATT-G---AAA---TA-TGA---TTTTGATAC---CA---------------CA--CA-TGAG-------TATGGT-------TTAC---AA---A-TTAATT-A------TA-----GCT-------G-CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCAT--T-A-CA--TCA--GA-C-CTAA--AGATCATA-CTCT-TTGTCG--TCTGAAACCGCCATGAATTTG-------ATTAAAC-TTTTTAAAT-TAAGTTCAGAC-CCCAAGG-AGAAGA-AGGGCG-AAAGAAAAGCAAGCCGCAA-AGTGCATACAGTTGTAC--ACACA
gi|5 : aTTTTAT--ACATAATTGATTC------G---CC-G-ACGAA--G-----TGTGG-TTT-GACAACCCA----ATTGATAATC-------GA-T--T---AA--CGT-T-----A-CATGGTTA---CGT-ACTGTT-CGAC-TC--T--------C-T----------GTA--A-------T------A-CC----AAA--T-T-GAA-AAGAC-ACGAA-CATGT-C----ATGTTA---GC-----T-------GTGTGTT----GCA--CCTTTGC-ACT--AGC-GTTGACTTT-AATAAT-GATTCATA---AA-TGAATT-T-A---AATATT-------------T---AATGTA----A-TCATAGAATGTCACCCATA----AAT-------A-T--A-A--TTAAATAAATTCA-----TA--------ATGTGTATT-GGTC-AA-----AT-ACATTTGA-T-GGACAAA---TAATGAAT-TTTGGATACGCCCGGGCAT-----AAT--TA--TAGTGAGC-TCACATATGA-TTATGAA-TACCGAAG---ATTAAACTAA------TA-----ATTTTATTGGA-CA-C-ATT-GACG-T-AATTCTT--T-A-CATTTCA--TAGTGCTAG--ACA-CATACCTCCTTTGTGG--T-TGAAACtaa
gi|6 : ATCTGATATTTTCCAACGTAGC---------ATG-ATGTAATT-ATAACTAGT-TAAGTAACAATAATG-GTCGTCAATAATA-TGAT-TTTG--A-TACAGAAT-AATAAA-ACATTACCACCTT-TGACTATGA----TT-TA-----CAA-A---CTAAAT--ATAGTTATACATGACGTAATCGTT---A-TA-----T---A-----AGATCAAA-CTCCTTCAGTTGTGGTTTGAGACC-G-CA---TC-C-------------TATAAAA-AATGACAACA-T---------GGAAAGGT-GGAGGGGCGGAGG------AATAAT---TC--CAATAA-------CT--------------GT-TTATTCT-GCGGCATCCGGAAA-GAGAGTGA-AGAA-----------TA-ATGACA---ATGA-AA-AAAGAG----------------ATGAATCCATTGG-CCCAGAC-GA-GCCC-TAACCATT-CC---ACG-AC---CAAATATGGCGCTCACGACATGGCCGGCCTGG-AAGAATGGCAAGAATGGTA-GC--CCT-TACA----AGTGCTAAT----GG-TAGGG----T---AGCCC-TTGCGC-T-----AAC----TTG-C-GATGAACAATTTGTATGGTTG----CGACC-----GTAAACA-----ATCCACAAT-TGAT--ATATGTTTACAAATCATTTTgcaaaccgatagacaattagagaataataaatataacaaaataaacacgagggtagaagtttgtaggggctcggttaggtatgg
gi|7 : tTCT-----G---CCCT-ACCAA--G-----TATGA-TATCGA-AACCCG----ACTGATAATC-------T--TA-A---AA--CGTAT-----A-CATG--TA---C-C-ACC-TT-TG-C-TC--G--------CCT----------TCA-CAAGAGATCT------A-CTTATAAAA--CAG-GAC-A-GAA-A--AA-CAGGT-C----AT---A---A------T-------GTATGTT----GCG--C-TTTGCCATT--AGC-GT-GA--------------TT---G---AAGTGAAGAGT-T---TATATT-------------TTCCAATATG----A-T---------------ATGCTGTAAT-------TAT--A-AA-T-------AGTCAGGTAATA--------ATGATAGTT-G-TC-AT---TGCT-G---TTGA-TCA---AAA---TA-TGA-T-TTT-----------G--AT-----A--------TA--GA---------ATGATTCACCAA--AC---AACGCGTTT-------------------------------CA-C-A-T-GACG-T-AA-TCGT--T-A-CA--TCA--GA-T-CTAA--AGACCATA-CTCC-TTGTGG--TCTGAAACCGCCATGGACTCGAATAAATATT-AAT-CTGTTTAAT-CAAGTTCAGAA-TCCA
gi|8 : TATTTTTGTAACCTA-TTGATTCCGGCCGACGAAAGTGTGGGTTTGAAACCCAATTGATAATCTAT-TAACGTTACA---GTAC-------CTACCTTCGCT----TCCGTGTACAACCAAATATCTGAAAGAAAGGAGAGCAGTCATTAGTTTAT--------------AATAG---------AATAATGAAAT--TTATATT--AATGT-ATATATGA-AATGTAACCATAA--ATATTAAATTAATTCATAAATGGT-T--TCAATAA-ATTG-ATG---AA-AATAGTGACATTTGCCC-TACGTAATAAATAAACAGA-AGACACATATTGATTATGATCCATA-CA-----CGA-A---T--AC----TAGTTAT-CATGACGTAATCCTT---A-CAGTCGCT---ATCCAAAGAT-ATACCTCCTT-----GTG
gi|9 : ataagatgtTT---ATA-T--ATTTTTATTAACAT---TGATTCC-----A---TCCG-AACAA--G-----TATGA-TCTCTA-AACC-G----ACTGATACTCATTATGATA-TA-T---A---CATGT-----A-CATG--TA---C-C-GCC-TC-CG-C-TT--T--------CCT----------ACG-CA-------C------A-CT----AGA--TAT-TA-----AA-A--AA-CAAGT-C----AA---A---GTGTACAT-------GTATGTT----GCA--C-TCTGCCACA--AGC-GT-GA--TTTAATTAT-GATT---G---AACTGAATATT-T---GATATTGTTCAAAGCAATAT---GATGTA----ATT---------------ATA----AATAGACTAGT-T--AGG--T-------ACTAA-----TA--------ATG---TTT-G-TT-AA---T-CT-A---TTGA-TCA---AAA---TA-TTA---TTTTAATAC---AGA--ATTTAAAAAA--AA--AA-TGCGC-A-ATCAATGA--TATGAATc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TCCGGGAACTACAAGATGATTCTCAATCTACGGCGTTCAGAAAAAAATGGCGAGAGCGACACATTGCTCATAGAGATCAAAGTGGGGAATGGTCCGTAAAATAAATCCATTGG